JP6438402B2 - O−ホスホ−l−ホモセリンおよびメタンチオールからl−メチオニンを酵素的に産生する手段および方法 - Google Patents
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Description
O−ホスホ−L−ホモセリン + CH3−SH <=> L−メチオニン + H3PO4
に従ってL−メチオニンが酵素的に産生される、L−メチオニンの産生方法に関する。
O−ホスホ−L−ホモセリン + CH3−SH <=> L−メチオニン + H3PO4
に従ってL−メチオニンおよびH3PO4に酵素的に転換される、方法に関する。ここで、そのような酵素的転換は、O−ホスホ−L−ホモセリン依存性メチオニンシンターゼを用いることによって達成される。
(a)SEQ ID NOs:6〜29のいずれか一つに示されるアミノ酸配列を有するタンパク質、および
(b)SEQ ID NOs:6〜29のいずれか一つに対して少なくとも60%の配列相同性を有し、かつO−ホスホ−L−ホモセリンおよびメタンチオールをL−メチオニンおよびH3PO4に転換する酵素活性を有するタンパク質
からなる群から選択されるタンパク質を用いることにより達成される。
メチオニン + ATP => S−アデノシルメチオニン + PPi + Pi
によってL−メチオニンをS−アデノシルメチオニンに転換する、方法にも関する。
S−アデノシルメチオニン + メチルアクセプター => S−アデノシルホモシステイン + メチル化されたアクセプター
によってS−アデノシルメチオニンをS−アデノシルホモシステインへと転換してもよい。
S−アデノシルホモシステイン <=> L−ホモシステイン + アデノシン
によってL−ホモシステインへとさらに転換され得る。
L−ホモシステイン + L−セリン <=> L−シスタチオニン + H2O
によってL−シスタチオニンへと転換され得る。
L−シスタチオニン + H2O <=> L−システイン + NH3 + オキソブタン酸
によってシステインへと転換される。
ATP + L−グルタミン酸 + L−システイン <=> ガンマ−L−グルタミル−L−システイン + ADP + Pi
によってさらにグル−シス(ガンマ−L−グルタミル−L−システイン)へと転換してもよい。
ATP + ガンマ−L−グルタミル−L−システイン + グリシン = グルタチオン + ADP + Pi
に従ってグルタチオンに転換される。
メチオニン + 2−オキソ酸 => 2−オキソ−4−メチルチオブタン酸 + L−アミノ酸
によってさらに2−オキソ−4−メチルチオブタン酸に転換される、方法にも関する。
[i](a)プロリン10、
(b)アスパラギン11、
(c)グルタミン15、
(d)イソロイシン27、
(e)アラニン30、
(f)ロイシン45、
(g)セリン47、
(h)バリン60、
(i)アラニン68、
(j)フェニルアラニン150、
(k)スレオニン178、
(l)アスパラギン酸183、
(m)イソロイシン185、
(n)スレオニン220、
(o)メチオニン232、
(p)バリン245、
(q)アラニン257、
(r)アスパラギン259、
(s)フェニルアラニン261、
(t)フェニルアラニン275、
(u)イソロイシン287、
(v)ヒスチジン289、
(w)チロシン324、
(x)グリシン326、
(y)プロリン356、
(z)スレオニン371、
(aa)バリン396、
(bb)プロリン405、
(cc)アスパラギン酸431、
(dd)イソロイシン436、
(ee)イソロイシン457、
(ff)アスパラギン酸459、
(gg)プロリン470、
(hh)グルタミン酸472、
(ii)アラニン506、および
(jj)イソロイシン507
からなる群から選択される、SEQ ID NO:3における少なくとも一つのアミノ酸残基を置換または除去することにより、SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列を有するシスタチオニンガンマシンターゼから由来する、OHPS依存性メチオニンシンターゼ、または
[ii] SEQ ID NO:3における上に列挙した(a)から(jj)のいずれか一つに相当する少なくとも一つのアミノ酸残基を置換または除去することにより、そのアミノ酸配列がSEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも60%の配列相同性を示す、シスタチオニンガンマシンターゼから由来するOHPS依存性メチオニンシンターゼが挙げられる。その配列相同性は好ましくは少なくとも70%であり、より好ましくは少なくとも80%であり、最も好ましくは少なくとも90%である。
(i)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置10のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がロイシンで置換され、および/または
(ii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置11のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸で置換され、および/または
(iii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置15のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアルギニンで置換され、および/または
(iv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置27のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がセリンで置換され、および/または
(v)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置30のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がスレオニンで置換され、および/または
(vi)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置45のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がセリンで置換され、および/または
(vii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置47のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がスレオニンで置換され、および/または
(viii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置60のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸で置換され、および/または
(ix)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置68のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がスレオニンで置換され、および/または
(x)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置150のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がロイシンで置換され、および/または
(xi)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置178のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がイソロイシンで置換され、および/または
