JP5351771B2 - 結晶製造方法、凍結結晶製造方法、結晶、結晶構造解析方法、結晶化スクリーニング方法、結晶化スクリーニング装置 - Google Patents
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Classifications
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- C30—CRYSTAL GROWTH
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Description
生体物質の結晶を製造する方法であって、
前記生体物質をゲル中で結晶化させる結晶化工程を含むことを特徴とする。
生体物質の結晶を凍結する凍結工程を含む凍結結晶の製造方法であって、
前記本発明の結晶製造方法により、前記ゲルで被覆された前記被覆結晶を製造する被覆結晶製造工程をさらに含み、
前記凍結工程において、前記被覆結晶を凍結することを特徴とする凍結結晶製造方法を提供する。
種結晶である生体物質結晶を前記生体物質の溶液中でさらに成長させる結晶成長工程を含む、前記生体物質の結晶の製造方法であって、
前記結晶成長工程において、前記種結晶が、前記本発明の結晶製造方法により製造される、前記ゲルで被覆された被覆結晶であることを特徴とする結晶製造方法を提供する。なお、この結晶製造方法を、以下、「本発明の成長結晶製造方法」または単に「成長結晶製造方法」ということがある。
生体物質の結晶を構造解析する方法であって、
前記本発明の結晶製造方法により製造された被覆結晶または前記本発明の凍結結晶製造方法により製造された凍結結晶を構造解析する構造解析工程を含むことを特徴とする構造解析方法を提供する。
生体物質の結晶化条件をスクリーニングする結晶化スクリーニング方法であって、
前記生体物質の結晶を製造する結晶製造工程と、
前記結晶製造工程における結晶化条件をスクリーニングするスクリーニング工程を含み、
前記結晶製造工程において、本発明の結晶製造方法または本発明の凍結結晶製造方法により前記結晶を製造することを特徴とする結晶化スクリーニング方法を提供する。
生体物質の結晶化条件をスクリーニングする結晶化スクリーニング装置であって、
前記生体物質の結晶を製造する結晶製造手段と、
前記生体物質の結晶化条件をスクリーニングするスクリーニング手段とを含み、
前記結晶製造手段が、ゲル中で前記生体物質の結晶を析出させる結晶化手段を含むことを特徴とする結晶化スクリーニング装置を提供する。
前述の通り、本発明の結晶製造方法は、生体物質を結晶化させる結晶化工程を含む、前記生体物質の結晶の製造方法であって、前記結晶化工程において、前記生体物質をゲル中で結晶化させることを特徴とする。
まず、前記生体物質を溶媒に溶かし、溶液とする。前記溶媒は特に制限されないが、例えば、公知の結晶製造方法に用いる溶媒と同じ物を用いてもよい。前記溶媒は、具体的には、例えば、水、エタノール、メタノール、アセトニトリル、アセトン、アニソール、イソプロパノール、酢酸エチル、酢酸ブチル、クロロホルム、シクロヘキサン、ジエチルアミン、ジメチルアセトアミド、ジメチルホルムアミド、トルエン、ブタノール、ブチルメチルエーテル、ヘキサン、ベンゼン、メチルエチルケトンからなる群から選択される少なくとも一つであり、好ましくは水である。前記生体物質の濃度は、特に制限されないが、例えば0.2〜300mg/mL、好ましくは0.5〜100mg/mL、より好ましくは1〜50mg/mLである。また、必要に応じ、pH調整剤等を適宜加えてもよい。
次に、前記生体物質溶液にゲル化剤を加え、ゲル化させ、前記生体物質を含むゲルを調製する。ゲル化剤は、前記生体物質溶液中に直接加えても良いが、別途ゲル化剤溶液を調製した後、前記生体物質溶液に混合すると、均一に混合しやすいため好ましい。前記ゲル化剤溶液の溶媒は特に制限されないが、例えば、前記生体物質溶液と同じである。また、前記ゲル化剤溶液中におけるゲル化剤濃度は特に制限されないが、後述のゲル強度等の観点から、前記ゲル化剤溶液の全質量に対し、例えば0.6〜50質量%、好ましくは0.8〜40質量%、より好ましくは1.0〜30質量%、さらに好ましくは1.0〜25質量%、特に好ましくは1.0〜20質量%である。なお、ゲル化剤濃度と前記生体物質の結晶化のしやすさとの相関関係のメカニズムは不明であるが、例えば、後述する本発明の結晶化スクリーニング方法等を利用して、前記ゲル化剤濃度を適宜設定できる。前記生体物質溶液にゲル化剤を加えた後、ゲル化させる方法は特に制限されない。例えば、ゲル化温度よりも高い温度(例えば20〜45℃)で前記ゲル化剤溶液を調製し、前記生体物質溶液と混合した後、ゲル化温度以下の温度で静置すれば良い。より具体的には、例えば、前記ゲル化剤溶液と前記生体物質溶液を混合した後、キャピラリーに封入し、キャピラリー中でゲル化させてもよい。これにより、ゲルがキャピラリーに封入された状態となる。また、熱可逆性ハイドロゲルの場合は、例えば前記とは逆に、低温で前記ゲル化剤溶液を調製し、前記生体物質溶液と混合した後、温度を上昇させてゲル化させてもよい。
