JP6970187B2 - 修飾オリゴヌクレオチド及び使用方法 - Google Patents

修飾オリゴヌクレオチド及び使用方法 Download PDF

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ホン，ジン
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Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１６年９月１４日出願の米国特許仮出願第６２／３９４，７３８号及び２０１６年９月１４日出願の同第６２／３９４，７３９号に対する優先権の利益を主張する米国特許出願である。
アンチセンスオリゴヌクレオチド療法は、ウイルス性疾患、神経疾患、神経変性疾患、線維性疾患、過剰増殖性疾患などの様々な疾患及び状態の治療又は予防に考慮されてきた。
Ｂ型肝炎（ＨＢＶ）などの特定のウイルス性疾患は、従来治療では依然として対応が困難であるが、その間にも推定２億４千万人が感染（少なくとも６ヶ月間のＨＢＶ表面抗原陽性と定義）し続け、毎年６８６，０００人超の死亡に寄与している。テノホビル又はエンテカビルなどの経口抗ウイルス性ヌクレオチドアナログによる治療を含む従来治療は、ウイルスの複製を抑制するにすぎず、ＨＢＶ感染を治癒させない。したがって、現在のＨＢＶ療法で治療されたものであっても、その治療を生涯にわたって継続しなければならない。
オリゴヌクレオチドは、相補的ＲＮＡ又はＤＮＡ配列に結合できる。この特徴により、代謝、分化、増殖、ウイルス複製などの細胞内プロセスの多くの側面に関与する特定の核酸標的への、オリゴヌクレオチドの結合を可能にする。オリゴヌクレオチドはまた、ＲＮａｓｅ Ｈの機構又はＲＩＳＣ経路を介して標的ＲＮＡを切断し、マイクロＲＮＡの結合を阻害し、ＲＮＡのスプライシングパターンを変化させ、又は、特定の標的に結合するとアプタマーとして標的に結合するように、遺伝子操作することもできる。例えば、「ギャップマー」などのキメラオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドがＲＮＡ領域に結合する部位にＲＮａｓｅ Ｈ酵素を引き寄せる、オリゴヌクレオチドの部分を含む。その後ＲＮａｓｅ Ｈが活性化することにより遺伝子標的が切断され、それによって、ウイルスの遺伝子発現又は複製などの遺伝子標的の機能を阻害する。
したがって、当該技術分野において、異なる作用機序を有し、効力が増強され、親和性が高まり、及び／又は副作用が減少している新たな治療法の発見及び開発に対する必要性が存在する。
本開示は、オリゴヌクレオチドを含有する化合物及び組成物、並びに、疾患及び状態、例えばＨＢＶの予防又は治療におけるその使用に関する。
いくつかの実施形態は、式（Ｉ）の１つ以上のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含み、
Figure 0006970187
 式中、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは核酸塩基であり、Ｒ１は、−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３であり、Ｒ’は、各場合において独立して、Ｈ又はＦである。いくつかの実施形態では、当該オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは、式（Ｉ）のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２〜４０個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２〜２６個の式（Ｉ）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５〜１０個の式（Ｉ）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｂは、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチド中の未修飾核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂは、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチド中の修飾核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂは、式（Ｉ）の各ヌクレオチド中の未修飾核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂは、式（Ｉ）の各ヌクレオチド中の修飾核酸塩基である。いくつかの実施形態では、各Ｒ’は、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチド中のＨである。いくつかの実施形態では、各Ｒ’は、式（Ｉ）の各ヌクレオチド中のＨである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチド中の−（ＣＨ２）２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、式（Ｉ）の各ヌクレオチド中の−（ＣＨ２）２ＯＣＨ３である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式（ＩＩ）の１つ以上のヌクレオチドを更に含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは核酸塩基であり、Ｒ２は、−ＣＲ’３、−ＣＲ’２ＯＣＲ’３、−（ＣＲ’２）３ＯＣＲ’３、若しくは−（ＣＲ’２）１〜２ＣＲ’３であり、又は、Ｒ２は、−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３であり、ＹはＯであり、Ｒ’は、各場合において独立してＨ又はＦである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｒ２が−ＣＲ’３である、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｒ２が−（ＣＲ’２）１〜２ＯＣＲ’３である、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｒ２が−（ＣＲ’２）１〜２ＣＲ’３である、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｂは、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチド中の修飾核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチド中のＳである。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチド中のＯである。いくつかの実施形態では、Ｙは、式（ＩＩ）の各ヌクレオチド中のＳである。いくつかの実施形態では、Ｙは、式（ＩＩ）の各ヌクレオチド中のＯである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式（ＩＩＩａ）又は式（ＩＩＩｂ）の１つ以上のヌクレオチドを更に含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは核酸塩基である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式（Ｖ’）の１つ以上のヌクレオチドを更に含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、Ａは−（ＣＲ’’Ｒ’’）１〜２−であり、Ｒ’’は、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ又はＭｅである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式（ＶＩ）：５’Ｘ−Ｙ−Ｚ３’（ＶＩ）の構成体中に配置され、式中、各Ｘ、Ｙ、及びＺは、２〜１４個のヌクレオチドを含むドメインであり、Ｘ及びＺドメインのうちの少なくとも１つは、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチドを含み、Ｙドメインのヌクレオチドのそれぞれは、２’−デオキシヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１８〜２２個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、それぞれ５〜１０個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、５〜１０個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、それぞれ５〜１０個のヌクレオチドを含み、Ｙドメインは、５〜１０個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、それぞれ５個のヌクレオチドを含み、Ｙドメインは、１０個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインの各ヌクレオチドは、式（Ｉ）のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、Ｘドメインの少なくとも１つのヌクレオチド及びＺドメインの少なくとも１つのヌクレオチドは、それぞれ独立して、式（ＩＩ）のヌクレオチド、式（ＩＩＩａ）のヌクレオチド、及び式（ＩＩＩｂ）のヌクレオチドからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインのうち少なくとも１つのヌクレオチドのそれぞれは、同じヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、Ｙドメインの各ヌクレオチドは、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは一本鎖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはＨＢＶゲノムの配列に相補的である。
別の実施形態は、式（ＶＩ）で表されるキメラオリゴヌクレオチドを含み、
５’−Ｘ−Ｙ−Ｚ−３’ （ＶＩ）、
式中、Ｘ−Ｙ−Ｚは、１８〜２２個のヌクレオシドの配列を含むキメラオリゴヌクレオチドであり、任意に、５’及び／又は３’末端でリガンド標的化基又はファーマコフォアに結合され、Ｘは、長さが３〜１０ヌクレオシドである修飾ヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｚは、長さが３〜１０ヌクレオシドである修飾ヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｙは、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結された２〜１４個の２’−デオキシ−ヌクレオシドの配列を含むドメインである。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、長さが６〜１０のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Ｘ及び／又はＺドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合を介して連結された、修飾ヌクレオシドの配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、少なくとも１つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を含む。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、チオリン酸サブユニット間結合、及び任意に１つ又は２つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結された２’−デオキシ−ヌクレオシドからなる。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは修飾ヌクレオシドを含み、この修飾は、２’−Ｆ、２’−Ｆ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＭｅ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−Ｏ−メトキシエトキシ、２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’、立体配置的に制限されたヌクレオシド、２’−ＯＨ−Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート及び２’−ＯＨ−Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダートからなる群から独立して選択される。いくつかの実施形態では、Ｚの機能性ドメインは修飾ヌクレオシドを含み、この修飾は、２’−Ｆ、２’−Ｆ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＭｅ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−Ｏ−メトキシエトキシ、２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’、立体配置的に制限されたヌクレオシド、２’−ＯＨ−Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート及び２’−ＯＨ−Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダートからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ及び／又はＺドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダートサブユニット間結合を介して連結された１つ以上の２’−デオキシ−ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、１つ以上の２’−アラビノ−Ｆ及び／又は２’−リボ−Ｆ修飾ヌクレオシドを含み、各当該ヌクレオシドは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合のうち少なくとも１つを介して独立して連結される。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、１つ以上の２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを含み、各当該ヌクレオシドは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、又はチオリン酸サブユニット間結合のうち少なくとも１つを介して独立して連結される。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインのそれぞれの修飾ヌクレオシドは、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結された２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドであり、修飾ヌクレオシドは５−メチルシトシン核酸塩基を含むが、任意にシトシンを含まない。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、２，６−ジアミノプリン核酸塩基を含むが、任意にアデニンを含まない。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、５−メチルウラシル核酸塩基を含むが、任意にウラシルを含まない。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、２，６−ジアミノプリン核酸塩基を含むが、アデニンを含まず、５−メチルウラシル核酸塩基を含むが、任意にウラシルを含まない。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、６〜８個の２’−デオキシ−ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインのそれぞれの修飾ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシド、及び、任意にチオリン酸サブユニット間結合を介して連結された立体配置的に制限されたヌクレオシドを含み、２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドは５−メチルシトシン核酸塩基を含むが、任意にシトシンを含まない。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインのそれぞれの修飾ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅ及び立体配置的に制限されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインのそれぞれの修飾ヌクレオシドは、立体配置的に制限されたヌクレオシドを含み、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合を含む。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、７〜８個の２’−デオキシ−ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドは、５−メチルウラシル核酸塩基を含むが、任意にウラシルを含まない。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、９〜１０個の２’−デオキシ−ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、式（Ｉｘ）で表されるヌクレオチドを含み、
Figure 0006970187
 式中、Ａは、各場合において独立して、ＮＨ又はＯであり、Ｂは、各場合において独立して、未修飾又は修飾核酸塩基であり、Ｗは、各場合において独立して、ＯＲ又はＳＲであり、このときＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｒ’及びＲ’’は、各場合においてそれぞれ独立して、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、及びＯ−メトキシエトキシからなる群から選択され、Ｒ’’’はＨであり、又は、Ｒ’及びＲ’’’が共に−Ｏ−ＣＨ２−若しくは−Ｏ−（ＣＨ２）２−を形成し、ａは３〜９の整数であり、Ｒ’、Ｒ’’及びＲ’’’がそれぞれＨであるとき、ＡはＮＨであり、任意にＡがＯであるとき、ＷはＳＲである。いくつかの実施形態では、リガンド標的化基又はファーマコフォアは、Ｃｈｏｌ．、Ｔｏｃｏ、Ｐａｌｍ、ＧａｌＮＡｃ、ＭＧＢ−１、ＭＧＢ−２、Ａｃｒ−、Ｐｙｒ−、Ｓｔｅｒｏｙｌ、ＨＥＧリンカー、Ｃ７アミノリンカー、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ及び／又はＺドメインは、修飾が２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’である１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、修飾が２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’である１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｚドメインは、修飾が２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’である１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、当該オリゴヌクレオチドの構成体は、表Ｂの構成体に相当する。
他の実施形態は、式（ＶＩＩ）で表されるキメラオリゴヌクレオチドを含み、
５’−Ｘ’−Ｙ’−Ｚ’−３’ （ＶＩＩ）、
式中、Ｘ’−Ｙ’−Ｚ’は、１６〜２２個のヌクレオシドの配列を含むキメラオリゴヌクレオチドであり、任意に、５’及び／又は３’末端で結合され、Ｘ’は、長さが３〜１０ヌクレオシドである修飾ヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｚ’は、長さが３〜１０ヌクレオシドである修飾ヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｙ’は、サブユニット間結合を介して連結された２〜４個の２’−デオキシ−ヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｘ’及び／又はＺ’ドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合を介して連結された修飾ヌクレオシドの配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｙ’ドメインは、チオリン酸サブユニット間結合、及び任意に１つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結された２’−デオキシ−ヌクレオシドからなる。いくつかの実施形態では、Ｘ’ドメインは、長さが９〜１０のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Ｘ’ドメインは修飾ヌクレオシドを含み、この修飾は、２’−Ｆ、２’−Ｆ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＭｅ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−Ｏ−メトキシエトキシ、２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’、及び立体配置的に制限されたヌクレオシドからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｚ’ドメインは修飾ヌクレオシドを含み、この修飾は、２’−Ｆ、２’−Ｆ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−ＯＨ、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＭｅ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−Ｏ−メトキシエトキシ、２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’、及び立体配置的に制限されたヌクレオシドからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ’及び／又はＺ’ドメインは、１つ以上の２’−アラビノ−Ｆ及び／又は２’−リボ−Ｆ修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ’及び／又はＺ’ドメイン中の修飾ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅ及び立体配置的に制限されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ’及び／又はＺ’ドメイン中の修飾ヌクレオシドは、立体配置的に制限されたヌクレオシド及びＮ３’→Ｐ５’修飾を含む。いくつかの実施形態では、配列は、２〜４ヌクレオチドのＹドメインを有する、表Ｃのものから選択される。他の実施形態は、当該オリゴヌクレオチドの配列が表Ｃに列挙される配列に相当する、キメラオリゴヌクレオチドを含む。
他の実施形態は、１つ以上の次式（Ａ）のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含み、
Figure 0006970187
 式中、ＸＡはＮＨ又はＯであり、ＹはＯＲ又はＳＲであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、ＢＡは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、ＲＡ’及びＲＡ’’は、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択され、ＲＡ’’’はＨであり、又は、ＲＡ’とＲＡ’’’は共に、−Ｏ−ＣＨ２−若しくは−Ｏ−（ＣＨ２）２−を形成する。いくつかの実施形態では、ＲＡ’及びＲＡ’’’はＨであり、ＲＡ’’はＦである。いくつかの実施形態では、ＲＡ’及びＲＡ’’はＨであり、ＲＡ’’’はＦ、ＯＨ、Ｈ又はＯＭｅである。いくつかの実施形態では、ＸＡはＮＨであり、ＢＡは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＡ’及びＲＡ’’’は共に、立体配置的に制限されたヌクレオシド（例えば、−Ｏ−ＣＨ２−又は−Ｏ−（ＣＨ２）２−）を形成し、ＲＡ’’はＨである。いくつかの実施形態では、ＲＡ’及びＲＡ’’のうち少なくとも１つはＨである。いくつかの実施形態では、ＢＡがプリン核酸塩基であるとき、ＲＡ’及びＲＡ’’のうち少なくとも１つはＯＨ若しくはＦであり、並びに／又は、ＢＡがピリミジン核酸塩基であるとき、ＲＡ’及びＲＡ’’のうち少なくとも１つはＯＭｅ、ＯＨ若しくはＦである。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルウラシル、及びｇ−ｃｌａｍｐから選択される。いくつかの実施形態では、式（Ａ）のヌクレオチドとして、表Ｇのものが挙げられる。いくつかの実施形態では、式（Ａ）のヌクレオチドとして、表Ｈに列挙される配列が挙げられる。いくつかの実施形態では、式（Ａ）のヌクレオチドとして、表Ｂのものから選択される配列とは、１、２、３、４、又は５つの核酸塩基が異なる配列が挙げられる。
他の実施形態は、１０個以上の次式（ＩＸ）のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含み、
Figure 0006970187
 式中、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、ＢＢは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、ＲＢ’及びＲＢ’’は、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択され、ＲＢ’’’はＨであり、又は、ＲＢ’とＲＢ’’’は共に、−Ｏ−ＣＨ２−若しくは−Ｏ−（ＣＨ２）２−を形成する。いくつかの実施形態では、ＲＢ’及びＲＢ’’’はＨであり、ＲＢ’’はＦである。いくつかの実施形態では、ＲＢ’及びＲＢ’’はＨであり、ＲＢ’’’はＦ、ＯＨ、Ｈ又はＯＭｅである。いくつかの実施形態では、ＢＢは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＢ’及びＲＢ’’’は共に、立体配置的に制限されたヌクレオシド（例えば、−Ｏ−ＣＨ２−又は−Ｏ−（ＣＨ２）２−）を形成し、ＲＢ’’はＨである。いくつかの実施形態では、ＲＢ’及びＲＢ’’のうち少なくとも１つはＨである。いくつかの実施形態では、ＢＢがプリン核酸塩基であるとき、ＲＢ’及びＲＢ’’のうち少なくとも１つはＯＨ若しくはＦであり、並びに／又は、ＢＢがピリミジン核酸塩基であるとき、ＲＢ’及びＲＢ’’のうち少なくとも１つはＯＭｅ、ＯＨ若しくはＦである。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルウラシル、及びｇ−ｃｌａｍｐから選択される。いくつかの実施形態では、式（Ｂ）のヌクレオチドとして表Ａのものが挙げられ、式中、ＸＡはＮＨである。いくつかの実施形態では、式（Ｂ）のヌクレオチドとして、表Ｂに列挙される配列が挙げられる。いくつかの実施形態では、式（Ｂ）のヌクレオチドとして、表Ｂのものから選択される配列とは、１、２、３、４、又は５つの核酸塩基が異なる配列が挙げられる。いくつかの実施形態では、全てのオリゴヌクレオチドは、式（Ｂ）のヌクレオチドである。
他の実施形態は、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される賦形剤と、を含む、医薬組成物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、静脈内又は経皮投与に好適である。他の実施形態は、細胞を、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む、細胞内のＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）遺伝子の発現を阻害する方法を含む。他の実施形態は、細胞を、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む、細胞内のＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）の複製を阻害する方法を含む。他の実施形態は、治療有効量の、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を有する被検体を治療する方法を含む。他の実施形態は、ＨＢＶゲノム配列と複合体化した当該オリゴヌクレオチドが、＞３７℃の融解温度（Ｔｍ）を有する、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドを含む。他の実施形態は、治療有効量の、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を有する被検体を治療する方法を含む。他の実施形態は、細胞を、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は当該オリゴヌクレオチドを含む組成物と接触させることを含む、細胞内の標的ＲＮＡの発現を阻害する方法であって、キメラオリゴヌクレオチドが、標的ＲＮＡの一部に対して相補的つまりハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、方法を含む。他の実施形態は、細胞を、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は当該オリゴヌクレオチドを含む組成物と接触させることを含む、細胞内のウイルスの複製を阻害する方法であって、当該オリゴヌクレオチドが、ウイルス標的ＲＮＡの一部に対して相補的つまりハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、方法を含む。他の実施形態は、治療有効量の、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は当該オリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む、ウイルス感染を有する被検体を治療する方法であって、オリゴヌクレオチドが、ウイルス標的ＲＮＡの一部に対して相補的つまりハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、方法を含む。他の実施形態は、標的核酸を、上記実施形態のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は当該オリゴヌクレオチドを含む組成物を含むアンチセンス化合物と接触させることによる、標的の発現を調節する方法であって、オリゴヌクレオチドが、標的核酸の一部に対して相補的つまりハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、方法を含む。
血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。 血清ＤＮＡ濃度を示す。 ＩＶ投与用の本開示のＧａｌＮＡｃ結合化合物についての血清ＨＢｓＡｇ濃度の結果を示す。 ＳＣ投与用の本開示のＧａｌＮＡｃ結合化合物についての血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 本開示のＧａｌＮＡｃ結合化合物についてのＨＢｓＡｇ濃度の減少を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。ＨＢＶ ＤＮＡ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。ＨＢＶ ＤＮＡ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。 本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。ＨＢＶ ＤＮＡ濃度を示す。 本開示の様々な化合物、及びＨＢＶ（＋）鎖ゲノムに対するそれぞれの相補的部位を示す。 本開示の様々な化合物、及びＨＢＶ（＋）鎖ゲノムに対するそれぞれの相補的部位を示す。 表２９に記載される２つのオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 表３０に記載される２つのオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 表３０に記載される２つのオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｅＡｇ濃度を示す。 表３１に記載される２つのオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 表３１に記載される２つのオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｅＡｇ濃度を示す。 単回投与時の表３３に記載されるオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 ０、２、４日目の３×３．３ｍｇ／ｋｇの投薬計画時の表３３に記載されるオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 単回投与時の表３７に記載されるオリゴヌクレオチドの血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 単回投与時の表３８に記載されるオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。 単回投与時の表４０に記載されるオリゴヌクレオチドについての血清中ＨＢｓＡｇ濃度を示す。
本開示は、修飾ヌクレオチド、及び、修飾ヌクレオチドとヌクレオチド間の修飾結合を含むオリゴヌクレオチドを目的とする。本開示はまた、共通の特徴を有するオリゴヌクレオチド内のドメイン、領域、又は部分、及び、標的部分などのオリゴヌクレオチドに結合された追加の構成要素を含む、オリゴヌクレオチドの構成体も目的とする。本開示は、オリゴヌクレオチド及びその構成体を使用し、調製する方法を更に目的とする。
当該技術分野において既知であり、本開示に記載されるように、修飾ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドではない任意のヌクレオチドである。例えば、デオキシリボースの２’炭素を、ヒドロキシ（ＯＨ）以外の置換基で置換してもよく、デオキシリボースの３’炭素を、酸素原子（Ｏ）以外の置換基で置換してもよい。当該技術分野において既知であり、本開示に記載されるように、２つのヌクレオチド間の修飾結合は、第１のヌクレオチドのデオキシリボースの３’炭素と第２のヌクレオチドのデオキシリボースの５’炭素との間のリン酸ジエステル結合ではない、任意の結合である。
１．２’，３’−修飾ヌクレオチド及び関連オリゴヌクレオチド
本開示の化合物は、特定の２’及び３’修飾を有する修飾ヌクレオチドを含む。実施形態では、本開示の化合物は、デオキシリボース糖の２’炭素におけるヒドロキシの置き換え、つまり置換を含む。加えて、本開示のこれらの化合物は、デオキシリボース糖の３’炭素における酸素原子の窒素原子（Ｎ）への置き換え、つまり置換を含む、２つのヌクレオシド間の結合の修飾を含む。結合の修飾は、リン酸ジエステル結合における別の酸素原子の置き換え、つまり置換を更に含む。
これらの修飾ヌクレオチドは、例えば、キメラオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチド中で使用されてよく、これにより、ＲＮａｓｅ Ｈ又は修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドによる遺伝子標的の酵素的切断を可能にする。
Ａ．２’，３’−修飾ヌクレオチド
したがって、本開示の化合物は、式（Ｉ）のヌクレオチドを含み、
Figure 0006970187
