JP5279505B2 - 末梢血白血球の転写プロファイルのモジュールレベル分析 - Google Patents
末梢血白血球の転写プロファイルのモジュールレベル分析 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5279505B2 JP5279505B2 JP2008544529A JP2008544529A JP5279505B2 JP 5279505 B2 JP5279505 B2 JP 5279505B2 JP 2008544529 A JP2008544529 A JP 2008544529A JP 2008544529 A JP2008544529 A JP 2008544529A JP 5279505 B2 JP5279505 B2 JP 5279505B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- module
- gene
- modules
- platelet
- genes
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
- G16B40/30—Unsupervised data analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
- Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation
Description
本発明は一般的には細胞の転写プロファイリングに関し、そしてより詳細には白血球の転写発現プロファイルから疾患の診断および予知に関する。
本発明には長い表を含み、その全内容は引用により本明細書に編入する。このファイルを含む2枚のCDのコピーを横長の方向で添付する。
ゲノム調査は、評判の悪いノイズ、解釈が難しく、しかも研究室および平板全体を十分に比較しない転写データの分析で重大な困難に直面している。本発明者は分析の初期段階で生物学的に関連する遺伝子の選択を強調する分析法を開発し、これはマイクロアレイ平板間の矛盾を克服する分析モジュールに統合される。開発された転写モジュールは、膨大な遺伝子発現データベースの分析に使用することができる。この分析から派生する結果は、容易に解釈でき、そして市販のマイクロアレイ平板全体で観察される高い再現性の程度により証明されるように特に強固(robust)である。
胞培養物、例えば血液のような体液中の細胞でよい。細胞は組織生検材料、1もしくは複数の分類された細胞群、細胞培養物、細胞クローン、形質転換細胞、生検材料または単一細胞から得ることができる。細胞のタイプは例えば脳、肝臓、心臓、腎臓、肺、脾臓、網膜、骨、ニューロンの、リンパ節、内分泌腺、生殖器官、血液、神経、血管組織および臭覚上皮細胞でよい。細胞が単離された後、これら細胞からのこれらmRNAを得、そして個々の遺伝子発現レベルの分析を例えばプローブアレイ、PCR、定量的PCR、ビーズに基づくアッセイおよびそれらの組み合わせを使用して行う。個々の遺伝子発現レベルの分析はさらに、逆転写酵素用の鋳型として細胞から集めたmRNAから作成したcDNAを使用して、固体支持体上の核酸のハイブリダイゼーションを使用して行うことができる。
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子を含む;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、およびPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)のような血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子を含む;
から選択され、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陽性ベクトルを有することにより全身性エリテマトーデスを同定するために使用される。
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子を含み;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、およびPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)のような血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子を含む;
から選択されることができ、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陽性ベクトルも陰性ベクトルも持たないことによりインフルエンザ感染を同定するために使用される。
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子を含み;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、およびPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4のような(血小板因子4)血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子を含む;
から選択され、そしてこのモジュールが形質細胞マーカーに陰性ベクトルを、そして血小板マーカーに陽性ベクトルを有することにより黒色腫を同定するために使用される。
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子を含む;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、およびPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)のような血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子を含む;
から選択され、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陰性ベクトルを有することにより移植拒絶を同定するために使用される。
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子を含む;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、およびPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)のような血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子を含む;
から選択され、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陰性ベクトルを有することによりインフルエンザ感染を同定するために使用される。
本発明の様々な態様を作成し、そして使用することを以下で詳細に検討するが、本発明は広い様々な特定の内容で具現化され得る多くの応用可能な革新的概念を提供すると考えるべきである。本明細書で検討する特別な態様は、本発明を作成し、そして使用するための特定の方法の単に具体的説明であり、本発明の範囲に限界を定めるものではない。
OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY(2d ed.1994);科学および技術のゲンブリッジ辞書(THE CAMBRIDGE DICTIONARY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY)(Walker ed.,1988);遺伝学の用語解説(THE GLOSSARY OF GENETICS),5TH ED.,R.Rieger et al.(eds.),Springer Verlag(1991);and Hale & Marham,THE HARPER COLLINS DICTIONARY OF BIOLOGY(1991).