さらに、前記ゲル中から前記生体物質の結晶を析出させる。この方法は特に制限されない。例えば、前記ゲルを単に静置し、前記生体物質の結晶が析出するのを待ってもよい。また、例えば、前記ゲルを、沈殿化剤溶液に接触もしくは近接させた状態で静置してもよい。より具体的には、例えば、前記ゲルをキャピラリーに封入した後、前記沈殿化剤溶液に浸漬させてもよい。前記沈殿化剤は特に制限されないが、例えば、公知の結晶製造方法に用いる沈殿化剤と同じ物を用いてもよい。前記沈殿化剤は、例えば、塩化ナトリウム、塩化カルシウム、酢酸ナトリウム、酢酸アンモニウム、リン酸アンモニウム、硫酸アンモニウム、酒石酸カリウムナトリウム、クエン酸ナトリウム、PEG(ポリエチレングリコール)、塩化マグネシウム、カコジル酸ナトリウム、HEPES(2-〔4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジニル〕エタンスルホン酸)、MPD(2-メチル-2,4-ペンタンジオール)、Tris-HCl(塩酸トリスヒドロキシメチルアミノメタン)からなる群から選択される少なくとも一つである。前記沈殿化剤溶液の溶媒は特に制限されないが、例えば、前記生体物質溶液と同じでもよい。前記沈殿化剤の濃度も特に制限されないが、例えば0.0001〜10M、好ましくは0.0005〜8M、より好ましくは0.0005〜6Mである。また、前記沈殿化剤は、必要に応じ、pH調整剤等を適宜含んでいてもよい。なお、沈殿化剤は、「沈殿剤」とも言うことがある。また、上記においては、前記生体物質溶液を含むゲルを沈殿化剤溶液に接触もしくは近接させる方法を示したが、沈殿化剤を用いる結晶化方法は、これに限定されない。例えば、前記結晶化方法は、前記生体物質溶液にゲル化剤とともに沈殿化剤を混合しておき、ゲル化させて沈殿化剤を含むゲルとし、ゲル化後そのまま静置して結晶を析出させる方法でもよい。このような結晶化方法を「バッチ法」という。前記生体物質溶液の溶媒、前記生体物質の濃度、前記ゲル化剤の濃度、前記沈殿化剤の濃度等は、特に制限されないが、例えば、前記と同様である。
(i)前述のように、ゲル化温度よりも高い温度(例えば20〜45℃)で前記ゲル化剤溶液を調製し、前記生体物質(タンパク質等)の溶液と混合し、キャピラリー中に封入してゲル化させる。その後、必要に応じ、沈殿化剤溶液と接触させる。
(ii)まず、ゲル(例えば、固形アガロース)を準備し、これに、別途準備した前記生体物質(タンパク質等)の溶液を浸透させ、ゲル中で前記生体物質を結晶化させる。必要に応じ、沈殿化剤を前記ゲルにさらに浸透させることにより、前記生体物質を結晶化させる。沈殿化剤は、溶液の状態でも、固形のまま用いてもよい。
次に、本発明の凍結結晶製造方法は、前述の通り、生体物質の結晶を凍結する凍結工程を含む凍結結晶の製造方法であって、前記本発明の結晶製造方法により、前記ゲルで被覆された前記被覆結晶を製造する被覆結晶製造工程をさらに含み、前記凍結工程において、前記被覆結晶を凍結することを特徴とする。これ以外には、本発明の凍結結晶製造方法は特に制限されないが、前記凍結工程に先立ち、前記被覆結晶を抗凍結剤に浸漬させる浸漬工程をさらに含むことが好ましい。
本発明の成長結晶製造方法は、前述の通り、種結晶である生体物質結晶を前記生体物質の溶液中でさらに成長させる結晶成長工程を含み、前記種結晶が、前記ゲルで被覆された被覆結晶である。これ以外には、本発明の成長結晶製造方法は特に制限されない。例えば、前記結晶成長工程における前記生体物質溶液の濃度、温度等の各種条件は、従来技術において種結晶を用いて結晶を成長させる方法等を参考にして適宜設定してもよい。前記生体物質溶液の好ましい濃度は、前記生体物質の種類等により異なるが、成長の結晶しやすさの観点からは、なるべく高濃度であることが好ましい。温度も特に制限されず、例えば、室温(約5〜35℃程度)で静置しても良いし、冷蔵庫等で5℃以下、あるいは0℃以下の低温に冷却しても良い。前記結晶成長工程の時間も特に制限されず、望ましい結晶が析出するまで適宜静置しておけば良い。
次に、本発明の構造解析方法は、前述の通り、生体物質の結晶を構造解析する方法であって、本発明の結晶製造方法により製造された被覆結晶または本発明の凍結結晶製造方法により製造された凍結結晶を構造解析する構造解析工程を含むことを特徴とする。前記構造解析工程において、前記結晶を構造解析する方法は特に制限されないが、X線結晶構造解析または中性子線結晶構造解析によることが好ましい。本発明の結晶製造方法によれば、前述の通り、結晶の破損、多結晶化等が防止できるため、中性子線結晶構造解析に適した大きい結晶を得ることができる。
次に、本発明の結晶化スクリーニング方法は、前述の通り、生体物質の結晶化条件をスクリーニングする結晶化スクリーニング方法であって、前記生体物質の結晶を製造する結晶製造工程と、前記結晶製造工程における結晶化条件をスクリーニングするスクリーニング工程を含み、前記結晶製造工程において、本発明の結晶製造方法または本発明の凍結結晶製造方法により前記結晶を製造することを特徴とする。
(1)リゾチーム
(2)グルコースイソメラーゼ
(3)ソーマチン
(4)エラスターゼ
(5)Synechococcus由来ホスホリブロキナーゼ(PRK)
(Phosphoribulokinase(PRK)/Synechococcus)
(6)セリンアセチルトランスフェラーゼ(SAT)
(7)大腸菌異物排出トランスポーター(AcrB)
(8)DNA
