JP7033583B2 - ゲノム編集効率を高めるための方法、組成物及びキット - Google Patents
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Description
本出願は、2016年7月13日に出願された米国特許出願第62/361,781号、及び2016年7月13日に出願された米国特許出願第62/361,961号の利益及び優先権を主張し、その各々の内容を本明細書に援用する。
2017年6月29日に作成されたサイズ7KBの「VPI_16-114WO_ST25.txt」という名称のファイルの内容を、その全体を参照により本明細書に援用する。
本発明は、DNAPK阻害剤を使用してDNAPKなどのNHEJ酵素を抑制することによって、HDR効率を向上させることができる。
RA1は、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造は、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれは、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換される。
RA5は、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれは、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換される。
構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
1つ以上の標的ゲノム領域の編集方法であって:
1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって;式中、
Xが、N、CR A5 であり;
R A1 が、F、C 1-4 アルキル、C 3-5 シクロアルキル、OC 1-4 アルキル、OC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、NH 2 、NHC 1-4 アルキル、NHC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、またはC 0-4 アルキル-ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;
各R A4 が、独立して、Hまたは 2 Hであり;
R A5 が、水素、F、C 1-4 アルキル、またはOC 1-4 アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の 2 H原子で置換され;
R B3 がC(O)NHC 1-4 アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;各R B4 が、独立して、水素、重水素、F、またはC 1-4 アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み;そして
前記1つ以上の標的ゲノム領域を編集する、前記編集方法。
(項目2)
1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断の相同組換え修復(HDR)経路を介した修復方法であって:
1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって;式中、
Xが、N、CR A5 であり;
R A1 が、F、C 1-4 アルキル、C 3-5 シクロアルキル、OC 1-4 アルキル、OC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、NH 2 、NHC 1-4 アルキル、NHC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、またはC 0-4 アルキル-ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;
各R A4 が、独立して、Hまたは 2 Hであり;
R A5 が、水素、F、C 1-4 アルキル、またはOC 1-4 アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の 2 H原子で置換され;
R B3 がC(O)NHC 1-4 アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;各R B4 が、独立して、水素、重水素、F、またはC 1-4 アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み;そして
前記ゲノム編集系が、前記標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断をもたらし、前記DNA切断を少なくとも部分的にHDR経路を介して修復する、前記修復方法。
(項目3)
1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断の非相同末端結合(NHEJ)経路を介した修復の阻害または抑制方法であって:
1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって;式中、
Xが、N、CR A5 であり;
R A1 が、F、C 1-4 アルキル、C 3-5 シクロアルキル、OC 1-4 アルキル、OC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、NH 2 、NHC 1-4 アルキル、NHC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、またはC 0-4 アルキル-ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;
各R A4 が、独立して、Hまたは 2 Hであり;
R A5 が、水素、F、C 1-4 アルキル、またはOC 1-4 アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の 2 H原子で置換され;
R B3 がC(O)NHC 1-4 アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;各R B4 が、独立して、水素、重水素、F、またはC 1-4 アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み;そして
前記ゲノム編集系が、前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断を生じ、前記DNA切断のNHEJ経路を介した修復を阻害または抑制する、前記阻害または抑制方法。
(項目4)
1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現の改変方法であって:
1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって;式中、
Xが、N、CR A5 であり;
R A1 が、F、C 1-4 アルキル、C 3-5 シクロアルキル、OC 1-4 アルキル、OC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、NH 2 、NHC 1-4 アルキル、NHC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、またはC 0-4 アルキル-ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;
各R A4 が、独立して、Hまたは 2 Hであり;
R A5 が、水素、F、C 1-4 アルキル、またはOC 1-4 アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の 2 H原子で置換され;
R B3 がC(O)NHC 1-4 アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;各R B4 が、独立して、水素、重水素、F、またはC 1-4 アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み;
前記ゲノム編集系が、標的遺伝子(複数可)の前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用し、前記1つ以上の標的ゲノム領域の編集をもたらし、前記編集が、前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を改変する、前記改変方法。
(項目5)
前記DNA切断が、DNA二本鎖切断(DSB)を含む、項目2~4のいずれか一項に記載の方法。
(項目6)
前記化合物が、式(I)または式(I’)の構造を有する化合物と、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む共結晶である、項目1~5のいずれか一項に記載の方法。
(項目7)
前記化合物が、構造式(II)、構造式(II’)、構造式(II’’)、または構造式(II’’’)、
によって表されるか、
またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶であり、
式中、R 1 及びR 2 のそれぞれが、水素または重水素である、項目1~5のいずれか一項に記載の方法。
(項目8)
前記化合物が、式(II)または式(II’)の構造を有する化合物;及びアジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸または安息香酸から選択される共結晶形成剤を含む共結晶である、項目7に記載の方法。
(項目9)
前記1つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域の編集効率が、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞における効率に比べて高い、項目1に記載の方法。
(項目10)
前記1つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域での前記DNA切断のHDR経路を介した前記修復の効率を、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞における効率に比べて増加させる、項目2に記載の方法。
(項目11)
前記1つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域での前記DNA切断のNHEJ経路を介した前記修復の阻害または抑制の効率を、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞に比べて増加させる、項目3に記載の方法。
(項目12)
前記効率を、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞における効率に比べて、少なくとも2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、40倍、50倍、または100倍増加させる、項目9~11のいずれか一項に記載の方法。
