JP5176034B1 - ウシ個体における枝肉重量及び体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカー及びそれを用いた枝肉重量及び体高に関する遺伝的能力の評価方法 - Google Patents

Abstract

【課題】ウシ個体における枝肉重量、または、体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカー、及び、そのマーカーを用いた評価方法を提供すること。
【解決手段】配列番号１の塩基配列から成るウシＰＴＰＤＣ１遺伝子のｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基、配列番号２の塩基配列から成るＦＧＤ３遺伝子のｃＤＮＡの４７番目、５５６番目、または、５５７番目の塩基に対応する塩基、あるいは、配列番号３の塩基配列から成るウシＳＵＳＤ３遺伝子のｃＤＮＡの５３番目の塩基に対応する塩基を決定し、順に、Ｇ、Ｃ、Ｔ、Ｇ、Ａである時に、そのウシ個体の枝肉重量、または、体高を増加させる遺伝的能力が、各塩基が野生型であるウシ個体より高いと評価し、枝肉の重量が重く、体高が高いと予測する。
【選択図】なし

Description

本発明は、ウシ個体における枝肉重量及び体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカー及びそれを用いた枝肉重量及び体高に関する遺伝的能力の評価方法に関する。

ウシの肉質や枝肉重量は、価格に直結する経済形質であり、これらに関する遺伝的能力をどのように評価し、ウシの改良に役立てるかについては、育種価による方法などが考案され、用いられてきた。

肉質、枝肉重量、及び体高は、複数の遺伝子が関与する量的形質と考えられる。もし、それらに比較的大きな影響を与える遺伝子またはゲノム領域（ＱＴＬ）が特定でき、優良な遺伝子型の判別ができれば、それをウシの改良に利用することができる。

これまでに、黒毛和種種雄牛の父方半きょうだい家系を用いたＱＴＬ解析により、ウシ８番染色体上に体重または枝肉重量に影響を与えるゲノム領域が存在することを報告した（非特許文献１参照）。また、黒毛和種一般集団を用いたゲノムワイド関連解析においても、上記に相当する領域に枝肉重量との関連を検出した（非特許文献２参照）。

高野ら (２００９) 日本動物遺伝育種学会第１０回大会要旨集、３１頁、Ｉ−０５ 西村ら (２０１０) 第３３回日本分子生物学会年会要旨、３Ｐ−０８１０（ポスター）

しかしながら、実際に、どのような遺伝情報が優良型遺伝的形質を担っているのかわからないため、ウシ個体における枝肉重量を評価する際、遺伝子型などの遺伝情報を用いることができなかった。また、ゲノムワイド関連解析に使用したイルミナ社BovineSNP50 BeadChipには、単独でこのＱＴＬを代表できるＳＮＰが存在しなかったため、ＤＮＡマーカーとして利用することはできなかった。

そこで、本発明は、遺伝子マーカーを用いてウシ個体における枝肉重量及び体高に関する遺伝的能力を評価する方法を提供することを目的とする。

本明細書において、哺乳動物は、ヒトでもヒト以外でもよく、マウス、ラット、ウサギ、サル等の実験動物、イヌ、ネコ等のペット、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ等の家畜であってもよい。

本明細書において、塩基の位置に関する記載は特記しない限り、ＤＮＡ２重鎖のうち、センス鎖の塩基によって示す。また、塩基の位置は、例えば、ウシＰＴＰＤＣ１(protein tyrosine phosphatase domain containing 1)ｃＤＮＡ(ＮＭ＿００１２０６５９６、配列番号１)の９６４番目というように、基準となる塩基配列中で、当該塩基配列の５’側から３’側方向に数えることで特定されているが、実際に本発明を実施する際の塩基配列中では、その塩基は、本明細書に記載のように、基準となる塩基配列中で特定した塩基に対応する位置にあればよく、その塩基が含まれるＤＮＡ上に塩基の欠失や挿入がある場合には、必ずしも塩基の位置を表わす数字まで一致する必要はない。また、タンパク質におけるアミノ酸の位置は、例えば、ウシＰＴＰＤＣ１タンパク質（ＮＰ＿００１１９３５２５、配列番号２）の３１５番目のアミノ酸というように、基準となるアミノ酸配列中で、当該アミノ酸配列のＮ末端側からＣ末端側方向に数えることで特定されているが、実際に本発明を実施する際のアミノ酸配列中では、そのアミノ酸は、本明細書に記載のように、基準となるアミノ酸配列中で特定したアミノ酸に対応する位置にあればよい。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号１の塩基配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を決定し、ＰＴＰＤＣ１遺伝子の少なくとも一方のアレルにおいて前記塩基がＧである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、ＰＴＰＤＣ１遺伝子の両方のアレルにおいて前記塩基がＴであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号２のアミノ酸配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）タンパク質の３１５番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を決定し、前記アミノ酸がバリンである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、前記アミノ酸がフェニルアラニンであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る単離された変異型ＰＴＰＤＣ１遺伝子またはその一部は、配列番号１の塩基配列から成るＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を有し、当該塩基がＧであることを特徴とする。

本発明に係る単離された変異型ＰＴＰＤＣ１タンパク質またはその一部は、配列番号２のアミノ酸配列から成るＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）タンパク質の３１５番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を有し、当該アミノ酸がバリンであることを特徴とする。

本発明に係る遺伝子マーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカーであって、配列番号１の塩基配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を含む、ＰＴＰＤＣ１遺伝子の一部または全部を有するＤＮＡから成ることを特徴とする。

本発明に係るマーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価するマーカーであって、配列番号２のアミノ酸配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）タンパク質の３１５番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を含む、前記タンパク質の一部または全部を有するポリペプチドから成ることを特徴とする。

本発明に係る選択方法は、枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の高いウシ個体の選択方法であって、配列番号１の塩基配列から成るＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を、各ウシ個体で決定する工程と、ＰＴＰＤＣ１遺伝子の少なくとも一方のアリルにおいて、前記塩基がＧである個体を選択する工程とを含む。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの４７番目の塩基に対応する塩基を決定し、ＦＧＤ３遺伝子の少なくとも一方のアレルにおいて前記塩基がＣである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、ＦＧＤ３遺伝子の両方のアレルにおいて前記塩基がＴであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）タンパク質の１番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を決定し、前記アミノ酸が欠失している場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、メチオニンであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る単離された変異型ＦＧＤ３遺伝子またはその一部は、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの４７番目の塩基に対応する塩基を有し、当該塩基がＣであることを特徴とする。

