JP6926285B2 - 改善された補体活性化を示す操作された免疫グロブリンfcポリペプチド - Google Patents
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Description
(1.発明の分野)
本発明は、全般的には、タンパク質工学の分野に関する。より詳細には、本発明は、野生型Fc抗体ドメインと比べてC1qへの結合増加を付与するFc抗体ドメインを含む組成物に関係する。
現在、上位25種の市販の組換え治療抗体は、$435億/年をはるかに上回る売上高を有し、これは、2010年から2015年にかけて9.2%の予想年間成長率であり、2015年までに$627億/年まで増加する見通しである(Elvinら、2013年)。モノクローナル抗体(mAb)は、現在診療所にある組換えタンパク質の大部分を構成し、1064種の製品が、米国またはEUにおいて会社出資の臨床治験を受けており、そのうち164種が第III相にある(Elvinら、2013年)。治療上の焦点の観点から、mAb市場は、腫瘍学、関節炎ならびに免疫および炎症性障害に大きな焦点が置かれており、これらの治療分野内の製品は、予想期間にわたって重要な成長推進力であり続けることになる。遺伝子操作されたmAbはグループとしてみると一般に、小分子薬物よりも高い、FDA承認成功の確率を有する。少なくとも50社のバイオテクノロジー会社およびあらゆる主要な製薬会社で、抗体発見プログラムを積極的に実施している。mAbの単離および産生のための本来の方法は、最初にMilsteinおよびKohlerによって1975年に報告され(KohlerおよびMilstein、1975年)、これは、マウスハイブリドーマを生じるマウスリンパ球および骨髄腫細胞の融合が関与した。治療用マウスmAbは、1980年代初期に臨床研究に入った;しかし、患者がヒト抗マウス抗体(HAMA)を産生することによる、有効性の欠如および急速なクリアランスに伴う問題が明らかとなった。これらの課題と共に、本技術に関して時間と費用がかかることが、mAb産生技術の進化の推進力となった。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、免疫化した動物のリンパ球から直接のモノクローナル抗体遺伝子のクローニングおよび細菌における抗体断片のコンビナトリアルライブラリーの発現を容易にした(Orlandiら、1989年)。より最近のライブラリーは、再編成された相補性決定領域3(CDR3)を有するナイーブ遺伝子を使用して、完全にin vitroクローニング技法によって作製された(GriffthsおよびDuncan、1998年;Hoogenboomら、1998年)。結果として、所望の特異性を有する抗体断片の単離はもはや、対応する抗原の免疫原性に依存しない。さらに、合成コンビナトリアルライブラリーにおける抗原特異性の範囲は、免疫化されたマウスから作製されるハイブリドーマのパネルに見出されるものよりも大きかった。これらの利点は、小分子化合物(ハプテン)(HoogenboomおよびWinter、1992年)、分子複合体(Chamesら、2000年)、不安定な化合物(Kjaerら、1998年)および細胞表面タンパク質(Desaiら、1998年)を含む多数の特有の抗原に対する抗体断片の開発を容易にした。微生物細胞において、ディスプレイスクリーニングをフローサイトメトリーによって行うことができる。特に、繋留型ペリプラズム発現(APEx)は、E.coliの内膜の周辺面(periplasmic face)における抗体断片の繋留に続く、外膜の破壊、蛍光標識された標的とのインキュベーションおよびスフェロプラストの選別に基づく(米国特許第7,094,571号)。APExは、抗体断片の親和性成熟のために使用された(Harveyら、2004年;Harveyら、2006年)。一研究において、僅か2ラウンドのスクリーニングの後に、200倍を超える親和性改善が得られた。
抗体媒介性補体活性化およびCDCは、多数の治療抗体の機能において特に重要である(Rogersら、2014年)。したがって、補体活性化を増加させるための戦略は、多大な注目を集めてきた。例えば、IgG1およびIgG3を含むキメラIgG分子(Natsumeら、2008年)は、FcγR結合能に影響を与えることなく、増強されたC1q結合を呈し、CD20+リンパ腫細胞株に向かう増強されたCDC活性をもたらすことが報告された。Dall’Acquaら(2006年)は、ヒトIgG1のヒンジ領域におけるアミノ酸置換が、野生型IgGと比較して、僅かに減少したCDC活性およびより低いADCC活性をもたらしたことを報告した。別の研究では、IgG1 FcドメインにおけるK326W/E333S二重変異は、C1qへの結合の5倍増加およびCDCの2倍増加をもたらした(Idusogieら、2001年)。より最近では、Mooreら(2010年)が、IgG1 FcドメインにおけるS267E/H268F/S324T三重変異体が、C1qに対する47倍増強された親和性およびCDCにおける6.9倍増強されたEC50値を示したことを報告した。S267E/H268F/S324T三重変異体はまた、全てではないがいくつかのヒトFcγRに対しても親和性増加を示した(Mooreら、2010年)。最後に、Diebolderら(2014年)は、IgG六量体の形成に好都合なFcドメインにおける変異、最も注目すべきものとしてはE345R置換が、CD20+陽性Daudi細胞に向かう12倍増強されたCDC有効性を示したことを報告した。しかし、FcγR結合またはADCCにおける六量体形成の効果は、報告されていない。
E.coliは、ジスルフィド結合によるタンパク質のフォールディングに不適な還元性細胞質を保有し、タンパク質は、アンフォールドまたは不正確にフォールドされた状態で蓄積する(BaneyxおよびMujacic、2004年)。細胞質とは対照的に、E.coliのペリプラズム(periplasm)は、タンパク質ジスルフィド結合の形成を可能にする酸化状態で維持される。注目すべきことに、ペリプラズム発現は、Fv、scFv、FabまたはF(ab’)2等、抗体断片の発現に首尾よく用いられてきた(KipriyanovおよびLittle、1999年)。これらの断片は、抗原結合活性を保持しつつ、相対的に迅速に多量に作製することができる。しかし、抗体断片は、Fcドメインを欠くため、FcRn受容体に結合せず、迅速に除去される;よって、抗体断片は、治療タンパク質としてごく稀にしか適さない(Knightら、1995年)。最近まで、全長抗体は、不溶性凝集塊としてE.coli中で発現され、次いでin vitroでリフォールドさせることしかできなかった(Bossら、1984年;Cabillyら、1984年)。現在の技術では、数百万または数千万種の抗体を個々にリフォールドすることは不可能なため、明らかにこのアプローチは、抗体ライブラリーのハイスループットスクリーニングには受け入れられない。さらなる問題は、E.coli発現抗体は、グリコシル化されていないため、新生児Fc受容体(FcRn)を除いて、補体因子1q(Clq)またはFcおよび他のFcγ受容体に結合することができないことであり、この結合は、循環におけるIgG抗体の長期持続に決定的である。
本開示は、C1qに対する親和性増加および/またはC1qのみに対する選択性もしくはC1qと活性化Fc受容体への結合に対する選択性を呈するが、FcγRIIBには結合しない非グリコシル化(aglycosylated)抗体Fcドメインが関与する化合物および方法を提供する。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
ヒトC1qに結合することができる非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインを含むポリペプチドであって、前記Fcドメインが、(a)308、337、338、340、342、344、345および372;(b)320および386;(c)235、236、237および351;(d)246、322および402;(e)242、315、336、340、342、378および386;(f)334、351および421;(g)341および351;(h)252、341および351;(i)246、260、315および386;(j)246、252、322、344、345および372;(k)242、252、338、341および345;ならびに(l)334、402、338、342、344、345および372からなる群から選択されるアミノ酸置換を含み、前記Fcドメインにおける前記残基のナンバリングが、KabatにおけるEU指標のナンバリングであるポリペプチド。
(項目2)
ヒトC1qの結合に特異的な親和性を有する、項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
Fcγ受容体に検出可能に結合しない、項目1に記載のポリペプチド。
(項目4)
ヒトC1qおよび活性化Fc受容体の結合に特異的な親和性を有する、項目1に記載のポリペプチド。
(項目5)
FcγRIIbに検出可能に結合しない、項目4に記載のポリペプチド。
(項目6)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換K320EおよびQ386Rを含む、項目2に記載のポリペプチド。
(項目7)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc801(配列番号7)である、項目6に記載のポリペプチド。
(項目8)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換L235K、G236M、G237RおよびL351Qを含む、項目2に記載のポリペプチド。
(項目9)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc802(配列番号10)である、項目8に記載のポリペプチド。
(項目10)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換V308A、S337P、K338Q、K340R、Q342P、R344G、E345YおよびF372Lを含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目11)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc805(配列番号22)である、項目10に記載のポリペプチド。
(項目12)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換M252Vを含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目13)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V1(配列番号36)である、項目12に記載のポリペプチド。
(項目14)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換G431AおよびL351Qをさらに含む、項目12に記載のポリペプチド。
(項目15)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V18(配列番号41)である、項目14に記載のポリペプチド。
(項目16)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換K246N、K322E、R344G、E345YおよびF372Lをさらに含む、項目12に記載のポリペプチド。
(項目17)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V23(配列番号43)である、項目16に記載のポリペプチド。
(項目18)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換F242L、K338Q、G341AおよびE345Yをさらに含む、項目12に記載のポリペプチド。
(項目19)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V24(配列番号44)である、項目18に記載のポリペプチド。