(項目13)
前記効率を、標的ポリヌクレオチド組込みの頻度によって測定する、項目9~12のいずれか一項に記載の方法。
(項目14)
前記効率を、標的突然変異誘発の頻度によって測定する、項目9~12のいずれか一項に記載の方法。
(項目15)
前記標的突然変異誘発が、点突然変異、欠失、及び/または挿入を含む、項目14に記載の方法。
(項目16)
前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて増加させる、項目4に記載の方法。
(項目17)
前記発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、または10倍増加させる、項目16に記載の方法。
(項目18)
前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて減少させる、項目4に記載の方法。
(項目19)
前記遺伝子発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%減少させる、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を、前記1つ以上の細胞において実質的に排除する、項目4に記載の方法。
(項目21)
前記細胞を、S細胞周期またはG2細胞周期の段階で同期させる、項目1~20のいずれか一項に記載の方法。
(項目22)
前記化合物を投与または接触させる前記1つ以上の細胞の生存期間を、前記化合物を投与または接触させなかった1つ以上の細胞に比べて延長させる、項目1~21のいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、前記1つ以上の細胞に同時に投与する、項目1~22のいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、前記1つ以上の細胞に順次投与する、項目1~22のいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記ゲノム編集系を、前記化合物に先行して前記1つ以上の細胞に投与する、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記化合物を、前記ゲノム編集系に先行して前記1つ以上の細胞に投与する、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記1つ以上の細胞が培養細胞である、項目1~26のいずれか一項に記載の方法。
(項目28)
前記1つ以上の細胞が、生物内のin vivo細胞である、項目1~26のいずれか一項に記載の方法。
(項目29)
前記1つ以上の細胞が、生物由来のex vivo細胞である、項目1~26のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記生物が哺乳類である、項目27または28に記載の方法。
(項目31)
前記生物がヒトである、項目27または28に記載の方法。
(項目32)
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、同じ経路を介して投与する、項目1~31のいずれか一項に記載の方法。
(項目33)
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、異なる経路を介して投与する、項目1~31のいずれか一項に記載の方法。
(項目34)
前記ゲノム編集系を静脈内投与し、前記化合物を経口投与する、項目33に記載の方法。
(項目35)
前記ゲノム編集系が、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)系、CRISPRベースの系、またはNgAgoベースの系から選択される、先行項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目36)
前記ゲノム編集系が、CRISPRベースの系である、項目35に記載の方法。
(項目37)
前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cas系またはCRISPR-Cpf系である、項目36に記載の方法。
(項目38)
前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cas系であり、前記CRISPR-Cas系が:(a)以下を含む少なくとも1つのガイドRNAエレメントを含み:(i)前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲッターRNA、または前記ターゲッターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を含む核酸;(ii)及び前記ターゲッターRNAとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を含むアクチベーターRNA、または前記アクチベーターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を含む核酸;ならびに(b)Casタンパク質を含むCasタンパク質エレメント、または前記Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含む、項目37に記載の方法。
(項目39)
前記ターゲッターRNA及びアクチベーターRNAを、単一分子として融合させる、項目38に記載の方法。
(項目40)
前記Casタンパク質がII型Cas9タンパク質である、項目38に記載の方法。
(項目41)
前記Cas9タンパク質が、SaCas9、SpCas9、SpCas9n、Cas9-HF、Cas9-H840A、FokI-dCas9、もしくはD10Aニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである、項目40に記載の方法。
(項目42)
前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cpf系であり、前記CRISPR-Cpf系が:(a)少なくとも1つのガイドRNAエレメント、または前記ガイドRNAエレメントをコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含み、前記ガイドRNAが、前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターRNAを含み;及び(b)Cpfタンパク質を含むCpfタンパク質エレメント、または前記Cpfタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する核酸を含む、項目40に記載の方法。
(項目43)
前記ゲノム編集系を、1つ以上のベクターによって送達する、項目1~42のいずれか一項に記載の方法。
(項目44)
前記1つ以上のベクターが、ウイルスベクター、プラスミド、またはssDNAから選択される、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及び単純ヘルペスウイルスベクターからなる群から選択される、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記ゲノム編集系を、合成RNAによって送達する、項目1~45のいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記ゲノム編集系を、ナノ製剤によって送達する、項目1~45のいずれか一項に記載の方法。
(項目48)
前記化合物が:
、またはその薬学的に許容される塩である、先行項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
前記化合物が:(a)化合物1または化合物2;及び(b)アジピン酸を含む共結晶である、先行項目のいずれか一項に記載の方法:
。
(項目50)
前記化合物が、(a)化合物(1);及び(b)アジピン酸を含む共結晶であり:
、アジピン酸と化合物(1)とのモル比が約2:1である、先行項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目51)
前記化合物が、(a)化合物(2);及び(b)アジピン酸を含む共結晶であり:
、アジピン酸と化合物(2)とのモル比が約2:1である、先行項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目52)
1つ以上の標的ゲノム領域を編集するためのキットまたは組成物であって:
ゲノム編集系;及び
構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって;式中、
Xが、N、CR A5 であり;
R A1 が、F、C 1-4 アルキル、C 3-5 シクロアルキル、OC 1-4 アルキル、OC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、NH 2 、NHC 1-4 アルキル、NHC 1-4 アルキル-C 3-5 シクロアルキル、またはC 0-4 アルキル-ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;
各R A4 が、独立して、Hまたは 2 Hであり;
R A5 が、水素、F、C 1-4 アルキル、またはOC 1-4 アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の 2 H原子で置換され;
R B3 がC(O)NHC 1-4 アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の 2 H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC 1-2 アルキルで置換され;各R B4 が、独立して、水素、重水素、F、またはC 1-4 アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含む、前記キットまたは組成物。
(項目53)
前記化合物が、構造式(II)、構造式(II’)、構造式(II’’)、または構造式(II’’’):
で表されるか、
またはその薬学的に許容される塩またはその共結晶であり、
式中、R 1 及びR 2 のそれぞれが、水素または重水素である、項目52に記載のキットまたは組成物。
(項目54)
前記ゲノム編集系が、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)系、CRISPRベースの系、またはNgAgoベースの系である、項目52または53に記載のキットまたは組成物。
(項目55)
前記ゲノム編集系が、CRISPRベースの系である、項目54に記載のキットまたは組成物。
(項目56)
前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cas系またはCRISPR-Cpf系である、項目55に記載のキットまたは組成物。
