JP7217772B2 - 三次元構造に基づくヒト化方法 - Google Patents
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Description
抗体の、その抗原との相互作用は、その3次元構造に基づく。抗体パラトープは、抗原表面の相補的エピトープを認識する6つのCDR(相補性決定領域)ループによって形成される。小さな抗原(例えば低分子)に特異的な抗体の場合は、いくつかのCDRのうちの、全部ではなく数個のアミノ酸だけが、抗原認識に関与する。一般的には、VL(可変抗体軽鎖ドメイン)CDRと比べて、VH(可変抗体重鎖ドメイン)CDR(特にVH CDR3)の方が、抗原との接触の形成への寄与が高く、抗原-抗体接触の幾何中心はVH CDR3の近くにある。直接的な抗原接触に関与するCDRアミノ酸残基は特異性決定領域(specificity determining region)(SDR)と呼ばれる。抗原-抗体複合体の3次元構造の解析により、抗原と直接接触しているアミノ酸残基は、それらの距離に基づいて特定することができる。CDRの間に間隔をおいて配置されているFR(フレームワーク)残基も抗原認識に参加できるが、その程度はそれほど高くない(そのような領域の表面が抗原と抗体との接触表面に占めうる割合は最大15%でありうる)(例えばAltshuler,E.P.,Chemie 50(2010)203-258(非特許文献1)、Bujotzek,A.et al.,mAbs 8(2016)288-305(非特許文献2)参照)。
本明細書には、構造に基づくアプローチを用いる非ヒト抗体のヒト化方法が記載される。本発明の方法では、非ヒト抗体のCDRまたはそれらの個々の残基のためのアクセプターとして選択されたヒトアクセプター配列またはヒト化アクセプター配列の所定の位置におけるアミノ酸残基の具体的(復帰)変異(の要件)を特定することが可能である。この一次選択は当技術分野で知られているように行われる。復帰変異させるべき残基の特定では、それぞれの残基のトポロジー、三次元構造および相互作用、ならびに変化の効果が考慮される。これにより、抗原結合に対する具体的アミノ酸残基変化の影響の予測を改良することができ、それを定量化することもできる。
(a)非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種と(最大レベルのアミノ酸配列同一性で)アライメントする工程であって、該第1のヒト化変種が、それぞれの非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインのCDRまたは超可変領域または特異性決定残基を、
(i)該非ヒト可変ドメインに対して最も高い配列相同性を有するヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(ii)アライメントした場合に完全な可変ドメインを形成し、単一のヒト生殖細胞系アミノ酸配列よりも高い相同性を有する、2つまたはそれ以上のヒト生殖細胞系アミノ酸配列フラグメント、または
(iii)VH/VL角度を維持することができるヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(iv)ヒト化抗体可変ドメイン
に移植することによって得られたものである、工程;
(b)非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインと該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種とが異なるアミノ酸残基を有する、(アライメントされた)フレームワーク位置であって、その差異ゆえに、(Fvとしてのそれぞれ他方の可変ドメインとの組合せで)可変ドメインの抗原結合および/または三次元構造に影響を及ぼす位置を特定する工程;
(c)工程(b)において特定された1つまたは複数のアミノ酸残基を、(Fvとしてのそれぞれ他方の可変ドメインとの組合せで)可変ドメインの抗原結合および/または三次元構造に及ぼす影響が、置換されるアミノ酸残基よりも少ないアミノ酸残基で置換されることによって、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種を改変する工程;
(d)改変された可変ドメインをコードする核酸配列を合成し、それによって免疫グロブリン可変ドメインをコードする核酸配列を提供(または合成または特定)する工程。
・トポロジーEを有するアミノ酸残基の、プロリンを除く任意のアミノ酸残基への変化には、0のスコアが割り当てられ、
・プロリンへの変化には、プロリンによる置換がこの残基の周りのファイ角およびプサイ角を変化させるのであれば、3または4のスコアが割り当てられ、プロリンへの変化がその残基の周りのアミノ酸ストレッチのコンフォメーションを変化させていないのであれば、0または1のスコアが割り当てられ、
・トポロジーIを有するアミノ酸残基の、より小さな側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、0のスコアが割り当てられ、炭素原子が1つ多い側鎖を有するアミノ酸残基による置換には、1のスコアが割り当てられ、炭素原子が2つ多い側鎖を有するアミノ酸残基による置換には、2のスコアが割り当てられ、炭素原子が3つ多い側鎖を有するアミノ酸残基による置換には、3のスコアが割り当てられ、他のすべての変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーAを有するアミノ酸残基の、任意のアミノ酸残基への変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーCを有するアミノ酸残基の、非疎水性アミノ酸残基への変化には、3または4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーSを有するアミノ酸残基の、反対に荷電したアミノ酸残基または非荷電アミノ酸残基への変化には、塩橋が溶媒露出しているのであれば3のスコアが割り当てられ、塩橋が内部にあるのであれば4のスコアが割り当てられる
工程を、さらに含む。
[本発明1001]
以下の工程を含む、ヒト化免疫グロブリン可変ドメインをコードする核酸配列を作製するための方法:
(a)非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種と(最大レベルのアミノ酸配列同一性で)アライメントする工程であって、該第1のヒト化変種が、それぞれの非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインのCDRまたは超可変領域または特異性決定残基を、
(i)該非ヒト可変ドメインに対して最も高い配列相同性を有するヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(ii)アライメントした場合に単一のヒト生殖細胞系アミノ酸配列よりも高い相同性を有する、2つまたはそれ以上のヒト生殖細胞系アミノ酸配列フラグメント、または
(iii)VH/VL角度を維持することができるヒト生殖細胞系アミノ酸配列
に移植することによって得られたものである、工程;
(b)非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインと該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種とが異なるアミノ酸残基を有する、アライメントされたフレームワーク位置であって、その差異ゆえに、(Fvとしてのそれぞれ他方の可変ドメインとの組合せで)可変ドメインの抗原結合および/または三次元構造に影響を及ぼす位置を特定する工程;
(c)工程(b)において特定された1つまたは複数のアミノ酸残基を、(Fvとしてのそれぞれ他方の可変ドメインとの組合せで)可変ドメインの直接的な抗原結合および/または三次元構造に及ぼす影響が、置換されるアミノ酸残基よりも少ないアミノ酸残基で置換することによって、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種を改変する工程;
(d)改変された可変ドメインをコードする核酸配列を作製し、それによってヒト化免疫グロブリン可変ドメインをコードする核酸配列を作製する工程。
[本発明1002]
工程(b)が、相同性モデリングを用いた非ヒト可変ドメインまたは非ヒト抗体の三次元モデルの生成をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
工程(b)が、すべてのアミノ酸残基に、トポロジー分類子I(内部側鎖)、E(外部側鎖)、C(接触重鎖-軽鎖)、A(抗原接触)、L(抗原へのリンカー)、S(塩橋に参加)、またはN(他のどれでもない=特別な相互作用なし)のうちの1つを割り当てる工程をさらに含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
