JP4097662B2 - マーカーとしてのns5aヌクレオシド配列変異 - Google Patents
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Description
本発明(2)は、HCVに感染したヒト患者の治療用薬物の調製のためのインターフェロンの使用であって、HCVに感染したヒト患者において、HCV-1aポリヌクレオチドのNS5A遺伝子のヌクレオチド937位がGである、使用である。
本発明(3)は、NS5A遺伝子の937位のヌクレオチドの決定が、ヒト患者が感染しているHCV株の型又は亜型の決定をさらに含む、本発明(1)の方法である。
本発明(4)は、決定工程が、NS5A遺伝子の937位における一塩基置換を検出し得るアッセイ法を実施することを含む、本発明(1)又は(3)の方法である。
本発明(5)は、アッセイ法又は決定工程が、NS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む部分を配列決定することを含む、本発明(1)、(3)、又は(4)のいずれか一発明の方法である。
本発明(6)は、アッセイ法又は決定工程が、配列特異的増幅又はプライマー伸長アッセイ法を含む、本発明(1)、(3)、又は(4)のいずれか一発明の方法である。
本発明(7)は、アッセイ法又は決定工程が、5'ヌクレアーゼ反応アッセイ法を含む、本発明(1)、(3)、又は(4)のいずれか一発明の方法である。
本発明(8)は、アッセイ法又は決定工程が、PCR後融解解析アッセイ法を含む、本発明(1)、(3)、又は(4)のいずれか一発明の方法である。
本発明(9)は、HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するための方法であって、a)NS5Aタンパク質のアミノ酸313位を含む部分を含むヒト患者由来のHCV-1aポリペプチドを準備すること、及びb)313位のアミノ酸がバリンであるか否かを決定し、その際、313位におけるバリンの存在を、該ヒト患者によるインターフェロン治療に対する持続的なウイルス学的応答の可能性の増大の指標とすることを含む、方法である。
本発明(10)は、HCVに感染したヒト患者の治療用薬剤の調製のためのインターフェロンの使用であって、HCVに感染したヒト患者において、HCV-1aタンパク質のうちのNS5Aタンパク質のアミノ酸313位がバリンである、使用である。
本発明(11)は、インターフェロン治療が、ロフェロン(Roferon)(登録商標)-A、ペガシス(Pegasys)(登録商標)、イントロン(Intron)(登録商標)A、及びペグ−イントロン(Peg-Intron)(登録商標)からなる群より選択される、本発明(2)又は(10)の使用である。
本発明(12)は、HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するための方法であって、a)NS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む部分を含むヒト患者由来のHCV-1aポリヌクレオチドを準備すること、及びb)937位のヌクレオチドがAであるか否かを決定し、その際、937位におけるAの存在を、該ヒト患者によるインターフェロン治療に対するウイルス学的無応答の可能性の増大の指標とすることを含む、方法である。
本発明(13)は、NS5A遺伝子の937位のヌクレオチドの決定が、ヒト患者が感染しているHCV株の型又は亜型の決定をさらに含む、本発明(12)の方法である。
本発明(14)は、決定工程が、NS5A遺伝子の937位における一塩基置換を検出し得るアッセイ法を実施することを含む、本発明(12)の方法である。
本発明(15)は、アッセイ法又は決定工程が、NS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む部分を配列決定することを含む、本発明(12)〜(14)のいずれか一発明の方法である。
本発明(16)は、アッセイ法又は決定工程が、配列特異的増幅又はプライマー伸長アッセイ法を含む、本発明(12)〜(14)のいずれか一発明の方法である。
本発明(17)は、アッセイ法又は決定工程が、5'ヌクレアーゼ反応アッセイ法を含む、本発明(12)〜(14)のいずれか一発明の方法である。
本発明(18)は、アッセイ法又は決定工程が、PCR後融解解析アッセイ法を含む、本発明(12)〜(14)のいずれか一発明の方法である。
本発明(19)は、HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するための方法であって、a)NS5Aタンパク質のアミノ酸313位を含む部分を含むヒト患者由来のHCV-1aポリペプチドを準備すること、及びb)313位のアミノ酸がイソロイシンであるか否かを決定し、その際、313位におけるイソロイシンの存在を、該ヒト患者によるインターフェロン治療に対するウイルス学的無応答の可能性の増大の指標とすることを含む、方法である。
本発明(20)は、HCV-1aのNS5A遺伝子の937位における塩基置換を検出するために使用され得るオリゴヌクレオチドであって、14〜35ヌクレオチド長であり、かつNS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む領域においていずれかの鎖と本質的に相補的である、オリゴヌクレオチドである。
本発明(21)は、領域の範囲が、配列番号:1のヌクレオチド908位からヌクレオチド957位までである、本発明(20)のオリゴヌクレオチドである。