(項目57)
前記CRISPRベースの系がCRISPR-Cas系であり、前記CRISPR-Cas系が:(a)以下を含む少なくとも1つのガイドRNAエレメントを含み:(i)前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターRNA、または前記ターゲッターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸;(ii)及び前記ターゲッターRNAとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を有するアクチベーターRNA、または前記アクチベーターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を含む核酸;ならびに(b)Casタンパク質を含むCasタンパク質エレメント、または前記Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含む、項目56に記載のキットまたは組成物。
(項目58)
前記Casタンパク質がII型Cas9タンパク質である、項目57に記載のキットまたは組成物。
(項目59)
前記Cas9タンパク質が、SaCas9、SpCas9、SpCas9n、Cas9-HF、Cas9-H840A、FokI-dCas9、もしくはD10Aニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである、項目57に記載のキットまたは組成物。
(項目60)
前記CRISPRベースの系がCRISPR-Cpf系であり、前記CRISPR-Cpf系が:(a)前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターRNA、または前記ターゲッターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸;及び(b)Cpfタンパク質を含むCpfタンパク質エレメント、または前記Cpfタンパク質をコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含む、項目57に記載のキットまたは組成物。
(項目61)
前記ゲノム編集系を、1つ以上のベクターに含めるか、またはパッケージングする、項目56~60のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
(項目62)
前記1つ以上のベクターが、ウイルスベクター、プラスミド、またはssDNAから選択される、項目61に記載のキットまたは組成物。
(項目63)
前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及び単純ヘルペスウイルスベクターからなる群から選択される、項目62に記載のキットまたは組成物。
(項目64)
前記化合物が:
、またはその薬学的に許容される塩である、項目53~63のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
(項目65)
前記化合物が、式(I)または式(II)の構造を有する化合物とアジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む共結晶である、項目53~64のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
(項目66)
前記化合物が:(a)化合物1または化合物2;及び(b)アジピン酸を含む共結晶である、項目53~64のいずれか一項に記載のキットまたは組成物:
。
(項目67)
前記化合物が、(a)化合物(1);及び(b)アジピン酸を含む共結晶であり:
、アジピン酸と化合物(1)とのモル比が約2:1である、項目53~64のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
(項目68)
前記化合物が、(a)化合物(2);及び(b)アジピン酸を含む共結晶であり:
、アジピン酸と化合物(2)とのモル比が約2:1である、項目53~64のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
(項目69)
前記化合物が、化合物3、
、またはその薬学的に許容される塩である、項目53~64のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
他に定義されない限り、本開示に関連して使用する科学技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。一般的に、本明細書に記載する細胞及び組織培養、分子生物学、ならびにタンパク質及びオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの化学的性質ならびにハイブリダイゼーションに関連して利用する命名法、ならびに技法は、当技術分野で一般的に使用されるものである。組換えDNA、オリゴヌクレオチド合成、ならびに組織培養及び形質転換(例えば、電気穿孔法、リポフェクション)に対して、標準的な技術を使用する。酵素反応及び精製技術は、製造元の仕様書に従って、または当技術分野において一般的に達成されているように、または本明細書に記載のように実施する。前述の技術及び手順は、一般的に、当技術分野において周知であり、本開示を通して引用及び検討する様々な一般的及びより具体的な参考文献に記載されているような従来の方法に従って実施する。例えば、Sambrook et al.Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2d ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989))参照。本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医薬及び製薬化学に関連して利用する命名法、ならびにそれらの実験室手順及び技法は、当技術分野において周知であり、一般的に使用されているものである。化学合成、化学分析、医薬調製、製剤化、及び送達、ならびに患者の治療に対して、標準的な技術を用いる。一般的に、化学元素は、元素周期律表、CAS版、及びHandbook of Chemistry and Physics,75th Ed.1994に準拠して同定する。さらに、有機化学の一般原理は、“Organic Chemistry,”Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito:1999、及び“March’s Advanced Organic Chemistry,”5th Ed.,Smith,M.B.and March,J.,eds.John Wiley & Sons,New York:2001に記載されており、その全内容を参照により本明細書に援用する。本開示に従って利用する場合、本開示において定義する用語は、他に示されない限り、本明細書において定義するような意味を有するものと理解すべきである。
様々な種類のゲノム操作系を使用することができる。用語「ゲノム編集系」、「遺伝子編集系」などは、本明細書中では同じ意味で使用し、標的遺伝子またはその機能もしくは発現を編集する系または技術を指す。ゲノム編集系は、以下を含む:標的ゲノム領域(複数可)(または標的配列(複数可))の切断を可能にする少なくとも1つのエンドヌクレアーゼ成分;及びエンドヌクレアーゼ成分を標的ゲノム領域(複数可)にもたらすかまたは標的化する少なくとも1つのゲノム標的化エレメント。ゲノム標的化エレメントの例として、DNA結合ドメイン(例えば、ジンクフィンガーDNA結合タンパク質またはTALE DNA結合ドメイン)、ガイドRNAエレメント(例えば、CRISPRガイドRNA)、及びガイドDNAエレメント(例えば、NgAgoガイドDNA)が挙げられる。プログラム可能なゲノム標的化及びエンドヌクレアーゼエレメントは、特定のゲノム遺伝子座に二本鎖切断(DSB)などのDNA切断を導入することによって正確なゲノム編集を可能にする。DSBは、続いて、DSB部位への非相同末端結合(NHEJ)または相同性指向性修復(HDR)のいずれかのための内在性修復機構を動員し、ゲノム編集を媒介する。「エンドヌクレアーゼ成分」は、エンドヌクレアーゼ、またはそのようなエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含む。
本明細書中に開示する化合物のいくつかは、遊離型で、または適切な場合にはその薬学的に許容される誘導体として存在することができることも理解されよう。薬学的に許容される誘導体として、薬学的に許容されるプロドラッグ、塩、エステル、そのようなエステルの塩、または必要とする患者に投与する際に、本明細書中に他に記載されている化合物、またはその代謝産物もしくは残渣を、直接もしくは間接的に提供できる任意の他の付加物もしくは誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物(例えば、構造式(I)、(II)、または(II’’)で表される化合物)及び共結晶形成剤(CCF)を含む共結晶を使用する。
標的ゲノム編集効率は、本明細書に記載の1つ以上の化合物(例えば、DNAPK阻害剤)とゲノム編集系とを、共に細胞(複数可)に投与することによって高めることができる。使用に適したゲノム編集系として、例えば、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)系、CRISPRベースの系、またはNgAgoベースの系が挙げられる。本開示の方法、組成物、及びキットは、ゲノム編集効率を高めるためのDNAPK阻害剤及び/またはゲノム編集系を提供する。いくつかの実施形態では、HDRゲノム編集効率は、DNAPK阻害剤と共に細胞(複数可)に投与した後に高まる。
特定のゲノム領域を正確に改変するゲノム編集は、大きな治療的可能性を有している。
