JP6445516B2 - 組換えポリペプチドの生産 - Google Patents

Description

１．技術分野
本発明は、組換えポリペプチドの生産に関する。より具体的には、本発明は、例えば、１つ又は複数のｍｉＲＮＡのレベルを増大又は低減することにより、組換えポリペプチド産生細胞株の生産性を高めるためのｍｉＲＮＡの調節に関する。

２．背景
培養した哺乳動物細胞は、組換えポリペプチドの生産に用いられることが多い。哺乳動物細胞培養物は、例えば、適正なタンパク質折り畳み、集合及び翻訳後修飾など、非哺乳動物系に対して多くの利点を提供する。しかし、依然として、大規模哺乳動物培養の生産性改善の課題、例えば、増殖レベル、細胞ストレス、及び翻訳速度に関する課題などが存在する。多くの工業的細胞培養プロセスでは、大型バイオリアクター内で、細胞を懸濁物として高密度で培養し、多くの場合、細胞をその最適増殖条件より多く増殖させる。これらの条件下では、アポトーシスがトリガーされことがあり、その結果として、細胞生存能及び生産性が低下する場合がある。そのため、多くの生産最適化戦略は、アポトーシスの防止と、培地製剤及び増殖条件の増強による細胞代謝の改変に依存している。近年の研究から、細胞生産性は、複数の重要な細胞経路を調節する鍵分子（例えば、転写因子など）の全体的遺伝子発現パターンを改変することによって増大できることが示唆されている。

ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、植物及び動物にみいだされる約２２個のヌクレオチドからなる微小な非コードＲＮＡ分子であり、遺伝子発現の重要な転写及び転写後調節因子である。ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡ分子内の相補的配列と塩基対合することにより機能し、往々にして、遺伝子サイレンシングを起こし、細胞増殖、発生及び分化に関する調節機能などの動物及び植物における多様な生物学的経路に関与している。ｍｉＲＮＡは、細胞のホメオスタシスの維持、並びに増殖及びアポトーシスなどの重要な細胞の経路の調節に重要な役割を果たす。不適切なｍｉＲＮＡ発現は、癌を含む多くの疾患に関連しており、こうした疾患において、これらは、多数のタンパク質及び経路を同時に改変することにより、病因に寄与し得る。

単一のｍｉＲＮＡの変化が、複数の生理学的プロセスに影響する能力は、生産細胞培養におけるｍｉＲＮＡ発現の修飾によって、産生細胞増殖期を延長し、より高い抗体力価を生み出すと共に、生産性を高め得ることを示している（Ｓａｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００７）“ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｌｅｔ−７ａ ｄｏｗｎ−ｒｅｇｕｌａｔｅｓ ＭＹＣ ａｎｄ ｒｅｖｅｒｔｓ ＭＹＣ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｉｎ Ｂｕｒｋｉｔｔ Ｌｙｍｐｈｏｍａ ｃｅｌｌｓ．”Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７（２０）：９７６２−９７７０；Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）“ＭｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｆａｃｔｏｒｉｅｓ．”Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６（７）：３５９−３６５；及びＢａｒｒｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）“Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｇｒｏｗｔｈ ａｎｄ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｂｙ ｏｖｅｒ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｍｉＲ−７．”Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １５１（２）：２０４−１１）。従って、研究者らは、主に、生産培養全体を通して起こる内在性ｍｉＲＮＡの改変の分析により、哺乳動物細胞培養物中のｍｉｃｒｏＲＮＡの役割を調べ始めた（Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）“ＭｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｆａｃｔｏｒｉｅｓ．”Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６（７）：３５９−３６５；Ｂａｒｒｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）“Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｇｒｏｗｔｈ ａｎｄ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｂｙ ｏｖｅｒ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｍｉＲ−７．”Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １５１（２）：２０４−１１；Ｇａｍｍｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００７）“Ｉｎｉｔｉａｌ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｌｏｗ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ａｎｄ ｃｕｌｔｕｒｅ ｓｔａｇｅ ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎ ＣＨＯ−Ｋ１ ｃｅｌｌｓ．”Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １３０：２１３−２１８；及びＨａｃｋｌ ｅｔ ａｌ．（２０１０）“Ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｍｉｃｒｏＲＮＡ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ：Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｏｆ ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｃｅｌｌｕｌａｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．”Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １５３（１−２）：６２−７５）。また、少数の研究において、異所的に発現したｍｉＲ又は抗ｍｉＲのＣＨＯ細胞に対する作用も調査されている（Ｂａｒｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｍｅｌｅａｄｙ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｄｒｕｚ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。しかし、治療生物製剤の生産を高めるためにこの技術を常用的に実施できるようにする前に、ＣＨＯ細胞における改変ｍｉＲＮＡの作用について、より注意深い特性決定が必要である。

Ｓａｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００７）"ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｌｅｔ−７ａ ｄｏｗｎ−ｒｅｇｕｌａｔｅｓ ＭＹＣ ａｎｄ ｒｅｖｅｒｔｓ ＭＹＣ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｉｎ Ｂｕｒｋｉｔｔ Ｌｙｍｐｈｏｍａ ｃｅｌｌｓ．"Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７（２０）：９７６２−９７７０ Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）"ＭｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｆａｃｔｏｒｉｅｓ．"Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６（７）：３５９−３６５ Ｂａｒｒｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）"Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｇｒｏｗｔｈ ａｎｄ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｂｙ ｏｖｅｒ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｍｉＲ−７．"Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １５１（２）：２０４−１１ Ｇａｍｍｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００７）"Ｉｎｉｔｉａｌ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｌｏｗ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ａｎｄ ｃｕｌｔｕｒｅ ｓｔａｇｅ ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎ ＣＨＯ−Ｋ１ ｃｅｌｌｓ．"Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １３０：２１３−２１８ Ｈａｃｋｌ ｅｔ ａｌ．（２０１０）"Ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｍｉｃｒｏＲＮＡ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ：Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｏｆ ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｃｅｌｌｕｌａｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．"Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １５３（１−２）：６２−７５

３．概要
本明細書には、哺乳動物細胞が、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する哺乳動物細胞培養物中で組換えポリペプチドを生産する方法が開示される。一実施形態では、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性は、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤によって抑制される。一実施形態では、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤を含む。別の実施形態では、哺乳動物細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの合成アンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤でトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む。一実施形態では、オリゴヌクレオチド阻害剤は、ヌクレアーゼ耐性を改善し、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を高め、及び／又は結合親和性を増大するように、化学的に修飾される。一実施形態では、哺乳動物細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤をコードする発現ベクターでトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む。哺乳動物細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤で安定的又は一過的にトランスフェクトすることができる。別の実施形態では、哺乳動物細胞は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ遺伝子ノックアウトを含む。

好適な哺乳動物細胞は、限定するものではないが、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、マウス骨髄腫（ＮＳ０）、ヒト胎児由来腎臓（ＨＥＫ２９３及び２９３Ｔ、２９３Ｈなどの誘導体）、ベビーハムスター腎（ＢＨＫ）細胞、ベロ（Ｖｅｒｏ）細胞、ＨｅＬａ細胞、メイディン・ダービー・イヌ腎（ＭＤＣＫ）細胞、ＣＶ１サル腎細胞、３Ｔ３細胞、骨髄腫細胞株、ＰＣ１２、ＷＩ３８細胞、サル腎線維芽細胞のＣＯＳ−７株、及びＣ１２７が挙げられる。

好適な組換えポリペプチドとしては、抗体又はその結合断片及び非抗体タンパク質が挙げられる。一実施形態では、抗体又はその結合断片は、多重特異性抗体、完全ヒト型抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、ＣＤＲ移植抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、及び抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体から選択される。一実施形態では、抗体又はその結合断片は、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹから選択されるアイソタイプを含む。別の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４から選択されるアイソタイプを含む。

別の実施形態では、組換えポリペプチドは、非抗体タンパク質を含む。一実施形態では、組換えポリペプチドは、融合タンパク質を含む。別の実施形態では、組換えポリペプチドは、受容体を含む。一実施形態では、組換えポリペプチドは、細胞表面タンパク質のリガンドを含む。別の実施形態では、細胞表面タンパク質は、受容体を含む。別の実施形態では、組換えポリペプチドは、分泌タンパク質を含む。別の実施形態では、組換えポリペプチドは、酵素を含む。別の実施形態では、組換えポリペプチドは、スカフォールド模倣物を含む。

一実施形態では、細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大した比生産性を有する。一実施形態では、細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大した最大生産性を有し、これは、ピーク生存細胞密度（ＶＣＤ）で決定される。一実施形態では、細胞培養物は、増大した比生産性を有し、ここで、上記細胞培養物中で生存細胞１個当たりの抗体の力価は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して増加している。

一実施形態では、アポトーシス、タンパク質翻訳又は細胞代謝の少なくとも１つの媒介因子の発現は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して哺乳動物細胞培養物中で増大している。一実施形態では、ＨＭＧＡ２、ＭＹＣ、ＮＦ２，ＮＩＲＦ、ＲＡＢ４０Ｃ、及びｅＩＦ４ａから選択されるｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの少なくとも１つの標的の発現は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して細胞培養物中で増大している。

一実施形態では、哺乳動物細胞は、対照細胞培養物と比較して、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１、及びそれらの組み合わせから選択される第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの増大した活性を有する。一実施形態では、哺乳動物細胞は、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１、又はそれらの組み合わせを発現することができる発現ベクターでトランスフェクトされる。一実施形態では、哺乳動物細胞は、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、及びそれらの組み合わせから選択される第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの低減した活性を有する。一実施形態では、第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの活性は、第２のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤によって抑制される。一実施形態では、第２のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤は、アンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤を含む。一実施形態では、哺乳動物細胞培養物は、第２のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤でトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む。一実施形態では、第２のオリゴヌクレオチド阻害剤は、ヌクレアーゼ耐性を改善し、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を高め、及び／又は結合親和性を増大するように、化学的に修飾されている。一実施形態では、哺乳動物細胞培養物は、第２のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤をコードする発現ベクターでトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む。

