JP2024514531A - クロストリディオイデス・デフィシル（ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を処置する方法および組成物 - Google Patents

クロストリディオイデス・デフィシル（ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を処置する方法および組成物 Download PDF

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Abstract

本明細書に提供されるものは、クロストリディオイデス・デフィシル感染を処置する免疫原性組成物である。【選択図】図１

Description

相互参照
[0001]本出願は、２０２１年４月２日に出願した米国仮特許出願第６３／１７０，２５０号の優先権を主張し、その内容は、全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
[0002]本出願は配列表を含み、これは、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０２２年４月１日に作成されたＡＳＣＩＩコピーは、５１７４４－７０１．６０１＿ＳＬ．ｔｘｔと呼ばれ、１１４，６８８バイトのサイズである。
[0003]クロストリディオイデス・デフィシル（（Ｃ．デフィシル）、Clostridiodes difficile（C. difficile））感染（ＣＤＩ）は、芽胞形成細菌であるＣ．デフィシルにより引き起こされる症候性感染である。ＣＤＩは、抗生物質関連下痢の症例の約２０％を構成し、結腸に生命を脅かす感染を引き起こしうる。ＣＤＩに対して免疫反応を誘発する有効な方法が必要である。
参照による組み込み
[0004]本明細書に記述されるすべての公報、特許および特許出願は、まるでそれぞれ個別の公報、特許または特許出願が特定的であり、参照により組み込まれることが個別に指示されているのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
[0005]クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を含む組成物が本明細書に開示され、細胞表面多糖はＣ．デフィシルから濃縮されたＰＳＩＩ抗原であり、組成物は、少なくとも約４０％の総炭水化物重量パーセンテージを有し、Ｃ．デフィシルから濃縮されたＰＳＩＩ抗原は、少なくとも９０％の総炭水化物パーセンテージである。
[0006]（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）担体タンパク質を含む第１のポリペプチドを含む組成物が本明細書に開示され、
[0007]担体タンパク質およびＣ．デフィシルの細胞表面多糖は、約１０：１未満～約１：３の比で組成物に存在する。（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）Ｃ．デフィシル以外の生物体に由来する担体タンパク質を含む第１のポリペプチドを含む組成物が本明細書に開示され、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１０：１～約１：１０の比で組成物に存在する。
[0008]（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）から濃縮された細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、医薬組成物は総炭水化物パーセンテージを有し、総炭水化物パーセンテージの少なくとも約９０％はＰＳＩＩである。
[0009]（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）から濃縮された細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖は、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドにコンジュゲートされていない。
[0010]（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む医薬組成物が本明細書に開示され、ポリペプチドは、不活性化毒素であるＣ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含み、医薬組成物は、Ｃ．デフィシルの不活性化毒素以外のＣ．デフィシルタンパク質を約５重量％未満含む。
[0011]（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、第１のトキソイドは、完全長毒素Ａトキソイドであり、第２のトキソイドは、完全長毒素Ｂトキソイドである。
[0012]（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む医薬組成物が本明細書に開示され、第１のポリペプチドは、Ｃ．デフィシルの第１の不活性化毒素またはその断片を含み、医薬組成物は、Ｃ．デフィシルの不活性化毒素以外のＣ．デフィシルタンパク質を約５重量％未満含む。担体タンパク質にコンジュゲートされているクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を含む医薬組成物も本明細書に開示され、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖は、１個の炭素原子～１０個の炭素原子を含む化学リンカーを介して担体タンパク質にコンジュゲートされている。
[0013]（ａ）担体タンパク質にコンジュゲートされているクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖は、チオスクシンイミドまたはチオエステルを含む化学リンカーを介して担体タンパク質にコンジュゲートされている。
[0014]（ａ）薬学的に許容される担体にコンジュゲートされているクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および（ｄ）アジュバントから本質的になる医薬組成物が本明細書に開示される。
[0015]感染の徴候または症状を処置、予防、または抑制する方法であって、治療有効量の本開示の組成物または医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0016]感染を処置する方法であって、（ａ）治療有効量の本開示の組成物または医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップであって、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染であるステップ、（ｂ）医薬組成物を投与した後、対象から糞便試料を収集するステップ、および（ｃ）糞便試料を分析し、感染のマーカーである、糞便中のＣ．デフィシルのコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｇにおける変化を決定するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0017]感染を処置する方法であって、（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖および（ｂ）ポリペプチドまたはポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む治療有効量の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含み、ポリペプチドがＣ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含み、投与が毎週または隔週であり、感染がＣ．デフィシルにより引き起こされる、方法が開示される。
[0018]（ａ）（ｉ）５５歳を超えている第１の対象、（ｉｉ）６か月以内にＣ．デフィシル感染の病歴を有する第２の対象、および（ｉｉｉ）陽性Ｃ．デフィシルコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｇ数を有する第３の対象からなる群から対象を選択するステップ、ならびに（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖およびポリペプチドまたはポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、ポリペプチドがＣ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含む、方法が本明細書に開示される。
[0019]感染を処置する方法であって、（ａ）対象から得た生物学的試料の遺伝子配列情報を特定して、感染の存在を決定するステップであって、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染であるステップ、（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖を含む治療有効量の医薬組成物を対象に投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0020]感染を処置する方法であって、（ａ）治療有効量の本開示の医薬組成物および（ｂ）治療剤を、それらを必要とする対象に投与するステップを含み、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）により引き起こされる、方法が本明細書に開示される。
[0021]感染を処置する方法であって、クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を含む医薬組成物を投与するステップを含み、投与が、医薬組成物の非存在と比較して、細胞表面多糖に特異的な免疫グロブリンＭ（ＩｇＭ）を少なくとも約２５０倍増加させる、方法が本明細書に開示される。
[0022]クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を濃縮する方法であって、（ａ）Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）を得るステップ、および（ｂ）ＣＳＥからＣ．デフィシルの細胞表面多糖を濃縮し、それによってＣ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖を得るステップを含み、Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖が、約５重量％未満のＣ．デフィシル不純物を含む、方法が本明細書に開示される。
[0023]記載されている方法により精製されたＰＳＩＩのＳＥＣ ＭＡＬＳ分析および対応するパラメーターを示す。 [0024]ＴＥＭＰＯ、ＣＤＡＰおよびアミノオキシコンジュゲーション化学スキーム、ならびに得られた「格子」および「星」様コンジュゲート構造の概要を例示する。 [0025]上段パネルは、ＴＥＭＰＯ／ＥＤＣ化学により合成されたＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートのＳＥＣ ＭＡＬＳ追跡を示す。下段パネルは、ＴＥＭＰＯ／ＥＤＣ／ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの分析要約を示す。 [0026]上段パネルは、ＳＥＣ－ＨＰＬＣにより分離された、ＣＤＡＰ化学により合成されたＣＲＭ－マレイミドおよびＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの２８０ｎｍでの吸光度（Ａ２８０）の追跡を示す。中段パネルは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７ＣＤＡＰコンジュゲートのＳＥＣ－ＭＡＬＳ追跡および対応して決定された構成成分のＭＷを示す。下段パネルは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７ＣＤＡＰコンジュゲートの分析に使用されたＳＥＣ ＭＡＬＳパラメーターを示す。 [0027]パネルＡは、末端連結チオール化学により合成されたＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートおよびＳＥＣで分離された後のＣＲＭ－マレイミドＡ２８０の追跡を示す。パネルＢは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭのＳＥＣ－ＭＡＬＳ追跡を示す。パネルＣは、ＳＥＣ ＭＡＬＳ分析、ＯＤ２８０（Ａ２８０）およびレゾルシノールアッセイの分析パラメーターを示す。 [0028]ＰＳＩＩ精製のためにデオキシコール酸ナトリウム（ＤＯＣ）を使用してＣ．デフィシル細胞をストリッピングするステップを概説する。 [0029]ＰＳＩＩ精製のための２０％エタノール抽出段階の手順を概説する。 [0030]ＰＳＩＩ精製のための２０％エタノール抽出物質の１回目のＴＣＡ沈殿の手順を概説する。 [0031]１回目のＴＣＡ沈殿後にＰＳＩＩを限外濾過／透析濾過（ｄｉａｆｉｌｔｅｒｉｎｇ）（ＵＦＤＦ－１）し、フェニルセファロースカラムによる疎水的相互作用クロマトグラフィー段階の準備のために、硫酸アンモニウムを添加する手順を概説する。 [0032]ＵＦＤＦ１物質をフェニルセファロースカラムに適用し、通過および洗浄画分を収集する手順を概説する。 [0033]Ｑ－セファロースカラムによる陰イオン交換クロマトグラフィーによる分離の準備のため、フェニルセファロースカラムからプールした画分の２回目のＵＦＤＦ（ＵＦＤＦ－２）ステップの手順を概説する。 [0034]ＵＦＤＦ－２物質をＱ－セファロースカラムに適用し、３００ｍＭのＮａＣｌ（１５％の緩衝液Ｂ）を含有する１０ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液を使用してＰＳＩＩを溶出する手順を概説する。 [0035]Ｑ－セファロースカラム溶出物の２回目のＴＣＡ沈殿の手順を概説する。 [0036]２回目の水中へのＴＣＡ沈殿後のＰＳＩＩの限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ－３）の手順を概説する。 [0037]３ｋＤＡのＭＷカットオフスピンフィルターによりＵＦＤＦ－３から物質を濃縮する手順を概説する。 [0038]ＣＤＩマウスモデルの予防的免疫および負荷の全体概略図を示す。 [0039]パネルＡは、芽胞負荷、免疫スケジュール、および個別糞便試料の糞便収集時点の時間軸を示す。パネルＢは、免疫前０日目にベースラインＣＦＵを正規化した、治療免疫後のＣ．デフィシルの成長を示す。 [0040]０日目のベースラインＣＦＵからのＣ．デフィシルの成長％を示す。 [0041]パネルＡは、抗ＰＳＩＩ ＩｇＧデータを得るために使用した免疫スケジュールを例示する。パネルＢは、１４日目の第１回免疫処置の２週間後に決定された糞便定着（糞便のＣＦＵ／ｍｇ）を示す。 [0042]予防的ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート免疫が、ＰＳＩＩ単独、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート、およびＰＢＳ対照により処置された場合の体重減少および症状が生じないようにマウスを保護したことを示す。 [0043]図２１Ａ～Ｄは、３個の末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの分析によるＳＥＣ－ＭＡＬＳクロマトグラムデータを示す。図２１Ａは、３×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートのＳＥＣＳ－ＭＡＬＳクロマトグラムデータを示す。図２１Ｂは、６×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートのＳＥＣＳ－ＭＡＬＳクロマトグラムデータを示す。図２１Ｃは、１０×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートのＳＥＣＳ－ＭＡＬＳクロマトグラムデータを示す。図２１Ｄは、３×、６×、および１０×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートのＳＥＣＳ－ＭＡＬＳクロマトグラムデータを示す。 [0044]トキソイドＡおよびＢを用いた、および用いなかった、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート免疫の後のＣＤＩに対する保護を示す。 [0045]図２３Ａは、末端連結６×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの体積（ｍＬ）に対するモル質量を示す。図２３Ｂは、試料のコンジュゲート質量、ＣＲＭ１９７質量、およびＰＳＩＩ質量を比較する。 [0046]３０分にＰＳＩＩコンジュゲートシグナルを有し、およそ３８分にＰＳＩＩおよびＰＩＩチオールピークを有した代表的な分析図（６×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ）を示す。 [0047]図２５Ａ～２５Ｄは、コンジュゲートシグナルにおけるＣＲＭ１９７タンパク質、およびＰＳＩＩの詳細な構成成分、ならびに構成成分を組み合わせた分析を伴った最終ＳＥＣ ＭＡＬＳ分析結果を示す。 [0048]ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結コンジュゲート、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７ＣＤＡＰコンジュゲート、およびビヒクルで処置されたマウスにおける、予防的免疫および芽胞負荷後の幾何平均体重減少を示す。 [0049]図２７Ａ～図２７Ｄは、Ｃ．デフィシル芽胞負荷後のＣＤＩ関連体重減少を示す。図２７Ａは、マウスにおけるＣＤＩ後の体重減少を示し、図２７Ｂは、１～１４日にかけて３：１のＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７で処置されたマウスにおける、０日目の芽胞と比較した体重変化のパーセントを示し、図２７Ｃは、１～１４日にかけて６：１のＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７で処置されたマウスにおける、０日目の芽胞と比較した体重変化のパーセントを示し、図２７Ｄは、１～１４日にかけて１０：１のＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７で処置されたマウスにおける、０日目の芽胞と比較した体重変化のパーセントを示す。 [0050]異なるアジュバントの効果を決定するために使用された研究の時間軸を例示する。 [0051]感染後の最初の９日間にわたる芽胞感染後のＣＤＩ幾何平均体重減少を示す。 [0052]感染後の最初の３０日間にわたる芽胞感染後のＣＤＩ幾何平均体重減少を示す。 [0053]図３１Ａ～Ｃは、１４日目（図３１Ａ）、２７日目（図３１Ｂ）および４１日目（図３１Ｃ）にトキソイドＡおよびＢ（ＡｌＯＨ）、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＰＯ４、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＯＨ、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋Ａｄｖａｘ２、ならびに滅菌食塩水（ＡｌＰＯ４）により処置された群における、抗ＴｃｄＡ逆数力価（ｒｅｃｉｐｒｏｃａｌ ｔｉｔｅｒ）を示す。 図３１Ｄは、研究期間の全体を通してＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７、トキソイドＡおよびＢ（ＡｌＯＨ）、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＰＯ４、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＯＨ、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋Ａｄｖａｘ２、ならびに滅菌食塩水（ＡｌＰＯ４）により処置された群における、抗ＴｃｄＡ ＥＬＩＳＡ力価を示す。
[0054]クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染（ＣＤＩ）は、芽胞形成細菌であるＣ．デフィシルにより引き起こされる症候性感染である。ＣＤＩは、糞便内に見出される細菌芽胞により伝播される。感染のリスク因子には、抗生物質もしくはプロトンポンプ阻害剤の使用、入院、または高齢が含まれる。診断は、便培養、または細菌のＤＮＡもしくは毒素の検査により実施される。個人に症状を伴うことなくＣＤＩ陽性反応が出た場合、状態は、Ｃ．デフィシル定着として公知である。Ｃ．デフィシルは、症状を伴うことなくヒト結腸に定着することができる。成人のおよそ２～５％が保菌者であり、定着のリスクは、無関係の下痢疾病（例えば、緩下薬乱用、およびサルモネラ症またはコレラ菌感染が原因の食中毒）の病歴と関連している。ＣＤＩの合併症には、偽膜性結腸炎、中毒性巨大結腸症、結腸穿孔、および敗血症が含まれる。抗生物質の中断が、感染患者の約２０％において３日間以内に症状の消散をもたらしうる。再発が２５％までの人々で報告されている。
[0055]クロストリジウムは、嫌気性の運動性細菌であり、偏在性の性質があり、とりわけ土壌中に蔓延している。クロストリジウムは、末端にバルジを有する長い不規則な（太鼓ばち、または紡錘型）細胞を有する。Ｃ．デフィシル細胞は、グラム陽性であり、酸素の非存在下のヒトの体温で血液寒天において最適な増殖を示す。ストレスを受けると、細菌は、活性細菌が耐容できない極限状態を耐容することができる芽胞を生じる。
[0056]Ｃ．デフィシルは、糞便経口経路によって伝達される。生物体は、アルコールベースのハンドクレンザーまたは日常的な表面洗浄により死滅しない耐熱性芽胞を形成する。表面は芽胞により汚染され、細菌芽胞は接触を介してさらに伝播することができる。芽胞は、長期間にわたって臨床環境で生存する。芽胞が摂取されると、耐酸性が芽胞の胃の中の通過を可能にする。胆汁酸に曝露されると、芽胞は出芽し、結腸中で繁殖して栄養細胞になる。抗生物質の使用または下痢性疾病が原因の胃腸障害の病歴を有さない人々では、Ｃ．デフィシルが定着する可能性は少ない。
[0057]広域性ペニシリン、セファロスポリン、フルオロキノロン、およびクリンダマイシンを含む全身性の抗生物質の使用が、腸の正常な微生物叢を変更させる。抗生物質が腸内の他の細菌を死滅させると、残りの細菌は、空間および栄養について競合することが少なくなる。正味の効果は、他の細菌、例えばＣ．デフィシルのより広範な増殖を許容する。
[0058]病原性Ｃ．デフィシル株は、腸毒素（毒素Ａ）、細胞毒素（毒素Ｂ）、および二成分毒素を含む多数の毒素を産生する。Ｃ．デフィシルは、毒素ＡおよびＢを放出することによって、胃腸（ＧＩ）管に効果を及ぼし、毒素ＡおよびＢは、腸管上皮に結合し、損傷を与えうる。毒素Ａおよび毒素Ｂは両方とも、感染した人々に下痢および炎症を生じうる。毒素ＡおよびＢは、ＧＴＰアーゼのＲｈｏファミリーを標的にし、不活性化するグルコシルトランスフェラーゼである。毒素Ａは、ＧＩ管中の液分泌および全般性炎症に関連する。毒素Ｂは、低分子質量ＧＴＰ結合Ｒｈｏタンパク質のＡＤＰリボシル化の減少と相関する機構によって、アクチン脱重合を誘導する。毒素Ｂは、再発性ＣＤＩの主な毒性決定因子と考慮され、結腸へのより重度な損傷に関連する。Ｃ．デフィシルは、第３の毒素を有し、これは二成分毒素である。
[0059]症状には、水様性下痢、発熱、悪心、および腹痛が含まれる。ＣＤＩは生命を脅かす重度の炎症を、結腸に引き起こしうる。ＣＤＩは、抗生物質関連下痢の症例の約２０％を構成する。成人において、著しい下痢（すなわち、２４時間で３回を超える初発部分有形または水様便）、最近の抗生物質曝露、腹痛、発熱（４０．５℃まで）、および馬糞に似ている特有の便臭が、ＣＤＩの臨床予測ツールとして使用される。入院集団では、以前の抗生物質処置および下痢または腹痛がＣＤＩの指標として使用される。小児では、ＣＤＩの大部分の蔓延症状は、２日間以上に及ぶ１日に少なくとも３回の便通による水様性下痢であり、これには発熱、食欲不振および／または腹痛を伴うことがある。重度の感染を有する患者は、下痢を伴うことなく結腸の炎症を発生しうる。
[0060]一部の実施形態において、本開示の方法および組成物は、Ｃ．デフィシル毒素および細菌細胞表面抗原を標的にして、定着およびＣＤＩの再発を低減することができる。
抗原
[0061]本開示の医薬組成物は、Ｃ．デフィシルの少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態において、抗原は、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖である。Ｃ．デフィシルは、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、およびＰＳＩＩＩの３つ多糖を発現する。ＰＳＩは、分岐ペンタグリコシルホスフェート反復単位からなる。ＰＳＩＩは、ヘキサグリコシルホスフェート反復単位のポリマーである。ＰＳＩＩは、Ｃ．デフィシルの細胞表面およびバイオフィルムに存在する保存抗原である。ＰＳＩＩは、ヘキサグリコシル反復構造を含み、約１０ｋＤａの低分子量ポリマーである。ＰＳＩＩは、表面露出しており、ＰＳＩＩに対する抗体は、ＣＤＩ患者の便試料で検出されうる。ＰＳＩＩＩは、グリセリン酸側鎖を有するジグリコシルホスフェート主鎖から構成される脂質連結多糖であり、Ｃ．デフィシルのリポテイコ酸である。
[0062]一部の実施形態において、細胞表面多糖は、Ｃ．デフィシルからの天然細胞表面多糖である。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖は非合成である、一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖は、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖は、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物からのものである。一部の実施形態において、細胞表面多糖はＰＳＩＩである。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、下記式：
［式中、ｎは１～１００の整数である］のもの、またはその薬学的に許容される塩である。
[0063]細胞表面多糖は、約５ｋＤａ～約１００ｋＤａの平均分子量を有することができる。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、約５ｋＤａ～約５０ｋＤａの平均分子量を有することができる。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、約５ｋＤａ～約２５ｋＤａの平均分子量を有することができる。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの平均分子量を有することができる。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、約５ｋＤａ、約６ｋＤａ、約７ｋＤａ、約８ｋＤａ、約９ｋＤａ、約１０ｋＤａ、約１１ｋＤａ、約１２ｋＤａ、約１３ｋＤａ、約１４ｋＤａ、約１５ｋＤａ、約１６ｋＤａ、約１７ｋＤａ、約１８ｋＤａ、約１９ｋＤａ、または約２０ｋＤａの平均分子量を有することができる。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、約５ｋＤａの平均分子量を有することができる。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、約８．８Ｄａの平均分子量を有することができる。一部の実施形態において、細胞表面多糖は、約１０ｋＤａの平均分子量を有することができる。
[0064]本明細書における細胞表面多糖は、精製されうる。本明細書における化合物は、少なくとも１％の純度、少なくとも２％の純度、少なくとも３％の純度、少なくとも４％の純度、少なくとも５％の純度、少なくとも６％の純度、少なくとも７％の純度、少なくとも８％の純度、少なくとも９％の純度、少なくとも１０％の純度、少なくとも１１％の純度、少なくとも１２％の純度、少なくとも１３％の純度、少なくとも１４％の純度、少なくとも１５％の純度、少なくとも１６％の純度、少なくとも１７％の純度、少なくとも１８％の純度、少なくとも１９％の純度、少なくとも２０％の純度、少なくとも２１％の純度、少なくとも２２％の純度、少なくとも２３％の純度、少なくとも２４％の純度、少なくとも２５％の純度、少なくとも２６％の純度、少なくとも２７％の純度、少なくとも２８％の純度、少なくとも２９％の純度、少なくとも３０％の純度、少なくとも３１％の純度、少なくとも３２％の純度、少なくとも３３％の純度、少なくとも３４％の純度、少なくとも３５％の純度、少なくとも３６％の純度、少なくとも３７％の純度、少なくとも３８％の純度、少なくとも３９％の純度、少なくとも４０％の純度、少なくとも４１％の純度、少なくとも４２％の純度、少なくとも４３％の純度、少なくとも４４％の純度、少なくとも４５％の純度、少なくとも４６％の純度、少なくとも４７％の純度、少なくとも４８％の純度、少なくとも４９％の純度、少なくとも５０％の純度、少なくとも５１％の純度、少なくとも５２％の純度、少なくとも５３％の純度、少なくとも５４％の純度、少なくとも５５％の純度、少なくとも５６％の純度、少なくとも５７％の純度、少なくとも５８％の純度、少なくとも５９％の純度、少なくとも６０％の純度、少なくとも６１％の純度、少なくとも６２％の純度、少なくとも６３％の純度、少なくとも６４％の純度、少なくとも６５％の純度、少なくとも６６％の純度、少なくとも６７％の純度、少なくとも６８％の純度、少なくとも６９％の純度、少なくとも７０％の純度、少なくとも７１％の純度、少なくとも７２％の純度、少なくとも７３％の純度、少なくとも７４％の純度、少なくとも７５％の純度、少なくとも７６％の純度、少なくとも７７％の純度、少なくとも７８％の純度、少なくとも７９％の純度、少なくとも８０％の純度、少なくとも８１％の純度、少なくとも８２％の純度、少なくとも８３％の純度、少なくとも８４％の純度、少なくとも８５％の純度、少なくとも８６％の純度、少なくとも８７％の純度、少なくとも８８％の純度、少なくとも８９％の純度、少なくとも９０％の純度、少なくとも９１％の純度、少なくとも９２％の純度、少なくとも９３％の純度、少なくとも９４％の純度、少なくとも９５％の純度、少なくとも９６％の純度、少なくとも９７％の純度、少なくとも９８％の純度、少なくとも９９％の純度、少なくとも９９．１％の純度、少なくとも９９．２％の純度、少なくとも９９．３％の純度、少なくとも９９．４％の純度、少なくとも９９．５％の純度、少なくとも９９．６％の純度、少なくとも９９．７％の純度、少なくとも９９．８％の純度、または少なくとも９９．９％の純度でありうる。
薬学的に許容される塩
[0065]本発明は、本明細書に記載されている任意の治療化合物の薬学的に許容される塩の使用を提供する。薬学的に許容される塩には、例えば、酸付加塩および塩基付加塩が含まれる。化合物に添加されて酸付加塩を形成する酸は、有機酸または無機酸でありうる。化合物に添加されて塩基付加塩を形成する塩基は、有機塩基または無機塩基でありうる。一部の実施形態において、薬学的に許容される塩は金属塩である。一部の実施形態において、薬学的に許容される塩はアンモニウム塩である。
[0066]金属塩は、本発明の化合物への無機塩基の添加によって生じうる。無機塩基は、塩基性対イオンとペア形成した金属陽イオンからなり、例えば、水酸化物、炭酸塩、重炭酸塩、またはリン酸塩である。金属は、アルカリ金属、アルカリ土類金属、遷移金属、または典型金属でありうる。一部の実施形態において、金属は、リチウム、ナトリウム、カリウム、セシウム、セリウム、マグネシウム、マンガン、鉄、カルシウム、ストロンチウム、コバルト、チタン、アルミニウム、銅、カドミウム、または亜鉛である。
[0067]一部の実施形態において、金属塩は、リチウム塩、ナトリウム塩、カリウム塩、セシウム塩、セリウム塩、マグネシウム塩、マンガン塩、鉄塩、カルシウム塩、ストロンチウム塩、コバルト塩、チタン塩、アルミニウム塩、銅塩、カドミウム塩、または亜鉛塩である。
[0068]アンモニウム塩は、本発明の化合物へのアンモニアまたは有機アミンの添加によって生じうる。一部の実施形態において、有機アミンは、トリエチルアミン、ジイソプロピルアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、モルホリン、Ｎ－メチルモルホリン、ピペリジン、Ｎ－メチルピペリジン、Ｎ－エチルピペリジン、ジベンジルアミン、ピペラジン、ピリジン、ピラゾール、ピピラゾール、イミダゾール、ピラジン、またはピピラジンである。
[0069]一部の実施形態において、アンモニウム塩は、トリエチルアミン塩、ジイソプロピルアミン塩、エタノールアミン塩、ジエタノールアミン塩、トリエタノールアミン塩、モルホリン塩、Ｎ－メチルモルホリン塩、ピペリジン塩、Ｎ－メチルピペリジン塩、Ｎ－エチルピペリジン塩、ジベンジルアミン塩、ピペラジン塩、ピリジン塩、ピラゾール塩、ピピラゾール塩、イミダゾール塩、ピラジン塩、またはピピラジン塩である
[0070]酸付加塩は、本発明の化合物への酸の添加によって生じうる。一部の実施形態において、酸は有機である。一部の実施形態において、酸は無機である。一部の実施形態において、酸は、塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、硝酸、亜硝酸、硫酸、亜硫酸、リン酸、イソニコチン酸、乳酸、サリチル酸、酒石酸、アスコルビン酸、ゲンチシン酸（ｔｇｅｎｔｉｓｉｎｉｃ ａｃｉｄ）、グルコン酸、グルカロン酸、サッカリン酸（ｓａｃｃａｒｉｃ ａｃｉｄ）、ギ酸、安息香酸、グルタミン酸、パントテン酸、酢酸、プロピオン酸、酪酸、フマル酸、コハク酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、クエン酸、シュウ酸、またはマレイン酸である。
[0071]一部の実施形態において、塩は、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、硝酸塩、亜硝酸塩、硫酸塩、亜硫酸塩、リン酸塩、イソニコチン酸塩、乳酸塩、サリチル酸塩、酒石酸塩、アスコルビン酸塩、ゲンチシン酸塩（ｇｅｎｔｉｓｉｎａｔｅ ｓａｌｔ）、グルコン酸塩、グルカロン酸塩、サッカリン酸塩（ｓａｃｃａｒａｔｅ ｓａｌｔ）、ギ酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、パントテン酸塩、酢酸塩、プロピオン酸塩、酪酸塩、フマル酸塩、コハク酸塩、メタンスルホン酸塩（メシレート）、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、クエン酸塩、シュウ酸塩、またはマレイン酸塩である。
Ｃ．デフィシル抗原の精製方法
[0072]本開示のワクチン組成物のＣ．デフィシル細胞表面多糖抗原は、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の不活性化細胞または細胞表面抽出物（ＣＳＥ）から得ることができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物の多糖抗原は、不活性化Ｃ．デフィシル細胞から得ることができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物の多糖抗原は、Ｃ．デフィシルのＣＳＥから得ることができる。
[0073]一部の実施形態において、精製細胞表面多糖抗原を得るために使用されるＣ．デフィシル株は、リボタイプ００１、００３、０２７、１０６、０１２、０１４、０３６、０８７、または０７８である。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル株は、内在性遺伝子産物の増加量を有するように改変されうる。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル株は、内在性遺伝子産物の減少量を有するように改変されうる。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル株は、外来性産物を発現するように改変されうる。
[0074]本開示の方法は、１、２、３、４、または５個のＣ．デフィシル株から精製細胞表面多糖を得ることができる。一部の実施形態において、本開示の方法は、１個のＣ．デフィシル株から精製細胞表面多糖を得ることができる。一部の実施形態において、本開示の方法は、２個のＣ．デフィシル株から精製細胞表面多糖を得ることができる。一部の実施形態において、本開示の方法は、３個のＣ．デフィシル株から精製細胞表面多糖を得ることができる。一部の実施形態において、本開示の方法は、４個のＣ．デフィシル株から精製細胞表面多糖を得ることができる。一部の実施形態において、本開示の方法は、Ｃ．デフィシル株ＶＰＩ１０４６３の不活性化細胞から精製細胞表面多糖を得ることができる。一部の実施形態において、本開示の方法は、Ｃ．デフィシル株ＢＩ／ＮＡＰ１／０２７の不活性化細胞から精製細胞表面多糖を得ることができる。一部の実施形態において、本開示の方法は、Ｃ．デフィシル株ＶＰＩ１０４６３およびＢＩ／ＮＡＰ１／０２７の不活性化細胞から精製細胞表面多糖を得ることができる。
[0075]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖を濃縮する方法であって、（ａ）Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）を得るステップ、および（ｂ）ＣＳＥからＣ．デフィシルの細胞表面多糖を濃縮し、それによってＣ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖を得るステップを含み、Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖が、約５重量％未満のＣ．デフィシル不純物を含む、方法が本明細書に開示される。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖はＰＳＩＩである。