ンS病、血友病、骨髄肝性ポルフィリン症(HEP)、肝性AGT欠損症、原発性高シュウ酸血症、肝レンズ核変性症候群、ウィルソン病、遺伝性関節眼症、スティックラー症候群、遺伝性異所性リピドーシス、遺伝性ヘモクロマトーシス(HHC)、ヘモクロマトーシス、遺伝性出血性末梢血管拡張症(HHT)、遺伝性封入体ミオパチー、骨格筋再生、遺伝性鉄付加性貧血、X連鎖鉄芽球性貧血、遺伝性運動性感覚性ニューロパチー、遺伝性運動神経細胞障害V型、遠位性遺伝性運動ニューロパチー、遺伝性多発性外骨腫、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌、遺伝性周期性発熱症候群、遺伝性大腸腺腫症、家族性大腸腺腫症、遺伝性肺気腫、活性型プロテインCに対する遺伝性抵抗性、第V因子ライデン栓友病、遺伝性感覚性自律神経性ニューロパチーIII型、家族性自律神経失調症、遺伝性痙性対麻痺、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺、遺伝性脊椎性運動失調症、フリードライヒ運動失調症、遺伝性脊髄硬化症、フリードライヒ運動失調症、ヘリック貧血症、ヘテロ接合性OSMED、ヴァイセンバッヒャー-ツヴァイミュラー症候群、ヘテロ接合性耳脊椎巨大骨端異形成、ヴァイセンバッヒャー-ツヴァイミュラー症候群、HexA欠損症、テイ-サックス病、ヘキソサミニダーゼA 欠損症、テイ-サックス病、ヘキソサミニダーゼαサブユニット欠損症(任意のバリアント、例えば、バリアントA、バリアントB)、テイ-サックス病、HFE関連ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス、HGPS、早老症、ヒッペル-リンドウ病、フォン・ヒッペル-リンドウ病、ヘモクロマトーシス(HLAH)、、遠位遺伝性運動神経障害(HMN V)、、遺伝性非ポリポーシス大腸癌(HNPCC)、、圧迫性麻痺傾向を伴う遺伝性ニューロパチー(HNPP)、ホモシスチン尿症、ホモゲンチジン酸酸化酵素欠損症、アルカプトン尿症、ホモゲンチジン酸尿症、アルカプトン尿症、ホモ接合性晩発性皮膚ポルフィリン症、骨髄肝性ポルフィリン症、、原発性高シュウ酸尿症(HP1)、、高シュウ酸尿症(HP2)、高フェニルアラニン血症(HPA)、HPRT-ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠損症、レッシュ-ナイハン症候群、HSAN III型、家族性自律神経失調症、家族性自律神経失調症(HSAN3)、遺伝性感覚性ニューロパチー(任意の型、例えば、HSN-I、HSN-II、HSN-III)、家族性自律神経失調症、ヒト皮膚脆弱症、ハンチントン病、ハッチンソン-ギルフォード早老症候群、早老症、21水酸化酵素欠損症による非古典型アンドロゲン過剰症、高カイロミクロン血症、家族性リポタンパク質リパーゼ欠損症(家族性)、ケトアシドーシス及び白血球減少症を伴う高グリシン血症、プロピオン酸血症、I型高リポタンパク血症、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性高シュウ酸尿症、原発性高フェニルアラニン血症、高フェニルアラニン血症、高フェニルアラニン血症、軟骨低形成症、軟骨低形成症、軟骨低発生症、軟骨低形成症、低色素性貧血、X連鎖鉄芽球性貧血、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)欠損症、レッシュ-ナイハン症候群、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺(IAHSP)、ICF症候群、免疫不全、動原体不安定性及び顔面奇形症候群、特発性ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス3型、特発性新生児ヘモクロマトーシス、新生児ヘモクロマトーシス、特発性肺高血圧症、免疫系障害、X連鎖重症複合免疫不全症、色素失調症、乳児脳性ゴーシェ病、乳児ゴーシェ病、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺、不妊症、遺伝性肺気腫、遺伝性圧迫性麻痺傾向、Insley-Astley症候群、耳脊椎巨大骨端異形成、間欠性急性ポルフィリン症症候群、急性間欠性ポルフィリン症、腸ポリポーシス-皮膚色素沈着症候群、ポイツ-ジェガース症候群、、色素失調症(IP)、鉄蓄積障害、ヘモクロマトーシス、イソジセントリック15、イソジセントリック15、非症候性難聴、非症候性難聴、ジャクソン-ワイス症候群、ジュベール症候群、、若年性原発性側索硬化症(JPLS)、若年性筋萎縮性側索硬化症、若年性痛風、舞踏病アテトーゼ、精神遅滞症候群、レッシュ-ナイハン症候群、若年性高尿酸血症症候群、レッシュ-ナイハン症候群、、ジャクソン-ワイス症候群(JWS)、球脊髄性筋萎縮症、ケネディ病、球脊髄性筋萎縮症、ケネディ球脊髄性筋萎縮症、球脊髄性筋萎縮症、ケラシン組織球増殖症、ケラシンリポイドーシス、ケラシン蓄積症、ケトーシス型グリシン血症、プロピオン酸血症、ケトーシス型高グリシン血症、プロピオン酸血症、腎臓病、原発性高シュウ酸尿症、Kniest骨異形成症、クラッベ病、クーゲルベルク-ヴェランダー病、脊髄性筋萎縮症、まだら認知症、CADASIL症候群、Langer-Saldino型軟骨無発生症、Langer-Saldino型軟骨低形成症、遅発性アルツハイマー病、遅発性クラッベ病(LOKD)、クラッベ病、学習障害、学習障害、口周囲多発性黒子症候群、ポイツ-ジェガース症候群、レッシュ-ナイハン症候群、白質ジストロフィー、ローゼンタール線維を伴う白質ジストロフィー、アレキサンダー病、海綿状白質ジストロフィー、リー-フラウメニ症候群(LFS)、リー-フラウメニ症候群、リパーゼD欠損症、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性LIPD欠損症、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性セレブロシド蓄積症、乳児ガングリオシド蓄積症、テイ-サックス病、リポイド組織球増殖症(ケラシン型)、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性肝疾患、ガラクトース血症、ルーゲーリック病、ルイ-バー症候群、毛細血管拡張性運動失調症、リンチ症候群、遺伝性非ポリポーシス大腸癌、リジルヒドロキシラーゼ欠損症、マシャド-ジョセフ病、脊髄小脳失調症(任意の型、例えば、SCA1、SCA2、SCA3、SCA18、SCA20、SCA21、SCA23、SCA26、SCA28、SCA29)、男性乳癌、乳癌、男性性器疾患、乳房の悪性新生物、乳癌、乳癌の悪性腫瘍、乳癌、膀胱の悪性腫瘍、膀胱癌、乳癌、乳癌、マルファン症候群、マーカーX症候群、脆弱X症候群、マーティン-ベル症候群、脆弱X症候群、マキューン-オルブライト症候群、マクラウド症候群、MEDNIK症候群、地中海性貧血症、βサラセミア、巨大骨端性小人症、耳脊椎巨大骨端異形成症、メンケア病、メンケス病、メンケス病、骨軟骨異常を伴う精神遅滞、コフィン-ローリー症候群、メタボリック障害、変容性小人症II型、Kniest骨異形成症、変容性小人症II型、Kniest骨異形成症、メトヘモグロビン血症(任意の型、例えば、先天性、β-グロビン型、先天性メトヘモグロビン血症II型)、メチルマロン酸血症、マルファン症候群(MFS)、MHAM、カウデン病、マイクロ症候群、小頭症、MMA、メチルマロン酸血症、メンケス病(別名MKまたはMNK)、モノソミー1p36症候群、運動ニューロン疾患、筋萎縮性側索硬化症、筋萎縮性側索硬化症、運動障害、モワット-ウィルソン症候群、ムコ多糖症(MPS I)、嚢胞性線維症、多発脳梗塞性認知症、CADASIL症候群、多発性カルボキシラーゼ欠損症、遅発性ビオチニダーゼ欠損症、多発性過誤腫症候群、カウデン病、多発性神経線維腫症、筋ジストロフィー(任意の型、例えば、デュシェンヌ型及びベッカー型を含む)、萎縮性筋緊張症、筋緊張性ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、Nance-Insley症候群、耳脊椎巨大骨端異形成、Nance-Sweeney軟骨異形成、耳脊椎巨大骨端異形成、NBIA1、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、ニール-ディングウォール症候群、コケイン症候群、網膜神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、脳内鉄蓄積型1型神経変性、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、神経疾患、神経筋障害、、遠位性遺伝性運動神経障害、ニーマンピック病、ニーマンピック病、ノアク症候群、非ケトーシス型高グリシン血症、グリシン脳症、非神経障害性ゴーシェ病、非フェニルケトン尿症型高フェニルアラニン血症、テトラヒドロビオプテリン欠損症、非症候性難聴、ヌーナン症候群、Norrbottnianゴーシェ病、オクロノーシス、アルカプトン尿症、アルカプトン尿性関節炎、アルカプトン尿症、Ogden症候群、骨形成不全症(OI)、オスラー-ウェーバー-ランデュ病、遺伝性出血性毛細血管拡張症、OSMED、耳脊椎巨大骨端異形成症、骨形成不全症、骨脆弱症、骨形成不全症、先天性骨硬化症、耳脊椎巨大骨端異形成症、耳脊椎巨大骨端異形成症、耳脊椎巨大骨端異形成症、シュウ酸症、原発性高シュウ酸尿症、原発性シュウ酸尿症、原発性高シュウ酸尿症、パントテン酸キナーゼ関連神経変性症、パトー症候群(13トリソミー)、PBGD欠損症、急性間欠性ポルフィリン症、PCC欠損症、プロピオン酸血症、、晩発性皮膚ポルフィリン症(PCT)、PDM病、ペンドレッド症候群、周期性疾患、地中海性発熱、家族性周期性腹膜炎、口周囲多発性黒子症症候群、ポイツ-ジェガース症候群、末梢神経障害、家族性自律神経障害、末梢性神経線維腫症、腓骨筋萎縮症、ペルオキシソームアラニン:グリオキシル酸アミノトランスフェラーゼ欠損症、高シュウ酸尿症、原発性ポイツ-ジェガース症候群、フェニルアラニン水酸化酵素欠損症、褐色細胞腫、フォン・ヒッペル-リンドウ病、胎児性軟骨異形成を伴うピエール-ロバン症候群、ヴァイセンバッハー-ツヴェイミューラー症候群、色素性硬変症、ヘモクロマトーシス、、ポイツ-ジェガース症候群(PJS)、パントテン酸キナーゼ関連神経変性(PKAN)、PKU、フェニルケトン尿症、鉛ポルフィリン症、ALA欠損ポルフィリン症、PMA、多発性嚢胞腎疾患、多骨性線維性骨異形成症、マキューン-オルブライト症候群、家族性大腸腺腫症、、過誤腫性大腸ポリポーシス、ポリープ及び色素斑症候群、ポイツ-ジェガース症候群、ポルフォビリノーゲン合成酵素欠損症、ALA欠損ポルフィリン症、ポルフィリン障害、PPOX欠損症、異型ポルフィリン症、プラダー-ラープハルト-ウィリー症候群、プラダー-ウィリー症候群、初老及び老人性認知症、原発性線毛機能不全症(PCD)、原発性ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス、原発性高尿酸血症症候群、レッシュ-ナイハン症候群、原発性老人性変性性認知症、プロコラーゲン型EDS VII、変異型、、早老症、ハッチンソンギルフォード早老症候群、早老様症候群、コケイン症候群、早老性小人症、コケイン症候群、慢性遺伝性進行性舞踏病(ハンチントン)、ハンチントン病、正常な強膜を伴う進行性変形性骨形成不全症、骨形成不全症(任意の型、例えば、I型、II型、III型、IV型、V型、VI型、VII型、VIII型)、近位筋緊張性ジストロフィー(PROMM)、プロピオン酸血症、プロピオニル-CoAカルボキシラーゼ欠損症、プロテインC欠損症、プロテインS欠損症、プロトポルフィリン症、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ欠損症、異型ポルフィリン症、多発性筋緊張性ジストロフィー症、筋緊張性ジストロフィー症2型、近位筋緊張性ミオパチー、擬似ゴーシェ病、弾性線維性仮性黄色腫、サイコシンリピドーシス、クラッベ病、肺動脈性肺高血圧症、肺高血圧症、弾性線維性仮性黄色腫(PXE)、弾性線維性仮性黄色腫、、網膜芽細胞腫(Rb)、レックリングハウゼン病、再発性多発性漿膜炎、網膜障害、色素性網膜炎-難聴症候群、アッシャー症候群、網膜芽細胞腫、レット症候群、3型RFALS、リッカー症候群、ライリー-デイ症候群、家族性自律神経障害、ルシー-レヴィ症候群、、ルビンシュタイン-テイビ症候群(RSTS)、、レット症候群(RTS)、ルビンシュタイン-テイビ症候群、ルビンシュタイン-テイビ症候群、サック-バラバス症候群、、SADDAN病、リー及びフラウメニの肉腫症候群、リー-フラウメニ症候群、SBLA症候群(肉腫、乳房、白血病、及び副腎症候群)、リー-フラウメニ症候群、、球脊髄性筋萎縮症(SBMA)、シュワン腫、両側性聴神経線維腫症II型、シュワルツ-ヤンペル症候群、X連鎖重症複合免疫不全症(SCIDX1)、先天性SED、先天性脊椎
