JP6189600B2 - T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 - Google Patents
T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6189600B2 JP6189600B2 JP2013019288A JP2013019288A JP6189600B2 JP 6189600 B2 JP6189600 B2 JP 6189600B2 JP 2013019288 A JP2013019288 A JP 2013019288A JP 2013019288 A JP2013019288 A JP 2013019288A JP 6189600 B2 JP6189600 B2 JP 6189600B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- cell population
- gene
- sequence
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Lifetime
Links
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 title claims description 138
- 101150097493 D gene Proteins 0.000 title claims description 15
- 101150008942 J gene Proteins 0.000 title claims description 15
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 title claims description 9
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 title claims description 9
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 title description 32
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 145
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 123
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 109
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 109
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 87
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 85
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 74
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 64
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 48
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 35
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 24
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 21
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 claims description 14
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 claims description 14
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 14
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 claims description 14
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 claims description 13
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 11
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 claims description 11
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims description 9
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 8
- 101150117115 V gene Proteins 0.000 claims description 8
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 claims description 5
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 4
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 claims description 2
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 claims description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 100
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 42
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 32
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 21
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 20
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 18
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 16
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 16
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 16
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 16
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 14
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 12
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 10
- 239000000463 material Substances 0.000 description 10
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 10
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 8
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 8
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 8
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 6
- 238000013461 design Methods 0.000 description 5
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 5
- 210000000066 myeloid cell Anatomy 0.000 description 5
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 5
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 4
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 4
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 4
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 4
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 3
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 3
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 3
