JP5197931B2 - 悪性腫瘍の性質の判定方法 - Google Patents
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Description
ステージ分類とは悪性腫瘍の悪性度を示す分類であり、悪性度の低い順にステージI、IIA、IIB、IIIA、IIIB及びIVに分類される。このステージ分類は、TNM分類に基づいている。TNM分類とは、国際対がん連合(UICC)による悪性腫瘍の病期分類である。「T」は原発腫瘍の規模を示し、T0(原発巣が確認できない)〜T4(腫瘤が体外へ露出)に分けられる。「N」は近傍リンパ節への浸潤度合いを示し、N0(リンパ節転移なし)〜N3(体の正中に近いところにあるリンパ節(胸骨傍リンパ節)に転移が疑われる)に分けられる。「M」は遠隔転移の有無を示し、M0(遠隔転移なし)及びM1(遠隔転移あり)に分けられる。
ステージIIBの悪性腫瘍とは、TNM分類において「T2,N1,M0」又は「T3,N0,M0」である悪性腫瘍を指す。
CDKとは、サイクリンというタンパク質が結合することによって活性化される酵素の総称で、その種類に応じて細胞周期の特定時期で機能している。CDKの種類としては、CDK1、CDK2、CDK3、CDK4、CDK5、CDK6、CDK7などが挙げられる。本実施形態では少なくとも二種類のCDK(第一CDK及び第二CDK)が用いられ、CDK1及びCDK2の組み合わせを用いることが好ましい。即ち、第一CDKがCDK1であり、第二CDKがCDK2であるか、第一CDKがCDK2であり、第二CDKがCDK1であることが好ましい。
増殖因子受容体は、増殖因子をリガンドとする受容体であり、細胞の増殖や分化の制御において重要な役割を果たしている。本実施形態では、増殖因子受容体としてHER(Human Epidermal growth factor Receptor)ファミリーに属するタンパク質を用いることが好ましい。HERファミリーに属するタンパク質は、現在のところHER1、HER2,HER3及びHER4が知られており、これらのうちHER2を用いることが特に好ましい。
増殖因子受容体は主に細胞の増殖シグナル経路の活性化に関わるため、増殖因子受容体を用いて比較工程を実行することにより、腫瘍細胞の再発の可能性を予測することができる。しかしながら、増殖シグナル経路は、増殖シグナルを伝達する途中で複雑な調節を受けるため、再発の可能性を精度良く予測することができない。
本実施形態の判定方法を用いると、これらの比較工程の結果を組み合わせることにより精度良く再発リスクを予測することができる。
まず、入力デバイス130により検体のCDK2比活性とCDK1比活性との比(CDK2比活性/CDK1比活性:第三パラメータ)及びHER2発現量(第四パラメータ)が入力されると、CPU110aが入出力インターフェイス110fを介してこれらのパラメータデータを取得し、RAM110cに記憶させる(ステップS11)。
(1)測定用試料の調製
ステージIIBの乳がん患者12名(患者i〜xii)から摘出した腫瘍細胞塊12検体(13〜92mg)から下記のようにして測定用試料i〜xiiを調製した。
先ず、緩衝液中の腫瘍細胞塊が約150mg/mlとなるように緩衝液A(0.1w/v%のノニデットP−40(カルビオケム社)、50mMのトリス塩酸(pH7.4)、5mMのEDTA、50mMのフッ化ナトリウム、1mMのオルトバナジン酸ナトリウム及び100μl/mlのプロテアーゼ阻害剤カクテル(シグマ社)を含む)と腫瘍細胞塊とをチューブに収容した。
電動ホモジナイザを用いて、緩衝液A中で腫瘍細胞塊をホモジナイズし、腫瘍細胞を破砕して細胞可溶化液を調製した。次に、細胞可溶化液を4℃で15000rpm、5分間遠心分離し、沈殿物をHER2測定用試料とし、上清をCDK測定用試料として用いた。
