JP6372930B2 - 悪性腫瘍の治療薬 - Google Patents

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Description

本発明は、悪性腫瘍の治療薬または診断薬等に関する。
LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）は、低密度リポタンパク質（LDL）の代謝に関わる分子として知られている。このLSRに関してはいくつかの研究結果が報告されており、例えば、非特許文献1には、肥満および2型糖尿病のマウスモデルの肝臓において、LSRの発現が低下していることが記載されている。また、非特許文献2には、膀胱癌細胞でLSRが発現していることが記載されている。非特許文献3には、大腸癌細胞でLSRが発現していることが記載されている。非特許文献4には、乳癌細胞でLSRが発現していることが記載されている。特許文献1には、卵巣癌細胞等でLSRが発現していることが記載されている。
悪性腫瘍は疾患メカニズムが複雑で不明な点が多く、この分野には満たされていない医療ニーズが多く残っている。本願発明者らは、悪性腫瘍の研究を重ねていく中で、悪性腫瘍細胞に抗LSR抗体を接触させると、悪性腫瘍細胞の増殖が抑制されることを見いだした。さらに、悪性腫瘍細胞にLSRsiRNAをトランスフェクションしたところ、この場合も悪性腫瘍細胞の増殖が抑制された。そして、実際に悪性腫瘍モデルマウスに抗LSR抗体を投与したところ、腫瘍体積の顕著な減少が見られた。これらのことから、抗LSR抗体等のLSR抑制剤が悪性腫瘍の治療に有効であることが明らかになった。そこで、本発明は、LSRを標的とした新規の悪性腫瘍の治療薬等を提供する。
また本発明者らは、後述する実施例に記載のように、悪性腫瘍患者にはLSR陽性患者がいる一方で、LSR陰性患者も多く存在していることを明らかにした。このことから、LSRを標的とした悪性腫瘍の治療においては、悪性腫瘍患者におけるLSR陽性の有無を治療前に診断することが重要であることが明らかになった。
なお、上記特許文献1の実施例には、LSR mRNAがいくつかの癌で検出されたことが示唆されており、請求項には、癌細胞のアポトーシスを誘発する抗LSR抗体が文言上は記載されている。しかし、特許文献1には、実際に癌治療に成功した薬理データは存在しない。加えて、特許文献1には、悪性腫瘍患者におけるLSR陽性の有無を治療前に診断することも記載されていない。そのため、特許文献1の結果だけでは、悪性腫瘍の治療に抗LSR抗体が有効であるとはいえなかった。
1つの局面において、本発明は、LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）の抑制剤を含む、悪性腫瘍の治療または予防薬を提供する。
1つの実施形態では、本発明における前記抑制剤は、抗LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）抗体またはその抗原結合性断片あるいはその機能的等価物、あるいは核酸を含みうる。
別の実施形態では、本発明において、前記抑制剤は、抗LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）抗体またはその抗原結合性断片あるいはその機能的等価物を含みうる。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記抑制剤は、LSRに対するRNAi分子、またはそのRNAi分子をコードするポリヌクレオチドでありうる。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記悪性腫瘍は、LSR陽性悪性腫瘍でありうる。
さらに別の実施形態では、本発明は、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断された患者に対して投与するためのものでありうる。
さらに別の実施形態では、本発明は、悪性腫瘍患者の中で、前記悪性腫瘍がLSR陽性悪性腫瘍と判断された患者に対して投与するためのものでありうる。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記抗LSR抗体は、LSRのエピトープに特異的に結合する抗LSR抗体でありうる。より詳細には、抗体は、配列番号７の１１６〜１３４位および／または２１６〜２３０位をエピトープとして有するものであってもよい。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記抗LSR抗体は、VLDLによる亢進阻害能をも有する抗体でありうる。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記抗LSR抗体は、(a)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号1の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(b)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号2の31〜35位、50〜66位、99〜103位、152〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(c)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号3の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(d)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号4の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(e)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号5の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、および(f)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号6の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、からなる群から選ばれる1種以上の抗体、あるいは該抗体の変異体であって、該変異体において該抗体のフレームワークに１または数個の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まない、変異体であってよい。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記抗LSR抗体は、モノクローナル抗体でありうる。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記抗LSR抗体の抗体クラスは、IgGであってもよい。
さらに別の実施形態では、本発明において、前記抗LSR抗体は、抗原結合性断片であってもよい。
別の局面では、本発明は、抗LSR抗体を含む、悪性腫瘍細胞の細胞分裂抑制薬を提供する。
別の局面では、本発明は、LSRの検出剤を含む、LSRを標的とした悪性腫瘍治療のためのコンパニオン診断薬を提供する。
１つの実施形態では、本発明において、前記LSRの検出剤は抗LSR抗体を含みうる。別の局面では、本発明は、悪性腫瘍患者の悪性腫瘍サンプルがLSR陽性であることを検査する工程を含む、LSRを標的とした悪性腫瘍治療のコンパニオン診断法を提供する。さらに別の局面では、本発明は、
(a)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号1の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(b)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号2の31〜35位、50〜66位、99〜103位、152〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(c)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号3の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(d)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号4の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(e)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号5の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、および(f)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号6の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、からなる群から選ばれる1種以上の抗体、あるいは該抗体の変異体であって、該変異体において該抗体のフレームワークに１または数個の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まない、変異体を提供する。これらの抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー、sc（Fv）2（single chain（Fv）2）、およびscFv−Fcから選択される抗体であってもよい。
別の局面では、本発明は、LSRの結合剤を含む、悪性腫瘍を予防または治療するための組成物を提供する。1つの実施形態では、本発明において前記悪性腫瘍は、LSR陽性悪性腫瘍でありうる。
別の実施形態では、本発明は、さらに細胞殺傷性薬剤を含みうる。
別の実施形態では、本発明において前記LSRの結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物、あるいは核酸であってもよい。特定の実施形態では、本発明の前記LSRの結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物であり、細胞殺傷性薬剤がさらに結合されたものであってもよい。特定の実施形態では、本発明における前記悪性腫瘍は卵巣癌を含んでいてもよい。本発明における前記卵巣癌は、再発性卵巣癌であってもよい。あるいは、前記悪性腫瘍は、卵巣癌が転移したものであってもよい。前記悪性腫瘍は、卵巣癌、膵臓癌、肺癌、胃癌または大腸癌を含みうる。あるいは、悪性腫瘍は早期卵巣癌であってもよい。別の実施形態では、卵巣癌は、卵巣漿液性腺癌または卵巣明細胞腺癌でありうる。特定の実施形態では、本発明における前記LSRの結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物であり、該抗体は以下 (a)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号1の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(b)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号2の31〜35位、50〜66位、99〜103位、152〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(c)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号3の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(d)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号4の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(e)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号5の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、および(f)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号6の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、からなる群から選ばれる1種以上の抗体、あるいは該抗体の変異体であって、該変異体において該抗体のフレームワークに１または数個の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まない、変異体を有することを特徴とするものであってもよい。
さらに別の実施形態では、前記抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー、sc（Fv）2（single chain （Fv）2）、およびscFv−Fcから選択される抗体である。
即ち、本発明の別の局面によれば、抗LSR抗体を含む、悪性腫瘍の治療薬が提供される。
また本発明の別の局面によれば、LSRアンタゴニストを含む、悪性腫瘍の治療薬が提供される。
また本発明の別の局面によれば、抗LSR抗体を含む、悪性腫瘍細胞の細胞分裂抑制薬が提供される。
また本発明の別の局面によれば、抗LSR抗体を含む、LSRを標的とした悪性腫瘍治療のためのコンパニオン診断薬が提供される。一つの実施形態では、前記悪性腫瘍は、本発明のコンパニオン診断法によりLSR陽性であると判断されるものであり、前記LSRの結合剤がその後に投与されることを特徴とするものであってもよい。
また本発明の別の局面によれば、悪性腫瘍患者の悪性腫瘍サンプルがLSR陽性であることを検査する工程を含む、LSRを標的とした悪性腫瘍治療のコンパニオン診断法が提供される。
特定の実施形態では、上記悪性腫瘍は、LSR陽性悪性腫瘍であってもよい。また本発明の一態様において、上記治療薬は、また本発明の一態様において、上記治療薬は、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断された患者に対して投与するための、治療薬であってもよい。また本発明の一態様において、上記治療薬は、腫瘍患者の中で、前記悪性腫瘍がLSR陽性悪性腫瘍と判断された患者に対して投与するための治療薬であってもよい。また本発明の一態様において、上記抗LSR抗体は、LSRのエピトープに特異的に結合する抗LSR抗体であってもよい。また本発明の一態様において、上記抗LSR抗体は、
(a)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号1の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(b)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号2の31〜35位、50〜66位、99〜103位、152〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(c)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号3の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(d)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号4の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(e)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号5の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、および(f)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号6の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、からなる群から選ばれる1種以上の抗体、あるいは該抗体の変異体であって、該変異体において該抗体のフレームワークに１または数個の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まない、変異体であってもよい。これらの抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー、sc（Fv）2（single chain（Fv）2）、およびscFv−Fcから選択される抗体であってもよい。使用される抗体としては、限定されるものではないが、抗体は、配列番号７の１１６〜１３４位および／または２１６〜２３０位をエピトープとして有するものが有利に用いられ得る。本明細書において、有利な効果が示されており、安全性および安定性も示されているからである。
また本発明の特定の実施形態において、上記抗LSR抗体は、モノクローナル抗体であってもよい。また本発明の一態様において、上記抗LSR抗体の抗体クラスは、IgGであってもよい。また本発明の一態様において、上記抗LSR抗体は、抗原結合性断片であってもよい。また本発明の一態様において、上記LSRアンタゴニストは、に対するRNAi分子、またはそのRNAi分子をコードするポリヌクレオチドであってもよい。
本発明の別の局面において、本発明は、LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）の結合剤を含む、悪性腫瘍の治療の予後不良のマーカーを提供する。この局面において使用される結合剤は、本明細書において説明される本発明の任意の形態の結合剤を用いることができることが理解される。例えば、この結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物、あるいは核酸であってもよく、標識されていてもよい。
本発明の別の局面において、本発明は、LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）の発現レベルを悪性腫瘍の治療の予後不良の指標とする方法を提供する。この局面において使用される結合剤は、本明細書において説明される本発明の任意の形態の結合剤を用いることができることが理解される。例えば、この結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物、あるいは核酸であってもよく、標識されていてもよい。
本発明の別の局面において、本発明は、LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）の結合剤を含む、悪性腫瘍の治療の予後不良の診断剤を提供する。この局面において使用される結合剤は、本明細書において説明される本発明の任意の形態の結合剤を用いることができることが理解される。例えば、この結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物、あるいは核酸であってもよく、標識されていてもよい。
さらに別の局面において、本発明は、本発明の医薬組成物、治療剤または予防剤を用いた治療方法、予防方法、使用等を提供する。
上述の特徴は、1または複数をさらに組み合わせて用いることができることが理解される。
本発明のなおさらなる実施形態および利点は、必要に応じて以下の詳細な説明を読んで理解すれば、当業者に認識される。
本発明によれば、新規の悪性腫瘍の治療薬または診断薬等が得られる。
図1は、卵巣漿液性腺癌細胞株から得た核酸に対して、RT-PCRを行った結果を示した図である。左２つは正常細胞（左からHOSE2）を示し、右３つは癌細胞（左からOVCAR3、OVSAHO、JHOS4）を示す。上段はLSRを示し、下段はバックグラウンドであるβアクチンを示す。 図2は、卵巣明細胞線癌細胞株から得た核酸に対して、RT-PCRを行った結果を示した図である。左２つは正常細胞（左からHOSE2C）を示し、右４つは癌細胞（左から、OVTOKO,OVMANA、OVISE,RMG-1）を示す。上段はLSRを示し、下段はバックグラウンドであるβアクチンを示す。 図3は、子宮内膜癌細胞株から得た核酸に対して、RT-PCRを行った結果を示した図である。左端は正常細胞（E6/E7/TERT）を示し、それ以外は癌細胞である。左からHEC1,HEC1A、HEC6、HEC88nu、HEC108、HEC116、HEC251、SNG-Mを示す。上段はLSRを示し、下段はバックグラウンドであるβアクチンを示す。 図4は、卵巣漿液性腺癌細胞株から得たタンパク質に対して、ウェスタンブロットを行った結果を示した図である。左２つは正常細胞（左からHOSE2C）を示し、右３つは癌細胞（左からOVCAR3,OVSAHO、JHOS4）を示す。 図5は、卵巣明細胞線癌細胞株から得たタンパク質に対して、ウェスタンブロットを行った結果を示した図である。左２つは正常細胞（左からHOSE2C）を示し、右４つは癌細胞（左から、OVTOKO,OVMANA、OVISE,RMG-1）を示す。 図6は、子宮内膜癌細胞株から得たタンパク質に対して、ウェスタンブロットを行った結果を示した図である。上の左端は正常細胞（E6/E7/TERT）を示し、それ以外は癌細胞である。上段左からHEC1,HEC1A、HEC6、HEC88nuを示し、下段左からHEC108、HEC116、HEC251、SNG-Mを示す。いずれもLSRを示す。 図7は、卵巣漿液性腺癌手術組織および卵巣明細胞線癌手術組織から得たタンパク質に対して、ウェスタンブロットを行った結果を示した図である。 左から正常（健常人）卵巣２つのサンプル（Ｎｏ．１、Ｎｏ．２＝（１）、（２）で示す。）、明細胞腺癌患者の２つのサンプル（Ｎｏ． １，Ｎｏ． ２＝（３）、（４）で示す。）、漿液性腺癌患者の２つのサンプル（Ｎｏ． １，Ｎｏ． ２＝（５）、（６）で示す。）を示す。 図8は、子宮内膜癌手術組織から得たタンパク質に対して、ウェスタンブロットを行った結果を示した図である。 左から正常（健常人）卵巣２つのサンプル（Ｎｏ．１、Ｎｏ．２＝（１）、（２）で示す。）、子宮内膜癌患者の２つのサンプル（Ｎｏ．１，Ｎｏ．２＝（３）、（４）で示す。）を示す。 図9は、実施例に記載の抗LSR抗体のアミノ酸配列を示した図である。 図10は、#9-7抗体について、左からOVSAHO、JHSO4、RMG-I、OVISEへの反応性を評価した結果を示した図である。縦軸は、強度、横軸は、細胞頻度を示す。 図11は、#16-6抗体について、左からOVSAHO、JHSO4、RMG-I、OVISEへの反応性を評価した結果を示した図である。縦軸は、強度、横軸は、細胞頻度を示す。 図12は、#26-2抗体について、左からOVSAHO、JHSO4、RMG-I、OVISEへの反応性を評価した結果を示した図である。縦軸は、強度、横軸は、細胞頻度を示す。 図13は、#27-6抗体について、左からOVSAHO、JHSO4、RMG-I、OVISEへの反応性を評価した結果を示した図である。縦軸は、強度、横軸は、細胞頻度を示す。 図14は、#1-25抗体について、左からOVSAHO、JHSO4、RMG-I、OVISEへの反応性を評価した結果を示した図である。縦軸は、強度、横軸は、細胞頻度を示す。 図15は、卵巣漿液性腺癌組織に対して、モノクローナル抗体＃１−２５を用いた免疫組織化学染色法によるLSRの発現解析を行った結果を示した図である。上段は、卵巣の漿液性Ｇ２、卵管の漿液性Ｇ３、卵巣の漿液性Ｇ３、および卵巣の漿液性Ｇ３を示す。下段は、いずれも卵巣の明細胞を示す。 図16は、卵巣漿液性腺癌組織に対して、モノクローナル抗体＃１−２５を用いた免疫組織化学染色法によるLSRの発現解析を行った結果を示した図である。上段は、卵巣の漿液性Ｇ２のステージIIIｃ、卵管の漿液性Ｇ３のステージIｃ、卵巣の漿液性Ｇ３のステージIIIｂ、および卵巣の漿液性Ｇ３のステージIIIｂを示す。下段は、左から卵巣の明細胞ステージIIIｃ、卵巣の明細胞ステージIIｃ、および卵巣明細胞ステージIVをを示す。 図17は、子宮内膜癌組織に対して、モノクローナル抗体＃９−７（４．５μg/ml）を用いた免疫組織化学染色法によるLSRの発現解析を行った結果を示した図である。左は、子宮内膜癌＃１、1次抗体希釈液としてToyobo Can get signal immunostain solution Aを用いたもの、右は子宮内膜癌＃１、1次抗体希釈液としてToyobo Can get signal immunostain solution Bを用いたものである。 図18は、#9-7抗体について、RMG-Iに対する増殖抑制効果を評価した結果を示した図である。縦軸は処置内に対する相対増殖を示す。横軸はIgGの投与量である。 図19は、#1-25抗体について、RMG-Iに対する増殖抑制効果を評価した結果を示した図である。縦軸は処置内に対する相対増殖を示す。横軸はIgGの投与量である。 図20は、#1-25抗体（左3つ、それぞれ左から1μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍｌ、１００μｇ／ｍｌ）および#26-2抗体（中3つ、それぞれ左から1μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍｌ、１００μｇ／ｍｌ）について、A2780に対する増殖抑制効果を評価した結果を示した図である。コントロールＩｇＧについては右に示す（右3つ、それぞれ左から1μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍｌ、１００μｇ／ｍｌ）。いずれも効果があるが、#1-25が#26-2よりも強い効果を示した。 図21は、実施例に記載のLSRsiRNAについて、OVSAHOに対する増殖抑制効果を評価した結果を示した図である。左から1日目、2日目、3日目、4日目、5日目を示し、各日の4つのバーはそれぞれ、左から無処理平均量、コントロール平均値、ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ１の平均値、ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ２の平均値を示す。 図22は、実施例に記載のLSR安定発現細胞では脂質（コレステロール）の取り込みが亢進する結果を示した図である。左は総コレステロールに対する効果、中グラフはトリグリセリドに対する効果、はリン脂質に対する効果を示す。縦軸はそれぞれの取り込み（ｍｇ／ｍｌ）を示し、横軸は、それぞれ、ＥＭＰ１低密度、ＥＭＰ１高密度、Ｌ４５低密度、Ｌ４５高密度を示す。ＥＭＰはからベクター導入細胞、ＬはＬＳＲ強制発現細胞を示す。 図23は、実施例に記載のLSR安定発現細胞では高密度培養で脂質（コレステロール）の取り込みが亢進する結果を示した図である。縦軸は総コレステロール取り込み（ｍｇ／ｍｌ）を示す。ＥＭＰ１は空ベクター導入細胞、Ｌ４５はＬＳＲ強制発現細胞を示す。 図24は、実施例に記載のLSR発現はVLDL代謝を亢進させるが、LSR抗体投与下により、VLDLによる代謝の亢進が阻害される結果を示した図である。＃9-7ではＶＬＤＬによる代謝の亢進の阻害が顕著に示されており、＃１−２５抗体でも若干の阻害が観察される。各グラフでは縦軸はＯＣＲ（ｐモル／分）％であり、横軸は経過時間（分）である。四角はＰＢＳ（バックグラウンドコントロール）、三角はコントロールＩｇＧを示し、ひし形は抗ＬＳＲ抗体を示す上パネルは空ベクター（Ｅ１）であり、下はＬＳＲ強制発現細胞（Ｌ４５）である。 図25は、実施例に記載の抗LSR抗体について、悪性腫瘍モデルマウスに投与したときの条件を示した図である。 図26は、実施例に記載の抗LSR抗体について、＃９−７または＃１−２５を悪性腫瘍モデルマウスに投与した後の抗腫瘍効果を評価した結果を示した図である。縦軸は腫瘍容積（ｍｍ３）を示し、横軸は経過日数を示す。四角はコントロールＩｇＧであり，三角は抗ＬＳＲ抗体（＃９−７）を示し、ひし形は抗ＬＳＲ抗体（＃１−２５）を示す。 図27は、実施例に記載の抗LSR抗体について、＃９−７または＃１−２５を悪性腫瘍モデルマウスに投与した後の抗腫瘍効果を評価した結果を示した図である。縦軸は腫瘍重量（ｍｇ）を示し、左からコントロールＩｇＧ投与群（ｎ＝８）、抗ＬＳＲ抗体（＃９−７）投与群（ｎ＝６）、抗ＬＳＲ抗体（＃１−２５）投与群（ｎ＝６）を示す。 図28は、実施例に記載の抗LSR抗体について、＃９−７または＃１−２５を悪性腫瘍モデルマウスに投与した後の抗腫瘍効果を評価した結果を示した図である。左からコントロールＩｇＧ投与群（ｎ＝８）、抗ＬＳＲ抗体（＃９−７）投与群（ｎ＝６）、抗ＬＳＲ抗体（＃１−２５）投与群（ｎ＝６）を示す。 図２９は、再発性卵巣癌は有効な治療法がないことを示す。従来再発性卵巣癌には有効な治療法が存在していなかった。卵巣がんの疫学および特徴として、卵巣癌はリンパ節および腹膜播種など周囲に浸潤しやすく進行が速いという特徴がある。例えば、日本人においては、卵巣癌の４０％以上が、漿液性であり、２４％が明細胞、１７％が類内膜、１３％が粘液性腺癌であるとされている。Istラインとして、シスプラチン、タキソールが用いられ、再発性卵巣癌にはアバスチンが用いられるが、生存率の改善はみられていないとされていた。進行期および再発時の治療法が皆無であるため、卵巣癌は予後不良な腫瘍とされており、新規治療法の開発が急務とされている。左の表は、がん治療薬として承認されている抗体医薬品を示す（CarterPJ Nat. Rev. Immunoｌ. 006, May 6(5)343-357,Review）。図２９右グラフは、で５年生存率を示す（StageIVは３１％であった）（日本産婦人科学会、婦人科腫瘍委員会報告２０１２年６４巻６号）。 図３０はLSRが卵巣癌組織に発現することを示す免疫染色図である。左は卵巣明細胞腺癌を示し、右は卵巣漿液性腺癌を示す。下パネルは、各々の細胞のウェスタンブロットを示す。左３列は正常卵巣を示し、左から４-５列は明細胞腺癌を示し、左から６列〜右端までは漿液性腺癌を示す。LSRはLSRのバンドを示し、GAPDHは対照を示す。 図３１は、卵巣がん転移部位においてもLSRが発現していることを示す図である。左列はリンパ節転移を示し、右列は大網転移を示す。上パネルは１００倍、下パネルは４００倍拡大を示す。 図３２は、卵巣がん転移部位においてもLSRが発現していることを示す図である。左列はリンパ節転移を示し、右列は大網転移を示す。上パネルは１００倍、下パネルは４００倍拡大を示す。 図３３は、LSRが卵巣がんにおいて早期から発現することを示す図である。左上はヘマトキシリン・エオジン染色（ＨＥ）染色を示し、中上は＃１−２５Ａ、右上は＃１−４５Ａを示し、左下は＃９−７Ｂ，中下は＃１−２５Ｂ、右下は＃１−４５Ｂを示す。細胞は、卵巣明細胞でＳｔａｇｅ Ｉｃ／ＩＩｃのものを示す。 図３４は、ＬＳＲが胃癌においても特異的に発現することを示す。免疫染色により検討した結果を示す。免疫染色した結果である。上段は左列より、卵巣癌明細胞癌の４０倍および４００倍、ならびにＭＫ２細胞の４０倍、および４００倍を示す。下段はＭＫ１の４０倍および４００倍、ＭＫ３の４０倍および４００倍の写真を示す。 