本発明に係る単離された変異型ＦＧＤ３タンパク質は、請求項１０に記載の変異型ＦＧＤ３遺伝子によりコードされていることを特徴とする。

本発明に係る単離されたウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質は、配列番号４のアミノ酸配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）タンパク質の１〜１６番目のアミノ酸に対応するアミノ酸が欠失していることを特徴とする。

本発明に係る遺伝子マーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカーであって、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの４７番目の塩基に対応する塩基を含む、ＦＧＤ３遺伝子の一部または全部を有するＤＮＡから成ることを特徴とする。

本発明に係るマーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価するマーカーであって、短鎖化されたウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質であって、配列番号４のアミノ酸配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）タンパク質の１〜１６番目のアミノ酸に対応するアミノ酸が欠失していることを特徴とするウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質から成ることを特徴とする。

本発明に係る選択方法は、枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の高いウシ個体の選択方法であって、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの４７番目の塩基に対応する塩基を、各ウシ個体において決定する工程と、ＦＧＤ３遺伝子の少なくとも一方のアリルにおいて、前記塩基がＣである個体を選択する工程とを含む。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５６番目の塩基に対応する塩基を決定し、ＦＧＤ３遺伝子の少なくとも一方のアレルにおいて前記塩基がＴである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、ＦＧＤ３遺伝子の両方のアレルにおいて前記塩基がＣであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量、または、体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）タンパク質の１７１番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を決定し、前記アミノ酸がシステインである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、前記アミノ酸がヒスチジンであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る単離された変異型ＦＧＤ３遺伝子またはその一部は、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５６番目の塩基に対応する塩基を有し、当該塩基がＴであることを特徴とする。

本発明に係る単離された変異型ＦＧＤ３タンパク質またはその一部は、配列番号４のアミノ酸配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）タンパク質の１７１番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を有し、当該アミノ酸がシステインであることを特徴とする。

本発明に係る遺伝子マーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカーであって、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５６番目の塩基に対応する塩基を含む、ウシＦＧＤ３遺伝子の一部または全部を有するＤＮＡから成ることを特徴とする。

本発明に係るマーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価するマーカーであって、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）タンパク質の１７１番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を含む、前記タンパク質の一部または全部を有するポリペプチドから成ることを特徴とする。

本発明に係る選択方法は、枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の高いウシ個体の選択方法であって、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５６番目の塩基に対応する塩基を、各ウシ個体で決定する工程と、ＦＧＤ３遺伝子の少なくとも一方のアリルにおいて、前記塩基がＴである個体を選択する工程とを含む。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５７番目の塩基に対応する塩基を決定し、ＦＤＧ３遺伝子の少なくとも一方のアレルにおいて前記塩基がＧである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、ＦＧＤ３遺伝子の両方のアレルにおいて前記塩基がＡであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る単離された変異型ＦＧＤ３遺伝子またはその一部は、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５７番目の塩基に対応する塩基がＧであることを特徴とする。

本発明に係る遺伝子マーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカーであって、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５７番目の塩基に対応する塩基を含む、ＦＧＤ３遺伝子の一部または全部を有するＤＮＡから成ることを特徴とする。

本発明に係る選択方法は、枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の高いウシ個体の選択方法であって、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３（FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3）ｃＤＮＡの５５７番目の塩基に対応する塩基を決定する工程と、ＦＧＤ３遺伝子の少なくとも一方のアリルにおいて、前記塩基がＧである個体を選択する工程とを含む。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号５の塩基配列から成るウシＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）ｃＤＮＡの５３番目の塩基に対応する塩基を決定し、ＦＧＤ３遺伝子の少なくとも一方のアレルにおいて前記塩基がＡである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、ＦＧＤ３遺伝子の両方のアレルにおいて前記塩基がＣであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る評価方法は、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、配列番号６のアミノ酸配列から成るウシＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）タンパク質の１８番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を決定し、前記アミノ酸がアスパラギン酸である場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、前記アミノ酸がアラニンであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする。

本発明に係る単離されたウシ変異型ＳＵＳＤ３遺伝子またはその一部は、配列番号５の塩基配列から成るＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）ｃＤＮＡの５３番目の塩基に対応する塩基がＡであることを特徴とする。

本発明に係る単離されたウシ変異型タンパク質またはその一部は、ウシ変異型ＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）タンパク質であって、配列番号６のアミノ酸配列から成るＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）タンパク質の１８番目のアミノ酸に対応するアミノ酸がアラニンであることを特徴とする。

本発明に係る遺伝子マーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカーであって、配列番号５の塩基配列から成るウシＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）ｃＤＮＡの５３番目の塩基に対応する塩基を含む、ＳＵＳＤ３遺伝子の一部または全部を有するＤＮＡから成ることを特徴とする。

本発明に係るマーカーは、ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価するマーカーであって、配列番号６のアミノ酸配列から成るウシＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）タンパク質の１８番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を含む、前記タンパク質の一部または全部を有するポリペプチドから成ることを特徴とする。

本発明に係る選択方法は、枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の高いウシ個体の選択方法であって、配列番号５の塩基配列から成るＳＵＳＤ３（sushi domain containing 3）ｃＤＮＡの５３番目の塩基に対応する塩基を、各ウシ個体で決定する工程と、ＳＵＳＤ３遺伝子の少なくとも一方のアリルにおいて、前記塩基がＡである個体を選択する工程とを含む。