al.,eds.)ジョン ウィリー&サンズ社(John Wiley & Sons,Inc.),ニューヨーク(1987−1999)(追補46(1999年4月のよ
うな追補を含む)に詳細に記載されている。
本明細書で使用する「オブジェクト(object)」は、問題とする任意の項目または情報を称する(一般に原文どおり、名詞、動詞、形容詞、副詞、句、文、記号、数字等を含む)。したがってオブジェクトは関係を形成することができる任意のもであり、また供給源から得られ、同定され、かつ/または調査される任意のものである。「オブジェクト」には限定するわけではないが、遺伝子、タンパク質、疾患、表現型、メカニズム、薬剤等のような問題の実態を含む。幾つかの観点では、オブジェクトは以下にさらに記載するようなデータでよい。
カタログ(Machine Readable Catalog:MARC)レコード、リソースディスクリプションフォーマット(Resource Description Format:RDF)およびエクステンシブル マークアップ ラングィッジ(Extensible Markup Language:XML)がある。メタデータ オブジェクトはマニュアルで、または自動化情報抽出アルゴリズムを介して作成することができる。
細書で使用する用語「データベース」は、生の、またはコンパイルされたデータに関する貯蔵所を指す。データベースは典型的にはその内容にアクセスでき、管理でき、そして更新できるように組織化される(例えばデータベースは動的である)。また用語「データベース」および「ソース」は、データおよび情報の主な供給源がデーターベースであるので、本発明では互換的に使用される。しかし「ソースデーターベース」または「ソースデータ」は一般にデータ、例えばオブジェクトを同定し、そして関係を決定するためにシステムに入力される非構造テキストおよび/または構造データを指す。ソースデーターベースはリレーショナル(relational)データーベースであってもなくてもよい。しかしシステムデーターベースは通常、リレーショナルデーターベースまたは同じ均等なタイプのデーターベースを含み、これらはオブジェクト間の関係を関連づける値を保存する。
ら生じ、そして知識はモデル化から生じる。
で特定のキーワード(例えばリンパ腫、T細胞、CD4、CD8、TCR、胸腺、リンパ系、IL2)は、重要なT細胞関連遺伝子、例えばT細胞表面マーカー(CD5、CD6、CD7,CD26,CD28,CD96);リンパ系細胞により発現される分子(リンホトキシンベータ、IL−2誘導性T細胞キナーゼ、TCF7;およびT細胞分化タンパク質mal、GATA3、STAT5B)を同定するために使用された。次に完全なモジュールは、患者群からのデータをこれらの遺伝子と相関させることにより開発されて(平板、存在/不存在および/またはアップもしくはダウンレギュレーションにかかわらず)、転写モジュールが作成される。場合により、遺伝子プロファイルはこれらの疾患状態およびデータについていかなる特定の遺伝子クラスターとも合わないことがある(この時点で)が、特定の生理学的経路(例えばcAMPシグナル伝達、亜鉛フィンガータンパク質、細胞表面マーカー等)が「未決定」モジュール内に見いだされる。実際に、遺伝子発現データ組は、キーワードの調査と合わせる前に発現が調整された遺伝子を抽出するために使用でき、すなわちいずれかのデータ組を第2のデータ組と相互参照する前に相関させることができる。
本明細書で使用する「アレイ」という用語は、支持体に1もしくは複数のペプチドまたは核酸プローブが結合した固体支持体または基体を指す。アレイは、異なる既知の位置の基体表面にカップリングされた典型的には1もしくは複数の異なる核酸またはペプチドプローブを有する。これらのアレイは、既知のゲノム、例えばヒトゲノムに基づき10,000;20,000、30,000または40,000種の異なる同定可能な遺伝子を有することができる「マイクロアレイ」または「遺伝子チップ」とも記載される。これらのパン−アレイ(pan−array)は、サンプル中で発現、または見いだされる全「トランスクリプトーム」または遺伝子の転写プール、例えばDNAレプリコンの相補的組を作成するためにRTおよび/またはRT−PCRにかけることができるRNA、mRNA等として発現される核酸を検出するために使用される。アレイは、非リトグラフおよび/またはフォトリトグラフ法および固相合成法の組み合わせを包含する機械的合成法、光直接合成法等を使用して製造することができる。
する必要性を削減することが可能である。本発明を使用して、本発明の限定されたプローブ組(1もしくは複数)はデジタル光化学アレイ、ボールビーズアレイ、ビーズ(例えばLuminex)、マルチプレックスPCR、定量的PCR、ラン−オンアッセイ、ノーザンブロット分析、あるいはさらにタンパク質の分析は例えばウエスタンブロット分析、2Dおよび3Dゲルタンパク質発現、MALDI、MALDI−TOF、蛍光活性化細胞ソーティング(FACS)(細胞表面または細胞内)、酵素連結免疫吸着アッセイ(ELISA)、化学発光実験、酵素アッセイ、増殖実験または市販されているものから容易に入手可能な遺伝子発現の測定および/または分析用の任意の他の方法、装置および系と一緒に使用されれば、マイクロアレイの必要性を完全に回避することが可能である。
