JP4836403B2 - 毒性物質の検出方法 - Google Patents

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Description

技術分野
本発明は生物学的方法を用いた毒性化合物の検出方法に関する。本発明はまた該検出方法に用いるポリヌクレオチド、ベクター、及び細胞にも関する。
背景技術
環境庁により昭和49年から平成10年度までの24年間にわたり毎年行われている化学物質環境追跡調査結果によれば、今まで調査した775種類の化学物質のうち、約40%の物質が環境中に放出されている。一方、わが国において現在、工業的に生産されている化学物質は約5万種類とされ、その生産量、種類は年々増加している。また、塩素による水処理、焼却処理等により非意図的に生成された化学物質が環境を汚染することが知られている。これらの事実から、環境中に蓄積されている化学物質は多数あると予測されるが、これら全てを個々に調査することはきわめて困難である。
従来のバイオアッセイ(生物材料を用いてその応答性から有害性を評価する手法)は主として魚類やミジンコ、貝等の個体、細胞の生育阻害や特定の生体反応を指標としており、環境中の化学物質による毒性の評価はできるが、その毒性の性質やどのような化学物質に起因するかを判断することはできない。亜硝酸生成細菌または硝酸精製細菌の活性により評価する方法(特開平06−123705号公報、特開2000−206087号号公報)、鉄バクテリアの活性により評価する方法(特開平11−37969号公報)が提案されており、水質安全モニタ(富士電機)のような製品が販売されている。また、国外では、発光微生物の発光強度により評価する製品(MICROTOX、azur社、アメリカ;LUMIS、drlange社、ドイツ)が市販されている。しかし、これらはいずれも従来型のバイオアッセイ法の延長であり、毒性化学物質に関する詳細な情報は得られない。
わが国の化学物質のリスク管理は、新たな汚染が見出されるたびに化学物質の見直しが行われ、さらに規制と自主規制を組み合わせる体制の整備がすすめられている。しかし、トリハロメタンやダイオキシンに代表されるような有害化学物質の非意図的生成および環境放出など、複雑化、多様化する現状に即座に対応する体制は整っていない。また、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」における毒性評価法である動物実験はコストや時間がかかり国際的に受け入れ難くなっている。このように、管理体制についての問題は常に議論されるが、それを解決する具体的な手段が無いことから課題の解決には至っていない。従って、環境中に存在する化学物質を簡単に同定する方法が要望されている。
発明の開示
本発明者は毒性物質が特定の酵母遺伝子のプロモーターを活性化し、該プロモーターに作動可能に連結したマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチドからmRNAの転写を誘導することを発見して本発明を完成させた。
即ち本発明は先ず、以下の群から選択される酵母遺伝子のプロモーターを含むポリヌクレオチド配列、並びにこれら遺伝子に相同性の他種由来の遺伝子のプロモーターを含むポリヌクレオチド配列よりなる群から選択されるポリヌクレオチド配列に、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチドを作動可能に連結したポリヌクレオチドに関する。
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これら酵母遺伝子の塩基配列、アミノ酸配列は公共のデータベース(例えば、ドイツのMIPS:Munich Information Center for Protein Sequence、米国のSGD:Saccharomyces Genome Database)に開示されており、インターネットを介して知ることができる。また、プロモーター配列についても公共のデータベース(SCPD:The Promoter Database of Saccharomyces cerevisiae)に開示されている。
上記酵母遺伝子のプロモーターばかりでなく、上記酵母遺伝子に相同性を有する他種由来の遺伝子のプロモーターも使用できる。ここに「酵母遺伝子に相同性を有する遺伝子」とは、酵母遺伝子の塩基配列に50%以上、好ましくは80%以上の相同性を有する塩基配列を含む遺伝子であって、該酵母遺伝子がコードするタンパク質と同じ機能を有するタンパク質をコードする塩基配列を含む遺伝子を言う。
上記遺伝子のプロモーターのポリヌクレオチド配列に、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチドを作動可能に連結してポリヌクレオチド構築物を得る。プロモーターにタンパク質をコードするポリヌクレオチドを作動可能に連結する方法は当業者によく知られている(例えばR.W.オールド、S.B.プリムローズ遺伝子操作の原理 原書第5版,培風館,pp138−165,pp.234−263,2000を参照)。
マーカータンパク質の例としてはGFP(Green Fluorescence Protein)
(Heim,R,Cubitt,A.B.and Tsien,R.Y.(1995)Nature 373,663−664;Heim,R.,Prasher DC.and Tsien,R.Y.(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.,91,12501−12504;Warg,S.and Hazerigg,T.(1994)Nature 639,400−403;Youvan,D.C.and Michel−Beyerle,M.E.(1996)Nature Biotechnology 14 1219−1220;Chalfie,M.,Tu,Y.,Euskirchen,G.,Ward,W.W.and Prasher,D.C.