骨端異形成症、Strudwick型SED、Strudwick型脊椎骨端骨幹端異形成症、、先天性脊椎骨端異形成症(SEDc)、脊椎骨端骨幹端異形成症(SEMD)、Strudwick型SEMD、老人性認知症、発達遅滞及び黒色表皮腫を伴う重度の軟骨無形成症、SADDAN病、シュプリンツェン症候群、PHF8遺伝子の突然変異によって引き起こされるSiderius X連鎖精神遅滞症候群、軟骨無形成症(skeleton-skin-brain症候群)、皮膚色素沈着症、脊髄性筋萎縮症(SMA)、脊椎骨幹端骨端異形成症(SMED)(任意の型、例えば、Studwick型、1型)、スミス-レムリ-オピッツ症候群、スミス-マゲニス症候群、南アフリカ遺伝性ポルフィリン症、乳児期発症上行性痙性対麻痺、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺、発話及び言語障害、スフィンゴリピドーシス、テイ-サックス病、テイ-サックス病、球脊髄性筋萎縮症、脊髄性筋萎縮症、遠位V型脊髄性筋萎縮症、遠位遺伝性運動性神経障害、上肢優位を伴う遠位脊髄性筋萎縮症、遠位遺伝性運動性神経障害、脊髄小脳失調症、先天性脊椎骨端異形成症、脊椎骨端異形成症、コラーゲン異常症(任意の型、例えば、II型及びXI型)、脊椎骨端骨幹端異形成症、脊椎骨幹端異形成症(SMD)、脊椎骨端骨幹端異形成症、中枢神経系の海綿状変性、脳の海綿状変性、乳児期の白質の海綿状変性、散発性原発性肺高血圧症、SSB症候群、剛毛症候群、メンケス病、スタイナート病、筋緊張性ジストロフィー、スタイナート筋緊張性ジストロフィー症候群、筋緊張性ジストロフィー、スティックラー症候群、脳卒中、CADASIL症候群、Strudwick症候群、亜急性神経障害性ゴーシェ病、スウェーデン遺伝性ポルフィリン症、急性間欠性ポルフィリン症、急性間欠性ポルフィリン症、スイスチーズ軟骨異形成症、Kniest骨異形成症、テイ-サックス病、TD-致死性小人症、致死性異形成症、真っ直ぐな大腿骨とクローバ葉頭蓋を伴うTD、2型致死性小人症、小脳眼皮膚毛細血管拡張症、毛細血管拡張性運動失調症、精巣性女性化症候群、アンドロゲン不応症、テトラヒドロビオプテリン欠損症、精巣性女性化症候群(TFM)、アンドロゲン不応症、中間型サラセミア、βサラセミア、重症型サラセミア、βサラセミア、致死性骨異形成症、活性化プロテインC補因子欠損によるライデン型栓友病、第V因子ライデン栓友病、甲状腺疾患、ソーセージ様ニューロパチー、圧迫性麻痺傾向を伴う遺伝性ニューロパチー、全HPRT欠損症、レッシュ-ナイハン症候群、全ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠損症、レッシュ-ナイハン症候群、トレハーコリンズ症候群、三徴候骨脆弱症、トリプルX症候群、トリプロX症候群、トリソミー21トリソミーX、トロアジュ-ハノット-シャウファード症候群、ヘモクロマトーシス、テイ-サックス病(TSD)、結節性硬化症(TSC)、結節性硬化症、ターナー様症候群、ヌーナン症候群、UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ欠損症、ガラクトース血症、UDPグルコース4-エピメラーゼ欠損症、ガラクトース血症、UDPグルコースヘキソース-1-リン酸ウリジルトランスフェラーゼ欠損症、ガラクトース血症、未分化型難聴、無症候性難聴、UPS欠損症、急性間欠性ポルフィリン症、膀胱癌、膀胱癌、UROD欠損症、ウロポルフィリノーゲンデカルボキシラーゼ欠損症、ウロポルフィリノーゲン合成酵素欠損症、急性間欠性ポルフィリン症、アッシャー症候群、UTPヘキソース-1-リン酸ウリジリルトランスフェラーゼ欠損症、ガラクトース血症、Van Bogaert-Bertrand症候群、ファン・デル・ヘーヴェ症候群、口蓋心臓顔面症候群、VHL症候群、フォン・ヒッペル-リンドウ病、視覚障害及び盲目、アルストレム症候群、Von Bogaert-Bertrand病、フォン・ヒッペル-リンドウ病、Von Recklenhausen-Applebaum病、ヘモクロマトーシス、フォン・レックリングハウゼン病、神経線維腫症I型、フロリク病、骨形成不全症、ワールデンブルグ症候群、ウォーバーグSjo Fledelius症候群、マイクロ症候群、、ウィルソン病(WD)、ヴァイセンバッハー-ツヴェイミューラー症候群、ウェルドニッヒ-ホフマン病、脊髄性筋萎縮症、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウィルソン病、ウィルソン病、ウォルフ-ヒルシュホーン症候群、ウォルフ周期病、ヴァイセンバッハー-ツヴェイミューラー症候群(WZS)、色素性乾皮症、X連鎖性精神遅滞及び巨精巣症、脆弱X症候群、X連鎖原発性高尿酸血症、レッシュ-ナイハン症候群、X連鎖重症複合型免疫不全症、X連鎖鉄芽球性貧血、X連鎖球脊髄性筋萎縮症、球脊髄性筋萎縮症、X連鎖尿酸尿酵素欠損症、レッシュ-ナイハン症候群、X-SCID、X連鎖重症複合免疫不全症、X連鎖鉄芽球性貧血(XLSA)、X-SCID、X連鎖重症複合免疫不全症、X連鎖鉄芽球性貧血(XLSA)、XSCID、X連鎖重症複合免疫不全症、XXX症候群、トリプルX症候群、XXXX症候群、XXXXX症候群、XXXXX、XXY症候群、XXYトリソミー、クラインフェルター症候群、XYY症候群、トリプレットリピート障害、またはそれらの任意の組み合わせである。
FAT、KLF6、ZFY、ZXDC、GLI2、ZNF532、ZNF37A、ZNF510、ZNF506、ZNF324、ZNF671、ZNF416、ZNF586、ZNF446、ZNF8、ZNF264、REST、MECOM、ZNF213、ZNF343、ZNF302、ZNF268、ZNF10、HIVEP1、ZNF184、MZF1、SALL4、ZNF516、KLF8、KLF5、ZNF629、ZNF423、CTCF、ZNF500、ZNF174、SALL1、MAZ、ZNF419、OVOL3、ZNF175、ZNF14、ZNF574、ZNF85、SP4、ZKSCAN1、GLI3、GLIS3、KLF3、PRDM4、GLI1、PRDM13、ZNF142、PRDM2、ZNF684、ZNF541、KLF7、PLAGL1、ZNF430、KLF12、KLF9、ZNF410、BCL11A、EGR1、ZFP30、TSHZ3、ZNF549、ZSCAN18、ZNF211、ZNF639、ZSCAN20、GTF3A、ZNF205、ZNF644、EGR2、IKZF4、CTCFL、ZNF831、SNAI1、ZNF576、ZNF45、TRERF1、ZNF391、RREB1、ZNF133、OVOL2、ZNF436、PLAGL2、GLIS2、ZNF384、ZNF484、HIVEP3、BCL11B、KLF2、ZNF780B、FEZF1、KLF16、ZSCAN10、ZNF557、ZNF337、PRDM12、ZNF317、ZNF426、ZNF331、ZNF236、ZNF341、ZNF227、ZNF141、ZNF304、ZSCAN5A、ZNF132、ZNF20、EGR4、ZNF670、VEZF1、KLF4、ZFP37、ZNF189、ZNF193、ZNF280D、PRDM5、ZNF740、ZIC5、ZSCAN29、ZNF710、ZNF434、ZNF287、ZIM3、PRDM15、ZFP14、ZNF787、ZNF473、ZNF614、PRDM16、ZNF697、ZNF687、OSR1、ZNF514、ZNF660、ZNF300、RBAK、ZNF92、ZNF157、ZNF182、ZNF41、ZNF711、PRDM14、ZNF7、ZNF214、ZNF215、SALL3、ZNF827、ZNF547、ZNF773、ZNF776、ZNF256、ZSCAN1、ZNF837、PRDM8、ZNF117、ZIC1、FEZF2、ZNF599、ZNF18、KLF10、ZKSCAN2、ZNF689、ZIC3、ZNF19、ZSCAN12、ZNF276、ZNF283、ZNF221、ZNF225、ZNF230、ZNF222、ZNF234、ZNF233、ZNF235、ZNF362、ZNF208、ZNF714、ZNF394、ZNF333、ZNF382、IKZF3、ZNF577、ZNF653、ZNF75A、GFI1、ZNF281、ZNF496、ZNF2、ZNF513、ZNF148、KLF15、ZNF691、ZNF589、PRDM9、ZNF12、SP8、OSR2、ZNF367、ZNF22、GFI1B、ZNF219、SALL2、ZNF319、ZNF202、ZNF143、ZNF3、ZSCAN21、ZNF606、SP2、ZNF91、ZNF23、ZNF226、ZNF229、ZNF180、ZNF668、ZNF646、ZNF641、ZNF610、ZNF528、ZNF701、ZNF526、ZNF146、ZNF444、ZNF83、ZNF558、ZNF232、E4F1、ZNF597、INSM2、ZNF30、ZNF507、ZNF354A、ZEB2、ZNF32、KLF13、ZFPM2、ZNF764、ZNF768、ZNF35、ZNF778、ZNF212、ZNF282、PRDM10、SP7、SCRT1、ZNF16、ZNF296、ZNF160、ZNF415、ZNF672、ZNF692、ZNF439、ZNF440、ZNF581、ZNF524、ZNF562、ZNF561、ZNF584、ZNF274、ZIK1、ZNF540、ZNF570、KLF17、ZNF217、ZNF57、ZNF556、ZNF554、KLF11、HINFP、ZNF24、ZNF596、OVOL1、SP3、ZNF621、ZNF680、BNC2、ZNF483、ZNF449、INSM1、ZNF417、ZNF791、ZNF80、GLIS1、ZNF497、KLF14、ZNF266、ZIC4、ZNF408、ZNF519、ZNF25、ZNF77、ZNF169、ZNF613、ZNF683、ZNF135、ZSCAN2、ZNF575、ZNF491、ZNF620、ZNF619、ZNF354C、ZNF114、ZNF366、ZNF454、ZNF543、ZNF354B、ZNF223、ZNF713、ZNF852、ZNF552、ZFP42、ZNF664、EGR3、ZFPM1、ZNF784、ZNF648、FIZ1、ZNF771、TSHZ1、ZNF48、ZNF816、ZNF571、ZSCAN4、ZNF594、ZFP3、ZNF443、ZNF792、ZNF572、ZNF707、ZNF746、ZNF322A、ZNF467、ZNF678、ZFP41、HKR1、PLAG1、ZNF329、ZNF101、ZNF716、ZNF708、ZSCAN22、ZNF662、ZNF320、ZNF623、ZNF530、ZNF285、ZFP1、WT1、ZFP90、ZNF479、ZNF445、ZNF74、SP1、SNAI3、ZNF696、IKZF1、ZNF267、ZNF566、ZNF224、ZNF529、ZNF284、ZNF749、ZNF17、ZNF555、ZNF75D、ZNF501、ZNF197、ZNF396、ZFP91、ZNF732、ZNF397、ZSCAN30、ZNF546、ZNF286A、ZKSCAN4、ZNF70、ZNF643、ZNF642、ZSCAN23、ZNF490、ZNF626、ZNF793、ZNF383、ZNF669、ZNF559、ZNF177、ZNF548、MTF1、ZNF322B、ZNF563、ZNF292、ZNF567、SP6、ZNF573、ZNF527、ZNF33A、ZNF600、ZKSCAN3、ZNF676、ZNF699、ZNF250、ZNF79、ZNF681、ZNF766、ZNF107、ZNF471、ZNF836、ZNF493、ZNF167、ZNF565、ZNF34、ZNF781、ZNF140、ZNF774、ZNF658、ZNF765、ZNF124、ZNF569、ZNF777、ZNF775、ZNF799、ZNF782、ZNF846、ZNF136、ZKSCAN5、ZNF502、ZFP62、ZNF33B、ZNF512B、ZNF431、ZNF418、ZNF700、ZNF239、ZSCAN16、ZFP28、ZNF705A、ZNF585A、ZNF138、ZNF429、ZNF470、ZNF100、ZNF398、ZNF498、ZNF441、ZNF420、ZNF763、ZNF679、ZNF682、ZNF772、ZNF257、ZNF785、ZSCAN5B、ZNF165、ZNF655、ZNF98、ZNF786、ZNF517、ZNF675、ZNF860、ZNF628、ZNF665、ZNF624、ZNF841、ZNF615、ZNF350、ZNF432、ZNF433、ZNF460、ZNF81、ZNF780A、ZNF461、ZNF181、LOC100287841、ZNF44、ZNF790、ZNF677、ZNF823、ZNF311、ZNF347、ZNF71、ZNF121、ZNF335、ZNF560、ZNF273、ZNF84、ZNF667、ZNF649、ZNF248、ZNF544、ZNF770、ZNF737、ZNF251、ZNF607、ZNF334、ZXDA、ZNF485、ZIM2、PEG3、ZNF192、ZNF442、ZNF813、ZNF26、ZNF69、ZNF583、ZNF568、ZXDB、ZNF480、ZNF587、ZNF808、ZNF43、ZNF28、ZNF627、ZNF789、ZNF536、ZNF534、ZNF652、ZNF521、ZNF358、ZFP2、SP5、ZNF814、ZNF551、ZNF805、ZSCAN5C、ZNF468、ZNF616、ZFP57、ZNF155、ZNF783、ZNF425、ZNF580、ZNF611、ZNF254、ZNF625、ZNF134、ZNF845、ZNF99、ZNF253、ZNF90、ZNF93、ZNF486、REPIN1、LOC100131539、ZNF705D、LOC100132396、ZNF705G、SCRT2、ZNF407、SP9、ZNF579、ZNF880、ZNF630、ZNF844、ZNF469、ZNF717、ZNF865、ZNF492、ZNF688、YY2、ZNF878、ZNF879、ZNF736、ZNF323、ZNF709、ZNF512、ZNF585B、ZNF154、ZNF324B、ZNF564、ZFP82、GLI4、ZNF674、ZNF345、ZNF550、KLF1、YY1、MYST2、ST18、L3MBTL4、MYT1L、MYT1、L3MBTL1、MTA3、GATA1、TRPS1、GATA3、GATA5、GATA4、GATA6、GATAD2B、GATAD1、GATA2、MTA1、ZGLP1、MTA2、RERE、C16orf5、LITAF、PIAS1、PIAS2、PIAS4、ZMIZ1、ZMIZ2、PIAS3、RNF138、NFX1、NFXL1、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
細胞(複数可)へのゲノム編集系及びDNAPK阻害剤の投与は、当技術分野で公知の任意の方法によって行うことができる。投与は、in vitro、ex vivoまたはin vivoであり得る。細胞(複数可)へのゲノム編集系及びDNAPK阻害剤の投与は、同時にまたは順次行うことができる。いくつかの実施形態では、投与により、DNAPK阻害剤及びゲノム編集系の成分を細胞膜に進入させる。いくつかの実施形態では、投与により、DNAPK阻害剤及びゲノム編集系の成分を細胞核に進入させる。いくつかの実施形態では、投与は、DNAPK阻害剤及びゲノム編集系の存在下で細胞をインキュベートすることを含む。
当技術分野で公知の任意の方法を使用して、NHEJ及び/またはHDRの効率を含むゲノム編集効率に関して、細胞をスクリーニングすることができる。例えば、スクリーニング方法には、ゲノム編集を確認するためのPCRに基づく標的領域の増幅、それに続く増幅領域の配列決定またはディープシークエンシングが含まれ得る。PCRによる遺伝子型判定により、HDR刺激における化合物の定量化及びランク判定が可能になる。他のスクリーニング方法として、次世代シークエンシングが挙げられ得る。例えば、Bell et al.,“A high-throughput screening strategy for detecting CRISPR-Cas9 induced mutations using next-generation sequencing,”[BMC Genomics],15:1002(2014)参照。
トラフィックライトレポーター(TLR)アッセイ:HEK293-EGIP(Enhanced Green Fluorescent inhibited Protein)安定細胞株をSystem Biosciences(SBI)から購入した。HEK293-EGIP細胞株は、終止コドン及びAAVS1遺伝子座由来の53bpのゲノム断片を有する破壊されたGFPコード配列を有する。細胞を、10%熱不活化FBS(ウシ胎仔血清、Expression Systems Inc.)、Glutamax及びペニシリン+ストレプトマイシンを補充した高グルコース(Life Technologies、カタログ番号10313-039)を含むDMEM(Life Technologies、カタログ番号10313-039)中で維持し、37℃及び5%CO2下で培養した。
HEK293-EGIP細胞におけるHDR効率を確かめるためにアッセイを行った。この目的のために、ヒトAAVS1遺伝子座を標的とするバイシストロン性構築物を使用した(図1A)。バイシストロン性ベクター系は、EF1プロモーターによって駆動されるヒトコドン最適化Cas9、ならびにH1プロモーターによって駆動されるキメラcrRNA-tracrRNA転写産物からなるカスタムガイドRNA(gRNA)を同時発現する。hspCas9は、N末端及びC末端に2つの核局在化シグナル(NLS)を有し、これにより、hspCas9タンパク質を核へ効率的に移入することができる。hspCas9オープンリーディングフレーム(ORF)の後に、WPRE(ウッドチャックウイルス転写後調節エレメント)と呼ばれる調節エレメントが続き、遺伝子発現を増強し、mRNA転写産物を安定化させる。
HEK293-EGIP細胞を以下の構築物でヌクレオフェクトし、記載されているように培養した:二重発現gRNA-Cas9のみ、二重発現gRNA-Cas9及びドナー修復テンプレート、二重発現gRNA-Cas9及びドナーテンプレートならびに2.5μMの化合物1存在下での細胞の培養、ならびに二重発現gRNA-Cas9及びドナー修復テンプレートならびに2.5μMの推定リガーゼIV阻害剤Scr7存在下での細胞の培養。細胞は、化合物1またはScr7と24時間接触させた。
HEK293-EGIP細胞株を利用してさらなる実験を行い、DNAPK阻害剤またはNHEJ阻害剤との接触後のHDR効率を確認した。
標的遺伝子の編集を可能にするDNAPK阻害剤の能力を確かめるためにアッセイを行った。これらのアッセイのために、SerpinA1遺伝子のM型からZ型への編集を評価した。この目的のために、Huh7肝細胞癌細胞を、KpnI部位を導入したドナー修復テンプレートの存在下または非存在下で、gRNA及びCas9タンパク質を用いてヌクレオフェクトした。次いで、ヌクレオフェクトした細胞をDMSOまたは2.5μMの化合物1の存在下で3日間培養し、その後、ゲノムDNAを増幅し、Kpn部位の導入について評価した。
本開示をその好ましい実施形態を参照して具体的に示し、説明してきたが、当業者であれば、添付の特許請求の範囲により定義される本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく、形態及び詳細について様々な変更を行い得ることは理解されよう。当業者であれば、日常的な実験のみを用いて、本明細書に具体的に記載する本開示の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するかまたは確認することができるであろう。そのような均等物は、特許請求の範囲に包含されることを意図している。
Claims (77)
- 1つ以上の標的ゲノム領域を編集するための組成物であって:
前記組成物は、構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含み;そして
前記組成物は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系と組み合わせて投与されることを特徴とし、
前記1つ以上の標的ゲノム領域が編集される、組成物。 - 1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断を相同組換え修復(HDR)経路を介して修復するための組成物であって:
前記組成物は、構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含み;そして
前記組成物は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系と組み合わせて投与されることを特徴とし、
前記ゲノム編集系が、前記標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断をもたらし、前記DNA切断を少なくとも部分的にHDR経路を介して修復される、組成物。 - 1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断の非相同末端結合(NHEJ)経路を介した修復を阻害または抑制するための組成物であって:
前記組成物は、構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含み;そして
前記組成物は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系と組み合わせて投与されることを特徴とし、
前記ゲノム編集系が、前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断を生じ、前記DNA切断のNHEJ経路を介した修復を阻害または抑制する、組成物。 - 1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現を改変するための組成物であって:
前記組成物は、構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含み;