、血漿、腹腔液、間質液、硬膜液、脳脊髄液、汗または他の体液から得ることができる。核酸供給源、例えば組織もしくは細胞の供給源には、組織生検サンプル、1もしくは複数の分類した細胞群、細胞培養物、細胞クローン、形質転換細胞、生検材料または単一細胞を含む。組織供給源には、例えば脳、肝臓、心臓、腎臓、肺、脾臓、網膜、骨、神経系、リンパ節、内分泌腺、生殖器、血液、神経、脈管組織および臭覚上皮を含むことができる。
バリーアルゴリズム(popular unsupervised pattern discovery algorithm)を使用して、文献の要約中に存在する用語のパターンを分析する。工程1:遺伝子:各遺伝子に関して直接関係する公報を同定する文献索引を作成する。工程2:用語が存在する頻度をテキストプロセッサーにより計算する。工程3:厳密なフィルター基準を使用して関連するキーワードを選択する(すなわち、すべての遺伝子をわたり高いかまたは低い頻度の用語を排除し、そしてわずかな遺伝子についてのみ高い存在のパターンに特徴付けられるいくつかの違いが分かる用語を残す)。工程4:2方向の階層クラスタリングが、存在パターンに基づき遺伝子および関連するキーワードをグループ分けし、遺伝子のグループ間に存在する機能的関連性の視覚的表示を提供する。
いて他はレベルが低かった)。重要なことは、ピークおよび下降がM1.2、M2.11およびM2.1の異なるサンプルについて形成するので、個体間変動はモジュール特異的となるようである。さらに変動の幅も各モジュールで特徴的であり、発現レベルはM2.1、そして特にM1.7よりもM1.2およびM2.11で変動性であった。すなわち我々は転写モジュールが独立的な生物学変数を構成することを見いだす。
なグラフによる説明を提供するために調査した。異なる疾患により生じた遺伝子発現レベルでの変化が、28種のPBMC転写モジュールについて表示された(図6)。各疾患群は、年齢および性別が合った健康な供与体からなるその各対照群と比較される(18名のSLE患者、16名の急性インフルエンザ感染、16名の転移性黒色腫、および免疫抑制薬剤処置を受けている16名の肝臓移植受容者が、10から11名の健康な個体からなる対照群と比較された)。モジュールレベルのデータは、格子上に並んだスポットによりグラフで表示され、各位置は異なるモジュールに対応する(各モジュールに関する機能的注釈に関しては表1を参照にされたい)。
を明らかに示す。この知見は、座っている個体を対象として運動後に観察された循環しているナチュラルキラー細胞における上昇と一致する(22、23)。M2.1に含まれる遺伝子の幾つかは、Connolly,et al.,により「炎症応答」の基準に列挙されるが、この著者は細胞組成における変化の可能性と結び付けなかった。「炎症」モジュール(M3.2、M3.3)に属するほんの少数の遺伝子しか、広い範囲の疾患でこれらのモジュールを含んでなる遺伝子の発現レベルが上昇することはないという事実にもかかわらず、運動後に変化することが分かった(Chaussabel et al.,提出)。しかし興味深いことに、第IV段階の黒色腫患者および移植患者で特異的に過剰発現する免疫抑制分子は(Chaussabel et al.,提出)、運動後、一時的に増加することが分かった(示さず、M1.4;例えばTCF8、CREM、RGS1、TNFAIP3)。
的に成功しただけであった。まず第1に、統計的試験が分析の初期段階の先行条件と考えられるからである。その結果、いったん差次的に発現された遺伝子のリストが生成されるだけで、生物学的考察が効果を示すようになる。しかし何万もの変数を試験することから生じるデータのサブセットは必ずノイズを含み、したがって解釈することは特に難しい。本発明の系および方法は、モジュールの特徴を決定する場合、細胞の細胞および分子生物学を考慮する。本発明では、第1段階は分析の極めて初期の段階で系の生物学を考慮することであり、これにより数百ものサンプル全体で調和して発現されると判明した機能に連結している遺伝子の組を選択する。次いで統計的試験を生物学的に意味のある遺伝子がかなり濃縮しているモジュールのデータセットに適用する。この取り組みのさらなる利点は、基本単位として転写モジュールを使用することにより、遺伝子レベルの分析を越える点である。転写モジュールは、定めた生物学的系の内容で起こる混乱の分析に関する骨格を構成する。このモジュールデータ形式は、マイクロアレイ実験の解釈の簡素化に役立つ。しかしこれには、膨大な範囲の生物学的変数、例えば異なる実験条件、個体間の変動の下での各実験系の予備的特性決定が必要となり、そして生物材料の経費および入手も限定され得る。
1. Golub,T.R.et al.Molecular classification of cancer:class discovery and class
prediction by gene expression monitoring.Science 286,531−7(1999).
2. Alizadeh,A.A.et al.Distinct types of
