JP7220711B2 - 病態の核酸ベースのリアルタイム判定のための方法及び装置 - Google Patents
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Description
a)得られた生物試料について何らの仮定も行わないバイアスのかからない方法、
b)片利共生/汚染と感染病原体の区別を行うことができる方法、
c)所与のタイミングで試料中に同定されたすべての微生物について、リアルタイムで結果を与える方法、
d)シーケンシングの間、リアルタイムでデータを生成する方法、
e)データの取り扱い中、リアルタイムで情報を提供する方法、
f)微生物が病態に有意である/関連性があると一旦判定されると、データセット全体のごく一部のみを解析した後に解析した後、停止することのできる方法、
g)同一病態の2つ以上の生物試料の比較を可能にするパラメータを生成する方法、
h)臨床医又は研究者により、同一の微生物に感染した患者間の微生物による感染の深刻度の比較を可能にする方法である。
1)Ronaghiらによる1998年の「A sequencing method based on real-time pyrophosphate」、Science 281:363~365に最初に記載されたRoche-associated company 454 Life Sciences(Branford, Connecticut)のGS-FLX 454 Genome sequencer(商標)において実施されている、パイロシーケンシングとして既知の合成技術によるシーケンシングが挙げられる。この技術では、一本鎖DNA結合ビーズが、エマルジョンPCR増幅のためにオイルで包囲された水性ミセル含有PCR反応物質への激しいボルテックスでカプセル化されたエマルジョンPCRを使用する。
2)パイロシーケンシングのプロセス中、ヌクレオチド取り込み中のリン酸分子から発せられる光が、DNA鎖を合成する重合酵素として記録される。可逆ダイターミネータに基づき、例えば、Illumina/Solexa Genome Analyze(商標)及びIllumina HiSeq 2000 Genome Analyzer(商標)において実施される、Solexa(現在、Illumina Inc.(カリフォルニア州サンディエゴ)の一部である)によって開発された、合成によるシーケンシングのアプローチ。本技術において、4つすべてのヌクレオチドが、DNA重合酵素とともに流動細胞チャンネル中のオリゴプライムクラスターフラグメントに同時に添加される。ブリッジ増幅により、シーケンシングのため、4つすべての蛍光ラベルされたヌクレオチドを備えたクラスタ鎖を伸長する。
3)例えば、Applied Biosystems(現在、Life Technologies Corporation(カリフォルニア州カールスバッド))のSOLid(商標)プラットフォームで実施される、ライゲーションによるシーケンシングのアプローチ。本技術において、シーケンシングされた位置に応じて、固定長の可能なあらゆるオリゴヌクレオチドのプールをラベル付けする。オリゴヌクレオチドは、アニール及び連結される。シーケンスを合致させるためのDNAリガーゼによる優先的連結により、結果として、その位置のヌクレオチドを知らせる信号を生じる。シーケンシングに先立って、DNAをエマルジョンPCRで増幅する。結果として得られたビーズは、各々、同一のDNA分子の複写のみを含むものであるが、これをガラススライド上に載せる。第2の例として、Dover Systems(ニューハンプシャー州セーラム)のPolonator(商標)G.007プラットフォームも、並列シーケンシングのためにDNA片を増幅するようにランダム配列のビーズをベースとするエマルジョンPCRを用いた連結によるシーケンシングのアプローチを採用している。
4)例えば、Pacific Biosciences(カリフォルニア州メンロパーク)のPacBio RSシステム、又は、Helicos Biosciences(マサチューセッツ州ケンブリッジ)のHeliScope(商標)プラットフォームにおいて実施された単一分子シーケンシング技術。本技術の目立つ特徴として、Single-Molecule Real Time(SMRT)DNAシーケンシングとして規定される、増幅を伴うことなく、単一のDNA又はRNA分子にシーケンシングを施す能力が挙げられる。例えば、HeliScopeでは、合成された各ヌクレオチドを直接検出する、高感度蛍光検出システムを使用する。Visigen Biotechnology(テキサス州ヒューストン)から、蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)に基づく同様のアプローチが開発されている。その他の蛍光ベースとする単一分子技術として、U.S.Genomics(GeneEngine(商標))及びGenovoxx (AnyGene(商標))が挙げられる。
5)例えば、複写中、一本鎖の重合酵素分子の移動をモニタリングするために、チップに配置された種々のナノ構造が使用される単一分子シーケンシングのためのナノテクノロジー。ナノテクノロジーを基準とするアプローチの非現敵的な例として、Oxford Nanopore Technologies(英国オックスフォード)のGridON(商標)プラットフォーム、Nabsys(ロード島プロビデンス)で開発されたhybridization-assisted nano-pore sequencing(HANS(商標))プラットフォーム、及びDNA nanoball (DNB)を備えた、combinatorial probe-anchor ligation (cPAL(商標))と称されるproprietary ligase-based DNA sequencing platformが挙げられる。
6)例えば、LightSpeed Genomics(カリフォルニア州サニービル)及びHalcyon Molecular(カリフォルニア州レッドウッド市)等の電子顕微鏡ベースの単一分子シーケンシングのための技術。
7)DNAの重合中に解放される水素イオンの検出を基準としたイオン半導体シーケンシング。例えば、Ion Torrent Systems(カリフォルニア州サンフランシスコ)では、大規模並列的に、この生化学プロセスを実施するために微小加工ウェルの高密度アレイを使用する。各ウェルは、異なるDNAテンプレートを保持する。ウェルの下には、イオン感受層が有り、その下には、独自のイオンセンサがある。
感染症の罹患の疑いのあるヒト被検体から生物試料、すなわち結晶を得た。次世代シーケンス法を使用して、試料中の核酸のシーケンシングを行い、複数のシーケンスリードを生成した。このデータを記憶した後、以下のように分析した。
被検体S9から得られた血漿の生物試料からの核酸にシーケンシングを実施し、特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数とある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づく、特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが被検体に見られる確率を、本発明に従って計算した。その結果を図1に示す。
被検体S11から得られた血漿の生物試料からの核酸にシーケンシングを実施し、特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードとの数に基づく、特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが被検体に見られる確率を、本発明に従って計算した。その結果を図2に示す。
