JP5758768B2 - タンパク質およびその基質への、共有結合による機能性基の係留 - Google Patents
タンパク質およびその基質への、共有結合による機能性基の係留 Download PDFInfo
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Description
本願は2004年12月6日付の米国出願第11/006,031号および2004年7月30日付の米国出願第60/592,499号の出願日の利益を主張する。
従って、求められているのは所期分子に標識するための改良型の方法である。
本発明は、単数または複数の機能性基を、たとえば共有結合または他の安定結合を介して、本発明のタンパク質に、または本発明のタンパク質を含む融合タンパク質(キメラ)に、係留(連結)するための方法、組成物およびキットを提供する。本発明のタンパク質は構造的には野生型(天然)ヒドロラーゼに関連するが、対応する野生型ヒドロラーゼと比べて少なくとも1つ(また実施形態によっては少なくとも2つ)のアミノ酸置換を含み、また対応する野生型ヒドロラーゼの基質に結合するものの、触媒活性は欠くかまたは対応する野生型ヒドロラーゼよりも小さい(そうした変異タンパク質はここでは変異ヒドロラーゼという)。前述の係留はたとえば溶液または懸濁液中で、細胞内で、または固体担体表面または溶液/表面界面で、反応性基を含む、および単数または複数の機能性基を含むよう修飾した、ヒドロラーゼ基質を使用することによって、起こる。「基質」はここでは、反応性基と随意に単数または複数の機能性基とを有する基質を含む。単数または複数の機能性基を含む基質はここでは一般に本発明の基質という。「機能性基」はここでは検出可能なまたは検出適性の分子であり、たとえば直接間接の手段で測定しうる分子(たとえば光活性化可能分子、ジゴキシゲニン、ニッケルNTA(ニトリロトリ酢酸)、発色団、蛍光団、発光団)、第2の分子に結合または付加しうる分子(ビオチン、ハプテン、または架橋基)、または固体担体である。
本発明の変異ヒドロラーゼは、後で詳述するように、対応する野生型ヒドロラーゼと比べて少なくとも1つのアミノ酸置換を含むが、その少なくとも1つのアミノ酸置換の結果として、野生型ヒドロラーゼと基質との間で形成される結合よりも安定した結合を基質と形成する変異ヒドロラーゼが得られることになる。該変異ヒドロラーゼの少なくとも1つのアミノ酸置換は、対応する野生型ヒドロラーゼと該基質の間で形成される結合を開裂させる水分子の活性化に関連する該野生型ヒドロラーゼのアミノ酸残基の置換、または該基質とエステル中間体を形成する該野生型ヒドロラーゼのアミノ酸残基の置換である。一実施形態では、該変異ヒドロラーゼは対応する野生型ヒドロラーゼと比べて少なくとも2つのアミノ酸置換を含み、そのうちの1つの置換は野生型ヒドロラーゼにあって水分子の活性化に関連する残基の置換、または野生型ヒドロラーゼにあってヒドロラーゼ基質の求核攻撃によってエステル中間体を形成する残基の置換であり、またもう1つの置換は対応する野生型ヒドロラーゼにあって、水分子の活性化に関連するまたは基質とエステル中間体を形成する残基の置換ではなく、ヒドロラーゼ基質との結合部位またはその近傍に位置する残基たとえば野生型ヒドロラーゼに結合したヒドロラーゼ基質の3〜5Å内の残基の置換である。一実施形態では、第2置換は野生型ヒドロラーゼにあって該ヒドロラーゼの触媒ポケットの基質入口に対応する部位の内側を覆う(lines)残基の置換、すなわち活性部位ポケット内または野生型ヒドロラーゼに結合したヒドロラーゼ基質の3〜5Å内にある残基たとえば基質ポケット内の残基であって対応する野生型ヒドロラーゼにあって、水分子の活性化に関連する、または基質とエステル中間体を形成する残基ではない残基の置換である。こうした追加置換は好ましくは、対応する野生型ヒドロラーゼの基質に対する変異体の安定共有結合の形成速度を増す。
本発明はまた、本発明の化合物、組成物、核酸、タンパク質または他材料の調製に有用である開示の方法および中間体を提供する。
用語の定義
「求核剤」は電子を供与する分子である。
「選択マーカー(タンパク質)」は、細胞にある種の必須栄養素を欠く培地で増殖する能力を付与する酵素活性をコードする(たとえば酵母細胞のTRP1遺伝子)か、または抗生物質または他の薬物を添加した培地で増殖する能力を付与する酵素活性をコードする。すなわち選択マーカーをコードする遺伝子がある細胞で発現すると、該細胞には、該遺伝子を欠く、対応する細胞にはない抗生物質または薬物に対する耐性が付与される。宿主細胞が選択培地で増殖するには選択マーカーを発現しなければならないとき、該マーカーは陽性選択マーカーという(たとえば、対応する抗生物質の存在下で増殖する能力を付与する抗生物質耐性遺伝子など)。選択マーカーはまた、特定遺伝子を含む宿主細胞の選択に使用することもできる(たとえば、発現すると5%ショ糖添加培地で増殖した細菌宿主細胞を殺してしまうsacB遺伝子など)。こうした使われ方をする選択マーカーは陰性選択マーカーまたは排除選択マーカーという。共通の選択マーカー遺伝子配列は抗生物質たとえばアンピシリン、テトラサイクリン、カナマイシン、ピューロマイシン、ブレオマイシン、ストレプトマイシン、ハイグロマイシン、ネオマイシン、Zeocin(登録商標)などに対する耐性に対応する配列を含む。選択可能な栄養要求性遺伝子配列はたとえばヒスチジノール存在下のヒスチジン無添加培地での増殖を可能にするhisDを含む。好適な選択マーカー遺伝子はブレオマイシン耐性遺伝子、メタロチオルイン遺伝子、ハイグロマイシンB-ホスホトランスフェラーゼ遺伝子、AURI遺伝子、アデノシンデアミナーゼ遺伝子、チミンキナーゼ遺伝子、キサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ遺伝子などを含む。
「アップコンバージョンナノ粒子」は、赤外(IR)光によって励起される吸収体とIR光を可視光に変換する結晶格子内の放出体イオンとが結合したナノ粒子を意味する。
本発明の範囲内の変異ヒドロラーゼの非限定的な例は遺伝子組み換え技術たとえば部位特異的変異誘発または再帰的変異誘発で合成されるものなどであり、また該変異ヒドロラーゼに、対応する非変異(野生型)ヒドロラーゼの基質たとえば単数または複数の機能性基を含むよう修飾した基質との安定した(たとえば共有)結合の形成を、対応する野生型ヒドロラーゼと基質の間で形成される結合よりも安定した結合の形成を、可能にさせる単数または複数のアミノ酸置換を含む。本発明の範囲内の変異ヒドロラーゼの非限定的な例はペプチダーゼ、エステラーゼ(例: コレステロールエステラーゼ)、グリコシダーゼ(例: グルコサミラーゼ)、ホスファターゼ(例: アルカリホスファターゼ)などである。たとえばヒドロラーゼの非限定的な例はエステル結合に作用する酵素たとえばカルボン酸エステルヒドロラーゼ、チオールエステルヒドロラーゼ、リン酸モノエステルヒドロラーゼ、リン酸ジエステルヒドロラーゼ、三リン酸モノエステルヒドロラーゼ、硫酸エステルヒドロラーゼ、二リン酸モノエステルヒドロラーゼ、リン酸トリエステルヒドロラーゼ、5'-ホスホモノエステルを生成するエキソデオキシリボヌクレアーゼ、5'-ホスホモノエステルを生成するエキソリボヌクレアーゼ、3'-ホスホモノエステルを生成するエキソリボヌクレアーゼ、リボ-またはデオキシリボ核酸のいずれかに作用するエキソヌクレアーゼ、リボ-またはデオキシリボ核酸のいずれかに作用するエキソヌクレアーゼ、5'-ホスホモノエステルを生成するエンドデオキシリボヌクレアーゼ、5'-ホスホモノエステル以外を生成するエンドデオキシリボヌクレアーゼ、変異塩基に対して特異的な部位特異的エンドデオキシリボヌクレアーゼ、5'-ホスホモノエステルを生成するエンドリボヌクレアーゼ、5'-ホスホモノエステル以外を生成するエンドリボヌクレアーゼ、リボ-またはデオキシリボ核のいずれかに作用するエンドリボヌクレアーゼ、リボ-またはデオキシリボ核グリコシダーゼのいずれかに作用するエンドリボヌクレアーゼ; グリコシダーゼたとえばO-およびS-グリコシルを加水分解する、またN-グリコシル化合物を加水分解する、酵素; 他の結合に対して作用する(酵素)たとえばトリアルキルスルホニウムヒドロラーゼまたは他ヒドロラーゼ; ペプチド結合に対して作用する酵素(ペプチドヒドロラーゼ)たとえばアミノペプチダーゼ、ジペプチダーゼ、ジペプチジルペプチダーゼおよびトリペプチジルペプチダーゼ、ペプチジルペプチダーゼ、セリン型カルボキシペプチダーゼ、メタロカルボキシペプチダーゼ、システイン型カルボキシペプチダーゼ、オメガペプチダーゼ、セリンエンドペプチダーゼ、システインエンドペプチダーゼ、アスパラギン酸エンドペプチダーゼ、メタロエンドペプチダーゼ、トレオニンエンドペプチダーゼ、および触媒機構が未知のエンドペプチダーゼ; ペプチド結合以外の、たとえば線状アミド、環状アミド、線状アミジン、環状アミジン、二トリルまたは他化合物に見られる炭素-窒素結合に作用する酵素; 酸無水物たとえば含リン無水物や含スルホニル無水物に含まれる酸無水物に作用する酵素; 酸無水物に作用する(膜透過運動を触媒する)酵素; 酸無水物に作用する(または細胞運動および細胞内運動に関与する)酵素; 炭素-炭素結合(例: ケトン物質のそれ)に作用する酵素; ハライド結合(例: C-ハライドのそれ)に作用する酵素; リン-窒素結合に作用する酵素; 硫黄-窒素結合に作用する酵素; 炭素-リン結合に作用する酵素; および硫黄-硫黄結合に作用する酵素などである。
ヒドロラーゼまたはその融合体をコードする核酸配列を含む単離核酸分子(ポリヌクレオチド)もまた提供される。一実施形態では、該単離核酸分子は少なくとも1つの特定宿主中で発現するよう最適化した核酸配列を含む。最適化配列はコドン最適化配列すなわちある生物で別種の生物たとえば遠縁関係にある生物の場合より高頻度で使用されるコドンだけでなく、Kozak配列および/またはイントロンを付加または変更するおよび/または無用の配列たとえば潜在的な転写因子結合部位を除去する修飾をも、含む。一実施形態では、該ポリヌクレオチドはデハロゲナーゼをコードする核酸配列であって、特定宿主細胞で発現するよう最適化された核酸配列を含む。一実施形態では、該最適化ポリヌクレオチドは対応する非最適化配列とはもはや、たとえば中または高ストリンジェンシー条件下で、ハイブリダイズしない。別の実施形態では、該ポリヌクレオチドは対応する非最適化配列との核酸配列同一性が90%未満たとえば80%未満であり、また随意に、非最適化配列がコードするポリペプチドとのアミノ酸配列同一性が80%以上たとえば85%以上、90%以上であるポリペプチドをコードする。さらに、コンストラクトたとえば発現カセット、および単離核酸分子を含むベクターはもちろん、単離核酸分子、コンストラクトまたはベクターを含むキットもまた、提供される。
