JP2024507210A

JP2024507210A - Ｄｎａフラグメント連結検出方法及びそのキット

Info

Publication number: JP2024507210A
Application number: JP2023549904A
Authority: JP
Inventors: ジョージウェイ、ダットセン; チェン、シュー－チェン; シュー、アン; リン、ペイ－イー; チェン、ホア－チエン; ヤン、チー－イー
Original assignee: エーシーティージェノミックス（アイピー）リミテッド
Priority date: 2021-02-17
Filing date: 2022-02-17
Publication date: 2024-02-16
Also published as: CN117222750A; WO2022178185A1; TW202242136A; EP4294945A1

Abstract

本開示は、分子診断及びゲノミクスのための方法及びキットの分野に関する。より具体的には、本開示は、ＤＮＡフラグメント連結イベントを検出し、又は選択的スプライシングイベントを区別する方法及びキットに関する。本開示はまた、特定のがんタイプ又は遺伝子型のリスクを決定するステップによって、対象に適切な治療を施す方法に関する。

Description

本発明は、分子診断学及びゲノミクスのための方法及びキットの分野に関する。より具体的には、本発明は、ＤＮＡフラグメントの連結イベントを検出し、又は選択的スプライシングイベントを識別する方法及びキットに関する。本発明はまた、特定のがんタイプのリスクを判定し又は遺伝子型を決定するステップにより、対象に適切な治療を施す方法に関する。

関連出願との相互参照
本出願は、２０２１年２月１７日に出願された仮出願第６３／１５０，０９５号の優先権を主張するものであり、その内容は参照によりその全体が本開示に取り込まれる。

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含んでおり、該配列表はその全体が参照により本開示に取り込まれる。２０２２年１月１３日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは「ＡＣＴＧ－９ＰＣＴ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」の名前であり、サイズは１６，３８４バイトである。

遺伝学において、ＤＮＡフラグメントを連結する際に存在する、ＤＮＡの再構成、転座、タンデムリピート、逆位、挿入、欠失、又は他のキメラ変異は、しばしば疾患と同義である。我々の臓器の細胞におけるこの種のＤＮＡ損傷は、遺伝病やがんの起点になることが証明されている。このため、ＤＮＡフラグメント連結を検出することは、潜在的な健康障害又は疾患を有するかどうかのスクリーニングにおいて用いることができる。しかし、これは依然、精密医療のために十分と言うにはほど遠い。

構成的スプライシングとは、ＲＮＡスプライシングの過程でイントロンが除去され、エクソン同士が連結することである。選択的スプライシングは、正常スプライシングからの逸脱であって、そこではエクソンがスキップされる、イントロンが保持される、エクソンが相互に排他的である、あるいは代替的な５’スプライス部位若しくは代替的な３’スプライス部位が成熟ｍＲＮＡにおいて保存されている。近年、選択的スプライシングは、それが有する遺伝子発現における役割や疾患との関連の点で注目されるようになってきた。例えば、数多くのイントロン保持イベントを原発性がん細胞の細胞質中においては検出することができ、がん細胞のトランスクリプトームの多様性と関連付けることができる。

ＤＮＡフラグメント連結イベントや選択的スプライシングイベントは、産生されるタンパク質に影響を及ぼし、そして、疾患リスク、疾患の進行、薬物応答に大きく影響し得る。ＤＮＡフラグメント連結を検出すること、あるいはこれらの遺伝的変異選択的スプライシングを区別することは、診断マーカーとして使用することができ、遺伝子関連疾患における将来の標的治療にとって重要となり得る。選択的遺伝子スプライシングと抗がん剤耐性との相関は、参照により本開示に取り込まれるＷａｎｇ、Ｂｉ－Ｄａｒ，ａｎｄＮｏｒｍａｎＨ．Ｌｅｅによる”ＡｂｅｒｒａｎｔＲＮＡｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｃａｎｃｅｒａｎｄｄｒｕｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．” Ｃａｎｃｅｒｓ１０．１１（２０１８）：４５８．に論じられている。

ＤＮＡフラグメント連結イベント又は特定の選択的スプライシングイベントの同定は、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、蛍光生体内ハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、並びにｑＲＴ－ＰＣＲ、マイクロアレイ、若しくはＲＮＡｓｅｑデータ解析などの、バイオインフォマティクス解析により行ってもよい。ＮＧＳは包括的な情報を詳細と共に与えるが、コストと時間がかかるだけでなく、より多くの試料を必要とするため、その臨床応用は限られている。ＩＨＣは産生されたタンパク質の存在を検出するが、遺伝子型の変異と表現型の変化との関係を区別するのは難しい。ＦＩＳＨは遺伝子融合を検出することができるが、それぞれの融合型を検出するために別々の反応を必要とし、また、結果を分析するためには高度な訓練を受けた専門家を必要とする。したがって、ＤＮＡフラグメント連結型を検出して遺伝子型を予測するためには、特には、疾患の特徴的な特性と関連することが解明されたｍＲＮＡスプライシング欠陥を検出するためには、新規の、より正確で、かつ包括的な方法が必要である。

本開示は、ＤＮＡフラグメント連結イベントを検出する方法を提供し、該方法は：
（ａ）試料中にＤＮＡ、又は抽出されたＲＮＡから得たＤＮＡを得るステップ；
（ｂ）前記ＤＮＡをオリゴヌクレオチドのセットを用いて富化（enrich）し、標的核酸を得るステップ；
（ｃ）前記標的核酸にスプリットプローブでプローブ付けするステップ、ここで該スプリットプローブは、
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における第１のスプリットプローブの標的部位と第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における第１のスプリットプローブの標的部位と第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；
を含む；並びに
（ｄ）前記スプリットプローブと前記標的核酸との結合を反映するシグナルを検出するステップ；
を含む。

上述によれば、前記セットのオリゴヌクレオチドは、遺伝子特異的プライマー又は遺伝子特異的プローブである。

上述によれば、ステップ（ｂ）において、前記ＤＮＡは、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを用いるマルチプレックスＰＣＲにより増幅される。

上述によれば、前記方法は、さらに、
（ｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に結合することに基づく前記シグナルを確認することを通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであり及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること；
（ｉｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に結合することに基づくシグナルを確認することを通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであり及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであること；又は
（ｉｉｉ）前記第３のスプリットプローブが前記第３のＤＮＡフラグメントに結合することに基づくシグナルを確認すること、及び独立したＰＣＲからの前記標的核酸の結果、を通じて、前記第３のＤＮＡフラグメントが前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントと連結しているか否か、
を決定するステップを含む。

上述によれば、上流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るために少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーが設計されている。

上述によれば、下流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るために少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーが設計されている。

上述によれば、ある前記遺伝子特異的プライマーが、ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする。

上述によれば、ある前記遺伝子特異的プライマーが、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～８０ｂｐの距離内を標的とする。

上述によれば、前記第１のスプリットプローブ又は第２のスプリットプローブは、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～４０ｂｐの距離内を標的とする。

上述によれば、前記第１のスプリットプローブは、配列番号３２、３５、及びそれらのいずれかの相補配列からなる群から選択される。

上述によれば、前記第２のスプリットプローブは、配列番号３３、３６及びそれらのいずれかの相補配列からなる群から選択される。

上述によれば、前記第３のスプリットプローブは、配列番号３２、３３、３５、３６及びそれらのいずれかの相補配列からなる群から選択される。

上述によれば、前記スプリットプローブの長さは１０～６０ｂｐである。

上述によれば、ステップ（ｃ）においては、前記標的核酸は、スプリットプローブ及びＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする単一のプローブでプローブ付けされる。

上述によれば、前記パートナーＤＮＡフラグメントは、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２Ｅ２、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＭＩＭ１８、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０及びＺＰＲ１、からなる群より選択されるパートナー遺伝子の配列を含む。

上述によれば、前記標的ＤＮＡフラグメントは、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２及びＴＭＰＲＳＳ２、からなる群より選択される標的遺伝子の配列を含む。

上述によれば、前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントは、それぞれ、ＡＲ（例えば、ＡＲＶ７）、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２－Ｌｉｋｅ１１（ＢＩＭ又はＢＣＬ２Ｌ１１）、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２（ＣＡＳＰ－２）、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣｙｃｌｉｎＤ１（ＣＣＮＤ１）、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ（例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩ）、ＥＲ（例えば、ＥＳＲ１又はＥＳＲ２）、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ（Ｈ－ＲＡＳ）、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２及びＶＥＧＦ、からなる群から選択される同一遺伝子からの異なる配列を含む。

上述によれば、前記ＤＮＡフラグメント連結イベントは、ＡＣＶＲ２Ａ－ＡＫＴ３、ＡＦＡＰ１－ＮＴＲＫ１、ＡＦＡＰ１－ＮＴＲＫ２、ＡＦＡＰ１－ＲＥＴ、ＡＧＡＰ３－ＢＲＡＦ、ＡＧＢＬ４－ＮＴＲＫ２、ＡＧＧＦ１－ＲＡＦ１、ＡＫＡＰ１３－ＮＴＲＫ３、ＡＫＡＰ１３－ＲＥＴ、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＡＫＴ３－Ｐ２ＲＸ５、ＡＫＴ３－ＰＴＰＲＲ、ＡＭＯＴＬ２－ＮＴＲＫ１、ＡＰＩＰ－ＦＧＦＲ２、ＡＲＧＬＵ１－ＮＴＲＫ１、ＡＲＨＧＥＦ１１－ＮＴＲＫ１、ＡＲＨＧＥＦ２－ＮＴＲＫ１、ＡＴＧ７－ＲＡＦ１、ＡＴＰ１Ｂ－ＮＴＲＫ１、ＡＸＬ－ＭＢＩＰ、ＢＡＧ４－ＦＧＦＲ１、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＢＲＡＦ、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＭＥＴ、ＢＣＡＮ－ＮＴＲＫ１、ＢＣＬ６－ＲＡＦ１、ＢＣＲ－ＡＢＬ、ＢＣＲ－ＦＧＦＲ１、ＢＣＲ－ＪＡＫ２、ＢＣＲ－ＮＴＲＫ２、ＢＣＲ－ＲＥＴ、ＢＲＤ３－ＮＵＴＭ１、ＢＲＤ４－ＮＵＴＭ１、ＢＴＢＤ１－ＮＴＲＫ３、ＣＡＰＺＡ２－ＭＥＴ、ＣＢＲ４－ＥＲＢＢ４、ＣＣＤＣ６－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６－ＲＯＳ１、ＣＤ７４－ＮＲＧ１、ＣＤ７４－ＮＲＧ２、ＣＤ７４－ＮＴＲＫ１、ＣＤ７４－ＲＯＳ１、ＣＤＫ１２－ＥＲＢＢ２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２－ＢＲＡＦ、ＣＥＬ－ＮＴＲＫ１、ＣＥＰ１７０－ＡＫＴ３、ＣＨＴＯＰ－ＮＴＲＫ１、ＣＬＣＮ６－ＲＡＦ１、ＣＬＩＰ１－ＡＬＫ、ＣＬＩＰ１－ＲＯＳ１、ＣＬＩＰ２－ＢＲＡＦ、ＣＬＩＰ２－ＭＥＴ、ＣＬＴＣ－ＡＬＫ、ＣＬＴＣ－ＲＯＳ１、ＣＮＴＲＬ－ＫＩＴ、ＣＯＬ２５Ａ１－ＡＬＫ、ＣＯＬ２５Ａ１－ＦＧＦＲ２、ＣＯＸ５Ａ－ＮＴＲＫ３、ＣＰＤ－ＥＲＢＢ２、ＣＴＲＣ－ＮＴＲＫ１、ＣＵＸ１－ＢＲＡＦ、ＣＵＸ１－ＦＧＦＲ１、ＣＵＸ１－ＲＥＴ、ＤＣＴＮ１－ＡＬＫ、ＤＣＴＮ１－ＭＥＴ、ＤＬＧ１－ＮＴＲＫ３、ＤＮＡＪＣ８－ＥＲＢＢ２、ＥＩＦ３Ｅ－ＲＳＰＯ２、ＥＭＬ１－ＮＴＲＫ２、ＥＭＬ４－ＡＬＫ、ＥＭＬ４－ＢＲＡＦ、ＥＭＬ４－ＮＴＲＫ３、ＥＭＬ４－ＲＥＴ、ＥＰＨＢ２－ＮＴＲＫ１、ＥＰＳ１５－ＢＲＡＦ、ＥＰＳ１５－ＭＥＴ、ＥＰＳ１５－ＮＴＲＫ１、ＥＲＢＢ２－ＣＤＫ１２、ＥＲＢＢ２－ＣＦＢ、ＥＲＢＢ２－ＣＮＩＨ４、ＥＲＢＢ２－ＣＴＴＮ、ＥＲＢＢ２－ＤＮＡＪＣ７、ＥＲＢＢ２－ＥＮＯ１、ＥＲＢＢ２－ＦＣＧＲＴ、ＥＲＢＢ２－ＦＫＢＰ１０、ＥＲＢＢ２－ＧＲＢ７、ＥＲＢＢ２－ＧＳＥ１、ＥＲＢＢ２－ＧＴＦ２Ｅ２／ＳＭＩＭ１８、ＥＲＢＢ２－ＩＫＺＦ３、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴ２０、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴ３９、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴＡＰ１－４、ＥＲＢＢ２－ＬＭＮＴＤ１、ＥＲＢＢ２－ＬＴＢＰ４、ＥＲＢＢ２－ＭＡＤ２Ｌ２、ＥＲＢＢ２－ＭＥＤ１、ＥＲＢＢ２－ＰＡＲＮ、ＥＲＢＢ２－ＰＧＡＰ３、ＥＲＢＢ２－ＰＯＬＤ４、ＥＲＢＢ２－ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＥＲＢＢ２－ＰＲＤＸ４、ＥＲＢＢ２－ＰＳＭＢ３、ＥＲＢＢ２－ＳＨＫＢＰ１、ＥＲＢＢ２－ＳＬＣ３９Ａ１１、ＥＲＢＢ２－ＳＰＴＢＮ２、ＥＲＢＢ２－ＳＲＣＩＮ１、ＥＲＢＢ２－ＴＡＤＡ２Ａ、ＥＲＢＢ２－ＴＡＴＤＮ１、ＥＲＢＢ２－ＸＢＰ１、ＥＲＢＢ２－ＺＡＮ、ＥＲＢＢ４－ＡＫＡＰ６、ＥＲＢＢ４－ＦＵＳ、ＥＲＢＢ４－ＩＫＺＦ２、ＥＲＢＢ４－ＳＴＫ１１ＩＰ、ＥＲＣ１－ＢＲＡＦ、ＥＲＣ１－ＲＥＴ、ＥＲＣ１－ＲＯＳ１、ＥＳＲＰ１－ＲＡＦ１、ＥＳＲ１－ＣＣＤＣ１７０、ＥＴＶ６－ＦＧＦＲ３、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ２、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ３、ＥＴＶ６－ＰＤＧＦＲＢ、ＥＴＶ６－ＰＲＤＭ１６、ＥＺＲ－ＥＲＢＢ４、ＥＺＲ－ＲＯＳ１、ＦＡＭ１３１Ｂ－ＢＲＡＦ、ＦＡＴ１－ＮＴＲＫ３、ＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ３、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３、ＦＩＰ１Ｌ１－ＰＤＧＦＲＡ、ＦＮ１－ＡＬＫ、ＦＮ１－ＥＲＢＢ４、ＦＮ１－ＦＧＦＲ１、ＦＮＤＣ３Ｂ－ＰＩＫ３ＣＡ、ＦＲＹ－ＮＴＲＫ３、ＧＫＡＰ１－ＮＴＲＫ２、ＧＯＬＧＡ４－ＲＡＦ１、ＧＯＮ４Ｌ－ＮＴＲＫ１、ＧＯＰＣ－ＲＯＳ１、ＧＲＨＬ２－ＲＳＰＯ２、ＧＲＩＰＡＰ－ＮＴＲＫ１、ＧＴＦ２ＩＲＤ１－ＡＬＫ、ＨＡＣＬ１－ＲＡＦ１、ＨＩＰ１－ＡＬＫ、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１－ＮＴＲＫ３、ＩＫＺＦ２－ＥＲＢＢ４、ＩＱＳＥＣ１－ＲＡＦ１、ＩＲＦ２ＢＰ２－ＮＴＲＫ１、ＫＡＮＫ１－ＮＴＲＫ２、ＫＣＴＤ１６－ＮＴＲＫ２、ＫＣＴＤ８－ＮＴＲＫ２、ＫＨＤＲＢＳ１－ＮＴＲＫ３、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＫＩＦ５Ｂ－ＡＬＫ、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ、ＫＩＦ５Ｂ－ＥＲＢＢ４、ＫＩＴ－ＡＮＫＲＤ１１、ＫＩＴ－ＰＤＧＦＲＡ、ＫＩＴ－ＳＬＣ４Ａ４、ＫＭＴ２Ａ－ＡＦＦ１、ＫＭＴ２Ａ－ＣＲＥＢＢＰ、ＫＭＴ２Ａ－ＤＡＢ２ＩＰ、ＫＭＴ２Ａ－ＥＬＬ、ＫＭＴ２Ａ－ＥＰＳ１５、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１０、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１１、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ３、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ４、ＫＭＴ２Ａ－ＳＥＰ６、ＫＭＴ２Ａ－ＳＥＰ９、ＫＴＮ１－ＡＬＫ、ＫＴＮ１－ＲＥＴ、ＬＩＰＩ－ＮＴＲＫ１、ＬＭＮＡ－ＡＬＫ、ＬＭＮＡ－ＮＴＲＫ１、ＬＭＮＡ－ＲＡＦ１、ＬＲＲＣ７１－ＮＴＲＫ１、ＬＲＲＦＩＰ１－ＦＧＦＲ１、ＬＲＲＦＩＰ１－ＭＥＴ、ＬＹＮ－ＮＴＲＫ３、ＭＡＧＩ３－ＡＫＴ３、ＭＢＮＬ１－ＲＡＦ１、ＭＥＦ２Ｄ－ＮＴＲＫ１、ＭＥＴ－ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１－ＮＴＲＫ１、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＭＰＲＩＰ－ＡＬＫ、ＭＰＲＩＰ－ＮＴＲＫ１、ＭＰＲＩＰ－ＲＡＦ１、ＭＰＲＩＰ－ＲＥＴ、ＭＲＰＬ２４－ＮＴＲＫ１、ＭＳＮ－ＡＬＫ、ＭＳＮ－ＲＯＳ１、ＭＴＳＳ１－ＥＲＢＢ２、ＭＵＣ２－ＮＴＲＫ２、ＭＹＨ９－ＡＬＫ、ＭＹＯ５Ａ－ＮＴＲＫ３、ＭＹＯ５Ａ－ＲＯＳ１、ＮＡＣＣ２－ＮＴＲＫ２、ＮＡＶ１－ＮＴＲＫ２、ＮＢＰＦ２０－ＮＴＲＫ２、ＮＣＯＡ４－ＲＥＴ、ＮＦＡＳＣ－ＮＴＲＫ１、ＮＯＳ１ＡＰ－ＮＴＲＫ１、ＮＯＳ１ＡＰ－ＮＴＲＫ２、ＮＲＧ２－ＣＹＳＴＭ１、ＮＲＧ２－ＵＢＥ２Ｄ２、ＮＲＩＰ１－ＲＳＰＯ２、Ｐ２ＲＹ８－ＮＴＲＫ１、ＰＡＩＰ１－ＮＴＲＫ２、ＰＡＮ３－ＮＴＲＫ２、ＰＡＰＤ７－ＲＡＦ１、ＰＤＥ４ＤＩＰ－ＮＴＲＫ１、ＰＥＡＲ１－ＮＴＲＫ１、ＰＨＦ２０－ＮＴＲＫ１、ＰＩＣＡＬＭ－ＢＲＡＦ、ＰＩＣＡＬＭ－ＲＥＴ、ＰＬＥＫＨＡ６－ＮＴＲＫ１、ＰＭＬ－ＲＡＲＡ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＡＬＫ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＭＥＴ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＲＯＳ１、ＰＰＬ－ＮＴＲＫ１、ＰＲＤＸ１－ＮＴＲＫ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ－ＡＬＫ、ＰＲＫＡＲ１Ａ－ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ－ＡＬＫ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ－ＢＲＡＦ、ＰＲＫＡＲ２Ａ－ＮＴＲＫ２、ＰＲＰＳＡＰ１－ＮＴＲＫ３、ＰＴＰＲＺ１－ＭＥＴ、ＱＫＩ－ＮＴＲＫ２、ＱＫＩ－ＲＡＦ１、ＲＡＣ１－ＡＫＴ３、ＲＡＦ１－ＡＣＴＲ２、ＲＡＦ１－ＡＧＧＦ１、ＲＡＦ１－ＤＡＺＬ、ＲＡＦ１－ＥＳＲＰ１、ＲＡＦ１－ＰＨＣ３、ＲＡＦ１－ＴＭＥＭ４０、ＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１、ＲＡＦ１－ＺＰＲ１、ＲＡＬＧＰＳ２－ＮＴＲＫ３、ＲＡＮＢＰ２－ＡＬＫ、ＲＡＮＢＰ２－ＦＧＦＲ１、ＲＢＰＭＳ－ＮＴＲＫ３、ＲＦＷＤ２－ＮＴＲＫ１、ＲＮＦ２１３－ＡＬＫ、ＲＮＦ２１３－ＮＴＲＫ１、ＲＲＢＰ１－ＡＬＫ、ＲＲＢＰ１－ＲＥＴ、ＳＡＴＢ１－ＡＬＫ、ＳＡＴＢ１－ＲＥＴ、ＳＣＡＦ１１－ＰＤＧＦＲＡ、ＳＣＰ２－ＮＴＲＫ１、ＳＣＹＬ３－ＮＴＲＫ１、ＳＤＣ４－ＮＲＧ１、ＳＤＣ４－ＲＯＳ１、ＳＥＣ３１Ａ－ＡＬＫ、ＳＨＣ１－ＥＲＢＢ２、ＳＩＬ１－ＮＲＧ２、ＳＬＣ３４Ａ２－ＭＥＴ、ＳＬＣ３４Ａ２－ＲＯＳ１、ＳＬＣ４５Ａ３－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＥＲＧ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＦＧＦＲ２、ＳＬＭＡＰ－ＮＴＲＫ２、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＳＰＥＣＣ１Ｌ－ＮＴＲＫ２、ＳＰＥＣＣ１Ｌ－ＮＴＲＫ３、ＳＰＴＢＮ１－ＡＬＫ、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ、ＳＱＳＴＭ１－ＦＧＦＲ１、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ１、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ２、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ３、ＳＲＧＡＰ３－ＲＡＦ１、ＳＲＧＡＰ３－ＳＲＧＡＰ３－ＲＡＦ１、ＳＳＢＰ２－ＮＴＲＫ１、ＳＴＲＮ－ＡＬＫ、ＳＴＲＮ－ＮＴＲＫ２、ＳＴＲＮ－ＮＴＲＫ３、ＳＴＲＮ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ１、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ２、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ３、ＴＢＣ１Ｄ２－ＮＴＲＫ２、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＮＲＧ１、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＲＥＴ、ＴＦＧ－ＡＬＫ、ＴＦＧ－ＭＥＴ、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ１、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ３、ＴＦＧ－ＲＥＴ、ＴＦＧ－ＲＯＳ１、ＴＩＭＰ３－ＡＬＫ、ＴＩＭＰ３－ＮＴＲＫ１、ＴＫＴ－ＥＲＢＢ２、ＴＬＥ４－ＮＴＲＫ２、ＴＭＥＭ１０６Ｂ－ＢＲＡＦ、ＴＭＥＭ１０６Ｂ－ＲＯＳ１、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ４、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ５、ＴＮＳ３－ＮＴＲＫ２、ＴＰ５３－ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３－ＡＬＫ、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３－ＲＯＳ１、ＴＰＭ４－ＡＬＫ、ＴＰＭ４－ＮＴＲＫ３、ＴＰＲ－ＡＬＫ、ＴＰＲ－ＢＲＡＦ、ＴＰＲ－ＦＧＦＲ１、ＴＰＲ－ＭＥＴ、ＴＰＲ－ＮＴＲＫ１、ＴＲＡＦ２－ＮＴＲＫ２、ＴＲＡＫ１－ＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２４－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ２４－ＦＧＦＲ１、ＴＲＩＭ２４－ＮＴＲＫ２、ＴＲＩＭ２４－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ３３－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ３３－ＮＴＲＫ１、ＴＲＩＭ４－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ４－ＭＥＴ、ＴＲＩＭ６３－ＮＴＲＫ１、ＵＢＥ２Ｒ２－ＮＴＲＫ３、ＵＦＤ１－ＮＴＲＫ２、ＵＳＰ１３－ＰＩＫ３ＣＡ、ＶＡＮＧＬ２－ＮＴＲＫ１、ＶＣＡＮ－ＮＴＲＫ２、ＶＣＬ－ＡＬＫ、ＶＣＬ－ＮＴＲＫ２、ＶＩＭ－ＮＴＲＫ３、ＶＰＳ１８－ＮＴＲＫ３、ＷＨＳＣ１Ｌ１－ＦＧＦＲ１、ＷＨＳＣ１Ｌ１－ＮＵＴＭ１、ＷＩＰＦ２－ＥＲＢＢ２、ＷＮＫ２－ＮＴＲＫ２、ＺＢＴＢ７Ｂ－ＮＴＲＫ１及びＺＮＦ７１０－ＮＴＲＫ３といった変異からなる群より選択される。