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 3
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 241000272517 Anseriformes Species 0.000 description 2
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 2
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 description 2
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 description 2
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 2
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 2
- 210000004880 lymph fluid Anatomy 0.000 description 2
- -1 moieties Substances 0.000 description 2
- 108091035233 repetitive DNA sequence Proteins 0.000 description 2
- 102000053632 repetitive DNA sequence Human genes 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 235000014698 Brassica juncea var multisecta Nutrition 0.000 description 1
- 235000006008 Brassica napus var napus Nutrition 0.000 description 1
- 240000000385 Brassica napus var. napus Species 0.000 description 1
- 235000006618 Brassica rapa subsp oleifera Nutrition 0.000 description 1
- 235000004977 Brassica sinapistrum Nutrition 0.000 description 1
- 241000282421 Canidae Species 0.000 description 1
- 241000824799 Canis lupus dingo Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 241000938605 Crocodylia Species 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 241000271571 Dromaius novaehollandiae Species 0.000 description 1
- 241000792859 Enema Species 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000283074 Equus asinus Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 102000006395 Globulins Human genes 0.000 description 1
- 108010044091 Globulins Proteins 0.000 description 1
- 101150033506 HOX gene Proteins 0.000 description 1
- 240000005979 Hordeum vulgare Species 0.000 description 1
- 235000007340 Hordeum vulgare Nutrition 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000029462 Immunodeficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 102000012745 Immunoglobulin Subunits Human genes 0.000 description 1
- 108010079585 Immunoglobulin Subunits Proteins 0.000 description 1
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 1
- 208000028018 Lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 241000289619 Macropodidae Species 0.000 description 1
- 101150076359 Mhc gene Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 201000003793 Myelodysplastic syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- 208000037581 Persistent Infection Diseases 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 108091027568 Single-stranded nucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000271567 Struthioniformes Species 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000209140 Triticum Species 0.000 description 1
- 235000021307 Triticum Nutrition 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 1
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 1
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 1
- 208000017733 acquired polycythemia vera Diseases 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000006472 autoimmune response Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 230000002146 bilateral effect Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009583 bone marrow aspiration Methods 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- 230000009668 clonal growth Effects 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000007920 enema Substances 0.000 description 1
- 229940095399 enema Drugs 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 1
- 238000000265 homogenisation Methods 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 210000002861 immature t-cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000003669 immune deficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 230000007813 immunodeficiency Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 208000003747 lymphoid leukemia Diseases 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 1
- 230000010309 neoplastic transformation Effects 0.000 description 1
- 210000004882 non-tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 150000003014 phosphoric acid esters Chemical class 0.000 description 1
- 239000002504 physiological saline solution Substances 0.000 description 1