本発明によると、遺伝子マーカーを用いたウシ個体における枝肉重量及び体高に関する遺伝的能力を評価する評価方法を提供することが可能になる。

本発明の一実施例において、配列番号１の塩基配列から成るＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの９６４番目の塩基がＧ／Ｔのヘテロ接合である黒毛和種群（９２頭）とＴ／Ｔのホモ接合である黒毛和種群（１１４頭）における、９カ月齢から２４カ月齢までの体重を示したグラフである。 本発明の一実施例において、配列番号１の塩基配列から成るＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの９６４番目の塩基がＧ／Ｔのヘテロ接合である黒毛和種群（９２頭）とＴ／Ｔのホモ接合である黒毛和種群（１１４頭）における、９カ月齢から２４カ月齢までの体高を示したグラフである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｖ１、ｈＰＴＰＤＣ１ｖ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｖ１、ｈＰＴＰＤＣ１ｖ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｖ１、ｈＰＴＰＤＣ１ｖ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｖ１、ｈＰＴＰＤＣ１ｖ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｖ１、ｈＰＴＰＤＣ１ｖ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｖ１、ｈＰＴＰＤＣ１ｖ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｖ１、ｈＰＴＰＤＣ１ｖ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＰＴＰＤＣ１）、ヒト（ｈＰＴＰＤＣ１ｉｓｏｆｏｒｍ １、ｈＰＴＰＤＣ１ ｉｓｏｆｏｒｍ ２）、マウス（ｍＰＴＰＤＣ１）、及びラット（ｒＰＴＰＤＣ１）の各ＰＴＰＤＣ１タンパク質のアミノ酸配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＦＧＤ３）、ヒト（ｈＦＧＤ３ｖ１、ｈＦＧＤ３ｖ２）、マウス（ｍＦＧＤ３）、及びラット（ｒＦＧＤ３）の各ＦＧＤ３ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＦＧＤ３）、ヒト（ｈＦＧＤ３ｖ１、ｈＦＧＤ３ｖ２）、マウス（ｍＦＧＤ３）、及びラット（ｒＦＧＤ３）の各ＦＧＤ３ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＦＧＤ３）、ヒト（ｈＦＧＤ３ｖ１、ｈＦＧＤ３ｖ２）、マウス（ｍＦＧＤ３）、及びラット（ｒＦＧＤ３）の各ＦＧＤ３ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＦＧＤ３）、ヒト（ｈＦＧＤ３ｖ１、ｈＦＧＤ３ｖ２）、マウス（ｍＦＧＤ３）、及びラット（ｒＦＧＤ３）の各ＦＧＤ３ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＦＧＤ３）、ヒト（ｈＦＧＤ３ｖ１、ｈＦＧＤ３ｖ２）、マウス（ｍＦＧＤ３）、及びラット（ｒＦＧＤ３）の各ＦＧＤ３ｃＤＮＡの塩基配列の相同性を示すアライメントである。 本発明の一実施例において、ウシ（ｂＦＧＤ３）、ヒト（ｈＦＧＤ３）、マウス（ｍＦＧＤ３）、及びラット（ｒＦＧＤ３）の各ＦＧＤ３タンパク質のアミノ酸配列の相同性を示すアライメントである。

以下、上記知見に基づき完成した本発明の実施の形態を、実施例を挙げながら詳細に説明する。実施の形態及び実施例に特に説明がない場合には、J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis (Ed.), Molecular cloning, a laboratory manual (3rd edition), Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (2001); F. M. Ausubel, R. Brent, R. E. Kingston, D. D. Moore, J.G. Seidman, J. A. Smith, K. Struhl (Ed.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons Ltd.などの標準的なプロトコール集に記載の方法、あるいはそれを修飾したり、改変した方法を用いる。また、市販の試薬キットや測定装置を用いている場合には、特に説明が無い場合、それらに添付のプロトコールを用いる。

なお、本発明の目的、特徴、利点、及びそのアイデアは、本明細書の記載により、当業者には明らかであり、本明細書の記載から、当業者であれば、容易に本発明を再現できる。以下に記載された発明の実施の形態及び具体的な実施例などは、本発明の好ましい実施態様を示すものであり、例示または説明のために示されているのであって、本発明をそれらに限定するものではない。本明細書で開示されている本発明の意図並びに範囲内で、本明細書の記載に基づき、様々な改変並びに修飾ができることは、当業者にとって明らかである。

＝＝ＰＴＰＤＣ１遺伝子のＳＮＰ＝＝
ウシ野生型ＰＴＰＤＣ１遺伝子（Ｇｅｎｅ ＩＤ：５１９３１１）のｃＤＮＡであって、配列番号１（ＮＭ＿００１２０６５９６）の塩基配列から成るウシ野生型ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの９６４番目の塩基はＴ（本明細書では、この塩基を野生型と称する）であるが、実施例に示すように、その塩基がＧ（本明細書では、この塩基を変異型と称する）である場合、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高が、その塩基がＴであるウシ個体より増加すると判断できる。従って、ウシＰＴＰＤＣ１遺伝子において、配列番号１の塩基配列から成るＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基（本明細書では、その塩基をＳＮＰ１と称する）を決定すれば、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力を評価したり、枝肉の重量及び／または体高を予測したりすることができる。なお、ＳＮＰ１は、ＵＭＤ３．１（Center for Bioinformatics and Computational Biology at University of Marylandにより２００９年１２月に公開されたウシゲノムアッセンブリ）の８６８０８３６０番目の塩基に対応する。

配列番号２（ＮＰ＿００１１９３５２５）のアミノ酸配列から成るウシ野生型ＰＴＰＤＣ１タンパク質の３１５番目のアミノ酸はフェニルアラニン（本明細書では、このアミノ酸を野生型と称する）であるが、配列番号１の塩基配列から成るウシＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの９６４番目に対応する塩基がＧであるウシ変異型ＰＴＰＤＣ１遺伝子は、配列番号２のアミノ酸配列から成るウシＰＴＰＤＣ１タンパク質の３１５番目に対応するアミノ酸がバリン（本明細書では、このアミノ酸を変異型と称する）であるウシ変異型ＰＴＰＤＣ１タンパク質をコードする。従って、あるウシ個体のゲノムＤＮＡにおいて、配列番号１の塩基配列から成るＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を決定する一つの方法として、そのウシ個体が発現しているタンパク質において、配列番号２のアミノ酸配列からなるウシＰＴＰＤＣ１タンパク質の３１５番目のアミノ酸に対応するアミノ酸（本明細書では、そのアミノ酸をＡＡ１と称する）を決定してもよい。そのアミノ酸がバリンである場合、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高が、ＡＡ１がフェニルアラニンであるウシ個体より増加すると判断できる。

