JP5270531B2 - 遺伝子サイレンシングに活性なオリゴヌクレオチドの形質導入用組成物およびその生物学適用と治療適用 - Google Patents
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Description
1)キナクリンまたは臭化エチジウムにより例示される重層した塩基対間の相互作用;
2)ポリアミンであるスペルミンまたはスペルミジンで観察されるオリゴヌクレオチド骨格からのヘテロ原子との静電気的H−結合相互作用;
3)小溝結合剤(MGB):DNAの深い小溝を満たし、主としてファンデルワールスとH−結合の相互作用により相互作用する拡大したヘテロ環状構造。かかるオリゴ−ヘテロ環状分子は、抗生物質ネトロプシン(N−メチルピロール含有オリゴペプチド)およびその類似体ジスタマイシンAが最良の例示である(Cho and Rando, 2000)。
[式中、
XはN−R1、SまたはOであり、R1はC1−C4アルキル基またはヒドロキシル化C3−C6アルキル基である;
R2およびR3は、同一または異なって、HもしくはC1−C4アルキル基を表すか、またはR2とR3が一緒に結合して、飽和もしくは不飽和の環または5個もしくは6個の元素を有するヘテロ環を形成する;
EはC1−C5アルキルスペーサーである;
R4およびR5は、同一または異なって、飽和もしくは不飽和の、直鎖もしくは分枝のC10−C36の炭化水素またはフルオロ炭素鎖を表し、当該鎖はC3−C6シクロアルキルを含んでいてもよい;
A−は生物適合性アニオンである]
で示される両親媒性カチオン性分子に関する。
− 分枝長鎖を構築すること(その炭水化物部分は、エステルまたはアルデヒドへのグリニヤールカップリング反応により説明されるような古典的なC−Cカップリング法により得られる;合成された疎水性部分は、式(IV):
HO−E−R4(R5) (IV)
で示されるような一級または二級アルコールを含む);
− 式:MsO−E−R4(R5)(V)のメタンスルホニル誘導体および/またはハロゲン誘導体などの他の古典的な活性化誘導体に変換することによりアルコール官能基を活性化すること;
− 当該活性化誘導体、取分けメタンスルホニル誘導体を、式(VI):
で示されるヘテロ環を得ること;
からなる。
化学試剤およびオリゴヌクレオチド
オリゴヌクレオチドは化学的に合成し、ユーロゲンテック(Eurogentec)(ベルギー)によりPAGE精製した。オリゴヌクレオチドは1xアニーリングバッファー(50mM酢酸K、50mM酢酸Mg)(ユーロゲンテック)中、95℃で2分間アニールし、次いで室温で2〜4時間インキュベートした。ハイパーフェクトおよびサイレントフェクト試薬は、それぞれキアゲンおよびバイオラッド(米国)から入手した。トランスIT−TKOおよびセント−レッド試薬は、それぞれミラスコーポレーション(Mirus Corporation)およびシンボラックス(Synvolux)から入手した。GAPDH SMARTプール(登録商標)試薬はダーマコン(Dharmacon)から入手した。
化学用試薬および出発原料はすべてシグマ−アルドリッチ(フランス)から購入し、あらかじめ精製することなく使用した。溶媒類はSDS−カルロエルバ(フランス)から取り寄せた。ジエチルエーテルは乾燥して、ナトリウムベンゾフェノン上で蒸留した。グリニヤール試薬用のマグネシウム削りくずは、フィッシャーサイエンティフィック(フランス)から購入した。ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン(DOPE)は、フルカ(シグマ−アルドリッチ)からのものである。
C37H76O;MW=537.00
マグネシウム削りくず(583mg、24mmole、MW=24.31)を、冷凍管を備えたオーブン乾燥二頚反応容器に容れる。この金属削りくずに、予め乾燥ジエチルエーテル(20ml、ナトリウムベンゾフェノン上で蒸留)に溶解した1−ヨードオクタデカン(7.608mg、20mmole、MW=380.39)をシリンジにより滴下する。添加に際し、エーテルの定常的還流を維持するために、反応液をファン(ヘアドライヤー)にて僅かに加熱する。反応混合物が灰色に変化したとき、有機マグネシウム試薬(グリニヤール試薬)の形成が始まっている。ヨードアルカン溶液の添加終了後、反応容器を油浴に入れて、反応混合物を加熱、エーテルの還流を1時間維持し、ヨードアルカンから対応するグリニヤール試薬への変換を推進する。
1H−NMR(プロトンからの核磁気共鳴)CDCl3:0.90ppm(三重線、J=7.0Hz,6H,両鎖の末端メチル);1.27ppm(大きな多重線、64H,脂肪アルキル鎖からのCH2);1.45ppm(幅広い多重線、4H,アルコールからベータ位のCH2);1.58ppm(ヒドロキシルから、および少量の水からの幅広いシグナル);3.60ppm(多重線、1H,アルコールからアルファ位のCH)。
100mlの反応容器中、該二級アルコール(2.42g、4.5mmole)の懸濁液を45mlの乾燥ピリジン中で調製する(高濃度が正しい変換のために重要である)。塩化メタンスルホニル(5.15g、45mmole)3.5mlをシリンジにより少しずつ反応容器に加える。反応混合物は特に発熱することがないので、その添加は室温で実施し得る。塩化メタンスルホニルとの接触による白色懸濁液は、僅かに黄色に変わる。1時間後、反応液はより均一となり、ベージュ色に変わる。24時間後、反応液は暗褐色となる。