 式中、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、Ｒ１は−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３であり、Ｒ’は、各場合において独立して、Ｈ又はＦである。
式（Ｉ）のヌクレオチドでは、Ｒ１は−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、各場合においてＨである。他の実施形態では、少なくとも１つのＲ’はＦであり、例えば、１、２、３、４、５、６、又は７個のＲ’はＦである。いくつかの実施形態では、ＣＲ’３は、１、２又は３個のＦ部分を含む。例えば、実施形態では、Ｒ１は、−ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３（又はＭＯＥ）、−ＣＦ２ＣＨ２ＯＣＨ３、−ＣＨ２ＣＦ２ＯＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＦ３、−ＣＦ２ＣＦ２ＯＣＨ３、−ＣＨ２ＣＦ２ＯＣＦ３、−ＣＦ２ＣＨ２ＯＣＦ３、−ＣＦ２ＣＦ２ＯＣＦ３、−ＣＨＦＣＨ２ＯＣＨ３、−ＣＨＦＣＨＦＯＣＨ３、−ＣＨＦＣＨ２ＯＣＦＨ２、−ＣＨＦＣＨ２ＯＣＨＦ２、及び−ＣＨ２ＣＨＦＯＣＨ３からなる群から選択される。実施形態では、式Ｉのヌクレオチドは次のものである。
Figure 0006970187
実施形態では、本開示の化合物は、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチドと、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドと、を含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは核酸塩基であり、Ｒ２は、−ＣＲ’３、−ＣＲ’２ＯＣＲ’３、−（ＣＲ’２）３ＯＣＲ’３、若しくは−（ＣＲ’２）１〜２ＣＲ’３であり、又は、Ｒ２は、−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３であり、ＹはＯであり、Ｒ’は、各場合において独立してＨ又はＦである。
式（ＩＩ）のヌクレオチドでは、Ｒ２は、−ＣＲ’３、−（ＣＲ’２）１〜３ＯＣＲ’３、又は−（ＣＲ’２）１〜２ＣＲ’３である。いくつかの実施形態では、Ｒ２は、−ＣＲ’３又は−ＣＲ’２ＣＲ’３である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、各場合においてＨである。他の実施形態では、少なくとも１つのＲ’はＦであり、例えば、１、２、３、４、又は５個のＲ’はＦである。いくつかの実施形態では、ＣＲ’３は、１、２又は３個のＦ部分を含む。例えば、実施形態では、Ｒ１は、−ＣＨ３（又はＭｅ）、−ＣＦＨ２、−ＣＨＦ２、ＣＦ３、−ＣＨ２ＯＣＨ３、−ＣＦＨ２ＯＣＨ３、−ＣＨＦ２ＯＣＨ３、−ＣＦ３ＯＣＨ３、−ＣＨ２ＯＣＦＨ２、−ＣＨ２ＯＣＨＦ２、−ＣＨ２ＯＣＦ３、−ＣＦＨ２ＯＣＨ３、−ＣＦＨ２ＯＣＦＨ２、−ＣＦＨ２ＯＣＨＦ２、−ＣＦＨ２ＯＣＦ３、−ＣＨＦ２ＯＣＨ３、−ＣＨＦ２ＯＣＦＨ２、−ＣＨＦ２ＯＣＨＦ２、−ＣＨＦ２ＯＣＦ３、−（ＣＲ’２）３ＯＣＲ’３、−ＣＨ２ＣＨ３（又はＥｔ）、−ＣＦＨ２ＣＨ３、−ＣＨＦ２ＣＨ３、−ＣＦ３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＦＨ２、−ＣＨ２ＣＨＦ２、−ＣＨ２ＣＦ３、−ＣＦＨ２ＣＨ３、−ＣＦＨ２ＣＦＨ２、−ＣＦＨ２ＣＨＦ２、−ＣＦＨ２ＣＦ３、−ＣＨＦ２ＣＨ３、−ＣＨＦ２ＣＦＨ２、−ＣＨＦ２ＣＨＦ２、−ＣＨＦ２ＣＦ３、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、ＣＦ２ＣＨ２ＣＨ３、ＣＨ２ＣＦ２ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＣＦ３、ＣＦ２ＣＦ２ＣＨ３、ＣＨ２ＣＦ２ＣＦ３、ＣＦ２ＣＨ２ＣＦ３、ＣＦ２ＣＦ２ＣＦ３、ＣＨＦＣＨ２ＣＨ３、ＣＨＦＣＨＦＯＣＨ３、ＣＨＦＣＨ２ＣＦＨ２、ＣＨＦＣＨ２ＣＨＦ２及びＣＨ２ＣＨＦＣＨ３からなる群から選択される。実施形態では、Ｒ１は、−ＣＨ３（又はＭｅ）又は−ＣＨ２ＣＨ３（又はＥｔ）である。実施形態では、式ＩＩのヌクレオチドは、次のものからなる群から選択される。
Figure 0006970187
式（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物において、ＹはＯ又はＳであってもよい。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１回（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０回など）の場合においてＳである。他の実施形態では、Ｙは、少なくとも１回の場合においてＳであり、少なくとも別の場合においてＯである。他の実施形態では、Ｙは、各場合においてＳである。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１回（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０回など）の場合においてＯである。
開示されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチドを含む。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個の式（Ｉ）のヌクレオチドを含む。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個の式（ＩＩ）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２〜４０個のヌクレオチド、例えば、８〜２６個のヌクレオチド、又はそれらの間の整数のヌクレオチドを含む。
２つ以上の式（Ｉ）のヌクレオチドが含まれる実施形態では、ヌクレオチドは同じであっても異なっていてもよい。いくつかの実施形態では、１つ以上の式（ＩＩ）のヌクレオチドが含まれ、それらは同じであっても異なっていてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチドと、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドと、を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのＲ１がＭＯＥである、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチドと、Ｒ２がＭｅ又はＥｔである、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドと、を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２つの式（Ｉ）及び式（ＩＩ）の交互のヌクレオチドを含む。例えば、交互の２’修飾（例えば、Ｍｅ−ＭＯＥ−Ｍｅ−ＭＯＥ．．．又は、Ｅｔ−ＭＯＥ−Ｅｔ−ＭＯＥ−Ｅｔ−ＭＯＥ．．．）を有する、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個のヌクレオチド。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）及び／又は式（ＩＩ）のヌクレオチドは、以下によって表される。
Figure 0006970187
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドは、式（ＩＩＩａ）及び／又は（ＩＩＩｂ）の２’−フルオロヌクレオチドを更に含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４つの式（Ｉ）及び式（ＩＩＩａ）の交互のヌクレオチドを含む。例えば、オリゴヌクレオチドは、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個の交互のヌクレオチドを含む。
特定の実施形態は、４〜４０個のヌクレオチド、及び式（ＩＶ）を含む、オリゴヌクレオチドを含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは核酸塩基であり、Ｒ１は−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３であり、Ｒ２は、−ＯＣＲ’３、−ＯＣＲ’２ＯＣＲ’３、−Ｏ（ＣＲ’２）３ＯＣＲ’３又は−Ｏ（ＣＲ’２）１〜２ＣＲ’３及びＦから選択され、Ｒ’は、各場合において独立してＨ又はＦであり、ａは１〜１０の整数であり、ｂは１〜１０の整数であり、２０までの場合、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９及び２０である。
本開示の化合物は、次式（ＩＩＩ’）を含む化合物を含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、任意に、式（Ｉ）、（ＩＩ）、及び／又は（ＩＶ）のうちの１つ以上を含む。
式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）及び（Ｖ）のヌクレオチドの核酸塩基Ｂは、それぞれ独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であってよい。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、２，６−ジアミノプリン核酸塩基を含むが、任意にアデニンを含まない。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、５−メチルウラシル核酸塩基を含むが、任意にウラシルを含まない。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、２，６−ジアミノプリン核酸塩基を含むが、アデニンを含まず、５−メチルウラシル核酸塩基を含むが、任意にウラシルを含まない。
式（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）及び（Ｖ）の各ヌクレオチド中のＹは、独立してＯ又はＳであってよい。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１回（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０回など）の場合においてＳである。他の実施形態では、Ｙは、少なくとも１回の場合においてＳであり、少なくとも別の場合においてＯである。他の実施形態では、Ｙは、各場合においてＳである。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１回（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０回など）の場合においてＯである。
２つ以上の式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）及び（Ｖ）のそれぞれのヌクレオチドが含まれる実施形態では、２つ以上のかかる式のヌクレオチドは、同じであっても異なっていてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチドに加え、少なくとも１つの式（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）及び／又は（Ｖ’）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、少なくとも２つの式（Ｉ）及び／又は式（ＩＩ）及び／又は（ＩＩＩ）及び／又は（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）の交互のヌクレオチドを含む。例えば、開示されるオリゴヌクレオチドは、交互の２’修飾を有する２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個のヌクレオチドを含んでよい。
実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、次のものからなる群から選択され、
Figure 0006970187
 式中、Ｂは任意の天然又は修飾塩基であってよい。
本開示の化合物は、次式（Ｖ’）を含む化合物を含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、Ａは−（ＣＲ’’Ｒ’’）１〜２−であり、Ｒ’’は、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ又はＭｅであり、任意に式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）又は（Ｖ）のうち１つ以上を含む。
式（Ｖ’）を含む化合物では、Ａは−（ＣＲ’’Ｒ’’）１〜２−である。いくつかの実施形態では、Ａは−（ＣＲ’’Ｒ’’）−であり、他の実施形態では、Ａは−（ＣＲ’’Ｒ’’）２−である。Ｒ’’は、各場合において独立してＨ又はＭｅである。いくつかの実施形態では、１つのＲ’’はＭｅであり、残りはＨである。他の実施形態では、全てのＲ’’はＨである。
いくつかの実施形態では、ＡがＣＨ２であるとき、ＹはＳである。他の実施形態では、ＡがＣＨ２ＣＨ２であるとき、ＹはＯ又はＳである。いくつかの実施形態では、Ａは、ＣＨ２ＣＨ（Ｍｅ）又はＣＨ（Ｍｅ）であり、ＹはＯ又はＳである。
式（Ｖ’）を含む化合物では、ＹはＯ又はＳである。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１回（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０回など）の場合においてＳである。他の実施形態では、Ｙは、少なくとも１回の場合においてＳであり、少なくとも別の場合においてＯである。他の実施形態では、Ｙは、各場合においてＳである。いくつかの実施形態では、Ｙは、少なくとも１回（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０回など）の場合においてＯである。
式（Ｖ’）（及び任意に式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）の化合物は、オリゴヌクレオチドの一部であってもよい。いくつかの実施形態では、式（ＩＶ）（及び任意に式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’））を含む化合物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個の式（Ｖ’）（及び式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’））のヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２〜４０個のヌクレオチド、例えば、８〜２６個のヌクレオチド、又はそれらの間の整数のヌクレオチドを含む。
２つ以上の式（Ｖ’）のヌクレオチドが含まれる実施形態では、２つ以上の式（Ｖ’）のヌクレオチドは、同じであっても異なっていてもよい。いくつかの実施形態では、１つ以上の式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）のヌクレオチドが含まれ、それらは同じであっても異なっていてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、少なくとも１つの式（Ｖ’）のヌクレオチドと、少なくとも１つの式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）のヌクレオチドと、を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、少なくとも２つの式（Ｖ’）並びに式（Ｉ）及び／又は（ＩＩ）の交互のヌクレオチドを含む。例えば、交互の２’修飾を有する２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個のヌクレオチド。
いくつかの実施形態では、式（Ｖ’）（及び任意に式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’））を含むヌクレオチドは、以下の構造の２−フルオロヌクレオチドを更に含むみ、
Figure 0006970187
 式中、Ｙ、Ｒ及びＢは式（Ｉ）と同じである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、少なくとも４つの式（Ｖ’）及び２−フルオロヌクレオチドの交互のヌクレオチドを含む。
本開示の化合物は、次式（Ｖ）を含む化合物を含み、
Figure 0006970187
 式中、ＹはＳ又はＯであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｂは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、任意に、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）及び／又は（Ｖ’）のうちの１つ以上を含む。
Ｂ．キメラオリゴヌクレオチド
本開示は、共通の特徴を有するオリゴヌクレオチド内のドメイン、領域、又は部分を含む、オリゴヌクレオチドの構成体を目的とする。これらのドメインを有するオリゴヌクレオチドは、本明細書ではキメラオリゴヌクレオチドと称する。いくつかの実施形態では、キメラオリゴヌクレオチドは、式（ＶＩ）で表され、
５’−Ｘ−Ｙ−Ｚ−３’ （ＶＩ）、
キメラオリゴヌクレオチドは、１４〜２２個のヌクレオシドの配列を含み、式中、Ｘは、長さが３〜１０ヌクレオチドである修飾ヌクレオチドの配列を含むドメインであり、Ｚは、長さが３〜１０ヌクレオシドである修飾ヌクレオチドの配列を含むドメインであり、Ｙは、２〜１０個の２’−デオキシ−ヌクレオチド又は未修飾ヌクレオチドの配列を含むドメインである。それぞれのドメイン中のそれぞれのヌクレオシドは、サブユニット間結合を介して結合される。
いくつかの実施形態では、キメラオリゴヌクレオチドは、式（ＶＩ’）で表され、
５’−Ｘ−Ｙ−Ｚ−３’ （ＶＩ’）、
キメラオリゴヌクレオチドは、１４〜２２個のヌクレオシドの配列を含み、式中、Ｘは、長さが２〜１０ヌクレオチドである修飾ヌクレオチドの配列を含むドメインであり、Ｚは、長さが２〜１０ヌクレオシドである修飾ヌクレオチドの配列を含むドメインであり、Ｙは、６〜１４個の２’−デオキシ−ヌクレオチド又は未修飾ヌクレオチドの配列を含むドメインである。それぞれのドメイン中のそれぞれのヌクレオシドは、サブユニット間結合を介して結合される。
式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）のヌクレオチドは、Ｘ及び／又はＺドメイン中に存在してもよい。キメラオリゴヌクレオチドは、５’及び／又は３’末端でリガンド標的化基又はファーマコフォアに結合されてよい。
いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、チオリン酸サブユニット間結合によって連結された２’デオキシ−ヌクレオシドを含有する。実施形態では、Ｙドメインは、少なくとも１つのリン酸ジエステルサブユニット間結合によって連結された２’デオキシ−ヌクレオシドを含有する。実施形態では、Ｙドメインは、２つのリン酸ジエステルサブユニット間結合によって連結された２’デオキシ−ヌクレオシドを含有する。実施形態では、Ｙドメインは、チオリン酸サブユニット間結合、及び１つ又は２つのリン酸ジエステルサブユニット間結合によって連結された２’デオキシ−ヌクレオシドを含有する。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、長さが６〜１０のヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは修飾ヌクレオチドを含み、修飾は、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＥｔ、２’−Ｏ−メトキシエトキシ、及び立体配置的に制限されたヌクレオチドから独立して選択される。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、長さが９〜１０のヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、Ｚドメインは、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｚドメインは２’修飾ヌクレオチドを含み、修飾は、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＥｔ又は２’−ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、Ｚドメインは、長さが９〜１０のヌクレオチドである。
実施形態では、キメラオリゴヌクレオチドは、１４〜２２個のヌクレオチドの配列を含む。例えば、オリゴヌクレオチドは、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２２個のヌクレオチドを含んでよい。
実施形態では、Ｘは、長さが３〜１０ヌクレオチドである１つ以上の修飾ヌクレオチドを含有する配列からなるドメインであり、Ｚは、長さが３〜１０ヌクレオチドである１つ以上の修飾ヌクレオチドを含有する配列からなるドメインであり、Ｙは、チオリン酸サブユニット間結合及び任意に１つ又は２つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結された２〜１０個の２’−デオキシ−ヌクレオシドからなるドメインである。いくつかの実施形態では、Ｘは５〜９、Ｙは６〜１０、Ｚは５〜９である。いくつかの実施形態では、Ｘ、Ｙ及びＺのそれぞれにおけるヌクレオチドの数は、それぞれ、６／６／６、６／６／７、６／６／８、６／７／６、６／７／７、６／７／８、６／８／６、６／８／７、６／８／８、３／１０／３、４／１０／４、５／１０／５、５／１０／６、２／１２／２、３／１２／３、２／１４／２、５／９／５、５／９／６、５／８／５、５／８／６、５／８／７、７／５／７、７／５／８、７／５／９、７／６／６、７／６／７、７／６／８、７／６／９、７／７／６、７／７／７、７／７／８、７／７／９、７／５／７、７／５／８、７／５／９、７／４／７、７／４／８、７／４／９、８／４／７、８／４／８、８／４／９、７／３／７、７／３／８、７／３／９、８／３／７、８／３／８、８／３／９、８／３／１０、９／３／７、９／３／８、９／３／９、９／３／１０、８／２／７、８／２／８、８／２／９、８／２／１０、９／２／７、９／２／８、９／２／９、９／２／１０、１０／２／８、１０／２／９、１０／２／１０である。各Ｘドメイン及びＺドメインは、それぞれ、修飾ヌクレオチドの配列を含み、ドメインは長さが４〜１０ヌクレオチドである。例えば、Ｘドメイン及び／又はＺドメインは、４、５、６、７、８、９、又は１０個のヌクレオチドの配列を含んでもよい。これらのヌクレオチドのうちの１つ以上が修飾される（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個）。例えば、いくつかの実施形態では、Ｘドメイン及び／又はＺドメインのそれぞれにおける全てのヌクレオチドが修飾される。
Ｘ及びＺドメインのヌクレオチドは、核酸塩基、リボース糖の２’及び／又は３’位、並びにサブユニット間結合のうち１つ以上に関して、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）に従って修飾されてよい。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＯＭｅで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態も挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）並びにＭｅ又はＯＭｅで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＯ−メトキシエトキシで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態も挙げられる。２’及び４’位が架橋基（本明細書の他の箇所に記載）で修飾され、立体配置的に制限されたヌクレオチドを形成し、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。これらの実施形態はそれぞれ、チオリン酸（又は３’置換に応じてチオホスホロアミダート）及びホスホロアミダートサブユニット間結合を含んでもよい。
また、２’位がＨであり、３’位がＮＨである実施形態も挙げられる。これらの実施形態はそれぞれ、チオホスホロアミダート及び／又はホスホロアミダートサブユニット間結合を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、Ｘドメイン及びＺドメインの各修飾ヌクレオチドは、それぞれ、２’−Ｆ、２’−Ｆ’−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＭｅ−Ｎ３→Ｐ５’、２’−Ｏ−メトキシエトキシ、２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’、立体配置的に制限されたヌクレオチドのうち少なくとも１つから独立して選択される修飾を含む。
いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、次式（Ａ）で表されるヌクレオシドを含み、
Figure 0006970187
 式中、Ａは、各場合において独立してＮＨ又はＯであり、Ｂは、各場合において独立して天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、Ｒ’及びＲ’’はそれぞれ、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ、ＯＨ、ＯＭｅ、ＯＥｔ、Ｏ−メトキシエトキシから選択され、Ｒ’’’はＨであり、又は、Ｒ’及びＲ’’’は共に、２〜４原子架橋を形成して立体配置的に制限されたヌクレオシド（例えば、−Ｏ−ＣＨ２−、−Ｏ−ＣＨ（Ｍｅ）−、又は−Ｏ−（ＣＨ２）２−）を形成する。
いくつかの実施形態では、Ｒ’は、Ｆ、ＯＨ、−ＯＭｅ、−ＯＥｔ、Ｏ−メトキシエトキシから選択され、Ｒ’’はＨ及びＦであり、Ｒ’’’はＨ、Ｍｅ又は−ＯＭｅである。他の実施形態では、Ｒ’’及びＲ’’’はＨであり、Ｒ’はＦ、ＯＭｅ、ＯＥｔ及びＯ−メトキシエトキシから選択される。いくつかの実施形態では、Ａは、各場合においてＮＨである。
いくつかの実施形態は、式（Ａ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオシドを含み、式中、ＡはＮＨであり、ＢはＧ−ｃｌａｍｐであり、Ｒ’はＦ又はＯＭｅであり、Ｒ’’はＨであり、又は、Ｒ’はＨであり、Ｒ’’はＨ若しくはＦであり、Ｒ’’’はＨである。
いくつかの実施形態は、式（Ａ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオシドを含み、式中、ＡはＮＨであり、Ｂは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、Ｒ’及びＲ’’’は共に、立体配置的に制限されたヌクレオシド（例えば、−Ｏ−ＣＨ２−、−Ｏ−ＣＨ（Ｍｅ）−、又は−Ｏ−（ＣＨ２）２−）を形成し、Ｒ’’は、Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｂは、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、及び５−メチルウラシルからなる群から選択される未修飾又は修飾核酸塩基である。
いくつかの実施形態は、式（Ａ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオシドを含み、式中、ＡはＮＨであり、Ｂは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、Ｒ’はＦ又はＯＭｅであり、Ｒ’’はＨであり、Ｒ’’’はＨである。
いくつかの実施形態は、式（Ａ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオシドを含み、式中、ＡはＮＨであり、Ｂは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、Ｒ’はＨであり、Ｒ’’はＦであり、Ｒ’’’はＨである。
いくつかの実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、式（Ｉｘ）によって表され、
Figure 0006970187
 式中、Ｗは、各場合において独立してＯＲ又はＳＲであり、このときＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、Ｒ’、Ｒ’’、Ｒ’’’、Ａ及びＢは、式（Ａ）に記載されるとおりである。他の実施形態では、ＡはＯであり、Ｒ’、Ｒ’’は独立してＨ又はＯＥｔであり、Ｒ’、Ｒ’’のうち少なくとも１つはＯＥｔである。
例えば、Ｘ及び／又はＺのヌクレオチドは、ＡがＮＨであり、ＷがＳであり、Ｒ’がＭＯＥであるＸ及びＺドメインそれぞれの少なくとも１つのヌクレオチドに加えて、表Ａ中のヌクレオチドのうち１つ以上を含んでもよい。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
Figure 0006970187
いくつかの実施形態では、Ｘドメイン及びＺドメインはそれぞれ、独立して、２つ、３つ、又はそれ以上の異なるヌクレオチド１〜４７を含む。
Ｘドメインのヌクレオシドは、サブユニット間結合、例えば、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、チオリン酸、リン酸ジエステルサブユニット間結合、又はこれらの組み合わせを介して連結される。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、及びこれらの組み合わせから選択されるサブユニット間結合を介して連結される。
キメラオリゴヌクレオチドのＸドメインは、修飾ヌクレオチドの特定の配列を含んでもよい。例えば、いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、１つ以上の立体配置的に制限されたヌクレオチドを含む。立体配置的に制限されたヌクレオチドは、ＬＮＡ及びＥＮＡなどのＢＮＡを含んでよい。（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個の立体配置的に制限されたヌクレオチド）。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、１つ以上の２’−Ｆ及び／又は２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、交互の立体配置的に制限されたヌクレオチドを含み、例えば、ヌクレオチドは１つおきに、立体配置的に制限されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、１つ以上の２’−Ｆ及び／又は２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個の２’−Ｆ及び／又は２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、Ｘドメインは、交互の２’−Ｆ及び２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチドを含む。実施形態では、Ｘドメインは、例えば、交互配列で、２’−Ｆ又は２’−ＯＭｅ及び立体配置的に制限されたヌクレオチドを含む。
Ｙドメインは、２〜１４個の２’−デオキシヌクレオチドの配列を含む。例えば、Ｙドメインは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４個の２’−デオキシヌクレオチドの配列を含んでもよい。２’−デオキシヌクレオシドのうち１つ以上は、チオリン酸サブユニット間結合（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４ヶ所のチオリン酸サブユニット間結合）を介して連結されてもよい。いくつかの実施形態では、２’−デオキシヌクレオシドはそれぞれ、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、Ｙドメインは、少なくとも１つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を含む（例えば、１、２又は３ヶ所のリン酸ジエステルサブユニット間結合）。他の実施形態では、Ｙドメインは、チオリン酸サブユニット間結合、及び任意に１つ又は２つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結された２’−デオキシ−ヌクレオシドからなる。
実施形態では、Ｙドメインは、ＲＮａｓｅ Ｈによる切断を誘発するヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結された２’−デオキシヌクレオシドは、次式（Ｂ）によって表されてよく、
Figure 0006970187
 式中、Ｂは、各場合において独立して、未修飾又は修飾核酸塩基である。いくつかの実施形態では、Ｂは、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、及び５−メチルウラシルからなる群から選択される未修飾又は修飾核酸塩基である。
他の実施形態では、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結された２’−デオキシヌクレオシドは、修飾２’−デオキシヌクレオシドを含み、これはＸ及びＺドメインと同様に修飾されてもよい。例えば、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結された修飾２’−デオキシヌクレオシドは、次式（Ｃ）によって表されてよく、
Figure 0006970187
 式中、Ｂは、各場合において独立して未修飾又は修飾核酸塩基であり、Ｒ’’及びＲ’’’はそれぞれ、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択され、又は、Ｒ’及びＲ’’’は共に、２〜４原子架橋を形成して立体配置的に制限されたヌクレオシドを形成する。いくつかの実施形態では、Ｂは、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、及び５−メチルウラシルからなる群から選択される未修飾又は修飾核酸塩基である。
Ｚドメインは修飾ヌクレオチドの配列を含み、Ｚドメインは長さが４〜１０ヌクレオチドである。例えば、Ｚドメインは、４、５、６、７、８、９、又は１０個のヌクレオチドの配列を含んでもよい。これらのヌクレオチドのうち１つ以上が修飾される（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２２個）。例えば、いくつかの実施形態では、Ｚドメイン中の全てのヌクレオチドが修飾される。
Ｚドメインの修飾ヌクレオチドとして、例えば、２’−Ｆ、２’−Ｆ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＭｅ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−ＯＥｔ−Ｎ３’→Ｐ５’、２’−Ｏ−メトキシエトキシ、２’−Ｏ−メトキシエトキシ−Ｎ３’→Ｐ５’、立体配置的に制限されたヌクレオチド、２’−ＯＨ−Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート及び２’−ＯＨ−Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダートのうち少なくとも１つから独立して選択される修飾が挙げられる。
いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、式（Ａ）で表されるヌクレオシドを含んでよい。
Ｚドメインのヌクレオチドは、サブユニット間結合、例えば、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、チオリン酸又はリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、Ｚドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、サブユニット間結合、及びこれらの組み合わせを介して連結される。