本発明(22)は、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:10、及び配列番号:11からなる群より選択される、本発明(20)のオリゴヌクレオチドである。
本発明(23)は、本発明(20)〜(22)のいずれかのオリゴヌクレオチドとポリメラーゼとを含む、HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するのに有用なキットである。
ロフェロン臨床研究の概説
ロフェロン(登録商標)-A(IFN-α-2A)治検N-139203/NV14524Bは、1997年7月に完了した無作為化多施設第三期臨床研究であった。目標は、慢性HCV患者の治療における24週間及び48週間のロフェロン(登録商標)-A(6MIU〜3MIUの投与計画)の効力及び安全性を比較することであった(表1参照)。
様々な時点における生化学的応答(ALT)及びウイルス学的応答(PCR)をプロットし、治療成績を査定するために使用した(治療成績分類のルールについては表3を参照のこと)。ロフェロン臨床治検(NV14524)からの保存された患者血清を使用して、ウイルスサブゲノムNS5A領域における無応答(NR)又は完全応答(CR)の患者からの治療前及び治療中の配列を、プロフェッショナル・ジェネティクス・ラボラトリーズ(Professional Genetics Laboratories)(PGL、Uppsala, Sweden)より入手した。全HCV-1b患者110人からの28個の試料(18NR、10CR)及び全HCV-1a患者182人からの24個の試料(13NR、11CR)を解析に含めた。ディシジョントリー(dicision trees)を構築し、治療成績に基づき個体を分類するために、シリコン・グラフィックス(Silicon Graphics)のマインセット(MineSet)を使用した。
プライマーのうちの一つの3'末端の塩基を変化させることにより、一塩基変異の他より優先的な増幅が達成され得た。「A」バリアントを優先的に増幅するための最良の選択は、G-TミスマッチよりA-Cミスマッチをより不安定化するため、GではなくAで終わる上流プライマーをセンス鎖のおいて設計することである。プライマーの長さは、ノースウェスタン大学(Northwestern University)からのオリゴヌクレオチドプロパティーズカルキュレーター(Oligonucleotide Properties Calculator)(http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html)を使用して、各プライマーについて全Tmがおよそ65゜となるよう決定される。塩調整(Salt Adjusted)測定が、全ての場合に使用される。上流プライマーの一例は、以下の通りである。
センス鎖:
(アステリスクはヌクレオチド937位をさす)
アンチセンス鎖:
アンチセンス鎖:
(アステリスクはヌクレオチド937位をさす)
ZO5 ポリメラーゼ 20単位
トリシン、pH8.0 100mM
KOAc、pH7.5 125mM
グリセロール 9.0%
dATP 200μM
dUTP 200μM
dGTP 200μM
dCTP 200μM
プライマー1 25pmol
プライマー2 25pmol
UNG 1単位
一塩基対ミスマッチは、5'ヌクレアーゼプローブ化学、及びミスマッチ鋳型より完全マッチ鋳型の切断にとって有利となるようなアニーリング/伸長温度の注意深い最適化を使用して、区別され得る。レポーター色素(例えば、FAM)及び消光色素(例えば、CY5)を含有している5'ヌクレアーゼプローブは、通常、プライマー伸長前のプローブの標的配列へのアニーリング及びその後のプローブの切断にとって有利となるよう、プライマーのTmよりおよそ10度高いTmを有するよう設計される。この切断によって、消光色素からレポーター色素が分離され、測定すべきレポーター色素からの色素放射が可能となる。PCRの繰り返しにおいて、これらの色素放射は、生成するアンプリコンの数が増加するにつれ増加し、サイクル数に対して蛍光の増加を示した増殖曲線としてグラフ化することができる。プローブと鋳型配列との間のミスマッチは、プローブの結合及びその後の切断を不安定化し得る。
センス鎖プライマー:
アンチセンス鎖プライマー:
一塩基対変異を区別するためのもう一つの方法は、変異部位の周辺の区域を増幅するPCRプライマーを設計し、PCR反応の後、目的の領域にアニーリングするよう設計された蛍光標識プローブを使用して融解曲線生成を実施することである。典型的には、融解曲線は、蛍光標識プローブの存在下での最終増幅サイクルの後、PCR増幅産物を95℃に加熱することにより変性させることにより生成させられる。次いで、相同アンプリコン領域へのプローブの迅速な再アニーリングにとって有利となるよう、温度が急速に40℃に冷却される。次いで、各温度工程において頻繁に蛍光を読み取みとりながら、温度が徐々に80℃まで上昇させられる。温度が、プローブがアンプリコンから解離する点に達した時点で、標識プローブの蛍光のシフトが起こり、この蛍光の変化が測定され得る。プローブのアンプリコンとの一塩基対ミスマッチによって、完全マッチの場合より早い温度で、プローブが解離するか又は「融解」除去され、それぞれの融解温度による二種類の差別化が可能となると思われる。5'ヌクレアーゼの例におけるPCRプライマー及びプローブアッセイ法が、融解曲線を生成させるために使用され得る。
95℃での変性工程20秒
58℃でのアニーリング工程20秒
72℃での伸長工程40秒
計45サイクル
アンカープローブ
センサープローブ
5'ヌクレアーゼの例に記載されたプライマー(配列番号:8及び配列番号:9)が、前記のPCR条件を使用して、PCR配列決定のため使用され得る。
Claims (19)
- HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するための方法であって、
a)NS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む部分を含むヒト患者由来のHCV-1aポリヌクレオチドを準備すること、及び
b)937位のヌクレオチドがGであるか否かを決定し、その際、937位におけるGの存在を、該ヒト患者によるインターフェロン治療に対する持続的なウイルス学的応答の可能性の増大の指標とすることを含む、方法。 - NS5A遺伝子の937位のヌクレオチドの決定が、ヒト患者が感染しているHCV株の型又は亜型の決定をさらに含む、請求項1記載の方法。
- 決定工程が、NS5A遺伝子の937位における一塩基置換を検出できるアッセイ法を実施することを含む、請求項1又は2記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、NS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む部分を配列決定することを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、配列特異的増幅又はプライマー伸長アッセイ法を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、5'ヌクレアーゼ反応アッセイ法を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、PCR後融解解析アッセイ法を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
- HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するための方法であって、
a)NS5Aタンパク質のアミノ酸313位を含む部分を含むヒト患者由来のHCV-1aポリペプチドを準備すること、及び
b)313位のアミノ酸がバリンであるか否かを決定し、その際、313位におけるバリンの存在を、該ヒト患者によるインターフェロン治療に対する持続的なウイルス学的応答の可能性の増大の指標とすることを含む、方法。 - HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するための方法であって、
a)NS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む部分を含むヒト患者由来のHCV-1aポリヌクレオチドを準備すること、及び
b)937位のヌクレオチドがAであるか否かを決定し、その際、937位におけるAの存在を、該ヒト患者によるインターフェロン治療に対するウイルス学的無応答の可能性の増大の指標とすることを含む、方法。 - NS5A遺伝子の937位のヌクレオチドの決定が、ヒト患者が感染しているHCV株の型又は亜型の決定をさらに含む、請求項9記載の方法。
- 決定工程が、NS5A遺伝子の937位における一塩基置換を検出できるアッセイ法を実施することを含む、請求項9記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、NS5A遺伝子のヌクレオチド937位を含む部分を配列決定することを含む、請求項9〜11のいずれか一項記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、配列特異的増幅又はプライマー伸長アッセイ法を含む、請求項9〜11のいずれか一項記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、5'ヌクレアーゼ反応アッセイ法を含む、請求項9〜11のいずれか一項記載の方法。
- アッセイ法又は決定工程が、PCR後融解解析アッセイ法を含む、請求項9〜11のいずれか一項記載の方法。
- HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するための方法であって、
a)NS5Aタンパク質のアミノ酸313位を含む部分を含むヒト患者由来のHCV-1aポリペプチドを準備すること、及び
b)313位のアミノ酸がイソロイシンであるか否かを決定し、その際、313位におけるイソロイシンの存在を、該ヒト患者によるインターフェロン治療に対するウイルス学的無応答の可能性の増大の指標とすることを含む、方法。 - HCV-1aのNS5A遺伝子の937位における塩基置換を検出するために使用できるオリゴヌクレオチドを含むプローブであって、該オリゴヌクレオチドが14〜35ヌクレオチド長であり、かつ配列番号:1のヌクレオチド908位からヌクレオチド957位までの領域において連続した鎖と完全に相補的である、前記プローブ。
- 配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:10、及び配列番号:11からなる群より選択される、請求項17記載のプローブ。
- 請求項17又は18記載のプローブとポリメラーゼとを含む、HCV-1aに感染したヒト患者のインターフェロン治療に対する応答を予測するのに有用なキット。
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