前記組成物は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に、ゲノム編集系と組み合わせて投与されることを特徴とし、
前記ゲノム編集系が、標的遺伝子(複数可)の前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用し、前記1つ以上の標的ゲノム領域の編集をもたらし、前記編集が、前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を改変する、組成物。 - 前記DNA切断が、DNA二本鎖切断(DSB)を含む、請求項2または3に記載の組成物。
- 前記共結晶が、式(I)または式(I’)の構造を有する化合物と、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記共結晶が、式(II)または式(II’)の構造を有する化合物;及びアジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸または安息香酸から選択される共結晶形成剤を含む、請求項7に記載の組成物。
- 前記1つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域の編集効率が、他の点では同一であるが前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶の非存在下での細胞における効率に比べて高い、請求項1に記載の組成物。
- 前記1つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域での前記DNA切断のHDR経路を介した前記修復の効率を、他の点では同一であるが前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶の非存在下での細胞における効率に比べて増加させる、請求項2に記載の組成物。
- 前記1つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域での前記DNA切断のNHEJ経路を介した前記修復の阻害または抑制の効率を、他の点では同一であるが前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶の非存在下での細胞に比べて増加させる、請求項3に記載の組成物。
- 前記効率を、他の点では同一であるが前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶の非存在下での細胞における効率に比べて、少なくとも2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、40倍、50倍、または100倍増加させる、請求項9~11のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記効率を、標的ポリヌクレオチド組込みの頻度によって測定する、請求項9~12のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記効率を、標的突然変異誘発の頻度によって測定する、請求項9~12のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記標的突然変異誘発が、点突然変異、欠失、及び/または挿入を含む、請求項14に記載の組成物。
- 前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて増加させる、請求項4に記載の組成物。
- 前記発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、または10倍増加させる、請求項16に記載の組成物。
- 前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて減少させる、請求項4に記載の組成物。
- 前記遺伝子発現を、前記投与前の前記1つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%減少させる、請求項18に記載の組成物。
- 前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を、前記1つ以上の細胞において排除する、請求項4に記載の組成物。
- 前記細胞を、S細胞周期またはG2細胞周期の段階で同期させる、請求項1~20のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶を投与または接触させる前記1つ以上の細胞の生存期間を、前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶を投与または接触させなかった1つ以上の細胞に比べて延長させる、請求項1~21のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系及び前記組成物が、前記1つ以上の細胞に同時に投与されることを特徴とする、請求項1~22のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系及び前記組成物が、前記1つ以上の細胞に順次投与されることを特徴とする、請求項1~22のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系が、前記組成物に先行して前記1つ以上の細胞に投与されることを特徴とする、請求項24に記載の組成物。
- 前記組成物が、前記ゲノム編集系に先行して前記1つ以上の細胞に投与されることを特徴とする、請求項24に記載の組成物。
- 前記1つ以上の細胞が培養細胞である、請求項1~26のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記1つ以上の細胞が、生物内のin vivo細胞である、請求項1~26のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記1つ以上の細胞が、生物由来のex vivo細胞である、請求項1~26のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記生物が哺乳類である、請求項28または29に記載の組成物。
- 前記生物がヒトである、請求項28または29に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系及び前記組成物が、同じ経路を介して投与されることを特徴とする、請求項1~31のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系及び前記組成物が、異なる経路を介して投与されることを特徴とする、請求項1~31のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系が静脈内投与され、前記組成物が経口投与されることを特徴とする、請求項33に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系が、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)系、CRISPRベースの系、またはNgAgoベースの系から選択される、請求項1~34のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系が、CRISPRベースの系である、請求項35に記載の組成物。
- 前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cas系またはCRISPR-Cpf系である、請求項36に記載の組成物。
- 前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cas系であり、前記CRISPR-Cas系が:(a)以下を含む少なくとも1つのガイドRNAエレメントを含み:(i)前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲッターRNA、または前記ターゲッターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を含む核酸;(ii)及び前記ターゲッターRNAとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を含むアクチベーターRNA、または前記アクチベーターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を含む核酸;ならびに(b)Casタンパク質を含むCasタンパク質エレメント、または前記Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含む、請求項37に記載の組成物。
- 前記ターゲッターRNA及びアクチベーターRNAを、単一分子として融合させる、請求項38に記載の組成物。
- 前記Casタンパク質がII型Cas9タンパク質である、請求項38に記載の組成物。
- 前記Cas9タンパク質が、SaCas9、SpCas9、SpCas9n、Cas9-HF、Cas9-H840A、FokI-dCas9、もしくはD10Aニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項40に記載の組成物。
- 前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cpf系であり、前記CRISPR-Cpf系が:(a)少なくとも1つのガイドRNAエレメント、または前記ガイドRNAエレメントをコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含み、前記ガイドRNAが、前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターRNAを含み;及び(b)Cpfタンパク質を含むCpfタンパク質エレメント、または前記Cpfタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する核酸を含む、請求項37に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系が、1つ以上のベクターによって送達される、請求項1~42のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記1つ以上のベクターが、ウイルスベクター、プラスミド、またはssDNAから選択される、請求項43に記載の組成物。
- 前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及び単純ヘルペスウイルスベクターからなる群から選択される、請求項44に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系が、合成RNAまたはリボ核タンパク質の形態で送達される、請求項1~45のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ゲノム編集系が、ナノ製剤によって送達される、請求項1~45のいずれか一項に記載の組成物。