1H−NMR(プロトンからの核磁気共鳴)CDCl3:0.90ppm(三重線、J=7.0Hz,6H,両鎖の末端メチル);1.27ppm(大きな多重線、60H,脂肪アルキル鎖からのCH2);1.40ppm(以前のシグナル内の幅広リ多重線、4H,メシレートからのガンマ位のCH2);1.69ppm(幅広い多重線、4H,メシレートからのベータ位のCH2);3.01ppm(一重線、3H,メシレートからのCH3);4.72ppm(五重線、J=6.1Hz,1H,メシレートからアルファ位のCH)。
Cl− ;C41H81ClN2;MW=637.55
反応は芳香族塩基による二級炭素原子上のメシルエステルの直接置換である。反応がゆっくりであるため、大過剰のメチルイミダゾールを溶媒として使用した。
CDCl3中のNONIの1H−NMR(プロトンからの核磁気共鳴):
0.90ppm(三重線、J=6.9Hz,6H,両鎖の末端メチル);1.09ppm(多重線;2H、イミダゾリウム環からガンマ位置);1.27ppm(大きな多重線、62H,脂肪アルキル鎖からのCH2);1.85ppm(多重線、4H,イミダゾリウムからベータ位のCH2);4.18ppm(一重線、3H,イミダゾリウム環上のメチル);7.02ppm(一重線、1H,イミダゾリウムのC4HまたはC5H);7.13ppm(一重線、1H,イミダゾリウムからのC5HまたはC4H);11.17ppm(一重線,1H,イミダゾリウムからのC2H)。
CHおよびCH3は(−)であり;CH2は(+)である;
123.1ppm(−)(イミダゾリウムからのC2);119.2ppm(−)(イミダゾリウムからのC4および5);62.8ppm(−)(N3上のメチル、イミダゾリウムから);36.9ppm(−)(イミダゾリウムからのN1上のCH);35.5ppm(+)(脂肪鎖からのC);31.9ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.72ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.67ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.65ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.60ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.53ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.38ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.35ppm(+)(脂肪鎖からのC);29.15ppm(+)(脂肪鎖からのC);25.94ppm(+)(脂肪鎖からのC);22.71(+)(脂肪鎖からのC);14.15ppm(−)(脂肪鎖からのCH3末端基)。
吸収ピークはその波数(cm−1)とそのそれぞれの吸光度により特性化し、強(s)、中度(m)または弱(w)とする:
3130(m);3035(s);2955(s);2920(s);2850(s);1570(s);1560(m);1470(s);1430(w);1375(w);1160(s);750(w);725(m)。
メチルエチルケトン(MEK)7mlに溶かしたメタンスルホン酸9−(オクタデシル)ノナデシル(0.1mmole)をベンズイミダゾール0.6mmoleの存在下に3日間加熱する。溶媒を蒸発した後、粗製の産物をメタノール/ジクロロメタン勾配によるシリカゲルクロマトグラフィーにより精製する。中性N1置換ベンズイミダゾール産物0.015mmoleを単離し、これをMEK中、大過剰のヨウ化メチルにより、1日加熱しながらメチル化する。メチル化反応は定量的であり、メタノール/ジクロロメタン勾配によるシリカゲルクロマトグラフィーによる精製後、10mgのMONBIを与える。
0.89ppm(三重線、J=6.9Hz,6H,両鎖の末端メチル);1.27ppm(大きな多重線、64H,脂肪アルキル鎖からのCH2);2.1ppm(大きな多重線、4H,ベンズイミダゾリウム窒素からベータ位のCH2);4.39ppm(一重線、3H,ベンズイミダゾリウム環のN3上のメチル);4.65ppm(ベンズイミダゾリウムN1に結合するCH);7.72ppm(多重線、4H,ベンゾ環プロトン);11.37ppm(一重線、1H,ベンズイミダゾリウムからのC2H)。
C37H74O2;MW=550.98
15mlのTHF(ナトリウム−ベンゾフェノン上で蒸留)を容れた100mlのオーブン乾燥反応容器に、ジイソプロピルアミン(2.56ml;1.85g;18.26mmole;MW=101.19)を導入し、アルゴン気流下に−78℃に冷却する。ブチル−リチウム(1.6M/THF;18.26mmole)11.4mlを滴下し、−78℃で10分間攪拌し、LDA試薬形成完結のために0℃に昇温する。
TLC分析:Rf=0.5;溶媒:20%酢酸エチル/ヘプタン;検出:バニリン/硫酸(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C37H76O;MW=537.00
乾燥THF(20ml;ナトリウムベンゾフェノン上で蒸留)に酸Y1(847mg;1.537mmole;MW=550.98)を溶解する。THF中、BH3の溶液を0℃で滴下する(1M/THF;10ml;10mmole)。反応液をTLC分析(溶媒:10%酢酸エチル/ヘプタン)により選抜する。反応は2日間円滑に進行する。反応混合物をメタノール100mlに注入し、アルコール(1.135g、粗製)を沈殿させる。シリカゲルクロマトグラフィー(勾配:酢酸エチル/ヘプタン:6%から10%)により518gの純Y2(62%)を得る。
