JP2023548586A - タンパク質ペイロード放出 - Google Patents
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Abstract
本明細書中には、キメラタンパク質、具体的には、膜切断可能なキメラシステムが記載される。核酸、細胞、及びそれらに関する方法もまた、本明細書中に記載される。TIFF2023548586000047.tif78170
Description
関連出願の相互参照
本出願によって、2021年5月25日に出願された米国仮出願第63/193,004号及び2020年11月4日に出願された第63/109,812号の利益が主張され、それらの各々が、それらの全体において、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
本出願によって、2021年5月25日に出願された米国仮出願第63/193,004号及び2020年11月4日に出願された第63/109,812号の利益が主張され、それらの各々が、それらの全体において、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
配列表
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体において、参照により本明細書により組み入れられる。当該ASCIIコピーは、20XX年XXXXに作成され、XXX-XXX_sequencelisting.txtと名付けられ、サイズは###,###バイトである。
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体において、参照により本明細書により組み入れられる。当該ASCIIコピーは、20XX年XXXXに作成され、XXX-XXX_sequencelisting.txtと名付けられ、サイズは###,###バイトである。
背景
細胞ベースの治療プラットフォームによって、様々な疾患を治療するための有望な手段が提供される。一つのそのような有望なプラットフォームは、癌の治療におけるCAR-Tベースの治療である。それらの見込みを仮定すると、細胞ベースの治療における改善が必要である。探索の活発な分野は、細胞ベースの治療を増強する、アーマリング(armoring)として言及されるプロセスである、エフェクター分子、例えばサイトカインなどを産生及び/又は分泌するための細胞ベースの治療を操作することである。例えば、非アーマリングCAR-T治療は、固形腫瘍において不十分な有効性を有し、アーマリングは癌免疫サイクル全体に影響を及ぼし、CAR-Tの活性を強化することができる。しかし、制御又は未制御のアーマリング戦略は、治療に対してマイナスの影響、例えば対象におけるオフターゲット効果及び毒性などを有し得る。このように、細胞ベースの治療のアーマリングを制御及び調節する追加の方法、例えばペイロードエフェクター分子の産生及び/又は分泌を調節するなどが必要である。
細胞ベースの治療プラットフォームによって、様々な疾患を治療するための有望な手段が提供される。一つのそのような有望なプラットフォームは、癌の治療におけるCAR-Tベースの治療である。それらの見込みを仮定すると、細胞ベースの治療における改善が必要である。探索の活発な分野は、細胞ベースの治療を増強する、アーマリング(armoring)として言及されるプロセスである、エフェクター分子、例えばサイトカインなどを産生及び/又は分泌するための細胞ベースの治療を操作することである。例えば、非アーマリングCAR-T治療は、固形腫瘍において不十分な有効性を有し、アーマリングは癌免疫サイクル全体に影響を及ぼし、CAR-Tの活性を強化することができる。しかし、制御又は未制御のアーマリング戦略は、治療に対してマイナスの影響、例えば対象におけるオフターゲット効果及び毒性などを有し得る。このように、細胞ベースの治療のアーマリングを制御及び調節する追加の方法、例えばペイロードエフェクター分子の産生及び/又は分泌を調節するなどが必要である。
概要
本明細書中で提供されるのは、一部の実施形態では、細胞ベースの治療の調節されたアーマリング、例えばペイロードエフェクター分子の調節された分泌などを含む、細胞ベースの治療プラットフォームである。また、本明細書中で提供されるのは、一部の実施形態では、癌、例えば卵巣癌、乳癌、結腸癌、肺癌、及び膵臓癌などの標的治療のための調節されたアーマリングを含む、組み合わせ細胞ベースの免疫療法である。
本明細書中で提供されるのは、一部の実施形態では、細胞ベースの治療の調節されたアーマリング、例えばペイロードエフェクター分子の調節された分泌などを含む、細胞ベースの治療プラットフォームである。また、本明細書中で提供されるのは、一部の実施形態では、癌、例えば卵巣癌、乳癌、結腸癌、肺癌、及び膵臓癌などの標的治療のための調節されたアーマリングを含む、組み合わせ細胞ベースの免疫療法である。
本明細書中で提供される治療によって、しかし、アーマリングの全身毒性が限定され得る。例えば、本明細書中で提供される免疫療法は、腫瘍特異的で有効であり得る一方で、アーマリングに起因する全身毒性及び/又は他のオフターゲット効果を限定する。これらの治療は、目的のタンパク質、例えば免疫調節エフェクター分子などを、調節された様式で送達し、分泌動態、細胞状態の特異性、及び細胞又は組織の特異性の調節を含む。送達媒体の設計は、細胞ベースの治療、例えば癌治療などにおける全体的な機能を改善させるために最適化されており、限定されないが、膜切断部位、プロモーター、リンカー、シグナルペプチド、送達方法、免疫調節エフェクター分子の組み合わせ、調節、及び順序の最適化を含む。
本開示により包含されるエフェクター分子の非限定的な例は、サイトカイン、抗体、ケモカイン、ヌクレオチド、ペプチド、酵素、及び腫瘍溶解性ウイルスを含む。例えば、細胞は、以下のエフェクター分子の少なくとも一つ、二つ、三つ又はそれ以上を、調節された様式において発現及び分泌するように操作され得る:IL-12、IL-16、IFN-β、IFN-γ、IL-2、IL-15、IL-7、IL-36γ、IL-18、IL-1β、IL-21、OX40リガンド、CD40L、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗CTLA-4抗体、抗TGFβ抗体、抗TNFR2、MIP1α(CCL3)、MIP1β(CCL5)、CCL21、CpGオリゴデオキシヌクレオチド、及び抗腫瘍ペプチド(例、抗腫瘍活性を有する抗菌ペプチド。例えば、Gaspar,D.et al.Front Microbiol.2013; 4: 294; Chu,H.et al.PLoS One.2015; 10(5): e0126390、及びウェブサイト:aps.unmc.edu/AP/main.phpを参照のこと)。
本明細書中で提供されるのは、N末端からC末端へと配向された、プロモーターと膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む、操作された核酸であって、式:S-C-MT又はMT-C-Sを有し、それにおいて、Sは分泌性エフェクター分子を含み、Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつMTは細胞膜係留ドメインを含み、それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている。
また、本明細書中で提供されるのは、N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:S-C-MT又はMT-C-Sを有し、それにおいて、Sは分泌性エフェクター分子を含み、Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつMTは細胞膜係留ドメインを含み、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている。
また、本明細書中で提供されるのは、操作された核酸を含む単離細胞であって、それにおいて、操作された核酸は、N末端からC末端へと配向された、プロモーターと膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含み、式:S-C-MT又はMT-C-Sを有し、それにおいて、Sは分泌性エフェクター分子を含み、Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつMTは細胞膜係留ドメインを含み、それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている。