[0076]一部の実施形態において、方法は、ＣＳＥからＰＳＩＩを濃縮し、それによって濃縮ＰＳＩＩ試料を得るステップを含み、濃縮ＰＳＩＩ試料は、ＰＳＩＩを含み、（ａ）ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のペプチドグリカンであるペプチドグリカン汚染レベル、（ｂ）ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のタンパク質であるタンパク質汚染レベル、または（ｃ）ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満である核酸汚染レベルを含む。
[0077]一部の実施形態において、得るステップは、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株をストリッピングするステップを含む。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖は、約５重量％未満のＣ．デフィシルタンパク質を含む。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖は、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、ＰＳＩＩＩ、その薬学的に許容される塩、およびその免疫原性断片からなる群から選択される。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖はリン酸塩部分を含む。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖は、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、またはその免疫原性断片である。
[0078]一部の実施形態において、濃縮するステップは、エタノール沈殿のステップを含む。一部の実施形態において、濃縮するステップは、ＴＣＡ沈殿の１つまたは複数のステップを含む。一部の実施形態において、濃縮するステップは、限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ）のステップを含む。一部の実施形態において、濃縮するステップは、イオン交換クロマトグラフィーのステップを含む。一部の実施形態において、濃縮するステップは、イオン交換クロマトグラフィーのステップの後にＴＣＡ沈殿の１つまたは複数のステップを含む。一部の実施形態において、濃縮するステップは、ＴＣＡ沈殿のステップの後および／またはイオン交換クロマトグラフィーのステップの後に限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ）の１つまたは複数のステップを含む。
[0079]一部の実施形態において、濃縮するステップは、濾過のステップを含む。一部の実施形態において、濾過のステップは、分子量カットオフを有するフィルターを介したタンジェンシャルフロー濾過（ｔａｎｇｅｎｔｉａｌ ｆｌｏｗ ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）または遠心分離を含む。一部の実施形態において、フィルターは３ｋＤａ以下の分子量カットオフを有する。一部の実施形態において、フィルターは１０ｋＤａ以上の分子量カットオフを有する。一部の実施形態において、方法は、凍結乾燥をさらに含む。
[0080]一部の実施形態において、濃縮ＰＳＩＩ試料は、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のペプチドグリカンであるペプチドグリカン汚染レベルを含む。一部の実施形態において、濃縮ＰＳＩＩ試料は、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のタンパク質であるタンパク質汚染レベルを含む。一部の実施形態において、濃縮ＰＳＩＩ試料は、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満の核酸である核酸汚染レベルを含む。
ＰＳＩＩ－担体コンジュゲート
[0081]本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、担体分子にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体分子はタンパク質である。一部の実施形態において、担体分子はウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）である。一部の実施形態において、単体分子は、交差反応分子、例えばＣＲＭ１９７である。一部の実施形態において、担体分子は、主要免疫増強タンパク質（ＭＩＥＰ）である。一部の実施形態において、担体分子はジフテリアトキソイドである。一部の実施形態において、担体分子はテタヌストキソイドである。一部の実施形態において、担体分子はボルデテラに由来するタンパク質である。一部の実施形態において、単体分子は、Ｃ．デフィシルからの完全長毒素Ａおよび／もしくは毒素Ｂの解毒形態、または毒素Ａおよび／もしくは毒素Ｂの非毒素産生性断片である。
[0082]本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、化学結合により担体分子にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、多糖のヒドロキシ基を単体分子に連結させることによって、単体分子にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、多糖の第一級ヒドロキシ基を単体分子に連結させることによって、単体分子にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、多糖のランダムヒドロキシ基を単体分子に連結させることによって、単体分子にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、多糖の還元末端を単体分子に連結させることによって、単体分子にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、多糖のカルボキシル基を単体分子に連結させることによって、単体分子にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル細胞表面多糖は、担体タンパク質をコンジュゲートするために官能基を導入するために、リンカーで誘導体化されうる。
[0083]一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル細胞表面多糖は、ヒドラジド誘導体化担体タンパク質にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示の細胞表面多糖は、マレイミド誘導体化担体タンパク質にコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示の細胞表面多糖は、ランダムヒドロキシル基をチオール基に誘導体化し、チオール化多糖をマレイミド誘導体化担体タンパク質にコンジュゲートさせることによってコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示の細胞表面多糖は、第一級ヒドリル基をカルボキシル基に酸化し、カルボキシル化多糖をヒドラジド誘導体化担体タンパク質にコンジュゲートさせることによってコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、本開示の細胞表面多糖は、還元末端をチオール化し、チオール化多糖をマレイミド誘導体化担体タンパク質とコンジュゲートさせることによってコンジュゲートされうる。
[0084]一部の実施形態において、担体タンパク質は、１個を超える細胞表面多糖にコンジュゲートされうる。一部の実施形態では、担体タンパク質を、細胞表面多糖の全体にわたってランダム位置で１個を超える細胞表面多糖にコンジュゲートさせて、格子様構造を形成することができる。一部の実施形態では、担体タンパク質を、細胞表面多糖の全体にわたって第一級ヒドロキシル基の位置で１個を超える細胞表面多糖にコンジュゲートさせて、格子様構造を形成することができる。一部の実施形態では、担体タンパク質を、各細胞表面多糖部分の還元末端で１個を超える細胞表面多糖にコンジュゲートさせて、星様構造（例えば、中央に１個の担体タンパク質があり、多数の多糖鎖が外側に突出している）を形成することができる。
[0085]一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１０：１～約５：１、約５：１～約１：１、約１：１～約１：５、約１：５～約１：１０の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約８：１～約５：１の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約５：１～約３：１の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：５～約１：７の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：８～約１：１０の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。
[0086]一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１０：１、約９：１、約８：１、約７：１、約６：１、約５：１、約４：１、約３：１、約２：１、約１：１、約１：２、約１：３、約１：４、約１：５、約１：６、約１：７、約１：８、約１：９、約１：１０の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。
[0087]一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１０：１の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約５：１の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約３：１の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：１の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：３の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：４の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：５の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：６の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：７の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：８の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：９の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。一部の実施形態において、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１：１０の担体タンパク質：細胞表面多糖の比でコンジュゲートされうる。
毒素
[0088]病原性Ｃ．デフィシル株は、腸毒素（毒素Ａ、ＴｃｄＡ）および細胞毒素（毒素Ｂ、ＴｃｄＢ）を含む多数の毒素を産生する。毒素Ａおよび毒素Ｂは両方とも、感染した人々に下痢および炎症を生じうる。毒素ＡおよびＢは、ＧＴＰアーゼのＲｈｏファミリーを標的にし、不活性化するグルコシルトランスフェラーゼである。毒素Ｂは、低分子質量ＧＴＰ結合Ｒｈｏタンパク質のＡＤＰリボシル化の減少と相関する機構によって、アクチン脱重合を誘導する。Ｃ．デフィシルは、第３の毒素を有し、これは二成分毒素である。
[0089]毒素Ａは、ＴｃｄＡとしても公知であり、ＧＩ管中の液分泌および全般性炎症に関連する。毒素Ｂは、ＴｃｄＢとしても公知であり、再発性ＣＤＩの主な毒性決定因子と考慮され、結腸へのより重度な損傷に関連する。毒素Ｂは２つのアイソフォームを有し、歴史的または非高毒性株（毒素ＢＨＩＳＴ）、例えばＶＩ１０４６３（ＴｃｄＢ１）からの毒素Ｂ、および高毒性株（毒素ＢＨＶ）、例えばＢＩ／ＮＡＰ１／０２７（ＴｃｄＢ２）からの毒素Ｂである。高毒性株では、毒素ＢＨＶは、毒素ＢＨＩＳＴより、細胞ベースアッセイではおよそ１０倍多くの細胞障害性があり、ネズミ毒素負荷モデルでは少なくとも４倍多くの致死性がある。毒素ＢＨＶの増加毒性は、Ｃ末端領域のアミノ酸配列（すなわち、位置１６５１からＣ末端位置２３６６に及ぶアミノ酸）における差が原因である。
[0090]表１は、リボタイプによるＣ．デフィシル株のリストを示し、どの毒素が発現しているかを指摘している。
[0091]本開示のワクチン組成物に使用される毒素は、免疫化対象において毒素Ａまたは毒素Ｂを中和する抗体の産生を誘発することができる。本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル毒素のトキソイドまたは非毒性免疫原性ポリペプチド断片を含む少なくとも１個のポリペプチドを含み、これは、少なくとも１つのＣ．デフィシル毒素に結合する保護抗体の産生を誘発することができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、毒素Ａまたはその非毒性の免疫原性断片を含む。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、毒素Ｂまたはその非毒性の免疫原性断片を含む。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、毒素Ａまたは毒素Ａの非毒性免疫原性断片、および毒素Ｂまたは毒素Ｂの非毒性免疫原性断片を含む。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル毒素Ａに結合する保護抗体の産生を誘発することができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル毒素Ｂに結合する保護抗体の産生を誘発することができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル毒素Ａおよび毒素Ｂに結合する保護抗体の産生を誘発することができる。
[0092]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素ポリペプチドは、非毒性であるが、対象において抗体応答を誘導するのに十分な免疫原性を保持する完全長毒素Ａまたは完全長毒素Ｂでありうる。一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル毒素ポリペプチドを処理（例えば、ホルムアルデヒド処理）して、毒素ポリペプチドの非毒性形態を得ることができる。
[0093]一部の実施形態において、ワクチン組成物のポリペプチドは、完全長Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは完全長Ｃ．デフィシル毒素Ｂでありうる。一部の実施形態において、ワクチン組成物のポリペプチドは、完全長Ｃ．デフィシル毒素Ａの解毒形態または完全長Ｃ．デフィシル毒素Ｂでありうる。一部の実施形態において、ワクチン組成物のポリペプチドは、完全長Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは完全長Ｃ．デフィシル毒素Ｂの解毒形態でありうる。一部の実施形態において、ワクチン組成物のポリペプチドは、完全長Ｃ．デフィシル毒素Ａの解毒形態または完全長Ｃ．デフィシル毒素Ｂの解毒形態でありうる。一部の実施形態において、ワクチン組成物は、完全長Ｃ．デフィシル毒素Ａおよび完全長Ｃ．デフィシル毒素Ｂを含むことができる。一部の実施形態において、完全長Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは完全長Ｃ．デフィシル毒素Ｂを化学物質で処理して、免疫原性を保持する毒素Ａまたは毒素Ｂの非毒性断片を生成することができる。一部の実施形態において、完全長Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは完全長Ｃ．デフィシル毒素Ｂをホルムアルデヒドで処理して、免疫原性を保持する毒素Ａまたは毒素Ｂの非毒性断片を生成することができる。一部の実施形態において、毒素Ａまたは毒素Ｂの非毒性断片は、毒素のＮ末端でコードされたグルコシルトランスフェラーゼを欠いている断片である。
[0094]一部の実施形態において、ポリペプチドは、毒素Ａまたは毒素Ｂ、例えば配列番号１～４０に少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の同一性がある。
[0095]一部の実施形態において、ポリペプチドは、組み合わせた反復（ｃｏｍｂｉｎｅｄ ｒｅｐｅｔｉｔｉｖｅ）オリゴペプチド（ＣＲＯＰ）を含有する、Ｃ．デフィシル毒素ＢのＣ末端ドメインから調製される。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルポリペプチドは、毒素ＡのＴｃｄＡ１６４９－２７１０を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも約７５％の同一性がある。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも約８５％の同一性がある。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも約９０％の同一性がある。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも約９５％の同一性がある。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも約９８％の同一性がある。
[0096]一部の実施形態において、ポリペプチドは、Ｃ．デフィシル毒素ＢのＣ末端の７１６個のアミノ酸をすべて含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、Ｃ．デフィシル毒素ＢのＣ末端の７１６個のアミノ酸の一部分を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、Ｃ．デフィシルの高毒性ＢＩ／ＮＡＰ１／０２７株のＴｃｄＢ１６５１－２３６６を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、ＴｃｄＢ１８３４－２３６６のＣＲＯＰ領域を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、ＴｃｄＡ１８３２－２７１０のＣＲＯＰ領域を含む。
[0097]一部の実施形態において、非毒性ポリペプチド断片は、抗毒素Ｂ抗体のエピトープである毒素Ｂの一部分を含む。一部の実施形態において、抗毒素Ｂ抗体のエピトープを含む断片は、配列番号７～３８のうちのいずれか１つである。一部の実施形態において、非毒性ポリペプチドは、１０４６３株（配列番号３９）の毒素Ｂのアミノ酸２１５２～２３４１を含む。一部の実施形態において、非毒性ポリペプチド断片は、ＢＩ／ＮＡＰ１／０２７株（配列番号４０）の毒素Ｂのアミノ酸２１５２～２３４１を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１～３または７～４０に少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９０％の同一性を有するＴｃｄＢ断片を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１～３または７～４０に少なくとも約７５％の同一性を有するＴｃｄＢ断片を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１～３または７～４０に少なくとも約８０％の同一性を有するＴｃｄＢ断片を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１～３または７～４０に少なくとも約９０％の同一性を有するＴｃｄＢ断片を含む。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１～３または７～４０のいずれか１つに少なくとも約９５％の同一性がある。一部の実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１～３または７～４０のいずれか１つに少なくとも約９８％の同一性がある。一部の実施形態において、ＴｃｄＡ、ＴｃｄＢ、またはその断片を含む非毒性ポリペプチドは、グリコシルトランスフェラーゼ、セリンプロテアーゼ、または送達ドメインのうちの１つまたは複数の突然変異により解毒される。
[0098]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａの非毒性ポリペプチド断片は、アクトクスマブ（ａｃｔｏｘｕｍａｂ）に結合する。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａの非毒性ポリペプチド断片は、毒素ＡのＣＲＯＰドメイン内の２つの部位：アミノ酸２１６２～２１８９および２４１０～２４３７でアクトクスマブに結合する。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ｂの非毒性ポリペプチド断片は、ベズロトクスマブに結合する。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ｂの非毒性ポリペプチド断片は、２つのＣＲＯＰ単位：Ｅ１（アミノ酸１８０６～１９６１内の不連続エピトープ）およびＥ２（アミノ酸２００７～２０９３内の不連続エピトープ）に及ぶＣ．デフィシル株ＶＩＰ１０４６３ ＴｃｄＢ ＣＲＯＰドメインでベズロトクスマブに結合する。
[0099]一部の実施形態において、本開示のＣ．デフィシル非毒性ポリペプチド断片は、Ｃ．デフィシルリボタイプ００１、００３、０２７、１０６、０１２、０１４、０３６、０８７、または０７８からなる群から選択される１つまたは複数の株から得ることができる。一部の実施形態において、毒素ポリペプチドは、Ｃ．デフィシルの高毒性株からのものである。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルポリペプチド断片は、Ｃ．デフィシルＢＩ／ＮＡＰ１／０２７株の毒素Ｂからのものである。一部の実施形態において、毒素Ｂの非毒性断片は、配列番号３のアミノ酸配列を有する。
[0100]表２は、配列番号１～４０のアミノ酸配列を列挙する。
[0101]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、２個以上のＣ．デフィシルポリペプチドの混合物を含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のＣ．デフィシルポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、２個のＣ．デフィシルポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、３個のＣ．デフィシルポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、４個のＣ．デフィシルポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル毒素Ａトキソイド、Ｃ．デフィシル毒素Ｂトキソイド、Ｃ．デフィシル毒素Ａの非毒性断片、Ｃ．デフィシル毒素Ｂの非毒性断片、またはこれらの任意の組合せのうちの少なくとも１つを含むことができる。
[0102]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、少なくとも１個の突然変異を含むことができる。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の突然変異を含む。一部の実施形態において、突然変異は欠失である。一部の実施形態において、突然変異は置換である。一部の実施形態において、突然変異は挿入である。一部の実施形態において、突然変異は短縮化である。
[0103]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、グリコシルトランスフェラーゼドメインに少なくとも１個の突然変異を含む。一部の実施形態において、グリコシルトランスフェラーゼドメインにおける突然変異は、配列番号４のアミノ酸１～５４１にある。一部の実施形態において、グリコシルトランスフェラーゼドメインにおける突然変異は、配列番号５のアミノ酸１～５４１にある。一部の実施形態において、グリコシルトランスフェラーゼドメインにおける突然変異は、配列番号１のアミノ酸１～５４３にある。一部の実施形態において、グリコシルトランスフェラーゼドメインにおける突然変異は、配列番号２のアミノ酸１～５４３にある。
[0104]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、配列番号１または配列番号２の野生型毒素Ｂ抗原に対して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の置換を含むことができる。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、配列番号１または配列番号２のアミノ酸２７０、２７３、２８４、２８６、または２８８に対応する位置１、２、３、４、または５を含むことができる。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、配列番号４または配列番号５の野生型毒素Ａ抗原に対して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の置換を含むことができる。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、配列番号４または配列番号５のアミノ酸２８３、２８５、または２８７に対応する位置１、２、または３に置換を含むことができる。
[0105]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、カッティング（ｃｕｔｔｉｎｇ）またはシステインプロテアーゼ酵素ドメインに少なくとも１個の突然変異を含む。一部の実施形態において、カッティングまたはシステインプロテアーゼ酵素ドメインは、配列番号４のアミノ酸５４２～７６９、配列番号５のアミノ酸５４２～７６９、配列番号１のアミノ酸５４４～７６７、または配列番号２のアミノ酸５４４～７６７である。一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、転座ドメインに少なくとも１個の突然変異を含む。一部の実施形態において、転座ドメインは、配列番号４のアミノ酸７７０～１８０８、配列番号５のアミノ酸７７０～１８０８、配列番号１のアミノ酸７６８～１８３３、または配列番号２のアミノ酸７６８～１８３３である。
[0106]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル毒素Ａまたは毒素Ｂのポリペプチドまたはポリペプチド断片は、約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１５５０、１６００、１６５０、１７００、１７５０、１８００、１８５０、１９００、１９５０、２０００、２０５０、２１００、２１５０、２２００、２２５０、２３００、２３５０、２４００、２４５０、２５００、２５５０、２６００、または２６５０個のアミノ酸の最小長さを有する。一部の実施形態において、ポリペプチドまたはポリペプチド断片は、ＴｃｄＡ１６４９－２７１０、ＴｃｄＢ１６５１－２３６６、毒素ＡのＣＲＯＰ領域（ＴｃｄＡ１８３２－２７１０）、または毒素ＢのＣＲＯＰ領域（ＴｃｄＢ１８３４－２３６６）の約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１５５０、１６００、１６５０、１７００、１７５０、１８００、１８５０、１９００、１９５０、２０００、２０５０、２１００、２１５０、２２００、２２５０、２３００、２３５０、２４００、２４５０、２５００、２５５０、２６００、または２６５０個のアミノ酸の最小長さを有する。
[0107]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、２つ以上の毒素Ａ、毒素Ｂ、またはこれらの断片を含むことができる。一部の実施形態において、２つ以上の毒素Ａまたは毒素Ｂ断片は同一である。一部の実施形態において、２つ以上の毒素Ａまたは毒素Ｂ断片は異なっている。一部の実施形態において、２つ以上の毒素Ａまたは毒素Ｂ断片は近接している。一部の実施形態において、２つ以上の毒素Ａまたは毒素Ｂ断片は近接してない。一部の実施形態において、２つ以上の毒素Ａまたは毒素Ｂ断片は、Ｎ末端またはＣ末端から任意の順番、例えば、Ａ－Ａ－Ｂ、Ａ－Ｂ－Ａ、Ｂ－Ａ－Ａ、Ｂ－Ｂ－Ａ、Ｂ－Ａ－Ｂ、Ａ－Ｂ－Ａ、またはＡ－Ｂ－Ｂで連結している。
[0108]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約９０：１０、約８０：２０、約７０：３０、約６０：４０、約５０：５０、約４０：６０、約３０：７０、約２０：８０、または約１０：９０のＴｃｄＡ：ＴｃｄＢの比でＴｃｄＡおよびＴｃｄＢを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約５０：５０のＴｃｄＡ：ＴｃｄＢの比（すなわち、等しい量）でＴｃｄＡおよびＴｃｄＢを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約７０：３０のＴｃｄＡ：ＴｃｄＢの比でＴｃｄＡおよびＴｃｄＢを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約３０：７０のＴｃｄＡ：ＴｃｄＢの比でＴｃｄＡおよびＴｃｄＢを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約８０：２０のＴｃｄＡ：ＴｃｄＢの比でＴｃｄＡおよびＴｃｄＢを含むことができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約２０：８０のＴｃｄＡ：ＴｃｄＢの比でＴｃｄＡおよびＴｃｄＢを含むことができる。
医薬組成物
[0109]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシル細菌および少なくとも１つのＣ．デフィシル腸毒素を標的にするワクチン組成物が本明細書に開示される。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル細菌を標的にする。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル細菌、および１つのＣ．デフィシル腸毒素、例えば、毒素Ａまたは毒素Ｂを標的にする。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシル細菌、ならびに２つのＣ．デフィシル腸毒素、例えば、毒素Ａおよび毒素Ｂを標的にする。
[0110]本発明の医薬組成物は、本明細書に記載されている任意の化合物または薬学的に許容される塩と、他の化学化合物、例えば、担体、安定剤、希釈剤、分散剤、懸濁化剤、増粘剤、アジュバントおよび／または賦形剤との組合せでありうる。本開示の医薬組成物は、生物体への化合物の投与を容易にすることができる。医薬組成物は、例えば、静脈内、皮下、筋肉内、経口、非経口、眼内、皮下、経皮、経鼻、膣内、および局所投与を含む様々な形態および経路で医薬組成物として治療有効量で投与されうる。
[0111]医薬組成物は、局部的に、例えば、臓器に化合物を直接注射することにより、任意選択でデポーまたは持続放出製剤または植込み錠で投与されうる。医薬組成物は、迅速放出製剤の形態、延長放出製剤の形態、または中間型放出製剤の形態で提供されうる。迅速放出形態は、即時放出を提供することができる。延長放出製剤は、制御放出または持続的遅延放出を提供することができる。
[0112]経口投与では、医薬組成物は、活性化合物を薬学的に許容される担体または賦形剤と組み合わせることによって処方されうる。そのような担体を使用して、対象の経口摂取用に液剤、ゲル剤、シロップ剤、エリキシル剤、スラリー剤、または懸濁剤を処方することができる。経口溶解製剤に使用される溶媒の非限定例には、水、エタノール、イソプロパノール、食塩筋、生理食塩水、ＤＭＳＯ、ジメチルホルムアミド、リン酸カリウム緩衝液、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、リン酸ナトリウム緩衝液、４－２－ヒドロキシエチル－１－ピペラジンエタンスルホン酸緩衝液（ＨＥＰＥＳ）、３－（Ｎ－モルホリノ）プロパンスルホン酸緩衝液（ＭＯＰＳ）、ピペラジン－Ｎ，Ｎ’－ビス（２－エタンスルホン酸）緩衝液（ＰＩＰＥＳ）、および食塩水クエン酸ナトリウム緩衝液（ＳＳＣ）が含まれうる。経口溶解製剤に使用される共溶媒の非限定例には、スクロース、尿素、クレマホール（ｃｒｅｍａｐｈｏｒ）、ＤＭＳＯ、およびリン酸カリウム緩衝液が含まれうる。
[0113]化合物は、また、従来の坐剤の基剤、例えば、カカオバターまたは他のグリセリド、ならびに合成ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドンおよびＰＥＧを含有する直腸組成物、例えば、浣腸、直腸ゲル剤、直腸フォーム剤、直腸エアロゾル剤、坐剤、ゼリー坐剤、または停留浣腸（ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ ｅｎｅｍａ）に処方されうる。組成物の坐剤形態では、低融点ワックス、例えば、任意選択でカカオバターと組み合わせた脂肪酸グリセリドの混合物を溶融させることができる。
[0114]本明細書に提供されている処置または使用の方法の実践では、本明細書に記載されている治療有効量の化合物が、処置される疾患または状態を有する対象に医薬組成物で投与される。一部の実施形態において、対象は哺乳動物、例えばヒトである。対象は、例えば、高齢者、成人、青年、少年（ｐｒｅ－ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔ）、小児、幼児、乳児、新生児、および非ヒト動物でありうる。一部の実施形態において、対象は患者である。治療有効量は、疾患の重症度、対象の年齢および相対的な健康、使用される化合物の効力、ならびに他の要因に応じて広範囲に変わりうる。化合物は、単一で、または混合物の構成成分として１つもしくは複数の治療剤との組合せで使用されうる。
[0115]医薬組成物は、活性化合物を、薬学的に使用することができる調合剤に加工することを容易にする賦形剤および補助剤を含む、１つまたは複数の生理学的に許容される担体を使用して処方されうる。製剤は、選択される投与経路に応じて改変されうる。本明細書に記載されている化合物を含む医薬組成物は、例えば、混合、溶解、乳化、カプセル化、捕捉、または圧縮方法により製造されうる。
[0116]本開示の医薬組成物は、少なくとも１つの薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤および本明細書に記載されている化合物を、遊離塩基または薬学的に許容される塩形態で含むことができる。医薬組成物は、可溶化剤、安定剤、張性増強剤、緩衝液、および防腐剤を含有することができる。
[0117]本明細書に記載されている化合物を含む組成物の調製方法は、化合物を１つまたは複数の不活性な薬学的に許容される賦形剤または担体で処方して、固体、半固体または液体組成物を形成するステップを含む。固体組成物には、例えば、散剤、錠剤、分散性粒剤、カプセル剤、およびカシュ剤が含まれる。液体組成物には、例えば、化合物が溶解されている液剤、化合物を含む乳剤、または本明細書に開示されている化合物を含むリポソーム、ミセルもしくはナノ粒子を含有する液剤が含まれる。半固体組成物には、例えば、ゲル剤、懸濁剤、およびクリーム剤が含まれる。組成物は、液剤の溶液もしくは懸濁液中にありうる、使用前の液剤中の溶液もしくは懸濁液に好適な固体形態でありうる、または乳剤でありうる。これらの組成物は、微量の非毒性補助物質、例えば、湿潤または乳化剤、ｐＨ緩衝剤、および他の薬学的に許容される添加剤を含有することもできる。
[0118]本発明の使用に好適な剤形の非限定例には、液剤、散剤、ゲル剤、ナノ懸濁剤、ナノ粒子、ミクロゲル、水性または油性懸濁剤、乳剤、およびこれらの任意の組合せが含まれる。
[0119]本発明の使用に好適な薬学的に許容される賦形剤の非限定例には、結合剤、崩壊剤、付着防止剤（ａｎｔｉ－ａｄｈｅｒｅｎｔ）、帯電防止剤、界面活性剤、酸化防止剤、コーティング剤、着色剤、可塑剤、防腐剤、懸濁化剤、乳化剤、抗微生物剤、球形化剤（ｓｐｈｅｒｏｎｉｚａｔｉｏｎ ａｇｅｎｔ）、およびこれらの任意の組合せが含まれる。
[0120]本開示の医薬組成物は、アジュバントを含むことができる。一部の実施形態において、アジュバントは、本開示の抗原または化合物と組み合わせて使用される場合、抗原特異的免疫応答を加速、延長、または増強することができる。一部の実施形態において、アジュバントは、免疫系を刺激してワクチンにより激しく応答させ、感染に対して増加した免疫を提供することができる。一部の実施形態において、アジュバントは、無機化合物、油、細菌産物、植物産物、サイトカイン、有機物質、またはこれらの薬剤の組合せである。
[0121]一部の実施形態において、アジュバントは無機化合物である。一部の実施形態において、無機化合物は、カリウムミョウバン、硫酸アルミニウムカリウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、または水酸化リン酸カルシウム（ｃａｌｃｉｕｍ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｈｙｄｒｏｘｉｄｅ）である。一部の実施形態において、アジュバントは油である。一部の実施形態において、油は、パラフィン油、アジュバント６５、またはラッカセイ油である。一部の実施形態において、アジュバントは、細菌産物、例えば、ボルデテラ・パータシス種、マイコバクテリウム・ボビス種の死菌、またはトキソイドである。一部の実施形態において、アジュバントは、植物産物、例えば、キラヤ、ダイズまたはポリサガセネガ（ｐｏｌｙｓａｇａ ｓｅｎｅｇａ）からの植物サポニンである。一部の実施形態において、アジュバントは、サイトカイン、例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、またはＩＬ－１２である。一部の実施形態において、アジュバントは、組合せアジュバントである。一部の実施形態において、組合せアジュバントは、フロイント完全アジュバントまたはフロイント不完全アジュバントである。一部の実施形態において、アジュバントは、有機物質、例えばスクアレンである。