- 208000037244 polycythemia vera Diseases 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 244000144977 poultry Species 0.000 description 1
- 235000013594 poultry meat Nutrition 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 108700022487 rRNA Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000008521 reorganization Effects 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 210000005212 secondary lymphoid organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Description
用語「含む」とその活用形は本明細書と付属の特許請求の範囲では終始、文脈上別段の解釈が必要な場合を除き、表示の完全体(群)またはステップ(群)の包含を示唆するものとするが、任意の他の完全体(群)またはステップ(群)の排除を示唆するものではない。
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数の増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ上流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
(iii)ステップ(i)および(ii)を反復するステップであって、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ下流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが該反復配列ファミリーの上流側メンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするステップ;
を含む方法を提供する。
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数の増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーが上流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択され、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第1および第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
を含む方法を提供する。
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数のポリメラーゼ連鎖増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ上流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
(iii)ステップ(i)および(ii)を反復するステップであって、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ下流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが該反復配列ファミリーの上流側メンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするステップ;
を含む方法が提供される。
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数のポリメラーゼ連鎖増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーが上流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択され、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第1および第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
を含む方法を提供する。
本発明は、マーカー核酸領域、特に着目のクローン細胞集団に特有のマーカー核酸領域を解析する単純ながらもきわめて正確な方法の開発を土台にしている。特にマーカー核酸領域は該マーカー領域に近接する核酸領域から正確に特性解析することができるし、その日常的に解析するのも容易になると判明している。この方法は、マーカー核酸領域が特徴的反復配列ファミリーのメンバーを近接させていて、該メンバーが実際の核酸配列を互いに異にするような場合に、特に有益である。その場合にはこれは、試験サンプル中に存在する可能性のある非マーカー・バックグラウンド配列を減らし、もってクローン細胞集団の増殖を特徴とする疾患の進行の監視、被検者の寛解状態から疾患状態への再発可能性の予見、または既存治療薬および/または新治療薬の有効性の評価を容易にする手段をもたらす。
該マーカー核酸領域は好ましくはマーカーDNA領域である。
好ましくは、該クローン細胞はリンパ系細胞であり、該マーカーは再編成可変領域遺伝子断片である。
(i)固体表面たとえばチップまたはスライド上に配列された一連のプローブに対する多数の並行ハイブリダイゼーション反応を利用するマイクロアレイ技術。各個別プローブ、またはプローブのサブセットは近接配列ファミリーの異なる個別メンバーに対し特異性を有する。マーカー配列に近接するファミリー・メンバーはハイブリダイゼーションのパターンを判定することにより、通常はハイブリダイゼーションを示す最端3’Vファミリープローブとして、ハイブリダイゼーションを示す最端5’Jファミリープローブとして、また最大のハイブリダイゼーションを示すDプローブとして、同定することができる。
(iii)近接配列を直接決定するDNA配列解析。
好ましい一実施態様では、本発明は、クローン細胞集団に特有でありかつ片側または両側に特徴的反復配列ファミリーのメンバーを近接させているマーカー核酸配列領域を解析する方法であって、
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数の増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ上流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
(iii)ステップ(i)および(ii)を反復するステップであって、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ下流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが該反復配列ファミリーの上流側メンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするステップ;
を含む方法を提供する。
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数の増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーが上流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択され、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第1および第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
を含む方法を提供する。
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数のポリメラーゼ連鎖増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ上流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
(iii)ステップ(i)および(ii)を反復するステップであって、第1プライマーがすべての反応に共通しかつ下流側近接配列の保存領域を対象とし、また第2プライマーが該反復配列ファミリーの上流側メンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするステップ;
を含む方法が提供される。
(i)該クローン細胞集団に由来する核酸分子の多数のポリメラーゼ連鎖増幅反応を促進するステップであって、該増幅反応には、第1プライマーが上流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択され、また第2プライマーが下流側反復配列ファミリーのメンバーに対して各々特異的であるようなプライマーの群より選択されることを特徴とするプライマー対が使用されるステップ;
(ii)該第1および第2プライマーのうち該近接配列の増幅を促進するものを同定するステップ;
を含む方法を提供する。
増幅反応を実施しどの反応が増幅産物を生成する結果になったかを特定するための手段は技術上周知であろう。
(i)これによって同定される近接配列を従えた核酸物質を得るために、生物学的サンプルに由来する核酸集団を濃縮する手段。そうした濃縮技術は、生物学的サンプルが高度に不均一の細胞型を含む場合に特に有益である。
該細胞集団は腫瘍細胞集団であり、該疾患は悪性または非悪性腫瘍性疾患であるのが最も好ましい。