また、本明細書中で提供されるのは、膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞であって、それにおいて、N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質は、式:S-C-MT又はMT-C-Sを有し、それにおいて、Sは分泌性エフェクター分子を含み、Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつMTは細胞膜係留ドメインを含み、ならびに、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている。
また、本明細書中で提供されるのは、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法であって、以下を含む:a)細胞を提供することであって、それにおいて、細胞は、N末端からC末端へと配向された膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質を含み、式:S-C-MT又はMT-C-Sを有し、それにおいて、Sは、分泌性エフェクター分子を含み、Cは、膜結合プロテアーゼの同族プロテアーゼ切断部位を含み、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一のポリペプチドとして発現するように構成され;及びb)膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で細胞を培養すること、それにおいて、発現時に、膜切断可能なキメラタンパク質は、細胞の細胞膜に係留され、それにおいて、発現時に、膜結合プロテアーゼは、膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより、分泌性エフェクター分子を細胞膜から放出する。
一部の態様では、プロモーターは、構成的プロモーターである。一部の態様では、構成的プロモーターは、以下からなる群から選択される:CAG、HLP、CMV、EFS、SFFV、SV40、MND、PGK、UbC、hEF1aV1、hCAGG、hEF1aV2、hACTb、heIF4A1、hGAPDH、hGRP78、hGRP94、hHSP70、hKINb、及びhUBIb。一部の態様では、プロモーターは、誘導性プロモーターである。一部の態様では、誘導性プロモーターは、最小プロモーター及び以下からなる群から選択される応答エレメントを含む:NFkB応答エレメント、CREB応答エレメント、NFAT応答エレメント、SRF応答エレメント1、SRF応答エレメント2、AP1応答エレメント、TCF-LEF応答エレメントプロモーター融合体、低酸素応答エレメント、SMAD結合エレメント、STAT3結合部位、インデューサー分子応答プロモーター、及びそれらのタンデムリピート。
一部の態様では、プロモーターは、合成プロモーターである。一部の態様では、合成プロモーターは、活性化-条件付き対照ポリペプチド-(ACP-)結合ドメイン配列及びプロモーター配列を含む。一部の態様では、プロモーター配列は、以下からなる群から選択されるプロモーターに由来する:minP、NFkB応答エレメント、CREB応答エレメント、NFAT応答エレメント、SRF応答エレメント1、SRF応答エレメント2、AP1応答エレメント、TCF-LEF応答エレメントプロモーター融合体、低酸素応答性エレメント、SMAD結合エレメント、STAT3結合部位、minCMV、YB_TATA、minTK、インデューサー分子応答性プロモーター、及びそれらのタンデムリピート。一部の態様では、ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含む。一部の態様では、合成プロモーターは、合成プロモーターのACP結合ドメインに結合する活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)により調節可能である。
一部の態様では、ACPは、転写モジュレーターである。一部の態様では、ACPは、転写リプレッサーである。一部の態様では、ACPは、転写アクチベーターである。一部の態様では、ACPは、抑制性プロテアーゼ及び抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位をさらに含む。一部の態様では、ACPは、エストロゲン受容体のホルモン結合ドメイン(ERT2ドメイン)をさらに含む。
一部の態様では、ACPは、転写因子である。一部の態様では、転写因子は、ジンクフィンガー含有転写因子である。一部の態様では、ACPは、DNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)及び転写エフェクタードメインを含む。一部の態様では、ZFタンパク質ドメインは、モジュラー設計であり、ジンクフィンガーアレイ(ZFA)で構成される。一部の態様では、ZFタンパク質ドメインは、1~10のZFAを含む。
一部の態様では、エフェクタードメインは、以下からなる群から選択される:単純ヘルペスウイルスタンパク質 16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーを含む活性化ドメイン、VP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン-バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメイン(VPR活性化ドメイン)を含むトリパータイトアクチベーター;ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300 HATコア活性化ドメイン);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPWモチーフ、このモチーフはWRPW抑制ドメインとして公知である;DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン。
一部の態様では、抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位は、ZFタンパク質ドメインとエフェクタードメインの間に局在化している。一部の態様では、抑制性プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である。一部の態様では、同族切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む。一部の態様では、NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合点切断部位を含む。一部の態様では、NS3プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る。一部の態様では、プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群から選択される:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビル。
一部の態様では、ACPは、タモキシフェン又はその代謝物へのERT2ドメインの結合時に核局在化を受けることが可能である。一部の態様では、タモキシフェン代謝物は、以下からなる群から選択される:4-ヒドロキシタモキシフェン、N-デスメチルタモキシフェン、タモキシフェン-N-オキシド、及びエンドキシフェン。