[0122]一部の実施形態において、アジュバントは、ミョウバン、鉱油、植物油、水酸化アルミニウム、フロイント不完全アジュバント、またはＴＬＲアゴニスト（例えば、ＣｐＧオリゴヌクレオチド）である。一部の実施形態において、アジュバントは、ＡＳ０４（すなわち、モノホスホリル脂質Ａおよびアルミニウム塩）である。一部の実施形態において、アジュバントは、ＭＦ５９（すなわち、スクアレンの水中油乳剤）である。一部の実施形態において、アジュバントは、ＡＳ０１Ｂ（すなわち、リポソーム製剤に組み合わせたモノホスホリル脂質ＡおよびＱＳ－２１）である。一部の実施形態において、アジュバントは、ＣｐＧ１０１８（すなわち、シトシンホスホグアニン）である。一部の実施形態において、アジュバントはＡＩＰＯ４である。一部の実施形態において、アジュバントはＡｌＯＨである。一部の実施形態において、アジュバントは、Ａｄｖａｘ（商標）またはＡｓｖａｘ－２（商標）（デルタイヌリン微粒子）である。
[0123]一部の実施形態において、医薬組成物は、１つのアジュバントを含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、２つのアジュバントを含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、３つのアジュバントを含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、４つのアジュバントを含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、５つのアジュバントを含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、アジュバントを含まない。
[0124]一部の実施形態において、クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を含む組成物が本明細書に開示され、細胞表面多糖はＣ．デフィシルから濃縮されたＰＳＩＩ抗原であり、組成物は、少なくとも約４０％の総炭水化物重量パーセンテージを有し、Ｃ．デフィシルから濃縮されたＰＳＩＩ抗原は、少なくとも９０％の総炭水化物パーセンテージである。
[0125]一部の実施形態において、（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）担体タンパク質を含む第１のポリペプチドを含む組成物が本明細書に開示され、担体タンパク質およびＣ．デフィシルの細胞表面多糖は、約１０：１未満～約１：３の比で組成物に存在する。（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）Ｃ．デフィシル以外の生物体に由来する担体タンパク質を含む第１のポリペプチドを含む組成物が本明細書に開示され、担体タンパク質および細胞表面多糖は、約１０：１～約１：１０の比で組成物に存在する。
[0126]一部の実施形態において、（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）から濃縮された細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、医薬組成物は総炭水化物パーセンテージを有し、総炭水化物パーセンテージの少なくとも約９０％はＰＳＩＩである。
[0127]一部の実施形態において、が本明細書に開示され（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）から濃縮された細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖は、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドにコンジュゲートされていない。
[0128]一部の実施形態において、（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む医薬組成物が本明細書に開示され、ポリペプチドは、不活性化毒素であるＣ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含み、医薬組成物は、Ｃ．デフィシルの不活性化毒素以外のＣ．デフィシルタンパク質を約５重量％未満含む。
[0129]一部の実施形態において、（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、第１のトキソイドは、完全長毒素Ａトキソイドであり、第２のトキソイドは、完全長毒素Ｂトキソイドである。
[0130]一部の実施形態において、（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む医薬組成物が本明細書に開示され、第１のポリペプチドは、Ｃ．デフィシルの第１の不活性化毒素またはその断片を含み、医薬組成物は、Ｃ．デフィシルの不活性化毒素以外のＣ．デフィシルタンパク質を約５重量％未満含む。また担体タンパク質にコンジュゲートされているクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を含む医薬組成物が本明細書に開示され、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖は、１個の炭素原子～１０個の炭素原子を含む化学リンカーを介して担体タンパク質にコンジュゲートされている。
[0131]一部の実施形態において、（ａ）担体タンパク質にコンジュゲートされているクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチド、および（ｄ）薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に開示され、Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖は、チオエーテル、アジピン酸ジヒドラジド、尿素、またはアミンからなる群から選択される化学リンカーを介して担体タンパク質にコンジュゲートされている。
[0132]一部の実施形態において、（ａ）薬学的に許容される担体にコンジュゲートされているクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および（ｄ）アジュバントから本質的になる医薬組成物が本明細書に開示される。
[0133]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルの抗原もしくは細胞表面多糖、または細胞表面多糖コンジュゲートを、毒素Ａ、毒素Ｂ、またはこれらの断片のうちの少なくとも１つと混合することによって、免疫原性組成物を作製する方法も本明細書に記載されいる。一部の実施形態において、毒素Ａ、毒素Ｂ、またはこれらの断片は、非毒性の免疫原性ポリペプチドである。一部の実施形態において、免疫原性組成物は、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株に反応性の抗体および１つまたは複数のＣ．デフィシル毒素に反応性の抗体の産生を容易にすることによって、保護免疫応答を誘発することができる。一部の実施形態において、免疫原性組成物は、Ｃ．デフィシル毒素Ａに反応性の抗体の産生を容易にすることができる。一部の実施形態において、免疫原性組成物は、Ｃ．デフィシル毒素Ｂに反応性の抗体の産生を容易にすることができる。一部の実施形態において、免疫原性組成物は、Ｃ．デフィシル毒素Ａおよび毒素Ｂに反応性の抗体の産生を容易にすることができる。
[0134]一部の実施形態において、非毒性ポリペプチドまたはその断片は、組換え産生ポリペプチドである。
[0135]本開示のワクチン組成物は、約１００：１、約８０：１、約６０：１、約４０：１、約２０：１、約１０：１、約９：１、約８：１、約７：１、約６：１、約５：１、約４：１、約３：１、約２：１、約１：１、約１：２、約１：３、約１：４、約１：５、約１：６、約１：７、約１：８、約１：９、約１：１０、約１：２０、約１：４０、約１：６０、約１：８０、または約１：１００の細胞表面多糖：ポリペプチドの比を有することができる。一部の実施形態において、医薬組成物は、約１０：１の細胞表面多糖：ポリペプチドの比を有することができる。一部の実施形態において、医薬組成物は、約５：１の細胞表面多糖：ポリペプチドの比を有することができる。一部の実施形態において、医薬組成物は、約１：１の細胞表面多糖：ポリペプチドの比を有することができる。一部の実施形態において、ポリペプチドは、トキソイドＡまたはその断片である。一部の実施形態において、ポリペプチドは、トキソイドＢまたはその断片である。
[0136]本開示のワクチン組成物は、約５０重量％、約４０重量％、約３０重量％、約２０重量％、約１０重量％、約９重量％、約８重量％、約７重量％、約６重量％、約５重量％、約４重量％、約３重量％、約２重量％、または約１重量％未満のＣ．デフィシルからのポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、約２０重量％、約１５重量％、約１０重量％、約９重量％、約８重量％、約７重量％、約６重量％、約５重量％、約４重量％、約３重量％、約２重量％、または約１重量％未満のＣ．デフィシルからのポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、約２０重量％未満のＣ．デフィシルからのポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、約１０重量％未満のＣ．デフィシルからのポリペプチドを含むことができる。一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、約５重量％未満のＣ．デフィシルからのポリペプチドを含むことができる。
[0137]本開示の医薬組成物は、少なくとも約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％の総炭水化物重量パーセンテージを有することができる。一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、少なくとも約４０％の総炭水化物重量パーセンテージを有することができる。一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、少なくとも約６０％の総炭水化物重量パーセンテージを有することができる。一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、少なくとも約８０％の総炭水化物重量パーセンテージを有することができる。
[0138]一部の実施形態において、本開示の医薬組成物に存在する糖の少なくとも約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％は、本開示の細胞表面多糖、例えばＰＳＩＩ抗原である。一部の実施形態において、医薬組成物に存在する糖の少なくとも約８０％は、ＰＳＩＩ抗原である。一部の実施形態において、医薬組成物に存在する糖の少なくとも約９０％は、ＰＳＩＩ抗原である。一部の実施形態において、医薬組成物に存在する糖の少なくとも約９５％は、ＰＳＩＩ抗原である。
[0139]本開示のワクチン組成物は、少なくとも約５重量％、約１０重量％、約１５重量％、約２０重量％、約２５重量％、約３０重量％、約３５重量％、約４０重量％、約４５重量％、または約５０重量％のＣ．デフィシルからの細胞表面多糖を含むことができる。一部の実施形態において、本開示の組成物は、少なくとも約５重量％のＣ．デフィシルからの細胞表面多糖を含むことができる。一部の実施形態において、本開示の組成物は、少なくとも約１５重量％のＣ．デフィシルからの細胞表面多糖を含むことができる。一部の実施形態において、本開示の組成物は、少なくとも約２５重量％のＣ．デフィシルからの細胞表面多糖を含むことができる。
[0140]本開示のワクチン組成物は、少なくとも約７５％のＣ．デフィシルからの細胞表面多糖またはそのコンジュゲート、少なくとも約５％のＣ．デフィシルの第１のトキソイドポリペプチドまたはその断片、および少なくとも約５％のＣ．デフィシルの第２のトキソイドポリペプチドまたはその断片を含むことができる。本開示のワクチン組成物は、約８２％のＣ．デフィシルからの細胞表面多糖またはそのコンジュゲート、少なくとも約９％のＣ．デフィシルの第１のトキソイドポリペプチドまたはその断片、および少なくとも約９％のＣ．デフィシルの第２のトキソイドポリペプチドまたはその断片を含むことができる。本開示のワクチン組成物は、約８２％の本開示のＰＳＩＩ ＣＲＭ１９７コンジュゲート、少なくとも約９％のＣ．デフィシルのＴｃｄＡまたはその断片、および少なくとも約９％のＣ．デフィシルのＴｃｄＢまたはその断片を含むことができる。
[0141]本開示のワクチン組成物は、約５％、約４．５％、約４％、約３．５％、約３％、約２．５％、約２％、約１．５％、または約１％未満の汚染物質を含みうる。一部の実施形態において、汚染物質は、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである。一部の実施形態において、汚染物質は、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する。
[0142]本開示のワクチン組成物は、約５％、約４．５％、約４％、約３．５％、約３％、約２．５％、約２％、約１．５％、または約１％未満のペプチドグリカン汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％、約０．９％、約０．８％、約０．７％、約０．６％、約０．５％、約０．４％、約０．３％、約０．２％、または約０．１％未満のペプチドグリカン汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約５％未満のペプチドグリカン汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％未満のペプチドグリカン汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約０．５％未満のペプチドグリカン汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約０．３％未満のペプチドグリカン汚染を含みうる。一部の実施形態において、ペプチドグリカン汚染は、組成物中の細胞表面多糖の総重量に対して相対的である。
[0143]本開示のワクチン組成物は、約５％、約４．５％、約４％、約３．５％、約３％、約２．５％、約２％、約１．５％、または約１％未満のタンパク質汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％、約０．９％、約０．８％、約０．７％、約０．６％、約０．５％、約０．４％、約０．３％、約０．２％、または約０．１％未満のタンパク質汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約５％未満のタンパク質汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％未満のタンパク質汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示の組成物は、約０．５％未満のタンパク質汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示の組成物は、約０．３％未満のタンパク質汚染を含みうる。一部の実施形態において、タンパク質汚染は、Ｃ．デフィシルの不活性化毒素以外のＣ．デフィシルタンパク質である。一部の実施形態において、タンパク質汚染は、組成物中の細胞表面多糖の総重量に対して相対的である。
[0144]本開示のワクチン組成物は、約５％、約４．５％、約４％、約３．５％、約３％、約２．５％、約２％、約１．５％、または約１％未満の核酸汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％、約０．９％、約０．８％、約０．７％、約０．６％、約０．５％、約０．４％、約０．３％、約０．２％、または約０．１％未満の核酸汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％未満の核酸質汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約０．５％未満の核酸質汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約０．３％未満の核酸質汚染を含みうる。一部の実施形態において、核酸汚染は、組成物中の細胞表面多糖の総重量に対して相対的である。
[0145]本開示のワクチン組成物は、約５％、約４．５％、約４％、約３．５％、約３％、約２．５％、約２％、約１．５％、または約１％未満の糖汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％、約０．９％、約０．８％、約０．７％、約０．６％、約０．５％、約０．４％、約０．３％、約０．２％、または約０．１％未満の糖汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約１％未満の糖汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約０．５％未満の糖汚染を含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、約０．３％未満の糖汚染を含みうる。一部の実施形態において、糖汚染は、組成物中の細胞表面多糖の総重量に対して相対的である。
[0146]本開示のワクチン組成物は、精製ＰＳＩＩの約５０ＥＵ／ｍｇ、約４０ＥＵ／ｍｇ、約３０ＥＵ／ｍｇ、約２０ＥＵ／ｍｇ、または約１０ＥＵ／ｍｇ未満の内毒素レベルを含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、精製ＰＳＩＩの約１０ＥＵ／ｍｇ、約９ＥＵ／ｍｇ、約８ＥＵ／ｍｇ、約７ＥＵ／ｍｇ、約６ＥＵ／ｍｇ、約５ＥＵ／ｍｇ、約４ＥＵ／ｍｇ、約３ＥＵ／ｍｇ、約２ＥＵ／ｍｇ、または約１ＥＵ／ｍｇ未満の内毒素レベルを含みうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、精製ＰＳＩＩの約１０ＥＵ／ｍｇ未満の内毒素レベルを含みうる。一部の実施形態において、本開示の組成物は、精製ＰＳＩＩの約５ＥＵ／ｍｇ未満の内毒素レベルを含みうる。
投与および投薬の方法
[0147]ワクチン組成物の構成成分は、一緒にまたは別々に投与されうる。一部の実施形態において、細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲート、および少なくとも１つのＣ．デフィシル毒素を含むワクチン組成物は、単位剤形で調製される。一部の実施形態において、細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲート、および少なくとも１つのＣ．デフィシル毒素は、同じ投与経路により投与される。一部の実施形態において、細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲート、および少なくとも１つのＣ．デフィシル毒素は、別々に投与される。一部の実施形態において、細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲート、および少なくとも１つのＣ．デフィシル毒素は、異なる投与経路により投与される。一部の実施形態において、細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲート、および少なくとも１つのＣ．デフィシル毒素は、同時発生的に投与される。一部の実施形態において、細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲート、および少なくとも１つのＣ．デフィシル毒素は、順次に投与される。
[0148]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、非経口経路（例えば、腹腔内（ｉ．ｐ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）もしくは皮下（ｓ．ｃ．）注射）、経口投与、または粘膜（例えば、鼻腔内（ｉ．ｎ．）、胃内（ｉ．ｇ．）、膣内、直腸内）投与を使用して投与される。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、非経口投与される。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、皮下投与される。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、筋肉内投与される。
[0149]本開示のワクチン組成物は、単回用量スケジュールまたは多回用量スケジュールで投与されうる。一部の実施形態において、構成成分またはワクチン組成物の多回用量は、一次免疫スケジュールおよび追加免疫スケジュールで投与されうる。一部の実施形態において、構成成分の多回用量は一緒に投与されうる。一部の実施形態において、構成成分の多回用量は、別々に、例えば、異なる時間で、または異なる投与経路を使用して投与されうる。一部の実施形態において、構成成分の多回用量は、異なる投与経路、例えば、一次は非経口および追加は粘膜、または一次は粘膜および追加は非経口を使用して投与されうる。
[0150]一部の実施形態において、一次免疫は、筋肉内注射により投与される。一部の実施形態において、二次または追加免疫は、筋肉内注射により投与される。一部の実施形態において、二次または追加免疫は、経口投与により投与される。
[0151]一部の実施形態において、多回用量は、少なくとも約１週間、約２週間、約３週間、約４週間、約５週間、約６週間、約７週間、約８週間、約９週間、約１０週間、約１１週間、約１２週間、約１３週間、約１４週間、約１５週間、または約１６週間間隔で投与される。一部の実施形態において、対象は１用量で免疫されうる。一部の実施形態において、対象は２用量により約２週間間隔で免疫されうる。一部の実施形態において、対象は２用量により約３週間間隔で免疫されうる。一部の実施形態において、対象は２用量により約４週間間隔で免疫されうる。一部の実施形態において、対象は２用量により約６週間間隔で免疫されうる。一部の実施形態において、対象は３用量で免疫されてもよく、各用量は約２週間間隔である。一部の実施形態において、対象は３用量で免疫されてもよく、各用量は約３週間間隔である。一部の実施形態において、対象は３用量で免疫されてもよく、各用量は約４週間間隔である。
[0152]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、第１回の免疫で対象免疫系を初回抗原刺激するために投与されうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、対象の「初回抗原刺激を受けた」免疫系に追加ショットとして２回目に投与されうる。一部の実施形態において、追加用量は、感染期間中の任意の時間で、例えば、ＣＤＩの症状が検出または観察された１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、または２１日後に投与されうる。
[0153]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、例えば、ワクチン接種により以前に免疫化された対象、または処置後にＣＤＩから回復した対象において、免疫を保護レベルに回復させるために対象に投与されうる。一部の実施形態において、追加免疫は、初期免疫またはＣＤＩ処置の約１年、約２年、約３年、約４年、約５年、約６年、約７年、約８年、約９年、約１０年、約１１年、約１２年、約１３年、約１４年、約１５年、約１６年、約１７年、約１８年、約１９年、または約２０年後に投与されうる。一部の実施形態において、追加免疫は、初期免疫またはＣＤＩ処置の約３年後に投与されうる。一部の実施形態において、追加免疫は、初期免疫またはＣＤＩ処置の約５年後に投与されうる。一部の実施形態において、追加免疫は、初期免疫またはＣＤＩ処置の約７年後に投与されうる。一部の実施形態において、追加免疫は、初期免疫またはＣＤＩ処置の約１０年後に投与されうる。一部の実施形態において、追加免疫は、初期免疫またはＣＤＩ処置の約１５年後に投与されうる。一部の実施形態において、追加免疫は、初期免疫またはＣＤＩ処置の約２０年後に投与されうる。
[0154]本開示のワクチン組成物は、第２のワクチンと実質的に同時に患者に予防的に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、肺炎、麻疹、ムンプス、風疹、ＭＭＲ、水痘、ＭＭＲＶ、ジフテリア、破傷風、百日咳、ＤＴＰ、ヘモフィルスインフルエンザ菌Ｂ型結合型（ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ｔｙｐｅ）、不活化ポリオウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、髄膜炎菌結合型（例えば、四価Ａ－Ｃ－Ｗ１３５－Ｙワクチン）、呼吸器合胞体ウイルスのワクチンとして、実質的に同時に投与されうる。
[0155]本開示の医薬組成物、ポリペプチド、または抗原は、正確な投与量の単回投与に好適な単位剤形でありうる。単位剤形では、本開示の医薬組成物、ポリペプチド、または抗原を、１つまたは複数の化合物の適正な量を含有する単位用量に分けることができる。単位投与量は、製剤の別個の量を含有する包装形態でありうる。非限定例は、バイアルまたはアンプル中の液剤である。水性懸濁組成物は、単回用量非再開封性容器（ｓｉｎｇｌｅ－ｄｏｓｅ ｎｏｎ－ｒｅｃｌｏｓａｂｌｅ ｃｏｎｔａｉｎｅｒ）に包装されうる。多回用量非再開封性容器は、例えば防腐剤と組み合わせて使用されうる。非経口注射用製剤は、例えば、アンプル中または防腐剤を伴う多回用量容器中の単位剤形で提示されうる。
[0156]一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約５μｇ～約５０μｇ、約５０μｇ～約１００μｇ、約１００μｇ～約１５０μｇ、約１５０μｇ～約２００μｇ、約２００μｇ～約２５０μｇ、約２５０μｇ～約３００μｇ、約３００μｇ～約３５０μｇ、約３５０μｇ～約４００μｇ、約４００μｇ～約４５０μｇ、約４５０μｇ～約５００μｇ、約５００μｇ～約６００μｇ、または約６００μｇ～約７５０μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約５μｇ～約２５０μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約５μｇ～約５０μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約１００μｇ～約２５０μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約２５０μｇ～約５００μｇの範囲の量で対象に投与されうる。
[0157]一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約１０μｇ、約２０μｇ、約３０μｇ、約４０μｇ、約５０μｇ、約６０μｇ、約７０μｇ、約８０μｇ、約９０μｇ、約１００μｇ、約１２０μｇ、約１４０μｇ、約１６０μｇ、約１８０μｇ、または約２００μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約２００μｇ、約２５０μｇ、約３００μｇ、約３５０μｇ、約４００μｇ、約４５０μｇ、約５００μｇ、約５５０μｇ、約６００μｇ、約６５０μｇ、約７００μｇ、または約７５０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約１０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約５０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約１００μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約２５０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示の抗原（例えば、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、またはＰＳＩＩＩ）は、約５００μｇの量で対象に投与されうる。
[0158]一部の実施形態において、本開示のトキソイドＡまたはその断片は、約１０μｇ～約５０μｇ、約５０μｇ～約１００μｇ、約１００μｇ～約１５０μｇ、約１５０μｇ～約２００μｇ、約２００μｇ～約２５０μｇ、約２５０μｇ～約３００μｇ、約３００μｇ～約３５０μｇ、約３５０μｇ～約４００μｇ、約４００μｇ～約４５０μｇ、または約４５０μｇ～約５００μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＡまたはその断片は、約１０μｇ～約５０μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＡまたはその断片は、約５０μｇ～約１００μｇの範囲の量で対象に投与されうる。
[0159]一部の実施形態において、本開示のトキソイドＡまたはその断片は、約１０μｇ、約２０μｇ、約３０μｇ、約４０μｇ、約５０μｇ、約６０μｇ、約７０μｇ、約８０μｇ、約９０μｇ、約１００μｇ、約１２０μｇ、約１４０μｇ、約１６０μｇ、約１８０μｇ、または約２００μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＡまたはその断片は、約３０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＡまたはその断片は、約６０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＡまたはその断片は、約９０μｇの量で対象に投与されうる。
[0160]一部の実施形態において、本開示のトキソイドＢまたはその断片は、約１０μｇ～約５０μｇ、約５０μｇ～約１００μｇ、約１００μｇ～約１５０μｇ、約１５０μｇ～約２００μｇ、約２００μｇ～約２５０μｇ、約２５０μｇ～約３００μｇ、約３００μｇ～約３５０μｇ、約３５０μｇ～約４００μｇ、約４００μｇ～約４５０μｇ、または約４５０μｇ～約５００μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＢまたはその断片は、約１０μｇ～約５０μｇの範囲の量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＢまたはその断片は、約５０μｇ～約１００μｇの範囲の量で対象に投与されうる。
[0161]一部の実施形態において、本開示のトキソイドＢまたはその断片は、約１０μｇ、約２０μｇ、約３０μｇ、約４０μｇ、約５０μｇ、約６０μｇ、約７０μｇ、約８０μｇ、約９０μｇ、約１００μｇ、約１２０μｇ、約１４０μｇ、約１６０μｇ、約１８０μｇ、または約２００μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＢまたはその断片は、約４０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＢまたはその断片は、約４０μｇの量で対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のトキソイドＢまたはその断片は、約６０μｇの量で対象に投与されうる。
[0162]一部の実施形態において、対象に投与される本開示のワクチン組成物は、少なくとも約５～２００μｇのＣ．デフィシルからの細胞表面多糖またはそのコンジュゲート、少なくとも約１～１００μｇのＣ．デフィシルの第１のトキソイドポリペプチドまたはその断片、および少なくとも約１～１００μｇのＣ．デフィシルの第２のトキソイドポリペプチドまたはその断片を含むことができる。一部の実施形態において、対象に投与される本開示のワクチン組成物は、少なくとも約５０μｇのＣ．デフィシルからの細胞表面多糖またはそのコンジュゲート、少なくとも約５μｇのＣ．デフィシルの第１のトキソイドポリペプチドまたはその断片、および少なくとも約５μｇのＣ．デフィシルの第２のトキソイドポリペプチドまたはその断片を含むことができる。一部の実施形態において、対象に投与される本開示のワクチン組成物は、少なくとも約１００μｇのＣ．デフィシルからの細胞表面多糖またはそのコンジュゲート、少なくとも約１０μｇのＣ．デフィシルの第１のトキソイドポリペプチドまたはその断片、および少なくとも約１０μｇのＣ．デフィシルの第２のトキソイドポリペプチドまたはその断片を含むことができる。一部の実施形態において、対象に投与される本開示のワクチン組成物は、少なくとも約２００μｇのＣ．デフィシルからの細胞表面多糖またはそのコンジュゲート、少なくとも約２０μｇのＣ．デフィシルの第１のトキソイドポリペプチドまたはその断片、および少なくとも約２０μｇのＣ．デフィシルの第２のトキソイドポリペプチドまたはその断片を含むことができる。
使用方法
[0163]一部の実施形態において、対象においてＣＤＩの病理学的効果を予防的に低減する、または防止する方法であって、精製ＰＳＩＩ細胞表面多糖または精製ＰＳＩＩ細胞表面多糖コンジュゲート、および毒素Ａ、毒素Ｂ、またはこれらの非毒性免疫原性ポリペプチド断片を含む少なくとも１つのポリペプチドを、対象に投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。本開示の組成物は、Ｃ．デフィシル細胞に提示された細菌表面抗原およびＣ．デフィシル細胞により産生された細菌毒素の両方を標的にする。本開示のワクチン組成物を使用して、ＣＤＩを防止またはＣＤＩの再発を防止することができる。Ｃ．デフィシル表面構成成分に対する血清抗体が、Ｃ．デフィシルの症候性ＣＤＩまたは無症候性保菌者の患者に見出される。
[0164]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、Ｃ．デフィシルに免疫学的にナイーブな対象、すなわち、以前にＣ．デフィシルに曝露されていない個人を免疫するために使用されうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、例えば続発性ＣＤＩまたは再発性ＣＤＩを防止する治療免疫に使用されうる。
[0165]一部の実施形態において、Ｃ．デフィシルに対する免疫応答を対象に誘発する方法であって、精製ＰＳＩＩ細胞表面多糖または精製ＰＳＩＩ細胞表面多糖コンジュゲート、および毒素Ａ、毒素Ｂ、またはこれらの断片を含む免疫原性組成物のある量を、対象に投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0166]一部の実施形態において、本開示の組成物および方法は、細胞媒介免疫応答を誘発することができる。一部の実施形態において、本開示の組成物および方法は、体液性免疫応答を誘発することができる。一部の実施形態において、本開示の組成物および方法は、全身性免疫応答を誘発することができる。一部の実施形態において、本開示の組成物および方法は、粘膜免疫応答を誘発することができる。一部の実施形態において、本開示の組成物および方法は、増強された全身性免疫応答および増強された粘膜免疫応答を誘発することができる。
[0167]一部の実施形態において、感染の徴候または症状を処置、予防、または抑制する方法であって、治療有効量の本開示の組成物または医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0168]一部の実施形態において、感染を処置する方法であって、（ａ）治療有効量の本開示の組成物または医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップであって、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染であるステップ、（ｂ）医薬組成物を投与した後、対象から糞便試料を収集するステップ、および（ｃ）糞便試料を分析し、感染のマーカーである、糞便中のＣ．デフィシルのコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｇにおける変化を決定するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0169]一部の実施形態において、感染を処置する方法であって、（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および（ｂ）ポリペプチドまたはポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む治療有効量の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含み、ポリペプチドがＣ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含み、投与が毎週または隔週であり、感染がＣ．デフィシルにより引き起こされる、方法が開示される。
[0170]一部の実施形態において、（ａ）（ｉ）５５歳を超えている第１の対象、（ｉｉ）６か月以内にＣ．デフィシル感染の病歴を有する第２の対象、および（ｉｉｉ）陽性Ｃ．デフィシルコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｇ数を有する第３の対象からなる群から対象を選択するステップ、ならびに（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖およびポリペプチドまたはポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、ポリペプチドがＣ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含む、方法が本明細書に開示される。
[0171]一部の実施形態において、感染を処置する方法であって、（ａ）対象から得た生物学的試料の遺伝子配列情報を特定して、感染の存在を決定するステップであって、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染であるステップ、（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖を含む治療有効量の医薬組成物を対象に投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0172]一部の実施形態において、感染を処置する方法であって、（ａ）治療有効量の本開示の医薬組成物、および（ｂ）治療剤を、それらを必要とする対象に投与するステップを含み、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）により引き起こされる、方法が本明細書に開示される。