工程(b)が0、1、2、3または4のスコアを各差異に割り当てる工程をさらに含む、本発明1001~1003のいずれかの方法。
[本発明1005]
・トポロジーEを有するアミノ酸残基の、プロリンを除く任意のアミノ酸残基への変化には、0のスコアが割り当てられ、プロリンへの変化には、3または4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーIを有するアミノ酸残基の、より小さな側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、0のスコアが割り当てられ、炭素原子が1つ多い側鎖を有するアミノ酸残基による置換には、1のスコアが割り当てられ、炭素原子が2つ多い側鎖を有するアミノ酸残基による置換には、2のスコアが割り当てられ、炭素原子が3つ多い側鎖を有するアミノ酸残基による置換には、3のスコアが割り当てられ、他のすべての変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーAを有するアミノ酸残基の、任意のアミノ酸残基への変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーCを有するアミノ酸残基の、非疎水性アミノ酸残基への変化には、3のスコアが割り当てられ、
・トポロジーSを有するアミノ酸残基の、反対に荷電したアミノ酸残基または非荷電アミノ酸残基への変化には、塩橋が溶媒露出しているのであれば3のスコアが割り当てられ、または塩橋が内部にあるのであれば4のスコアが割り当てられる、
本発明1004の方法。
抗体の抗原結合部位は、重鎖可変ドメイン(VH)と軽鎖可変ドメイン(VL)とによって形成される。これらのドメインは5本鎖ベータシートを介して相互作用することで半径約8.4Åの9本鎖ベータバレルを形成し、ドメイン界面では鎖が互いに約50°傾いている。これにより、HVRは、すなわちHVRアミノ酸残基によって形成されるアミノ酸ループは、互いに近接することになる。これは、この構造を上から見るとわかる。また、HVRはVH/VL界面の25%以上を占めている。
(a)アミノ酸残基26~32(L1)、50~52(L2)、91~96(L3)、26~32(H1)、53~55(H2)および96~101(H3)に存在する超可変ループ(Chothia,C.and Lesk,A.M.,J.Mol.Biol.196(1987)901-917)、
(b)アミノ酸残基24~34(L1)、50~56(L2)、89~97(L3)、31~35b(H1)、50~65(H2)および95~102(H3)に存在するCDR(Kabat,E.A.et al,Sequence of Proteins of Immunological Interest,5th ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991),NIH Publication 91-3242)、
(c)アミノ酸残基27c~36(L1)、46~55(L2)、89~96(L3)、30~35b(H1)、47~58(H2)および93~101(H3)に存在する抗原接触(MacCallum et al.J.Mol.Biol.262:732-745(1996))、ならびに
(d)アミノ酸残基46~56(L2)、47~56(L2)、48~56(L2)、49~56(L2)、26~35(H1)、26~35b(H1)、49~65(H2)、93~102(H3)および94~102(H3)を含む(a)、(b)および/または(c)の組み合せ
を含む。
1.ヒト抗体またはヒト化抗体またはコンセンサス抗体フレームワークの選択
・ヒト/ヒト化/コンセンサス可変ドメイン配列のライブラリー(例えばVBASEまたはNCBIから入手されるもの)に対する非ヒト可変ドメイン配列のアライメント。
・アミノ酸配列相同性に基づくアクセプターフレームワークの選択。
2.精密化
・利用可能な結晶構造情報または相同性モデリングに基づく、非ヒト抗体における、とりわけフレームワークにおける、結合部位の構造、VH-VLペアリングなどを支持する重要な残基の特定。
・特定された重要な残基の復帰変異。
本明細書には、構造に基づくアプローチを用いて非ヒト抗体をヒト化するための方法が記載される。本明細書に記載する方法では、例えばヒト生殖細胞系配列などの選択されたアクセプターの所定の位置におけるアミノ酸残基の具体的な(復帰または前進)変異の(要件および)適性を決定することが可能である。それぞれの残基のトポロジー、三次元構造および相互作用、ならびにその置換の性質が考慮される。これにより、抗原結合に対する具体的なアミノ酸残基変化の影響が反映される。これは、具体的アミノ酸残基の変化によるヒト化配列における抗原結合への干渉を低減し、さらには防止する。これにより、改良されたヒト化方法が提供される。
ヒト化されるアミノ酸配列の、すべての潜在的アクセプター配列とのアライメントおよびランク付け;ランク付けは類似性に基づいて行うか、または最後に、スコア/アクセプター配列に関するスコア/最終配列に関するスコアに基づいて行うことができ、すなわち多数のヒト化(案)候補をランク付けすることができる;
任意で、より重要な構造影響残基(structural influencing residue)をさらに特定するために、カノニカルループ構造を割り当てる;
任意で、モデルを構築するための出発点を得るために、タンパク質データバンク(PDB)を検索する;
モデルを構築する;これは(最終)スコアを属性付けるために必要であり;これには、高精度のモデルをもたらす同じトポロジーを有する部分構造を特定するための検索が含まれ;したがって、三次元環境依存モデルを構築させるために、三次元検索が行われる;
アライメントを、挿入、欠失、そして存在するのであれば、相同性が低くなっている特定セグメントについてチェックする;
構築されたモデルにおけるHVRが、見いだされた構造中のHVRと相違する場合は、構造データベースにおいて、各HVRループについて別々に、またはさらには各HVRの上行ループ部分および下行ループ部分についてのみ、検索を行う;
VH/VL配向調節;VH/VL配向は、HVR-HとHVR-Lの間の距離が正しくなるようにHVR残基を配置するのに重要であることが実証されている;相対的配向は、主として、VHとVLの間の界面にある残基によってトリガーされる;これらはフレームワーク残基ならびにHVR残基でありうる;
モデルのエネルギー最小化;系を緩和させるために推奨されるが、必須ではない;
トポロジーに基づいて各変化/差異にスコアを割り当てる;
提案された配列を個々のスコアまたは総合的スコアに基づいて並べ替える;
選り抜きの生殖細胞系を選択する;総合的スコアが類似している場合は、使用される頻度の高い生殖細胞系が選択/優先されるべきである;
スコアリングに基づいてVおよびJの組合せを決める;
スコア4またはスコア4および3の大半またはすべてを排除するために、必要な復帰変異を決める;これは、スコア3がない変種やスコア3のすべてを有する変種ではなく、一部のスコア3を有するいくつかの変種をもたらしうる;スコアが1または2である変化を考慮し、同様にスコアが低い前進変異(forward mutation)を考慮する。
(a)非ヒト抗体の可変ドメイン(のアミノ酸配列または非ヒト抗体の可変ドメインをコードする核酸配列)を配列決定し、それによって、非ヒト抗体の可変ドメインのアミノ酸配列を入手する工程;
(b)任意で、該非ヒト抗体の三次元相同性モデルを生成する工程;
(c)各可変ドメインのための可変ドメインアクセプター配列として、
(i)それぞれの非ヒト抗体可変ドメインに対して最も高い配列相同性を有するヒト生殖細胞系配列、または
(ii)全体として完全な可変ドメインを形成する2つまたはそれ以上のヒト生殖細胞系配列フラグメントであって、アライメントした場合に、それぞれの非ヒト抗体可変ドメインに対して、単一のヒト生殖細胞系配列よりも高い相同性を有するフラグメント、または
(iii)非ヒト抗体の、軽鎖可変ドメインに対する重鎖可変ドメインの角度(VH/VL角度)を維持することができるヒト生殖細胞系アミノ酸配列、
(iv)ヒト抗体またはヒト化抗体のVH/VLペア
を、((i)および(ii)については互いに独立して、(iii)および(iv)については互いに依存して)特定し、選択する工程;
(d)工程(c)において選択されたアクセプター配列に非ヒト抗体のHVR/CDR残基を移植する工程;
(e)非ヒト抗体と工程(c)において選択された配列または工程(d)において得られた配列との間の構造的差異を(アミノ酸残基の差異をスコア化することによって)定量化する工程;
(f)選択された配列または移植された配列に、先の工程の定量化に基づいて、アミノ酸(復帰および前進)変異を導入する(工程(c)または工程(d)のアミノ酸配列を、先の工程の定量化/スコア化に基づいて変異させる)工程;