(1994)Science 263,802−805)、β−ガラクトシダーゼ(Canestro C,Albalat R,Escriva H,Gonzalez−Duarte R.Endogenous beta−galactosidase activity in amphioxus:a useful histochemical marker for the digestive system.Dev Genes Evol 2001 Mar 211(3):154−6)、ルシフェラーゼ(Arch Toxicol 2002 Jun;76(5−6):257−61、Estrogenic activity of UV filters determined by an in vitro reporter gene assay and an in vivo transgenic zebrafish assay.Schreurs R,Lanser P,Seinen W,Van Der Burg B.)、及びアセチルトランスフェラーゼ(J Recept Signal Transduct Res 2001 Feb;21(1):71−84,A simplified method for large scale quantification of ranscriptional activity and its use in studies of steroids and steroid receptors.Zhang S,Lu J,Iyama K,Lo SC,Danielsen M.)を挙げることができる。 本発明は上記ポリヌクレオチド構築物を含むベクターにも関する。
酵母遺伝子のプロモーター配列を含むポリヌクレオチドは、公共のデータベースから知られる上記酵母遺伝子の塩基配列を基に、必要と思われる部分を複写するプライマーを設計し、酵母ゲノムDNAをテンプレートとしてPCR法で増幅することによって得る。また、目的とする細胞において複製可能なプラスミドを選択し、これにマーカータンパク質の塩基配列を挿入する。先に作成したプロモーター配列を含むポリヌクレオチドを、マーカー遺伝子の上流部分に挿入することにより、目的とするベクターが得られる。
本発明は上記ベクターで形質転換した宿主細胞にも関する。用いる宿主細胞としてはヒト細胞が好ましいのは当然であるが、マウスその他哺乳類の細胞でも良い。また、環境中の毒性評価という面から、これまでバイオアッセイに用いられている魚類、線虫等の細胞でも可能である。また、培養が容易であることから微生物の細胞を用いることも好ましい。また、本法は酵母細胞の遺伝子を基にしていること、また酵母の生育は塩濃度その他の環境試料において変動する条件に左右されないことから、好ましい細胞は酵母細胞である。細胞を形質転換する方法はよく知られている(例えば、Kaiser C,Michaelis S,Mitchell A:Lithium acetate yeast transformation,Methods in Yeast Genetics,A Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual 1994 edition(Cold Spring Harbor Laboratory Press)pp.133−134,1994を参照)。またベクターを用いなくとも当該酵母遺伝子のコード領域をマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列で置換することによっても目的は達せられる。上記ポリヌクレオチド構築物を細胞に直接導入することも可能であり、その方法も周知である。
本発明は、
(1)被験物質を、上記の形質転換した細胞と接触させ、
(2)マーカータンパク質をコードするmRNAの発現を検出すること、
を含む被験物質中の毒性化合物の検出方法にも関する。
被験物質を、細胞と接触させる場合は、例えば形質転換した細胞をその細胞を培養するに適した条件下で液体培養し、その培養液に直接被験物質を添加する方法により行う。
次にマーカータンパク質又はこれをコードするmRNAの発現量を測定する。マーカータンパク質の発現量を測定は、細胞を粉砕しタンパク質抽出液を得、この液中のマーカータンパク質量を測定すれば良い。例えばマーカー蛋白質がGFPの場合は、タンパク質抽出液の蛍光量を蛍光分光光度計により計測する。また、細胞を粉砕せずに蛍光顕微鏡、レーザー顕微鏡による観察および画像処理、フローサイトメトリーによる計測、さらにエバネッセント光などを用いた検出方法が可能である。
mRNAの発現は、1)ノーザンブロット法(緒方宣邦、野島博:遺伝子工学キーワードブック 改定第2版、羊土社、2000,pp299−301)により検出するか、2)逆転写PCR法(RT−PCR)(中別府雄作、他:細胞工学別冊 Tipsシリーズ 改定PCR Tips,秀潤社、1999,pp25−43)等によって検出することができる。
ノーザンブロット法の手順はRNAを電気泳動して、そのパターンをフィルターに移しとり、アイソトープで標識した特異的な標識プローブとハイブリダイゼーションをさせることで、標本中のmRNAの存在と量、およびその長さを解析する。また、RT−PCRは、まずRNAを逆転写酵素(reverse transcriptase)を用いてcDNAに逆転社し、次にこのcDNAを出発材料として特定のプライマーセットと耐熱性DNAポリメラーゼを用いてPCRを行い、目的のRNAの存在をそのcDNAの増幅という形で、検出定量化する方法である。
本発明の方法により検出できる毒性物質は特に限定がないが例えば、NaAs、CdCl、HgCl、PbCl、4−ニトロキノリン−N−オキサイド、2,4,5−トリクロロフェノール、γ−ヘキサクロロシクロヘキサン、エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、2,4,5,6−テトラクロロ−1,3−ベンゼンジカルボニトリル、テトラメチルチウラムジスルフィド、エチレンビス(ジチオカルバメート)亜鉛、8−メチル−N−バニリル−6−ノネンアミド、ジンジャオール、アクロレイン、ジメチルスルホオキシド、ラウンドアップ(登録商標、除草剤)(N−(ホスホメチル)グリシナートアンモニウム41.0%、界面活性剤59.0%)、ドデシルベンゾスルホン酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、シアン化カリウム、ベンゾ(a)ピレン、ホルムアルデヒド、ビスフェノールA,2,5−ジクロロフェノール、塩化メチル水銀、p−ノニルフェノール、ペンタクロロフェノール、塩化ニッケル(II)、重クロム酸カリウム、トリフェニルスズクロライド、フェノール、S−4−クロロベンジル−N,N−ジエチルカルバマート、ヘキサクロロフェン、トリクロサン、硫酸銅等を含む。
