JP5677943B2 - ポリペプチド - Google Patents
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Description
モノクローナル抗体 および Fc 融合 タンパク質の産業的な生産において、精製は、頻繁に親和性クロマトグラフィーを用いて実施される。黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)のプロテインAは、IgGのFc部分へのプロテインAの本来(native)の親和性のため係る適用において親和性リガンドとして長く使用されてきた。プロテインA全体、同様に、その個々のFc-結合ドメインは、改善された特性を有する操作された親和性リガンドの合理的なデザインの出発点として引き続いて供される。現在使用される IgG Fc 親和性リガンドは比較的成功しているが、継続的に改善する必要がある。プロテインAにより呈されるものと匹敵する又はそれよりも高いIgG Fcへの親和性を有している因子の継続的な提供は、なおも価値のあり興味のある事項である。例えば、プロテインA アフィニティークロマトグラフィーは、典型的には低pH条件を使用し、低pH条件への幾つかの抗体 および Fc 融合タンパク質の感受性が原因の収量の損失が生じる可能性がある。従って、アフィニティークロマトグラフィーの間にプロテインAと比べて高いpHでの溶出が許容される新しい IgG Fc-結合剤の提供は、有益であろう。
本発明の一側面によると、本発明は、IgG Fc-結合モチーフBMを含んでいる免疫グロブリン G Fc (IgG Fc) 結合 ポリペプチドを提供し、該モチーフは以下のものから選択されるアミノ酸配列からなる:
i) EQQX4AFYEIL HLPNLTEX18QX20 X21AFIX25X26LRX29,
式中で, 互いに独立に,
X4 は、H および Nから選択される;
X18 は、DおよびGから選択される;
X20 は、RおよびKから選択される;
X21 は、HおよびQから選択される;
X25 は、R, AおよびGから選択される;
X26 は、A, SおよびTから選択される;および
X29 は、G, KおよびAから選択される;
並びに
ii) 少なくとも 85 %の同一性をi)に規定される配列に対して有するアミノ酸配列。
ADNNFNK-[BM]-DPSQSANLLSEAKKLNESQAPK (ブドウ球菌性のプロテインAのドメインA内のBM);
ADNKFNK-[BM]-DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK (ブドウ球菌性のプロテインAのドメインB内のBM);
ADNKFNK-[BM]-DPSVSKEILAEAKKLNDAQAPK (ブドウ球菌性のプロテインAのドメインC内のBM);
ADAQQNNFNK-[BM]-DPSQSTNVLGEAKKLNESQAPK (ブドウ球菌性のプロテインAのドメインD内のBM);
AQHDE-[BM]-DPSQSANVLGEAQKLNDSQAPK (ブドウ球菌性のプロテインAのドメインE内のBM);および
VDNKFNK-[BM]-DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK (ブドウ球菌性のプロテインAのドメインBのプロテインZ誘導体内のBM);
式中で[BM]は、上記の規定のとおりIgG Fc-結合モチーフである。
FWK-[BM]-DPSQSARLLAXaAKKLDDQ,
式中で[BM]は、上記の規定のとおりIgG Fc-結合モチーフであり、Xa は、R, G およびQから選択される。
VDAKFWK-[BM]-DPSQSARLLAXaAKKLDDQAPK
式中で[BM]は、上記の規定のとおりIgG Fc-結合モチーフであり、Xa は、R, G およびQから選択される。
IgG Fc-結合ポリペプチドは、例えば、配列番号4-6、例えば、配列番号4(図 1)から選択されるアミノ酸配列を含んでもよい。
別の代替的な側面によると、本発明はIgG Fc-結合ポリペプチドを提供し、該IgG Fc-結合ポリペプチドのアミノ酸は次のiii)およびiv)から選択される一の規定を満たす配列を含む: iii) 配列番号7-9から選択されるもの, およびiv) 配列番号7-9 (図 1)から選択される配列と85 %以上の同一性を有しているアミノ酸配列。本発明のこの側面の態様において、IgG Fc-結合ポリペプチドは、特に配列番号7, 又はその配列と85 %以上の同一性を有している配列を含んでもよい。
(i) IgG Fcを含んでいる分子を含有しているサンプルを提供すること;
(ii) 前記サンプルを本願に記載されるIgG Fc-結合 ポリペプチドと接触させて、前記IgG Fcを含んでいる分子を前記ポリペプチドに結合させること;
(iii) 結合したIgG Fcを含んでいる分子を前記サンプルから単離すること。
(i) IgG Fcを含んでいる所望の分子を発現させること;