一部の態様では、ACPは、デグロンドメインをさらに含み、それにおいて、デグロンドメインは、ACPに動作可能に連結されている。一部の態様では、デグロンドメインは、HCV NS4デグロン、PEST(ヒトIκBαの残基277~307の二つのコピー)、GRR(ヒトp105の残基352~408)、DRR(酵母Cdc34の残基210~295)、SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2)、RPB(酵母RPBの残基1688~1702の四つのコピー)、SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(インフルエンザAウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2)、NS2(インフルエンザAウイルスNSタンパク質の残基79~93の三つのコピー)、ODC(オルニチン脱炭酸酵素の残基106~142)、Nek2A、マウスODC(残基422~461)、マウスODC_DA(D433A及びD434Aの点変異を含むmODCの残基422~461)、APC/C デグロン、COP1 E3リガーゼ結合デグロンモチーフ、CRL4-Cdt2結合PIPデグロン、アクチンフィリン結合デグロン、KEAP1結合デグロン、KLHL2及びKLHL3結合デグロン、MDM2結合モチーフ、Nデグロン、低酸素シグナル伝達におけるヒドロキシプロリン修飾、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、DSGxxSリン酸依存性デグロン、Siah結合モチーフ、SPOP SBCドッキングモチーフ、及びPCNA結合PIPボックスからなる群から選択される。一部の態様では、デグロンドメインは、免疫調節薬物(IMiD)に応答してCRBNに結合することが可能なセレブロン(CRBN)ポリペプチド基質ドメインを含み、それにより、ACPのユビキチン経路媒介性分解を促進する。一部の態様では、CRBNポリペプチド基質ドメインは、以下からなる群から選択される:IKZF1、IKZF3、CK1a、ZFP91、GSPT1、MEIS2、GSS E4F1、ZN276、ZN517、ZN582、ZN653、ZN654、ZN692、ZN787、及びZN827又はCRBNの薬物誘導性結合が可能なその断片。一部の態様では、CRBNポリペプチド基質ドメインは、天然CRBNポリペプチド配列のキメラ融合産物である。一部の態様では、CRBNポリペプチド基質ドメインは、FNVLMVHKRSHTGERPLQCEICGFTCRQKGNLLRHIKLHTGEKPFKCHLCNYACQRRDALのアミノ酸配列(配列番号175)を有するIKZF3/ZFP91/IKZF3キメラ融合産物である。一部の態様では、IMiDは、FDA承認薬物である。一部の態様では、IMiDは、以下からなる群から選択される:サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドマイド。一部の態様では、デグロンドメインは、抑制性プロテアーゼのN末端、抑制性プロテアーゼのC末端、ZFタンパク質ドメインのN末端、ZFタンパク質ドメインのC末端、エフェクタードメインのN末端、又はエフェクタードメインのC末端である。
一部の態様では、プロモーターは、組織特異的プロモーターである。
一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む。一部の態様では、シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む。一部の態様では、シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む。一部の態様では、非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、以下からなる群から選択される:IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL6、IL8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSF。
一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群から選択される:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素。一部の態様では、サイトカインは、以下からなる群から選択される:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファ。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を有するIL-15を含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rαsushiドメインを含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を有するIL-15/IL-15Rαsushiドメイン融合タンパク質を含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rαsushiドメインからなる。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、IL-12を含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、IL-12p70融合タンパク質を含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を有するIL-12p70融合タンパク質を含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子はIL-12からなる。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、IL-12p70融合タンパク質からなる。一部の態様では、分泌性エフェクター分子はIL-15である。一部の態様では、ケモカインは、以下からなる群から選択される:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1。一部の態様では、ホーミング分子は、以下からなる群から選択される:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2。一部の態様では、成長因子は、以下からなる群から選択される:FLT3L及びGM-CSF。一部の態様では、共活性化分子は、以下からなる群から選択される:4-1BBL及びCD40L。一部の態様では、腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群から選択される:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2。一部の態様では、TGFベータ阻害剤は、以下からなる群から選択される:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせ。一部の態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群から選択される:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、 抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体。一部の態様では、VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む。一部の態様では、分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である。
一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群から選択される:1型膜貫通プロテアーゼ切断部位、II型膜貫通プロテアーゼ切断部位、GPIアンカー型プロテアーゼ切断部位、ADAM8プロテアーゼ切断部位、ADAM9プロテアーゼ切断部位、ADAM10プロテアーゼ切断部位、ADAM12プロテアーゼ切断部位、ADAM15プロテアーゼ切断部位、ADAM17プロテアーゼ切断部位、ADAM19プロテアーゼ切断部位、ADAM20プロテアーゼ切断部位、ADAM21プロテアーゼ切断部位、ADAM28プロテアーゼ切断部位、ADAM30プロテアーゼ切断部位、ADAM33プロテアーゼ切断部位、BACE1プロテアーゼ切断部位、BACE2プロテアーゼ切断部位、SIPプロテアーゼ切断部位、MT1-MMPプロテアーゼ切断部位、MT3-MMPプロテアーゼ切断部位、MT5-MMPプロテアーゼ切断部位、フリンプロテアーゼ切断部位、PCSK7プロテアーゼ切断部位、マトリプターゼプロテアーゼ切断部位、マトリプターゼ2プロテアーゼ切断部位、MMP9プロテアーゼ切断部位、及びNS3プロテアーゼ切断部位。一部の態様では、 プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群から選択されるプロテアーゼにより切断可能である:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼ。
一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む。一部の態様では、第一の領域は、第二の領域のN末端に位置する。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、T、又はAである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、又はTである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む。
