JP2024516183A - Ｓｏｓ遺伝子発現を調節するための組成物及び方法 - Google Patents

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Abstract

本明細書では、遺伝子発現を調節するための組成物が記載される。また、本明細書では、遺伝子発現を調節するために本明細書に記載される組成物を使用する方法も記載される。

Description

特定の疾患または病態は、遺伝子変異、またはシグナル伝達経路に影響を及ぼす１つ以上の遺伝子の過剰発現もしくは過小発現に起因するシグナル伝達経路の制御不全によって引き起こされる。かかる疾患または病態を処置するために、最も求められている治療選択肢の１つは、遺伝子変異の直接的編集、または遺伝子サイレンシング手段もしくは遺伝子サイレンシング法を用いた転写／翻訳制御を伴う。ＲＮＡによって誘導された遺伝子サイレンシングにより、転写不活性化、ｍＲＮＡ分解、転写減衰を含む様々な態様において、標的遺伝子のＲＮＡ発現が制御される。したがって、ＲＮＡレベルでの遺伝子発現を効果的に編集するための組成物及び方法が、依然として必要とされている。
相互参照
本出願は、２０２１年４月２２日に出願された米国仮出願第６３／１７８，４２０号の利益を主張するものであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含有するものであり、当該配列表は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０２２年４月２０日に作成された前記ＡＳＣＩＩの写しは、名称が６０７３６－７０１＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔであり、サイズが７，１７９，１３６バイトである。
参照による組み込み
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願のそれぞれが、参照により組み込まれるように、明確に、かつ個々に示された場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれる刊行物及び特許または特許出願が、本明細書に含有される開示内容と矛盾する場合において、本明細書は、そのような矛盾した内容全てに取って代わる、及び／または優先することが意図される。
本明細書では、いくつかの実施形態において、セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物が記載され、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。また、本明細書では、いくつかの実施形態において、セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物が記載され、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つの少なくとも８個の連続したヌクレオチドを有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡ発現を少なくとも３０％下方制御する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１及びＳＯＳ２のｍＲＮＡ発現を、それぞれ少なくとも３０％下方制御する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１２～３０個のヌクレオチドの長さで構成される。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップセグメント及びウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントの各々は、３連結ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）もしくはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジチオエート結合を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）またはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リンカーを介して、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも１つの活性成分を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、非経口投与用または鼻腔投与用に製剤化される。
本明細書では、いくつかの態様において、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の調節を必要とするがん細胞におけるその調節方法であって、セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物でがん細胞を処理し、それによって、がん細胞におけるＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現を低減させること、を含む前記方法が記載される。いくつかの実施形態において、がん細胞は、肺癌細胞、膵癌細胞、または結腸癌細胞である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つの少なくとも８個の連続したヌクレオチドを有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖もしくはエチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現は、処理後に少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％低減される。いくつかの実施形態において、ＳＯＳ１及びＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現は、それぞれ、処理後に少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％低減される。
本明細書では、いくつかの態様において、がんの処置を必要とする対象におけるその処置方法であって、請求項１～２３のいずれか１項に記載の組成物を対象に投与し、それによって、当該対象におけるがんを処置すること、を含む前記方法が記載される。いくつかの実施形態において、がんは、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の異常に関連する。いくつかの実施形態において、がんは、肺癌、膵癌、または結腸癌である。いくつかの実施形態において、組成物は、対象の生存率を少なくとも５％増加させるのに十分な用量及びスケジュールで対象に投与される。いくつかの実施形態において、組成物は、腫瘍の増殖を阻害するのに十分な用量及びスケジュールで対象に投与される。
本明細書では、いくつかの実施形態において、セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物が記載される。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号７５１、８６９～８７４、９６６、１０３８、１０８５～１０８６、１３７８～１３７９、１９３７～１９４８、２０１８～２０２３、２４８３～２４９１、２５６９～２５７５、２８０５～２８０６、２９６９～２９７１、３１０１～３１０２、３２７８～３２８０、３５１０、３５５４～３５６２、５１４０～５１４１、１０７５１、１０８６９～１０８７４、１０９６６、１１０３８、１１０８５～１１０８６、１１３７８～１１３７９、１１９３７～１１９４８、１２０１８～１２０２３、１２４８３～１２４９１、１２５６９～１２５７５、１２８０５～１２８０６、１２９６９～１２９７１、１３１０１～１３１０２、１３２７８～１３２８０、１３５１０、１３５５４～１３５６２、または１５１４０～１５１４１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号２０００１～２５４９４または３０００１～３５４９４のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１２～３０個のヌクレオチドの長さで構成される。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップセグメント及びウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントの各々は、３連結ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）もしくはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジチオエート結合を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）またはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リンカーを介して、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態において、組成物は、非経口投与用または鼻腔投与用に製剤化される。
本明細書では、いくつかの態様において、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の調節を必要とするがん細胞におけるその調節方法であって、セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物でがん細胞を処理し、それによって、がん細胞におけるＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現を低減させること、を含む前記方法が記載される。いくつかの実施形態において、がん細胞は、肺癌細胞、膵癌細胞、または結腸癌細胞である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号７５１、８６９～８７４、９６６、１０３８、１０８５～１０８６、１３７８～１３７９、１９３７～１９４８、２０１８～２０２３、２４８３～２４９１、２５６９～２５７５、２８０５～２８０６、２９６９～２９７１、３１０１～３１０２、３２７８～３２８０、３５１０、３５５４～３５６２、５１４０～５１４１、１０７５１、１０８６９～１０８７４、１０９６６、１１０３８、１１０８５～１１０８６、１１３７８～１１３７９、１１９３７～１１９４８、１２０１８～１２０２３、１２４８３～１２４９１、１２５６９～１２５７５、１２８０５～１２８０６、１２９６９～１２９７１、１３１０１～１３１０２、１３２７８～１３２８０、１３５１０、１３５５４～１３５６２、または１５１４０～１５１４１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号２０００１～２５４９４または３０００１～３５４９４のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖もしくはエチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現は、処理後に少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％低減される。
本明細書では、いくつかの態様において、がんの処置を必要とする対象におけるその処置方法であって、本明細書に記載される組成物を対象に投与し、それによって、当該対象におけるがんを処置すること、を含む前記方法が記載される。いくつかの実施形態において、がんは、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の異常に関連する。いくつかの実施形態において、がんは、肺癌、膵癌、または結腸癌である。いくつかの実施形態において、組成物は、対象の生存率を少なくとも５％増加させるのに十分な用量及びスケジュールで対象に投与される。いくつかの実施形態において、組成物は、腫瘍の増殖を阻害するのに十分な用量及びスケジュールで対象に投与される。
本特許出願は、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含有するものである。カラー図面（複数可）を伴う本特許または特許出願の写しは、請求及び必要な手数料の支払いに応じて、当局により提供される。
本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドによって媒介される、例示的なＳＯＳ１ ｍＲＮＡノックダウンを示すものである。
本開示の新規性は、添付の特許請求の範囲に詳細に示される。本開示の特徴及び利点のより良い理解は、例示的な実施形態を示す以下の発明を実施するための形態を参照することによって得られるであろう。
概要
本明細書では、遺伝子またはシグナル伝達経路の発現を調節するための組成物及び方法が記載される。また、本明細書では、疾患または病態に関連する遺伝子またはシグナル伝達経路の発現を調節することによって当該疾患または病態を処置するための組成物及び方法も記載される。いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含み、当該オリゴヌクレオチドは、細胞内に送達されるとすぐに内在性の核酸に結合し、それによって、標的核酸が分解される。いくつかの実施形態において、本明細書では、本明細書に記載される組成物またはオリゴヌクレオチドを利用する方法が記載される。いくつかの実施形態において、当該方法は、細胞をオリゴヌクレオチドと接触させて、疾患または病態に関連する遺伝子またはシグナル伝達経路の発現を減少させることによって、当該疾患または病態を処置するために使用される。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、当該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの内在性核酸（例えば、ｍＲＮＡ）に対して相補的であり、それに対して結合する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの内在性核酸に対する結合により、内在性核酸が分解されるか、または内在性核酸に由来する標的タンパク質の翻訳が遮断される。したがって、内在性核酸によってコードされる遺伝子の発現が減少する。例えば、ｍＲＮＡを含む内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合により、二重鎖核酸分子が創出され、次いで、このことによってｍＲＮＡを分解する内在性ヌクレアーゼがリクルートされ得る。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、２つのウイングセグメントと隣接している少なくとも１つのギャップセグメントを含む。例えば、オリゴヌクレオチドは、５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントと隣接しているギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントまたはウイングセグメントは、少なくとも１つの化学修飾を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドによって調節される遺伝子は、シグナル伝達経路の一部である。いくつかの実施形態において、シグナル伝達経路は、ＲＴＫ－ＳＯＳ－ＲＡＳ－ＥＲＫ経路である。このように、いくつかの実施形態において、内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合に起因する遺伝子発現の減少により、オリゴヌクレオチドによって調節される遺伝子を含むシグナル伝達経路の発現がさらに減少し得る。いくつかの実施形態において、遺伝子またはシグナル伝達経路の発現の減少により、疾患または病態の処置に対する治療効果がもたらされる。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、遺伝子またはシグナル伝達経路の発現が増加することによって引き起こされる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される疾患または病態は、遺伝子またはシグナル伝達経路に関連する遺伝子変異によって引き起こされる。
組成物
本明細書では、いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを少なくとも１つ含む組成物が記載される。いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ核酸配列または異なる核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、内在性核酸を標的とし、内在性核酸に結合するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合により、内在性核酸を分解する内在性ヌクレアーゼがリクルートされる。いくつかの実施形態において、内在性核酸が分解されると、内在性核酸によってコードされる遺伝子の発現が減少する。いくつかの実施形態において、内在性核酸を分解することで、本明細書に記載される疾患または病態を処置することができる。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０個、またはそれ以上の核酸塩基の長さで構成される。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の核酸塩基の長さで構成される。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１０個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１１個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１２個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１３個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１４個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１５個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１６個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１７個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１８個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１９個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、２０個の核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０個、またはそれ以上の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、少なくとも１、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、４個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、５個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、６個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、７個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、８個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、９個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、１０個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、１１個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、１２個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、１３個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、１４個の核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのウイングセグメントは５’－末端ウイングセグメントであり、この５’－末端ウイングセグメントは、ギャップセグメントに、当該ギャップセグメントの５’－末端で共有結合性に結合している。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのウイングセグメントは３’－末端ウイングセグメントであり、この３’－末端ウイングセグメントは、ギャップセグメントに、当該ギャップセグメントの３’－末端で共有結合性に結合している。いくつかの実施形態において、ギャップセグメントは、当該ギャップセグメントの５’－末端及び３’－末端の両方でウイングセグメントと隣接している。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２個、またはそれ以上の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、１個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、２個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、３個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、４個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、５個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、６個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、７個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、８個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、９個の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、ウイングセグメントは、１０個の核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸に結合する。いくつかの実施形態において、標的核酸は、内在性核酸である。いくつかの実施形態において、標的核酸には、核ＲＮＡ、細胞質ＲＮＡ、またはミトコンドリアＲＮＡが含まれる。いくつかの実施形態において、標的ＲＮＡには、遺伝子間ＤＮＡ（限定されないが、ヘテロクロマチンＤＮＡを含む）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、プレメッセンジャーＲＮＡ（ｐｒｅ－ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、単離されたＤＮＡ配列、単離されたＲＮＡ配列、ｓｇＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、核酸プローブ、プライマー、ｓｎＲＮＡ、長鎖ノンコーディングＲＮＡ、ｓｍａｌｌ ＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｔＲＮＡ由来のｓｍａｌｌ ＲＮＡ（ｔｓＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、またはｓｍａｌｌ ｒＤＮＡ由来のＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）が含まれる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ワトソン・クリック塩基対形成等の塩基対形成によって当該オリゴヌクレオチドの標的核酸に対する結合を可能にする核酸配列を含む。本明細書で提供される組成物及び方法は、遺伝子またはシグナル伝達経路の発現を調節するために利用され得る。調節とは、遺伝子または遺伝子内の変異に関連する疾患または病態を緩和する目的で、様々な段階のうちの１つにおいて、遺伝子またはその一部の発現を変化させることを指し得る。調節は、転写レベルに影響を与え得るか、または転写後に影響を与え得る。転写を調節することで、遺伝子の変異によって生成したスプライスバリアントの異常発現が修正され得る。場合によっては、本明細書で提供される組成物及び方法は、標的の遺伝子翻訳を制御するために利用され得る。調節とは、転写物の存在量を減少させることにより、遺伝子またはその一部の発現を減少させることまたはノックダウンすることを指し得る。転写物の存在量の減少は、転写物のプロセシング、スプライシング、ターンオーバーもしくは安定性を低下させることによって、またはリボソーム等の翻訳機構による転写物への接近性を低下させることによって媒介され得る。場合によっては、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、ノックダウンを促進し得る。ノックダウンにより、標的ＲＮＡの発現が低減され得る。場合によっては、ノックダウンは、ｍＲＮＡの調節を伴い得る。場合によっては、ノックダウンは、ｍＲＮＡを実質的にほとんど調節することなく起こり得る。いくつかの例では、ノックダウンは、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲまたはその両方等、標的ＲＮＡの非翻訳領域を標的とすることによって起こり得る。場合によっては、ノックダウンは、標的ＲＮＡのコード領域を標的とすることによって起こり得る。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される遺伝子または核酸のいずれか１つを標的とし、それに結合するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的とされ、それに結合される遺伝子（複数可）は、ＳＯＳ ＲＡＳ／Ｒａｃグアニンヌクレオチド交換因子１もしくはセブンレスの息子１（ＳＯＳ１）及び／またはＳＯＳ ＲＡＳ／Ｒａｃグアニンヌクレオチド交換因子２もしくはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的とされ、それに結合される遺伝子（複数可）は、ＳＯＳ ＲＡＳ／Ｒａｃグアニンヌクレオチド交換因子である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１（配列番号８８８８～８８９０）のｍＲＮＡ及び／またはＳＯＳ２（配列番号８８９１）のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。当該ＳＯＳ１のｍＲＮＡは、配列番号８８８８～８８９０と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２（配列番号８８９１）のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。当該ＳＯＳ２のｍＲＮＡは、配列番号８８９１と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置５６３～６２２、配列番号８８８９の核酸位置１０７４～１１３３、配列番号８８９０の核酸位置１０７４～１１３３、または配列番号８８９１の核酸位置７４０～７９９の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置５６９～５８８、配列番号８８８９の核酸位置１０８０～１０９９、配列番号８８９０の核酸位置１０８０～１０９９、または配列番号８８９１の核酸位置７４６～７６５の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置１４０３～１４６２、配列番号８８８９の核酸位置１９１４～１９７３、配列番号８８９０の核酸位置１９１４～１９７３、または配列番号８８９１の核酸位置１５７４～１６３３の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置１４２７～１４４９、配列番号８８８９の核酸位置１９３８～１９６０、配列番号８８９０の核酸位置１９３８～１９６０、または配列番号８８９１の核酸位置１５９８～１６２０の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置１９４３～２０６２、配列番号８８８９の核酸位置２４５４～２５７３、配列番号８８９０の核酸位置２４５４～２５７３、または配列番号８８９１の核酸位置２１１４～２２３３の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置１９７３～２００４、配列番号８８８９の核酸位置２４８４～２５１５、配列番号８８９０の核酸位置２４８４～２５１５、または配列番号８８９１の核酸位置２１４４～２１７５の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置３１４３～３２０２、配列番号８８８９の核酸位置３６５４～３７１３、配列番号８８９０の核酸位置３６５４～３７１３、または配列番号８８９１の核酸位置３３１４～３３７３の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡの核酸断片を標的とし、それに結合する。当該核酸断片は、配列番号８８８８の核酸位置３１５８～３１７８、配列番号８８８９の核酸位置３６６９～３６８９、配列番号８８９０の核酸位置３６６９～３６８９、または配列番号８８９１の核酸位置３３２８～３３４８の核酸配列と同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのゆらぎ核酸を含む（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの核酸断片との少なくとも１つのミスマッチを含み得る）。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つのゆらぎ核酸を含む（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの核酸断片との１つのミスマッチを含み得る）。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも２つのゆらぎ核酸を含む（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの核酸断片との少なくとも２つのミスマッチを含み得る）。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、２つのゆらぎ核酸を含む（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの核酸断片との２つのミスマッチを含み得る）。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、または少なくとも１２個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、５個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、６個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、７個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、８個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、９個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、１０個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、１１個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、配列番号８８８８～８８９１のいずれか１つに対応するいずれか１つの核酸位置間の核酸断片を標的とし、それに結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該核酸断片と同一である、１２個の連続したヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２０００１～２５４９４または配列番号３０００１～３５４９４のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２０００１～２５４９４または配列番号３０００１～３５４９４のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、配列番号２０００１～２５４９４または配列番号３０００１～３５４９４のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、配列番号２０００１～２５４９４または配列番号３０００１～３５４９４のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：７５１、８６９～８７４、９６６、１０３８、１０８５～１０８６、１３７８～１３７９、１９３７～１９４８、２０１８～２０２３、２４８３～２４９１、２５６９～２５７５、２８０５～２８０６、２９６９～２９７１、３１０１～３１０２、３２７８～３２８０、３５１０、３５５４～３５６２、５１４０～５１４１、１０７５１、１０８６９～１０８７４、１０９６６、１１０３８、１１０８５～１１０８６、１１３７８～１１３７９、１１９３７～１１９４８、１２０１８～１２０２３、１２４８３～１２４９１、１２５６９～１２５７５、１２８０５～１２８０６、１２９６９～１２９７１、１３１０１～１３１０２、１３２７８～１３２８０、１３５１０、１３５５４～１３５６２、１５１４０～１５１４１、２０５３５～２０５４０、２０７５２、２１０３９、２１５９７～２１６０７、２１６７９～２１６８３、２２０８７～２２０８８、２２１４３、２２１４５～２２１４６、２２１４９～２２１５１、２２２２８～２２２３５、２２３３０、２２４６５～２２４６６、２２６２９～２２６３１、２２９３８～２２９４０、２３１６９～２３１７０、２３２１４～２３２２２、２３３０１、３０５３５～３０５４０、３０７５２、３１０３９、３１５９７～３１６０７、３１６７９～３１６８３、３２０８７～３２０８８、３２１４３、３２１４５～３２１４６、３２１４９～３２１５１、３２２２８～３２２３５、３２３１５、３２３３０、３２４６５～３２４６６、３２６２９～３２６３１、３２９２８～３２９４０、３３１６９～３３１７０、３３２１４、３３２１～３３２２２、または３３３０１のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの一方またはその両方を標的とし、それらに結合し得る。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：７５１、８６９～８７４、９６６、１０３８、１０８５～１０８６、１３７８～１３７９、１９３７～１９４８、２０１８～２０２３、２４８３～２４９１、２５６９～２５７５、２８０５～２８０６、２９６９～２９７１、３１０１～３１０２、３２７８～３２８０、３５１０、３５５４～３５６２、５１４０～５１４１、１０７５１、１０８６９～１０８７４、１０９６６、１１０３８、１１０８５～１１０８６、１１３７８～１１３７９、１１９３７～１１９４８、１２０１８～１２０２３、１２４８３～１２４９１、１２５６９～１２５７５、１２８０５～１２８０６、１２９６９～１２９７１、１３１０１～１３１０２、１３２７８～１３２８０、１３５１０、１３５５４～１３５６２、１５１４０～１５１４１、２０５３５～２０５４０、２０７５２、２１０３９、２１５９７～２１６０７、２１６７９～２１６８３、２２０８７～２２０８８、２２１４３、２２１４５～２２１４６、２２１４９～２２１５１、２２２２８～２２２３５、２２３３０、２２４６５～２２４６６、２２６２９～２２６３１、２２９３８～２２９４０、２３１６９～２３１７０、２３２１４～２３２２２、２３３０１、３０５３５～３０５４０、３０７５２、３１０３９、３１５９７～３１６０７、３１６７９～３１６８３、３２０８７～３２０８８、３２１４３、３２１４５～３２１４６、３２１４９～３２１５１、３２２２８～３２２３５、３２３１５、３２３３０、３２４６５～３２４６６、３２６２９～３２６３１、３２９２８～３２９４０、３３１６９～３３１７０、３３２１４、３３２１～３３２２２、または３３３０１のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１及び／またはＳＯＳ２のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：１０２、１０３、１０６、１３４、１８０、１８４、１８５、３７９、４０５、４０６、４１５、４１６、４２６、４８１、４８２、５３９、５４０、５４２、５４３、５５２、６４６、６４７、６６７、６６９、６７１、６７５、６８３、７３２、７３８、７４１、７４２、７９７、８１９、８３５、８６６、８７２～８７４、９６９、９７０、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９３、１１９８、１２２４、１２２５、１２６４、１２７９、１３６０、１３７０、１４０２、１４０９、１４５５、１５０７、１５０８、１５１１、１５１６、１５１９、１５２１、１５２７、１５４７、１５５５、１６００、１６０１、１６０５、１６０６、１６０９、１６４０、１８１１、１８１２、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２～１９４４、１９４７、１９７５、１９７６、２０８７、２０８９、２１０７、２１１１、２１１３、２１１５、２２６１、２４５９、２４６３、２４６５、２４６８、２４７０、２４７３、２４９０、２４９１、２４９８、２５０１、２５５０、２６００、２６０６、２６３２、２６８０、２６８７、２６８８、２７０１、２７０３、２７６１、２７６２、２８１５、２９０８、２９１９、２９７４、２９８４、３００７、３０１３、３０１６、３０３４、３０７８、３０９７、３１０３、３１０４、３１８７、３１８８、３２７９、３３０５、３３０８、３３８５、３３８６、３３８８、３５６１、３５６４、３５７０、３５７２、３６０７、３６１０、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７１９、３７６５、３８１８、３８２１、３８７９、３８８０、３８８８、３９４２、３９４４、３９４７、３９４９、３９５４、３９５６、３９９２、４０５５、４０９７、４１３４、４１５６、４１５８、４１６６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４２３１、４４６６、４６８７、４６９１、４６９２、４７３６、４７８１、４７８４、４９１６、４９３５、５１１８、５１４４、５１５７、５１６２、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５５３２、５５４８、５７６４、５７７０、５７７４、５７７６、５７８０、５７８４、５８７５、５９２０、６０１１、６０５４、６０５６、６０６０、６０６１、６３４９、６３５７、６４１８、６５２４、６５３２、６６１１、６６１７、６６２１、６６２５、６６２７、６６３６、６７９９、６８０１、６８０３、６８０７、６８１８、６８４９、６８５０、６８５２、６８５４、６９３６、７０６２、７１２４、７２２９、７２３６、７２４１、７３６３、７３６８、７４０８、７４１３、７４７１、７５１６、７５３１、７５８９、７８６５、７８６８、７８７５、８０５６、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８２４７、８２４８、８２９３、８２９４、８３３１、８３６３、８５６７、８６１７、８６１８、８６５１、８６５９、８６６１、８７０８、８７１３、８７８０、８７８１、８７８８、８８１０、または８８４３のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：１０２、１０３、１０６、１３４、１８０、１８４、１８５、３７９、４０５、４０６、４１５、４１６、４２６、４８１、４８２、５３９、５４０、５４２、５４３、５５２、６４６、６４７、６６７、６６９、６７１、６７５、６８３、７３２、７３８、７４１、７４２、７９７、８１９、８３５、８６６、８７２～８７４、９６９、９７０、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９３、１１９８、１２２４、１２２５、１２６４、１２７９、１３６０、１３７０、１４０２、１４０９、１４５５、１５０７、１５０８、１５１１、１５１６、１５１９、１５２１、１５２７、１５４７、１５５５、１６００、１６０１、１６０５、１６０６、１６０９、１６４０、１８１１、１８１２、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２～１９４４、１９４７、１９７５、１９７６、２０８７、２０８９、２１０７、２１１１、２１１３、２１１５、２２６１、２４５９、２４６３、２４６５、２４６８、２４７０、２４７３、２４９０、２４９１、２４９８、２５０１、２５５０、２６００、２６０６、２６３２、２６８０、２６８７、２６８８、２７０１、２７０３、２７６１、２７６２、２８１５、２９０８、２９１９、２９７４、２９８４、３００７、３０１３、３０１６、３０３４、３０７８、３０９７、３１０３、３１０４、３１８７、３１８８、３２７９、３３０５、３３０８、３３８５、３３８６、３３８８、３５６１、３５６４、３５７０、３５７２、３６０７、３６１０、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７１９、３７６５、３８１８、３８２１、３８７９、３８８０、３８８８、３９４２、３９４４、３９４７、３９４９、３９５４、３９５６、３９９２、４０５５、４０９７、４１３４、４１５６、４１５８、４１６６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４２３１、４４６６、４６８７、４６９１、４６９２、４７３６、４７８１、４７８４、４９１６、４９３５、５１１８、５１４４、５１５７、５１６２、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５５３２、５５４８、５７６４、５７７０、５７７４、５７７６、５７８０、５７８４、５８７５、５９２０、６０１１、６０５４、６０５６、６０６０、６０６１、６３４９、６３５７、６４１８、６５２４、６５３２、６６１１、６６１７、６６２１、６６２５、６６２７、６６３６、６７９９、６８０１、６８０３、６８０７、６８１８、６８４９、６８５０、６８５２、６８５４、６９３６、７０６２、７１２４、７２２９、７２３６、７２４１、７３６３、７３６８、７４０８、７４１３、７４７１、７５１６、７５３１、７５８９、７８６５、７８６８、７８７５、８０５６、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８２４７、８２４８、８２９３、８２９４、８３３１、８３６３、８５６７、８６１７、８６１８、８６５１、８６５９、８６６１、８７０８、８７１３、８７８０、８７８１、８７８８、８８１０、または８８４３のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：１０２、１０３、１０６、１３４、１８０、１８４、１８５、３７９、４０５、４０６、４１５、４１６、４２６、４８１、４８２、５３９、５４０、５４２、５４３、５５２、６４６、６４７、６６７、６６９、６７１、６７５、６８３、７３２、７３８、７４１、７４２、７９７、８１９、８３５、８６６、８７２～８７４、９６９、９７０、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９３、１１９８、１２２４、１２２５、１２６４、１２７９、１３６０、１３７０、１４０２、１４０９、１４５５、１５０７、１５０８、１５１１、１５１６、１５１９、１５２１、１５２７、１５４７、１５５５、１６００、１６０１、１６０５、１６０６、１６０９、１６４０、１８１１、１８１２、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２～１９４４、１９４７、１９７５、１９７６、２０８７、２０８９、２１０７、２１１１、２１１３、２１１５、２２６１、２４５９、２４６３、２４６５、２４６８、２４７０、２４７３、２４９０、２４９１、２４９８、２５０１、２５５０、２６００、２６０６、２６３２、２６８０、２６８７、２６８８、２７０１、２７０３、２７６１、２７６２、２８１５、２９０８、２９１９、２９７４、２９８４、３００７、３０１３、３０１６、３０３４、３０７８、３０９７、３１０３、３１０４、３１８７、３１８８、３２７９、３３０５、３３０８、３３８５、３３８６、３３８８、３５６１、３５６４、３５７０、３５７２、３６０７、３６１０、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７１９、３７６５、３８１８、３８２１、３８７９、３８８０、３８８８、３９４２、３９４４、３９４７、３９４９、３９５４、３９５６、３９９２、４０５５、４０９７、４１３４、４１５６、４１５８、４１６６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４２３１、４４６６、４６８７、４６９１、４６９２、４７３６、４７８１、４７８４、４９１６、４９３５、５１１８、５１４４、５１５７、５１６２、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５５３２、５５４８、５７６４、５７７０、５７７４、５７７６、５７８０、５７８４、５８７５、５９２０、６０１１、６０５４、６０５６、６０６０、６０６１、６３４９、６３５７、６４１８、６５２４、６５３２、６６１１、６６１７、６６２１、６６２５、６６２７、６６３６、６７９９、６８０１、６８０３、６８０７、６８１８、６８４９、６８５０、６８５２、６８５４、６９３６、７０６２、７１２４、７２２９、７２３６、７２４１、７３６３、７３６８、７４０８、７４１３、７４７１、７５１６、７５３１、７５８９、７８６５、７８６８、７８７５、８０５６、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８２４７、８２４８、８２９３、８２９４、８３３１、８３６３、８５６７、８６１７、８６１８、８６５１、８６５９、８６６１、８７０８、８７１３、８７８０、８７８１、８７８８、８８１０、または８８４３のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：１０２、１０３、１０６、１３４、１８０、１８４、１８５、３７９、４０５、４０６、４１５、４１６、４２６、４８１、４８２、５３９、５４０、５４２、５４３、５５２、６４６、６４７、６６７、６６９、６７１、６７５、６８３、７３２、７３８、７４１、７４２、７９７、８１９、８３５、８６６、８７２～８７４、９６９、９７０、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９３、１１９８、１２２４、１２２５、１２６４、１２７９、１３６０、１３７０、１４０２、１４０９、１４５５、１５０７、１５０８、１５１１、１５１６、１５１９、１５２１、１５２７、１５４７、１５５５、１６００、１６０１、１６０５、１６０６、１６０９、１６４０、１８１１、１８１２、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２～１９４４、１９４７、１９７５、１９７６、２０８７、２０８９、２１０７、２１１１、２１１３、２１１５、２２６１、２４５９、２４６３、２４６５、２４６８、２４７０、２４７３、２４９０、２４９１、２４９８、２５０１、２５５０、２６００、２６０６、２６３２、２６８０、２６８７、２６８８、２７０１、２７０３、２７６１、２７６２、２８１５、２９０８、２９１９、２９７４、２９８４、３００７、３０１３、３０１６、３０３４、３０７８、３０９７、３１０３、３１０４、３１８７、３１８８、３２７９、３３０５、３３０８、３３８５、３３８６、３３８８、３５６１、３５６４、３５７０、３５７２、３６０７、３６１０、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７１９、３７６５、３８１８、３８２１、３８７９、３８８０、３８８８、３９４２、３９４４、３９４７、３９４９、３９５４、３９５６、３９９２、４０５５、４０９７、４１３４、４１５６、４１５８、４１６６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４２３１、４４６６、４６８７、４６９１、４６９２、４７３６、４７８１、４７８４、４９１６、４９３５、５１１８、５１４４、５１５７、５１６２、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５５３２、５５４８、５７６４、５７７０、５７７４、５７７６、５７８０、５７８４、５８７５、５９２０、６０１１、６０５４、６０５６、６０６０、６０６１、６３４９、６３５７、６４１８、６５２４、６５３２、６６１１、６６１７、６６２１、６６２５、６６２７、６６３６、６７９９、６８０１、６８０３、６８０７、６８１８、６８４９、６８５０、６８５２、６８５４、６９３６、７０６２、７１２４、７２２９、７２３６、７２４１、７３６３、７３６８、７４０８、７４１３、７４７１、７５１６、７５３１、７５８９、７８６５、７８６８、７８７５、８０５６、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８２４７、８２４８、８２９３、８２９４、８３３１、８３６３、８５６７、８６１７、８６１８、８６５１、８６５９、８６６１、８７０８、８７１３、８７８０、８７８１、８７８８、８８１０、または８８４３のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの一方またはその両方を標的とし、それらに結合し得る。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１及び／またはＳＯＳ２のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの一方またはその両方を標的とし、それらに結合し得る。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１及び／またはＳＯＳ２のｍＲＮＡを標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のいずれか１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのギャップセグメントは、下記配列番号：４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のいずれか１つの核酸配列のうち、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５個、またはそれ以上の連続したヌクレオチドを含む核酸配列、を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する遺伝子をコードする内在性核酸を標的とし、それに結合する。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する遺伝子は、ＳＯＳ１である。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する遺伝子は、ＳＯＳ２である。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路における、またはＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する、遺伝子の発現または活性を調節するかまたはそれに影響を及ぼす。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する遺伝子は、ＲＡＳである。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する遺伝子は、ＲＡＦである。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する遺伝子は、ＭＥＫである。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路に関連する遺伝子は、ＥＲＫである。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、内在性核酸に結合するとすぐに、当該内在性核酸と共に二重鎖を形成し、当該内在性核酸を分解する内在性ヌクレアーゼをリクルートする。いくつかの実施形態において、内在性ヌクレアーゼは、デオキシリボヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、内在性ヌクレアーゼは、リボヌクレアーゼである。いくつかの実施形態では、リボヌクレアーゼは、エンドリボヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、エンドリボヌクレアーゼには、エンドリボヌクレアーゼまたはＲＮアーゼＡ、Ｐ、Ｈ、Ｉ、ＩＩＩ、Ｔ１、Ｔ２、Ｕ２、Ｖ１、ＰｈｙＭ、もしくはＶが含まれる。いくつかの実施形態において、リボヌクレアーゼは、エキソリボヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、エキソリボヌクレアーゼには、ＲＮアーゼＰＨ、ＩＩ、Ｒ、Ｄ、またはＴが含まれる。いくつかの実施形態において、ヌクレアーゼには、ポリヌクレオチドホスホリラーゼ（ＰＮＰアーゼ）、オリゴリボヌクレアーゼ、エキソリボヌクレアーゼＩ、またはエキソリボヌクレアーゼＩＩが含まれる。いくつかの実施形態において、内在性核酸に結合するオリゴヌクレオチドによってリクルートされるリボヌクレアーゼは、ＲＮアーゼＨである。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００個、またはそれ以上の化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００個、またはそれ以上の化学修飾を含む少なくとも１つのギャップセグメント、を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００個、またはそれ以上の化学修飾を含む少なくとも１つのウイングセグメント、を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００個、またはそれ以上の化学修飾を含む少なくとも１つのギャップセグメント及び少なくとも１つのウイングセグメント、を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１をコードする内在性核酸（例えば、ｍＲＮＡ）に結合し、このＳＯＳ１内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合により、細胞におけるＳＯＳ１の内在性発現が、当該オリゴヌクレオチドによって調節されていないＳＯＳ１の内在性発現と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上減少する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２をコードする内在性核酸（例えば、ｍＲＮＡ）に結合し、このＳＯＳ２内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合により、細胞におけるＳＯＳ２の内在性発現が、当該オリゴヌクレオチドによって調節されていないＳＯＳ２の内在性発現と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上減少する。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１をコードする内在性核酸（例えば、ｍＲＮＡ）に結合し、このＳＯＳ１内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合により、細胞におけるＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路の内在性発現が、当該オリゴヌクレオチドによって調節されていないＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路の内在性発現と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上減少する。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２をコードする内在性核酸（例えば、ｍＲＮＡ）に結合し、このＳＯＳ２内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合により、細胞でのＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路における内在性遺伝子発現またはＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路の活性が、当該オリゴヌクレオチドによって調節されていないＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路における内在性遺伝子発現またはＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路の活性と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上減少する。
いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドを含み、第１のオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１内在性核酸（例えば、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ）に結合し、第２のオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ２内在性核酸（例えば、ＳＯＳ２ ｍＲＮＡ）に結合する。いくつかの実施形態において、ＳＯＳ１内在性核酸及びＳＯＳ２内在性核酸の両方に対するオリゴヌクレオチドの結合により、細胞でのＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路における内在性遺伝子発現またはＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路の活性が、当該オリゴヌクレオチドによって調節されていないＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路における内在性遺伝子発現またはＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路の活性と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上減少する。いくつかの実施形態において、ＳＯＳ１内在性核酸及びＳＯＳ２内在性核酸の両方に対するオリゴヌクレオチドの結合により、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のいずれか一方のみに対するオリゴヌクレオチドの結合と比較して、がん細胞の死滅が、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態において、ＳＯＳ１内在性核酸及びＳＯＳ２内在性核酸の両方に対するオリゴヌクレオチドの結合により、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のいずれか一方のみに対するオリゴヌクレオチドの結合と比較して、細胞の増殖が、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上減少する。
いくつかの実施形態において、組成物は、適切な投与経路による対象への投与用に製剤化され、適切な投与経路としては、限定されないが、静脈内、動脈内、経口、非経口、バッカル、局所、経皮、直腸、筋肉内、皮下、骨内、経粘膜、吸入、または腹腔内投与経路が挙げられる。本明細書に記載される医薬製剤としては、限定されないが、水性液状分散剤、自己乳化型分散剤、固溶体、リポソーム型分散剤、エアロゾル、固体剤形、散剤、即放性製剤、放出制御製剤、速溶性製剤、錠剤、カプセル剤、丸剤、遅延放出性製剤、徐放性製剤、脈動放出性製剤、多粒子製剤、及び即放性製剤と放出制御製剤との混合製剤が挙げられる。いくつかの実施形態において、組成物は剤形へと製剤化される。いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも１つの賦形剤を含むように製剤化される。いくつかの実施形態において、賦形剤は、薬学的に許容される賦形剤である。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む組成物は、疾患または病態に関連する遺伝子またはシグナル伝達経路の発現を減少させることによって、当該疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む組成物は、本明細書に記載される疾患または病態に関連する遺伝子の発現を直接的に減少させることによって、本明細書に記載される疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、本明細書に記載されるシグナル伝達経路の一部としての遺伝子発現を減少させることによって、疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む組成物は、内在性ＳＯＳ１発現を減少させることによって、疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む組成物は、内在性ＳＯＳ２発現を減少させることによって、疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む組成物は、内在性ＳＯＳ１発現及び内在性ＳＯＳ２発現の両方を減少させることによって、疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む組成物は、内在性ＫＲＡＳ発現を減少させることによって、疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む組成物は、内在性ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路の発現または活性を低下させることによって、疾患または病態を処置するものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される疾患または病態は、がんである。
化学修飾
本明細書では、いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドが記載される。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、一本鎖である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０個、またはそれ以上の化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、分子内に構造的特徴がない。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５個、またはそれ以上の化学修飾ヌクレオチドを含む、少なくとも１つのギャップセグメントを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上の化学修飾ヌクレオチドを含む、少なくとも１つのウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上の化学修飾ヌクレオチドを含む、５’－末端ウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上の化学修飾ヌクレオチドを含む、３’－末端ウイングセグメントを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのウイングセグメントは、ギャップセグメントの５’－末端に共有結合性に融合される。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのウイングセグメントは、ギャップセグメントの３’－末端に共有結合性に融合される。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上の化学修飾ヌクレオチドを、当該オリゴヌクレオチドの５’－末端に含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上の化学修飾ヌクレオチドを、当該オリゴヌクレオチドの３’－末端に含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上の化学修飾ヌクレオチドを、当該オリゴヌクレオチドの５’－末端及び３’－末端の両方に含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を、当該オリゴヌクレオチドのギャップセグメントにおいて含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を、ギャップセグメントと隣接しているヌクレオチド塩基において含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基またはヌクレオチド間結合の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％が修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１００％修飾されたヌクレオチド塩基を含む。
いくつかの実施形態において、化学修飾は、３’ＯΗ、群、５’ＯΗ基、骨格、糖成分、またはヌクレオチド塩基で起こり得る。化学修飾は、鎖間架橋または鎖内架橋の非天然起源リンカー分子を含み得る。一態様において、化学修飾核酸は、３’ＯΗ基もしくは５’ＯΗ基、骨格、糖成分、またはヌクレオチド塩基の１つ以上の修飾を含むか、または非天然起源リンカー分子の付加を含む。いくつかの実施形態において、化学修飾骨格には、ホスホジエステル骨格以外の骨格が含まれる。いくつかの実施形態において、修飾糖には、デオキシリボース以外の糖（修飾ＤＮＡにおいて）またはリボース以外の糖（修飾ＲＮＡにおいて）が含まれる。いくつかの実施形態において、修飾塩基には、アデニン、グアニン、シトシン、チミンまたはウラシル以外の塩基が含まれる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾塩基を含む。いくつかの例では、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０個、またはそれ以上の修飾塩基が含まれる。場合によっては、塩基部分の化学修飾としては、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、またはウラシルの天然修飾及び合成修飾、ならびにプリン塩基またはピリミジン塩基の天然修飾及び合成修飾が挙げられる。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの化学修飾には、下記のいずれか１つの修飾、または下記のものを任意に組み合わせた修飾が含まれる：２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）を含む２’修飾ヌクレオチド、ホスホジエステル骨格結合における非連結リン酸酸素の一方もしくは両方の修飾、ホスホジエステル骨格結合における連結リン酸酸素の１つ以上の修飾、リボース糖の構成成分の修飾、「デホスホ」リンカーでのリン酸部分の置換、天然起源の核酸塩基の修飾もしくは置換、リボース－リン酸骨格の修飾、ポリヌクレオチドの５’末端の修飾、ポリヌクレオチドの３’末端の修飾、デオキシリボースリン酸骨格の修飾、リン酸基の代替、リボースリン酸（ｒｉｂｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格の修飾、ヌクレオチドの糖の修飾、ヌクレオチドの塩基の修飾、または立体化学的に純粋なヌクレオチド。オリゴヌクレオチドに対する化学修飾の非限定的な例としては、下記のものを挙げることができる：ホスホジエステル骨格結合における非連結または連結リン酸酸素の一方または両方の修飾（例えば、硫黄（Ｓ）、セレン（Ｓｅ）、ＢＲ３（Ｒは、例えば、水素、アルキル、またはアリールであり得る）、Ｃ（例えば、アルキル基、アリール基、及び同様のもの）、Ｈ、ＮＲ２（Ｒは、例えば、水素、アルキル、もしくはアリールであり得るか、またはＲは、例えば、アルキルもしくはアリールであり得る）、「デホスホ」リンカーでのリン酸部分の置換（例えば、メチルホスホナート、ヒドロキシルアミノ、シロキサン、カルボナート、カルボキシメチル、カルバメート、アミド、チオエーテル、エチレンオキシドリンカー、スルホナート、スルホンアミド、チオホルムアセタール（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、ホルムアセタール（ｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、またはメチレンオキシメチルイミノでの置換）、核酸アナログでの天然起源核酸塩基の修飾または置換、デオキシリボース－リン酸骨格またはリボース－リン酸骨格の修飾（例えば、ホスホロチオエート、ホスホノチオアセテート（ｐｈｏｓｐｈｏｎｏｔｈｉｏａｃｅｔａｔｅ）、ホスホロセレナート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｓｅｌｅｎａｔｅ）、ボラノホスフェート、ボラノホスフェートエステル、リン酸水素、ホスホノカルボキシレート（ｐｈｏｓｐｈｏｎｏｃａｒｂｏｘｙｌａｔｅ）、ホスホロアミダート、アルキルホスホナートもしくはアリールホスホナート、ホスホノアセテート、またはホスホトリエステルが組み込まれるようにリボース－リン酸骨格を修飾すること）、核酸配列の５’末端修飾（例えば、５’キャップもしくは５’キャップ－ＯＨ修飾）または３’末端修飾（３’テールもしくは３’末端－ＯＨ修飾）、メチルホスホナート、ヒドロキシルアミノ、シロキサン、カルボナート、カルボキシメチル、カルバメート、アミド、チオエーテル、エチレンオキシドリンカー、スルホナート、スルホンアミド、チオホルムアセタール（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、ホルムアセタール（ｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、またはメチレンオキシメチルイミノでのリン酸基の置換、モルホリノ（ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーＰＭＯ）、シクロブチル、ピロリジン、またはペプチド核酸（ＰＮＡ）ヌクレオシドサロゲートが組み込まれるようにリボースリン酸（ｒｉｂｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格を修飾すること、ロックド核酸（ＬＮＡ）、非固定核酸（ＵＮＡ）、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、ｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖、または架橋型核酸（ＢＮＡ）が組み込まれるようにヌクレオチドの糖を修飾すること、リボース糖構成成分の修飾（例えば、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシ－エチル（２’－ＭＯＥ）、２’－フルオロ、２’－アミノエチル、２’－デオキシ－２’－フルオロアラビノ核酸、２’－デオキシ、２’－Ｏ－メチル、３’－ホスホロチオエート、３’－ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、または３’－ホスホノチオアセテート（ｐｈｏｓｐｈｏｎｏｔｈｉｏａｃｅｔａｔｅ）（チオＰＡＣＥ））、ヌクレオチド塩基（Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、またはＵ）に対する修飾、及び立体化学的に純粋なヌクレオチド（例えば、ホスホロチオエートのＳコンフォメーションまたはホスホロチオエートのＲコンフォメーション）。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのホスホジエステル骨格結合における非連結リン酸酸素原子の一方または両方の置換を少なくとも１つ含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのホスホジエステル骨格結合における連結リン酸酸素原子の１つ以上の置換を含む。リン酸酸素原子の化学修飾の非限定的な例は、硫黄原子である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドの糖に対する少なくとも１つの化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、ヌクレオチドの糖に対する少なくとも１つの化学修飾を含み、当該化学修飾は、少なくとも１つのロックド核酸（ＬＮＡ）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドの糖に対する少なくとも１つの化学修飾を含み、少なくとも１つの非固定核酸（ＵＮＡ）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドの糖に対する少なくとも１つの化学修飾を含み、少なくとも１つのエチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、糖の構成成分の修飾を含む、糖に対する少なくとも１つの化学修飾を含み、当該糖は、リボース糖である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドのリボース糖構成成分に対する少なくとも１つの化学修飾を含み、２’－Ｏ－メチル基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、デホスホリンカーによるオリゴヌクレオチドのリン酸部分の置換を含む、少なくとも１つの化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのリン酸骨格の化学修飾を少なくとも１つ含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホチオエート基を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドの塩基に対する修飾を含む、少なくとも１つの化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、ヌクレオチドの非天然塩基を含む、少なくとも１つの化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、モルホリノ基（例えば、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー、ＰＭＯ）、シクロブチル基、ピロリジン基、またはペプチド核酸（ＰＮＡ）ヌクレオシドサロゲートを含む、少なくとも１つの化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、少なくとも１つの立体化学的に純粋な核酸を含む、少なくとも１つの化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾は、オリゴヌクレオチドの５’末端近位に位置し得る。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾は、オリゴヌクレオチドの３’末端近位に位置し得る。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾は、オリゴヌクレオチドの５’末端及び３’末端の両方の近位に位置し得る。
いくつかの実施態様において、オリゴヌクレオチドは、互いに共有結合性に連結された複数の糖及びリン酸部分を含む骨格を含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドの骨格は、ＤＮＡ中のデオキシリボースまたはＲＮＡ中のリボースの５’炭素に対するリン酸基の第１ヒドロキシル基の連結と、ＤＮＡ中のデオキシリボースまたはＲＮＡ中のリボースの３’炭素に対する第２ヒドロキシル基の連結との間のホスホジエステル結合を含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格は、溶媒に曝露される可能性がある、５’還元性ヒドロキシル、３’還元性ヒドロキシル、またはその両方を欠き得る。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格は、ヌクレアーゼに曝露される可能性がある、５’還元性ヒドロキシル、３’還元性ヒドロキシル、またはその両方を欠き得る。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格は、加水分解酵素に曝露される可能性がある、５’還元性ヒドロキシル、３’還元性ヒドロキシル、またはその両方を欠き得る。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドの骨格は、１つのヌクレオチドが他のヌクレオチドの後に続く、環状２次元フォーマットのポリヌクレオチド配列として示され得る。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドの骨格は、１つのヌクレオチドが他のヌクレオチドの後に続く、輪状２次元フォーマットのポリヌクレオチド配列として示され得る。場合によっては、５’ヒドロキシル、３’ヒドロキシル、またはその両方が、リン－酸素結合を介して接続される。場合によっては、５’ヒドロキシル、３’ヒドロキシル、またはその両方が、リン含有部分でホスホエステルへと修飾される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含む。化学修飾は、置換、挿入、欠失、化学修飾、物理的修飾、安定化、精製、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。場合によっては、修飾は、化学修飾である。適切な化学修飾は、下記のいずれか１つを含む：５’アデニレート、５’グアノシン－トリホスフェートキャップ、５’Ｎ７－メチルグアノシン－トリホスフェートキャップ、５’トリホスフェートキャップ、３’ホスフェート、３’チオホスフェート、５’ホスフェート、５’チオホスフェート、シス－シンチミジンダイマー、トリマー、Ｃ１２スペーサー、Ｃ３スペーサー、Ｃ６スペーサー、ｄスペーサー、ＰＣスペーサー、ｒスペーサー、スペーサー１８、スペーサー９、３’－３’修飾、５’－５’修飾、脱塩基、アクリジン、アゾベンゼン、ビオチン、ビオチンＢＢ、ビオチンＴＥＧ、コレステリルＴＥＧ、デスチオビオチンＴＥＧ、ＤＮＰ ＴＥＧ、ＤＮＰ－Ｘ、ＤＯＴＡ、ｄＴ－ビオチン、デュアルビオチン、ＰＣビオチン、ソラレンＣ２、ソラレンＣ６、ＴＩＮＡ、３’ＤＡＢＣＹＬ、ブラックホールクエンチャー１、ブラックホールクエンチャー２、ＤＡＢＣＹＬ ＳＥ、ｄＴ－ＤＡＢＣＹＬ、ＩＲＤｙｅ ＱＣ－１、ＱＳＹ－２１、ＱＳＹ－３５、ＱＳＹ－７、ＱＳＹ－９、カルボキシルリンカー、チオールリンカー、２’デオキシリボヌクレオシドアナログプリン、２’デオキシリボヌクレオシドアナログピリミジン、リボヌクレオシドアナログ、２’－Ｏ－メチルリボヌクレオシドアナログ、糖修飾アナログ、ゆらぎ／ユニバーサル塩基、蛍光色素標識、２’フルオロＲＮＡ、２’Ｏ－メチルＲＮＡ、メチルホスホナート、ホスホジエステルＤＮＡ、ホスホジエステルＲＮＡ、ホスホチオエートＤＮＡ、ホスホロチオエートＲＮＡ、ＵＮＡ、ＬＮＡ、ｃＥｔ、プソイドウリジン－５’－トリホスフェート、５－メチルシチジン－５’－トリホスフェート、２－Ｏ－メチル３’ホスホロチオエートまたはそれらの組み合わせ。
場合によっては、修飾は、恒常的なものであり得る。他の場合には、修飾は、一過性のものであり得る。場合によっては、複数の修飾がオリゴヌクレオチドになされる。オリゴヌクレオチドの修飾は、ヌクレオチドの生理化学的特性を変更し得、その生理化学的特性は、ヌクレオチドのコンフォメーション、極性、疎水性、化学反応性、塩基対形成相互作用、またはそれらの任意の組み合わせ等である。
化学修飾は、ホスホロチオエート置換でもあり得る。場合によっては、天然のホスホジエステル結合は、細胞ヌクレアーゼによる急速な分解に感受性があり得、ホスホロチオエート（ＰＳ）結合置換を用いてヌクレオチド間結合を修飾することで、細胞分解による加水分解に対してより安定になり得る。修飾により、ポリ核酸の安定性が増加し得る。修飾により、生物活性も高まり得る。場合によっては、ホスホロチオエートで強化されたＲＮＡポリ核酸は、ＲＮアーゼＡ、ＲＮアーゼＴ１、仔ウシ血清ヌクレアーゼ、またはそれらの任意の組み合わせを阻害し得る。これらの特性により、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏでヌクレアーゼに曝露される可能性が高い用途における使用対象のＰＳ－ＲＮＡポリ核酸の使用が可能になり得る。例えば、ホスホロチオエート（ＰＳ）結合は、ポリ核酸の５’－末端または３’－末端の最後の３～５ヌクレオチド間に導入され得、このことによって、エキソヌクレアーゼ分解が阻害され得る。場合によっては、ホスホロチオエート結合をポリ核酸の全体にわたって付加して、エンドヌクレアーゼによる攻撃を低減させることができる。
いくつかの例では、ガイド安定性、合成、局在化、細胞内保持、または半減期の延長を強化するための化学修飾は、遺伝学的にコード化できない場合がある。オリゴヌクレオチドは、環状であるか、実質的に環状であるか、そうでなければ近接した様式で連結され（例えば、輪状に配置され得る）、また、オリゴヌクレオチドは、環状ではない可能性があるかまたは輪状ではない可能性がある、実質的に類似したオリゴヌクレオチドと実質的に類似した二次構造も保持し得る。
リン酸骨格の修飾
いくつかの実施形態において、化学修飾は、ホスホジエステル骨格結合における非連結リン酸酸素の一方もしくは両方の修飾、またはホスホジエステル骨格結合における１つ以上の連結リン酸酸素の修飾を含む。本明細書で使用される場合、「アルキル」は、直鎖または分枝鎖である飽和炭化水素基を指す。アルキル基の例としては、メチル（Ｍｅ）、エチル（Ｅｔ）、プロピル（例えば、ｎ－プロピルもしくはイソプロピル）、ブチル（例えば、ｎ－ブチル、イソブチル、もしくはｔ－ブチル）、またはペンチル（例えば、ｎ－ペンチル、イソペンチル、もしくはネオペンチル）が挙げられる。アルキル基は、１～約２０、２～約２０、１～約１２、１～約８、１～約６、１～約４、または１～約３個の炭素原子を含有し得る。本明細書で使用される場合、「アリール」は、単環式または多環式（例えば、２、３、もしくは４個の縮合環を有する）の芳香族炭化水素を指し、例えば、フェニル、ナフチル、アントラセニル、フェナントレニル、インダニル、またはインデニル等である。いくつかの実施形態において、アリール基は、６～約２０個の炭素原子を有する。本明細書で使用される場合、「アルケニル」は、少なくとも１つの二重結合を含有する脂肪族基を指す。本明細書で使用される場合、「アルキニル」は、２～１２個の炭素原子を含有する直鎖または分岐鎖の炭化水素鎖を指し、１つ以上の三重結合を有することを特徴とする。アルキニル基の例としては、エチニル、プロパルギル、または３－ヘキシニルを挙げることができる。「アリールアルキル」または「アラルキル」は、アルキル水素原子がアリール基で置換されているアルキル部分を指す。
アラルキルには、１つ超の水素原子がアリール基で置換されている基も含まれる。「アリールアルキル」または「アラルキル」の例としては、ベンジル基、２－フェニルエチル基、３－フェニルプロピル基、９－フルオレニル基、ベンズヒドリル基、及びトリチル基が挙げられる。「シクロアルキル」は、３～１２個の炭素を有する、環式、二環式、三環式、または多環式の非芳香族炭化水素基を指す。シクロアルキル部分の例としては、限定されないが、シクロプロピル、シクロペンチル、及びシクロヘキシルが挙げられる。「ヘテロシクリル」は、複素環系の一価ラジカルを指す。代表的なヘテロシクリルとしては、限定されないが、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピロリドニル、ピペリジニル、ピロリニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、及びモルホリニルが挙げられる。「ヘテロアリール」は、芳香族複素環系の一価ラジカルを指す。ヘテロアリール部分の例としては、イミダゾリル、オキサゾリル、チアゾリル、トリアゾリル、ピロリル、フラニル、インドリル、チオフェニル、ピラゾリル、ピリジニル、ピラジニル、ピリダジニル、ピリミジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、キノリル、及びプテリジニルを挙げることができる。
いくつかの実施形態において、化学修飾ヌクレオチドのリン酸基は、１つ以上の酸素を異なる置換基で置換することによって修飾され得る。いくつかの実施形態において、化学修飾ヌクレオチドは、未修飾のリン酸部分を本明細書に記載される修飾リン酸で置換することを含み得る。いくつかの実施形態において、リン酸骨格の修飾は、非荷電リンカーまたは非対称な電荷分布を有する荷電リンカーのいずれかを生じさせる改変を含み得る。修飾リン酸基の例としては、ホスホロチオエート、ホスホノチオアセテート（ｐｈｏｓｐｈｏｎｏｔｈｉｏａｃｅｔａｔｅ）、ホスホロセレナート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｓｅｌｅｎａｔｅ）、ボラノホスフェート、ボラノホスフェートエステル、リン酸水素、ホスホロアミダート、アルキルまたはアリールホスホナート、及びホスホトリエステルを挙げることができる。いくつかの実施形態において、リン酸骨格部分における非架橋リン酸酸素原子の１つは、以下の基のいずれかによって置換され得る：硫黄（Ｓ）、セレン（Ｓｅ）、ＢＲ３（Ｒは、例えば、水素、アルキル、またはアリールであり得る）、Ｃ（例えば、アルキル基、アリール基、及び同様のもの）、Ｈ、ＮＲ２（Ｒは、例えば、水素、アルキル、もしくはアリールであり得るか、またはＲは、例えば、アルキルもしくはアリールであり得る）。非修飾リン酸基におけるリン原子は、アキラルであり得る。しかしながら、非架橋酸素の１つを上記の原子または原子団の１つで置換すると、リン原子がキラルになり得る。このように修飾されたリン酸基におけるリン原子は、不斉中心である。不斉中心リン原子は、「Ｒ」配置（本明細書ではＲｐ）または「Ｓ」配置（本明細書ではＳｐ）のいずれかを取り得る。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートのＳコンフォメーションまたはホスホロチオエートのＲコンフォメーションを含む、立体化学的に純粋なヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、キラルなホスフェート生成物は、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上超過してジアステレオマーとして存在する。いくつかの実施形態では、キラルなホスフェート生成物は、９５％超でジアステレオマーとして存在する。いくつかの実施形態では、キラルなホスフェート生成物は、９６％超でジアステレオマーとして存在する。いくつかの実施形態では、キラルなホスフェート生成物は、９７％超でジアステレオマーとして存在する。いくつかの実施形態では、キラルなホスフェート生成物は、９８％超でジアステレオマーとして存在する。いくつかの実施形態では、キラルなホスフェート生成物は、９９％超でジアステレオマーとして存在する。いくつかの実施形態において、ホスホロジチオエートの非架橋酸素は、両方とも硫黄で置換され得る。ホスホロジチオエートにおけるリン中心は、オリゴリボヌクレオチドジアステレオマーが形成するのを妨げるアキラルであり得る。いくつかの実施形態において、非架橋酸素の一方または両方に対する修飾は、Ｓ、Ｓｅ、Ｂ、Ｃ、Ｈ、Ｎ、及びＯＲ（Ｒは、例えば、アルキルまたはアリールであり得る）から独立して選択される基での非架橋酸素の置換も含み得る。いくつかの実施形態において、リン酸リンカーは、架橋酸素（すなわち、リン酸をヌクレオシドに連結する酸素）を、窒素で置換すること（架橋ホスホロアミダート）、硫黄で置換すること（架橋ホスホロチオエート）及び炭素で置換すること（架橋メチレンホスホナート）によっても修飾され得る。置換は、連結酸素のいずれか、または両方で起こり得る。
特定の実施形態では、核酸には、連結核酸が含まれる。核酸は、任意の核酸間連結を使用して互いに連結され得る。核酸間連結基のクラスは主に２つあり、リン原子の存在または不在によって定義される。代表的なリン含有核酸間連結基としては、限定されないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホナート、ホスホロアミダート、及びホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）が挙げられる。代表的な非リン含有核酸間連結基としては、限定されないが、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－）、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－Ｓｉ（Ｈ）２－Ｏ－）、及びＮ，Ｎ＊－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３））が挙げられる。特定の実施形態において、キラル原子を有する核酸間連結基、例えばアルキルホスホナート及びホスホロチオエートは、ラセミ混合物として、別々のエナンチオマーとして調製され得る。非天然核酸は、単一の修飾を含有し得る。非天然核酸は、１つの部分内または異なる部分間に複数の修飾を含有し得る。
核酸に対するリン酸骨格の修飾としては、限定されないが、メチルホスホナート、ホスホロチオエート、ホスホロアミダート（架橋または非架橋）、ホスホトリエステル、ホスホロジチオエート、ホスホジチオエート、及びボラノホスフェートが挙げられ、任意の組み合わせで使用され得る。また、他の非リン酸連結が使用されてもよい。
いくつかの実施形態において、骨格修飾（例えばメチルホスホナート、ホスホロチオエート、ホスホロアミダート及びホスホロジチオエートのヌクレオチド間連結）により、修飾核酸に免疫調節活性が付与され得、及び／またはｉｎ ｖｉｖｏでのその安定性が強化され得る。
いくつかの例では、リン誘導体（または修飾リン酸基）は、糖または糖アナログ部分内に付着し、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、アルキルホスホナート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロアミダートまたは同様のものであり得る。
場合によっては、骨格修飾は、ホスホジエステル結合を、陰イオン性基、中性基または陽イオン性基等の代替部分で置換することを含む。このような修飾の例としては、下記のものが挙げられる：陰イオン性ヌクレオシド間連結、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミダート修飾、ボラノホスフェートＤＮＡ、プロオリゴヌクレオチド、メチルホスホナート等の中性ヌクレオシド間連結、アミド連結ＤＮＡ、メチレン（メチルイミノ）連結、ホルムアセタール（ｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）及びチオホルムアセタール（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）連結、スルホニル基含有骨格、モルホリノオリゴ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ならびに正に荷電したグアニジン核酸（ｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃ ｇｕａｎｉｄｉｎｅ）（ＤＮＧ）オリゴ。修飾核酸は、１つ以上の修飾（例えば、ホスホジエステル結合とホスホロチオエート結合との組み合わせ等のリン酸連結の組み合わせ）を含む、キメラ骨格または混合骨格を含み得る。
リン酸に対する置換基としては、例えば、短鎖アルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間連結、混合ヘテロ原子及びアルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間連結、または１つ以上の短鎖ヘテロ原子もしくは複素環式ヌクレオシド間連結が挙げられる。これらには、モルホリノ連結（ヌクレオシドの糖部から部分的に形成される）を有するもの、シロキサン骨格、スルフィド、スルホキシド及びスルホン骨格、ホルムアセチル（ｆｏｒｍａｃｅｔｙｌ）及びチオホルムアセチル（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔｙｌ）骨格、メチレンホルムアセチル（ｍｅｔｈｙｌｅｎｅ ｆｏｒｍａｃｅｔｙｌ）及びチオホルムアセチル（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔｙｌ）骨格、アルケン含有骨格、スルファミン酸骨格、メチレンイミノ及びメチレンヒドラジノ骨格、スルホナート及びスルホンアミド骨格、アミド骨格、ならびにＮ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２構成要素部位を混合して有する他のものが含まれる。ヌクレオチドの糖部分及びリン酸部分の両方が、例えば、アミド型連結（アミノエチルグリシン）で置換され得る（ＰＮＡ）ことも、ヌクレオチド置換基において理解される。また、他の型の分子（コンジュゲート）をヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結させて、例えば、細胞の取込みを強化することも可能である。コンジュゲートは、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに化学的に連結され得る。このようなコンジュゲートとしては、限定されないが、脂質部分（コレステロール部分、チオエーテル（例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール）、チオコレステロール、脂肪族鎖（例えば、ドデカンジオールもしくはウンデシル残基）、リン脂質（例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールもしくはトリエチルアンモニウム１－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－Ｓ－Ｈ－ホスホナート、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖等）、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステリン部分が挙げられる。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、リン酸骨格の修飾を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学的に修飾されたリン酸骨格を含む。リン酸基またはリン酸骨格の例示的な化学修飾としては、異なる置換基による１つ以上の酸素の置換を挙げることができる。さらに、オリゴヌクレオチド中に存在する修飾ヌクレオチドには、本明細書に記載される修飾リン酸での非修飾リン酸部分の置換が含まれ得る。いくつかの実施形態において、リン酸骨格の修飾は、非荷電リンカーまたは非対称な電荷分布を有する荷電リンカーのいずれかを生じさせる改変を含み得る。例示的な修飾リン酸基としては、ホスホロチオエート、ホスホノチオアセテート（ｐｈｏｓｐｈｏｎｏｔｈｉｏａｃｅｔａｔｅ）、ホスホロセレナート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｓｅｌｅｎａｔｅ）、ボラノホスフェート、ボラノホスフェートエステル、リン酸水素、ホスホロアミダート、アルキルまたはアリールホスホナート、及びホスホトリエステルを挙げることができる。いくつかの実施形態において、リン酸骨格部分における非架橋リン酸酸素原子の１つは、以下の基のいずれかによって置換され得る：硫黄（Ｓ）、セレン（Ｓｅ）、ＢＲ３（Ｒは、例えば、水素、アルキル、またはアリールであり得る）、Ｃ（例えば、アルキル基、アリール基、及び同様のもの）、Ｈ、ＮＲ２（Ｒは、例えば、水素、アルキル、もしくはアリールであり得る）、またはＯＲ（Ｒは、例えば、アルキルもしくはアリールであり得る）。非修飾リン酸基におけるリン原子は、アキラルである。しかしながら、非架橋酸素の１つを上記の原子または原子群の１つで置換すると、リン原子がキラルになり得る。すなわち、このように修飾されたリン酸基におけるリン原子は、不斉中心である。不斉中心リン原子は、「Ｒ」配置（本明細書ではＲｐ）または「Ｓ」配置（本明細書ではＳｐ）のいずれかを取り得る。このような場合、化学修飾オリゴヌクレオチドは、立体化学的に純粋（例えば、ＳコンフォメーションまたはＲコンフォメーション）であり得る。場合によっては、化学修飾オリゴヌクレオチドは、立体化学的に純粋なリン酸修飾を含む。例えば、化学修飾オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートのＳコンフォメーションまたはホスホロチオエートのＲコンフォメーションを含む。
ホスホロジチオエートは、非架橋酸素の両方が硫黄で置換されている。ホスホロジチオエートにおけるリン中心は、オリゴリボヌクレオチドジアステレオマーが形成するのを妨げるアキラルである。いくつかの実施形態において、非架橋酸素の一方または両方に対する修飾は、Ｓ、Ｓｅ、Ｂ、Ｃ、Ｈ、Ｎ、及びＯＲ（Ｒは、例えば、アルキルまたはアリールであり得る）から独立して選択される基での非架橋酸素の置換も含み得る。
リン酸リンカーは、架橋酸素（すなわち、リン酸をヌクレオシドに連結する酸素）を、窒素で置換すること（架橋ホスホロアミダート）、硫黄で置換すること（架橋ホスホロチオエート）及び炭素で置換すること（架橋メチレンホスホナート）によっても修飾され得る。置換は、連結酸素のいずれか、または連結酸素の両方で起こり得る。
リン酸部分の置換
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのリン酸基は、化学的に修飾され得る。いくつかの実施形態において、リン酸基は、リンを含有しない連結体によって置換され得る。いくつかの実施形態において、リン酸部分は、デホスホリンカーによって置換され得る。いくつかの実施形態において、荷電リン酸基は、中性基で置換され得る。場合によっては、リン酸基は、メチルホスホナート、ヒドロキシルアミノ、シロキサン、カルボナート、カルボキシメチル、カルバメート、アミド、チオエーテル、エチレンオキシドリンカー、スルホナート、スルホンアミド、チオホルムアセタール（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、ホルムアセタール（ｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ及びメチレンオキシメチルイミノによって置換され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるヌクレオチドアナログもまた、リン酸基において修飾され得る。修飾リン酸基には、２つのヌクレオチド間の連結における、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルホスホナートならびに３’－アルキレンホスホナート及びキラルホスホナートを含む他のアルキルホスホナート、ホスフィナート、ホスホロアミダート（例えば、３’－アミノホスホロアミダート及びアミノアルキルホスホロアミダート）、チオノホスホロアミダート、チオノアルキルホスホナート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートでの修飾が含まれ得る。２つのヌクレオチド間のリン酸連結または修飾リン酸連結は、３’－５’連結または２’－５’連結を経由し得、当該連結には、３’－５’から５’－３’、または２’－５’から５’－２’等の方向性の反転が含有される。
リン酸基の置換
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、リン酸基の置換による修飾を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、リン酸基の代替または置換を含む、少なくとも１つの化学修飾を含む。例示的なリン酸基置換としては、リンを含有しない連結体を挙げることができる。いくつかの実施形態において、リン酸基の代替または置換は、中性部分による荷電リン酸基の置換を含み得る。リン酸基を置換し得る例示的な部分としては、メチルホスホナート、ヒドロキシルアミノ、シロキサン、カルボナート、カルボキシメチル、カルバメート、アミド、チオエーテル、エチレンオキシドリンカー、スルホナート、スルホンアミド、チオホルムアセタール（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、ホルムアセタール（ｆｏｒｍａｃｅｔａｌ）、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ及びメチレンオキシメチルイミノを挙げることができる。
リボースリン酸（ｒｉｂｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格の修飾
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、オリゴヌクレオチドのリボースリン酸（ｒｉｂｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格を修飾することを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学的に修飾されたリボースリン酸（ｒｉｂｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格を含む。化学的に修飾されたリボースリン酸（ｒｉｂｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格の例としては、核酸を模倣し得るスキャフォールドを挙げることができ、当該スキャフォールドでは、リン酸リンカー及びリボース糖が、ヌクレアーゼ耐性ヌクレオシドまたはヌクレオチドサロゲートで置換されている。いくつかの実施形態において、核酸塩基は、サロゲート骨格によって結びつけられ得る。例として、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）等のモルホリノ、シクロブチル、ピロリジン及びペプチド核酸（ＰＮＡ）ヌクレオシドサロゲートを挙げることができる。
糖の修飾
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、糖の修飾を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学的に修飾された糖を含む。例示的な化学修飾糖は、多数の異なる「オキシ」または「デオキシ」置換基で修飾または置換された２’ヒドロキシル基（ＯＨ）を含み得る。いくつかの実施形態において、２’ヒドロキシル基に対する修飾により、もはやヒドロキシルは脱プロトン化されて２’－アルコキシドイオンを形成することができないので、核酸の安定性が強化され得る。２’－アルコキシドは、リンカーリン原子に対する分子内求核攻撃によって分解を触媒し得る。「オキシ」－２’ヒドロキシル基修飾の例としては、アルコキシまたはアリールオキシ（ＯＲ、ここで「Ｒ」は、例えば、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリールまたは糖であり得る）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎＣＨ２ＣＨ２ＯＲ（ここでＲは、例えば、Ｈまたは任意選択で置換されているアルキルであり得、ｎは、０～２０の整数（例えば、０～４、０～８、０～１０、０～１６、１～４、１～８、１～１０、１～１６、１～２０、２～４、２～８、２～１０、２～１６、２～２０、４～８、４～１０、４～１６、及び４～２０）であり得る）を挙げることができる。いくつかの実施形態において、「オキシ」－２’ヒドロキシル基修飾としては、ＬＮＡ（この場合、２’ヒドロキシルは、例えば、Ｃｉ－６アルキレンまたはＣｊ－６ヘテロアルキレン架橋によって、同じリボース糖の４’炭素に接続され得る。例示的な架橋としては、メチレン、プロピレン、エーテル、またはアミノ架橋を挙げることができる）、Ｏ－アミノ（ここでアミノは、例えば、ＮＨ２（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、もしくはジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、またはポリアミノ）であり得る）及びアミノアルコキシ、Ｏ（ＣＨ２）ｎ－アミノ（ここでアミノは、例えば、ＮＨ２（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、もしくはジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、またはポリアミノ）であり得る）を挙げることができる。いくつかの実施形態において、「オキシ」－２’ヒドロキシル基修飾としては、メトキシエチル基（ＭＯＥ）、（ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、例えば、ＰＥＧ誘導体）を挙げることができる。場合によっては、デオキシ修飾としては、水素（すなわち、デオキシリボース糖、例えば、部分的ｄｓＲＮＡのオーバーハング部分）、ハロ（例えば、ブロモ、クロロ、フルオロ、またはヨード）、アミノ（ここでアミノは、例えば、ＮＨ２（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、またはアミノ酸）であり得る）、ＮＨ（ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ）ｎＣＨ２ＣＨ２－アミノ（ここでアミノは、例えば、本明細書に記載されるものであり得る）、ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ（ここでＲは、例えば、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリールまたは糖であり得る）、シアノ、メルカプト、アルキル－チオ－アルキル、チオアルコキシ、ならびに任意選択で、例えば、本明細書に記載されるアミノで置換され得るアルキル、シクロアルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルを挙げることができる。いくつかの例では、糖基はまた、リボースにおける対応する炭素の立体化学的配置とは反対の立体化学的配置を有する、１つ以上の炭素を含有し得る。したがって、修飾核酸は、例えば、糖としてアラビノースを含有するヌクレオチドを含み得る。ヌクレオチド「モノマー」は、糖のΓ位にアルファ結合、例えば、アルファ－ヌクレオシドを有し得る。修飾核酸はまた、Ｃ－で核酸塩基を欠く「脱塩基」糖も含み得る。また、脱塩基糖は、糖構成原子の１つ以上においてさらに修飾され得る。修飾核酸はまた、１つ以上のＬ型の糖、例えば、Ｌ－ヌクレオシドも含み得る。いくつかの態様において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、酸素を有する５員環のリボース糖基を含む。例示的な修飾ヌクレオシド及び修飾ヌクレオチドには、リボースにおける酸素の置換（例えば、硫黄（Ｓ）、セレン（Ｓｅ）、またはアルキレン（例えば、メチレンもしくはエチレン等）での置換）、二重結合の付加（例えば、シクロペンテニルまたはシクロヘキセニルでリボースを置換するため）、リボースの環縮小（例えば、シクロブタンまたはオキセタンの４員環を形成するため）、リボースの環拡大（例えば、アンヒドロヘキシトール、アルトリトール、マンニトール、シクロヘキサニル、シクロヘキセニル、及びホスホロアミダート骨格も有するモルホリノ等、追加の炭素もしくはヘテロ原子を有する６員環または７員環を形成するため）が含まれ得る。いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチドには、多環式形態（例えば、トリシクロ）、ならびにグリコール核酸（ＧＮＡ）（例えば、Ｒ－ＧＮＡまたはＳ－ＧＮＡ、ここでリボースは、ホスホジエステル結合に付着するグリコールユニットで置換される）、トレオース核酸等の「非固定」形態が含まれ得る。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの糖の修飾は、ロックド核酸（ＬＮＡ）、非固定核酸（ＵＮＡ）、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、ｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖、または架橋型核酸（ＢＮＡ）を含むようにオリゴヌクレオチドを修飾することを含む。
リボース糖構成成分の修飾
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、リボース糖構成成分の化学修飾を少なくとも１つ含む。いくつかの実施形態において、リボース糖構成成分の化学修飾としては、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－フルオロ、２’－アミノエチル、２’－デオキシ－２’－フルオロアラビノ核酸、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－メチル、３’－ホスホロチオエート、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）、３’－ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、または３’－ホスホノチオアセテート（ｐｈｏｓｐｈｏｎｏｔｈｉｏａｃｅｔａｔｅ）（チオＰＡＣＥ）を挙げることができる。いくつかの実施形態において、リボース糖構成成分の化学修飾には、非天然核酸が含まれる。いくつかの例では、非天然核酸は、５’－ＣＨ２－置換２’－Ｏ－保護ヌクレオシド等、糖環の５’位及び２’位での修飾を含む。場合によっては、非天然核酸は、オリゴヌクレオチドへの組み込みのために調製されているアミド連結ヌクレオシドダイマーを含み、当該ダイマーの３’連結ヌクレオシド（５’から３’）は、２’－ＯＣＨ３及び５’－（Ｓ）－ＣＨ３を含む。非天然核酸は、２’－置換５’－ＣＨ２（またはＯ）修飾ヌクレオシドを含み得る。非天然核酸は、５’－メチレンホスホナートＤＮＡ及びＲＮＡモノマー、ならびにダイマーを含み得る。非天然核酸は、２’－置換を有する５’－ホスホナートモノマー及び他の修飾５’－ホスホナートモノマーを含み得る。非天然核酸は、５’－修飾メチレンホスホナートモノマーを含み得る。非天然核酸は、５’位及び／または６’位にヒドロキシル基を含む、５’または６’－ホスホナートリボヌクレオシドアナログを含み得る。非天然核酸は、５’－リン酸基を有する、５’－ホスホナートデオキシリボヌクレオシドモノマー及びダイマーを含み得る。非天然核酸は、６’－ホスホナート基を有するヌクレオシドを含み得、５’位または／及び６’位は、非置換か、またはチオ－ｔｅｒｔ－ブチル基（ＳＣ（ＣＨ３）３）（及びそのアナログ）、メチレンアミノ基（ＣＨ２ＮＨ２）（及びそのアナログ）もしくはシアノ基（ＣＮ）（及びそのアナログ）で置換されている。
いくつかの実施形態において、非天然核酸は、糖部分の修飾も含む。場合によっては、核酸は、糖基が修飾されている１つ以上のヌクレオシドを含有する。このような糖修飾ヌクレオシドは、ヌクレアーゼ安定性の強化、結合親和性の向上、またはいくつかの他の有益な生物学的特性を付与し得る。特定の実施形態において、核酸は、化学的に修飾されたリボフラノース環部分を含む。化学的に修飾されたリボフラノース環の例としては、限定されないが、置換基（５’及び／または２’置換基を含む）の付加、二環式核酸を形成するための２つの環原子の架橋、Ｓ、Ｎ（Ｒ）、またはＣ（Ｒ１）（Ｒ２）（Ｒ＝Ｈ、Ｃ１－Ｃ１２アルキルまたは保護基）でのリボシル環酸素原子の置換、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの例では、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、修飾された糖または糖アナログを含む。したがって、リボース及びデオキシリボースに加えて、糖部分は、ペントース、デオキシペントース、ヘキソース、デオキシヘキソース、グルコース、アラビノース、キシロース、リキソース、または糖「アナログ」シクロペンチル基であり得る。糖は、ピラノシル形態またはフラノシル形態であり得る。糖部分は、リボース、デオキシリボース、アラビノースまたは２’－Ｏ－アルキルリボースのフラノシドであり得、糖は、［アルファ］または［ベータ］アノマー立体配置のいずれかで、それぞれの複素環塩基に付着し得る。糖修飾としては、限定されないが、２’－アルコキシ－ＲＮＡアナログ、２’－アミノ－ＲＮＡアナログ、２’－フルオロ－ＤＮＡ、及び２’－アルコキシ－またはアミノ－ＲＮＡ／ＤＮＡキメラが挙げられる。例えば、糖修飾には、２’－Ｏ－メチル－ウリジンまたは２’－Ｏ－メチル－シチジンが含まれ得る。糖修飾には、２’－Ｏ－アルキル置換デオキシリボヌクレオシド及び２’－Ｏ－エチレングリコール様リボヌクレオシドが含まれる。
糖部分に対する修飾には、リボース及びデオキシリボースの天然修飾ならびに非天然修飾が含まれる。糖修飾としては、限定されないが、２’位における以下の修飾：ＯＨ、Ｆ、Ｏ－アルキル、Ｓ－アルキル、もしくはＮ－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、もしくはＮ－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、もしくはＮ－アルキニル、またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキルが挙げられ、当該アルキル、アルケニル及びアルキニルは、置換または非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキルもしくはＣ２～Ｃ１０アルケニル及びアルキニルであり得る。２’糖修飾としては、限定されないが、－Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、及び－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２も挙げられ、ｎ及びｍは、１～約１０である。２’位における他の化学修飾としては、限定されないが、Ｃ１～Ｃ１０低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリル、アラルキル、Ｏ－アルカリル、Ｏ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善する基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改善する基、及び同様の特性を有する他の置換基が挙げられる。同様の修飾が、糖における他の位置で、特に、３’末端ヌクレオチドまたは２’－５’連結オリゴヌクレオチドにおける糖の３’位、及び５’末端ヌクレオチドの５’位でもなされ得る。化学的に修飾された糖としては、ＣＨ２及びＳ等、架橋環酸素における修飾を含有するものも挙げられる。ヌクレオチド糖アナログは、ペントフラノシル糖の代わりに、シクロブチル部分等の糖模倣物も有し得る。修飾された糖部分を有する核酸の例としては、限定されないが、５’－ビニル、５’－メチル（ＲまたはＳ）、４’－Ｓ、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３、及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３置換基を含む核酸が挙げられる。２’位における置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ－アリル、Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２－Ｏ－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、及びＯ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）からも選択することができ、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキルである。
特定の実施形態では、本明細書に記載される核酸は、１つ以上の二環式核酸を含む。このような特定の実施形態では、二環式核酸は、４’リボシル環原子と２’リボシル環原子との間の架橋を含む。特定の実施形態では、本明細書で提供される核酸は１つ以上の二環式核酸を含み、架橋により、４’から２’の二環式核酸が構成される。このような４’から２’の二環式核酸の例としては、限定されないが、下記の式のうちの１つが挙げられる：４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’（ＬＮＡ）、４’－（ＣＨ２）－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（ＥＮＡ）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’及び４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’、ならびにそれらのアナログ、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びそのアナログ。
ヌクレオチドの塩基における修飾
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、ヌクレオチドの塩基（例えば、核酸塩基）の修飾を含む。例示的な核酸塩基としては、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）を挙げることができる。これらの核酸塩基は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドにおいて修飾または置換され得る。ヌクレオチドの核酸塩基は、プリン、ピリミジン、プリンアナログまたはピリミジンアナログから独立して選択され得る。いくつかの実施形態において、核酸塩基は、天然起源の塩基または合成の塩基誘導体であり得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、ウラシルの修飾を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学的に修飾されたウラシルを含む。例示的な化学修飾ウラシルとしては、プソイドウリジン、ピリジン－４－オンリボヌクレオシド、５－アザ－ウリジン、６－アザ－ウリジン、２－チオ－５－アザ－ウリジン、２－チオ－ウリジン、４－チオ－ウリジン、４－チオ－プソイドウリジン、２－チオ－プソイドウリジン、５－ヒドロキシ－ウリジン、５－アミノアリル－ウリジン、５－ハロ－ウリジン（例えば、５－ヨード－ウリジンまたは５－ブロモ－ウリジン）、３－メチル－ウリジン、５－メトキシ－ウリジン、ウリジン５－オキシ酢酸、ウリジン５－オキシ酢酸メチルエステル、５－カルボキシメチル－ウリジン、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、５－カルボキシヒドロキシメチル－ウリジン、５－カルボキシヒドロキシメチル－ウリジンメチルエステル、５－メトキシカルボニルメチル－ウリジン、５－メトキシカルボニルメチル－２－チオ－ウリジン、５－アミノメチル－２－チオ－ウリジン、５－メチルアミノメチル－ウリジン、５－メチルアミノメチル－２－チオ－ウリジン、５－メチルアミノメチル－２－セレノ－ウリジン、５－カルバモイルメチル－ウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチル－ウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオ－ウリジン、５－プロピニル－ウリジン、１－プロピニル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－ウリジン、１－タウリノメチル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－２－チオ－ウリジン、１－タウリノメチル－４－チオ－プソイドウリジン、５－メチル－ウリジン、１－メチル－プソイドウリジン、５－メチル－２－チオ－ウリジン、１－メチル－４－チオ－プソイドウリジン、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、３－メチル－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、５－メチル－ジヒドロウリジン、２－チオ－ジヒドロウリジン、２－チオ－ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシ－ウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジン、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン、３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン、１－メチル－３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピルプソイドウリジン、５－（イソペンテニルアミノメチル）ウリジン、５－（イソペンテニルアミノメチル）－２－チオ－ウリジン、ａ－チオ－ウリジン、２’－Ｏ－メチル－ウリジン、５，２’－Ｏ－ジメチル－ウリジン、２’－Ｏ－メチル－プソイドウリジン、２－チオ－２’－Ｏ－メチル－ウリジン、５－メトキシカルボニルメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン、５－カルバモイルメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン、３，２’－Ｏ－ジメチル－ウリジン、５－（イソペンテニルアミノメチル）－２’－Ｏ－メチル－ウリジン、１－チオ－ウリジン、デオキシチミジン、２’－Ｆ－ａｒａ－ウリジン、２’－Ｆ－ウリジン、２’－ＯＨ－ａｒａ－ウリジン、５－（２－カルボメトキシビニル）ウリジン、５－［３－（１－Ｅ－プロペニルアミノ）ウリジン、ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン、キサンチン、及びヒポキサンチンを挙げることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、シトシンの修飾を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学的に修飾されたシトシンを含む。例示的な化学修飾シトシンとしては、５－アザ－シチジン、６－アザ－シチジン、プソイドイソシチジン、３－メチル－シチジン、Ｎ４－アセチル－シチジン、５－ホルミル－シチジン、Ｎ４－メチル－シチジン、５－メチル－シチジン、５－ハロ－シチジン、５－ヒドロキシメチル－シチジン、１－メチル－プソイドイソシチジン、ピロロ－シチジン、ピロロ－プソイドイソシチジン、２－チオ－シチジン、２－チオ－５－メチル－シチジン、４－チオ－プソイドイソシチジン、４－チオ－１－メチル－プソイドイソシチジン、４－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドイソシチジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドイソシチジン、ゼブラリン、５－アザ－ゼブラリン、５－メチル－ゼブラリン、５－アザ－２－チオ－ゼブラリン、２－チオ－ゼブラリン、２－メトキシ－シチジン、２－メトキシ－５－メチル－シチジン、４－メトキシ－プソイドイソシチジン、４－メトキシ－１－メチル－プソイドイソシチジン、リシジン、ａ－チオ－シチジン、２’－Ｏ－メチル－シチジン、５，２’－Ｏ－ジメチル－シチジン、Ｎ４－アセチル－２’－Ｏ－メチル－シチジン、Ｎ４，２’－Ｏ－ジメチル－シチジン、５－ホルミル－２’－Ｏ－メチル－シチジン、Ｎ４，Ｎ４，２’－Ｏ－トリメチル－シチジン、１－チオ－シチジン、２’－Ｆ－ａｒａ－シチジン、２’－Ｆ－シチジン、及び２’－ＯＨ－ａｒａ－シチジンを挙げることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、アデニンの修飾を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学的に修飾されたアデニンを含む。例示的な化学修飾アデニンとしては、２－アミノ－プリン、２，６－ジアミノプリン、２－アミノ－６－ハロ－プリン（例えば、２－アミノ－６－クロロ－プリン）、６－ハロ－プリン（例えば、６－クロロ－プリン）、２－アミノ－６－メチル－プリン、８－アジド－アデノシン、７－デアザ－アデニン、７－デアザ－８－アザ－アデニン、７－デアザ－２－アミノ－プリン、７－デアザ－８－アザ－２－アミノ－プリン、７－デアザ－２，６－ジアミノプリン、７－デアザ－８－アザ－２，６－ジアミノプリン、１－メチル－アデノシン、２－メチル－アデニン、Ｎ６－メチル－アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－メチル－アデノシン、Ｎ６－イソペンテニル－アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニル－アデノシン、Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、Ｎ６－グリシニルカルバモイル（ｇｌｙｃｉｎｙｌｃａｒｂａｍｏｙｌ）－アデノシン、Ｎ６－スレオニルカルバモイル－アデノシン、Ｎ６－メチル－Ｎ６－スレオニルカルバモイル－アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－スレオニルカルバモイル－アデノシン、Ｎ６，Ｎ６－ジメチル－アデノシン、Ｎ６－ヒドロキシノルバリルカルバモイル－アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－ヒドロキシノルバリルカルバモイル－アデノシン、Ｎ６－アセチル－アデノシン、７－メチル－アデニン、２－メチルチオ－アデニン、２－メトキシ－アデニン、ａ－チオ－アデノシン、２’－Ｏ－メチル－アデノシン、Ｎ６－２’－Ｏ－ジメチル－アデノシン、Ｎ６－メチル－２’－デオキシアデノシン、Ｎ６，Ｎ６，２’－Ｏ－トリメチル－アデノシン、１，２’－Ｏ－ジメチル－アデノシン、２’－Ｏ－リボシルアデノシン（ホスフェート）（Ａｒ（ｐ））、２－アミノ－Ｎ６－メチル－プリン、１－チオ－アデノシン、８－アジド－アデノシン、２’－Ｆ－ａｒａ－アデノシン、２’－Ｆ－アデノシン、２’－ＯＨ－ａｒａ－アデノシン、及びＮ６－（１９－アミノ－ペンタオキサノナデシル（ｐｅｎｔａｏｘａｎｏｎａｄｅｃｙｌ））－アデノシンを挙げることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾は、グアニンの修飾を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学的に修飾されたグアニンを含む。例示的な化学修飾グアニンとしては、イノシン、１－メチル－イノシン、ワイオシン、メチルワイオシン、４－デメチル－ワイオシン、イソワイオシン、ワイブトシン、ペルオキシワイブトシン、ヒドロキシワイブトシン、修飾を受けたヒドロキシワイブトシン、７－デアザ－グアノシン、キューオシン、エポキシキューオシン、ガラクトシル－キューオシン、マンノシル－キューオシン、７－シアノ－７－デアザ－グアノシン、７－アミノメチル－７－デアザ－グアノシン、アーケオシン、７－デアザ－８－アザ－グアノシン、６－チオ－グアノシン、６－チオ－７－デアザ－グアノシン、６－チオ－７－デアザ－８－アザ－グアノシン、７－メチル－グアノシン、６－チオ－７－メチル－グアノシン、７－メチル－イノシン、６－メトキシ－グアノシン、１－メチル－グアノシン、Ｎ２－メチル－グアノシン、Ｎ２，Ｎ２－ジメチル－グアノシン、Ｎ２，７－ジメチル－グアノシン、Ｎ２，Ｎ２，７－ジメチル－グアノシン、８－オキソ－グアノシン、７－メチル－８－オキソ－グアノシン、１－メチルチオ－グアノシン、Ｎ２－メチル－６－チオ－グアノシン、Ｎ２，Ｎ２－ジメチル－６－チオ－グアノシン、ａ－チオ－グアノシン、２’－Ｏ－メチル－グアノシン、Ｎ２－メチル－２’－Ｏ－メチル－グアノシン、Ｎ２，Ｎ２－ジメチル－２’－Ｏ－メチル－グアノシン、１－メチル－２’－Ｏ－メチル－グアノシン、Ｎ２，７－ジメチル－２’－Ｏ－メチル－グアノシン、２’－Ｏ－メチル－イノシン、１，２’－Ｏ－ジメチル－イノシン、６－Ｏ－フェニル－２’－デオキシイノシン、２’－Ｏ－リボシルグアノシン、１－チオ－グアノシン、６－Ｏ－メチルグアノシン、Ｏ６－メチル－２’－デオキシグアノシン、２’－Ｆ－ａｒａ－グアノシン、及び２’－Ｆ－グアノシンを挙げることができる。
場合によっては、オリゴヌクレオチドの化学修飾は、オリゴヌクレオチドへの核酸アナログまたは非天然核酸の導入または置換を含み得る。いくつかの実施形態において、核酸アナログは、本明細書に記載される化学修飾核酸のいずれか１つであり得る。それらは全て、参照によりそれらの全体が明示的に組み込まれる。本明細書に記載される化学修飾ヌクレオチドは、グアノシン、ウリジン、アデノシン、チミジン、及びシトシンのバリアントを含み得、例えば、アセチル化、メチル化、ヒドロキシル化によって化学的に変化している、任意の天然起源または非天然起源のグアノシン、ウリジン、アデノシン、チミジンまたはシチジンを含む。例示的な化学修飾ヌクレオチドとしては、１－メチル－アデノシン、１－メチル－グアノシン、１－メチル－イノシン、２，２－ジメチル－グアノシン、２，６－ジアミノプリン、２’－アミノ－２’－デオキシアデノシン、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン、２’－アミノ－２’－デオキシグアノシン、２’－アミノ－２’－デオキシウリジン、２－アミノ－６－クロロプリンリボシド、２－アミノプリン－リボシド、２’－ａｒａアデノシン、２’－ａｒａシチジン、２’－ａｒａウリジン、２’－アジド－２’－デオキシアデノシン、２’－アジド－２’－デオキシシチジン、２’－アジド－２’－デオキシグアノシン、２’－アジド－２’－デオキシウリジン、２－クロロアデノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン、２’－フルオロチミジン、２－メチル－アデノシン、２－メチル－グアノシン、２－メチル－チオ－Ｎ６－イソペンテニル－アデノシン、２’－Ｏ－メチル－２－アミノアデノシン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシアデノシン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシシチジン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシグアノシン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシウリジン、２’－Ｏ－メチル－５－メチルウリジン、２’－Ｏ－メチルイノシン、２’－Ｏ－メチルプソイドウリジン、２－チオシチジン、２－チオ－シチジン、３－メチル－シチジン、４－アセチル－シチジン、４－チオウリジン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）－ウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、５－アミノアリルシチジン、５－アミノアリル－デオキシウリジン、５－ブロモウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオ－ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－ウラシル、５－クロロ－ａｒａ－シトシン、５－フルオロ－ウリジン、５－ヨードウリジン、５－メトキシカルボニルメチル－ウリジン、５－メトキシ－ウリジン、５－メチル－２－チオ－ウリジン、６－アザシチジン、６－アザウリジン、６－クロロ－７－デアザ－グアノシン、６－クロロプリンリボシド、６－メルカプト－グアノシン、６－メチル－メルカプトプリン－リボシド、７－デアザ－２’－デオキシ－グアノシン、７－デアザアデノシン、７－メチル－グアノシン、８－アザアデノシン、８－ブロモ－アデノシン、８－ブロモ－グアノシン、８－メルカプト－グアノシン、８－オキソグアノシン、ベンズイミダゾール－リボシド、ベータ－Ｄ－マンノシル－キューオシン、ジヒドロ－ウリジン、イノシン、Ｎ１－メチルアデノシン、Ｎ６－（［６－アミノヘキシル］カルバモイルメチル）－アデノシン、Ｎ６－イソペンテニル－アデノシン、Ｎ６－メチル－アデノシン、Ｎ７－メチル－キサントシン、Ｎ－ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ピューロマイシン、キューオシン、ウラシル－５－オキシ酢酸、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ワイブトキソシン、キサントシン、及びキシロ－アデノシンを挙げることができる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾核酸は、２－アミノ－６－クロロプリンリボシド－５’－トリホスフェート、２－アミノプリン－リボシド－５’－トリホスフェート、２－アミノアデノシン－５’－トリホスフェート、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン－トリホスフェート、２－チオシチジン－５’－トリホスフェート、２－チオウリジン－５’－トリホスフェート、２’－フルオロチミジン－５’－トリホスフェート、２’－Ｏ－メチル－イノシン－５’－トリホスフェート、４－チオウリジン－５’－トリホスフェート、５－アミノアリルシチジン－５’－トリホスフェート、５－アミノアリルウリジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモシチジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモウリジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモ－２’－デオキシシチジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモ－２’－デオキシウリジン－５’－トリホスフェート、５－ヨードシチジン－５’－トリホスフェート、５－ヨード－２’－デオキシシチジン－５’－トリホスフェート、５－ヨードウリジン－５’－トリホスフェート、５－ヨード－２’－デオキシウリジン－５’－トリホスフェート、５－メチルシチジン－５’－トリホスフェート、５－メチルウリジン－５’－トリホスフェート、５－プロピニル－２’－デオキシシチジン－５’－トリホスフェート、５－プロピニル－２’－デオキシウリジン－５’－トリホスフェート、６－アザシチジン－５’－トリホスフェート、６－アザウリジン－５’－トリホスフェート、６－クロロプリンリボシド－５’－トリホスフェート、７－デアザアデノシン－５’－トリホスフェート、７－デアザグアノシン－５’－トリホスフェート、８－アザアデノシン－５’－トリホスフェート、８－アジドアデノシン－５’－トリホスフェート、ベンズイミダゾール－リボシド－５’－トリホスフェート、Ｎ１－メチルアデノシン－５’－トリホスフェート、Ｎ１－メチルグアノシン－５’－トリホスフェート、Ｎ６－メチルアデノシン－５’－トリホスフェート、６－メチルグアノシン－５’－トリホスフェート、プソイドウリジン－５’－トリホスフェート、ピューロマイシン－５’－トリホスフェート、またはキサントシン－５’－トリホスフェートから選択される少なくとも１つの化学修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾核酸は、ピリジン－４－オンリボヌクレオシド、５－アザ－ウリジン、２－チオ－５－アザ－ウリジン、２－チオウリジン、４－チオ－プソイドウリジン、２－チオ－プソイドウリジン、５－ヒドロキシウリジン、３－メチルウリジン、５－カルボキシメチル－ウリジン、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、５－プロピニル－ウリジン、１－プロピニル－プソイドウリジン、５－タウリノメチルウリジン、１－タウリノメチル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－２－チオ－ウリジン、１－タウリノメチル－４－チオ－ウリジン、５－メチル－ウリジン、１－メチル－プソイドウリジン、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、２－チオ－ジヒドロウリジン、２－チオ－ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、及び４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジンから選択される少なくとも１つの化学修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される人工核酸は、５－アザ－シチジン、プソイドイソシチジン、３－メチル－シチジン、Ｎ４－アセチルシチジン、５－ホルミルシチジン、Ｎ４－メチルシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、１－メチル－プソイドイソシチジン、ピロロ－シチジン、ピロロ－プソイドイソシチジン、２－チオ－シチジン、２－チオ－５－メチル－シチジン、４－チオ－プソイドイソシチジン、４－チオ－１－メチル－プソイドイソシチジン、４－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドイソシチジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドイソシチジン、ゼブラリン、５－アザ－ゼブラリン、５－メチル－ゼブラリン、５－アザ－２－チオ－ゼブラリン、２－チオ－ゼブラリン、２－メトキシ－シチジン、２－メトキシ－５－メチル－シチジン、４－メトキシ－プソイドイソシチジン、及び４－メトキシ－１－メチル－プソイドイソシチジンから選択される少なくとも１つの化学修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される化学修飾核酸は、２－アミノプリン、２，６－ジアミノプリン、７－デアザ－アデニン、７－デアザ－８－アザ－アデニン、７－デアザ－２－アミノプリン、７－デアザ－８－アザ－２－アミノプリン、７－デアザ－２，６－ジアミノプリン、７－デアザ－８－アザ－２，６－ジアミノプリン、１－メチルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、Ｎ６－グリシニルカルバモイルアデノシン（ｇｌｙｃｉｎｙｌｃａｒｂａｍｏｙｌａｄｅｎｏｓｉｎｅ）、Ｎ６－スレオニルカルバモイルアデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－スレオニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６－ジメチルアデノシン、７－メチルアデニン、２－メチルチオ－アデニン、及び２－メトキシ－アデニンから選択される少なくとも１つの化学修飾ヌクレオチドを含む。他の実施形態において、本明細書に記載される化学修飾核酸は、イノシン、１－メチル－イノシン、ワイオシン、ワイブトシン、７－デアザ－グアノシン、７－デアザ－８－アザ－グアノシン、６－チオ－グアノシン、６－チオ－７－デアザ－グアノシン、６－チオ－７－デアザ－８－アザ－グアノシン、７－メチル－グアノシン、６－チオ－７－メチル－グアノシン、７－メチルイノシン、６－メトキシ－グアノシン、１－メチルグアノシン、Ｎ２－メチルグアノシン、Ｎ２，Ｎ２－ジメチルグアノシン、８－オキソ－グアノシン、７－メチル－８－オキソ－グアノシン、１－メチル－６－チオ－グアノシン、Ｎ２－メチル－６－チオ－グアノシン、及びＮ２，Ｎ２－ジメチル－６－チオ－グアノシンから選択される少なくとも１つの化学修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化学修飾核酸は、６－アザ－シチジン、２－チオ－シチジン、アルファ－チオ－シチジン、プソイド－イソ－シチジン、５－アミノアリル－ウリジン、５－ヨード－ウリジン、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、アルファ－チオ－ウリジン、４－チオ－ウリジン、６－アザ－ウリジン、５－ヒドロキシ－ウリジン、デオキシ－チミジン、５－メチル－ウリジン、ピロロ－シチジン、イノシン、アルファ－チオ－グアノシン、６－メチル－グアノシン、５－メチル－シチジン、８－オキソ－グアノシン、７－デアザ－グアノシン、Ｎ１－メチル－アデノシン、２－アミノ－６－クロロ－プリン、Ｎ６－メチル－２－アミノ－プリン、プソイド－イソ－シチジン、６－クロロ－プリン、Ｎ６－メチル－アデノシン、アルファ－チオ－アデノシン、８－アジド－アデノシン、７－デアザ－アデノシンから選択される少なくとも１つの化学修飾ヌクレオチドを含む。
非天然核酸の修飾塩基としては、限定されないが、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、２－アミノアデニン－９－イル、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンならびにグアニンの６－メチル誘導体及び他のアルキル誘導体、アデニンならびにグアニンの２－プロピル誘導体及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニルウラシル及びシトシン、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（プソイドウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換アデニンならびにグアニン、５－ハロ特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換ウラシルならびにシトシン、７－メチルグアニン及び７－メチルアデニン、８－アザグアニン及び８－アザアデニン、７－デアザグアニン及び７－デアザアデニンならびに３－デアザグアニン及び３－デアザアデニンが挙げられる。ある種の非天然核酸は、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジンならびにＮ－２置換プリン、Ｎ－６置換プリン、Ｏ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、５－メチルシトシン、二重鎖形成の安定性を高めるもの、ユニバーサル核酸、疎水性核酸、乱交雑核酸、サイズ拡張核酸、フッ素化核酸、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル及び５－プロピニルシトシンを含む、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジンならびにＮ－２置換プリン、Ｎ－６置換プリン、及びＯ－６置換プリン、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンならびにグアニンの６－メチル及び他のアルキル誘導体、アデニンならびにグアニンの２－プロピル及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル、５－ハロシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、ピリミジン核酸の他のアルキニル誘導体、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－ウラシル（プソイドウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換アデニンならびにグアニン、５－ハロ特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換ウラシルならびにシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノ－アデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン（［５，４－ｂ］［１，４］ベンゾキサジン－２（３Ｈ）－オン）、フェノチアジンシチジン（１Ｈ－ピリミド［５，４－ｂ］［１，４］ベンゾチアジン－２（３Ｈ）－オン）、Ｇ－クランプ、フェノキサジンシチジン（例えば、９－（２－アミノエトキシ）－Ｈ－ピリミド［５，４－ｂ］［１，４］ベンゾキサジン－２（３Ｈ）－オン）、カルバゾールシチジン（２Ｈ－ピリミド［４，５－ｂ］インドール－２－オン）、ピリドインドールシチジン（Ｈ－ピリド［３’，２’：４，５］ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン－２－オン）、プリン塩基またはピリミジン塩基が他の複素環で置換されているもの、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、アザシトシン、５－ブロモシトシン、ブロモウラシル、５－クロロシトシン、塩素化シトシン、シクロシトシン、シトシンアラビノシド、５－フルオロシトシン、フルオロピリミジン、フルオロウラシル、５，６－ジヒドロシトシン、５－ヨードシトシン、ヒドロキシ尿素、ヨードウラシル、５－ニトロシトシン、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－フルオロウラシル、及び５－ヨードウラシル、２－アミノ－アデニン、６－チオ－グアニン、２－チオ－チミン、４－チオ－チミン、５－プロピニル－ウラシル、４－チオ－ウラシル、Ｎ４－エチルシトシン、７－デアザグアニン、７－デアザ－８―アザグアニン、５－ヒドロキシシトシン、２’－デオキシウリジン、または２－アミノ－２’－デオキシアデノシン等である。
場合によっては、少なくとも１つの化学修飾は、オリゴヌクレオチドの５’キャップまたは３’テール等の５’末端または３’末端の化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、例えば、本明細書に記載される修飾ヌクレオチドの１つ以上を組み込むことにより分解に対して安定化され得る３’ヌクレオチドを含む、化学修飾を含む。本実施形態において、ウリジンは、修飾ウリジン、例えば、５－（２－アミノ）プロピルウリジン及び５－ブロモウリジンで置換され得るか、または本明細書に記載される修飾ウリジンのいずれかで置換され得、アデノシン及びグアノシンは、修飾アデノシン及びグアノシン、例えば、８位での修飾体（例えば、８－ブロモグアノシン）で置換され得るか、または本明細書に記載される修飾アデノシンもしくはグアノシンのいずれかで置換され得る。いくつかの実施形態において、デアザヌクレオチド（例えば、７－デアザ－アデノシン）が、ｇＲＮＡに組み込まれ得る。いくつかの実施形態において、Ｏ－アルキル化ヌクレオチド及びＮ－アルキル化ヌクレオチド（例えば、Ｎ６－メチルアデノシン）が、ｇＲＮＡに組み込まれ得る。いくつかの実施形態において、糖修飾リボヌクレオチドが組み込まれ得、例えば、２’ＯＨ基は、Ｈ、－ＯＲ、－Ｒ（ここでＲは、例えば、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリールまたは糖であり得る）、ハロ、－ＳＨ、－ＳＲ（ここでＲは、例えば、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリールまたは糖であり得る）、アミノ（ここでアミノは、例えば、ＮＨ２（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、もしくはアミノ酸）であり得る）、またはシアノ（－ＣＮ）から選択される基により置換される。いくつかの実施形態において、リン酸骨格は、本明細書に記載されるように、例えば、ホスホチオエート基で修飾され得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡのオーバーハング領域におけるヌクレオチドは、各々が独立して修飾ヌクレオチドまたは非修飾ヌクレオチドであり得、修飾ヌクレオチドとしては、限定されないが、２’－糖修飾、例えば、２－Ｆ ２’－Ｏ－メチル、チミジン（Ｔ）、２’－Ｏ－メトキシエチル－５－メチルウリジン（Ｔｅｏ）、２’－Ｏ－メトキシエチルアデノシン（Ａｅｏ）、２’－Ｏ－メトキシエチル－５－メチルシチジン（ｍ５Ｃｅｏ）、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、標的ＲＮＡに結合すると、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、標的ＲＮＡの発現を減少させる内在性ヌクレアーゼをより特異的にリクルートする。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上、標的ＲＮＡの発現を減少させる内在性ヌクレアーゼをより特異的にリクルートする。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、加水分解による分解に対する耐性が増強している。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上、加水分解による分解に対して耐性がある。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、ヌクレアーゼ消化作用による分解に対する耐性が増強している。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上、ヌクレアーゼ消化作用による分解に対して耐性がある。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、より低い免疫原性を誘導する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上、免疫原性を誘導する可能性が低い。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドと比較して、より弱い自然免疫応答を誘導する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドにより誘導される自然免疫応答と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上、自然免疫応答を誘導する可能性が低い。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、標的ＲＮＡに接触した場合、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドにより誘導される標的ＲＮＡのオフターゲット調節と比較して、標的ＲＮＡのオフターゲット調節を誘導する可能性が低い。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むオリゴヌクレオチドと同一の核酸配列を共有するが化学修飾を有しないオリゴヌクレオチドにより誘導されるオフターゲット調節と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上、オフターゲット調節を誘導する可能性が低い。
送達方法
本明細書では、いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを細胞に送達する方法が記載される。いくつかの実施形態において、本方法は、オリゴヌクレオチドを直接または間接的に細胞に送達することを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、本明細書に記載される組成物またはオリゴヌクレオチドを細胞と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、本明細書に記載される組成物またはオリゴヌクレオチドを細胞内で発現させることを含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターは、本明細書に記載されるトランスフェクション方法のいずれかを介して細胞内に送達され得る。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、発現ベクターの使用を介して細胞内に送達され得る。発現ベクターという面に関して、ベクターは、当該技術分野における任意の方法によって、本明細書に記載される細胞内に容易に導入され得る。例えば、発現ベクターは、物理的、化学的、または生物学的手段によって細胞内に移入され得る。
オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターを細胞内に導入するための物理的方法としては、リン酸カルシウム沈澱、リポフェクション、微粒子銃、マイクロインジェクション、遺伝子銃、エレクトロポレーション、及び同様のものを挙げることができる。ベクター及び／または外因性核酸を含む細胞を生成する方法は、本明細書の方法に適切なものである。オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターを宿主細胞内に導入する方法の１つは、リン酸カルシウムトランスフェクションである。
オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターを細胞内に導入するための化学的手段としては、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、及び脂質ベースの系（水中油型エマルション、ミセル、混合ミセル、球状核酸（ＳＮＡ）、リポソーム、または脂質ナノ粒子を含む）等のコロイド分散系を挙げることができる。ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏで送達媒体として使用するための例示的なコロイド系は、リポソーム（例えば、人工膜小胞）である。標的化ナノ粒子または他の適切なサブミクロンサイズの送達系を用いたオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターの送達等、核酸を標的へ送達する他の最先端の方法が利用できる。
非ウイルス送達系が利用される場合、例示的な送達媒体はリポソームである。オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターを（ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで）細胞内へ導入するために、脂質製剤の使用が企図される。別の態様において、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターは、脂質と会合し得る。いくつかの実施形態において、脂質と会合するオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターは、リポソームの水性内部に包埋される、リポソームの脂質二重層内で散在する、リポソーム及びオリゴヌクレオチドの両方に会合する連結分子を介してリポソームに付着する、リポソーム内に封入される、リポソームと複合化する、脂質含有溶液中で分散する、脂質と混合される、脂質と組み合わされる、懸濁液として脂質中に包含される、ミセルに包含されるかもしくはミセルと複合化する、または他の方法で脂質と会合する。脂質、脂質／ＤＮＡまたは脂質／発現ベクター関連組成物は、溶液中で任意の特定の構造に限定されない。例えば、いくつかの実施形態おいて、それらは二重層構造で存在するか、ミセルとして存在するか、または「崩壊」構造を伴って存在する。あるいは、それらは単に溶液中で散在し、サイズまたは形状が均一でない凝集物を形成する場合がある。いくつかの実施形態において、脂質は、天然起源の脂質または合成脂質である脂肪性物質である。例えば、脂質としては、細胞質中に天然に存在する脂肪滴、ならびに長鎖脂肪族炭化水素及びその誘導体（脂肪酸、アルコール、アミン、アミノアルコール、及びアルデヒド等）を含有する化合物類が挙げられる。
使用に適した脂質は、市販のものから得られる。クロロホルムまたはクロロホルム／メタノール中の脂質原液は、多くの場合、約－２０℃で保管される。クロロホルムは、メタノールよりも容易に蒸発するため、専ら溶媒として用いられる。「リポソーム」とは、閉鎖脂質二重層または凝集物の生成によって形成される、種々の単層及び多重層の脂質媒体を包含する総称である。リポソームは、多くの場合、リン脂質二重層膜及び内部水性媒質を伴う小胞構造を有するものとして特徴づけられる。多重層リポソームは、水性媒質によって分離された複数の脂質層を有する。それらは、リン脂質を過剰量の水溶液中に懸濁させると自発的に形成される。脂質成分は、自己再構成を経て閉鎖構造を形成し、水及び溶解した溶質を脂質二重層間に封入する。しかしながら、通常の小胞構造とは異なる溶液中の構造を有する組成物も包含される。例えば、いくつかの実施形態において、脂質はミセル構造を装うか、または単に脂質分子の不均一性凝集物として存在する。また、リポフェクタミン－核酸複合体も企図される。
場合によっては、非ウイルス送達法には、リポフェクション、ヌクレオフェクション、マイクロインジェクション、微粒子銃、ビロソーム、リポソーム、免疫リポソーム、エクソソーム、ポリカチオンもしくは脂質：カーゴコンジュゲート（または凝集体）、むき出しのポリペプチド（例えば、組換えポリペプチド）、むき出しのＤＮＡ、人工ビリオン、及びポリペプチドまたはＤＮＡの薬剤強化型取り込みが含まれる。いくつかの実施形態において、送達方法には、本明細書に記載される組成物またはオリゴヌクレオチドを、天然ポリマーまたは合成材料等の少なくとも１つのポリマーとコンジュゲートさせるかまたはそれらに包埋することが含まれる。ポリマーは、生体適合性または生分解性であり得る。適切な生体適合性、生分解性合成ポリマーの非限定的な例としては、脂肪族ポリエステル、ポリ（アミノ酸）、コポリ（エーテル－エステル）、シュウ酸ポリアルキレン、ポリアミド、ポリ（イミノカルボナート）、ポリオルトエステル、ポリオキサエステル、ポリアミドエステル、アミン基を含有するポリオキサエステル、及びポリ（無水物）を挙げることができる。このような合成ポリマーは、複数の異なるモノマー（例えば、乳酸、ラクチド、グリコール酸、グリコリド、イプシロン－カプロラクトン、トリメチレンカーボネート、ｐ－ジオキサノンなどの２つ以上）のホモポリマーまたはコポリマー（例えば、ランダム、ブロック、セグメント化、グラフト）であり得る。一例では、スキャフォールドは、グリコール酸及び乳酸を含むポリマーで構成され、グリコール酸と乳酸の比が９０／１０または５／９５のもの等であり得る。天然起源の生体適合性、生分解性ポリマーの非限定的な例としては、糖タンパク質、プロテオグリカン、多糖類、グリコサミノグリカン（ＧＡＧ）及びこれらの成分に由来する断片（複数可）、エラスチン、ラミニン、デコリン、フィブリノーゲン／フィブリン、フィブロネクチン、オステオポンチン、テネイシン、ヒアルロン酸、コラーゲン、コンドロイチン硫酸、ヘパリン、ヘパラン硫酸、ＯＲＣ、カルボキシメチルセルロース、及びキチンを挙げることができる。
場合によっては、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターは、パッケージ化され、細胞外小胞を介して細胞に送達され得る。細胞外小胞は、任意の膜結合粒子であり得る。いくつかの実施態様において、細胞外小胞は、少なくとも１つの細胞によって分泌される任意の膜結合粒子であり得る。いくつかの例では、細胞外小胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで合成された任意の膜結合粒子であり得る。いくつかの例では、細胞外小胞は、細胞を用いずに合成された任意の膜結合粒子であり得る。場合によっては、細胞外小胞は、エクソソーム、マイクロベシクル、レトロウイルス様粒子、アポトーシス小体、アポプトソーム、オンコソーム、エクソファー、エンベロープウイルス、エクソメア、または他の超大型細胞外小胞であり得る。
場合によっては、最初にオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターを同種細胞内または自己細胞内に導入することによって生成したトランスジェニック細胞を使用して、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをコードするベクターを、それを必要とする対象に投与することができる。場合によっては、細胞が単離され得る。いくつかの実施形態において、細胞が対象から単離され得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、コンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、当該オリゴヌクレオチドの５’末端において、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、当該オリゴヌクレオチドの３’末端において、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、当該オリゴヌクレオチドの任意の核酸残基において、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーとコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされたペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、治療効果を付与する。例えば、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされたペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、細胞傷害性薬剤またはがんを処置するための薬剤であり得る。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされたペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、内在性核酸に対するオリゴヌクレオチドの結合効率を増加させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされたペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、特定の型の細胞（例えば、がん細胞など）に対する標的特異性をオリゴヌクレオチドに付与する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされたペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏでの安定性をオリゴヌクレオチドに付与する。例えば、オリゴヌクレオチドは、免疫原性または分解を低下させるために、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）またはエンドソーム溶解薬とコンジュゲートされ得る。いくつかの実施形態において、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、オリゴヌクレオチドが細胞に入るのを容易にするために、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、細胞内でのオリゴヌクレオチドの放出を容易にするために、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされたペプチド、抗体、脂質、炭水化物、またはポリマーは、細胞を標的化するための少なくとも１つの標的化部分を含む。標的化部分の非限定的な例には、シグナル伝達ペプチド、ケモカイン、ケモカインレセプター、接着分子、抗原、または抗体が含まれる。
オリゴヌクレオチドをペプチド、抗体、脂質、またはポリマーにコンジュゲートさせるためのリンカーは、生体分子を結びつける任意のリンカーであり得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるリンカーは、切断可能なリンカーまたは切断不可能なリンカーである。いくつかの例では、リンカーは、切断可能なリンカーである。他の例では、リンカーは、切断不可能なリンカーである。場合によっては、リンカーは、非ポリマーリンカーである。非ポリマーリンカーとは、重合プロセスによって生成したモノマーの繰り返し単位を含有しないリンカーを指す。いくつかの実施形態において、リンカーは、ペプチド部分を含む。いくつかの例では、ペプチド部分は、少なくとも２、３、４、５、または６個以上のアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、安息香酸基またはその誘導体を含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、ＤＮＡリンカー等の核酸リンカーを含み得る。このような場合、ペプチド、抗体、脂質、またはポリマーは、核酸リンカーの一端にコンジュゲートされ得るか、または核酸リンカーの核酸塩基対の間に挿入され得る。いくつかの実施形態において、リンカーは、ペプチドリンカーであり得る。ペプチドリンカーは、可撓性（例えば、ポリグリシンリンカー）または剛性（例えば、ＥＡＡＡＫ反復リンカー、配列番号３５５０２）であり得る。いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーは、切断され得る（例えば、ジスルフィド結合）。いくつかの実施形態において、リンカーは、ＰＥＧ、ポリ乳酸（ＰＬＡ）、またはポリアクリル酸（ＰＡＡ）等のポリマーを含む。
処置方法
本明細書では、いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物を含む組成物でがん細胞を処置すること、またはその組成物とがん細胞とを接触させることによって、がん細胞におけるＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質またはｍＲＮＡの発現を低減させ、それによって、がん細胞におけるＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路を調節する方法が開示される。また、本明細書では、いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物の治療有効量を対象に投与することによって、それを必要とする対象を処置する方法が開示される。いくつかの実施形態において、本方法は、疾患または病態を処置するための併用療法として、少なくとも１つの追加の活性成分を投与することを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、対象における遺伝子発現またはシグナル伝達経路発現を調節することによって対象を処置する方法である。いくつかの実施形態において、本方法は、内在性核酸（例えば、内在性ｍＲＮＡ）を、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドと接触させることによって、遺伝子発現を減少させることを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡまたはＳＯＳ２ ｍＲＮＡを、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドと接触させることによって、対象における、またはがん細胞における、ＳＯＳ１、ＳＯＳ２、またはＳＯＳ１とＳＯＳ２との組み合わせを減少させることを含み、ｍＲＮＡに対するオリゴヌクレオチドの結合により、ｍＲＮＡを分解する内在性ヌクレアーゼがリクルートされる。いくつかの実施形態において、本方法は、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路等のシグナル伝達経路の発現を減少させることを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路における遺伝子発現または当該伝達経路の活性を低下させることを含む。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、対象に単独で投与され得る（例えば、単独処置）。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、追加の薬剤（例えば、本明細書に記載される活性成分）と併せて投与される。場合によっては、本明細書で使用される追加の薬剤は、単独で投与される。オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物及び追加の薬剤は、共にまたは逐次的に投与され得る。追加の薬剤の非限定的な例には、Ｎ－（２－（４－（４－ビス（２－クロロエチル）アミノフェニル）ブチリル）アミノエチル）－５－（４－アミジノフェニル）－２－フランカルボキサミド塩酸塩、イソチオシアン酸アリル、イソチオシアン酸ベンジル、イソチオシアン酸フェネチル、ベリノスタット、ベルベリン、カスチシン、クリシン、ブファリン、フィセチン、フコイダン、没食子酸、ゲムシタビン、桂枝茯苓丸、ＪＯＴＯ１００７、ケルセチン、ラスフォニン、２，３，７，８－テトラクロロジベンゾジオキシン、トリプトライド、４－ヒドロキシブテノリド、またはそれらの組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの追加の薬剤または成分には、ＫＲＡＳ阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの追加の薬剤または成分には、ＲＡＦ阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの追加の薬剤または成分には、ＭＥＫ阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの追加の薬剤または成分には、ＥＲＫ阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの追加の薬剤または成分には、ＳＨ２阻害剤が含まれる。併用療法は、同日中に行われ得るか、または１日以上、１週以上、１ヶ月以上、もしくは１年以上隔てて行われ得る。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、疾患または病態のための第１選択処置である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、第２選択処置、第３選択処置、または第４選択処置である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０個またはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む。一般に、本明細書に開示される方法は、オリゴヌクレオチド、組成物または医薬組成物を経口投与によって投与することを含む。しかしながら、いくつかの例では、本方法は、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物を腹腔内注射によって投与することを含む。いくつかの例では、本方法は、医薬組成物を肛門座薬の形態で投与することを含む。いくつかの例では、本方法は、オリゴヌクレオチド、組成物または医薬組成物を静脈内（「ｉ．ｖ．」）投与によって投与することを含む。ある場合には、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物が、他の経路（皮下注射、筋肉内注射、皮内注射、経皮注射、経皮投与、鼻腔内投与、リンパ内注射、直腸投与、胃内投与、または任意の他の適切な非経口投与等）によっても投与され得ることが考えられる。いくつかの実施形態では、損傷部位または炎症部位に近い局所送達経路が、全身経路よりも好ましい。治療薬の投与経路、投与量、投与時点、及び投与期間は、調整することができる。いくつかの実施形態において、治療薬は、疾患または病態の急性症状及び慢性症状のいずれか一方、または両方が発症する前、または発症した後に投与される。
対象に投与される適切な用量及び投薬量は、特定のオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物、疾患状態及びその重症度、処置を必要とする対象の独自性（例えば、体重、性別、年齢）を含むがこれらに限定されない因子によって決定され、事態を取り巻く特定の状況（例えば、投与される具体的な薬剤、投与経路、処置される状態、及び処置される対象を含む）に応じて決定され得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物の投与は、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１年、２年、３年、４年、もしくは５年に１回、または１０年に１回である。有効投薬量の範囲は、処置に対する対象の応答に基づいて調整され得る。投与経路によっては、治療薬の有効量を他の投与経路よりも高濃度にする必要が生じるであろう。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物の投与により、対象の生存率が少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、対象の生存率を少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上増加させる用量で投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、対象の生存率を少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上増加させるスケジュールで投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、対象の生存率を少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上増加させる用量及びスケジュールで投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物の投与により、腫瘍の増殖が少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上阻害される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、腫瘍の増殖を少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上阻害する用量で投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、腫瘍の増殖を少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上阻害するスケジュールで投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、腫瘍の増殖を少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上阻害する用量及びスケジュールで投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、腫瘍の増殖を阻害するのに十分な用量で対象に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、腫瘍の増殖を阻害するのに十分なスケジュールで対象に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、腫瘍の増殖を阻害するのに十分な用量及びスケジュールで対象に投与される。
特定の実施形態において、対象の病態が改善しない場合、医師の判断に応じて、対象の疾患または病態の症状を緩和するために、他の場合には、対象の疾患または病態の症状を制御または制限するために、医薬組成物の投与は、慢性的に、すなわち、対象の一生を通じることを含む長期間にわたり行われる。対象の状態が改善される特定の実施形態において、投与される医薬組成物の用量は、一時的に低減され得るか、または一定期間、一時的に中止され得る（すなわち、「休薬（ｄｒｕｇ ｈｏｌｉｄａｙ）」）。ある特定の実施形態では、休薬（ｄｒｕｇ ｈｏｌｉｄａｙ）期間の長さは、２日～１年であり、例を挙げるに過ぎないが、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１０日、１２日、１５日、２０日、２８日、または２８日超である。休薬（ｄｒｕｇ ｈｏｌｉｄａｙ）中の用量低減は、例に過ぎないが、１０％～１００％であり、例を挙げるに過ぎないが、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、及び１００％である。特定の実施形態において、投与される医薬組成物の用量は、一時的に低減され得るか、または一定期間、一時的に中断され得る（すなわち、「休薬（ｄｒｕｇ ｄｉｖｅｒｓｉｏｎ）」）。ある特定の実施形態では、医薬組成物の休薬（ｄｉｖｅｒｓｉｏｎ）期間の長さは、２日～１年であり、例を挙げるに過ぎないが、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１０日、１２日、１５日、２０日、２８日、または２８日超である。医薬組成物の休薬（ｄｉｖｅｒｓｉｏｎ）中の用量低減は、例に過ぎないが、１０％～１００％であり、例を挙げるに過ぎないが、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、及び１００％である。適切な期間が経過した後は、任意選択で通常の投与スケジュールに戻る。
いくつかの実施形態において、対象の病態が一旦改善されると、必要に応じて維持量が投与される。その後、ある特定の実施形態では、投薬量もしくは投与頻度、またはその両方が、症状に応じて、疾患、障害または病態の改善が保持されるレベルにまで低減され得る。しかしながら、特定の実施形態では、症状が少しでも再発することがあれば、長期間を原則にした断続的処置が対象には必要となる。
このような治療レジメンの毒性及び治療効果は、細胞培養または実験動物における標準的な薬学的手順（限定されないが、ＬＤ５０及びＥＤ５０の決定が挙げられる）によって決定される。毒性作用と治療効果との間の用量比は治療指数であり、これはＬＤ５０とＥＤ５０との間の比として表現される。特定の実施形態において、細胞培養アッセイ及び動物試験から得られるデータは、ヒトを含む哺乳動物に用いるための治療上有効な１日投薬量の範囲及び／または治療上有効な単位投薬量を設定する際に使用される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物の１日投薬量は、毒性が最小限のＥＤ５０を含む循環濃度の範囲内にある。特定の実施形態において、１日投薬量の範囲及び／または単位投薬量は、採用される剤形及び利用される投与経路に応じて、この範囲内で変動する。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される疾患または病態は、がんである。いくつかの実施形態において、がんは、ＳＯＳ１に関連する。いくつかの実施形態において、がんは、ＳＯＳ２に関連する。いくつかの実施形態において、がんは、ＫＲＡＳに関連する。いくつかの実施形態において、がんは、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の異常に関連する。いくつかの実施形態において、がんは、肺癌、膵癌、または結腸癌である。他の非限定的ながんの例としては、急性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、腺様嚢胞癌、副腎癌、副腎皮質癌、成人白血病、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、アミロイドーシス、肛門癌、星細胞腫、毛細管拡張性失調症、異型母斑症候群、異型奇形腫／異型横紋筋腫瘍、基底細胞腫、胆管癌、バート・ホッグ・デュベ症候群、膀胱癌、骨癌、脳腫瘍、乳癌、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍（消化管）、原発不明癌、心腫瘍（心臓腫瘍）、子宮頸癌、胆管癌、脊索腫、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ Ｌｅｕｋｅｍｉａ）、慢性骨髄性白血病（Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｍｙｅｌｏｉｄ Ｌｅｕｋｅｍｉａ）、慢性骨髄増殖性新生物、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、管癌、胎児性腫瘍、子宮内膜癌、脳室上衣細胞腫、食道癌、鼻腔神経芽細胞腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外生殖細胞腫瘍、眼腫瘍、卵管癌、骨の繊維性組織球腫、悪性骨肉腫、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛疾患、毛髪様細胞白血病、頭頸部癌、肝細胞癌、ＨＥＲ２陽性乳癌、組織球症、ランゲルハンス細胞、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼内黒色腫、島細胞腫瘍、若年性ポリポーシス症候群、カポジ肉腫、腎臓癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、白血病、口唇及び口腔癌、肝臓癌、小葉癌、肺癌（非小細胞及び小細胞）、リンパ腫、骨の悪性線維性組織球腫及び骨肉腫、悪性神経膠腫、黒色腫、眼内黒色腫、髄膜腫、メルケル細胞癌、中皮腫、悪性転移性癌、原発性潜在性の転移性頸部扁平上皮癌、正中線上癌、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫、形質細胞新生物、菌状息肉症、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性新生物、慢性鼻腔及び副鼻腔癌、鼻咽腔癌、神経芽細胞腫、神経内分泌腫瘍、非ホジキンリンパ腫、口腔癌、口唇及び口腔癌ならびに口腔咽頭癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、卵巣胚細胞腫瘍、膵癌、膵神経内分泌腫瘍、乳頭腫症、傍神経節腫、副鼻腔及び鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、腹膜癌、ポイツ・ジェガーズ症候群、咽頭癌、クロム親和性細胞腫、下垂体腫瘍、形質細胞新生物／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、真性多血症、妊娠中の乳癌、原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性腹膜癌、前立腺癌、直腸癌、再発癌、腎細胞癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫、セザリー症候群、皮膚癌、小腸癌、軟部組織肉腫、固形腫瘍、皮膚の扁平上皮癌、原発性潜在性の頸部扁平上皮癌、転移性胃癌、Ｔ細胞リンパ腫、精巣癌、喉頭癌、胸腺腫、胸腺癌、甲状腺癌、腎盤及び尿管の移行細胞癌、小児期の希少がん、尿管及び腎盤、移行細胞癌、尿道癌、子宮癌（子宮内膜癌）、子宮肉腫、膣癌、血管性腫瘍、外陰癌、ウィルムス腫瘍、またはそれらの組み合わせを挙げることができる。
医薬組成物
本明細書では、いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドまたは組成物を含む医薬組成物が記載される。本明細書で使用される場合、医薬組成物は、医薬組成物と他の化学成分（すなわち、薬学的に許容される不活性成分）との混合物を指し、他の化学成分とは、例えば、担体、賦形剤、結合剤、充填剤、懸濁化剤、香味剤、甘味剤、崩壊剤、分散剤、界面活性剤、滑沢剤、着色剤、希釈剤、可溶化剤、湿潤剤（ｍｏｉｓｔｅｎｉｎｇ ａｇｅｎｔ）、可塑剤、安定剤、浸透増強剤、湿潤剤（ｗｅｔｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ）、消泡剤、抗酸化剤、防腐剤、またはそれらの１つ以上の組み合わせである。任意選択で、組成物は、本明細書で述べた２つ以上の医薬組成物を含む。本明細書で提供される処置方法または使用方法を実践する際には、本明細書に記載される治療有効量の医薬組成物は、処置すべき疾患、障害、または病態（例えば、炎症性疾患、線維化狭窄疾患、及び／または線維性疾患）を有する哺乳動物に、医薬組成物として投与される。いくつかの実施形態において、哺乳動物は、ヒトである。治療有効量は、疾患の重症度、対象の年齢及び相対的健康状態、使用される医薬組成物の効力、及び他の要因に応じて大きく変動し得る。医薬組成物は、単独で使用され得るか、または混合物の成分として１つ以上の医薬組成物と併せて使用され得る。本明細書に記載される医薬組成物は、オリゴヌクレオチド、組成物、オリゴヌクレオチドと接触させた細胞もしくはオリゴヌクレオチドを含む組成物と接触させた細胞、またはそれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物の組成物は、少なくとも１つの活性成分を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドとの併用療法として機能する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、がん治療薬が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路（例えば、ＫＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＥＲＫシグナル伝達経路）の調節因子が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、ＳＯＳの阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、ＳＯＳ１の阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、ＳＯＳ２の阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２の阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの活性成分には、ＳＯＳ１及びＳＯＳ２の両方の阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態において、ＳＯＳの阻害剤は、本明細書に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＳＯＳの阻害剤は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含まない。
本明細書に記載される医薬製剤は、適切な投与経路によって対象に投与され、適切な投与経路としては、限定されないが、静脈内、動脈内、経口、非経口、バッカル、局所、経皮、経直腸、筋肉内、皮下、骨内、経粘膜、吸入、または腹腔内投与経路が挙げられる。本明細書に記載される医薬製剤としては、限定されないが、水性液状分散剤、自己乳化型分散剤、固溶体、リポソーム型分散剤、エアロゾル、固体剤形、散剤、即放性製剤、放出制御製剤、速溶性製剤、錠剤、カプセル剤、丸剤、遅延放出性製剤、徐放性製剤、脈動放出性製剤、多粒子製剤、及び即放性製剤と放出制御製剤との混合製剤が挙げられる。
医薬組成物を含む医薬組成物は、従来の様式（例に過ぎないが、従来の混合、溶解、造粒、糖衣錠形成、微粒子化、乳化、カプセル化、封入または圧縮工程によるもの等）で製造される。
医薬組成物は、少なくとも１つの医薬組成物を、遊離酸形態もしくは遊離塩基形態、または薬学的に許容される塩形態で、活性成分として含み得る。加えて、本明細書に記載される方法及び医薬組成物は、Ｎ－オキシド（適切な場合）、結晶形、非晶相、ならびに同一タイプの活性を有するこれらの化合物の活性代謝産物の使用を含む。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、非溶媒和形態で存在するか、または水、エタノール、及び同様のもの等の薬学的に許容される溶媒との溶媒和形態で存在する。医薬組成物の溶媒和形態も本明細書に開示されているとみなされる。
いくつかの実施形態において、医薬組成物は、互変異性体として存在する。全ての互変異性体が、本明細書に提示される薬剤の範囲内に含まれる。このように、２つの原子の間で、どちらか一方が共有結合を形成するために水素原子を交換することによって、２つの化学化合物が容易に相互変換されることが可能である互変異性現象が、医薬組成物またはその塩で示され得ることを理解されたい。互変異性化合物は互いに可動平衡状態で存在するため、互変異性化合物を同一化合物の異なる異性体形態とみなすことができる。
いくつかの実施形態において、医薬組成物は、エナンチオマー、ジアステレオマー、または他の立体異性形態として存在する。本明細書に開示される薬剤は、全てのエナンチオマー形態、ジアステレオマー形態、及びエピマー形態、ならびにそれらの混合物を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物は、プロドラッグとして調製され得る。「プロドラッグ」とは、ｉｎ ｖｉｖｏで親薬物に変換される薬剤を指す。状況によっては、プロドラッグは、親薬物よりも投与しやすい可能性があるため、しばしば有用である。例えば、プロドラッグでは、経口投与により生体利用可能となり得るが、親薬物ではそうならない。また、プロドラッグでは、医薬組成物における溶解性が親薬物よりも改善されていることもある。限定されないが、プロドラッグの一例は、本明細書に記載される医薬組成物と想定され、これは、エステル（「プロドラッグ」）として投与されて、水溶性が移動に不利な場である細胞膜を横切る送達が促進されるが、次いで、水溶性が有益な場である細胞内に一旦入ると、活性酵素により代謝性に加水分解されてカルボン酸になる。さらなるプロドラッグの一例は、酸性基に結合した短鎖ペプチド（ポリアミノ酸）であり得、このペプチドが代謝されて活性部分が現れる。特定の実施形態において、プロドラッグは、ｉｎ ｖｉｖｏで投与されると、医薬組成物の生物学的、薬学的または治療的に活性な形態に化学的に変換される。特定の実施形態において、プロドラッグは、１つ以上のステップまたはプロセスによって酵素的に代謝されて、医薬組成物の生物学的、薬学的または治療的に活性な形態になる。
医薬組成物のプロドラッグ形態であって、当該プロドラッグがｉｎ ｖｉｖｏで代謝されて、本明細書に示される薬剤が生成する、前記医薬組成物のプロドラッグ形態は、特許請求の範囲内に含まれる。本明細書に記載される医薬組成物のプロドラッグ形態であって、当該プロドラッグがｉｎ ｖｉｖｏで代謝されて、本明細書に示される薬剤が生成する、前記医薬組成物のプロドラッグ形態は、特許請求の範囲内に含まれる。場合によっては、本明細書に記載される医薬組成物のいくつかは、別の誘導体または活性化合物のプロドラッグであり得る。本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、ヒドラゾンがｉｎ ｖｉｖｏで代謝されて、医薬組成物が生成する。
キット
本明細書では、いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物を使用するためのキットが記載される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるキットは、対象の疾患または病態を処置するために使用され得る。いくつかの実施形態において、キットは、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物とは別の材料または構成要素の集合体を含む。いくつかの実施形態において、キットは、疾患または病態の処置に対して適切なオリゴヌクレオチドをアッセイし、選択するための構成要素を含む。いくつかの実施形態において、キットは、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、Ｓｉｍｏａ（ｓｉｎｇｌｅ－ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｒｒａｙ）、ＰＣＲ、またはｑＰＣＲ等のアッセイを実施するための構成要素を含む。キットを構成する構成要素の厳密な性質は、キットが意図する目的に依存する。例えば、いくつかの実施形態は、対象における本明細書に開示される疾患または病態（例えば、がん）を処置する目的で構成される。いくつかの実施形態において、キットは特に、哺乳動物の対象を処置する目的で構成される。いくつかの実施形態において、キットは特に、ヒト対象を処置する目的で構成される。
キットには使用説明書が含まれ得る。いくつかの実施形態において、キットは、組成物の投与を必要とする対象に対するその投与のための説明書を含む。いくつかの実施形態において、キットは、オリゴヌクレオチドをさらに操作するための説明書を含む。いくつかの実施形態において、キットは、保管または輸送中に凍結保存または凍結乾燥されている可能性があるオリゴヌクレオチドを解凍するための説明書、あるいはその他の様式でその生物活性を回復するための説明書を含む。いくつかの実施形態において、キットは、それが意図する目的に対する有効性（例えば、対象を処置するために使用される場合の治療有効性）を測定するための説明書を含む。
任意選択で、キットは、希釈剤、緩衝剤、薬学的に許容される担体、シリンジ、カテーテル、アプリケーター、ピペットもしくは測定用具、包帯材料または他の有用な道具等の他の有用な構成要素も含有する。キットにまとめられた材料または構成要素は、それらの実施可能性及び有用性を保つ、任意の便宜的かつ適切な方法で保管され、実務担当者に提供され得る。例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、または医薬組成物は、溶解形態、無水形態、または凍結乾燥形態であり得る。構成要素は、通常、適切な包装材（複数可）に包まれる。
絶対的用語または経時的用語、例えば、「することになる」、「しないことになる」、「するものとする」、「しないものとする」、「しなければならない」、「してはならない」、「第１に」、「最初に」、「次に」、「続いて」、「前に」、「後に」、「最後に」、及び「最終的に」の使用は、本明細書に開示される本実施形態の範囲の限定を意味するものではなく、例示的なものである。
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈により別途明示されない限り、複数形を同様に含むように意図される。さらに、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「有する（ｗｉｔｈ）」またはそれらの変形が、発明を実施するための形態及び／または特許請求の範囲のいずれかで使用される限りにおいて、かかる用語は、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と同様の様式で包括的であるように意図される。
本明細書で使用される場合、語句「少なくとも１つ」、「１つ以上」、及び「及び／または」は、作用において接続的かつ離接的なオープンエンド表現である。例えば、「Ａ、Ｂ及びＣのうちの少なくとも１つ」、「Ａ、Ｂ、またはＣのうちの少なくとも１つ」、「Ａ、Ｂ、及びＣのうちの１つ以上」、「Ａ、Ｂ、またはＣのうちの１つ以上」及び「Ａ、Ｂ、及び／またはＣ」という表現の各々は、Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、Ａ及びＢ共に、Ａ及びＣ共に、Ｂ及びＣ共に、または、Ａ、Ｂ及びＣ共に、を意味する。
本明細書で使用される場合、「または」は、「及び」、「または」、または「及び／または」を指し得、排他的かつ包括的に使用され得る。例えば、用語「ＡまたはＢ」は、「ＡまたはＢ」、「ＢではなくＡ」、「ＡではなくＢ」、及び「Ａ及びＢ」を指し得る。場合によっては、文脈により特定の意味が定まり得る。
本明細書に記載される任意のシステム、方法、ソフトウェア、及びプラットフォームは、モジュール式である。したがって、「第１」及び「第２」等の用語は、優先順位、重要性の順序、または行為の順序を必ずしも意味するものではない。
数または数の範囲に言及する際、用語「約」は、言及される数または数の範囲が、実験に基づく変動の範囲内（または統計的実験誤差以内）の近似であり、当該数または数の範囲が、記載される数または数の範囲の例えば１％～１５％で変動し得ることを意味する。例として、用語「約」は、記載される数または値の±１０％を指す。
本明細書において、用語「増加した」、「増加する」、または「増加」は、一般的に、統計学的に有意な量の増加を意味するように使用される。いくつかの態様において、用語「増加した」、または「増加」は、基準レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、基準レベル、標準、または対照と比較して、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の増加、もしくは最大１００％（１００％を含む）の増加、または１０～１００％の間のあらゆる増加を意味する。他の「増加」の例としては、基準レベルと比較して、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍またはそれ以上の増加が挙げられる。
本明細書において、用語「減少した」、「減少する」、または「減少」は、一般的に、統計学的に有意な量の減少を意味するように使用される。いくつかの態様において、「減少した」または「減少」は、基準レベルと比較して少なくとも１０％の低下、例えば、基準レベルと比較して、少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の減少、もしくは最大１００％（１００％を含む）の減少（例えば、基準レベルと比較してレベルが不在または検出不可能）、または１０～１００％の間のあらゆる減少を意味する。マーカーまたは症状という面に関して、これらの用語は、かかるレベルの統計学的に有意な減少を意味するものである。例えば、減少は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％またはそれ以上であり得、好ましくは、所与の疾患を有しない個人にとって正常範囲内として受け入れられるレベルまで下がることである。
本明細書では、本発明の好ましい実施形態を示し、記載してきたが、かかる実施形態は例として提供されたものに過ぎないことが、当業者には明らかであろう。本発明が、本明細書内で提供される特定の例によって限定されることは、意図されない。本発明は、前述の明細書によって説明されているが、本明細書における実施形態の記載及び例は、限定的な意味で解釈されることを意味するものではない。当業者であれば、本発明から逸脱することなく、多くの変形、変更、及び代用が想到されるであろう。さらに、本発明の全ての態様は、様々な条件及び変数に依存する、本明細書に示される特定の叙述、構成または相対的割合に限定されないことが理解されるものとする。本発明の実施に際し、本明細書に記載される本発明の実施形態には、様々な代替形態が採用され得ることが理解されるべきである。したがって、本発明はまた、かかる代替形態、修正形態、変形形態または均等物のいずれもを網羅するものとして企図される。特許請求の範囲は本発明の範囲を規定するものであり、この特許請求の範囲に含まれる方法及び構造ならびにそれらの均等物がそれによって網羅されることが意図される。
実施形態
実施形態１．セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物。
実施形態２．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、前記ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合する、実施形態１に記載の組成物。
実施形態３．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、実施形態１または実施形態２に記載の組成物。
実施形態４．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号７５１、８６９～８７４、９６６、１０３８、１０８５～１０８６、１３７８～１３７９、１９３７～１９４８、２０１８～２０２３、２４８３～２４９１、２５６９～２５７５、２８０５～２８０６、２９６９～２９７１、３１０１～３１０２、３２７８～３２８０、３５１０、３５５４～３５６２、５１４０～５１４１、１０７５１、１０８６９～１０８７４、１０９６６、１１０３８、１１０８５～１１０８６、１１３７８～１１３７９、１１９３７～１１９４８、１２０１８～１２０２３、１２４８３～１２４９１、１２５６９～１２５７５、１２８０５～１２８０６、１２９６９～１２９７１、１３１０１～１３１０２、１３２７８～１３２８０、１３５１０、１３５５４～１３５６２、または１５１４０～１５１４１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、実施形態１～３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、前記ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合する、実施形態１に記載の組成物。
実施形態６．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号２０００１～２５４９４または３０００１～３５４９４のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、実施形態１または実施形態５に記載の組成物。
実施形態７．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１２～３０個のヌクレオチドの長さで構成される、実施形態１～６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態８．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップセグメント及びウイングセグメントを含む、実施形態１～７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態９．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントを含む、実施形態８に記載の組成物。
実施形態１０．前記５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントの各々は、３連結ヌクレオチドである、実施形態９に記載の組成物。
実施形態１１．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む、実施形態１～１０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１２．前記少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）もしくはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態１１に記載の組成物。
実施形態１３．前記少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジチオエート結合を含む、実施形態１１に記載の組成物。
実施形態１４．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）またはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖を含む、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１５．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる、実施形態１～１４のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１６．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リンカーを介して、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる、実施形態１５に記載の組成物。
実施形態１７．前記組成物は、前記ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、前記ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１８．前記組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、実施形態１～１７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態１９．前記組成物は、賦形剤をさらに含む、実施形態１～１８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態２０．前記組成物は、非経口投与用または鼻腔投与用に製剤化される、実施形態１～１８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態２１．ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の調節を必要とするがん細胞におけるその調節方法であって、セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物で前記がん細胞を処理し、それによって、前記がん細胞におけるＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現を低減させること、を含む前記方法。
実施形態２２．前記がん細胞は、肺癌細胞、膵癌細胞、または結腸癌細胞である、実施形態２１に記載の方法。
実施形態２３．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号１～８８４７または配列番号１０００１～１８８４７のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、実施形態２１～２２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号７５１、８６９～８７４、９６６、１０３８、１０８５～１０８６、１３７８～１３７９、１９３７～１９４８、２０１８～２０２３、２４８３～２４９１、２５６９～２５７５、２８０５～２８０６、２９６９～２９７１、３１０１～３１０２、３２７８～３２８０、３５１０、３５５４～３５６２、５１４０～５１４１、１０７５１、１０８６９～１０８７４、１０９６６、１１０３８、１１０８５～１１０８６、１１３７８～１１３７９、１１９３７～１１９４８、１２０１８～１２０２３、１２４８３～１２４９１、１２５６９～１２５７５、１２８０５～１２８０６、１２９６９～１２９７１、１３１０１～１３１０２、１３２７８～１３２８０、１３５１０、１３５５４～１３５６２、または１５１４０～１５１４１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、実施形態２１～２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号２０００１～２５４９４または３０００１～３５４９４のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、実施形態２１～２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６．前記組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、前記ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む、実施形態２１～２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７．前記組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、実施形態２１～２６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８．前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む、実施形態２１～２７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２９．前記少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖もしくはエチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態２１～２８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３０．前記ＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現は、前記処理後に少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％低減される、実施形態２１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３１．がんの処置を必要とする対象におけるその処置方法であって、実施形態１～２０のいずれか１つに記載の組成物を前記対象に投与し、それによって、前記対象における前記がんを処置すること、を含む前記方法。
実施形態３２．前記がんは、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の異常に関連する、実施形態３１に記載の方法。
実施形態３３．前記がんは、肺癌、膵癌、または結腸癌である、実施形態３１に記載の方法。
実施形態３４．前記組成物は、前記対象の生存率を少なくとも５％増加させるのに十分な用量及びスケジュールで前記対象に投与される、実施形態３１に記載の方法。
実施形態３５．前記組成物は、前記腫瘍の増殖を阻害するのに十分な用量及びスケジュールで前記対象に投与される、実施形態３１に記載の方法。
以下の例示的な実施例は、本明細書に記載される刺激作用、システム、及び方法の実施形態を代表するものであり、いかなる形であれ限定することを意味するものではない。
実施例１．ＳＯＳ発現の調節
細胞培養条件及びｉｎ ｖｉｔｒｏトランスフェクション
Ａ５４９細胞及びＭＲＣ－５細胞を、ダルベッコ変法イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で維持し、Ｈ４６０、Ｈ１５７、Ｈ１２９９、及びＨ２３を、ＲＰＭＩ－１６４０中で増殖させた。培地に１０％ウシ胎児血清、１００Ｕ／ｍｌペニシリン及び１００Ｕ／ｍｌストレプトマイシン（Ｐｅｎ－ｓｔｒｅｐ、またはＰＳ）を補充し、細胞を、５％ ＣＯ２を含有する加湿インキュベーター内で３７℃にてインキュベートした。アンチセンス処理に向けて、前日に細胞を７０％の培養密度で９６ウェルプレートに蒔いた。トランスフェクション当日、細胞をＯｐｔｉＭＥＭ培地で１回洗浄し、８０μＬのＯｐｔｉＭＥＭ中でインキュベートした。ＯｐｔｉＭＥＭ中で、アンチセンスとＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬とを、所望の濃度で混合することにより、トランスフェクション混合液を調製し、このトランスフェクション混合液を各ウェルに２０μＬ添加し、２時間インキュベートした。２時間経った時点で、１０μＬの血清をウェルに添加し、それぞれの細胞株用の培養培地で体積を２００μＬにした。別の方法として、トランスフェクション後２時間の時点または翌日に培地を交換した。ＡＳＯ処理は、トランスフェクション試薬を用いないでも行われ得る。この場合、ＡＳＯは、ＯｐｔｉＭＥＭで希釈され、全体積の５％未満の体積で細胞培養液中に添加される。
ｍＲＮＡノックダウンの検出
トランスフェクション後４８時間の時点で細胞を溶解して回収した。溶解及びそれに続くｍＲＮＡ検出は、製造業者（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）が指定したＱｕａｎｔｉｇｅｎアッセイに従って行った。
所望のｍＲＮＡをノックダウンするＡＳＯの能力を、以下のように評価した。ＮＣＩ－Ｈ３５８（ＡＴＣＣ）細胞を、透明な平底９６ウェルプレートにおける、１０％ ＦＢＳを含むＲＰＭＩ１６４０中に、ウェル当たり１５，０００個の細胞で一晩蒔いた。製造業者の説明書（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）に従って、ＲＮＡｉＭＡＸと組み合わせた５ｎＭ及び２０ｎＭのＡＳＯを細胞にトランスフェクトした。トランスフェクション後３時間の時点で、トランスフェクション混合液を除去し、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％ ＦＢＳを補充し、４８時間インキュベートした。ｍＲＮＡの定量化は、Ｔｈｅｒｍｏ ＦｉｓｈｅｒのＱｕａｎｔｉＧｅｎｅを用いて、その説明書に従い実施した。初回試験による初回研究の結果を図１に、Ａ、Ｂ及びＣの配列を表１に示した。スクリーニング試験に適応させ、実験間及び実験内の変動を正規化するため、全プレートで実行したスクリーニングプロセスにおけるベンチマークＡＳＯとして配列Ｃを選択し、ｍＲＮＡノックダウンを正規化した。
Figure 2024516183000002
ＳＯＳ１ノックダウン機能におけるＡＳＯのスクリーニングに関して、トランスフェクション条件に５ｎＭまたは２０ｎＭのＡＳＯを用い、２種の細胞株［ＮＣＩ－Ｈ３５８（ＡＴＣＣ）及びＭＩＡ ＰａＣａ－２（ＡＴＣＣ）］を用いた以外は、手順は同じである（表２に示している）。ｍＲＮＡノックダウンデータは、実際のｍＲＮＡノックダウン百分率と、比較を容易にするために配列Ｃの活性で正規化したものとの両方で記録した。結果を表２に列挙する。
Figure 2024516183000003
Figure 2024516183000004
Figure 2024516183000005
Figure 2024516183000006
Figure 2024516183000007
Figure 2024516183000008
Figure 2024516183000009
Figure 2024516183000010
ＳＯＳ２ノックダウン機能におけるＡＳＯのスクリーニングに関して、トランスフェクション条件に５ｎＭまたは２０ｎＭのＡＳＯを用い、２種の細胞株［ＮＣＩ－Ｈ３５８（ＡＴＣＣ）及びＭＩＡ ＰａＣａ－２（ＡＴＣＣ）］を用いた以外は、手順は同じである。ｍＲＮＡノックダウンデータは、ｍＲＮＡノックダウン百分率として記録した。結果を表３に列挙する。
Figure 2024516183000011
Figure 2024516183000012
Figure 2024516183000013
細胞増殖アッセイ
アンチセンス処理の後に、トランスフェクション後３日または５日の時点で細胞をモニターした。細胞増殖を、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏアッセイにより、製造業者（Ｐｒｏｍｅｇａ）が指定したプロトコールに従ってモニターした。
細胞増殖の阻害
細胞増殖を阻害するＡＳＯの能力を、以下のように評価した。細胞（ＮＣＩ－Ｈ３５８、ＭＩＡ ＰａＣａ－２、及びＡ３７５）を、透明な３８４ウェルプレート（Ｓ－Ｂｉｏ、＃ＭＳ－９３８４ＵＺ）における１０％ ＦＢＳを含むＲＰＭＩ１６４０中に、ウェル当たり８００個の細胞で一晩蒔いた。細胞を２．５ｕＭまたは５ｎＭのＡＳＯで処理した（表４に示している）。５日後、細胞増殖を、Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｇ７５７０）を用いて、製造業者の説明書に従い、総ＡＴＰ含量を測定することにより決定した。実験では、３種の細胞株を細胞系として使用して、増殖阻害を試験した。ＮＣＩ－Ｈ３５８及びＭｉａ Ｐａｃａ－２は、ＫＲＡＳ変異を有し、陽性対照細胞株として働き、Ａ３７５は、ＫＲＡＳにおける変異を有しておらず、陰性対照細胞株として働き、ＡＳＯ処理に反応しないことになる。増殖阻害の結果を表４に示す。
Figure 2024516183000014
Figure 2024516183000015
Figure 2024516183000016
Figure 2024516183000017
Figure 2024516183000018
Figure 2024516183000019
Figure 2024516183000020
前述の開示は、明確性及び理解の目的で若干詳しく記載されているが、本開示を読むことによって、形態及び細部における様々な変更が、本開示の真の範囲から逸脱することなくなされ得ることが当業者には明らかとなるであろう。例えば、上記の全ての技術及び装置は、様々な組み合わせで使用され得る。本出願で引用される全ての刊行物、特許、特許出願、及び／または他の文献は、個々の刊行物、特許、特許出願、及び／または他の文献のそれぞれが、あらゆる目的で参照により組み込まれるように、個々に、かつ別々に示された場合と同程度に、あらゆる目的でそれらの全体が参照により組み込まれる。

Claims (40)

  1. セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、前記組成物。
  2. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  3. セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つの少なくとも８個の連続したヌクレオチドを有する配列を含む、前記組成物。
  4. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、請求項３に記載の組成物。
  5. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、前記ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合する、請求項１または請求項３に記載の組成物。
  6. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、前記ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合する、請求項１または請求項３に記載の組成物。
  7. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１またはＳＯＳ２のｍＲＮＡ発現を少なくとも３０％下方制御する、請求項１～６のいずれか１項に記載の組成物。
  8. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＯＳ１及びＳＯＳ２のｍＲＮＡ発現を、それぞれ少なくとも３０％下方制御する、請求項１～６のいずれか１項に記載の組成物。
  9. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１２～３０個のヌクレオチドの長さで構成される、請求項１～６のいずれか１項に記載の組成物。
  10. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップセグメント及びウイングセグメントを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  11. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントを含む、請求項１０に記載の組成物。
  12. 前記５’－ウイングセグメント及び３’－ウイングセグメントの各々は、３連結ヌクレオチドである、請求項１１に記載の組成物。
  13. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物。
  14. 前記少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）もしくはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１３に記載の組成物。
  15. 前記少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジチオエート結合を含む、請求項１３に記載の組成物。
  16. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）またはｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖を含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。
  17. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる、請求項１～１６のいずれか１項に記載の組成物。
  18. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リンカーを介して、ペプチド、抗体、脂質、炭水化物またはポリマーとコンジュゲートされる、請求項１７に記載の組成物。
  19. 前記組成物は、前記ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、前記ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む、請求項１～１８のいずれか１項に記載の組成物。
  20. 前記組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、請求項１～１９のいずれか１項に記載の組成物。
  21. 前記組成物は、賦形剤をさらに含む、請求項１～２０のいずれか１項に記載の組成物。
  22. 前記組成物は、少なくとも１つの活性成分を含む、請求項１～２１のいずれか１項に記載の組成物。
  23. 前記組成物は、非経口投与用または鼻腔投与用に製剤化される、請求項１～２２のいずれか１項に記載の組成物。
  24. ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の調節を必要とするがん細胞におけるその調節方法であって、
    セブンレスの息子１（ＳＯＳ１）またはセブンレスの息子２（ＳＯＳ２）ｍＲＮＡに結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物で前記がん細胞を処理し、それによって、前記がん細胞におけるＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現を低減させること、を含む前記方法。
  25. 前記がん細胞は、肺癌細胞、膵癌細胞、または結腸癌細胞である、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、請求項２４～２５のいずれか１項に記載の方法。
  27. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、５４０、６７１、７３２、７４１、７４２、７９７、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１１９８、１２２４、１２７９、１３６０、１３７０、１５０７、１５０８、１５１６、１５１９、１６０１、１６０９、１８１１、１８３６、１８４３、１８４４、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２４９８、２６００、２６０６、２６８８、２７０１、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３０１６、３０３４、３０７８、３１０４、３２７９、３３０５、３３０８、３３８６、３６１５、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、３８２１、３８７９、３８８０、３９４９、４１３４、４１５６、４１７３、４１７７、４１７８、４１８２、４１８３、４２２２、４４６６、４６８７、４６９２、４７３６、４７８１、４９３５、５１１８、５１４４、５３８４、５３９４、５４３５、５４４９、５４５５、５４５７、５４５９、５７８０、６０６０、６０６１、６５３２、６６１１、６６２１、６６２５、６６２７、６８０３、７３６８、７４７１、７５１６、７５８９、７８６５、８０８７、８２０１、８２０７、８２０８、８３３１、８６１７、８６５１、または８６５９のうちの１つの少なくとも８個の連続したヌクレオチドを有する配列を含む、請求項２４～２５のいずれか１項に記載の方法。
  29. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記配列：配列番号４０５、４０６、５３９、７４１、７４２、９７６、１０７６、１０７７、１０８３、１０８６、１６０９、１８１１、１８６８、１９３９、１９４２、１９４３、１９４４、２４６５、２４７３、２４９０、２６８８、２７０３、２９０８、２９７４、２９８４、３００７、３１０４、３２７９、３６７３、３６７７、３６８０、３６８２、３６８７、３７６５、４１３４、４１５６、４１７３、４１７８、４４６６、４７８１、４９３５、５１１８、５４３５、５７８０、６０６０、６５３２、６６２５、６８０３、７３６８、７５８９、７８６５、８２０８、８３３１、または８６５１のうちの１つに対して少なくとも８０％、８５％、または９０％の類似性を有する配列を含む、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドと、前記ＳＯＳ２ ｍＲＮＡに特異的に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドとの組み合わせを含む、請求項２４～２９のいずれか１項に記載の方法。
  31. 前記組成物は、ＳＯＳ１ ｍＲＮＡ及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの両方に結合することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、請求項２４～３０のいずれか１項に記載の方法。
  32. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’－修飾ヌクレオシド、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む、請求項２４～３１のいずれか１項に記載の方法。
  33. 前記少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、もしくは２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含むか、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ｃＥｔ（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）糖もしくはエチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含むか、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２４～３２のいずれか１項に記載の方法。
  34. 前記ＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１もしくはＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現は、前記処理後に少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％低減される、請求項２４～３３のいずれか１項に記載の方法。
  35. 前記ＳＯＳ１及びＳＯＳ２タンパク質の発現またはＳＯＳ１及びＳＯＳ２ ｍＲＮＡの発現は、それぞれ、前記処理後に少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％低減される、請求項２４～３３のいずれか１項に記載の方法。
  36. がんの処置を必要とする対象におけるその処置方法であって、
    請求項１～２３のいずれか１項に記載の組成物を前記対象に投与し、それによって、前記対象における前記がんを処置すること、を含む前記方法。
  37. 前記がんは、ＫＲＡＳ介在性シグナル伝達経路の異常に関連する、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記がんは、肺癌、膵癌、または結腸癌である、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記組成物は、前記対象の生存率を少なくとも５％増加させるのに十分な用量及びスケジュールで前記対象に投与される、請求項３６に記載の方法。
  40. 前記組成物は、前記腫瘍の増殖を阻害するのに十分な用量及びスケジュールで前記対象に投与される、請求項３６に記載の方法。
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