別の最も好ましい実施態様では、該細胞集団は免疫細胞集団であり、該疾患は望ましいまたは望ましくない免疫反応または免疫不全疾患たとえばAIDSである。
さらに別の好ましい実施態様では、該クローン集団は微生物集団であり、該疾患は感染症である。
本発明のさらなる特徴を以下の非限定的な実施例でもっと詳しく説明する。
治療時の白血病定量化を説明するための流れ図:
出発物質−1個〜非常に多数個の細胞にわたる多様な大きさのポリクローン性リンパ球集団。各クローンは1/>50個のV断片、1/>30個のD断片および1/6個のJ断片を特徴とする。解析用の白血性クローンは未知のV、DおよびJ断片(たとえば引数V23、D7およびJ4)を有する。
出発物質を対象とした、V23およびJ4プライマーによる増幅反応。
↓
V23およびJ4増幅物質を対象とした、D7およびJ4プライマーによる増幅反応。
↓
増幅物質は大体が、または全部が、V23、D7およびJ4を特徴とするクローンだけに由来する。従って、白血病細胞由来の物質が大幅に濃縮される結果となる。
↓
定量的PCR法により、および/または電気泳動法またはクロマトグラフィーなどのような方法を用いた鎖長および/または配列の解析により、増幅物質のマーカー領域を解析して出発物質中の白血性クローンを検出および/または定量する。
解析対象の物質から多数の増幅反応を設計するが、各反応には異なるプライマー対を使用する(通常、各プライマー対はV、J各1個であるが、V、D各1個でも、D、J各1個でもよい)。
↓
定量的PCR法により、および/または電気泳動法またはクロマトグラフィーなどのような方法を用いた鎖長および/または配列の解析または異なるプライマー対を使用するさらなる多重増幅反応により、増幅を示す各反応の増幅物質のマーカー領域を解析する。
J、VおよびD領域同定のためのプロトコール
J領域のスクリーニング:
−TaqManプローブMJB2
−チューブ(各チューブ×2)あたり10ngの診断用DNAを使用
−3A−J1,J1dup,J2,J2dup,……J6,J6dup
−チューブは対照を含めて28本
−ファイルに従い92℃15秒、58℃1分を45サイクルの設定で定量的PCRを実施
−関連トラックをゲル電気泳動にかけてサイズを検証
・27〜35サイクル程度のCt値が優性クローンのJ領域を示す。
特異的J領域を同定したら、V領域のスクリーニングに移る。
−TaqManプローブMJB2
−チューブ(各チューブ×2)あたり10ngの診断用DNAを使用
−Vspecific(41プライマー)−Jspecific
−チューブは対照を含めて90本
−ファイルに従い92℃15秒、58℃1分を45サイクルの設定で定量的PCRを実施
−関連トラックをゲル電気泳動にかけてサイズを検証
・25〜30サイクル程度のCt値が優性クローンのV領域を示す。
−TaqManプローブMJB2
−V領域スクリーニングにおけるV特異的−J特異的に由来する約1/100,000の希釈液を使用する
−Dspecific(31プライマー)−Jspecific
−チューブは対照を含めて65本
−ファイル40℃×2サイクル(92℃15秒、40℃1分)に従い定量的PCRを実施
44℃×2
48℃×2
52℃×2
54℃×2
58℃×30
−関連トラックをゲル電気泳動にかけてサイズを検証
・20〜25サイクル程度のCt値が優性クローンのD領域を示す。
近接配列に結合するプライマーの使用による白血病の定量化
実施例2に示したプロトコールによって同定される近接配列およびプライマーと共に、実施例1で概略を示したような近接配列に結合するプライマーを使用することによる白血病の定量化の結果。白血病細胞は正常血液細胞と既知の比率で混合し、次に混合物中の該比率の白血病細胞を本方法の使用により定量化した。各記号は異なるサンプル混合物に由来する結果を示す。細胞混合比率から推測される「真の」結果と本方法によって得られた測定値とがぴったりと合致することに注目。
Claims (14)
- 再編成された免疫グロブリン又はT細胞受容体の可変領域遺伝子を特徴付けるための方法であって、該再編成された遺伝子はクローン細胞集団に特有であり、該方法は、V、D又はJ遺伝子断片から選択される個々の遺伝子断片にそれぞれ特異的な多数の増幅プライマーを使用して、該再編成された遺伝子のVとD、VとJ、又はDとJ遺伝子断片を同定することを含み、ここで、
(i)V、D、又はJ遺伝子断片のうち、再編成を経た2つの遺伝子断片のうちの1つの遺伝子断片に特異的な各増幅プライマーは、一連の別々の増幅反応に使用されるプライマーの独自の組み合わせの第1プライマーであり、各増幅反応における第2プライマーは、V、D又はJ遺伝子断片ファミリーのうち、再編成を経た2つの遺伝子断片のうちのもう1つの遺伝子断片から選択される異なるV、D又はJ遺伝子ファミリーの保存領域を対象とし、
(ii)第2の一連の別々の増幅反応が、該クローン細胞集団に由来する核酸分子上又はステップ(i)の増幅産物上のいずれかで行われ、該増幅反応のそれぞれにおいて、該第2プライマーは、V、D又はJ遺伝子断片から選択される個々の遺伝子断片にそれぞれ特異的な多数の増幅プライマーから選択されるプライマーによって置換され、前記第1プライマーは、第1の一連の増幅反応によって同定される遺伝子断片に特異的なプライマーによって置換され、
ここで、該個々の遺伝子断片に特異的なそれぞれの増幅プライマーは、第2の一連の増幅反応において独自の組み合わせで使用される、前記方法。 - 前記再編成された免疫グロブリン又はT細胞受容体の可変領域遺伝子の核酸がDNAである、請求項1に記載の方法。
- 前記クローン細胞集団が免疫細胞集団である、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記クローン免疫細胞集団が腫瘍細胞集団である、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記免疫細胞集団がT細胞集団又はB細胞集団である、請求項3に記載の方法。
- 前記同定方法が核酸配列解析ステップをさらに含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記核酸配列解析がパイロシーケンス法又はミニシーケンス法である、請求項6に記載の方法。
- 再編成された免疫グロブリン又はT細胞受容体の可変領域遺伝子の集団が、該一連の又は多数の増幅反応を行う前に増幅される、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法において同定された再編成された遺伝子の個々の遺伝子断片に特異的である増幅プライマーの独自の組み合わせを使用して、VとD、VとJ、又はDとJ遺伝子断片の存在について、哺乳動物に由来する生物学的サンプル中の核酸分子を選別することによって、哺乳動物におけるクローン細胞集団を検出又は監視するステップをさらに含み、クローン細胞は、再編成された免疫グロブリン又はT細胞受容体の可変領域遺伝子によって特徴付けられる、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記クローン細胞集団が免疫細胞集団である、請求項9に記載の方法。
- 前記クローン免疫細胞集団が腫瘍細胞集団である、請求項10に記載の方法。
- 前記腫瘍細胞集団が悪性又は非悪性腫瘍細胞集団である、請求項11に記載の方法。
- 前記選別が免疫細胞増殖を対象とする、請求項9に記載の方法。
- 請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法において同定された再編成された遺伝子の個々の遺伝子断片に特異的である増幅プライマーの独自の組み合わせを使用して、VとD、VとJ、及びDとJ遺伝子断片を含まない核酸分子に対する上記VとD、VとJ、又はDとJ遺伝子断片を含む核酸分子の比率を上昇させることによって、生物学的サンプル中の核酸分子集団の濃縮をさらに含み、該核酸分子は再編成された免疫グロブリン又はT細胞受容体の可変領域遺伝子核酸分子によって特徴付けられる、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
AU2003902299 | 2003-05-13 | ||
AU2003902299A AU2003902299A0 (en) | 2003-05-13 | 2003-05-13 | A method of analysing a marker nucleic acid molecule |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006529437A Division JP2007515154A (ja) | 2003-05-13 | 2004-05-13 | 例えばt細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015209110A Division JP2016027825A (ja) | 2003-05-13 | 2015-10-23 | T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2013116116A JP2013116116A (ja) | 2013-06-13 |
JP6189600B2 true JP6189600B2 (ja) | 2017-08-30 |
Family
ID=31501168
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006529437A Pending JP2007515154A (ja) | 2003-05-13 | 2004-05-13 | 例えばt細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 |