アガロース−III((株)同仁化学研究所製、ゲル化温度は約37〜39℃)2質量%と水98質量%を加熱溶解させたもの(A)0.1mLとニワトリ卵白リゾチーム溶液(B)0.1mLの両者を35℃の一定温度下で混合し結晶化溶液(C)とした。この結晶化溶液(C)が固化したゲルとなる前に、キャピラリー(ヒルゲンベルグ社製)へ充填した。前記キャピラリーは、ガラス製(80mm、内径0.7mm)であり、内部の管状空間に固化する前の結晶化溶液(C)を充填した。この結晶化溶液(C)は室温にて数十秒後に固化し、キャピラリー内部空間は結晶化溶液(C)が固化したゲルで充満された。次に、充填されたキャピラリーを、沈殿化剤溶液の約2mlが注入された試験管容器に挿入した。この試験管容器は、直径約16mm、長さ約133mm、のガラス製を用いた。このとき、キャピラリーの挿入端において、固化(ゲル化)した結晶化溶液(C)と沈殿化剤溶液との接触界面が形成された。このとき、固化した結晶化溶液(C)と沈殿化剤溶液との間に気泡が入らないように注意した。さらに、試験管の開口端を栓によって密栓した。なお、以下に、前記タンパク質溶液および沈殿化剤溶液の組成を示す。
30mg/mLニワトリ卵白リゾチーム
0.1M 酢酸バッファーpH4.5
沈殿化剤溶液:
1.0M塩化ナトリウム
0.1M酢酸バッファーpH4.5
結晶化温度:
20℃
P43212
Resolution 50.00−1.64()
a=b=77.2Å, c=37.3Å
α=β=γ=90°
I/σ(I)()
Rmerge 0.043()
Mosaicity 0.67°
ニワトリ卵白リゾチーム溶液に代えてグルコースイソメラーゼ溶液を用い、タンパク質溶液及び沈殿化剤溶液の組成、抗凍結剤の種類以外は実施例1と同様にして結晶を製造した。結晶化温度4℃でセットアップ後、約1週間で、固化したゲル中にグルコースイソメラーゼ結晶を確認した。以下に、タンパク質溶液および沈殿化剤溶液の組成を示す。
25mg/mLグルコースイソメラーゼ
0.1M ヘペスバッファー pH 7.5
1mM 塩化マグネシウム
沈殿化剤溶液:
2.5M 硫酸アンモニウム
0.1M ヘペスバッファー pH7.5
結晶化温度:
4℃
P21212
Resolution 50.00−1.64()
a=85.9Å,b=94.1Å, c=98.3Å
α=β=γ=90°
Unique reflections
Completeness
I/σ(I)()
Rmerge 0.038()
Mosaicity 0.64°
グルコースイソメラーゼ溶液を用い、抗凍結剤の種類以外は実施例2と同様にして結晶化を行った。セットアップ後、約1週間で固化したゲル中にグルコースイソメラーゼ結晶を確認した。抗凍結剤溶液は、本実施例では100%グリセロールを用いてX線結晶構造解析を行った。その結果、グルコースイソメラーゼ結晶を損傷なく容易に捕捉することができ、また抗凍結剤溶液による損傷も無く液体窒素処理にも耐え、良好なX線回折像が得られた。以下に、結晶構造解析結果を示す。なお、1Å=10−10mである。
P21212
Resolution 50.00−1.64()
a=85.9Å,b=92.2Å, c=99.0Å
α=β=γ=90°
Unique reflections
Completeness
I/σ(I)()
Rmerge 0.077()
Mosaicity 0.71°
グルコースイソメラーゼ溶液を用い、抗凍結剤の種類以外は実施例2と同様にして結晶化を行った。セットアップ後、約1週間で固化したゲル中にグルコースイソメラーゼ結晶を確認した。抗凍結剤溶液は、本実施例では50%グリセロール溶液を用いてX線結晶構造解析を行った。その結果、グルコースイソメラーゼ結晶を損傷なく容易に捕捉することができ、また抗凍結剤溶液による損傷も無く液体窒素処理にも耐え、良好なX線回折像が得られた。以下に、結晶構造解析結果を示す。なお、1Å=10−10mである。
P21212
Resolution 50.00−1.64()
a=86.0Å,b=92.4Å, c=99.0Å
α=β=γ=90°
Volume 222302.0
Unique reflections
Completeness
I/σ(I)()
Rmerge 0.051()
Mosaicity 0.51°
ニワトリ卵白リゾチーム溶液に代えてソーマチン溶液を用い、タンパク質溶液及び沈殿化剤溶液の組成、抗凍結剤の種類以外は実施例1と同様にして結晶化を行った。結晶化温度20℃でセットアップ後、約1週間で固化したゲル中にグルコースイソメラーゼ結晶を確認した。以下に、タンパク質溶液及び沈殿化剤溶液の組成を示す。
20mg/mLソーマチン
0.1M N−(2−アセトアミド)イミノ二酢酸バッファー pH6.5
沈殿化剤溶液:
2.0M 酒石酸ナトリウムカリウム
0.1M N−(2−アセトアミド)イミノ二酢酸バッファー pH6.5
結晶化温度:
20℃
P41212
Resolution 50.00−1.64()
a=b=57.5Å, c=149.8Å
α=β=γ=90°
Unique reflections
Completeness
I/σ(I)()
Rmerge 0.032()
Mosaicity 0.49°
ソーマチン溶液を用い、抗凍結剤の種類以外は実施例5と同様にして結晶化を行った。セットアップ後、約1週間で固化したゲル中にソーマチン結晶を確認した。抗凍結剤溶液は、本実施例では100%ポリエチレングリコール(平均分子量400)を用いてX線結晶構造解析を行った。その結果、ソーマチン結晶を損傷なく容易に捕捉することができ、また抗凍結剤溶液による損傷も無く液体窒素処理にも耐え、良好なX線回折像が得られた。以下に、結晶構造解析結果を示す。なお、1Å=10−10mである。
P41212
Resolution 50.00−1.64()
a=b=57.9Å, c=150.1Å
α=β=γ=90°
Unique reflections
Completeness
I/σ(I)()
Rmerge 0.055()
Mosaicity 0.74°