TLC:Rf=0.4;溶媒:10%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(青色)(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C38H78O3S;MW=615.09
CH2Cl2(10ml;CaH2上で蒸留)に溶解したアルコールY2(600mg;1.11mmole;MW=537.0)を0℃に冷却する。この反応混合物に塩化メシル(0.5ml;740mg;6.46mmole;MW=114.55)を導入し、トリエチルアミン(1ml、728mg;7.19mmole;MW=101.19)を0℃で滴下し、室温で攪拌する。TLC分析によると、反応は2時間後に完結する。反応混合物を減圧下で濃縮し、固形物をメタノールで洗い、過剰の試薬を除去する。濾取した固形物は、NMR分析によると純品であり、570.6mgのY3(0.928mmole;82.9%収率)に相当する。
TLC:Rf=0.6:溶媒:50%ジクロロメタン/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(暗青色)(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C41H81ClN2;MW=637.55
2−ブタノン(10ml)中、メシル酸エステルY3(150mg;0.243mmole;MW=615.09)およびN−メチルイミダゾール(200mg;2.43mmole;MW=82.10)を5日間80℃に加熱する。TLC分析によりメシル酸エステルの変換のスクリーニングが可能である。
TLC:Rf=0.25:溶媒:10%メタノール/ジクロロメタン;ヨウ素蒸気により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
CHおよびCH3はマイナスピーク(−)を与える;
CH2はプラスピーク(+)を与える;
四級炭素はdept135で検出されない;
139.2((−),メチルイミダゾリウムのC);122.9((−),メチルイミダゾリウムのC);121.5((−),メチルイミダゾリウムのC);54.04((+),イミダゾリウムからアルファ位のC);38.8((−),メチルイミダゾリウムのメチル−C);36.8((−),イミダゾリウムからベータ位のC);31.9(+);30.8(+);29.7(+);29.2(+);26.2(+);22.7(+)(炭化水素鎖において異なるC);14.1(−),炭化水素鎖の末端メチルC。
C44H80ClN2;MW=637.12
2−ブタノン10mlに溶解したメシル酸エステルY3(150mg;0.243mmole;MW=615.09)をベンズイミダゾール(287mg;2.43mmole;MW=118.14)の存在下に、23日間、80℃に加熱する。カップリング反応をTLCでスクリーニングし、メシル酸エステルY3のゆっくりとした変換を検出する。
TLC:Rf=0.65:溶媒:5%メタノール/ジクロロメタン;UV検出および/またはヨウ素蒸気(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C45H83ClN2;MW=687.61
ヨードメタン(0.5ml;7.85mmole;MW=141.94)をB1(19.1mg;0.0299mmole,MW=637.12)に加え、2−ブタノン15mlに溶かし、24時間60℃に加熱する。減圧下に溶媒を蒸発させた後、24.1mgの粗製産物を得る。塩素塩に変換するために、この固形物をメタノール2.8mlに溶かし、1.2mlのHCl(18%)で酸性とする。塩素塩形は5℃で沈殿し、遠心分離(14000rpmで20分間)により単離する。残渣はさらにジクロロメタン中のメタノール勾配によるシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製して、17.7mgの純粋な産物HEMB(0.0257mmole;86%収率)を得る。
TLC:Rf=0.2:溶媒:10%メタノール/CH2Cl2;UV検出および/またはヨウ素蒸気(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
CHおよびCH3はマイナスピーク(−)を与える;
CH2はプラスピーク(+)を与える;
Dept135は四級炭素を示さない;
127.1((−),ベンゾ部分の2C);112.8((−),ベンゾ部分のC);113.0((−),ベンゾ部分のC);51.9((+),メチル−イミダゾリウム部分からアルファ位のC);38.1((−),メチル−イミダゾリウムのCH3);33.7((−),メチル−イミダゾリウムからベータ位のC);31.9(+);31.2(+);29.7(+);26.3(+);22.7(+):炭化水素鎖のC;14.1((−),炭化水素鎖の末端メチル)
実施例5:HETの合成:
C37H75I;MW=646.90
乾燥DMPU15mlに溶解したメシル酸エステルY3(560.6mg;0.911mmole;MW=615.09)を682.5mgのヨウ化ナトリウム(4.55mmole,MW=149.85)と共に20時間70℃に加熱する。