diffuse large B−cell lymphoma identified by gene expression profiling.Nature 403,503−11(2000).
3. Garber,K.Genomic medicine.Gene expression tests foretell breast cancer’s future.Science 303,1754−5(2004).
4. van de Vijver,M.J.et al.A gene−expression signature as a predictor of surviv
al in breast cancer.N Engl J Med 347,1999−2009(2002).
5. Pascual,V.,Allantaz,F.,Arce,E.,Punaro,M.& Banchereau,J.Role of interleukin−1(IL−1)in the pathogenesis of systemic onset juvenile idiopathic arthritis and clinical response to IL−1 blockade.J Exp Med 201,1479−86(2005).
6. Michiels,S.,Koscielny,S.& Hill,C.Prediction of cancer outcome with microarrays:a multiple random validation strategy.Lancet 365,488−92(2005).
7. Ioannidis,J.P.Microarrays and molecular research:noise discovery? Lancet 365,454−5(2005).
8. Jarvinen,A.K.et al.Are data from different gene expression microarray platforms comparable? Genomics 83,1164−8(2004).
9. Tan,P.K.et al.Evaluation of gene expression measurements from commercial microarray platforms.Nucleic Acids Res 31,5676−84(2003).
10. Bammler,T.et al.Standardizing global gene expression analysis between laboratories and across platforms.Nat Methods
2,351−6(2005).
11. Irizarry,R.A.et al.Multiple−laboratory comparison of microarray platforms.Nat Methods 2,345−50(2005).
12. Larkin,J.E.,Frank,B.C.,Gavras,H.,Sultana,R.& Quackenbush,J.Independence and
reproducibility across microarray platforms.Nat Methods 2,337−44(2005).
13. Chaussabel,D.Biomedical literature mining:challenges and solutions in the ‘omics’ era.Am J Pharmacogenomics 4,383−93(2004).
14. Rhodes,D.R.et al.Mining for regulatory programs in the cancer transcriptome.Nat Genet 37,579−83(2005).
15. Segal,E.,Friedman,N.,Koller,D.& Regev,A.A module map showing conditional activity of expression modules in cancer.Nat Genet 36,1090−8(2004).
16. Mootha,V.K.et al.PGC−1alpha−responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes.Nat Genet 34,267−73(2003).
17. Segal,E.,Friedman,N.,Kaminski,N.,Regev,A.& Koller,D.From signatures to models:understanding cancer using microarrays.Nat Genet 37 Suppl,S38−45(2005).
18. Chaussabel,D.& Sher,A.Mining microarray expression data by literature profiling.Genome Biol 3,RESEARCH0055(2002).
19. Bennett,L.et al.Interferon and granulopoiesis signatures in systemic lupus erythematosus blood.J Exp Med 197,711−23(2003).