ソーマチン溶液を用い、抗凍結剤の種類以外は実施例5と同様にして結晶化を行った。セットアップ後、約1週間で固化したゲル中にソーマチン結晶を確認した。抗凍結剤溶液は、本実施例では60%ポリエチレングリコール(平均分子量4000)溶液を用いてX線結晶構造解析を行った。その結果、ソーマチン結晶を損傷なく容易に捕捉することができ、また抗凍結剤溶液による損傷も無く液体窒素処理にも耐え、良好なX線回折像が得られた。以下に、結晶構造解析結果を示す。なお、1Å=10−10mである。
P41212
Resolution 50.00−1.64()
a=b=57.7Å, c=150.1Å
α=β=γ=90°
Unique reflections
Completeness
I/σ(I)()
Rmerge 0.049()
Mosaicity 0.52°
アガロースを添加しないリゾチーム溶液を用いる以外は実施例1と全く同様に結晶化を行った。セットアップ後、数日内にリゾチーム結晶を確認した。キャピラリーから取り出したリゾチーム結晶は、抗凍結剤溶液(100%ジメチルスルホキシド溶液)に浸漬した瞬間に粉々に割れ、溶けてしまった。そのため、X線結晶構造解析を行うことができなかった。図9Aおよび図9Bに、比較例1のリゾチーム結晶の写真を示す。図9Aは、抗凍結剤溶液に浸漬する直前の状態を示す写真であり、単結晶が得られている。図9Bは、抗凍結剤溶液に浸漬した直後の状態を示す写真であり、結晶は粉々になっている。
アガロースを添加しないグルコースイソメラーゼ溶液を用いる以外は実施例1と全く同様に結晶化を行った。セットアップ後、約1週間でグルコースイソメラーゼ結晶を確認した。キャピラリーから取り出したグルコースイソメラーゼ結晶は、抗凍結剤溶液(2.5M酢酸リチウム溶液)に浸漬した瞬間に粉々に割れ、溶けてしまった。そのため、X線結晶構造解析を行うことができなかった。
アガロースを添加しないグルコースイソメラーゼ溶液を用いる以外は実施例1と全く同様に結晶化を行った。セットアップ後、約1週間でグルコースイソメラーゼ結晶を確認した。キャピラリーから取り出したグルコースイソメラーゼ結晶は、抗凍結剤溶液(100%グリセロール)に浸漬した瞬間に粉々に割れ、溶けてしまった。そのため、X線結晶構造解析を行うことができなかった。
アガロースを添加しないグルコースイソメラーゼ溶液を用いる以外は実施例1と全く同様に結晶化を行った。セットアップ後、約1週間でグルコースイソメラーゼ結晶を確認した。キャピラリーから取り出したグルコースイソメラーゼ結晶は、抗凍結剤溶液(50%グリセロール溶液)に浸漬した瞬間に粉々に割れ、溶けてしまった。そのため、X線結晶構造解析を行うことができなかった。
アガロースを添加しないソーマチン溶液を用いる以外は実施例1と全く同様に結晶化を行った。セットアップ後、約1週間でソーマチン結晶を確認した。キャピラリーから取り出したソーマチン結晶は、抗凍結剤溶液(100%グリセロール)に浸漬した瞬間に粉々に割れ、溶けてしまった。そのため、X線結晶構造解析を行うことができなかった。
アガロースを添加しないソーマチン溶液を用いる以外は実施例1と全く同様に結晶化を行った。セットアップ後、約1週間でソーマチン結晶を確認した。キャピラリーから取り出したソーマチン結晶は、抗凍結剤溶液(100%ポリエチレングリコール(平均分子量400))に浸漬した瞬間に粉々に割れ、溶けてしまった。そのため、X線結晶構造解析を行うことができなかった。図10Aおよび図10Bに、比較例6のリゾチーム結晶の写真を示す。図10Aは、抗凍結剤溶液に浸漬する直前の状態を示す写真であり、単結晶が得られている。図10Bは、抗凍結剤溶液に浸漬した直後の状態を示す写真であり、結晶は粉々になっている。
アガロースを添加しないソーマチン溶液を用いる以外は実施例1と全く同様に結晶化を行った。セットアップ後、約1週間でソーマチン結晶を確認した。キャピラリーから取り出したソーマチン結晶は、抗凍結剤溶液(60%ポリエチレングリコール(平均分子量4000)溶液)に浸漬した瞬間に粉々に割れ、溶けてしまった。そのため、X線結晶構造解析を行うことができなかった。
ゲルで被覆された被覆結晶を製造し、2.5M酢酸リチウム水溶液を抗凍結剤として用いてX線結晶構造解析を行った。抗凍結剤として2.5M酢酸リチウム水溶液を用いることと、抗凍結剤への前記被覆結晶の浸漬時間を15分間とすることと、被解析結晶を構成する生体物質と、ゲル(アガロースIII)の濃度以外は、実施例1と同様に行った。前記生体物質として、タンパク質の一種であるエラスターゼを用い、ゲル(アガロースIII)の濃度を2.0質量%としたものを実施例8とする。前記生体物質として、タンパク質の一種であるリゾチームを用い、ゲル(アガロースIII)の濃度を1.6質量%としたものを実施例9とする。前記生体物質として、タンパク質の一種であるグルコースイソメラーゼを用い、ゲル(アガロースIII)の濃度を1.6質量%としたものを実施例10とする。
抗凍結剤(2.5M酢酸リチウム水溶液)への浸漬時間を10分間に変える以外は実施例10と同条件で被覆結晶製造およびX線結晶構造解析を行った。その結果、モザイク性の数値は、ビーム分散を含めて0.08°と、極めて小さい数値であり、従来技術を上回る非常に高品質の結晶であることが示された。図12に、本実施例の結晶のX線回折像を示す。なお、このときの分解能は0.93Åであり、被解析結晶は、径が0.5mm以上の大きな結晶であった。
