JP4593928B2 - 化合物からの不安定な官能基の切断方法 - Google Patents
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Description
a)三重項状態が不安定な官能基の三重項状態に比べてエネルギー的に高いまたは不安定な官能基の三重項状態とエネルギー的に非常に類似する適当な化合物を選択する段階;
b)該化合物を該不安定な官能基を有する分子と接触させる段階;
c)電磁放射線に暴露する段階、この際、段階b)及びc)の配列は任意である、
を有するという点で達成される。
a)光に不安定な保護基を用いて、当業者に知られている一般的な条件下で、固体基板上に配置されるヌクレオシドおよび/またはヌクレオチドまたは核酸類似体の保護されていない末端3’または5’のヒドロキシル基または適当なペプチドの−COOH若しくはアミノ基を反応させる、または−OH、−COOH、−NHR基(この際、Rは、H、アルキル、アリール、アラルキルである)を光に不安定な保護基を有する単位と反応させ、さらに、必要であれば、反応産物を精製する段階、
b)担体の表面に、三重項状態が光に不安定な保護基の三重項状態に比べてエネルギー的に高いまたは光に不安定な保護基の三重項状態とエネルギー的に非常に類似する化合物を塗布する段階、この際、該表面は、段階a)で修飾されたヌクレオチドおよび/またはヌクレオシドまたは核酸類似体またはペプチドまたはペプチド擬似体を含むものである、
c)空間を選択するような方法で、段階b)で処理された担体の表面にUV/VIS範囲の電磁放射線を照射する段階、
d)ヌクレオシドおよび/またはヌクレオチドと反応させる段階、この際、遊離する5’または3’OH基を光に不安定な基を用いて、または相当する適当なペプチドを用いてまたは適当なアミノ酸を用いて保護する、
e)必要であれば、段階b)〜d)を繰り返す段階
を有する、固体基板上に、空間がアドレスされ(spatially addressed)、光で制御された合成によって、生体分子を含む分子ライブラリーを調製する、特にDNAチップ及びペプチドチップならびにそれらの類似及び擬似形態を調製する方法によって達成される。
を有する。
イソプロピルチオキサンテン−9−オン、2−クロロチオキサンテン−9−オン、2−エチルチオキサンテン−9−オン、チオキサンテン−9−オン及び1,4−ジメトキシチオキサンテン−9−オンが一緒、さらには2−(トリフルオロメチル)チオキサンテン−9−オン。トリフルオロメチル誘導体では、増感剤を存在させない照射時の反応より遅い反応が起こることは留意すべきである。
量子収量の比較から、量子収量は、塩素誘導体(T05)から臭素誘導体(T06)までは増加傾向にあるが、臭素誘導体(T06)からヨウ素誘導体(T07)まではさらには増加しないことが示される。第一の考察としては、スピン軌道カップリング効果が考えられる。当該スピン軌道カップリングは、元素の原子番号に従って増加し、分子内の三重項形成効率を高める。これは、三重項状態は寿命がより長いので、光反応に好ましい効果を奏する。ヨウ素誘導体(T07)までの変移では量子収量がさらに増加しない理由としては、ほとんど完全な三重項の形成が臭素誘導体(T06)ですでに達成されており、スピン軌道カップリングの増加によってさらに増加できないことがある。にもかかわらず、ヨウ素化合物(T07)は光に対する感受性がより高く、これは半減期が臭素誘導体(T06)に比べてさらに短かくなることから明らかである。この効果は、放射線の所定の波長での吸収係数εの増加による可能性がある。全体的な光感受性は、光吸収能及びそれぞれの吸収光子が積を形成する効率の積によって決定される。したがって、光化学量子収量Φ及び吸収係数εの積Φ×εは、光感受性の特徴のある値となる。量子収量は1の値を超えて増加できないので、光感受性を向上する最も高い可能性は、光吸収能の増加にある。同時に光に不安定な保護基の化学構造を変化させた場合に吸収係数を高める電子効果によっても、光反応性およびゆえに光化学的量子収量を下げる。しかしながら、本発明によると、化合物によって吸収される光のエネルギーを光に不安定な保護基に移動できる化合物を用いることによって光反応性を減じることなく、有効な吸収係数を増加できる。この場合、上述したように、三重項状態はより長い寿命を有し、これにより所望の切断反応により高い可能性で入ることができるため、三重項状態へのエネルギーの移動が好ましい。
前記でおよび以降で使用される、「当業者に既知の公知の条件」ということばは、例えば、US−5,763,599に及びDE 4,444,956に記載される。
実施例1:
本発明による方法による溶液における分子からの不安定な官能基の切断反応
チミジン誘導体T02(表1)(0.091mM)及びチオキサントン(0.113mM)の溶液3mlを、ピペットでキュベットに入れ、溶液にアンモニアガスを通すことによって、アンモニアを約15分間流した。この溶液に、様々な時間、366nmの波長の光を照射した。吸収スペクトルを、それぞれ、照射前後に測定した。
本発明による方法を用いたDNAチップの調製
Nimblegen Systems, Madison, USAのMAS 2.0または3.0でDNAチップ合成の標準的な試験条件で、脱保護反応を行なった。調製されるDNAチップの設計は、品質管理試験で一般的に使用されるのと同様の標準的なアレイを示した。
MAS−タイプ 3.0: 200ワット Hgランプ
Claims (21)
- 下記段階:
a)三重項状態が光に不安定な官能基の三重項状態に比べてエネルギー的に高いまたは不安定な官能基の三重項状態とエネルギー的に非常に類似する適当な化合物を選択する段階;
b)該化合物を該光に不安定な官能基を有する分子と接触させる段階;
c)電磁放射線に暴露する段階、この際、段階b)及びc)の配列は任意である、
を有し、前記光に不安定な基は、前記電磁放射線波長で安定であり、
前記光に不安定な官能基は、NPPOC、MeNPPOC、およびPhNPPOCからなる群より選択され、
