JP4368925B2 - 基質特異性を変換した新規高機能酵素 - Google Patents
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Description
ファブリー病とは、ヒト細胞内小器官のひとつであるリソソームに存在する酵素のうち、「α−ガラクトシダーゼ」という酵素の活性低下もしくは欠損が原因となり、その生体内基質であるグロボトリアオシルセラミド(セラミドトリヘキソシドとも言う)という糖脂質が分解されずに体内(例えば、血管、皮膚、角膜、神経、腎臓、心臓等)に蓄積することによって生じる、糖脂質代謝異常性疾患である。
α−ガラクトシダーゼをコードする遺伝子はX染色体上にあるため、この疾患はX染色体性の遺伝型式をとる。そのため、本症では、主にヘミ接合体の男性において明確な臨床像がみられる。典型的な臨床経過をとる「古典型ファブリー病」は、約4万人の男児に1人の割合で発生すると考えられており、少年期や青年期に、手足の痛み、低汗症、被角血管腫、角膜混濁等の症状がみられ、それが進行して、中年期以後に腎不全、心不全、脳血管障害等の全身の臓器障害を生じ、これが死因となる。また、「古典型ファブリー病」のような典型的な臨床経過をとらず、発症が遅く比較的緩やかな経過を示すものとして、「亜型ファブリー病」も存在し、このタイプの患者においては、僅かながらα−ガラクトシダーゼの残存活性が認められる。亜型ファブリー病としては、例えば「心ファブリー病」が知られており、前記糖脂質の蓄積が主に心臓で生じ、それにより心臓肥大が発症して心不全や不整脈等の障害を生じる。一方、ヘテロ接合体のファブリー病女性患者では、X染色体の特性により、その臨床像としては様々な形がみられ、ヘミ接合体の男性と変わらない重症のものからほとんど無症状のものまで存在し得る。しかし、最近の調査により、ヘテロ接合体のファブリー病女性患者は、高年齢になると、そのほとんどが何らかの症状を示すことが明らかになり、これらを「保因者」としてではなく「患者」として扱うべきであるとの見方もある。
ところで、近年、このようなファブリー病に対しても酵素補充療法が確立され、ほ乳類由来の細胞で産生した組換えヒトα−ガラクトシダーゼが、上記療法におけるファブリー病治療薬の有効成分として広く使用されている(Eng CM et al.,Am J Hum Genet,68:711−722(2001);Eng CM et al.,N Engl J Med,345:9−16(2001);Schiffmann R et al.,Proc Natl Acad Sci USA,97:365−370(2000)参照)。
また、動物細胞以外の細胞(酵母など)を宿主として産生した組換えヒトα−ガラクトシダーゼをファブリー病の治療(酵素補充療法)に用い得るものとする方法(特開2002−369692号公報参照)や、さらには、ヒトα−ガラクトシダーゼをコードする遺伝子を障害組織の細胞に導入して発現させることで酵素の補充を行う遺伝子治療的な方法(特表2002−522509号公報参照)なども提案されている。
また、補充用酵素薬は血管内に投与されるが、α−ガラクトシダーゼ自体は血液中で不安定であるため、実際の治療においては、頻繁に投与(2週間に1回の割合)しなければならず、また1回当たりの投与量を多くする必要も生じ得る。さらに、ヒトα−ガラクトシダーゼには、障害臓器の細胞内(詳しくは細胞内のリソソーム)に取り込まれるために必要なマンノース・6・リン酸(M6P)残基が結合し得る糖鎖(N型糖鎖)の数が少ないため、血液中から当該細胞に取り込まれ難い。特に、ファブリー病における主な障害臓器である腎臓や心臓での取り込み効率が低く、腎障害や心障害に対する治療効果が十分とは言い難い。これらのことから、治療において一定量の酵素を標的細胞に取り込ませるためには、大量の酵素が必要となり、補充用酵素薬をより頻繁に、より多く投与する必要が生じる。このような治療の現状は、患者にとって、体力的な面や精神的な面、さらには経済的な面において大きな負担となり、「生活の質(QOL)」に悪影響を及ぼすこととなっている。
そこで、本発明が解決しようとする課題は、ファブリー病の酵素補充療法に用い得る酵素として、アレルギー性副作用がなく、血中(血漿中)安定性が高く、障害臓器の細胞に取り込まれやすい、α−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質を提供することにある。
本発明者は、上記課題を解決するべく鋭意検討を行った。その結果、α−ガラクトシダーゼとは基質特異性が異なるが全体として立体構造が酷似している「α−N−アセチルガラクトサミニダーゼ(α−NAGA)」に着目した。そして、このα−NAGAの活性部位の構造を遺伝子組換え技術を用いて変化させて、α−ガラクトシダーゼ活性を有するように基質特異性を転換すれば、上記課題を解決し得るファブリー病治療用の優れた新規高機能酵素を創出できることを見出し、本発明を完成した。
すなわち、本発明は以下の通りである。
(1)野生型ヒトα−N−アセチルガラクトサミニダーゼの活性部位の構造を変化させてα−ガラクトシダーゼ活性を獲得したタンパク質。
上記タンパク質としては、例えば、α−ガラクトシダーゼの基質特異性を有するタンパク質が挙げられる。
(2)野生型ヒトα−N−アセチルガラクトサミニダーゼのアミノ酸配列において第188番目及び第191番目のアミノ酸のうち少なくとも1つのアミノ酸が他のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列、又は前記置換されたアミノ酸配列のうち第188番目及び第191番目のアミノ酸を除く1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつα−ガラクトシダーゼ活性を有する、タンパク質。
上記タンパク質としては、例えば、前記他のアミノ酸への置換において、第188番目のアミノ酸がグルタミン酸又はアスパラギン酸に置換されたものである、タンパク質が挙げられる。
また、上記タンパク質としては、例えば、前記他のアミノ酸への置換において、第191番目のアミノ酸がロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン及びメチオニンからなる群より選ばれるいずれか1つに置換されたものである、タンパク質が挙げられる。
さらに、上記タンパク質としては、例えば、前記他のアミノ酸への置換において、第188番目のアミノ酸がグルタミン酸に置換され、かつ、第191番目のアミノ酸がロイシンに置換されたものである、タンパク質が挙げられる。
(3)以下の(a)又は(b)のタンパク質。
(a)下記(i)〜(iii)のいずれかのアミノ酸配列を含むタンパク質。
(i)配列番号2に示されるアミノ酸配列において第188番目のアミノ酸がセリン以外のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列のうち、第18番目〜第411番目のアミノ酸からなるアミノ酸配列
(ii)配列番号2に示されるアミノ酸配列において第191番目のアミノ酸がアラニン以外のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列のうち、第18番目〜第411番目のアミノ酸からなるアミノ酸配列
(iii)配列番号2に示されるアミノ酸配列において第188番目のアミノ酸がセリン以外のアミノ酸に置換され第191番目のアミノ酸がアラニン以外のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列のうち、第18番目〜第411番目のアミノ酸からなるアミノ酸配列
(b)上記(i)〜(iii)のいずれかのアミノ酸配列において前記置換部位のアミノ酸を除く1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を含み、かつα−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質
上記タンパク質としては、例えば、前記セリン以外のアミノ酸がグルタミン酸又はアスパラギン酸である、タンパク質が挙げられる。
また、上記タンパク質としては、例えば、前記アラニン以外のアミノ酸がロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン及びメチオニンからなる群より選ばれるいずれか1つである、タンパク質が挙げられる。
さらに、上記タンパク質としては、例えば、前記セリン以外のアミノ酸がグルタミン酸であり、かつ、前記アラニン以外のアミノ酸がロイシンである、タンパク質が挙げられる。
(4)上記(1)〜(3)のいずれかに記載のタンパク質をコードする遺伝子。
(5)以下の(a)又は(b)のDNAを含む遺伝子。
(a)下記(i)〜(iii)のいずれかの塩基配列を含むDNA
(i)配列番号1に示される塩基配列において第562番目〜第564番目の塩基がセリン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換された塩基配列のうち、第52番目〜第1,236番目の塩基からなる塩基配列
(ii)配列番号1に示される塩基配列において第571番目〜第573番目の塩基がアラニン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換された塩基配列のうち、第52番目〜第1,236番目の塩基からなる塩基配列
(iii)配列番号1に示される塩基配列において第562番目〜第564番目の塩基がセリン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換され第571番目〜第573番目の塩基がアラニン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換された塩基配列のうち、第52番目〜第1,236番目の塩基からなる塩基配列
(b)上記(i)〜(iii)のいずれかの塩基配列を含むDNAに対し相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAであって、前記置換部位の塩基に対応する塩基が当該置換部位の塩基と同一であり、かつα−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNA
上記遺伝子としては、例えば、前記セリン以外のアミノ酸がグルタミン酸又はアスパラギン酸である、遺伝子が挙げられる。
また、上記遺伝子としては、例えば、前記アラニン以外のアミノ酸がロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン及びメチオニンからなる群より選ばれるいずれか1つである、遺伝子が挙げられる。
さらに、上記遺伝子としては、例えば、前記セリン以外のアミノ酸がグルタミン酸であり、かつ、前記アラニン以外のアミノ酸がロイシンである、遺伝子が挙げられる。
(6)上記(4)又は(5)に記載の遺伝子を含む組換えベクター。
(7)上記(6)に記載の組換えベクターを含む形質転換体。
(8)野生型ヒトα−N−アセチルガラクトサミニダーゼの活性部位の構造を、α−ガラクトシダーゼの基質が結合できるように変化させることを特徴とする、α−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質の製造方法。
(9)上記(7)に記載の形質転換体を培養する工程と、得られる培養物からα−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質を採取する工程とを含む、当該タンパク質の製造方法。
(10)上記(1)〜(3)のいずれかに記載のタンパク質を含むことを特徴とする、医薬組成物。
(11)上記(10)に記載の医薬組成物を有効成分として含むことを特徴とする、ファブリー病の治療剤。
(12)上記(4)又は(5)に記載の遺伝子を含むことを特徴とする、医薬組成物。
(13)上記(12)に記載の医薬組成物を有効成分として含むことを特徴とする、ファブリー病の遺伝子治療剤。
(14)上記(10)又は(12)に記載の医薬組成物をファブリー病患者に投与することを特徴とする、ファブリー病の治療方法。
図2Aは、野生型α−GAL及び野生型α−NAGAの活性部位の構造を表す模式図である。なお、図中に示したアミノ酸(スティックモデル表示(基質を除く))は、野生型α−GAL及び野生型α−NAGAの活性部位のアミノ酸配列を比較した場合に種類が同じアミノ酸である。
図2Bは、野生型α−GAL及び野生型α−NAGAの活性部位の構造を表す模式図である。なお、図中に示したアミノ酸(スティックモデル表示(基質を除く))は、野生型α−GAL及び野生型α−NAGAの活性部位のアミノ酸配列を比較した場合に種類が異なるアミノ酸である。
図2Cは、野生型α−GAL及び野生型α−NAGAの活性部位を構成するアミノ酸と、それぞれの基質との相互作用部位を示す概略図である。