20. Connolly,P.H.et al.Effects of exercise on gene expression in human peripheral blood mononuclear cells.J Appl Physiol 97,1461−9(2004).
21. Barrett,T.et al.NCBI GEO:mining millions of expression profiles−−database and tools.Nucleic Acids Res 33,D562−6(2005).
22. Ogawa,K.,Oka,J.,Yamakawa,J.& Higuchi,M.A single bout of exercise influences
natural killer cells in elderly women,especially those who are habitually active.J Strength Cond Res 19,45−50(2005).
23. Woods,J.A.,Evans,J.K.,Wolters,B.W.,Ceddia,M.A.& McAuley,E.Effects of maximal exercise on natural killer(NK)cell cytotoxicity and responsiveness to interferon−alpha in the young and old.J Gerontol
A Biol Sci Med Sci 53,B430−7(1998).
24. Tuma,R.S.Efforts aimed at reducing noise,data overload in microarrays.J Natl Cancer Inst 97,1173−5(2005)。
Claims (6)
- 以下のステップを含む、疾患分析ツールのためのデータを取得する方法;
前記の選択されるモジュールが:
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、および血小板由来免疫メディエーターPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)をコードする遺伝子;
から選択され、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陽性ベクトルを有することにより患者から全身性エリテマトーデスを同定するために使用される方法。 - 以下のステップを含む、疾患分析ツールのためのデータを取得する方法;
前記の選択されるモジュールが:
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、および血小板由来免疫メディエーターPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)をコードする遺伝子;
から選択され、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陽性ベクトルも陰性ベクトルも持たないことにより患者からインフルエンザ感染を同定するために使用される方法。 - 以下のステップを含む、疾患分析ツールのためのデータを取得する方法;
前記の選択されるモジュールが:
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、およびPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)のような血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子;
から選択され、そしてこのモジュールが形質細胞マーカーに陰性ベクトルを、そして血小板マーカーに陽性ベクトルを有することにより患者から黒色腫を同定するために使用される方法。 - 以下のステップを含む、疾患分析ツールのためのデータを取得する方法;
前記の選択されるモジュールが:
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、および血小板由来免疫メディエーターPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)をコードする遺伝子;
から選択され、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陰性ベクトルを有することにより患者から移植拒絶を同定するために使用される方法。 - 以下のステップを含む、疾患分析ツールのためのデータを取得する方法;
前記の選択されるモジュールが:
形質細胞:免疫グロブリン鎖(IGHM,IGJ,IGLL1,IGKC,IGHD)および形質細胞マーカーCD38をコードする遺伝子;および
血小板:血小板糖タンパク質(ITGA2B,ITGB3,GP6,GP1A/B)、および血小板由来免疫メディエーターPPPB(プロ−血小板塩基性タンパク質)およびPF4(血小板因子4)をコードする遺伝子;
から選択され、そしてこのモジュールがこれら2つのモジュールに陰性ベクトルを有することにより患者からインフルエンザ感染を同定するために使用される方法。 - 1又は複数の転写モジュールの代表である遺伝子の組み合わせを含んでなるカスタマイズされた遺伝子アレイを含んでなる予知遺伝子アレイであって、前記カスタマイズされた遺伝子アレイと接触する患者のトランスクリプトームが、前記転写モジュールに合った1又は複数の疾患または状態の予知であり、
前記転写モジュールが、
疾患または状態毎に合う各クラスターからそのモジュールについての遺伝子を選択し;
前記選択した遺伝子を分析から除き;そして
疾患の遺伝子について、遺伝子発現値を選択する工程を繰り返すことにより、1又は複数の転写モジュールに関する遺伝子発現値を反復して選択し;そして
すべての遺伝子クラスターが使用し尽されるまで、各クラスターについてモジュールの作成を繰り返し反復する、ことにより事前に得られる
上記予知遺伝子アレイであって、
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US74888405P | 2005-12-09 | 2005-12-09 | |
US60/748,884 | 2005-12-09 | ||
US11/446,825 | 2006-06-05 | ||
US11/446,825 US20070238094A1 (en) | 2005-12-09 | 2006-06-05 | Diagnosis, prognosis and monitoring of disease progression of systemic lupus erythematosus through blood leukocyte microarray analysis |
PCT/US2006/046858 WO2007067734A2 (en) | 2005-12-09 | 2006-12-09 | Module-level analysis of peripheral blood leukocyte transcriptional profiles |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013042651A Division JP2013143948A (ja) | 2005-12-09 | 2013-03-05 | 末梢白血球の転写プロファイルのモジュールレベル分析 |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009518040A JP2009518040A (ja) | 2009-05-07 |
JP2009518040A5 JP2009518040A5 (ja) | 2010-02-04 |
JP5279505B2 true JP5279505B2 (ja) | 2013-09-04 |
Family
