JP5031924B2 - 選択的に機能化されたトランスデューサーマイクロアレイ - Google Patents

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Description

本発明は、概して生物学的な試料(analyte)の測定に関し、より詳細には、多試料トランスデューサーマイクロアレイ(multiple-analyte transducer microarray)を機能化するための方法に関する。
〔背景技術〕
マイクロアレイの技術は、1つのサンプル中に存在する複数の試料のアッセイを可能にする、強力な研究ツールである(多重アッセイ形式)。このようなアッセイを行うために、マイクロアレイは、異なる生物学的な成分によって修飾された複数のトランスデューサー(transducer)を備える必要がある。特定のトランスデューサーへ所望の生物学的な成分を選択的に結合させることは、マイクロアレイ技術における最も偉大な挑戦の1つである。現在、マイクロアレイを多重化(multiplexing)させるための主な方法は、(i)アレイ上に異なる生物学的な成分をスポット(spotting)する方法、(ii)ナノ流体の接続のセットによってトランスデューサーを物理的に分離するとともに、予め選択されたトランスデューサーを狙って、当該トランスデューサーへ生物学的な成分を送達する方法、(iii)生物学的なタグを特異的に捕捉し得る薬剤にて修飾されたアレイの表面上で、タグが付された生物学的な成分を自己集合(self-assembling)させる方法、および、(iv)トランスデューサーの表面上で、生物学的な成分の合成を制御する方法、である。これらの方法には全て、費用および大量生産の容易さの観点から、限界がある。
スポットする方法(i)は、アレイ上の選択されたトランスデューサー(スポット)へ特定の生物学的な成分を狙って送達した後に、当該成分をアレイの表面に結合させることに基づいている。スポットする方法は、用いられ得るトランスデューサーの大きさおよび形状について、重大な制限を有している。マイクロ流体の接続セットまたはナノ流体の接続セットによって、アレイ上の選択されたトランスデューサーへ生物学的な成分の送達を制御する方法(ii)は、高価な設備を必要とする。自己集合させる方法(iii)は、特定のオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分(抗体)を用いることによって、オリゴヌクレオチドアレイを抗体アレイ(immuno-array)へ変換する(K. Dill, K. Schwarzkopf, and A. Ghindilis, Multiplexed Analyte and Oligonucleotide Detection on Microarrays Using Several Redox Enzymes in Conjunction With Electrochemical Detection, Lab on a Chip, (2006) 6, 1052-1055)。生物学的な成分のタグと、アレイのオリゴヌクレオチドプローブとの特異的なハイブリダイゼーションは、アレイトランスデューサーの表面上への固定化を引き起こす。上記方法の利点は、アレイの変換を、一段階で容易に行い得ることである。しかしながら、上記技術は、非常に高価な半導体ベースの、in situにて合成されたオリゴヌクレオチドのアレイを必要とする。アレイの表面上で、生物学的な成分の合成を制御する方法(iv)は、フォトリソグラフィー(Affymetrix(登録商標))、インクジェットプリンティング(Agilent Technologies)または電気化学(CombiMatrix)に基づいている。全ての場合において、各アレイトランスデューサー上におけるブロッキング試薬を用いた操作によるホスホアミダイト化学(phosphoamidite chemistry)を制御するときに、多段階の工程が用いられる。現在、当該方法は、オリゴヌクレオチドアレイのin situにおける合成にのみ適用され、当該合成自体は、非常に高価である。
多試料マイクロアレイ(multiple-analyte microarray)の選択されたトランスデューサー上へ生物学的な成分を結合させるための、より簡単でより費用効率が高い方法が、望まれている。
〔本発明の概略〕
本願には、pHにて固定化を制御することによって、マイクロアレイの選択されたトランスデューサー上へ生物学的な成分を結合させるための方法および器具が開示されている。上記方法は、個別にアドレス可能な電極を各トランスデューサーの近傍に配置すること、または、トランスデューサーの表面への電気入力を直接的に可能にするトランスデューサーを設計すること、を利用している。pHの制御は、トランスデューサーの近傍にて、電気化学的にプロトンまたはヒドロキシル基(hydroxyls)を形成することに基づいている。pHが制御されている状況下における、様々な生物学的な成分の連続的な固定化は、所望の形態のアレイを製造することを可能にする。
それ故に、トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化するための方法が提供される。上記方法は、共通した環境(好ましくは、共通した局所的な環境)へ露出されるトランスデューサーの領域を含むマイクロアレイを提供する。複数のトランスデューサーのpHにおいて、差異が形成される。その結果、トランスデューサーのpHに応じて、機能分子が選択的にトランスデューサーへ結合する。1つの局面において、マイクロアレイは、複数のトランスデューサーpH形成電極を有する領域と、1つの対極とを備えており、各トランスデューサーに対して1つのpH形成電極が対応している。複数のトランスデューサーのpHの差異は、pH形成電極と対極との間に電位を選択的に与えて、トランスデューサーに隣接する領域内のpHに差異を形成することによって形成される。
例えば、上記方法は、第1の機能分子を上記環境へ導入し得る。その結果、第2のトランスデューサーのpHが維持されたままで、第1のトランスデューサーのpHが変更される。その結果、上記環境に由来する第1の機能分子は、第1のトランスデューサーへ結合するが、上記環境に由来する第1の機能分子は、第2のトランスデューサーへは結合しない。別の局面では、複数のトランスデューサーへ機能分子を選択的に結合させる工程は、トランスデューサーのpHに応じて、機能分子とトランスデューサーの表面との間の結合を解離する工程を含む。
上述した、トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるための方法およびシステムの更なる詳細を、以下に説明する。
