JP7162842B2 - フォーカス調整方法、画像取得方法、および画像取得装置 - Google Patents
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Description
図1は、本発明の一実施形態に係る画像取得装置1の構成を示した図である。本実施形態の画像取得装置1は、培養容器9内に保持された生体試料である細胞92を撮影して、観察用画像Ioを生成する装置である。図2は、培養容器9の斜視図である。
続いて、上述した画像取得装置1におけるフォーカス調整の処理について、説明する。このフォーカス調整は、後に実行される観察用画像Ioの生成処理において、より観察に適した観察用画像Ioを生成するために、事前処理として実行される。
上述したフォーカス調整が完了すると、画像取得装置1は、細胞92の観察用画像Ioを生成する。図10は、観察用画像Ioの生成処理の流れを示したフローチャートである。
以上、本発明の一実施形態について説明したが、本発明は、上記の実施形態に限定されるものではない。
<4-1.第1変形例>
上記の実施形態では、ステップS165においてフォーカス位置が適切と判定された場合、直ちにフォーカス位置の調整を終了していた。しかしながら、フォーカス位置が適切と判定された場合も、ステップS11に戻ってフォーカス位置を他の位置に変更し、ステップS12~S16の処理をさらに実行してもよい。そして、予め決められた全てのフォーカス位置を試して、各フォーカス位置の適切さの度合いを数値化し、その数値が最も高いフォーカス位置を採用することにしてもよい。
上記の実施形態では、ステップS16において適切と判定されたフォーカス位置における波長プロファイルWに基づいて、観察用画像Ioを生成していた。すなわち、ステップS16において適切と判定されたフォーカス位置そのものを、観察用のフォーカス位置としていた。しかしながら、観察用途と、例えば画像解析のような他の用途とでは、最適なフォーカス位置が異なる場合がある。
上記の実施形態におけるステップS16の判定処理のフロー(図9のフロー)は、あくまで一例である。コンピュータ60は、他の判定基準により、フォーカス位置の適否を判定してもよい。例えば、上記の実施形態のステップS163では、(1)複数の代表プロファイルWrの輝度値の平均値の順序と、(2)複数の代表プロファイルWrの最小波長における輝度値の順序と、(3)複数の代表プロファイルWrの最大波長における輝度値の順序と、を全て使用して、フォーカス位置の適否を判定していた。しかしながら、これらの(1)~(3)のいずれか2つの比較結果のみに基づいて、フォーカス位置の適否を判定してもよい。
また、上記の実施形態のステップS16では、図9のように、予め固定的に設定された条件に基づいて、フォーカス位置の適否を判定していた。しかしながら、フォーカス位置の適否の判定は、機械学習または深層学習により生成された学習モデルに基づいて行ってもよい。機械学習または深層学習には、ニューラルネットワーク等の公知の学習モデルを用いることができる。例えば、最適なフォーカス位置が既知のサンプルを多数入力し、コンピュータ60によるフォーカス位置の適否の判定結果が、既知の結果に近づくように、学習モデルのパラメータ調整を、予め実行すればよい。
また、上記の実施形態では、1つのクラスターに属する複数の画素座標Cの波長プロファイルWの輝度値の平均値のプロファイルを、代表プロファイルWrとしていた。しかしながら、代表プロファイルWrは、1つのクラスターに属する複数の画素座標Cの波長プロファイルWから、他の計算方法により算出されるものであってもよい。
また、上記の実施形態では、培養容器9を支持するステージ10を移動させることによって、細胞92に対する撮像光学系40のフォーカス位置を変更していた。すなわち、上記の実施形態では、ステージ10を移動させるステージ移動機構20が、フォーカス移動機構として機能していた。しかしながら、ステージ10の位置を固定し、撮像光学系40の光学部品を駆動させることによって、細胞92に対する撮像光学系40フォーカス位置を変更してもよい。すなわち、フォーカス移動機構は、撮像光学系40に含まれる光学部品を駆動させる機構であってもよい。
照明光学系32および撮像光学系40の構成は、上記の実施形態と異なっていてもよい。例えば、照明光学系32および撮像光学系40が、他の要素を有していてもよいし、上記の実施形態に含まれる要素の一部が省略されていてもよい。また、バンドパスフィルタ323の位置は、上記の実施形態と異なっていてもよい。
9 培養容器
10 ステージ
20 ステージ移動機構
30 照明部
31 光源
32 照明光学系
40 撮像光学系
41 対物レンズ
42 開口絞り
43 結像レンズ
44 ビームスプリッタ
45 接眼レンズ
50 撮像部
60 コンピュータ
91 培養液
92 細胞
321 コレクタレンズ
322 視野絞り
323 バンドパスフィルタ
324 開口絞り
325 コンデンサレンズ
C 画素座標
I1~In 撮影画像
Io 観察用画像
P1 動作制御プログラム
P2 画像処理プログラム