(ii) IgG Fcを含んでいる分子のサンプルを前記の発現物から得ること;
(iii) 前記サンプルを本願に記載されるIgG Fc-結合 ポリペプチドと接触させて、IgG Fcを含んでいる分子を前記ポリペプチドに結合させること;
(iv) 結合したIgG Fcを含んでいる分子を前記サンプルから単離すること、および
(v) IgG Fcを含んでいる結合分子をIgG Fc-結合ポリペプチドから溶出して回収すること。
本発明の単離及び産生の方法の幾つかの態様において、IgG Fc-結合ポリペプチドは、クロマトグラフィー媒体に固定化される。一般的に、インビトロで本発明のポリペプチドを用いる方法は、例えば、フィルター または膜, マイクロタイタープレート, タンパク質アレイ, バイオセンサー表面, ビーズ, フローサイトメトリー, 組織切片などの異なる形式で実施してもよい。特定の側面において、本発明は、本願に記載されるIgG Fc-結合ポリペプチドが固定化されたアフィニティークロマトグラフィー媒体を提供する。このような媒体は、マトリックスとして任意の既知のクロマトグラフィー材料に基づいたものであってもよく、ポリペプチドとマトリックスとのカップリングは、幾つかの既知の処置の何れか一つを用いて実施してもよい。
本発明は、さらに以下の限定されない例によって説明される。
IgG Fc-結合ポリペプチドの選択およびキャラクタリゼーション
この例において、ライブラリ ZLib2002からのIgG 結合 Z バリアントの初期の選択に続いて作出されたZLib2007-IgGと表記されるZ バリアント ライブラリおよび結果の評価を、本発明のIgG Fc-結合ポリペプチドの選択のため使用した。ライブラリの構築および選択の処理の詳細な事項は、一般にGronwall等(Gronwall et al, J Biotechnol 128:162-183, 2007)記載される。ZLib2007-IgGからの四つの異なるファージディスプレイ選択が、様々な IgG および IgG-様分子に関してなされた。クローンの配列を決定し、配列をクラスタリングで分析し、各クローンのアミノ酸配列を全ての選択されたクローンおよびライブラリデザインにおける分布のなかの可変的なアミノ酸の分布と比較した。IgG Fc-結合分子を四回の選択ラウンド(selection rounds)の後、さらなるキャラクタリゼーションのため選択し、五ラウンドは選択の間により厳密な洗浄条件、高いpH、高い温度での溶出で実施した。選択ラウンド 5から由来する付加的な IgG Fc-結合分子を、さらなるキャラクタリゼーションのため選択した。
選択
五つの選択ラウンドを、四つの選択の構成(selection setups)の各自で行い、新しいファージのストックを各ラウンドの間に調製した。標的タンパク質を、幾つかの選択の構成における選択ラウンドの間で交替(alternated)した。使用した標的は、ミエローマ血清からのヒトの免疫グロブリン G2κ(IgG2κ)(Meridian Life Science, cat. no. A50184H), ミエローマ血清からのヒトの免疫グロブリン G3λ(IgG3λ)(Meridian Life Science, cat. no. A50186H), ミエローマ血清からのヒトの免疫グロブリン G4λ (IgG4λ)(Meridian Life Science, cat. no. A50947H), エタネルセプト(商品名 Enbrel(登録商標); Apoteket cat. no. 566661, producer Wyeth, lot 21032), ビオチン化したヒトの免疫グロブリン G, Fcフラグメント (IgG-Fc) (Jackson Immunoresearch, cat. no. 009-060-008, lot 66321), および ビオチン化したヒトの免疫グロブリン G1κ (IgG1κ) (Ancell, cat. no. 295-030, lot 141605)であった。各選択の構成の各ラウンドの標的タンパク質の概要は、表 1に示される。エタネルセプトに対する選択の免疫チューブ(immunotube)の表面で固相で固定化されたIgG バリアントに対する又は標的に対する選択のため液相中のビオチン化した標的タンパク質で選択を行った。
四または五ラウンドの選択後にえられたクローンのタンパク質を、96ウェルプレートで生産し、ELISAのセットアップを用いて標的の結合活性に関して選抜した。
ウェル F12: 上記のとおり処理されたポジティブコントロール、しかし、選択ラウンド 4からのクローンのプレートに関して、Z00000 (配列番号10) および Z01730 (配列番号11)の混合物をペリプラスム画分として使用した。選択ラウンド 5からのクローンのプレートに関して、Z00000のペリプラスム画分を使用した。
ウェル G12: ポジティブコントロール。ウェル F12に関して記載のとおり、しかし、ラウンド 4の後に1 μg/mlおよびラウンド 5の後に0.5 μg/mlの濃度のビオチン化したIgG1κで行った。