本発明の好ましい実施形態は、添付の図面を参照しながら、実例を挙げて説明される。
図1A〜図1Dは、トランスデューサーの表面への機能分子の結合を示す概略図である。
図2は、図1A、図1B、図1Cまたは図1Dの機能化されたトランスデューサーと、生物学的な成分との相互作用を示す概略図である。
図3Aおよび図3Bは、修飾された機能分子へ結合した、修飾された生物学的な成分の例を示している。
図4は、ハイブリダイズされた機能分子と生物学的な成分との結合を示す概略図である。
図5は、トランスデューサーの表面を多段階にて機能化させることを示す概略図である。
図6は、図5に示される多段階の工程の一例を示しており、まず初めに官能基が結合し、続いて、加えられた生物学的な成分が修飾される。
図7は、多段階の工程の別の例を示している。
図8Aおよび図8Bは、トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるためのシステムを示すブロック図である。
図9Aおよび図9Bは、図8のマイクロアレイの、典型的なトランスデューサー、pH形成電極、および対極を示すブロック図である。
図10は、pHによって制御された、生物学的な成分の固定化の一例を示しており、上記成分は、最初から官能基Z(group Z)と結合しているか、または、官能基Zによって機能化されている。
図11は、図10から始まる例を、引き続き示している。
図12は、図10に示されている方法とは別の、pHによって制御された固定化を示している。
図13は、電気化学的なpH形成によって同時に生じた、適した(favorable)pH条件と制限された(restricting)pH条件との両方における、pHによって制御された固定化の一例を示している。
図14は、特異的なオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分の、pHによって制御された固定化の一例を示している。
図15は、特異的なオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分の、pHによって制御された固定化の変形例を示している。
図16は、特異的なオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分の、pHによって制御された固定化を示しており、上記成分は、トランスデューサーの表面上に既に形成されている。
図17は、図16から始まる工程を、引き続き示している。
図18は、トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるための方法を示すフローチャートである。
〔実施の形態〕
(トランスデューサーおよび検出部)
トランスデューサーは、トランスデューサーの表面の近傍における生物学的な環境または化学的な環境の変化に応じて物理的な信号(出力)を生成することができる検出器である。上記信号は、例えば、視覚的な信号、または電気的な信号であり得る。これらの変化は、トランスデューサーの表面へ結合された予め選択された生物学的な成分が、標的の試料(analyte)と特異的に相互作用したときに生じる(生物学的な認識工程)。生物学的な成分と一体化したトランスデューサーは、バイオセンサーの検出部を形成する。
(検出部の生物学的な成分:生物学的な認識成分)
生物学的な認識に関与する上記生物学的な成分は、標的である試料へ特異的に結合すること、標的である試料を特異的に変換すること、または、これらの両方が可能である分子である。試料は、分析操作(例えば、滴定など)によって決定された基質または化学物質である。例えば、免疫学的なアッセイにおいては、上記試料は、リガンドまたは結合剤(binder)であり得、血糖値試験(blood glucose testing)では、上記試料は、グルコースである。医薬では、用語「試料(analyte)」は、しばしば患者に施される試験のタイプを意図し、当該試験は、例えば、ヒトの体内の化学物質を決定している。試料は、通常は測定され得ず、試料の測定可能な特性が測定される。例えば、グルコースは測定され得ないが、グルコースの濃度は測定され得る。この例では、”グルコース”が上記成分であり、”濃度”が上記特性である。実験室および門外漢では、用語「特性(property)」は、しばしば省略されるが、当該省略は、どの特性が測定されるかということに関する不明確さを生じることはない。
生物学的な成分としては、オリゴヌクレオチド、DNA/RNA分子若しくはこれらの断片、ペプチド、レセプター、抗体、酵素、全細胞および細胞断片(cellular fragments)などを挙げることができる。幾つかの用途では、ビオチンおよびストレプトアビジンも生物学的な成分とみなすことが可能である。
(トランスデューサーの表面)
上記トランスデューサーの表面は、導電性(conductive)、半導体性(semi-conductive)、または、非導電性(non-conductive)であり得る。上記表面の材料は、金属または合金(例えば、金、プラチナ、アルミニウム若しくはクロム)、シリカ、炭素体(例えば、グラファイト若しくはガラス質の炭素(glassy carbon))、ガラス、セラミック、複合材料(例えば、窒化ケイ素若しくはインジウムスズ酸化物(ITO))、または、プラスチック(例えば、ポリスチレン若しくはナイロン)であり得る。
(トランスデューサーの表面の修飾)
トランスデューサーの表面の最初の修飾では、別の生物学的な成分を検出部へ結合させることができる官能基(functional group)を導入する。トランスデューサーの表面に対する官能基の導入は、下記方法の1つにて行われ得る。つまり、(i)トランスデューサーの表面を、直接、化学的に変換する方法。例えば、炭素体の表面(carbon-based surface)は、酸素プラズマまたは酸化剤(例えば、硝酸)によって酸化され得る。(ii)自身の構造内に官能基を有するポリマーを用いてコーティングすることによる、表面の修飾。上記ポリマーによるコーティングは、トランスデューサーの表面上へ官能基を導入する。上記ポリマーは、バイオポリマー(多糖、ゼラチンなど)、ポリエチレンイミン、ポリアクリル酸、ハイドロゲル(ポリビニルアルコール、シリカゲルなど)、ナイロンなどであり得る。
(機能化)
機能化(Functionalization)は、試料分子に対する特異的な生物学的認識が可能なバイオプローブ分子の結合による、トランスデューサーの表面の修飾を意図する。生物学的認識は、バイオプローブ分子が試料分子へ特異的に結合する能力、または、バイオプローブ分子が試料分子を触媒作用によって変換する能力である。
(官能基)
官能基は、分子内の原子のうちの特定の群を意図しており、これらの原子は、これら分子の化学反応の特性に関与する。同じ官能基は、当該官能基を部分として含む分子の大きさにかかわらず、同じまたは類似の化学反応を生じる。しかしながら、上記官能基の相対的な反応性は、近隣の官能基によって変更され得る。
(活性化)
活性化とは、対応する化学的条件および物理的条件を形成することによって、官能基が互いに相互作用できる工程である。例えば、カルボキシル基およびアミノ基は、互いに結合し得る。しかしながら、結合するためには、(i)カルボジイミドが存在すること、および、(ii)媒体(medium)が特定のpHであること、の両方が必要である。それ故に、これらの条件の何れか1つが欠けている条件では、カルボキシル基は、アミノ基に結合できるようには活性化されない。カルボジイミドが存在するとともに媒体が特定のpHである場合にのみ、カルボキシル基が活性化される。幾つかの官能基は、第2の官能基へ結合するために、更なる化学的成分を必要としない。例えば、アルデヒド基は、更なる化学的成分を何一つ加えることなく、アミノ基へ結合することができる。しかしながら、ほとんどの場合、結合できるように官能基を活性化させるために、上記媒体のpHは、幾つかの特定の値に調節される必要がある。
(機能分子)
機能分子(functional molecule)とは、対応する官能基を有する別の分子へ結合し得る官能基を含む分子である。
図1A〜図1Dは、トランスデューサーの表面への機能分子の結合を示す概略図である。機能分子100は、2つの官能基Xおよび官能基Yからなっており、官能基Xおよび官能基Yは、スペーサーによって分離されている。官能基Xおよび官能基Yは、アミノ、カルボキル、アルデヒド、オキシ、チオール、ビオチン、オリゴヌクレオチド、ペプチドまたはストレプトアビジンなどであり得る。上記官能基Xおよび官能基Yは、上記スペーサーと同じ構成であってもよい。上記スペーサーは、炭化水素、糖(carbohydrate)、オリゴヌクレオチド、ペプチド、直鎖ポリマー、または、ストレプトアビジン/アビジンなどであり得る。上記官能基Xおよび官能基Yはまた、スペーサーを用いることなく、互いに結合され得る(図示せず)。
図1Aに示すように、機能分子100とトランスデューサー102の表面との相互作用は、トランスデューサーの表面への、官能基Yの吸着または親水性/疎水性の相互作用によって達成される。例えば、トランスデューサー102の表面がグラファイトである場合、上記官能基Yは、疎水性−(CHCHテール(tail)であり得る。
図1Bでは、官能基Yと、トランスデューサー102の表面の官能基Aとの化学的な相互作用によって、A−Y結合またはA−Y複合体が形成される。例えば、トランスデューサー102の表面が酸化されたグラファイトである場合には、官能基Yは、カルボジイミドによって活性化された上記表面のCOO基へ結合するアミノ基であり得る。
図1Cでは、上記官能基Yは、トランスデューサーの表面上へ組み込まれ得る。例えば、トランスデューサー102の表面が金である場合には、官能基Yは、硫黄と金との間のアフィニティーによって金の表面へ結合するSH基であり得る。
図1Dでは、官能基Yと、トランスデューサー102の表面上のポリマーコーティング層104の官能基Bとの化学的な相互作用によって、B−Y結合またはB−Y複合体が形成される。例えば、トランスデューサー102の表面がポリエチレンイミンによって被われている場合には、官能基Yは、上記ポリマーのNH2基へ結合してシッフ塩基(Schiff base)を形成するアルデヒドであり得る。上述した全ての場合において、機能分子100は、Y末端を介して、トランスデューサー102の表面へ結合する。官能基Xは、上記表面の外側(上記環境)へ露出される。
(トランスデューサーの表面における、生物学的な成分の固定化)
図2は、図1A、図1B、図1Cまたは図1Dの機能化されたトランスデューサーと、生物学的な成分200との相互作用を示す概略図である。官能基Xによってトランスデューサー102の表面が予め修飾された後、次いで、当該官能基Xが生物学的な成分200の官能基Zと相互作用することによって、X−Z結合またはX−Z複合体が形成される。上記官能基Zは、(i)上記生物学的な成分である分子の一部分として、元々存在するもの(タンパク質のアミノ基およびカルボキシル基);(ii)化学的/生物学的な修飾を介して、上記生物学的な成分である分子へ導入されるもの(タンパク質へ結合されたオリゴヌクレオチドタグ);または、(iii)上記生物学的な成分を化学的に合成する幾つかの工程において上記分子内へ導入されるもの(合成オリゴヌクレオチドのアミノ基)、であり得る。上記官能基Zは、アミノ、カルボキシル、アルデヒド、オキシ、チオール、ビオチン、オリゴヌクレオチド、ペプチドまたはストレプトアビジンなどであり得る。
図3Aおよび図3Bは、修飾された機能分子へ結合した、修飾された生物学的な成分の例を示している。図3Aでは、トランスデューサー102の表面が、SH基を有する機能分子100へ結合される。この官能基は、予め修飾された生物学的な成分200(例えば、オリゴヌクレオチド)のジスルフィド基へ結合することによって、S−S結合を形成する。すなはち、機能分子100は、修飾されることによって、修飾された機能分子300を形成し、上記生物学的な成分200は、修飾された生物学的な成分302になる。
図3Bでは、カルボジイミドによって活性化されたカルボキシルによって修飾された機能分子300が、修飾された生物学的な成分である分子302(例えば、タンパク質)へ結合する。なお、当該分子302は、アミノ基を有している。
図4は、ハイブリダイズされた機能分子と生物学的な成分との結合を示す概略図である。トランスデューサー102の表面は、オリゴヌクレオチドである機能分子へ結合する。生物学的な成分200の分子は、対応する相補的なオリゴヌクレオチドタグ400を含んでいる。機能分子であるオリゴヌクレオチド100と、生物学的な成分400のタグ400とのハイブリダイゼーションによって、成分400が、トランスデューサー102の表面へ結合する。
図5は、 トランスデューサーの表面を多段階にて機能化させることを示す概略図である。実際には、トランスデューサーの表面へ高効率にて相互作用し得る官能基を生物学的な成分へ導入することは、必ずしも可能であるとは限らない。それ故に、表面を修飾する更なる工程が必要とされ得る。図5は、生物学的な成分を固定化させるための方法を示しており、当該方法は、更なる工程を含んでいる。まず初めに、スペーサーによって分離された官能基Cおよび官能基Dを有する分子500が、トランスデューサー102の表面へ結合している機能分子100と相互作用する。上記官能基Cが、官能基Xへ結合し、上記官能基Dが、トランスデューサーの表面の外側(上記環境)へ露出される。図2に記載されたものと同様の方法にて、次の工程が行われる。官能基C、官能基Dおよびスペーサーの化学的性質は、官能基Xおよび官能基Yを有する機能分子について既に記載した性質と同様である。
図6は、図5に示される多段階の工程の一例を示しており、まず初めに官能基が結合し、続いて、加えられた生物学的な成分が修飾される。トランスデューサー102の表面は、アミノ基を有する機能分子100と結合する。上記アミノ基は、グルタルアルデヒド分子500のアルデヒド基の1つと反応し、これによって、アルデヒド基300が、トランスデューサー102の表面へ結合する。次いで、生物学的な成分200のアミノ基が、トランスデューサーの表面のアルデヒド基と反応してシッフ塩基結合(Schiff base bonds)を形成する。すなわち、上記生物学的な成分は、修飾された生物学的な成分302になる。
図7は、多段階の工程の別の例を示している。トランスデューサー102の表面は、アミノ基100と結合しており、生物学的な成分である分子200は、チオール基(SH)を有している。マレイミド官能基およびスクシニミド官能基(maleimide and succinimide functional groups)の両方を有している分子SMCC500が、次いで、トランスデューサー102の表面へ導入される。これによって、トランスデューサーの表面のアミノ基100と、スクシニミド官能基とが反応し、生物学的な成分200のチオール基と更に相互作用し得るマレイミド基を有する機能分子700によって、表面が修飾される。
(固定化のpH依存性)
化学結合または複合体の形成の何れかに帰着する官能基の相互作用は、反応媒体(reaction medium)のpHに依存する。例えば、1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC)は、相対的に狭い低pH(例えば3.5〜4.5)にて、カルボキシル基と反応し得る(Nakajima N, Ikada Y, Bioconjug Chem., Mechanism of amide formation by carbodiimide for bioconjugation in aqueous media, 1995 Jan-Feb;6(1):123-30)。高いpH値では、EDCによるカルボキシル基の活性化は起こらない。それ故に、カルボキシル基とアミノ基との間の相互作用は、N−C結合を形成するために、特定のpHの反応媒体中にて行われる必要がある。例えば、図3Bに記載されている固定化工程は、狭いpHの領域内でのみ行われる。オリゴヌクレオチドタグのハイブリダイゼーションに基づいた生物学的な成分の固定化(図4)はまた、反応媒体のpHに対して非常に敏感である。中性よりも若干高い値のpHでさえ、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは起こらない。更に、オリゴヌクレオチドタグのハイブリダイゼーションに基づいた生物学的な成分の固定化は、可逆的な工程である。pHが高ければ、オリゴヌクレオチドの2重へリックスの水素結合が変性して、固定化された複合体の解離が生じる。それ故に、反応媒体のpHは、好適または限定的(favorable or restricting)の何れかであり得、トランスデューサーの表面上における生物学的な成分の固定化は、トランスデューサーの表面の近傍のpHを操作することによって調節され得る。
図8Aおよび図8Bは、トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるためのシステムを示すブロック図である。図8Aにはじまって、システム800は、各トランスデューサーに隣接する、対応したpH形成電極を有するトランスデューサーの領域、および、対極806を有するマイクロアレイを備えている。トランスデューサー102a〜102nが示されており、このとき、nは限定された値ではない。
図9Aおよび図9Bは、図8のマイクロアレイの、典型的なトランスデューサー、pH形成電極、および対極を示すブロック図である。図9Aでは、トランスデューサー102は、pH形成電極900によって囲まれているか、または、pH形成電極900に隣接している。電圧源902は、pH形成電極900と対極806との間に電位を形成する。図9Bでは、トランスデューサー102は、pH形成電極として機能する。
図8Aへ戻って、システム800は、更に液体チェンバー808(幻影(phantom)にて示す)を備えている。上記液体チェンバー808は、トランスデューサー804の領域のための共有された局所的な環境を提供するための空洞(810、図8B参照)を有している。上記液体チェンバー808は、部分的な断面図である図8B中にも見られる。
図8Aへ戻って、液体マルチプレクサー812は、ライン814上の液体チェンバー808へ選択的に液体を供給するために用いられる。様々な液体(液体a〜z)が、上記液体マルチプレクサーへ供給される。対極806と、選択されたトランスデューサーのpH形成電極との間に電圧を形成するために、電圧デマルチプレクサー816(DEMUX)がマイクロアレイへ連結される。電圧源902からライン818上のDEMUX816へ、電圧が供給される。上記電圧源902はまた、ライン820上の対極806へ連結される。逆多重化された電圧(demultiplexed voltage)を供給することに加えて、電圧源は、ライン818上およびライン820上の電圧について電位差および極性を変え得る。上記逆多重化された電圧は、トランスデューサーに隣接した領域のpHに応じて、トランスデューサーのpHに差異を形成する。これによって、機能分子がトランスデューサーへ選択的に結合する。
トランスデューサーへ結合され得る機能分子、または、液体チェンバー内へ導入され得る機能分子の幾つかの例としては、オリゴヌクレオチド、DNA、RNA、DNA断片、RNA断片、ペプチド、レセプター、抗体、酵素、全細胞、細胞断片、ビオチンおよびストレプトアビジンが挙げられる。
1つの局面では、上記液体マルチプレクサー812は、液体チェンバー808へ第1の機能分子(例えば、液体a)を導入する。上記電圧デマルチプレクサー816は、トランスデューサー102bのpHを維持しながら、トランスデューサー102aのpHを変更する。これによって、液体チェンバー808内の第1の機能分子をトランスデューサー102aへ結合させるが、第1の機能分子をトランスデューサー102bへ結合させることはない(図1A〜図1D参照)。
別の形態としては、上述したように、上記電圧デマルチプレクサー816は、トランスデューサー102bのpHを維持しながら、トランスデューサー102aのpHを変更し得る。しかしながら、この局面では、液体チェンバー808内の第1の機能分子は、トランスデューサー102bへ結合するが、トランスデューサー102aへは結合しない。別の局面では、電圧デマルチプレクサー816は、トランスデューサーのpHに応じて、トランスデューサーの表面へ結合した第1の機能分子の間の結合を解離する(図16参照)。
1つの局面において、トランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bは、両方とも第1の機能分子へ結合しており、上記液体マルチプレクサー812は、上記液体チェンバー808の環境へ第2の機能分子を導入する。上記電圧デマルチプレクサー816は、トランスデューサー102aのpHとトランスデューサー102bのpHとの間に差異を形成する。そして、上記第2の機能分子は、トランスデューサー102aの上記第1の機能分子へ選択的に結合するが(図10参照)、トランスデューサー102bの上記第1の機能分子へは結合しない。
別の局面において、トランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bは、両方とも第2の機能分子へ結合しており、上記液体マルチプレクサー812は、上記液体チェンバー808へ第3の分子を導入する。上記電圧デマルチプレクサー816は、トランスデューサー102aのpHとトランスデューサー102bのpHとの間に差異を形成する。そして、上記第3の分子によって上記第2の分子を選択的に活性化することによって、第1のトランスデューサーへ第1の機能分子を結合させる(図7参照)。この局面では、上記第1の機能分子は、トランスデューサー102b上に形成されない。
1つの局面において、トランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bは、両方とも第2の分子へ結合しており、上記液体マルチプレクサー812は、上記液体チェンバー808へ第1の機能分子を導入する。上記電圧デマルチプレクサー816は、トランスデューサー102aへ結合した上記第2の分子を選択的に修飾するために、トランスデューサー102aのpHとトランスデューサー102bのpHとの間に差異を形成する。そして、修飾された第2の機能分子へ上記第1の機能分子が結合する。この局面では、トランスデューサー102bへ結合した上記第2の分子は、修飾されない(図6参照)。
別の局面において、トランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bは、両方とも第2の分子へ結合しており、上記液体マルチプレクサー812は、上記液体チェンバー808へ第3の分子を導入する。上記電圧デマルチプレクサー816は、トランスデューサー102aのpHとトランスデューサー102bのpHとの間に差異を形成する。そして、上記第3の分子が選択的に活性化されるとともに、活性化された第3の分子が上記第2の分子へ結合して、上記第1のトランスデューサーへ第1の機能分子を結合させる。
(固定化を制御するための、電気化学的なpHの操作)
図9Aおよび図9Bへ戻ると、対極806およびpH形成電極900が、上記pH形成電極へ電圧を供給することができる外部電圧源902へ連結されていることが観察され得る。上記対極が、回路を完成させるために用いられている。幾つかの場合には、上記トランスデューサー自体がpH形成電極として用いられ得(図9B)、当該トランスデューサーの表面は導電性であり、当該導電性の適用は、生化学的なトランスデューサーの機能化を妨げない。上記pH形成電極900へカソードの電圧(cathodic voltage)が与えられる場合には、下記反応1にしたがって、周囲の媒体のpHが増加する。つまり、
2HO+2e→H+2OH 反応1
アノードの電圧(anodic voltage)は、下記反応2にしたがって、プロトンを生成する。つまり、
2HO−4e→4H+O 反応2。
図10は、pHによって制御された、生物学的な成分200の固定化の一例を示しており、上記成分200は、最初から官能基Zと結合しているか、または、官能基Zによって機能化されている。アレイ802のトランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bは、官能基Xによって機能化されている(図2参照)。pHによって制御される固定化は、トランスデューサー102bを変化させることなく、トランスデューサー102aに対する生物学的な成分200の特異的な結合を促進させる。このことを達成するために、トランスデューサー102aの近傍にて、固定化に適したpH値が形成される。トランスデューサー102bの近傍では、pH値は、固定化に適していない値に維持される。次いで、上記生物学的な成分200が反応媒体へ導入され、当該成分200が、トランスデューサー102aにて独占的に固定化される。
図11は、 図10から始まる例を、引き続き示している。次いで、官能基Zにて修飾された、異なる生物学的な成分200bが、トランスデューサー102bの表面に、pHによって制御された同様の方法によって固定化される。結果的に、同じ官能基Zによって両方とも修飾されている、2つの異なる生物学的な成分200aおよび200bが、所望のアレイ形態にて、異なるトランスデューサーへ連続して結合される。
図12は、図10に示されている方法とは別の、pHによって制御された固定化を示している。この場合、生物学的な成分200の固定化が望まれていないトランスデューサー102aにおいて、制限されたpHが形成される。生物学的な成分200の固定化は、望まれているトランスデューサー102bにおいてのみ生じる。pHによって制御された固定化の連続的な工程は、あらゆる所望の形態のトランスデューサーアレイの形成を可能にする。
図13は、電気化学的なpH形成によって同時に生じた、適した(favorable)pH条件と制限された(restricting)pH条件との両方における、pHによって制御された固定化の一例を示している。上記反応媒体は、いくつの異なるpH値でも、同時にサポート(support)し得る。というのも、1つのトランスデューサーの近傍におけるpH値は、隣接するトランスデューサーの表面近傍の固定化条件に影響しないからである。
図14は、特異的なオリゴヌクレオチドタグ400によって修飾された生物学的な成分200の、pHによって制御された固定化の一例を示している。上記トランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bの表面は、オリゴヌクレオチド100によって修飾されている。タグ400は、上記表面のオリゴヌクレオチド100に対して相補的になるように設計されている。上記表面のオリゴヌクレオチドと、上記生物学的な成分200のタグ400とのハイブリダイゼーションは、オリゴヌクレオチド100を介して、上記成分200をトランスデューサーの表面上へ結合させる。上記工程は、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションに適したpH条件下(中性のpH値に近い)においてのみ生じる。上記反応媒体は、二本鎖構造の形成を妨げるpH値(変性pH)を有している。ハイブリダイゼーションに適したpH値は、トランスデューサー102aの表面の近傍において、電気化学的に形成される。結果的に、上記生物学的な成分200の固定化は、選択されたトランスデューサー102aの表面においてのみ生じる。次いで、オリゴヌクレオチドタグ100によって修飾された別の生物学的な成分を有する反応媒体が、上記アレイへ導入され得る。上記アレイ上の所望のトランスデューサーのセットへ別の生物学的な成分を結合させるために、pHによって制御される固定化における次の工程が行われ得る。
図15は、特異的なオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分の、pHによって制御された固定化の変形例を示している。図14と比較して、この場合、生物学的な成分200の固定化が望まれないトランスデューサー102aでは、変性pHが形成される。生物学的な成分200の固定化は、所望のトランスデューサー102bにおいてのみ生じる。
図16は、特異的なオリゴヌクレオチドタグ400によって修飾された生物学的な成分100の、pHによって制御された固定化を示しており、上記成分100は、トランスデューサー102aの表面上に既に形成されている。オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは可逆的であるので、予めブロックされた(pre-blocked)トランスデューサーの表面の変性を制御することによって、オリゴヌクレオチドによってタグ化された生物学的な成分のpH依存的な固定化が可能になる。図16では、トランスデューサーの全領域に、オリゴヌクレオチド400が、予めハイブリダイズしている。これらのオリゴヌクレオチドは、トランスデューサーが、機能分子をタグ化する他のオリゴヌクレオチドと結合することを妨げている(図15に示される分子200など)。
図17は、図16から始まる工程を、引き続き示している。図16では、上記トランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bの表面は、オリゴヌクレオチド100へ結合しており、当該トランスデューサー102aおよびトランスデューサー102bの表面は、はじめにオリゴヌクレオチド400と反応(incubated)する。上記オリゴヌクレオチド400は、図15に示す生物学的な成分のオリゴヌクレオチドタグと同じ構造を有している。上記反応によって、トランスデューサー102b上にて、オリゴヌクレオチド100とオリゴヌクレオチド400との二本鎖複合体が形成される。図17では、トランスデューサー102aにて高いpHを形成することによって、DNAの二本鎖結合を変性させるとともに、ブロッキング分子を除去(knocks off)している。その後、トランスデューサー102aは、非ブロッキング化されて、オリゴヌクレオチドタグ化分子(例えば、図15の分子200など)へ結合できるようになる。
図18は、トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるための方法を示すフローチャートである。明確にするために、上記方法は、番号が付された一連の工程として記載されている。しかしながら、上記番号は、必ずしも工程の順番を示しているわけではない。これらの工程のうちの幾つかは、省略されたり、同時に行われたり、または、厳密な順序に従うことなく行われ得る。上記方法は、工程1800にて開始される。
工程1802では、共通した局所の環境へ露出される、複数のトランスデューサーの領域を有するマイクロアレイが設けられる。典型的には、トランスデューサーの各々は、隣接するpH形成電極と結びついている。工程1804では、複数のトランスデューサーのpHに差異を形成する。工程1806では、トランスデューサーのpHに応じて、トランスデューサーへ選択的に第1の機能分子を結合させる。機能分子の幾つかの例としては、オリゴヌクレオチド、DNA、RNA、DNA断片、RNA断片、ペプチド、レセプター、抗体、酵素、全細胞、細胞断片、ビオチンおよびストレプトアビジンを挙げることが可能である。
1つの局面では、工程1802にてマイクロアレイを設けるときに、各トランスデューサーに対応したpH形成電極、および、対極を設けてもよい。工程1804にて、複数のトランスデューサーのpHに差異を形成するときに、副工程(substeps)を設けてもよい。工程1804では、pH形成電極と対極との間に選択的に電位が与えられ、トランスデューサーに隣接する領域内のpHに差異が形成される。
1つの局面では、工程1803aにて、上記環境へ第1の機能分子が導入される。次いで、工程1804にて複数のトランスデューサーのpHに差異が形成されるときに、第2のトランスデューサーのpHを維持しながら、第1のトランスデューサーのpHが変更される工程1806では、上記環境に由来する第1の機能分子が、第1のトランスデューサーへ結合するが、第2のトランスデューサーへは結合しない。別の形態では、工程1806にて、第1の機能分子がトランスデューサーへ選択的に結合するときに、上記環境に由来する第1の機能分子が、第2のトランスデューサーへ結合するが、第1のトランスデューサーへは結合しない。
別の局面では、工程1806にて、第1の機能分子がトランスデューサーへ選択的に結合するときに、トランスデューサーのpHに応じて、第1の機能分子とトランスデューサーの表面との間の結合が解離する。
1つの局面では、工程1806にて、第1の機能分子がトランスデューサーへ選択的に結合するときに、第1の機能分子が、第1のトランスデューサーおよび第2のトランスデューサーへ選択的に結合する。次いで、工程1808では、第2の機能分子が上記環境へ導入される。工程1810では、第1のトランスデューサーのpHと第2のトランスデューサーのpHとの間に第2の差異が形成される。工程1812では、第1のトランスデューサーのpHに応じて、第2の機能分子が、第1のトランスデューサー上の第1の機能分子へ選択的に結合する。この局面では、上記第2の機能分子は、第2のトランスデューサー上の第1の機能分子へは結合しない。