上述によれば、前記第３のＤＮＡフラグメントは、パートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列を含む。

上述によれば、ステップ（ｂ）において、前記ＤＮＡは最初に遺伝子特異的プライマーで増幅され、その後ユニバーサルプライマーで増幅されて前記標的核酸が得られる。

上述によれば、前記シグナルは、色素、化学発光色素、蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、酵素、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、及びピレンからなる群から選択される。

一態様においては、本開示は、
（ａ）スプリットプローブで標的核酸をプローブ付けするステップ、ここで、該スプリットプローブは、
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における第１のスプリットプローブの標的部位と第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐである；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における第１のスプリットプローブの標的部位と第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐである；
を含む；
（ｂ）前記スプリットプローブと前記標的核酸との結合を反映するシグナルを検出するステップ；
（ｃ）
（ｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであり、及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること；
（ｉｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであること；又は
（ｉｉｉ）前記第３のスプリットプローブが前記第３のＤＮＡフラグメントに結合することに基づくシグナルを確認することを通じて、前記第３のＤＮＡフラグメントが前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントと連結していること；
を決定するステップ；
及び
（ｄ）前記標的核酸の長さが構成的スプライシングの参照配列と同一であるか否か比較するステップ；
を含む選択的スプライシングイベントを区別する方法を提供する。

上記によれば、前記標的核酸はオリゴヌクレオチドのセットを用いて増幅される。

上記によれば、前記標的核酸は、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを用いるマルチプレックスＰＣＲによって増幅される。

上記によれば、前記方法は、独立したＰＣＲによって再確認するステップ（ｅ）をさらに含む。

上記によれば、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーは、上流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている。

上記によれば、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーは、下流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている。

上記によれば、前記遺伝子特異的プライマーの少なくとも１つがＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする。

上記によれば、前記遺伝子特異的プライマーは、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～８０ｂｐの距離内を標的とする。

上記によれば、マルチプレックスＰＣＲでの生成物が、その後、ユニバーサルプライマーを用いて増幅され、前記標的核酸が得られる。

上記によれば、前記第１及び第２のスプリットプローブの標的部位とＤＮＡフラグメント連結境界との間の距離は、０～４０ｂｐである。

上記によれば、前記スプリットプローブの長さは１０～６０ｂｐである。

上記によれば、前記方法のステップ（ａ）において、前記標的核酸は、スプリットプローブ、及びＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする単一のプローブでプローブ付けされる。

上記によれば、前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントは、それぞれ、ＡＲ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣＣＮＤ１、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ、ＥＲ、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２及びＶＥＧＦからなる群より選択される同一遺伝子の異なる配列を含む。

上記によれば、前記選択的スプライシングイベントは、ＢＣＲ－ＡＢＬ変異である。

上記によれば、前記第３のＤＮＡフラグメントは、パートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列を含む。

上記によれば、前記シグナルが、色素、化学発光色素、蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、酵素、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、及びピレンからなる群より選択される。

一態様において、本開示は、対象を治療する方法を提供し、該方法は、
（ａ）先行する段落に記載の方法によって対象からの試料におけるＤＮＡフラグメント連結イベントを検出すること、及び／又は先行する段落に記載の方法によって対象からの試料における選択的スプライシングイベントを区別すること、を含む、前記対象ががん又は遺伝子型のリスクにあるかどうかを決定するステップ；並びに
（ｂ）以下を投与／実行（administer）するステップ
（ｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントを標的とするｓｉＲＮＡ；
（ｉｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントによりコードされる融合タンパク質の阻害剤；
（ｉｉｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントによりコードされる融合タンパク質を阻害する薬剤；
（ｉｖ）治療有効量の、サイトカイン、アポトーシス誘導剤、抗血管新生剤、化学療法剤、放射線治療剤、及び抗がん免疫毒素からなる群より選択される抗がん剤；又は
（ｖ）前記対象の細胞内で、標的化ゲノム編集処理を与えること、
を含む。

上記によれば、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントは、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２Ｅ２、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＭＩＭ１８、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０及びＺＰＲ１からなる群より選択されるパートナー遺伝子の配列と共に現れる。

上記によれば、前記ＤＮＡフラグメントの連結イベントは、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２及びＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される標的遺伝子の配列と共に現れる。

上記によれば、前記選択的スプライシングイベントは、ＡＲ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣＣＮＤ１、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ、ＥＲ、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２及びＶＥＧＦからなる群から選択される同一遺伝子の異なる配列と共に現れる。

上記によれば、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント又は前記選択的スプライシングイベントは、ＢＣＲ－ＡＢＬ変異である。

上記によれば、前記選択的スプライシングイベントは、構成的スプライシング、エクソンスキッピング、イントロン保持、相互排他的なエクソン、及び代替的な５’又は３’スプライス部位からなる群より選択される。

上記によれば、前記がんは、癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、及び骨髄腫からなる群より選択される。

上記によれば、前記がんは、脳がん、乳がん、結腸がん、内分泌腺がん、食道がん、女性生殖器がん、頭頸部がん、肝胆道系がん、腎臓がん、肺がん、間葉系細胞新生物、前立腺がん、皮膚がん、胃がん、膵外分泌腫瘍、及び泌尿器系がんからなる群より選択される。

他の態様において、本開示はまた、ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は選択的スプライシングイベントを有する試料を検出するためのキットも提供し、該キットは、
（ａ）オリゴヌクレオチドのセット；
（ｂ）以下を有するスプリットプローブ
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／又は第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、標的核酸上における第１のスプリットプローブの標的部位と第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐである；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／又は第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における前記スプリットプローブの標的部位間のギャップは０～８０ｂｐである；
並びに
（ｃ）スプリットプローブのハイブリダイゼーションシグナルを検出するためのプローブハイブリダイゼーションアッセイ、ここで、該プローブハイブリダイゼーションアッセイは、色素、化学発光色素、蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、酵素、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、及びピレンを含む、
を含む。

上記によれば、前記セットのオリゴヌクレオチドは、遺伝子特異的プライマー又は遺伝子特異的プローブである。

上記によれば、前記キットは、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを含む。

上記によれば、前記遺伝子特異的プライマーは、上流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている。

上記によれば、前記遺伝子特異的プライマーは、下流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている。

上記によれば、前記キットは、ユニバーサルプライマーをさらに含む。

上記によれば、前記遺伝子特異的プライマーの少なくとも１つが、ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする。

上記によれば、前記第１のスプリットプローブ又は前記第２のスプリットプローブは、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～４０ｂｐの距離内を標的とする。

上記によれば、前記第１のスプリットプローブは、配列番号３２、３５、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される。

前記第２のスプリットプローブは、配列番号３３、３６、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される。

上記によれば、前記第３のスプリットプローブは、配列番号３２、３３、３５、３６、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される。

ある他の態様では、本開示は、１０～６０ｂｐの長さの前記スプリットプローブを含むキットを提供する。

上記によれば、前記キットは、ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする単一のプローブをさらに含む。

上記によれば、前記第１のスプリットプローブは、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２Ｅ２、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＭＩＭ１８、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０及びＺＰＲ１からなる群から選択されるパートナー遺伝子の配列に相補的である。

上記によれば、前記第２のスプリットプローブは、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２及びＴＭＰＲＳＳ２、からなる群から選択される標的遺伝子の配列に相補的である。

上記によれば、前記第１のスプリットプローブ及び前記第２のスプリットプローブは、ＡＲ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣＣＮＤ１、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ、ＥＲ、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２及びＶＥＧＦからなる群から選択される同一遺伝子の異なる配列をそれぞれ含む前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントに相補的である。

上記によれば、前記第３のスプリットプローブが、パートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列を有する前記第３のＤＮＡフラグメントに相補的である。

添付の図面に関する、好ましい実施形態についての以下の詳細な説明から、本開示は当業者にとって明らかとなろう。前記図面においては、

図１は、本発明の一実施形態に係るＭＥＴ遺伝子変異を検出する方法の概略図である。前記検出は、１ステップＰＣＲでの標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイに基づく。

図２は、本発明の一実施形態に係るＮＴＲＫ遺伝子変異を検出する方法の概略図である。前記検出は２ステップでのＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイに基づく。

図３は、本発明の一実施形態に係るＥＧＦＲ遺伝子変異を検出する方法の概略図である。前記検出は２ステップでのＰＣＲターゲット－プローブハイブリダイゼーションアッセイに基づく。

図４は、プレートのウェルに印刷されたプローブスポットのアレイを示す。上から１行目で左から１列目の数字は、参照座標として示される。１－１１７とラベルされた四角はスプリットプローブのスポットを表し、ＩＣ００１－ＩＣ００９とラベルされた四角はコントロールプローブのスポットを表し、Ｒ１４４とラベルされた四角はアンカープローブのスポットを表す。

図５は、本発明の一実施形態に係る、プレートのウェル中のプローブスポットのＥＴＶ６－ＮＴＲＫ３（エクソン５及びエクソン１４）融合陽性アレイを示す。

図６は、本発明の一実施形態に係る、プレートのウェル中のプローブスポットのＱＫＩ－ＮＴＲＫ２（エクソン６及びエクソン１６）融合陽性アレイを示す。

図７は、本発明の一実施形態に係る、プレートのウェル中のプローブスポットのＡＦＡＰ１－ＮＴＲＫ１（エクソン４及びエクソン１０）融合陽性アレイを示す。

図８は、本発明の一実施形態に係る、プレートのウェル中のプローブスポットの人工の新規ＰＰＬ－ＮＴＲＫ３（エクソン２２及びエクソン１４）融合陽性アレイを示す。

図９は、対照群（水、融合陰性試料）のウェル及び融合群（ＰＰＬ－ＮＴＲＫ３）のウェルにおけるプローブスポットの融合陰性アレイ及び融合陽性アレイを示す。

特に断りが無い限り、本開示で用いられる全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。

定義

本開示で用いられる場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈がそうでないことを指示していない限りは、複数の場合も含む。

用語「ＤＮＡフラグメント連結」とは、ＤＮＡフラグメントの切断及び再連結によるＤＮＡの再構成、転座、タンデム反復、逆位、挿入、欠失、又は他のキメラ変異を指す。ＤＮＡフラグメント連結は、通常は別々である２つ以上のＤＮＡフラグメントからハイブリッドＤＮＡフラグメントが生み出される場合に起こる。「ＤＮＡフラグメント連結」という用語は、選択的スプライシング経路をたどったｍＲＮＡからｃＤＮＡ産物が合成される場合をも指す。

用語「選択的スプライシング」とは、一次転写産物が２つ以上のアイソフォームのｍＲＮＡにスプライシングされ得る事象を指す。構成的スプライシング、エクソンスキッピング、イントロン保持、相互排他的なエクソン、代替的な５’又は３’スプライス部位などを含む種々のカテゴリーの選択的スプライシングが開示されている。

用語「標的ＤＮＡフラグメント」とは、任意の核酸分子、ポリヌクレオチド配列、又はゲノムＤＮＡ中の特定の遺伝子若しくは遺伝子座の一部を含む任意のフラグメントを指す。用語「パートナーＤＮＡフラグメント」とは、その３’又は５’配列が「標的ＤＮＡフラグメント」の５’又は３’配列に結合したフラグメントを指す。前記標的ＤＮＡフラグメント又は前記パートナーＤＮＡフラグメントは、インタクトな遺伝子、エクソン若しくはイントロン、調節配列、又は遺伝子間の任意の領域を含む。前記ハイブリッドＤＮＡフラグメントの５’末端側のＤＮＡフラグメントを「上流側ＤＮＡフラグメント」と呼び、前記ハイブリッドＤＮＡフラグメントの３’末端側のＤＮＡフラグメントを「下流側ＤＮＡフラグメント」と呼ぶ。