さらに、組換えポリペプチドを発現するように設計された哺乳動物細胞株であって、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する哺乳動物細胞；ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤をコードする１つ又は複数のベクターと、組換えタンパク質をコードするヌクレオチド配列とを含む発現系；ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンス阻害剤を含む細胞培地；並びにｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤でトランスフェクトした哺乳動物細胞を含む哺乳動物細胞培養物から産生される組換えポリペプチドも開示される。
本発明はまた、以下に関する。
[項目１]
哺乳動物細胞培養物において組換えポリペプチドを生産する方法であって、以下：
（ａ）抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する哺乳動物細胞を得るステップ；
（ｂ）前記哺乳動物細胞を培養して、組換えポリペプチドを産生するステップ；及び
（ｃ）タンパク質を回収するステップ
を含む方法。
[項目２]
前記ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤によって抑制される、項目１に記載の方法。
[項目３]
前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤を含む、項目２に記載の方法。
[項目４]
前記哺乳動物細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの合成アンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤でトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む、項目３に記載の方法。
[項目５]
前記オリゴヌクレオチド阻害剤が、ヌクレアーゼ耐性を改善し、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を高め、及び／又は結合親和性を増大するように、化学的に修飾される、項目４に記載の方法。
[項目６]
前記哺乳動物細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤をコードする発現ベクターでトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む、項目１に記載の方法。
[項目７]
前記哺乳動物細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤で安定的にトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む、項目１に記載の方法。
[項目８]
前記哺乳動物細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤で一過的にトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む、項目１に記載の方法。
[項目９]
前記哺乳動物細胞培養物が、以下：チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、マウス骨髄腫（ＮＳ０）、ヒト胎児由来腎臓（ＨＥＫ２９３）、ベビーハムスター腎（ＢＨＫ）細胞、ベロ（Ｖｅｒｏ）細胞、ＨｅＬａ細胞、メイディン・ダービー・イヌ腎（ＭＤＣＫ）細胞、ＣＶ１サル腎細胞、３Ｔ３細胞、骨髄腫細胞株、ＰＣ１２、ＷＩ３８細胞、サル腎線維芽細胞のＣＯＳ−７株、及びＣ１２７から選択される哺乳動物細胞を含む、項目１に記載の方法。
[項目１０]
前記哺乳動物細胞が、チャイニーズハムスター卵巣細胞を含む、項目１に記載の方法。
[項目１１]
前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ遺伝子ノックアウトを含む、項目１に記載の方法。
[項目１２]
前記組換えポリペプチドが、抗体又はその結合断片を含む、項目１に記載の方法。
[項目１３]
前記抗体又はその結合断片が、多重特異性抗体、完全ヒト型抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、ＣＤＲ移植抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ'）断片、及び抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体から選択される、項目１２に記載の方法。
[項目１４]
前記抗体又はその結合断片が、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹから選択されるアイソタイプを含む、項目１３に記載の方法。
[項目１５]
前記抗体が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４から選択されるアイソタイプを含む、項目１３に記載の方法。
[項目１６]
前記組換えポリペプチドが、非抗体タンパク質を含む、項目１に記載の方法。
[項目１７]
前記組換えポリペプチドが、融合タンパク質を含む、項目１に記載の方法。
[項目１８]
前記組換えポリペプチドが、受容体を含む、項目１に記載の方法。
[項目１９]
前記組換えポリペプチドが、細胞表面タンパク質のリガンドを含む、項目１に記載の方法。
[項目２０]
前記細胞表面タンパク質が、受容体を含む、項目１９に記載の方法。
[項目２１]
前記組換えポリペプチドが、分泌タンパク質を含む、項目１に記載の方法。
[項目２２]
前記組換えポリペプチドが、酵素を含む、項目１に記載の方法。
[項目２３]
前記細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大した比生産性を有する、項目１に記載の方法。
[項目２４]
前記細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大した最大生産性を有し、これは、ピーク生存細胞密度（ＶＣＤ）で決定される、項目１に記載の方法。
[項目２５]
前記細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照哺乳動物細胞培養物と比較して、増大した比生産性を有する、項目１に記載の方法。
[項目２６]
前記細胞培養物の比生産性が、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％又は７５％増大している、項目１に記載の方法。
[項目２７]
前記細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、約１％〜約３０％の相対生存細胞密度を有する、項目１に記載の方法。
[項目２８]
アポトーシス、タンパク質翻訳又は細胞代謝の少なくとも１つの媒介因子の発現が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して増大している、項目１に記載の方法。
[項目２９]
ＨＭＧＡ２、ＭＹＣ、ＮＦ２、ＮＩＲＦ、ＲＡＢ４０Ｃ、及びｅＩＦ４ａから選択されるｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの少なくとも１つの標的の発現が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して細胞培養物中で増大している、項目２４に記載の方法。
[項目３０]
前記哺乳動物細胞が、対照細胞培養物と比較して、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１、及びそれらの組み合わせから選択される第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの増大した活性を有する、項目２に記載の方法。
[項目３１]
前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１、又はそれらの組み合わせを発現することができる第２の発現ベクターでトランスフェクトされる、項目３０に記載の方法。
[項目３２]
前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、及びそれらの組み合わせから選択される第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの低減した活性を有する、項目２に記載の方法。
[項目３３]
前記第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの活性が、第２のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤によって抑制される、項目３２に記載の方法。
[項目３４]
前記第２のｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤が、第２のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤を含む、項目３３に記載の方法。
[項目３５]
前記哺乳動物細胞培養物が、第２のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤でトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む、項目３３に記載の方法。
[項目３６]
前記第２のオリゴヌクレオチド阻害剤が、ヌクレアーゼ耐性を改善し、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を高め、及び／又は結合親和性を増大するように化学的に修飾されている、項目３５に記載の方法。
[項目３７]
前記哺乳動物細胞培養物が、前記アンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤をコードする第２の発現ベクターでトランスフェクトされた哺乳動物細胞を含む、項目３４に記載の方法。
[項目３８]
組換えポリペプチドを発現するように設計された哺乳動物細胞株であって、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する哺乳動物細胞株。
[項目３９]
ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ遺伝子ノックアウトを含む、項目３８に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４０]
前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤でトランスフェクトされている、項目３８に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４１]
前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの前記アンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤をコードする発現ベクターでトランスフェクトされている、項目３９に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４２]
前記細胞株が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの前記アンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤で安定的にトランスフェクトされる、項目４０に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４３]
前記細胞株が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの前記アンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤で一過的にトランスフェクトされる、項目４０に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４４]
前記ベクターが、ウイルスベクターを含む、項目４１に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４５]
前記ベクターが、レトロウイルスベクターを含む、項目４４に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４６]
前記レトロウイルスベクターが、レンチウイルスベクターから選択される、項目４５に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４７]
前記ベクターが、バキュロウイルスベクターを含む、項目４４に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４８]
前記ベクターが、アデノウイルスベクターを含む、項目４４に記載の哺乳動物細胞株。
[項目４９]
前記哺乳動物細胞が、以下：チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ヒト胎児由来腎（ＨＥＫ２９３）細胞、ベロ（Ｖｅｒｏ）細胞、ベビーハムスター腎（ＢＨＫ）細胞、ＨｅＬａ細胞、ＣＶ１サル腎細胞、メイディン・ダービー・イヌ腎（ＭＤＣＫ）細胞、３Ｔ３細胞、骨髄腫細胞株、ＣＯＳ細胞、ＰＣ１２、ＷＩ３８細胞から選択される、項目３８に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５０]
前記哺乳動物細胞が、チャイニーズハムスター卵巣細胞を含む、項目３８に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５１]
前記組換えタンパク質が、抗体又はその結合断片を含む、項目３８に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５２]
前記抗体又はその結合断片が、多重特異性抗体、完全ヒト型抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、ＣＤＲ移植抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ'）断片、及び抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体から選択される、項目５１に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５３]
前記抗体又はその結合断片が、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹから選択されるアイソタイプを含む、項目５１に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５４]
前記抗体又はその結合断片が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４から選択されるアイソタイプを含む、項目５１に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５５]
前記組換えポリペプチドが、非抗体タンパク質を含む、項目３８に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５６]
前記組換えタンパク質が、融合タンパク質を含む、項目５５に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５７]
前記組換えタンパク質が、受容体を含む、項目５５に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５８]
前記組換えタンパク質が、細胞表面タンパク質のリガンドを含む、項目５５に記載の哺乳動物細胞株。
[項目５９]
前記細胞表面タンパク質が、受容体を含む、項目５５に記載の哺乳動物細胞株。
[項目６０]
前記組換えタンパク質が、分泌タンパク質を含む、項目５５に記載の哺乳動物細胞株。
[項目６１]
前記組換えタンパク質が、酵素を含む、項目５５に記載の哺乳動物細胞株。
[項目６２]
ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤をコードする１つ又は複数のベクターと、組換えタンパク質をコードするヌクレオチド配列とを含む発現系。
[項目６３]
ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンス阻害剤を含む細胞培地。
[項目６４]
ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤でトランスフェクトした哺乳動物細胞を含む哺乳動物細胞培養物から産生される組換えポリペプチド。

４．図面の簡単な説明
累積ＶＣＤの力価／全体として計算し、ｍｇ／Ｌ／累積細胞日（ＣＣＤ）として記録したラン終点比生産性（Ｑ_P）を示すグラフである。 最大Ｑ_Pと比較した累積Ｑ_pを示すグラフである。 ２日毎に測定した、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ、抗ｍｉＲ−１４３及びｍｉＲ−１０ａ修飾ＣＨＯ細胞株からの組換え抗体力価（第２日に測定したベースラインレベルと比較して）を示すグラフである。 ２日毎に測定した、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ、抗ｍｉＲ−１４３及びｍｉＲ−１０ａ修飾ＣＨＯ細胞株のＶＣＤ（第０日に測定したベースラインレベルと比較して）を示すグラフである。 抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａレンチベクター又はベクター対照で形質導入した親培養物のフェドバッチアッセイ中に測定した２つの抗体産生細胞株からの相対ＶＣＤを示すグラフである。結果は、ベースライン（第０日）と比較した相対ＶＣＤレベルとして示す。 ２日毎に評価した、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ修飾培養物及び対照からの組換え抗体力価（第２日に測定したベースラインと比較して）を示すグラフである。 組換えｍＡｂを産生する２つの細胞株における、対照に対する累積Ｑｐの増加率（％）を示す表である。 ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害後のｍｉＲ又は抗ｍｉＲ修飾細胞株においてＴａｑＭａｎ定量ＰＣＲにより評価したＣＨＯプロデューサ細胞における複数のｍＲＮＡ標的の倍率変化を、対照株と比較して示すグラフである。バーは、平均±ＳＤを表す。 （Ａ）は、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害後のＲＡＳ／ＧＡＰＤＨ比の変化（％）を計算するのに用いられる密度測定値を、対照株と比較して示す。（Ｂ）は、親、対照、並びに抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ細胞株におけるＲＡＳ及びローディング・コントロールＧＡＰＤＨのタンパク質レベルを示すウェスタンブロットである。 抗体産生細胞株においてｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの調節によって改変され増殖／細胞周期、アポトーシス、ストレス耐性、代謝、及び転写／翻訳などの複数の細胞経路に関与する標的遺伝子を示すフローチャートである。 （Ａ）は、抗ｍｉＲ及びＧＦＰを発現するレンチベクターで形質導入したＣＨＯ細胞の代表的写真であり、形質導入効率が１００％に近いことを示している。（Ｂ）及び（Ｃ）は、レンチウイルスで形質導入したＣＨＯ細胞における蛍光値（ＲＦＰ）の２ｌｏｇシフトを、親細胞と比較して示す代表的ＦＡＣＳヒストグラムである。 親株からの代表的モノクローナル抗体の代表的逆重畳全体ＥＳＩ質量スペクトル−還元ＨＣ及びＬＣ質量を示す。ＬＣ ２２８９５．９２６３は、ＬＣ及びＨＣ（Ｇ０Ｆ）に対応し、５０９９２．２０１４は、Ｇ０Ｆに対応し；５１１５４．２６３９は、Ｇ１Ｆに対応し；５１３１６．１５７９は、Ｇ２Ｆに対応する；（Ｂ）抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ修飾株からの抗体−還元ＨＣ及びＬＣ質量。ＬＣ ２２８９５．７４９３は、ＬＣ及びＨＣ（Ｇ０Ｆ）に対応し、５０９９２．７６３６は、Ｇ０Ｆに対応し、５１１５４．３９５４は、Ｇ１Ｆに対応する。 親株からの代表的モノクローナル抗体の代表的逆重畳全体ＥＳＩ質量スペクトル−還元ＨＣ及びＬＣ質量を示す。ＬＣ ２２８９５．９２６３は、ＬＣ及びＨＣ（Ｇ０Ｆ）に対応し、５０９９２．２０１４は、Ｇ０Ｆに対応し；５１１５４．２６３９は、Ｇ１Ｆに対応し；５１３１６．１５７９は、Ｇ２Ｆに対応する；（Ｂ）抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ修飾株からの抗体−還元ＨＣ及びＬＣ質量。ＬＣ ２２８９５．７４９３は、ＬＣ及びＨＣ（Ｇ０Ｆ）に対応し、５０９９２．７６３６は、Ｇ０Ｆに対応し、５１１５４．３９５４は、Ｇ１Ｆに対応する。

５．詳細な説明
Ａ．概要
本明細書に記載する本発明の実施形態は、哺乳動物細胞培養物中で組換えポリペプチドを生産するための方法に関する。一実施形態では、本方法は、細胞株生産性を増大するために、ｍｉｃｒｏＲＮＡの存在下で哺乳動物細胞を培養することを含む。より具体的実施形態では、ｍｉｃｒｏＲＮＡ活性を改変して、組換えポリペプチド生産性を増大するように哺乳動物細胞株を操作することができる。

Ｂ．定義
別途定義されない限り、本明細書で用いる科学及び技術用語は、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。さらに、文面が他を指示しているのでない限り、単数形は、複数形を包含し、複数の用語は、単数形を包含する。一般に、本明細書に記載する細胞及び組織培養、分子生物学、並びにタンパク質及びオリゴ−又はポリヌクレオチド化学及びハイブリダイゼーションに関して用いられる用語体系、及びその技術は、当分野において周知であり、かつ一般に用いられているものである。

組換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、及び組織培養及び形質転換には標準的技術が用いられる（例えば、エレクトロポレーション、リポフェクション、ウイルス形質導入）。酵素の反応及び精製技術は、製造業者の明細事項に従い、又は当分野で一般に達成されるように、若しくは本明細書に記載のように実施する。技術及び手順は、一般に、当分野で周知の従来の方法に従って、並びに本明細書全体を通して引用及び記述される様々な一般的及びより詳細な参照文献に記載されるように実施する。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（２００１））を参照のこと。尚、これらの文献は、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、並びに医学及び製剤化学に関して用いられる用語体系及びそれらの技術は、当分野で周知であり、かつ一般に用いられているものである。例えば、患者の治療を目的とする化学合成、化学分析、薬剤調製、製剤化及び送達には標準的技術が用いられる。

本開示に従って用いられるように、下記の用語は、別途記載のない限り、以下に示す意味を有すると理解されるものとする：
本明細書で用いられるとき、用語「約」は、例えば、本発明を説明するのに用いられる、組成物中のある成分の量、濃度、体積、処理温度、処理時間、収率、流量、圧力及びそれらの範囲を加減するために用いられる。用語「約」は、例えば、化合物、組成物、濃縮物若しくは使用製剤を製造するのに用いられる典型的測定及び取扱い手順によって；これらの手順における不注意による誤りによって；本方法を実施するために用いた出発材料若しくは成分の製造、供給源、若しくは純度の差、並びにその他類似の理由によって、起こり得る数値量の変動を指す。用語「約」は、特定の初期濃度若しくは混合物を有する製剤の経時変化によって異なる量、並びに特定の初期濃度若しくは混合物を有する製剤の混合又は処理により異なる量も包含する。用語「約」により加減される場合、本明細書に添付する特許請求の範囲は、そのような同等物を包含する。

本明細書で用いられるとき、用語「抗体」は、抗原の抗原決定基の特徴と相補的な内側表面形状及び電荷分布を有する３次元結合空間を有するポリペプチド鎖の折り畳みから形成される少なくとも１つの結合ドメインを含むポリペプチド又はポリペプチド群を指す。抗体は、典型的には、ポリペプチド鎖の２つの同一の対を含む４量体形態をしており、各対は、１つの「軽鎖」と１つの「重鎖」とを有する。各軽／重鎖対の可変領域は、抗体結合部位を形成する。抗体は、オリゴクローナル、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ラクダ化、ＣＤＲ移植、多重特異性、二重特異性、触媒、ヒト化、完全ヒト、抗イディオタイプ、及び可溶性又は結合形態で標識することができる抗体、並びにエピトープ結合断片、これらの変異体若しくは誘導体であってよく、単独でも、他のアミノ酸配列と組み合わせてもよい。抗体は、任意の種に由来するものでよい。抗体という用語はさらに、限定しないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）₂単鎖抗体（ｓｖＦＣ）、二量体可変領域（ダイアボディ）及びジスルフィド結合可変領域（ｄｓＦｖ）などの結合断片も包含する。特に、抗体は、免疫グロブリン分子の免疫グロブリン分子及び免疫活性断片、すなわち、抗原結合部位を含む分子を含む。抗体断片は、限定するものではないが、Ｆｃ領域又はその断片などの別の免疫グロブリンに融合してもいてもよいし、融合していなくてもよい。当業者は、限定はしないが、ｓｃＦｖ−Ｆｃ融合物、可変領域（例えば、ＶＬ及びＶＨ）−Ｆｃ融合物及びｓｃＦｖ−ｓｃＦｖ−Ｆｃ融合物などの他の融合生成物を作製してもよいことは理解されよう。免疫グロブリン分子は、いずれのタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）又はサブクラスであってもよい。

本明細書で用いられるとき、用語「制御配列」は、それらが結合されるコード配列の発現及びプロセシングに作用又は影響するポリヌクレオチド配列を指す。このような制御配列の性質は、宿主生物によって異なり得る。真核生物の場合、制御配列は、プロモータ、エンハンサー、イントロン、転写終結配列、ポリアデニル化シグナル配列、並びに５’及び３’非翻訳（ＵＴＲ）領域を含み得る。本明細書で用いるとき、用語「制御配列」は、その存在が発現及びプロセシングに必要な全ての成分を含み、さらには、その存在が必要ではないが、やはり有利な別の成分、例えばリーダ配列も包含しうる。