HER2測定用試料に緩衝液B(1%のTritonX−100、0.1%のデオキシコール酸ナトリウム、0.1%のSDS、50mMのトリス塩酸(pH8.0)、150mMのNaCl、0.5mMのEDTA及び0.2%のプロテアーゼ阻害剤カクテル(シグマ)を含む)を添加して15000rpm、5分間遠心分離を行なった。遠心分離後、上清を採取し、ここに上清の1/3量のSDSローディングバッファ(200mMのトリス塩酸(pH6.8)、40%のグリセロール、8%のSDS及び10%の2−メルカプトエタノールを含む)を加え、100℃で5分間加熱した。
加熱後のHER2測定用試料10μlを用いてSDS−PAGEを行い、ゲルを室温で15分間トランスファーバッファー(192mMのグリシン、25mMのトリス及び20%のメタノールを含む)に浸漬して平衡化した。
ゲル中のタンパク質を、Mini Trans-Blot cell transfer system(バイオラッド社)を用いて100V、4℃、一時間でImmobilon FL membrane(ミリポア社)に転写した。
メンブレンを、ブロッキング試薬A(4%のBSA、25mMのトリス塩酸(pH7.4)、150mMのNaCl及び0.02%のTween20を含む)で37℃、1時間ブロッキングを行い、さらに洗浄液A(25mMのトリス塩酸(pH7.4)、150mMのNaCl及び0.02%のTween20を含む)で洗浄した。
洗浄後、メンブレンに、ウサギ抗HER2抗体(一次抗体:アップステイト社)溶液5mlをブロットし、メンブレンのHER2と一次抗体とを反応させた。
メンブレンを20mlの洗浄液Aで洗浄した後、メンブレンに、ビオチン標識化ヤギ抗ウサギIgG−B(二次抗体:サンタクルズ社)溶液5mlをブロットし、メンブレンの一次抗体と二次抗体とを反応させた。
メンブレンを20mlの洗浄液Aで洗浄した後、メンブレンに、蛍光色素であるAlexa fluor 488 conjugated streptabidin(モレキュラープローブ社)の溶液5mlをブロットして、メンブレンの二次抗体と蛍光色素とを反応させた。
メンブレンを20mlの洗浄液Aで洗浄した後、メンブレンに吸着されたHER2の量を蛍光イメージアナライザMolecular Imager FX(バイオラッド社)によって分析、測定した。
PVDFメンブレン(ミリポア社製)をセットしたブロッターの各ウェルに、CDK測定用試料を50μlずつ収容し、ウェルの底面、すなわちメンブレンの裏面から負圧約250mmHgで約30秒間吸引してメンブレンにCDK測定用試料中のタンパク質を吸着させた。
ウェルに洗浄液B(25mMのトリス塩酸(pH7.4)及び150mMのNaClを含む)を100μl収容し、負圧500mmHgで15秒間吸引してメンブレンを洗浄した。
洗浄後、ブロッキング試薬B(4%のBSA、25mMのトリス塩酸(pH7.4)及び150mMのNaClを含む)を各ウェルに40μl収容し、15分間静置した後、負圧500mmHgで15秒間吸引してメンブレンをブロッキングした。
ブロッキング後、ウェルにCDK1に特異的に結合するウサギ抗CDK1抗体(一次抗体:サンタクルズ社)溶液40μlを収容し、室温で約30分間静置してメンブレンのCDK1と一次抗体とを反応させた後、ウェル底面から負圧500mmHgで約15間吸引した。
ウェルに洗浄液Bを100μl収容し、負圧500mmHgで15秒間吸引してメンブレンを洗浄した。
ウェルにビオチン化した抗ウサギCDK1抗体(二次抗体:サンタクルズ社)溶液40μlを収容し、室温で約30分間静置してメンブレンの一次抗体と二次抗体とを反応させた後、ウェル底面から負圧500mmHgで約15秒間吸引した。
ウェルに洗浄液Bを100μl収容し、負圧500mmHgで15秒間吸引してメンブレンを洗浄した。
ウェルにFITCで標識したストレプトアビジンを含む標識溶液50μlを収容し、室温で約30分間静置して、メンブレンの二次抗体をFITCで標識した後、ウェル底面から負圧500mmHgで約15秒間吸引した。
ウェルに洗浄液Bを50μl収容し、負圧500mmHgで15秒間吸引した。これを5回繰り返し、メンブレンを洗浄した。