被検体S60から得られた血漿の生物試料からの核酸にシーケンシングを実施し、特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づく、特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが被検体に見られる確率を、本発明に従って計算した。その結果を図3に示す。
X~Exp(λ)[2]
また、ある微生物についての大気時間が500~100リードの間であると仮定すると、我々は、λ=1/500及びλ=1/1000を有する。我々は、P(500<X<1000)の確率に関心があるため、P(x<1000)-p(x≦500)の計算を行う。これは、感染を患っていない確率を表したものである。我々は、これより速いインターバルを望むため、P(X≦500)の計算を行う。ここで、500番目のリードが再び微生物リードであれば、我々が行っていることは、
A1.被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
(a)前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行い、複数の核酸シーケンスリードを得ることと、
(b)ステップ(a)で得られたシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベース内に含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(c)特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とを経時的に判定することとを含む方法。
A2.被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
(a)前記被検体から得られる生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって得られるシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と複数の微生物からの遺伝情報を備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベースに含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(b)特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とを経時的に判定することとを含む方法。
A3.前記方法は、前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが前記被検体中に見られる確率についての有意性スコアを演算することをさらに含む項目A1又はA2に記載の方法。
A4.前記特定の微生物についての前記スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物が前記被検体に存在すると判定される項目A3に記載の方法。
5.前記特定の微生物についての前記スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物が前記被検体の疾病の原因に関連すると判定される項目A3に記載の方法。
A6.前記特定の微生物についての前記スコアが僅かなシーケンスリードにおいて閾値を超える場合、前記微生物の存在による前記疾病が深刻であると考えられる項目A5に記載の方法。
A7.被検体における病態の有無を判定する方法であって、
(a)前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行い、複数の核酸シーケンスリードを得ることと、
(b)ステップ(a)で得られたシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報を備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記コントロール被検体にマップするか否かを判定することと、
(c)前記コントロール被検体にマップする比較対象シーケンスリードとマップしない比較対象シーケンスリードとの数を経時的に判定することとを含む方法。
A8.前記方法はさらに、前記コントロール被検体にマップしない比較対象シーケンスリードの数と、前記コントロール被検体にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づき、前記コントロール被検体にマップしない比較対象シーケンスリードが被検体に見られる確率についての有意性スコアを演算することをさらに含む項目A7に記載の方法。
A9.前記スコアが閾値以上であるとき、前記病態が前記被検体に存在すると判定される項目A8に記載の方法。
A10.前記病態は、癌である項目A7~A9のいずれか一項に記載の方法。
A11.前記癌は、遺伝的異常を原因とする項目A10に記載の方法。
A12.前記病態は、微生物を原因とする感染である項目A7~A9のいずれか一項に記載の方法。
A13.前記微生物は、ウィルス、バクテリア、菌類、又は寄生虫である項目A12に記載の方法。
A14.前記生物試料は、全血、血清、血漿、羊水、滑液、濃縮液、組織又は細胞スメア、組織又は細胞スワブ、尿、組織、唾液、排泄物、消化管分泌物、リンパ液、及び洗浄液より選択される項目A1~A13のいずれか一項に記載の方法。
A15.前記被検体は、脊椎動物であり、好ましくは、ヒト、イヌ、ネコ、ブタ、ウマ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、マウス、又はラット等の哺乳動物である項目A1~A14のいずれか一項に記載の方法。
A16.前記被検体は、ヒトである項目A15に記載の方法。
A17.前記シーケンシングは、分子ハイスループットシーケンス分析によって実施される項目A1~A16のいずれか一項に記載の方法。
A18.前記方法は、前記特定の微生物又は前記病態が前記被検体に存在すると判定されるとき、前記特定の微生物又は前記病態を原因とする疾病の治療をする既知の薬学的に活性の化合物を前記被検体に投与することをさらに含む項目A1~A17のいずれか一項に記載の方法。
A19.被検体中の微生物を原因とする感染症の診断方法であって、
(a)前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行い、複数の核酸シーケンスリードを得ることと、
(b)ステップ(a)で得られたシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベース内に含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(c)特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とを経時的に判定することと、
(d)前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを演算することとを含み、前記特定の微生物についての前記スコアが閾値以上であるとき、前記微生物は感染症の原因となっていると判定される方法。
A20.プログラムコードを記憶するコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、実行時、プロセッサにより、項目A1~A19のいずれか一項に記載の前記方法を実施する指示を備える記憶媒体。
A21.コンピュータシステムであって、項目A1~A19のいずれか一項に記載の前記方法を実施するように構成されたプロセッサを備えるコンピュータシステム。
本発明は、さらに、以下を提供する。
B1.被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