ウェル H12: ブランク。PBS-T0.05をペリプラスム画分の代わりに使用した。
ELISAの結果に基づいて、クローンをシークエンシングに選択した。選択ラウンド 4から取得されたクローンに関して、ポジティブコントロール(ウェル F12)と類似する吸光値のクローンを優先した。選択ラウンド 5から取得されたクローンに関して、最高の吸光値のクローンを優先した。抜き取ったクローンの間で高い多様性があることが望ましい。それ故、異なる吸光度値の多くのクローンを両方の選抜から選択した。
選択
四つの異なる選択の構成を適用し、五つの選択ラウンドを各選択の構成に関してなした。洗浄数の増加および異なるpH値での溶出を、選択の構成で使用した。
四および五ラウンドの選択後にえられたクローンを、96ウェルプレートで生産し、ELISAのセットアップを用いて標的の結合活性に関して選抜した。推定上のIgG Fc-結合分子は、凍結融解によりえられたペリプラスム画分に存在した。
第四の選択ラウンドから由来するクローンのELISA スクリーニングにおいて、IgG1κ および IgG Fcを標的としてIgG1κに関して0.05 μg/ml および 0.5 μg/mlおよびIgG Fcに関して0.5 μg/mlの濃度で使用した。ラウンド 4 のクローンのELISAの結果によって、吸光度値がIgG1 および IgG Fcの間でよく対応し、0.05 μg/ml IgG1の低濃度でさえも非常に高いことが示された。
第五の選択ラウンドから由来するクローンのELISA スクリーニングにおいて、IgG1κを標的として 0.01 μg/mlの濃度で使用した。バックグラウンドの結合物の数は、ラウンド 4からのクローンと比較して、ラウンド 5から由来するクローンの間で非常に高かった。反応は、pH 4.5で溶出したIgG_21 選択物からのクローンの間で最低であった。
ラウンド 4 および 5からのクローンの配列を決定し、結果を既に既知のプロテイン Z バリアントと比較した。本発明の目的のため、ラウンド 4から由来する一つのクローン(Z02674と表される, 配列番号7; 図 1を参照されたい)およびラウンド 5から由来する二つのクローン(Z02726 および Z02742と表される, それぞれ配列番号8 および 配列番号9; 図 1を参照されたい)を、さらなるキャラクタリゼーションのため選択した。
要約すると、ライブラリ ZLib2007-IgGからの選択は成功し、適切な候補がさらなるキャラクタリゼーションのため選択された。
IgG Fc-結合ポリペプチドのさらなるキャラクタリゼーション
この例において、例 1に記載された選択からのIgG Fc-結合ポリペプチドのグループを、サブクローン化し、単量体の形態で発現し、これらの結合特性を研究した。
培養および精製
IgG Fc-結合ポリペプチド Z02674, Z02726 および Z02742(同様に、Z02829と表記されるZ02674の修飾バージョン)を、発現がT7 プロモーターにより制御される発現ベクターに単量体としてサブクローン化した。IgG Fc-結合 ポリペプチドを、付加的なN末端アミノ酸配列GSSLQ および 付加的なC末端アミノ酸配列VDと共に発現させた。従って、発現させたZ02674, Z02726 および Z02742 分子は、配列 GSSLQ-[配列番号#]-VDを有し、#は7, 8 または9に対応する(図 1を参照されたい)。
凍結乾燥したタンパク質を、PBSに溶解した。タンパク質溶液を、プラスチックのキュベットに移し、不溶解性のタンパク質を視覚的な点検で検査した。
CD分析を、PBS中で0.5 mg/mlのタンパク質で実施した。195-250 nmでのスペクトル測定を20 ゜Cで実施した。精製タンパク質の融点 (Tm)を、可変的な温度測定(VTM: variable temperature measurement)で、サンプルを90 ゜Cまで加温する間に220 nmをモニターして決定した。サンプルを20 ゜Cに再平衡化(re-equilibrating)した後、新しいスペクトルを取得した。VTMの前後のスペクトルのオーバーレイによって、構造が90 ゜Cまで加温した後に回復するかどうか示された。
精製分子とヒト IgGとの結合を、Biacore 2000機器(GE Healthcare)で表面プラズモン共鳴を用いて分析した。エタネルセプト〔商品名 Enbrel(登録商標), ヒト IgGのFc 領域を含んでいる融合タンパク質; Apoteket article no. 566661〕および二つのヒトモノクローナル IgG 抗体, パリビズマブ〔商品名 Synagis(登録商標), VH3 ドメインを含まない; Apoteket article no. 549170〕およびトラスツズマブ〔商品名 Herceptin(登録商標), VH3 ドメインを含む: Apoteket article no. 573477〕を、標的タンパク質として使用した。標的タンパク質を、製造者の推奨にしたがってCM-5チップの表面のカルボキシル化デキストラン層にアミンカップリングで異なるフローセルに固定化した。固定化された標的タンパク質への結合を分析するため、精製されたIgG Fc-結合分子HBS-EP (0.01 M HEPES, 0.15 M NaCl, 3 mM EDTA, 0.005 % 界面活性剤 P20, pH 7.2)を希釈し、25 nM および 100 nMで25 μl/minの定常的な流速で4 分間注入した。表面を、0.3 M HAc, pH 3.2の注入で再生した。解離平衡定数 (KD)の見積を、BIAevaluation 4.1(GE Healthcare)で1対1のラングミュア結合モデルを用い、物質移動効果(mass transfer effects)を考慮して行った。
サイズ 排除 クロマトグラフィー (SEC)を、凝集物の点検のため実施した。精製されたIgG Fc-結合分子を0.5 mg/mlにPBSで希釈し、50 μlを流速 0.5 ml/分でPBSで平衡化したSuperdex 75 10/300 GL カラム (GE Healthcare)に注入した。
培養および精製
単量体の IgG Fc-結合分子を、大腸菌(E. coli)中でプラスミドベクターから発現させた。1 リッターの培養物からのIgG セファロース-精製タンパク質の総量を、A280 nmで分光光度的に決定し、表 2に示した。
PBSを、凍結乾燥したIgG Fc-結合分子分子に添加した。各バイアルにおけるタンパク質の量に基づく予想された濃度は、表 3に示される。
CD分析を、タンパク質 Z02726, Z02742 および Z02829で実施した。Z02829は、タンパク質の最初で二つの置換(全体の発現された分子の配列に関連するA8N および W11N、即ち、配列番号7と関連するA3N および W6N)を含んでいるZ02674の誘導体である。従って、Z02829のIgG Fc-結合モチーフは、Z02674のものと同じである。
IgG Fc-結合分子の決定した融点を表 4に示した。
精製したポリペプチドとヒト IgG Fcとの結合を、Biacore 2000機器で表面プラズモン共鳴を用いて分析した。パリビズマブ(VH3 ドメインなし), トラスツズマブ(VH3 ドメインあり) および エタネルセプト(TNFαr-Fc 融合)を、アミンカップリング(amine-coupling)でチップ表面に固定化した。Z プロテイン Z00000 (配列番号10)および早期にえられたバリアント Z01730 (配列番号11)を、コントロールとして使用した。固定された標的タンパク質に25 nMで注入されたIgG Fc-結合分子への結合ダイアグラムは、図 3A-3C および 図 4A-4Cに示される。
推定の結合親和性を計算するため、パリビズマブへの結合から得られたダイアグラムを、製造者から提供されたBIAevaluation ソフトウェアで分析した。結果を表5に示す。この表に示すとおり、IgG Fc-結合ポリペプチドは、周知のIgG Fc-結合分子であるポジティブコントロールのZ00000に匹敵するIgGへの結合親和性を示す。
SEC分析を、100 μgの精製 タンパク質をPBSで平衡化したSuperdex 75 10/300 GL カラムに注入することにより実施した。全ての IgG Fc-結合分子は、単一のピークに溶出された。ピークの形は、IgG Fc-結合分子の間で異なり、それらは異なる時間で溶出する。しかしながら、それらは全てZ00000よりも後に溶出し、凝集物が存在しないことを示す。
溶出 pHのアフィニティークロマトグラフィー試験およびIgG Fc-結合ポリペプチドの能力
この例において、例 1に記載される選択からの個々の IgG Fc-結合ポリペプチドは、クロマトグラフィー媒体と結合し、それらの溶出条件および結合容量(binding capacities)をアフィニティークロマトグラフィー実験で試験した。
IgG Fc-結合ポリペプチドの固定化
本発明のIgG Fc-結合 ポリペプチド Z02742, Z02674 および Z02726および参照分子 Z00000を、各々NHS-活性化 HiTrap TM カラム(0.962 ml, GE Healthcare)に固定化した。固定化(一級アミンを介したリガンドのカップリング)を、製造者の指示のとおり実施した。各ポリペプチドを四つのカラムに固定化し、そのうち二つを溶出 pH試験に使用し、二つを容量試験に使用した。
クエン酸 および NaCl (Merck)を、それぞれ0.1 M および 0.9 重量パーセント(% wt/wt)の最終的な濃度に水で溶解した。この溶液からpHを溶液の一部分に関して6.2(緩衝剤 A)に及び溶液の他の部分に関して2.5(緩衝剤 B)に調整することにより二つの緩衝剤を調製した。pHの調整は、NaOHの添加でおこなった。緩衝剤を、使用前に濾過した。
溶出 pHを、三つの異なるサンプルに関してIgG Fc-結合ポリペプチドリガンドを含んでいるカラムで試験した。サンプルは、トラスツズマブ〔商品名 Herceptin(登録商標), Apoteket article no. 573477〕, エタネルセプト〔商品名 Enbrel(登録商標), Apoteket article no. 〕およびパリビズマブ〔商品名 Synagis(登録商標), Apoteket article no. 549113〕であった。サンプルを、製造者の指示にしたがって調製し、その後に緩衝剤 Aに1 mg/ml溶液に希釈した。
クロマトグラフィー媒体への動的な結合容量(Dynamic binding capacity)は、通常は280 nmでの吸光度が280 nmでのサンプル吸光度の10 %に達する場合の前記媒体へ適用したサンプルの量と規定される。容量を、固定化された IgG Fc-結合ポリペプチドを含んでいるカラムにサンプルをロードすることにより決定した。容量を決定するため、デッドボリューム(即ち、チュウブおよびカラムの容量)を10 %ブレークスルー(breakthrough)に必要とされるサンプル容量から差し引かれた。デッドボリュームを、サンプルをIgG Fc-結合ポリペプチドを含んでいないカラムをとおすことにより測定した。
溶出試験
全サンプルは、他のポリペプチドリガンドを含んでいるカラムからよりも固定化されたZ02674を含んでいるカラムから高いpH (即ち、グラディエントの初期)で溶出された。トラスツズマブは、他のカラムからよりもより低いpH (即ち、グラディエントの後期)でZ00000を含んでいるカラムから溶出された。従って、トラスツズマブの溶出フラクションのpHは、参照の分子Z00000を含んでいるカラムからよりも本発明のIgG Fc-結合ポリペプチドを含んでいるカラムからのもので高かった。異なるカラムのクロマトグラムのオーバーレイ(Overlays)は、図 5A-Cに示される。
本発明のIgG Fc 結合ポリペプチドを結合させたカラムの容量は、0.23から0.33 モル IgG/ モル ポリペプチドリガンドの範囲であり、Z00000を結合させたカラムの容量と匹敵(comparable)する(図 6を参照されたい)。しかしながら、固定化されたZ02674を含んでいるカラムの動的な結合容量は、他のカラムに対するよりも約 20-30%高かった。
本願発明の実施態様は、以下のとおりである。
(1)
免疫グロブリン G Fc 領域結合モチーフBMを含んでいる免疫グロブリン G Fc 領域結合ポリペプチドであって、該モチーフは以下のものから選択されるアミノ酸配列からなる免疫グロブリン G Fc 領域結合ポリペプチド:
i) EQQX4AFYEIL HLPNLTEX18QX20 X21AFIX25X26LRX29,
式中で, 互いに独立に,
X4 は、H および Nから選択される;
X18 は、DおよびGから選択される;
X20 は、RおよびKから選択される;
X21 は、HおよびQから選択される;
X25 は、R, AおよびGから選択される;
X26 は、A, SおよびTから選択される;および
X29 は、G, KおよびAから選択される;
並びに
ii) 少なくとも 85 %の同一性をi)に規定される配列に対して有するアミノ酸配列。
(2)
(1)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、X4 がHであるポリペプチド。
(3)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、X18 がGであるポリペプチド。
(4)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、X20 がKであるポリペプチド。
(5)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、X21 がHであるポリペプチド。
(6)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、X25 がRであるポリペプチド。
(7)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、X26 がAであるポリペプチド。
(8)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、X29 がGであるポリペプチド。
(9)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記アミノ酸配列 i)が配列番号1-3から選択されるポリペプチド。
(10)
(9)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記アミノ酸配列が配列番号1であるポリペプチド。
(11)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記IgG Fc-結合モチーフが三ラセン束タンパク質ドメインの部分を形成するポリペプチド。
(12)
(11)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記IgG Fc-結合モチーフが、実質的に前記三ラセン束タンパク質ドメイン内で二つのアルファラセン及びそれらを連結しているループと部分を形成するポリペプチド。
(13)
(12)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記三ラセン束タンパク質ドメインは、細菌性のレセプタータンパク質のドメインから選択されるポリペプチド。
(14)
(13)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記三ラセン束タンパク質ドメインは、黄色ブドウ球菌からのプロテインA又はその誘導体のドメインから選択されるポリペプチド。
(15)
(14)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって:
ADNNFNK-[BM]-DPSQSANLLSEAKKLNESQAPK;
ADNKFNK-[BM]-DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK;
ADNKFNK-[BM]-DPSVSKEILAEAKKLNDAQAPK;
ADAQQNNFNK-[BM]-DPSQSTNVLGEAKKLNESQAPK;
AQHDE-[BM]-DPSQSANVLGEAQKLNDSQAPK;および
VDNKFNK-[BM]-DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK;
から選択されるアミノ酸配列を含み、
式中で[BM]は、(1)〜(10)の何れか一項に規定のIgG Fc-結合モチーフであるポリペプチド。
(16)
(12)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、アミノ酸配列: FWK-[BM]-DPSQSARLLAXaAKKLDDAQを含み、式中の[BM]は(1)〜(10)の何れか一項に規定のIgG Fc-結合モチーフであり;Xa は、R, G およびQから選択されるポリペプチド。
(17)
(12)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、アミノ酸配列: VDAKFWK-[BM]-DPSQSARLLAXaAKKLDDAQAPKを含み、式中の[BM]は(1)〜(10)の何れか一項に規定のIgG Fc-結合モチーフであり;Xa は、R, G およびQから選択されるポリペプチド。
(18)
(16)〜(17)の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、Xa がRであるポリペプチド。
(19)
(16)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、配列番号4〜6から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
(20)
(19)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、配列番号4のアミノ酸配列を含むポリペプチド。
(21)
アミノ酸配列が以下のものから選択される一の規定を満たす配列を含むIgG Fc-結合ポリペプチド:
iii) 前記配列が配列番号7〜9から選択される配列である;
iv) 前記配列が配列番号7〜9から選択される配列と85 %以上の同一性を有しているアミノ酸配列である。
(22)
(21)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、アミノ酸配列が以下のものから選択される一の規定を満たす配列を含むIgG Fc-結合ポリペプチド:
v) 前記配列が配列番号7である;
vi) 前記配列が配列番号7と85 %以上の同一性を有しているアミノ酸配列である。
(23)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、付加的なアミノ酸残基を前記IgG Fc-結合ポリペプチドに対してC末端および/またはN末端に含むポリペプチド。
(24)
(23)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記または各々のアミノ酸の伸展が前記ポリペプチドによるIgG Fcの結合を増強するポリペプチド。
(25)
(23)または(24)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記または各々のアミノ酸の伸展が、前記ポリペプチドの産生, 精製, インビボまたはインビトロ安定化, カップリングまたは検出を改善するポリペプチド。
(26)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、相互作用のKD 値が多くとも1 x 10-6 MであるようにIgG Fcと結合するポリペプチド。
(27)
