CN117751190A

CN117751190A - 用于调节sos基因表达的组合物和方法

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Publication number: CN117751190A
Application number: CN202280044512.0A
Authority: CN
Inventors: 陈力山; 靳博涵
Original assignee: Microelectronics Inc
Current assignee: Microelectronics Inc
Priority date: 2021-04-22
Filing date: 2022-04-22
Publication date: 2024-03-22
Also published as: WO2022226377A1; EP4326878A1; KR20240032184A; JP2024516183A; US20240182894A1

Abstract

本文描述了用于调节基因表达的组合物。本文还描述了使用本文所述组合物调节基因表达的方法。

Description

用于调节SOS基因表达的组合物和方法

交叉引用

本申请要求2021年4月22日提交的序列号为63/178,420的美国临时申请的权益，其全部内容在此通过引用并入文中。

序列表

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通过引用并入

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背景技术

某些疾病或疾患是由基因突变或由于影响信号传导途径的一个或多个基因的过度或表达不足而导致的信号传导途径失调引起的。为了治疗此类疾病或疾患，最受欢迎的治疗选择之一涉及直接编辑基因突变，或使用基因沉默工具或方法进行转录/翻译调节。RNA诱导的基因沉默从多个方面控制靶基因的RNA表达，包括转录失活、mRNA降解、转录减弱。因此，仍然需要用于在RNA水平上有效编辑基因表达的组合物和方法。

发明内容

在一些实施方案中，本文描述了包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸的组合物，其中该反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ IDNO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651。在一些实施方案中，本文还描述了包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸的组合物，其中该反义寡核苷酸包含具有以下序列之一的至少8个连续核苷酸的序列：SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651。在一些实施方案中，反义寡核苷酸特异性地结合至SOS1 mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸特异性地结合至SOS2 mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸将SOS1或SOS2的mRNA表达下调至少30％。在一些实施方案中，反义寡核苷酸将SOS1和SOS2的mRNA表达各下调至少30％。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含12-30个核苷酸的长度。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含间隙区段。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含5’-翼区段和3’-翼区段。在一些实施方案中，5’-翼区段和3’-翼区段中的每一个都是三个连接的核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。在一些实施方案中，至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖、乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。在一些实施方案中，至少一个修饰的核苷酸间连键包含硫代磷酸酯连键或二硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含磷酰二胺吗啉代寡聚物(PMO)、锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖。在一些实施方案中，反义寡核苷酸与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，反义寡核苷酸通过接头与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，组合物包含特异性地结合至SOS1 mRNA的反义寡核苷酸和特异性地结合至SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。在一些实施方案中，组合物包含能够结合至SOS1 mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，组合物还包含赋形剂。在一些实施方案中，组合物包含至少一种活性成分。在一些实施方案中，组合物被配制成用于肠胃外或鼻腔施用。

在一些方面，本文描述了一种在有需要的癌细胞中调节KRAS介导的信号传导途径的方法，其包括：用包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸的组合物治疗癌细胞，从而降低癌细胞中SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达。在一些实施方案中，癌细胞是肺癌细胞、胰腺癌细胞或结肠癌细胞。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含具有以下序列之一的至少8个连续核苷酸的序列：SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651.在一些实施方案中，组合物包含特异性地结合至SOS1的反义寡核苷酸和特异性地结合至SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。在一些实施方案中，组合物包含能够结合至SOS1 mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。在一些实施方案中，至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)、锁定核酸(LNA)、限制性乙基(cEt)糖或乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。在一些实施方案中，治疗后SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达降低至少30％、至少40％、至少50％。在一些实施方案中，治疗后SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达各降低至少30％、至少40％、至少50％。

在一些方面，本文描述了治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括：向受试者施用技术方案1-23中任一项的组合物，从而治疗受试者中的癌症。在一些实施方案中，癌症与KRAS介导的信号传导途径的异常相关。在一些实施方案中，癌症是肺癌、胰腺癌或结肠癌。在一些实施方案中，以足以使受试者的存活率增加至少5％的剂量和时间表向受试者施用组合物。在一些实施方案中，以足以抑制肿瘤生长的剂量和时间表向受试者施用组合物。

在一些实施方案中，本文描述了包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸的组合物。在一些实施方案中，反义寡核苷酸特异性地结合至SOS1 mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：1-8847或SEQ ID NO：10001-18847。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：751、869-874、966、1038、1085-1086、1378-1379、1937-1948、2018-2023、2483-2491、2569-2575、2805-2806、2969-2971、3101-3102、3278-3280、3510、3554-3562、5140-5141、10751、10869-10874、10966、11038、11085-11086、11378-11379、11937-11948、12018-12023、12483-12491、12569-12575、12805-12806、12969-12971、13101-13102、13278-13280、13510、13554-13562或15140-15141。在一些实施方案中，反义寡核苷酸特异性地结合至SOS2 mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含12-30个核苷酸的长度。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含间隙区段。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含5’-翼区段和3’-翼区段。在一些实施方案中，5’-翼区段和3’-翼区段中的每一个都是三个连接的核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。在一些实施方案中，至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖、乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。在一些实施方案中，至少一个修饰的核苷酸间连键包含硫代磷酸酯连键或二硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含磷酰二胺吗啉代寡聚物(PMO)、锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖。在一些实施方案中，反义寡核苷酸与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，反义寡核苷酸通过接头与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，组合物包含特异性地结合至SOS1 mRNA的反义寡核苷酸和特异性地结合至SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。在一些实施方案中，组合物包含能够结合至SOS1 mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，组合物还包含赋形剂。在一些实施方案中，组合物被配制成用于肠胃外或鼻腔施用。

在一些方面，本文描述了一种在有需要的癌细胞中调节KRAS介导的信号传导途径的方法，其包括：用包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸的组合物治疗癌细胞，从而降低癌细胞中SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达。在一些实施方案中，癌细胞是肺癌细胞、胰腺癌细胞或结肠癌细胞。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：1-8847或SEQID NO：10001-18847。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：751、869-874、966、1038、1085-1086、1378-1379、1937-1948、2018-2023、2483-2491、2569-2575、2805-2806、2969-2971、3101-3102、3278-3280、3510、3554-3562、5140-5141、10751、10869-10874、10966、11038、11085-11086、11378-11379、11937-11948、12018-12023、12483-12491、12569-12575、12805-12806、12969-12971、13101-13102、13278-13280、13510、13554-13562、或15140-15141。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494。在一些实施方案中，组合物包含特异性地结合至SOS1的反义寡核苷酸和特异性地结合至SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。在一些实施方案中，组合物包含能够结合至SOS1mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。在一些实施方案中，至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)、锁定核酸(LNA)、限制性乙基(cEt)糖或乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。在一些实施方案中，治疗后SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达降低至少30％、至少40％、至少50％。

在一些方面，本文描述了治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括：向受试者施用本文描述的组合物，从而治疗受试者中的癌症。在一些实施方案中，癌症与KRAS介导的信号传导途径的异常相关。在一些实施方案中，癌症是肺癌、胰腺癌或结肠癌。在一些实施方案中，以足以使受试者的存活率增加至少5％的剂量和时间表向受试者施用组合物。在一些实施方案中，以足以抑制肿瘤生长的剂量和时间表向受试者施用组合物。

附图说明

本专利申请含有至少一幅彩色附图。具有一幅或多幅彩色附图的本专利或专利申请的副本将在请求并支付必要费用后由专利局提供。

图1示出了由本文所述的反义寡核苷酸介导的示例性SOS1 mRNA敲低。

本公开的新颖特征在所附权利要求中具体阐述。通过参考阐述说明性实施方案的以下详细描述，将获得对本公开的特征和优点的更好理解。

具体实施方式

综述

本文描述了用于调节基因或信号传导途径表达的组合物和方法。本文还描述了通过调节与疾病或疾患相关的基因或信号传导途径表达来治疗疾病或疾患的组合物和方法。在一些实施方案中，组合物包含至少一个寡核苷酸，其在递送至细胞中后结合至内源性核酸，从而导致靶核酸的降解。在一些实施方案中，本文描述了利用本文描述的组合物或寡核苷酸的方法。在一些实施方案中，所述方法用于通过使细胞与寡核苷酸接触以减少与疾病或疾患相关的基因或信号传导途径表达来治疗疾病或疾患。

在一些实施方案中，寡核苷酸是反义寡核苷酸，其中寡核苷酸互补于并且结合至至少一个内源性核酸(例如，mRNA)。在一些实施方案中，寡核苷酸与内源性核酸的结合导致内源性核酸的降解或阻断靶蛋白从内源性核酸的翻译，从而降低由内源性核酸编码的基因的表达。例如，寡核苷酸与包含mRNA的内源性核酸的结合产生双链体核酸分子，其然后可以募集内源性核酸酶以降解mRNA。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个翼区段。在一些实施方案中，寡核苷酸包含侧翼为两个翼区段的至少一个间隙区段。例如，寡核苷酸包含侧翼为5′-翼区段和3′-翼区段的间隙区段。在一些实施方案中，间隙区段或翼区段包含至少一个化学修饰。

在一些实施方案中，由寡核苷酸调节的基因是信号传导途径的一部分。在一些实施方案中，信号传导途径是RTK-SOS-RAS-ERK途径。因此，在一些实施方案中，由于寡核苷酸与内源性核酸的结合而导致的基因表达的降低可以进一步降低包含由寡核苷酸调节的基因的信号传导途径表达。在一些实施方案中，降低基因或信号传导途径表达导致治疗疾病或疾患的治疗效果。在一些实施方案中，疾病或疾患是由基因或信号传导途径表达增加引起的。在一些实施方案中，本文描述的疾病或疾患是由与基因或信号传导途径相关的基因突变引起的。

组合物

在一些实施方案中，本文描述了包含至少一个本文描述的寡核苷酸的组合物。在一些实施方案中，组合物包含至少两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个寡核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含相同或不同的核酸序列。在一些实施方案中，本文描述的寡核苷酸是用于靶向并结合至内源性核酸的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸与内源性核酸的结合募集内源性核酸酶以降解内源性核酸。在一些实施方案中，内源性核酸的降解降低内源性核酸编码的基因的表达。在一些实施方案中，内源性核酸的降解可以治疗本文所述的疾病或疾患。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少五、六、七、八、九、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50个或更多个核酸碱基的长度。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核酸碱基的长度。在一些实施方案中，寡核苷酸包含10个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含11个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含12个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含13个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含14个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含15个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含16个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含17个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含18个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含19个核酸碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含20个核酸碱基。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，间隙区段包含至少一、二、三、四、五、六、七、八、九、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50个或更多个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含至少1、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含4个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含5个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含6个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含7个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含8个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含9个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含10个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含11个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含12个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含13个核酸碱基。在一些实施方案中，间隙区段包含14个核酸碱基。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个翼区段。在一些实施方案中，至少一个翼区段是5′-端翼区段，其在间隙区段的5′端共价连接至间隙区段。在一些实施方案中，至少一个翼区段是3′-端翼区段，其在间隙区段的3′端共价连接至间隙区段。在一些实施方案中，间隙区段在间隙区段的5′端和3′端侧接翼区段。在一些实施方案中，翼区段包含至少一、二、三、四、五、六、七、八、九、10、11、12或更多个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含1个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含2个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含3个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含4个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含5个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含6个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含7个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含8个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含9个核酸碱基。在一些实施方案中，翼区段包含10个核酸碱基。

在一些实施方案中，寡核苷酸是反义寡核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸结合至靶核酸。在一些实施方案中，靶核酸为内源性核酸。在一些实施方案中，靶核酸包含核RNA、细胞质RNA或线粒体RNA。在一些实施方案中，靶RNA包含基因间DNA(包括但不限于异染色质DNA)、信使RNA(mRNA)、前信使RNA(前mRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分支多核苷酸、质粒、载体、序列的分离DNA、序列的分离RNA、sgRNA、寡核苷酸、核酸探针、引物、snRNA、长非编码RNA、小RNA、snoRNA、siRNA、miRNA、tRNA衍生的小RNA(tsRNA)、反义RNA、shRNA或小rDNA衍生的RNA(srRNA)。在一些实施方案中，寡核苷酸包含允许寡核苷酸通过碱基配对例如Watson Crick碱基配对结合至靶核酸的核酸序列。本文提供的组合物和方法可用于调节基因或信号传导途径的表达。调节可以指在各个阶段之一改变基因或其部分的表达，以减轻与基因或基因突变相关的疾病或疾患。调节可以在转录水平或转录后水平介导。调节转录可以纠正基因突变产生的剪接变体的异常表达。在一些情况下，本文提供的组合物和方法可用于调节靶标的基因翻译。调节可以指通过降低转录物的丰度来降低或敲低基因或其部分的表达。转录物丰度的降低可以通过降低转录物的加工、剪接、周转或稳定性；或者通过核糖体等翻译机制降低转录本的可及性来介导。在一些情况下，本文描述的寡核苷酸可以促进敲低。敲低可以降低靶RNA的表达。在一些情况下，敲低可能伴随着mRNA的调节。在一些情况下，敲低可能在mRNA几乎没有调节的情况下发生。在一些情况下，敲低可以通过靶向靶RNA的非翻译区(例如3′UTR、5′UTR或两者)来发生。在一些情况下，敲低可以通过靶向靶RNA的编码区来发生。

在一些实施方案中，寡核苷酸是用于靶向和结合本文所述的任一个基因或核酸的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，被反义寡核苷酸靶向和结合的一个或多个基因是SOSRAS/Rac鸟嘌呤核苷酸交换因子1或无七之子1(SOS1)和/或SOS RAS/Rac鸟嘌呤核苷酸交换因子2无七之子2(SOS2)。在一些实施方案中，被反义寡核苷酸靶向和结合的一个或多个基因是SOS RAS/Rac鸟嘌呤核苷酸交换因子。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1的mRNA(SEQ ID NO：8888-8890)和/或SOS2的mRNA(SEQ ID NO：8891)。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1的mRNA，其中SOS1的mRNA与SEQ ID NO：8888-8890至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS2的mRNA(SEQ ID NO：8891)。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS2的mRNA，其中SOS 2的mRNA与SEQ ID NO：8891至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置563至622；SEQ ID NO：8889的核酸位置1074至1133；SEQ ID NO：8890的核酸位置1074至1133；或SEQ ID NO：8891。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置569至588；SEQ ID NO：8889的核酸位置1080至1099；SEQ ID NO：8890的核酸位置1080至1099；或SEQ ID NO：8891。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置1403至1462；SEQ ID NO：8889的核酸位置1914至1973；SEQID NO：8890的核酸位置1914至1973；或SEQ ID NO：8891。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置1427至1449；SEQ ID NO：8889的核酸位置1938至1960；SEQ ID NO：8890的核酸位置1938至1960；或SEQ ID NO：8891。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置1943至2062；SEQ ID NO：8889的核酸位置2454至2573；SEQ ID NO：8890的核酸位置2454至2573；或SEQ ID NO：8891。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置1973至2004；SEQID NO：8889的核酸位置2484至2515；SEQ ID NO：8890的核酸位置2484至2515；或SEQ IDNO：8891。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置3143至3202；SEQ ID NO：8889的核酸位置3654至3713；SEQ ID NO：8890的核酸位置3654至3713；或SEQ ID NO：8891。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1或SOS2的mRNA的核酸片段，其中核酸片段包含与以下之间的核酸序列同一的核酸序列：SEQ ID NO：8888的核酸位置3158至3178；SEQ ID NO：8889的核酸位置3669至3689；SEQ ID NO：8890的核酸位置3669至3689；或SEQ ID NO：8891。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ ID NO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含至少一个摆动核酸(例如，反义寡核苷酸可包含与SOS1或SOS2 mRNA的核酸片段至少一个错配)。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ ID NO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含一个摆动核酸(例如，反义寡核苷酸可包含与SOS1或SOS2 mRNA的核酸片段一个错配)。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ ID NO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含至少两个摆动核酸(例如，反义寡核苷酸可包含与SOS1或SOS2 mRNA的核酸片段至少两个错配)。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ ID NO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含两个摆动核酸(例如，反义寡核苷酸可包含与SOS1或SOS2 mRNA的核酸片段两个错配)。在一些实施方案中，靶向并结合至与SEQ ID NO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含至少五个、至少六个、至少七个、至少九个、至少10个、至少11个或至少12个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含五个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含六个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含七个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含八个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含九个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含10个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含11个与核酸片段同一的连续核苷酸。在一些实施方案中，靶向并结合至与本文所述的SEQ IDNO：8888-8891中任一个相对应的任一个核酸位置之间的核酸片段的反义寡核苷酸包含12个与核酸片段同一的连续核苷酸。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1的mRNA。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含与SEQ ID NO：1-8847或SEQ ID NO：10001-18847中的任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：1-8847或SEQ ID NO：10001-18847中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含靶向并结合至SOS1的mRNA的至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含与SEQ ID NO：1-8847或SEQ ID NO：10001-18847中的任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一的核酸序列。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：1-8847或SEQID NO：10001-18847中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS2的mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含与SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一的核酸序列。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：751、869-874、966、1038、1085-1086、1378-1379、1937-1948、2018-2023、2483-2491、2569-2575、2805-2806、2969-2971、3101-3102、3278-3280、3510、3554-3562、5140-5141、10751、10869-10874、10966、11038、11085-11086、11378-11379、11937-11948、12018-12023、12483-12491、12569-12575、12805-12806、12969-12971、13101-13102、13278-13280、13510、13554-13562、15140-15141、20535-20540、20752、21039、21597-21607、21679-21683、22087-22088、22143、22145-22146、22149-22151、22228-22235、22330、22465-22466、22629-22631、22938-22940、23169-23170、23214-23222、23301、30535-30540、30752、31039、31597-31607、31679-31683、32087-32088、32143、32145-32146、32149-32151、32228-32235、32315、32330、32465-32466、32629-32631、32928-32940、33169-33170、33214、33216-33222或33301中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，本文所述的反义寡核苷酸可以靶向并结合至SOS1 mRNA或SOS2mRNA中的任一个或两者。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：751、869-874、966、1038、1085-1086、1378-1379、1937-1948、2018-2023、2483-2491、2569-2575、2805-2806、2969-2971、3101-3102、3278-3280、3510、3554-3562、5140-5141、10751、10869-10874、10966、11038、11085-11086、11378-11379、11937-11948、12018-12023、12483-12491、12569-12575、12805-12806、12969-12971、13101-13102、13278-13280、13510、13554-13562、15140-15141、20535-20540、20752、21039、21597-21607、21679-21683、22087-22088、22143、22145-22146、22149-22151、22228-22235、22330、22465-22466、22629-22631、22938-22940、23169-23170、23214-23222、23301、30535-30540、30752、31039、31597-31607、31679-31683、32087-32088、32143、32145-32146、32149-32151、32228-32235、32315、32330、32465-32466、32629-32631、32928-32940、33169-33170、33214、33216-33222或33301中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1和/或SOS2的mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：102、103、106、134、180、184、185、379、405、406、415、416、426、481、482、539、540、542、543、552、646、647、667、669、671、675、683、732、738、741、742、797、819、835、866、872-874、969、970、976、1076、1077、1083、1086、1193、1198、1224、1225、1264、1279、1360、1370、1402、1409、1455、1507、1508、1511、1516、1519、1521、1527、1547、1555、1600、1601、1605、1606、1609、1640、1811、1812、1836、1843、1844、1868、1939、1942-1944、1947、1975、1976、2087、2089、2107、2111、2113、2115、2261、2459、2463、2465、2468、2470、2473、2490、2491、2498、2501、2550、2600、2606、2632、2680、2687、2688、2701、2703、2761、2762、2815、2908、2919、2974、2984、3007、3013、3016、3034、3078、3097、3103、3104、3187、3188、3279、3305、3308、3385、3386、3388、3561、3564、3570、3572、3607、3610、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3719、3765、3818、3821、3879、3880、3888、3942、3944、3947、3949、3954、3956、3992、4055、4097、4134、4156、4158、4166、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4231、4466、4687、4691、4692、4736、4781、4784、4916、4935、5118、5144、5157、5162、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5532、5548、5764、5770、5774、5776、5780、5784、5875、5920、6011、6054、6056、6060、6061、6349、6357、6418、6524、6532、6611、6617、6621、6625、6627、6636、6799、6801、6803、6807、6818、6849、6850、6852、6854、6936、7062、7124、7229、7236、7241、7363、7368、7408、7413、7471、7516、7531、7589、7865、7868、7875、8056、8087、8201、8207、8208、8247、8248、8293、8294、8331、8363、8567、8617、8618、8651、8659、8661、8708、8713、8780、8781、8788、8810或8843中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％相同。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：102、103、106、134、180、184、185、379、405、406、415、416、426、481、482、539、540、542、543、552、646、647、667、669、671、675、683、732、738、741、742、797、819、835、866、872-874、969、970、976、1076、1077、1083、1086、1193、1198、1224、1225、1264、1279、1360、1370、1402、1409、1455、1507、1508、1511、1516、1519、1521、1527、1547、1555、1600、1601、1605、1606、1609、1640、1811、1812、1836、1843、1844、1868、1939、1942-1944、1947、1975、1976、2087、2089、2107、2111、2113、2115、2261、2459、2463、2465、2468、2470、2473、2490、2491、2498、2501、2550、2600、2606、2632、2680、2687、2688、2701、2703、2761、2762、2815、2908、2919、2974、2984、3007、3013、3016、3034、3078、3097、3103、3104、3187、3188、3279、3305、3308、3385、3386、3388、3561、3564、3570、3572、3607、3610、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3719、3765、3818、3821、3879、3880、3888、3942、3944、3947、3949、3954、3956、3992、4055、4097、4134、4156、4158、4166、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4231、4466、4687、4691、4692、4736、4781、4784、4916、4935、5118、5144、5157、5162、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5532、5548、5764、5770、5774、5776、5780、5784、5875、5920、6011、6054、6056、6060、6061、6349、6357、6418、6524、6532、6611、6617、6621、6625、6627、6636、6799、6801、6803、6807、6818、6849、6850、6852、6854、6936、7062、7124、7229、7236、7241、7363、7368、7408、7413、7471、7516、7531、7589、7865、7868、7875、8056、8087、8201、8207、8208、8247、8248、8293、8294、8331、8363、8567、8617、8618、8651、8659、8661、8708、8713、8780、8781、8788、8810或8843中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：102、103、106、134、180、184、185、379、405、406、415、416、426、481、482、539、540、542、543、552、646、647、667、669、671、675、683、732、738、741、742、797、819、835、866、872-874、969、970、976、1076、1077、1083、1086、1193、1198、1224、1225、1264、1279、1360、1370、1402、1409、1455、1507、1508、1511、1516、1519、1521、1527、1547、1555、1600、1601、1605、1606、1609、1640、1811、1812、1836、1843、1844、1868、1939、1942-1944、1947、1975、1976、2087、2089、2107、2111、2113、2115、2261、2459、2463、2465、2468、2470、2473、2490、2491、2498、2501、2550、2600、2606、2632、2680、2687、2688、2701、2703、2761、2762、2815、2908、2919、2974、2984、3007、3013、3016、3034、3078、3097、3103、3104、3187、3188、3279、3305、3308、3385、3386、3388、3561、3564、3570、3572、3607、3610、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3719、3765、3818、3821、3879、3880、3888、3942、3944、3947、3949、3954、3956、3992、4055、4097、4134、4156、4158、4166、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4231、4466、4687、4691、4692、4736、4781、4784、4916、4935、5118、5144、5157、5162、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5532、5548、5764、5770、5774、5776、5780、5784、5875、5920、6011、6054、6056、6060、6061、6349、6357、6418、6524、6532、6611、6617、6621、6625、6627、6636、6799、6801、6803、6807、6818、6849、6850、6852、6854、6936、7062、7124、7229、7236、7241、7363、7368、7408、7413、7471、7516、7531、7589、7865、7868、7875、8056、8087、8201、8207、8208、8247、8248、8293、8294、8331、8363、8567、8617、8618、8651、8659、8661、8708、8713、8780、8781、8788、8810或8843中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：102、103、106、134、180、184、185、379、405、406、415、416、426、481、482、539、540、542、543、552、646、647、667、669、671、675、683、732、738、741、742、797、819、835、866、872-874、969、970、976、1076、1077、1083、1086、1193、1198、1224、1225、1264、1279、1360、1370、1402、1409、1455、1507、1508、1511、1516、1519、1521、1527、1547、1555、1600、1601、1605、1606、1609、1640、1811、1812、1836、1843、1844、1868、1939、1942-1944、1947、1975、1976、2087、2089、2107、2111、2113、2115、2261、2459、2463、2465、2468、2470、2473、2490、2491、2498、2501、2550、2600、2606、2632、2680、2687、2688、2701、2703、2761、2762、2815、2908、2919、2974、2984、3007、3013、3016、3034、3078、3097、3103、3104、3187、3188、3279、3305、3308、3385、3386、3388、3561、3564、3570、3572、3607、3610、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3719、3765、3818、3821、3879、3880、3888、3942、3944、3947、3949、3954、3956、3992、4055、4097、4134、4156、4158、4166、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4231、4466、4687、4691、4692、4736、4781、4784、4916、4935、5118、5144、5157、5162、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5532、5548、5764、5770、5774、5776、5780、5784、5875、5920、6011、6054、6056、6060、6061、6349、6357、6418、6524、6532、6611、6617、6621、6625、6627、6636、6799、6801、6803、6807、6818、6849、6850、6852、6854、6936、7062、7124、7229、7236、7241、7363、7368、7408、7413、7471、7516、7531、7589、7865、7868、7875、8056、8087、8201、8207、8208、8247、8248、8293、8294、8331、8363、8567、8617、8618、8651、8659、8661、8708、8713、8780、8781、8788、8810或8843中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，本文所述的反义寡核苷酸可以靶向并结合至SOS1 mRNA或SOS2 mRNA中的任一个或两者。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1和/或SOS2的mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，本文所述的反义寡核苷酸可以靶向并结合至SOS1 mRNA或SOS2 mRNA中的任一个或两者。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。

在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向并结合至SOS1和/或SOS2的mRNA。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列与SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651中任一个至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％同一。在一些实施方案中，至少一个间隙区段包含核酸序列，所述核酸序列包含SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651中任一个的核酸序列的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个连续核苷酸。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸靶向并结合编码与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因的内源性核酸。在一些实施方案中，与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因是SOS1。在一些实施方案中，与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因是SOS2。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸调节或影响KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径中或与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因的表达或活性。在一些实施方案中，与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因是RAS。在一些实施方案中，与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因是RAF。在一些实施方案中，与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因是MEK。在一些实施方案中，与KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径相关的基因是ERK。

在一些实施方案中，寡核苷酸在结合至内源性核酸后，与内源性核酸形成双链体并募集用于降解内源性核酸的内源性核酸酶。在一些实施方案中，内源性核酸酶是脱氧核糖核酸酶。在一些实施方案中，内源性核酸酶是核糖核酸酶。在一些实施方案中，核糖核酸酶是核糖核酸内切酶。在一些实施方案中，核糖核酸内切酶包含核糖核酸内切酶或RNaseA、P、H、I、III、T1、T2、U2、V1、PhyM或V。在一些实施方案中，核糖核酸酶是核糖核酸外切酶。在一些实施方案中，核糖核酸外切酶包含RNasePH、II、R、D或T。在一些实施方案中，核酸酶包含多核苷酸磷酸化酶(PNPase)、寡核糖核酸酶、核糖核酸外切酶I或核糖核酸外切酶II。在一些实施方案中，由结合至内源性核酸的寡核苷酸募集的核糖核酸酶是RNase H。

在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个、二个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100个或更多个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段，其包含至少一个、二个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100个或更多个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个翼区段，其包含至少一个、二个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100个或更多个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段和至少一个翼区段，其包含至少一个、二个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100个或更多个化学修饰。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸结合至编码SOS1的内源性核酸(例如，mRNA)，其中寡核苷酸与SOS1内源性核酸的结合使SOS1在细胞中的内源性表达与未受寡核苷酸调节的SOS1的内源性表达相比，降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸结合至编码SOS2的内源性核酸(例如，mRNA)，其中寡核苷酸与SOS2内源性核酸的结合使SOS2在细胞中的内源性表达与未受寡核苷酸调节的SOS2的内源性表达相比，降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸结合至编码SOS1的内源性核酸(例如，mRNA)，其中寡核苷酸与SOS1内源性核酸的结合使KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径在细胞中的内源性表达与未受寡核苷酸调节的KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径的内源性表达相比，降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸结合至编码SOS2的内源性核酸(例如，mRNA)，其中寡核苷酸与SOS2内源性核酸的结合使细胞中KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径基因的内源性表达或活性与未受寡核苷酸调节的KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径基因的内源性表达或活性相比，降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。

在一些实施方案中，组合物包含至少两个寡核苷酸，其中第一寡核苷酸结合至SOS1内源性核酸(例如，SOS1 mRNA)，第二寡核苷酸结合至SOS2内源性核酸(例如，SOS2mRNA)。在一些实施方案中，寡核苷酸与SOS1和SOS2内源性核酸的结合使细胞中KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径基因的内源性表达或活性与未受寡核苷酸调节的KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径基因的内源性表达或活性相比，降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。在一些实施方案中，寡核苷酸与SOS1和SOS2内源性核酸的结合使癌细胞的杀伤与寡核苷酸与仅SOS1或SOS2的结合增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。在一些实施方案中，寡核苷酸与SOS1和SOS2内源性核酸的结合使细胞增殖与寡核苷酸与仅SOS1或SOS2的结合降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。

在一些实施方案中，组合物被配制成用于通过适当的施用途径施用至受试者，所述施用途径包括但不限于静脉内、动脉内、口服、肠胃外、口腔、局部、透皮、直肠、肌内、皮下、骨内、经粘膜、吸入或腹膜内施用途径。本文所述的药物制剂包括但不限于水性液体分散体、自乳化分散体、固溶体、脂质体分散体、气雾剂、固体剂型、粉剂、立即释放制剂、控释制剂、速溶制剂、片剂、胶囊、丸剂、延迟释放制剂、延长释放制剂、脉冲释放制剂、多颗粒制剂以及混合立即释放和控释制剂。在一些实施方案中，组合物被配制成剂型。在一些实施方案中，组合物被配制成包含至少一种赋形剂。在一些实施方案中，赋形剂是药学上可接受的赋形剂。

在一些实施方案中，包含本文所述的寡核苷酸的组合物通过降低与疾病或疾患相关的基因或信号传导途径的表达来治疗疾病或疾患。在一些实施方案中，包含本文所述的寡核苷酸的组合物通过直接降低与本文所述的疾病或疾患相关的基因表达来治疗本文所述的疾病或疾患。在一些实施方案中，包含寡核苷酸的组合物通过降低作为本文所述的信号传导途径的一部分的基因表达来治疗疾病或疾患。在一些实施方案中，包含本文所述的寡核苷酸的组合物通过降低内源性SOS1表达来治疗疾病或疾患。在一些实施方案中，包含本文所述的寡核苷酸的组合物通过降低内源性SOS2表达来治疗疾病或疾患。在一些实施方案中，包含本文所述的寡核苷酸的组合物通过降低内源性SOS1和SOS2表达来治疗疾病或疾患。在一些实施方案中，包含本文所述的寡核苷酸的组合物通过降低内源性KRAS表达来治疗疾病或疾患。在一些实施方案中，包含本文所述的寡核苷酸的组合物通过降低内源性KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径表达或活性来治疗疾病或疾患。在一些实施方案中，本文所述的疾病或疾患是癌症。

化学修饰

在一些实施方案中，本文描述了包含至少一个化学修饰的寡核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸是单链的。在一些实施方案中，寡核苷酸是反义寡核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50个或更多个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸不具有分子内结构特征。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个间隙区段，其包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、11、12、13、14、15或更多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个翼区段，其包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含5′端翼区段，其包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含3′端翼区段，其包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，至少一个翼区段共价融合到间隙区段的5′端。在一些实施方案中，至少一个翼区段共价融合到间隙区段的3′端。

在一些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸的5′端包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸的3′端包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸的5′端和3′端包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸的间隙区段中包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸在与间隙区段相邻的核苷酸碱基中包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％的碱基或核苷酸间连键包含修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸包含100％修饰的核苷酸碱基。

在一些实施方案中，化学修饰可发生在3′OH基团、5′OH基团、主链处、糖组分处或核苷酸碱基处。化学修饰可包括链间或链内交联的非天然存在的接头分子。一方面，化学修饰的核酸包含3′OH或5′OH基团、主链、糖组分或核苷酸碱基中一个或多个的修饰，或添加非天然存在的接头分子。在一些实施方案中，化学修饰的主链包含除磷酸二酯主链之外的主链。在一些实施方案中，修饰的糖包含除了脱氧核糖(在修饰的DNA中)或除了核糖(修饰的RNA)之外的糖。在一些实施方案中，修饰的碱基包含除腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶或尿嘧啶之外的碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个化学修饰的碱基。在一些情况下，包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10、15、20或更多个修饰碱基。在一些情况下，对碱基部分的化学修饰包括腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶或尿嘧啶以及嘌呤或嘧啶碱基的天然和合成修饰。

在一些实施方案中，寡核苷酸的至少一个化学修饰包括以下任一个或其任意组合的修饰：2′修饰的核苷酸，其包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)；磷酸二酯主链连键中的一个或两个非连接磷酸氧的修饰；磷酸二酯主链连键中的一个或多个连接磷酸氧的修饰；核糖成分的修饰；用“脱磷酸”接头替换磷酸部分；天然存在的核碱基的修饰或替换；核糖-磷酸主链的修饰；多核苷酸5′端的修饰；多核苷酸3′端的修饰；脱氧核糖磷酸主链的修饰；磷酸基团的取代；核糖磷酸主链的修饰；对核苷酸糖的修饰；对核苷酸碱基的修饰；或立体纯的核苷酸。对寡核苷酸的化学修饰的非限制性实例可包括：磷酸二酯主链连键中的非连接或连接磷酸氧中一个或两个的修饰(例如，硫(S)、硒(Se)、BR3(其中R可以是，例如，氢、烷基或芳基)、C(例如烷基、芳基等)、H、NR2，其中R可以是例如氢、烷基或芳基，或者其中R可以是，例如烷基或芳基)；用“脱磷酸”接头替换磷酸部分(例如，用膦酸甲酯、羟氨基、硅氧烷、碳酸酯、羧甲基、氨基甲酸酯、酰胺、硫醚、环氧乙烷接头、磺酸盐、磺酰胺、硫代甲缩醛、甲缩醛、肟、亚甲基亚氨基、亚甲基甲基亚氨基、亚甲基肼、亚甲基二甲基肼或亚甲氧基甲基亚氨基替换)；用核酸类似物修饰或替换天然存在的核碱基；脱氧核糖-磷酸或核糖-磷酸主链的修饰(例如，修饰核糖-磷酸主链以掺入硫代磷酸酯、膦酰基硫代乙酸酯、硒代磷酸酯、硼烷磷酸酯、硼烷磷酸酯、氢膦酸酯、膦酰基羧酸酯、氨基磷酸酯、烷基或芳基膦酸酯、膦酰基乙酸酯或磷酸三酯；核酸序列的5′端(例如5′帽或5′帽-OH的修饰)或3′端(3′尾或3′端-OH的修饰)的修饰；用甲基膦酸酯、羟氨基、硅氧烷、碳酸酯、羧甲基、氨基甲酸酯、酰胺、硫醚、环氧乙烷连接基、磺酸酯、磺酰胺、硫代甲缩醛、甲缩醛、肟、亚甲基亚氨基、亚甲基甲基亚氨基、亚甲基肼基、亚甲基二甲基亚氨基或亚甲氧基甲基亚氨基取代磷酸基团；修饰核糖磷酸主链以掺入吗啉代(磷酰二胺吗啉代寡聚物PMO)、环丁基、吡咯烷或肽核酸(PNA)核苷替代物；对核苷酸的糖进行修饰以掺入锁定核酸(LNA)、未锁定核酸(UNA)、乙烯核酸(ENA)、限制乙基(cEt)糖或桥接核酸(BNA)；核糖成分的修饰(例如，2′-O-甲基、2′-O-甲氧基-乙基(2′-MOE)、2′-氟、2′-氨基乙基、2′-脱氧-2′-氟代阿拉伯核酸、2′-脱氧、2′-O-甲基、3′-硫代磷酸酯、3′-膦酰基乙酸酯(PACE)或3′-膦酰基硫代乙酸酯(硫代PACE))；对核苷酸(A、T、C、G或U)碱基的修饰；和立体纯的核苷酸(例如，硫代磷酸酯的S构象或硫代磷酸酯的R构象)。

在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括寡核苷酸的磷酸二酯主链连键中的一个或两个非连接磷酸氧原子的至少一个取代。在一些实施方案中，寡核苷酸的至少一个化学修饰包括寡核苷酸的磷酸二酯主链连键中的一个或多个连接磷酸氧原子的取代。磷酸氧原子的化学修饰的非限制性实例是硫原子。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括对寡核苷酸的核苷酸的糖的至少一个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括对核苷酸的糖的至少一个化学修饰，其中该化学修饰包括至少一个锁定核酸(LNA)。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括对包括至少一个未锁定核酸(UNA)的寡核苷酸的核苷酸的糖的至少一个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括对包括至少一个乙烯核酸(ENA)的寡核苷酸的核苷酸的糖的至少一个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括对糖的至少一个化学修饰，包括对糖的成分的修饰，其中糖是核糖糖。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括对包含2′-O-甲基的寡核苷酸的核苷酸的核糖糖成分的至少一个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括至少一个化学修饰，包括用脱磷酸接头替换寡核苷酸的磷酸部分。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括寡核苷酸的磷酸主链的至少一个化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸包括硫代磷酸酯基团。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括至少一个化学修饰，其包括对寡核苷酸的核苷酸的碱基的修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括至少一个包含核苷酸的非天然碱基的化学修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括至少一个化学修饰，其包含吗啉代基团(例如磷酰二胺吗啉代寡聚物，PMO)、环丁基、吡咯烷基或肽核酸(PNA)核苷替代物。在一些实施方案中，寡核苷酸的化学修饰包括至少一个化学修饰，其包括至少一个立体纯核酸。在一些实施方案中，至少一个化学修饰可位于寡核苷酸的5′端附近。在一些实施方案中，至少一个化学修饰可位于寡核苷酸的3′端附近。在一些实施方案中，至少一个化学修饰可位于寡核苷酸的5′和3′端附近。

在一些实施方案中，寡核苷酸包括主链，所述主链包括共价连接在一起的多个糖和磷酸部分。在一些情况下，寡核苷酸的主链包括磷酸二酯键连键连接，其位于DNA中脱氧核糖或RNA中核糖的5′碳上的磷酸基团中的第一羟基与DNA中脱氧核糖或RNA中核糖的3′碳上的第二羟基之间。

在一些实施方案中，寡核苷酸的主链可以缺少能够暴露于溶剂的5′还原羟基、3′还原羟基或两者。在一些实施方案中，寡核苷酸的主链可以缺少能够暴露于核酸酶的5′还原羟基、3′还原羟基或两者。在一些实施方案中，寡核苷酸的主链可以缺少能够暴露于水解酶的5′还原羟基、3′还原羟基或两者。在一些情况下，寡核苷酸的主链可以表示为圆形二维格式的多核苷酸序列，其中一个核苷酸接着另一个核苷酸。在一些情况下，寡核苷酸的主链可以表示为环状二维格式的多核苷酸序列，其中一个核苷酸接着另一个核苷酸。在一些情况下，5′羟基、3′羟基或两者通过磷-氧键连接。在一些情况下，5′羟基、3′羟基或两者被修饰成具有含磷部分的磷酸酯。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰。化学修饰可以是取代、插入、缺失、化学修饰、物理修饰、稳定化、纯化或其任何组合。在一些情况下，修饰是化学修饰。合适的化学修饰包括以下任一个：5′腺苷酸、5′鸟苷-三磷酸帽、5′N7-甲基鸟苷-三磷酸帽、5′三磷酸帽、3′磷酸、3′硫代磷酸、5′磷酸、5′硫代磷酸、顺式-Syn胸苷二聚体、三聚体、C12间隔基、C3间隔基、C6间隔基、d间隔基、PC间隔基、r间隔基、间隔基18、间隔基9，3′-3′修饰、5′-5′修饰、无碱基、吖啶、偶氮苯、生物素、生物素BB、生物素TEG、胆固醇TEG、脱硫生物素TEG、DNP TEG、DNP-X、DOTA、dT-生物素、双生物素、PC生物素、补骨脂素C2、补骨脂素C6、TINA、3′DABCYL、黑洞猝灭剂1、黑洞猝灭剂2、DABCYL SE、dT-DABCYL、IRDyeQC-1、QSY-21、QSY-35、QSY-7、QSY-9、羧基接头、硫醇接头、2′脱氧核糖核苷类似物嘌呤、2′脱氧核糖核苷类似物嘧啶、核糖核苷类似物、2′-O-甲基核糖核苷类似物、糖修饰类似物、摆动/通用碱基、荧光染料标记、2′氟RNA、2′O-甲基RNA、甲基膦酸酯、磷酸二酯DNA、磷酸二酯RNA、硫代磷酸酯DNA、硫代磷酸酯RNA、UNA、LNA、cEt、假尿苷-5′-三磷酸、5-甲基胞苷-5′-三磷酸、2-O-甲基3硫代磷酸酯或其任意组合。

在一些情况下，修饰可能是永久性的。在一些情况下，修饰可能是暂时的。在一些情况下，对寡核苷酸进行多次修饰。寡核苷酸修饰可以改变核苷酸的生理化学性质，例如它们的构象、极性、疏水性、化学反应性、碱基配对相互作用或其任何组合。

化学修饰也可以是硫代磷酸酯替代品。在一些情况下，天然磷酸二酯键可能容易被细胞核酸酶快速降解；使用硫代磷酸酯(PS)键替代物对核苷酸间连键进行修饰对于通过细胞降解的水解可以是更稳定的。修饰可以增加多核酸的稳定性。修饰还可以增强生物活性。在一些情况下，硫代磷酸酯增强的RNA多核酸可以抑制RNase A、RNase T1、小牛血清核酸酶或其任何组合。这些特性使得PS-RNA多核酸可用于体内或体外极有可能暴露于核酸酶的应用中。例如，可以在多核酸的5′或3′端的最后3-5个核苷酸之间引入硫代磷酸酯(PS)键，其可以抑制核酸外切酶降解。在一些情况下，可以在整个多核酸中添加硫代磷酸酯连键以减少核酸内切酶的攻击。

在一些情况下，用于增强指导稳定性、合成、定位、细胞内保留或延长半衰期的化学修饰可能在遗传上是不可编码的。寡核苷酸可以是圆形的、基本上圆形的或以其他方式以连续的方式连接(例如，可以排列为环)，也可以保留与可能不是圆形的或可能不是环的基本上相似的寡核苷酸基本上类似的二级结构。

磷酸主链的修饰

在一些实施方案中，化学修饰包括对磷酸二酯主链连键中的一个或两个非连接磷酸氧的修饰或对磷酸二酯主链连键中的一个或多个连接磷酸氧的修饰。如本文所用，“烷基”意指直链或支链的饱和烃基。示例性烷基包括甲基(Me)、乙基(Et)、丙基(例如正丙基或异丙基)、丁基(例如正丁基、异丁基或叔丁基)或戊基(例如正戊基、异戊基或新戊基)。烷基可含有1至约20、2至约20、1至约12、1至约8、1至约6、1至约4、或1至约3个碳原子。如本文所用，“芳基”是指单环或多环(例如，具有2、3或4个稠合环)芳族烃，例如苯基、萘基、蒽基、菲基、茚满基或茚基。在一些实施方案中，芳基具有6至约20个碳原子。如本文所用，“烯基”是指含有至少一个双键的脂族基团。如本文所用，“炔基”是指含有2-12个碳原子的直链或支链烃链，其特征在于具有一个或多个三键。炔基的实例可包括乙炔基、炔丙基或3-己炔基。“芳基烷基”或“芳烷基”是指其中烷基氢原子被芳基替换的烷基部分。芳烷基包括其中多于一个氢原子被芳基替换的基团。“芳基烷基”或“芳烷基”的实例包括苄基、2-苯乙基、3-苯丙基、9-芴基、二苯甲基和三苯甲基。“环烷基”是指具有3至12个碳的环状、双环、三环或多环非芳族烃基。环烷基部分的实例包括但不限于环丙基、环戊基和环己基。“杂环基”是指杂环系统的一价基团。代表性杂环基包括但不限于四氢呋喃基、四氢噻吩基、吡咯烷基、吡咯烷酮基、哌啶基、吡咯啉基、哌嗪基、二噁烷基、二氧戊环基、二氮杂基、氧氮杂环庚烷基、硫氮杂环庚烷基和吗啉基。“杂芳基”是指杂芳环系统的一价基团。杂芳基部分的实例可以包括咪唑基、噁唑基、噻唑基、三唑基、吡咯基、呋喃基、吲哚基、硫代苯基吡唑基、吡啶基、吡嗪基、哒嗪基、嘧啶基、吲哚嗪基、嘌呤基、萘啶基、喹啉基和蝶啶基。

在一些实施方案中，化学修饰的核苷酸的磷酸基团可以通过用不同的取代基替换一个或多个氧来修饰。在一些实施方案中，化学修饰的核苷酸可包括用本文所述的修饰磷酸替换未修饰的磷酸部分。在一些实施方案中，磷酸主链的修饰可包括导致不带电的接头或具有不对称电荷分布的带电接头的改变。修饰的磷酸基团的实例可包括硫代磷酸酯、膦酰基硫代乙酸酯、硒代磷酸酯、硼烷磷酸酯、硼烷磷酸酯、氢膦酸酯、氨基磷酸酯、烷基或芳基膦酸酯和磷酸三酯。在一些实施方案中，磷酸主链部分中的非桥连磷酸氧原子之一可以被任何以下基团替换：硫(S)、硒(Se)、BR3(其中R可以是例如氢、烷基或芳基)、C(例如烷基、芳基等)、H、NR2(其中R可以是例如氢、烷基或芳基)或(其中R可以是例如烷基或芳基)。未修饰的磷酸基团中的磷原子可以是非手性的。然而，用上述原子或原子团之一替换非桥联氧之一可以使磷原子具有手性。以这种方式修饰的磷酸基团中的磷原子是立体中心。立构磷原子可具有“R”构型(本文为Rp)或“S”构型(本文为Sp)。在一些情况下，寡核苷酸包含立体纯的核苷酸，所述立体纯的核苷酸包含硫代磷酸酯的S构象或硫代磷酸酯的R构象。在一些实施方案中，手性磷酸产物以50％、60％、70％、80％、90％或更多的非对映体过量存在。在一些实施方案中，手性磷酸产物以95％的非对映体过量存在。在一些实施方案中，手性磷酸产物以96％的非对映体过量存在。在一些实施方案中，手性磷酸产物以97％的非对映体过量存在。在一些实施方案中，手性磷酸产物以98％的非对映体过量存在。在一些实施方案中，手性磷酸产物以99％的非对映体过量存在。在一些实施方案中，二硫代磷酸酯的两个非桥连氧均可被硫替换。二硫代磷酸酯中的磷中心可以是非手性的，这阻止了寡核糖核苷酸非对映体的形成。在一些实施方案中，对一个或两个非桥连氧的修饰还可以包括用独立选自S、Se、B、C、H、N和OR(R可以是例如烷基或芳基)的基团替换非桥连氧。在一些实施方案中，还可以通过用氮(桥连的氨基磷酸酯)、硫(桥连的硫代磷酸酯)和碳(桥连的亚甲基膦酸酯)替换桥连氧(即，将磷酸连接至核苷的氧)来修饰磷酸接头。替换可以发生在一个或两个连接氧上。

在某些实施方案中，核酸包含连接的核酸。核酸可以使用任何核酸间连键连接在一起。通过磷原子的存在或不存在来定义两大类核酸间连接基团。代表性含磷核酸间连键包括但不限于磷酸二酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯以及硫代磷酸酯(P＝S)。代表性不含磷的核酸间连接基团包括但不限于亚甲基甲基亚氨基(-CH₂-N(CH₃)-O-CH₂-)、硫代二酯(-O-C(O)-S-)、硫羰氨基甲酸酯(-O-C(O)(NH)-S-)；硅氧烷(-O-Si(H)₂-O-)；以及N，N*-二甲基肼(-CH₂-N(CH₃)-N(CH₃))。在某些实施方案中，具有手性原子的核酸间连键可制备为外消旋混合物，作为单独的对映异构体，例如烷基膦酸酯和硫代磷酸酯。非天然核酸可以含有单个修饰。非天然核酸可以在一个部分内或不同部分之间含有多个修饰。

对核酸的主链磷酸修饰包括但不限于甲基膦酸酯、硫代磷酸酯、氨基磷酸酯(桥连或非桥连)、磷酸三酯、二硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯和硼烷磷酸酯，并且可以以任何组合使用。也可以使用其他非磷酸连键。

在一些实施方案中，主链修饰(例如，甲基膦酸酯、硫代磷酸酯、氨基磷酸酯和二硫代磷酸酯核苷酸间连键)可以赋予修饰的核酸免疫调节活性和/或增强它们的体内稳定性。

在一些情况下，磷衍生物(或修饰的磷酸基团)连接至糖或糖类似物部分，并且可以是单磷酸酯、二磷酸酯、三磷酸酯、烷基膦酸酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、氨基磷酸酯等。

在一些情况下，主链修饰包括用替代部分例如阴离子、中性或阳离子基团替换磷酸二酯连键。此类修饰的实例包括：阴离子核苷间连键；N3′至P5′氨基磷酸酯修饰；硼烷磷酸DNA；寡核苷酸原；中性核苷间连键，例如甲基膦酸酯；酰胺连接的DNA；亚甲基(甲基亚氨基)连键；甲缩醛和硫代甲缩醛连键；含有磺酰基的主链；吗啉寡核苷酸；肽核酸(PNA)；和带正电荷的脱氧核糖核酸胍(DNG)寡核苷酸。修饰的核酸可包含嵌合或混合主链，其包含一个或多个修饰，例如磷酸连键的组合，例如磷酸二酯和硫代磷酸酯连键的组合。

磷酸的取代物包括，例如，短链烷基或环烷基核苷间连键、混合杂原子和烷基或环烷基核苷间连键、或一个或多个短链杂原子或杂环核苷间连键。这些包括具有以下的那些：吗啉代连键(部分地从核苷的糖部分中形成)；硅氧烷主链；硫化物、亚砜和砜主链；甲酰乙酰基和硫代甲酰乙酰基主链；亚甲基甲酰乙酰基和硫代甲酰乙酰基主链；含烯烃的主链；氨基磺酸酯主链；亚甲基亚胺基和亚甲基肼基主链；磺酸酯和磺酰胺主链；酰胺主链；以及具有混合N、O、S和CH₂组成部分的其他主链。还应当理解，在核苷酸取代物中，核苷酸的糖和磷酸部分都可以被例如酰胺型连键(氨基乙基甘氨酸)(PNA)取代。还可以将其他类型的分子(缀合物)连接至核苷酸或核苷酸类似物以增强例如细胞摄取。缀合物可以化学连接至核苷酸或核苷酸类似物。此类缀合物包括但不限于脂质部分例如胆固醇部分、硫醚例如己基-S-三苯甲基硫醇、硫代胆固醇、脂族链例如十二烷二醇或十一烷基残基、磷脂例如二-十六烷基-外消旋甘油或三乙基铵1-二-O-十六烷基-外消旋-甘油-S-H-膦酸酯、多胺或聚乙二醇链、或金刚烷乙酸、棕榈基部分、或十八胺或己氨基-羰基-氧基胆固醇部分。

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括磷酸主链的修饰。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰的磷酸主链。磷酸基团或主链的示例性化学修饰可包括用不同的取代基替换一个或多个氧。此外，寡核苷酸中存在的修饰核苷酸可以包括用本文所述的修饰磷酸替换未修饰的磷酸部分。在一些实施方案中，磷酸主链的修饰可以包括导致不带电的接头或具有不对称电荷分布的带电接头的改变。修饰的磷酸基团的实例可包括硫代磷酸酯、膦酰基硫代乙酸酯、硒代磷酸酯、硼烷磷酸酯、硼烷磷酸酯、氢膦酸酯、氨基磷酸酯、烷基或芳基膦酸酯和磷酸三酯。在一些实施方案中，磷酸主链部分中的非桥连磷酸氧原子之一可以被任何以下基团替换：硫(S)、硒(Se)、BR₃(其中R可以是例如氢、烷基或芳基)、C(例如烷基、芳基等)、H、NR₂(其中R可以是例如氢、烷基或芳基)或OR(其中R可以是例如烷基或芳基)。未修饰的磷酸基团中的磷原子是非手性的。然而，用上述原子或原子团之一替换其中一个非桥联氧可以使磷原子具有手性；也就是说，以这种方式修饰的磷酸基团中的磷原子是立构中心。立构磷原子可具有“R”构型(本文为Rp)或“S”构型(本文为Sp)。在这种情况下，化学修饰的寡核苷酸可以是立体纯的(例如，S或R构象)。在一些情况下，化学修饰的寡核苷酸包含立体纯的磷酸修饰。例如，化学修饰的寡核苷酸包括硫代磷酸酯的S构象或硫代磷酸酯的R构象。

二硫代磷酸酯具有被硫替换的两个非桥连氧。二硫代磷酸酯中的磷中心是非手性的，这阻止了寡核糖核苷酸非对映体的形成。在一些实施方案中，对一个或两个非桥连氧的修饰还可以包括用独立选自S、Se、B、C、H、N和OR(R可以是例如烷基或芳基)的基团替换非桥连氧。

还可以通过用氮(桥连的氨基磷酸酯)、硫(桥连的硫代磷酸酯)和碳(桥连的亚甲基膦酸酯)替换桥连氧(即，将磷酸连接至核苷的氧)来修饰磷酸接头。替换可以发生在任一个连接氧或两个连接氧上。

磷酸部分的替换

在一些实施方案中，寡核苷酸的至少一个磷酸基团可以被化学修饰。在一些实施方案中，磷酸基团可以被不含磷的连接体替换。在一些实施方案中，磷酸部分可以被脱磷酸接头替换。在一些实施方案中，带电荷的磷酸基团可以被中性基团替换。在一些情况下，磷酸基团可以被膦酸甲酯、羟氨基、硅氧烷、碳酸酯、羧甲基、氨基甲酸酯、酰胺、硫醚、环氧乙烷接头、磺酸酯、磺酰胺、硫代甲缩醛、甲缩醛、肟、亚甲基亚氨基、亚甲基甲基亚氨基、亚甲基肼、亚甲基二甲基肼和亚甲氧基甲基亚氨基替换。在一些实施方案中，本文所述的核苷酸类似物还可在磷酸基团处被修饰。修饰的磷酸基团可以包括在两个核苷酸之间的连键处用硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨烷基磷酸三酯、膦酸甲基酯和其它膦酸烷基酯(包括膦酸3′亚烷基酯和手性膦酸酯)、亚膦酸酯、氨基磷酸酯(包括3′-氨基氨基磷酸酯和氨烷基氨基磷酸酯)、硫羰氨基磷酸酯、硫羰烷基磷酸酯、硫羰烷基磷酸三酯和硼烷磷酸酯修饰。两个核苷酸之间的磷酸或修饰的磷酸连键可以通过3′-5′连键或2′-5′连键，并且该连键包含反向极性，例如3′-5′至5′-3′或2’-5’至5’-2’。

磷酸基团的取代

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括通过替换磷酸基团进行修饰。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包括至少一个化学修饰，其包括磷酸基团取代或替换。示例性磷酸基团替换可包括不含磷的连接体。在一些实施方案中，磷酸基团取代或替换可包括用中性部分替换带电的磷酸基团。可替换磷酸基团的示例性部分可包括膦酸甲酯、羟氨基、硅氧烷、碳酸酯、羧甲基、氨基甲酸酯、酰胺、硫醚、环氧乙烷接头、磺酸酯、磺酰胺、硫代甲缩醛、甲缩醛、肟、亚甲基亚氨基、亚甲基甲基亚氨基、亚甲基肼、亚甲基二甲基肼和亚甲氧基甲基亚氨基。

核糖磷酸主链的修饰

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括修饰寡核苷酸的核糖磷酸主链。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰的核糖磷酸主链。示例性化学修饰的核糖磷酸主链可以包括可以模拟核酸的支架，也可以构建其中磷酸接头和核糖糖被核酸酶抗性核苷或核苷酸替代物替换的支架。在一些实施方案中，核碱基可以被替代主链束缚。实例可包括吗啉代，例如磷酰二胺吗啉代寡聚物(PMO)、环丁基、吡咯烷和肽核酸(PNA)核苷替代物。

糖的修饰

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括糖的修饰。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰的糖。示例性化学修饰的糖可以包括用许多不同的“氧”或“脱氧”取代基修饰或替换的2′羟基(OH)。在一些实施方案中，对2′羟基的修饰可以增强核酸的稳定性，因为羟基不再能够被去质子化以形成2′-醇盐离子。2′-醇盐可以通过对接头磷原子的分子内亲核攻击来催化降解。“氧基”-2′羟基修饰的实例可以包括烷氧基或芳氧基(OR，其中“R”可以是例如烷基、环烷基、芳基、芳烷基、杂芳基或糖)；聚乙二醇(PEG)、O(CH₂CH₂O)_nCH2CH₂OR，其中R可以是例如H或任选取代的烷基，并且n可以是0至20的整数(例如0至4、0至8、0至10、0至16、1至4、1至8、1至10、1至16、1至20、2至4、2至8、2至10、2至16、2至20、4至8、4至10、4至16和4至20)。在一些实施方案中，“氧基”-2′羟基修饰可以包括(LNA，其中2′羟基可以例如通过Ci-₆亚烷基或Cj-6杂亚烷基桥连接至相同核糖糖的4′碳，其中示例性桥可包括亚甲基、亚丙基、醚或氨基桥；O-氨基(其中氨基可以是例如NH₂；烷基氨基、二烷基氨基、杂环基、芳基氨基、二芳基氨基、杂芳基氨基或二杂芳基氨基、乙二胺或聚氨基)和氨基烷氧基、O(CH₂)n-氨基(其中氨基可以是例如NH₂；烷基氨基、二烷基氨基、杂环基、芳基氨基、二芳基氨基、杂芳基氨基或二杂芳基氨基、乙二胺或多氨基)。在一些实施方案中，“氧基”2′羟基修饰可包括甲氧基乙基(MOE)(OCH₂CH₂OCH₃，例如PEG衍生物)。在一些情况下，脱氧修饰可以包括氢(即脱氧核糖糖，例如在部分dsRNA的突出部分)；卤素(例如，溴、氯、氟或碘)；氨基(其中氨基可以是例如NH₂；烷基氨基、二烷基氨基、杂环基、芳基氨基、二芳基氨基、杂芳基氨基、二杂芳基氨基或氨基酸)；NH(CH₂CH₂NH)_nCH2CH₂-氨基(其中氨基可以是例如本文所述的)、NHC(O)R(其中R可以是例如烷基、环烷基、芳基、芳烷基、杂芳基或糖)、氰基；巯基；烷基-硫代-烷基；硫代烷氧基；以及烷基、环烷基、芳基、烯基和炔基，其可以任选地被例如本文所述的氨基取代。在一些情况下，糖基还可以含有一个或多个具有与核糖中相应碳相反的立体化学构型的碳。因此，修饰的核酸可以包括含有例如阿拉伯糖作为糖的核苷酸。核苷酸“单体”可以在糖上的Γ位置处具有α连键，例如α-核苷。修饰的核酸还可以包括“无碱基”糖，其在C-处缺乏核碱基。无碱基糖还可以在一个或多个组成糖原子处被进一步修饰。修饰的核酸还可以包括一种或多种L形式的糖，例如L-核苷。在一些方面，本文所述的寡核苷酸包括糖基核糖，其是具有氧的5元环。示例性的修饰核苷和修饰核苷酸可以包括核糖中的氧的替换(例如用硫(S)、硒(Se)或亚烷基，例如亚甲基或亚乙基)；添加双键(例如，用环戊烯基或环己烯基替换核糖)；核糖的环收缩(例如，形成环丁烷或氧杂环丁烷的4元环)；核糖的环扩展(例如，形成具有另外的碳或杂原子的6元或7元环，例如脱水己糖醇、阿糖醇、甘露醇、环己基、环己烯基和也具有氨基磷酸酯主链的吗啉代)。在一些实施方案中，修饰的核苷酸可以包括多环形式(例如，三环；和“未锁定”形式，例如二醇核酸(GNA)(例如，R-GNA或S-GNA，其中核糖被连接到磷酸二酯键的二醇单元替换)、苏糖核酸。在一些实施方案中，对寡核苷酸的糖的修饰包括修饰寡核苷酸以包括锁定核酸(LNA)、未锁定核酸(UNA)、乙烯核酸(ENA)、限制性乙基(cEt)糖或桥接核酸(BNA)。

核糖糖成分的修饰

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包括至少一个核糖糖成分的化学修饰。在一些实施方案中，核糖糖成分的化学修饰可包括2’-O-甲基、2’-O-甲氧基乙基(2’-O-MOE)、2’-氟、2’-氨基乙基、2’-脱氧-2′-氟代阿拉伯核酸、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-甲基、3′-硫代磷酸酯、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲基氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲基氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲基氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)、2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)、3′-膦酰基乙酸酯(PACE)或3′-膦酰基硫代乙酸酯(thioPACE)。在一些实施方案中，核糖糖成分的化学修饰包含非天然核酸。在一些情况下，非天然核酸包括在糖环的5′-位置和2′-位置处的修饰，例如5′-CH2-取代的2′-O-保护的核苷。在一些情况下，非天然核酸包括已制备用于掺入寡核苷酸的酰胺连接核苷二聚体，其中二聚体中的3′连接核苷(5′至3′)包含2′-OCH₃和5’-(S)-CH₃。非天然核酸可包括2′-取代的5′-CH2(或O)修饰的核苷。非天然核酸可包括5′-亚甲基膦酸酯DNA和RNA单体和二聚体。非天然核酸可包括具有2′-取代的5′-膦酸酯单体和其他修饰的5′-膦酸酯单体。非天然核酸可包括5′-取代的亚甲基膦酸酯单体。非天然核酸可包括在5′和/或6′-位置包含羟基的5′或6′-膦酸核糖核苷的类似物。非天然核酸可包括具有5′-磷酸基团的5′-膦酸脱氧核糖核苷单体和二聚体。非天然核酸可包括具有6′-膦酸酯基团的核苷，其中5′或/和6′-位未被取代或被硫代叔丁基(SC(CH₃)₃)(及其类似物)；亚甲基氨基(CH₂NH₂)(及其类似物)或氰基(CN)(及其类似物)取代。

在一些实施方案中，非天然核酸还包括糖部分的修饰。在一些情况下，核酸含有一个或多个核苷，其中糖基已被修饰。这种糖修饰的核苷可以赋予增强的核酸酶稳定性、增加的结合亲和力或一些其他有益的生物学特性。在某些实施方案中，核酸包含化学修饰的呋喃核糖环部分。化学修饰的呋喃核糖环的实例包括但不限于添加取代基(包括5′和/或2′取代基；桥接两个环原子以形成双环核酸；用S、N(R)、或C(R₁)(R₂)(R＝H、C₁-C₁₂烷基或保护基)替换核糖基环氧原子；及其组合。

在一些情况下，本文所述的寡核苷酸包含修饰的糖或糖类似物。因此，除了核糖和脱氧核糖之外，糖部分可以是戊糖、脱氧戊糖、己糖、脱氧己糖、葡萄糖、阿拉伯糖、木糖、来苏糖或糖“类似物”环戊基。糖可以是吡喃糖基或呋喃糖基形式。糖部分可以是核糖、脱氧核糖、阿拉伯糖或2′-O-烷基核糖的呋喃糖苷，并且糖可以以[α]或[β]异头构型连接至各自的杂环碱基。糖修饰包括但不限于2′-烷氧基-RNA类似物、2′-氨基-RNA类似物、2′-氟-DNA和2′-烷氧基-或氨基-RNA/DNA嵌合体。例如，糖修饰可包括2′-O-甲基-尿苷或2′-O-甲基-胞苷。糖修饰包括2′-O-烷基取代的脱氧核糖核苷和2′-O-乙二醇样核糖核苷。

对糖部分的修饰包括核糖和脱氧核糖的天然修饰以及非天然修饰。糖修饰包括但不限于2′位的以下修饰：OH；F；O-、S-或N-烷基；O-、S-或N-烯基；O-、S-或N-炔基；或O-烷基-O-烷基，其中烷基、烯基和炔基可以是取代或未取代的C₁至C₁₀烷基或C₂至C₁₀烯基和炔基。2′糖修饰还包括但不限于-O[(CH₂)_nO]_mCH₃、-O(CH₂)_nOCH₃、-O(CH₂)_nNH₂、-O(CH₂)_nCH₃、-O(CH₂)_nONH₂和-O(CH₂)_nON[(CH₂)nCH₃)]₂，其中n和m为1至约10。2′位的其他化学修饰包括但不限于：C₁至C₁₀低级烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、SH、SCH₃、OCN、Cl、Br、CN、CF₃、OCF₃、SOCH₃、SO₂CH₃、ONO₂、NO₂、N₃、NH₂、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、多烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA裂解基团、报道基团、嵌入剂、用于改进寡核苷酸的药代动力学性质的基团或用于改进寡核苷酸的药效性质的基团以及具有类似性质的其他取代基。类似的修饰也可以在糖的其他位置进行，特别是在3′末端核苷酸上或在2′-5′连接的寡核苷酸中的糖的3′位置和5′末端核苷酸的5′位置。化学修饰的糖还包括在桥环氧上含有修饰的糖，例如CH₂和S。核苷酸糖类似物也可以具有糖模拟物，例如代替呋喃戊糖基糖的环丁基部分。具有修饰的糖部分的核酸的实例包括但不限于包含5′-乙烯基、5′-甲基(R或S)、4′-S、2′-F、2′-OCH₃和2’-O(CH₂)₂OCH₃取代基的核酸。2′位的取代基还可以选自烯丙基、氨基、叠氮基、硫基、O-烯丙基、O-(C₁-C₁₀烷基)、OCF₃、O(CH₂)₂SCH₃、O(CH₂)₂-O-N(R_m)(R_n)，和O-CH₂-C(＝O)-N(R_m)(R_n)，其中每个R_m和R_n独立地为H或取代的或未取代的C₁-C₁₀烷基。

在某些实施方案中，本文所述的核酸包括一种或多种双环核酸。在某些所述实施方案中，双环核酸在4′与2′核糖基环原子之间包含桥联。在某些实施方案中，本文提供的核酸包括一种或多种双环核酸，其中桥联包括4′至2′双环核酸。此类4′至2′双环核酸的实例包括但不限于下式之一：4’-(CH₂)-O-2’(LNA)；4’-(CH₂)-S-2’；4’-(CH₂)₂-O-2’(ENA)；4’-CH(CH₃)-O-2’和4’-CH(CH₂OCH₃)-O-2’及其类似物；4’-C(CH₃)(CH₃)-O-2’及其类似物。

核苷酸碱基的修饰

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括核苷酸碱基(例如，核碱基)的修饰。示例性核碱基可包括腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。这些核碱基可以被修饰或替换为本文所述的寡核苷酸。核苷酸的核碱基可以独立地选自嘌呤、嘧啶、嘌呤或嘧啶类似物。在一些实施方案中，核碱基可以是天然存在的碱基或碱基的合成衍生物。

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括修饰尿嘧啶。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰的尿嘧啶。示例性的化学修饰的尿嘧啶可包括假尿苷、吡啶-4-酮核糖核苷、5-氮杂-尿苷、6-氮杂-尿苷、2-硫代-5-氮杂-尿苷、2-硫代-尿苷、4-硫代-尿苷、4-硫代-假尿苷、2-硫代-假尿苷、5-羟基-尿苷、5-氨基烯丙基-尿苷、5-卤代-尿苷(例如，5-碘-尿苷或5-溴-尿苷)、3-甲基-尿苷、5-甲氧基-尿苷、尿苷5-氧乙酸、尿苷5-氧乙酸甲酯、5-羧甲基-尿苷、1-羧甲基-假尿苷、5-羧基羟甲基-尿苷、5-羧基羟甲基-尿苷甲酯、5-甲氧基羰基甲基-尿苷，5-甲氧基羰基甲基-2-硫代-尿苷、5-氨基甲基-2-硫代-尿苷、5-甲基氨基甲基-尿苷、5-甲基氨基甲基-2-硫代-尿苷、5-甲基氨基甲基-2-硒代-尿苷、5-氨基甲酰基甲基-尿苷、5-羧甲基氨基甲基-尿苷、5-羧基甲基氨基甲基-2-硫代-尿苷、5-丙炔基-尿苷、1-丙炔基-假尿苷、5-牛磺酸甲基-尿苷、1-牛磺酸甲基-假尿苷、5-牛磺酸甲基-2-硫代尿苷、1-牛磺酸甲基-4-硫代-伪尿苷、5-甲基-尿苷、1-甲基-伪尿苷、5-甲基-2-硫代-尿苷、1-甲基-4-硫代-伪尿苷、4-硫代-1-甲基-假尿苷、3-甲基-假尿苷、2-硫代-1-甲基-假尿苷、1-甲基-1-脱氮-假尿苷、2-硫代-1-甲基-1-脱氮-假尿苷、二氢芩苷、二氢假尿苷、5，6-二氢尿苷、5-甲基二氢尿苷、2-硫代二氢尿苷、2-硫代二氢假尿苷、2-甲氧基-尿苷、2-甲氧基-4-硫代-尿苷、4-甲氧基-假尿苷、4-甲氧基-2-硫代-假尿苷、N1-甲基-假尿苷、3-(3-氨基-3-羧丙基)尿苷、1-甲基-3-(3-氨基-3-羧基丙基假尿苷、5-(异戊烯基氨基甲基)尿苷、5-(异戊烯基氨基甲基])-2-硫代尿苷、a-硫代尿苷、2′-O-甲基-尿苷、5，2′-O-二甲基-尿苷、2′-O-甲基-假尿苷、2-硫代-2′-O-甲基-尿苷、5-甲氧基羰基甲基-2′-O-甲基-尿苷、5-氨基甲酰基甲基-2′-O-甲基-尿苷、5-羧甲基氨基甲基-2′-O-甲基-尿苷、3，2′-O-二甲基尿苷、5-(异戊烯基氨基甲基)-2′-O-甲基尿苷、1-硫代尿苷、脱氧胸苷、2′-F-ara-尿苷、2′-F-尿苷、2′-OH-ara-尿苷、5-(2-羧甲氧基乙烯基)尿苷、5-[3-(1-E-丙烯氨基)尿苷、吡唑并[3，4-d]嘧啶、黄嘌呤和次黄嘌呤。

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括修饰胞嘧啶。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰的胞嘧啶。示例性的化学修饰的胞嘧啶可包括5-氮杂-胞苷、6-氮杂-胞苷、假异胞苷、3-甲基-胞苷、N4-乙酰基-胞苷、5-甲酰基-胞苷、N4-甲基-胞苷、5-甲基-胞苷、5-卤代胞苷、5-羟甲基-胞苷、1-甲基-伪异胞苷、吡咯并-胞苷、吡咯-伪异胞苷、2-硫代-胞苷、2-硫代-5-甲基-胞苷、4-硫代-伪异胞苷、4-硫代-1-甲基-伪异胞苷、4-硫代-1-甲基-1-脱氮-伪异胞苷、1-甲基-1-脱氮-伪异胞苷、泽布拉林、5-氮杂-泽布拉林、5-甲基-泽布拉林、5-氮杂-2-硫代-泽布拉林、2-硫代-泽布拉林、2-甲氧基-胞苷、2-甲氧基-5-甲基-胞苷、4-甲氧基-伪异胞苷、4-甲氧基-1-甲基-伪异胞苷、赖氨酸、a-硫代-胞苷、2′-O-甲基胞苷、5，2′-O-二甲基胞苷、N4-乙酰基-2′-O-甲基胞苷、N4，2′-O-二甲基胞苷、5-甲酰基-2′-O-甲基-胞苷、N4，N4，2′-O-三甲基-胞苷、1-硫代-胞苷、2′-F-阿糖胞苷、2′-F-胞苷和2′-OH-阿糖胞苷。

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括修饰腺嘌呤。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰的腺嘌呤。示例性的化学修饰的腺嘌呤可以包括2-氨基-嘌呤、2，6-二氨基嘌呤、2-氨基-6-卤代-嘌呤(例如，2-氨基-6-氯-嘌呤)、6-卤代-嘌呤(例如，6-氯嘌呤)、2-氨基-6-甲基-嘌呤、8-叠氮基-腺苷、7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮-8-氮杂-腺嘌呤、7-脱氮-2-氨基-嘌呤、7-脱氮-8-氮杂-2-氨基-嘌呤、7-脱氮-2，6-二氨基嘌呤、7-脱氮-8-氮杂-2，6-二氨基嘌呤、1-甲基-腺苷、2-甲基-腺嘌呤、N6-甲基-腺苷、2-甲硫基-N6-甲基-腺苷、N6-异戊烯基-腺苷、2-甲硫基-N6-异戊烯基-腺苷、N6-(顺式-羟基异戊烯基)腺苷、2-甲硫基-N6-(顺式-羟基异戊烯基)腺苷、N6-甘氨酰氨基甲酰基-腺苷、N6-苏氨酰氨基甲酰基-腺苷、N6-甲基-N6-苏氨酰氨基甲酰基-腺苷、2-甲硫基-N6-苏氨酰氨基甲酰基-腺苷、N6，N6-二甲基-腺苷、N6-羟基正缬氨基甲酰基-腺苷、2-甲硫基-N6-羟基正缬氨基甲酰基-腺苷、N6-乙酰基-腺苷、7-甲基-腺嘌呤、2-甲硫基-腺嘌呤、2-甲氧基-腺嘌呤、a-硫代-腺苷、2′-O-甲基-腺苷、N6，2’-O-二甲基腺苷、N6-甲基-2′-脱氧腺苷、N6，N6，2’-O-三甲基腺苷、1，2′-O-二甲基腺苷、2′-O-核糖腺苷(磷酸盐)(Ar(p))、2-氨基-N6-甲基-嘌呤、1-硫代-腺苷、8-叠氮基-腺苷、2′-F-阿糖腺苷、2′-F-腺苷、2′-OH-阿糖腺苷和N6-(19-氨基-五氧杂环十二烷基)-腺苷。

在一些实施方案中，本文所述的化学修饰包括修饰鸟嘌呤。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一个化学修饰的鸟嘌呤。示例性的化学修饰的鸟嘌呤可包括肌苷、1-甲基-肌苷、怀俄苷、甲基怀俄苷、4-去甲基-怀俄苷、异怀俄苷、威布托辛、过氧化威布托辛、羟基威布托辛、未脱碘羟基威布糖、7-脱氮-鸟苷、奎乌苷、环氧奎乌苷、半乳糖基-奎乌苷、甘露糖基-奎乌苷、7-氰基-7-脱氮鸟苷、7-氨甲基-7-脱氮鸟苷、古嘌苷、7-脱氮-8-氮杂鸟苷、6-硫代-鸟苷、6-硫代-7-脱氮鸟苷、6-硫代-7-脱氮-8-氮杂-鸟苷、7-甲基-鸟苷、6-硫代-7-甲基-鸟苷、7-甲基-肌苷、6-甲氧基-鸟苷、1-甲基-鸟苷、N2-甲基-鸟苷、N2，N2-二甲基-鸟苷、N2，7-二甲基-鸟苷、N2，N2，7-二甲基-鸟苷、8-氧代-鸟苷、7-甲基-8-氧代-鸟苷、1-甲硫基-鸟苷、N2-甲基-6-硫代-鸟苷、N2，N2-二甲基-6-硫代-鸟苷、a-硫代-鸟苷、2′-O-甲基-鸟苷、N2-甲基-2′-O-甲基-鸟苷，N2，N2-二甲基-2′-O-甲基-鸟苷、1-甲基-2′-O-甲基-鸟苷、N2，7-二甲基-2′-O-甲基-鸟苷、2′-O-甲基-肌苷、1，2′-O-二甲基-肌苷、6-O-苯基-2′-脱氧肌苷、2′-O-核糖基鸟苷、1-硫代-鸟苷、6-O-甲基鸟苷、O⁶-甲基-2′-脱氧鸟苷、2′-F-阿糖胞苷和2′-F-鸟苷。

在一些情况下，寡核苷酸的化学修饰可包括将核酸类似物或非天然核酸引入或取代到寡核苷酸中。在一些实施方案中，核酸类似物可以是本文所述的任何一种化学修饰的核酸。所有这些都明确地通过引用整体并入。本文所述的化学修饰的核苷酸可以包括鸟苷、尿苷、腺苷、胸苷和胞嘧啶的变体，包括已被化学改变(例如通过乙酰化、甲基化、羟基化)的任何天然存在的或非天然存在的鸟苷、尿苷、腺苷、胸苷或胞苷。示例性的化学修饰的核苷酸可包括1-甲基-腺苷、1-甲基-鸟苷、1-甲基-肌苷、2，2-二甲基-鸟苷、2，6-二氨基嘌呤、2′-氨基-2′-脱氧腺苷、2′-氨基-2′-脱氧胞苷、2′-氨基-2′-脱氧鸟苷、2′-氨基-2′-脱氧尿苷、2-氨基-6-氯嘌呤核苷、2-氨基嘌呤核苷、2′-阿糖腺苷、2′-阿糖胞苷、2′-阿糖尿苷、2′-叠氮基-2′-脱氧腺苷、2′-叠氮基-2′-脱氧胞苷、2′-叠氮基-2′-脱氧鸟苷、2′-叠氮基-2′-脱氧尿苷、2-氯腺苷、2′-氟-2′-脱氧腺苷、2′-氟-2′-脱氧胞苷、2′-氟-2′-脱氧鸟苷、2′-氟-2′-脱氧尿苷、2′-氟胸苷、2-甲基-腺苷、2-甲基-鸟苷、2-甲基-硫代-N6-异戊烯基-腺苷、2′-O-甲基-2-氨基腺苷、2′-O-甲基-2′-脱氧腺苷、2′-O-甲基-2′-脱氧胞苷、2′-O-甲基-2′-脱氧鸟苷、2，-O-甲基-2′-脱氧尿苷、2′-O-甲基-5-甲基尿苷、2′-O-甲基肌苷、2′-O-甲基假尿苷、2-硫代胞苷、2-硫代胞苷、3-甲基胞苷、4-乙酰基胞苷、4-硫代尿苷、5-(羧羟甲基)-尿苷、5，6-二氢尿苷、5-氨基烯丙基胞苷、5-氨基烯丙基脱氧尿苷、5-溴尿苷、5-羧甲基氨基甲基-2-硫代尿嘧啶、5-羧甲基氨基甲基尿嘧啶、5-氯-阿糖胞苷、5-氟尿苷、5-碘尿苷、5-甲氧基羰基甲基-尿苷、5-甲氧基-尿苷、5-甲基-2-硫代-尿苷、6-氮杂胞苷、6-氮杂尿苷、6-氯-7-脱氮-鸟苷、6-氯嘌呤核苷、6-巯基-鸟苷、6-甲基-巯基嘌呤-核苷、7-脱氮-2′-脱氧鸟苷、7-脱氮腺苷、7-甲基鸟苷、8-氮杂腺苷、8-溴腺苷、8-溴鸟苷、8-巯基鸟苷、8-氧代鸟苷、苯并咪唑核苷、β-D-甘露糖基-辫苷、二氢-尿苷、肌苷、N1-甲基腺苷、N6-([6-氨基己基]氨基甲酰甲基)-腺苷、N6-异戊烯基-腺苷、N6-甲基-腺苷、N7-甲基-黄苷、N-尿嘧啶-5-羟基乙酸甲酯、嘌呤霉素、辫苷、尿嘧啶-5-羟基乙酸、尿嘧啶-5-羟基乙酸甲酯、威布托辛、黄嘌呤核苷和木腺苷。在一些实施方案中，本文所述的化学修饰的核酸包含选自以下的至少一个化学修饰的核苷酸：2-氨基-6-氯嘌呤核苷-5′-三磷酸、2-氨基嘌呤-核苷-5′-三磷酸、2-氨基腺苷-5’-三磷酸、2′-氨基-2′-脱氧胞苷三磷酸、2-硫胞苷-5′-三磷酸、2-硫尿苷-5′-三磷酸、2′-氟胸苷-5′-三磷酸、2′-O-甲基-肌苷-5′-三磷酸、4-硫尿苷-5′-三磷酸、5-氨基烯丙基胞苷-5′-三磷酸、5-氨基烯丙基尿苷-5′-三磷酸、5-溴胞苷-5′-三磷酸、5-溴尿苷-5′-三磷酸、5-溴-2′-脱氧胞苷-5′-三磷酸、5-溴-2′-脱氧尿苷-5′-三磷酸、5-碘胞苷-5′-三磷酸、5-碘-2′-脱氧胞苷-5′-三磷酸、5-碘尿苷-5′-三磷酸、5-碘-2′-脱氧尿苷-5′-三磷酸、5-甲基胞苷-5′-三磷酸、5-甲基尿苷-5′-三磷酸、5-丙炔基-2′-脱氧胞苷-5′-三磷酸、5-丙炔基-2′-脱氧尿苷-5′-三磷酸、6-氮杂胞苷-5′-三磷酸、6-氮杂尿苷-5′-三磷酸、6-氯嘌呤核苷-5′-三磷酸、7-脱氮腺苷-5′-三磷酸、7-脱氮鸟苷-5′-三磷酸、8-氮杂腺苷-5′-三磷酸、8-叠氮腺苷-5′-三磷酸、苯并咪唑核苷-5′-三磷酸、N1-甲基腺苷-5′-三磷酸、N1-甲基鸟苷-5′-三磷酸、N6-甲基腺苷-5′-三磷酸、6-甲基鸟苷-5′-三磷酸、假尿苷-5′-三磷酸、嘌呤霉素-5′-三磷酸或黄苷-5′-三磷酸。在一些实施方案中，本文所述的化学修饰的核酸包含选自以下的至少一个化学修饰的核苷酸：吡啶-4-酮核糖核苷、5-氮杂-尿苷、2-硫代-5-氮杂-尿苷、2-硫代尿苷、4-硫代假尿苷、2-硫代假尿苷、5-羟基尿苷、3-甲基尿苷、5-羧甲基尿苷、1-羧甲基假尿苷、5-丙炔基尿苷、1-丙炔基假尿苷、5-牛磺酸甲基尿苷、1-牛磺酸甲基-假尿苷、5-牛磺酸甲基-2-硫代-尿苷、1-牛磺酸甲基-4-硫代-尿苷、5-甲基-尿苷、1-甲基-假尿苷、4-硫代-1-甲基-假尿苷、2-硫代-1-甲基-假尿苷、1-甲基-1-脱氮-假尿苷、2-硫代-1-甲基-1-脱氮-假尿苷、二氢尿苷、二氢假尿苷、2-硫代-二氢尿苷、2-硫代-二氢假尿苷、2-甲氧基尿苷、2-甲氧基-4-硫代-尿苷、4-甲氧基-假尿苷和4-甲氧基-2-硫代-假尿苷。在一些实施方案中，本文所述的人工核酸包含选自以下的至少一个化学修饰的核苷酸：5-氮杂胞苷、假异胞苷、3-甲基胞苷、N4-乙酰胞苷、5-甲酰基胞苷、N4-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、1-甲基假异胞苷、吡咯并胞苷、吡咯并假异胞苷、2-硫代-胞苷、2-硫代-5-甲基-胞苷、4-硫代-假异胞苷、4-硫代-1-甲基-假异胞苷、4-硫代-1-甲基-1-脱氮-假异胞苷、1-甲基-1-脱氮-假异胞苷、泽布拉林、5-氮杂-泽布拉林、5-甲基-泽布拉林、5-氮杂-2-硫代-泽布拉林、2-硫代-泽布拉林、2-甲氧基-胞苷、2-甲氧基-5-甲基-胞苷、4-甲氧基-假异胞苷和4-甲氧基-1-甲基-假异胞苷。在一些实施方案中，本文所述的化学修饰的核酸包含选自以下的至少一个化学修饰的核苷酸：2-氨基嘌呤、2，6-二氨基嘌呤、7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮-8-氮杂-腺嘌呤、7-脱氮-2-氨基嘌呤、7-脱氮-8-氮杂-2-氨基嘌呤、7-脱氮-2，6-二氨基嘌呤、7-脱氮-8-氮杂-2，6-二氨基嘌呤、1-甲基腺苷、N6-甲基腺苷、N6-异戊烯基腺苷、N6-(顺式-羟基异戊烯基)腺苷、2-甲硫基-N6-(顺式-羟基异戊烯基)腺苷、N6-甘氨酰氨甲酰腺苷、N6-苏氨酰氨甲酰腺苷、2-甲硫基-N6-苏氨酰氨甲酰腺苷、N6，N6-二甲基腺苷、7-甲基腺嘌呤、2-甲硫基腺嘌呤和2-甲氧基腺嘌呤。在其他实施方案中，本文所述的化学修饰的核酸包含选自以下的至少一个化学修饰的核苷酸：肌苷、1-甲基-肌苷、怀俄苷、怀丁苷、7-脱氮-鸟苷、7-脱氮-8-氮杂-鸟苷、6-硫代-鸟苷、6-硫代-7-脱氮鸟苷、6-硫代-7-脱氮-8-氮杂-鸟苷、7-甲基-鸟苷、6-硫代-7-甲基-鸟苷、7-甲基肌苷、6-甲氧基-鸟苷、1-甲基鸟苷、N2-甲基鸟苷、N2，N2-二甲基鸟苷、8-氧代-鸟苷、7-甲基-8-氧代-鸟苷、1-甲基-6-硫代-鸟苷、N2-甲基-6-硫代-鸟苷和N2，N2-二甲基-6-硫代-鸟苷。在某些实施方案中，本文所述的化学修饰的核酸包含选自以下的至少一个化学修饰的核苷酸：6-氮杂-胞苷、2-硫代-胞苷、α-硫代-胞苷、假-异-胞苷、5-氨基烯丙基-尿苷、5-碘-尿苷、N1-甲基-假尿苷、5，6-二氢尿苷、α-硫代-尿苷、4-硫代-尿苷、6-氮杂-尿苷、5-羟基-尿苷、脱氧-胸苷、5-甲基-尿苷、吡咯并胞苷、肌苷、α-硫代-鸟苷、6-甲基-鸟苷、5-甲基-胞苷、8-氧代-鸟苷、7-脱氮-鸟苷、N1-甲基-腺苷、2-氨基-6-氯-嘌呤、N6-甲基-2-氨基-嘌呤、假异胞苷、6-氯-嘌呤、N6-甲基-腺苷、α-硫代-腺苷、8-叠氮基-腺苷、7-脱氮-腺苷。

非天然核酸的修饰碱基包括但不限于尿嘧啶-5-基、次黄嘌呤-9基(I)、2-氨基腺嘌呤-9基、5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其它烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其它烷基衍生物、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-巯基、8-硫烷基、8-羟基和其它8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤代尤其是5-溴、5-三氟甲基和其它5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤和7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤和7-脱氮腺嘌呤和3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。某些非天然核酸，例如5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶和N-2取代的嘌呤、N-6取代的嘌呤、O-6取代的嘌呤、2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、那些增加双链体形成稳定性的核酸、通用核酸、疏水性核酸、混杂核酸、尺寸扩展的核酸、氟化核酸、5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶和N-2、N-6和O-6个取代的嘌呤，包括2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-甲基、腺嘌呤和鸟嘌呤的其他烷基衍生物、2-丙基以及腺嘌呤和鸟嘌呤的其他烷基衍生物、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶、5-卤代胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH₃)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、嘧啶核酸的其他炔基衍生物、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-硫醇、8-硫烷基、8-羟基和其他8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤，5-卤素，特别是5-溴、5-三氟甲基、其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基-腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤、8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤、3-脱氮腺嘌呤、三环嘧啶、吩噁嗪胞苷([5，4-b][1，4]苯并噁嗪-2(3H)-酮)、吩噻嗪胞苷(1H-嘧啶[5，4-b][1，4]苯并噻嗪-2(3H)-酮)、G-夹、吩噁嗪胞苷(例如9-(2-氨基乙氧基)-H-嘧啶基[5，4-b][1，4]苯并噁嗪-2(3H)-酮)、咔唑胞苷(2H-嘧啶基[4，5-b]吲哚-2-酮)、吡啶并吲哚胞苷(H-吡啶并[3′，2′：4，5]吡咯并[2，3-d]嘧啶-2-酮)、嘌呤或嘧啶碱基被其他杂环取代的化合物、7-脱氮腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基吡啶、2-吡啶酮、氮杂胞嘧啶、5-溴胞嘧啶、溴尿嘧啶、5-氯胞嘧啶、氯化胞嘧啶、环胞嘧啶、胞嘧啶阿糖苷、5-氟胞嘧啶、氟嘧啶、氟尿嘧啶、5，6-二氢胞嘧啶、5-碘胞嘧啶、羟基脲、碘尿嘧啶、5-硝基胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-氟尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、2-氨基腺嘌呤、6-硫代鸟嘌呤、2-硫代胸腺嘧啶、4-硫代胸腺嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、4-硫代尿嘧啶、N4-乙基胞嘧啶、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮-8-氮鸟嘌呤、5-羟基胞嘧啶、2′-脱氧尿苷或2-氨基-2′-脱氧腺苷。

在一些情况下，至少一个化学修饰包括化学修饰寡核苷酸的5′或3′末端，例如5′帽或3′尾。在一些实施方案中，寡核苷酸包含包含3′核苷酸的化学修饰，其可以例如通过掺入本文所述的一个或多个修饰的核苷酸而稳定以防止降解。在该实施方案中，尿苷可以被修饰的尿苷例如5-(2-氨基)丙基尿苷和5-溴尿苷或本文所述的任何修饰的尿苷替换；腺苷和鸟苷可以被修饰的腺苷和鸟苷替换，例如用在8位上的修饰，例如8-溴鸟苷，或用本文描述的任何修饰的腺苷或鸟苷替换。在一些实施方案中，脱氮核苷酸，例如7-脱氮-腺苷，可以掺入gRNA中。在一些实施方案中，O-和N-烷基化核苷酸，例如N6-甲基腺苷，可以掺入gRNA中。在一些实施方案中，可以掺入糖修饰的核糖核苷酸，例如，其中2′OH-基团被选自H、-OR、-R(其中R可以是例如烷基、环烷基、芳基、芳烷基、杂芳基或糖)、卤素、-SH、-SR(其中R可以是例如烷基、环烷基、芳基、芳烷基、杂芳基或糖)、氨基(其中氨基可以是例如NH₂；烷基氨基、二烷基氨基、杂环基、芳基氨基、二芳基氨基、杂芳基氨基、二杂芳基氨基或氨基酸)；或氰基(-CN)的基团替换。在一些实施方案中，磷酸主链可以如本文所述被修饰，例如用硫代磷酸酯基团修饰。在一些实施方案中，gRNA突出区中的核苷酸可以各自独立地是修饰的或未修饰的核苷酸，包括但不限于2′-糖修饰，例如2-F 2′-O-甲基、胸苷(T)、2′-O-甲氧基乙基-5-甲基尿苷(Teo)、2′-O-甲氧基乙基腺苷(Aeo)、2′-O-甲氧基乙基-5-甲基胞苷(m5Ceo)或其任意组合。

在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸在结合至靶RNA后，更特异性地募集内源核酸酶以降低靶RNA的表达，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸在募集内源性核酸酶以降低靶RNA表达方面具有至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多特异性，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。

在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸对于通过水解降解的抗性增加，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸对于通过水解降解具有至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多抗性，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。

在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸对于通过核酸酶消化降解的抗性增加，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸对于通过核酸酶消化降解具有至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多抗性，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。

在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸诱导较少的免疫原性，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸诱导的免疫原性相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸对于诱导免疫原性具有至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多不大可能性，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。

在一些实施方案中，相对于共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸诱导较少的先天免疫应答，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸诱导的先天免疫应答相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸对于诱导先天免疫应答具有至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多不大可能性，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。

在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸诱导的靶RNA的脱靶调节相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸与靶RNA接触时不太可能诱导靶RNA的脱靶调节，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。在一些实施方案中，与共享同一核酸序列但没有任何化学修饰的寡核苷酸诱导的脱靶调节相比，包含至少一个化学修饰的寡核苷酸对于诱导脱靶调节具有至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多不大可能性，其中寡核苷酸包含至少一个化学修饰。

递送方法

在一些实施方案中，本文描述了将本文所述的寡核苷酸递送至细胞的方法。在一些实施方案中，该方法包括将寡核苷酸直接或间接递送至细胞。在一些实施方案中，该方法包括使细胞与本文所述的组合物或寡核苷酸接触。在一些实施方案中，该方法包括在细胞中表达本文所述的组合物或寡核苷酸。在一些实施方案中，可以通过本文描述的任何转染方法将寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体递送至细胞中。在一些实施方案中，可以通过使用表达载体将寡核苷酸递送至细胞中。在表达载体的情况下，可以通过本领域的任何方法容易地将载体引入本文所述的细胞中。例如，可以通过物理、化学或生物手段将表达载体转移至细胞中。

用于将寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体引入细胞的物理方法可包括磷酸钙沉淀、脂转染、粒子轰击、显微注射、基因枪、电穿孔等。用于产生包含载体和/或外源核酸的细胞的方法适用于本文的方法。将寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体引入宿主细胞的一种方法是磷酸钙转染。

用于将寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体引入细胞的化学手段可包括胶体分散系统，例如大分子复合物、纳米胶囊、微球、珠子和基于脂质的系统，包括水包油乳液、胶束、混合胶束、球形核酸(SNA)、脂质体或脂质纳米颗粒。用作体外和体内递送载体的示例性胶体系统是脂质体(例如，人工膜囊泡)。其他最先进的核酸靶向递送方法是可用的，例如用靶向纳米颗粒或其他合适的亚微米大小的递送系统递送寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体。

在使用非病毒递送系统的情况下，示例性递送载体是脂质体。考虑使用脂质制剂将寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体引入细胞中(体外、离体或体内)。在另一个方面，寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体可以与脂质结合。在一些实施方案中，将与脂质结合的寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体封装在脂质体的水性内部中，散布在脂质体的脂质双层内，通过与脂质体和寡核苷酸结合的连接分子附着至脂质体，包埋在脂质体中，与脂质体复合，分散在含有脂质的溶液中，与脂质混合，与脂质组合，作为悬浮液包含在脂质中，与胶束包含或复合，或以其他方式与脂质结合。脂质、脂质/DNA或脂质/表达载体相关组合物不限于溶液中的任何特定结构。例如，在一些实施方案中，它们以双层结构存在，如胶束，或具有“塌陷”结构。或者，它们只是散布在溶液中，可能形成尺寸或形状不均匀的聚集体。脂质是脂肪物质，其在一些实施方案中是天然存在的或合成的脂质。例如，脂质包括天然存在于细胞质中的脂肪滴以及含有长链脂肪族烃及其衍生物的一类化合物，例如脂肪酸、醇、胺、氨基醇和醛。

适合使用的脂质是从商业来源获得的。氯仿或氯仿/甲醇中的脂质储备溶液通常储存在约-20℃。氯仿被用作唯一的溶剂，因为它比甲醇更容易蒸发。“脂质体”是一个通用术语，涵盖通过生成封闭的脂质双层或聚集体而形成的各种单层和多层脂质载体。脂质体通常被表征为具有带有磷脂双层膜和内部水介质的囊泡结构。多层脂质体具有由水介质分隔的多个脂质层。当磷脂悬浮在过量的水溶液中时，它们会自发形成。脂质成分在形成封闭结构之前进行自我重排，并在脂质双层之间截留水和溶解的溶质。然而，也包括在溶液中具有与正常囊泡结构不同的结构的组合物。例如，在一些实施方案中，脂质呈现胶束结构或仅作为脂质分子的不均匀聚集体存在。还考虑了脂质胺-核酸复合物。

在一些情况下，非病毒递送方法包括脂质转染、核转染、显微注射、生物射弹、病毒体、脂质体、免疫脂质体、外来体、聚阳离子或脂质：货物缀合物(或聚集体)、裸露多肽(例如重组多肽)、裸露DNA、人工病毒粒子以及药物增强的多肽或DNA摄取。在一些实施方案中，递送方法包括将本文所述的组合物或寡核苷酸与至少一种聚合物例如天然聚合物或合成材料缀合或封装。该聚合物可以是生物相容的或可生物降解的。合适的生物相容性、可生物降解的合成聚合物的非限制性实例可包括脂族聚酯、聚(氨基酸)、共聚(醚-酯)、聚亚烷基草酸酯、聚酰胺、聚(亚氨基碳酸酯)、聚原酸酯、聚氧酯、聚酰胺酯、含有胺基的聚氧酯和聚(酸酐)。此类合成聚合物可以是多种不同单体的均聚物或共聚物(例如无规、嵌段、分段、接枝)，例如乳酸、丙交酯、乙醇酸、乙交酯、ε-己内酯、三亚甲基碳酸酯、对二氧环己酮等中的两种或更多种。在一个实例中，支架可以由包含乙醇酸和乳酸的聚合物组成，例如乙醇酸与乳酸的比率为90/10或5/95的那些。天然存在的生物相容性、可生物降解聚合物的非限制性实例可包括糖蛋白、蛋白聚糖、多糖、糖胺聚糖(GAG)和衍生自这些组分的片段、弹性蛋白、层粘连蛋白、decrorin、纤维蛋白原/纤维蛋白、纤连蛋白、骨桥蛋白、腱蛋白、透明质酸、胶原蛋白、硫酸软骨素、肝素、硫酸乙酰肝素、ORC、羧甲基纤维素和甲壳素。

在一些情况下，本文所述的寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体可以被包装并通过细胞外囊泡递送至细胞。细胞外囊泡可以是任何膜结合颗粒。在一些实施方案中，细胞外囊泡可以是由至少一个细胞分泌的任何膜结合颗粒。在一些情况下，细胞外囊泡可以是体外合成的任何膜结合颗粒。在一些情况下，细胞外囊泡可以是在没有细胞的情况下合成的任何膜结合颗粒。在一些情况下，细胞外囊泡可以是外泌体、微囊泡、逆转录病毒样颗粒、凋亡小体、凋亡体、癌小体、外泌体、包膜病毒、外泌体或其他非常大的细胞外囊泡。

在一些情况下，可以通过使用通过首先将寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体引入同种异体或自体细胞中而产生的转基因细胞，将本文所述的寡核苷酸或编码寡核苷酸的载体施用于有需要的受试者。在一些情况下，可以分离细胞。在一些实施方案中，可以从受试者分离细胞。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸是缀合的。在一些实施方案中，寡核苷酸与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸5′端与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸3′端与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸的任何核酸残基处与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。在一些实施方案中，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物赋予治疗效果。例如，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物可以是细胞毒性药物或用于治疗癌症的药物。例如，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物增加了寡核苷酸与内源性核酸结合的效率。在一些实施方案中，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物赋予寡核苷酸对特定类型的细胞(例如癌细胞等)的靶向特异性。在一些实施方案中，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物赋予寡核苷酸在体外、离体或体内的稳定性。例如，寡核苷酸可以与聚乙二醇(PEG)或内体溶解剂缀合以降低免疫原性或降解。在一些实施方案中，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物促进寡核苷酸进入细胞。在一些实施方案中，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物促进和释放寡核苷酸到细胞中。在一些实施方案中，与寡核苷酸缀合的肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物包含至少一个用于靶向细胞的靶向部分。靶向部分的非限制性实例包括信号肽、趋化因子、趋化因子受体、粘附分子、抗原或抗体。

用于将寡核苷酸缀合至肽、抗体、脂质或聚合物的接头可以是连接生物分子的任何接头。在一些实施方案中，本文所述的接头是可切割接头或不可切割接头。在一些情况下，接头是可切割接头。在其他情况下，接头是不可切割接头。在一些情况下，接头是非聚合接头。非聚合接头是指不包含由聚合过程产生的单体重复单元的接头。在一些实施方案中，接头包含肽部分。在一些情况下，肽部分包含至少2、3、4、5或6个以上氨基酸残基。在一些实施方案中，接头包含苯甲酸基团或其衍生物。在一些实施方案中，接头可包含核酸接头，例如DNA接头。在这种情况下，肽、抗体、脂质或聚合物可以缀合在核酸接头的一端上或插入到核酸接头的核酸碱基配对中。在一些实施方案中，接头可以是肽接头。肽接头可以是柔性的(例如，聚甘氨酸接头)或刚性的(例如，EAAAK重复接头，SEQ ID NO：35502)。在一些实施方案中，肽接头可以被切割(例如，二硫键)。在一些实施方案中，接头包含聚合物，例如PEG、聚乳酸(PLA)或聚丙烯酸(PAA)。

治疗方法

在一些实施方案中，本文公开了调节癌细胞中KRAS介导的信号传导途径的方法，其通过用包含本文所述的反义寡核苷酸、组合物或药物组合物的组合物治疗或接触癌细胞，从而减少癌细胞中SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达。在一些实施方案中，本文还公开了通过向受试者施用治疗有效量的本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物来治疗有需要的受试者的方法。在一些实施方案中，该方法包括施用至少一种另外的活性成分作为用于治疗疾病或疾患的组合疗法。在一些实施方案中，该方法通过调节受试者中的基因表达或信号传导途径表达来治疗受试者。在一些实施方案中，该方法包括通过使内源性核酸(例如内源性mRNA)与本文所述的寡核苷酸接触来降低基因表达。在一些实施方案中，该方法包括通过使SOS1或SOS2的mRNA与本文所述的寡核苷酸接触来减少受试者或癌细胞中的SOS1、SOS2或SOS1和SOS2的组合，其中寡核苷酸与mRNA的结合募集用于降解mRNA的内源性核酸酶。在一些实施方案中，该方法包括降低信号传导途径例如KRAS介导的信号传导途径的表达。在一些实施方案中，该方法包括降低KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径中的基因表达或活性。

在一些实施方案中，寡核苷酸、组合物或药物组合物可以单独施用于受试者(例如，独立治疗)。在一些实施方案中，寡核苷酸、组合物或药物组合物与另外的药剂(例如，本文所述的活性成分)组合施用。在一些情况下，本文所用的另外的药剂单独施用。寡核苷酸、组合物或药物组合物和另外的药剂可以一起或顺序施用。另外的药剂的非限制性实例包括N-(2-(4-(4-双(2-氯乙基)氨基苯基)丁酰)氨基乙基)-5-(4-脒基苯基)-2-呋喃甲酰胺盐酸盐；异硫氰酸烯丙酯；异硫氰酸苄酯；异硫氰酸苯乙酯；贝利诺他；小檗碱；蓖麻素；白杨素；蟾蜍灵；漆黄素；褐藻糖胶；没食子酸；吉西他滨；桂枝茯苓汤；JOTO1007；槲皮素；拉斯福宁；2，3，7，8-四氯二苯并二恶英；雷公藤甲素；4-羟基丁烯内酯；或其组合。在一些实施方案中，至少一种另外的药剂或成分包含KRAS抑制剂。在一些实施方案中，至少一种另外的药剂或成分包含RAF抑制剂。在一些实施方案中，至少一种另外的药剂或成分包含MEK抑制剂。在一些实施方案中，至少一种另外的药剂或成分包含ERK抑制剂。在一些实施方案中，至少一种另外的药剂或成分包含SH2抑制剂。组合疗法可以在同一天内施用，或者可以间隔一天或多天、几周、几个月或几年施用。

在一些实施方案中，寡核苷酸、组合物或药物组合物是疾病或疾患的一线治疗。在一些实施方案中，寡核苷酸、组合物或药物组合物是二线、三线或四线治疗。在一些实施方案中，寡核苷酸、组合物或药物组合物包含至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10、20、30个或更多个寡核苷酸。一般而言，本文公开的方法包括通过口服施用来施用寡核苷酸、组合物或药物组合物。然而，在一些情况下，方法包括通过腹膜内注射施用寡核苷酸、组合物或药物组合物。在一些情况下，该方法包括以肛门栓剂的形式施用药物组合物。在一些情况下，该方法包括通过静脉内(“i.v.”)施用来施用寡核苷酸、组合物或药物组合物。可以想象的是，还可以通过其他途径施用本文公开的寡核苷酸、组合物或药物组合物，例如皮下注射、肌内注射、皮内注射、经皮注射、经皮施用、鼻内施用、淋巴内注射、直肠施用、胃内施用、或任何其他合适的肠胃外施用。在一些实施方案中，与全身途径相比，更接近损伤或炎症部位的局部递送途径是优选的。可以调整施用治疗剂的途径、剂量、时间点和持续时间。在一些实施方案中，治疗剂的施用是在疾病或疾患的急性和慢性症状之一或两者发作之前或之后。

向受试者施用的合适剂量和剂量由以下因素确定，包括但不限于特定的寡核苷酸、组合物或药物组合物、疾病状况及其严重程度、需要治疗的受试者的身份(例如体重、性别、年龄)，并且可以根据病例周围的特定情况来确定，包括例如所施用的具体药剂、施用途径、所治疗的疾患和所治疗的受试者。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的施用是每小时一次、每2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、1年、2年、3年、4年、或5年、或10年一次。有效剂量范围可以根据受试者对治疗的反应进行调整。一些施用途径将需要比其他途径更高浓度的有效量的治疗剂。

在一些实施方案中，施用本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物使受试者的存活率增加至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的施用剂量使受试者的存活率增加至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的施用时间表使受试者的存活率增加至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的施用剂量和时间表使受试者的存活率增加至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。

在一些实施方案中，施用本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物抑制肿瘤生长至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的施用剂量使肿瘤生长抑制至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的施用时间表使肿瘤生长抑制至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的施用剂量和时间表使肿瘤生长抑制至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、30％、40％、50％或更多。

在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物对受试者的施用剂量足以抑制肿瘤生长。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物对受试者的施用时间表足以抑制肿瘤生长。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物对受试者的施用剂量和时间表足以抑制肿瘤生长。

在某些实施方案中，当受试者的状况没有改善时，根据医生的判断，药物组合物的施用是长期施用的，即，持续较长的一段时间，包括在受试者的整个生命中，以便改善或以其他方式控制或限制受试者的疾病或疾患的症状。在其中受试者的状态确实改善的某些实施方案中，所施用的药物组合物的剂量可以暂时减少或暂时暂停一定长度的时间(即“药物假期”)。在具体实施方案中，药物假期的长度在2天和1年之间，仅作为示例，包括2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、12天、15天、20天、28天或超过28天。仅作为示例，药物假期期间的剂量减少是10％-100％，仅作为示例，包括10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％和100％。在某些实施方案中，所施用的药物组合物的剂量可以暂时减少或暂时暂停一定长度的时间(即“药物转移”)。在具体实施方案中，药物组合物转移的长度在2天和1年之间，仅作为示例，包括2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、12天、15天、20天、28天或超过28天。仅作为示例，药物组合物转移期间的剂量减少是10％-100％，仅作为示例，包括10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％和100％。在合适的时间长度之后，任选地恢复正常的给药方案。

在一些实施方案中，一旦受试者的状况出现改善，如果需要，则施用维持剂量。随后，在具体的实施方案中，根据症状，将施用的剂量或频率或两者减少至保持改善的疾病、病症或疾患的水平。然而，在某些实施方案中，一旦症状复发，受试者就需要长期间歇性治疗。

此类治疗方案的毒性和治疗功效通过标准制药程序在细胞培养物或实验动物中测定，包括但不限于LD50和ED50的测定。毒性与治疗作用之间的剂量比为治疗指数并且它可表示为LD50/ED50比。在某些实施方案中，从细胞培养测定和动物研究获得的数据用于制定用于哺乳动物(包括人类)的治疗有效日剂量范围和/或治疗有效单位剂量。在一些实施方案中，本文所述组合物的日剂量量位于包括ED50的具有最小毒性的循环浓度范围内。在某些实施方案中，日剂量范围和/或单位剂量量在该范围内变化，这取决于所采用的剂型和所使用的施用途径。

在一些实施方案中，本文所述的疾病或疾患是癌症。在一些实施方案中，癌症与SOS1相关。在一些实施方案中，癌症与SOS2相关。在一些实施方案中，癌症与KRAS相关。在一些实施方案中，癌症与KRAS介导的信号传导途径的异常相关。在一些实施方案中，癌症是肺癌、胰腺癌或结肠癌。癌症的其他非限制性实例可包括急性淋巴细胞白血病、急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)、腺样囊性癌、肾上腺癌、肾上腺皮质癌、成人白血病、艾滋病相关淋巴瘤、淀粉样变性、肛门癌、星形细胞瘤、共济失调毛细血管扩张症、非典型痣综合征、非典型畸形/横纹肌样肿瘤、基底细胞癌、胆管癌、Birt Hogg Dube综合征、膀胱癌、骨癌、脑肿瘤、乳腺癌、支气管肿瘤、伯基特淋巴瘤、类癌(胃肠道)、原发性不明癌、心脏(心脏)肿瘤、宫颈癌、胆管癌、脊索瘤、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性粒细胞白血病、慢性粒细胞白血病、慢性骨髓增生性肿瘤、结直肠癌、颅咽管瘤、皮肤T细胞淋巴瘤、导管癌、胚胎肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、神经母细胞瘤、尤文肉瘤、颅外生殖细胞瘤、性腺外生殖细胞肿瘤、眼癌、输卵管癌、骨纤维组织细胞瘤、恶性和骨肉瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠道类癌、胃肠间质瘤(GIST)、生殖细胞肿瘤、妊娠滋养细胞病、毛细胞白血病、头颈癌、肝细胞癌、HER2阳性乳腺癌、组织细胞增多症、朗格汉斯细胞、霍奇金淋巴瘤、咽部癌、眼内黑色素瘤、胰岛细胞瘤、幼年息肉病综合征、卡波西肉瘤、肾癌、朗格汉斯细胞组织细胞增多症、喉癌、白血病、唇口腔癌、肝癌、小叶癌、肺癌(非小细胞和小细胞)、淋巴瘤、恶性纤维骨组织细胞瘤和骨肉瘤、恶性神经胶质瘤、黑色素瘤、眼内黑色素瘤和脑膜瘤、默克尔细胞癌、间皮瘤、恶性转移性癌症、转移性鳞状颈癌伴隐匿性原发性癌、中线束癌、多发性内分泌肿瘤综合征、多发性骨髓瘤、浆细胞肿瘤、蕈样肉芽肿、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生性肿瘤、慢性鼻腔和鼻旁窦癌、鼻咽癌、神经母细胞瘤、神经内分泌肿瘤、非霍奇金淋巴瘤、口腔癌、唇和口腔癌和口咽癌、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、卵巢生殖细胞肿瘤、胰腺癌、胰腺神经内分泌肿瘤、乳头瘤病、副神经节瘤、鼻旁窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、腹膜癌、Peutz-Jeghers综合征、咽癌、嗜铬细胞瘤、垂体瘤、浆细胞肿瘤/多发性骨髓瘤、胸膜肺母细胞瘤、真性红细胞增多症、妊娠和乳腺癌、原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤、原发性腹膜癌、前列腺癌、直肠癌、复发性癌症、肾细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤、塞扎里综合征、皮肤癌、小肠癌、软组织肉瘤、实体瘤、皮肤鳞状细胞癌、颈部鳞状细胞癌伴隐匿性原发性转移性、胃癌、T细胞淋巴瘤、睾丸癌、喉癌、胸腺瘤、胸腺癌、甲状腺癌、肾盂和输尿管移行细胞癌、不寻常的儿童癌症、输尿管和肾盂、移行细胞癌、尿道癌、子宫(子宫内膜)癌、子宫肉瘤、阴道癌、血管肿瘤、外阴癌、肾母细胞瘤或其组合。

药物组合物

在一些实施方案中，本文描述了包含本文所述的寡核苷酸或组合物的药物组合物。本文所用的药物组合物是指药物组合物与其他化学成分(即药学上可接受的非活性成分)的混合物，所述其他化学成分例如载体、赋形剂、粘合剂、填充剂、悬浮剂、调味剂、甜味剂、崩解剂、分散剂、表面活性剂、润滑剂、着色剂、稀释剂、增溶剂、润湿剂、增塑剂、稳定剂、渗透促进剂、润湿剂、消泡剂、抗氧化剂、防腐剂或其一种或多种组合。任选地，组合物包括两种或更多种本文讨论的药物组合物。在实施本文提供的治疗或用途的方法中，将治疗有效量的本文所述的药物组合物以药物组合物的形式施用于患有待治疗的疾病、病症或疾患的哺乳动物，例如炎性疾病、纤维狭窄疾病和/或纤维化疾病。在一些实施方案中，所述哺乳动物是人。治疗有效量可以根据疾病的严重程度、受试者的年龄和相对健康状况、所用药物组合物的效力和其他因素而广泛变化。药物组合物可以单独使用或与一种或多种作为混合物组分的药物组合物组合使用。本文所述的药物组合物包含寡核苷酸、组合物、与寡核苷酸接触的细胞或与包含寡核苷酸的组合物接触的细胞，或其组合。

在一些实施方案中，本文所述的药物组合物的组成包含至少一种活性成分。在一些实施方案中，至少一种活性成分起到与本文所述的寡核苷酸的联合疗法的作用。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含癌症治疗剂。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含KRAS介导的信号传导途径(例如，KRAS-RAF-MEK-ERK信号传导途径)的调节剂。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含KRAS介导的信号传导途径的抑制剂。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含SOS的抑制剂。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含SOS1的抑制剂。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含SOS2的抑制剂。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含SOS1或SOS2的抑制剂。在一些实施方案中，至少一种活性成分包含SOS1和SOS2的抑制剂。在一些实施方案中，SOS抑制剂包含至少一种本文所述的寡核苷酸。在一些实施方案中，SOS抑制剂不包含本文所述的寡核苷酸。

本文所述的药物制剂通过适当的施用途径施用至受试者，所述施用途径包括但不限于静脉内、动脉内、口服、肠胃外、口腔、局部、透皮、直肠、肌内、皮下、骨内、经粘膜、吸入或腹膜内施用途径。本文所述的药物制剂包括但不限于水性液体分散体、自乳化分散体、固溶体、脂质体分散体、气雾剂、固体剂型、粉剂、立即释放制剂、控释制剂、速溶制剂、片剂、胶囊、丸剂、延迟释放制剂、延长释放制剂、脉冲释放制剂、多颗粒制剂以及混合立即释放和控释制剂。

包括药物组合物的药物组合物以常规方式制造，例如，仅举例而言，通过常规混合、溶解、制粒、糖衣丸制造、磨细、乳化、包囊、包埋或压缩方法。

药物组合物可以至少包含游离酸或游离碱形式或药学上可接受的盐形式的作为活性成分的药物组合物。另外，本文所述的方法和药物组合物包括使用N-氧化物(如果合适的话)、结晶形式、无定形相、以及这些化合物的具有相同类型活性的活性代谢物。在一些实施方案中，药物组合物以非溶剂化的形式或与药学上可接受的溶剂(诸如水、乙醇等)一起以溶剂化的形式存在。药物组合物的溶剂化形式还被认为将在本文公开。

在一些实施方案中，药物组合物作为互变异构体存在。所有互变异构体都包括在本文提出的药剂的范围内。因此，应当理解，药物组合物或其盐可以表现出互变异构现象，由此两种化合物能够通过在两个原子之间交换氢原子而容易地相互转化，与任一原子形成共价键。由于互变异构化合物彼此之间存在流动平衡，因此它们可以被视为相同化合物的不同异构形式。

在一些实施方案中，药物组合物以对映异构体、非对映异构体或其他立体异构形式存在。本文公开的药剂包括所有对映异构体、非对映异构体和差向异构体形式及其混合物。

在一些实施方案中，本文所述的药物组合物可以制备为前药。“前药”是指在体内转化为母体药物的药剂。前药通常是有用的，因为在某些情况下，它们比母体药物更容易施用。例如，它们可以通过口服获得生物利用度，而母体则不然。与母体药物相比，前药还可以在药物组合物中具有改善的溶解度。前药的实例但不限于本文所述的药物组合物，其作为酯(“前药”)施用以促进穿过细胞膜的传输，其中水溶性对流动性不利，但随后其被代谢水解为羧酸，即活性酶，一旦进入细胞内，水溶性是有利的。前药的另一个实例可能是与酸基键合的短肽(聚氨基酸)，其中肽被代谢以揭示活性部分。在某些实施方案中，当体内施用时，前药被化学转化为药物组合物的生物、药学或治疗活性形式。在某些实施方案中，前药通过一个或多个步骤或过程被酶促代谢为药物组合物的生物、药学或治疗活性形式。

药物组合物的前药形式包括在权利要求的范围内，其中前药在体内代谢产生本文所述的药剂。本文所述药物组合物的前药形式，其中前药在体内代谢以产生本文所述的药剂都包括在权利要求范围内。在一些情况下，本文所述的一些药物组合物可以是另一种衍生物或活性化合物的前药。在本文所述的一些实施方案中，腙在体内代谢以产生药物组合物。

药盒

在一些实施方案中，本文描述了用于使用本文所述的寡核苷酸、组合物或药物组合物的药盒。在一些实施方案中，本文公开的药盒可用于治疗受试者的疾病或疾患。在一些实施方案中，药盒包含除寡核苷酸、组合物或药物组合物之外的材料或组分的集合。在一些实施方案中，药盒包含用于测定和选择用于治疗疾病或疾患的合适寡核苷酸的组分。在一些实施方案中，药盒包含用于进行测定例如酶联免疫吸附测定(ELISA)、单分子阵列(Simoa)、PCR或qPCR的组分。药盒中配置的组分的确切性质取决于其预期目的。例如，一些实施方案被配置用于治疗受试者中的本文所公开的疾病或疾患(例如，癌症)。在一些实施方案中，药盒被特别配置用于治疗哺乳动物受试者。在一些实施方案中，药盒被特别配置用于治疗人受试者。

使用说明可包括在药盒中。在一些实施方案中，药盒包含用于向有需要的受试者施用组合物的说明书。在一些实施方案中，药盒包含用于进一步工程化寡核苷酸的说明书。在一些实施方案中，药盒包含解冻或以其他方式恢复寡核苷酸的生物活性的说明书，所述寡核苷酸可以在储存或运输期间被冷冻保存或冻干。在一些实施方案中，药盒包含用于测量其预期目的功效的说明书(例如，如果用于治疗受试者，则为治疗功效)。

任选地，药盒也含有其他有用组分，如稀释剂、缓冲剂、药学上可接受的载体、注射器、导管、施用器、移液或测量工具、绷带材料或其它有用随身用品。装配在药盒中的材料或组分可提供给操作者，以维持其可操作性和实用性的任何方便的且合适的方式保存。例如，寡核苷酸、组合物或药物组合物可以是溶解的、脱水的或冻干的形式。组分通常包含在合适的包装材料中。

使用绝对或顺序术语，例如“将”、“不会”、“将”、“不得”、“必须”、“不得”、“首先”、“首先”、“下一步”、“随后”、“之前”、“之后”、“最后”和“最后”并不意味着限制本文公开的本实施例的范围，而是作为示例。

如本文使用，单数形式“一个(种)”和“所述”意欲也包括复数形式，除非上下文明确另外指示。此外，就详细描述和/或权利要求中使用的术语“包括/包含(including/includes)”、“具有(having/has)”、“具有(with)”或其变体而言，这些术语意图以类似于术语“包含/包括(comprising)”的方式具有包容性。

如本文所使用的，短语“至少一个”、“一个或多个”和“和/或”是开放式表达，其在操作中既是合取的又是析取的。例如，表述“A、B和C中的至少一种”、“A、B或C中的至少一种”、“A、B和C中的一种或多种”、“A、B或C中的一种或多种”和“A、B和/或C”中的每一个是指单独的A、单独的B、单独的C、A和B一起、A和C一起、B和C一起、或者A、B和C一起。

如本文所使用的，“或”可以指“和”、“或”或“和/或”并且可以排他地或包含地使用。例如，术语“A或B”可以指“A或B”、“A但不是B”、“B但不是A”以及“A和B”。在一些情况下，上下文可能决定特定的含义。

本文所述的任何系统、方法、软件和平台都是模块化的。因此，诸如“第一”和“第二”之类的术语不一定意味着优先级、重要性顺序或行为顺序。

当提及数字或数值范围时，术语“约”意味着所提及的数字或数值范围是实验变异性内(或统计实验误差内)的近似值，并且该数字或数值范围可以变化，例如，规定数字或数值范围的1％至15％。在实例中，术语“约”是指指定数字或值的±10％。

本文使用的术语“增加”、“增加”或“增加”通常意指静态显著量的增加。在一些方面，术语“增加”或“增加”意指与参考水平相比增加至少10％，例如与参考水平、标准或对照相比，增加至少约10％、至少约20％或至少约30％、或至少约40％、或至少约50％、或至少约60％、或至少约70％、或至少约80％、或至少约90％或高达并包括增加100％或10-100％之间的任何增加。“增加”的其他实例包括与参考水平相比增加至少2倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍、至少50倍、至少100倍、至少1000倍或更多。

术语“降低”、“降低”或“降低”在文中通常用于表示降低统计学上显著量。在一些方面，“降低”或“降低”意指与参考水平相比降低至少10％，例如与参考水平相比，降低至少约20％或至少约30％、或至少约40％、或至少约50％、或至少约60％、或至少约70％、或至少约80％、或至少约90％或高达并包括降低100％(例如，与参考水平相比，不存在水平或检测不到水平)或10-100％之间的任何降低。在标记物或症状的上下文中，这些术语是指这种水平的统计上显著的降低。该降低可以是，例如，至少10％、至少20％、至少30％、至少40％或更多，并且优选降低至对于没有给定疾病的个体的正常范围内可接受的水平。

虽然本发明的优选实施方案已在本文显示和描述，此类实施方案仅以举例的方式提供，这对本领域的技术人员将是显而易见的。并非意图将本发明限于说明书内提供的具体示例。虽然已经参考上述说明书描述了本发明，但是这里的实施方案的描述和图示并不意味着被解释为限制意义。在不偏离本发明的情况下本领域技术人员现将进行各种变型、变化和替换。此外，应当理解，本发明的所有方面不限于本文阐述的取决于各种条件和变量的具体描述、构造或相对比例。应当理解可将本文描述的发明方面的各种替代方案用于实施本发明。因此，应考虑本发明还应覆盖任何这样的替代、修改、变化或等同物。意图以下权利要求限定本发明的范围并且这些权利要求及其等同物范围内的方法和结构因此被涵盖。

实施方案

实施方案1.一种组合物，其包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸。

实施方案2.根据实施方案1所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸特异性地结合至所述SOS1 mRNA。

实施方案3.根据实施方案1或实施方案2所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：1-8847或SEQ IDNO：10001-18847。

实施方案4.根据实施方案1-3中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：751、869-874、966、1038、1085-1086、1378-1379、1937-1948、2018-2023、2483-2491、2569-2575、2805-2806、2969-2971、3101-3102、3278-3280、3510、3554-3562、5140-5141、10751、10869-10874、10966、11038、11085-11086、11378-11379、11937-11948、12018-12023、12483-12491、12569-12575、12805-12806、12969-12971、13101-13102、13278-13280、13510、13554-13562或15140-15141。

实施方案5.根据实施方案1所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸特异性地结合至所述SOS2 mRNA。

实施方案6.根据实施方案1或实施方案5所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494。

实施方案7.根据实施方案1-6中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含12-30个核苷酸的长度。

实施方案8.根据实施方案1-7中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含间隙区段和翼区段。

实施方案9.根据实施方案8所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含5’-翼区段和3’-翼区段。

实施方案10.根据实施方案9所述的组合物，其中所述5’-翼区段和3’-翼区段中的每一个都是三个连接的核苷酸。

实施方案11.根据实施方案1-10中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。

实施方案12.根据实施方案11所述的组合物，其中所述至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖、乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。

实施方案13.根据实施方案11所述的组合物，其中所述至少一个修饰的核苷酸间连键包含硫代磷酸酯连键或二硫代磷酸酯连键。

实施方案14.根据实施方案1-13中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含磷酰二胺吗啉代寡聚物(PMO)、锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖。

实施方案15.根据实施方案1-14中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。

实施方案16.根据实施方案15所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸通过接头与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。

实施方案17.根据实施方案1-16中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含特异性地结合至SOS1 mRNA的反义寡核苷酸和特异性地结合至SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。

实施方案18.根据实施方案1-17中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含能够结合至SOS1 mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。

实施方案19.根据实施方案1-18中任一项所述的组合物，其中所述组合物还包含赋形剂。

实施方案20.根据实施方案1-18中任一项所述的组合物，其中所述组合物被配制成用于肠胃外或鼻腔施用。

实施方案21.一种在有需要的癌细胞中调节KRAS介导的信号传导途径的方法，其包括：用包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸的组合物治疗癌细胞，从而降低癌细胞中SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达。

实施方案22.根据实施方案21所述的方法，其中所述癌细胞是肺癌细胞、胰腺癌细胞或结肠癌细胞。

实施方案23.根据实施方案21-22中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：1-8847或SEQ IDNO：10001-18847。

实施方案24.根据实施方案21-23中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：751、869-874、966、1038、1085-1086、1378-1379、1937-1948、2018-2023、2483-2491、2569-2575、2805-2806、2969-2971、3101-3102、3278-3280、3510、3554-3562、5140-5141、10751、10869-10874、10966、11038、11085-11086、11378-11379、11937-11948、12018-12023、12483-12491、12569-12575、12805-12806、12969-12971、13101-13102、13278-13280、13510、13554-13562或15140-15141。

实施方案25.根据实施方案21-24中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：20001-25494或30001-35494。

实施方案26.根据实施方案21-25中任一项所述的方法，其中所述组合物包含特异性地结合至SOS1的反义寡核苷酸和特异性地结合至SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。

实施方案27.根据实施方案21-26中任一项所述的方法，其中所述组合物包含能够结合至SOS1 mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。

实施方案28.根据实施方案21-27中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。

实施方案29.根据实施方案21-28中任一项所述的方法，其中所述至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)、锁定核酸(LNA)、限制性乙基(cEt)糖或乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。

实施方案30.根据实施方案21中任一项所述的方法，其中治疗后SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达降低至少30％、至少40％、至少50％。

实施方案31.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，所述方法包括：向所述受试者施用根据实施方案1-20中任一项所述的组合物，从而治疗受试者中的癌症。

实施方案32.根据实施方案31所述的方法，其中所述癌症与KRAS介导的信号传导途径的异常相关。

实施方案33.根据实施方案31所述的方法，其中所述癌症是肺癌、胰腺癌或结肠癌。

实施方案34.根据实施方案31所述的方法，其中所述组合物以足以使受试者的存活率增加至少5％的剂量和时间表向所述受试者施用。

实施方案35.根据实施方案31所述的方法，所述组合物以足以抑制肿瘤生长的剂量和时间表向所述受试者施用。

实施例

以下说明性实施例代表本文描述的刺激、系统和方法的实施方案，并且不意味着以任何方式进行限制。

实施例1.调节SOS表达

细胞培养条件和体外转染

将A549和MRC-5细胞维持在Dulbecco改良Eagle培养基(DMEM)中，并将H460、H157、H1299和H23在RPMI-1640中生长。培养基补充有10％胎牛血清、100U/ml青霉素和100U/ml链霉素(Pen-strep，或PS)，并将细胞在含有5％CO₂的加湿培养箱中于37℃下孵育。对于反义处理，前一天将细胞以70％汇合度接种在96孔板中。转染当天，用OptiMEM培养基洗涤细胞一次，并在80μL OptiMEM中孵育。通过将反义和Lipofectamine RNAiMax转染试剂以所需浓度混合，在OptiMEM中制备转染混合物，并向每个孔中添加20μL转染混合物，并孵育2小时。2小时结束时，向孔中加入10μL血清，并用细胞系各自的培养基将体积补足至200μL。替代地，转染后2小时或第二天更换培养基。ASO处理也可以在没有转染试剂的情况下进行。在这种情况下，ASO用OptiMEM稀释，并以小于总体积5％的体积添加到细胞培养物中。

mRNA敲低检测

转染后48小时通过裂解收获细胞。根据制造商(ThermoFisher)指定的Quantigen测定法进行裂解和后续mRNA检测。

ASO敲低所需mRNA的能力评估如下。将NCI-H358(ATCC)细胞以每孔15,000个细胞在含有10％FBS的RPMI1640中接种在透明平底96孔板中过夜。根据制造商的说明(ThermoFisher)，用5nM和20nM与RNAiMAX复合的ASO转染细胞。转染3小时后，除去转染混合物并补充RPM11640+10％FBS并孵育48小时。使用Thermo Fisher的QuantiGene根据其说明进行mRNA定量。初步研究和初步测试的结果见图1，A、B和C的序列见表1。为了适应筛选研究并使实验间和实验内变异归一化，在所有平板中实施的筛选过程中，选择序列C作为基准ASO，并使mRNA敲低归一化。

表1.用于归一化实验变异的ASO核酸序列

ASO#	核酸序列	SEQ ID NO：
			A	GCTCGAATGATCGGAA	35503
B	ATTCGACTCACCACAG	35504
			C	TCGCCTATTGACTGCA	35505

对于在SOS1敲低功能中筛选ASO，程序是相同的，但是在转染条件中使用5nM或20nM ASO并且使用两种细胞系[NCI-H358(ATCC)和MIA PaCa-2(ATCC)](在表2中指出)。将mRNA敲低数据记录为实际mRNA敲低百分比，并用序列C活性进行归一化，以便于比较。结果列于表2中。

表2.归一化SOS1 mRNA敲低

对于在SOS2敲低功能中筛选ASO，程序是相同的，但是在转染条件中使用5nM或20nM ASO并且使用两种细胞系[NCI-H358(ATCC)和MIA PaCa-2(ATCC)]。将mRNA敲低数据记录为mRNA敲低百分比。结果列于表3中。

表3.SOS2 mRNA敲低

细胞增殖测定

反义处理后，在转染后3或5天监测细胞。根据制造商(Promega)指定的方案，通过CellTiter-Glo测定法监测细胞增殖。

抑制细胞生长

ASO抑制细胞生长的能力评估如下。将细胞(NCI-H358、MIA PaCa-2和A375)以每孔800个细胞在含有10％FBS的RPMI1640中接种在透明384孔板(S-Bio，#MS-9384UZ)中过夜。用2.5uM或5nM ASO处理细胞(表4所示)。5天后，根据制造商的说明，通过使用Cell TiterGlo试剂(Promega，G7570)测量总ATP含量来确定细胞增殖。在实验中，使用三个细胞系作为细胞系统来测试生长抑制；NCI-H358和Mia Paca-2携带KRAS突变并作为阳性对照细胞系，A375不携带KRAS突变并作为阴性对照细胞系，对ASO治疗没有反应。生长抑制的结果如表4所示。

表4.细胞生长抑制

虽然为了清楚和理解的目的已经对前述公开内容进行了一些详细的描述，但是本领域技术人员通过阅读本公开内容将清楚的是，可以在不脱离本公开的真实范围的情况下做出形式和细节上的各种改变。例如，上述所有技术和装置可以以各种组合来使用。本申请中引用的所有出版物、专利、专利申请和/或其他文件出于所有目的通过引用整体并入，引用的程度就好像每个单独的出版物、专利、专利申请和/或其他文件均出于所有目的被具体地且单独地以引用的方式并入一样。

Claims

1.一种组合物，其包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。

2.如权利要求1所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651。

3.一种组合物，其包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含具有以下序列之一的至少8个连续核苷酸的序列：SEQID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。

4.如权利要求3所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651。

5.如权利要求1或权利要求3所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸特异性地结合至所述SOS1 mRNA。

6.如权利要求1或权利要求3所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸特异性地结合至所述SOS2 mRNA。

7.如权利要求1-6中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸将SOS1或SOS2的mRNA表达下调至少30％。

8.如权利要求1-6中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸将SOS1和SOS2的mRNA表达各下调至少30％。

9.如权利要求1-6中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含12-30个核苷酸的长度。

10.如权利要求1-9中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含间隙区段。

11.如权利要求10所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含5’-翼区段和3’-翼区段。

12.如权利要求11所述的组合物，其中所述5’-翼区段和3’-翼区段中的每一个都是三个连接的核苷酸。

13.如权利要求1-12中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。

14.如权利要求13所述的组合物，其中所述至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖、乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。

15.如权利要求13所述的组合物，其中所述至少一个修饰的核苷酸间连键包含硫代磷酸酯连键或二硫代磷酸酯连键。

16.如权利要求1-13中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含磷酰二胺吗啉代寡聚物(PMO)、锁定核酸(LNA)或限制性乙基(cEt)糖。

17.如权利要求1-16中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。

18.如权利要求17所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸通过接头与肽、抗体、脂质、碳水化合物或聚合物缀合。

19.如权利要求1-18中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含特异性地结合至所述SOS1 mRNA的反义寡核苷酸和特异性地结合至所述SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。

20.如权利要求1-19中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含能够结合至SOS1mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。

21.如权利要求1-20中任一项所述的组合物，其中所述组合物还包含赋形剂。

22.如权利要求1-21中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含至少一种活性成分。

23.如权利要求1-22中任一项所述的组合物，其中所述组合物被配制成用于肠胃外或鼻腔施用。

24.一种在有需要的癌细胞中调节KRAS介导的信号传导途径的方法，其包括：

用包含能够结合至无七之子1(SOS1)或无七之子2(SOS2)mRNA的反义寡核苷酸的组合物治疗所述癌细胞，从而降低所述癌细胞中SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达。

25.如权利要求24所述的方法，其中所述癌细胞是肺癌细胞、胰腺癌细胞或结肠癌细胞。

26.如权利要求24-25中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。

27.如权利要求26所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651。

28.如权利要求24-25中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含具有以下序列之一的至少8个连续核苷酸的序列：SEQ ID NO：405、406、539、540、671、732、741、742、797、976、1076、1077、1083、1086、1198、1224、1279、1360、1370、1507、1508、1516、1519、1601、1609、1811、1836、1843、1844、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2498、2600、2606、2688、2701、2703、2908、2974、2984、3007、3016、3034、3078、3104、3279、3305、3308、3386、3615、3673、3677、3680、3682、3687、3765、3821、3879、3880、3949、4134、4156、4173、4177、4178、4182、4183、4222、4466、4687、4692、4736、4781、4935、5118、5144、5384、5394、5435、5449、5455、5457、5459、5780、6060、6061、6532、6611、6621、6625、6627、6803、7368、7471、7516、7589、7865、8087、8201、8207、8208、8331、8617、8651或8659。

29.如权利要求28所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：SEQ ID NO：405、406、539、741、742、976、1076、1077、1083、1086、1609、1811、1868、1939、1942、1943、1944、2465、2473、2490、2688、2703、2908、2974、2984、3007、3104、3279、3673、3677、3680、3682、3687、3765、4134、4156、4173、4178、4466、4781、4935、5118、5435、5780、6060、6532、6625、6803、7368、7589、7865、8208、8331或8651。

30.如权利要求24-29中任一项所述的方法，其中所述组合物包含特异性地结合至SOS1的反义寡核苷酸和特异性地结合至所述SOS2 mRNA的反义寡核苷酸的组合。

31.如权利要求24-30中任一项所述的方法，其中所述组合物包含能够结合至SOS1mRNA和SOS2 mRNA的反义寡核苷酸。

32.如权利要求24-31中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个2′-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向脱碱基部分。

33.如权利要求24-32中任一项所述的方法，其中所述至少一个2′修饰的核苷酸：包含2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基(2′-O-MOE)、2′-O-氨基丙基、2′-脱氧、2′-脱氧-2′-氟、2′-O-氨基丙基(2′-O-AP)、2′-O-二甲氨基乙基(2′-O-DMAOE)、2′-O-二甲氨基丙基(2′-O-DMAP)、2′-O-二甲氨基乙氧基乙基(2′-O-DMAEOE)或2′-O-N-甲基乙酰胺基(2′-O-NMA)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(LNA)、锁定核酸(LNA)、限制性乙基(cEt)糖或乙烯核酸(ENA)；或包含其组合。

34.如权利要求24-33中任一项所述的方法，其中所述治疗后SOS1或SOS2蛋白或mRNA的表达降低至少30％、至少40％、至少50％。

35.如权利要求24-33中任一项所述的方法，其中所述治疗后SOS1和SOS2蛋白或mRNA的表达各降低至少30％、至少40％、至少50％。

36.一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，所述方法包括：

向所述受试者施用如权利要求1-23中任一项所述的组合物，从而治疗所述受试者的癌症。

37.如权利要求36所述的方法，其中所述癌症与KRAS介导的信号传导途径的异常相关。

38.如权利要求37所述的方法，其中所述癌症是肺癌、胰腺癌或结肠癌。

39.如权利要求36所述的方法，其中所述组合物以足以使受试者的存活率增加至少5％的剂量和时间表向所述受试者施用。

40.如权利要求36所述的方法，所述组合物以足以抑制肿瘤生长的剂量和时间表向所述受试者施用。