ID=38123519
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008544530A Expired - Fee Related JP5670615B2 (ja) | 2005-12-09 | 2006-12-09 | 血中白血球のマイクロアレイ分析を介する全身性エリテマトーデスの疾患進行の診断、予知およびモニタリング |
JP2008544529A Expired - Fee Related JP5279505B2 (ja) | 2005-12-09 | 2006-12-09 | 末梢血白血球の転写プロファイルのモジュールレベル分析 |
JP2013042651A Withdrawn JP2013143948A (ja) | 2005-12-09 | 2013-03-05 | 末梢白血球の転写プロファイルのモジュールレベル分析 |
JP2013123568A Pending JP2013223501A (ja) | 2005-12-09 | 2013-06-12 | 血中白血球のマイクロアレイ分析を介する全身性エリテマトーデスの疾患進行の診断、予知およびモニタリング |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008544530A Expired - Fee Related JP5670615B2 (ja) | 2005-12-09 | 2006-12-09 | 血中白血球のマイクロアレイ分析を介する全身性エリテマトーデスの疾患進行の診断、予知およびモニタリング |
Family Applications After (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013042651A Withdrawn JP2013143948A (ja) | 2005-12-09 | 2013-03-05 | 末梢白血球の転写プロファイルのモジュールレベル分析 |
JP2013123568A Pending JP2013223501A (ja) | 2005-12-09 | 2013-06-12 | 血中白血球のマイクロアレイ分析を介する全身性エリテマトーデスの疾患進行の診断、予知およびモニタリング |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20070238094A1 (ja) |
EP (3) | EP1968610A4 (ja) |
JP (4) | JP5670615B2 (ja) |
CA (2) | CA2633832A1 (ja) |
WO (2) | WO2007067734A2 (ja) |
Families Citing this family (28)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8921102B2 (en) | 2005-07-29 | 2014-12-30 | Gpb Scientific, Llc | Devices and methods for enrichment and alteration of circulating tumor cells and other particles |
WO2007147074A2 (en) | 2006-06-14 | 2007-12-21 | Living Microsystems, Inc. | Use of highly parallel snp genotyping for fetal diagnosis |
US20080050739A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-02-28 | Roland Stoughton | Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats |
US8137912B2 (en) | 2006-06-14 | 2012-03-20 | The General Hospital Corporation | Methods for the diagnosis of fetal abnormalities |
US8372584B2 (en) | 2006-06-14 | 2013-02-12 | The General Hospital Corporation | Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags |
US20100086928A1 (en) * | 2006-12-20 | 2010-04-08 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Detection of organ rejection |
WO2008079303A2 (en) * | 2006-12-20 | 2008-07-03 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Detection of organ rejection |
CN101230386B (zh) * | 2007-04-28 | 2011-09-14 | 廖凌虹 | 检测CYP2E1基因的单核苷酸多态性位点rs2480256的引物在制造用于评估系统性红斑狼疮易感性的试剂盒的用途 |
DE102007036678B4 (de) * | 2007-08-03 | 2015-05-21 | Sirs-Lab Gmbh | Verwendung von Polynukleotiden zur Erfassung von Genaktivitäten für die Unterscheidung zwischen lokaler und systemischer Infektion |
WO2009059259A2 (en) | 2007-10-31 | 2009-05-07 | Children's Hospital Medical Center | Detection of worsening renal disease in subjects with systemic lupus erythematosus |
US20110053804A1 (en) * | 2008-04-03 | 2011-03-03 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Gene Signatures for the Prognosis of Cancer |
CA2737643C (en) | 2008-09-20 | 2020-10-06 | Hei-Mun Fan | Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing |
US20100292102A1 (en) * | 2009-05-14 | 2010-11-18 | Ali Nouri | System and Method For Preventing Synthesis of Dangerous Biological Sequences |
EP2486152B1 (en) * | 2009-10-07 | 2017-12-06 | F. Hoffmann-La Roche AG | Methods for diagnosing lupus |
GB0922006D0 (en) * | 2009-12-17 | 2010-02-03 | Genome Res Ltd | Diagnostic |
WO2011097327A2 (en) * | 2010-02-02 | 2011-08-11 | La Jolla Institute For Allergy & Immunology | Compositions and methods of modulating receptor protein tyrosine phosphatases |