一部の態様では、細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む。一部の態様では、膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する。一部の態様では、細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む。
一部の態様では、細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である。一部の態様では、翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ。
一部の態様では、細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現する場合、分泌性エフェクター分子は、細胞膜から放出される。一部の態様では、細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である。一部の態様では、プロテアーゼは、以下からなる群から選択される:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼ。一部の態様では、プロテアーゼは、ADAM17プロテアーゼである。
一部の態様では、細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である。一部の態様では、プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む。一部の態様では、NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合点切断部位を含む。一部の態様では、プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤によって抑制され得る。一部の態様では、プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群から選択される:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビル。一部の態様では、プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である。一部の態様では、発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される。
一部の態様では、操作された核酸は、以下からなる群から選択される一本鎖又は二本鎖核酸である:DNA、cDNA、RNA、mRNA、及びネイキッドプラスミド。
一部の態様では、単離された細胞は、以下からなる群から選択される:T細胞、CD8+ T細胞、CD4+ T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラル キラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞。一部の態様では、単離された細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞である。
一部の態様では、単離された細胞は、自家である。一部の態様では、単離された細胞は、同種である。一部の態様では、単離された細胞は、以下からなる群から選択される腫瘍細胞である:膀胱腫瘍細胞、脳腫瘍細胞、乳房腫瘍細胞、子宮頸部腫瘍細胞、結腸直腸腫瘍細胞、食道腫瘍細胞、神経膠腫細胞、腎臓腫瘍細胞、肝臓腫瘍細胞、肺腫瘍細胞、メラノーマ細胞、卵巣腫瘍細胞、膵臓腫瘍細胞、前立腺腫瘍細胞、皮膚腫瘍細胞、甲状腺腫瘍細胞、及び子宮腫瘍細胞。
一部の態様では、単離された細胞を、腫瘍溶解性ウイルスを用いた形質導入を介して操作した。
一部の態様では、単離された細胞は、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含む。一部の態様では、プロテアーゼは、内因性プロテアーゼを含む。一部の態様では、内因性プロテアーゼは、以下からなる群から選択される:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼ。一部の態様では、内因性プロテアーゼは、ADAM17プロテアーゼである。一部の態様では、プロテアーゼは、異種プロテアーゼである。一部の態様では、異種プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である。一部の態様では、プロテアーゼは、単離された細胞の細胞膜上で発現する。一部の態様では、プロテアーゼは、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能である。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位の切断によって、単離された細胞の細胞膜から分泌性エフェクター分子が放出される。
一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む。一部の態様では、第一の領域は、第二の領域のN末端に位置する。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、T、又はAである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、又はTである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む。
一部の態様では、単離された細胞は、抗原認識受容体をさらに含む。一部の態様では、抗原認識受容体は、以下からなる群から選択される抗原を認識する:5T4、ADAM9、AFP、AXL、B7-H3、B7-H4、B7-H6、C4.4、CA6、カドヘリン3、カドヘリン6、CCR4、CD123、CD133、CD138、CD142、CD166、CD25、CD30、CD352、CD37、CD38、CD44、CD56、CD66e、CD70、CD71、CD74、CD79b、CD80、CEA、CEACAM5、クローディン18.2、cMet、CSPG4、CTLA、DLK1、DLL3、DR5、EGFR、ENPP3、EpCAM、EphA2、エフリンA4、ETBR、FGFR2、FGFR3、FRアルファ、FRb、GCC、GD2、GFRa4、gpA33、GPC3、gpNBM、GPRC5、HER2、IL-13R、IL-13Ra、IL-13Ra2、IL-8、IL-15、IL1RAP、インテグリンaV、KIT、L1CAM、LAMP1、ルイスY、LeY、LIV-1、LRRC、LY6E、MCSP、メソテリン、MUC1、MUC16、MUC1C、NaPi2B、ネクチン4、NKG2D、NOTCH3、NY ESO 1、オバリン、Pカドヘリン、pan-Erb2、PSCA、PSMA、PTK7、ROR1、S Aures、SCT、SLAMF7、SLITRK6、SSTR2、STEAP1、サバイビン、TDGF1、TIM1、TROP2、及びWT1。一部の態様では、抗原認識受容体は、抗原結合ドメインを含む。一部の態様では、抗原結合ドメインは、抗体、抗体の抗原結合断片、F(ab)断片、F(ab’)断片、一本鎖可変断片(scFv)、又は単一ドメイン抗体(sdAb)を含む。一部の態様では、抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片(scFv)を含む。一部の態様では、scFvは、重鎖可変ドメイン(VH)及び軽鎖可変ドメイン(VL)を含む。一部の態様では、VH及びVLは、ペプチドリンカーにより分離される。一部の態様では、scFvは、構造VH-L-VL又はVL-L-VHを含み、それにおいて、VHは重鎖可変ドメインであり、Lはペプチドリンカーであり、かつVLは軽鎖可変ドメインである。一部の態様では、抗原認識受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)又はT細胞受容体(TCR)である。