図3は、野生型α−GAL及び野生型α−NAGAの各サブユニットにおけるN−glycosylation sitesの個数及び位置の比較を示す模式図である。
図4は、野生型α−GAL及び野生型α−NAGAの各サブユニットにおけるN−glycosylation sites(スティックモデル表示(基質を除く))を、各サブユニットの立体構造中に示した模式図である。
図5は、α−GAL及びα−NAGA変異体の経時的な血中安定性を、α−GAL活性の残存率により比較した結果を示すグラフである。
図6は、(a)は、野生型α−NAGAが自己の基質と結合する様子を示す模式図であり、(b)は、α−NAGA変異体であるα−NAGA(S188E/A191L)がα−GALの基質と結合する様子を示す模式図である。
図7は、野生型α−NAGA、及びα−NAGA変異体であるα−NAGA(S188E/A191L)の活性部位の構造を表す模式図である。
なお、本明細書は、本願優先権主張の基礎となる特願2005−333660号明細書の全体を包含する。また、本明細書において引用された全ての刊行物、例えば先行技術文献、及び公開公報、特許公報その他の特許文献は、参照として本明細書に組み込まれる。
1.本発明の概要
本発明は、ファブリー病に対する酵素補充療法に用い得る優れた新規高機能酵素としての組換えタンパク質を提供するものである。
現行のファブリー病治療用の補充用酵素薬は、CHO細胞やヒト繊維芽細胞などのほ乳類由来の細胞で産生した組換えヒトα−ガラクトシダーゼを使用している。しかしながら、このヒトα−ガラクトシダーゼの使用には、アレルギー性副作用、血液中での不安定性、障害臓器の細胞への取り込まれ難さなどの問題点があり、実際の治療においては患者への負担が非常に大きいものとなっていたため、その改善が課題となっていた。
本発明者は、これらの課題を解決するため、α−ガラクトシダーゼ(α−GAL)以外の酵素をファブリー病治療用の補充用酵素として利用することができないか検討し、α−GALと同様にリソソーム酵素であり(すなわち細胞内での局在性が同じであり)、かつα−GALと全体の立体構造は酷似しているが基質特異性の点では異なる、「α−N−アセチルガラクトサミニダーゼ(α−NAGA)」に着目した。
α−GALは古くはα−ガラクトシダーゼAと呼ばれ、このα−GALと生化学的性状がよく似たα−ガラクトシダーゼBと呼ばれるアイソザイムが存在すると考えられていた。このα−ガラクトシダーゼBは、α−GALに比べて安定性が高いが、ファブリー病で体内に蓄積するグロボトリアオシルセラミドを分解する能力は無いことが知られていた。その後、このα−ガラクトシダーゼBの実態はα−N−アセチルガラクトサミニダーゼ(α−NAGA)であることが判明した。このα−NAGAは、α−GALをコードする遺伝子と同じ祖先遺伝子から派生したと考えられる遺伝子によってコードされており、そのcDNAはクローン化されており、17個のアミノ酸残基から成るシグナルペプチドを含む411アミノ酸残基から構成される蛋白質をコードすることが分かっている。また、ヒトα−NAGAの構造は、ヒトα−GALと比較して、塩基配列レベルで57.9%、アミノ酸配列レベルでも52.2%相同性を示す。さらに、ヒトα−NAGAは、ヒトα−GALと同様にホモ二量体の形で存在する酵素である。
本発明者は、以上の知見に基づいて、まずα−NAGAとα−GALの三次元構造モデルを構築し、比較を試みた。具体的には、プロテインデータバンク(PDB(http://www.rcsb.org/pdb/))に登録されているニワトリのα−NAGAの構造情報(ID:1KTC)を参考にしてヒトα−NAGAの三次元構造モデルを構築し、この構造と、PDBに登録されているヒトα−GALの二次元構造(ID:1R47)とを比較した。その結果、ヒトα−NAGAの三次元構造は、全体としても活性部位についても、ヒトα−GALの三次元構造と非常によく似ていることが分かった。しかしながら、活性部位に関しては、厳密には、数個のアミノ酸残基が異なるだけではあるが、これらのアミノ酸残基の中には、基質結合部位に存在しα−GAL及びα−NAGAの各々の基質特異性の違いに影響を与えている重要なアミノ酸残基が存在する。この点で、α−GAL及びα−NAGAの活性部位には顕著といえる三次元構造上の違いがあることが分かった。
このようにα−NAGAは、活性部位のうち基質結合部位の一部の構造においてα−GALと異なってはいるが、その他の部分については、触媒部位も含め、構造面及び性質面のいずれにおいてもα−GALと非常によく似ているという特性を有する酵素である(図1、図2A及び図2B参照)。そのため、α−NAGAの触媒反応機構は、反応基質及び反応生成物の種類等において、α−GALの触媒反応機構と非常に類似している。
そこで本発明者は、前述の通りα−NAGAに着目し、このα−NAGAに遺伝子操作を加えて活性部位(特に基質結合部位)の構造を変化させ、α−ガラクトシダーゼ活性を有するようにα−NAGAの基質特異性を転換すれば(例えばα−NAGAの基質認識に関係するアミノ酸残基のうち、鍵となるものをα−NAGAタイプからα−GALタイプのものに置換すれば)、ファブリー病の治療に用い得る新規かつ優れた高機能酵素を創出できることを見出した。
α−NAGAに着目した理由としては、さらに下記(i)〜(iii)の点も挙げられる。
(i)α−NAGAは、Shindler病及びKanzaki病の責任酵素であり(Shindler病の場合と同じ酵素の異常によって起こる異なる臨床表現型の疾患がKanzaki病と呼ばれる)、α−NAGAの欠損がShindler病及びKanzaki病を発症する原因となっているが、通常、ファブリー病患者であってもShindler病やKanzaki病の発生は極めて稀であるため、ファブリー病患者のほぼ全員においてα−NAGAは正常に存在すると言える。そのため、α−NAGAの基質特異性のみをα−GALの基質特異性に転換したものを補充用酵素薬として投与しても、野生型α−NAGAを投与した場合と同様に、その抗原性が現れる場合は極めて少なく、アレルギー性副作用などの有害な免疫反応を誘発する可能性は実質的に無いと考えられる。
(ii)α−NAGAはα−GALと同様にホモ二量体として機能するが、一般にα−NAGAの方が二量体形成時の安定性が高い。これは、本発明者が構築した立体構造モデルからも推測され、具体的には、ヒトα−NAGAでは二量体形成時に両サブユニット間でAsp45とArg350との間に静電相互作用による結合が2ヶ所存在することが認められたが、このような結合はα−GALには認められなかった。従って、α−NAGAと同様にα−NAGAの変異体も、α−GALに比べて高い血中(血漿中)安定性を有すると考えられ、酵素補充療法に非常に適している。また、当該安定性により二量体としての存在比がより多くなれば、下記(iii)の点との関係で、細胞内のリソソームへの取り込み効率もより向上することが期待される。さらに、投与前においては、酵素製剤としてその効果を長期間維持し得るというメリットも考えられる。
(iii)酵素補充療法で使用する酵素は、障害臓器の細胞内のリソソームに酵素が取り込まれる必要があるが、通常、細胞膜からリソソームへの輸送は、酵素の糖鎖部分に存在するマンノース−6−リン酸(M6P)を認識するカルシウム非要求性M6Pレセプターを介して行われる。よって、このM6P残基が結合し得る糖鎖(N型糖鎖)を多く有する方がリソソームへの取り込み効率が高いため望ましい。この糖鎖の数については、α−GALでは、X線結晶構造解析からサブユニット当たり3個(Asn139,Asn192,Asn215の3ヶ所;二量体形成時は6個)存在することが明らかになっている。これに対して、α−NAGAでは、サブユニット当たり5個(二量体形成時は10個)存在するが(図3及び図4参照)、そのうち3個(Asn124,Asn177,Asn201の3ヶ所)はα−GALにおける糖鎖の位置に相当するものであり、残りの2個(Asn359とAsn385の2ヶ所)はα−NAGAに特有のものである。従って、α−NAGAはα−GALに比べて、血液中から障害臓器の細胞内のリソソームに取り込まれる効率が高いと考えられる。
本発明者は、以上のような観点から、α−NAGAについて、その基質結合部位を構成するアミノ酸残基群のうち、第188番目のアミノ酸(セリン(Ser))及び第191番目のアミノ酸(アラニン(Ala))に着目した。そして、第188番目のセリン(Ser)をグルタミン酸(Glu)に置換し、第191番目のアラニン(Ala)をロイシン(Leu)に置換した組換え酵素(変異体酵素)の作製を試みた(実施例1,2参照)。次いで、この組換え酵素をファブリー病患者由来の線維芽細胞を用いて発現させて採取し、解析したところ、高いα−GAL活性が認められ(実施例2参照)、しかもこの組換え酵素の血中安定性は、野生型α−GALに比べてはるかに高いものであった(実施例3及び図5参照)。このような基質特異性を変換した組換え酵素を用いれば、ファブリー病治療用の補充用酵素薬として、現行のものより格段に優れたものを提供することができる。
なお、本明細書においては、特に言及した場合を除き、「α−ガラクトシダーゼ」及び「α−GAL」は、「ヒトα−ガラクトシダーゼA」を意味し、「α−N−アセチルガラクトサミニダーゼ」及び「α−NAGA」は、「ヒトα−N−アセチルガラクトサミニダーゼ」を意味する。また、「第188番」及び「第191番」は、配列番号2に示されるα−NAGAのアミノ酸配列からみた位置を示す。
2.タンパク質
本発明のタンパク質は、α−N−アセチルガラクトサミニダーゼ(α−NAGA)の変異体酵素である。詳しくは、本発明のタンパク質は、野生型α−NAGAの活性部位(特に基質結合部位)の構造を変化させることによりα−ガラクトシダーゼ(α−GAL)活性を獲得したタンパク質であり、好ましくは、α−GALの基質特異性を有するタンパク質である。
ここで、「α−GAL活性を獲得した」とは、α−NAGAの基質結合部位において、α−NAGAの基質との結合反応性よりもα−GALの基質との結合反応性が相対的に高くなったことを意味する。従って、上述した構造変化としては、α−NAGAの基質との結合を完全に不可能にする構造変化には限定されず、本来α−GALの基質との結合反応性よりもα−NAGAの基質との結合反応性が相対的に有意に高かったのを、逆にα−GALの基質との結合反応性が有意に高くなるようにする構造変化も含む。また「α−GALの基質特異性を有する」とは、活性部位の構造(特に基質の結合反応性に重要な役割を果たすアミノ酸残基の位置及び種類)がα−GALと同じであることを意味する。
本発明において、α−GALの基質とは、非還元末端にα結合したガラクトース残基を持つグロボトリアオシルセラミド等の糖脂質などの天然化合物や、4−メチルウンベリフェリル−α−D−ガラクトシドなどの合成化合物を意味する。また、α−NAGAの基質とは、非還元末端にα結合したN−アセチルガラクトサミン残基を持つオリゴ糖、糖タンパク質及び糖脂質などの天然化合物や、4−メチルウンベリフェリル−α−N−アセチル−D−ガラクトサミニドなどの合成化合物を意味する。
ここで、野生型α−GALの触媒反応を下記反応式(1)に示し、野生型α−NAGAの触媒反応を下記反応式(2)に示す。
〔式(1)中、R1は、基質が天然化合物の場合は「糖複合体由来の基」を表し、基質が合成化合物の場合は「4−メチルウンベリフェリル基」を表す。〕
〔式(2)中、R2は、基質が天然化合物の場合は「糖複合体由来の基」を表し、基質が合成化合物の場合は「4−メチルウンベリフェリル基」を表す。〕
本発明のタンパク質としては、例えば、野生型α−NAGAのアミノ酸配列における第188番目及び第191番目のアミノ酸のうちの少なくとも1つのアミノ酸が他のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列(より好ましくは、第188番目及び第191番目のアミノ酸がいずれも他のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列)、又は前記置換されたアミノ酸配列のうち第188番目及び第191番目のアミノ酸を除く1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなるタンパク質であって、かつα−GAL活性を有するタンパク質が好ましく挙げられる。なお、野生型α−NAGA(ホモ二量体)のサブユニットのアミノ酸配列(配列番号2)及び当該配列をコードする塩基配列(配列番号1)の情報は、例えばGenBankには「accession number:NM_000262」として公表されており、Swiss−Prot(http://tw.expasy.org/uniprot/から取得可能)には「entry name:NAGAB_HUMAN、accession number:P17050」として登録されている。また野生型α−GAL(ホモ二量体)のサブユニットのアミノ酸配列(配列番号13)及び当該配列をコードする塩基配列(配列番号12)の情報も同様に、例えばGenBankには「accession number:NP_000160」として公表されており、Swiss−Prot(http://tw.expasy.org/uniprot/から取得可能)には「entry name:AGAL_HUMAN、accession number:P06280」として登録されている。
