JP6810834B2 - 持続陽圧呼吸療法に対する応答を予測する方法 - Google Patents
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Description
・Ctは、使用した蛍光シグナルが所定の閾値を越えるために必要とされる定量的リアルタイム逆転写PCRアッセイにおけるサイクル数として特定されるサイクル閾値であり、
・CtマイクロRNAは、目的のマイクロRNAのサイクル閾値レベルであり、
・Ctハウスキーピング遺伝子は、ハウスキーピング遺伝子のサイクル閾値レベルを表し、
・dCtは、2を底としたlogスケールでのマイクロRNAのサイクル閾値レベルと、2を底としたlogスケールでのハウスキーピングRNAのサイクル閾値レベルとの間の差である。
(i)各マイクロRNAの発現レベルを示す個別の離散スコアの合計から得られるCPAPに対する応答の確率スコア(S)を計算するステップ、及び
(ii)この確率スコアが応答を示す確率スコアの範囲内にある場合、対象がCPAPに応答すると決定するステップ、を含む。
(i)各マイクロRNAの発現レベルを示す個別の離散スコアの合計から得られる、CPAPに対する応答の確率スコア(S)を計算するステップ、及び
(ii)この確率スコアが応答を示す確率スコアの範囲内にある場合、対象がCPAPに応答すると決定するステップを更に含む。
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.486.5pのレベルが基準対照dCt値よりも高い場合、最も特別にはdCt値−7.2より高い場合に1を加算する;
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.378a.3pのレベルが基準対照dCt値以下、最も特別にはdCt値2.6以下である場合に2を加算する;並びに、2〜3の確率スコアが、CPAPに対する応答を示す。
(i)miR.100.5p、miR.378a.3p、及びmiR.486.5pそれぞれの発現レベルを示す個別の離散スコアの合計から計算された、CPAPに対する応答の確率スコア(S)を得るステップ、及び
(ii)計算された確率スコア(S)が応答を示す確率スコアの範囲内にある場合、対象がCPAPに応答すると決定するステップ、を含む。
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.100.5pのレベルが基準対照dCt値よりも高い場合に1を加算する;
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.486.5pのレベルが基準対照dCt値より高い場合に2を加算する;
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.378a.3pのレベルが基準対照dCt値より低い場合に3を加算する;及び、
4〜6の確率スコア(S)が、CPAPに対する応答を示す。
閉塞性睡眠時無呼吸(OSA)及び抵抗性高血圧(RH)を有するが、緊急治療を必要とする無力化過眠症を有さない患者(エプワース睡眠尺度(ESS:Epworth sleep scale)≦18)におけるCPAPによる治療に対する応答の予測にmiRNA発現が寄与する可能性の評価のために、HIPARCOにおいてCPAPに対してランダム化された患者の生体試料(EDTAおよび抗凝固剤を含むチューブに回収された血漿)を得た(Martinez−Garciaら、2013、上記を参照)。
ほとんど全てのmiRNAについて、6人の比較的高い応答者の間の発現は、非応答者の発現より大きい。発現の解析により、8種の候補miRNAのサブセット(miR.100.5p、miR.29a.3p、miR.144.3p、miR.150.5p、miR.7.5p、miR.378a.3p、miR.92a、及びmiR486.5p)を同定することができた。最も低い変動性を示したため、ハウスキーピングSNORD95を選択した。このハウスキーピングを使用して、式(I)に従って各miRNAのdCtを推定した。
ピアソン相関 r=−0.49、p値=0.014
スピアマン相関 s=−0.48、p値=0.016
ピアソン相関 r=−0.56、p値=0.007
スピアマン相関 s=−0.53、p値=0.011
ピアソン相関 r=0.17、p値=0.414
スピアマン相関 s=0.19、p値=0.387
S=1*+2**
(式中、*は、dCtmiR.486.5p>−7.2の場合1を加算することを意味し、**は、dCtmiR.378a.3p≦2.6の場合2を加算することを意味するが、これはdCtmiR.486.5p>−7.2の場合は個別の離散スコア1をとってそれがSの計算に加えられ、dCtmiR.378a.3p≦2.6の場合は個別の離散スコアの値2をとってそれがSの計算に加えられることと同じである)。
S=1*+2**+3***;
(式中、*は、dCtmiR.100.5p<0.4の場合1を加算することを意味し、**は、dCtmiR.486.5p>−7.1の場合2を加算することを意味し、***は、dCtmiR.378a.3p≦2.6の場合3を加算することを意味する)。
−Martinez−Garciaら、「Effect of CPAP on Blood Pressure in Patients With Obstructive Sleep Apnea and Resistant Hypertension」、Journal of American Medical Association− 2013年、Vol.No.310(22)、2407〜2415頁。
−Lewisら、「Early predictors of CPAP Use for the Treatment of Obstructive Sleep Apnea」、Sleep−2004年、Vol.No.1、134〜138頁
−Smallら、「MicroRNA add a new dimension to Cardiovascular Disease」、Circulation−2010年、Vol.No.121、1022〜1032頁
−Burtis C.A.ら、2008年、Chapter 14、section「Statistical Treatment of Reference Values」
−国際公開第2012083004号パンフレット
−国際公開第2012065113号パンフレット
−Da Costaら、「MicroRNAs in control of cardiac hypertrophy」、Cardiovascular Researh−2012年、Vol.No.93、563〜572頁
−Hollander M, Wolfe DA(1973)Nonparametric Statistical Methods.New York:John Wiley&Sons.68〜75頁(two samples)、115〜120。
−Hosmer DW、Lemeshow S(1989)Applied logistic regression.John Wiley&Sons.8〜10、58、60、85〜86頁
−Hosmer DW、Lemeshow S(1989)Applied logistic regression.John Wiley&Sons、158〜164、204、354;および173〜182、206頁。
−Hosmer DW、Lemeshow S(2013)Applied logistic regression.John Wiley&Sons.12、14〜15、18、39〜41、86、111、114〜115、125、231、261〜262、276、280、295、345、350、353頁。
−Pencina MJ、 D’Agostino RB Sr、D’Agostino RB Jr、Vasan RS.Evaluating the added predictive ability of a new marker:from area under the ROC curve to reclassification and beyond.Stat Med.2008年;27(2):157〜72頁;考察207〜12頁。
Claims (12)
- 持続陽圧呼吸療法に対する応答を、閉塞性睡眠時無呼吸(OSA)、抵抗性高血圧、及びこれらの疾患の混合からなる群から選択される心血管疾患又は心血管関連疾患を患う
対象においてインビトロで予測するためにマイクロRNAの発現レベルを決定する方法であって、
miR.100.5p若しくはmiR.378a.3p、又はこれらの組み合わせを含む群から選択される、心血管系に機能的に関連する及び心血管疾患に関連するマイクロRNAの発現レベルを、前記対象の単離試料において決定するステップを含み、
前記応答は血圧(BP)の点から定義され、且つ前記持続陽圧呼吸に対する応答が、治療前の初期血圧に対して少なくとも4.5mmHgの血圧降下である、方法。 - 前記マイクロRNAの発現レベルが定量的リアルタイム逆転写PCRによって検出され、式(I)に従って計算されたdCtとして表される、請求項1に記載の方法:
dCt=CtマイクロRNA−Ctハウスキーピング遺伝子 (I)
式中、
・Ctは、使用した蛍光シグナルが所定の閾値を越えるために必要とされる定量的リアルタイム逆転写PCRアッセイにおけるサイクル数として特定されるサイクル閾値であり;
・CtマイクロRNAは、目的のマイクロRNAのサイクル閾値レベルであり;
・Ctハウスキーピング遺伝子は、ハウスキーピング遺伝子のサイクル閾値レベルを表し;及び
・dCtは、2を底としたlogスケールでのマイクロRNAのサイクル閾値レベルと、2を底としたlogスケールでのハウスキーピングRNAのサイクル閾値レベルとの間の差である、 - miR.100.5pの発現レベルを決定するステップを含む、請求項1又は2に記載の方法。
- miR.378a.3pの発現レベル及びmiR.486.5pの発現レベルを決定するステップを含む、請求項1又は2に記載の方法。
- miR.100.5p、miR.378a.3p、及びmiR.486.5pの発現レベルを決定するステップを含む、請求項4に記載の方法。
- 少なくとも2種のmiRNAの発現レベルが決定され、且つ、前記方法は、
(i)各マイクロRNAの発現レベルを示す個別の離散スコアの合計から得られるCPAPに対する応答の確率スコア(S)を計算するステップ;及び
(ii)前記確率スコアが応答を示す確率スコアの範囲内にある場合、前記対象がCPAPに応答すると決定するステップ;
を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。 - miR.378a.3p及びmiR.486.5pの発現レベルが定量的リアルタイム逆転写PCRによって決定され、これらが請求項2に記載の式(I)に従ってdCt値として表され;並びに
CPAPに対する応答の確率スコア(S)が、miR.378a.3p及びmiR.486.5pの発現レベルを示す個別の離散スコアの合計から計算され、前記個別の離散スコアが以下の基準に従って各マイクロRNAの発現レベルを示す、請求項6に記載の方法:
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.486.5pのレベルが基準対照dCt値よりも高い場合に1を加算する;
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.378a.3pのレベルが基準対照dCt値以下である場合に2を加える;及び
・2〜3の確率スコア(S)が、CPAPに対する応答を示す。 - miR.486.5pのレベルの基準対照値がdCt値−7.2であり、miR.378a.3pのレベルの基準対照値がdCt値2.6であり、前記dCt値が式(I)に従って計算され、ハウスキーピング遺伝子がSNORD95である、請求項7に記載の方法。
- miR.100.5p、miR.378a.3p、およびmiR.486.5pの発現レベルが、定量的リアルタイム逆転写PCRによって決定され、これらが請求項2に記載の式(I)に従ってdCt値として表され;並びに
CPAPに対する応答の確率スコア(S)が、miR.100.5p、miR.378a.3p、及びmiR.486.5pの発現レベルを示す個別の離散スコアの合計から計算され、前記個別の離散スコアが以下の基準に従って各マイクロRNAの発現レベルを示す、請求項6に記載の方法:
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.100.5pのレベルが基準対照dCt値よりも低い場合に1を加算する;
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.486.5pのレベルが基準対照dCt値より高い場合に2を加算する;
・式(I)に従ってdCt値として表されるmiR.378a.3pのレベルが基準値より低い場合に3を加算する;及び
・4〜6の確率スコア(S)が、CPAPに対する応答を示す。 - miR.100.5pのレベルの基準対照値がdCt値0.4であり、miR.486.5pのレベルの基準対照値がdCt値−7.1であり、miR.378a.3pのレベルの基準対照値がdCt値2.6であり、前記dCt値が式(I)に従って計算され、ハウスキーピング遺伝子がSNORD95である、請求項9に記載の方法。
- 前記単離試料が、血液、唾液、気管支肺胞洗浄液、及び尿からなる群から選択される、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法で持続陽圧呼吸(CPAP)療法に対する応答を予測するために、ポリメラーゼ連鎖反応試薬及び/又はノーザンブロット試薬からなる群から選択される、対象の単離試料においてマイクロRNAの発現を検出するための手段の使用。
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