JP7090793B2 - 次世代配列決定用途向けのホルムアミド非含有標的濃縮組成物 - Google Patents
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Description
以下の定義は、本開示を理解する上で支援するものである。
簡単に説明すると、AVENIO腫瘍組織DNAアッセイ(Roche Sequencing Solutions,Pleasanton,Cal.)により行ったが、標的捕捉プロトコルのハイブリッド形成ステップにおいて、ホルムアミドをDMSOに置き換えたことを例外とした。捕捉されたライブラリーは、イルミナNextSeq500(Ilumina,San Diego,Cal.)で配列決定し、DMSOの存在下で捕捉したライブラリーの配列決定結果は、ホルムアミド対照に匹敵する、水対照よりも大幅に良好な結果を実証した。ワークフローには、DNA研磨、DNA断片化、アダプターライゲーションおよびPCR増幅を含むライブラリー調製、標的濃縮、ハイブリッド形成後の浄化、ハイブリッド形成後の増幅および配列決定を含むステップが含まれていた。
Claims (3)
- 核酸の溶液中の標的核酸を濃縮する方法であって、
a.試料溶液中の核酸を分離するステップと、
b.前記試料溶液を、結合部分に連結された1つ以上の一本鎖ハイブリッド形成プローブを含み、かつ2-ピロリドンをさらに含むホルムアミド非含有ハイブリッド形成溶液と接触させるステップと、
c.前記試料核酸と前記プローブとの間のハイブリッドの形成を促進する条件下で、前記試料をインキュベートするステップと、
d.前記結合部分を捕捉することにより前記ハイブリッドを分離するステップとを含む、方法。 - 合成による単一分子配列決定によって配列決定されるべき標的核酸を濃縮する方法であって、
a.試料溶液中の核酸を分離するステップと、
b.前記核酸をアダプターに共役させるステップであって、前記アダプターが、ユニバーサルプライマー結合部位および配列決定プライマー結合部位を含む、ステップと、
c.前記適応した標的核酸をユニバーサルプライマーで増幅して標的アンプリコンを形成するステップと、
d.前記試料を、結合部分に連結された1つ以上の一本鎖ハイブリッド形成プローブを含み、かつ2-ピロリドンをさらに含むホルムアミド非含有ハイブリッド形成溶液と接触させるステップと、
e.前記標的アンプリコンと前記プローブとの間のハイブリッドの形成を促進する条件下で、前記試料をインキュベートするステップと、
f.前記結合部分を捕捉することにより前記ハイブリッドを分離するステップと、
g.前記ハイブリッドからアンプリコンを放出するステップとを含む、方法。 - 標的核酸を配列決定する方法であって、
a.試料溶液中の核酸を分離するステップと、
b.前記核酸をアダプターに共役させるステップであって、前記アダプターが、ユニバーサルプライマー結合部位および配列決定プライマー結合部位を含む、ステップと、
c.前記適応した標的核酸をユニバーサルプライマーで増幅して標的アンプリコンを形成するステップと、
d.前記試料を、結合部分に連結された1つ以上の一本鎖ハイブリッド形成プローブを含み、かつ2-ピロリドンをさらに含むホルムアミド非含有ハイブリッド形成溶液と接触させるステップと、
e.前記標的アンプリコンと前記プローブとの間のハイブリッドの形成を促進する条件下で、前記試料をインキュベートするステップと、
f.前記結合部分を捕捉することにより前記ハイブリッドを分離するステップと、
g.前記ハイブリッドからアンプリコンを放出し、前記配列決定プライマー結合部位に結合している配列決定プライマーを伸長させることによって、前記アンプリコンを配列決定するステップとを含む、方法。
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