一部の態様では、抗原認識受容体は、CARである。一部の態様では、CARは、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含み、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインは、以下からなる群から選択される:CD3ゼータ鎖細胞内シグナル伝達ドメイン、CD97細胞内シグナル伝達ドメイン、CD11a-CD18細胞内シグナル伝達ドメイン、CD2細胞内シグナル伝達ドメイン、ICOS細胞内シグナル伝達ドメイン、CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、CD154細胞内シグナル伝達ドメイン、CD8細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40細胞内シグナル伝達ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ZAP40細胞内シグナル伝達ドメイン、CD30細胞内シグナル伝達ドメイン、GITR細胞内シグナル伝達ドメイン、HVEM細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP10細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP12細胞内シグナル伝達ドメイン、及びMyD88細胞内シグナル伝達ドメイン。一部の態様では、CARは、膜貫通ドメインを含み、膜貫通ドメインは、以下からなる群から選択される:CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、CD3ゼータ鎖膜貫通ドメイン、CD4膜貫通ドメイン、4-1BB膜貫通ドメイン、OX40膜貫通ドメイン、ICOS膜貫通ドメイン、CTLA-4膜貫通ドメイン、PD-1膜貫通ドメイン、LAG-3膜貫通ドメイン、2B4膜貫通ドメイン、及びBTLA膜貫通ドメイン。一部の態様では、CARは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインの間にスペーサー領域を含む。
また、本明細書中で提供されているのは、本明細書中に記載されている、単離された細胞のいずれか、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物である。
また、本明細書中で提供されているのは、それを必要とする対象を治療する方法であって、この方法は、本明細書中に記載されている、治療有効用量の単離された細胞又は本明細書中に記載されている組成物のいずれかを投与することを含む。一部の態様では、単離された細胞は、対象に由来する。一部の態様では、単離された細胞は、対象に関して同種である。一部の態様では、方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む。一部の態様では、このチェックポイント阻害剤は、以下からなる群から選択される:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体。一部の態様では、方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む。
また、本明細書中で提供されているのは、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか、又は本明細書中に記載される発現ベクターのいずれか、又は本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質のいずれかを含む脂質ベースの構造である。一部の態様では、脂質ベースの構造は、細胞外小胞、脂質ナノ粒子、ミセル、又はリポソームを含む。一部の態様では、細胞外小胞は、以下からなる群から選択される:ナノ小胞及びエキソソーム。一部の態様では、脂質ベースの構造は、脂質ナノ粒子又はミセルを含む。一部の態様では、脂質ベースの構造は、リポソームを含む。
また、本明細書中で提供されているのは、本明細書中に記載される脂質ベースの構造のいずれか、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物である。
また、本明細書中で提供されているのは、それを必要とする対象を治療する方法であって、この方法は、本明細書中に記載される、治療有効用量の脂質ベースの構造のいずれか又は本明細書中に記載される組成物のいずれかを投与することを含む。一部の態様では、投与は、全身投与を含む。一部の態様では、脂質ベースの構造は、対象において細胞を操作することが可能である。一部の態様では、方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む。一部の態様では、このチェックポイント阻害剤は、以下からなる群から選択される:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体。一部の態様では、方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む。
また、本明細書中で提供されているのは、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか、又は本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質のいずれかを含むナノ粒子である。一部の態様では、ナノ粒子は無機材料を含む。
また、本明細書中で提供されているのは、本明細書中に記載されるナノ粒子のいずれかを含む組成物である。
また、本明細書中で提供されているのは、それを必要とする対象を治療する方法であって、この方法は、本明細書中に記載される、治療有効用量のナノ粒子のいずれか、又は本明細書中に記載される組成物のいずれかを投与することを含む。一部の態様では、投与は、全身投与を含む。一部の態様では、このナノ粒子は、対象において細胞を改変することが可能である。一部の態様では、方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む。一部の態様では、このチェックポイント阻害剤は、以下からなる群から選択される:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体。一部の態様では、方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む。
また、本明細書中で提供されているのは、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか、又は本明細書中に記載される発現ベクターのいずれかを含むように操作されたウイルスである。一部の態様では、ウイルスは、以下からなる群から選択される:レンチウイルス、レトロウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、及びウイルス様粒子(VLP)。
また、本明細書中で提供されているのは、本明細書中に記載される、操作された細胞のいずれか、及び薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物である。
また、本明細書中で提供されているのは、それを必要とする対象を治療する方法であって、この方法は、本明細書中に記載される操作されたウイルスのいずれか、又は本明細書中に記載される組成物のいずれかの治療有効用量を投与することを含む。一部の態様では、投与は、全身投与を含む。一部の態様では、操作されたウイルスは、対象において細胞に感染して、発現カセットを発現する。一部の態様では、方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む。一部の態様では、このチェックポイント阻害剤は、以下からなる群から選択される:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体。一部の態様では、方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む。
詳細な説明
キメラタンパク質(又はキメラタンパク質をコードする操作された核酸)が、本明細書中で提供され、N末端からC末端へと配向され、単一のポリペプチドとして発現する式S-C-MT又はMT-C-Sを有する。Sは分泌性エフェクター分子を指す。Cはプロテアーゼ切断部位を指す。MTは細胞膜係留ドメインを指す。膜切断可能なキメラタンパク質が操作され、エフェクター分子の分泌が、プロテアーゼ依存性の様式において調節されることができるようにする。具体的には、膜切断可能なキメラタンパク質を操作して、エフェクター分子の分泌が、「膜切断可能な」システムの一部として調節され得るようにし、ここで、プロテアーゼ切断部位(「C」)及び細胞膜係留ドメイン(「MT」)の組み入れによって、プロテアーゼ依存性の様式においてエフェクター分子の調節された分泌が可能になる。理論により拘束されることを望まないが、膜切断可能なキメラタンパク質中に存在する膜切断可能なシステムの構成要素によって、一般的に、以下の細胞過程を通して分泌が調節される:
-MT:細胞膜係留ドメインは、細胞膜中に挿入されるように、又は細胞膜と会合される(「係留される」)ように、キメラタンパク質の細胞輸送を方向付ける膜貫通ドメイン(又は膜貫通-細胞内ドメイン)を含む。
-C:細胞膜中へのキメラタンパク質の発現及び局在化に続いて、プロテアーゼ切断部位によって、キメラタンパク質の切断が方向付けられ、エフェクター分子が細胞外空間中に放出される(「分泌される」)ようにする。一般的に、プロテアーゼ切断部位はプロテアーゼ特異的であり、プロテアーゼ特異的であるように操作された部位を含む。プロテアーゼ切断部位は、最適なタンパク質発現、細胞型特異的切断、細胞状態特異的切断、及び/又は所望の動態でのペイロードの切断及び放出(例、膜結合キメラタンパク質と分泌キメラタンパク質レベルの比率)を達成するように選択又は操作され得る。
キメラタンパク質(又はキメラタンパク質をコードする操作された核酸)が、本明細書中で提供され、N末端からC末端へと配向され、単一のポリペプチドとして発現する式S-C-MT又はMT-C-Sを有する。Sは分泌性エフェクター分子を指す。Cはプロテアーゼ切断部位を指す。MTは細胞膜係留ドメインを指す。膜切断可能なキメラタンパク質が操作され、エフェクター分子の分泌が、プロテアーゼ依存性の様式において調節されることができるようにする。具体的には、膜切断可能なキメラタンパク質を操作して、エフェクター分子の分泌が、「膜切断可能な」システムの一部として調節され得るようにし、ここで、プロテアーゼ切断部位(「C」)及び細胞膜係留ドメイン(「MT」)の組み入れによって、プロテアーゼ依存性の様式においてエフェクター分子の調節された分泌が可能になる。理論により拘束されることを望まないが、膜切断可能なキメラタンパク質中に存在する膜切断可能なシステムの構成要素によって、一般的に、以下の細胞過程を通して分泌が調節される:
-MT:細胞膜係留ドメインは、細胞膜中に挿入されるように、又は細胞膜と会合される(「係留される」)ように、キメラタンパク質の細胞輸送を方向付ける膜貫通ドメイン(又は膜貫通-細胞内ドメイン)を含む。
-C:細胞膜中へのキメラタンパク質の発現及び局在化に続いて、プロテアーゼ切断部位によって、キメラタンパク質の切断が方向付けられ、エフェクター分子が細胞外空間中に放出される(「分泌される」)ようにする。一般的に、プロテアーゼ切断部位はプロテアーゼ特異的であり、プロテアーゼ特異的であるように操作された部位を含む。プロテアーゼ切断部位は、最適なタンパク質発現、細胞型特異的切断、細胞状態特異的切断、及び/又は所望の動態でのペイロードの切断及び放出(例、膜結合キメラタンパク質と分泌キメラタンパク質レベルの比率)を達成するように選択又は操作され得る。
一部の態様では、膜切断可能なキメラタンパク質(又は膜切断可能なキメラタンパク質をコードする操作された核酸)が本明細書中で提供され、目的のタンパク質(例、本明細書中に記載されるエフェクター分子のいずれか)、プロテアーゼ切断部位、及び細胞膜係留ドメインを有する。
「エフェクター分子」は、別の分子と結合し、それが結合するその分子の生物学的活性を調節する分子(例、核酸、例えばDNAもしくはRNAなど、又はタンパク質(ポリペプチド)もしくはペプチド)を指す。例えば、エフェクター分子は、酵素活性、遺伝子発現、又は細胞シグナル伝達を増加又は減少させるためのリガンドとして作用し得る。このように、一部の実施形態では、エフェクター分子は、異なる免疫調節機構を調節(活性化又は阻害)する。分子と直接的に結合して調節することにより、エフェクター分子はまた、第二の、下流分子を間接的に調節し得る。
本明細書中に記載される特定の実施形態では(例、一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について)、エフェクター分子は、分泌性エフェクター分子(例、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質について、式S-C-MT又はMT-C-S中で「S」として言及される)である。エフェクター分子の非限定的な例は、サイトカイン、ケモカイン、代謝物レベルを調節する酵素、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、ペプチド、酵素、抗体、サイトカイン、ホーミング分子、及び/又はインテグリンを調節する抗体又はデコイ分子を含む。
用語「調節する」は、生物学的活性の維持、生物学的活性の阻害(部分的又は完全)、及び生物学的活性の刺激/活性化(部分的又は完全)を包含する。この用語はまた、生物学的活性を減少又は増加させる(例、増強させる)ことを包含する。二つの異なるエフェクター分子は、一つのエフェクター分子が、他のエフェクター分子(例、抗原提示及び/又はプロセシングを刺激する)により調節される腫瘍媒介性の免疫抑制機構とは異なる腫瘍媒介性の免疫抑制機構(例、T細胞シグナル伝達を刺激する)を調節する場合、「異なる腫瘍媒介性の免疫抑制機構を調節する」と考えられる。
エフェクター分子による調節は、直接的又は間接的であり得る。直接的な調節は、エフェクター分子が別の分子と結合して、その分子の活性を調節する場合に生じる。間接的な調節は、エフェクター分子が別の分子と結合して、その分子の活性を調節し、その調節の結果として、さらに別の分子(エフェクター分子が結合されていない)の活性を調節する場合に生じる。
一部の実施形態では、少なくとも一つのエフェクター分子による腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫応答(例、全身的又は腫瘍微小環境における)における少なくとも10%(例、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、又は200%)だけの増加をもたらす。例えば、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫応答において少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%だけの増加をもたらし得る。一部の実施形態では、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫応答における10~20%、10~30%、10~40%、10~50%、10~60%、10~70%、10~80%、10~90%、10~100%、10~200%、20~30%、20~40%、20~50%、20~60%、20~70%、20~80%、20~90%、20~100%、20~200%、50~60%、50~70%、50~80%、50~90%、50~100%、又は50~200%の増加をもたらす。免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫応答における「増加」は、例えば、全身的に又は腫瘍微小環境において、エフェクター分子の非存在において、そうでなければ生じるであろう免疫刺激性及び/又は抗腫瘍性免疫応答と関連することを理解すべきである。
一部の実施形態では、少なくとも一つのエフェクター分子による腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫応答(例、全身的又は腫瘍微小環境における)において少なくとも2倍(例、2、3、4、5、10、25、20、25、50、又は100倍)だけの増加をもたらす。例えば、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫応答において少なくとも3倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも50倍、又は少なくとも100倍だけの増加をもたらし得る。一部の実施形態では、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫応答において2~10、2~20、2~30、2~40、2~50、2~60、2~70、2~80、2~90、又は2~100倍だけの増加をもたらす。
免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫機構の非限定的な例は、T細胞シグナル伝達、活性及び/又は動員、抗原提示及び/又はプロセシング、ナチュラルキラー細胞媒介性の細胞傷害性シグナル伝達、活性及び/又は動員、樹状細胞の分化及び/又は成熟、免疫細胞動員、炎症誘発性マクロファージシグナル伝達、活性及び/又は動員、間質分解、免疫刺激性代謝物の産生、インターフェロン遺伝子の刺激因子(STING)シグナル伝達(それは、IFN及びTh1分極の分泌を増加させ、抗腫瘍免疫応答を促進する)、及び/又はI型インターフェロンシグナル伝達を含む。エフェクター分子は、前述の免疫刺激機構の少なくとも一つ(一つ又は複数)を刺激し得るが、このように、免疫刺激性応答における増加をもたらし得る。前述の免疫刺激性及び/又は抗腫瘍免疫機構における変化は、例えば、T細胞増殖又は細胞傷害性についてのインビトロアッセイ、インビトロ抗原提示アッセイ、発現アッセイ(例、特定のマーカーの)、及び/又は細胞分泌アッセイ(例、サイトカインの)を使用して評価され得る。
一部の実施形態では、少なくとも一つのエフェクター分子による腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫抑制応答(例、全身的又は腫瘍微小環境における)において少なくとも10%(例、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、又は200%)だけの減少をもたらす。例えば、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫抑制応答において少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%だけの減少をもたらし得る。一部の実施形態では、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫抑制応答において10~20%、10~30%、10~40%、10~50%、10~60%、10~70%、10~80%、10~90%、10~100%、10~200%、20~30%、20~40%、20~50%、20~60%、20~70%、20~80%、20~90%、20~100%、20~200%、50~60%、50~70%、50~80%、50~90%、50~100%、又は50~200%の減少をもたらす。免疫抑制応答における「減少」は、例えば、全身的又は腫瘍微小環境において、エフェクター分子の非存在において、そうでなければ生じるであろう免疫抑制応答に関連していることを理解すべきである。
一部の実施形態では、少なくとも一つのエフェクター分子による腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫抑制応答(例、全身的又は腫瘍微小環境における)において少なくとも2倍(例、2、3、4、5、10、25、20、25、50、又は100倍)だけの減少をもたらす。例えば、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫抑制応答において少なくとも3倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも50倍、又は少なくとも100倍だけの減少をもたらし得る。一部の実施形態では、腫瘍媒介性免疫抑制機構の調節は、免疫抑制応答において2~10、2~20、2~30、2~40、2~50、2~60、2~70、2~80、2~90、又は2~100倍だけの減少をもたらす。
免疫抑制機構の非限定的な例は、負の共刺激シグナル伝達、細胞傷害性細胞(例、T細胞及び/又はNK細胞)のアポトーシス促進性シグナル伝達、T調節性(Treg)細胞シグナル伝達、腫瘍チェックポイント分子の産生/維持、骨髄由来サプレッサー細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員、免疫抑制因子/代謝物産生、及び/又は血管内皮成長因子のシグナル伝達を含む。エフェクター分子は、前述の免疫抑制機構の少なくとも一つ(一つ又は複数)を阻害し、このように、免疫抑制応答における減少をもたらし得る。前述の免疫抑制機構における変化は、例えば、T細胞増殖における増加及び/又はIFNγ産生における増加(負の共刺激シグナル伝達、Treg細胞シグナル伝達、及び/又はMDSC);アネキシンV/PIフロー染色(アポトーシス促進シグナル伝達);発現についてのフロー染色、例えば、PDL1発現(腫瘍チェックポイント分子の産生/維持);ELISA、LUMINEX(登録商標)、qPCRを介したRNA、酵素アッセイ、例えば、IDOトリプトファン異化作用(免疫抑制因子/代謝物産生);及びPI3K、Akt、p38のリン酸化(VEGFシグナル伝達)についてアッセイすることにより評価され得る。
一部の実施形態では、エフェクター分子は、相加的に機能する:二つのエフェクター分子の効果が、例えば、別々に機能する二つのエフェクター分子の効果の合計に等しくなり得る。他の実施形態では、エフェクター分子は相乗的に機能する:二つのエフェクター分子の効果が、例えば、二つのエフェクター分子の組み合わされた機能よりも大きくなり得る。
腫瘍媒介性免疫抑制機構を調節し、及び/又は腫瘍微小環境を修飾するエフェクター分子は、例えば、分泌因子(例、免疫系において含まれる細胞外機構を調節するサイトカイン、ケモカイン、抗体、及び/又はデコイ受容体)、阻害剤(例、抗体、抗体断片、リガンドTRAP、及び/又は小遮断ペプチド)、細胞状態を制御する細胞内因子(例、炎症誘発性を増強するために細胞の状態を調節するマイクロRNA及び/又は転写因子)、エキソソーム中にパッケージングされた因子(例、マイクロRNA、サイトゾル因子、及び/又は細胞外因子)、表面に呈示される因子(例、チェックポイント阻害剤、TRAIL)、ならびに、及び/又は代謝遺伝子(例、代謝物もしくはアミノ酸を産生/調節又は分解する酵素)であり得る。
一部の実施形態では、エフェクター分子の少なくとも一つは、腫瘍微小環境において免疫刺激機構を刺激し、及び/又は腫瘍微小環境における免疫抑制機構を阻害する。
一部の実施形態では、エフェクター分子の少なくとも一つは、(a)T細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激し、(b)抗原提示及び/又はプロセシングを刺激し、(c)ナチュラルキラー細胞媒介性の細胞傷害性シグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激し、(d)樹状細胞分化及び/又は成熟を刺激し、(e)免疫細胞動員を刺激し、(f)炎症誘発性マクロファージシグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激する、あるいは抗炎症性マクロファージシグナル伝達、活性、及び/又は動員を阻害し、(g)間質分解を刺激し、(h)免疫刺激性代謝物産生を刺激し、(i)I型インターフェロンシグナル伝達を刺激し、(j)負の共刺激シグナル伝達を阻害し、(k)抗腫瘍免疫細胞のアポトーシス促進性シグナル伝達を阻害し、(l)調節性T(Treg)細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を阻害し、(m)腫瘍チェックポイント分子を阻害し、(n)インターフェロン遺伝子の刺激因子(STING)シグナル伝達を刺激し、(o)骨髄由来のサプレッサー細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を阻害し、(p)免疫抑制因子/代謝物を分解し、(q)血管内皮成長因子シグナル伝達を阻害し、ならびに/あるいは(r)腫瘍細胞を直接的に殺傷する。
一部の実施形態では、エフェクター分子は、以下の非限定的なクラスの分子から選択され得る:サイトカイン、抗体、ケモカイン、ヌクレオチド、ペプチド、及び酵素。前述のクラスのエフェクター分子の非限定的な例を表1中に列挙し、例示的なエフェクター分子をコードする特定の配列を表2中に列挙する。エフェクター分子は、ヒト、表1もしくは表2中に列挙されるものなど、又は表1もしくは表2中に列挙されるマウスエフェクター分子のヒト等価物であり得る。エフェクター分子はヒト由来であり得るが、例えば内因性ヒトエフェクター分子又は機能について修飾及び/又は最適化されたエフェクター分子、例えば、発現を改善するために最適化された、安定性を改善するために修飾された、又はそのシグナル配列で修飾されたコドンなどである(以下を参照のこと)。機能を最適化するための様々なプログラム及びアルゴリズムが、当業者に公知であり、所望される改善、例えば、特定の種(例、ヒト、マウス、細菌など)についてのコドン最適化などに基づいて選択することができる。