本発明の核酸分子、発現カセットおよび/またはベクターは、リン酸カルシウム法、エレクトロポレーション法、マイクロインジェクション法、リポフェクション法、遺伝子銃法などを非限定的に含む任意の方法で細胞に導入してもよい。
本発明の基質および方法に有用な機能性基は検出可能なまたは検出適性の分子である。本発明の範囲内の機能性基は、二官能性リンカーまたはヒドロラーゼ基質の1つの反応性置換基への共有結合が可能な分子であり、また本発明の基質の一部として、天然に見られる基質には結合していない機能性基とほぼ同じ活性を有し、かつ変異ヒドロラーゼと安定複合体を形成することができる。従って、機能性基は該機能性基をもつ基質と変異ヒドロラーゼの間の安定複合体の検出を、また随意にその単離を、容易にするような単数または複数の特性を有する。たとえば、機能性基は特有の電磁放射または吸収スペクトル特性、磁性、電子スピン共鳴、静電容量、誘電率または導電率を有するものや、強磁性、常磁性、反磁性、発光性、電界発光性、蛍光性、リン光性、発色性、免疫原性、または独特の質量を有するものを含む。機能性基の非限定的な例は、核酸分子すなわちDNAまたはRNAたとえばオリゴヌクレオチドまたはヌクレオチド、たとえばヌクレオチド類似体をもつもの、タンパク質結合能をもつDNA、関心遺伝子に対応する1本鎖DNA、関心遺伝子に対応するRNA、終止コドンを欠くmRNA、アミノアシル化開始tRNA、アミノアシル化アンバーサプレッサーtRNAまたはRNAi用2本鎖RNA、タンパク質たとえば発光タンパク質、ペプチド、ペプチド核酸、リガンドによって認識されるエピトープたとえばビオチンまたはストレプトアビジン、ハプテン、アミノ酸、脂質、脂質二分子膜、固体担体、蛍光団、発色団、レポーター分子、放射性核種たとえば放射性測定用の放射性同位体、同位体コード化アフィニティータグ(ICAT)法などの方法に用いる安定同位体、高電子密度(electron opaque)分子、X線造影剤、MRI造影剤たとえばマンガン、ガドリニウム(III )または酸化鉄粒子などである。一実施形態では、機能性基はアミノ酸、タンパク質、糖タンパク質、多糖、三重項増感剤たとえばCALI、核酸分子、薬物、毒素、脂質、ビオチンまたは固体担体たとえば自己組織化単分子膜(Kwon et al., 2004などを参照)であり、Ca2+を結合し、K+を結合し、Na+を結合し、pH感受性であり、高電子密度であり、発色団であり、MRI造影剤であり、NOの存在下で蛍光を発し、あるいは反応性酸素に対して感受性があり、ナノ粒子、酵素、酵素基質、酵素阻害物質たとえば自殺基質(Kwon et al., 2004などを参照)、補因子たとえばNADP、補酵素、スクシンイミジルエステルまたはアルデヒド、ルシフェリン、グルタチオン、NTA、ビオチン、cAMP、ホスファチジルイノシトール、cAMP対応リガンド、金属、スピントラップ用ニトロキシドまたはニトロン(電子スピン共鳴(ESR)法で検出)、金属キレート剤(例: 造影剤用、時間分解蛍光分析用または金属捕集用)、ホトケージド(photocaged)分子(例:光照射により蛍光団などのケージド化合物が放出されるようにしたもの)、インターカレーターたとえばDNAの結合に有用なまたは光活性化可能な分子として有用なプソラーレンまたは別のインターカレーター、三リン酸またはホスホロアミダイト(たとえばDNAまたはRNAへの基質の取り込みを可能にするための)、抗体、またはヘテロ二官能性架橋剤たとえばタンパク質または他分子を共役させるのに有用な架橋剤、ヒドラジド、アリールアジド、マレイミド、ヨードアセトアミド/ブロモアセトアミド、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル、混合ジスルフィドたとえばピリジルジスルフィド、グリオキサル/フェニルグリオキサル、ビニルスルホン/ビニルスルホンアミド、アクリルアミド、ボロン酸エステル、ヒドロキサム酸、イミダートエステル、イソシアナート/イソチオシアナート、またはクロロトリアジン/ジクロロトリアジンなどである。
別種の機能性基は、受容基を含む分子類と選択的に相互作用する分子(「アフィニティー」分子)である。従って、アフィニティー分子を含むヒドロラーゼ基質はそうした基質と変異ヒドロラーゼとをもつ複合体の分離を容易にすることができる。これは該アフィニティー分子と別の分子たとえば生物起源でも非生物起源でもよい受容体分子との選択的相互作用のためである。たとえばアフィニティー分子と相互作用する特定分子(受容体分子という)は小分子、化学基たとえばスルフヒドリル基(-SH)、または大きな生体分子たとえば抗体またはアフィニティー分子に対応する他の天然リガンドである。この結合は通常、化学結合であり、共有または非共有結合またはイオン結合または水素結合などのような相互作用を伴う場合がある。受容体分子は溶液中に遊離していることもあれば、それ自体が固体または半固体表面、ポリマーマトリックスに結合しているか、または固体または半固体表面に存在することもある。相互作用は外的因子たとえば光、温度、圧力、または触媒として作用する化学または生体分子の添加が引き金となってもよい。反応混合物からの複合体の検出および/または分離が起こるのは、アフィニティー分子と受容体分子の間の通常は結合という形のこの相互作用のためである。
アフィニティー分子をもつ複合体を検出および/または単離する方法にはゲルろ過、高速または高圧液体、逆相、アフィニティー、イオン交換などのクロマトグラフィー技術がある。本発明の変異ヒドロラーゼと基質の複合体の検出には電気泳動法、等電点分離法、質量分析法など他のタンパク質分離法もまた有用である。
IV. リンカー
用語「リンカー」(記号Lで示す場合もある)は、反応性基を含む基質に、または反応性基に、単数または複数の機能性基を共有結合的に付着させる基または基群をいう。リンカーはここでは単一共有結合ではない。リンカーの構造は、標的酵素によって結合されうる基質をもたらす限り、あまり重要ではない。一実施形態では、リンカーは機能性基(R)と反応性基を約5オングストローム〜約1000オングストロームの距離だけ引き離す二価基とすることができる。他の好適なリンカーは、Rと反応性基を約5オングストローム〜約100オングストロームの距離だけ引き離すリンカー、およびRと反応性基を約5オングストローム〜約50オングストロームの距離だけ、約5オングストローム〜約25オングストロームの距離だけ、約5オングストローム〜約500オングストロームの距離だけ、または約30オングストローム〜約100オングストロームの距離だけ引き離すリンカーなどである。
一実施形態では、リンカーはペプチドである。
別の実施形態では、リンカーは随意に単数または複数(たとえば1ないし4)の二重または三重結合を含み、また随意に単数または複数(たとえば2ないし4)のヒドロキシル基またはオキソ基(=O)を置換基として有する炭素原子数約2〜約30の分枝または非分枝炭素鎖であって、該炭素鎖を構成する単数または複数(たとえば1ないし4)の炭素原子は随意に非ペルオキシド-O-、-S-または-NH-に置き換わり、かつ該炭素鎖を構成する単数または複数(たとえば1ないし4)の炭素原子はアリールまたはヘテロアリール環に置き換わることを特徴とする。
別の実施形態では、リンカーは随意に単数または複数(たとえば1ないし4)の二重または三重結合を含む炭素原子数約2〜約30の分枝または非分枝炭素鎖である。
別の実施形態では、リンカーは炭素原子数約2〜約30の分枝または非分枝炭素鎖である。
別の実施形態では、リンカーは随意に単数または複数(たとえば1ないし4)の二重または三重結合を含む炭素原子数約2〜約20の分枝または非分枝炭素鎖である。
別の実施形態では、リンカーは炭素原子数約2〜約20の分枝または非分枝炭素鎖である。
特に、(C1-C30)アルキルはメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、sec-イソブチル、ペンチル、3-ペンチル、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニルまたはデシルなどである; (C3-C8)シクロアルキルはシクロプロピル、シクロプチル、シクロペンチルまたはシクロヘキチルなどてある; (C2-C30)アルケニルはビニル、アリル、1-プロペニル、2-プロペニル、1-ブテニル、2-ブテニル、3-ブテニル、1-ペンテニル、2-ペンテニル、3-ペンテニル、4-ペンテニル、1-ヘキセニル、2-ヘキセニル、3-ヘキセニル、4-ヘキセニル、5-ヘキセニル、ヘプテニル、オクテニル、ノネニルまたはデセニルなどである; (C2-C30)アルキニルはエチニル、1-プロピニル、2-プロピニル、1-ブチニル、2-ブチニル、3-ブチニル、1-ペンチニル、2-ペンチニル、3-ペンチニル、4-ペンチニル、1-ヘキシニル、2-ヘキシニル、3-ヘキシニル、4-ヘキシニル、5-ヘキシニル、ヘプチニル、オクチニル、ノニニルまたはデシニルなどである; (C6-C10)アリールはフェニル、インデニルまたはナフチニルなどである; またヘテロアリールはフリル、イミダゾリル、トリアゾリル、トリアジニル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、ピラゾリル、ピロリル、ピラジニル、テトラゾリル、ピリジル(またはそのN-オキシド)、チエニル、ピリミジニル(またはそのN-オキシド)、インドリル、イソキノリル(またはそのN-オキシド)またはキノリル(またはそのN-オキシド)などである。
用語「芳香族(の)」はアリールおよびヘテロアリール基を含む。
ヘテロアリールは、炭素と非ペルオキシド酸素、硫黄およびN(X)(ただしXは存在しないか、またはH、O、(C1-C4)アルキル、フェニルまたはベンジルである)からなる群より選択される1〜4個のヘテロ原子とからなる5または6個の環員原子を含む単環式芳香環の環員炭素を介して結合した基、およびそれから誘導される環員原子数約8〜10のオルト縮合二環式ヘテロ環の基、特にベンゾ誘導体またはプロピレン、トリメチレンまたはテトラメチレンのジラジカルを縮合させた誘導体を包含する。
R-リンカー-A-X (I)