図３５は、ＬＳＲが胃癌（印環細胞癌）において強く発現することを示す図である。左上パネルは５倍、右上は１０倍、左下は２０倍、右下は４０倍の拡大写真を示す。 図３６は、正常凍結組織アレイを用いたＩＨＣによるＬＳＲの発現解析を示す図である。上段は左から副腎、骨髄、乳房、脳（小脳）、脳（大脳皮質）を示し、中段は左から脳（下垂体）、結腸、内皮（大動脈）、内皮（大動脈、胸部）、内皮（動脈）を示し、下段は左から、食道、ファロピアン管、心臓（右心室）、腎臓、肝臓を示す。 図３７Ａは、正常凍結組織アレイを用いたＩＨＣによるＬＳＲの発現解析を示す図である。上段は、左から、肺、リンパ節、卵巣、膵臓、胎盤を示し、上から２段目は左から前立腺、皮膚、脊髄、脾臓、横紋筋を示し、下から２段目は左から胃、精巣、胸腺、甲状腺、子宮を示し、下段は左から子宮内膜、子宮頸部を示す。 図３７Ｂは、抗ＬＳＲの解離定数（ＫＤ）をＦＡＣＳにて算出した結果を示す。ＲＭＧ−Ｉ細胞に対して各種濃度の抗体で染色を行い、ＦＡＣＳにて解析した。示されるように、＃９−７はＫＤ＝２．５２ｎＭ、＃１−２５はＫＤ＝２．０３ｎＭ、＃１６−６はＫＤ＝２．３３ｎＭ、＃２６−２はＫＤ＝４．０４ｎＭ、＃２７−６はＫＤ＝４．２９ｎＭ、＃１−４３はＫＤ＝２４．６２ｎＭであった 図３８は、LSRの発現の高低に基づいて卵巣漿液性腺癌患者および卵巣明細胞腺癌の予後を調べた結果を示す。卵巣漿液性腺癌についてLSRの発現の強い患者の症例を２１例、弱い患者の症例を１２例調査し、卵巣明細胞腺癌のLSRの発現の強い患者を２７例、弱い患者を２４例調べた。高発現する卵巣漿液性腺癌は低発現群と比較して予後不良であるということがわかる。 図３９は、本発明の抗体のｈＬＳＲ抗体のエピトープ領域およびｈＬＳＲおよびｍＬＳＲのアミノ酸配列の比較を示す。 図４０は、抗ｈＬＳＲ抗体がｍＬＳＲと交叉反応をすることを示す。原図は赤と青で示しており、赤はｍＩｇＧ２ａを示す。青は各種抗LSR抗体のクローンでの染色パターンを示す。青は本図では矢印をつけている。ＣＯＳ７細胞にｐＣＭＶ５−ｍＬＳＲ−ｍｙｃ／ＤＤＫを遺伝子導入しｍＳＲを一過性に発現したＣＯＳ７細胞に対して、各種抗体との反応をＦＡＣＳにより確認した。上段はＣＯＳ７とｍＬＳＲとの混合、下段はＣＯＳ７細胞のみを示す。左から各種抗体を示し、それぞれ＃９−７．＃１６−６、＃２６−２、＃２７−２、＃１−２５、および＃１−４３を示す。 図４１は、抗ＬＳＲが、ＲＭＧ―Ｉ細胞に対してＧ０／Ｇ１期での細胞周期停止を誘導することを示す。グラフはＧ０／Ｇ１期、Ｓ期およびＧ２／Ｍ期の細胞の割合を示すものであり、それぞれ、各周期において左から処置なし、コントロールＩｇＧでの処置、および抗体＃１−２５での処置の場合の結果を示す。６ウェルプレートで１５０００細胞／ウェルで実験を行い、ＲＰＭＩ１６４０培地＋１％ＦＢＳ＋１％ペニシリンストレプトマイシンの条件で行った（１００μｇ／ｍｌ抗体条件、９６時間）。抗体＃１−２５での処置は、統計学的に有意（ｐ＜０．０００１）であった（一方向ＡＮＯＶＡおよびＤｕｎｎｅｔｔ検定）。 図４２は、抗ＬＳＲ抗体がｐ２７の発現増強、サイクリンＤ１の発現抑制、ＲｂおよびＭＡＰＫの活性を抑制し、細胞増殖を抑制することを示す。ウェスタンブロットにて発現を観察した。左パネルは、上からｐ２７、サイクリンＤ１、リン酸化Ｒｂ（retinoblastoma protein；Ｓｅｒ７８０）、リン酸化Ｒｂ（Ｓｅ８０７／８１１）、Ｒｂのみ、ＬＳＲおよびコントロールとしてのＧＡＰＤＨを示す。右パネルは、上から、リン酸化−ＭＥＫ１／２、ＭＥＫ１／２、リン酸化ｐ４４／４２ＭＡＰＫ、ｐ４４／４２ＭＡＰＫ、ＧＡＰＤＨを示す。各タンパク質ごとに、左から処置なし、マウスＩｇＧ２ａ、抗ＬＳＲｍＡｂ＃１−２５を使用した結果を示す。 図４３は、抗ＬＳＲ抗体がＡＤＣＣを介した抗腫瘍効果以外にＡＤＣＣ非依存的な抗腫瘍効果をも有することを示す。ＲＭＧ−Ｉ（ＮＯＤ／ＳＣＩＤ）をモデルにした実験である。グラフは処置後の日数（横軸）および腫瘍容積（ｍｍ３）（縦軸）を示す。ひし形はコントロールＩｇＧ（Ｎ＝６）を示し、三角は抗ＬＳＲＡｂ（＃１−２５）での処置を示す（Ｎ＝６）。＊、＊＊、＊＊＊はそれぞれ統計学的有意（ｐ＜０．０５、０．０１、０．００１、Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定）を示す。 図４４は、抗ＬＳＲ抗体はＡＤＣＣを介した抗腫瘍効果以外に、ＡＤＣＣ非依存的な抗腫瘍効果を有することを示す別のグラフである。左はコントロールＩｇＧ投与群を示し、右は抗ＬＳＲ抗体（＃１−２５）投与群を示す。いずれもＮ＝６で行い、縦軸は腫瘍重量（ｍｇ）である。モデルはＲＭＧ−Ｉ（ＮＯＤ／ＳＣＩＤ）を用いた。統計学的有意（ｐ＜０．００１、Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定）であった。 図４５は、抗ＬＳＲ抗体により増殖期の腫瘍細胞がインビボで減少することを示す。抗Ｋｉ６７抗体を用いて免疫組織化学染色をＲＭＧ−Ｉ（ＮＯＤ／ＳＣＩＤ）を用いて行った。左列はコントロールＩｇＧ投与群を示し、右列は抗ＬＳＲ抗体（＃１−２５）投与群を示す。上段は１００倍下段は４００倍を示す。 図４６は、卵巣癌細胞株に対する抗ＬＳＲ抗体の抗腫瘍効果の検討を示す（ＳＫＯＶ３−Ｅ１、ＳＫＯＶ３−Ｌ４５、異種移植片モデル）。ＬＳＲ抗体として＃１−２５を用い、マウスＩｇＧ２ａ（Ｓｉｇｍａ Ｍ７７６９）をコントロールとして用いた。１０ｍｇ／ｋｇ腹腔内投与を行った。空ベクター導入株としてＳＫＯＶ３−Ｅ１を用いて、ＬＳＲ安定発現株として、ＳＫＯＶ３−Ｌ４５を用いた。矢印の上側は腹腔内投与を示し（２日ごと、１４日目まで）、下は、腫瘍体積計測を行った（１６日目まで４日おき、１８日目も測定）。モデルとしてはＳＣＩＤ雌性６週齢マウスを用いた。腫瘍サイズは０日目に約６０ｍｍ３となっていた。 図４７は、抗ＬＳＲモノクローナル抗体がＬＳＲを発現する卵巣癌細胞株異種移植片モデルに対して抗腫瘍効果を示すことを示す。左グラフはＳＫＯＶ３−Ｌ４５（ＳＣＩＤ）を示し（ＬＳＲ安定発現株）、右グラフはＳＫＯＶ３−Ｅ１（ＳＣＩＤ）を示す（空ベクター）。それぞれのグラフとも、処置後の日数を横軸に示し、縦軸は腫瘍容積（ｍｍ３）を示す。ひし形はコントロールＩｇＧ（Ｎ＝５）を示し、三角は抗ＬＳＲＡｂ（＃１−２５）での処置を示す（Ｎ＝５）。＊、＊＊、＊＊＊はそれぞれ統計学的有意（ｐ＜０．０５、０．０１、０．００１、Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定）を示す。 図４８は、抗ＬＳＲモノクローナル抗体がＬＳＲを発現する卵巣癌細胞株異種移植片モデルに対して抗腫瘍効果を示すことを示す。左グラフはＳＫＯＶ３−Ｌ４５（ＳＣＩＤ）を示し（ＬＳＲ安定発現株）、右グラフはＳＫＯＶ３−Ｅ１（ＳＣＩＤ）を示す（空ベクター）。いずれもＮ＝５で行い、縦軸は腫瘍重量（ｍｇ）である。ひし形はコントロールＩｇＧ（Ｎ＝５）を示し、三角は抗ＬＳＲＡｂ（＃１−２５）での処置を示す（Ｎ＝５）。示されるように抗ＬＳＲモノクローナル抗体はＬＳＲ陰性細胞には抗腫瘍効果を示さず、ＬＳＲ発現陽性細胞に対して特異的に抗腫瘍効果を示すことが実証された（統計学的有意（ｐ＜０．０００７６、Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定）であった。）。 図４９は、ＬＳＲはＶＬＤＬを取り込み脂質代謝を促進させることを示す。左からベクター導入細胞を示し。右はＬＳＲ強制発現細胞を示す。 図５０は、ＬＳＲモノクローナル抗体の細胞内取り込みの検討結果を示す。上段はＳＫＯＶ３−ＬＳＲ＃４５を示し、下段は、ＳＫＯＶ３Ｅｍｐｔｙ＃１（空ベクター）の結果を示す。左からコントロール処置、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ処置、抗体＃１−２５処置、抗体＃９−７処置の結果を示す。矢印は、細胞内に取り込まれたＨｅｒｃｅｐｔｉｎあるいは抗LSR抗体の各種クローンを示す。 図５１はＬＳＲモノクローナル抗体の細胞内取り込みの検討結果を示す。図５０と同様である。上段はＳＫＯＶ３−ＬＳＲ＃４５を示し、下段は、ＳＫＯＶ３Ｅｍｐｔｙ＃１（空ベクター）の結果を示す。左から抗体＃１６−６、＃２６−２、＃２７−６および＃１−４３を示す。矢印は、細胞内に取り込まれた抗LSR抗体の各種クローンを示す。 図５２は、マウスを用いた抗ＬＳＲ抗体の安全性試験のプロトコールを示す。Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ（８週齢）にマウスＩｇＧ２ａ（Ｓｉｇｍａ Ｍ７７６９）、抗ＬＳＲ抗体＃１−２６を、１ｍｇ／体重腹腔内投与し、７日目に以下の項目を評価する。摘出臓器として脳、心臓、腎臓、肝臓、肺、および脾臓を選択する。測定項目として、白血球（ＷＢＣ），赤血球（ＲＢＣ）、ヘモグロビン（Ｈｂ）、血小板（Ｐｌｔ）、総ビリルビン（Ｔ−Ｂｉｌ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）、アミラーゼ（Ａｍｙ）、血液尿素窒素（ＢＵＮ）、クロム（Ｃｒ）、カルシウム（Ｃａ）、リン（Ｐ）、総タンパク質（ＴＰ），アルブミン（ＡＬｂ）、ナトリウム（Ｎａ）、カリウム（Ｋ）、グロブリン（Ｇｌｏｂｎ）、グルタミン（Ｇｌｕ）を含めた。自動血球系計測装置としてＶｅｔＳｃａｎ ＨＭＩＩを用い、動物用生化学血液分析機として、ＶｅｔＳｃａｎ ＶＳ２を用いた。 図５３は、コントロールＩｇＧ対抗ＬＳＲ抗体（雄）での対比を示す。表中左には項目、左から２番目にコントロールＩｇＧ（ｎ＝３）、３番目に抗ＬＳＲ抗体（ｎ＝３）を示し、右から２列目に正常値、右端にｐ値（Ｓｔｕｄｅｎｔ ｔ検定での統計学的有意）を示す。図５２で説明した略称に加え、Ｌｙはリンパ球を示し、Ｍｏは、単球を示す。Ｇｒは顆粒球を示し、Ｈｃｔはヘマトクリット値を示す。 図５４は、コントロールＩｇＧ対抗ＬＳＲ抗体（雌）での対比を示す。各値は図５２−５３と同様である。 図５５は、コントロールＩｇＧ対抗ＬＳＲ抗体（雄）での対比を示す。表中左には項目、左から２番目にコントロールＩｇＧ（ｎ＝３）、３番目に抗ＬＳＲ抗体（ｎ＝３）を示し、右から２列目に正常値、右端にｐ値（Ｓｔｕｄｅｎｔ ｔ検定での統計学的有意）を示す。図５２で説明した略称のとおりである。 図５６は、コントロールＩｇＧ対抗ＬＳＲ抗体（雌）での対比を示す。各値は図５２−５３、５５と同様である。
以下、本発明の実施の形態について詳細に説明する。なお、同様な内容については繰り返しの煩雑を避けるために、適宜説明を省略する。また、本明細書の全体にわたり、単数形の表現は、特に言及しない限り、その複数形の概念をも含むことが理解されるべきである。従って、単数形の冠詞（例えば、英語の場合は「a」、「an」、「the」など）は、特に言及しない限り、その複数形の概念をも含むことが理解されるべきである。また、本明細書において使用される用語は、特に言及しない限り、当該分野で通常用いられる意味で用いられることが理解されるべきである。従って、他に定義されない限り、本明細書中で使用されるすべての専門用語および科学技術用語は、本発明の属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。矛盾する場合、本明細書（定義を含めて）が優先する。
最初に本発明において使用される用語および一般的な技術を説明する。
本明細書において「LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）」とは、一般的に、低密度リポタンパク質（LDL）の代謝に関わる分子として知られている。LSRのアミノ酸配列等の詳細は、NCBI（NationalCenter for Biotechnology Information）、またはHGNC(HUGO Gene Nomenclature Committee)等のWEBサイトから見ることができる。NCBIに記載されているLSRのアクセッションナンバーは、例えば、NP_991403（アミノ酸）、/NM_205834.3（ｍRNA）である。LSRのアミノ酸配列は、例えば、配列番号7である。LSRmRNAの塩基配列は、例えば、配列番号8である。LSRは、LSR活性を有していれば、そのアミノ酸配列は限定されない。したがって、本発明の具体的な目的に合致する限り、特定の配列番号またはアクセッション番号に記載されるアミノ酸配列を有するタンパク質（あるいはそれをコードする核酸）のみならず、機能的に活性なその類似体もしくは誘導体、または機能的に活性なそのフラグメント、またはその相同体、または高ストリンジェンシー条件または低ストリンジェンシー条件下で、このタンパク質をコードする核酸にハイブリダイズする核酸にコードされる変異体もまた、本発明において用いることができることが理解される。
本明細書で使用される「誘導体」、「類似体」または「変異体」は、好ましくは、限定を意図するものではないが、対象となるタンパク質（例えば、ＬＳＲ）に実質的に相同な領域を含む分子を含み、このような分子は、種々の実施形態において、同一サイズのアミノ酸配列にわたり、または当該分野で公知のコンピュータ相同性プログラムによってアラインメントを行ってアラインされる配列と比較した際、少なくとも30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％または99％同一であるか、あるいはこのような分子をコードする核酸は、（高度に）ストリンジェントな条件、中程度にストリンジェントな条件、またはストリンジェントでない条件下で、構成要素タンパク質をコードする配列にハイブリダイズ可能である。これは、それぞれ、アミノ酸置換、欠失および付加によって、天然存在タンパク質を改変した産物であり、その誘導体がなお天然存在タンパク質の生物学的機能を、必ずしも同じ度合いでなくてもよいが示すタンパク質を意味する。例えば、本明細書において記載されあるいは当該分野で公知の適切で利用可能なin vitroアッセイによって、このようなタンパク質の生物学的機能を調べることも可能である。本明細書で使用される「機能的に活性な」は、本明細書において、本発明のポリペプチド、すなわちフラグメントまたは誘導体が関連する態様に従って、生物学的活性などの、タンパク質の構造的機能、制御機能、または生化学的機能を有する、ポリペプチド、すなわちフラグメントまたは誘導体を指す。本発明では、ＬＳＲについてヒトが主に論じられるが、ヒト以外の多くの動物がＬＳＲを発現していることが知られているため、これらの動物、特に哺乳動物についても、本発明の範囲内に入ることが理解される。好ましくは、ＬＳＲの機能的ドメイン、例えば、膜貫通ドメイン（２６０−２８０位）、リン酸化部位（３０９位、３２８位、４０６位、４９３位、５２８位、５３０位、５３５位、５４０位、５５１位、５８６位、６１５位、６４６位）、は保存されていることが好ましい。
本発明において、ＬＳＲのフラグメントとは、ＬＳＲの任意の領域を含むポリペプチドであり、本発明の目的（例えば、マーカーまたは治療標的）として機能する限り、必ずしも天然のＬＳＲの生物学的機能を有していなくてもよい。
したがって、ＬＳＲの代表的なヌクレオチド配列は、
（a）配列番号７記載の塩基配列またはそのフラグメント配列を有するポリヌクレオチド；
（b）配列番号８に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド；
（c）配列番号８に記載のアミノ酸配列において、1以上のアミノ酸が、置換、付加および欠失からなる群より選択される1つの変異を有する改変体ポリペプチドまたはそのフラグメントであって、生物学的活性を有する改変体ポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド；
（d）配列番号７に記載の塩基配列のスプライス変異体もしくは対立遺伝子変異体またはそのフラグメントである、ポリヌクレオチド；
（e）配列番号８に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドの種相同体またはそのフラグメントをコードする、ポリヌクレオチド；
（f）（a）〜（e）のいずれか1つのポリヌクレオチドにストリンジェント条件下でハイブリダイズし、かつ生物学的活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；または
（g）（a）〜（e）のいずれか1つのポリヌクレオチドまたはその相補配列に対する同一性が少なくとも70％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％である塩基配列からなり、かつ、生物学的活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであり得る。ここで、生物学的活性とは、代表的に、ＬＳＲの有する活性またはマーカーとして同じ生物内に存在する他のタンパク質から識別し得ることをいう。
ＬＳＲのアミノ酸配列としては、
（a）配列番号８に記載のアミノ酸配列またはそのフラグメントからなる、ポリペプチド；
（b）配列番号８に記載のアミノ酸配列において、1以上のアミノ酸が置換、付加および欠失からなる群より選択される1つの変異を有し、かつ、生物学的活性を有する、ポリペプチド；
（c）配列番号７に記載の塩基配列のスプライス変異体または対立遺伝子変異体によっ
てコードされる、ポリペプチド；
（d）配列番号８に記載のアミノ酸配列の種相同体である、ポリペプチド；または
（e）（a）〜（d）のいずれか1つのポリペプチドに対する同一性が少なくとも70％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であるアミノ酸配列を有し、かつ、生物学的活性を有する、ポリペプチド、
であり得る。ここで、生物学的活性とは、代表的に、ＬＳＲの有する活性またはマーカーとして同じ生物内に存在する他のタンパク質から識別し得ること（例えば、抗原として用いられる場合特異的エピトープとして機能し得る領域を含むこと）をいう。
本発明の関連において、「ＬＳＲに結合する物質」、「ＬＳＲ（の）結合剤」または「ＬＳＲ相互作用分子」は、少なくとも一時的にＬＳＲに結合する分子または物質である。検出目的では好ましくは、結合したことを表示しうる（例えば標識されるか標識可能な状態である）ことが有利であり、治療目的では、さらに治療用薬剤が結合していることが有利である。ＬＳＲに結合する物質は、例としては、抗体、アンチセンス・オリゴヌクレオチド、siRNA、低分子量分子（LMW）、結合性ペプチド、アプタマー、リボザイムおよびペプチド模倣体（peptidomimetic）等を挙げることができる。ＬＳＲに結合する物質または「ＬＳＲ相互作用分子は、ＬＳＲの阻害剤であってもよく、例えばＬＳＲに対して向けられる、特にＬＳＲの活性部位に対して向けられる、結合性タンパク質または結合性ペプチド、並びにＬＳＲ遺伝子に対して向けられる核酸も含まれる。ＬＳＲに対する核酸は、例えばＬＳＲ遺伝子の発現またはＬＳＲの活性を阻害する、二本鎖または一本鎖DNAまたはRNA、あるいはその修飾物または誘導体を指し、そしてアンチセンス核酸、アプタマー、siRNA（低分子干渉RNA）およびリボザイムを含むがこれらに限定されない。本明細書において、ＬＳＲについて「結合タンパク質」または「結合ペプチド」とは、ＬＳＲに結合する任意のタンパク質またはペプチドを指し、そしてＬＳＲに対して指向される抗体（例えば、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体）、抗体フラグメントおよび機能的等価物を含むがこれらに限定されない。
本明細書において「タンパク質」、「ポリペプチド」、「オリゴペプチド」および「ペプチド」は、本明細書において同じ意味で使用され、任意の長さのアミノ酸のポリマーをいう。このポリマーは、直鎖であっても分岐していてもよく、環状であってもよい。アミノ酸は、天然のものであっても非天然のものであってもよく、改変されたアミノ酸であってもよい。この用語はまた、複数のポリペプチド鎖の複合体へとアセンブルされたものを包含し得る。この用語はまた、天然または人工的に改変されたアミノ酸ポリマーも包含する。そのような改変としては、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化または任意の他の操作もしくは改変（例えば、標識成分との結合体化）が包含される。この定義にはまた、例えば、アミノ酸の1または2以上のアナログを含むポリペプチド（例えば、非天然アミノ酸などを含む）、ペプチド様化合物（例えば、ペプトイド）および当該分野において公知の他の改変が包含される。本明細書において、「アミノ酸」は、アミノ基とカルボキシル基を持つ有機化合物の総称である。本発明の実施形態に係る抗体が「特定のアミノ酸配列」を含むとき、そのアミノ酸配列中のいずれかのアミノ酸が化学修飾を受けていてもよい。また、そのアミノ酸配列中のいずれかのアミノ酸が塩、または溶媒和物を形成していてもよい。また、そのアミノ酸配列中のいずれかのアミノ酸がL型、またはD型であってもよい。それらのような場合でも、本発明の実施形態に係るタンパク質は、上記「特定のアミノ酸配列」を含むといえる。タンパク質に含まれるアミノ酸が生体内で受ける化学修飾としては、例えば、N末端修飾（例えば、アセチル化、ミリストイル化等）、C末端修飾（例えば、アミド化、グリコシルホスファチジルイノシトール付加等）、または側鎖修飾（例えば、リン酸化、糖鎖付加等）等が知られている。本発明の目的を満たす限り、天然のものでも非天然のものでもよい。
本明細書において「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」および「核酸」は、本明細書において同じ意味で使用され、任意の長さのヌクレオチドのポリマーをいう。この用語はまた、「オリゴヌクレオチド誘導体」または「ポリヌクレオチド誘導体」を含む。「オリゴヌクレオチド誘導体」または「ポリヌクレオチド誘導体」とは、ヌクレオチドの誘導体を含むか、またはヌクレオチド間の結合が通常とは異なるオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドをいい、互換的に使用される。そのようなオリゴヌクレオチドとして具体的には、例えば、2’−O−メチル−リボヌクレオチド、オリゴヌクレオチド中のリン酸ジエステル結合がホスホロチオエート結合に変換されたオリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド中のリン酸ジエステル結合がN3’−P5’ホスホロアミデート結合に変換されたオリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド中のリボースとリン酸ジエステル結合とがペプチド核酸結合に変換されたオリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド中のウラシルがC−5プロピニルウラシルで置換されたオリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド中のウラシルがC−5チアゾールウラシルで置換されたオリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド中のシトシンがC−5プロピニルシトシンで置換されたオリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド中のシトシンがフェノキサジン修飾シトシン（phenoxazine−modified cytosine）で置換されたオリゴヌクレオチド誘導体、DNA中のリボースが2’−O−プロピルリボースで置換されたオリゴヌクレオチド誘導体およびオリゴヌクレオチド中のリボースが2’−メトキシエトキシリボースで置換されたオリゴヌクレオチド誘導体などが例示される。他にそうではないと示されなければ、特定の核酸配列はまた、明示的に示された配列と同様に、その保存的に改変された改変体（例えば、縮重コドン置換体）および相補配列を包含することが企図される。具体的には、縮重コドン置換体は、1またはそれ以上の選択された（または、すべての）コドンの3番目の位置が混合塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換された配列を作成することにより達成され得る（Batzer et al., Nucleic Acid Res.19:5081(1991); Ohtsuka et al., J.Biol.Chem.260:2605-2608(1985); Rossolini et al., Mol.Cell.Probes 8:91-98(1994)）。本明細書において「核酸」はまた、遺伝子、cDNA、mRNA、オリゴヌクレオチド、およびポリヌクレオチドと互換可能に使用される。本明細書において「ヌクレオチド」は、天然のものでも非天然のものでもよい。
本明細書において「遺伝子」とは、遺伝形質を規定する因子をいい、「遺伝子」は、「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」および「核酸」をさすことがある。
本明細書において遺伝子の「相同性」とは、2以上の遺伝子配列の、互いに対する同一性の程度をいい、一般に「相同性」を有するとは、同一性または類似性の程度が高いことをいう。従って、ある2つの遺伝子の相同性が高いほど、それらの配列の同一性または類似性は高い。2種類の遺伝子が相同性を有するか否かは、配列の直接の比較、または核酸の場合ストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーション法によって調べられ得る。2つの遺伝子配列を直接比較する場合、その遺伝子配列間でDNA配列が、代表的には少なくとも50％同一である場合、好ましくは少なくとも70％同一である場合、より好ましくは少なくとも80％、90％、95％、96％、97％、98％または99％同一である場合、それらの遺伝子は相同性を有する。従って本明細書において「相同体」または「相同遺伝子産物」は、本明細書にさらに記載する複合体のタンパク質構成要素と同じ生物学的機能を発揮する、別の種、好ましくは哺乳動物におけるタンパク質を意味する。こうような相同体はまた、「オルソログ遺伝子産物」とも称されることもある。本発明の目的に合致する限り、このような相同体、相同遺伝子産物、オルソログ遺伝子産物等も用いることができることが理解される。
アミノ酸は、その一般に公知の3文字記号か、またはIUPAC−IUB Biochemical Nomenclature Commissionにより推奨される1文字記号のいずれかにより、本明細書中で言及され得る。ヌクレオチドも同様に、一般に認知された1文字コードにより言及され得る。本明細書では、アミノ酸配列および塩基配列の類似性、同一性および相同性の比較は、配列分析用ツールであるBLASTを用いてデフォルトパラメータを用いて算出される。同一性の検索は例えば、NCBIのBLAST2.2.28（2013.4.2発行）を用いて行うことができる。本明細書における同一性の値は通常は上記BLASTを用い、デフォルトの条件でアラインした際の値をいう。ただし、パラメータの変更により、より高い値が出る場合は、最も高い値を同一性の値とする。複数の領域で同一性が評価される場合はそのうちの最も高い値を同一性の値とする。類似性は、同一性に加え、類似のアミノ酸についても計算に入れた数値である。
本発明の一実施形態において「数個」は、例えば、10、8、6、5、4、3、または2個であってもよく、それらいずれかの値以下であってもよい。1または数個のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入、または他のアミノ酸による置換を受けたポリペプチドが、その生物学的活性を維持することは知られている（Market al., Proc Natl Acad Sci USA.1984 Sep;81(18): 5662-5666.、Zoller et al.,Nucleic Acids Res. 1982 Oct 25;10(20): 6487-6500.、Wang et al., Science. 1984 Jun 29;224(4656): 1431-1433.）。欠失等がなされた抗体は、例えば、部位特異的変異導入法、ランダム変異導入法、または抗体ファージライブラリを用いたバイオパニング等によって作製できる。部位特異的変異導入法としては、例えばKOD-Plus- Mutagenesis Kit (TOYOBO CO., LTD.)を使用できる。欠失等を導入した変異型抗体から、野生型と同様の活性のある抗体を選択することは、FACS解析やELISA等の各種キャラクタリゼーションを行うことで可能である。
本発明の一実施形態において「90％以上」は、例えば、90、95、96、97、98、99、または100％以上であってもよく、それらいずれか2つの値の範囲内であってもよい。上記「相同性」は、2つもしくは複数間のアミノ酸配列において相同なアミノ酸数の割合を、当該技術分野で公知の方法に従って算定してもよい。割合を算定する前には、比較するアミノ酸配列群のアミノ酸配列を整列させ、同一アミノ酸の割合を最大にするために必要である場合はアミノ酸配列の一部に間隙を導入する。整列のための方法、割合の算定方法、比較方法、およびそれらに関連するコンピュータプログラムは、当該技術分野で従来からよく知られている(例えば、BLAST、GENETYX等)。本明細書において「相同性」は、特に断りのない限りNCBIのBLASTによって測定された値で表すことができる。BLASTでアミノ酸配列を比較するときのアルゴリズムには、Blastpをデフォルト設定で使用できる。測定結果はPositivesまたはIdentitiesとして数値化される。