ハイブリッドＤＮＡフラグメントは、１つのＤＮＡフラグメントが他のＤＮＡフラグメントに連結される領域である「ＤＮＡフラグメント連結境界」を有する。例えば、パートナーＤＮＡフラグメントが標的ＤＮＡフラグメントに連結する領域、又はパートナーＤＮＡフラグメントが、他のＤＮＡフラグメント又は融合ジャンクションに連結される領域である。２つ以上の特定のＤＮＡフラグメント間の連結は、ＤＮＡフラグメント連結境界によってさらに多重化される。

時には、特定の遺伝子配列からなるパートナーＤＮＡフラグメントと標的ＤＮＡフラグメントとが異常な組み合わせで結合して遺伝子融合を生じることもある。用語「遺伝子融合」とは、ある染色体上の第一の遺伝子が、同じ染色体上又は異なる染色体上の第二の遺伝子と融合し、ハイブリッド遺伝子又は融合遺伝子が生じる現象を指す。この現象は一般に「遺伝子転座」又は「遺伝子再構成」とも呼ばれる。例えば、ＮＴＲＫ遺伝子が融合された複数の遺伝子のうちの一つである場合、このような遺伝子融合は「ＮＴＲＫ遺伝子融合」又は「ＮＴＲＫ融合」と呼ばれる。

融合遺伝子の５’末端の遺伝子は「５’遺伝子」と呼ばれ、融合遺伝子の３’末端の遺伝子は「３’遺伝子」と呼ばれる。融合遺伝子には、遺伝子が融合する部位である「融合ジャンクション」がある。融合ジャンクションは、５’遺伝子からの配列と３’遺伝子からの配列を包含する融合配列（融合ジャンクション配列とも呼ばれる）によって定義される融合領域に位置する。異なる融合遺伝子の組み合わせからは、異なる「融合型」がもたらされる。融合ジャンクションは融合遺伝子内のどこにも位置し得るので、２つの特定の遺伝子間の融合は融合ジャンクションによってさらに多様化する。例えば、第一の遺伝子の第一エクソンと第二の遺伝子の第二エクソンとの融合は一つの融合型であり、また、第一の遺伝子の第三エクソンと第二の遺伝子の第一エクソンとの融合は別の融合型である。

遺伝子融合は、ＤＮＡ又はそのＤＮＡのＲＮＡ転写物における融合ジャンクションを同定することによって検出してもよい。本開示においては、「融合型」とは、ＲＮＡ転写物中に存在する個別（unique）の融合を指す。換言すれば、２つの特定の遺伝子間の融合が同じイントロン領域内の異なる部位で起こる場合、同じ融合型と考えられる。例えば、遺伝子Ａのエクソン３と遺伝子Ｂのエクソン５との融合物は、遺伝子Ａのエクソン３と４の間のイントロンの小さな部分と、遺伝子Ｂのエクソン４と５の間のイントロンの大きな部分とを含むＤＮＡ融合領域を有しうる。あるいは、このような融合体は、遺伝子Ａのエクソン３と４の間のイントロンの大きな部分と、遺伝子Ｂのエクソン４と５の間のイントロンの小さな部分とを含むＤＮＡ融合領域を有しうる。これら２つの融合体は異なるＤＮＡ融合ジャンクションを有しはするが、２つの融合体から生み出されるＲＮＡ転写物が同じであるため、同じ「融合型」と考えられる。

用語「オリゴヌクレオチドのセット」とは、配列決定のための標的遺伝子領域を富化（enrich）するために使用することができる合成一本鎖オリゴヌクレオチドのセットを指す。本開示においては、用語「遺伝子特異的プライマー（ペア）」、「ＭＥＴ変異特異的プライマー（ペア）」、「ＮＴＲＫ融合特異的プライマー（ペア）」、又は「ＥＧＦＲｖＩＩＩ変異特異的プライマー（ペア）」は、ＤＮＡフラグメント連結境界又は融合ジャンクションを含む標的ＤＮＡを増幅するように設計されたＤＮＡプライマーを指す。本開示においては、用語「遺伝子特異的プローブ」とは、前記標的遺伝子配列に相補的な（ベイトとしての）合成されたオリゴヌクレオチドプローブを指す。

本開示においては、用語「ユニバーサルプライマー」とは、ユニバーサルプライマーのヌクレオチド配列を含む任意のＤＮＡを増幅するように設計されたＤＮＡプライマーを指す。前記ユニバーサルプライマーは、ユニバーサルフォワードプライマー及びユニバーサルリバースプライマーを含むペアで使用される。

特に断りが無い限り、用語「スプリットプローブ」とは、パートナーＤＮＡフラグメント及び標的ＤＮＡフラグメント及び／又は他のＤＮＡフラグメントに由来するＤＮＡフラグメント連結領域にハイブリダイズすることができる、２つ以上の合成一本鎖ＤＮＡオリゴヌクレオチドを指す。

本開示に記載される遺伝子の各々は、ＮＣＢＩ遺伝子データベース（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｅ／）に記載される「遺伝子名（又は記号）」に対応する。したがって、前記ＮＣＢＩ遺伝子データベースは、遺伝子の配列又は遺伝子名の同義語を特定するために使用される。

本開示において、ＤＮＡフラグメント連結イベントを検出する方法が提供される。該方法は：
（ａ）試料中にＤＮＡ、又は抽出されたＲＮＡから得たＤＮＡを得るステップ；
（ｂ）前記ＤＮＡをオリゴヌクレオチドのセットを用いて富化（enrich）し、増幅された標的核酸を得るステップ；
（ｃ）前記増幅された標的核酸にスプリットプローブでプローブ付けするステップ、ここで該スプリットプローブは、
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは他のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記増幅された標的核酸上におけるスプリットプローブの標的部位間のギャップは互いから０～８０ｂｐの距離内である；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは他のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における前記スプリットプローブの標的部位間のギャップは０～８０ｂｐの距離内である；
を含む；並びに
（ｄ）前記スプリットプローブと前記標的核酸との結合を反映するシグナルを検出するステップ；
を含む。

いくつかの実施形態においては、ＲＮＡは生物学的試料から調製される。生物学的試料は、動物及びヒト対象から得られた任意の試料であってよい。生物学的試料の例としては、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織切片、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血液、血漿、又はその他の細胞若しくは体液が挙げられる。いくつかの実施形態においては、生物学的試料はがん患者に由来する。いくつかの実施形態においては、生物学的試料は、癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、又は骨髄腫に由来する。いくつかの実施形態においては、生物学的試料は、脳がん、乳がん、結腸がん、内分泌腺がん、食道がん、女性生殖器がん、頭頸部がん、肝胆道系がん、腎臓がん、肺がん、間葉系細胞新生物、前立腺がん、皮膚がん、胃がん、膵外分泌腫瘍、及び泌尿器系がんの患者に由来する。

生物学的試料から全ＲＮＡを調製することは、当技術分野で既知の様々な方法によって実施できる。一つの典型的な手順としては、フェノール／クロロホルムなどの有機溶媒によるＲＮＡ抽出と遠心分離による沈殿がある。また、ＲＮＡ単離又は精製用の市販キットもある。ＲＮＡが得られたら、逆転写酵素を４種類のデオキシリボヌクレオシド三リン酸（ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰ、及びｄＧＴＰを含むｄＮＴＰ）と共に用いて、鋳型ＲＮＡからｃＤＮＡを産生させる、逆転写と呼ばれるステップを行う。逆転写は、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔｃＤＮＡｓｙｎｔｈｅｓｉｓｋｉｔ（ＣａｔＮｏ：１１７５４０５０，Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて行ってもよい。

いくつかの実施形態においては、本開示の方法は：
（ｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであり、及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること；
（ｉｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの５前記’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであること；又は
（ｉｉｉ）前記第３のスプリットプローブが前記第３のＤＮＡフラグメントに結合することに基づくシグナルを確認すること、及び独立したＰＣＲからの前記標的核酸の結果、を通じて、前記第３のＤＮＡフラグメントが前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントと連結しているか否か；
を決定するステップをさらに含む。

本開示においては、選択的スプライシングイベントを区別する方法も提供される。該方法は、
（ａ）スプリットプローブで標的核酸をプローブ付けするステップ、ここで、該スプリットプローブは、
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは他のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における前記スプリットプローブの標的部位間のギャップは互いから０～８０ｂｐの距離内である；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは他のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における前記スプリットプローブの標的部位間のギャップは互いから０～８０ｂｐの距離内である；
を有する；
（ｂ）前記スプリットプローブと前記標的核酸との結合を反映するシグナルを検出するステップ；
（ｃ）
（ｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであり、及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること；
（ｉｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの５前記’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであること；又は
（ｉｉｉ）前記第３のスプリットプローブが前記第３のＤＮＡフラグメントに結合することに基づくシグナルを確認することを通じて、前記第３のＤＮＡフラグメントが前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントと連結していること；
を決定するステップ；
及び
（ｄ）前記標的核酸の長さが構成的スプライシングの参照配列と同一であるか否か比較するステップ；
を含む。

いくつかの実施形態においては、前記セットのオリゴヌクレオチドは、遺伝子特異的プライマー又は遺伝子特異的プローブである。

いくつかの実施形態においては、前記増幅対象標的核酸は、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを用いてマルチプレックスＰＣＲによって増幅される。

いくつかの実施形態においては、先行する段落に記載の方法は、独立したＰＣＲ（例えば、サンガーＰＣＲ又はｑＰＣＲ）によって再確認するステップをさらに含む。

いくつかの実施形態においては、前記ＤＮＡを、ＤＮＡポリメラーゼと少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーとを用いて増幅し、プローブ検出用の増幅された標的核酸を得る。いくつかの実施形態においては、前記遺伝子特異的プライマーは、ＮＴＲＫ融合特異的プライマー、ＭＥＴ変異特異的プライマー、又はＥＧＦＲｖＩＩＩ変異特異的プライマーである。この増幅は、ＤＮＡポリメラーゼを含むマルチプレックスＰＣＲキット（ＣａｔＮｏ：２０６１４３，Ｑｉａｇｅｎ）を用いて行ってもよい。前記遺伝子特異的プライマーは、使用前に試薬として与えられてもよい。いくつかの実施形態においては、各標的核酸を増幅するために１つのＮＴＲＫ融合特異的プライマーを使用する。いくつかの実施形態においては、各標的核酸を増幅するために２ペア以上のＮＴＲＫ融合特異的プライマーをまとめてプールする。

いくつかの実施形態においては、前記ＮＴＲＫ融合特異的プライマー、ＭＥＴ変異特異的プライマー、及びＥＧＦＲｖＩＩＩ変異特異的プライマーからなる遺伝子特異的プライマーのうちの２つ以上のペアが、各標的核酸を増幅するためにまとめてプールされる。

ある他の実施形態においては、遺伝子特異的プライマーは部分的にプールされて、それぞれが少なくとも１ペアの遺伝子特異的プライマーを含む複数のプール試薬を形成する。したがって、プールされた試薬の数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上であってよい。いくつかの好ましい実施形態においては、１００ペアを超えるＮＴＲＫ融合特異的プライマーが、４つのマルチプレックス増幅反応において使用されるように、４つのプールされた試薬の形で提供される。このやり方でのＤＮＡ増幅は、全ての遺伝子特異的プライマーを用いて行われる単一のマルチプレックス増幅反応よりも有意に高い性能を示すことが実証されており、これはおそらく低下したプライマーの複雑度のためである。

いくつかの好ましい実施形態においては、前記ＤＮＡは、最初に２ペア以上のＮＴＲＫ融合特異的プライマーを用いて増幅され、その後、ユニバーサルプライマーを用いて増幅されて、増幅された標的核酸を得る。本開示の方法においてユニバーサルプライマーが利用される場合、遺伝子特異的プライマーの各ペアにおける遺伝子特異的フォワードプライマーは、ユニバーサルプライマーのペアにおけるユニバーサルフォワードプライマーのヌクレオチド配列をさらに包含し、遺伝子特異的プライマーの各ペアにおける遺伝子特異的リバースプライマーは、前記ユニバーサルプライマーのペアにおけるユニバーサルリバースプライマーのヌクレオチド配列をさらに包含する。ユニバーサルプライマーの使用は、どのＤＮＡフラグメントを検出対象とするか、又はどの遺伝子特異的プライマーを最初のラウンドの増幅に使用するかに関わりなく、可能な増幅産物の最終収量を増加させることができる。ユニバーサルプライマーを適用する追加の利点は、検出可能となるようにプライマーを修飾する場合、たったの２つの、あるいはさらに、たった１つのユニバーサルプライマーを修飾するだけでよいことである。これは例えば、検出可能な分子をユニバーサルプライマーに連結できるように、１つのユニバーサルプライマーとコネクター（ビオチンなど）の間を連結することが挙げられる。ユニバーサルプライマーを用いなければ、全ての遺伝子特異的プライマーを修飾しなければならず、このことはプライマー修飾ステップをより複雑でコストがかかるものとする。

いくつかの好ましい実施形態においては、前記の増幅された標的核酸は、核酸ハイブリダイゼーションを通じてスプリットプローブと増幅された標的核酸との間の結合を反映するプローブ結合産物を形成することができるように、スプリットプローブと混合される。

いくつかの実施形態においては、スプリットプローブは、パートナーＤＮＡフラグメント、標的ＤＮＡフラグメント、又は第３のＤＮＡフラグメントの特定の配列に指向して特異的に設計されているため、特定のプローブ結合産物からの第１のスプリットプローブ、第２のスプリットプローブ、又は第３のスプリットプローブのシグナルを検出することによって、正確なＤＮＡフラグメント連結イベントを決定することができる。

いくつかの実施形態においては、各々のスプリットプローブの長さは１０～６０ｂｐである。いくつかの実施形態においては、標的核酸の長さは２００ｂｐ以下である。

いくつかの好ましい実施形態においては、前記ＤＮＡは、上流側ＤＮＡフラグメントとしてのパートナーＤＮＡフラグメントから標的核酸を得るように設計された、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを用いて増幅される。

いくつかの好ましい実施形態においては、前記ＤＮＡは、下流側ＤＮＡフラグメントとしてのパートナーＤＮＡフラグメントから標的核酸を得るように設計された、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを用いて増幅される。

いくつかの実施形態においては、検出できるＤＮＡフラグメント連結としては、再構成、転座、タンデム反復、逆位、挿入、欠失、又は試料のその他のキメラ変異イベントが挙げられるが、これらに限定されない。

いくつかの実施形態においては、検出することができる遺伝子変異としては、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２及びＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される標的遺伝子と、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０及びＺＰＲ１からなる群から選択されるパートナー遺伝子との融合が挙げられるが、これらに限定されない。

いくつかの実施形態においては、パートナーＤＮＡフラグメントは、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０及びＺＰＲ１からなる群から選択されるパートナー遺伝子の配列を含む。

いくつかの実施形態においては、標的ＤＮＡフラグメントは、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２、及びＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される標的遺伝子の配列を含む。

いくつかの実施形態においては、第３のＤＮＡフラグメントは、パートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列を含む。