ここで、ＰＴＰＤＣ１遺伝子のコード領域の塩基配列は哺乳動物において高度に保存されており、ＳＮＰ１及びＡＡ１も哺乳動物において保存されている。従って、ウシ以外の哺乳動物においても、ＳＮＰ１またはＡＡ１を決定することで、その動物個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力を評価したり、枝肉重量及び／または体高を予測したりすることができる。

＝＝ＦＧＤ３遺伝子のＳＮＰ＝＝
ウシ野生型ＦＧＤ３遺伝子（Ｇｅｎｅ ＩＤ：５１２９５０）のｃＤＮＡであって、配列番号３（ＮＭ＿００１０２４５２７）の塩基配列から成るウシ野生型ＦＧＤ３ｃＤＮＡの４７番目の塩基はＴ（本明細書では、この塩基を野生型と称する）であるが、あるウシ個体において、その塩基がＣ（本明細書では、この塩基を変異型と称する）である場合、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高が、その塩基がＴであるウシ個体より増加すると判断できる。また、ウシ野生型ＦＧＤ３遺伝子（Ｇｅｎｅ ＩＤ：５１２９５０）のｃＤＮＡであって、配列番号３の塩基配列から成るウシ野生型ＦＧＤ３ｃＤＮＡの５５６番目の塩基はＣ（本明細書では、この塩基を野生型と称する）であるが、あるウシ個体において、その塩基がＴ（本明細書では、この塩基を変異型と称する）の場合、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高が、その塩基がＣであるウシ個体より増加すると判断できる。さらに、ウシ野生型ＦＧＤ３遺伝子（Ｇｅｎｅ ＩＤ：５１２９５０）のｃＤＮＡであって、配列番号３の塩基配列から成るウシ野生型ＦＧＤ３ｃＤＮＡの５５７番目の塩基はＡ（本明細書では、この塩基を野生型と称する）であるが、あるウシ個体において、その塩基がＧ（本明細書では、この塩基を変異型と称する）の場合、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高が、その塩基がＡであるウシ個体より増加すると判断できる。従って、ウシＦＧＤ３遺伝子において、配列番号３の塩基配列からなるＦＧＤ３ｃＤＮＡの４７番目の塩基に対応する塩基（本明細書では、その塩基をＳＮＰ２と称する）、５５６番目の塩基に対応する塩基（本明細書では、その塩基をＳＮＰ３と称する）、または、５５７番目の塩基に対応する塩基（本明細書では、その塩基をＳＮＰ４と称する）を決定すれば、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力を評価したり、枝肉重量及び／または体高を予測したりすることができる。なお、ＳＮＰ２は、ＵＭＤ３．１の８５８２０１３３番目の塩基に対応し、ＳＮＰ３は、ＵＭＤ３．１の８５８２６９８９番目の塩基に対応し、ＳＮＰ４は、ＵＭＤ３．１の８５８２６９９０番目の塩基に対応する。

配列番号４（ＮＰ＿００１０１９６９８）のアミノ酸配列から成るウシ野生型ＦＧＤ３タンパク質の１番目のアミノ酸はメチオニン（本明細書では、このアミノ酸を野生型と称する）であるが、配列番号３の配列番号から成るウシＦＧＤ３ｃＤＮＡの４７番目に対応する塩基がＣであるウシ変異型ＦＧＤ３遺伝子においては、メチオニンをコードする開始コドンがスレオニンをコードするコドンになり、このウシ変異型ＦＧＤ３遺伝子の次の開始コドンまでアミノ酸の翻訳が開始されないため、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシＦＧＤ３タンパク質の１番目のアミノ酸に対応するアミノ酸は翻訳されず欠失する。従って、あるウシ個体において、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３ｃＤＮＡの４７番目の塩基に対応する塩基を決定する一つの方法として、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシＦＧＤ３タンパク質の１番目のアミノ酸に対応するアミノ酸（本明細書では、そのアミノ酸をＡＡ２と称する）が欠失しているかどうかを決定してもよい。そのウシ個体で、ＡＡ２が欠失している場合、枝肉重量及び／または体高が、ＡＡ２がメチオニンであるウシ個体より増加すると判断できる。

または、ＡＡ２が欠失しているかどうかを決定する代わりに、そのウシ個体のＦＧＤ３タンパク質が、ＡＡ２が欠失した時に生じる変異型ＦＧＤ３タンパク質であるかどうかを調べてもよい。ここで、野生型のＡＡ２であるメチオニンは、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３ｃＤＮＡの４６〜４８番目の塩基から構成される開始コドン（ＡＴＧ）によりコードされている。ＳＮＰ２がＣであるウシ変異型ＦＧＤ３遺伝子では、このＡＴＧはＡＣＧとなり、この変異型ＦＧＤ３遺伝子は、そのｃＤＮＡの９４〜９６番目の塩基から構成されるコドンまで開始コドンを有さない。そのため、このウシ変異型ＦＧＤ遺伝子によりコードされるウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質は、ウシ野生型ＦＧＤ３タンパク質の１〜１６番目のアミノ酸が欠失したタンパク質となる。一方、ウシ野生型ＦＧＤ３遺伝子によりコードされるタンパク質は、Ｎ末端側から３番目のアミノ酸がプロリンであるが、前述のようにウシ野生型ＦＧＤ３タンパク質の１〜１６番目のアミノ酸が欠失したウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質のＮ末端側から３番目のアミノ酸はグルタミン酸である。よって、ウシ個体のＦＧＤ３タンパク質が、変異型ＦＧＤ３タンパク質であるかどうかを調べる一つの方法として、ＦＧＤ３タンパク質のＮ末端から３番目のアミノ酸を決定してもよい。そして、そのウシ個体で、Ｎ末端から３番目のアミノ酸がプロリンであるとき、枝肉重量及び／または体高が、そのアミノ酸がグルタミン酸であるウシ個体より増加すると判断できる。