メンブレンをブロッターからとりはずし、20%メタノール約5分間濯ぎ、約20分間室温で乾燥させた後、メンブレンに吸着されたタンパク質の蛍光強度を、蛍光イメージアナライザMolecular Imager FX(バイオラッド社)によって分析、測定した。測定値は検量線をもとに算出した。
1.5mlエッペンドルフチューブに緩衝液Aを500μl収容し、さらにCDK測定用試料を添加した。CDK測定用試料は、チューブに収容した混合液中の全タンパク質量が100μgとなるように調節して添加された。
ここに抗CDK1抗体(サンタクルズ社)2μg及び20μlのプロテインAをコートしたセファロースビーズ(バイオラッド社)を加えて4℃、1時間静置してCDK1と抗CDK1抗体とを反応させた。
反応後、ビーズをビーズ洗浄用緩衝液(0.1w/v%のノニデットP−40及び50mMのトリス塩酸(pH7.0)を含む)で三回洗浄し、15μlの溶解緩衝液A中に再懸濁させて、抗CDK1抗体を介してCDK1が結合したセファロースビーズを含む試料を得た。
この試料に、CDK1の基質溶液(10μgヒストンH1(アップステイトバイオテクノロジー社)10μg、5mMのATP−γS(シグマ社)、20mMのトリス塩酸(pH7.4)及び0.1%のTritonX−100を含む)を添加した。基質溶液は、チューブに収容した混合液の総量が50μlとなるように調節して添加された。これを37℃で10分間震蕩してキナーゼ反応を行ない、ヒストンH1にモノチオリン酸基を導入した。
キナーゼ反応後、2000rpmで20秒間遠心分離してビーズを沈殿させ、上清18μlを採取した。
この上清に、結合緩衝液(150mMのトリス塩酸(pH9.2)及び5mMのEDTAを含む)15μlと、10mMのヨードアセチルビオチン溶液(100mMのトリス塩酸(pH7.5)及び1mMのEDTAを含む)とを添加して90分間、室温、暗所で静置することにより、モノチオリン酸基を導入された基質(モノチオリン酸化基質)の硫黄原子にヨードアセチルビオチンを結合させた。
ヨードアセチルビオチンとモノチオリン酸基との反応の停止は、2−メルカプトエタノールの添加により行なった。
ヨードアセチルビオチンが結合したモノチオリン酸化基質0.4μgを含む試料を、スロットブロッターを用いてPVDFメンブレン上にブロットした。
このPVDFメンブレンを1w/v%のBSAを含む溶液でブロッキングし、ストレプトアビジン−FITC(ベクター社)を添加して37℃で一時間反応させた。
反応後、PVDFメンブレンを50mMの洗浄液Bで三回洗浄した。
洗浄後、蛍光イメージアナライザMolecular Imager FX(バイオラッド社)を用いてPVDFメンブレンの蛍光分析を行なった。活性値は、検量線に基づいて算出された。
上記で測定したCDK活性値及びCDK発現量から、下記式により、CDK比活性(mU/ng)を算出した。
CDK比活性=CDK活性値/CDK発現量
CDK1及びCDK2の比活性の測定結果は、下記表1及び図6のグラフに示される。
CDK1比活性とCDK2比活性との比(CDK2比活性/CDK1比活性;以下、比活性の比とする)に対応する閾値を設定し、この閾値と比活性の比とを比較した結果と、HER2発現量を対応する閾値を設定し、この閾値とHER2発現量とを比較した結果とを組み合わせて悪性腫瘍の性質の判定を行なった。
比活性の比と閾値との比較結果が「Low」であり、HER2発現量と閾値との比較結果が「Low」であった場合は、「再発リスク低」と判定した。
比活性の比と閾値との比較結果が「High」であり、HER2発現量と閾値との比較結果が「Low」であった場合は、「再発リスク中」と判定した。
比活性の比と閾値との比較結果が「Low」であり、HER2発現量と閾値との比較結果が「High」であった場合は、「再発リスク中」と判定した。
比活性の比と閾値との比較結果が「High」であり、HER2発現量と閾値との比較結果が「High」であった場合は、「再発リスク高」と判定した。
Claims (7)
- 悪性腫瘍患者から採取した腫瘍細胞のサイクリン依存性キナーゼ1の比活性(CDK1比活性)と、サイクリン依存性キナーゼ2の比活性(CDK2比活性)との比(比活性の比)から得られるパラメータを、第一の閾値と比較する第一比較工程と、