用語「遺伝子」は、広義に生物学的機能に関連する任意の核酸を指すのに用いられる。従って、用語「遺伝子」は、発現に必要なコード配列及び／又は調節配列を包含する。用語「遺伝子」は、特定のゲノム配列、並びにそのゲノム配列によってコードされるｃＤＮＡ又はｍＲＮＡにも適用することができる。

用語「異種遺伝子」は、天然の環境の状態ではない（すなわち、人工的に改変された）生物材料をコードする遺伝子を指す。例えば、異種遺伝子は、別の種に導入された１つの種からの遺伝子を含み得る。異種遺伝子は、何らかの方法で改変された（例えば、突然変異した、複数のコピーに付加された、非ネイティブプロモータ若しくはエンハンサー配列に連結した、等）生物に対してネイティブな遺伝子も包含する。異種遺伝子は、異種遺伝子配列が、当該遺伝子と天然では結合してないか、又は天然にみいだされない染色体の一部と結合した調節エレメント（例えば、プロモータなど）と連結することができる内在性遺伝子とは区別される。

用語「宿主細胞」は、ベクターなどの核酸を取り込むことができ、又は取り込んで、核酸の複製及び／又は発現、並びに任意選択で１つ又は複数のコードされた産物の生産を支持する細胞を意味する。一実施形態では、用語「宿主細胞」は、細胞培養物中の哺乳動物細胞などの真核生物細胞を指す。より具体的実施形態では、宿主細胞としては、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ヒト胎児由来腎臓（ＨＥＫ２９３及び２９３Ｔ、２９３Ｈなどの誘導体）、ベロ（Ｖｅｒｏ）細胞、ベビーハムスター腎（ＢＨＫ）細胞、ＨｅＬａ細胞、ＣＶ１サル腎細胞、メイディン・ダービー・イヌ腎（ＭＤＣＫ）細胞、３Ｔ３細胞、骨髄腫細胞株、ＣＯＳ細胞（例えば、ＣＯＳ１及びＣＯＳ７）ＰＣ１２、ＷＩ３８細胞が挙げられる。宿主細胞という用語はまた、例えば、様々な細胞型若しくは細胞株の混合培養物などの細胞の組み合わせ又は混合物も包含する。

用語「導入（された）」とは、異種又は単離核酸に関して言うとき、真核細胞への核酸の組込みを指し、ここで、核酸を細胞のゲノム（例えば、染色体、プラスミド、プラスチド若しくはミトコンドリアＤＮＡ）に組み込み、自律的レプリコンに変換するか、又は一過的に発現させる（例えば、トランスフェクトしたｍＲＮＡ）ことができる。この用語は、「感染」、「トランスフェクション」、「形質転換」及び「形質導入」などの方法を含む。様々な方法が知られており、哺乳動物細胞に核酸を導入するのに使用することができる。

用語「単離された」とは、本明細書において、核酸又はタンパク質などの生物材料に関して用いられるとき、天然に存在する環境から単離された生物材料を指す。「単離された」ポリヌクレオチドは、ゲノム、ｃＤＮＡ、又は合成ポリヌクレオチドを指すこともある。単離されたポリヌクレオチドは、天然では連結されていない別のポリヌクレオチドと作動可能に連結してもよい。「単離された」という用語は、タンパク質に関して用いられるとき、その天然に存在する環境から単離されたタンパク質を指す。単離されたタンパク質は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、組換えＤＮＡ、組換えＲＮＡ、若しくは合成起源又はこれらのいずれかの組み合わせに由来するものでもよい。

用語「ｍＡｂ」は、モノクローナル抗体を指す。

用語「天然に存在する」は、生物に存在する生物材料、例えば、ポリペプチド、ポリヌクレオチド又はｍｉｃｒｏＲＮＡ配列を指し、この場合、生物材料は、人によって意図的に修飾されていない。用語「外性」は、生物の外部に由来するか、又は人による意図的修飾、例えば、生物材料を発現させるような生物の修飾によって、生物に存在する生物材料を指す。

用語「核酸」、「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」は、単鎖若しくは二本鎖デオキシリボヌクレオチド若しくはリボヌクレオチドポリマー、又はキメラあるいはこれらの類似体を指す。他に指示のない限り、核酸配列は、明示した配列に加えて、相補的配列を含む。オリゴヌクレオチドは、一般に、約２００塩基以下、例えば、約１０〜約１００塩基の長さを有するポリヌクレオチドサブセットである。

用語「作動可能に連結される」は、本明細書で用いられるとき、成分が、その意図される様式で機能することを可能にする関係性にある上記成分の位置を指す。例えば、コード配列に「作動可能に連結された」制御配列は、コード配列の発現が、制御配列と適合可能な条件下で達成されるように結合される。

用語「ペプチド」、「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、全体を通して置換え可能に用いられ、ペプチド結合により互いに連結した２つ以上のアミノ酸残基を含む分子を指す。用語「ペプチド」、「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、抗体及び非抗体タンパク質を指すこともある。非抗体タンパク質としては、限定しないが、酵素、受容体、細胞表面タンパク質のリガンド、分泌タンパク質及び融合タンパク質又はその断片が挙げられる。非抗体タンパク質は、抗体タンパク質より低い分子量を有する傾向がある。ポリペプチドは、グリコシル化しても、しなくてもよい。タンパク質は、別のタンパク質と融合しても、しなくてもよい。ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質はまた、限定しないが、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のγ−カルボキシル化、ヒドロキシル化及びＡＤＰ−リボース化などの修飾を含んでもよい。ポリペプチドは、タンパク質ベースの薬剤など、科学的又は商業的利点を有するものであってもよい。ポリペプチドとしては、中でも、抗体及びキメラ又は融合タンパク質などがある。

「プロモータ」又は「プロモータ配列」は、適切な転写関連酵素（例えば、ＲＮＡポリメラーゼ）が、例えば、培養又は生理学的条件など、酵素が機能性である条件下に存在するとき、それが作動可能に連結された核酸配列の転写を開始することができるＤＮＡ調節領域である。プロモータは、それが転写を開始する核酸配列の上流又は下流に存在してよい。転写開始部位は、典型的には、ＲＮＡポリメラーゼの結合を促進、調節、増強、あるいはそれを担うタンパク質配列並びにタンパク質結合ドメイン（共通配列）内又はこれらと隣接して存在する。

用語「組換え体」は、人の介在により人工的又は合成的（すなわち、非天然で）改変された生物材料、例えば、核酸又はタンパク質を指す。

本明細書で用いられるとき、「実質的に純粋な」は、優勢な種である（モルベースで、組成物中他の個々の種より多量である）生物材料を指す。一実施形態では、実質的に精製された画分は、生物材料が、存在する全高分子種の少なくとも約５０％（モルベースで）を含む組成物である。一般に、実質的に純粋な組成物は、組成物中に存在する全高分子種の約８０％超、又は約８５％超、約９０％超、約９５％超、又は約９９％超を含む。一実施形態において、生物材料は、ほぼ均質性（従来の検出方法によって組成物中に混入種を検出することができない）まで精製し、組成物は、ほぼ単一の高分子種を含む。

用語「トランスフェクション」は、細胞への外来ＤＮＡの導入を指す。用語「トランスフェクト」及び「形質転換する」（並びに「トランスフェクトした」及び「形質転換した」などの文法上の同等語）は、置換え可能に用いられる。「安定なトランスフェクション」又は「安定にトランスフェクトした」という用語は、トランスフェクトした細胞のゲノムへの外来ＤＮＡの導入及び組込みを指す。「一過性トランスフェクション」又は「一過的にトランスフェクトした」という用語は、細胞への外来ＤＮＡの導入を指すが、この場合、外来ＤＮＡは、トランスフェクトした細胞のゲノムに組み込まれない。一過性トランスフェクションでは、外来ＤＮＡは、数日間、トランスフェクトした細胞の核内に存続することができ、その間、外来ＤＮＡは、染色体中の内在性遺伝子の発現を左右する調節制御を受ける。

用語「ベクター」は、異種核酸配列を細胞に導入するのに用いることができる核酸、例えば、プラスミド、ウイルスベクター、組換え核酸又はｃＤＮＡを指す。「発現ベクター」は、そこに組み込まれた核酸の発現、例えば、転写を促進することができるプラスミドなどのベクターである。典型的に、発現しようとする核酸は、プロモータ及び／又はエンハンサーに「作動可能に連結されて」、プロモータ及び／又はエンハンサーによる転写調節制御を受ける。

Ｃ．ｍｉｃｒｏＲＮＡ
ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲ、ｍｉＲＮＡ）は、天然に存在する微小な非コードＲＮＡのクラスであり、長さが、約１７〜約２７ヌクレオチド、約１９〜約２５ヌクレオチド、又は長さが約２１〜約２３ヌクレオチド、約２２ヌクレオチドで、哺乳動物細胞で発現される。ｍｉＲＮＡは、標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の３’非翻訳領域（ＵＴＲ）中の不完全に相補的な配列と結合して、例えば、リボソーム結合、翻訳抑制、脱アデニル化を阻止するか、又はｍＲＮＡ分解を誘導若しくは加速することにより、ｍＲＮＡの翻訳を阻害することによって、哺乳動物における遺伝子発現を下方制御することができる（Ａｍｂｒｏｓ，Ｖ．（２００１）ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ：ｔｉｎｙ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｓ ｗｉｔｈ ｇｒｅａｔ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ．Ｃｅｌｌ １０７（７）：８２３−６；Ｂｕｃｋｉｎｇｈａｍ，Ｓ．（２００３）Ｔｈｅ ｍａｊｏｒ ｗｏｒｌｄ ｏｆ ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ，Ｈｏｒｉｚｏｎ Ｓｙｍｐｏｓｉａ：Ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ ｔｈｅ ＲＮＡｉｓｓａｎｃｅ．Ｎａｔｕｒｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ，Ｎａｔｕｒｅ，１−３；Ｈｅ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｌｅｔ−７ａ ｅｌｅｖａｔｅｓ ｐ２１^WAF1 ｌｅｖｅｌｓ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ＮＩＲＦ ａｎｄ ｓｕｐｐｒｅｓｓｅｓ ｔｈｅ ｇｒｏｗｔｈ ｏｆ Ａ５４９ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌｓ．ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ ５８３：３５０１−３５０７）。ｍｉＲＮＡは、発生タイミング、アポトーシス、分化、細胞増殖及び代謝を含む広範囲の生物学的プロセスを調節し、ｍｉＲＮＡの上方制御及び下方制御の両方が、様々な病状に関与している。ｍｉＲＮＡは、共通のｍＲＮＡ対照を含む多重遺伝子ファミリーを形成することが多い。

ｍｉｃｒｏＲＮＡの名称は、接頭辞「ｍｉｒ」又は「ｍｉＲ」を用いて付与され、その後にダッシュ及び番号が続く。大文字を使わない接頭辞「ｍｉｒ」は、一般にｐｒｅ−ｍｉＲＮＡを指し、大文字を使う接頭辞「ｍｉＲ」は、通常、成熟形態を指す。１つ又は２つのヌクレオチドを除いてほぼ同一の配列を有するｍｉＲＮＡは、一般に、さらに小文字で注記が付いている。

ｍｉＲＮＡは、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡと呼ばれる大型ＲＮＡヘアピン前駆体として核内に転写される。ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡは、マイクロプロセッサ複合体により核内で処理されて、二本鎖中間体（ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡと呼ばれる）を産生するが、これは、長さが約７０ヌクレオチドである。次に、ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡは、細胞質に輸出され、そこで、細胞質タンパク質−ＲＮＡ複合体に取り込まれるが、これはＲＮＡ誘導型サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）と呼ばれる。この複合体結合単鎖ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡと少なくとも一部が相補的な配列を含む標的ｍＲＮＡに結合する。ｍｉＲＮＡ標的認識のために重要な特異性決定基は、ｍｉＲＮＡ：標的ｍＲＮＡ相互作用を核とする、標的５’ＵＴＲ内、又はコード領域の１部分内で、成熟ｍｉＲＮＡ（例えば、成熟ｍｉＲＮＡのヌクレオチド２〜７又は２〜８内）における「シード」領域と、ｍＲＮＡの標的３’ＵＴＲにおける「シードマッチ部位」とのワトソン−クリック型塩基対合に基づく。このようにして、各ｍｉＲＮＡは、数百〜数千のｍＲＮＡ種を調節することができる。さらに、多くのｍｉＲＮＡは、同一のシードを含む高度に近縁のファミリーのメンバーである。

一実施形態では、ｍｉＲＮＡは、哺乳動物細胞培養物中の組換えポリペプチド生産に関連して用いる。一実施形態では、組換えポリペプチドは、アポトーシス、タンパク質翻訳、細胞代謝、細胞増殖及び／又はストレス応答に関与するｍｉＲＮＡについて修飾された活性を有する哺乳動物細胞を用いて生産する。一実施形態では、前記哺乳動物細胞又は細胞培養物は、アポトーシス、タンパク質翻訳、細胞代謝、細胞増殖及び／又はストレス応答に関与する特定のｍｉＲＮＡの増大した活性又は発現を有する。別の実施形態では、前記哺乳動物細胞又は細胞培養物は、アポトーシス、タンパク質翻訳、細胞代謝、細胞増殖及び／又はストレス応答に関与する特定のｍｉＲＮＡの低減した活性又は発現を有する。