(g)(f)において得られたアミノ酸配列をコードする核酸配列を合成または生成する工程;
(h)(g)の核酸を含む細胞を培養し、それによって抗体を作製する工程。
(a)非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を、該非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種と(最大レベルのアミノ酸配列同一性が達成されるように)アライメントする工程であって、該第1のヒト化変種が、非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインのCDRまたは超可変領域(HVR)または特異性決定残基(SDR)を、
(i)それぞれの非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインに対して最も高い配列相同性を有するヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(ii)完全な可変ドメインを形成する2つまたはそれ以上のヒト生殖細胞系アミノ酸配列フラグメントであって、アライメントした場合に、それぞれの非ヒト抗体可変ドメインに対して単一のヒト生殖細胞系アミノ酸配列よりも高い相同性を有するフラグメント、または
(iii)該非ヒト抗体可変ドメインのVH/VL角度を維持することができるヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(iv)ヒト抗体またはヒト化抗体の重鎖または軽鎖
に移植することによって得られたものである、工程;
(b)非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインと該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種とが異なるアミノ酸残基を有する、アライメントされたフレームワーク位置の(またはアライメントされたフレームワーク位置における)三次元的差異(その差異ゆえに抗原結合および/または三次元構造に影響を及ぼすもの)を定量化する工程;
(c)三次元的差異が低減した該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの新しいヒト化変種を得るために、工程(b)において決定された1つまたは複数のアミノ酸残基を、抗原結合および/または三次元構造に影響を及ぼす程度が、置換されるアミノ酸残基よりも低い(すなわち低いスコアを有する)アミノ酸残基で置換することによって、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインアミノ酸配列の第1のヒト化変種を改変する(すなわち変異させる)工程;
(d)任意で、工程(c)で得られた新しいヒト化変種を第1のヒト化変種として、三次元的差異がもはや変化しなくなるまで/三次元的差異を低減することがもはやできなくなるまで/三次元的差異がRMSD解析による決定で10%未満になるまで、工程(b)および工程(c)を繰り返す工程;
(e)工程(c)または工程(d)で得られた改変可変ドメインをコードする核酸配列を合成または作製または提供する工程。
(a)重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインについて個別に、
・非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種と(最大レベルのアミノ酸配列同一性が達成されるように)アライメントする工程であって、該第1のヒト化変種は、非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインのCDRまたは超可変領域または特異性決定残基を、
(i)前記非ヒト可変ドメインに対して最も高い配列相同性を有するヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(ii)アライメントした場合に単一のヒト生殖細胞系アミノ酸配列よりも高い相同性を有する2つまたはそれ以上のヒト生殖細胞系アミノ酸配列フラグメント、または
(iii)VH/VL角度を維持することができるヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(iv)ヒト抗体またはヒト化抗体の重鎖または軽鎖可変ドメイン
に移植することによって得られたものである、工程、
・非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインと該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種とが異なるアミノ酸残基を有する、アライメントされたフレームワーク位置の/における三次元的差異(その差異ゆえに抗原結合および/または三次元構造に影響を及ぼすもの)を定量化する工程、
・先の工程において決定された1つまたは複数のアミノ酸残基を(抗原結合および/または三次元構造に及ぼす影響が、置換されるアミノ酸残基よりも少ない(すなわち、より低いスコアを有する)アミノ酸残基で)置換することによって該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインアミノ酸配列の第1のヒト化変種を改変し/変異させて、三次元的差異が低減した改変可変ドメインを生成する工程、
・任意で、前記改変可変ドメインを第1のヒト化変種として、三次元的差異がもはや変化しなくなるまで/三次元的差異を低減することがもはやできなくなるまで/三次元的差異がRMSD解析による決定で10%未満になるまで、先の2つの工程を繰り返す工程、
・先の工程において得られた改変可変ドメインをコードする核酸配列を合成/作製/提供する工程;
(b)免疫グロブリンを発現させるために、工程(a)の改変重鎖可変ドメインをコードする核酸を含む免疫グロブリン重鎖をコードする核酸と工程(a)の改変軽鎖可変ドメインを含む免疫グロブリン軽鎖をコードする核酸とを含む哺乳動物細胞を培養する工程;
(c)哺乳動物細胞または培養培地から免疫グロブリンを回収し、それによって免疫グロブリンを作製する工程。
I:内部側鎖、
E:外部側鎖、
C:接触H-L鎖、
A:抗原接触、
L:抗原へのリンカー
S:塩橋に参加、
N:特別な相互作用なし。
・HVR中の残基がトポロジーAである場合、変化には4のスコアが割り当てられる。すなわち、これは構造に著しい影響があり、それゆえに、それを変化させることはリスクが高い:
・トポロジーLの残基がトポロジーSも有する場合、それはトポロジー的重要性を累積しているので、いくつかの変化については、3ではなく4のスコアが、変化に割り当てられる;
・残基がトポロジーC(VHとVLの間の接触)またはA(抗原と接触している可能性)またはL(「A」残基とフレームワーク残基との間のリンカー残基)である場合、VH-VL不安定化に対するまたはA残基の配向/コンフォメーションに対するそれらの潜在的効果ゆえに、変化には、より高いスコアが割り当てられる;言い換えると、これら3つのカテゴリーA、CおよびLについては、HVR中の前進変異は高いスコアを得ると共に、フレームワーク中の復帰変異は高いスコアを回避する;
・トポロジーCの残基が、隣接する可変ドメインと接触しない短い側鎖を有する場合、より小さなアミノ酸によるその置換は、1または2のスコアを得ることになり、一方、より大きなアミノ酸側鎖による他の置換には、側鎖のサイズおよび隣接する可変ドメインとの接触の性質に依存して、2または3のスコアを与えることができる;
・トポロジーCの残基が、隣接する可変ドメインと接触しない短い側鎖を有し、かつ置換が、側鎖が大きすぎて、VH-VL配向を変化させずには、そのような側鎖への適応が達成されえないほどの側鎖で行われる場合、この変化には4のスコアが与えられることになる;
・トポロジーCの残基がトポロジーSも有する場合、それはトポロジー的重要性を累積しているので、変化には3ではなく4のスコアが割り当てられる;
・トポロジーSの残基がトポロジーIも有する場合、変化には、反対電荷の側鎖および適当な電荷を欠くだけの中性のより小さな側鎖について、それぞれ4または3のスコアが割り当てられる;
・トポロジーSの残基がトポロジーIも有し、かつ置換が中性であるがより大きな側鎖で行われる場合、置換される側鎖とその正面の荷電残基との間で立体障害が起こるので、変化には4のスコアが割り当てられる;
・トポロジーSの残基がトポロジーEも有する場合、変化には、反対電荷の側鎖および適当な電荷を欠くだけの任意の側鎖について、それぞれ3または2のスコアが割り当てられる。
・V領域のHVR1および2をブレンドすることによって配列検索を行う(公知の構造を有する類似のフレームワークを特定する)
・HVR3に関して別個の配列検索を行う(選択されたフレームワークへの移植のためにHVR3を選ぶ)
・J要素の最後に(極めて)小さな差異を許す(通常はフレームワーク用に選ばれた構造からのJ要素をアクセプターテンプレートとして使用することができる)
・相同性モデルを確立する(再構築されたモデル構造において、元の抗体配列を反映させるために逸脱残基を変異させる)
・関連残基のトポロジーを決定する
・スコアリング行列を確立する(元の非ヒト抗体配列とヒト生殖細胞系とのアライメントから、元の抗体アミノ酸に関して、考えうるすべての置換をスコア化する)
・(総合的同一性パーセンテージではなく)低い累積スコアに基づいてアクセプター生殖細胞系を選択する
・加えるべき(復帰)変異をスコアリング行列に基づいて決定する。
人体が異物として認識しうる非ヒト配列ストレッチから生じる潜在的な免疫原性の問題を排除し、または少なくとも低減するために、非ヒト抗体の結合特異性を、ヒトまたはヒト化アクセプターフレームワークに移す。これは非ヒト(ドナー)抗体の超可変領域(HVR)をヒト/ヒト化(アクセプター)抗体フレームワークに移植することによって行われる。
VH(122アミノ酸残基)(SEQ ID NO:01):
VL(107アミノ酸残基)(SEQ ID NO:05):
・各物体上の基準系
・配向パラメータを測定するための軸、
・これらのパラメータを記述し定量化するための術語
を定義することが必要である。
・Cの長さ、dc、
・Cの周りで測定されるH1からL1までのねじれ角HL、
・H1とCの間の屈曲角HC1、
・H2とCの間の屈曲角HC2、
・L1とCの間の屈曲角LC1、および
・L2とCの間の屈曲角LC2
によって定義され、
ここで基準平面は、(i)VHの8つの位置H36、H37、H38、H39、H89、H90、H91およびH92に対応するCα座標をアライメントして、平面をそれらにフィットさせる工程、ならびに(ii)VLの8つの位置L35、L36、L37、L38、L85、L86、L87およびL88に対応するCα座標をアライメントして、平面をそれらにフィットさせる工程、(iii)各平面にメッシュを置く工程(ここで各構造は等価なメッシュポイントおよび等価なVH-VLメッシュポイントペアを有する)、および(iv)各構造におけるメッシュポイントの各ペアについてユークリッド距離を測定する工程(ここでベクトルCは分離距離の分散が最小であるポイントのペアを結ぶ)によって登録され、
H1はVH平面の第1の主成分に平行なベクトルであり、H2はVH平面の第2の主成分に平行なベクトルであり、L1はVL平面の第1の主成分と平行なベクトルであり、L2はVL平面の第2の主成分と平行なベクトルであり、HL角はこれら2つのドメイン間のねじれ角であり、HC1およびLC1は一方のドメインの他方のドメインに対する傾斜様変分に等価な屈曲角であり、HC2およびLC2屈曲角は一方のドメインの他方のドメインに対するねじれ様変分と等価である。
非ヒト抗体モデル構造の各アミノ酸位置について、ヒト生殖細胞系配列のリストを考慮して考えうる置換ごとに、三次元構造に対する効果を、スコアの割り当てによって定量化した。
I:内部側鎖
E:外部側鎖
C:接触H-L鎖
A:抗原接触
L:抗原へのリンカー
S:塩橋
0:コンフォメーションに対するこの置換の影響はない
1:小さな局所的影響(一部の側鎖の局所配置)
2:局所的コンフォメーションへの影響
3:局所的コンフォメーションおよび隣接する鎖またはループのコンフォメーションに対して強い影響
4:局所的コンフォメーションを激しく破壊するだろう(抗原結合に影響を及ぼしうる)。
1.ベータシート上または露出ループ上に外部側鎖を有するアミノ酸:そのような位置における変化の場合、20種の天然アミノ酸残基の大半は、存在する自由空間ゆえに適応されうるので、割り当てられるスコアは通常は「0」であり、プロリンまたはトリプトファンのような大きな残基は個別的に割り当てられる必要がある。
2.内部側鎖を有するアミノ酸:割り当てられるスコアは利用できる自由空間に依存する;分岐アミノ酸による直鎖状アミノ酸の置換は、実際の置換(effective replacement)と最終的には最小化とによって、チェックされなければならない(大きな逸脱は高いスコアにつながる)。
3.抗原接触側鎖を有するアミノ酸:あるアミノ酸が抗原と直接的に相互作用すると考えられる場合、その置換はいずれも、「4」のスコアが割り当てられる。
4.リンカーアミノ酸:抗原と直接的には接触していないが「A」と指定されたアミノ酸に極めて近いアミノ酸;そのようなアミノ酸に関する大きな差異は、「3」または「4」のスコアをもたらすコンフォメーション変化につながる場合がある。
5.接触側鎖を有するアミノ酸:そのようなアミノ酸は軽鎖と重鎖との界面に位置し、複合体の安定性にとって重要である;塩橋が存在する場合は、いかなる置換も、置換後にこの閉じた相互作用が起こることを可能にすべきである;同様に水素結合は方向性のある相互作用である;側鎖の置換は通常はその方向性の破壊につながり、高いスコア(「3」または「4」)を付ける必要がある。
6.溶媒に(それほど)露出していない塩橋は正電荷と負電荷の間に多くの相互作用エネルギーを有している;塩橋の破壊はドメイン内または軽鎖と重鎖の界面における安定性の著しい喪失につながりうる。
・構造ドメインに基づいて相対的重要性を判定することによって、かつ/または
・モデル上で置換を実施し、その置換が誘発する影響の等級に関するスコアを定量化することによって、かつ/または
・置換および全体的構造の最小化によって
割り当てられ、「A」残基または複合体の安定性に影響を及ぼさない局所的コンフォメーションの変化は、低い等級でスコア化することができ、「A」側鎖の入れ替えには厳しい制裁が科される。
想定上のアクセプター生殖細胞系(HVRなし;前進変異も考慮することができる)について、すべてのスコアを合計する。次に、総合スコアを用いてヒト生殖細胞系を並べ替える。同一のスコアを有する、ヒト化を支援するための生殖細胞系フレームワークの選択は、その特定フレームワークの使用頻度に基づき、ヒトに見いだされる頻度の高い生殖細胞系が優先されることになる。スコアリングはV領域とJ要素について別々に行われる(あるいは3つのフレームのすべてについて個別にスコアリングの合計を行い、それらを組み合わせることにしてもよい)。
本明細書に記載の方法を使用し、相違する残基の三次元構造に対する影響を本明細書に記載のスコアリング表に従って定量化(スコアリング)することで、マウス抗IL17抗体のヒト化変種を生成した。
大文字:HVR中;小文字:FR中
大文字:HVR中;小文字:FR中
従来のヒト化方法を用いて、すなわち本明細書に記載のアプローチを使用せずに、マウス抗CCR5抗体重鎖可変ドメインのヒト化変種を17種類生成した。これらの変種についてCCR5への結合を決定した。本発明の方法を使用することにより、抗原に結合する可能性の低いヒト化変種を、総スコアおよび4のスコアが割り当てられるアミノ酸差異の数に基づいて特定することが可能であることがわかる。これにより、抗原結合不活性変種を特定し、選択から外すことができる。
(a)非ヒト抗体可変ドメインのアミノ酸配列と、(i)前記非ヒト可変ドメインに対して最も高い配列相同性を有するヒト生殖細胞系配列、または(ii)アライメントした場合に単一のヒト生殖細胞系配列よりも高い相同性を有する2つまたはそれ以上のヒト生殖細胞系配列フラグメント、または(iii)VH/VL角度に基づいて、のアミノ酸配列とを入手する工程;
(b)非ヒト抗体可変ドメイン中およびヒト生殖細胞系配列中の超可変領域アミノ酸配列を特定する工程;
(c)非ヒト抗体超可変領域アミノ酸配列で、対応するヒト生殖細胞系超可変領域アミノ酸配列を置換する工程;
(d)非ヒト抗体のフレームワーク領域(FR)とヒト生殖細胞系配列の対応するFRのアミノ酸配列をアライメントする工程;
(e)アライメントされたFR配列において、対応するヒト生殖細胞系残基とは同一でない非ヒト抗体FR残基を特定する工程;
(f)非同一非ヒト可変ドメインアミノ酸残基が、以下のトポロジー:
I:内部側鎖
E:外部側鎖
C:接触H-L鎖
A:抗原接触
L:抗原へのリンカー
S:塩橋
のうちの少なくとも1つを有すると合理的に予想されるかどうかを決定し、その差異が0ではないスコアをもたらすのであれば、選択されなかったヒト生殖細胞系配列において該位置に存在するそれぞれの位置の各アミノ酸残基について、それぞれのスコアを決定し、それによってスコアリング行列を生成する工程;
(g)これらのトポロジーのうちの少なくとも1つを有すると合理的に予想される任意の非同一非ヒト抗体アミノ酸残基について、当該残基で、最も低いスコアを有する前記行列からの対応するアミノ酸残基を置換する工程。
(a)少なくとも1つのHVRを有する非ヒト抗体を選択する工程;
(b)ヒト抗体重鎖または生殖細胞系配列を選択する工程;
(c)ヒト抗体軽鎖または生殖細胞系配列を選択する工程;
(d)非ヒト抗体重鎖からの少なくとも1つのHVRをヒト抗体重鎖に導入することで組換え重鎖を形成させる工程;および
(e)非ヒト抗体軽鎖からの少なくとも1つのHVRをヒト抗体軽鎖に導入することで組換え軽鎖を形成させる工程;
(f)本明細書に記載の方法に基づいて両可変ドメインアミノ酸配列中のアミノ酸残基を変化させる工程
を含み、ヒト抗体の重鎖および軽鎖のそれぞれの選択が、それぞれ非ヒト抗体の重鎖および軽鎖との配列相同性のみによって決定される方法。
非ヒト抗体の可変(V)領域フレームワーク(FR)配列をヒト抗体またはヒト抗体生殖細胞系配列の可変(V)領域フレームワーク(FR)配列と比較することで、非ヒト抗体FRとヒト抗体またはヒト生殖細胞系FRとの間の配列相同性の程度を決定する工程、および
非ヒト抗体中のFRを本明細書に記載の方法で決定されたヒト抗体またはヒト生殖細胞系FRで置換する工程。
・トポロジーAのHVR中の残基の変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーSも有するトポロジーLの残基の変化には、3または4のスコア(4が好ましい)が割り当てられ、
・短い側鎖を有するトポロジーCの残基の、(体積に基づいて)より小さなアミノ酸を有するアミノ酸残基への変化には、最大2のスコアが割り当てられ、
・短い側鎖を有するトポロジーCの残基の、より大きな(体積)側鎖への変化には、側鎖のサイズおよび隣接する可変ドメインとの接触の性質に応じて、2または3のスコアが割り当てられ、
・短い側鎖を有するトポロジーCの残基の、VH-VL配向の変化をもたらす側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーSをも有するトポロジーCの残基の変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーIをも有するトポロジーSの残基の変化には、反対電荷の側鎖および適当な電荷を欠くだけの中性のより小さな側鎖について、それぞれ4または3のスコアが割り当てられ、
・トポロジーIをも有するトポロジーSの残基の、中性であるがより大きな側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーEをも有するトポロジーSの残基の変化には、反対電荷の側鎖および適当な電荷を欠くだけの任意の側鎖について、それぞれ3または2のスコアが割り当てられ、
・トポロジーSの残基の変化は、プロリンへの変化を除いて常に、0のスコアが割り当てられ、プロリンへの変化には、三次元構造が変化しない場合には0のスコアが割り当てられ、三次元構造が変化する場合には少なくとも3のスコアが割り当てられ、
・トポロジーEを有するアミノ酸残基の、プロリンを除く任意のアミノ酸残基への変化には、0のスコアが割り当てられ、
・トポロジーEを有するアミノ酸残基の、プロリンへの変化には、その変化が極性残基から疎水性残基への変化であるなら1のスコアが割り当てられ、VH/VL角度の変化に応じて2または3のスコアが割り当てられ、HVR残基の角度変化およびコンフォメーション変化が予想される場合には4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーIを有するアミノ酸残基の、より小さな側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、0のスコアが割り当てられ、炭素原子が1つ多い側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、1のスコアが割り当てられ、炭素原子が2つ多い側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、2のスコアが割り当てられ、炭素原子が3つ多い側鎖を有するアミノ酸残基への変化には、3のスコアが割り当てられ、他のすべての変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーLを有するアミノ酸残基の変化には、その変化がコンフォメーション変化をもたらすのであれば、少なくとも3のスコアが割り当てられ、
・トポロジーCを有するアミノ酸残基の、非疎水性アミノ酸残基の変化には、それによって同じドメイン中または対応する可変ドメイン中のアミノ酸残基との相互作用が変化するのであれば、3のスコアが割り当てられ、
・トポロジーSのアミノ酸残基の変化には、残基が反対に荷電したアミノ酸残基または非荷電アミノ酸残基で置換されるか、塩橋が破壊される場合には、3または4のスコアが割り当てられ、ここで塩橋が溶媒露出している場合には3のスコアが割り当てられ、塩橋が内部にある場合には4のスコアが与えられ、
・プロリンへの変化には、プロリンへの置換がこの残基の周りのファイ角およびプサイ角を変化させるのであれば、3または4のスコアが割り当てられ、プロリンへの変化がその残基の周りのアミノ酸ストレッチのコンフォメーションを変化させていない場合には、0または1のスコアが割り当てられ、
・トポロジーAを有するアミノ酸残基の、任意のアミノ酸残基への変化には、4のスコアが割り当てられ、
・トポロジーCを有するアミノ酸残基の、非疎水性アミノ酸残基への変化には、3または4のスコアが割り当てられ、
ここで、0のスコアは、フレームワークの安定性またはHVRのコンフォメーションに影響がないことを表し、1のスコアはフレームワークの安定性またはHVRのコンフォメーションに対するわずかな影響を表し、2のスコアはフレームワークの安定性またはHVRのコンフォメーションに対する中等度の影響を表し、3のスコアはその変化がフレームワークの安定性に影響を及ぼすであろうことを表し、4のスコアはその変化がフレームワークの安定性またはHVRのコンフォメーションを破壊するであろうことを表す。
ELISAによって測定されるIL-17への結合
NUNC(登録商標)MaxiSorpプレート(96ウェル)を、PBS中、0.5μg/mlの濃度の組換えヒトIL-17(Peprotech#200-17,www.peprotech.com)でコーティングした(100ml/ウェル)。プレートをオービタルシェーカー上で撹拌しながら37℃で2時間インキュベートした。その後、コーティング溶液を除去し、100μl/ウェルのPBSTC(リン酸緩衝食塩水、0.05%Tween(登録商標)-20、2%ニワトリ血清)を加えた。プレートを室温で1時間インキュベートした。ブロッキング溶液を除去し、試料(ブランク:PBSTC、試料(PBS中、10μg/ml))をプレートに加えた(100μl/ウェル)。プレートを撹拌しながら室温でインキュベートした。試料を除去し、プレートを200μl/ウェルのPBST(リン酸緩衝食塩水、0.05%Tween(登録商標)-20)で3回洗浄し、ヒト化抗体を検出するための二次抗体(ヤギ抗ヒトIgG、Fcガンマ、HRPコンジュゲート(Chemicon AP113P))を加えた。この第2の抗体はPBSTCに1:10,000希釈し、プレートは撹拌しながら室温で1時間インキュベートした。第2の抗体を除去し、プレートを200μl/ウェルのPBST(リン酸緩衝食塩水、0.05%Tween(登録商標)-20)で3回洗浄し、100μl/ウェルのABTS(登録商標)(Roche Diagnostics GmbH、ドイツ、マンハイム)を加えた。光学密度を405/492nmで測定した。
クラスIgG1の免疫グロブリンのための発現プラスミドの調製
プラスミドp6454は、真核細胞において抗IL-17-抗体(エクソン-イントロン構成を保持したゲノム構成の発現カセット)を発現させるための発現プラスミドであった。これは、以下の機能的要素を含む:
・ベクターpUC18由来の複製起点(pUC起点)、
・大腸菌(E.coli)におけるアンピシリン耐性を付与するβ(ベータ)-ラクタマーゼ遺伝子(Amp)、
・以下の要素を含む、ガンマ1-重鎖を発現させるための発現カセット:
・ヒトサイトメガロウイルス由来の主要前初期プロモーターおよびエンハンサー(hCMV IE1プロモーター)、
・コザック配列を含む合成5’UTR、
・シグナル配列イントロンを含むマウス免疫グロブリン重鎖シグナル配列(L1_イントロン_L2)、
・3’端にスプライスドナー部位が配された重鎖可変領域(VH)のcDNA、
・マウス免疫グロブリンμ-エンハンサー領域、
・エクソンCH1、ヒンジ、CH2およびCH3、介在イントロンならびにポリアデニル化シグナル配列を有する3’UTRを含む、ヒト免疫グロブリン重鎖ガンマ1-遺伝子(IGHG1)
・以下の要素を含む、カッパ軽鎖を発現させるための発現カセット:
・ヒトサイトメガロウイルス由来の主要前初期プロモーターおよびエンハンサー(hCMV IE1プロモーター)、
・コザック配列を含む合成5’UTR、
・シグナル配列イントロンを含むマウス免疫グロブリン重鎖シグナル配列(L1_イントロン_L2)、
・3’端にスプライスドナー部位が配された軽鎖可変領域(VL)のcDNA、
・イントロン性マウスIg-カッパエンハンサー領域、