ここで、上記「1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列」としては、例えば、1個〜10個程度、好ましくは1個〜5個程度のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列であることが好ましい。
また、上記「欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなるタンパク質」は、α−GAL活性を安定して発揮し得るタンパク質であることが重要であるため、例えば、α−GALの基質中のα−ガラクトース残基との結合性(基質結合性)及び当該基質との触媒反応性に重要と考えられる第28番目〜第31番目、第77番目〜第81番目、第117番目〜第127番目、第150番目〜第158番目、第192番目、第209番目〜第220番目及び第242番目〜第254番目のアミノ酸(特に、触媒部位である第156番目及び第217番目のアスパラギン酸(Asp:D))、ホモ二量体の形成に重要と考えられる第45番目のアスパラギン酸(Asp:D)及び第350番目のアルギニン(Arg:R)、並びに、N型糖鎖結合部位である第124番目、第177番目、第201番目、第359番目及び第385番目のアミノ酸(いずれもアスパラギン(Asn:N))などの全部又は一部(好ましくは全部)は、野生型α−NAGAのアミノ酸配列から変異(欠失、置換又は付加)されていないものが好ましい。
上記他のアミノ酸としては、第188番目のアミノ酸残基に関しては、セリン(Ser:S)以外であれば特に限定はされないが、例えば、グルタミン酸(Glu:E)及びアスパラギン酸(Asp:D)等を好ましく挙げることができ、グルタミン酸がより好ましい。同様に、第191番目のアミノ酸残基に関しては、アラニン(Ala:A)以外であれば特に限定はされないが、例えば、ロイシン(Leu:L)、バリン(Val:V)、イソロイシン(Ile:I)、フェニルアラニン(Phe:F)及びメチオニン(Met:M)等を好ましく挙げることができ、ロイシンがより好ましい。中でも、上記他のアミノ酸として、第188番目のアミノ酸がグルタミン酸であり、かつ、第191番目のアミノ酸がロイシンであることが特に好ましい。なお、上記置換後のアミノ酸は、他の置換されていないアミノ酸からなる構造に実質的に影響を及ぼさないものであることが好ましく、この点でも、第188番目のアミノ酸残基をグルタミン酸とすること、第191番目のアミノ酸残基をロイシンとすることが、特に好ましい置換態様である。
基質結合部位に存在する第188番目及び第191番目のアミノ酸を、それぞれ上記のように置換することにより、次のような効果が得られる。すなわち、図6に例示するように、第188番目のアミノ酸残基に関しては、α−NAGAの基質中のN−アセチル基(特に酸素原子)との相互作用を無くし、かつα−GALの基質中のヒドロキシル基との結合作用を生じさせることができ、第191番目のアミノ酸残基に関しては、α−NAGAの基質中のN−アセチル基(特にメチル基)との相互作用を無くし、かつ当該基質の結合空間(特にN−アセチル基の入り込む空間)を制限することができる。以上の結果、上記アミノ酸置換後の組換え酵素(組換えタンパク質)は、α−NAGAの基質との結合反応性よりもα−GALの基質との結合反応性の方が高いものとなり、α−NAGA活性と比較して有意に高いα−GAL活性を有する酵素となり得る。少なくとも、第188番目のアミノ酸(セリン)がグルタミン酸に置換され且つ第191番目のアミノ酸(アラニン)がロイシンに置換されたアミノ酸配列を有する組換え酵素は、上記効果が十分に得られる点で特に好ましい。
本発明のタンパク質はまた、以下の(a)又は(b)のタンパク質であることが好ましい。
(a)下記(i)〜(iii)のいずれかのアミノ酸配列を含むタンパク質。
(i)配列番号2に示されるアミノ酸配列において第188番目のアミノ酸がセリン以外のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列のうち、第18番目〜第411番目のアミノ酸からなるアミノ酸配列
(ii)配列番号2に示されるアミノ酸配列において第191番目のアミノ酸がアラニン以外のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列のうち、第18番目〜第411番目のアミノ酸からなるアミノ酸配列
(iii)配列番号2に示されるアミノ酸配列において第188番目のアミノ酸がセリン以外のアミノ酸に置換され第191番目のアミノ酸がアラニン以外のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列のうち、第18番目〜第411番目のアミノ酸からなるアミノ酸配列
(b)上記(i)〜(iii)のいずれかのアミノ酸配列において前記置換部位のアミノ酸を除く1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を含み、かつα−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質
配列番号2に示されるアミノ酸配列は、野生型α−NAGAを構成する411個のアミノ酸からなるアミノ酸配列である。
上記(a)のタンパク質は、詳しくは、この配列番号2に示されるアミノ酸配列において上記(i)〜(iii)に記載のように置換されたアミノ酸配列のうち、野生型α−NAGAのシグナルペプチドを構成する第1番目〜第17番目のアミノ酸を除いた、第18番目〜第411番目のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列からなるタンパク質である。前述したように、第188番目及び第191番目のアミノ酸残基はいずれも基質結合部位を構成するアミノ酸の一つである。
ここで、上記第18番目〜第411番目のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列としては、例えば、当該第18番目〜第411番目のアミノ酸配列のN末端に、各種シグナルペプチドが結合したアミノ酸配列などが好ましく挙げられる。当該シグナルペプチドとしては、障害臓器の細胞膜を通過させ得るものであればよく、限定はされないが、例えば、野生型α−NAGA及び野生型α−GAL等の各種リソソーム酵素のシグナルペプチド並びにプレプロトリプシン等の分泌酵素のシグナルペプチドが好ましく、より好ましくは野生型α−NAGA及び野生型α−GALのシグナルペプチドである。なお、野生型α−NAGAのシグナルペプチドは、配列番号2に示される野生型α−NAGAのアミノ酸配列のうち第1番目〜第17番目のアミノ酸からなるペプチドであり、野生型α−GALのシグナルペプチドは、配列番号13に示される野生型α−GALのアミノ酸配列のうち第1番目〜第31番目のアミノ酸からなるペプチドである。また、プレプロトリプシンのシグナルペプチドは、配列番号15に示されるアミノ酸配列からなるペプチドである。
上記(a)のタンパク質としては、上記(i)、(ii)又は(iii)のアミノ酸配列を含むタンパク質のうち、上記(iii)のアミノ酸配列を含むタンパク質が特に好ましい。
また、上記(a)のタンパク質としては、上記(i)及び(iii)の記載中の「セリン以外のアミノ酸」がグルタミン酸又はアスパラギン酸である場合のタンパク質が好ましく挙げられる。同様に、上記(a)のタンパク質としては、上記(ii)及び(iii)の記載中の「アラニン以外のアミノ酸」がロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン及びメチオニンからなる群より選ばれるいずれか1つである場合のタンパク質も好ましく挙げられる。
さらに、上記(a)のタンパク質としては、上記(i)〜(iii)の記載中の「セリン以外のアミノ酸」がグルタミン酸であり、かつ、「アラニン以外のアミノ酸」がロイシンである場合のタンパク質が、特に好ましく挙げられる。当該タンパク質としては、例えば、野生型α−NAGAのアミノ酸配列(配列番号2)のうち第188番目のセリンがグルタミン酸に置換され、かつ、第191番目のアラニンがロイシンに置換されたタンパク質(α−NAGA(S188E/A191L))が好ましく挙げられる(図7及び配列番号4参照)。なお、アミノ酸のアルファベット表記は、一般に、3文字(例えば「Ser」)又は1文字(例えば「S」)で表し、N末端からのアミノ酸位置を示す数字(例えば「188」)の前に表示したアルファベットは置換前のアミノ酸の1文字表記を示し、数字の後に表示したアルファベットは置換後のアミノ酸の1文字表記を示している。従って、第188番目のSerをGluに置換した場合は「S188E」と表示する。
上記(b)のタンパク質は、上記(a)のタンパク質に含まれる上記(i)〜(iii)のいずれかのアミノ酸配列において前記置換部位のアミノ酸を除く、1個又は数個(例えば1個〜10個程度、好ましくは1個〜5個程度)のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列を含み、かつα−GAL活性を有するタンパク質であればよく、限定はされない。ここで、「前記置換部位」とは、上記(i)〜(iii)のアミノ酸配列を構成する394個のアミノ酸残基のうち、配列番号2に示されるアミノ酸配列における第188番目のアミノ酸の位置に対応するアミノ酸残基(但し上記(i)及び(iii)のアミノ酸配列に限る)、並びに、配列番号2に示されるアミノ酸配列における第191番目のアミノ酸の位置に対応するアミノ酸残基(但し上記(ii)及び(iii)のアミノ酸配列に限る)を意味する。より具体的には、前者のアミノ酸残基は、上記(i)及び(iii)のアミノ酸配列における第171番目のアミノ酸残基を意味し、後者のアミノ酸残基は、上記(ii)及び(iii)のアミノ酸配列における第174番目のアミノ酸残基を意味する。
なお、上記(b)のタンパク質は、α−GAL活性を安定して発揮し得るタンパク質であることが重要である。そのため、例えば、α−GALの基質中のα−ガラクトース残基との結合性(基質結合性)及び当該基質との触媒反応性に重要と考えられるアミノ酸残基は、上記(i)〜(iii)のアミノ酸配列から変異(欠失、置換又は付加)されていないものが好ましい。当該アミノ酸残基としては、上記(i)〜(iii)のアミノ酸配列を構成するアミノ酸残基のうち、配列番号2に示されるアミノ酸配列における第28番目〜第31番目、第77番目〜第81番目、第117番目〜第127番目、第150番目〜第158番目、第192番目、第209番目〜第220番目及び第242番目〜第254番目のアミノ酸の位置に対応するアミノ酸残基(特に、触媒部位である第156番目及び第217番目のアスパラギン酸(Asp:D))が好ましく挙げられる。
同様に、ホモ二量体の形成に重要と考えられるアミノ酸残基も、上記(i)〜(iii)のアミノ酸配列から変異(欠失、置換又は付加)されていないものが好ましい。当該アミノ酸残基としては、上記(i)〜(iii)のアミノ酸配列を構成するアミノ酸残基のうち、配列番号2に示されるアミノ酸配列における第45番目及び第350番目のアミノ酸の位置に対応するアミノ酸残基(具体的には、第45番目のアスパラギン酸(Asp:D)及び第350番目のアルギニン(Arg:R))が好ましく挙げられる。
さらに、N型糖鎖結合部位であるアミノ酸残基も、上記(i)〜(iii)のアミノ酸配列から変異(欠失、置換又は付加)されていないものが好ましい。当該アミノ酸残基としては、上記(i)〜(iii)のアミノ酸配列を構成するアミノ酸残基のうち、配列番号2に示されるアミノ酸配列における第124番目、第177番目、第201番目、第359番目及び第385番目のアミノ酸の位置に対応するアミノ酸残基(いずれもアスパラギン(Asn:N))が好ましく挙げられる。
本発明においては、α−GAL活性は、例えば、CHO細胞やヒト線維芽細胞等の哺乳類由来の細胞に目的タンパク質を発現させて採取し、当該タンパク質(酵素溶液)と、4−メチルウンベリフェリル−α−D−ガラクトシド(α−D−ガラクトース及び4−メチルウンベリフェロン(蛍光基質)から得られる合成基質)とを混合して、酸性条件下で反応させた場合に、当該酵素溶液の単位量が単位時間当たりに遊離させ得る4−メチルウンベリフェロンの量を検出することにより測定することができる。