2つ以上の細胞、即ち異なる酵母遺伝子のプロモーターにマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチドを作動可能に連結したポリヌクレオチドを含むベクターで形質転換した2つ以上の細胞を用いて、それぞれについて上記方法を行なうと毒性物質を更に特定することができる。例えば以下の実施例で示すように酵母遺伝子プロモーターとしてYLL057Cのものを用いると2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、亜ヒ酸若しくはその塩、カドミウム塩、青酸若しくはその塩が検出可能であり、酵母遺伝子としてYLR303Wを用いると2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、亜ヒ酸若しくはその塩、カドミウム塩、青酸若しくはその塩、ベンゾ(a)ピレン、ホルムアルデヒド、エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、水銀塩が検出可能である。従って、例えば、酵母遺伝子としてYLR303Wを用いた場合にはマーカータンパク質の発現が誘導されるが、酵母遺伝子としてYLL057Cを用いた場合にはマーカータンパク質の発現が誘導されないなら毒性物質はベンゾ(a)ピレン、水銀塩、エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン又はホルムアルデヒドと特定される。またいずれの酵母遺伝子を用いた場合にもマーカータンパク質の発現が誘導されるなら毒性物質は2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、亜ヒ酸若しくはその塩、カドミウム塩、又は青酸若しくはその塩と特定される。
以下に本発明を実施例により更に説明するが本発明はこれら実施例に限定されるものではないことは勿論である。
実施例
実施例1
毒性物質の検出のためいかなる酵母遺伝子が有用であるかを調べるため以下の実験を行った。
YPD培地(酵母エキス1%、ポリペプトン2%、ブドウ糖2%)に酵母(Saccharomyces cerevisiae S288C(α SUC2mal mel gap2 CUP1))を25℃で培養した。対数増殖期に以下の細胞に対して毒性を有する化学物質の1つを添加して更に2時間培養した。これと同条件で化学物質を添加せずに培養して対照区とした。化学物質の濃度は酵母の生育を阻害するが死滅には至らないような濃度を選択した。
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培養終了後遠心して集菌した。これに酢酸ナトリウム緩衝液(50mM酢酸ナトリウム、10mM EDTA、1%SDS)を加え、65℃で5分間振とうし、室温に戻した後上澄みを得るという操作を2回繰り返した。これにフェノール/クロロホルム1:1溶液を1/2容量加えて遠心し上澄みを得、これに上澄みと等容量のクロロホルムを加え遠心し、上澄みを得た。この上澄みに等容量の0.3M酢酸ナトリウムを含むイソプロパノールを加え室温にて30分放置後遠心を行ない全RNAの沈殿物を得た。この沈殿物に70%エタノールを加え遠心し再度沈殿させ、乾燥後水に溶解させた。この全RNAから次の方法によりmRNAを単離した。mRNAは3′末端にポリA鎖が付加されているため、ラテックス粒子の表面上に固定されたポリT構造を持ったポリヌクレオチドによりmRNAをトラップした後に、スピンカラムで洗浄、溶出を行なった(Oligotex−dT30〈Super〉mRNA Purification Kit,Takara)。このmRNAを蛍光標識したヌクレオチドを用い逆転写酵素(Super Script II Reverse Transcriptase;カタログ番号18064−014,GibcoBRL)を用いて逆転写し、逆転写の際にCy3−dUTPまたはCy5−dUTPを取りこませて標識cDNAを得た。
この標識cDNAをTEバッファー(10mM Tris・HCl/1mM EDTA,pH8.0)に溶解し、酵母のすべての遺伝子を有するDNAチップ(DNAチップ研究所製)に滴下し、65℃で12時間以上ハイブリダイズさせた。このDNAチップの蛍光強度をスキャナーで読み取り、化学物質を添加しない場合の蛍光強度に対する比、即ち化学物質存在下における発現mRNA量/化学物質不存在下における発現mRNA量として表1〜9に示した。なおこれらの表中、最右欄の「強度」はコントロール細胞における各遺伝子のmRNA発現量を全遺伝子の発現量の平均値で割った値である。コントロールのmRNA発現量が小さく、化学物質を添加した場合のmRNA発現量が大きい遺伝子が毒性物質の検出に特に有用である。
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機能未知の酵母遺伝子2400のうち約700が重金属、農薬、界面活性剤等の毒性を有する化学物質いずれかによりmRNAの発現が誘導され(表1)、ミトコンドリア局在タンパク質遺伝子167(表2)、遺伝子修復系タンパク質遺伝子52(表3)、エネルギー系タンパク質遺伝子161(表4)、トランスポート促進タンパク質遺伝子142(表5)、ストレスタンパク質遺伝子90(表6)、代謝系たんぱく質遺伝子142(表7)、脱毒性蛋白質遺伝子60(表8)、その他のカテゴリーに属する遺伝子507(表9)のmRNAの発現が毒性を有する化学物質のいずれかにより誘導されることが示される。ここで、化学物質存在下における発現mRNA量/化学物質不存在下における発現mRNA量が2倍以上のものを有意とした。
このように毒性物質が存在すると特定の酵母遺伝子の発現が誘導されるのは、毒性物質が該遺伝子のプロモーターを活性化することによると考えられる。そこで本発明者は、酵母遺伝子のプロモーターを含むポリヌクレオチド配列にマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチドを作動可能に連結したポリヌクレオチド配列を含むベクターを調製し、該ベクターで酵母細胞を形質転換した。このような細胞を用いると、発現するマーカータンパク質を検出することにより、毒性物質の検出を簡便に行うことができる(以下このような検出を「プロモーターアッセイ」と呼ぶことがある)。以下の実施例にはそのようなベクターの調製、該ベクターを用いる酵母細胞の形質転換、形質転換した細胞による毒性物質の検出を示す。