アガロース−III溶液(A)におけるアガロース−III濃度を0〜2.0質量%まで、0.2質量%刻みで種々変化させたことと、タンパク質溶液(B)においてリゾチームの濃度を30mg/mLから50mg/mLに変えたことと、沈殿化剤溶液における塩化ナトリウム濃度を1.0Mから3.0質量%に変えたことと、図44左下に示したようなバッチ法に適した結晶化プレート(ハンプトンリサーチ社製Imp@ct plate(商品名))を用いてバッチ法にて実施したこと以外は実施例1と同様にして、アガロース−IIIのゲルで被覆された被覆結晶を製造し、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。なお、以下、図44左下の図(シッティングドロップ法)の符号を用いて説明するが、この図は模式図であるため、ウェル数、各部の寸法比等は、実際の機器であるImp@ct plateとは異なる。すなわち、まず、アガロース−III溶液(A)におけるアガロース−III濃度を、前述のとおり0〜2.0質量%まで0.2質量%刻みで変化させた種々のアガロース−III濃度で調製した。これと、タンパク質溶液(B)とを混合させ、アガロース−III濃度が種々異なる結晶化溶液(C)を調製した。次に、異なるアガロース−III濃度を有する前記結晶化溶液(C)を沈殿化剤溶液と混合した後、6μLずつ、結晶化プレート207のそれぞれのウェルに注入した。さらに、各アガロース−III濃度について、同じアガロース−III濃度の結晶化サンプルを合計8つ作製し、それぞれ別個のウェルに注入した。この結晶化溶液(C)は、ウェル内で液滴を形成し、すぐにゲル化した。その直後、プレート(結晶化プレート)207上面にシールを貼って各ウェル中のゲルの大気に対する曝露を防止し、そのまま20℃で3日間静置したところ、結晶の生成を確認した。その後、各サンプル中に生成した結晶数を顕微鏡で観察した。各濃度における8つのサンプルの生成結晶数を平均し、平均結晶数(個)とした。
アガロースの種類を、アガロース−III(AgaroseIII)、アガロース9A、またはアガロースSea Plaque(アガロースSP)、およびアガロースSeaKem(いずれも、タカラバイオ株式会社の商品名)としたことと、アガロース濃度を0、0.2、0.4、0.6、0.8、1.0、1.2、1.4、1.6、1.8、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5または6.0質量%と種々変化させること(SeaKemについては2.0質量%以下まで)以外は実施例12と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。図16のグラフに、アガロース濃度0〜2.0質量%の結果を示す。図左上のグラフは、アガロース9Aの結果を示すグラフである。図右上のグラフは、アガロースSPの結果を示すグラフである。図左下のグラフは、アガロース−IIIの結果を示すグラフである。図右下のグラフは、アガロースSeaKemの結果を示すグラフである。図中、横軸はアガロース濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。また、図17のグラフに、アガロース濃度0および2.0〜6.0質量%の結果を示す。図右上のグラフは、アガロース−IIIの結果を示すグラフである。図左下のグラフは、アガロース9Aの結果を示すグラフである。図右下のグラフは、アガロースSPの結果を示すグラフである。図中、横軸はアガロース濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロース濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース存在下(濃度が0以外)では、いずれも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。
アガロースの種類を、NuSieve3:1(タカラバイオ株式会社の商品名)とすることと、アガロース濃度を0、0.2、0.4、0.6、0.8、1.0、1.2、1.4、1.6、1.8、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5または6.0質量%と種々変化させること以外は実施例12およびと同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。図18のグラフに、その結果を示す。図中、横軸はNuSieve3:1濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロースであるNuSieve3:1濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース存在下(濃度が0以外)では、いずれも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。また、NuSieve3:1の場合、濃度が5.0質量%付近で最も良好な結晶製造条件が得られたことも示された。
沈殿化剤溶液中における塩化ナトリウム濃度を、2.0質量%、3.0質量%、4.0質量%、5.0質量%および6.0質量%と種々変化させることと、沈殿化剤への浸漬時間を6日または7日とすること以外は実施例12と同様にして、ゲル濃度および沈殿化剤変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。なお、ゲル濃度は、各塩化ナトリウム濃度について、実施例12と同様、0から2.0質量%まで0.2質量%刻みで変化させた。図19のグラフに、その結果を示す。図中、横軸はアガロース−III濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロース−III濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース−III存在下(濃度が0以外)では、いずれの塩化ナトリウム濃度でも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。