なお、α−NAGA活性も、上記α−GAL活性と同様に、目的タンパク質を発現させて採取し、当該タンパク質(酵素溶液)と、4−メチルウンベリフェリル−α−N−アセチル−D−ガラクトサミニド(α−N−アセチル−D−ガラクトサミン及び4−メチルウンベリフェロン(蛍光基質)から得られる合成基質)とを混合して、酸性条件下で反応させた場合に、当該酵素溶液の単位量が単位時間当たりに遊離させ得る4−メチルウンベリフェロンの量を検出することにより測定することができる。
上記α−GAL活性及びα−NAGA活性の測定方法においては、蛍光基質の検出には、公知の各種検出方法を採用できるが、例えば、蛍光光度計等により検出する方法が好ましい。また、目的タンパク質の発現は、公知の各種発現ベクター等に組込んで細胞に導入し発現させればよい。当該測定方法としては、具体的には、後述する実施例3や実施例4に記載の方法が好ましく例示できる。
3.組換え遺伝子
上述した本発明のタンパク質をコードする遺伝子としては、限定はされないが、以下の(a)又は(b)のDNAを含む遺伝子が好ましく挙げられる。なお、以下の(a)及び(b)のDNAは、いずれも本発明のタンパク質の構造遺伝子であることが好ましいが、これらDNAを含む遺伝子としては、これらDNAのみからなるものであってもよいし、これらDNAを一部に含み、その他に遺伝子発現に必要な公知の塩基配列(転写プロモーター、SD配列、Kozak配列、ターミネーター等)をも含むものであってもよく、限定はされない。
(a)下記(i)〜(iii)のいずれかの塩基配列を含むDNA
(i)配列番号1に示される塩基配列において第562番目〜第564番目の塩基「agc」がセリン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換された塩基配列のうち、第52番目〜第1,236番目の塩基からなる塩基配列
(ii)配列番号1に示される塩基配列において第571番目〜第573番目の塩基「gcc」がアラニン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換された塩基配列のうち、第52番目〜第1,236番目の塩基からなる塩基配列
(iii)配列番号1に示される塩基配列において第562番目〜第564番目の塩基「agc」がセリン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換され第571番目〜第573番目の塩基がアラニン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基に置換された塩基配列のうち、第52番目〜第1,236番目の塩基からなる塩基配列
(b)上記(i)〜(iii)のいずれかの塩基配列を含むDNAに対し相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAであって、前記置換部位の塩基に対応する塩基が当該置換部位の塩基と同一であり、かつα−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNA
本発明において「コドン」とは、転写後のRNA配列上の3塩基連鎖(トリプレット)に限らず、DNA配列上の3塩基連鎖をも意味する。よって、DNA配列上のコドンの表記は、ウラシル(U)の代わりにチミン(T)を用いて行う。
配列番号1に示される塩基配列は、野生型α−NAGAをコードする1,236個の塩基からなる塩基配列である。
上記(a)のDNAは、詳しくは、この配列番号1に示される塩基配列において上記(i)〜(iii)に記載のように塩基置換がなされた塩基配列のうち、野生型α−NAGAのシグナルペプチドをコードする第1番目〜第51番目の塩基を除いた、第52番目〜第1,236番目の塩基配列を含む塩基配列からなるDNAである。
ここで、上記第52番目〜第1,236番目の塩基配列を含む塩基配列としては、例えば、当該第52番目〜第1,236番目の塩基配列の5’側に、各種シグナルペプチドをコードする塩基配列(ポリヌクレオチド)が結合した塩基配列が好ましく挙げられる。当該シグナルペプチドとしては、障害臓器の細胞膜を通過させ得るものであればよく、限定はされないが、例えば、野生型α−NAGA及び野生型α−GAL等の各種リソソーム酵素のシグナルペプチド、並びにプレプロトリプシン(preprotrypsin)等の分泌酵素のシグナルペプチドが好ましく、より好ましくは野生型α−NAGA及び野生型α−GALのシグナルペプチドである。なお、野生型α−NAGAのシグナルペプチドをコードする塩基配列は、配列番号1に示される野生型α−NAGAの塩基配列のうち第1番目〜第51番目の塩基からなる塩基配列であり、野生型α−GALのシグナルペプチドをコードする塩基配列は、配列番号12に示される野生型α−GALの塩基配列のうち第1番目〜第93番目の塩基からなる塩基配列である。また、プレプロトリプシンのシグナルペプチドをコードする塩基配列は、配列番号14に示される塩基配列である。
上記(a)のDNAとしては、上記(i)、(ii)又は(iii)の塩基配列を含むDNAのうち、上記(iii)の塩基配列を含むDNAが特に好ましい。
また、上記(a)のDNAとしては、上記(i)及び(iii)の記載中の「セリン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基」がグルタミン酸又はアスパラギン酸のコドンを示す塩基である場合のDNAが好ましく挙げられる。同様に、上記(a)のDNAとしては、上記(ii)及び(iii)の記載中の「アラニン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基」がロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン及びメチオニンからなる群より選ばれるいずれか1つのコドンを示す塩基である場合のDNAも好ましく挙げられる。ここで、上記の各アミノ酸のコドンを示す塩基(左端の塩基を5’側の塩基とする)については、グルタミン酸のコドンを示す塩基は「gag」又は「gaa」(好ましくは「gag」)であり、アスパラギン酸のコドンを示す塩基は「gat」又は「gac」である。同様に、ロイシンのコドンを示す塩基は「ctc」、「ctt」、「cta」又は「ctg」(好ましくは「ctc」)であり、バリンのコドンを示す塩基は「gtt」、「gtc」、「gta」又は「gtg」であり、イソロイシンのコドンを示す塩基は「att」、「atc」又は「ata」であり、フェニルアラニンのコドンを示す塩基は「ttt」又は「ttc」であり、メチオニンのコドンを示す塩基は「atg」である。なお、セリンのコドンを示す塩基としては、前記「agc」以外に「agt」があり、アラニンのコドンを示す塩基としては、前記「gcc」以外に「gct」、「gca」及び「gcg」がある。
さらに、上記(a)のDNAとしては、上記(i)〜(iii)の記載中の「セリン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基」がグルタミン酸のコドンを示す塩基であり、かつ、「アラニン以外のアミノ酸のコドンを示す塩基」がロイシンのコドンを示す塩基である場合のDNAが、特に好ましく挙げられる。当該DNAとしては、例えば、野生型α−NAGAの塩基配列(配列番号1)のうち第562番目〜第564番目の塩基がセリンのコドンを示す塩基からグルタミン酸のコドンを示す塩基に置換され(「agc」→「gag」)、かつ、第571番目〜第573番目の塩基がアラニンのコドンを示す塩基からロイシンのコドンを示す塩基に置換された(「gcc」→「ctc」)塩基配列(配列番号3)からなるDNAが好ましく挙げられる。この例示においては、置換後の第562番目〜第564番目の塩基は、グルタミン酸のコドンを示す塩基であれば上記「gag」以外の塩基であってもよいし、同様に、置換後の第571番目〜第573番目の塩基は、ロイシンのコドンを示す塩基であれば上記「ctc」以外の塩基であってもよく、限定はされない。
以上のような変異置換型のDNAは、例えば、Molecular Cloning,A Laboratory Manual 2nd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989)、Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons(1987−1997)等に記載の部位特異的変位誘発法に準じて調製することができる。具体的には、Kunkel法やGapped duplex法等の公知手法により、部位特異的突然変異誘発法を利用した変異導入用キットを用いて調製することができ、当該キットとしては、例えば、QuickChangeTM Site−Directed Mutagenesis Kit(ストラタジーン社製)、GeneTailorTM Site−Directed Mutagenesis System(インビトロジェン社製)、TaKaRa Site−Directed Mutagenesis System(Mutan−K、Mutan−Super Express Km等:タカラバイオ社製)等が好ましく挙げられる。
また、後述する実施例に記載のように、所望のアミノ酸のコドンを示す塩基となるようにミスセンス変異が導入されるように設計したPCRプライマーを用い、野生型α−NAGAをコードする塩基配列を含むDNA等をテンプレートとして、適当な条件下でPCRを行うことにより調製することもできる。このようなPCRプライマーとしては、例えば、後述する実施例1に記載の、配列番号8及び配列番号10に示される合成オリゴヌクレオチドプライマーが好ましく挙げられる。PCRに用いるDNAポリメラーゼは、限定はされないが、正確性の高いDNAポリメラーゼであることが好ましく、例えば、Pwo DNA(ポリメラーゼロシュ・ダイアグノスティックス)、Pfu DNAポリメラーゼ(プロメガ)、プラチナPfx DNAポリメラーゼ(インビトロジェン)、KOD DNAポリメラーゼ(東洋紡)、KOD−plus−ポリメラーゼ(東洋紡)等が好ましい。PCRの反応条件は、用いるDNAポリメラーゼの最適温度、合成するDNAの長さや種類等により適宜設定すればよいが、例えば、サイクル条件であれば「90〜98℃で5〜30秒(熱変性・解離)→50〜65℃で5〜30秒(アニーリング)→65〜80℃で30〜1200秒(合成・伸長)」を1サイクルとして合計20〜200サイクル行う条件が好ましい。
上記(b)のDNAは、上記(i)〜(iii)のいずれかの塩基配列を含むDNA(すなわち上記(a)のDNA)若しくはそれと相補的な塩基配列からなるDNA、又はこれらを断片化したものをプローブとして用い、コロニーハイブリダイゼーション、プラークハイブリダイゼーション、及びサザンブロット等の公知のハイブリダイゼーション法を実施し、cDNAライブラリーやゲノムライブラリーから得ることができる。ライブラリーは、公知の方法で作製されたものを利用してもよいし、市販のcDNAライブラリーやゲノムライブラリーを利用してもよく、限定はされない。
ハイブリダイゼーション法の詳細な手順については、Molecular Cloning,A Laboratory Manual 2nd ed.(Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989)等を適宜参照することができる。
ハイブリダイゼーション法を実施における「ストリンジェントな条件」とは、ハイブリダイゼーション後の洗浄時の条件であって、バッファーの塩濃度が15〜330mM、温度が25〜65℃、好ましくは塩濃度が15〜150mM、温度が45〜55℃の条件を意味する。具体的には、例えば80mMで50℃等の条件を挙げることができる。さらに、このような塩濃度や温度等の条件に加えて、プローブ濃度、プローブの長さ、反応時間等の諸条件も考慮し、上記(b)のDNAを得るための条件を適宜設定することができる。
ハイブリダイズするDNAとしては、上記(a)のDNAの塩基配列に対して少なくとも40%以上の相同性を有する塩基配列であることが好ましく、より好ましくは60%、さらに好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上、最も好ましくは99%以上である。
また、上記(b)のDNAは、前記置換部位の塩基に対応する塩基が当該置換部位の塩基と同一である。
ここでいう「置換部位」とは、上記(a)のDNAに含まれる上記(i)〜(iii)のいずれかの塩基配列においてなされた塩基置換の部位であり、詳しくは、当該塩基置換により生じた変更後のコドンを示す塩基(トリプレット)の部位を意味する。具体的には、「置換部位」とは、上記(i)〜(iii)の塩基配列を構成する1,185個の塩基のうち、配列番号1に示される塩基配列における第562番目〜第564番目の塩基の位置に対応する塩基(但し上記(i)及び(iii)の塩基配列に限る)、並びに、配列番号1に示される塩基配列における第571番目〜第573番目の塩基の位置に対応する塩基(但し上記(ii)及び(iii)の塩基配列に限る)を意味する。さらに具体的には、前者の塩基は、上記(i)及び(iii)の塩基配列における第511番目〜第513番目の塩基を意味し、後者の塩基は、上記(i)及び(iii)の塩基配列における第520番目〜第522番目の塩基を意味する。