一実施形態では、哺乳動物細胞は、ｍｉＲＮＡ活性の増大又は低減のために操作する。本明細書で用いるとき、「ｍｉＲＮＡ活性」は、標的メッセンジャーＲＮＡとの結合により、発生タイミング、アポトーシス、分化、細胞増殖及び代謝を含む広範囲の生物学的プロセスを調節するｍｉＲＮＡの能力を指す。特定のｍｉＲＮＡのｍｉＲＮＡ活性は、例えば、細胞又は細胞培養物中に存在する前記特定のｍｉＲＮＡの量を増加することによって、増大することができる。例えば、細胞におけるｍｉＲＮＡ発現を増大するための方法は公知であり、限定はしないが、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ又はｐｒｅ−ｍｉＲＮＡのトランスフェクション、ｍｉＲＮＡオリゴヌクレオチドのトランスフェクションなどのｍｉＲＮＡ前駆体トランスフェクション、並びにウイルスベクターの使用及びトランスジェニック動物の作製など、ベクターを用いたｍｉＲＮＡの過剰発現が挙げられる。例えば、特定のｍｉＲＮＡのｍｉＲＮＡ活性は、単鎖ｍｉＲＮＡオリゴヌクレオチド又はｍｉＲＮＡオリゴヌクレオチド若しくはその前駆体をコードする発現ベクターで、細胞又は細胞培養物をトランスフェクトすることによって、増大することができる。一実施形態では、合成ｍｉＲＮＡオリゴヌクレオチドで細胞をトランスフェクトする。ある実施形態では、合成ｍｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、例えば、ヌクレアーゼ耐性を高める、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を高める、及び／又は結合親和性を増大するために、１つ又は複数の化学修飾を含む。ある実施形態では、細胞によるオリゴヌクレオチドの取り込みを促進するために、ｍｉＲＮＡオリゴヌクレオチドを標的物質と結合させることができる。一実施形態では、ｍｉＲ−１０ａ［配列番号１（ｕａｃｃｃｕｇｕａｇａｕｃｃｇａａｕｕｕｇｕｇ）］、ｍｉＲ−２１［配列番号２−ｕａｇｃｕｕａｕｃａｇａｃｕｇａｕｇｕｕｇａ］及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡの活性を増大するように、細胞を修飾する。別の実施形態では、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１、及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡを過剰発現させるように、細胞を修飾する。一実施形態では、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１、及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡを、そのｍｉＲＮＡの１つ又は複数を過剰発現させるように修飾されていない細胞株と比較して、少なくとも約１０倍、２５倍、５０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、６００倍、７００倍、８００倍、９００倍、１０００倍及び約１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍以上過剰発現させるように細胞を修飾する。より具体的実施形態では、ｍｉＲ−１０ａ及び／又はｍｉＲ−２１を発現させることができるベクターで、安定的若しくは一時的に、細胞をトランスフェクトする。

あるいは、特定のｍｉＲＮＡのｍｉＲＮＡ活性は、例えば、細胞又は細胞培養物中に存在する特定のｍｉＲＮＡの量を減少させることにより、阻害又は低減することができる。細胞又は細胞培養物中に存在する特定のｍｉＲＮＡの量を減少させる方法としては、遺伝子ノックアウト又はｍｉＲＮＡ阻害剤の使用がある。一実施形態では、特定のｍｉＲＮＡの活性は、特定のｍｉＲＮＡをコードする内在性遺伝子がノックアウトされている（すなわち、ｍｉＲＮＡをコードする遺伝子が置換又は破壊されている）、１つ又は複数の遺伝子操作された細胞を培養することによって低減される。遺伝子ノックアウトを作製する方法は公知である。別の実施形態では、細胞又は細胞培養物中の特定のｍｉＲＮＡの活性は、ｍｉＲＮＡ阻害剤の存在下で細胞又は細胞培養物を培養することによって低減する。本明細書で用いられるとき、用語「ｍｉＲＮＡ阻害剤」は、標的遺伝子発現のｍｉＲＮＡ調節を抑制することができる分子、例えば、ネイティブ又は内在性ｍｉＲＮＡ活性を抑制することができる分子を指す。一実施形態では、ｍｉＲＮＡ阻害剤又はその前駆体をコードする発現ベクターで、安定的若しくは一時的に、哺乳動物細胞をトランスフェクトする。別の実施形態では、単鎖アンチセンスｍｉＲＮＡ阻害剤オリゴヌクレオチドで、哺乳動物細胞又は細胞培養物をトランスフェクトする。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、合成オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、合成オリゴヌクレオチドは、例えば、ヌクレアーゼ耐性を高める、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を増大する、及び／又は結合親和性を増大するために、１つ又は複数の化学修飾を含む。一実施形態では、細胞によるオリゴヌクレオチドの取り込みを促進するために、ｍｉＲＮＡオリゴヌクレオチドを標的物質と結合させることができる。

一実施形態では、ｍｉＲＮＡ阻害剤は、細胞の標的ｍＲＮＡと競合して、ｍｉＲＮＡと密に結合することにより、ｍｉＲＮＡを隔離し、その結果、ｍｉＲＮＡの機能的阻害をもたらすことができる抗ｍｉＲＮＡアンチセンスオリゴヌクレオチド（抗ｍｉＲ）を含む。多くのｍｉＲＮＡが、同一のシードを含む高度に近縁のファミリーのメンバーであるため、単一の抗ｍｉＲは、１ファミリーの２つ以上のｍｉＲＮＡの機能をブロックすることができる。一実施形態では、抗ｍｉＲは、単一のアンチセンス単位を含む。別の実施形態では、抗ｍｉＲは、複数のｍｉＲＮＡ標的を同時に抑制することができる単一オリゴヌクレオチドに組み込まれた複数のアンチセンス単位を含む。また別の実施形態では、様々なアイソタイプ又はファミリーメンバーをターゲティングするように、２つ以上の抗ｍｉＲを共トランスフェクトすることができる。さらに別の実施形態では、２つ以上のｍｉｃｒｏＲＮＡをターゲティングするように、２つ以上の抗ｍｉＲを共トランスフェクトすることができる。ヌクレアーゼ耐性を高める、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を増大する、及び／又はアンチセンスオリゴヌクレオチドとｍｉＲＮＡとの結合親和性を増大するための１つ又は複数の化学修飾は、公知であり、例えば、糖の修飾、塩基又はヌクレオチド間結合などが挙げられる。化学的に修飾された抗ｍｉＲの一例は、２’−Ｏ−メチルリボース糖を含む単鎖阻害剤である。２’−Ｏ−メチルオリゴヌクレオチドは、ＲＩＳＣ及び他のヌクレアーゼの両方による切断に対して耐性であり、非修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して、より熱力学的に安定なＲＮＡ：ＲＮＡ二重らせんを形成する。別の実施形態では、阻害剤は、複数のｍｉＲＮＡ標的を同時に抑制することができる単一オリゴヌクレオチドに組み込まれた複数のアンチセンス単位を有する単鎖２’−Ｏ−メチル修飾オリゴリボヌクレオチドを含んでよい。他の化学修飾は、糖部分の２’位での２’−Ｏ−メトキシエチル及び２’−フルオロ修飾を含む。別の実施形態では、抗ｍｉＲは、糖−リン酸主鎖内にフラノース環の修飾（ときに「ロックド核酸と呼ばれることもある」）を含んでもよい。また、ヌクレアーゼ耐性は、リン酸基中の非架橋酸素原子の１つをイオウ原子で置換する、親ホスホジエステル結合のホスホロチエート（ＰＳ）結合への主鎖修飾によって、又は糖部分を６員モルホリン環で置換するモルホリノオリゴマーを用いることによって、改善することもできる。

別の実施形態では、ｍｉＲＮＡ阻害剤は、ｍｉＲＮＡ「スポンジ」技術を含んでもよく、これは、全ｍｉＲＮＡシードファミリーを含む培養細胞におけるｍｉＲＮＡの一過性及び／又は安定な阻害に用いることができる。ｍｉＲＮＡスポンジは、哺乳動物細胞をトランスフェクトして、１つ又は複数の標的ｍｉＲＮＡと相補的である複数（すなわち、少なくとも約５、少なくとも約１０、又は約５〜約２０）のｍｉＲＮＡ結合部位を含むｍｉＲＮＡアンチセンス配列を発現させるのに用いることができる発現ベクターである。ｍｉＲＮＡスポンジをコードするベクターを培養細胞にトランスフェクトすると、スポンジにより発現されたＲＮＡが、特定のｍｉｃｒｏＲＮＡとの結合について、内在性ｍＲＮＡと競合するため、ｍｉｃｒｏＲＮＡｍＲＮＡ標的を抑制解除することができる。一実施形態では、全ｍｉｃｒｏＲＮＡシードファミリーを阻止するために、単一のスポンジを用いることができる。

別の実施形態では、ｍｉＲＮＡ阻害剤は、ｍｉＲＮＡマスキングアンチセンスオリゴヌクレオチド（ｍｉＲ−マスク）を含む。一実施形態では、ｍｉＲＮＡマスキングアンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的ｍｉＲＮＡと直接相互作用するのではなく、標的ｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおける特定のｍｉＲＮＡの結合部位と完全に相補的で、かつ、この部位と結合する単鎖オリゴヌクレオチド（例えば、化学的に修飾された２’−Ｏ−メチル−修飾オリゴヌクレオチド）を含む。このようにして、ｍｉＲ−マスクは、標的ｍｉＲＮＡの結合部位へのアクセスを阻止することにより、標的遺伝子を抑制解除する。別の実施形態では、阻害剤は、前述した技術の組み合わせを含んでもよい。例えば、スポンジ／ｍｉＲ−マスク技術は、ｍｉＲＮＡスポンジの作用の原理と、ｍｉＲＮＡターゲティングのためのｍｉＲ−マスク技術を組み合わせる。

一実施形態では、細胞は、以下：ｍｉＲ−ｌｅｔ７ａ［配列番号３（ｕｇａｇｇｕａｇｕａｇｇｕｕｇｕａｕａｇｕ）］、ｍｉＲ−１６［配列番号４（ｕａｇｃａｇｃａｃｇｕａａａｕａｕｕｇｇｃｇ）］、ｍｉＲ−１０１［配列番号５（ｕａｃａｇｕａｃｕｇｕｇａｕａａｃｕｇａａ）］、ｍｉＲ−１４５［配列番号６（ｇｕｃｃａｇｕｕｕｕｃｃｃａｇｇａａｕｃｃｃｕ）］、ｍｉＲ−１４３［配列番号７（ｕｇａｇａｕｇａａｇｃａｃｕｇｕａｇｃｕｃ）］及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡの低減した活性を有する。一実施形態では、細胞は、以下：ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ、ｍｉｒ−１６、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３、及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡを過少発現する。一実施形態では、細胞は、以下：ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ、ｍｉｒ−１６、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡの遺伝子ノックアウトを含む。別の実施形態では、以下：抗ｍｉＲ−ｌｅｔ７ａ［配列番号８（ＡＣＴＡＴＡＣＡＡＣＣＴＡＣＴＡＣＣＴＣＡ）］、抗ｍｉＲ−１６［配列番号９（ＣＧＣＣＡＡＴＡＴＴＴＡＣＧＴＧＣＴＧＣＴＡ）］、抗ｍｉＲ−１０１［配列番号１０（ＴＴＣＡＧＴＴＡＴＣＡＣＡＧＴＡＣＴＧＴＡ）］、抗ｍｉＲ−１４５［配列番号１１（ＡＧＧＧＡＴＴＣＣＴＧＧＧＡＡＡＡＣＴＧＧＡＣ）ｇｕｃｃａｇｕｕｕｕｃｃｃａｇｇａａｕｃｃｃｕ］、ｍｉＲ−１４３［配列番号１２（ＧＡＧＣＴＡＣＡＧＴＧＣＴＴＣＡＴＣＴＣＡ）］及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数の抗ｍｉＲＮＡ阻害剤を発現することができるベクターで、安定的又は一過的に、細胞をトランスフェクトする。ｍｉＲＮＡの活性は、タンパク質及びＲＮＡレベルでｍｉＲＮＡの標的を調べることにより、定量することができる。例えば、構築物３’ＵＴＲ中にｍｉＲＮＡ部位を含むＧＦＰ又はＬｕｃｉｆｅｒａｓｅなどのｍｉＲＮＡのリポータアッセイを使用することができる。一実施形態では、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ７ａ、抗ｍｉＲ−１６、抗ｍｉＲ−１０１、抗ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３又はこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数の抗ｍｉＲＮＡ阻害剤は、阻害剤を発現するように修飾されていない細胞と比較して、約１０倍、２５倍、５０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、６００倍、７００倍、８００倍、９００倍、１０００倍、及び最大約１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍又はそれ以上過剰発現される。

別の実施形態では、アポトーシス、タンパク質及び／又は細胞代謝の少なくとも１つの媒介因子の活性は、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する細胞培養物において増大又は低減する。一実施形態では、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡの活性は、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する細胞培養物において増大し、及び／又はｍｉｒ−１６、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３及びこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡの活性は、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する細胞培養物において低減する。一実施形態では、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの少なくとも１つの標的の発現は、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する細胞培養物において増大する。一実施形態では、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａの少なくとも１つの標的は、ＨＭＧＡ２、ＭＹＣ、ＮＦ２、ＮＩＲＦ、ＲＡＢ４０Ｃ、及びｅＩＦ４ａから選択される。ｍＲＮＡの発現を測定する方法は、公知であり、例えば、ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護、サザンブロット、及びｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションが挙げられる。

別の実施形態では、２つ以上のｍｉＲの発現を改変する（独立して、増大又は低減のいずれか）ことができ、例えば、複数の領域を一度に処理することによって、生産性を高めるように、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ又は最大５つのｍｉＲＮＡの発現を哺乳動物細胞株内で改変することができる。一実施形態では、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を低減してもよく、また第２ｍｉＲの活性を改変することもできる。一実施形態では、第２ｍｉＲは、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１０ａ及び／又は抗ｍｉＲ−１４３を含み得る。

Ｄ．ベクター
一実施形態では、組換えポリペプチドは、アポトーシス、タンパク質翻訳、細胞代謝、細胞増殖及び／又はストレス応答に関与する１つ又は複数のｍｉＲＮＡ又はその阻害剤を発現することができるベクターで、安定的又は一過的に、トランスフェクトした細胞を用いて生産する。本明細書で用いられるとき、用語「ベクター」は、目的の核酸を細胞の内部に送達するのに用いることができる物質の組成物を指す。多数のベクターが知られており、限定はしないが、直鎖ポリヌクレオチド、イオン性若しくは両親媒性化合物と結合したポリヌクレオチド、プラスミド、及びウイルスが挙げられる。用語「ベクター」は、自律的に複製するプラスミド若しくはウイルス、又は自律的に複製しないベクター若しくはプラスミドを含み得る。一実施形態では、ベクターは、ネイキッドＲＮＡポリヌクレオチド、ネイキッドＤＮＡポリヌクレオチド、ポリ−リシン結合ＤＮＡ若しくはＲＮＡ、ペプチド結合ＤＮＡ若しくはＲＮＡ、リポソーム結合ＤＮＡであってもよく、これらは、自律的に複製しない。一実施形態では、ベクターは、合成オリゴヌクレオチドである。適切な系に発現され、かつ宿主において生存可能であれば、あらゆるベクターを一過性トランスフェクションに用いてよいと考えられる。安定的トランスフェクションの場合には、ベクターは、一般に、宿主において複製可能である。多数の好適なベクターが知られており、市販されている。

一実施形態では、ベクターは、プロモータに作動可能に連結した、ｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ阻害剤、又はその前駆体をコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む。「作動可能に連結した」というフレーズは、プロモータが、ＲＮＡポリメラーゼによる転写の開始及びポリヌクレオチドの発現を制御する上で、ポリヌクレオチドに関して正しい位置及び配向にあることを意味する。本明細書で用いるとき、用語「調節配列」は、調節配列と作動可能に連結した核酸配列の発現のある側面を制御する核酸配列を指す。あるケースでは、調節配列は、プロモータ（すなわち、作動可能に連結したコード領域の転写の開始を促進する調節配列）であってよく、別のケースでは、調節配列は、エンハンサー配列及び／又は他の調節エレメント、例えば、リボソーム結合部位、スプライシングシグナル、ポリアデニル化シグナル、転写終結配列及び／又は５’フランキング非転写配列を含み得る。ベクターに使用するプロモータは、構成的又は誘導的のいずれであってもよい。「構成的」プロモータは、遺伝子産物をコードするポリヌクレオチドと作動可能に連結されると、細胞のほとんどの又はあらゆる生理学的条件下で（すなわち、特別な刺激は必要ない）、遺伝子産物を細胞内に産生させる。「誘導的」プロモータは、刺激（例えば、熱ショック、化学物質、光など）の存在下で、作動可能に連結したポリヌクレオチドの転写のレベルを指令することができるプロモータであり、このレベルは、前記刺激の非存在下で、作動可能に連結したポリヌクレオチド配列の転写のレベルとは異なる。転写エレメントは、「内在性」又は「外性」若しくは「異種」であってよい。「内在性」転写エレメントは、特定の核酸配列に天然に連結したものである。「外性」又は「異種」調節エレメントは、核酸配列の転写が、連結した調節エレメントによって指令されるように、遺伝子操作により核酸配列と並列して配置されるものである。

好適なプロモータの例として、哺乳動物細胞において遺伝子の発現を制御することがわかっているプロモータがあり、限定はしないが、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）最初期プロモータ、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ−ＴＫ）プロモータ、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）プロモータ若しくはラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）ＬＴＲプロモータなどのウイルスプロモータ、ｐＭＣ１、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）プロモータ、Ｕ１プロモータ、及びＨ６プロモータが挙げられる。

１つ又は複数のｍｉＲＮＡ又はｍｉＲＮＡ阻害剤をコードする以外に、ベクターは、選択マーカ遺伝子、リポータ遺伝子、又は目的の組換えポリペプチドをコードする遺伝子も含んでよい。さらに、安定的トランスフェクションに用いられる発現ベクターは、宿主細胞ゲノムへの安定的組込みのために１つ又は複数の部位を含んでもよい。

一実施形態では、発現ベクターは、ｉｎ ｖｉｔｒｏでベクターの送達及び作用持続時間を評価するために、１つ又は複数の選択マーカ又はリポータ遺伝子を含む。用語「選択マーカ」は、選択マーカが発現される細胞に関して、抗生物質又は他の薬剤に耐性を付与する活性を有する酵素をコードする遺伝子を指す。選択マーカの例としては、限定はしないが、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）、アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ、ブレオマイシン、シトシンデアミナーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ、ヒスチジノールデヒドロゲナーゼ、ヒグロマイシン−Ｂ−ホスホトランスフェラーゼ、プロマイシン−Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ、チミジンキナーゼ、キサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ、アンピシリン、ネオマイシン、カナマイシン、ゼオシン、及びカルベニシリンが挙げられる。

用語「リポータ遺伝子」は、発現が容易に検出されるタンパク質（例えば、ルミネセンス又はフルオレセンス）をコードする遺伝子を指す。リポータ遺伝子の例としては、限定はしないが、緑色蛍光タンパク質、ルシフェラーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、β−ガラクトシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ＲＦＰ、ＹＦＰ、及びＢＦＰが挙げられる。一実施形態では、発現ベクターは、ウイルスベクターであり、限定はしないが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター若しくはモロニーマウス白血病ウイルスなどのレトロウイルスベクター、並びにポックスウイルス、単純ヘルペスウイルスＩに由来するベクターが挙げられる。好適なベクターの例として、限定はしないが、下記の真核ベクター：ｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４４、ＰＸＴ１、ｐＳＧ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）ｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、ｐＳＶＬ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、及びｐＣＳ２並びにその誘導体が挙げられる。

一実施形態では、組換えポリペプチドは、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１及びその前駆体又はこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のｍｉＲＮＡを発現することができる１つ又は複数のベクターで、安定的又は一過的に、トランスフェクトされた哺乳動物細胞を用いて生産する。より具体的実施形態では、組換えポリペプチドは、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ７ａ、抗ｍｉＲ−１６、抗ｍｉＲ−１０１、抗ｍｉＲ−１４５、抗ｍｉＲ−１４３及びその前駆体又はこれらの組み合わせから選択される１つ又は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを発現することができる１つ又は複数のベクターで、安定的又は一過的に、トランスフェクトされた哺乳動物細胞を用いて生産する。一実施形態では、哺乳動物細胞は、少なくとも１つのｍｉＲＮＡと、少なくとも１つのｍｉＲＮＡ阻害剤とを発現することができる１つ又は複数のベクターで、安定的又は一過的に、トランスフェクトされている。また別の実施形態では、哺乳動物細胞は、目的の組換えポリペプチドをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドと組み合わせて、少なくとも１つのｍｉＲＮＡ及び／又は少なくとも１つのｍｉＲＮＡ阻害剤を発現することができる１つ又は複数のベクターで、安定的又は一過的に、トランスフェクトされている。

Ｅ．トランスフェクション
本明細書に記載するベクターは、当分野では公知の方法を用いて、哺乳動物宿主細胞に導入することができる。用語「トランスフェクション」は、遺伝子改変された細胞を生産するために、外性遺伝物質を細胞に導入することを指す。例えば、物理的、化学的又は生物学的手段により、ベクターを宿主細胞に導入することができる。宿主細胞にポリペプチドを導入するための物理的方法としては、限定はしないが、リン酸カルシウム沈殿、リポフェクション（陽荷電リポソーム媒介トランスフェクション）、パーティクル・ガン法、マイクロインジェクション、ＤＥＡＥ−デキストリン媒介トランスフェクション及びエレクトロポレーションなどがある。宿主細胞にベクターを導入するための生物学的方法には、例えば、ウイルスベクターなどのＤＮＡ及びＲＮＡベクターの使用がある。宿主細胞にポリヌクレオチドを導入するための化学的方法としては、例えば、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフィア、ビーズなどのコロイド分散系、並びに水中油型乳剤、ミセル、混合ミセル、及びリポソームなどの液体ベース系が挙げられる。

一実施形態では、宿主細胞は、ベクターで安定的にトランスフェクトすることができる。用語「安定的トランスフェクション」は、ベクター中のヌクレオチド配列が、哺乳動物細胞の完全なＤＮＡ配列に組み込まれ得ることを意味する。典型的には、安定的トランスフェクションの場合、選択マーカを含むベクターで宿主細胞をトランスフェクトする。一実施形態では、選択マーカは、ｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ阻害剤又はその前駆体と同じベクター上に共発現させる。別の実施形態では、選択マーカは、個別の共トランスフェクトしたベクター上に発現させる。選択物質の存在下でのトランスフェクト細胞の増殖によって、外性遺伝物質がゲノムに組み込まれた細胞の亜集団の存続が可能になる。典型的には、選択圧力を少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、及び最大約３週間又は最大約１ヵ月間維持する。選択期間の終了時に、選択培地中で生存可能な細胞は、発現プラスミドから外性遺伝物質を組み込んでいるはずである。外性遺伝物質の組込みは、リポータの存在により確認することができ、細胞は、大規模培養のために増殖させることができる。

別の実施形態では、宿主細胞は、ベクターで一過的にトランスフェクトすることができる。安定的トランスフェクションとは対照的に、一過的にトランスフェクトした遺伝物質は、トランスフェクトした細胞に、限定された期間の間だけ発現され、宿主細胞のゲノムに組み込まれない。一般に、一過性トランスフェクションは、少なくとも約２４時間、少なくとも約４８時間、少なくとも約７２時間、及び最大約９６時間の間、ｍｉＲＮＡ、抗ｍｉＲＮＡ阻害剤又はその前駆体の発現をもたらす。

Ｆ．細胞培養
用語「細胞培養」は、多細胞生物又は組織外部での細胞の生育及び増殖を指す。細胞培養の増殖及び／又は生産性を改善するように、ｐＨ、温度、湿度、雰囲気及び撹拌などの細胞培養条件を変更することができる。一般に、哺乳動物細胞培養物は、ｐＨが約６．５〜約７．５、温度が約３６℃〜約３８℃、典型的には約３７℃、そして相対湿度が約８０％〜約９５％で維持する。哺乳動物細胞培地は、一般に、約１％〜約１０％、典型的には約５％〜約６％の二酸化炭素（ＣＯ₂）雰囲気を必要とする緩衝系を含有する。哺乳動物細胞は、懸濁させて、又は固体基質に結合させて培養することができる。哺乳動物細胞は小規模培養が可能であり、例えば、実験室内で、一般に、容器の内積が、容器総容積の４０％以下、通常約２５％である、１００ｍｌ容器又は２５０ｍｌ容器中で培養することができる。あるいは、培養は、例えば、１０００ｍｌ容器３０００ｍｌ、８０００ｍｌ容器、及び１５０００ｍｌ容器、又は例えば、製造施設において、最大１０００ｍＬ、最大５０００Ｌ及び最大１０，０００Ｌの容積の大型バイオリアクターを用いた大規模でも可能である。哺乳動物細胞による組換えポリペプチドの大規模生産は、連続、バッチ及びフェドバッチ培養系を含み得る。哺乳動物細胞は、例えば、マイクロキャリアを用いて、又は用いずに、流動層バイオリアクター、中空糸型バイオリアクター、ローラボトル、振盪フラスコ、又は撹拌タンクバイオリアクター内で培養することができ、バッチ、フェドバッチ、連続、半連続、又は潅流モードで実施してよい。大規模細胞培養は、典型的に、細胞が目的のタンパク質産物を産生する数日、又は数週間にわたって維持する。

単相及び多相培養プロセスの両方で組換えポリペプチドの生産を改善するために、本明細書に記載する方法を用いてもよい。一実施形態では、細胞培養は、多相プロセスであり、この場合、細胞を初めに、細胞増殖及び生存能を最大化する環境条件下で、増殖相において培養し、次に、ポリペプチド産生を最大化する条件下で、産生相に移行する。増殖及び産生相は、１つ又は複数の移行相が先行してもよいし、あるいは、移行相によって隔てられてもよい。一実施形態では、細胞培養は、少なくとも１つの増殖相と少なくとも１つの産生相を有する多相プロセスである。一実施形態では、細胞培養は、増殖相において、産生相より高い温度でインキュベートする。例えば、増殖相において、約３５℃〜約３８℃の第１温度で培養した後、産生期において、約２９℃〜約３７℃、又は約３０℃〜約３６℃、又は約３０℃〜約３４℃の第２温度で培養することができる。さらに、産生相において、例えば、カフェイン、酪酸塩、及びヘキサメチレンビスアセトアミド（ＨＭＢＡ）などのタンパク質産生の化学誘導物質を添加してもよい。一実施形態では、産生相において、ｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ阻害剤の活性を増大又は低減する。一実施形態では、産生相において、ｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ阻害剤又はそれらの前駆体をコードする発現ベクターの転写を誘導する。別の実施形態では、産生相において、ｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡベクター又はオリゴヌクレオチド、又はそれらの阻害剤若しくは前駆体を培地に添加する。

哺乳動物細胞（「宿主細胞」とも呼ばれる）は、例えば、商業又は科学的目的のポリペプチドなどの組換えポリペプチドを発現するように、遺伝子改変することができる。細胞株の遺伝子改変は、一般に、組換えポリペプチド分子で細胞をトランスフェクトする、形質転換するか、若しくは形質導入すること、及び／又は、そうでなければ、宿主細胞に目的の組換えポリペプチドを発現させるように改変すること（例えば、相同組換え及び遺伝子活性化又は組換え細胞と非組換えポリペプチドとの融合により）を含む。ポリペプチドを発現させるために細胞及び／又は細胞株を遺伝子改変する方法並びにベクターは公知である。組換えポリペプチドの生産に好適な哺乳動物の例としては、限定はしないが、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、マウス骨髄腫（ＮＳ０）、ヒト胎児由来腎臓（ＨＥＫ２９３）、ベビーハムスター腎（ＢＨＫ）細胞、ベロ（Ｖｅｒｏ）細胞、ＨｅＬａ細胞、メイディン・ダービー・イヌ腎（ＭＤＣＫ）細胞、ＣＶ１サル腎細胞、３Ｔ３細胞、ＮＳ０及びＮＳ１などの骨髄腫細胞株、ＰＣ１２、ＷＩ３８細胞、ＣＯＳ細胞（ＣＯＳ−１及びＣＯＳ−７など）、並びにＣ１２７が挙げられる。一実施形態では、哺乳動物細胞株は、増大若しくは低減したレベルの１つ又は複数のｍｉＲＮＡを発現させる。一実施形態では、より詳細に既述したように、異種ｍｉＲＮＡ若しくは抗ｍｉＲＮＡ阻害剤で、安定的又は一過的に、哺乳動物細胞をトランスフェクトする。より具体的実施形態では、細胞培養物中の哺乳動物細胞は、低減したｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する。一実施形態では、抗ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ阻害剤で哺乳動物細胞をトランスフェクトする。

哺乳動物細胞は、様々な細胞培地に維持することができる。用語「細胞培地」は、例えば、哺乳動物細胞などの細胞を増殖させる栄養液を指す。細胞培地製剤は、当分野ではよく知られている。典型的には、細胞培地は、バッファー、塩、炭水化物、アミノ酸、ビタミン及び必須微量元素を含む。細胞培地は、血清、ペプトン、及び／又はタンパク質を含有しても、しなくてもよい。培養しようとする細胞の要件及び／又は要望される細胞培養パラメータに応じて、アミノ酸、塩、糖、ビタミン、ホルモン、増殖因子、バッファー、抗生物質、脂質、微量元素などの成分を追加又は濃度を増加して、細胞培地を補充してもよい。無血清及び規定培地などの様々な培地は、市販されており、限定はしないが、以下のものが挙げられる：Ｍｉｎｉｍａｌ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｍｅｄｉｕｍ（ＭＥＭ，Ｓｉｇｍａ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，Ｍｏ．）；Ｈａｍ’ｓ Ｆ１０ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｓｉｇｍａ）；Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｅａｇｌｅｓ Ｍｅｄｉｕｍ（ＤＭＥＭ，Ｓｉｇｍａ）；Ｍｉｎｉｍａｌ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｍｅｄｉｕｍ（ＭＥＭ）；Ｂａｓａｌ Ｍｅｄｉｕｍ Ｅａｇｌｅ（ＢＭＥ）；ＲＰＭＩ−１６４０ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｓｉｇｍａ）；ＨｙＣｌｏｎｅ ｃｅｌｌ ｃｕｌｔｕｒｅ ｍｅｄｉｕｍ（ＨｙＣｌｏｎｅ，Ｌｏｇａｎ，Ｕｔａｈ）；及び特定の細胞型のために製剤化される合成（ＣＤ）培地、例えば、ＣＤＲ−ＣＨＯ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆ．）。前述したものなどの補助成分又は材料を市販の培地に添加することができる。一実施形態では、細胞培地は、ｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ阻害剤オリゴヌクレオチド又はその前駆体、あるいはｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ阻害剤又はその前駆体をコードする発現ベクターを含み得る。

哺乳動物細胞培養物により発現される組換えポリペプチドは、細胞内に産生させてもよいし、又は培地中に分泌させてもよく、この培地から前記ポリペプチドを回収及び／又は収集することができる。さらに、組換えポリペプチドは、公知のプロセス及び販売業者から入手可能な製品を用いて、精製、又は部分精製することができる。精製したポリペプチドは、続いて、「製剤化」、例えば、バッファー交換、滅菌、バルクパッケージし、及び／又は最終ユーザ用にパッケージすることができる。

細胞培養物の生産特性は、生存細胞密度（ＶＣＤ）、抗体力価、並びに比生産性（Ｑｐ）、累積生産性及びピークＶＣＤで評価される最大生産性などの生産性を測定することによって決定することができる。

一実施形態では、細胞培養物は、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する哺乳動物細胞を含む。一実施形態では、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性は、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤によって抑制される。一実施形態では、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤である。一実施形態では、哺乳動物細胞は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンス阻害剤をコードする複製可能な発現ベクターでトランスフェクトする。別の実施形態では、哺乳動物細胞は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのオリゴヌクレオチド阻害剤でトランスフェクトする。一実施形態では、オリゴヌクレオチド阻害剤は、例えば、ヌクレアーゼ耐性を改善し、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を高め、及び／又は結合親和性を増大するように、化学的に修飾されている。一実施形態では、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａを有する哺乳動物細胞は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ遺伝子ノックアウトを含む。

一実施形態では、細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大した生産性を有する。本明細書で用いるとき、用語「生産性」は、規定された期間にわたって細胞培養物により産生される組換えポリペプチドの濃度を指す。生産性は、力価、生存細胞密度（ＶＣＤ）、及び生存率（％）に基づいて評価することができる。力価、ＶＣＤ、及び生存率（％）を測定する方法は公知である。一実施形態では、細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％及び最大約１００％；約２５〜約１００％；約５０〜約７５％増大した比生産性を有する。

一実施形態では、生産性は、比生産性を指す（Ｙｏｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｂｉｐｈａｓｉｃ ｃｕｌｔｕｒｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ｖｏｌｕｍｅｔｒｉｃ ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｉｅｔｉｎ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌｓ．Ｅｎｚｙｍｅ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３９：３６２−３６５；Ｂａｕｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，（２００８）Ｈｙｐｏｘｉｃ ｆｅｄ−ｂａｔｃｈ ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ ｉｎｃｒｅａｓｅｓ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｄ ｖｏｌｕｍｅｔｒｉｃ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ １００（１）：１７７−１８３；Ｂｒｅｚｉｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ａ ｓｉｍｐｌｅ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｅｎｒｉｃｈｉｎｇ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｅｄ ＣＨＯ ｃｅｌｌｓ ｆｏｒ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｈｉｇｈｅｒ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２７７：１４１−１５５；Ｆｏｘ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｍａｘｉｍｉｚｉｎｇ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−γ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ｓｈｉｆｔ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ：ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ ｍｏｄｅｌｉｎｇ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ８５（２）：１７７−１８４；Ｗｕｒｍ，（２００４）Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｉｎ ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２２（１１）：１３９３−１３９８；Ｂｒｏｗｎｅ ａｎｄ Ａｌ−Ｒｕｂｅａｉ，（２００９ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈ−ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ．Ｉｎ：Ａｌ−Ｒｕｂｅａｉ Ｍ，ｅｄｉｔｏｒ．Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，Ｓｅｒｉｅｓ：Ｃｅｌｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ６，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ Ｂ．Ｖ．Ｐ．１２７−１５１)。本明細書で用いるとき、用語「比生産性」は、毎日培養中の生存細胞１個当たり産生される組換えタンパク質を指し、累積生存細胞密度の全体に対する産物濃度（力価）の傾き（ｍｇ／Ｌ／ＣＣＤ）として計算することができる。一実施形態では、細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％及び最大約１００％；約２５〜約１００％；約５０〜約７５％増大した比生産性を有する。

一実施形態では、生産性は、ピーク生存細胞密度（ＶＣＤ）で決定される「最大生産性」を指す。本明細書で用いるとき、用語「最大生産性」は、培養物がその最大ＶＣＤにあるときの生産性のレベルを指し、前時点と比較した最大ＶＣＤでの力価の差を、最大時点と前時点とのＶＣＤの差で割り、時点１から時点２までの培養日数を掛け、初期ＶＣＤに対する最終ＶＣＤの自然対数で割ったものとして計算される。一実施形態では、最大生産性は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大する。一実施形態では、細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％若しくは２００％又は約２５％〜約２００％増大した最大生産性を有する。

一実施形態では、生産性は、累積生産性を指す。本明細書で用いるとき、用語「累積生産性」は、全増殖サイクルを通した比生産性を指し、累積生存細胞密度の全体に対する産物濃度（力価）の傾き（ｍｇ／Ｌ／ＣＣＤ）として計算することができる（Ｒｅｎａｒｄ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｔｈａｔ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｋｉｎｅｔｉｃｓ ｉｓ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ ｔｈｅ ｉｎｔｅｇｒａｌ ｏｆ ｔｈｅ ｖｉａｂｌｅ ｃｅｌｌｓ ｃｕｒｖｅ ｉｎ ｂａｔｃｈ ｓｙｓｔｅｍｓ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ １０（２）：９１−９６；Ｙｏｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｂｉｐｈａｓｉｃ ｃｕｌｔｕｒｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ｖｏｌｕｍｅｔｒｉｃ ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｉｅｔｉｎ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌｓ．Ｅｎｚｙｍｅ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３９：３６２−３６５；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｃｅｌｌ ｃｕｌｔｕｒｅ ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ ｆｏｒ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ．ｍＡｂｓ２（５）４６６−４７７；Ｂｒｅｚｉｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ａ ｓｉｍｐｌｅ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｅｎｒｉｃｈｉｎｇ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｅｄ ＣＨＯ ｃｅｌｌｓ ｆｏｒ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｈｉｇｈｅｒ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２７７：１４１−１５５；Ｆｏｘ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｍａｘｉｍｉｚｉｎｇ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−γ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ｓｈｉｆｔ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ：ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ ｍｏｄｅｌｉｎｇ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ８５（２）：１７７−１８４）。一実施形態では、細胞培養物は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％及び最大約１００％；約２５〜約１００％；約５０〜約７５％増大した累積生産性を有する。

一実施形態では、生産性は、培養物の比生産性、すなわち、対照細胞培養物中の組換えポリペプチドの力価と比較して、全培養物における細胞１個当たりの組換えポリペプチドの力価を指す。

Ｇ．組換えポリペプチド
用語「組換えポリペプチド」は、本明細書で用いられるとき、培養した宿主細胞により産生される遺伝子改変ポリペプチド又はタンパク質を指す。本明細書で用いるとき、用語「異種」は、当該ポリペプチドを正常に発現しない宿主細胞により産生される組換えポリペプチドを指す。しかし、異種ポリペプチドは、生物に対してネイティブであるが、何らかの方法で意図的に改変されたポリペプチドも含み得る。例えば、異種ポリペプチドは、ポリペプチドを発現するベクターでトランスフェクトした宿主細胞により発現されるポリペプチドを含み得る。

一実施形態では、ポリペプチドは、抗体又はその結合断片である。抗体は、オリゴクローナル、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ラクダ化、ＣＤＲグラフト、多重特異性、二重特異性、触媒、ヒト化、完全ヒト、抗イディオタイプ、及び可溶性又は結合形態で標識することができる抗体、並びにエピトープ結合断片などの断片、これらの変異体若しくは誘導体であってよく、単独でも、他のアミノ酸配列と組み合わせてもよい。抗体は、任意の種に由来するものでよい。抗体という用語はさらに、限定はしないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）₂単鎖抗体（ｓｖＦＣ）、二量体可変領域（ダイアボディ）及びジスルフィド結合可変領域（ｄｓＦｖ）などの結合断片も包含する。免疫グロブリン分子は、いずれのタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）又はサブクラスであってもよい。

別の実施形態では、組換えポリペプチドは、非抗体タンパク質である。非抗体タンパク質の例として、限定はしないが、融合タンパク質、受容体、細胞表面タンパク質のリガンド、分泌タンパク質、及び酵素が挙げられる。

Ｈ．キット
ｍｉＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ阻害剤オリゴヌクレオチド又は発現ベクター並びに、バッファー、細胞及び培地などの追加成分はいずれも、キットの形態でパッケージすることができる。典型的に、キットは、本発明の方法を実施するための指示書、パッケージング材、及び容器などの用具も含む。一実施形態では、キットは、前文で詳述したように、ｍｉＲＮＡ遺伝子産物又はｍｉＲＮＡ阻害剤をコードする少なくとも１つの発現ベクターを含む。一実施形態では、発現ベクターは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写又は転写／翻訳系に用いることもできるし、あるいは、一過的又は安定的に細胞をトランスフェクトするのに用いることもできる。別の実施形態では、キットは、少なくとも２つの発現ベクターを含み、その一方は、ｍｉＲＮＡ遺伝子産物又はｍｉＲＮＡ阻害剤をコードし、他方は、選択マーカ、リポータ遺伝子若しくは組換えポリペプチドをコードする。

Ｉ．参照による組み込み
特許、特許出願、論文、テキストなど、及びそれらに引用される参照文献を含む、本明細書に引用される参照文献は全て、その全体を参照により本明細書に組み込むものとする。

Ｊ．同等物
以上記載した明細書は、当業者が本発明を実施できるようにするのに十分であると考えられる。以上の記載内容及び実施例によって、本発明の好ましい実施形態が詳細に示されると共に、本発明者らにより考慮される最良の様式が説明される。しかし、以上の記載内容がいかに詳細に文面で示され得るとしても、本発明は、様々な方法で実施することができ、本発明は、添付の請求の範囲及びその同等物に従って解釈すべきであることは理解されよう。

６．実施例
改変されたｍｉｃｒｏＲＮＡ発現が、哺乳動物細胞生産性を改善する能力を調べるために、２つの抗体産生ＣＨＯ細胞株を、細胞増殖、ストレス応答、アポトーシス、及びｍＲＮＡ転写などの組換えポリペプチドに関与する経路におけるｍｉｃｒｏＲＮＡの潜在的関与に基づき、９つの異なるｍｉｃｒｏＲＮＡ又は抗センスｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤をコードするレンチウイルスベクターで安定的に形質導入した（表１）。

Ａ．材料及び方法
細胞培養及び形質導入
様々なモノクローナル抗体を発現するチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（懸濁細胞株）を、５０ｕＭ Ｌ−メチオニンスルホキシミン（ＭＳＸ；Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）及び０．５×ＧＳ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ（ＳＡＦＣ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｌｅｎｅｘａ，ＫＳ）で補充したＣＤ ＣＨＯ培地（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中で増殖させた。振盪フラスコ培養物を１２０ＲＰＭ、３７℃、６％ＣＯ₂及び８０％湿度で維持した。ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１を過剰発現するレンチウイルスベクター又はベクター対照（Ｏｐｅｎ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ，ＡＬ）、又は抗ｍｉＲ−ｌｅｔ７ａ、−１６、−１０１若しくは−１４５又はベクター対照（Ｓｙｓｔｅｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）を用い、２〜２０のＭＯＩで、２５０，０００個の細胞を形質導入した。形質導入した細胞を増殖させ、５ｕｇ／ｍＬのピューロマイシン（Ｐｕｒｏｍｙｃｉｎ）を用いて２〜３週間にわたり選択した。緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又は赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）ベクター成分（それぞれ、抗ｍｉＲ又はｍｉＲベクターに由来）を使用して、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）により細胞を収集し、フェドバッチ細胞培養のために増殖させた。形質導入効率は１００％に近かった（図１１Ａ）。マーカ遺伝子発現をモニターし、これらの修飾された細胞系の使用全体を通して確認し、定量ＲＴ−ＰＣＲから、得られた安定的形質導入細胞株におけるｍｉＲ及び抗ｍｉＲ両方の高レベルの発現が明らかにされた（表２）。

フェドバッチアッセイを１２５ｍＬ振盪フラスコで、３回反復して実施した。前述の補助物質を含む２５ｍＬのＣＤ ＣＨＯ培地に細胞を接種した。安定したｍｉＲ修飾ＣＨＯ細胞株の作製後、生存細胞密度（ＶＣＤ）（表３）、ｍＡｂ力価（表４）及び改変ｍｉＲＮＡ発現から得られたＱｐ（図１〜４）について、１４日間２日毎に細胞をモニターした。ＶｉＣＥＬＬ Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を用いて、生存細胞密度（ＶＣＤ）、生存率（％Ｖ）及び細胞サイズをモニターした。Ｏｃｔｅｔシステム（ｆｏｒｔｅＢＩＯ／Ｐａｌｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）を用いて、抗体力価を測定した。累積Ｑｐは、累積生存細胞密度の全体に対する産物濃度（力価）の傾き（ｍｇ／Ｌ／ＣＣＤ）として計算した（Ｒｅｎａｒｄ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｔｈａｔ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｋｉｎｅｔｉｃｓ ｉｓ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ ｔｈｅ ｉｎｔｅｇｒａｌ ｏｆ ｔｈｅ ｖｉａｂｌｅ ｃｅｌｌｓ ｃｕｒｖｅ ｉｎ ｂａｔｃｈ ｓｙｓｔｅｍｓ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ １０（２）：９１−９６；Ｙｏｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｂｉｐｈａｓｉｃ ｃｕｌｔｕｒｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ｖｏｌｕｍｅｔｒｉｃ ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｉｅｔｉｎ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌｓ．Ｅｎｚｙｍｅ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３９：３６２−３６５；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｃｅｌｌ ｃｕｌｔｕｒｅ ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ ｆｏｒ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ．ｍＡｂｓ２（５）４６６−４７７；Ｂｒｅｚｉｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ａ ｓｉｍｐｌｅ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｅｎｒｉｃｈｉｎｇ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｅｄ ＣＨＯ ｃｅｌｌｓ ｆｏｒ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｈｉｇｈｅｒ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２７７：１４１−１５５；Ｆｏｘ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｍａｘｉｍｉｚｉｎｇ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−γ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ｓｈｉｆｔ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ：ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ ｍｏｄｅｌｉｎｇ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ８５（２）：１７７−１８４）。最大Ｑ_Pは、前時点と比較した最大ＶＣＤでの力価の差を、最大時点と前時点とのＶＣＤの差で割り、時点１から時点２までの培養日数を掛け、初期ＶＣＤに対する最終ＶＣＤの自然対数で割ったものとして計算される。力価、累積Ｑ_P及び最大Ｑ_Pは全て、ベースラインと比較した相対単位として表示される。

ＲＮＡ抽出及びリアルタイムＰＣＲ分析
ｍｉＲＶａｎａ ｍｉＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、製造者の指示に従い、０．５〜５×１０⁶細胞から全ＲＮＡを抽出した。Ｎａｎｏｄｒｏｐ分析により濃度を決定し、ＲＮＡ ６０００ Ｎａｎｏ ＬａｂＣｈｉｐを用いて、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ ＢｉｏａｎａｌｙｚｅｒでＲＮＡの質を評価した。過剰発現したｍｉＲＮＡのＴａｑＭａｎ分析のために、 Ｍｕｌｔｉｓｃｒｉｂｅ ＲＴ及びＭｅｇａｐｌｅｘ ＲＴプライマープール（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、製造者の指示に従い、１００〜３００ｎｇの全ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写した。１２．５μＬの２×ＴａｑＭａｎ ＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ、２．５μＬの１０×Ｍｅｇａｐｌｅｘ ＰｒｅＡｍｐプライマー、７．５μＬのＨ₂Ｏ及び２．５μＬのＲＴ産物を含有する反応物中の、ＴａｑＭａｎ ＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ及びＭｅｇａｐｌｅｘ ｐｒｅａｍｐプライマープール（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、得られたｃＤＮＡを前増幅した。サイクリング後、増幅したサンプルをＤＮＡ Ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒ（ＴＥＫｎｏｖａ，Ｈｏｌｌｉｓｔｅｒ，ＣＡ）で１：４希釈した後、−２０℃で保持するか、又は直ちにＰＣＲに用いた。ｍｉＲ−１０ａ及びｍｉＲ−２１に特異的なＴａｑＭａｎアッセイ(ＡＢＩ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ ＣＡ)を用いて、前増幅した物質のリアルタイムＰＣＲを実施した。各ｍｉＲＮＡの発現をＵ６ ｓｎＲＮＡと比較して評価した。

４８×４８ダイナミックアレイチップ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）にロードするサンプルを用意するために、反応ミックスは、２．５μＬの２×Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（ＡＢＩ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、０．２５μＬのＳａｍｐｌｅ Ｌｏａｄｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）、及び２．２５μＬの前増幅ｃＤＮＡを含有した。プライマー／プローブを用意するために、反応ミックスは、２．５μＬの２０×ＴａｑＭａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ及び２．５μＬのＡｓｓａｙ Ｌｏａｄｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を含有した。サンプルとアッセイ試薬を注入口にロードする前に、チップをＩＦＣ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｒでプライミングした。記載したように用意した５マイクロリットルのサンプルを、ダイナミックアレイチップの各サンプル注入口にロードし、５μＬの１０×遺伝子発現アッセイミックスを各検出器注入口にロードした。ＩＦＣプライミング及びロード／混合ステップの完了後に、チップを、熱サイクリングのためにＢｉｏＭａｒｋ（商標）Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍにロードした。

ＱｕａｎｔｉＭｉＲ（商標）ＲＴキット（Ｓｙｓｔｅｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を製造者の指示に従い用いて、抗ｍｉＲ発現を評価した。ｍｉＲ特異的フォワードプライマー及びユニバーサルリバースプライマー（Ｓｙｓｔｅｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いたＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ ＰＣＲのために、反応物をＤＮＡ Ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒ（ＴＥＫｎｏｖａ）で１：１０希釈した。定量ＰＣＲ反応物は、１μＬの希釈ＱｕａｎｔｉＭｉｒ ｃＤＮＡ、０．５μＬの１０ｕＭユニバーサルリバースプライマー、１μＬの１０μＭ ｍｉＲＮＡ特異的フォワードプライマー、１５μＬの２×ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ ｑＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒｍｉｘバッファー及び１２．５μＬのＲＮａｓｅフリーのＨ₂Ｏを含有した。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７９００リアルタイムＰＣＲ装置で熱サイクリングを実施した。増幅反応特異性を確認するために、ランの終了時に融解分析が含まれた。内部対照としてＵ６ ｓｎＲＮＡを用いた。

ｍｉＲ−ｌｅｔ７ａｍＲＮＡ標的の発現分析のために、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＩＩＩ Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ＳｕｐｅｒＭｉｘ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ)及びランダム六量体を製造者の指示に従い用いて、５００ｎｇの抽出された全ＲＮＡからｃＤＮＡを合成した。ＴａｑＭａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓ及びＴａｑＭａｎ ＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘを用いて、前増幅を実施した。反応物は、５μＬのｃＤＮＡ、１０μＬのＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ及び５μＬの０．２×遺伝子発現アッセイミックス（アッセイしようとする全てのプライマー／プローブから成る）を最終体積２０μＬで含有した。前増幅したｃＤＮＡを、過剰発現したｍｉＲについて、前述のように、目的の標的遺伝子専用のＴａｑＭａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓ及びＢｉｏＭａｒｋ（商標）装置（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を用いたＴａｑＭａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ)と共に、Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲによりアッセイした。内部対照としてβ−アクチン及びＧＡＰＤＨを使用し、デルタ−デルタＣｔ方法を用いてデータを評価した。

ウェスタンブロッティング
標的タンパク質改変は、ｍｉＲＮＡ修飾を含む、又は含まない溶解培養物のウェスタン分析により評価した。抗体産生ＣＨＯ培養物の細胞溶解物をＲＩＰＡ Ｌｙｓｉｓ、並びにＨＡＬＴプロテアーゼ及びホスファターゼ阻害剤（Ｐｉｅｒｃｅ）を含むＥｘｔｒａｃｔｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｐｉｅｒｃｅ）中で調製した。１５マイクログラムの細胞溶解物を、還元条件下、１×ＭＯＰＳランニングバッファー（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ)中の４〜１２％ＮｕＰａｇｅゲル（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ)上で分離した後、ＰＶＤＦ膜（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ)に移した。膜をＰｒｏｔｅｉｎ−Ｆｒｅｅ Ｔ２０（ＰＢＳ）Ｂｌｏｃｋｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｉｅｒｃｅ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）中で１時間ブロックした後、１：５００希釈のウサギ抗ＲＡＳ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ，Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ）又は１：３３３希釈のマウス抗ＧＡＰＤＨ（ａｂｃａｍ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ）一次抗体と一緒に、４℃で一晩インキュベートした。ブロットを、ＰＢＳＴ ０．１％＋０．０２％ＳＤＳ中の蛍光標識二次抗体、すなわちＲＡＳ及びＧＡＰＤＨのそれぞれについて、抗ウサギ８００ＣＷ（ＬＩ−ＣＯＲ，Ｌｉｎｃｏｌｎ，ＮＥ）及び抗マウス６８０ＬＴ（ＬＩ−ＣＯＲ）において、室温で３０分インキュベートした。Ｏｄｙｓｓｅｙ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＬＩ−ＣＯＲ）及びＯｄｙｓｓｅｙソフトウエア（ＬＩ−ＣＯＲ）を用いて、蛍光シグナル及びバンド強度を捕捉し、定量した。

抗体忠実度／完全性
ｍｉＲ又は抗ｍｉＲ修飾株由来の抗体を生産し、プロテインＡアフィニティクロマトグラフィーを用いて精製した。Ａｇｉｌｅｎｔ Ｚｏｒｂａｘ Ｐｏｒｏｓｈｅｌｌ ＳＢ３００ Ｃ３ ７５×１．０ｍｍカラムを備えるＡｇｉｌｅｎｔ１２００シリーズ装置を用いて、逆相分離を実施した。２μｇのタンパク質サンプルを還元し、カラムに注入した。カラムを９０％溶媒Ａ（Ｈ₂Ｏ中の０．１％ギ酸）及び１０％溶媒Ｂ（アセトニトリル中の０．１％ギ酸）で平衡化し、１０〜６０％Ｂの段階勾配により溶離を達成した。流速及び温度は、ラン全体を通して０．４ｍｌ／分及び３５℃に維持した。

Ａｇｉｌｅｎｔ ６５２０ ＬＣ／ＭＳ ＱＴＯＦ質量分析計（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）において３００〜３０００ｍ／ｚのスキャン範囲を用い、陽イオンモードで質量分析を実施した。ＬＣとＴＯＦとのカップリングは、デュアルネブライザー（１つのネブライザーは、ＬＣ溶出剤用で、１つのネブライザーは、内部標準質量化合物用（ｍ／ｚ ３２２．０４８１及びｍ／ｚ １２２１．９９０６））を用いたエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）により行った。ＥＳＩ質量スペクトルは、自動逆重畳積分（デコンボリューション）及びタンパク質確認のために、Ｂｉｏｃｏｎｆｉｒｍを備えるＡｇｉｌｅｎｔ ＭａｓｓＨｕｎｔｅｒ Ｑｕａｌｉｔａｔｉｖｅ Ａｎａｌｙｓｉｓを用いて実施した。

Ｂ．結果
抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａはＣＨＯ細胞生産性を増大する
ｍｉＲ−１０ａ、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ及び抗ｍｉＲ−１４３は、最高レベルの累積Ｑｐを示し、対照株と比較して、それぞれ６３％、７１％及び５３％の生産率増加を有する（図１）。累積Ｑｐに加えて、これらのｍｉＲ修飾細胞株のそれぞれについて、各ピークＶＣＤで計算した最大Ｑｐも評価した。結果は、親／対照株と比較して、ｍｉＲ−１０ａ、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ及び抗ｍｉＲ−１４３の場合、それぞれ３８％、１６３％及び６４％の増加を示した（図２）。別のｍｉＲ修飾ＣＨＯ細胞株は、有意な変化を示さないか、又は親／対照培養物と比較して、Ｑｐの低下を示すかのいずれかであった。

組換えポリペプチド力価及びＶＣＤは、Ｑｐの成分であるため、各ｍｉＲ修飾細胞株についてこれらのパラメータの変化を調べた。ｍｉＲ−１０ａ、抗ｍｉＲ−１４３及び抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａは、対照と比較して増大したＱｐを示したが、それらの力価の相対的増加は、親又は対照細胞株に認められたものと同等である（図３）。さらに、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａを産生する修飾ＣＨＯ細胞が達した最大ＶＣＤは、親又は対照細胞株の半分に過ぎない（図４）。ｍｉＲ−１０ａ及び抗ｍｉＲ−１４３修飾株は、第１０日で、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａより高いレベルでＶＣＤのピークに達したが、それらの増殖は、第１２日から第１４日まで実質的に低下しているのに対し、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａは、第１４日まで比較的一定レベルに維持している。低減した細胞密度での増殖は、培養物の増殖よりもむしろ組換えポリペプチド合成に向けた細胞エネルギーの好ましい再方向付けを示すと考えられる（Ｂｒｏｗｎｅ ａｎｄ Ａｌ−Ｒｕｂｅａｉ，（２００９）Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈ−ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ．Ｉｎ：Ａｌ−Ｒｕｂｅａｉ Ｍ，ｅｄｉｔｏｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，Ｓｅｒｉｅｓ：Ｃｅｌｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ６，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ Ｂ．Ｖ．ｐ．１２７−１５１）。以上をまとめると、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害によって、Ｑｐの最も優れた増大がもたらされ、これは、評価した全てのｍｉＲ−修飾株の最長の増殖プロフィールを有する。