前記各実施例で用いた通常のアガロース−IIIに代えて高融点アガロース−IIIを用いること以外は実施例15と同様にして、ゲル濃度および沈殿化剤変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。なお、ゲル濃度は、各塩化ナトリウム濃度について、実施例15と同様、0から2.0質量%まで0.2質量%刻みで変化させた。図20のグラフに、その結果を示す。図中、横軸はアガロース−III濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロース−III濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース−III存在下(濃度が0以外)では、いずれの塩化ナトリウム濃度でも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。
アガロース−III濃度を0、0.4、1.0、1.6または2.0に種々変化させたことと、タンパク質としてリゾチームに代えてエラスターゼを用い、タンパク質溶液(B)においてエラスターゼの濃度を12.5mg/mLとしたことと、アガロースの種類をアガロースSeaplaque(SP)としたことと、平均結晶数の算出に用いるサンプル数を8個に代えて12個としたこと以外は実施例12と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。図21のグラフに、その結果を示す。図中、横軸はアガロースSP濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロースSP濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース存在下(濃度が0以外)では、いずれも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。
タンパク質としてリゾチームに代えてグルコースイソメラーゼを用い、タンパク質溶液(B)においてグルコースイソメラーゼの濃度を10mg/mLとしたことと、アガロースの種類を超低分子量アガロース9Aとしたことと、沈殿化剤を、塩化ナトリウム水溶液に代えて、10質量%の2−メチル−2,4−ペンタンジオール(MPD)を含む0.1M塩化カルシウム(CaCl2)水溶液としたことと、緩衝液を、0.1M酢酸バッファーpH4.5に代えて0.1M Tris−HCl pH7.0としたこと以外は、実施例12と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。図22の写真およびグラフに、その結果を示す。各写真の下方の数値は、アガロース9A濃度(質量%)を示す。グラフ中、横軸はアガロース9A濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロース9A濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース存在下(濃度が0以外)では、いずれも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。
アガロースの種類をアガロースSPとしたことと、沈殿化剤を、8.0質量%の2−メチル−2,4−ペンタンジオール(MPD)を含む0.1M酢酸カルシウム(CaAc)水溶液としたこと以外は実施例18と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。図23の写真およびグラフに、その結果を示す。各写真の下方の数値は、アガロースSP濃度(質量%)を示す。グラフ中、横軸はアガロースSP濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロースSP濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース存在下(濃度が0以外)では、いずれも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。
タンパク質としてリゾチームに代えてソーマチンを用いたことと、アガロースの種類をSeaplaque(タカラバイオ株式会社の商品名)としたことと、沈殿化剤(沈殿剤)を0.3M Na/K酒石酸塩としたことと、平均結晶数の算出に用いるサンプル数を8個に代えて12個としたこと以外は実施例12と同様にして、タンパク質濃度およびゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。図24のグラフに、その結果を示す。図中、横軸はアガロースSP(Seaplaque)濃度、縦軸は、前記平均結晶数(個)である。図示の通り、アガロースSP濃度(ゲル濃度)と平均結晶数の相関関係のメカニズムは不明であるが、アガロース存在下(濃度が0以外)では、いずれも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。また、ソーマチン濃度は、50mg/mLでも25mg/mLでも、いずれでも良好な結晶製造条件が得られたことが示された。
下記(1)〜(3)以外は実施例12と同様にして結晶製造および結晶化条件スクリーニングを行った。
(1)VDX plate(ハンプトンリサーチ社の商品名)を用いたハンギングドロップ法により結晶製造を行った。
(2)タンパク質としてリゾチームに代えてSynechococcus由来ホスホリブロキナーゼ(PRK)(Phosphoribulokinase(PRK)/Synechococcus)を用い、これとゲル化剤(アガロース−IIIに代えてアガロース9Aを用いた)および4mMのCH2HgClとの混合溶液を結晶化溶液(C)とした。なお、この結晶化溶液(C)は、すぐにゲル化するため、調製後、速やかに結晶製造工程に供した。
(3)塩化ナトリウム水溶液および0.1M酢酸バッファーpH4.5に代えて、12質量%のイソプロパノール、0.1Mまたは0.22M酢酸カリウム、および0.1M Mes(2−モルホリノエタンスルホン酸) pH6.5水溶液を沈殿化剤溶液とした。
タンパク質として、前記のタンパク質に代えて大腸菌由来セリンアセチルトランスフェラーゼ(SAT)7.5mg/mLを用いたことと、沈殿化剤(沈殿剤)溶液を4.5質量%のPEG8000(Promega社のポリエチレングリコールの商品名)および0.1M カコジル酸ナトリウムを含むpH6.5水溶液としたこと以外は実施例21と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。
沈殿化剤(沈殿剤)溶液を、7.5質量%のPEG8000(Promega社のポリエチレングリコールの商品名)および0.1M カコジル酸ナトリウムを含むpH6.5水溶液としたこと以外は実施例22と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。
タンパク質として、SATに代えて大腸菌異物排出トランスポーター(AcrB)28mg/mLを用いたことと、沈殿化剤(沈殿剤)溶液を、10質量%のPEG2000(Promega社のポリエチレングリコールの商品名)、80mMリン酸二水素ナトリウムおよび20mMクエン酸ナトリウムを含むpH5.6水溶液としたこと以外は実施例12と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。
沈殿化剤(沈殿剤)溶液のPEG2000濃度を10質量%に代えて14質量%としたこと以外は実施例24と同様にして、ゲル濃度変化条件下での結晶化条件(結晶製造条件)をスクリーニングした。
以下のようにして、核酸(DNA)の結晶を製造した。
ゲルとDNAとの混合水溶液(濃度は最終濃度)
アガロース9A 1.0または1.6質量%
1.5質量% MPD
0.5mM DNA(前記アニール化DNA水溶液を左記濃度相当分使用)
20mM カコジル酸ナトリウム/10mM MgCl2緩衝液(pH6.8)
沈殿化剤(リザーバー)溶液
18質量% MPD水溶液(500μL/ウェル)
アガロース−III溶液(A)に代えて、メビオールジェル濃度を0、1、3および5質量%に種々変化させたメビオールジェル溶液を用いたことと、タンパク質溶液(B)においてリゾチームの濃度を40mg/mLに変えたこと以外は実施例12と同様にしてリゾチームの結晶を製造し、結晶化スクリーニングを行った。図28に、その結果を示す。図左側のグラフにおいて、横軸は、メビオールジェル添加量(質量%)であり、縦軸は、平均結晶数(結晶析出数)である。また、右側の写真は、メビオールジェルを1質量%添加した場合およびメビオールジェルを添加しなかった場合において、それぞれ析出した結晶を示す。図示の通り、メビオールジェルを添加しなかった場合は、リゾチーム結晶はほとんど析出せず、析出した結晶も、クラックが発生してしまい、良質な結晶ではなかった。これに対し、メビオールジェルを添加した場合、クラック等のない良質な結晶が多数得られた。特に、メビオールジェル添加量を5質量%に増加させると、結晶析出数が急激に上昇した。さらに、メビオールジェルを7質量%に増加させても、同様に良好な結果が得られた。
実施例13および27における結晶化スクリーニングで製造した被覆結晶の対乾燥性を評価した。実施例13は、2.0質量%アガロース9A、2.0質量%アガロースSP、または2.0質量%アガロース−IIIを用いて製造した被覆結晶をそれぞれ評価に用いた。実施例27は、メビオールジェル1質量%を用いて製造した被覆結晶を評価に用いた。評価は、結晶の入った前記ハンギングドロップ法用の装置(ハンプトンリサーチ社製VDX plate(商品名))ウェル上面からシールを取り除いて結晶を常温の大気に曝露し、経時変化を顕微鏡観察することで行った。
リゾチーム濃度 35mg/mL、塩化ナトリウム濃度 3質量%、酢酸ナトリウム濃度を0.2M、メビオールジェル濃度 2質量%の混合溶液を12℃に保ち、そのまま12℃で約1週間静置して結晶を析出させ、本発明の結晶製造方法を実施した。さらにその後、前記混合溶液の温度を20℃に上昇し、ゲル状態に変換(移動)させた。この状態変化(移動)の前後で結晶に損傷等の変化があるか観察した。図32の写真に、その観察結果を示す。左はゾル状態(移動前)の写真であり、右はゲル状態(移動後)の写真である。図示の通り、移動前後で結晶の状態に変化は見られなかった。さらに、メビオールジェル濃度を3質量%に代えても同様の結果が得られた。