また「前記置換部位の塩基に対応する塩基」の「対応する塩基」とは、上記(b)のDNAが上記(a)のDNAに対する相補鎖とハイブリダイズした場合に、このハイブリッドにおいて、前記置換部位の塩基に対する相補塩基(トリプレット)と、位置的に対向する関係にある塩基(トリプレット)を意味する。例えば、上記(b)のDNAの塩基配列が、上記(a)のDNAと比較して欠失及び付加の変異が無い場合(つまり両DNAの長さ(塩基数)が同じ)であれば、上記(b)のDNAの塩基配列における第511番目〜第513番目の塩基及び/又は第520番目〜第522番目の塩基が、上記「対応する塩基」となる。
なお、上記(b)のDNAは、α−GAL活性を有するタンパク質をコードするDNAであることが重要である。そのため、例えば、α−GALの基質中のα−ガラクトース残基との結合性(基質結合性)及び当該基質との触媒反応性に重要と考えられるアミノ酸残基のコドンを示す塩基は、上記(i)〜(iii)の塩基配列から変異(欠失、置換又は付加)されていないものが好ましい。上記(i)〜(iii)の塩基配列上のそのような塩基としては、当該塩基配列のうち配列番号1に示される塩基配列における第82番目〜第93番目(4コドン)、第229番目〜第243番目(5コドン)、第349番目〜第381番目(11コドン)、第448番目〜第474番目(9コドン)、第574番目〜第576番目(1コドン)、第625番目〜第660番目(12コドン)及び第724番目〜第762番目(13コドン)の塩基の位置に対応する塩基が好ましく挙げられ、中でも特に、触媒部位のアミノ酸残基のコドンを示す第466番目〜第468番目及び第649番目〜第651番目の塩基に対応する塩基が好ましい。
また、上記(b)のDNAは、ホモ二量体の形成に重要と考えられるアミノ酸残基のコドンを示す塩基も、上記(i)〜(iii)の塩基配列から変異(欠失、置換又は付加)されていないものが好ましい。上記(i)〜(iii)の塩基配列上のそのような塩基としては、当該塩基配列のうち、配列番号1に示される塩基配列における第133番目〜第135番目及び第1,048番目〜第1,050番目の塩基の位置に対応する塩基が好ましく挙げられる。
さらに、上記(b)のDNAは、N型糖鎖結合部位であるアミノ酸残基のコドンを示す塩基も、上記(i)〜(iii)の塩基配列から変異(欠失、置換又は付加)されていないものが好ましい。上記(i)〜(iii)の塩基配列上のそのような塩基としては、当該塩基配列のうち、配列番号1に示される塩基配列における第370番目〜第372番目、第529番目〜第531番目、第601番目〜第603番目、第1,075番目〜第1,077番目及び第1,153番目〜第1,155番目の塩基の位置に対応する塩基が好ましく挙げられる。
上記(b)のDNAとしては、例えば、上記(a)のDNAと比較して、塩基配列については完全に同一ではないが、翻訳された後のアミノ酸配列については完全に同一となるような塩基配列からなるDNA(すなわち上記(a)のDNAにサイレント変異が施されたDNA)が、特に好ましい。
本発明のタンパク質をコードする遺伝子としては、翻訳後の個々のアミノ酸に対応するコドンは、特に限定はされないので、転写後、ヒト等の哺乳類において一般的に用いられているコドン(好ましくは使用頻度の高いコドン)を示すDNAを含むものであってもよいし、また、大腸菌や酵母等の微生物や、植物等において一般的に用いられているコドン(好ましくは使用頻度の高いコドン)を示すDNAを含むものであってもよい。
4.組換えベクター及び形質転換体
本発明のタンパク質を発現させるためには、まず、上述した本発明の遺伝子を発現ベクターに組込んで組換えベクターを構築することが必要である。この際、発現ベクターに組込む遺伝子には、必要に応じて、予め、上流に転写プロモーター、SD配列(宿主が原核細胞の場合)及びKozak配列(宿主が真核細胞の場合)を連結しておいてもよいし、下流にターミネーターを連結しておいてもよく、その他、エンハンサー、スプライシングシグナル、ポリA付加シグナル、選択マーカー等を連結しておくこともできる。なお、上記転写プロモーター等の遺伝子発現に必要な各要素は、初めから当該遺伝子に含まれていてもよいし、もともと発現ベクターに含まれている場合はそれを利用してもよく、各要素の使用態様は特に限定されない。
発現ベクターに当該遺伝子を組込む方法としては、例えば、制限酵素を用いる方法や、トポイソメラーゼを用いる方法など、公知の遺伝子組換え技術を利用した各種方法が採用できる。また、発現ベクターとしては、例えば、プラスミドDNA、バクテリオファージDNA、レトロトランスポゾンDNA、レトロウイルスベクター、人工染色体DNAなど、本発明のタンパク質をコードする遺伝子を保持し得るものであれば、限定はされず、使用する宿主細胞に適したベクターを適宜選択して使用することができる。
次いで、構築した上記組換えベクターを宿主に導入して形質転換体を得、これを培養することにより、本発明のタンパク質を発現させることができる。なお、本発明で言う「形質転換体」とは宿主に外来遺伝子が導入されたものを意味し、例えば、宿主にプラスミドDNA等を導入すること(形質転換)で外来遺伝子が導入されたもの、並びに、宿主に各種ウイルス及びファージを感染させること(形質導入)で外来遺伝子が導入されたものが含まれる。
宿主としては、上記組換えベクターが導入された後、本発明のタンパク質を発現し得るものであれば、限定はされず、適宜選択することができるが、例えば、ヒトやマウス等の各種動物細胞、各種植物細胞、細菌、酵母、植物細胞等の公知の宿主が挙げられる。
動物細胞を宿主とする場合は、例えば、ヒト繊維芽細胞、CHO細胞、サル細胞COS−7、Vero、マウスL細胞、ラットGH3、ヒトFL細胞等が用いられる。また、Sf9細胞、Sf21細胞等の昆虫細胞を用いることもできる。
細菌を宿主とする場合、例えば、大腸菌、枯草菌等が用いられる。
酵母を宿主とする場合は、例えば、サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、シゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)等が用いられる。
植物細胞を宿主とする場合は、例えば、タバコBY−2細胞等が用いられる。
形質転換体を得る方法は、限定はされず、宿主と発現ベクターとの種類の組み合わせを考慮し、適宜選択することができるが、例えば、電気穿孔法、リポフェクション法、ヒートショック法、PEG法、リン酸カルシウム法、DEAEデキストラン法、並びに、DNAウイルスやRNAウイルス等の各種ウイルスを感染させる方法などが好ましく挙げられる。
得られる形質転換体においては、組換えベクターに含まれる遺伝子のコドン型は、実際に用いた宿主のコドン型と一致していてもよいし、異なっていてもよく、限定はされない。
5.タンパク質の製法
本発明のタンパク質は、野生型α−NAGAの活性部位(特に基質結合部位)の構造を、α−GALの基質が結合できるように変化させることにより製造することができる。α−GALの基質を結合させることができれば、野生型α−NAGAの触媒部位による触媒作用で当該基質は加水分解され得る。
このような構造変化は、例えば、前述したように、遺伝子組換え技術により、野生型α−NAGAの活性部位(基質結合部位)を構成するアミノ酸配列中、(i)第188番目のセリンをグルタミン酸又はアスパラギン酸等の他のアミノ酸に置換し、(ii)第191番目のアラニンをロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン又はメチオニン等の他のアミノ酸に置換し、あるいは(iii)第188番目のセリン及び第191番目のアラニンを共に上記(i),(ii)のように置換する。このようにして、置換前と置換後のアミノ酸側鎖の立体構造を変化させることで行うことができ、野生型α−NAGAの基質特異性を変化させることができる。特に、上記構造変化は、第188番目のセリンをグルタミン酸に置換し且つ第191番目のアラニンをロイシンに置換して行うことが好ましく、これによりα−NAGAにα−GALの基質特異性を付与することができる。なお、以上の構造変化において、顕著な立体構造変化をもたらすアミノ酸置換は、第191番目のアラニンをロイシン等に置換することである。詳しくは、第191番目のアミノ酸の側鎖が、アラニンの側鎖である「−CH3」から、ロイシンの側鎖である「−CH2−CH(CH3)−CH3」等のように占有空間の大きな側鎖に変わることで、α−NAGAの基質中のN−アセチル基が活性部位に入り込む空間が制限され、当該基質との結合性が低減し、その分α−GALの基質との結合性が高まることとなる。
本発明のタンパク質の製造は、具体的には、前述した形質転換体を培養する工程と、得られる培養物からα−ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質を採取する工程とを含む方法により実施することができる。ここで、「培養物」とは、培養上清、培養細胞、培養菌体、又は細胞若しくは菌体の破砕物のいずれをも意味するものである。上記形質転換体の培養は、宿主の培養に用いられる通常の方法に従って行うことができる。目的のタンパク質は、上記培養物中に蓄積される。
上記培養に用いる培地としては、宿主が資化し得る炭素源、窒素源、無機塩類などを含有し、形質転換体の培養を効率的に行うことができる培地であれば、公知の各種天然培地及び合成培地のいずれを用いてもよい。
培養中は、形質転換体に含まれる組換えベクターの脱落及び目的タンパク質をコードする遺伝子の脱落を防ぐために、選択圧をかけた状態で培養してもよい。すなわち、選択マーカーが薬剤耐性遺伝子である場合には、相当する薬剤を培地に添加することができ、選択マーカーが栄養要求性相補遺伝子である場合には、相当する栄養因子を培地から除くことができる。例えば、G418耐性遺伝子を含むベクターで形質導入したヒト線維芽細胞を培養する場合、培養中、必要に応じてG418(G418硫酸塩)を添加してもよい。
プロモーターとして誘導性のプロモーターを用いた発現ベクターで形質転換した形質転換体等を培養する場合は、必要に応じて、好適なインデューサー(例えば、IPTG等)を培地に添加してもよい。
形質転換体の培養条件は、目的タンパク質の生産性及び宿主の生育が妨げられない条件であれば特に限定はされず、通常、10℃〜40℃、好ましくは20℃〜37℃で5〜100時間行う。pHの調整は、無機又は有機酸、アルカリ溶液等を用いて行うことができる。培養方法としては、固体培養、静置培養、振盪培養、通気攪拌培養などが挙げられる。
培養後、目的タンパク質が菌体内又は細胞内に生産される場合には、菌体又は細胞を破砕することにより目的タンパク質を採取することができる。菌体又は細胞の破砕方法としては、フレンチプレス又はホモジナイザーによる高圧処理、超音波処理、ガラスビーズ等による磨砕処理、リゾチーム、セルラーゼ又はペクチナーゼ等を用いる酵素処理、凍結融解処理、低張液処理、ファージによる溶菌誘導処理等を利用することができる。破砕後、必要に応じて菌体又は細胞の破砕残渣(細胞抽出液不溶性画分を含む)を除くことができる。残渣を除去する方法としては、例えば、遠心分離やろ過などが挙げられ、必要に応じて、凝集剤やろ過助剤等を使用して残渣除去効率を上げることもできる。残渣を除去した後に得られた上清は、細胞抽出液可溶性画分であり、粗精製したタンパク質溶液とすることができる。
また、目的のタンパク質が菌体内又は細胞内に生産される場合は、菌体や細胞そのものを遠心分離、膜分離等で回収して、未破砕のまま使用することも可能である。
一方、目的のタンパク質が菌体外又は細胞外に生産される場合には、培養液をそのまま使用するか、遠心分離やろ過等により菌体又は細胞を除去する。その後、必要に応じて硫安沈澱による抽出等により、培養物中から目的タンパク質を採取し、さらに必要に応じて透析、各種クロマトグラフィー(ゲルろ過、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティクロマトグラフィー等)を用いて単離精製することもできる。
形質転換体等を培養して得られたタンパク質の生産収率は、例えば、培養液あたり、菌体湿重量又は乾燥重量あたり、粗酵素液タンパク質あたりなどの単位で、SDS−PAGE(ポリアクリルアミドゲル電気泳動)等により確認することができる。
また、目的タンパク質の製造は、上述したような形質転換体を用いたタンパク質合成系のほか、生細胞を全く使用しない無細胞タンパク質合成系を用いて行うこともできる。
無細胞タンパク質合成系とは、細胞抽出液を用いて試験管等の人工容器内で目的タンパク質を合成する系である。また、使用し得る無細胞タンパク質合成系としては、DNAを鋳型としてRNAを合成する無細胞転写系も含まれる。