(xii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置183のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がグルタミン酸で置換され、および/または
(xiii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置185のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がバリンで置換され、および/または
(xiv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置220のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がセリンで置換され、および/または
(xv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置232のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がロイシンで置換され、および/または
(xvi)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置245のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアラニンで置換され、および/または
(xvii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置257のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がスレオニンで置換され、および/または
(xviii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置259のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸またはセリンで置換され、および/または
(xiv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置261のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がセリンで置換され、および/または
(xx)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置275のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がロイシンで置換され、および/または
(xxi)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置287のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がバリンまたはフェニルアラニンで置換され、および/または
(xxii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置289のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がチロシンまたはアルギニンで置換され、および/または
(xxiii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置324のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がフェニルアラニンで置換され、および/または
(xxiv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置326のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がセリンで置換され、および/または
(xxv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置356のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がスレオニンで置換され、および/または
(xxvi)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置371のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアラニンで置換され、および/または
(xxvii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置396のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアラニンで置換され、および/または
(xxviii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置405のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がセリンで置換され、および/または
(xxix)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置431のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がグリシンで置換され、および/または
(xxx)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置436のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がスレオニンで置換され、および/または
(xxxi)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置457のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がロイシンで置換され、および/または
(xxxii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置459のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギンで置換され、および/または
(xxxiii)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置470のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がセリンで置換され、および/または
(xxxiv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置472のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がグリシンで置換され、および/または
(xxxv)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置506のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がグリシンで置換され、および/または
(xxxvi)SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列における位置507のアミノ酸残基、または、この位置に対応する位置のアミノ酸残基がバリンで置換された、
アミノ酸配列を有する。
O−ホスホ−L−ホモセリン + Na2S <=> L−ホモシステイン + H3PO4
にしたがって起こる。
(i)突然変異シスタチオニンガンマシンターゼを産生するように、シスタチオニンガンマシンターゼ(EC2.5.1.48)をコード化する核酸分子に突然変異を引き起こす工程と、
(ii)O−ホスホ−L−ホモセリンおよびメタンチオールをL−メチオニンに酵素的に転換する能力を有するタンパク質をコード化する核酸分子の選択を可能にする培養条件で、工程(i)において得られた前記突然変異核酸分子を宿主細胞内に発現させる工程と、
(iii)O−ホスホ−L−ホモセリンおよびメタンチオールをL−メチオニンに酵素的に転換する能力を有するタンパク質を発現するそれらの宿主細胞を同定する工程と、
(iv)O−ホスホ−L−ホモセリンおよびメタンチオールをL−メチオニンに酵素的に転換する能力を有する、前記突然変異シスタチオニンガンマシンターゼをコード化する前記核酸分子を、工程(iii)において同定された宿主細胞から得る工程と、
を有する。
O4−サクシニル−L−ホモセリン + L−システイン ≒ L−シスタチオニン + コハク酸
を触媒する酵素である。
SEQ ID NO:1は、シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)(AAC25687.1)から得られたシスタチオニンガンマシンターゼ(EC 2.5.1.48)CGS1のアミノ酸配列を示す。
実施例1:突然変異体を調製する開始材料として用いられるCGS1切断型の調製
CGS1−4は合成遺伝子である。合成は、出芽酵母におけるその発現を向上させるコドン使用法を最適化することを目的としてGENEiusアルゴリズムを用いて、ユーロフィンMWGオペロン(Eurofins MWG Operon (Ebersberg))により行われた。出芽酵母コドン使用法の表は、かずさコドン使用法データベース(http://www.kazusa.or.jp/codon)より採用した。CGS1−5およびCGS1−1の切断型は、CGS1−4をマトリックスとして用い、順方向オリゴヌクレオチドGTACCGCTCGAGATGGTTGCTGGTAAGTGGTCTAACAATCをCGS1−5に、GTACCGCTCGAGATGTCTGTTCAATTGACCGATTCTAAGをCGS1−1にそれぞれ適用して、PCRにより調製された。同一の逆方向オリゴヌクレオチドAGTACGGGATCCTCAAATGGCTTCCAをCGS1−5およびCGS1−1の両方の型に使用した。
CGS1遺伝子の切断型は、pR316ベクター(Sikorski RS & Hieter P.、 Genetics. 1989、 122:19-27)に由来する酵母複製ベクターであるpAL06プラスミドへとクローン化された。pAL06プラスミドは、強力な酵母プロモーターであるTEF1の制御下にクローン化された遺伝子の発現を可能にする。CGS1ライブラリーは、Vartanian JPら(Nucleic Acids Res. 1996 24:2627-2631)により記載されるプロトコルを用いて、偏ったデオキシヌクレオチド三リン酸(deoxynucleotide triphosphate (dNTP))濃度を有する高変異誘発性PCRにより作製された。変異誘発性PCR時には、[dTTP]>[dCTP]バイアスおよび[dGTP]>[dATP]バイアスの両者ともに使用された。0.5mMのMnCl2の存在下に[dTTP]/[dCTP]=[dGTP]/[dATP]=1000μΜ/200μΜまたは[dTTP]/[dCTP]=[dGTP]/[dATP]=1000μΜ/150μΜのいずれかが使用された。
CGS1ライブラリーは、メチオニンを補給されてはいるが、プラスミドマーカーに対して選択するべきウラシルを欠く最小限の培地において、酵母菌種YA247−5A (MAT−α、ade2、his3、leu2、met2::loxP、met6::HIS3、trp1、ura3) またはYA246−4A(MAT−a、ade2、his3、leu2、met2::loxP、met6::HIS3、thr4::loxP、trp1、ura3)に形質転換された。48時間の成長の後、細胞は採取され、洗浄され、その後メチルメルカプタンを硫黄源として有する最小の液体培地において再懸濁された。7日後、培養液は採取され、同じ液体培地内でOD600nmがおよそ0.2となるように希釈された。希釈サイクルは三回連続で行われた。
上に述べた突然変異体のいずれかが出芽酵母菌種YA247−5A(MAT−α、ade2、his3、leu2、met2::loxP、met6::HIS3、trp1、ura3)およびYA246−4A(MAT−α、ade2、his3、leu2、met2::loxP、met6::HIS3、thr4::loxP、trp1、ura3)に発現することにより、それらの菌種はその栄養体要求性から解放される。
突然変異体のヌクレオチド配列は、転写プロモーター(pTEF1)の下流側であって転写ターミネーター(tADH1)の上流側において、複製プラスミドpAL06 (pRS316の誘導体)へと個別にクローン化された。
0.1mMのメタンチオールを補給された培地Aにおいて、ホスホホモセリンを蓄積し、CGS1タンパク質突然変異体を発現する、YA246−4Aに基づく菌種の成長を図5に示す。
1mMのメタンチオールまたは0.1mMのメタンチオールを補給された培地Aにおいて、ホスホホモセリンを蓄積しておらず、かつCGS1タンパク質突然変異体を発現する、YA247−5Aに基づく菌種の成長を図6(A)および図6(B)にそれぞれ示す。
酵母に発現される酵素のin vitro活性を、酵母の粗溶菌液中で試験した。
溶菌液の調製
まず酵母細胞を完全培地において成長させた。初代培養液は、撹拌しながら28℃で16時間インキュベートした培地A(OD590nm=0.3)100mlに接種するのに用いられた。
酵母に発現される酵素のホモシステインシンターゼ活性を、酵母の粗溶菌液を用いたin vitroアッセイで試験した。
溶菌液の調製
まず酵母細胞を完全培地において成長させた。初代培養液は、撹拌しながら28℃で16時間インキュベートした培地A(OD590nm=0.3)100mlに接種するのに用いられた。タンパク質の総量は、ブラッドフォードアッセイを用いて決定された。形成されたホモシステインの量は、比色アッセイにより決定される。
Claims (7)
- L−メチオニンを産生する方法であって、O−ホスホ−L−ホモセリン(OPHS)およびメタンチオールが、以下の反応図式:
O−ホスホ−L−ホモセリン + CH3−SH <=> L−メチオニン + H3PO4
に従ってL−メチオニンおよびH3PO4に酵素的に転換される、方法において、
前記酵素的な転換は、突然変異によりシスタチオニンガンマシンターゼ(EC2.5.1.48)から由来するタンパク質である、OPHS依存性メチオニンシンターゼを用いて達成され、
前記OPHS依存性メチオニンシンターゼは、
(a)SEQ ID NOs:6〜29のいずれか一つに示されるアミノ酸配列を有するタンパク質からなる群から選択される、方法。 - in vitroで実行される、請求項1に記載の方法。
- 前記方法は、請求項1又は2に記載のタンパク質を産生する微生物を用いて実行されることを特徴とする、請求項1又は2に記載の方法。
- S−アデノシルメチオニンを産生する方法であって、L−メチオニンを産生する、請求項1〜3のいずれか1つに記載の方法を含み、かつL−メチオニンをS−アデノシルメチオニンに転換する工程をさらに有する、方法。
- システインを産生する方法であって、L−メチオニンを産生する、請求項1〜3のいずれか1つに記載の方法を含み、かつL−メチオニンをシステインに転換する工程をさらに有する、方法。
- グルタチオンを産生する方法であって、L−メチオニンを産生する、請求項1〜3のいずれか1つに記載の方法を含み、かつL−メチオニンをグルタチオンに転換する工程をさらに有する、方法。
- 2−オキソ−4−メチルチオブタン酸を産生する方法であって、L−メチオニンを産生する、請求項1〜3のいずれか1つに記載の方法を含み、かつL−メチオニンを2−オキソ−4−メチルチオブタン酸に転換する工程をさらに有する、方法。
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