TLC:Rf=0.95:溶媒:ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(青色スポット)(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C40H78ClNS;MW=640.57
チアゾール(180mg;2.11mmole;MW=85.13)をT1(136.9mg;0.211mmole,MW=646.9)と10mlの2−ブタノンからなる溶液に加え、反応混合物を27日間80℃に加熱する。減圧下に溶媒を蒸発させ、粗製の固形物をメタノールに溶かす;未反応のヨードアルカンを濾去する。希塩酸をメタノール溶液に加え(5mlの4%HClを10mlのMeOH溶液に)、5℃に放置して両親媒性分子を沈殿させ、14000rpm(30分間)で遠心分離して集める。粗製の産物はさらに、ジクロロメタン中、メタノール勾配によるシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製する。陽性フラクションは21mgの純HET(0.033mmole;15%収率)を得る。
TLC:Rf=0.4:溶媒:10%メタノール/ジクロロメタン;ヨウ素蒸気により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
CHおよびCH3はマイナスピーク(−)として現れる;
CH2はプラスピーク(+)を与える;
160((−),チアゾリウム環のC);136.7((−),チアゾリウムのC);127.3((−),チアゾリウムのC);60.7((+),チアゾリウムからアルファ位のC);39.4((−),チアゾリウムからベータ位のC);32.2(+),30.7(+),29.8(+),29.7(+),29.7(+),29.6(+),29.5(+),29.4(+),26.1(+),22.7(+),炭化水素鎖のC;14.1((−),炭化水素鎖の末端メチルC)。
C36H74O2;MW=538.97
金属マグネシウム削りくず(1.618g、66.6mmole、MW=24.31)を、冷凍管を備えたオーブン乾燥二頚反応容器に容れ、アルゴン気流下に置く。乾燥ジエチルエーテル10mlに溶解したヨードヘキサデカン(19.55g、55.48mmole、MW=352.34)をこのマグネシウム削りくずに滴下する;この間、30分間加熱還流する。反応混合物をさらに60分間加熱すると、灰色に変わり、グリニヤール試薬が形成したことを示す。
TLC:Rf=0.35:溶媒:30%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C36H72O;MW=520.96
キシレン100mlに溶解したアルコールL1(1.5g;2.78mmole;MW=538.97)を、50mgのパラ−トルエンスルホン酸(0.29mmole;MW=172)の存在下に、50分間、130℃に加熱する。10%酢酸エチル/ヘプタン混合物でのシリカゲルクロマトグラフィーによりアルセノールを精製すると、202.4mgのアルセノールL2を与える;このものは0.389mmole(収率14%)の異性体に相当する。主な副生物は5員環状エーテル(1.177g,2.2mmole,79%)である。
TLC:Rf=0.52および0.54(異なる異性体のため2つのスポット):溶媒:20%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C36H74O;MW=522.97
酢酸エチル5mlに溶解したアルセノールL2(202.4mg、0.389mmole、MW=520.96)を、1気圧の水素圧下に、パラジウム/炭素(10%Pd/C)60mgにより3日間水素化する。TLC分析により変換をスクリーニングする。触媒を濾去し、溶媒の蒸発により純アルコールL3を定量的に得る。
TLC:Rf=0.52:溶媒:20%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C37H76O3S;MW=601.06
ジクロロメタン10ml(水素化カルシウム上で蒸留)に溶解し、0℃に冷却したアルコールL3(165.2mg;0.316mmole;MW=522)に、0.24mlの塩化メシル(355mg;3.1mmole;MW=114.55)および0.48mlのトリエチルアミン(346mg;3.42mmole;MW=101.19)を連続的に加えてメシル化する。室温で4時間後、溶媒を蒸発させ、過剰の試薬とトリエチルアミンとを抽出するために固形物をメタノールで洗い、119mgのL4(0.198mmole;収率63.6%)を得る。
TLC:Rf=0.6:溶媒:50%CH2Cl2/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C40H79N2Cl;MW=623,52
2−ブタノン10mlに溶解したメシル酸エステルL4(119mg;0.197mmol;MW=601.06)を162.5mgのメチルイミダゾール(1.98mmoles;MW=82.10)の存在下に、6日間、80℃に加熱する。TLC分析(メシル酸エステルの消失)により反応をスクリーニングする。
TLC:Rf=0.28:溶媒:10%メタノール/CH2Cl2;ヨウ素蒸気により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
CHおよびCH3はマイナスピーク(−)を与える;
CH2はプラスピーク(+)を与える;
