JP5601746B2 - 同一の試料を用いた二段階核酸検査方法 - Google Patents
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Description
また、遺伝子組換え体の判別検査にも、上記と同様の手法も用いられている。
本発明は、このような従来技術の問題に鑑みなされたものであり、DNAを用いて、従来よりも効率の良い検査方法を提供することを目的とする。
即ち、本発明は、以下の(1)〜(12)を提供するものである。
上記(1)または(2)の方法のように、通常は、特殊設備や熟練技術者が不要で安価で短時間に検査結果が得られるような第1ステージの簡易検査をおこない、問題が発生したときに第2ステージの精密検査をおこなうという二段階での検査手法を実施することにより、効率よく信頼性の高い検査を行うことができる。
また、上記(3)の方法のように、第2ステージの精密検査として核酸の塩基配列を読み取る方法を採用する方式によれば、この方法は最も信頼度の高い核酸の一次構造の解析検査方法であるため、第1ステージの簡易検査にどのような方法を用いても、最終的に高い信頼性の検査を確保することができる。
本発明の第一の検査方法は、試料核酸中に目的の配列が含まれているかどうかを検査する方法であって、最初に試料核酸に対し簡易な検査を行い、目的の配列が含まれていると判定された場合若しくは含まれていないと判定された場合に、同一試料核酸に対し精密な検査を行うことを特徴とするものである。本発明の第二の検査方法は、試料核酸中に目的の配列が規定量以上含まれているかどうかを検査する方法であって、最初に試料核酸に対し簡易な定量的検査を行い、目的の配列が規定量以上含まれていると判定された場合に、同一試料核酸に対し精密な検査を行うことを特徴とするとするものである。このように検査を二段階に分け、問題があるときだけ精密な検査を行うようにすれば、最適なコストで信頼性の高い検査を提供することができる。この手法は、問題が発生する件数の少ない状況に適した検査方法である。
以下、本発明の検査方法の好ましい態様を図を用いて説明する。
なお、試料DNAを回収し再使用する場合においても、また、分割保存し検査ごとに使用する場合においても、第1ステージの簡易検査は、本実施の形態で説明したものに限定されるわけではない。この他、1種類または複数種類の特定のDNAの塩基配列を同定できる手法であれば、いかなるものも採用することができる。
図11に示す目的塩基配列ii31が試料DNAの塩基配列26の中に存在する相対量を定量的に検出できるかどうかを、本発明の検査方法で調べた。第1ステージの簡易検査としてリアルタイムPCR法を、第二ステージの簡易検査としてはDNA塩基配列の読み取りを、それぞれ用いた。リアルタイムPCR法は、前述のように試料DNAを破損させない検査法であるが、使用する試料DNAが極端に少量で行える検査法のため、ここでは検査後に試料DNAを回収せず、予め試料DNAを二分してその片方を第一ステージのリアルタイムPCRに用い、もう片方を第二ステージの塩基配列の読み取りに用いた。
Claims (4)
- 試料核酸中に目的の配列が含まれているかどうかを検査する方法であって、最初に試料核酸に対しマイクロチップ化したデバイス上で簡易な検査を行い、目的の配列が含まれていると判定された場合若しくは含まれていないと判定された場合に、同一試料核酸に対し精密な検査を行う核酸の検査方法であって、試料核酸を二分し、一方を簡易な検査の試料核酸とし、他方を精密な検査の試料核酸とし、それらを前記同一デバイス上に保持しておくことを特徴とし、簡易な検査がDNAハイブリダイゼーション、PCR−RFLP法、又はリアルタイムPCR法による検査であり、精密な検査がDNA塩基配列の読み取りによる検査である核酸の検査方法。
- 目的の配列が、生物種に特異的に存在する配列であることを特徴とする請求項1に記載の核酸の検査方法。
- 目的の配列が、遺伝子組み換え体に特異的に存在する配列であることを特徴とする請求項1に記載の核酸の検査方法。
- 複数種類の目的配列を1回の簡易な検査で同時に検査できることを特徴とする請求項1に記載の核酸の検査方法。
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