JP2013019288A Expired - Lifetime JP6189600B2 (ja) | 2003-05-13 | 2013-02-04 | T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 |
JP2015209110A Pending JP2016027825A (ja) | 2003-05-13 | 2015-10-23 | T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006529437A Pending JP2007515154A (ja) | 2003-05-13 | 2004-05-13 | 例えばt細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015209110A Pending JP2016027825A (ja) | 2003-05-13 | 2015-10-23 | T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7785783B2 (ja) |
EP (1) | EP1633884B1 (ja) |
JP (3) | JP2007515154A (ja) |
KR (2) | KR20120107521A (ja) |
CN (1) | CN1806051B (ja) |
AU (3) | AU2003902299A0 (ja) |
BR (1) | BRPI0410283B8 (ja) |
CA (1) | CA2525122C (ja) |
WO (1) | WO2004101815A1 (ja) |
Families Citing this family (47)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EA009326B1 (ru) * | 2007-04-06 | 2007-12-28 | Петр Генриевич ЛОХОВ | Способ определения качества клеточной культуры |
ES2331499B1 (es) * | 2007-08-02 | 2010-10-14 | Fundacion Publica Andaluza Para La Gestion De La Investigacion En Salud En Sevilla (Fund.Sevilla) | Cebadores, procedimiento y conjunto de utiles para la determinacion d e la funcionalidad del timo humano. |
EP2719774B8 (en) | 2008-11-07 | 2020-04-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Methods of monitoring conditions by sequence analysis |
US9506119B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-11-29 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method of sequence determination using sequence tags |
US9365901B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-06-14 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia |
US9528160B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-12-27 | Adaptive Biotechnolgies Corp. | Rare clonotypes and uses thereof |
US8748103B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-06-10 | Sequenta, Inc. | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
US8628927B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-01-14 | Sequenta, Inc. | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
DK3059337T3 (da) | 2009-01-15 | 2019-07-22 | Adaptive Biotechnologies Corp | Adaptive immunity profiling og metoder til frembringelse af monoklonale antibodier |
KR20120044941A (ko) | 2009-06-25 | 2012-05-08 | 프레드 헛친슨 켄서 리서치 센터 | 적응 면역의 측정방법 |
SG10201503534RA (en) | 2010-05-06 | 2015-06-29 | Sequenta Inc | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
WO2011140433A2 (en) | 2010-05-07 | 2011-11-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Measurement and comparison of immune diversity by high-throughput sequencing |
US10385475B2 (en) | 2011-09-12 | 2019-08-20 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Random array sequencing of low-complexity libraries |
US9279159B2 (en) | 2011-10-21 | 2016-03-08 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells |
EP3904536A1 (en) | 2011-12-09 | 2021-11-03 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Diagnosis of lymphoid malignancies and minimal residual disease detection |
US9499865B2 (en) | 2011-12-13 | 2016-11-22 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes |
EP2823060B1 (en) | 2012-03-05 | 2018-02-14 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Determining paired immune receptor chains from frequency matched subunits |
JP5756247B1 (ja) | 2012-05-08 | 2015-07-29 | アダプティブ バイオテクノロジーズ コーポレイション | マルチプレックスpcr反応における増幅バイアスを測定し校正する組成物及び方法 |
EP2904111B1 (en) | 2012-10-01 | 2017-12-06 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Immunocompetence assessment by adaptive immune receptor diversity and clonality characterization |
US10150996B2 (en) | 2012-10-19 | 2018-12-11 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells |
WO2014113204A1 (en) | 2013-01-17 | 2014-07-24 | Personalis, Inc. | Methods and systems for genetic analysis |
WO2014121272A2 (en) | 2013-02-04 | 2014-08-07 | Quake Stephen R | Measurement and comparison of immune diversity by high-throughput sequencing |
WO2014144822A2 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Immumetrix, Inc. | Methods and compositions for tagging and analyzing samples |
US9816088B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-11-14 | Abvitro Llc | Single cell bar-coding for antibody discovery |
US9708657B2 (en) | 2013-07-01 | 2017-07-18 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method for generating clonotype profiles using sequence tags |
EP3965111A1 (en) | 2013-08-30 | 2022-03-09 | Personalis, Inc. | Methods and systems for genomic analysis |
GB2535066A (en) | 2013-10-03 | 2016-08-10 | Personalis Inc | Methods for analyzing genotypes |
EP3572510B1 (en) | 2013-11-21 | 2022-09-21 | Repertoire Genesis Incorporation | T cell receptor and b cell receptor repertoire analysis system, and use of same in treatment and diagnosis |
WO2015134787A2 (en) | 2014-03-05 | 2015-09-11 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Methods using randomer-containing synthetic molecules |
US10066265B2 (en) | 2014-04-01 | 2018-09-04 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Determining antigen-specific t-cells |
EP3194593B1 (en) | 2014-09-15 | 2019-02-06 | AbVitro LLC | High-throughput nucleotide library sequencing |
WO2016069886A1 (en) | 2014-10-29 | 2016-05-06 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from many samples |
WO2016070131A1 (en) | 2014-10-30 | 2016-05-06 | Personalis, Inc. | Methods for using mosaicism in nucleic acids sampled distal to their origin |
ES2659492T3 (es) | 2014-11-05 | 2018-03-15 | Fundacion De Investigacion Hospital 12 De Octubre | Método para cuantificar el nivel de enfermedad mínima residual en un sujeto |
US10246701B2 (en) | 2014-11-14 | 2019-04-02 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture |
EP3498866A1 (en) | 2014-11-25 | 2019-06-19 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Characterization of adaptive immune response to vaccination or infection using immune repertoire sequencing |
WO2016138122A1 (en) | 2015-02-24 | 2016-09-01 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Methods for diagnosing infectious disease and determining hla status using immune repertoire sequencing |
AU2016242967B2 (en) | 2015-04-01 | 2021-07-01 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method of identifying human compatible T cell receptors specific for an antigenic target |
US11299783B2 (en) | 2016-05-27 | 2022-04-12 | Personalis, Inc. | Methods and systems for genetic analysis |
US10428325B1 (en) | 2016-09-21 | 2019-10-01 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Identification of antigen-specific B cell receptors |
EP4050113A1 (en) | 2017-01-17 | 2022-08-31 | Life Technologies Corporation | Compositions and methods for immune repertoire sequencing |
CN111344416A (zh) | 2017-09-01 | 2020-06-26 | 生命技术公司 | 用于免疫组库测序的组合物和方法 |
US11254980B1 (en) | 2017-11-29 | 2022-02-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Methods of profiling targeted polynucleotides while mitigating sequencing depth requirements |
US10801064B2 (en) | 2018-05-31 | 2020-10-13 | Personalis, Inc. | Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples |
US11814750B2 (en) | 2018-05-31 | 2023-11-14 | Personalis, Inc. | Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples |
EP3802870A4 (en) * | 2018-06-11 | 2022-03-23 | Monoquant PTY LTD | AMPLIFICATION METHOD AND PRIMER THEREFOR |
CN110656161B (zh) * | 2018-06-28 | 2022-12-13 | 苏州云泰生物医药科技有限公司 | 用于检测人免疫球蛋白基因重排的毛细管电泳试剂盒及其使用方法 |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2781438B2 (ja) * | 1988-10-20 | 1998-07-30 | モーリィ,アリグザンダー,アラン | 白血病及びリンパ腫におけるモノクローナリテイーの診断法 |
GB9507238D0 (en) * | 1995-04-07 | 1995-05-31 | Isis Innovation | Detecting dna sequence variations |
US6238863B1 (en) * | 1998-02-04 | 2001-05-29 | Promega Corporation | Materials and methods for indentifying and analyzing intermediate tandem repeat DNA markers |
CN1264744A (zh) * | 1999-02-26 | 2000-08-30 | 上海生元基因开发有限公司 | 一种通过循环差减进行大规模cDNA克隆和测序的方法 |
AUPQ687600A0 (en) | 2000-04-13 | 2000-05-11 | Flinders Technologies Pty Ltd | A method of detection |
JP2004506743A (ja) * | 2000-08-22 | 2004-03-04 | ベイラー カレッジ オブ メディシン | T細胞レセプターVβ−Dβ−Jβ配列およびその検出方法 |
ATE483822T1 (de) * | 2002-10-11 | 2010-10-15 | Univ Erasmus | Primer für nukleinsäureamplifikation in pcr- basierten klonalitätsstudien |
-
2003
- 2003-05-13 AU AU2003902299A patent/AU2003902299A0/en not_active Abandoned
-
2004
- 2004-05-13 CA CA2525122A patent/CA2525122C/en not_active Expired - Lifetime
- 2004-05-13 BR BRPI0410283A patent/BRPI0410283B8/pt active IP Right Grant