プロモーターアッセイ法はmRNAの細胞内の変動をマーカー遺伝子の発現レベルに置き換えて,遺伝子発現量を非破壊で測定する方法である。化学物質を検出するために選択した遺伝子は化学物質不存在下においても発現しており,従ってマーカータンパク質も化学物質不存在下においても存在する。本発明の方法は被検試料を付加した時の酵母遺伝子の挙動をマーカータンパク質の発現量の変化によって計測し,毒性化学物質の存在およびその種類を推定するものである。このため,化学物質不存在下においてはマーカータンパク質の産生が少ない方が望ましく,また化学物質存在下においてマーカータンパク質の産生が多い方が望ましい。このため,プロモーターアッセイにおける酵母遺伝子の選択にあたっては,強度(コントロール細胞における遺伝子の発現量/全遺伝子の発現量の平均値)が、好ましくは1.5以下、より好ましくは1以下、さらに好ましくは0.5以下であり、発現倍率(化学物質存在下の発現mRNA/化学物質不存在下の発現mRNA)が好ましくは3以上、より好ましくは10以上、さらに好ましくは20以上であるものを選択する。
実施例2
酵母遺伝子YKL071wのプロモーター配列を含むポリヌクレオチドをPCRにより増幅するためのプライマーを作成した。プライマーはプライマー設計用のソフトウェアであるOligo4.0−S,SequencherIマッキントッシュ版を用いて設計し、アッパープライマーの塩基配列は、
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であり、ロウワープライマーの塩基配列は、
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とした。PCRはテンプレートとして酵母の染色体(Saccharomyces cerevisiae S288C,Cat.40802,Reserch Genetics,Inc.)を用い試薬は市販のキット(KOD DNA Polymerase;コードKOD−101、Toyobo)を使用した。
使用するベクターは大腸菌と酵母の両方で複製されるYEp型シャトルベクターであるpYES2(pYES2,Cat no:V825−20,Invirtogen Corporation,USA)(R.W.オールド、S.B.プリムローズ遺伝子操作の原理 原書第5版,培風館,pp.234−263,2000))を用いた。また、マーカータンパク質GFPをコードするポリヌクレオチド(配列番号6)はベクターpQBI 63(Cat no.54−0082,和光純薬工業(株))のGFPの部分を用いた。まず、pYES2のmultiple cloning siteの中にGFPのポリヌクレオチドを挿入したベクター作成した。その後、pYES2のGAL1プロモーターの部分を目的とする酵母遺伝子であるYKL071wのプロモーター配列を含むポリヌクレオチド(配列番号1)で置換して、目的とするプラスミドベクターを得た。GFPおよびプロモーター配列を含むポリヌクレオチドの挿入の操作は、適当な制限酵素を選択して行った。
次にこのプラスミドベクターで酵母Saccharomyces cerevisiae W303を形質転換した。形質転換の手順を以下に示す。
1)酵母細胞Saccharomyces cerevisiae W303を200mlのSD培地でOD660が0.5になるまで振とう培養する。
2)集菌して5mlのTE−bufferにけん濁する。
3)2.5Mのリチウムアセテイト250μLを添加する。
4)300μlずつ分注し10μlの上記プラスミドベクターを添加し、30℃30分培養する。
5)700μlの50%PEG4000を付加し、30℃60分振とう培養する。
6)ヒートショック(42℃、5分)後、急冷する。
7)1Mソルビトールで2回洗浄する。
8)最小栄養培地で作成した寒天プレートに播種する。
形質転換の確認は選択培地(SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン)により行った。選択培地の寒天プレートに生育したコロニーはさらに、アミノ酸の栄養要求性を確認した。
形質転換した酵母細胞は、SC−YKL071w−pQBIと命名し、茨城県つくば市東1丁目1番地1 中央第6、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに国際寄託されている(受託日:平成14年8月19日、受託番号FERM BP−8161)。
実施例3
酵母遺伝子YCR102cのプロモーター配列を含むポリヌクレオチドをPCRにより増幅するためのプライマーを作成した。プライマーは、プライマー設計用のソフトウェアであるOligo4.0−S,SequencherIマッキントッシュ版を用いて設計し、アッパープライマーの塩基配列は
Figure 0004836403
であり、ロウワープライマーの塩基配列は
Figure 0004836403
とした。PCRはテンプレートとして酵母の染色体(Saccharomyces cerevisiae S288C,Cat.40802,Reserch Genetics,Inc.)を用い試薬は市販のキット(KOD DNA Polymerase;コードKOD−101、Toyobo)を使用した。
使用するベクターは大腸菌と酵母の両方で複製されるYEp型シャトルベクターであるpYES2(pYES2,Cat No:V825−20,Invirtogen Corporation,USA)(R.W.オールド、S.B.プリムローズ遺伝子操作の原理 原書第5版,培風館,pp.234−263,2000))を用いた。また、マーカータンパク質GFPをコードするポリヌクレオチド(配列番号6)はベクターpQBI 63(Cat no.54−0082,和光純薬工業(株))のGFPの部分を用いた。まず、pYES2のmultiple cloning siteの中にGFPのオリゴヌクレオチドを挿入したベクター作成した。その後、pYES2のGAL1プロモーターの部分を目的とする酵母遺伝子であるYCR102cのプロモーター配列を含むポリヌクレオチド(配列番号2)で置換して、目的とするプラスミドベクターを得た。GFPおよびプロモーター配列を含むポリヌクレオチドの挿入の操作は、適当な制限酵素を選択して行った。
