JP3184204B2 - 遺伝子情報解析用編集装置 - Google Patents
遺伝子情報解析用編集装置Info
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- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K1/00—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
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Description
集装置に関し、 指定された複数の配列を行単位に順次隣接させたブロ
ックを形成して編集用バッファのうちの表示バッファに
格納し、これを表示して挿入などの編集を行った結果を
次のブロックなどに反映し、多数の遺伝子配列の相互比
較を行い易くして編集を短時間に可能することを目的と
し、 ディスプレイ上に表示するデータを格納する表示バッ
ファおよびこの表示バッファからオーバフローしたデー
タを格納する未表示バッファからなる編集用バッファを
設け、この編集用バッファの表示バッファに対して、指
定された複数の配列名に対応づけて要素を1行分順次格
納してブロックとし、このブロックに格納し得ない残余
分について次のブロックに格納することを繰り返し、こ
れら編集用バッファの表示バッファに格納した要素をデ
ィスプレイ上に表示して任意の要素の位置にカーソルを
移動して挿入などされたことに対応して、当該表示バッ
ファからオーバフローした要素を未表示バッファに退避
し、必要に応じて表示バッファおよび未表示バッファか
ら有意な要素のみを取り出して当該表示バッファに再格
納・表示するように構成する。
報解析用編集装置に関するものである。生物学や生物学
利用分野において、多数の遺伝子配列の解析を同時に簡
易に行う編集装置が望まれている。
し、この解析に対応して遺伝子の挿入などの編集を行う
場合、第6図に示すように遺伝子配列例えば配列名(例
えば人間)1について遺伝子の配列要素S11、S12・・・
を1つのブロックに表示し、同様に配列名(例えばサ
ル)2などについてもそれぞれブロックに表示してい
た。このため、これら配列名1のブロック、配列名2の
ブロックなどの中に対応する斜線で示す配列要素を見つ
けて相互に比較して解析し、類似度が高くなるように所
望の配列要素を挿入などの編集を行う際に、対応する配
列要素を比較し難いという問題があった。
させたブロックを形成して編集用バッファのうちの表示
バッファに格納し、これを表示して挿入などの編集を行
った結果を次のブロックなどに反映し、多数の遺伝子配
列の相互比較を行い易くして編集を短時間に可能にする
ことを目的としている。
る。
6上に表示するデータを格納する表示バッファ3−1お
よびこの表示バッファ3−1からオーバフローしたデー
タを格納する未表示バッファ3−2から構成され、複数
の遺伝子配列を隣接する行に順次表示して編集するため
のバッファである。
列を編集用バッファ3に格納したりなどの各種編集処理
を行うプログラムである。
ィタ・プログラム2が、指定された複数の配列名につい
て、編集用バッファ3の表示バッファ3−1に対して要
素(遺伝子)を行単位に順次格納してブロックとし、こ
のブロックに格納し得ないときに次のブロックに格納す
ることを繰り返し行い、これら編集用バッファ3の表示
バッファ3−1に格納した要素をディスプレイ6上に表
示し、カーソルを任意の要素の位置に移動して挿入など
されたことに対応して、当該表示バッファ6−1からオ
ーバフローしたときに未表示バッファ3−2に保存し、
必要に応じて表示バッファ3−1および未表示バッファ
3−2から有意な要素を取り出して当該表示バッファ3
−1に再格納・表示するようにしている。
数の遺伝子配列を行単位に順次隣接して格納してブロッ
クを形成することを繰り返し、これらブロック単位に表
示した遺伝子配列の任意の位置に要素を挿入などしたと
きに編集用バッファ3の表示バッファ3−1からオーバ
フローした要素を未表示バッファ3−2に保存などして
必要に応じて有意な遺伝子情報を取り出して再格納・表
示することにより、多数の遺伝子配列の相互比較を行い
易くして編集を短時間に行うことが可能となる。
構成および動作を順次詳細に説明する。
するアライメント・エディタ・プログラム2を格納した
り、編集用バッファ3などを設けたりなどするメモリで
ある。
ータ(配列名、遺伝子情報の要素など)を格納する表示
バッファ3−1およびこの表示バッファ3−1中の任意
の位置に文字(遺伝子情報を表す文字)を挿入などした
ときに当該表示バッファ3−1からオーバフローしたデ
ータを格納する未表示バッファ3−2から構成されるも
のである。
するファイルである。レコード5は、図示のように配列
名に対応づけて配列要素1、配列要素2・・・、EOF
(エンド・オブ・ファイル)から構成されている。
ファ3−1に格納したデータなどを表示するものであ
る。
子配列中の任意の位置にカーソルを移動したり、このカ
ーソルの位置に文字(遺伝子情報を表す文字)をキー入
力したりなどするものである。
図構成の表示動作を第4図を参照して詳細に説明する。
キーボード7からキー入力して、編集対象のファイル名
および配列名を指定する。
ライメント・エディタ・フログラム2が、で指定さ
れたファイル名中の指定された配列名のレコード5を、
メモリ1に読み込む。
読み込んだ1つのレコード5から配列名を取り出し、編
集用バッファ3のうちの表示バッファ3−1の先頭から
格納し、ディスプレイ6上に例えば第4図(イ)配列名
“配列1"として表示する。
る。これは、で表示した配列名例えば“配列1"に対応
する遺伝子を所定の長さ分(1行分)を編集用バッファ
3のうちの表示バッファ3−1の配列1に続けて格納
し、ディスプレイ6上に第4図(イ)配列1に続く遺伝
子“ATTAGCTG"のように表示する。
配列名について1行分づつ順次ディスプレ6上に第4図
(イ)ブロック1に示すように表示したか否かを判別す
る。YESの場合には、を行う。NOの場合には、指定さ
れた次の配列名について、を繰り返し実行し、1ブ
ロックについて表示を行う。
の場合には、で新規ブロックについて開始し、以降
を繰り返し行い。NOの場合には、終了する(END)。
に対応づけて配列要素(遺伝子)をブロック単位に第4
図(イ)に示すように表示することにより、指定した複
数の配列名の配列要素(遺伝子)を相互に容易に比較す
ることが可能となる。
図構成の編集動作を第4図を参照して詳細に説明する。
る。
置に表示する。これら、、は、第4図(イ)の
で示す文字“T"の位置にカーソルを移動し()、この
状態で第1図キーボード7から例えば文字“*”をキー
入力し()、第4図(ロ)に示すように挿入位置以降
にある元の文字列“TAGCTG"を右側に1文字分移動させ
た後にキー入力した位置に文字“*”を格納して表示す
る。
の場合には、以降で再表示を行う。NOの場合には、
以降を行う。
で編集用バッファ3の表示バッファ3−1および未表示
バッファ3−2から1行単位に読み込み、配列名に対応
づけて有意なデータのみを抽出して連結し終わった場
合)には、で再表示する。この再表示は、第2図に
行き、ないしで編集用バッファ3のうちの表示バッ
ファ3−1にブロック単位に配列要素(遺伝子)を格納
して表示する。例えば第4図(ロ)の状態から第4図
(ハ)の状態に処理を行って再表示する。一方、NOの場
合には、以降を繰り返し行う。
ーソルを移動してキー入力した文字を行単位に挿入し、
必要に応じて再表示処理を行ってブロック単位に全ての
配列要素を表示させることにより、比較対象の配列の要
素を隣接して見易く表示して挿入操作を迅速に行うこと
が可能となる。
用バッファ3の表示バッファ3−1および未表示バッフ
ァ3−2にデータを格納して表示する様子を示す。ここ
で、表示バッファ3−1に格納したデータ(配列名、遺
伝子)のみをディスプレイ6上に表示する。
列1、配列2、配列3を指定したときに、第2図ない
しの処理によって表示バッファ3−1に格納した状態
を示す。
を挿入した後の状態を示す。ここで、ブロック1の配列
1中に“*”を1つ挿入したため、表示バッファ3−1
の右端の文字“G"がオーバフローして未表示バッファ3
−2に格納されている。同様に、配列3は、2つの文字
“CA"がオーバフローして未表示バッファ3−2に格納
されている。この状態では、これら未表示バッファ3−
2に格納された文字は、ディスプレイ6上に表示されな
い。
行った後の状態を示す。これは、第3図でアクション
キーが入力(押下)されたときに、ないしの処理に
よって再表示したものである。
す。遺伝子は、4種類の塩基(A:アデニン、G:グアニ
ン、T:チミン、C:シトシン)から構成されている。この
場合のDNA配列の例を本発明に係るブロック単位で表示
すると、図示のように配列名KRI1、KRI2、KRI24、KRI30
の4つについて図示のように各遺伝子を表示する(ブロ
ック2以降は省略)。
を示す。塩基が3つ組になると、タンパク質(protei
n)を作り、組合せによって作られるタンパク質が決ま
っている。その関係を示すと、第5図(ハ)遺伝暗号表
に示すようになる。タンパク質の例を示したものが第5
図(ロ)である。
は、下記を表す。
他に複写、移動、削除の場合も同様に、表示バッファ3
−1からオーバフローしたときに未表示バッファ3−2
に保存し、一方、ブロックの行内の文字数が少なくなっ
たときは零などのユニークなデータを格納し、アクショ
ンキーの押下に対応して有意なデータのみを抽出して表
示バッファ3−1に再格納・表示するようにしてもよ
い。
せ、4本のKringleのDNAの遺伝子配列(長さ234)の編
集を行い、15文字の遺伝子(この場合はギャップ)を挿
入した。
ァ3の表示バッファ3−1に複数の遺伝子配列を行単位
に順次隣接して格納してブロックとすることを繰り返
し、これら表示した遺伝子配列の任意の位置に要素を挿
入などしたときに編集用バッファ3の表示バッファ3−
1からオーバフローした要素を未表示バッファ3−2に
保存などして必要に応じて有意な遺伝子情報を取り出し
て再表示する構成を採用しているため、多数の遺伝子配
列の相互比較を行い易くし、編集を短時間に行うことが
できる。これにより、遺伝情報解析の効率化を図り、遺
伝機能の発見に大きく寄与する。
る表示フローチャート、第3図は本発明に係る編集フロ
ーチャート、第4図は本発明の動作説明図、第5図は本
発明に係る遺伝子配列例、第6図は従来技術の説明図を
示す。 図中、1はメモリ、2はアライメント・エディタ・プロ
グラム、3は編集用バッファ、3−1は表示バッファ、
3−2に未表示バッファ、4はファイル、5はレコー
ド、6はディスプレイ、7はキーボードを表す。
Claims (1)
- 【請求項1】遺伝子情報を解析して編集を行う遺伝子情
報解析用編集装置において、 ディスプレイ上に表示するデータを格納する表示バッフ
ァおよびこの表示バッファからオーバーフローしたデー
タを格納する未表示バッファからなる編集用バッファ
と、 この編集用バッファの表示バッファに対して、指定され
た複数の配列名に対応付けられた1行分の各要素を順次
格納してブロックとし、このブロックに格納し得ない各
要素の残余分について次のブロックに格納することを繰
り返す手段と、 これら編集用バッファの表示バッファに格納した要素を
ディスプレイ上に表示して任意の要素のカーソルを移動
して、少なくとも挿入指示を含む所定の編集指示に対応
して、当該表示バッファからオーバーフローした要素を
未表示バッファに退避し、必要に応じて表示バッファお
よび未表示バッファから有意な要素のみを取り出して当
該表示バッファに再格納・表示する編集手段と を備えたことを特徴とする遺伝子情報解析用編集装置。
Priority Applications (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP16644490A JP3184204B2 (ja) | 1990-06-25 | 1990-06-25 | 遺伝子情報解析用編集装置 |
AU79157/91A AU7915791A (en) | 1990-06-25 | 1991-06-19 | Parallel information display system |
EP19910401695 EP0463951B1 (en) | 1990-06-25 | 1991-06-21 | Parallel information display system |
DE69119148T DE69119148D1 (de) | 1990-06-25 | 1991-06-21 | Anzeigesystem für parallele Informationen |
AU54989/94A AU5498994A (en) | 1990-06-25 | 1994-02-08 | Parallel information display system |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP16644490A JP3184204B2 (ja) | 1990-06-25 | 1990-06-25 | 遺伝子情報解析用編集装置 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH0458879A JPH0458879A (ja) | 1992-02-25 |
JP3184204B2 true JP3184204B2 (ja) | 2001-07-09 |
Family
ID=15831522
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP16644490A Expired - Lifetime JP3184204B2 (ja) | 1990-06-25 | 1990-06-25 | 遺伝子情報解析用編集装置 |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP0463951B1 (ja) |
JP (1) | JP3184204B2 (ja) |
AU (2) | AU7915791A (ja) |
DE (1) | DE69119148D1 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP3517644B2 (ja) * | 2000-07-13 | 2004-04-12 | 孝 五條堀 | 生命体の発現現象表示方法およびシステム並びにプログラム |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP3473285B2 (ja) * | 1996-08-05 | 2003-12-02 | 豊田合成株式会社 | アシストグリップ |
US6865403B1 (en) * | 2000-11-28 | 2005-03-08 | Sprint Spectrum L.P. | Method and system for simplified control of a subscriber terminal |
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1990
- 1990-06-25 JP JP16644490A patent/JP3184204B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
1991
- 1991-06-19 AU AU79157/91A patent/AU7915791A/en not_active Abandoned
- 1991-06-21 DE DE69119148T patent/DE69119148D1/de not_active Expired - Lifetime
- 1991-06-21 EP EP19910401695 patent/EP0463951B1/en not_active Expired - Lifetime
-
1994
- 1994-02-08 AU AU54989/94A patent/AU5498994A/en not_active Abandoned
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
B Malthiery et al.,"Apple ▲II▼Pascal programs for molecular biologists"Nucleic Acids Research,Vol.12,No.1,p.569〜579,1984 |
K.TAJIMA,"Multiple alignment algorithms with linear gap weighting for nucleic acid and protein sequences"Research Report、International Institute for Advanced Study of Social Information Science,No.87,32p 1989 |
小長谷,横田「DNA配列知識ベースシステム(KNOA)−論理型言語アプローチ」電子情報通信学会技術研究報告(AI89−29−37),Vol.89,No.104,p.49−54 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP0463951B1 (en) | 1996-05-01 |
EP0463951A2 (en) | 1992-01-02 |
DE69119148D1 (de) | 1996-06-05 |
JPH0458879A (ja) | 1992-02-25 |
EP0463951A3 (en) | 1993-08-04 |
AU5498994A (en) | 1994-04-28 |
AU7915791A (en) | 1992-06-11 |
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