(項目20)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換K246N、K322EおよびG402Dを含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目21)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V11(配列番号37)である、項目20に記載のポリペプチド。
(項目22)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換F242L、N315S、I336M、K340R、Q342D、A378TおよびQ386Rを含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目23)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V12(配列番号38)である、項目22に記載のポリペプチド。
(項目24)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換K334E、L351QおよびN421Dを含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目25)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V15(配列番号39)である、項目24に記載のポリペプチド。
(項目26)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換G341AおよびL351Qを含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目27)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V17(配列番号40)である、項目26に記載のポリペプチド。
(項目28)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換K246Q、T260A、N315SおよびQ386Rを含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目29)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V19(配列番号42)である、項目28に記載のポリペプチド。
(項目30)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、置換K334E、G402D、K338Q、Q342P、R334G、E345YおよびF372Lを含む、請求項4に記載のポリペプチド。
(項目31)
前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc−V26(配列番号45)である、項目30に記載のポリペプチド。
(項目32)
アミノ酸299におけるロイシン置換(T299L)をさらに含む、項目1〜31のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目33)
非Fc受容体(非FcR)結合ドメインをさらに含む、項目1〜31のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目34)
前記非FcR結合ドメインが、Ig可変ドメインである、項目33に記載のポリペプチド。
(項目35)
全長抗体としてさらに規定されている、項目34に記載のポリペプチド。
(項目36)
前記非FcR結合領域が、抗体の抗原結合部位ではない、項目33に記載のポリペプチド。
(項目37)
前記非FcR結合領域が、細胞表面タンパク質に結合する、項目33に記載のポリペプチド。
(項目38)
前記非FcR結合領域が、可溶性タンパク質に結合する、項目33に記載のポリペプチド。
(項目39)
項目1〜38に記載のポリペプチドのいずれかをコードする核酸。
(項目40)
DNAセグメントである、項目39に記載の核酸。
(項目41)
発現ベクターである、項目39に記載の核酸。
(項目42)
項目39〜41のいずれか一項に記載の核酸を含む宿主細胞。
(項目43)
前記核酸を発現する、項目42に記載の宿主細胞。
(項目44)
非グリコシル化ポリペプチドを調製するための方法であって、
a)項目43に記載の宿主細胞を得るステップと、
b)前記非グリコシル化ポリペプチドの発現を促進するための条件下で、培養において前記宿主細胞をインキュベートするステップと、
c)前記宿主細胞から、発現された前記ポリペプチドを精製するステップと
を含む方法。
(項目45)
前記宿主細胞が、真核細胞であり、前記ポリペプチドが、アミノ酸299にロイシン置換(T299L)を含む、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記宿主細胞が、原核細胞である、項目44に記載の方法。
(項目47)
薬学的に許容される担体中に、項目1〜38のいずれか一項に記載のポリペプチドまたは項目39〜41のいずれか一項に記載の核酸を含む医薬品製剤。
(項目48)
対象に抗体を与えるステップを含む、対象における免疫応答を誘導する方法であって、前記抗体が、非グリコシル化されており、かつ項目1に記載のFcドメインを含む、方法。
(項目49)
前記非グリコシル化抗体が、ヒトC1qに特異的に結合することができる、項目48に記載の方法。
(項目50)
前記非グリコシル化抗体が、ヒトC1qおよびヒト活性化Fc受容体に特異的に結合することができる、項目48に記載の方法。
(項目51)
前記非グリコシル化抗体が、グリコシル化された野生型バージョンの抗体の少なくとも50分の1のレベルで、FcγRIIbポリペプチドに特異的に結合することができる、項目50に記載の方法。
(項目52)
前記抗体が、非グリコシル化バージョンの治療抗体である、項目48に記載の方法。
(項目53)
腫瘍を有する対象を処置する方法であって、有効量の項目47に記載の製剤を前記対象に投与するステップを含む方法。
(項目54)
補体依存性細胞傷害を誘導する、項目53に記載の方法。
(項目55)
抗体依存性細胞傷害を誘導する、項目54に記載の方法。
(項目56)
抗体依存性細胞傷害を誘導しない、項目54に記載の方法。
(項目57)
前記腫瘍が、固形腫瘍である、項目53に記載の方法。
(項目58)
前記腫瘍が、血液学的腫瘍である、項目53に記載の方法。
(項目59)
前記対象が、ヒト患者である、項目53に記載の方法。
(項目60)
前記製剤が、腫瘍内に、静脈内に、皮内に、動脈内に、腹腔内に、病巣内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸膜内に、気管内に、眼球内に、鼻腔内に、硝子体内に、腟内に、直腸内に、筋肉内に、皮下に、結膜下、小胞内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内に、経口によって、吸入によって、注射によって、注入によって、持続注入によって、標的細胞を直接浸す局在化灌流によって、カテーテルにより、または洗浄により投与される、項目53に記載の方法。
(項目61)
少なくとも第2の抗がん療法を前記対象に投与するステップをさらに含む、項目53に記載の方法。
(項目62)
前記第2の抗がん療法が、外科療法、化学療法、放射線療法、寒冷療法、ホルモン療法、免疫療法またはサイトカイン療法である、項目61に記載の方法。
(項目63)
疾患の処置における使用のための、項目1〜38のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目64)
前記疾患が、標的細胞に対する補体依存性細胞傷害を誘導することによって処置される疾患である、項目63に記載のポリペプチド。
(項目65)
前記疾患が、がんである、項目64に記載のポリペプチド。
(項目66)
がん等の疾患の処置のための医薬の調製における、項目1〜38のいずれか一項に記載のポリペプチドの使用。
C1qへの改善された結合を呈する操作された抗体Fcドメインを有するポリペプチドが関与する方法および組成物が、本明細書に提供されている。かかるポリペプチドは、ネイティブFcドメイン(配列番号1)と比較して1個または複数の置換を含む、非グリコシル化Fcドメインを含むことができる。その上、一部のFcドメインは、C1qに、またはC1qおよびある特定のFc受容体に選択的に結合することができるが、他のFc受容体には結合しない。例えば、ポリペプチドは、C1qに選択的に結合するが、いかなるFcγRにも検出可能に結合しない非グリコシル化Fcドメインを含むことができる。C1qおよび活性化FcγRに選択的に結合するが、阻害性FcγRIIbには検出可能に結合しない非グリコシル化Fcドメインを含む、別のポリペプチドを提供することができる。C1qおよび活性化FcγRの一部または全てに選択的に結合するが、阻害性FcγRIIBには検出可能に結合しないグリコシル化されたFcドメインを含む、さらに別のポリペプチドを提供することができる。さらに、改変された非グリコシル化抗体を使用して、補体依存性細胞傷害(CDC)および抗体依存性細胞傷害(ADCC)を促進するための方法および組成物が提供される。
抗体が、認識した標的細胞を死滅させる重要な機構の1つは、補体系のタンパク質の動員および活性化によるものである。病原性細胞に対する免疫複合体は、抗体分子のFcドメインに結合する補体タンパク質C1qによって認識される。病原性細胞に結合された抗体のFcドメインおよびC1qの間の複合体は、補体膜侵襲複合体(MAC)により直接、または細胞表面に補体分子C3bを沈着させ、次いでこれが、病原性細胞に破壊の「合図を出す(flag)」ことにより細胞を死滅させる、生化学的反応のカスケードを活性化する。抗体が、補体活性化により病原性細胞を死滅させるプロセスは、補体依存性細胞傷害(CDC)と呼ばれる。
ある特定の実施形態では、ネイティブまたは野生型タンパク質と比べて改変されたタンパク質性分子を含む組成物が存在する。一部の実施形態では、このタンパク質性化合物は、アミノ酸残基が欠失されている;他の実施形態では、タンパク質性化合物のアミノ酸残基は、置き換えられている;一方、なおさらなる実施形態では、タンパク質性化合物におけるアミノ酸残基の欠失および置き換えの両方がなされている。さらに、タンパク質性化合物は、2個以上のポリペプチド実体を含むアミノ酸分子を含むことができる。本明細書において使用する場合、「タンパク質性分子」、「タンパク質性組成物」、「タンパク質性化合物」、「タンパク質性鎖」または「タンパク質性材料」は、約200アミノ酸を超えるタンパク質もしくは遺伝子から翻訳された全長内在性配列;100アミノ酸もしくはそれを超えるポリペプチド;および/または3〜100アミノ酸のペプチドを一般に指すが、これらに限定されない。上述のあらゆる「タンパク質性」用語は、本明細書において互換的に使用することができる;しかし、実施形態が、ポリペプチド等、特定の種類のタンパク質性化合物に限定され得ることが特に企図される。さらに、これらの用語は、融合タンパク質またはタンパク質コンジュゲートにも同様に適用することができる。タンパク質は、2個以上のポリペプチドを含むことができる。例えば、IgG抗体は、ジスルフィド結合により互いに繋がれた2本の重鎖ポリペプチドおよび2本の軽鎖ポリペプチドを有する。
一部の実施形態は、改変されたタンパク質およびポリペプチド、特に、無改変バージョンに匹敵する少なくとも1種の機能活性を示す改変されたタンパク質またはポリペプチドに関係し、さらに、改変されたタンパク質またはポリペプチドは、CDCを誘発すること、産生がより容易もしくはより安価であること、より少ない副作用を誘発すること、および/またはより優れたもしくはより長い有効性もしくはバイオアベイラビリティを有すること等、無改変バージョンを上回る追加的な利点を保有する。よって、本願が、「改変されたタンパク質」または「改変されたポリペプチド」の機能または活性について言う場合、当業者であれば、これが、例えば、1)無改変タンパク質またはポリペプチドと同じ活性のうち少なくとも1種を実行する、または同じ特異性のうち少なくとも1種を有するが、別の活性または特異性の異なるレベルを有することができ;2)無改変タンパク質またはポリペプチドを上回る追加的な利点を保有する、タンパク質またはポリペプチドを含むことを理解するであろう。活性の決定は、特に、タンパク質の活性に関する、当業者によく知られたアッセイを使用して達成することができ、比較目的で、例えば、改変または無改変タンパク質またはポリペプチドのいずれかのネイティブおよび/または組換えバージョンの使用を含むことができる。「改変されたタンパク質」に関係する実施形態を、「改変されたポリペプチド」に関して実行することができ、逆もまた同じであることが特に企図される。本明細書に記す改変されたタンパク質およびポリペプチドに加えて、実施形態は、特に参照により本明細書に組み込むPCT公開WO2008/137475に記載されているドメイン、ポリペプチドおよびタンパク質が関与することができる。