いくつかの実施形態においては、検出可能な遺伝子変異型としては、ＡＣＶＲ２Ａ－ＡＫＴ３、ＡＦＡＰ１－ＮＴＲＫ１、ＡＦＡＰ１－ＮＴＲＫ２、ＡＦＡＰ１－ＲＥＴ、ＡＧＡＰ３－ＢＲＡＦ、ＡＧＢＬ４－ＮＴＲＫ２、ＡＧＧＦ１－ＲＡＦ１、ＡＫＡＰ１３－ＮＴＲＫ３、ＡＫＡＰ１３－ＲＥＴ、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＡＫＴ３－Ｐ２ＲＸ５、ＡＫＴ３－ＰＴＰＲＲ、ＡＭＯＴＬ２－ＮＴＲＫ１、ＡＰＩＰ－ＦＧＦＲ２、ＡＲＧＬＵ１－ＮＴＲＫ１、ＡＲＨＧＥＦ１１－ＮＴＲＫ１、ＡＲＨＧＥＦ２－ＮＴＲＫ１、ＡＴＧ７－ＲＡＦ１、ＡＴＰ１Ｂ－ＮＴＲＫ１、ＡＸＬ－ＭＢＩＰ、ＢＡＧ４－ＦＧＦＲ１、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＢＲＡＦ、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＭＥＴ、ＢＣＡＮ－ＮＴＲＫ１、ＢＣＬ６－ＲＡＦ１、ＢＣＲ－ＡＢＬ、ＢＣＲ－ＦＧＦＲ１、ＢＣＲ－ＪＡＫ２、ＢＣＲ－ＮＴＲＫ２、ＢＣＲ－ＲＥＴ、ＢＲＤ３－ＮＵＴＭ１、ＢＲＤ４－ＮＵＴＭ１、ＢＴＢＤ１－ＮＴＲＫ３、ＣＡＰＺＡ２－ＭＥＴ、ＣＢＲ４－ＥＲＢＢ４、ＣＣＤＣ６－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６－ＲＯＳ１、ＣＤ７４－ＮＲＧ１、ＣＤ７４－ＮＲＧ２、ＣＤ７４－ＮＴＲＫ１、ＣＤ７４－ＲＯＳ１、ＣＤＫ１２－ＥＲＢＢ２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２－ＢＲＡＦ、ＣＥＬ－ＮＴＲＫ１、ＣＥＰ１７０－ＡＫＴ３、ＣＨＴＯＰ－ＮＴＲＫ１、ＣＬＣＮ６－ＲＡＦ１、ＣＬＩＰ１－ＡＬＫ、ＣＬＩＰ１－ＲＯＳ１、ＣＬＩＰ２－ＢＲＡＦ、ＣＬＩＰ２－ＭＥＴ、ＣＬＴＣ－ＡＬＫ、ＣＬＴＣ－ＲＯＳ１、ＣＮＴＲＬ－ＫＩＴ、ＣＯＬ２５Ａ１－ＡＬＫ、ＣＯＬ２５Ａ１－ＦＧＦＲ２、ＣＯＸ５Ａ－ＮＴＲＫ３、ＣＰＤ－ＥＲＢＢ２、ＣＴＲＣ－ＮＴＲＫ１、ＣＵＸ１－ＢＲＡＦ、ＣＵＸ１－ＦＧＦＲ１、ＣＵＸ１－ＲＥＴ、ＤＣＴＮ１－ＡＬＫ、ＤＣＴＮ１－ＭＥＴ、ＤＬＧ１－ＮＴＲＫ３、ＤＮＡＪＣ８－ＥＲＢＢ２、ＥＩＦ３Ｅ－ＲＳＰＯ２、ＥＭＬ１－ＮＴＲＫ２、ＥＭＬ４－ＡＬＫ、ＥＭＬ４－ＢＲＡＦ、ＥＭＬ４－ＮＴＲＫ３、ＥＭＬ４－ＲＥＴ、ＥＰＨＢ２－ＮＴＲＫ１、ＥＰＳ１５－ＢＲＡＦ、ＥＰＳ１５－ＭＥＴ、ＥＰＳ１５－ＮＴＲＫ１、ＥＲＢＢ２－ＣＤＫ１２、ＥＲＢＢ２－ＣＦＢ、ＥＲＢＢ２－ＣＮＩＨ４、ＥＲＢＢ２－ＣＴＴＮ、ＥＲＢＢ２－ＤＮＡＪＣ７、ＥＲＢＢ２－ＥＮＯ１、ＥＲＢＢ２－ＦＣＧＲＴ、ＥＲＢＢ２－ＦＫＢＰ１０、ＥＲＢＢ２－ＧＲＢ７、ＥＲＢＢ２－ＧＳＥ１、ＥＲＢＢ２－ＩＫＺＦ３、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴ２０、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴ３９、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴＡＰ１－４、ＥＲＢＢ２－ＬＭＮＴＤ１、ＥＲＢＢ２－ＬＴＢＰ４、ＥＲＢＢ２－ＭＡＤ２Ｌ２、ＥＲＢＢ２－ＭＥＤ１、ＥＲＢＢ２－ＰＡＲＮ、ＥＲＢＢ２－ＰＧＡＰ３、ＥＲＢＢ２－ＰＯＬＤ４、ＥＲＢＢ２－ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＥＲＢＢ２－ＰＲＤＸ４、ＥＲＢＢ２－ＰＳＭＢ３、ＥＲＢＢ２－ＳＨＫＢＰ１、ＥＲＢＢ２－ＳＬＣ３９Ａ１１、ＥＲＢＢ２－ＳＰＴＢＮ２、ＥＲＢＢ２－ＳＲＣＩＮ１、ＥＲＢＢ２－ＴＡＤＡ２Ａ、ＥＲＢＢ２－ＴＡＴＤＮ１、ＥＲＢＢ２－ＸＢＰ１、ＥＲＢＢ２－ＺＡＮ、ＥＲＢＢ４－ＡＫＡＰ６、ＥＲＢＢ４－ＦＵＳ、ＥＲＢＢ４－ＩＫＺＦ２、ＥＲＢＢ４－ＳＴＫ１１ＩＰ、ＥＲＣ１－ＢＲＡＦ、ＥＲＣ１－ＲＥＴ、ＥＲＣ１－ＲＯＳ１、ＥＳＲＰ１－ＲＡＦ１、ＥＳＲ１－ＣＣＤＣ１７０、ＥＴＶ６－ＦＧＦＲ３、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ２、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ３、ＥＴＶ６－ＰＤＧＦＲＢ、ＥＴＶ６－ＰＲＤＭ１６、ＥＺＲ－ＥＲＢＢ４、ＥＺＲ－ＲＯＳ１、ＦＡＭ１３１Ｂ－ＢＲＡＦ、ＦＡＴ１－ＮＴＲＫ３、ＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ３、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３、ＦＩＰ１Ｌ１－ＰＤＧＦＲＡ、ＦＮ１－ＡＬＫ、ＦＮ１－ＥＲＢＢ４、ＦＮ１－ＦＧＦＲ１、ＦＮＤＣ３Ｂ－ＰＩＫ３ＣＡ、ＦＲＹ－ＮＴＲＫ３、ＧＫＡＰ１－ＮＴＲＫ２、ＧＯＬＧＡ４－ＲＡＦ１、ＧＯＮ４Ｌ－ＮＴＲＫ１、ＧＯＰＣ－ＲＯＳ１、ＧＲＨＬ２－ＲＳＰＯ２、ＧＲＩＰＡＰ－ＮＴＲＫ１、ＧＴＦ２ＩＲＤ１－ＡＬＫ、ＨＡＣＬ１－ＲＡＦ１、ＨＩＰ１－ＡＬＫ、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１－ＮＴＲＫ３、ＩＫＺＦ２－ＥＲＢＢ４、ＩＱＳＥＣ１－ＲＡＦ１、ＩＲＦ２ＢＰ２－ＮＴＲＫ１、ＫＡＮＫ１－ＮＴＲＫ２、ＫＣＴＤ１６－ＮＴＲＫ２、ＫＣＴＤ８－ＮＴＲＫ２、ＫＨＤＲＢＳ１－ＮＴＲＫ３、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＫＩＦ５Ｂ－ＡＬＫ、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ、ＫＩＦ５Ｂ－ＥＲＢＢ４、ＫＩＴ－ＡＮＫＲＤ１１、ＫＩＴ－ＰＤＧＦＲＡ、ＫＩＴ－ＳＬＣ４Ａ４、ＫＭＴ２Ａ－ＡＦＦ１、ＫＭＴ２Ａ－ＣＲＥＢＢＰ、ＫＭＴ２Ａ－ＤＡＢ２ＩＰ、ＫＭＴ２Ａ－ＥＬＬ、ＫＭＴ２Ａ－ＥＰＳ１５、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１０、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１１、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ３、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ４、ＫＭＴ２Ａ－ＳＥＰ６、ＫＭＴ２Ａ－ＳＥＰ９、ＫＴＮ１－ＡＬＫ、ＫＴＮ１－ＲＥＴ、ＬＩＰＩ－ＮＴＲＫ１、ＬＭＮＡ－ＡＬＫ、ＬＭＮＡ－ＮＴＲＫ１、ＬＭＮＡ－ＲＡＦ１、ＬＲＲＣ７１－ＮＴＲＫ１、ＬＲＲＦＩＰ１－ＦＧＦＲ１、ＬＲＲＦＩＰ１－ＭＥＴ、ＬＹＮ－ＮＴＲＫ３、ＭＡＧＩ３－ＡＫＴ３、ＭＢＮＬ１－ＲＡＦ１、ＭＥＦ２Ｄ－ＮＴＲＫ１、ＭＥＴ－ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１－ＮＴＲＫ１、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＭＰＲＩＰ－ＡＬＫ、ＭＰＲＩＰ－ＮＴＲＫ１、ＭＰＲＩＰ－ＲＡＦ１、ＭＰＲＩＰ－ＲＥＴ、ＭＲＰＬ２４－ＮＴＲＫ１、ＭＳＮ－ＡＬＫ、ＭＳＮ－ＲＯＳ１、ＭＴＳＳ１－ＥＲＢＢ２、ＭＵＣ２－ＮＴＲＫ２、ＭＹＨ９－ＡＬＫ、ＭＹＯ５Ａ－ＮＴＲＫ３、ＭＹＯ５Ａ－ＲＯＳ１、ＮＡＣＣ２－ＮＴＲＫ２、ＮＡＶ１－ＮＴＲＫ２、ＮＢＰＦ２０－ＮＴＲＫ２、ＮＣＯＡ４－ＲＥＴ、ＮＦＡＳＣ－ＮＴＲＫ１、ＮＯＳ１ＡＰ－ＮＴＲＫ１、ＮＯＳ１ＡＰ－ＮＴＲＫ２、ＮＲＧ２－ＣＹＳＴＭ１、ＮＲＧ２－ＵＢＥ２Ｄ２、ＮＲＩＰ１－ＲＳＰＯ２、Ｐ２ＲＹ８－ＮＴＲＫ１、ＰＡＩＰ１－ＮＴＲＫ２、ＰＡＮ３－ＮＴＲＫ２、ＰＡＰＤ７－ＲＡＦ１、ＰＤＥ４ＤＩＰ－ＮＴＲＫ１、ＰＥＡＲ１－ＮＴＲＫ１、ＰＨＦ２０－ＮＴＲＫ１、ＰＩＣＡＬＭ－ＢＲＡＦ、ＰＩＣＡＬＭ－ＲＥＴ、ＰＬＥＫＨＡ６－ＮＴＲＫ１、ＰＭＬ－ＲＡＲＡ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＡＬＫ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＭＥＴ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＲＯＳ１、ＰＰＬ－ＮＴＲＫ１、ＰＲＤＸ１－ＮＴＲＫ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ－ＡＬＫ、ＰＲＫＡＲ１Ａ－ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ－ＡＬＫ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ－ＢＲＡＦ、ＰＲＫＡＲ２Ａ－ＮＴＲＫ２、ＰＲＰＳＡＰ１－ＮＴＲＫ３、ＰＴＰＲＺ１－ＭＥＴ、ＱＫＩ－ＮＴＲＫ２、ＱＫＩ－ＲＡＦ１、ＲＡＣ１－ＡＫＴ３、ＲＡＦ１－ＡＣＴＲ２、ＲＡＦ１－ＡＧＧＦ１、ＲＡＦ１－ＤＡＺＬ、ＲＡＦ１－ＥＳＲＰ１、ＲＡＦ１－ＰＨＣ３、ＲＡＦ１－ＴＭＥＭ４０、ＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１、ＲＡＦ１－ＺＰＲ１、ＲＡＬＧＰＳ２－ＮＴＲＫ３、ＲＡＮＢＰ２－ＡＬＫ、ＲＡＮＢＰ２－ＦＧＦＲ１、ＲＢＰＭＳ－ＮＴＲＫ３、ＲＦＷＤ２－ＮＴＲＫ１、ＲＮＦ２１３－ＡＬＫ、ＲＮＦ２１３－ＮＴＲＫ１、ＲＲＢＰ１－ＡＬＫ、ＲＲＢＰ１－ＲＥＴ、ＳＡＴＢ１－ＡＬＫ、ＳＡＴＢ１－ＲＥＴ、ＳＣＡＦ１１－ＰＤＧＦＲＡ、ＳＣＰ２－ＮＴＲＫ１、ＳＣＹＬ３－ＮＴＲＫ１、ＳＤＣ４－ＮＲＧ１、ＳＤＣ４－ＲＯＳ１、ＳＥＣ３１Ａ－ＡＬＫ、ＳＨＣ１－ＥＲＢＢ２、ＳＩＬ１－ＮＲＧ２、ＳＬＣ３４Ａ２－ＭＥＴ、ＳＬＣ３４Ａ２－ＲＯＳ１、ＳＬＣ４５Ａ３－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＥＲＧ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＦＧＦＲ２、ＳＬＭＡＰ－ＮＴＲＫ２、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＳＰＥＣＣ１Ｌ－ＮＴＲＫ２、ＳＰＥＣＣ１Ｌ－ＮＴＲＫ３、ＳＰＴＢＮ１－ＡＬＫ、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ、ＳＱＳＴＭ１－ＦＧＦＲ１、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ１、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ２、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ３、ＳＲＧＡＰ３－ＲＡＦ１、ＳＲＧＡＰ３－ＳＲＧＡＰ３－ＲＡＦ１、ＳＳＢＰ２－ＮＴＲＫ１、ＳＴＲＮ－ＡＬＫ、ＳＴＲＮ－ＮＴＲＫ２、ＳＴＲＮ－ＮＴＲＫ３、ＳＴＲＮ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ１、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ２、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ３、ＴＢＣ１Ｄ２－ＮＴＲＫ２、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＮＲＧ１、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＲＥＴ、ＴＦＧ－ＡＬＫ、ＴＦＧ－ＭＥＴ、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ１、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ３、ＴＦＧ－ＲＥＴ、ＴＦＧ－ＲＯＳ１、ＴＩＭＰ３－ＡＬＫ、ＴＩＭＰ３－ＮＴＲＫ１、ＴＫＴ－ＥＲＢＢ２、ＴＬＥ４－ＮＴＲＫ２、ＴＭＥＭ１０６Ｂ－ＢＲＡＦ、ＴＭＥＭ１０６Ｂ－ＲＯＳ１、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ４、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ５、ＴＮＳ３－ＮＴＲＫ２、ＴＰ５３－ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３－ＡＬＫ、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３－ＲＯＳ１、ＴＰＭ４－ＡＬＫ、ＴＰＭ４－ＮＴＲＫ３、ＴＰＲ－ＡＬＫ、ＴＰＲ－ＢＲＡＦ、ＴＰＲ－ＦＧＦＲ１、ＴＰＲ－ＭＥＴ、ＴＰＲ－ＮＴＲＫ１、ＴＲＡＦ２－ＮＴＲＫ２、ＴＲＡＫ１－ＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２４－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ２４－ＦＧＦＲ１、ＴＲＩＭ２４－ＮＴＲＫ２、ＴＲＩＭ２４－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ３３－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ３３－ＮＴＲＫ１、ＴＲＩＭ４－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ４－ＭＥＴ、ＴＲＩＭ６３－ＮＴＲＫ１、ＵＢＥ２Ｒ２－ＮＴＲＫ３、ＵＦＤ１－ＮＴＲＫ２、ＵＳＰ１３－ＰＩＫ３ＣＡ、ＶＡＮＧＬ２－ＮＴＲＫ１、ＶＣＡＮ－ＮＴＲＫ２、ＶＣＬ－ＡＬＫ、ＶＣＬ－ＮＴＲＫ２、ＶＩＭ－ＮＴＲＫ３、ＶＰＳ１８－ＮＴＲＫ３、ＷＨＳＣ１Ｌ１－ＦＧＦＲ１、ＷＨＳＣ１Ｌ１－ＮＵＴＭ１、ＷＩＰＦ２－ＥＲＢＢ２、ＷＮＫ２－ＮＴＲＫ２、ＺＢＴＢ７Ｂ－ＮＴＲＫ１又はＺＮＦ７１０－ＮＴＲＫ３が挙げられるが、これらに限定されない。

１つの好ましい実施形態においては、検出可能なＮＴＲＫ遺伝子融合型としては、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ１、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ３、ＱＫＩ－ＮＴＲＫ２、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ２、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ３、及びＮＡＣＣ２－ＮＴＲＫ２が挙げられる。他の好ましい実施形態においては、検出可能なＮＴＲＫ遺伝子融合型としては、ＰＤＥ４ＤＩＰ－ＮＴＲＫ１、ＴＲＩＭ６３－ＮＴＲＫ１、ＧＯＮ４Ｌ－ＮＴＲＫ１、及びＣＴＲＣ－ＮＴＲＫ１が挙げられる。

１つの好ましい実施形態においては、検出可能なＤＮＡフラグメント連結イベントとしては、ＮＴＲＫ遺伝子を含む標的ＤＮＡフラグメントが、下流側ＤＮＡフラグメントであり、先行する段落に記載のパートナー遺伝子を含むパートナーＤＮＡフラグメントが、上流側ＤＮＡフラグメントであることが挙げられる。

１つの好ましい実施形態においては、検出可能なＤＮＡフラグメント連結イベントとしては、ＥＧＦＲ遺伝子を含む標的ＤＮＡフラグメントが、上流側ＤＮＡフラグメントであり、先行する段落に記載のパートナー遺伝子を含むパートナーＤＮＡフラグメントが、下流側ＤＮＡフラグメントであることが挙げられる。

いくつかの実施形態においては、検出可能な選択的スプライシングイベントの遺伝子変異としては、ＡＲ（例えば、ＡＲＶ７）、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２－Ｌｉｋｅ１１（ＢＩＭ又はＢＣＬ２Ｌ１１）、ＢＣＯＲ、ＢＣＲ－ＡＢＬ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２（ＣＡＳＰ－２）、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣｙｃｌｉｎＤ１（ＣＣＮＤ１）、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１（Ｅ－カドヘリン）、ＥＧＦＲ（例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩ）、ＥＲ（例えば、ＥＳＲ１又はＥＳＲ２）、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ（Ｈ－ＲＡＳ）、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ（例えば、ＲＰＳ６ＫＢ１又はＲＰＳ６ＫＢ２）、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２、又はＶＥＧＦが挙げられるが、これらに限定されない。

いくつかの実施形態においては、第１のスプリットプローブは、先行する段落に記載のパートナー遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を有するパートナーＤＮＡフラグメントに相補的である。ある他の実施形態においては、第２のスプリットプローブは、先行する段落に記載の標的遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を有する標的ＤＮＡフラグメントに相補的である。ある他の実施形態においては、第３のスプリットプローブは、先行する段落に記載のパートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を有する第３のＤＮＡフラグメントに相補的である。

表１は、特定のＤＮＡフラグメント連結を検出するために具体的に設計されたスプリットプローブを列挙する。これらのプローブの各々は、ＤＮＡフラグメントの標的領域（例えば、標的遺伝子又はパートナー遺伝子）に特異的である様に設計されており、種々のＤＮＡフラグメント型にユニバーサルに用いることができる。このことは、プローブの修飾プロセスを容易にすることを可能とし、ＤＮＡフラグメント連結イベントの正確な決定を可能とする。

いくつかの実施形態においては、ＮＴＲＫ遺伝子融合の検出のために、５’－ＧＧＧＡＧＡＡＴＡＧＣＡＧＧＴＣＣＣＧＴ－３’（配列番号３１）又は５’－ＴＧＧＴＧＴＡＴＴＡＧＧＣＣＣＡＧＣＣＴ－３’（配列番号３４）の配列のいずれかを有する単一のプローブを使用して、配列番号３２、３３、３５、３６の配列のいずれかを有するスプリットプローブと、その検出感度及び特異性を比較する（表２、図５、及び図６を参照のこと）。

いくつかの実施形態においては、１つの増幅対象標的核酸が増幅されプローブ付けされた後に、１つのＤＮＡフラグメント連結イベントが検出される。ある他の実施形態においては、異なる配列を有する２つ以上の標的核酸が、１つの反応で増幅された後（マルチプレックス増幅反応と呼ばれる）、及び／又は１つの反応でプローブ付けされた後（マルチプレックスハイブリダイゼーション反応と呼ばれる）に、複数のＮＴＲＫ融合型を同時に検出することができる。いくつかの実施形態においては、スプリットプローブの少なくとも２セットが、配列番号３２、３３、３５、３６、及びそれらのいずれかの相補配列からなる群から選択される。前記プローブは、プールされた単一の試薬として提供されてもよいし、別々の試薬として提供されてもよい。