式中Rは単数または複数の機能性基(蛍光団、ビオチン、発光団または蛍光性または発光性分子など)であるか、または固体担体たとえばミクロスフェア、膜、ポリマープレート、ガラスビーズ、スライドガラスなどであるが、該リンカーはC、N、SまたはOを含む多原子直鎖または分枝鎖であり、A-Xはデハロゲナーゼ基質であり、またXはハロゲン原子である。一実施形態では、A-Xはハロ脂肪族またはハロ芳香族のデハロゲナーゼ基質である。一実施形態では、該リンカーは随意に単数または複数の(たとえば1ないし4)の二重または三重結合を含み、また随意に単数または複数(たとえば2ないし4)のヒドロキシル基またはオキソ基(=O)を置換基として有する炭素原子数約12〜約30の二価分枝または非分枝炭素鎖であって、該炭素鎖を構成する単数または複数(たとえば1ないし4)の炭素原子は随意に非ペルオキシド-O-、-S-または-NH-に置き換わることを特徴とする。一実施形態では、リンカーは3〜30個の、たとえば11〜30個の原子を含む。一実施形態では、リンカーは(CH2CH2O)yを含み、yは2ないし8である。一実施形態では、Aは(CH2)nであり、nは2ないし10、たとえば4ないし10である。一実施形態では、AはCH2CH2またはCH2CH2CH2である。別の実施形態では、Aはアリールまたはヘテロアリール基を含む。一実施形態では、リンカーはデハロゲナーゼたとえばRhodococcusデハロゲナーゼの基質である、C、N、SまたはOを、かつ機能性基Rが芳香環系を含むときには好ましくは11〜30個の原子を、含む多原子直鎖または分枝鎖である、または固体担体である。
式中Xはハロゲン好ましくは塩素である。一実施形態では、Rは単数または複数の機能性基たとえば蛍光団、ビオチン、発光団、または蛍光性または発光性分子であるか、または固体担体たとえばミクロスフェア、膜、ポリマープレート、ガラスビーズなどである。Rが放射性標識であるか、または小さな検出適性原子たとえば分光学的に活性な同位体であるとき、リンカーは0〜30個の原子を含みうる。
[2-(2-ヒドロキシ-エトキシ)-エチル]-カルバミン酸アントラセン-9-イルメチルエステル。9-アントラセンメタノール(10g, 48mmol)、クロロギ酸4-ニトロフェニル(13.6g, 67.5mmol)および200ml CH2Cl2の撹拌スラリーにトリエチルアミン(6.7ml, 0.19mol)を添加した。得られた金色溶液を室温で16時間撹拌させた。その時点で、2-(2-アミノエトキシ)エタノール(14.4ml, 0.144mol)を加え、撹拌をさらに24時間続行させた。次いでCH2Cl2反応混合物を2%水酸化ナトリウム(w/w)溶液で、有機層にp-ニトロフェノールが観測されるまで、洗浄した。ジクロロメタンを硫酸ナトリウムで脱水し、ろ過し、減圧留去した。
N-{2-[2-(6-クロロヘキシルオキシ)-エトキシ]-エチル}-フルオレセイン-5-アミド。前記手順により標記化合物を合成した。精製には分取用HPLCを使用した。質量スペクトル、m/e: C31H31ClNO8 -の計算値580.17(100%)、581.18(32%); 実測値580.18、581.31。
質量スペクトル、m/e: C42H65ClN4O10S-の計算値849.4(100%)、850.4(48.8%)、851.4(36.4%); 実測値849.6、850.0、851.5。
2-{2-[4-(2-クロロエチル)フェノキシ]エトキシ}エチル-テトラメチルローダミン-6-カルボキサミド。標記化合物を、6-カルボキシテトラメチルローダミンスクシンイミジルエステルから出発する一般手順で合成した。精製は分取用HPLCで行った。構造異性体の分離も実現した。UV/Vis (MeOH): 544(max)。質量スペクトル、m/e: C37H39ClN3O6 +の計算値656.25 (100%)、658.25(32.4%); 実測値656.37、658.37。この化合物はここではカルボキシテトラメチルローダミン-p-フェネチル-Clという。
本発明は細胞内の微小環境の変化をモニターするだけでなく細胞内での分子の発現、局在位置および/または輸送をもモニターし、また試料たとえば細胞中に存在する可能性のある単数または複数の分子を単離、画像化、同定、局在化、ディスプレイまたは検出するための、本発明のヒドロラーゼ基質および/または変異ヒドロラーゼの使用を特徴とする方法を提供する。本発明の基質は好ましくは水や約pH 6以上の水溶液を含めた水性の溶液またはほぼ水性の溶液に対して可溶性である。本発明の基質のストック液は有機溶媒に溶解してから水性の溶液またはバッファーで希釈してもよい。好ましい有機溶媒は非プロトン性の極性溶媒たとえばDMSO、DME、N-メチルピロリドン、アセトン、アセトニトリル、ジオキサン、テトラヒドロフラン、および他のヒドロキシル基を含まない完全に水混和性の溶媒などである。本発明の基質および対応する変異ヒドロラーゼの使用濃度は試験条件や所期目的たとえばバックグラウンドのまたは望ましくない標識を最小限に抑えながら妥当な時間内に結果を得るといった目的に左右される。本発明の基質の濃度は一般にナノモル〜マイクロモルの範囲である。本発明基質の所要濃度は対応する変異ヒドロラーゼとの関係で、満足な標識が実現されるまで系統的に変動させていくことで求められる。出発範囲は技術上周知の方法で容易に求められる。
従って、本発明の変異ヒドロラーゼと基質は多様なアッセイ法たとえばファージディスプレイ、パニング、ELISA、質量分析、ウェスタンブロット、FMAT(fluorometric microvolume assay technology)、動物全身画像化、X線画像化および細胞/亜細胞染色などに有用であり、またはバイオセンサーとして有用である。たとえば変異ヒドロラーゼまたはその融合体を含むまたは発現する細胞を、動物たとえば人間または人間以外の動物たとえば哺乳動物または霊長類に、導入たとえば移植または注入する。該細胞は一時的にトランスフェクトしてもよいし、変異ヒドロラーゼまたはその融合体を安定的に発現させるようにしてもよいし、他の形で変異ヒドロラーゼまたはその融合体と接触させて会合させるようにしてもよい。種々の細胞型が、細胞系、初代培養、または幹細胞(例: 胚または成人幹細胞)を非限定的に含めて、使用可能である。一実施形態では、変異ヒドロラーゼを発現するまたは含む細胞は本発明のヒドロラーゼ基質と接触させてから動物に導入する。別の実施形態では、変異ヒドロラーゼを発現するまたは含む細胞の動物への導入の後または前に本発明のヒドロラーゼ基質の動物への導入を行う。動物全身または(組織生検または切片、生理学的試料から単離した細胞、またはホモジナイズ処理した組織を含む)組織標本、または血液等の生理液試料におけるヒドロラーゼ基質の機能性基の存否、局在位置または量が検出または測定される。該変異ヒドロラーゼ、該変異ヒドロラーゼを含む融合体、および/または単数または複数の本発明の基質は、たとえば生物学的過程の画像化、内在性遺伝子の転写調節の画像化、および細胞(骨髄由来細胞、血液細胞など)移動の画像化に、単独でまたは他の発光または核レポーター系(発光タンパク質、ルシフェラーゼ、放射性核種など)と共に使用することができる。光イメージング系には、顕微鏡的な解像度を実現するもの(落射、共焦点および2光子型などの顕微鏡)、メゾスコピックな解像度を実現するもの(光投射断層撮影法、光コヒーレンス断層撮影法、レーザースペックル画像化法など)、および固有コントラストまたは分子コンストラクトを伴う肉眼解像度を実現するもの(ハイパースペクトル画像化法、内視鏡法、偏光イメージング法、蛍光反射画像化法、拡散光断層撮影法、蛍光共鳴画像化法、蛍光分子画像化法、または発光画像化法)などがある。
以下、非限定的な実施例を以って本発明をさらに詳しく説明する。
一般手順
特に断らない限り、ここで使用する専門/学術用語はすべて分子生物学および細胞シグナル伝達およびモデリングの分野の当業者が一般に理解しているのと同じ意味をもつ。一般にここで使用する命名法、および後述の分光法、創薬、細胞培養、分子遺伝学、プラスチック製造、高分子化学、診断、アミノ酸/核酸化学、アルカン化学の分野のラボ作業手順は、技術上周知でありまた常用されている。プラスチック製造、シグナル検出、組み換え核酸法、ポリヌクレオチド合成、細菌培養および形質転換(エレクトロポレーション、リポフェクションなど)には一般に標準技法を使用する。
オリゴヌクレオチドはすべてPromega Corporation (Madison, WI)またはUniversity of Iowa DNA Facility (Iowa City, Iowa)が合成、生成および配列分析した。制限酵素とDNA修飾酵素はPromega Corporation (Madison, WI)、New England Biolabs, Inc. (Beverly, MA)またはStratagene Cloning Systems (La Jolla, CA)から入手し、メーカーのプロトコールに従って使用した。コンピテントE. coli JM109はPromegaから提供を受けたか、Stratagene Cloning Systemsから購入した。小規模のプラスミドDNA単離はQiagen Plasmid Mini Kit (Qiagen Inc., Chatsworth, CA)を使用して行った。DNAライゲーションはStratagene Cloning Systemsから購入した予備試験済み試薬キットを使用して行った。DNA断片の精製にはQiagen Inc.から購入したQIAquick Gel抽出キットまたはQIAquick PCR精製キットを使用した。
Luria-Broth (LB)はPromega Corp.から提供を受けた。
PCR反応: DNA増幅はPromega Corp.提供の標準PCRバッファーを使用して行った。一般に、50μl反応系は1x濃度のメーカー提供バッファー、1.5mM MgCl2、125μM dATP、125μM dCTP、125μM dGTP、125μM dTTP、0.10-1.0μM順方向および逆方向プライマー、5U AmpliTaq(登録商標) DNAポリメラーゼおよび<1ng標的DNAを含む。特に断らない限り、DNA増幅のサーマルプロファイルは35サイクル×(94℃で0.5分、55℃で1分、および72℃で1分)であった。
統計分析: データは4連実験に由来する平均値±標準誤差(SEM)として表記したが、これは同様の結果を示す少なくとも3回の独立実験を代表する。統計的有意性はスチューデントのt検定により評価し、p<0.05なら有意とみなした。
DhaA系係留システム
A. 野生型および変異DhaAタンパク質とその融合体