キメラオリゴヌクレオチドのＺドメインは、修飾ヌクレオチドの特定の配列を含んでもよい。例えば、いくつかの実施形態では、Ｚドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上）の立体配置的に制限されたヌクレオチド（例えば、それぞれが任意に置換され得るＬＮＡ、ＥＮＡなどのＢＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、Ｚドメインは、交互に立体配置的に制限されたヌクレオチドを含み、例えば、ヌクレオチドは１つおきに、立体配置的に制限されたヌクレオチド（例えば、それぞれが任意に置換され得る、ＬＮＡ、ＥＮＡなどのＢＮＡ）である。いくつかの実施形態では、Ｚドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上）の２’−Ｆ及び／又は２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチドを含む。例えば、Ｚドメインが交互の２’−Ｆ及び２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチドを含むか、又はＺドメインが交互の２’−Ｆ又は２’−ＯＭｅ及び立体配置的に制限されたヌクレオチドを含む、いくつかの実施形態が挙げられる。
いくつかの実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）の修飾ヌクレオチドは、５−メチルシトシン核酸塩基を含むが、シトシンを含まない。いくつかの実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）の修飾ヌクレオチドは、２，６−ジアミノプリン核酸塩基を含むが、アデニンを含まない。いくつかの実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）の修飾ヌクレオチドは、５−メチルウラシル核酸塩基を含むが、ウラシルを含まない。いくつかの実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）の修飾ヌクレオチドは、２’−ＯＭｅ及び立体配置的に制限されたヌクレオチドを含み、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結され、修飾ヌクレオチドは、５−メチルシトシン核酸塩基を含むが、シトシンを含まない。いくつかの実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）の修飾ヌクレオチドは、ウラシルではなく５−メチルウラシル核酸塩基と共に、２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）によって表されるキメラオリゴヌクレオチドは、Ｘ及びＺドメイン中の少なくとも１つのサブユニット間結合がＮＰＳ結合である、表Ｂの構成体のうち少なくとも１つに従って配置される。
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表Ｂにおいて、Ｘ及びＺドメインそれぞれのヌクレオチドは、表Ａ中の番号付けされたヌクレオチドのうちの１つ以上であり得る。いくつかの実施形態では、表Ｂのキメラオリゴヌクレオチドは、表Ａ中の修飾ヌクレオチドのうち少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８個以上を含む。いくつかの実施形態では、Ｘ及び／又はＺのヌクレオチドの全てが修飾ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、表Ｂ中のヌクレオチドは、表Ａに列挙される特定の修飾ヌクレオチド、例えば、ヌクレオチド番号１〜４又は５〜８又は９〜１２又は１３〜１６又は１７〜２０又は２１〜２４又は２５〜２８又は２９〜３０又は３１〜３２又は３３から選択される。いくつかの実施形態では、表Ｂ中のヌクレオチドは、表Ａに列挙される特定の修飾ヌクレオチド、例えば、ヌクレオチド番号９〜１２及び２１〜２８、又は９〜１２及び２１〜２４、又は１〜４及び２１〜２８、又は１〜４及び２１〜２４、又は５〜８及び２１〜２８、又は５〜８及び２１〜２４から選択される。いくつかの実施形態では、表Ｂ中のヌクレオチドは、表Ａに列挙される１つ又は２つ又は３つの修飾ヌクレオチド、例えば、ヌクレオチド番２９〜３１又は３１〜３２又は３３から選択される。いくつかの実施形態では、表Ｂ中のヌクレオチドは、表Ａに列挙される特定の修飾ヌクレオチド、例えば、ヌクレオチド番２９又は３１又は３３から選択される。表ＢのＹドメイン中のヌクレオチドは、式Ｂのヌクレオチドを含んでよい。
いくつかの実施形態では、表Ｂのオリゴヌクレオチドは、５’及び／又は３’末端でリガンド標的化基又はファーマコフォアに結合される。
いくつかの実施形態では、本開示のヌクレオチド化合物は、配列：５’−ＧＣＡＧＡＧＧＴＧＡＡＧＣＧＡＡＧＵＧＣ−３’、又は表Ｈ（下記）の他の配列のうちの１つを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表Ｃ中の配列を含む。表Ｃにおいて、Ｘは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基である。いくつかの実施形態では、各Ｘは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、Ｔ、２，６−ジアミノプリン、５−Ｍｅピリミジン（例えば、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル）、及びｇ−ｃｌａｍｐから独立して選択される。
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実施形態では、ドメインのヌクレオチドのそれぞれが修飾される。実施形態では、ドメインのヌクレオチドのそれぞれが同じ修飾を有する。実施形態では、Ｘ及びＺドメインのヌクレオチドのそれぞれが修飾される。実施形態では、Ｘ及びＺドメインのヌクレオチドのそれぞれが同じ修飾を有する。実施形態では、ドメインのヌクレオチドのそれぞれが２’−ＭＯＥで修飾される。実施形態では、Ｘ及びＺドメインのヌクレオチドのそれぞれが２’−ＭＯＥで修飾される。実施形態では、ドメインのヌクレオチドのそれぞれが２’ＯＭｅで修飾される。実施形態では、Ｘ及びＺドメインのヌクレオチドのそれぞれが２’ＯＭｅで修飾される。実施形態では、ドメインのヌクレオチドのそれぞれが２’ＯＥｔで修飾される。実施形態では、Ｘ及びＺドメインのヌクレオチドのそれぞれが２’ＯＥｔで修飾される。実施形態では、Ｘ及びＺドメインのヌクレオチドのそれぞれがＮＰＳ結合によって連結される。実施形態では、Ｘ及びＺドメインは、同じ数のヌクレオチドを有する。実施形態では、Ｘ及びＺドメインはそれぞれ、４〜８個のヌクレオチドを有する。実施形態では、Ｘ及びＺドメインはそれぞれ、５〜６個のヌクレオチドを有する。実施形態では、Ｘ及びＺドメインはそれぞれ、５個のヌクレオチドを有する。実施形態では、Ｙドメインは、Ｘ及びＺドメインのそれぞれの少なくとも２倍の数のヌクレオチドを有する。実施形態では、Ｙドメインは、８〜１２個のヌクレオチドを有する。実施形態では、Ｙドメインは、１０個のヌクレオチドを有する。実施形態では、Ｙドメインのヌクレオチドのそれぞれは、ＰＳ結合によって連結される。実施形態では、オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基が修飾される。実施形態では、オリゴヌクレオチドの３’末端に隣接する少なくとも１つの核酸塩基が修飾される。実施形態では、オリゴヌクレオチドのＺドメイン中の少なくとも１つの核酸塩基が修飾される。実施形態では、オリゴヌクレオチドのＹドメイン中の少なくとも１つの核酸塩基が修飾される。
いくつかの実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるオリゴヌクレオチドは、表Ｄから選択される。他の実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるオリゴヌクレオチドは、表Ｄのキメラオリゴヌクレオチドから１つの修飾ヌクレオチドが異なる配列を有する。他の実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるオリゴヌクレオチドは、表Ｄのオリゴヌクレオチドから、１、２、３又は４つのヌクレオチドが異なる配列を有する。式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるキメラオリゴヌクレオチドの特定の実施形態を、以下の表Ｄに列挙する。
Figure 0006970187
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いくつかの実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるオリゴヌクレオチドは、上記表Ｃから選択される。他の実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるオリゴヌクレオチドは、上記リストのキメラオリゴヌクレオチドとは１つのヌクレオチドが異なる配列を有する。他の実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるオリゴヌクレオチドは、上記リストのキメラオリゴヌクレオチドとは１、２、３又は４つのヌクレオチドが異なる配列を有する。実施形態では、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）で表されるオリゴヌクレオチドは、上記リストのキメラオリゴヌクレオチドとは異なる配列を有するが、上記リストのキメラオリゴヌクレオチドと同一の構成体を有する。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドは、同じ配列の未修飾オリゴヌクレオチドと比較して、標的核酸配列に対する親和性の上昇を呈する。例えば、いくつかの配列において、開示されるオリゴヌクレオチドは、同じ配列の未修飾オリゴヌクレオチドよりも高い親和性で標的核酸配列に相補的つまりハイブリダイズする核酸塩基配列を有する。実施形態では、相補的標的核酸配列と複合体化した開示されるオリゴヌクレオチドは、＞３７℃の融解温度ＴＭを有する。複合体は、生理的条件又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中などのほぼ生理的条件下で形成され得る。実施形態では、複合体のＴｍは＞５０℃である。実施形態では、複合体のＴｍは５０〜１００℃である。実施形態では、生理的条件又はほぼ生理的条件下で標的核酸配列と二本鎖形成した開示されるオリゴヌクレオチドのＴｍは、＞５０℃である。
特定の実施形態では、標的核酸配列は、ＨＢＶゲノムなどの既知のウイルスＤＮＡ又はＲＮＡ配列、例えば表Ｅ、Ｆ、又はＪに列挙される核酸配列から選択してよい。
実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドは、ＨＢＶゲノム又はそのＲＮＡ相当物の以下の６つの配列のうち少なくとも１つに親和性を示し、及び／又は、ＨＢＶゲノム（表Ｅ）又はそのＲＮＡ相当物（表Ｆ）の以下の６つの配列のうち少なくとも１つに複合体化して安定性を示す。実施形態では、相補的ＨＢＶゲノムと複合体化したオリゴヌクレオチドは、＞３７℃の融解温度（Ｔｍ）を有する。ＨＢＶゲノムは、ＤＲ−１及び／又はＤＲ−２のＲＮＡ配列などのＲＮＡ配列であってもよい。複合体は、生理的条件又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中などのほぼ生理的条件下で形成され得る。実施形態では、複合体のＴｍは＞５０℃である。実施形態では、複合体のＴｍは５０〜１００℃である。実施形態では、生理的条件又はほぼ生理的条件下でＨＢＶのＲＮＡと二本鎖形成した開示されるオリゴヌクレオチドのＴｍは、＞５０℃である。
Figure 0006970187
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本開示の化合物は、次式（ＶＩＩ）を含む化合物を含み、
５’−Ｘ’−Ｙ’−Ｚ’−３’ （ＶＩＩ）
式中、Ｘ’−Ｙ’−Ｚ’は、１４〜２２個のヌクレオシドの配列を含むキメラオリゴヌクレオチドであり、任意に、５’及び／又は３’末端でリガンド標的化基又はファーマコフォアに結合され、Ｘ’は、長さが３〜１４ヌクレオシドである修飾ヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｙ’は、サブユニット間結合を介して連結された２〜４個の２’−デオキシヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｚ’は、長さが３〜１４ヌクレオシドである修飾ヌクレオシドの配列を含むドメインであり、Ｘ’及び／又はＹ’ドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合を介して連結される１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。
式（ＶＩＩ）のＸ’−Ｙ’−Ｚ’で表されるキメラオリゴヌクレオチドは、１４〜２２個のヌクレオチド、例えば、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、又は２２個のヌクレオチドの配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｘ’、Ｙ’、及びＺ’それぞれにおけるヌクレオチドの数は、それぞれ、８／２／１０、９／２／１０、１０／２／１０、７／３／１０、８／３／１０、９／３／１０、８／４／８、９／４／９、６／４／８である。いくつかの実施形態では、Ｘ’は６〜１０、Ｙ’は２〜４、Ｚ’は８〜１０である。
いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩ）の化合物は、１４〜２２個のヌクレオチドの配列からなるＸ’−Ｙ’−Ｚ’キメラオリゴヌクレオチドからなり、任意に５’及び／又は３’末端（例えば、５’末端、３’末端、又は５’及び３’末端の両方）でリガンド標的化基及び／又はファーマコフォアに結合され、Ｘ’は、長さが３〜１０ヌクレオチドである１つ以上の修飾ヌクレオチドを含有する配列からなるドメインであり、Ｚ’は、長さが３〜１０ヌクレオチドである１つ以上の修飾ヌクレオチドを含有する配列からなるドメインであり、Ｙ’は、チオリン酸サブユニット間結合及び任意に１つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結された２〜４個の２’−デオキシ−ヌクレオチドの配列からなるドメインであり、Ｘ’及び／又はＹ’ドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合を介して連結される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含有する。
Ｘ’ドメインは修飾ヌクレオチドの配列を含み、Ｘ’ドメインは長さが４〜１０ヌクレオチドである。例えば、Ｘ’ドメインは、４、５、６、７、８、９、又は１０個のヌクレオチドの配列を含んでもよい。これらのヌクレオチドのうち１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２２個）が修飾される。例えば、いくつかの実施形態では、Ｘ’ドメイン中の全てのヌクレオチドが修飾される。
Ｘ’ドメインの修飾ヌクレオチドは、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）中のＸに関して開示したものと同じであってよい。例えば、Ｘ’ドメインのヌクレオチドは、核酸塩基、リボース糖の２’及び／又は３’位、並びにサブユニット間結合のうち１つ以上に関して修飾されてよい。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＯＭｅで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態も挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）並びにＭｅ又はＯＭｅで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＯ−メトキシエトキシで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態も挙げられる。２’及び４’位が架橋基（本明細書の他の箇所に記載）で修飾され、立体配置的に制限されたヌクレオチドを形成し、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。これらの実施形態はそれぞれ、チオリン酸（又は３’置換に応じてチオホスホロアミダート）及びホスホロアミダートサブユニット間結合を含んでもよい。
２’位がＯＨであり、３’位がＮＨである実施形態、又は、２’位がＨであり、３’位がＮＨである実施形態も挙げられる。これらの実施形態はそれぞれ、チオホスホロアミダート及び／又はホスホロアミダートサブユニット間結合を含んでもよい。
Ｘ’ドメインのヌクレオチドは、サブユニット間結合、例えば、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、チオリン酸又はリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、Ｘ’ドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、及びこれらの組み合わせから選択されるサブユニット間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、Ｘ’ドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート及び／又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合から、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０ヶ所を含む。
Ｙ’メインは、２〜４個の２’−デオキシヌクレオチドの配列を含む。例えば、Ｙ’ドメインは、２、３、又は４個の２’−デオキシヌクレオチドの配列を含んでもよい。２’−デオキシヌクレオチドのうち１つ以上は、チオリン酸又はリン酸ジエステルサブユニット間結合（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２２ヶ所）を介して連結されてもよい。いくつかの実施形態では、２’−デオキシヌクレオチドはそれぞれ、チオリン酸サブユニット間結合を介して連結される。他の実施形態では、２’−デオキシヌクレオチドはそれぞれ、リン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結される。他の実施形態では、Ｙ’ドメインは、チオリン酸サブユニット間結合、及び任意に１つのリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結された２’−デオキシ−ヌクレオチドからなる。
Ｚ’ドメインは修飾ヌクレオチドの配列を含み、Ｚドメインは長さが４〜１０ヌクレオチドである。例えば、Ｚ’ドメインは、４、５、６、７、８、９、又は１０個のヌクレオチドの配列を含んでもよい。これらのヌクレオチドのうち１つ以上が修飾される（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２２個）。例えば、いくつかの実施形態では、Ｚ’ドメイン中の全てのヌクレオチドが修飾される。
Ｚ’ドメインの修飾ヌクレオチドは、式（ＶＩ）又は（ＶＩ’）中のＺに関して開示したものと同じであってよい。例えば、Ｚ’ドメインのヌクレオチドは、核酸塩基、リボース糖の２’及び／又は３’位、並びにサブユニット間結合のうち１つ以上に関して修飾されてよい。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＯＭｅで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態も挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）並びにＭｅ又はＯＭｅで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＯ−メトキシエトキシで修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。２’位がＦ（リボ又はアラビノ）で修飾され、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態も挙げられる。２’及び４’位が架橋基（本明細書の他の箇所に記載）で修飾され、立体配置的に制限されたヌクレオチドを形成し、３’位がＯ又はＮＨである、実施形態が挙げられる。これらの実施形態はそれぞれ、チオリン酸（又は３’置換に応じてチオホスホロアミダート）及びホスホロアミダートサブユニット間結合を含んでもよい。
２’位がＯＨであり、３’位がＮＨである実施形態、又は、２’位がＨであり、３’位がＮＨである実施形態も挙げられる。これらの実施形態はそれぞれ、チオホスホロアミダート及び／又はホスホロアミダートサブユニット間結合を含んでもよい。
Ｚ’ドメインのヌクレオチドは、サブユニット間結合、例えば、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、チオリン酸又はリン酸ジエステルサブユニット間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、Ｚ’ドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート、Ｎ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダート、及びこれらの組み合わせから選択されるサブユニット間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、Ｚ’ドメインは、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート及び／又はＮ３’→Ｐ５’チオホスホロアミダートサブユニット間結合から、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０ヶ所を含む。
Ｃ．修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド
他の化合物として、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶ）、（Ｖ）及び／又は（Ｖ’）のヌクレオチドを含む。
本開示の他の化合物は、次式（ＶＩＩＩ）を含む化合物を含み、
Figure 0006970187
 式中、ＸＡはＮＨ又はＯであり、ＹはＯＲ又はＳＲであり、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、ＢＡは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、ＲＡ’及びＲＡ’’は、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択され、ＲＡ’’’はＨであり、又は、ＲＡ’とＲＡ’’’は共に、−Ｏ−ＣＨ２−、−Ｏ−ＣＨ（Ｍｅ）−、若しくは−Ｏ−（ＣＨ２）２−を形成する。
いくつかの実施形態では、ＲＡ’及びＲＡ’’’はＨであり、ＲＡ’’は、Ｆ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択される。他の実施形態では、ＲＡ’’及びＲＡ’’’はＨであり、ＲＡ’は、Ｆ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択される。いくつかの実施形態では、ＸＡは、各場合においてＮＨである。
いくつかの実施形態は、式（ＶＩＩＩ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、ＸＡはＮＨであり、ＢＡはＧ−ｃｌａｍｐであり、ＲＡ’はＦ若しくはＯＭｅであり、ＲＡ’’はＨであり、又は、ＲＡ’はＨであり、ＲＡ’’はＨ若しくはＦであり、ＲＡ’’’はＨである。
いくつかの実施形態は、式（ＶＩＩＩ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、ＸＡはＮＨであり、ＢＡは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＡ’及びＲＡ’’’は共に、立体配置的に制限されたヌクレオチド（例えば、−Ｏ−ＣＨ２−又は−Ｏ−（ＣＨ２）２−）を形成し、ＲＡ’’はＨである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、及び５−メチルウラシルからなる群から選択される未修飾又は修飾核酸塩基である。
いくつかの実施形態は、式（ＶＩＩＩ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、ＸＡはＮＨであり、Ｂは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＡ’はＦ又はＯＭｅであり、ＲＡ’’はＨであり、ＲＡ’’’はＨである。
いくつかの実施形態は、式（ＶＩＩＩ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、ＸＡはＮＨであり、ＢＡは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＡ’はＨであり、ＲＡ’’はＦであり、ＲＡ’’’はＨである。
いくつかの実施形態では、ＸＡはＮＨである。他の実施形態では、Ｙは、Ｏ−又はＳ−（正に荷電された対イオンを有する）である。いくつかの実施形態では、ＲＡ’又はＲＡ’’はＨであり、他方はＦ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシである（例えば、アラビノ−Ｆ又はリボ−Ｆ又はＯＭｅ）。
いくつかの実施形態では、ＢＡは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ及びＴから選択される。追加の実施形態では、ＢＡは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、Ｔ、２，６−ジアミノプリン、５−Ｍｅピリミジン（例えば、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル）から選択される。いくつかの実施形態では、ＲＡ’及びＲＡ’’のうち少なくとも１つはＨである。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＡ’はＦ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシであり、ＲＡ’’はＨである。他の実施形態では、ＲＡ’はＨであり、ＲＡ’’はＦである。
いくつかの実施形態では、ＢＡがプリン核酸塩基であるとき、ＲＡ’及びＲＡ’’のうち少なくとも１つはＯＨ若しくはＦであり、並びに／又は、ＢＡがピリミジン核酸塩基であるとき、ＲＡ’及びＲＡ’’のうち少なくとも１つはＯＭｅ、ＯＨ若しくはＦである。
他の実施形態では、ヌクレオチドは、表Ｇ中のヌクレオチドのうち１つ以上を含む。
Figure 0006970187
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本開示の化合物はまた、１０個以上の次式（ＩＸ）のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドも含み、
Figure 0006970187
 式中、ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、ＢＢは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、ＲＢ’及びＲＢ’’は、各場合において独立して、Ｈ、Ｆ、ＯＭｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択され、ＲＢ’’’はＨであり、又は、ＲＢ’とＲＢ’’’は共に、−Ｏ−ＣＨ２−、−Ｏ−ＣＨ（Ｍｅ）−、若しくは−Ｏ−（ＣＨ２）２−を形成する。
いくつかの実施形態では、全てのオリゴヌクレオチドは、式（ＩＸ）のヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、ＲＢ’及びＲＢ’’’はＨであり、ＲＢ’’は、Ｆ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択される。他の実施形態では、ＲＢ’’及びＲＢ’’’はＨであり、ＲＢ’は、Ｆ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシから選択される。
いくつかの実施形態は、式（ＩＸ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、ＢＡはＧ−ｃｌａｍｐであり、ＲＢ’はＦ若しくはＯＭｅであり、ＲＢ’’はＨであり、又は、ＲＢ’はＨであり、ＲＢ’’はＨ若しくはＦであり、ＲＢ’’’はＨである。
いくつかの実施形態は、式（ＩＸ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、ＢＡは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＢ’及びＲＢ’’’は共に、立体配置的に制限されたヌクレオチド（例えば、−Ｏ−ＣＨ２−又は−Ｏ−（ＣＨ２）２−）を形成し、ＲＢ’’はＨである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、及び５−メチルウラシルからなる群から選択される未修飾又は修飾核酸塩基である。
いくつかの実施形態は、式（ＩＸ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、Ｂは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＢ’はＦ又はＯＭｅであり、ＲＢ’’はＨであり、ＲＢ’’’はＨである。
いくつかの実施形態は、式（ＩＸ）で表される１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、式中、ＢＡは、未修飾又は修飾核酸塩基であり、ＲＢ’はＨであり、ＲＢ’’はＦであり、ＲＢ’’’はＨである。
他の実施形態では、Ｙは、Ｓ−（正に荷電された対イオンを有する）である。いくつかの実施形態では、ＲＢＮＡ’又はＲＢ’’はＨであり、他方はＦ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシである（例えば、アラビノ−Ｆ又はリボ−Ｆ又はＯＭｅ）。
いくつかの実施形態では、ＢＢは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ及びＴから選択される。追加の実施形態では、ＢＢは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、Ｔ、２，６−ジアミノプリン、５−Ｍｅピリミジン（例えば、５−メチルシトシン）から選択される。いくつかの実施形態では、ＲＢ’及びＲＢ’’のうち少なくとも１つはＨである。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＡ’はＦ、ＯＨ、ＯＭｅ、Ｍｅ、Ｏ−メトキシエトキシであり、ＲＢ’’はＨである。他の実施形態では、ＲＢ’はＨであり、ＲＢ’’はＦである。
いくつかの実施形態では、ＢＢがプリン核酸塩基であるとき、ＲＢ’及びＲＢ’’のうち少なくとも１つはＯＨ若しくはＦであり、並びに／又は、ＢＢがピリミジン核酸塩基であるとき、ＲＢ’及びＲＢ’’のうち少なくとも１つはＯＭｅ、ＯＨ若しくはＦである。
いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩＩ）又は（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、表Ａのものから選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩＩ）又は（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、表Ｈ中のものから選択される配列とは１、２、３、４、又は５つの核酸塩基が異なる配列を含む。
Figure 0006970187
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実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドは、ＨＢＶゲノム又はそのＲＮＡ相当物の６つの配列のうち少なくとも１つに親和性を示し、及び／又は、ＨＢＶゲノム（表Ｅ）又はそのＲＮＡ相当物（表Ｆ）の以下の６つの配列のうち少なくとも１つに複合体化して安定性を示す。実施形態では、相補的ＨＢＶゲノムと複合体化したオリゴヌクレオチドは、＞３７℃の融解温度（Ｔｍ）を有する。ＨＢＶゲノムは、ＤＲ−１及び／又はＤＲ−２のＲＮＡ配列などのＲＮＡ配列であってもよい。複合体は、生理的条件又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中などのほぼ生理的条件下で形成され得る。実施形態では、複合体のＴｍは＞５０℃である。実施形態では、複合体のＴｍは５０〜１００℃である。実施形態では、生理的条件又はほぼ生理的条件下でＨＢＶのＲＮＡと二本鎖形成した開示されるオリゴヌクレオチドのＴｍは、＞５０℃である。
本開示のいくつかの態様では、式（ＶＩＩＩ）又は（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、１２〜２２個のヌクレオチド、例えば、１４〜２０個のヌクレオチド又は１６〜１９個のヌクレオチドの配列を含む。いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩＩ）又は（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、長さが１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２２のヌクレオチドである。
本開示の別の態様では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、１つ以上の末端部で結合又は修飾される。
例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの末端は、当該末端の少なくとも１つの修飾ヌクレオチドによって加水切断から保護される。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、３’−Ｎ修飾を含む修飾ヌクレオチドなどの修飾ヌクレオチドであり、チオホスホロアミダートサブユニット結合を含んでもよい。いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩＩ）及び（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドは、３’及び／又は５’末端に、チオリン酸サブユニット間結合及びチミン核酸塩基を含有する少なくとも１つのヌクレオチド（例えば１つ又は２つ）を更に含む。いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩＩ）及び（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドは、３’及び／又は５’末端に、２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチド及びチミン核酸塩基を含有する少なくとも１つのヌクレオチド（例えば１つ又は２つ）を更に含む。いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩＩ）及び（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドは、３’及び／又は５’末端に、チオリン酸サブユニット間結合及びウラシル核酸塩基を含有する少なくとも１つの２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチドを更に含む。いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩＩ）及び（ＩＸ）のオリゴヌクレオチドの３’末端に反転したｄＴを組み込んでもよく、これにより、３’エキソヌクレアーゼによる分解及び／又はＤＮＡポリメラーゼによる伸長を阻害し得る３’−３’結合をもたらす。
Ｄ．結合オリゴヌクレオチド