・IGKCエクソンおよびポリアデニル化シグナル配列を有するIGK 3’UTRを含むヒト免疫グロブリンカッパ遺伝子(IGK)、
・以下の要素を含む、真核細胞における栄養要求性選択に適したマウスジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)を発現させるための発現カセット:
・短縮版のSV40初期プロモーターおよび起点、
・マウスDHFRのコード配列、
・SV40初期ポリアデニル化シグナル。
インビトロでの初代正常ヒト真皮線維芽細胞のIL-17A媒介刺激の阻害
正常ヒト真皮線維芽細胞(NHDF)はIL-17刺激に応答してhIL-6を産生する。インビトロで細胞を抗IL17抗体と共にプレインキュベートした後に、IL-17が刺激するNHDF細胞によるこのサイトカイン産生の阻害を測定するためのアッセイを行う。
ヒトIL6 ELISA
IL-17によるhIL-6の誘導を阻害する抗体の能力を評価するために、hIL-6 ELISA(BD Biosciences#555220)を製造者の説明書に従って使用することで、培養上清中のhIL-6レベルを測定した。
表面プラズモン共鳴に基づくアッセイ(SPRに基づくアッセイ)
測定はすべて、BIAcore 3000機器を用いて、25℃で行った。システムおよび試料緩衝液はHBS-EP(10mM HEPES、150mM NaCl、3.4mM EDTA、0.005%ポリソルベート20(v/v))とした。BIAcore CM5センサーチップをプレコンディショニング手順に供した。フローセル上に、0.1%SDS、50mM NaOH、10mM HClおよび100mM H3PO4を、逐次、30秒間注入した。
Claims (1)
- 以下の工程を含む、免疫グロブリンを作製するための方法:
(a)重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインについて個別に、
・非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種と、最大レベルのアミノ酸配列同一性が達成されるようにアライメントする工程であって、該第1のヒト化変種が、非ヒト抗体重鎖または軽鎖可変ドメインのCDRまたは超可変領域または特異性決定残基を、
(i)前記非ヒト可変ドメインに対して最も高い配列相同性を有するヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(ii)アライメントした場合に単一のヒト生殖細胞系アミノ酸配列よりも高い相同性を有する2つまたはそれ以上のヒト生殖細胞系アミノ酸配列フラグメント、または
(iii)VH/VL角度を維持することができるヒト生殖細胞系アミノ酸配列、または
(iv)ヒト抗体またはヒト化抗体の重鎖または軽鎖可変ドメイン
に移植することによって得られたものである、工程、
・非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインと該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインの第1のヒト化変種とが異なるアミノ酸残基を有する、アライメントされたフレームワーク位置における三次元的差異であって、その差異ゆえに抗原結合および/または三次元構造に影響を及ぼす三次元的差異を定量化する工程であって、定量化に先だって、それぞれの位置に、トポロジー分類子I(内部側鎖)、E(外部側鎖)、C(接触重鎖-軽鎖)、A(抗原接触)、L(抗原へのリンカー)、S(塩橋に参加)、またはN(他のどれでもない=特別な相互作用なし)のうちの1つを割り当てる、工程、
・先の工程において決定された1つまたは複数のアミノ酸残基を、抗原結合および/または三次元構造に及ぼす影響が置換されるアミノ酸残基よりも少ないアミノ酸残基で置換することによって、該非ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインアミノ酸配列の第1のヒト化変種を改変して、三次元的差異が低減した改変可変ドメインを生成する工程、
・前記改変可変ドメインを第1のヒト化変種として、三次元的差異がRMSD解析による決定で10%未満になるまで、先の2つの工程を繰り返す工程、
・先の工程において得られた改変可変ドメインをコードする核酸配列を提供する工程;
(b)免疫グロブリンを発現させるために、工程(a)の改変重鎖可変ドメインをコードする核酸を含む免疫グロブリン重鎖をコードする核酸と工程(a)の改変軽鎖可変ドメインを含む免疫グロブリン軽鎖をコードする核酸とを含む哺乳動物細胞を培養する工程;
(c)哺乳動物細胞または培養培地から免疫グロブリンを回収し、それによって免疫グロブリンを作製する工程。
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---|---|---|---|---|
CN111613275B (zh) * | 2020-05-26 | 2021-03-16 | 中国海洋大学 | 一种基于rmsd多特征的药物分子动力学结果分析方法 |
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Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014100542A1 (en) | 2012-12-21 | 2014-06-26 | Abbvie, Inc. | High-throughput antibody humanization |
Family Cites Families (67)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB8308235D0 (en) | 1983-03-25 | 1983-05-05 | Celltech Ltd | Polypeptides |
US4816567A (en) | 1983-04-08 | 1989-03-28 | Genentech, Inc. | Recombinant immunoglobin preparations |
US5807715A (en) | 1984-08-27 | 1998-09-15 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and transformed mammalian lymphocyte cells for producing functional antigen-binding protein including chimeric immunoglobulin |
GB8422238D0 (en) | 1984-09-03 | 1984-10-10 | Neuberger M S | Chimeric proteins |
JP2584613B2 (ja) | 1985-03-30 | 1997-02-26 | バリベ、マール | 組換えdna技術によってdna、rna、ペプタイド、ポリペプタイド、または蛋白質を取得するための方法 |
US6492107B1 (en) | 1986-11-20 | 2002-12-10 | Stuart Kauffman | Process for obtaining DNA, RNA, peptides, polypeptides, or protein, by recombinant DNA technique |
US5618920A (en) | 1985-11-01 | 1997-04-08 | Xoma Corporation | Modular assembly of antibody genes, antibodies prepared thereby and use |
DE3600905A1 (de) | 1986-01-15 | 1987-07-16 | Ant Nachrichtentech | Verfahren zum dekodieren von binaersignalen sowie viterbi-dekoder und anwendungen |
US5225539A (en) | 1986-03-27 | 1993-07-06 | Medical Research Council | Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies |
US6548640B1 (en) | 1986-03-27 | 2003-04-15 | Btg International Limited | Altered antibodies |
GB8607679D0 (en) | 1986-03-27 | 1986-04-30 | Winter G P | Recombinant dna product |
JP3101690B2 (ja) | 1987-03-18 | 2000-10-23 | エス・ビィ・2・インコーポレイテッド | 変性抗体の、または変性抗体に関する改良 |
US20040049014A1 (en) | 1988-12-28 | 2004-03-11 | Protein Design Labs, Inc. | Humanized immunoglobulins |
US5530101A (en) | 1988-12-28 | 1996-06-25 | Protein Design Labs, Inc. | Humanized immunoglobulins |
IL162181A (en) | 1988-12-28 | 2006-04-10 | Pdl Biopharma Inc | A method of producing humanized immunoglubulin, and polynucleotides encoding the same |
CA2016841C (en) | 1989-05-16 | 1999-09-21 | William D. Huse | A method for producing polymers having a preselected activity |
CA2016842A1 (en) | 1989-05-16 | 1990-11-16 | Richard A. Lerner | Method for tapping the immunological repertoire |
AU652539B2 (en) | 1989-05-16 | 1994-09-01 | Medical Research Council | Co-expression of heteromeric receptors |
US5859205A (en) | 1989-12-21 | 1999-01-12 | Celltech Limited | Humanised antibodies |
GB8928874D0 (en) | 1989-12-21 | 1990-02-28 | Celltech Ltd | Humanised antibodies |
GB9015198D0 (en) | 1990-07-10 | 1990-08-29 | Brien Caroline J O | Binding substance |
EP0544809B1 (en) | 1990-08-24 | 1998-12-16 | Ixsys, Inc. | Methods of synthesizing oligonucleotides with random codons |
GB9019812D0 (en) | 1990-09-11 | 1990-10-24 | Scotgen Ltd | Novel antibodies for treatment and prevention of infection in animals and man |
IL100460A (en) | 1990-12-20 | 1997-06-10 | Ixsys | Method for optimization of binding proteins and nucleic acids encoding a binding protein produced thereby |
EP0519596B1 (en) | 1991-05-17 | 2005-02-23 | Merck & Co. Inc. | A method for reducing the immunogenicity of antibody variable domains |
JP4124480B2 (ja) | 1991-06-14 | 2008-07-23 | ジェネンテック・インコーポレーテッド | 免疫グロブリン変異体 |
ES2136092T3 (es) | 1991-09-23 | 1999-11-16 | Medical Res Council | Procedimientos para la produccion de anticuerpos humanizados. |
DK0605522T3 (da) | 1991-09-23 | 2000-01-17 | Medical Res Council | Fremgangsmåde til fremstilling af humaniserede antistoffer |
US5932448A (en) | 1991-11-29 | 1999-08-03 | Protein Design Labs., Inc. | Bispecific antibody heterodimers |
WO1993011794A1 (en) | 1991-12-13 | 1993-06-24 | Xoma Corporation | Methods and materials for preparation of modified antibody variable domains and therapeutic uses thereof |
US5777085A (en) | 1991-12-20 | 1998-07-07 | Protein Design Labs, Inc. | Humanized antibodies reactive with GPIIB/IIIA |
US5714350A (en) | 1992-03-09 | 1998-02-03 | Protein Design Labs, Inc. | Increasing antibody affinity by altering glycosylation in the immunoglobulin variable region |
US6129914A (en) | 1992-03-27 | 2000-10-10 | Protein Design Labs, Inc. | Bispecific antibody effective to treat B-cell lymphoma and cell line |
EP0578515A3 (en) | 1992-05-26 | 1995-05-10 | Bristol Myers Squibb Co | Humanized monoclonal antibodies. |
US5639641A (en) | 1992-09-09 | 1997-06-17 | Immunogen Inc. | Resurfacing of rodent antibodies |
GB9223377D0 (en) | 1992-11-04 | 1992-12-23 | Medarex Inc | Humanized antibodies to fc receptors for immunoglobulin on human mononuclear phagocytes |
US6210671B1 (en) | 1992-12-01 | 2001-04-03 | Protein Design Labs, Inc. | Humanized antibodies reactive with L-selectin |
AU6132994A (en) | 1993-02-02 | 1994-08-29 | Scripps Research Institute, The | Methods for producing antibody libraries using universal or randomized immunoglobulin light chains |
GB9325182D0 (en) | 1993-12-08 | 1994-02-09 | T Cell Sciences Inc | Humanized antibodies or binding proteins thereof specific for t cell subpopulations exhibiting select beta chain variable regions |
US6331431B1 (en) | 1995-11-28 | 2001-12-18 | Ixsys, Inc. | Vacuum device and method for isolating periplasmic fraction from cells |
US5714352A (en) | 1996-03-20 | 1998-02-03 | Xenotech Incorporated | Directed switch-mediated DNA recombination |
US5882644A (en) | 1996-03-22 | 1999-03-16 | Protein Design Labs, Inc. | Monoclonal antibodies specific for the platelet derived growth factor β receptor and methods of use thereof |
US5834597A (en) | 1996-05-20 | 1998-11-10 | Protein Design Labs, Inc. | Mutated nonactivating IgG2 domains and anti CD3 antibodies incorporating the same |
US6013256A (en) | 1996-09-24 | 2000-01-11 | Protein Design Labs, Inc. | Method of preventing acute rejection following solid organ transplantation |
JPH10185925A (ja) | 1996-12-20 | 1998-07-14 | Seibutsu Bunshi Kogaku Kenkyusho:Kk | ダブル・ダイナミック・プログラミングによる構造アライメント方法 |
WO1999006834A2 (en) | 1997-08-04 | 1999-02-11 | Ixsys, Incorporated | Methods for identifying ligand specific binding molecules |
JP4243423B2 (ja) | 1997-10-02 | 2009-03-25 | 昭子 板井 | 蛋白質の立体構造の推定方法 |
AU760562B2 (en) | 1997-12-05 | 2003-05-15 | Scripps Research Institute, The | Humanization of murine antibody |
JPH11232291A (ja) | 1998-02-16 | 1999-08-27 | Seibutsu Bunshi Kogaku Kenkyusho:Kk | 蛋白質立体構造データベース検索方法 |
CA2323787A1 (en) | 1998-03-13 | 1999-09-16 | Wayne Marasco | Humanized antibody and uses thereof |
KR100483494B1 (ko) | 1998-12-01 | 2005-04-15 | 프로테인 디자인 랩스 인코포레이티드 | 감마 인터페론에 대한 인간화 항체 |
US6571638B2 (en) | 2000-06-30 | 2003-06-03 | Sawtek, Inc. | Surface-acoustic-wave pressure sensor and associated methods |
EP1390741B1 (en) | 2001-04-17 | 2012-10-31 | Abmaxis, Inc. | Structure-based construction of human antibody library |
US7667004B2 (en) | 2001-04-17 | 2010-02-23 | Abmaxis, Inc. | Humanized antibodies against vascular endothelial growth factor |
US6881557B2 (en) | 2001-07-12 | 2005-04-19 | Arrowsmith Technologies Llp | Super humanized antibodies |
CN101962408A (zh) * | 2002-07-12 | 2011-02-02 | 杰斐逊·富特 | 超人源化抗体 |
CA2492524A1 (en) | 2002-08-15 | 2004-02-26 | Epitomics, Inc. | Humanized rabbit antibodies |
US20080050357A1 (en) | 2003-08-01 | 2008-02-28 | Claes Gustafsson | Systems and Methods for Antibody Engineering |
ITRM20030601A1 (it) | 2003-12-24 | 2005-06-25 | Lay Line Genomics Spa | Metodo per l'umanizzazione di anticorpi e anticorpi umanizzati con esso ottenuti. |
EP2990053A1 (en) | 2004-01-20 | 2016-03-02 | KaloBios Pharmaceuticals, Inc. | Antibody specificity transfer using minimal essential binding determinants |
US7678371B2 (en) | 2005-03-04 | 2010-03-16 | Biogen Idec Ma Inc. | Methods of humanizing immunoglobulin variable regions through rational modification of complementarity determining residues |
EP1998807A4 (en) | 2006-03-21 | 2010-02-17 | David T Weaver | METHODS OF HUMANIZING ANTIBODIES AND HUMANIZED ANTIBODIES THUS OBTAINED |
MX2009012493A (es) * | 2007-05-21 | 2010-01-20 | Alder Biopharmaceuticals Inc | Metodos de humanizacion de anticuerpo de conejo novedosos y anticuerpos de conejo humanizados. |
US8460659B2 (en) | 2008-10-31 | 2013-06-11 | Janssen Biotech, Inc. | Toll-like receptor 3 antagonists for the treatment of metabolic and cardiovascular diseases |
US20110044990A1 (en) | 2008-12-05 | 2011-02-24 | Sabbadini Roger A | Antibody design using anti-lipid antibody crystal structures |
UY33492A (es) | 2010-07-09 | 2012-01-31 | Abbott Lab | Inmunoglobulinas con dominio variable dual y usos de las mismas |
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Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014100542A1 (en) | 2012-12-21 | 2014-06-26 | Abbvie, Inc. | High-throughput antibody humanization |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
Christian Margreitter et al.,Antibody humanization by molecular dynamics simulations-in-silico guided selection of critical backmutations.,J. Mol. Recognit.,2016年01月08日,Vol.29, No.6,p.266-275,doi: 10.1002/jmr.2527 |
J. W. Saldanha et al.,A single backmutation in the human kIV framework of a previously unsuccessfully humanized antibody restores the binding activity and increases the secretion in cos cells.,Mol. Immunol.,1999年08月,Vol.36, No.11-12,p.709-719,doi: 10.1016/s0161-5890(99)00087-5 |
Pier Paolo Olimpieri et al.,Tabhu: tools for antibody humanization.,Bioinformatics,2015年02月01日,Vol.31, No.3,p.434-435,doi: 10.1093/bioinformatics/btu667 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
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