- 1つ以上の標的ゲノム領域を編集するためのキットまたは組成物であって:
ゲノム編集系;及び
構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物:
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含む、前記キットまたは組成物。 - 前記ゲノム編集系が、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)系、CRISPRベースの系、またはNgAgoベースの系である、請求項52または53に記載のキットまたは組成物。
- 前記ゲノム編集系が、CRISPRベースの系である、請求項54に記載のキットまたは組成物。
- 前記CRISPRベースの系が、CRISPR-Cas系またはCRISPR-Cpf系である、請求項55に記載のキットまたは組成物。
- 前記CRISPRベースの系がCRISPR-Cas系であり、前記CRISPR-Cas系が:(a)以下を含む少なくとも1つのガイドRNAエレメントを含み:(i)前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターRNA、または前記ターゲッターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸;(ii)及び前記ターゲッターRNAとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を有するアクチベーターRNA、または前記アクチベーターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を含む核酸;ならびに(b)Casタンパク質を含むCasタンパク質エレメント、または前記Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含む、請求項56に記載のキットまたは組成物。
- 前記Casタンパク質がII型Cas9タンパク質である、請求項57に記載のキットまたは組成物。
- 前記Cas9タンパク質が、SaCas9、SpCas9、SpCas9n、Cas9-HF、Cas9-H840A、FokI-dCas9、もしくはD10Aニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項58に記載のキットまたは組成物。
- 前記CRISPRベースの系がCRISPR-Cpf系であり、前記CRISPR-Cpf系が:(a)前記1つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターRNA、または前記ターゲッターRNAをコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸;及び(b)Cpfタンパク質を含むCpfタンパク質エレメント、または前記Cpfタンパク質をコードするヌクレオチド配列(複数可)を有する核酸を含む、請求項56に記載のキットまたは組成物。
- 前記ゲノム編集系を、1つ以上のベクターに含めるか、またはパッケージングする、請求項56~60のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
- 前記1つ以上のベクターが、ウイルスベクター、プラスミド、またはssDNAから選択される、請求項61に記載のキットまたは組成物。
- 前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及び単純ヘルペスウイルスベクターからなる群から選択される、請求項62に記載のキットまたは組成物。
- 前記共結晶が、式(I)または式(II)の構造を有する化合物とアジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む、請求項53~64のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
- 1つ以上の標的ゲノム領域を編集するためのゲノム編集系であって:
前記ゲノム編集系は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に化合物と組み合わせて投与されることを特徴とし、前記化合物は、構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルであり;そして
前記1つ以上の標的ゲノム領域が編集される、ゲノム編集系。 - 1つ以上の標的ゲノム領域を編集するための組み合わせ物であって:
前記組み合わせ物は、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、化合物を含み;そして
前記ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に投与されることを特徴とし、
前記1つ以上の標的ゲノム領域が編集される、組み合わせ物。 - 1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断を相同組換え修復(HDR)経路を介して修復するためのゲノム編集系であって:
前記ゲノム編集系は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に化合物と組み合わせて投与されることを特徴とし、前記化合物は、構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルであり;そして
前記ゲノム編集系が、前記標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断をもたらし、前記DNA切断が少なくとも部分的にHDR経路を介して修復される、ゲノム編集系。 - 1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断を相同組換え修復(HDR)経路を介して修復するための組み合わせ物であって:
前記組み合わせ物は、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含み;そして
前記ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に投与されることを特徴とし、
前記ゲノム編集系が、前記標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断をもたらし、前記DNA切断が少なくとも部分的にHDR経路を介して修復される、組み合わせ物。 - 1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断の非相同末端結合(NHEJ)経路を介した修復を阻害または抑制するためのゲノム編集系であって:
前記ゲノム編集系は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に化合物と組み合わせて投与されることを特徴とし、前記化合物は、構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルであり;そして
前記ゲノム編集系が、前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断を生じ、前記DNA切断のNHEJ経路を介した修復を阻害または抑制する、ゲノム編集系。 - 1つ以上の標的ゲノム領域におけるDNA切断の非相同末端結合(NHEJ)経路を介した修復を阻害または抑制するための組み合わせ物であって:
前記組み合わせ物は、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含み;そして
前記ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に投与されることを特徴とし、
前記ゲノム編集系が、前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用してDNA切断を生じ、前記DNA切断のNHEJ経路を介した修復を阻害または抑制する、組み合わせ物。 - 1つ以上の遺伝子またはタンパク質を発現するためのゲノム編集系であって:
前記ゲノム編集系は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に化合物と組み合わせて投与されることを特徴とし、前記化合物は、構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルであり;
前記ゲノム編集系が、標的遺伝子(複数可)の前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用し、前記1つ以上の標的ゲノム領域の編集をもたらし、前記編集が、前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を改変する、ゲノム編集系。 - 1つ以上の遺伝子またはタンパク質を発現するための組み合わせ物であって:
前記組み合わせ物は、ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’):
Xが、N、CRA5であり;
RA1が、F、C1-4アルキル、C3-5シクロアルキル、OC1-4アルキル、OC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、NH2、NHC1-4アルキル、NHC1-4アルキル-C3-5シクロアルキル、またはC0-4アルキル-ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;
各RA4が、独立して、Hまたは2Hであり;
RA5が、水素、F、C1-4アルキル、またはOC1-4アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大3個のF原子または最大3個の2H原子で置換され;
RB3がC(O)NHC1-4アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大3個のF原子、最大3個の2H原子、最大2個の非ジェミナルOH基、または最大2個のOC1-2アルキルで置換され;各RB4が、独立して、水素、重水素、F、またはC1-4アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含み;
前記ゲノム編集系及び構造式(I)または構造式(I’)で表される前記化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶は、1つ以上の標的ゲノム領域を含む1つ以上の細胞に投与されることを特徴とし、
前記ゲノム編集系が、標的遺伝子(複数可)の前記1つ以上の標的ゲノム領域の核酸(複数可)と相互作用し、前記1つ以上の標的ゲノム領域の編集をもたらし、前記編集が、前記標的遺伝子(複数可)に関連する下流遺伝子(複数可)及び/またはタンパク質(複数可)の発現を改変する、組み合わせ物。
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