本開示はまた、標的部分などのオリゴヌクレオチド、及び１つ以上の末端で修飾したオリゴヌクレオチドに結合した追加の構成要素も目的とする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、１つ以上のリガンド標的化基又はファーマコフォアに、任意に、ＨＥＧリンカー又はＣ６若しくはＣ７アミノリンカーなどの連結部分を介して結合される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、任意のリンカーを介して５’及び／又は３’末端で結合したリガンド標的化基又はファーマコフォアを更に含む。好ましい実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、任意のリンカーを介して５’及び／又は３’末端で結合したリガンド標的化基を更に含む。いくつかの実施形態では、結合は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドの３’末端においてである。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基又はファーマコフォアは、肝細胞などの特定の種類の細胞によるオリゴヌクレオチドの活性化、細胞内分布、又は細胞内取り込みを増強する。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基は、脂質部分、例えばコレステロール部分、トコフェロール、コール酸、チオエーテル、例えば、ベリル−Ｓ−トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカジオール又はウンデシル残基、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロール又はトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−ホスホネート、ポリアミン若しくはポリエチレングリコール鎖、又はアダマンタン酢酸、パルミトイル部分、又はオクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノカルボニルオキシコレステロール部分であってよい。
例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの末端は、末端の少なくとも１つの修飾ヌクレオチドによって加水切断から保護される。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、３’−Ｎ修飾を含む修飾ヌクレオチドなどの修飾ヌクレオチドであり、チオホスホロアミダートサブユニット結合を含んでもよい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、３’及び／又は５’末端に、チオリン酸サブユニット間結合及びチミン核酸塩基を含有する少なくとも１つのヌクレオチド（例えば１つ又は２つ）を更に含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、３’及び／又は５’末端に、２’−Ｆ、２’−ＯＭｅ、２’−ＯＥｔ、又は２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオチドを含有する少なくとも１つのヌクレオチド（例えば１つ又は２つ）を更に含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、３’及び／又は５’末端に、チオリン酸サブユニット間結合及びウラシル核酸塩基を含有する少なくとも１つの２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオチドを更に含む。実施形態では、ＡＳＯの３’末端は、ｎｐ又はｐｏ結合を介して、ＧａｌＮＡｃ−６に更に連結するＣ６アミノリンカーに結合される。例えば、以下の構造は、この構造物を例示し得る。
Figure 0006970187
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の３’末端に反転したｄＴを組み込んでもよく、これにより、３’エキソヌクレアーゼによる分解及び／又はＤＮＡポリメラーゼによる伸長を阻害し得る３’−３’結合をもたらす。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、１つ以上のリガンド標的化基又はファーマコフォアに、任意に、ＨＥＧリンカー又はＣ６アミノリンカーなどの連結部分を介して結合される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、任意のリンカーを介して５’及び／又は３’末端で結合したリガンド標的化基又はファーマコフォアを更に含む。いくつかの実施形態では、結合は、リゴヌクレオチド鎖の３’末端においてである。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基又はファーマコフォアは、肝細胞などの特定の種類の細胞によるオリゴヌクレオチドの活性化、細胞内分布、又は細胞内取り込みを増強する。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基は、脂質部分、例えばコレステロール部分、トコフェロール、コール酸、チオエーテル、例えば、ベリル−Ｓ−トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカジオール又はウンデシル残基、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロール又はトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−ホスホネート、ポリアミン若しくはポリエチレングリコール鎖、又はアダマンタン酢酸、パルミトイル部分、又はオクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノカルボニルオキシコレステロール部分であってよい。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基は、タンパク質（例えば、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、低比重リポタンパク質（ＬＤＬ）、又はグロブリン）などの天然に存在する物質であってもよい。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基は、炭水化物（例えば、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、イヌリン、シクロデキストリン、Ｎ−アセチルガラクトサミン、又はヒアルロン酸）であってもよい。炭水化物として、Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）などの単糖類、二糖類、三糖類、四糖類、オリゴ糖、及び多糖類が挙げられる。本発明の組成物及び方法の特定の実施形態では、リガンドは、結合した１つ以上のＧａｌＮＡｃ誘導体、例えば、それぞれ二価又は三価の分岐リンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合した２つ又は３つのＧａｌＮＡｃ誘導体である。
実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アミノアルキルリンカー（例えば、Ｃ６−ＮＨ２）などのリンカーを介して標的化部分に連結される。例えば、ＧＡｌＮＡｃ−１〜６は、この種のリンカーを介してオリゴヌクレオチドに連結され得る。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基は、組換え又は合成分子、例えば合成ポリアミノ酸などの合成ポリマーであってよい。ポリアミノ酸の例として、ポリリシン（ＰＬＬ）、ポリＬ−アスパラギン酸、ポリＬ−グルタミン酸、スチレン−マレイン酸無水物コポリマー、ポリ（Ｌ−ラクチド−コ−グリコリド）コポリマー、ジビニルエーテル−無水マレイン酸コポリマー、Ｎ−（２−ヒドロキシプロピル）メタクリルアミドコポリマー（ＨＭＰＡ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリウレタン、ポリ（２−エチルアクリル酸）、Ｎ−イソプロピルアクリルアミドポリマー、又はポリホスファジンであるポリアミノ酸が挙げられる。ポリアミンの例として、ポリエチレンイミン、ポリリシン（ＰＬＬ）、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、プソイドペプチド−ポリアミン、ペプチド模倣ポリアミン、デンドリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン性脂質、カチオン性ポルフィリン、ポリアミンの四級塩、又はαらせん状ペプチドが挙げられる。リガンド標的化基としてはまた、肝細胞などの特定の細胞型に結合する、標的化基、例えば、細胞又は組織標的化剤、例えば、レクチン、糖タンパク質、脂質、又はタンパク質、例えば、抗体も挙げることができる。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基は、ＧａｌＮａｃ又はその誘導体である。例えば、以下のＧａｌＮＡｃ誘導体が、いくつかの実施形態に含まれる。
Figure 0006970187
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いくつかの実施形態では、リガンド標的化基はアプタマーであってもよい。「アプタマー」は、特定の標的分子に結合するオリゴヌクレオチド又はペプチド分子を指す。例えば、アプタマーは、体内の特定の細胞型を標的とするように選択することができる。開示されるオリゴヌクレオチドに結合すると、オリゴヌクレオチドを標的細胞に向けて方向付けることができる。別の例では、アプタマーは、ＨＢＶのコアタンパク質などのウイルスタンパク質を標的とすることができる。例えば、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２００１ Ｏｃｔ ４；２０（４５）：６５７９〜８６、国際公開第２０１１０６０５５７号を参照されたい。アプタマーは、例えば、国際公開第２００２０８１４９４号に記載されるように、逆転写酵素プライマー又はＨＢＶ逆転写酵素又はＨＢＶエンハンサーＩコア配列に特異的に結合し得る。
いくつかの実施形態では、リガンド標的化基は、甲状腺刺激ホルモン、メラニン細胞刺激ホルモン、レクチン、糖タンパク質、肺サーファクタントタンパク質Ａ、ムチン炭水化物、多価ラクトース、多価ガラクトース、Ｎ−アセチル−ガラクトサミン、Ｎ−アセチル−グルコサミン多価マンノース、多価フルクトース、グリコシル化ポリアミノ酸、多価ガラクトース、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタミン酸、ポリアスパラギン酸、脂質、コレステロール、ステロイド、胆汁酸、葉酸、ビタミンＢ１２、ビタミンＡ、ビオチン、ＲＧＤペプチド、又はＲＧＤペプチド模倣物のうち１つ以上から選択できる。
追加のリガンド標的化基は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１６０７７３２１号に開示されている。
２．組成物
本開示はまた、本開示のオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物も包含する。一実施形態は、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）、若しくは（ＶＩ）のオリゴヌクレオチド、又は本開示の他のオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される希釈剤又はキャリアと、を含む、医薬組成物である。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドを含有する医薬組成物は、非経口送達による全身投与用に製剤化される。非経口投与として、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内、又は筋肉内への注射又は注入が挙げられ、また、例えば、埋め込み型デバイスによる皮下投与も含まれる。好ましい実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドを含有する医薬組成物は、皮下（ＳＣ）又は静脈内（ＩＶ）送達用に製剤化される。非経口投与用の製剤として滅菌水溶液を挙げることができ、これには、緩衝剤、希釈剤、及び当業者に理解されるようなその他薬学的に許容される添加剤を含んでもよい。静脈内用途には、溶質の総濃度を制御して、製剤に等張にすることができる。
本開示のオリゴヌクレオチドを含有する医薬組成物は、例えば、ＨＢＶ遺伝子の発現又は活性に関連する疾患又は障害の治療に有用である。
３．使用方法
本技術の一態様は、ＨＢＶ感染及び／又はＨＢＶ関連疾患を有する疑いがある、又はそのリスクがあると診断された被検体を治療する方法を含む。治療用途では、本技術のオリゴヌクレオチドを含む組成物は、そのような疾患（例えば、被験体の血清及び／若しくは肝臓中のＨＢＶ抗原表面及びエンベロープ抗原（例えば、ＨＢｓＡｇ及び／又はＨＢｅＡｇ）の存在、又は高ＨＢＶ ＤＮＡ若しくはＨＢＶウイルス負荷レベル）の疑いのある、又はそのような疾患に既に罹患している被検体に、疾患の発症における合併症及び中間の病理学的表現型を含む、疾患の症状を治癒する、又は少なくとも部分的に停止させるのに十分な量で投与される。
いくつかの実施形態では、本技術のオリゴヌクレオチドは、表Ｊ中の以下の領域又はＨＢＶ ＲＮＡ転写物のうち少なくとも１つに対する親和性を示す。
Figure 0006970187
ＨＢＶ感染及び／又はＨＢＶ関連疾患に罹患している被検体は、当該技術分野において既知の診断又は予後アッセイのいずれか又は組み合わせによって同定することができる。例えば、ＨＢＶ感染及び／又はＨＢＶ関連疾患の典型的な症状として、血清及び／又は肝ＨＢＶ抗原（例えば、ＨＢｓＡｇ及び／又はＨＢｅＡｇ）の存在、ＡＬＴの上昇、ＡＳＴの上昇、抗ＨＢＶ抗体の非存在又は低濃度、肝障害、肝硬変、Ｄ型肝炎、急性Ｂ型肝炎、急性Ｂ型劇症肝炎、慢性Ｂ型肝炎、肝線維症、末期肝疾患、肝細胞癌、血清病様症候群、食欲不振、悪心、嘔吐、微熱、筋肉痛、易疲労感、味覚力及び嗅覚異常（食物及びタバコへの嫌悪感）、右上腹部及び心窩部痛（断続的、軽度から中程度）、肝性脳症、傾眠、睡眠パターン障害、精神錯乱、昏睡、腹水、消化管出血、凝固障害、黄疸、肝腫大（ゆっくりと拡大、軟肝臓）、脾腫、手掌紅斑、くも状母斑、筋消耗、くも状血管腫、血管炎、静脈りゅう出血、末梢性浮腫、女性化乳房、精巣萎縮、腹部側副静脈（メズサの頭）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）の高レベル（１０００〜２０００ＩＵ／ｍＬの範囲内）、ＡＳＴ値より高いＡＬＴ値、γ−グルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）及び／又はアルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）濃度の上昇、アルブミン濃度の低下、血清鉄濃度の上昇、白血球減少（すなわち、顆粒球減少）、リンパ球増加、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）の上昇、赤血球寿命の短縮、溶血、血小板減少症、国際標準化比（ＩＮＲ）の延長、血清ＨＢＶ ＤＮＡの存在、アミノトランスフェラーゼの上昇（ＵＬＮの５倍未満）、ビリルビン濃度の上昇、プロトロンビン時間（ＰＴ）の延長、高グロブリン血症、抗平滑筋抗体（ＡＳＭＡ）又は抗核抗体（ＡＮＡ）などの組織非特異的抗体の存在、甲状腺に対する抗体などの組織特異的抗体の存在、リウマチ因子（ＲＦ）の濃度上昇、高ビリルビン血症、血小板数及び白血球数の低値、ＡＬＴ値より高いＡＳＴ値、変性及び新生肝細胞の変化を伴う小葉性炎症、及び大部分の小葉中心壊死が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、本技術のオリゴヌクレオチド組成物で治療された被検体は、次の状態又は症状、すなわち、血清及び／又は肝ＨＢＶ抗原（例えば、ＨＢｓＡｇ及び／又はＨＢｅＡｇ）の存在、抗ＨＢＶ抗体の非存在又は低濃度、肝障害、肝硬変、Ｄ型肝炎、急性Ｂ型肝炎、急性Ｂ型劇症肝炎、慢性Ｂ型肝炎、肝線維症、末期肝疾患、肝細胞癌、血清病様症候群、食欲不振、悪心、嘔吐、微熱、筋肉痛、易疲労感、味覚力及び嗅覚異常（食物及びタバコへの嫌悪感）、右上腹部及び心窩部痛（断続的、軽度から中程度）、肝性脳症、傾眠、睡眠パターン障害、精神錯乱、昏睡、腹水、消化管出血、凝固障害、黄疸、肝腫大（ゆっくりと拡大、軟肝臓）、脾腫、手掌紅斑、くも状母斑、筋消耗、くも状血管腫、血管炎、静脈りゅう出血、末梢性浮腫、女性化乳房、精巣萎縮、腹部側副静脈（メズサの頭）、ＡＳＴ値より高いＡＬＴ値、白血球減少（すなわち、顆粒球減少）、アルブミン濃度の低下、血清鉄濃度の上昇、リンパ球増加、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）の上昇、赤血球寿命の短縮、溶血、血小板減少症、国際標準化比（ＩＮＲ）の延長、血清ＨＢＶ ＤＮＡの存在、プロトロンビン時間（ＰＴ）の延長、高グロブリン血症、抗平滑筋抗体（ＡＳＭＡ）又は抗核抗体（ＡＮＡ）などの組織非特異的抗体の存在、甲状腺に対する抗体などの組織特異的抗体の存在、高ビリルビン血症、血小板数及び白血球数の低値、ＡＬＴ値より高いＡＳＴ値、変性及び新生肝細胞の変化を伴う小葉性炎症、及び大部分の小葉中心壊死のうち、１つ以上の改善又は排除を示す。
いくつかの実施形態では、本技術のオリゴヌクレオチド組成物で治療された被検体は、ＨＢＶ感染及び／又はＨＢＶ関連疾患に罹患している未治療の被験体と比較して、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、γ−グルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）、アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）、ビリルビン、及びリウマチ因子（ＲＦ）の中から選択される１つ以上のバイオマーカーの発現レベルの低下を示す。
本開示は、有効量の本技術のオリゴヌクレオチド組成物を被検体に投与することを含む、ＨＢＶ感染及び／又はＨＢＶ関連疾患を有すると診断された被検体を治療するための方法を提供する。
本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物は、アンチセンス療法で使用できる。例えば、オリゴヌクレオチドは、例えばＨＢＶの既知のウイルスＤＮＡ又はＲＮＡ配列である標的核酸配列に相補的つまりハイブリダイズする核酸塩基配列を含有してもよい。
いくつかの実施形態は、標的核酸を本開示のオリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物と接触させることによって、標的の発現を調節する方法を含む。いくつかの実施形態では、標的核酸は、例えば、ヒトなどの動物において細胞内に存在する。
いくつかの実施形態は、本開示のオリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を動物に投与することを含む、動物における標的ＲＮＡの発現を阻害する方法を含む。オリゴヌクレオチドは、標的ＲＮＡの一部に相補的つまりハイブリダイズすることができる。
いくつかの実施形態は、治療有効量の本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物を、ウイルス負荷の低下を必要とする被検体に投与することを含み、それにより、被験体内のウイルスのウイルス負荷を低下する、ウイルスに感染した被検体におけるウイルス負荷の低下方法を含む。オリゴヌクレオチドは、ウイルス中の標的ＲＮＡの一部に相補的つまりハイブリダイズすることができる。
いくつかの実施形態は、細胞を本開示のオリゴヌクレオチド若しくは組成物と接触させること、又は、治療有効量の本開示のオリゴヌクレオチド若しくは組成物を、ウイルス遺伝子発現の阻害を必要とする被検体に投与することを含む、細胞又は被検体におけるウイルス遺伝子発現の阻害方法を含む。オリゴヌクレオチドは、ウイルス中の標的ＲＮＡの一部に相補的つまりハイブリダイズすることができる。
他の実施形態は、治療有効量の本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物を、ウイルス抗原レベルの低下を必要とする被検体に投与することを含み、それにより、被験体内のウイルス抗原レベルを低下する、ウイルスに感染した被検体におけるウイルス抗原レベルの低下方法を含む。オリゴヌクレオチドは、ウイルス中の標的ＲＮＡの一部に相補的つまりハイブリダイズすることができる。
本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物を用いて、例えば、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）遺伝子の発現を阻害若しくは低下する、又は、ＨＢＶウイルスの複製を阻害する、又は、ＨＢＶを有する被検体を治療する、又は、ＨＢＶに感染した被検体におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）のウイルス負荷を低下することができる。実施形態では、開示されるキメラオリゴヌクレオチドを用いて、標的遺伝子においてＲＮａｓｅ Ｈ活性を誘導する。
本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物を用いて、例えば、ＨＣＶ ＲＮＡへのマイクロＲＮＡ結合部位を競合させ、それによって複製を阻害できる。
本開示はまた、被検体に送達するためのオリゴヌクレオチドを安定化する方法も目的とする。オリゴヌクレオチドの安定化は、本明細書では、オリゴヌクレオチドの融点、つまり温度Ｔｍを上昇させることを特徴とする［定量化］。
開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、単独で、又は標的化された疾患のための１つ以上の追加の治療と組み合わせて投与されてもよい。開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、単独で、又はＨＢＶ感染のための１つ以上の追加の治療と組み合わせて投与されてもよい。併用療法では、オリゴヌクレオチド構成体及びＨＢＶ感染向けの１つ以上の追加の治療法を、同じ組成物若しくは別個の組成物中で同時に投与されてもよく、又は別々に、同時若しくは連続的に投与されてもよいことが理解される。
いくつかの実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、ＨＢＶ複製阻害剤若しくは免疫調節剤と組み合わせて、又はＨＢＶ複製阻害剤及び免疫調節剤の両方と抗ＨＢＶオリゴヌクレオチド剤を組み合わせる投薬計画で投与される。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、ＨＢＶ感染のための標準治療法と組み合わせて投与される。ＨＢＶ感染の標準治療法として、ヌクレオチド／ヌクレオチドアナログ（例えば、ラミブジン、テルビブジン、エンテカビル、アデホビル、テノホビル、及びクレブジン、テノホビル・アラフェナミド（ＴＡＦ）、ＣＭＸ１５７、及びＡＧＸ−１００９）及びインターフェロン（例えば、Ｐｅｇ−ＩＦＮ−２ａ及びＩＦＮ−ａ−２ｂ、インターフェロンラムダ）などのウイルスポリメラーゼの阻害剤を挙げることができる。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、同時投与（併用）又は連続投与のいずれかの後に、１種以上のオリゴヌクレオチドと組み合わせて投与される。オリゴヌクレオチドとして、ＡＬＮ−ＨＢＶ、ＡＲＢ−１４６７、ＡＲＣ−５２０及びＡＲＣ−５２１などのｓｉＲＮＡ、ＲＧ６００４（ＬＮＡ ＨＢＶ）、Ｉｏｎｉｓ−ＨＢＶＲｘ及びＩｏｎｉｓ−ＨＢＶ−ＬＲｘなどのアンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ模倣物若しくは阻害剤、アプタマー、立体的遮断剤、ｓａＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、免疫調節剤、並びに／又は、ＲＥＰ ２１３９及びＲＥＰ ２１６５オリゴヌクレオチドなどのＨＢｓＡｇ放出阻害剤を挙げることができる。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、ウイルス複製阻害剤などの１種以上の抗ウイルス剤と組み合わせて投与される。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、ＨＢＶカプシド阻害剤と組み合わせて投与される。ＨＢＶカプシド阻害剤として、ＮＶＲ ３−７７８、ＡＢ−４２３、ＧＬＳ−４、Ｂａｙｅｒ ４１−４１０９、ＨＡＰ−１、及びＡＴ−１を挙げることができる。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、ＴＬＲアゴニストなどの１種以上の免疫調節剤と組み合わせて投与される。ＴＬＲアゴニストとして、ＧＳ−９６２０、ＡＲＢ−１５９８、ＡＮＡ９７５、ＲＧ７７９５（ＡＮＡ７７３）、ＭＥＤＩ９１９７、ＰＦ−３５１２６７６、及びＩＭＯ−２０５５を挙げることができる。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、ＨＢＶワクチンと組み合わせて投与される。ＨＢＶワクチンとして、Ｈｅｐｌｉｓｌａｖ、ＡＢＸ２０３、及びＩＮＯ−１８００を挙げることができる。実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチド構成体は、組み合わせて投与される。
いくつかの実施形態は、細胞を本開示のオリゴヌクレオチド若しくは組成物と接触させること、又は、治療有効量の本開示のオリゴヌクレオチド若しくは組成物を、ＨＢＶ遺伝子発現の阻害を必要とする被検体に投与することを含む、細胞又は被検体におけるＨＢＶ遺伝子発現の阻害を含む。
いくつかの実施形態は、治療有効量の本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物を、ＨＢＶ遺伝子の発現又は活性化に関連する疾患又は障害の治療を必要とする被検体に投与することを含む、ＨＢＶ遺伝子の発現又は活性化に関連する疾患又は障害の治療を含む。
いくつかの実施形態は、治療有効量の本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物を、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）のウイルス負荷の低下を必要とする被検体に投与することを含み、それにより、被験体内のＨＢＶのウイルス負荷を低下する、ＨＢＶに感染した被検体におけるＨＢＶのウイルス負荷の低下方法を含む。いくつかの実施形態はまた、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）に感染した被検体におけるＨＤＶのウイルス負荷の低下方法も提供する。
他の実施形態は、治療有効量の本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物を、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）抗原レベルの低下を必要とする被検体に投与することを含み、それにより、被験体内のＨＢＶ抗原レベルを低下する、ＨＢＶウイルスに感染した被検体におけるＨＢＶウイルス抗原レベルの低下方法を含む。いくつかの実施形態はまた、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）に感染した被検体におけるＨＤＶ抗原レベルの低下方法も提供する。いくつかの実施形態では、ＨＢＶ抗原は、ＨＢｓＡｇ又はＨＢｅＡｇである。
一実施形態では、ＨＢＶを標的とする本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物は、ＨＢＶ感染又はＨＢＶ及びＨＤＶ両方の感染、並びに／又はＨＢＶ関連疾患を有する被検体に投与され、本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物が被検体に投与されると、例えば、被検体の細胞、組織、血液、又は他の組織若しくは流体内の、１つ以上のＨＢＶ遺伝子の発現、ＨＢＶ ｃｃｃＤＮＡレベル、ＨＢＶ抗原レベル、ＨＢＶウイルス負荷レベル、ＡＬＴ、及び／又はＡＳＴが、少なくとも約２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６２％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは少なくとも約９９％以上、又は、これらの数のうちの２つの間の値で低下する。いくつかの実施形態では、ＨＢＶ抗原レベルは、上記量低下する。いくつかの実施形態では、抗原は、ＨＢｓＡｇ又はＨＢｅＡｇである。いくつかの実施形態では、ＨＢＶウイルス負荷レベルは、上記量低下する。
一実施形態では、ＨＢＶを標的とする本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物は、抗ＨＢＶ抗体の濃度が、ＨＢＶ感染又はＨＢＶ及びＨＤＶ両方の感染、並びに／又はＨＢＶ関連疾患を有する被検体に投与され、本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物が被検体に投与されるとき、例えば、被検体の細胞、組織、血液、又は他の組織若しくは流体内の、抗ＨＢＶ抗体レベルが、少なくとも約２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６２％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは少なくとも約９９％以上、又は、これらの数のうちの２つの間の値で上昇する。
本開示の方法及び使用による本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物の投与は、ＨＢＶ感染、又はＨＢＶ及びＨＤＶ両方の感染、並びに／又はＨＢＶ関連疾患を有する患者における、かかる疾患又は障害の重篤度、徴候、症状、及び／又はマーカーの低減をもたらし得る。この文脈において「低減」とは、かかるレベルの統計的に有意な減少を意味する。低減は、例えば、少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは約１００％、又はこれらの数のうちの２つの間の値であり得る。
本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物の量は、医療専門家によって決定され得る。製品の１日用量は、ヒト成人につき１日当たり０．００１〜１，０００ｍｇ、又はこの内の任意の範囲の幅広い範囲で変動し得る。経口投与については、好ましくは、処置すべき患者への投薬量の対症調整のために０．０１、０．０５、０．１、０．５、１．０、２．５、５．０、１０．０、１５．０、２５．０、５０．０、１００、１５０、２００、２５０、及び５００ミリグラムの活性成分を含有する錠剤の形態で前記組成物を提供する。薬物の有効量は、通常、１日当たり約０．０１ｍｇ／ｋｇ体重〜約１００ｍｇ／ｋｇ体重、又はこの内の任意の範囲の投薬量レベルで供給される。好ましくは、範囲は、１日当たり約０．０１〜約５０．０ｍｇ／ｋｇ体重、又はこの内の任意の範囲である。より好ましくは、１日当たり約０．０１〜約１０．０ｍｇ／ｋｇ体重、又はこの内の任意の範囲である。より好ましくは、１日当たり約０．０１〜約１．０ｍｇ／ｋｇ体重、又はこの内の任意の範囲である。オリゴヌクレオチドは、１日当たり１〜４回の投薬計画で投与されてもよい。例えば、本開示のオリゴヌクレオチドは、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇの１回以上の用量で投与されてもよい。例えば、開示されるオリゴヌクレオチドは、約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１３、１３．５、１４、１４．５、１５、１５．５、１６、１６．５、１７、１７．５、１８、１８．５、１９、１９．５、２０、２０．５、２１、２１．５、２２、２２．５、２３、２３．５、２４、２４．５、２５、２５．５、２６、２６．５、２７、２７．５、２８、２８．５、２９、２９．５、３０、３１、３２、３３、３４、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５又は約１００ｍｇ／ｋｇの用量で投与されてもよい。列挙された値の中間の値及び範囲もまた、本開示の一部であることが意図される。これらの値は、点滴静注及び／又は皮下送達に適用され得る。本明細書に記載される他の形態の送達もまた、これらの用量で投与されてもよい。用量は、患者の要求条件、治療を行う状態の重篤度、及び使用されるオリゴヌクレオチドに応じて変化し得る。連日投与又は間欠投与のいずれを用いてもよい。
本開示のオリゴヌクレオチドは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は約２５分間などの時間をかけて、点滴静注によって投与することができる。投与は、例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、又はそれ以上にわたり、例えば週１回、２週間に１回（すなわち、２週間毎）定期的に繰り返してもよい。初期治療の投薬計画後、頻度を減らして治療薬を投与してもよい。例えば、３ヶ月にわたり週１回又は２週間に１回投与した後、６ヶ月又は１年以上にわたって、月１回の投与を繰り返してよい。
本開示のオリゴヌクレオチドはまた、皮下送達によっても投与され得る。投与は、例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、又はそれ以上にわたり、例えば週１回、２週間に１回（すなわち、２週間毎）定期的に繰り返してもよい。初期治療の投薬計画後、頻度を減らして治療薬を投与してもよい。例えば、３ヶ月にわたり週１回又は２週間に１回投与した後、６ヶ月又は１年以上にわたって、月１回の投与を繰り返してよい。
疾患の治療又は予防の有効性は、例えば、疾患の進行、疾患の寛解、症状の重篤度、疼痛の低減、生活の質、治療効果を維持するために必要な薬剤の量、疾患マーカーのレベル、又は、治療又は予防の標的とされているある疾患に対して適切な任意のその他測定可能なパラメータを測定することによって評価することができる。このようなパラメータのいずれか１つ、又はパラメータの任意の組み合わせを測定することによって、治療又は予防の有効性をモニタリングすることは、十分に当業者の能力の範囲内である。例えば、ＣＨＢの治療の有効性は、例えば、ウイルス負荷及びトランスアミナーゼレベルの定期的なモニタリングによって評価できる。初期値とその後の値を比較することによって、処置が有効であるかどうかの指標が提供される。
４．定義
本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明する目的でのみ使用され、本発明の範囲を制限することを意図しないと理解すべきである。以下の定義は、別途記載のない限り適用されるものとする。
本明細書で使用するとき、用語「相補的」又は「相補性」は、ポリヌクレオチド（すなわち、オリゴヌクレオチド又は標的核酸などのヌクレオチドの配列）について、塩基対合則を指す。本明細書で使用するとき、核酸配列の相補体は、１つの配列の５’末端が他方の３’末端と対になるように核酸配列と位置合わせされると、「逆平行会合」であるオリゴヌクレオチドを指す。例えば、配列「５’−Ａ−Ｇ−Ｔ−３’」は、配列「３’−Ｔ−Ｃ−Ａ−５’」に相補的である。天然に存在する核酸中に通常見られない特定の塩基は、本明細書に記載の核酸に含まれてもよい。これらには、例えば、イノシン、７−デアザグアニン、ロックド核酸（ＬＮＡ）、及びペプチド核酸（ＰＮＡ）が挙げられる。相補性は完全である必要はなく、安定な二本鎖は、不適正塩基対、変性、又は非対応塩基を含有してもよい。核酸技術の当業者は、例えば、オリゴヌクレオチドの長さ、塩基組成、及びオリゴヌクレオチドの配列、イオン強度、及び不適正塩基対の頻度などの多くの変数を経験的に考慮して、二本鎖の安定性を判断することができる。相補配列はまた、ＤＮＡ配列又はその相補配列に相補的なＲＮＡ配列であってよく、またｃＤＮＡであってもよい。