この場合、使用する細胞抽出液の由来は、前述の宿主細胞であることが好ましい。細胞抽出液としては、例えば真核細胞由来又は原核細胞由来の抽出液、より具体的には、CHO細胞、ウサギ網状赤血球、マウスL−細胞、HeLa細胞、小麦胚芽、出芽酵母、大腸菌などの抽出液を使用することができる。なお、これらの細胞抽出液は、濃縮又は希釈して用いてもよいし、そのままでもよく、限定はされない。
細胞抽出液は、例えば限外濾過、透析、ポリエチレングリコール(PEG)沈殿等によって得ることができる。
このような無細胞タンパク質合成は、市販のキットを用いて行うこともできる。例えば、試薬キットPROTEIOSTM(東洋紡)、TNTTMSystem(プロメガ)、合成装置のPG−MateTM(東洋紡)、RTS(ロシュ・ダイアグノスティクス)等が挙げられる。
無細胞タンパク質合成によって産生された目的のタンパク質は、前述したようにクロマトグラフィー等の手段を適宜選択して、精製することができる。
6.医薬組成物
(i)補充用酵素薬等としての医薬組成物
本発明のタンパク質は、前述したように、ファブリー病の治療に関して種々の優れた効果を発揮し得るものであり、ファブリー病治療剤の有効成分として用いることができる。すなわち、本発明は、前述した本発明のタンパク質を含有する医薬組成物を含む、ファブリー病の治療剤を提供するものである。この治療剤としては、具体的には、酵素補充療法に用い得る補充用酵素薬が好ましい。
当該医薬組成物において有効成分となる、本発明のタンパク質は、必要に応じて各種塩や水和物等の状態で用いられてもよいし、また、治療剤としての保存安定性(特に活性維持)を考慮し適当な化学的修飾がなされた状態で用いられてもよく、限定はされない。
当該医薬組成物は、本発明のタンパク質等以外にも他の成分を含むことができる。他の成分としては、当該医薬組成物の用法(使用形態)に応じて必要とされる製薬上の各種成分(薬学的に許容し得る各種担体等)が挙げられる。他の成分は、本発明のタンパク質等により発揮される効果が損なわれない範囲で適宜含有することができる。
当該医薬組成物が補充用酵素薬に用いられる場合は、本発明のタンパク質の配合割合や、他の成分の種類及び配合割合は、公知の補充用酵素薬(特に、ファブリー病治療用の補充用酵素薬)の調製法に準じて適宜設定することができる。
当該医薬組成物の投与については、その用法は限定はされないが、補充用酵素薬である場合は、通常、点滴静注などの非経口用法が採用される。非経口用法等の各種用法に用い得る製剤は、薬剤製造上一般に用いられる賦形剤、充填剤、増量剤、結合剤、湿潤剤、崩壊剤、潤滑剤、界面活性剤、分散剤、緩衝剤、保存剤、溶解補助剤、防腐剤、矯味矯臭剤、無痛化剤、安定化剤、等張化剤等を適宜選択して使用し、常法により調製することができる。
当該医薬組成物の形態は、限定はされないが、補充用酵素薬である場合は、通常、静脈内注射剤(点滴を含む)が採用され、例えば、単位投与量アンプル又は多投与量容器の状態等で提供され得る。
当該医薬組成物の投与量は、一般には、製剤中の有効成分の配合割合を考慮した上で、投与対象(患者)の年齢、体重、病気の種類、病状のほか、投与経路、投与回数、投与期間等を勘案し、適宜、広範囲に設定することができる。特に、本発明の治療剤が補充用酵素薬である場合、その投与回数は、2〜4週間に1回程度が好ましく、またその投与量(/1回)は、例えば、有効成分である本発明のタンパク質等(組換え酵素)を、患者の体重に対して0.1〜10mg/kg程度投与できる量であることが好ましく、より好ましくは0.1〜5mg/kg程度、さらに好ましくは0.2〜1mg/kg程度である。
本発明においては、有効成分となる本発明のタンパク質(組換え酵素)は、血中安定性に優れ、障害臓器の細胞への取り込み効率も高いため、従来に比べて少量の使用であっても従来と同様又はそれ以上の酵素補充効果を得ることができ、またアレルギー性副作用も極めて少ないので、患者への体力的、精神的及び経済的な負担を大いに低減することができる。
(ii)遺伝子治療剤としての医薬組成物
本発明の遺伝子は、前述したように、ファブリー病の治療に関して種々の優れた効果を発揮し得る本発明のタンパク質をコードするものであり、ファブリー病治療薬(遺伝子治療剤)の有効成分として用いることができる。すなわち、本発明は、前述した本発明の遺伝子を含有する医薬組成物を有効成分として含む、ファブリー病の遺伝子治療剤を提供するものである。
当該医薬組成物が遺伝子治療剤に用いられる場合は、注射により直接投与する方法のほか、核酸が組込まれたベクターを投与する方法が挙げられる。上記ベクターとしては、アデノウイルスベクター、アデノ関連ウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、レトロウイルスベクター及びレンチウイルスベクター等が挙げられる。これらのウイルスベクターを用いることにより効率よく投与することができる。なお、市販の遺伝子導入キット(例えば、製品名:アデノエクスプレス、クローンテック社製)を用いることもできる。
また、当該医薬組成物を遺伝子治療剤に用いる場合、当該組成物をリポソーム等のリン脂質小胞体に導入し、この小胞体を投与することも可能である。本発明の遺伝子を保持させた小胞体をリポフェクション法により所定の細胞に導入する。そして、得られる細胞を例えば静脈内又は動脈内等に投与する。ファブリー病の障害臓器に局所投与することもできる。例えば、成人に当該医薬組成物を投与する場合は、患者の体重に対し、一日あたり0.1μg/kg〜1000mg/kg程度であることが好ましく、より好ましくは1μg/kg〜100mg/kg程度である。
7.ファブリー病の治療方法
本発明は、上記医薬組成物をファブリー病患者に投与することを特徴とする、ファブリー病の治療方法を含むものである。また本発明は、ファブリー病を治療するための上記医薬組成物の使用、及び、ファブリー病の治療のための薬剤を製造するための上記医薬組成物又は本発明のタンパク質の使用も含む。
本発明の治療方法に使用する医薬組成物は、本発明のタンパク質を含む医薬組成物(前記「6.(i)」)、又は本発明の遺伝子を含む医薬組成物(前記「6.(ii)」)、あるいはこれら両医薬組成物の併用であってもよく、限定はされず、患者の病状や副作用の有無、あるいは投与効果などを考慮し、適宜選択することができる。ここで、ファブリー病患者に投与する各医薬組成物は、前述した補充用酵素薬や遺伝子治療剤としての使用態様で投与することもできる。
特に、上記併用の場合は、それぞれの医薬組成物の投与量の割合、投与回数及び投与期間などを、個々の患者に合わせて適宜設定することができる。なお、各医薬組成物等の好ましい投与方法及び投与量等については、前述の通りである。
以下に、実施例を挙げて本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
ヒトα−NAGAの基質特異性をヒトα−GAL様に変換した新規酵素を設計するため、タンパク質立体構造モデルを用いた比較検討により、ヒトα−NAGAへの変異の導入部位(アミノ酸位置)を決定した。以下にその手順及び結果を具体的に示す。
1.使用したデータ
ヒトα−NAGA及びヒトα−GALのアミノ酸配列データは、Swiss−Protに、それぞれ下記の通り登録されているものを使用した。また、ニワトリα−NAGA及びヒトα−GALタンパク質立体構造データは、Protein Data Bank(PDB)に、それぞれ下記の通り登録されているものを使用した。
(1)アミノ酸配列データ
使用データベース:Swiss−Prot(http://tw.expasy.org/uniprot/)
(2)タンパク質立体構造データ
使用データベース:Protein Data Bank(PDB)(http://www.rcsb.org/pdb/)
2.ヒトα−NAGAの立体構造モデルの構築
ヒトα−NAGAの立体構造モデルの構築は、ニワトリα−NAGAの立体構造に基づいて、既存の手法であるホモロジーモデリング法(Sutcliffe MJ et al.,Prot.Eng.,1987,1,377−84;Sutcliffe MJ et al.,Prot.Eng.,1987,1,385−92参照)を用いて行った。立体構造として、PDBに登録されているニワトリ由来α−NAGA(基質複合体)の立体構造を使用した。ヒトα−NAGAとニワトリα−NAGAのアミノ酸一致度(identity)は75%であり、ホモロジーモデリング法による立体構造モデルの構築の条件(identity≧30%)を満たす。ホモロジーモデリング法による立体構造モデルの構築は、既存のソフトウエアであるMODELLER(MODELLER CBSU Web(http://cbsuapps.tc.cornell.edu/modeller.aspx)にアクセスすることにより利用可能)を使用して行った。さらに、ニワトリα−NAGAに結合している基質の位置に準じて、当該基質を、構築したヒトα−NAGAの立体構造モデルにはめ込むことにより、ヒトα−NAGAの基質複合体モデルを構築した。
3.ヒトα−GALとヒトα−NAGAの基質特異性に寄与する立体構造の比較
ヒトα−NAGAとヒトα−GALの立体構造は類似しており、いずれも、活性ドメインは(βα)8バレル構造をとる。活性部位(触媒部位及び基質結合部位)に存在する触媒作用に必要なアミノ酸残基(catalytic residue)は、(βα)8バレル構造の各ストランドのC末端側に局在している。図1及び図2に、ヒトα−NAGAとヒトα−GALの立体構造をリボンモデル表示で示し、各構造における触媒部位及び基質結合部位のアミノ酸残基をスティックモデル表示で示した。これら触媒部位及び基質結合部位の残基と基質との立体構造上の位置関係を比較するため、Kabschの重ね合わせ法(Kabsch W.et al.,Acta Crystallogr;1976:A32,827−828.;Kabsch W.et al.,Acta Crystallogr;1978:A34,922−923.参照)により、α−NAGAとα−GALの立体構造の重ね合わせを行った。その後、ヒトα−NAGAモデルにおいて、基質に近接するアミノ酸残基を抽出することにより、基質の結合に関与するアミノ酸残基を選定した。その結果を下記表1に示す。表1の右欄にはヒトα−NAGAから選択された14アミノ酸残基を示し、左欄には当該14アミノ酸残基に位置的に相当するヒトα−GALにおけるアミノ酸を示す。
4.ヒトα−GALとヒトα−NAGAの共通点
その結果、抽出された14残基中、ヒトα−NAGAの触媒部位であるAsp156及びAsp217を含む12残基が、α−NAGAとα−GALとで一致していることがわかった。重ね合わせた立体構造でもこれらのアミノ酸残基中の原子はよく重なり合い、立体構造上の位置も酷似していることが確認された。α−NAGA及びα−GALに共通するアミノ酸残基の立体構造上での位置を図2Aに示す。また、各アミノ酸残基と基質との相互作用を図2Cに示す。これらの残基はいずれも、水素結合又は疎水性結合により基質と関与していると推測される。なお、図2Cでは、下線を付していないアミノ酸がα−NAGA及びα−GALに共通するアミノ酸であり、下線を付しているアミノ酸がα−NAGAとα−GALとの間で異なるアミノ酸である。
5.ヒトα−GALとヒトα−NAGAの相違点
ヒトα−GALとヒトα−NAGAとの間で異なる残基は2残基あり(図2C参照)、α−NAGAでのSer188及びAla191に対応するアミノ酸残基が、α−GALではそれぞれGlu203及びLeu206であった。α−NAGAとα−GALとで異なるアミノ酸残基の立体構造上での位置を図2Bに示した。
図2Cに示すように、α−GAL及びα−NAGAに対する各基質中の糖(6員環)の2位の炭素原子には、α−GALでは「−OH基(ヒドロキシル基)」が、α−NAGAでは「−NH−C(CH3)=O基(N−アセチル基)」が、それぞれ存在する。
α−NAGAでは、Ser188の側鎖のヒドロキシル基が、基質中のN−アセチル基の酸素原子と水素結合していることが推測され、Ala191の側鎖のメチル基が、基質中のN−アセチル基のメチル基と疎水性結合していることが推測された。これらの推測から、α−NAGAのSer188及びAla191は、基質中のN−アセチル基を認識するために重要な残基であると考えられた。
一方、ヒトα−GALでは、α−NAGAとの間で異なる残基であるGlu203及びLeu206が、α−GALの基質の認識に重要であると報告されている(Garman SC et al.,J.Mol.Biol.,2004,19;337(2):319−35.)。そして、α−GALのGlu203の側鎖のカルボキシル基は、基質中の前記ヒドロキシル基と水素結合を形成することがX線結晶構造解析から明らかになっている。また、α−GALのLeu206は、かさ高い側鎖を有する残基であり、α−GALの基質結合部位の空間を一部占有する。一方、α−GALの基質中の前記ヒドロキシル基(2位)は、かさの小さい官能基であり、例えばα−NAGAの基質中のN−アセチル基と比較すると前記ヒドロキシル基が小さいことは明らかである。従って、α−GALと基質との結合においては、α−GALの基質結合部位の空間の大きさは、基質中の前記ヒドロキシル基の大きさにちょうど適していると考えられる。よって、α−GALにおいては、Glu203及びLeu206の2残基が基質特異性の高さに寄与していると考えられた。
6.立体構造モデルによる基質特異性の検証
さらに、α−NAGAの基質に対する相互作用、及びα−GALの基質に対する相互作用を検証するため、相互の基質を交換したモデル、すなわち(i)α−GALの基質とα−NAGAとの複合体モデル、及び(ii)α−NAGAの基質とα−GALとの複合体モデルを構築し、α−NAGAとα−GALとの間で異なる2残基の基質に対する関与について調べた。
その結果、α−NAGAモデル構造にα−GALの基質をはめ込んだ複合体モデルでは、α−NAGAのSer188の側鎖はα−GALの基質の2位のヒドロキシル基とは相互作用せず、Ala191とα−GALの基質との間には隙間が生じ、ヒドロキシル基との相互作用は見られなかった。一方、α−GALの構造にα−NAGAの基質をはめ込んだ複合体モデルでは、α−NAGAの基質の2位のN−アセチル基はα−GALのGlu203及びLeu206と衝突することが確認され、これらの2残基の存在により、基質の結合が阻害されることが予測された。
これらの予測結果は、これまでの実験結果を支持するものであり、α−NAGAのSer188及びAla191、並びにα−GALのGlu203及びLeu206が、α−NAGA及びα−GALのそれぞれの基質特異性に重要であることが裏付けられた。
7.ヒトα−NAGAの基質特異性をヒトα−GAL様に変換するためのアミノ酸残基置換
以上のように、ヒトα−GALとヒトα−NAGAとでは、各基質中の糖(6員環)の2位の炭素原子に存在する官能基を認識する2残基以外は、アミノ酸配列は、触媒部位を含めて全て共通であり、基質特異性の高さに寄与するこれら2残基の置換により、触媒活性は置換前のものを維持しつつ、基質特異性のみをα−GAL及びα−NAGAの相互間で変更できる可能性が示された。ヒトα−NAGAの基質特異性を変更し、α−NAGAにα−GAL活性を発現させるためには、これら2ヶ所のアミノ酸置換が重要である。ヒトα−NAGAのSer188をGluに置換することにより、α−NAGAの基質のN−アセチル基との水素結合による認識をなくし、α−GALの基質のヒドロキシル基への水素結合による相互作用を導入することができる。さらに、ヒトα−NAGAのAla191をLeuに置換することにより、α−NAGAの基質の結合の際にN−アセチル基が入る空間を、Leuのかさ高い側鎖により占有させ、この立体障害により当該基質の結合を阻害する。これらの効果により、α−NAGAにおいて、本来のα−NAGAの基質への認識をなくし、α−GALの基質への高い特異性を持たせることが可能であると予測された。
8.ヒトα−NAGAアミノ酸置換体モデルの評価
α−NAGAに対し、Ser188をGluに置換し、Ala191をLeuに置換した場合、周辺の立体構造に与える影響を確認するため、変異体α−NAGA(α−NAGA S188E/A191L)モデルを構築し、野生型α−NAGAの立体構造と比較した。その結果、上記置換は周辺アミノ酸残基からなる立体構造に影響を及ぼさないことを確認した。このため、ヒトα−NAGAへこれらの変異を導入した変異体α−NAGAは、立体構造上、問題なく存在することができると推測された。
また、変異体α−NAGAの構造にα−GALの基質をはめ込んだ複合体モデルを構築した結果、変異体α−NAGAのGlu188の側鎖は、当該基質の2位のヒドロキシル基と水素結合をし得る距離に存在することが確認された(図6(b)参照)。さらに、変異体α−NAGAの構造にα−NAGAの基質をはめ込んだ複合体モデルでは、当該基質の2位のN−アセチル基がLeu191の側鎖と立体障害を起こし、基質が結合できない構造になっていると推測された。
以上により、変異体α−NAGAは、本来のα−NAGAの基質への特異性を失い、α−GALの基質への高い特異性を獲得すること(すなわち、実質的にα−NAGA活性を失い、α−GAL活性を獲得すること)が期待される結果となった。
構築した変異体α−NAGA(α−NAGA S188E/A191L)の構造を図7に示す。
9.ヒトα−NAGAアミノ酸置換のその他の候補
以上に述べた基質特異性の改変は、α−NAGAの基質への立体障害による結合阻害と、α−GALの基質との水素結合の形成という、2つの作用によりもたられるが、上述したアミノ酸置換について、他のアミノ酸への置換可能性の有無を検討した。
まず上記結合阻害作用のために、第一候補としてα−GALと同じLeuへの置換を行ったが、同様の作用をもたらす置換としては、疎水性アミノ酸残基であるVal,Ile,Phe又はMetへの置換が考えられた。
また、上記水素結合の形成作用のために、第一候補としてα−GALと同じGluへの置換を行ったが、同様の作用をもたらす置換としては、Gluと同じくカルボキシル基を持つAspへの置換が考えられた。
10.野生型ヒトα−NAGAのアミノ酸配列と改変型α−NAGAのアミノ酸配列
野生型ヒトα−NAGAのアミノ酸配列を「配列番号2」に示し、変異体α−NAGA(α−NAGA S188E/A191L)のアミノ酸配列を「配列番号4」に示した。
α−NAGA cDNA clone(Homo sapiens N−acetylgalactosaminidase,alpha,m−RNA,Gene Bank Accession:BC000095,IMAGE:3504221)はOpen biosystem社より購入した。購入したα−NAGA cDNAをテンプレートとし、下記プライマー及びKOD−plus−ポリメラーゼ(東洋紡)を用いて、以下の反応液組成及び反応条件のPCRにより、α−NAGAのコーディングシークエンスを増幅した。
NAGA−5’プライマー:
5’−GATGCTGCTGAAGACAGTGCTCTT−3’(配列番号5)
NAGA−3’プライマー:
5’−TCACTGCTGGGACATCTCCAGGTT−3’(配列番号6)
<反応液組成>
テンプレート(10ng/μl): 1μl
10×バッファー: 10μl
2.5mM dNTP: 10μl
25mM MgSO4: 4μl
KOD−plus−ポリメラーゼ: 1μl
NAGA−5’プライマー(10μM): 1μl
NAGA−3’プライマー(10μM): 1μl
滅菌水: 68μl
合計: 100μl
<反応条件>
94℃で2分間加熱後、「熱変性・解離:94℃(15sec)→アニーリング:60℃(30sec)→合成・伸長:68℃(90sec)」を1サイクルとして計35サイクル行い、4℃で冷却した。
得られたα−NAGA DNAフラグメントを、アガロースゲル電気泳動で精製した。
T4 polynucleotide kinase(NEB)で末端をリン酸化したα−NAGA DNAフラグメントと、制限酵素Hpa I(Blant end)(NEB)で切断した後にAlkaline Phosphatase,Calf Intestine(NEB)を用いて脱リン酸化したレトロウイルスベクターpCX4Neo(Tsuyoshi Akagi et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,100,13567−13572(2003))とを、ライゲーションした。ライゲーション反応により得られたα−NAGA pCX4Neoを、DH5αコンピテントセル(インビトロジェン)にトランスフォームし、アンピシリン含有LBプレートに撒いた後、アンピシリン耐性コロニーを得た。
得られたそれぞれの耐性コロニーをLB培地で懸濁し、その菌液をテンプレートとし、下記プライマー及びPCR Master mix(プロメガ社製)を用いて、以下の反応液組成及び反応条件でコロニーPCRを行った。
NAGA−5’プライマー:
5’−GATGCTGCTGAAGACAGTGCTCTT−3’(配列番号5)
pCX4−3’プライマー:
5’−AAACCGTTGCTAGCTTAAGTT−3’(配列番号7)
<反応液組成>
テンプレート(1コロニー/10μl): 1μl
PCR Master mix: 10μl
NAGA−5’プライマー(10μM): 0.5μl
pCX4−3’プライマー(10μM): 0.5μl
滅菌水: 8μl
合計: 20μl
<反応条件>
95℃で2分間加熱後、「熱変性・解離:95℃(30sec)→アニーリング:55℃(30sec)→合成・伸長:72℃(90sec)」を1サイクルとして計40サイクル行い、4℃で冷却した。
得られた増幅産物から、α−NAGA DNAを正方向に組込んだクローンを選別した。具体的には、1.4kbの増幅断片が得られた大腸菌テンプレートを、α−NAGA DNAを正方向に組込んだクローンとして選別した。選別したα−NAGA pCX4Neoの大腸菌クローンを大量培養して、1mg以上(1mg/mL)のα−NAGA pCX4NeoプラスミドDNAを得た。
2.α−NAGA変異体の作製
α−NAGA変異体であるα−NAGA S188E/A191Lは、まずα−NAGA S188Eを作製した後、これを基に作製した。作製方法は、適宜、Gene Tailor Site−Directed Mutagenesis System(インビトロジェン)を使用説明書の記載を参照して行った。
まず、α−NAGA pCX4Neo(100ng)をDNA Methylase(4U)でメチル化した。α−NAGA S188Eの作製は、メチル化したα−NAGA pCX4Neoをテンプレートとし、第188番目のセリン(S)をグルタミン酸(E)とするミスセンス変異(S188E)が導入されるように設計したNAGA S188E−GT−5’プライマー(S188Eミスセンス変異を導入した箇所にアンダーライン)及びNAGA S188E−GT−3’プライマー、並びにKOD−plus−ポリメラーゼを用いて、以下の反応液組成及び反応条件のPCRによりDNAを増幅した。
NAGA S188E−GT−5’プライマー:
5’−CCCATCGCCTTCTCCTGCGAGTGGCCAGCCTATGA−3’(配列番号8)
NAGA S188E−GT−3’プライマー:
5’−GCAGGAGAAGGCGATGGGGCGGCCTGTG−3’(配列番号9)
<反応液組成>
テンプレート(6ng/μl): 1μl
10×バッファー: 5μl
2.5mM dNTP: 5μl
25mM MgSO4: 2μl
KOD−plus−ポリメラーゼ: 1μl
NAGA S188E−GT−5’プライマー(10μM): 1μl
NAGA S188E−GT−3’プライマー(10μM): 1μl
滅菌水: 34μl
合計: 50μl
<反応条件>
94℃で2分間加熱後、「熱変性・解離:94℃(15sec)→アニーリング:60℃(30sec)→合成・伸長:68℃(8min)」を1サイクルとして計35サイクル行い、4℃で冷却した。
増幅したDNAフラグメント(α−NAGA S188EpCX4Neo)は、メチル化されたDNAを切断するMcrBCエンドヌクレアーゼを持つDH5a−T1コンピテントセル(インビトロジェン)にトランスフォームした。テンプレートとしたα−NAGA pCX4Neoはメチル化されたものであるため、McrBCエンドヌクレアーゼにより切断されコロニーを形成できず、S188E変異を持つプラスミドはメチル化されていないため切断されず形成できる。形成された数個のコロニーを培養し、プラスミドDNAを抽出及び精製し、S188E変異が導入されていることをシークエンサーを用いた公知の塩基配列決定法で確認した。
次に、α−NAGA S188E/A191L変異体の作製は、精製したα−NAGA S188EpCX4Neoをテンプレートとし、第191番目のアラニン(A)をロイシン(L)とするミスセンス変異(A191L)が導入されるように設計したNAGA A191L−GT−5’プライマー(A191Lミスセンス変異を導入した箇所にアンダーライン)及びNAGA A191L−GT−3’プライマー、並びにKOD−plus−ポリメラーゼを用いて、以下の反応液組成及び反応条件のPCRにより増幅して行った。
NAGA A191L−GT−5’プライマー:
5’−TTCTCCTGCGAGTGGCCACTCTATGAAGGCGGCCT−3’(配列番号10)
NAGA A191L−GT−3’プライマー:
5’−TGGCCACTCGCAGGAGAAGGCGATGGGG−3’(配列番号11)
<反応液組成>
テンプレート(6ng/μl): 1μl
10×バッファー: 5μl
2.5mM dNTP: 5μl
25mM MgSO4: 2μl
KOD−plus−ポリメラーゼ: 1μl