(26)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、相互作用のKD 値が多くとも1 x 10-7 MであるようにIgG Fcと結合するポリペプチド。
(28)
(27)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、相互作用のKD 値が多くとも5 x 10-8 MであるようにIgG Fcと結合するポリペプチド。
(29)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、ヒト IgG 分子のFc部分と結合する能力があるポリペプチド。
(30)
(29)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、ヒト IgGのクラス 1, 2 および 4と結合する能力があるポリペプチド。
(31)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、IgG FcのCH2 および CH3ドメインの間のインターフェースと結合する能力があるポリペプチド。
(32)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、Fc アミノ酸残基 T250-S254, T256, L309-L312, L314, D315, E430 および L432-Y436により構成されるFc 分子表面の領域と結合する能力があるポリペプチド。
(33)
先行する項の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、アミノ酸配列が同じ又は異なりえる少なくとも二つのIgG Fc-結合ポリペプチド 単量体の単位を含んでいる多量体の形態のポリペプチド。
(34)
(33)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記IgG Fc-結合ポリペプチド単量体の単位は、共に共有結合性に連結されたポリペプチド。
(35)
(33)または(34)に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記IgG Fc-結合ポリペプチド単量体の単位は、融合タンパク質として発現されるポリペプチド。
(36)
先行する項の何れか一項に記載のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド。
(37)
(1)〜(35)の何れか一項に記載のポリペプチドを産生する方法であって、(36に記載のポリヌクレオチドを発現させることを含む方法。
(38)
IgG Fcを含んでいる分子をサンプルから単離する方法であって、以下の工程を含む方法:
(i) IgG Fcを含んでいる分子を含有しているサンプルを提供すること;
(ii) 前記サンプルを(1〜35の何れか一項に記載されるIgG Fc-結合 ポリペプチドと接触させて、前記IgG Fcを含んでいる分子を前記ポリペプチドに結合させること;
(iii) 結合したIgG Fcを含んでいる分子を前記サンプルから単離すること。
(39)
(38)に記載の方法であって、前記サンプルがIgG Fcを含んでいる分子を発現している細胞から由来する方法。
(40)
(38)〜(39)の何れか一項に記載の方法であって、前記IgG Fcを含んでいる分子は、IgG 分子又はその断片である方法。
(41)
(40)に記載の方法であって、前記IgGは、ヒト IgGである方法。
(42)
(40)〜(41)の何れか一項に記載の方法であって、前記IgGは、モノクローナル IgG 抗体である方法。
(43)
(38)〜(39)の何れか一項に記載の方法であって、前記IgG Fcを含んでいる分子は、Fc融合タンパク質である方法。
(44)
(38)〜(43)の何れか一項に記載の方法であって、前記IgG Fc-結合ポリペプチドは、クロマトグラフィーのマトリックスに固定化された方法。
(45)
IgG Fcを含んでいる分子を産生する方法であって、以下の工程を含む方法:
(i) 所望のIgG Fcを含んでいる分子を発現させること;
(ii) IgG Fcを含んでいる分子のサンプルを前記の発現物から得ること;
(iii) 前記サンプルを(1)〜(35)の何れか一項に記載されるIgG Fc-結合 ポリペプチドと接触させて、IgG Fcを含んでいる分子を前記ポリペプチドに結合させること;
(iv) 結合したIgG Fcを含んでいる分子を前記サンプルから単離すること、および
(v) 結合したIgG Fcを含んでいる分子をIgG Fc-結合ポリペプチドから溶出で回収すること。
(46)
(45)に記載の方法であって、前記IgG Fcを含んでいる分子は、IgG 分子又はその断片である方法。
(47)
(46)に記載の方法であって、前記IgGは、ヒト IgGである方法。
(48)
(46)〜(47)の何れか一項に記載の方法であって、前記IgGは、モノクローナル IgG 抗体である方法。
(49)
(45)に記載の方法であって、前記IgG Fcを含んでいる分子は、Fc融合タンパク質である方法。
(50)
(45)〜(49)の何れか一項に記載の方法であって、前記IgG Fc-結合ポリペプチドは、クロマトグラフィー媒体に固定化された方法。
(51)
(1〜(35)の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドを含んでいるアフィニティークロマトグラフィー媒体。
Claims (14)
- 免疫グロブリン G Fc 領域結合モチーフBMを含んでいる免疫グロブリン G Fc 領域結合ポリペプチドであって、該モチーフは以下のものから選択されるアミノ酸配列からなる免疫グロブリン G Fc 領域結合ポリペプチド:
i) EQQX4AFYEIL HLPNLTEX18QX20 X21AFIX25X26LRX29,式中で, 互いに独立に,
X4 は、H および Nから選択される;
X18 は、DおよびGから選択される;
X20 は、RおよびKから選択される;
X21 は、HおよびQから選択される;
X25 は、R, AおよびGから選択される;
X26 は、A, SおよびTから選択される;および
X29 は、G, KおよびAから選択される;
並びに
ii) 少なくとも 93 %の同一性をi)に規定される配列の前記結合モチーフに対応するウィンドウに対して有し、前記IgG Fc結合ポリペプチドは相互作用のKD 値が多くとも1 x 10-6 MであるようにIgG Fcと結合するアミノ酸配列。 - 請求項1に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記アミノ酸配列 i)が配列番号1-3から選択されるポリペプチド。
- 請求項1または2に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、前記IgG Fc-結合モチーフが三ラセン束タンパク質ドメインの部分を形成するポリペプチド。
- 請求項3に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、アミノ酸配列: FWK-[BM]-DPSQSARLLAXaAKKLDDAQを含み、式中の[BM]は請求項1〜2の何れか一項に規定のIgG Fc-結合モチーフであり;Xa は、R, G およびQから選択されるポリペプチド。
- 請求項4に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、配列番号4〜6から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
- 請求項1〜5の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、配列番号7〜9から選択されるアミノ酸配列を含むIgG Fc-結合ポリペプチド。
- 請求項1〜6の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドであって、アミノ酸配列が同じ又は異なりえる少なくとも二つのIgG Fc-結合ポリペプチド 単量体の単位を含んでいる多量体の形態のポリペプチド。
- 請求項1〜7の何れか一項に記載のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド。
- IgG Fcを含んでいる分子をサンプルから単離する方法であって、以下の工程を含む方法:
(i) IgG Fcを含んでいる分子を含有しているサンプルを提供すること;
(ii) 前記サンプルを請求項1〜7の何れか一項に記載されるIgG Fc-結合 ポリペプチドと接触させて、前記IgG Fcを含んでいる分子を前記ポリペプチドに結合させること;
(iii) 結合したIgG Fcを含んでいる分子を前記サンプルから単離すること。 - IgG Fcを含んでいる分子を産生する方法であって、以下の工程を含む方法:
(i) 所望のIgG Fcを含んでいる分子を発現させること;
(ii) IgG Fcを含んでいる分子のサンプルを前記の発現物から得ること;
(iii) 前記サンプルを請求項1〜7の何れか一項に記載されるIgG Fc-結合ポリペプチドと接触させて、IgG Fcを含んでいる分子を前記ポリペプチドに結合させること;
(iv) 結合したIgG Fcを含んでいる分子を前記サンプルから単離すること、および
(v) 結合したIgG Fcを含んでいる分子をIgG Fc-結合ポリペプチドから溶出で回収すること。 - 請求項9または10に記載の方法であって、前記IgG Fcを含んでいる分子は、IgG 分子又はその断片である方法。
- 請求項11に記載の方法であって、前記IgGは、モノクローナル IgG 抗体である方法。
- 請求項9または10に記載の方法であって、前記IgG Fcを含んでいる分子は、Fc融合タンパク質である方法。
- 請求項1〜7の何れか一項に記載のIgG Fc-結合ポリペプチドを含んでいるアフィニティークロマトグラフィー媒体。
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