W 波長プロファイル
Wr 代表プロファイル
Claims (10)
- 生体試料を光学系を介して撮影して観察用画像を生成する装置におけるフォーカス調整方法であって、
a)前記生体試料に対する前記光学系のフォーカス位置を変更する工程と、
b)前記生体試料に照明光を照射しつつ、中心波長の異なる複数の波長帯域において前記生体試料を撮影する工程と、
c)前記工程b)で取得した複数の撮影画像について、画素毎に、前記波長帯域の変化に対する輝度値の変化を表す波長プロファイルを得る工程と、
d)前記波長プロファイルに応じて、各画素を複数のクラスターに分類する工程と、
e)前記複数のクラスターのそれぞれを代表する前記波長プロファイルである代表プロファイルを作成する工程と、
f)前記代表プロファイルに基づいて、前記フォーカス位置の適否を判定する工程と、
を有する、フォーカス調整方法。 - 請求項1に記載のフォーカス調整方法であって、
前記代表プロファイルは、前記クラスターに属する複数の画素の前記波長プロファイルの輝度値の平均値のプロファイルである、フォーカス調整方法。 - 請求項1または請求項2に記載のフォーカス調整方法であって、
前記工程f)では、
複数の前記代表プロファイルの第1の単一波長における輝度値の順序と、
複数の前記代表プロファイルの前記第1の単一波長とは異なる第2の単一波長における輝度値の順序と、
複数の前記代表プロファイルの第1の複数波長における輝度値の平均値の順序と、
複数の前記代表プロファイルの前記第1の複数波長とは異なる第2の複数波長における輝度値の平均値の順序と、
のうちの少なくとも2つの比較結果に基づいて、前記フォーカス位置の適否を判定する、フォーカス調整方法。 - 請求項1から請求項3までのいずれか1項に記載のフォーカス調整方法であって、
前記工程f)では、
互いに近似する複数のクラスターの一部を、評価対象から除外する、フォーカス調整方法。 - 請求項1から請求項4までのいずれか1項に記載のフォーカス調整方法であって、
前記工程f)では、
前記複数のクラスターの全てにおいて、前記代表プロファイルの輝度値の最大値と最小値との差が、所定の閾値よりも小さい場合、前記フォーカス位置を不適切と判定する、フォーカス調整方法。 - 請求項1または請求項2に記載のフォーカス調整方法であって、
前記工程f)では、
予め機械学習または深層学習により生成された学習モデルに基づいて、前記フォーカス位置の適否を判定する、フォーカス調整方法。 - 請求項1から請求項6までのいずれか1項に記載のフォーカス調整方法であって、
前記工程f)において前記フォーカス位置が不適切と判定された場合、前記工程a)に戻って前記フォーカス位置を他の位置に変更し、前記工程b)~f)を再び実行する、フォーカス調整方法。 - 請求項1から請求項7までのいずれか1項に記載の画像取得方法であって、
前記生体試料は細胞である、フォーカス調整方法。 - 生体試料を撮影して観察用画像を生成する画像取得方法であって、
請求項1から請求項8までのいずれか1項に記載のフォーカス調整方法の実行後、
画素毎に、分類された前記クラスターに対応する階調値を割り当てることにより、前記観察用画像を生成する、画像取得方法。 - 生体試料を光学系を介して撮影して観察用画像を生成する画像取得装置であって、
前記生体試料に対する前記光学系のフォーカス位置を移動させるフォーカス移動機構と、
前記生体試料に照明光を照射する照明部と、
前記照明光が照射された前記生体試料を前記光学系を介して撮影する撮像部と、
前記照明部、前記フォーカス移動機構、および前記撮像部を制御するコンピュータと、
を備え、
前記コンピュータは、
a)前記フォーカス移動機構により、前記フォーカス位置を変更する処理と、
b)前記照明部から前記生体試料に照明光を照射しつつ、前記撮像部により、中心波長の異なる複数の波長帯域において前記生体試料を撮影する処理と、
c)前記処理b)において取得した複数の撮影画像について、画素毎に、前記波長帯域の変化に対する輝度値の変化を表す波長プロファイルを得る処理と、
d)前記波長プロファイルに応じて、各画素を複数のクラスターに分類する処理と、
e)前記複数のクラスターのそれぞれを代表する前記波長プロファイルである代表プロファイルを作成する処理と、
f)前記代表プロファイルに基づいて、前記フォーカス位置の適否を判定する処理と、
を実行する、画像取得装置。
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JP2008009187A (ja) | 2006-06-29 | 2008-01-17 | Olympus Corp | 自動合焦装置 |
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JP2018163248A (ja) | 2017-03-24 | 2018-10-18 | 株式会社Screenホールディングス | 画像取得方法および画像取得装置 |
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