次にこのプラスミドベクターで酵母Saccharomyces cerevisiae W303を形質転換した。形質転換の手順を以下に示す。
1)酵母細胞Saccharomyces cerevisiae W303を200mlのSD培地でOD660が0.5になるまで振とう培養する。
2)集菌して5mlのTE−bufferにけん濁する。
3)2.5Mのリチウムアセテイト250uLを添加する。
4)300mlずつ分注し10ulの上記プラスミドベクターを添加し、30℃30分培養する。
5)700mlの50%PEG4000を付加し、30℃60分振とう培養する。
6)ヒートショック(42℃、5分)後、急冷する。
7)1Mソルビトールで2回洗浄する。
8)最小栄養培地で作成した寒天プレートに播種する。
組み込みの確認は選択培地(SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン)により行った。選択培地の寒天プレートに生育した酵母のコロニーはさらに、アミノ酸の栄養要求性を確認した。
形質転換した酵母細胞をSC−YCR102c−pQBIと命名し、茨城県つくば市東1丁目1番地1 中央第6、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに国際寄託されている(受託日:平成14年8月19日、受託番号FERM BP−8159)。
実施例4
酵母遺伝子YOR382wのプロモーター配列を含むポリヌクレオチドをPCRにより増幅するためのプライマーを作成した。プライマーはプライマー設計用のソフトウェアであるOligo4.0−S,SequencherIマッキントッシュ版を用いて設計し、アッパープライマーの塩基配列は、
Figure 0004836403
であり、ロウワープライマーの塩基配列は、
Figure 0004836403
とした。PCRはテンプレートとして酵母の染色体(Saccharomyces cerevisiae S288C,Cat.40802,Reserch Genetics,Inc.)を用い試薬は市販のキット(KOD DNA Polymerase;コードKOD−101、Toyobo)を使用した。
使用するベクターは大腸菌と酵母の両方で複製されるYEp型シャトルベクターであるpYES2(pYES2,Cat no:V825−20,Invirtogen Corporation,USA)(R.W.オールド、S.B.プリムローズ遺伝子操作の原理 原書第5版,培風館,pp.234−263,2000))を用いた。また、マーカータンパク質GFPをコードするポリヌクレオチド(配列番号6)はベクターpQBI 63(Cat no.54−0082,和光純薬工業(株))のGFPの部分を用いた。まず、pYES2のmultiple cloning siteの中にGFPのポリヌクレオチドを挿入したベクター作成した。その後、pYES2のGAL1プロモーターの部分を目的とする酵母遺伝子であるYOR382wのプロモーター配列を含むポリヌクレオチド(配列番号3)で置換して、目的とするプラスミドベクターを得た。GFPおよびプロモーター配列を含むポリヌクレオチドの挿入の操作は、適当な制限酵素を選択して行った。
次にこのプラスミドベクターで酵母Saccharomyces cerevisiae W303を形質転換した。形質転換の手順を以下に示す。
1)酵母細胞Saccharomyces cerevisiae W303を200mlのSD培地でOD660が0.5になるまで振とう培養する。
2)集菌して5mlのTE−bufferにけん濁する。
3)2.5Mのリチウムアセテイト250μLを添加する。
4)300μlずつ分注し10μlの上記プラスミドベクターを添加し、30℃30分培養する。
5)700μlの50%PEG4000を付加し、30℃60分振とう培養する。
6)ヒートショック(42℃、5分)後、急冷する。
7)1Mソルビトールで2回洗浄する。
8)最小栄養培地で作成した寒天プレートに播種する。
形質転換の確認は選択培地(SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン)により行った。選択培地の寒天プレートに生育したコロニーはさらに、アミノ酸の栄養要求性を確認した。
形質転換した酵母細胞は、SC−YOR382W−pQBIと命名し、茨城県つくば市東1丁目1番地1 中央第6、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに国際寄託されている(受託日:平成14年8月19日、受託番号FERM BP−8160)。
実施例5
酵母遺伝子YLL057cのプロモーター配列を含むポリヌクレオチドをPCRにより増幅するためのプライマーを作成した。プライマーはプライマー設計用のソフトウェアであるOligo4.0−S,SequencherIマッキントッシュ版を用いて設計し、アッパープライマーの塩基配列は、
Figure 0004836403
であり、ロウワープライマーの塩基配列は、
Figure 0004836403
とした。PCRはテンプレートとして酵母の染色体(Saccharomyces cerevisiae S288C,Cat.40802,Reserch Genetics,Inc.)を用い試薬は市販のキット(KOD DNA Polymerase;コードKOD−101、Toyobo)を使用した。
使用するベクターは大腸菌と酵母の両方で複製されるYEp型シャトルベクターであるpYES2(pYES2,Cat no:V825−20,Invirtogen Corporation,USA)(R.W.オールド、S.B.プリムローズ遺伝子操作の原理 原書第5版,培風館,pp.234−263,2000))を用いた。また、マーカータンパク質GFPをコードするポリヌクレオチド(配列番号6)はベクターpQBI 63(Cat no.54−0082,和光純薬工業(株))のGFPの部分を用いた。まず、pYES2のmultiple cloning siteの中にGFPのポリヌクレオチドを挿入したベクター作成した。その後、pYES2のGAL1プロモーターの部分を目的とする酵母遺伝子であるYLL057cのプロモーター配列を含むポリヌクレオチド(配列番号4)で置換して、目的とするプラスミドベクターを得た。GFPおよびプロモーター配列を含むポリヌクレオチドの挿入の操作は、適当な制限酵素を選択して行った。
次にこのプラスミドベクターで酵母Saccharomyces cerevisiae W303を形質転換した。形質転換の手順を以下に示す。
1)酵母細胞Saccharomyces cerevisiae W303を200mlのSD培地でOD660が0.5になるまで振とう培養する。
2)集菌して5mlのTE−bufferにけん濁する。
3)2.5Mのリチウムアセテイト250μLを添加する。
4)300μlずつ分注し10μlの上記プラスミドベクターを添加し、30℃30分培養する。
5)700μlの50%PEG4000を付加し、30℃60分振とう培養する。
6)ヒートショック(42℃、5分)後、急冷する。
7)1Mソルビトールで2回洗浄する。
8)最小栄養培地で作成した寒天プレートに播種する。
形質転換の確認は選択培地(SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン)により行った。選択培地の寒天プレートに生育したコロニーはさらに、アミノ酸の栄養要求性を確認した。
形質転換した酵母細胞は、SC−YLL057C−pQBIと命名し、茨城県つくば市東1丁目1番地1 中央第6、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに寄託されている(受託日:平成13年7月27日、受託番号:FERM P−18439)。その後、国際寄託へ移管された(受託番号:FERM BP−8158、国際寄託への変更日:平成14年8月19日)。
実施例6
酵母遺伝子YLR303wのプロモーター配列を含むポリヌクレオチドをPCRにより増幅するためのプライマーを作成した。プライマーは、プライマー設計用のソフトウェアであるOligo4.0−S,SequencherIマッキントッシュ版を用いて設計し、アッパープライマーの塩基配列は
Figure 0004836403
であり、ロウワープライマーの塩基配列は
Figure 0004836403
とした。PCRはテンプレートとして酵母の染色体(Saccharomyces cerevisiae S288C,Cat.40802,Reserch Genetics,Inc.)を用い試薬は市販のキット(KOD DNA Polymerase;コードKOD−101、Toyobo)を使用した。
使用するベクターは大腸菌と酵母の両方で複製されるYEp型シャトルベクターであるpYES2(pYES2,Cat No:V825−20,Invirtogen Corporation,USA)(R.W.オールド、S.B.プリムローズ遺伝子操作の原理 原書第5版,培風館,pp.234−263,2000))を用いた。また、マーカータンパク質GFPをコードするポリヌクレオチド(配列番号6)はベクターpQBI 63(Cat no.54−0082,和光純薬工業(株))のGFPの部分を用いた。まず、pYES2のmultiple cloning siteの中にGFPのオリゴヌクレオチドを挿入したベクター作成した。その後、pYES2のGAL1プロモーターの部分を目的とする酵母遺伝子であるYLR303wのプロモーター配列を含むポリヌクレオチド(配列番号5)で置換して、目的とするプラスミドベクターを得た。GFPおよびプロモーター配列を含むポリヌクレオチドの挿入の操作は、適当な制限酵素を選択して行った。
次にこのプラスミドベクターで酵母Saccharomyces cerevisiae W303を形質転換した。形質転換の手順を以下に示す。
1)酵母細胞Saccharomyces cerevisiae W303を200mlのSD培地でOD660が0.5になるまで振とう培養する。
2)集菌して5mlのTE−bufferにけん濁する。
3)2.5Mのリチウムアセテイト250uLを添加する。
4)300mlずつ分注し10ulの上記プラスミドベクターを添加し、30℃30分培養する。
5)700mlの50%PEG4000を付加し、30℃60分振とう培養する。
6)ヒートショック(42℃、5分)後、急冷する。
7)1Mソルビトールで2回洗浄する。
8)最小栄養培地で作成した寒天プレートに播種する。
組み込みの確認は選択培地(SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン)により行った。選択培地の寒天プレートに生育した酵母のコロニーはさらに、アミノ酸の栄養要求性を確認した。
形質転換した酵母細胞をSC−YLR303W−pQBIと命名し、茨城県つくば市東1丁目1番地1 中央第6、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに寄託されている(受託日:平成13年7月27日、受託番号:FERM P−18438)。その後、国際寄託へ移管された(受託番号:FERM BP−8157、国際寄託への変更日:平成14年8月19日)。
実施例7
実施例2で製造した細胞SC−YKL071W−pQBIを以下の化合物の1つと接触させた。SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン)中で酵母細胞SC−YKL071W−pQBIを25℃で培養した。対数増殖期に細胞に対して毒性を有する以下の化学物質の1つを添加して更に2時間培養した。これと同条件で化学物質を添加せずに培養して対照区とした。
(1)ベンゾ(a)ピレン、(2)ビスフェノールA、(3)フタル酸ジ(2−エチルヘキシル)、(4)2,5−ジクロロフェノール、(5)2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、(6)ホルムアルデヒド、(7)塩化メチル水銀、(8)4−ニトロキノリン−N−オキサイド、(9)p−ノニルフェノール、(10)ペンタクロロフェノール、(11)亜ヒ酸ナトリウム、(12)テトラメチルチウラムジスルフィド、(13)トリブチルスズクロライド、(14)2,4,5−トリクロロフェノール、(15)Trp−P−2(酢酸塩)、(16)パラコート、(17)塩化カドミウム、(18)γ−ヘキサクロロシクロヘキサン、(19)マラソン、(20)エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、(21)塩化ニッケル(II)、(22)重クロム酸カリウム、(23)トリフェニルスズクロライド、(24)フェノール、(25)S−4−クロロベンジル−N,N−ジエチルチオカルバマート、(26)ヘキサクロロフェン、(27)トリクロサン、(28)塩化水銀(II)、(29)硫酸銅(II)、(30)シアン化カリウム(31)ジメチルスルホキシド