Rhodococcus rhodochrous由来ハロアルカンデハロゲナーゼ遺伝子dhaAがコードする単量体33kDa酵素は、種々のハロアルカンの不可逆的加水分解を触媒する(Kulakova et al. 1997)、たとえば脂肪族および芳香族ハロゲン化化合物(例: ハロC3-ハロC10)の炭素-ハロゲン結合を開裂させる。ハロアルカンデハロゲナーゼの作用メカニズムと構造については相当量の情報が得られる。DhaA酵素は293個のアミノ酸を含み、α/βヒドロラーゼフォールドを含むタンパク質スーパーファミリーに属する(図2A)。Rhodococcus、XanthobacterおよびSphingomonasに由来するハロアルカンデハロゲナーゼの全体構造は類似しており、それぞれがハライド-炭素結合の開裂に関与する触媒残基3点セットを含む。DhaAではこれらの残基はAsp106、E130およびHis272である(Newman et al., 1999; 図2B)。図1A-BはDhaA酵素の全触媒機構を示す。基質に結合後、Asp残基のカルボキシレートによる基質への求核攻撃により、ハロゲン-炭素結合の開裂とアルキル-エステル中間体の形成が起こる(図1A)。デハロゲナーゼ反応経路の次のステップは、活性部位His残基により活性化される水分子による該中間体エステルの加水分解である(図1B)。触媒His残基は共有結合中間体の脱アルキル化塩基触媒であるが、活性部位Aspの最初の求核攻撃には必ずしも不可欠ではない。重要な触媒His残基を欠くタンパク質変異体はアルキル化半反応を起こし、以って安定した、共有結合エステル中間体を生成することが判明している(Pries et al., 1995)。
変異DhaAベクターを作製するために、4プライマー重複伸張法に基づくPromegaのin vitro変異誘発キットを使用してDhaA.H272F/A/GまたはH変異を生成させた。外部プライマーはオリゴヌクレオチド
図3はDhaA.WT(レーン1)およびDhaA.H272F(レーン2)融合タンパク質の、ロバストな、IPTG誘導産生を示す。さらに、これらのタンパク質は可溶性であり、グルタチオン-Sepharose 4FFで効率的に精製することができた(レーン5〜10: 奇数レーンはDhaA.WTに、偶数レーンはDhaA.H272Fに、それぞれ対応する)。該融合タンパク質をXa因子で処理すると結果的に2つのタンパク質、GSTとDhaA(WTまたはH272F変異体; それぞれ11、12レーン)が形成されるので、GSTはグルタチオン-Sepharose 4FFで効率的に除去した(WTまたは変異体; それぞれ13、14レーン)。また、タンパク質はみな分子量が予想通りであった。
この係留システムでは、酵素が酵素反応生成物を周辺培地に放出する能力を欠くことが最も重要である。こうした能力の欠如は該酵素の加水分解能の著しい低下から検出することができる。
DhaA(WTまたは変異体)のCl-アルカン加水分解能に対する点突然変異の効果を調べるには、Hollway et al. (1998)が開示しているpH指示薬を使用した。
pH指示薬用の反応バッファーは1mM HEPES-SO4(pH 8.2)、20mM Na2SO4および1mM EDTAからなった。フェノールレッドを加えて終濃度を25μg/mlとした。ハロゲン化化合物を加えて、上限の脱ハロゲン化反応速度を実現するに足る基質の溶存分が確保されるような見かけ濃度とした。基質-バッファーは30秒間激しくボルテックスし、基質の著しい蒸発を防ぐために蓋をし、また1-2時間以内に使用した。各速度論的定量に先立って、フェノールレッドを標準HCl溶液で滴定して見かけの吸光係数を与えた。DhaAに関する定常状態の反応速度定数をBeckman Du640分光光度計(Beckman Coulter, Fullerton, CA)により室温下、558nmで求めた。反応速度定数は初期速度からコンピュータープログラムSigmaPlotを使用して計算した。1単位の酵素活性は特定条件下で1.0mM-基質/分を脱ハロゲン化するための所要量として定義する。
図4に示すように、0.1mg/mlの酵素と10mMの基質をpH 7.0-8.2で使用すると、4変異体のいずれでも触媒活性が見られなかった。これらの条件下では、野生型酵素は1-Cl-ブタンに対して5単位/mg-タンパク質の活性を有した。従って、変異体の活性は700分の1以下に低下したことになる。
材料と方法
タンパク質のMALDI分析はUniversity of Wisconsin Biotechnology Centerで、マトリックス支援レーザー脱離イオン化-飛行時間型(MALDI-TOF)質量分析装置Bruker BiflexIII (Bruker, USA)を使用して行った。試料の合成では、100μgの精製DhaA(WTまたはH272F変異体)またはGST-DhaA (WTまたはH272F変異体)融合タンパク質(約90%の均一性に精製)を200μlのバッファー(1mM HEPES-SO4, pH 7.4, 20mM Na2SO4および1mM EDTA)に加え、基質(カルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-Cl、終濃度1.0mM)と共に/または抜きで、室温で15分間インキュベートした後、反応混合体を4℃で終夜、20mM CH3COONH4(pH 7.0)に対して透析し、タンパク質およびタンパク質-基質複合体のM/Z値を求めた。
DhaA.D106変異体の合成に使用したオリゴヌクレオチドは次のとおりである:
DhaA.H272変異体は機能性基+Cl-アルカンに結合しうることを確認するため、これらの変異体またはそのGST融合体ならびに対応する野生型タンパク質または融合体をカルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-Cl、カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Cl、5-カルボキシ-X-ローダミン- C10H21NO2-Clまたはビオチン-C10H21NO2-Clと15分間、室温で接触させた。次に、これらのタンパク質をSDS-PAGEで分離した。タンパク質を含むゲルをカルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-Cl、カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clまたは5-カルボキシ-X-ローダミン- C10H21NO2-Clとインキュベートし蛍光イメージャー(日立/日本)により、各蛍光団に対応する適正なEex/Eemで分析した。ビオチン-C10H21NO2-Clとインキュベートしたタンパク質を含むゲルはニトロセルロース膜に転写し、HRP標識ストレプトアビジンでプローブした。
本発明の変異DhaAと基質とを介した固体担体へのルシフェラーゼの係留
材料と方法
ミリスチン酸付加ペプチドコード配列(MAS)を含むpCIneoベクターのNheI/SalI部位にphRLucコード領域をクローニングして、phRLuc-コネクター-DhaA.WT-FlagおよびphRLuc-コネクター-DhaA.H272F-Flag融合体カセットを構築した。2つのプライマー
DhaA.H272F-Cl-アルカンブリッジによる固体担体へのタンパク質の係留を明示するために、Renillaルシフェラーゼ(hRLuc、融合体のN末端)の融合タンパク質をコードするベクター、タンパク質コネクター(17アミノ酸、表I参照)、およびDhaA(WTまたはH272F変異体)を用意した。次いでFlagエピトープをDhaAのC末端に融合させた。
総合すれば、これらのデータは活性酵素(例: Renillaルシフェラーゼ)を本発明の基質の一部(Cl-アルカン-DhaA.H272F-ブリッジ)をなす固体担体に係留し、酵素活性を維持させうることを示す。
in vivo変異DhaA/基質系
A. 原核生物と真核生物での、DhaA変異体への機能性基のin vivo共有結合的係留
材料と方法
原核生物で発現した変異ヒドロラーゼへの本発明の基質の結合を調べるために、E. coli細胞BL21(λDE3)pLys65をpGEX-5X-3.DhaA.WT-FlagまたはpGEX-5X-3.DhaA.H272F-Flagで形質転換し、液体培養で増殖し、IPTGで誘導した。カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clまたはビオチン-C10H21NO2-Clを誘導細胞に添加した(終濃度25μM)。1時間後、細胞を回収し、冷PBS(pH 7.3)で洗い、超音波破砕し、19,800×gで1時間遠心して分画した。可溶性画分をSDS-PAGEにかけた。カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clで処理した細胞から分離されたタンパク質を含むゲルを蛍光イメージャーで分析し、またビオチン-C10H21NO2-Clで処理した細胞に由来するタンパク質はニトロセルロース膜に転写し、HRP標識ストレプトアビジンでプローブした。
図14AおよびBは、ビオチン-C10H21NO2-Cl(A)およびカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Cl(B)のE. coliタンパク質へのin vivo結合を示す。図14Aの低分子バンドはHRP標識SAによる識別が可能なE. coliタンパク質であり、パネルB下部の被検出蛍光は遊離したカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clの蛍光であった。図15はカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clの真核細胞タンパク質へのin vivo結合を示す。
材料と方法
CHO-K1細胞(ATCC-CCL61)をHam’s F12栄養素とDulbecco’s改良最小必須培地の1:1混合培地[10%ウシ胎児血清(FBS)、100U/mlペニシリンおよび100mg/mlストレプトマイシンを添加]により95%空気+5%CO2雰囲気下、37℃で培養した。
図16に示すように、カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Cl で処理(25μM、37℃で5分間)したCHO-K1細胞は、カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clを短時間で効率的に取り込ませることができた。画像分析により蛍光色素は細胞膜を通過したことが判明した。図16はまたカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clが細胞から効率的に洗い落とせることも示している。総合すると、これらのデータはCHO-K1細胞の細胞膜がカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Cl透過性であることを示している。
in vivo細胞画像化のためのDhaA系係留
A. 生きた哺乳動物細胞中のGFPとカルボキシテトラメチルローダミン-C 10 H 21 NO 2 -Clの共局在
材料と方法
GFP-DEVD-Rluc(h)をコードするPackardベクター(Packard #6310066)のRenillaルシフェラーゼ・コード領域をDhaA.WT-FlagまたはDhaA.H272F-Flagコード領域に置き換えることでGFP-コネクター-DhaA融合体カセットを構築した。2つのプライマー
図17の画像が示すように、GFP-コネクター-DhaA.WT-FlagまたはGFP-コネクター-DhaA.H272F-Flagでトランスフェクトした細胞は、GFPの発光特性を有するタンパク質のロバストな発現を示した。GFP-コネクター-DhaA.H272F-Flagに対応するフィルターセットで撮影した同じ細胞の画像を分析すると、GFP-コネクター-DhaA.WT-Flagを発現する細胞は暗く、この融合タンパク質を発現しない細胞と区別できなかった。一方、GFP-コネクター-DhaA.H272F-Flagを発現する細胞は非常に明るく、紛れようがなかった。
2つのタンパク質の融合が一方または両方のタンパク質の活性低下を招くかどうかを見るために、融合体のC末端またはN末端にDhaAを有し2タンパク質の間にコネクター配列たとえば13〜17アミノ酸の配列を有するDhaA系融合タンパク質をいくつか合成した(表IIを参照)。データは融合体を構成する両タンパク質の機能活性が保たれたことを示す。
材料と方法
Cl-アルカンの毒性を調べるために、CHO-K1細胞を96ウェルプレートに5,000細胞/ウェルの密度でまいた。翌日、培地を0〜100μM濃度のCl-アルカンを含む新鮮培地に交換し、細胞をCO2インキュベーターに戻し、種々の時間置いた。細胞生存率は、CellTiter-Glo(登録商標) Luminescence Cell Viability Assay (Promega)を使用しメーカーのプロトコールに従って、計測した。一般に、100μlのCellTiter-Glo(登録商標)試薬を細胞に直接添加し、DYNEX MLKマイクロタイタープレート照度計を使用して発光を10分に(?)(at 10 minutes)記録した。実験によっては、蛍光/発光干渉を防ぐために、蛍光Cl-アルカンを含む培地を捨て、細胞を素早くPBSで洗って(pH 7.4; 連続4回: 1.0 ml/cm2; 各5秒間)から、CellTiter-Glo(登録商標)試薬を添加した。対照実験は、この手順がCellTiter-Glo(登録商標)アッセイの感度または精度に何ら影響しないことを示した。
図19に示すように、カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Cl は濃度100μM (最高試験濃度)で4時間処理した後でもCHO-K1細胞に対して毒性を示さなかった。濃度6.25μM(「最高無毒性濃度」)では、24時間後も毒性が検出されなかった。濃度>6.25μMでは、CHO-K1細胞の相対発光が用量依存的に低下し、IC50は約100μMであった。ビオチン-C10H21NO2-Clは濃度100μMで4時間処理した後でも毒性が検出されなかった。それに対してカルボキシ-X-ローダミン-C10H21NO2-Clは、1時間処理後にCHO-K1細胞内のRLUの低下が検出されたことから毒性効果が顕著であった。この効果のIC50値は約75μMであり、濃度25μMでは明らかなATPの低下が見られなかった。5-カルボキシ-X-ローダミン-C10H21NO2-Cl毒性のIC50値と5-カルボキシ-X-ローダミン-C10H21NO2-Clの最高無毒性濃度は時間依存的に低下し、それぞれ12.5μMおよび6.25μMとなった。
8ウェルのチャンバースライド(German coverglass system)を使用して 10%FBSと1mMグルタミン酸を含む抗生物質無無添加のDMEM:F12培地(Gibco)(増殖培地)にCHO細胞(ATCC、継代4)を低密度でまいた。2日後、倒立位相差顕微鏡で細胞を検査した。トランスフェクション試薬を添加する前に、次の2つの視覚的判定基準を確認した: 1)チャンバーあたりの細胞コンフルエンシーは約60〜80%であった; 2) >90%の細胞は接着性であり、扁平な形態像を示した。培地を150μlの新鮮な、予温した増殖培地と交換し、細胞を約1時間培養した。
変異β-ラクタマーゼ(BlaZ)系係留
β-ラクタム系抗生物質耐性を細菌に付与する酵素であるセリン-β-ラクタマーゼはセリン残基(Ambler et al. (1991)のクラスAコンセンサス番号付け方式に従えばSer70)のヒドロキシル基を使用して広範囲のβ-ラクタム化合物を分解すると思われる。この反応は前共有結合的な出会い複合体(precovalent encounter complex)の形成に始まり(図20A)、高エネルギーのアシル化反応四面体中間体(図20B)を経て、一時的に安定なアシル-酵素中間体を形成して、触媒残基Ser70を介してエステルを形成する(図20C)。次いでアシル-酵素は加水分解水の攻撃を受けて(図20D)、高エネルギーの脱アシル化反応中間体(図20E)(Minasov et al., 2002)を形成し、それが崩壊して加水分解生成物を形成する(図19F)。該生成物は次いで放出され、遊離型酵素が再生される。セリンプロテアーゼの場合と同様に、この機構はセリン求核剤を活性化して基質のアミド結合を攻撃させ、またアシル-酵素中間体の形成後に、加水分解水を活性化して該付加体のエステル中心を攻撃させるようにするには、触媒塩基を必要とする。
材料と方法
Dr. O. Herzberg (University of Maryland Biotechnology Institute)より、Staphylococcus aureus PC1 blaZ遺伝子(Zawadzke et al., 1995)を入れたプラスミドpTS32の提供を受けた。blaZ遺伝子の配列は次のとおりである:
β-ラクタマーゼはStaphylococcus aureus PC1由来のものも含めてすべて、種々の化学構造のβ-ラクタムを加水分解する。加水分解効率は酵素の種類と基質の化学構造に左右される。ペニシリンはStaphylococcus aureus PC1由来β-ラクタマーゼの好ましい基質と考えられる。
生きた細胞の核およびサイトゾルへのDhaA.H272Fの誘導
材料と方法
NLS3(シミアンウイルス大型T抗原に由来する核局在化配列(NLS)の3タンデムリピート)をpCIneo.GFP-コネクター-DhaA.H272F-FlagベクターのAgeI/BamHI部位に挿入することにより、GFP-コネクター-DhaA.H272F-NLS3融合体カセットを構築した。NSL3ペプチドをコードする2つの相補オリゴヌクレオチド
図24の画像で示すように、GFPとカルボキシテトラメチルローダミンは、GFP-コネクター-DhaA.H272F-NLS3をコードするコンストラクトをトランスフェクトし、カルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clで染色した細胞の細胞核に共局在した。
図25の画像で示すように、GFP-β-アレスチン2発現細胞は代表的なβ-アレスチン2サイトゾル共局在を示した。DhaA.H272F-β-アレスチン2を含むSDS-PAGEゲルのフルオロスキャンは、カルボキシテトラメチルローダミンを含むDhaA基質のDhaA.H272F-β-アレスチン2発現細胞への強い結合を示す。
DhaA触媒残基130の部位特異的変異誘発
ハロアルカンデハロゲナーゼは炭素-ハロゲン結合の開裂に3ステップ機構を使用する(図1A-B)。この反応は求核剤、塩基および酸からなるアミノ酸残基3点セットによって触媒される。該3点セットはXanthobacter autotrophicus由来のハロアルカンデハロゲナーゼ(DhlA)では、それぞれAsp124、His289、Asp260であり(Franken et al. 1991)、またそれぞれSphingomonas、Rhodococcus由来のデハロゲナーゼ酵素であるLinB、DhaAでは、類似の残基3点セットはそれぞれAsp108、His272、Glu132(Hynkova et al. 1999)およびAsp106、His272、Glu130(Newman et al. 1999)と同定されている。基質に結合後、Asp残基のカルボキシレートによる基質への求核攻撃により、ハロゲン-炭素結合の開裂とアルキル-エステル中間体の形成が起こる。DhlA Asp124残基に関する部位特異的変異誘発研究によれば、この最初の反応は共有結合触媒作用によって進行し、アルキル-酵素中間体の形成を伴う(Pries et al. 1994)。デハロゲナーゼ反応経路の次のステップは、活性部位His残基により活性化される水分子による該中間体エステルの加水分解である。触媒His残基は共有結合中間体の脱アルキル化塩基触媒であるが、活性部位Aspの最初の求核攻撃には必ずしも不可欠ではない。重要な触媒His残基を欠くタンパク質変異体はアルキル化半反応を起こし、以って安定した、共有結合エステル中間体を生成することが判明している。たとえばDhlAのHis289Gln変異体は共有結合アルキル-酵素中間体を蓄積することがすでに示されている(Pries et al., 1995)。
細胞株とプラスミド: ウルトラコンピテントE. coli XL10 Gold (Stratagene; TetrΔ(mcrA)183 Δ(mcrCB-hsdSMR-mrr) 173 endA1 supE44 thi-1 recA1 gyrA96 relA1 lac The [F' proAB lacIqZΔM15 Tn10(Tetr) Amy Camr])を、部位特異的変異誘発反応による形質転換の宿主として使用した。E. coli株JM109(el4-(McrA-)recA endA1 gyrA96 thi-1 hsdR17(rK-mK+) supE44 relA1 Δ(lac-proAB) [F' traD36 proAB lacIq ZΔM15])を、遺伝子発現および全細胞酵素標識研究用の宿主として使用した。GST-DhaA-FLAG遺伝子融合体をクローニングしたプラスミドpGEX5X3 (pGEX5X3DhaAWT-FLAGと命名)をE130変異誘発用の出発鋳型として使用した。標識研究ではDhaAのH272F変異を含む変異体プラスミド(pGEX5X3DhaAH272F-FLAGと命名)を陽性対照として使用し、クローニングベクターpGEX5X3を陰性対照として使用した。
アルキル-酵素中間体の加水分解でのDhaA酸触媒の役割を部位特異的変異誘発法で調べた。DhaA.WT.E130コドンをグルタミン(Q)、ロイシン(L)またはアラニン(A)のコドンで置換した。これらの置換は該酵素の構造に破壊的影響を与えるおそれが最も少なそうだったからである。変異誘発後、制限酵素スクリーニングおよびDNA配列分析により所期のコドン変異を検証した。配列検証を経たDhaA.E130Q、DhaA.E130LおよびDhaA.E130Aクローン(それぞれC1、A5およびA12と命名)を選び出してさらに分析した。これらのE130変異体の分析項目はタンパク質発現、それにカルボキシテトラメチルローダミン標識ハロアルカン基質と共有結合アルキル-酵素中間体を形成する能力であった。3つのE130遺伝子変異体をE. coli JM109細胞で、IPTG誘導後、過剰発現させた。粗細胞溶解液のSDS-PAGE分析により、野生型および変異dhaA遺伝子を発現する培養物ではタンパク質の蓄積がほぼ同じレベルとなることが判明した(図26; レーン2、4、6、8、10、12)。さらに、DhaA.WTおよびDhaA.H272Fをコードするコンストラクトによって生成されたタンパク質は大部分が可溶性であった。というのは遠心後もタンパク質量がほとんど変わらなかったからである(図26; レーン3、5)。空ベクターのレーン(図26; レーン6、7)に存在する豊富な22kDaタンパク質バンドはGSTタンパク質を表す。しかし、これらの結果はDhaA.E130Q、DhaA.E130LおよびDhaA.E130A変異体とは好対照をなしており、それらの変異体は主に不溶性DhaAタンパク質を蓄積するように見受けられた。この結論は、遠心後に無細胞溶解液中のDhaAタンパク質量が著しく減少したという観測結果(図26; レーン9、11、13)に基づく。それにもかかわらず、DhaAと共移動するタンパク質バンドが遠心後に(+s)、各DhaA.E130変異体レーンで観測された。これは可溶性酵素の存在を示唆する。そこで、DhaA.E130変異体で遠心後に観測されたタンパク質バンドが可溶性DhaA物質を表わすのかどうかを、ウェスタン法で調べた。図27に示す免疫ブロットは、各DhaA.E130変異体無細胞溶解液(レーン9、11、13)に可溶性DhaAタンパク質が存在することを確認してくれた。
生きた哺乳動物細胞で発現するDhaA.H272F-FlagおよびDhaA.H272F-Flag Renillaルシフェラーゼ融合タンパク質の捕捉
材料と方法
CHO-K1細胞を24ウェルプレート(Labsystems)に30,000細胞/cm2の密度でまき、pCIneo.DhaA.WT-FlagまたはpCIneo-hR.Luc-コネクター-DhaA.H272F-Flagベクターでトランスフェクトした。24時間後、培地を、25μMのビオチン-C10H21NO2-Clと0.1% DMSOまたは0.1% DMSOだけを含む新鮮培地に交換し、細胞をCO2インキュベーター中に60分間置いた。インキュベーション終了後、培地を捨て、細胞を素早くPBSで洗って(pH 7.4; 連続4回: 1.0 ml/cm2; 各5秒間)から、新しい培地を細胞に加えた。実験によっては培地を交換しなかった。細胞をCO2インキュベーターに戻した。
生細胞で発現するタンパク質の捕捉は様々な分析法/技術によるタンパク質分析を可能にする。多数の捕捉手段が利用可能であるが、ほとんどの手段は非常に特異的な抗体の生成または関心タンパク質と特異標識ペプチド/タンパク質との遺伝子的な融合を必要とする(Jarvik and Telmer, 1998; Ragaut et al. 1999)。しかし、そうした標識は生細胞の画像化では用途が限られる。Dha.H272FおよびDha.H272Fと融合した機能性タンパク質の捕捉にはSAコートビーズが使用された(Savage et al. 1992)。
共有結合形成速度を増したDhaA変異体
DhaA触媒塩基His272のフェニルアラニン残基による置換はAsp求核剤に対して適合性があり、DhaA.H272Fと命名した組み換えタンパク質を結果したが、これは相当量の共有結合アルキル-酵素中間体を蓄積する(図2C)。水を活性化するHis残基が存在しないと、共有結合エステル中間体のトラッピングが可能になる(図2C)。こうした変異体の基質結合前および基質結合後の構造モデルを示すと、それぞれ図2E、2Fのようになる。さらに、求核残基Asp106のシステイン置換を含むDhaA変異体もまた、共有結合中間体をトラップすることができる。この変異体(DhaA.D106Cと命名)(図2D)は求核剤チオレートの作用によりハライド基を置換する。それによって得られるチオエーテル結合は、水活性化H272残基の存在下でも、加水分解に対して安定である(図2D)。
細胞株、増殖条件およびプラスミド: E. coli株DH10B (F-mcrA Δ[mrr-hsdRMS-mcrBC] φ80lacZΔM15 ΔlacX74 deoR recA1 endA1 araD139 Δ(ara, leu)7697 galU galK rpsL nupG)およびJM109(el4-(McrA-)recA1 endA1 gyrA96 thi-l hsdR17(rκ-mκ+)supE44 relA1 Δ(lac-proAB)[F' traD36 proAB lacIq ZΔM15])を、遺伝子発現およびライブラリースクリーニング用の宿主として使用した。E. coliは定法によりLuria-Bertani(LB)培地またはTerrific Broth(TB)培地で増殖させた(Sambrook et al. 2001)。培地には必要に応じてDifco寒天を1.5%(w/v)加えた。組み換えプラスミドを選択する培地にはアンピシリン(100μg/ml; Amp)を添加した。GSTのDhaA.H272FおよびDhaA.D106C との融合体をそれぞれ含むE. coli発現プラスミドpGEX5X3.DhaA.H272F-FLAGおよびpGEX5X3.DhaA. D106C-FLAGを変異誘発用の出発鋳型として使用した。哺乳動物細胞でのDhaA変異体の発現および標識の検査には発現ベクターpCI-Neo(Promega Corporation, Madison, WI)を使用した。
DhaA基質への結合のin vivo検出
DhaA.H272FまたはDhaA.D106Cコード化プラスミドを入れたE. coliのコロニーを200μl LB + 100μg/ml Ampに植菌し、平底96ウェルプレートに入れ、37℃で終夜培養した。終夜培養液を200μl LB (+100μg/ml Amp + 0.1mM IPTG)で20倍希釈し、30℃で終夜培養した。in vivo標識に使用した細胞の体積を増殖(OD600)に対して正規化した。50〜100μlの発現誘導細胞をU底96ウェルプレートに移し、ペレット化し、50μl PBS + 15μMカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clで再懸濁し、室温で60分間、回転振とう機にかけて標識した。未結合リガンドを除去するために2500rpmで5分間遠心分離して細胞を回収し、上清を捨て、細胞を100μlの10mM Tris-HCl pH 7.5、0.9% NaClおよび0.05% Tritonで再懸濁して、15分間洗浄した。この洗浄手順は3回繰り返した。蛍光強度をTecan Safireプレートリーダーにより次のパラメーターを使用して測定した: 励起545nm; 発光575nm。DhaA変異体の蛍光強度をDha-、DhaA.H272FおよびDhaA.D106Cの各対照細胞と比較した。
精製DhaA.H272FおよびDhaA.D106C変異タンパク質[FastBreak(登録商標)細胞溶解試薬(Promega)を使用して得られたE. coli細胞溶解液から精製、50ng]を、抗Flag M2 IgG(Sigma)コート済み96ウェルのマイクロタイタープレート(平底; Nunc MaxiSorp)に固定化した。コーティングは100μlの抗Flag(5μg/ml)/0.1M NaHCO3(pH 9.6)を使用して4℃で終夜行った。翌日、プレートを空にし、300μlのPBS(3% BSA添加)により25℃で1時間ブロッキング処理した。プレートを空にし、0.1% Tween 20添加PBS (PBST)で4回洗浄し、ビオチン化基質(様々な濃度のビオチン-14-Cl、ビオチン-X-14-Clまたはビオチン-PEG-14-Clを使用)を、100μlのPBS + 0.05% Tween 20 + 0.5% BSA (PBSTB)を入れたウェルに加え、25℃で種々の時間にわたりインキュベートした。プレートを空にし、PBSTで4回洗浄することにより、固定化DhaAと基質の反応を停止させた。次いで、100μlのストレプトアビジン(SA)-HRP(PBSTBで5,000倍希釈; Prozyme)をウェルに加え、25℃で1時間インキュベートした。プレートを空にし、PBSTで8回洗浄し、TMBを100μl加えた。15分後、等量の0.2M H2SO4を加えて発色を停止させ、450nmでの吸光度を測定してシグナルを定量化した。
細菌コロニーを掻き取ってLB+Amp入り96ウェルプレートに入れ、30℃で振とう培養した。培養液を20倍希釈で、新鮮TB培地、Ampおよび0.1mM IPTGを入れた96ウェルプレートに加えた。プレートを30℃で終夜振とう培養した。このIPTG発現誘導培養液を含む96ウェルプレートを遠心し、上清を捨てた。MagneGST(登録商標) PMPs表面のタンパク質捕捉を飽和させることにより、DhaA変異体をタンパク質濃度について正規化した。MagneGST(登録商標)細胞溶解試薬、MagneGST(登録商標)PMPsおよびカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Cl (15μM)を含むカクテルを、細胞ペレットを入れた96ウェルプレートに分注した。プレートを室温、約900rpmで10分間振とうした。粒子をMagnaBlot(登録商標) 96磁性体粒子分離装置によりPBSTで3回洗浄した。洗浄液を捨て、MagneGST(登録商標)溶離液を加え、プレートを室温で振とう(約900rpm、5分間)させた。上清を新しい平底の透明96ウェルプレートに移し、550nmの励起波長と580nmの発光波長を使用して蛍光強度を測定した。
DhaA.H272Fの構造モデルの生成
InsightII Modelerを使用してDhaA.H272Fの構造モデルを構築した。モデル計算用の参照構造は1BN6.pdb (Rhodococcus species DhaA)であった。5つの高最適化モデルを計算し、全体としての最低エネルギーおよび最低構造パラメーター違反を基に1つの最良モデルを選択した。次に、最良モデルを参照構造1BN6.pdbと構造アラインメントして、アラインメントさせたCα原子の平均原子間距離(RMSD)(単位Å)で表わされる全体およびペア間の差の指標を求めた(図2A)。
基質存在下のDhaAの構造はすでに発表されており、触媒3点セット近傍に埋め込み型の活性部位ポケットを示す(図2A; Newman et al. 1999)。しかし、該活性部位ポケット(ここでは「基質ポケット」または「リガンドポケット」という)に基質が進入する方向は示していない。基質ポケットが存在しそうな位置は異種基質と複合体を形成した関連ハロアルカンデハロゲナーゼの構造分析により特定された(Protein Database)。これらの複合体では、いずれの基質もリガンドポケット全体を満たすわけではないが、それらの基質はやや異なる位置に存在するものの、総合すれば、基質ポケットの全般的な位置を推定することが可能であると構造重ね合わせにより判明した。次いで無基質のDhaA構造(1BN6.pbd)の重ね合わせにより、DhaA.H272Fで、対応するポケット位置の特定が可能となった。
基質を共有結合させたDhaA.H272Fの構造モデル(「DhaA-基質モデル」)を生成させた。まず、カルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-ClをDhaA.H272Fの基質ポケットに手操作でドッキングさせた。次に、DhaAの求核性アスパラギン酸のカルボキシル酸素の1つとCl除去後に利用可能になる末端Cとの間に共有結合を形成させた(図2E)。この共有結合の長さは約3Åに抑えて、遷移状態に近似させるようにした。共有結合させた基質はエネルギー極小化を別個に、次いで基質近傍のDhaA.H272F残基と共に、行った。エネルギー極小化はDiscover-3により、CFF91力場を用いて行った。
残基の番号付けはDhaAの1次配列に基づいており、公表結晶構造(1BN6.pdb)の番号付けとは異なる。DhaA-基質モデルを使用して、結合基質の3Åおよび5Å以内のデハロゲナーゼの残基を同定した。これらの残基は変異誘発用の第1標的候補であった。このリストから、置換されたときに立体障害または不都合な相互作用をなくすまたは好都合な電荷、極性または他の相互作用を導入する見込みのある残基を選んだ。たとえば位置175のLys残基は基質ポケット入口のDhaA表面に存在する: この大きな荷電側鎖を除去すればポケットへの基質の進入が容易になるかもしれない(図2F)。位置176のCys残基は基質ポケットの内側を覆っており、そのかさ高な側鎖はポケットを狭窄させている: この側鎖を除去すればポケットが広がり、基質が進入し易くなるかもしれない(図2F)。位置245のVal残基は基質ポケットの内側を覆っており、また結合基質の2つの酸素に近接している: この残基をトレオニンで置換すれば、水素結合の機会が増え、基質の結合を容易にするかもしない(図2F)。最後に、Bosma et al. (200)はアミノ酸置換Tyr273Pheのある触媒活性DhaA変異体の単離を報告している。この変異はCys176Tyr置換と再結合させると、1,2,3-トリクロロプロパン(TCP)の脱ハロゲン効率が野生型デハロゲナーゼと比べて8倍近く高い酵素をもたらした。これらの構造分析に基づき、部位特異的V245T変異を生成させたうえに、位置175、176および273のコドンをランダム化した。得られた変異体をスクリーニングして、蛍光(式VIまたはVIIIの化合物)およびビオチン(図7)結合DhaA基質との共有結合形成速度の改善の有無を調べた。
諸々のライブラリーおよび変異体構築の出発物は、DhaA.H272FおよびDhaA.D106C(図2B)をコードする遺伝子を収めたpGEX5X3系プラスミド(図3A)であった。これらのプラスミドは、ハロアルカンリガンドと安定共有結合を形成しうる親DhaA変異体をコードする遺伝子を入れてある。NNK site-saturation変異誘発法を使用してDhaA.H272FおよびDhaA.D106C鋳型の位置の175、176および273のコドンをランダム化した。これらの位置のシングル部位ライブラリーに加えて、複合175/176 NNKライブラリーもまた構築した。しかし、これらのライブラリーに由来するランダムクローンの配列分析から、無変異の野生型配列をもつクローンが高頻度(50%)で存在することが判明した。鋳型濃度の変更およびDpnI処理の回数と時間の拡大によるQuickChange Multiプロトコールのトラブルシューティングも、こうした頻度にはあまり効果がなかった。そこで、各ライブラリーからのスクリーニング対象クローン数の決定ではライブラリーの野生型配列汚染率を勘案した。たとえば、あるシングル部位NNKライブラリーは20種類すべてのアミノ酸をコードするコドン多様性が32であり、可能な配列変異の99%をカバーするにはライブリーの約5倍のオーバーサンプリングが必要である(L=-V ln0.01)。このオーバーサンプリングは少なくとも160個体のクローンをスクリーニングする必要があることを意味する。しかし、これらのライブラリーは野生型配列により著しく(約50%)汚染されていたため、一般にシングル部位ライブラリーから約400クローンを調べた。複合175/176NNKライブリーは400種類のアミノ酸をコードする理論コドン多様性が1024である。各ダブル部位に由来する約3,000〜4,000クローンを調べた。従って、都合約10,000クローンを選び出してスクリーニングしたことになる。
図35AはDhaA.H272Fライブラリーのスクリーニングで絞られたDhaA変異体のコドンを示す。この分析で7つのシングル176アミノ酸置換(C176G、C176N、C176S、C176D、C176T、C176AおよびC176R)が判明した。興味深いことに、3種のSerコドンが分離された。位置175および176では多数のダブルアミノ酸置換も同定された(K175E/C176S、K175C/C176G、K175M/C176G、K175L/C176G、K175S/C176G、K175V/C176N、K175A/C176SおよびK175M/C176N)。これらのダブル変異体では、位置175で7種のアミノ酸が見付かったが、位置176で見付かったのは3種のアミノ酸(Ser、Gly、Asn)にすぎない。分析対象には、ライブラリー品質評価時に同定されたシングルK175M変異を含めた。さらに、標識特性に優れたいくつかのシングルY273置換(Y273C、Y273M、Y273L)もまた同定された。
スクリーニングにより同定された数種のDhaA.H272F系およびDhaA.D106C系の変異体はMagneGSTアッセイで親クローンよりも有意に高いシグナルを生成した。図36AによればDhaA.H272F系変異体のA7とH11、それにDhaA.D106C系変異体のD9がカルボキシテトラメルチローダミン-C10H21NO2-Clでは親クローンを大幅にしのぐ高いシグナルを生成している。加えて、位置273で同定されたDhaA.H272F系変異体(T273L “YL”、Y273M “YM”、Y273C “YC”)はみな、ビオチン-PEG4-14-Clでは、親クローンに比べて有意に改善しているように見受けられる(図36B)。これらの分析結果は、SDS-PAGE蛍光画像ゲル分析によるタンパク質標識研究結果(データ非表示)とも合致した。同定されたDhaA.H272F系の最良変異の組み合わせが相加的であるか否かを判定するために、残基273の3変異をDhaA.H272F系A7およびH11変異と組み換えてみた。これらの組み換えタンパク質変異体は、第1ラウンドのスクリーニングで同定された変異体(第1世代)と区別するために、「第2世代」DhaA変異体と呼ぶ。
ほとんどの第2世代DhaA.H272F変異体は改良が最も著しい第1世代変異体と比べても有意に高速であった。特にH11YL変異体は基質がカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clだと2次速度定数の計算値がDhaA.H272F親を4桁余りも上回った。H11YLの速度定数2.2×106M-1sec-1はカルボキシテトラメチルローダミン結合ビオチン/ストレプトアビジン相互作用(図41)に関する速度定数計算値とほぼ同じであった。この値はビオチン-ストレプトアビジン相互作用に関して表面プラズモン共鳴法で求めた5×106M-1sec-1という結合速度(on-rate)とも合っている(Qureshi et al. 2001)。第2世代変異体のいくつかは、カルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-Cl基質でも速度が向上したが、前述のように、その速度はいつもカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Cl基質の場合を下回った。たとえばDhaA.H272F H11YL変異体の、カルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-Clによる標識速度はカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clによる標識速度の100分の1以下であった。
InsightII Modelerを使用してDhaA.H272FとDhaA.H272F H11YLの構造モデルを構築した。モデル計算用の参照構造は1BN6.pdb (Rhodococcus species DhaA)であった。DhaA.H272F H11YLモデルの計算では、2つの追加関連ハロアルカンデハロゲナーゼの参照構造を含めた。すなわち1CV2.pdb (Sphingomonas paucimobilis)と2DHD.pdb (Xanthobacter autotrophicus)である。各配列につき5つの高最適化モデルを計算し、全体としての最低エネルギーおよび最低構造パラメーター違反を基に1つの最良モデルを選択した。次に、これらの最良モデルを参照構造1BN6.pdbと構造アラインメントして、アラインメントさせたCα原子の平均原子間距離(RMSD)(単位Å)で表わされる全体およびペア間の差の指標を求めた。
改良DhaA変異体と固定化基質との反応がどれだけ改善するかを調べるために、ストレプトアビジンをプレコートしたプレートを使用してELISA式のアッセイを行った(図45A)。8つのDhaA.H272F変異体(A7、H11、YL、YM、H11YL、H11YM、A7YLおよびA7YM)を3種類の含ビオチン基質で力価を測定した(図7)。図45Bに示すビオチン-PEG4-14-Clの結果によれば、DhaA.H272F YL、DhaA.H272F YMの両変異タンパク質が該基質と最も効率的に反応する。加えて、DhaA.H272F A7YL、DhaA.H272F A7YMの双方はDhaA.H272F H11YL、DhaA.H272F H11YMよりも効率的であった。ビオチン-PEG4-14-Clで最高効率を示したこれらのクローンはいずれも他の2つのビオチン基質には結合しなかったが、これはビオチン-PEG4-14-Clが好ましい基質であることを示唆する(データ非表示)。第1世代DhaA変異体のDhaA.H272F A7およびH11は試験したいずれのビオチンともうまく反応しなかった。
DhaA変異体のin vivoおよびin vitro標識: 一部のDhaA変異タンパク質のE. coliでの産生は37℃で低下したが、他の改良DhaA変異体はもっと高い温度で増殖、誘発させても相当の活性を保持した。これらのクローンは高温で折りたたみ面の選択的優位性をもち、その結果として哺乳動物細胞の条件にうまく耐えられるようになるのかもしれない。その優れた速度論的および/または生産性能に基づき、変異タンパク質DhaA.H272F A7およびH11を(親のDhaA.H272FおよびDhaA.D106Cと共に)をコードする遺伝子を、哺乳動物発現ベクターpCI-neoにクローニングし、CHO細胞にトランスフェクトした。速度論的なin vivo標識研究によれば、2種類の第2世代変異体DhaA.H272F A7およびH11は基質濃度5μMで親のDhaA.H272Fをしのぐ性能特性を示した(図46AおよびB)。従って、E. coli中、37℃で著しい活性/産生を保持するというDhaA.H272F変異体A7およびH11の能力は、哺乳動物細胞中でのその優れた性能と関連していた。
図50A-Bの画像が示すように、哺乳動物細胞で発現したDhaA.H272F H11YLはカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-ClまたはDiAc-カルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-Clで効率的に標識することができる。画像は明るく、卓越したSN比を示す。図50C-Dの画像が示すように、DhaA.H272F H11YL HT2(図49)とDhaA.H272FはTAMRA- C11H21NO3-Clで効率的に標識し、また3.7%パラホルムアルデヒドで固定化することができた。DhaA.H272F H11YL HT2を発現する細胞であって0.2、1.0または5.0μM TAMRA- C11H21NO3-Clで5分間染色した細胞の画像は、DhaA.H272Fを発現する細胞であって5.0μMカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clで30分間染色した細胞よりも明るい。これで明らかなように、哺乳動物細胞ではカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-ClはDhaA.H272F よりもDhaA.H272F H11YL HT2のほうを効率的に標識する。
図50E-Fの画像が示すように、β-アレスチン2-コネクター-DhaA. H272F H11YL HT2発現細胞は一般にβ-アレスチン2を細胞質に局在させる。融合タンパク質の標識にはDiAc-カルボキシフルオレセイン-C10H21NO2-Clまたはカルボキシテトラメチルローダミン-C10H21NO2-Clを使用。
図51A-Bに示すように、ビオチン-X-14-Clで処理し過剰なビオチン-X-14-Clを洗い流した細胞の溶解液とインキュベートしたビーズ表面で有意のルシフェラーゼ活性が検出された。ビオチン-X-14-Clで処理しなかった細胞の溶解液とインキュベートしたビーズ表面では有意のルシフェラーゼ活性が検出されなかった。そのうえ、ビオチン-X-14-Clで処理した細胞の溶解液とインキュベートしたビーズ表面でも、遊離ビオチン-X-14-Clを洗い流さなかったときは、hR.Luc活性が検出されなかった。総合すると、これらのデータはDhaA.H272F H11YLHT2と融合した機能性タンパク質(hR.Luc)がビオチン-X-14-ClとSAコートビーズを使用して効率的に捕捉しうることを示している。この捕捉はビオチン依存的であり、また過剰量のビオチン-X-14-Clにより競合阻害することができる。hR.Luc活性へのビーズの相当の阻害効果が観測された(データ非表示)ので、SDS-PAGEと抗R.Luc抗体によるウェスタンブロット分析とを使用して、hR.Luc-コネクター-DhaA.H272F H11YL HT2融合タンパク質の捕捉効率を推計した。図51Bに示すように、hR.Luc-コネクター-DhaA.H272F H11YL HT2融合タンパク質の50%あまりをビオチン依存的に捕捉することができた。
細胞表層ディスプレイ用の例示的なDhaA融合体
多数の膜性の酵素、受容体、分化抗原および他の活性タンパク質は脂肪酸、イソプレノイド、ジアシルグリセロールおよびグリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)に翻訳後プロセッシングを通じて結合し、またこれらの脂質によって膜にアンカーされる。GPIアンカー型タンパク質は多様な細胞型で発現しており、また細胞接着の制御(CD48、CD58、Thy-1/CD90)から補体制御(CD55、CD59)や酵素活性(アルカリホスファターゼ)に至るまで多様な機能をもつ。これらの分子は細胞膜の外葉にだけアンカーされ、従って細胞質の中には至らないという点でユニークである。GPIアンカーは例外なくタンパク質のC末端に共有結合する。真核生物のGPIアンカーのコア構造はエタノールアミンリン酸、トリマンノシド、グルコサミンおよびイノシトールリン脂質から、この順序で構成される。既知のGPIアンカー型タンパク質はみなC末端開裂性ペプチドから合成される(Stevens, 1995; Tiede et al. 1999; Sevelever et al. 2000で概説)。このC末端ペプチドは(a)一般に疎水性である15〜30アミノ酸からなり、(b)下流細胞質ドメインを含まず(Medof and Tykocinski, 1990)、また(c)「開裂-付加」部位の周りにある種のアミノ酸群を特徴とするパターンを確立する。この部位はC末端シグナル除去とGPIアンカー付加の後に残されるアミノ酸であるが、ωアミノ酸と呼ばれてきた。
さらに別の実施形態では、細胞表面で発現するタンパク質と融合させるときに、細胞表面の変異ヒドロラーゼを使用して、本発明のリガンドたとえば検出可能な機能性基を含むリガンドと結合した形で、膜タンパク質の修飾(たとえばタンパク質分解、グリコシル化など)をモニターする。あるいは、そうしたシステムを使用して種々の作用物質たとえば薬物の、膜タンパク質の修飾に対する効果をモニターしてもよい。
Claims (9)
- 対応する野生型ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼと比べて少なくとも2つのアミノ酸置換を含みかつ該野生型ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼと90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、単数または複数の機能性基を含むデハロゲナーゼ基質と結合を形成する変異デハロゲナーゼであって、該結合は前記対応する野生型デハロゲナーゼと基質の間で形成される結合よりも安定しており、また前記変異デハロゲナーゼにおける少なくとも1つのアミノ酸置換は、前記対応する野生型デハロゲナーゼと該基質との間で形成される結合を開裂させる水分子の活性化に関連する前記野生型ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼの残基272に対応するアミノ酸残基の置換であるか、または前記基質とエステル中間体を形成する野生型ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼにおける残基106に対応するアミノ酸残基の置換であり、また第2の置換は、野生型デハロゲナーゼにあって、活性部位ポケット内の、しかも野生型デハロゲナーゼに結合したデハロゲナーゼ基質の3〜5Å内の、野生型ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼの残基175、176または273に対応するアミノ酸残基の置換であり、前記基質が、以下の式で示される化合物から選択され、前記野生型ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼにおける残基272又は106に対応するアミノ酸残基における前記第1のアミノ酸置換が、以下の(1)で規定される置換であり、また、前記野生型ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼにおける残基175、176または273に対応する前記第二のアミノ酸置換が、以下の(2)で規定される置換であることを特徴とする変異デハロゲナーゼ。
(1)(a)H272F、H272G、H272A又はH272Q、
(b)D106C又はD106E、又は
(c)D106C:H272F、及び
(2)(a)K175M、C176G、C176N、C176S、C176D、C176T、C176A、C176R、Y273C、Y273M又はY273L、又は
(b)K175E/C176S、K175C/C176G、K175M/C176G、K175L/C176G、K175S/C176G、K175V/C176N、K175A/C176S又はK175M/C176N
式(XXIX)の化合物
式(XXX)の化合物
式(XXXI)の化合物
式(XXXII)の化合物
式(XXXIII)の化合物
式(XXXIV)の化合物 - 単数または複数の関心タンパク質をさらに含み、以って融合タンパク質を生成する、請求項1に記載の変異デハロゲナーゼ。
- 請求項1に記載の変異デハロゲナーゼをコードするポリヌクレオチド。
- 請求項1に記載の変異デハロゲナーゼを含む固体担体。
- 磁性体粒子、プラスチック、表面プラズモン共鳴センサーチップ、膜、ガラス、セルロース、自己組織化単分子膜、マルチウェルプレート、ナノ粒子、アガロースビーズ、または電子伝導性担体である、請求項4に記載の固体担体。
- i)関心のあるタンパク質と、ii)請求項1に記載の変異デハロゲナーゼとを含む融合ポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離核酸分子。
- 熱安定である請求項1に記載の変異デハロゲナーゼ。
- ロードコッカス・ロードクロウスデハロゲナーゼのアミノ酸残基175に対応する位置における少なくとも1つの置換を含み、前記置換が、アミノ酸残基175に対応する位置における置換のない対応する変異デハロゲナーゼに対して高められた熱安定性に関連する、請求項7に記載の変異デハロゲナーゼ。
- 前記置換アミノ酸が、メチオニンである、請求項8に記載の熱安定性デハロゲナーゼ。
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