典型的には、プローブと増幅産物とは、プローブのハイブリダイゼーションを促進するために、特定の温度で混合される。プローブのハイブリダイゼーションに最適な温度混合条件は、プローブの配列によって変動する。したがって、少なくとも２つのプローブが適用されるマルチプレックス反応については、全てのプローブのために好適なハイブリダイゼーション条件を選択することは困難である。しかし、表２に示したプローブを用いることにより、一定の温度で一定の速度で撹拌しながらマルチプレックス反応を行い得る。なぜなら、これらのプローブは類似のハイブリダイゼーション条件でそれぞれの標的にハイブリダイズ可能なように設計されているためである。いくつかの実施形態においては、ハイブリダイゼーションのための温度は、３５～５０℃、４０～５０℃、４０～４５℃、又は４５～５０℃である。いくつかの実施形態においては、ハイブリダイゼーションは、サーモミキサーを７００～１０００ｒｐｍ、７５０～１０００ｒｐｍ、８００～１０００ｒｐｍ、９００～１０００ｒｐｍ、７００～７５０ｒｐｍ、７００～８００ｒｐｍ、７５０～８００ｒｐｍ、又は８００～９００ｒｐｍの回転速度で使用して行われる。

プローブ結合産物の検出は、該産物中の遺伝子特異的プライマー、ユニバーサルプライマー、又はスプリットプローブを検出することによってなすことができる。したがって、プライマー又はプローブは普通、検出可能となるように修飾されている。それらは、検出可能な分子に直接又は間接的に連結させられることによって、蛍光活性若しくは化学発光活性を有するように又は発色性若しくは比色性となるように修飾されてもよい。いくつかの実施形態においては、前記プライマーペアにおける一方又は両方のプライマーは、ビオチン、又はストレプトアビジンにコンジュゲートされた検出可能な分子にシグナルと共に結合することが可能なその他の化合物と連結される。前記の検出可能なシグナルは、色素、化学発光色素、フィコエリトリン（ＰＥ）又はシアニンなどの蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、ピレン、又はアルカリホスファターゼ（ＡＰ）若しくは西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）などの発色反応用の酵素であってもよい。発色反応に使用される前記酵素は、発色基質の存在下で着色化合物の産生を触媒する。いくつかの実施形態においては、特定のＮＴＲＫ融合型を検出するスプリットプローブは、複数のＮＴＲＫ融合型を同時に検出できかつ互いを区別できるように、自らの個別（unique）識別子へとそれぞれ別個に連結される。前記個別（unique）識別子は、個別（unique）の配列を有するオリゴヌクレオチド、マイクロビーズ、又は表面に個別（unique）のバーコードを含むナノ粒子であってもよい。前記バーコードは、明視野イメージングシステムを備えた光学スキャナーによって読み取ることができる幾何学的パターンであってもよい。いくつかの実施形態においては、前記マイクロビーズ又はナノ粒子は磁性粒子である。いくつかの実施形態においては、前記マイクロビーズ又はナノ粒子は合成ポリマー製である。

個別（unique）識別子は、プローブと直接連結していてもよいし、リンカーを介して連結していてもよい。いくつかの実施形態においては、個別（unique）識別子は直接の化学結合によってプローブに連結され、その間に共有結合が形成される。いくつかの実施形態においては、個別（unique）識別子は、ポリマーリンカーを介してプローブに連結される。いくつかのの実施形態においては、個別（unique）識別子は、相補的ヌクレオチド配列間のハイブリダイゼーションによってプローブに連結される。

本開示の方法は、マイクロアレイプレート、遺伝子チップ、マイクロビーズ、ナノ粒子、膜、又はマイクロ流体デバイス等の、マルチプレックス反応を実行することができるいくつかの技術プラットフォームに基づいて行うことができる。いくつかの実施形態においては、プローブ（複数形）は、マイクロアレイプレート、遺伝子チップ、又は膜上に異なる位置で固定化され、これは例えば、１種類のプローブの複数のコピーを各々含むスポット（複数形）のアレイとして固定化される。ある他の実施形態においては、プローブはマイクロビーズ（例えばマイクロ磁気ビーズ）と結びついている。さらに他の実施形態においては、プローブはマイクロ流体デバイスの基質プレート上にコーティングされ、異なるプローブは該基質プレートの異なる領域に配置される。

プローブがＤＮＡマイクロアレイプレートに固定化されている場合、前記マイクロアレイプレートは、あるコントロールプローブの複数のコピーを各々含むコントロールスポットのセットをさらに含むことができる。前記コントロールプローブは、β－アクチン、グリセルアルデヒド３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）、β２－ミクログロブリン等のハウスキーピング遺伝子のＤＮＡと結合する。したがって、前記コントロールスポットは、アッセイ性能を検証するための内部標準として使用することができる。さらに、前記マイクロアレイプレートは、アンカープローブの複数のコピーを各々含むアンカースポットのセットをさらに含んでもよい。アンカープローブは、増幅産物に関係なく検出されるように設計されている。したがって、アンカースポットは、マイクロアレイプレート上の近くのスポットのための位置インジケーターとして使用することができる。

本開示では、対象を治療する方法も提供される。前記方法は、
（ａ）先行する段落に記載の方法によって対象からの試料におけるＤＮＡフラグメント連結イベントを検出すること、及び／又は先行する段落に記載の方法によって対象からの試料における選択的スプライシングイベントを区別すること、を含む、前記対象ががん又は遺伝子型のリスクにあるかどうかを決定するステップ；並びに
（ｂ）以下を投与／実行（administer）するステップ
（ｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントを標的とするｓｉＲＮＡ；
（ｉｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントによりコードされる融合タンパク質の阻害剤；
（ｉｉｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントによりコードされる融合タンパク質を阻害する薬剤；
（ｉｖ）治療有効量の、サイトカイン、アポトーシス誘導剤、抗血管新生剤、化学療法剤、放射線治療剤、及び抗がん免疫毒素からなる群より選択される抗がん剤；又は
（ｖ）前記対象の細胞内で、標的化ゲノム編集処理を与えること、
を含む。

いくつかの実施形態においては、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントは、先行する段落に記載されるパートナー遺伝子の配列と共に現れる。いくつかの実施形態においては、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントは、先行する段落に記載される標的遺伝子の配列と共に現れる。

いくつかの実施形態においては、前記選択的スプライシングイベントは、構成的スプライシング、エクソンスキッピング、イントロン保持、相互排他的なエクソン、及び代替的な５’又は３’スプライス部位からなる群から選択される。

いくつかの実施形態においては、がんは、癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、又は骨髄腫からなる群から選択される。

いくつかの実施形態においては、がんは、脳がん、乳がん、結腸がん、内分泌腺がん、食道がん、女性生殖器がん、頭頸部がん、肝胆道系がん、腎臓がん、肺がん、間葉系細胞新生物、前立腺がん、皮膚がん、胃がん、膵外分泌腫瘍、及び泌尿器系がんからなる群より選択される。

いくつかの実施形態においては、ＮＴＲＫ遺伝子融合（ＤＮＡフラグメント連結）ががん患者（対象）からの試料において検出された場合、患者はＴＲＫ阻害剤、特にラロトレクチニブ、エントレクチニブ、ＬＯＸＯ－１９５又はＴＰＸ－０００５などのＮＴＲＫ阻害剤、に応答すると予想される。

いくつかの実施形態においては、先行する段落に開示の方法は、ＲＮＡスプライシング関連疾患又はがん疾患の経過又は治療の前向き分析において使用することができる（例えば、Ｓｃｏｔｔｉ，Ｍ．、Ｓｗａｎｓｏｎ，「Ｍ．ＲＮＡｍｉｓ－ｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｄｉｓｅａｓｅ」ＮａｔＲｅｖＧｅｎｅｔ１７，１９－３２（２０１６）；Ｋｉｍ，Ｈ．Ｋ．、Ｐｈａｍ，Ｍ．Ｈ．Ｃ．、Ｋｏ，Ｋ．Ｓ．ｅｔａｌ．「Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｓｏｆｏｒｍｓｉｎｈｅａｌｔｈａｎｄｄｉｓｅａｓｅ」ＰｆｌｕｇｅｒｓＡｒｃｈ－ＥｕｒＪＰｈｙｓｉｏｌ４７０，９９５－１０１６（２０１８）；Ｗａｎｇ，Ｅ．＆Ａｉｆａｎｔｉｓ、Ｉ．「ＲＮＡＳｐｌｉｃｉｎｇａｎｄＣａｎｃｅｒ」ＴｒｅｎｄｓｉｎＣａｎｃｅｒ６，６３１－６４４（２０２０）を参照のこと。これらの文献の内容は参照により本開示に取り込まれる。）。

本開示では、ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は選択的スプライシングイベントを有する試料を検出するためのキットも提供される。該キットは：
（ａ）オリゴヌクレオチドのセット；
（ｂ）以下を有するスプリットプローブ
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／又は他のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、増幅対象標的核酸上における前記スプリットプローブの標的部位間のギャップは互いから０～８０ｂｐの距離内である；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／又は第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、標的核酸上における前記スプリットプローブの標的部位間のギャップは互いから０～８０ｂｐの距離内である；
並びに
（ｃ）スプリットプローブのハイブリダイゼーションシグナルを検出するためのプローブハイブリダイゼーションアッセイ、ここで、該プローブハイブリダイゼーションアッセイは、色素、化学発光色素、蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、酵素、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、及びピレンを含む、
を含む。

いくつかの実施形態においては、前記キットは、遺伝子特異的プライマー又は遺伝子特異的プローブであるオリゴヌクレオチドの前記セットを含む。いくつかの実施形態においては、前記キットは、先行する段落に記載される遺伝子特異的プライマーの少なくとも２つのペアを含む。いくつかの実施形態においては、前記遺伝子特異的プライマーは、上流側ＤＮＡフラグメントとしてのパートナーＤＮＡフラグメントから標的核酸を得るように設計されている。いくつかの実施形態においては、前記遺伝子特異的プライマーは、下流側ＤＮＡフラグメントとしてのパートナーＤＮＡフラグメントから標的核酸を得るように設計されている。

いくつかの実施形態においては、前記キットは、先行する段落に記載されるユニバーサルプライマーをさらに含む。

いくつかの実施形態においては、遺伝子特異的プライマーのうちの少なくとも１つは、ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする。

いくつかの実施形態においては、遺伝子特異的プライマーは、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～８０ｂｐの距離内を標的とする。

いくつかの実施形態においては、第１のスプリットプローブ及び第２のスプリットプローブは、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～４０ｂｐの距離内を標的とする。

いくつかの実施形態においては、第１のスプリットプローブは、先行する段落に記載のパートナー遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を有するパートナーＤＮＡフラグメントに相補的である。ある他の実施形態においては、第２のスプリットプローブは、先行する段落に記載の標的遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を有する標的ＤＮＡフラグメントに相補的である。ある他の実施形態においては、第３のスプリットプローブは、先行する段落に記載のパートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列及びそれらのいずれかの相補配列を有する第３のＤＮＡフラグメントに相補的である。

いくつかの実施形態においては、第１のスプリットプローブは、先行する段落に記載のパートナー遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を含むパートナーＤＮＡフラグメントに相補的である。いくつかの実施形態においては、第２のスプリットプローブは、先行する段落に記載の標的遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を含む標的ＤＮＡフラグメントに相補的である。いくつかの実施形態においては、第３のスプリットプローブは、先行する段落に記載のパートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列及びそのいずれかの相補配列を含む第３のＤＮＡフラグメントに相補的である。

いくつかの実施形態においては、前記スプリットプローブは、配列番号３２、３３、３５、３６及びそれらのいずれかの相補配列からなる群から選択される。

いくつかの実施形態においては、前記プライマーペアにおける一方又は両方のプライマーは、ビオチン、又はストレプトアビジンにコンジュゲートされた検出可能な分子にシグナルと共に結合可能なその他の化合物、に連結している。

いくつかの実施形態においては、スプリットプローブの長さは１０～６０ｂｐである。

いくつかの実施形態においては、増幅された標的核酸の長さは２００ｂｐ以下である。

いくつかの実施形態においては、プローブハイブリダイゼーションアッセイは、色素、化学発光色素、フィコエリトリン（ＰＥ）又はシアニンなどの蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、ピレン、又はアルカリホスファターゼ（ＡＰ）若しくは西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）などの発色反応を検出する酵素等の種々の検出可能なシグナルにおいて用いるために設計されている。

いくつかの実施形態においては、特定のＮＴＲＫ融合型を検出するためのスプリットプローブは、自らの個別（unique）識別子に連結して設計される。前記個別（unique）識別子は、個別（unique）の配列を有するオリゴヌクレオチド、マイクロビーズ、又は表面に個別（unique）のバーコードを含むナノ粒子であってもよい。前記バーコードは、明視野イメージングシステムを備えた光学スキャナーによって読み取ることができる幾何学的パターンであってもよい。いくつかの実施形態においては、前記マイクロビーズ又はナノ粒子は磁性粒子である。いくつかの実施形態においては、前記マイクロビーズ又はナノ粒子は合成ポリマー製である。

いくつかの好ましい実施形態においては、前記キットはユニバーサルプライマーを含む。前記ＮＴＲＫ融合特異的プライマーのペアをユニバーサルプライマーと組み合わせて使用する場合、前記ＮＴＲＫ融合特異的プライマーの各ペアにおける前記ＮＴＲＫ融合特異的フォワードプライマーは、前記ユニバーサルプライマーのペアにおけるユニバーサルフォワードプライマーのヌクレオチド配列をさらに包含し、前記ＮＴＲＫ融合特異的プライマーの各ペアにおけるＮＴＲＫ融合特異的リバースプライマーは、前記ユニバーサルプライマーのペアにおけるユニバーサルリバースプライマーのヌクレオチド配列をさらに包含する。

いくつかの実施形態においては、前記キットは、試料から単離されたＲＮＡを逆転写するための逆転写酵素をさらに含み、前記逆転写によって生成したｃＤＮＡを増幅するためのＤＮＡポリメラーゼも含む。

いくつかの実施形態においては、前記キットは内部標準をさらに含む。内部標準は、ＮＴＲＫ遺伝子融合が存在する陽性標準試料であってもよいし、ＮＴＲＫ遺伝子融合を有しない陰性標準試料であってもよい。いくつかの実施形態においては、前記内部標準は、ＦＦＰＥ組織切片、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血液、血漿、他の細胞若しくは体液、核酸、又はオリゴヌクレオチドである。

先行する段落に記載のキットは、ＤＮＡフラグメントの連結及び選択的スプライシングイベントを見出す上での検出精度を利用し、臨床遺伝子型の信頼性の高い分析をもたらす。

本開示を、以下の実施例によってさらに説明する。これら実施例は、限定ではなく、例示として与えられるものである

実施例１

ワンステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイによるＭＥＴ遺伝子変異の検出

ワンステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイは、単一の反応で、可能性なＭＥＴ選択的スプライシング型（複数形）を同時に検出することができる。図１は、このアッセイの全体的なプロセスを示している。このプロセスは、試料からＲＮＡを取得するステップ、ＲＮＡを逆転写しｃＤＮＡを得るステップ、前記ｃＤＮＡ（すなわち、標的ｃＤＮＡ）のＭＥＴ選択的スプライシング領域を、複数のＭＥＴ変異特異的プライマーペアを用いてＰＣＲ増幅し、それによって前記標的ｃＤＮＡの増幅産物を得るステップ、この第１次の増幅産物をユニバーサルプライマーペアを用いてＰＣＲ増幅して、前記標的ｃＤＮＡの第２次の増幅産物を得るステップ、スプリットプローブを用いて、前記増幅された標的ｃＤＮＡとのプローブハイブリダイゼーションを行うステップ、及びプローブ結合産物の検出を行うステップを含む。以下は、このアッセイの例である。

スプリットプローブの調製

アッセイの前に、前記ＭＥＴ遺伝子の前記ＲＮＡ転写産物中の融合領域の前記ヌクレオチド配列に基づいて、ＭＥＴエクソン１４スキップ変異を標的とするプローブを設計する（表３）。表３の配列は、それぞれ５’パートナー（ＭＥＴ遺伝子のエクソン１３）と３’標的（ＭＥＴ遺伝子のエクソン１５）のものである。スプリットプローブ（例えば表１に示すもの）は、表３に列挙した配列に結合するように設計されている。前記スプリットプローブは、スポットのアレイの形でマイクロアレイプレート上に固定化されるが、ここでそれぞれのスポットは１種類のプローブの複数コピーを含む。

ＭＥＴ変異特異的プライマーペアを用いるＰＣＲ富化（enrichment）

ＭＥＴ選択的スプライシングを有する臨床試料の代用とするために、ＩＤＴによって、陽性標準テンプレートとして使用されるオリゴヌクレオチドを合成する。このＭＥＴ選択的スプライシングオリゴは、表４に示すＭＥＴ変異特異的プライマーペアを用いてＰＣＲによって増幅される。前記ＭＥＴ選択的スプライシングオリゴの５’末端と３’末端に結合することができるこのプライマーペアは、ＩＤＴによって合成される。前記プライマーペアのリバースプライマーは、後でストレプトアビジン－フィコエリトリン（ＳＡ－ＰＥ）コンジュゲート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）と相互作用させるために、５’末端でビオチンによって修飾されている。ＰｌａｔｉｎｕｍＴａｑＤＮＡｐｏｌｙｍｅｒａｓｅＨｉｇｈＦｉｄｅｌｉｔｙ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を製造者による説明に従って用いて、ＰＣＲを３０回の熱サイクルにわたり、Ｖｅｒｉｔｉ（登録商標）９６－ＷｅｌｌＴｈｅｒｍａｌＣｙｃｌｅｒ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で行った。

プローブハイブリダイゼーション及びシグナル検出

ＭＥＴ選択的スプライシングオリゴの増幅産物を、ハイブリダイゼーションのために、あらかじめブロッキングされたウェルに移す。ここで、各ウェルには、ＭＥＴ選択的スプライシング特異的プローブ（例えば、表１に示すもの）のスポット、コントロールプローブのスポット、及びアンカープローブのスポットを含むスプリットプローブスポットのアレイが印刷されている。ハイブリダイゼーション後、続いて、蛍光ＳＡ－ＰＥコンジュゲートをウェルに添加し、前記増幅産物中のビオチンに結合させて、プローブ－標的ハイブリッドが存在する位置に発色産物が生じる。特定のカメラでウェルを撮影し、ウェル内のカラースポットの位置を特定することにより、特定のＭＥＴ選択的スプライシングの存在を示す特定のハイブリダイゼーションを決定することができる。カラースポットの位置は、コンピュータで解析することができる。

実施例２

２ステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイによるＮＴＲＫ遺伝子変異の検出

２ステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイとは、１回の反応で、複数の可能性のあるＮＴＲＫ融合体を同時に検出するために設計された別の方法である。図２は、このアッセイの全体的なプロセスを示しており、試料からＲＮＡを取得するステップ、ＲＮＡを逆転写しｃＤＮＡを得るステップ、複数のＮＴＲＫ融合特異的プライマーペアを用いて前記ｃＤＮＡ（すなわち、標的ｃＤＮＡ）のＮＴＲＫ融合領域をＰＣＲ増幅し、前記標的ｃＤＮＡの第１次の増幅産物を得るステップ、ユニバーサルプライマーペアを用いて前記第１次の増幅産物をＰＣＲ増幅し、前記標的ｃＤＮＡの第２次の増幅産物を得るステップ、前記増幅された標的ｃＤＮＡとプローブハイブリダイゼーションアッセイさせるステップ、及びプローブ結合産物を検出するステップ、を含む。以下はこのアッセイの例である。

ＲＮＡ抽出及び逆転写

ＲｅｃｏｖｅｒＡｌｌ全核酸単離キット（ＣａｔＮｏ：ＡＭ１９７５，ＡｍｂｉｅｎｔＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を製造者による説明に従って用いて、がん患者からのＦＦＰＥ組織標本からＤＮＡとＲＮＡの両方を抽出する。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔｃＤＮＡ合成キット（ＣａｔＮｏ：１１７５４０５０、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及びランダムヘキサヌクレオチドプライマーを用いて、１００ｎｇの全ＲＮＡの逆転写を４２℃で３０～６０分間行う。このステップにより、１０μＬのｃＤＮＡ産物が得られた。

ＮＴＲＫ融合特異的プライマーペアを用いるＰＣＲ富化（enrichment）

このアッセイで使用されるＮＴＲＫ融合特異的プライマーペア中の各プライマーは、２つのセグメントを有するように設計されている。融合特異的セグメントと呼ばれる一方のセグメントは、１つの特定のＮＴＲＫ融合体の融合配列の５’末端又は３’末端に結合するために使用される。ユニバーサルセグメントと呼ばれるもう一方のセグメントは、第２ラウンドのＰＣＲで使用するユニバーサルプライマーのヌクレオチド配列を含む。前記ユニバーサルセグメントは、前記融合特異的セグメントに対して常に上流、すなわち５’位置にある（図２）。前記ユニバーサルプライマーは表５に示すプライマーのいずれでもよく、各ユニバーサルプライマーは、前記ユニバーサルフォワードプライマーと前記ユニバーサルリバースプライマーのどちらとしても使用できる。表６に、このアッセイで使用するいくつかの融合特異的プライマーペアの融合特異的セグメントを示す。

融合特異的ＰＣＲのために、７μＬの水を１０μＬのｃＤＮＡ産物に加え、得られた混合物（１７μＬ）を、１μＬをデッドボリュームとして残して、各４μＬの混合物からなる４つの等しいプールに分ける。プールの数はプライマーの性能に基づいて決定される。より具体的には、まず各々の融合特異的プライマーペアのプライマー効率を測定し、類似の効率を有する融合特異的プライマーペア（複数形）を混合して１つのプライマープールを形成し、この結果、合計４つのプライマープール（Ｐ１、Ｐ２、Ｐ３、Ｐ４と表記）となる。各プライマープールは、２３～４８の融合特異的プライマー（表７）を含むが、これを、ｃＤＮＡの１プール（４μＬ）に加える。それから、マルチプレックスＰＣＲキット（ＣａｔＮｏ：２０６１４３、Ｑｉａｇｅｎ）を製造者による説明に従って用いて、各プール中のｃＤＮＡを、２５回の熱サイクルにわたり、Ｖｅｒｉｔｉ^ＴＭ９６－ＷｅｌｌＴｈｅｒｍａｌＣｙｃｌｅｒ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で増幅して、１０μＬの第１の増幅産物を得る。すなわち、４回のマルチプレックスＰＣＲ反応を行い、４プール分の第１の増幅産物のプールを得る。

ユニバーサルプライマーペアを用いることによるＰＣＲ富化（enrichment）

各々の融合特異的プライマーは、ユニバーサルプライマーのヌクレオチド配列を５’末端に含むので、前記第１の増幅産物は、配列番号４０～４９から選択される配列を有するユニバーサルフォワードプライマー及び配列番号４０～４９から選択される配列を有するユニバーサルリバースプライマーを含むユニバーサルプライマーペアを用いるＰＣＲによってさらに増幅することができる。前記ユニバーサルリバースプライマーはビオチン化されている。２ラウンド目のＰＣＲについては、第１の増幅産物の４つのプールのそれぞれを最終反応ミックス中に１００倍希釈し、ＰｌａｔｉｎｕｍＳｕｐｅｒＦｉＩＩＰＣＲＭａｓｔｅｒＭｉｘ（ＣａｔＮｏ：１２３６８０１０、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造者による説明に従って用いて、２５回の熱サイクルにわたりＶｅｒｉｔｉ（登録商標）９６－ＷｅｌｌＴｈｅｒｍａｌＣｙｃｌｅｒ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で増幅し、１０μＬの第２の増幅産物を得る。すなわち、４回のＰＣＲ反応を行って、４プール分の第２の増幅産物を得る。

プローブハイブリダイゼーション及びシグナル検出

前記第２の増幅産物の４つのプール（合計４０μＬ）を一緒にして、得られたプールのうちの１８μＬを、３μＬの水と混合して混合物を得る。この混合液を９６ウェルＰＣＲプレート（ＣａｔＮｏ：Ｐ４６－４ＴＩ－１０００／ｃ、４－ｔｉｔｕｄｅ）に入れる。第２の増幅産物を９６℃で５分間変性し、あらかじめブロッキング済みのウェルに移すが、ここで、各ウェルには、スプリットプローブのスポット、コントロールプローブの９スポット、アンカープローブの１０スポットを含むプローブスポットのアレイが前もって印刷されている。スプリットプローブは、配列番号３２、３３、３５、３６の配列（表２）から選択される。図５と図６は、１ウェル中における異なるプローブの分布を示す。標的－プローブのハイブリダイゼーションは、５０℃で１５分間、振動させながら行われる。ハイブリダイゼーション後、ウェルを冷却し、２回洗浄する。それから、ストレプトアビジン－アルカリホスファターゼコンジュゲートを含む緩衝液をウェルに加えてビオチン－ストレプトアビジン相互作用を可能とし、その後、プローブ－標的のハイブリッドが存在する位置に発色産物が形成されるようにアルカリホスファターゼ用の基質を加える。ウェルをカメラで撮影し、ウェル中のカラースポットの位置を同定することにより、特定のＮＴＲＫ融合体の存在を示す特定のハイブリダイゼーションが測定される。カラースポットの位置は、コンピュータで解析できる。

実施例３

２ステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイによるＥＧＦＲｖＩＩＩ変異の検出

ここでは、２ステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイを用いて、ＥＧＦＲｖＩＩＩ変異を検出する。図３は、このアッセイの全体的なプロセスを示しており、このプロセスは：試料からＲＮＡを取得するステップ、ＲＮＡを逆転写してｃＤＮＡを得るステップ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ変異特異的プライマーペアを用いて前記ｃＤＮＡ（すなわち標的ｃＤＮＡ）のＥＧＦＲｖＩＩＩ変異領域をＰＣＲ増幅し、標的ｃＤＮＡの第１の増幅産物を得るステップ、ユニバーサルプライマーペアを用いて前記第１の増幅産物をＰＣＲ増幅し、標的ｃＤＮＡの第２の増幅産物を得るステップ、前記増幅された標的ｃＤＮＡとプローブハイブリダイゼーションさせるステップ、及びプローブ結合産物を検出するステップ、を含む。以下は、このアッセイの例である。

ＲＮＡ抽出及び逆転写

ＲｅｃｏｖｅｒＡｌｌ全核酸単離キット（ＣａｔＮｏ：ＡＭ１９７５、ＡｍｂｉｅｎｔＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を製造者による説明に従って用いて、がん患者からのＦＦＰＥ組織標本からＤＮＡとＲＮＡの両方を抽出する。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔｃＤＮＡ合成キット（ＣａｔＮｏ．１１７５４０５０、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及びランダムヘキサヌクレオチドプライマーを用いて、１００ｎｇの全ＲＮＡの逆転写を４２℃で３０～６０分間行い、１０μＬのｃＤＮＡ産物を得る。

ＥＧＦＲｖＩＩＩ変異特異的プライマーペアを用いることによるＰＣＲ富化（enrichment）

このアッセイで使用されるＥＧＦＲｖＩＩＩ変異特異的プライマーペアの各プライマーは、２つのセグメントを有するように設計されている。選択的スプライシング特異的セグメントと呼ばれる一方のセグメントは、ＥＧＦＲｖＩＩＩ変異配列の５’末端又は３’末端に結合するために使用される。前記選択的スプライシング特異的セグメントは、配列番号６２又は６３の配列（表８）を有していてもよい。ユニバーサルセグメントと呼ばれるもう一方のセグメントは、第２ラウンドのＰＣＲで使用するユニバーサルプライマーのヌクレオチド配列を含む。前記ユニバーサルセグメントは、前記選択的スプライシング特異的セグメントに対して常に上流、すなわち５’位置にある。前記ユニバーサルプライマーは表５に示すプライマーのいずれでもよく、各ユニバーサルプライマーは、前記ユニバーサルフォワードプライマーと前記ユニバーサルリバースプライマーのどちらとしても使用できる。

前記選択的スプライシング特異的ＰＣＲについては、マルチプレックスＰＣＲキット（ＣａｔＮｏ：２０６１４３、Ｑｉａｇｅｎ）を製造者による説明に従って用いて、１０μＬのｃＤＮＡ産物を、Ｖｅｒｉｔｉ（登録商標）９６－ＷｅｌｌＴｈｅｒｍａｌＣｙｃｌｅｒ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で、１５～３０回の熱サイクルにわたり増幅し、１０μＬの第１の増幅産物を得る。

各々の変異特異的プライマーは、ユニバーサルプライマーのヌクレオチド配列を５’末端に含むので、前記第１の増幅産物は、配列番号４０～４９から選択される配列を有するユニバーサルフォワードプライマー及び配列番号４０～４９から選択される配列を有するユニバーサルリバースプライマーを含むユニバーサルプライマーペアを用いるＰＣＲによってさらに増幅することができる。前記ユニバーサルリバースプライマーはビオチン化されている。２ラウンド目のＰＣＲについては、前記第１の増幅産物を最終反応ミックス中に１００倍に希釈し、ＰｌａｔｉｎｕｍＳｕｐｅｒＦｉＩＩＰＣＲＭａｓｔｅｒＭｉｘ（ＣａｔＮｏ：１２３６８０１０、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造者による説明に従って用いて、１５～３０回の熱サイクルにわたりＶｅｒｉｔｉ（登録商標）９６－ＷｅｌｌＴｈｅｒｍａｌＣｙｃｌｅｒ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で増幅し、１０μＬの第２の増幅産物を得る。

プローブハイブリダイゼーション及びシグナル検出

前記第２の増幅産物を９６ウェルＰＣＲプレート（ＣａｔＮｏ：Ｐ４６－４ＴＩ－１０００／Ｃ、４－ｔｉｔｕｄｅ）に入れる。第２の増幅産物を９６℃で５分間変性し、あらかじめブロッキング済みのウェルに移すが、ここで、各ウェルには、スプリットプローブの１１７スポット、コントロールプローブの９スポット、アンカープローブの１０スポットを含むプローブスポットのアレイが前もって印刷されている（図４）。スプリットプローブ（例えば表１に示される）は、表９に示す配列に結合するように設計されている。標的－プローブのハイブリダイゼーションは、約５０℃で１５分間、振動させながら行われる。ハイブリダイゼーション後、ウェルを冷却し、２回洗浄する。それから、ストレプトアビジン－アルカリホスファターゼコンジュゲートを含む緩衝液をウェルに加えてビオチン－ストレプトアビジン相互作用を可能とし、その後、プローブ－標的のハイブリッドが存在する位置に発色産物が形成されるようにアルカリホスファターゼ用の基質を加える。ウェルをカメラで撮影し、ウェル中のカラースポットの位置を同定することにより、ＥＧＦＲｖＩＩＩの存在を示す特定のハイブリダイゼーションを測定することができる。カラースポットの位置は、コンピュータで解析できる。

実施例４

２ステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイによる遺伝子融合検出の分析感度

分析の前に、ＮＴＲＫ融合体を標的とするスプリットプローブを、ＮＴＲＫ遺伝子のＲＮＡ転写産物中の融合領域のヌクレオチド配列に基づいて設計する。融合プローブアッセイの分析感度を調べるために、既知のＮＴＲＫ融合型とこれまでに報告されていないＮＴＲＫ融合型との両方を含むＤＮＡテンプレート（複数形）を合成する（例えば、表１、表２、表１０に示される）。既知のＮＴＲＫ融合型については合計１６５個の合成ＤＮＡテンプレートがあり、新規のＮＴＲＫ融合型については５０個の合成ＤＮＡテンプレートがある。各々の融合プローブの感度を調べるために、各テンプレートを１，０００コピーへと希釈する。各プローブの検出範囲に基づいて、ある一定の分析感度にあると認められるためには、プローブからのシグナルは、該シグナルについてのシグナル閾値より高い必要がある。既知のＮＴＲＫ融合型（例えば図７に示される）（合計１６５）について、データは、ＮＴＲＫ融合転写産物の８５％（１４１）が１０００コピーにおいて感受性を有することを示した。新規ＮＴＲＫ融合型（例えば、図８に示される）については、データは、１０００コピーで感受性を有するＮＴＲＫ融合転写物が９８％（４９）存在することを示した。

実施例５

２ステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイによる融合検出の臨床試料検証

データ解析アルゴリズムを検証するために、３８の臨床ＦＦＰＥ由来ＲＮＡ試料を、ＮＧＳプラットフォーム上で、ＡＣＴＦｕｓｉｏｎパネル（ＡＣＴＧｅｎｏｍｉｃｓＣｏ．Ｌｔｄ．）によって解析した。データ解析後の合計３８の甲状腺がんＦＦＰＥ試料のうち、１試料のみがＮＴＲＫ融合陽性であり、「ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ３」融合を含んでいた。ＮＴＲＫ融合スプリットプローブアッセイの試験結果は表１１に示される通りである。この結果は、前記ＡＣＴＦｕｓｉｏｎパネルによるＮＧＳの結果と一致している。前記ＡＣＴＦｕｓｉｏｎパネルのプロトコルにおける前記ＮＧＳアッセイの試験結果は、表１２に示される通りである。残りの３７の甲状腺がんＦＦＰＥ試料はＮＴＲＫ融合陰性であり、これらの試料はＮＧＳアッセイでも陰性であった。この結果は、これら３８の臨床ＦＦＰＥ試料についてのＡＣＴＦｕｓｉｏｎパネルとスプリットプローブアッセイとの間の１００％の一致を示している。前記試料の結果を用いて計算したスプリットプローブチップアッセイの性能データは、表１３にＮＴＲＫ融合陽性又は陰性として示されている。

特異度＝１００．００％（９５％信頼区間：９０．５１％～１００．００％）
正確性（accuracy）＝１００．００％（９５％信頼区間：９０．７５％～１００．００％）
陽性一致率（ＰＰＡ）＝１００％（９５％信頼区間：２．５％～１００．００％）
陽性的中率（ＰＰＶ）＝１００．００％（９５％信頼区間：２．５％～１００．００％）

実施例６

２ステップＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイによるＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異の検出

ここでは２ステップのＰＣＲ標的－プローブハイブリダイゼーションアッセイを使用し、ＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異を検出する。このアッセイは、試料からＲＮＡを取得するステップ、前記ＲＮＡを逆転写してｃＤＮＡを得るステップ、前記ＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異特異的プライマーペアを用いて前記ｃＤＮＡ（すなわち標的ｃＤＮＡ）のＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異領域をＰＣＲ増幅して、前記標的ｃＤＮＡの第１の増幅産物を得るステップ、ユニバーサルプライマーペアを用いて前記標的ｃＤＮＡの前記第１の増幅産物をＰＣＲ増幅して、前記標的ｃＤＮＡの第２の増幅産物を得るステップ、前記増幅された標的ｃＤＮＡとプローブハイブリダイゼーションさせるステップ、及びプローブ結合産物を検出するステップ、という同じステップが含まれる。

ＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異特異的プライマーペア及びユニバーサルプライマーペアを用いるＰＣＲ富化（enrichment）

このアッセイで使用されるＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異特異的プライマーペアの各プライマーは、それぞれ２つのセグメントを有するように設計されている。選択的スプライシング特異的セグメントと呼ばれる一方のセグメントは、ＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異配列の５’末端又は３’末端に結合するために使用される。前記選択的スプライシング特異的セグメントは、配列番号６７又は６８の配列（表１４）を有してもよい。ユニバーサルセグメントと呼ばれるもう一方のセグメントは、２ラウンド目のＰＣＲで使用されるユニバーサルプライマーのヌクレオチド配列を含む。選択的スプライシング特異的ＰＣＲについては、前記ｃＤＮＡ産物を製造者による説明に従って増幅し、これによって第１の増幅産物及び第２の増幅産物を得る。

プローブハイブリダイゼーション及びシグナル検出

前記第２の増幅産物を９６℃で５分間変性させ、あらかじめブロッキング済みのウェルに移すが、ここで、各ウェルには、前記スプリットプローブのスポット（例えば表１に示される）、コントロールプローブのスポット、アンカープローブのスポットを含むプローブスポットのアレイが印刷されている。前記スプリットプローブは表１５に示した配列に結合するように設計されており、標的－プローブのハイブリダイゼーション及びシグナル検出は、本発明者らによる前述の説明に従う。

ＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}変異及び富化（enrichment）プロセスについては、先に報告されている（Ｙｕｄａ，Ｊｕｎｉｃｈｉｒｏ，ｅｔａｌ．「ＰｅｒｓｉｓｔｅｎｔｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｌｙｓｐｌｉｃｅｄＢＣＲ－ＡＢＬｖａｒｉａｎｔｒｅｓｕｌｔｓｉｎａｆａｉｌｕｒｅｔｏａｃｈｉｅｖｅｄｅｅｐｍｏｌｅｃｕｌａｒｒｅｓｐｏｎｓｅ．」Ｃａｎｃｅｒｓｃｉｅｎｃｅ１０８．１１（２０１７）：２２０４－２２１２）。これらの文献は、参照により本開示に取り込まれる。

ＢＣＲ－ＡＢＬ選択的スプライシングイベントは、ｍＲＮＡレベルで混合スプライシング型を生じるので、参照された手法はしばしば、１つの設計ポイントでの作動信頼性に限定されている。これらの手法は、共通して、一度に１つのスプライシングアイソフォームを探査する、又は探査するように設計されていることを有している。一方、前記のスプリットプローブアッセイでは、複数のスプライシングアイソフォーム（例えば、ＢＣＲ－ＡＢＬ又はＢＣＲ－ＡＢＬ^{３５ＩＮＳ}）を探査することができ、またシグナル解析を通じてスプライシング型も同時に同定することもできる。同一のプローブを複数のスプライシング型に使用できるので、スプリットプローブアッセイの効率は高まることになる。

このことは、高精度で正確であること、新規変異の組み合わせに対する報告可能範囲が広いこと、低コストであること、遺伝子操作が容易であることなど、探査（probing）システムとしての様々な利点を与える。

Claims

（ａ）試料中にＤＮＡ、又は抽出されたＲＮＡから得たＤＮＡを得るステップ；
（ｂ）前記ＤＮＡをオリゴヌクレオチドのセットを用いて富化（enrich）し、標的核酸を得るステップ；
（ｃ）前記標的核酸にスプリットプローブでプローブ付けするステップ、ここで該スプリットプローブは、
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における第１のスプリットプローブの標的部位と第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における第１のスプリットプローブの標的部位と第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；
を含む；並びに
（ｄ）前記スプリットプローブと前記標的核酸との結合を反映するシグナルを検出するステップ；
を含む、ＤＮＡフラグメント連結イベントを検出する方法。
前記セットのオリゴヌクレオチドは、遺伝子特異的プライマー又は遺伝子特異的プローブである、請求項１に記載の方法。
ステップ（ｂ）において、前記ＤＮＡは少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを用いるマルチプレックスＰＣＲにより増幅される、請求項１に記載の方法。
（ｅ）
（ｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであり、及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること；
（ｉｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの５前記’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであること；又は
（ｉｉｉ）前記第３のスプリットプローブが前記第３のＤＮＡフラグメントに結合することに基づくシグナルを確認すること、及び独立したＰＣＲからの前記標的核酸の結果、を通じて、前記第３のＤＮＡフラグメントが前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントと連結しているか否か；
を決定することをさらに含む、請求項３に記載の方法。
少なくとも２ペアの前記遺伝子特異的プライマーが、上流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている、請求項３に記載の方法。
少なくとも２ペアの前記遺伝子特異的プライマーが、下流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている、請求項３に記載の方法。
前記遺伝子特異的プライマーのうちの少なくとも１つが、ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする、請求項３に記載の方法。
前記遺伝子特異的プライマーが、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～８０ｂｐの距離内を標的とする、請求項３に記載の方法。
前記第１のスプリットプローブ又は第２のスプリットプローブが、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～４０ｂｐの距離内を標的とする、請求項１に記載の方法。
前記第１のスプリットプローブは、配列番号３２、３５、及びそれらのいずれかの相補配列からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
前記第２のスプリットプローブは、配列番号３３、３６、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
前記第３のスプリットプローブは、配列番号３２、３３、３５、３６、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
前記スプリットプローブの長さは１０～６０ｂｐである、請求項１に記載の方法。
ステップ（ｃ）において、前記標的核酸は、スプリットプローブ及びＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする単一のプローブでプローブ付けされる、請求項１に記載の方法。
前記パートナーＤＮＡフラグメントは、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２Ｅ２、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＭＩＭ１８、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０、及びＺＰＲ１からなる群より選択されるパートナー遺伝子の配列を含む、請求項１に記載の方法。
前記標的ＤＮＡフラグメントは、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２、及びＴＭＰＲＳＳ２からなる群より選択される標的遺伝子の配列を含む、請求項１に記載の方法。
前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントは、それぞれ、ＡＲ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣＣＮＤ１、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ、ＥＲ、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２、及びＶＥＧＦからなる群から選択される同一遺伝子からの異なる配列を含む、請求項１に記載の方法。
前記ＤＮＡフラグメント連結イベントは、ＡＣＶＲ２Ａ－ＡＫＴ３、ＡＦＡＰ１－ＮＴＲＫ１、ＡＦＡＰ１－ＮＴＲＫ２、ＡＦＡＰ１－ＲＥＴ、ＡＧＡＰ３－ＢＲＡＦ、ＡＧＢＬ４－ＮＴＲＫ２、ＡＧＧＦ１－ＲＡＦ１、ＡＫＡＰ１３－ＮＴＲＫ３、ＡＫＡＰ１３－ＲＥＴ、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＡＫＴ３－Ｐ２ＲＸ５、ＡＫＴ３－ＰＴＰＲＲ、ＡＭＯＴＬ２－ＮＴＲＫ１、ＡＰＩＰ－ＦＧＦＲ２、ＡＲＧＬＵ１－ＮＴＲＫ１、ＡＲＨＧＥＦ１１－ＮＴＲＫ１、ＡＲＨＧＥＦ２－ＮＴＲＫ１、ＡＴＧ７－ＲＡＦ１、ＡＴＰ１Ｂ－ＮＴＲＫ１、ＡＸＬ－ＭＢＩＰ、ＢＡＧ４－ＦＧＦＲ１、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＢＲＡＦ、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＭＥＴ、ＢＣＡＮ－ＮＴＲＫ１、ＢＣＬ６－ＲＡＦ１、ＢＣＲ－ＡＢＬ、ＢＣＲ－ＦＧＦＲ１、ＢＣＲ－ＪＡＫ２、ＢＣＲ－ＮＴＲＫ２、ＢＣＲ－ＲＥＴ、ＢＲＤ３－ＮＵＴＭ１、ＢＲＤ４－ＮＵＴＭ１、ＢＴＢＤ１－ＮＴＲＫ３、ＣＡＰＺＡ２－ＭＥＴ、ＣＢＲ４－ＥＲＢＢ４、ＣＣＤＣ６－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６－ＲＯＳ１、ＣＤ７４－ＮＲＧ１、ＣＤ７４－ＮＲＧ２、ＣＤ７４－ＮＴＲＫ１、ＣＤ７４－ＲＯＳ１、ＣＤＫ１２－ＥＲＢＢ２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２－ＢＲＡＦ、ＣＥＬ－ＮＴＲＫ１、ＣＥＰ１７０－ＡＫＴ３、ＣＨＴＯＰ－ＮＴＲＫ１、ＣＬＣＮ６－ＲＡＦ１、ＣＬＩＰ１－ＡＬＫ、ＣＬＩＰ１－ＲＯＳ１、ＣＬＩＰ２－ＢＲＡＦ、ＣＬＩＰ２－ＭＥＴ、ＣＬＴＣ－ＡＬＫ、ＣＬＴＣ－ＲＯＳ１、ＣＮＴＲＬ－ＫＩＴ、ＣＯＬ２５Ａ１－ＡＬＫ、ＣＯＬ２５Ａ１－ＦＧＦＲ２、ＣＯＸ５Ａ－ＮＴＲＫ３、ＣＰＤ－ＥＲＢＢ２、ＣＴＲＣ－ＮＴＲＫ１、ＣＵＸ１－ＢＲＡＦ、ＣＵＸ１－ＦＧＦＲ１、ＣＵＸ１－ＲＥＴ、ＤＣＴＮ１－ＡＬＫ、ＤＣＴＮ１－ＭＥＴ、ＤＬＧ１－ＮＴＲＫ３、ＤＮＡＪＣ８－ＥＲＢＢ２、ＥＩＦ３Ｅ－ＲＳＰＯ２、ＥＭＬ１－ＮＴＲＫ２、ＥＭＬ４－ＡＬＫ、ＥＭＬ４－ＢＲＡＦ、ＥＭＬ４－ＮＴＲＫ３、ＥＭＬ４－ＲＥＴ、ＥＰＨＢ２－ＮＴＲＫ１、ＥＰＳ１５－ＢＲＡＦ、ＥＰＳ１５－ＭＥＴ、ＥＰＳ１５－ＮＴＲＫ１、ＥＲＢＢ２－ＣＤＫ１２、ＥＲＢＢ２－ＣＦＢ、ＥＲＢＢ２－ＣＮＩＨ４、ＥＲＢＢ２－ＣＴＴＮ、ＥＲＢＢ２－ＤＮＡＪＣ７、ＥＲＢＢ２－ＥＮＯ１、ＥＲＢＢ２－ＦＣＧＲＴ、ＥＲＢＢ２－ＦＫＢＰ１０、ＥＲＢＢ２－ＧＲＢ７、ＥＲＢＢ２－ＧＳＥ１、ＥＲＢＢ２－ＧＴＦ２Ｅ２／ＳＭＩＭ１８、ＥＲＢＢ２－ＩＫＺＦ３、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴ２０、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴ３９、ＥＲＢＢ２－ＫＲＴＡＰ１－４、ＥＲＢＢ２－ＬＭＮＴＤ１、ＥＲＢＢ２－ＬＴＢＰ４、ＥＲＢＢ２－ＭＡＤ２Ｌ２、ＥＲＢＢ２－ＭＥＤ１、ＥＲＢＢ２－ＰＡＲＮ、ＥＲＢＢ２－ＰＧＡＰ３、ＥＲＢＢ２－ＰＯＬＤ４、ＥＲＢＢ２－ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＥＲＢＢ２－ＰＲＤＸ４、ＥＲＢＢ２－ＰＳＭＢ３、ＥＲＢＢ２－ＳＨＫＢＰ１、ＥＲＢＢ２－ＳＬＣ３９Ａ１１、ＥＲＢＢ２－ＳＰＴＢＮ２、ＥＲＢＢ２－ＳＲＣＩＮ１、ＥＲＢＢ２－ＴＡＤＡ２Ａ、ＥＲＢＢ２－ＴＡＴＤＮ１、ＥＲＢＢ２－ＸＢＰ１、ＥＲＢＢ２－ＺＡＮ、ＥＲＢＢ４－ＡＫＡＰ６、ＥＲＢＢ４－ＦＵＳ、ＥＲＢＢ４－ＩＫＺＦ２、ＥＲＢＢ４－ＳＴＫ１１ＩＰ、ＥＲＣ１－ＢＲＡＦ、ＥＲＣ１－ＲＥＴ、ＥＲＣ１－ＲＯＳ１、ＥＳＲＰ１－ＲＡＦ１、ＥＳＲ１－ＣＣＤＣ１７０、ＥＴＶ６－ＦＧＦＲ３、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ２、ＥＴＶ６－ＮＴＲＫ３、ＥＴＶ６－ＰＤＧＦＲＢ、ＥＴＶ６－ＰＲＤＭ１６、ＥＺＲ－ＥＲＢＢ４、ＥＺＲ－ＲＯＳ１、ＦＡＭ１３１Ｂ－ＢＲＡＦ、ＦＡＴ１－ＮＴＲＫ３、ＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ３、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３、ＦＩＰ１Ｌ１－ＰＤＧＦＲＡ、ＦＮ１－ＡＬＫ、ＦＮ１－ＥＲＢＢ４、ＦＮ１－ＦＧＦＲ１、ＦＮＤＣ３Ｂ－ＰＩＫ３ＣＡ、ＦＲＹ－ＮＴＲＫ３、ＧＫＡＰ１－ＮＴＲＫ２、ＧＯＬＧＡ４－ＲＡＦ１、ＧＯＮ４Ｌ－ＮＴＲＫ１、ＧＯＰＣ－ＲＯＳ１、ＧＲＨＬ２－ＲＳＰＯ２、ＧＲＩＰＡＰ－ＮＴＲＫ１、ＧＴＦ２ＩＲＤ１－ＡＬＫ、ＨＡＣＬ１－ＲＡＦ１、ＨＩＰ１－ＡＬＫ、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１－ＮＴＲＫ３、ＩＫＺＦ２－ＥＲＢＢ４、ＩＱＳＥＣ１－ＲＡＦ１、ＩＲＦ２ＢＰ２－ＮＴＲＫ１、ＫＡＮＫ１－ＮＴＲＫ２、ＫＣＴＤ１６－ＮＴＲＫ２、ＫＣＴＤ８－ＮＴＲＫ２、ＫＨＤＲＢＳ１－ＮＴＲＫ３、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＫＩＦ５Ｂ－ＡＬＫ、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ、ＫＩＦ５Ｂ－ＥＲＢＢ４、ＫＩＴ－ＡＮＫＲＤ１１、ＫＩＴ－ＰＤＧＦＲＡ、ＫＩＴ－ＳＬＣ４Ａ４、ＫＭＴ２Ａ－ＡＦＦ１、ＫＭＴ２Ａ－ＣＲＥＢＢＰ、ＫＭＴ２Ａ－ＤＡＢ２ＩＰ、ＫＭＴ２Ａ－ＥＬＬ、ＫＭＴ２Ａ－ＥＰＳ１５、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１０、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ１１、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ３、ＫＭＴ２Ａ－ＭＬＬＴ４、ＫＭＴ２Ａ－ＳＥＰ６、ＫＭＴ２Ａ－ＳＥＰ９、ＫＴＮ１－ＡＬＫ、ＫＴＮ１－ＲＥＴ、ＬＩＰＩ－ＮＴＲＫ１、ＬＭＮＡ－ＡＬＫ、ＬＭＮＡ－ＮＴＲＫ１、ＬＭＮＡ－ＲＡＦ１、ＬＲＲＣ７１－ＮＴＲＫ１、ＬＲＲＦＩＰ１－ＦＧＦＲ１、ＬＲＲＦＩＰ１－ＭＥＴ、ＬＹＮ－ＮＴＲＫ３、ＭＡＧＩ３－ＡＫＴ３、ＭＢＮＬ１－ＲＡＦ１、ＭＥＦ２Ｄ－ＮＴＲＫ１、ＭＥＴ－ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１－ＮＴＲＫ１、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＭＰＲＩＰ－ＡＬＫ、ＭＰＲＩＰ－ＮＴＲＫ１、ＭＰＲＩＰ－ＲＡＦ１、ＭＰＲＩＰ－ＲＥＴ、ＭＲＰＬ２４－ＮＴＲＫ１、ＭＳＮ－ＡＬＫ、ＭＳＮ－ＲＯＳ１、ＭＴＳＳ１－ＥＲＢＢ２、ＭＵＣ２－ＮＴＲＫ２、ＭＹＨ９－ＡＬＫ、ＭＹＯ５Ａ－ＮＴＲＫ３、ＭＹＯ５Ａ－ＲＯＳ１、ＮＡＣＣ２－ＮＴＲＫ２、ＮＡＶ１－ＮＴＲＫ２、ＮＢＰＦ２０－ＮＴＲＫ２、ＮＣＯＡ４－ＲＥＴ、ＮＦＡＳＣ－ＮＴＲＫ１、ＮＯＳ１ＡＰ－ＮＴＲＫ１、ＮＯＳ１ＡＰ－ＮＴＲＫ２、ＮＲＧ２－ＣＹＳＴＭ１、ＮＲＧ２－ＵＢＥ２Ｄ２、ＮＲＩＰ１－ＲＳＰＯ２、Ｐ２ＲＹ８－ＮＴＲＫ１、ＰＡＩＰ１－ＮＴＲＫ２、ＰＡＮ３－ＮＴＲＫ２、ＰＡＰＤ７－ＲＡＦ１、ＰＤＥ４ＤＩＰ－ＮＴＲＫ１、ＰＥＡＲ１－ＮＴＲＫ１、ＰＨＦ２０－ＮＴＲＫ１、ＰＩＣＡＬＭ－ＢＲＡＦ、ＰＩＣＡＬＭ－ＲＥＴ、ＰＬＥＫＨＡ６－ＮＴＲＫ１、ＰＭＬ－ＲＡＲＡ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＡＬＫ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＭＥＴ、ＰＰＦＩＢＰ１－ＲＯＳ１、ＰＰＬ－ＮＴＲＫ１、ＰＲＤＸ１－ＮＴＲＫ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ－ＡＬＫ、ＰＲＫＡＲ１Ａ－ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ－ＡＬＫ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ－ＢＲＡＦ、ＰＲＫＡＲ２Ａ－ＮＴＲＫ２、ＰＲＰＳＡＰ１－ＮＴＲＫ３、ＰＴＰＲＺ１－ＭＥＴ、ＱＫＩ－ＮＴＲＫ２、ＱＫＩ－ＲＡＦ１、ＲＡＣ１－ＡＫＴ３、ＲＡＦ１－ＡＣＴＲ２、ＲＡＦ１－ＡＧＧＦ１、ＲＡＦ１－ＤＡＺＬ、ＲＡＦ１－ＥＳＲＰ１、ＲＡＦ１－ＰＨＣ３、ＲＡＦ１－ＴＭＥＭ４０、ＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１、ＲＡＦ１－ＺＰＲ１、ＲＡＬＧＰＳ２－ＮＴＲＫ３、ＲＡＮＢＰ２－ＡＬＫ、ＲＡＮＢＰ２－ＦＧＦＲ１、ＲＢＰＭＳ－ＮＴＲＫ３、ＲＦＷＤ２－ＮＴＲＫ１、ＲＮＦ２１３－ＡＬＫ、ＲＮＦ２１３－ＮＴＲＫ１、ＲＲＢＰ１－ＡＬＫ、ＲＲＢＰ１－ＲＥＴ、ＳＡＴＢ１－ＡＬＫ、ＳＡＴＢ１－ＲＥＴ、ＳＣＡＦ１１－ＰＤＧＦＲＡ、ＳＣＰ２－ＮＴＲＫ１、ＳＣＹＬ３－ＮＴＲＫ１、ＳＤＣ４－ＮＲＧ１、ＳＤＣ４－ＲＯＳ１、ＳＥＣ３１Ａ－ＡＬＫ、ＳＨＣ１－ＥＲＢＢ２、ＳＩＬ１－ＮＲＧ２、ＳＬＣ３４Ａ２－ＭＥＴ、ＳＬＣ３４Ａ２－ＲＯＳ１、ＳＬＣ４５Ａ３－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＥＲＧ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＦＧＦＲ２、ＳＬＭＡＰ－ＮＴＲＫ２、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＳＰＥＣＣ１Ｌ－ＮＴＲＫ２、ＳＰＥＣＣ１Ｌ－ＮＴＲＫ３、ＳＰＴＢＮ１－ＡＬＫ、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ、ＳＱＳＴＭ１－ＦＧＦＲ１、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ１、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ２、ＳＱＳＴＭ１－ＮＴＲＫ３、ＳＲＧＡＰ３－ＲＡＦ１、ＳＲＧＡＰ３－ＳＲＧＡＰ３－ＲＡＦ１、ＳＳＢＰ２－ＮＴＲＫ１、ＳＴＲＮ－ＡＬＫ、ＳＴＲＮ－ＮＴＲＫ２、ＳＴＲＮ－ＮＴＲＫ３、ＳＴＲＮ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ１、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ２、ＳＴＲＮ３－ＮＴＲＫ３、ＴＢＣ１Ｄ２－ＮＴＲＫ２、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＮＲＧ１、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＢＬ１ＸＲ１－ＲＥＴ、ＴＦＧ－ＡＬＫ、ＴＦＧ－ＭＥＴ、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ１、ＴＦＧ－ＮＴＲＫ３、ＴＦＧ－ＲＥＴ、ＴＦＧ－ＲＯＳ１、ＴＩＭＰ３－ＡＬＫ、ＴＩＭＰ３－ＮＴＲＫ１、ＴＫＴ－ＥＲＢＢ２、ＴＬＥ４－ＮＴＲＫ２、ＴＭＥＭ１０６Ｂ－ＢＲＡＦ、ＴＭＥＭ１０６Ｂ－ＲＯＳ１、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ４、ＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＶ５、ＴＮＳ３－ＮＴＲＫ２、ＴＰ５３－ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３－ＡＬＫ、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３－ＲＯＳ１、ＴＰＭ４－ＡＬＫ、ＴＰＭ４－ＮＴＲＫ３、ＴＰＲ－ＡＬＫ、ＴＰＲ－ＢＲＡＦ、ＴＰＲ－ＦＧＦＲ１、ＴＰＲ－ＭＥＴ、ＴＰＲ－ＮＴＲＫ１、ＴＲＡＦ２－ＮＴＲＫ２、ＴＲＡＫ１－ＲＡＦ１、ＴＲＩＭ２４－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ２４－ＦＧＦＲ１、ＴＲＩＭ２４－ＮＴＲＫ２、ＴＲＩＭ２４－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ３３－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ３３－ＮＴＲＫ１、ＴＲＩＭ４－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ４－ＭＥＴ、ＴＲＩＭ６３－ＮＴＲＫ１、ＵＢＥ２Ｒ２－ＮＴＲＫ３、ＵＦＤ１－ＮＴＲＫ２、ＵＳＰ１３－ＰＩＫ３ＣＡ、ＶＡＮＧＬ２－ＮＴＲＫ１、ＶＣＡＮ－ＮＴＲＫ２、ＶＣＬ－ＡＬＫ、ＶＣＬ－ＮＴＲＫ２、ＶＩＭ－ＮＴＲＫ３、ＶＰＳ１８－ＮＴＲＫ３、ＷＨＳＣ１Ｌ１－ＦＧＦＲ１、ＷＨＳＣ１Ｌ１－ＮＵＴＭ１、ＷＩＰＦ２－ＥＲＢＢ２、ＷＮＫ２－ＮＴＲＫ２、ＺＢＴＢ７Ｂ－ＮＴＲＫ１及びＺＮＦ７１０－ＮＴＲＫ３といった変異からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
前記第３のＤＮＡフラグメントは、パートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列を含む、請求項１に記載の方法。
ステップ（ｂ）において、前記ＤＮＡは最初に遺伝子特異的プライマーを用いて増幅され、その後、ユニバーサルプライマーを用いて増幅されることで前記標的核酸を得る、請求項１に記載の方法。
前記シグナルは、色素、化学発光色素、蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、酵素、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、及びピレンからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
（ａ）スプリットプローブで標的核酸をプローブ付けするステップ、ここで、該スプリットプローブは、
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における前記第１のスプリットプローブの標的部位と前記第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／若しくは第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、前記標的核酸上における前記第１のスプリットプローブの標的部位と前記第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；
を有する；
（ｂ）前記スプリットプローブと前記標的核酸との結合を反映するシグナルを検出するステップ；
（ｃ）
（ｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであり、及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること；
（ｉｉ）前記第１のスプリットプローブが前記パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に結合すること及び／若しくは前記第２のスプリットプローブが前記標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に結合することに基づくシグナルの確認を通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメントが下流側ＤＮＡフラグメントであること及び／若しくは前記標的ＤＮＡフラグメントが上流側ＤＮＡフラグメントであること；又は
（ｉｉｉ）前記第３のスプリットプローブが前記第３のＤＮＡフラグメントに結合することに基づくシグナルを確認することを通じて、前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントと連結した前記第３のＤＮＡフラグメント；
を決定するステップ；
及び
（ｄ）前記標的核酸の長さが参照配列と同一であるか否か比較するステップ；
を含む、選択的スプライシングイベントを区別する方法。
前記標的核酸はオリゴヌクレオチドのセットを用いて増幅される、請求項２２に記載の方法。
前記標的核酸は、少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを用いるマルチプレックスＰＣＲによって増幅される、請求項２２に記載の方法。
（ｅ）独立したＰＣＲによって再確認すること、
をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
少なくとも２ペアの前記遺伝子特異的プライマーは、上流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている、請求項２４に記載の方法。
少なくとも２ペアの前記遺伝子特異的プライマーは、下流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている、請求項２４に記載の方法。
前記遺伝子特異的プライマーのうちの少なくとも１つが、ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする、請求項２４に記載の方法。
前記遺伝子特異的プライマーが、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～８０ｂｐの距離内を標的とする、請求項２４に記載の方法。
前記マルチプレックスＰＣＲでの生成物が、その後ユニバーサルプライマーを用いて増幅されることで前記標的核酸が得られる、請求項２４に記載の方法。
前記第１及び第２のスプリットプローブの標的部位とＤＮＡフラグメント連結境界との間の距離が、０～４０ｂｐの範囲内である、請求項２２に記載の方法。
前記スプリットプローブの長さが１０～６０ｂｐである、請求項２２に記載の方法。
ステップ（ａ）において、前記標的核酸は、スプリットプローブ及びＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする単一のプローブでプローブ付けされる、請求項２２に記載の方法。
前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントは、それぞれ、ＡＲ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣＣＮＤ１、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ、ＥＲ、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２、及びＶＥＧＦからなる群より選択される同一遺伝子の異なる配列を含む、請求項２２に記載の方法。
前記選択的スプライシングイベントは、ＢＣＲ－ＡＢＬ変異である、請求項２２に記載の方法。
前記第３のＤＮＡフラグメントは、パートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列を含む、請求項２２に記載の方法。
前記シグナルは、色素、化学発光色素、蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、酵素、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、及びピレンからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
（ａ）対象からの試料において、請求項１に記載の方法によってＤＮＡフラグメント連結イベントを検出すること、及び／又は請求項２２に記載の方法によって選択的スプライシングイベントを区別すること、を含む、前記対象ががん又は遺伝子型のリスクにあるかどうかを決定するステップ；並びに
（ｂ）以下を投与／実行（administer）するステップ
（ｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントを標的とするｓｉＲＮＡ；
（ｉｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントによりコードされる融合タンパク質の阻害剤；
（ｉｉｉ）治療有効量の、前記ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は前記選択的スプライシングイベントによりコードされる融合タンパク質を阻害する薬剤；
（ｉｖ）治療有効量の、サイトカイン、アポトーシス誘導剤、抗血管新生剤、化学療法剤、放射線治療剤、及び抗がん免疫毒素からなる群より選択される抗がん剤；又は
（ｖ）前記対象の細胞内で、標的化ゲノム編集処理を与えること、
を含む、対象を治療する方法。
前記ＤＮＡフラグメント連結イベントは、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２Ｅ２、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＭＩＭ１８、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０、及びＺＰＲ１からなる群より選択されるパートナー遺伝子の配列と共に現れる、請求項３８に記載の方法。
前記ＤＮＡフラグメントの連結イベントは、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２、及びＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される標的遺伝子の配列と共に現れる、請求項３８に記載の方法。
前記選択的スプライシングイベントは、ＡＲ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣＣＮＤ１、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ、ＥＲ、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２、及びＶＥＧＦからなる群から選択される同一遺伝子の異なる配列と共に現れる、請求項３８に記載の方法。
前記ＤＮＡフラグメント連結イベント又は前記選択的スプライシングイベントは、ＢＣＲ－ＡＢＬ変異である、請求項３８に記載の方法。
前記選択的スプライシングイベントは、構成的スプライシング、エクソンスキッピング、イントロン保持、相互排他的なエクソン、及び代替的な５’又は３’スプライス部位からなる群より選択される、請求項３８に記載の方法。
前記がんが、癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、及び骨髄腫からなる群より選択される、請求項３８に記載の方法。
前記がんが、脳がん、乳がん、結腸がん、内分泌腺がん、食道がん、女性生殖器がん、頭頸部がん、肝胆道系がん、腎臓がん、肺がん、間葉系細胞新生物、前立腺がん、皮膚がん、胃がん、膵外分泌腫瘍、及び泌尿器系がんからなる群から選択される、請求項３８に記載の方法。
（ａ）オリゴヌクレオチドのセット；
（ｂ）以下を含むスプリットプローブ
（ｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／又は第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、標的核酸上における前記第１のスプリットプローブの標的部位と前記第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；又は
（ｉｉ）パートナーＤＮＡフラグメントの５’末端に相補的な第１のスプリットプローブ、標的ＤＮＡフラグメントの３’末端に相補的な第２のスプリットプローブ、及び／又は第３のＤＮＡフラグメントに相補的な第３のスプリットプローブ、ここで、標的核酸上における前記第１のスプリットプローブの標的部位と前記第２のスプリットプローブの標的部位との間のギャップは０～８０ｂｐの範囲内である；
並びに
（ｃ）スプリットプローブのハイブリダイゼーションシグナルを検出するためのプローブハイブリダイゼーションアッセイ、ここで、該プローブハイブリダイゼーションアッセイは、色素、化学発光色素、蛍光分子、放射性同位体、スピンラベル、酵素、ハプテン、量子ドット、ビーズ、アミノヘキシル、及びピレンを含む、
を含む、ＤＮＡフラグメント連結イベント及び／又は選択的スプライシングイベントを有する試料を検出するためのキット。
前記セットのオリゴヌクレオチドは、遺伝子特異的プライマー又は遺伝子特異的プローブである、請求項４６に記載のキット。
少なくとも２ペアの遺伝子特異的プライマーを含む、請求項４６に記載のキット。
前記遺伝子特異的プライマーは、上流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている、請求項４８に記載のキット。
前記遺伝子特異的プライマーは、下流側ＤＮＡフラグメントとしての前記パートナーＤＮＡフラグメントから前記標的核酸を得るように設計されている、請求項４８に記載のキット。
ユニバーサルプライマーをさらに含む、請求項４６に記載のキット。
前記遺伝子特異的プライマーのうちの少なくとも１つが、ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする、請求項４８に記載のキット。
前記遺伝子特異的プライマーは、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～８０ｂｐの距離内を標的とする、請求項４８に記載のキット。
前記第１のスプリットプローブ又は前記第２のスプリットプローブが、ＤＮＡフラグメント連結境界から０～４０ｂｐの距離内を標的とする、請求項４６に記載のキット。
前記第１のスプリットプローブは、配列番号３２、３５、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される、請求項４６に記載のキット。
前記第２のスプリットプローブは、配列番号３３、３６、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される、請求項４６に記載のキット。
前記第３のスプリットプローブは、配列番号３２、３３、３５、３６、及びそのいずれかの相補配列からなる群から選択される、請求項４６に記載のキット。
前記スプリットプローブの長さが１０～６０ｂｐである、請求項４６に記載のキット。
ＤＮＡフラグメント連結境界を標的とする単一のプローブをさらに含む、請求項４６に記載のキット。
前記第１のスプリットプローブが、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＡＰ１、ＡＦＦ１、ＡＧＡＰ３、ＡＧＢＬ４、ＡＧＧＦ１、ＡＫＡＰ１３、ＡＫＡＰ６、ＡＫＡＰ９、ＡＭＯＴＬ２、ＡＮＫＲＤ１１、ＡＰＩＰ、ＡＲＧＬＵ１、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＴＧ７、ＡＴＰ１Ｂ、ＢＡＧ４、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＢＣＡＮ、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＩＣＣ１、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＴＢＤ１、ＣＡＰＺＡ２、ＣＢＲ４、ＣＣＤＣ１７０、ＣＣＤＣ６、ＣＤ７４、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＥＬ、ＣＥＰ１７０、ＣＦＢ、ＣＨＴＯＰ、ＣＬＣＮ６、ＣＬＩＰ１、ＣＬＩＰ２、ＣＬＴＣ、ＣＮＩＨ４、ＣＮＴＲＬ、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＤ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＴＲＣ、ＣＴＴＮ、ＣＵＸ１、ＣＹＳＴＭ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＤＡＺＬ、ＤＣＴＮ１、ＤＬＧ１、ＤＮＡＪＣ７、ＤＮＡＪＣ８、ＥＩＦ３Ｅ、ＥＬＬ、ＥＭＬ１、ＥＭＬ４、ＥＮＯ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＳ１５、ＥＲＣ１、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＡＭ１３１Ｂ、ＦＡＴ１、ＦＣＧＲＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＫＢＰ１０、ＦＮ１、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＦＲＹ、ＦＵＳ、ＧＫＡＰ１、ＧＯＬＧＡ４、ＧＯＮ４Ｌ、ＧＯＰＣ、ＧＲＢ７、ＧＲＨＬ２、ＧＲＩＰＡＰ、ＧＳＥ１、ＧＴＦ２Ｅ２、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＨＡＣＬ１、ＨＩＰ１、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＩＫＺＦ２、ＩＫＺＦ３、ＩＱＳＥＣ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＪＡＫ２、ＫＡＮＫ１、ＫＣＴＤ１６、ＫＣＴＤ８、ＫＨＤＲＢＳ１、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＲＴ２０、ＫＲＴ３９、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＴＮ１、ＬＩＰＩ、ＬＭＮＡ、ＬＭＮＴＤ１、ＬＲＲＣ７１、ＬＲＲＦＩＰ１、ＬＴＢＰ４、ＬＹＮ、ＭＡＤ２Ｌ２、ＭＡＧＩ３、ＭＢＩＰ、ＭＢＮＬ１、ＭＥＤ１、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＴ、ＭＩＲ５４８Ｆ１、ＭＫＲＮ１、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＰＲＩＰ、ＭＲＰＬ２４、ＭＳＮ、ＭＴＳＳ１、ＭＵＣ２、ＭＹＨ９、ＭＹＯ５Ａ、ＮＡＣＣ２、ＮＡＶ１、ＮＢＰＦ２０、ＮＣＯＡ４、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＳ１ＡＰ、ＮＲＧ１、ＮＲＩＰ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、Ｐ２ＲＸ５、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＩＰ１、ＰＡＮ３、ＰＡＰＤ７、ＰＡＲＮ、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＡＲ１、ＰＧＡＰ３、ＰＨＣ３、ＰＨＦ２０、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＭＬ、ＰＯＬＤ４、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＰＬ、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＫＡＲ２Ａ、ＰＲＰＳＡＰ１、ＰＳＭＢ３、ＰＴＰＲＲ、ＰＴＰＲＺ１、ＱＫＩ、ＲＡＣ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＮＢＰ２、ＲＢＰＭＳ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＮＦ２１３、ＲＯＳ１、ＲＲＢＰ１、ＳＡＴＢ１、ＳＣＡＦ１１、ＳＣＰ２、ＳＣＹＬ３、ＳＤＣ４、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＰ６、ＳＥＰ９、ＳＨＣ１、ＳＨＫＢＰ１、ＳＩＬ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＬＣ４Ａ４、ＳＬＭＡＰ、ＳＭＩＭ１８、ＳＮＤ１、ＳＰＥＣＣ１Ｌ、ＳＰＴＢＮ１、ＳＰＴＢＮ２、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣＩＮ１、ＳＲＧＡＰ３、ＳＳＢＰ２、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＳＴＲＮ、ＳＴＲＮ３、ＴＡＣＣ３、ＴＡＤＡ２Ａ、ＴＡＴＤＮ１、ＴＢＣ１Ｄ２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＦＧ、ＴＩＭＰ３、ＴＫＴ、ＴＬＥ４、ＴＭＥＭ１０６Ｂ、ＴＭＥＭ４０、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＳ３、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ２、ＴＲＡＫ１、ＴＲＩＭ２４、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＭ４、ＴＲＩＭ６３、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＦＤ１、ＵＳＰ１３、ＶＡＮＧＬ２、ＶＣＡＮ、ＶＣＬ、ＶＩＭ、ＶＰＳ１８、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＷＮＫ２、ＸＢＰ１、ＺＡＮ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＮＦ７１０、及びＺＰＲ１からなる群から選択されるパートナー遺伝子の配列を含む前記パートナーＤＮＡフラグメントに相補的である、請求項４６に記載のキット。
前記第２のスプリットプローブは、ＡＢＬ、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤ７４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ４、ＥＲＧ、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＺＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＫＩＴ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＥＴ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＴＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＲＳＰＯ２、ＳＤＣ４、ＳＬＣ３４Ａ２、及びＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される標的遺伝子の配列を含む前記標的ＤＮＡフラグメントに相補的である、請求項４６に記載のキット。
前記第１のスプリットプローブ及び前記第２のスプリットプローブは、ＡＲ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＣＯＲ、ＢＩＮ１、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＡＳＰ２、ＣＤ１９、ＣＤ４４、ＣＸＣＲ３、ＣＣＮＤ１、ＤＭＰ１、ＣＤＨ１、ＥＧＦＲ、ＥＲ、ＥＺＨ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＫＺＦ１、ＫＬＦ６、ＫＲＡＳ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＭＣＬ１、ＭＤＭ４、ＭＥＴ、ＭＮＫ２、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＫＭ、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＯＮ、ＲＰＳ６ＫＢ、ＳＴＡＴ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ２、及びＶＥＧＦからなる群から選択される同一遺伝子の異なる配列をそれぞれ含む前記パートナーＤＮＡフラグメント及び前記標的ＤＮＡフラグメントに相補的である、請求項４６に記載のキット。
前記ＤＮＡフラグメント連結イベント又は前記選択的スプライシングイベントは、ＢＣＲ－ＡＢＬ変異である、請求項４６に記載のキット。
前記第３のスプリットプローブは、パートナー遺伝子又は標的遺伝子の配列を含む前記第３のＤＮＡフラグメントに相補的である、請求項４６に記載のキット。