[0173]一部の実施形態において、感染を処置する方法であって、クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を含む医薬組成物を投与するステップを含み、投与が、医薬組成物の非存在と比較して、細胞表面多糖に特異的な免疫グロブリンＭ（ＩｇＭ）を少なくとも約２５０倍増加させる、方法が本明細書に開示される。
[0174]一部の実施形態において、本開示の組成物および方法は、増強されたＴＨ１免疫応答またはＴＨ２免疫応答を誘発することができる。一部の実施形態において、増強されたＴＨ１免疫応答は、ＣＴＬの増加、ＴＨ１免疫応答に関連するサイトカインの増加、活性化マクロファージの増加、ＮＫ活性の増加、またはＩｇＧ２ａの産生の増加を含むことができる。一部の実施形態において、増強されたＴＨ１免疫応答は、サイトカイン、例えば、ＩＬ－２、ＩＦＮ－γ、およびＴＮＦ－βのレベルを増加する。
[0175]一部の実施形態において、ＴＨ１免疫応答は、ＴＨ１アジュバントを使用して誘発される。一部の実施形態において、ＴＨ１アジュバントは、ＴＨ１アジュバントを用いない抗原の免疫に対して、増加したレベルのＩｇＧ２ａ産生を誘発することができる。一部の実施形態において、ＴＨ１アジュバントは、サポニン製剤、ビロソーム、ウイルス様粒子、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、または免疫刺激性オリゴヌクレオチド（例えば、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド）である。
[0176]一部の実施形態において、ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２免疫応答に関連するサイトカインの増加、またはＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよびメモリーＢ細胞の産生の増加を含む。一部の実施形態において、サイトカインは、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、またはＩＬ－１０である。一部の実施形態において、増強されたＴＨ２免疫応答は、ＩｇＧ１産生の増加を含む。
[0177]一部の実施形態において、ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２アジュバントを使用して誘発されうる。ＴＨ２アジュバントは、アジュバントを用いない抗原の免疫に対して、増加したレベルのＩｇＧ１産生を誘発することができる。一部の実施形態において、ＴＨ２アジュバントは、鉱物含有組成物、油乳剤、またはＡＤＰリボシル化毒素またはその解毒誘導体である。一部の実施形態において、鉱物含有組成物は、アルミニウム塩である。
[0178]一部の実施形態において、本開示の組成物は、ＴＨ１アジュバントおよびＴＨ２アジュバントを含み、これらは、増強されたＴＨ１および増強されたＴＨ２応答を誘発する。一部の実施形態において、ＴＨ１アジュバントおよびＴＨ２アジュバントを含む組成物は、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの産生の増加を誘発する。一部の実施形態において、ＴＨ１アジュバントおよびＴＨ２アジュバントを含む本開示の組成物は、単一のアジュバントによる免疫に対して、例えば、ＴＨ１アジュバント単独による免疫またはＴＨ２アジュバント単独による免疫に対して、増加したＴＨ１または増加したＴＨ２免疫応答を誘発することができる。
[0179]一部の実施形態において、本開示の方法および組成物は、対象の免疫応答（例えば、抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ）を約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約２１倍、約２２倍、約２３倍、約２４倍、約２５倍、約２６倍、約２７倍、約２８倍、約２９倍、約３０倍、約３１倍、約３２倍、約３３倍、約３４倍、約３５倍、約３６倍、約３７倍、約３８倍、約３９倍、約４０倍、約４１倍、約４２倍、約４３倍、約４４倍、約４５倍、約４６倍、約４７倍、約４８倍、約４９倍、または約５０倍増加することができる。
[0180]本開示のワクチン組成物は、治療的に投与されうる。一次予防は、未だ発生していない疾患の防止または疾患に対する抵抗性の増加である。二次予防は、既に発生している疾患の再発を防止するために取られる手段である。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、例えば、ＣＤＩを防止するため、またはＣＤＩに対する抵抗性を増加するため、一次予防として対象に投与されうる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、例えば、ＣＤＩの再発を防止するため、二次予防として対象に投与されうる。
[0181]一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、ＣＤＩの症状を防止することができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、ＣＤＩの症状を改善することができる。一部の実施形態において、本開示のワクチン組成物は、ＣＤＩの特徴的な症状、例えば、下痢、小腸炎症、胃腸組織の壊死、体重減少、または腸管内体液貯留（ｆｌｕｉｄ ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｕｔ）の発生率または重症度を、非免疫化対象と比較して低減することができる。
患者の選択
[0182]一部の実施形態において、感染を処置する方法であって、（ａ）（ｉ）５５歳を超えている第１の対象、（ｉｉ）６か月以内にＣ．デフィシル感染の病歴を有する第２の対象、および（ｉｉｉ）陽性Ｃ．デフィシルコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｇ数を有する第３の対象からなる群から対象を選択するステップ、ならびに（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲートおよびＣ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含む治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。一部の実施形態において、対象は、ＣＤＩに罹患する高いリスクがあり、これには、高齢者、入院予定の成人、長期介護施設居住者、および抗生物質の長期使用を必要とする共存症を有する患者が含まれる。
併用療法
[0183]一部の実施形態において、本開示の組成物および方法は、ＣＤＩを防止または処置する少なくとも１つの追加の薬剤と組み合わせて投与されうる。一部の実施形態において、少なくとも１つの追加の薬剤は、組成物またはワクチンと同時発生的に投与されうる。一部の実施形態において、少なくとも１つの追加の薬剤は、組成物またはワクチンに順次に投与されうる。一部の実施形態において、追加の薬剤は、抗生物質、例えば、バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、またはリファキシミンである。一部の実施形態において、抗生物質はバンコマイシンである。一部の実施形態において、抗生物質はフィダキソマイシンである。一部の実施形態において、抗生物質はメトロニダゾールである。一部の実施形態において、抗生物質はリファキシミンである。
コンパニオン診断（Ｃｏｍｐａｎｉｏｎ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）
[0184]一部の実施形態において、感染を処置する方法であって、（ａ）生物学的試料にリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または核酸増幅検査（ＮＡＡＴ）を実施して、感染の存在を決定するステップであって、感染がＣ．デフィシル感染であるステップ、および（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖または細胞表面多糖コンジュゲートおよびＣ．デフィシルのトキソイドを含むポリペプチドを含む治療有効量の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む方法が本明細書に開示される。
[0185]ＣＤＩの存在を決定する様々な方法およびアッセイが、本開示における使用に好適である。アッセイの非限定例には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）、サンガー配列決定、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、マイクロアレイ、サザンブロット、ノーザンブロット、ウエスタンブロット、イースタンブロット、Ｈ＆Ｅ染色、腫瘍の顕微鏡査定、大規模並列配列決定（ＭＰＳ）、次世代ＤＮＡ配列決定（ＮＧＳ）（例えば、ＤＮＡの抽出、精製、定量化、および増幅、ライブラリー調製）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、タンパク質定量化、発色性ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、および蛍光性ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）が含まれる。
キット
[0186]本開示はキットも提供する。キットは、包装中の本開示のワクチン組成物、および使用説明書、臨床研究、副作用の列挙などを含むことができる書面を含む。そのようなキットは、情報、例えば、科学参考文献、包装挿入資料、臨床試験の結果、および／またはこれらの要約などを含むこともでき、これらは、組成物の活性および／もしくは利点を指摘もしくは確立する、ならびに／または医療介護提供者に有用な投薬、投与、副作用、薬物相互作用、もしくは他の情報を記載する。そのような情報は、様々な研究、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏモデルを伴う実験動物を使用する研究、およびヒト臨床試験に基づいた研究の結果に基づくことができる。キットは、別の薬剤をさらに含むことができる。一部の実施形態において、本発明のワクチン組成物、および薬剤は、キット内の別々の容器に別々組成物として提供される。一部の実施形態において、本発明のワクチン組成物、および薬剤は、キット内の容器に単一組成物として提供される。好適な包装および追加の使用物品（例えば、液体調合剤の計量カップ、空気への曝露を最小限にする箔包装など）が当該技術に公知であり、キットに含まれうる。本明細書に記載されているキットは、医師、看護師、薬剤師、フォーミュラリーオフィシャル（ｆｏｒｍｕｌａｒｙ ｏｆｆｉｃｉａｌ）などを含む医療提供者に提供、市販、および／または奨励されうる。キットは、また、一部の実施形態において消費者に直接市販されうる。
実施例１：ＰＳＩＩ多糖の精製
[0187]ステップ１、種培養：Ｃ．デフィシル株８２７１の２ｍＬの凍結グリセロール貯蔵液を解凍し、５００ｍＬのバッフル付きフラスコ中の１００ｍＬのＰＳＩＩ培地への接種に使用した。接種された培養物を、培養物が３．５～４．５のＯＤ６００に達するまで嫌気性環境下に３７℃で１６～１８時間インキュベートした。
[0188]ステップ２、発酵槽（接種）：３０ｍＬの種培養物を使用して、溶存酸素レベルが０％になるまで窒素が散布された１０ＬのＰＳＩＩ培地を含有する、発酵槽に接種した。
[0189]ステップ３、発酵（増殖）：１０Ｌの培養物を、一定の窒素散布下に２２５ｒｐｍにより１６～１８時間撹拌しながら３７℃±１．０℃で増殖させた。ＯＤ６００が４．０±０．５に達した場合、細胞を採取した。
[0190]ステップ４、採取：細胞を、８０００×ｇにより２２℃で１５分間バケット式遠心分離によって遠心分離した。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、同じ条件下で再び回転した。次いで、得られた細胞ペーストを－２０℃未満で凍結した。
[0191]ステップ５、細胞のストリッピング：細胞ペーストを周囲温度で解凍し、４ｍＬ／ｇの湿潤細胞ペーストを、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で調製された０．５％デオキシコール酸ナトリウムに再懸濁した。再懸濁物質を、２２５ｒｐｍにより振とうしながら６０±２℃で２４時間インキュベートした。インキュベートした後、不溶性物質を１３，８５１×ｇにより３７℃で１５分間遠心分離して除去し、上清を収集した。
[0192]ステップ６、エタノール沈殿：無水（１００％）エタノールを細胞ストリッピングの上清に添加して、最終濃度を２０％にした。溶液を４℃で６０分間インキュベートし、次いで１５，０００×ｇにより４℃で遠心分離し、上清を収集した。
[0193]ステップ７、トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）沈殿１：１体積のＴＣＡ（６．１２Ｍ）を４体積のエタノール沈殿物に添加した。溶液を４℃で１０分間インキュベートした。インキュベートした後、溶液を２０，０００×ｇにより４℃で１５分間遠心分離し、上清を収集した。上清を０．４５μｍフィルターで濾過した。
[0194]ステップ８、限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ）１：ＴＣＡ沈殿の上清を、１ｋＤａの分子量（ＭＷ）カットオフフィルターおよび１０体積の１０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ７．０）を使用するタンジェンシャルフロー濾過（ＴＦＦ）により透析濾過した。
[0195]ステップ９、フェニルセファロースカラムによる疎水性相互作用クロマトグラフィー：固体硫酸アンモニウムを、ＵＦＤＦ１の後にＰＳＩＩに添加して、最終濃度を２Ｍにした。溶液のｐＨを７．０に調整し、得られた溶液を０．４５μｍフィルターで濾過した。次いで物質を、１０ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液および２Ｍの硫酸アンモニウム（ｐＨ７．０）で平衡にしたフェニルセファロース－Ｆａｓｔ Ｆｌｏｗカラムにロードした。カラムを３カラム体積の平衡緩衝液で洗浄した。カラム通過液および洗浄液を合わせた。
[0196]ステップ１０、ＵＦＤＦ２：ステップ９の合わせた通過液および洗浄液を、１ｋＤａのＭＷカットオフフィルターおよび１０体積の１０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ８．０）を使用するＴＦＦにより透析濾過した。
[0197]ステップ１１、Ｑ セファロースカラムによる陰イオン交換クロマトグラフィー：ステップ１０で透析濾過したＰＳＩＩを、１０ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ８．０）で平衡にしたＱ セファロースカラムに適用した。カラムを５ＣＶの平衡緩衝液で洗浄し、次いで２．５ＣＶの１０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液、３００ｍＭのＮａＣｌ（ｐＨ８．０）で溶出した。
[0198]ステップ１２、ＴＣＡ沈殿２：１体積のＴＣＡ（６．１２Ｍ）を４体積のＱ－セファロースカラム溶出物に添加した。溶液を４℃で１０分間インキュベートした。インキュベートした後、溶液を２０，０００×ｇにより４℃で１５分間遠心分離し、上清を収集した。上清を０．４５μｍフィルターで濾過した。
[0199]ステップ１３、ＵＦＤＦ３：ステップ１２で濾過した上清を、１ｋＤａのＭＷカットオフフィルターおよび１０体積の水を使用するＴＦＦにより透析濾過した。
[0200]ステップ１４、３ｋＤａフィルターによる最終濃縮：ステップ１３のＰＳＩＩを、３ｋＤａのＭＷカットオフスピンフィルターに適用し、８０００×ｇにより４℃で３０分間遠心分離して濃縮した。保持されたＰＳＩＩを、反復遠心分離ステップにより水で３回洗浄した。最終物質をアリコートし、－２０℃で貯蔵した。
[0201]精製ＰＳＩＩの多糖含有量の分析：ＰＳＩＩの多糖含有量を、比色アッセイ（アントロンまたはレゾルシノール（Ｒｅｓｏｒｃｉｎａｌ））により決定した。
[0202]サイズ排除クロマトグラフィーおよび多角度レーザー光散乱（ＳＥＣ－ＭＡＬＳ）によるＭＷの決定：ＰＳＩＩのＭＷおよび多分散性を、サイズ排除クロマトグラフィー多角度光散乱（ＳＥＣ ＭＡＬＳ）により分析した。０．１３７のｄｎ／ｄｃを使用して、ＰＳＩＩの平均ＭＷが８．８ｋＤであり、極めて低い多分散性であることが決定された。ＭＷを１０ｋＤａで切り上げて、ＰＳＩＩ：ＣＲＭのモル比を計算した。図１は、ＰＳＩＩのＳＥＣ ＭＡＬＳ分析および対応するパラメーターを示す。
[0203]酸加水分解後の精製ＰＳＩＩの単層組成を、パルスドアンペロメトリ検出（ｐｕｌｓｅｄ ａｍｐｅｒｏｍｅｔｒｉｃ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ）を伴う高速陰イオン交換（ＨＡＰＡＥ－ＰＡＤ）を使用して決定した。結果は、グルコース、Ｎ－アセチルガラクトサミン、マンノースを３：２：１の比で示し、ＰＳＩＩの公知の組成と一致した。微量のＮ－アセチルグルコサミンのみが分析において観察された。
[0204]図６は、ＰＳＩＩ精製のためにデオキシコール酸ナトリウム（ＤＯＣ）を使用してＣ．デフィシル細胞をストリッピングするステップを概説する。図７は、ＰＳＩＩ精製のための２０％エタノール抽出および沈殿段階の手順を概説する。図８は、ＰＳＩＩ精製のための２０％エタノール抽出物質の１回目のＴＣＡ沈殿の手順を概説する。図９は、１回目のＴＣＡ沈殿後にＰＳＩＩを限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ１）し、フェニルセファロースカラムによる疎水的相互作用クロマトグラフィー段階の準備のために、硫酸アンモニウムを添加する手順を概説する。図１０は、ＵＦＤＦ１物質をフェニルセファロースカラムに適用し、通過および洗浄画分を収集する手順を概説する。図１１は、Ｑ－セファロースカラムによる陰イオン交換クロマトグラフィーによる分離の準備のため、フェニルセファロースカラムからプールした画分の２回目のＵＦＤＦ（ＵＦＤＦ－２）ステップの手順を概説する。図１２は、ＵＦＤＦ－２物質をＱ－セファロースカラムに適用し、３００ｍＭのＮａＣｌ（緩衝液Ｂの１５％）を含有する１０ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液を使用してＰＳＩＩを溶出する手順を概説する。図１３は、Ｑ－セファロースカラム溶出物の２回目のＴＣＡ沈殿の手順を概説する。図１４は、２回目の水中へのＴＣＡ沈殿後のＰＳＩＩの限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ－３）の手順を概説する。図１５は、３ｋＤａのＭＷカットオフスピンフィルターによりＵＦＤＦ－３から物質を濃縮する手順を概説する。表３は、ＰＳＩＩ精製の手順を概説する。
実施例２：ＰＳＩＩコンジュゲートのコンジュゲーション化学
[0205]４個の異なるＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを、過ヨウ素酸塩媒介還元的アミノ化化学（ＲｅｄＡｍ）、シアニル化化学（ＣＤＡＰ）、ＴＥＭＰＯ酸化－アミノ化化学（ＴＥＭＰＯ）および末端連結アミノオキシチオールクリック化学（末端連結）を使用して調製した。ＲｅｄＡｍ、ＣＤＡＰ、およびＴＥＭＰＯ化学では、多数の結合点をＰＳＩＩとＣＲＭ１９７の間で作製して、「格子」構造を形成する高分子量コンジュゲートをもたらすことができた（図２）。末端連結化学では、単一の結合点のみをＰＳＩＩ鎖とＣＲＭ１９７の間で作製して、「星」構造を有するコンジュゲートをもたらした（図２）。
[0206]誘導体化ＣＲＭ１９７の調製：ＥｃｏＣＲＭ（登録商標）ＣＲＭ１９７を、すべてのコンジュゲーション方法に使用した。コンジュゲーションプロトコールに応じて、ヒドラジドまたはマレイミド誘導体化ＣＲＭ１９７を使用した。
[0207]ＣＲＭ１９７－ＡＤＨの調製：ＥｃｏＣＲＭ（登録商標）の１０ｍｇ／ｍＬ溶液を、０．１ＭのＭＥＳ緩衝液中においてｐＨ６．０で４ｍｇ／ｍＬに希釈し、等量の０．５Ｍアジピン酸ジヒドラジド（ＡＤＨ）と、０．１ＭのＭＥＳ、ｐＨ６中で合わせた。次いで溶液を、１００ｍｇ／ｍＬの貯蔵液から５０ｍｇ／ｍＬのＥＤＡＣに調製した。２時間後、溶液のｐＨを８に上昇させ、試薬を透析により除去した。ヒドラジド比を、ＴＮＢＳアッセイを使用して決定し、６のＡＤＨ／ＣＲＭであることが見出された。所望の生成物を約７０％の収率で得た。ＣＲＭ－ＡＤＨは、他のＡＤＨ誘導体化タンパク質と同様に、ＳＥＣ ＨＰＬＣカラムに固着し、明瞭なクロマトグラムを提供しなかった。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析は、ＣＲＭ－ＡＤＨの単一バンドを示した（データは示されず）。
[0208]ＣＲＭ－マレイミドの調製：５ｍｇ／ｍＬのＥｃｏＣＲＭ（登録商標）を、２５×Ｎ－γーマレイミドブチリル－オキシスクシンイミドエステル（ＧＭＢＳ）によりｐＨ７．２で１時間標識し、Ｖｉｖａｆｌｏｗ １０ｋＤａタンジェンシャルフロー濾過装置を使用して脱塩し、１０ｍＭのリン酸ナトリウム／１０ｍＭのＥＤＴＡ、ｐＨ６．８＋５％スクロースに緩衝液交換した。ＣＲＭ－マレイミド生成物をアリコートし、使用するまで－８０℃で貯蔵した。マレイミド比を、システインチオールの反応を測定することによって決定し、１５のマレイミド／ＣＲＭで平均化した。反応の典型的な収率は、８０％を超えた。
[0209]ＰＳＩＩ多糖の調製：粗ＰＳＩＩをＤＩ水に可溶化し、５０ｍｇ／ｍＬ溶液を作製した。ＰＳＩＩ溶液の体積を、３ＫＤのａｍｉｃｏｎ ｕｌｔｒａ４スピン装置を使用して半分に低減した。溶液を、ＤＩ水を使用して元の体積に戻し、体積を４０００ＲＰＭで回転して、再び半分に低減した。この方法を４～５回繰り返し、得られた溶液を凍結乾燥して、純粋なＰＳＩＩを得た。あるいは、粗ＰＳＩＩの１００ｍｇ／ｍＬ溶液をＤＩ Ｈ２Ｏで調製した。可溶化したＰＳＩＩ物質を精製し、７ＫＤａのＺｅｂａカラム手順を使用し凍結乾燥して、透明な生成物を提供した。このプロトコールを使用して収集した純粋なＰＳＩＩの量は、出発粗質量の５０～７５％で収率が変動した。
[0210]ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの合成：Ｃ．デフィシルＰＳＩＩカプセル状多糖と担体タンパク質ＣＲＭ１９７のコンジュゲートを調製した。（２，２，６，６－テトラメチルピペリジン－１－イル）オキシル（ＴＥＭＰＯ）媒介酸化および１－シアノ－４－ジメチルアミノピリジニウムテトラフルオロボレート（ＣＤＡＰ）化学を使用して、ポリマー鎖に沿って反復単位を機能化した。ＴＥＭＰＯ酸化ＰＳＩＩはカルボキシル基をもたらし、続いてこれを、１－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＡＣ）を使用してヒドラジド誘導体化ＣＲＭ１９７にコンジュゲートした。ＣＤＡＰ活性化ＰＳＩＩをアミンで誘導体化し、チオール化し、マレイミド誘導体化ＣＲＭ１９７に連結した。第３の方法は還元的アミノ化化学を使用して、ポリマーの末端を単一チオール基で誘導体化した。次いでチオール化ＰＳＩＩをマレイミド誘導体化ＣＲＭ１９７にコンジュゲートした。ＴＥＭＰＯおよびＣＤＡＰは多数のヒドロキシル基を活性化し、格子コンジュゲートをもたらした。末端還元糖を介した第３のコンジュゲーション方法は、架橋をもたらさず、低ＭＷコンジュゲートをもたらした。図２は、ＴＥＭＰＯ、ＣＤＡＰおよびアミノオキシコンジュゲーション化学スキームの概要を例示する。
[0211]Ａ）ＰＳＩＩのＴＥＭＰＯ酸化／ＥＤＣコンジュゲーション：スキーム１はＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲーションのＴＥＭＰＯ経路を示す。ＰＳＩＩを水で１０ｍｇ／ｍＬの濃度に可溶化した。溶液に、ＰＳＩＩ溶液の１ｍＬ当たり３０μＬのＴＥＭＰＯ（水中１０ｍｇ／ｍＬ）を添加し、続いて６．２５μＬのＮａＢｒ（水中１００ｍｇ／ｍＬ）を添加した。次いで混合物のｐＨを、０．１ＭのＮａＯＨで９．０に上昇させた。得られた溶液を冷やし、２．５μＬの１４．５％次亜塩素酸ナトリウムを溶液の１ｍＬ毎に添加した。溶液のｐＨを９に１．５時間維持し、溶液の１ｍＬ当たり２５μＬのエタノールを添加した。得られた混合物を１５分間撹拌した。溶液を水で希釈し、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ４遠心分離装置（３ｋＤａのカットオフ）を使用して水で脱塩し、凍結乾燥した。酸化の程度をＥＤＡＣアミノ化により推定して、ＰＳＩＩの１個当たり３～４のアミン：ＰＳＩＩ比を得た。
[0212]ＰＳＩＩ ＣＲＭ－ＡＤＨのＥＤＡＣコンジュゲーション：ＰＳＩＩ－ＣＯＯＨ（１０ｍｇ／ｍＬ）およびＣＲＭ－ＡＤＨ（約８．２ｍｇ／ｍＬ）を１．６：１の比で混合した。１ＭのＭＥＳ緩衝液、ｐＨ６を添加して、最終濃度が０．１ＭのＭＥＳ緩衝液およびｐＨ６を得た。最小量の水で可溶化されたＥＤＣを溶液に添加して、反応混合物中の１０ｍｇ／ｍＬの最終濃度を得た。反応混合物を室温で２時間反応させ、４℃で一晩（１５時間）さらに反応させた。コンジュゲートを、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ２００カラム（直径１．６、高さ６０ｃｍ）を使用して精製した。初期溶出画分をプールし、３０ｋＤａの膜を有するＡｍｉｃｏｎ圧力セル装置を使用して濃縮した。タンパク質濃度は、２８０ｎｍで吸光度を測定して決定し、ＰＳＩＩの量は、レゾルシノール方法を使用して推定した。ＰＳＩＩの最終濃度は約１．２ｍｇ／ｍＬであり、ＣＲＭ１９７は２．１ｍｇ／ｍＬであり、ＰＳＩＩ／ｍｇＣＲＭは０．５７ｍｇであり、ＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７の比は３：１～４：１であった。得られたコンジュゲートをＳＥＣ ＭＡＬＳで分析したが、ＨＰＬＣカラムによる極めて不十分な回収を示した。図３の上段パネルは、ＴＥＭＰＯ／ＥＤＣ／ＣＲＭ１９７コンジュゲートのＳＥＣ ＭＡＬＳ追跡を示す。下段パネルは、ＴＥＭＰＯ／ＥＤＣ／ＣＲＭ１９７コンジュゲートの分析要約を示す。
[0213]Ｂ）ＰＳＩＩのＣＤＡＰチオエーテルコンジュゲーション：スキーム２は、ＣＤＡＰコンジュゲーションを使用したＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲーションの概要を示す。
[0214]ＰＳＩＩのアミノ化：ＰＳＩＩを食塩水で２０ｍｇ／ｍＬの濃度に可溶化した。２００μＬ／ｍＬの２．５Ｍ ＤＭＡＰを溶液に添加し、溶液のｐＨを氷浴中でｐＨ９に調整した。活性化は、アセトニトリル中の１００ｍｇ／ｍＬの貯蔵溶液を使用して、溶液の１ｍＬ当たり１００μＬのＣＤＡＰを添加することによって開始した。溶液のｐＨを、０．１ＭのＮａＯＨを使用して９に維持した。１０分後、５００μＬの０．５Ｍ １，６－ヘキサンジアミンを溶液の１ｍＬ毎に添加した。４℃で１時間後、ＰＳＩＩ溶液を、Ｚｅｂａカラムを使用して脱塩し、溶出物を凍結乾燥した。アミノ化の程度はＴＮＢＳを使用して決定し、結果はＰＳＩＩの１個当たり３～４個のアミンをもたらした。
[0215]ＰＳＩＩ－ＮＨ２のチオール化：ＰＳＩＩ－ＮＨ２を、０．１ＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ８で３．５ｍｇ／ｍＬの濃度に可溶化した。ＤＭＳＯで調製された０．１Ｍの貯蔵溶液からＳＰＤＰを過剰量で添加した。１，５時間後、生成物をＴＣＥＰで脱保護し、ＰＢＳ＋５ｍＭのＥＤＴＡ、ｐＨ６．８で脱塩した。ＤＴＮＢアッセイは、ＰＳＩＩの１個当たり約３～４個のチオールの存在を示した。反応収率効率は８０％であった。
[0216]ＰＳＩＩ－ＳＨとＣＲＭ－マレイミドのコンジュゲーション：ＰＳＩＩ－ＳＨおよびＣＲＭ－マレイミドを１．３：１の質量比で合わせた。コンジュゲートを、ＰＢＳで平衡にしたＳｕｐｅｒｄｅｘ２００カラム（直径１．６、高さ６０ｃｍ）により精製した。精製された物質を、３０ｋＤａの膜を有するＡｍｉｃｏｎ撹拌圧力セルを使用して濃縮した。コンジュゲートを、ＳＥＣ、ＳＥＣ ＭＡＬＳ、レゾルシノール、およびＯＤ２８０で分析した。コンジュゲートのＰＳＩＩ質量に基づいて計算されたコンジュゲーション収率は３３％であった。図４の上段パネルは、ＲＭ－マレイミドおよびＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７のＳＥＣ ＭＡＬＳ追跡を示す。中段パネルは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７ＣＤＡＰコンジュゲートのＳＥＣ追跡を示す。下段パネルは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７ＣＤＡＰコンジュゲートの分析に使用された分析パラメーターを示す。
[0217]Ｃ）末端連結ＰＳＩＩ：スキーム３は、還元的アミノ化経路を介したＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲーションの概要を示す。
[0218]ＰＳＩＩの還元的アミノ化反応／末端チオール化：ＰＳＩＩをＤＭＳＯに５ｍｇ／ｍＬの濃度で可溶化した。５当量の１－アミノオキシ－３－チオール－プロパンを添加した。得られた溶液を３０分間混合した後、６当量のトリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウムを添加した。反応を５０℃でさらに１８時間撹拌した。次いで反応混合物を冷却し、ＰＳＩＩをエタノールで沈殿させた。沈殿物を遠心分離により収集した。ペレットを水に再可溶化し、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ－４ ３ｋＤａカットオフ遠心分離装置によりさらに精製し、凍結乾燥した。反応収率は８５％であった。
[0219]ＰＳＩＩ末端連結チオール－マレイミド－ＣＲＭ１９７コンジュゲーション：ＰＳＩＩチオールをＤＩ水で約１０ｍｇ／ｍＬの濃度に可溶化し、ＴＣＥＰを添加して、最終濃度の６ｍｇ／ｍＬにした。１時間のインキュベーションの後、生成物をＡｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ－４ ３Ｋ遠心分離装置により精製し、続いて最終緩衝液のＰＢＳ＋ＥＤＴＡ、ｐＨ６．８でＺｅｂａスピンカラム（７ｋＤａのカットオフ）により脱塩した。チオールをＤＴＮＢでアッセイし、約１のチオール／ＰＳＩＩポリマーを示した。５ｍｇ／ｍＬの濃度のＣＲＭ－マレイミド（１５のマレイミド／ＣＲＭ）を、ＣＲＭの１個当たり約８個のチオールと合わせた。一晩反応させた後、コンジュゲートを、ＰＢＳで平衡にしたＳｕｐｅｒｄｅｘ２００カラムにより精製した。精製されたコンジュゲートを、１０ｋＤａの膜を有するＡｍｉｃｏｎ撹拌圧力セルを使用して濃縮した。コンジュゲートを、ＳＥＣ、ＳＥＣ ＭＡＬＳ、レゾルシノール、およびＯＤ２８０で分析した。図５のパネルＡは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７およびＣＲＭ－マレイミドのＳＥＣ ＭＡＬＳ追跡を示す。パネルＢは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭのＳＥＣ追跡を示す。パネルＣは、ＳＥＣ ＭＡＬＳ分析、ＯＤ２８０およびレゾルシノールアッセイの分析パラメーターを示す。
[0220]表４は、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの特徴の要約を示す。
[0221]炭水化物アッセイ：レゾルシノール／硫酸方法を使用して、炭水化物部分についてアッセイした。最初に、乾燥重量で調製された標準液による精製ＰＳＩＩをアッセイに使用した。ＰＳＩＩ標準の正確な溶液を調製する不確定性のため、Ｎ－Ａｃ－Ｇａｌ：Ｇｌｕ：Ｍａｎの２：２：１（ＰＳＩＩ反復基で見出される割合）のミックスおよびグルコースのみを評価した。Ｎ－Ａｃ－Ｇａｌ：Ｇｌｕ：Ｍａｎの２：２：１混合物およびグルコースのみの両方とも、類似した標準曲線をもたらした。グルコースを炭水化物アッセイに標準物質として使用した。
[0222]アミンおよびヒドラジドアッセイ：２，４，６－トリニトロベンゼンスルホン酸（ＴＮＢＳ）を、グリシンまたはアジピン酸ジヒドラジドをそれぞれ使用するアミンおよびヒドラジドの測定に使用した。
[0223]チオールアッセイ：５’－ジチオビス－（２－ニトロ安息香酸）（ＤＴＮＢ）を使用して、チオールを測定した。
[0224]表５は、３つの異なる化学を使用して調製されたＰＳＩＩコンジュゲートを示す。
実施例３：予防的免疫およびＣ．デフィシル負荷
[0225]ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを、実施例１の方法を使用する還元的アミノ化（ＲｅｄＡＭ）、ＴＥＭＰＯ、またはＣＤＡＰコンジュゲーション化学により作製した。コンジュゲートを使用して、３回隔週用量レジメンを使用する２０μｇ用量レベルによりマウスを免疫し、続いて１０４コロニー形成単位（ＣＦＵ）のＣ．デフィシル芽胞により胃内（ＩＧ）負荷した。予防的免疫および負荷モデルでは、ＣＤＡＰコンジュゲートで免役した５匹のうち３匹のマウスがＣ．デフィシル感染に倒れた。ＴＥＭＰＯおよびＲｅｄＡＭコンジュゲートで免役した群では、死亡したマウスはなかったが、Ｃ．デフィシル負荷に対して明らかな保護は観察されなかった。
[0226]血清試料の採取：マウスの血液を、第１回免疫の前（免疫前）、１４日目（第１回免疫の約２週間後）、２８日目（第２回免疫の約２週間後）および４２日目（第３回免疫の約２週間後）に滅菌Ｇｏｌｄｅｎｒｏｄアニマルランセンット（ａｎｉｍａｌ ｌａｎｃｅｔ）を使用して、顎下静脈の穿刺を介して血清分離管に収集した。採血管を、血清収集の前に２～８℃で１６～１８時間まで貯蔵した。貯蔵した後、血液を周囲温度に温め、次いで微量遠心管により１０，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離した。上記の血清のゲル凝塊を、ラベル付き微量遠心管に収集した。プールした個別の血清試料を、アッセイに使用するまで－２０℃で貯蔵した。
[0227]糞便ペレットの採取：糞便ペレット（１ペレット＝約２５ｍｇ）を、指定された時点で計量前滅菌Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ管に収集した。５００μＬの滅菌ＰＢＳ＋２０％グリセロールを、ホモジナイゼーションの前に各糞便試料に添加した。ホモジナイゼーションの後、６０μＬの糞便スラリーを２本の滅菌Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ管にアリコートし、平板培養の準備が整うまで凍結した。糞便スラリーの残りを、試料が糞便ＤＮＡ抽出の準備が整うまで凍結したままにした。
[0228]Ｃ．デフィシルの予防的免疫およびＣＤＩの負荷マウスモデル：マウスを被験物質により隔週間隔で３回筋肉免疫した。血清試料を収集して、各免疫の前に免疫応答を評価した。３回隔週用量レジメンの完了後、マウスに、飲料水中のカナマイシン（０．４ｍｇ／ｍＬ）、ゲンタマイシン（０．０３５ｍｇ／ｍＬ）、コリスチン（８５０Ｕ／ｍＬ）、メトロニダゾール（０．２１５ｍｇ／ｍＬ）、およびバンコマイシン（０．０４５ｍｇ／ｍＬ）の抗体カクテルを５日間投与した。抗体カクテルの１：５希釈液も、処置期間中の動物に３回ＩＧ投与して、各動物が負荷の前に抗体を受けることを確実にした。５日目、マウスには通常の飲料水を与えた。Ｃ．デフィシル負荷の１日前に、マウスを計量し、クリンダマイシンの溶液を調製するために体重を平均化し、それによって各マウスには１０ｍｇ／ｋｇのクリンダマイシンをＩＰ投与した。翌日（負荷０日目）には、各マウスを計量し、糞便ペレットを採取し、１００μＬのＰＢＳ中約１０４ＣＦＵのＣ．デフィシル芽胞をＩＧ投与した。マウスを、感染後の症状および体重減少についてモニターした。定期的に、糞便ペレットを経時的な成長のＣＦＵの評価のために採取した。末梢血収集を、研究の最終日に任意の残りの動物に実施した。図１６は、ＣＤＩマウスモデルの予防的免疫および負荷の全体概略図を示す。表６は、４２日目の抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ応答を示す。データは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートがＣ．デフィシル初回抗原刺激を受けたマウスおよびナイーブマウスに抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ抗体を誘発することを示す。
実施例４：糞便定着および抗体応答により決定された二次予防
[0229]ＣＤＩの二次予防モデルを使用して、一次ＣＤＩにより免疫原性的に初回抗原刺激を受けたマウスが、ＰＳＩＩコンジュゲートワクチンのワクチン接種により免疫応答に後押しを有するかを決定した。マウスの群を、Ｃ．デフィシル感染の前に強制経口投与（ｏｒａｌ ｇａｖａｇｅ）により抗体カクテルで処置した。マウスを、２～３週間にわたって罹患率、死亡率、体重減少、および他のＣＤＩ症状についてモニターした。感染マウスまたはＣ．デフィシル初回抗原刺激を受けたマウスを、マウスが正常な体重に達するまで回復させた。次いで、ベースライン血液収集、体重、および糞便試料を、３回隔週投薬レジメンを開始する前に各マウスから得た。
[0230]ＲｅｄＡＭまたはＣＤＡＰにより作製されたＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを使用し、３回隔週投薬レジメンを使用して２０μｇ用量レベルでマウスを免役した。糞便試料を毎週採取し、血液試料を、３回隔週投薬レジメンにおける各免疫の前に収集した。主要研究評価項目（ｐｒｉｍａｒｙ ｓｔｕｄｙ ｅｎｄｐｏｉｎｔｓ）は、１）０、１４、２８、５６日目、およびそれ以上での糞便ＣＦＵ、ならびに２）０、１４、２８、５６日目、およびそれ以上でのＰＳＩＩ ＩｇＧ応答である。血清試料および糞便ペレットを、上記に記載された実施例３に記載されたように採取した。
[0231]マウスに、飲料水中のカナマイシン（０．４ｍｇ／ｍＬ）、ゲンタマイシン（０．０３５ｍｇ／ｍＬ）、コリスチン（８５０Ｕ／ｍＬ）、メトロニダゾール（０．２１５ｍｇ／ｍＬ）、およびバンコマイシン（０．０４５ｍｇ／ｍＬ）の抗体カクテルを５日間投与した。この抗体カクテルの１：５希釈液を、処置期間中の動物に３回ＩＧ投与して、各動物が負荷の前に抗体を受けることを確実にした。５日目、マウスを通常の飲料水に戻した。Ｃ．デフィシル負荷の１日前に、マウスを計量した。クリンダマイシンの溶液を調製するために体重を平均化し、それによって各マウスには１０ｍｇ／ｋｇのクリンダマイシンをＩＰ経路で投与した。翌日（負荷０日目）には、各マウスを計量し、糞便ペレットを採取し、１００μＬのＰＢＳ中約１０４ＣＦＵのＣ．デフィシル芽胞を各マウスにＩＧ経路で投与した。マウスを、感染後の罹患率、死亡率、症状および体重減少についてモニターした。定期的に、糞便ペレットを定着のＣＦＵの評価のために採取した。マウスが一次感染後に体重を回復した場合、３回隔週投薬レジメンを開始し、ここでマウスを被験物質により隔週間隔で３回ＩＭ免疫した。血清試料を各免疫の前に収集して、免疫応答を評価し、糞便ペレットを各免疫の前に収集して、糞便定着を評価した。
[0232]図１７のパネルＡは、芽胞負荷、免疫スケジュール、および個別糞便試料の糞便収集時点の時間軸を示す。パネルＢは、免疫前０日目にベースラインＣＦＵを正規化した、治療免疫後のＣ．デフィシルの幾何平均成長を示す。図１８は、０日目のベースラインＣＦＵからのＣ．デフィシルの幾何平均成長％を示す。データは、両方のＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートが、Ｃ．デフィシル初回抗原刺激を受けたマウスにおけるビヒクル対照と比較して、Ｃ．デフィシルの成長を制御したことを示す。
[0233]ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを、コンジュゲートがＣ．デフィシル初回抗原刺激を受けたマウス抗体応答を後押しする能力について試験した。ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを使用して、ナイーブマウスおよびＣ．デフィシル芽胞「初回抗原刺激」を受けたマウスを免疫した。マウスを３回隔週筋肉内免疫により処置した。血清中の抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ抗体レベルを、第２回免疫（２８日目）および第３回免疫（４２日目）の２週間後に決定した。データは、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートが、ナイーブマウスにおける応答と比較して、第２回免疫（２８日目）の２週間後に、Ｃ．デフィシル初回抗原刺激を受けたマウスにおいて抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ抗体の力価に８倍の増加を誘発したことを示している。１０μｇ用量レベルのＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートが投与されたナイーブマウスは、同じ用量レベルが投与されたＣ．デフィシル初回抗原刺激を受けたマウスより、４２日目（３回隔週投薬レジメンの完了の２週間後）に４倍低い応答を有した。しかし、２５μｇ用量レベルのＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートが投与されたナイーブマウスの４２日目の抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ抗体応答は、Ｃ．デフィシル初回抗原刺激を受けたマウスの１０μｇまたは２５μｇ用量レベルのいずれかにより誘発された抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ応答に匹敵していた。
[0234]図１９のパネルＡは、抗ＰＳＩＩ ＩｇＧデータを得るために使用した免疫スケジュールを例示する。パネルＢは、１４日目の第１回免疫処置の２週間後に決定された糞便定着（糞便のＣＦＵ／ｍｇ）を示す。図２０は、予防的ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート免疫が、体重減少および症状が生じないようにマウスを保護したことを示す。統計的に有意な体重減少は、ＰＳＩＩおよびＰＢＳ免疫マウスにおいてＴ＝０で観察された。ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートにより免疫されたマウスでは、有意な体重変化が観察されなかった。
実施例５：マウスにおけるＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの免疫原性
[0235]異なる化学方法で調製されたＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを、免疫原性および保護の両方の観点からＣ．デフィシル感染（ＣＤＩ）のネズミモデルで評価した。ＣＤＡＰ、ＴＥＭＰＯ、および末端連結化学により調製されたコンジュゲートの免疫原性および保護を比較する、一連のネズミ研究を実施した。ＣＤＩのネズミモデルの免疫原性および保護データ、ならびに製造の容易性に基づいて、末端連結化学をさらなる展開のために選択した。
[0236]４５μｇの末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７免疫（滅菌食塩水中１ｍｇ／ｍＬのＡＩＰＯ４アジュバントで補強された）の投与は、有意な体重減少が生じないように、Ｃ．デフィシル芽胞負荷からマウスを保護した。対照的に、２０μｇのＣＤＡＰ ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７免疫は、Ｃ．デフィシル芽胞負荷に対して部分的な保護を提供した。図２６は、予防的免疫および芽胞負荷後の幾何平均体重減少を示す。＃は、ＣＤＡＰ免疫化群の０日目に対する２日目の有意な体重減少を指摘する。＊は、対照群の３および６日目の有意な体重減少を指摘する。
[0237]表８は、被験物質による免疫の０日からの日にちの体重減少％を示す。表９は、免疫の０、１４、２８および４２日目の抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ ＥＬＩＳＡ力価を示す。
[0238]表１０は、ビオチン化ＰＳＩＩ ＥＬＩＳＡの４２日目の血清統合力価を使用して、マウスにおけるＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの免疫原性を示す。データは以下を示している。
実施例６：ＰＳＩＩコンジュゲートの用量範囲研究
[0239]ＰＳＩＩコンジュゲートの増加用量の効果を調査する。雌の６週齢Ｃ５７／ＢＬ６マウス（ｎ＝１０５匹）を、増加用量レベルのＲｅｄＡＭ、ＴＥＭＰＯ、またはＣＤＡＰ ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを隔週間隔で３回受けた群に割り当てる。次いでマウスを抗体処置で処置し、１０４ＣＦＵのＣ．デフィシル芽胞で負荷する。マウスをＣＤＩによる体重減少および症状についてモニターする。血液試料を免疫原性のために採取し、糞便ペレットを定着評価項目について試験するために採取する。
研究の主要評価項目は、１）０、１、２、３、６、９および１４日目の負荷後の体重減少または症状、ならびに２）研究の０、１４、２８、４２日目および最終日のＰＳＩＩ ＩｇＧ応答である。研究の副次的評価項目（ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｅｎｄｐｏｉｎｔ）は、０、６および１４日目の糞便ＣＦＵである。
実施例７：末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの合成および特徴付け
[0240]末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを合成する一般的スキームをスキーム４に示す。
[0241]コンジュゲートを、サイズ排除クロマトグラフィーを使用して、コンジュゲートされていないＰＳＩＩおよびＣＲＭ１９７から分離し、分子量およびコンジュゲーションの程度を、多角度レーザー光散乱（ＳＥＣ－ＭＡＬＳ）を使用して推定した。ＳＥＣ－ＭＡＬＳによる末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの代表的な分析を図５に示す。コンジュゲートの分子量は１１１．８ｋＤａであり、これは、およそ６本のＰＳＩＩ鎖（１０ｋＤａ／鎖）を含有する単一ＣＲＭ１９７－マレイミド分子（６１．６ｋＤａ）コンジュゲートに相当した。しかしコンジュゲーションの程度は、誘導体化ＰＳＩＩ対ＣＲＭ１９７－マレイミドの比を変えることによって制御することができた。ＣＲＭ１９７の１個当たり平均して３、６および１０本のＰＳＩＩ鎖を含有する末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートを調製して、ＣＤＩのネズミモデルにおける免疫原性および保護に関して最適なＰＳＩＩ対ＣＲＭ１９７の比を決定した。３個の末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの分析によるＳＥＣ－ＭＡＬＳクロマトグラムデータを、図２１Ａ～Ｄに示す。推定分子量およびコンジュゲーションの程度を、下記の表１２に示す。
[0242]ＰＳＩＩの単機能化（ステップ１）：７５ｍｇの３－アミノオキシプロパン－１－チオールＨＣｌ塩（ＰＳＩＩの４０モル当量）を、最初に、ガラスバイアル中の４ｍＬの１．０Ｍホウ酸緩衝液（ｐＨを８．５に調整した）に溶解した。次いで、５ｍＬのＣＰＳ２０ ＰＳＩＩ（水中１９．８ｍｇ／ｍＬ溶液）を、３－アミノオキシプロパン－１－チオール溶液と混合した。得られた溶液を５０℃で１８時間インキュベートし、次いで室温に冷却した。反応溶液のｐＨを測定して、８．７９であった。ＰＳＩＩの安定性をＳＥＣ－ＭＡＬＳ分析で確証した。
[0243]ＰＳＩＩオキシムの還元を室温で実行した。反応溶液のｐＨを最初に８．５に調整した。水素化ホウ素ナトリウム固体を３回の連続バッチ（それぞれ５０ｍｇ、合計で１５０ｍｇ）で添加した。反応溶液のｐＨを、１ＮのＨＣｌ溶液を６０分間かけて添加することによって、還元過程において８．４～８．６に維持した。反応を、１ＮのＨＣｌ溶液でｐＨを６．８に調整することによりクエンチした。得られた溶液を０．２μｍフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ ＧＤ／Ｘ ＰＥＳ）に通して、不溶性粒子を除去し、最終体積の１５ｍＬを得た。ＳＥＣ－ＭＡＬＳ分析では、ＰＳＩＩの統合性を確証し、濃度が６ｍｇ／ｍＬであると決定した。
[0244]得られたＰＳＩＩ－ＮＨ２ＯＲＳＳＲのチオール含有量レベルを、５，５－ジチオ－ビス－（２－ニトロ安息香酸）（ＤＴＮＢ）アッセイを使用して査定した。ＰＳＩＩ－ＮＨ２ＯＲＳＳＲの５０μＬのアリコートを、１００μＬのトリス（２－カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）溶液（１００ｍＭの酢酸ナトリウム緩衝液中６ｍｇのＴＣＥＰ ＨＣｌ塩、最終ｐＨ６．０）と混合した。反応を室温で１時間続けた。次いで、ＴＣＥＰ、過剰量のアミノオキシチオールおよび他の小分子を、洗浄緩衝液として５ｍＭの酢酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ６．５）中５ｍＭのＥＤＴＡを使用し、３Ｋ Ａｍｉｃｏｎウルトラフィルターを用いる限外遠心分離（４，０００ｒｐｍ×２５分間）により除去した。４回の遠心分離を実行した。４回目の遠心分離後の濾液は、４１０ｎｍで検出限界以下のＯＤを有した。チオール濃度を計算すると０．０８７ｍＭであり、還元末端でＰＳＩＩ分子（７．６ＫＤａ）１個当たり７７％のアミノオキシチオールの組み込みの収率をもたらした。ＰＳＩＩの安定性をＳＥＣ－ＭＡＬＳ分析で確証した。
[0245]ＰＳＩＩとＣＲＭ１９７－マレイミドとのコンジュゲーション（ステップ２および３）：修飾ＰＳＩＩとＣＲＭ１９７－マレイミドとのコンジュゲーションを、ＰＳＩＩ（７．６Ｋ）とＣＲＭ－マレイミドの３×、６×、または１０×モル比で実行した。１００ｍＭの酢酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ６．０、８ｍＬ）中のＴＣＥＰ（６ｍｇ／ｍＬ）を、ＰＳＩＩ－ＮＨ２ＯＲＳＳＲ（６ｍｇ／ｍＬ、４ｍＬ）の溶液に室温で添加した。１時間後、ＴＣＥＰ、過剰量のアミノオキシチオールおよび他の小分子を、洗浄緩衝液として５ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ６．６）中５ｍＭのＥＤＴＡを使用し、３Ｋ Ａｍｉｃｏｎウルトラフィルターを用いる限外遠心分離（４，０００ｒｐｍ×２５分間）により除去した。５回の遠心分離を実行した。ＰＳＩＩ遊離チオールを濃縮水としてＤＴＮＢアッセイにより決定した。次いで、得られたＰＳＩＩ遊離チオール溶液を、ＣＲＭ１９７－マレイミド（ＰＢＳ中５ｍｇ／ｍＬおよび５ｍＭのＥＤＴＡ、ｐＨ６．８）と異なる比で混合した（表１１）。コンジュゲーション反応を、３ｍＬのコンジュゲーション緩衝液（０．５ＭのＰＢＳ、１０ｍＭのＥＤＴＡ、ｐＨ７．５）の添加によって容易にした。反応溶液を室温で２時間、次いで４℃で１６時間放置した。反応を、メルカプトエタノール溶液（水中０．５Ｍ、１０μＬ）の添加によりクエンチした。表１１は、コンジュゲーションにおける３×、６×および９×比の使用されたＰＳＩＩ遊離チオールの量対ＣＲＭ１９７マレイミドを示す。
[0246]３つすべての反応におけるＰＳＩＩとＣＲＭ１９７マレイミドとのコンジュゲーションを、ＳＥＣ ＭＡＬＳ分析により確証した。図２４は、３０分にＰＳＩＩコンジュゲートシグナルを有し、およそ３８分にＰＳＩＩおよびＰＩＩチオールピークを有した代表的な分析図（６×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ）を示す。２４分に不明なピークがあり、検出可能な質量もＵＶ吸光度も有さず、これは、３つの反応のすべてに存在する可溶性粒子でありうる。得られたコンジュゲーション反応溶液をＰＢＳで１２ｍＬに希釈した。反応溶液中の溶液中のＰＳＩＩおよび他の小分子を、３０Ｋ Ａｍｉｃｏｎウルトラフィルターを用いる遠心分離（４０００ＲＰＭ×１５分間）により除去し、およそ３００μＬの体積の最終濃縮溶液をもたらした。遠心分離後に、ＳＥＣ－ＭＡＬＳ分析によると有意な質量損失は見出されなかった。得られた最終ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート（それぞれ２．５～３．０ｍＬ）を、０．２２フィルターに通して滅菌し、ＳＥＣ－ＭＡＬＳ分析により完全に分析した。
[0247]図２５Ａ～２５Ｄは、コンジュゲートシグナルにおけるＣＲＭ１９７タンパク質およびＰＳＩＩの詳細な構成成分、ならびに構成成分を組み合わせた分析を伴った最終ＳＥＣ ＭＡＬＳ分析結果を示す。表１２は、詳細な質量単位およびＰＳＩＩコンジュゲーション比の決定を示す。
[0248]２つの方法を使用して、コンジュゲートにおけるＰＳＩＩ対ＣＲＭ１９７の比を計算した。第１の方法は、式（ＭＷｃｏｎｊ－ＭＷＣＲＭ）／７．６ｋＤａを使用した。第２の値（括弧内に記入されている）は、式：（ＰＳＩＩ質量／ＣＲＭ１９７質量）＊６２ｋＤａ／７．６ｋＤａ（ＣＲＭ１９７マレイミドを６２ｋＤａとした）により、複合体のＣＲＭ１９７およびＰＳＩＩ質量を決定したＭＡＬＳを使用した。両方の計算による結果は、コンジュゲートにおけるＰＳＩＩとＣＲＭ１９７の一定した標的比率を示した。滅菌ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート溶液の最終濃度、体積、および量は、１）ＰＢＳ中３×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート３．０ｍｇ／ｍＬ、２．２ｍＬ（６．６ｍｇ）；２）ＰＢＳ中６×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート３．４ｍｇ／ｍＬ、２．２ｍＬ（７．６ｍｇ）；および３）ＰＢＳ中１０×ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート１．８ｍｇ／ｍＬ、２．７ｍＬ（４．９ｍｇ）であった。
実施例８：Ｃ．デフィシルワクチンに対するアジュバントの効果
[0249]評価項目は、ＥＬＩＳＡにより決定された、抗トキソイドＡ、抗トキソイドＢ、抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ応答であった。抗毒素Ａおよび抗毒素Ｂ中和抗体応答、ＣＤＩ後の体重減少および症状、ならびに糞便ＣＦＵを測定した。
[0250]６群のマウスは、４５μｇのＰＳＩＩコンジュゲート；５μｇのトキソイドＡおよび５μｇのトキソイドＢ；４５μｇのＰＳＩＩコンジュゲート、５μｇのトキソイドＡおよび５μｇのトキソイドＢ；または滅菌食塩水を受けた。実験群は、異なるアジュバント（ＡｌＰＯ４、ＡｌＯＨ、またはＡｄｖａｘ２）も受けた。アジュバントとしてＡｄｖａｘ２を受けた群５は、２回の１００μＬ注射を受けた。
[0251]表１３は、実験のための研究群、用量投与、被験物質、アジュバント、および注入体積を示す。
[0252]研究の時間軸。３回隔週免疫を０、１４、および２７日目に投与した。ＥＬＩＳＡ用の採血を、０、１４、２７、および４１日目（最終免疫の２週間後）に実施した。第３回免疫のほぼ２週間後、抗生物質レジメンを投与し、続いて芽胞負荷した。動物を約数週間にわたってモニターし、これには、糞便収集および分析が含まれた。図２８は、異なるアジュバントの効果を決定するために使用された研究の時間軸を例示する。
[0253]組成物１は、４５μｇのＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結コンジュゲート、５μｇのトキソイドＡ、および５μｇのトキソイドＢを含む。図２９は、感染後の最初の９日間にわたる芽胞感染後のＣＤＩ幾何平均体重減少を示す。食塩水処置動物と比較して、処置候補は、少ない体重減少を呈した。大部分の日において、ＡｌＯＨで処置されたマウスは、０日目の芽胞と比較して、トキソイド組合せのみで処置されたマウスより大きな体重パーセントを呈した。ワクチン組成物で処置された動物は、とりわけ２～６日目において食塩水／芽胞繁殖群と比較して有意な体重減少を呈しなかった。２～６日目には、食塩水／芽胞繁殖群は有意な体重減少を呈した。図２９の食塩水／芽胞繁殖群における（＊）は、０日目と比較して感染後の２～６日目に統計的に有意な体重減少があったこと指摘している。食塩水／芽胞繁殖群（＊＊）は、感染後の３日目に２匹の死亡マウスを有した。トキソイドＡ／Ｂ曲線における（＊）は、０日目と比較して感染後の６日目に統計的に有意な体重減少があったこと指摘している。ワクチン組成物１（ＡｌＯＨ）で処置された群は、感染後の任意の時点で統計的に有意な体重減少を呈しなかった。統計分析を二元配置ＡＮＯＶＡ（ダネット多重比較検定）により行った。
[0254]図３０は、０日目から３０日目の図２９のグラフを示す。表１４は、表１３に詳述されたワクチン組成物１を用いた免疫による体重変化％を示す。トキソイドＡおよびＢを用いたすべての処置群は、有意な体重減少を呈さず、組成物１を受けた処置群は、最も安定した体重を呈した。ＡｄｖａｘまたはＡＬＰＯ４補強ワクチンで処置された群は、感染の直ぐ後から感染の１０日後まで軟便を呈した。ＡｌＯＨで処置された群は、研究の期間中無症候であり、正常な体重に戻った最初の群であった。
[0255]最終力価表を、組成物および異なるアジュバントで処置された群から得た。力価データのみに基づくと、組成物１およびＡｌＰＯ４で処置された群は、他のアジュバントまたはトキソイド単独による他の処置と比較して優れた免疫応答を呈した。すべての試料は、第１回免疫の２週間後の免疫１４日目までに抗体陽転した。表１５および表１６は、処置群について、ならびにＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結コンジュゲート単独、トキソイドＡおよびＢ、またはコンジュゲート、トキソイドＡおよびＢ、ならびにアジュバントとしてＡｌＰＯ４、ＡｌＯＨ、またはａｄｖａｘで処置された処置群内の個別のマウスについてのＴｘｄＡ ＩｇＧ ＥＬＩＳＡ力価の要約データを示す。
[0256]図３１Ａ～Ｃは、１４日目（図３１Ａ）、２７日目（図３１Ｂ）および４１日目（図３１Ｃ）にトキソイドＡおよびＢ（ＡｌＯＨ）、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＰＯ４、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＯＨ、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋Ａｄｖａｘ２、ならびに滅菌食塩水（ＡｌＰＯ４）により処置された群における、抗ＴｃｄＡ逆数力価を示す。図３１Ｄは、研究期間の全体を通してＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７、トキソイドＡおよびＢ（ＡｌＯＨ）、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＰＯ４、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋ＡｌＯＨ、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結＋トキソイドＡおよびＢ＋Ａｄｖａｘ２、ならびに滅菌食塩水（ＡｌＰＯ４）により処置された群における、抗ＴｃｄＡ ＥＬＩＳＡ力価を示す。
[0257]表１７および表１８は、処置群について、ならびにＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結コンジュゲート単独、トキソイドＡおよびＢ、またはコンジュゲート、トキソイドＡおよびＢ、ならびにアジュバントとしてＡｌＰＯ４、ＡｌＯＨ、またはＡｄｖａｘで処置された処置群内の個別のマウスについてのＴｘｄＢ ＩｇＧ ＥＬＩＳＡ力価の要約データを示す。
実施例９：末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの免疫原性および保護
[0258]ＰＳＩＩを、最初に、オキシム形成を介し、続いて還元的アミノ化により還元末端でチオール基により機能化した。次いでＣＲＭ１９７へのコンジュゲーションは、ＣＲＭ１９７マレイミドへの遊離チオール付加を介して達成した。最終６×ＰＳＩＩ－ＥｃｏＣＲＭコンジュゲート溶液を滅菌し、最終生成物をＳＥＣ－ＭＡＬＳ分析により特徴付けた。
[0259]コンジュゲートの分析では、５０μＬの最終６×ＰＳＩＩ－ＥｃｏＣＲＭコンジュゲート溶液を２５０μＬのＰＢＳ溶液で希釈した。希釈試料の２８０ｎｍでのＵＶ吸光度を記録して、ＣＲＭ１９７の濃度を確立した。二通りの試料（５０および１００μＬの注射液）を、ＴＯＳＯＨ ＴＳＫｇｅｌ Ｇ４０００ＰＷカラム、続いてＴＳＫｇｅｌ Ｇ２０００ＰＷｘＬ、および泳動緩衝液（ｒｕｎｎｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ）として０．０２％のアジ化ナトリウムを含有するＰＢＳを流速０．５ｍＬ／分で用いるＳＥＣ－ＭＡＬＳにより分析した。コンジュゲート分析では、ＰＳＩＩのｄｎ／ｄｃは０．１３７であり、ＵＶ係数（ｃｏ－ｅｆｆ）は０であり、ＣＲＭ１９７のｄｎ／ｄｃは０．１８５であり、ＵＶ係数は０．９３４であった。ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートにおいて決定された質量、濃度、および比を、表１９に要約する。コンジュゲートにおけるＰＳＩＩ対ＣＲＭ１９７の比を、以下の式：（ＰＳＩＩ質量／ＣＲＭ１９７質量）＊６２ｋＤａ／７．６ｋＤａ（ＣＲＭ１９７マレイミドを６２ｋＤａとした）を使用して計算した。代表的なデータを図２３Ａ～２３Ｂに見出すことができる。
[0260]平均６本の鎖を含有する、７０ｍｇの末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７を、ＣＤＩのネズミモデルでさらに評価するために生成した。いくつかのネズミ研究を行って、ＣＤＩの２つのネズミモデルにおいて免疫原性に対する末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの用量レベルの影響を検査した。第１のネズミモデルは、体重減少を測定して、一次ＣＤＩの疾患症状の防止についてワクチンを評価した。第２のモデルは二次予防（定着）モデルであり、ここではマウスを最初にＣ．デフィシルに感染させ、次いでワクチン接種して、糞便のＣ．デフィシルＣＦＵに対するワクチン接種の影響を決定した。
[0261]ナイーブマウス（Ｎ＝５～８匹）を、５μｇのトキソイドＡおよびＢをそれぞれ用いて、または用いることなく、４５μｇのＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７末端連結コンジュゲートで隔週に３回免疫した。最後の免疫の２週間後、マウスに１０７個のＣ．デフィシル芽胞をＩＧで接種した。各動物の体重を、２７日間にわたって毎日モニターした。各免疫群の体重減少の幾何平均パーセンテージをグラフに表した。食塩水免疫群の２匹のマウスが、芽胞負荷後の３日目に死亡したことが発見された。本実験において他に死亡はなかった。ネズミ一次ＣＤＩモデルの結果は、Ｃ．デフィシルにより産生された２つの主要毒素の作用により主に媒介される感染後の初期体重減少に対する、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの影響がほとんどない乃至皆無であることを示した。ワクチン接種マウスにおいて、改善された体重回復率についてのいくつかの証拠があった（図２２）。図２２は、トキソイドＡおよびＢを用いた、および用いなかった、ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲート免疫の後のＣＤＩに対する保護を示す。（＊）は、食塩水免疫群の２匹のマウスが、芽胞負荷後の３日目に死亡したことが発見されたことを指摘する。
[0262]ＰＳＩＩ鎖とＣＲＭ１９７の異なる比を有する末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの免疫原性を、マウスで評価した。マウスでは、平均で６本のＰＳＩＩ鎖を有するコンジュゲートが最高の抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ力価を誘発した。すべてのコンジュゲートが、いくらかの免疫原性を呈した。
[0263]表２０は、コンジュゲート比の研究設計を示す。主要評価項目は、１）０、１４、２８および４２日目（各免疫の２週間後）の血清ＰＳＩＩ ＩｇＧ、ならびに２）負荷後の体重減少であった。
[0264]表２１は、異なるＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７比を有する末端連結ＰＳＩＩ－ＣＲＭ１９７コンジュゲートの免疫原性を示す。６：１の比が最も望ましい効果を呈した。
[0265]免疫原性データは、ＰＳＩＩコンジュゲートワクチンの第１回免疫の前のＣ．デフィシル感染が、血清抗ＰＳＩＩ ＩｇＧ力価をより速く、より堅牢にマウスに誘発したことを指摘した（表１０）。ＥＬＩＳＡによる抗ＰＳＩＩ ＩｇＧレベルの初期測定は保護データと注目レベルおよび相関関係が一致しなかったが、コーティング抗原の変化は、保護データと良好に相関する一致した力価を生じた。表２２は、ナイーブマウスまたはＣ．デフィシル感染初回抗原刺激を受けたマウスの免疫後の、異なるＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７比の免疫原性を示す。
[0266]図２７Ａ～図２７Ｄは、Ｃ．デフィシル芽胞負荷後のＣＤＩ関連体重減少を示す。図２７Ａは、マウスにおけるＣＤＩ後の体重減少を示し、図２７Ｂは、１～１４日にかけて３：１のＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７で処置されたマウスにおける、０日目の芽胞と比較した体重変化のパーセントを示し、図２７Ｃは、１～１４日にかけて６：１のＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７で処置されたマウスにおける、０日目の芽胞と比較した体重変化のパーセントを示し、図２７Ｄは、１～１４日にかけて１０：１のＰＳＩＩ：ＣＲＭ１９７で処置されたマウスにおける、０日目の芽胞と比較した体重変化のパーセントを示す。滅菌食塩水群では、滅菌食塩水対照群の１つのケージは、１４日目に水がなかった（データは用いなかった）（ｎ＝４匹）。残りの群はｎ＝８匹であった。
実施例１０：化学試験の研究設計
[0267]第１相試験：第１相試験の目的は、処方を最適化すること、ならびにＣ．デフィシルＰＳＩＩ抗原、毒素Ａのトキソイドおよび毒素Ｂのトキソイドを含む医薬組成物の安全性、耐容性および免疫原性を試験することである。第１相臨床試験は、医薬組成物およびそれぞれ異なるアジュバントを有する２つの異なる製剤を比較する２群研究である。第１相試験の主要評価項目は、トキソイドＡ、トキソイドＢおよびＰＳＩＩへのＡｂ力価、ならびに安全性プロファイルである。第１相試験の副次的評価項目は、糞便定着、ＣＤＩ発生率、ならびにＣＤＩの重症度および持続期間を含む。組み入れ基準および除外基準は、陽性および陰性Ｃ．デフィシル定着を有する患者を含む。対象を免疫原性の差について検査する。対象が以前にＣＤＩを有した場合、発生閾値を研究の前に設定する。第１相試験の標本サイズは、米国に居住する１５０～２００人の対象である。
[0268]第２相臨床試験（主用量決定試験）：第２相臨床試験の目的は、用量を最適化すること、ＣＤＩを防止する医薬品の安全性、免疫原性および有効性を試験することである。長期ＣＤＩに対する医薬組成物の効果を研究するため、対象を追跡する。第２相臨床試験は、標準治療（ＳＯＣ）処置に加えて、医薬組成物の異なる用量および処方を比較する多群研究である。医薬組成物による処置をＳＯＣのみによる処置と比較する。主要評価項目は、ＣＤＩ発生率、重症度および持続期間、ならびに安全性プロファイルを含む。副次的評価項目は、トキソイドＡ、トキソイドＢおよびＰＳＩＩへのＡｂ力価、免疫応答の持続性、ならびに糞便定着を含む。組み入れ基準および除外基準は、陽性および陰性Ｃ．デフィシル定着により層別化された患者を含む。対象が以前にＣＤＩを有した場合、発生閾値を研究の前に設定する。他の参加要因は、入院または養護ホームへの入居を計画している対象、Ｃ．デフィシル定着が検査陽性である家族を有する対象、および最近抗生物質を摂取していない患者参加者を含む。第２相試験の標本サイズは、米国に居住する２００～５００人の対象である。追加のヨーロッパの対象が必要に応じて加えられる。
[0269]第３相試験：第３相臨床試験の目的は、ＣＤＩの防止、免疫原性、安全性および比較データにおいて、Ｃ．デフィシルＰＳＩＩ抗原、毒素Ａのトキソイドおよび毒素Ｂのトキソイドを含む医薬組成物の有効性を決定することである。第３相研究は、ＣＤＩの一次防止において医薬組成物の効果をＰＦ－０６４２５０９０（Ｐｆｉｚｅｒ）と比較する、およびＣＤＩの二次防止または処置において医薬組成物の効果を標準治療と比較する２群研究である。第２相臨床試験の組み入れ基準および除外基準を第３相試験に使用する。多国籍研究のために約２０００人の対象の標本サイズを選択する。
実施例１１：臨床試験のための患者選択の考慮
[0270]一次防止用に高齢リスク患者：高齢患者（５５歳超）が最もリスクがあるので、高齢リスク患者が選択され、例えば、養護ホームへの居住者である対象、最近入院を経験した対象、またはＣ．デフィシル定着を有する対象である。対象が容易に特定される（すなわち、養護ホームまたは介護付き住宅の居住者、最近退院した、広範囲の抗生物質を以前に使用した）ので、高齢患者が患者群として選択される。拡充された患者のタイプは、適度な研究サイズおよび費用の低下を可能にする。免疫老化が原因で、高齢患者は、強力なアジュバントが必要になりうる。第３相臨床試験では、ＣＤＩ発生率は比較的低く、より大規模な研究が行われる。高齢リスク対象群を選択するリスクは、研究が疾患発生率に差を示すには力不足になるリスクがあること、および高齢患者が堅牢な免疫応答を呈さないことがありうることである。
[0271]ＣＤＩのリスクのあるＣ．デフィシル定着を有する成人（一次および二次防止）：Ｃ．デフィシル定着を有し、ＣＤＩのリスクのある成人には、所定の閾値（例えば、６か月）で以前の発症を有する患者が含まれる。追加のリスク患者には、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）または他のＧＩ障害を有する成人が含まれる。以前のＣＤＩを有する成人は、５回に１回の再発の可能性を有する。対象群は、ＰＣＲまたはＮＡＴにより決定されたＣ．デフィシル定着を有する成人、および以前にＣＤＩを有さない高リスク成人を含む。ＣＤＩを低減する主要評価項目を、対象群を区別する方法として使用する。
[0272]活性疾患を有する成人（一次処置）：活性ＣＤＩを有する成人は、最高のアンメットニーズ（ｕｎｍｅｔ ｎｅｅｄ）を有する。劇症感染は、約７％の中程度の死亡率（ｍｏｒａｌｉｔｙ ｒａｔｅ）を有する。本開示の医薬組成物による処置を標準治療処置に加えて、登録を奨励する。対象は、２５％を超える一次ＣＤＩの可能性を呈し、これは再発性ＣＤＩより高い。研究群は、迅速な免疫原性を必要とし、疾患の過程で数日以内に効果的になる医薬組成物の臨床利益には僅かに１または２用量のみを必要とする。ＣＤＩの最初の再発が初期発生の２～４週間以内に発生するので、十分な免疫原性が急速に誘導されなければならない。
実施形態
[0273]以下の非限定的実施形態は、本発明の例示的な例を提供するが、本発明の範囲を制限しない。
[0274]実施形態１．クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を含む組成物であって、細胞表面多糖がＣ．デフィシルから濃縮されたＰＳＩＩ抗原であり、組成物が、少なくとも約４０％の総炭水化物重量パーセンテージを有し、Ｃ．デフィシルから濃縮されたＰＳＩＩ抗原が、少なくとも９０％の総炭水化物パーセンテージである、組成物。
[0275]実施形態２．第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチドをさらに含み、第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む、実施形態１に記載の組成物。
[0276]実施形態３．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａ（ＴｃｄＡ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態２に記載の組成物。
[0277]実施形態４．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａの完全長トキソイドである、実施形態２または３に記載の組成物。
[0278]実施形態５．第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチドをさらに含み、第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む、実施形態２から４のいずれか一項に記載の組成物。
[0279]実施形態６．第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態５に記載の組成物。
[0280]実施形態７．第２のポリペプチドが、毒素Ｂの完全長トキソイドである、実施形態６に記載の組成物。
[0281]実施形態８．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、陰イオン性細胞表面多糖である、実施形態１から７のいずれか一項に記載の組成物。
[0282]実施形態９．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、非置換である、または置換されている、実施形態１から８のいずれか一項に記載の組成物。
[0283]実施形態１０．第１のポリペプチドおよび第２のポリペプチドが融合している、実施形態１から９のいずれか一項に記載の組成物。
[0284]実施形態１１．第１のポリペプチドが、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態２から１０のいずれか一項に記載の組成物。
[0285]実施形態１２．第２のポリペプチドが、配列番号１～３または７～４０に少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態５から１１のいずれか一項に記載の組成物。
[0286]実施形態１３．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第１のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態２から１２のいずれか一項に記載の組成物。
[0287]実施形態１４．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第２のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態５から１３のいずれか一項に記載の組成物。
[0288]実施形態１５．ＰＳＩＩ抗原が、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片である、実施形態１から１４のいずれか一項に記載の組成物。
[0289]実施形態１６．ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片が、リン酸塩部分を含む、実施形態１５に記載の組成物。
[0290]実施形態１７．細胞表面多糖が、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドにコンジュゲートされていない、実施形態５から１６のいずれか一項に記載の組成物。
[0291]実施形態１８．ＰＳＩＩが、式（Ｉ）：
［式中、ｎは１～１００の整数である］の多糖である、実施形態１から１７のいずれか一項に記載の組成物。
[0292]実施形態１９．細胞表面多糖が、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの分子量を有する、実施形態１から１８のいずれか一項に記載の組成物。
[0293]実施形態２０．細胞表面多糖が、約８．８ｋＤａの分子量を有する、実施形態１から１９のいずれか一項に記載の組成物。
[0294]実施形態２１．アジュバントをさらに含む、実施形態１から２０のいずれか一項に記載の組成物。
[0295]実施形態２２．アジュバントがアルミニウムベースアジュバントを含む、実施形態２１に記載の組成物。
[0296]実施形態２３．アジュバントが水酸化アルミニウムを含む、実施形態２１に記載の組成物。
[0297]実施形態２４．アジュバントがリン酸アルミニウムを含む、実施形態２１に記載の組成物。
[0298]実施形態２５．アジュバントがデルタイヌリン微粒子を含む、実施形態２１に記載の組成物。
[0299]実施形態２６．ＰＳＩＩ抗原が、薬学的に許容される担体にコンジュゲートされている、実施形態１から２５のいずれか一項に記載の組成物。
[0300]実施形態２７．薬学的に許容される担体が、ジフテリア毒素の変異体である、実施形態２６に記載の組成物。
[0301]実施形態２８．薬学的に許容される担体がＣＲＭ１９７である、実施形態２６に記載の組成物。
[0302]実施形態２９．ＰＳＩＩ抗原が、化学リンカーを介して薬学的に許容される担体にコンジュゲートされている、実施形態２６から２８のいずれか一項に記載の組成物。
[0303]実施形態３０．化学リンカーがチオスクシンイミドを含む、実施形態２９に記載の組成物。
[0304]実施形態３１．化学リンカーがチオエステルを含む、実施形態２９に記載の組成物。
[0305]実施形態３２．ＰＳＩＩ抗原が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約１０００ｋＤａの分子量を有する、実施形態１から３１のいずれか一項に記載の組成物。
[0306]実施形態３３．ＰＳＩＩ抗原が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００Ｄａ～約３５０ｋＤａの分子量を有する、実施形態１から３１のいずれか一項に記載の組成物。
[0307]実施形態３４．ＰＳＩＩ抗原が、Ｃ．デフィシルからの天然細胞表面多糖である、実施形態１から３３のいずれか一項に記載の組成物。
[0308]実施形態３５．ＰＳＩＩ抗原が非合成である、実施形態１から３４のいずれか一項に記載の組成物。
[0309]実施形態３６．ＰＳＩＩ抗原が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される、実施形態１から３５のいずれか一項に記載の組成物。
[0310]実施形態３７．ＰＳＩＩ抗原が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）からのものである、実施形態１から３６のいずれか一項に記載の組成物。
[0311]実施形態３８．組成物が、Ｃ．デフィシルからのポリペプチドを約２０重量％未満含む、実施形態１から３７のいずれか一項に記載の組成物。
[0312]実施形態３９．Ｃ．デフィシルが、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、実施形態１から３８のいずれか一項に記載の組成物。
[0313]実施形態４０．組成物が免疫原性組成物またはワクチンである、実施形態１から３９のいずれか一項に記載の組成物。
[0314]実施形態４１．組成物がＰＳＩＩ抗原に対して中和力価を誘導する、実施形態４０に記載の組成物。
[0315]実施形態４２．組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡまたはＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態４０または４１に記載の組成物。
[0316]実施形態４３．組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡおよびＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態４０または４１に記載の組成物。
[0317]実施形態４４．組成物が、ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満の不純物を含む、実施形態１から４３のいずれか一項に記載の組成物。
[0318]実施形態４５．不純物が、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである、実施形態４４に記載の組成物。
[0319]実施形態４６．不純物がＣ．デフィシル不純物である、実施形態４４または４５に記載の組成物。
[0320]実施形態４７．不純物が核酸である、実施形態４４から４６のいずれか一項に記載の組成物。
[0321]実施形態４８．不純物が糖である、実施形態４４から４６のいずれか一項に記載の組成物。
[0322]実施形態４９．不純物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する、実施形態４４から４６のいずれか一項に記載の組成物。
[0323]実施形態５０．組成物が、ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満のペプチドグリカン不純物を含む、実施形態１から４９のいずれか一項に記載の組成物。
[0324]実施形態５１．組成物が、ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満のタンパク質不純物を含む、実施形態１から５０のいずれか一項に記載の組成物。
[0325]実施形態５２．組成物が、ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満の核酸不純物を含む、実施形態１から５１のいずれか一項に記載の組成物。
[0326]実施形態５３．組成物が、ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満の糖不純物を含む、実施形態１から５２のいずれか一項に記載の組成物。
[0327]実施形態５４．組成物が、ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸およびタンパク質不純物の混合物、
（ｂ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対するペプチドグリカンおよびタンパク質不純物の混合物、
（ｄ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する糖およびタンパク質不純物の混合物、
（ｅ）ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物、ならびに
（ｆ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸および糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態１から５３のいずれか一項に記載の組成物。
[0328]実施形態５５．組成物が、ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｂ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する糖、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸、タンパク質および糖不純物の混合物、ならびに
（ｄ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸、ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態１から５４のいずれか一項に記載の組成物。
[0329]実施形態５６．ＰＳＩＩ抗原の総重量に対して約５重量％未満の核酸、ペプチドグリカン、糖およびタンパク質不純物の混合物を含む、実施形態１から５５のいずれか一項に記載の組成物。
[0330]実施形態５７．少なくとも５重量％のＰＳＩＩ抗原を含む、実施形態１から５６のいずれか一項に記載の組成物。
[0331]実施形態５８．（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および
（ｂ）担体タンパク質を含む第１のポリペプチド
を含む組成物であって、
担体タンパク質およびＣ．デフィシルの細胞表面多糖が、約１０：１未満～約１：３の比で組成物に存在する、組成物。
[0332]実施形態５９．第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチドをさらに含み、第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む、実施形態５８に記載の組成物。
[0333]実施形態６０．第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａ（ＴｃｄＡ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態５９に記載の組成物。
[0334]実施形態６１．第２のポリペプチドが、毒素Ａの完全長トキソイドである、実施形態５９または６０に記載の組成物。
[0335]実施形態６２．第３のポリペプチドまたは第３のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチドをさらに含み、第３のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む、実施形態５８から６１のいずれか一項に記載の組成物。
[0336]実施形態６３．第３のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態６２に記載の組成物。
[0337]実施形態６４．第３のポリペプチドが、毒素Ｂの完全長トキソイドである、実施形態６２または６３に記載の組成物。
[0338]実施形態６５．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、陰イオン性細胞表面多糖である、実施形態５８から６４のいずれか一項に記載の組成物。
[0339]実施形態６６．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、非置換である、または置換されている、実施形態５８から６５のいずれか一項に記載の組成物。
[0340]実施形態６７．第２のポリペプチドおよび第３のポリペプチドが融合している、実施形態６２から６６のいずれか一項に記載の組成物。
[0341]実施形態６８．第２のポリペプチドが、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態５９から６７のいずれか一項に記載の組成物。
[0342]実施形態６９．第３のポリペプチドが、配列番号１～３または７～４０に少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態６２から６８のいずれか一項に記載の組成物。
[0343]実施形態７０．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第２のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態５９から６９のいずれか一項に記載の組成物。
[0344]実施形態７１．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第３のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態６２から７０のいずれか一項に記載の組成物。
[0345]実施形態７２．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片である、実施形態５８から７１のいずれか一項に記載の組成物。
[0346]実施形態７３．ＰＳＩＩまたはその薬学的に許容される塩もしくは免疫原性断片が、リン酸塩部分を含む、実施形態７２に記載の組成物。
[0347]実施形態７４．細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルから濃縮され、第２のポリペプチドまたは第３のポリペプチドにコンジュゲートされていない、実施形態６２から７３のいずれか一項に記載の組成物。
[0348]実施形態７５．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの濃縮細胞表面多糖である、実施形態５８から７４のいずれか一項に記載の組成物。
[0349]実施形態７６．ＰＳＩＩが、式（Ｉ）：
［式中、ｎは１～１００の整数である］の多糖である、実施形態７２または７３に記載の組成物。
[0350]実施形態７７．細胞表面多糖が、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの分子量を有する、実施形態５８から７６のいずれか一項に記載の組成物。
[0351]実施形態７８．細胞表面多糖が、約８．８ｋＤａの分子量を有する、実施形態５８から７７のいずれか一項に記載の組成物。
[0352]実施形態７９．アジュバントをさらに含む、実施形態５８から７８のいずれか一項に記載の組成物。
[0353]実施形態８０．アジュバントがアルミニウムベースアジュバントを含む、実施形態７９に記載の組成物。
[0354]実施形態８１．アジュバントが水酸化アルミニウムを含む、実施形態７９に記載の組成物。
[0355]実施形態８２．アジュバントがリン酸アルミニウムを含む、実施形態７９に記載の組成物。
[0356]実施形態８３．アジュバントがデルタイヌリン微粒子を含む、実施形態７９に記載の組成物。
[0357]実施形態８４．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、担体タンパク質にコンジュゲートされている、実施形態５８から８３のいずれか一項に記載の組成物。
[0358]実施形態８５．担体タンパク質が、ジフテリア毒素の変異体である、実施形態８４に記載の組成物。
[0359]実施形態８６．担体タンパク質がＣＲＭ１９７である、実施形態８４に記載の組成物。
[0360]実施形態８７．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、化学リンカーを介して担体タンパク質にコンジュゲートされている、実施形態８４から８６のいずれか一項に記載の組成物。
[0361]実施形態８８．化学リンカーがチオスクシンイミドを含む、実施形態８７に記載の組成物。
[0362]実施形態８９．化学リンカーがチオエステルを含む、実施形態８７に記載の組成物。
[0363]実施形態９０．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約１０００ｋＤａの分子量を有する、実施形態５８から８９のいずれか一項に記載の組成物。
[0364]実施形態９１．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約３５０ｋＤａの分子量を有する、実施形態９０に記載の組成物。
[0365]実施形態９２．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの天然細胞表面多糖である、実施形態５８から９１のいずれか一項に記載の組成物。
[0366]実施形態９３．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が非合成である、実施形態５８から９２のいずれか一項に記載の組成物。
[0367]実施形態９４．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される、実施形態５８から９３のいずれか一項に記載の組成物。
[0368]実施形態９５．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）からのものである、実施形態５８から９４のいずれか一項に記載の組成物。
[0369]実施形態９６．組成物または医薬組成物が、Ｃ．デフィシルからのポリペプチドを２０重量％未満含む、実施形態５８から９５のいずれか一項に記載の組成物。
[0370]実施形態９７．Ｃ．デフィシルが、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、実施形態５８から９６のいずれか一項に記載の組成物。
[0371]実施形態９８．組成物が免疫原性組成物またはワクチンである、実施形態５８から９７のいずれか一項に記載の組成物。
[0372]実施形態９９．組成物がＰＳＩＩ抗原に対して中和力価を誘導する、実施形態９８に記載の組成物。
[0373]実施形態１００．組成物が、Ｃ．デフィシル毒素Ａおよび／またはＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態９８または９９に記載の組成物。
[0374]実施形態１０１．組成物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物を含む、実施形態５８から１００のいずれか一項に記載の組成物。
[0375]実施形態１０２．不純物が、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである、実施形態１０１に記載の組成物。
[0376]実施形態１０３．不純物がＣ．デフィシル不純物である、実施形態１０１または１０２に記載の組成物。
[0377]実施形態１０４．不純物が核酸である、実施形態１０１から１０３のいずれか一項に記載の組成物。
[0378]実施形態１０５．不純物が糖である、実施形態１０１から１０３のいずれか一項に記載の組成物。
[0379]実施形態１０６．不純物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する、実施形態１０１から１０３のいずれか一項に記載の組成物。
[0380]実施形態１０７．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のペプチドグリカン不純物を含む、実施形態５８から１０２のいずれか一項に記載の組成物。
[0381]実施形態１０８．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のタンパク質不純物を含む、実施形態５８から１０２のいずれか一項に記載の組成物。
[0382]実施形態１０９．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸不純物を含む、実施形態５８から１０２のいずれか一項に記載の組成物。
[0383]実施形態１１０．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の糖不純物を含む、実施形態５８から１０２のいずれか一項に記載の組成物。
[0384]実施形態１１１．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびタンパク質不純物の混合物、
（ｂ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）細胞表面多糖の総重量に対するペプチドグリカンおよびタンパク質不純物の混合物、
（ｄ）細胞表面多糖の総重量に対する糖およびタンパク質不純物の混合物、
（ｅ）ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物、ならびに
（ｆ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸および糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態５８から１０１のいずれか一項に記載の組成物。
[0385]実施形態１１２．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｂ）細胞表面多糖の総重量に対する糖、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質および糖不純物の混合物、ならびに
（ｄ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸、ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態５８から１０１のいずれか一項に記載の組成物。
[0386]実施形態１１３．細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸、ペプチドグリカン、糖およびタンパク質不純物の混合物を含む、実施形態５８から１１２のいずれか一項に記載の組成物。
[0387]実施形態１１４．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖の少なくとも５重量％を含む、実施形態５８から１１３のいずれか一項に記載の組成物。
[0388]実施形態１１５．（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および
（ｂ）Ｃ．デフィシル以外の生物体に由来する担体タンパク質を含む第１のポリペプチド
を含む組成物であって、
担体タンパク質および細胞表面多糖が、約１０：１～約１：１０の比で組成物に存在する、組成物。
[0389]実施形態１１６．第２のポリペプチドまたは第２のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチドをさらに含み、第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む、実施形態１１５に記載の組成物。
[0390]実施形態１１７．第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａ（ＴｃｄＡ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態１１６に記載の組成物。
[0391]実施形態１１８．第２のポリペプチドが、毒素Ａの完全長トキソイドである、実施形態１１６または１１７に記載の組成物。
[0392]実施形態１１９．第３のポリペプチドまたは第３のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチドをさらに含み、第３のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む、実施形態１１５から１１８のいずれか一項に記載の組成物。
[0393]実施形態１２０．第３のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態１１９に記載の組成物。
[0394]実施形態１２１．第３のポリペプチドが、毒素Ｂの完全長トキソイドである、実施形態１１９または１２０に記載の組成物。
[0395]実施形態１２２．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、陰イオン性細胞表面多糖である、実施形態１１５から１２１のいずれか一項に記載の組成物。
[0396]実施形態１２３．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、非置換である、または置換されている、実施形態１１５から１２２のいずれか一項に記載の組成物。
[0397]実施形態１２４．第２のポリペプチドおよび第３のポリペプチドが融合している、実施形態１１６から１２３のいずれか一項に記載の組成物。
[0398]実施形態１２５．第２のポリペプチドが、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態１１６から１２４のいずれか一項に記載の組成物。
[0399]実施形態１２６．第３のポリペプチドが、配列番号１～３または７～４０に少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態１１６から１２５のいずれか一項に記載の組成物。
[0400]実施形態１２７．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第２のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態１１６から１２６のいずれか一項に記載の組成物。
[0401]実施形態１２８．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第３のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態１１９から１２７のいずれか一項に記載の組成物。
[0402]実施形態１２９．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片である、実施形態１１５から１２８のいずれか一項に記載の組成物。
[0403]実施形態１３０．ＰＳＩＩ、またはその薬学的に許容される塩、もしくは免疫原性断片が、リン酸塩部分を含む、実施形態１２９に記載の組成物。
[0404]実施形態１３１．細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルから濃縮され、第２のポリペプチドまたは第３のポリペプチドにコンジュゲートされていない、実施形態１１５から１３０のいずれか一項に記載の組成物。
[0405]実施形態１３２．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの濃縮細胞表面多糖である、実施形態１１５から１３１のいずれか一項に記載の組成物。
[0406]実施形態１３３．ＰＳＩＩが、式（Ｉ）：
［式中、ｎは１～１００の整数である］の多糖である、実施形態１２９または１３０に記載の組成物。
[0407]実施形態１３４．細胞表面多糖が、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの分子量を有する、実施形態１１５から１３３のいずれか一項に記載の組成物。
[0408]実施形態１３５．細胞表面多糖が、約８．８ｋＤａの分子量を有する、実施形態１１５から１３４のいずれか一項に記載の組成物。
[0409]実施形態１３６．アジュバントをさらに含む、実施形態１１５から１３５のいずれか一項に記載の組成物。
[0410]実施形態１３７．アジュバントがアルミニウムベースアジュバントを含む、実施形態１３６に記載の組成物。
[0411]実施形態１３８．アジュバントが水酸化アルミニウムを含む、実施形態１３６に記載の組成物。
[0412]実施形態１３９．アジュバントがリン酸アルミニウムを含む、実施形態１３６に記載の組成物。
[0413]実施形態１４０．アジュバントがデルタイヌリン微粒子を含む、実施形態１３６に記載の組成物。
[0414]実施形態１４１．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、担体タンパク質にコンジュゲートされている、実施形態１１５から１４０のいずれか一項に記載の組成物。
[0415]実施形態１４２．担体タンパク質が、ジフテリア毒素の変異体である、実施形態１４１に記載の組成物。
[0416]実施形態１４３．担体タンパク質がＣＲＭ１９７である、実施形態１４１に記載の組成物。
[0417]実施形態１４４．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、化学リンカーを介して担体タンパク質にコンジュゲートされている、実施形態１４１から１４３のいずれか一項に記載の組成物。
[0418]実施形態１４５．化学リンカーがチオスクシンイミドを含む、実施形態１４４に記載の組成物。
[0419]実施形態１４６．化学リンカーがチオエステルを含む、実施形態１４４に記載の組成物。
[0420]実施形態１４７．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約１０００ｋＤａの分子量を有する、実施形態１１５から１４６のいずれか一項に記載の組成物。
[0421]実施形態１４８．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約３５０ｋＤａの分子量を有する、実施形態１４７に記載の組成物。
[0422]実施形態１４９．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの天然細胞表面多糖である、実施形態１１５から１４８のいずれか一項に記載の組成物。
[0423]実施形態１５０．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が非合成である、実施形態１１５から１４９のいずれか一項に記載の組成物。
[0424]実施形態１５１．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される、実施形態１１５から１５０のいずれか一項に記載の組成物。
[0425]実施形態１５２．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）からのものである、実施形態１１５から１５１のいずれか一項に記載の組成物。
[0426]実施形態１５３．組成物または医薬組成物が、Ｃ．デフィシルからのポリペプチドを２０重量％未満含む、実施形態１１５から１５２のいずれか一項に記載の組成物。
[0427]実施形態１５４．Ｃ．デフィシルが、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、実施形態１１５から１５３のいずれか一項に記載の組成物。
[0428]実施形態１５５．組成物が免疫原性組成物またはワクチンである、実施形態１１５から１５４のいずれか一項に記載の組成物。
[0429]実施形態１５６．組成物がＰＳＩＩ抗原に対して中和力価を誘導する、実施形態１５５に記載の組成物。
[0430]実施形態１５７．組成物が、Ｃ．デフィシル毒素Ａおよび／またはＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態１５５または１５６に記載の組成物。
[0431]実施形態１５８．組成物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物を含む、実施形態１１５から１５７のいずれか一項に記載の組成物。
[0432]実施形態１５９．不純物が、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである、実施形態１５８に記載の組成物。
[0433]実施形態１６０．不純物がＣ．デフィシル不純物である、実施形態１５８または１５９に記載の組成物。
[0434]実施形態１６１．不純物が核酸である、実施形態１５８から１６０のいずれか一項に記載の組成物。
[0435]実施形態１６２．不純物が糖である、実施形態１５８から１６０のいずれか一項に記載の組成物。
[0436]実施形態１６３．不純物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する、実施形態１５８から１６０のいずれか一項に記載の組成物。
[0437]実施形態１６４．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のペプチドグリカン不純物を含む、実施形態１１５から１６３のいずれか一項に記載の組成物。
[0438]実施形態１６５．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のタンパク質不純物を含む、実施形態１１５から１６３のいずれか一項に記載の組成物。
[0439]実施形態１６６．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸不純物を含む、実施形態１１５から１６３のいずれか一項に記載の組成物。
[0440]実施形態１６７．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の糖不純物を含む、実施形態１１５から１６３のいずれか一項に記載の組成物。
[0441]実施形態１６８．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびタンパク質不純物の混合物、
（ｂ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）細胞表面多糖の総重量に対するペプチドグリカンおよびタンパク質不純物の混合物、
（ｄ）細胞表面多糖の総重量に対する糖およびタンパク質不純物の混合物、
（ｅ）ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物、ならびに
（ｆ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸および糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態１１５から１５９のいずれか一項に記載の組成物。
[0442]実施形態１６９．組成物が、細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｂ）細胞表面多糖の総重量に対する糖、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質および糖不純物の混合物、ならびに
（ｄ）細胞表面多糖の総重量に対する核酸、ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態１１５から１５９のいずれか一項に記載の組成物。
[0443]実施形態１７０．細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸、ペプチドグリカン、糖およびタンパク質不純物の混合物を含む、実施形態１１５から１６９のいずれか一項に記載の組成物。
[0444]実施形態１７１．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖の少なくとも５重量％を含む、実施形態１１５から１７０のいずれか一項に記載の組成物。
[0445]実施形態１７２．実施形態１から１７１のいずれか一項に記載の組成物を含む医薬組成物。
[0446]実施形態１７３．（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）から濃縮された細胞表面多糖、
（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、
（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第の２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および
（ｄ）薬学的に許容される担体
を含み、
総炭水化物パーセンテージを有し、総炭水化物パーセンテージの少なくとも約９０％がＰＳＩＩである、医薬組成物。
[0447]実施形態１７４．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａ（ＴｃｄＡ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態１７３に記載の医薬組成物。
[0448]実施形態１７５．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａの完全長トキソイドである、実施形態１７３または１７４に記載の医薬組成物。
[0449]実施形態１７６．第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態１７３から１７５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0450]実施形態１７７．第２のポリペプチドが、毒素Ｂの完全長トキソイドである、実施形態１７３から１７６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0451]実施形態１７８．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、陰イオン性細胞表面多糖である、実施形態１７３から１７７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0452]実施形態１７９．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、非置換である、または置換されている、実施形態１７３から１７８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0453]実施形態１８０．第１のポリペプチドおよび第２のポリペプチドが融合している、実施形態１７３から１７９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0454]実施形態１８１．第１のポリペプチドが、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態１７３から１８０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0455]実施形態１８２．第２のポリペプチドが、配列番号１～３または７～４０に少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態１７３から１８１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0456]実施形態１８３．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第１のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態１７３から１８２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0457]実施形態１８４．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第２のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態１７３から１８３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0458]実施形態１８５．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片である、実施形態１７３から１８４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0459]実施形態１８６．ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片が、リン酸塩部分を含む、実施形態１８５に記載の医薬組成物。
[0460]実施形態１８７．細胞表面多糖が、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドにコンジュゲートされていない、実施形態１７３から１８６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0461]実施形態１８８．ＰＳＩＩが、式（Ｉ）：
［式中、ｎは１～１００の整数である］の多糖である、実施形態１７３から１８７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0462]実施形態１８９．細胞表面多糖が、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの分子量を有する、実施形態１７３から１８８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0463]実施形態１９０．細胞表面多糖が、約８．８ｋＤａの分子量を有する、実施形態１７３から１８９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0464]実施形態１９１．アジュバントをさらに含む、実施形態１７３から１９０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0465]実施形態１９２．アジュバントがアルミニウムベースアジュバントを含む、実施形態１９１に記載の医薬組成物。
[0466]実施形態１９３．アジュバントが水酸化アルミニウムを含む、実施形態１９１に記載の医薬組成物。
[0467]実施形態１９４．アジュバントがリン酸アルミニウムを含む、実施形態１９１に記載の医薬組成物。
[0468]実施形態１９５．アジュバントがデルタイヌリン微粒子を含む、実施形態１９１に記載の医薬組成物。
[0469]実施形態１９６．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、薬学的に許容される担体にコンジュゲートされている、実施形態１７３から１９５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0470]実施形態１９７．薬学的に許容される担体が、ジフテリア毒素の変異体である、実施形態１９６に記載の医薬組成物。
[0471]実施形態１９８．薬学的に許容される担体がＣＲＭ１９７である、実施形態１９６に記載の医薬組成物。
[0472]実施形態１９９．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、化学リンカーを介して薬学的に許容される担体にコンジュゲートされている、実施形態１９６から１９８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0473]実施形態２００．化学リンカーがチオスクシンイミドを含む、実施形態１９９に記載の医薬組成物。
[0474]実施形態２０１．化学リンカーがチオエステルを含む、実施形態１９９に記載の医薬組成物。
[0475]実施形態２０２．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約１０００ｋＤａの分子量を有する、実施形態１７３から２０１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0476]実施形態２０３．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約３５０ｋＤａの分子量を有する、実施形態１７３から２０１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0477]実施形態２０４．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの天然細胞表面多糖である、実施形態１７３から２０３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0478]実施形態２０５．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が非合成である、実施形態１７３から２０４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0479]実施形態２０６．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される、実施形態１７３から２０５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0480]実施形態２０７．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）からのものである、実施形態１７３から２０６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0481]実施形態２０８．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルからのポリペプチドを約２０重量％未満含む、実施形態１７３から２０７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0482]実施形態２０９．Ｃ．デフィシルが、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、実施形態１７３から２０８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0483]実施形態２１０．医薬組成物が免疫原性医薬組成物またはワクチンである、実施形態１７３から２０９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0484]実施形態２１１．医薬組成物がＰＳＩＩ抗原に対して中和力価を誘導する、実施形態２１０に記載の医薬組成物。
[0485]実施形態２１２．医薬組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡまたはＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態２１０または２１１に記載の医薬組成物。
[0486]実施形態２１３．医薬組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡおよびＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態２１０または２１１に記載の医薬組成物。
[0487]実施形態２１４．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物を含む、実施形態１７３から２１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0488]実施形態２１５．不純物が、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである、実施形態２１４に記載の医薬組成物。
[0489]実施形態２１６．不純物がＣ．デフィシル不純物である、実施形態２１４または２１５に記載の医薬組成物。
[0490]実施形態２１７．不純物が核酸である、実施形態２１４から２１６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0491]実施形態２１８．不純物が糖である、実施形態２１４から２１６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0492]実施形態２１９．不純物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する、実施形態２１４から２１６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0493]実施形態２２０．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のペプチドグリカン不純物を含む、実施形態１７３から２１９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0494]実施形態２２１．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のタンパク質不純物を含む、実施形態１７３から２２０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0495]実施形態２２２．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸不純物を含む、実施形態１７３から２２１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0496]実施形態２２３．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の糖不純物を含む、実施形態１７３から２２２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0497]実施形態２２４．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびタンパク質不純物の混合物、
（ｂ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対するペプチドグリカンおよびタンパク質不純物の混合物、
（ｄ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する糖およびタンパク質不純物の混合物、
（ｅ）ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物、ならびに
（ｆ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸および糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態１７３から２１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0498]実施形態２２５．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｂ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する糖、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質および糖不純物の混合物、ならびに
（ｄ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態１７３から２１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0499]実施形態２２６．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸、ペプチドグリカン、糖およびタンパク質不純物の混合物を含む、実施形態１７３から２２５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0500]実施形態２２７．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の少なくとも５重量％を含む、実施形態１７３から２２６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0501]実施形態２２８．（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）から濃縮された細胞表面多糖、
（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチド、
（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチド、および
（ｄ）薬学的に許容される担体
を含み、
Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドにコンジュゲートされていない、医薬組成物。
[0502]実施形態２２９．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａ（ＴｃｄＡ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態２２８に記載の医薬組成物。
[0503]実施形態２３０．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａの完全長トキソイドである、実施形態２２８または２２９に記載の医薬組成物。
[0504]実施形態２３１．第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態２２８から２３０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0505]実施形態２３２．第２のポリペプチドが、毒素Ｂの完全長トキソイドである、実施形態２２８から２３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0506]実施形態２３３．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、陰イオン性細胞表面多糖である、実施形態２２８から２３２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0507]実施形態２３４．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、非置換である、または置換されている、実施形態２２８から２３３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0508]実施形態２３５．第１のポリペプチドおよび第２のポリペプチドが融合している、実施形態２２８から２３４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0509]実施形態２３６．第１のポリペプチドが、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態２２８から２３５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0510]実施形態２３７．第２のポリペプチドが、配列番号１～３または７～４０に少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態２２８から２３６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0511]実施形態２３８．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第１のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態２２８から２３７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0512]実施形態２３９．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第２のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態２２８から２３８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0513]実施形態２４０．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片である、実施形態２２８から２３９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0514]実施形態２４１．ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片が、リン酸塩部分を含む、実施形態２４０に記載の医薬組成物。
[0515]実施形態２４２．ＰＳＩＩが、式（Ｉ）：
［式中、ｎは１～１００の整数である］の多糖である、実施形態２２８から２４１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0516]実施形態２４３．細胞表面多糖が、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの分子量を有する、実施形態２２８から２４２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0517]実施形態２４４．細胞表面多糖が、約８．８ｋＤａの分子量を有する、実施形態２２８から２４３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0518]実施形態２４５．アジュバントをさらに含む、実施形態２２８から２４４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0519]実施形態２４６．アジュバントがアルミニウムベースアジュバントを含む、実施形態２４５に記載の医薬組成物。
[0520]実施形態２４７．アジュバントが水酸化アルミニウムを含む、実施形態２４５に記載の医薬組成物。
[0521]実施形態２４８．アジュバントがリン酸アルミニウムを含む、実施形態２４５に記載の医薬組成物。
[0522]実施形態２４９．アジュバントがデルタイヌリン微粒子を含む、実施形態２４５に記載の医薬組成物。
[0523]実施形態２５０．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、薬学的に許容される担体にコンジュゲートされている、実施形態２２８から２４９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0524]実施形態２５１．薬学的に許容される担体が、ジフテリア毒素の変異体である、実施形態２５０に記載の医薬組成物。
[0525]実施形態２５２．薬学的に許容される担体がＣＲＭ１９７である、実施形態２５０に記載の医薬組成物。
[0526]実施形態２５３．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、化学リンカーを介して薬学的に許容される担体にコンジュゲートされている、実施形態２５０から２５２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0527]実施形態２５４．化学リンカーがチオスクシンイミドを含む、実施形態２５３に記載の医薬組成物。
[0528]実施形態２５５．化学リンカーがチオエステルを含む、実施形態２５３に記載の医薬組成物。
[0529]実施形態２５６．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約１０００ｋＤａの分子量を有する、実施形態２２８から２５５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0530]実施形態２５７．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約３５０ｋＤａの分子量を有する、実施形態２２８から２５６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0531]実施形態２５８．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの天然細胞表面多糖である、実施形態２２８から２５７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0532]実施形態２５９．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が非合成である、実施形態２２８から２５８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0533]実施形態２６０．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される、実施形態２２８から２５９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0534]実施形態２６１．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）からのものである、実施形態２２８から２６０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0535]実施形態２６２．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルからのポリペプチドを約２０重量％未満含む、実施形態２２８から２６１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0536]実施形態２６３．Ｃ．デフィシルが、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、実施形態２２８から２６２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0537]実施形態２６４．医薬組成物が免疫原性医薬組成物またはワクチンである、実施形態２２８から２６３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0538]実施形態２６５．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖に対して中和力価を誘導する、実施形態２６４に記載の医薬組成物。
[0539]実施形態２６６．医薬組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡまたはＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態２６４または２６５に記載の医薬組成物。
[0540]実施形態２６７．医薬組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡおよびＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態２６４または２６５に記載の医薬組成物。
[0541]実施形態２６８．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物を含む、実施形態２２８から２６７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0542]実施形態２６９．不純物が、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである、実施形態２６８に記載の医薬組成物。
[0543]実施形態２７０．不純物がＣ．デフィシル不純物である、実施形態２６８または２６９に記載の医薬組成物。
[0544]実施形態２７１．不純物が核酸である、実施形態２６８から２７０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0545]実施形態２７２．不純物が糖である、実施形態２６８から２７０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0546]実施形態２７３．不純物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する、実施形態２６８から２７０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0547]実施形態２７４．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のペプチドグリカン不純物を含む、実施形態２２８から２７３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0548]実施形態２７５．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のタンパク質不純物を含む、実施形態２２８から２７４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0549]実施形態２７６．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸不純物を含む、実施形態２２８から２７５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0550]実施形態２７７．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の糖不純物を含む、実施形態２２８から２７６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0551]実施形態２７８．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびタンパク質不純物の混合物、
（ｂ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対するペプチドグリカンおよびタンパク質不純物の混合物、
（ｄ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する糖およびタンパク質不純物の混合物、
（ｅ）ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物、ならびに
（ｆ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸および糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態２２８から２６８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0552]実施形態２７９．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｂ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する糖、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質および糖不純物の混合物、ならびに
（ｄ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態２２８から２６８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0553]実施形態２８０．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸、ペプチドグリカン、糖およびタンパク質不純物の混合物を含む、実施形態２２８から２７９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0554]実施形態２８１．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の少なくとも５重量％を含む、実施形態２２８から２８０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0555]実施形態２８２．（ａ）薬学的に許容される担体にコンジュゲートされているクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、
（ｂ）Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む第１のポリペプチドまたは第１のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチド、
（ｃ）Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む第２のポリペプチドまたは第の２のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、および
（ｄ）アジュバント
から本質的になる医薬組成物。
[0556]実施形態２８３．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａ（ＴｃｄＡ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態２８２に記載の医薬組成物。
[0557]実施形態２８４．第１のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａの完全長トキソイドである、実施形態２８２または２８３に記載の医薬組成物。
[0558]実施形態２８５．第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）のトキソイドまたはその断片である、実施形態２８２から２８４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0559]実施形態２８６．第２のポリペプチドが、毒素Ｂの完全長トキソイドである、実施形態２８２から２８５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0560]実施形態２８７．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、陰イオン性細胞表面多糖である、実施形態２８２から２８６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0561]実施形態２８８．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖が、非置換である、または置換されている、実施形態２８２から２８７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0562]実施形態２８９．第１のポリペプチドおよび第２のポリペプチドが融合している、実施形態２８２から２８８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0563]実施形態２９０．第１のポリペプチドが、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態２８２から２８９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0564]実施形態２９１．第２のポリペプチドが、配列番号１～３または７～４０に少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態２８２から２９０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0565]実施形態２９２．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第１のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態２８２から２９０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0566]実施形態２９３．Ｃ．デフィシルからの細胞表面多糖、対、第２のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、実施形態２８２から２９２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0567]実施形態２９４．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片である、実施形態２８２から２９３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0568]実施形態２９５．ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片が、リン酸塩部分を含む、実施形態２９４に記載の医薬組成物。
[0569]実施形態２９６．ＰＳＩＩが、式（Ｉ）：
［式中、ｎは１～１００の整数である］の多糖である、実施形態２９５に記載の医薬組成物。
[0570]実施形態２９７．細胞表面多糖が、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの分子量を有する、実施形態２８２から２９６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0571]実施形態２９８．細胞表面多糖が、約８．８ｋＤａの分子量を有する、実施形態２８２から２９７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0572]実施形態２９９．アジュバントがアルミニウムベースアジュバントを含む、実施形態２８２から２９８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0573]実施形態３００．アジュバントが水酸化アルミニウムを含む、実施形態２８２から２９８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0574]実施形態３０１．アジュバントがリン酸アルミニウムを含む、実施形態２８２から２９８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0575]実施形態３０２．アジュバントがデルタイヌリン微粒子を含む、実施形態２８２から２９８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0576]実施形態３０３．薬学的に許容される担体が、ジフテリア毒素の変異体である、実施形態２８２～３０２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0577]実施形態３０４．薬学的に許容される担体がＣＲＭ１９７である、実施形態２８２から３０２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0578]実施形態３０５．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、化学リンカーを介して薬学的に許容される担体にコンジュゲートされている、実施形態２８２から３０４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0579]実施形態３０６．化学リンカーがチオスクシンイミドを含む、実施形態３０５に記載の医薬組成物。
[0580]実施形態３０７．化学リンカーがチオエステルを含む、実施形態３０５に記載の医薬組成物。
[0581]実施形態３０８．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約１０００ｋＤａの分子量を有する、実施形態２８２から３０７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0582]実施形態３０９．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約３５０ｋＤａの分子量を有する、実施形態２８２から３０８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0583]実施形態３１０．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの天然細胞表面多糖である、実施形態２８２から３０９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0584]実施形態３１１．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が非合成である、実施形態２８２から３１０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0585]実施形態３１２．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される、実施形態２８２から３１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0586]実施形態３１３．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）からのものである、実施形態２８２から３１２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0587]実施形態３１４．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルからのポリペプチドを約２０重量％未満含む、実施形態２８２から３１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0588]実施形態３１５．Ｃ．デフィシルが、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、実施形態２８２から３１４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0589]実施形態３１６．医薬組成物が免疫原性医薬組成物またはワクチンである、実施形態２８２から３１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0590]実施形態３１７．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖に対して中和力価を誘導する、実施形態３１６に記載の医薬組成物。
[0591]実施形態３１８．医薬組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡまたはＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態３１６または３１７に記載の医薬組成物。
[0592]実施形態３１９．医薬組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡおよびＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、実施形態３１６または３１７に記載の医薬組成物。
[0593]実施形態３２０．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物を含む、実施形態２２８から３１９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0594]実施形態３２１．不純物が、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである、実施形態３２０に記載の医薬組成物。
[0595]実施形態３２２．不純物がＣ．デフィシル不純物である、実施形態３２０または３２１に記載の医薬組成物。
[0596]実施形態３２３．不純物が核酸である、実施形態３２０から３２２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0597]実施形態３２４．不純物が糖である、実施形態３２０から３２２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0598]実施形態３２５．不純物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する、実施形態３２０から３２２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0599]実施形態３２６．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のペプチドグリカン不純物を含む、実施形態２８２から３２５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0600]実施形態３２７．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満のタンパク質不純物を含む、実施形態２８２から３２６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0601]実施形態３２８．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸不純物を含む、実施形態２８２から３２７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0602]実施形態３２９．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の糖不純物を含む、実施形態２８２から３２８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0603]実施形態３３０．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびタンパク質不純物の混合物、
（ｂ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対するペプチドグリカンおよびタンパク質不純物の混合物、
（ｄ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する糖およびタンパク質不純物の混合物、
（ｅ）ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物、ならびに
（ｆ）ＰＳＩＩ抗原の総重量に対する核酸および糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態２８２から３２０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0604]実施形態３３１．医薬組成物が、Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物の混合物を含み、不純物の混合物が、
（ａ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｂ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する糖、タンパク質およびペプチドグリカン不純物の混合物、
（ｃ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、タンパク質および糖不純物の混合物、ならびに
（ｄ）Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対する核酸、ペプチドグリカンおよび糖不純物の混合物
からなる群から選択される、実施形態２８２から３２０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0605]実施形態３３２．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の核酸、ペプチドグリカン、糖およびタンパク質不純物の混合物を含む、実施形態２８２から３３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0606]実施形態３３３．Ｃ．デフィシルから濃縮された細胞表面多糖の少なくとも５重量％を含む、実施形態２８２から３３２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0607]実施形態３３４．感染を処置する方法であって、
（ａ）治療有効量の、実施形態１から１７１のいずれか一項に記載の組成物または実施形態１７２から３３３のいずれか一項に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップであって、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染であるステップ、
（ｂ）医薬組成物を投与した後、対象から糞便試料を収集するステップ、および
（ｃ）糞便試料を分析し、感染のマーカーである、糞便中のＣ．デフィシルのコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｇにおける変化を決定するステップ
を含む方法。
[0608]実施形態３３５．対象が、Ｃ．デフィシル感染の症状を呈しない、実施形態３３４に記載の方法。
[0609]実施形態３３６．投与が非経口である、実施形態３３４または３３５に記載の方法。
[0610]実施形態３３７．投与が静脈内である、実施形態３３４または３３５に記載の方法。
[0611]実施形態３３８．投与が筋肉内である、実施形態３３４または３３５に記載の方法。
[0612]実施形態３３９．糞便試料の収集が、組成物または医薬組成物の投与の少なくとも１日後に実施される、実施形態３３４から３３８のいずれか一項に記載の方法。
[0613]実施形態３４０．糞便試料の収集が、組成物または医薬組成物の投与の少なくとも６日後に実施される、実施形態３３９に記載の方法。
[0614]実施形態３４１．糞便試料の収集が、組成物または医薬組成物の投与の少なくとも９日後に実施される、実施形態３３９に記載の方法。
[0615]実施形態３４２．糞便試料の収集が、組成物または医薬組成物の投与の少なくとも１４日後に実施される、実施形態３３９に記載の方法。
[0616]実施形態３４３．分析が、平板培養およびｑＰＣＲ分析を含む、実施形態３３４から３４２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[0617]実施形態３４４．方法が、糞便中のＣ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇ糞便における低減パーセントを測定するステップ、および用量／処置を調整するステップを含む、実施形態３３４から３４３のいずれか一項に記載の方法。
[0618]実施形態３４５．低減パーセントが、治療有効量の医薬組成物の非存在と比較して、Ｃ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇにおける少なくとも６０％の低減である、実施形態３４４に記載の方法。
[0619]実施形態３４６．糞便試料が、医薬組成物の投与が非存在の糞便試料と比較してＣＦＵ／ｍｇの増加を有する場合、第２の治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、第２の治療有効量が、医薬組成物の治療有効量を超える、実施形態３３４から３４５のいずれか一項に記載の方法。
[0620]実施形態３４７．糞便試料が、医薬組成物の投与が非存在の糞便試料と比較してＣＦＵ／ｍｇの減少を有する場合、第３の治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、第３の治療有効量が、医薬組成物の治療有効量より少ない、実施形態３３４に記載の方法。
[0621]実施形態３４８．投与が毎週である、実施形態３３４から３４７のいずれか一項に記載の方法。
[0622]実施形態３４９．投与が２週間にわたって毎週である、実施形態３３４から３４７のいずれか一項に記載の方法。
[0623]実施形態３５０．投与が隔週である、実施形態３３４から３４７のいずれか一項に記載の方法。
[0624]実施形態３５１．投与が１か月間にわたって隔週である、実施形態３３４から３４７のいずれか一項に記載の方法。
[0625]実施形態３５２．対象が養護ホームの居住者である、実施形態３３４から３５１のいずれか一項に記載の方法。
[0626]実施形態３５３．対象が、Ｃ．デフィシル感染の病歴を有する、実施形態３３４から３５２のいずれか一項に記載の方法。
[0627]実施形態３５４．対象が、陽性Ｃ．デフィシルＣＦＵ／ｍｇ数を有する、実施形態３３４から３５３のいずれか一項に記載の方法。
[0628]実施形態３５５．治療剤をさらに含む、実施形態３３４から３５４のいずれか一項に記載の方法。
[0629]実施形態３５６．治療剤が抗生物質である、実施形態３５５に記載の方法。
[0630]実施形態３５７．抗生物質がバンコマイシンである、実施形態３５６に記載の方法。
[0631]実施形態３５８．抗生物質がフィダキソマイシンである、実施形態３５６に記載の方法。
[0632]実施形態３５９．感染を処置する方法であって、
（ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および
（ｂ）Ｃ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
を含む治療有効量の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含み、
投与が毎週または隔週であり、
感染がＣ．デフィシルにより引き起こされる、
方法。
[0633]実施形態３６０．医薬組成物が実施形態１７２から３３３のいずれか一項に記載の医薬組成物である、実施形態３５９に記載の方法。
[0634]実施形態３６１．対象が、Ｃ．デフィシル感染の症状を呈しない、実施形態３５９または３６０に記載の方法。
[0635]実施形態３６２．投与が非経口である、実施形態３５９から３６１に記載の方法。
[0636]実施形態３６３．投与が静脈内である、実施形態３５９から３６１のいずれか一項に記載の方法。
[0637]実施形態３６４．投与が筋肉内である、実施形態３５９から３６１のいずれか一項に記載の方法。
[0638]実施形態３６５．方法が、糞便中のＣ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇ糞便における低減パーセントを測定するステップ、および用量／処置を調整するステップを含む、実施形態３５９３３４から３６４のいずれか一項に記載の方法。
[0639]実施形態３６６．低減パーセントが、治療有効量の医薬組成物の非存在と比較して、Ｃ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇにおける少なくとも６０％の低減である、実施形態３６５のいずれか一項に記載の方法。
[0640]実施形態３６７．対象から得た糞便試料が、医薬組成物の投与が非存在の糞便試料と比較してＣＦＵ／ｍｇの増加を有する場合、第２の治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、第２の治療有効量が、医薬組成物の治療有効量を超える、実施形態３５９から３６６のいずれか一項に記載の方法。
[0641]実施形態３６８．糞便試料が、医薬組成物の投与が非存在の糞便試料と比較してＣＦＵ／ｍｇの減少を有する場合、第３の治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、第３の治療有効量が、医薬組成物の治療有効量より少ない、実施形態３６７に記載の方法。
[0642]実施形態３６９．投与が２週間にわたって毎週である、実施形態３５９から３６８のいずれか一項に記載の方法。
[0643]実施形態３７０．投与が隔週である、実施形態３５９から３６８のいずれか一項に記載の方法。
[0644]実施形態３７１．投与が１か月間にわたって隔週である、実施形態３５９から３６８のいずれか一項に記載の方法。
[0645]実施形態３７２．対象が養護ホームの居住者である、実施形態３５９から３７１のいずれか一項に記載の方法。
[0646]実施形態３７３．対象が、Ｃ．デフィシル感染の病歴を有する、実施形態３５９から３７２のいずれか一項に記載の方法。
[0647]実施形態３７４．対象が、陽性Ｃ．デフィシルＣＦＵ／ｍｇ数を有する、実施形態３５９から３７３のいずれか一項に記載の方法。
[0648]実施形態３７５．治療剤をさらに含む、実施形態３５９から３７４のいずれか一項に記載の方法。
[0649]実施形態３７６．治療剤が抗生物質である、実施形態３７５に記載の方法。
[0650]実施形態３７７．抗生物質がバンコマイシンである、実施形態３７５に記載の方法。
[0651]実施形態３７８．抗生物質がフィダキソマイシンである、実施形態３７５に記載の方法。
[0652]実施形態３７９．
（ａ）（ｉ）５５歳を超えている第１の対象、
（ｉｉ）６か月以内にＣ．デフィシル感染の病歴を有する第２の対象、および
（ｉｉｉ）陽性Ｃ．デフィシルコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｇ数を有する第３の対象
からなる群から対象を選択するステップ、ならびに
（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖およびポリペプチドまたはポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む治療有効量の医薬組成物を投与するステップ
を含み、ポリペプチドがＣ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含む、方法。
[0653]実施形態３８０．医薬組成物が実施形態１７２から３３３のいずれか一項に記載の医薬組成物である、実施形態３７９に記載の方法。
[0654]実施形態３８１．第１の対象が養護ホームの居住者である、実施形態３７９に記載の方法。
[0655]実施形態３８２．第１の対象が、Ｃ．デフィシル感染の病歴を有する、実施形態３７９に記載の方法。
[0656]実施形態３８３．第１の対象が広域抗生物質の処置歴を有する、実施形態３７９に記載の方法。
[0657]実施形態３８４．第２の対象が、陽性Ｃ．デフィシルＣＦＵ／ｍｇ数を有する、実施形態３７９に記載の方法。
[0658]実施形態３８５．感染を処置する方法であって、
（ａ）対象から得た生物学的試料の遺伝子配列情報を特定して、感染の存在を決定するステップであって、感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染であるステップ、および
（ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖を含む治療有効量の医薬組成物を対象に投与するステップ、
を含む方法。
[0659]実施形態３８６．医薬組成物が実施形態１７２から３３３のいずれか一項に記載の医薬組成物である、実施形態３８５に記載の方法。
[0660]実施形態３８７．方法が、アッセイを実施するステップを含み、アッセイが、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または核酸増幅検査（ＮＡＡＴ）である、実施形態３８５に記載の方法。
[0661]実施形態３８８．アッセイが、対象の糞便試料で実施される、実施形態３８５に記載の方法。
[0662]実施形態３８９．アッセイが、糞便試料におけるＣ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇを決定する、実施形態３８８に記載の方法。
[0663]実施形態３９０．クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を濃縮する方法であって、
（ａ）Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）を得るステップ、および
（ｂ）ＣＳＥからＣ．デフィシルの細胞表面多糖を濃縮し、それによってＣ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖を得るステップ
を含み、
Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖が、約５重量％未満のＣ．デフィシル不純物を含む、方法。
[0664]実施形態３９１．方法が、ＣＳＥからＰＳＩＩを濃縮し、それによって濃縮ＰＳＩＩ試料を得るステップを含み、
（ａ）濃縮ＰＳＩＩ試料が、ＰＳＩＩを含み、（ａ）ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のペプチドグリカンであるペプチドグリカン汚染レベル、
（ｂ）ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のタンパク質であるタンパク質汚染レベル、または
（ｃ）ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満の核酸である核酸汚染レベルを含む、実施形態３９０に記載の方法。
[0665]実施形態３９２．得るステップが、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株をストリッピングするステップを含む、実施形態３９０に記載の方法。
[0666]実施形態３９３．Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株が、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、実施形態３９２に記載の方法。
[0667]実施形態３９４．Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖が、約５重量％未満のＣ．デフィシルタンパク質を含む、実施形態３９０から３９３に記載の方法。
[0668]実施形態３９５．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、ＰＳＩＩＩ、その薬学的に許容される塩、およびその免疫原性断片からなる群から選択される、実施形態３９０から３９４のいずれか一項に記載の方法。
[0669]実施形態３９６．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖が、リン酸塩部分を含む、実施形態３９０から３９５のいずれか一項に記載の方法。
[0670]実施形態３９７．Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖がＰＳＩＩである、実施形態３９０から３９６のいずれか一項に記載の方法。
[0671]実施形態３９８．濃縮するステップが、エタノール沈殿のステップを含む、実施形態３９０から３９７のいずれか一項に記載の方法。
[0672]実施形態３９９．濃縮するステップが、ＴＣＡ沈殿の１つまたは複数のステップを含む、実施形態３９０から３９８のいずれか一項に記載の方法。
[0673]実施形態４００．濃縮するステップが、限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ）のステップを含む、実施形態３９０から３９９のいずれか一項に記載の方法。
[0674]実施形態４０１．濃縮するステップが、イオン交換クロマトグラフィーのステップを含む、実施形態３９０から４００のいずれか一項に記載の方法。
[0675]実施形態４０２．濃縮するステップが、イオン交換クロマトグラフィーのステップの後にＴＣＡ沈殿の１つまたは複数のステップを含む、実施形態４０１に記載の方法。
[0676]実施形態４０３．濃縮するステップが、ＴＣＡ沈殿のステップの後および／またはイオン交換クロマトグラフィーのステップの後に限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ）の１つまたは複数のステップを含む、実施形態４０１または４０２に記載の方法。
[0677]実施形態４０４．濃縮するステップが、濾過のステップを含む、実施形態４０１から４０３のいずれか一項に記載の方法。
[0678]実施形態４０５．濾過のステップが、分子量カットオフを有するフィルターを介したタンジェンシャルフロー濾過または遠心分離を含む、実施形態４０４に記載の方法。
[0679]実施形態４０６．フィルターが３ｋＤａ以下の分子量カットオフを有する、実施形態４０５に記載の方法。
[0680]実施形態４０７．フィルターが１０ｋＤａ以上の分子量カットオフを有する、実施形態４０５に記載の方法。
[0681]実施形態４０８．方法が凍結乾燥をさらに含む、実施形態３９０から４０７のいずれか一項に記載の方法。
[0682]実施形態４０９．Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖が、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のペプチドグリカンであるペプチドグリカン汚染レベルを含む、実施形態３９１から４０７のいずれか一項に記載の方法。
[0683]実施形態４１０．Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖が、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のタンパク質であるタンパク質汚染レベルを含む、実施形態３９１から４０９のいずれか一項に記載の方法。
[0684]実施形態４１１．Ｃ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖が、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満の核酸である核酸汚染レベルを含む、実施形態３９１から４１０のいずれか一項に記載の方法。

Claims (95)

  1. （ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および
    （ｂ）Ｃ．デフィシル以外の生物体に由来する担体タンパク質を含む第１のポリペプチド
    を含む組成物であって、
    前記担体タンパク質および前記細胞表面多糖が、約１０：１～約１：１０の比で前記組成物に存在する、組成物。
  2. 第２のポリペプチドまたは前記第２のポリペプチドをコードする第１のポリヌクレオチドをさらに含み、前記第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第１のトキソイドまたはその断片を含む、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記第２のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ａ（ＴｃｄＡ）のトキソイドまたはその断片である、請求項２に記載の組成物。
  4. 前記第２のポリペプチドが、毒素Ａの完全長トキソイドである、請求項２に記載の組成物。
  5. 第３のポリペプチドまたは前記第３のポリペプチドをコードする第２のポリヌクレオチドをさらに含み、前記第３のポリペプチドが、Ｃ．デフィシルの第２のトキソイドまたはその断片を含む、請求項２に記載の組成物。
  6. 前記第３のポリペプチドが、Ｃ．デフィシル毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）のトキソイドまたはその断片である、請求項５に記載の組成物。
  7. 前記第３のポリペプチドが、毒素Ｂの完全長トキソイドである、請求項５に記載の組成物。
  8. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖が、陰イオン性細胞表面多糖である、請求項１に記載の組成物。
  9. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖が、非置換である、または置換されている、請求項１に記載の組成物。
  10. 前記第２のポリペプチドおよび前記第３のポリペプチドが融合している、請求項５に記載の組成物。
  11. 前記第２のポリペプチドが、配列番号４～６のいずれか１つに少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項２に記載の組成物。
  12. 前記第３のポリペプチドが、配列番号１～３または７～４０に少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項５に記載の組成物。
  13. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖、対、前記第２のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、請求項２に記載の組成物。
  14. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖、対、前記第３のポリペプチドの比が、約１０：１～約１：１０である、請求項５に記載の組成物。
  15. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖が、ＰＳＩＩ、その薬学的に許容される塩、または免疫原性断片である、請求項１に記載の組成物。
  16. 前記ＰＳＩＩまたはその薬学的に許容される塩もしくは免疫原性断片が、リン酸塩部分を含む、請求項１５に記載の組成物。
  17. 前記細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルから濃縮され、前記第２のポリペプチドまたは前記第３のポリペプチドにコンジュゲートされていない、請求項５に記載の組成物。
  18. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの濃縮細胞表面多糖である、請求項１に記載の組成物。
  19. 前記ＰＳＩＩが、式（Ｉ）：
    ［式中、ｎは１～１００の整数である］の多糖である、請求項１５に記載の組成物。
  20. 前記細胞表面多糖が、約５ｋＤａ～約１０ｋＤａの分子量を有する、請求項１に記載の組成物。
  21. 前記細胞表面多糖が、約８．８ｋＤａの分子量を有する、請求項１に記載の組成物。
  22. アジュバントをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
  23. 前記アジュバントがアルミニウムベースアジュバントを含む、請求項２２に記載の組成物。
  24. 前記アジュバントが水酸化アルミニウムを含む、請求項２２に記載の組成物。
  25. 前記アジュバントがリン酸アルミニウムを含む、請求項２２に記載の組成物。
  26. 前記アジュバントがデルタイヌリン微粒子を含む、請求項２２に記載の組成物。
  27. Ｃ．デフィシルの前記細胞表面多糖が、前記担体タンパク質にコンジュゲートされている、請求項１に記載の組成物。
  28. 前記担体タンパク質が、ジフテリア毒素の変異体である、請求項１に記載の組成物。
  29. 前記担体タンパク質がＣＲＭ１９７である、請求項１に記載の組成物。
  30. Ｃ．デフィシルの前記細胞表面多糖が、化学リンカーを介して前記担体タンパク質にコンジュゲートされている、請求項１に記載の組成物。
  31. 前記化学リンカーがチオスクシンイミドを含む、請求項３０に記載の組成物。
  32. 前記化学リンカーがチオエステルを含む、請求項３０に記載の組成物。
  33. Ｃ．デフィシルの前記細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約１０００ｋＤａの分子量を有する、請求項１に記載の組成物。
  34. Ｃ．デフィシルの前記細胞表面多糖が、ＣＲＭ１９７にコンジュゲートされ、約１００ｋＤａ～約３５０ｋＤａの分子量を有する、請求項１に記載の組成物。
  35. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルからの天然細胞表面多糖である、請求項１に記載の組成物。
  36. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株から精製される、請求項１に記載の組成物。
  37. Ｃ．デフィシルからの前記細胞表面多糖が、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）からのものである、請求項１に記載の組成物。
  38. 前記組成物または医薬組成物が、Ｃ．デフィシルからのポリペプチドを２０重量％未満含む、請求項１に記載の組成物。
  39. 前記Ｃ．デフィシルが、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、請求項１に記載の組成物。
  40. 前記組成物が免疫原性組成物またはワクチンである、請求項１に記載の組成物。
  41. 前記組成物が前記ＰＳＩＩ抗原に対して中和力価を誘導する、請求項１に記載の組成物。
  42. 前記組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡまたはＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、請求項１に記載の組成物。
  43. 前記組成物が、Ｃ．デフィシル毒素ＡおよびＣ．デフィシル毒素Ｂに対して中和力価を誘導する、請求項１に記載の組成物。
  44. 前記組成物が、Ｃ．デフィシルの前記細胞表面多糖の総重量に対して約５重量％未満の不純物を含む、請求項１に記載の組成物。
  45. 前記不純物が、ペプチドグリカン、タンパク質、核酸、糖、またはこれらの組合せである、請求項４４に記載の組成物。
  46. 前記不純物がＣ．デフィシル不純物である、請求項４４に記載の組成物。
  47. 前記不純物が核酸である、請求項４４に記載の方法。
  48. 前記不純物が糖である、請求項４４に記載の組成物。
  49. 前記不純物が、Ｃ．デフィシルの細胞表面抽出物に由来する、請求項４４に記載の組成物。
  50. 請求項１から４９のいずれか一項に記載の組成物を含む医薬組成物。
  51. 感染を処置する方法であって、
    （ａ）クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖、および
    （ｂ）Ｃ．デフィシルのトキソイドまたはその断片を含むポリペプチド、または前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
    を含む治療有効量の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含み、
    前記投与が毎週または隔週であり、
    前記感染がＣ．デフィシルにより引き起こされる、
    方法。
  52. 前記医薬組成物が請求項５０に記載の医薬組成物である、請求項５１に記載の方法。
  53. 前記対象が、Ｃ．デフィシル感染の症状を呈しない、請求項５１に記載の方法。
  54. 前記投与が静脈内である、請求項５１に記載の方法。
  55. 前記投与が筋肉内である、請求項５１に記載の方法。
  56. 前記方法が、糞便中のＣ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇ糞便における低減パーセントを測定するステップ、および用量／処置を調整するステップを含む、請求項５１に記載の方法。
  57. 前記低減パーセントが、治療有効量の前記医薬組成物の非存在と比較して、Ｃ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇにおける少なくとも６０％の低減である、請求項５１に記載の方法。
  58. 前記対象から得た糞便試料が、前記医薬組成物の投与が非存在の糞便試料と比較してＣＦＵ／ｍｇの増加を有する場合、第２の治療有効量の前記医薬組成物を投与するステップを含み、前記第２の治療有効量が、前記医薬組成物の治療有効量を超える、請求項５１に記載の方法。
  59. 前記糞便試料が、前記医薬組成物の投与が非存在の糞便試料と比較してＣＦＵ／ｍｇの減少を有する場合、第３の治療有効量の前記医薬組成物を投与するステップを含み、前記第３の治療有効量が、前記医薬組成物の治療有効量より少ない、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記投与が２週間にわたって毎週である、請求項５１に記載の方法。
  61. 前記投与が隔週である、請求項５１に記載の方法。
  62. 前記投与が１か月間にわたって隔週である、請求項５１に記載の方法。
  63. 前記対象が養護ホームの居住者である、請求項５１に記載の方法。
  64. 前記対象が、Ｃ．デフィシル感染の病歴を有する、請求項５１に記載の方法。
  65. 前記対象が、陽性Ｃ．デフィシルＣＦＵ／ｍｇ数を有する、請求項５１に記載の方法。
  66. 治療剤をさらに含む、請求項５１に記載の方法。
  67. 前記治療剤が抗生物質である、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記抗生物質がバンコマイシンである、請求項６６に記載の方法。
  69. 前記抗生物質がフィダキソマイシンである、請求項６６に記載の方法。
  70. 感染を処置する方法であって、
    （ａ）対象から得た生物学的試料の遺伝子配列情報を特定して、前記感染の存在を決定するステップであって、前記感染がクロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）感染であるステップ、および
    （ｂ）Ｃ．デフィシルの細胞表面多糖を含む治療有効量の医薬組成物を前記対象に投与するステップ
    を含む方法。
  71. 前記医薬組成物が請求項５０に記載の医薬組成物である、請求項７０に記載の方法。
  72. 前記方法が、アッセイを実施するステップを含み、前記アッセイが、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）または核酸増幅検査（ＮＡＡＴ）である、請求項７０に記載の方法。
  73. 前記アッセイが、前記対象の糞便試料で実施される、請求項７２に記載の方法。
  74. 前記アッセイが、前記糞便試料におけるＣ．デフィシルのＣＦＵ／ｍｇを決定する、請求項７２に記載の方法。
  75. クロストリディオイデス・デフィシル（Ｃ．デフィシル）の細胞表面多糖を濃縮する方法であって、
    （ａ）Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株の細胞表面抽出物（ＣＳＥ）を得るステップ、および
    （ｂ）前記ＣＳＥからＣ．デフィシルの細胞表面多糖を濃縮し、それによってＣ．デフィシル試料の濃縮細胞表面多糖を得るステップ
    を含み、
    Ｃ．デフィシル試料の前記濃縮細胞表面多糖が、約５重量％未満のＣ．デフィシル不純物を含む、方法。
  76. 前記方法が、前記ＣＳＥからＰＳＩＩを濃縮し、それによって濃縮ＰＳＩＩ試料を得るステップを含み、
    前記濃縮ＰＳＩＩ試料が、ＰＳＩＩを含み、（ａ）前記ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のペプチドグリカンであるペプチドグリカン汚染レベル、（ｂ）前記ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のタンパク質であるタンパク質汚染レベル、または（ｃ）前記ＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満の核酸である核酸汚染レベルを含む、請求項７５に記載の方法。
  77. 前記得るステップが、Ｃ．デフィシルの１つまたは複数の株をストリッピングするステップを含む、請求項７５に記載の方法。
  78. Ｃ．デフィシルの前記１つまたは複数の株が、リボタイプ００１、００３、０１２、０１４、０２７、０３６、１０６、ＭＯＨ９００、またはＭＯＨ７１８である、請求項７７に記載の方法。
  79. Ｃ．デフィシル試料の前記濃縮細胞表面多糖が、約５重量％未満のＣ．デフィシルタンパク質を含む、請求項７５に記載の方法。
  80. Ｃ．デフィシルの前記細胞表面多糖が、ＰＳＩ、ＰＳＩＩ、ＰＳＩＩＩ、その薬学的に許容される塩、およびその免疫原性断片からなる群から選択される、請求項７５に記載の方法。
  81. Ｃ．デフィシルの前記細胞表面多糖がＰＳＩＩである、請求項７５に記載の方法。
  82. 前記濃縮するステップが、エタノール沈殿のステップを含む、請求項７５に記載の方法。
  83. 前記濃縮するステップが、ＴＣＡ沈殿の１つまたは複数のステップを含む、請求項７５に記載の方法。
  84. 前記濃縮するステップが、限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ）のステップを含む、請求項７５に記載の方法。
  85. 前記濃縮するステップが、イオン交換クロマトグラフィーのステップを含む、請求項７５に記載の方法。
  86. 前記濃縮するステップが、イオン交換クロマトグラフィーのステップの後にＴＣＡ沈殿の１つまたは複数のステップを含む、請求項７５に記載の方法。
  87. 前記濃縮するステップが、ＴＣＡ沈殿のステップの後および／またはイオン交換クロマトグラフィーのステップの後に限外濾過／透析濾過（ＵＦＤＦ）の１つまたは複数のステップを含む、請求項８６に記載の方法。
  88. 前記濃縮するステップが、濾過のステップを含む、請求項７５に記載の方法。
  89. 前記濾過のステップが、分子量カットオフを有するフィルターを介したタンジェンシャルフロー濾過または遠心分離を含む、請求項８８に記載の方法。
  90. 前記フィルターが３ｋＤａ以下の分子量カットオフを有する、請求項８９に記載の方法。
  91. 前記フィルターが１０ｋＤａ以上の分子量カットオフを有する、請求項８９に記載の方法。
  92. 前記方法が凍結乾燥をさらに含む、請求項７５に記載の方法。
  93. Ｃ．デフィシル試料の前記濃縮細胞表面多糖が、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のペプチドグリカンであるペプチドグリカン汚染レベルを含む、請求項７５に記載の方法。
  94. Ｃ．デフィシル試料の前記濃縮細胞表面多糖が、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満のタンパク質であるタンパク質汚染レベルを含む、請求項９３に記載の方法。
  95. Ｃ．デフィシル試料の前記濃縮細胞表面多糖が、ＰＳＩＩを含み、かつＮＭＲによるとＰＳＩＩの総重量に対して５重量％未満の核酸である核酸汚染レベルを含む、請求項７５に記載の方法。
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