四級炭素はDept135によって検出されない;
136.5((−),メチルイミダゾリウムのC);123.6((−),メチルイミダゾリウムのC);122.3((−),メチルイミダゾリウムのC);49.8((+),イミダゾリウムからアルファ位のC));36.9((−),メチルイミダゾリウムのメチル−C);35.1((−),側鎖の分岐点のC);33.0(+);31.7(+);30.0(+);29.7(+);29.4(+);29.35(+);29.3(+),29.1(+);27.2(+);26.2(+);22.4(+)(炭化水素鎖の異なるC);13.2(−),炭化水素鎖C末端メチル。
C33H68O2;MW=496.89
ジエチルエーテル(ナトリウム−ベンゾフェノン上蒸留)120mlに溶解した1−ブロモテトラデカン(44.58g;160.8mmole;MW=277.28)を4.7gのマグネシウム削りくず(193.3mmole;MW=24.31)に、加熱還流しながら、30分間滴下添加する。還流を1時間維持し、次いで温度を5℃に下げ、ジエチルエーテル20mlに溶かしたバレロラクトン(4.024g;40.2mmole;MW=100.12)を滴下する。反応を完結させるために、反応混合物を室温で16時間攪拌する。
TLC:Rf=0.27:溶媒:30%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C33H66O;MW=478.88
トルエン200mlに溶解したジオールW1(5g;10.1mmole;MW=497)をパラ−トルエンスルホン酸137.6mgと共に、2.5時間加熱還流した。減圧下、溶媒蒸発の後、得られた粗製の固形物を、ヘプタン中酢酸エチル勾配(5%から10%)によるシリカゲルクロマトグラフィーにより精製する。
TLC:Rf=0.44:Rf’=0.48;溶媒:20%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C33H68O;MW=480.89
酢酸エチル12mlに溶解したアルセノール異性体W2混合物(2.207g、4.6mmole)を、パラジウム/炭素(10%Pd/C、400mg)により1気圧の水素圧下、24時間水素化する。
TLC:Rf=0.38;溶媒:20%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C33H66O;MW=478.88
塩化オキサリル284mgおよびDMSO265μlを、予め−78℃に冷却した乾燥ジクロロメタン20mlに連続的に加えることにより、スワーン試薬を調製する。5分後にアルコールW3(900mg;1.869mmole;MW=480.88)を加え、30分間−78℃に保持する;乾燥トリエチルアミン1ml(水素化カルシウム上蒸留)を加える。反応混合物を30分間で室温まで加温する。
TLC:Rf=0.32;溶媒:5%酢酸エチル/ヘプタン;0.5%KMnO4水溶液をスプレーして検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C51H104O;MW=733.37
ジエチルエーテル10ml(ナトリウム−ベンゾフェノン上蒸留)に溶解した1−ヨードオクタデカン(2.044g,5.37mmole,MW=380.40)を196mgのマグネシウム削りくず(8.064mmole,MW=24.31)に、加熱還流しながら20分間で滴下する。還流は1時間維持し、次いで温度を5℃に下げ、ジエチルエーテル20mlに溶かしたアルデヒドW4(426mg;0.89mmole;MW=478.88)を滴下する。反応を完結させるために、室温で18時間攪拌を続ける。
TLC:Rf=0.37;溶媒:10%酢酸エチル/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C52H106O3S;MW=811.46
CH2Cl2(20ml;CaH2上で蒸留)に溶解したアルコールW5(435.8mg;0.594mmole;MW=733.37)を0℃に冷却する。塩化メシル(0.46ml;680.7mg;6.43mmole;MW=114.55)を反応混合物に導入し、0.9mlのトリエチルアミン(661mg;6.53mmole;MW=101.19)を0℃で滴下する;この混合物をさらに20時間室温で攪拌する。溶媒を蒸発させた後、残渣をメタノールで洗い、濾過により分離して純メシル酸エステル(450.5mg;0.515mmole;収率93%)を得る。
TLC:Rf=0.59;溶媒:50%ジクロロメタン/ヘプタン;バニリン/硫酸により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
C55H109ClN2;MW=833.92
2−ブタノン10mlに溶解したメシル酸エステルW6(224mg;0.27mmol;MW=811.46)を221.6mgのメチルイミダゾール(2.7mmole;MW=82.10)の存在下に、80℃に6日間加熱する。反応はTLC分析によりスクリーニングする(メシル酸エステルの消失)。
TLC:Rf=0.33;溶媒:10%メタノール/ジクロロメタン;ヨウ素蒸気により検出(メルクTLCプレート、シリカゲル60F254)。
CHおよびCH3はマイナスピーク(−)を与える;
CH2はプラスピーク(+)を与える;
四級炭素はDept135によって検出されない;