実施例18で製造したグルコースイソメラーゼのアガロースSPゲル被覆結晶(アガロースSP濃度1.6質量%)をフェムト秒レーザーで加工し、一部を切り出し、加工結晶を製造した。レーザ光源としては、サイバーレーザー社製イフリート(商品名)を用い、出力は0.7〜2.0mWとした。図35の写真に、その様子を示す。図左は加工前であり、図右は加工後である。図示のように、フェムト秒レーザーで加工した加工部において、結晶およびゲルの一部を切り出し、加工結晶を製造することができた。
実施例12の結晶化スクリーニングにおいて製造した、アガロースゲルで被覆されたリゾチーム結晶(アガロース−III濃度1.0質量%)の一部を、前述のフェムト秒レーザーにより切り出して種結晶とした。この種結晶を、塩化ナトリウム3質量%およびリゾチーム20mg/mLを含む水溶液中に入れ、室温で60日間静置して結晶を成長させ、本発明の成長結晶製造方法を実施した。図38の写真に、その様子を示す。左図は、実施例12のゲル被覆結晶であり、中図は、その一部をフェムト秒レーザー加工で切り出した種結晶(加工結晶)であり、右図は、室温で60日間成長させた後の成長結晶である。図示の通り、溶液中での成長により、種結晶よりもはるかに大きな、径が約1mmにも達する大きな結晶が得られた。このような大きな結晶は、種々の用途に用いることができ、例えば、中性子線結晶構造解析等に向く。
実施例27の結晶化スクリーニングにおいて製造した、メビオールジェルで被覆されたリゾチーム結晶(メビオールジェル濃度5.0質量%)の一部を、前述のフェムト秒レーザーにより切り出して種結晶とした。この種結晶を、塩化ナトリウム3質量%およびリゾチーム20mg/mLを含む水溶液中に入れ、室温で4日間静置して結晶を成長させ、本発明の成長結晶製造方法を実施した。図39の写真に、その様子を示す。左図は、実施例27のゲル被覆結晶であり、中図は、その一部をフェムト秒レーザー加工で切り出した種結晶(加工結晶)であり、右図は、室温で4日間成長させた後の成長結晶である。図示の通り、溶液中での成長により、種結晶よりもはるかに大きな、径が約0.5mmにも達する大きな結晶が得られた。このような大きな結晶は、実施例29でも述べた通り、種々の用途に用いることができ、例えば、中性子線結晶構造解析等に向く。
遠心分離機を用い、遠心分離チューブ内部の上部と下部とで沈殿剤(沈殿化剤)濃度に勾配を形成することで、結晶化スクリーニングを行った。以下、図40を用いて具体的に説明する。
Claims (13)
- 生体物質を結晶化させる結晶化工程を含む、前記生体物質の結晶の製造方法であって、
前記結晶化工程において、前記生体物質をゲル中で結晶化させ、前記ゲルを静置して前記結晶を成長させることを特徴とする製造方法。 - 前記生体物質が、生体高分子化合物、タンパク質、天然タンパク質、人工タンパク質、ペプチド、天然ペプチド、人工ペプチド、核酸、天然核酸、人工核酸、糖鎖、天然糖鎖、または人工糖鎖である請求項1記載の製造方法。
- 前記結晶化工程に先立ち、
前記生体物質の溶液を準備する溶液準備工程と、
前記溶液をゲル化させて前記ゲルを調製するゲル化工程とをさらに含む、
請求項1または2記載の製造方法。 - 前記生体物質溶液がゲル化剤をさらに含む請求項3記載の製造方法。
- ゲル化剤が、多糖類、増粘多糖類、タンパク質、および昇温時ゲル化型ゲルからなる群から選択される少なくとも一つである請求項4記載の製造方法。
- ゲル化剤が、アガロース、寒天、カラギーナン、ゼラチン、コラーゲン、ポリアクリルアミド、昇温時ゲル化型ポリアクリルアミドゲルからなる群から選択される少なくとも一つである請求項4または5記載の製造方法。
- 前記ゲルのゲル強度が100Pa以上である請求項1から6のいずれか一項に記載の製造方法。
- 製造される前記結晶が、前記ゲルで被覆された被覆結晶である請求項1から7のいずれか一項に記載の製造方法。
- 生体物質の結晶を凍結する凍結工程を含む凍結結晶の製造方法であって、
請求項8記載の方法により前記被覆結晶を製造する被覆結晶製造工程をさらに含み、
前記凍結工程において、前記被覆結晶を凍結することを特徴とする製造方法。 - 前記凍結工程に先立ち、前記被覆結晶を抗凍結剤に浸漬させる浸漬工程をさらに含む請求項9記載の製造方法。
- 種結晶である生体物質結晶を前記生体物質の溶液中でさらに成長させる結晶成長工程を含む、前記生体物質の結晶の製造方法であって、
前記結晶成長工程において、前記種結晶が、請求項8記載の方法により製造される被覆結晶であることを特徴とする製造方法。 - 生体物質の結晶化条件をスクリーニングする結晶化スクリーニング方法であって、
前記生体物質の結晶を製造する結晶製造工程と、
前記結晶製造工程における結晶化条件をスクリーニングするスクリーニング工程を含み、
前記結晶製造工程において、請求項1から8および11のいずれか一項に記載の結晶製造方法または請求項9もしくは10記載の凍結結晶製造方法により前記結晶を製造することを特徴とする結晶化スクリーニング方法。 - 請求項12記載の結晶化スクリーニング方法に用いる結晶化スクリーニング装置であって、
前記生体物質の結晶を製造する結晶製造手段と、
前記生体物質の結晶化条件をスクリーニングするスクリーニング手段とを含み、
前記結晶製造手段が、請求項1から8および11のいずれか一項に記載の結晶製造方法または請求項9もしくは10記載の凍結結晶製造方法により前記結晶を製造する手段であり、かつ、前記生体物質をゲル中で結晶化させ、前記ゲルを静置して前記結晶を成長させる結晶化手段を含むことを特徴とする結晶化スクリーニング装置。
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