接触後、酵母細胞を生理食塩水で1回洗浄し、その後5%ホルマリンを含む生理食塩水で固定を行いフローサイトメトリー(EPICS XL:ベックマンコールター)で蛍光を計測した。対照区の蛍光光度分布の範囲を定め、これ以上の蛍光を有する細胞数が1%未満のものを蛍光検出無しとして“−”、1%以上2%未満を“+”、2%を超えるものを蛍光検出有りとして“++”とした。結果を表10に示す。
Figure 0004836403
Figure 0004836403
テトラメチルチウラムジスルフィドの場合にGFPの発現が誘導されることがわかる。
実施例8
実施例3で製造した細胞SC−YCR102C−pQBIを以下の化合物の1つと接触させた。SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン、メチオニン)中でSC−YCR102C−pQBIを25℃で培養した。対数増殖期に細胞に対して毒性を有する以下の化学物質の1つを添加して更に2時間培養した。これと同条件で化学物質を添加せずに培養して対照区とした。
(1)ベンゾ(a)ピレン、(2)ビスフェノールA、(3)フタル酸ジ(2−エチルヘキシル)、(4)2,5−ジクロロフェノール、(5)2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、(6)ホルムアルデヒド、(7)塩化メチル水銀、(8)4−ニトロキノリン−N−オキサイド、(9)p−ノニルフェノール、(10)ペンタクロロフェノール、(11)亜ヒ酸ナトリウム、(12)テトラメチルチウラムジスルフィド、(13)トリブチルスズクロライド、(14)2,4,5−トリクロロフェノール、(15)Trp−P−2(酢酸塩)、(16)パラコート、(17)塩化カドミウム、(18)γ−ヘキサクロロシクロヘキサン、(19)マラソン、(20)エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、(21)塩化ニッケル(II)、(22)重クロム酸カリウム、(23)トリフェニルスズクロライド、(24)フェノール、(25)S−4−クロロベンジル−N,N−ジエチルチオカルバマート、(26)ヘキサクロロフェン、(27)トリクロサン、(28)塩化水銀(II)、(29)硫酸銅(II)、(30)シアン化カリウム(31)ジメチルスルホキシド
接触後、酵母細胞を生理食塩水で1回洗浄し、その後5%ホルマリンを含む生理食塩水で固定を行いフローサイトメトリー(EPICS XL:ベックマンコールター)で蛍光を計測した。対照区の蛍光光度分布の範囲を定め、これ以上の蛍光を有する細胞数が1%未満のものを蛍光検出無しとして“−”、1%以上2%未満を“+”、2%を超えるものを蛍光検出有りとして“++”とした。結果を表11に示す。
Figure 0004836403
Figure 0004836403
テトラメチルチウラムジスルフィドの場合にGFPの発現が誘導されることがわかる。
実施例9
実施例4で製造した細胞SC−YOR382W−pQBIを以下の化合物の1つと接触させた。SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン、メチオニン)中でSC−YOR382W−pQBIを25℃で培養した。対数増殖期に細胞に対して毒性を有する以下の化学物質の1つを添加して更に2時間培養した。これと同条件で化学物質を添加せずに培養して対照区とした。
(1)ベンゾ(a)ピレン、(2)ビスフェノールA、(3)フタル酸ジ(2−エチルヘキシル)、(4)2,5−ジクロロフェノール、(5)2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、(6)ホルムアルデヒド、(7)塩化メチル水銀、(8)4−ニトロキノリン−N−オキサイド、(9)p−ノニルフェノール、(10)ペンタクロロフェノール、(11)亜ヒ酸ナトリウム、(12)テトラメチルチウラムジスルフィド、(13)トリブチルスズクロライド、(14)2,4,5−トリクロロフェノール、(15)Trp−P−2(酢酸塩)、(16)パラコート、(17)塩化カドミウム、(18)γ−ヘキサクロロシクロヘキサン、(19)マラソン、(20)エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、(21)塩化ニッケル(II)、(22)重クロム酸カリウム、(23)トリフェニルスズクロライド、(24)フェノール、(25)S−4−クロロベンジル−N,N−ジエチルチオカルバマート、(26)ヘキサクロロフェン、(27)トリクロサン、(28)塩化水銀(II)、(29)硫酸銅(II)、(30)シアン化カリウム(31)ジメチルスルホキシド
接触後、酵母細胞を生理食塩水で1回洗浄し、その後5%ホルマリンを含む生理食塩水で固定を行いフローサイトメトリー(EPICS XL:ベックマンコールター)で蛍光を計測した。対照区の蛍光光度分布の範囲を定め、これ以上の蛍光を有する細胞数が1%未満のものを蛍光検出無しとして“−”、1%以上2%未満を“+”、2%を超えるものを蛍光検出有りとして“++”とした。結果を表12に示す。
Figure 0004836403
Figure 0004836403
2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、4−ニトロキノリン−N−オキサイド、p−ノニルフェノール、2,4,5−トリクロロフェノール、Trp−P−2(酢酸塩)、マラソン、エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、塩化ニッケル(II)、重クロム酸カリウム、フェノール、ジメチルスルホキシドの場合にGFPの発現が誘導されることがわかる。
実施例10
実施例5で製造した細胞SC−YLL057C−pQBIを以下の化合物の1つと接触させた。SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン)中で酵母細胞SC−YLL057C−pQBIを25℃で培養した。対数増殖期に細胞に対して毒性を有する以下の化学物質の1つを添加して更に2時間培養した。これと同条件で化学物質を添加せずに培養して対照区とした。
(1)ベンゾ(a)ピレン、(2)ビスフェノールA、(3)フタル酸ジ(2−エチルヘキシル)、(4)2,5−ジクロロフェノール、(5)2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、(6)ホルムアルデヒド、(7)塩化メチル水銀、(8)4−ニトロキノリン−N−オキサイド、(9)p−ノニルフェノール、(10)ペンタクロロフェノール、(11)亜ヒ酸ナトリウム、(12)テトラメチルチウラムジスルフィド、(13)トリブチルスズクロライド、(14)2,4,5−トリクロロフェノール、(15)Trp−P−2(酢酸塩)、(16)パラコート、(17)塩化カドミウム、(18)γ−ヘキサクロロシクロヘキサン、(19)マラソン、(20)エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、(21)塩化ニッケル(II)、(22)重クロム酸カリウム、(23)トリフェニルスズクロライド、(24)フェノール、(25)S−4−クロロベンジル−N,N−ジエチルチオカルバマート、(26)ヘキサクロロフェン、(27)トリクロサン、(28)塩化水銀(II)、(29)硫酸銅(II)、(30)シアン化カリウム(31)ジメチルスルホキシド
接触後、酵母細胞を生理食塩水で1回洗浄し、その後5%ホルマリンを含む生理食塩水で固定を行いフローサイトメトリー(EPICS XL:ベックマンコールター)で蛍光を計測した。対照区の蛍光光度分布の範囲を定め、これ以上の蛍光を有する細胞数が1%未満のものを蛍光検出無しとして“−”、1%以上2%未満を“+”、2%を超えるものを蛍光検出有りとして“++”とした。結果を表13に示す。
Figure 0004836403
Figure 0004836403
2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、亜ヒ酸ナトリウム、塩化カドミウム、シアン化カリウムの場合にGFPの発現が誘導されることがわかる。
実施例11
実施例6で製造した細胞SC−YCR303W−pQBIを以下の化合物の1つと接触させた。SD培地(Yeast nitrogen base without amino acids(Difco 0919−15)+グルコース+アミノ酸(アデニン、ヒスチジン、トリプトファン、メチオニン)中でSC−YLR303W−pQBIを25℃で培養した。対数増殖期に細胞に対して毒性を有する以下の化学物質の1つを添加して更に2時間培養した。これと同条件で化学物質を添加せずに培養して対照区とした。
(1)ベンゾ(a)ピレン、(2)ビスフェノールA、(3)フタル酸ジ(2−エチルヘキシル)、(4)2,5−ジクロロフェノール、(5)2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、(6)ホルムアルデヒド、(7)塩化メチル水銀、(8)4−ニトロキノリン−N−オキサイド、(9)p−ノニルフェノール、(10)ペンタクロロフェノール、(11)亜ヒ酸ナトリウム、(12)テトラメチルチウラムジスルフィド、(13)トリブチルスズクロライド、(14)2,4,5−トリクロロフェノール、(15)Trp−P−2(酢酸塩)、(16)パラコート、(17)塩化カドミウム、(18)γ−ヘキサクロロシクロヘキサン、(19)マラソン、(20)エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、(21)塩化ニッケル(II)、(22)重クロム酸カリウム、(23)トリフェニルスズクロライド、(24)フェノール、(25)S−4−クロロベンジル−N,N−ジエチルチオカルバマート、(26)ヘキサクロロフェン、(27)トリクロサン、(28)塩化水銀(II)、(29)硫酸銅(II)、(30)シアン化カリウム(31)ジメチルスルホキシド
接触後、酵母細胞を生理食塩水で1回洗浄し、その後5%ホルマリンを含む生理食塩水で固定を行いフローサイトメトリー(EPICS XL:ベックマンコールター)で蛍光を計測した。対照区の蛍光光度分布の範囲を定め、これ以上の蛍光を有する細胞数が1%未満のものを蛍光検出無しとして“−”、1%以上2%未満を“+”、2%を超えるものを蛍光検出有りとして“++”とした。結果を表14に示す。
Figure 0004836403
Figure 0004836403
ベンゾ(a)ピレン、2,4−ジクロロフェノキシ酢酸、ホルムアルデヒド、亜ヒ酸ナトリウム、塩化カドミウム、エチレンビスジチオカルバミドサンマンガン、塩化水銀(II)、シアン化カリウムの場合にGFPの発現が誘導されることがわかる。
【配列表】
Figure 0004836403
Figure 0004836403
Figure 0004836403
Figure 0004836403
Figure 0004836403
Figure 0004836403
Figure 0004836403
Figure 0004836403
Figure 0004836403

Claims (4)

  1. 被験物質中の毒性化合物の検出方法であって、ここに該毒性化合物が2,5−ジクロロフェノール、4−ニトロキノリン−N−オキサイド、p−ノニルフェノール、2,4,5−トリクロロフェノール、Trp−P−2(酢酸塩)、マラソン、エチレンビス(ジチオカルバメート)マンガン、塩化ニッケル(II)、重クロム酸カリウム、フェノールおよびジメチルスルホオキシドよりなる群から選択され、
    (1)該被験物質を、ポリヌクレオチドでまたは該ポリヌクレオチドを含むベクターで形質転換した酵母細胞に接触させ、ここに、該ポリヌクレオチドはマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結した配列番号:3
    で示される酵母YOR382W遺伝子からのプロモーターを含み、ついで
    (2)該マーカータンパク質をコードするmRNAの発現を検出する
    ことを含む該検出方法。
  2. 該mRNAの発現をマーカータンパク質の発現によって確認する請求項1記載の検出方法。
  3. 該mRNAの発現をノザンブロッティングによって検出する請求項1記載の検出方法。
  4. mRNAを逆転写−PCR(RT−PCR)によって増幅し、ついでmRNAの発現を検出する請求項1記載の検出方法。
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