別のｍＡｂ産生ＣＨＯ細胞株でも阻害は一致した
ＣＨＯ増殖及び生産性に対する抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの作用が、初め試験したプロデューサ細胞株に特異的であるのか否か、又はこの作用を他の生産培養物にも一般化することができるのか否かを決定するために、より高い生産能を有し、異なるｍＡｂを産生する別のＣＨＯ細胞株を選択した。試験した２つのｍＡｂ産生細胞株の結果は、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ細胞株が、対照と比較して、経時的に同等若しくは低減したＶＣＤを維持すると共に、同様の最終ｍＡｂ力価を有し（図５及び６）、対照と比較して５０％、及び６８％のＱｐ増大をもたらした点で、互いに類似していた（図７）。ｍｉＲ又は抗ｍｉＲ修飾株由来の２μｇの精製抗体を還元した後、忠実度及び完全性において親株との同等性について、逆相ＬＣ／ＭＳにより評価した。逆相ＬＣ／ＭＳによって、抗ｍｉＲ修飾細胞株由来のｍＡｂ産物が、忠実度及び完全性において親株と同等であることがさらに確認された（図１２Ａ及びＢ）。興味深いことに、親細胞株の初期ｍＡｂ産生能力と、抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの導入時のＱｐの増加率との間に逆相関が観察された（図７）。具体的には、第２細胞株は、第１細胞株と比較して、１．６倍増大した生産能を示し、これが、より低いＱｐの増大（約１．４倍）に変わったが、このことは、ｍｉＲ修飾が、一般に、組換えポリペプチド生産に対しプラスに作用し得るが、低産生細胞株に対しては、より大きな利益を与え得ることを示唆している。

ＣＨＯ細胞生産性に重要な抗ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ増大標的
ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ阻害の機能的作用を理解するために、予測及び確証されたｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの複数の標的を調べたが、これらの標的は、無数の細胞型及び疾患背景において、増殖、ストレス耐性、及びタンパク質翻訳など多数の経路を調節することが明らかにされている（Ｄｅ Ｖｉｔｏ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｌｅｔ−７ａ ｉｓ ｄｉｒｅｃｔ ＥＷＳ−ＦＬＩ−１ ｔａｒｇｅｔ ｉｍｐｌｉｃａｔｅｄ ｉｎ Ｅｗｉｎｇ’ｓ Ｓａｒｃｏｍａ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ ６（８）：１−１１、Ｓａｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００７）ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｌｅｔ−７ａ ｄｏｗｎ−ｒｅｇｕｌａｔｅｓ ＭＹＣ ａｎｄ ｒｅｖｅｒｔｓ ＭＹＣ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｉｎ Ｂｕｒｋｉｔｔ Ｌｙｍｐｈｏｍａ ｃｅｌｌｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７（２０）：９７６２−９７７０；Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００５）ＲＡＳ ｉｓ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｂｙ ｔｈｅ ｌｅｔ−７ ｍｉｃｒｏＲＮＡ ｆａｍｉｌｙ．Ｃｅｌｌ １２０：６３５−６４７；Ｍａｔｈｏｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．，（２００７）ＭｉｃｒｏＲＮＡ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｔｈｅ ｃａｐ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ ｅＩＦ４Ｆ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１７（５８４５）：１７６４−７）。

ＣＨＯ細胞におけるｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの具体的作用は、これまで研究されてこなかったため、生産培養物に特に関連性があると考えられる経路に関与する１群の潜在的標的を選択した。このｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ標的群のうち、以下の３クラスの標的が、ＣＨＯ細胞生産性に対する上記ｍｉＲの機構に重要と考えられた：（１）ｍＲＮＡ分解により調節されることが以前証明されたｍＲＮＡ、例えば、ＨＭＧＡ２、ＭＹＣ、ＮＦ２、ＮＩＲＦ、ＲＡＢ４０Ｃ、ＰＲＤＭ１、及びＩｎｔｅｇｒｉｎ−ｂ３など；（２）ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ翻訳阻害により調節されることが以前証明されたｍＲＮＡ、例えば、ＲＡＳ、ＩＧＦ、及びＥＩＦ２Ａなど；並びに（３）生命情報学によりｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ標的であると推定されるｍＲＮＡ、例えば、ＥＩＦ４Ａ。（Ｍｕｌｌｅｒ（２００８）ＭｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｆａｃｔｏｒｉｅｓ．Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６（７）：３５９−３６５；Ｄｅ Ｖｉｔｏ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｌｅｔ−７ａ ｉｓ ｄｉｒｅｃｔ ＥＷＳ−ＦＬＩ−１ ｔａｒｇｅｔ ｉｍｐｌｉｃａｔｅｄ ｉｎ Ｅｗｉｎｇ’ｓ Ｓａｒｃｏｍａ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ ６（８）：１−１１；Ｓａｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００７）ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｌｅｔ−７ａ ｄｏｗｎ−ｒｅｇｕｌａｔｅｓ ＭＹＣ ａｎｄ ｒｅｖｅｒｔｓ ＭＹＣ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｉｎ Ｂｕｒｋｉｔｔ Ｌｙｍｐｈｏｍａ ｃｅｌｌｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７（２０）：９７６２−９７７０；Ｍｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｔｈｅ ＭｉｃｒｏＲＮＡ ｌｅｔ−７ａ ｍｏｄｕｌａｔｅｓ ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−６−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ＳＴＡＴ−３ ｓｕｒｖｉｖａｌ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ｉｎ ｍａｌｉｇｎａｎｔ ｈｕｍａｎ ｃｈｏｌａｎｇｉｏｃｙｔｅｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８２（１１）：８２５６−８２６４；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）ＮＩＲＦ ｉｓ ｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙ ｕｐｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ ｉｔｓ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃｉｔｙ ｃａｎ ｂｅ ｓｕｐｐｒｅｓｓｅｄ ｂｙ ｌｅｔ−７ａ ｍｉｃｒｏＲＮＡ．Ｃａｎｃｅｒ Ｌｅｔｔｅｒｓ ３１４：２２３−２３１；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｌｏｗ−ｌｅｖｅｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｌｅｔ−７ａ ｉｎ ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ ｉｔｓ ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ ｉｎ ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ＲＡＢ４０Ｃ．Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ ３２（５）：７１３−７２２；Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｆｏｌｌｉｃｕｌａｒ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｉｃｒｏＲＮＡ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｕｐｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ＰＲＤＭ１ ａｎｄ ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ＢＣＬ−６ ｉｎ ｎｏｎ−Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ Ｂ−ｃｅｌｌ ｌｙｍｐｈｏｍａｓ．Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２５（１）：１４５−１５２；Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，（２００８）ＭｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｆａｃｔｏｒｉｅｓ．Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６（７）：３５９−３６５；Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｔｈｅ ｌｅｔ−７ ｍｉｃｒｏＲＮＡ ｒｅｐｒｅｓｓｅｓ ｃｅｌｌ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ ｐａｔｈｗａｙｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃｅｌｌｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７：７７１３−７７２２；Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｈｙｐｅｒｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｌｅｔ−７ａ−３ ｉｎ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｌｏｗ ｉｎｓｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ−ＩＩ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ｆａｖｏｒａｂｌｅ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７（２１）：１０１１７−１０１２２；並びにＭａｔｈｏｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．，（２００７）ＭｉｃｒｏＲＮＡ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｔｈｅ ｃａｐ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ ｅＩＦ４Ｆ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１７（５８４５）：１７６４−７）。

結果から、２つの異なるｍＡｂ産生ＣＨＯ細胞株におけるｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害によって、ＨＭＧＡ２、ＭＹＣ、ＮＦ２、ＮＩＲＦ、ＲＡＢ４０Ｃ及びＥＩＦ４Ａなどの複数のｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａ標的のｍＲＮＡレベル増大がもたらされることがわかった（図８）。ＰＲＤＭ１、Ｉｎｔｅｇｒｉｎ−Ｂ３、ＩＧＦ、ＲＡＳ及びＥＩＦ２Ａなどの他の遺伝子は、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害後にｍＲＮＡ発現レベルの変化を示さなかった（データは示してない）。以前の研究では、ＲＡＳは、ｍＲＮＡ分解によってではなく、翻訳により阻害されることが明らかにされていることから；本発明者らが、ＲＡＳタンパク質発現を測定したところ、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害時にレベル増大を認めた（図９）。ｍＡｂ産生ＣＨＯ細胞株におけるｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害によって起こるｍＲＮＡ又はタンパク質変化に影響される重要な経路としては、増殖、アポトーシス、ストレス耐性、細胞代謝、並びに翻訳及び／又は分泌機序の調節が挙げられる（Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，（２００８）ＭｉｃｒｏＲＮＡｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｆａｃｔｏｒｉｅｓ．Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６（７）：３５９−３６５；Ｂａｒｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ＣＨＯ ｃｅｌｌ ｇｒｏｗｔｈ ａｎｄ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ ｂｙ ｏｖｅｒ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｍｉＲ−７，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １５１（２）：２０４−１１；Ｄｅ Ｖｉｔｏ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｌｅｔ−７ａ ｉｓ ｄｉｒｅｃｔ ＥＷＳ−ＦＬＩ−１ ｔａｒｇｅｔ ｉｍｐｌｉｃａｔｅｄ ｉｎ Ｅｗｉｎｇ’ｓ Ｓａｒｃｏｍａ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ ６（８）：１−１１；Ｓａｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００７）ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｌｅｔ−７ａ ｄｏｗｎ−ｒｅｇｕｌａｔｅｓ ＭＹＣ ａｎｄ ｒｅｖｅｒｔｓ ＭＹＣ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｉｎ Ｂｕｒｋｉｔｔ Ｌｙｍｐｈｏｍａ ｃｅｌｌｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７（２０）：９７６２−９７７０；Ｍｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｔｈｅ ＭｉｃｒｏＲＮＡ ｌｅｔ−７ａ ｍｏｄｕｌａｔｅｓ ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−６−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ＳＴＡＴ−３ ｓｕｒｖｉｖａｌ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ｉｎ ｍａｌｉｇｎａｎｔ ｈｕｍａｎ ｃｈｏｌａｎｇｉｏｃｙｔｅｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８２（１１）：８２５６−８２６４；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）ＮＩＲＦ ｉｓ ｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙ ｕｐｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ ｉｔｓ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃｉｔｙ ｃａｎ ｂｅ ｓｕｐｐｒｅｓｓｅｄ ｂｙ ｌｅｔ−７ａ ｍｉｃｒｏＲＮＡ．Ｃａｎｃｅｒ Ｌｅｔｔｅｒｓ ３１４：２２３−２３１；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｌｏｗ−ｌｅｖｅｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｌｅｔ−７ａ ｉｎ ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ ｉｔｓ ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ ｉｎ ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ＲＡＢ４０Ｃ．Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ ３２（５）：７１３−７２２）。これらの経路と、これらの経路を媒介する上でのｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの標的の潜在的役割とを図１０にまとめて示す。

本発明者らの結果は、ＣＨＯ細胞におけるｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害によって、細胞周期制御／増殖及びアポトーシス、ストレス応答、細胞代謝、及びタンパク質転写／翻訳に関連する複数の遺伝子／タンパク質に変化が起こったことを示している。具体的には、本発明者らの結果は、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａが、ＣＨＯ以外の系において細胞増殖及びアポトーシスを調節することが証明されたＲＡＳ、ＭＹＣ、ＮＦ２、ＲＡＢ４０Ｃ、ＮＩＲＦ及びＨＭＧＡ２を改変したことを示した（図１０）。ＭＹＣ及びＲＡＳは、ストレスに順応させる能力及び代謝異常を解消する能力に影響を与え得るが、そのいずれも、タンパク質の適正なプロセシング及び転写因子の調節にとって重要である（図１０）。高いタンパク質合成速度を有する細胞には不可欠の翻訳開始を調節する上で重要な役割を果たすｅＩＦ４ａもまた、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａにより調節されていた。

Ｃ．結論
生産細胞培養に積極的に用いられる複数のｍＡｂ産生ＣＨＯ細胞株におけるｍｉＲ−ｌｅｔ−７ａの阻害によって、組換えポリペプチド生産に重要な経路における複数のｍＲＮＡ及びタンパク質標的の調節を通して、比生産性の増大及び好ましい増殖特性がもたらされた。以上をまとめると、本試験から得られた結果は、１つ又は複数のｍｉｃｒｏＲＮＡの調節が、その既存の範囲を超えて生産能力を増大する有効な手段となり得ることを示している。

Claims (15)

1. 哺乳動物細胞培養物において組換えポリペプチドを生産する方法であって、以下：
   （ａ）抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有する哺乳動物細胞を培養して、組換えポリペプチドを産生するステップ；及び
   （ｂ）ポリペプチドを回収するステップ
   を含み、前記哺乳動物細胞は、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性の抑制により増大した組換えポリペプチド生産性を示すチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である、方法。
2. 前記ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が、ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤によって抑制される、請求項１に記載の方法。
3. 前記ｍｉｃｒｏＲＮＡ阻害剤が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤を含む、請求項２に記載の方法。
4. 前記オリゴヌクレオチド阻害剤が、ヌクレアーゼ耐性を改善し、ＲＩＳＣによるｍｉＲＮＡ特異的切断に対する耐性を高め、及び／又は結合親和性を増大するように、化学的に修飾される、請求項３に記載の方法。
5. 前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤をコードする発現ベクターでトランスフェクトされている、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
6. 前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤で安定的に又は一過的にトランスフェクトされている、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
7. 前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ遺伝子ノックアウトを含む、請求項１に記載の方法。
8. 前記組換えポリペプチドが、抗体又はその結合断片を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
9. 前記抗体又はその結合断片が、多重特異性抗体、完全ヒト型抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、ＣＤＲ移植抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ'）断片、及び抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体から選択される、請求項８に記載の方法。
10. 前記組換えポリペプチドが、非抗体タンパク質を含み、前記組換えポリペプチドが、融合タンパク質、受容体、細胞表面タンパク質のリガンド、分泌タンパク質又は酵素を含んでもよい、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
11. 前記細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大した比生産性を有する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
12. 前記細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、少なくとも約２５％増大した最大生産性を有し、これは、ピーク生存細胞密度（ＶＣＤ）で決定される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
13. 前記細胞培養物が、ｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性が抑制されていない対照細胞培養物と比較して、１％〜３０％の相対生存細胞密度を有する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
14. 前記哺乳動物細胞が、対照細胞培養物と比較して、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２１、及びそれらの組み合わせから選択される第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの増大した活性を有するか、又は前記哺乳動物細胞が、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、及びそれらの組み合わせから選択される第２のｍｉｃｒｏＲＮＡの低減した活性を有する、請求項２に記載の方法。
15. 組換えポリペプチドを発現するように設計された哺乳動物細胞株であって、抑制されたｍｉＲＮＡ−ｌｅｔ−７ａ活性を有し、それにより増大した組換えポリペプチド生産性を示すＣＨＯ細胞である、哺乳動物細胞株。