また、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシ野生型ＦＧＤ３タンパク質の１７１番目のアミノ酸はヒスチジン（本明細書では、このアミノ酸を野生型と称する）であるが、配列番号３の塩基配列から成るウシＦＧＤ３ｃＤＮＡの５５６番目と５５７番目に対応する塩基がそれぞれＴとＧであるウシ変異型ＦＧＤ３遺伝子は、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシＦＧＤ３タンパク質の１７１番目のアミノ酸がシステイン（本明細書では、このアミノ酸を変異型と称する）であるウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質をコードする。従って、あるウシ個体において、配列番号３の塩基配列から成るＦＧＤ３ｃＤＮＡの５５６番目の塩基と５５７番目の塩基に対応する塩基を決定する一つの方法として、配列番号４のアミノ酸配列から成るウシＦＧＤ３タンパク質の１７１番目のアミノ酸に対応するアミノ酸（本明細書では、そのアミノ酸をＡＡ３と称する）を決定してもよい。そのアミノ酸がシステインである場合、枝肉重量及び／または体高が、ＡＡ３がヒスチジンであるウシ個体より増加すると判断できる。

ここで、ＦＧＤ３遺伝子のコード領域の塩基配列は哺乳動物において高度に保存されており、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＡＡ２、及びＡＡ３も哺乳動物において保存されている。従って、ウシ以外の哺乳動物においても、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＡＡ２及びＡＡ３のうちいずれか１つ以上を決定することで、その動物個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力を評価したり、枝肉重量及び／または体高を予測したりすることができる。

なお、ウシ以外の哺乳動物においても、ＳＮＰ２がＣである変異型ＦＧＤ３遺伝子は、ＡＡ２が欠失した変異型ＦＧＤ３タンパク質をコードする。よって、ウシ以外の哺乳動物においても、ＡＡ２自体を決定する代わりに、その個体のＦＧＤ３タンパク質が、変異型ＦＧＤ３タンパク質であるかどうかを調べてもよい。

＝＝ＳＵＳＤ３遺伝子のＳＮＰ＝＝
ウシ野生型ＳＵＳＤ３遺伝子（Ｇｅｎｅ ＩＤ：５１２５２４）のｃＤＮＡであって、配列番号５（ＸＭ＿００２６８９８４７）の塩基配列から成るウシ野生型ＳＵＳＤ３ｃＤＮＡの５３番目の塩基はＣ（本明細書では、この塩基を野生型と称する）であるが、その塩基がＡ（本明細書では、この塩基を変異型と称する）である場合、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高が、その塩基がＣであるウシ個体より増加すると判断できる。従って、ウシＳＵＳＤ３遺伝子において、配列番号５の塩基配列から成るＳＵＳＤ３ｃＤＮＡの５３番目の塩基に対応する塩基（本明細書では、その塩基をＳＮＰ５と称する）を決定すれば、そのウシ個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力を評価したり、枝肉重量及び／または体高を予測したりすることができる。なお、ＳＮＰ５は、ＵＭＤ３．１の８５８６７５４４番目の塩基に対応する。

配列番号６（ＸＰ＿００２６８９８９３）のアミノ酸配列から成るウシ野生型ＳＵＳＤ３タンパク質の１８番目のアミノ酸はアラニン（本明細書では、このアミノ酸を野生型と称する）であるが、配列番号５の塩基配列から成るウシＳＵＳＤｃＤＮＡの５３番目に対応する塩基がＡであるウシ変異型ＳＵＳＤ３遺伝子は、配列番号６のアミノ酸配列から成るウシＳＵＳＤ３タンパク質の１８番目のアミノ酸がアスパラギン酸（本明細書では、このアミノ酸を変異型と称する）であるウシ変異型ＳＵＳＤ３タンパク質をコードする。従って、配列番号５の塩基配列から成るＳＵＳＤ３ｃＤＮＡの５３番目の塩基に対応する塩基を決定する一つの方法として、配列番号６のアミノ酸配列から成るウシＳＵＳＤ３タンパク質の１８番目のアミノ酸に対応するアミノ酸（本明細書では、そのアミノ酸をＡＡ４と称する）を決定してもよい。そのアミノ酸がアスパラギン酸である場合、枝肉重量及び／または体高が、ＡＡ４がアラニンであるウシ個体より増加すると判断できる。

＝＝マーカー＝＝
本発明において、ウシ個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力の評価、または、ウシ個体の枝肉重量及び／または体高の予測のためのマーカーは、ＳＮＰ１を検出するためのＰＴＰＤＣ１遺伝子関連物質、ＳＮＰ２を検出するためのＦＧＤ３遺伝子関連物質、ＳＮＰ３を検出するためのＦＧＤ３遺伝子関連物質、ＳＮＰ４を検出するためのＦＧＤ３遺伝子関連物質、あるいは、ＳＮＰ５を検出するためのＳＵＳＤ３遺伝子関連物質である。遺伝子関連物質には、ゲノムＤＮＡ、転写産物であるｈｎＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、翻訳物であるポリペプチド、様々な修飾を受けた最終産物であるタンパク質などが含まれる。

ここで、前述のように、哺乳動物において、ＰＴＰＤＣ１の遺伝子のコード領域の塩基配列は高度に保存され、ＳＮＰ１及びＡＡ１も保存されている。よって、ウシ以外の哺乳動物においても、ＳＮＰ１を検出するためのＰＴＰＤＣ１遺伝子関連物質を、その哺乳動物の枝肉重量及び／または体高を評価するためのマーカーとして使用できる。

また、前述のように、哺乳動物においてＦＧＤ３の遺伝子のコード領域の塩基配列は高度に保存され、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＡＡ２、及びＡＡ３も保存されている。よって、ウシ以外の哺乳動物においても、ＳＮＰ２、及びＳＮＰ３を検出するためのＦＧＤ３遺伝子関連物質を、その哺乳動物の枝肉重量及び／または体高を評価するためのマーカーとして使用できる。

なお、ＳＮＰ２がＣである変異型ＦＧＤ３遺伝子は、ＡＡ２が欠失した変異型ＦＧＤ３タンパク質をコードする。従って、ＳＮＰ２またはＡＡ２を検出するためのＦＧＤ３遺伝子関連物質は、ＳＮＰがＣであるＦＧＤ３遺伝子によりコードされる変異型ＦＧＤ３タンパク質であってもよい。なお、ＡＡ２が欠失したタンパク質は、その野生型ＦＧＤ３タンパク質と比較して短鎖化されるが、欠失するアミノ酸の個数により限定されない。変異型ＦＧＤ３タンパク質がその哺乳動物の野生型ＦＧＤ３タンパク質と比較してどのくらい短鎖化されているかは、例えばＧｅｎＢａｎｋをはじめとする遺伝子データバンクに登録されたその哺乳動物のＦＧＤ３遺伝子の塩基配列を基にして、ＳＮＰ２がＣに変異した場合に何個のアミノ酸が欠失するかを推定することができ、このような短鎖化された変異型ＦＧＤ３タンパク質として、例えば、ウシの場合では、ウシ野生型ＦＧＤ３タンパク質の１〜１６番目のアミノ酸に対応するアミノ酸が欠失した変異型タンパク質、ヒトの場合では、ヒト野生型ＦＧＤ３タンパク質の１〜１８番目のアミノ酸に対応するアミノ酸が欠失した変異型タンパク質、マウス及びラットでは、マウス／ラット野生型ＦＧＤ３タンパク質の１〜６４番目のアミノ酸に対応するアミノ酸が欠失した変異型タンパク質が挙げられる。

マーカーがゲノムＤＮＡやｃＤＮＡなどのＤＮＡの場合、上記ＳＮＰを検出するためには、ＳＮＰを有する塩基を決定できればよい。具体的には、塩基配列を直接決定してもよく、ＰＣＲを利用してもよく、ＲＦＬＰを利用してもよく、特に検出方法は限定されない。

マーカーがＰＴＰＤＣ１遺伝子、ＦＧＤ３遺伝子、または、ＳＵＳＤ３遺伝子の転写産物であるｈｎＲＮＡやｍＲＮＡである場合も、ＲＮＡ配列を決定することにより、ＳＮＰを検出できる。

これらＳＮＰを直接検出する場合、配列を決定する核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）には遺伝子やｃＤＮＡなどの全体が含まれる必要はなく、それらのゲノムＤＮＡやｃＤＮＡの一部であってもよく、すなわち、ＳＮＰ１〜ＳＮＰ５のいずれかが含まれ、その塩基を決定することができれば十分である。

マーカーがＰＴＰＤＣ１タンパク質、ＦＧＤ３タンパク質、または、ＳＵＳＤ３タンパク質などのペプチドの場合、上記変異を検出するためには、常法によって、変異を有するアミノ酸を直接決定してもよい。この変異を直接検出する場合、配列を決定するペプチドにはそれらのタンパク質全体が含まれる必要はなく、部分ペプチドであってもよく、ＡＡ１〜ＡＡ４のいずれかが含まれ、そのアミノ酸を決定することができれば十分である。

また、マーカーがＳＮＰ２がＣである変異型ＦＧＤ３遺伝子によりコードされる変異型ＦＧＤ３タンパク質である場合、この変異型ＦＧＤ３タンパク質を検出するためには、その哺乳動物個体から単離したタンパク質のアミノ酸配列を全て決定してもよいが、この変異型ＦＧＤ３タンパク質は野生型ＦＧＤ３タンパク質と比較して短鎖化されているから、ウエスタンブロット法などで解析し、そのＦＧＤ３タンパク質が短鎖化されているかどうかを調べてもよい。この際、検出したＦＧＤ３タンパク質が短鎖化された変異型ＦＧＤ３タンパク質であることは、野生型ＦＧＤ３タンパク質を対照として比較することにより判断してもよく、あるいは、その分子量が、遺伝子データバンクに登録されたＦＧＤ３遺伝子の情報から推定される範囲でアミノ酸の欠失が生じたタンパク質の分子量に相当するかどうかなどにより判断してもよい。あるいは、ウシ野生型ＦＧＤ３タンパク質は、Ｎ末端側から３番目のアミノ酸がプロリンであるが、ウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質のＮ末端側から３番目のアミノ酸はグルタミン酸であるから、ＦＧＤ３タンパク質のＮ末端から３番目のアミノ酸を決定することによって、ウシ変異型ＦＧＤ３タンパク質を検出してもよい。

＝＝枝肉重量に関する遺伝的能力の評価方法＝＝
哺乳動物の枝肉重量に関する遺伝的能力は、ＳＮＰ１〜ＳＮＰ５やＡＡ１〜ＡＡ４を決定し、その個体のジェノタイプを決めることによって評価できる。ここで、評価対象の哺乳動物は特に限定されず、ヒトでもヒト以外でもよく、マウス、ラット、ウサギ、サル等の実験動物、イヌ、ネコ等のペット、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ等の家畜であってもよいが、ウシであることが好ましく、Bos taurus種のウシであることが最も好ましい。

各ＳＮＰの種類は、分子生物学的手法によって決定すればよく、例えば、哺乳動物の細胞からゲノムＤＮＡやｍＲＮＡを抽出し、ＳＮＰの塩基を常法によって決定すればよい。

ある個体においてＳＮＰ１がＧのホモ接合またはＧ／Ｔのヘテロ接合であれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、Ｔのホモ接合の個体より高いと評価し、枝肉の重量が重くかつ／または体高が高いと予測できる。

ＳＮＰ２がＣのホモ接合またはＣ／Ｔのヘテロ接合であれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、Ｔのホモ接合の個体より高いと評価し、枝肉の重量が重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

ＳＮＰ３がＴのホモ接合またはＴ／Ｃのヘテロ接合であれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、Ｃのホモ接合の個体より高いと評価し、枝肉の重量が重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

ＳＮＰ４がＧのホモ接合またはＧ／Ａのヘテロ接合であれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、Ａのホモ接合の個体より高いと評価し、枝肉の重量が重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

ＳＮＰ５がＡのホモ接合またはＡ／Ｃのヘテロ接合であれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、Ｃのホモ接合の個体より高いと評価し、枝肉の重量が重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

ＡＡ１〜ＡＡ４も、例えば、抗体等を用いて哺乳動物の細胞からＰＴＰＤＣ１タンパク質、ＦＧＤ３タンパク質、または、ＳＵＳＤ３タンパク質を精製し、常法に従って、アミノ酸配列を決定すればよい。

ＡＡ１がバリンであれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、ＡＡ１がフェニルアラニンである個体より高いと評価し、枝肉の重量は重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

ＡＡ２が欠失していれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、ＡＡ２がメチオニンである個体より高いと評価し、枝肉の重量は重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

または、ＡＡ２が欠失しているかどうかを決定する一つの方法として、ＳＮＰ２がＣである変異型ＦＧＤ３遺伝子によりコードされる変異型ＦＧＤ３タンパク質の検出を用いた場合は、ある個体で変異型ＦＧＤ３タンパク質の発現が検出できれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、野生型ＦＧＤ３タンパク質を発現する個体より高いと評価し、枝肉の重量は重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

ＡＡ３がシステインであれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、ＡＡ３がヒスチジンである個体より高いと評価し、枝肉の重量は重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

ＡＡ４がアスパラギン酸であれば、その個体の枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力は、ＡＡ４がアラニンである個体より高いと評価し、枝肉の重量は重く、かつ／または体高が高いと予測できる。

＝＝選択方法＝＝
本発明に係る枝肉重量及び／または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法を用いて、哺乳動物の個体群の中から、枝肉重量、かつ／または体高を増加させる遺伝的能力の高い個体を選択することができる。

すなわち、各個体で、ＳＮＰ１を決定し、少なくとも一方のアリルで、その塩基がＧである個体を選択すること、またはＰＴＰＤＣ１タンパク質のＡＡ１を決定し、そのアミノ酸がバリンである変異型ＰＴＰＤＣ１タンパク質を有する個体を選択することにより、枝肉重量が重く、かつ／または体高が高い個体を選択することができる。

または、各個体で、ＳＮＰ２を決定し、少なくとも一方のアリルで、その塩基がＣである個体を選択すること、ＦＧＤ３タンパク質のＡＡ２が欠失している変異型ＦＧＤ３タンパク質を有する個体を選択すること、または、ＳＮＰ２がＣである変異型ＦＧＤ３遺伝子によりコードされる変異型ＦＧＤ３タンパク質の発現を調べ、変異型ＦＧＤ３タンパク質を発現する個体を選択することにより、枝肉重量が重く、かつ／または体高が高い個体を選択することができる。

各個体で、ＳＮＰ３を決定し、少なくとも一方のアリルで、その塩基がＴである個体を選択すること、または、ＳＮＰ４を決定し、少なくとも一方のアリルで、その塩基がＧである個体を選択すること、あるいは、ＦＧＤ３タンパク質のＡＡ３を決定し、そのアミノ酸がシステインである変異型ＦＧＤ３タンパク質を有する個体を選択することにより、枝肉重量が重く、かつ／または体高が高い個体を選択することができる。

各個体で、ＳＮＰ５を決定し、少なくとも一方のアリルで、その塩基がＡである個体を選択すること、またはＳＵＳＤ３タンパク質のＡＡ４を決定し、そのアミノ酸がアスパラギン酸である変異型ＳＵＳＤ３タンパク質を有する個体を選択することにより、枝肉重量が重く、かつ／または体高が高い個体を選択することができる。

以下、実施例及び図を用いてより詳細に説明する。
［１］ＤＮＡの抽出及びＳＮＰのタイピング方法
ゲノムＤＮＡは、精液、腎周囲脂肪もしくは血液より常法により抽出した。目的とするゲノム断片を特異的に増幅できるプライマーを用いて、ＰＣＲ法により該当ゲノム領域を増幅した。
ＳＮＰについては、Big Dye Terminator v.3.1 Cycle Sequencing Kit (アプライドバイオシステムズ社)を用いてＰＣＲ増幅産物のダイレクトシークエンシングを行うことによって配列を決定し、ＳＮＰの検出及びタイピングを行った。

［２］枝肉の重量の測定方法
枝肉重量は、屠場に出荷された黒毛和種個体の枝肉の格付け成績を用いた。

［３］遺伝子マーカー
＝＝遺伝子マーカーと枝肉重量の相関＝＝
２０００年から２００８年までに２つの市場で収集した約２万頭の黒毛和種の去勢牛サンプルの枝肉重量の値を、出荷月齢、出荷年度、市場について線形回帰により補正して、補正枝肉重量値を算出した。その補正枝肉重量値が上位１５％である個体、下位１５％である個体をそれぞれ抽出した。さらに、上位、下位の各群内に父方半きょうだい個体を複数含まないように個体を選択し、上位１４２個体を上位群、下位１４５個体を下位群として用いた。

ＰＴＰＤＣ１遺伝子におけるＳＮＰ１、ＦＧＤ３遺伝子におけるＳＮＰ２、３、４、ＳＵＳＤ３遺伝子におけるＳＮＰ５の各ＳＮＰを、表１に示すプライマー（配列番号７〜１６）を用いてタイピングし、BovineSNP50 BeadChip（イルミナ社）を用いて得られた各ＳＮＰの遺伝子型と合わせて、EMMAXソフトウェア（Kang et al. (2010) Nature Genetics 42: 348-354.参照）を用いて混合モデルによる関連解析を行った。その際、出荷月齢、出荷年度、市場を共変量とした。

表２に示す様に、５個全てのＳＮＰは、ウシ個体の枝肉重量と強い相関を有する。

この結果は、ＳＮＰ１〜ＳＮＰ５のそれぞれは、ウシ個体の枝肉重量を増加させる遺伝的能力の評価、ウシ個体の枝肉重量の予測のためのマーカーとして用いることができることを示す。

なお、これまでにウシＰＴＰＤＣ１遺伝子、ウシＦＧＤ３遺伝子、及びウシＳＵＳＤ３遺伝子について、ウシの枝肉重量をはじめ、ウシの体重や体格と関連するとの報告はなかった。

＝＝遺伝子マーカーを用いた枝肉重量の評価の検証＝＝
約２万頭の黒毛和種の去勢ウシ集団から、１２３６頭をランダムに抽出し、ＰＴＰＤＣ１遺伝子のｃＤＮＡの９６４番目の塩基（ＳＮＰ１）による枝肉重量の評価を行った。なお、抽出に際し、半きょうだいは３頭以下とした。また、枝肉重量の値は、出荷月齢、出荷年度、市場について、抽出前の２万頭のウシ集団において線形回帰により補正した値を用いた。

ＳＮＰ１、個体数、枝肉重量の値を表３に示す。

このウシ個体集団において、ＳＮＰ１の塩基がＧである頻度は９．９％であった。また、ＳＮＰ１の塩基がＧ／Ｔである場合に、ウシ個体の枝肉重量は、ＳＮＰ１の塩基がＴ／Ｔであるウシ個体と比較して平均値で２４．６ｋｇ増加していた。また、相加モデルでＳＮＰ１の遺伝子型を枝肉重量に対して線形回帰を行うと、ＳＮＰ１のアリル置換効果は２４．１±３．１ｋｇ、枝肉重量の全分散の４．４％を説明すると推定された。

以上の結果は、上記「遺伝子マーカーと枝肉重量の相関」で示したＳＮＰが、別のウシ個体群においても枝肉重量を増加させる遺伝的能力の評価、及び、枝肉重量の予測に用いることができることを示している。

＝＝遺伝子マーカーとウシ個体の体重及び体高との相関＝＝
黒毛和種の去勢ウシ２３６頭（種雄牛候補のウシ３１頭について、各ウシの産子６〜８頭ずつ）について、成長を追って体重及び体高を測定した。なお、体重、体高の表現型値は、直近の前後の測定値を用いて線形補間による回帰分析で算出した。その後、ＰＴＰＤＣ１遺伝子のｃＤＮＡの９６４番目の塩基（ＳＮＰ１）を決定し、ＳＮＰ１の塩基と、体重及び体高との相関を解析した。

ＳＮＰ１については、Ｇ／Ｔのヘテロ接合であるウシ個体が９２頭、Ｔ／Ｔのホモ接合であるウシ個体が１１４頭であった。Ｇ／Ｇのホモ接合であるウシ個体は１頭いたが、解析はこの１頭を除いて行った。

図１、２に示す様に、体重、体高について、９カ月齢から２４カ月年齢までを通した全期間において、Ｇ／Ｔ群はＴ／Ｔ群より有意に値が高かった（P<0.001（体重）、P<0.01（体高）、t検定）。

以上の結果は、上記「遺伝子マーカーと枝肉重量の相関」で示したＳＮＰを、別のウシ個体群においても体重及び体高の評価に用いることができることを示している。体重及び体高は枝肉重量に強く関連する体格のパラメータであるが、このＳＮＰは、体高自体にも相関があることが示された。よって、このＳＮＰは、体高を高くする遺伝的能力の評価及び体高の予測に用いることもできる。

［４］哺乳動物におけるＰＴＰＤＣ１及びＦＧＤ３の相同性
ＧｅｎＢａｎｋに登録されているウシ、ヒト、マウス、及びラットの野生型ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡ、野生型ＰＴＰＤＣ１タンパク質、野生型ＦＧＤ３ｃＤＮＡ、及び野生型ＦＧＤ３タンパク質（表４）について、Genetix-Mac（Genetix社）を使用して塩基配列またはアミノ酸配列のアライメントを作成した。

図３−１〜３−７、図４、５−１〜５−５、６に示すように、ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列、ＰＴＰＤＣ１タンパク質のアミノ酸配列、ＦＧＤ３ｃＤＮＡの塩基配列、及びＦＧＤ３タンパク質のアミノ酸配列は、それぞれ、ウシ、ヒト、マウス、及びラットの動物種間で高い相同性がある。

特に、野生型ＰＴＰＤＣ１ｃＤＮＡの塩基配列においてＳＮＰ１が、また、野生型ＰＴＰＤＣ１タンパク質のアミノ酸配列においてＡＡ１が、哺乳動物種間で保存されている（図３−１〜３−７、４）。また、野生型ＦＧＤ３ｃＤＮＡの塩基配列においてＳＮＰ２、ＳＮＰ３及びＳＮＰ４が哺乳動物種間で保存されている（図５−１〜５−５）。さらに、野生型ＦＧＤ３タンパク質のアミノ酸配列において、ＡＡ２及びＡＡ３が哺乳動物種間で保存されている（図６）。

従って、ＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＡＡ１、ＡＡ２、ＡＡ３は、ウシ以外の哺乳動物においても、枝肉重量を増加させる遺伝的能力や体高を高くする遺伝的能力を評価及び予測することに用いることができる。

Claims (5)

1. ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、
   配列番号１の塩基配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を決定し、
   ＰＴＰＤＣ１遺伝子の少なくとも一方のアレルにおいて前記塩基がＧである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、ＰＴＰＤＣ１遺伝子の両方のアレルにおいて前記塩基がＴであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする評価方法。
2. ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の評価方法であって、
   配列番号２のアミノ酸配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）タンパク質の３１５番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を決定し、前記アミノ酸がバリンである場合、その個体の枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力が、前記アミノ酸がフェニルアラニンであるウシ個体よりも高いと評価することを特徴とする評価方法。
3. ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価する遺伝子マーカーであって、
   配列番号１の塩基配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を含む、ＰＴＰＤＣ１遺伝子の一部または全部を有するＤＮＡから成ることを特徴とするマーカー。
4. ウシ個体における枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力を評価するマーカーであって、
   配列番号２のアミノ酸配列から成るウシＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）タンパク質の３１５番目のアミノ酸に対応するアミノ酸を含む、前記タンパク質の一部または全部を有するポリペプチドから成ることを特徴とするマーカー。
5. 枝肉重量または体高を増加させる遺伝的能力の高いウシ個体の選択方法であって、
   配列番号１の塩基配列から成るＰＴＰＤＣ１（protein tyrosine phosphatase domain containing 1）ｃＤＮＡの９６４番目の塩基に対応する塩基を、各ウシ個体で決定する工程と、
   ＰＴＰＤＣ１遺伝子の少なくとも一方のアリルにおいて、前記塩基がＧである個体を選択する工程とを含む選択方法。