138.7((−),メチルイミダゾリウムのC);123.0((−),メチルイミダゾリウムのC);119.3((−),メチルイミダゾリウムのC);62.8((−),イミダゾリウムからアルファ位のC));37.2((−),炭化水素鎖のCH),36.7((−),メチルイミダゾリウムのメチル−C);35.9(+);35.4(+);33.5(+);33.4(+);33.3(+);31.9(+);30.1(+);29.7(+);29.65(+);29.6(+);29.5(+);29.4(+);29.1(+);26.65(+);26.6(+);25.9(+);23.2(+);22.7(+):(炭化水素鎖の異なるC);14.1((−),炭化水素鎖のC末端メチル)。
分子はメタノールに溶解した(0.1mg/ml);直接注入;ブラッカーHCTウルトラ装置上のエレクトロスプレーESI+質量分析により検出。
リポソームはコリピドとしてDOPE(ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン)を用いて形成する。6.3mgのMONIを異なる量のDOPEと共に、音波浴中、緩和な音波処理下に1mlのエタノールに溶かす。この濃厚アルコール溶液を9mlの無菌水に注入する。得られる溶液は澄明で、僅かに青みがかっている。この溶液を超音波プロセッサー(バイオブロックサイエンティフィック)により11Wの2秒パルスで5分間、音波処理する。
両親媒性物質を1mmoleとして、DOPEの濃度を変化させたリポソーム製剤は、上記のようにミリQ水中で調製した。これらリポソーム製剤の粒径は、ゼータマスター(マルバーン・インストルーメント、オルセー、フランス)を用いる光散乱により決定した;以下の仕様に従った:サンプリング時間、30秒;1サンプルにつき3回の測定;媒体粘度、1.0cP;媒体屈折率(RI)1.335;RI粒子、1.47;温度:25℃、633nmレーザー波長による。
NMRスペクトルはブラッカー400MHzスペクトロメーター上、カレックスSA(イルキルヒ、フランス)にて記録した。
元素分析および赤外線スペクトル法(ベルテックス70;KBr)は、最終産物について、ストラスブールの<チャールス・サドロン研究所UPR22>にて実施した。
質量分析は、イルキルヒの薬学部(IFR85、ULP、ルイス・パスツール大学、ストラスブール)にて、HCTウルトラ装置(ブラッカー、フランス)上、エレクトロスプレーイオン化法(ESI+)により実施した。
K562(ヒト慢性骨髄性白血病、CCL−243)細胞およびTHP−1(ヒト末梢血単球性白血病、TIB−202)細胞を、RPMI−1640(ユーロバイオ)(10%ウシ胎児血清(FBS、パーバイオ)、2mMグルタマックス(ユーロバイオ)、100単位/mlペニシリン(ユーロバイオ)、100μg/mlストレプトマイシン(ユーロバイオ)を補足)中で増殖した。ヒーラ細胞(ヒト子宮頚部上皮腺癌、CCl−2)、カスキ細胞(Caski、ヒト子宮頚部癌)、シーハ細胞(SiHa、ヒト子宮頚部扁平上皮癌、HTB−35)、MCF−7細胞(ヒト乳房上皮腺癌、HTB−22)は、MEM(ユーロバイオ)(2mMグルタマックス、アールのBSS、1.5g/Lの重炭酸ナトリウム、0.1mM非必須アミノ酸、1.0mMピルビン酸ナトリウム、100単位/mlペニシリン、100μg/mlストレプトマイシン、およびFBS10%を補足)中で増殖した。NIH−3T3細胞(マウス胎児線維芽細胞、CRL−1658)はDMEM(ユーロバイオ)(4mM−L−グルタミン、1.5g/Lの重炭酸ナトリウム、4.5g/Lのグルコース、および抗生物質(ペニ/ストレプト)とFBS10%を補足)中で増殖した。
24穴組織培養プレートでの形質導入
形質導入の1日前、2.5×104個の細胞を、24穴組織培養プレート上、10%FBSを含む1mlの新鮮な完全培地中に播種した。形質導入の前に、siRNA/形質導入試薬の複合体を調製した。所望量のsiRNAを100μlの無血清培地に希釈した。この溶液を10秒間ボルテックスで混合した。次いで、両親媒性分子に基づく製剤0.5μlないし3μlをsiRNA溶液に加えた。最終混合物をボルテックスで10秒間混合し、室温で10分間放置した。次いで、複合体溶液100μlをウエルごとに加え、プレートを37℃でインキュベートした。
形質導入の1日前、1×104個の細胞を、96穴組織培養プレート上、10%FBSを含む新鮮な完全培地0.15ml中に播種した。形質導入の前に、siRNA/形質導入試薬の複合体を調製した。所望量のsiRNAを20μlの無血清培地に希釈した。この溶液を10秒間ボルテックスで混合した。次いで、両親媒性分子に基づく製剤0.5μlないし3μlをsiRNA溶液に加えた。最終混合物をボルテックスで10秒間混合し、室温で10分間放置した。次いで、複合体溶液20μlをウエルごとに加え、プレートを37℃でインキュベートした。
siRNA/形質導入試薬の複合体を先ず調製した。所望量のsiRNAを50μlの無血清培地に希釈し、96穴組織培養プレートのウエルごとに加えた。次いで、両親媒性分子に基づく製剤0.5μlないし3μlをsiRNA溶液に加えた。プレートを回転式シェーカー上に室温で5分間放置した。次いで、1×104個の細胞を、96穴組織培養プレートのウエルごとに、10%FBSを含む新鮮な完全培地125μl中に加え、このプレートをさらに37℃でインキュベートした。
ハイパーフェクト試薬のために、所望量のsiRNAを無血清培地300μlに希釈した(3回繰り返し実験)。次いで、形質導入試薬9μlをsiRNA混合物に加えた。この溶液を10秒間ボルテックスで混合し、室温で10分間放置した。形質導入の前に、完全培地を除去し、ウエルあたり10%FBS含有完全培地0.5mlと置き換えた。形質導入溶液100μlをウエルごとに加えた。