別の局面では、工程1802にて、第2の分子が結合している第1のトランスデューサーおよび第2のトランスデューサーが設けられる。工程1803bでは、第3の分子が上記環境へ導入される。工程1804では、第1のトランスデューサーのpHと第2のトランスデューサーのpHとの間に差異が形成され、工程1806では、上記第3の分子によって第2の分子が活性化されることによって、第1の機能分子を第1のトランスデューサーへ選択的に結合させる(第2のトランスデューサーへは結合しない)。
別の局面では、工程1802にて、両方とも第2分子に結合している第1のトランスデューサーおよび第2のトランスデューサーが設けられ、工程1803aにて、上記第1の機能分子が上記環境へ導入される。工程1804では、第1のトランスデューサーのpHと第2のトランスデューサーのpHとの間に差異が形成され、工程1806では、上記第2の分子が選択的に修飾されて、当該修飾された第2の機能分子と上記第1の機能分子とが結合する。何れのトランスデューサーがpHを形成し、そして、当該pHが反応に適したものであるか否かに応じて、修飾された第2の機能分子を、第1のトランスデューサーまたは第2のトランスデューサーの何れかに結合させることができる。
別の局面では、工程1802にて、両方とも第2分子に結合している第1のトランスデューサーおよび第2のトランスデューサーが設けられ、工程1803bにて、第3の分子が上記環境へ導入される。工程1804では、第1のトランスデューサーのpHと第2のトランスデューサーのpHとの間に差異が形成され、工程1806では、上記第3の分子が選択的に活性化されて、当該活性化された第3の分子と第2の分子とが結合し、これによって、第1の機能分子が第1のトランスデューサーへ結合する。
トランスデューサーマイクロアレイを機能化させるためのシステムおよび方法が、示されてきた。本発明を説明するために、特定の方法および材料の例が用いられている。しかしながら、本発明は、これらの例に限定されない。本発明の別の変形例および実施形態も、当業者の心に浮かぶであろう。
トランスデューサーの表面への機能分子の結合を示す概略図である。 トランスデューサーの表面への機能分子の結合を示す概略図である。 トランスデューサーの表面への機能分子の結合を示す概略図である。 トランスデューサーの表面への機能分子の結合を示す概略図である。 図1A、図1B、図1Cまたは図1Dの機能化されたトランスデューサーと、生物学的な成分との相互作用を示す概略図である。 修飾された機能分子へ結合した、修飾された生物学的な成分の例を示している。 修飾された機能分子へ結合した、修飾された生物学的な成分の例を示している。 ハイブリダイズされた機能分子と生物学的な成分との結合を示す概略図である。 トランスデューサーの表面を多段階にて機能化させることを示す概略図である。 図5に示される多段階の工程の一例を示しており、まず初めに官能基が結合し、続いて、加えられた生物学的な成分が修飾される。 多段階の工程の別の例を示している。 トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるためのシステムを示すブロック図である。 トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるためのシステムを示すブロック図である。 図8のマイクロアレイの、典型的なトランスデューサー、pH形成電極、および対極を示すブロック図である。 図8のマイクロアレイの、典型的なトランスデューサー、pH形成電極、および対極を示すブロック図である。 pHによって制御された、生物学的な成分の固定化の一例を示しており、上記成分は、最初から官能基Z(group Z)と結合しているか、または、官能基Zによって機能化されている。 図10から始まる例を、引き続き示している。 図10に示されている方法とは別の、pHによって制御された固定化を示している。 電気化学的なpH形成によって同時に生じた、適した(favorable)pH条件と制限された(restricting)pH条件との両方における、pHによって制御された固定化の一例を示している。 特異的なオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分の、pHによって制御された固定化の一例を示している。 特異的なオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分の、pHによって制御された固定化の変形例を示している。 特異的なオリゴヌクレオチドタグによって修飾された生物学的な成分の、pHによって制御された固定化を示しており、上記成分は、トランスデューサーの表面上に既に形成されている。 図16から始まる工程を、引き続き示している。 トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるための方法を示すフローチャートである。

Claims (14)

  1. トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるための方法であって、
    共通した環境へ露出された複数のトランスデューサーの領域を含むマイクロアレイを設ける工程と、
    上記複数のトランスデューサーのpHに、第1の差異を形成する工程と、
    上記複数のトランスデューサーのpHに応じて、当該複数のトランスデューサーに対して、第1の機能分子を選択的に結合させる工程と、を含み、
    上記複数のトランスデューサーに対して、第1の機能分子を選択的に結合させる工程は、上記複数のトランスデューサーのpHに応じて、上記第1の機能分子とトランスデューサーの表面との間の結合を解離する工程を含む方法。
  2. 上記マイクロアレイを設ける工程は、各トランスデューサーに対応したpH形成電極、および、対極を設ける工程を含み、
    上記複数のトランスデューサーのpHに、第1の差異を形成する工程は、上記pH形成電極と上記対極との間に、選択的に電位を与える工程と、上記複数のトランスデューサーに隣接した領域内に、pHの差異を形成する工程とを含む、請求項1に記載の方法。
  3. 上記環境へ上記第1の機能分子を導入する工程を更に含み、
    上記複数のトランスデューサーのpHに、第1の差異を形成する工程は、第2のトランスデューサーのpHを維持しながら、第1のトランスデューサーのpHを変更する工程を含み、
    上記複数のトランスデューサーに対して、第1の機能分子を選択的に結合させる工程は、上記環境に由来する上記第1の機能分子を、上記第2のトランスデューサーへ結合させるが、上記第1のトランスデューサーへは結合させない工程を含む、請求項1に記載の方法。
  4. 上記複数のトランスデューサーに対して、第1の機能分子を選択的に結合させる工程は、上記第1の機能分子を第1のトランスデューサーおよび第2のトランスデューサーへ選択的に結合させる工程を含み、
    上記方法は、更に、
    上記環境へ第2の機能分子を導入する工程と、
    上記第1のトランスデューサーのpHと上記第2のトランスデューサーのpHとの間に第2の差異を形成する工程と、
    上記第1のトランスデューサーのpHに応じて、上記第1のトランスデューサー上で、上記第1の機能分子に対して上記第2の機能分子を選択的に結合させる工程とを含む、請求項1に記載の方法。
  5. 上記複数のトランスデューサーの領域を含むマイクロアレイを設ける工程は、結合した第2の分子を各々有する、第1のトランスデューサーおよび第2のトランスデューサーを設ける工程を含み、
    上記方法は、更に、上記環境へ第3の分子を導入する工程を含み、
    上記複数のトランスデューサーのpHに、第1の差異を形成する工程は、上記第1のトランスデューサーのpHと上記第2のトランスデューサーのpHとの間に差異を形成する工程を含み、
    上記複数のトランスデューサーに対して、第1の機能分子を選択的に結合させる工程は、第3の分子によって上記第2の分子を活性化させて、上記第1のトランスデューサーに結合した上記第1の機能分子を選択的に形成する工程を含む、請求項1に記載の方法。
  6. 上記複数のトランスデューサーに対して、第1の機能分子を選択的に結合させる工程は、オリゴヌクレオチド、DNA、RNA、DNA断片、RNA断片、ペプチド、レセプター、抗体、酵素、全細胞、細胞断片、ビオチンおよびストレプトアビジンからなる群から選択される第1の機能分子を選択的に結合させる工程含む、請求項1に記載の方法。
  7. 上記マイクロアレイを設ける工程は、トランスデューサーの領域を設ける工程を含み、
    上記各トランスデューサーは、隣接するpH形成電極と対応している、請求項2に記載の方法。
  8. 上記複数のトランスデューサーの領域を含むマイクロアレイを設ける工程は、各々が第2の分子と結合している、第1のトランスデューサーおよび第2のトランスデューサーを設ける工程を含み、
    上記方法は、更に、上記環境へ上記第1の機能分子を導入する工程を含み、
    上記複数のトランスデューサーのpHに、第1の差異を形成する工程は、上記第1のトランスデューサーのpHと上記第2のトランスデューサーのpHとの間に差異を形成する工程を含み、
    上記複数のトランスデューサーに対して、上記第1の機能分子を選択的に結合させる工程は、上記第2の分子を選択的に修飾して、上記第1のトランスデューサーおよび上記第2のトランスデューサーからなる群から選択される1つのトランスデューサー上で、上記第1の機能分子と修飾された上記第2の機能分子とを結合させる工程を含む、請求項1に記載の方法。
  9. トランスデューサーマイクロアレイを選択的に機能化させるためのシステムであって、
    各トランスデューサーに隣接した対応するpH形成電極を有する複数のトランスデューサーの領域、および、対極を含むマイクロアレイと、
    上記複数のトランスデューサーの領域に共通した環境を提供するための空洞を有する液体チェンバーと、
    上記液体チェンバーへ選択的に液体を供給するための液体デマルチプレクサーと、
    上記マイクロアレイへ接続されて、上記対極と、選択されたトランスデューサーの上記pH形成電極との間に電位を形成する電圧マルチプレクサーと、を含み、
    上記複数のトランスデューサーへ選択的に機能分子を結合させるために、上記複数のトランスデューサーに隣接する領域内のpHに応じて、上記複数のトランスデューサーのpHに差異が形成され
    上記電圧デマルチプレクサーは、上記複数のトランスデューサーのpHに応じて、トランスデューサーの表面へ結合した機能分子の間の結合を解離する、システム。
  10. 上記液体マルチプレクサーは、上記液体チェンバーへ第1の機能分子を導入し、
    上記電圧デマルチプレクサーは、第2のトランスデューサーのpHを維持しながら、第1のトランスデューサーのpHを変更して、これによって、上記液体チェンバー内の上記第1の機能分子を、上記第2のトランスデューサーへ結合させるが、上記第1のトランスデューサーへは結合させない、請求項に記載のシステム。
  11. 上記トランスデューサーの領域は、第1の機能分子と結合している第1のトランスデューサーと、第1の機能分子と結合している第2のトランスデューサーとを含み、
    上記液体マルチプレクサーは、上記液体チェンバーの環境へ、第2の機能分子を導入し、
    上記電圧デマルチプレクサーは、上記第1のトランスデューサーのpHと上記第2のトランスデューサーのpHとの間に差異を形成して、上記第1のトランスデューサー上で、上記第1の機能分子へ上記第2の機能分子を選択的に結合させる、請求項に記載のシステム。
  12. 上記トランスデューサーの領域は、第2の分子と結合している第1のトランスデューサーと、第2の分子と結合している第2のトランスデューサーとを含み、
    上記液体マルチプレクサーは、上記液体チェンバーへ、第3の分子を導入し、
    上記電圧デマルチプレクサーは、上記第1のトランスデューサーのpHと上記第2のトランスデューサーのpHとの間に差異を形成し、上記第3の分子によって上記第2の分子を選択的に活性化させて、上記第1のトランスデューサーに結合した第1の機能分子を形成する、請求項に記載のシステム。
  13. 上記複数のトランスデューサーは、オリゴヌクレオチド、DNA、RNA、DNA断片、RNA断片、ペプチド、レセプター、抗体、酵素、全細胞、細胞断片、ビオチンおよびストレプトアビジンからなる群から選択される機能分子に結合している、請求項に記載のシステム。
  14. 上記トランスデューサーの領域は、第2の分子と結合している第1のトランスデューサーと、第2の分子と結合している第2のトランスデューサーとを含み、
    上記液体マルチプレクサーは、上記液体チェンバーへ、第1の機能分子を導入し、
    上記電圧デマルチプレクサーは、上記第1のトランスデューサーのpHと上記第2のトランスデューサーのpHとの間に差異を形成して、上記第2の分子を選択的に修飾するとともに、上記第1のトランスデューサー上で、上記修飾された第2の機能分子へ上記第1の機能分子を結合させる、請求項に記載のシステム。
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