JP7157744B2 - アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤およびその使用 - Google Patents

アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤およびその使用 Download PDF

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関連出願
この国際出願は、合衆国法典第３５巻第１１９条（ｅ）の下で、以下の出願：２０１７年１月６日に出願された米国仮出願番号６２／４４３，６１５；２０１７年１月３１日に出願された米国仮出願番号６２／４５２，８６６；２０１７年６月２日に出願された米国仮出願番号６２／５１４，４１７；２０１７年７月７日に出願された米国仮出願番号６２／５２９，６１６；２０１７年８月２４日に出願された米国仮出願番号６２／５４９，７６７；２０１７年９月１３日に出願された米国仮出願番号６２／５５８，３１１；２０１７年１１月１３日に出願された米国仮出願番号６２／５８５，２２７；２０１７年１１月１７日に出願された米国仮出願番号６２／５８７，９６４；および、２０１７年１１月２０日に出願された米国仮出願番号６２／５８８，６２６に対する優先権および利益を主張するものであり、それぞれの内容は、それらの全体で参照により本明細書中に明示的に援用される。
配列リスト
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されている配列リストを含み、その全体で参照により本明細書中に援用される。２０１８年１月５日に作成された前記ＡＳＣＩＩのコピーは、１２７０３６－０２０２０＿ＳＴ２５．ｔｘｔと名付けられて、２２１，８２１バイトのサイズである。
増殖因子の形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）スーパーファミリーは、制限されないが：細胞増殖の阻害、組織恒常性、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）再構築、内皮間葉転換（ＥＭＴ）、細胞の遊走および侵襲、および免疫調節／抑制、ならびに、間葉上皮転換を含む、様々な生物学的プロセスを調節する多くのシグナル伝達カスケードに関与する。ＥＣＭ再構築に関して、ＴＧＦβシグナル伝達は、線維芽細胞集団およびＥＣＭ沈着（例えば、コラーゲン）を増大させ得る。免疫系において、ＴＧＦβリガンドは、制御性Ｔ細胞の機能および免疫前駆細胞の増殖および恒常性の維持を調整する。正常な上皮細胞において、ＴＧＦβは、強力な増殖阻害剤および細胞分化のプロモーターである。しかしながら、腫瘍が発生して進行するにつれて、それらは頻繁に、ＴＧＦβに対するそれらの陰性の増殖応答を失う。この状況において、ＴＧＦβは、血管新生を刺激、間質環境を変更、および、局所および全身性の免疫抑制を誘導するその能力に起因して、腫瘍発生のプロモーターとなり得る。これらおよび他の応答に関して、ＴＧＦβは、多くの臨床的徴候（ｉｎｄｉｃａｔｉｏｎ）のための治療的標的となっている。多くのグループによって現在までになされた多くの努力にもかかわらず、ＴＧＦβ治療の成功的な臨床開発はチャレンジングである。
ラットおよびイヌにおけるものを含む前臨床試験による観察は、インビボでのＴＧＦβ阻害と関連する特定の毒性を明らかにした。さらに、いくつかのＴＧＦβ阻害剤が現在までに開発されているが、ＴＧＦβをターゲットとしたほとんどの臨床プログラムは、副作用のせいで中止されている（例えば、ＷＯ２０１７／１５６５００において要約される）。したがって、癌および線維症のような疾患の進行におけるＴＧＦβシグナル伝達の関与を示す直接および間接的な証拠のラインにもかかわらず、市場において利用可能な安全かつ効き目のあるＴＧＦβ治療は存在しない。
増殖性疾患のうち、ＴＧＦβの調節不全は、骨髄線維症にも関与していて、クローン性骨髄激増、異常なサイトカイン産生、髄外造血、および骨髄線維症によって特徴付けられる骨髄障害である。ＪＡＫ２、ＭＰＬおよびＣＡＬＲにおける体細胞突然変異は、疾患の病因において同定されているが、骨髄線維症の治療に関してＦＤＡによって承認されたＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤であるルキソリチニブ（Ｊａｋａｆｉ）は、患者において実証された骨髄線維症を寛解させるのに有効性が示されていない。
したがって、例えば、増殖性疾患（例えば癌）、線維症および炎症を含む、ＴＧＦβ１に関与する疾患および障害を効果的かつ安全に治療するために用いられ得る、ＴＧＦβシグナル伝達を阻害するための改善された方法および組成物が必要である。
本発明は、多数の由来におけるＴＧＦβ活性化の阻害が、ＴＧＦβ調節不全のＥＣＭ態様および免疫態様の両方に関与する多くの疾患の治療において、より大きな臨床効果を提供し得るという認識を包含する。したがって、それらのアイソフォーム選択性、疾患ニッチ内の分子標的の幅、効果および安全性の耐久性に関して、従来のＴＧＦβ拮抗薬よりも優れた、ＴＧＦβ１阻害剤を用いたそのような疾患の治療のための改善された方法が、本明細書において提供される。
証拠は、多くの疾患がＴＧＦβシグナル伝達の複雑な混乱を示すという見解を支持し、ＴＧＦβ機能の異なる効果を提供する異種細胞型の関与を伴うと考えられて、それは、いわゆる提示分子とのその相互作用によって仲介される。少なくとも４つのそのような提示分子が同定されていて、様々な細胞外ニッチにおいてＴＧＦβを「提示する」ことができて、局所刺激に応答してその活性化を可能にする。１つのカテゴリーでは、ＴＧＦβは、ＬＴＢＰ１およびＬＴＢＰ３のようなＥＣＭ関連の提示分子と関連してＥＣＭ内に沈着されて、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ活性を仲介する。別のカテゴリーでは、ＴＧＦβは、ＧＡＲＰおよびＬＲＲＣ３３のような提示分子を介して免疫細胞の表面上につながれて、特定の免疫機能を仲介する。これらの提示分子は、様々な組織および細胞型における示差的発現、局在化および／または機能を示し、ＴＧＦβ活性化の成果および事象をトリガーすることは、微小環境に応じて異なることを示す。多くのＴＧＦβ効果が疾患進行と相互作用して、それに寄与し得るという見解に基づき、ＴＧＦβ機能の多数の面に拮抗し得る治療的薬剤は、より大きな有効性を提供し得る。
以前に、本発明者らは、（ｐａｎ－阻害とは逆に）ＴＧＦβのアイソフォーム特異的な阻害が、インビボでＴＧＦβに拮抗する改善された安全特性を与え得ることを認めた（ＷＯ２０１７／１５６５００を参照）。これを考慮して、発明者らは、ｉ）アイソフォーム特異的であり；かつ、ｉｉ）多面的なＴＧＦβ１効果およびその調節不全によって駆動される状態のための治療的薬剤として、異なる提示分子と関連する多数のＴＧＦβ１シグナル伝達複合体を幅広く標的化することが可能な、ＴＧＦβ１阻害剤を開発することを探し求めている。
したがって、本開示は、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１および免疫細胞関連のＴＧＦβ１の両方を標的化して、それにより、多数のコンテクストにおいて提示される多数の由来のＴＧＦβ１をブロックすることが可能なアイソフォーム特異的な阻害剤を提供する。そのような阻害剤は、本明細書において、ＴＧＦβ１の「アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容」阻害剤と呼ばれる。本発明はまた、ＴＧＦβ１機能の多数の態様と関連するＴＧＦβ１シグナル伝達の調節不全によって特徴付けられる状態の処置における治療としてのこれらの薬剤の使用を提供する。そのような阻害剤は、線維症、骨髄線維症、癌、および他の状態との文脈における臨床効果を高めるために、多数のＴＧＦβ１活性（例えば、多数の由来またはコンテクストからのＴＧＦβ１）と拮抗するための多機能薬剤として機能し得る。
特定の疾患（本明細書においてさらに詳述される）を処置するための治療として、ＴＧＦβ１のコンテクスト特異的阻害剤よりもＴＧＦβ１のコンテクスト寛容（例えば、コンテクスト非依存性）阻害剤の有利な使用に関する理論的根拠は、以下を含む。
疾患環境における異種ＴＧＦβ１複合体の関与：第一に、様々な疾患は、全体として疾患の病因および／または進行に寄与する、多数の由来のＴＧＦβ１として細胞の異種集団に関与する。１よりも多いタイプのＴＧＦβ１含有複合体（「コンテクスト」）は、同一の疾患微小環境内に共存する可能性がある。特に、そのような疾患は、ＴＧＦβ１シグナル伝達のＥＣＭ構成要素およびＴＧＦβ１シグナル伝達の免疫構成要素の両方に関与し得る。そのような状況では、単一のＴＧＦβ１コンテクスト（例えば、１つのタイプの提示分子と関連するＴＧＦβ１）の選択的標的化は、制限された安堵を提供し得る。対照的に、ＴＧＦβ１のコンテクスト寛容阻害剤は、不活性（前駆体／潜在型）ＴＧＦβ１複合体をより幅広く標的化することを有利に目的としていて、毒性を最小限にするためにアイソフォーム選択性を維持しながら、下流のシグナル伝達をトリガーする受容体結合に向けて成熟ＴＧＦβ１が放出され得る前に、多数の由来における増殖因子の活性化を防ぐ。
様々な疾患の根底となる一般的なメカニズム：第二に、組織／細胞特性における顕著な類似性が、腫瘍間質と線維性組織との間に観察される。多くの病状において観察される、ｉ）ＴＧＦβ１依存性の線維促進性表現型；ｉｉ）ＴＧＦβ１依存性の腫瘍促進性表現型；および、ｉｉｉ）ＴＧＦβ依存性の免疫抑制性表現型の間のクロストークを示す。したがって、これらの構成要素の多くに対して幅広く作用するコンテクスト寛容阻害剤の使用は、さまざまなタイプの疾患状態にわたって最適な治療的効果を提供し得る。例えば、原発性骨髄線維症の臨床兆候（ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ）は、骨髄における線維症および特定の細胞集団の異常な激増を含む。
薬物耐性に対抗する：第三に、多くの研究が、免疫チェックポイント阻害剤のような抗癌治療に対して耐性である癌／腫瘍を報告している。場合によっては、そのような耐性は、患者のバックグラウンドに対して特定の癌／腫瘍タイプに内因性に現れる（典型的に、先天性耐性、原発性耐性、内因性耐性、または、生来耐性と呼ばれ；これらの用語は明細書において相互交換可能に用いられる）。そのような耐性は、免疫チェックポイント阻害剤のような癌治療に対する応答が乏しい患者の対象（ｓｕｂｊｅｔ）において示され得て、場合により、免疫除外環境を反映する。これは、少なくとも部分的にＴＧＦβ１依存性パスウェイによって仲介されると考えられる。したがって、本明細書において記載されるアイソフォーム選択的阻害剤は、耐性の癌を、そのような治療に対してより反応性にさせ得る。
あるいは、耐性は、治療に対して物質的な（ｍａｔｅｒｉａｌ）臨床反応性を示す患者の応答が乏しくなるように経時的に進行し得る（すなわち、適応または獲得耐性）。例えば、ＰＤ－１治療は、他のＴ細胞抗原（例えば、ＴＣＲ構成要素）の上方調節と相関する適応耐性をもたらし得ることが報告されていて、癌細胞は、他のメカニズムを介してＰＤ－１ブロックを回避するように進化することを示唆する。続いて、ＴＩＭ３のような異なるＴ細胞受容体構成要素を標的化する第二のチェックポイント阻害剤は、免疫療法に対する反応性を回復させることができる。これらの観察は、癌細胞の適応反応に対抗するために多数のパスウェイをブロックすることが、宿主免疫を回避する癌細胞の能力の可能性を減少させ得ることを示唆する。多数のＴＧＦβ１コンテクストを標的化することのできるＴＧＦβ１のコンテクスト寛容阻害剤は、ＴＧＦβ１機能の多数の点においてブロックを提供することによって、獲得された薬物耐性を有利に迂回し得る。
発現適応性に耐える：最後に、様々な提示分子の発現が、経時的に、例えば、局所的きっかけ（ｌｏｃａｌ ｃｕｅ）（例えば、サイトカイン、ケモカイン、ＥＣＭ環境など）に応答して、および／または、疾患微小環境における変化とともに、変化し得るという見解に基づき、本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１のコンテクスト寛容阻害剤が、そのような適応性に耐えるため、および、提示分子の発現における異常な変化が発生した場合でさえも幅広い永続性のある阻害効果を提供するために用いられ得ることは、理にかなっている。
任意のこれらのシナリオにおいて、ＴＧＦβ１のコンテクスト寛容阻害剤は、様々な提示分子と関連したＴＧＦβ１の前駆体／潜在型形態を標的化するために有利に目的にされて、その全てまたはその異なる組み合わせは、疾患微小環境（単数または複数）内に存在する。より具体的には、１つのモダリティにおいて、阻害剤は、ＥＣＭ関連ＴＧＦβ１（ＬＴＢＰ１／３－ＴＧＦβ１複合体）を標的化する。別のモダリティでは、阻害剤は、免疫細胞関連ＴＧＦβ１を標的化する。これは、Ｔｒｅｇ細胞上に発現されるＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体のようなＧＡＲＰによって提示されるＴＧＦβ１、および、マクロファージおよび他の骨髄性／リンパ系細胞、ならびに特定の癌細胞上に発現されるＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を含む。
そのような抗体は、コンテクスト寛容（またはコンテクスト非依存性）の様式で、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１複合体からの成熟ＴＧＦβ１増殖因子に結合して活性化（または放出）を阻止するＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的阻害剤を含み、したがって、抗体は、多数のタイプの提示分子と関連したＴＧＦβ１の活性化（または放出）を阻害することができる。特に、本発明は、ＥＣＭ関連ＴＧＦβ１（ＬＴＢＰによって提示される、および／または、ＬＴＢＰ３によって提示される）の少なくとも１つのコンテクスト、および、細胞関連ＴＧＦβ１（ＧＡＲＰによって提示される、および／または、ＬＲＲＣ３３によって提示される）の少なくとも１つのコンテクストを、ブロックすることが可能な抗体を提供する。
様々な疾患状態は、寄与因子としてのＴＧＦβシグナル伝達の調節不全に関与することが示唆されている。実際に、特定のヒト状態の病因および／または進行は、ＴＧＦβ１活性によって優勢に駆動され、またはそれに依存性であると考えられる。特に、多くのそのような疾患および障害は、ＴＧＦβ１機能のＥＣＭ構成要素および免疫構成要素の両方に関与すると考えられて、多数のコンテクストにおけるＴＧＦβ１活性化（例えば、１よりも多いタイプの提示分子によって仲介される）が関与することを示唆する。さらに、ＴＧＦβ１応答細胞間のクロストークが存在すると考えられる。場合によっては、ＴＧＦβ１軸の多面的な活性間の相互作用は、疾患進行、悪化、および／または疾患と戦う宿主の能力の抑制をもたらし得る。例えば、特定の疾患微小環境、例えば、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）は、多数の異なる提示分子、例えば、ＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３－ｐｒｏＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１、およびそれらの任意の組み合わせによって提示されるＴＧＦβ１と関連し得る。１つのコンテクストのＴＧＦβ１活性は次々に、別のコンテクストのＴＧＦβ１活性を調節または影響し得て、調節不全になった場合に、疾患状態の激化をもたらし得る可能性を高める。したがって、そのような阻害効果をＴＧＦβ１アイソフォームに選択的に制限しながら、ＴＧＦβ１機能の多数のモード（すなわち、多数のコンテクスト）にわたって幅広く阻害することが望ましい。目的は、創傷治癒（ｗｏｕｌｄ ｈｅａｌｉｎｇ）において重要な役割を果たすＴＧＦβ３を含む他のアイソフォームによって仲介される恒常性ＴＧＦβシグナル伝達を混乱させないことである。
これを対処するために、本開示の発明者らは、ＴＧＦβ１シグナル伝達またはその調節不全によって駆動されるまたはそれに依存性の疾患の治療における治療的使用のために特に有利であり得る、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤を生産することを求めた。そのような阻害剤に関する基準に見合うために取られた手法は：ｉ）アイソフォーム特異的な様式で（ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３活性と干渉せずに）ＴＧＦβ１シグナル伝達を阻害する能力；および、ｉｉ）ＥＣＭ関連および免疫細胞関連ＴＧＦβ１の両方のシグナル伝達を阻害する能力である。この手法に関する合理的根拠は、潜在的毒性に対するＴＧＦβ１阻害の有効性（それ故に、臨床有効性）を平衡化することである。より具体的には、他のアイソフォームよりも、治療的用量でＴＧＦβ１に向かう選択性を達成することは、インビボでのＴＧＦβのｐａｎ－阻害と関連する、可能性のある毒性（例えば、不要な副作用および有害事象）を減少または最小限にすることを目的としていて、その一部は、正常な生物学的機能（例えば創傷治癒）のために必要とされ得る。一方で、治療的標的としてＴＧＦβ１の多数のコンテクストを包含することは、多数の態様のＴＧＦβ１シグナル伝達の調節不全に関与する疾患における臨床有効性を確実または最適化することを目的とする。臨床適用および治療レジメンの様々な実施態様が、本発明によって包含される。
したがって、一態様では、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤が本明細書において提供されて、そのような阻害剤は、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１シグナル伝達および免疫細胞関連のＴＧＦβ１シグナル伝達の両方を阻害する能力を有することで特徴付けられる。特に、そのような阻害剤は、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３活性を損なわずに維持しながら、多数のコンテクストにおいて提示されるＴＧＦβ１（すなわち、２以上のタイプの提示分子によって仲介されるＴＧＦβ１活性）をブロックすることができる。したがって、そのような阻害剤によって阻害され得るＴＧＦβ１活性は、以下：ｉ）ＧＡＲＰによって提示されるＴＧＦβ１と関連するＴＧＦβ１シグナル伝達；ｉｉ）ＬＲＲＣ３３によって提示されるＴＧＦβ１と関連するＴＧＦβ１シグナル伝達；ｉｉｉ）ＬＴＢＰ１によって提示されるＴＧＦβ１と関連するＴＧＦβ１シグナル伝達；および、ｉｖ）ＬＴＢＰ３によって提示されるＴＧＦβ１と関連するＴＧＦβ１シグナル伝達の２以上を含む。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、以下の複合体：ｉ）ＴＧＦβ１－ＧＡＲＰ；ｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＲＲＣ３３；ｉｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ１；および、ｉｖ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ３の少なくとも２つ、または、少なくとも３つのプロタンパク質形態を標的化する。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、ｉ）ＴＧＦβ１－ＧＡＲＰ；ｉｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ１；および、ｉｖ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ３に特異的に結合して阻害するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのようなモノクローナル抗体は、ｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＲＲＣ３３；ｉｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ１；および、ｉｖ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ３に特異的に結合して阻害する。一部の実施態様では、そのようなモノクローナル抗体は、ｉ）ＴＧＦβ１－ＧＡＲＰ；ｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＲＲＣ３３；およびｉｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ１に特異的に結合して阻害する。一部の実施態様では、そのようなモノクローナル抗体は、ｉ）ＴＧＦβ１－ＧＡＲＰ；ｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＲＲＣ３３；およびｉｖ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ３に特異的に結合して阻害する。一部の実施態様では、そのようなモノクローナル抗体は、以下の複合体：ｉ）ＴＧＦβ１－ＧＡＲＰ；ｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＲＲＣ３３；ｉｉｉ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ１；および、ｉｖ）ＴＧＦβ１－ＬＴＢＰ３の全てを特異的に阻害する。一部の実施態様では、そのようなモノクローナル抗体は、フリーのＴＧＦβ１（例えば、提示分子から放出される、またはそれと複合体化されない増殖因子）である成熟ＴＧＦβ１に結合しない。本発明の態様は、そのような阻害剤を含む組成物を含み、例えば、治療されるべきヒトおよび非ヒト対象における投与に適切な医薬組成物を含む。そのような医薬組成物は、典型的に滅菌される。一部の実施態様では、そのような医薬組成物は、少なくとも１つの薬学的に許容できる賦形剤、例えば、バッファーおよび界面活性剤（例えば、ポリソルベート）を含んでもよい。そのような医薬組成物を含むキットもまた、本発明によって包含される。
本明細書において記載される、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、ＴＧＦβ１の多数の生物学的機能およびその調節不全に関与する疾患または障害の治療での使用に適切である。特に、そのような疾患または障害は、ＴＧＦβ１機能のＥＣＭ構成要素およびＴＧＦβ１機能の免疫構成要素の両方に関与する。そのような阻害剤の投与は、したがって、インビボでのＴＧＦβ１シグナル伝達パスウェイのそれぞれの軸、例えば、疾患または障害と関連する多数のＴＧＦβ１標的を阻害して、治療的効果を高めることができる。したがって、別の態様では、本発明は、ＴＧＦβ１調節不全と関連する疾患を患う対象を治療するための方法におけるそのような阻害剤の治療的使用を含む。ＴＧＦβ１シグナル伝達のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性阻害剤は、ＴＧＦβ１の多数の機能（例えば、ＥＣＭ構成要素および免疫構成要素の両方）によって駆動されるまたはそれに依存性の疾患を治療するのに特に適切である。典型的に、そのような疾患は、ＴＧＦβ１が多数のタイプの提示分子（例えば、多数のコンテクスト）によって提示される多数の細胞型または細胞状態に関与する。
関連する態様では、本発明は、改善された安全プロファイル（例えば、減少したインビボ毒性）を有する、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤に関する、スクリーニング、生産および製造方法を提供する。そのような方法は、候補薬剤がＴＧＦβ１アイソフォーム特異性に関して試験および選択されることを必要として、例えば、候補薬剤は、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３シグナル伝達ではなくＴＧＦβ１シグナル伝達に対する阻害活性について選択される。本発明によれば、そのようなＴＧＦβ１活性のアイソフォーム特異的阻害剤は、ＴＧＦβ１機能の多数のコンテクストを阻害することができる（以下参照）。
一部の実施態様では、そのような薬剤は、ＴＧＦβ１に特異的に結合してその活性をブロックするが、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３にはそのようにしない、抗体またはその抗原結合フラグメントである。一部の実施態様では、そのような抗体またはその抗原結合フラグメントは、前駆体／潜在型複合体と関連しないフリーの成熟ＴＧＦβ１増殖因子に結合しない。したがって、関連のある生産方法は、候補薬剤（例えば、候補抗体またはそのフラグメント）が、特定の提示分子、例えば、ＧＡＲＰ、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ１、および／またはＬＴＢＰ３と関連するＴＧＦβ１を阻害するそれらの能力に関して評価されるスクリーニングステップを含んでよい。一部の実施態様では、不活性の（例えば、潜在型）前駆体複合体、例えば、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ１およびＬＴＢＰ３－ｐｒｏＴＧＦβ１は、成熟した活性のＴＧＦβ１増殖因子の活性化に関してアッセイするために使用され得る。試験薬剤（すなわち、候補阻害剤）の存在または不存在でのＴＧＦβ１活性化は、制限されないが、インビトロアッセイおよび細胞に基づくアッセイを含む任意の適切な手段によって測定され得る。同様のスクリーニングステップは、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３相対物の使用によって、アイソフォーム特異性を試験するために使用され得る。そのようなスクリーニングステップは、ｉ）アイソフォーム特異的な様式；および、ｉｉ）コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性の様式で、ＴＧＦβ１シグナル伝達を阻害するそれらの能力に関する候補薬剤（例えば、候補抗体またはそのフラグメント）を同定するために行なわれ得る。
特定の疾患は、ＴＧＦβ機能の単一のコンテクストに制限されないＴＧＦβシグナル伝達の多数の生物学的役割の調節不全と関連する。そのような状況では、発症および／または疾患進行の過程に関与する多数のコンテクストにわたってＴＧＦβ効果を調整することが有益であり得る。したがって、一部の実施態様では、本発明は、アイソフォーム特異的な様式ではあるが多数のＴＧＦβ１コンテクストを標的化して幅広く阻害する方法を提供する。そのような薬剤は、本明細書において、「アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容」ＴＧＦβ１阻害剤と呼ばれる。したがって、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、多数のコンテクスト（例えば、多数のタイプの前駆体／潜在型－ＴＧＦβ１複合体）を標的化する。好ましくは、そのような阻害剤は、ＥＣＭと関連するＴＧＦβ１プレ活性化複合体（すなわち、ＥＣＭ関連の提示分子によって提示される前駆体／潜在型ＴＧＦβ１複合体）の少なくとも１つのタイプ（または「コンテクスト」）、および加えて、細胞表面につながれたＴＧＦβ１プレ活性化複合体（すなわち、細胞または膜関連提示分子によって提示される前駆体／潜在型ＴＧＦβ１複合体）の少なくとも１つのタイプ（または「コンテクスト」）を標的化する。一部の実施態様では、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１モジュレーターは、特定の提示分子（単数または複数）を問わず全てのコンテクストを包含するように、全てのタイプの前駆体／潜在型ＴＧＦβ１複合体（例えば、ＧＡＲＰ関連、ＬＲＲＣ３３関連、ＬＴＢＰ関連など）を標的化する。
コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、１よりも多いタイプの前駆体／潜在型－ＴＧＦβ１複合体（すなわち、異なる提示分子を有する）を標的化することが可能であるが、一部の実施態様では、そのような阻害剤は、他（単数または複数）よりも１つまたは複数のコンテクストを好み得る（またはそれに向かうバイアスを示し得る）。したがって、一部の実施態様では、ＴＧＦβ１の活性化を阻害するコンテクスト寛容抗体は、一方の提示分子によって仲介されるＴＧＦβ１活性化を、別の提示分子よりも優先的に阻害し得る（そのような抗体が両方のタイプの前駆体／潜在型複合体に結合することが可能である場合であっても）。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＬＴＢＰ１／３関連ＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１、およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＬＴＢＰ１／３関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＬＴＢＰ１関連ＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３関連ＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１、およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＬＴＢＰ１およびＬＴＢＰ－３関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＬＴＢＰ１関連ＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３関連ＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１、およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。
したがって、本発明によれば、異なる程度の選択性が、ＴＧＦβ効果のサブセットを標的化するために生産され得る。ＴＧＦβのアイソフォーム特異的阻害剤（ＴＧＦβの単一アイソフォームを標的化する）は、いわゆるｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤（ＴＧＦβの多数または全てのアイソフォームを標的化する）よりも大きな選択性を提供する。
本発明は、ＴＧＦβ１調節不全と関連する疾患を治療するための方法における、そのようなＴＧＦβ１阻害剤の使用を含む。そのような阻害剤の使用は、疾患の駆動においてＴＧＦβ１アイソフォームが（ＴＧＦβ２／３よりも）優勢な役割を果たす状態、および、疾患がＴＧＦβ１シグナル伝達のＥＣＭ構成要素および免疫構成要素の両方に関与する状態において、特に有利である。この手法は、疾患関連のＴＧＦβ機能を優先的に標的化しながら、正常または恒常性ＴＧＦβ機能を保つことを目的とする。
そのような阻害剤は、好ましくはＴＧＦβ１活性化阻害剤（すなわち、ＴＧＦβ１活性化ステップの阻害剤）である。好ましい実施態様では、そのような阻害剤は、活性化に優先してＴＧＦβ１の不活性形態（例えば、前駆体／潜在型－ＴＧＦβ１複合体）を標的化することができて、一過的な、既に活性化された、潜在型複合体から放出された増殖因子の可溶性／フリー形態を標的化するのと比べて、より永続性の阻害をもたらす。疾患関連ＴＧＦβ１の由来／コンテクストの決定は、目的の特定の提示分子（例えば、ＧＡＲＰ、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３など）を含むＴＧＦβ１潜在型複合体に特異的に結合する抗体の使用によって行われ得る。
本開示の態様は、以下の複合体：ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の少なくとも３つに特異的に結合する、免疫グロブリン、例えば抗体、またはその抗原結合部分に関する。本発明によれば、そのような免疫グロブリンは、少なくとも１つのタイプのＥＣＭ関連（例えば、ＥＣＭにつながれた）ＴＧＦβ１複合体（例えば、ＬＴＢＰ１および／またはＬＴＢＰ３関連ＴＧＦβ１複合体）および少なくとも１つのタイプの細胞関連（例えば、細胞表面につながれた）ＴＧＦβ１複合体（例えば、ＧＡＲＰおよび／またはＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１複合体）に特異的に結合して、多数のコンテクストに対して幅広い阻害作用をもたらす。本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１が、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１において存在する場合に、抗体、またはその抗原結合部分による結合に利用可能な、ＴＧＦβ１（例えば、ＬＡＰ）を含むタンパク質複合体の構成要素（単数または複数）またはＴＧＦβ１（例えば、ＬＡＰ）のエピトープに特異的に結合する。
一部の実施態様では、エピトープは、ＴＧＦβ１が以下のタンパク質複合体：ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上において存在する場合に、抗体による結合に利用可能であり；ここで抗体は、前駆体／潜在型複合体と関連しないフリーの成熟ＴＧＦβ１増殖因子には結合しない。
一部の実施態様では、ＴＧＦβ１は、前駆体ＴＧＦβ１および／または潜在型ＴＧＦβ１（例えば、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）である。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１は潜在型ＴＧＦβ１である。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１は前駆体ＴＧＦβ１である。
本発明に係るアイソフォーム特異的なＴＧＦβ１阻害剤は、結合ＴＧＦβ２に結合しない。本発明に係るアイソフォーム特異的なＴＧＦβ１阻害剤は、ＴＧＦβ３に結合しない。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ２に結合しない。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ３に結合しない。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、インテグリンに結合するＴＧＦβ１の能力を妨げない。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合は、配列番号８７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む重鎖可変領域および配列番号９０のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号８６のアミノ酸配列を有するＣＤＲ２を含む重鎖可変領域および配列番号８９のアミノ酸配列を有するＣＤＲ２を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号８５のアミノ酸配列を有するＣＤＲ１を含む重鎖可変領域および配列番号８８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ１を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施態様では、抗体は、配列番号９９に示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一の重鎖ポリペプチド配列を含む。一部の実施態様では、抗体は、配列番号１００に示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一の軽鎖ポリペプチド配列を含む。一部の実施態様では、抗体は、配列番号９９に示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一の重鎖ポリペプチド配列および配列番号１００に示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一の軽鎖ポリペプチド配列を含む。一部の実施態様では、そのような抗体は、配列番号８５～９０に示されるＣＤＲを含む。一部の実施態様では、抗体は、配列番号９９の２つのポリペプチドおよび配列番号１００の２つのポリペプチドからなる。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号９５に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号９７に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号９５に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号９７に示されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１活性化を阻害するが、ＴＧＦβ２活性化またはＴＧＦβ３活性化を阻害しない。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体からの成熟ＴＧＦβ１の放出を阻害する。
一態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分、および薬学的に許容できる担体を含む医薬組成物が、本明細書において提供される。そのような医薬組成物は、典型的に滅菌されて、ヒト対象への投与に適切である。一部の実施態様では、そのような医薬組成物は、本発明に包含されるキットとして提供され得る。
別の態様では、ＴＧＦβ１活性化を阻害する方法が本明細書において提供されて、当該方法は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を、本明細書に記載の抗体、その抗原結合部分、または医薬組成物に曝露するステップを含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体からの、成熟ＴＧＦβ１の放出を阻害する。
一部の実施態様では、当該方法はインビトロで行なわれる。一部の実施態様では、当該方法はインビボで行なわれる。
したがって、本発明は、ヒト対象におけるＴＧＦβ１シグナル伝達の調節不全と関連する疾患を治療するための方法を含む。そのような方法は、それを必要とするヒト対象に、本明細書において提供される医薬組成物を、疾患を治療するのに効果的な量で投与するステップを含み、当該量は、疾患を有する患者集団へ投与された場合に、統計的に有意な臨床有効性および安全性を達成する。
さらに別の態様では、対象における副作用を減少させるのに使用するためのＴＧＦβ阻害剤が本明細書において提供されて、ＴＧＦβ阻害剤は、アイソフォーム選択的である。一部の実施態様では、ＴＧＦβ阻害剤は、多数のコンテクストを幅広く標的化しながらＴＧＦβ１を特異的に阻害する抗体である。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を発現している細胞は、Ｔ細胞、線維芽細胞、筋線維芽細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、抗原提示細胞、好中球、骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）、リンパ球、肥満細胞、巨核球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ミクログリア、またはそのような細胞のいずれか１つの前駆細胞である。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を発現している細胞は、造血幹細胞である。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を発現している細胞は、神経堤由来細胞である。Ｔ細胞は、制御性Ｔ細胞（例えば、免疫抑制Ｔ細胞）であってよい。Ｔ細胞は、ＣＤ４陽性（ＣＤ４＋）Ｔ細胞および／またはＣＤ８陽性（ＣＤ８＋）Ｔ細胞であってよい。好中球（ｎｅｕｐｒｏｐｈｉｌ）は、活性化された好中球であってよい。マクロファージは、線維促進性および／または腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、例えば、Ｍ２ｃサブタイプおよびＭ２ｄサブタイプマクロファージを含む極性化マクロファージであってよい。マクロファージは、１つまたは複数の可溶性因子、例えば、増殖因子、サイトカイン、ケモカインおよび／または特定の疾患微小環境（例えば、ＴＭＥ）内に存在する他の分子によって活性化され得て、オートクリン、パラクリン、および／または内分泌の様式で作用し得る。一部の実施態様では、マクロファージは、Ｍ－ＣＳＦ、例えば、固形腫瘍によって分泌されるＭ－ＣＳＦによって活性化される。一部の実施態様では、マクロファージは、ＴＧＦβ１によって活性化される。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を発現している細胞は、癌細胞、例えば、循環癌細胞および腫瘍細胞である。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を発現している細胞は、ＴＭＥのような疾患部位へ動員される（例えば、腫瘍浸潤）。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の発現は、疾患微小環境（例えば、ＴＭＥ）によって誘導される。一部の実施態様では、固形腫瘍は、高められた白血球浸潤、例えば、ＣＤ４５＋を含む。腫瘍関連ＣＤ４５＋細胞は、ＧＡＲＰ発現および／またはＬＲＲＣ３３発現細胞を含むと考えられる。
一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体は、細胞外マトリックス（すなわち、ＥＣＭの構成要素）に結合される。一部の実施態様では、細胞外マトリックスは、フィブリンおよび／またはフィブロネクチンを含む。一部の実施態様では、細胞外マトリックスは、ＲＧＤモチーフを含むタンパク質を含む。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を生産して沈着させる細胞は、癌細胞および間質細胞のような固形腫瘍内に存在する。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を生産して沈着させる細胞は、線維性組織内に存在する。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を生産して沈着させる細胞は、骨髄内に存在する。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を生産して沈着させる細胞は、筋線維芽細胞または筋線維芽細胞様細胞であり、例えば、癌関連線維芽細胞（ＣＡＦ）を含む。
別の態様では、対象においてＴＧＦβ１活性化を減少させるための方法が本明細書において提供されて、当該方法は、有効量の本明細書に記載の抗体、その抗原結合部分、または医薬組成物を、対象に投与するステップを含み、それにより、対象においてＴＧＦβ１活性化を減少させる。
一部の実施態様では、対象は、線維性障害を有する、または有するリスクがある。一部の実施態様では、線維性障害は、影響を受けた組織／臓器の慢性炎症を含む。一部の実施態様では、対象は筋ジストロフィーを有する。一部の実施態様では、対象はデュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）を有する。一部の実施態様では、対象は、肝線維症、腎臓線維症、肺線維症（例えば、特発性肺線維症）、子宮内膜症または子宮線維症を有する、または有するリスクがある。一部の実施態様では、対象は、癌（例えば、固形腫瘍、血液癌、および骨髄線維症）を有する、または有するリスクがある。一部の実施態様では、対象は、認知症を有する、または有するリスクがある。
一部の実施態様では、対象は、追加の治療をさらに受ける。一部の実施態様では、追加の治療は、ミオスタチン阻害剤、ＶＥＧＦアゴニスト、ＩＧＦ１アゴニスト、ＦＸＲアゴニスト、ＣＣＲ２阻害剤、ＣＣＲ５阻害剤、デュアルＣＣＲ２／ＣＣＲ５阻害剤、リジルオキシダーゼ様２阻害剤、ＡＳＫ１阻害剤、アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼ（ＡＣＣ）阻害剤、ｐ３８キナーゼ阻害剤、ピルフェニドン、ニンテダニブ、ＧＤＦ１１阻害剤、ＪＡＫ阻害剤（例えば、ＪＡＫ２阻害剤）、またはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の抑制活性を減少させる。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、対象において臓器毒性を誘導しない。一部の実施態様では、臓器毒性は、心血管系毒性、胃腸毒性、免疫毒性、骨毒性、軟骨毒性、生殖器系毒性、または腎毒性を含む。
一態様では、それを必要とする対象において癌を治療する方法が本明細書において提供されて、当該方法は、有効量の本明細書に記載の抗体、その抗原結合部分、または医薬組成物を、対象に投与するステップを含み、それにより、対象において癌を治療する。
別の態様では、それを必要とする対象において腫瘍増殖を減少させる方法が本明細書において提供されて、当該方法は、有効量の本明細書に記載の抗体、その抗原結合部分、または医薬組成物を、対象に投与するステップを含み、それにより、対象における腫瘍増殖を減少させる。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、追加の薬剤または追加の治療と組み合わせて投与される。一部の実施態様では、追加の薬剤はチェックポイント阻害剤である。一部の実施態様では、追加の薬剤は、ＰＤ－１拮抗薬、ＰＤＬ１拮抗薬、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤＬ２融合タンパク質、ＣＴＬＡ４拮抗薬などからなる群より選択される。そのような併用療法は、より低用量の投与される治療的薬剤を有利に使用し得て、したがって、本発明によって達成される選択性／特異性の程度がない様々な単剤療法または従来の併用療法と関連する有り得る毒性または合併症を避ける。
一部の実施態様では、当該方法は、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３と比較して、疾患におけるＴＧＦβ１の関与を判定（例えば試験または確認）するステップをさらに含む。一部の実施態様では、当該方法は、疾患関連ＴＧＦβ１の由来（またはコンテクスト）を同定するステップをさらに含む。一部の実施態様では、由来／コンテクストは、患者から得られた臨床サンプルにおける、ＴＧＦβ提示分子、例えば、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、ＧＡＲＰおよびＬＲＲＣ３３の発現を判定することによって評価される。
さらに別の態様では、ＴＧＦβシグナル伝達を阻害するための医薬組成物を作製（例えば、生産、製造）するための方法が本明細書において提供されて、当該方法は、ＴＧＦβの少なくとも１つのアイソフォームのシグナル伝達を阻害する１つまたは複数の薬剤を提供するステップ；ＴＧＦβの全てのアイソフォームに向かう１つまたは複数の薬剤の活性を測定するステップ；ＴＧＦβ１に関して選択的な薬剤を選択するステップ；アイソフォーム特異的なＴＧＦβ１阻害剤および薬学的に許容できる賦形剤、例えば適切なバッファーを含む医薬組成物へ処方するステップを含む。そのような方法によって生産される医薬組成物も提供される。一部の実施態様では、当該方法は、１つまたは複数の薬剤のコンテクスト依存性の阻害活性を判定（例えば測定、評価）するステップをさらに含む。
本開示の要旨は、２０１３年１１月６日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０６８６１３；２０１４年５月６日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０３６９３３；および、２０１７年３月１０日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０２１９７２の要旨にも関し、それぞれの内容全体は参照により本明細書中に援用される。
組織微小環境における潜在型複合体内のＴＧＦβ１を示す概略を提供する。 ＴＧＦβ１機能の多数のコンテクストを示す：ＧＡＲＰによって提示されるＴＧＦβ１は、制御性Ｔ細胞上に発現されて、免疫制御に関与する（図２Ａ）；ＬＴＢＰ１／３によって提示されるＴＧＦβ１は、線維芽細胞および他の細胞によってＥＣＭ内に沈着されて（図２Ｂ）；ＬＲＲＣ３３によって提示されるＴＧＦβ１は、マクロファージを含む骨髄性細胞上に発現される（図２Ｃ）。 ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体およびＬＴＢＰ－ＴＧＦβ１複合体を作製するためのタンパク質発現プラットフォームを示す。ＨＥＫ２９３に基づく発現系は、Ｎｉ－ＮＴＡ親和性精製およびゲル濾過を用いてマルチミリグラム量の精製タンパク質を得る。野生型ｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＴＰＢ１、ｓＧＡＲＰ、およびｐｒｏＴＧＦβ１ Ｃ４Ｓの概要が示される。 図４Ａは、潜在型ＴＧＦβ１へのＡｂ３の特異的結合を示す。図４Ｂは、例示的なモノクローナル抗体の結合特異性を示す。図４Ｂは、Ａｂ１およびＡｂ２が、ＥＬＩＳＡによって測定されるようにｐｒｏＴＧＦβ１に特異的に結合するが、ｐｒｏＴＧＦβ２、ｐｒｏＴＧＦβ３、または成熟ＴＧＦβ１は結合しないことを示す。図４Ｃは、ＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する（ＥＬＩＳＡによって測定される）抗体の例を示す。 成熟ＴＧＦβ増殖因子に対して作製された従来技術の抗体のパネル、および、全ての３つのアイソフォームに関するそれらのそれぞれの結合プロファイルを提供する。 Ｏｃｔｅｔによって測定された、Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３の結合プロファイルを提供し、それらは、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容／非依存性ＴＧＦβ１阻害剤である。 細胞に基づく阻害アッセイを提供する。 インビトロでのＴＧＦβ１のカリクレインによって誘導される活性化に対するＡｂ３の阻害効果を示す。 エフェクターＴ細胞激増の制御性Ｔ細胞依存性抑制に対するＡｂ１およびＡｂ３の阻害効果を示す。 極性化マクロファージにおける細胞表面ＬＲＲＣ３３発現の上方調節を示す。 Ｔ細胞共移行大腸炎モデルからの結果を提供する。 ＵＵＯのＴＧＦｂ１依存の機構疾患モデルに対するＡｂ２の阻害効果を示す。 ＵＵＯのＴＧＦｂ１依存の機構疾患モデルに対するＡｂ３の阻害効果を示す。 四塩化炭素によって誘導される線維症モデルに対するＡｂ３の阻害効果を示す。 アルポートマウスにおける線維症のトランスレーショナルモデル（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｏｄｅｌ）に対するＡｂ３の阻害効果を提供する。 ＭＣ３８癌腫における腫瘍増殖に対するＡｂ２の阻害効果を示す。 ＥＭＴ－６腫瘍モデルにおける生存に対するＰＤ－１拮抗薬と組み合わせたＡｂ３の効果を提供する。 ラットにおけるＡｂ２の改善された安全性プロファイルを示す毒物学／耐容性データを提供する。 ラットにおけるＡｂ３の改善された安全性プロファイルを示す毒物学／耐容性データを提供する。 恒常性ラットＢＡＬ細胞におけるＡｂ３のインビボでのアイソフォーム選択性を示すデータを提供する。 ＴＧＦβアイソフォームの相対的発現を提供する。図２１Ａは、正常コンパレータに対するＴＧＦβアイソフォーム発現を示す（癌タイプごと）。図２１Ｂは、ヒト癌タイプごとのＴＧＦβアイソフォーム発現の頻度を示す。図２１Ｃは、癌タイプごとの個々の腫瘍サンプルにおけるＴＧＦβアイソフォーム発現を示す。図２１Ｄは、マウス同一遺伝子型癌細胞モデル株におけるＴＧＦβアイソフォーム発現を示す。 １週間の試験によるｐａｎ－ＴＧＦβ抗体からの顕微鏡的な心臓知見を示す。
哺乳類では、形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）スーパーファミリーは、少なくとも３３個の遺伝子産物からなる。これらは、骨形態形成タンパク質（ＢＭＰ）、アクチビン、増殖および分化因子（ＧＤＦ）、および、ＴＧＦβファミリーの３つのアイソフォーム：ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３を含む。ＴＧＦβは、細胞激増の阻害、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）再構築、および免疫の恒常性のような様々なプロセスにおいて重要な役割を果たすと考えられる。Ｔ細胞恒常性のためのＴＧＦβ１の重要性は、ＴＧＦβ１－／－マウスが３～４週しか生存せず、大きな免疫活性化に起因して多臓器不全で死ぬという観察によって証明される（Ｋｕｌｋａｒｎｉ，Ａ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９３．９０（２）：ｐ．７７０－４；Ｓｈｕｌｌ、Ｍ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９２．３５９（６３９７）：ｐ．６９３－９）。ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３の役割はあまり明らかでない。３つのＴＧＦβアイソフォームは、別個の時間的および空間的発現パターンを有するが、それらは、同一の受容体、ＴＧＦβＲＩおよびＴＧＦβＲＩＩを通してシグナル伝達し、しかしながら場合によっては、例えばＴＧＦβ２シグナル伝達に関しては、ベータグリカンのようなタイプＩＩＩ受容体も必要とされる（Ｆｅｎｇ，Ｘ．Ｈ．ａｎｄ Ｒ．Ｄｅｒｙｎｃｋ，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｃｅｌｌ Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ，２００５．２１：ｐ．６５９－９３；Ｍａｓｓａｇｕｅ，Ｊ．，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｂｉｏｃｈｅｍ，１９９８．６７：ｐ．７５３－９１）。リガンド誘導性のＴＧＦβＲＩ／ＩＩのオリゴマー化は、ＳＭＡＤ転写因子のリン酸化をトリガーして、Ｃｏｌ１ａ１、Ｃｏｌ３ａ１、ＡＣＴＡ２、およびＳＥＲＰＩＮＥ１のような標的遺伝子の転写をもたらす（Ｍａｓｓａｇｕｅ，Ｊ．，Ｊ．Ｓｅｏａｎｅ，ａｎｄ Ｄ．Ｗｏｔｔｏｎ，Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ，２００５．１９（２３）：ｐ．２７８３－８１０）。ＳＭＡＤ非依存性ＴＧＦβシグナル伝達経路は、例えばマルファンマウスの癌または大動脈病変においても説明されている（Ｄｅｒｙｎｃｋ，Ｒ．ａｎｄ Ｙ．Ｅ．Ｚｈａｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ，２００３．４２５（６９５８）：ｐ．５７７－８４；Ｈｏｌｍ，Ｔ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１１．３３２（６０２７）：ｐ．３５８－６１）。
ヒトにおけるＴＧＦβパスウェイの生物学的重要性は、遺伝子疾患によって確認されている。カムラチ・エンゲルマン病は、ＴＧＦＢ１遺伝子における常染色体優性の突然変異に起因して骨形成異常をもたらし、ＴＧＦβ１シグナル伝達の構成的活性化をもたらす（Ｊａｎｓｓｅｎｓ，Ｋ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｇｅｎｅｔ，２００６．４３（１）：ｐ．１－１１）。Ｌｏｅｙｓ／Ｄｉｅｔｚ症候群を有する患者は、ＴＧＦβシグナル伝達経路の構成要素内に常染色体優性の突然変異を保有し、大動脈瘤、隔離症、および二分口蓋垂を引き起こす（Ｖａｎ Ｌａｅｒ，Ｌ．，Ｈ．Ｄｉｅｔｚ，ａｎｄ Ｂ．Ｌｏｅｙｓ，Ａｄｖ Ｅｘｐ Ｍｅｄ Ｂｉｏｌ，２０１４．８０２：ｐ．９５－１０５）。ＴＧＦβパスウェイ調節不全は多数の疾患に関与しているので、ＴＧＦβパスウェイを標的化するいくつかの薬物が開発されて患者において試験されているが、成功は制限されている。
ＴＧＦβシグナル伝達の調節不全は、広範囲なヒト疾患と関連している。実際に、多くの疾患状態において、そのような調節不全は、ＴＧＦβ機能の多数の面に関与し得る。病変組織、例えば線維性および／または炎症性組織および腫瘍は、ＴＧＦβ活性化が疾患の悪化または進行を引き起こし得る局所環境を作り得て、それは、特定の疾患状況において役割を果たす多くの他のサイトカイン、ケモカインおよび増殖因子とともに、オートクリンおよび／またはパラクリン様式で活性化された多数のＴＧＦβ応答細胞間の相互作用によって少なくとも部分的に仲介され得る。例えば、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）は、癌（すなわち、悪性）細胞に加えて、ＴＧＦβ１を発現している多数の細胞型、例えば、活性化された筋線維芽細胞様線維芽細胞、間質細胞、浸潤性マクロファージ、ＭＤＳＣおよび他の免疫細胞を含む。したがって、ＴＭＥは、ニッチにおいてＴＧＦβ１を発現および／または応答性であるが、１よりも多いタイプの提示分子、例えばＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、ＬＲＲＣ３３およびＧＡＲＰと関連する細胞の異種集団を表わす。
多数の細胞型およびシグナル伝達「コンテクスト」に関与する、調節不全または疾患駆動のＴＧＦβ１活性を効果的に阻害するために、本開示の発明者らは、アイソフォーム特異的な様式であるが多数のＴＧＦβ１機能を阻害する能力を有する薬剤のクラスを開発することを探求した。そのような薬剤は、本明細書において定義されるように、ＴＧＦβ１の「アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容」阻害剤と呼ばれる。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性阻害剤である。ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性阻害剤の使用は、ＴＧＦβ１シグナル伝達を発現および／または応答する様々な細胞型の相互作用に関わる疾患における多数のモデルのＴＧＦβ１機能に対してその阻害効果を与えることができて、それにより、多数のタイプのＴＧＦβ１前駆体複合体を標的化することによって治療的効果を高めると考えられる。したがって、そのような阻害剤の治療的標的は、以下の複合体：ｉ）ＧＡＲＰによって提示されるｐｒｏＴＧＦβ１；ｉｉ）ＬＲＲＣ３３によって提示されるｐｒｏＴＧＦβ１；ｉｉｉ）ＬＴＢＰ１によって提示されるｐｒｏＴＧＦβ１；およびｉｖ）ＬＴＢＰ３によって提示されるｐｒｏＴＧＦβ１の少なくとも３つを含む。典型的に、上記複合体（ｉ）および（ｉｉ）は、ＧＡＲＰおよびＬＲＲＣ３３の両方とも細胞外面上にＴＧＦβ１を提示することが可能な膜貫通タンパク質であるので細胞表面上に提示されて、一方で、複合体（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は、細胞外マトリックスの構成要素である。多くの研究は、ＴＧＦβ１活性化のメカニズムを解明している。３つのインテグリン、αＶβ６、αＶβ８、およびαＶβ１は、潜在型ＴＧＦβ１の主要なアクチベーターであることが証明されている（Ｒｅｅｄ，Ｎ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ，２０１５．７（２８８）：ｐ．２８８ｒａ７９；Ｔｒａｖｉｓ，Ｍ．Ａ．ａｎｄ Ｄ．Ｓｈｅｐｐａｒｄ，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ，２０１４．３２：ｐ．５１－８２；Ｍｕｎｇｅｒ，Ｊ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１９９９．９６（３）：ｐ．３１９－２８）。αＶインテグリンは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ１ ＬＡＰ内に存在するＲＧＤ配列と高い親和性で結合する（Ｄｏｎｇ，Ｘ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ，２０１４．２１（１２）：ｐ．１０９１－６）。ＴＧＦβ１ ＲＧＤ部位内に突然変異を有するトランスジェニックマウスは、インテグリン結合を妨げるが、分泌はそうではなく（ｂｕｔ ｎｏｔ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ）、ＴＧＦβ１－／－マウスを表現型模写する（Ｙａｎｇ，Ｚ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，２００７．１７６（６）：ｐ．７８７－９３）。β６およびβ８インテグリンの両方を欠損したマウスは、多臓器炎症および口蓋裂を含む、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３ノックアウトマウスの全ての本質的な表現型を再現し、発生および恒常性におけるＴＧＦβ１活性化に関するこれらの２つのインテグリンの本質的な役割を確認する（Ａｌｕｗｉｈａｒｅ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｓｃｉ，２００９．１２２（Ｐｔ２）：ｐ．２２７－３２）。潜在型ＴＧＦβ１のインテグリン依存性活性化のために重要なことは、提示分子への共有係留であり；突然変異誘発によるＧＡＲＰおよびＴＧＦβ１ ＬＡＰの間のジスルフィド結合の分裂は、複合体形成を損なわないが、αＶβ６によるＴＧＦβ１活性化を完全に止める（Ｗａｎｇ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｃｅｌｌ，２０１２．２３（６）：ｐ．１１２９－３９）。潜在型ＴＧＦβ１の最近の構造は、インテグリンがどのようにして活性ＴＧＦβ１を潜在型複合体から放出するのを可能にするのかを解明し：その提示分子への潜在型ＴＧＦβ１の共有結合は、ＬＴＢＰを介してＥＣＭへ、または、ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３を通して細胞骨格へ、潜在型ＴＧＦβ１を固定する。ＲＧＤ配列へのインテグリン結合は、ＬＡＰの構造において力依存性の変化をもたらし、活性のＴＧＦβ１が放出されて近くの受容体に結合するのを可能にする（Ｓｈｉ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１．４７４（７３５１）：ｐ．３４３－９）。疾患におけるインテグリン依存性のＴＧＦβ１活性化の重要性も十分に立証されている。αＶβ１の小分子阻害剤は、ブレオマイシンによって誘導される肺線維症および四塩化炭素によって誘導される肝線維症に対して保護して（Ｒｅｅｄ，Ｎ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ，２０１５．７（２８８）：ｐ．２８８ｒａ７９）、抗体によるαＶβ６ブロックまたはインテグリンβ６発現の損失は、ブレオマイシンによって誘導される肺線維症および放射線によって誘導される線維症を抑制する（Ｍｕｎｇｅｒ，Ｊ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１９９９．９６（３）：ｐ．３１９－２８）；Ｈｏｒａｎ，Ｇ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｒｉｔ Ｃａｒｅ Ｍｅｄ，２００８．１７７（１）：ｐ．５６－６５）。インテグリンに加えて、トロンボスポンジン－１、および、例えばマトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）、カテプシンＤまたはカリクレインのようなプロテアーゼによる活性化を含む、ＴＧＦβ１活性化の他のメカニズムが暗示されている。しかしながら、これらの研究の大部分は、精製タンパク質を用いてインビトロで行なわれ；インビボ研究からはこれらの分子の役割についてほとんど証拠がない。トロンボスポンジン－１のノックアウトは、一部の組織においてＴＧＦβ１－／－表現型の一部の態様を再現するが、ＴＧＦβ依存性であると知られるブレオマイシンによって誘導される肺線維症において保護しない（Ｅｚｚｉｅ，Ｍ．Ｅ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ，２０１１．４４（４）：ｐ．５５６－６１）。加えて、候補プロテアーゼのノックアウトは、ＴＧＦβ１表現型をもたらさなかった（Ｗｏｒｔｈｉｎｇｔｏｎ，Ｊ．Ｊ．，Ｊ．Ｅ．Ｋｌｅｍｅｎｔｏｗｉｃｚ，ａｎｄ Ｍ．Ａ．Ｔｒａｖｉｓ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ，２０１１．３６（１）：ｐ．４７－５４）。このことは、多重度によって、または、発生および恒常性よりむしろ特異的な疾患において重要なこれらのメカニズムによって、説明され得る。
したがって、本明細書に記載されるＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容な阻害剤は、ＴＧＦβ１活性化のステップを妨げることによって作用する阻害剤を含む。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、ＴＧＦβ１のインテグリン依存性（例えば、機械的または力によって駆動される）活性化を阻害することができる（図２を参照）。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、ＴＧＦβ１のプロテアーゼ依存性またはプロテアーゼによって誘導される活性化を阻害することができる。後者は、ＴＧＦβ１活性化ステップをインテグリン非依存的な様式で阻害する阻害剤を含む。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、活性化のモードを問わずにＴＧＦβ１活性化を阻害することができ、例えば、ＴＧＦβ１のインテグリン依存性活性化およびプロテアーゼ依存性活性化の両方を阻害する。ＴＧＦβ１を活性化し得るプロテアーゼの非限定的な例は、セリンプロテアーゼ、例えば、カリクレイン、ケモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、プラスミン、ならびに、亜鉛メタロプロテアーゼ（ＭＭＰファミリー）、例えば、ＭＭＰ－２、ＭＭＰ－９およびＭＭＰ－１３を含む。カリクレインは、血漿カリクレインおよび組織カリクレイン、例えば、ＫＬＫ１、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＫＬＫ４、ＫＬＫ５、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７、ＫＬＫ８、ＫＬＫ９、ＫＬＫ１０、ＫＬＫ１１、ＫＬＫ１２、ＫＬＫ１３、ＫＬＫ１４およびＫＬＫ１５を含む。図８は、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性の阻害剤の一例を提供し、ＴＧＦβ１のカリクレイン依存性活性化をインビトロで阻害することができる。一部の実施態様では、本発明の阻害剤は、潜在型複合体からの活性の（成熟）ＴＧＦβ１増殖因子の放出または解離を妨げる。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、複合体の不活化（例えば、潜在型）立体構造を安定化することによって作用し得る。
ＴＧＦβは、線維症、免疫調節および癌進行を含む多くの生物学的プロセスに関与している。ＴＧＦβ１は、タンパク質のＴＧＦβスーパーファミリーの最初に同定されたメンバーであった。ＴＧＦβスーパーファミリーの他のメンバーと同様に、ＴＧＦβ１およびアイソフォームＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３は、不活性の前駆体プロタンパク質形態（ｐｒｏＴＧＦβと呼ばれる）として初めに発現される。ＴＧＦβタンパク質（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）は、プロタンパク質転換酵素（例えば、フューリン）によってタンパク分解性に切断されて、潜在型形態（潜在型ＴＧＦβと呼ばれる）を生じる。一部の実施態様では、ＴＧＦβタンパク質（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）のプロタンパク質形態または潜在型形態は、「前駆体／潜在型ＴＧＦβタンパク質」と呼ばれて得る。ＴＧＦβ１は、例えば、ＧＡＲＰ（ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体を形成する）、ＬＲＲＣ３３（ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を形成する）、ＬＴＢＰ１（ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体を形成する）、および／または、ＬＴＢＰ３（ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を形成する）を含む多数の分子との複合体で、他の分子に対して提示され得る。これらの複合体内に存在するＴＧＦβ１は、潜在型形態（潜在型ＴＧＦβ１）または前駆体形態（ｐｒｏＴＧＦβ１）のいずれかであってよい。
本発明は、ＴＧＦβ１機能の単一のコンテクストに制限されないＴＧＦβ１シグナル伝達の多数の生物学的役割と関連する特定の疾患のための治療的使用に特に有用である。そのような状況において、多数のコンテクストにわたってＴＧＦβ１効果を阻害することが有益であり得る。したがって、一部の実施態様では、本発明は、コンテクスト特異的な様式よりむしろアイソフォーム特異的な様式でＴＧＦβ１を標的化および阻害する方法を提供する。そのような薬剤は、「アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容」ＴＧＦβ１モジュレーターと呼ばれ得る。一部の実施態様では、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１モジュレーターは、多数のコンテクスト（例えば、多数のタイプの前駆体／潜在型－ＴＧＦβ１複合体）を標的化する。一部の実施態様では、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１モジュレーターは、全てのコンテクストを包含するように、全てのタイプの前駆体／潜在型ＴＧＦβ１複合体（例えば、ＧＡＲＰ関連、ＬＲＲＣ３３関連、ＬＴＢＰ関連など）を標的化する。
コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、１よりも多いタイプの前駆体／潜在型－ＴＧＦβ１複合体（すなわち、異なる提示分子を有する）を標的化することが可能であるが、一部の実施態様では、そのような阻害剤は、他よりも１つまたは複数のコンテクストを好み得る。したがって、一部の実施態様では、ＴＧＦβ１の活性化を阻害するコンテクスト寛容抗体は、そのような抗体が前駆体／潜在型複合体の両方のタイプに結合することが可能だとしても、別の提示分子よりも一方の提示分子によって仲介されるＴＧＦβ１活性化を、優先的に阻害し得る。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＬＴＢＰ関連ＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１、およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＬＴＢＰ関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＬＴＢＰ１関連ＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３関連ＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１、およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＬＴＢＰ１およびＬＴＢＰ－３関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＬＴＢＰ１関連ＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３関連ＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１、およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＧＡＲＰ関連ＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に結合して活性化を阻害するが、ＬＲＲＣ３３関連ＴＧＦβ１に向かう選択的阻害活性を有するモノクローナル抗体である。
したがって、本発明によれば、ＴＧＦβ効果のサブセットを標的化するために異なる程度の選択性が生産され得る。ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的阻害剤（ＴＧＦβの単一アイソフォーム、例えば、ＴＧＦβ１を標的化する）は、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤（ＴＧＦβの多数または全てのアイソフォームを標的化する）よりも優れた選択性を提供する。ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤（ＴＧＦβ１の単一のアイソフォームの多数のコンテクストを標的化する）は、アイソフォーム特異的阻害剤よりも優れた選択性を提供する。ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性阻害剤（どの提示分子が関連されるかにかかわらず、ＴＧＦβ１機能を標的化して阻害する）は、ＴＧＦβ１の多数の活性にわたる阻害効果のより広範なカバーを可能にしながら、アイソフォーム特異性を提供する。
［定義］
本開示がより容易に理解され得るために、特定の用語が最初に定義される。これらの定義は、本開示の残部に照らして読まれるべきであり、当業者によって理解されるとおりである。別段の定義がされない限り、本明細書において用いられる全ての技術的および科学的用語は、当業者によって一般に理解されるのと同一の意味を有する。さらなる定義は、詳細な説明全体にわたって示される。
抗体：用語「抗体」は、本明細書における他のどこかにさらに説明されるように、任意の天然起源、組み換え、改変または操作された免疫グロブリンまたは免疫グロブリン様構造またはそれらの抗原結合フラグメントまたは部分、またはそれらの誘導体を包含する。したがって、用語は、標的抗原に特異的に結合する免疫グロブリン分子を指し、例えば、キメラ、ヒト化、完全なヒト、および二重特異性抗体を含む。無傷の抗体は、少なくとも２つの全長重鎖および２つの全長軽鎖を一般に含むが、場合によっては、重鎖のみを含み得るラクダ科において天然に生じる抗体のように、より少ない鎖を含んでよい。抗体は、単一の由来からのみ得られてよく、または、「キメラ」であってよく、すなわち、抗体の異なる部分は、２つの異なる抗体から得られてよい。抗体、またはその抗原結合部分は、組み換えＤＮＡ技術によって、または、無傷の抗体の酵素的または化学的切断によって、ハイブリドーマにおいて生産されてよい。本明細書において用いられる用語「抗体」は、それぞれ、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、ミニボディ、ドメイン抗体、合成抗体（本明細書において「抗体模倣物」と呼ばれることがある）、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体融合（本明細書において「抗体コンジュゲート」と呼ばれることがある）を含む。一部の実施態様では、用語は、ペプチボディも包含する。
抗原：用語「抗原」は、抗原結合タンパク質（例えば抗体を含む）のような選択的結合剤によって結合されることが可能な、エピトープ、例えば、分子または分子部分、または、分子または分子部分の複合体を提供する分子構造を指す。したがって、選択的結合剤は、複合体内の２以上の構成要素によって形成される抗原に特異的に結合し得る。一部の実施態様では、抗原は、その抗原に結合することが可能な抗体を生産するために、動物において用いられることが可能である。抗原は、異なる抗原結合タンパク質、例えば、抗体と相互作用することが可能な、１つまたは複数のエピトープを保有することができる。抗原結合部分／フラグメント：本明細書において用いられる用語、抗体の「抗原結合部分」または「抗原結合フラグメント」は、抗原（例えば、ＴＧＦβ１）に特異的に結合する能力を保持する抗体の１つまたは複数のフラグメントを指す。抗原結合部分は、限定されないが、抗原に特異的に結合して複合体を形成する、任意の天然起源の、酵素的に獲得可能な、合成、または遺伝学的に操作されたポリペプチドまたは糖タンパク質を含む。一部の実施態様では、抗体の抗原結合部分は、例えば、抗体可変および任意選択で定常ドメインをコードするＤＮＡの操作および発現を含む、タンパク質分解または組み換え遺伝子操作技術のような任意の適切な標準的技術を用いて、完全な抗体分子から得てよい。抗原結合部分の非限定的な例は：（ｉ）Ｆａｂフラグメント、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ヒンジ領域においてジスルフィド架橋によって結合された２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント；（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント；；（ｉｖ）抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント；（ｖ）単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）分子（例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９８８）ＳＣＩＥＮＣＥ ２４２：４２３－４２６；および、Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）ＰＲＯＣ．ＮＡＴ’Ｌ．ＡＣＡＤ．ＳＣＩ．ＵＳＡ ８５：５８７９－５８８３を参照）；（ｖｉ）ｄＡｂフラグメント（例えば、Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９８９）ＮＡＴＵＲＥ ３４１：５４４－５４６を参照）；および（ｖｉｉ）抗体の超可変領域を模倣するアミノ酸残基からなる最小認識単位（例えば、単離された相補性決定領域（ＣＤＲ））を含む。単鎖抗体の他の形態、例えば、ダイアボディも包含される。用語、抗体の抗原結合部分は、「単鎖Ｆａｂフラグメント」（他に「ｓｃＦａｂ」として知られる）を含み、抗体重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、抗体定常ドメイン１（ＣＨ１）、抗体軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、抗体軽鎖定常ドメイン（ＣＬ）およびリンカーを含み、ここで前記抗体ドメインおよび前記リンカーは、以下の順番の１つをＮ末端からＣ末端への方向で有する：ａ）ＶＨ－ＣＨ１－リンカー－ＶＬ－ＣＬ、ｂ）ＶＬ－ＣＬ－リンカー－ＶＨ－ＣＨ１、ｃ）ＶＨ－ＣＬ－リンカー－ＶＬ－ＣＨ１またはｄ）ＶＬ－ＣＨ１－リンカー－ＶＨ－ＣＬ；ここで前記リンカーは、少なくとも３０個のアミノ酸、好ましくは３２～５０個のアミノ酸のポリペプチドである。
癌：本明細書において用いられる用語「癌」は、調節されない細胞激増および悪性腫瘍によって典型的に特徴付けられる、多細胞真核生物における生理学的状態を指す。したがって、その用語は、固形腫瘍、血液癌（例えば、白血病）、ならびに、骨髄線維症および多発性骨髄腫を広く包含する。
細胞関連ＴＧＦβ１：用語は、膜に結合された（例えば、細胞表面につながれた）、ＴＧＦβ１またはそのシグナル伝達複合体（ｃｏｍｌｅｘ）（例えば、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）を指す。典型的に、そのような細胞は、免疫細胞である。ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３によって提示されるＴＧＦβ１は、細胞関連ＴＧＦβ１である。
チェックポイント阻害剤：本開示の文脈における、チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント阻害剤を指し、当該分野において理解される意味を有する。典型的に、標的は、Ｔ細胞またはＮＫ細胞上の受容体分子、または、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または腫瘍細胞上の対応する細胞表面リガンドである。免疫チェックポイントは、免疫細胞において活性化されて、「自己」に対する炎症性の免疫発生を避ける。したがって、チェックポイント阻害を介した免疫系のバランスの変更は、癌を検出して除去するために完全に活性化されるのを可能にすべきである。免疫応答の制御に関与する最も知られた阻害受容体は、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原－４（ＣＴＬＡ－４）、プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ－１）、Ｔ細胞免疫グロブリンドメインおよびムチンドメイン３（ＴＩＭ３）、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ３）、キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、グルココルチコイドによって誘導される腫瘍壊死因子受容体（ＧＩＴＲ）およびＶドメイン免疫グロブリン（Ｉｇ）を含むＴ細胞活性化抑制因子（ＶＩＳＴＡ）である。チェックポイント阻害剤の非限定的な例は：ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ＢＭＳ－９３６５５９、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、トレメリムマブ、ＩＭＰ－３２１、ＢＭＳ－９８６０１６、およびリリルマブを含む。
臨床利益：本明細書において用いられる用語「臨床利益」は、治療の有効性および安全性の両方を含むことが意図される。したがって、望ましい臨床利益を達成する治療的治療は、効果的および安全の両方である（例えば、毒性または有害事象に耐容または許容可能である）。
併用療法：「併用療法」は、２以上の治療的薬剤を含む臨床的徴候のための治療レジメンを指す。したがって、その用語は、第一の組成物（例えば、活性成分）を含む第一の治療が、第二の組成物（活性成分）を含む第二の治療とともに患者へ投与される治療的レジメンを指し、同一または重複する疾患または臨床状態を治療することが意図される。第一および第二の組成物は両方とも、同一の細胞標的、または別個の細胞標的に対して作用し得る。併用療法の文脈における語句「～とともに」は、第一の治療の治療的効果が、併用療法を受ける対象において、一時的および／または空間的に第二の治療の治療的効果と重複することを意味する。したがって、併用療法は、同時的な投与のために単一の製剤として、または、治療の連続的投与のために別個の製剤として、製剤化され得る。
組み合わせまたはコンビナトリアルエピトープ：一部の実施態様では、本発明の阻害抗体は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１複合体の２以上の構成要素（例えば、部分またはセグメント）によって形成されるエピトープに結合し得る。そのようなエピトープは、組み合わせまたはコンビナトリアルエピトープと呼ばれる。したがって、組み合わせエピトープは、複合体の第一の構成要素由来のアミノ酸残基（単数または複数）、および、複合体の第二の構成要素由来のアミノ酸残基（単数または複数）などを含んでよい。それぞれの構成要素は、抗原性複合体の単一のタンパク質または２以上のタンパク質からなってよい。組み合わせエピトープへの抗体の結合は、抗原の一次アミノ酸配列に単に依存しない。むしろ、組み合わせエピトープは、抗原または抗原複合体の２以上の構成要素（例えば、アミノ酸残基のような部分またはセグメント）からの構造寄与によって形成される。
競合または交差競合：用語「競合」は、同一エピトープに関して競合する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合部分）の文脈において用いられる場合、アッセイによって判定されるように、試験される抗原結合タンパク質が、共通の抗原（例えば、ＴＧＦβ１またはそのフラグメント）に対する参照抗原結合タンパク質の特異的な結合を防止または阻害する（例えば減少させる）、抗原結合タンパク質間の競合を意味する。非常に多くのタイプの競合結合アッセイが、一方の抗原結合タンパク質が他方と競合するかどうか決定するために用いられ得る（例えば：固相直接または間接ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、固相直接または間接酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ；固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ；固相直接標的アッセイ、および固相直接標的サンドイッチアッセイ）。通常、競合する抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合は、共通の抗原に対する参照抗原結合タンパク質の特異的な結合を、少なくとも４０～４５％、４５～５０％、５０～５５％、５５～６０％、６０～６５％、６５～７０％、７０～７５％、または７５％以上阻害する（例えば減少させる）。場合によっては、結合は、少なくとも８０～８５％、８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、または９７％以上阻害される。一部の実施態様では、例えば製造元の説明書に従って標準的な試験条件を用いて（例えば、結合は室温、約２０～２５℃で分析される）、例えばＢｉａｃｏｒまたはＯｃｔｅｔによって分析されるように、第一の抗体またはその抗原結合部分および第二の抗体またはその抗原結合部分は、同一抗原に関して互いに交差ブロックする。一部の実施態様では、第一の抗体またはそのフラグメントおよび第二の抗体またはそのフラグメントは、同一のエピトープを有してよい。他の実施態様では、第一の抗体またはそのフラグメントおよび第二の抗体またはそのフラグメントは、同一でないが重複するエピトープを有してよい。さらなる実施態様では、第一の抗体またはそのフラグメントおよび第二の抗体またはそのフラグメントは、抗体結合が立体障害を介して交差ブロックされるように、三次元空間においてきわめて接近している別個の（異なる）エピトープを有してよい。「交差ブロック」は、抗原に対する第一の抗体の結合が、同一の抗原に対する第二の抗体の結合を妨げて、同様に、抗原に対する第二の抗体の結合が、同一の抗原に対する第一の抗体の結合を妨げることを意味する。
相補性決定領域：本明細書において用いられる、用語「ＣＤＲ」は、抗体可変配列内の相補性決定領域を指す。重鎖および軽鎖の可変領域のそれぞれにおいて３つのＣＤＲが存在し、可変領域のそれぞれに関して、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と指定される。本明細書において用いられる用語「ＣＤＲセット」は、抗原に結合することのできる単一の可変領域を生じさせる３つのＣＤＲのグループを指す。これらのＣＤＲの正確な境界は、異なるシステムによって異なって定義されている。Ｋａｂａｔによって説明されるシステム（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（１９８７；１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．）は、抗体の任意の可変領域に適用可能な明白な残基ナンバリングシステムを提供するだけでなく、３つのＣＤＲを定義する正確な残基境界も提供する。これらのＣＤＲは、Ｋａｂａｔ ＣＤＲと呼ばれ得る。Ｃｈｏｔｈｉａおよび共同研究者（Ｃｈｏｔｈｉａ＆Ｌｅｓｋ（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７；およびＣｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４２：８７７－８８３）は、Ｋａｂａｔ ＣＤＲ内の特定のサブ部分が、アミノ酸配列レベルで非常に多様性を有するにもかかわらず、ほぼ同一のペプチド主鎖立体構造を取ることを見いだした。これらのサブ部分は、Ｌ１、Ｌ２およびＬ３またはＨ１、Ｈ２およびＨ３と指定された（ここで「Ｌ」および「Ｈ」は、それぞれ軽鎖および重鎖領域を指定する）。これらの領域は、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲと呼ばれ得て、Ｋａｂａｔ ＣＤＲと重複する境界を有する。Ｋａｂａｔ ＣＤＲと重複するＣＤＲを定義する他の境界は、Ｐａｄｌａｎ（１９９５）ＦＡＳＥＢ Ｊ．９：１３３－１３９およびＭａｃＣａｌｌｕｍ（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２（５）：７３２－４５によって説明されている。さらに他のＣＤＲ境界の定義は、本明細書におけるシステムの１つに厳密に従わなくてよいが、それでもなお、Ｋａｂａｔ ＣＤＲと重複するが、特定の残基または残基群または実にＣＤＲ全体が抗原結合に著しく影響を与えないという予測または実験的知見に照らすと、それらは短くまたは長くされ得る。本明細書において用いられる方法は、任意のこれらのシステムに従って定義されるＣＤＲを利用し得るが、特定の実施態様は、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａによって定義されたＣＤＲを用いる。
立体構造的エピトープ：一部の実施態様では、本発明の阻害抗体は、立体構造特異的なエピトープに結合し得る。そのようなエピトープは、立体構造的エピトープ、立体構造特異的エピトープ、立体構造依存性エピトープ、または立体構造感受性エピトープと呼ばれる。そのようなエピトープに特異的に結合する、対応する抗体またはそのフラグメントは、立体構造特異的抗体、立体構造選択的抗体、または立体構造依存性抗体と呼ばれ得る。立体構造的エピトープへの抗原の結合は、抗原または抗原複合体の三次元構造（立体構造）に依存する。
定常領域：免疫グロブリン定常ドメインは、重鎖または軽鎖定常ドメインを指す。ヒトＩｇＧ重鎖および軽鎖定常ドメインアミノ酸配列は、当技術分野で知られている。
コンテクスト寛容；コンテクス非依存性：「コンテクスト寛容」および「コンテクスト非依存性」ＴＧＦβ阻害剤は、１より多いモードのＴＧＦβ機能に対して作用し得る幅広いコンテクスト阻害剤である。ＴＧＦβの「コンテクスト寛容阻害剤」は、ＴＧＦβ機能の多数のコンテクスト、例えば、以下：ＧＡＲＰ（ＬＲＲＣ３２とも呼ばれる）、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ１、およびＬＴＢＰ３の少なくとも２つと関連するＴＧＦβ活性を阻害することが可能な薬剤である。コンテクスト寛容阻害剤のうち、薬剤が、特異的な提示分子に関係なくＴＧＦβ活性を阻害することが可能な場合、そのような阻害剤は、「コンテクスト非依存性」阻害剤と呼ばれる。したがって、ＴＧＦβのコンテクスト非依存性阻害剤は、以下：ＧＡＲＰ、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ１、およびＬＴＢＰ３の全てと関連するＴＧＦβ活性を阻害することができる。一部の実施態様では、コンテクスト寛容およびコンテクスト非依存性阻害剤は、他よりも１つまたは複数のコンテクストに向かう選択的または偏った阻害活性を及ぼし得る。
ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１：用語は、細胞外マトリックスの構成要素である（例えばそれに沈着される）、ＴＧＦβ１またはそのシグナル伝達複合体（例えば、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）を指す。ＬＴＢＰ１またはＬＴＢＰ３によって提示されるＴＧＦβ１は、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１である。
有効量：「有効量」（または治療的有効量）は、患者集団において、統計的に有意な臨床利益を達成する用量または投与レジメンである。
エピトープ：用語「エピトープ」は、結合剤、免疫グロブリンまたはＴ細胞受容体に特異的に結合することのできる任意の分子決定因子（例えば、ポリペプチド決定因子）を含む。特定の実施態様では、エピトープ決定因子は、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル、またはスルホニルのような分子の化学的に活性の表面グループを含み、特定の実施態様では、特異的な三次元構造特性、および／または特異的な電荷特性を有してよい。エピトープは、結合タンパク質によって結合される抗原の領域である。エピトープは、したがって、特異的な結合パートナー上の相補部位に結合することが知られる抗原（またはそのフラグメント）の領域のアミノ酸残基からなる。抗原性フラグメントは、１より多いエピトープを含んでよい。特定の実施態様では、抗体は、タンパク質および／または高分子の複合体混合物内でその標的抗原を認識する場合、抗原に特異的に結合する。例えば、抗体は、抗体が交差競合する（一方が他方の結合または調節効果を妨げる）場合、「同一エピトープに結合する」と言われる。加えて、エピトープの構造的定義（重複、同様、同一）は、情報を与えるが、機能的定義は、構造的（結合）および機能的（調節、競合）パラメーターを包含するので、しばしば、より関連がある。
線維症：用語「線維症」または「線維性状態／障害」は、組織または臓器内の、コラーゲンのような細胞外マトリックス（ＥＣＭ）構成要素の病理学的蓄積によって特徴付けられるプロセスまたは兆候を指す。
ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体：本明細書において用いられる、用語「ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体」は、形質転換増殖因子β１（ＴＧＦβ１）タンパク質および糖タンパク質Ａ反復優位タンパク質（ＧＡＲＰ）またはそれらのフラグメントまたは変異体のプロタンパク質形態または潜在型形態を含む、タンパク質複合体を指す。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１タンパク質のプロタンパク質形態または潜在型形態は、「前駆体／潜在型ＴＧＦβ１タンパク質」と呼ばれ得る。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体は、１つまたは複数のジスルフィド結合を介して前駆体／潜在型ＴＧＦβ１と共有結合されたＧＡＲＰを含む。他の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１と非共有結合したＧＡＲＰを含む。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体は、天然起源の複合体、例えば細胞内のＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体である。例示的なＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体を図３に示す。
ヒト抗体：本明細書において用いられる用語「ヒト抗体」は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列由来の可変および定常領域を有する抗体を含むことが意図される。本開示のヒト抗体は、例えばＣＤＲおよび特にＣＤＲ３内に、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基を含んでよい（例えば、インビトロでランダムまたは部位特異的突然変異誘発によって、またはインビボで体細胞突然変異によって、導入された突然変異）。しかしながら、本明細書において用いられる用語「ヒト抗体」は、マウスのような別の哺乳類種の生殖細胞系に由来するＣＤＲ配列が、ヒトフレームワーク配列中にグラフトされている抗体を含むことを意図しない。
ヒト化抗体：用語「ヒト化抗体」は、非ヒト種（例えば、マウス）由来の重鎖および軽鎖可変領域配列を含むが、ＶＨおよび／またはＶＬ配列の少なくとも一部は、より「ヒト様」に、すなわち、ヒト生殖細胞系可変配列により似ているように変更されている抗体を指す。ヒト化抗体の１つのタイプは、ＣＤＲグラフト抗体であり、ヒトＣＤＲ配列が非ヒトＶＨおよびＶＬ配列内に導入されて、対応する非ヒトＣＤＲ配列を置き換える。また、「ヒト化抗体」は、目的の抗原に免疫特異的に結合する抗体、またはその変異体、誘導体、アナログまたはフラグメントでもあり、実質的にヒト抗体のアミノ酸配列を有するＦＲ領域および実質的に非ヒト抗体のアミノ酸配列を有するＣＤＲ領域を含む。本明細書において用いられる、ＣＤＲの文脈における用語「実質的に」は、非ヒト抗体ＣＤＲのアミノ酸配列と少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一のアミノ酸配列を有するＣＤＲを指す。ヒト化抗体は、少なくとも１つの、典型的に２つの、可変ドメイン（Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＦａｂＣ、Ｆｖ）の実質的に全てを含み、非ヒト免疫グロブリン（すなわち、ドナー抗体）のものに対応するＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全ておよびＦＲ領域の全てまたは実質的に全ては、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。一実施態様では、ヒト化抗体は、免疫グロブリンＦｃ領域（典型的にヒト免疫グロブリンのもの）の少なくとも一部も含む。一部の実施態様では、ヒト化抗体は、軽鎖、ならびに、重鎖の少なくとも可変ドメインを含む。抗体はまた、重鎖のＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２、ＣＨ３、およびＣＨ４領域も含んでよい。一部の実施態様では、ヒト化抗体は、ヒト化軽鎖のみを含む。一部の実施態様では、ヒト化抗体は、ヒト化重鎖のみを含む。特定の実施態様では、ヒト化抗体は、軽鎖のヒト化可変ドメインおよび／またはヒト化重鎖のみを含む。
アイソフォーム特異的：用語「アイソフォーム特異性」は、一方のアイソフォームを、他の構造的に関連するアイソフォームに対して区別する薬剤の能力（すなわち、選択性）を指す。アイソフォーム特異的なＴＧＦβ阻害剤は、所定の濃度で、ＴＧＦβの一方のアイソフォームに向けてその阻害活性を与えるが、ＴＧＦβの他のアイソフォームには与えない。例えば、アイソフォーム特異的なＴＧＦβ１抗体は、ＴＧＦβ１に選択的に結合する。ＴＧＦβ１特異的阻害剤（抗体）は、実質的により大きな親和性で、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３よりもＴＧＦβ１アイソフォームを優先的に標的化する（結合し、それにより阻害する）。例えば、このコンテクストにおける選択性は、ＯｃｔｅｔおよびＢｉａｃｏｒのようなインビトロ結合アッセイによって測定される、それぞれの親和性における少なくとも５００～１０００倍の違いを指し得る。一部の実施態様では、選択性は、阻害剤が、インビボでＴＧＦβ１を阻害するのに効果的な用量で用いられた場合にＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３を阻害しないようなものである。例えば、抗体は、約１ｐＭの親和性でＴＧＦβ１に優先的に結合してよく、一方で、同一の抗体は、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３に、約０．５～５０ｎＭで結合してよい。そのような阻害剤が治療として有用であるためには、望ましい効果を達成するための用量（例えば、治療的有効量）は、阻害剤が、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３を阻害せずにＴＧＦβ１アイソフォームを効果的に阻害することのできるウインドウ内に入らなければならない。
単離される：本明細書において用いられる「単離された」抗体は、異なる抗原性特異性を有する他の抗体から実質的にフリーである抗体を指す。一部の実施態様では、単離された抗体は、他の意図しない細胞物質および／または化学物質から実質的にフリーである。
局在化される：本開示の文脈における用語「局在化される」（「局在化された腫瘍」など）は、全身性疾患とは対照的に、解剖上単離されたまたは単離可能な、異常、例えば固形悪性腫瘍を指す。特定の白血病などは、疾患に対する、局在化された構成要素（例えば骨髄）および全身性の構成要素（例えば循環血液細胞）の両方を有してよい。
ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体：本明細書において用いられる、用語「ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体」は、形質転換増殖因子β１（ＴＧＦβ１）タンパク質のプロタンパク質形態または潜在型形態およびロイシンリッチリピート含有タンパク質３３（ＬＲＲＣ３３；活性酸素種の負の調節因子またはＮＲＲＯＳとしても知られる）の間の複合体またはそのフラグメントまたは変異体を指す。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体は、１つまたは複数のジスルフィド結合を介して前駆体／潜在型ＴＧＦβ１と共有結合されたＬＲＲＣ３３を含む。他の実施態様では、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１と非共有結合されたＬＲＲＣ３３を含む。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体は、天然起源の複合体、例えば細胞内のＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体である。
ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体：本明細書において用いられる、用語「ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体」は、形質転換増殖因子β１（ＴＧＦβ１）タンパク質のプロタンパク質形態または潜在型形態および潜在型ＴＧＦ－β結合タンパク質１（ＬＴＢＰ１）を含むタンパク質複合体またはそれらのフラグメントまたは変異体を指す。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体は、１つまたは複数のジスルフィド結合を介して前駆体／潜在型ＴＧＦβ１に共有結合されたＬＴＢＰ１を含む。他の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１に非共有結合されたＬＴＢＰ１を含む。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体は、天然起源の複合体、例えば、細胞内のＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体である。例示的なＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体を図３に示す。
ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体：本明細書において用いられる、用語「ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体」は、形質転換増殖因子β１（ＴＧＦβ１）タンパク質のプロタンパク質形態または潜在型形態および潜在型ＴＧＦ－β結合タンパク質３（ＬＴＢＰ３）を含むタンパク質複合体またはそれらのフラグメントまたは変異体を指す。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体は、１つまたは複数のジスルフィド結合を介して前駆体／潜在型ＴＧＦβ１に共有結合されたＬＴＢＰ３を含む。他の実施態様では、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１に非共有結合されたＬＴＢＰ１を含む。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体は、天然起源の複合体、例えば、細胞内のＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体である。例示的なＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を図３に示す。
骨髄線維症：「骨髄線維症」は、骨骨髄線維症としても知られ、相対的に稀な骨髄増殖性疾患（例えば、癌）であり、骨髄増殖性障害と呼ばれる疾患グループに属する。骨髄線維症は、骨髄増殖性新生物のＰｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ染色体陰性（－）ブランチに分類される。骨髄線維症は、骨髄および他の部位における造血幹細胞の異常なクローンの激増によって特徴付けられて、線維症、または、瘢痕組織による髄質の置換をもたらす。用語、骨髄線維症は、別段の定めのない限り、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）を指す。これは、慢性特発性骨髄線維症（ｃＩＭＦ）とも呼ばれ得る（用語、特発性および原発性は、これらの場合、疾患が未知または自発的起源であることを意味する）。これは、真性多血症または本質的な血小板血症の次に発生する骨髄線維症と対照的である。骨髄線維症は、骨髄性異形成の形態であり、それは骨髄の血液形成組織内の細胞型における変化を指し、しばしば２つの用語は同義的に用いられる。用語、突発性骨髄性異形成および骨髄性異形成を有する骨髄線維症（ＭＭＭ）は、原発性骨髄線維症を指すためにも用いられる。
Ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤：用語「ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤」は、ＴＧＦβの多数のアイソフォームを阻害または拮抗することが可能な任意の薬剤を指す。そのような阻害剤は、ＴＧＦβアイソフォームの小分子阻害剤であってよい。その用語は、ＴＧＦβの１よりも多いアイソフォーム、例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３の少なくとも２つに結合することが可能な任意の薬剤を指すｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を含む。一部の実施態様では、ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体は、３つの全てのアイソフォーム、すなわち、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３に結合する。一部の実施態様では、ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体は、３つの全てのアイソフォーム、すなわち、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３に結合して中和する。
提示分子：用語、ＴＧＦβの「提示分子（ｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」または「提示分子（ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」は、ＴＧＦβの不活性形態（単数または複数）に結合（ｂｉｎｄｉｎｇ）／結合（ｌｉｎｋｉｎｇ）することが可能なタンパク質体であり、それにより、細胞外ドメインにおいてプロタンパク質を「提示」する。４つのＴＧＦβ提示分子が現在までに同定されていて：潜在型ＴＧＦβ結合タンパク質－１（ＬＴＢＰ１）およびＬＴＢＰ３は、細胞外マトリックスの中に沈着されて（すなわち、ＥＣＭの構成要素）、一方で、糖タンパク質Ａ反復優位（ＧＡＲＰ／ＬＲＲＣ３２）およびロイシンリッチリピート含有タンパク質３３（ＬＲＲＣ３３）は、膜貫通ドメインを含み、免疫細胞のような特定の細胞の表面上に潜在型ＴＧＦβ１を提示する。ＴＧＦβ１アイソフォームは単独で、正常および疾患の状態の両方において、多くの生物学的プロセスに関与している。これらは、限定されないが、組織恒常性の維持、炎症応答、ＥＣＭ認識、例えば創傷治癒、および免疫応答の調節、ならびに、臓器線維症、癌、および自己免疫を含む。
ＰｒｏＴＧＦβ１：本明細書において用いられる用語「ｐｒｏＴＧＦβ１」は、複合体内にＴＧＦβ１のプロドメイン配列を含む不活性のＴＧＦβ１複合体の前駆体形態を包含することが意図される。したがって、その用語は、ＴＧＦβ１の前駆体－、ならびに、潜在型－形態を含んでよい。「前駆体／潜在型ＴＧＦβ１」の表現は、相互交換可能に用いられてよい。ＴＧＦβ１の「前駆体」形態は、フューリン部位でのタンパク質分解性の切断の前に存在する。いったん切断されると、生じる形態は、ＴＧＦβ１の「潜在型」と呼ばれる。「潜在型」複合体は、さらなる活性化が、インテグリンによって駆動される活性化イベントなどをトリガーするまで、関連したままである。図３に示されるように、ｐｒｏＴＧＦβ１複合体は、ジスルフィド結合によって結合された二量体ＴＧＦβ１プロタンパク質ポリペプチドからなる。形容詞「潜在型」は、インテグリンが介在するまたは他の活性化イベントの前の、ＴＧＦβ１の「不活性」状態を説明するために一般に用いられ得ることに注意すべきである。
制御性Ｔ細胞：「制御性Ｔ細胞」またはＴｒｅｇは、バイオマーカーＣＤ４、ＦＯＸＰ３、およびＣＤ２５の発現によって特徴付けられる。Ｔｒｅｇは、抑制性Ｔ細胞と呼ばれることがあり、免疫系を調整する、自己抗原に対する耐性を維持する、および、自己免疫疾患を防ぐ、Ｔ細胞の亜集団を表わす。Ｔｒｅｇは免疫抑制であり、一般に、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞の誘導および激増を抑制または下方調節する。Ｔｒｅｇは、胸腺において発生し得て（いわゆる、ＣＤ４＋Ｆｏｘｐ３＋「内在性」Ｔｒｅｇ）、または、例えば、ＴＧＦβまたはレチノイン酸に対する曝露後に、抹消においてナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞から分化する。
固形腫瘍：用語「固形腫瘍」は、嚢胞または液体領域を通常は含まない組織の異常な増殖または塊をもたらす増殖性障害を指す。固形腫瘍は、良性（非癌性）、または悪性（癌性）であってよい。固形腫瘍は、癌性（悪性）細胞、ＣＡＦを含む間質細胞、および浸潤白血球、例えばマクロファージおよびリンパ球からなってよい。
特異的な結合：本明細書において用いられる、用語「特異的な結合」または「特異的に結合する」は、抗原と抗体、またはその抗原結合部分の相互作用が、特定の構造（例えば、抗原性決定因子またはエピトープ）の存在に依存することを意味する。例えば、抗体、またはその抗原結合部分は、一般的なタンパク質よりもむしろ、特異的なタンパク質に結合する。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、抗体が、少なくとも約１０－４Ｍ、１０－５Ｍ、１０－６Ｍ、１０－７Ｍ、１０－８Ｍ、１０－９Ｍ、１０－１０Ｍ、１０－１１Ｍ、１０－１２Ｍ、１０－１３Ｍ、またはそれ未満の、標的に関するＫＤを有するならば、標的、例えば、ＴＧＦβに特異的に結合する。一部の実施態様では、本明細書において用いられる用語「ＴＧＦβ１のエピトープに対する特異的な結合」、「ＴＧＦβ１のエピトープに特異的に結合する」、「ＴＧＦβ１に対する特異的な結合」、または「ＴＧＦβ１に特異的に結合する」は、ＴＧＦβ１に結合して、表面プラズモン共鳴によって決定される１．０×１０－７Ｍ以下の解離定数（ＫＤ）を有する、抗体、またはその抗原結合部分を指す。一実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１のヒトおよび非ヒト（例えば、マウス）オルソログの両方に特異的に結合することができる。
対象：治療的適用の文脈における用語「対象」は、臨床ケアまたは介入、例えば治療、診断などを受ける個体を指す。適切な対象は、制限されないが哺乳類（例えば、ヒトおよび非ヒト哺乳類）を含む、脊椎動物を含む。対象がヒト対象である場合、用語「患者」は、相互交換可能に用いられてよい。臨床文脈では、用語「患者集団」または「患者亜集団」は、臨床基準のような基準（例えば、疾患提示、疾患ステージ、特定の状態に対する感受性、治療に対する反応性など）、病歴、健康状態、性別、年齢群、遺伝子基準（例えば、特定の突然変異、多型、遺伝子重複、ＤＮＡ配列反復などのキャリア）およびライフスタイル因子（例えば、喫煙、アルコール消費量、運動など）のセットに入る個体の群を指すために用いられる。
ＴＧＦβ１関連障害：「ＴＧＦβ１関連障害」は、病因および／または進行の少なくとも一部をＴＧＦβ１シグナル伝達またはその調節不全に帰すことのできる、任意の疾患または障害を意味する。
ＴＧＦβ阻害剤：用語「ＴＧＦβ阻害剤」は、ＴＧＦβ増殖因子（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３）の生物学的活性または機能を拮抗することが可能な任意の薬剤を指す。用語は、その作用機序を制限することを意図せず、例えば、中和阻害剤、受容体拮抗薬、可溶性リガンドトラップ、およびＴＧＦβの活性化阻害剤を含む。
「ＴＧＦβファミリー」は、ＴＧＦβスーパーファミリー内のクラスであり、構造的に似ている３つのアイソフォーム：ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３を含む。
毒性：本明細書において用いられる用語「毒性（単数または複数）」は、望ましくない副作用および有害事象のような、患者に投与される治療と関連する患者における不要なインビボ効果を指す。「耐容性」は、毒性のせいで治療を中止することなく患者によって合理的に許容され得る治療または治療的レジメンと関連する毒性のレベルを指す。
治療する（Ｔｒｅａｔ）／治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）：用語「治療する」または「治療」は、治療的治療、予防的治療、および対象が障害または他の危険因子を発生するリスクを減少させる適用を含む。したがって、その用語は、例えば、体の免疫を高めるまたはブーストすることによって；免疫抑制を減少または反転させることによって；体から有害な細胞または物質を減少、除去または根絶させることによって；疾患負荷（例えば、腫瘍負荷）を減少させることによって；再発またはぶり返しを防止することによって；不応期を延長させることによって、および／または、他の方法で生存を改善することによって、患者において治療的利益を引き起こすことを広く意味することが意図される。その用語は、治療的治療、予防的治療、および対象が障害または他の危険因子を発生するリスクを減少させる適用を含む。治療は、障害の完全な治療を必要とせず、症候（ｓｙｍｐｔｏｍ）または根底にある危険因子を減少させる実施態様を包含する。併用療法の文脈において、その用語は、ｉ）副作用を減少させて耐容性を増大させるように、第二の治療的が第一の治療的の効果的な用量を減少させる能力；ｉｉ）第二の治療が患者を第一の治療により反応性にさせる能力；および／またはｉｉｉ）相加的または相乗的な臨床利益を果たす能力を指してもよい。
腫瘍関連マクロファージ：「腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）」は、腫瘍促進性表現型を有する極性化／活性化されたマクロファージである。ＴＡＭは、赤血球－骨髄性前駆細胞に由来する組織常在性マクロファージまたは腫瘍部位へ動員される髄質由来の単球／マクロファージであってよい。ＴＡＭへの単球／マクロファージの分化は、局所的な化学的シグナル、例えば、サイトカイン、ケモカイン、増殖因子、および、リガンドとして作用する他の分子、ならびに、ニッチ（腫瘍微小環境）内に存在する単球／マクロファージ間の細胞間相互作用を含む、多くの因子によって影響される。一般に、単球／マクロファージは、いわゆる「Ｍ１」または「Ｍ２」サブタイプに極性化され得て、後者は、より腫瘍促進性の表現型と関連する。固形腫瘍では、腫瘍量の５０％までが、優先的にＭ２極性化であるマクロファージに対応し得る。
腫瘍微小環境：用語「腫瘍微小環境（ＴＭＥ）」は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）がインビボに存する局所的な疾患ニッチを指す。
可変領域：用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の軽鎖および／または重鎖の部分を指し、典型的に、重鎖内のおよそアミノ末端１２０～１３０アミノ酸および軽鎖内の約１００～１１０アミノ末端アミノ酸を含む。特定の実施態様では、異なる抗体の可変領域は、同一種の抗体の間でさえ、アミノ酸配列が広範囲にわたって異なる。抗体の可変領域は典型的に、その標的に関する特定の抗体の特異性を決定する。
実施例（ｏｐｅｒａｔｉｎｇ ｅｘａｍｐｌｅ）以外では、または、別段の指示がない場合は、本明細書において用いられる反応条件または成分量を表わす全ての数は、用語「約」によって全ての例において修飾されると理解されるべきである。用語「約」は、パーセンテージに関して用いられる場合、±１％を意味してよい。
明細書および特許請求の範囲において、本明細書において用いられる不定冠詞「ａ」および「ａｎ」は、明確に逆が指示されない限り、「少なくとも１つ」を意味すると理解されるべきである。
明細書および特許請求の範囲において、本明細書において用いられる語句「および／または」は、そのように結合されたエレメントの「いずれかまたは両方」、すなわち、ある場合には結合的に存在し、他の場合では分離して存在するエレメントを意味すると理解されるべきである。「および／または」節によって明確に特定されるエレメント以外の他のエレメントは、明確に逆が指示されない限り、具体的に特定されるこれらのエレメントと関係するまたは関係しないにかかわらず、任意選択で存在してよい。したがって、非限定的な例として、「Ａおよび／またはＢ」という言及は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」のようなオープンエンド言語とともに用いられる場合、一実施態様では、Ｂを伴わずにＡを指してよく（任意選択でＢ以外のエレメントを含んでよい）；別の実施態様では、Ａを伴わずにＢを指してよく（任意選択でＡ以外のエレメントを含んでよい）；さらに別の実施態様では、ＡおよびＢの両方を指してよい（任意選択で他のエレメントを含んでよい）；などである。
明細書および特許請求の範囲において、本明細書において用いられるように、１つまたは複数のエレメントのリストに対する言及における語句「少なくとも１つ」は、エレメントのリスト内の任意の１つまたは複数のエレメントから選択される少なくとも１つのエレメントを意味すると理解されるべきであるが、エレメントのリスト内に具体的に挙げられるそれぞれおよび全てのエレメントの少なくとも１つを必ずしも含まず、エレメントのリスト内のエレメントの任意の組み合わせを除外しない。この定義は、語句「少なくとも１つ」が指すエレメントのリスト内に具体的に特定されるエレメント以外のエレメントが（具体的に特定されるこれらのエレメントに関係するまたは関係しないにかかわらず）任意選択で存在してよいことも許容する。したがって、非限定的な例として、「ＡおよびＢの少なくとも１つ」（または同等に、「ＡまたはＢの少なくとも１つ」、または同等に、「Ａおよび／またはＢの少なくとも１つ」）は、一実施態様では、少なくとも１つの（任意選択で、１つよりも多くを含んでよい）Ａを、Ｂは存在せずに指してよく（任意選択で、Ｂ以外のエレメントを含んでよい）；別の実施態様では、少なくとも１つの（任意選択で、１つよりも多くを含んでよい）Ｂを、Ａは存在せずに指してよい（任意選択で、Ａ以外のエレメントを含んでよい）；さらに別の実施態様では、少なくとも１つの（任意選択で、１つよりも多くを含んでよい）Ａ、および、少なくとも１つの（任意選択で、１つよりも多くを含んでよい）Ｂ（任意選択で、他のエレメントを含んでよい）；などを指してよい。
クレームエレメントを修飾するための特許請求の範囲における、順序を表わす用語、例えば、「第一」、「第二」、「第三」などの使用は、それ自体では、方法の行為が行なわれる一方のクレームエレメントの他方に対するいかなる優先、先行、または順序、または時間的順序を含意しないが、クレームエレメントを区別するために、特定の名称を有する一方のクレームエレメントを、（順序を表わす用語を使用しなければ）同一の名称を有する別のエレメントから、区別するためのラベルとして単に用いられる。
本明細書において提供される範囲は、範囲内の全ての値に関する省略表現であると理解される。例えば、１～５０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０からなる群からの任意の数、数の組み合わせ、または、サブ範囲、例えば、１０～２０、１～１０、３０～４０などを含むと理解される。
［ＴＧＦβ１のアイソフォーム選択的、コンテクスト寛容／コンテクスト非依存性抗体］
本発明は、前駆体／潜在型－ＴＧＦβ１を含む以下の複合体：ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に結合する抗体、およびその抗原結合部分を提供する。したがって、本発明の一部の態様は、そのようなＴＧＦβ１複合体内のエピトープに特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分に関し、エピトープは、ＴＧＦβ１が、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体内に存在する場合、抗体、またはその抗原結合部分による結合に利用可能である。一部の実施態様では、エピトープは、ＧＡＲＰ、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、および／またはＬＲＲＣ３３との複合体の場合、ＴＧＦβ１における立体構造的な変化に起因して、利用可能である。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分が結合するＴＧＦβ１内のエピトープは、ＴＧＦβ１が、ＧＡＲＰ、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、および／またはＬＲＲＣ３３と複合体でない場合、利用可能でない。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ２に特異的に結合しない。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ３に特異的に結合しない。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１がインテグリンに結合するのを妨げない。例えば、一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１のインテグリン結合部位をマスクしない。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１の活性化を阻害する。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体からの成熟ＴＧＦβ１の放出を阻害する。
本明細書において提供される抗体、またはその抗原結合部分は、多数の（すなわち２以上の）ＴＧＦβ１複合体のエピトープに特異的に結合し、エピトープは、ＴＧＦβ１が、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ２－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ４－ＴＧＦβ１複合体および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体内に存在する場合、抗体、またはその抗原結合部分による結合に関し利用可能である。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１は、天然起源の哺乳類アミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１は、天然起源のヒトアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１は、ヒト、サル、ラットまたはマウスのアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ２に特異的に結合しない。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ３に特異的に結合しない。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３に特異的に結合しない。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含むＴＧＦβ１に特異的に結合する。ＴＧＦβ２のアミノ酸配列、およびＴＧＦβ３アミノ酸配列は、配列番号２２および２３にそれぞれ示される。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、非天然起源のアミノ酸配列を含むＴＧＦβ１（他には本明細書において非天然起源ＴＧＦβ１と呼ばれる）に特異的に結合する。例えば、非天然起源ＴＧＦβ１は、天然起源ＴＧＦβ１アミノ酸配列に対して１つまたは複数の組み換えによって生産された突然変異を含んでよい。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、またはＴＧＦβ３アミノ酸配列は、表１に示される配列番号２４～３５に記載のアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、またはＴＧＦβ３アミノ酸配列は、表２に示される配列番号３６～４３に記載のアミノ酸配列を含む。
ＴＧＦβ１
ＬＳＴＣＫＴＩＤＭＥＬＶＫＲＫＲＩＥＡＩＲＧＱＩＬＳＫＬＲＬＡＳＰＰＳＱＧＥＶＰＰＧＰＬＰＥＡＶＬＡＬＹＮＳＴＲＤＲＶＡＧＥＳＡＥＰＥＰＥＰＥＡＤＹＹＡＫＥＶＴＲＶＬＭＶＥＴＨＮＥＩＹＤＫＦＫＱＳＴＨＳＩＹＭＦＦＮＴＳＥＬＲＥＡＶＰＥＰＶＬＬＳＲＡＥＬＲＬＬＲＬＫＬＫＶＥＱＨＶＥＬＹＱＫＹＳＮＮＳＷＲＹＬＳＮＲＬＬＡＰＳＤＳＰＥＷＬＳＦＤＶＴＧＶＶＲＱＷＬＳＲＧＧＥＩＥＧＦＲＬＳＡＨＣＳＣＤＳＲＤＮＴＬＱＶＤＩＮＧＦＴＴＧＲＲＧＤＬＡＴＩＨＧＭＮＲＰＦＬＬＬＭＡＴＰＬＥＲＡＱＨＬＱＳＳＲＨＲＲＡＬＤＴＮＹＣＦＳＳＴＥＫＮＣＣＶＲＱＬＹＩＤＦＲＫＤＬＧＷＫＷＩＨＥＰＫＧＹＨＡＮＦＣＬＧＰＣＰＹＩＷＳＬＤＴＱＹＳＫＶＬＡＬＹＮＱＨＮＰＧＡＳＡＡＰＣＣＶＰＱＡＬＥＰＬＰＩＶＹＹＶＧＲＫＰＫＶＥＱＬＳＮＭＩＶＲＳＣＫＣＳ（配列番号２１）
ＴＧＦβ２
ＳＬＳＴＣＳＴＬＤＭＤＱＦＭＲＫＲＩＥＡＩＲＧＱＩＬＳＫＬＫＬＴＳＰＰＥＤＹＰＥＰＥＥＶＰＰＥＶＩＳＩＹＮＳＴＲＤＬＬＱＥＫＡＳＲＲＡＡＡＣＥＲＥＲＳＤＥＥＹＹＡＫＥＶＹＫＩＤＭＰＰＦＦＰＳＥＮＡＩＰＰＴＦＹＲＰＹＦＲＩＶＲＦＤＶＳＡＭＥＫＮＡＳＮＬＶＫＡＥＦＲＶＦＲＬＱＮＰＫＡＲＶＰＥＱＲＩＥＬＹＱＩＬＫＳＫＤＬＴＳＰＴＱＲＹＩＤＳＫＶＶＫＴＲＡＥＧＥＷＬＳＦＤＶＴＤＡＶＨＥＷＬＨＨＫＤＲＮＬＧＦＫＩＳＬＨＣＰＣＣＴＦＶＰＳＮＮＹＩＩＰＮＫＳＥＥＬＥＡＲＦＡＧＩＤＧＴＳＴＹＴＳＧＤＱＫＴＩＫＳＴＲＫＫＮＳＧＫＴＰＨＬＬＬＭＬＬＰＳＹＲＬＥＳＱＱＴＮＲＲＫＫＲＡＬＤＡＡＹＣＦＲＮＶＱＤＮＣＣＬＲＰＬＹＩＤＦＫＲＤＬＧＷＫＷＩＨＥＰＫＧＹＮＡＮＦＣＡＧＡＣＰＹＬＷＳＳＤＴＱＨＳＲＶＬＳＬＹＮＴＩＮＰＥＡＳＡＳＰＣＣＶＳＱＤＬＥＰＬＴＩＬＹＹＩＧＫＴＰＫＩＥＱＬＳＮＭＩＶＫＳＣＫＣＳ（配列番号２２）
ＴＧＦβ３
ＳＬＳＬＳＴＣＴＴＬＤＦＧＨＩＫＫＫＲＶＥＡＩＲＧＱＩＬＳＫＬＲＬＴＳＰＰＥＰＴＶＭＴＨＶＰＹＱＶＬＡＬＹＮＳＴＲＥＬＬＥＥＭＨＧＥＲＥＥＧＣＴＱＥＮＴＥＳＥＹＹＡＫＥＩＨＫＦＤＭＩＱＧＬＡＥＨＮＥＬＡＶＣＰＫＧＩＴＳＫＶＦＲＦＮＶＳＳＶＥＫＮＲＴＮＬＦＲＡＥＦＲＶＬＲＶＰＮＰＳＳＫＲＮＥＱＲＩＥＬＦＱＩＬＲＰＤＥＨＩＡＫＱＲＹＩＧＧＫＮＬＰＴＲＧＴＡＥＷＬＳＦＤＶＴＤＴＶＲＥＷＬＬＲＲＥＳＮＬＧＬＥＩＳＩＨＣＰＣＨＴＦＱＰＮＧＤＩＬＥＮＩＨＥＶＭＥＩＫＦＫＧＶＤＮＥＤＤＨＧＲＧＤＬＧＲＬＫＫＱＫＤＨＨＮＰＨＬＩＬＭＭＩＰＰＨＲＬＤＮＰＧＱＧＧＱＲＫＫＲＡＬＤＴＮＹＣＦＲＮＬＥＥＮＣＣＶＲＰＬＹＩＤＦＲＱＤＬＧＷＫＷＶＨＥＰＫＧＹＹＡＮＦＣＳＧＰＣＰＹＬＲＳＡＤＴＴＨＳＴＶＬＧＬＹＮＴＬＮＰＥＡＳＡＳＰＣＣＶＰＱＤＬＥＰＬＴＩＬＹＹＶＧＲＴＰＫＶＥＱＬＳＮＭＶＶＫＳＣＫＣＳ（配列番号２３）

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一部の実施態様では、抗原性タンパク質複合体（例えば、ＬＴＢＰ－ＴＧＦβ１複合体）は、１つまたは複数のＬＴＢＰタンパク質（例えば、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ２、ＬＴＢＰ３、およびＬＴＢＰ４）またはそれらのフラグメント（単数または複数）を含んでよい。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体に結合することが可能である。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、非天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、組み換えタンパク質である。そのような組み換えＬＴＢＰ１タンパク質は、ＬＴＢＰ１、あるいはそのスプライス変異体および／またはそのフラグメントを含んでよい。組み換えＬＴＢＰ１タンパク質は、１つまたは複数の検出可能ラベルを含むように改変されてもよい。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、リーダー配列（例えば、ネイティブまたは非ネイティブのリーダー配列）を含む。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、リーダー配列を含まない（すなわち、リーダー配列は、処理または切断されている）。そのような検出可能ラベルは、限定されないが、ビオチンラベル、ポリヒスチジンタグ、ｍｙｃタグ、ＨＡタグおよび／または蛍光タグを含んでよい。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、哺乳類のＬＴＢＰ１タンパク質である。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、ヒト、サル、マウス、またはラットＬＴＢＰ１タンパク質である。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、表２の配列番号４６および４７に記載のアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、表３の配列番号５０に記載のアミノ酸配列を含む。
一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体に結合することが可能である。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、非天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、組み換えタンパク質である。そのような組み換えＬＴＢＰ３タンパク質は、ＬＴＢＰ３、あるいはそのスプライス変異体および／またはそのフラグメントを含んでよい。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、リーダー配列（例えば、ネイティブまたは非ネイティブのリーダー配列）を含む。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、リーダー配列を含まない（すなわち、リーダー配列は、処理または切断されている）。組み換えＬＴＢＰ３タンパク質は、１つまたは複数の検出可能ラベルを含むように改変されてもよい。そのような検出可能ラベルは、限定されないが、ビオチンラベル、ポリヒスチジンタグ、ｍｙｃタグ、ＨＡタグおよび／または蛍光タグを含んでよい。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、哺乳類のＬＴＢＰ３タンパク質である。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、ヒト、サル、マウス、またはラットのＬＴＢＰ３タンパク質である。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ３タンパク質は、表２の配列番号４４および４５に記載のアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１タンパク質は、表３の配列番号５１に記載のアミノ酸配列を含む。
一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体に結合することが可能である。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、非天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、組み換えタンパク質である。そのようなＧＡＲＰは、組み換えであってよく、本明細書において、組み換えＧＡＲＰと呼ばれる。一部の組み換えＧＡＲＰは、野生型ＧＡＲＰと比較して、１つまたは複数の改変、トランケートおよび／または突然変異を含んでよい。組み換えＧＡＲＰは、可溶性であるように改変されてよい。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、リーダー配列（例えば、ネイティブまたは非ネイティブのリーダー配列）を含む。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、リーダー配列を含まない（すなわち、リーダー配列は、処理または切断されている）。他の実施態様では、組み換えＧＡＲＰは、１つまたは複数の検出可能ラベルを含むように改変される。さらなる実施態様では、そのような検出可能ラベルは、限定されないが、ビオチンラベル、ポリヒスチジンタグ、ｆｌａｇタグ、ｍｙｃタグ、ＨＡタグおよび／または蛍光タグを含んでよい。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、哺乳類のＧＡＲＰタンパク質である。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、ヒト、サル、マウス、またはラットのＧＡＲＰタンパク質である。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、表２の配列番号４８～４９に記載のアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、ＧＡＲＰタンパク質は、表４の配列番号５２および５３に記載のアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、コンテクスト依存性（例えば、ＴＧＦβ１に対する結合は、ＴＧＦβ１分子が、特異的な提示分子、例えばＧＡＲＰと複合体になった場合にのみ生じる）の様式でＴＧＦβ１に結合しない。その代わり、抗体、およびその抗原結合部分は、コンテクスト非依存性の様式でＴＧＦβ１に結合する。換言すれば、抗体、またはその抗原結合部分は、任意の提示分子：ＧＡＲＰ、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、および／またはＬＲＣＣ３３に結合された場合に、ＴＧＦβ１に結合する。
一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体への結合が可能である。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、非天然起源タンパク質またはそのフラグメントである。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、組み換えタンパク質である。そのようなＬＲＲＣ３３は、組み換えであってよく、本明細書において組み換えＬＲＲＣ３３と呼ばれる。一部の組み換えＬＲＲＣ３３タンパク質は、野生型ＬＲＲＣ３３と比較して、１つまたは複数の改変、トランケートおよび／または突然変異を含んでよい。組み換えＬＲＲＣ３３タンパク質は、可溶性であるように改変されてよい。例えば、一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３の外部ドメインは、可溶性ＬＲＲＣ３３タンパク質（ｓＬＲＲＣ３３；例えば、配列番号８４を参照）を発現するためにＣ末端Ｈｉｓタグとともに発現されてよい。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、リーダー配列（例えば、ネイティブまたは非ネイティブのリーダー配列）を含む。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、リーダー配列を含まない（すなわち、リーダー配列は、処理または切断されている）。他の実施態様では、組み換えＬＲＲＣ３３タンパク質は、１つまたは複数の検出可能ラベルを含むように改変される。さらなる実施態様では、そのような検出可能ラベルは、限定されないが、ビオチンラベル、ポリヒスチジンタグ、ｆｌａｇタグ、ｍｙｃタグ、ＨＡタグおよび／または蛍光タグを含んでよい。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、哺乳類のＬＲＲＣ３３タンパク質である。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、ヒト、サル、マウス、またはラットのＬＲＲＣ３３タンパク質である。一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３タンパク質は、表４の配列番号８３、８４、および１０１に記載のアミノ酸配列を含む。



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［ＴＧＦβ１拮抗薬］
本発明の方法を行なうために、任意の適切なＴＧＦβ１の阻害剤が、そのような薬剤が多数の生物学的効果にわたるＴＧＦβ１（例えば、多数の細胞由来からのＴＧＦβ１）をＴＧＦβ１アイソフォームに関して十分な選択性で阻害または拮抗するという条件で、用いられてよい。好ましくは、ＴＧＦβ１のそのような阻害剤は、ヒト対象に投与された場合に臨床利益（例えば、治療的有効性および許容できる毒性プロファイル）を提供する用量で、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３に向けた測定可能な阻害活性を有さない。適切な阻害剤は、小分子、核酸に基づく薬剤、生物製剤（例えば、ポリペプチドに基づく薬剤、例えば、抗体および他の検出剤（ｆｉｎｄｉｎｇ－ａｇｅｎｔ））、およびそれらの任意の組み合わせを含む。一部の実施態様では、そのような薬剤は、以下にさらに説明される抗体またはそのフラグメントである。これらは、ＴＧＦβ１増殖因子に結合して、それによってその作用を中和する中和抗体を含む。
［ＴＧＦβ１を選択的に阻害する機能性抗体］
本発明は、一態様では、機能性抗体の使用を包含する。本明細書において用いられる「機能性抗体」は、抗原に結合するその能力のおかげで１つまたは複数の生物学的活性を与える。機能性抗体は、したがって、標的分子（すなわち抗原）の活性／機能を調整することが可能なものを含む。そのような調整抗体は、阻害（ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ）抗体（または阻害（ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ）抗体）および活性化抗体を含む。本開示は、ＴＧＦβ１の多数のコンテクストと関連するＴＧＦβ１シグナル伝達によって仲介される生物学的プロセスを阻害することのできるＴＧＦβ抗体を含む。本明細書に記載の抗体のような、本発明を行なうために用いられる阻害剤は、ＴＧＦβ１選択的であること、および、治療的に効果的な投与量（許容できる毒性レベル内で十分な有効性が達成される投与量）で投与された場合にＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３を標的化または干渉しないことが意図される。
従来のＴＧＦβ拮抗薬のアイソフォーム特異性の欠如が、ＴＧＦβ阻害と関連する毒性の由来の根底にあり得るという、本開示の出願人による、より初期の認識に基づき（ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０２１９７２を参照）、本発明者らは、アイソフォーム選択的阻害剤の安全性／耐容性態様を維持しながら、多面的なＴＧＦβ１調節不全を示す様々な疾患を治療するための広域ＴＧＦβ１阻害をさらに達成することを探求した。
広い意味において、用語「阻害抗体」は、標的機能、例えば、増殖因子活性に拮抗または中和する抗体を指す。有利に、本開示の好ましい阻害抗体は、潜在型複合体からの成熟増殖因子の放出を阻害することが可能であり、それにより、増殖因子のシグナル伝達を減少させる。阻害抗体は、そのような抗体と関連した場合に、増殖因子の放出または活性を減少させる任意のエピトープを標的化する抗体を含む。そのようなエピトープは、ＴＧＦβタンパク質（例えばＴＧＦβ１）、増殖因子、または、抗体によって結合された場合に増殖因子活性の減少をもたらす他のエピトープのプロドメイン上に存在してよい。本発明の阻害抗体は、限定されないが、ＴＧＦβ１阻害抗体を含む。一部の実施態様では、本開示の阻害抗体は、組み合わせエピトープ、すなわち、抗原または抗原複合体の２以上の構成要素／部分によって形成されたエピトープに特異的に結合する。例えば、コンビナトリアルエピトープは、単一のタンパク質の多数の部分、すなわち、同一タンパク質の１つよりも多い非隣接セグメント由来のアミノ酸残基からの寄与によって形成され得る。あるいは、コンビナトリアルエピトープは、抗原複合体の多数のタンパク質構成要素からの寄与によって形成され得る。一部の実施態様では、本開示の阻害抗体は、立体構造的エピトープ（または立体構造特異的エピトープ）、例えば、抗原または抗原複合体の三次構造（すなわち、立体構造）に感受性のエピトープに特異的に結合する。
ＴＧＦβシグナル伝達に拮抗するための伝統的な手法は、ｉ）受容体結合に利用可能な（例えば、その潜在型前駆体複合体から放出された）フリーのリガンドを使い果たすように、既に活性になった後に成熟増殖因子を直接中和する；ｉｉ）フリーのリガンドを隔離することが可能な可溶性受容体フラグメントを利用する（例えば、いわゆるリガンドトラップ）；または、ｉｉｉ）その細胞表面受容体（単数または複数）を標的化して、リガンド－受容体相互作用をブロックすることであった。これらの従来の手法のそれぞれは、拮抗薬が内因性相対物に対して競合するのを必要とする。さらに、上記の最初の２つの手法（ｉおよびｉｉ）は、活性リガンドを標的化して、それは遷移種である。したがって、そのような拮抗薬は、短い時間的ウインドウの間に内因性受容体を動力学的に打ち負かすことが可能でなければならない。３番目の手法は、比較すると永続性の効果を提供し得るが、多くの増殖因子（例えば、約２０まで）が同一の受容体（単数または複数）を介してシグナル伝達するので、不要な阻害効果（それ故に、あり得る毒性）を不注意にもたらす。
これらの欠点に対する解決策を提供するために、および、より優れた選択性および局在化された作用をさらに可能にするために、本明細書に記載されるもののような阻害抗体の根底にある作用の好ましいメカニズムは、ＴＧＦβ１活性化およびリガンド－受容体相互作用の上流で作用する。したがって、本発明を行なうのに適切な、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、その由来における（例えば疾患微小環境内の）活性化ステップをブロックするために、その活性化の前に、不活性の（例えば、潜在型）前駆体ＴＧＦβ１複合体（例えば、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１を含む複合体）を好ましくは標的化すべきであると考えられる。本発明の好ましい実施態様によれば、そのような阻害剤は、受容体結合のために一時的に利用可能であるフリーのリガンドよりむしろ、ＥＣＭ関連および／または細胞表面につながれた前駆体／潜在型ＴＧＦβ１複合体を標的化する。
したがって、本発明の一部の実施態様は、ＴＧＦβ１含有複合体に特異的に結合して、それにより、アイソフォーム選択的な様式でＴＧＦβ１の機能を阻害する薬剤を用いる。そのような薬剤は、好ましくは、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１（例えば、不活性のＴＧＦβ１前駆体）を含むタンパク質複合体内のエピトープに結合する抗体である。一部の実施態様では、エピトープは、ＴＧＦβ１が、以下：ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上において存在する場合、抗体による結合のために利用可能である。一部の実施態様では、そのような抗体は、上記に提供されるＴＧＦβ１含有複合体の２つ以上に結合し（例えば、「コンテクスト寛容」）、一方で、他の実施態様では、そのような抗体は、上記に提供されるＴＧＦβ１含有複合体の４つ全てに結合する（例えば、「コンテクスト非依存性」）。一部の実施態様では、任意のそのような抗体は、示差的な種選択性を示し得る。エピトープは、ＴＧＦβ１複合体のプロドメイン内であってよい。エピトープは、エピトープが複合体の１つまたは複数の構成要素（単数または複数）の２以上の部分／セグメント（例えば、アミノ酸残基）によって形成されるように、組み合わせエピトープであってよい。エピトープは、エピトープが抗原（例えば、ＴＧＦβ１複合体）の特定の三次元構造に感受性であるように、立体構造的エピトープであってよい。立体構造的エピトープに特異的に結合する抗体またはそのフラグメントは、立体構造的抗体または立体構造特異的抗体と呼ばれる。
本開示の実施態様は、増殖因子シグナル伝達を改変するために、溶液内、細胞培養内および／または対象内で阻害抗体を用いる方法を含み、患者に臨床利益を与える目的を含む。
本発明を行なうのに有用な例示的な抗体および抗体をコードする対応する核酸配列は、表５に示される１つまたは複数のＣＤＲアミノ酸配列を含む。

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一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する本発明の抗体は、表５に示される抗体のいずれか１つに関して提供される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、またはＣＤＲＬ３、またはそれらの組み合わせを含む、任意の抗体、またはその抗原結合部分を含む。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体は、表５に示される抗体のいずれか１つのＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む。本発明はまた、表５に示される抗体のいずれか１つに関して提供される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、またはＣＤＲＬ３を含む分子をコードする任意の核酸配列も提供する。抗体重鎖および軽鎖ＣＤＲ３ドメインは、抗原に関する抗体の結合特異性／親和性において特に重要な役割を果たし得る。したがって、本開示のＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、または、これらの抗体またはその抗原結合部分をコードする核酸分子は、表５に示される抗体の少なくとも重鎖および／または軽鎖ＣＤＲ３を含んでよい。
本発明の態様は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する、および、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む、モノクローナル抗体、またはその抗原結合部分に関する。
一部の実施態様では、ＣＤＲＨ１は、配列番号１、２および８５のいずれか１つに記載の配列を含む。一部の実施態様では、ＣＤＲＨ２は、配列番号３、４および８６のいずれか１つに記載の配列を含む。一部の実施態様では、ＣＤＲＨ３は、配列番号５、６および８７のいずれか１つに記載の配列を含む。ＣＤＲＬ１は、配列番号７、８および８８のいずれか１つに記載の配列を含む。一部の実施態様では、ＣＤＲＬ２は、配列番号９、１０および８９のいずれか１つに記載の配列を含む。一部の実施態様では、ＣＤＲＬ３は、配列番号１１、１２および９０のいずれか１つに記載の配列を含む。
一部の実施態様では（例えば、表５に示される抗体Ａｂ１について）、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は：配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ２、配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ３、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ２、および、配列番号１１に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ３を含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号５のアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む重鎖可変領域および配列番号１１のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号３のアミノ酸配列を有する相補性決定領域２（ＣＤＲ２）を含む重鎖可変領域および配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤＲ２を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号１のアミノ酸配列を有する相補性決定領域１（ＣＤＲ１）を含む重鎖可変領域および配列番号７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ１を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号１４に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、配列番号９１に示される核酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有する核酸配列によってコードされる重鎖可変ドメインアミノ酸配列、および、配列番号９２に示される核酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有する核酸配列によってコードされる軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、抗体またはその抗原結合部分は、配列番号９１に示される核酸配列によってコードされる重鎖可変ドメインアミノ酸配列、および、配列番号９２に示される核酸配列によってコードされる軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。
一部の実施態様では（例えば、表５に示される抗体Ａｂ２について）、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ２、配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ３、配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ２、および、配列番号１２に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ３を含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号６のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む重鎖可変領域および配列番号１２のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号４のアミノ酸配列を有するＣＤＲ２を含む重鎖可変領域および配列番号１０のアミノ酸配列を有するＣＤＲ２を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号２のアミノ酸配列を有するＣＤＲ１を含む重鎖可変領域および配列番号８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ１を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号１５に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号１６に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、配列番号９３に示される核酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有する核酸配列によってコードされる重鎖可変ドメインアミノ酸配列、および、配列番号９４に示される核酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有する核酸配列によってコードされる軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、抗体またはその抗原結合部分は、配列番号９３に示される核酸配列によってコードされる重鎖可変ドメインアミノ酸配列、および、配列番号９４に示される核酸配列によってコードされる軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。
一部の実施態様では（例えば、表５に示される抗体Ａｂ３について）、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号８６に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ２、配列番号８７に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＨ３、配列番号８８に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号８９に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ２、および、配列番号９０に記載のアミノ酸配列を含むＣＤＲＬ３を含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号８７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む重鎖可変領域および配列番号９０のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号８６のアミノ酸配列を有するＣＤＲ２を含む重鎖可変領域および配列番号８９のアミノ酸配列を有するＣＤＲ２を含む軽鎖可変領域を含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号８５のアミノ酸配列を有するＣＤＲ１を含む重鎖可変領域および配列番号８８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ１を含む軽鎖可変領域を含む。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号９５に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号９７に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、配列番号９５に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号９７に示されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、配列番号９６に示される核酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有する核酸配列によってコードされる重鎖可変ドメインアミノ酸配列、および、配列番号９８に示される核酸配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有する核酸配列によってコードされる軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、抗体またはその抗原結合部分は、配列番号９６に示される核酸配列によってコードされる重鎖可変ドメインアミノ酸配列、および、配列番号９８に示される核酸配列によってコードされる軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。
一部の例では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する本開示の任意の抗体は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、および／またはＣＤＲＬ３と実質的に似ている１つまたは複数のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲＨまたはＣＤＲＬ）配列を有する任意の抗体（その抗原結合部分を含む）を含む。例えば、抗体は、配列番号１～１２および８５～９０のいずれか１つにおける対応するＣＤＲ領域と比較して５、４、３、２、または１個までのアミノ酸残基変動を含む、表５（配列番号１～１２および８５～９０）に示される１つまたは複数のＣＤＲ配列を含んでよい。表５に挙げた抗体（例えば、Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３）の重鎖可変領域および軽鎖可変領域に関する完全なアミノ酸配列、ならびに、抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域をコードする核酸配列は、以下に提供される：
Ａｂ１－重鎖可変領域アミノ酸配列
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＲＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＳＹＤＧＳＮＫＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＩＲＰＹＧＤＹＳＡＡＦＤＩＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１３）
Ａｂ１－重鎖可変領域核酸配列
ＧＡＧＧＴＧＣＡＡＣＴＣＧＴＧＧＡＧＴＣＡＧＧＣＧＧＴＧＧＡＣＴＴＧＴＴＣＡＧＣＣＴＧＧＧＣＧＡＡＧＴＣＴＧＡＧＡＣＴＣＴＣＡＴＧＴＧＣＡＧＣＡＡＧＴＧＧＡＴＴＣＡＣＴＴＴＣＴＣＣＡＧＴＴＡＣＧＧＣＡＴＧＣＡＣＴＧＧＧＴＧＡＧＡＣＡＧＧＣＧＣＣＴＧＧＡＡＡＧＧＧＴＴＴＧＧＡＡＴＧＧＧＴＣＧＣＴＧＴＧＡＴＣＴＣＴＴＡＣＧＡＣＧＧＧＴＣＡＡＡＣＡＡＡＴＡＴＴＡＣＧＣＧＧＡＴＴＣＡＧＴＧＡＡＡＧＧＧＣＧＧＴＴＣＡＣＴＡＴＴＴＣＡＣＧＧＧＡＴＡＡＣＴＣＣＡＡＧＡＡＣＡＣＣＣＴＧＴＡＴＣＴＧＣＡＧＡＴＧＡＡＴＡＧＣＣＴＧＡＧＧＧＣＡＧＡＧＧＡＣＡＣＣＧＣＴＧＴＧＴＡＣＴＡＴＴＧＴＧＣＣＣＧＧＧＡＣＡＴＡＡＧＧＣＣＴＴＡＣＧＧＣＧＡＴＴＡＣＡＧＣＧＣＣＧＣＡＴＴＴＧＡＴＡＴＴＴＧＧＧＧＡＣＡＡＧＧＣＡＣＣＣＴＴＧＴＧＡＣＡＧＴＡＴＣＴＴＣＴ（配列番号９１）
Ａｂ１－軽鎖可変領域アミノ酸配列
ＮＦＭＬＴＱＰＨＳＶＳＥＳＰＧＫＴＶＴＩＳＣＴＧＳＳＧＳＩＡＳＮＹＶＱＷＹＱＱＲＰＧＳＡＰＳＩＶＩＦＥＤＮＱＲＰＳＧＡＰＤＲＦＳＧＳＩＤＳＳＳＮＳＡＳＬＴＩＳＧＬＫＴＥＤＥＡＤＹＹＣＱＳＹＤＳＳＮＨＧＧＶＦＧＧＧＴＱＬＴＶＬ（配列番号１４）
Ａｂ１－軽鎖可変領域核酸配列
ＡＡＴＴＴＴＡＴＧＣＴＴＡＣＣＣＡＡＣＣＡＣＡＴＡＧＴＧＴＧＡＧＴＧＡＧＴＣＴＣＣＣＧＧＣＡＡＧＡＣＴＧＴＡＡＣＡＡＴＴＴＣＡＴＧＴＡＣＣＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＣＴＣＣＡＴＣＧＣＴＡＧＣＡＡＴＴＡＴＧＴＧＣＡＡＴＧＧＴＡＣＣＡＡＣＡＧＣＧＣＣＣＣＧＧＧＡＧＣＧＣＡＣＣＴＴＣＡＡＴＡＧＴＧＡＴＡＴＴＣＧＡＧＧＡＴＡＡＣＣＡＡＣＧＧＣＣＴＡＧＴＧＧＧＧＣＴＣＣＣＧＡＴＡＧＡＴＴＴＡＧＴＧＧＧＡＧＴＡＴＡＧＡＴＡＧＣＴＣＣＴＣＣＡＡＣＴＣＴＧＣＣＴＣＴＣＴＣＡＣＣＡＴＴＡＧＣＧＧＧＣＴＧＡＡＡＡＣＡＧＡＧＧＡＴＧＡＡＧＣＣＧＡＣＴＡＴＴＡＣＴＧＣＣＡＡＡＧＣＴＡＴＧＡＴＴＣＴＡＧＣＡＡＣＣＡＣＧＧＣＧＧＡＧＴＧＴＴＴＧＧＣＧＧＡＧＧＡＡＣＡＣＡＧＣＴＧＡＣＡＧＴＣＣＴＡＧＧ（配列番号９２）
Ａｂ１－重鎖アミノ酸配列
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＲＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＳＹＤＧＳＮＫＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＩＲＰＹＧＤＹＳＡＡＦＤＩＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ（配列番号１５）
Ａｂ１－軽鎖アミノ酸配列
ＮＦＭＬＴＱＰＨＳＶＳＥＳＰＧＫＴＶＴＩＳＣＴＧＳＳＧＳＩＡＳＮＹＶＱＷＹＱＱＲＰＧＳＡＰＳＩＶＩＦＥＤＮＱＲＰＳＧＡＰＤＲＦＳＧＳＩＤＳＳＳＮＳＡＳＬＴＩＳＧＬＫＴＥＤＥＡＤＹＹＣＱＳＹＤＳＳＮＨＧＧＶＦＧＧＧＴＱＬＴＶＬＧＱＰＫＡＡＰＳＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＳＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＴＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ（配列番号１６）
Ａｂ２－重鎖可変領域アミノ酸配列
ＥＶＱＬＶＱＳＧＡＥＭＫＫＰＧＥＳＬＫＩＳＣＫＧＳＧＹＮＦＡＳＤＷＩＧＷＶＲＱＴＰＧＫＧＬＥＷＭＧＶＩＹＰＧＤＳＤＴＲＹＳＡＳＦＱＧＱＶＴＩＳＡＤＫＳＩＮＴＡＹＬＱＷＳＳＬＫＡＳＤＴＡＭＹＹＣＡＳＡＡＧＩＡＡＡＧＨＶＴＡＦＤＩＷＧＱＧＴＭＶＴＶＳＳ（配列番号１７）
Ａｂ２－重鎖可変領域核酸配列
ＧＡＧＧＴＧＣＡＡＣＴＧＧＴＧＣＡＡＴＣＣＧＧＡＧＣＣＧＡＧＡＴＧＡＡＡＡＡＧＣＣＡＧＧＧＧＡＧＡＧＣＣＴＧＡＡＧＡＴＣＴＣＴＴＧＴＡＡＧＧＧＣＴＣＴＧＧＣＴＡＴＡＡＣＴＴＣＧＣＴＡＧＴＧＡＴＴＧＧＡＴＣＧＧＡＴＧＧＧＴＧＡＧＧＣＡＡＡＣＣＣＣＣＧＧＡＡＡＧＧＧＣＣＴＣＧＡＧＴＧＧＡＴＧＧＧＣＧＴＧＡＴＣＴＡＣＣＣＣＧＧＣＧＡＣＴＣＣＧＡＣＡＣＡＣＧＣＴＡＴＡＧＣＧＣＣＴＣＡＴＴＣＣＡＧＧＧＣＣＡＧＧＴＣＡＣＣＡＴＡＡＧＴＧＣＴＧＡＴＡＡＡＴＣＡＡＴＡＡＡＴＡＣＡＧＣＣＴＡＣＴＴＧＣＡＡＴＧＧＴＣＡＡＧＴＣＴＧＡＡＡＧＣＣＴＣＡＧＡＴＡＣＴＧＣＣＡＴＧＴＡＣＴＡＴＴＧＴＧＣＣＴＣＴＧＣＣＧＣＣＧＧＣＡＴＴＧＣＣＧＣＧＧＣＣＧＧＴＣＡＣＧＴＣＡＣＣＧＣＣＴＴＣＧＡＣＡＴＴＴＧＧＧＧＴＣＡＧＧＧＣＡＣＴＡＴＧＧＴＣＡＣＴＧＴＡＡＧＣＴＣＣ（配列番号９３）
Ａｂ２－軽鎖可変領域アミノ酸配列
ＤＩＶＭＴＱＳＰＤＳＬＡＶＳＬＧＥＲＡＴＩＮＣＫＳＳＱＳＶＬＹＳＳＮＮＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＡＥＤＶＡＶＹＹＣＱＱＹＹＳＴＰＶＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫ（配列番号１８）
Ａｂ２－軽鎖可変領域核酸配列
ＧＡＣＡＴＡＧＴＣＡＴＧＡＣＣＣＡＧＴＣＡＣＣＴＧＡＣＴＣＴＴＴＧＧＣＣＧＴＧＴＣＴＣＴＧＧＧＧＧＡＧＡＧＡＧＣＣＡＣＡＡＴＡＡＡＴＴＧＣＡＡＧＴＣＡＴＣＡＣＡＧＡＧＣＧＴＣＣＴＧＴＡＣＴＣＣＴＣＣＡＡＴＡＡＴＡＡＡＡＡＴＴＡＣＣＴＧＧＣＣＴＧＧＴＡＣＣＡＧＣＡＡＡＡＧＣＣＣＧＧＧＣＡＡＣＣＣＣＣＣＡＡＡＴＴＧＴＴＧＡＴＴＴＡＣＴＧＧＧＣＴＡＧＴＡＣＡＡＧＧＧＡＡＴＣＴＧＧＡＧＴＧＣＣＡＧＡＣＣＧＧＴＴＴＴＣＴＧＧＴＴＣＴＧＧＡＴＣＴＧＧＴＡＣＴＧＡＣＴＴＣＡＣＣＣＴＧＡＣＡＡＴＣＡＧＣＴＣＣＣＴＧＣＡＧＧＣＣＧＡＡＧＡＣＧＴＧＧＣＴＧＴＧＴＡＣＴＡＴＴＧＴＣＡＧＣＡＧＴＡＣＴＡＴＡＧＴＡＣＡＣＣＡＧＴＴＡＣＴＴＴＣＧＧＣＣＡＡＧＧＣＡＣＴＡＡＡＣＴＣＧＡＡＡＴＣＡＡＧ（配列番号９４）
Ａｂ２－重鎖アミノ酸配列
ＥＶＱＬＶＱＳＧＡＥＭＫＫＰＧＥＳＬＫＩＳＣＫＧＳＧＹＮＦＡＳＤＷＩＧＷＶＲＱＴＰＧＫＧＬＥＷＭＧＶＩＹＰＧＤＳＤＴＲＹＳＡＳＦＱＧＱＶＴＩＳＡＤＫＳＩＮＴＡＹＬＱＷＳＳＬＫＡＳＤＴＡＭＹＹＣＡＳＡＡＧＩＡＡＡＧＨＶＴＡＦＤＩＷＧＱＧＴＭＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ（配列番号１９）
Ａｂ２－軽鎖アミノ酸配列
ＤＩＶＭＴＱＳＰＤＳＬＡＶＳＬＧＥＲＡＴＩＮＣＫＳＳＱＳＶＬＹＳＳＮＮＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＡＥＤＶＡＶＹＹＣＱＱＹＹＳＴＰＶＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号２０）
Ａｂ３－重鎖可変領域アミノ酸配列
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＲＮＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳＩＳＧＳＧＧＡＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＶＳＳＧＨＷＤＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号９５）
Ａｂ３－重鎖可変領域核酸配列
ＧＡＧＧＴＴＣＡＧＣＴＴＣＴＧＧＡＧＡＧＣＧＧＣＧＧＴＧＧＴＣＴＴＧＴＡＣＡＡＣＣＴＧＧＡＧＧＡＴＣＡＣＴＣＡＧＧＴＴＧＴＣＡＴＧＴＧＣＣＧＣＡＡＧＣＧＧＧＴＴＴＡＣＡＴＴＣＡＧＧＡＡＣＴＡＴＧＣＡＡＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＣＡＧＡＣＡＧＧＣＴＣＣＣＧＧＣＡＡＧＧＧＡＣＴＴＧＡＧＴＧＧＧＴＡＴＣＴＴＣＣＡＴＣＡＧＣＧＧＡＴＣＴＧＧＡＧＧＡＧＣＡＡＣＡＴＡＴＴＡＴＧＣＡＧＡＴＡＧＴＧＴＣＡＡＡＧＧＣＡＧＧＴＴＣＡＣＡＡＴＡＡＧＣＣＧＣＧＡＣＡＡＴＴＣＴＡＡＡＡＡＴＡＣＴＣＴＴＴＡＴＣＴＴＣＡＡＡＴＧＡＡＴＡＧＣＣＴＴＡＧＧＧＣＴＧＡＧＧＡＴＡＣＧＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＴＧＣＣＣＧＣＧＴＣＴＣＡＡＧＣＧＧＧＣＡＴＴＧＧＧＡＣＴＴＣＧＡＴＴＡＴＴＧＧＧＧＧＣＡＧＧＧＴＡＣＴＣＴＧＧＴＴＡＣＴＧＴＴＴＣＣＴＣＣ（配列番号９６）
Ａｂ３－軽鎖可変領域アミノ酸配列
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＡＰＦＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ（配列番号９７）
Ａｂ３－軽鎖可変領域核酸配列
ＧＡＣＡＴＣＣＡＡＡＴＧＡＣＡＣＡＧＡＧＣＣＣＧＴＣＴＴＣＣＣＴＣＴＣＡＧＣＴＴＣＡＧＴＣＧＧＴＧＡＴＣＧＡＧＴＧＡＣＧＡＴＴＡＣＧＴＧＣＣＧＣＧＣＣＡＧＣＣＡＡＡＧＣＡＴＣＴＣＣＴＣＣＴＡＴＣＴＴＡＡＣＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＣＧＧＡＡＡＧＧＣＣＣＣＡＡＡＧＴＴＧＣＴＴＡＴＴＴＡＣＧＡＣＧＣＡＴＣＣＴＣＣＣＴＴＣＡＡＴＣＴＧＧＴＧＴＧＣＣＣＡＧＣＡＧＧＴＴＣＴＣＡＧＧＣＡＧＣＧＧＴＴＣＡＧＧＡＡＣＧＧＡＴＴＴＴＡＣＴＣＴＴＡＣＣＡＴＴＴＣＴＡＧＴＣＴＴＣＡＡＣＣＴＧＡＧＧＡＴＴＴＴＧＣＧＡＣＧＴＡＴＴＡＣＴＧＴＣＡＡＣＡＧＡＧＣＴＡＣＡＧＴＧＣＧＣＣＧＴＴＣＡＣＣＴＴＴＧＧＧＣＡＧＧＧＴＡＣＴＡＡＧＧＴＴＧＡＧＡＴＡＡＡＧＣ（配列番号９８）
Ａｂ３－重鎖アミノ酸配列
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＲＮＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳＩＳＧＳＧＧＡＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＶＳＳＧＨＷＤＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ（配列番号９９）
Ａｂ３－軽鎖アミノ酸配列
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＡＰＦＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１００）
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する本開示の抗体は、配列番号１３、１７または９５の重鎖可変ドメイン、または、配列番号１４、１８または９７の軽鎖可変ドメインを含む任意の抗体を含む。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する本開示の抗体は、配列番号１３および１４；１７および１８；および９５および９７の重鎖可変および軽鎖可変ペアを含む任意の抗体を含む。
本開示の態様は、以下の複合体：本明細書に記載の任意のものと相同の重鎖可変および／または軽鎖可変アミノ酸配列を有するＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に特異的に結合する抗体を提供する。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体は、配列番号１３、１７または９５の重鎖可変アミノ酸配列、または配列番号１４、１８または９７の軽鎖可変配列と、少なくとも７５％（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）同一の重鎖可変配列または軽鎖可変配列を含む。一部の実施態様では、相同の重鎖可変および／または軽鎖可変アミノ酸配列は、本明細書において提供される任意のＣＤＲ配列内で変化しない。例えば、一部の実施態様では、配列変動の程度（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）は、本明細書において提供される任意のＣＤＲ配列を除いて重鎖可変および／または軽鎖可変アミノ酸配列内で生じ得る。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に特異的に結合する本開示の抗体は、配列番号１５または１９の重鎖または配列番号１６または２０の軽鎖を含む任意の抗体、またはその抗原結合部分を含む。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する本開示の抗体は、配列番号１５および１６；または１９および２０の重鎖および軽鎖ペアを含む任意の抗体を含む。
本開示の態様は、本明細書に記載の任意のものと相同の重鎖および／または軽鎖アミノ酸配列を有するＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に特異的に結合する抗体を提供する。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体は、配列番号１５、または１９の重鎖配列、または配列番号１６、または２０の軽鎖アミノ酸配列と、少なくとも７５％（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）同一の重鎖配列または軽鎖配列を含む。一部の実施態様では、相同の重鎖および／または軽鎖アミノ酸配列は、本明細書において提供される任意のＣＤＲ配列内で変化しない。例えば、一部の実施態様では、配列変動の程度（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）は、本明細書において提供される任意のＣＤＲ配列を除いて重鎖および／または軽鎖アミノ酸配列内で生じ得る。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に特異的に結合する本開示の抗体は、配列番号１５または１９の重鎖または配列番号１６または２０の軽鎖を含む任意の抗体、またはその抗原結合部分を含む。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する本開示の抗体は、配列番号１５および１６；または１９および２０の重鎖および軽鎖ペアを含む任意の抗体を含む。
本開示の態様は、本明細書に記載の任意のものと相同の重鎖および／または軽鎖アミノ酸配列を有するＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に特異的に結合する抗体を提供する。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体は、配列番号１５または１９の重鎖配列または配列番号１６または２０の軽鎖アミノ酸配列と、少なくとも７５％（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）同一の重鎖配列または軽鎖配列を含む。一部の実施態様では、相同の重鎖および／または軽鎖アミノ酸配列は、本明細書において提供される任意のＣＤＲ配列内で変化しない。例えば、一部の実施態様では、配列変動の程度（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）は、本明細書において提供される任意のＣＤＲ配列を除いて重鎖および／または軽鎖アミノ酸配列内で生じ得る。
一部の実施態様では、２つのアミノ酸配列の「同一性パーセント」は、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：２２６４－６８，１９９０（Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５８７３－７７，１９９３で改変）のアルゴリズムを用いて決定される。そのようなアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０，１９９０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）に組み込まれる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、ＸＢＬＡＳＴプログラム、ｓｃｏｒｅ＝５０、ワード長＝３で行なわれ得て、目的のタンパク質分子と相同のアミノ酸配列を得る。２つの配列間にギャップが存在する場合は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２，１９９７に記載のようにＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴが使用され得る。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合は、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターが用いられ得る。
本明細書に記載の任意の抗体または抗原結合フラグメントにおいて、１つまたは複数の保存的突然変異が、残基が抗体－抗原相互作用に関与する可能性がない位置においてＣＤＲまたはフレームワーク配列内に導入され得る。一部の実施態様では、そのような保存的突然変異（単数または複数）は、結晶構造に基づいて決定されるように、残基が、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体との相互作用に関与する可能性がない位置（単数または複数）においてＣＤＲまたはフレームワーク配列内に導入され得る。一部の実施態様では、同様の界面（例えば、抗原－抗体相互作用に関与する残基）は、構造類似性を共有する別の抗原上の公知の構造情報から推定され得る。
本明細書において用いられる「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸置換がなされるタンパク質の相対的な電荷またはサイズ特性を変更しないアミノ酸置換を指す。変異は、そのような方法を集める参考文献（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８９、または、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）に見られるような、当業者に公知のポリペプチド配列を変更するための方法に従って調製され得る。アミノ酸の保存的置換は、以下の群：（ａ）Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｖ；（ｂ）Ｆ、Ｙ、Ｗ；（ｃ）Ｋ、Ｒ、Ｈ；（ｄ）Ａ、Ｇ；（ｅ）Ｓ、Ｔ；（ｆ）Ｑ、Ｎ；および（ｇ）Ｅ、Ｄ内のアミノ酸の間でなされる置換を含む。
一部の実施態様では、本明細書において提供される抗体は、望ましい特性を抗体に与える突然変異を含む。例えば、Ｆａｂアーム交換（ネイティブＩｇＧ４ ｍＡｂで生じることが知られる）に起因する潜在的合併症を避けるために、本明細書において提供される抗体は、安定化「Ａｄａｉｒ」突然変異を含んでよく（Ａｎｇａｌ ｅｔ ａｌ．，「Ａ ｓｉｎｇｌｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ａｂｏｌｉｓｈｅｓ ｔｈｅ ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ ｏｆ ｃｈｉｍｅｒｉｃ ｍｏｕｓｅ／ｈｕｍａｎ（ＩｇＧ４）ａｎｔｉｂｏｄｙ」，Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ３０，１０５－１０８；１９９３）、ここで、セリン２２８（ＥＵナンバリング；残基２４１ Ｋａｂａｔナンバリング）は、プロリンに転換されて、ＩｇＧ１様（ＣＰＰＣＰ（配列番号５４））ヒンジ配列をもたらす。したがって、任意の抗体は、安定化「Ａｄａｉｒ」突然変異またはアミノ酸配列ＣＰＰＣＰ（配列番号５４）を含んでよい。
本開示のＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤（コンテクスト非依存性阻害剤を包含する）、例えば、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に特異的に結合する抗体は、任意選択で、抗体定常領域またはその部分を含んでもよい。例えば、ＶＬドメインは、そのＣ末端において、ＣκまたはＣλのような軽鎖定常ドメインに付着されてよい。同様に、ＶＨドメインまたはその部分は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭ、および任意のアイソタイプサブクラスのような重鎖の全てまたは一部に付着してよい。抗体は、適切な定常領域を含んでよい（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｎｏ．９１－３２４２，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）を参照）。したがって、この開示の範囲内の抗体は、任意の適切な定常領域と組み合わせて、ＶＨおよびＶＬドメイン、またはその抗原結合部分を含んでよい。
追加してまたは代替して、そのような抗体は、配列番号１３～２０の抗体のフレームワーク領域を含んでよく、または含まなくてよい。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体は、ミューリン抗体であり、ミューリンフレームワーク領域配列を含む。
一部の実施態様では、そのような抗体は、相対的に高い親和性（例えば、１０－６Ｍ、１０－７Ｍ、１０－８Ｍ、１０－９Ｍ、１０－１０Ｍ、１０－１１Ｍ未満のＫＤまたはそれよりも低い）で、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に結合する。例えば、そのような抗体は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に、５ｐＭ～５００ｎＭ、例えば、５０ｐＭ～１００ｎＭ、例えば、５００ｐＭ～５０ｎＭの親和性で結合してよい。本開示はまた、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に対する結合に関して本明細書に記載の任意の抗体と競合して、５０ｎＭ以下（例えば、２０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５００ｐＭ以下、５０ｐＭ以下、または５ｐＭ以下）の親和性を有する、抗体または抗原結合フラグメントも含む。ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体の親和性および結合カイネティクスは、制限されないが、バイオセンサー技術（例えば、ＯＣＴＥＴまたはＢＩＡＣＯＲＥ）を含む任意の適切な方法を用いて試験され得る。
一部の実施態様では、本発明に係る、細胞関連ＴＧＦβ１（例えば、ＧＡＲＰによって提示されるＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３によって提示されるＴＧＦβ１）の阻害剤は、そのような複合体（例えば、ＧＡＲＰ－前駆体／潜在型ＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３－前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）に特異的に結合して、複合体の内在化をトリガーする抗体またはそのフラグメントを含む。この作用モードは、細胞表面から不活性のＴＧＦβ１複合体の除去または枯渇をもたらし（例えば、Ｔｒｅｇ、マクロファージなど）、それ故に、活性化に利用可能なＴＧＦβ１を減少させる。一部の実施態様では、そのような抗体またはそのフラグメントは、中性または生理学的ｐＨで結合が生じるが、酸性ｐＨで抗体がその抗原から解離するように、ｐＨ依存性な様式で標的複合体に結合する。そのような抗体またはそのフラグメントは、再生抗体として機能し得る。
［ポリペプチド］
本開示の一部の態様は、配列番号１３、配列番号１７、配列番号９５、配列番号１５、および配列番号１９からなる群より選択される配列を有するポリペプチドに関する。一部の実施態様では、ポリペプチドは、可変重鎖ドメインまたは重鎖ドメインである。一部の実施態様では、ポリペプチドは、配列番号１３、配列番号１７、配列番号９５、配列番号１５、および配列番号１９に示されるアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも７５％（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）同一である。
本開示の一部の態様は、配列番号１４、配列番号１８、配列番号９７、配列番号１６、および配列番号２０からなる群より選択される配列を有するポリペプチドに関する。一部の実施態様では、ポリペプチドは、可変の軽鎖ドメインまたは軽鎖ドメインである。一部の実施態様では、ポリペプチドは、配列番号１４、配列番号１８、配列番号９７、配列番号１６、および配列番号２０に示されるアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも７５％（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）同一である。
［ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容な阻害抗体と競合する抗体］
本開示の態様は、本明細書において提供される任意の抗体と競合または交差競合する抗体に関する。抗体に関して本明細書において用いられる用語「競合する」は、第一の抗体が、エピトープ（例えば、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体のエピトープ）に、そのエピトープと第一の抗体の結合の結果が第二の抗体の不存在における第一の抗体の結合と比較して第二の抗体の存在下で検出可能に低減されるように、第二の抗体の結合と十分に似ている様式で、結合することを意味する。第二の抗体のそのエピトープに対する結合もまた第一の抗体の存在下で検出可能に低減される代替は、必要ではないが、同様であってよい。すなわち、第一の抗体は、第二の抗体のそのエピトープに対する結合を、その第二の抗体が第一の抗体のそのそれぞれのエピトープに対する結合を阻害せずに、阻害し得る。しかしながら、それぞれの抗体が、そのエピトープまたはリガンドと他方の抗体の結合を検出可能に阻害する場合、同一、より大きい、またはより小さい程度であれ、抗体は、それらのそれぞれのエピトープ（単数または複数）の結合に関して互いと「交差競合する」と言われる。競合および交差競合抗体の両方とも、本開示の範囲内である。そのような競合または交差競合が生じるメカニズムにかかわらず（例えば、立体障害、立体構造的変化、または、共通するエピトープまたはその一部への結合）、当業者は、そのような競合および／または交差競合抗体が包含されて、本明細書において提供される方法および／または組成物に有用であり得ることを理解するだろう。
本開示の態様は、本明細書において提供される任意の特異的抗体、またはその抗原結合部分と競合または交差競合する抗体に関する。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、本明細書において提供される任意の抗体と同一のエピトープにおいて、またはその近くに結合する。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、エピトープの１５個以下のアミノ酸残基内で結合するならば、エピトープの近くに結合する。一部の実施態様では、本明細書において提供される任意の抗体、またはその抗原結合部分は、本明細書において提供される任意の抗体によって結合されるエピトープの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５アミノ酸残基内で結合する。
別の実施態様では、１０－６Ｍ未満の抗体とタンパク質との間の平衡解離定数（ＫＤ）で、本明細書において提供される任意の抗原（例えば、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体）に対する結合に関して競合または交差競合する、抗体、またはその抗原結合部分が、本明細書において提供される。他の実施態様では、抗体は、１０－１１Ｍ～１０－６Ｍの範囲内のＫＤで、本明細書において提供される任意の抗原に対する結合に関して競合または交差競合する。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分と結合に関して競合する、抗－ＴＧＦβ１抗体、またはその抗原結合部分が、本明細書において提供される。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分と同一のエピトープに結合する、抗－ＴＧＦβ１抗体、またはその抗原結合部分が、本明細書において提供される。
本明細書において提供される任意の抗体は、任意の適切な方法を用いて特徴付けられ得る。例えば、１つの方法は、抗原が結合するエピトープ、または「エピトープマッピング」を特定することである。タンパク質上のエピトープの位置をマッピングおよび特徴付けるための多くの適切な方法が存在し、抗体－抗原複合体の結晶構造解析、競合アッセイ、遺伝子フラグメント発現アッセイ、および合成ペプチドに基づくアッセイ（例えば、Ｃｈａｐｔｅｒ １１ ｏｆ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９９９に記載）を含む。さらなる例では、エピトープマッピングは、抗体が結合する配列を決定するために用いられ得る。エピトープは、線形エピトープであってよく、すなわち、単一の一続きのアミノ酸内に含まれてよく、または、単一の一続き（一次構造の線形配列）内に必ずしも含まれなくてよい、アミノ酸の三次元相互作用によって形成された立体構造的エピトープであってよい。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１がＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体内である場合、エピトープは、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分による結合にのみ利用可能であるＴＧＦβ１エピトープである。異なる長さ（例えば、少なくとも４～６アミノ酸長）のペプチドは、単離または合成（例えば、組み換え）されてよく、抗体による結合アッセイに用いられてよい。別の例では、抗体が結合するエピトープは、標的抗原配列に由来する重複するペプチドを用いることによって、そして、抗体による結合を決定することによって、体系的なスクリーニングにおいて決定され得る。遺伝子フラグメント発現アッセイによれば、標的抗原をコードするオープンリーディングフレームは、無作為に、または特異的な遺伝子構築のいずれかによってフラグメント化されて、試験されるべき抗体と抗原の発現されたフラグメントの反応度が決定される。遺伝子フラグメントは、例えば、ＰＣＲによって生産されてよく、それから、放射性アミノ酸の存在下で、インビトロでタンパク質に転写および翻訳されてよい。放射能標識された抗原フラグメントに対する抗体の結合は、それから、免疫沈降およびゲル電気泳動によって決定される。特定のエピトープは、ファージ粒子の表面上にディスプレイされたランダムペプチド配列の大きなライブラリー（ファージライブラリー）を用いることによって同定されてもよい。あるいは、重複ペプチドフラグメントの定義されたライブラリーは、単純な結合アッセイにおいて試験抗体に対する結合に関して試験されてよい。さらなる例では、抗原結合ドメインの突然変異誘発、ドメインスワップ実験およびアラニンスキャニング突然変異誘発を行なって、エピトープ結合に必要な、十分な、および／または必須の、残基を同定することができる。例えば、ドメインスワップ実験は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の様々なフラグメントが、関係が近いが抗原的に区別されるタンパク質、例えばＴＧＦβタンパク質ファミリーの別のメンバー（例えばＧＤＦ１１）由来の配列と置換（スワップ）されている標的抗原の突然変異体を用いて行なわれ得る。ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の突然変異体に対する抗体の結合を評価することによって、抗体結合に対する特定の抗原フラグメントの重要性が評価され得る。
あるいは、競合アッセイは、抗体が他の抗体と同一のエピトープに結合するかどうか決定するために、同一抗原に結合することが知られる他の抗体を用いて行なわれ得る。競合アッセイは、当業者によく知られている。
さらに、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体内の１つまたは複数の残基と本明細書において提供される任意の抗体の相互作用は、日常的な技術によって決定され得る。例えば、結晶構造が決定され得て、それに従って、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体内の残基と抗体内の１つまたは複数の残基との間の距離が決定され得る。そのような距離に基づいて、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体内の特異的な残基が、抗体内の１つまたは複数の残基と相互作用するかどうか、決定され得る。さらに、競合アッセイおよび標的突然変異誘発アッセイのような適切な方法を用いて、候補抗体の選択的結合を決定することができる。
［抗体の様々な改変および変動］
本開示によって包含される任意の抗体またはその抗原結合フラグメントの非限定的な変動、改変、および特性を以下に簡単に述べる。関連する分析方法の実施態様もまた提供される。
天然起源の抗体構造単位は、典型的に四量体を含む。それぞれのそのような四量体は、典型的に、２つの同一ペアのポリペプチド鎖からなり、それぞれのペアは、１つの全長「軽」（特定の実施態様では、約２５ｋＤａ）および１つの全長「重」鎖（特定の実施態様では、約５０～７０ｋＤａ）を有する。それぞれの鎖のアミノ末端部分は、典型的に抗原認識を担う、約１００～１１０またはそれよりも多くのアミノ酸の可変領域を典型的に含む。それぞれの鎖のカルボキシ末端部分は、エフェクター機能を担い得る定常領域を典型的に規定する。ヒト抗体軽鎖は、κおよびλ軽鎖として典型的に分類される。重鎖は、μ、δ、γ、α、またはεとして典型的に分類されて、抗体のアイソタイプを規定する。抗体は、任意のタイプ（例えば、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＹ、およびＩｇＥ）およびクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ１、ＩｇＭ２、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２）であってよい。全長の軽鎖および重鎖内で、典型的に、可変および定常領域は、約１２またはそれよりも多いアミノ酸の「Ｊ」領域によって結合（ｊｏｉｎ）されて、重鎖は約１０よりも多いアミノ酸の「Ｄ」領域も含む（例えば、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｃｈ．７（Ｐａｕｌ，Ｗ．，ｅｄ．，２ｎｄ ｅｄ．Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９）を参照）（その全体で参照により援用される））。それぞれの軽鎖／重鎖ペアの可変領域は、典型的に、抗原結合部位を形成する。
可変領域は、典型的に、相補性決定領域またはＣＤＲとも呼ばれる３つの超可変領域によって結合（ｊｏｉｎ）された、相対的に保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）の同一の一般的構造を示す。それぞれのペアの２つの鎖由来のＣＤＲは、典型的に、フレームワーク領域によって並べられて、特異的なエピトープに結合することを可能にし得る。Ｎ末端からＣ末端まで、軽鎖および重鎖可変領域の両方とも、ドメインＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３およびＦＲ４を典型的に含む。それぞれのドメインに対するアミノ酸の割り当ては、典型的に、Ｋａｂａｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９８７および１９９１））、または、Ｃｈｏｔｈｉａ＆Ｌｅｓｋ（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７；Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４２：８７８－８８３の定義に従う。軽鎖のＣＤＲは、ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３とも呼ばれ得て、重鎖のＣＤＲは、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３とも呼ばれ得る。一部の実施態様では、抗体は、重鎖（単数または複数）のカルボキシ末端からの少数のアミノ酸欠失を含んでよい。一部の実施態様では、抗体は、重鎖のカルボキシ末端内に１～５個のアミノ酸欠失を有する重鎖を含む。特定の実施態様では、ＣＤＲの決定的な描写および抗体の結合部位を含む残基の同定は、抗体の構造を解析することによって、および／または、抗体－リガンド複合体の構造を解析することによって、達成される。特定の実施態様では、それは、当業者に公知の任意の様々な技術、例えば、Ｘ線結晶解析によって達成され得る。一部の実施態様では、分析の様々な方法を用いて、ＣＤＲ領域を同定または見積もることができる。そのような方法の例は、限定されないが、Ｋａｂａｔ定義、Ｃｈｏｔｈｉａ定義、ＡｂＭ定義、および接触（ｃｏｎｔａｃｔ）定義を含む。
「親和性成熟」抗体は、その１つまたは複数のＣＤＲ内に１つまたは複数の変更を有する抗体であり、これらの変更（単数または複数）を保有しない親抗体と比較して、抗原に関する抗体の親和性の改善をもたらす。例示的な親和性成熟抗体は、標的抗原に関してナノモルまたは実にピコモルの親和性を有する。親和性成熟抗体は、当技術分野で知られている手順によって生産される。Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９－７８３は、ＶＨおよびＶＬドメインのシャッフルによる親和性成熟を記載する。ＣＤＲおよび／またはフレームワーク残基のランダム突然変異誘発は、Ｂａｒｂａｓ，ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｐｒｏｃ Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３８０９－３８１３；Ｓｃｈｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｇｅｎｅ １６９：１４７－１５５；Ｙｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４－２００４；Ｊａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０－９；および、Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９－８９６によって記載されて；選択的突然変異誘発位置、活性を高めるアミノ酸残基による接触または超変異位置における選択的突然変異は、米国特許番号６，９１４，１２８に記載される。
用語「ＣＤＲグラフト抗体」は、１つの種由来の重鎖および軽鎖可変領域配列を含むが、ＶＨおよび／またはＶＬの１つまたは複数のＣＤＲ領域の配列が別の種のＣＤＲ配列によって置き換えられている抗体、例えば、ミューリンＣＤＲの１つまたは複数（例えば、ＣＤＲ３）がヒトＣＤＲ配列によって置き換えられているミューリン重鎖および軽鎖可変領域を有する抗体を指す。
用語「キメラ抗体」は、１つの種由来の重鎖および軽鎖可変領域配列および別の種由来の定常領域配列を含む抗体、例えば、ヒト定常領域に結合されたミューリン重鎖および軽鎖可変領域を有する抗体を指す。
本明細書において用いられる用語「フレームワーク」または「フレームワーク配列」は、可変領域マイナスＣＤＲの残りの配列を指す。ＣＤＲ配列の正確な定義は異なるシステムによって決定され得るので、フレームワーク配列の意味は、それに相応して異なる解釈に供せられる。６個のＣＤＲ（軽鎖のＣＤＲ－Ｌ１、－Ｌ２、および－Ｌ３および重鎖のＣＤＲ－Ｈ１、－Ｈ２、および－Ｈ３）もまた、軽鎖および重鎖上のフレームワーク領域を、それぞれの鎖上の４つのサブ領域（ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４）に分けて、ＣＤＲ１はＦＲ１およびＦＲ２の間に位置し、ＣＤＲ２はＦＲ２およびＦＲ３の間に位置し、ＣＤＲ３はＦＲ３およびＦＲ４の間に位置する。特定のサブ領域をＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３またはＦＲ４と特定せずに、フレームワーク領域は、他によって呼ばれるように、単一の、天然起源の免疫グロブリン鎖の可変領域内の組み合わせられたＦＲ’ｓを表わす。本明細書において用いられるＦＲは、４つのサブ領域のうちの１つを表わし、ＦＲｓは、フレームワーク領域を構成する４つのサブ領域のうちの２以上を表わす。
一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ヒトＩｇＭ定常ドメイン、ヒトＩｇＧ定常ドメイン、ヒトＩｇＧ１定常ドメイン、ヒトＩｇＧ２定常ドメイン、ヒトＩｇＧ２Ａ定常ドメイン、ヒトＩｇＧ２Ｂ定常ドメイン、ヒトＩｇＧ２定常ドメイン、ヒトＩｇＧ３定常ドメイン、ヒトＩｇＧ３定常ドメイン、ヒトＩｇＧ４定常ドメイン、ヒトＩｇＡ定常ドメイン、ヒトＩｇＡ１定常ドメイン、ヒトＩｇＡ２定常ドメイン、ヒトＩｇＤ定常ドメイン、またはヒトＩｇＥ定常ドメインの重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ヒトＩｇＧ１定常ドメインまたはヒトＩｇＧ４定常ドメインの重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ヒトＩｇＧ４定常ドメインの重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む。一部の実施態様では、抗体、またはその抗原結合部分は、ＩｇＧ１様ヒンジを生じさせて鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にするＳｅｒからＰｒｏへの主鎖置換を有するヒトＩｇＧ４定常ドメインの重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む。
一部の実施態様では、抗体またはその抗原結合部分は、ヒトＩｇλ定常ドメインまたはヒトＩｇκ定常ドメインを含む軽鎖免疫グロブリン定常ドメインをさらに含む。
一部の実施態様では、抗体は、２つの重鎖および２つの軽鎖である４つのポリペプチド鎖を有するＩｇＧである。
一部の実施態様では、抗体は、ヒト化抗体、ダイアボディ、またはキメラ抗体である。一部の実施態様では、抗体はヒト化抗体である。一部の実施態様では、抗体は、ヒト抗体である。一部の実施態様では、抗体は、ヒト生殖細胞系アミノ酸配列を有するフレームワークを含む。
一部の実施態様では、抗原結合部分は、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ｓｃＦａｂフラグメント、またはｓｃＦｖフラグメントである。
本明細書において用いられる用語「生殖細胞系抗体遺伝子」または「遺伝子フラグメント」は、特定の免疫グロブリンの発現のための突然変異および遺伝子再配列をもたらす成熟プロセスを受けていない非リンパ系細胞によってコードされる免疫グロブリン配列を指す（例えば、Ｓｈａｐｉｒｏ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２（３）：１８３－２００；Ｍａｒｃｈａｌｏｎｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．４８４：１３－３０を参照）。本開示の様々な実施態様によって提供される利点の１つは、生殖細胞系抗体遺伝子は、成熟抗体遺伝子よりも、種における個々の本質的なアミノ酸配列構造特性を保存する可能性が高く、それ故に、その種において治療的に用いられる場合、外来源由来として認識される可能性がより低いという認識から生じている。
本明細書において用いられる用語「中和」は、結合タンパク質が抗原に特異的に結合する場合に、抗原の生物学的活性に対抗することを指す。一実施態様では、中和結合タンパク質は、抗原／標的、例えば、サイトカイン、キナーゼ、増殖因子、細胞表面タンパク質、可溶性タンパク質、ホスファターゼ、または受容体リガンドに結合して、その生物学的活性を、少なくとも約２０％、４０％、６０％、８０％、８５％、９０％、９５％．９６％、９７％．９８％、９９％またはそれよりも多く減少させる。
本明細書において用いられる用語「結合タンパク質」は、抗原（例えば、ＴＧＦβ１）に特異的に結合する任意のポリペプチドを含み、制限されないが、抗体、またはその抗原結合部分、ＤＶＤ－ＩｇＴＭ、ＴＶＤ－Ｉｇ、ＲＡｂ－Ｉｇ、二重特異性抗体およびデュアル特異的抗体を含む。
用語「モノクローナル抗体」または「ｍＡｂ」は、それを含む組成物の文脈において用いられる場合、実質的に同種の抗体の集団から得られた抗体製剤を指してよく、すなわち、集団を含む個々の抗体は、少量で存在し得る、可能性のある天然に生じる突然変異を除き同一である。モノクローナル抗体は、非常に特異的であり、単一抗原に対して向けられる。さらに、異なる決定因子（エピトープ）に対して向けられる異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体製剤と対照的に、それぞれのｍＡｂは、抗原上の単一の決定因子に対して向けられる。修飾語句「モノクローナル」は、任意の特定の方法による抗体の生産を必要とすると解釈されるべきでない。
本明細書において用いられる用語「組み換えヒト抗体」は、組み換え手段によって調製、発現、作製または単離される全てのヒト抗体、例えば、宿主細胞内にトランスフェクトされた組み換え発現ベクターを用いて発現される抗体（以下のセクションＩＩＣにおいてさらに説明される）、組み換え体から単離された抗体、コンビナトリアルヒト抗体ライブラリー（Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ，Ｈ．Ｒ．（１９９７）ＴＩＢ Ｔｅｃｈ．１５：６２－７０；Ａｚｚａｚｙ，Ｈ．ａｎｄ Ｈｉｇｈｓｍｉｔｈ，Ｗ．Ｅ．（２００２）Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３５：４２５－４４５；Ｇａｖｉｌｏｎｄｏ，Ｊ．Ｖ．ａｎｄ Ｌａｒｒｉｃｋ，Ｊ．Ｗ．（２００２）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２９：１２８－１４５；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ，Ｈ．ａｎｄ Ｃｈａｍｅｓ，Ｐ．（２０００）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ ２１：３７１－３７８、参照により本明細書中に援用される）、ヒト免疫グロブリン遺伝子に関してトランスジェニックである動物（例えば、マウス）から単離される抗体（Ｔａｙｌｏｒ，Ｌ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．２０：６２８７－６２９５；Ｋｅｌｌｅｒｍａｎｎ，Ｓ－Ａ．ａｎｄ Ｇｒｅｅｎ，Ｌ．Ｌ．（２００２）Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１３：５９３－５９７；Ｌｉｔｔｌｅ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ ２１：３６４－３７０を参照）、または、他のＤＮＡ配列へのヒト免疫グロブリン遺伝子配列のスプライシングを含む任意の他の手段によって調製、発現、作製または単離される抗体を含むことが意図される。そのような組み換えヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変および定常領域を有する。しかしながら、特定の実施態様では、そのような組み換えヒト抗体は、インビトロ突然変異誘発（または、ヒトＩｇ配列に関する動物トランスジェニックが用いられる場合は、インビボ体細胞突然変異誘発）に供されて、したがって、組み換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系ＶＨおよびＶＬ配列に由来し、それに関するが、インビボでヒト抗体生殖細胞系レパートリー内に天然で存在し得ない配列である。
本明細書において用いられる「デュアル可変ドメイン免疫グロブリン」または「ＤＶＤ－ＩｇＴＭ」などは、ペアの重鎖ＤＶＤポリペプチドおよび軽鎖ＤＶＤポリペプチドを含む結合タンパク質を含み、それぞれのペアの重鎖および軽鎖は、２つの抗原結合部位を与える。それぞれの結合部位は、抗原結合部位あたり、抗原結合に関与する合計６個のＣＤＲを含む。ＤＶＤ－ＩｇＴＭは、ＣＨ３ドメインの二量体化によって少なくとも部分的に互いに結合された２つのアームを典型的に有し、ＤＶＤのそれぞれのアームは二重特異性であり、４つの結合部位を免疫グロブリンに提供する。ＤＶＤ－ＩｇＴＭは、米国特許公開番号２０１０／０２６０６６８および２００９／０３０４６９３において提供されて、配列リストを含んでそれぞれ参照により本明細書中に援用される。
本明細書において用いられる「三重可変ドメイン免疫グロブリン」または「ＴＶＤ－Ｉｇ」などは、ペアの重鎖ＴＶＤ結合タンパク質ポリペプチドおよび軽鎖ＴＶＤ結合タンパク質ポリペプチドを含む結合タンパク質であり、それぞれのペアの重鎖および軽鎖は、３つの抗原結合部位を提供する。それぞれの結合部位は、抗原結合部位あたり、抗原結合に関与する合計６個のＣＤＲを含む。ＴＶＤ結合タンパク質は、ＣＨ３ドメインの二量体化によって少なくとも部分的に互いに結合された２つのアームを有してよく、ＴＶＤ結合タンパク質のそれぞれのアームは三重特異性であり、結合タンパク質に６個の結合部位を提供する。
本明細書において用いられる「受容体－抗体免疫グロブリン」または「ＲＡｂ－Ｉｇ」などは、重鎖ＲＡｂポリペプチドおよび軽鎖ＲＡｂポリペプチドを含む結合タンパク質であり、それらは一緒に、合計して３個の抗原結合部位を形成する。１つの抗原結合部位は、重鎖ＲＡｂポリペプチドおよび軽鎖ＲＡｂポリペプチドのそれぞれに存在する重および軽の抗体可変ドメインのペアによって形成されて、第一の抗原結合部位を提供する合計６個のＣＤＲを有する単一の結合部位を形成する。重鎖ＲＡｂポリペプチドおよび軽鎖ＲＡｂポリペプチドのそれぞれは、リガンドに独立に結合する受容体配列を含み、第二および第三の「抗原」結合部位を提供する。ＲＡｂ－Ｉｇは、ＣＨ３ドメインの二量体化によって少なくとも部分的に互いに結合された２つのアームを典型的に有し、ＲＡｂ－Ｉｇのそれぞれのアームは三重特異性であり、免疫グロブリンに６個の結合部位を提供する。ＲＡｂ－Ｉｇｓは、米国特許出願公開番号２００２／０１２７２３１において記載されて、配列リストを含むその内容全体は、参照により本明細書中に援用される）。
本明細書において用いられる用語「二重特異性抗体」は、「二重特異性ｈａｌｆ－Ｉｇ結合タンパク質」または「二重特異性（ｈａｌｆ－Ｉｇ）結合タンパク質」から区別されて、２つの異なるモノクローナル抗体の化学的コンジュゲートによる（Ｓｔａｅｒｚ，Ｕ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１４（６０１２）：６２８－６３１を参照）、または、ｋｎｏｂ－ｉｎｔｏ－ｈｏｌｅまたは同様の手法による（ＣＨ３－ＣＨ３二量体化を阻害しないＦｃ領域において突然変異を導入する）（Ｈｏｌｌｉｇｅｒ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ９０（１４）：６４４４－６４４８を参照）、クアドローマ技術によって生産される全長抗体を指し（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｃ．ａｎｄ Ｃｕｅｌｌｏ，Ａ．Ｃ．（１９８３）Ｎａｔｕｒｅ ３０５（５９３４）：ｐ．５３７－５４０を参照）、多数の異なる免疫グロブリン種をもたらし、そのうち１つのみが機能性二重特異性抗体である。分子機能によって、二重特異性抗体は、その２つの結合アームのうちの１つ（ＨＣ／ＬＣの１つのペア）上で１つの抗原（またはエピトープ）に結合して、その第二のアーム（ＨＣ／ＬＣの異なるペア）上で異なる抗原（またはエピトープ）に結合する。この定義により、二重特異性抗体は、２つの別個の抗原結合アームを有し（特異性およびＣＤＲ配列の両方において）、それが結合するそれぞれの抗原に関して一価である。
本明細書において用いられる用語「デュアル特異的抗体」は、二重特異性ｈａｌｆ－Ｉｇ結合タンパク質または二重特異性結合タンパク質から区別されて、その２つの結合アーム（ＨＣ／ＬＣのペア）のそれぞれにおいて２つの異なる抗原（またはエピトープ）に結合することのできる全長抗体を指す（ＰＣＴ公開番号ＷＯ０２／０２７７３を参照）。したがって、デュアル特異的結合タンパク質は、２つの同一の抗原結合アームを有し、同一の特異性および同一のＣＤＲ配列を有し、それが結合するそれぞれの抗原に関して二価である。
本明細書において用いられる用語「Ｋｏｎ」は、例えば当技術分野で知られているように、抗体／抗原複合体を形成するための、抗原に対する結合タンパク質（例えば、抗体）の会合に関するオン速度定数（ｏｎ ｒａｔｅ ｃｏｎｓｔａｎｔ）を指すことが意図される。「Ｋｏｎ」はまた、本明細書において交換可能に用いられるように、用語「会合速度定数」または「ｋａ」によっても知られる。抗体のその標的抗原に対する結合速度または抗体と抗原との間の複合体形成の速度を示すこの値は、等式：抗体（「Ａｂ」）＋抗原（「Ａｇ」）→Ａｂ－Ａｇによっても示される。
本明細書において用いられる用語「Ｋｏｆｆ」は、例えば当技術分野で知られているように、抗体／抗原複合体からの結合タンパク質（例えば、抗体）の解離に関するオフ速度定数（ｏｆｆ ｒａｔｅ ｃｏｎｓｔａｎｔ）を指すことが意図される。「Ｋｏｆｆ」はまた、本明細書において交換可能に用いられるように、用語「解離速度定数」または「ｋｄ」によっても知られる。この値は、その標的抗原からの抗体の解離速度または等式：Ａｂ＋Ａｇ←Ａｂ－Ａｇによって示されるように、フリーの抗体および抗原への経時的なＡｂ－Ａｇ複合体の分離を示す。
本明細書において交換可能に用いられる用語「平衡解離定数」または「ＫＤ」は、平衡での滴定測定において得られた値、または、解離速度定数（ｋｏｆｆ）を会合速度定数（ｋｏｎ）で割った値を指す。会合速度定数、解離速度定数、および、平衡解離定数は、結合タンパク質の結合親和性を表わすために用いられる（例えば、抗原に対する抗体）。会合および解離速度定数を決定するための方法は、当技術分野でよく知られている。蛍光に基づく技術の使用は、平衡での生理学的バッファーにおいてサンプルを試験する高い感度および能力を提供する。他の実験的手法および機器、例えばＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）（生体分子の相互作用分析）アッセイを用いることができる（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＡＢ，ＧＥヘルスケア社，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎから入手可能な機器）。加えて、Ｓａｐｉｄｙｎｅ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ（Ｂｏｉｓｅ，Ｉｄａｈｏ）から入手可能なＫｉｎＥｘＡ（登録商標）（Ｋｉｎｅｔｉｃ Ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ）アッセイを用いてもよい。
本明細書において用いられる用語「結晶」および「結晶化」は、結晶の形態で存在する結合タンパク質（例えば、抗体）、またはその抗原結合部分を指す。結晶は、物質の固形状態の１つの形態であり、非晶質の固形状態または液体の結晶状態のような他の形態と異なる。結晶は、原子、イオン、分子（例えば、抗体のようなタンパク質）、または分子の集合（例えば、抗原／抗体複合体）の規則的な反復する三次元アレイからなる。これらの三次元アレイは、当該分野において十分に理解されている特異的な数学的関係に従って並べられる。結晶内で反復される基本単位、またはビルディングブロックは、非対称ユニットと呼ばれる。所定の十分に定義された結晶学的対称に従った配列における非対称ユニットの反復は、結晶の「単位セル」を提供する。三次元全体における規則的な並進（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ）による単位セルの反復は、結晶を提供する。Ｇｉｅｇｅ，Ｒ．ａｎｄ Ｄｕｃｒｕｉｘ，Ａ．Ｂａｒｒｅｔｔ，Ｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，２ｎｄ ｅａ．，ｐｐ．２０１－１６，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，（１９９９）を参照。用語「リンカー」は、ペプチド結合によって結合（ｊｏｉｎ）される２以上のアミノ酸残基を含むポリペプチドを示すために用いられて、１つまたは複数の抗原結合部分を連結（ｌｉｎｋ）させるために用いられる。そのようなリンカーポリペプチドは、当技術分野でよく知られている（例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８；Ｐｏｌｊａｋ，Ｒ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ２：１１２１－１１２３を参照）。例示的なリンカーは、限定されないが、ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰ（配列番号５５）、ＡＳＴＫＧＰ（配列番号５６）；ＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰ（配列番号５７）；ＴＶＡＡＰ（配列番号５８）；ＡＫＴＴＰＫＬＥＥＧＥＦＳＥＡＲ（配列番号５９）；ＡＫＴＴＰＫＬＥＥＧＥＦＳＥＡＲＶ（配列番号６０）；ＡＫＴＴＰＫＬＧＧ（配列番号６１）；ＳＡＫＴＴＰＫＬＧＧ（配列番号６２）；ＳＡＫＴＴＰ（配列番号６３）；ＲＡＤＡＡＰ（配列番号６４）；ＲＡＤＡＡＰＴＶＳ（配列番号６５）；ＲＡＤＡＡＡＡＧＧＰＧＳ（配列番号６６）；ＲＡＤＡＡＡＡ（Ｇ４Ｓ）４（配列番号６７）；ＳＡＫＴＴＰＫＬＥＥＧＥＦＳＥＡＲＶ（配列番号６８）；ＡＤＡＡＰ（配列番号６９）；ＡＤＡＡＰＴＶＳＩＦＰＰ（配列番号７０）；ＱＰＫＡＡＰ（配列番号７１）；ＱＰＫＡＡＰＳＶＴＬＦＰＰ（配列番号７２）；ＡＫＴＴＰＰ（配列番号７３）；ＡＫＴＴＰＰＳＶＴＰＬＡＰ（配列番号７４）；ＡＫＴＴＡＰ（配列番号７５）；ＡＫＴＴＡＰＳＶＹＰＬＡＰ（配列番号７６）；ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７７）；ＧＥＮＫＶＥＹＡＰＡＬＭＡＬＳ（配列番号７８）；ＧＰＡＫＥＬＴＰＬＫＥＡＫＶＳ（配列番号７９）；ＧＨＥＡＡＡＶＭＱＶＱＹＰＡＳ（配列番号８０）；ＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰ（配列番号８１）；およびＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰ（配列番号８２）を含む。
「ラベル」および「検出可能ラベル」または「検出可能部分」は、例えば、特定の結合ペア（例えば抗体および分析物）のメンバー間の反応を検出可能にさせるために、特定の結合パートナー（例えば抗体または分析物）に付着された部分を意味し、そのようにラベルされた特定の結合パートナー（例えば抗体または分析物）は、「検出可能にラベルされる」と呼ばれる。したがって、本明細書において用いられる用語「ラベルされた結合タンパク質」は、結合タンパク質の同定を提供する取り込まれたラベルを有するタンパク質を指す。一実施態様では、ラベルは、視覚または機器手段（例えば、放射性標識アミノ酸の取り込み、または、マーク付きアビジン（例えば、光学または比色法によって検出することのできる蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプトアビジン）によって検出することのできるビオチニル部分のポリペプチドへの付着）によって検出可能なシグナルを生じることが可能な検出可能マーカーである。ポリペプチドに関するラベルの例は、限定されないが、以下：放射性同位体または放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１７７Ｌｕ、１６６Ｈｏ、および１５３Ｓｍ）；色素原；蛍光ラベル（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、およびランタニド蛍光体）；酵素ラベル（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、およびアルカリフォスファターゼ）；化学発光マーカー；ビオチニル基；二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパーペア配列、二次抗体に関する結合部位、金属結合ドメイン、およびエピトープタグ）；およびガドリニウムキレートのような磁性剤を含む。免疫測定法に一般的に用いられるラベルの代表的な例は、アクリジニウム化合物のような光を生じる部分、および、フルオレセインのような蛍光を生じる部分を含む。他のラベルは本明細書に記載される。この点について、部分自体は検出可能にラベルされ得ないが、さらに別の部分との反応の際に検出可能になり得る。「検出可能にラベルされた」の使用は、検出可能なラベルの後者タイプを包含することが意図される。
一部の実施態様では、抗原（例えば、タンパク質複合体）、例えばＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に対する、抗体またはその抗原結合部分の結合親和性は、Ｏｃｔｅｔアッセイを用いて決定される。一部の実施態様では、Ｏｃｔｅｔアッセイは、抗体と抗原との間の結合を示す１つまたは複数の反応速度パラメーターを決定するアッセイである。一部の実施態様では、Ｏｃｔｅｔ（登録商標）システム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）を用いて、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に対する、抗体、またはその抗原結合部分の結合親和性を決定する。例えば、抗体の結合親和性は、バイオレイヤー干渉法を利用するｆｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ ＱＫｅディップおよびリードラベルフリーアッセイシステムを用いて決定され得る。一部の実施態様では、抗原は、バイオセンサー（例えば、ストレプトアビジンによってコーティングされたバイオセンサー）に固定化されて、抗体および複合体（例えば、ビオチン化ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体およびビオチン化ＬＴＢＰ－ＴＧＦβ１複合体）は、結合の相互作用を測定するために高濃度（５０μｇ／ｍＬ）で溶液中に存在する。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に対する、抗体、またはその抗原結合部分の結合親和性は、表６に概説されるプロトコルを用いて決定される。本明細書において用いられる用語「表面プラズモン共鳴」は、例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）システム（ＢＩＡｃｏｒｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＡＢ，ａ ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ ｃｏｍｐａｎｙ，Ｕｐｐｓａｌａ，ＳｗｅｄｅｎおよびＰｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を用いて、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変化を検出することによって、リアルタイムの二重特異性相互作用の分析を可能にする光学現象を指す。さらなる説明については、Ｊｏｎｓｓｏｎ，Ｕ．ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ａｎｎ．Ｂｉｏｌ．Ｃｌｉｎ．５１：１９－２６；Ｊｏｎｓｓｏｎ，Ｕ．ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １１：６２０－６２７；Ｊｏｈｎｓｓｏｎ，Ｂ．ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．８：１２５－１３１；および、Ｊｏｈｎｎｓｏｎ，Ｂ．ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９８：２６８－２７７を参照。
［ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤の同定および生産／製造］
本発明は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の２以上に結合する抗体またはそのフラグメントのスクリーニング方法、生産方法および製造プロセス、および、それを含む医薬組成物および関連するキットを包含する。
非常に多くの方法は、本開示の抗体、またはその抗原結合フラグメントを得るために用いられ得る。例えば、抗体は、組み換えＤＮＡ方法を用いて生産され得る。モノクローナル抗体は、公知の方法に従ってハイブリドーマの発生によって生産されてもよい（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５－４９９を参照）。この様式で形成されたハイブリドーマは、それから、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）および表面プラズモン共鳴（例えば、ＯＣＴＥＴまたはＢＩＡＣＯＲＥ）分析のような標準的な方法を用いてスクリーニングされて、特定の抗原に特異的に結合する抗体を生産する１つまたは複数のハイブリドーマを同定する。特定の抗原の任意の形態、例えば、組み換え抗原、天然起源の形態、任意の変異体またはそのフラグメント、ならびに、その抗原性ペプチド（例えば、立体構造的エピトープとしての足場内または線形エピトープとして本明細書に記載される任意のエピトープ）は、免疫原として用いられてよい。抗体を作製する１つの例示的な方法は、抗体またはそのフラグメント（例えば、ｓｃＦｖ）を発現するスクリーニングタンパク質発現ライブラリー、例えば、ファージまたはリボソームディスプレイライブラリーを含む。ファージディスプレイは、例えば、Ｌａｄｎｅｒ ｅｔ ａｌ．、米国特許番号５，２２３，４０９；Ｓｍｉｔｈ（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２８：１３１５－１３１７；Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１－５９７；ＷＯ９２／１８６１９；ＷＯ９１／１７２７１；ＷＯ９２／２０７９１；ＷＯ９２／１５６７９；ＷＯ９３／０１２８８；ＷＯ９２／０１０４７；ＷＯ９２／０９６９０；およびＷＯ９０／０２８０９に記載される。
ディスプレイライブラリーの使用に加えて、特定の抗原（例えば、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体）を用いて、非ヒト宿主、例えば、ウサギ、モルモット、ラット、マウス、ハムスター、ヒツジ、ヤギ、ニワトリ、ラクダ、ならびに、サメのような非哺乳類宿主を免疫化することができる。一実施態様では、非ヒト動物はマウスである。
別の実施態様では、モノクローナル抗体は非ヒト動物から得られて、それから、適切な組み換えＤＮＡ技術を用いて改変される（例えば、キメラ）。キメラ抗体を作製するための様々な手法が説明されている。例えば、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８１：６８５１，１９８５；Ｔａｋｅｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３１４：４５２，１９８５，Ｃａｂｉｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，米国特許番号４，８１６，５６７；Ｂｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，米国特許番号４，８１６，３９７；Ｔａｎａｇｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，欧州特許公報ＥＰ１７１４９６；欧州特許公報０１７３４９４、英国特許ＧＢ２１７７０９６Ｂを参照。
さらなる抗体生産技術については、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ｅｄｓ．Ｈａｒｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照。本開示は、抗体の任意の特定の由来、生産方法、または他の特別な特徴に必ずしも制限されない。
本開示の一部の態様は、ポリヌクレオチドまたはベクターによって形質転換された宿主細胞に関する。宿主細胞は、原核生物または真核生物細胞であってよい。宿主細胞内に存在するポリヌクレオチドまたはベクターは、宿主細胞のゲノム中に組み込まれてよく、または、染色体外に維持されてよい。宿主細胞は、任意の原核生物または真核生物細胞、例えば、細菌、昆虫、真菌、植物、動物またはヒト細胞であってよい。一部の実施態様では、真菌細胞は、例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ属のもの、特にＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ種のものである。用語「原核生物」は、抗体または対応する免疫グロブリン鎖の発現のためにＤＮＡまたはＲＮＡ分子によって形質転換またはトランスフェクトされ得る全ての細菌を含む。原核生物宿主は、グラム陰性ならびにグラム陽性細菌、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓおよびＢａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓを含んでよい。用語「真核生物」は、酵母、高等植物、昆虫および脊椎動物細胞、例えば、ＮＳＯおよびＣＨＯ細胞のような哺乳類細胞を含む。組み換え生産手順に用いられる宿主に応じて、ポリヌクレオチドによってコードされる抗体または免疫グロブリン鎖は、グリコシル化であってよく、または、非グリコシル化であってよい。抗体または対応する免疫グロブリン鎖は、最初のメチオニンアミノ酸残基を含んでもよい。
一部の実施態様では、ベクターが適切な宿主内に組み込まれた時点で、宿主は、ヌクレオチド配列の高レベルの発現に適切な条件下で維持されてよく、望みどおりに、免疫グロブリン軽鎖、重鎖、軽／重鎖ダイマーまたは無傷の抗体、抗原結合フラグメントまたは他の免疫グロブリン形態の収集および精製が続いてよい；Ｂｅｙｃｈｏｋ，Ｃｅｌｌｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．，（１９７９）を参照。したがって、ポリヌクレオチドまたはベクターは、細胞内に導入されて、次々に、抗体または抗原結合フラグメントを生産する。さらに、トランスジェニック動物、好ましくは前述の宿主細胞を含む哺乳類は、抗体または抗体フラグメントの大スケールの生産のために用いられてよい。
形質転換された宿主細胞は、発酵槽内で増殖され得て、任意の適切な技術を用いて培養され得て、最適な細胞増殖を達成する。発現された時点で、抗体全体、それらのダイマー、個々の軽鎖および重鎖、他の免疫グロブリン形態、または抗原結合フラグメントは、硫酸アンモニウム沈殿、アフィニティカラム、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動などを含む当該分野の標準的な手順に従って精製されてよい；Ｓｃｏｐｅｓ，「Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ」，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．（１９８２）を参照。抗体または抗原結合フラグメントは、それから、増殖培地、細胞溶解物、または細胞膜画分から単離されてよい。例えば、微生物によって発現された抗体または抗原結合フラグメントの単離および精製は、例えば抗体の定常領域に対して方向付けられたモノクローナルまたはポリクローナル抗体の使用を伴うもののような免疫学的分離および予備クロマトグラフィー分離のような任意の従来の手段によるものであってよい。
本開示の態様は、モノクローナル抗体の無期限に延長された由来を提供するハイブリドーマに関する。ハイブリドーマの培養物から直接的に免疫グロブリンを得る代わりとして、不死化ハイブリドーマ細胞が、その後の発現および／または遺伝子操作のための再配列された重鎖および軽鎖座の由来として用いられ得る。再配列された抗体遺伝子を適切なｍＲＮＡから逆転写して、ｃＤＮＡが生産され得る。一部の実施態様では、重鎖定常領域は、異なるアイソタイプのものに交換または完全に除去されてよい。可変領域は、単鎖Ｆｖ領域をコードするように結合されてよい。多数のＦｖ領域は、１よりも多い標的に対する結合能力を与えるように結合され得て、またはキメラ重鎖と軽鎖の組み合わせが用いられ得る。任意の適切な方法が、抗体可変領域のクローニングおよび組み換え抗体の産生に用いられ得る。
一部の実施態様では、重鎖および／または軽鎖の可変領域をコードする適切な核酸が得られて、標準的な組み換え宿主細胞内にトランスフェクトされ得る発現ベクター内に挿入される。様々なそのような宿主細胞が用いられ得る。一部の実施態様では、哺乳類宿主細胞は、効率的なプロセッシングおよび生産のために有利であり得る。この目的に有用である典型的な哺乳類細胞株は、ＣＨＯ細胞、２９３細胞、またはＮＳＯ細胞を含む。抗体または抗原結合フラグメントの生産は、宿主細胞の増殖およびコード配列の発現に適切な培養条件下で、改変された組み換え宿主を培養することによって行われ得る。抗体または抗原結合フラグメントは、培養物からそれらを単離することによって回収され得る。発現系は、生じる抗体が培地中に分泌されるようにシグナルペプチドを含むように設計され得るが；細胞内生産も可能である。
本開示はまた、本明細書に記載の抗体の免疫グロブリン鎖の少なくとも可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施態様では、ポリヌクレオチドによってコードされる可変領域は、上述のハイブリドーマの任意の１つによって生産される抗体の可変領域のＶＨおよび／またはＶＬの少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。
抗体または抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡまたは合成的に生産されたＤＮＡまたはＲＮＡまたは組み換えによって生産されたキメラ核酸分子（任意のこれらのポリヌクレオチドを単独または組み合わせのいずれかで含む）であってよい。一部の実施態様では、ポリヌクレオチドは、ベクターの一部である。そのようなベクターは、適切な宿主細胞内および適切な条件下でベクターの選択を可能にするマーカー遺伝子のようなさらなる遺伝子を含んでよい。
一部の実施態様では、ポリヌクレオチドは、原核生物または真核生物細胞における発現を可能にする発現制御配列に作動可能に結合している。ポリヌクレオチドの発現は、翻訳可能なｍＲＮＡへのポリヌクレオチドの転写を含む。真核生物細胞、好ましくは哺乳類細胞における発現を確実にする調節エレメントは、当業者によく知られている。それらは、転写開始を促進する調節配列および任意選択で転写終結および転写安定化を促進するポリ－Ａシグナルを含んでよい。さらなる調節エレメントは、転写ならびに翻訳エンハンサー、および／または、天然に関係があるまたは異種のプロモーター領域を含んでよい。原核生物宿主細胞における発現を可能にする、あり得る調節エレメントは、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉにおけるＰＬ、Ｌａｃ、ＴｒｐまたはＴａｃプロモーターを含み、真核生物宿主細胞における発現を可能にする調節エレメントの例は、酵母におけるＡＯＸ１またはＧＡＬ１プロモーター、または、哺乳類および他の動物細胞におけるＣＭＶプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＲＳＶプロモーター（ラウス肉腫ウイルス）、ＣＭＶエンハンサー、ＳＶ４０エンハンサーまたはグロビンイントロンである。
転写開始を担うエレメントの他に、そのような調節エレメントはまた、ポリヌクレオチドの下流に、ＳＶ４０－ポリ－Ａ部位またはｔｋ－ポリ－Ａ部位のような転写終結シグナルを含んでもよい。さらに、用いられる発現系に応じて、ポリペプチドを細胞区画へ向けること、または、培地中へにそれを分泌することが可能なリーダー配列が、ポリヌクレオチドのコード配列に追加されてよく、以前に説明されている。リーダー配列（単数または複数）は、翻訳、開始および終結配列と共に適切なフェーズにおいて集められて、および好ましくは、リーダー配列は、翻訳されたタンパク質、またはその一部を、例えば細胞外培地へ分泌するように指示することが可能である。任意選択で、所望の特性、例えば、発現された組み換え産物の単純化された精製または安定化を与えるＣまたはＮ末端同定ペプチドを含む融合タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチド配列が用いられ得る。
一部の実施態様では、軽鎖および／または重鎖の少なくとも可変ドメインをコードするポリヌクレオチドは、免疫グロブリン鎖の両方または片方のみの可変ドメインをコードしてよい。同様に、ポリヌクレオチドは、同一プロモーターの制御下であってよく、発現に関して別々に制御されてよい。さらに、一部の態様は、抗体または抗原結合フラグメントの免疫グロブリン鎖の可変ドメインをコードするポリヌクレオチドを含む、遺伝子操作において慣習的に用いられるベクター、特にプラスミド、コスミド、ウイルスおよびバクテリオファージに関し；任意選択で抗体の他方の免疫グロブリン鎖の可変ドメインをコードするポリヌクレオチドと組み合わせる。
一部の実施態様では、発現制御配列は、真核生物宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトすることが可能なベクター内に真核生物プロモーター系として提供されるが、原核生物宿主に関する制御配列が用いられてもよい。レトロウイルス、ワクシニアウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、またはウシ乳頭腫ウイルスのようなウイルス由来の発現ベクターは、標的化された細胞集団へのポリヌクレオチドまたはベクターの送達のために用いられ得る（例えば、抗体または抗原結合フラグメントを発現するように細胞を改変するため）。様々な適切な方法を用いて、組み換えウイルスベクターを構築することができる。一部の実施態様では、ポリヌクレオチドおよびベクターは、標的細胞への送達のためにリポソーム内に再構成され得る。ポリヌクレオチド（例えば、免疫グロブリン鎖をコードする配列および発現制御配列の重および／または軽可変ドメイン（単数または複数））を含むベクターは、細胞の宿主のタイプに応じて異なる適切な方法によって宿主細胞内に移行され得る。
スクリーニング方法は、抗体またはそのフラグメントの所望の活性を評価または確認するステップを含んでよい。一部の実施態様では、ステップは、標的機能を阻害する能力、例えば、潜在型複合体からの成熟ＴＧＦβ１の放出の阻害に関して選択するステップを含む。一部の実施態様では、ステップは、内部移行およびその後の細胞表面からの抗体－抗原複合体の除去を促進する抗体またはそのフラグメントに関して選択するステップを含む。一部の実施態様では、ステップは、ＡＤＣＣを誘導する抗体またはそのフラグメントに関して選択するステップを含む。一部の実施態様では、ステップは、インビボの所望の部位（例えば、細胞型、組織または臓器）（単数または複数）へ蓄積する抗体またはそのフラグメントに関して選択するステップを含む。一部の実施態様では、ステップは、血液脳関門を閉じる能力を有する抗体またはそのフラグメントに関して選択するステップを含む。当該方法は、安定性、結合親和性、機能性（例えば、阻害活性、Ｆｃ機能など）、免疫原性、ｐＨ感受性および発展性（例えば、高い溶解度、低い自己関連性など）のような、基準によって判定される望ましいプロファイルを保有する変異相対物を提供するように、１つまたは複数の抗体またはそのフラグメントを最適化するステップを任意選択で含んでもよい。そのようなステップは、抗体またはそのフラグメントの親和性成熟を含んでよい。生じる最適化抗体は、好ましくはヒト投与に適切な完全なヒト抗体またはヒト化抗体である。そのような抗体またはそのフラグメントを含む医薬組成物のための製造プロセスは、精製、製剤化、滅菌濾過、パッケージングなどのステップを含んでよい。例えば滅菌濾過のような特定のステップは、ＦＤＡのような関連のある規制機関によって示されるガイドラインに従って行なわれる。そのような組成物は、プリフィルドシリンジのような単使用コンテナー、またはバイアルのような多用量コンテナーの形態で利用可能にされ得る。
［改変］
本開示の抗体、またはその抗原結合部分は、制限されないが、酵素、補欠分子族、蛍光材料、発光材料、生物発光材料、放射活性材料、陽電子放出金属、非放射活性常磁性金属イオン、および、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の検出および単離のための親和性ラベルを含む検出可能ラベルまたは検出可能部分によって改変され得る。検出可能物質または部分は、本開示のポリペプチドに直接的に、または、適切な技術を用いて中間体（例えばリンカーなど（例えば、切断可能なリンカー））を通して間接的に、連結またはコンジュゲートされてよい。適切な酵素の非限定的な例は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、Ｌ－ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼを含み；適切な補欠分子族複合体の非限定的な例は、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンを含み；適切な蛍光の非限定的な例は、ビオチン、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、塩化ダンシル、またはフィコエリトリンを含み；発光材料の例は、ルミノールを含み；生物発光材料の非限定的な例は、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンを含み；適切な放射活性材料の例は、放射活性金属イオン、例えば、α－エミッタ―または他の放射性同位体、例えば、ヨウ素（１３１Ｉ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２１Ｉ）、炭素（１４Ｃ）、硫黄（３５Ｓ）、トリチウム（３Ｈ）、インジウム（１１５ｍＩｎ、１１３ｍＩｎ、１１２Ｉｎ、１１１Ｉｎ）、およびテクネチウム（９９Ｔｃ、９９ｍＴｃ）、タリウム（２０１Ｔｉ）、ガリウム（６８Ｇａ、６７Ｇａ）、パラジウム（１０３Ｐｄ）、モリブデン（９９Ｍｏ）、キセノン（１３３Ｘｅ）、フッ素（１８Ｆ）、１５３Ｓｍ、Ｌｕ、１５９Ｇｄ、１４９Ｐｍ、１４０Ｌａ、１７５Ｙｂ、１６６Ｈｏ、９０Ｙ、４７Ｓｃ、８６Ｒ、１８８Ｒｅ、１４２Ｐｒ、１０５Ｒｈ、９７Ｒｕ、６８Ｇｅ、５７Ｃｏ、６５Ｚｎ、８５Ｓｒ、３２Ｐ、１５３Ｇｄ、１６９Ｙｂ、５１Ｃｒ、５４Ｍｎ、７５Ｓｅ、およびスズ（１１３Ｓｎ、１１７Ｓｎ）を含む。検出可能な物質は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する本開示の抗体に直接的に、または、適切な技術を用いて中間体（例えばリンカーなど）を通して間接的に、連結またはコンジュゲートされてよい。検出可能な物質にコンジュゲートされる本明細書において提供される任意の抗体は、本明細書に記載されるもののような任意の適切な診断アッセイに用いられ得る。
加えて、本開示の抗体、またはその抗原結合部分は、薬物によって改変されてもよい。薬物は、本開示のポリペプチドに直接的に、または、適切な技術を用いて中間体（例えばリンカーなど（例えば切断可能なリンカー））を通して間接的に、連結またはコンジュゲートされてよい。
［標的化剤］
一部の実施態様では、本開示の方法は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体からの成熟ＴＧＦβ放出を調整する目的のために、対象内の特定の部位へ、本明細書において開示される抗体、またはその抗原結合部分を標的化するための１つまたは複数の標的化剤の使用を含む。例えば、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１およびＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体は、典型的に細胞外マトリックスに局在化される。したがって、一部の実施態様では、本明細書において開示される抗体は、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１およびＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体が存在する部位へ抗体を局在化させる目的のために、細胞外マトリックス標的化剤にコンジュゲートされ得る。そのような実施態様では、抗体の選択的標的化は、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１および／またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体の選択的調整を導く。一部の実施態様では、抗体の選択的標的化は、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１および／またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体の選択的阻害を導く（例えば、線維症を治療する目的のため）。一部の実施態様では、細胞外マトリックス標的化剤は、ヘパリン結合剤、マトリックスメタロプロテイナーゼ結合剤、リジルオキシダーゼ結合ドメイン、フィブリリン結合剤、ヒアルロン酸結合剤、およびその他を含む。
同様に、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体は、典型的に、活性化されたＦＯＸＰ３＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）のような細胞の表面に局在化される。したがって、一部の実施態様では、本明細書において開示される抗体は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体が存在する部位へ抗体を局在化させる目的のために、免疫細胞（例えば、Ｔｒｅｇ細胞）結合剤にコンジュゲートされ得る。そのような実施態様では、抗体の選択的標的化は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体の選択的調整を導く。一部の実施態様では、抗体の選択的標的化は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体の選択的阻害（例えば癌治療における免疫調整の目的のための成熟ＴＧＦβ１の放出の選択的阻害など）を導く。そのような実施態様では、Ｔｒｅｇ細胞標的化剤は、例えば、ＣＣＬ２２およびＣＸＣＬ１２タンパク質またはそのフラグメントを含んでよい。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体およびＬＴＢＰ－ＴＧＦβ１複合体に選択的に結合する第一の部分、および、標的部位の構成要素、例えば、ＥＣＭの構成要素（例えば、フィブリリン）またはＴｒｅｇ細胞の構成要素（例えば、ＣＴＬＡ－４）に選択的に結合する第二の部分を有する、二重特異性抗体が用いられてよい。
［医薬組成物］
本発明はさらに、ヒトおよび非ヒト対象における投与に適切な薬品として用いられる医薬組成物を提供する。ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する１つまたは複数の抗体は、例えばバッファーを含む薬学的に許容できる担体（賦形剤）によって製剤化または混合され得て医薬組成物を形成する。そのような製剤は、ＴＧＦβシグナル伝達に関与する疾患または障害の治療のために用いられ得る。一部の実施態様では、ＴＧＦβシグナリングと関連するそのような疾患または障害は、１つまたは複数のコンテクストを含み、すなわち、ＴＧＦβは、特定のタイプ（単数または複数）の提示分子と関連する。一部の実施態様では、そのようなコンテクストは、細胞型特異的および／または組織特異的な様式で生じる。一部の実施態様では、例えば、ＴＧＦβシグナル伝達のそのようなコンテクスト依存性作用は、ＧＡＲＰ、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ１および／またはＬＴＢＰ３を介して部分的に仲介される。
一部の実施態様では、本発明の抗体は、ＧＡＲＰ、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ１およびＬＴＢＰ３の２以上から選択される提示分子との複合体で抗体がＴＧＦβに結合するように、ＴＧＦβの２以上のコンテクストに特異的に結合する。したがって、そのような医薬組成物は、ＴＧＦβ関連の徴候（例えば、線維症、免疫疾患、および／または癌）を緩和するために患者へ投与され得る。「許容できる」は、担体が組成物の活性成分と適合し（および好ましくは、活性成分を安定化することが可能である）、治療される対象にとって有害でないことを意味する。バッファーを含む薬学的に許容できる賦形剤（担体）の例は、当業者に明らかであり、以前に説明されている。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２０ｔｈ Ｅｄ．（２０００）Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｅｄ．Ｋ．Ｅ．Ｈｏｏｖｅｒを参照。一例では、本明細書に記載の医薬組成物は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する１つよりも多い抗体を含み、抗体は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の異なるエピトープ／残基を認識する。
この方法で用いられる医薬組成物は、薬学的に許容できる担体、賦形剤、または安定剤（凍結乾燥された製剤または水溶液の形態）を含んでよい（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２０ｔｈ Ｅｄ．（２０００）Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｅｄ．Ｋ．Ｅ．Ｈｏｏｖｅｒ）。許容できる担体、賦形剤、または安定剤は、用いられる用量および濃度でレシピエントに対して非毒性であり、リン酸、クエン酸、および他の有機酸のようなバッファー；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化；防腐剤（例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルまたはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；およびｍ－クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリンのようなタンパク質；ポリビニルピロリドンのような親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、またはリジンのようなアミノ酸；単糖類、二糖類、および、グルコース、マンノース、またはデキストランを含む他の炭水化物；ＥＤＴＡのようなキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトールのような糖類；ナトリウムのような塩形成対イオン；金属錯体（例えばＺｎ－タンパク質錯体）；および／または、ＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）のような非イオン性界面活性剤を含んでよい。薬学的に許容できる賦形剤は、本明細書においてさらに説明される。
一部の例では、本明細書に記載の医薬組成物は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体を含むリポソームを含み、それは、Ｅｐｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：３６８８（１９８５）；Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４０３０（１９８０）；および米国特許番号４，４８５，０４５および４，５４４，５４５に記載されるもののような任意の適切な方法によって調製され得る。増強された循環時間を有するリポソームは、米国特許番号５，０１３，５５６に開示される。特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ－ＰＥ）を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発法によって生産され得る。リポソームは、規定されたポアサイズのフィルターを通して押し出されて、所望の直径を有するリポソームを生じさせる。
一部の実施態様では、本発明の医薬組成物は、アジュバントを含んでよく、またはそれとともに用いられてよい。特定のアジュバントは、例えば腫瘍抗原に対する対象の免疫応答をブーストすることができ、Ｔｅｆｆｅｃｔｏｒ機能、単球からのＤＣ分化、高い抗原取り込み、およびＡＰＣによる提示などを促進することができると考えられる。適切なアジュバントは、限定されないが、レチノイン酸に基づくアジュバントおよびその誘導体、水中油エマルションに基づくアジュバント、例えばＭＦ５９および他のスクアレン含有アジュバント、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＲＬ）リガンド、α－トコフェロール（ビタミンＥ）およびそれらの誘導体を含む。
ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体は、コロイド状薬物輸送系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子およびナノカプセル）またはマクロエマルション中の、例えばコアセルベーション技術または界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えばそれぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン－マイクロカプセルおよびポリ－（メタクリル酸メチル（ｍｅｔｈｙｌｍｅｔｈａｃｙｌａｔｅ））マイクロカプセル中にトラップされてもよい。例示的な技術は、以前に説明されていて、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ，Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２０ｔｈ Ｅｄ．Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ（２０００）を参照。
他の例では、本明細書に記載の医薬組成物は、徐放性形式で製剤化され得る。徐放性製剤の適切な例は、抗体を含む固形疎水性ポリマーの半透性マトリックスを含み、そのマトリックスは、成形品、例えばフィルム、またはマイクロカプセルの形態である。徐放性マトリックスの例は、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２－ヒドロキシエチル－メタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許番号３，７７３，９１９）、Ｌ－グルタミン酸および７エチル－Ｌ－グルタメートの共重合体、非分解性エチレン－酢酸ビニル、分解性乳酸－グリコール酸共重合体、例えば、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸－グリコール酸共重合体およびリュープロリドアセテートからなる注入可能なマイクロスフェア）、スクロースアセテートイソブチレート、およびポリ－Ｄ－（－）－３－ヒドロキシ酪酸を含む。
インビボ投与のために用いられる医薬組成物は、滅菌されなければならない。これは、例えば、滅菌濾過膜を通して濾過することによって容易に達成される。治療的抗体組成物は、一般的に、滅菌アクセスポートを有するコンテナー、例えば、皮下注入針によって突き刺すことが可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグまたはバイアルの中に置かれる。
本明細書に記載の医薬組成物は、経口、非経口または直腸投与、または、吸入またはガス注入による投与のための、単位投与形態、例えば、錠剤、丸薬、カプセル、粉末、顆粒、溶液または懸濁液、または坐薬中であってよい。
錠剤のような固形組成物を調製するために、主な活性成分は、調剤担体、例えば、従来の打錠用成分のようなコーンスターチ、ラクトース、スクロース、ソルビトール、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウム、リン酸二カルシウムまたはガム、および、本開示の化合物の同種の混合物、または非毒性のそれらの薬学的に許容できる塩を含む、固形予備処方組成物を形成するための他の調剤希釈剤（例えば水）と混合されてよい。これらの予備処方組成物を同種と呼ぶ場合、等しく効果的な単位投与形態、例えば、錠剤、丸薬およびカプセルに組成物が容易に細分され得るように、活性成分が組成物全体を通じて均等に分散されることを意味する。この固形予備処方組成物は、それから、本開示の０．１ｍｇ～約５００ｍｇの活性成分を含む上述のタイプの単位投与形態に細分化される。新規の組成物の錠剤または丸薬は、延長された作用の利益を与える剤形を提供するようにコーティングまたは他の方法で調合され得る。例えば、錠剤または丸薬は、内側用量および外側用量の構成要素を含んでよく、後者は前者の上のエンベロープの形状である。２つの構成要素は、胃内での崩壊に抵抗する役割を果たして、内側の構成要素が無傷で十二指腸へ通過すること、または放出が遅延されることを可能にする腸溶性の層によって分離され得る。様々な材料がそのような腸溶性の層またはコーティングに用いられ得て、そのような材料は、多くの高分子酸およびシェラック、セチルアルコールおよび酢酸セルロースのような材料と高分子酸の混合物を含む。
適切な表面活性剤は、特に、非イオン性剤、例えば、ポリオキシエチレンソルビタン（例えばＴｗｅｅｎ（商標）２０、４０、６０、８０または８５）および他のソルビタン（例えばＳｐａｎ（商標）２０、４０、６０、８０または８５）を含む。表面活性剤を有する組成物は、０．０５～５％の表面活性剤を好適に含み、０．１～２．５％であってよい。他の成分、例えばマンニトールまたは他の薬学的に許容できるビヒクルが、必要ならば添加されてよいことが理解される。
適切なエマルションは、Ｉｎｔｒａｌｉｐｉｄ（商標）、Ｌｉｐｏｓｙｎ（商標）、Ｉｎｆｏｎｕｔｒｏｌ（商標）、Ｌｉｐｏｆｕｎｄｉｎ（商標）およびＬｉｐｉｐｈｙｓａｎ（商標）のような市販される脂肪エマルションを用いて調製され得る。活性成分は、予混合エマルション組成物内に溶解されてよく、またはあるいは、油（例えば大豆油、サフラワー油、綿実油、ゴマ油、コーン油またはアーモンド油）およびリン脂質（例えば卵リン脂質、大豆リン脂質または大豆レシチン）および水との混合の際に形成されるエマルション中に溶解されてよい。エマルションの張性を調節するために、グリセロールまたはグルコースのような他の成分が添加され得ることが理解される。適切なエマルションは、２０％までの油（例えば５～２０％）を典型的に含む。
エマルション組成物は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体を、Ｉｎｔｒａｌｉｐｉｄ（商標）またはその構成要素（大豆油、卵リン脂質、グリセロールおよび水）と混合することによって調製されたものであってよい。
吸入またはガス注入のための医薬組成物は、薬学的に許容できる、水性または有機溶媒中の溶液および懸濁液、またはそれらの混合物、および粉末を含む。液体または固形組成物は、上記に示された適切な薬学的に許容できる賦形剤を含んでよい。一部の実施態様では、組成物は、局所または全身性効果のために経口または経鼻呼吸経路によって投与される。
好ましく滅菌された薬学的に許容できる溶媒中の組成物は、ガスの使用によって霧状化されてよい。霧状化された溶液は、霧状化デバイスから直接吸われてよく、または、霧状化デバイスは、フェイスマスク、テントまたは断続的な陽圧呼吸器に取り付けられてよい。溶液、懸濁液または粉末組成物は、適切な様式で製剤を送達するデバイスから、好ましくは経口でまたは鼻腔に投与されてよい。
［治療的徴候および／またはＴＧＦβ１選択的な広範囲に阻害する薬剤を含む治療に応答する可能性がある対象の選択］
本明細書に記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的なコンテクスト寛容阻害剤が有利な効果を有する可能性のある、適切な徴候および／または患者集団の同定／選択に関して、２つ：ｉ）疾患が、ヒトにおいて他のアイソフォームよりも優勢にＴＧＦβ１アイソフォームによって駆動され、または依存性であるかどうか；および、ｉｉ）疾患が、ＴＧＦβ１機能の多数の態様の調節不全に関与するかどうか、の質問がされ得る。
３つの公知のＴＧＦβアイソフォーム、すなわち、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３の示差的発現は、様々な組織において、正常（健康；恒常性）ならびに疾患状態の下で観察されている。それにもかかわらず、アイソフォーム選択性の概念は、多数のアイソフォームにわたってＴＧＦβのｐａｎ－阻害を好む従来の手法によって、完全に利用されておらず、達成もされていない。さらに、アイソフォームの発現パターンは、異常（病理学的）状態に対する正常（恒常性）においてだけでなく、患者の異なる亜集団においても、示差的に調節され得る。ほとんどの前臨床試験は制限された数の動物モデルにおいて行なわれるので、そのようなモデルの使用によって得られるデータは偏りがあり得て、ヒト状態に対する適用性に関してデータの誤った解釈または紛らわしい結論をもたらす。
したがって、本発明は、ＴＧＦβアイソフォームの示差的発現が、特定の阻害剤の有効性の予測、ならびに、ヒト状態への移行可能性（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｂｉｌｉｔｙ）に関する前臨床データの解釈において考慮されなければならないという認識を含む。図２１に例示されるように、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３は、前臨床試験において広く用いられる特定のミューリン同一遺伝子型の癌モデル（例えば、ＥＭＴ－６および４Ｔ１）において共優勢である。対照的に、非常に多くの他の癌モデル（例えば、Ｓ９１、Ｂ１６およびＭＢＴ－２）は、ほぼ例外なくＴＧＦβ１を発現し、多くのヒト腫瘍において観察されるのと同様であり、ＴＧＦβ１は、ＴＧＦβ２／３よりも頻繁に優勢のアイソフォームであると考えられる。さらに、恒常性状態下で優勢に発現されるＴＧＦβアイソフォーム（単数または複数）は、疾患関連アイソフォーム（単数または複数）でなくてよい。例えば、健康なラットにおける正常な肺組織では、持続性（ｔｏｎｉｃ）ＴＧＦβシグナル伝達は、主にＴＧＦβ３によって仲介されると考えられる。しかしながら、ＴＧＦβ１は、肺線維症のような疾患状態において著しく上方調節になると考えられる。合わせると、患者が応答する可能性がある適切な治療を選択するように、臨床サンプル内のＴＧＦβアイソフォームの相対的発現を試験または確認することが有益である。
本明細書に記載されるように、アイソフォーム選択的ＴＧＦβ１阻害剤は、他のアイソフォームと比較してＴＧＦβ１アイソフォームが優勢に発現される疾患の治療に特に有利である。例として、図２１Ｄは、相対的発現レベルのＴＧＦ１（左）、ＴＧＦβ２（中央）およびＴＧＦβ３（右）を有するヒト癌臨床サンプルの非限定的なリストを提供する。３つのアイソフォームにわたるそれぞれの水平な線（ｌｉｍｅ）は、単一患者を表わす。見ることができるように、ＴＧＦβ１発現全体は、多くの腫瘍型にわたって他の２つのアイソフォームよりもこれらのヒト腫瘍の大部分において有意に高く、ＴＧＦβ１選択的阻害が有益であり得ることを示唆する。しかしながら、特定の例外に注目すべきである。第一に、そのような傾向は、特定の個々の患者において常に適用可能なわけではない。すなわち、ＴＧＦβ２／３よりもほぼ均一にＴＧＦβ１優勢を示す癌のタイプでさえ、この一般的規則に従わないいくつかの個体が存在する。少数派の亜集団に入る患者は、したがって、患者の多数派に関して作用する方法でアイソフォーム特異的阻害剤療法に応答し得ない。第二に、ＴＧＦβ１が別のアイソフォームと共優勢である、または、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３発現がＴＧＦβ１よりも有意に大きい、いくつかの癌タイプが存在する。これらの状況では、本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１選択的阻害剤は、有効（ｅｆｆｉｃａｔｉｏｕｓ）でない可能性がある。したがって、個々の患者から集められた臨床サンプル中の３つのＴＧＦβアイソフォーム（すなわち、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）の相対的発現レベルを試験または確認することが有益である。そのような情報は、個々の患者における特定の治療の有効性に関するより良好な予測を提供し得て、臨床応答の可能性を増大させるために、適切な治療（例えば、個別化された治療）の選択を確実にするのを助けることができる。
したがって、本発明は、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤を含む治療に応答する可能性がある患者集団または対象を選択する方法を含む。そのような方法は、対象から集められた生物学的サンプル（例えば、臨床サンプル）を提供するステップ、サンプル中のＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３の相対的レベルを決定（例えば、測定または分析）するステップ、および、ＴＧＦβ１がＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３よりも優勢のアイソフォームである；および／または、ＴＧＦβ１がコントロールと比較して有意に過剰発現または上方調節される場合は、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤を含む組成物を対象に投与するステップを含む。アイソフォームの相対的レベルは、ＲＮＡに基づくアッセイおよび／またはタンパク質に基づくアッセイによって決定され得て、当技術分野でよく知られている。一部の実施態様では、投与ステップは、免疫チェックポイント阻害剤、または本明細書における他のどこかに提供される他の薬剤のような、別の治療を含んでもよい。そのような方法は、２以上の時点でのＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３の相対的レベルにおける変化を監視することによって、治療的応答を評価するステップを任意選択で含んでもよい。一部の実施態様では、臨床サンプル（例えばバイオプシー）は、投与の前および後の両方で集められる。一部の実施態様では、臨床サンプル（例えばバイオプシー）は、経時的なインビボ効果を評価するために、治療に続いて多数回集められる。
アイソフォーム選択性（ｓｅｐｅｃｔｉｖｉｔｙ）の態様に引き付けられた第一の質問に加えて、第二の質問は、特定の疾患に関与するＴＧＦβ１機能の幅を質問する。これは、ＴＧＦβ１コンテクストの数（すなわち、どの提示分子（単数または複数）が疾患関連ＴＧＦβ１機能を仲介するか）によって示され得る。ＴＧＦβ１特異的な、幅広いコンテクスト阻害剤、例えば、コンテクスト寛容およびコンテクスト非依存性阻害剤は、ＴＧＦβ１機能の免疫構成要素およびＥＣＭ構成要素の両方に関わる疾患の治療に関して有利である。そのような疾患（ｄｉｓａｅａｓｅ）は、ＥＣＭにおける調節不全ならびに免疫応答または免疫細胞機能における混乱と関連し得る。したがって、本明細書に記載のＴＧＦβ１阻害剤は、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１（例えば、ＬＴＢＰ１またはＬＴＢＰ３によって提示される）ならびに免疫細胞関連のＴＧＦβ１（例えば、ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３によって提示される）を標的化することが可能である。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、以下の治療的標的（例えば、「コンテクスト寛容」阻害剤）：ＧＡＲＰ関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１；ＬＲＲＣ３３関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１；ＬＴＢＰ１関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１；および、ＬＴＢＰ３関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１の少なくとも３つを標的化する。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、これらのコンテクストにおけるＴＧＦβ１機能を幅広く阻害するように、治療的標的（例えば、「コンテクスト－非依存性」阻害剤）：ＧＡＲＰ関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１；ＬＲＲＣ３３関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１；ＬＴＢＰ１関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１；および、ＬＴＢＰ３関連前駆体／潜在型ＴＧＦβ１の４つ全てを阻害する。
患者の特定の状態が、ＴＧＦβ１機能の多数の態様を含むかどうか、またはそれによって駆動されるかどうかは、患者から集められた臨床サンプル中の提示分子の発現プロファイルを評価することによって評価され得る。様々なアッセイは当技術分野で知られていて、ＲＮＡに基づくアッセイおよびタンパク質に基づくアッセイを含み、発現プロファイルを獲得する（ｏｂｒｔａｉｎ）ために行われ得る。サンプル（単数または複数）中のＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、ＧＡＲＰ、およびＬＲＲＣ３３の相対的発現レベル（および／またはそれらの変化／変更）は、状態と関連するＴＧＦβ１活性の由来および／またはコンテクストを示し得る。例えば、固形腫瘍から取得されたバイオプシーサンプルは、４つの提示分子全ての高い発現を示し得る。例えば、ＬＴＢＰ１およびＬＴＢＰ３は、腫瘍間質内のＣＡＦにおいて高く発現され得るが、一方で、ＧＡＲＰおよびＬＲＲＣ３３は、それぞれＴｒｅｇおよび白血球浸潤のような腫瘍関連免疫細胞によって高く発現され得る。
したがって、本発明は、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３と比較して、疾患におけるＴＧＦβ１の関与を判定（例えば、試験または確認）するための方法を含む。一部の実施態様では、当該方法は、疾患関連ＴＧＦβ１の由来（またはコンテクスト）を同定するステップをさらに含む。一部の実施態様では、由来／コンテクストは、患者から取得された臨床サンプルにおける、ＴＧＦβ提示分子、例えば、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、ＧＡＲＰおよびＬＲＲＣ３３の発現を決定することによって評価される。
本明細書に記載されるもののようなアイソフォーム選択的ＴＧＦβ１阻害剤は、ヒト対象（ｓｕｂｈｅｃｔ）におけるＴＧＦβ１調節不全（すなわち、ＴＧＦβ１関連の徴候）と関連する多種多様の疾患、障害および／または状態を治療するために用いられ得て、本明細書において用いられる「ＴＧＦβ１調節不全と関連する疾患（障害または状態）」または「ＴＧＦβ１－関連の徴候」は、ＴＧＦβ１の発現、活性および／または代謝と関連する任意の疾患、障害および／または状態またはＴＧＦβ１の活性および／またはレベルの阻害によって利益を受け得る任意の疾患、障害および／または状態を意味する。
したがって、本発明は、ヒト対象においてＴＧＦβ１調節不全と関連する疾患を治療するための方法における、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤の使用を含む。そのような阻害剤は、薬学的に許容できる賦形剤をさらに含む医薬組成物へ典型的に製剤化される。有利に、阻害剤は、インビボで、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１および免疫細胞関連のＴＧＦβ１の両方を標的化するが、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３を標的化しない。一部の実施態様では、阻害剤は、ＴＧＦβ１の活性化ステップを阻害する。疾患は、以下の属性：ａ）制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）；ｂ）エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）の激増または機能；ｃ）骨髄性細胞の激増または分化；ｄ）単球の動員または分化；ｅ）マクロファージ機能；ｆ）上皮間葉転換（ＥＭＴ）および／または内皮間葉転換（ＥｎｄＭＴ）；ｇ）ＰＡＩ－１、ＡＣＴＡ２、ＣＣＬ２、Ｃｏｌ１ａ１、Ｃｏｌ３ａ１、ＦＮ－１、ＣＴＧＦ、およびＴＧＦβ１からなる群より選択される１つまたは複数のマーカー遺伝子における遺伝子発現；ｈ）ＥＣＭ構成要素または機能；ｉ）線維芽細胞分化の少なくとも２つにおける調節不全または機能障害によって特徴付けられる。治療的有効量のそのような阻害剤は、疾患を患っているまたは診断される対象に投与される。
一部の実施態様では、ＥＣＭ構成要素または機能の調節不全または機能障害を含む疾患は、コラーゲンＩ沈着の増大を示すものを含む。
一部の実施態様では、線維芽細胞の分化の調節不全または機能障害は、筋線維芽細胞または筋線維芽細胞様細胞の増大を含む。一部の実施態様では、筋線維芽細胞または筋線維芽細胞様細胞は、癌関連線維芽細胞（ＣＡＦ）である。一部の実施態様では、ＣＡＦは、腫瘍間質と関連し、ＣＣＬ２／ＭＣＰ－１および／またはＣＸＣＬ１２／ＳＤＦ－１を生産し得る。
一部の実施態様では、制御性Ｔ細胞の調節不全または機能障害は、Ｔｒｅｇ活性の増大を含む。
一部の実施態様では、エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）の激増または機能の調節不全または機能障害は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋細胞激増の抑制を含む。
一部の実施態様では、骨髄性細胞激増または分化の調節不全または機能障害は、骨髄性前駆細胞の激増の増大を含む。骨髄性細胞の激増の増大は、骨髄内で生じ得る。
一部の実施態様では、単球の分化の調節不全または機能障害は、線維性組織および／または固形腫瘍のような疾患（ｄｉｓｅｓａｓｅ）部位における骨髄由来および／または組織常在単球のマクロファージへの分化の増大を含む。
一部の実施態様では、単球の動員の調節不全または機能障害は、ＴＭＥのような疾患部位への骨髄由来単球動員の増大を含み、増大したマクロファージ分化およびＭ２極性化をもたらし、ＴＡＭの増大が続く。
一部の実施態様では、マクロファージ機能の調節不全または機能障害は、Ｍ２表現型へのマクロファージの極性化の増大を含む。
一部の実施態様では、骨髄性細胞の激増または分化の調節不全または機能障害は、Ｔｒｅｇ、ＭＤＳＣおよび／またはＴＡＮの数の増大を含む。
ＴＧＦβ関連の徴候は、エフェクター免疫細胞（例えば、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）を除くことによって部分的に体の正常な防御機構／免疫を抑制する、免疫が除外された疾患微小環境、例えば、腫瘍または癌性組織を含む状態を含んでよい。一部の実施態様では、そのような免疫が除外された状態は、治療に対する乏しい反応性と関連する。特定の理論によって拘束されることを意図せずに、本明細書に記載されるもののようなＴＧＦβ阻害剤は、Ｔ細胞のアクセスを回復させることにより、抗癌免疫を排除する腫瘍の能力に対抗するのを助け得ると考えられる。
ＴＧＦβ関連の徴候の非限定的な例は：臓器線維症（例えば、腎臓線維症、肝線維症、心臓／心血管系線維症および肺線維症）を含む線維症、強皮症、アルポート症候群、癌（制限されないが：白血病などの血液癌、骨髄線維症、多発性骨髄腫、結腸癌、腎癌、乳癌、悪性黒色腫、膠芽腫を含む）、固形腫瘍と関連する線維症（例えば、癌線維増生、例えば線維形成性黒色腫、膵癌関連線維増生および乳癌腫線維増生）、間質線維症（例えば、胸部の間質線維症）、放射線によって誘導される線維症（例えば、放射線線維症候群）、化学療法後の迅速造血の促進、骨治癒、創傷治癒、認知症、骨髄線維症、脊髄形成異常（例えば、骨髄異形成症候群またはＭＤＳ）、腎疾患（例えば、末期腎疾患またはＥＳＲＤ）、片側尿管閉塞（ＵＵＯ）、歯の欠損および／または変性、内皮激増症候群、喘息およびアレルギー、胃腸障害、加齢の貧血、大動脈瘤、オーファン（ｏｒｐｈａｎ）徴候（例えばマルファン症候群およびカムラチ・エンゲルマン病）、肥満、糖尿病、関節炎、多発性硬化症、筋ジストロフィー、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、パーキンソン病、骨粗鬆症、変形性関節症、骨減少症、メタボリック症候群、栄養病、臓器萎縮、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、および食欲不振を含む。さらなる徴候は、米国公開番号２０１３／０１２２００７、米国特許番号８、４１５、４５９または国際公開番号ＷＯ２０１１／１５１４３２に開示される任意のものを含んでよく、それぞれの内容は、それらの全体で参照により本明細書中に援用される。
好ましい実施態様では、本開示の抗体、その抗原結合部分、および組成物は、ＴＧＦβ１シグナル伝達と関連する多種多様の疾患、障害および／または状態を治療するために用いられ得る。一部の実施態様では、標的組織／細胞は、他のアイソフォームよりも優先的にＴＧＦβ１アイソフォームを発現する。したがって、本発明は、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合部分を含む医薬組成物を用いて、ＴＧＦβ１発現と関連するそのような状態（例えば、ＴＧＦβ１シグナル伝達の調節不全および／またはＴＧＦβ１発現の上方調節）を治療するための方法を含む。
一部の実施態様では、疾患は、多数の細胞由来と関連する（例えば、その上に提示される、またはそれによって沈着される）ＴＧＦβ１を含む。一部の実施態様では、そのような疾患は、ＴＧＦβ１機能の免疫構成要素およびＥＣＭ構成要素の両方を含む。一部の実施態様では、そのような疾患は：ｉ）ＥＣＭの調節不全（例えば、コラーゲンおよびプロテアーゼのようなＥＣＭ構成要素の過剰生産／沈着；ＥＣＭ基質の変更された剛性；筋線維芽細胞およびＣＡＦのような線維芽細胞の異常または病理学的活性化または分化）；ｉｉ）Ｔｒｅｇの増大および／またはエフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）の抑制、例えば、Ｔｒｅｇ／Ｔｅｆｆ比の上昇に起因する免疫抑制；ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞の抑制を引き起こす白血球浸潤（例えば、マクロファージおよびＭＤＳＣ）の増大；および／またはｉｉｉ）骨髄性細胞、例えば、マクロファージ（例えば、骨髄由来単球性／マクロファージおよび組織常在マクロファージ）、単球、骨髄性由来抑制細胞（ＭＤＳＣ）、好中球、樹状細胞、およびＮＫ細胞の異常または病理学的活性化、分化、および／または動員を含む。
一部の実施態様では、状態は、１よりも多いタイプの提示分子（例えば、ＧＡＰＲ、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ１および／またはＬＴＢＰ３の２以上）によって提示されるＴＧＦβ１を含む。一部の実施態様では、多数の細胞由来からのＴＧＦβ１を含む影響を受けた組織／臓器／細胞。一例だが提供するために、固形腫瘍（骨髄に関与する増殖性疾患、例えば、骨髄線維症および多発性骨髄腫を含んでもよい）は、多数の由来、例えば、癌細胞、間質細胞、周囲の健康な細胞、および／または浸潤性免疫細胞（例えば、ＣＤ４５＋白血球）由来のＴＧＦβ１を含んでよく、異なるタイプの提示分子に関与する。関連のある免疫細胞は、限定されないが、骨髄性細胞およびリンパ系細胞、例えば、好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球（例えば、Ｂ細胞、Ｔ細胞、およびＮＫ細胞）、および単球を含む。ＴＧＦβ１のコンテクスト非依存性またはコンテクスト寛容阻害剤は、そのような状態の治療に有用であり得る。
本明細書に記載の抗体またはそのフラグメントのような、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的なコンテクスト寛容阻害剤によって治療され得る状態または障害の非限定的な例を以下に提供する。
異常な遺伝子発現を有する疾患：
様々な疾患状態におけるＴＧＦβ１シグナル伝達経路の異常な活性化は、多くのマーカーの変更された遺伝子発現と関連することが観察されている。これらの遺伝子発現マーカー（例えばｍＲＮＡによって測定される）は、限定されないが：Ｓｅｒｐｉｎｅ１（ＰＡＩ－１をコードする）、ＭＣＰ－１（ＣＣＬ２としても知られる）、Ｃｏｌ１ａ１、Ｃｏｌ３ａ１、ＦＮ１、ＴＧＦβ１、ＣＴＧＦ、およびＡＣＴＡ２（α－ＳＭＡをコードする）を含む。興味深いことに、これらの遺伝子の多くは、様々なタイプの臓器線維症を含む様々なセットの疾患状態において、ならびに骨髄線維症を含む多くの癌において、役割を果たすことが暗示される。実際に、線維性状態と、異常な細胞激増、腫瘍形成および転移との間の病態生理学的関係が示唆されている。例えば、Ｃｏｘ ａｎｄ Ｅｒｌｅｒ（２０１４）Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０（１４）：３６３７－４３「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐａｔｈｗａｙｓ：ｃｏｎｎｅｃｔｉｎｇ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ａｎｄ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒ ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ」；Ｓｈｉｇａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｃａｎｃｅｒｓ ７：２４４３－２４５８「Ｃａｎｃｅｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔｓ：ｔｈｅｉｒ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｏｌｅｓ ｉｎ ｔｕｍｏｒ ｇｒｏｗｔｈ」；Ｗｙｎｎ ａｎｄ Ｂａｒｒｏｎ（２０１０）Ｓｅｍｉｎ．Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓ．３０（３）：２４５－２５７「Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ：ｍａｓｔｅｒ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｓ ｏｆ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ａｎｄ ｆｉｂｒｏｓｉｓ」を参照し、その内容は参照により本明細書中に援用される。特定の理論によって拘束されることを望まずに、本開示の発明者は、ＴＧＦβ１シグナル伝達経路が、実際にこれらの幅広い病理間の重要な関係であり得ることを検討する。
例えば、ＭＣＰ－１／ＣＣＬ２は、線維症および癌の両方において役割を果たすと考えられる。ＭＣＰ－１／ＣＣＬ２は、線維促進性ケモカインとして特徴付けられて、単球化学誘引物質であり、証拠は、癌の開始および進行の両方に関与し得ることを示唆する。線維症では、ＭＣＰ－１／ＣＣＬ２は、線維症の炎症性段階において重要な役割を果たすことが示されている。例えば、ＭＣＰ－１の中和は、糸球体半月形成およびＩ型コラーゲンの沈着の劇的な低減をもたらした。
ＭＣＰ－１／ＣＣＬ２が単球／マクロファージを動員する能力は、癌進行においてきわめて重要な結論を有する。腫瘍由来ＭＣＰ－１／ＣＣＬ２は、マクロファージにおいて「癌促進性」表現型を促進することができる。例えば、肺癌では、ＭＣＰ－１／ＣＣＬ２は、間質細胞によって生産されて転移を促進することが示されている。ヒト膵癌では、腫瘍はＣＣＬ２を分泌して、免疫抑制ＣＣＲ２陽性マクロファージはこれらの腫瘍に浸潤する。高いＣＣＬ２発現／低いＣＤ８ Ｔ細胞浸潤を示す腫瘍を有する患者は、生存が有意に低減される。
同様に、ＰＡＩ－１／Ｓｅｒｐｉｎｅ１の関与が、様々な癌、血管新生、炎症、神経変性疾患（例えば、アルツハイマー病）において関係付けられている。腫瘍および／または血清におけるＰＡＩ－１の発現の上昇は、乳癌および膀胱癌（例えば、移行細胞癌腫）のような様々な癌ならびに骨髄線維症における予後不良（例えば、より短い生存、転移の増大）と相関する。線維性状態の文脈において、ＰＡＩ－１は、ＴＧＦβ１によって誘導される線維症の重要な下流エフェクターとして認識されていて、ＰＡＩ－１発現の増大は、肺線維症（例えばＩＰＦ）、腎臓線維症、肝線維症および強皮症を含む様々な形態の組織線維症において観察されている。
一部の実施態様では、ＴＧＦβ１阻害剤療法のインビボ効果は、遺伝子マーカーにおける変化を測定することによって評価され得る。適切なマーカーは、ＴＧＦβ（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３）を含む。一部の実施態様では、適切なマーカーは、間葉転換遺伝子（例えば、ＡＸＬ、ＲＯＲ２、ＷＮＴ５Ａ、ＬＯＸＬ２、ＴＷＩＳＴ２、ＴＡＧＬＮ、および／またはＦＡＰ）、免疫抑制遺伝子（例えば、ＩＬ１０、ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦＣ）、単球およびマクロファージ走化性遺伝子（例えば、ＣＣＬ２、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８およびＣＣＬ１３）、および／または、本明細書において議論される様々な線維性マーカーを含む。好ましいマーカーは、血漿マーカーである。
本明細書における実施例に示されるように、本明細書に記載のＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性阻害剤は、ＴＧＦβ１依存であることが示されているＵＵＯのような機械論的動物モデルにおいて、多くのこれらのマーカーの発現レベルを減少させることができる。したがって、そのような阻害剤は、遺伝子発現マーカーの１つまたは複数の異常な発現（例えば、過剰発現／上方調節または過小発現／下方調節）によって特徴付けられる疾患または障害を治療するために用いられ得る。
したがって、一部の実施態様では、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性阻害剤は、以下：ＰＡＩ－１（Ｓｅｒｐｉｎｅ１としても知られる）、ＭＣＰ－１（ＣＣＬ２としても知られる）、Ｃｏｌ１ａ１、Ｃｏｌ３ａ１、ＦＮ１、ＴＧＦβ１、ＣＴＧＦ、α－ＳＭＡ、ＩＴＧＡ１１、およびＡＣＴＡ２の１つまたは複数の過剰発現と関連する疾患の治療において用いられて、治療は、疾患を治療するのに効果的な量の阻害剤を、疾患を患っている対象に投与するステップを含む。一部の実施態様では、阻害剤は、ＰＡＩ－１、ＭＣＰ－１／ＣＣＬ２、ＣＴＧＦ、および／またはα－ＳＭＡの過剰発現と関連する疾患を治療するために用いられる。一部の実施態様では、疾患は骨髄線維症である。一部の実施態様では、疾患は癌であり、例えば、癌は固形腫瘍を含む。一部の実施態様では、疾患は、臓器線維症、例えば、肝臓、腎臓、肺および／または心臓または心血管系組織の線維症である。
プロテアーゼに関与する疾患：
その潜在型複合体からのＴＧＦβの活性化は、力依存性の様式でインテグリンによって、および／または、プロテアーゼによってトリガーされ得る。証拠は、特定のクラスのプロテアーゼ（限定されないが、Ｓｅｒ／Ｔｈｒプロテアーゼ、例えば、カリクレイン、ケモトリプシン、エラスターゼ、プラスミン、ならびに、ＭＭＰファミリーの亜鉛メタロプロテアーゼ、例えばＭＭＰ－２、ＭＭＰ－９およびＭＭＰ－１３を含む）が、プロセスに関与し得ることを示唆する。ＭＭＰ－２は、基底膜の最も大量の構成要素、コラーゲンＩＶを分解して、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１制御において役割を果たし得るという可能性を引き起こす。ＭＭＰ－９は、腫瘍進行、血管新生、間質再構築および転移において中心的な役割を果たすことが暗示されている。したがって、ＥＣＭにおけるＴＧＦβ１のプロテアーゼ依存性活性化は、癌の治療に重要であり得る。
カリクレイン（ＫＬＫ）は、トリプシンまたはキモトリプシン様のセリンプロテアーゼであり、血漿カリクレインおよび組織カリクレインを含む。ＥＣＭは、構造的およびシグナル伝達の足場、および、悪性増殖物を抑制するためのバリアとして作用する、組織恒常性において役割を果たす。ＫＬＫは、腫瘍の拡張および侵襲を促進し得るＥＣＭタンパク質および他の構成要素の分解において役割を果たし得る。例えば、ＫＬＫ１は、特定の乳癌において高く上方調節されて、ｐｒｏ－ＭＭＰ－２およびｐｒｏ－ＭＭＰ－９を活性化することができる。ＫＬＫ２は、潜在型ＴＧＦβ１を活性化して、線維芽細胞に隣接する前立腺癌を、癌増殖に許容的にさせる。ＫＬＫ３は、前立腺癌（ＰＳＡ）に関する診断マーカーとして幅広く研究されている。ＫＬＫ３は、プラスミノゲンをプラスミンにプロセッシングすることによってＴＧＦβ１を直接的に活性化し得て、ＬＡＰをタンパク質分解性に切断する。ＫＬＫ６は、アルツハイマー病に関する潜在的マーカーであり得る。
さらに、実施例８に提供されるデータは、そのようなプロテアーゼがカリクレインであってよいことを示す。したがって、本発明は、カリクレインまたはカリクレイン様プロテアーゼと関連する疾患を治療するための方法における、ＴＧＦβのアイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性または許容的な阻害剤の使用を包含する。
ＴＧＦβ１の公知のアクチベーター、例えば、プラスミン、ＴＳＰ－１およびαＶβ６インテグリンは全て、ＬＡＰと直接的に相互作用する。ＬＡＰのタンパク質分解の切断は、ＬＡＰ－ＴＧＦβ相互作用を不安定化させ得て、それにより、活性のＴＧＦβ１を放出すると仮定される。５４－ＬＳＫＬＲＬ－５９を含む領域は、ＴＧＦβ１潜在性を維持するために重要であることが示唆されている。したがって、ＬＡＰのタンパク質分解性の切断をブロックする、または、相互作用を安定化する薬剤（例えば、抗体）は、ＴＧＦβ活性化を妨げ得る。
上皮間葉転換（ＥＭＴ）に関与する疾患：
ＥＭＴ（上皮間葉転換）は、タイトジャンクションを有する上皮細胞が、緩んだ細胞間接触のような間葉特性（表現型）にスイッチするプロセスである。そのプロセスは、多くの正常な生物学的プロセスならびに胚形成、創傷治癒、癌転移および線維症を含む病理学的状況において観察される（例えば、Ｓｈｉｇａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）「Ｃａｎｃｅｒ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔｓ：Ｔｈｅｉｒ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ｒｏｌｅｓ ｉｎ Ｔｕｍｏｒ Ｇｒｏｗｔｈ」Ｃａｎｃｅｒｓ，７：２４４３－２４５８に概説される）。一般に、ＥＭＴシグナルは、主にＴＧＦβによって誘導されると考えられる。多くのタイプの癌は、例えば、乏しい予後と相関する間葉表現型（例えばＣＡＦ）に向かう細胞の分化転換に関与すると考えられる。したがって、本明細書において記載される藻のようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、ＥＭＴによって開始または駆動される疾患を治療するために用いられ得る。実際に、本明細書に例示されるデータ（例えば、図１２および１３）は、そのような阻害剤が、インビボで、α－ＳＭＡ、Ｃｏｌ１（Ｉ型コラーゲン）、およびＦＮ（フィブロネクチン）のようなＣＡＦマーカーの発現を抑制する能力を有することを示す。
内皮間葉転換（ＥｎｄＭＴ）に関与する疾患：
同様に、ＴＧＦβはまた、心臓形成のような正常な発達において観察される内皮間葉転換（ＥｎｄＭＴ）の重要なレギュレーターでもある。しかしながら、同一または同様の現象が、癌間質のような多くの疾患においても見られる。一部の疾患プロセスでは、ＣＤ３１のような内皮マーカーは、ＴＧＦβ１曝露の際に下方調節されるようになり、その代わり、ＦＳＰ－１、α－ＳＭＡおよびフィブロネクチンのような間葉マーカーの発現が誘導されるようになる。実際に、間質ＣＡＦは、血管内皮細胞に由来し得る。したがって、本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、ＥｎｄＭＴによって開始または駆動される疾患を治療するために用いられ得る。
マトリックス硬化および再構築に関与する疾患：
線維性状態の進行は、ＥＣＭへ沈着されるマトリックス構成要素のレベルの増大および／またはＥＣＭの維持／再構築に関与する。ＴＧＦβ１は、このプロセスに少なくとも部分的に貢献する。このことは、例えば、コラーゲンのようなＥＣＭ構成要素の沈着の増大によって、ＥＣＭの機械的物性（例えば、マトリックス／基質の剛性）を変更することができるという観察によって支持されて、この現象はＴＧＦβ１シグナル伝達と関連する。この見解を確認するために、本発明者らは、ｐｒｏＴＧＦβおよびＬＴＢＰ１によってトランスフェクトされた一次線維芽細胞におけるＴＧＦβのインテグリン依存性の活性化の影響におけるマトリックス剛性の役割を評価していて、規定された剛性（例えば、５ｋＰａ、１５ｋＰａまたは１００ｋＰａ）を有するシリコン系基質上で増殖させている。以下の実施例セクションに要約されるように、より大きな剛性を有するマトリックスは、ＴＧＦβ１活性化を高めて、これは、本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤によって抑制され得る。この観察は、ＴＧＦβ１がＥＣＭ特性（例えば剛性）に影響を及ぼすことを示唆し、次々に、ＴＧＦβ１活性化をさらに誘導することができる（疾患進行を反映）。したがって、本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、このプロセスをブロックするために用いられ得て、線維症、腫瘍増殖、侵襲、転移および線維増生のようなＥＣＭ変更に関与する疾患進行に対抗する。そのような阻害剤のＬＴＢＰアームは、ＬＴＢＰ１および／またはＬＴＢＰ３によって提示されるＥＣＭ関連の前駆体／潜在型ＴＧＦβ複合体を直接的にブロックすることができて、それにより、疾患ニッチ内の複合体からの増殖因子の放出／活性化を防止する。一部の実施態様では、本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、インテグリン依存性のシグナル伝達に関与する疾患を治療するために、ＥＣＭ剛性を標準化し得る。一部の実施態様では、インテグリンは、α１１鎖、β１鎖、または両方を含む。
線維症：
本発明によれば、本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤ＴＧＦβ１は、対象における線維症（例えば、線維性徴候、線維性状態）の治療において用いられる。本発明を行なうための適切な阻害剤は、線維症を変更または寛解させるのに有用であり得る本開示に係る抗体および／または組成物を含む。より具体的には、そのような抗体および／または組成物は、様々なタイプの提示分子によって提示されるＴＧＦβ１を標的化することが可能なＴＧＦβ１の選択的拮抗薬である。ＴＧＦβ１は、線維性応答の中心的なオーケストレーター（ｏｒｃｈｅｓｔｒａｔｏｒ）として認識される。ＴＧＦβを標的化する抗体は、非常に多くの前臨床モデルにおいて線維症を低減させる。そのような抗体および／または抗体に基づく化合物は、ＬＹ２３８２７７０（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を含む。米国特許番号ＵＳ６，４９２，４９７、ＵＳ７，１５１，１６９、ＵＳ７，７２３，４８６および米国出願公開番号２０１１／０００８３６４に記載されるものも含まれて、それぞれの内容は、それら全体で参照により本明細書中に援用される。従来技術のＴＧＦβ拮抗薬は、例えば、ＴＧＦβのインテグリン依存性の活性化を標的化してブロックする薬剤を含む。
しかしながら、証拠は、そのような従来技術の薬剤が、アイソフォーム特異的な阻害を仲介し得ず、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３の正常な機能を不注意にブロックすることによって不要な効果を引き起こし得ることを示唆する。実際に、本明細書において提供されるデータは、この見解を支持する。正常（非疾患）肺組織は、相対的に低いが測定可能なレベルのＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３を含むが、とりわけＴＧＦβ１がより少ない。比較して、線維症のような特定の疾患状態では、ＴＧＦβ１が他のアイソフォームと比較して優先的に上方調節になる。好ましくは、そのような状態の治療における使用のためのＴＧＦβ拮抗薬は、それらの阻害活性を、疾患誘導性または疾患関連アイソフォームにのみ向けて与えて、一方で、通常は発現されて組織における持続性（ｔｏｎｉｃ）シグナル伝達を仲介する他のアイソフォームの機能を妨げる。有利に、以下の実施例２０に示されるように、本開示によって包含されるアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、健康なラットの気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）においてほとんど効果を示さず、持続性（ｔｏｎｉｃ）ＴＧＦβシグナル伝達（例えば、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３）は混乱しないという見解を支持する。対照的に、従来技術の阻害剤（ＬＹ２１０９７６１、小分子ＴＧＦβ受容体拮抗薬、およびαＶβ６インテグリンを標的化するモノクローナル抗体）は両方とも、非疾患ラットＢＡＬにおいてＴＧＦβ下流の持続性（ｔｏｎｉｃ）シグナル伝達を阻害することが示されて、これらの阻害剤が不要な副作用を引き起こし得る可能性を上げる。これに代え又はこれに加えて、ＴＧＦβのインテグリン依存性の活性化を標的化してブロックする薬剤は、様々な細胞型によって発現されて病因における役割を果たす非常に多くのインテグリン型の中でも、疾患関連ＴＧＦβ１活性化を担うインテグリンのサブセットのみのブロックが可能であり得る。さらに、そのような拮抗薬が、インテグリンが介在するＴＧＦβ１アイソフォームの活性化を選択的にブロックし得る場合でさえ、プロテアーゼ依存性の活性化のような他のモードによってトリガーされるＴＧＦβ１活性化のブロックには効果的でないかもしれない。対照的に、本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、アイソフォーム選択性を維持しながら、特定のモードの活性化にかかわらずＴＧＦβ１の活性化ステップを妨げることを目的とする。
本開示の抗体および／または組成物が治療的に用いられ得る線維性徴候は、限定されないが、肺の徴候（例えば特発性肺線維症（ＩＰＦ）、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー性喘息、急性肺損傷、好酸球性食道炎、肺動脈性高血圧および化学的ガス障害）、腎臓の徴候（例えば、糖尿病性糸球体硬化症、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、慢性腎疾患（ＣＫＤ）、腎臓移植および慢性拒絶と関連する線維症、ＩｇＡ腎障害、および溶血性尿毒症症候群）、肝線維症（例えば、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、慢性ウイルス肝炎、寄生虫血症、代謝の先天異常、毒素が介在する線維症、例えばアルコール性線維症、非アルコール性脂肪性肝炎－肝細胞癌腫（ＮＡＳＨ－ＨＣＣ）、原発性胆汁性肝硬変、および硬化性胆管炎）、心血管系線維症（例えば、心筋症、肥大性心筋症、アテローム性動脈硬化症および再狭窄、）全身性硬化症、皮膚線維症（例えば、全身性硬化症、びまん性皮膚全身性硬化症、強皮症、病理学的皮膚瘢痕、ケロイド、手術後の瘢痕、瘢痕修正外科的処置、放射線によって誘導される瘢痕および慢性創傷における、皮膚線維症）および癌または二次線維症（例えば骨髄線維症、頭頚部癌、Ｍ７急性巨核芽球白血病および粘膜炎）を含む。本開示の化合物および／または組成物を用いて治療され得る線維症（変性障害を含む）に関する他の疾患、障害または状態は、限定されないが、腺筋症、子宮内膜症、マルファン症候群、皮膚硬化症候群、強皮症、関節リウマチ、骨髄線維症、クローン病、潰瘍性大腸炎、全身性エリテマトーデス、筋ジストロフィー（例えばＤＭＤ）、パーキンソン病、ＡＬＳ、デュピュイトラン拘縮、カムラチ・エンゲルマン病、神経瘢痕、認知症、増殖性硝子体網膜症、角膜負傷、緑内障ドレナージ外科的処置後の合併症、および多発性硬化症を含む。そのような線維性徴候の多くは、影響を受けた組織（単数または複数）の炎症とも関連し、免疫構成要素の関与を示す。
一部の実施態様では、本明細書に記載の組成物および／または方法によって治療され得る線維性徴候は、臓器線維症、例えば肺の線維症（例えば、ＩＰＦ）、腎臓の線維症（例えば、ＣＫＤと関連する線維症）、肝臓の線維症、心臓または心臓組織の線維症、皮膚の線維症（例えば、強皮症）、子宮（例えば、子宮内膜、子宮筋）の線維症、および、骨髄の線維症を含む。一部の実施態様では、そのような治療は、患者における臓器移植に関する必要性を減少または遅延させ得る。一部の実施態様では、そのような治療は、患者の生存を延長させ得る。
ＩＰＦを治療するために、治療の利益を受け得る患者は、家族性ＩＰＦを有する者および孤発性ＩＰＦを有する者を含む。治療的有効量のＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤の投与は、肺組織内の筋線維芽細胞蓄積を減少させ得て、コラーゲン沈着を減少させ得て、ＩＰＦ症候を減少させ得て、肺機能を改善または維持し得て、生存を延長させ得る。一部の実施態様では、阻害剤は、ＩＰＦの線維性環境内のＥＣＭ関連のＴＧＦβ１（例えば、ＬＴＢＰ１／３によって提示される前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）の活性化をブロックする。阻害剤は、任意選択でマクロファージ関連ＴＧＦβ１（例えば、ＬＲＲＣ３３によって提示される前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）、例えば、肺胞マクロファージの活性化をさらにブロックしてもよい。結果として、阻害剤は、フィブロネクチン放出および他の線維症関連因子を抑制し得る。
本明細書において提供されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、脂肪肝（例えば、ＮＡＳＨ）のような肝臓の線維性状態を治療するために用いられ得る。脂肪肝は、炎症を起こしていてよく、または起こしていなくてよい。脂肪肝に起因する肝臓の炎症（すなわち、脂肪性肝炎）は、瘢痕（線維症）に発達し得て、その結果、しばしば、硬変（肝臓の構造を歪めてその機能を損なわせる瘢痕）に進行する。阻害剤は、したがって、そのような状態を治療するために用いられ得る。一部の実施態様では、阻害剤は、肝臓の線維性環境内のＥＣＭ関連のＴＧＦβ１（例えば、ＬＴＢＰ１／３によって提示される前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）の活性化をブロックする。阻害剤は、マクロファージ関連ＴＧＦβ１（例えば、ＬＲＲＣ３３によって提示される前駆体／潜在型ＴＧＦβ１）、例えば、クッパー細胞（星状マクロファージとしても知られる）ならびに浸潤性単球由来マクロファージおよびＭＤＳＣの活性化を任意選択でさらにブロックしてもよい。結果として、阻害剤は、線維症関連因子を抑制し得る。そのような状態を有する対象における阻害剤の投与は、１つまたは複数の症候を減少させ得て、疾患の進行を防止または妨害し得て、肝臓内の脂肪蓄積を減少または安定化させ得て、疾患関連バイオマーカー（例えば血清コラーゲンフラグメント）を減少させ得て、肝臓瘢痕を減少させ得て、肝臓剛性を減少させ得て、および／または、阻害剤によって治療されないコントロール集団と比較して阻害剤によって治療される患者集団において臨床的に意義のある成果を他の方法で生産し得る。一部の実施態様では、有効量の阻害剤は、ＮＡＳＨ患者において肝脂肪の減少および線維症（例えば、瘢痕）の減少の両方を達成し得る。一部の実施態様では、有効量の阻害剤は、ＮＡＳＨ患者において脂肪性肝炎を悪化させることなく、少なくとも１段階、線維症の改善を達成し得る。一部の実施態様では、有効量の阻害剤は、ＮＡＳＨ患者において肝不全および／または肝臓癌の発生率を減少させ得る。一部の実施態様では、有効量の阻害剤は、治療の開始後、例えば１２～３６週に評価されるように、多数の炎症性または線維性血清バイオマーカーのレベルを、コントロールと比較して標準化し得る。ＮＡＳＨ患者における一部の実施態様では、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、１つまたは複数のさらなる治療（限定されないがミオスタチン阻害剤を含む）を受ける患者において投与され得て、ＮＡＳＨを含むメタボリック症候群の臨床兆候を有する患者において代謝調節を一般に高め得る。
本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、腎臓の線維性状態、例えば、糸球体および尿細管間質におけるＴＧＦβの有意に増大した発現が観察されている細胞外マトリックス蓄積（ＩｇＡ腎障害、限局性および分節性糸球体硬化症、半月体性糸球体腎炎、ループス腎炎および糖尿病性腎障害）によって特徴付けられる疾患を治療するために用いられ得る。ＴＧＦβ、フィブロネクチンＥＤＡ＋およびＰＡＩ－１によって誘導される２つのマトリックス構成要素の糸球体および尿細管間質性の沈着は、マトリックス蓄積を伴う全ての疾患において有意に上昇されたが、相関分析は、主にＴＧＦβ１アイソフォームとの近い関係性を明らかにしている。したがって、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、ＴＧＦβが細胞外マトリックスの病理学的蓄積と関連する様々なヒト糸球体障害に関する治療として有用である。
一部の実施態様では、腎臓の線維性状態は、慢性腎疾患（ＣＫＤ）と関連する。ＣＫＤは、高血圧または糖尿病によって主に引き起こされて、毎年１００万よりも多い命を奪う。ＣＫＤ患者は、厳重食および薬剤から透析および移植にわたる寿命メディカルケアを必要とする。一部の実施態様では、本明細書に記載のＴＧＦβ１阻害剤療法は、透析および／または移植の必要性を減少または遅延させ得る。一部の実施態様では、そのような治療は、他の治療の必要性（例えば、用量、頻度）を減少させ得る。一部の実施態様では、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、限定されないがミオスタチン阻害剤（ＣＫＤを有する患者において代謝調節を一般に高め得る）を含む１つまたは複数のさらなる治療を受ける患者内に投与され得る。
本明細書において提供される方法によって治療され得る臓器線維症は、心臓（例えば、心血管系）線維症を含む。一部の実施態様において、心臓線維症は、慢性心不全（ＣＨＦ）のような心不全と関連する。一部の実施態様では、心不全は、心筋疾患および／または代謝疾患と関連し得る。一部の実施態様では、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、１つまたは複数のさらなる治療を受ける患者において投与され得る（限定されないが、心臓線維症および代謝障害を含む心機能不全を有する患者においてミオスタチン阻害剤を含む）。
一部の実施態様では、本明細書に記載の組成物および／または方法によって治療され得る線維性状態は、線維増生を含む。線維増生は、新生物の周りに生じ得て、腫瘍の周りの高密度の線維症（例えば、線維形成性間質）、または、腹部の外科的処置後の腹部内の瘢痕組織を生じさせる。一部の実施態様では、線維増生は、悪性腫瘍と関連する。悪性腫瘍を取り囲むその高密度の形成に起因して、従来の抗癌治療（例えば、化学療法）は、臨床効果のために癌性細胞に届くように効果的に突き抜け得ない。本明細書に記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、線維性形成が緩められて抗癌治療の効果を助けることができるように、線維増生を破壊するために用いられ得る。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、単剤療法として用いられ得る（さらに以下）。
線維性状態を有する患者を治療するために、ＴＧＦβ１アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、線維症を治療するのに効果的な量で対象に投与される。そのような抗体の有効量は、対象において治療的有効性および臨床安全性の両方を達成するのに効果的な量である。一部の実施態様では、阻害剤は、ＥＣＭ内に局在化された（例えば、つながれた）、ＬＴＢＰが介在するＴＧＦβ１、および、免疫細胞内に局在化された（例えば、その上につながれた）ＧＡＲＰが介在するＴＧＦβ１の、活性化をブロックすることができるコンテクスト寛容抗体である。一部の実施態様では、抗体は、ＥＣＭ内に局在化されたＬＴＢＰが介在するＴＧＦβ１、および、単球／マクロファージ内に局在化された（例えば、その上につながれた）ＬＲＲＣ３３が介在するＴＧＦβ１の活性化をブロックすることのできるコンテクスト寛容抗体である。一部の実施態様では、ＬＴＢＰは、ＬＴＢＰ１および／またはＬＴＢＰ３である。一部の実施態様では、線維性微小環境において、線維促進性、Ｍ２様マクロファージ上にＬＲＲＣ３３によって提示されるＴＧＦβ１の標的化および阻害は、有益であり得る。
線維症の変更に関して本開示の抗体および／または組成物の有効性を決定するのに有用なアッセイは、限定されないが、線維芽細胞を数えるための組織学的アッセイおよび当技術分野で知られている基礎的な免疫組織化学分析を含む。
骨髄線維症：
骨髄線維症は、骨骨髄線維症としても知られ、相対的に稀な骨髄増殖性疾患（癌）であり、骨髄増殖性障害と呼ばれる疾患グループに属する。骨髄線維症は、骨髄増殖性新生物のＰｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ染色体陰性（－）ブランチに分類される。骨髄線維症は、クローン骨髄激増、異常なサイトカイン産生、髄外造血、および骨髄線維症によって特徴付けられる。骨髄および他の部位における造血幹細胞の異常なクローンの激増は、線維症、または、瘢痕組織による髄質の置換をもたらす。用語、骨髄線維症は、別段の定めのない限り、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）を指す。これは、慢性特発性骨髄線維症（ｃＩＭＦ）とも呼ばれ得る（用語、特発性および原発性は、これらの場合、疾患が未知または自発的起源であることを意味する）。これは、真性多血症または本質的な血小板血症の次に発生する骨髄線維症と対照的である。骨髄線維症は、骨髄性異形成の形態であり、それは骨髄の血液形成組織内の細胞型における変化を指し、しばしば２つの用語は同義的に用いられる。用語、突発性骨髄性異形成および骨髄性異形成を有する骨髄線維症（ＭＭＭ）は、原発性骨髄線維症を指すためにも用いられる。一部の実施態様では、本発明に従って治療され得る血液学的増殖性障害は、骨髄線維症のような骨髄増殖性障害を含む。ＢＣＲ－ＡＢＬ（Ｐｈ）陰性の慢性骨髄増殖性障害のいわゆる「古典的なグループ」は、本態性血小板血症（ＥＴ）、真性多血症（ＰＶ）および原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）を含む。
骨髄線維症は、血液細胞の体の正常な生産を破壊する。結果は骨髄内の広範囲の瘢痕であり、重い貧血、虚弱、疲労、および、しばしば脾臓肥大をもたらす。異常な造血細胞クローンによる（特に巨核球による）線維芽細胞増殖因子のようなサイトカインの生産は、コラーゲン線維症を介して結合組織による骨髄の造血性組織の置換をもたらす。造血性組織の低減は、新たな血液細胞を生産する患者の能力を損ない、進行性汎血球減少症（全ての血液細胞型の欠乏）をもたらす。しかしながら、線維芽細胞の激増およびコラーゲンの沈着は、二次現象であると考えられて、線維芽細胞自体は、異常な細胞クローンの一部でなくてよい。
骨髄線維症は、骨髄内の異常な血液幹細胞によって引き起こされ得る。異常な幹細胞は、迅速に増殖して骨髄を乗っ取る（ｔａｋｅ ｏｖｅｒ）成熟および低分化細胞を生産して、線維症（瘢痕組織形成）および慢性炎症の両方をもたらす。
原発性骨髄線維症は、Ｊａｎｕｓキナーゼ２（ＪＡＫ２）、トロンボポエチン受容体（ＭＰＬ）およびカルレチクリン（ＣＡＬＲ）における突然変異と関連し、生じる骨髄の、ＪＡＫ－ＳＴＡＴ経路の構成的活性化、進行性瘢痕、または線維症をもたらし得る。造血細胞は他のエリア（特に肝臓および脾臓）へ遊走させられるので、患者は、髄外造血、すなわち、骨髄以外の部位において生じる血液細胞形成を発生し得る。これは、これらの臓器の肥大を生じさせる。肝臓では、異常なサイズは肝腫大と呼ばれる。脾臓の肥大は脾腫大と呼ばれ、汎血球減少症、特に血小板減少症および貧血を引き起こすのにも寄与する。髄外造血の別の合併症は、変形赤血球症、または、異常な形状をした赤血球の存在である。
骨髄線維症における髄外造血の主な部位は脾臓であり、通常、骨髄線維症を患っている患者において著しく肥大している。脾臓の大きな肥大の結果として、多数の被膜下梗塞が脾臓においてしばしば生じ、脾臓への遮られた酸素供給に起因して部分的または完全な組織死が起きることを意味する。細胞レベルでは、脾臓は、赤血球前駆体、顆粒球前駆体および巨核球を含み、巨核球がそれらの数およびそれらの異常な形状において顕著である。巨核球は、この状態において見られる二次線維症を引き起こすのに関与し得る。
ＴＧＦβは、骨髄線維症の病因の線維性態様に関与し得ることが示唆されている（例えば、Ａｇａｒｗａｌ ｅｔ ａｌ．，「Ｂｏｎｅ ｍａｒｒｏｗ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ｉｎ ｐｒｉｍａｒｙ ｍｙｅｌｏｆｉｂｒｏｓｉｓ：ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ＴＧＦβ」（２０１６）Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ ３：５を参照）。原発性骨髄線維症における骨髄病理は、線維症、血管新生（ｎｅｏａｎｇｅｏｇｅｎｅｓｉｓ）および骨硬化症によって特徴付けられて、線維症は、ＥＣＭ内に沈着されるコラーゲンの生産の増大と関連する。
多くのバイオマーカーが説明されていて、その変更は、疾患を示す、または疾患と相関する。一部の実施態様では、バイオマーカーは、細胞バイオマーカーである。そのような疾患関連バイオマーカーは、疾患進行ならびに治療の有効性（例えば、治療に対する患者の反応性）の診断および／または監視に有用である。これらのバイオマーカーは、多くの線維性マーカー、ならびに細胞マーカーを含む。肺癌では、例えば、気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）液中のＴＧＦβ１濃度は、良性疾患を有する患者と比較して肺癌を有する患者において有意により高いことが報告されていて（約２＋倍の増大）、肺癌の進行または治療効果を診断および／または監視するためのバイオマーカーとしての役割も果たし得る。
原発性骨髄線維症は、異常な巨核球発達と関連するので、巨核球ならびに幹細胞系統のそれらの前駆細胞の特定の細胞マーカーは、疾患進行ならびに治療の有効性を診断および／または監視するためのマーカーとしての役割を果たし得る。一部の実施態様では、有用なマーカーは、限定されないが：分化巨核球の細胞マーカー（例えば、ＣＤ４１、ＣＤ４２およびＴｐｏＲ）、巨核球－赤血球前駆細胞の細胞マーカー（例えば、ＣＤ３４、ＣＤ３８、およびＣＤ４５ＲＡ－）、一般的な骨髄性前駆細胞の細胞マーカー（例えば、ＩＬ－３α／ＣＤ１２７、ＣＤ３４、ＳＣＦＲ／ｃ－ｋｉｔおよびＦｌｔ－３／Ｆｌｋ－２）、および造血幹細胞の細胞マーカー（例えば、ＣＤ３４、ＣＤ３８－、Ｆｌｔ－３／Ｆｌｋ－２）を含む。一部の実施態様では、有用なバイオマーカーは、線維性マーカーを含む。これらは、制限されずに：ＴＧＦβ１、ＰＡＩ－１（Ｓｅｒｐｉｎｅ１としても知られる）、ＭＣＰ－１（ＣＣＬ２としても知られる）、Ｃｏｌ１ａ１、Ｃｏｌ３ａ１、ＦＮ１、ＣＴＧＦ、α－ＳＭＡ、ＡＣＴＡ２、Ｔｉｍｐ１、Ｍｍｐ８、およびＭｍｐ９を含む。一部の実施態様では、有用なバイオマーカーは、血清マーカー（例えば、血清サンプル中に見られて検出されるタンパク質またはフラグメント）である。
ＴＧＦβが白血病性骨髄ニッチの構成要素であるという知見に基づき、ＴＧＦβ阻害剤による骨髄微小環境の標的化は、影響を受けた組織における局所的なＴＧＦβ利用率を調節する提示分子を発現している白血病細胞を減少させるための有望なアプローチであり得ると考えられる。
実際に、骨髄増殖性および線維性態様の両方におけるＴＧＦβ依存性調節不全を示す病理の多面的な性質に起因して（用語「骨髄線維症」自体が示唆するように）、本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、骨髄線維症を患っている患者に特に有利な治療的効果を提供し得る。そのような阻害剤のＬＴＢＰアームは、骨髄内のＥＣＭ関連のＴＧＦβ１複合体を標的化することができて、一方で、阻害剤のＬＲＲＣ３３アームは、骨髄性細胞関連ＴＧＦβ１をブロックすることができると考えられる。加えて、骨髄線維症と関連する異常な巨核球の生物学は、ＧＡＲＰおよびＬＴＢＰが介在するＴＧＦβ１活性の両方に関与し得る。ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、そのような複合体を標的化することが可能であり、したがって、ニッチにおける活性のＴＧＦβ１の放出を阻害することが可能である。
したがって、そのようなＴＧＦβ１阻害剤は、他（または標準治療）の療法、例えば、ヒドロキシ尿素およびＪＡＫ阻害剤に対する応答が不十分な、または、それに耐えられない、真性多血症を有する患者の治療に有用である。そのような阻害剤は、原発性ＭＦ、真性多血症後のＭＦおよび本態性血小板血症後のＭＦを含む、中間またはハイリスクの骨髄線維症（ＭＦ）を有する患者の治療にも有用である。
したがって、本発明の一態様は、原発性骨髄線維症を治療するための方法に関する。当該方法は、原発性骨髄線維症を患っている患者に、治療的有効量の、ＴＧＦβ利用率の減少を引き起こすＴＧＦβ阻害剤を含む組成物を投与するステップを含む。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１活性化のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容モノクローナル抗体阻害剤は、骨髄線維症を有する患者に投与される。そのような抗体は、０．１～１００ｍｇ／ｋｇの範囲、例えば、１～３０ｍｇ、例えば、１ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇなどの用量で投与され得る。抗体を含む医薬組成物の好ましい投与経路は、静脈内または皮下投与である。組成物が静脈内に投与される場合、患者は、適切な持続時間（例えば、治療あたり、およそ６０分）にわたって治療を与えられ得て、それから、数週間（例えば、３週、４週、６週など）ごとに、合計で数サイクル（例えば、４サイクル、６、サイクル、８サイクル、１０サイクル、１２サイクルなど）繰り返される。一部の実施態様では、患者は、静脈内投与を介して１～１０ｍｇ／ｋｇ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０ｍｇ／ｋｇ）の投与レベルで、２８日（４週）ごとに、６サイクルまたは１２サイクル、阻害抗体を含む組成物によって治療される。一部の実施態様では、そのような治療は、投与のサイクルのセット数の後に、中止する代わりに慢性の（長期）治療として投与される（例えば、有益とみなされる限り無期限に続けられる）。
一部の実施態様では、ＴＧＦβ阻害剤は、不活性の（例えば、潜在型）ｐｒｏＴＧＦβ複合体に結合する抗体またはその抗原結合部分であり、それにより、複合体からの活性または成熟ＴＧＦβの放出を防止して、活性化ステップを効率的に阻害する。一部の実施態様では、そのような抗体または抗原結合部分は、ＬＲＲＣ３３、ＧＡＲＰ、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３またはそれらの任意の組み合わせと関連するｐｒｏＴＧＦβ複合体に、特異的に結合する。一部の実施態様では、そのような抗体または抗原結合部分は、細胞によってつなげられたｐｒｏＴＧＦβ複合体に特異的に結合する。一部の実施態様では、抗体またはそれらの部分は、ＬＲＲＣ３３および／またはＧＡＲＰと関連する（しかしＬＴＢＰ１またはＬＴＢＰ３とは関連しない）ｐｒｏＴＧＦβ複合体に選択的に結合する。一部の実施態様では、抗体またはその部分は、ＬＲＲＣ３３と関連するｐｒｏＴＧＦβ複合体に特異的に結合する。一部の実施態様では、抗体またはその部分は、ＧＡＲＰと関連するｐｒｏＴＧＦβ複合体に特異的に結合する。一部の実施態様では、抗体またはその部分は、ＬＲＲＣ３３と関連するｐｒｏＴＧＦβ複合体ならびにＧＡＲＰと関連するｐｒｏＴＧＦβ複合体に特異的に結合する。
上述の実施態様に代え又はそれに加えて、ＴＧＦβ阻害剤は、ＬＲＲＣ３３および／またはＧＡＲＰに結合する抗体またはその抗原結合であり、さらなるエフェクター機能のためのドメインを含む。一部の実施態様では、さらなるエフェクター機能のためのドメインは、標的細胞においてＡＤＣＣを仲介するＦｃまたはＦｃ様ドメインであってよい。好ましくは、ＡＤＣＣを誘導する抗体は、ＡＤＣＣが介在する標的細胞死を十分に可能にするように内部移行をトリガーまたは促進しない。
上述の実施態様に代え又はそれに加えて、抗体またはその抗原結合部分は、目的の「ペイロード」（例えば、抗体－薬物コンジュゲート、またはＡＤＣ）を保有するためのさらなる部分を含んでよい。適切なペイロードの例は、限定されないが：治療剤／薬物、毒素、マーカーおよび検出／イメージングラベルなどを含む。そのようなペイロードは、化学物質、小分子、ポリペプチド、核酸、放射性同位体などであってよい。好ましくは、ＡＤＣが介在する作用機序に適切な抗体は、細胞表面標的への結合の際に、ペイロードを細胞内へ送達するように抗原抗体複合体の効果的な内部移行をトリガーすることができる。
骨髄線維症は、多数の影響を受けた組織または臓器における病理学の多くの面を示す進行性の疾患であるので、治療的アプローチは、疾患進行に応じて変化し得る。例えば、疾患の一次部位（骨髄）では、適切な治療は、ＬＲＲＣ３３を発現している造血細胞を標的化することができる本明細書に記載のＬＲＲＣ３３阻害剤を含むと考えられる。これは、ＬＲＲＣ３３によって提示されるｐｒｏＴＧＦβ複合体に結合して患者におけるＴＧＦβの活性化を阻害する抗体を含む組成物の投与によって達成され得る。また、ＬＲＲＣ３３に結合して患者内の標的細胞の死を誘導する抗体を含む組成物の投与によっても達成され得る。あるいは、これらのアプローチを組み合わせて、ＴＧＦβ活性化阻害剤であって細胞の細胞毒性を仲介するためのさらなる部分も含む抗体を用いてよい。例えば、さらなる部分は、ペイロードとして抗体にコンジュゲートされた毒素またはＡＤＣＣを誘導するためのＦｃまたはＦｃ様ドメインであってよい（例えば、抗体－薬物コンジュゲート、またはＡＤＣ）。
骨髄線維症は、白血病の１つのタイプであると考えられ得るが、線維症の兆候によって特徴付けられる。ＴＧＦβは、ＥＣＭ恒常性の面を調節することが知られているので、その調節不全は組織線維症をもたらし得て、一部の実施態様では、ＥＣＭと関連するＴＧＦβ活性を阻害することが望ましいと考えられる。したがって、ＬＴＢＰ（例えばＬＴＢＰ１およびＬＴＢＰ３）によって提示されるｐｒｏＴＧＦβに結合して阻害する抗体またはそのフラグメントが、本発明によって包含される。一部の実施態様では、骨髄線維症の治療に適切な抗体またはそのフラグメントは、ＬＲＲＣ３３、ＧＡＲＰ、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、またはそれらの任意の組み合わせと関連するもののようなｐｒｏＴＧＦβ複合体の多数のコンテクストに結合することができるという点で、「コンテクスト寛容」である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＴＧＦβ活性化のコンテクスト非依存性阻害剤であり、抗体が、以下の潜在型複合体：ＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ、ＬＴＢＰ３－ｐｒｏＴＧＦβ、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβおよびＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβのいずれかに結合して阻害することができるという点で特徴付けられる。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＴＧＦβの１つを含むそのような潜在型複合体に結合して阻害する（他のアイソフォームではそうではないが）、アイソフォーム特異的な抗体である。これらは、例えば、ＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３－ｐｒｏＴＧＦβ１、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１を含む。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＴＧＦβの１つまたは複数のアイソフォームに優先的に結合して阻害するアイソフォーム選択的抗体である。コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性の様式でＴＧＦβ１活性化を阻害することのできる抗体は、骨髄線維症の治療における使用に有利であると考えられる。
本明細書に記載の組成物および方法によって治療され得る骨髄増殖性新生物の適切な患者集団は、限定されないが：ａ）Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（＋）である患者集団；ｂ）Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（－）である患者集団；ｃ）「古典的」（ＰＶ、ＥＴおよびＰＭＦ）に分類される患者集団；ｄ）突然変異ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ（＋）を保有する患者集団；ｅ）ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ（－）を保有する患者集団；ｆ）ＪＡＫ２エクソン１２（＋）を有する患者集団；ｇ）ＭＰＬ（＋）を有する患者集団；およびｈ）ＣＡＬＲ（＋）を有する患者集団を含んでよい。
一部の実施態様では、患者集団は、中間－２またはハイリスク骨髄線維症を有する患者を含む。一部の実施態様では、患者集団は、利用可能な治療に難治性である、または候補でない、骨髄線維症を有する患者を含む。一部の実施態様では、対象は、１００～２００×１０９／Ｌの血小板数を有する。一部の実施態様では、対象は、治療を受ける前に＞２００×１０９／Ｌの血小板数を有する。
一部の実施態様では、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤療法を受ける（およびそれを受けることによって利益を受け得る）対象は、中間－１またはより高度の原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）、または後期（ｐｏｓｔ－）真性多血症／本態性血小板血症骨髄線維症（後期（ｐｏｓｔ－）ＰＶ／ＥＴＭＦ）と診断される。一部の実施態様では、対象は、治療前に骨髄線維症と記録されている。一部の実施態様では、対象は、治療前に、ヨーロッパで一致しているグレードスコアによって評価されるＭＦ－２またはそれよりも高く、改変Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスケールによってグレード３またはそれよりも高い。一部の実施態様では、対象は、治療前に、１のＥＣＯＧパフォーマンス状態を有する。一部の実施態様では、対象は、治療前に、５～１２０の範囲の白血球数（１０９／Ｌ）を有する。一部の実施態様では、対象は、１０～１００％の範囲のＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ対立遺伝子負荷を有する。
一部の実施態様では、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤療法を受ける（およびそれを受けることによって利益を受け得る）対象は、輸血依存性（治療前）であり、対象は、臨床的に明白な出血と関係しない８．５ｇ／ｄＬ未満のヘモグロビンレベルのために、最後の月に少なくとも２ユニットの赤血球輸血の経歴を有することで特徴付けられる。
一部の実施態様では、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤療法を受ける（およびそれを受けることによって利益を受け得る）対象は、骨髄線維症を治療するための治療を以前に受けた者である。一部の実施態様では、対象は、限定されないが：ＡＺＤ１４８０、パノビノスタット、ＥＰＯ、ＩＦＮα、ヒドロキシ尿素、ペグ化インターフェロン、サリドマイド、プレドニゾン、およびＪＡＫ２阻害剤（例えば、レスタウルチニブ、ＣＥＰ－７０１）を含む１つまたは複数の治療によって治療されている。
一部の実施態様では、患者は髄外造血を有する。一部の実施態様では、髄外造血は、肝臓、肺、脾臓、および／またはリンパ節におけるものである。一部の実施態様では、本発明の医薬組成物は、疾患兆候の局所的部位の１つまたは複数に局所的に投与される。
アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、骨髄線維症を治療するのに効果的な量で患者に投与される。治療的有効量は、患者における骨髄線維症の１つまたは複数の症候および／または合併症（限定されないが：骨髄間質におけるＥＣＭの過剰な沈着、血管新生、骨硬化症、脾腫大、肝腫大（ｈｅｍａｔｏｍｅｇａｌｙ）、貧血、出血、骨の痛み、および他の骨に関する病的状態、髄外造血、血小板増加症、白血球減少症、カヘキシー、感染、血栓および死を含む）を緩和するのに十分な量である。
一部の実施態様では、量は、患者における（例えば巨核球細胞の）ＴＧＦβ１発現および／または分泌を減少させるのに効果的である。そのような阻害剤は、したがって、治療された患者においてＴＧＦβ１ ｍＲＮＡレベルを減少させ得る。一部の実施態様では、そのような阻害剤は、骨髄において、例えば単核細胞において、ＴＧＦβ１ ｍＲＮＡを減少させる。ＰＭＦ患者は典型的に、（ＥＬＩＳＡによって測定して約６００～２，０００ｐｇ／ｍＬの正常な範囲と対照的に）約２，５００ｐｇ／ｍＬよりも上、例えば、３，０００、３，５００、４，０００、４，５００、５，０００、６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、および１０，０００ｐｇ／ｍＬよりも上の血漿ＴＧＦβ１レベルの上昇を示す（例えば、Ｍａｓｃａｒｅｍｈａｓ ｅｔ ａｌ．（Ｌｅｕｋｅｍｉａ＆Ｌｙｍｐｈｏｍａ，２０１４，５５（２）：４５０－４５２）を参照）。Ｚｉｎｇａｒｉｅｌｌｏ（Ｂｌｏｏｄ，２０１３，１２１（１７）：３３４５－３３６３）は、ＰＭＦ患者およびコントロール個体の血漿中の生体活性および合計ＴＧＦβ１含有量を定量化した。この参考文献によれば、ＰＭＦ患者におけるメジアン生体活性ＴＧＦβ１は４３ｎｇ／ｍＬ（４～２１８ｎｇ／ｍＬの範囲）であり、合計ＴＧＦβ１は１５３ｎｇ／ｍＬ（３２～１０００ｎｇ／ｍＬ）であり、一方で、コントロール相対物では、値はそれぞれ１８（０．０５～１４４）および５２（８～８６０）であった。したがって、これらの報告に基づき、ＰＭＦ患者における血漿ＴＧＦβ１含有量は、コントロールまたは健康な血漿サンプルと比較して、数倍（例えば、２倍、３倍、４倍、５倍など）上昇する。本明細書に記載される、例えば４～１２サイクルの投与（例えば、２、４、６、８、１０、１２サイクル）または慢性または長期の治療（例えば０．１～１００ｍｇ／ｋｇ、例えば１～３０ｍｇ／ｋｇのモノクローナル抗体の用量で、４週ごと）に続く、阻害剤による治療は、対応するベースライン（治療前）と比較して少なくとも１０％、例えば少なくとも１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、および５０％、血漿ＴＧＦβ１レベルを減少させ得る。
一部の治療的効果は、治療の開始後、相対的に急速に、例えば、１週、２週、３週、４週、５週または６週後に、観察され得る。例えば、阻害剤は、１～８週以内に、阻害剤によって治療された患者の骨髄内の幹細胞および／または前駆細胞の数を効果的に増大させ得る。これらは、造血幹細胞および血液前駆細胞を含む。骨髄バイオプシーは、髄質細胞の頻度／数の変化を評価するために行なわれ得る。相応して、患者は、骨の痛みおよび疲労のような症候の改善を示し得る。
骨髄線維症の形態学的ハロマークの１つは、骨髄（例えば、髄質間質）内の線維症であり、異常なＥＣＭによって部分的に特徴付けられる。一部の実施態様では、量は、例えば間葉間質細胞による、過剰なコラーゲン沈着を減少させるのに効果的である。一部の実施態様では、阻害剤は、治療を受けないコントロール対象と比較して、治療された対象において、ＣＤ４１陽性細胞（例えば巨核球）の数を減少させるのに効果的である。一部の実施態様では、ＰＭＦ骨髄内の巨核球のベースライン頻度は、無作為に選択された断面で決定して、ＰＭＦ脾臓において、平方ミリメートル（ｍｍ２）あたり２００～７００細胞および平方ミリメートル（ｍｍ２）あたり４０～３００巨核球の範囲であってよい。対照的に、正常ドナーの骨髄および脾臓における巨核球頻度は、それぞれ１４０未満および１０未満である。阻害剤による治療は、骨髄および／または脾臓内の巨核球の数（例えば、頻度）を減少させ得る。一部の実施態様では、阻害剤による治療は、ＳＭＡＤ２／３のリン酸化のような下流エフェクターのシグナル伝達のレベルの減少を引き起こし得る。
骨髄線維症を有する患者は、肥大した脾臓により悩まされ得る。したがって、治療の臨床効果は、脾臓サイズの変化を監視することによって評価され得る。脾臓サイズは、触診による脾臓長の評価および／または超音波による脾臓体積の評価のような公知技術によって試験され得る。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤によって治療される対象は、触診によって評価すると、５ｃｍ以上、例えば、５～３０ｃｍの範囲のベースラインの脾臓長（治療前）を有する。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤によって治療される対象は、超音波によって評価すると、３００ｍＬ以上、例えば、３００～１５００ｍＬの範囲のベースラインの脾臓体積（治療前）を有する。本明細書に記載される、例えば４週ごとに、０．１～３０ｍｇ／ｋｇのモノクローナル抗体）の用量での、例えば、４～１２サイクル（例えば、２、４、６、８、１０、１２サイクル）の投与後の、阻害剤による治療は、対象において脾臓サイズを減少させ得る。一部の実施態様では、有効量の阻害剤は、対応するベースラインの値と比較して、阻害剤治療を受ける患者集団において、少なくとも１０％、２０％、３０％、３５％、４０％、５０％、および６０％、脾臓サイズを減少させるのに十分である。例えば、治療は、プラセボコントロールと比較して、ＭＲＩまたはＣＴスキャンによって測定すると１２～２４週においてベースラインから脾臓体積の≧３５％減少を達成するのに効果的である。一部の実施態様では、治療は、最良の利用可能な治療のコントロールと比較して、ＭＲＩまたはＣＴスキャンによって測定すると２４～４８週におけるベースラインから脾臓体積の≧３５％減少を達成するのに効果的である。最良の利用可能な治療は、ヒドロキシ尿素、グルココルチコイド、ならびに、非薬剤、アナグレリド、エポエチンα、サリドマイド、レナリドマイド、メルカプトプリン、チオグアニン、ダナゾール、ペグインターフェロンα－２ａ、インターフェロン－α、メルファラン、アセチルサリチル酸、シタラビン、およびコルヒチンを含んでよい。
一部の実施態様では、本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤によって治療される患者集団は、例えば、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ ｆｏｒ Ｍｙｅｌｏｆｉｂｒｏｓｉｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ（ＩＷＧ－ＭＲＴ）基準によって測定される統計的に改善された治療応答、治療後（例えば、４、６、８、または１２サイクル）に改変Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスケールおよびヨーロッパで一致しているグレードシステムによって測定される骨髄線維症グレードにおける変化の度合い、Ｍｙｅｌｏｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ Ｎｅｏｐｌａｓｍ Ｓｙｍｐｔｏｍ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ Ｆｏｒｍ（ＭＰＮ－ＳＡＦ）を用いた症候応答を示す。
一部の実施態様では、本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤による治療は、例えば、改変Ｍｙｅｌｏｆｉｂｒｏｓｉｓ Ｓｙｍｐｔｏｍ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ Ｆｏｒｍ（ＭＦＳＡＦ）によって評価される統計的に改善された治療応答を達成し、症候は、ＭＦＳＡＦツール（例えばｖ２．０）、０～１０のスケールを用いて骨髄線維症の衰弱性症候（腹部の不快感、早期満腹、左肋骨の下の痛み、掻痒症、寝汗、および骨／筋肉痛）をキャプチャーするｄａｕｋｔダイアリーによって測定されて、ここで０は存在なしであり、１０は想像可能な最悪である。一部の実施態様では、治療は、例えば、１２～２４週以内に、ベースラインから合計ＭＦＳＡＦスコアの５０％≧の減少を達成するのに効果的である。一部の実施態様では、治療を受ける患者の有意なフラクションは、プラセボを受ける患者と比較して、Ｔｏｔａｌ Ｓｙｍｐｔｏｍ Ｓｃｏｒｅにおいて≧５０％の改善を達成する。例えば、≧５０％の改善を達成する患者プールのフラクションは、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％または８０％よりも上であってよい。
一部の実施態様では、治療的有効量の阻害剤は、貧血応答によって評価して、臨床改善を獲得するのに十分な量である。例えば、改善された貧血応答は、４～１２サイクル（例えば、６サイクル）の治療後の、輸血非依存性のより長い持続時間（例えば、８週以上）を含んでよい。
一部の実施態様では、治療的有効量の阻害剤は、永続性のある疾患を、６週間、８週間、１２週間、６ヶ月間のような持続時間、維持するのに十分な量である。一部の実施態様では、疾患の進行は、骨髄の全体的な細胞充実性、レチクリンまたはコラーゲン線維症の程度の変化、および／または、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ対立遺伝子負荷の変化によって評価され得る。
一部の実施態様では、本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤によって治療される患者集団は、治療を受けないコントロール集団と比較して、統計的に改善された生存を示す。例えば、コントロール群では、ＰＭＦ患者のメジアン生存は、およそ６年（ハイリスク患者ではおよそ１６ヶ月）であり、診断後１０年以上生存することが期待されるのは患者の２０％未満である。本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤による治療は、少なくとも６ヶ月、１２ヶ月、１８ヶ月、２４ヶ月、３０ヶ月、３６ヶ月、または４８ヶ月、生存時間を延長させ得る。一部の実施態様では、治療は、プラセボを受ける患者と比較して、２６週、５２週、７８週、１０４週、１３０週、１４４週、または１５６週における改善された全生存を達成するのに効果的である。
上記に例示されるもののような治療の臨床利益は、新たな発症の貧血を有するまたは有さない患者において見られ得る。
アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤の有利な特徴の１つは、選択性がない従来のＴＧＦβ拮抗薬と比較して、アイソフォーム選択性によって可能にされる改善された安全性プロファイルを維持することである。したがって、本明細書において記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤による治療は、患者集団における有害事象を、そのような事象の頻度および／または重症度に関して、従来のＴＧＦβ拮抗薬によって治療される同等の患者集団と比較して減少させ得ることが期待される。したがって、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、治療の用量および／または持続時間に関してより大きな治療的ウインドウを提供し得る。
有害事象は、Ｃｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ（ＣＴＣＡＥ）バージョン４のような当該分野で認識される適切な方法によってグレード付けされ得る。ＧＣ１００８のようなＴＧＦβ拮抗薬を受けたヒト患者において以前に報告された有害事象は：白血球増多症（グレード３）、疲労（グレード３）、低酸素症（グレード３）、心停止（グレード５）、白血球減少症（グレード１）、再発性の、一過的な、触ると痛い（ｔｅｎｄｅｒ）紅斑性、節のある（ｎｏｄｕｌａｒ）皮膚病変、化膿性皮膚炎、および帯状疱疹を含む。
アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤療法は、例えば、貧血、血小板減少症、好中球減少、高コレステロール血症、上昇したアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）、上昇したアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）、打撲傷、眩暈、および頭痛に関して、骨髄線維症患者におけるＪＡＫ阻害剤療法に比べて、より頻度の低い、および／または、より重症でない、有害事象（副作用）を生じさせ得て、したがって、より安全な治療選択肢を提供する。
ＴＧＦβ１シグナル伝達の阻害剤は、併用療法として、骨髄線維症の治療のための１つまたは複数の治療とともに用いられ得ると考えられる。一部の実施態様では、本明細書に記載のＴＧＦβ１活性化の阻害剤は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤またはＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤を受けている、骨髄線維症を患っている患者に投与される。一部の実施態様では、そのような患者は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤またはＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤阻害剤療法に対して応答性であり、一方で、他の実施態様では、そのような患者は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤またはＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤療法に対する応答性が乏しく、または応答性でない。一部の実施態様では、本明細書に記載のＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的阻害剤の使用は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤またはＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤療法に対する応答性が乏しい、または応答性でない者を、より応答性にさせ得る。一部の実施態様では、本明細書に記載のＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的阻害剤の使用は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤またはＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤の減少した用量を可能にし得て、より少ないまたはより低い程度の薬物関連の毒性または有害事象（例えば上記にあげたもの）であるが同等の臨床有効性を、患者において、それでもなお生じさせる。一部の実施態様では、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤またはＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤阻害剤療法とともに用いられる本明細書に記載のＴＧＦβ１活性化阻害剤による治療は、相乗または相加的治療的効果を患者において生じさせ得る。一部の実施態様では、本明細書に記載のＴＧＦβ１活性化阻害剤による治療は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤またはＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤または骨髄線維症を治療するために与えられる他の治療の利益をブーストし得る。一部の実施態様では、患者は、骨髄線維症と関連する貧血を対処するための治療を追加で受けてよい。
癌：
様々な癌が、ＴＧＦβ１活性に関与し、本開示の抗体および／または組成物によって治療され得る。本明細書において用いられる用語「癌」は、周囲組織を侵襲して新たな体の部位へ転移する傾向のある退形成性細胞の激増によって特徴付けられる任意の様々な悪性新生物を指し、そのような悪性腫瘍性の増殖によって特徴付けられる病状も指す。癌は、局所的（例えば、固形腫瘍）または全身的であってよい。本開示の文脈における用語「局所的」（「局所的腫瘍」など）は、全身性疾患とは違い、解剖上単離された、または単離可能な異常（例えば固形悪性腫瘍）を指す。特定の癌、例えば、特定の白血病（例えば、骨髄線維症）および多発性骨髄腫などは、疾患に対して、局所的構成要素（例えば骨髄）および全身的構成要素（例えば循環血液細胞）の両方を有してよい。一部の実施態様では、癌は、全身的（血液学的悪性腫瘍など）であってよい。本開示に従って治療され得る癌は、限定されないが、全てのタイプのリンパ腫／白血病、癌腫および肉腫、例えば、肛門、膀胱、胆管、骨、脳、胸部、頚部、結腸／直腸、子宮内膜、食道、眼、胆嚢、頭頚部、肝臓、腎臓、喉頭、肺、縦隔（胸郭）、口、卵巣、膵臓、ペニス、前立腺、皮膚、小腸、胃、脊椎の髄質、尾てい骨、睾丸、甲状腺および子宮に見られる癌または腫瘍を含む。癌では、ＴＧＦβ（例えば、ＴＧＦβ１）は、成長促進または増殖阻害のいずれかであってよい。例として、膵癌では、ＳＭＡＤ４野生型腫瘍は、ＴＧＦβに応答して増殖阻害を経験し得るが、疾患が進行すると、構成的に活性化されたＩＩ型受容体が典型的に存在する。加えて、ＳＭＡＤ４－ｎｕｌｌ膵癌が存在する。一部の実施態様では、本開示の抗体、その抗原結合部分、および／または組成物は、癌の１つまたは複数の形態において独自に機能するＴＧＦβシグナル伝達経路の構成要素を選択的に標的化するように設計される。白血病、または、白血球（ｗｈｉｔｅ ｂｌｏｏｄ ｃｅｌｌ）（すなわち白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ））の異常な激増によって特徴付けられる血液または骨髄の癌は、急性リンパ芽球性白血病白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、急性骨髄性白血病または急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）（染色体１０および１１［ｔ（１０、１１）］、染色体８および２１［ｔ（８；２１）］、染色体１５および１７［ｔ（１５；１７）］の間の転座、および染色体１６内の反転［ｉｎｖ（１６）］を有するＡＭＬ；多系列の形成異常を有するＡＭＬ（ＡＭＬに転換する以前の骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）または骨髄増殖性疾患を有したことのある患者を含む）；ＡＭＬおよび骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）（治療関連であり、そのカテゴリーは、以前に化学療法および／または放射線を有したことがあり、その後にＡＭＬまたはＭＤＳを発症する患者を含む）；ｄ）その他の方法で分類されないＡＭＬ（上記のカテゴリーに入らないＡＭＬのサブタイプを含む）；およびｅ）曖昧な系統の急性白血病（白血病細胞が骨髄性またはリンパ系細胞のいずれかとして分類され得ない場合または両方のタイプの細胞が存在する場合に生じる）；および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）を含む、４つの主な分類に分けられ得る。
本明細書において記載されるもののようなＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、多発性骨髄腫を治療するために用いられ得る。多発性骨髄腫は、Ｂリンパ球（例えば、血漿細胞、形質芽球、メモリーＢ細胞）の癌であり、骨髄において発生して膨張し、破壊的な骨病変（すなわち、溶骨性病変）を生じさせる。典型的に、疾患は、高い破骨細胞骨吸収、抑制された骨芽細胞分化（例えば、分化阻止）、および、損なわれた骨形成、（部分的に、溶骨性病変、骨減少症、骨粗鬆症、高カルシウム血症、ならびに形質細胞腫、血小板減少症、好中球減少および神経障害によって特徴付けられる）を示す。本明細書に記載のＴＧＦβ１選択的な、コンテクスト寛容阻害剤療法は、患者において、１つまたは複数のそのような臨床兆候または症候を寛解させるのに効果的であり得る。ＴＧＦβ１阻害剤は、さらなる治療または本明細書の他のどこかに挙げられるものを含む多発性骨髄腫を治療するための治療を受ける患者に投与されてよい。一部の実施態様では、多発性骨髄腫は、ミオスタチン阻害剤またはＩＬ－６阻害剤と組み合わせて、ＴＧＦβ１阻害剤（例えば、アイソフォーム特異的なコンテクスト寛容阻害剤）によって治療され得る。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１阻害剤は、ボルテゾミブ、レナリドマイド、カーフィルゾミブ、ポマリドマイド、サリドマイド、ドキソルビシン、コルチコステロイド（例えば、デキサメタゾンおよびプレドニゾン）、化学療法（例えば、メルファラン）、放射線療法、幹細胞移植、プリチデプシン、エロツズマブ、イキサゾミブ、マシチニブ、および／またはパノビノスタットのような、伝統的な多発性骨髄腫治療とともに用いられ得る。
本発明の方法によって治療され得る癌腫のタイプは、限定されないが、乳頭腫／癌腫、絨毛癌、内胚葉洞腫瘍、奇形腫、腺腫／腺癌、黒色腫、維腺腫、脂肪腫、平滑筋腫、横紋筋腫、中皮腫、血管腫、骨腫、軟骨腫、神経膠腫、リンパ腫／白血病、扁平上皮細胞癌腫、小細胞癌腫、大細胞未分化癌腫、基底細胞癌および副鼻腔未分化癌腫を含む。
肉腫のタイプは、限定されないが、軟組織肉腫、例えば、胞巣状軟部肉腫、血管肉腫、皮膚線維肉腫、類腱腫腫瘍、線維形成性小円形細胞腫瘍、骨外性軟骨肉腫、骨外性骨肉腫、線維肉腫、血管外皮腫、血管肉腫、カポシ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、リンパ肉腫、悪性線維性組織球腫、神経線維肉腫、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、およびアスキン腫瘍、ユーイング肉腫（原始神経外胚葉性腫瘍）、悪性血管内皮腫、悪性神経鞘腫、骨肉腫、および軟骨肉腫を含む。
本明細書に記載されるもののような、ＴＧＦβ１活性化のアイソフォーム選択的な、コンテクスト寛容／非依存性阻害剤は、神経堤起源の細胞に関与する悪性腫瘍を治療するために適切であり得る。神経堤系統の癌（すなわち、神経堤由来の腫瘍）は、限定されないが：黒色腫（メラニン形成細胞の癌）、神経芽細胞腫（交感神経副腎前駆体の癌）、神経節細胞腫（末梢神経系神経節の癌）、髄質甲状腺癌腫（甲状腺Ｃ細胞の癌）、褐色細胞腫（副腎髄質のクロマフィン細胞の癌）、およびＭＰＮＳＴ（シュワン細胞の癌）を含む。一部の実施態様では、本開示の抗体および方法は、限定されないが、結腸癌、腎癌、乳癌、悪性黒色腫およびグリア芽腫を含んでよい、１つまたは複数のタイプの癌または癌関連の状態を治療するために用いられ得る（Ｓｃｈｌｉｎｇｅｎｓｉｅｐｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｏｕｈｔｉｔ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。
証拠の増加するラインは、腫瘍／癌進行におけるマクロファージの役割を示唆する。本発明は、ＴＭＥのような疾患環境において、これがＴＧＦβ１活性化によって部分的に仲介されるという見解を包含する。骨髄由来単球（例えば、ＣＤ１１ｂ＋）は、腫瘍由来のサイトカイン／ケモカインに応答して腫瘍部位へ動員されて、そこで単球は分化および極性化を受けて、癌促進性表現型（例えば、Ｍ２－バイアス、ＴＡＭまたはＴＡＭ－様細胞）を獲得する。本開示において提供される実施例に示されるように、ヒトＰＢＭＣから単離された単球は、マクロファージの異なるサブタイプ、例えば、Ｍ１（線維促進性、抗癌）およびＭ２（癌促進性）へ極性化するように誘導され得る。多くの腫瘍におけるＴＡＭの大部分は、Ｍ２－バイアスである。Ｍ２様マクロファージの中でも、Ｍ１ではなくＭ２ｃおよびＭ２ｄサブタイプは、細胞表面上に増強されたＬＲＲＣ３３を発現することが見いだされている。さらに、マクロファージは、Ｍ－ＣＳＦ曝露によってさらに歪められ（ｓｋｅｗｅｄ）、または活性化され得て、ＬＲＲＣ３３発現の顕著な増大をもたらし、ＴＧＦβ１発現と一致する。骨髄増殖性疾患（例えば、骨髄線維症）を有する患者における循環Ｍ－ＣＳＦ（すなわち、血清Ｍ－ＣＳＦ濃度）の増大も観察されている。一般に、高いマクロファージを有する腫瘍（ＴＡＭ）および／またはＭＤＳＣ浸潤は、予後不良と関連する。同様に、上昇したレベルのＭ－ＣＳＦもまた、予後不良を示す。
上述のように、ＴＧＦβ１活性化のコンテクスト寛容／非依存性阻害剤は、黒色腫の治療に用いられ得る。そのような阻害剤によって治療され得る黒色腫のタイプは、限定されないが：悪性黒子；悪性黒子黒色腫；表在拡大型黒色腫；末端黒子型黒色腫；粘膜黒色腫；結節型黒色腫；ポリープ状黒色腫および線維形成性黒色腫を含む。一部の実施態様では、黒色腫は、転移黒色腫である。
最近では、免疫チェックポイント阻害剤は、進行性黒色腫患者を効果的に治療するために用いられている。特に、抗－プログラム死（ＰＤ）－１抗体（例えば、ニボルマブおよびペンブロリズマブ）が、今では特定のタイプの癌（例えば進行性黒色腫）に関する治療の標準になっていて、扱いやすい毒性プロファイルとともに重大な活性および永続性の応答を示している。しかしながら、ＰＤ－１拮抗薬の効果的な臨床適用は、高率の先天性の耐性によって妨げられて（約６０～７０％）（Ｈｕｇｏ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｃｅｌｌ １６５：３５－４４を参照）、現在進行中のチャレンジが、応答性および耐性の予測因子および患者選択ならびに最適化の組み合わせ戦略の疑問を含み続けることを示す（Ｐｅｒｒｏｔ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ａｎｎ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ２５（２）：１３５－１４４）。さらに、研究は、抗－ＰＤ－１治療に最初に応答した黒色腫患者のおよそ２５％が、獲得耐性を最終的に発症することを示唆している（Ｒｉｂａｓ ｅｔ ａｌ．（２０１６）ＪＡＭＡ ３１５：１６００－９）。
ＰＤ－１および／またはＣＴＬＡ－４を発現している腫瘍浸潤ＣＤ８＋Ｔ細胞の数は、チェックポイント阻害による成功の重要な示度であると考えられて、ＰＤ－１およびＣＴＬＡ－４のブロックの両方とも、浸潤Ｔ細胞を増大させ得る。しかしながら、より高いマクロファージ浸潤を有する患者では、ＣＤ８細胞の抗癌効果は抑制され得る。
骨髄性前駆体、ＭＤＳＣおよびＴＡＭを含む骨髄性細胞のようなＬＲＲＣ３３発現細胞は、ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞のようなＴ細胞の阻害（例えば、Ｔ細胞枯渇）によって免疫抑制環境（例えばＴＭＥおよび骨髄線維性骨髄）を作製または支持し得て、特定の患者集団における観察される抗－ＰＤ－１耐性を少なくとも部分的に強調し得ると考えられる。実際に、証拠は、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞の蓄積ができないこと、および、低減した（ｒｅｓｕｃｅｄ）Ｔｅｆｆ／Ｔｒｅｇ比によって、抗－ＰＤ－１単剤療法に対する耐性が明らかであったことを示唆する。とりわけ、本発明者らは、ＬＲＲＣ３３発現レベルに関して、黒色腫患者集団のような特定の癌患者の間に分岐点が存在することを認識していて：一方の群は高いＬＲＲＣ３３発現を示し（ＬＲＲＣ３３ｈｉｇｈ）、一方で、他方の群は、相対的に低いＬＲＲＣ３３発現（ＬＲＲＣ３３ｌｏｗ）を示す。したがって、本発明は、ＬＲＲＣ３３ｈｉｇｈ患者集団は、免疫チェックポイント阻害剤療法に対して応答が乏しいまたは耐性である者を示し得るという見解を含む。したがって、本明細書に記載されるもののようなＬＲＲＣ３３を阻害する薬剤は、チェックポイント阻害剤療法（例えば、抗－ＰＤ－１）に対して耐性である黒色腫、リンパ腫、および骨髄増殖性障害のような癌の治療に特に有益であり得る。
一部の実施態様では、癌／腫瘍は、免疫チェックポイント阻害剤に対して本質的に（ｉｎｔｒｉｎｃａｌｌｙ）耐性であり、または非応答性である。一例だが提供すると、特定のリンパ腫は、抗－ＰＤ－１治療のような免疫チェックポイント阻害に対する応答性（ｒｅｓｐｏｎｓｉｔｖｅ）が乏しいと考えられる。同様に、黒色腫患者集団のサブセットは、免疫チェックポイント阻害剤に対する耐性を示すことが知られている。特定の理論によって拘束されることを意図せずに、本開示の発明者らは、これはＴＧＦβ１シグナル伝達経路の上方調節に少なくとも部分的に起因し得て、チェックポイント阻害剤がそれらの効果を及ぼすことのできない免疫抑制の微小環境を作り出し得ると考える。ＴＧＦβ１阻害は、そのような癌を、チェックポイント阻害剤療法に対してより応答性にさせ得る。免疫チェックポイント阻害剤とＴＧＦβ１阻害剤の組み合わせにより利益を受け得る癌タイプの非限定的な例は、骨髄線維症、黒色腫、腎細胞癌、膀胱癌、結腸癌、血液系悪性腫瘍、非小細胞癌腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、リンパ腫（古典的ホジキンおよび非ホジキン）、頭頚部癌、尿路上皮癌、高い微小サテライト不安定性を有する癌、ミスマッチ修復が欠陥している癌、胃癌、腎癌、および肝細胞癌を含む。しかしながら、例えばバイオプシーによって決定されるように、ＴＧＦβ２／３よりもＴＧＦβ１が過剰発現されるまたは優勢のアイソフォームである任意の癌（例えば、そのような癌を有する患者）は、本開示に従ってＴＧＦβ１のアイソフォーム選択的阻害剤によって治療され得る。
一部の実施態様では、癌／腫瘍は、経時的に耐性になる。この現象は、獲得耐性または適応耐性と呼ばれる。内因性耐性と同様に、一部の実施態様では、獲得耐性は、ＴＧＦβ１依存性の経路によって少なくとも部分的に仲介されて、本明細書に記載のアイソフォーム特異的なＴＧＦβ１阻害剤は、これらの場合において抗癌免疫を回復するのに効果的であり得る。
一部の実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤およびＬＲＲＣ３３阻害剤（本明細書に記載されるものなど）を含む併用療法は、そのような癌を治療するのに効果的であり得る。加えて、腫瘍内の高いＬＲＲＣ３３陽性細胞浸潤物、または異常な細胞激増を有するその他の部位／組織は、宿主免疫抑制および免疫チェックポイント耐性に関するバイオマーカーとしての役割を果たし得る。同様に、エフェクターＴ細胞は、免疫抑制ニッチによって妨げられ得て、癌と戦う体の能力を制限する。さらに、以下の実施例セクションにおいて説明されるように、ＧＡＲＰによって提示されるＴＧＦβ１を発現するＴｒｅｇは、エフェクターＴ細胞の激増を抑制する。合わせると、ＴＧＦβ１は、免疫阻害疾患の微小環境（例えばＴＭＥ）の発生および維持における主要な駆動体であると考えられて、多数のＴＧＦβ１提示コンテクストは、腫瘍に関連する。一部の実施態様では、併用療法は、より好適なＴｅｆｆ／Ｔｒｅｇ比を達成し得る。
一部の実施態様では、本明細書に記載の、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分は、それを必要とする対象において癌を治療するための方法において用いられ得て、前記方法は、抗体、またはその抗原結合部分を、癌が治療されるように対象に投与するステップを含む。特定の実施態様では、癌は結腸癌である。
一部の実施態様では、本明細書に記載の、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分は、固形腫瘍を治療するための方法において用いられ得る。一部の実施態様では、固形腫瘍は、線維形成性腫瘍であってよく、典型的に高密度であって治療分子が貫通するのが困難である。そのような腫瘍のＥＣＭ構成要素を標的化することによって、そのような抗体は、高密度の腫瘍組織を「緩め」て崩壊させ得て、治療的アクセスを促進してその抗癌効果を与える。したがって、さらなる治療、例えば任意の公知の抗腫瘍薬物を組み合わせて用いてよい。
追加してまたは代替して、本明細書において開示されるもののような、ＴＧＦβ１活性化を阻害することが可能な、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容抗体または（ｆｏｒ）そのフラグメントは、癌と戦うために、癌免疫療法のような細胞に基づく免疫療法として、キメラ抗原受容体Ｔ細胞（「ＣＡＲ－Ｔ」）技術とともに用いられ得る。
一部の実施態様では、本明細書に記載の、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分は、固形腫瘍を有する対象において、固形腫瘍増殖を阻害または低減させるための方法において用いられ得て、前記方法は、固形腫瘍増殖が阻害または低減されるように、対象に、抗体、またはその抗原結合部分を投与するステップを含む。特定の実施態様では、固形腫瘍は、結腸癌腫腫瘍である。一部の実施態様では、癌を治療するのに有用な抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１活性化のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤である。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を標的化する。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、および、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を標的化する。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を標的化する。一部の実施態様では、そのような抗体は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体およびＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を標的化する。
本発明は、対象における固形腫瘍を含む癌の治療における、ＴＧＦβ１のコンテクスト寛容（コンテクスト非依存性）、アイソフォーム特異的阻害剤の使用を含む。一部の実施態様では、そのようなコンテクスト許容的な（コンテクスト非依存性）、アイソフォーム特異的阻害剤は、ＴＧＦβ１の活性を阻害し得る。好ましい実施態様では、そのような活性化阻害剤は、ｐｒｏＴＧＦβ１複合体に結合する抗体またはその抗原結合部分である。結合は、複合体が、提示分子、例えば、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３のいずれか１つと関連する場合に生じ得て、それにより、複合体からの成熟ＴＧＦβ１増殖因子の放出を阻害する。一部の実施態様では、固形腫瘍は、ＣＤ８＋Ｔ細胞で富化された間質を有すること、ＣＡＦおよびコラーゲン繊維と直接接触すること、によって特徴づけられる。そのような腫瘍は、抗腫瘍免疫細胞（例えば、エフェクターＴ細胞）が腫瘍に効果的に浸潤するのを妨げる免疫抑制環境を作り出し得て、癌と戦う体の能力を制限する。その代わりに、そのような細胞は、腫瘍間質内またはその付近に蓄積し得る。これらの特徴は、そのような腫瘍を、免疫チェックポイント阻害剤療法に対する応答を乏しくさせ得る。以下により詳細に述べられるように、本明細書において開示されるＴＧＦβ１阻害剤は、エフェクター細胞が癌細胞に到達して死滅させるのを可能にするように、抑制のブロックを解除し得て、例えば、免疫チェックポイント阻害剤とともに用いられる。
ＴＧＦβ１は、腫瘍増殖、宿主免疫の抑制、悪性細胞激増、血管分布、血管新生、遊走、侵襲、転移、およびケモ耐性を含む、腫瘍微小環境において多面的な役割を果たすと考えられる。環境におけるＴＧＦβ１提示のそれぞれの「コンテクスト」は、したがって、疾患進行の調節（または調節不全（ｄｙｓｒｅｇｙｕｌａｔｉｏｎ））に参与し得る。例えば、ＧＡＲＰ軸は、癌細胞と戦うために宿主免疫応答を仲介するためのエフェクターＴ細胞応答を調節するＴｒｅｇ応答において特に重要である。ＬＴＢＰ１／３軸は、ＥＣＭ（間質を含む）を調節し得て、癌関連線維芽細胞（ＣＡＦ）は、癌の病因および進行において役割を果たす。ＬＲＲＣ３３軸は、腫瘍微小環境への循環単球の動員、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）へのその後の分化、腫瘍組織への浸潤、および、疾患の悪化において、極めて重要な役割を果たし得る。
一部の実施態様では、ＴＧＦβ１発現細胞は、腫瘍に浸潤して、免疫抑制の局所的環境を作り出す。そのような浸潤が観察される程度は、より悪い予後と相関し得る。一部の実施態様では、より高い浸潤は、免疫チェックポイント阻害剤のような別の癌治療に対する、より低い治療応答を示す。一部の実施態様では、腫瘍微小環境内のＴＧＦβ１発現細胞は、Ｔｒｅｇおよび／または骨髄性細胞を含む。一部の実施態様では、骨髄性細胞は、限定されないが：マクロファージ、単球（組織常在または骨髄由来）、およびＭＤＳＣを含む。
一部の実施態様では、ＴＭＥ内のＬＲＲＣ３３発現細胞は、骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である。ＭＤＳＣ浸潤（例えば、固形腫瘍浸潤）は、宿主の抗腫瘍免疫細胞が排除される免疫抑制ニッチを作り出すことによって、免疫回避の少なくとも１つの機構を強調し得る。証拠は、腫瘍関連炎症性因子のような炎症関連シグナルによってＭＤＳＣが動かされることを示唆し、動かされる際に、ＭＤＳＣは、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＮＫ細胞のような疾患と戦う細胞を害することによって、免疫抑制効果に影響を及ぼし得る。加えて、ＭＤＳＣは、ＴＧＦβおよびＩＬ－１０を分泌することによってＴｒｅｇの分化を誘導し得る。したがって、本明細書において記載されるもののような、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、疾患（例えば腫瘍）と戦う体の能力を回復またはブーストするために、免疫忌避（例えば、易感染性の免疫監視）を有する患者に投与されてよい。本明細書においてより詳細に説明されるように、これは、癌治療のような別の治療に対する体の反応性または感受性をさらに上昇（例えば、回復または増強）させ得る。
一部の実施態様では、患者における循環ＭＤＳＣの頻度（例えば、数）の上昇は、ＰＤ－１拮抗薬およびＰＤ－Ｌ１拮抗薬のようなチェックポイントブロック治療に対する乏しい反応性の予測となる。例えば、バイオマーカー試験は、循環する前治療ＨＬＡ－ＤＲ ｌｏ／ＣＤ１４＋／ＣＤ１１ｂ＋骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）が、進行およびより悪いＯＳ（ｐ＝０．０００１および０．０００９）と関連することを示した。加えて、炎症を起こした頭頚癌腫（ＨＮＣ）におけるＰＤ－１チェックポイントブロックに対する耐性は、ＧＭ－ＣＳＦおよび骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）マーカーの発現と関連する。この観察は、化学療法のようなＭＤＳＣを枯渇させる戦略は、抗－ＰＤ－１と組み合わせてまたは連続して考慮されるべきであることを示唆した。ＬＲＲＣ３３またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ複合体は、免疫抑制骨髄性細胞上の選択的発現に起因して、癌免疫療法のための新規の標的を示す。したがって、特定の理論によって拘束されることを意図せずに、この複合体の標的化は、患者集団における標準治療のチェックポイント阻害剤治療の有効性を高め得る。
したがって、本発明は、固形腫瘍を含む癌の治療のための、本明細書に記載のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性ＴＧＦβ１阻害剤の使用を提供する。そのような治療は、少なくとも１つの局所的腫瘍（固形腫瘍）を含む癌と診断された対象に、癌を治療するのに効果的な量で、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性ＴＧＦβ１阻害剤を投与するステップを含む。
証拠は、癌進行（例えば、腫瘍激増／増殖、侵襲、血管新生および転移）が、腫瘍－間質相互作用によって少なくとも部分的に駆動され得ることを示唆する。特に、ＣＡＦは、様々なサイトカインおよび増殖因子の分泌およびＥＣＭ再構築によって、このプロセスに寄与し得る。このプロセスに関与する因子は、限定されないが、ストロマ細胞由来因子１（ＳＣＤ－１）、ＭＭＰ２、ＭＭＰ９、ＭＭＰ３、ＭＭＰ－１３、ＴＮＦ－α、ＴＧＦβ１、ＶＥＧＦ、ＩＬ－６、Ｍ－ＣＳＦを含む。加えて、ＣＡＦは、ＣＣＬ２／ＭＣＰ－１およびＳＤＦ－１／ＣＸＣＬ１２のような分泌因子によって、ＴＡＭを腫瘍部位へ動員し得て；続いて、ｐｒｏ－ＴＡＭニッチ（例えば、ヒアルロン酸が富化された間質領域）が作り出されて、そこにＴＡＭが優先的に付着する。ＴＧＦβ１は、筋線維芽細胞様ＣＡＦへの正常な線維芽細胞の活性化を促進することが示唆されているので、本明細書に記載されるもののようなアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容またはコンテクスト非依存性ＴＧＦβ１阻害剤の投与は、ＣＡＦの癌促進活性に対抗するのに効果的であり得る。実際に、本明細書において提供されるデータは、ＴＧＦβ１の活性化をブロックするアイソフォーム特異的なコンテクスト非依存性抗体は、ＵＵＯによって誘導されるＣＣＬ２／ＭＣＰ－１、α－ＳＭＡ．ＦＮ１およびＣｏｌ１のようなマーカー遺伝子の上方調節を阻害し得ることを示唆し、それらは多くの癌にも関与する。
特定の実施態様では、本明細書に記載の、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分は、単独で、または、抗－ＰＤ－１抗体（例えば、抗－ＰＤ－１拮抗薬）のようなさらなる薬剤と組み合わせて、癌または腫瘍を有する対象に投与される。本発明に含まれる他の併用療法は、放射線、または化学療法剤との、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分の投与である。例示的なさらなる薬剤は、限定されないが、ＰＤ－１拮抗薬、ＰＤＬ１拮抗薬、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤＬ２融合タンパク質、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＧＩＴＲアゴニスト、抗－ＩＣＯＳ抗体、抗－ＩＣＯＳＬ抗体、抗－Ｂ７Ｈ３抗体、抗－Ｂ７Ｈ４抗体、抗－ＴＩＭ３抗体、抗－ＬＡＧ３抗体、抗－ＯＸ４０抗体、抗－ＣＤ２７抗体、抗－ＣＤ７０抗体、抗－ＣＤ４７抗体、抗－４１ＢＢ抗体、抗－ＰＤ－１抗体、抗－ＣＤ２０抗体、腫瘍溶解性ウイルス、およびＰＡＲＰ阻害剤を含む。
一部の実施態様では、特定の癌タイプまたは患者集団に合う併用療法に関する治療的アプローチの決定または選択は、以下：ａ）標準治療の療法が利用可能な癌タイプに関する考察（例えば、免疫療法が承認された適応症（ｉｎｄｉｃａｔｉｏｎ））；ｂ）治療耐性の亜集団（ｓｕｂｐｏｐｙｌａｔｉｏｎ）に関する検討；およびｃ）「ＴＧＦβ１経路活性」または他の点で少なくとも部分的にＴＧＦβ１依存性（例えば、ＴＧＦβ１阻害感受性）である癌／腫瘍に関する検討を含んでよい。例えば、多くの癌サンプルは、例えば、ＴＣＧＡ ＲＮＡｓｅｑ分析によって、ＴＧＦβ１が優勢のアイソフォームであることを示す。一部の実施態様では、それぞれの腫瘍タイプ由来のサンプルの５０％よりも上（例えば、５０％、６０％、７０％、８０％および９０％よりも上）は、ＴＧＦβ１アイソフォーム発現に関して陽性である。一部の実施態様では、「ＴＧＦβ１経路活性」または他の点で少なくとも部分的にＴＧＦβ１依存性（例えば、ＴＧＦβ１阻害感受性）である癌／腫瘍は、Ｋ－ｒａｓ、Ｎ－ｒａｓおよび／またはＨ－ｒａｓ内の突然変異のような、少なくとも１つのＲａｓ突然変異を含む。一部の実施態様では、癌／腫瘍は、少なくとも１つのＫ－ｒａｓ突然変異を含む。
一部の実施態様では、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１阻害剤は、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤治療が承認されている癌と診断された患者に、チェックポイント阻害療法とともに投与される。これらは、限定されないが：膀胱尿路上皮癌腫、扁平上皮細胞癌腫（例えば頭頚）、腎臓明細胞癌腫、腎臓乳頭細胞癌腫、肝臓肝細胞癌腫、肺腺癌、皮膚の皮膚黒色腫、および胃腺癌を含む。好ましい実施態様では、そのような患者は、チェックポイント阻害剤療法に対して応答が乏しく、または応答しない。
筋骨格状態におけるＴＧＦβの役割：
骨格の骨、筋肉、軟骨、腱、靭帯、関節、および、組織と臓器を一緒に支持して結合する他の結合組織からなる筋骨格系では、ＴＧＦβは、激増および分化の阻害、萎縮の誘導、および線維症の進行を含む、様々な役割を果たす。ＴＧＦβは、サテライト細胞激増を減少させて、分化を妨げる（ＭｙｏＤおよびミオゲニンの阻害を介する）（Ａｌｌｅｎ，Ｒ．Ｅ．ａｎｄ Ｌ．Ｋ．Ｊ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ，１９８７．１３３（３）：ｐ．５６７－７２；Ｂｒｅｎｎａｎ，Ｔ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９１．８８（９）：ｐ．３８２２－６；Ｍａｓｓａｇｕｅ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９８６．８３（２１）：ｐ．８２０６－１０；Ｏｌｓｏｎ，Ｅ．Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，１９８６．１０３（５）：ｐ．１７９９－８０５）。ＴＧＦβのアイソフォーム（すなわち、ＴＧＦβ１、２、または３）は、これらの初期の論文では特定されていないが、ＴＧＦβ１であると推定される。ＴＧＦβはまた、筋線維症にも寄与し；組み換えＴＧＦβ１の直接注入は骨格筋線維症をもたらし、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害は、急性および慢性的に負傷した筋肉における線維症を低減させる（Ｌｉ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２００４．１６４（３）：ｐ．１００７－１９；Ｍｅｎｄｉａｓ，Ｃ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｓｃｌｅ Ｎｅｒｖｅ，２０１２．４５（１）：ｐ．５５－９；Ｎｅｌｓｏｎ，Ｃ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２０１１．１７８（６）：ｐ．２６１１－２１）。ＴＧＦβ１は、骨格筋内で、筋線維、マクロファージ、制御性Ｔ細胞、線維芽細胞、および線維細胞によって発現されて（Ｌｉ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２００４．１６４（３）：ｐ．１００７－１９；Ｌｅｍｏｓ，Ｄ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ，２０１５．２１（７）：ｐ．７８６－９４；Ｖｉｌｌａｌｔａ，Ｓ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ，２０１４．６（２５８）：ｐ．２５８ｒａ１４２；Ｗａｎｇ，Ｘ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ，２０１６．１９７（１２）：ｐ．４７５０－４７６１）；発現は、負傷時および疾患中に増大する（Ｌｉ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２００４．１６４（３）：ｐ．１００７－１９；Ｎｅｌｓｏｎ，Ｃ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２０１１．１７８（６）：ｐ．２６１１－２１；Ｂｅｒｎａｓｃｏｎｉ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１９９５．９６（２）：ｐ．１１３７－４４；Ｉｓｈｉｔｏｂｉ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ，２０００．１１（１８）：ｐ．４０３３－５）。ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３もｍｄｘ筋肉中で上方調節されるが（ｍＲＮＡレベル）、ＴＧＦβ１よりも低い程度である（Ｎｅｌｓｏｎ，Ｃ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２０１１．１７８（６）：ｐ．２６１１－２１；Ｚｈｏｕ，Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｍｕｓｃｕｌ Ｄｉｓｏｒｄ，２００６．１６（１）：ｐ．３２－８）。Ｐｅｓｓｉｎａらは最近、系統追跡実験を用いて、ジストロフィー筋内の多数の起源の細胞が、ＴＧＦβ依存性経路を介して線維形成の宿命を採用することを示した（Ｐｅｓｓｉｎａ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１５．４（６）：ｐ．１０４６－６０）。
骨は、体内のＴＧＦβの最も大きな貯蔵所である。実際に、ＴＧＦβ経路は、骨芽細胞の分化および／または破骨細胞の骨吸収を調節することによって少なくとも部分的に骨の恒常性および再構築において重要な役割を果たすと考えられる。このプロセスは、正常および異常な状況の両方に関与し、それは、調節不全になると、骨が関連する状態および癌のような疾患を引き起こし得て、または悪化させ得る。したがって、本明細書に記載のもののようなＴＧＦβ１選択的阻害剤は、そのような状態を治療するために用いられ得る。一部の実施態様では、そのような阻害剤の投与は、骨形成－再吸収バランスを回復または標準化するために効果的である。一部の実施態様では、ＴＧＦβ１阻害剤は、ミオスタチン阻害剤および／または骨増強剤のような別の治療とともに、併用療法として対象に投与される。
骨の状態（例えば、骨格の疾患）は、骨粗鬆症、形成異常および骨癌を含む。骨で始まる原発性の骨癌に加えて、多くの悪性腫瘍は骨に転移することが知られ；これらは、限定されないが．乳癌、肺癌（例えば、扁平上皮細胞癌腫）、甲状腺癌、精巣癌、腎細胞癌、前立腺癌、および多発性骨髄腫を含む。
一部の実施態様では、そのような状態は、筋力低下と関連する。
ＴＧＦβ１は、ヒト筋ジストロフィーのような影響を受けた組織の慢性炎症を伴う線維性状態において役割を果たし得る。デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）は、重度の、進行性で、最終的に致命的な疾患であり、ジストロフィンの不存在によって引き起こされる（Ｂｕｓｈｂｙ，Ｋ．，ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｎｅｕｒｏｌ，２０１０．９（１）：ｐ．７７－９３）。ジストロフィン欠如は、収縮によって誘導される負傷に対する増大した感受性をもたらし、継続的な筋肉の変性を導く（Ｐｅｔｒｏｆ，Ｂ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９３．９０（８）：ｐ．３７１０－４；Ｄｅｌｌｏｒｕｓｓｏ，Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｕｓｃｌｅ Ｒｅｓ Ｃｅｌｌ Ｍｏｔｉｌ，２００１．２２（５）：ｐ．４６７－７５；Ｐｒａｔｔ，Ｓ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ，２０１５．７２（１）：ｐ．１５３－６４）。何回もの修復の繰り返しは、慢性の炎症、線維症、サテライト細胞プールの枯渇、可動性の結局の喪失および死に寄与する（Ｂｕｓｈｂｙ，Ｋ．，ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｎｅｕｒｏｌ，２０１０．９（１）：ｐ．７７－９３；ＭｃＤｏｎａｌｄ，Ｃ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｓｃｌｅ Ｎｅｒｖｅ，２０１３．４８（３）：ｐ．３４３－５６）。ＴＧＦβ１の発現は、ＤＭＤを有する患者において有意に増大し、これらの患者において観察される線維症の程度と相関する（Ｂｅｒｎａｓｃｏｎｉ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１９９５．９６（２）：ｐ．１１３７－４４；Ｃｈｅｎ，Ｙ．Ｗ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００５．６５（６）：ｐ．８２６－３４）。過剰なＥＣＭ沈着は、筋肉の収縮特性に対して有害な効果を有し、筋線維がそれらの血液供給から単離されると、栄養に対するアクセスを制限し得る（Ｋｌｉｎｇｌｅｒ，Ｗ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｍｙｏｌ，２０１２．３１（３）：ｐ．１８４－９５）。最近では、さらなるデータは、筋ジストロフィーにおいてさらに関連付けられたＴＧＦβ１を有する。ＬＴＢＰ４における変異は、マウスおよびヒトにおいて疾患重症度を改変することが見いだされている。マウスでは、ＬＴＢＰ４の変異は、ジストロフィンまたはγ－サルコグリカンを欠損したマウスにおいて保護的である（Ｃｏｌｅｙ，Ｗ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ，２０１６．２５（１）：ｐ．１３０－４５；Ｈｅｙｄｅｍａｎｎ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，２００９．１１９（１２）：ｐ．３７０３－１２）。ヒトでは、ＤＭＤにおいてＬＴＢＰ４の変異を保護的であるとして独立に同定された２つの群は、歩行の喪失を数年遅らせる（Ｆｌａｎｉｇａｎ，Ｋ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｎｅｕｒｏｌ，２０１３．７３（４）：ｐ．４８１－８；ｖａｎ ｄｅｎ Ｂｅｒｇｅｎ，Ｊ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｅｕｒｏｌ Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，２０１５．８６（１０）：ｐ．１０６０－５）。マウスとヒトでの遺伝子変異の性質は異なるが、両方の種において、保護的変異は、ＴＧＦβシグナル伝達の低減をもたらす（Ｈｅｙｄｅｍａｎｎ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，２００９．１１９（１２）：ｐ．３７０３－１２）；Ｃｅｃｏ，Ｅ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ，２０１４．６（２５９）：ｐ．２５９ｒａ１４４）。骨格筋生物学におけるＴＧＦβ１の機能の多くは、精製された活性の増殖因子が動物中に注入されてまたは培地中の細胞に添加される実験から、推測されている（Ｍａｓｓａｇｕｅ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９８６．８３（２１）：ｐ．８２０６－１０；Ｌｉ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２００４．１６４（３）：ｐ．１００７－１９；Ｍｅｎｄｉａｓ，Ｃ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｓｃｌｅ Ｎｅｒｖｅ，２０１２．４５（１）：ｐ．５５－９）。ＴＧＦβ１の特定の機能に関する細胞状況の重要性を考慮すれば（例えば、Ｈｉｎｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．Ｂｉｏｌ，２０１６．８（１２）を参照）、これらの実験において観察される効果の一部は、インビボでのサイトカインの内因性の役割（単数または複数）を反映しない可能性がある。例えば、組み換えＴＧＦβ１、ミオスタチン、またはＧＤＦ１１によるヒト真皮線維芽細胞の治療は、これらの細胞における遺伝子発現においてほぼ同一の変化をもたらすが、インビボでは、これらのタンパク質の役割はかなり異なる（Ｔａｎｎｅｒ，Ｊ．Ｗ．，Ｋｈａｌｉｌ，Ａ．，Ｈｉｌｌ，Ｊ．，Ｆｒａｎｔｉ，Ｍ．，ＭａｃＤｏｎｎｅｌｌ，Ｓ．Ｍ．，Ｇｒｏｗｔｈ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ １１ Ｐｏｔｅｎｔｉａｔｅｓ Ｍｙｏｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ，ｉｎ Ｆｉｂｒｏｓｉｓ：Ｆｒｏｍ Ｂａｓｉｃ Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｔｏ Ｔａｒｇｅｔｅｄ ｔｈｅｒａｐｉｅｓ．２０１６：Ｋｅｙｓｔｏｎｅ，ＣＯ）。
多数の研究者は、インビボでの増殖因子の役割を解明するためにＴＧＦβの阻害剤を用いている。ｐａｎ－ＴＧＦβ中和抗体１Ｄ１１によるｍｄｘマウスの治療は、線維症の減少（組織学およびヒドロキシプロリン含有量による）、筋肉損傷の減少（減少した血清クレアチンキナーゼおよびより大きな筋線維密度）、および、筋肉機能の改善（プレチスモグラフィー、単離されたＥＤＬ筋肉の力発生、および前肢握力の増大による）を明らかにもたらす（Ｎｅｌｓｏｎ，Ｃ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２０１１．１７８（６）：ｐ．２６１１－２１；Ａｎｄｒｅｅｔｔａ，Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ，２００６．１７５（１－２）：ｐ．７７－８６；Ｇｕｍｕｃｉｏ，Ｊ．Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｐｐｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ（１９８５），２０１３．１１５（４）：ｐ．５３９－４５）。加えて、ドミナントネガティブのＴＧＦβ ＩＩ型受容体の筋線維特異的な発現は、δ－サルコグリカン－／－マウスにおいて、心臓毒の負傷後の筋肉損傷に対して保護する（Ａｃｃｏｒｎｅｒｏ，Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ，２０１４．２３（２５）：ｐ．６９０３－１５）。プロテオグリカンであるデコリンは、骨格筋に大量にあり、ＴＧＦβ活性を阻害して、ｍｄｘマウスにおいて筋線維症およびその後の裂傷負傷を低減させる（Ｌｉ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ，２００７．１５（９）：ｐ．１６１６－２２；Ｇｏｓｓｅｌｉｎ，Ｌ．Ｅ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｓｃｌｅ Ｎｅｒｖｅ，２００４．３０（５）：ｐ．６４５－５３）。ＴＧＦβ阻害活性を有する他の分子、例えばスラミン（抗新生物剤）およびロサルタン（アンジオテンシン受容体ブロッカー）は、負傷、マルファン症候群、および筋ジストロフィーのマウスモデルにおいて、筋肉病理の改善および線維症の減少に効果的であった（Ｓｐｕｒｎｅｙ，Ｃ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，２０１１．１６（１）：ｐ．８７－９５；Ｔａｎｉｇｕｔｉ，Ａ．Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｓｃｌｅ Ｎｅｒｖｅ，２０１１．４３（１）：ｐ．８２－７；Ｂｅｄａｉｒ，Ｈ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｓｐｏｒｔｓ Ｍｅｄ，２００８．３６（８）：ｐ．１５４８－５４；Ｃｏｈｎ，Ｒ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ，２００７．１３（２）：ｐ．２０４－１０）。上述の治療剤の全ては、ＴＧＦβ１またはそのシグナル伝達を阻害するが、それらのいずれも、ＴＧＦβ１アイソフォームに関して特異的ではない。例えば、１Ｄ１１は、ＴＧＦβ１、２、および３アイソフォームに結合して阻害する（Ｄａｓｃｈ，Ｊ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ，１９８９．１４２（５）：ｐ．１５３６－４１）。スラミンは、多数の増殖因子が、ＴＧＦβ１に加えてＰＤＧＦ、ＦＧＦ、およびＥＧＦを含むそれらの受容体に結合する能力を阻害する（Ｈｏｓａｎｇ，Ｍ．，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ，１９８５．２９（３）：ｐ．２６５－７３；Ｏｌｉｖｉｅｒ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ，１９９０．２６（８）：ｐ．８６７－７１；Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．ａｎｄ Ｗ．Ｄ．Ｈｅｓｔｏｎ，Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ Ｒｅｓ，１９９２．５９：ｐ．１３１－５１）。デコリンはまた、直接結合およびホリスタチン（ミオスタチン阻害剤）の上方調節の両方によって、ミオスタチン活性を阻害する（Ｍｉｕｒａ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ，２００６．３４０（２）：ｐ．６７５－８０；Ｂｒａｎｄａｎ，Ｅ．，Ｃ．Ｃａｂｅｌｌｏ－Ｖｅｒｒｕｇｉｏ，ａｎｄ Ｃ．Ｖｉａｌ，ｍａｔｒｉｘ Ｂｉｏｌ，２００８．２７（８）：ｐ．７００－８；Ｚｈｕ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２００７．２８２（３５）：ｐ．２５８５２－６３）。ロサルタンは、ＩＧＦ－１／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路を含むレニン－アンジオテンシン－アルドステロン系に対するその効果を介してさらなるシグナル伝達経路に影響を及ぼす（Ｂｕｒｋｓ，Ｔ．Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ，Ｍｅｄ，２０１１．３（８２）：ｐ．８２ｒａ３７；Ｓａｂｈａｒｗａｌ，Ｒ．ａｎｄ Ｍ．Ｗ．Ｃｈａｐｌｅａｕ，Ｅｘｐ Ｐｈｙｓｉｏｌ，２０１４．９９（４）：ｐ．６２７－３１；ＭｃＩｎｔｙｒｅ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，１９９７．７４（２）：ｐ．１８１－９４）。したがって、これらの治療は全て、それらの治療的効果、ならびに毒性に寄与し得るさらなる分子を阻害する。
筋肉の恒常性、修復、および再生におけるＴＧＦβの仮定される役割を考慮すると、ＴＧＦβ１シグナル伝達を選択的に調整する本明細書に記載のモノクローナル抗体のような薬剤は、現在までに開発された、より幅広く作用するＴＧＦβ阻害剤と関連する毒性を伴わずに、例えば、慢性／遺伝子筋ジストロフィーおよび急性筋肉損傷において、損傷した筋線維を治療するのに効果的であり得る。
したがって、本発明は、インビボでＴＧＦβ効果の全てではないがサブセットを優先的に調整する試薬を用いて、損傷した筋線維を治療するための方法を提供する。そのような薬剤は、ＴＧＦβ１シグナル伝達を選択的に調整することができる（「アイソフォーム特異的な調整）。
慢性筋肉疾患における筋線維修復：
本発明は、線維症を制限して筋肉形態および機能の正常化に寄与することによって、ＤＭＤ患者における筋肉の質および機能を改善するための方法を包含する。ＴＧＦβ１は筋形成も阻害するので、ＴＧＦβ１のブロックは、ジストロフィー筋における再生を促進し得て、さらなる治療的利益を加える。ＴＧＦβ１阻害剤は、Ｅｘｏｎｄｙｓ ５１（エテプリルセン）のようなジストロフィン上方調節治療と組み合わせて用いられ得る。筋ジストロフィーにおけるＴＧＦβ１阻害の潜在的な治療的利益を考慮すると、（１）ＴＧＦβ１の役割（単数または複数）をＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３のものから区別すること、および（２）どの分子コンテクスト（単数または複数）において、ＴＧＦβ１阻害が最も有益であるか明らかにすることが重要である。上述のとおり、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤は、重大な毒性と関連していて、これらの化合物の臨床使用を制限する（Ａｎｄｅｒｔｏｎ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｔｏｘｉｃｏｌ Ｐａｔｈｏｌ，２０１１．３９（６）：ｐ．９１６－２４；Ｓｔａｕｂｅｒ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ，２０１４．４（３）：ｐ．１－１０）。ＴＧＦβアイソフォーム（単数または複数）のどれが、これらの毒性を引き起こすのか明らかでない。一部の記載された毒性は、免疫系におけるＴＧＦβ１阻害に起因し得る。例えば、１Ｄ１１は、横隔膜において線維症のレベルを有意に減少させたが、治療は筋肉内のＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の数も増大させて、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害の際の炎症性応答の増大を示唆し、長期の治療によって有害であり得る（Ａｎｄｒｅｅｔｔａ，Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ，２００６．１７５（１－２）：ｐ．７７－８６）。実際に、筋肉からのＴ細胞の枯渇は、ｍｄｘマウスの筋肉病理を改善させて、Ｔ細胞によって仲介される炎症性応答がジストロフィー筋に有害であることを示唆する（Ｓｐｅｎｃｅｒ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ，２００１．９８（２）：ｐ．２３５－４３）。１Ｄ１１投与の際のＴ細胞の数の増大は、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞に対するＴＧＦβ１の効果に起因すると考えられる。Ｔｒｅｇは、ＧＡＲＰを介してそれらの細胞表面上にＴＧＦβ１を提示し、この複合体からのＴＧＦβ１の放出は、Ｔｒｅｇ抑制活性を高めて、したがって、Ｔ細胞が仲介する炎症を制限する（Ｗａｎｇ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｃｅｌｌ，２０１２．２３（６）：ｐ．１１２９－３９；Ｅｄｗａｒｄｓ，Ｊ．Ｐ．，Ａ．Ｍ．Ｔｈｏｒｎｔｏｎ，ａｎｄ Ｅ．Ｍ．Ｓｈｅｖａｃｈ，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ，２０１４．１９３（６）：ｐ．２８４３－９；Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｋ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ，２００４．１７２（２）：ｐ．８３４－４２；Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｋ．，Ａ．Ｋｉｔａｎｉ，ａｎｄ Ｗ．Ｓｔｒｏｂｅｒ，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ，２００１．１９４（５）：ｐ．６２９－４４）。実際に、ＰＣ６１抗体を用いたＴｒｅｇの枯渇は、ｍｄｘマウスの横隔膜における炎症および筋肉損傷の増大をもたらしたが、一方で、Ｔｒｅｇ数および活性の増大は、筋肉損傷を減少させた（Ｖｉｌｌａｌｔａ，Ｓ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ，２０１４．６（２５８）：ｐ．２５８ｒａ１４２）。興味深いことに、免疫抑制Ｔ細胞のさらなる集団（Ｔｒ１細胞）が、最近になって同定されている。これらの細胞は、大量のＴＧＦβ３を生産し、それは、それらの抑制活性に必要である（Ｇａｇｌｉａｎｉ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ，２０１３．１９（６）：ｐ．７３９－４６；Ｏｋａｍｕｒａ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，２００９．１０６（３３）：ｐ．１３９７４－９；Ｏｋａｍｕｒａ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ，２０１５．６：ｐ．６３２９）。骨格筋におけるＴｒ１細胞の役割は知られていないが、１Ｄ１１によるＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３の両方の阻害は、ＴｒｅｇおよびＴｒ１細胞の両方を阻害することによって相加的な炎症促進性効果を有し得る可能性がある。
ＴＧＦβ１潜在性および活性化に関する上述の構造的な洞察は、ＴＧＦβ１の活性化を特異的に標的化する薬物発見に対する新規のアプローチを可能にする（Ｓｈｉ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１．４７４（７３５１）：ｐ．３４３－９）。３つの成熟ＴＧＦβ増殖因子の間で共有される高度の配列同一性は、潜在型複合体によって共有されず、ｐｒｏＴＧＦβ１に対して精巧に特異的である抗体の発見を可能にする。抗体発見のための独占アプローチを用いて、本発明者らは、ｐｒｏＴＧＦβ１に特異的に結合する抗体（Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３）を同定している（例えば図４Ｂを参照）。インビトロ共培養系を用いて、これらの抗体は、インテグリンが介在するＴＧＦβ１の放出を阻害することが示された。この系では、ヒト皮膚またはマウス骨格筋から採取された線維芽細胞は、潜在型ＴＧＦβ１の由来であり、αＶβ６を発現している細胞株は、活性ＴＧＦβ１の放出を可能にし、それはそれから、ＳＭＡＤ２／３応答性ルシフェラーゼレポーターを発現している第三の細胞株を用いて測定される（図７Ｇ～７Ｈ）。これらの抗体の１つ、Ａｂ１は、インビボで試験されていて、腎臓線維症のＵＵＯ（片側尿管閉塞）マウスモデルにおいて有効性が示されている。このモデルでは、９ｍｇ／ｋｇ／週のＡｂ１によるマウス（ｎ＝１０）の治療は、ＴＧＦβ１応答性遺伝子の上方調節を妨げて（図１２Ａ～１２Ｊ）、負傷後の線維症の程度を減少させた（ピクロシリウスレッド染色による）（図１２Ｋ）。ＴＧＦβ１特異的な治療は、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤と比較して、改善された有効性および安全性プロファイルを有し得て、ＤＭＤ集団内のように長期に用いられる治療に関する決定的な態様である。ＴＧＦβ１阻害抗体は、特異的なＴＧＦβ１阻害がＤＭＤまたは他の筋肉疾患に関する治療として潜在性を有するかどうか決定するため、および骨格筋再生におけるＴＧＦβ１の役割を明らかにするため用いられ得る。
急性に対する慢性の筋線維損傷および最適な治療の選択：
通常は、急性の負傷（例えば、それ以外の点では健康な筋肉または運動ニューロンに対する外傷性負傷）後に筋肉を再生するが、炎症性マクロファージの最初の浸潤は、損傷した組織を除去してサテライト細胞の活性化に必要な因子（例えば、サイトカイン）を分泌するために必要であると考えられる。続いて、これらの細胞は、Ｍ２表現型にスイッチして、創傷解決を駆動する。
対照的に、ＤＭＤを含む疾患のような慢性の状態では、炎症促進性マクロファージが全ての時点において優勢であり、Ｍ２へのそのスイッチは発生せず（または少なくとも、十分に効率的でない）、炎症促進性マクロファージは、炎症および筋肉損傷を駆動し続ける。ＤＭＤでは、ＮＦｋＢ経路は永続的に活性であり、構成的な炎症をもたらす。したがって、一部の実施態様では、ＮＦｋＢ阻害剤は、慢性の炎症を減少させるためにＤＭＤ患者へ投与され得る。
したがって、ＤＭＤのような慢性の状態では、治療的焦点は、筋肉再生とは逆に筋肉修復に当てられ得る。これは、ＤＭＤ筋線維は欠損しているが破壊されてなく－それらは膜内の裂け目、カルシウムトランジェント（ｔｒａｎｓｉｅｎｔ）の調節不全、およびマクロファージからのＲＯＳ損傷によって損傷しているからである。これと比べて、健康な筋肉に対する損傷の場合は、治療的焦点は再生に当てられ得る。例えば、心臓毒モデルでは、筋線維は死滅し、再生されなければならない。これは、圧挫負傷のような外傷性負傷後の回復プロセスを模擬する。
証拠は、ＬＲＲＣ３３が、チオグリコレートによって誘導される腹膜マクロファージにおいて発現されることを示唆し、それは、Ｍ２様表現型（高レベルのアルギナーゼを発現する、ｉＮＯＳを発現しない（ｎｏ ｉＮＯＳ）、および、高レベルのＣＤ２０６を発現することで特徴付けられる）を有する。
ＬＲＲＣ３３が主にＭ２細胞上に発現されて、ＴＧＦβ１のその提示（「コンテクスト」）が、これらの細胞の創傷治癒促進の効果に重要である状況では、ＬＲＲＣ３３が介在するＴＧＦβ１を活性化して、修復および／または筋形成を促進することが有益であり得る。一方で、ＬＲＲＣ３３が炎症促進性Ｍ１細胞上にも発現される状況では、特にＤＭＤのようなジストロフィー状況において炎症が線維症を駆動することを考慮すると、ＬＲＲＣ３３が介在するＴＧＦβ１を阻害することが有益であり得る。したがって、疾患関連ＴＧＦβ１の由来／コンテクストの同定は、ＴＧＦβシグナル伝達の適切なモジュレーターの選択において重要なステップであり得て、どのレベルの選択性を考慮すべきかについて情報を与える（例えば、アイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容ＴＧＦβ１モジュレーター、または、コンテクスト特異的なＴＧＦβ１モジュレーター；ＴＧＦβ１阻害剤またはアクチベーターなど）。
慢性の炎症とは別に、ＤＭＤのハロマークは、過剰で進行性の線維症である。進行性疾患では、線維症はとても重症なので、個々の筋線維をそれらの血液供給から実際に単離することができる。それはまた、筋肉の収縮特性も変える。ヒト患者では、ＴＧＦβ１上方調節の程度と線維症の間に強い相関、および、線維症の程度と負の可動性の成果の間の強いリンクがある。したがって、一部の実施態様では、ＬＴＢＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１阻害剤は、疾患におけるＥＣＭ関連のＴＧＦβ１効果を選択的に標的化するために、線維症の予防および／または減少のためにジストロフィー患者に投与され得る。一部の実施態様では、本明細書に記載の、様々なアイソフォーム－および／またはコンテクスト－選択的薬剤は、ＴＧＦβ１シグナル伝達の阻害を達成して、線維症を防止して筋形成を促進するために用いられ得るが、（例えば、ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３を通して）免疫系に対して不要な効果を有さない。
治療、投与
本明細書に開示される方法を実行するために、有効量の上述の医薬組成物は、例えばボーラスとして適切な経路（例えば静脈内投与）を介して、または、長年にわたる連続的なインフュージョンによって、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、関節滑液嚢内、髄腔内、経口、吸入または局所経路により、治療を必要とする対象（例えばヒト）に投与され得る。ジェット噴霧器および超音波噴霧器を含む、液体製剤のための市販される噴霧器が、投与に有用である。液体製剤は、直接噴霧されてよく、凍結乾燥された粉末は、再構成後に噴霧されてよい。あるいは、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分は、フッ化炭素製剤および定量吸入器を用いてエアロゾル化されてよく、または、凍結乾燥および製粉された粉末として吸入されてよい。
本明細書に記載の方法によって治療される対象は、哺乳類、より好ましくはヒトであってよい。哺乳類は、限定されないが、家畜、競技動物、ペット、霊長類、ウマ、イヌ、ネコ、マウスおよびラットを含む。治療が必要なヒト対象は、上記に記載したもののようなＴＧＦβ関連の徴候を有する、そのリスクがある、または有する疑いがある、ヒト患者であってよい。ＴＧＦβ関連の徴候を有する対象は、日常的な医学的検査、例えば、検査試験、臓器機能性試験、ＣＴスキャン、または超音波によって同定され得る。任意のそのような徴候を有する疑いがある対象は、徴候の１つまたは複数の症候を示す。徴候に関するリスクがある対象は、その徴候に関する１つまたは複数の危険因子を有する対象であり得る。
本明細書において用いられる用語「有効量」および「効果的な投与量」は、その意図される目的（単数または複数）、すなわち、許容できる利益／リスク比で、組織または対象において所望の生物学的または医学的応答を満たすのに、十分な化合物または組成物の任意の量または投与量を指す。例えば、本発明の特定の実施態様では、意図される目的は、ＴＧＦβ－１阻害と関連する臨床的に意義のある成果を達成するために、インビボでＴＧＦβ－１活性化を阻害することであり得る。有効量は、当業者に認識されるように、治療される特定の状態、状態の重症度、年齢、健康状態、サイズ、性別および体重を含む個々の患者パラメーター、治療の持続時間、同時的な治療の性質（ある場合）、特定の投与経路、および、健全な熟練者の知識及び経験内の同様の因子に応じて変化する。これらの因子は当業者によく知られていて、ルーチン実験を超えない範囲内で対処され得る。個々の構成要素またはその組み合わせの最大投与量、すなわち、十分な医学的判断に従って最高の安全投与量が用いられることが一般に好ましい。しかしながら、医学的理由、心理的理由または実質的に任意の他の理由のために、患者が、より低い投与量または許容できる投与量を要求してよいことを、当業者は理解している。
半減期のような経験的考察は、一般に、用量の決定に寄与する。例えば、ヒト化抗体または完全なヒト抗体のようなヒト免疫系と適合する抗体は、抗体の半減期を延長させるため、および抗体が宿主の免疫系によって攻撃されるのを防ぐために用いられ得る。投与頻度は、治療工程にわたって決定および調節されてよく、一般に、必ずしもではないが、ＴＧＦβ関連の徴候の治療および／または抑制および／または寛解および／または遅延に基づく。あるいは、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体の維持された連続的な放出製剤が適切であり得る。徐放性を達成するための様々な製剤およびデバイスが当業者に明らかであり、本開示の範囲内である。
一例では、本明細書に記載の、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体に関する用量は、抗体の１または複数の投与（単数または複数）が与えられている個体において経験的に決定され得る。個体は、徐々に増加する用量の拮抗薬を与えられる。有効性を評価するために、ＴＧＦβ関連の徴候の指標がフォローされてよい。例えば、筋線維損傷、筋線維修復、筋肉における炎症レベル、および／または筋肉における線維症レベルについて測定するための方法は、当業者によく知られている。
本発明は、アイソフォーム特異的な様式でＴＧＦβの活性化ステップを調整することのできる薬剤が、薬品として用いられた場合に改善された安全プロファイルを提供し得るという認識を包含する。したがって、本発明は、ＴＧＦβ１に特異的に結合してその活性化を阻害するが、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３ではそうでない抗体およびその抗原結合フラグメントを含み、それにより、不要な副作用がＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３シグナル伝達に影響を及ぼすのを最小限にしながら、インビボでのＴＧＦβ１シグナル伝達の特異的な阻害を与える。
一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、対象に投与された場合に毒性でない。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ２の両方に特異的に結合する抗体と比較して、対象に投与された場合に減少した毒性を示す。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３の両方に特異的に結合する抗体と比較して、対象に投与された場合に減少した毒性を示す。一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３に特異的に結合する抗体と比較して、対象に投与された場合に減少した毒性を示す。
一般に、本明細書に記載の任意の抗体の投与のために、最初の候補用量は、約２ｍｇ／ｋｇであってよい。本開示の目的に関して、典型的な日々の用量は、上述した因子に応じて、約０．１μｇ／ｋｇから３μｇ／ｋｇまで３０μｇ／ｋｇまで３００μｇ／ｋｇまで３ｍｇ／ｋｇまで、３０ｍｇ／ｋｇまで１００ｍｇ／ｋｇまで、またはそれよりも上のいずれかの範囲である。数日またはそれよりも長くにわたる繰り返し投与に関して、状態に応じて、治療は、症候の所望の抑制が生じるまで、または、ＴＧＦβ関連の徴候、またはその症候を緩和するのに十分な治療的レベルが達成されるまで、維持される。例示的な投与レジメンは、約２ｍｇ／ｋｇの最初の投与量を投与するステップを含み、その後に、約１ｍｇ／ｋｇの抗体の投与量を一週間維持し、または、隔週で約１ｍｇ／ｋｇの投与量を維持する。しかしながら、熟練者が達成を望む薬物動態の衰退のパターンに応じて、他の投与レジメンが有用であり得る。例えば、１週間に１～４回の投与が検討される。一部の実施態様では、約３μｇ／ｍｇ～約２ｍｇ／ｋｇの範囲（例えば、約３μｇ／ｍｇ、約１０μｇ／ｍｇ、約３０μｇ／ｍｇ、約１００μｇ／ｍｇ、約３００μｇ／ｍｇ、約１ｍｇ／ｋｇ、および約２ｍｇ／ｋｇ）の投与が用いられてよい。薬物動態実験は、本明細書において開示される抗体（例えば、Ａｂ２）の血清濃度が、前臨床動物モデル（例えば、マウスモデル）に対する投与後、少なくとも７日間安定したままであることを示している。任意の特定の理論によって拘束されることを望まずに、この投与後の安定性は、抗体が投与される対象（例えばヒト対象）において臨床的に効果的な血清濃度を維持しながら、抗体がより低い頻度で投与され得るので、有利であり得る。一部の実施態様では、投与頻度は、１週毎、２週毎、４週毎、５週毎、６週毎、７週毎、８週毎、９週毎、または１０週毎に１回；または１ヶ月毎、２ヶ月毎、または３ヶ月毎、またはそれよりも長くに１回である。この治療の進行は、従来の技術およびアッセイによって簡単に監視される。投与レジメン（用いられる抗体を含む）は、経時的に変化してよい。
一部の実施態様では、正常体重の成人患者について、約０．３～５．００ｍｇ／ｋｇの範囲の投与量が投与され得る。特定の投与レジメン、例えば、投与量、タイミングおよび反復は、特定の個体およびその個体の病歴、ならびに個々の薬剤の特性（例えば、薬剤の半減期、および他の関連のある考慮）に依存する。
本開示の目的のために、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体の適切な用量は、用いられる特異的な抗体（またはその組成）、徴候のタイプおよび重症度、予防または治療目的のために抗体が投与されるかどうか、以前の治療、患者の病歴および拮抗薬に対する応答、および主治医の裁量に依存する。一部の実施態様では、臨床医は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体を、所望の結果を達成する用量に到達するまで投与する。ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体の投与は、例えば、レシピエントの生理学的状態、投与の目的が治療的または予防的であるかどうか、および、技術のある熟練者に公知の他の因子に依存して、連続的なまたは断続的でよい。ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体の投与は、事前に選択された期間にわたって本質的に連続的であってよく、または、例えば、ＴＧＦβ関連の徴候の発生前、発生中、または発生後、一連の間隔があいた投与量であってよい。
本明細書において用いられる用語「治療」は、徴候、徴候の症候、または徴候に向かう体質を、治療する（ｃｕｒｅ）、治癒する（ｈｅａｌ）、緩和する（ａｌｌｅｖｉａｔｅ）、解放する（ｒｅｌｉｅｖｅ）、変更する（ａｌｔｅｒ）、修復する（ｒｅｍｅｄｙ）、寛解させる（ａｍｅｌｉｏｒａｔｅ）、改善する（ｉｍｐｒｏｖｅ）、または影響を及ぼす（ａｆｆｅｃｔ）目的での、ＴＧＦβ関連の徴候、徴候の症候、または徴候に向かう体質を有する対象への、１つまたは複数の活性の薬剤を含む組成物の適用または投与を指す。
ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体を用いてＴＧＦβ関連の徴候を緩和するステップは、徴候の発生または進行を遅延させるステップ、または、徴候の重症度を減少させるステップを含む。徴候を緩和させるステップは、治療的な結果を必ずしも必要としない。本明細書において用いられる、ＴＧＦβ関連の徴候と関連する徴候の発生の「遅延」は、徴候の進行を、延ばす（ｄｅｆｅｒ）、妨げる（ｈｉｎｄｅｒ）、遅らせる（ｓｌｏｗ）、妨害する（ｒｅｔａｒｄ）、安定化させる（ｓｔａｂｉｌｉｚｅ）、および／または、延期する（ｐｏｓｔｐｏｎｅ）ことを意味する。この遅延は、治療される徴候および／または個体の経歴に応じて、時間の長さが変化してよい。徴候の発生を「遅延させる」または「緩和する」方法、または、徴候の発症を遅延させる方法は、その方法を用いない場合に比べて、所定の時間枠内で徴候の１つまたは複数の症候が発生する可能性を減少させる、および／または、所定の時間枠内で症候の程度を減少させる方法である。そのような比較は典型的に、統計的に有意な結果を与えるのに十分多くの対象を用いて、臨床試験に基づく。
ＤＢＡ２／Ｊマウスは、ＬＴＢＰ４対立遺伝子内に４０ｂｐの欠失を有する。潜在型ＴＧＦｂ１が関連するＥＣＭの調節不全は、Ａｂ１が結合するエピトープを露出させ得る。Ａｂ１が結合するエピトープが露出する疾患が存在し得て、これらの疾患は、ＴＧＦｂ１阻害が示される場合、Ａｂ１に関する治療的機会であり得る。
併用療法
本開示は、インビボでＴＧＦβ阻害によって利益を受け得る対象を治療するための併用療法として用いられる、医薬組成物および関連方法をさらに包含する。任意のこれらの実施態様では、そのような対象は、少なくとも１つのＴＧＦβ阻害剤、例えば、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合部分を含む第一の組成物を、同一または重複する疾患または臨床状態を治療することが意図される少なくとも１つのさらなる治療を含む第二の組成物とともに含む、併用療法を受け得る。第一および第二の組成物は両方とも、同一の細胞標的、または別個の細胞標的に対して作用し得る。一部の実施態様では、第一および第二の組成物は、疾患または臨床状態の症候または態様の同一または重複するセットを治療または緩和し得る。一部の実施態様では、第一および第二の組成物は、疾患または臨床状態の症候または態様の別個のセットを治療または緩和し得る。一例であるが提供すると、第一の組成物は、ＴＧＦβシグナル伝達と関連する疾患または状態を治療し得て、一方で、第二の組成物は、同一の疾患と関連する炎症または線維症などを治療し得る。そのような併用療法は、互いとともに投与されてよい。併用療法の文脈における語句「とともに」は、第一の治療の治療的効果が、併用療法を受ける対象において、第二の治療の治療的効果と時間的および／または空間的に重複することを意味する。したがって、併用療法は、同時的な投与のための単一製剤、または治療の連続的投与のための別個の製剤として、処方され得る。
好ましい実施態様では、併用療法は、疾患の治療において相乗効果を生じる。用語「相乗」は、凝集体でのそれぞれの単剤療法の相加的効果よりも大きな効果（例えば、より大きな有効性）を指す。
一部の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物を含む併用療法は、別の治療（例えば、第二の薬剤の単剤療法）によって生じるものと全体的に同等であるが、第二の薬剤の単剤療法と比較して、第二の薬剤と関連するより少ない不要な副作用またはより低い重度の毒性と関連する有効性を生じる。一部の実施態様では、そのような併用療法は、より少ない用量の第二の薬剤を可能にするが、全体的な有効性を維持する。そのような併用療法は、長期の治療が是認される、および／または、小児科の患者を含む患者集団に、特に適切であり得る。
したがって、本発明は、本明細書に記載の、ＴＧＦβ１タンパク質活性化の減少のための併用療法での使用のための医薬組成物および方法、および、ＴＧＦβ１シグナル伝達と関連する疾患または状態の治療または予防を提供する。したがって、当該方法または医薬組成物は、第二の治療をさらに含む。一部の実施態様では、第二の治療は、ＴＧＦβ１シグナル伝達と関連する疾患または状態を治療または予防するのに有用であり得る。第二の治療は、標的の疾患と関連する少なくとも１つの症候（単数または複数）を低下または治療し得る。第一および第二の治療は、同様または関係のない作用機序によってそれらの生物学的効果を及ぼし得て；または、第一および第二の治療の一方または両方は、作用機序の多様性によってそれらの生物学的効果を及ぼし得る。
本明細書に記載の医薬組成物は、それぞれの記載される実施態様に関して、同一の薬学的に許容できる担体または異なる薬学的に許容できる担体中に、第一および第二の治療を有してよいことが理解されるべきである。第一および第二の治療は、記載される実施態様において、同時に、または連続して投与されてよいことが、さらに理解されるべきである。
本発明の１つまたは複数の抗－ＴＧＦβ抗体、またはその抗原結合部分は、１つまたは複数のさらなる治療的薬剤と組み合わせて用いられてよい。本発明の抗－ＴＧＦβ抗体とともに用いられ得るさらなる治療的薬剤の例は、限定されないが：ＴＧＦβスーパーファミリーのメンバーのモジュレーター、例えば、ミオスタチン阻害剤およびＧＤＦ１１阻害剤；ＶＥＧＦアゴニスト；ＩＧＦ１アゴニスト；ＦＸＲアゴニスト；ＣＣＲ２阻害剤；ＣＣＲ５阻害剤；デュアルＣＣＲ２／ＣＣＲ５阻害剤；リジルオキシダーゼ様２阻害剤；ＡＳＫ１阻害剤；アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼ（ＡＣＣ）阻害剤；ｐ３８キナーゼ阻害剤；ピルフェニドン；ニンテダニブ；Ｍ－ＣＳＦ阻害剤（例えば、Ｍ－ＣＳＦ受容体拮抗薬およびＭ－ＣＳＦ中和剤）；ＭＡＰＫ阻害剤（例えば、Ｅｒｋ阻害剤）、免疫チェックポイントアゴニストまたは拮抗薬；ＩＬ－１１拮抗薬；およびＩＬ－６拮抗薬などを含む。ＴＧＦβ阻害剤とともに用いられ得るさらなる治療的薬剤の他の例は、限定されないが、インドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、Ｓｅｒ／Ｔｈｒキナーゼ阻害剤、デュアル特異的キナーゼ阻害剤を含む。一部の実施態様では、そのような薬剤は、ＰＩ３Ｋ阻害剤、ＰＫＣ阻害剤、またはＪＡＫ阻害剤であってよい。
一部の実施態様では、さらなる薬剤は、チェックポイント阻害剤である。一部の実施態様では、さらなる薬剤は、ＰＤ－１拮抗薬、ＰＤＬ１拮抗薬、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤＬ２融合タンパク質、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＧＩＴＲアゴニスト、抗－ＩＣＯＳ抗体、抗－ＩＣＯＳＬ抗体、抗－Ｂ７Ｈ３抗体、抗－Ｂ７Ｈ４抗体、抗－ＴＩＭ３抗体、抗－ＬＡＧ３抗体、抗－ＯＸ４０抗体、抗－ＣＤ２７抗体、抗－ＣＤ７０抗体、抗－ＣＤ４７抗体、抗－４１ＢＢ抗体、抗－ＰＤ－１抗体、腫瘍溶解性ウイルス、およびＰＡＲＰ阻害剤からなる群より選択される。
一部の実施態様では、さらなる薬剤は、阻害同時刺激分子および活性化同時刺激分子のような、Ｔ細胞同時刺激分子に結合する。一部の実施態様では、さらなる薬剤は、抗－ＣＤ４０抗体、抗－ＣＤ３８抗体、抗－ＫＩＲ抗体、抗－ＣＤ３３抗体、抗－ＣＤ１３７抗体、および抗－ＣＤ７４抗体からなる群より選択される。
一部の実施態様では、さらなる治療は、放射線である。一部の実施態様では、さらなる薬剤は、化学療法剤である。一部の実施態様では、化学療法剤は、タキソールである。一部の実施態様では、さらなる薬剤は、抗－炎症性薬剤である。一部の実施態様では、さらなる薬剤は、単球／マクロファージ動員および／または組織浸潤のプロセスを阻害する。一部の実施態様では、さらなる薬剤は、肝星細胞活性化の阻害剤である。一部の実施態様では、さらなる薬剤は、ケモカイン受容体拮抗薬、例えば、ＣＣＲ２拮抗薬およびＣＣＲ５拮抗薬である。一部の実施態様では、そのようなケモカイン受容体拮抗薬は、デュアル特異的拮抗薬、例えば、ＣＣＲ２／ＣＣＲ５拮抗薬である。一部の実施態様では、併用療法として投与されるさらなる薬剤は、増殖因子のＴＧＦβスーパーファミリーのメンバーまたはそのレギュレーターであり、またはそれを含む。一部の実施態様では、そのような薬剤は、ＧＤＦ８／ミオスタチンおよびＧＤＦ１１のモジュレーター（例えば、阻害剤およびアクチベーター）から選択される。一部の実施態様では、そのような薬剤は、ＧＤＦ８／ミオスタチンシグナル伝達の阻害剤である。一部の実施態様では、そのような薬剤は、前駆体／潜在型ミオスタチン複合体に特異的に結合して、ミオスタチンの活性化をブロックする、モノクローナル抗体である。一部の実施態様では、前駆体／潜在型ミオスタチン複合体に特異的に結合して、ミオスタチンの活性化をブロックするモノクローナル抗体は、フリーの成熟ミオスタチンに結合しない。
一部の実施態様では、さらなる治療は、ＣＡＲ－Ｔ療法を含む。
そのような併用療法は、より低い用量の、投与される治療的薬剤を有利に利用し得て、したがって、様々な単剤療法と関連する、あり得る毒性または合併症を回避する。一部の実施態様では、本明細書に記載のＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的阻害剤の使用は、治療（例えば、標準治療）に対する応答性が乏しい、または応答性でない者を、より応答性にさせ得る。一部の実施態様では、本明細書に記載のＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的阻害剤の使用は、治療（例えば、標準治療）の用量の減少を可能にし得て、より少ないまたはより低い程度の薬物に関する毒性または有害事象であるが患者において同等の臨床有効性をなおも生じさせる。
ＴＧＦβ１活性の阻害
本開示の方法は、１つまたは複数の生体系においてＴＧＦβ１増殖因子活性を阻害する方法を含む。そのような方法は、本開示の抗体および／または組成物と、１つまたは複数の生体系を接触させるステップを含んでよい。場合によっては、これらの方法は、生体系（例えば細胞ニッチまたは対象）における、フリーの増殖因子のレベルを改変するステップを含む。そのような方法による抗体および／または組成物は、限定されないが生体分子を含んでよく、制限されないが、本明細書に記載の組み換えタンパク質、タンパク質複合体および／または抗体、またはその抗原部分を含む。
一部の実施態様では、本開示の方法は、増殖因子活性を減少または低下させるために用いられてよく、本明細書において、「阻害する方法」と呼ばれる。一部のそのような方法は、ＴＧＦβ複合体（例えば、ＧＡＲＰ、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３および／またはＬＲＲＣ３３と複合体化されたＴＧＦβ１）における成熟増殖因子の保持、および／または、ＴＧＦβ複合体への増殖因子の再会合の促進を含んでよい。場合によっては、阻害する方法は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体の使用を含んでよい。一部の阻害する方法によれば、１つまたは複数の阻害抗体が提供される。
一部の実施態様では、本開示の抗体、その抗原結合部分、および組成物は、ＴＧＦβ１活性化を阻害するために用いられてよい。一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を、本明細書に記載の抗体、その抗原結合部分、または医薬組成物に曝露するステップを含む、ＴＧＦβ１活性化を阻害するための方法が本明細書において提供される。一部の実施態様では、抗体、その抗原結合部分、または医薬組成物は、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体からの、成熟ＴＧＦβ１の放出を阻害する。一部の実施態様では、当該方法はインビトロで行なわれる。一部の実施態様では、当該方法はインビボで行なわれる。一部の実施態様では、当該方法はエクスビボで行なわれる。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体は、細胞の外側表面に存在する。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を発現している細胞は、Ｔ細胞、線維芽細胞、筋線維芽細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、抗原提示細胞、好中球、骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）、リンパ球、肥満細胞、またはミクログリアである。Ｔ細胞は、制御性Ｔ細胞（例えば、免疫抑制Ｔ細胞）であってよい。好中球（ｎｅｕｐｒｏｐｈｉｌ）は、活性化された好中球であってよい。マクロファージは、線維促進性および／または腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、例えば、Ｍ２ｃサブタイプおよびＭ２ｄサブタイプマクロファージを含む、活性化（例えば、極性化）マクロファージであってよい。一部の実施態様では、マクロファージは、腫瘍由来因子（例えば、サイトカイン、増殖因子など）に曝されて、マクロファージ内で癌促進性表現型をさらに誘導し得る。一部の実施態様では、そのような腫瘍由来因子は、ＣＳＦ－１／Ｍ－ＣＳＦである。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を発現している細胞は、癌細胞、例えば、循環癌細胞および腫瘍細胞である。
一部の実施態様では、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体は、細胞外マトリックス（すなわち、ＥＣＭの構成要素）に結合される。一部の実施態様では、細胞外マトリックスは、フィブリンおよび／またはフィブロネクチンを含む。一部の実施態様では、細胞外マトリックスは、ＲＧＤモチーフを含むタンパク質を含む。
ＬＲＲＣ３３は、選択的な細胞型、特に、単球およびマクロファージを含む骨髄性系列のものにおいて発現される。骨髄内の前駆細胞由来の単球は、血流中を循環して末梢組織に到達する。循環する単球はそれから、組織の中へ遊走することができて、サイトカインおよびケモカインのような様々な因子のパネルを含む局所環境（例えば、組織特異的、疾患関連など）に曝されるようになり、マクロファージ、樹状細胞などへの単球の分化をトリガーする。これらは、例えば、肺内の肺胞マクロファージ、骨髄内の破骨細胞、ＣＮＳ内のミクログリア、結合組織内の組織球、肝臓内のクッパー細胞、および褐色脂肪組織内の褐色脂肪組織マクロファージを含む。固形腫瘍では、浸潤マクロファージは、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、腫瘍関連好中球（ＴＡＮ）、および骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）などであってよい。そのようなマクロファージは、活性化された線維芽細胞、例えば癌腫関連（または癌関連）線維芽細胞（ＣＡＦ）および／または間質を活性化して、および／または、それらと関連し得る。したがって、ＬＲＲＣ３３含有複合体からの成熟ＴＧＦβ１の放出を阻害する本明細書に記載のＴＧＦβ１活性化の阻害剤は、細胞表面上にＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１を発現している任意の細胞を標的化することができる。
一部の実施態様では、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体は、線維促進性（Ｍ２様）マクロファージの外側表面に存在する。一部の実施態様では、線維促進性（Ｍ２様）マクロファージは、線維性微小環境内に存在する。一部の実施態様では、線維促進性（Ｍ２様）マクロファージの外側表面におけるＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体の標的化は、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１および／またはＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体を単に標的化するのと比較して、優れた効果を提供する。一部の実施態様では、Ｍ２様マクロファージは、Ｍ２ｃおよびＭ２ｄ ＴＡＭ様マクロファージのような、示差的表現型（ｐｈｅｎｏｔｙｌｅ）を有する多数のサブタイプにさらに分極化される。一部の実施態様では、マクロファージは、限定されないがＴＧＦβ１、ＣＣＬ２（ＭＣＰ－１）、ＣＣＬ２２、ＳＤＦ－１／ＣＸＣＬ１２、Ｍ－ＣＳＦ（ＣＳＦ－１）、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１１、ＣＸＣＲ４、ＶＥＧＦ、ＰＤＧＦ、プロスタグランジン調節薬剤、例えば、アラキドン酸およびシクロオキシゲナーゼ－２（ＣＯＸ－２）、副甲状腺ホルモン関連タンパク質（ＰＴＨｒＰ）、ＲＵＮＸ２、ＨＩＦ１α、およびメタロプロテイナーゼを含む、腫瘍微小環境内に存在する様々な因子（例えば、増殖因子、ケモカイン、サイトカインおよびＥＣＭ再構築分子）によって活性化され得る。１つまたは複数のそのような因子に対する曝露は、単球／マクロファージを、腫瘍促進性表現型へさらに駆動し得る。次々に、これらの活性化された腫瘍関連細胞は、腫瘍促進性細胞、例えば、ＣＡＦ、ＴＡＮ、ＭＤＳＣなどへの、他の細胞の動員および／または分化も促進し得る。間質細胞はまた、マクロファージ活性化にも反応し得て、ＥＣＭ再構築、および最終的に、血管新生、侵襲、および転移に影響を及ぼし得る。
一部の実施態様では、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体は、細胞外マトリックスに結合される。一部の実施態様では、細胞外マトリックスは、フィブリリンを含む。一部の実施態様では、細胞外マトリックスは、ＲＧＤモチーフを含むタンパク質を含む。
一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、その抗原結合部分、または医薬組成物を、対象に投与するステップを含む、対象におけるＴＧＦβ１タンパク質活性化を減少させる方法が本明細書において提供されて、それにより、対象におけるＴＧＦβ１タンパク質活性化を減少させる。一部の実施態様では、対象は、線維症を有する、または有するリスクがある。一部の実施態様では、対象は、癌を有する、または有するリスクがある。一部の実施態様では、対象は、認知症を有する、または有するリスクがある。
一部の実施態様では、本明細書に記載の抗体、またはその抗原結合部分は、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の抑制活性を減少させる。
ＴＧＦβ関連の徴候と関連する疾患／障害の緩和での使用のためのキット
本開示はまた、ＴＧＦβ関連の徴候と関連する疾患／障害の緩和での使用のためのキットも提供する。そのようなキットは、本明細書に記載の任意のもののような、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分を含む、１つまたは複数のコンテナーを含んでよい。
一部の実施態様では、キットは、本明細書に記載の任意の方法に従った使用のための説明書を含んでよい。含まれる説明書は、本明細書に記載されるもののような標的疾患を治療、発症遅延、または緩和するための、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分の投与の説明を含んでよい。キットは、治療に適切な個体を、その個体が標的疾患を有するかどうかの同定に基づき選択する説明をさらに含んでよい。さらに他の実施態様では、説明書は、標的疾患のリスクがある個体への、抗体、またはその抗原結合部分の投与の説明を含む。
ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分の使用に関する説明書は、一般に、意図される治療のための、用量、投与スケジュール、および投与経路に関する情報を含む。コンテナーは、単位用量、バルクパッケージ（例えば、複数投与パッケージ）またはサブ単位用量であってよい。本開示のキットにおいて供給される説明書は、典型的に、ラベルまたは添付文書（例えば、キット内に含まれるペーパーシート）上の文書の説明書であるが、機械可読な説明書（例えば、磁気または光保存ディスク上に保有された説明書）も許容できる。
ラベルまたは添付文書は、組成物が、ＴＧＦβ関連の徴候と関連する疾患または障害を治療、発症遅延、および／または、軽減するために用いられることを示す。説明書は、本明細書に記載の任意の方法を実施するために提供され得る。
本開示のキットは、適切なパッケージ内である。適切なパッケージは、制限されないが、バイアル、ボトル、ジャー、フレキシブルパッケージ（例えば、密封マイラまたはプラスチックバッグ）などを含む。特定のデバイス、例えば、吸入器、経鼻投与デバイス（例えば、噴霧器）またはミニポンプのようなインフュージョンデバイスと組み合わせた使用のためのパッケージも検討される。キットは、滅菌アクセスポートを有してよい（例えば、コンテナーは、皮下注入針によって突き刺すことが可能なストッパーを有するバイアルまたは静脈内溶液バッグであってよい）。コンテナーは、滅菌アクセスポートを有してもよい（例えば、コンテナーは、皮下注入針によって突き刺すことが可能なストッパーを有するバイアルまたは静脈内溶液バッグであってよい）。組成物中の少なくとも１つの活性剤は、本明細書に記載されるもののような、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する抗体、またはその抗原結合部分である。
キットは、バッファーおよび解釈上の情報のような、さらなる構成要素を任意選択で提供してもよい。通常キットは、コンテナー、および、コンテナー上のまたはそれと関連するラベルまたは添付文書（単数または複数）を含む。一部の実施態様では、本開示は、上述のキットの内容を含む製造物を提供する。
ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を検出するためのアッセイ
一部の実施態様では、本明細書において提供される方法および組成物は、対象から得られたサンプル中の、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を検出するための方法に関する。本明細書において用いられる「対象」は、個々の生物、例えば、個々の哺乳類を指す。一部の実施態様では、対象はヒトである。一部の実施態様では、対象は非ヒト哺乳類である。一部の実施態様では、対象は非ヒト霊長類である。一部の実施態様では、対象は齧歯類である。一部の実施態様では、対象は、ヒツジ、ヤギ、ウシ、家禽、ネコ、またはイヌである。一部の実施態様では、対象は、脊椎動物、両生類、爬虫類、魚類、昆虫、ハエ、または線虫である。一部の実施態様では、対象は研究動物である。一部の実施態様では、対象は、遺伝学的に操作された、例えば、遺伝学的に操作された非ヒト対象である。対象は、いずれかの性別および発生の任意の段階であってよい。一部の実施態様では、対象は患者または健常者である。
一部の実施態様では、対象から得られたサンプル中の、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体を検出するための方法は、（ａ）サンプルを、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１複合体、ＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体、および／またはＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体と特異的に結合する抗体と、抗原に対する抗体の結合に適切な条件下で接触させるステップ（抗原がサンプル中に存在するならば、それによって結合複合体を形成する）；および、（ｂ）抗原に結合した抗体のレベルを決定するステップ（例えば、結合複合体のレベルを決定するステップ）を含む。
一実施態様では、表面上に固定化されたビオチン化潜在型ＴＧＦβ１複合体を利用するスクリーニングアッセイは、テザーを提供することによって、インテグリンによる潜在型ＴＧＦβの活性化を可能にする。他には、非インテグリンアクチベーターもまた、そのシステムにおいて試験され得る。読み出しは、レポーター細胞または他のＴＧＦβ依存性細胞の応答を通してなされ得る。
ＴＧＦβ活性化を測定するための、細胞に基づくアッセイ
ＴＧＦβの活性化（および、抗体のようなＴＧＦβ試験阻害剤によるその阻害）は、当技術分野で知られている任意の適切な方法によって測定され得る。例えば、インテグリンが介在するＴＧＦβの活性化は、本明細書においてより詳細に説明される、「ＣＡＧＡ１２」ルシフェラーゼアッセイのような細胞に基づくアッセイにおいて使用され得る。示されるように、そのようなアッセイ系は、以下の構成要素：ｉ）ＴＧＦβの由来（組み換え、内因性またはトランスフェクト）；ｉｉ）インテグリンのようなアクチベーターの由来（組み換え、内因性、またはトランスフェクト）；およびｉｉｉ）ＴＧＦβ活性化に応答するレポーター系、例えば、ＴＧＦβに対して応答可能なＴＧＦβ受容体を発現して、読み取り可能なアウトプット（例えば、ＣＡＧＡ１２細胞または他のレポーター細胞株におけるルシフェラーゼ活性）にシグナルを翻訳する細胞を含んでよい。一部の実施態様では、レポーター細胞株は、ＴＧＦβ応答性プロモーター（例えば、ＰＡＩ－１プロモーター）の制御下のレポーター遺伝子（例えば、ルシフェラーゼ遺伝子）を含む。一部の実施態様では、感受性を与える特定のプロモーターエレメントは、レポーター系の中に取り込まれてよい。一部の実施態様では、そのようなプロモーターエレメントは、ＣＡＧＡ１２エレメントである。アッセイで用いられ得るレポーター細胞株は、例えば、Ａｂｅ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ａｎａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ．２１６（２）：２７６－８４に記載されていて、参照により本明細書中に援用される。一部の実施態様では、前述のアッセイ構成要素のそれぞれは、同一由来（例えば、同一細胞）から提供される。一部の実施態様では、前述のアッセイ構成要素の２つは同一由来から提供されて、３つめのアッセイ構成要素は異なる由来から提供される。一部の実施態様では、全ての３つのアッセイ構成要素は異なる由来から提供される。例えば、一部の実施態様では、インテグリンおよび潜在型ＴＧＦβ複合体（ｐｒｏＴＧＦβおよび提示分子）は、同一由来（例えば、同一のトランスフェクト細胞株）から、アッセイのために提供される。一部の実施態様では、インテグリンおよびＴＧＦは、別個の由来（例えば、２つの異なる細胞株、精製されたインテグリンおよびトランスフェクトされた細胞の組み合わせ）から、アッセイのために提供される。アッセイ構成要素の１つまたは複数の由来として細胞が用いられる場合、アッセイのそのような構成要素は、細胞に内因性であってよく、細胞において安定して発現されてよく、一時的にトランスフェクトされてよく、またはそれらの任意の組み合わせであってよい。抗体Ａｂ１およびＡｂ２を用いた、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体のいずれかの阻害を示すＴＧＦβ活性化の測定のための細胞に基づくアッセイの非限定的な例示的な実施態様による結果が、本明細書に開示される。この例示的なアッセイでは、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体に関するＡｂ１のＩＣ５０（μｇ／ｍＬ）は０．４４５であり、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に関するＡｂ１のＩＣ５０（μｇ／ｍＬ）は１．３２５であった。
当業者は、そのようなアッセイを、様々な適切な構成に容易に適用することができる。例えば、ＴＧＦβの様々な由来が検討され得る。一部の実施態様では、ＴＧＦβの由来は、ＴＧＦβを発現して沈着する細胞である（例えば、一次細胞、繁殖細胞、不死化細胞または細胞株など）。一部の実施態様では、ＴＧＦβの由来は、適切な手段を用いてアッセイ系内に固定化された、精製および／または組み換えＴＧＦβである。一部の実施態様では、アッセイ系内に固定化されたＴＧＦβは、脱細胞とともにまたは伴わずに、アッセイプレート上の細胞外マトリックス（ＥＣＭ）組成物内に提示されて、それは、線維芽細胞由来のＴＧＦβを模倣する。一部の実施態様では、ＴＧＦβは、アッセイに用いられる細胞の細胞表面上に提示される。加えて、選択の提示分子は、アッセイ系内に含まれてよく、適切な潜在型ＴＧＦβ複合体を提供する。当業者は、どの提示分子（単数または複数）が特定の細胞または細胞型において存在または発現され得るか、容易に決定することができる。そのようなアッセイ系を用いて、試験薬剤（例えば抗体）の存在または不存在におけるＴＧＦβ活性化の相対的変化が容易に測定されて、インビトロでＴＧＦβ活性化に対する試験薬剤の効果を評価し得る。例示的な細胞に基づくアッセイによるデータは、以下の実施例セクションに提供される。
そのような細胞に基づくアッセイは、試験されるＴＧＦβアイソフォーム、潜在型複合体（例えば提示分子）のタイプなどに応じて、多くの方法において改変または仕立てられ得る。一部の実施態様では、ＴＧＦβを活性化することが可能なインテグリンを発現することが知られる細胞は、アッセイにおいてインテグリンの由来として用いられ得る。そのような細胞は、ＳＷ４８０／β６細胞（例えば、クローン１Ｅ７）を含む。一部の実施態様では、インテグリン発現細胞は、目的の提示分子（例えば、ＧＡＲＰ、ＬＲＲＣ３３、ＬＴＢＰ（例えば、ＬＴＢＰ１またはＬＴＢＰ３）など）をコードするプラスミドおよび目的のＴＧＦβアイソフォーム（例えばｐｒｏＴＧＦβ１）のプロ形態をコードするプラスミドによって、共トランスフェクトされ得る。トランスフェクション後に、細胞は、トランスフェクトされた遺伝子の発現を可能にするのに十分な時間（例えば、約２４時間）インキュベートされて、細胞は洗浄されて、試験薬剤（例えば、抗体）の段階希釈とともにインキュベートされる。それから、レポーター細胞株（例えば、ＣＡＧＡ１２細胞）がアッセイ系に加えられて、ＴＧＦβシグナル伝達を可能にするために適切なインキュベーション時間が続けられる。試験薬剤の添加に続いて、インキュベーション期間（例えば、約１８～２０時間）の後、シグナル／読み出し（例えば、ルシフェラーゼ活性）が、適切な手段を用いて検出される（例えば、ルシフェラーゼ発現レポーター細胞株に関して、Ｂｒｉｇｈｔ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）が用いられ得る）。一部の実施態様では、ルシフェラーゼ蛍光は、オートゲイン設定によってＢｉｏＴｅｋ（Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１）プレートリーダーを用いて検出され得る。
細胞に基づくＴＧＦβアッセイの代表的な結果を、本明細書において図７に提供する。データは、本発明の例示的な抗体が、コンテクスト非依存性の様式でＴＧＦβ１の活性化を選択的に阻害することのできることを示す。
核酸
一部の実施態様では、本開示の抗体、その抗原結合部分、および／または組成物は、核酸分子によってコードされ得る。そのような核酸分子は、制限されずに、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ｍＲＮＡ分子、ベクター、プラスミドなどを含む。一部の実施態様では、本開示は、本開示の化合物および／または組成物をコードする核酸分子を発現するようにプログラムまたは生産された細胞を含んでよい。場合によっては、本開示の核酸は、コドン最適化核酸を含む。コドン最適化核酸を生産する方法は当技術分野で知られていて、限定されないが、米国特許番号５，７８６，４６４および６，１１４，１４８に記載されるものを含んでよく、それぞれの内容は、それらの全体で参照により本明細書中に援用される。
本発明は、以下の実施例によってさらに説明され、いかなる方法でも制限されることを意図しない。本出願全体にわたって挙げられる全ての参考文献、特許および公開された特許出願の内容全体ならびに図面は、参照により本明細書中に援用される。
本発明は、以下の実施例によってさらに説明されて、制限と解釈されるべきでない。
［実施例１：ＴＧＦβ１の阻害］
ＴＧＦβスーパーファミリーは、活性の増殖因子と複合体化されたプロペプチドを含む（図１）。複合体を安定化させて、より選択的で強力な阻害をもたらす抗体を得るための選択ストラテジーが開発された。
ＨＥＫ２９３に基づく発現系を用いて、ＮｉＮＴＡ親和性およびゲル濾過を行なって、マルチミリグラム量の精製されたタンパク質を得て、ＬＴＢＰに複合体化されたＴＧＦβ１（ＬＴＢＰ－ＴＧＦβ１複合体）およびＧＡＲＰに複合体化されたＴＧＦβ１（ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体）を生産するために用いた（図３）。製造されたタンパク質の多様性は、種交差反応性の試験およびエピトープマッピングを可能にした。
インビトロ発光アッセイを用いて、候補抗体を試験した。スクリーニングでは、増殖因子の放出を阻害した抗体は、正常な活性化のための刺激に面された場合に、レポーター細胞を「オフ」にした。Ａｂ１およびＡｂ２は、潜在型ＴＧＦβ１複合体の活性化の阻害剤であることが示されて、マウスに対して交差反応性であった。
ヒトＴＧＦβ１を発現している細胞における、Ａｂ１の最初の投与量応答分析曲線は、ＴＧＦβ１活性阻害を示した。より感受性のＣＡＧＡ１２レポーター細胞株を用いて、Ａｂ１は、ヒトｐｒｏＴＧＦβ１活性の同様な阻害を示した。さらに、ＧＡＲＰ複合体の阻害は、健康なドナー血液から単離されたＴ細胞における、分裂している（ｄｉｖｉｄｉｎｇ）エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）のパーセントによって測定されるように、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の抑制活性をブロックすることが示された（図９Ａ）。同様の結果がＡｂ３に関して見られた。ヒト肝星細胞およびヒト皮膚線維芽細胞におけるＡｂ３の投与量応答分析曲線は、ＴＧＦβ１活性阻害を示し（図７Ｆ）、Ａｂ３は、抑制Ｔｒｅｇ活性を阻害することも示された（図９Ｂ）。
ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１阻害剤の親和性を、ヒトＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１細胞に対するＯｃｔｅｔアッセイによって測定して、一方で、活性は、ヒトＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１阻害を測定するＣＡＧＡ１２レポーター細胞によって測定した。本明細書において提供される複合体に対する抗体Ａｂ１およびＡｂ２の親和性を測定するために用いたプロトコルを表６に要約する。結果を表７に示す。


Figure 0007157744000019

Figure 0007157744000020

Figure 0007157744000021
クローンを、結合選択性（表８）および種交差反応性（表９）に関してさらにスクリーニングした。Ａｂ１およびＡｂ２は、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、またはＴＧＦβ３に結合しなかったが、ｐｒｏＴＧＦβ１複合体には結合して、種交差反応性を示した。

Figure 0007157744000022

Figure 0007157744000023
Ａｂ３に関する結合特性を、Ｏｃｔｅｔ結合アッセイによってさらに試験した。図４Ａに示されるように、Ａｂ３は、潜在型ＴＧＦβ１に特異的に結合したが、潜在型ＴＧＦβ２または潜在型ＴＧＦβ３には結合せず、一方で、ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体は、アイソフォーム特異的でなかった（図５）。これらのデータは、Ａｂ３が、アイソフォーム特異的な様式でＴＧＦβに結合することを示す。
［実施例２：Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３は、多数の種由来のｐｒｏＴＧＦβ１複合体に特異的に結合する］
Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３が、多数の種由来のｐｒｏＴＧＦβ１複合体に特異的に結合することが可能であるかどうか決定するために、表６に記載のように、Ｏｃｔｅｔ結合アッセイを行なった。表１０（以下）に示されるように、全ての３つの抗体（すなわち、Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３）は、ヒトおよびミューリンＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体、ヒトＬＴＢＰ３－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体、およびヒトＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体に特異的に結合した。しかしながら、Ａｂ２およびＡｂ３のみが、ラットＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体に特異的に結合した。


Figure 0007157744000024
［実施例３：ＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１に対するＡｂ２およびＡｂ３結合］
Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３が、ＬＲＲＣ３３と複合体化されたｐｒｏＴＧＦβ１に結合するかどうか決定するために、Ｏｃｔｅｔ結合アッセイを行なった。図１２Ｃに示されるように、Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３は、ＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１タンパク質複合体に結合することが可能である。しかしながら、Ａｂ１は、ＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１タンパク質複合体の結合に関して、遅いオン速度（ｏｎ－ｒａｔｅ）を示す。ＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１タンパク質複合体に対するＡｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３の結合を、ＥＬＩＳＡを用いてさらに確認した。
［実施例４：Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３は、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１およびＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１の両方の活性を阻害する］
Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３が、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦ－β１および／またはＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦ－β１の活性を阻害するかどうか決定するために、インビトロで細胞に基づくアッセイを行なった。このアッセイ系では、β６インテグリンによって安定的にトランスフェクトされた改変されたヒト結腸癌細胞株（ＳＷ４８０／β６細胞）を、ｐｒｏＴＧＦ－β１を発現するための構築物および提示分子を発現するための構築物（すなわち、ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３）によって共トランスフェクトした。提示分子を発現するために、キメラＬＲＲＣ３３－ＧＡＲＰ（配列番号１０１）またはＧＡＲＰをコードする構築物を用いた。トランスフェクトされた細胞を、構成要素（それぞれの提示分子と複合体化されたインテグリンおよびｐｒｏＴＧＦβ１）の十分な発現および沈着を可能にするためにインキュベートした。その下流のシグナル伝達経路に結び付く、ＴＧＦβ受容体を発現しているレポーター細胞（ＣＡＧＡ１２細胞）を用いて、Ａｂ１またはＡｂ２またはＡｂ３の存在または不存在におけるＴＧＦβ１の活性化を評価して、抗体の阻害活性を測定した。図７Ａおよび７Ｂに示されるように、Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３は、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦ－β１およびＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦ－β１の両方を阻害した。
さらなる細胞に基づくアッセイを行なって、抗体Ａｂ１およびＡｂ２を用いてＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体またはＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体のいずれかの阻害を検出した。Ａｂ１およびＡｂ２は、ＧＡＲＰ－ｐｒｏＴＧＦ－β１およびＬＲＲＣ３３－ｐｒｏＴＧＦ－β１の両方を阻害した。このアッセイでは、ＧＡＲＰ－ＴＧＦβ１複合体に関するＡｂ１のＩＣ５０（μｇ／ｍＬ）は０．４４５であり、ＬＲＲＣ３３－ＴＧＦβ１複合体に関するＡｂ１のＩＣ５０（μｇ／ｍＬ）は１．３２５であった。
［実施例５：ＬＴＢＰ－ＴＧＦβ１特異的な活性化を検出するためのアッセイ］
一部の実施態様では、本明細書において提供される方法および組成物は、サンプル中のＬＴＢＰ－ＴＧＦβ１複合体、例えば、ＬＴＢＰ１－またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１複合体を検出するための方法に関する。
Ａ．ＥＣＭ内に沈着された潜在型ＴＧＦβ１の活性化
このアッセイでは、提示分子は、インテグリン発現細胞においてｐｒｏＴＧＦβ１と共トランスフェクトされる。一時的にトランスフェクトされた細胞は、阻害剤の存在下でアッセイプレート内に蒔かれる。潜在型ＬＴＢＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体は、ＥＣＭ内に埋め込まれる。ＴＧＦβレポーター細胞がそれから系に添加されて；フリーの増殖因子（インテグリンによって放出される）がシグナル伝達をして、ルシフェラーゼアッセイによって検出される。
以下のプロトコルは、インテグリン細胞による細胞外マトリックス（ＬＴＢＰによって提示される）活性化を測定する一例である。材料は：ＭｖＬｕ１－ＣＡＧＡ１２細胞（クローン４Ａ４）；ＳＷ４８０／β６細胞（クローン１Ｅ７）（αＶサブユニットは高レベルで内因的に発現されて；β６サブユニットは安定的に過剰発現される）；ＬＮ２２９細胞株（高レベルの内因性αＶβ８インテグリン）；Ｃｏｓｔａｒ ｗｈｉｔｅ ｗａｌｌｅｄ ＴＣによって処理された９６ウェルアッセイプレート＃３９０３；Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ Ｈｉｇｈ Ｂｉｎｄｉｎｇ ｗｈｉｔｅ ｕｃｌｅａｒ ９６ウェルアッセイプレート＃６５５０９４；ヒトフィブロネクチン（Ｃｏｒｎｉｎｇ ＃３５４００８）；滅菌フィルターチップをそれぞれ備えたＰ２００マルチチャネルピペット；Ｐ２０、Ｐ２００、およびＰ１０００ピペット；滅菌微量遠心管チューブおよびラック；滅菌試薬リザーバー；０．４％トリパンブルー；２ｍＬ、５ｍＬ、１０ｍＬ、および２５ｍＬ滅菌ピペット；組織培養処理された１００ｍｍまたは１５０ｍｍプレート；７０％エタノール；Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ減少血清培地（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈ ＃３１９８５－０７０）；リポフェクタミン３０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈ＃ Ｌ３００００１５）；Ｂｒｉｇｈｔ－Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ ＃Ｅ２６２０）；０．２５％トリプシン（Ｔｒｙｓｐｉｎ）＋０．５３ｍＭ ＥＤＴＡ；ｐｒｏＴＧＦｂ１発現プラスミド、ヒト（ＳＲ００５）；ＬＴＢＰ１Ｓ発現プラスミド、ヒト（ＳＲ０４４）；ＬＴＢＰ３発現プラスミド、ヒト（ＳＲ１１７）；ＬＲＲＣ３２（ＧＡＲＰ）発現プラスミド、ヒト（ＳＲ１１６）；およびＬＲＲＣ３３発現プラスミド、ヒト（ＳＲ３８６）を含む。使用される機器は：ＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１プレートリーダー；ＴＣフード；ベンチトップ遠心分離機；ＣＯ２インキュベーター３７℃ ５％ＣＯ２；３７℃水／ビードバス；プラットフォームシェイカー；顕微鏡；および血球計数器／ｃｏｕｎｔｅｓｓを含む。
「ＣＡＧＡ１２ ４Ａ４細胞」は、ＭｖＬｕ１細胞（ミンク肺上皮細胞）の誘導体であり、ＣＡＧＡ１２合成プロモーターによって安定的にトランスフェクトされて、ルシフェラーゼ遺伝子発現を駆動する。「ＤＭＥＭ－０．１％ＢＳＡ」はアッセイ培地であり；ベース培地はＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ Ｃａｔ＃１１９９５－０６５）であり、培地は、０．１％ｗ／ｖに希釈されたＢＳＡ、ペニシリン／ストレプトマイシン（ｓｔｒｅｐｔｉｎｏｍｙｃｉｎ）、および４ｍＭグルタミンも含む。「Ｄ１０」は、ＤＭＥＭ １０％ ＦＢＳ、Ｐ／Ｓ、４ｍＭグルタミン、１％ＮＥＡＡ、１×ＧｌｕｔａＭＡＸ（Ｇｉｂｃｏ Ｃａｔ＃３５０５００６１）を指す。「ＳＷ４８０／β６培地」は、Ｄ１０＋１０００ｕｇ／ｍＬ Ｇ－４１８を指す。「ＣＡＧＡ１２（４Ａ４）培地」は、Ｄ１０＋０．７５ｕｇ／ｍＬピューロマイシンを指す。
０日目に、細胞を、トランスフェクションのために蒔く。ＳＷ４８０／β６（クローン１Ｅ７）細胞をトリプシンによって引き離して、ペレット化する（２００×ｇでスピン５分）。細胞ペレットをＤ１０培地中に再懸濁して、ｍｌあたりの生存細胞を数える。細胞を５．０ｅ６細胞／１２ｍｌ／１００ｍｍでＴＣディッシュに蒔く。ＣＡＧＡ１２細胞については、細胞をｄＴ７５フラスコあたり１００万の密度で継代培養して、３日目のアッセイのために用いる。培養を３７℃および５％ＣＯ２でインキュベートする。
１日目に、インテグリンを発現している細胞をトランスフェクトする。リポフェクタミン３０００試薬を用いたトランスフェクションに関する製造元のプロトコルに従う。手短に言うと、以下をＯｐｔｉＭＥＭ Ｉ（ウェルあたり１２５ｕｌ）に希釈する：７．５ｕｇ ＤＮＡ（提示分子）＋７．５ｕｇ ＤＮＡ（ｐｒｏＴＧＦβ１）、３０ｕｌ Ｐ３０００、および、ＯｐｔｉＭＥＭ Ｉによって１２５ｕｌ。ＤＮＡを一緒にピペッティングすることによってウェルを混合して、それから、ＯｐｔｉＭＥＭを加える。Ｐ３０００を加えて、全てをピペッティングにより十分に混合する。リポフェクタミン３０００のマスターミックスを作製して、ＤＮＡミックスに加える：ＬＴＢＰ１アッセイに関して：１５ｕｌリポフェクタミン３０００（ウェルあたりＯｐｔｉＭＥＭ Ｉ中に１２５ｕｌまで）；ＬＴＢＰ３アッセイに関して：４５ｕｌリポフェクタミン３０００（ウェルあたりＯｐｔｉＭＥＭ Ｉ中に１２５ｕｌまで）。希釈したリポフェクタミン３０００をＤＮＡに加えて、ピペッティングによって十分に混合して、室温で１５分間インキュベートする。インキュベーション後に、溶液をピペッティングによって数回混合して、それから、ディッシュあたり、２５０ｕｌのＤＮＡ：リポフェクタミン３０００（２×１２５ｕｌ）を滴下で加える。それぞれのディッシュを穏やかに旋回して混合して、ディッシュを約２４時間、組織培養インキュベーターに戻す。
同等量のそれぞれのプラスミドは、典型的に、共トランスフェクションに最適である。しかしながら、共トランスフェクションは、ｐｒｏＴＧＦβ１および提示分子に関するプラスミドＤＮＡの比を変更することによって最適化され得る。
１～２日目に、アッセイプレートをヒトフィブロネクチンでコーティングする。具体的には、凍結乾燥されたフィブロネクチンを、超高純度の蒸留水（滅菌）中１ｍｇ／ｍｌに希釈する。１ｍｇ／ｍｌのストック溶液を、ＰＢＳ（滅菌）中１９．２ｕｇ／ｍｌに希釈する。５０ｕｌ／ウェルをアッセイプレート（高結合）に添加して、組織培養インキュベーター内でＯ／Ｎインキュベートする（３７℃および５％ＣＯ２）。最終濃度は３．０ｕｇ／ｃｍ２である。
２日目に、トランスフェクトされた細胞を、アッセイおよび阻害剤添加のためにプレーティングする。最初に、アッセイプレート中に既にあるフィブロネクチン溶液に２００ｕｌ／ウェルのＰＢＳを添加することによって、フィブロネクチンコーティングを洗浄する。洗浄は、マルチチャネルピペットを用いて手作業で除去する。洗浄を合計２洗浄繰り返す。細胞を加える前に、プレートを、蓋を取って室温で乾燥させる。細胞をそれから、トリプシンを用いて引き離すことによってプレーティングして、ペレット化する（２００×ｇで５分スピンする）。ペレットをアッセイ培地中に再懸濁して、ｍｌあたりの生存細胞を数えた。ＬＴＢＰ１アッセイのために、細胞を０．１０ｅ６細胞／ｍｌに希釈して、ウェルあたり５０ｕｌ蒔く（ウェルあたり５，０００細胞）。ＬＴＢＰ３アッセイのために、細胞を０．０５ｅ６細胞／ｍｌに希釈して、ウェルあたり５０ｕｌ蒔く（ウェルあたり２，５００細胞）。機能性抗体希釈を調製するために、抗体をビヒクル中に、一貫した作業濃度に前希釈する。ストック抗体を、ビヒクル中に段階希釈する（ＰＢＳが最適であり、クエン酸ナトリウムバッファーを避ける）。段階希釈のそれぞれのポイントを、抗体の４×最終濃度のためにアッセイ培地中に希釈する。ウェルあたり２５ｕｌの４×抗体を加えて、培養物を、３７℃および５％ＣＯ２で２４時間インキュベートする。
３日目に、ＴＧＦβレポーター細胞を添加する。アッセイのためにＣＡＧＡ１２（クローン４Ａ４）細胞をトリプシンによって引き離して、ペレット化する（２００×ｇで５分スピンする）。ペレットをアッセイ培地中に再懸濁して、ｍｌあたりの生存細胞を数える。細胞を０．４ｅ６細胞／ｍｌに希釈して、ウェルあたり５０ｕｌ蒔く（ウェルあたり２０，０００細胞）。細胞をインキュベーターに戻す。
４日目に、アッセイを読み取る（抗体および／またはレポーター細胞添加の１６～２０時間後）。読み取り前に、Ｂｒｉｇｈｔ－Ｇｌｏ試薬および試験プレートを室温にする。ＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１の読み取り設定を、ＴＭＬＣ＿ｓｔｄプロトコルを用いて設定する－この方法は、オートゲイン設定を有する。陽性コントロールのウェルをオートスケール（高）に選択する。１００ｕＬのＢｒｉｇｈｔ－Ｇｌｏ試薬をウェルあたり添加する。室温で浸透させながら２分間インキュベートして；プレートを光から保護する。プレートをＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１で読み取る。
このアッセイによって生産されるデータは、細胞上清におけるＬＴＢＰ１－ＴＧＦβ１および／またはＬＴＢＰ３－ＴＧＦβ１結合活性を反映する。
Ｂ．細胞表面上に提示された潜在型ＴＧＦβ１の活性化
細胞表面上に存在する潜在型ＴＧＦβ１の活性化を検出するために、提示分子をインテグリン発現細胞内でｐｒｏＴＧＦβ１と共トランスフェクトする。潜在型ＴＧＦβ１は、ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３によって細胞表面上に発現される。それから、ＴＧＦβレポーター細胞および阻害剤を系に添加して；フリーの増殖因子（インテグリンによって放出される）がシグナル伝達して、ルシフェラーゼアッセイによって検出される。このアッセイ、または「直接トランスフェクション」プロトコルは、インテグリン細胞による細胞表面に提示されるＴＧＦβ１（ＧＡＲＰまたはＬＲＲＣ３３提示因子）の活性化に最適である。
用いられる材料は：ＭｖＬｕ１－ＣＡＧＡ１２細胞（クローン４Ａ４）；ＳＷ４８０／β６細胞（クローン１Ｅ７）（αＶサブユニットは高レベルで内因的に発現される；β６サブユニットは安定的に過剰発現される）；ＬＮ２２９細胞株（高レベルの内因性αＶβ８インテグリン）；Ｃｏｓｔａｒ ｗｈｉｔｅ ｗａｌｌｅｄ ＴＣによって処理された９６ウェルアッセイプレート＃３９０３；Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ Ｈｉｇｈ Ｂｉｎｄｉｎｇ ｗｈｉｔｅ ｕｃｌｅａｒ ９６ウェルアッセイプレート＃６５５０９４；ヒトフィブロネクチン（Ｃｏｒｎｉｎｇ ＃３５４００８）；Ｐ２００マルチチャネルピペット；滅菌フィルターをそれぞれ備えたＰ２０、Ｐ２００、およびＰ１０００ピペット；滅菌微量遠心管チューブおよびラック；滅菌試薬リザーバー；０．４％トリパンブルー；２ｍＬ、５ｍＬ、１０ｍＬ、および２５ｍＬ滅菌ピペット；組織培養処理された１００ｍｍまたは１５０ｍｍプレート；７０％エタノール；Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ減少血清培地（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈ ＃３１９８５－０７０）；リポフェクタミン３０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈ ＃Ｌ３００００１５）；Ｂｒｉｇｈｔ－Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ ＃Ｅ２６２０）；０．２５％トリプシン（Ｔｒｙｓｐｉｎ）＋０．５３ｍＭ ＥＤＴＡ；ｐｒｏＴＧＦｂ１発現プラスミド、ヒト（ＳＲ００５）；ＬＴＢＰ１Ｓ発現プラスミド、ヒト（ＳＲ０４４）；ＬＴＢＰ３発現プラスミド、ヒト（ＳＲ１１７）；ＬＲＲＣ３２（ＧＡＲＰ）発現プラスミド、ヒト（ＳＲ１１６）；およびＬＲＲＣ３３発現プラスミド、ヒト（ＳＲ３８６）を含む。
用いられる機器は：ＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１プレートリーダー；ＴＣフード；ベンチトップ遠心分離機；ＣＯ２インキュベーター３７℃ ５％ＣＯ２；３７℃水／ビードバス；プラットフォームシェイカー；顕微鏡；血球計数器／ｃｏｕｎｔｅｓｓを含む。
用語「ＣＡＧＡ１２ ４Ａ４細胞」は、ＭｖＬｕ１細胞（ミンク肺上皮細胞）の誘導体を指し、ＣＡＧＡ１２合成プロモーターによって安定的にトランスフェクトされて、ルシフェラーゼ遺伝子発現を駆動する。「ＤＭＥＭ－０．１％ＢＳＡ」は、アッセイ培地を指し；ベース培地はＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ Ｃａｔ＃１１９９５－０６５）であり、培地は、０．１％ｗ／ｖに希釈されたＢＳＡ、ペニシリン／ストレプトマイシン（ｓｔｒｅｐｔｉｎｏｍｙｃｉｎ）、および４ｍＭグルタミンも含む。「Ｄ１０」は、ＤＭＥＭ １０％ ＦＢＳ、Ｐ／Ｓ、４ｍＭグルタミン、１％ ＮＥＡＡ、１×ＧｌｕｔａＭＡＸ（Ｇｉｂｃｏ Ｃａｔ＃３５０５００６１）を指す。「ＳＷ４８０／β６培地」は、Ｄ１０＋１０００ｕｇ／ｍＬ Ｇ－４１８を指す。「ＣＡＧＡ１２（４Ａ４）培地」は、Ｄ１０＋０．７５ｕｇ／ｍＬピューロマイシンを指す。
０日目に、インテグリンを発現している細胞を、トランスフェクションのために蒔く。細胞をトリプシンによって引き離して、ペレット化する（２００×ｇで５分スピンする）。細胞ペレットをＤ１０培地中に再懸濁して、ｍｌあたりの生存細胞を数える。細胞を０．１ｅ６細胞／ｍｌに希釈して、アッセイプレート中に、ウェルあたり１００ｕｌ蒔く（ウェルあたり１０，０００細胞）。ＣＡＧＡ１２細胞については、Ｔ７５フラスコあたり１５０万の密度で継代培養して、２日目にアッセイのために用いる。培養物を、３７℃および５％ＣＯ２でインキュベートする。
１日目に、細胞をトランスフェクトする。リポフェクタミン３０００試薬を用いたトランスフェクションに関する製造元のプロトコルに従う。手短に言うと、以下をＯｐｔｉＭＥＭ Ｉ（ウェルあたり５ｕｌ）に希釈する：０．１ｕｇＤＮＡ（提示分子）＋０．１ｕｇＤＮＡ（ｐｒｏＴＧＦβ１）、０．４ｕｌ Ｐ３０００、および５ｕｌまでのＯｐｔｉＭＥＭ Ｉ。ＤＮＡを一緒にピペッティングすることによってウェルを混合して、それから、ＯｐｔｉＭＥＭを加える。Ｐ３０００を加えて、全てをピペッティングにより十分に混合する。リポフェクタミン３０００を含むマスターを作製して、ＤＮＡミックスに添加する：ウェルあたりＯｐｔｉＭＥＭ Ｉ中に、０．２ｕｌリポフェクタミン３０００、５ｕｌまで。希釈したリポフェクタミン３０００をＤＮＡに加えて、ピペッティングによって十分に混合して、室温で１５分間インキュベートする。インキュベーション後、ピペッティングによって溶液を数回混合して、それから、ＤＮＡのウェルあたり１０ｕｌ：リポフェクタミン３０００（２×５ｕｌ）を加える。細胞プレートを約２４時間、組織培養インキュベーターに戻す。
２日目に、抗体およびＴＧＦβレポーター細胞を加える。機能性抗体希釈を調製するために、ビヒクル（ＰＢＳが最適である）中のストック抗体を段階希釈する。それから、それぞれのポイントを、２×最終濃度の抗体のためにアッセイ培地に希釈する。抗体を調製した後に、吸引（真空吸引器）によって細胞プレートをアッセイ培地で２回洗浄して、その後にウェルあたり１００ｕｌのアッセイ培地を添加する。２回目の洗浄後に、アッセイ培地をウェルあたり５０ｕｌの２×抗体で置き換える。細胞プレートを約１５～２０分間インキュベーターに戻す。
アッセイのためにＣＡＧＡ１２（クローン４Ａ４）細胞を調製するために、細胞をトリプシンによって引き離して、ペレット化する（２００×ｇで５分間スピンする）。ペレットをアッセイ培地中に再懸濁して、ｍｌあたりの生存細胞あたりを数える。細胞を０．３ｅ６細胞／ｍｌに希釈して、ウェルあたり５０ｕｌ（ウェルあたり１５，０００細胞）蒔く。細胞をインキュベーターに戻す。
３日目に、アッセイを、抗体および／またはレポーター細胞の添加後、約１６～２０時間に読み出す。Ｂｒｉｇｈｔ－Ｇｌｏ試薬および試験プレートを、読み取り前に室温にさせる。ＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１での読み取り設定は、ＴＭＬＣ＿ｓｔｄプロトコルを用いるように設定して－この方法はオートゲイン設定を有する。陽性コントロールウェルをオートスケール（高）に選択する。１００ｕＬのＢｒｉｇｈｔ－Ｇｌｏ試薬をウェルあたり添加する。室温で浸透させながら２分間インキュベートして；プレートを光から保護する。プレートをＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１で読み取る。
このアッセイによって生産されるデータは、細胞上清におけるＴＧＦβ１活性を反映する。生データ単位は、相対的な光単位である（ＲＬＵ）。高ＲＬＵ値を有するサンプルは、多量のフリーのＴＧＦβ１を含み、低ＲＬＵ値を有するサンプルは、低レベルのＴＧＦβ１を含む。
［実施例６：Ａｂ１およびＡｂ２は、ヒトおよびミューリン線維芽細胞において内因性ＴＧＦβ１を阻害する。］
Ａｂ１およびＡｂ２が、初代培養した異なる起源の線維芽細胞によって分泌される内因性ＴＧＦ－β１を阻害することができるかどうか決定するために、定量インビトロアッセイを行ない、ＣＡＧＡ１２合成プロモーターに融合されたルシフェラーゼレポーター遺伝子を含む核酸によって安定的にトランスフェクトされて、Ａｂ１またはＡｂ２のいずれかで処理された線維芽細胞と共培養された、ミンク肺上皮細胞によって生産されるルシフェラーゼレベルを測定することによって、分泌ＴＧＦ－β１の活性を決定した。図７Ｇおよび７Ｈに示されるように、Ａｂ１およびＡｂ２の両方とも、正常なヒト真皮線維芽細胞、ミューリンＣ５７ＢＬ．６Ｊ肺線維芽細胞、およびＤＢＡ２／Ｊ筋線維芽細胞によって分泌される内因性ＴＧＦ－β１を阻害した。それぞれの抗体で観察された最大阻害の違いは、細胞株特異的であった。
［実施例７：インビトロでの、インテグリンによって誘導されるＴＧＦβ１の活性化に対する、ＴＧＦβ１特異的な、コンテクスト非依存性抗体の効果およびマトリックス剛性の役割］
異なる程度の剛性を有する基質がＴＧＦβ１活性化を調整することができるかどうか試験するために、制御された剛性（５ｋＰａ １５ｋＰａ、および１００ｋＰａ）のシリコン系基質を用いて、その上にプレーティングされた一次線維芽細胞におけるＴＧＦβ１のインテグリン依存性の活性化を測定した。手短に言うと、ＳＷ４８０細胞を、ｐｒｏＴＧＦβ１およびＬＴＢＰ１によって共トランスフェクトして、潜在型ＴＧＦβ１複合体の細胞外提示を可能にした。αｖβ６インテグリンを過剰発現している細胞をアッセイ系に添加して、ＴＧＦβ１の活性化をトリガーした。ＴＧＦβ１活性化は、ＴＧＦβ応答性レポーター遺伝子活性化を測定することによって決定された。この状況では、αｖβ６インテグリンは、試験された高剛性（１００ｋＰａ）のシリコン基質上にプレーティングされた細胞において、その他の点では同一の条件下でより低い（５または１５ｋＰａ）剛性を有するシリコン基質上で培養された細胞と比較して、ＬＴＢＰ１が介在するＴＧＦβ１活性化のおよそ２倍の増大を引き起こした。本発明者らは、本明細書に記載されるもののような、ＴＧＦβ１活性化のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容阻害剤は、この効果を抑制することができて、試験される全ての剛性で、抗体なしコントロールと比較して、ＴＧＦβ１活性化をおよそ半分のレベルに減少させることを見いだした。
［実施例８：インビトロでの、プロテアーゼによって誘導されるＴＧＦβ１活性化に対する、ＴＧＦβ１特異的な、コンテクスト非依存性抗体の効果］
インビトロでの、ＴＧＦβ１のインテグリン非依存性、プロテアーゼ依存性活性化を試験するために、精製された組み換えＬＴＢＰ３－ｐｒｏＴＧＦβ１複合体をカリクレイン（ＫＬＫ）とともにインキュベートして、記載されるレポーター細胞系を用いてＴＧＦβ１活性化を測定した。ＴＧＦβ１は、ＫＬＫとのインキュベーション後に潜在型複合体から放出されたが、ビヒクル単独では放出されず、ＥＣＭ関連のＴＧＦβ１活性が、プロテアーゼ依存性の様式でトリガーされ得ることを示唆した。
アイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性阻害抗体が、ＴＧＦβ１活性化の代替モード（例えば、インテグリン非依存性）を阻害する能力をさらに試験するために、インビトロアッセイを確立してＴＧＦβ１のカリクレイン活性化を評価した。
手短に言うと、ＣＡＧＡレポーター細胞を、アッセイの開始の２４時間前に蒔いた。ＰｒｏＴＧＦβ－Ｃ４Ｓを、ＣＡＧＡ細胞上に滴定した。ｍＬあたり１マイクログラムまたはｍＬあたり５００ナノグラムの固定された濃度で血漿ＫＬＫプロテアーゼを加えた。アッセイ混合物をおよそ１８時間インキュベートした。ＴＧＦβ活性化をルシフェラーゼアッセイによって測定した。データを図８に示す。ＫＬＫ存在下で、ｐｒｏＴＧＦβ１は活性化された（ポジティブコントロール）。このＴＧＦβ活性化は、Ａｂ３の添加によって効果的に阻害されて、ＴＧＦβ１のインテグリン依存性活性化に加えて、アイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性の阻害抗体もまた、インビトロでＴＧＦβ１のＫＬＫ依存性活性化をブロックすることができることを示した。同様に、ＫＬＫによって活性化されるＴＧＦβ１の阻害は、Ａｂ１の添加によっても観察された（データ示さず）。
［実施例９：極性化および活性化されたマクロファージにおけるＬＲＲＣ３３発現。］
ＴＧＦβシグナル伝達が、マクロファージの成熟および最終的な表現型の分化に関与することが以前に説明された。単球由来マクロファージは、ＬＲＲＣ３３を発現することが示唆されている。極性化マクロファージのさらなる研究は、全ての極性化マクロファージがＬＲＲＣ３３を発現するわけではないことを明らかにしている。我々は、いわゆる古典的Ｍ１型マクロファージが、ＬＲＲＣ３３の低発現を示し、一方で、Ｍ２マクロファージは、上昇したＬＲＲＣ３３発現を示すことを見いだした。予期せずに、Ｍ２マクロファージのサブタイプの中で、Ｍ２ｃおよびＭ２ｄ、ＴＡＭ様マクロファージにおいてのみ、ＬＲＲＣ３３発現を観察した。前者はいわゆる「線維促進性」マクロファージであり、後者は「ＴＡＭ様」であり、または腫瘍関連表現型を模倣する。これらの結果は、ＬＲＲＣ３３発現が、極性化マクロファージの選択的サブセットに制限されることを示す。
証拠は、腫瘍細胞および／または周囲腫瘍間質細胞が、多くのサイトカイン、増殖因子およびケモカインを分泌し、ＴＭＥにおける様々な細胞の表現型（例えば、活性化、分化）に影響し得ることを示唆する。例えば、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ－ＣＳＦ、ＣＳＦ－１とも呼ばれる）は、公知の腫瘍由来因子であり、ＴＡＭ活性化および表現型を調節し得る。
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）分析を行なって、マクロファージにおけるＬＲＲＣ３３発現に対するＭ－ＣＳＦ曝露の効果を試験した。手短に言うと、ヒトＰＢＭＣを健康なドナーから集めた。１０％ヒト血清、プラスＧＭ－ＣＳＦまたはＭ－ＣＳＦを含む培地中で、初代細胞を１週間培養した。様々なＭ２マクロファージ表現型を誘導するために、細胞を、Ｍ２ｃサブタイプに関してＩＬ－１０およびＴＧＦβ、およびＭ２ｄサブタイプに関してＩＬ－６の存在下で、さらに２～３日培養した。図に示した細胞表面マーカーに対する抗体を、ＦＡＣＳ分析において用いた。ＣＤ１４＋免疫磁気選択は、単球を示す。
驚くべきことに、結果は、マクロファージ上の細胞表面ＬＲＲＣ３３の上方調節が、Ｍ－ＣＳＦ（ＣＳＦ－１としても知られる）に対する曝露の際に有意に増加することを示した。図１０Ａは、Ｍ－ＣＳＦによって処理されたマクロファージが、均一に、Ｍ２極性化マクロファージのものであることを示す。さらに、Ｍ－ＣＳＦ曝露は、マクロファージが細胞表面上にＬＲＲＣ３３を均一に発現するようにさせる（図１０Ｂを参照）。図１０Ｃに要約されるように、Ｍ－ＣＳＦによって活性化されたマクロファージ上の力強いＬＲＲＣ３３発現が観察された。これらの結果は、Ｍ－ＣＳＦのような腫瘍由来因子が、局所的なマクロファージ活性化を誘導し得て、腫瘍増殖を支持することを示唆する。
［実施例１０：インビボでの制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞活性に対するＡｂ３の効果］
ＧＡＲＰは、制御性Ｔ細胞上に発現されることが示されている。インビボでの制御性Ｔ細胞活性に対するＡｂ３の効果を、Ｔ細胞移行大腸炎モデル（Ｐｏｗｒｉｅ ｅｔ ａｌ．，１９９３ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，５（１１）：１４６４－１４７４；Ｐｏｗｒｉｅ ｅｔ ａｌ．，１９９４ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，１：５５３－５６２；Ｐｏｗｒｉｅ ｅｔ ａｌ．，１９９６ Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１８６：２６６９－２６７４）を用いて評価した。重度複合免疫不全（ＳＣＩＤ）マウスへのＣＤ４５Ｒｂｈｉ Ｔ細胞の移行は、大腸炎を誘導することが知られていて、ＣＤ４５Ｒｂｌｏ ＣＤ２５＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の共移行は、大腸炎発生を阻害して、マウスに対して保護的効果を示す。図１１に示されるように、３０ｍｇ／ｋｇ Ａｂ３を受け取ったマウスは、ＣＤ４５Ｒｂｌｏ ＣＤ２５＋ Ｔｒｅｇの共移行によって示された保護的効果がなくなる。具体的には、３０ｍｇ／ｋｇＡｂ３を受け取ったマウスは、ＩｇＧコントロールと比較して体重増加の有意な減少、および、近位結腸炎症スコアおよび結腸重量対長さの比の有意な増大を示した。これらのデータは、Ａｂ３が、インビボで制御性Ｔ細胞活性を抑制することが可能であることを示す。
［実施例１１：ＭＣ３８ミューリン結腸癌腫同一遺伝子型マウスモデルにおける腫瘍進行に対する、Ａｂ１およびＡｂ２単独または抗－ＰＤ－１抗体と組み合わせた効果］
Ａｂ１およびＡｂ２が、単独または抗－ＰＤ－１抗体と組み合わせて結腸癌腫腫瘍の進行を低減させる効果を評価するために、ＭＣ３８ミューリン結腸癌腫Ｃ５７ＢＬ／６マウス同一遺伝子型モデルを用いた。
腫瘍細胞培養
ＭＣ３８ミューリン結腸癌腫細胞を、１０％ウシ胎児血清、１００ユニット／ｍＬペニシリンＧナトリウム、１００μｇ／ｍＬ硫酸ストレプトマイシン、２５μｇ／ｍＬゲンタマイシン、および２ｍＭグルタミンを含むダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で増殖させた。細胞培養を、５％ＣＯ２および９５％空気の雰囲気において、３７℃で湿潤インキュベーター内の組織培養フラスコ中に維持した。
インビボ移植および腫瘍増殖
移植に用いたＭＣ３８細胞は、対数期増殖中に採取して、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中に再懸濁した。腫瘍移植の日に、それぞれの試験マウスに、右脇腹の皮下に５×１０５細胞（０．１ｍＬ細胞懸濁液）を注入して、平均サイズが８０～１２０ｍｍ３の標的範囲に近づいたときに腫瘍増殖を監視した。１１日後に、試験の１日目と指定されて、マウスを、計算された腫瘍サイズに従って、６３～１９６ｍｍ３の範囲の個々の腫瘍体積および９５～９８ｍｍ３のグループ平均腫瘍体積を有する１２匹の動物からそれぞれ構成されるグループに分類した。カリパスを用いて二次元で腫瘍を測定して、以下の式を用いて体積を計算した：

Figure 0007157744000025

ここで、ｗは腫瘍の幅でありｌは腫瘍の長さ（ｍｍ）である。腫瘍重量は、１ｍｇが腫瘍体積の１ｍｍ３と同等であるという仮定によって概算され得る。
治療
手短に言うと、１日目に皮下ＭＣ３８腫瘍（６３～１７２ｍｍ３）を保有する８週齢雌Ｃ５７ＢＬ／６マウス（ｎ＝１２）に、１週間に２回、４週間、Ａｂ１、Ａｂ２、ミューリンＩｇＧ１コントロール抗体のいずれかを（１０ｍＬ／ｋｇの投与容量中、それぞれ３０ｍｇ／ｋｇで）腹腔内（ｉ．ｐ．）投与した。コントロール群において腫瘍が１５０ｍｍ３に到達したときに（６日目）、マウスに、ラット抗－マウスＰＤ－１抗体（ＲＭＰ１－１４）またはラットＩｇＧ２Ａコントロール抗体のいずれかを、１週間に２回、２週間（１０ｍＬ／ｋｇの投与容量中、それぞれの抗体を５ｍｇ／ｋｇで）ｉ．ｐ．投与した。
グループ１は、腫瘍増殖コントロールとしての役割を果たし、ミューリンＩｇＧ１アイソタイプコントロール抗体をラットＩｇＧ２ａコントロール抗体と組み合わせて受け取った。グループ２は、Ａｂ１をラットＩｇＧ２ａコントロール抗体と組み合わせて受け取った。グループ３は、Ａｂ２をラットＩｇＧ２ａコントロール抗体と組み合わせて受け取った。グループ３は、ミューリンＩｇＧ１コントロール抗体を抗－ＰＤ－１抗体と組み合わせて受け取った。グループ４は、Ａｂ１を抗－ＰＤ－１抗体と組み合わせて受け取った。グループ５は、Ａｂ２を抗－ＰＤ－１抗体と組み合わせて受け取った。グループ６（ｎ＝１６）は、処置されず、サンプリングコントロール群としての役割を果たした。
エンドポイントおよび腫瘍増殖遅延（ＴＧＤ）分析
１週間あたり２回、カリパスを用いて腫瘍を測定して、それぞれの動物を、その腫瘍が、１，０００ｍｍ３のエンドポイント体積または試験の終わり（６０日目）のいずれかより早く生じた方に到達したときに安楽死させた。腫瘍体積エンドポイントに関して試験を終えたマウスは、腫瘍進行（ＴＰ）のために安楽死されるように、安楽死の日とともに文書記録された。分析に関するエンドポイントまでの時間（ＴＴＥ）は、２０１７年９月１３日に出願された米国仮出願番号６２／５５８，３１１に記載の方法に従って、それぞれのマウスに関して計算された。
回帰応答に関するＭＴＶおよび基準
治療有効性は、最終日に試験に残っている動物の腫瘍体積から決定され得る。ＭＴＶ（ｎ）は、腫瘍がエンドポイント体積に到達していない、残っている動物の数（ｎ）における試験の最終日のメジアン腫瘍体積として定義した。
治療有効性はまた、試験中に観察される発生率および回帰応答の大きさから決定されてもよい。治療は、動物において腫瘍の部分回帰（ＰＲ）または完全回帰（ＣＲ）を生じさせ得る。ＰＲ応答では、腫瘍体積は、試験の経過中の３つの連続する測定に関して、その１日目の体積の５０％以下であり、これらの３つの測定の１つまたは複数に関して、１３．５ｍｍ３以上であった。ＣＲ応答では、腫瘍体積は、試験の経過中の３つの連続する測定に関して、１３．５ｍｍ３未満であった。試験の最後にＣＲ応答を有する動物は、腫瘍フリー生存者（ＴＦＳ）としてさらに分類された。動物は、回帰応答に関して監視された。
腫瘍増殖阻害
腫瘍増殖阻害（ＴＧＩ）分析は、処置およびコントロールマウスのメジアン腫瘍体積（ＭＴＶ）における違いを評価する。この試験のために、ＴＧＩを決定するためのエンドポイントは２９日目であり、それは、コントロールマウスが１５００ｍｍ３の平均腫瘍体積に到達した日であった。ＭＴＶ（ｎ）は、ＴＧＩ分析の日における動物の数（ｎ）に関するメジアン腫瘍体積であり、それぞれの群に関して決定された。パーセント腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、指定のコントロール群のＭＴＶおよび薬物によって処置された群のＭＴＶの間の違いとして定義されて、コントロール群のＭＴＶのパーセンテージとして表した：
ＴＧＩ分析に関するデータセットは、ＴＧＩ分析の日前の非処置関連（ＮＴＲ）または処置関連（ＴＲ）の原因に起因して死亡したものを除いて、グループ内の全てのマウスを含んだ。
この試験では、Ａｂ１およびＡｂ２は、単独およびＭＣ３８ミューリン結腸癌腫Ｃ５７ＢＬ／６マウス同一遺伝子型モデルにおける抗－ＰＤ－１と組み合わせて評価された。Ａｂ２を抗－ＰＤ－１と組み合わせて投与されたマウスは、有意な２９日目のＴＧＩ（Ｐ＜０．０５、マンホイットニーのＵ検定）をもたらし、ログランク生存分析を用いて、ビヒクルによって処置されたコントロールとは統計的に有意に異なる生存利益（Ｐ＜０．０５、ログランク）を生じた（図１６を参照）。Ａｂ１またはＡｂ２をラットＩｇＧ２ａコントロール抗体と組み合わせて受け取ったマウスは、それぞれ、１ＣＲおよび１ＰＲの回帰応答を有した。抗－ＰＤ－１と組み合わせて、Ａｂ１およびＡｂ２の回帰応答は、それぞれ、１ＰＲおよび１ＣＲ、および４ＣＲであった。Ａｂ２は、抗－ＰＤ－１と組み合わせて、２９日目に有意な短期の有効性を生じて、ＭＣ３８ミューリン結腸癌腫Ｃ５７ＢＬ／６マウス同一遺伝子型モデルにおけるこの６０日ＴＧＤ試験において、全生存の利益を生じさせた。
［実施例１２：ＴＧＦβ１／３モデルでの、ＰＤ－１阻害剤と組み合わせた、生存に対するＡｂ３のインビボ効果］
ＥＭＴ－６は、免疫チェックポイント阻害剤処置単独が、腫瘍腫瘍および生存に対して制限された効果を示している、同所性マウス腫瘍モデルである。本発明者らは、特定の同一遺伝子型腫瘍モデルにおいて、ＲＮＡｓｅｑによって評価されるようにＴＧＦβの多数のアイソフォームが発現されることを認識している。ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３の両方とも、ＥＭＴ－６内で共優勢であり（図２１を参照）、ほぼ同量で発現される。本発明者らは、したがって、この特定のモデルでは、ＴＧＦβアイソフォームのｐａｎ－阻害剤は、アイソフォーム選択的阻害剤と比較して、より広範なインビボ有効性を提供し得ると推論した。
試験設計
この仮説を試験するために、８～１２週齢雌Ｂａｌｂ／ｃマウスに、０％マトリゲル中に５×１０６ＥＭＴ６乳癌細胞を含む０．１ｍＬを脇腹内に皮下注入した。重量および腫瘍カリパス測定に関して、隔週で試験全体を通して動物を監視した。３０～８０ｍｍ３の体積に腫瘍が到達したときに、動物を６つのグループに無作為化して、以下のとおりに投与を始めた：グループ１：ＨｕＮｅｇ－ｒＩｇＧ１／ＨｕＮｅｇ－ｍＩｇＧ１；グループ２：抗－ＰＤ１－ｒＩｇＧ１／ＨｕＮｅｇ－ｍＩｇＧ１；グループ３：抗－ＰＤ１－ｒＩｇＧ１／ｐａｎ－ＴＧＦβＡｂ－ｍＩｇＧ１；グループ４：抗－ＰＤ１－ｒＩｇＧ１／Ａｂ３－ｍＩｇＧ１；グループ５：ＨｕＮｅｇ－ｒＩｇＧ１／ｐａｎ－ＴＧＦβＡｂ－ｍＩｇＧ１；および、グループ６：ＨｕＮｅｇ－ｒＩｇＧ１／Ａｂ３－ｍＩｇＧ１。抗－ＰＤ１クローンはＲＭＰ１－１４（ＢｉｏＸＣｅｌｌ）であり、１週間に２回、５ｍｇ／ｋｇで投与した。ＨｕＮｅｇ－ｒＩｇＧ１をアイソタイプコントロールとして用いて、同様に投与した。Ａｂ３－ｍＩｇＧ１は３０ｍｇ／ｋｇで１週間に１回投与されて、ＨｕＮｅｇ－ｍＩｇＧ１は同様に投与された。Ｐａｎ－ＴＧＦβＡｂ－ｍＩｇＧ１は、５ｍｇ／ｋｇで１週間に２回投与された。全ての投与は、１０ｍｌ／ｋｇで腹腔内にされた。腫瘍が２０００ｍｍ３を超えたときに、動物を屠殺して、血清を集めて、腫瘍を取り出して、結局の分析のために急速冷凍した。重大な体重喪失のせいで屠殺された動物はなく、グループ２内の１匹の動物は死んだことが分かった（処置関連と判定されず）。
結果
ＥＭＴ６は、迅速に進行する同一遺伝子型腫瘍モデルである。グループ１およびグループ６の動物は、１８日のメジアン生存を有し、このモデルにおける処置効果なしの典型である。抗－ＰＤ１は、このモデルにおいて制限された効果を有することが知られていて、したがって、単独で投与された場合に、メジアン生存を１９．５日まで増大させた（グループ２）。グループ５もまた、メジアン生存を２１日まで小さく増大させた。グループ４は、２５日まで生存を控えめに増大させて、２匹の動物は３４日目にまだ生存していた。グループ３は、３４日目までに３つの死亡イベントのみを有し、この組み合わせの有意な生存効果を示した。Ａｂ３－ｍＩｇＧ１単独の投与を介したＴＧＦβ１阻害は、腫瘍体積増殖に効果がなかったが、抗－ＰＤ１と組み合わせると、５匹の動物はより遅い腫瘍増殖を示して、１匹の動物は完全な応答を示した。Ｐａｎ－ＴＧＦβ Ａｂ単独は、３匹の動物において腫瘍増殖を遅らせたが、抗－ＰＤ１と組み合わせて、４匹の動物は、有意により遅い腫瘍増殖を示し、５匹の動物は完全な応答を示した。これらの知見は、公共に利用可能な情報、例えば、全腫瘍ＲＮＡｓｅｑデータベース（Ｃｒｏｗｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ ＭｕＢａｓｅ）と一致し、ＥＭＴ６腫瘍が、ほぼ同等レベルのＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３発現を示すことを示す。
［実施例１３：片側尿管閉塞（ＵＵＯ）マウスモデルにおける、腎臓バイオマーカーおよび線維症に対するＡｂ２およびＡｂ３の効果］
片側尿管閉塞マウスモデルは、間質線維症（末期の腎臓疾患をもたらし得る一般的な病理学的プロセス）を研究するために幅広く用いられている（Ｉｓａｋａ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｃｏｎｔｒｉｂ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．１５９：１０９－２１、および、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ（１９９９）Ｐｅｄｉａｔｒ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．１３：６１２－９を参照）。ＵＵＯマウスは、腎臓筋線維芽細胞活性化、管状萎縮および間質線維症（最小限の糸球体病変を伴う）によって特徴付けられる（Ｌｉａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ａｃｔａ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｉｎ．３２：１５１３－２１を参照）。ＴＧＦβ１の発現の増大は、ＵＵＯマウスで観察される表現型において役割を果たすと考えられる。ＵＵＯマウスモデルにおける間質線維症の提示に対するＡｂ２の効果を評価するために、以下の実験を行なった。
手短に言うと、７～８週齢雄ＣＤ－１マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）は、４群のマウス（ｎ＝１０）であり、Ａｂ２（３ｍｇ／ｋｇまたは３０ｍｇ／ｋｇ；１０ｍＬ／ｋｇの投与容量）、ミューリンＩｇＧ１コントロール抗体（３０ｍｇ／ｋｇ；１０ｍＬ／ｋｇの投与容量）、またはＰＢＳを、外科的介入の前にビヒクルコントロール腹腔内（ｉ．ｐ．）として投与した。処置は、外科的処置の１日前（ｄ－１）、外科的処置の１日後（ｄ１）、および、外科的処置の３日後（ｄ３）に投与された。０日目（ｄ０）に、マウスをノーズコーン上にイソフルラン麻酔で麻痺させて、開腹術を行なって、その後に永久右片側（ｐｅｒｍａｎｅｎｔ ｒｉｇｈｔ ｕｎｉｌａｔｅｒａｌ）ＵＵＯ外科的処置を続けた。マウスのさらなるコントロール群（ｎ＝８）には上述のとおりＰＢＳを投与したが、シャム外科的処置のみを受けた（すなわち、尿管の閉塞をしない開腹術）。外科的手順の完了のすぐ後に、全てのマウスは、０．００１ｍｇ／ｋｇブプレノルフィンの１回の皮下注入を受けた。外科的処置の５日後にマウスを屠殺して、組織を分析のために摘出した。摘出後に、両方の腎臓を氷冷０．９％ＮａＣｌ内に置いて、脱カプセル化して、計量した。腎臓組織のコラーゲン含有量を評価するためのヒドロキシプロリンレベルを評価した。腎臓ヒドロキシプロリンレベル（組織線維症およびコラーゲン沈着のマーカー）は、シャム外科的処置を受けたマウスと比較して、外科的介入を受けたマウスにおいて有意に増大した。
それぞれの右腎臓の中央を横切る断面を、１０％中性緩衝化ホルマリン中で４８時間、浸漬固定して、それから、組織学的処理および分析のために７０％エタノールへ移した。固定された腎臓断面をパラフィン包埋して、切片化して（３つの５μｍの連続した切片を、動物腎臓あたり２００～２５０μｍ離れて取得して、より大きなサンプリングおよび腎臓負傷の表現を可能にした）、ピクロシリウスレッドで染色して、色スペクトルセグメンテーションを用いて定量組織学的分析に供して、皮質性コラーゲン体積分率（ＣＶＦ）を決定した。３つの連続する切片のそれぞれに関して平均ＣＶＦスコアを決定することにより、１つの混成ＣＶＦスコアをそれぞれの動物について計算した。独立ｔ検定を用いて統計分析を行なった。図１２Ｋに示されるように、腎臓皮質性線維症は、ＣＶＦによって決定されるように、コントロールのシャム処置マウスと比較して、ＵＵＯ閉塞腎臓において増大した。３ｍｇ／ｋｇまたは３０ｍｇ／ｋｇのいずれかのＡｂ２を受け取ったマウスは、ビヒクルコントロール（ＰＢＳ）またはＩｇＧコントロールのいずれかを受け取ったマウスと比較して、ＵＵＯによって誘導されるＣＶＦの増大の有意な減衰を示した。
採取された腎臓組織中の、プラスミノゲンアクチベーター阻害剤－１（ＰＡＩ－１）、結合組織増殖因子（ＣＴＧＦ）、ＴＧＦβ１、フィブロネクチン－１、α－平滑筋アクチン（α－ＳＭＡ）、単球走化性タンパク質１（ＭＣＰ－１）、コラーゲンＩ型α１（Ｃｏｌ１ａ１）、およびコラーゲンＩＩＩ型α１鎖（Ｃｏｌ３ａ１）の相対的ｍＲＮＡ発現レベルを決定した（図１２Ａ～１２Ｈ）。ハウスキーピング遺伝子ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）ｍＲＮＡレベルを用いてｍＲＮＡレベルを標準化した。さらに、外科的介入前に３ｍｇ／ｋｇまたは３０ｍｇ／ｋｇのいずれかのＡｂ２を受け取ったマウスでは、ＰＡＩ－１、ＣＴＧＦ、ＴＧＦβ１、フィブロネクチン１、Ｃｏｌ１ａ１、およびＣｏｌ３ａ１のｍＲＮＡレベルは、３０ｍｇ／ｋｇのＩｇＧ１コントロールを受け取ったマウスと比較して有意に低減した。外科的介入前に３ｍｇ／ｋｇのＡｂ２を受け取ったマウスでは、３０ｍｇ／ｋｇのＩｇＧ１コントロールを受け取ったマウスと比較して、α－ＳＭＡのｍＲＮＡが有意に低減した。さらに、外科的介入前に３０ｍｇ／ｋｇのＡｂ２を受け取ったマウスでは、３０ｍｇ／ｋｇのＩｇＧ１コントロールを受け取ったマウスと比較して、ＭＣＰ－１のｍＲＮＡレベルが有意に低減した。
公知の線維症マーカーのｍＲＮＡ発現レベルに対するＡｂ３の効果も評価した。図１２Ｉおよび１２Ｊに示されるように、外科的介入前に３ｍｇ／ｋｇまたは３０ｍｇ／ｋｇのＡｂ３を受け取ったマウスでは、ＩｇＧ１コントロールを受け取ったマウスと比較して、ＰＡＩ－１およびＣｏｌ１ａ１のｍＲＮＡレベルが有意に低減した。
要するに、ヒドロキシプロリンレベルを除外して、ＵＵＯマウスモデルにおいてＡｂ２またはＡｂ３で処置されたマウスにおける有意な効果が観察された。図１２Ａ～１２Ｈおよび１２Ｋに示されるように、Ａｂ２処置は、ＵＵＯによって誘導されるＣＶＦの増大を有意に弱めて、ＰＡＩ－１、ＣＴＧＦ、ＴＧＦβ１、フィブロネクチン１、Ｃｏｌ１ａ１、およびＣｏｌ３ａ１のような公知の線維症マーカーの遺伝子発現を有意に低減させた。同様に、図１２Ｉ～１２Ｊに示されるように、Ａｂ３処置は、ＰＡＩ－１およびＣｏｌ１ａ１のような公知の線維症マーカーの遺伝子発現を有意に低減させた。これらのデータは、ＴＧＦβ１が、腎疾患において役割を果たすＴＧＦβの主な形態であること、および、驚くべきことに、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３が、病因に関与しないと考えられることを示す。
［実施例１４：腎臓線維症のミューリンアルポートモデルに対する、ＴＧＦβ１特異的な、コンテクスト非依存性抗体の効果］
ミューリンＣｏｌ４ａ３－／－モデルは、常染色体劣性アルポート症候群の確立された遺伝子モデルである。アルポートマウスは、機能性コラーゲン４ Ａ３が欠損していて（Ｃｏｌ４Ａ３－／－）、したがって、α３、α４、およびα５鎖を必要とするＩＶ型コラーゲンを形成することができない。Ｃｏｌ４ａ３－／－マウスは、糸球体硬化症、間質線維症、および管状萎縮を含むヒト患者における腎臓線維症と一致する腎臓における線維症を発症して、全てのＣｏｌ４ａ３－／－マウスは、マウスの遺伝的背景に応じて１０～３０週齢に末期の腎臓疾患（ＥＳＲＤ）を発症する。Ｃｏｌ４ａ３－／－マウスにおける腎臓病理の構造上および機能上の兆候は、ＥＳＲＤへの進行と組み合わせて、Ｃｏｌ４ａ３－／－マウスを、腎臓線維症を理解するための理想的なモデルにさせる。以前の報告は、このプロセスにおけるＴＧＦβシグナル伝達経路の重要性を指摘して、αｖβ６インテグリン（ＴＧＦβの公知のアクチベーター）、またはＴＧＦβリガンドトラップによる処置は、アルポートマウスにおいて腎臓線維症および炎症を防ぐことが報告されている（Ｈａｈｍ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ，１７０（１）：１１０－１２５）。
Ａｂ３は、ＴＧＦβ１活性化のアイソフォーム特異的な、コンテクスト非依存性阻害剤であり、以下のようにアルポートマウスの腎臓線維症を阻害または緩和するその能力に関して試験された。
１２９：Ｂｌ６ヘテロ接合（ｈｅｔｅｒｏｚｉｇｏｕｓ）Ｘヘテロ接合交配種由来のＦ１子孫（中度進行（ｍｅｄｉｕｍ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｎｇ）モデル）をこの試験に用いた。Ａｂ３に関する抗体投与は、６週の試験持続期間、５ｍｇ／ｋｇで１週間に２回（すなわち、１０ｍｇ／ｋｇ／週）、誕生の６週後に始めた。ｐａｎ－ＴＧＦβ中和抗体をポジティブコントロールとして用いて（５ｍｇ／ｋｇで、１週間に２回投与した）、一方で、ＩｇＧをネガティブコントロールとして用いた。全ての抗体は、腹腔内注入を介して投与された。抗体治療の６週間後（誕生の１２週間後）、動物を屠殺して、分析のために腎臓を集めた。
ＴＧＦβ受容体活性化は、Ｓｍａｄ２／３のリン酸化を含む細胞内イベントの下流シグナル伝達カスケードをもたらすことが、十分に立証されている。したがって、Ａｂ３抗体治療の効果は、製造元の説明書に従ってＥＬＩＳＡ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）によって分析されるように、Ｓｍａｄ２／３の相対的リン酸化レベルを測定することによって、腎臓溶解サンプルにおいて評価された。図１５は、全体（リン酸化および非リン酸化）Ｓｍａｄ２／３に対するリン酸化の相対的な比を示すグラフを提供する。Ａｂ３で処置された動物のサンプルから調製された全腎臓溶解物は、ネガティブコントロールと比較して、Ｓｍａｄ２／３の相対的なリン酸化における有意な減少を示した。平均の比は、ヘテロ接合コントロールのものと同等であった。
上述の１２週齢アルポートＦ１マウスは、コラーゲン沈着（ピクロシリウスレッド定量化）および血液尿素窒素（ＢＵＮ）の蓄積の両方によって測定されるように（それぞれ、線維症を示す）、試験完了の時点で腎臓線維症の早期の証拠を示した。下流ＴＧＦβ受容体シグナル伝達において観察されるＡｂ３の阻害活性と一致して、Ａｂ３によって処理された組織は、線維症の減少した前兆（ｓｉｇｎ）を示した。例えば、Ａｂ３処置を受けなかったコントロールのアルポート動物に関する平均ＢＵＮレベルは、５０ｍｇ／ｄＬよりも上であり、一方で、Ａｂ３によって処置された動物における平均ＢＵＮレベルは、３０ｍｇ／ｄＬ未満まで減少して、Ａｂ３が、線維症を寛解させることが可能であり得ることを示唆した。
［実施例１５：四塩化炭素によって誘導される肝線維症に対する、ＴＧＦβ１特異的な、コンテクスト非依存性抗体の効果］
ＴＧＦβ活性は、肝線維症のような臓器線維症の病理における役割を果たすことが暗示されている。可溶性ＴＧＦＢＲＩＩ薬剤が、肝線維症の四塩化炭素（ＣＣｌ４）モデルにおいて肝線維症を防ぐことが以前に報告された（Ｙａｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２００２）。同様に、（アデノウイルス送達を介した）ＴＧＦβ１のアンチセンス阻害は、管結さつに起因する肝線維症を寛解させる（Ａｒｉａｓ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２００３）。加えて、１Ｄ１１、ＴＧＦβの全てのアイソフォームを中和するｐａｎ－ＴＧＦβ抗体は、ＴＡＡによって処置されたラットにおいて肝線維症および胆管細胞癌を減少させることが示されている（Ｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ ＯＮＥ，２０１３）。
ここで、マウスにおける四塩化炭素（ＣＣｌ４）によって誘導される肝線維症モデルを用いて、インビボでの線維症に対するＴＧＦβ１活性化のコンテクスト非依存性阻害剤の効果を評価した。肝線維症は、ＣＣｌ４（ｉ．ｐを介して６週間、１週間に２回与えられる）によって、雄ＢＡＬＢ／ｃマウスにおいて誘導された。ＣＣｌ４処置の最初の２週間後、動物を、Ａｂ３（３０ｍｇ／ｋｇ）の治療的な毎週の投与によって処置した。抗体による治療的投与は、２週間後に開始されて、４週間続けられた。
動物を、血液化学データに基づいて無作為化した。試験のＡｂ３投与の４週間、血液サンプルを、血清ＡＳＴ／ＡＬＴおよび全ビリルビン分析のために吸引した。動物を１週間に２回計量して、試験の間、体重を監視した。６週の試験の後に、肝臓および脾臓を集めて、計量して、肝臓：脾臓重量比を決定した。肝臓病理は、ピクロシリウスレッドによって染色された肝臓スライス上の組織学によって評価した。肝線維症の程度を、マッソンまたはピクロシリウスレッドによって染色された切片に従って、以下に挙げた基準を用いて切片全体に対して１０または２０×対物レンズの下で観察しながらスコア化した。

Figure 0007157744000026
それから、線維性スコアが、式ＳＳＳ＝ＣＬＶ＋ＰＳ＋ＰＴ＋２×（ＮＳ×ＷＳ）を用いて計算されて、中央静脈の肥大、類洞内、門脈、および影響を受けた領域および組織の層を考慮する。
図１４に要約されるように、Ａｂ３治療の４回の毎週の投与は、ＣＣｌ４によって誘導される肝線維症を有意に減少させた。
同様に、多数の投与量（３、１０および３０ｍｇ／ｋｇ）でのＡｂ２およびＡｂ３の抗－線維性効果を、肝臓の単一葉のホルマリン固定されたパラフィン包埋切片におけるピクロシリウスレッド染色の組織学的定量化（％領域）によって試験した。定量化は、盲目様式で病理学者によって行なわれた。上記に提供された観察と一致して、抗体によって処置された動物由来の肝臓切片は、組織コラーゲンの相対量に相当するピクロシリウスレッド染色によって測定されるように、ＣＣｌ４によって誘導される線維症の有意な減少を示した。結果は、Ａｂ２およびＡｂ３のそれぞれが、試験された最も少ない投与量（３ｍｇ／ｋｇ）でさえ、肝線維症の減少に効果的であることを示した。より具体的には、Ａｂ２処置を３ｍｇ／ｋｇで受けた、ＣＣｌ４によって処置された動物は、コラーゲン体積分率（％領域）を、ＩｇＧコントロール（３．３５６％）と比較して、２．０３％まで減少させた（ｐ＜０．０００５）。同様に、Ａｂ３処置を３ｍｇ／ｋｇで受けた、ＣＣｌ４によって処置された動物は、コラーゲン体積分率（％領域）を、ＩｇＧコントロール（３．３５６％）と比較して、１．９２％まで減少させた（ｐ＜０．０００５）。ＣＣｌ４処置を受けなかったダブルネガティブコントロール動物は、１．１４％のバックグラウンドコラーゲン体積分率を示した。
さらに、予備データは、Ａｂ３処置が、リン酸化－対－全体のＳＭＡＤ２／３の比としてＥＬＩＳＡによって測定されるように、リン酸化ＳＭＡＤ２／３のレベルの有意な減少を引き起こしたことを示し、ＴＧＦβ下流シグナル伝達経路が、インビボで、ＴＧＦβ１のコンテクスト非依存性阻害剤の投与によって抑制されたことを示す。
［実施例１６：筋ジストロフィーにおけるＴＧＦβ１の役割］
ＴＧＦβは、骨格筋機能において、筋形成の阻害、炎症および筋肉修復の調節、および線維症の促進を含む多数の役割を果たす。筋ジストロフィーを含む広範な疾患のための治療としてＴＧＦβ阻害にかなりの興味が存在するが、これらの治療は、分子コンテクストにかかわらずＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、およびＴＧＦβ３を阻害する。これらの阻害剤の特異性／選択性の欠如は、不要な副作用をもたらし得て、不十分な有効性での臨床投与量を導く。ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害分子は、ｍｄｘマウスにおいて、筋肉機能を改善して、線維症を減少させることが報告されているが、これらの効果がＴＧＦβ１、β２、またはβ３の不活性化に起因するかどうかは、未だ対処されていない。
その目的のために、ＴＧＦβ２およびβ３を割愛して（ｓｐａｒｉｎｇ）、インテグリンが介在する潜在型ＴＧＦβ１の活性化を特異的にブロックする抗体が生産されている。ジストロフィー筋における筋肉修復に特異的なＴＧＦβ１の役割を確認するために、Ｄ２．ｍｄｘマウスを、ｐｒｏＴＧＦβ１特異的抗体によって処置する。収縮によって誘導される負傷からの保護、ならびに、同一の方法の負傷からの回復に対するＴＧＦβ１阻害の機能性効果を評価する。組織学的評価は、処置が、筋肉損傷、線維症、および炎症に影響を及ぼすかどうかを含む。加えて、筋肉におけるｐａｎ－ＴＧＦβ阻害で報告される、観察される負の効果（例えば、炎症の増大、筋肉機能における長期損失）が、ＴＧＦβ１またはＴＧＦβ２／３の阻害に起因するかどうか決定するために、有り得る毒性が評価され得る。特異的な分子コンテクストでのＴＧＦβ１の阻害がより有効であり、および／または、より少ない負の効果（副作用）を有するかどうか理解するために、このモデルにおけるＬＴＢＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１阻害剤の有効性は、免疫細胞によって提示されるＴＧＦβ１の役割を、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）において提示されるものから、絡まりを解く（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｅ）ために評価され得て、より安全、および／または、より効果的な抗線維性治療を潜在的に導く。
ジストロフィー筋は、収縮によって誘導される負傷を非常に起こしやすい。負傷後に、ｍｄｘマウス由来の筋肉は、力発生の有意な減少およびエバンスブルー色素の取り込みの増大を示し、ＷＴと比較して、筋線維に対する物理的負傷／損傷を示す（Ｌｏｖｅｒｉｎｇ，Ｒ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｃｈ Ｐｈｙｓ Ｍｅｄ Ｒｅｈａｂｉｌ，２００７．８８（５）：ｐ．６１７－２５）。収縮によって誘導される負傷の程度を減少する、または、負傷後の回復を改善する治療的薬剤は、筋ジストロフィー患者にとって重大な臨床利益である（Ｂｕｓｈｂｙ，Ｋ．，ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｎｅｕｒｏｌ，２０１０．９（１）：ｐ．７７－９３）。Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３のような試験阻害剤は、ｉ）収縮によって誘導される負傷を防ぐ、ならびに、ｉｉ）負傷からの回復を促進する、それらの能力に関して評価され得る。Ｂ１０バックグラウンドに対する伝統的なｍｄｘ株と対照的に、Ｄ２．ｍｄｘ株が我々の実験に関して用いられ得る。これらのマウスは、ＤＢＡ２／Ｊバックグラウンドに対してｍｄｘを交差することによって生産されて、上述のＬＴＢＰ４の非保護的変異を有し、したがって、標準的なｍｄｘ株よりも重度で、進行性で、ヒト疾患に似た疾患病理を示す（Ｃｏｌｅｙ，Ｗ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ，２０１６．２５（１）：ｐ．１３０－４５）。Ｄ２．ｍｄｘマウスが用いられるので、ＤＢＡ２／Ｊマウスは、野生型コントロールとしての役割を果たし得る。ＤＭＤは主に雄に影響するので、研究は、雄マウスに焦点を当ててよい。
Ａｂ１およびＡｂ２が、収縮によって誘導される負傷を予防／制限する能力を試験するために、６週齢雄Ｄ２．ｍｄｘマウス（ｎ＝１０）を、１０ｍｇ／ｋｇ／週のＩｇＧコントロール、Ａｂ１、またはＡｂ２で６週間処置する。ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤を用いた公開ワークとの比較を可能にするために、４番目のグループに１０ｍｇ／ｋｇ／週の１Ｄ１１を投与する。全ての抗体はｍＩｇＧ１アイソタイプであり、この投与量は、ＵＵＯモデルにおいて効果的であることが以前に示されている（図１２Ａ～１２Ｋ）。ＩｇＧコントロールを投与されたＷＴ群も含まれる。屠殺する２４時間前に、マウスにＰＢＳ中１％エバンスブルー色素（ＥＢＤ）（体重の１体積％）を投与して、蛍光顕微鏡による筋線維損傷の評価を可能にする。処置の最後に、マウスをインビボでの偏心収縮プロトコルに供する。腓腹筋の偏心負傷は、記載されるように（Ｋｈａｉｒａｌｌａｈ，Ｒ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｓｉｇｎａｌ，２０１２．５（２３６）：ｐ．ｒａ５６）、３０５Ｂ筋肉レバーシステム（Ａｕｒｏｒａ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって行われ得る。手短に言うと、合間に１分の休止がある２０回の偏心収縮が行なわれて、偏心段階の前のピークの等尺性の力の低減は、筋肉損傷の示度（ｉｎｄｉｃａｔｉｏｎ）としてとられ得る。力の喪失の程度およびＥＢＤ陽性線維のパーセントが決定され得る。このプロトコルに供せられるＤＢＡ２／Ｊマウスは、２０回の偏心収縮後、最初の力の３０～４０％を失う。対照的に、Ｄ２．ｍｄｘマウスは、以前に説明されたように、同一プロトコル後に最初の力の８０％を失う（Ｐｒａｔｔ，Ｓ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ，２０１５．７２（１）：ｐ．１５３－６４；Ｋｈａｉｒａｌｌａｈ，Ｒ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｓｉｇｎａｌ，２０１２．５（２３６）：ｐ．ｒａ５６）。Ａｂ１およびＡｂ２が、負傷後に力の喪失を減少させる能力が評価され得る。マウスを実験の最後に屠殺して、負傷したおよび負傷してない腓腹筋の両方とも、組織学的分析のために集められ得る。ＥＢＤ取り込みは、両方の筋肉から評価され得る。筋線維断面積および線維症の程度が測定され得る。断面積の決定のために、筋肉の中央腹部由来の切片が、フルオロフォアにコンジュゲートされた小麦胚芽アグルチニンによって染色され得て、細胞膜を可視化する。切片は、蛍光顕微鏡を用いてデジタル化され得て、細胞境界は予測ソフトウェアを用いてトレースされて、断面積はバイアスのない自動測定を介して決定される。線維症の分析のために、切片はピクロシリウスレッド（ＰＳＲ）で染色され得て、スライドあたりのＰＳＲ＋の領域が計算される。
Ａｂ１、Ａｂ２またはＡｂ３が、収縮によって誘導される負傷からの回復を加速する能力が評価される。１２週齢ＤＢＡ２／ＪおよびＤ２．ｍｄｘマウスは、上述の同一の偏心収縮プロトコルを受け得る。負傷後に、マウスは処置群（ｎ＝１０）に分けられて、ＩｇＧコントロール（ＷＴおよびＤ２．ｍｄｘマウスについて）、１Ｄ１１、Ａｂ１、Ａｂ２またはＡｂ３（Ｄ２．ｍｄｘのみ）が投与される。抗体は、実験の持続時間、１０ｍｇ／ｋｇ／週で投与され得る。負傷の７および１４日後、負傷からの回復に対する処置の効果を評価するために、最大ピークの等尺性の力、単収縮（ｔｗｉｔｃｈ）－対－強縮（ｔｅｔａｎｉｃ）比、および、力と頻度の関係が測定され得る。Ａｂ１、Ａｂ２およびＡｂ３は、提示分子にかかわらずＴＧＦβ１の放出を阻害するが、細胞外マトリックス（すなわち、ＬＴＢＰによって提示される）からのＴＧＦβ１の選択的放出は、ＴＧＦβ１によって駆動されるＴｒｅｇ活性の保存に起因して、ＤＭＤにおいてより大きな利益を有し得る。この疑問に対処するために、特異的なＬＴＢＰ－ｐｒｏＴＧＦβ１阻害抗体もまた、収縮によって誘導される負傷を予防する、および、負傷からの回復を加速する、能力の両方に関して評価され得る。
［実施例１７：急性の負傷後の骨格筋におけるＴＧＦβ１の役割］
筋肉負傷後の筋線維再生において特異的なＴＧＦβ１の役割が研究され得る。ＴＧＦβ１特異的抗体は、特に筋線維再生中のＴＧＦβ１の役割を決定するために、心臓毒の負傷モデルにおいて用いられ得る。再生は組織学的に評価され得て、筋肉の質および強度の機能的評価が行われ得る。筋肉再生に関するＴＧＦβ１阻害の潜在的利益を考慮すると、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害で観察される毒性を伴わずに有益な効果を有する治療は、大きな利益である。このことは、サテライト細胞機能に対するＴＧＦβ１特異的な阻害の効果の調査を可能にして、サテライト細胞移植試験に対する見識を提供し得る。
上述のように、ＴＧＦβは、筋芽細胞激増および分化の阻害、ならびに、萎縮および線維症の促進を含む、筋肉生物学に対する多数の効果を有すると考えられる（Ａｌｌｅｎ，Ｒ．Ｅ．ａｎｄ Ｌ．Ｋ．Ｂｏｘｈｏｒｎ，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ，１９８７．１３３（３）：ｐ．５６７－７２；Ｂｒｅｎｎａｎ，Ｔ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９１．８８（９）：ｐ．３８２２－６；Ｍａｓｓａｇｕｅ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９８６．８３（２１）：ｐ．８２０６－１０；Ｏｌｓｏｎ，Ｅ．Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，１９８６．１０３（５）：ｐ．１７９９－８０５；Ｌｉ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２００４．１６４（３）：ｐ．１００７－１９；Ｍｅｎｄｉａｓ，Ｃ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｓｃｌｅ Ｎｅｒｖｅ，２０１２．４５（１）：ｐ．５５－９；Ｎｅｌｓｏｎ，Ｃ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２０１１．１７８（６）：ｐ．２６１１－２１）。しかしながら、これらの試験は、培地中で組み換えＴＧＦβ１を用いた、または、増殖因子がその分子コンテクストから除去されているので非生理学的な結果を有し得るマウスに注入した。あるいは、研究者は、ＴＧＦβ１に関して選択的でないＴＧＦβ阻害剤を用いた。
ＴＧＦβ１のアイソフォーム特異的な、コンテクスト寛容効果を評価するために、多数のｐｒｏＴＧＦβ１抗体（例えば、Ａｂ３）は、ＣＴＸによって誘導される負傷後の筋肉再生に影響するそれらの能力に関して試験され得る。これらの抗体はＴＧＦβ１活性化の「アイソフォーム特異的」および「コンテクスト寛容」阻害剤であるので、任意の提示分子からの、（ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３と対照的に）ＴＧＦβ１の放出を特異的に阻害し、成熟増殖因子に結合しない（図４Ｂ）。
筋肉再生は、右腓腹筋へのＣＴＸ注入を介して雄ＤＢＡ２／Ｊマウス（ｎ＝１０）において誘導され得る。負傷の１日前に、マウスに１０ｍｇ／ｋｇのＩｇＧコントロール、１Ｄ１１、Ａｂ１、またはＡｂ２が投与され得る。抗体は、試験の終わりまで毎週、投与が続けられる。負傷後７日目および１４日目に、筋力測定が、３０５Ｃ筋肉レバーシステム（Ａｕｒｏｒａ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ．，Ａｕｒｏｒａ，ＣＡＮ）を用いてインビボで測定され得る。手短に言うと、底屈筋（ｐｌａｎｔａｒｆｌｅｘｏｒ ｍｕｓｃｌｅ）のグループについては、収縮は、麻酔されたマウスにおいて坐骨神経の経皮電気刺激によって誘発されて、それから、一連の刺激は、増加する頻度の刺激（０．２ｍｓのパルス、５００ｍｓの一連の（ｔｒａｉｎ）持続時間）で：１、１０、２０、４０、６０、８０、１００、１５０Ｈｚの後に、１Ｈｚでの最終刺激が行なわれる。最大ピークの等尺性の力、単収縮（ｔｗｉｔｃｈ）－対－強縮（ｔｅｔａｎｉｃ）比、および、力と頻度の関係が測定され得る。力の測定の後に、負傷した腓腹筋およびヒラメ筋が集められて、組織学のために調製される。筋線維断面積および％ＰＳＲ＋領域は、上記の実施例８に記載のとおりに決定され得る。
Ａｂ３による処置は、線維症の減少および筋肉機能の改善をもたらし得る。しかしながら、免疫活性化の調節におけるＴＧＦβ１の役割を考慮すれば、１Ｄ１１処置（Ａｎｄｒｅｅｔｔａ，Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ，２００６．１７５（１－２）：ｐ．７７－８６）で報告されているように、我々は、抗体による炎症の増大を観察し得る可能性がある。炎症の増大がＴＧＦβ１阻害の治療的効果を制限し得る場合、その後にコンテクスト特異的な抗体が評価され得て、特異性のさらなる程度を提供して、毒性を制限し得る。例えば、読み出しおよび上述の方法を用いて、ＬＴＢＰからのＴＧＦβ１の放出を阻害する抗体のみが用いられてよい。これらの抗体は、Ｔｒｅｇまたはマクロファージからの放出に影響せずに、ＥＣＭからのＴＧＦβ１の放出のみを制限し得る。
［実施例１８：筋肉障害における適切なＴＧＦβ１阻害剤の選択］
健康、再生、および疾患筋肉におけるｐｒｏＴＧＦβ１およびその提示分子の発現分析は、最適な治療的アプローチの選択を助けるための有用な情報を提供し得る。筋肉再生および修復におけるＴＧＦβ１阻害の潜在的利益を考慮すると、異なる条件下（健康、急性的に負傷、および慢性的に負傷）の骨格筋における、ｐｒｏＴＧＦβ１提示（例えば、ＥＣＭ内または免疫細胞上）のコンテクストを理解することは、抗体の治療的有用性に関する情報を与えるのを助けることができ、最終的に、臨床有効性および安全性の両方を達成するために必要とされる特異性／選択性の程度に対する見識を提供する。ＴＧＦβ１提示の性質は、筋肉の健康状態に応じて、および、疾患の過程にわたって変化し得て、任意のＴＧＦβ１標的化治療に関する関与を有し得る。これらの分子の発現プロファイルを理解することは、潜在的治療的分子に関する投与の適切な時間の選択も助ける。ウエスタンブロット、免疫組織化学、および免疫沈降を用いて、ｐｒｏＴＧＦβ１およびその提示分子の発現が、正常、急性に負傷した（心臓毒負傷）、および慢性的に再生する（Ｄ２．ｍｄｘマウス）筋肉において評価され得る。これらの分子の発現は、上述の異なる状態における主要な細胞型または細胞型のサブセット（例えば、サテライト細胞、マクロファージ、線維脂肪生成前駆細胞など）において特に研究され得る。
ＴＧＦβアイソフォームの発現は、ｍｄｘマウス由来の筋肉において試験されているが、以前の研究は、成熟増殖因子の発現に焦点を当てた（Ｎｅｌｓｏｎ，Ｃ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ，２０１１．１７８（６）：ｐ．２６１１－２１；Ｚｈｏｕ，Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｍｕｓｃｕｌ Ｄｉｓｏｒｄ，２００６．１６（１）：ｐ．３２－８）。本明細書に記載のＴＧＦβ１抗体の標的特異性を考慮すると、発現パターンは、成熟およびｐｒｏＴＧＦβ１に関してだけでなく、提示分子のものに関しても試験されることが必須であり、目的のＴＧＦβ１のプールの由来および／またはコンテクストに関する情報を提供すべきである。理想的には、単に各構成要素ではなく潜在型複合体の発現パターンの理解を得ることが望ましい。
抗体は、目的の標的に関するウエスタンブロットおよびＩＨＣのためにスクリーニングされる。マウスＴＧＦβ１－ＬＡＰ、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、およびＬＴＢＰ４に対する抗体は、市販される。ＴＧＦβ１－ＬＡＰ（クローンＴＷ７－１６Ｂ４）に対する抗体は、広く特徴付けられていて、フローサイトメトリーおよびウエスタンブロットの両方において効果的である（Ｏｉｄａ，Ｔ．ａｎｄ Ｈ．Ｌ．Ｗｅｉｎｅｒ，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，２０１０．５（１１）：ｐ．ｅ１５５２３）。ＬＴＢＰ１（ＰｒｏｔｅｉｎＴｅｃｈ ＃２２０６５－１－ＡＰ）およびＬＴＢＰ３（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ ＃ＡＢＴ３１６）に対する抗体は、ＬＴＢＰ１－ｐｒｏＴＧＦβ１またはＬＴＢＰ３－ｐｒｏＴＧＦβ１によってトランスフェクトされたＳＷ４８０細胞を用いて内部で確証されていて、それらの標的に関して特異的であることが示されている。ＩＨＣに関するこれらの抗体の有用性が決定され得る。健康およびＤ２．ｍｄｘマウス由来の筋肉を切片化して、抗体が冷凍およびＦＦＰＥ切片上で試験される。抗体は、１００×過剰の精製された標的タンパク質または複合体（自家製）による条件を含むことによって確証され得て、観察されるシグナルが特異的であることが確認される。
以前の研究は、所定の潜在型複合体に特異的に結合するが阻害活性を持たない抗体を同定している。これらの抗体による抗原結合は、ＥＬＩＳＡ（図４Ｃ）によって確認されていて、ＩＨＣにおけるそれらの有用性に関しても評価され得る（これらのエピトープの三次元構造を考慮すると、これらの抗体はウエスタンブロット試薬として効果的でないと思われる）。バルク組織由来の潜在型ＴＧＦβ１複合体の存在もまた、ウエスタンブロットまたは免疫沈降によって評価され得る。潜在型複合体は、還元および非還元条件下で同一サンプルを行なうことによって、ウエスタンブロットによって同定され得る。還元条件下では、ＴＧＦβ１、ＬＡＰおよび提示分子は分離して、３つの分子は、デュアルカラーのウエスタンブロット方法を用いるが、同一ブロット上に同定され得る。非還元条件下では、ＬＡＰ：提示分子複合体は関連したままであるが、ＴＧＦβ１は解放されて；複合体は、空の提示分子よりもゆっくりと移動して、ＴＧＦβ１－ＬＡＰと共に移動する。様々な抗体が、特異的な提示分子に対するＴＧＦβ１の直接結合を示すために、筋肉由来の潜在型複合体を免疫沈降させるそれらの能力に関しても評価される。
適切な抗体が同定された時点で、利用可能な抗体に応じてウエスタンおよび／またはＩＨＣによって、健康な、再生している、および、ジストロフィー筋における発現が評価される。前脛骨筋（ＴＡ）および横隔膜筋は、ＤＢＡ２／ＪおよびＤ２．ｍｄｘマウスから、４、８、および１２週齢に集められ得る。筋肉を再生するために、心臓毒が１２週齢ＤＢＡ２／ＪマウスのＴＡへ注入され得て、筋肉が負傷の３、７、および１４日後に集められる。少なくとも４匹のマウス由来の組織が、それぞれの状態／時点に関して用いられ得る。共染色実験もまた、様々な分子（例えば：マクロファージに関してＣＤ１１ｂ、Ｔｒｅｇに関してＦｏｘＰ３、筋原細胞に関してＭｙｏＤ）を発現している細胞集団を同定するために行なわれ得る。
［実施例１９：Ａｂ２およびＡｂ３は、ＡＬＫ５キナーゼ阻害剤ＬＹ２１０９７６１およびＰａｎ－ＴＧＦβ抗体と比較して減少された毒性を示す］
小分子ＴＧＦ－β Ｉ型受容体（ＡＬＫ５）キナーゼ阻害剤ＬＹ２１０９７６１およびｐａｎ－ＴＧＦβ抗体（ｈＩｇＧ４）と比較して、Ａｂ２およびＡｂ３の毒性を評価するために、毒性試験をラットにおいて行なった。ラットはマウスと比較してＴＧＦβ阻害に対してより感受性であるという以前の報告に基づいて、ラットが、この安全性試験に関する種として選択された。ラットにおいて観察される同様の毒性は、イヌ、非ヒト霊長類、ならびにヒトのような、他の哺乳類種においても観察されている。
Ａ．試験のフェーズＩ
手短に言うと、雌Ｆ３４４／ＮＨｓｄラットに、Ａｂ２を３ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、３０ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、または１００ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）；ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を３ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、３０ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、または１００ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）；ＬＹ２１０９７６１を２００ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）または３００ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）；またはＰＢＳ（ｐＨ７．４）ビヒクルコントロール（１グループ、ｎ＝５）を投与した。Ａｂ２、ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体、またはビヒクルコントロールを受け取った動物は、１回、静脈内投与されて（１日目）、ＬＹ２１０９７６１を受け取ったラットは、７日間１日１回（７投与量）、経口で経管栄養によって投与された。動物体重を、投与フェーズの１、３、および７日目に決定した。８日目に動物を屠殺して、剖検を行なった。
図１７Ａに示される生存データに示されるように、Ａｂ２は、他の処置群と比較して減少した毒性を示した。３００ｍｇ／ｋｇのＡＬＫ５キナーゼ阻害剤ＬＹ２１０９７６１を投与された全ての動物は、瀕死状態で屠殺されて、または、試験の３、６、または７日目に死んでいることが分かった。２００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与された動物のうち２匹は、試験の７日目に死んでいることが分かった。１００ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された１匹の動物は、試験の６日目に死んでいることが分かった。１００ｍｇ／ｋｇまでのＡｂ２を投与された全ての動物は、最終的に屠殺されるまで生存した。
同様に、図１９Ａに示される生存データに示されるように、Ａｂ３によって処置されたラットは、他の処置群と比較して減少した毒性を示した。１００ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された動物は、試験の６日目に死んでいることが分かった。１００ｍｇ／ｋｇまでのＡｂ３を投与された全ての動物は、最終的に屠殺されるまで生存した。
さらに、処置の毒性を、投与フェーズ中に動物の体重を監視することによって評価した。図１８Ｂ～１８Ｅに示されるように、ＬＹ２１０９７６１を２００ｍｇ／ｋｇまたは３００ｍｇ／ｋｇで受け取った動物は、試験の工程中に体重の低減を示した。
動物臓器重量もまた、死後に評価した。表１１に示されるように、心臓重量の増大が、≧２００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与された動物において観察された。心臓重量の増大は、≧３０ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された動物においても観察された。臓器重量に対する効果は、１００ｍｇ／ｋｇまでのＡｂ２またはＡｂ３を投与した動物において観察されなかった。


Figure 0007157744000027
１００ｍｇ／ｋｇまでのＡｂ２またはｐａｎ－ＴＧＦβ抗体が投与された動物では肉眼的知見は観察されなかったが、異常にな形状をした胸骨は、２００ｍｇ／ｋｇまたは３００ｍｇ／ｋｇのいずれかのＬＹ２１０９７６１を受け取ったそれぞれの処置群の４匹の動物において観察された。胸部空洞中の２．５ｍＬの透明な流体、および、過剰な流体に起因する肥大した胸腺（すなわち、浮腫）が、３００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与された１匹の動物において観察されて、それは試験の３日目に死んでいることが分かった。
表１２に示されるように、顕微鏡的レベルで、≧２００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与された動物は、心臓弁知見（すなわち、弁膜症）を示した。弁膜症は、出血、内皮過形成、混合炎症性細胞浸潤、および／または間質過形成に起因する心臓弁肥大によって特徴付けられた（図１８Ｆ、上側右パネルを参照）。大部分の動物は、影響を受けた多数の弁を有した。加えて、最小限～軽度の混合炎症性細胞浸潤、最小限の出血、および／または最小限の内皮（心内膜）過形成を含む心房知見が観察されて、ヘマトキシリンおよびエオシンによって染色された切片における心房の好塩基性染色の増大をもたらした。心筋知見はまた、心臓基底において主に観察されて、最小限～軽度の変性／壊死、軽度の出血、および／または軽度の混合炎症性細胞浸潤から構成された。３００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与された１匹の動物は、冠動脈の炎症を有する軽度のネクローシスを有した。さらに、２００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与された２匹の動物は、最小限の混合炎症性細胞浸潤または大動脈根内の出血を有した。

Figure 0007157744000028
表１３および図２２に示されるように、≧３ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された動物は、上述のＬＹ２１０９７６１を投与された動物で説明されたものと同様に、心臓弁知見（すなわち、弁膜症）を示した（同じく図１７Ｆ、下側左パネルを参照）。≧３０ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された動物は、ＬＹ２１０９７６１を投与された動物において説明したものと同様の心房知見を示した。１００ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された動物は、ＬＹ２１０９７６１を投与された動物において説明したものと同様の心房知見を示し、３０ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された動物は、心筋内に出血があった。１００ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された１匹の動物は、冠動脈内に出血を有する中度の壁内ネクローシスを有し、軽度の血管周囲の混合炎症性細胞浸潤と関連した。ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体およびＬＹ２１０９７６１を投与された動物における骨の知見は、肉眼的に異常な形状をした胸骨、および、胸骨の終板および大腿骨および脛骨の骨端軟骨における肥大性ゾーンの顕微鏡的に増大した肥大から構成されて；これらの知見は、ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体と比較して、ＬＹ２１０９７６１を投与された動物において、より高い発生率および／または重症度であった。

Figure 0007157744000029

Figure 0007157744000030
最小限または軽度の心臓弁知見は、Ａｂ２を投与された動物の少数において生じたが、これらの知見は、低い発生率（動物および動物内の心臓弁の数）、投与量応答の欠如、および／または、同時的な骨知見の欠如に起因して、試験品目関連ではないと考えられた。
Ｂ．試験のフェーズＩＩ
試験の第二フェーズでは、雌ラットがグループに割り当てられて、上述のように、Ａｂ２を３ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、３０ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、または１００ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）；Ａｂ３を３ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、３０ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、１００ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）、または６０ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）；ＬＹ２１０９７６１を２００ｍｇ／ｋｇ（１グループ、ｎ＝５）；または、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）（１グループ、ｎ＝５）を投与された。Ａｂ２、Ａｂ３、またはビヒクルコントロールを受け取った動物は、１０ｍＬ／ｋｇの容量で４週、１週間に１回、静脈内に投与されて、ＬＹ２１０９７６１を受け取ったラットは、経口で経管栄養によって１日に１回、５日間投与された。動物を屠殺して、剖検を行なった。
試験の第一フェーズにおける観察と同様に、試験品目関連の心臓知見は、２００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与された動物において、より短い持続時間（すなわち、７日の代わりに５日）生じた。顕微鏡的心臓知見は、２００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１または≧３ｍｇ／ｋｇのｐａｎ－ＴＧＦβ抗体を投与された動物に関する心臓重量の増大と関連した。
最小限または軽度の心臓弁知見は、Ａｂ２またはＡｂ３を投与されたフェーズＩＩ動物の少数において生じたが、これらの知見は、低い発生率（動物および動物内の心臓弁の数）、投与量応答の欠如、および／または、同時的な骨知見の欠如に起因して、試験品目関連ではないと考えられた。
さらなる組織がフェーズＩＩにおいて評価された；顕微鏡的知見は、Ａｂ２またはＡｂ３に起因しなかった。しかしながら、顕微鏡的知見は、２００ｍｇ／ｋｇのＬＹ２１０９７６１を投与されたフェーズＩＩ動物の骨（胸骨、大腿骨、および脛骨）、肝臓、膵臓（動脈）、胸腺、甲状腺、雌生殖組織（卵巣、子宮、頚部、および膣）、および乳腺において生じた。胸腺知見は、最小限～軽度に低減した皮質内リンパ球から構成されて、それは、肉眼的に（ｍａｃｒｏｓｃｏｐｉｃａｌｌｙ）小さな胸腺および低減した胸腺重量と相関した。胸腺リンパ球の低減は、一次試験品目の効果と一致し、または、二次応力の効果（すなわち、内因性グルココルチコイドの増大）であった。最小限の甲状腺小胞細胞肥大（甲状腺重量の増大と相関する）は、肝臓酵素の導入と一致して、チロキシン代謝の増大をもたらした。ＬＹ２１０９７６１を投与された動物に関する肝臓重量の増大は、肝臓酵素導入を示唆するが、それらは、顕微鏡的な相互関連がなかった。雌生殖組織および乳腺における顕微鏡的知見は、発情周期の低減と一致し、子宮重量の低減と相関した。一部の動物はまた、管の上皮細胞および／または肺胞の小葉過形成／肥大（すなわち、雄性化）によって特徴付けられる乳腺知見も有し、エストロゲンの低減と一致した。
Ｃ．研究の結論
要するに、試験された全ての投与量（３ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇまたは１００ｍｇ／ｋｇ）で、４週の期間にわたってＡｂ２およびＡｂ３によって処置された動物は、以下：心筋変性（ｄｅｎｇｅｒａｔｉｏｎ）または壊死、心房出血、心筋出血、弁出血、弁内皮過形成、弁間質過形成、心臓弁内の混合炎症性細胞浸潤、石灰化、冠動脈内の出血を有するネクローシス、大動脈根（ａｒｏｔｉｃ ｒｏｏｔ）内の炎症を有するネクローシス、心筋細胞内のネクローシスまたは炎症性細胞浸潤、および弁膜症の、いずれのパラメーターにおいても、バックグラウンドよりも上の毒性作用を示さなかった。したがって、ＴＧＦβ１活性化のアイソフォーム特異的阻害剤による処置は、驚くべきことに、著しく改善された安全性プロファイル、例えば、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤処置（例えば、ＡＬＫ５キナーゼ阻害剤ＬＹ２１０９７６１またはｐａｎ－ＴＧＦβ抗体）と比較して死亡率の減少および心臓毒性の減少をもたらした。
［実施例２０：インビボでのＡｂ３のアイソフォーム選択性］
インビボでのＴＧＦβ１のアイソフォーム選択的な阻害を確認するために、薬力学試験を行ない、健康なラットから回収した気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）細胞における持続性（ｔｏｎｉｃ）リン酸化－ＳＭＡＤ２／３レベルに対するＡｂ３の効果を評価した。恒常性条件下では、ＢＡＬ細胞はＴＧＦβ２／３を優勢に発現するが、ＴＧＦβ１をほとんど発現せず、一方で、後者は病理学的条件において優先的に上昇することが、文献で報告されている。
健康なＳｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラット（試験の開始において、およそ６～８週齢、２００～２５０ｇの重量；Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ）を、体重によって試験群に無作為化して、以下に記載のとおりに投与した。
動物は、試験抗体（ｈｕＮＥＧ－ｍＩｇＧ１、抗－インテグリンβ６抗体、またはＡｂ３）を１、８、および１５日目に腹腔内注入によって受け取った。動物は、ＢＡＬおよび血清回収のために１６日目に安楽死させる。コントロール動物の１グループは、単一の経口の経管栄養（ＰＯ）投与量のＬＹ２１０９７６１（小分子ＡＬＫ５阻害剤）を１００ｍｇ／ｋｇで投与されて、ＢＡＬ回収のために投与後２時間（＋／－２０分）に安楽死させた。
ＢＡＬサンプルを集めるために、肺全体を５．０ｍＬの氷冷ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水で３回洗浄した。洗浄液（Ｌａｖａｇａｔｅ）をプールして、以下のように処理するまで、濡れた氷の上に直ちに置いた。それぞれのサンプル由来の小さな部分（１００～１５０μＬ）を、細胞計数のために氷上のわきにセットした。残りのサンプルを１，３００ｇ（２～８℃）で≧１０分間遠心分離した。細胞ペレットを直ちに氷上に置いた。２５０μＬの、調製されたばかりの氷冷ｐＳＭＡＤ溶解バッファーを用いてペレットを溶解させた。溶解したサンプルを１４，０００ｇで１０分間（２～８℃）遠心分離した。生じた上清を等分して、液体窒素中または乾燥した氷の上で直ちに急速冷凍した。
血清サンプルを、２，５００ｇ、２～８℃で、１０分間、遠心分離によって処理した。血清サンプルを－７０～－９０℃で凍らせた。
リン酸－ＳＭＡＤ２／３アッセイを、製造元の説明書に従ってＥＬＩＳＡ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって行なった。結果を、リン酸化－対－全ＳＭＡＤ２／３比によって評価した。表２０に示されるように、持続性（ｔｏｎｉｃ）ＳＭＡＤ２／３シグナル伝達は、小分子ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害剤、ＬＹ２１０９７６１、または、インテグリンのβ６鎖に対するモノクローナル抗体（インテグリンが介在するＴＧＦβ１／３の活性化をブロックする）のいずれかによって処置された動物において有意に抑制された。比較すると、ＴＧＦβ１アイソフォーム特異的な抗体、Ａｂ３によって処置された動物は、ＢＡＬ細胞における持続性（ｔｏｎｉｃ）リン酸化レベルを維持し、Ａｂ３が、インビボで、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３の恒常性機能を混乱させずに、ＴＧＦβ１活性化を選択的に阻害することが可能であるという見解を支持した。
［実施例２１：Ａｂ３：抗線維形成活性を有する、新規で非常に特異的なＴＧＦβ１阻害抗体］
形質転換増殖因子－β１（ＴＧＦβ１）は、組織恒常性および免疫応答の調節を含む様々な生物学的機能を有する。調節不全のＴＧＦβ１活性化は、腎臓線維症を含む多くの疾患と関連していて、慢性の活性化が主に疾患を駆動する。しかしながら、ＴＧＦβ１増殖因子と、その近い類似体ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３との間の高いホモロジーのため、真にＴＧＦβ１特異的な阻害剤は、理解しにくいままである。Ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害は、一方で、投与量を制限する心臓弁膜症を引き起こし得て、長期の投与と関連する毒性をもたらす。ＴＧＦβは、Ｎ末端プロドメインおよびＣ末端増殖因子にンパク分解性に切断されるプロタンパク質として発現される。プロドメインは、増殖因子と非共有的に結合したままであり、受容体結合を妨げる。この潜在型ＴＧＦβ複合体は、複合体がインテグリンによって活性化されるまで、細胞上または細胞外マトリックス内に存在して、増殖因子をフリーにして、受容体結合を可能にする。ＴＧＦβ１特異的抗体を同定するために、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３に対して、増殖因子よりもいっそう低いホモロジーを共有するプロドメインを標的化した。潜在型ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３に対して検出可能な結合はせず、潜在型ＴＧＦβ１に特異的に結合するモノクローナル抗体Ａｂ３が同定された。Ａｂ３は、αＶβ６またはαＶβ８インテグリンによる潜在型ＴＧＦβ１活性化をブロックすることが示されて、ＴＧＦβ１増殖因子／受容体相互作用を標的化する生物製剤によって達成されない特異性を提供した。Ａｂ３は、全ての４つの公知のＴＧＦβ提示分子との複合体で潜在型ＴＧＦβ１に結合および阻害し、多数の組織において潜在型ＴＧＦβ１の標的化を可能にする。Ａｂ３は、皮膚筋線維芽細胞および肝星細胞を含む多くの初代細胞において内因性ＴＧＦβ１の活性化をブロックする。最後に、この新規のメカニズムを介したＴＧＦβ１阻害のインビボでの有効性を、腎臓線維症のＵＵＯモデルにおいて試験して、Ａｂ３が、ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体によって処置された動物において達成されたものと同様のレベルまで線維症マーカーを抑制することを示した。合わせると、これらのデータは、潜在型ＴＧＦβ１活性化の阻害が前臨床線維症モデルにおいて効果的であり、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害と比較して優れた安全性プロファイルを有することを示す。
［実施例２２：抗線維形成活性を有する抗体であるＡｂ１による、ＴＧＦβ１活性化の非常に特異的な阻害］
形質転換増殖因子－β１（ＴＧＦβ１）は、組織恒常性および免疫応答の調節を含む、極めて重要かつ様々な生物学的機能を有するサイトカインである。ＴＧＦβは、Ｎ末端プロドメインおよびＣ末端増殖因子にタンパク分解性に分解されるプロタンパク質として発現される。分泌された増殖因子は、プロドメインと非共有的に結合したままであり、受容体結合およびシグナル伝達を妨げる。潜在型ＴＧＦβ１は、潜在型ＴＧＦβ１を、細胞外マトリックスまたは細胞表面に連結するジスルフィド結合を介して提示分子と共有結合する。現在までに、４つのＴＧＦβ提示分子（ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、ＧＡＲＰ、およびＬＲＲＣ３３）が同定されている。これらの提示分子は、潜在型ＴＧＦβ１に対して牽引力を与えるためのインテグリンに関するアンカーを提供し、したがって、活性の増殖因子を解放するので、潜在型複合体の活性化において重要な役割を果たす。調節不全のＴＧＦβ１活性化は、線維性疾患を含む多くの病理と関連していて、慢性のＴＧＦβ１活性化は、筋線維芽細胞の分化転換および細胞外マトリックスタンパク質の過剰発現を駆動する。線維症を駆動するＴＧＦβ１の役割は、その活性を阻害するための多数の治療薬の開発を導いている。しかしながら、強力な抗－ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体による阻害は、投与量を制限する心臓弁膜症を引き起こすことが見いだされて、この治療的アプローチの毒性に関する懸念をもたらした。ＴＧＦβ１を特異的に標的化する代替のストラテジーは、ＴＧＦβ１増殖因子とその近い類似体ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３との間の高いホモロジーによって複雑化される。ＴＧＦβ１プロドメイン（ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３のプロドメインに対してよりいっそう低いホモロジーを有する）が標的化されて、Ａｂ３（潜在型ＴＧＦβ１に特異的に結合して活性化を阻害し、潜在型ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３に対して検出可能に結合しない、完全なヒトモノクローナル抗体）が同定された。この新規のメカニズムは、ＴＧＦβ１増殖因子／受容体相互作用に結合およびブロックする生物製剤によって達成されないアイソフォーム特異性を可能にして、αＶβ６およびαＶβ８インテグリンの両方による潜在型ＴＧＦβ１活性化を妨げる。Ａｂ３は、全ての４つの公知のＴＧＦβ提示分子との複合体で潜在型ＴＧＦβ１に結合および阻害して、多数の組織において潜在型ＴＧＦβ１の標的化を可能にする。Ａｂ３は、皮膚筋線維芽細胞および肝星細胞を含む多くの初代細胞において、インビトロで内因性ＴＧＦβ１を阻害する。加えて、この新規のメカニズムを介したＴＧＦβ１阻害のインビボ有効性を、腎臓線維症の片側尿管閉塞モデルにおいて試験した。Ａｂ３は、ｐａｎ－ＴＧＦβ抗体によって処置された動物において達成されたものと同様のレベルまで、線維促進性遺伝子の誘導を抑制することが分かった。合わせると、これらのデータは、潜在型ＴＧＦβ１活性化の阻害が、前臨床線維症モデルにおいて効果的であり、ｐａｎ－ＴＧＦβ阻害と比較して潜在的に優れた安全性プロファイルを有することを示す。
［実施例２３：ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３の相対的発現の生物情報学分析］
癌性腫瘍におけるＴＧＦβアイソフォームの発現を評価するために、公共に利用可能なデータベースからの遺伝子発現（ＲＮＡｓｅｑ）データを試験した。公共に利用可能オンラインインターフェイスツール（Ｆｉｒｅｂｒｏｗｓｅ）を用いて、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）においてＴＧＦβアイソフォームの発現を試験して、正常および癌性組織の両方におけるＴＧＦβアイソフォームをコードするＲＮＡの示差的発現を最初に試験した。ＴＣＧＡデータベース内の全ての腫瘍ＲＮＡｓｅｑデータセットは、正常組織コンパレータが選択されて、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、およびＴＧＦＢ３遺伝子の発現が試験された（図２１Ａ）。Ｆｉｒｅｂｒｏｗｓｅインターフェイスからのデータは、キロベースミリオンあたりのリード（ｒｅａｄｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ ｍｉｌｌｉｏｎ）（ＲＰＫＭ）のｌｏｇ２として表される。
これらのデータは、大部分の腫瘍型（灰色）において、ＴＧＦＢ１が、ＴＧＦβアイソフォームの最も多量に発現される転写産物であることを示唆し、ｌｏｇ２（ＲＰＫＭ）値は一般に、０～２（ＴＧＦＢ２）および２～４（ＴＧＦＢ３）に対して、４～６の範囲である。我々はまた、いくつかの腫瘍型において、ＴＧＦＢ１およびＴＧＦＢ３発現の両方の平均レベルが、正常コンパレータ―サンプル（黒）と比較して上昇することに注目し、これらのＴＧＦβアイソフォームの発現の増大が、癌性細胞と関連し得ることを示唆する。癌微小環境内の宿主免疫系の抑制におけるＴＧＦβシグナル伝達の潜在的役割のため、我々は、ＴＧＦＢ１転写が、抗－ＰＤ１または抗－ＰＤＬ１治療が認められている癌タイプにおいて上昇することに注意することに興味を持った－これらの適応症（ｉｎｄｉｃａｔｉｏｎ）は、図２１Ａにおいて灰色でラベルされる。
ＲＰＫＭ＞１は一般に、生物学的に関連のある遺伝子発現と関連する最小値であると考えられるが（Ｈｅｂｅｎｓｔｒｅｉｔ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１３）、その後の分析に関して、よりストリンジェントなＲＰＫＭ（または関連する測定ＦＰＫＭ（Ｃｏｎｅｓａ ｅｔ ａｌ，２０１６を参照））のカットオフ＞１０または＞３０が、偽陽性を避けるために用いられたことに注目する。比較のために、これらの閾値の３つ全てを図２１Ａに示す。
図２１Ａにおける大きな四分位間範囲は、個々の患者間のＴＧＦβアイソフォーム発現における有意な可変性を示す。患者集団の少なくともサブセットがＴＧＦＢ１アイソフォームを示差的に発現する腫瘍を有する癌を同定するために、ＴＣＧＡデータセット内の個々の腫瘍サンプル由来のＲＮＡｓｅｑデータを分析して、キロベースミリオンあたりのフラグメント（ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ ｍｉｌｌｉｏｎ）（ＦＰＫＭ）の数を計算した。ＲＰＫＭおよびＦＰＫＭは、ほぼ同等であるが、ＦＰＫＭは、同一の転写の逆末端におけるダブル計測リード（ｄｏｕｂｌｅ－ｃｏｕｎｔｉｎｇ ｒｅａｄｓ）に関して修正する（Ｃｏｎｅｓａ ｅｔ ａｌ．，２０１６）。腫瘍サンプルは、転写のＦＰＫＭ値（ＦＰＫＭ ｖａｌｕｅ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ）が＞３０であるならば、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、またはＴＧＦＢ３発現に関して陽性としてスコアされて、それぞれのＴＧＦβアイソフォームを発現するそれぞれの癌タイプの患者の割合（％として表される）が計算された。（ｗｅｅｒ ｃａｌｃｕｌａｔｅｄ）（図２１Ｂ）。
図２１Ｂに示されるように、ＴＧＣＡデータセット内の腫瘍タイプの大部分が、ＴＧＦＢ１陽性である個々のサンプルの有意なパーセンテージを示し、急性骨髄性白血病、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および頭頸部扁平上皮細胞癌腫を含む一部の癌タイプは、全ての腫瘍サンプルの８０％よりも多くにおいてＴＧＦＢ１を発現する。図２１Ａにおけるデータと一致して、より少ない癌タイプがＴＧＦＢ２またはＴＧＦＢ３に関して陽性であるが、胸部侵襲性癌腫、中皮腫、および肉腫を含むいくつかの癌は、ＴＧＦＢ３陽性である腫瘍サンプルの等しいまたはより大きなパーセントを示す。これらのデータは、癌タイプが、ＴＧＦβアイソフォーム発現に関して階層化され得ること、および、そのような階層化が、ＴＧＦβアイソフォーム特異的阻害剤による治療の候補者である患者を同定するのに有用であり得ることを示唆する。
この仮説をさらに検討するために、個々の腫瘍サンプルのサブセット由来のｌｏｇ２（ＦＰＫＭ）ＲＮＡｓｅｑデータを、ヒートマップ内にプロットして（図２１Ｃ）、ＦＰＫＭ＞３０を反映する色閾値を、ＴＧＦＢアイソフォーム陽性とスコア化される最小転写レベルとして設定した。
それぞれのサンプルは、ヒートマップにおいて単列として表されて、サンプルは、ＴＧＦＢ１発現のレベルによって並べられる（最も高い発現レベルが上）。図２１Ｂにおける分析と一致して、それぞれの癌タイプにおける有意な数のサンプルが、ＴＧＦＢ１発現に関して陽性である。しかしながら、この表現は、多くの腫瘍が単にＴＧＦＢ１転写を発現するという事実も強調する（特に食道癌腫、膀胱尿路上皮、肺腺癌、および皮膚黒色腫癌タイプにおいて）。興味深いことに、胸部侵襲性癌腫由来のサンプルは、ＴＧＦＢ１陽性よりもＴＧＦＢ３陽性である、よりいっそう大きな数のサンプルを示すので、そのようなＴＧＦＢ１スキューイング（ｓｋｅｗｉｎｇ）は、全ての癌の特徴ではない。それにもかかわらず、この分析は、β１アイソフォームが優勢であり、ほとんどの場合において、数多くの癌患者由来の腫瘍内に存在する唯一のＴＧＦβファミリーメンバーであることを示す。ＴＧＦβシグナル伝達が癌微小環境内の免疫抑制において重大な役割を果たすことを示唆するデータと合わせると、これらの知見は、これらの腫瘍の治療におけるＴＧＦβ１特異的な阻害の有用性も指摘する。
癌治療としてのＴＧＦβ１特異的な阻害の有効性を試験するためのマウスモデルを同定するために、マウス同一遺伝子型腫瘍モデルにおいて用いられた様々な細胞株由来のＲＮＡｓｅｑデータにおけるＴＧＦβアイソフォーム発現を分析した。この分析のために、データの２つの表現を作成した。第一に、図３におけるデータと同様に、我々は、それぞれの細胞株由来の腫瘍に関するｌｏｇ２（ＦＰＫＭ）値のヒートマップを作成した（図２１Ｄ、左）。ＴＧＦＢ２およびＴＧＦＢ３陰性である、高いＴＧＦＢ１を発現している同一遺伝子型モデルを同定するためにこの分析が用いられたので、我々は主に偽陰性を避けることを心掛けて、図２１Ｂおよび２１Ｃでの表現におけるものより十分下のＦＰＫＭ＞１に、我々の「陽性」閾値を設定した。
図２１Ｄ（左）におけるデータ表現が明らかにするように、ＭＣ－３８、４Ｔ－１、およびＥＭＴ６を共通して含む多くの同一遺伝子型腫瘍は、有意なレベルのＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３の両方を発現する。対照的に、Ａ２０およびＥＬ４モデルは、ほぼ例外なくＴＧＦβ１を発現し、Ｓ９１およびＰ８１５腫瘍は、ＴＧＦＢ１発現に関する強いバイアスを示す。
ＴＧＦＢ１対ＴＧＦＢ２および／またはＴＧＦＢ３の示差的発現をさらに評価するために、ｍｉｎΔＴＧＦＢ１を計算して、ｌｏｇ２（ＦＰＫＭＴＧＦＢ１）－ｌｏｇ２（ＦＰＫＭＴＧＦＢ２）またはｌｏｇ２（ＦＰＫＭＴＧＦＢ１）－ｌｏｇ２（ＦＰＫＭＴＧＦＢ３）のより小さな値として定義した。それぞれのモデルに関するｍｉｎΔＴＧＦＢ１を図２１Ｄ（右）にヒートマップとして示し、Ａ２０、ＥＬ４、Ｓ９１、および／またはＰ８１５細胞株由来の同一遺伝子型腫瘍が、ＴＧＦβ１特異的な阻害剤の有効性を試験するための優れたモデルを示し得るという図２１Ｄ（左）からの結論を強調する。
上記の個々のセクションにおいて言及される本発明の様々な特徴および実施態様は、必要な変更を加えて、必要に応じて他のセクションに適用する。その結果として、あるセクションにおいて規定される特徴は、必要に応じて、他のセクションにおいて規定される特徴と組み合わせられ得る。
当業者は、本明細書に記載される本発明の特定の実施態様に対する多くの等価物を認識し、または、ほんのルーチン実験を用いて確認することができる。そのような等価物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。

Claims (24)

  1. 抗体であって、
    配列番号９５に示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一の重鎖可変領域ポリペプチド、および、配列番号９７に示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一の軽鎖可変領域ポリペプチドを含んでおり、
    前駆体／潜在型ＴＧＦβ１を含むタンパク質複合体に結合し、そこからの成熟ＴＧＦβ１増殖因子の放出を阻害し、
    以下のＣＤＲ－Ｌ１配列：ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮ（配列番号８８）を含む、
    抗体。
  2. 請求項１に記載の抗体であって、
    前記重鎖可変領域ポリペプチドは、配列番号９５に示されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、
    前記軽鎖可変領域ポリペプチドは、配列番号９７に示されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である、
    抗体。
  3. 請求項１に記載の抗体であって、
    配列番号９５に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域ポリペプチド、および
    配列番号９７に示されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域ポリペプチド、を含む、
    抗体。
  4. 請求項３に記載の抗体であって、
    配列番号９５に示されるアミノ酸配列からなる重鎖可変領域ポリペプチド、および
    配列番号９７に示されるアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域ポリペプチド、を含む、
    抗体。
  5. 請求項１に記載の抗体であって、
    前記抗体は、配列番号９９に示されるアミノ酸配列を含む重鎖ポリペプチド、および配列番号１００に示されるアミノ酸配列を含む軽鎖ポリペプチド、を含む、
    抗体。
  6. 請求項５に記載の抗体であって、
    前記抗体は、配列番号９９に示されるアミノ酸配列からなる重鎖ポリペプチド、および配列番号１００に示されるアミノ酸配列からなる軽鎖ポリペプチド、を含む、
    抗体。
  7. 請求項１から６のいずれか１項に記載の抗体であって、
    前記抗体はモノクローナル抗体である、
    抗体。
  8. 請求項１から７のいずれか１項に記載の抗体であって、
    前記抗体は、完全なヒト抗体またはヒト化抗体である、
    抗体。
  9. 請求項１から８のいずれか１項に記載の抗体であって、
    前記抗体はヒトＩｇＧ４抗体であり、当該ヒトＩｇＧ４抗体は主鎖置換を含んでよい、
    抗体。
  10. 請求項１から９のいずれか１項に記載の抗体であって、
    前記抗体は、前駆体／潜在型ＴＧＦβ１を含むタンパク質複合体に結合し、
    前記タンパク質複合体は、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ３、ＧＡＲＰおよびＬＲＲＣ３３からなる群から選択される提示分子をさらに含む、
    抗体。
  11. 請求項１から１０のいずれか１項に記載の抗体を含む医薬組成物。
  12. 請求項１１に記載の医薬組成物であって、
    少なくとも１つの追加の治療薬をさらに含む、
    医薬組成物。
  13. 線維症の徴候または状態をそのような治療を必要とするヒト対象において治療するための医薬の製造における、請求項１から１０のいずれか１項に記載の抗体または請求項１１または１２に記載の医薬組成物の使用。
  14. 請求項１３に記載の使用であって、
    前記線維症の徴候または状態は、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー性喘息、急性肺損傷、好酸球性食道炎、肺動脈性高血圧、糖尿病性糸球体硬化症、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、慢性腎疾患（ＣＫＤ）、腎臓移植および慢性拒絶と関連する線維症、ＩｇＡ腎障害、および溶血性尿毒症症候群、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、慢性ウイルス肝炎、寄生虫血症、アルコール性線維症、非アルコール性脂肪性肝炎－肝細胞癌腫（ＮＡＳＨ－ＨＣＣ）、原発性胆汁性肝硬変、硬化性胆管炎、心血管系線維症、全身性硬化症、びまん性皮膚全身性硬化症、強皮症、病理学的皮膚瘢痕、ケロイド、手術後の瘢痕、瘢痕修正外科的処置、および放射線によって誘導される瘢痕からなる群から選択される、
    使用。
  15. 請求項１３に記載の使用であって、
    前記線維症の徴候または状態は、ＩＰＦ、ＣＯＰＤ、肺動脈性高血圧、ＣＫＤ、ＮＡＳＨ、ＮＡＳＨ－ＨＣＣ、原発性胆汁性肝硬変および全身性硬化症からなる群から選択される、
    使用。
  16. 請求項１３に記載の使用であって、
    前記ヒト対象は、臓器線維症を有し、
    前記臓器線維症は、肝線維症、肺線維症、腎臓線維症、皮膚線維症、および／または心臓線維症であってよく、
    さらに前記対象は臓器線維症を有してもよいが、臓器移植のための候補者でない、
    使用。
  17. 請求項１６に記載の使用であって、
    前記対象は慢性炎症を伴う線維性障害を有する、
    使用。
  18. 請求項１７に記載の使用であって、
    前記繊維性障害は、筋ジストロフィーであり、
    前記筋ジストロフィーはＤＭＤであってよい、
    使用。
  19. 請求項１３から１８のいずれか１項に記載の使用であって、
    前記抗体は、少なくとも１つの追加の治療薬と組み合わせて使用される、
    使用。
  20. 請求項１９に記載の使用であって、
    前記追加の治療薬は、ミオスタチン阻害剤、ＶＥＧＦアゴニスト、ＩＧＦ１アゴニスト、ＦＸＲアゴニスト、ＣＣＲ２阻害剤、ＣＣＲ５阻害剤、デュアルＣＣＲ２／ＣＣＲ５阻害剤、リジルオキシダーゼ様２阻害剤、ＡＳＫ１阻害剤、アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼ（ＡＣＣ）阻害剤、ｐ３８キナーゼ阻害剤、ピルフェニドン、ニンテダニブ、ＧＤＦ１１阻害剤、またはＪＡＫ阻害剤を含む、
    使用。
  21. 請求項１９に記載の使用であって、
    前記追加の治療薬は、ＡＳＫ１阻害剤、ＦＸＲアゴニスト、またはＡＣＣ阻害剤を含む、
    使用。
  22. 請求項１２に記載の医薬組成物であって、
    前記追加の治療薬は、ミオスタチン阻害剤、ＶＥＧＦアゴニスト、ＩＧＦ１アゴニスト、ＦＸＲアゴニスト、ＣＣＲ２阻害剤、ＣＣＲ５阻害剤、デュアルＣＣＲ２／ＣＣＲ５阻害剤、リジルオキシダーゼ様２阻害剤、ＡＳＫ１阻害剤、アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼ（ＡＣＣ）阻害剤、ｐ３８キナーゼ阻害剤、ピルフェニドン、ニンテダニブ、ＧＤＦ１１阻害剤、またはＪＡＫ阻害剤を含む、
    医薬組成物。
  23. 請求項１２に記載の医薬組成物であって、
    前記追加の治療薬は、ＡＳＫ１阻害剤、ＦＸＲアゴニスト、またはＡＣＣ阻害剤を含む、
    医薬組成物。
  24. 請求項１から１０のいずれか１項に記載の抗体をコードする核酸。
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