前記腫瘍細胞のHER2の発現量を、第二の閾値と比較する第二比較工程と、
第一比較結果及び第二比較結果に基づいて前記悪性腫瘍の再発リスクを判定する工程と、
を含み、
前記判定工程において、
前記パラメータが前記第一の閾値未満であり、且つ前記HER2発現量が前記第二の閾値未満である場合に、前記再発リスクが低いと判定し、
前記パラメータが前記第一の閾値未満であり、且つ前記HER2発現量が前記第二の閾値以上である場合、または前記パラメータが前記第一の閾値以上であり、且つ前記HER2発現量が前記第二の閾値未満である場合に、前記再発リスクが中程度であると判定し、
前記パラメータが前記第一の閾値以上であり、且つ前記HER2発現量が前記第二の閾値以上である場合に、前記再発リスクが高いと判定する、
悪性腫瘍の再発リスクの判定方法。 - 前記悪性腫瘍が、ステージ分類においてステージIIBの悪性腫瘍である請求項1記載の判定方法。
- 前記悪性腫瘍が乳癌である請求項1または2記載の判定方法。
- 悪性腫瘍患者から採取した腫瘍細胞のサイクリン依存性キナーゼ1の比活性(CDK1比活性)と、サイクリン依存性キナーゼ2の比活性(CDK2比活性)との比(比活性の比)から得られるパラメータを、第一の閾値と比較する第一比較工程と、
第一比較結果に基づいて、前記悪性腫瘍の再発リスクを判定する第一判定工程と、
前記第一判定工程で判定が確定されなかった悪性腫瘍について、前記腫瘍細胞のHER2の発現量を、第二の閾値と比較する第二比較工程と、第二比較結果に基づいて前記悪性腫瘍の再発リスクを判定する第二判定工程と、
を含み、
前記第一判定工程において、前記パラメータが前記第一の閾値以上である場合に、前記悪性腫瘍の再発リスクが高いと判定し、
前記第一判定工程で前記パラメータが前記第一の閾値未満である場合に、前記第二比較工程および前記第二判定工程を実行し、
前記第二判定工程において、前記HER2発現量が前記第二の閾値以上である場合に、前記悪性腫瘍の再発リスクが中程度であると判定し、前記HER2発現量が前記第二の閾値未満である場合に、前記悪性腫瘍の再発リスクが低いと判定する、
悪性腫瘍の再発リスクの判定方法。 - 悪性腫瘍患者から採取した腫瘍細胞のHER2の発現量を、第一の閾値と比較する第一比較工程と、
第一比較結果に基づいて、前記悪性腫瘍の再発リスクを判定する第一判定工程と、
前記第一判定工程で判定が確定されなかった悪性腫瘍について、前記腫瘍細胞のサイクリン依存性キナーゼ1の比活性(CDK1比活性)と、サイクリン依存性キナーゼ2の比活性(CDK2比活性)の比(比活性の比)から得られるパラメータを、第二の閾値と比較する第二比較工程と、
第二比較結果に基づいて前記悪性腫瘍の再発リスクを判定する第二判定工程と、
を含み、
前記第一判定工程において、前記HER2発現量が前記第一の閾値以上である場合に、前記悪性腫瘍の再発リスクが高いと判定し、
前記第一判定工程で前記HER2発現量が前記第一の閾値未満である場合に、前記第二比較工程および前記第二判定工程を実行し、
前記第二判定工程において、前記パラメータが前記第二の閾値以上である場合に、前記悪性腫瘍の再発リスクが中程度であると判定し、前記パラメータが前記第二の閾値未満である場合に、前記悪性腫瘍の再発リスクが低いと判定する、
悪性腫瘍の再発リスクの判定方法。 - 入力デバイスおよびCPUを有するコンピュータを、請求項1〜5の何れか1項に記載の判定方法を実行する装置として機能させるためのコンピュータプログラムであって、
前記入力デバイスにより入力された、前記CDK1の活性値、前記CDK1の発現量、前記CDK2の活性値、前記CDK2の発現量およびHER2発現量のデータに基づき、前記CPUに前記悪性腫瘍の再発リスクの判定を実行させる、
コンピュータプログラム。 - 請求項6記載のコンピュータプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
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