Fcドメインが単離されると、分子を少なくとも1種の作用物質に連結して、この分子の有用性を増強するためのコンジュゲートを形成することが望ましいことがある。例えば、診断または治療用作用物質としてのFcドメインまたは抗体分子の有効性を増加させるために、従来、少なくとも1種の所望の分子または部分を連結または共有結合または複合体形成させる。かかる分子または部分は、少なくとも1種のエフェクターまたはレポーター分子であってよいがこれらに限定されない。エフェクター分子は、所望の活性、例えば、細胞傷害活性を有する分子を含む。抗体に取り付けられたエフェクター分子の非限定例として、毒素、抗腫瘍剤、治療用酵素、放射標識ヌクレオチド、抗ウイルス剤、キレート剤、サイトカイン、増殖因子およびオリゴまたはポリヌクレオチドが挙げられる。対照的に、レポーター分子は、アッセイを使用して検出され得るいずれかの部分として規定される。抗体にコンジュゲートされたレポーター分子の非限定例として、酵素、放射標識、ハプテン、蛍光標識、リン光分子、化学発光分子、発色団、発光分子、光親和性分子、着色粒子またはビオチン等のリガンドが挙げられる。別のかかる例は、細胞傷害性または抗細胞剤に連結された抗体を含むコンジュゲートの形成であり、「免疫毒素」と命名することができる。かかる分子を標識するための技法は、当業者に公知であり、本明細書に上述されている。
K−B)、TNFRSF10C(TRAIL R3 DcR1、LIT、TRID)、TNFRSF10D(TRAIL R4 DcR2、TRUNDD)、TNFRSF11A(RANK ODF R、TRANCE R)、TNFRSF11B(OPG OCIF、TR1)、TNFRSF12(TWEAK R FN14)、TNFRSF13B(TACI)、TNFRSF13C(BAFF R)、TNFRSF14(HVEM ATAR、HveA、LIGHT R、TR2)、TNFRSF16(NGFR p75NTR)、TNFRSF17(BCMA)、TNFRSF18(GITR AITR)、TNFRSF19(TROY TAJ、TRADE)、TNFRSF19L(RELT)、TNFRSF1A(TNF RI CD120a、p55−60)、TNFRSF1B(TNF RII CD120b、p75−80)、TNFRSF26(TNFRH3)、TNFRSF3(LTbR TNF RIII、TNFC R)、TNFRSF4(OX40 ACT35、TXGP1 R)、TNFRSF5(CD40 p50)、TNFRSF6(Fas Apo−1、APT1、CD95)、TNFRSF6B(DcR3 M68、TR6)、TNFRSF7(CD27)、TNFRSF8(CD30)、TNFRSF9(4−1BB CD137、ILA)、TNFRSF21(DR6)、TNFRSF22(DcTRAIL R2 TNFRH2)、TNFRST23(DcTRAIL R1 TNFRH1)、TNFRSF25(DR3 Apo−3、LARD、TR−3、TRAMP、WSL−1)、TNFSF10(TRAIL Apo−2リガンド、TL2)、TNFSF11(TRANCE/RANKリガンドODF、OPGリガンド)、TNFSF12(TWEAK Apo−3リガンド、DR3リガンド)、TNFSF13(APRIL TALL2)、TNFSF13B(BAFF BLYS、TALL1、THANK、TNFSF20)、TNFSF14(LIGHT HVEMリガンド、LTg)、TNFSF15(TL1A/VEGI)、TNFSF18(GITRリガンドAITRリガンド、TL6)、TNFSF1A(TNF−aコネクチン(Conectin)、DIF、TNFSF2)、TNFSF1B(TNF−b LTa、TNFSF1)、TNFSF3(LTb TNFC、p33)、TNFSF4(OX40リガンドgp34、TXGP1)、TNFSF5(CD40リガンドCD154、gp39、HIGM1、IMD3、TRAP)、TNFSF6(FasリガンドApo−1リガンド、APT1リガンド)、TNFSF7(CD27リガンドCD70)、TNFSF8(CD30リガンドCD153)、TNFSF9(4−1BBリガンドCD137リガンド)、TP−1、t−PA、Tpo、TRAIL、TRAIL R、TRAIL−R1、TRAIL−R2、TRANCE、トランスフェリン(transferring)受容体、TRF、Trk、TROP−2、TSG、TSLP、腫瘍関連抗原CA125、腫瘍関連抗原発現ルイスY関連炭水化物、TWEAK、TXB2、Ung、uPAR、uPAR−1、ウロキナーゼ、VCAM、VCAM−1、VECAD、VE−カドヘリン、VE−カドヘリン−2、VEFGR−1(flt−1)、VEGF、VEGFR、VEGFR−3(fit−4)、VEGI、VIM、ウイルス抗原、VLA、VLA−1、VLA−4、VNRインテグリン、フォン・ヴィルブランド因子、WIF−1、WNT1、WNT2、WNT2B/13、WNT3、WNT3A、WNT4、WNT5A、WNT5B、WNT6、WNT7A、WNT7B、WNT8A、WNT8B、WNT9A、WNT9A、WNT9B、WNT10A、WNT10B、WNT11、WNT16、XCL1、XCL2、XCR1、XCR1、XEDAR、XIAP、XPD、ならびにホルモンおよび増殖因子の受容体。一部の実施形態では、ポリペプチドまたはタンパク質は、1種または複数の細胞表面腫瘍抗原に特異的な抗原結合ドメインを有する。方法および組成物は、CDCのための腫瘍細胞を標的にするために用いることができる。
多様な抗体Fcドメインおよび/またはかかるドメインを含む抗体の作製のための実施形態と併せて用いることができる技法の例は、米国特許第5,824,520号に記載されている免疫グロブリン重鎖ライブラリーの発現のための技法と同様の技法を用いることができる。以前に用いられたFcライブラリーは、特に参照により本明細書に組み込むPCT公開WO2008/137475に記されている。
種々の抗体結合ドメイン(例えば、FcRポリペプチド)は、本技術分野で公知であり、本発明の方法および組成物において使用することができる。例えば、一部の態様では、FcRは、IgA、IgM、IgEまたはIgG(例えば、IgG1、IgG2a、IgG2b、IgG3またはIgG4)等、Igの特定の型または亜型に特異性を有することができる。よって、一部の実施形態では、抗体結合ドメインは、IgG結合ドメインとして規定することができる。FcRポリペプチドは、真核生物、原核生物または合成FcRドメインを含むことができる。例えば、抗体Fc結合ドメインは、哺乳動物、細菌または合成結合ドメインとして規定することができる。本発明における使用のための一部のFc結合ドメインとして、表2のポリペプチドのうち1種由来の結合ドメインが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、Fc結合ポリペプチドは、FCGR2A、FCGR2B、FCGR2C、FCGR3A、FCGR3B、FCGR1A、Fcgr1、FCGR2、FCGR2、Fcgr2、Fcgr2、FCGR3、FCGR3、Fcgr3、FCGR3、Fcgr3、FCGRT、mrp4、spaまたはspg遺伝子によってコードされ得る。好ましくは、本発明に係る使用のためのFcRポリペプチドは、ヒトFcγRIa、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIc、FcγRIIIa、FcγRIIIb、FcαRIまたはC1q由来のFc結合領域であり得る。Fcドメインが結合する種々のFc受容体は、本技術分野で周知であり、受容体の一部の例を下表2に収載する。
ある特定の態様では、標的リガンド(例えば、Fc受容体等、抗体結合ポリペプチド)に特異的な親和性を有する抗体Fcドメインを識別するための方法が存在する。かかる方法は、本明細書、ならびにその全体を特に参照により本明細書に組み込むPCT公開WO2008/137475に記載されている。
一部の実施形態では、抗体Fcドメインを含むポリペプチドは、グラム陰性細菌の細胞膜周辺腔において発現させることができる。さらに、一部の態様では、抗体Fcドメインは、内膜の周辺面に繋留することができる。グラム陰性細菌の内膜にポリペプチドを繋留するための方法および組成物は、以前に記載されている(米国特許第7,094,571号、同第7,419,783号、同第7,611,866号および米国特許出願公開第2003/0219870号)。例えば、Fcドメインは、膜貫通もしくは膜結合ポリペプチドに直接融合することができる、または膜貫通もしくは膜結合ポリペプチドと相互作用することができる(例えば、タンパク質−タンパク質相互作用により)。かかる技法は、「繋留型ペリプラズム発現」または「APEx」と命名されてよい。場合によっては、グラム陰性細菌細胞は、E.coli細胞として規定することができる。さらに、一部の態様では、グラム陰性細菌細胞は、E.coliのJude−1株等、遺伝子操作された細菌細胞として規定することができる。
細菌の外膜を破壊、透過処理または除去するための方法は、本技術分野で周知であり、例えば、米国特許第7,094,571号を参照されたい。例えば、細菌細胞をFcRポリペプチドと接触させる前に、細菌細胞の外膜は、高浸透圧条件、物理的ストレス、リゾチーム、EDTA、消化酵素、外膜を破壊する化学物質、細菌をファージに感染させることにより、または前述の方法の組合せにより処理することができる。よって、場合によっては、外膜は、リゾチームおよびEDTA処理によって破壊することができる。さらに、ある特定の実施形態では、細菌外膜は、完全に除去することができる。
常な分子ふるい活性をまとめて迂回するようである(RaoおよびTorriani、1988年)。
上に示す通り、典型的には、1種または複数の検出可能な作用物質(単数または複数)で標識されたFcRポリペプチドを提供することが望まれ。これは、例えば、リガンドを少なくとも1種の検出可能な作用物質に連結して、コンジュゲートを形成することにより行うことができる。例えば、従来、少なくとも1種の検出可能な分子または部分を連結または共有結合または複合体形成させる。「標識」または「検出可能な標識」は、特異的な機能特性および/または化学的特徴により検出することができる化合物および/またはエレメントであり、その使用は、それが取り付けられるリガンドの検出および/または所望であればさらなる定量化を可能にする。使用することができる標識の例として、酵素、放射標識、ハプテン、蛍光標識、リン光分子、化学発光分子、発色団、発光分子、光親和性分子、着色粒子またはビオチン等のリガンドが挙げられるがこれらに限定されない。
1.カラムまたはビーズに基づく固定化
当業者であれば、そのFcRとの相互作用(結合)に基づき細胞を選択するための方法が、本技術分野で周知であることを理解するであろう。例えば、FcRを、カラムまたはビーズ(例えば、磁気ビーズ)に固定化し、FcRに結合する細菌細胞を、ビーズ(例えば、磁気分離)またはカラムの反復した洗浄によって分離することができる。さらに、一部の態様では、標的リガンドは、フルオロフォア、放射性同位元素または酵素等により標識することができる。よって、細菌細胞は、場合によっては、結合したFcRにおける標識を検出することにより選択することができる。さらに、一部の態様では、細菌細胞は、2種またはそれを超えるFcRポリペプチドへの結合または結合の欠如に基づき選択することができる。例えば、2種のFcRポリペプチドに結合する抗体を提示する細菌を選択することができ、この場合、各FcRは、細菌の選択に逐次使用される。逆に、ある特定の態様では、第2のFcR(例えば、第2の標識を含む)にではなく、1種のFcR(第1の標識を含むFcR等)に結合する抗体Fcドメインを表示する細菌を選択することができる。前述の方法を使用して、例えば、第2の特異的FcRではなく特異的FcRに結合する抗体Fcドメインを識別することができる。