本明細書において「ストリンジェント（な）条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド」とは、当該分野で慣用される周知の条件をいう。本発明のポリヌクレオチド中から選択されたポリヌクレオチドをプローブとして、コロニー・ハイブリダイゼーション法、プラーク・ハイブリダイゼーション法あるいはサザンブロットハイブリダイゼーション法などを用いることにより、そのようなポリヌクレオチドを得ることができる。具体的には、コロニーあるいはプラーク由来のDNAを固定化したフィルターを用いて、0．7〜1．0MのNaCl存在下、65℃でハイブリダイゼーションを行った後、0．1〜2倍濃度のSSC（saline-sodium citrate）溶液（1倍濃度のSSC溶液の組成は、150mM 塩化ナトリウム、15mM クエン酸ナトリウムである）を用い、65℃条件下でフィルターを洗浄することにより同定できるポリヌクレオチドを意味する。「ストリンジェントな条件」は、例えば、以下の条件を採用することができる。(1)洗浄のために低イオン強度および高温度を用いる(例えば、50℃で、0.015Mの塩化ナトリウム/0.0015Mのクエン酸ナトリウム/0.1％のドデシル硫酸ナトリウム)、(2)ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤を用いる(例えば、42℃で、50％(v/v)ホルムアミドと0.1％ウシ血清アルブミン/0.1％フィコール/0.1％のポリビニルピロリドン/50mMのpH6.5のリン酸ナトリウムバッファー、および750mMの塩化ナトリウム、75mMクエン酸ナトリウム)、または(3)20％ホルムアミド、5×SSC、50mMリン酸ナトリウム(pH7.6)、5×デンハード液、10％硫酸デキストラン、および20mg/mlの変性剪断サケ精子DNAを含む溶液中で、37℃で一晩インキュベーションし、次に約37-50℃で1×SSCでフィルターを洗浄する。なお、ホルムアミド濃度は50％またはそれ以上であってもよい。洗浄時間は、5、15、30、60、もしくは120分、またはそれら以上であってもよい。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーに影響する要素としては温度、塩濃度など複数の要素が考えられ、詳細はAusubelet al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers,(1995)を参照することができる。「高度にストリンジェントな条件」の例は、０．００１５Ｍ塩化ナトリウム、０．００１５Ｍ クエン酸ナトリウム、６５〜６８℃、または０．０１５Ｍ塩化ナトリウム、０．００１５Ｍ クエン酸ナトリウム、および５０％ ホルムアミド、４２℃である。ハイブリダイゼーション、Molecular Cloning 2nd ed.,Current Protocols in Molecular Biology, Supplement 1-38, DNA Cloning1:Core Techniques, A Practical Approach, Second Edition, Oxford University Press(1995)などの実験書に記載されている方法に準じて行うことができる。ここで、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列からは、好ましくは、A配列のみまたはT配列のみを含む配列が除外される。中程度のストリンジェントな条件は、例えば、ＤＮＡの長さに基づき、当業者によって、容易に決定することができ、Sambrookら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、第3版、Vol．1、7.42-7.45 Cold Spring Harbor Laboratory Presｓ，2001に示され、そしてニトロセルロースフィルターに関し、５×ＳＳＣ、０．５％ ＳＤＳ、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の前洗浄溶液、約４０−５０°Cでの、約５０％ホルムアミド、２×ＳＳＣ−６×ＳＳＣ（または約４２°Cでの約５０％ホルムアミド中の、スターク溶液（Ｓｔａｒｋ’ｓ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）などの他の同様のハイブリダイゼーション溶液）のハイブリダイゼーション条件、および約６０°C、０．５×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳの洗浄条件の使用が含まれる。従って、本発明において使用されるポリペプチドには、本発明で特に記載されたポリペプチドをコードする核酸分子に対して、高度または中程度でストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコードされるポリペプチドも包含される。
本明細書において「精製された」物質または生物学的因子（例えば、核酸またはタンパク質など）とは、その物質または生物学的因子に天然に随伴する因子の少なくとも一部が除去されたものをいう。従って、通常、精製された生物学的因子におけるその生物学的因子の純度は、その生物学的因子が通常存在する状態よりも高い（すなわち濃縮されている）。本明細書中で使用される用語「精製された」は、好ましくは少なくとも75重量％、より好ましくは少なくとも85重量％、よりさらに好ましくは少なくとも95重量％、そして最も好ましくは少なくとも98重量％の、同型の生物学的因子が存在することを意味する。本発明で用いられる物質または生物学的因子は、好ましくは「精製された」物質である。本明細書で使用される「単離された」物質または生物学的因子（例えば、核酸またはタンパク質など）とは、その物質または生物学的因子に天然に随伴する因子が実質的に除去されたものをいう。本明細書中で使用される用語「単離された」は、その目的に応じて変動するため、必ずしも純度で表示される必要はないが、必要な場合、好ましくは少なくとも75重量％、より好ましくは少なくとも85重量％、よりさらに好ましくは少なくとも95重量％、そして最も好ましくは少なくとも98重量％の、同型の生物学的因子が存在することを意味する。本発明で用いられる物質は、好ましくは「単離された」物質または生物学的因子である。
本明細書において「対応する」アミノ酸または核酸あるいは部分とは、あるポリペプチド分子またはポリヌクレオチド分子（例えば、ＬＳＲ）において、比較の基準となるポリペプチドまたはポリヌクレオチドにおける所定のアミノ酸またはヌクレオチドあるいは部分と同様の作用を有するか、または有することが予測されるアミノ酸またはヌクレオチドをいい、特に酵素分子にあっては、活性部位中の同様の位置に存在し触媒活性に同様の寄与をするアミノ酸をいい、複合分子にあっては対応する部分（例えば、膜貫通ドメイン等）をいう。例えば、アンチセンス分子であれば、そのアンチセンス分子の特定の部分に対応するオルソログにおける同様の部分であり得る。対応するアミノ酸は、例えば、システイン化、グルタチオン化、S−S結合形成、酸化（例えば、メチオニン側鎖の酸化）、ホルミル化、アセチル化、リン酸化、糖鎖付加、ミリスチル化などがされる特定のアミノ酸であり得る。あるいは、対応するアミノ酸は、二量体化を担うアミノ酸であり得る。このような「対応する」アミノ酸または核酸は、一定範囲にわたる領域またはドメインであってもよい。従って、そのような場合、本明細書において「対応する」領域またはドメインと称される。このような対応する領域またはドメインは、本発明において複合分子を設計する場合に有用である。
本明細書において「対応する」遺伝子（例えば、ポリヌクレオチド配列または分子）とは、ある種において、比較の基準となる種における所定の遺伝子と同様の作用を有するか、または有することが予測される遺伝子（例えば、ポリヌクレオチド配列または分子）をいい、そのような作用を有する遺伝子が複数存在する場合、進化学的に同じ起源を有するものをいう。従って、ある遺伝子に対応する遺伝子は、その遺伝子のオルソログであり得る。従って、ヒトのＬＳＲは、それぞれ、他の動物（特に哺乳動物）において、対応するＬＳＲを見出すことができる。そのような対応する遺伝子は、当該分野において周知の技術を用いて同定することができる。従って、例えば、ある動物（例えば、マウス）における対応する遺伝子は、対応する遺伝子の基準となる遺伝子（例えば、ＬＳＲ等）は、配列番号７または配列番号８等の配列をクエリ配列として用いてその動物の配列を含むデータベースを検索することによって見出すことができる。
本明細書において「フラグメント」とは、全長のポリペプチドまたはポリヌクレオチド（長さがn）に対して、1〜n−1までの配列長さを有するポリペプチドまたはポリヌクレオチドをいう。フラグメントの長さは、その目的に応じて、適宜変更することができ、例えば、その長さの下限としては、ポリペプチドの場合、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50およびそれ以上のアミノ酸が挙げられ、ここの具体的に列挙していない整数で表される長さ（例えば、11など）もまた、下限として適切であり得る。また、ポリヌクレオチドの場合、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、75、100およびそれ以上のヌクレオチドが挙げられ、ここの具体的に列挙していない整数で表される長さ（例えば、11など）もまた、下限として適切であり得る。本明細書において、このようなフラグメントは、例えば、全長のものがマーカーまたは標的分子として機能する場合、そのフラグメント自体もまたマーカーまたは標的分子としての機能を有する限り、本発明の範囲内に入ることが理解される。
本発明に従って、用語「活性」は、本明細書において、最も広い意味での分子の機能を指す。活性は、限定を意図するものではないが、概して、分子の生物学的機能、生化学的機能、物理的機能または化学的機能を含む。活性は、例えば、酵素活性、他の分子と相互作用する能力、および他の分子の機能を活性化するか、促進するか、安定化するか、阻害するか、抑制するか、または不安定化する能力、安定性、特定の細胞内位置に局在する能力を含む。適用可能な場合、この用語はまた、最も広い意味でのタンパク質複合体の機能にも関する。
本明細書において「生物学的機能」とは、ある遺伝子またはそれに関する核酸分子もしくはポリペプチドについて言及するとき、その遺伝子、核酸分子またはポリペプチドが生体内において有し得る特定の機能をいい、これには、例えば、特異的な抗体の生成、酵素活性、抵抗性の付与等を挙げることができるがそれらに限定されない。本発明においては、例えば、ＬＳＲがＶＬＤＬの取り込みの阻害等に関与する機能などを挙げることができるがそれらに限定されない。本明細書において、生物学的機能は、「生物学的活性」によって発揮され得る。本明細書において「生物学的活性」とは、ある因子（例えば、ポリヌクレオチド、タンパク質など）が、生体内において有し得る活性のことをいい、種々の機能（例えば、転写促進活性）を発揮する活性が包含され、例えば、ある分子との相互作用によって別の分子が活性化または不活化される活性も包含される。2つの因子が相互作用する場合、その生物学的活性は、その二分子の間の結合およびそれによって生じる生物学的変化であり得、そして、例えば、一つの分子を抗体を用いて沈降させたときに他の分子も共沈するとき、2分子は結合していると考えられる。従って、そのような共沈を見ることが一つの判断手法として挙げられる。例えば、ある因子が酵素である場合、その生物学的活性は、その酵素活性を包含する。別の例では、ある因子がリガンドである場合、そのリガンドが対応するレセプターへの結合を包含する。そのような生物学的活性は、当該分野において周知の技術によって測定することができる。従って、「活性」は、結合（直接的または間接的のいずれか）を示すかまたは明らかにするか；応答に影響する（すなわち、いくらかの曝露または刺激に応答する測定可能な影響を有する）、種々の測定可能な指標をいい、例えば、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドに直接結合する化合物の親和性、または例えば、いくつかの刺激後または事象後の上流または下流のタンパク質の量あるいは他の類似の機能の尺度が挙げられる。
本明細書において遺伝子、ポリヌクレオチド、ポリペプチドなどの「発現」とは、その遺伝子などがインビボで一定の作用を受けて、別の形態になることをいう。好ましくは、遺伝子、ポリヌクレオチドなどが、転写および翻訳されて、ポリペプチドの形態になることをいうが、転写されてmRNAが作製されることもまた発現の一態様である。したがって、本明細書において「発現産物」とは、このようなポリペプチドもしくはタンパク質、またはｍRNAを含む。より好ましくは、そのようなポリペプチドの形態は、翻訳後プロセシングを受けたものであり得る。例えば、ＬＳＲの発現レベルは、任意の方法によって決定することができる。具体的には、ＬＳＲのmRNAの量、ＬＳＲタンパク質の量、そしてＬＳＲタンパク質の生物学的な活性を評価することによって、ＬＳＲの発現レベルを知ることができる。このような測定値はコンパニオン診断において使用し得る。ＬＳＲのmRNAやタンパク質の量は、本明細書の他の箇所に詳述したような方法あるいは他の当該分野において公知の方法によって決定することができる。
本明細書において「機能的等価物」とは、対象となるもとの実体に対して、目的となる機能が同じであるが構造が異なる任意のものをいう。従って、「ＬＳＲ」またはその抗体の機能的等価物は、ＬＳＲまたはその抗体自体ではないが、ＬＳＲまたはその抗体の変異体または改変体（例えば、アミノ酸配列改変体等）であって、ＬＳＲの持つ生物学的作用を有するもの、ならびに、作用する時点において、ＬＳＲまたはその抗体自体またはこのＬＳＲまたはその抗体の変異体もしくは改変体に変化することができるもの（例えば、ＬＳＲまたはその抗体自体またはＬＳＲまたはその抗体の変異体もしくは改変体をコードする核酸、およびその核酸を含むベクター、細胞等を含む）が包含されることが理解される。本発明において、ＬＳＲまたはその抗体の機能的等価物は、格別に言及していなくても、ＬＳＲまたはその抗体と同様に用いられうることが理解される。機能的等価物は、データベース等を検索することによって、見出すことができる。本明細書において「検索」とは、電子的にまたは生物学的あるいは他の方法により、ある核酸塩基配列を利用して、特定の機能および／または性質を有する他の核酸塩基配列を見出すことをいう。電子的な検索としては、BLAST（Altschul et al.,J.Mol.Biol. 215:403-410(1990))、FASTA (Pearson & Lipman, Proc.Natl.Acad.Sci.,USA 85:2444-2448(1988)）、Smith and Waterman法（Smith and Waterman, J.Mol.Biol.147: 195-197(1981)）、およびNeedleman and Wunsch法（Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 48:443-453(1970)）などが挙げられるがそれらに限定されない。生物学的な検索としては、ストリンジェントハイブリダイゼーション、ゲノムDNAをナイロンメンブレン等に貼り付けたマクロアレイまたはガラス板に貼り付けたマイクロアレイ（マイクロアレイアッセイ）、PCRおよびin situハイブリダイゼーションなどが挙げられるがそれらに限定されない。本明細書において、本発明において使用される遺伝子には、このような電子的検索、生物学的検索によって同定された対応遺伝子も含まれるべきであることが意図される。
本発明の機能的等価物としては、アミノ酸配列において、1もしくは複数個のアミノ酸の挿入、置換もしくは欠失、またはその一方もしくは両末端への付加されたものを用いることができる。本明細書において、「アミノ酸配列において、1もしくは複数個のアミノ酸の挿入、置換もしくは欠失、またはその一方もしくは両末端への付加」とは、部位特異的突然変異誘発法等の周知の技術的方法により、あるいは天然の変異により、天然に生じ得る程度の複数個の数のアミノ酸の置換等により改変がなされていることを意味する。改変アミノ酸配列は、例えば1〜30個、好ましくは1〜20個、より好ましくは1〜9個、さらに好ましくは1〜5個、特に好ましくは1〜2個のアミノ酸の挿入、置換、もしくは欠失、またはその一方もしくは両末端への付加がなされたものであることができる。改変アミノ酸配列は、好ましくは、そのアミノ酸配列が、ＬＳＲのアミノ酸配列において1または複数個（好ましくは1もしくは数個または1、2、3、もしくは4個）の保存的置換を有するアミノ酸配列であってもよい。ここで「保存的置換」とは、タンパク質の機能を実質的に改変しないように、1または複数個のアミノ酸残基を、別の化学的に類似したアミノ酸残基で置換えることを意味する。例えば、ある疎水性残基を別の疎水性残基によって置換する場合、ある極性残基を同じ電荷を有する別の極性残基によって置換する場合などが挙げられる。このような置換を行うことができる機能的に類似のアミノ酸は、アミノ酸毎に当該分野において公知である。具体例を挙げると、非極性（疎水性）アミノ酸としては、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、プロリン、トリプトファン、フェニルアラニン、メチオニンなどが挙げられる。極性（中性）アミノ酸としては、グリシン、セリン、スレオニン、チロシン、グルタミン、アスパラギン、システインなどが挙げられる。陽電荷をもつ（塩基性）アミノ酸としては、アルギニン、ヒスチジン、リジンなどが挙げられる。また、負電荷をもつ（酸性）アミノ酸としては、アスパラギン酸、グルタミン酸などが挙げられる。
本明細書において「抑制剤」とは、対象となる実体（例えば、レセプターまたは細胞）に対してそのレセプターまたは細胞の生物学的作用を阻害する物質または因子をいう。本発明のＬＳＲの抑制剤としては、対象となるＬＳＲまたはＬＳＲを発現する細胞等の機能を一時的または永久に低下または消失させることができる因子である。このような因子には、抗体、その抗原結合フラグメント、それらの誘導体、機能的等価物、アンチセンス、siRNA等のRNAi因子等の核酸の形態のもの等を挙げることができるがこれらに限定されない。
本明細書において「アゴニスト」とは、対象となる実体（例えば、レセプター）に対してそのレセプターの生物学的作用を発現またはそれを増強する物質をいう。天然のアゴニスト（リガンドとも称される）のほか、合成されたものや改変されたもの等を挙げることができる。
本明細書において「アンタゴニスト」とは、対象となる実体（例えば、レセプター）に対してそのレセプターの生物学的作用の発現を抑制または阻害する物質をいう。天然のアンタゴニストのほか、合成されたものや改変されたもの等を挙げることができる。アゴニスト（またはリガンド）と競合的に抑制または阻害するもののほか、非競合的に抑制または阻害するもの等がある。アゴニストを改変することによっても得られうる。生理現象を抑制または阻害することから、アンタゴニストは抑制剤（阻害剤）または抑制（する）因子の概念に包含されうる。したがって、本明細書においては実質的にアンタゴニストは「抑制剤」と同義で用いられる。
本明細書において「抗体」は、広義にはポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、多重特異性抗体、キメラ抗体、および抗イディオタイプ抗体、ならびにそれらのフラグメント、例えばFvフラグメント、Fab’フラグメント、F（ab’）2およびFabフラグメント、ならびにその他の組換えにより生産された結合体または機能的等価物（例えば、キメラ抗体、ヒト化抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー（diabody）、sc（Fv）2（singlechain（Fv）2）、scFv−Fc）を含む。さらにこのような抗体を、酵素、例えばアルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、αガラクトシダーゼなど、に共有結合させまたは組換えにより融合させてよい。本発明で用いられる抗LSR抗体は、LSRのタンパク質に結合すればよく、その由来、種類、形状などは問われない。具体的には、非ヒト動物の抗体（例えば、マウス抗体、ラット抗体、ラクダ抗体）、ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体などの公知の抗体が使用できる。本発明においては、モノクローナル、あるいはポリクローナルを抗体として利用することができるが好ましくはモノクローナル抗体である。抗体のLSRタンパク質への結合は特異的な結合であることが好ましい。また抗体は、抗体修飾物または抗体非修飾物を含む。抗体修飾物は、抗体と、例えばポリエチレングリコール等の各種分子が結合していてもよい。抗体修飾物は、抗体に公知の手法を用いて化学的な修飾を施すことによって得ることができる。
本発明の一実施形態において「抗LSR抗体」は、LSRに結合性を有する抗体を含む。この抗LSR抗体の生産方法は特に限定されないが、例えば、LSRを哺乳類または鳥類に免疫することによって生産してもよい。
また、「LSRに対する抗体（抗LSR抗体）、または、そのフラグメント」の「機能的等価物」は、例えば、抗体の場合、LSRの結合活性、必要であれば抑制活性を有する抗体自体およびそのフラグメント自体のほか、キメラ抗体、ヒト化抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー、sc（Fv）2（singlechain（Fv）2）、scFv−Fcなども包含されることが理解される。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、悪性腫瘍の増殖が特に強く抑制される観点からは、LSRの特定のエピトープに特異的に結合する抗LSR抗体であることが好ましい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、モノクローナル抗体であってもよい。モノクローナル抗体であれば、ポリクローナル抗体に比べて、効率的にLSRに対して作用させることができる。抗LSRモノクローナル抗体を効率的に生産する観点からは、LSRをニワトリに免役することが好ましい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体の抗体クラスは特に限定されないが、例えばIgM、IgD、IgG、IgA、IgE、またはIgYであってもよい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、抗原結合活性を有する抗体断片（以下、「抗原結合性断片」と称することもある）であっても良い。この場合、安定性または抗体の生産効率が上昇する等の効果がある。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、融合タンパク質であってもよい。この融合タンパク質は、抗LSR抗体のNまたはC末端に、ポリペプチドまたはオリゴペプチドが結合したものであってもよい。ここで、オリゴペプチドは、Hisタグであってもよい。また融合タンパク質は、マウス、ヒト、またはニワトリの抗体部分配列を融合したものであってもよい。それらのような融合タンパク質も、本実施形態に係る抗LSR抗体の一形態に含まれる。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、例えば、精製LSR、LSR発現細胞、またはLSR含有脂質膜で生物を免疫する工程を経て得られる抗体であってもよい。LSR陽性悪性腫瘍に対する治療効果を高める観点からは、LSR発現細胞を免疫に使用することが好ましい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、精製LSR、LSR発現細胞胞またはLSR含有脂質膜で生物を免疫する工程を経て得られる抗体の、CDRセットを有する抗体であってもよい。LSR陽性悪性腫瘍に対する治療効果を高める観点からは、LSR発現細胞を免疫に使用することが好ましい。CDRセットとは、重鎖CDR1、2、および3、並びに、軽鎖CDR1、2、および3のセットである。
本発明の一実施形態において「LSR発現細胞」は、例えば、LSRをコードするポリヌクレオチドを細胞に導入後、LSRを発現させることによって得てもよい。ここでLSRは、LSR断片を含む。また本発明の一実施形態において「LSR含有脂質膜」は、例えば、LSRと脂質二重膜を混合することによって得てもよい。ここでLSRは、LSR断片を含む。また本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、LSR陽性悪性腫瘍に対する治療効果を高める観点からは、抗原をニワトリに免疫する工程を経て得られる抗体、またはその抗体のCDRセットを有する
抗体が好ましい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、目的を達成する限り、どのような結合力を有していてもよく、例えば、少なくとも１．０×１０６以上、２．０×１０６以上、５．０×１０６以上、１．０×１０７以上を挙げることができるがこれらに限定されず、通常は、KD値（kd/ ka）が、1.0×10-7以下であってもよく、1.0×10-9(M)あるいは1.0×10-10(M)以下であり得る。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、ADCCまたはCDC活性を有していてもよい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、LSRの野生型または変異型に結合する抗体であってもよい。変異型とは、個体間のDNA配列の差異に起因するものを含む。野生型または変異型のLSRのアミノ酸配列は、配列番号８に示すアミノ酸配列に対し、好ましくは80％以上、より好ましくは90％以上、より好ましくは95％以上、特に好ましくは98％以上の相同性を有している。
本発明の一実施形態において「抗体」は、抗原上の特定のエピトープに特異的に結合することができる分子またはその集団を含むまた抗体は、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体であってもよい。抗体は、様々な形態で存在することができ、例えば、全長抗体（Fab領域とFc領域を有する抗体）、Fv抗体、Fab抗体、F(ab’)2抗体、Fab’抗体、diabody、一本鎖抗体（例えば、scFv）、dsFv、多価特異的抗体（例えば、二価特異的抗体）、抗原結合性を有するペプチドまたはポリペプチド、キメラ抗体（例えば、マウス-ヒトキメラ抗体、ニワトリ-ヒトキメラ抗体等）、マウス抗体、ニワトリ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、またはそれらの同等物（または等価物）からなる群から選ばれる1種以上の形態であってもよい。また抗体は、抗体修飾物または抗体非修飾物を含む。抗体修飾物は、抗体と、例えばポリエチレングリコール等の各種分子が結合していてもよい。抗体修飾物は、抗体に公知の手法を用いて化学的な修飾を施すことによって得ることができる。さらにこのような抗体を、酵素、例えばアルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、αガラクトシダーゼなど、に共有結合させまたは組換えにより融合させてよい。本発明で用いられる抗ＬＳＲ抗体は、ＬＳＲのタンパク質に結合すればよく、その由来、種類、形状などは問われない。具体的には、非ヒト動物の抗体（例えば、マウス抗体、ラット抗体、ラクダ抗体）、ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体などの公知の抗体が使用できる。本発明においては、モノクローナル、あるいはポリクローナルを抗体として利用することができるが好ましくはモノクローナル抗体である。抗体のＬＳＲタンパク質への結合は特異的な結合であることが好ましい。また抗体は、抗体修飾物または抗体非修飾物を含む。抗体修飾物は、抗体と、例えばポリエチレングリコール等の各種分子が結合していてもよい。抗体修飾物は、抗体に公知の手法を用いて化学的な修飾を施すことによって得ることができる。
本発明の一実施形態において「ポリクローナル抗体」は、例えば、抗原に特異的なポリクローナル抗体の産生を誘導するために、哺乳類（例えば、ラット、マウス、ウサギ、ウシ、サル等）、鳥類等に、目的の抗原を含む免疫原を投与することによって生成することが可能である。免疫原の投与は、1つ以上の免疫剤、および所望の場合にはアジュバントの注入をしてもよい。アジュバントは、免疫応答を増加させるために使用されることもあり、フロイントアジュバント（完全または不完全）、ミネラルゲル（水酸化アルミニウム等）、または界面活性物質（リゾレシチン等）等を含んでいてもよい。免疫プロトコールは、当該技術分野で公知であり、選択する宿主生物に合わせて、免疫応答を誘発する任意の方法によって実施される場合がある（タンパク質実験ハンドブック,羊土社(2003):86-91.）。
本発明の一実施形態において「モノクローナル抗体」は、集団を構成する個々の抗体が、少量自然に生じることが可能な突然変異を有する抗体を除いて、実質的に単一のエピトープに対応する抗体である場合を含む。または、集団を構成する個々の抗体が、少量自然に生じることが可能な突然変異を有する抗体を除いて、実質的に同一である抗体であってもよい。モノクローナル抗体は高度に特異的であり、異なるエピトープに対応する異なる抗体を典型的に含むような、通常のポリクローナル抗体とは異なる。その特異性に加えて、モノクローナル抗体は、他の免疫グロブリンによって汚染されていないハイブリドーマ培養から合成できる点で有用である。「モノクローナル」という形容は、実質的に均一な抗体集団から得られるという特徴を示していてもよいが、抗体を何か特定の方法で生産しなければならないことを意味するものではない。例えば、モノクローナル抗体は、"Kohler G, Milstein C., Nature. 1975 Aug7;256(5517):495-497."に掲載されているようなハイブリドーマ法と同様の方法によって作製してもよい。あるいは、モノクローナル抗体は、米国特許第4816567号に記載されているような組換え法と同様の方法によって作製してもよい。または、モノクローナル抗体は、"Clackson et al., Nature. 1991 Aug 15;352(6336): 624-628."、または"Marks et al., J Mol Biol. 1991 Dec 5;222(3): 581-597."に記載されているような技術と同様の方法を用いてファージ抗体ライブラリーから単離してもよい。または、"タンパク質実験ハンドブック,羊土社(2003):92-96."に掲載されている方法でよって作製してもよい。
抗体の大量生産については、当該分野で公知の任意の手法を用いることができるが、例えば、代表的な抗体の大量生産系の構築および抗体製造としては、以下を例示することができる。すなわち、CHO細胞にH鎖抗体発現ベクターおよびL鎖抗体発現ベクターをトランスフェクションし、選択試薬であるG418およびZeocinを用いて培養を行い、限界希釈法によるクローニングを行う。クローニング後、安定的に抗体を発現しているクローンをELISA法により選択する。選択したCHO細胞を用いて拡大培養し、抗体を含む培養上清を回収する。回収した培養上清からProteinAもしくはProteinG精製により抗体を精製することができる。
本発明の一実施形態において「Fv抗体」は、抗原認識部位を含む抗体である。この領域は、非共有結合による1つの重鎖可変ドメインおよび1つの軽鎖可変ドメインの二量体を含む。この構成において、各可変ドメインの3つのCDRは相互に作用してVH-VL二量体の表面に抗原結合部位を形成することができる。
本発明の一実施形態において「Fab抗体」は、例えば、Fab領域およびFc領域を含む抗体をタンパク質分解酵素パパインで処理して得られる断片のうち、H鎖のN末端側約半分とL鎖全体が一部のジスルフィド結合を介して結合した抗体である。Fabは、例えば、Fab領域およびFc領域を含む本発明の実施形態に係る抗LSR抗体を、タンパク質分解酵素パパインで処理して得ることができる。
本発明の一実施形態において「F(ab’)2抗体」は、例えば、Fab領域およびFc領域を含む抗体をタンパク質分解酵素ペプシンで処理して得られる断片のうち、Fabに相当する部位を2つ含む抗体である。F(ab’)2は、例えば、Fab領域およびFc領域を含む本発明の実施形態に係る抗LSR抗体を、タンパク質分解酵素ペプシンで処理して得ることができる。また、例えば、下記のFab’をチオエーテル結合あるいはジスルフィド結合させることで、作製することができる。
本発明の一実施形態において「Fab’抗体」は、例えば、F(ab’)2のヒンジ領域のジスルフィド結合を切断して得られる抗体である。例えば、F(ab’)2を還元剤ジチオスレイトール処理して得ることができる。