US8922560B2 (en) * | 2010-06-30 | 2014-12-30 | Exelis Inc. | Method and apparatus for correlating simulation models with physical devices based on correlation metrics |
ES2676846T3 (es) * | 2010-08-05 | 2018-07-25 | Abbott Point Of Care, Inc. | Método y aparato para análisis automáticos de muestras de sangre completa a partir de imágenes microscópicas |
US20150142460A1 (en) * | 2012-05-24 | 2015-05-21 | Allegheny-Singer Research Institute | Method and system for ordering and arranging a data set for a severity and heterogeneity approach to preventing events including a disease stratification scheme |
WO2014008426A2 (en) * | 2012-07-06 | 2014-01-09 | Ignyta, Inc. | Diagnosis of systemic lupus erythematosus |
WO2014032899A1 (en) * | 2012-08-31 | 2014-03-06 | Novo Nordisk A/S | Diagnosis and treatment of lupus nephritis |
EA201591411A1 (ru) | 2013-01-29 | 2016-01-29 | Молекьюлар Хелт Гмбх | Системы и способы для поддержки клинических решений |
EP2995689B1 (en) | 2014-09-11 | 2017-09-13 | Warszawski Uniwersytet Medyczny | Stratification of B-cell lymphoma cases using a gene expression signature |
EP3250714A2 (en) * | 2015-01-30 | 2017-12-06 | RGA International Corporation | Devices and methods for diagnostics based on analysis of nucleic acids |
EP3314015A1 (en) * | 2015-06-24 | 2018-05-02 | Oxford Biodynamics Limited | Detection of chromosome interactions |
US11578124B2 (en) | 2018-05-18 | 2023-02-14 | Janssen Biotech, Inc. | Safe and effective method of treating lupus with anti-IL12/IL23 antibody |
CN110643695B (zh) * | 2018-06-27 | 2023-02-17 | 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心 | 系统性红斑狼疮环形rna标记物及检测试剂 |
AU2019360758A1 (en) * | 2018-10-18 | 2021-05-20 | Oklahoma Medical Research Foundation | Biomarkers for a systemic lupus erythematosus (SLE) disease activity immune index that characterizes disease activity |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
JP2002515738A (ja) | 1996-01-23 | 2002-05-28 | アフィメトリックス,インコーポレイティド | 核酸分析法 |
US20040241726A1 (en) * | 1999-01-06 | 2004-12-02 | Chondrogene Limited | Method for the detection of allergies related gene transcripts in blood |
AU7603800A (en) * | 1999-09-24 | 2001-04-24 | Human Genome Sciences, Inc. | 32 human secreted proteins |
IL142006A0 (en) * | 2001-03-14 | 2002-03-10 | Yeda Res & Dev | Recurrent signature identifying transcriptional modules |
WO2002088303A2 (en) * | 2001-04-03 | 2002-11-07 | Bristol-Myers Squibb Company | Polynucleotide encoding a novel cysteine protease of the calpain superfamily, can-12, and variants thereof |
US6905827B2 (en) * | 2001-06-08 | 2005-06-14 | Expression Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases |
US6955788B2 (en) | 2001-09-07 | 2005-10-18 | Affymetrix, Inc. | Apparatus and method for aligning microarray printing head |
US7031845B2 (en) * | 2002-07-19 | 2006-04-18 | University Of Chicago | Method for determining biological expression levels by linear programming |
US7118865B2 (en) * | 2002-08-16 | 2006-10-10 | Regents Of The University Of Minnesota | Methods for diagnosing severe systemic lupus erythematosus |
CA2498418A1 (en) * | 2002-09-10 | 2004-03-25 | Guennadi V. Glinskii | Gene segregation and biological sample classification methods |
JP2005102694A (ja) * | 2003-09-10 | 2005-04-21 | Japan Science & Technology Agency | 末梢血液細胞に示差的に発現されている遺伝子群、およびそれを用いた診断方法とアッセイ方法 |
-
2006
- 2006-06-05 US US11/446,825 patent/US20070238094A1/en not_active Abandoned
- 2006-12-09 EP EP06839208A patent/EP1968610A4/en not_active Withdrawn
- 2006-12-09 WO PCT/US2006/046858 patent/WO2007067734A2/en active Application Filing
- 2006-12-09 EP EP06848531A patent/EP1963533A4/en not_active Withdrawn
- 2006-12-09 WO PCT/US2006/046862 patent/WO2007070376A2/en active Application Filing
- 2006-12-09 CA CA002633832A patent/CA2633832A1/en not_active Abandoned
- 2006-12-09 EP EP11187488.9A patent/EP2416270A3/en not_active Withdrawn
- 2006-12-09 JP JP2008544530A patent/JP5670615B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2006-12-09 CA CA002633815A patent/CA2633815A1/en not_active Abandoned
- 2006-12-09 JP JP2008544529A patent/JP5279505B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2013
- 2013-03-05 JP JP2013042651A patent/JP2013143948A/ja not_active Withdrawn
- 2013-06-12 JP JP2013123568A patent/JP2013223501A/ja active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2633815A1 (en) | 2007-06-14 |
JP5670615B2 (ja) | 2015-02-18 |
EP2416270A2 (en) | 2012-02-08 |
WO2007067734A3 (en) | 2008-08-28 |
JP2013223501A (ja) | 2013-10-31 |
EP1963533A2 (en) | 2008-09-03 |
US20070238094A1 (en) | 2007-10-11 |
EP1963533A4 (en) | 2009-07-29 |
EP1968610A4 (en) | 2010-06-02 |
CA2633832A1 (en) | 2007-06-21 |
EP1968610A2 (en) | 2008-09-17 |
EP2416270A3 (en) | 2015-01-28 |
JP2009518040A (ja) | 2009-05-07 |
WO2007067734A2 (en) | 2007-06-14 |
JP2013143948A (ja) | 2013-07-25 |
WO2007070376A2 (en) | 2007-06-21 |
JP2009518041A (ja) | 2009-05-07 |
WO2007070376A8 (en) | 2012-05-31 |
WO2007070376A3 (en) | 2008-04-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5279505B2 (ja) | 末梢血白血球の転写プロファイルのモジュールレベル分析 | |
US20140179807A1 (en) | Module-level analysis of peripheral blood leukocyte transcriptional profiles | |
AU2007347118B2 (en) | Diagnosis of metastatic melanoma and monitoring indicators of immunosuppression through blood leukocyte microarray analysis | |
Chaussabel et al. | A modular analysis framework for blood genomics studies: application to systemic lupus erythematosus | |
US8914240B2 (en) | Method for determining coronary artery disease risk | |
JP2010500038A (ja) | 血液白血球中の遺伝子発現サインが、急性感染の差次的診断を可能にする | |
JP2011526152A (ja) | マイコバクテリウム・ツベルクローシス感染症の血液転写サイン | |
Lin et al. | Integrated analysis of transcriptomics to identify hub genes in primary Sjögren's syndrome | |
Adamski et al. | Next-generation qPCR for the high-throughput measurement of gene expression in multiple leukocyte subsets | |
US11739369B2 (en) | Immune profiling using small volume blood samples | |
AU2012261593A1 (en) | Diagnosis of metastatic melanoma and monitoring indicators of immunosuppression through blood leukocyte microarray analysis | |
AU2012238321A1 (en) | Gene expression signatures in blood leukocytes permit differential diagnosis of acute infections |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20091207 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20091207 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422 Effective date: 20110117 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20110118 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20120326 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120622 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20121105 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130305 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20130306 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20130327 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130423 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130521 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |