JP4748685B2 - タンパク質に対する官能基の共有結合的テザリング - Google Patents
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Description
本願は、米国特許法35U.S.C.§119(e)のもと2003年1月31日に出願された米国特許出願第60/444,094号、及び2003年5月30日に出願された米国特許出願第60/474,659号の出願日の利益を主張するものであり、これらの出願を引用により本明細書に組み入れるものである。
本発明は、例えば共有結合又はその他の安定な結合を介して、1又は複数の官能基を、本発明のタンパク質又は本発明のタンパク質を含む融合タンパク質(キメラ)にテザリング(結合)させるための方法、組成物及びキットを提供する。本発明のタンパク質は構造的に野生型(天然)の加水分解酵素と構造的に関連しているが、相当の野生型加水分解酵素と比較して少なくとも1つのアミノ酸置換を含んで成り、且つ相当の野生型加水分解酵素の基質と結合するが、相当の野生型加水分解酵素と比較して触媒活性が無いか、あるいは低い(この突然変異タンパク質は本明細書では突然変異加水分解酵素と称する)。前述のテザリングは、例えば溶液又は懸濁液中、細胞内、固体支持体上又は溶液/表面の界面において、反応基を含み且つ1又は複数の官能基を含むように修飾されている加水分解酵素の基質を利用することにより生じる。本明細書で使用する場合、「基質」は、反応基、そして任意に1又は複数の官能基を有する基質を含む。1又は複数の官能基を含む基質は通常、本明細書では本発明の基質と称される。本明細書で使用する場合、「官能基」は、検出可能であるか、又は検出することができる分子(例えばクロモフォア、フルオロフォア又はルミノフォア)、あるいは第二の分子に結合又は付着しうる分子(例えば、ビオチン、ハプテン又は架橋基)であり、あるいは1又は複数のアミノ酸、例えばペプチド又はポリペプチド、例えば抗体又は受容体、1又は複数のヌクレオチド、脂質、例えば脂質二重層、固体支持体、例えば沈降粒子を含む。官能基は、複数の特性を有することがあり、例えば、検出可能であること、別の分子と結合すること、である。本明細書で使用する場合、「反応基」は、特定の野生型加水分解酵素又は本発明の突然変異加水分解酵素により特異的に認識される基質の最少数の原子である。基質の反応基と野生型加水分解酵素との相互作用は生成物及び野生型加水分解酵素の再生をもたらす。基質、例えば本発明の基質は更に、任意にリンカー、例えば開裂可能なリンカーを含むことがある。
定義
「求核試薬」は、電子を供与する分子である。
本発明の範囲内の突然変異加水分解酵素は、限定しないが、組換え技術、例えば部位指定突然変異誘発又は繰り返し(recursive)突然変異誘発を介して調製されたものを含み、そして、突然変異加水分解酵素が相当の突然変異体でない(野生型)加水分解酵素の基質、例えば1又は複数の官能基を含むように修飾された基質と、安定な結合、例えば共有結合を形成することができるようにする1又は複数のアミノ酸置換を含んで成る。本発明の範囲内の加水分解酵素は、限定しないが、ペプチダーゼ、エステラーゼ(例えば、コレステロールエステラーゼ)、グリコシダーゼ(例えば、グルコサミラーゼ(glucosamylase))、ホスファターゼ(例えば、アルカリホスファターゼ)等を含む。例えば、加水分解酵素は、限定しないが、エステル結合に対して作用する酵素、例えば、カルボン酸エステル加水分解酵素、チオエステル加水分解酵素、リン酸モノエステル加水分解酵素、リン酸ジエステル加水分解酵素、三リン酸モノエステル加水分解酵素、硫酸エステル加水分解酵素、二リン酸モノエステル加水分解酵素、リン酸トリエステル加水分解酵素、5’−ホスホモノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ、3’−ホスホモノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ、リボ核酸又はデオキシリボ核酸のいずれかに活性なエキソヌクレアーゼ、5’−ホスホモノエステル産生エンドでオキシリボヌクレアーゼ、5’−ホスホモノエステル以外を産生するエンドデオキシリボヌクレアーゼ、変化した塩基に特異的な部位特異的エンドデオキシリボヌクレアーゼ、5’−ホスホモノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ、5’−ホスホモノエステル以外を産生するエンドリボヌクレアーゼ、リボ核酸又はデオキシリボ核酸のいずれかに活性なエンドリボヌクレアーゼ、リボ核酸又はデオキシリボ核酸グリコシダーゼのいずれかに活性なエンドリボヌクレアーゼ;グリコシダーゼ、例えばO−及びS−グリコシルを加水分解する酵素、及びN−グリコシル化合物を加水分解する酵素;エーテル結合に作用する酵素、例えばトリアルキルスルホニウム加水分解酵素又はエーテル加水分解酵素;ペプチド結合に作用する酵素(ペプチド加水分解酵素)、例えばアミノペプチダーゼ、ペプチジルジペプチダーゼ、セリン型カルボキシペプチダーゼ、メタロカルボキシペプチダーゼ、システイン型カルボキシペプチダーゼ、オメガ(omega)ペプチダーゼ、セリンエンドペプチダーゼ、システインエンドペプチダーゼ、アスパラギン酸ペプチダーゼ、メタロエンドペプチダーゼ、スレオニンエンドペプチダーゼ、及び未知の触媒機構のエンドペプチダーゼ;ペプチド結合以外の炭素−窒素結合、例えば直鎖アミド、環状アミド、直鎖アミジン、環状アミジン、ニトリル、又は他の化合物に存在するものに作用する酵素;酸無水物、例えばリン含有無水物の形態及びスルホニル含有無水物の形態のものに作用する酵素;酸無水物に作用するもの(膜貫通の移動を触媒する);酸無水物に作用し又は細胞及び細胞内移動に関与する酵素;炭素間結合(例えば、ケトン性物質中のもの)に作用する酵素;ハロゲン化物の結合(例えば、C−ハロゲン化物化合物中のもの)に作用する酵素、リン−窒素結合に作用する酵素;硫黄−窒素結合に作用する酵素;炭素−リン結合に作用する酵素;炭素−リン結合に作用する酵素;及び硫黄間結合に作用する酵素、を含む。ハロゲン化物の結合に作用する例示的な加水分解酵素は、限定しないが、アルキルハリダーゼ(alikylhalidase)、2−ハロ酸デハロゲナーゼ、ハロ酢酸デハロゲナーゼ、チロキシンデヨードナーゼ、ハロアルカンデハロゲナーゼ、4−クロロ安息香酸デハロゲナーゼ、4−クロロベンゾイル−CoAデハロゲナーゼ、及びアトラジンクロロヒドロラーゼを含む。環状アミド中の炭素−窒素結合に作用する例示的な加水分解酵素は、限定しないが、バルビツラーゼ(barbiturase)、ジヒドロピリミジナーゼ、ジヒドロオロターゼ、カルボキシメチルヒダントイナーゼ、アラントイナーゼ、β−ラクタマーゼ、イミダゾロネプロピオナーゼ(imidazolonepropionase)、5−オキソプロリナーゼ(ATP加水分解性)、クレアチニナーゼ、L−リジン−ラクタマーゼ、6−アミノヘキサノン酸環状二量体加水分解酵素、2,5−ジオキソピペラジン加水分解酵素、N−メチルヒダントイナーゼ(ATP加水分解性)、シアヌル酸アミドヒドロラーゼ、マレイミド加水分解酵素を含む。「ベータ−ラクタマーゼ」は、本明細書で使用する場合、クラスA、クラスC及びクラスDのベータ−ラクタマーゼ並びにD−アラニンカルボキシペプチダーゼ/トランスペプチダーゼ、エステラーゼEstB、ペニシリン結合タンパク質2X、ペニシリン結合タンパク質5、及びD−アミノペプチダーゼを含む。好ましくは、ベータ−ラクタマーゼは、セリンベータ−ラクタマーゼ、例えば、S.アウレウス(S. aureus)PC1のセリンベータ−ラクタマーゼの残基70に相当する位置に触媒性のセリン残基、及びS.アウレウス(S. aureus)PC1のセリンベータ−ラクタマーゼの残基166に相当する位置にグルタミン酸残基を有し、任意に、S.アウレウス(S. aureus)PC1のセリンベータ−ラクタマーゼの残基73に相当する位置にリジン残基を有し、そしてまた任意にS.アウレウス(S. aureus)PC1のセリンベータ−ラクタマーゼの残基234に相当する位置にリジン残基を有するもの、である。
加水分解酵素又はそれらの融合物をコードする核酸を含んで成る核酸分子は、任意に、特定の宿主細胞における発現のために最適化されており、そして更に、転写制御配列、例えば、1又は複数のエンハンサー、プロモーター、転写終結配列又はそれらの組み合わせと作用可能に連結して発現カセットを形成する。
本発明の基質及び方法において有用な官能基は、検出可能又は検出することができる分子である。本発明の範囲内の官能基は、二官能性リンカー又は加水分解酵素の基質のある反応性置換基と共有結合することができ、そして、本発明の基質の一部として、天然で見られる基質と結合せず、且つ突然変異加水分解酵素と安定な複合体を形成することができる官能基と実質的に同一の活性を有する。従って、官能基は、官能基を有する基質と、突然変異加水分解酵素との間の安定な複合体の検出、そして任意に単離、を容易にする1又は複数の特性を有する。例えば、官能基は、特徴的な電磁スペクトル特性、例えば発光又は吸光、磁性、電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率又は電気伝導率を有するもの、並びに強磁性、常磁性、反磁性、発光、電気化学発光、蛍光、リン光、有色、抗原性の官能基、又は独特の塊(mass)を有する置換基を含む。官能基は、限定しないが、核酸、すなわちDNA又はRNA、例えば、オリゴヌクレオチド又はヌクレオチド、タンパク質、例えば発光タンパク質、ペプチド、例えばリガンド、例えば、ビオチン又はストレプトアビジンに認識されるエピトープ、ハプテン、アミノ酸、脂質、脂質二重層、固体支持体、フルオロフォア、クロモフォア、レポーター分子、放射性核種、電子不透過性(electron opaque)分子、MRI造影剤、例えば、マンガン、ガドリニウム(III)又は酸化鉄粒子等を含む。特定の官能基を検出する方法は当業界で知られている。例えば、核酸分子は、ハイブリダイゼーション、増幅、核酸と当該核酸分子に特異的な結合タンパク質との結合、酵素アッセイ(例えば、核酸分子がリボザイムである場合)により検出することができ、又は核酸分子自体が検出可能な又は検出することができる分子、例えば放射性標識又はビオチンを含んで成る場合、その分子に適したアッセイにより検出することができる。
記号「L」によっても識別される用語「リンカー」は、反応基を含む基質又は反応基に対し1又は複数の官能基を共有結合させる1又は複数の基を意味する。リンカーは、本明細書で使用する場合、単一の共有結合ではない。リンカーの構造は重要ではなく、但し、それはその標的酵素と結合しうる基質をもたらす。1つの態様において、リンカーは、官能基(R)と反応基とを、全て含めて約5オングストローム〜約1000オングストロームの長さで分離する二価の基であってもよい。他の適当なリンカーには、官能基(R)と反応基とを約5オングストローム〜約100オングストローム分離するリンカー、並びにRと基質とを約5オングストローム〜約50オングストローム、約5オングストローム〜約25オングストローム、約5オングストローム〜約500オングストローム、又は約30オングストローム〜約100オングストローム分離するリンカーを含む。
R−リンカー−A−X (I)
(ここで、Rは1又は複数の官能基(例えば、フルオロフォア、ビオチン、ルミノフォア、又は蛍光発生的若しくは発光発生的分子であり、あるいは固体支持体、例えばミクロスフィア、膜、ガラスビーズ等)であり、ここで、リンカーはC,N,S,又はOを含む多原子の直鎖又は分枝鎖であり、A−Xはデハロゲナーゼの基質であり、且つXはハロゲンである)を有する。1つの態様において、リンカーは、約2〜約30の炭素原子を含んで成る二価の分枝又は非分枝の炭素鎖であって、任意に1又は複数(例えば1,2,3,又は4)の二重又は三重結合を含み、そして任意に1又は複数(例えば2,3,又は4)のヒドロキシ又はオキソ(=O)基で置換されており、鎖の中の1又は複数(例えば1,2,3,又は4)の炭素原子が任意に比過酸化物−O−、−S−又は−NH−で置換されているもの、である。1つの態様において、AはCH2CH2又はCH2CH2CH2である。1つの態様において、デハロゲナーゼ、例えばロドコッカス(Rhodococcus)のデハロゲナーゼの基質中のリンカーは、C,N,S,又はOを含む多原子の直鎖又は分枝鎖であり、そして好ましくは、官能基Rが芳香環系を含むか、あるいは固体支持体である場合、11〜30原子である。
R−リンカー−CH2−CH2−CH2−X (II)
(ここで、Xは、ハロゲン、好ましくは塩素である)を有する。1つの態様において、Rは1又は複数の官能基、例えば、フルオロフォア、ビオチン、ルミノフォア、又は蛍光発生的若しくは発光発生的分子であり、あるいは固体支持体、例えばミクロスフィア、膜、ガラスビーズ等である。Rが放射性標識、又は小さい検出可能な分子、例えば分光学的に活性な同位体である場合、リンカーは0〜30原子でありうる。
[2−(2−ヒドロキシ−エトキシ)−エチル]−カルバミン酸アントラセン−9−イルメチルエステル。200ml中のCH2Cl2中の9−アントラセンメタノール(10g、48ミリモル)及び4−ニトロフェニルクロロギ酸塩(13.6g、67.5ミリモル)の攪拌スラリーに対し、トリエチルアミン(6.7ml、0.19モル)を添加した。生じた金色の溶液を16時間室温で攪拌しておいた。この時点で、2−(2−アミノエトキシ)エタノール(14.4ml、0.144モル)を添加して攪拌を更に24時間続けた。続いて、p−ニトロフェノールが有機層中で観察されなくなるまで、CH2Cl2反応混合物を2%水酸化ナトリウム(w/w)溶液で洗浄した。ジクロロメタンを硫酸ナトリウムで脱水し、濾過し、そして減圧下で蒸発させた。
本発明は、細胞における分子の発現、位置及び/又は輸送をモニタリングし、そして細胞内の微小環境の変化をモニタリングする方法を提供する。1つの態様において、突然変異加水分解酵素及び官能基を含む相当の基質は、細胞、生物又は細胞培養物中の細胞、又は細胞性成分を標識するのに利用される。例えば、細胞は、突然変異加水分解酵素をコードするベクター、例えば、突然変異加水分解酵素と核局在化シグナルの融合物をコードするものと接触させられる。細胞における当該ベクターの発現は、一過性又は安定でありうる。続いて、当該細胞は、突然変異加水分解酵素により認識される本発明の基質と接触される。あるいは、細胞は、ベクター及び基質と一緒に接触される。続いて、細胞、その可溶化液、又はその細胞成分画分、における基質の存在又は位置が検出又は決定される。
一般的方法論
特に断らない限り、本明細書で使用する全ての技術的且つ科学的用語は、分子生物学並びに細胞シグナル伝達及びモデリングの分野の通常の技術を有するものにより一般的に理解されるのと同一の意味を有する。通常、本明細書で使用する命名法並びに分光学、創薬、細胞培養、分子遺伝学、プラスチック製造、高分子化学、診断学、アミノ酸及び核酸化学、並びに以下説明するアルカン化学における研究室の手順は周知なものであり、そして当業界で一般的に利用されれている。標準的な技術は、プラスチックの調製、シグナル検出、組換え核酸法、ポリヌクレオチド合成、並びに微生物培養及び形質転換(例えば、エレクトロポレーション、リポフェクション)に典型的に使用される。
全てのオリゴヌクレオチドが、Promega Corporation (Madison, WI)又はthe University of Iowa DNA Facility (Iowa City, Iowa)により合成され、精製され、そして配列決定された。制限酵素及びDNA修飾酵素は、Promega Corporation (Madison, WI), New England Biolabs, Inc.(Beverly, MA)又はStratagene Cloning Systems (La Jolla, CA)から入手し、そして製造業者のプロトコールに従い使用した。コンピテントE.コリJM109は、Promega Corporationにより供給され、又はStratagene Cloning Systemsから購入した。小規模のプラスミドDNA単離はQiagenプラスミドミニキット(Qiagen Inc., Chatsworth, CA)を用いて行った。DNAライゲーションは、Stratagene Cloning Systemsから購入した、予備試験した試薬を用いて実施した。DNAフラグメントは、Qiagen Incから購入したQIAクイックゲル抽出キット又はQIAクイックPCR精製キットを用いて精製した。
PCR反応。DNA増幅は、Promega Corp供給の標準的なポリメラーゼ連鎖反応緩衝液を用いて実施した。典型的に、50μlの反応液は、1x濃度の製造業者供給の緩衝液、1.5mMのMgCl2、125μMのdATP、125μMのdCTP、125μMのdGTP、125μMのdTTP、0.10〜1.0μMのフォワード及びリバースプライマー、5UのAmpliTaq(登録商標)DNAポリメラーゼ及び1ng未満の標的DNAを含む。特に指示の無い限り、DNAの増幅のための温度プロフィールは、94℃で0.5分;55℃で1分;そして72℃で1分の35サイクルであった。
DhaAベースのテザリング系
A.野生型及び突然変異のDhaAタンパク質及びその融合物
ロドコッカス・ロドクロウス(Rhodococcus rhodochrous)由来のハロ−アルカンデヒドロゲナーゼはDhaA遺伝子産物である(MW約33kDa)。この酵素は、脂肪族及び芳香族ハロゲン化化合物の、例えばハロC3−ハロC10の炭素−ハロゲン結合を開裂する。DhaAの触媒中心は典型的な「触媒三残基(catalytic triad)」であり、求核試薬、酸及びヒスチジン残基を含んで成る。基質はDhaAに結合してE−S複合体を形成し、この後Asp106による求核攻撃がエステル中間体を形成し、His272が続いて当該中間体を加水分解するH20を活性化して触媒中心から生成物を放出するようである。触媒的なHis272残基の点突然変異が酵素の酵素活性を損ない、その結果このタンパク質に対する官能基(FG)の共有結合的テザリングが可能となるか否かを決定するために、突然変異Dhaが調製された。
突然変異DhaAベクターを調製するために、4プライマー重複伸長法(four primer overlap-extension method)に基づくPromegaのin vitro突然変異誘発キットが利用され(Ho et al., 1989)、DhaA.H272のF,A,G,又はH突然変異を生成した。外部プライマーはオリゴヌクレオチド
図3は、GST−DhaA.WT−Flag(レーン1)及びGST−DhaA.H272F−Flag(レーン2)融合タンパク質の強いIPTG誘導性産生を示す。更に、当該タンパク質は可溶性であり、且つGSS−セファロース4FF上で効率的に精製されうる(レーン5〜10、奇数番号レーンはGST−DhaA.WT−Flagに相当し、そして偶数番号レーンはGST−DhaA.H272F−Flagに相当する)。第Xa因子による融合タンパク質の処理は、2つのタンパク質GST及びDhaA(WT又は突然変異体、それぞれレーン11及び12)の形成をもたらし、そしてGSTはGSS−セファロース4FF上で効率的に除去された(WT又は突然変異体、それぞれレーン13及び14)。尚、全てのタンパク質が推定の分子量を有していた。
酵素が周囲の媒体中に酵素反応産物を放出不能ということは、テザリング系にとって必須である。この不能は、酵素の加水分解活性の有意な低下により検出することができる。
pH指示染料系の反応緩衝液は、1mMのHEPES−SO4(pH8.2)、20mMのNa2SO4、及び1mMのEDTAから成る。フェノールレッドは終濃度25μg/mlになるよう添加された。ハロゲン化化合物は、基質の溶解画分が脱ハロゲン化反応の最大速度にとって十分であることを保証しうる見かけの濃度になるよう添加された。基質−緩衝溶液は、ボルテックスをかけることで激しく30秒間混合し、基質の有意な蒸発を防ぐために蓋がされ、そして1〜2時間以内に使用した。それぞれの動力学的な決定の前に、フェノールレッドをHClの標準化溶液で滴定して見かけの吸光係数を準備した。DhaAの定常状態の速度定数は、Beckman Du640分光光度計(Beckman Coulter, Fullerton, CA)上で、室温で558nmで決定した。速度定数は、コンピュータープログラムSigmaPlotを用いて初速度から算出した。1ユニットの酵素活性は、特定の条件下で1分当たり1.0mMの基質を脱ハロゲン化するのに必要な量として定義される。
図4に示す通り、0.1ml/mlの酵素及び10mMの基質をpH7.0〜8.2で用いると、触媒活性は4つの変異体のいずれでも見られなかった。これらの条件下、野生型酵素は、タンパク質1mg当たり5ユニットの1−Cl−ブタンの活性を有していた。このように、突然変異体の活性は少なくとも700倍低下した。
材料と方法
タンパク質のMALDI解析が、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型(MALDI−TOF)質量分析計Bruker Biflex III (Bruker, USA.)を用いてウィスコンシンバイオテクノロジーセンターで実施された。試料を調製するために、200μlの緩衝液(1mMのHEPES−SO4(pH7.4)、20mMのNa2SO4、及び1mMのEDTA)中100μgの精製DhaA(WT又はH272F突然変異体)又はGST−DhaA(WT又はH272F突然変異体)融合タンパク質(約90%の均質性にまで精製)を基質(FAM−C14H24O4−Cl、終濃度1.0mM)と共に、又は基質無しで、室温で15分間インキュベートされた。続いて、反応混合物を20mMのCH3COONH4(pH7.0)に対し、一晩4℃で透析し、そしてタンパク質及びタンパク質−基質複合体のM/Z値が決定された。
DhaA.D106Qの場合:
DhaA.D106Eの場合:
DhaA.D106Yの場合:
DhaA.H272突然変異体が官能基を有するCl−アルカンと結合することができることを確認するために、これらの突然変異体又はそれらのGST−融合物、並びに相当の野生型タンパク質又は融合物は、FAM−C14H24O4−Cl、TAMRA−C14H24O4−Cl、ROX.5−C14H24O4−Cl、又はビオチンC18H32O4−Clと15分間室温で接触させられた。続いて、当該タンパク質をSDS−PAGE上で分離した。タンパク質を含むゲルをFAM−C14H24O4−Cl、TAMRA−C14H24O4−Cl、又はROX.5−C14H24O4−Clとインキュベートし、そして蛍光撮像装置(Hitachi, Japan)により、各フルオロフォアに適切なEex/Eemで解析した。ビオチンC18H32O4−Clとインキュベートしたタンパク質を含むゲルをニトロセルロース膜にトランスファーし、そしてHRP複合ストレプトアビジンでプローブした。
本発明の突然変異体DhaAと基質を介する固体支持体に対するルシフェラーゼのテザリング
材料と方法
phRLuc-リンカー-DhaA. WT-Flag及びphRLuc-リンカー-DhaA. H272F-Flagの融合カセットは、phRLucのコード領域を、ミリスチン酸付着ペプチドコード配列(MAS)を含むpCIneoベクターのNheI/SalI部位にクローニングすることで構築した。2つのプライマー
DhaA.H272F−Cl−アルカン架橋を介した固体支持体に対するタンパク質のテザリングを証明するために、ウミシイタケルシフェラーゼ(hRLuc、融合物のN末端)、タンパク質コネクター(17アミノ酸、表Iを参照のこと)、及びDhaA(WT又はH272F突然変異体)の融合タンパク質をコードするベクターを調製した。Flagエピトープを続いてDhaAのC末端に融合させた。
in vivoでの突然変異DhaAと基質の系
A.DhaA突然変異体に対するin vivo:原核生物及び真核生物における官能基の共有結合的テザリング
材料と方法
原核生物において発現した突然変異加水分解酵素に対する本発明の基質の結合を研究するために、E.コリ細胞BL21(λDE3)pLys65をpGEX-5X-3.DhaA.WT-Flag又はpGEX-5X-3.DhaA.H272F-Flagで形質転換し、脂質培養液中で生育させ、そしてIPTGとともにインキュベートした。TAMRA−C14H24O4−Cl又はビオチンC18H32O4−Clのいずれかを誘導した細胞に添加した(終濃度、25μM)。1時間後、細胞を収穫し、冷たいPBS(pH7.3)で洗浄し、超音波で破壊し、そして19,800xgでの1時間の遠心により分画した。可溶性画分をSDS−PAGEにかけた。TAMRA−C14H24O4−Clで処理した細胞から単離したタンパク質を有するゲルを蛍光撮像装置上で解析し、一方、ビオチンC18H32O4−Clで処理した細胞由来のタンパク質はニトロセルロース膜にトランスファーし、そしてHRP複合ストレプトアビジンでプローブした。
図14A及びBは、in vivoでのE.コリタンパク質に対するビオチンC18H32O4−Cl(A)及びTAMRA−C14H24O4−Cl(B)の結合を示す。図14A上の低分子バンドはHRP−SAで認識可能なE.コリタンパク質であり、一方、パネルBの下の部分で検出される蛍光は、遊離TAMRA−C14H24O4−Clの蛍光であった。図15は、in vivoでの真核細胞タンパク質に対するTAMRA−C14H24O4−Clの結合を示す。
材料と方法
CHO−K1細胞(ATCC−CCL61)を、10%ウシ胎児血清(FBS)、100U/mlペニシリン、及び100mg/mlストレプトマイシンを添加したHam’sF12栄養素とダルベッコ改変最少必須培地の1:1混合物中で、95%空気と5%CO2の雰囲気で37℃で培養した。
図16に示す通り、TAMRA−C14H24O4−Clで処理したCHO−K1細胞(25μM、5分、37℃)は、迅速且つ効率的にTAMRA−C14H24O4−Clを充填しうる。画像解析は、蛍光色素が細胞膜を通過したことを示唆した。図16はまた、TAMRA−C14H24O4−Clが効率的に細胞から洗い出されうることを示す。総合すると、これらのデータは、CHO−K1細胞の原形質膜がTAMRA−C14H24O4−Cl透過性であることを示唆する。
in vivoでの細胞画像化のためのDhaAベースのテザリング
A.生きている哺乳類細胞のGFP及びTAMRA−C14H24O4−Clの共局在化
材料と方法
GFP−コネクター−DhaA融合カセットは、GFP−DEVD−Rluc(h)をコードするPackardのベクター(Packard #6310066)のウミシイタケルシフェラーゼのコード領域を、DhaA.WT−Flag又はDhaA.H272F−Flagのコード領域で置換することにより構築された。2つのプライマー
がDhaAの5’及び3’領域にそれぞれApaI及びBamHI部位(下線)と付加し、そしてpGEX-5X-3.DhaA.WT-Flag又はpGEX-5X-3.DhaA.H272F-Flag鋳型から980bpのフラグメントを増幅するために設計された。R.Lucのコード領域をApaI及びBamHI制限酵素で切り出した。続いて、DhaAを含む980bpのフラグメントをGFP−DEVD−Rluc(h)コードベクターのApaI/BamHI部位に挿入した。遺伝子融合コンストラクトの配列は、DNA配列決定で確認した。
図17に示す通り、GFP−コネクター−DhaA.WT−Flag又はGFP−コネクター−DhaA.H272F−Flagをトランスフェクションした細胞は、GFPの発光特性によりタンパク質の強力な発現を示した。TAMRAフィルターセットで撮影した同一の細胞の画像解析は、GFP−コネクター−DhaA.WT−Flagを発現する細胞が暗く、そしてこの融合タンパク質発現しない細胞から識別されえないことを示した。対照的に、GFP−コネクター−DhaA.H272F−Flagを発現する細胞は非常に明るく、そして間違えずに認識可能であった。
2つのタンパク質の融合が一方又は両方のタンパク質の活性の損失をもたらすか否かを決定するために、融合物のC−又はN−末端にDhaAを、そして2つのタンパク質間にコネクター配列、例えば13〜17アミノ酸のものを有する複数のDhaAベースの融合タンパク質(表IIを参照のこと)を調製した。データは、融合物における両タンパク質の機能活性が保存されたことを示した。
材料と方法
Cl−アルカンの毒性を研究するために、CHO−K1細胞を96穴プレート中に、穴当たり5,000細胞の密度でプレーティングした。次の日、培地は、0〜100μMの濃度のCl−アルカンを含む新鮮な培地と交換し、そして細胞をCO2インキュベーター内に異なる期間戻した。細胞の生存度は、CellTiter-Glo(登録商標)発光細胞生存度アッセイ(Promega)を用い、製造業者のプロトコールに従い測定した。通常、100μlのCellTiter-Glo(登録商標)試薬を直接細胞に添加し、そして発光はDYNEX MLXマイクロタイタープレートルミノメーターを用いて10分目に記録した。実験によっては、蛍光/発光の干渉を防ぐために、蛍光Cl−アルカンを含む培地を除去し、しすてCellTiter-Glo(登録商標)試薬の添加前に細胞を素早くPBS(pH7.4;4回連続洗浄:1.0ml/cm2;各5秒)で洗浄した。対照実験は、この手順がCellTiter-Glo(登録商標)アッセイの感度又は精度に影響しなかったことを示唆した。
図19に示す通り、TAMRA−C14H24O4−Clは、100μMの濃度(試験した最高の濃度)での4時間の処理後であっても、CHO−K1細胞に対する毒性を示さなかった。24時間の処理後、毒性は6.25μMの濃度(「最大非毒性濃度」)で検出されなかった。6.25μM超の濃度で、CHO−K1細胞における相対的な発光は、約100μMのIC50で用量依存的に低下した。ビオチンC18H32O4−Clの毒性は、100μMでの24時間の処理後であっても観察されなかった。対照的に、ROX5−C14H24O4−Clは、CHO−K1細胞におけるRLUの低下が1時間の処理後に検出されうるので、顕著な毒性作用を有していた。この作用のIC50値は、25μMの濃度での明らかなATP低下無しに、約75μMであった。ROX5−C14H24O4−ClのIC50値及びROX5−C14H24O4−Clの「最大非毒性濃度」は、時間依存的に低下し、それぞれ12.5μM及び6.25μMに達した。
CHO細胞(ATCC、4回継代)を、8穴チャンバースライド(German coverglass system)内の、抗生物質を含まず、10%FBS及び1mMグルタミンを含むDMEM:F12培地(Gibco)中に低密度で播種した。2日後、細胞は倒立型顕微鏡を用いて検査した。2つの視覚的基準がトランスフェクション試薬を適用する前に確認された:1)チャンバー当たりの細胞のコンフルエントのレベルが約60〜80%であったこと、そして2)90%超の細胞が接着性であり、そして平らな形態を示したこと。培地は、150μlの新鮮な予め暖められた増殖培地と交換され、そして細胞は約1時間インキュベートされた。
突然変異ベータラクタマーゼ(blaZ)ベースのテザリング
細菌に対し、β−ラクタム抗生物質に対する耐性を賦与する酵素セリン−β−ラクタマーゼは、恐らくセリン残基(Ambler et al. (1991)のクラスAの共通の番号付けのスキームにおいてSer70)のヒドロキシル基を使用して、広範なβ−ラクタム化合物を分解する。反応は、共有結合前のエンカウンターコンプレックス(precovalent encounter complex)の形成から開始し(図20A)、そして高エネルギーのアシル化4面体中間体に進み(図20B)、一過的に安定なアシル−酵素中間体を形成し、触媒的な残基であるSer70を通じてエステルを形成する(図20C)。続いて、アシル−酵素は、加水分解性の水から攻撃を受け(図20D)、高エネルギーの脱アシル化中間体を形成し(図20E)(Minnasov et al., 2002)、これは崩壊して加水分解産物を形成する(図20F)。当該産物は続いて追い出され、遊離酵素を再生する。セリンプロテアーゼで見られるように、この機構は、基質のアミド結合を攻撃するセリン求核試薬を活性化するのに触媒塩基を必要とし、そして、付加物のエステル中心に対する攻撃のための加水分解性の水を活性化するために、アシル酵素中間体のその後の形成を必要とする。
材料と方法
スタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)PC1のblaZ遺伝子を宿しているプラスミドPTS32(Zawadzke et al. , 1995)は、O. Herzberg博士(University of Maryland Biotechnology Institute)の好意により提供された。blaZ遺伝子は以下の配列を有する:
全てのβ−ラクタマーゼ、例えばスタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)PC1由来のβ−ラクタマーゼは、異なる化学構造のβ−ラクタムを加水分解する。加水分解の効率は酵素の型及び基質の化学構造に依存する。ペニシリンはスタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)PC1由来のβ−ラクタマーゼにとって好ましい基質と考えられる。
生細胞の核及び細胞質に対するDhaA.H272Fのターゲティング
材料と方法
GFP−コネクター−DhaA.H272F−NLS3融合カセットは、NLS3(シミアンウイルスラージT抗原由来の核局在化配列(NLS)の3つのタンデム反復)をコードする配列をpCIneo. GFP-コネクター-DhaA. H272F-FlagベクターのAgeI/BamHI部位に挿入することで構築した。NLS3ペプチドをコードする2つの相補的なオリゴヌクレオチド
図24の画像が示すように、GFP及びTAMRAは、GFP−コネクター−DhaA.H272F−NLS3の細胞発現の細胞核に共局在化され、そしてTAMRA−C14H24O4−Clと接触された。
DhaA触媒残基130の部位指定突然変異誘発
ハロアルカンデハロゲナーゼは、炭素−ハロゲン結合の開裂に三段階の機構を使用する。この反応は、求核試薬、塩基及び酸から構成されるアミノ酸三残基により触媒され、これは、キサントバクター・アウトトロフィカス(Xanthobacter autotrophicus)由来のハロアルカンデハロゲナーゼの場合、それぞれ残基Asp124、His289及びAsp260であり(Franken et al., 1991)、そしてロドコッカス(Rhodococcus)のデハロゲナーゼ酵素(DhaA)においては、Asp106、His272及びGlu130である(Newman et al., 1999)。
菌株及びプラスミド。ウルトラコンピテントE.コリXL10ゴールド(Stratagene; Tetr Δ(mcrA) 183 Δ(mcrCB-hsdSMR-mrr) 173 endAl supE44 thi-1 recAl gyrA96 relA1 lac Hte [F' proAB lacIqZΔM15 Tn10 (Tetr) Amy Camr])を部位指定突然変異誘発反応の形質転換における宿主として使用した。E.コリ菌株JM109 (e14-(McrA-) recA1 endA1 gyrA96 thi-1 hsdR17(rK-mK+) supE44 relA1Δ(lac-proAB) [F' traD36 proAB lacIqZΔM15])を遺伝子発現及び細胞全体の酵素標識研究のための宿主として使用した。プラスミドpGEX5X3にクローニングしたGST-DhaA-FLAG遺伝子融合物は、pGEX5X3DhaAWT.FLAGと表し、E130突然変異誘発のための出発時の鋳型として使用した。DhaAにおいてH272Fの突然変異を含む突然変異プラスミドは、pGEX5X3DhaAH272F-FLAGと表し、標識研究におけるポジティブコントロールとして使用し、そしてクローニングベクターpGEX5X3はネガティブコントロールとして使用した。
アルキル−酵素中間体の加水分解におけるDhaAの触媒性の酸の役割は、部位指定突然変異誘発で調査された。DhaAのコドンE130は、グルタミン(Q)、ロイシン(L)又はアラニン(A)のコドンの置換が、酵素の構造に対し恐らく少なくとも破壊的であろうことからこれらで置換された。突然変異誘発の後、制限エンドヌクレアーゼスクリーニング及びDNA配列解析を使用して所望のコドンの変化を証明した。配列を確認したDhaA.E130Q、DhaA.E130L及びDhaA.E130Aクローンは、それぞれC1、A5及びA12と表され、次の解析のために選択された。E130突然変異体は、タンパク質発現及びTAMRA標識ハロアルカン基質との共有結合アルキル−酵素中間体を形成するのそれらの能力について解析された。3つのE130遺伝子変異体は、IPTGによる誘導の後、E.コリJM109細胞において過剰発現した。粗製細胞可溶化液のSDS−PAGE解析は、野生型及び突然変異dhaA遺伝子を発現する培養物がタンパク質をほぼ同レベルにまで蓄積したことを示した(図26;レーン2,4,6,8,10及び12)。更に、野生型及びH272Fコンストラクトにより産生したDhaAタンパク質は、大部分が可溶性であり、これはタンパク質の量が遠心後に感知できるほど変化しなかったためである(図26;レーン3及び5)。ベクターのみのレーン(図26;レーン6及び7)に存在する豊富な22kDaのタンパク質バンドは、GSTタンパク質を表している。しかしながら、これらの結果は、主に不溶性DhaAタンパク質を蓄積したようであるDhaA.E130Q、DhaA.E130L及びDhaA.E130A突然変異体と全く対照的である。この結論は、遠心後、細胞を含まない可溶化液に存在するDhaAタンパク質量の有意な減少があった観察を基にしている(図26;レーン9,11,及び13)。それにも関わらず、DhaAと一緒に移動するタンパク質バンドは、遠心後(+s)に各DhaA.E130突然変異体のレーンにおいてはっきりと観察され、これは可溶性酵素の存在を示唆している。ウェスタン解析は、それ故に、遠心後にDhaA.E130突然変異体において観察されたタンパク質バンドが可溶性DhaA材料を意味するのか否かを決定するために使用された。図27に示すイムノブロットは、DhaA.E130突然変異体の細胞を含まない可溶化液のそれぞれにおける可溶性DhaAタンパク質の存在を確認した(レーン9,11,及び13)。
生きている哺乳類細胞において発現したDhaA.H272F−Flag及びDhaA.H272F−Flagウミシイタケルシフェラーゼ融合タンパク質の捕獲
材料と方法
CHO−K1細胞は、24穴プレート(Labsystems)において30,000細胞/cm2の密度でプレーティングされ、そしてpCIneo.DhaA.WT-Flag又はpCIneo.hRLuc-コネクター-DhaA.H272F-Flagベクターをトランスフェクションされた。24時間後、培地は、25μMのビオチンC18H32O4−Cl及び0.1%DMSO、又は0.1%DMSO単独を含む新鮮な培地と交換され、そして細胞をCO2インキュベーター内に60分間戻した。インキュベーションの終了時に、培地を除去し、細胞を素早くPBS(pH7.4;4回連続洗浄:1.0ml/cm2;各5秒)で洗浄し、そして新しい培地を続いて細胞に添加した。実験によっては、培地は交換しなかった。細胞をCO2インキュベーター内に戻した。
生細胞において発現したタンパク質の捕獲は、様々な解析方法/技術によるこれらのタンパク質の解析を可能にする。多数の捕獲ツールが利用可能であるが、これらのツールの大部分が高度に特異的な抗体又は特異的なタグペプチド/タンパク質と遺伝子融合している注目のタンパク質の生成を必要とする(Jarvik and Telmer, 1998; Ragaut et al., 1999)。しかしながら、これらのタグは、生細胞の画像化にのみ用途が限定されている。DhaA.H272F及びDhaA.H272Fと融合した機能的タンパク質を捕獲するために、SA−コーティングビーズが使用された(Savage et al. , 1992)。
最適化されたDhaA遺伝子
DhaAの通常配列の設計
ヒトコドンバイアス、低GC含量、選択された制限酵素認識部位及び低下した数の転写制御部位を有する合成DhaA.H272F遺伝子が調製された。シグナル配列を欠いている野生型DhaA遺伝子(配列番号48)によりコードされるアミノ酸配列、及び/又はDhaA.H272Fと比較して、コドン最適化DhaA遺伝子及び隣接配列のアミノ酸配列は、1)改良Kozak配列(GCCACCATGG;配列番号42)及びBamHI部位の導入により2位に挿入されたGly(従って、Glyを挿入されたDhaA突然変異体におけるH272F活性部位突然変異は273位でされている);2)Glyを挿入されたDhaA突然変異体において、293位でなされているSmaI/Xmal/AvaI部位の導入に起因するA292G置換;3)NaeI (NgoMIV)部位の導入に起因する、C末端へのAla−Glyの付加;4)5’隣接配列におけるNheI, PvuII, EcoRV及びNcoI部位の付加;5)最終的にサーチアルゴリズムエラーを排除し、そしてORF1(すなわち、NNN-NGC-TAG-CCA-GCT-GGC-GAT-ATC-GCC-ACC-ATG- GGA;配列番号43)を維持するための、5’隣接配列におけるNNNNの付加;6)3’末端のNotI部位、最終的にサーチアルゴリズムエラーを排除するためのNNNNの付加、ORF Leu−Ile−Lysを有するPacI部位、及び少なくとも一方がTAAである2つの停止コドン(すなわち、TAATAGTTAATTAAGTAAGCGGCCGCNNNN;配列番号44)、を有していた。
コドン使用頻度データは、Codon Usage Database(http://www.kazusa.or.jp/codon/)から入手し、これは、2002年8月15日のGenBank Release131.0 (Nakamura et al. , 2000を参照のこと)。コドン使用頻度の表は、HS: ホモサピエンス[gbpri] 50,031 CDS (21,930,294コドン); MM :マウス(Mus musculus)[gbrod] 23,113CDS (10,345,401コドン); EC:エスケリッチャ・コリ(Escherichia coli) [gbbct]11,985 CDS (3,688,954コドン);及びEC K12: エスケリッチャ・コリ(Escherichia coli) K12 [gbbct] 4,291 CDS (1,363,716コドン)についてダウンロードした。HSとMMを比較し、そして密接に類似していることが明らかとなったため、EC K12の表が利用された。
出発時のDhaA配列を生成させるために、Vector NTI 8.0(Informax)におけるコドン使用頻度表が利用された。DhaA.v2.1タンパク質配列(配列番号45)をバックトランスレーションし、出発時の遺伝子配列hDhaA. v2.1-0を作り出し、そして隣接領域が続いて上述のように付加され、hDhaA. v2.1-0F(配列番号46)が作り出された。
配列モチーフの同定及び除去に使用したプログラム及びデータベースは、Genomatix Software GmbH (Munich, Germany, http://www.genomatix.de) : GEMS Launcher Release 3.5. 1 (April 2003),MatInspector professional Release 6.1 (2003年1月), Matrix Family Library Ver 3.1. 1 (2003年4月、128のファミリーにおいて318の脊椎動物のマトリックスを含む)、ModelInspector professional Release 4.8 (2002年10月)、Model Library Ver 3.1 (2003年3月、226のモジュール)、SequenceShaper tool、及びUser Defined Matricesのものである。優先順位に従って出発時の遺伝子配列から除去される配列モチーフは、以下に列記する制限酵素認識配列;デフォルトスコア超のプロモーターモジュールを含む転写因子結合配列(すなわち、規定の配向を有する2つの転写因子結合部位)、及び最小スコア=0.75/マトリックス=最適化済みの脊椎動物の転写因子結合配列;真核生物の転写制御部位、例えばKozak配列、スプライスドナー/アクセプター配列、ポリA付加配列;並びに原核生物転写制御配列、例えばE.コリプロモーター及び、Metコドンから20bp未満上流の場合、E.コリRBS、であった。
サブセットDhaA
フォーマット:マトリックス名(コアの類似性の閾値/マトリックスの類似性の閾値):U$AatII (0.75/1.00), U$BamHI (0.75/1.00), U$Bg1I (0.75/1.00), U$Bg1II (0.75/1.00), U$BsaI (0.75/1. 00), U$BsmAI (0.75/1.00), U$BsmBI (0.75/1.00), U$BstEII (0.75/1.00),U$BstXI (0.75/1.00), U$Csp45I (0.75/1.00), U$CspI (0.75/1.00), U$DraI (0.75/1.00), U$EC-P-10 (1.00/最適化済み), U$EC- P-35 (1.00/最適化済み), U$EC-Prom (1.00/最適化済み), U$EC-RBS (0.75/1.00), U$EcoRI (0.75/1. 00), U$EcoRV (0.75/1.00), U$HindIII (0.75/1. 00), U$Kozak (0.75/最適化済み), U$KpnI (0.75/1.00), U$M1uI (0.75/1.00), U$NaeI (0.75/1.00), U$NcoI (0.75/1. 00), U$NdeI (0.75/1.00), U$NheI (0.75/1.00), U$NotI (0.75/1.00), U$NsiI (0.75/1.00), U$PacI (0.75/1.00), U$PflMI (0.75/1.00), U$PmeI (0.75/1.00), U$PolyAsig (0.75/1.00), U$PstI (0.75/1.00), U$PvuII (0.75/1.00), U$SacI (0.75/1.00), U$SacII (0.75/1. 00), U$Sa1I (0.75/1. 00), U$SfiI (0.75/1.00), U$SgfI (0.75/1.00), U$SmaI (0.75/1.00), U$SnaBI (0.75/1.00), U$SpeI (0.75/1.00), U$Splice-A (0.75/最適化済み), U$Splice-D (0.75/最適化済み), U$XbaI (0.75/1.00), U$XcmI (0.75/1.00), U$XhoI (0.75/1.00), 及び全ての脊椎動物のlib.
E.コリ特異的な配列無し:U$AatII (0.75/1.00), U$BamHI (0.75/1.00),U$BglI (0.75/1.00),U$BglII (0.75/1.00), U$BsaI (0.75/1.00), U$BsmAI (0.75/1.00), U$BsmBI (0.75/1.00), U$BstEII (0.75/1.00), U$BstXI (0.75/1.00), U$Csp45I (0.75/1.00), U$CspI (0.75/1.00), U$DraI (0.75/1.00), U$EcoRI (0.75/1.00), U$EcoRV (0.75/1.00), U$HindIII (0.75/1.00), U$Kozak (0.75/最適化済み), U$KpnI (0.75/1.00), U$MluI (0.75/1.00), U$NaeI (0.75/1.00), U$NcoI (0.75/1.00), U$NdeI (0.75/1.00), U$NheI (0.75/1.00), U$NotI (0.75/1.00), U$NsiI (0.75/1.00), U$PacI (0.75/1.00), U$PflMI (0.75/1.00), U$PmeI (0.75/1.00), U$PolyAsig (0.75/1.00), U$PstI (0.75/1.00), U$PvuII (0.75/1.00), U$SacI (0.75/1.00),U$SacII (0.75/1.00), U$Sa1I (0.75/1.00), U$SfiI (0.75/1.00), U$SgfI (0.75/1.00), U$SmaI (0.75/1.00), U$SnaBI (0.75/1.00), U$SpeI (0.75/1.00), U$Splice-A (0.75/最適化済み), U$Splice-D (0.75/最適化済み), U$XbaI (0.75/1.00), U$XcmI (0.75/1.00), U$XhoI (0.75/1.00), 及び全ての脊椎動物のlib.
上文で特定した不所望の配列モチーフは、特定のタンパク質及び隣接配列の保持を可能にした代替コドンを選択することにより出発時の遺伝子配列から除去された。代替コドンは、出来る限り全体的なコドン選択ストラテジーに適合するように選択された。
−MatInspectorを用い、マトリックスファミリーサブセット「DhaA」又は「DhaA-EC」を使用し、そしてModellnspectorを用い、デフォルト設定を使用して、不所望な配列一致を同定すること。
−可能性のある置換コドンを同定してSequenceShaperを用いて不所望な配列一致を除去すること(ORFを維持する)。
−全ての変化を合成遺伝子配列の新しいバージョンに組み込み、そしてMatInspector及びModellnspectorで再解析すること。
−サブセット「DhaA-EC」及びSequenceShaperのデフォルトの残りの閾値(0.70/Opt−0.20)を用いて不所望な配列一致を除去すること。
−このアプローチで除去されえない配列一致のために、より低いSequenceShaperの残りの閾値(例えば、0.70/Opt−0.05)を使用すること。
−尚も除去されえない配列一致のために、人の手で選択された置換コドンの異なる組み合わせを試すこと(特に、3塩基超の変化が必要とされうる場合)それが新規な配列一致を導入する場合、上記ステップを用いてそれらを除去するよう試すこと(出発時の配列が異なると、時に、異なる除去の解決法が可能となる)。
−サブセット「DhaA」を使用して、問題のあるE.コリ配列モチーフが導入されたか否かを調べ、そしてもしそうであるならば、非E.コリ配列について上文で記載したものと同様のアプローチを用いてそれらを除去するよう試すこと。
使用したソフトウェア:EMBOSS CpGPlot / CpGReport
http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html) (Gardiner-Garden et al., 1987を参照のこと)。
独特のMunI/MfeI(C'AATTG)部位が導入され、C末端付近の推定のミリスチル化部位(GSEIAR)を含むC末端34アミノ酸の除去が可能となった。別の独特の部位、NruI部位が導入され、C末端の80〜100アミノ酸の除去が可能となった。
bコドンが最適化されている。
Claims (17)
- 式(I):R−リンカー−A−X(ここで、Rは、フルオロフォア、クロモフォア、ルミノフォア、ビオチン、ハプテン、ペプチド、ポリペプチド、抗体、受容体、ヌクレオチド、脂質及び固体支持体から成る群から選択される1又は複数の官能基であり、リンカーは、2〜30個の炭素原子を含んで成る分枝又は非分枝炭素鎖であって、−C(O)NH(CH2CH2O)y(y=2)を含んで成る鎖であり、Aは(CH2)nであり、nは6であり、A−Xはデハロゲナーゼの基質であり、且つXはハロゲンである)の化合物。
- ロドコッカス(Rhodococcus)デハロゲナーゼの基質である、請求項1に記載の化合物。
- XがCl又はBrである、請求項1に記載の化合物。
- N−{2−[2−(6−クロロヘキシルオキシ)−エトキシ]−エチル}−ビオチン−アミドである、請求項1に記載の化合物。
- 少なくとも1つの官能基が光学的に検出可能な分子である、請求項1に記載の化合物。
- 少なくとも1つの官能基がフルオロフォアである、請求項6に記載の化合物。
- 突然変異デハロゲナーゼの存在又は量を検出又は決定する方法であって:
a)突然変異デハロゲナーゼとデハロゲナーゼ基質とを接触させ、ここで、当該突然変異デハロゲナーゼは、配列番号48によってコードされる野生型デハロゲナーゼと比較して、少なくとも85%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ少なくとも1つのアミノ酸置換を含んで成り、前記突然変異デハロゲナーゼは、前記野生型デハロゲナーゼと基質との間で形成される結合よりも安定な基質との結合を形成し、ここで、当該突然変異デハロゲナーゼにおける少なくとも1つのアミノ酸置換が、前記野生型デハロゲナーゼと基質との間で形成される結合を開裂させる水分子の活性化と関連する、配列番号48によってコードされるデハロゲナーゼの残基272に相当するアミノ酸残基、あるいは基質とエステル中間体を形成する、配列番号48によってコードされるデハロゲナーゼの残基106に相当するアミノ酸残基、での置換であり;そして
b)前記基質の存在又は量を検出又は決定し、それにより突然変異デハロゲナーゼの存在又は量を検出又は決定すること、
を含んで成る方法。 - 試料中の注目の分子、細胞又は細胞小器官を単離する方法であって:
a)試料と、突然変異デハロゲナーゼ及びデハロゲナーゼ基質とを接触させ、ここで、当該突然変異デハロゲナーゼが、配列番号48によってコードされる野生型デハロゲナーゼと比較して、少なくとも85%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ少なくとも1つのアミノ酸置換を含んで成り、前記突然変異デハロゲナーゼが、前記野生型デハロゲナーゼと基質との間で形成される結合よりも安定な基質との結合を形成し、ここで、当該突然変異デハロゲナーゼにおける少なくとも1つのアミノ酸置換が、前記野生型デハロゲナーゼと基質との間で形成される結合を開裂させる水分子の活性化と関連する、配列番号48によってコードされるデハロゲナーゼの残基272に相当するアミノ酸残基、あるいは基質とエステル中間体を形成する、配列番号48によってコードされるデハロゲナーゼの残基106に相当するアミノ酸残基、での置換であり、前記融合タンパク質が、注目の分子、細胞又は細胞小器官と結合するタンパク質を含んで成り;そして
b)注目の分子、細胞又は細胞小器官を単離すること、
を含んで成る方法。 - 前記基質が、固体支持体又は固体支持体と結合する分子を含んで成る、請求項9に記載の方法。
- 注目の分子がタンパク質である、請求項9に記載の方法。
- 細胞を標識する方法であって:
a)突然変異デハロゲナーゼを含んで成る細胞と1又は複数の官能基を含んで成るデハロゲナーゼ基質とを接触させること、を含んでなり、ここで、当該突然変異デハロゲナーゼが、配列番号48によってコードされる野生型デハロゲナーゼと比較して、少なくとも85%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ少なくとも1つのアミノ酸置換を含んで成り、当該突然変異デハロゲナーゼが前記野生型デハロゲナーゼと基質との間で形成される結合よりも安定な基質との結合を形成し、ここで、当該突然変異デハロゲナーゼにおける少なくとも1つのアミノ酸置換が、前記野生型デハロゲナーゼと基質との間で形成される結合を開裂させる水分子の活性化と関連する、配列番号48によってコードされるデハロゲナーゼの残基272に相当するアミノ酸残基、あるいは基質とエステル中間体を形成する、配列番号48によってコードされるデハロゲナーゼの残基106に相当するアミノ酸残基、での置換である、方法。 - 前記基質が、R−リンカー−A−X(ここで、Rは1又は複数の官能基であり、リンカーは2〜30個の炭素原子を含んで成る分枝又は非分枝炭素鎖であって、−C(O)NH(CH 2 CH 2 O) y (y=2)を含んで成る鎖であり、Aは(CH 2 ) n であり、nは6であり、A−Xはデハロゲナーゼの基質であり、且つXはハロゲンである)を含んで成る、請求項8、9又は12に記載の方法。
- 少なくとも1つの官能基が光学的に検出可能な分子である、請求項8、9又は12に記載の方法。
- 突然変異加水分解酵素が更に注目のタンパク質を含んで成り、その結果融合タンパク質を生成する、請求項8、9又は12に記載の方法。
- 式R−リンカー−A−Xの化合物を調製する方法であって、式R−Yの化合物と、式Z−リンカー−A−Xの化合物とをカップリングさせることを含んで成り、ここで、Y及びZが、R−を−リンカー−A−Xと連結させるよう反応することができる基であり、当該リンカーは、2〜30個の炭素原子を含んで成る分枝又は非分枝炭素鎖であって、−C(O)NH(CH2CH2O)y(y=2)を含んで成る鎖であり、Aは(CH2)nであり、nは6であり、A−Xがデハロゲナーゼの基質であり、且つXがハロゲンであり、そしてR−Yが式Rの化合物の活性化エステルであり、且つZが当該活性化エステルと反応してアミド結合を形成するのに適したアミンである、方法。
- 請求項16に記載の方法により調製される化合物。
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