前記化合物は、チオキサンテン−9−オン(チオキサントン)、イソプロピルチオキサンテン−9−オン、2−エチルチオキサンテン−9−オン、2−クロロ−チオキサンテン−9−オン、1,4−ジメトキシチオキサンテン−9−オン、アクリドン、キサントン、および2−アセチル−ナフタレンからなる群より選択され、
前記分子は、ヌクレオチドまたはヌクレオシドである、電磁放射線の作用による分子からの光に不安定な官能基の切断方法。 - 段階b)は、段階c)の前に行なわれることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 段階c)は、段階b)の前に行なわれることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 段階c)及び段階b)は、同時に行なわれることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 電磁放射線は、UV/VIS放射線の波長領域の放射線であることを特徴とする、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 化合物の一重項状態が光に不安定な官能基の一重項状態とエネルギー的に同じかそれより低いことを特徴とする、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 化合物の三重項−一重項のエネルギーギャップが光に不安定な官能基の三重項−一重項のエネルギーギャップより小さいことを特徴とする、請求項6に記載の方法。
- 化合物の電磁放射線の最長波長吸収バンドの吸収が280nm超の波長で起こることを特徴とする、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 空間アドレス(spatially addressed)分子ライブラリーを調製することを目的とする請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 下記段階:
a)固体基板上に位置するヌクレオシドのおよび/またはヌクレオチドのまたは核酸類似体の保護されていない末端3’または5’のヒドロキシル基または相当するペプチドの末端アミノ若しくはカルボキシル基を、一般的な条件下で、光に不安定な保護基と反応させる、または−OH基、置換された若しくは非置換のアミノまたはカルボキシル基を、光に不安定な保護基を有する構造単位と反応させる段階、
b)段階a)で修飾されたヌクレオチドおよび/またはヌクレオシドおよび/または相当するように修飾されたペプチド若しくはタンパク質を含む担体の表面上に、三重項状態が光に不安定な保護基の三重項状態に比べてエネルギー的に高いまたは光に不安定な保護基の三重項状態とエネルギー的に非常に類似する化合物を塗布する段階、
c)空間を選択するような方法で、段階b)で処理された担体の表面にUV/VIS範囲の電磁放射線を照射する段階、
d)ヌクレオシドおよび/またはヌクレオチドと反応させる段階、この際、遊離している5’または3’OH基を、光に不安定な基および/またはアミノ基が若しくはカルボキシル基が光に不安定な基で保護される相当するペプチドを用いて保護する、
を有し、前記光に不安定な基は、電磁放射線波長で安定であり、
前記光に不安定な保護基は、NPPOC、MeNPPOC、およびPhNPPOCからなる群より選択され、
前記化合物は、チオキサンテン−9−オン(チオキサントン)、イソプロピルチオキサンテン−9−オン、2−エチルチオキサンテン−9−オン、2−クロロ−チオキサンテン−9−オン、1,4−ジメトキシチオキサンテン−9−オン、アクリドン、キサントン、および2−アセチル−ナフタレンからなる群より選択される、固体基板上に生体分子の個々の構造単位から、空間がアドレスされ(spatially addressed)、光で制御された合成によって、生体分子を含む分子ライブラリーを調製する方法。 - 化合物の一重項状態が光に不安定な保護基の一重項状態とエネルギー的に同じかそれより低いことを特徴とする、請求項10に記載の方法。
- 化合物の三重項−一重項のエネルギーギャップが光に不安定な保護基の三重項−一重項のエネルギーギャップより小さいことを特徴とする、請求項11に記載の方法。
- 化合物の電磁放射線の最長波長吸収バンドの吸収が280nm超の波長で起こることを特徴とする、請求項10または12に記載の方法。
- 光に不安定な官能基を有する分子、さらには三重項状態が光に不安定な官能基の三重項状態に比べてエネルギー的に高いまたは不安定な官能基の三重項状態とエネルギー的に非常に類似する化合物を含み、
前記光に不安定な官能基は、NPPOC、MeNPPOC、およびPhNPPOCからなる群より選択され、
前記化合物は、チオキサンテン−9−オン(チオキサントン)、イソプロピルチオキサンテン−9−オン、2−エチルチオキサンテン−9−オン、2−クロロ−チオキサンテン−9−オン、1,4−ジメトキシチオキサンテン−9−オン、アクリドン、キサントン、および2−アセチル−ナフタレンからなる群より選択され、
前記分子は、ヌクレオチドまたはヌクレオシドである、化学組成物。 - 化合物の一重項状態が光に不安定な基の一重項状態とエネルギー的に同じかそれより低いことを特徴とする、請求項14に記載の化学組成物。
- 化合物の三重項−一重項のエネルギーギャップが光に不安定な基の三重項−一重項のエネルギーギャップより小さいことを特徴とする、請求項15に記載の化学組成物。
- DNAチップの製造を目的とした請求項14〜16のいずれか1項に記載の化学組成物の使用。
- 請求項14〜16のいずれか1項に記載の化学組成物を含むキット。
- オリゴヌクレオチド、ポリペプチド、若しくは核酸チップまたはペプチドチップを調製することを目的とする請求項18に記載のキットの使用。
- 空間アドレス分子ライブラリーを調製することを目的とする請求項18に記載のキットの使用。
- 前記生体分子を含む分子ライブラリーがDNAチップである、請求項10〜13のいずれか1項に記載の方法。
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