ルシフェラーゼ遺伝子発現は、市販のキット(プロメガ、フランス)を用いて測定した。完全培地を除去した後、1mlのPBS溶液で3回洗浄した。次いで、1×溶解バッファー100μlをウエルごとに加え、プレートを室温で30分間インキュベートした。溶解液を集め、14,000gで5分間遠心分離した。ルシフェリン溶液100μlの注入後、ルシフェラーゼアッセイ法により溶解液5μlを評価した。発光(RLU)をルミノメーター(LB960、バーソールド、フランス)により10秒間集積してモニターした。結果はBCAアッセイ法(ピアース、フランス)を用いて、細胞タンパク質1mgあたり、10秒間集積した光単位(RLU)として表す。
メッセンジャーRNAレベルは、クアンチジーン(QuantiGene;登録商標)ブランチドDNAアッセイ(ジェノスペクトラ)(全細胞溶解液を用い、標的増幅なしに実施する)により決定した。
形質導入の後、細胞を1mlのPBS(ケンブレックス)で1回洗い、各ウエルを100μlのトリプシン/EDTA(ユーロメデックス)でトリプシン処理した。10%血清含有完全培地0.5mLを加え、トリプシンを停止させた。3回繰り返しごとのウエルを集め、遠心分離し、ペレットをPBSで1回洗った。遠心分離後、ペレットを100μlのRIPAバッファー(50mMトリス−HCl、pH7.4、150mM−NaCl、1mM−EDTA、1%トリトンX−100、1%デオキシコール酸ナトリウム、0.1%SDS)に20分間、4℃で溶解させた。溶解液をボルテックスで均一とし、14,000rpmで5分間遠心分離した。タンパク含量をBCAキット(ピアース)により評価した。タンパク質5μgを10%アクリルアミド/ビス・アクリルアミドゲル上での電気泳動に付し、二フッ化ポリビニリデン膜(ミリポア)に移した。ビメンチン発現は1/3000倍に希釈したモルモット抗−ビメンチンポリクローナル抗体(RDI)で検出した。マウス抗−GAPDHモノクローナル抗体(アンビオン)で検出したGAPDHを用いてタンパク質レベルを標準化した。免疫反応性タンパク質は、西洋わさびペルオキシダーゼ接合抗−モルモットまたは抗−マウス抗体およびアンプリファイド・オプチ−4CN基質キット(バイオラッド)を製造業者の指示に従って用い、可視化した。
形質導入の48ないし72時間後に培地を回収した。細胞を1%ウシ血清アルブミン含有PBS溶液で洗った。細胞はメタノール性溶液(メタノール/アセトン;1/1、−20℃に冷却)により4℃で15分間、透過性を上げ、固定した。細胞を再度1mlのPBS−BSA(1%)で2回洗い、次いでこの細胞を1%のヤギ血清を含むPBS1mlと共に4℃で15分間インキュベートし、非特異結合部位をブロックした。細胞を再度1mlのPBS−BSA(1%)で洗った。
内在性レポーター遺伝子の標的モデルとして、GL3ルシフェラーゼを安定的に発現するA549細胞を使用した(SV40要素の制御下にあるホタル・ルシフェラーゼ)。明確な、また簡便なSiRNAである化学的に製造した配列番号1および2の配列特異的GL3Luc SiRNA(GL3Luc mRNAにマッチし、2−デオキシリボヌクレオチド(dT)の3’−オーバーハングを含んでなる19個のヌクレオチドの短鎖dsRNAから構成される)を、形質導入実験に使用した。1mMのカチオン性両親媒性MONIと1mMの中性リン脂質DOPEとをエタノール中で組合わせた製剤を調製した。無血清培地(100μl)で希釈したsiRNAを、次いで、MONI/DOPE製剤(エタノール中1mM/1mM)2μlと複合体とした。得られる形質導入複合体の溶液を血清含有培地中で増殖する細胞に加え、最後に細胞を100ないし2000pMの濃度範囲のsiRNAに接触させた(図1)。サイレンシング効率は、細胞溶解液のタンパク含量により標準化した標準的発光アッセイ法により、ルシフェラーゼ活性を測定することにより形質導入の48時間後で決定した。ルシフェラーゼ活性(タンパク質のRLU/mgとして表す)は、形質導入を2000pMのsiRNAで実施した場合、90%まで阻害された。ルシフェラーゼ活性に対する作用のない場合、細胞が無関係の配列GL2Luc siRNAにより同じ条件で形質導入されると、配列特異的RNA干渉を示すことが確認された。細胞に対し、単独で同じ濃度範囲(100ないし2000pM)で加えられたGL3Luc SiRNAは、ルシフェラーゼ活性を阻害しないことを示した(開示せず)。
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Claims (36)
- 遺伝子サイレンシングに活性なオリゴヌクレオチドと、式(I):
XはN−R1、SまたはOであり、R1はC1−C4アルキル基またはヒドロキシル化C3−C6アルキル基である;
R2およびR3は、同一または異なって、HもしくはC1−C4アルキル基を表すか、またはR2とR3が一緒に結合して、飽和もしくは不飽和の環または5個もしくは6個の元素を有するヘテロ環を形成する;
EはC1−C5アルキルスペーサーである;
R4およびR5は、同一または異なって、飽和もしくは不飽和の、直鎖もしくは分枝のC10−C36の炭化水素またはフルオロ炭素鎖を表す;
A−は生物適合性アニオンである]
で示される両親媒性カチオン性分子とを含有してなる形質導入組成物。 - R2およびR3が一緒に結合して形成される当該へテロ環が飽和または不飽和であり、5個または6個の元素を有し、Cおよびヘテロ原子としてN、SまたはOを含有してなる請求項1記載の組成物。
- R4およびR5がC14−C36の炭化水素鎖であり、EがC1−C4アルキルスペーサーである請求項1または2記載の組成物。
- R4およびR5が同一であるかまたは異なる請求項3記載の組成物。
- R4およびR5がC18アルキル基であり、EがC1アルキルである請求項3記載の組成物。
- R4およびR5がC16アルキル基であり、EがC4アルキルである請求項3記載の組成物。
- R4およびR5が異なっている請求項3記載の組成物。
- R4およびR5が、同一または異なって、C18およびC17アルキル鎖であり、EがC2アルキルである請求項4記載の組成物。
- R4およびR5がそれぞれC32およびC18アルキル基であり、EがC1アルキルである請求項7記載の組成物。
- R2およびR3がHであるか、または一緒に結合して芳香環を形成する請求項3ないし9のいずれか1項に記載の組成物。
- XがN−R1であり、R1がCH3である請求項1ないし10のいずれか1項に記載の組成物。
- XがSまたはOである請求項1ないし10のいずれか1項に記載の組成物。
- A−がCl−またはOH−である請求項1ないし12のいずれか1項に記載の組成物。
- 中性コリピドにより製剤化した請求項1ないし13のいずれか1項に記載の組成物。
- 該コリピドが、ホスファチジルエタノールアミン誘導体である請求項14記載の組成物。
- 当該オリゴヌクレオチドがRNA干渉に対して活性である請求項1ないし15のいずれか1項に記載の組成物。
- 当該オリゴヌクレオチドがsiRNAである請求項16記載の組成物。
- 当該オリゴヌクレオチドは、分解に対するそれらの安定化のための基を含んでなり、当該基が、修飾された類似体(analogs)により置換されたプリンヌクレオチドおよびピリミジンヌクレオチド、および/または、修飾されたヌクレオチド類似体からなる群より選択されるものである請求項1ないし17のいずれか1項に記載の組成物。
- 当該siRNAが、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む請求項17に記載の組成物。
- 請求項1ないし19のいずれか1項に記載の組成物を細胞内に導入することを特徴とする生細胞のインビトロまたはエキソビボ形質導入方法。
- 遺伝子サイレンシングを仲介するために、ナノモルからこれよりさらに低いピコモルにわたる量のsiRNAまたはオリゴヌクレオチドの濃度を使用することを特徴とする請求項20記載の方法。
- 細胞培養のため、接着性または非接着性細胞の両方のため、機能的ゲノム、標的バリデーションおよび治療適用のための請求項20または21に記載の方法。
- 形質導入(transfection)は、血清の存在下に起こる請求項20ないし22のいずれか1項に記載の方法。
- 逆形質導入手法を実施する場合のHTS適用を仲介するための請求項20または21に記載の方法。
- 請求項1ないし19のいずれか1項に記載の組成物と、医薬的に許容される不活性担体とを含む医薬組成物。
- 経口、全身、または局所ルートによる投与のための請求項25記載の医薬組成物。
- 遺伝子による遺伝病または複雑な遺伝子疾患の原因となる、またはそれに関与する1種以上の標的タンパク質の発現に対し調節作用を誘発する請求項25または26に記載の医薬組成物。
- 癌、ウイルス感染、または寄生虫感染を処置するための請求項27記載の医薬組成物。
- 中性の形状にある式(I)の両親媒性物質を塩誘導体に精製変換する方法であって、反応媒体からメタノール/水/酸中に選択的に沈殿させることによる方法。
- 請求項1ないし19のいずれか1項に記載の式(I)で示される両親媒性カチオン性分子の合成方法であって、
− 分枝長鎖を構築すること(その炭化水素部分は、エステルまたはアルデヒドへのグリニヤールカップリング反応により得られる;合成された疎水性部分は、式(IV):
HO−E−R4(R5) (IV)
で示されるような一級または二級アルコールを含む);
− 式:MsO−E−R4(R5)(V)のメタンスルホニル誘導体および/またはハロゲン誘導体に変換することによりアルコール官能基を活性化すること;
− 当該活性化メタンスルホニル誘導体および/またはハロゲン誘導体を、式(VI):
で示されるヘテロ環と、特定の条件下で反応させて、(I)を得ること;
を特徴とする方法。 - 前記ホスファチジルエタノールアミン誘導体は、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン(DOPE)である、請求項15に記載の組成物。
- 前記修飾された類似体により置換されたピリミジンヌクレオチドは、デオキシヌクレオチドであり、前記修飾されたヌクレオチド類似体は、糖−もしくは骨格修飾されたリボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドである、前記請求項18に記載の組成物。
- 前記siRNAは、メチルホスホネート、モルホリノホスホロジアミデート、ホスホロチオエート、PNA、LNA、および2’アルキルヌクレオチド類似体を含む、請求項19に記載の組成物。
- 中性コリピドは、コレステロールである、請求項14に記載の組成物。
- 中性コリピドは、リピド−ポリエチレングリコール包合体である、請求項14に記載の組成物。
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