JP6485855B2 - アプタマーを用いた被検物の電気化学検出法 - Google Patents
アプタマーを用いた被検物の電気化学検出法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6485855B2 JP6485855B2 JP2014204677A JP2014204677A JP6485855B2 JP 6485855 B2 JP6485855 B2 JP 6485855B2 JP 2014204677 A JP2014204677 A JP 2014204677A JP 2014204677 A JP2014204677 A JP 2014204677A JP 6485855 B2 JP6485855 B2 JP 6485855B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- aptamer
- test substance
- peptide
- electrochemically
- analyte
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Landscapes
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Investigating Or Analyzing Materials By The Use Of Electric Means (AREA)
Description
[1]被検サンプル中の被検物の検出方法であって、
被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーを、電極上又は電極間で被検サンプルと接触させる工程、
電極に電圧を印加し、電流を測定する工程
を含む、被検物の検出方法。
[2]被検物が、ウイルス、細菌、真菌、原生生物、天然分子及び合成分子からなる群より選択される少なくとも1種である、[1]に記載の方法。
[2-1]被験物がインフルエンザウイルスである、[1]又は[2]に記載の方法。
[3]アプタマーが、タンパク質アプタマー、ペプチドアプタマー、ペプチド核酸アプタマー、及び核酸アプタマーからなる群より選択される少なくとも1種である、[1]又は[2]に記載の方法。
[3-1]アプタマーが、配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるペプチド、又は配列番号5に示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなりかつインフルエンザウイルスに対して特異的に結合するペプチドを含む、[1]又は[2]に記載の方法。
[4]アプタマーがチオフェン、アニリン、ピロール及びアセチレンからなる群より選択される少なくとも1種を有する電気化学重合性基を含む、[1]〜[3]のいずれかに記載の方法。
[4-1]アプタマーがチオフェンを有する電気化学重合性基を含む、[1]〜[3]のいずれかに記載の方法。
[5]電気化学重合性基が3,4-エチレンジオキシチオフェン(EDOT)である、[4]に記載の方法。
[6]被検物を含まない対照サンプルと比較して電流が増大している場合には、被検サンプルが被検物を含むことを示す、[1]〜[5]のいずれかに記載の方法。
[7]被検物を含む対照サンプルと比較して電流が低下している場合には、被検サンプルが被検物を含まない又は対照サンプルよりも少ない被検物を含むことを示す、[1]〜[5]のいずれかに記載の方法。
[7-1]電極が金電極である、[1]〜[7]のいずれかに記載の方法。
[8]被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーを含むことを特徴とする被検物検出用キット。
[9]被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーを含む被検物結合手段と、
電極を含む検出手段と
を備えることを特徴とする被検物センサ。
[10]インフルエンザウイルスに対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するペプチドアプタマー。
[10-1]配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるペプチド、又は配列番号5に示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなりかつインフルエンザウイルスに対して特異的に結合するペプチドを含む、電気化学重合するペプチドアプタマー。
[11][10-1]に記載のペプチドアプタマーを含むことを特徴とするインフルエンザウイルス検出用キット。
[12][10-1]に記載のペプチドアプタマーを含むインフルエンザウイルス結合手段と、
電極を含む検出手段と
を備えることを特徴とするインフルエンザウイルスセンサ。
[13]被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーの製造方法であって、
電気化学重合性基を含むアプタマーを調製する工程、
前記アプタマーが、被検物の存在下において電気化学重合せず、被検物の不在下において電気化学重合することを確認する工程
を含む、アプタマーの製造方法。
[14]被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーの製造方法であって、
電気化学重合性基を含む分子から構成されるライブラリを調製する工程、
前記ライブラリの分子を被検物と接触させ、被検物と特異的に結合する分子を選択する工程、
選択した分子が、被検物の存在下において電気化学重合せず、被検物の不在下において電気化学重合することを確認する工程
を含む、アプタマーの製造方法。