(a)前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行い、複数の核酸シーケンスリードを得ることと、
(b)ステップ(a)で得られたシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベース内に含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(c)特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とを経時的に判定することとを含む方法。
B2.被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
(a)前記被検体から得られる生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって得られるシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と複数の微生物からの遺伝情報を備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベースに含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(b)特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とを経時的に判定することとを含む方法。
B3.前記方法は、前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが前記被検体中に見られる確率についての有意性スコアを演算することをさらに含む項目B1又はB2に記載の方法。
B4.被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
特定の微生物にマップするシーケンスリードの数と、ある種にマップするシーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップするシーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを経時的に判定するステップを含み、
前記特定の微生物にマップするシーケンスリードと前記ある種にマップするシーケンスリードとは、シーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と、複数の微生物からの遺伝上オフとを備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象のシーケンスリードが前記1つ以上のデータベースに含まれる種にマップするか否かを判定することによって得られ、前記シーケンスリードは、前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって作成される方法。
B5.被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
(a)特定の微生物にマップするシーケンスリードの数と、ある種にマップするシーケンスリードの数とを経時的に判定するステップであって、前記シーケンスリードは、シーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と、複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較し、シーケンスリードが前記1つ以上のデータベースに含まれる種にマップするか否かを判定することによって得られ、前記シーケンスリードは、前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって生成されるステップと、
(b)前記特定の微生物にマップするシーケンスリードの数と、ある種にマップするシーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップするシーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを演算することとを含む方法。
B6.前記特定の微生物についての前記有意性スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物は、前記被検体に存在すると判定される項目B3~B5のいずれか一項に記載の方法。
B7.前記特定の微生物についての前記有意性スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物は、前記被検体の疾病の原因と関連すると判定される項目B3~B5のいずれか一項に記載の方法。
B8.前記特定の微生物についての前記有意性スコアが僅かなシーケンスリードにおいて閾値を超える場合、前記微生物の存在による前記疾病が深刻であると考えられる項目B7に記載の方法。
B9.被検体における病態の有無を判定する方法であって、
(a)前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行い、複数の核酸シーケンスリードを得ることと、
(b)ステップ(a)で得られたシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報を備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベース内に含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(c)前記コントロール被検体にマップする比較対象シーケンスリードとマップしない比較対象シーケンスリードとの数を経時的に判定することとを含む方法。
B10.前記方法は、前記コントロール被検体にマップしない比較対象シーケンスリードの数と、前記コントロール被検体にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づき、前記コントロール被検体にマップしない比較対象のシーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを演算することをさらに含む項目B9に記載の方法。
B11.被検体における病態の有無を判定する方法であって、
前記コントロール被検体にマップしないシーケンスリードの数と、前記コントロール被検体にマップするシーケンスリードの数とに基づき、前記コントロール被検体にマップしないシーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを経時的に演算するステップを含み、
前記コントロール被検体にマップするシーケンスリードと前記コントロール被検体にマップしないシーケンスリードとは、シーケンスリードを、同一種別のコントロール被検体からの遺伝情報を備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記コントロール被検体にマップするか否かを判定することによって得られ、前記シーケンスリードは、前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって作成される方法。
B12.前記有意性スコアが閾値以上であるとき、前記病態は、前記被検体に存在すると判定される項目B10又はB11に記載の方法。
B13.前記病態は、癌である項目B9~B12のいずれか一項に記載の方法。
B14.前記病態は、微生物を原因とする感染である項目B9~B12のいずれか一項に記載の方法。
B15前記方法は、前記特定の微生物又は前記病態が前記被検体に存在すると判定されるとき、前記特定の微生物又は前記病態を原因とする疾病の治療をする既知の薬学的に活性な化合物を前記被検体に投与することをさらに含む項目B1~B14のいずれか一項に記載の方法。
B16.被検体中の微生物を原因とする感染症の診断方法であって、
(a)前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行い、複数の核酸シーケンスリードを得ることと、
(b)ステップ(a)で得られたシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベース内に含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(c)特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とを経時的に判定することと、
(d)前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを演算することとを含み、
前記特定の微生物についての前記有意性スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物が前記感染症の原因となると判定される方法。
B17.プログラムコードを記憶するコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、実行時、プロセッサにより、項目B1~B16のいずれか一項に記載の前記方法を実施する指示を備える記憶媒体。
B18.コンピュータシステムであって、項目B1~B16のいずれか一項に記載の前記方法を実施するように構成されたプロセッサを備えるコンピュータシステム。
B19.被検体中の微生物を原因とする疾病又は感染の治療方法であって、有意性スコアが閾値以上である微生物の成長を阻害する化合物を、前記被検体に投与することを含み、前記有意性スコアは、項目B3~B8のいずれか一項によって計算される方法。
Claims (10)
- 被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
(a)前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行い、複数の核酸シーケンスリードを得ることと、
(b)ステップ(a)で得られたシーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記1つ以上のデータベース内に含まれる種にマップするか否かを判定することと、
(c)特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とを経時的に判定することと、
(d)前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードの数と、ある種にマップする比較対象シーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップする比較対象シーケンスリードが前記被検体中に見られる確率についての有意性スコアを経時的に演算することとを含む方法であって、前記特定の微生物についての前記有意性スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物は、前記被検体に存在すると判定される方法。 - 被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
特定の微生物にマップするシーケンスリードの数と、ある種にマップするシーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップするシーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを経時的に演算するステップであって、前記特定の微生物についての有意性スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物が前記被検体中に存在すると判定されるステップと、
前記特定の微生物にマップするシーケンスリードと前記ある種にマップするシーケンスリードとは、シーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と、複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象のシーケンスリードが前記1つ以上のデータベースに含まれる種にマップするか否かを判定することによって得られ、前記シーケンスリードは、前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって作成される方法。 - 被検体中の微生物の有無を判定する方法であって、
(a)特定の微生物にマップするシーケンスリードの数と、ある種にマップするシーケンスリードの数とを経時的に判定するステップであって、前記シーケンスリードは、シーケンスリードを、同一種のコントロール被検体からの遺伝情報と、複数の微生物からの遺伝情報とを備える1つ以上のデータベースと比較し、シーケンスリードが前記1つ以上のデータベースに含まれる種にマップするか否かを判定することによって得られ、前記シーケンスリードは、前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって生成されるステップと、
(b)前記特定の微生物にマップするシーケンスリードの数と、ある種にマップするシーケンスリードの数とに基づき、前記特定の微生物にマップするシーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを経時的に演算するステップであって、前記特定の微生物についての有意性スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物が前記被検体中に存在すると判定されるステップとを含む方法。 - 前記特定の微生物についての前記有意性スコアが閾値以上であるとき、前記特定の微生物は、前記被検体の疾病の原因と関連すると判定される請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記特定の微生物についての前記有意性スコアが僅かなシーケンスリードにおいて閾値を超える場合、前記微生物の存在による前記疾病が深刻であると考えられる請求項4に記載の方法。
- 被検体における病態の有無を判定する方法であって、
コントロール被検体にマップしないシーケンスリードの数と、前記コントロール被検体にマップするシーケンスリードの数とに基づき、前記コントロール被検体にマップしないシーケンスリードが前記被検体に見られる確率についての有意性スコアを経時的に演算するステップであって、前記有意性スコアが閾値以上であるとき、前記病態が前記被検体中に存在すると判定されるステップを含み、
前記コントロール被検体にマップするシーケンスリードと前記コントロール被検体にマップしないシーケンスリードとは、シーケンスリードを、同一種別のコントロール被検体からの遺伝情報を備える1つ以上のデータベースと比較して、比較対象シーケンスリードが前記コントロール被検体にマップするか否かを判定することによって得られ、前記シーケンスリードは、前記被検体から得られた生物試料に存在する核酸のシーケンシングを行うことによって作成される方法。 - 前記病態は、癌である請求項6に記載の方法。
- 前記病態は、微生物を原因とする感染である請求項6に記載の方法。
- プログラムコードを記憶するコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、実行時、プロセッサにより、請求項1~8のいずれか一項に記載の前記方法を実施する指示を備える記憶媒体。
- コンピュータシステムであって、請求項1~8のいずれか一項に記載の前記方法を実施するように構成されたプロセッサを備えるコンピュータシステム。
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