本明細書で使用するとき、用語「ハイブリダイズ」は、２本の実質的に相補的な核酸鎖（少なくとも１４〜２５ヌクレオチドにわたって少なくとも約６５％相補的、少なくとも約７５％、又は少なくとも約９０％相補的）が、適切にストリンジェントな条件下で互いにアニーリングし、相補的塩基対間の水素結合の形成によって二本鎖又はヘテロ二本鎖を形成するプロセスを指す。ハイブリダイゼーションは、典型的にはかつ好ましくは、プローブ長の核酸分子、好ましくは長さ１５〜１００ヌクレオチド、より好ましくは長さ１８〜５０ヌクレオチドで実施される。核酸ハイブリダイゼーションの手法は当該技術分野において周知である。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎ．Ｙ．を参照されたい。ハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション強度（すなわち、核酸間の会合の強度）は、核酸間の相補性の程度、使用する条件のストリンジェンシー、及び形成されたハイブリッドの熱融点（Ｔｍ）などの因子によって影響される。当業者は、少なくとも所望のレベルの相補性を有する配列が安定的にハイブリダイズする一方で、より低い相補性を有するものがハイブリダイズしないように、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーを推定及び調節する方法を理解している。ハイブリダイゼーション条件及びパラメータの例については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎ．Ｙ．；Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．１９９４，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｓｅｃａｕｃｕｓ，Ｎ．Ｊ．を参照されたい。いくつかの実施形態では、特定のハイブリダイゼーションは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で起こる。標的核酸に特異的なオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド（例えば、プローブ又はプライマー）は、好適な条件下で標的核酸に「ハイブリダイズ」する。
本明細書で使用するとき、用語「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ ＮａＨ２ＰＯ４、ｐＨ６．８、０．５％ ＳＤＳ、０．１ｍｇ／ｍＬ超音波処理済みサケ精子ＤＮＡ、及び５×デンハルト溶液中、４２℃で一晩ハイブリダイズ、２× ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳを用いて４５℃で洗浄、０．２× ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳを用いて４５℃で洗浄するものと、少なくとも同程度のストリンジェンシーであるハイブリダイゼーション条件を指す。別の例では、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、２０個の連続ヌクレオチドにわたって３つ以上の塩基が異なる、２本の核酸のハイブリダイゼーションを可能にしてはならい。
本明細書で使用するとき、用語「実質的に相補的」は、２つの配列がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることを意味する。当業者であれば、実質的に相補的な配列は、その全長に沿ってハイブリダイズする必要がないことを理解するであろう。具体的には、実質的に相補的な配列は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列にハイブリダイズする塩基の連続配列に対して３’又は５’に配置される、標的配列にハイブリダイズしない連続配列の塩基を含んでよい。
「薬学的に許容される」とは、生物学的又は別の理由で望ましくないわけではない材料を指し、すなわち、材料は、望ましくない生物学的効果を引き起こすことなく、又は含有される組成物の他の成分のいずれかと有害に相互作用することなく、患者に投与される医薬組成物に組み込まれてもよい。「薬学的に許容される」という用語が、医薬キャリア又は賦形剤を指すために使用される場合、キャリア又は賦形剤は、毒性試験及び製造試験の必要な基準を満たすか、又はそのキャリアが、米国医薬品局によって作製されたＩｎａｃｔｉｖｅ Ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔ Ｇｕｉｄｅに含まれることを意味する。
オリゴヌクレオチドの「構成体」は、本開示のオリゴヌクレオチド、及び、例えば、（１）結合部分、例えば本明細書に記載されるもの（標的部分）又は（２）修飾／未修飾ヌクレオチドのドメイン、例えば一部のキメラオリゴヌクレオチドを指すことができる。
「キメラオリゴヌクレオチド」は、例えば、式（ＶＩ）及び（ＶＩＩ）によって例示されるような、２つ以上のドメインを有するオリゴヌクレオチドを指す。キメラオリゴヌクレオチドは、追加の構成要素、例えば、リガンド標的化基又はファーマコフォア又は追加のヌクレオチド、リンカーなどを含んでもよい。
「修飾ヌクレオシド」は、独立して、修飾された糖部分及び／又は修飾核酸塩基を有するヌクレオシドを指す。ヌクレオシドは、サブユニット間結合、例えば、リン酸ジエステルサブユニット間結合、チオリン酸サブユニット間結合、ホスホロアミダートサブユニット間結合、及びチオホスホロアミダートサブユニット間結合を介して連結され、「改変ヌクレオチド」は、ヌクレオシドとサブユニット間結合を共に指し得ると理解される。
「未修飾」又は「天然」核酸塩基として、プリン塩基であるアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、並びにピリミジン塩基であるチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）が挙げられる。「修飾核酸塩基」として、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６−メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２−プロピル及び他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピニル（−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル及びシトシン及びピリミジン塩基の他のアルキニル誘導体、６−アゾウラシル、シトシン及びチミン、５−ウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル及び他の８−置換アデニン及びグアニン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル及び他の５−置換ウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン及び３−デアザグアニン及び３−デアザアデニンなどの、その他合成及び天然核酸塩基が挙げられる。更なる修飾核酸塩基として、フェノキサジンシチジン（１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン）、フェノチアジンシチジン（１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾチアジン−２（３Ｈ）−オン）、Ｇ−ｃｌａｍｐ、例えば、置換フェノキサジンシチジン（例えば、９−（２−ａｍ−ｏｅｌｈｏｘｙ）−１Ｈ−ピリミド［５，４−ｂ］［１，４］ベンゾオキサジン−２（３Ｈ）−オン）、カルバゾールシチジン（２Ｈ−ピリミド［４，５−ｂ］インドール−２−オン）、ピリドインドールシチジン（Ｈ−ピリド［３，２，５］ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−２−オン）などの三環式ピリミジンが挙げられる。修飾核酸塩基はまた、プリン塩基又はピリミジン塩基が他のヘテロ環で置換されたもの、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、及び２−ピリドンを含んでもよい。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルウラシル、及びｇ−ｃｌａｍｐからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｇ−ｃｌａｍｐは、
Figure 0006970187
 である。
「リガンド標的化基」は、受容体結合を通じてＨＢＶに感染した肝細胞へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する部分を指す。これらの基として、細胞表面受容体であるＡＳＧＰＲ及び細胞表面状のＬＤＬ受容体をそれぞれ標的とする、ＧａｌＮＡｃ及びコレステロールなどの「受容体標的リガンド」が挙げられる。細胞表面上のこれらの受容体を標的とする他の受容体標的リガンドもまた、この用語の範囲内である。
「ファーマコフォア」は、ＨＢＶ／ＨＤＶ又はＨＢＶ感染細胞内でＨＢＶのＤＮＡ又はＲＮＡ分子を相互作用し、抗ウイルス応答を引き起こすオリゴヌクレオチド薬物配列を指す。
「立体配置的に制限されたヌクレオシド」は、架橋された又は二環式の糖構造を有するヌクレオシドを指し、ヌクレオシドの立体構造は、特定の構成に固定されてもよい。例えば、立体配置的に制限されたヌクレオシドとして、固定されたＣ３’エンド型の糖パッカリングを有するものが挙げられる。例示的実施形態として、架橋核酸（ＢＮＡ）、例えば、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡ、β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡ、エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＥＮＡ、２’，４’−ＢＮＡＮＣ［ＮＨ］、２’，４’−ＢＮＡＮＣ［ＮＭｅ］、２’，４’−ＢＮＡＮＣ［ＮＢｎ］、アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、及びオキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡなどの２’、４’−ＢＮＡヌクレオシドが挙げられる。別の例示的なＢＮＡ構造体として、糖の４’と２’の位置の間に少なくとも１つの架橋を有するオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されず、このとき架橋のそれぞれは、独立して、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−及び−Ｎ（Ｒ１）−から独立して選択される、１つ又は２〜４つの連結基を含み、式中、ｘは０、１、又は２であり、ｎは、１、２、３、又は４であり、各Ｒ１及びＲ２は、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環ラジカル、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、又はスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、又は保護基である。特定のＢＮＡは、特許文献及び科学論文に記載され、開示されている（例えば、その全体が参考として本明細書に組み込まれる、交付済み米国特許第７，０５３，２０７号、同第６，２６８，４９０号、同第６，７７０，７４８号、同第６，７９４，４９９号、同第７，０３４，１３３号、同第６，５２５，１９１号、同第７，６９６，３４５号、同第７，５６９，５７５号、同第７，３１４，９２３号、同第７，２１７，８０５号、及び同第７，０８４，１２５号を参照されたい。「立体配置的に制限されたヌクレオチド」は、サブユニット間結合を介して連結された、立体配置的に制限されたヌクレオシドを指す。
いくつかの実施形態では、立体配置的に制限されたヌクレオシドは、任意に置換されたＬＮＡ又は任意に置換されたＥＮＡから選択される。任意に置換されたＬＮＡ又はＥＮＡは、−ＣＨ２−部分のうち１つ上のアルキル部分、例えば、メチル又はエチルによって置換されてもよい。
「発現を阻害する」とは、発現又は活性の低下又は遮断を指し、必ずしも発現又は活性の完全消失を示すものではない。
「ウイルスの複製を阻害する」とは、ウイルスの複製の低下又は遮断を指し、必ずしもウイルスの複製の完全消失を示すものではない。
「被検体」は哺乳類を指し、ヒト及び非ヒト哺乳類を含む。いくつかの実施形態では、被検体はヒト、例えば成人である。
被検体における疾患を「治療する」又は疾患の「治療」とは、（１）その疾患に罹りやすい、若しくはその疾患の症状をまだ呈していない被検体において疾患が発生するのを予防すること、（２）疾患を阻害する、すなわち、その進行を止めること、又は、（３）疾患の寛解又は退行を引き起こすことを指す。
「治療有効量」とは、被検体に治療効果を提供する医薬品の量を意味する。
「薬学的に許容される塩」は、本開示の化合物の生理学的かつ薬学的に許容される塩、すなわち、親オリゴヌクレオチド／化合物の所望の生物学的活性を保持し、かつ望まれない毒性作用を付与しない塩を意味する。
以下の略語を本開示で用いる。２’−Ｈ（デオキシリボース）ヌクレオシドは、核酸塩基に対応する大文字で、例えば、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴと称される。２’−ＯＨ（リボース）ヌクレオシドは、小文字ｒと核酸塩基に対応する大文字で、例えば、ｒＡ、ｒＣ、ｒＧ、及びｒＵと称される。２’−Ｏ−Ｍｅヌクレオシドは、小文字ｍと核酸塩基に対応する大文字で、例えば、ｍＡ、ｍＣ、ｍＧ、及びｍＵと称される。２’−ＭＯＥヌクレオシドは、小文字「ｍｏｅ」と核酸塩基に対応する大文字で、例えば、ｍｏｅＡ、ｍｏｅＣ、ｍｏｅＧ及びｍｏｅＵと称される。２’−リボ−Ｆヌクレオシドは、小文字「ｆ」と核酸塩基に対応する大文字で、例えば、ｆＡ、ｆＣ、ｆＧ及びｆＵと称される。２’アラビノ−Ｆヌクレオシドは、小文字「ａｆ」と核酸塩基に対応する大文字で、例えば、ａｆＡ、ａｆＣ、ａｆＧ及びａｆＵと称される。ｍＡ＊は、３’−アミノ−２’−ＯＭｅ−２，６−ジアミノプリンである。Ａ＊は、３’−アミノ−２’−デオキシ−２，６−ジアミノプリンである。ｆＡ＊は、３’−アミノ−２’−Ｆ−２，６−ジアミノプリンである。ＬＮＡヌクレオシドは、「Ｌ」と核酸塩基に対応する大文字で、例えばＬＡ、ＬＣ、ＬＧ、ＬＴＡと称される。
ヌクレオチドの主鎖又はサブユニット間結合について、リン酸ジエステルサブユニット間結合は、「ＰＯ」と称されるか、又は一般に配列の詳細には含まれない。チオリン酸サブユニット間結合は、小文字「ｐｓ」と略記される。ホスホロアミダートサブユニット間結合は、小文字「ｎｐ」と略記される。チオホスホロアミダートサブユニット間結合は、小文字「ｎｐｓ」と略記される。
Ｎ３’→Ｐ５’は、３’部分がＮ（例えばＮＨ）を含有し、Ｐを介して連結される、サブユニット間結合を有する修飾ヌクレオチドを指す。例えば、以下の構造は、Ｎ３’→Ｐ５’結合を有する。
Figure 0006970187
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、他に明記されない限り、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は複数の指示物を含むことに留意すること。特許請求の範囲は、いずれかの任意要素を除外するように起案される場合もあることに更に留意されたい。したがって、この記載は、特許請求の範囲の要素の列挙に関連する「だけ」、「のみ」などの排他的な用語の使用、又は「否定的」限定の使用に対する先行的限定の根拠として機能することを意図する。
用語「約」は、当業者には理解されるものであり、この用語が用いられる文脈によってある程度異なる。用いられるある文脈において当業者には明らかでなく用語が使用されている場合、「約」は、特定の用語の最大プラスマイナス１０％を意味するであろう。特定の範囲は、本明細書では、「約」という用語が先行する数値で示される。用語「約」は、本明細書では、それが先行する正確な数、並びにその用語が先行する近似する又は大凡の数の文字どおりの根拠を提供するために使用される。数が具体的に挙げられた数に近似するか、又はその大凡であるかどうかを判定する際には、近似する又は大凡の挙げられていない数は、それが提示される文脈において、具体的に挙げられた数に実質的に相当するものを提供する数であり得る。
本明細書に記載される疾患又は病状の治療又は予防の様々な様式は、完全な治療又は予防を含むが、完全な治療又は予防に満たず、ある程度の生物学的又は医学的に関連する結果が達成される「実質的」を意味することが意図されることも理解されたい。治療は、慢性疾患の治療のための継続的な長期治療であっても、急性状態の治療のための単回又は数回の投与であってもよい。
ある範囲の値が提供される場合、その間の各値（文脈により明確に示されない限り、その範囲及び他に記載された範囲の上限と下限との間の下限の単位の１０分の１まで、つまり、その記載された範囲の間の各値）は、本発明に包含されると理解される。これらのより小さい範囲の上限値及び下限値は、独立してその小さい範囲に含まれる場合もあり、記載された範囲から任意の限界値が具体的に除外され得るものとして、やはり本発明の範囲に含まれるものとする。記載された範囲が限界値の一方又は両方を含む場合、これらの含まれた限界値の一方又は両方を除外する範囲もやはり本発明に含まれるものとする。
本開示は、記載される特定の実施形態に限定されるものではなく、したがって変化し得る。本明細書に使用される専門用語は、特定の実施形態のみを説明する目的のためであり、制限されることを意図せず、本発明の範囲は添付の請求項によってのみ制限されることが理解されるべきである。
本開示を読むことによって当業者には明白となるように、本明細書に記載し例示される個々の実施形態はそれぞれ、本開示の範囲及び趣旨から逸脱することなく、他のいくつかの実施形態のいずれかの特徴から容易に分離されるか、又はそれらの特徴と組み合わされ得る、別個の構成要素及び特徴を有する。説明したいずれの方法も、説明した事象の順序で、又は論理的に可能な他の任意の順序で実施することができる。
本明細書に引用される全ての刊行物及び特許は、各個々の刊行物又は特許が、参照により組み込まれることが具体的かつ個々に示されているかのように参照により本明細書に組み込まれ、その文献が引用されている方法及び／又は材料に関連して開示及び説明するために、参照により本明細書に組み込まれる。いかなる刊行物の引用も、出願日前に開示されているためであり、本発明が先行発明のおかげでそのような刊行物を先行する権利を持たないことを容認するものとして解釈されるべきではない。更に記載される刊行物の日付は実際に公開された日付とは異なる可能性があり、これは別個に確認を要する場合がある。
５．実施例
以下の実施例は、当業者による本開示の実施を助けるための、本開示の特定の実施形態を例示する。したがって、実施例は、決して本開示の範囲を限定するものとみなされない。
製造方法
乾燥剤を用いて、全てのモノマーを真空デシケーター内で乾燥させた（ＫＯＨ及びＰ２Ｏ５、ＲＴ、２４時間）。第１の５’残基に結合した合成固体担体（ＣＰＧ）を市販の供給源から得た。その他全ての合成試薬及び溶媒を市販の供給源から入手し、そのように使用した。合成後ワークフロー用の化学物質及び溶媒を市販の供給源から購入し、精製又は処理をなんら行わずに使用した。合成中、溶媒（アセトニトリル）及び溶液（アミダイト及び活性剤）をモレキュラーシーブ上で保存した。
この試験で使用した、対照であるヌクレアーゼ安定化の、３’−コレステロール、３’−トコフェロール、及び３’−ＧａｌＮＡｃに結合したアンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、表１０〜１３に示される。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、製造業者によって提示される標準的な９３段階サイクルを用いてＡＢＩ−３９４合成装置で合成した。固体担体は制御された細孔ガラスであり、モノマーは標準的な保護基を含有していた。各オリゴヌクレオチドを、市販の５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−３’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）ＤＮＡ、並びに又は、６−Ｎ−ベンゾイルアデノシン（ＡＢｚ）、４−Ｎ−アセチルシチジン（ＣＡｃ）、２−Ｎ−イソブチリルグアノシン（ＧｉＢｕ）、及びチミジン（Ｔ）の２’−Ｏ−Ｍｅホスホロアミダートモノマーを用い、標準的な固相オリゴヌクレオチド合成プロトコールに従って個々に合成した。ホスホロアミダートは、市販の供給源から購入した。２’Ｏ−Ｍｅ−２，６−ジアミノプリンホスホロアミダートは、市販の供給元から購入した。ＤＤＴＴ（（ジメチルアミノ−メチリデン）アミノ）−３Ｈ−１，２，４−ジチアゾリン−３−チオンを、オリゴリボヌクレオチドホスホロチオエートの合成のためのイオウ移動剤として使用した。ＣＨ３ＣＮ中、５−（エチルチオ）−１Ｈ−テトラゾール活性剤の存在下におけるホスホロアミダートの０．１Ｍ溶液の固体結合オリゴヌクレオチドへの延長カップリング、続いて標準的なキャッピング、酸化及び脱保護を用いて、修飾オリゴヌクレオチドを得た。全ての修飾ホスホロアミダートの段階的なカップリング効率は、９８％超であった。オリゴヌクレオチド担持固体担体を、アンモニア／エタノール（３：１）水溶液を用いて５５℃で８時間加熱し、塩基不安定な保護基を脱保護した。
コレステロール及びトコフェロール結合オリゴヌクレオチドは、ＴＥＧリンカーに付着するコレステロール及びトコフェロール担体上で固相合成を開始し、最終的に担体に結合したオリゴヌクレオチドにホスホロアミダートをカップリングすることにより得た。ＧａｌＮＡｃ結合ＡＳＯは、ヒドロキシプロリノール−ＧａｌＮＡｃ固体担体から合成した。ＧａｌＮＡｃを、６−アミノヘキサノエート結合を介してトランス−４−ヒドロキシプロリノールにつないでヒドロキシプロリノール−ＧａｌＮＡｃ部分を得て、その後、固体担体を得るために官能化制御細孔ガラス（ＣＰＧ）に付着させた。
未結合及びＧａｌＮＡｃ修飾オリゴヌクレオチドを、陰イオン交換ＨＰＬＣによって精製した。緩衝液は、１０％ ＣＨ３ＣＮ中２０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ８．５（緩衝液Ａ）及び１０％ ＣＨ３ＣＮ、１．８Ｍ ＮａＢｒ中２０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ８．５（緩衝液Ｂ）とした。完全長オリゴヌクレオチドを含有する画分をプールし、脱塩し、凍結乾燥した。
コレステロール及びトコフェロールが結合した配列を、実験室内で充填したＲＰＣ−Ｓｏｕｒｃｅ１５逆相カラム上で、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）により精製した。緩衝液は、１０％ ＣＨ３ＣＮ中２０ｍＭ ＮａＯＡｃ（緩衝液Ａ）及び７０％ ＣＨ３ＣＮ中２０ｍＭ ＮａＯＡｃ（緩衝液Ｂ）とした。分析的ＨＰＬＣ及びＥＳ ＬＣ−ＭＳにより、オリゴヌクレオチドの完全性が証明された。
Figure 0006970187
ホスホロアミダート（ＮＰ）及びチオホスホロアミダート（ＮＰＳ）修飾オリゴヌクレオチドの合成
ＮＰ及びＮＰＳ修飾オリゴヌクレオチドを、デブロック、カップリング、及び待機工程の修正を伴って記載されている、９３段階サイクルを用いてＡＢＩ−３９４合成装置で合成した。固体担体は、３’−ＮＨＴｒ−５’−ＬＣＡＡ−ＣＰＧとした。３’−ＮＨ−Ｔｒ−５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）ＤＮＡホスホロアミダートモノマー（６−Ｎ−ベンゾイルアデノシン（ＡＢｚ）、４−Ｎ−ベンジルシチジン（ＣＢｚ）、２−Ｎ−イソブチリルグアノシン（ＧｉＢｕ）、及びチミジン（Ｔ）の）を用い、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９５，Ｖｏｌ．２３，Ｎｏ．１４ ２６６１〜２６６８に記載される手順を使用することによる標準的な固相ホスホロアミダート化学的プロトコールに従って、各オリゴヌクレオチドを個々に合成した。
Figure 0006970187
オリゴマー合成用３’−ＮＨＴｒ−ＤＮＡ構成要素
２’−Ｆ３’−ＮＨ−ＭＭＴｒ−５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）ウリジン（Ｕ）及び４−Ｎ−ベンゾイルシチジン（ＣＢｚ）ホスホロアミダートモノマー）を、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９６，Ｖｏｌ．２４，Ｎｏ．１５，２９６６〜２９７３に記載の手順を使用して合成した。
Figure 0006970187
２’−Ｆ３’−ＮＨ−ＭＭＴｒ−５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）６−Ｎ−ベンゾイルアデノシン（ＡＢｚ）、２−Ｎ−イソブチリルグアノシン（ＧｉＢｕ）を以下に記載するような手順で合成した。
Figure 0006970187
ＰＨ−１の調製
Figure 0006970187
（２Ｒ，３Ｓ，４Ｓ，５Ｒ）−２−（６−アミノ−９Ｈ−プリン−９−イル）−５−（ヒドロキシメチル）オキソラン−３，４−ジオール（３００ｇ、１．１２３ｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（７５００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、トリフェニルホスフィン（７３５ｇ、２．８０２モル、２．５０当量）を加えた。得られた溶液を、０℃で１５分間撹拌した。この後、０℃で６０分間撹拌しながら、ジエチルアゾジカルボキシレート（４４９．４ｇ、２．５８１ｍｏｌ、２．５４当量）のＮ−ジメチルホルムアミド（７５００ｍＬ）溶液を加えた。得られた溶液を、２５℃で２時間撹拌した。得られた混合物を減圧下で濃縮した。生成物をエーテルの添加によって沈殿させた。固体を濾過により回収した。粗生成物をメタノールから再結晶化することにより精製した。固体を減圧下のオーブンで乾燥させた。これにより、１８６ｇ（６６％）のＰＨ−１を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６，４００ＭＨｚ）：８．３４〜８．０７（ｍ，２Ｈ）、７．４４〜７．２６（ｍ，２Ｈ）、６．３０〜６．２１（ｍ，１Ｈ）、５．０７〜４．９５（ｍ，１Ｈ）、４．３３〜４．２０（ｍ，１Ｈ）、４．１５〜４．０３（ｍ，２Ｈ）、３．７１〜３．５０（ｍ，２Ｈ）。
ＰＨ−２の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１（１００ｇ、４０１．２ｍｍｏｌ、１．００当量）のピリジン（１０００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、０℃で３０分間撹拌しながら塩化ベンゾイル（１７５ｇ、１．２４５ｍｏｌ、３．１０当量）を加えた。得られた溶液を、２５℃で３時間撹拌した。得られた溶液を、４００ｍＬの酢酸エチルで希釈した。得られた混合物を、３×３００ｍＬの水及び２×３００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム溶液でそれぞれ洗浄した。得られた混合物を、１×３００ｍＬの飽和塩化ナトリウム溶液で洗浄した。この混合物を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。残留物を、酢酸エチル／石油エーテル（２／１）を使用するシリカゲルカラム上にアプライした。これにより、１５７ｇ（７０％）のＰＨ−２を白色固体として得た。
ＰＨ−３の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−２（３０ｇ、５３．４２ｍｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（３００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、塩化アンモニウム（５．７ｇ、１０６．５６ｍｍｏｌ、２．００当量）及びアジ化ナトリウム（３４．８ｇ、５３５．３０ｍｍｏｌ、１０．００当量）を順に加えた。得られた溶液を、５０℃で５時間撹拌した。得られた溶液を、２０００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた混合物を、３×２０００ｍＬの水、１×２０００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム溶液及び１×２０００ｍＬの飽和塩化ナトリウム溶液でそれぞれ洗浄した。この混合物を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。これにより、２４ｇ（９０％）のＰＨ−３及びＰＨ−３Ｓ（５：１）を白色固体として得た。
ＰＨ−４の調整
Figure 0006970187
ＰＨ−３及びＰＨ−３Ｓ（５：１）（１０ｇ、１９．９８ｍｍｏｌ、１．００当量）のテトラヒドロフラン（１００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（１０．６９ｇ、７０．２２ｍｍｏｌ、３．５０当量）を加えた。この後、０℃で１０分間撹拌しながら、フッ化ペルフルオロブチルスルホニル（１２．６９ｇ、２．１０当量）を滴下して加えた。得られた溶液を、０℃で１．５時間撹拌した。得られた溶液を、２００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた混合物を、３×２００ｍＬの水、１×２００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム溶液及び１×２００ｍＬの飽和塩化ナトリウム溶液でそれぞれ洗浄した。この混合物を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗生成物を、１：１の割合の酢酸エチル／石油エーテルから再結晶化させた。これにより、６ｇ（６０％）のＰＨ−４及びＰＨ−４Ｓ（５：１）を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：５０３。
Figure 0006970187
ＰＨ−４及びＰＨ−４Ｓ（５：１）（１０ｇ、１９．９０ｍｍｏｌ、１．００当量）のテトラヒドロフラン（１５０ｍＬ）溶液に、１０％パラジウム炭素（３．０ｇ）を加えた。フラスコを排気し、窒素で３回フラッシュし、続いて水素でフラッシュした。得られた溶液を、室温で１時間撹拌した。固形物を濾別した。得られた混合物を減圧下で濃縮した。粗生成物（１０ｍｇ）を、条件（ＩｎｔｅｌＦｌａｓｈ−１）：カラム、Ｃ１８；移動相、水及びアセトニトリル（３０％アセトニトリル、３０分で最大５０％）；検出器、ＵＶ２５４ｎｍのフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。これにより、７ｇ（７４％）のＰＨ−５を白色固体として、及び１．０ｇのＰＨ−５Ｓを白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：４７７。
ＰＨ−６の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−５（４ｇ、８．４０ｍｍｏｌ、１．００当量）のピリジン（４０ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、４−ジメチルアミノピリジン（１．５ｇ、１２．２８ｍｍｏｌ、１．５０当量）及び４−メトキシトリフェニルメチルクロリド（１０．３ｇ、４．００当量）を順に加えた。得られた溶液を、２５℃で１６時間撹拌した。得られた溶液を、３００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた混合物を、１×３００ｍＬの水及び３×３００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム溶液で洗浄した。得られた混合物を、１×３００ｍＬの飽和塩化ナトリウム溶液でそれぞれ洗浄した。この混合物を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。ジクロロメタン／メタノール（１００／１）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、５．７ｇ（９１％）のＰＨ−６を白色固体として得た。
ＰＨ−７の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−６（５ｇ、６．６８ｍｍｏｌ、１．００当量）のピリジン／メタノール／水（３２．２／１４．７／２．４ｍＬ）溶液に、水酸化ナトリウム（２ｍｏｌ／Ｌ）（７．２ｍＬ、１．１０当量）を０℃で５分間撹拌しながら滴下して加えた。得られた溶液を、０℃で２０分間撹拌した。次に２００ｍＬの氷水を加えて反応を停止した。得られた溶液を、４００ｍＬのジクロロメタンで抽出し、有機層を合わせた。得られた混合物を、１×３００ｍＬの水及び１×３００ｍＬの飽和塩化ナトリウム溶液で洗浄した。この混合物を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。メタノール／ジクロロメタン（１：１００）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、４．３ｇ（１００％）のＰＨ−７を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：６４５。
ＰＨ−８の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−７（１９．４ｇ、３５．８９ｍｍｏｌ、１．００当量）のジクロロメタン（２００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、３−（［ビス［ビス（プロパン−２−イル）アミノ］ホスファニル］オキシ）プロパンニトリル（１１．７９ｇ、３９．１２ｍｍｏｌ、１．３０当量）を加えた。この後、４，５−ジシアノイミダゾール（４．２６ｇ、１．２０当量）を０℃で加えた。得られた溶液を３０分間、室温で撹拌した。得られた溶液を、１０００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた混合物を、３×８００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム溶液及び１×８００ｍＬの塩化ナトリウム溶液でそれぞれ洗浄した。この混合物を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗生成物を、条件：カラム、Ｃ１８；移動相、水及びアセトニトリル（４０％アセトニトリル、６分で最大８０％）；検出器、ＵＶ２５４ｎｍのフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。これにより、１５．２ｇ（５０％）のＰＨ−８を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：８４５。
Figure 0006970187
ＰＨ−１１の調製
Figure 0006970187
２−アミノ−９−［（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）−３，４−ジヒドロキシ−５−（ヒドロキシメチル）オキソラン−２−イル］−６，９−ジヒドロ−１Ｈ−プリン−６−オン（７００ｇ、２．４７ｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（７Ｌ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、イミダゾール（５０４ｇ、７．４１モル、３．００当量）を加えた。この後、２０℃で撹拌しながら、１、３−ジクロロ−１，１，３，３−テトライソプロピルジシロキサン（７７０ｇ、２．４４モル、１．００当量）を滴下して加えた。得られた溶液を、２０℃で１６時間撹拌した。次いで、反応溶液を７０Ｌの水／氷に注いだ。固体を濾過により回収した。これにより、１２００ｇ（９２％）のＰＨ−１１を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：５２６。
ＰＨ−１２の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１１（５３０ｇ、１．０１モル、１．００当量）のジクロロメタン（５０００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、ピリジン（７２５ｇ、９．１７モル、９．００当量）及び４−ジメチルアミノピリジン（１４７ｇ、１．２０モル、１．２０当量）を順に加えた。この後、０℃で撹拌しながら、トリフルオロメタンスルホン酸無水物（４２６ｇ、１．５１ｍｍｏｌ、１．２０当量）を滴下して加えた。得られた溶液を、０℃で１５分間撹拌した。次に、得られた溶液を、２０℃で更に２時間撹拌しながら反応させた。得られた溶液を、５０００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた溶液を、２×３０００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム及び１×３０００ｍＬの飽和塩化ナトリウムでそれぞれ洗浄した。この溶液を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。これにより、６００ｇ（９０％）のＰＨ−１２を白色固体として得た。
その生成物を更に精製することなく、次工程で直接用いた。
ＰＨ−１３の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１２（２００ｇ、３０４．０４ｍｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（１０００ｍＬ）溶液に、アルゴンの不活性雰囲気下で、亜硝酸ナトリウム（１１５ｇ、１．６７ｍｏｌ、５．００当量）を加えた。得られた混合物を、２５℃で１６時間撹拌した。得られた溶液を、５０００ｍＬの水／氷に注いだ。固体を濾過により回収した。粗生成物を、１／４の割合のジクロロメタン／アセトニトリル（５０ｍＬ／ｇ）から再結晶化させた。これにより、７８ｇ（最終２工程で４９％）のＰＨ−１３を固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：５２６。
ＰＨ−１４の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１３（５０ｇ、９５．１０ｍｍｏｌ、１．００当量）のテトラヒドロフラン（５００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、フッ化テトラブチルアンモニウム（９５ｍＬ、１．００当量、テトラヒドロフラン中１Ｎ）を加えた。得られた混合物を、２０℃で１２時間撹拌した。得られた混合物を減圧下で濃縮した。粗物を、１／５の割合のメタノール／酢酸エチル（２０ｍＬ／ｇ）から３回再結晶化させた。固体を濾過によって回収した後、条件：カラム、Ｃ１８シリカゲル；移動相、水及びアセトニトリル（２％アセトニトリル、１０分で最大１０％）；検出器、ＵＶ２５４ｎｍのフラッシュにより精製した。これにより、１６ｇ（５９％）のＰＨ−１４を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６，４００ＭＨｚ）：１０．４４（ｓ，１Ｈ）、６．４９（ｓ，２Ｈ）、６．０２（ｓ，１Ｈ）、５．５５〜５．６５（ｍ，２Ｈ）、５．１０（ｓ，１Ｈ）、４．０８（ｍ，２Ｈ）、３．７６（ｍ，１Ｈ）、３．６４（ｍ，１Ｈ）。
ＰＨ−１５の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１４（２２０ｇ、７７６．７２ｍｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（２０００ｍＬ）溶液に、アルゴンの不活性雰囲気下で、トリフェニルホスフィン（５０９ｇ、１．９４モル、２．５０当量）を加えた。得られた溶液を、０℃で１．５時間撹拌した。これに、ジエチルアゾジカルボキシレート（３３８ｇ、１．９４ｍｏｌ、２．５０当量）を０℃で撹拌しながら加えた。得られた溶液を２時間、室温で撹拌した。得られた混合物を２０Ｌの冷エチルエーテルに注いだ。固体を濾過により回収した後、１／１０の割合のメタノール／酢酸エチル（１０ｍＬ／ｇ）から再結晶化させた。これにより、１００ｇ（４９％）のＰＨ−１５を褐色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：２６６。
ＰＨ−１６の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１５（１００ｇ、３７７．０ｍｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（１０００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、イミダゾール（７７ｇ、１．１３１モル、３．００当量）を加えた。この後、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルクロリド（１４２ｇ、９４２ｍｍｏｌ、１．５０当量）を、０℃で撹拌しながら滴下して加えた。得られた溶液を２時間、室温で撹拌した。次いで、メタノールの添加によって反応を停止させた。得られた混合物を減圧下で濃縮した。ジクロロメタン／メタノール（１００：１〜１５：１）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、８０ｇ（８５％）のＰＨ−１６を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：３８０。
ＰＨ−１７の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１６（７３ｇ、１９２．３７ｍｍｏｌ、１．００当量）のピリジン（７３０ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、４−ジメチルアミノピリジン（２３．５ｇ、１９２．３５ｍｍｏｌ、０．５０当量）を加えた。この後、撹拌しながら、イソ酪酸無水物（２１３ｇ、１．３５ｍｍｏｌ、５．００当量）を滴下して加えた。得られた溶液を、５０℃で３時間撹拌した。次いで、氷水の添加によって反応を停止させた。得られた溶液を、３×２０００ｍＬのジクロロメタンで抽出し、有機層を合わせた。得られた混合物を、３×２０００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム、３×２０００ｍＬの水、及び３×２０００ｍＬの飽和塩化ナトリウムでそれぞれ洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。ジクロロメタン／メタノール（１００：１〜２０：１）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、５２ｇ（６０％）のＰＨ−１７を黄色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：４５０。
ＰＨ−１８の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１７（２０ｇ、４４．４ｍｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（１００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、アジ化ナトリウム（１８ｇ、２６７ｍｍｏｌ、６．００当量）を加えた。得られた溶液を、８０℃で２時間撹拌した。得られた混合物を、１０００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた溶液を、３×１０００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム、３×１０００ｍＬの水、及び３×１０００ｍＬの飽和塩化ナトリウムでそれぞれ洗浄した。この溶液を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。ジクロロメタン／メタノール（１００／１〜４０／１）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、１１ｇ（５０％）のＰＨ−１８／ＰＨ−１８Ｓ（５．２：１）を黄色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：４９３
ＰＨ−１９の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１８／ＰＨ−１８Ｓ（５．２：１）（１６ｇ、３７．８７ｍｍｏｌ、１．００当量）のジクロロメタン（１６０ｍＬ）溶液に、ピリジン（２３ｇ、２９０．７７ｍｍｏｌ、９．００当量）及びジメチルアミノピリジン（４．３５ｇ、３５．６６ｍｍｏｌ、１．２０当量）を加えた。この後、０℃で撹拌しながら、１，３−ビス（トリフルオロメチルスルホニル）トリオキシダン（１１．９ｇ、３７．８８ｍｍｏｌ、１．２０当量）を滴下して加えた。得られた溶液を、２０℃で２時間撹拌した。水／氷の添加によって反応を停止させた。得られた混合物を、２×１０００ｍＬのジクロロメタンで抽出し、有機層を合わせた。得られた溶液を、１×１０００ｍＬの飽和塩化ナトリウムで洗浄した。得られた溶液を減圧下で濃縮した。これにより、１６ｇ（６８％）のＰＨ−１９／ＰＨ−１９Ｓを褐色固体として得た。その生成物を更に精製することなく、次工程で直接用いた。
ＰＨ−２０の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−１９／ＰＨ−１９Ｓ（１６ｇ、２５．６１ｍｍｏｌ、１．００当量）のテトラヒドロフラン（１６０ｍＬ）溶液に、アルゴンの不活性雰囲気下で、フッ化テトラブチルアンモニウム（１００ｍＬ、５．００当量）を０℃で撹拌しながら滴下して加えた。得られた溶液を、室温で５時間撹拌した。得られた溶液を、１０００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた溶液を、１×５００ｍＬの水及び１×５００ｍＬの飽和塩化ナトリウムでそれぞれ洗浄した。得られた溶液を減圧下で濃縮した。ジクロロメタン／メタノール（１００／１〜２０／１）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、８ｇ（８５％）のＰＨ−２０／ＰＨ−２０Ｓ（７：１）の黄色固体が得られた。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：３８１。
ＰＨ−２１の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−２０／ＰＨ−２０Ｓ（３．４ｇ、８．９４ｍｍｏｌ、１．００当量）のメタノール（５０ｍＬ）溶液に、１０％パラジウム炭素（１．７ｇ）を加えた。フラスコを排気し、窒素で３回フラッシュし、続いて水素でフラッシュした。得られた溶液を、室温で１時間撹拌した。得られた溶液を、１００ｍＬのメタノールで希釈した。固形物を濾別した。得られた溶液を減圧下で濃縮した。粗生成物を、条件：カラム、Ｃ１８シリカゲル；移動相、水及びアセトニトリル（５％アセトニトリル、３５分で最大５０％）；検出器、ＵＶ２５４ｎｍのフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。これにより、１．７ｇ（５４％）のＰＨ−２１を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６，４００ＭＨｚ）：１２．１３（ｓ，１Ｈ）、１１．９１（ｓ，１Ｈ）、８．９１（ｓ，２Ｈ）、８．２３（ｓ，２Ｈ）、７．２５（ｍ，１Ｈ）、５．７８（ｍ，１Ｈ）、４．６２〜３．７２（ｍ，４Ｈ）、２．９２（ｍ，１Ｈ）、１．１３（ｓ，６Ｈ）。
ＰＨ−２２の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−２１（６．０ｇ、１６．９５ｍｍｏｌ、１．００当量）のピリジン／Ｎ、Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（１００／２０ｍＬ）溶液に、アルゴンの不活性雰囲気下で、１−（クロロジフェニルメチル）−４−メトキシベンゼン（６．２４ｇ、２０．３４ｍｍｏｌ、１．２０当量）を加えた。得られた溶液を、室温で１６時間撹拌した。得られた溶液を、１０００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた溶液を、１×２５０ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム、１×２５０ｍＬの水、及び１×２５０ｍＬの飽和塩化ナトリウムでそれぞれ洗浄した。ジクロロメタン／メタノール（１００／１〜５０／１）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、１３ｇ（７４％）のＰＨ−２２を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６，４００ＭＨｚ）：１２．１５（ｓ，１Ｈ）、１１．７０（ｓ，１Ｈ）、８．１４（ｓ，１Ｈ）、７．４９（ｍ，４Ｈ）、７．２４（ｍ，６Ｈ）、７．１５（ｍ，２Ｈ）、６．７２（ｍ，２Ｈ）、５．８２（ｍ，１Ｈ）、５．３０（ｍ，１Ｈ）、４．０４（ｍ，３Ｈ）、３．６２（ｓ，３Ｈ）、３．４５（ｍ，１Ｈ）、２．８３〜２．６２（ｍ，３Ｈ）、１．１０（ｍ，６Ｈ）。
ＰＨ−２３の調製
Figure 0006970187
ＰＨ−２２（７．８ｇ、１２．４５ｍｍｏｌ、１．００当量）のジクロロメタン（８０ｍＬ）溶液に、アルゴンの不活性雰囲気下で、３−（ビス［ビス（プロパン−２−イル）アミノ］ホスファニルオキシ）プロパンニトリル（７．５ｇ、２４．９２ｍｍｏｌ、２．００当量）及び４，５−ジシアノイミダゾール（２．２ｇ、１８．６３ｍｍｏｌ、１．５０当量）を順に加えた。得られた溶液を２時間、室温で撹拌した。得られた混合物を、１０００ｍＬのジクロロメタンで希釈した。得られた溶液を、３×２５０ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム、３×２５０ｍＬの水、及び３×２５０ｍＬの飽和塩化ナトリウムでそれぞれ洗浄した。得られた溶液を減圧下で濃縮した。粗生成物を、条件：カラム、Ｃ１８シリカゲル；移動相、水及びアセトニトリル（４０％アセトニトリル、３５分で最大９５％）；検出器、ＵＶ２５４ｎｍのフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。これにより、８．０６ｇ（７８％）のＰＨ−２３を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：８２７。
オリゴマー合成用２’−Ｆ−３’−ＮＨＴｒ構成要素
以下に示す２’−Ｏ−Ｍｅ３’−ＮＨ−ＭＭＴｒ−５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）ホスホロアミダートモノマー（６−Ｎ−ベンゾイルアデノシン（ＡＢｚ）、４−Ｎ−ベンジルシチジン（ＣＢｚ）、２−Ｎ−イソブチリルグアノシン（ＧｉＢｕ）、及びウリジン（Ｕ）の）を、国際公開第２００１１８０１５（Ａ１）号に記載される手順を用いて合成した。
Figure 0006970187
オリゴマー合成用２’−Ｏ−Ｍｅ−３’−ＮＨＴｒ構成要素
例示的なホスホロアミダイトとしては、以下が挙げられる：
Figure 0006970187
リバースホスホロアミダート３’−Ｏ−ＤＭＴ−デオキシアデノシン（ＮＨ−ＢＺ）、５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルホスホロアミダート、３’−Ｏ−ＤＭＴ−デオキシグアノシン（ＮＨ−ｉｂｕ）、５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルホスホロアミダート、３’−Ｏ−ＤＭＴ−デオキシシトシン（ＮＨ−Ｂｚ）、５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルホスホロアミダート、３’−Ｏ−ＤＭＴ−デオキシチミジン（ＮＨ−Ｂｚ）、５’−Ｏ−（２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルホスホロアミダート及びリバース固体担体を、市販の供給元（Ｃｈｅｍｇｅｎｅｓ）から購入した。
Figure 0006970187
オリゴマー合成用リバースＤＮＡ構成要素
本開示に使用される例示的なリバースホスホロアミダイトとしては、以下が挙げられる：
Figure 0006970187
次の修飾を有するオリゴマー、すなわち、２’−Ｆ−ＮＰＳ−ＰＳ−２’−Ｆ−ＮＰＳ；２’−Ｆ−ＮＰ−ＰＳ−２’−Ｆ−ＮＰ；２’−ＯＭｅ−ＮＰ−ＰＳ−２’−ＯＭｅ−ＮＰ；２’−ＯＭｅ−ＮＰＳ−ＤＮＡ−ＰＳ−２’−ＯＭｅ−ＮＰＳの作製には、１μＭのスケールで、５’から３’方向に、無水ＣＨ３ＣＮ中で０．１Ｍの濃度に希釈した５’−ホスホロアミダートモノマーを、５−（ベンジルチオ）−１Ｈ−テトラゾール活性剤の存在下で用いて（カップリング時間２．０〜４．０分）固体に結合したオリゴヌクレオチドの合成を行い、その後、標準的なキャッピング、酸化及び脱保護により、修飾オリゴヌクレオチドを得た。全ての修飾ホスホロアミダートの段階的なカップリング効率は、９８％超であった。ＤＤＴＴ（ジメチルアミノ−メチリデン）アミノ）−３Ｈ−１，２，４−ジチアゾリン−３−チオンを、オリゴリボヌクレオチドホスホロチオエートの合成のためのイオウ移動剤として使用した。オリゴヌクレオチド担持固体担体を、振盪器内でアンモニア／メチルアミン（１：１）溶液を用いて室温で３時間加熱して、担体から切断し、塩基不安定な保護基を脱保護した。
実施例１〜４
Figure 0006970187
適切に保護された２’−Ｏ−メトキシエチル−３’−アミノヌクレオシド−５’−ホスホロアミダート構成要素（実施例１〜４を、スキーム１〜４に示される化学的変換後に調製した。
まず、ウラシル系３’−ＮＨ−ＭＭＴｒ−２’−Ｏ−メトキシエチルホスホロアミダートの実施例５、キーとなる３’−アジド−２’−メトキシエチル中間体３の合成については、スキーム１に示されるように、アンヒドロ中間体２を介して低い収率で得られた。
アルキル化の低収率により、３−１をＢＯＭＣｌ／ＤＢＵと反応させてＮ−３保護中間体３−４を得て、２−ブロモエチルメチルエーテル／Ａｇ２Ｏ／ＮａＩ／ＤＭＦを使用してアルキル化して、以下のスキーム１に示されるように、２’−Ｏ−メトキシエチル誘導体３−５を得た。水素化条件（Ｐｄ／Ｃ／Ｈ２）を使用してＮ−３−ＢＯＭ基を脱保護することにより、副生物３−６ｂの顕著な低減を伴って、１０〜２０％の所望の３’−アミノ中間体３−６ａが得られた。
Figure 0006970187
以下のスキーム２に示されるように、２’−Ｏ−アルキル化を高い収率で得る。この目的のため、３−１をＰＭＢＣｌ／ＤＢＵ／ＤＭＦで処理して、Ｎ−３保護した中間体４−２を得て、２−ブロモエチルメチルエーテル／Ａｇ２Ｏ／ＮａＩ／ＤＭＦを使用して２’−Ｏ−アルキル化を行って、２’−Ｏ−メトキシエチル誘導体４−３を得た。次いで、４−３の５’−脱トリチル化及び塩化ベンゾイルを用いる５’−ヒドロキシル基の再保護によって、４−５を得た。
Figure 0006970187
穏和条件下での中間体４−５のＰＭＢ基の脱保護により、４−６が得られる。中間体４−６の３’−アジド基をアミンに還元した後、４−モノメトキシトリチルクロリドとの反応などで、直ちに保護し４−８を得た。次いで、５’−ベンジルエステルをアルカリ溶液を用いて開裂し、その後、既知のプロトコールを用いてホスフィチル化し、所望の２’−Ｏ−メトキシエトキシウリジンホスホロアミダートモノマー４−１０を得た。
（４−２）の調製：３−１（４５．３０ｇ、８８．５６ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（１２０．００ｍＬ）溶液に、ＰＭＢＣｌ（２０．８０ｇ、１３２．８４ｍｍｏｌ）及びＤＢＵ（４４．６１ｇ、１７７．１２ｍｍｏｌ）を加え、この混合物を室温で２時間撹拌した。水を加え、ＥＡで抽出した。有機層を濃縮し、カラムによって精製して、白色固体として４−２（５２．００ｇ、８２．３２ｍｍｏｌ）を得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ６３２．３［Ｍ＋Ｈ］＋。
（４−３）の調製：４−２（５０．００ｇ、７９．１５ｍｍｏｌ）のＤＭＦ（１２０．００ｍＬ）溶液に、２−ブロモエチルメチルエーテル（１６．５０ｇ、１１８．７３ｍｍｏｌ）及びＡｇ２Ｏ（１８．３４ｇ、７９．１５ｍｍｏｌ、２．５７ｍＬ）を加え、次いでＮａＩ（５．９３ｇ、３９．５８ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を室温で１２時間撹拌した。ＬＣ−ＭＳは、反応が良好であることを示した。濾過し、水及びＥＡを加え、有機層を濃縮し、カラムで精製して、４−３（５２．００ｇ、７５．３９ｍｍｏｌ）を無色油として得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ６９０．４［Ｍ＋Ｈ］＋。
（４−４）の調製：４−３（５２．００ｍｇ、７５．３９ｍｍｏｌ）のＤＣＭ（２００．００ｍＬ）溶液に、ＴＦＡ（１５０．００ｍＬ）を加えた。混合物を室温で１時間撹拌した。反応混合物を冷ＮＨ４ＯＨにゆっくりと加え、ＤＣＭで抽出した。有機層を濃縮し、精製して、４−４（３１．００ｇ、６９．２８ｍｍｏｌ）を無色油として得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ４４８．２［Ｍ＋Ｈ］＋。１Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６，４００ＭＨｚ）：δ ｐｐｍ ８．０２（ｄ，Ｊ＝８．１２Ｈｚ，１Ｈ）、７．２６〜７．２３（ｍ，２Ｈ）、６．８７〜６．８４（ｍ，２Ｈ）、５．８７〜５．８１（ｍ，２Ｈ）、５．３８（ｔ，Ｊ＝５．０Ｈｚ，１Ｈ）、４．９６〜４．８５（ｍ，２Ｈ）、４．３６〜４．３４（ｍ，１Ｈ）、４．１７〜４．１４（ｍ，１Ｈ）、４．００〜３．９７（ｍ，１Ｈ）、３．８３〜３．７７（ｍ，１Ｈ）、３．７５〜３．７２（ｍ，１Ｈ）、３．７１（ｓ，３Ｈ）、３．７０〜３．６８（ｍ，１Ｈ）、３．６１〜３．５６（ｍ，１Ｈ）、３．４５〜３．４３（ｍ，２Ｈ）、３．１８（ｓ，３Ｈ）。
（４−５）の調製：４−４（３１．００ｇ、６９．２８ｍｍｏｌ）のピリジン（２００．００ｍＬ）溶液に、ＢｚＣｌ（１３．１４ｇ、９３．８７ｍｍｏｌ）を加え、この反応混合物を室温で１５分間撹拌し、濃縮し、カラムによって精製して、４−５（３５．１０ｇ、６３．８ｍｍｏｌ）を白色固体として得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５５２．２［Ｍ＋Ｈ］＋。
（４−６）の調製：４−５（３５．１０ｇ、６３．８ｍｍｏｌ）のアセトニトリル（３００．００ｍＬ）及び水（１００．００ｍＬ）の溶液に、硝酸セリウムアンモニウム（１０５ｇ、１９１．４０ｍｍｏｌ）を加え、この反応混合物を室温で１２時間撹拌し、濃縮して、ＥＡで抽出した。有機層を濃縮し、カラムによって精製して、黄色固体として４−６（２７．５ｇ、６３．７５ｍｍｏｌ）を得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ４３２．２［Ｍ＋Ｈ］＋。
（４−７）の調製：４−６（２７．５０ｇ、６３．７５ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（５００．００ｍＬ）溶液にＰｄ／Ｃ（３．００ｇ）を加え、反応混合物を室温で１２時間撹拌し、濾過し、濃縮して、４−７（２５．００ｇ、６１．６７ｍｍｏｌ）を黄色固体として得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ４０６．２［Ｍ＋Ｈ］＋。
（４−８）の調製：４−７（２５．００ｇ、６１．６７ｍｍｏｌ）のＤＣＭ（３００．００ｍＬ）溶液に、ＭＭＴｒＣｌ（２８．４９ｇ、９２．５１ｍｍｏｌ）及びコリジン（１４．９５ｇ、１２３．３４ｍｍｏｌ）を加え、続いてＡｇＮＯ３（１５．７ｇ、９２．５ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を室温で１時間撹拌し、濾過し、有機層を水で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、シリカゲルカラムで精製して、４−８（３３．００ｇ、４８．６９ｍｍｏｌ）を黄色固体として得た。
（４−９）の調製：４−８（１４．５０ｇ、２１．３９ｍｍｏｌ）の溶液に、メタノール（２００ｍＬ）及び水（２０ｍＬ）中１Ｎ ＮａＯＨを加え、この反応混合物を室温で１時間撹拌し、濃縮して、ＤＣＭで抽出し、有機層を濃縮して、シリカゲルカラムで精製し、４−９（１１．５０ｇ、２０．０５ｍｍｏｌ）を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６，４００ＭＨｚ）：δ ｐｐｍ １１．２６（ｓ，１Ｈ）、７．９５（ｄ，Ｊ＝８．４Ｈｚ，１Ｈ）、７．４７〜７．４４（ｍ，４Ｈ）、７．３４〜７．１７（ｍ，８Ｈ）、６．８２（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，２Ｈ）、５．５０〜５．４８（ｍ，２Ｈ）、５．１３（ｔ，Ｊ＝３．６Ｈｚ，１Ｈ）、４．０５〜３．９８（ｍ，３Ｈ）、３．７８（ｓ，３Ｈ）、３．５２〜３．４９（ｍ，１Ｈ）、３．３４〜３．３２（ｍ，２Ｈ）、３．１４（ｓ，３Ｈ）、３．０８〜３．０４（ｍ，１Ｈ）、２．８９〜２．８６（ｍ，１Ｈ）、２．７０（ｄ，Ｊ＝１０．０Ｈｚ，１Ｈ）、１．５１（ｄ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，１Ｈ）。
（４−１０）の調製：４−９（１１．５０ｇ、２０．０５ｍｍｏｌ）のＤＣＭ（１００．００ｍＬ）溶液に、ＤＭＡＰ（４８９．８５ｍｇ、４．０１ｍｍｏｌ）及びＤＩＰＥＡ（１０．３６ｇ、８０．１９ｍｍｏｌ、１４．０１ｍＬ）を加えた。続いて、ＣＥＰＣｌ（５．７０ｇ、２４．０６ｍｍｏｌ）を溶液に加えた。混合物を室温で３０分間撹拌した。反応を飽和ＮａＨＣＯ３で停止した。有機層をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮して粗生成物を得た。粗生成物をフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。生成物を無水トルエンに溶解し、３回濃縮した。次いで、生成物を無水アセトニトリルに溶解し、３回濃縮した。これにより、１３ｇの４−１０を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ−Ｈ］−（ＥＳＩ）：７７２．３；１Ｈ−ＮＭＲ（ＣＤＣｌ３，４００ＭＨｚ）：９．０１（ｓ，１Ｈ）、８．０７〜７．６１（ｍ，１Ｈ）、７．５３〜７．４１（ｍ，６Ｈ）、７．２９〜７．１５（ｍ，５Ｈ）、６．７９〜６．７６（ｍ，２Ｈ）、５．６３〜５．５７（ｍ，２Ｈ）、４．２７〜４．１５（ｍ，２Ｈ）、４．０６〜３．９５（ｍ，１Ｈ）、３．８５〜３．７７（ｍ，１Ｈ）、３．７５（ｓ，３Ｈ）、３．６９〜３．３５（ｍ，７Ｈ）、３．２３（ｄ，Ｊ＝４Ｈｚ，１Ｈ）、２．２６〜２．９１（ｍ，３Ｈ）、２．５９（ｔ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，１Ｈ）、１．７５〜１．３９（ｍ，１Ｈ）、１．２１〜１．１１（ｍ，１２Ｈ）。３１ＰＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：１４９．１０、１４８．２６。
（実施例５）
Figure 0006970187
以下のスキーム３に示されるように、ウリジン中間体４−８を３’−アミノシチジンアナログ５−１に変換し、続いて既知のプロトコールを用いてホスフィチル化し、所望の２’−Ｏ−メトキシエトキシシチジンホスホロアミダートモノマー５−４を得ることによって、２’−Ｏ−メトキシエトキシ−ＮＨ−ベンゾイル−シトシンホスホロアミダート化合物５−４を得た。
Figure 0006970187
（５−１）の調製：４−８（１８．５０ｇ、２７．３０ｍｍｏｌ）のアセトニトリル（２５０．００ｍＬ）溶液に、ＴＰＳＣｌ（１６．４９ｇ、５４．６０ｍｍｏｌ）及びＤＭＡＰ（６．６７ｇ、５４．６０ｍｍｏｌ）を加え、次いでＴＥＡ（５．５２ｇ、５４．６０ｍｍｏｌ、７．５６ｍＬ）をこの溶液に加えた。反応混合物を、室温、Ｎ２下で５時間撹拌した。ＮＨ４ＯＨ（５０．００ｍＬ）を反応混合物に加えた。混合物を室温で１２時間撹拌した。溶液を濃縮し、ＥＡで抽出した。有機相をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させた。有機層を濃縮し、シリカゲルカラムによって精製して、５−１（１６．００ｇ、２３．６４ｍｍｏｌ）を黄色固体として得た。
（５−２）の調製：５−１（１６．００ｇ、２３．６４ｍｍｏｌ）のピリジン（１００．００ｍＬ）溶液に、ＢｚＣｌ（４．９６ｇ、３５．４６ｍｍｏｌ）を０℃で加えた。混合物を室温で１時間撹拌した。溶液を濃縮し、シリカゲルカラムにより精製して、５−２（１７．４０ｇ、２２．２８ｍｍｏｌ）を白色固体として得た。
（５−３）の調製：化合物５−２（１７．４０ｇ、２２．２８ｍｍｏｌ）を、１８０ｍＬのピリジン／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ（６５／３０／５）中１Ｎ ＮａＯＨ溶液に０℃で加えた。懸濁液を０℃で１５分間撹拌した。反応混合物を飽和ＮＨ４Ｃｌ溶液を加えることによってクエンチした。溶液をＥＡで抽出し、合わせた有機層を飽和ＮａＨＣＯ３溶液、ブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、濃縮した。残留物をカラムにより精製し、５−３（１２．５０ｇ、１８．４７ｍｍｏｌ）を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６，４００ＭＨｚ）：δ ｐｐｍ １２．２５（ｓ，１Ｈ）、８．５３（ｄ，Ｊ＝７．６Ｈｚ，１Ｈ）、８．０１（ｄ，Ｊ＝５．２Ｈｚ，２Ｈ）、７．６４〜７．６０（ｍ，１Ｈ）、７．５２〜７．４２（ｍ，６Ｈ）、７．３１（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，２Ｈ）、７．２６〜７．１４（ｍ，７Ｈ）、６．７９（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，２Ｈ）、５．５５（ｓ，１Ｈ）、５．２３（ｔ，Ｊ＝３．６Ｈｚ，１Ｈ）、４．０９〜３．９７（ｍ，３Ｈ）、３．７３（ｓ，３Ｈ）、３．７０〜３．６６（ｍ，１Ｈ）、３．３８〜３．３４（ｍ，２Ｈ）、３．１７（ｓ，３Ｈ）、３．１１〜３．０５（ｍ，１Ｈ）、２．９６〜２．９１（ｍ，１Ｈ）、２．６８（ｄ，Ｊ＝１０．８Ｈｚ，１Ｈ）、１．４９（ｄ，Ｊ＝４Ｈｚ，１Ｈ）。
（５−４）の調製：５−３（１２．５０ｇ、１８．４７ｍｍｏｌ）のＤＣＭ（１００．００ｍＬ）溶液に、ＤＭＡＰ（４５１．３０ｍｇ、３．６９ｍｍｏｌ）及びＤＩＰＥＡ（９．５５ｇ、７３．８８ｍｍｏｌ、１２．９０ｍＬ）を加え、次いで、ＣＥＰＣｌ（５．２５ｇ、２２．１６ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を室温で３０分間撹拌した。反応を飽和ＮａＨＣＯ３で停止した。有機層をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮して粗生成物を得た。粗物をフラッシュ分取ＨＰＬＣによって行った。生成物を無水トルエンに溶解し、３回濃縮した。次いで、生成物を無水アセトニトリルに溶解し、３回濃縮した。これにより、１３ｇの５−４を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ−Ｈ］−（ＥＳＩ）：８７５．４。１Ｈ−ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：δ ｐｐｍ ８．６４〜８．２０（ｍ，２Ｈ）、７．９０〜７．８８（ｍ，２Ｈ）、７．６２〜７．５８（ｍ，１Ｈ）、７．５３〜７．３９（ｍ，８Ｈ）、７．２５〜７．１５（ｍ，６Ｈ）、６．７８〜６．７４（ｍ，２Ｈ）、５．６９（ｄ，Ｊ＝１．７２Ｈｚ，１Ｈ）、４．３７〜４．２１（ｍ，２Ｈ）、４．１０〜４．０３（ｍ，１Ｈ）、３．９０〜３．７９（ｍ，２Ｈ）、３．７５（ｄ，Ｊ＝１．６４Ｈｚ，３Ｈ）、３．６８〜３．５２（ｍ，３Ｈ）、３．４６〜３．４２（ｍ，２Ｈ）、３．２６（ｄ，Ｊ＝１．２Ｈｚ，３Ｈ）、３．１７〜２．９７（ｍ，２Ｈ）、２．９４〜２．８７（ｍ，１Ｈ）、２．６７〜２．４８（ｍ，２Ｈ）、１．７９〜１．５１（ｍ，１Ｈ），１．２６〜１．１８（ｍ，１２Ｈ）。３１ＰＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：１４８．９３、１４８．０３
（実施例６）
Figure 0006970187
以下のスキーム６に示されるように、２’−Ｏ−メトキシエチルアデノシンアナログ６−１０の合成を達成した。塩基性条件下（ＮＨ３／ＭｅＯＨ）の中間体６−２はジオール６−３をもたらし、次いで、ＴＢＤＰＳＣｌを用いて５’−ヒドロキシ基を保護すると、６−４中間体６−４が得られた。続いて、２−ブロモエチルメチルエーテル／ＮａＨ／ＤＭＦを用いた６−４の２’−Ｏ−アルキル化により、６−４のＣ−６−環外アミンを保護することなく、２’−Ｏ−メトキシエチル誘導体６−５を得た。本発明の方法では、中間体６−４の２’−ＯＨ基の選択的アルキル化が達成された。
Figure 0006970187
中間体６−５の３’−アジド基をアミン６−７に還元した後、４−モノメトキシトリチルクロリドとの反応などで直ちに保護し、ＴＢＡＦ／ＴＨＦを使用する５’−ＯＴＢＤＰＳ基の脱保護後に前駆体６−８を得た。既知のプロトコールを用いて６−９のホスフィチル化を行い、所望の２’−Ｏ−メトキシエトキシアデニン−ＮＨ−ベンゾイルホスホロアミダートモノマー６−１０を得る。
（６−２）の調製：化合物１（７９．５０ｇ、２１０．６８ｍｍｏｌ）の乾燥ＡＣＮ（１．２０Ｌ）溶液に、Ｎ−（５Ｈ−プリン−６−イル）ベンズアミド（１００．８０ｇ、４２１．３６ｍｍｏｌ）及びＢＳＡ（１８０．０７ｇ、８８４．８６ｍｍｏｌ）を加えた。得られた懸濁液を５０℃で透明になるまで撹拌した。次いで、混合物を−２０℃で冷却し、ＴＭＳＯＴｆ（９３．５４ｇ、４２１．３６ｍｍｏｌ）をシリンジで加えた。続いて、混合物を７０℃で７２時間、Ｎ２下で撹拌し、飽和ＮａＨＣＯ３でクエンチし、ＤＣＭで抽出した。有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させた後、溶媒を蒸発させ、残留物をシリカゲル上で精製して、化合物６−２（１０７．５０ｇ、１９２．２６ｍｍｏｌ、収率９１．２６％）を黄色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ）：δ＝１１．２８（ｓ，１Ｈ）、８．６４（ｄ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，２Ｈ）、８．０５（ｄ，Ｊ＝８．０Ｈｚ，２Ｈ）、７．８４（ｄ，Ｊ＝８．０Ｈｚ，２Ｈ）、７．６６（ｔ，Ｊ＝７．６Ｈｚ，１Ｈ）、７．５６（ｔ，Ｊ＝８．０Ｈｚ，２Ｈ）、７．３３（ｄ，Ｊ＝８．０Ｈｚ，２Ｈ）、６．３７（ｄ，Ｊ＝３．６Ｈｚ，１Ｈ）、６．１７（ｄｄ，Ｊ＝６．０Ｈｚ，１Ｈ）、５．０９（ｔ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，１Ｈ）、４．６９〜４．５６（ｍ，２Ｈ）、４．４０〜４．３８（ｍ，１Ｈ）、２．３９（ｓ，３Ｈ）、２．１７（ｓ，３Ｈ）。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５５７．２［Ｍ＋Ｈ］＋。
（６−３）の調製：化合物６−２（１０７．５０ｇ、１９２．２６ｍｍｏｌ）をエタノール中３３重量％のメチルアミン（６００．００ｍＬ）に溶解した後、この混合物２０℃で１６時間撹拌し、次いで、溶媒を蒸発させ、石油エーテル中５０％ ＥｔＯＡｃ（１．５Ｌ）で洗浄し、濾過し、化合物６−３（５２．５０ｇ、１７９．６４ｍｍｏｌ、収率９３．４４％）を微黄色固体として得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ２９３．１［Ｍ＋Ｈ］＋。
（６−４）の調製：化合物６−３（５２．５０ｇ、１７９．６４ｍｍｏｌ）、イミダゾール（１８．３２ｇ、２６９．４６ｍｍｏｌ）及びＴＢＤＰＳ−Ｃｌ（５４．３４ｇ、１９７．６０ｍｍｏｌ）のピリジン（５００．００ｍＬ）溶液を２０℃で２時間撹拌したところ、ＬＣＭＳは６−３が消費されたことを示した。次に、ＭｅＯＨ（３０ｍＬ）でクエンチし、濃縮して粗生成物を得、これをシリカゲルで精製して、化合物６−４（７２．６０ｇ、１３６．８１ｍｍｏｌ、収率７６．１６％）を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ）：δ＝８．２９（ｓ，１Ｈ）、８．１０（ｓ，１Ｈ）、７．６３〜７．５９（ｍ，４Ｈ）、７．４８〜７．３３（ｍ，８Ｈ）、６．３６（ｄ，Ｊ＝５．６Ｈｚ，１Ｈ）、５．９７（ｄ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，１Ｈ）、５．１０〜５．０６（ｍ，１Ｈ）、４．４７（ｔ，Ｊ＝５．６Ｈｚ，１Ｈ）、４．１４〜４．１１（ｍ，１Ｈ）、３．９４（ｄｄ，Ｊ＝１１．２Ｈｚ，１Ｈ）、３．８３（ｄｄ，Ｊ＝１１．６Ｈｚ，１Ｈ）、０．９９（ｓ，９Ｈ）。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５３１．３［Ｍ＋Ｈ］＋。
（６−５）の調製：６−４（３５．００ｇ、６５．９６ｍｍｏｌ）及び１−ブロモ−２−メトキシエタン（１８．３３ｇ、１３１．９１ｍｍｏｌ）の乾燥ＤＭＦ（４００．００ｍＬ）溶液に、ＮａＩ（１９．７７ｇ、１３１．９１ｍｍｏｌ）及びＡｇ２Ｏ（１５．２９ｇ、６５．９６ｍｍｏｌ）を加え、混合物を室温で５時間撹拌した。続いて、反応物を氷水に注ぎ、ＥＡで抽出し、ブラインで洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させた。溶媒を蒸発させ、残留物をシリカゲルで精製して、６−５（２３．７０ｇ、４０．２６ｍｍｏｌ、収率６１．０４％）を白色固体として、副生成物のＴＢＤＰＳ、５．２０ｇ減、９．８１ミリモル、収率１４．８７％）を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ）：δ＝８．３１（ｓ，１Ｈ）、８．１１（ｓ，１Ｈ）、７．６３〜７．６０（ｍ，４Ｈ）、７．４７〜７．４４（ｍ，２Ｈ）、７．４０〜７．３６（ｍ，６Ｈ）、６．１０（ｄ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，１Ｈ）、５．０２（ｔ，Ｊ＝４．８Ｈｚ，１Ｈ）、４．６９（ｔ，Ｊ＝５．６Ｈｚ，１Ｈ）、４．１８〜４．１４（ｍ，１Ｈ）、３．９５（ｄｄ，Ｊ＝１１．６Ｈｚ，１Ｈ）、３．８４（ｄｄ，Ｊ＝１１．６Ｈｚ，１Ｈ）、３．７８〜３．７５（ｍ，２Ｈ）、３．４５（ｔ，Ｊ＝４．８Ｈｚ，１Ｈ）、３．１６（ｓ，３Ｈ）、０．９９（ｓ，９Ｈ）。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５８９．５［Ｍ＋Ｈ］＋。
（６−６）の調製：０℃の６−５（３１．２３ｇ、５３．０４ｍｍｏｌ）のピリジン（３００．００ｍＬ）溶液に、ＢｚＣｌ（１１．２２ｇ、７９．５６ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を室温で２時間撹拌した。続いて、溶液を０℃に冷却し、水酸化アンモニウム（２０ｍＬ、３０％）を加え、混合物を室温まで加温させた後、溶媒を蒸発させ、３００ｍＬのＨ２Ｏ及び６００ｍＬのＥＡを加えて溶液を分離し、水相をＥＡで抽出し、有機相を合わせ、ブラインで洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させて、溶媒を除去し、残留物をシリカゲルで精製して、６−６（２８．７０ｇ、４１．４２ｍｍｏｌ、収率７８．０９％）を白色固体として得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ６９３．４［Ｍ＋Ｈ］＋。
（６−７）の調製：６−６（２８．７０ｇ、４１．４２ｍｍｏｌ）のＥＡ（１５０．００ｍＬ）溶液に、Ｈ２下でＰｄ／Ｃ（３．００ｇ）及びＭｅＯＨ（１５０．００ｍＬ）を加えた。混合物を室温で５時間撹拌した。続いて、反応物を濾過し、濾液を濃縮して、６−７（２５．４９ｇ、３８．２２ｍｍｏｌ、収率９２．２７％）を灰色固体として得た。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ６６７．３［Ｍ＋Ｈ］＋。
（６−８）の調製：６−７（２５．４９ｇ、３８．２２ｍｍｏｌ）及びＡｇＮＯ３（１２．９８ｇ、７６．４４ｍｍｏｌ）のＤＣＭ（３００．００ｍＬ）溶液に、コリジン（１３．８９ｇ、１１４．６６ｍｍｏｌ）及びＭＭＴｒＣｌ（１９．４３ｇ、５７．３３ｍｍｏｌ）を加え、混合物を室温で２時間撹拌した。次いで、反応物を氷水に注ぎ、有機層をＤＣＭで抽出し、ブラインで洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、溶媒を除去し、残留物をシリカゲルで精製して、６−８（３２．７９ｇ、３４．９２ｍｍｏｌ、収率９１．３６％）を灰色固体として得た。
（６−９）の調製：６−８（３２．７９ｇ、３４．９２ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（３００．００ｍＬ）溶液にＴＢＡＦ（１Ｍ、３５．００ｍＬ）を加え、混合物を室温で１５時間撹拌した。続いて、溶媒を除去し、残留物をＥＡを用いてシリカゲルで精製し、６−９（２２．２２ｇ、３１．７１ｍｍｏｌ、収率９０．８２％）を白色固体として得た。１Ｈ−ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：δ＝８．６８（ｓ，１Ｈ）、８．３２（ｓ，１Ｈ）、８．０４（ｄ，Ｊ＝７．２Ｈｚ，２Ｈ）、７．６１〜７．５７（ｍ，１Ｈ）、７．５３〜７．４８（ｍ，６Ｈ）、７．４０（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，２Ｈ）、７．２１〜７．１２（ｍ，６Ｈ）、６．７３（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，２Ｈ）、６．０９（ｄ，Ｊ＝２．４Ｈｚ，２Ｈ）、４．０８〜４．０２（ｍ，２Ｈ）、３．９３〜３．８７（ｍ，１Ｈ）、３．７２（ｓ，３Ｈ）、３．５８〜３．５３（ｍ，１Ｈ）、３．４３〜３．３９（ｍ，３Ｈ）、３．２４〜３．１９（ｍ，４Ｈ）、２．１９（ｂｒ，１Ｈ）。
（６−１０）の調製：６−９（１４．００ｇ、１９．９８ｍｍｏｌ）、ＤＭＡＰ（４８８．１９ｍｇ、４．００ｍｍｏｌ）及びＤＩＰＥＡ（６．４６ｇ、４９．９５ｍｍｏｌ、８．７３ｍＬ）の乾燥ＤＣＭ（１００．００ｍＬ）溶液に、ＣＥＰＣｌ（５．６８ｇ、２３．９８ｍｍｏｌ）をＡｒ下で滴下して加えた。混合物を室温で１時間撹拌した。続いて、反応物を１０％ ＮａＨＣＯ３（水）及びブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、溶媒を除去し、残留物をＰＥ／ＥＡ混合物を用いるｃ．ｃ．により精製した後、濃縮して粗生成物を得た。粗生成物（１０ｇ、１０ｍＬのＡＣＮに溶解）をフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製して、６−１０（１２．６０ｇ、１３．９８ｍｍｏｌ、収率６９．９９％）を白色固体として得た。次いで、生成物を乾燥トルエン（１５ｍＬ）に溶解し、３回濃縮し、乾燥ＡＣＮで３回濃縮した。１Ｈ−ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：δ＝９．１２（ｄ，Ｊ＝４６．８Ｈｚ，１Ｈ）、δ＝８．７１（ｄ，Ｊ＝１１．６Ｈｚ，１Ｈ）、８．５０（ｓ，０．６Ｈ）、８．２２（ｓ，０．４Ｈ）、８．０４（ｔ，Ｊ＝７．２Ｈｚ，２Ｈ）、７．６３〜７．５９（ｍ，１Ｈ）、７．５５〜７．４６（ｍ，６Ｈ）、７．４０〜７．３７（ｍ，２Ｈ）、７．１９〜７．０６（ｍ，６Ｈ）、６．６９（ｄｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，２Ｈ）、６．０３（ｄ，Ｊ＝３．２Ｈｚ，１Ｈ）、４．３６〜４．２４（ｍ，２Ｈ）、３．９２〜３．７８（ｍ，２Ｈ）、３．７１（ｄ，Ｊ＝１１．６Ｈｚ，３Ｈ）、３．６７〜３．３３（ｍ，７Ｈ）、３．２９（ｄ，Ｊ＝１１．２Ｈｚ，３Ｈ）、３．１７〜３．１０（ｍ，１Ｈ）、２．８８（ｄｄ，Ｊ＝２７．２Ｈｚ，１Ｈ）、２．６５〜２．５０（ｍ，２Ｈ）、２．３８（ｄ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，０．４Ｈ）、１．８０（ｄ，Ｊ＝４．０Ｈｚ，０．６Ｈ）、１．２３〜１．１５（ｍ，１２Ｈ）。３１ＰＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）：１４８．８６、１４８．２２。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ９０１．３［Ｍ＋Ｈ］＋。
（実施例７）
Figure 0006970187
適切に保護された２’−Ｏ−エチル−３’−アミノ−５’−ホスホロアミダート（実施例９、１０、１１、１２）を、スキーム８〜１２に示す化学的変換後に調製した。
まず、チミン系３’−ＮＨ−ＭＭｔｒ−２’−Ｏ−エチルホスホロアミダート実施例９の合成には、中間体２をジメチルアミノピリジンの存在下でメチルプロピオレートなどで保護して（スキーム８）、塩基Ｎ−３保護中間体８−４を得て、２’−Ｏ−アルキル化の収率が高くなるよう促進した。８−４の更なる脱アセチル化により、Ｃ−２’−ヒドロキシ中間体８−５が得られる。
Figure 0006970187
ヨードエタンを用いた更なるアルキル化により、２’−エチルヌクレオシド８−６が得られた。中間体８−６を、前述のスキーム４に示される化合物４−１０と同様の化学反応によって、チミン塩基２’−Ｏ−エチル−３’−アミノ−５’−ホスホロアミダート８−１１に変換した。
（８−４）の調製：８−２（２２．０ｇ、４９．６２ｍｍｏｌ）のＭｅＣＮ（４００ｍＬ）溶液に、ＤＭＡＰ（１．２ｇ、９．９２ｍｍｏｌ）を加えた。次いで、３（５．８ｇ、４１９．５ｍｍｏｌ）を加え、混合物を室温で２時間、Ｎ２下で撹拌したところ、ＴＬＣにより８−２が消費されたことが示された。濃縮し、シリカゲルカラムで（ＰＥ：ＥＡ＝６：１）によって精製すると、８−４（２２．０ｇ、４０．６３ｍｍｏｌ、収率８１．９％）が黄色油として得られた。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５６４［Ｍ＋Ｎａ］＋。
（８−５）の調製：８−４（２８．０ｇ、５１．７１ｍｍｏｌ）のＭｅＯＨ（４００ｍＬ）溶液に、０℃で濃ＮＨ４ＯＨ水溶液（２８ｍＬ）を加えた。反応混合物を０℃で１．５時間撹拌したところ、ＴＬＣにより８−４が消費されたことが示された。濃縮し、シリカゲルカラムで（ＰＥ：ＥＡ＝１０：１〜２：１）によって精製すると、８−５（２１．０ｇ、４２．０４ｍｍｏｌ、収率８１．３％）が黄色油として得られた。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５２２［Ｍ＋Ｎａ］＋。
（８−６）の調製：８−５（２０．０ｇ、４０．０４ｍｍｏｌ）のヨードエタン（１００ｍＬ）溶液に、Ａｇ２Ｏ（１８．６ｇ、８０．０８ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を５０℃で５時間撹拌し、ＬＣ−ＭＳが８−５の完全な消費を示した後、珪藻土で濾過し、濃縮して、８−６（１６．０、３０．３３ｍｍｏｌ、収率７５．７％）を黄色油として得て、これを次の工程で直接使用した。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５２８［Ｍ＋Ｈ］＋。
（８−７）の調製：８−６（１６．０ｇ、３０．３３ｍｍｏｌ）のＭｅＣＮ（４００ｍＬ）溶液に、ピロリジン（８．６３ｇ、１２１．３２ｍｏｌ、１２ｍＬ）を加え、反応混合物を室温で一晩撹拌したところ、ＴＬＣにより、８−６が完全に消費されたことが示された。濃縮し、シリカゲルカラムで（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝１００：１〜５０：１）によって精製すると、７（１２．０ｇ、２７．９４ｍｍｏｌ、収率９２．１％）が黄色油として得られた。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ４３０［Ｍ＋Ｈ］＋。
（８−８）の調製：８−７（１２．０ｇ、２７．９４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（２００ｍＬ）溶液に、Ｐｄ／Ｃ（１．２ｇ）を加え、混合物を室温、Ｈ２下で一晩撹拌した。ＬＣ−ＭＳにより、７が完全に消費されたことが示された。濾過し、ＤＣＭ（１００ｍＬ×３）で洗浄した後濃縮すると、８−８（１１．０ｇ、２７．２７ｍｍｏｌ、収率９７．６％）が灰色固体として得られ、これを次の工程で直接使用した。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ４０４［Ｍ＋Ｈ］＋。
（８−９）の調製：８−８（１０．０ｇ、２４．７９ｍｍｏｌ）のＤＣＭ（８０ｍＬ）溶液に、ＭＭＴｒＣｌ（１１．４ｇ、３７．１８ｍｍｏｌ）、２，４，６−コリジン（２．０ｇ、１６．６１ｍｍｏｌ、６．５ｍＬ）及びＡｇＮＯ３（６．３ｇ、３７．１８ｍｍｏｌ）を加え、混合物を室温で１．５時間撹拌した。ＴＬＣにより、８−８が完全に消費されたことが示された。濾過し、有機層を水で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させた後、濃縮し、シリカゲルカラムで（ＰＥ：ＥＡ＝５：１〜１：１）によって精製すると、８−９（１６．０ｇ、２３．６８ｍｍｏｌ、収率９５．５％）が明黄色固体として得られた。
（８−１０）の調製：８−９（４．０ｇ、５．９２ｍｍｏｌ）を１．０Ｎ ＮａＯＨ溶液（２０ｍＬ、ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ＝９：１）の溶液に加えた。反応混合物を４０℃で２時間撹拌したところ、ＴＬＣにより８−９が消費されたことが示され、これを濃縮し、ＤＣＭ（２０ｍＬ×２）で抽出し、有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮し、残留物をシリカゲルカラムで（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ＝２００：１〜５０：１）によって精製すると、８−１０（３．０ｇ、５３．８ｍｍｏｌ、収率９０．９）が白色固体として得られた。
（８−１１）の調製：８−１０（２．３６ｇ、４．２３ｍｍｏｌ）のＤＣＭ（２．０ｍＬ）溶液に、ＤＭＡＰ（１０３ｍｇ、０．８ｍｍｏｌ）及びＤＩＰＥＡ（２．２ｇ、１６．９２ｍｍｏｌ、２．９６ｍＬ）を加えた。次いで、ＣＥＰＣｌ（１．０ｇ、４．２３ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を室温で１時間撹拌した。ＴＬＣにより、８−１０が消費されたことが示され、これを飽和ＮａＨＣＯ３（５ｍＬ）で洗浄し、有機層を分離し、水層をＤＣＭ（１０ｍＬ×２）で洗浄した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮し、フラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製すると、８−１１（２．４５ｇ、３．２３ｍｍｏｌ、収率７６．３６％）が白色固体として得られた。１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ８．６２（ｓ，１Ｈ）、７．７４（ｄｄ，Ｊ＝１．４Ｈｚ，０．５Ｈ）、７．６０〜７．５０（ｍ，４Ｈ）、７．５１〜７．４１（ｍ，２Ｈ）、７．３４〜７．１６（ｍ，７Ｈ）、７．１２（ｄ，Ｊ＝１．４Ｈｚ，０．５Ｈ）、６．８８〜６．７６（ｍ，２Ｈ）、５．６６（ｓ，１Ｈ）、４．３７〜４．２３（ｍ，１Ｈ）、４．１６〜４．０５（ｍ，１Ｈ）、４．０５〜３．９４（ｍ，０．５Ｈ）、３．８８〜３．７４（ｍ，４．５Ｈ）、３．７２〜３．３５（ｍ，３Ｈ）、３．２２（ｔｄ，Ｊ＝１０．３、４．７Ｈｚ，０．５Ｈ）、３．０３〜２．８９（ｍ，１．５Ｈ）、２．８０〜２．６９（ｍ，１Ｈ）、２．６１（ｔ，Ｊ＝６．５Ｈｚ，１Ｈ）、２．３７（ｔｄ，Ｊ＝６．６、１．３Ｈｚ，１Ｈ）、１．９７（ｄ，Ｊ＝３．５Ｈｚ，０．５Ｈ）、１．９１（ｄｄ，Ｊ＝１１．４、１．２Ｈｚ，３Ｈ）、１．５２（ｄ，Ｊ＝４．７Ｈｚ，０．５Ｈ）、１．２９〜１．１７（ｍ，１２Ｈ）、１．０８（ｔｄ，Ｊ＝７．０、４．９Ｈｚ，３Ｈ）。３１ＰＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １４９．３１、１４７．１４。ＥＳＩ−ＬＣＭＳ：ｍ／ｚ ５７６［Ｍ＋Ｈ］＋。
ＧａｌＮＡｃ合成
Ｇ−１の合成
Figure 0006970187
オキサン−２，６−ジオン（１０００ｇ、８．７６ｍｏｌ、１．００当量）、４−ジメチルアミノピリジン（５３．５ｇ、４３７．９ｍｍｏｌ、０．０５当量）のジクロロメタン（１００００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、室温で撹拌しながらフェニルメタノール（９００ｇ、８．３２モル、０．９５当量）を滴下して加えた。得られた溶液を一晩、室温で撹拌した。得られた混合物を飽和重炭酸ナトリウム溶液で洗浄した。水層のｐＨ値を、１０％塩酸で１に調節した。得られた溶液を、３×２０００ｍＬの酢酸エチルで抽出し、有機層を合わせた。得られた混合物を、２×３０００ｍＬの飽和塩化ナトリウムで洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。これにより、１２４０ｇ（６４％）のＧ−１を無色油として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：２２３。
Ｇ−２の合成
Figure 0006970187
Ｇ−１（５８．５ｇ、２６３．２３ｍｍｏｌ、１．２０当量）、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（３４ｇ、２６３．５７ｍｍｏｌ、１．２０当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（６００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−ウロニウム−ヘキサフルオロホスフェート（１００ｇ、２６３．６９ｍｍｏｌ、１．２０当量）を室温で加えた。得られた溶液を、室温で１時間撹拌した。続いて、（２Ｒ）−３−アミノプロパン−１，２−ジオール（２０ｇ、２１９．５２ｍｍｏｌ、１．００当量）を室温で加えた。得られた溶液を撹拌しながら、室温で一晩反応させた。得られた溶液を、２０００ｍＬの酢酸エチルで希釈した。得られた混合物を、２×１０００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム溶液で洗浄した。混合物を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。ジクロロメタン／メタノール（１：１００〜１：１０）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、３８．７ｇ（６０％）のＧ−２を明黄色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：２９６。
Ｇ−３の合成
Figure 0006970187
Ｇ−２（１０ｇ、３３．８６ｍｍｏｌ、１．００当量）のピリジン（１００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、１−［クロロ（４−メトキシフェニル）ベンジル］−４−メトキシベンゼン（１２．６３ｇ、３７．２８ｍｍｏｌ、１．１０当量）を室温で加えた。得られた溶液を一晩、室温で撹拌した。次いで、メタノール（１０ｍＬ）の添加によって反応を停止させた。得られた混合物を減圧下で濃縮した。得られた溶液を、１０００ｍＬの酢酸エチルで希釈した。得られた混合物を、２×５００ｍＬの飽和重炭酸ナトリウム溶液で洗浄した。混合物を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。ジクロロメタン／メタノール（１：１００〜１：５０）を使用するシリカゲルカラムの上に、残留物をアプライした。これにより、１０．２ｇ（５０％）のＧ−３を明黄色油として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｎａ］＋（ＥＳＩ）：６２０。
Ｇ−４の合成
Figure 0006970187
Ｇ−３（１０ｇ、１６．７３ｍｍｏｌ、１．００当量）のメタノール（１００ｍＬ）溶液に、１０％パラジウム活性炭（１ｇ）を室温で加えた。フラスコを排気し、水素で５回フラッシュした。得られた溶液を、室温で４時間撹拌した。固形物を濾別した。得られた混合物を減圧下で濃縮した。これにより、７．６ｇ（８９％）のＧ−４を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｎａ］＋（ＥＳＩ）：５３０。
Ｇ−５の合成
Figure 0006970187
Ｇ−４（８．９０ｇ、１７．５３ｍｍｏｌ、１．０５当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（３００ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（６．４７ｇ、５０．１６ｍｍｏｌ、３．００当量）を室温で加えた。これに、Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ−エトラメチル−ウロニウム−ヘキサフルオロホスフェート（７．１０ｇ、１８．７３ｍｍｏｌ、１．１２当量）を室温で加えた。得られた溶液を１５分間、室温で撹拌した。この混合物に、Ｇ−５ Ｒｅｆ（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１４，４２，（１３）８７９６〜８８０７）、（３０ｇ、１６．７２ｍｍｏｌ、１．００当量）を室温で加えた。得られた溶液を撹拌しながら、室温で一晩反応させた。得られた混合物を減圧下で濃縮した。粗生成物を、条件（ＩｎｔｅｌＦｌａｓｈ−１）：カラム、Ｃ１８シリカゲル；移動相、０．０４％ ＮＨ４ＨＣＯ３を含むアセトニトリル／水（２０％アセトニトリル、１５分で最大７０％）；検出器、ＵＶ２１０ｎｍのフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。これにより、２０．１ｇ（５３％）のＧ−６を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：２２８３。
Ｇ−７の合成
Figure 0006970187
Ｇ−６（２５ｇ、１０．９６ｍｍｏｌ、１．００当量）のジクロロメタン（７５０ｍＬ）溶液に、窒素の不活性雰囲気下で、トリエチルアミン（４．９８ｇ、４９．２１ｍｍｏｌ、４．４９当量）を室温で加えた。これに、４−ジメチルアミノピリジン（１．３３ｇ、１０．８９ｍｍｏｌ、０．９９当量）を室温で加えた。この混合物に、オキソラン−２，５−ジオン（３．２９ｇ、３２．８８ｍｍｏｌ、３．００当量）を室温で加えた。得られた溶液を一晩、室温で撹拌した。得られた混合物を減圧下で濃縮した。粗生成物を、条件：カラム、Ｃ１８シリカゲル；移動相、０．０４％ ＮＨ４ＨＣＯ３を含むアセトニトリル／水（２０％アセトニトリル、２０分で最大５０％）；検出器、ＵＶ ２３０ｎｍのフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。これにより、１５．８３ｇ（６１％）のＧ−７を白色固体として、アンモニウム塩として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ／２＋ＮＨ４］＋（ＥＳＩ）：１２１０。
ＧａｌＮＡｃ−２−固体担体−ＧＰＧの合成
Figure 0006970187
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．，１９８８ Ｓｅｐ；６（８）：７６８〜７５に記載の手順に従って、ＨＢＴＵ／ＴＥＡを用いてＧ−７をＣＰＧ上に充填し、ＧａｌＮＡｃ−２−ＣＰＧ（５３μｍｏｌ／ｇ）を得た。
ＧａｌＮＡｃ−６の合成
Figure 0006970187
Ｇ−８の合成
Figure 0006970187
デカン二酸（１００ｇ、４９４．４ｍｍｏｌ、１．００当量）のジクロロメタン（２０００ｍＬ）溶液に、４−ジメチルアミノピリジン（１８．１ｇ、１４８．２ｍｍｏｌ、０．３０当量）を室温で加えた。これに、Ｎ−（３−ジメチルアミノプロピル）−Ｎ’−エチルカルボジイミド塩酸塩（１１４ｇ、５９４．７ｍｍｏｌ、１．２０当量）を室温で加えた。得られた溶液を、室温で１時間撹拌した。混合物に、ベンジルアルコール（６４．１ｇ）を、０℃で撹拌しながら滴下して加えた。得られた溶液を撹拌しながら、室温で一晩反応させた。得られた混合物を、塩化ナトリウム飽和水で洗浄した。混合物を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗生成物（１００ｇ）を、条件（ＩｎｔｅｌＦｌａｓｈ−１）：カラム、Ｃ１８シリカゲル；移動相、水及びアセトニトリル（６０％アセトニトリル、１２分で最大１００％、５分間１００％を維持）；検出器、ＵＶ ２１０ｎｍのフラッシュ分取ＨＰＬＣにより精製した。これにより、６０．７ｇ（４２％）のＧ−８を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：２９３。
Ｇ−１０の合成
Figure 0006970187
Ｇ−８（４．４８ｇ、１５．３２ｍｍｏｌ、１．５０当量）のアセトニトリル（３２０ｍＬ）溶液に、Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ−エトラメチル−ウロニウム−ヘキサフルオロホスフェート（５．８４ｇ、１５．４０ｍｍｏｌ、１．５０当量）、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（３．９６ｇ、３０．６４ｍｍｏｌ、３．００当量）を加えた。得られた溶液を、２５℃で１時間撹拌した。これに続き、Ｇ−９（１８．４ｇ、１０．２６ｍｍｏｌ、１．００当量）を加えた。得られた溶液を２５℃で１６時間撹拌し、次いで真空下で濃縮した。粗生成物を、条件：カラム、Ｃ１８シリカゲル；移動相、水中アセトニトリル＝１０％から１５分以内に７０％に上昇）；検出器、ＵＶ ２１０ｎｍのフラッシュにより精製した。これにより、１２ｇ（５７％）のＧ−１０を白色固体として得た。Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ，４００ＭＨｚ，ｐｐｍ）：７．７４〜７．８３（ｍ，９Ｈ）、７．３１〜７．３７（ｍ，５Ｈ）、６．９７（ｓ，１Ｈ）、５．２１（ｄ，Ｊ＝３．３Ｈｚ，３Ｈ）、５．０７（ｓ，２Ｈ）、４．９８（ｄｄ，Ｊ＝１１．２Ｈｚ，３．４Ｈｚ，３Ｈ）、４．４９（ｄ，Ｊ＝８．４Ｈｚ，３Ｈ）、４．０４（ｓ，９Ｈ）、３．８３〜３．９９（ｍ，３Ｈ）、３．６７〜３．７２（ｍ，３Ｈ）、３．５２〜３．５５（ｍ，１２Ｈ）、３．３７〜３．４３（ｍ，３Ｈ）、２．９９〜３．０５（ｍ，１２Ｈ）、２．２５〜２．３５（ｍ，８Ｈ）、２．１２（ｓ，９Ｈ）、１．９９〜２．１１（ｍ，１７Ｈ）、１．９２（ｓ，９Ｈ）、１．７７（ｓ，９Ｈ）、１．４０〜１．５３（ｍ，２２Ｈ）、１．１９〜１．２５（ｍ，８Ｈ）。
Ｇ−１１の合成
Figure 0006970187
Ｇ−１０（５ｇ、２．４５ｍｍｏｌ、１．００当量）のメタノール／酢酸エチル（１００ｍＬ、ｖ／ｖ＝１：１）溶液に、１０％パラジウム炭素（１．５ｇ、１０％）を加えた。フラスコを排気し、水素で５回フラッシュした。混合物を、室温にて水素雰囲気下で２時間撹拌した。固形物を濾別した。得られた混合物を、真空下で濃縮した。これにより、４ｇ（８２％）のＧ−１１を白色固体として得た。
ＧａｌＮＡｃ−６の合成
Figure 0006970187
Ｇ−１１（６．３ｇ、３．１８ｍｍｏｌ、１．００当量）のＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（６３ｍＬ）溶液に、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（１．０ｇ、７．９５ｍｍｏｌ、２．５０当量）を加えた。この後、０℃で撹拌しながら、２，２，２−トリフルオロアセテート（１．３３ｇ、４．７７ｍｍｏｌ、１．５０当量）を滴下して加えた。得られた溶液を、２５℃で３時間撹拌した。得られた混合物を、真空下で濃縮した。粗生成物を、条件：Ｃ１８ゲルカラム、溶離液Ａ水、溶離液Ｂアセトニトリル；勾配：２０％から１５分以内に最大８０％、３分間１００％維持；検出器、ＵＶ ２１０ｎｍのフラッシュにより精製した。これにより、５ｇ（７３％）のＧａｌＮＡｃ−６を白色固体として得た。ＭＳ ｍ／ｚ［Ｍ／２＋Ｈ］＋（ＥＳＩ）：１０７３；Ｈ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ、３００ＭＨｚ，ｐｐｍ）：７．７１〜７．８０（ｍ，９Ｈ）、６．９８（ｓ，１Ｈ）、５．２２（ｄ，Ｊ＝３．３Ｈｚ，３Ｈ）、４．９９（ｄｄ，Ｊ＝１１．１Ｈｚ，３．３Ｈｚ，３Ｈ）、４．５０（ｄ，Ｊ＝８．４Ｈｚ，３Ｈ）、４．０２（ｓ，９Ｈ）、３．８２〜３．９２（ｍ，３Ｈ）、３．６９〜３．７４（ｍ，３Ｈ）、３．５２〜３．５６（ｍ，１２Ｈ）、３．３９〜３．４４（ｍ，３Ｈ）、３．０３（ｓ，１２Ｈ）、２．７５〜２．７９（ｍ，２Ｈ）、２．２８（ｔ，Ｊ＝６．３Ｈｚ，６Ｈ）、２．００〜２．１０（ｍ，２６Ｈ）、１．８９（ｓ，９Ｈ）、１．７７（ｓ，９Ｈ）、１．６４〜１．６８（ｍ，２Ｈ）、１．２５〜１．５３（ｍ，２８Ｈ）；Ｆ−ＮＭＲ（ＤＭＳＯ，１６２ＭＨｚ，ｐｐｍ）：−１５３．６０、−１５３．６７、−１５３．６８、−１５３．６９、−１５８．０５、−１５８．１４、−１５８．２２、−１６２．５３、−１６２．６０、−１６２．６２、−１６２．６９、−１６２．７０。
ＧａｌＮＡｃ結合
次の修飾を有する５’ＧａｌＮＡｃ結合オリゴマー、すなわち、２’−Ｆ−ＮＰＳ−ＰＳ−２’−Ｆ−ＮＰＳ；２’−Ｆ−ＮＰ−ＰＳ−２’−Ｆ−ＮＰ；２’−ＯＭｅ−ＮＰ−ＰＳ−２’−ＯＭｅ−ＮＰ；２’−ＯＭｅ−ＮＰＳ−ＤＮＡ−ＰＳ−２’−ＯＭｅ−ＮＰＳ、２’−ＯＥｔ−ＮＰＳ−ＤＮＡ−ＰＳ−２’−ＯＥｔ−ＮＰＳ及び２’−ＭＯＥ−ＮＰＳ−ＤＮＡ−ＰＳ−２’−ＭＯＥ−ＮＰＳの作製には、１０〜２００μＭのスケールで、５’から３’方向に、無水ＣＨ３ＣＮ中で０．１Ｍの濃度に希釈した５’−ホスホロアミダートモノマーを、５−（ベンジルチオ）−１Ｈ−テトラゾール活性剤の存在下で用いて（カップリング時間２．０〜４．０分）、ＧａｌＮａｃ ２−ＣＰＧの合成を行った。変更したプロトコールでのカップリングサイクルに続いて、標準的なキャッピング、酸化、及び脱保護によって修飾オリゴヌクレオチドが得られた。段階的なカップリング効率は、９８％超であった。ＤＤＴＴ（ジメチルアミノ−メチリデン）アミノ）−３Ｈ−１，２，４−ジチアゾリン−３−チオンを、オリゴリボヌクレオチドホスホロチオエートの合成のためのイオウ移動剤として使用した。ラージスケールの合成（Ａｋｔａ ＯＰ−１００）には、ルチジン：アセトニトリル（１：１）中、０．２Ｍフェニルアセチルジスルフィド（ＰＡＤＳ）を硫化剤として使用した。オリゴヌクレオチド担持固体担体を、振盪器内でアンモニア／メチルアミン（１：１）溶液を用いて室温で３時間加熱して、担体から切断し、塩基不安定な保護基を脱保護した。
Figure 0006970187
３’−Ｃ６ＮＨ２−ＮＰＳ−ＰＳ−ＮＰＳ−（前駆体）合成
次の修飾を有する３’ＧａｌＮＡｃ結合オリゴマー、すなわち、２’−Ｆ−ＮＰＳ−ＰＳ−２’−Ｆ−ＮＰＳ；２’−Ｆ−ＮＰ−ＰＳ−２’−Ｆ−ＮＰ；２’−ＯＭｅ−ＮＰ−ＰＳ−２’−ＯＭｅ−ＮＰ；２’−ＯＭｅ−ＮＰＳ−ＤＮＡ−ＰＳ−２’−ＯＭｅ−ＮＰＳ、２’−ＯＥｔ−ＮＰＳ−ＤＮＡ−ＰＳ−２’−ＯＥｔ−ＮＰＳ及び２’−ＭＯＥ−ＮＰＳ−ＤＮＡ−ＰＳ−２’−ＭＯＥ−ＮＰＳの作製には、ユニバーサル担体（充填６５μｍｏｌ／ｇ）を使用して、ＡＳＯを１０μｍｏｌのスケールで合成した。合成手順は、上記と同じである。３’末端にＣ６−ＮＨ２リンカーを導入するため、０．１Ｍアセトニトリル中、６−（４−モノメトキシトリチルアミノ）ヘキシル−（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダートを、カップリング時間１０分で使用した。オリゴヌクレオチド担持固体担体を、振盪器内でアンモニア／メチルアミン（１：１）溶液を用いて室温で３時間加熱して、担体から切断し、塩基不安定な保護基を脱保護した。ＩＥＸ精製及び脱塩後、Ｃ６−ＮＨ２修飾ＡＳＯを用いて、合成後結合を行うことができる。
Figure 0006970187
３’−ＧａｌＮＡｃ ＮＰＳ−ＰＳ−ＮＰＳ−ＡＳＯ合成（合成後結合）
３’−Ｃ６−ＮＨ２修飾ＡＳＯを、０．２Ｍ重炭酸ナトリウム緩衝液、ｐＨ８．５（０．０１５ｍＭ）に溶解し、ＤＭＳＯに溶解した５〜７モル当量のＧａｌＮＡｃ−６エステルを加えた。反応混合物を室温で４時間撹拌した。試料を分析して、未反応のアミノ修飾ＡＳＯが存在するかどうかを確認した。これに、アンモニア水溶液（２８重量％）を加え（５×反応体積）、室温で２〜３時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮し、残留物を水に溶解し、強陰イオン交換カラムでＨＰＬＣにより精製した。
Figure 0006970187
３’−ＧａｌＮＡｃ６結合
Figure 0006970187
粗オリゴマーの定量又は原分析
試料を脱イオン水（１．０ｍＬ）に溶解し、以下のように定量した。最初に水のみ（１．０ｍＬ）を用いてブランクを実施し、２０μＬの試料と９８０μＬの水をマイクロチューブ内で十分に混合し、キュベットに移し、２６０ｎｍの吸光度を得た。粗材料を乾燥させ、−２０℃で保管する。
粗ＨＰＬＣ／ＬＣ−ＭＳ分析
粗試料の０．１ＯＤを、粗ＭＳ分析に供した。粗ＬＣ−ＭＳデータを確認した後、精製工程を行った。
ＨＰＬＣ精製
ＧａｌＮＡｃ結合を含む及び含まないホスホロアミダート（ＮＰ）及びチオホスホロアミダート（ＮＰＳ）修飾オリゴヌクレオチドを、陰イオン交換ＨＰＬＣによって精製した。緩衝液は、１０％ ＣＨ３ＣＮ中２０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ８．５（緩衝液Ａ）及び１０％ ＣＨ３ＣＮ、１．８Ｍ ＮａＢｒ中２０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ８．５（緩衝液Ｂ）とした。完全長オリゴヌクレオチドを含有する画分をプールし、脱塩し、凍結乾燥した。
精製オリゴマーの脱塩
次いで、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ−２５ Ｍ（Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、精製した乾燥オリゴマーを脱塩した。カートリッジを、１０ｍＬの脱イオン水で３回コンディショニングした。最後に、２．５ｍＬのＲＮＡｓｅを含まない水に完全に溶解した精製オリゴマーをカートリッジにアプライし、極めて低速で一滴ずつ溶出した。３．５ｍＬの脱イオン水を用いて、塩を含まないオリゴマーを直接スクリューキャップバイアルに溶出した。
ＩＥＸ ＨＰＬＣ及びエレクトロスプレーＬＣ／ＭＳ分析
約０．１０ＯＤのオリゴマーを水に溶解した後、ＩＥＸ−ＨＰＬＣ及びＬＣ／ＭＳ分析の専用バイアルにピペットで移す。分析的ＨＰＬＣ及びＥＳ ＬＣ−ＭＳにより、オリゴヌクレオチドの完全性が証明された。純度及び分子量は、ＨＰＬＣ分析（６０℃、ＩＥＸ−Ｔｈｅｒｍｏ ＤＮＡＰａｃ ＰＡ−１００、Ａ−２５ｍＭリン酸ナトリウム１０％アセトニトリルｐＨ１１、Ｂ−１．８Ｍ ＮａＢｒ ２５ｍＭリン酸ナトリウム１０％アセトニトリルｐＨ１１；ＲＰＩＰ−Ｗａｔｅｒｓ ＸＢｒｉｄｇｅ ＯＳＴ Ｃ１８、Ａ−１００ｍＭ ＨＦＩＰ ７ｍＭ ＴＥＡ Ｂ−７：３メタノール／アセトニトリル）及びＸｃａｌｉｂｕｒ用Ｐｒｏｍａｓｓ Ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｉｏｎ（Ｎｏｖａｔｉａ，Ｎｅｗｔｏｗｎ，ＰＡ）を用いるＥＳＩ−ＭＳ分析により測定した。以下の表中の全てのオリゴヌクレオチドを合成したが、表中の分子量の表記は、ＭＷ、ａｍｕ＋／−２の誤差を有し得る実際に測定された分子量である。
結合したオリゴヌクレオチドの安定性試験
実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドは、同じ配列の未修飾オリゴヌクレオチドと比較して、標的核酸配列に対する親和性の上昇を呈する。例えば、いくつかの配列において、開示されるオリゴヌクレオチドは、同じ配列の未修飾オリゴヌクレオチドよりも高い親和性で標的核酸配列に相補的つまりハイブリダイズする核酸塩基配列を有する。実施形態では、相補的標的核酸配列と複合体化した開示されるオリゴヌクレオチドは、＞３７℃の融解温度Ｔｍを有する。複合体は、生理的条件又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中などのほぼ生理的条件下で形成され得る。実施形態では、複合体のＴｍは＞５０℃である。実施形態では、複合体のＴｍは５０〜１００℃である。実施形態では、生理的条件又はほぼ生理的条件下で標的核酸配列と二本鎖形成した開示されるオリゴヌクレオチドのＴｍは、＞５０℃である。
特定の実施形態では、標的核酸配列は、ＨＢＶゲノムなどの既知のウイルスＤＮＡ又はＲＮＡ配列から選択してよい。
実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドは、ＨＢＶゲノム又はそのＲＮＡ相当物の以下の６つの配列のうち少なくとも１つに親和性を示し、及び／又は、ＨＢＶゲノム（表Ｅ）又はそのＲＮＡ相当物（表Ｆ）の以下の６つの配列のうち少なくとも１つに複合体化して安定性を示す。実施形態では、相補的ＨＢＶゲノムと複合体化したオリゴヌクレオチドは、＞３７℃の融解温度（Ｔｍ）を有する。ＨＢＶゲノムは、ＤＲ−１及び／又はＤＲ−２のＲＮＡ配列などのＲＮＡ配列であってもよい。複合体は、生理的条件又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中などのほぼ生理的条件下で形成され得る。実施形態では、複合体のＴｍは＞５０℃である。実施形態では、複合体のＴｍは５０〜１００℃である。実施形態では、生理的条件又はほぼ生理的条件下でＨＢＶのＲＮＡと二本鎖形成した開示されるオリゴヌクレオチドのＴｍは、＞５０℃である。
オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏ試験
２種類のＨＢＶ細胞株、ＨｅｐＧ２．２．１５（２２１５）及びＨｅｐＧ２．１１７（２１１７）を使用して、オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏ効力を評価した。ＨｅｐＧ２．２．１５細胞を使用して、組織培養上清（ｓｕｐ）中のＨＢｓＡｇの低下、並びに細胞毒性を測定した。ｓｕｐにおけるＨＢＶ ＤＮＡの低下、並びに細胞内画分は、ＨｅｐＧ２．１１７細胞において測定した。
ＨｅｐＧ２．２．１５細胞株は、４種類の組み込まれたＨＢＶゲノムを有する安定な細胞株である。１０％ ＦＣＳ、１００ＩＵ／ｍＬペニシリン、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン、及び２％グルタミンを加えたダルベッコ改変イーグル培地中で、３７℃、５％ ＣＯ２の雰囲気下で細胞を増殖させた。投与前日、２．５×１０４個の細胞／ウェルを、コラーゲンをコーティングした９６ウェルプレートに撒き、一晩インキュベートした。投与日に、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を製造業者のプロトコールに従って用い、段階的に希釈したオリゴマーを細胞にトランスフェクトした。各薬物濃度について２回実験を行い、ＥＣ５０測定及びＣＣ５０測定の両方について各オリゴを設定した。トランスフェクションの３日後、上清（ｓｕｐ）を回収し、ＥＣ５０を計算するため、ＨＢｓＡｇ ＥＬＩＳＡ（ＡｕｔｏＢｉｏ，Ｃｈｉｎａ）で使用した。ＣＣ５０測定には、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を製造業者の指示に従ってアッセイで使用した。
ＨｅｐＧ２．１１７は、ＴｅｔＯＦＦの制御下（テトラサイクリン又はそのホモログであるドキシサイクリン非存在下での転写の誘導）で、組み込まれた１．０５コピーのＨＢＶゲノム（ａｙｗサブタイプ）を保有している安定な肝癌細胞株である。１０％ ＦＣＳ、１００ＩＵ／ｍＬペニシリン、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン、２％グルタミン、２５０μｇ／ｍＬ Ｇ４１８、及び２μｇ／ｍＬテトラサイクリンを加えたＤＭＥＭ／Ｆ１２培地中で、３７℃、５％ ＣＯ２の雰囲気下で細胞を増殖させた。投与前日、テトラサイクリンを含む細胞培地を除去し、細胞を洗浄して残留するテトラサイクリンを除き、処理培地（２％のＴｅｔシステムが認めるＦＢＳ １００ＩＵ／ｍＬペニシリン、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン、及び２％グルタミンを含有するＤＭＥＭ／Ｆ１２）と共に、２．５×１０４個の細胞／ウェルでコラーゲンをコーティングした９６ウェルプレートに播いた。次に、細胞を一晩インキュベートした。実験日に、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を製造業者のプロトコールに従って用い、段階的に希釈したオリゴマーを細胞にトランスフェクトした。各薬物濃度について２回実験を行い、ＥＣ５０測定及びＣＣ５０測定の両方について各オリゴを設定した。トランスフェクションの４日後、ＨＢＶ ＤＮＡ ｑＰＣＲにおいて直接使用するため、ｓｕｐを回収した。細胞由来のＨＢＶ ＤＮＡを、ＭａｇＭＡＸ（商標）Ｔｏｔａｌ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で単離した後、テンプレートとしてｑＰＣＲに適用した。ＨＢＶサブタイプであるａｙｗのＤＮＡ（受入番号Ｖ０１４６０）配列を使用して、フォワードプライマー（５’−ＴＴＧ ＣＣＴ ＴＣＴ ＧＡＣ ＴＴＣ ＴＴＴ ＣＣＴ ＴＣＴ−３’）、リバースプライマー（５’−ＴＧＣ ＣＴＧ ＡＧＴ ＧＣＴ ＧＴＡ ＴＧＧ ＴＧＡ Ｇ−３’）、及び５’をＦＡＭ（６−カルボキシフルオレスセイン）で、かつ３’をＴＡＭＲＡ（６−カルボキシテトラメチルローダミン）でラベルした蛍光を発するＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ（５’−ＴＣＧ ＧＧＡ ＡＧＣ ＣＴＴ ＡＧＡ ＧＴＣ ＴＣＣ ＴＧＡ−３’）を設計した（Ｐｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ，Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）。これらのプライマー及びプローブを使用して、ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を用いる定量的リアルタイムＰＣＲを行った。この反応の条件は次のとおりとした。１サイクル、９５℃１０分間で加熱開始、続いて変性５０サイクル（９５℃１５秒間）及びアニーリング／重合（５９℃１分間）。
初代ヒト肝細胞における感染性ＨＢＶ系
凍結保存した初代ヒト肝細胞（ＰＨＨ）を解凍し、２００，０００細胞／ウェルで２４ウェルプレートに播種した。細胞を、３７℃、５％ ＣＯ２で一晩回復させた。細胞を、ｍｏｉ ５０〜１００のＨＢＶで一晩（３７℃／５％ ＣＯ２）感染させた。一晩感染させた後、ウイルス接種材料を除去し、細胞を予熱した洗浄培地で３回洗浄する。次いで、新鮮なＰＨＨ培養培地を再補充する。培地は、４５０μＬの新鮮培地と交換する。５０μＬのトランスフェクト混合物を加える。オリゴマーをＯｐｔｉ−ＭＥＭ Ｉ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カタログ＃：３１９８５−０７０）で２０×の最終濃度まで希釈し、等量のＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ＃：１３７７８−１５０）と混合し、３回ピペッティングして、室温で１０〜２０分間インキュベートする。５０μＬのオリゴ：ＲＮＡｉＭＡＸ混合物をウェルに入れ、手を使って数回プレートをタップする。プレートをインキュベーターに戻す。アッセイ日に、ＨＢｓＡｇ及びＨＢｅＡｇ ＥＬＩＳＡのために上清を、細胞生存性のための細胞を回収する。ＨＢｓＡｇ ＥＬＩＳＡは、上記の項に記載した。ＨＢｅＡｇには、Ａｕｔｏｂｉｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓの方法（ＣＬ０３１２−２）を使用した。
オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｖｏ試験
ＡＡＶ／ＨＢＶは、複製可能なＨＢＶゲノムを保有する組換えＡＡＶである。遺伝子型８のＡＡＶの肝臓指向性が高い特徴を活かして、マウス肝細胞にＨＢＶゲノムを効率的に送達することができる。免疫担当マウスをＡＡＶ／ＨＢＶで感染させると、長期間のＨＢＶウイルス血症が生じる場合があり、患者における慢性ＨＢＶ感染症を再現する。ＡＡＶ／ＨＢＶモデルを使用して、様々な種類の抗ＨＢＶ薬のｉｎ ｖｉｖｏ活性を評価することができる。マウスを、試験の−２８日目にＡＡＶ−ＨＢＶに感染させた。０、２及び４日目に３回、試験物質又は陰性対照（ＰＢＳ）を、指定した用量で皮下投与（別段の指定がない限り）した。又は、０日目に指定の用量で単回投与として注入してもよい。ＨＢＶ ＤＮＡ（ＨＢＶ抗原ではない）に対する陽性対照であるエンテカビル（ＥＴＶ）を、毎日経口投与した。血清ＨＢＶ Ｓ抗原（ＨＢｓＡｇ）及びＥ抗原（ＨＢｅＡｇ）をＥＬＩＳＡによって、ＨＢＶ ＤＮＡをリアルタイムＰＣＲによって評価した。ＥＬＩＳＡ法及びｑＰＣＲ法は、上記のｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの項に記載されている。
以下の記載は、表１〜４３のデータがどのように得られたかを説明するものである。ｉｎ ｖｉｔｒｏでのＨＢｓＡｇ細胞株ＥＣ５０及びＣＣ５０データの全てについて、ＨｅｐＧ２．２．１５での方法を使用し、したがって、データが示されている列又は行には「２２１５」と示した。ｉｎ ｖｉｔｒｏでのＨＢＶ ＤＮＡ細胞株ＥＣ５０及びＣＣ５０データの全てについて、ＨｅｐＧ２．１１７での方法を使用し、したがって、データが示されている列又は行には「２１１７」と示した。ＨＢＶ／ＰＨＨ感染系で試験したｉｎ ｖｉｔｒｏでのＨＢｓＡｇ、並びにＨＢｅＡｇのＥＣ５０データの全てについて、ＰＨＨ法を使用し、したがって、データが示されている列又は行には「ＰＨＨ」と示した。ｉｎ ｖｉｖｏでのＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルの結果については、上記のｉｎ ｖｉｖｏの項の方法を適用した。ＨＢｓＡｇ（又はＨＢｅＡｇ）の最大減少度は、ｎａｄｉｒ（単位Ｌｏｇ減少度）として記載され、データが示されている列又は行にはｎａｄｉｒと示した。２種類のＡＳＯは、多くの場合、それらのｎａｄｉｒについて比較した。ｎａｄｉｒ以外の値が比較された場合、本文中に示される。
治療方法
ＨＢＶ感染症に罹患している成人に、本開示の治療有効化合物、例えば、表１〜４３から選択される化合物を静脈内投与する。ＨＢＶの１つ以上の症状が寛解するまで、又は、例えば、血清ＨＢＶ Ｓ抗原（ＨＢｓＡｇ）及び／又はＥ抗原（ＨＢｅＡｇ）レベルが減少するまで、治療を継続する。
ＨＢＶ感染症に罹患している成人に、本開示の治療有効化合物、例えば、表１〜４３から選択される化合物を皮下投与する。ＨＢＶの１つ以上の症状が寛解するまで、又は、例えば、血清ＨＢＶ Ｓ抗原（ＨＢｓＡｇ）及び／又はＥ抗原（ＨＢｅＡｇ）レベルが減少するまで、治療を継続する。
以下の表において、Ａ〜Ｊは以下に対応する。
Ａ）０．０５〜１０ｎＭ；
Ｂ）１０〜１００ｎＭ；
Ｃ）１００ｎＭ超；
Ｄ）０．１〜５．０ｎＭ；
Ｅ）５．１〜１０．０ｎＭ；
Ｆ）１０．１〜２１ｎＭ；
Ｇ）２０〜１００
Ｈ）１０〜１０００
Ｉ）＞１，０００
Ｊ）＞１０，０００。
Figure 0006970187
 ＊３×３０ｍｇ／ｋｇ ＳＣ後のＬｏｇ減少
図１Ａ〜Ｃは、本開示の化合物の、ＡＡＶ／ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ２週間試験の結果を示す。ＡＡＶ／ＨＢＶは、複製可能なＨＢＶゲノムを保有する組換えアデノ関連ウイルス（ＡＡＶ）である。遺伝子型８のＡＡＶの肝臓指向性が高い特徴を活かして、マウス肝細胞にＨＢＶゲノムを効率的に送達することができる。免疫担当マウスをＡＡＶ／ＨＢＶで感染させると、長期間のＨＢＶウイルス血症が生じる場合があり、患者における慢性ＨＢＶ感染症を再現する。ＡＡＶ／ＨＢＶモデルを使用して、様々な種類の抗ＨＢＶ薬のｉｎ ｖｉｖｏ活性を評価することができる。マウスを、試験の−２８日目にＡＡＶ−ＨＢＶに感染させた。０、２及び４日目に３回、試験物質又は陰性対照（ＰＢＳ）を、指定した用量で皮下投与（別段の指定がない限り）した。陽性対照であるエンテカビル（ＥＴＶ、ＨＢＶ ＤＮＡに対してであってＨＢＶ抗原ではない）を、毎日経口投与した。合うに示される日に、連続的に採血を行った。血清ＨＢＶ Ｓ抗原（ＨＢｓＡｇ）及びＥ抗原（ＨＢｅＡｇ）をＥＬＩＳＡによって、ＨＢＶ ＤＮＡをリアルタイムＰＣＲによって評価した。図１では、３種類の試験物質＃１０１、＃１０２（＃１０１の３’コレステロール結合形）及び＃１０３（＃１０１の３’ＧａｌＮＡｃ結合形）をＥＴＶと共に試験した。
図１Ａは、血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。ＥＴＶはＨＢＶ ＤＮＡを低下させることが知られているが、ＨＢｓＡｇ又はＨＢｅＡｇのいずれにも影響を及ぼさない。ＧａｌＮＡｃ結合＃１０１は、ＨＢｓＡｇを〜２ｌｏｇ減少させ、一方、未結合の＃１０１及びコレステロール結合＃１０２で効果はほとんどなかった。
図１Ｂは、血清ＨＢｅＡｇ濃度を示し、図１Ｃは、血清ＤＮＡ濃度を示す。ＨＢｅＡｇに対するこれら３種類のオリゴマーのパターンは、ＨＢｓＡｇと非常に類似していた。＃１０３におけるＨＢｅＡｇの最大減少度は〜０．７ｌｏｇであった。
図１Ｃは、血清ＤＮＡ濃度を示す。３種類のオリゴマーは全て、マウス血清中のＨＢＶ ＤＮＡを低下させ、ＧａｌＮＡｃ結合＃１０３は最も効果が高い化合物であった（１４日目の最大ＨＢＶ ＤＮＡ減少度は、０日目のベースラインと比較して〜３ｌｏｇであった）。陽性対照であるＥＴＶもまた、ＨＢＶ ＤＮＡにおける最大３ｌｏｇの低下を示した。
図２Ａ〜Ｂは、ｉｎ ｖｉｖｏマウスモデルにおいてＳＣ及びＩＶ投与した際の本開示のＧａｌＮＡｃ結合化合物についての血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。図２Ａは、ＩＶ投与の結果を示し、図２Ｂは、ＳＣ投与の結果を示す。ＳＣによる送達は、同じ用量のＩＶ送達よりもわずかに高い程度のＨＢｓＡｇを示した。
Figure 0006970187
 ＊３×３０ｍｇ／ｋｇ ＳＣ後のＬｏｇ減少
図３は、ｉｎ ｖｉｖｏ ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおける皮下送達による、本開示のＧａｌＮＡｃ結合化合物（＃１０６、＃１０９、＃１６２及び＃１５９）のＨＢｓＡｇ減少レベルを示す。これらのＡＳＯの最大ＨＢｓＡｇ減少は、同様に〜１Ｌｏｇであった。
Figure 0006970187
 ＊３×３０ｍｇ／ｋｇ ＳＣ後のＬｏｇ減少
Figure 0006970187
Figure 0006970187
Figure 0006970187
Figure 0006970187
 ＊３×３０ｍｇ／ｋｇ ＳＣ後のＬｏｇ減少
図３は、ｉｎ ｖｉｖｏ ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおける皮下送達による、本開示のＧａｌＮＡｃ結合化合物（＃１０６、＃１０９、＃１６２及び＃１５９）のＨＢｓＡｇ減少レベルを示す。これらのＡＳＯの最大ＨＢｓＡｇ減少は、同様に〜１Ｌｏｇであった。
図４Ａ〜Ｃは、本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。ＳＣ送達の場合、＃１０３、＃１６４及び＃１６５は、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおいてＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡの有意な低下を示した。＃１０３はまた、２種類の異なる用量で投与した際の用量反応も示した。図４Ａは、血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。図４Ｂは、血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。図４Ｃは、ＨＢＶ ＤＮＡ濃度を示す。
図４Ａ〜Ｃは、本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。図４Ａは、血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。図４Ｂは、血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。図４Ｃは、ＨＢＶ ＤＮＡ濃度を示す。
図５Ａ〜Ｃは、本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。＃１６０、＃１６１、＃１６３、＃１６６、＃２１３及び＃１７６は、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおいて、ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡを有意に減少させた。図５Ａは、血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。図５Ｂは、血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。図５Ｃは、ＨＢＶ ＤＮＡ濃度を示す。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
Figure 0006970187
Figure 0006970187
 ＊３×３０ｍｇ／ｋｇ ＳＣ後のＬｏｇ減少
図６Ａ〜Ｃは、本開示の化合物について、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡデータを示す。＃２０４、＃２０５、＃２０６、＃２０７、＃２０８及び＃２１２は、ＡＡＶ−ＨＢＶマウスモデルにおいて、ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ及び血清ＨＢＶ ＤＮＡを有意に減少させた。図５６は、血清ＨＢｓＡｇ濃度を示す。図６Ｂは、血清ＨＢｅＡｇ濃度を示す。図６Ｃは、ＨＢＶ ＤＮＡ濃度を示す。
Figure 0006970187
 ＊３×３０ｍｇ／ｋｇ ＳＣ後のＬｏｇ減少
Figure 0006970187
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Figure 0006970187
Figure 0006970187
Figure 0006970187
１つ目が２’−ＭＯＥ ＰＳ修飾を含み、他方が２’−ＭＯＥ ＮＰＳを含む２種類のオリゴヌクレオチドを、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏで試験した。以下の表２４〜２６に、試験の結果を要約する。
Figure 0006970187
 ＊配列２６０及び２６１も試験し、同様の結果を得た。
図９（ａ）は、０、２、４日目に３×１０ｍｇ／ｋｇで試験したＨＢＶマウスモデルにおける、オリゴマー１及び２のＨＢｓＡｇの結果を示す。図９（ｂ）は、ＨＢｅＡｇの結果を示す。
Figure 0006970187
 ＊５’−ＧａｌＮａｃ２−ｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＣｎｐｓｍｏｅＡｎｐｓｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＡｎｐｓＧｐｓＧｐｓＴｐｓＧｐｓＡｐｓＡｐｓＧｐｓ（５ｍ）ＣｐｓＧｐｓＡｐｓｍｏｅＡｎｐｓｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＵｎｐｓｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＣｎ−３’
及び５’−ＧａｌＮａｃ−ｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＣｎｐｓｍｏｅＡｎｐｓｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＡｎｐｓＧｐｓＧｐｓＴｐｓＧｐｓＡｐｓＡｐｓＧｐｓＣｐｓＧｐｓＡｐｓｍｏｅＡｎｐｓｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＵｎｐｓｍｏｅＧｎｐｓｍｏｅＣｎ−３’についても試験し、同様の結果が得られた。
Figure 0006970187
 ＊５’−ＧａｌＮＡｃ２−ｍＧｎｐｓｍＣｎｐｓｍＡｎｐｓｍＧｎｐｓｍＡｎｐｓＧｐｓＧｐｓＴｐｓＧｐｓＡｐｓＡｐｓＧｐｓ（５ｍ）ＣｐｓＧｐｓＡｐｓｍＡｎｐｓｍＧｎｐｓｍＵｎｐｓｍＧｎｐｓｍＣｎ−３’についても試験し、同様の結果が得られた。
上記から分かるように、ＭＯＥ ＮＰＳオリゴマーは、ｉｎ ｖｉｖｏでＭＯＥ ＰＳよりも活性が高く、ＯＭｅ ＮＰＳはＭＯＥ ＰＳオリゴマーと同様の活性であった。
１つ目がＯＥｔ ＮＰＳ置換を含み、２つ目がＭＯＥ ＮＰＳを含む２種類のオリゴヌクレオチドを、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏで試験した。以下の表２７に、試験の結果を要約する。
Figure 0006970187
上記から分かるように、ＭＯＥ ＮＰＳオリゴマーは、ＯＥｔ ＮＰＳオリゴマーと同様の活性を有していた。
１つ目はＭＯＥ ＰＳ置換を含み、２つ目はＭＯＥ ＮＰＳ置換を有し、３つ目はＯＭＥ ＰＳ置換を有し、４つ目はＯＭＥ ＮＰＳを有する４種類のオリゴヌクレオチドを、ｉｎ ｖｉｔｒｏで試験した。以下の表２８に、試験の結果を要約する。配列番号９（ＭＯＥ ＰＳ）と比較すると、配列番号１０（ＭＯＥ ＮＰＳ）は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて７倍力価が高い。配列番号１１（ＯＭＥ ＰＳ）と比較すると、配列番号１２（ＯＭＥ ＮＰＳ）は力価が６倍に近い。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
１つ目は５’ＧａｌＮＡｃ−２’−ＭＯＥ ＮＰＳ置換を含有し、２つ目は５’−ＧａｌＮＡｃ−６：ＭＯＥ ＰＳ置換を有する２種類のオリゴヌクレオチドを、ｉｎ ｖｉｖｏで試験した。図８と共に、以下の表２９に、試験の結果を要約する。最大ＨＢｓＡｇ減少（ｎａｄｉｒ）の改善を表２９に示す。ある特定の時点で、０．８ｌｏｇ（６×）の差ほど優位であり、ＭＯＥ ＰＳに対するＭＯＥ ＮＰＳの優位性は、４２日間の試験期間のほとんどにわたって維持された。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
１つ目は３’−ＧａｌＮＡｃ−２’−ＭＯＥ ＮＰＳ置換を含有し、２つ目は３’−ＧａｌＮＡｃ−２’−ＭＯＥ ＰＳ置換を有する２種類のオリゴヌクレオチドを、ｉｎ ｖｉｖｏで試験した。以下の表３０に、試験の結果を要約する。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
１つ目はＯＭＥ ＮＰＳ置換を含有し、２つ目はＯＭＥ ＰＳ置換を有する２種類のオリゴヌクレオチドを、ｉｎ ｖｉｖｏで試験した。図１０と共に、以下の表３１に、試験の結果を要約する。ＯＭＥ ＮＰＳは、ＯＭＥ ＰＳよりもｉｎ ｖｉｖｏではるかに力価が高い。
Figure 0006970187
ＨＢＶマウスモデルにおいて、以下の配列を試験した。結果を図１１に示す。図１１Ａでは、１×１０ｍｇ／ｋｇの用量で、３’ＧａｌＮａｃ ＭＯＥ ＮＰＳは、５’ＧａｌＮａｃ ＭＯＥ ＰＳよりも０．８ｌｏｇ（６倍）もの良好な有効性が維持され、優位性は２１日間の試験のほとんどにわたって維持された。５’ＧａｌＮａｃ ＭＯＥ ＮＰＳは、５’ＧａｌＮａｃ ＭＯＥ ＰＳよりも０．４ｌｏｇ（２．５倍）もの良好な有効性が維持され、優位性は２１日間の試験のほとんどにわたって維持された。図１１Ｂでは、３×３．３ｍｇ／ｋｇの用量で、３’ＧａｌＮａｃ ＭＯＥ ＮＰＳ及び５’ＧａｌＮａｃ ＭＯＥ ＮＰＳは同様に作用し、両者とも５’ＧａｌＮａｃ ＭＯＥ ＰＳよりも０．６ｌｏｇ（４倍）もの良好な有効性が維持され、優位性は２１日間の試験のほとんどにわたって維持された。
Figure 0006970187
ＨＢＶマウスモデルにおいて、以下の配列を試験した。結果は、１０ｍｇ／ｋｇの単回投与の投薬計画について図１１Ａに示し、０、２、４日目の３×３．３ｍｇ／ｋｇの投薬計画について図１１Ｂに示す。
Figure 0006970187
ＨＢＶマウスモデルにおいて、以下の配列を試験した。右列の値は、３×１０ｍｇ／ｋｇで０、２、４日目に投与された、ＨＢｓＡｇの最大ＬＯＧ減少を示す。
Figure 0006970187
ＨＢＶマウスモデルにおいて、以下の配列を試験した。右列の値は、３×１０ｍｇ／ｋｇで０、２、４日目に投与された、ＨＢｓＡｇの最大ＬＯＧ減少を示す。
Figure 0006970187
ＭＯＥ／ＮＰＳ及びＭＯＥ／ＰＳ置換を有する以下のオリゴマーを、（１）ＨｅｐＧ２．２．１５ ＨＢｓＡｇ減少力価比較、（２）ＨｅｐＧ２．１１７ ＨＢＶ ＤＮＡ減少力価比較、（３）初代ヒト肝細胞（ＰＨＨ）ＨＢｓＡｇ減少力価比較、（４）初代ヒト肝細胞（ＰＨＨ）ＨＢｅＡｇ減少力価比較を用いて試験した。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
図１２Ａに示されるように、１×１０ｍｇ／ｋｇにおいて、３’ＧａｌＮａｃへのＯＰＯ結合を有するＦ ＮＰＳは、特定の時点において、ＮＰＯ結合を有するＦ ＮＰＳよりも１．２ｌｏｇ（１６倍）高く、有意に優れていた。
Figure 0006970187
図１２Ｂに示されるように、１×１０ｍｇ／ｋｇにおいて、３’ＧａｌＮａｃへのＯＰＯ結合を有するＯＭＥ ＮＰＳは、特定の時点において、ＮＰＯ結合を有するＯＭＥ ＮＰＳよりも０．７ｌｏｇ（５倍）高く、有意に優れていた。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
図１２Ｃに示されるように、１×１０ｍｇ／ｋｇでは、ＯＥｔ ＮＰＳはＭＯＥ ＮＰＳと同様に有効である。
Figure 0006970187
Figure 0006970187
Figure 0006970187
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドはまた、表１〜４３に列挙される配列の修飾とは無関係に、表１〜４３に列挙される核酸塩基配列から選択されるオリゴヌクレオチドも含む。本開示のオリゴヌクレオチドはまた、表１〜４３に列挙される配列の修飾とは無関係に、表１〜４３に列挙される配列から選択される核酸塩基配列と少なくとも９０％同一である配列を含むオリゴヌクレオチドも含む。いくつかの実施形態では、表１〜４３に列挙される配列の修飾とは無関係に、表１〜４３に列挙される配列とは１、２、３、４、５個の核酸塩基が異なる。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドはまた、表１〜４３に列挙される配列の核酸塩基とは無関係に、表１〜４３に列挙されるヌクレオチド配列から選択されるオリゴヌクレオチドも含む。本開示のオリゴヌクレオチドはまた、表１〜４３に列挙される配列の核酸塩基とは無関係に、表１〜４３に列挙される配列から選択される核酸塩基配列と少なくとも９０％同一である配列を含むオリゴヌクレオチドも含む。いくつかの実施形態では、表１〜４３に列挙される配列の修飾とは無関係に、表１〜４３に列挙される配列とは１、２、３、４、５個の核酸塩基が異なる。

Claims (46)

  1. 式（Ｉ）の１つ以上のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであって、
    Figure 0006970187
     式中、
    ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、
    Ｂは核酸塩基であり、
    Ｒ１は、−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３であり、
    Ｒ’は、各場合において独立してＨ又はＦである、オリゴヌクレオチド。
  2. 前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが式（Ｉ）のヌクレオチドである、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  3. 前記オリゴヌクレオチドが２〜４０個のヌクレオチドを含む、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  4. 前記オリゴヌクレオチドが２〜２６個の式（Ｉ）のヌクレオチドを含む、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  5. 前記オリゴヌクレオチドが５〜１０個の式（Ｉ）のヌクレオチドを含む、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  6. 式（Ｉ）の少なくとも１つのヌクレオチドにおいて、Ｂが未修飾核酸塩基である、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  7. 式（Ｉ）の少なくとも１つのヌクレオチドにおいて、Ｂが修飾核酸塩基である、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  8. 式（Ｉ）の各ヌクレオチドにおいて、Ｂが未修飾核酸塩基である、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  9. 式（Ｉ）の各ヌクレオチドにおいて、Ｂが修飾核酸塩基である、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  10. 式（Ｉ）の少なくとも１つのヌクレオチドにおいて、各Ｒ’がＨである、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  11. 式（Ｉ）の各ヌクレオチドにおいて、各Ｒ’がＨである、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  12. 式（Ｉ）の少なくとも１つのヌクレオチドにおいて、Ｒ１が−（ＣＨ２）２ＯＣＨ３である、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  13. 式（Ｉ）の各ヌクレオチドにおいて、Ｒ１が−（ＣＨ２）２ＯＣＨ３である、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  14. 前記オリゴヌクレオチドが、１つ以上の式（ＩＩ）のヌクレオチドを更に含み、
    Figure 0006970187
     式中、
    ＹはＳ又はＯであり、
    ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、
    Ｂは核酸塩基であり、
    Ｒ２は、−ＣＲ’３、−ＣＲ’２ＯＣＲ’３、−（ＣＲ’２）３ＯＣＲ’３若しくは−（ＣＲ’２）１〜２ＣＲ’３であり、又は、Ｒ２は、−（ＣＲ’２）２ＯＣＲ’３であり、ＹはＯであり、
    Ｒ’は、各場合において独立してＨ又はＦである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  15. 前記オリゴヌクレオチドは、Ｒ２が−ＣＲ’３である、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドを含む、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  16. 前記オリゴヌクレオチドは、Ｒ２が−（ＣＲ’２）１〜２ＯＣＲ’３である、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドを含む、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  17. 前記オリゴヌクレオチドは、Ｒ２が−（ＣＲ’２）１〜２ＣＲ’３である、少なくとも１つの式（ＩＩ）のヌクレオチドを含む、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  18. 式（ＩＩ）の少なくとも１つのヌクレオチドにおいて、Ｂが修飾核酸塩基である、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  19. 式（ＩＩ）の少なくとも１つのヌクレオチドにおいて、ＹがＳである、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  20. 式（ＩＩ）の少なくとも１つのヌクレオチドにおいて、ＹがＯである、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  21. 式（ＩＩ）の各ヌクレオチドにおいて、ＹがＳである、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  22. 式（ＩＩ）の各ヌクレオチドにおいて、ＹがＯである、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  23. 前記オリゴヌクレオチドが、１つ以上の式（ＩＩＩａ）又は式（ＩＩＩｂ）のヌクレオチドを更に含み、
    Figure 0006970187
     式中、
    ＹはＳ又はＯであり、
    ＲはＨ又は正電荷対イオンであり、
    Ｂは核酸塩基である、請求項１〜２２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  24. 前記オリゴヌクレオチドが、１つ以上の式（Ｖ’）のヌクレオチドを更に含み、
    Figure 0006970187
     式中、
    ＹはＳ又はＯであり、
    ＲはＨ又は正に荷電された対イオンであり、
    Ｂは、各場合において独立して、天然つまり未修飾核酸塩基又は修飾核酸塩基であり、
    Ａは、−（ＣＲ’’Ｒ’’）１〜２−であり、
    Ｒ’’は、各場合において独立してＨ、Ｆ又はＭｅである、請求項１〜２３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  25. 前記オリゴヌクレオチドが、式（ＶＩ）の構成体中に配置され、
    ５’Ｘ−Ｙ−Ｚ３’ （ＶＩ）、
    式中、
    各Ｘ、Ｙ、及びＺは、２〜１０個のヌクレオチドを含むドメインであり、前記Ｘ及びＺドメインのうちの少なくとも１つは、少なくとも１つの式（Ｉ）のヌクレオチドを含み、前記Ｙドメインのヌクレオチドのそれぞれは、２’−デオキシヌクレオチドである、請求項１〜２４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  26. 前記オリゴヌクレオチドが１８〜２２個のヌクレオシドを含む、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  27. 前記Ｘ及びＺドメインがそれぞれ５〜１０個のヌクレオチドを含む、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  28. 前記Ｙドメインが５〜１０個のヌクレオチドを含む、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  29. 前記Ｘ及びＺドメインがそれぞれ５〜１０個のヌクレオチドを含み、前記Ｙドメインが５〜１０個のヌクレオチドを含む、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  30. 前記Ｘ及びＺドメインがそれぞれ５個のヌクレオチドを含み、前記Ｙドメインが１０個のヌクレオチドを含む、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  31. 前記Ｘ及びＺドメインの各ヌクレオチドが式（Ｉ）のヌクレオチドである、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  32. 前記Ｘドメインの少なくとも１つのヌクレオチド及び前記Ｚドメインの少なくとも１つのヌクレオチドが、それぞれ独立して、式（ＩＩ）のヌクレオチド、式（ＩＩＩａ）のヌクレオチド、及び式（ＩＩＩｂ）のヌクレオチドからなる群から選択される、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  33. 前記Ｘ及びＺドメインのうち少なくとも１つのヌクレオチドのそれぞれが同じヌクレオチドである、請求項３２に記載のオリゴヌクレオチド。
  34. 前記Ｙドメインの各ヌクレオチドがチオリン酸サブユニット間結合を介して連結されている、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  35. 前記オリゴヌクレオチドが一本鎖である、請求項１〜３４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  36. 前記オリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項３５に記載のオリゴヌクレオチド。
  37. 前記オリゴヌクレオチドがＨＢＶゲノムの配列に相補的である、請求項１〜３６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  38. 請求項１〜３７のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される賦形剤と、を含む、医薬組成物。
  39. 前記組成物が、静脈内又は経皮的送達に好適である、請求項３８に記載の医薬組成物。
  40. 細胞内のＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）遺伝子の発現を阻害するための、請求項３８または３９に記載の医薬組成物。
  41. 細胞内のＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）の複製を阻害するための、請求項３８または３９に記載の医薬組成物。
  42. Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を有する被検体を治療するための、請求項３８または３９に記載の医薬組成物。
  43. ＨＢＶゲノム配列と複合体化した前記オリゴヌクレオチドが、＞３７℃の融解温度（Ｔｍ）を有する、請求項１〜３７のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  44. 細胞内の標的ＲＮＡの発現を阻害するための、請求項３８または３９に記載の医薬組成物であって、前記キメラオリゴヌクレオチドが、前記標的ＲＮＡの一部に対して相補的であるまたはハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、前記医薬組成物。
  45. 細胞内のウイルスの複製を阻害するための、請求項３８または３９に記載の医薬組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、ウイルス標的ＲＮＡの一部に対して相補的であるまたはハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、前記医薬組成物。
  46. ウイルス感染を有する被検体を治療するための、請求項３８または３９に記載の医薬組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、ウイルス標的ＲＮＡの一部に対して相補的であるまたはハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、前記医薬組成物。
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