[14-1]アプタマーがペプチドアプタマーであり、ライブラリがリボソームディスプレイによるペプチドライブラリである、[14]に記載の方法。
[14-2]被検物が、ウイルス、細菌、真菌、原生生物、天然分子及び合成分子からなる群より選択される少なくとも1種である、[13]又は[14]に記載の方法。
[14-3]被験物がインフルエンザウイルスである、[13]又は[14]に記載の方法。
[14-4]分子が、タンパク質、ペプチド、ペプチド核酸、及び核酸からなる群より選択される少なくとも1種である、[14]に記載の方法。
[14-5]電気化学重合性基がチオフェン、アニリン、ピロール及びアセチレンからなる群より選択される少なくとも1種を有する、[13]又は[14]に記載の方法。
[14-6]電気化学重合性基が3,4-エチレンジオキシチオフェン(EDOT)である、[14-5]に記載の方法。
[15][13]又は[14]に記載の方法により製造されたアプタマー。
本発明は、被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーを用いた被検物の検出方法に関する。本発明において「検出」とは、被検サンプル中の被検物の存在の有無を検出することだけではなく、被検物を定量的に検出すること、被検物の存在比を決定することも含む。
電気化学重合するアプタマーを製造するために、電気化学重合性基として3,4-エチレンジオキシチオフェン(EDOT)を有する非標準アミノ酸をペプチドアプタマーに組み込む選択系としてリボソームディスプレイを開発した。これを用いて、図2に示す手法でアプタマーの試験管内選別(in vitroセレクション)を実施した。
まず、電気化学重合するペプチドアプタマーを得るため、EDOTと結合させたアミノフェニルアラニンを有するtRNAを調製した。最初に、tBoc-ε-アミノフェニルアラニンを5’-O-ホスホリル-2’-デオキシシチジリル-(3’-5’)アデノシン(pdCpA)と結合させ、EDOTをアミノフェニルアラニル-pdCpAと結合させた。次に、EDOT-スクシンイミジルエステルのDMSO溶液を、DMSO溶液と、水性ピリジン-HCl(5M, pH 5.0, 80μL)中のアミノフェニルアラニル-pdCpA(AF-pdCpA)(5 mM, 40μL)と混合した。37℃で3時間インキュベーション後、EDOT-AF-pdCpAを、逆相HPLC(Waters XTerra C18; 2.5μm、4.6 mm × 20 mm)で、流速1.5 mL/分、10分での0.1%トリフルオロ酢酸中0%〜100%アセトニトリルの線形勾配を用いて精製した。MALDI-TOFMS(Voyager, Applied Biosystems)により、[M-H]-の計算値1010.83のところ1010.20の値を得、生成物を確認した。
ランダム配列ライブラリとして、アンバーコドンを含むDNAのランダム配列ライブラリ、すなわち(VVN)3TAG(VVN)7(VはG、C又はAを表し、NはG、C、T又はAを表す)(配列番号1)を作製した。具体的には、T7 RNAポリメラーゼのプライマー配列、大腸菌(Escherichia coli)リボソーム結合配列、SfiI制限酵素配列、タンパク質リンカー配列、及びリボソーム停止配列を有するプラスミド(13Trx)を使用し、並行してランダム二本鎖DNA(dsDNA)を調製した。ライブラリの配列はOperon Co. Ltd.(Tokyo, Japan)から入手した。その配列は、5’-ATATGGCCATGCAGGCC(VVN)3TAG(VVN)7GGCCAGCTAGGCCAGTT-3’(VはG、C又はAを表し、NはG、C、T又はAを等しく表す)(配列番号2)であった。VVNは、疎水性アミノ酸(例えばロイシン、バリン、トリプトファン等)以外の12種の天然アミノ酸のみ、及び停止コドン(TAG、TAA及びTGA)を含む。この設計は、水性バッファー中での高溶解度のため、及びEDOTの意図しない追加の組み込みなくライブラリ配列の同じ位置にEDOT分子を組み込むためのものである。Takara Ex taq DNAポリメラーゼ(Takara Bio Inc., Otsu, Shiga, Japan)を用いたポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を1サイクル行ってdsRNAを調製し、QIAquick PCR Purification kit(Qiagen, Valencia, CA, USA)を用いて精製した。得られたdsDNA及び13Trxプラスミドを制限酵素(SfiI; New England Biolabs, Ipswich, MA, USA)で消化し、ライゲートした(DNA Ligation Kit; Takara Bio)。最後に、二本鎖DNAライブラリを、新たなプライマー(New-T7-fp-rec-1: 5’-GTAATACGACTCACTATAGGCCGCGTCGACAATAA-3’(配列番号3)及びNew-rp-fp-M13-NS: 5’-GATTACGCCAAGCTGAGTGAGA-3’(配列番号4))を用いたPCRにより調製した。ランダム配列DNAライブラリのin vitro転写のため、37℃にて3時間転写を実施し、続いて産物をDNaseで処理した。RNeasy kits(Qiagen)を用いてmRNAを精製した。
翻訳したライブラリ溶液を、選択バッファー(0.1%Tween 20、50 mM Tris、150 mM NaCl、50 mM酢酸マグネシウム)中のシリカアフィニティビーズ(Sumitomo Bakelite co., ltd, Tokyo, Japan)上に固定された不活化インフルエンザウイルスA/California/07/2009(H1N1, Denka Seiken co., ltd, Tokyo, Japanより供与)と共に4℃で1時間インキュベートして、アフィニティセレクションを実施した。ウイルス固定化ビーズを10,000 gで5分遠心して回収し、4℃にて洗浄バッファー(50 mM Tris、150 mM NaCl、50 mM酢酸マグネシウム)を用いて未結合のmRNA-リボソーム-ペプチド複合体を洗い流した。室温にて30分間エチレンジアミン四酢酸(EDTA)と共にインキュベートした後、結合したmRNA-リボソーム-ペプチド複合体からmRNAを回収した。
実施例1で得られたペプチド配列の中から重複があった3つのペプチド配列を化学合成し、後述するようにインフルエンザへの結合性を確認するため、ペプチドにフルオレセインを付加した(表1)。
合成したペプチドのアフィニティを実施例1の(3)と同様に試験し、図3に示すように比較した。3つのペプチドアプタマーのうち、#7のみがインフルエンザウイルスに対する結合アフィニティを示した。
最も結合性の高かったペプチド#7を用い、ペプチド#7の重合を調べた。すなわち、図1に示すような原理でインフルエンザ濃度に応じた電流変化があるかどうかを調べた。
図5に概略を示すように、金(Au)電極(OD: 6 mm、ID: 3 mm;ALS Co., Ltd, Tokyo, Japan)を作用電極として使用し、プラチナ(Pt)ワイヤー及びAg/AgCl電極(RE-1S、ALS Co., Ltd, Tokyo, Japan)をそれぞれ対電極及び参照電極として使用した。図5の(a)は、実際の実験設定の全体的観点、(b)は対応する概略図、(c)は(a)の部分拡大イメージである。金電極を最初に6μm研磨ダイアモンドを用いて機械的に研磨し、続いて0.05μm研磨アルミナスラリーを用いて研磨した後、milliQで十分にすすいだ。
実験は、autolab(AUTOLAB PGSTAT128N, Eco Chemie B.V., Utrecht, Netherlands)を用いて実施した。分析物として、ペプチド#7のストック溶液をmilliQで調製し、続いて0.1 M Tris-HClバッファー(pH 7.0)で所望の濃度にまで希釈した。
金電極表面上でのペプチド#7の重合及び沈着をFITC標識ペプチド#7を用いて確認した。
配列番号3及び4:人工配列(プライマー)
配列番号5〜7:人工配列(合成ペプチド)
Claims (14)
- 被検サンプル中の被検物の検出方法であって、
被検物に対して特異的に結合し、かつ被検物の存在下において電気化学重合しないが被検物の不在下において電気化学重合するアプタマーを、電極上又は電極間で被検サンプルと接触させる工程、
電極に電圧を印加し、電流を測定する工程
を含む、被検物の検出方法。 - 被検物が、ウイルス、細菌、真菌、原生生物、天然分子及び合成分子からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項1に記載の方法。
- アプタマーが、タンパク質アプタマー、ペプチドアプタマー、ペプチド核酸アプタマー、及び核酸アプタマーからなる群より選択される少なくとも1種である、請求項1又は2に記載の方法。
- アプタマーがチオフェンを有する電気化学重合性基を含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 電気化学重合性基が3,4-エチレンジオキシチオフェン(EDOT)である、請求項4に記載の方法。
- 被検物を含まない対照サンプルと比較して電流が増大している場合には、被検サンプルが被検物を含むことを示す、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 被検物を含む対照サンプルと比較して電流が低下している場合には、被検サンプルが被検物を含まない又は対照サンプルよりも少ない被検物を含むことを示す、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 被検物に対して特異的に結合し、かつ被検物の存在下において電気化学重合しないが被検物の不在下において電気化学重合するアプタマーを含むことを特徴とする被検物検出用キット。
- 被検物に対して特異的に結合し、かつ被検物の存在下において電気化学重合しないが被検物の不在下において電気化学重合するアプタマーを含む被検物結合手段と、
電極を含む検出手段と
を備えることを特徴とする被検物センサ。 - 配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるペプチド、又は配列番号5に示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなりかつインフルエンザウイルスに対して特異的に結合するペプチドを含む、電気化学重合するペプチドアプタマー。
- 請求項10に記載のペプチドアプタマーを含むことを特徴とするインフルエンザウイルス検出用キット。
- 請求項10に記載のペプチドアプタマーを含むインフルエンザウイルス結合手段と、
電極を含む検出手段と
を備えることを特徴とするインフルエンザウイルスセンサ。 - 被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーの製造方法であって、
電気化学重合性基を含むアプタマーを調製する工程、
前記アプタマーが、被検物の存在下において電気化学重合せず、被検物の不在下において電気化学重合することを確認する工程
を含む、アプタマーの製造方法。 - 被検物に対して特異的に結合し、かつ電気化学重合するアプタマーの製造方法であって、
電気化学重合性基を含む分子から構成されるライブラリを調製する工程、
前記ライブラリの分子を被検物と接触させ、被検物と特異的に結合する分子を選択する工程、
選択した分子が、被検物の存在下において電気化学重合せず、被検物の不在下において電気化学重合することを確認する工程