本発明の一実施形態において「scFv抗体」は、VHとVLとが適当なペプチドリンカーを介して連結した抗体である。scFv抗体は、例えば、本発明の実施形態に係る抗LSR抗体のVHおよびVLをコードするcDNAを取得し、VH-ペプチドリンカー-VLをコードするポリヌクレオチドを構築し、そのポリヌクレオチドをベクターに組み込み、発現用の細胞を用いて生産できる。
本発明の一実施形態において「diabody」は、二価の抗原結合活性を有する抗体である。二価の抗原結合活性は、同一であることもできるし、一方を異なる抗原結合活性とすることもできる。diabodyは、例えば、scFvをコードするポリヌクレオチドをペプチドリンカーのアミノ酸配列の長さが8残基以下となるように構築し、得られたポリヌクレオチドをベクターに組み込み、発現用の細胞を用いて生産できる。
本発明の一実施形態において「dsFv」は、VHおよびVL中にシステイン残基を導入したポリペプチドを、上記システイン残基間のジスルフィド結合を介して結合させた抗体である。システイン残基に導入する位置はReiterらにより示された方法(Reiteret al., Protein Eng. 1994 May;7(5):697-704.)に従って、抗体の立体構造予測に基づいて選択することができる。
本発明の一実施形態において「抗原結合性を有するペプチドまたはポリペプチド」は、抗体のVH、VL、またはそれらのCDR1、2、もしくは3を含んで構成される抗体である。複数のCDRを含むペプチドは、直接または適当なペプチドリンカーを介して結合させることができる。
上記のFv抗体、Fab抗体、F(ab’)2抗体、Fab’抗体、scFv抗体、diabody、dsFv抗体、抗原結合性を有するペプチドまたはポリペプチド（以下、「Fv抗体等」と称することもある）の生産方法は特に限定しない。例えば、本発明の実施形態に係る抗LSR抗体におけるFv抗体等の領域をコードするDNAを発現用ベクターに組み込み、発現用細胞を用いて生産できる。または、Fmoc法（フルオレニルメチルオキシカルボニル法）、tBOC法（t-ブチルオキシカルボニル法）などの化学合成法によって生産してもよい。なお本発明の一実施形態に係る抗原結合性断片は、上記Fv抗体等の1種以上であってもよい。
本発明の一実施形態において「キメラ抗体」は、例えば、異種生物間における抗体の可変領域と、抗体の定常領域とを連結したもので、遺伝子組換え技術によって構築できる。マウス-ヒトキメラ抗体は、例えば、"Roguska et al., Proc Natl Acad Sci USA. 1994 Feb 1;91(3):969-973."に記載の方法で作製できる。マウス-ヒトキメラ抗体を作製するための基本的な方法は、例えば、クローン化されたcDNAに存在するマウスリーダー配列および可変領域配列を、哺乳類細胞の発現ベクター中にすでに存在するヒト抗体定常領域をコードする配列に連結する。または、クローン化されたcDNAに存在するマウスリーダー配列および可変領域配列をヒト抗体定常領域をコードする配列に連結した後、哺乳類細胞発現ベクターに連結してもよい。ヒト抗体定常領域の断片は、任意のヒト抗体のH鎖定常領域およびヒト抗体のL鎖定常領域のものとすることができ、例えばヒトH鎖のものについてはCγ1、Cγ2、Cγ3またはCγ4を、L鎖のものについてはCλまたはCκを各々挙げること
ができる。
本発明の一実施形態において「ヒト化抗体」は、例えば、非ヒト種由来の1つ以上のCDR、およびヒト免疫グロブリン由来のフレームワーク領域（FR）、さらにヒト免疫グロブリン由来の定常領域を有し、所望の抗原に結合する抗体である。抗体のヒト化は、当該技術分野で既知の種々の手法を使用して実施可能である(Almagro et al., Front Biosci. 2008 Jan 1;13: 1619-1633.)。例えば、CDRグラフティング（Ozaki et al.,Blood. 1999 Jun 1;93(11): 3922-3930.）、Re-surfacing(Roguska et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 1994 Feb 1;91(3):969-973.)、またはFRシャッフル（Damschroder et al., Mol Immunol. 2007 Apr;44(11):3049-3060. Epub 2007 Jan 22.）などが挙げられる。抗原結合を改変するために（好ましくは改善するために）、ヒトFR領域のアミノ酸残基は、CDRドナー抗体からの対応する残基と置換してもよい。このFR置換は、当該技術分野で周知の方法によって実施可能である（Riechmann et al., Nature. 1988 Mar 24;332(6162):323-327.）。例えば、CDRとFR残基の相互作用のモデリングによって抗原結合に重要なFR残基を同定してもよい。または、配列比較によって、特定の位置で異常なFR残基を同定してもよい。
本発明の一実施形態において「ヒト抗体」は、例えば、抗体を構成する重鎖の可変領域および定常領域、軽鎖の可変領域および定常領域を含む領域が、ヒトイムノグロブリンをコードする遺伝子に由来する抗体である。主な作製方法としてはヒト抗体作製用トランスジェニックマウス法、ファージディスプレイ法などがある。ヒト抗体作製用トランスジェニックマウス法では、内因性Igをノックアウトしたマウスに機能的なヒトのIg遺伝子を導入すれば、マウス抗体の代わりに多様な抗原結合能を持つヒト抗体が産生される。さらにこのマウスを免疫すればヒトモノクローナル抗体を従来のハイブリドーマ法で得ることが可能である。例えば、"Lonberg et al., Int Rev Immunol. 1995;13(1):65-93."に記載の方法で作製できる。ファージディスプレイ法は、典型的には大腸菌ウイルスの一つであるM13やT7などの繊維状ファージのコートタンパク質（g3p、g10p等）のN末端側にファージの感染性を失わないよう外来遺伝子を融合タンパク質として発現させるシステムである。例えば、"Vaughan et al., Nat Biotechnol. 1996 Mar;14(3):309-314."に記載の方法で作製できる。
また抗体は、CDR-grafting(Ozaki et al., Blood. 1999 Jun 1;93(11):3922-3930.)によって任意の抗体に本発明の実施形態に係る抗LSR抗体の重鎖CDRまたは軽鎖CDRをグラフティングすることで作製してもよい。または、本発明の実施形態に係る抗LSR抗体の重鎖CDRまたは軽鎖CDRをコードするDNAと、公知のヒトまたはヒト以外の生物由来の抗体の、重鎖CDRまたは軽鎖CDRを除く領域をコードするDNAとを、当該技術分野で公知の方法に従ってベクターに連結後、公知の細胞を使用して発現させることによって得ることができる。このとき、抗LSR抗体の標的抗原への作用効率を上げるために、当該分野で公知の方法（例えば、抗体のアミノ酸残基をランダムに変異させ、反応性の高いものをスクリーニングする方法、またはファージディスプレイ法等）を用いて、重鎖CDRまたは軽鎖CDRを除く領域を最適化してもよい。また、例えば、FRシャッフル（Damschroder et al., Mol Immunol. 2007 Apr;44(11):3049-3060. Epub 2007 Jan 22.）、またはバーニヤゾーンのアミノ酸残基またはパッケージング残基を置換する方法（特開2006-241026、またはFooteet al., J Mol Biol.1992 Mar 20;224(2):487-499.）を用いて、FR領域を最適化してもよい。
本発明の一実施形態において「重鎖」は、典型的には、全長抗体の主な構成要素である。重鎖は、通常、軽鎖とジスルフィド結合および非共有結合によって結合している。重鎖のN末端側のドメインには、同種の同一クラスの抗体でもアミノ酸配列が一定しない可変領域（VH）と呼ばれる領域が存在し、一般的に、VHが抗原に対する特異性、親和性に大きく寄与していることが知られている。例えば、"Reiter et al., J Mol Biol. 1999 Jul 16;290(3):685-98."にはVHのみの分子を作製したところ、抗原と特異的に、高い親和性で結合したことが記載されている。さらに、"Wolfson W, Chem Biol. 2006 Dec;13(12):1243-1244."には、ラクダの抗体の中には、軽鎖を持たない重鎖のみの抗体が存在していることが記載されている。
本発明の一実施形態において「CDR（相補性決定領域）」は、抗体において、実際に抗原に接触して結合部位を形成している領域である。一般的にCDRは、抗体のFv（可変領域:重鎖可変領域（VH）および軽鎖可変領域（VL）を含む）上に位置している。また一般的にCDRは、5〜30アミノ酸残基程度からなるCDR1、CDR2、CDR3が存在する。そして、特に重鎖のCDRが抗体の抗原への結合に寄与していることが知られている。またCDRの中でも、CDR3が抗体の抗原への結合における寄与が最も高いことが知られている。例えば、"Willy et al., Biochemical and Biophysical Research Communications Volume 356, Issue 1, 27 April 2007, Pages 124-128"には、重鎖CDR3を改変させることで抗体の結合能を上昇させたことが記載されている。CDR以外のFv領域はフレームワーク領域（FR）と呼ばれ、FR1、FR2、FR3およびFR4からなり、抗体間で比較的よく保存されている（Kabatet al.,「Sequence of Proteins of Immunological Interest」US Dept. Health and Human Services,1983.）。即ち、抗体の反応性を特徴付ける要因はCDRにあり、特に重鎖CDRにあるといえる。
CDRの定義およびその位置を決定する方法は複数報告されている。例えば、Kabatの定義(Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991))、またはChothiaの定義(Chothiaet al., J. Mol. Biol.,1987;196:901-917)を採用してもよい。本発明の一実施形態においては、Kabatの定義を好適な例として採用するが、必ずしもこれに限定されない。また、場合によっては、Kabatの定義とChothiaの定義の両方を考慮して決定しても良く、例えば、各々の定義によるCDRの重複部分を、または各々の定義によるCDRの両方を含んだ部分をCDRとすることもできる。そのような方法の具体例としては、Kabatの定義とChothiaの定義の折衷案である、Oxford Molecular's AbM antibody modeling softwareを用いたMartinらの方法（Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 1989;86:9268-9272）がある。このようなCDRの情報を用いて、本発明に使用されうる変異体を生産することができる。このような抗体の変異体では、もとの抗体のフレームワークに１または数個（例えば、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個）の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まないように生産することができる。
本明細書において「抗原」（antigen）とは、抗体分子によって特異的に結合され得る任意の基質をいう。本明細書において「免疫原」（immunogen）とは、抗原特異的免疫応答を生じるリンパ球活性化を開始し得る抗原をいう。本明細書において「エピトープ」または「抗原決定基」とは、抗体またはリンパ球レセプターが結合する抗原分子中の部位をいう。エピトープを決定する方法は、当該分野において周知であり、そのようなエピトープは、核酸またはアミノ酸の一次配列が提供されると、当業者はそのような周知慣用技術を用いて決定することができる。本発明の抗体は、エピトープが同じであれば、他の配列を有する抗体であっても同様に利用することができることが理解される。
本明細書において使用される抗体は、擬陽性が減じられる限り、どのような特異性の抗体を用いても良いことが理解される。従って、本発明において用いられる抗体は、ポリクローナル抗体であってもよく、モノクローナル抗体であってもよい。
本明細書において「手段」とは、ある目的（例えば、検出、診断、治療）を達成する任意の道具となり得るものをいい、特に、本明細書では、「選択的に認識する手段」とは、ある対象を他のものとは異なって認識することができる手段をいう。
本明細書において「マーカー（物質または遺伝子）」とは、ある状態（例えば、疾患状態、障害状態、あるいは悪性状態のレベル、有無等）にあるかまたはその危険性があるかどうかを追跡する示標となる物質をいう。このようなマーカーとしては、遺伝子、遺伝子産物、代謝物質、酵素などを挙げることができる。本発明において、ある状態（例えば、癌等の疾患の状態）についての検出、診断、予後、予後不良、予後不良の診断、予後状態の診断、予備的検出、予測または事前診断は、その状態に関連するマーカーに特異的な薬剤、剤、因子または手段、あるいはそれらを含む組成物、キットまたはシステム等を用いて実現することができる。本明細書において、「発現産物」（遺伝子産物ともいう）とは、遺伝子によってコードされるタンパク質またはmRNAをいう。本明細書では、悪性腫瘍の特に治療への関連が示されていない遺伝子産物（LSR）が卵巣癌の指標として使用可能であることが見出された。
本明細書において使用される「悪性腫瘍」は、例えば、正常な細胞が突然変異を起こして発生する腫瘍を含む。悪性腫瘍は全身のあらゆる臓器や組織から生じ得る。この悪性腫瘍は、例えば、肺癌、食道癌、胃癌、肝臓癌、膵臓癌、腎臓癌、副腎癌、胆道癌、乳癌、大腸癌、小腸癌、卵巣癌、子宮癌、膀胱癌、前立腺癌、尿管癌、腎盂癌、尿管癌、陰茎癌、精巣癌、脳腫瘍、中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、頭頸部癌、グリオーマ、多形性膠芽腫、皮膚癌、メラノーマ、甲状腺癌、唾液腺癌、悪性リンパ腫、癌腫、肉腫、および血液悪性腫瘍からなる群から選ばれる1種以上を含む。ここで、卵巣癌は、例えば、卵巣漿液性腺癌、または卵巣明細胞線癌を含む。子宮癌は、例えば、子宮内膜癌、または子宮頸癌を含む。頭頸部癌は、例えば、口腔癌、咽頭癌、喉頭癌、鼻腔癌、副鼻腔癌、唾液腺癌、または甲状腺癌を含む。肺癌は、例えば、非小細胞肺癌、または小細胞肺癌を含む。また悪性腫瘍は、LSR陽性であってもよい。
悪性腫瘍の中でも漿液性腺癌は、非常に進行の早い癌であり、市販の抗癌剤でも癌を全て消し去るのは難しい。さらに、再発した場合は、市販の抗癌剤がほとんど効かない。また、明細胞線癌は、市販の抗癌剤ではほとんど治療効果が期待できない。一方で、本発明の実施形態に係る抗LSR抗体は、漿液性腺癌および明細胞線癌の新しい治療薬となり得る。
本発明の一実施形態において「LSR陽性悪性腫瘍」は、LSRを有意または過剰に発現している悪性腫瘍を含む。悪性腫瘍がLSR陽性かどうかは、例えば、RT-PCR、ウェスタンブロット、または免疫組織化学染色法で評価してもよい。また、ウェスタンブロットに悪性腫瘍細胞の総タンパク質を供し、目視でLSRに相当するバンド（例えば、649aa付近のバンド）が確認できた場合に、LSR陽性と判断してもよい。または、患者由来の悪性腫瘍細胞のLSR発現量が、正常細胞の場合に比べて有意に大きい場合に、LSR陽性と判断してもよい。LSR陽性であることを正確に診断することによって、より最適な投薬を実現する観点からは、抗LSR抗体を使用してLSRの発現を検査することが好ましい。
本明細書において「被験体（者）」とは、本発明の診断または検出、あるいは治療等の対象となる対象（例えば、ヒト等の生物または生物から取り出した細胞、血液、血清等）をいう。
本明細書において「試料」とは、被験体等から得られた任意の物質をいい、例えば、血清等が含まれる。当業者は本明細書の記載をもとに適宜好ましい試料を選択することができる。
本明細書において「薬剤」、「剤」または「因子」（いずれも英語ではagentに相当する）は、広義には、交換可能に使用され、意図する目的を達成することができる限りどのような物質または他の要素（例えば、光、放射能、熱、電気などのエネルギー）でもあってもよい。そのような物質としては、例えば、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、ペプチド、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、核酸（例えば、cDNA、ゲノムDNAのようなDNA、mRNAのようなRNAを含む）、ポリサッカリド、オリゴサッカリド、脂質、有機低分子（例えば、ホルモン、リガンド、情報伝達物質、有機低分子、コンビナトリアルケミストリで合成された分子、医薬品として利用され得る低分子（例えば、低分子リガンドなど）など）、これらの複合分子が挙げられるがそれらに限定されない。ポリヌクレオチドに対して特異的な因子としては、代表的には、そのポリヌクレオチドの配列に対して一定の配列相同性を（例えば、70％以上の配列同一性）もって相補性を有するポリヌクレオチド、プロモーター領域に結合する転写因子のようなポリペプチドなどが挙げられるがそれらに限定されない。ポリペプチドに対して特異的な因子としては、代表的には、そのポリペプチドに対して特異的に指向された抗体またはその誘導体あるいはその類似物（例えば、単鎖抗体）、そのポリペプチドがレセプターまたはリガンドである場合の特異的なリガンドまたはレセプター、そのポリペプチドが酵素である場合、その基質などが挙げられるがそれらに限定されない。
本明細書において「診断」とは、被験体における疾患、障害、状態（例えば、悪性腫瘍）などに関連する種々のパラメータを同定し、そのような疾患、障害、状態の現状または未来を判定することをいう。本発明の方法、装置、システムを用いることによって、体内の状態を調べることができ、そのような情報を用いて、被験体における疾患、障害、状態、投与すべき処置または予防のための処方物または方法などの種々のパラメータを選定することができる。本明細書において、狭義には、「診断」は、現状を診断することをいうが、広義には「早期診断」、「予測診断」、「事前診断」等を含む。本発明の診断方法は、原則として、身体から出たものを利用することができ、医師などの医療従事者の手を離れて実施することができることから、産業上有用である。本明細書において、医師などの医療従事者の手を離れて実施することができることを明確にするために、特に「予測診断、事前診断もしくは診断」を「支援」すると称することがある。
本明細書において「予後」という用語は、悪性腫瘍（例えば、卵巣癌）などの腫瘍性疾患の再発、転移拡散、および薬剤耐性など、癌に起因する死亡または進行が起こる可能性を予測することを意味する。したがって、本明細書において「予後状態が良好」とは、癌組織切除後から一定期間（例えば、４年）を超えて当該癌を原発とする再発癌を認めない状態のことを、「予後状態が不良」または「予後不良」とは、癌組織切除後から一定期間（例えば、４年）を超えて当該癌を原発とする再発癌が認められる状態のことをいう。予後因子とは悪性腫瘍の自然経過に関する変数のことであり、これらは、いったん悪性腫瘍を発症した患者の再発率および転帰に影響を及ぼす。予後の悪化に関連した臨床的指標には、例えば、リンパ節転移、および高悪性度の腫瘍が含まれる。予後因子は、しばしば、患者を異なった基礎的再発リスクをもつサブグループに分類するために用いられる。このように、本発明のLSRの発現は、予後因子として使用することができる。本明細書において「予測」という用語は、原発腫瘍の摘出後に、患者が、良不良を問わず特定の臨床転帰を持つ可能性を意味する。したがって、本発明のLSRは、予後不良マーカーとして用いることができる。本発明の予測法を臨床的に用いて、特定の患者にとって最適な治療法を選択することによって治療法を決定することができる。本発明の予測法は、患者が治療計画、例えば、外科的介入など に対して良好な反応をする可能性があれば、予測する際の有益な手段となる。予測には予後因子を含むことができる。
本明細書において「検出薬（剤）」または「検査薬（剤）」とは、広義には、目的の対象を検出または検査することができるあらゆる薬剤をいう。
本明細書において「診断薬（剤）」とは、広義には、目的の状態（例えば、悪性腫瘍等の疾患など）を診断できるあらゆる薬剤をいう。
本明細書において「治療」とは、ある疾患または障害（例えば、悪性腫瘍）について、そのような状態になった場合に、そのような疾患または障害の悪化を防止、好ましくは、現状維持、より好ましくは、軽減、さらに好ましくは消退させることをいい、患者の疾患、もしくは疾患に伴う1つ以上の症状の、症状改善効果あるいは予防効果を発揮しうることを含む。事前に診断を行って適切な治療を行うことは「コンパニオン治療」といい、そのための診断薬を「コンパニオン診断薬」ということがある。
本明細書において「治療薬（剤）」とは、広義には、目的の状態（例えば、悪性腫瘍等の疾患など）を治療できるあらゆる薬剤をいう。本発明の一実施形態において「治療薬」は、有効成分と、薬理学的に許容される1つもしくはそれ以上の担体とを含む医薬組成物であってもよい。医薬組成物は、例えば有効成分と上記担体とを混合し、製剤学の技術分野において知られる任意の方法により製造できる。また治療薬は、治療のために用いられる物であれば使用形態は限定されず、有効成分単独であってもよいし、有効成分と任意の成分との混合物であってもよい。また上記担体の形状は特に限定されず、例えば、固体または液体（例えば、緩衝液）であってもよい。なお悪性腫瘍の治療薬は、悪性腫瘍の予防のために用いられる薬物（予防薬）、または悪性腫瘍細胞の増殖抑制剤を含む。
本明細書において「予防」とは、ある疾患または障害（例えば、悪性腫瘍）について、そのような状態になる前に、そのような状態にならないようにすることをいう。本発明の薬剤を用いて、診断を行い、必要に応じて本発明の薬剤を用いて例えば、悪性腫瘍等の予防をするか、あるいは予防のための対策を講じることができる。
本明細書において「予防薬（剤）」とは、広義には、目的の状態（例えば、悪性腫瘍等の疾患など）を予防できるあらゆる薬剤をいう。
本明細書において「相互作用」とは、2つの物質についていうとき、一方の物質と他方の物質との間で力（例えば、分子間力（ファンデルワールス力）、水素結合、疎水性相互作用など）を及ぼしあうこという。通常、相互作用をした2つの物質は、会合または結合している状態にある。本発明の検出、検査および診断は、このような相互作用を利用して実現することができる。
本明細書中で使用される用語「結合」は、2つの物質の間、あるいはそれらの組み合わせの間での、物理的相互作用または化学的相互作用を意味する。結合には、イオン結合、非イオン結合、水素結合、ファンデルワールス結合、疎水性相互作用などが含まれる。物理的相互作用（結合）は、直接的または間接的であり得、間接的なものは、別のタンパク質または化合物の効果を介するかまたは起因する。直接的な結合とは、別のタンパク質または化合物の効果を介してもまたはそれらに起因しても起こらず、他の実質的な化学中間体を伴わない、相互作用をいう。
従って、本明細書においてポリヌクレオチドまたはポリペプチドなどの生物学的因子に対して「特異的に」相互作用する（または結合する）「因子」（または、薬剤、検出剤等）とは、そのポリヌクレオチドまたはそのポリペプチドなどの生物学的因子に対する親和性が、他の無関連の（特に、同一性が30％未満の）ポリヌクレオチドまたはポリペプチドに対する親和性よりも、代表的には同等またはより高いか、好ましくは有意に（例えば、統計学的に有意に）高いものを包含する。そのような親和性は、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、結合アッセイなどによって測定することができる。
本明細書において第一の物質または因子が第二の物質または因子に「特異的に」相互作用する（または結合する）とは、第一の物質または因子が、第二の物質または因子に対して、第二の物質または因子以外の物質または因子（特に、第二の物質または因子を含む試料中に存在する他の物質または因子）に対するよりも高い親和性で相互作用する（または結合する）ことをいう。物質または因子について特異的な相互作用（または結合）としては、例えば、核酸におけるハイブリダイゼーション、タンパク質における抗原抗体反応、酵素−基質反応など、核酸およびタンパク質の反応、タンパク質−脂質相互作用、核酸−脂質相互作用などが挙げられるがそれらに限定されない。従って、物質または因子がともに核酸である場合、第一の物質または因子が第二の物質または因子に「特異的に相互作用する」ことには、第一の物質または因子が、第二の物質または因子に対して少なくとも一部に相補性を有することが包含される。また例えば、物質または因子がともにタンパク質である場合、第一の物質または因子が第二の物質または因子に「特異的に」相互作用する（または結合する）こととしては、例えば、抗原抗体反応による相互作用、レセプター−リガンド反応による相互作用、酵素−基質相互作用などが挙げられるがそれらに限定されない。2種類の物質または因子がタンパク質および核酸を含む場合、第一の物質または因子が第二の物質または因子に「特異的に」相互作用する（または結合する）ことには、抗体と、その抗原との間の相互作用（または結合）が包含される。このような特異的な相互作用または結合の反応を利用することにより、試料中の対象物の検出または定量お行うことができる。
本明細書においてポリヌクレオチドまたはポリペプチド発現の「検出」または「定量」は、例えば、検出剤、検査剤または診断剤への結合または相互作用を含む、mRNAの測定および免疫学的測定方法を含む適切な方法を用いて達成され得る。分子生物学的測定方法としては、例えば、ノーザンブロット法、ドットブロット法またはPCR法などが例示される。免疫学的測定方法としては、例えば、方法としては、マイクロタイタープレートを用いるELISA法、RIA法、蛍光抗体法、発光イムノアッセイ（LIA）、免疫沈降法（IP）、免疫拡散法（SRID）、免疫比濁法（TIA）、ウェスタンブロット法、免疫組織染色法などが例示される。また、定量方法としては、ELISA法またはRIA法などが例示される。アレイ（例えば、DNAアレイ、プロテインアレイ）を用いた遺伝子解析方法によっても行われ得る。DNAアレイについては、（秀潤社編、細胞工学別冊「DNAマイクロアレイと最新PCR法」）に広く概説されている。プロテインアレイについては、NatGenet．2002 Dec;32 Suppl:526−532に詳述されている。遺伝子発現の分析法としては、上述に加えて、RT−PCR、RACE法、SSCP法、免疫沈降法、two−hybridシステム、invitro翻訳などが挙げられるがそれらに限定されない。そのようなさらなる分析方法は、例えば、ゲノム解析実験法・中村祐輔ラボ・マニュアル、編集・中村祐輔羊土社（2002）などに記載されており、本明細書においてそれらの記載はすべて参考として援用される。
本明細書において「発現量」とは、目的の細胞、組織などにおいて、ポリペプチドまたはmRNA等が発現される量をいう。そのような発現量としては、本発明の抗体を用いてELISA法、RIA法、蛍光抗体法、ウェスタンブロット法、免疫組織染色法などの免疫学的測定方法を含む任意の適切な方法により評価される本発明ポリペプチドのタンパク質レベルでの発現量、またはノーザンブロット法、ドットブロット法、PCR法などの分子生物学的測定方法を含む任意の適切な方法により評価される本発明において使用されるポリペプチドのmRNAレベルでの発現量が挙げられる。「発現量の変化」とは、上記免疫学的測定方法または分子生物学的測定方法を含む任意の適切な方法により評価される本発明において使用されるポリペプチドのタンパク質レベルまたはmRNAレベルでの発現量が増加あるいは減少することを意味する。あるマーカーの発現量を測定することによって、マーカーに基づく種々の検出または診断を行うことができる。
本明細書において、活性、発現産物（例えば、タンパク質、転写物（RNAなど））の「減少」または「抑制」あるいはその類義語は、特定の活性、転写物またはタンパク質の量、質または効果における減少、または減少させる活性をいう。減少のうち「消失」した場合は、活性、発現産物等が検出限界未満になることをいい、特に「消失」ということがある。本明細書では、「消失」は「減少」または「抑制」に包含される。
本明細書において、活性、発現産物（例えば、タンパク質、転写物（RNAなど））の「増加」または「活性化」あるいはその類義語は、特定の活性、転写物またはタンパク質の量、質または効果における増加または増加させる活性をいう。
本明細書において「（核酸）プライマー」とは、高分子合成酵素反応において、合成される高分子化合物の反応の開始に必要な物質をいう。核酸分子の合成反応では、合成されるべき高分子化合物の一部の配列に相補的な核酸分子（例えば、DNAまたはRNAなど）が用いられ得る。本明細書においてプライマーはマーカー検出手段として使用され得る。
本明細書において「プローブ」とは、インビトロおよび／またはインビボなどのスクリーニングなどの生物学的実験において用いられる、検索の手段となる物質をいい、例えば、特定の塩基配列を含む核酸分子または特定のアミノ酸配列を含むペプチド、特異的抗体またはそのフラグメントなどが挙げられるがそれに限定されない。本明細書においてプローブは、マーカー検出、検査または診断の手段として用いられる。
本明細書において「標識」とは、目的となる分子または物質を他から識別するための存在（例えば、物質、エネルギー、電磁波など）をいう。そのような標識方法としては、RI（ラジオアイソトープ）法、蛍光法、ビオチン法、化学発光法等を挙げることができる。本発明のマーカーまたはそれを捕捉する因子または手段を複数、蛍光法によって標識する場合には、蛍光発光極大波長が互いに異なる蛍光物質によって標識を行う。蛍光発光極大波長の差は、10nm以上であることが好ましい。リガンドを標識する場合、機能に影響を与えないものならば何れも用いることができるが、蛍光物質としては、AlexaTM Fluorが望ましい。AlexaTMFluorは、クマリン、ローダミン、フルオレセイン、シアニンなどを修飾して得られた水溶性の蛍光色素であり、広範囲の蛍光波長に対応したシリーズであり、他の該当波長の蛍光色素に比べ、非常に安定で、明るく、またpH感受性が低い。蛍光極大波長が10nm以上ある蛍光色素の組み合わせとしては、AlexaTM555とAlexaTM633の組み合わせ、AlexaTM488とAlexaTM555の組み合わせ等を挙げることができる。核酸を標識する場合は、その塩基部分と結合できるものであれば何れも用いることができるが、シアニン色素（例えば、CyDyeTMシリーズのCy3、Cy5等）、ローダミン6G試薬、2−アセチルアミノフルオレン（AAF）、AAIF（AAFのヨウ素誘導体）等を使用することが好ましい。蛍光発光極大波長の差が10nm以上である蛍光物質としては、例えば、Cy5とローダミン6G試薬との組み合わせ、Cy3とフルオレセインとの組み合わせ、ローダミン6G試薬とフルオレセインとの組み合わせ等を挙げることができる。本発明では、このような標識を利用して、使用される検出手段に検出され得るように目的とする対象を改変することができる。そのような改変は、当該分野において公知であり、当業者は標識におよび目的とする対象に応じて適宜そのような方法を実施することができる。
本明細書において使用される場合、「タグ」とは、受容体−リガンドのような特異的認識機構により分子を選別するための物質、より具体的には、特定の物質を結合するための結合パートナーの役割を果たす物質（例えば、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジンのような関係を有する）をいい、「標識」の範疇に含まれうる。よって、例えば、タグが結合した特定の物質は、タグ配列の結合パートナーを結合させた基材を接触させることで、この特定の物質を選別することができる。このようなタグまたは標識は、当該分野で周知である。代表的なタグ配列としては、mycタグ、Hisタグ、HA、Aviタグなど
が挙げられるが、これらに限定されない。本発明のマーカーまたはマーカーの検出剤、検査剤、診断剤（プライマーまたはプローブ等であり得る）にはこのようなタグを結合させてもよい。
本明細書において「インビボ」（in vivo）とは、生体の内部をいう。特定の文脈において、「生体内」は、目的とする物質が配置されるべき位置をいう。
本明細書において「インビトロ」（in vitro）とは、種々の研究目的のために生体の一部分が「生体外に」（例えば、試験管内に）摘出または遊離されている状態をいう。インビボと対照をなす用語である。
本明細書において「エキソビボ」（ex vivo）とは、ある処置について、体外で行われるがその後体内に戻されることが意図される場合、一連の動作をエキソビボという。本発明においても、生体内にある細胞を本発明の薬剤で処置して再度患者に戻すような実施形態を想定することができる。
本明細書において「キット」とは、通常2つ以上の区画に分けて、提供されるべき部分（例えば、検査薬、診断薬、治療薬、抗体、標識、説明書など）が提供されるユニットをいう。安定性等のため、混合されて提供されるべきでなく、使用直前に混合して使用することが好ましいような組成物の提供を目的とするときに、このキットの形態は好ましい。そのようなキットは、好ましくは、提供される部分（例えば、検査薬、診断薬、治療薬をどのように使用するか、あるいは、試薬をどのように処理すべきかを記載する指示書または説明書を備えていることが有利である。本明細書においてキットが試薬キットとして使用される場合、キットには、通常、検査薬、診断薬、治療薬、抗体等の使い方などを記載した指示書などが含まれる。
本明細書において「指示書」は、本発明を使用する方法を医師または他の使用者に対する説明を記載したものである。この指示書は、本発明の検出方法、診断薬の使い方、または医薬などを投与することを指示する文言が記載されている。また、指示書には、投与部位として、経口、食道への投与（例えば、注射などによる）することを指示する文言が記載されていてもよい。この指示書は、本発明が実施される国の監督官庁（例えば、日本であれば厚生労働省、米国であれば食品医薬品局（FDA）など）が規定した様式に従って作
成され、その監督官庁により承認を受けた旨が明記される。指示書は、いわゆる添付文書（package insert）であり、通常は紙媒体で提供されるが、それに限定されず、例えば、電子媒体（例えば、インターネットで提供されるホームページ、電子メール）のような形態でも提供され得る。
（好ましい実施形態）
以下に本発明の好ましい実施形態を説明する。以下に提供される実施形態は、本発明のよりよい理解のために提供されるものであり、本発明の範囲は以下の記載に限定されるべきでないことが理解される。従って、当業者は、本明細書中の記載を参酌して、本発明の範囲内で適宜改変を行うことができることは明らかである。また、本発明の以下の実施形態は単独でも使用されあるいはそれらを組み合わせて使用することができることが理解される。
（悪性腫瘍の治療および予防）
1つの局面において、本発明は、新規の悪性腫瘍の治療または予防薬を提供する。この治療または予防薬は、LSRの抑制剤、例えば、抗LSR抗体を含む、悪性腫瘍の治療または予防薬である。この治療または予防薬を用いれば、LSR陽性悪性腫瘍を治療または予防することができる。またこの治療または予防薬は、抗体を使用するため、安全性の観点から優れている。
なお、悪性腫瘍患者またはその予備群の中にはLSR陽性とLSR非陽性の患者または予備群が存在している。そのため、本発明の治療薬は、悪性腫瘍患者の中で、悪性腫瘍がLSR陽性悪性腫瘍と判断された患者に対して投与することが好ましい。このように、事前にLSR陽性の有無を診断することによって、より最適な投薬を行うことが可能となる。
１つの特定の実施形態では、本発明の組成物または医薬（治療薬または予防薬等）はLSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断された患者に対して投与することで実施されることを想定して製剤化される。
1つの実施形態では、本発明で使用されるLSRの抑制剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物、あるいは核酸である。
特定の実施形態では、本発明で使用されるLSRの抑制剤は、VLDLによる亢進阻害能をも有することが好ましい。より特定された実施形態では、本発明は、LSR抗体は、VLDLによる亢進阻害能をも有する抗体である。理論に束縛されることを望まないが、LSRはVLDLを取り込み脂質代謝を亢進させてがん増殖に作用する。すなわち、LSRを発現するがん細胞は、LSRの機能を抑制することで、がん細胞の増殖を抑制することが強化されるものと考えられる。本発明の抗体は、LSRのVLDLのがん細胞内への取り込みを抑制することで、がん細胞の増殖の抑制を強化することができる。したがって、本発明が対象とするがんまたはがん細胞は、VLDLに関連するがんまたは細胞（例えば、実施例で示される癌または癌細胞に関連する癌、卵巣癌等）であってもよい。 特定の実施形態では、本発明で使用されるＬＳＲの抑制剤は、核酸であり、該核酸は、アンチセンス核酸、ｓｉＲＮＡ等である、具体的には前記ｓｉＲＮＡは、配列番号９〜１４等を含みうる。
別の実施形態では、前記ＬＳＲの抑制剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物である。本発明の抗体は、本明細書において別の箇所に記載された具体的な配列であり得る。抗体は、全長配列のＣＤＲを含む任意の配列を含む抗体またはその抗原結合フラグメント、あるいは、以下の配列の可変領域を含む抗体またはその抗原結合フラグメントであって、そのフレームワーク領域において、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、１５個、１７個、もしくは、２０個、またはそれ以上の置換、不可、もしくは、欠失を含む抗体またはその抗原結合フラグメントであってもよい。抗体の製造等については、本明細書の他の箇所に記載された実施形態および／または当該分野で公知の手法を用いることができる。なお、本発明の治療または予防の目的では、このような抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物は、好ましくは、ＬＳＲまたはその情報伝達経路の下流の抑制活性を有することが好ましい。そのような活性は、ＬＳＲの発現量またはその活性をみるか、あるいは卵巣明細脂肪癌細胞等の悪性腫瘍細胞株を直接使用して細胞の増殖阻害、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）での細胞傷害活性、またはモデル動物に移植して腫瘍の退縮を観察する等をみることで確認してもよい。これらの手法は、当該分野において周知であり、本明細書において使用される手法を用いてもよい。
別の局面において、本発明は、有効量のＬＳＲの抑制剤を必要とする被験者に投与することを含む、該被験者の悪性腫瘍を予防または治療するための方法を提供する。本発明の予防または治療方法において使用されるＬＳＲの抑制剤としては、本明細書において他の箇所に記載される任意の形態を利用することができることが理解される。
別の局面において、本発明はまた、ＬＳＲの結合剤を含む、悪性腫瘍を予防または治療するための組成物または医薬（治療薬または予防薬）を提供する。好ましい実施形態では、この組成物または医薬（治療薬または予防薬等）は、さらに細胞殺傷性薬剤を含む。したがって、このような組成物または医薬（治療薬または予防薬等）は複合分子を含みうるといえる。
特定の実施形態では、前記ＬＳＲの結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物、あるいは核酸である。好ましい実施形態では、前記ＬＳＲの結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物であり、細胞殺傷性薬剤がさらに結合されたものである。
本明細書において、「細胞殺傷性薬剤」は、細胞膜を溶解する可能性のある薬剤である。細胞殺傷性薬剤は、ペプチドの場合は細胞傷害性ペプチドと呼ばれ、細胞傷害性ペプチドは当該分野において種々の呼称があり、例えば、「溶解性ペプチド成分」、「細胞殺傷性配列」は、「細胞溶解性ペプチド（配列）」または「細胞膜溶解性ペプチド（配列）」などとも称されるが、これらは本発明の目的では同義で用いられる。このような細胞傷害性薬剤の代表例としては、Gail D. et al., Cancer Res 2008;68:9280-9290.; Ian Krop andEric P. Winer, Clin Cancer Res; 20(1); 1-6.およびK Naito et al., Leukemia(2000) 14, 1436-144に列挙されたものを挙げることができ、メイタンシノイド（Maytansinoid）、エムタンシン（emtansine）、CMA-676に含まれるN-アセチルーγ−カリケアミシンジメチルヒドラジド（NAc-γカリケアミシン、DMH）などを挙げることができるがこれらに限定されない。ペプチドとしては、代表的な細胞殺傷性ペプチドとしては、細胞膜溶解性ペプチド、細胞膜電位不安定化ペプチド、細胞膜溶解・核酸結合ペプチドおよびミトコンドリア膜崩壊ペプチドを挙げることができるがこれらに限定されない。
必要に応じて、このような細胞殺傷性薬剤は抗体等の本発明の結合剤に対してスペーサーで結合されていてもよい。本明細書において「スペーサー」とは、橋をかけるように，鎖式高分子の分子間で化学結合を形成させる部分をいい、リンカーとも称される。ペプチドのスペーサーとしては例えば、代表的には、Ｇ、Ｐからなる０〜５アミノ酸の配列が挙げられるがこれに限定されない。スペーサーは必須ではなく、存在しなくてもよい。
本発明の結合剤と、細胞殺傷性薬剤との組み合わせは複合分子ともいえる。このような分子を例示的に説明すると、爆薬部分に当たる、細胞傷害性部分と、弾頭部分にあたるがん細胞に対する特異性を担当する部分（たとえば、がん細胞に高発現している受容体に対して特異的に結合するペプチド・配列、代表的には抗体）とを組み合わせてできる分子と説明することができる。スペーサーを使用する場合、がん細胞特異的結合剤＋スペーサー＋細胞殺傷性薬剤から構成されることになる。本明細書では、任意のがん細胞特異的結合剤、任意のスペーサー、任意の細胞殺傷性薬剤を任意に組み合わせることができ、その製造法および使用法の例を記載する。このような分子は、化学合成法が通常であるが、ペプチドで構成される場合は遺伝子組換えにより強制発現させ精製する方法、あるいはこれと組み合わせた方法も可能である。
本発明の使用について、治療しようとするがん細胞について、細胞表面のＬＳＲの発現および細胞殺傷性薬剤に対するがん細胞の傷害感受性を調べる。その結果をもとに弾頭と爆薬を選択し、そのがん細胞に最適な分子をデザインする。化学合成等により得られたオーダーメイドペプチドトキシンを必要に応じてアテロコラーゲン等のDDSと組み合わせ、局所投与または全身投与を行い治療することができる。
1つの実施形態では、ＬＳＲの結合剤は、抗体またはそのフラグメントもしくは機能的等価物であり、該抗体は本明細書において別の箇所に具体的に列挙した配列でありうる。
治療薬の投与経路は、治療に際して効果的なものを使用するのが好ましく、例えば、静脈内、皮下、筋肉内、腹腔内、または経口投与等であってもよい。投与形態としては、例えば、注射剤、カプセル剤、錠剤、顆粒剤等であってもよい。抗体またはポリヌクレオチドを投与する場合には、注射剤として用いることが効果的である。注射用の水溶液は、例えば、バイアル、またはステンレス容器で保存してもよい。また注射用の水溶液は、例えば生理食塩水、糖(例えばトレハロース)、NaCl、またはNaOH等を配合してもよい。また治療薬は、例えば、緩衝剤(例えばリン酸塩緩衝液)、安定剤等を配合してもよい。
一般的に、本発明の組成物、医薬、治療剤、予防剤等は、治療有効量の治療剤または有効成分、および薬学的に許容しうるキャリアもしくは賦形剤を含む。本明細書において「薬学的に許容しうる」は、動物、そしてより詳細にはヒトにおける使用のため、政府の監督官庁に認可されたか、あるいは薬局方または他の一般的に認められる薬局方に列挙されていることを意味する。本明細書において使用される「キャリア」は、治療剤を一緒に投与する、希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはビヒクルを指す。このようなキャリアは、無菌液体、例えば水および油であることも可能であり、石油、動物、植物または合成起源のものが含まれ、限定されるわけではないが、ピーナツ油、ダイズ油、ミネラルオイル、ゴマ油等が含まれる。医薬を経口投与する場合は、水が好ましいキャリアである。医薬組成物を静脈内投与する場合は、生理食塩水および水性デキストロースが好ましいキャリアである。好ましくは、生理食塩水溶液、並びに水性デキストロースおよびグリセロール溶液が、注射可能溶液の液体キャリアとして使用される。適切な賦形剤には、軽質無水ケイ酸、結晶セルロース、マンニトール、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、モルト、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノール、カルメロースカルシウム、カルメロースナトリウム、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルアセタールジエチルアミノアセテート、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、中鎖脂肪酸トリグリセライド、ポリオキシエチレン硬化ヒマシ油60、白糖、カルボキシメチルセルロース、コーンスターチ、無機塩等が含まれる。組成物は、望ましい場合、少量の湿潤剤または乳化剤、あるいはpH緩衝剤もまた含有することも可能である。これらの組成物は、溶液、懸濁物、エマルジョン、錠剤、ピル、カプセル、粉末、持続放出配合物等の形を取ることも可能である。伝統的な結合剤およびキャリア、例えばトリグリセリドを用いて、組成物を座薬として配合することも可能である。経口配合物は、医薬等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリン・ナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどの標準的キャリアを含むことも可能である。適切なキャリアの例は、E．W．Martin, Remington’s Pharmaceutical Sciences (Mark Publishing Company, Easton, U.S.A）に記載される。このような組成物は、患者に適切に投与する形を提供するように、適切な量のキャリアと一緒に、治療有効量の療法剤、好ましくは精製型のものを含有する。配合物は、投与様式に適していなければならない。これらのほか、例えば、界面活性剤、賦形剤、着色料、着香料、保存料、安定剤、緩衝剤、懸濁剤、等張化剤、結合剤、崩壊剤、滑沢剤、流動性促進剤、矯味剤等を含んでいてもよい。
本発明を医薬として投与する場合、種々の送達（デリバリー）系が知られ、そしてこのような系を用いて、本発明の治療剤を適切な部位（例えば、食道）に投与することも可能であり、このような系には、例えばリポソーム、微小粒子、および微小カプセル中の被包：治療剤（例えば、ポリペプチド）を発現可能な組換え細胞の使用、受容体が仲介するエンドサイトーシスの使用；レトロウイルスベクターまたは他のベクターの一部としての療法核酸の構築などがある。導入法には、限定されるわけではないが、皮内、筋内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻内、硬膜外、および経口経路が含まれる。好適な経路いずれによって、例えば注入によって、ボーラス（bolus）注射によって、上皮または皮膚粘膜裏打ち（例えば口腔、直腸および腸粘膜など）を通じた吸収によって、医薬を投与することも可能であるし、必要に応じてエアロゾル化剤を用いて吸入器または噴霧器を使用しうるし、そして他の生物学的活性剤と一緒に投与することも可能である。投与は全身性または局所であることも可能である。本発明が卵巣領域で使用される場合、さらに、卵巣等の患部に直接注入する等、適切な経路いずれかによって投与されうる。
治療剤が核酸である特定の態様において、適切な核酸発現ベクターの一部として該核酸を構築し、そして細胞内に存在するように投与することによって、核酸をin vivo投与して、コードされるタンパク質の発現を促進することも可能であり、これは、例えばレトロウイルスベクターの使用によって、または直接注射によって、または微小粒子銃の使用によって、または核酸を脂質、細胞表面受容体もしくはトランスフェクション剤でコーティングすることによって、または核に進入することが知られるタグ配列に連結した核酸を投与することによって、実行可能である。あるいは、核酸治療剤を細胞内に導入し、そして発現のため、宿主細胞DNA内に相同組換えによって取り込ませることも可能である。
好ましい実施形態において、公知の方法に従って、ヒトへの投与に適応させた医薬組成物として、組成物を配合することができる。このような組成物は注射により投与することができる。代表的には、注射投与のための組成物は、無菌等張水性緩衝剤中の溶液である。必要な場合、組成物はまた、可溶化剤および注射部位での疼痛を和らげるリドカインなどの局所麻酔剤も含むことも可能である。一般的に、成分を別個に供給するか、または単位投薬型中で一緒に混合して供給し、例えば活性剤の量を示すアンプルまたはサシェなどの密封容器中、凍結乾燥粉末または水不含濃縮物として供給することができる。組成物を注入によって投与しようとする場合、無菌薬剤等級の水または生理食塩水を含有する注入ビンを用いて、分配することも可能である。組成物を注射によって投与しようとする場合、投与前に、成分を混合可能であるように、注射用の無菌水または生理食塩水のアンプルを提供することも可能である。
本発明の組成物、医薬、治療剤、予防剤を中性型または塩型あるいは他のプロドラッグ（例えば、エステル等）で配合することも可能である。薬学的に許容しうる塩には、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸などに由来する遊離型のカルボキシル基とともに形成されるもの、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、2−エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどに由来するものなどの遊離型のアミン基とともに形成されるもの、並びにナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、および水酸化第二鉄などに由来するものが含まれる。
特定の障害または状態の治療に有効な本発明の治療剤の量は、障害または状態の性質によって変動しうるが、当業者は本明細書の記載に基づき標準的臨床技術によって決定可能である。さらに、場合によって、in vitroアッセイを使用して、最適投薬量範囲を同定するのを補助することも可能である。配合物に使用しようとする正確な用量はまた、投与経路、および疾患または障害の重大性によっても変動しうるため、担当医の判断および各患者の状況に従って、決定すべきである。しかし、投与量は特に限定されないが、例えば、1回あたり0.001、1、5、10、15、100、または1000mg/kg体重であってもよく、それらいずれか2つの値の範囲内であってもよい。投与間隔は特に限定されないが、例えば、1、7、14、21、または28日あたりに1または2回投与してもよく、それらいずれか2つの値の範囲あたりに1または2回投与してもよい。投与量、投与間隔、投与方法は、患者の年齢や体重、症状、対象臓器等により、適宜選択してもよい。また治療薬は、治療有効量、または所望の作用を発揮する有効量の有効成分を含むことが好ましい。悪性腫瘍マーカーが、投与後に有意に減少した場合に、治療効果があったと判断してもよい。
本発明の一実施形態において「患者」は、ヒト、またはヒトを除く哺乳動物（例えば、マウス、モルモット、ハムスター、ラット、ネズミ、ウサギ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ウマ、ネコ、イヌ、マーモセット、サル、またはチンパンジー等の1種以上）を含む。また患者は、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断または診断された患者であってもよい。このとき、判断または診断は、LSRのタンパク質レベルを検出することにより行われることが好ましい。
本発明の医薬組成物または治療剤もしくは予防剤はキットとして提供することができる。
特定の実施形態では、本発明は、本発明の組成物または医薬の1以上の成分が充填された、1以上の容器を含む、薬剤パックまたはキットを提供する。場合によって、このような容器に付随して、医薬または生物学的製品の製造、使用または販売を規制する政府機関によって規定された形で、政府機関による、ヒト投与のための製造、使用または販売の認可を示す情報を示すことも可能である。
本発明のキットはまた、本発明の組成物、治療剤、予防剤または医薬として使用するタンパク質をコードする発現ベクターも含有することも可能であり、このタンパク質は、発現された後、生物学的に活性な複合体を形成するため、再構成されることも可能である。このようなキットは、好ましくはまた、必要な緩衝剤および試薬も含有する。場合によって、このような容器に付随して、キット使用のための指示書（添付文書）、並びに／あるいは医薬または生物学的製品の製造、使用または販売を規制する政府機関によって規定された形で、政府機関による、ヒト投与のための製造、使用または販売の認可を示す情報を示すことも可能である。
特定の実施形態において、本発明の核酸を含む医薬組成物を、リポソーム、微小粒子、または微小カプセルを介して投与することができる。本発明の多様な態様において、このような組成物を用いて、核酸の持続放出を達成することが有用である可能性もある。
本発明の一実施形態は、(a)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号1の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(b)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号2の31〜35位、50〜66位、99〜103位、152〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(c)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号3の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(d)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号4の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、(e)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号5の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、および(f)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号6の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、からなる群から選ばれる1種以上の抗体、あるいは該抗体の変異体であって、該変異体において該抗体のフレームワークに１または数個の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まない、変異体である、抗LSR抗体でありうる。この抗LSR抗体を用いれば、LSR陽性悪性腫瘍細胞の増殖を特に効果的に抑制することができる。また、効率的にLSR陽性悪性腫瘍の診断をすることができる。また本発明の別の実施形態は、上に列挙した重鎖CDR1、2、および3のアミノ酸配列のセットのうち、少なくとも1つのセットを含む抗LSR抗体である。これらの抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー、sc（Fv）2（single chain（Fv）2）、およびscFv−Fcから選択される抗体であってもよい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、重鎖CDR1、2、および3、ならびに軽鎖CDR１、２および３のアミノ酸配列のセットを含み、さらに、重鎖FR1、2、3、4、軽鎖FR1、2、3、および4のうち少なくとも１つ、好ましくは２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、あるいはすべてのフレームワークが配列番号１〜６のいずれかのものと同一または実質的に同一あるいは保存的置換を除き同一であるものであり得る。1種以上の抗体であってもよい。また本発明の別の実施形態は、上に列挙した重鎖FR1、2、3、および4のアミノ酸配列のセットのうち、少なくとも1つのセットを含む抗LSR抗体である。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体は、scFvの形態であってもよく、その場合、重鎖と軽鎖間のリンカーが、配列番号1の116〜132位、配列番号2の116〜132位、配列番号3の116〜132位、配列番号4の116〜132位、配列番号5の116〜132位、または配列番号6の116〜132位で示されるアミノ酸配列を有していてもよい。
なお、後述する実施例2に記載の#9-7、#16-6、No.26-2、No.27-6、No.1-25、No.1-43のVHは、それぞれ配列番号1の1〜115位、配列番号2の1〜115位、配列番号3の1〜115位、配列番号4の1〜115位、配列番号5の1〜115位、配列番号6の1〜115位である。また、後述する実施例2に記載の#9-7、#16-6、No.26-2、No.27-6、No.1-25、およびNo.1-43のVLは、それぞれ配列番号1の133〜238位、配列番号2の133〜239位、配列番号3の133〜238位、配列番号4の133〜238位、配列番号5の133〜238位、配列番号6の133〜238位である。
上に列挙したアミノ酸配列は、抗LSR抗体が所望の効果を有する限り、(i)上記のアミノ酸配列において、1または数個の塩基配列が欠失、置換、挿入、もしくは付加しているアミノ酸配列、(ii)上記のアミノ酸配列に対して、90％以上の相同性を有するアミノ酸配列、および(iii)上記のアミノ酸配列をコードする塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドがコードするアミノ酸配列、からなる群から選ばれる1つ以上のアミノ酸配列であってもよい。
本発明の一実施形態に係る抗LSR抗体をコードするポリヌクレオチドまたはベクターを細胞に導入することによって、形質転換体を作成できる。この形質転換体を用いれば、本発明の実施形態に係る抗LSR抗体を作製できる。形質転換体は、ヒトまたはヒトを除く哺乳動物（例えば、ラット、マウス、モルモット、ウサギ、ウシ、サル等）の細胞であってもよい。哺乳動物細胞としては、例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO細胞)、サル細胞COS-7などが挙げられる。または、形質転換体はEscherichia属菌、酵母等であってもよい。
上記のベクターとしては、例えば大腸菌由来のプラスミド（例えばpET-Blue）、枯草菌由来のプラスミド（例えばpUB110）、酵母由来プラスミド（例えばpSH19）、動物細胞発現プラスミド（例えばpA1-11、pcDNA3.1-V5/His-TOPO）、λファージなどのバクテリオファージ、ウイルス由来のベクターなどを用いることができる。これらのベクターは、プロモーター、複製開始点、または抗生物質耐性遺伝子など、タンパク質発現に必要な構成要素を含んでいてもよい。ベクターは発現ベクターであってもよい。
上記のポリヌクレオチドまたはベクターの細胞への導入方法としては、例えば、リン酸カルシウム法、リポフェクション法、エレクトロポレーション法、アデノウイルスによる方法、レトロウイルスによる方法、またはマイクロインジェクションなどを使用できる（改訂第4版新 遺伝子工学ハンドブック, 羊土社(2003):152-179.）。抗体の細胞を用いた生産方法としては、例えば、"タンパク質実験ハンドブック,羊土社(2003):128-142."に記載の方法を使用できる。抗体の精製においては、例えば、硫酸アンモニウム、エタノール沈殿、プロテインA、プロテインG、ゲルろ過クロマトグラフィー、陰イオン、陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、またはレクチンクロマトグラフィーなどを用いることができる（タンパク質実験ハンドブック,羊土社(2003):27-52.）。
本発明を実施するために、本発明の核酸形態の抑制剤としてはアンチセンス活性を指標に核酸を選択することができる。ここで、「アンチセンス活性」とは、標的となる遺伝子の発現を特異的に抑制または減少させることができる活性をいう。より具体的には細胞内に導入したあるヌクレオチド配列に依存して、その配列と相補的なヌクレオチド配列領域をもつ遺伝子のｍＲＮＡ量を特異的に低下させることで、タンパク発現量を減少させ得る活性をいう。手法としては、標的となる遺伝子からつくられるｍＲＮＡに相補的なＲＮＡ分子を直接的に細胞に導入する方法と、細胞内に目的遺伝子と相補的なＲＮＡを発現させ得る構築ベクターを導入する方法に大別される。
アンチセンス活性は、通常、目的とする遺伝子の核酸配列と相補的な、少なくとも８の連続するヌクレオチド長の核酸配列によって達成される。そのような核酸配列は、好ましくは、少なくとも９の連続するヌクレオチド長の、より好ましく１０の連続するヌクレオチド長の、さらに好ましくは１１の連続するヌクレオチド長の、１２の連続するヌクレオチド長の、１３の連続するヌクレオチド長の、１４の連続するヌクレオチド長の、１５の連続するヌクレオチド長の、１６の連続するヌクレオチド長の、１７の連続するヌクレオチド長の、１８の連続するヌクレオチド長の、１９の連続するヌクレオチド長の、２０の連続するヌクレオチド長の、２１の連続するヌクレオチド長の、２２の連続するヌクレオチド長の、２３の連続するヌクレオチド長の、２４の連続するヌクレオチド長の、２５の連続するヌクレオチド長の、３０の連続するヌクレオチド長の、４０の連続するヌクレオチド長の、５０の連続するヌクレオチド長の、核酸配列であり得る。そのような核酸配列には、上述の配列に対して、少なくとも７０％相同な、より好ましくは、少なくとも８０％相同な、さらに好ましくは、９０％相同な、９５％相同な核酸配列が含まれる。そのようなアンチセンス活性は、目的とする遺伝子の核酸配列の５’末端の配列に対して相補的であることが好ましい。そのようなアンチセンスの核酸配列には、上述の配列に対して、１つまたは数個あるいは１つ以上のヌクレオチドの置換、付加および／または欠失を有するものもまた含まれる。したがって、本明細書において、アンチセンス活性には、遺伝子の発現量の減少が含まれるがそれらに限定されない。
一般的なアンチセンス技術については、教科書に記載されている（Murray，JAH eds．，Antisense RNA and DNA，Wiley-Liss Inc，1992）。さらに最新の研究でＲＮＡ干渉（RNAinterference; RNAi）と呼ばれる現象が明らかになり、アンチセンス技術の発展をもたらした。
本明細書において「ＲＮＡ干渉」または「ＲＮＡｉ」とは、ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅの略称で、当該分野で一般に知られており、ＲＮＡｉを引き起こす因子によって媒介される、細胞における遺伝子発現を阻害または下方制御する生物学的プロセスである。例えば、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡともいう）のようなＲＮＡｉを引き起こす因子を細胞に導入することにより、相同なｍＲＮＡが特異的に分解され、遺伝子産物の合成が抑制される現象およびそれに用いられる技術をいう。本明細書において「ＲＮＡｉ」はまた、場合によっては、「ＲＮＡｉを引き起こす因子」、「ＲＮＡｉを起こす因子」、「ＲＮＡｉ因子」などと同義に用いられ得る。ＲＮＡｉについては、例えば、Zamore and Haley，2005，Science，309，1519-1524; Vaughn and Martienssen，2005，Science309,1525-1526; Zamore et al．，2000，Cell，101，25-33; Bass，2001，Nature，411，428-429;Elbashir et al．，2001，Nature，411,494-498;及びKreutzer他、国際公開第00／44895号；Zernicka-Goetz他、国際公開第01／36646号；Fire、国際公開第99／32619号；Plaetinck他、国際公開第00／01846号；MelloおよびFire、国際公開第01／29058号；Deschamps−Depaillette、国際公開第99／07409号及びLi他、国際公開第00／44914号；Allshire，2002，Science，297，1818−1819;Volpe et al．，2002，Science，297，1833−1837;Jenuwein，2002，Science，297，2215−2218;及びHall et al．，2002，Science，297，2232−2237;Hutvagner and Zamore，2002，Science，297，2056−60;McManus et al．，2002，RNA，8,842−850;Reinhart et al．，2002，Gene ＆ Dev．，16，1616−1626;及びReinhart ＆ Bartel，2002，Science，297,1831を参照。）。また、本明細書では、ＲＮＡｉという用語は、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、転写阻害、エピジェネティクスなどの配列特異的ＲＮＡ干渉の記述に用いられる他の用語と同義のものを示すものとして理解される。本明細書では、「ＲＮＡｉを起こす因子」は「ＲＮＡｉ」を起こす限りどのようなものであってもよい。
本明細書では「ＲＮＡｉを起こす因子」としては、「低分子干渉核酸」、「ｓｉＮＡ」、「低分子干渉ＲＮＡ」、「ｓｉＲＮＡ」、「低分子干渉核酸分子」、「低分子干渉オリゴヌクレオチド分子」または「化学修飾低分子干渉核酸分子」等が挙げられ、これらの用語は、ＲＮＡ干渉「ＲＮＡｉ」または遺伝子サイレンシングを配列特異的に媒介することによって、遺伝子発現またはウイルス複製を阻害または下方制御することができる任意の核酸分子を指す。これらの用語は、個々の核酸分子、複数のかかる核酸分子、またはかかる核酸分子のプールも表し得る。これらの分子は、自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域を含む二本鎖核酸分子であり得る。
本発明で代表的に用いられる「ｓｉＲＮＡ」は、短い長さ、通常、約２０塩基前後（例えば、代表的には約２１〜２３塩基長）またはそれ未満の長さの二本鎖ＲＮＡである。このようなｓｉＲＮＡは、細胞に発現させることにより遺伝子発現を抑制し、そのｓｉＲＮＡの標的となる病原遺伝子の発現を抑えることから、疾患の治療、予防、予後などに使用することができる。本発明において用いられるｓｉＲＮＡは、ＲＮＡｉを引き起こすことができる限り、どのような形態を採っていてもよい。
本発明において、ｓｉＲＮＡ等のＲＮＡｉを起こす因子では、アンチセンス領域は、標的核酸分子中のヌクレオチド配列またはその一部に相補的であるヌクレオチド配列、および標的核酸配列に対応するヌクレオチド配列またはその一部を有するセンス領域を含む。これらの分子は、一方の鎖がセンス鎖であり、他方がアンチセンス鎖である、２個の別々のオリゴヌクレオチドから組み立てることができる。ここで、アンチセンス鎖とセンス鎖は自己相補的である（すなわち、アンチセンス鎖とセンス鎖が二本鎖または二本鎖構造を形成するなど、各鎖は、他方の鎖中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。ここで、例えば、二本鎖領域は、約１５から約３０、例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０塩基対でありうるが、これらより長くてもよい。アンチセンス鎖は、標的核酸分子中のヌクレオチド配列またはその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス鎖は標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を含む（例えば、その分子の約１５から約２５個またはそれを超えるヌクレオチドは、標的核酸またはその一部に相補的である）。あるいは、これらの分子は、単一のオリゴヌクレオチドから組み立てられ、これらの分子の自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域は、核酸リンカーまたは非核酸リンカーによって連結されている。これらの分子は、自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域を含む、二本鎖、非対称二本鎖、ヘアピンまたは非対称ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであり得る。ここで、アンチセンス領域は、別個の標的核酸分子中のヌクレオチド配列またはその一部に相補的であるヌクレオチド配列、および標的核酸配列に対応するヌクレオチド配列またはその一部を有するセンス領域を含む。これらの分子は、２個以上のループ構造と、自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域を含む軸（ｓｔｅｍ）とを有する、環状一本鎖ポリヌクレオチドであり得る。ここで、アンチセンス領域は、標的核酸分子中のヌクレオチド配列またはその一部に相補的であるヌクレオチド配列、および標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有するセンス領域を含み、環状ポリヌクレオチドは、インビボまたはインビトロでプロセシングを受けて、ＲＮＡｉを媒介し得る活性な分子を生成し得る。これらの因子は、標的核酸分子中のヌクレオチド配列またはその一部に相補的であるヌクレオチド配列を有する一本鎖ポリヌクレオチドも含み得る（例えば、これらの因子は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列がこれらの因子内に存在する必要がない。）。一本鎖ポリヌクレオチドは、５’リン酸（例えば、Martinez et Al．，2002，Cell．，110,563−574及びSchwarz et al．，2002，Molecular Cell，10,537−568参照）、５’，３’−二リン酸などの末端リン酸基を更に含み得る。ある実施形態においては、本発明のLSRの抑制剤は、別々のセンスおよびアンチセンス配列または領域を含む。ここで、センス領域とアンチセンス領域は、当該分野で公知のヌクレオチドまたは非ヌクレオチドリンカー分子によって共有結合しており、またはイオン相互作用、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水的相互作用および／またはスタッキング相互作用によって交互に非共有結合している。ある実施形態においては、本発明のLSRの抑制剤は、標的遺伝子のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。別の実施形態においては、本発明のLSRの抑制剤は、標的遺伝子の発現を阻害するように、標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用する。本明細書では、LSRの抑制剤は、ＲＮＡのみを含む分子に必ずしも限定されず、化学修飾ヌクレオチドおよび非ヌクレオチドも包含する。ある実施形態においては、本発明が低分子干渉核酸分子である場合は、２’ヒドロキシ（２’−ＯＨ）含有ヌクレオチドを欠いていてもよいく。ある実施形態において、本発明はＲＮＡｉを媒介するのに２’ヒドロキシル基を有するヌクレオチドの存在が不要である低分子干渉核酸でありうる。したがって、本発明が低分子干渉核酸分子である場合は、リボヌクレオチド（例えば、２’−ＯＨ基を有するヌクレオチド）を含まなくてもよい。しかし、ＲＮＡｉを維持するのにLSRの抑制剤内のリボヌクレオチドの存在が不要である場合は、２’−ＯＨ基を有する１個以上のヌクレオチドを含む、結合したリンカー、または他の結合若しくは会合した基、部分若しくは鎖を有し得る。場合によっては、本発明のＬＳＲを抑制する因子は、ヌクレオチド位置の約５、１０、２０、３０、４０または５０％においてリボヌクレオチドを含み得る。本明細書ではLSRの抑制剤は、配列特異的ＲＮＡｉを媒介し得る核酸分子、例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、低分子干渉オリゴヌクレオチド、低分子干渉核酸、低分子干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）であってもよい。
本明細書においてＲＮＡｉを引き起こす因子としては、例えば、標的遺伝子の核酸配列の一部に対して少なくとも約７０％の相同性を有する配列またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含む、少なくとも１０ヌクレオチド長の二本鎖部分を含むＲＮＡまたはその改変体が挙げられるがそれに限定されない。ここで、この因子は、好ましくは、３’突出末端を含み、より好ましくは、３’突出末端は、２ヌクレオチド長以上のＤＮＡ（例えば、２〜４ヌクレオチド長のＤＮＡであり得る。
あるいは、本発明において用いられるＲＮＡｉとしては、例えば、短い逆向きの相補的配列（例えば、１５ｂｐ以上であり、例えば、２４ｂｐなど）のペアが挙げられるがそれらに限定されない。
理論に束縛されないが、ＲＮＡｉが働く機構として考えられるものの一つとして、ｄｓＲＮＡのようなＲＮＡｉを引き起こす分子が細胞に導入されると、比較的長い（例えば、４０塩基対以上）ＲＮＡの場合、ヘリカーゼドメインを持つダイサー（Ｄｉｃｅｒ）と呼ばれるＲＮａｓｅＩＩＩ様のヌクレアーゼがＡＴＰ存在下で、その分子を３’末端から約２０塩基対ずつ切り出し、短鎖ｄｓＲＮＡ（ｓｉＲＮＡとも呼ばれる）を生じる。本明細書において「ｓｉＲＮＡ」とは、short interfering RNAの略称であり、人工的に化学合成されるかまたは生化学的に合成されたものか、あるいは生物体内で合成されたものか、あるいは約４０塩基以上の二本鎖ＲＮＡが体内で分解されてできた１０塩基対以上の短鎖二本鎖ＲＮＡをいい、通常、５’−リン酸、３’−ＯＨの構造を有しており、３’末端は約２塩基突出している。このｓｉＲＮＡに特異的なタンパク質が結合して、ＲＩＳＣ（RNA−induced−silencing−complex）が形成される。この複合体は、ｓｉＲＮＡと同じ配列を有するｍＲＮＡを認識して結合し、ＲＮａｓｅＩＩＩ様の酵素活性によってｓｉＲＮＡの中央部でｍＲＮＡを切断する。ｓｉＲＮＡの配列と標的として切断するｍＲＮＡの配列の関係については、１００％一致することが好ましい。しかし、ｓｉＲＮＡの中央から外れた位置についての塩基の変異については、完全にＲＮＡｉによる切断活性がなくなるのではなく、部分的な活性が残存する。他方、ｓｉＲＮＡの中央部の塩基の変異は影響が大きく、ＲＮＡｉによるｍＲＮＡの切断活性が極度に低下する。このような性質を利用して、変異をもつｍＲＮＡについては、その変異を中央に配したｓｉＲＮＡを合成し、細胞内に導入することで特異的に変異を含むｍＲＮＡだけを分解することができる。従って、本発明では、ｓｉＲＮＡそのものを、ＲＮＡｉを引き起こす因子として用いることができるし、ｓｉＲＮＡを生成するような因子（例えば、代表的に約４０塩基以上のｄｓＲＮＡ）をそのような因子として用いることができる。
また、理論に束縛されることを希望しないが、ｓｉＲＮＡは、上記経路とは別に、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖がｍＲＮＡに結合してＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲＰ）のプライマーとして作用し、ｄｓＲＮＡが合成され、このｄｓＲＮＡが再びダイサーの基質となり、新たなｓｉＲＮＡを生じて作用を増幅することも企図される。従って、本発明では、ｓｉＲＮＡ自体およびｓｉＲＮＡが生じるような因子もまた、有用である。実際に、昆虫などでは、例えば３５分子のｄｓＲＮＡ分子が、１，０００コピー以上ある細胞内のｍＲＮＡをほぼ完全に分解することから、ｓｉＲＮＡ自体およびｓｉＲＮＡが生じるような因子が有用であることが理解される。
別の実施形態において、本発明のＲＮＡｉを引き起こす因子は、３’末端に突出部を有する短いヘアピン構造（ｓｈＲＮＡ；ｓｈｏｒｔ ｈａｉｒｐｉｎ ＲＮＡ）であり得る。本明細書において「ｓｈＲＮＡ」とは、一本鎖ＲＮＡで部分的に回文状の塩基配列を含むことにより、分子内で二本鎖構造をとり、ヘアピンのような構造となる約２０塩基対以上の分子をいう。そのようなｓｈＲＮＡは、人工的に化学合成される。あるいは、そのようなｓｈＲＮＡは、センス鎖およびアンチセンス鎖のＤＮＡ配列を逆向きに連結したヘアピン構造のＤＮＡをＴ７ＲＮＡポリメラーゼによりインビトロでＲＮＡを合成することによって生成することができる。理論に束縛されることは希望しないが、そのようなｓｈＲＮＡは、細胞内に導入された後、細胞内で約２０塩基（代表的には例えば、２１塩基、２２塩基、２３塩基）の長さに分解され、ｓｉＲＮＡと同様にＲＮＡｉを引き起こし、本発明の処置効果があることが理解されるべきである。このような効果は、昆虫、植物、動物（哺乳動物を含む）など広汎な生物において発揮されることが理解されるべきである。このように、ｓｈＲＮＡは、ｓｉＲＮＡと同様にＲＮＡｉを引き起こすことから、本発明の有効成分として用いることができる。ｓｈＲＮＡはまた、好ましくは、３’突出末端を有し得る。二本鎖部分の長さは特に限定されないが、好ましくは約１０ヌクレオチド長以上、より好ましくは約２０ヌクレオチド長以上であり得る。ここで、３’突出末端は、好ましくはＤＮＡであり得、より好ましくは少なくとも２ヌクレオチド長以上のＤＮＡであり得、さらに好ましくは２〜４ヌクレオチド長のＤＮＡであり得る。本発明において用いられるＲＮＡｉを引き起こす因子は、人工的に合成した（例えば、化学的または生化学的）ものでも、天然に存在するものでも用いることができ、この両者の間で本発明の効果に本質的な違いは生じない。化学的に合成したものでは、液体クロマトグラフィーなどにより精製をすることが好ましい。
本発明において用いられるＲＮＡｉを引き起こす因子は、インビトロで合成することもできる。この合成系において、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼおよびＴ７プロモーターを用いて、鋳型ＤＮＡからアンチセンスおよびセンスのＲＮＡを合成する。これらをインビトロでアニーリングした後、細胞に導入すると、上述のような機構を通じてＲＮＡｉが引き起こされ、本発明の効果が達成される。ここでは、例えば、リン酸カルシウム法等の任意の適切な方法でそのようなＲＮＡを細胞内に導入することができる。本発明のＲＮＡｉを引き起こす因子としてはまた、ｍＲＮＡとハイブリダイズし得る一本鎖、あるいはそれらのすべての類似の核酸アナログのような因子も挙げられる。そのような因子もまた、本発明において有用である。
本発明の一実施形態は、LSRに対するRNAi分子、またはそのRNAi分子をコードするポリヌクレオチドを含む、LSR陽性悪性腫瘍の治療薬である。このRNAi分子、またはそのRNAi分子をコードするポリヌクレオチドを用いれば、LSR陽性悪性腫瘍細胞の増殖を抑制することができる。本発明の一実施形態において「ポリヌクレオチド」は、10以上のヌクレオチドを有する、ヌクレオチドが直鎖状に重合した高分子化合物であってもよい。
本発明の一実施形態において「RNAi分子」は、RNAi作用を有するRNA鎖であり、例えば、siRNA、shRNA、miRNA、またはRNAi作用を有するsmallRNA等を挙げることができる。
本発明の一実施形態において「RNAi」は、siRNA、shRNA、miRNA、短鎖もしくは長鎖の1もしくは2本鎖RNA、またはそれらの修飾物等の1つ以上によって、標的遺伝子もしくはmRNA等の機能が抑制、またはサイレンシングされる現象を含む。
RNAi分子のデザインには、例えば、siDirect2.0（Naito et al., BMC Bioinformatics. 2009 Nov 30;10:392.）等を使用できる。また、受託会社（例えば、タカラバイオ（株）等）に委託してもよい。RNAi作用の確認は、リアルタイムRT-PCRによるRNA鎖発現量の定量によって行なうことができる。または、ノザンブロットによるRNA鎖発現量の解析や、ウェスタンブロットによる蛋白量の解析・表現型の観察等の方法でも行うことができる。また、特定の遺伝子に対するsiRNAまたはshRNAを生成するプラスミドは、例えば、受託会社（例えば、タカラバイオ（株）等）から購入することができる。
本発明の一実施形態において「siRNA」は、RNAiを誘導可能なRNA鎖を含む。一般的にsiRNAの2本鎖はガイド鎖とパッセンジャー鎖に分けることができ、ガイド鎖がRISCに取り込まれる。RISCに取り込まれたガイド鎖は、標的RNAを認識するために使われる。RNAi研究では主に人工的に作成したものが使用されるが、生体内において内在的に存在するものも知られている。上記ガイド鎖は15塩基以上のRNAから構成されていてもよい。15塩基以上であれば、標的のポリヌクレオチドに対して精度よく結合できる可能性が高まる。また、そのガイド鎖は40塩基以下のRNAから構成されていてもよい。40塩基以下であれば、インターフェロン応答等の不利益な現象が生じるリスクがより低くなる。
本発明の一実施形態において「shRNA」は、RNAiを誘導可能で、且つヘアピン状に折りたたまれた構造（ヘアピン様構造）を形成可能な1本鎖のRNA鎖を含む。典型的には、shRNAは細胞内でDicerによって切断され、siRNAが切り出される。このsiRNAによって標的RNAの切断が生じることが知られている。上記shRNAは35以上のヌクレオチドから構成されていてもよい。35以上であれば、shRNAに特有のへアピン様構造を精度よく形成できる可能性が高まる。また、上記shRNAは100塩基以下のRNAから構成されていてもよい。100塩基以下であれば、インターフェロン応答等の不利益な現象が生じるリスクが低くなる。但し、一般的にshRNAと構造および機能が類似しているpre-miRNAの多くが、100ヌクレオチド程度またはそれ以上の長さを有していることから、shRNAの長さは必ずしも100塩基以下でなくても、shRNAとして機能できると考えられる。
本発明の一実施形態において「miRNA」は、siRNAと類似の機能を有しているRNA鎖を含み、標的RNA鎖の翻訳抑制や分解をすることが知られている。miRNAとsiRNAとの違いは、一般的に生成経路と、詳細なメカニズムにある。
本発明の一実施形態において「small RNA」とは、比較的小さいRNA鎖をいい、例えば、siRNA、shRNA、miRNA、アンチセンスRNA、1または2本鎖の低分子RNAなどを挙げることができる。
上記RNAi分子は、5’末端または3’末端に1〜5塩基からなるオーバーハングを含んでいてもよい。この場合、RNAiの効率が上昇すると考えられる。この数は、例えば、5、4、3、2、または1塩基であってもよく、それらいずれか2つの値の範囲内であってもよい。また上記RNAi分子が2本鎖のとき、各RNA鎖間にミスマッチRNAが存在していてもよい。その数は、例えば、1、2、3、4、5、または10個以下であってもよく、それらいずれか2つの値の範囲内であってもよい。また上記RNAi分子は、ヘアピンループを含んでいてもよい、ヘアピンループの塩基数は、例えば、10、8、6、5、4、または3塩基であってもよく、それらいずれか2つの値の範囲内であってもよい。塩基配列は、所望の効果を有する限り、1または複数個の塩基配列が欠失、置換、挿入、もしくは付加していてもよい。なお、各塩基配列の表記は、左側が5’末端、右側が3’末端である。
上記RNAi分子の長さは、例えば、15、18、20、25、30、40、50、60、80、100、200、または400塩基であってもよく、それらいずれか2つの値の範囲内であってもよい。この数は、LSR陽性悪性腫瘍に対する治療効果を高める観点からは、15以上、または100以下が好ましい。
本発明の一実施形態において「RNA鎖」は、RNAまたはその等価物が、複数結合した形態で構成されているものを含む。また本発明の一実施形態において「DNA鎖」は、DNAまたはその等価物が、複数結合した形態で構成されているものを含む。このRNA鎖またはDNA鎖は、1本鎖または複数本鎖（例えば、2本鎖）の形態のRNA鎖またはDNA鎖を含む。RNA鎖またはDNA鎖は、細胞取込促進物質（例えば、PEGまたはその誘導体）、標識タグ（例えば、蛍光標識タグ等）、またはリンカー（例えば、ヌクレオチドドリンカー等）等と結合していてもよい。RNA鎖またはDNA鎖は、核酸合成装置を用いて合成可能である。その他、受託会社（例えば、インビトロジェン社等）から購入することもできる。生体内のRNA鎖またはDNA鎖は、塩または溶媒和物を形成することがある。また、生体内のRNA鎖またはDNA鎖は、化学修飾を受けることがある。RNA鎖またはDNA鎖の用語は、例えば、塩もしくは溶媒和物を形成しているRNA鎖もしくはDNA鎖、または化学修飾を受けているRNA鎖もしくはDNA鎖等を含む。またRNA鎖またはDNA鎖は、RNA鎖のアナログ、またはDNA鎖のアナログであってもよい。
本発明の一実施形態において「塩」は、例えば、任意の酸性（例えばカルボキシル）基で形成されるアニオン塩、または任意の塩基性（例えばアミノ）基で形成されるカチオン塩を含む。塩類には無機塩または有機塩を含み、例えば、Berge et al., J.Pharm.Sci.,1977, 66, 1-19に記載されている塩が含まれる。また例えば、金属塩、アンモニウム塩、有機塩基との塩、無機酸との塩、有機酸との塩等が挙げられる。本発明の一実施形態において「溶媒和物」は、溶質および溶媒によって形成される化合物である。溶媒和物については例えば、J.Honig et al., The Van Nostrand Chemist’s Dictionary P650 (1953)を参照できる。溶媒が水であれば形成される溶媒和物は水和物である。この溶媒は、溶質の生物活性を妨げないものが好ましい。そのような好ましい溶媒の例として、特に限定するものではないが、水、または各種バッファーが挙げられる。本発明の一実施形態において「化学修飾」は、例えば、PEGもしくはその誘導体による修飾、フルオレセイン修飾、またはビオチン修飾等が挙げられる。
上記RNAi分子は、安定的にRNAi作用を発揮する観点からは、LSR mRNAの塩基配列の一部に対して、相補的な塩基配列を含むことが好ましい。上記「一部」は、例えば、5、10、15、18、20、22、24、26、28、30、35、40、または50塩基以上であってもよく、それらいずれか2つの値の範囲内であってもよい。
後述する実施例3で使用したsiRNAは、配列番号9または10の塩基配列を含む。これらの塩基配列は、LSR mRNAの一部に相補的な塩基配列であり、ガイド鎖としての機能を担う部分であると考えられる。本発明の一実施形態は、そのような、配列番号9または10の塩基配列を含むRNAi分子を含む。またこのRNAi分子は、配列番号9または10で示される塩基配列に対して相補的な塩基配列（例えば、それぞれ配列番号11、12）をさらに含んでいてもよい。本発明の一実施形態において「相補的な塩基配列」とは、一つのポリヌクレオチドに対して、ハイブリダイズすることが可能な相補性の高い他のポリヌクレオチドが有している塩基配列である。なお、後述する実施例3で使用したsiRNAのセンス鎖全長は配列番号13または14の塩基配列であり、アンチセンス鎖全長は配列番号15または１６の塩基配列である。
上に列挙した塩基配列は、LSR siRNAが所望の効果を有する限り、(i)上記の塩基酸配列において、1または数個の塩基配列が欠失、置換、挿入、もしくは付加しているアミノ酸配列、または(ii)上記の塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドがコードする塩基配列であってもよい。
本発明の一実施形態は、LSRアンタゴニストを含む、LSR陽性悪性腫瘍の治療薬である。このLSRアンタゴニストは、LSRの発現または機能を阻害する物質を含む。このLSRアンタゴニストを用いれば、LSR陽性悪性腫瘍細胞の増殖を抑制することができる。LSRの発現または機能を阻害する作用を有していれば、アンタゴニストの形態は特に限定されず、例えば、抗体、RNA鎖、DNA鎖、低分子有機化合物、またはポリペプチドであってもよい。上記RNA鎖は、LSRに対するRNAi分子であってもよい。上記DNA鎖としては、LSRに対するRNAi分子をコードするDNA鎖を使用できる。このDNA鎖の形態は、例えば、ベクターであってもよい。
本発明の一実施形態において「タンパク質の発現を阻害すること」は、例えば、遺伝子からmRNAへの転写機構を阻害、またはmRNAからタンパク質への翻訳機構を阻害することを含む。また、例えば、遺伝子、mRNA、またはタンパク質の分解を誘導することによって、結果的にタンパク質量を減少させることを含む。本発明の一実施形態において「タンパク質の機能を阻害すること」は、タンパク質に構造変化を生じさせ、タンパク質の活性を低下させることを含む。また、例えば、遺伝子の発現を阻害した結果、mRNAまたはタンパク質の生成量が低下することを含む。
本発明の一実施形態において「発現が阻害されている状態」は、発現量が、正常時に比べて有意に減少している状態を含む。発現量はmRNA量、またはタンパク質量を指標としてもよい。本発明の一実施形態において「有意に」は、例えば統計学的有意差をスチューデントのt検定（片側または両側）を使用して評価し、p＜0.05であるときを含んでいてもよい。または、実質的に差異が生じている状態を含む。本発明の一実施形態において「機能が阻害されている状態」は、活性が、正常時に比べて有意に減少している状態を含む。
本発明の一実施形態は、新規の悪性腫瘍の治療方法である。この治療方法は、例えば、抗LSR抗体を患者に投与する工程を含む、治療方法である。この治療方法を用いれば、LSR陽性悪性腫瘍を治療することができる。またこの治療方法は、抗体を使用するため、安全性の観点から優れている。
なお、悪性腫瘍患者の中にはLSR陽性とLSR非陽性の患者が存在している。そのため、上記治療方法は、悪性腫瘍患者の中で、悪性腫瘍がLSR陽性悪性腫瘍と判断された患者に対して行うことが好ましい。このように、事前にLSR陽性の有無を診断することによって、より最適な投薬を行うことが可能となる。
従って、より最適な投薬を行う観点からは、上記悪性腫瘍の治療方法は、患者がLSR陽性悪性腫瘍を発症していることを診断する工程を含むことが好ましい。またこの治療方法は、患者由来の悪性腫瘍細胞がLSRを発現していることを調べる工程を含んでいてもよい。LSR陽性悪性腫瘍の発症診断は、例えば、mRNA発現診断、またはタンパク質発現診断で行なってもよい。この診断は、LSR陽性であることを正確に診断することによって、より最適な投薬を実現する観点からは、タンパク質発現診断が好ましい。タンパク質発現診断は、例えば、抗LSR抗体を用いて行ってもよい。この発症診断においては、患者由来の被験悪性腫瘍細胞から得たタンパク質をウェスタンブロットに供し、目視でLSRに相当するバンドが確認できた場合に、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断してもよい。または、患者由来の悪性腫瘍細胞のLSR発現量が、正常細胞もしくはLSR陰性悪性腫瘍細胞の場合に比べて有意に大きい場合に、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断してもよい。または、患者由来の悪性腫瘍細胞から得た総タンパク質と、正常細胞もしくはLSR陰性悪性腫瘍細胞から得た総タンパク質とをウェスタンブロットに供し、正常細胞もしくはLSR陰性悪性腫瘍細胞の場合に比べて、患者由来の悪性腫瘍細胞の方が、LSRに相当するバンド強度が有意に強い場合に、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断してもよい。または、悪性腫瘍患者から得た血清あるいは血漿と、健常人もしくはLSR陰性悪性腫瘍患者から得た血清あるいは血漿を抗LSR抗体を用いたELISA法に供し、健常人もしくはLSR陰性悪性腫瘍患者の場合に比べて、悪性腫瘍患者由来の血清あるいは血漿の方が、LSR発現量が有意に強い場合に、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断してもよい。血清、血漿サンプルそのものを定量しても良いし、血清、血漿よりエクソソームを単離し、エクソソーム中のLSRをELISA法に供し、解析を行っても良い。これらのLSR陽性悪性腫瘍の発症診断においては、ウェスタンブロットに変えて、RT-PCRを使用してもよい。
本発明の一実施形態に係る悪性腫瘍の治療方法は、LSRアンタゴニストを患者に投与する工程を含んでいてもよい。または、LSRに対するRNAi分子、またはそのRNAi分子をコードするポリヌクレオチドを患者に投与する工程を含んでいてもよい。
本発明の一実施形態は、抗LSR抗体を含む、悪性腫瘍の新規の診断薬である。この診断薬は、例えば、抗LSR抗体を含む、LSRを標的とした悪性腫瘍治療のためのコンパニオン診断薬であってもよい。悪性腫瘍患者の中にはLSR陽性とLSR非陽性の患者が存在しているため、このコンパニオン診断薬を用いて事前に悪性腫瘍がLSR陽性であるかどうかを検査しておけば、LSRを標的とした悪性腫瘍治療の治療有効性を診断することができる。なおこの診断において、LSR陽性の結果がでれば、LSRを標的とした悪性腫瘍治療が有効だと判断できる。本発明の一実施形態において「コンパニオン診断」は、薬剤効果や副作用の患者個人差を検査により予測することで、最適な投薬を補助することを目的として実施される診断を含む。抗LSR抗体による抗体医薬品を臨床応用するには、LSRを発現する悪性腫瘍患者選択的に治療を行うことが個別化医療に結びつくものと考えられる。そのため、LSR陽性患者を選別する方法が必要である。LSR陽性患者を選別する方法として、癌の生検組織におけるLSRを免疫組織化学染色法で検査する手法は有用性が高いと考えられる。しかし、生検組織の入手は、侵襲性が高いため、好ましくは、侵襲性の低い方法が好ましい。さらに、卵巣癌などある種の悪性腫瘍では、癌の発生部位の問題から生検組織が入手しにくいという問題がある。これに対し、癌に発現しているLSRあるいはその細胞外ドメインが血液中に遊離して存在している可能性がある。そこで、悪性腫瘍患者血液中のLSRを定量することができれば、血中LSR濃度の高い患者においては卵巣癌組織において、LSRの発現量が高い可能性が示唆される。血液サンプルは生検よりも低侵襲性であるというメリットがある。血液中のLSR濃度をELISA法にて定量し、健常人と比べて血中LSR濃度が上昇している患者組織ではLSRが高発現している可能性が高く、コンパニオン診断薬として血中LSR濃度の測定は有用性が高いと考えられる。
また本発明の一実施形態に係る悪性腫瘍の診断薬は、悪性腫瘍に対する、抗LSR抗体またはLSRアンタゴニストの治療有効性を診断するための、抗LSR抗体を含む診断薬であってもよい。悪性腫瘍患者の中にはLSR陽性とLSR非陽性の患者が存在しているため、この診断薬を用いて事前に悪性腫瘍がLSR陽性であるかどうかを検査しておけば、患者に対する抗LSR抗体またはLSRアンタゴニストの治療有効性を診断することができる。
本発明の一実施形態は、悪性腫瘍患者の悪性腫瘍サンプルがLSR陽性であることを検査する工程を含む、LSRを標的とした悪性腫瘍治療のコンパニオン診断法である。悪性腫瘍患者の中にはLSR陽性とLSR非陽性の患者が存在しているため、このコンパニオン診断法を用いて事前に悪性腫瘍がLSR陽性であるかどうかを検査しておけば、LSRを標的とした悪性腫瘍治療の治療有効性を診断することができる。この診断法は、さらに、悪性腫瘍患者の悪性腫瘍サンプルを単離または抽出する工程を含んでいてもよい。本発明の一実施形態において「悪性腫瘍サンプル」は、悪性腫瘍患者から得られた悪性腫瘍組織または細胞であってもよい。
本発明の一実施形態は、LSRの発現レベルを指標とした悪性腫瘍の予後を診断する方法である。LSR高発現は予後不良マーカーであることが実証されており（図３８）、このことから、LSR高発現は予後不良マーカーであるということができる。１つの実施形態では、予後の対象となる癌は、卵巣漿液性腺癌であるがこれらに限定されず、卵巣明細胞腺癌などでも応用され得ることが理解され、その他LSR陽性悪性腫瘍であれば応用され得ることが理解される。このような予後（不良）マーカーの使用法としては、例えば、患者由来の悪性腫瘍細胞がLSRを発現していることを調べる工程を含んでいてもよい。LSR陽性悪性腫瘍の予後（診断）は、例えば、mRNA発現診断または検出、またはタンパク質発現診断または検出で行なってもよい。この診断または検出は、LSR陽性であることを正確に診断することによって、より最適な投薬を実現する観点からは、タンパク質発現診断が好ましい。タンパク質発現診断は、例えば、抗LSR抗体を用いて行ってもよい。この発症診断においては、患者由来の被験悪性腫瘍細胞から得たタンパク質をウェスタンブロットに供し、目視でLSRに相当するバンドの増強が確認できた場合に、悪性腫瘍の予後が不良であると判断してもよい。または、患者由来の悪性腫瘍細胞のLSR発現量が、正常細胞もしくはLSR陰性悪性腫瘍細胞（例えば、OVTOKOのようなLSR陰性の細胞株））の場合に比べて有意に大きい場合に、悪性腫瘍の予後が不良であると判断してもよい。または、患者由来の悪性腫瘍細胞から得た総タンパク質と、正常細胞もしくはLSR陰性悪性腫瘍細胞（例えば、OVTOKOのようなLSR陰性の細胞株）から得た総タンパク質とをウェスタンブロットに供し、正常細胞もしくはLSR陰性悪性腫瘍細胞（例えば、OVTOKOのようなLSR陰性の細胞株）の場合に比べて、患者由来の悪性腫瘍細胞の方が、LSRに相当するバンド強度が有意に強い場合に、悪性腫瘍の予後が不良であると判断してもよい。または、悪性腫瘍患者から得た血清あるいは血漿と、健常人もしくはLSR陰性悪性腫瘍患者（例えば、「卵巣癌組織にてLSRの発現が陰性であった患者」）から得た血清あるいは血漿を抗LSR抗体を用いたELISA法に供し、健常人もしくはLSR陰性悪性腫瘍患者の場合に比べて、悪性腫瘍患者由来の血清あるいは血漿の方が、LSR発現量が有意に強い場合に、悪性腫瘍の予後が不良であると判断してもよい。血清、血漿サンプルそのものを定量しても良いし、血清、血漿よりエクソソームを単離し、エクソソーム中のLSRをELISA法に供し、解析を行っても良い。これらのLSR陽性悪性腫瘍の発症診断においては、ウェスタンブロットに変えて、RT-PCRを使用してもよい。
本発明の一実施形態は、悪性腫瘍に対する抗LSR抗体またはLSRアンタゴニストの治療有効性を検査する方法である。この方法は、例えば、悪性腫瘍患者の悪性腫瘍サンプルがLSR陽性であることを検査する工程を含む、検査方法である。この検査方法は、悪性腫瘍サンプル中のLSRの存在を検出する工程を含んでいてもよいこの検出方法は、悪性腫瘍サンプル中のLSR量が、正常細胞もしくはLSR陰性悪性腫瘍細胞に比べて有意に大きいことを検出する工程を含んでいてもよい。LSRの検出には、例えば、RT-PCR、ウェスタンブロット、免疫組織化学染色法を使用してもよい。LSRの存在の有無の評価基準は、上述のLSR陽性悪性腫瘍の発症診断の場合と同様であってもよい。治療有効性を検査する方法は、治療に有効であることを検査する方法を含む。
本発明の一実施形態は、抗LSR抗体を含む、悪性腫瘍細胞の増殖抑制剤である。または、抗LSR抗体と、悪性腫瘍細胞とを接触させる工程を含む、悪性腫瘍細胞の増殖抑制方法である。または、LSRアンタゴニストを含む、悪性腫瘍細胞の増殖抑制剤である。または、LSRアンタゴニストと、悪性腫瘍細胞とを接触させる工程を含む、悪性腫瘍細胞の増殖抑制方法である。本発明に実施形態に係る悪性腫瘍細胞の増殖抑制剤または治療薬は、悪性腫瘍の増殖速度、増殖量、または体積を、増殖抑制剤非添加または治療薬非添加のときに比べて、10、20、30、40、50、または70％以上低下させる薬剤であってもよい。この割合は、ここに例示した2つ数値の範囲内であってもよい。
本発明の一実施形態は、抗LSR抗体を含む、悪性腫瘍細胞の細胞分裂抑制薬である。または、抗LSR抗体と、悪性腫瘍細胞とを接触させる工程を含む、悪性腫瘍細胞の細胞分裂抑制抑制方法である。または、LSRアンタゴニストを含む、悪性腫瘍細胞の細胞分裂抑制薬である。または、LSRアンタゴニストと、悪性腫瘍細胞とを接触させる工程を含む、悪性腫瘍細胞の細胞分裂抑制方法である。本発明に実施形態に係る悪性腫瘍細胞の細胞分裂抑制薬は、悪性腫瘍細胞の分裂速度を、細胞分裂抑制薬非添加のときに比べて、10、20、30、または50％以上低下させる薬剤であってもよい。この割合は、ここに例示した2つ数値の範囲内であってもよい。
本発明の一実施形態は、抗LSR抗体を含む、LSR依存性悪性腫瘍の治療薬である。この治療薬を用いれば、LSR依存性悪性腫瘍を治療することができる。
本発明の一実施形態は、悪性腫瘍の治療薬生産のための、抗LSR抗体またはLSRアンタゴニストの使用である。また別の実施形態は、LSRを標的とした悪性腫瘍治療のコンパニオン診断薬製造のための、抗LSR抗体の使用である。
本発明の一実施形態は、細胞にLSRをコードするポリヌクレオチドを導入する工程と、上記細胞において、上記LSRを発現させる工程と、上記LSRを発現している細胞を含む抗原でニワトリを免疫する工程と、を含む、抗LSR抗体の生産方法である。この生産方法によれば、LSR陽性悪性腫瘍の治療または診断のために優れた抗LSR抗体を、効率的に生産できる。
本発明の一実施形態において「結合」は、共有結合または非共有結合のいずれであってもよく、例えば、イオン結合、水素結合、疎水性相互作用、または親水性相互作用であってもよい。
（一般技術）
本明細書において用いられる分子生物学的手法、生化学的手法、微生物学的手法は、当該分野において周知であり慣用されるものであり、例えば、Sambrook J. et al.(1989). Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harborおよびその3rd Ed.(2001); Ausubel, F.M.(1987).Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub. Associates and Wiley-Interscience; Ausubel,F.M.(1989). Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub. Associates and Wiley-Interscience; Innis, M.A.(1990).PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Academic Press; Ausubel, F.M.(1992).Short Protocols in Molecular Biology: ACompendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub. Associates; Ausubel,F.M. (1995).Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub.Associates; Innis, M.A. et al.(1995).PCR Strategies, Academic Press; Ausubel,F.M.(1999).Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, and annual updates; Sninsky, J.J. et al.(1999). PCR Applications: Protocols for Functional Genomics, Academic Press、別冊実験医学「遺伝子導入＆発現解析実験法」羊土社、1997などに記載されており、これらは本明細書において関連する部分（全部であり得る）が参考として援用される。
人工的に合成した遺伝子を作製するためのDNA合成技術および核酸化学については、例えば、Gait, M.J.(1985). Oligonucleotide Synthesis:A Practical Approach,IRL Press; Gait,M.J.(1990). Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, IRL Press; Eckstein, F.(1991). Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach, IRL Press;Adams, R.L. et al.(1992). The Biochemistryof the Nucleic Acids, Chapman&Hall; Shabarova,Z. et al.(1994). AdvancedOrganic Chemistry of Nucleic Acids, Weinheim;Blackburn, G.M.et al.(1996).Nucleic Acids in Chemistry and Biology, Oxford University Press;Hermanson,G.T.(I996). Bioconjugate Techniques, Academic Pressなどに記載されており、これらは本明細書において関連する部分が参考として援用される。
例えば、本明細書において、当該分野に知られる標準法によって、例えば自動化DNA合成装置（Biosearch、Applied Biosystems等から市販されるものなど）の使用によって、本発明のオリゴヌクレオチドを合成することも可能である。例えば、Steinら（Steinet al., 1988,Nucl. Acids Res. 16:3209）の方法によって、ホスホロチオエート・オリゴヌクレオチドを合成することも可能であるし、調節孔ガラスポリマー支持体（Sarinet al.,1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:7448-7451）等の使用によって、メチルホスホネート・オリゴヌクレオチドを調製することも可能である。
本明細書において「または」は、文章中に列挙されている事項の「少なくとも1つ以上」を採用できるときに使用される。「もしくは」も同様である。本明細書において「2つの値の範囲内」と明記した場合、その範囲には2つの値自体も含む。
本明細書において引用された、科学文献、特許、特許出願などの参考文献は、その全体が、各々具体的に記載されたのと同じ程度に本明細書において参考として援用される。
以上、本発明を、理解の容易のために好ましい実施形態を示して説明してきた。以下に、実施例に基づいて本発明を説明するが、上述の説明および以下の実施例は、例示の目的のみに提供され、本発明を限定する目的で提供したのではない。従って、本発明の範囲は、本明細書に具体的に記載された実施形態にも実施例にも限定されず、請求の範囲によってのみ限定される。
以下、本発明を実施例によりさらに説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
＜実施例1＞LSR発現解析
1.1 iTRAQ法による細胞表面膜タンパク質の定量解析
正常卵巣上皮細胞株（HOSE2C、E7/TERT）に比べて卵巣漿液性腺癌細胞株（OVCAR3、OVSAHO、JHOS4）で高発現する細胞表面膜タンパク質を探索することによって、卵巣癌特異的な癌抗原タンパク質の同定を試みた。まず、150mmシャーレで培養した細胞株に対して、sulfo-NHS-SS-biotinで細胞表面膜タンパク質をビオチン標識した。抽出したタンパク質をNeurto-avidinビーズにて精製した。このとき、サンプル間での誤差を補正するため、sulfo-NHS-SS-biotinで標識したウシ血清アルブミンを内部標準として等量ずつ加え、質量分析計による定量結果の補正に用いた。精製したタンパク質をトリプシンで消化し、iTRAQ試薬で標識した。サンプルを1つに混合し、イオン交換HPLCにて24個のフラクションに粗分画し、それぞれの分画を脱塩後、質量分析計（nanoLC-MS/MS）解析にて測定した。得られたデータをproteome discoverer ver1.1にてデータベースサーチすることで、タンパク質の同定と定量を行った。なお、実施例で使用した卵巣癌手術組織は、大阪大学医学部附属病院にてインフォームドコンセントについて同意を得た患者より提供していただいた。
iTRAQ法による解析の結果、上記の卵巣漿液性腺癌細胞株において以下のようにLSRが特異的に高発現していることがわかった。
1.2 RT-PCR
正常卵巣上皮細胞株（HOSE2C）、卵巣漿液性腺癌細胞株（OVCAR3、OVSAHO、JHOS4）、卵巣明細胞線癌細胞株（OVTOKO、OVMANA、OVISE、RGMI）、正常子宮内膜細胞株(E6/E7/TERT)および子宮内膜癌（HEC1、HEC1A、HEC6、HEC88nu、HEC108、HEC116、HEC251、SNGM）のRNAを、それぞれRNeasymini kit (QIAGEN)で精製した。さらに、QuantiTect Reverse Transcription Kit (Qiagen)を用いてcDNAへ逆転写した。RT-PCRを、TaKaRaEx Taq DNA polymerase(Takara Bio, Shiga, Japan)を用いて行った。RT-PCRには、以下の配列のプライマーを用いた。
LSR:
forward primer5’-GGGAGGACCTCAGGGGTGGC-3’ （配列番号17）、および
reverse primer5’-TGGTGGGGGTGGGGTCTTGG-3’ （配列番号18）
β-actin:
forward primer5’-AGCCTCGCCTTTGCCGA-3’ （配列番号19）、および
reverse primer5’-CTGGTGCCTGGGGCG-3’ （配列番号20）
以上の結果を図1〜3に示す。卵巣漿液性腺癌細胞株OVCAR3、OVSAHO、JHOS4、卵巣明細胞線癌細胞株OVMANA、OVISE、RGMI、および子宮内膜癌細胞株HEC1、HEC1A、HEC6、HEC88nu、HEC108、HEC116、HEC251、SNGMにおいて、LSRmRNAに相当するバンドが検出された。正常卵巣上皮細胞株では、HOSE2Cでは検出されなかった。
1.3 ウェスタンブロット
正常卵巣上皮細胞株（HOSE2C）、卵巣漿液性腺癌細胞株（OVCAR3、OVSAHO、SKOV3、JHOS2、JHOS4）、卵巣明細胞線癌細胞株（OVTOKO、OVMANA、OVISE、RGMI）、正常子宮内膜細胞株(E6/E7/TERT)および子宮内膜癌（HEC1、HEC1A、HEC6、HEC88nu、HEC108、HEC116、HEC251、SNGM）から得られた10μgのタンパク質を、それぞれSDS-PAGE(5-20%グラジェントゲル(和光純薬))にアプライした。次に、40mAで50min泳動し、PVDF膜に120mA、1時間転写した。転写後、1%BSA/TBST (TBS+ 0.1% Tween20)にて室温で1時間ブロッキングし、抗LSR抗体（Santa Cruz Biotechnology）で、室温で1時間インキュベートした。TBSTで10分間、3回ずつ洗浄した後、TBSTで5,000倍希釈したHRP標識抗ウサギ抗体（GE healhcare）を用いてPVDF膜を室温で1時間インキュベートした。PVDF膜をTBSTで10分間、3回ずつ洗浄した後、蛍光反応システム（PerkinElmer社）により、反応したタンパク質を検出した。
以上の結果を図4〜6に示す。卵巣漿液性腺癌細胞株OVCAR3、OVSAHO、JHOS4、卵巣明細胞線癌細胞株OVMANA、OVISE、RGMI、および子宮内膜癌細胞株HEC1、HEC1A、HEC6、HEC88nu、HEC108、HEC116、HEC251、SNGMにおいて、LSRに相当するバンドが検出された。一方で、卵巣明細胞腺癌細胞株OVTOKOでは、LSRに相当するバンドが検出されなかった。正常卵巣上皮細胞株では、HOSE2Cのいずれにおいても、LSRに相当するバンドが検出されなかった。以上の結果から、LSRタンパク質は上記の癌に特異的に発現していることがわかる。
さらに、正常卵巣組織、卵巣漿液性腺癌手術組織、卵巣明細胞線癌手術組織、正常子宮内膜組織、および子宮内膜癌手術組織から得たタンパク質に対して、抗LSR抗体（Santa Cruz Biotechnology）を用いて、ウェスタンブロットを行った。ローディングコントロールとして、抗GAPDH抗体（SantaCruz Biotechnology）を用いた。ウェスタンブロットに使用した組織は、健常人、または各癌を罹患している患者から得た。
以上の結果を図7および8に示す。図中の黒丸は、LSRの発現が確認されたことを意味している。正常卵巣組織および正常子宮内膜組織では、LSRは発現していなかった。卵巣漿液性腺癌組織では、13/16人においてLSRが特異的に発現していた（81％）。卵巣明細胞線癌手術組織では、4/11人においてLSRが特異的に発現していた（36％）。子宮内膜癌組織では、19/35人においてLSRが特異的に発現していた（54％）。これらの結果から、卵巣癌患者および子宮癌患者には、LSR陽性患者がいる一方で、LSR陰性患者も一定数存在していることがわかった。
＜実施例2＞作成および評価
2.1 ヒトLSR発現ニワトリ細胞株の作製とニワトリへの免疫
ヒトLSRのcDNA（配列番号7）をほ乳動物発現ベクター（pcDNA3.1-V5/His-TOPO）にクローニングし、LSR発現ベクターを作成した。このLSR発現ベクターは、ヒトLSRのC末端にV5/Hisタグが融合した融合タンパク質をコードする。次に、LSR発現ベクターをニワトリリンパ芽球様細胞株にエレクトロポレーション法でトランスフェクトした後、2mg/mlのG418を添加して発現細胞の選択をおこなった。得られたLSR発現細胞株をニワトリに過免疫した。抗体価の測定はフローサイトメトリ（FACS）解析にて実施した。FACS解析に関してはFACSCalibur(BD、USA)のプロトコ ルに従った。
2.2 免疫ニワトリ脾臓からのscFvファージ抗体ライブラリーの作製
免疫をおこなったニワトリから脾臓を摘出した後、リンパ球を分離した。得られたリンパ球からRNAを抽出してcDNAの合成を行い、scFvファージ抗体ライブラリーを作製した。scFvファージ抗体ライブラリーの作製に関しては、"Nakamura et al., J Vet Med Sci. 2004 Jul;66(7):807-14"に記載の手法に従った。
2.3 パニング選択
scFvファージ抗体ライブラリーをLSR非発現細胞株に添加して非特異ファージの吸収操作をおこなった後、LSR発現細胞株と反応させた。Lot1はほ乳類細胞株を用い、Lot2は免疫に使用したニワトリリンパ芽球様細胞株を用いてセルパニングを行った。有機溶媒で洗浄後、LSR発現細胞株に特異的に結合したファージを回収し、大腸菌に感染させた。4回パニングをおこなった後、ライブラリーの反応性をLSR発現細胞株を用いたFACS解析で確認した。反応性が最も上昇していたライブラリーからファージのクローニングを行い、陽性クローンを選択した後、6種のクローンについて配列を決定した（配列番号1〜6、図9）。セルパニングに関しては、"Giordano et al., Nat Med. 2001 Nov;7(11):1249-53."に記載の方法に従った。
2.4 組換えマウス/ニワトリキメラ（IgG2a）抗体への組換え
scFvファージ抗体をコードするDNA鎖を鋳型にして、ニワトリ由来抗体遺伝子のVH、VLのPCR増幅を行った後、マウス/ニワトリキメラ（IgG2a）発現ベクター(H鎖:pcDNA3.1、L鎖:pcDNA4(Invitrogen))へクローニングした。作製したH鎖、L鎖のコンストラクトをほ乳類培養細胞にトランスフェクトした後、発現した抗体（抗LSRマウス/ニワトリキメラモノクローナル抗体）の精製をProteinG Sepharose(GE)を用いておこなった。以上により、6種の抗LSR抗体のクローンを得た（#9-7、#16-6、No.26-2、No.27-6、No.1-25、No.1-43）。組換えに関しては、"Tateishi et al., J Vet Med Sci. 2008 Apr;70(4):397-400."に記載の手法に従った。
2.5 各種卵巣癌細胞株に対する反応性の評価
上記2.4で得られた抗LSR抗体から５種（#1−25、#9-7、#16-6、No.26-2、No.27-6）を用いて、各種卵巣癌細胞株への反応性を、FACS解析により調査した。その結果を図10〜14に示す。卵巣漿液性腺癌細胞株（OVSAHO、JHOS2）、および卵巣明細胞線癌細胞株（RGM-I、OVISE）において、抗LSR抗体の有無によって、有意なシフト差が見られた。
免疫組織化学染色
卵巣癌(84)症例の組織に対して、LSRの発現を免疫組織化学染色により解析した。1次抗体はcloud clone社(PAD744Hu01)を使用し、Dako ChemMate ENVISION Kit/HRP (DAB)-universal kit (K5007)を用いて染色した。
免疫組織化学染色の結果をスコア化した。スコア化は0+(no staining cell),1+(pale staining in any proportion of cells),2+(darkly staining cells(<25% ofarea)),3+(darkly staining cells (25-49% of area)および4+(dark staining(>50% area))の5段階とした。スコア0,1および2をLSR低発現群、スコア3および4をLSR高発現群とした。LSR低発現群とLSR高発現群の群に分け、カプラン・マイヤー法を用いて生存曲線を作成し、ログランク検定を行った。
その結果、卵巣漿液性腺癌においてはLSR高発現症例では低発現症例と比較して有意に予後が悪い事が明らかとなった(median OS: 73.8 vs 105.5 months) (p=0.0293)。一方、卵巣明細胞腺癌において有意差は認められないものの、LSR高発現症例では低発現症例と比較して予後が悪い傾向が見られた(median OS: 71.4 vs 87.4 months) (p=0.1362)。卵巣漿液性腺癌、卵巣明細胞腺癌それぞれにおいて、リンパ節転移部位および大網転移部位の手術組織に対してLSRの発現を免疫組織化学染色法にて検討した結果、転移部位の癌組織にLSRが発現している事が確認された。
図２９に示すように、従来再発性卵巣癌には有効な治療法が存在していなかった。卵巣がんの疫学および特徴として、卵巣癌はリンパ節および腹膜播種など周囲に浸潤しやすく進行が速いという特徴がある。例えば、日本人においては、卵巣癌の４０％以上が、漿液性であり、２４％が明細胞、１７％が類内膜、１３％が粘液性腺癌であるとされている。Istラインとして、シスプラチン、タキソールが用いられ、再発性卵巣癌にはアバスチンが用いられるが、生存率の改善はみられていないとされていた。がん治療薬として承認されている抗体医薬品としては、図２９の表にあるものがある（Carter PJ Nat. Rev. Immunoｌ. 006, May 6(5)343-357,Review）。進行期および再発時の治療法が皆無であるため、卵巣癌は予後不良な腫瘍とされており、新規治療法の開発が急務とされている。例えば、図２９にあるように、StageIVで５年生存率は３１％であった（日本産婦人科学会、婦人科腫瘍委員会報告２０１２年６４巻６号）。
ここで、本発明者らは、図３０に示すように、卵巣癌原発部位でLSRが発現するかどうかを確認した。そのプロトコールは以下のとおりである。なお、LSRの免疫染色は、本実施例において上述の手法と同様の手法を用いた。LSRの発現を免疫組織化学染色により解析した。1次抗体はcloud clone社(PAD744Hu01)を使用し、Dako ChemMate ENVISION Kit/HRP (DAB)-universal kit (K5007)を用いて染色した。
また、卵巣癌手術組織より抽出したタンパク質を用いて、LSRの発現をウェスタンブロット法で検討した。その結果、正常卵巣組織と比較して卵巣明細胞腺癌、卵巣漿液性腺癌においてLSRが高発現している事が明らかになった。GAPDHは対照群を示す。
結果を図３０に示す。図３０に示すように、卵巣癌原発部位でLSRが発現していることが確認された。
また、原発部位以外の転移部位でも発現しているかも確認した。以下にそのプロトコールを示す。なお、LSRの免疫染色は、本実施例において上述の手法と同様の手法を用いた。すなわち、LSRの発現を免疫組織化学染色により解析した。1次抗体はcloud clone社(PAD744Hu01)を使用し、Dako ChemMate ENVISION Kit/HRP (DAB)-universal kit (K5007)を用いて染色した。
結果を図３１〜３２に示す。これらの図に示されるように、原発部位以外に転移部位でも発現していることが示される。これらのことから、これはLSR抗体医薬が原発の卵巣癌だけでなく転移部位にも抗腫瘍効果を示すことが期待することができることが理解される。
次に、LSRの発現を他の細胞でも発現するかどうかを確認した（図３３〜３５）。これらには、早期の卵巣明細胞腺癌における発現、卵巣がん以外の腺癌である胃癌、胃癌の印環細胞癌が含まれる。LSRの免疫組織化学染色は上述と同様の手法で行った。具体的にはLSRの発現を免疫組織化学染色により解析した。1次抗体はcloud clone社(PAD744Hu01)を使用し、Dako ChemMate ENVISION Kit/HRP (DAB)-universal kit (K5007)を用いて染色した。。
結果を図３３−３５に示す。図３３に示されるように、LSRは早期の卵巣明細胞腺癌においても発現することが示された。図３４に示すように、LSRは卵巣癌以外の腺癌として、胃癌でも発現することが示された。また、図３５に示されるように、LSRは胃癌の印環細胞癌においても発現することが示された。これらから、卵巣癌においては、早期でも治療に使用し得ること、および胃癌等の他の腺癌でも治療可能性があることが理解される。
次に、予後不良について調べた。LSRを高発現する卵巣漿液性腺癌は低発現群と比較して予後不良であるかどうかを確認するために、LSRの発現の高低に基づいて卵巣漿液性腺癌患者および卵巣明細胞腺癌の予後を調べた。卵巣漿液性腺癌についてLSRの発現の強い患者の症例を２１例、弱い患者の症例を１２例調査し、卵巣明細胞腺癌のLSRの発現の強い患者を２７例、弱い患者を２４例調べた。結果を図３８に示す。図３８に示すように、LSRを高発現する卵巣漿液性腺癌は低発現群と比較して予後不良であるということが分かった。
（エピトープ解析）
PepStarTMペプチドマイクロアレイはJPT Peptide Technologies (GmbH)より入手したガラススライド上に作成した。LSRの細胞外ドメインの領域に対して、10アミノ酸ずつオーバーラップした15-merのオーバーラッピングペプチドを合成し、ガラススライドに固相化した。精製リコンビナント抗体のペプチドへの結合は説明書に従って実施したが一部変更点を含めた(www.jpt.com)。一次抗体は1.0 μg/mLの濃度で反応させ、TBST(50 mM TBS-buffer including 0.1% Tween20, pH 7.2)でガラススライドを洗浄した。次に、Cy5標識ヤギ抗ニワトリIgY (Jackson Immuno Research)を用いて反応し、TBSTで5回、ガラススライドをddH2Oで5回洗浄した。ガラススライドはアルゴンガスを穏やかに吹き付けることで乾燥させた。蛍光シグナルはGenePix 4200AL scanner (Molecular Devices)を用いて、10 μmの解像度で検出した。
結果を図３９に示す。図３９に示すように、エピトープは２種類あり、アミノ酸１１６−１３５（抗体＃９−７、１−２５、１６−６、２６−２、１−４３が該当）およびアミノ酸２１６−２３０（抗体＃２７−６が該当）があることが判明した。
（交叉反応）
抗LSR抗体がマウスLSRと交差反応することを調べるため、COS7細胞にマウスLSR発現ベクターあるいはコントロールベクターをトランスフェクションし、本実施例で調製される抗LSR抗体各種クローンとの反応性をFACSにて解析した。結果を図４０に示す。その結果、いずれのクローンもマウスLSRと交差反応を示すことが明らかとなった。このように、抗LSR抗体がマウスLSRと交差することは、安全性試験の動物にマウスを用いることが出来る事になる。実際の急性毒性試験は図５２以降で実施しているのでこれらを参照されたい。
2.6 免疫組織化学染色法によるLSRの発現解析
卵巣漿液性腺癌組織、および子宮内膜癌組織のパラフィン包埋組織の薄切に対して、脱パラフィン処理、アルコールによる脱水を行った。次に、抗LSR抗体（#1-25、または#9-7）を用いて、ABC法で、LSRに対する免疫組織化学染色を行った。その結果を図15〜17に示す。卵巣漿液性腺癌組織、および子宮内膜癌組織においてLSRが腫瘍部位に高発現していた。
正常凍結組織アレイを用いた免疫組織化学染色
FDA standard human tissue microarray(T6234701-2,Biochain)を抗LSR抗体#1-25を用いて免疫組織化学染色を実施した。各種正常組織の内、肝臓と精巣にてLSRの発現が見られた（図３６，３７）。
結合定数の算出
RMG-I細胞に対して、各種抗LSR抗体を様々な濃度で反応させ、ヤギ抗マウスIgG-FITC (Southern Biotech, Birmingham, AL, USA)を用いて染色し、FACSCanto II cytometer (Becton Dickinson)を用いて解析した。FITCの蛍光強度はGraphPadPrism Software Version 6.0 for Windows (GraphPad Software Inc., San Diego, CA, USA)を用いてKD値を解析した。結果を図３７Ｂに示す。作製したLSR抗体の結合能をFACSで解析したところ、結合能の高い抗体が得られた。この中で最も結合能が高いクローン2種類を用いて以後の解析に用いた。（図３７Ｂ）。＃９−７はＫＤ＝２．５２ｎＭ、＃１−２５はＫＤ＝２．０３ｎＭ、＃１６−６はＫＤ＝２．３３ｎＭ、＃２６−２はＫＤ＝４．０４ｎＭ、＃２７−６はＫＤ＝４．２９ｎＭ、＃１−４３はＫＤ＝２４．６２ｎＭであった。
細胞周期解析
卵巣明細胞線癌（RMG-I）を6ウェルプレートに15,000cells/wellまき、37℃のCO2インキュベーターにて一晩インキュベートした。培養上清を捨て、RPMI 1640 medium (1% FBS, 1% penicillin-streptomycin含有)で希釈した100μg/mlの抗LSR抗体あるいはマウスIgG2aを2mL/wellずつ加えた。96時間後にCycle Test Plus DNA Reagent kits (BD Biosciences)を用いて細胞周期解析を行った。
ウェスタンブロット
卵巣明細胞線癌（RMG-I）を6ウェルプレートに15,000cells/wellまき、37℃のCO2インキュベーターにて一晩インキュベートした。培養上清を捨て、RPMI 1640 medium (1% FBS, 1% penicillin-streptomycin含有)で希釈した100μg/mlの抗LSR抗体あるいはマウスIgG2aを2mL/wellずつ加えた。96時間後にRIPA buffer (10 mM Tris-HCl,pH 7.5, 150 mM NaCl, 1% Nonidet P-40, 0.1% sodiumdeoxycholate, 0.1% SDS, 1× phosphatase inhibitorcocktail (Nacalai Tesque) and 1× protease inhibitorcocktail (Nacalai Tesque))を用いてタンパク質抽出を行い、ウェスタンブロット法によりタンパク質発現差の解析を行った。一次抗体は以下のものを用いた。抗LSR抗体(sc-133765)、抗GAPDH抗体(sc-25778) (Santa Cruz Biotechnology (Santa Cruz, CA))、抗cyclin D1抗体(#2926), 抗p27抗体(#3686), 抗phospho-Rb(Ser780)抗体(#9307), 抗phospho-Rb抗体(Ser807/811) (#9308)、抗Rb抗体(#9313), 抗phospho-p44/42 MAPK(Erk1/2) (Thr202/Tyr204)抗体(#4370), 抗p44/42 MAPK (Erk1/2)抗体(#4695), 抗phospho-MEK1/2 (Ser217/221) 抗体(#9154)、抗MEK1/2抗体(#9126) (Cell Signaling Technology)
＜実施例3＞LSR陽性悪性腫瘍の増殖抑制
3.1 抗LSR抗体による増殖阻害アッセイ
卵巣明細胞線癌（RMG-I）を96ウェルプレートに1000cells/wellまき、37℃のCO2インキュベーターにて一晩インキュベートした。96ウェルプレートの細胞上清を捨て、抗LSR抗体（#9-7、または#1-25）の希釈液（0μg/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml）を100μL/wellずつ加えた。72時間後にWST-8アッセイ法によって細胞増殖アッセイを行った。また、コントロールとして、非抗LSR抗体であるマウスIgG2（biolegend社、400224、MOPC-173）を使用した。結果を図18、19に示す。抗LSR抗体を接触させることによって、卵巣癌細胞（RMG-I）の増殖が抑制された。
卵巣明細胞線癌（A2780）を96ウェルプレートに1000cells/wellまき、37℃のCO2インキュベーターにて一晩インキュベートした。96ウェルプレートの細胞上清を捨て、抗LSR抗体（#9-7、または#26-2）の希釈液（1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml）を100μL/wellずつ加えた。72時間後にWST-8アッセイ法によって細胞増殖アッセイを行った。また、コントロールとして、非抗LSR抗体であるマウスIgG2（biolegend社、400224、MOPC-173）を使用した。結果を図20に示す。抗LSR抗体を接触させることによって、卵巣癌細胞（A2780）の増殖が抑制された。
細胞周期解析
卵巣明細胞線癌（RMG-I）を6ウェルプレートに15,000cells/wellまき、37℃のCO2インキュベーターにて一晩インキュベートした。6ウェルプレートの細胞上清を除き、RPMI 1640 培地(1% FBSおよび1% penicillin-streptomycin含有)で100μg/mlの濃度に希釈した抗LSR抗体（#1-25）を2mL/wellずつ加えた。また、コントロールとして、非抗LSR抗体であるマウスIgG2（biolegend社、400224、MOPC-173）を使用した。抗体添加後、96時間後にCycle Test Plus DNA Reagent kits (BD Biosciences)を用いて細胞内のDNAを染色し、FACSCanto flow cytometerを用いて細胞周期解析を実施した。
結果図４１に示す。抗LSR抗体を接触させることによって、卵巣癌細胞（RMG-I）の細胞周期がコントロール抗体処理群と比較し、S期およびG2/M期の有意な減少、G0/G1期の有意な上昇が認められた。
ウェスタンブロット解析
卵巣明細胞線癌（RMG-I）を6ウェルプレートに15,000cells/wellまき、37℃のCO2インキュベーターにて一晩インキュベートした。6ウェルプレートの細胞上清を除き、RPMI 1640 培地(1% FBSおよび1% penicillin-streptomycin含有)で100μg/mlの濃度に希釈した抗LSR抗体（#1-25）を2mL/wellずつ加えた。また、コントロールとして、非抗LSR抗体であるマウスIgG2（biolegend社、400224、MOPC-173）を使用した。抗体添加後、72時間後にタンパク質を抽出し、ウェスタンブロット法により細胞周期に関連するタンパク質の発現変動を各種抗体(anti-cyclin D1 (#2926), anti-p27 (#3686), anti-phospho-Rb(Ser780) (#9307), anti-phospho-Rb (Ser807/811) (#9308), anti-Rb (#9313), anti-phospho-p44/42 MAPK (Erk1/2) (Thr202/Tyr204) (#4370), anti-p44/42 MAPK (Erk1/2) (#4695), anti-phospho-MEK1/2 (Ser217/221)(#9154),anti-MEK1/2 (#9126) (Cell Signaling Technology)を用いて解析した。
結果を図４２に示す。コントロール抗体と比較し、 抗 LSR抗体を接触させることによって、卵巣癌細胞（ 卵巣癌細胞（RMG -I）において CyclinD1の発現減少、 p27 の発現上昇が認められた。さらphospho-Rb(Ser780) (#9307)およびphospho-Rb (Ser807/811)のリン酸化レベル減少も認められた。細胞増殖に関係するキナーゼとして、phospho-MEK1/2 (Ser217/221) および phospho-p44/42 MAPK (Erk1/2) （Thr202/Tyr204)のリン酸化レベル減少も認められた。
以上の結果は、抗LSR抗体が直接的に悪性腫瘍細胞の増殖を抑制したことを示しており、驚くべき結果であった。このメカニズムとしては、例えば、抗LSR抗体が悪性腫瘍細胞に結合することによって、悪性腫瘍細胞の細胞塊が形成された結果、細胞分裂が抑制されたということが考えられる。
3.2 エピトープ解析
上記2.4で得られた抗LSR抗体について、上述のようにエピトープを解析して具体的に同定した。また、エピトープを特定した抗LSR抗体について、LSR陽性悪性腫瘍の増殖抑制効果を調べる。その結果、特定のエピトープを認識する抗LSR抗体は、他のエピトープを認識する抗LSR抗体に比べて、顕著にLSR陽性悪性腫瘍の増殖を抑制すると理解される。
3.3 siRNAによる増殖阻害アッセイ
卵巣漿液性腺癌細胞（OVSAHO）を96ウェルプレートに1000cells/wellまき、37℃のCO2インキュベーターにて一晩インキュベートした。96ウェルプレートの細胞上清を捨て、lipofectamine2000でsiRNAをトランスフェクションした。120時間後にWST-8アッセイ法によって細胞増殖アッセイを行った。LSR siRNA、およびnegative control siRNAはQIAGEN社より入手した。LSR siRNAは、LSR mRNAに相補的なRNA配列（LSR siRNA 1:配列番号9、LSRsiRNA 2:配列番号10）を有している。結果を図21に示す。LSR siRNAを接触させることによって、卵巣癌細胞（OVSAHO）の増殖が抑制された。
3.4 脂質代謝関係
実施例に記載のLSR安定発現細胞では脂質（コレステロール）の取り込みが亢進するかどうかを確認し、VLDL代謝を亢進させるかどうかを確認したのち、LSR抗体投与下により、VLDLによる代謝の亢進が阻害されるかどうかを確認した。
以下にプロトコールを示す。
SKOV3の空ベクター株(EMP1)とLSR強制発現株(L45)を用いて脂質定量を行った。Low concentrationは10cm dish当たり5×105、High concentrationは5×105 cellsを撒き48時間培養した。培地交換は行わなかった。PBSに懸濁した細胞からメタノール＋クロロホルム混合液を添加し、遠心することで下層の有機層を回収し、脂質抽出を行った。脂質定量は、ラボアッセイTMトリグリセライド(GPO・DAOS法、和光純薬株式会社)、ラボアッセイTMコレステロール(コレステロールオキシダーゼ・DAOS法、和光純薬株式会社)、リン脂質C-テストワコー(コリンオキシダーゼ・DAOS法、和光純薬株式会社)を用いて行った。VLDLによる代謝亢進については細胞外フラックスアナライザーXFe24(プライムテック株式会社)を用いて測定した。bufferのGlucoseを抜き、Glutamineを追加し、抗体量を10ug/ml→100ug/mlに増量した上でassayした。
その結果、day1でHighはconf:100%、Lowは50-60%であり、day2でHighは100%、Lowは70%であった。
その結果を図22〜24に示す。図22に示すように、実施例に記載のLSR安定発現細胞では脂質（コレステロール）の取り込みが亢進した。図23に示すように、実施例に記載のLSR安定発現細胞では高密度培養で脂質（コレステロール）の取り込みが亢進した。図24に示すように、実施例に記載のLSR発現はVLDL代謝を亢進させるが、LSR抗体(＃9-7)投与下により、VLDLよる代謝の亢進が阻害された。＃１−２５でも代謝亢進の阻害は幾分みられるものの、その程度は＃9-7よりも少なかった。理論に束縛されることを望まないが、この相違は、クローンによるエピトープの認識部位の違いによるものと考えられる。
＜実施例4＞抗LSRモノクローナル抗体によるマウスでの抗腫瘍効果の解析
Scidマウス（6週齢、メス）皮下に卵巣明細胞腺癌細胞株RMG-Iを1x106cells/100μl (PBS:マトリゲル=1:1)で移植した。移植後14日目にマウスを2群に分け、抗LSR抗体（#1-25）あるいはisotype control抗体（MouseIgG2a、M7769、Sigma）を10mg/kg週2回の頻度で計6回、腹腔内に投与した（図25）。RMG-I移植マウスは抗体投与開始後25日目に解剖し、腫瘍重量も計測した。腫瘍体積=長径x短径x高さより計算した。
腫瘍体積を測定した結果、抗LSR抗体投与群ではcontrol IgG投与群に対してin vivoでの腫瘍の増殖に対して有意な阻害効果を示した（図26-28）。また、腫瘍重量においても有意な差が認められた。
＜実施例５＞抗LSRモノクローナル抗体によるマウスでの抗腫瘍効果の解析
NOD/Scidマウス（6週齢、メス）皮下に卵巣明細胞腺癌細胞株RMG-Iを1x106cells/100μl (PBS:マトリゲル=1:1)で移植した。移植後14日目にマウスを2群に分け、抗LSR抗体（#1-25）あるいはisotype control抗体（MouseIgG2a、M7769、Sigma）を10mg/kg週2回の頻度で計6回、腹腔内に投与した（図４３）。RMG-I移植マウスは抗体投与開始後25日目に解剖し、腫瘍重量も計測した。腫瘍体積=長径x短径x高さより計算した。
腫瘍体積を測定した結果、NOD/Scidマウスにおいて抗LSR抗体投与群ではcontrol IgG投与群に対してin vivoでの腫瘍の増殖に対して有意な阻害効果を示した（図４４）。腫瘍重量においても有意な差が認められた。
また、腫瘍組織を抗Ki-67抗体で免疫組織化学染色を行った結果、control IgG投与群と比較して抗LSR抗体投与群ではKi-67陽性細胞数の有意な減少が認められたことから、抗LSR抗体はin vivoにおいて細胞周期の停止を誘導する活性を示していることが明らかとなった。（図４５）。
＜実施例６＞抗LSRモノクローナル抗体によるマウスでの抗腫瘍効果の解析
Scidマウス（6週齢、メス）皮下にLSR陰性の卵巣漿液性腺癌細胞株であるSKOV3にLSRを安定発現させたSKOV3-L45あるいは空ベクターを遺伝子導入したSKOV3-E1を5x105cells/100μl (PBS:マトリゲル=1:1)で移植した。移植後14日目にマウスを2群に分け、抗LSR抗体（#1-25）あるいはisotypecontrol抗体（MouseIgG2a、M7769、Sigma）を10mg/kg一日おきの頻度で計8回、腹腔内に投与した（図４６）。マウスは抗体投与開始後18日目に解剖し、腫瘍重量も計測した。腫瘍体積=長径x短径x高さより計算した。
腫瘍体積を測定した結果、SKOV3-L45移植Scidマウスにおいて抗LSR抗体投与群ではcontrol IgG投与群に対してin vivoでの腫瘍の増殖に対して有意な阻害効果を示した（図４７）。一方、LSR陰性のSKOV3-E1を移植したマウスの腫瘍体積には有意な差は認められなかった（図４７）。腫瘍重量においても同様の結果が得られた（図４８）。このことから、抗LSR抗体による抗腫瘍効果が発揮されるには腫瘍細胞にLSRが発現している必要があることが示唆された。
SKOV3-L45移植ScidマウスおよびSKOV3-E1移植Scidマウスの腫瘍を摘出し、電子顕微鏡法により、脂肪滴の観察を行った。その結果、SKOV3-E1移植腫瘍組織と比較し、SKOV3-L45移植組織において脂肪滴の蓄積が多く認められた（図４９）。LSR安定発現細胞株とコントロールベクター発現細胞株において、VLDL投与後の脂肪滴を比較したところ、LSR発現細胞株において、脂肪滴が大きく数も多いことが確認された。
抗LSR抗体がLSRに結合し、細胞内にinternalizeする活性を示すことを調べるため、CypHer 5E mono NHS ester dye (GE Healthcare)を用いて抗体標識を調製し、アッセイに用いた。LSR陽性細胞株SKOV3-L45細胞株およびLSR陰性細胞株SKOV3-E1とCypHer 5E標識抗体を3時間インキュベートし、In cell analyzer 2000にて観察した。その結果、#9-7, #1-25, #16-6, #26-2, #27-6いずれのクローンもinternalizeする活性を示した。（図５０、５２）図５０は、抗体に抗がん剤をコンジュゲートするとantibody-drug conjugate(ADC)として応用可能なことを示している。図５１は、抗体に抗がん剤をコンジュゲートするとantibody-drug conjugate(ADC)として応用可能なことを示している。
これらの実験については、以下の通り行った。RMG-Iを皮下移植したNOD/SCIDマウスにコントロール抗体あるいは抗LSR抗体#1-25を投与したマウスより摘出した腫瘍組織よりホルマリン固定、パラフィン包埋ブロックを作成し、Ki67の発現を免疫組織化学染色により解析した。1次抗体はLeica biosystems社(NCL-L-Ki67-MM1)を使用し、Dako ChemMate ENVISION Kit/HRP (DAB)-universal kit (K5007)を用いて染色した。それぞれの視野のKi-67陽性細胞の割合を計算した結果、コントロール抗体投与群と比較し、抗LSR抗体#1-25投与群ではKi-67陽性細胞の割合の有意な減少が認められたことから、抗LSR抗体#1-25を投与することでin vivoでも細胞周期停止を誘導することが示唆された。
（実施例７：安全性試験）
次に、本発明の抗体について安全性試験を行った。抗LSR抗体 #1-25はマウスLSRとも交差反応を示すため、マウスに投与したときの急性毒性試験を実施した。C57BL/6J(8w)マウスの雄、雌それぞれにマウスIgG2a(sigma, M7769)あるいは抗LSR抗体 #1-25を1mg腹腔内投与し、7日目にマウスを解剖し、脳、心臓、腎臓、肝臓、肺、脾臓を摘出しHE染色による病理解析を実施した。また、採血を行い、自動血球計測装置(VetScan HMII)、動物用生化学血液分析器(VetScanVS2)を用いて解析した(図５２)。その結果、血球数のデータにおいて両者に有意な変化は認められなかった(図５３、５４)。同様に血液生化学データにおいても両者に有意な変化は認められなかった(図５５、５６)。このことから抗LSR抗体 #1-25は毒性が少なく安全性が高いことが理解される。
以上の実施例1-4は、(i)悪性腫瘍細胞に抗LSR抗体を接触させると、悪性腫瘍細胞の増殖が抑制されること、(ii)悪性腫瘍細胞にLSRアンタゴニストを作用させると、悪性腫瘍細胞の増殖が抑制されること、(iii)悪性腫瘍患者に抗LSR抗体を投与することによって悪性腫瘍の治療ができること、(vi)悪性腫瘍患者にはLSR陽性患者がいる一方で、LSR陰性患者も一定数存在していること、(v)LSRを標的とした悪性腫瘍の治療においては、悪性腫瘍患者におけるLSR陽性の有無を治療前に診断することが重要であること等を示している。
以上、本発明を実施例に基づいて説明した。この実施例はあくまで例示であり、種々の変形例が可能なこと、またそうした変形例も本発明の範囲にあることは当業者に理解されるところである。
以上のように、本発明の好ましい実施形態を用いて本発明を例示してきたが、本発明は、特許請求の範囲によってのみその範囲が解釈されるべきであることが理解される。本明細書において引用した特許、特許出願および文献は、その内容自体が具体的に本明細書に記載されているのと同様にその内容が本明細書に対する参考として援用されるべきであることが理解される。本願は、日本国特許出願２０１３−２７２０８４（２０１３年１２月２７日出願）に対して優先権を主張するものであり、それらの内容は、その内容自体が具体的に本明細書に記載されているのと同様にその内容が本明細書に対する参考として援用されるべきであることが理解される。
悪性腫瘍マーカーおよび悪性腫瘍制御技術が提供され、悪性腫瘍の診断、治療および予防に関連する技術に関与する産業（試薬、製薬等）において利用可能な技術が提供される。
配列番号１：抗ＬＳＲ抗体９−７配列
配列番号２：抗ＬＳＲ抗体１６−６配列
配列番号３：抗ＬＳＲ抗体２６−２配列
配列番号４：抗ＬＳＲ抗体２７−６配列
配列番号５：抗ＬＳＲ抗体１−２５配列
配列番号６：抗ＬＳＲ抗体１−４３配列
配列番号７：ヒトＬＳＲタンパク質配列（ＮＰ＿９９１４０３．１）
配列番号８：ヒトＬＳＲ核酸配列（ＮＭ＿２０５８３４．３）
配列番号９：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ １のコア配列（ガイド配列）
配列番号１０：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ ２コア配列（ガイド配列）
配列番号１１：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ １のコア配列（ガイド配列）のアンチセンス配列
配列番号１２：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ ２コア配列（ガイド配列）のアンチセンス配列
配列番号１３：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ １のセンス全長配列
配列番号１４：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ ２のセンス全長配列
配列番号１５：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ １のアンチセンス全長配列
配列番号１６：ＬＳＲ ｓｉＲＮＡ ２のアンチセンス全長配列
配列番号１７：ＬＳＲフォワードプライマー配列
配列番号１８：ＬＳＲリバースプライマー配列
配列番号１９：β−アクチンフォワードプライマー配列
配列番号２０：β−アクチンリバースプライマー配列

Claims (15)

  1. LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）の抑制剤を含む、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断された患者における該LSR陽性悪性腫瘍の治療薬であって、該抑制剤は、抗LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）抗体またはその抗原結合性断片を含み、該抗LSR抗体は、配列番号７の１１６〜１３４位および／または２１６〜２３０位をエピトープとして有し、該LSR陽性悪性腫瘍が卵巣癌を含む、LSR陽性悪性腫瘍の治療薬。
  2. 前記抗LSR抗体は、VLDLによる亢進阻害能をも有する抗体である、請求項１に記載の悪性腫瘍の治療薬。
  3. 前記抗LSR抗体は、
    (a)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号1の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (b)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号2の31〜35位、50〜66位、99〜103位、152〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (c)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号3の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (d)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号4の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (e)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号5の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、および
    (f)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号6の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    からなる群から選ばれる1種以上の抗体、あるいは該抗体の変異体であって、該変異体において該抗体のフレームワークに１または数個の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まない、変異体である、請求項１または２に記載の治療薬。
  4. 前記抗LSR抗体の抗体クラスは、IgGである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の治療薬。
  5. 前記抗LSR抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー、sc（Fv）2（single chain（Fv）2）、およびscFv−Fcから選択される抗体である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の治療薬。
  6. 前記抗LSR抗体は、1.0×10 -7 Ｍ以下の結合定数でLSRに結合する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の治療薬。
  7. 前記卵巣癌は、再発性卵巣癌である、請求項１に記載の治療薬。
  8. 前記悪性腫瘍は早期卵巣癌である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の治療薬。
  9. 前記卵巣癌は、卵巣漿液性腺癌または卵巣明細胞腺癌である、請求項１に記載の治療薬。
  10. LSRの検出剤を含む、悪性腫瘍を有する患者において、LSRを標的とした悪性腫瘍治療が有効であるかどうか判断するためのコンパニオン診断薬であって、該LSRの検出剤は抗LSR抗体またはその抗原結合性断片を含み、該抗LSR抗体は、配列番号７の１１６〜１３４位および／または２１６〜２３０位をエピトープとして有し、該LSR陽性悪性腫瘍が卵巣癌を含む、コンパニオン診断薬。
  11. (a)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号1の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (b)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号2の31〜35位、50〜66位、99〜103位、152〜165位、182〜188位、および221〜230位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (c)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号3の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (d)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号4の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    (e)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号5の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、および
    (f)重鎖CDR1、2、3、軽鎖CDR1、2、および3が、それぞれ配列番号6の31〜35位、50〜66位、99〜104位、153〜165位、182〜188位、および221〜229位で示されるアミノ酸配列を含む抗体、
    からなる群から選ばれる1種以上の抗体、あるいは該抗体の変異体であって、該変異体において該抗体のフレームワークに１または数個の置換、付加もしくは欠失を含むが、該CDRには変異を含まない、変異体。
  12. 前記抗LSR抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多機能抗体、二重特異性またはオリゴ特異性（oligospecific）抗体、単鎖抗体、scFV、ダイアボディー、sc（Fv）2（single chain（Fv）2）、およびscFv−Fcから選択される抗体である、請求項１１に記載の抗体または該抗体の変異体。
  13. 配列番号７の２１６〜２３０位をエピトープとして有する、抗LSR抗体またはその抗原結合性断片。
  14. さらに細胞殺傷性薬剤を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の治療薬。
  15. LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）の結合剤を含む、LSR陽性悪性腫瘍を発症していると判断された患者における該LSR陽性悪性腫瘍の治療の予後不良の診断剤であって、該結合剤は、抗LSR（Lipolysis stimulated lipoprotein receptor）抗体またはその抗原結合性断片を含み、該LSR陽性悪性腫瘍が卵巣癌を含む、診断剤。
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