本発明の一実施形態では、Fcドメインに結合された標識されたリガンドを含む細菌細胞の効率的な単離のために、蛍光標識細胞分取(FACS)スクリーニングまたは他の自動フローサイトメトリー技法を使用することができる。フローサイトメトリーを行うための機器は、当業者に公知であり、一般向けに市販されている。かかる機器の例として、Becton Dickinson(Foster City、CA)製のFACS Star Plus、FACScanおよびFACSort機器、Coulter Epics Division(Hialeah、FL)製のEpics C、ならびにCytomation(Colorado Springs、CO)製のMOFLO(商標)が挙げられる。
所望の特異性、親和性および/または活性の分子を産生する細菌細胞が識別された後に、対応するコード配列をクローニングすることができる。この様式では、従来手順(例えば、抗体または結合タンパク質をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することにより)を使用して、分子をコードするDNAを単離し、配列決定することができる。当業者であれば、生存細胞または生存不能細胞から核酸をクローニングすることができることを理解できる。生存不能細胞の場合、例えば、PCRを使用して、例えば、クローニングされたDNAの増幅を使用することが望まれ得る。これは、さらなる細胞育成ありまたはなしのいずれかで、生存細胞を使用して行うこともできる。
核酸に基づく発現系は、本発明のある特定の実施形態では、組換えタンパク質の発現に使用を見出すことができる。例えば、本発明の一実施形態は、抗体Fcドメインまたは好ましくは、複数の別個のFcドメインのコード配列によるグラム陰性細菌の形質転換が関与する。
本発明のある特定の態様は、標的細胞(例えば、グラム陰性細菌)への核酸の送達を含むことができる。例えば、細菌宿主細胞は、FcRに結合する可能性がある候補Fcドメインをコードする核酸により形質転換することができる。本発明の特定の実施形態では、細菌のペリプラズムへの発現を標的化することが望まれ得る。真核生物宿主細胞の形質転換は、同様に、標的リガンドに結合することができると識別される様々な候補分子の発現における使用を見出すことができる。
ベクターは、本発明による、例えば、候補Fcドメインをコードする核酸配列による細胞の形質転換における使用を見出すことができる。本発明の一実施形態では、ポリペプチドをコードする核酸配列の不均一「ライブラリー」全体を細胞の集団に導入し、これにより、ライブラリー全体のスクリーニングを可能にすることができる。用語「ベクター」は、それが複製され得る細胞への導入のために核酸配列を挿入することができる担体核酸分子を指すように使用される。核酸配列は、ベクターが導入されている細胞に対し外来性であること、または配列が、細胞における配列に対し相同であるが、宿主細胞核酸内の配列が通常は存在しないポジションに存在することを意味する「外因性」または「異種」であり得る。ベクターは、プラスミド、コスミドおよびウイルス(例えば、バクテリオファージ)を含む。当業者は、いずれも参照により本明細書に組み込むManiatisら、1988年およびAusubelら、1994年に記載されている標準組換え技法によりベクターを構築することができる。
「プロモーター」は、転写の開始および速度が制御される核酸配列の領域である制御配列である。これは、RNAポリメラーゼおよび他の転写因子等、調節タンパク質および分子が結合することができる遺伝的エレメントを含有することができる。語句「作動可能に配置される」、「作動可能に連結される」、「制御下にある」および「転写制御下にある」は、プロモーターが、核酸配列との関連において、この配列の転写開始および/または発現を制御するために、正確で機能的な位置および/または配向にあることを意味する。プロモーターは、核酸配列の転写活性化に関与するシス作用性調節配列を指す「エンハンサー」と併せて使用されても使用されなくてもよい。分子生物学分野の当業者は一般に、タンパク質発現のためのプロモーター、エンハンサーおよび細胞型組合せの使用についてよく知っており、例えば、参照により本明細書に組み込むSambrookら(1989年)を参照されたい。
特異的な開始シグナルが、コード配列の効率的な翻訳に必要とされる場合もある。これらのシグナルは、ATG開始コドンまたは隣接配列を含む。ATG開始コドンを含む外因性翻訳制御シグナルが配備される必要がある場合もある。当業者であれば、容易にこれを決定し、必要なシグナルを配備することができるであろう。挿入配列全体の翻訳を確実にするために、開始コドンが、所望のコード配列の読み枠と「インフレーム」でなければならないことが周知である。外因性翻訳制御シグナルおよび開始コドンは、天然または合成のいずれであってもよい。発現の効率は、適切な転写エンハンサーエレメントの包接によって増強され得る。
ベクターは、そのいずれもベクターを消化するための標準組換え技術と併せて使用することができる、複数の制限酵素部位を含有する核酸領域である多重クローニング部位(MCS)を含むことができる(参照により本明細書に組み込むCarbonelliら、1999年、Levensonら、1998年およびCocea、1997年を参照)。「制限酵素消化」は、核酸分子中の特異的な位置のみに機能する酵素による核酸分子の触媒による切断を指す。これらの制限酵素の多くは市販されている。頻繁に、外因性配列がベクターにライゲーションされることを可能にするために、ベクターは、MCS内をカットする制限酵素を使用して直鎖化または断片化される。「ライゲーション」は、互いに近接していても近接していなくてもよい2本の核酸断片の間にホスホジエステル結合を形成するプロセスを指す。制限酵素およびライゲーション反応が関与する技法は、組換え技術分野の当業者に周知である。
本発明に従って調製されるベクターまたは構築物は一般に、少なくとも1種の終結シグナルを含み得る。「終結シグナル」または「ターミネーター」は、RNAポリメラーゼによるRNA転写物の特異的な終結に関与するDNA配列で構成される。よって、ある特定の実施形態では、RNA転写物の産生を終了する終結シグナルが企図される。ターミネーターは、所望のメッセージレベルの達成のためにin vivoで必要となる場合がある。本発明における使用に企図されるターミネーターは、当業者に公知のいずれか公知の転写ターミネーターを含み、rho依存性またはrho非依存性ターミネーターが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、終結シグナルは、配列トランケーションによる等、転写可能または翻訳可能配列を欠いていてよい。
宿主細胞においてベクターを繁殖させるために、複製が開始される特異的核酸配列である、1個または複数の複製起点部位(「ori」と命名されることが多い)を含有することができる。
本発明のある特定の実施形態では、本発明の核酸構築物を含有する細胞は、発現ベクター中にマーカーを含むことにより、in vitroまたはin vivoで識別することができる。かかるマーカーは、細胞に識別可能な変化を付与し、発現ベクターを含有する細胞の容易な識別を可能にすることができる。一般に、選択可能マーカーは、選択を可能にする特性を付与するマーカーである。正の選択可能マーカーは、マーカーの存在がその選択を可能にするマーカーである一方、負の選択可能マーカーは、その存在がその選択を防止するマーカーである。正の選択可能マーカーの例は、薬物抵抗性マーカーである。
異種核酸配列の発現の文脈において、「宿主細胞」は、原核細胞を指し、ベクターを複製することができるおよび/またはベクターによってコードされた異種遺伝子を発現することができるいずれかの形質転換可能な生物を含む。宿主細胞は、ベクターのレシピエントとして使用することができ、そのように使用されてきた。宿主細胞は、「トランスフェクト」または「形質転換」することができ、これは、外因性核酸が宿主細胞に移入または導入されるプロセスを指す。形質転換された細胞は、初代対象細胞およびその後代を含む。
上に記す組成物の少なくとも部分または全部を含む、多数の発現系が存在する。かかる系は、例えば、特定のリガンドに結合することができると本発明に従って識別されたポリペプチド産物の産生に使用することができる。原核生物に基づく系は、本発明による使用に用いて、核酸配列またはその同族ポリペプチド、タンパク質およびペプチドを産生することができる。多くのかかる系は、市販されており、広く入手できる。発現系の他の例は、T7、Tac、Trc、BAD、ラムダpL、テトラサイクリンまたはLacプロモーター等、強い原核生物プロモーターを含有するベクター、pET発現系およびE.coli発現系を含む。
タンパク質精製技法は、当業者に周知である。これらの技法は、あるレベルにおいて、細胞、組織または器官のポリペプチドおよび非ポリペプチド画分へのホモジナイゼーションおよび粗分画が関与する。他に指定がなければ、目的のタンパク質またはポリペプチドは、クロマトグラフィーおよび電気泳動技法を使用してさらに精製して、部分的または完全な精製(または均一になるまで精製)を達成することができる。純粋ペプチドの調製に特に適する分析方法は、イオン交換クロマトグラフィー、分子ふるいクロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、親和性クロマトグラフィー、免疫親和性クロマトグラフィーおよび等電点電気泳動である。ペプチドを精製する特に効率的な方法は、高速性能(fast-performance)液体クロマトグラフィー(FPLC)またはさらには高速液体クロマトグラフィー(HPLC)である。本技術分野で一般に公知の通り、様々な精製ステップの実施順序を変化させても、またはある特定のステップを省略しても、依然として、実質的に精製されたタンパク質またはペプチドの調製に適した方法をもたらすことができることが考えられる。
ポリペプチドまたは抗体を含有する医薬組成物の臨床適用が行われる場合、意図される適用に適切な医薬または治療組成物を調製することが一般に有益であり得る。一般に、医薬組成物は、薬学的に許容される担体に溶解または分散された、有効量の1種または複数のポリペプチドまたは追加的な作用物質を含むことができる。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、例えば、少なくとも約0.1%のポリペプチドまたは抗体を含むことができる。他の実施形態では、ポリペプチドまたは抗体は、例えば約2%〜約75%の間の重量の単位または約25%〜約60%の間、およびそこから導くことができるいずれかの範囲を含むことができる。各治療的に有用な組成物における活性化合物(単数または複数)の量は、いずれかの所定の単位用量の化合物の適した投与量が得られるような仕方で調製することができる。溶解度、バイオアベイラビリティ、生物学的半減期、投与経路、製品有効期間、ならびに他の薬理学的考察等の因子は、かかる医薬品製剤を調製する分野の当業者によって企図され、したがって、種々の投与量および処置レジメンが所望され得る。
本発明のある特定の態様は、腫瘍等、疾患を処置するためのポリペプチドを提供する。特に、ポリペプチドは、ヒトポリペプチド配列を有することができ、よって、ヒト患者におけるアレルギー反応を防止し、反復投与を可能にし、治療有効性を増加させることができる。
腺癌;乳頭腺癌;嫌色素性癌;好酸球癌;好酸性腺癌;好塩基球癌;明細胞腺癌;顆粒細胞癌;濾胞性腺癌;乳頭および濾胞性腺癌;非被包性硬化性癌;副腎皮質癌;類内膜(endometroid)癌;皮膚付属器癌;アポクリン腺癌;皮脂腺癌;耳道腺癌;粘膜表皮癌;嚢胞腺癌;乳頭嚢胞腺癌;乳頭漿液性嚢胞腺癌;粘液性嚢胞腺癌;粘液性腺癌;印環細胞癌;浸潤性乳管癌;髄様癌;小葉癌;炎症性癌;パジェット病、乳腺;腺房細胞癌;腺扁平上皮癌;腺癌w/扁平上皮異形成;胸腺腫、悪性;卵巣間質腫瘍、悪性;莢膜細胞腫、悪性;顆粒膜細胞腫瘍、悪性;アンドロブラストーマ、悪性;セルトリ細胞癌;ライディッヒ細胞腫瘍、悪性;脂質細胞腫瘍、悪性;パラガングリオーマ、悪性;乳房外パラガングリオーマ、悪性;褐色細胞腫;血管球血管肉腫(glomangiosarcoma);悪性メラノーマ;無色素性メラノーマ;表在拡大型メラノーマ;巨大色素性母斑における悪性メラノーマ;類上皮細胞メラノーマ;青色母斑、悪性;肉腫;線維肉腫;線維性組織球腫、悪性;粘液肉腫;脂肪肉腫;平滑筋肉腫;横紋筋肉腫;胚性横紋筋肉腫;肺胞横紋筋肉腫;間質肉腫;混合腫瘍、悪性;ミュラー管混合腫瘍;腎芽腫;肝芽腫;癌肉腫;間葉腫、悪性;ブレンナー腫瘍、悪性;葉状腫瘍、悪性;滑膜肉腫;中皮腫、悪性;未分化胚細胞腫;胚性癌;奇形腫、悪性;卵巣甲状腺腫、悪性;絨毛癌;中腎腫、悪性;血管肉腫;血管内皮腫、悪性;カポジ肉腫;血管外皮腫、悪性;リンパ管肉腫;骨肉腫;傍骨性骨肉腫;軟骨肉腫;軟骨芽細胞腫、悪性;間葉性軟骨肉腫;骨の巨細胞腫瘍;ユーイング肉腫;歯原性腫瘍、悪性;エナメル上皮肉腫;アメロブラストーマ、悪性;エナメル芽細胞線維肉腫;松果体腫、悪性;脊索腫;神経膠腫、悪性;上衣腫;星状細胞腫;原形質星状細胞腫;線維性星状細胞腫;星状芽細胞腫;神経膠芽腫;乏突起神経膠腫;乏突起膠細胞芽腫(oligodendroblastoma);原始神経外胚葉性;小脳肉腫;神経節芽細胞腫;ニューロブラストーマ;網膜芽細胞腫;嗅覚神経原性腫瘍;髄膜腫、悪性;神経線維肉腫;神経鞘腫、悪性;顆粒細胞腫瘍、悪性;悪性リンパ腫;ホジキン病;ホジキン型;側肉芽腫;悪性リンパ腫、小リンパ球性;悪性リンパ腫、大細胞型、びまん性;悪性リンパ腫、濾胞性;菌状息肉腫;他の指定された非ホジキンリンパ腫;悪性組織球増殖症;多発性骨髄腫;マスト細胞肉腫;免疫増生性小腸性疾患;白血病;リンパ系白血病;形質細胞白血病;赤白血病;リンパ肉腫細胞白血病;骨髄性白血病;好塩基球性白血病;好酸球性白血病;単球性白血病;マスト細胞白血病;巨核芽球性白血病;骨髄性肉腫;およびヘアリー細胞白血病。
ある特定の実施形態では、本実施形態の組成物および方法は、第2のまたは追加的な治療法と組み合わせたポリペプチドまたは抗体の投与が関与する。かかる治療法は、CDCに応答性のいずれかの疾患の処置において適用することができる。例えば、疾患は、がんであり得る。
A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B A/B/B B/A/A A/B/B/B B/A/B/B
B/B/B/A B/B/A/B A/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A
B/A/B/A B/A/A/B A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A
多種多様な化学療法剤を、本実施形態に従って使用することができる。用語「化学療法」は、がんを処置するための薬物の使用を指す。「化学療法剤」は、がんの処置において投与される化合物または組成物を暗示するように使用される。これらの作用物質または薬物は、細胞内におけるその活性機序によって、例えば、これが細胞周期に影響を与えるか否かおよびいずれのステージでそれが為されるかによってカテゴリー化される。あるいは、作用物質は、DNAを直接架橋する、DNA内にインターカレートする、または核酸合成に影響を与えることにより染色体および有糸分裂異常を誘導するその能力に基づき特徴付けることができる。
DNA損傷を生じる、広範に使用されてきた他の因子は、γ線、X線および/または腫瘍細胞への放射性同位元素の定方向送達として一般的に公知のものを含む。マイクロ波、陽子線照射(米国特許第5,760,395号および同第4,870,287号)およびUV照射等、他の形態のDNA損傷因子も企図される。これらの因子の全てが、DNA、DNAの前駆体、DNAの複製および修復、ならびに染色体のアセンブリおよび維持における広範囲の損傷に影響を与える可能性が最も高い。X線の線量範囲は、延長された期間にわたる(3〜4週間)50〜200レントゲンの一日線量から、2000〜6000レントゲンの単一線量に及ぶ。放射性同位元素の線量範囲は、広く変動し、同位元素の半減期、放射する放射線の強度および種類、ならびに新生物細胞による取込みに依存する。
当業者であれば、本実施形態の方法と組み合わせてまたは併せて、免疫療法を使用することができることを理解し得る。がん処置の文脈において、免疫療法は、一般に、がん細胞を標的および破壊するための免疫エフェクター細胞および分子の使用に頼る。リツキシマブ(RITUXAN(登録商標))は、かかる一例である。例えば、イピリムマブ(ipilumimab)等、チェックポイント阻害剤は、別のかかる例である。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面におけるあるマーカーに特異的な抗体であり得る。抗体は単独で、治療法のエフェクターとして機能することができる、または他の細胞を動員して、細胞死滅に実際に影響させることができる。抗体は、薬物または毒素(化学療法薬、放射性核種、リシン(ricin)A鎖、コレラ毒素、百日咳毒素等)にコンジュゲートし、単に標的化作用物質として機能することもできる。あるいは、エフェクターは、直接的または間接的のいずれかで、腫瘍細胞標的と相互作用する表面分子を有するリンパ球であり得る。様々なエフェクター細胞は、細胞傷害性T細胞およびNK細胞を含む。
がんを有する人のおよそ60%は、予防的、診断的または進行度診断的、根治的および姑息的外科手術を含むある種の外科手術を受ける。根治的外科手術は、がん性組織の全体または部分が物理的に除去される、切り取られるおよび/または破壊される切除を含み、本実施形態の処置、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、遺伝子療法、免疫療法および/または代替的治療法等、他の治療法と併せて使用することができる。腫瘍切除は、腫瘍の少なくとも部分の物理的除去を指す。腫瘍切除に加えて、外科手術による処置は、レーザー外科手術、凍結外科手術、電気外科手術および顕微鏡により制御された外科手術(モース外科手術)を含む。
本実施形態のある特定の態様と組み合わせて他の作用物質を使用して、処置の治療有効性を改善することができることが企図される。これらの追加的な作用物質は、細胞表面受容体およびGAP結合の上方調節に影響を与える作用物質、細胞分裂阻害および分化剤、細胞接着の阻害剤、アポトーシス誘導物質に対する過剰増殖細胞の感受性を増加させる作用物質、または他の生物学的作用物質を含む。GAP結合の数を上昇させることによる細胞間シグナル伝達の増加は、隣接する過剰増殖細胞集団における抗過剰増殖効果を増加させるであろう。他の実施形態では、細胞分裂阻害または分化剤は、本実施形態のある特定の態様と組み合わせて使用して、処置の抗過剰増殖有効性を改善することができる。細胞接着の阻害剤は、本実施形態の有効性を改善することが企図される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ(FAK)阻害剤およびロバスタチンである。抗体c225等、アポトーシスに対する過剰増殖細胞の感受性を増加させる他の作用物質は、本実施形態のある特定の態様と組み合わせて使用して、処置有効性を改善することができることがさらに企図される。
本発明のある特定の態様は、治療用キット等、キットを提供することができる。例えば、キットは、本明細書に記載されている1種または複数の医薬組成物と、任意選択で、その使用のための説明書とを含むことができる。キットは、かかる組成物の投与を達成するための1種または複数のデバイスを含むこともできる。例えば、対象キットは、医薬組成物と、がん性腫瘍への組成物の直接静脈内注射を達成するためのカテーテルとを含むことができる。他の実施形態では、対象キットは、送達装置による使用のための、任意選択で医薬品として製剤化されたまたは凍結乾燥されたポリペプチドの予め充填されたアンプルを含むことができる。
以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態を実証するために含まれる。以下の実施例に開示されている技法は、本発明者により、本発明の実施においてよく機能することが発見された技法であり、したがって、それを実施するための好ましいモードを構成するとみなすことができることが当業者には理解されるべきである。しかし、当業者は、本開示に照らして、開示されている特定の実施形態に多くの変更を行うことができ、それでもなお、本発明の主旨および範囲から逸脱することなく同様または類似の結果が得られることを理解するべきである。
Fcドメインを操作するためのライブラリーの戦略
E.coliは、タンパク質グリコシル化機構をコードせず、したがって、E.coliのペリプラズムにおいて発現されるIgGのFcドメインはグリコシル化されておらず、通常はFcドメインのN297に付加されているグリカンを欠く。非グリコシル化Fcドメインは、立体構造上の柔軟性の程度が高く、その結果、エフェクターFcγR(FcγRIA、FcγRIIA、FcγRIIB、FcγRIIc、FcγRIIIA、FcγRIIIB)およびC1qへの検出可能な結合が減弱するか、または検出可能な結合が存在しない(Jefferisら、2005年;Borrokら、2012年)。N297グリカンが存在しないにもかかわらずC1qへの結合を可能にする変異を含有する非グリコシル化Fcドメインバリアントを単離するために、3つの異なるライブラリーを構築した。第1のライブラリー(S−ライブラリー)では、約50%の野生型アミノ酸配列を保存するためのコドンを有するスパイクしたオリゴヌクレオチドを使用して、Glu231、Leu232、Leu233、Gly234、Gly235、Ile334、Ser335、Lys336、Ala337、Lys338、Gly339、Gln340、Pro341、Arg342、およびGlu343にランダムなアミノ酸を導入した(Lanioら、1998年)。これらのランダムな15アミノ酸を導入するために、8種のプライマー(配列番号24〜31)を設計した(表15)。第2のライブラリー(SE−ライブラリー)は、エラープローンPCRを使用して、S−ライブラリーに基づいて追加的なランダム変異体を有する(Fromantら、1995年)。S−ライブラリーのCH2ドメインに追加的なランダム変異を導入するために、2種のプライマーPCH018(配列番号26)およびPCH023(配列番号31)を設計した。第3のライブラリー(E−ライブラリー)を構築するために、野生型Fc鋳型および2種のプライマーPCH018(配列番号26)およびPCH021(配列番号29)を使用した標準のエラープローンPCRを用いた。
Fcドメインを操作するためのライブラリーの構築
全てのプラスミドおよびプライマーを表10および11に記載する。プライマーは全て、Integrated DNA Technologiesにより合成されたものである。IgGポリペプチドを、2種のベクター:pBAD30−PelB−VL−Ck−NlpA−VL−Ck−His−cMycおよびpMopac12−pelB−IgG−VH−CH1−CH2−CH3−FLAG(Jungら、2012年)を使用してE.coliの内膜上にディスプレイさせた(図1)。S−ライブラリーを構築するために、8種のプライマー(配列番号24〜31)を使用した(表15および図2)。8種のプライマーの中で2種の特異的なプライマー(PCH017およびPCH020;それぞれ配列番号25および28)は、野生型アミノ酸配列をおよそ50%の可能性で保存するため、スパイクしたオリゴヌクレオチドを使用することで縮重コドンを含有する。IgG1の重鎖遺伝子の3つの断片を、PCH016(配列番号24)およびPCH021(配列番号29)と重複する8種のプライマーを用いて増幅した(S−ライブラリー、表15および図2)。別のサブライブラリーのために、S−ライブラリーからのFcライブラリー遺伝子を有するCH2ドメインに対して、PCH018(配列番号26)およびPCH023(配列番号31)を用いて標準のエラープローンPCRを用いた(SE−ライブラリー)。結果として、SE−ライブラリーは、S−ライブラリー構築の間に生成した15個のランダムなアミノ酸、およびCH2ドメインに追加的な1%ランダム変異を含有する。E−ライブラリーに関しては、野生型Fc遺伝子を有するFcドメインに対して、PCH018(配列番号26)およびPCH021(配列番号29)を用いて標準のエラープローンPCRを用いた。3つの増幅された重鎖ライブラリー遺伝子を、SfiI消化した細菌ディスプレイベクター、pMopac12−pelB−IgG−VH−CH1−CH2−CH3−FLAGにインフレームでライゲーションした。得られたプラスミドをE.coli JUDE−1−pBAD30−PelB−VL−Ck−NlpA−VL−Ck−His−cMyc中に形質転換した(Jungら、2010年;Jungら、2012年)。サブライブラリーのサイズは、2×108(S−ライブラリー)、3×108(SE−ライブラリー)、および1×109(E−ライブラリー)であった。
C1q、二量体FcγR、四量体FcγR、および二量体FcRnの調製
ヒト血清由来のC1qタンパク質をAbcamから購入した。Fc受容体の哺乳動物での発現のためのプラスミドを以前に記載されている通り構築した(Jungら、2012年)。FcγRI−His、FcγRIIa−H131−GST、FcγRIIa−R131−GST、FcγRIIb−GST、FcγRIIIa−V158−GST、FcγRIIIa−F158−GST、およびFcγRIIIa−V158−ストレプトアビジン(FcγRIIIa−V158−SA)、ならびにFcRn−GSTを、表16に記載されているpMAZ−IgH(米国特許第8,043,621号)に由来する発現ベクターを使用したHEK293F細胞(Invitrogen)の一過性トランスフェクションによって作製した。トランスフェクトしたHEK293F細胞を、5%CO2インキュベーター中、37℃で5日間培養した。4,000×gで10分間遠心分離することによって上清を採取し、0.22μmのポリエーテルスルホン(PES)メンブランフィルター(PALL)によって濾過した。FcγRI−Hisを、Ni−NTA(GE Healthcare)アフィニティーカラムを用い、製造者の説明書に従って精製した。Fc受容体−GST融合タンパク質を、グルタチオンセファロース(GE Healthcare)アフィニティーカラムを用い、製造者の説明書に従って精製した。FcγRIIIa−V158−SAを、Strep−Tactin(IBA−Life Science、Germany)アフィニティーカラムを用い、製造者の説明書に従って精製した。リポ多糖(LPS)および非特異的に結合したタンパク質を除去するために、FcγR結合樹脂を、0.1%Triton(登録商標)X−114(Sigma−Aldrich)を含有するPBS、50mLおよびPBS、50mLを用いて洗浄した。FcγRI−Hisを、250mMのイミダゾールを含有するPBSを用いて溶出し、Fc受容体−GSTを、10mMの還元型L−グルタチオンを含有するPBSを用いて溶出し、FcγRIIIaV158−SAを、溶出緩衝液(pH8.0、100mMのトリス−HCl、150mMのNaCl、2.5mMのデスチオビオチン、および1mMのEDTA)を用いて溶出した。全ての溶出したFc受容体の緩衝液をAmicon Ultra−4(Millipore)によってPBSと交換した。ヒトC1q(Abcam)または精製FcγRIIIaV158−SAをEasy Link R−PE Conjugation Kit(Abcam)を製造者の説明書に従って使用して、R−フィコエリトリン(R−PE)で標識した。
C1q結合についてのFcライブラリーのスクリーニング
E.coli JUDE−1を、クロラムフェニコール(40μg/mL)およびカナマイシン(50μg/mL)を伴うTerrific Broth(TB)中、37℃、250rpmで一晩培養した。一晩育成させた後、細胞を、2種の抗生物質を伴う新鮮なTB培地100mL中、1:50に希釈した。E.coli JUDE−1細胞を37℃、250rpmでOD600がおよそ0.4の値に達するまで培養した。次いで、タンパク質の発現を容易にするために、1mMのイソプロピル−β−D−チオガラクトピラノシド(IPTG、Sigma Aldrich)および2%L−アラビノース(Sigma−Aldrich)をE.coli JUDE−1細胞に添加し、次いで、E.coli JUDE−1細胞を25℃で20時間さらにインキュベートした。E.coli JUDE−1細胞(8mL)を遠心分離によって収集し、氷で冷却した10mMのトリス−HCl(pH8.0)、1mLで2回洗浄した。洗浄した細胞を氷で冷却したSTE溶液(0.5Mのスクロース、10mMのトリス−HCl、10mMのEDTA、pH8.0)、1mLに再懸濁させ、37℃で30分間インキュベートした。細胞を13,000rpmで1分間遠心分離し、溶液A(0.5Mのスクロース、20mMのMgCl2、10mMのMOPS、pH6.8)、1mLで洗浄した。洗浄した細胞を、溶液A、1mL中、1mg/mLのニワトリ卵白リゾチーム(Sigma−Aldrich)と一緒に37℃で15分間インキュベートした。13,000rpmで1分間遠心分離した後、ペレット化したスフェロプラストを冷たいPBS、1mLに再懸濁させた(Jungら、2010年;Jungら、2012年)。
IgGバリアントのFACS解析
C1q−PEを用いてスクリーニングしたライブラリーからの選別の最後のラウンドからランダムに選択した12種のIgGバリアントについて配列決定した(配列番号2〜13)。同様に、C1q−PEおよびFcγRIIIaV158−SA−PEを用いてスクリーニングしたライブラリーからランダムに選択した10種のIgGバリアントについて配列決定した(配列番号14〜23)。それぞれの遺伝子をE.coli JUDE−1細胞中に形質転換し、それを、スフェロプラスト化し、10nMのC1q−PEおよび10nMのFcγRIIIaV158−SA−PEを用いてFACSによって解析した。図5および表4に示されている通り、22種のIgGバリアント全てで、C1qに関して、野生型非グリコシル化IgGと比較して24〜113倍の平均蛍光強度(MFI)値の増大が示された。特に、Fc801、Fc802、およびFc803では、C1qに関して、野生型非グリコシル化IgGと比較してそれぞれ113.1倍、56.5倍、および92.8倍のMFI値の増大が示された。さらに、これらの3種のIgGクローンでは、10nMのFcγRIIIaV158−SA−PEに対して、FcγRIIIaに対する親和性を有さない非グリコシル化IgGと比較的類似したMFI値が示された。さらに、Fc702、Fc713、Fc720、およびFc805では、10nMのFcγRIIIaV158−SA−PEを用いて標識した場合には、野生型非グリコシル化IgGと比較して、それぞれ3.4倍、3.2倍、4倍、および4.8倍のMFI値の増強が示され、C1q−PEに関しては野生型非グリコシル化IgGと比較して24.6〜48.6倍のMFI値の増強が示された(図5)。Fc801およびFc802をさらなる試験のために選択した。Fc801は2つの変異、K320EおよびQ386Rを有し、Fc802は4つの変異、L235K、G236M、G237R、およびL351Qを有する。C1qおよびFcγRIIIaに対する結合物質としてFc805が選択され、これは8つの変異、V308A、S337P、K338Q、K340R、Q342P、R344G、E345Y、およびF372Lを有することが見出された。
選択されたIgGバリアントの発現および精製
IgGを哺乳動物発現ベクターpcDNA3.4(Life technologies、USA)にGibson Assembly(登録商標)クローニングキット(NEB)を使用してインフレームでクローニングした(Jungら、2012年)。FcがFc801、Fc802、およびFc805で置き換わったリツキシマブを構築するために、3種のFc遺伝子を、pMopac12−pelB−IgG−VH−CH1−CH2−CH3−FLAGからプライマーPCH001(配列番号32)およびTH084(配列番号33)を使用して増幅した。3種のFc遺伝子を、pcDNA3.4へのクローニングのためにプラスミドpcDNA3.4−リツキシマブ重鎖をDNA鋳型として使用してPCRによって増幅した。DpnI(NEB、UK)を用いて処理した後、PCR産物をE.coli JUDE−1細胞中に形質転換し、それらの配列を確認した。新しく構築されたリツキシマブ−FcバリアントをRGI(Fc802)、RGII(Fc801)、およびRGIII(Fc805)と名付けた。これらの3種のFcバリアントは、なおCH2ドメインにN−グリコシル化部位を有する。それらの非グリコシル化形式を構築するために、以前に記載されている通り(Jungら、2012年)、2つの特異的なプライマー(WK68(配列番号34)およびWK69(配列番号35))を使用して、FcドメインのFcγRまたはC1qとの結合能に影響を及ぼさないT299L変異を導入した。これらの新しく構築されたリツキシマブ−Fcバリアントを、新しくRAI(Fc802)、RAII(Fc801)、およびRAIII(Fc805)と名付けた。RAI、RAII、およびRAIIIの重鎖遺伝子を、等質量の軽鎖プラスミドを用いてHEK293F細胞(Invitrogen)に一過性にトランスフェクトした。5%CO2インキュベーター中、37℃で6日間インキュベートした後、4,000×gで10分間遠心分離することによって上清を採取し、0.22μmのPESメンブランフィルター(PALL)を使用して濾過した。濾過した上清を、プロテインA大容量アガロース樹脂(Thermo Scientific)を3回通過させた。LPSおよび非特異的に結合したタンパク質を除去するために、IgG結合樹脂を0.1%Triton(登録商標)X−114(Sigma−Aldrich)を含有するPBS、50mLおよびPBS、50mLで洗浄した。全てのIgGバリアントを、100mMのグリシン緩衝液(pH3.0)を用いて溶出し、1Mのトリス−HCl緩衝液(pH8.0)を用いてすぐに中和した。溶出したリツキシマブ−Fcバリアントの全ての緩衝液をAmicon(登録商標)Ultra−4(Millipore)によってPBSと交換した。RAI、RAII、およびRAIIIおよびリツキシマブの還元タンパク質または非還元タンパク質の純度を、還元条件下(図6A)および非還元条件下(図6B)で4%〜20%勾配SDS−PAGEゲル(NuSep)によって査定した。リツキシマブと同様に、RAI、RAII、およびRAIIIは適正にアセンブルされ、純度は95%を超えた。RAI、RAII、およびRAIIIが溶液中で単量体として存在するか多量体として存在するかを決定するために、RAI、RAII、RAIII、およびリツキシマブをサイズ排除クロマトグラフィー(Superdex(商標)200 10/300GC、GE Healthcare)によって解析した。サイログロブリン(670kDa)、ウシガンマグロブリン(158kDa)、およびニワトリオボアルブミン(44kDa)をタンパク質サイズマーカーとして使用した。RAI、RAII、およびRAIIIの溶出プロファイルはリツキシマブと同様であり、凝集体のピークはなかった。全てのIgGバリアントの溶出時間は158kDaタンパク質サイズマーカーと近く、したがって、単量体IgGの存在が示される(図7)。結果から、RAI、RAII、およびRAIIIが溶液中で多量体IgGを構成せず、アセンブルされた単量体として存在することが示唆される。
選択されたIgGバリアントのC1q、FcγR、およびFcRnに対する結合性質
RAI、RAII、およびRAIIIのC1qおよびFcγRに対する親和性を、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)および表面プラズモン共鳴(SPR)を使用して評価した。
RAIIIのさらなる操作
RAIIIの収率および安定性を増強するために、RAIIIのランダム変異のライブラリーを、実施例2におけるものと同じ方法を使用して、変異率が1%になる条件下でエラープローンPCRによって構築した。ライブラリーを2つの異なるやり方でスクリーニングした。第1に、ライブラリーを、抗体の発現レベルを検出することが可能な抗myc Ab−FITCを用いて標識し、1ラウンド目および4ラウンド目にFACSAria(商標)(BD Biosciences)によってスクリーニングして、発現レベルの増強について選択した。第2に、ライブラリーを、100nMのFcγRIIIa−GST−PEを用いて標識し、2ラウンド後、3ラウンド後および5ラウンド後に、競合剤として1μMのFcγRIIbの存在下でFACSAria(商標)(BD Biosciences)によってスクリーニングして、RAIIIと同じ結合特性を維持するが、RAIIIよりも高レベルで発現させることができるRAIIIバリアントを単離した。スクリーニング中の蛍光プロファイルを図19に示す。
IgGバリアントのFACS解析