を含む、アプタマーの製造方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2014204677A JP6485855B2 (ja) | 2014-10-03 | 2014-10-03 | アプタマーを用いた被検物の電気化学検出法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2014204677A JP6485855B2 (ja) | 2014-10-03 | 2014-10-03 | アプタマーを用いた被検物の電気化学検出法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2016075511A JP2016075511A (ja) | 2016-05-12 |
JP6485855B2 true JP6485855B2 (ja) | 2019-03-20 |
Family
ID=55951153
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014204677A Active JP6485855B2 (ja) | 2014-10-03 | 2014-10-03 | アプタマーを用いた被検物の電気化学検出法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6485855B2 (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2021032607A (ja) * | 2019-08-20 | 2021-03-01 | 学校法人早稲田大学 | アプタマー固定化半導体センシングデバイス及び非荷電分子の検出方法 |
CN114113267B (zh) * | 2021-12-28 | 2023-07-14 | 郑州大学 | 基于TdT和G4/hemin模拟酶扩增技术的适配体传感器的构建方法及应用 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010151817A1 (en) * | 2009-06-25 | 2010-12-29 | The Regents Of The University Of California | Probe immobilization and signal amplification for polymer-based biosensor |
CA2864035C (en) * | 2012-02-15 | 2021-05-18 | Oxford Nanopore Technologies Limited | A method for determining the presence of an analyte using an aptamer |
CN103837588B (zh) * | 2014-03-26 | 2015-10-14 | 山东理工大学 | 一种检测抗生素残留的适配体传感器的制备方法 |
-
2014
- 2014-10-03 JP JP2014204677A patent/JP6485855B2/ja active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2016075511A (ja) | 2016-05-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Ma et al. | A multi-walled carbon nanotubes based molecularly imprinted polymers electrochemical sensor for the sensitive determination of HIV-p24 | |
Contreras Jiménez et al. | Aptamer-based label-free impedimetric biosensor for detection of progesterone | |
Xia et al. | Design of electrochemical biosensors with peptide probes as the receptors of targets and the inducers of gold nanoparticles assembly on electrode surface | |
Du et al. | Sensitive immunosensor for cancer biomarker based on dual signal amplification strategy of graphene sheets and multienzyme functionalized carbon nanospheres | |
Wang et al. | Graphene-based aptamer logic gates and their application to multiplex detection | |
Wang et al. | Au-nanoclusters incorporated 3-amino-5-mercapto-1, 2, 4-triazole film modified electrode for the simultaneous determination of ascorbic acid, dopamine, uric acid and nitrite | |
Wu et al. | Electrochemical aptasensor for the detection of adenosine by using PdCu@ MWCNTs-supported bienzymes as labels | |
Cao et al. | Aptamer-based homogeneous protein detection using cucurbit [7] uril functionalized electrode | |
JP5305254B2 (ja) | 標的物質の検出方法 | |
JP2002524021A (ja) | 分子相互作用の検出および薬剤発見のための電気化学的プローブ | |
Salimi et al. | Highly sensitive electrochemical aptasensor for immunoglobulin E detection based on sandwich assay using enzyme-linked aptamer | |
Fu et al. | Trimetallic signal amplification aptasensor for TSP-1 detection based on Ce-MOF@ Au and AuPtRu nanocomposites | |
Wang et al. | A sensitive and versatile “signal-on” electrochemical aptasensor based on a triple-helix molecular switch | |
Zhao et al. | An electrochemical dual-signaling aptasensor for the ultrasensitive detection of insulin | |
Su et al. | A carbon-based DNA framework nano–bio interface for biosensing with high sensitivity and a high signal-to-noise ratio | |
Kim et al. | Biomimetic isolation of affinity peptides for electrochemical detection of influenza virus antigen | |
Huang et al. | Highly sensitive detection of lipopolysaccharide based on collaborative amplification of dual enzymes | |
Kun et al. | A “signal-on” switch electrochemiluminescence biosensor for the detection of tumor cells | |
Cui et al. | An antifouling electrochemical biosensor based on a protein imprinted hydrogel for human immunoglobulin G recognition in complex biological media | |
Zhu et al. | Highly sensitive electrochemiluminescent biosensor for adenosine based on structure-switching of aptamer | |
Gholivand et al. | A sensitive electrochemical genosensor for highly specific detection of thalassemia gene | |
Cheng et al. | One step electrochemical detection for matrix metalloproteinase 2 based on anodic stripping of silver nanoparticles mediated by host-guest interactions | |
Zhang et al. | Ultrasensitive detection of hERG potassium channel in single-cell with photocleavable and entropy-driven reactions by using an electrochemical biosensor | |
Lin et al. | Target-driven assembly of DNAzyme probes for simultaneous electrochemical detection of multiplex microRNAs | |
JP6485855B2 (ja) | アプタマーを用いた被検物の電気化学検出法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170927 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20180629 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20180710 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180906 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20190122 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20190214 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6485855 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |