JP5457009B2 - ヒトに適合したモノクローナル抗体における使用法 - Google Patents
ヒトに適合したモノクローナル抗体における使用法 Download PDFInfo
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Description
grafting)」として知られている。この技術の科学的基礎は、抗体の結合特異性が主にその軽および重鎖可変領域(V−領域)の相補性決定領域(CDR)として知られている3つの超可変ループ内に主に存在する一方、より保存されたフレームワーク領域(フレームワーク、FW;フレームワーク領域、FR)が構造的な支持機能を提供するとう点にある。CDRを適切に選択したFWに移植することにより、ある程度の、またはすべての抗体結合活性を生成する組換え抗体に移すことができる。CDR移植による特異性の転移の最初の証明はハプテンニトロフェノールに関するものであった(非特許文献1)。
重鎖アクセプターおよびベスト−フィットの軽鎖アクセプターは、ドナーの結合活性を最高に保存するためには互いに適応してしないかもしれない。鎖内の適応度を評価するために利用できる道具は無い。研究者は、より良いペアを見いだすために幾つかのエピトープに対して幾つかの抗体の重鎖および軽鎖を対合させた。しかしこれは抗体のヒトへの適合化について試されなかった。
てきたが、2つの潜在的問題がある。第1は生じた抗体のFRは、すべてヒト起源でも非連続的FWに由来する可能性があり、したがって自然ではない。これはこれらの不自然なFWがヒトで免疫原性となるかどうか知ることが残る。第2に、理論的にライブラリーが極端に大きくなる可能性があり、そしてスクリーニングおよびアッセイ能力に対する高い要求を出す。
本発明の1つの観点は、ヒトに適合した抗体分子の作成に使用するヒト生殖細胞系列抗体配列の選択法であって、この方法は:
a.非ヒト抗体可変領域用のペプチド配列を得;
b.非ヒト抗体可変領域用のペプチド配列の相補性決定領域(CDR)およびフレームワーク領域(FR)の輪郭を描き(delineating):
c.VH、VK、Vλ、JH、JKおよびJλ遺伝子サブ−ライブラリーを含んでなるヒト生殖細胞系列抗体遺伝子ペプチド配列のライブラリーを準備し;
d.非ヒト抗体に対して最大のCDRおよびFR類似性を有するペプチド配列のサブセットを、ヒト生殖細胞系列遺伝子ライブラリーから選択し;
e.工程dで選択したヒト生殖細胞系列抗体の重鎖配列のサブセットを:
e1.CDR1およびCDR2ループと非ヒト抗体との長さの適合性の比較;および
e2.CDR1およびCDR2ループと非ヒト抗体との配列の類似性
に基づき選択し:
f.工程dで選択したヒト生殖細胞系列抗体の軽鎖配列のサブセットを:
f1.CDR1、CDR2およびCDR3ループの一部と非ヒト抗体との長さの適合性の比較;および
f2.CDR1、CDR2およびCDR3ループの一部と非ヒト抗体との配列の類似性に基づき選択し:
g.重鎖J遺伝子のペプチド配列のサブセットを、非ヒト抗体のフレームワーク4とJH遺伝子領域との間の配列類似性に基づきヒト生殖細胞系列JH遺伝子サブ−ライブラリーから選択し:
h.軽鎖J遺伝子のペプチド配列のサブセットを、非ヒト抗体のフレームワーク4とJKおよびJλ遺伝子領域との間の配列類似性に基づきヒト生殖細胞系列JKおよびJλ遺伝子サブ−ライブラリーから選択し:
i.ヒトに適合した抗体の作成に使用するヒト抗体重鎖配列を選択するために、ヒト重鎖に関する工程eからのFR1、2および3の選択と工程gからのFR4の選択とを合わせ;そして
j.ヒトに適合した抗体の作成に使用するヒト抗体軽鎖配列を選択するために、ヒト軽鎖に関する工程fからのFR1、2および3の選択と工程hからのFR4の選択とを合わせる、
工程を含んでなる。
a.非ヒト抗体可変領域用のペプチド配列を得;
b.非ヒト抗体可変領域用のペプチド配列の相補性決定領域(CDR)およびフレームワーク領域(FR)の輪郭を描き:
c.ヒト体細胞抗体遺伝子のペプチド配列のライブラリーを準備し;
d.非ヒト抗体の重および軽鎖に対して最大のCDRおよびFR類似性を有するペプチド配列のサブセットをヒト体細胞遺伝子ライブラリーから選択し;
e.ヒトに適合した抗体の作成に使用するために、工程dで選択したヒト体細胞抗体の重鎖配列のサブセットを、:
e1.CDR1、CDR2およびCDR3ループと非ヒト抗体との長さの適合性の比較;および
e2.CDR1、CDR2およびCDR3ループと非ヒト抗体との配列の類似性
に基づき選択し:そして
f.ヒトに適合した抗体の作成に使用するために、工程dで選択したヒト体細胞抗体の軽鎖配列のサブセットを:
f1.CDR1、CDR2およびCDR3ループと非ヒト抗体との長さの適合性の比較;および
f2.CDR1、CDR2およびCDR3ループと非ヒト抗体との配列の類似性
に基づき選択する
工程を含んでなる。
限定する訳ではないが、本明細書に引用する特許および特許出願を含むすべての刊行物は完全に説明されているように参照により全部、本明細書に編入する。
テロ四量体の糖タンパク質である。典型的には各軽鎖が1つの共有ジスルフィド結合により重鎖に連結されているが、ジスルフィド結合の数は異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で変動する。また各重および軽鎖は、規則的に間隔が空いた鎖内ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は1つの末端に可変ドメイン(VH)、続いて幾つかの定常ドメインを有する。各軽鎖は1つの末端に可変ドメイン(VL)、およびもう一端に定常ドメインを有し;軽鎖の定常ドメインは重鎖の第1定常ドメインに並び、そして軽鎖可変ドメインは重鎖の可変ドメインに並んでいる。脊椎動物種の抗体軽鎖は、2つの明らかに異なる型、すなわちカッパ(κ)およびラムダ(λ)の1つにそれらの定常ドメインのアミノ酸配列により割り当てられる。
異の導入を必要としない。ヒトに適合した抗体の親和性の保持は、フレームワークの選択で使用される原理によるものである。フレームワークは全分子にわたる全体的な配列同一性に基づくだけでなく、VLおよびVHに各3つの6つのすべてのCDRループのループ長および配列同一性にも基づいて選択される。そのような原理で抗体の認識表面上の混乱(perturbation)は確実に最少となり、そして結果的に抗体の抗原に対する親和性の混乱も非ヒトからヒトに適合した抗体へ移った時に最少となる。
1.ヒトの配列は4つすべてのフレームワークおよび3つのCDRを網羅する全分子長にわたりマウスの配列と有意な同一性を有する。
2.ヒトの配列はCDR1、2および3の長さを最大に保存し、すなわちヒトおよびマウスの配列のアライメントは、3つのCDRで最少数の欠失および挿入を有する。
3.ヒトのデータベース中の配列の中で、選択された配列はCDR1、2および3のマウス配列と有意な相同性を有する。
a.非ヒト抗体可変領域用のペプチド配列を得、典型的には非ヒト抗体はマウスまたはラットのような齧歯類に由来する。ペプチド配列の情報は、非ヒト抗体可変領域遺伝子のヌクレオチド配列から推論することができる。これらの遺伝子は当業者に周知な技術により単離され、クローン化され、そして配列決定されることができる。
b.非ヒト抗体可変領域のペプチド配列のCDRおよびFRの輪郭を描きる。
c.VH、VK、Vλ、JH、JKおよびJλ遺伝子のサブ−ライブラリーを含んでなるヒト生殖細胞系列の抗体遺伝子ペプチド配列のライブラリーを準備する。
d.非ヒト抗体に対して最大のCDRおよびFR類似性を有するペプチド配列のサブセットを、ヒト生殖細胞系列遺伝子ライブラリーから選択する。非ヒト配列はBLASTプログラムを使用して全長について生殖細胞系列遺伝子のデータベースに対する類似性が調査され(Altschul et al.,J.Mol.Biol.215:403−410(1990))、そして最高のBLASTスコアを有する最高の候補が選択される。この工程は重および軽鎖について行う。非ヒト重鎖はヒト生殖細胞系列VH遺伝子に対して調査される;非ヒト軽鎖はヒト生殖細胞系列VKおよびVλ遺伝子サブライブラリーに対して調査される。
e.工程dで選択したヒト抗体の重鎖配列のサブセットを、CDR1およびCDR2ループと非ヒト抗体との長さの適合性の比較、ならびにCDR1およびCDR2ループと非ヒト抗体との配列の類似性に基づき選択し、複合スコアを使用して上記2つの基準を評価する。BLOSUM62置換マトリックスのような標準突然変異マトリックス(Henikoff and Henikoff,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:10915−10919(1992))を、非ヒトおよびヒト配列のCDR領域のアライメントを採点するために使用し、そして挿入および/または欠失がCDRループにある場合、大きなペナルティを適用する。このプロセスはPipeline Pilot
(商標)プロトコールを使用して自動化された(カリフォルニア州、サンディエゴのAccelrys,Incから利用可能なモジュラーソフトウェア開発環境)。任意に使用者はスコアおよび配列アライメントを見直すことができ、そしてFR1、2および3に使用するための1組のヒト生殖細胞系列遺伝子を選ぶことができる。
f.工程dで選択したヒト抗体の軽鎖配列のサブセットを、CDR1、CDR2およびCDR3ループの一部と非ヒト抗体との長さの適合性の比較、ならびにCDR1、CDR2およびCDR3ループの一部と非ヒト抗体との配列の類似性に基づき選択し、複合スコアを使用して工程eで上に検討した2つの基準を評価する。
g.重鎖J遺伝子のペプチド配列のサブセットを、非ヒト抗体のフレームワーク4とJH遺伝子領域との間の配列類似性に基づきヒト生殖細胞系列JH遺伝子サブ−ライブラリーから選択する。
h.軽鎖J遺伝子ペプチド配列のサブセットを、非ヒト抗体のフレームワーク4とJKおよびJλ遺伝子領域との間の配列類似性に基づきヒト生殖細胞系列JKおよびJλ遺伝子サブ−ライブラリーから選択する。
i.ヒトに適合した抗体の作成に使用するヒト抗体重鎖配列を選択するために、ヒト重鎖に関する工程eからのFR1、2および3の選択と工程gからのFR4の選択とを合わせる。
j.ヒトに適合した抗体の作成に使用するヒト抗体軽鎖配列を選択するために、ヒト軽鎖に関する工程fからのFR1、2および3の選択と工程hからのFR4の選択とを合わせる。
ちこれが配列に基づく割り当てを補正する。ここで使用する構造的モデリングおよび配列分析法の組み合わせはヒトのフレームワークを選択するために有用であり、そしてまたヒトに適合化した抗体の親和性の成熟にも有用である。
キメラモノクローナル抗体のヒト適合化
インフリキシマブ(infliximab)は約149kDaの分子量を持つキメラIgGκモノクローナル抗体である。インフリキシマブはヒトの腫瘍壊死因子アルファ(TNFα)に特異的に結合し、そしてヒト定常およびマウス可変領域からなり(インフリキシマブのアミノ酸配列(cA2)に関しては米国特許第5,656,272号明細書の図16A&16Bを参照にされたい)、そしてREMICADE(商標)という登録商標で
販売されている。インフリキシマブは119アミノ酸(配列番号1)の重鎖可変領域と、107アミノ酸(配列番号2)の軽鎖可変領域を有する。
マウスモノクローナル抗体のヒト適合化
本発明の方法は、ヒト生殖細胞系列VHおよびVLを選択してヒトに適合化した抗−RSV抗体B21Mを構築するために、抗−RSV 101Fと命名されたマウスの中和RSウイルス(RSV)Fタンパク質抗体に適用した。101F抗体は120アミノ酸の重鎖可変領域(配列番号3)、および112アミノ酸の軽鎖可変領域(配列番号4)を有する。
Claims (4)
- 非ヒト抗体可変領域に対する全体的な類似性に基づきヒトフレームワークを選択することを含んでなるヒトに適合した抗体の作成方法であって:
a.非ヒト抗体可変領域のペプチド配列を取得する工程、
b.非ヒト抗体可変領域のポリペプチドにおける相補性決定領域1、2および3(CDR1、CDR2およびCDR3)ならびにフレームワーク領域1、2、3および4(FR1、FR2、FR3およびFR4)の輪郭を描く工程、
c.ヒト可変領域(V)および連結領域(J)生殖細胞系列遺伝子によりコードされるポリペプチド配列のライブラリーを準備する工程、
d.工程cで準備されたポリペプチド配列のライブラリーから、非ヒト抗体可変領域の完全長ポリペプチド全体に対して最大の類似性を有するヒトV生殖細胞系列遺伝子によりコードされるポリペプチド配列の第一のサブセットを選択する工程、
e.前記ポリペプチド配列の第一サブセットから、CDR1およびCDR2において最も類似するそれらのポリペプチドを、工程dで選択されるポリペプチド配列が重鎖可変領域をコードするポリペプチドであるときは非ヒト抗体可変領域に匹敵するCDR1およびCDR2のアミノ酸配列および長さに基づいて選択し、かつ、CDR1、CDR2およびCDR3において最も類似するそれらのポリペプチドを、工程dで同定されるポリペプチドが軽鎖可変領域をコードするポリペプチド配列であるときはCDR1、CDR2およびCDR3のアミノ酸配列および長さに基づいて選択する工程、
f.工程cで準備されたポリペプチド配列のライブラリーから、非ヒト抗体可変領域のフレームワーク領域によりコードされるポリペプチド配列に対して最大の類似性を有するヒトJ生殖細胞系列遺伝子にコードされるポリペプチドの第二のサブセットを選択する工程、
g.工程dで取得される第一のサブセットを工程fで取得される第二のサブセットと合わせることにより非ヒト抗体可変領域に最大の相同性を示すヒト抗体可変領域のポリペプチド配列を生じさせる工程、
h.非ヒト抗体可変領域の複数のCDRを工程gで生じたヒト抗体可変領域中に移してヒトに適合した抗体可変領域を形成する工程、および
i.ヒトに適合した抗体可変領域を発現してヒトに適合した抗体を作製する工程
を含んでなる上記方法。 - 可変領域が重鎖可変領域または軽鎖可変領域である、請求項1に記載の方法。
- ヒト抗体生殖系列遺伝子がVH、VK、Vλ、JH、JKおよびJλ配列から選択される、請求項1に記載の方法。
- ヒトに適合した抗体がIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgD、IgEまたはIgA型である、請求項1に記載の方法。
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