JP6050820B2 - 改良された対立遺伝子特異的pcrのためのg−クランプの使用 - Google Patents
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Description
特異性を増加するための一つのアプローチは、内部ミスマッチを有するヌクレオチド又はヌクレオチドを有する増幅プライマーを操作(engineering)することを含む。このアプローチは幾つかの系において好結果が得られることが証明されている。米国特許第5,137,806を参照のこと。
(a)第一のオリゴヌクレオチド及び第二のオリゴヌクレオチドを、標的配列の少なくとも1つのバリアントにハイブリダイズさせ、ここで前記第一のオリゴヌクレオチドは、標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、そして前記第二のオリゴヌクレオチドは、標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、そして標的配列の唯一のバリアントに対して相補的な少なくとも1つの選択的ヌクレオチドを有し、ここで、前記第二のオリゴヌクレオチドは少なくとも1つの「G−クランプ」ヌクレオチドを含み;
(b)前記第二のオリゴヌクレオチドを核酸ポリメラーゼにより延長し、ここで、当該核酸ポリメラーゼは、当該第二のオリゴヌクレオチドが前記少なくとも1つの選択的ヌクレオチドに対して相補的な標的配列のバリアントにハイブリダイズする場合、当該第二のオリゴヌクレオチドを効果的の延長することができ、そして当該第二のオリゴヌクレオチドが前記少なくとも1つの選択的ヌクレオチドに対して相補的でない標的配列のバリアントにハイブリダイズする場合、実質的に非効果的に延長するものである;
ことを含んで成る、ことを特徴とする。
(a)前記標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的である第一のオリゴヌクレオチド;及び
(b)前記標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、そして標的配列の唯一のバリアントに対して相補的な少なくとも1つの選択的ヌクレオチドを有する第二のオリゴヌクレオチド、ここで当該第二のオリゴヌクレオチドは少なくとも1つの「G−クランプ」ヌクレオチドを含む;
ことを特徴とする。
(a)前記標的配列の1又は複数のバリアントの部分に対して少なくとも部分的に相補的な配列;
(b)前記標的配列の唯一のバリアントに対して相補的な少なくとも1つの選択的ヌクレオチド;
(c)少なくとも1つの「G−クランプ」ヌクレオチド;
を含んで成る。
(a)前記標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的である第一のオリゴヌクレオチド;及び
(b)前記標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、しかし標的配列の唯一のバリアントに対して相補的な少なくとも1つの選択的ヌクレオチドを有する第二のオリゴヌクレオチド、ここで当該第二のオリゴヌクレオチドは少なくとも1つの「G−クランプ」ヌクレオチドを含む;
を含んで成る。
特に断らない限り、本明細書で使用されるすべての技術的及び科学的用語は、本発明が属する技術分野において当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。本発明を記載し、そして特許請求するに当たり、下記の定義が使用されよう。
「プリンヌクレオチド」は、プリン塩基を含むヌクレオチドを意味し、他方「ピリミジンヌクレオチド」は、ピリミジン塩基を含むヌクレオチドを意味する。
「G−クランプ」は、シトシン類似体、9−(アミノエトキシ)−フェノキサジン−2'−デオキシシチジンを意味し、そして米国特許第6,414,127号に開示されている。
核酸は、例えばヌクレオチド導入生物触媒により、核酸の3'−末端位おいて追加のヌクレオチドが導入される場合、「延長」又は「伸長」される。
核酸は、例えばヌクレオチド導入生物触媒により、核酸の3'−末端位おいて追加のヌクレオチドが導入される場合、「延長」又は「伸長」される。
「核酸ポリメラーゼ」は、核酸へのヌクレオチドの導入を触媒する酵素を意味する。核酸ポリメラーゼの例には、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、ターミナルトランスフェラーゼ、逆転写酵素、テロメラーゼ等が含まれる。
(a)標的配列の少なくとも1つのバリアントを含む可能性のあるサンプルを提供し、
(b)当該標的配列の1つより多くのバリアントに対して少なくとも部分的に相補的な第一のオリゴヌクレオチドを提供し、
(c)当該標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、当該標的配列の唯一のバリアントに対して相補的な選択的ヌクレオチドを有する第二のオリゴヌクレオチドを提供し、ここで当該第二のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの「G−クランプ」ヌクレオチドを含み、
(d)前記標的配列の少なくとも1つのバリアントへの前記第一の及び第二のオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションのために適切な条件を提供し、
(e)核酸ポリメラーゼによる前記オリゴヌクレオチドの延長のために適切な条件を提供し、ここで、当該核酸ポリメラーゼは、前記第二のオリゴヌクレオチドが前記標的配列のバリアントにハイブリダイズする(当該第二のオリゴヌクレオチドは当該バリアントについて前記相補的な選択的ヌクレオチドを有する)場合に、当該第二のオリゴヌクレオチドを延長することができ、そして前記第二のオリゴヌクレオチドが前記標的配列のバリアントにハイブリダイズする(当該第二のオリゴヌクレオチドは当該バリアントについて非−相補的な選択的ヌクレオチドを有する)場合に、実質的に延長することができない。
実施例1
ヒトEGFR遺伝子中の変異L858Rを検出するためのプライマー
この変異は、野生型EGFR遺伝子(配列番号:1)におけるヌクレオチドの変化2573T→Gから生ずる。野生型及び変異EGFR遺伝子(配列番号:2)の両者を検出するためのプライマー及びプローブは表1に示される。各増幅プライマー対における1つのプライマーは、変異体バリアントに対してマッチしており、そして3'−末端において野生型バリアントに対してミスマッチである。残りのプライマー及びプローブは、変異体及び野生型標的について共通である。
PIK3CA遺伝子の変異を検出するためのプライマー
各増幅プライマー対における1つのプライマーは、3'末端において、変異体バリアントにマッチし、そして野生型バリアントにミスマッチである。残りのプライマー及びプローブは、変異体標的及び野生型標的の両者に共通である。野生型ゲノムDNA(K562)は反応当たり104 コピーで存在した。線状化された変異体プラスミドDNAは反応当たり104 コピーで存在した。変異体プラスミドは、pUC19ベクター(MinigenesとしてIDTから提供された)への500bpの挿入により調製された。
Claims (12)
- 標的配列のバリアントの対立遺伝子特異的増幅方法において、当該標的は複数のバリアント配列の形態で存在し、この方法は、
(a)第一のオリゴヌクレオチド及び第二のオリゴヌクレオチドを、標的配列の少なくとも1つのバリアントにハイブリダイズさせ、ここで前記第一のオリゴヌクレオチドは、標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、そして前記第二のオリゴヌクレオチドは、標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、そして3'−末端ヌクレオチドにおいて標的配列の唯一のバリアントに対して相補的な少なくとも1つの選択的ヌクレオチドを有し、ここで、前記第二のオリゴヌクレオチドは3'−末端ヌクレオチドの上流の1ヌクレオチド及び5ヌクレオチドの間の位置に少なくとも1つの「G−クランプ」ヌクレオチドであってシトシン類似体を含んで成るものを含み;
(b)前記第二のオリゴヌクレオチドを核酸ポリメラーゼにより延長し、ここで、当該核酸ポリメラーゼは、当該第二のオリゴヌクレオチドが前記少なくとも1つの選択的ヌクレオチドに対して相補的な標的配列のバリアントにハイブリダイズする場合、当該第二のオリゴヌクレオチドを効果的に延長することができ、そして当該第二のオリゴヌクレオチドが前記少なくとも1つの選択的ヌクレオチドに対して相補的でない標的配列のバリアントにハイブリダイズする場合、実質的に非効果的に延長するものである;
ことを含んで成る、ことを特徴とする増幅方法。 - 段階(b)におけるプライマー延長の生成物を検出する段階(c)を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸ポリメラーゼが、Taq DNA ポリメラーゼ、Z05 DNA ポリメラーゼ、ΔZ05 DNA ポリメラーゼ、及びΔZ05-Gold DNA ポリメラーゼから成る群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸ポリメラーゼが3'−5'ヌクレアーゼ活性を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸ポリメラーゼが、Pfu DNA ポリメラーゼ及びテルマトガ・マリチマ(Thermatoga Maritima)ポリメラーゼから成る群から選択される、請求項4に記載の方法。
- 段階(a)における前記配列のバリアントが、ヒトPIK3CA又はEGFR遺伝子の変異である、請求項1に記載の方法。
- 前記第二のオリゴヌクレオチドが、配列番号:6及び7から成る群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記「G−クランプ」ヌクレオチドが、9−(アミノエトキシ)−フェノキサジン−2’−デオキシシチジンである、請求項1に記載の方法。
- 標的配列の対立遺伝子特異的増幅のためのキットにおいて、当該標的は複数のバリアント配列の形態で存在し、このキットは、
(a)前記標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的である第一のオリゴヌクレオチド;及び
(b)前記標的配列の1又は複数のバリアントに対して少なくとも部分的に相補的であり、そして3'−末端ヌクレオチドにおいて標的配列の唯一のバリアントに対して相補的な少なくとも1つの選択的ヌクレオチドを有する第二のオリゴヌクレオチド、ここで当該第二のオリゴヌクレオチドは3'−末端ヌクレオチドの上流の1ヌクレオチド及び5ヌクレオチドの間の位置に少なくとも1つの「G−クランプ」ヌクレオチドであってシトシン類似体を含んで成るものを含む;
を含むキット。 - 核酸ポリメラーゼ、ヌクレオシドトリホスフェート、当該核酸ポリメラーゼによる核酸の延長のために適当な緩衝剤、及び対立遺伝子特異的増幅のために1組の指示書を更に含む、請求項9に記載のキット。
- 前記第二のオリゴヌクレオチドが、配列番号:6及び7から成る群から選択される配列を含んで成る、請求項9に記載のキット。
- 前記「G−クランプ」ヌクレオチドが、9−(アミノエトキシ)−フェノキサジン−2’−デオキシシチジンである、請求項9に記載のキット。
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