NAGA A191L−GT−5’プライマー(10μM): 1μl
NAGA A191L−GT−3’プライマー(10μM): 1μl
滅菌水: 34μl
合計: 50μl
<反応条件>
94℃で2分間加熱後、「熱変性・解離:94℃(15sec)→アニーリング:60℃(30sec)→合成・伸長:68℃(8min)」を1サイクルとして計35サイクル行い、4℃で冷却した。
増幅したDNAフラグメント(α−NAGA S188E/A191L pCX4Neo)を、DH5a−T1コンピテントセルにトランスフォームした後、プラスミドDNAを抽出及び精製し、S188E変異に加えてA191L変異が導入されていることを、シークエンサーを用いた公知の塩基配列決定法で確認した。
3.α−GAL,α−NAGA,及びα−NAGA S188E/A191L発現組換えレトロウイルスの作製
レトロウイルスのパッケージング細胞(Phoenix Ampho Batch#:F−14727Transformed Human Embryonic Kidney HEK293)は、ATCCより購入した(Coligan,J.E.et al.,Curr.Protocols Immunol.,Suppl.31,10.28.1−10.28.17(1999))。Phoenix Ampho細胞は、DMEM(高グルコース)+10% 熱失活FBS培養液で、37℃,5%CO2濃度条件下で培養した。
組換えレトロウイルスを作製するため、Phoenix Ampho細胞に、α−GAL pCX4Neo,α−NAGA pCX4Neo,及びα−NAGA S188E/A191L pCX4Neoレトロウイルスベクターをそれぞれトランスフェクションした。トランスフェクションは、Phoenix Ampho細胞(5×105/60mm dish)に、1μgのレトロウイルスベクター、1μgのpCLAMP(RK Naviaux et al.,J.Virol.,70,5701−5705(1996))、及び18μlのDofect−GT1(トランスフェクション試薬;同仁化学)入りの2mLのOPTI−MEM培養液(インビトロジェン)を加えて、37℃で4時間インキュベートし、その後通常の培地に交換して、48時間培養して行った。培養後、上清を集め、1000rpmで10分間遠心し、上清中に含まれる組換えレトロウイルスを分注して、−80℃でストックした。
4.α−GAL,α−NAGA,及びα−NAGA S188E/A191L発現ファブリー病患者由来線維芽細胞(F377)の安定発現細胞株の樹立
上記3.で作製したα−GAL,α−NAGA,及びα−NAGA S188E/A191L発現組換えレトロウイルスを、ファブリー病患者由来のヒト繊維芽細胞(F377細胞)に感染させ、安定発現細胞を樹立した。具体的には、下記(i)〜(v)のようにして行った。
(i) 1×105個のF377細胞を60mm dishにまき、37℃で一晩培養した。
(ii) 最終濃度2μg/mLになるようにポリブレン(シグマH−9266,Hexadimethrine Bromide)を培地に加え、37℃で30分間培養した。
(iii)培地を除きウイルス液を1mL入れて37℃で60分間吸着させた。
(iv) ウイルス液を除き、培地を5mL加えて一晩培養した。
(v) G418(250μg/mL)を培地に加えた選択培地で培養して、G418耐性F377細胞を樹立した。なお、選択培地の交換は3日に1回の間隔で14日以上行った。また、樹立した細胞は目的のタンパク質を発現しているか、酵素活性及びウエスタンブロット法(下記5.)で確認した。
5.ウエスタンブロット法による目的タンパク質の発現確認
レトロウイルスを用いて樹立したα−NAGA,及びα−NAGA S188E/A191L発現F377細胞が、目的のタンパク質を発現しているかを調べる目的で、ウエスタンブロットを行った。なお、当該ウエスタンブロットで用いる抗体として、公知の抗体作製方法により得られた抗α−NAGAポリクローナル抗体を準備した。
ウエスタンブロットにおけるサンプルは、60mm dishで培養したα−NAGA,及びα−NAGA S188E/A191L発現F377細胞を一旦回収し、Triton−X溶解バッファー(50mM Tris−HCl pH7.4,150mM NaCl,1% Triton−X)で再懸濁した後、超音波処理をして、12,000rpmで5分間遠心した後、上清を回収したものとした。SDS−PAGEは、サンプルのタンパク質濃度を測定した後、5μg分のタンパク質を含むサンプルに当容量の2×SDSサンプルバッファー(62.5mM Tris−HCl pH6.8,4% SDS,30% glycerol,0.2% BPB)を加え、5分間煮沸した後、当該サンプルを4〜20%ゲル(PAG mini:第一化学薬品)にアプライし、30mAの定電流で2時間電気泳動を行った。
電気泳動後、タンパク質をPVDFメンブラン(Immobilon−P,MILLIPORE)にトランスファーするために、ゲルをブロッティングバッファー(25mM Tris−HCl pH8.3,192mM グリカン,20% メタノール)に20分間浸し、ブロッティングバッファーで平衡化したPVDFメンブランに上に置き、Hoefer TE 70 semi−dry transfer unit(アマシャムバイオサイエンス)を使用して60mAの定電流で1時間トランスファーを行った。
トランスファーの終了後、メンブランをブロッキングバッファー(5%スキムミルク in TBS(50mM Tris−HCl pH7.4,100mM NaCl))で30分間ブロッキングした後、ブロッキングバッファーで500倍希釈した抗NAGAポリクローナル抗体(一次抗体)を加え、4℃で一晩インキュベートした。
一次抗体とのインキュベーション後のメンブランは、TBSにより5分間の洗浄を3回行った後、ブロッキングバッファーで5000倍希釈した抗ウサギIgGHRP標識抗体(二次抗体;アマシャムバイオサイエンス)を加え、室温で1時間インキュベートした。
二次抗体とのインキュベーション後のメンブランは、TBSにより5分間の洗浄を3回行った後、ECL発色試薬(ナカライテスク)を加え、室温で2分間反応させた。その後、暗室内でHyperfilmTM ECLと1分間コンタクトして現像した。
以上の結果、樹立したα−NAGA,及びα−NAGA S188E/A191L発現F377細胞は、約45kDの野生型α−NAGA、及び変異体α−NAGA(α−NAGA S188E/A191L)を発現していることを確認した。
変異体α−NAGA(α−NAGA S188E/A191L)がα−GALの基質特異性を獲得したものであることを、以下の手順で確認した。
まず、Fabry病患者由来線維芽細胞(F377)に対して、野生型α−NAGAの遺伝子、及びα−NAGA S188E/A191Lの遺伝子をそれぞれ導入し、α−GAL活性及びα−NAGA活性を測定した。α−GAL活性のネガティブコントロールとしてF377を使用し、α−NAGA活性のネガティブコントロールとしてKanzaki病(α−NAGA欠損症)患者由来線維芽細胞(F652)を使用した。また、内因性α−GAL活性及びα−NAGA活性のポジティブコントロールとして、健常者由来の線維芽細胞(F592)を使用した。
60mm dishで培養した各種細胞を回収し、MilliQ水で再懸濁後、超音波処理をして細胞ホモジェネートを調製し、これを酵素溶液のサンプルとした。酵素活性は、蛍光基質である4−メチルウンベリフェロン(4−MU)誘導体の合成基質を用い、酵素溶液1mLが1時間当たりに遊離させることのできる4−MU量を蛍光強度として測定した。具体的には、α−GALの合成基質としては、4−MU−α−D−ガラクトシド(4−MU−α−GAL;Calbiochem,CA)を用い、α−NAGAの合成基質としては、4−MU−α−N−アセチル−D−ガラクトサミニド(4−MU−α−NAGA;Moscerdam Substrates,Rotterdam)を用いた。なお、α−GAL活性の測定には、4−MU−α−GALに対して同時に反応するα−NAGAの阻害剤として、N−アセチル−D−ガラクトサミン(シグマ,MO)を、最終濃度117mMとなるように予め基質溶液に添加した。
酵素溶液(10μL)に対して、5mMの4−MU−α−GALを含有するMcIlvainバッファー(クエン酸/リン酸,pH4.6,60μL)、又は、1mMの4−MU−α−NAGAを含有するMcIlvainバッファー(クエン酸/リン酸,pH4.7,40μL)を添加し混合した後、37℃で30分間反応させた。0.2Mグリシンバッファー(pH10.7,700μL)を添加して当該反応を停止させ、遊離した4−MUの量を検出するため、蛍光分光光度計を用いて、励起波長365nm、蛍光波長450nmで測定した。α−GAL及びα−NAGAの比活性は、酵素溶液のタンパク質濃度(mg/mL)で除して細胞中酵素活性とした。
酵素活性測定の結果、S188E/A191Lの二重変異を施したα−NAGA S188E/A191Lは高いα−GAL活性を示し、α−GALの基質特異性を獲得したものであることが分かった。
以上の結果を下記表2に示す。
α−NAGA変異体の血中(血漿中)安定性について、以下の手順で確認した。
まず、α−NAGA S188E/A191Lの酵素溶液は実施例3と同様にして調製した。また、対照として、野生型α−GALの遺伝子をF377に導入した細胞を用い、上記と同様にして酵素溶液を調製した。それぞれの酵素溶液(50μL)に対して健常者の血漿(50μL)を添加し混合した後、37℃で反応を開始し、経時的に10μLずつサンプリングしてα−GAL活性を測定した。酵素活性の測定は、実施例3と同様にして行った。酵素溶液及び血漿を混ぜた時点でサンプリングした試料のα−GAL活性を基準(100%)とし、経時的な酵素活性の低下を百分率で表した。
その結果、α−NAGA S188E/A191Lは、野生型α−GALと比べて、血中(血漿中)における経時的なα−GAL活性保持能に優れており、高い血中安定性を有するものであることがわかった。
以上の結果を下記表3に示す。また、この結果をプロットしたグラフを図5に示した。
また、本発明により、当該タンパク質をコードし得る遺伝子、当該遺伝子を含む組換えベクター、当該組換えベクターを含む形質転換体又は形質導入体、及び当該タンパク質の製造方法が提供される。さらには、当該タンパク質を含むファブリー病治療剤を提供することができる。
Claims (14)
- 野生型ヒトα-N-アセチルガラクトサミニダーゼのアミノ酸配列において第188番目のアミノ酸がグルタミン酸又はアスパラギン酸に置換され、第191番目のアミノ酸がロイシン、バリン又はイソロイシンに置換されたアミノ酸配列からなり、かつα-ガラクトシダーゼ活性を有する、タンパク質。
- 第188番目のアミノ酸がグルタミン酸に置換され、第191番目のアミノ酸がロイシンに置換された、請求項1記載のタンパク質。
- 配列番号2に示されるアミノ酸配列において第188番目のアミノ酸がグルタミン酸又はアスパラギン酸に置換され、第191番目のアミノ酸がロイシン、バリン又はイソロイシンに置換されたアミノ酸配列を含むタンパク質。
- 第188番目のアミノ酸がグルタミン酸に置換され、第191番目のアミノ酸がロイシンに置換された、請求項3記載のタンパク質。
- 請求項1〜4のいずれか1項に記載のタンパク質をコードする遺伝子。
- 配列番号1に示される塩基配列において第562番目〜第564番目の塩基がグルタミン酸又はアスパラギン酸のコドンを示す塩基に置換され、第571番目〜第573番目の塩基がロイシン、バリン又はイソロイシンのコドンを示す塩基に置換された塩基配列からなるDNAを含む遺伝子。
- 第562番目〜第564番目の塩基がグルタミン酸のコドンを示す塩基に置換され、第571番目〜第573番目の塩基がロイシンのコドンを示す塩基に置換された、請求項6記載の遺伝子。
- 請求項5〜7のいずれか1項に記載の遺伝子を含む組換えベクター。
- 請求項8記載の組換えベクターを含む形質転換体。
- 野生型ヒトα-N-アセチルガラクトサミニダーゼのアミノ酸配列における第188番目のアミノ酸をグルタミン酸又はアスパラギン酸に置換し、第191番目のアミノ酸をロイシン、バリン又はイソロイシンンに置換することにより、α-ガラクトシダーゼ活性を付与することを特徴とする、酵素の基質特異性変換方法。
- 前記野生型ヒトα-N-アセチルガラクトサミニダーゼのアミノ酸配列が配列番号2に示されるアミノ酸配列である、請求項10記載の方法。
- 請求項9記載の形質転換体を培養する工程と、得られる培養物からα-ガラクトシダーゼ活性を有するタンパク質を採取する工程とを含む、当該タンパク質の製造方法。
- 請求項1〜4のいずれか1項に記載のタンパク質を含むことを特徴とする、医薬組成物。
- 請求項5〜7のいずれか1項に記載の遺伝子を含むことを特徴とする、医薬組成物。
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