ライブラリー選別の最後(第5)のラウンドからランダムに選択したIgGバリアント50種について配列決定し(配列番号36〜45)、10種の異なるFcバリアントのみがコードされることが見出された(50種の選択されたクローンのプール中の多数のコピーを代表する)。Fc−V1は、単一の変異、M252Vを有する(配列番号36)。Fc−V11は、3つの変異、K246N、K322E、およびG402Dを有する(配列番号37)。Fc−V12は、7つの変異、F242L、N315S、I336M、K340R、Q342D、A378T、およびQ386Rを有する(配列番号38)。Fc−V15は、3つの変異、K334E、L351Q、およびN421Dを有する(配列番号39)。Fc−V17は、2つの変異、G341AおよびL351Qを有する(配列番号40)。Fc−V18は、3つの変異、M252V、G341A、およびL351Qを有する(配列番号41)。Fc−V19は、4つの変異、K246Q、T260A、N315S、およびQ386Rを有する(配列番号42)。Fc−V23は、6つの変異、K246N、M252V、K322E、R344G、E345Y、およびF372Lを有する(配列番号43)。Fc−V24は、5つの変異、F242L、M252V、K338Q、G341A、およびE345Yを有する(配列番号44)。Fc−V26は、7つの変異、K334E、G402D、K338Q、Q342P、R344G、E345Y、およびF372Lを有する(配列番号45)。Fcバリアント発現細胞を、10nMのC1q、100nMのFcγRIIIaV158−GST−PEまたはFcγRIIb−GST−PEを用いて標識し、解析した(図20および表10)。単離された10種のIgGバリアントでは、RAIIIと比較して発現レベルの1.5〜3.9倍の増強、同様のC1q結合活性(1.3〜1.6倍)、およびFcγRIIIaV158−GST結合活性の3.5〜5.1倍の増強が示された。10種のIgGバリアント全てで、二量体FcγRIIb−GST融合物に対する検出可能な結合活性は示されなかった。
選択されたIgGバリアントを用いてオプソニン化したRaji細胞におけるC1q結合およびC3b沈着活性
C1q結合アッセイを完全RPMI1640培地(10%FBS)において行った。CD20陽性Raji細胞(ヒトバーキットリンパ腫、ATCC CCL−86;Golay、2000年)を氷上、細胞1×107個/mlに懸濁した。C1qを添加して最終濃度を10μg/mlにし、次いで、ハーセプチン、リツキシマブ、またはRAIIを添加し、反応混合物をすぐに37℃の水浴に移した。種々の時点(0〜60分)で一定分量を取り出し、20体積の氷冷BSA−PBSを用いてクエンチした。次いで、細胞をPBS中1%BSAで3回洗浄し、FITC抗C1qを用いて室温で30分間プローブし、次いで、PBS中1%BSAで洗浄し、2%パラホルムアルデヒドを含有するPBS中で固定した。FACSCaliburフローサイトメーター(BD Biosciences)でフローサイトメトリーを実施し、平均蛍光強度を、較正したビーズ(Spherotech)を使用して可溶性蛍光色素分子等量(molecules of equivalent soluble fluorochrome)(MESF)に変換した。RAIIにより、RAIIオプソニン化Raji細胞表面上のリツキシマブよりも強力なC1qに対する結合活性が示された(図21)。
液相補体活性化
がん細胞の非存在下での補体活性化を、抗体100μgを90%正常ヒト血清1mL、37℃で1時間インキュベートした後に、補体活性化の古典経路についてのマーカーであるC4d濃度を測定することによって決定した。C4d濃度をELISA(MicroVue C4d EIA kit、Quidel Corporation、San Diego、US)において製造者の説明書に従って測定した。熱凝集したIgG(HAG)では、正常ヒト血清対照と比較して2.8倍のC4d濃度の増大が示された。リツキシマブ、RAI、およびRAIIでは、正常ヒト血清対照と同じC4d形成が示された(図23)。この結果は、RAIおよびRAIIは、溶液中、標的細胞の非存在下で(免疫複合体が形成されない)古典的な補体活性化経路を活性化することができないことを明らかにするものである。
選択されたIgGバリアントによるがん細胞死滅についての補体依存性細胞傷害アッセイ
CDCアッセイ:RAI、RAII、またはRAIII媒介性補体依存性細胞傷害(CDC)の有効性を評価するために、Raji細胞およびRamos細胞(ヒトバーキットリンパ腫、ATCC CCL−86)を、標的細胞として使用した。Raji細胞およびRamos細胞を、10%FBS(Invitrogen、USA)を補充したRPMI1640培地(Invitrogen、USA)で培養し、300×gで5分にわたって遠心分離することによって採取した。収集した細胞をPBSで洗浄し、PBS中4μMのカルセインAM(Life Technologies、USA)を用いて、37℃、5%CO2で30分にわたって標識した。標識したRaji細胞をPBSで2回洗浄し、10%FBSを含有するRPMI1640培地に再懸濁し、96ウェルプレートに細胞5,000個/ウェルで播種した。健康なドナー由来の正常なヒト血液を、ゲルを伴う赤色/灰色血餅活性化因子チューブ中に採取し、30分静置し、1500×gで15分にわたって遠心分離した。次いで、正常ヒト血清25μLを各ウェルに添加した。IgGバリアントを様々な濃度で各ウェルに添加し、混合し、37℃、5%CO2で1時間インキュベートした。プレートを2000rpmで10分にわたって遠心分離し、次いで、上清を採取した。放出されたカルセインAMを励起波長および放出波長それぞれ485nmおよび535nmにおいて検出した。腫瘍細胞溶解のパーセントを次式に従って算出した:100×(E−S)/(M−S)(式中、Eは実験ウェルの蛍光であり、Sは抗体の非存在下での蛍光であり(腫瘍細胞を培地および補体単独と一緒にインキュベートした)、Mは、溶解緩衝液(2%v/vのTriton(登録商標)X−100、1%w/vのSDS、100mMのNaCl、および1mMのEDTA)を用いた腫瘍細胞の蛍光である)。RAIのEC50は9.05±0.90nMであり、これは、Raji細胞における野生型リツキシマブに対して3.77倍の増大であった。RAIIのEC50は4.48±0.26nMであり、これは、Raji細胞における野生型リツキシマブに対して7.62倍の増大であった。RAIIIのEC50は7.35±0.22nMであり、これは、Raji細胞における野生型リツキシマブに対して4.64倍の増大であった(図12;表11)。RAIのEC50は0.46±0.02nMであり、これは、Ramos細胞における野生型リツキシマブに対して2.0倍の増大であった。RAIIのEC50は0.16±0.01nMであり、これは、Ramos細胞における野生型リツキシマブに対して5.7倍の増大であった(図24;表11)。アイソタイプ対照抗体であるハーセプチンでは、Raji細胞およびRamos細胞においていかなる有意な応答も示されなかった(図12;表11)。同様にヒト急性リンパ性白血病(ALL)患者ドナー由来のALL初代細胞(MD Andersonより)を用いて同じCDCアッセイを実施した。補体によるIgGバリアント媒介性細胞溶解により、前のCDCアッセイの結果と同様のプロファイルが示された(図13)。RAI、RAII、およびRAIIIにより、濃度依存性CDC媒介性腫瘍細胞溶解がリツキシマブよりも良好に誘導された。
IgGバリアントによるがん細胞死滅についての抗体依存性細胞傷害アッセイ
ADCCアッセイ:ADCCアッセイの前日に、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)および多形核白血球(PMN)を健康なドナー由来のヒト血液から単離した。ヒト血液50mLをヘパリン添加バイアル(BD biosciences)中に採取し、チューブを数回穏やかに反転させることによって十分に混合した。血液25mLを50mL円錐管中の室温のフィコール(Ficoll)Histopaque(Invitrogen)25mL上に層状に重ねた。チューブを、スイングバケットローター中、ブレーキなしで、2,500rpmで30分にわたって遠心分離した。ヒトPBMCをhistopaqueと培地との界面相に吸引し、ヒトPMNをペレットから採取した。ヒトPBMCおよびPMNを赤血球(RBC)溶解緩衝液(155mMのNH4Cl、12mMのNaHCO3、および0.1mMのEDTA)に再懸濁させ、PBSで2回洗浄した。単離されたヒトPBMCまたはPMNを、96ウェルプレート中、カルセインAMで標識したRaji細胞および様々な濃度のIgGバリアントと混合した。PMNを10ng/mLのGM−CSF(Life Technologies)によって活性化した。腫瘍対エフェクター細胞の比を1:10とし、プレートを37℃、5%CO2で4時間インキュベートした。溶解した腫瘍細胞の量を、CDCアッセイを使用して同じ方法によって検出した。腫瘍細胞溶解のパーセントを次式に従って算出した:100×(E−S)/(M−S)(式中、Eは実験ウェルの蛍光であり、Sは抗体の非存在下での蛍光であり(腫瘍細胞を培地およびエフェクター細胞と一緒にインキュベートした)、Mは溶解緩衝液を用いた腫瘍細胞の蛍光である)。実施例7に記載の通り、RAIおよびRAIIでは、PBMCまたはPMNとともにいかなるADCC活性も示されず、これは、RAIおよびRAIIがFcγRに対して親和性を有さないからである(図9A〜Dおよび15A〜B)。しかし、RAIIIは、FcγRIIb以外のFcγRに対して親和性を有し、したがって、RAIIIでは、リツキシマブとほぼ同じADCC活性が示された(図11A〜Fおよび15A〜B)。PBMCにおけるRAIIIのEC50値は2.01±0.02nMであり、PBMCにおけるリツキシマブのEC50値は2.11±0.02nMであった。
がん細胞死滅についての補体依存性細胞傷害アッセイ
CDCCおよびCMCアッセイの前日に、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)および多形核白血球(PMN)を健康なドナー由来のヒト血液から単離した。血清および免疫細胞の存在下で、抗体は、ADCC、ならびに、CDCおよび補体依存性細胞傷害(CDCC)の両方に起因する細胞溶解の結果である補体媒介性細胞傷害(CMC)を活性化することが可能である。C1qに特異的なIgGバリアントはADCC活性を示さないので、CMCのみを誘導することができる。さらに、細胞溶解の非存在下でのCDCC単独の効果(終末補体複合体TCCの形成に起因する)を、C9枯渇血清を使用して決定することができる。C9タンパク質は、TCCの形成に重要なものであり、その非存在下では、Fc受容体に結合しない抗体による細胞溶解がCDCC経由のみによって起こり得る。CDCCアッセイのために、CD20+がん細胞を、抗体、25%C9枯渇血清、およびPBMCまたは多形核(PMN)細胞と一緒にインキュベートした。PMNを10ng/mLのGM−CSF(Life Technologies)によって活性化した。腫瘍対エフェクター細胞の比を1:10とし、プレートを37℃、5%CO2で4時間インキュベートした。溶解した腫瘍細胞の量を、実施例12におけるCDCアッセイに使用したのと同じ方法によって検出した。腫瘍細胞溶解のパーセントを次式に従って算出した:100×(E−S)/(M−S)(式中、Eは実験ウェルの蛍光であり、Sは、抗体の非存在下での蛍光であり(腫瘍細胞を培地およびエフェクター細胞と一緒にインキュベートした)、Mは溶解緩衝液を用いた腫瘍細胞の蛍光である)。C9枯渇血清および免疫細胞を用いると、RAIおよびRAIIはCDCCのみを活性化したが、リツキシマブはADCCとCDCCの両方を活性化することができる。RAIおよびRAIIにより、Raji細胞およびRamos細胞において、リツキシマブのADCCおよびCDCCによるものと同様のCDCCによる腫瘍細胞死滅活性が示された(図25A〜D;表12)。
選択されたIgGバリアントによるがん細胞死滅についての補体依存性細胞ファゴサイトーシスアッセイ
PBMCを、新鮮なヒト血液からHistopaque密度勾配遠心分離によって精製し、CD14+単球を磁気ビーズ分離によって単離した。単球を、15%FBSおよび50ng/mlのGM−CSFを含有するRPMI培地で7日間培養することによってマクロファージに分化させ、次いで、それらをエフェクター:腫瘍細胞比10:1で、カルセインで標識したRaji細胞および示されている抗体と混合した。補体依存性細胞ファゴサイトーシス(CDCP)アッセイのために、Raji細胞を、25%C9枯渇血清、抗体およびマクロファージと一緒にインキュベートした。37℃で2時間後に、細胞を抗CD11b−APCおよび抗CD14−APCで標識した。ファゴサイトーシスをLSRFortessa(BD Bioscience)でFACSによって評価し、試料中の腫瘍細胞の総数に対する2重陽性細胞の画分として報告した。RAIおよびRAIIによりCDCPを誘導することができ、また、ADCPとCDCPの両方を誘導することができるリツキシマブよりも良好な腫瘍細胞貪食活性が示された。RAIのEC50は4.61±0.05nMであり、これは、Raji細胞における野生型リツキシマブに対して3.78倍の増大である。RAIIのEC50は3.72±0.04nMであり、これは、Raji細胞における野生型リツキシマブに対して4.69倍の増大である(図26;表13)。
がん細胞死滅についての補体媒介性細胞傷害アッセイ
CDCC、およびCMCアッセイの前日に、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)および多形核白血球(PMN)を健康なドナー由来のヒト血液から単離した。CMCアッセイのために、がん細胞を、抗体、25%のプールしたヒト血清(PHS)、およびPBMC(またはPMN)と一緒にインキュベートした。PMNを10ng/mLのGM−CSF(Life Technologies)によって活性化した。腫瘍対エフェクター細胞の比を1:10とし、プレートを37℃、5%CO2で4時間インキュベートした。溶解した腫瘍細胞の量を、CDCアッセイと同じ方法によって検出した。PHSおよび免疫細胞を用いると、RAIおよびRAIIはCMCのみを媒介することができるが、リツキシマブは、CMCに加えてADCCの全てのエフェクター機能により細胞死滅を媒介することができる。RAIおよびRAIIでは、PBMCまたはPMNを用いると、Raji細胞およびRamos細胞でEC50値の増強が示された。RAIでは、Rajiを用い、PBMCをエフェクター細胞として使用するとEC50値の1.4倍の増強が示され、Raji細胞を用い、PMNをエフェクター細胞として使用するとEC50値の1.3倍の増強が示され、Ramos細胞を用い、PBMCを使用するとEC50値の2.7倍の増強が示され、RamosおよびPMNを用いるとEC50値の1.8倍の増強が示された(全てリツキシマブと比較して)。RAIIでも同様に、全てリツキシマブと比較して、RajiおよびエフェクターとしてPBMCを用いるとEC50値の2.1倍の増強が示され、RajiおよびPMNを用いるとEC50値の1.9倍の増強が示され、RamosおよびPBMCを用いるとEC50値の6.9倍の増強が示され、RamosおよびPMNを用いるとEC50値の6.1倍の増強が示された(図27A〜D;表14)。
補体結合が増強されたIgGバリアントによるがん細胞死滅についての全血アッセイ
健康なドナー由来の全血を、IgGバリアントおよびカルセインAMで標識したRaji細胞と一緒に、96ウェルプレート中、37℃、5%CO2で4時間インキュベートした。腫瘍細胞死滅活性を実施例8におけるものと同じCDCアッセイによって測定した。腫瘍細胞溶解のパーセントを、実施例8におけるものと同じ式を使用して算出した。図16に示されている通り、RAIおよびRAIIのCDC有効性については、リツキシマブではADCCおよびCDCが濃度依存的に媒介されるにもかかわらず、リツキシマブよりも良好な腫瘍細胞死滅活性が示された。ADCCとCDCの両方を誘導することができるRAIIIでも同様に、リツキシマブよりも高い腫瘍細胞溶解活性が示された。
選択されたIgGバリアントによるCD20およびFcγRIIB媒介性内部移行アッセイ
リツキシマブとFcγRIIBおよびCD20の共ライゲーションにより、CD20−抗体複合体の内部移行(internalization)が誘導され、その後、リソソーム内経路によりCD20リガンドが分解される。この機構により、標的細胞上のCD20発現が低減し、この機構は、リツキシマブに対するがん細胞の抵抗性に関する重大な機構であると考えられる。TMD8細胞(ヒトABC−DLBCL細胞株)およびHBL−1細胞(ヒトびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫)におけるCD20陽性の内部移行を評価した。TMD8細胞およびHBL−1細胞を、10%FBS(Invitrogen、USA)を補充したRPMI1640培地(Invitrogen、USA)で培養し、次いで、細胞を、アイソタイプ対照、リツキシマブ、またはRAIIと一緒に0時間、2時間、4時間、または6時間インキュベートした。細胞表面に結合した抗体のレベルを、FITCを伴うヤギ抗ヒトFc(Abcam)によって検出した。リツキシマブでは、どちらの細胞株においても時間に応じてMFI値の低下が示された。対照的に、RAIIと一緒にインキュベートすることにより標的細胞におけるCD20内部移行はもたらされず、したがって、両方の細胞株について全ての時点において同様のMFI値が示された(図28A〜B)。これらの実験を独立して3回繰り返した。
アナフィラキシーアッセイ
動物実験は全て、施設のAnimal Care and Use Committee of the University of Texas at Austinにより承認されたプロトコールの下で実施した(ここではタンパク質の熱凝集)。免疫複合体により、FcγR発現細胞によって媒介されるアナフィラキシー応答が引き起こされる可能性がある。アナフィラキシー応答を評価するために、免疫複合体を、陰性対照として調製した熱凝集したFabによって、ならびに陽性対照としてマウスリツキシマブによって、およびRAIIによっても、63℃で1時間インキュベートすることによって形成した。各熱凝集した抗体600μgをC57BL/6Jマウス(n=3)(The Jackson Laboratory)に静脈内注射した。アナフィラキシー応答の一般的な症状の1つは、体温の低下である。したがって、マウス深部体温を、直腸サーモプローブを使用して5分ごとに測定した。mリツキシマブで処置したマウスについては、深部体温が最初の20分で約2.4℃低下し、38℃まで徐々に回復した。対照的に、RAIIで処置したマウスでは、RAIIはFcγRに結合しないので、Fabのような深部体温のいかなる変化も示されなかった。
RAIIによるin vivo抗腫瘍有効性の評価
RAIIのin vivo抗腫瘍有効性を、異種移植モデルにおいてRaji細胞およびRamos細胞を用いて評価した。細胞を、10%ウシ胎仔血清(Life Technologies)、ペニシリン、およびストレプトマイシンを伴うRPMI1640培地(Life Technologies)で培養した。次いで、50%マトリゲル(BD bioscience)を伴うRPMI1640培地200μL中2.5×105個のRaji細胞を各NOD−SCID IL2R−/−マウス(n=3)の右側腹部に皮下注射した。腫瘍の発生を、カリパス測定によって決定した。平均腫瘍サイズが50mm2になった時に(21日目)、PBS、リツキシマブ、およびRAIIを、マウス当たり抗体400μg(20mg/kg)の単一用量で21日目、24日目、および27日目に腹腔内(i.p.)注射することによって投与した。腫瘍を、腫瘍体積が200mm2になるまで少なくとも週2回、カリパスを使用して測定した。RAIIにより、PBSと比較して腫瘍の成長が有意に阻害され(一元配置ANOVA;p<0.0005)、また、RAIIにより、ADCCの完全な欠如にもかかわらず、リツキシマブと同等の抗腫瘍活性が示された(図17)。
参考文献
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Claims (14)
- 非グリコシル化野生型ヒトIgG Fcドメインの結合と比較してヒトC1qに改善された結合をすることができる非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインを含むポリペプチドであって、前記Fcドメインが、配列番号1に対し少なくとも90%の配列同一性を含み、前記Fcドメインが、K320EおよびQ386Rのアミノ酸置換を含み、前記Fcドメインにおける前記残基のナンバリングが、KabatにおけるEU指標のナンバリングであるポリペプチド。
- ヒトC1qの結合に特異的な親和性を有する、または
Fcγ受容体に検出可能に結合しない、または
ヒトC1qおよび活性化Fc受容体の結合に特異的な親和性を有する、
好ましくは、FcγRIIbに検出可能に結合しない、請求項1に記載のポリペプチド。 - 前記非グリコシル化バリアントヒトIgG Fcドメインが、Fc801(配列番号7)である、請求項1または2に記載のポリペプチド。
- アミノ酸299におけるロイシン置換(T299L)をさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載のポリペプチド。
- 非Fc受容体(非FcR)結合ドメインをさらに含み、
好ましくは、前記非FcR結合ドメインが、Ig可変ドメインであり、
より好ましくは、前記ポリペプチドが全長抗体として規定されている、請求項1〜4のいずれか一項に記載のポリペプチド。 - 前記非FcR結合領域が、抗体の抗原結合部位ではない、または
前記非FcR結合領域が、細胞表面タンパク質に結合する、または
前記非FcR結合領域が、可溶性タンパク質に結合する、請求項5に記載のポリペプチド。 - 請求項1〜6のいずれかに記載のポリペプチドをコードする核酸であって、
好ましくは、DNAセグメントである、または
好ましくは、発現ベクターである、核酸。 - 請求項7に記載の核酸を含む宿主細胞であって、
好ましくは、前記核酸を発現する、宿主細胞。 - 非グリコシル化ポリペプチドを調製するための方法であって、
a)請求項8に記載の宿主細胞を得るステップと、
b)前記非グリコシル化ポリペプチドの発現を促進するための条件下で、培養において前記宿主細胞をインキュベートするステップと、
c)前記宿主細胞から、発現された前記ポリペプチドを精製するステップと
を含み、
好ましくは、前記宿主細胞が、真核細胞であり、前記ポリペプチドが、アミノ酸299にロイシン置換(T299L)を含む、または
好ましくは、前記宿主細胞が、原核細胞である、方法。 - 薬学的に許容される担体中に、請求項1〜6のいずれか一項に記載のポリペプチドまたは請求項7に記載の核酸を含む医薬品製剤。
- 抗体を含む、対象における免疫応答を誘導するための組成物であって、前記抗体が、非グリコシル化されており、かつ請求項1〜4のいずれか一項に記載のFcドメインを含む、組成物。
- 前記非グリコシル化抗体が、ヒトC1qに特異的に結合することができる、または
前記非グリコシル化抗体が、ヒトC1qおよびヒト活性化Fc受容体に特異的に結合することができる、
好ましくは、前記非グリコシル化抗体が、グリコシル化された野生型バージョンの抗体の少なくとも50分の1のレベルで、FcγRIIbポリペプチドに特異的に結合することができる、または
前記抗体が、非グリコシル化バージョンの治療抗体である、請求項11に記載の組成物。 - 請求項1〜6のいずれか一項に記載のポリペプチドまたは請求項7に記載の核酸を含む組成物であって、該組成物は、標的細胞に対する補体依存性細胞傷害を誘導することによって対象を処置するための、好ましくは腫瘍を有する対象を処置するための組成物であり、
より好ましくは、前記腫瘍が、固形腫瘍である、または
より好ましくは、前記腫瘍が、血液学的腫瘍である、
好ましくは、前記対象が、ヒト患者である、または
好ましくは、前記組成物が、腫瘍内に、静脈内に、皮内に、動脈内に、腹腔内に、病巣内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸膜内に、気管内に、眼球内に、鼻腔内に、硝子体内に、腟内に、直腸内に、筋肉内に、皮下に、結膜下、小胞内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内に、経口によって、吸入によって、注射によって、注入によって、持続注入によって、標的細胞を直接浸す局在化灌流によって、カテーテルにより、または洗浄により投与されることを特徴とする、または
好ましくは、前記組成物が、少なくとも第2の抗がん療法と組み合わせて前記対象に投与されることを特徴とし、
さらにより好ましくは、前記第2の抗がん療法が、外科療法、化学療法、放射線療法、寒冷療法、ホルモン療法、免疫療法またはサイトカイン療法である、組成物。 - 前記組成物が、補体依存性細胞傷害を誘導し、
好ましくは、抗体依存性細胞傷害を誘導する、または
好ましくは、抗体依存性細胞傷害を誘導しない、請求項13に記載の組成物。
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