- 2004-05-13 EP EP04732551.9A patent/EP1633884B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2004-05-13 US US10/844,603 patent/US7785783B2/en active Active
- 2004-05-13 JP JP2006529437A patent/JP2007515154A/ja active Pending
- 2004-05-13 KR KR1020127022009A patent/KR20120107521A/ko not_active Application Discontinuation
- 2004-05-13 KR KR1020057021561A patent/KR101215194B1/ko active IP Right Grant
- 2004-05-13 WO PCT/AU2004/000625 patent/WO2004101815A1/en active Application Filing
- 2004-05-13 AU AU2004238887A patent/AU2004238887A1/en not_active Abandoned
- 2004-05-13 CN CN2004800166035A patent/CN1806051B/zh not_active Expired - Lifetime
-
2009
- 2009-11-20 AU AU2009238365A patent/AU2009238365A1/en not_active Abandoned
-
2013
- 2013-02-04 JP JP2013019288A patent/JP6189600B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2015
- 2015-10-23 JP JP2015209110A patent/JP2016027825A/ja active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20050255482A1 (en) | 2005-11-17 |
AU2004238887A1 (en) | 2004-11-25 |
KR101215194B1 (ko) | 2012-12-24 |
KR20060015604A (ko) | 2006-02-17 |
JP2016027825A (ja) | 2016-02-25 |
WO2004101815A1 (en) | 2004-11-25 |
CA2525122C (en) | 2015-11-24 |
JP2007515154A (ja) | 2007-06-14 |
BRPI0410283A (pt) | 2006-05-16 |
JP2013116116A (ja) | 2013-06-13 |
AU2009238365A1 (en) | 2009-12-10 |
EP1633884B1 (en) | 2014-06-25 |
CA2525122A1 (en) | 2004-11-25 |
BRPI0410283B8 (pt) | 2021-07-27 |
CN1806051A (zh) | 2006-07-19 |
EP1633884A4 (en) | 2008-03-05 |
BRPI0410283B1 (pt) | 2018-02-06 |
AU2003902299A0 (en) | 2003-05-29 |
EP1633884A1 (en) | 2006-03-15 |
KR20120107521A (ko) | 2012-10-02 |
CN1806051B (zh) | 2012-05-30 |
US7785783B2 (en) | 2010-08-31 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6189600B2 (ja) | T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 | |
Pant et al. | A principal component regression based genome wide analysis approach reveals the presence of a novel QTL on BTA7 for MAP resistance in holstein cattle | |
US20060147925A1 (en) | Method of detection | |
WO2014075083A1 (en) | Methods for predicting age and identifying agents that induce or inhibit premature aging | |
US9970057B2 (en) | Human invasion signature for prognosis of metastatic risk | |
CN110079594B (zh) | 基于dna和rna基因突变检测的高通量方法 | |
CN102628082A (zh) | 基于高通量测序技术进行核酸定性定量检测的方法 | |
IL296316A (en) | Systems and methods for deconvolution of expression data | |
CN106755399B (zh) | 一种i型神经纤维瘤病致病突变基因及基于此突变基因的病因学诊断试剂 | |
Glasner et al. | Conserved transcriptional connectivity of regulatory T cells in the tumor microenvironment informs new combination cancer therapy strategies | |
CN104178487B (zh) | Atm基因突变体及其应用 | |
JP2019208488A (ja) | 豚の筋肉内脂肪沈着を同定するLncRNAバイオマーカーおよび試薬 | |
JP5301281B2 (ja) | 臓器特異的遺伝子、その同定方法およびその用途 | |
US20090209432A1 (en) | Detecting targets using nucleic acids having both a variable region and a conserved region | |
KR20220123246A (ko) | 핵산 서열 분석 방법 | |
US20080268433A1 (en) | Use of Mitochondrial Point Mutations as Sensitive Clonal Markers | |
JP6041297B2 (ja) | 犬リンパ腫の診断方法及び診断キット | |
AU2013203100A1 (en) | Identification of clonal cells by repeats in (Eg.) T-Cell receptor V/D/J genes | |
KR20210030929A (ko) | 증폭 방법 및 그에 사용하기 위한 프라이머 | |
MXPA05012102A (en) | Identification of clonal cells by repeats in (eg.) t-cell receptor v/d/j genes | |
CN106834491B (zh) | 乳腺癌预后相关基因突变检测试剂盒及其使用方法 | |
WO2024097217A1 (en) | Detection of non-cancer somatic mutations | |
JP2016086738A (ja) | 癌早期検出のためのmiRNAマーカー |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140722 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20141021 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20141024 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150122 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20150623 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20151023 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20151026 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20160105 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20160401 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20170206 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170508 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20170803 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6189600 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |