JP6585117B2 - 胎児の染色体異数性の診断 - Google Patents
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Description
本発明は、一般に、さまざまな核酸配列間のアンバランスを判断することによる胎児の染色体異数性の診断検査に関し、より特定的には、血液などの母体サンプルを検査することによって13番染色体、18番染色体、21番染色体、X染色体および/またはY染色体において異数性を特定することに関する。
異数性とは、染色体(または染色体の一部)の数が異常であることを指し、先天性欠損の一般的原因である。異数性では、遺伝子はコピーが3つある場合(「トリソミー」)、またはコピーが1つしかない場合(「モノソミー」)がある。減数分裂中の染色体の不分離によって起こるこれらの染色体数の変化は、罹患した人に対して著しい影響を及ぼし、周知の症候群をもたらす。トリソミーおよびモノソミーの大半は、胎児を死に至らせ、自然流産または出生直後の死亡を引起す。しかし、いくつかの異数性は存立し得て、症候群をもたらす。生児出生の中で最も多く発生する異数性は、21番染色体、18番染色体、13番染色体トリソミーおよび性染色体の数の歪みである。乳児が生き延びることができる最も一般的な常染色体異数性は、21トリソミー(ダウン症候群)であり、これは800回の出生のうち1回の割合で発症する。18トリソミー(エドワード症候群)は、6,000回の出生のうち1回の割合で発症し、13トリソミー(パトー症候群)は、10,000回の出生のうち1回の割合で発症する。性染色体異数性(SCA)は、400人の新生児のうち1人の割合で発症し、したがって全体としてダウン症候群よりもよく起こる。SCAはさまざまな性染色体の異常を含むが、群を抜いてよく発生するSCAは、X染色体の欠失(45,X−ターナー症候群)またはXもしくはY染色体の付加(47,XXY−クラインフェルター症候群、47,XYY、47,XXX)である。これらの症状のうち、ターナー症候群のみが、容易に特定可能な物理的表現型をもたらす。しかし、ほとんどのタイプのSCAにおいてわずかな言語障害および学習障害が認められてきた。異数性の最も重要な危険因子は母体年齢である。なぜなら、異数性を患う子供の大半が35歳以上の母親の子として生まれており、そのため出産を遅らせることを選択する女性または出産を遅らせる必要がある女性が多くなるにつれて、罹患率が増加しているためである。現代の出生前スクリーニングプログラムは、通常、よく起こる胎児の21番、18番および13番染色体異数性を含んでいる。妊娠のリスクは、いくつかの手段によって評価される。染色体異数性については、超音波検査に基づく非侵襲的なスクリーニング検査および母体血清におけるマーカーの測定が、妊娠の最初の3ヶ月(第11〜14週)において高リスク妊娠を特定するために実施されてきた。ソノグラムは、赤ちゃんの首の後ろに沿って皮膚の下の流体を測定し、これは項部浮腫測定(nuchal translucency:NT)と呼ば
れる。また、ソノグラムは、赤ちゃんの鼻骨が存在するか否かも判断する。全ての妊娠した女性の血液に見られる遊離βヒト絨毛性ゴナドトロピン(hCG)および妊娠関連血漿タンパク質−A(PAPP−A)と呼ばれる2つの血清マーカーを分析するために、母体血液サンプルが用いられる。異数性妊娠では、赤ちゃんの首の後ろに余分な流体があり、および/または、hCGおよびPAPP−Aの結果が平均よりも高いかまたは低い。加えて、染色体異常を伴う妊娠の中には、赤ちゃんの鼻骨がない場合もある。年齢に関連するリスクをNT測定、鼻骨データおよび血液マーカーと組合わせることにより、ダウン症候群のリスク値および13トリソミーまたは18トリソミーの1つのリスク値が提供される。第一期のスクリーンの検出率は約90%であり、赤ちゃんがダウン症候群を患う妊娠の偽陽性率は5%であり、13トリソミーまたは18トリソミーを伴う妊娠ではいくぶん高い。項部浮腫測定ソノグラムは、hCGおよびPAPP−Aを測定することなく実施可能
である。しかし、この場合には、異数性検出率は約70%に減少する。
mRNAを用いて21番染色体の用量を求めるために、RNA−SNP対立遺伝子比率アプローチが用いられた。この方法は、PLAC4遺伝子のコーディング領域にSNPが存在することに基づいている。胎児がこのSNPに対してヘテロ接合である場合、胎児はDNA配列によって区別可能な2つの対立遺伝子を有している。胎児が正倍数体である場合、これら2つのSNP対立遺伝子の比率は1:1である。逆に、胎児が21トリソミーを患っている場合、RNA−SNP対立遺伝子比率は1:2または2:1になるであろう。ロー等(2007)4は、胎児の21番染色体トリソミー状態を非侵襲的に判断するためにこの方策を適用できることを証明した。同様に、RNA−SNPアプローチは、SERPINB2 mRNAの対立遺伝子比率の分析による18トリソミーの非侵襲的検出にも適用された。
のアプローチを用いて分析可能な新たな多型SNPマーカーについて説明してきた。1つの予備報告書は、アメリカの一般大衆の95%までをカバーする複合ヘテロ接合率を有する10個のマーカーについて説明している6。大規模な臨床試験でのこれらのマーカーの評価が、今後数年にわたって期待される。
体異数性の検出にとって濃縮度合いが十分であり得るか否かはまだ分かっていない。ダラン等(2006)10は、母体血漿中の胎児のDNAの濃縮のための別のアプローチを報告した。彼らは、母体血漿中の母体由来の浮動性DNAのかなりの部分が瀉血後に母体の白血球によって放出されると仮定した。したがって、ホルムアルデヒドを用いて母体の有核血球を固定できれば、この母体血漿中の胎児のDNAの希釈を回避できる、ということが提案された。ダラン10は、60人の妊娠している女性を含む実験において胎児DNA平均割合が34%であることを示す、21トリソミーの非侵襲的な出生前診断のためのこのアプローチの利点を証明した。しかし、いくつかの他のグループは、ホルムアルデヒド処理の有益な効果を再現することができなかった。
な方法であり、より大規模な多施設研究での臨床検証を保証することを証明している。
本発明は、シークエンシング技術との併用で、少なくとも1つのSNPを含む特定のDNA配列(すなわち標的)の多重PCRベースの増幅を組合わせることによる、21番染色体および/または18番染色体および/または13番染色体および/またはX染色体および/またはY染色体の異数性検出のための非侵襲的診断DNA検査を提供する。
予め定められた組を分別検出する方法に向けられる。したがって、本明細書に記載されている方法および材料は、母親および胎児の双方からのDNAの混合物である、浮動性DNAを含む生体サンプル(好ましくは血清または血漿)に含まれる数多くの核酸を分析し、正倍数体胎児と三倍体胎児との間の統計的有意差の検出を可能にするための技術を適用する。特に13番染色体について十分な感度および特異性を実現しない、ゲノム全体または濃縮されたサンプルに基づく現在の大規模並列シークエンス方法とは対照的に、本発明は、13番、18番、21番、XおよびY染色体異数性を同時検出する場合に特異性および感度が100%に近い(それぞれ、特異性が99.99%、感度が99.5%)非侵襲的な診断分析を提供する。本発明を特定の理論または説明に限定することなく、非侵襲的な診断異数性検査の開発の際に多重PCRがこれまで検討されなかった1つの理由は、特に13番染色体に、GCを多量に含んでいる領域が存在するからである。さらに別の理由は、US2010/0112590において、主要な発明者のうちの1人(すなわちデニス・ロー)が多重PCRの使用を思いとどまらせたからである。実際、最近の出願の116〜117段落において、例えば本発明の方法によって行われる標的増幅などの遺伝子座依存的な分析ではなく、遺伝子座独立的な分析を適用することが推奨されている。
先行技術は、浮動性DNAベースの異数性検査のための分析プラットフォームとしての大規模並列シークエンシングの実現可能性を示してきた。しかし、現行のプロトコルは、分子診断ツールとして用いられる場合には検査が高価になり、かつ、処理量が低くなる。この主な理由は、現行の検査が浮動性DNAの全ゲノムシークエンシングに基づいており、その結果、莫大なシークエンシングデータセットが生成され、そのうちのわずかな部分(〜5%)のみが胎児の倍数性状態を判断するために用いられるという事実のためである。この全ゲノムアプローチにより、大規模並列シークエンサの容量のかなりの部分を用いなければならず、その結果、シークエンシングが運転当たり限られた数の個体に対して行われ、完了するのに数日間かかることになる。さらに、個体当たり莫大なシークエンシングデータセットが生成され、効率的なデータ記憶および分析を妨げる。
:CSF)、涙、血漿、血清、唾液または経頸部洗浄液を含む。
重PCR反応などの増幅反応である。「反応」の別の例は、合成またはライゲーションによるシークエンシング反応である。本明細書において用いられる「臨床的に関連のある核酸配列」という用語は、アンバランスの可能性が検査されているより大きなゲノム配列のセグメントまたはそのより大きなゲノム配列に対応するポリヌクレオチド配列を指し得る。例としては、18番染色体、13番染色体、21番染色体、X染色体およびY染色体が挙げられる。さらに他の例としては、胎児がその両親のうちの片方または両方から受け継ぐ可能性のある突然変異遺伝子配列または遺伝的多型またはコピー数のバリエーションが挙げられる。本明細書において用いられる「背景核酸配列」という用語は、母親から生じる核酸配列または特定の分析において異数性を検査されない染色体から生じる核酸配列を指し得る。
タの第1の分類がなされ(例えば罹患状態)、またはパラメータがカットオフ値未満である場合には、定量的データの異なる分類がなされる(例えば非罹患状態)。
胎児のDNAの割合が低いことである。この割合は一般に、異数性DNA検査が最も良く行われる段階に相当する妊娠第一期(第11〜14週)においては10〜20%である。このように胎児のDNAの割合が低いことは、分子カウンティング法の場合でさえ、検査の感度および特異性に関して困難な状況である。したがって、胎児/母体の浮動性DNAの比率を最大化することが重要である。本発明は、この問題に対するさまざまな解決策を提供する。
装置が用いられる。この装置は、厳格なサイズ選択および高い回収率を可能にする、完全に自動化されたシステムである。さらに、サイズ分画プロセス全体にわたって全てのサンプルが互いに分離されるので、この装置は二次汚染リスクを完全に排除する。
さらに別の実施の形態において、1回の単一の多重PCR反応において得られる増幅されたDNA配列は30〜60個である。
Chem、53:1996〜2001)などの大規模並列シークエンシングは、並列の態様
での、高次の多重化での、試料から分離された多くの核酸分子のシークエンシングを可能にする。これらのプラットフォームの各々は、核酸断片のクローン的に拡張された単一分子またはさらには増幅されていない単一分子をシークエンシング処理する。
OC)が挙げられる。
シークエンシング出力からパラメータを求めるために用いられるコンピュータプログラム製品にまとめられ得る。コンピュータプログラムの動作は、場合によっては異数性の染色体から定量的な量を求めること、および1つ以上の他の染色体から量を求めることを伴うであろう。場合によっては異数性の染色体に胎児の染色体異数性が存在するか否かを判断するために、パラメータが求められ、適切なカットオフ値と比較されるであろう。
以下の実施例は、クレームされている発明を限定する目的ではなく例示する目的で提供されている。
本実施例において用いられるDNAサンプルは、(母体DNAを表す)女性由来の二倍体DNAサンプルを、21番染色体についての男性DNAサンプル正倍数体(人工的な正倍数体妊娠またはAEPと称される)または21番染色体についての男性DNAサンプル三倍体(人工的なトリソミー妊娠またはATPと称される)と混合することによって調製されるサンプルである。各々の人工的なサンプルは、80%の母体DNAと20%の男性DNAとの混合物から成っていた。また、21番染色体のコピーを3つ有しているダウン症候群患者に由来するDNAサンプルが分析に含まれていた。
(i)18番染色体および21番染色体アンプリコンの各々についての読取カウントを、18番染色体由来の読取カウントの総数で除算した
(ii)18番染色体および21番染色体アンプリコンの各々について、さまざまなA
EPサンプルに対する平均読取カウントを計算した
(iii)18番染色体および21番染色体アンプリコンの各々について、(i)を(ii)で除算した
(iv)各染色体および各サンプルについて、(iii)の平均値を計算した
(v)(iv)のもとでAEPおよびATP当たり計算された平均値を除算することによって、観察された正規化21番染色体/18番染色体比率を計算した。
1.実施例において用いられるプライマ配列
まず、プライマ当たり10pmolを用いて、20ngのゲノムDNAに対して、単性PCR反応においてプライマ対を検査した。他のパラメータは、多重PCRのものと同等であった。各dNTP(カリフォルニア州カールズバッドのインビトロゲン社)の最終濃度が0.25mMであるTitanium(登録商標)Taq PCR緩衝剤(カリフォルニア州パロアルトのクロンテック社)と合計0.125mlのTitanium(登録商標)Taq DNAポリメラーゼ(クロンテック社)とを含む25ml反応において、50ngのゲノムDNAに対して多重PCR反応が行われた。プライマ濃度は、最適化され、0.05pmol/ml〜0.2pmol/mlの最終濃度の間で変更された。
Claims (13)
- 妊娠している女性において胎児の染色体異数性を検出する方法であって、
i)前記妊娠している女性からの生体サンプルから浮動性DNAを調製するステップと、
ii)少なくとも1回の定量的な多重PCR反応において、異数性であると疑われる少なくとも1つの染色体から標的DNA配列の選択された組を増幅し、正倍数性であると推定される少なくとも1つの基準染色体から標的DNA配列の選択された組を増幅するステップとを備え、前記方法はさらに、
iii)増幅された標的DNA配列のシークエンシングを行うステップと、
iv)胎児の染色体異数性の存在を示すセットスコアを統計的方法によって求めるために、前記異数性であると疑われる少なくとも1つの染色体の全ての増幅されたDNA配列についての読取カウントの合計を計算し、続いて前記正倍数性であると推定される少なくとも1つの基準染色体の全ての増幅されたDNA配列についての読取カウントの合計に対して正規化を行うステップとを備え、前記セットスコアが、前記異数性であると疑われる少なくとも1つの染色体の全ての増幅されたDNA配列についての読取カウントの正規化された合計の増加を反映する場合に、前記妊娠している女性における胎児の染色体異数性の存在を示す、方法。 - ii)において、少なくとも1つの増幅されたDNA配列は、少なくとも1つのSNPを含み、前記少なくとも1つのSNPに対して女性はヘテロ接合である、請求項1に記載の方法。
- 前記セットスコアが、浮動性DNA中の胎児配列のパーセンテージに少なくとも一部基づいて決定される、請求項1または2に記載の方法。
- 前記胎児の染色体異数性は、13番染色体および/または18番染色体および/または21番染色体および/またはX染色体および/またはY染色体である、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記生体サンプルは、母体血液、血漿、尿、脳脊髄液、血清、唾液または経頸部洗浄液である、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 増幅されたDNA配列は、塩基対が30〜180個のサイズを有する、請求項1から5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記浮動性DNAの調製には細胞安定化薬品が用いられる、請求項1から6のいずれか1項に記載の方法。
- 標的DNA配列のGC含有率は、20〜70%である、請求項1から7のいずれか1項に記載の方法。
- 前記浮動性DNAの調製にはサイズ分画が用いられる、請求項1から8のいずれか1項に記載の方法。
- 増幅されたDNA配列は、単一のPCR反応において得られる、請求項1から9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記単一の多重PCR反応において、40個以上の増幅されたDNA配列が得られる、請求項10に記載の方法。
- 前記単一の多重PCR反応において、60個以上の増幅されたDNA配列が得られる、請求項10に記載の方法。
- 請求項1から12に記載の方法のいずれかにおいて行われるステップii)を実行するために用いられる、プライマを含むキット。
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