一部の実施形態では、エフェクター分子は、インターロイキン12(IL-12)、例えば、当技術分野において一般的にIL-12p70として言及される二量体としてのp35及びp40を含む。一部の実施形態では、第一のエフェクター分子は、IL12p70融合タンパク質を含む。一部の実施形態では、IL12p70融合タンパク質は、ヒトIL12p70融合タンパク質である。一部の実施形態では、ヒトIL12p70融合タンパク質は、配列番号203において示される配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクター分子は、インターレキン15(IL-15)を含む。一部の実施形態では、エフェクター分子は、IL-15(例、配列番号199を参照のこと)からなる。一部の実施形態では、エフェクター分子は、IL-15及びIL-15受容体α(IL-15Rα)の細胞外部分、例えば配列番号201中に示すようなsushiドメインなどを含む融合タンパク質を含み。例示的なIL-15/IL-15Rα sushiドメイン融合体が、配列番号202として提供される。
分泌シグナル及びシグナルアンカー
本明細書中で提供されるキメラタンパク質の一つ又は複数のエフェクター分子は、分泌又は膜局在化(また、膜挿入として言及される)が運命づけられた、新たに合成されたタンパク質を、適したタンパク質プロセシング経路に方向付ける、キメラタンパク質のN末端(例、S-C-MTについてのエフェクター分子のN末端)に分泌シグナルペプチド(また、シグナルペプチド又はシグナル配列として言及される)を有する分泌性エフェクター分子であり得る。式MT-C-Sを有するキメラタンパク質については、膜係留ドメインは、一般的に、膜局在化が運命づけられた、新たに合成されたタンパク質を、適したタンパク質プロセシング経路に方向付けるシグナルアンカー配列(例、II型膜貫通タンパク質のシグナルアンカー配列)を有する。式S-C-MTを有するキメラタンパク質については、逆シグナルアンカー配列(例、特定のIII型膜貫通タンパク質のシグナルアンカー配列)を有する膜係留ドメインを使用することができ、一般的には、別々の分泌シグナルペプチドを伴うことなく、それによって、膜局在化が運命づけられた、新たに合成されたタンパク質を、適したタンパク質プロセシング経路に方向付ける。
本明細書中で提供されるキメラタンパク質の一つ又は複数のエフェクター分子は、分泌又は膜局在化(また、膜挿入として言及される)が運命づけられた、新たに合成されたタンパク質を、適したタンパク質プロセシング経路に方向付ける、キメラタンパク質のN末端(例、S-C-MTについてのエフェクター分子のN末端)に分泌シグナルペプチド(また、シグナルペプチド又はシグナル配列として言及される)を有する分泌性エフェクター分子であり得る。式MT-C-Sを有するキメラタンパク質については、膜係留ドメインは、一般的に、膜局在化が運命づけられた、新たに合成されたタンパク質を、適したタンパク質プロセシング経路に方向付けるシグナルアンカー配列(例、II型膜貫通タンパク質のシグナルアンカー配列)を有する。式S-C-MTを有するキメラタンパク質については、逆シグナルアンカー配列(例、特定のIII型膜貫通タンパク質のシグナルアンカー配列)を有する膜係留ドメインを使用することができ、一般的には、別々の分泌シグナルペプチドを伴うことなく、それによって、膜局在化が運命づけられた、新たに合成されたタンパク質を、適したタンパク質プロセシング経路に方向付ける。
一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について、一つ又は複数のエフェクター分子は、分泌性エフェクター分子(式S-C-MT又はMT-C-S中で「S」として言及される)である。二つ以上のキメラタンパク質を伴う実施形態では、各キメラタンパク質は分泌シグナルを含み得る。二つ以上のキメラタンパク質を伴う実施形態では、各キメラタンパク質は分泌シグナルを含み得るが、各エフェクター分子が、プロテアーゼ切断部位の切断後に、操作された細胞からの分泌が可能になるようにする。
エフェクター分子と動作可能に関連付けられた分泌シグナルペプチドは、天然分泌シグナルペプチド(例、一般的に、所与のエフェクター分子と内因性に関連付けられた分泌シグナルペプチド)であり得る。エフェクター分子と動作可能に関連付けられた分泌シグナルペプチドは、非天然分泌シグナルペプチド、天然分泌シグナルペプチドであり得る。非天然分泌シグナルペプチドは、特定の環境、例えば腫瘍微小環境などにおいて、改善された発現及び機能、例えば、維持された分泌などを促進することができる。非天然分泌シグナルペプチドの非限定的な例を表3中に示す。
プロテアーゼ切断部位
特定の実施形態では、本明細書中で提供されるキメラタンパク質(例、一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について)は、プロテアーゼ切断部位(例、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質について、式S-C-MT又はMT-C-Sにおいて「C」として言及される)を含む。一般的に、プロテアーゼ切断部位は、プロテアーゼにより切断されることが可能な任意のアミノ酸配列モチーフであることができる。プロテアーゼ切断部位の例は、 限定されないが、1型膜貫通プロテアーゼ切断部位、II型膜貫通プロテアーゼ切断部位、GPIアンカー型プロテアーゼ切断部位、ADAM8プロテアーゼ切断部位、ADAM9プロテアーゼ切断部位、ADAM10プロテアーゼ切断部位、ADAM12プロテアーゼ切断部位、ADAM15プロテアーゼ切断部位、ADAM17プロテアーゼ切断部位、ADAM19プロテアーゼ切断部位、ADAM20プロテアーゼ切断部位、ADAM21プロテアーゼ切断部位、ADAM28プロテアーゼ切断部位、ADAM30プロテアーゼ切断部位、ADAM33 プロテアーゼ切断部位、BACE1プロテアーゼ切断部位、BACE2プロテアーゼ切断部位、SIPプロテアーゼ切断部位、MT1-MMPプロテアーゼ切断部位、MT3-MMPプロテアーゼ切断部位、MT5-MMPプロテアーゼ切断部位、フリンプロテアーゼ切断部位、PCSK7プロテアーゼ切断部位、マトリプターゼプロテアーゼ切断部位、マトリプターゼ-2プロテアーゼ切断部位、MMP9プロテアーゼ切断部位、又はNS3プロテアーゼ切断部位を含む。
特定の実施形態では、本明細書中で提供されるキメラタンパク質(例、一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について)は、プロテアーゼ切断部位(例、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質について、式S-C-MT又はMT-C-Sにおいて「C」として言及される)を含む。一般的に、プロテアーゼ切断部位は、プロテアーゼにより切断されることが可能な任意のアミノ酸配列モチーフであることができる。プロテアーゼ切断部位の例は、 限定されないが、1型膜貫通プロテアーゼ切断部位、II型膜貫通プロテアーゼ切断部位、GPIアンカー型プロテアーゼ切断部位、ADAM8プロテアーゼ切断部位、ADAM9プロテアーゼ切断部位、ADAM10プロテアーゼ切断部位、ADAM12プロテアーゼ切断部位、ADAM15プロテアーゼ切断部位、ADAM17プロテアーゼ切断部位、ADAM19プロテアーゼ切断部位、ADAM20プロテアーゼ切断部位、ADAM21プロテアーゼ切断部位、ADAM28プロテアーゼ切断部位、ADAM30プロテアーゼ切断部位、ADAM33 プロテアーゼ切断部位、BACE1プロテアーゼ切断部位、BACE2プロテアーゼ切断部位、SIPプロテアーゼ切断部位、MT1-MMPプロテアーゼ切断部位、MT3-MMPプロテアーゼ切断部位、MT5-MMPプロテアーゼ切断部位、フリンプロテアーゼ切断部位、PCSK7プロテアーゼ切断部位、マトリプターゼプロテアーゼ切断部位、マトリプターゼ-2プロテアーゼ切断部位、MMP9プロテアーゼ切断部位、又はNS3プロテアーゼ切断部位を含む。
プロテアーゼ切断部位の一つの例は、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造的タンパク質3(NS3)プロテアーゼ切断部位であり、限定されないが、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B切断部位を含む。HCVの様々な株についてのNS3プロテアーゼ及びその切断部位の代表的な配列の説明については、例えば、Hepatitis C Viruses: Genomes and Molecular Biology(S.L.Tan ed.,Taylor & Francis,2006),Chapter 6,pp.163-206を参照のこと;その全体において、参照により本明細書中に組み入れられる。例えば、HCV NS4A/4Bプロテアーゼ切断部位;HCV NS5A/5Bプロテアーゼ切断部位;NS4A/4Bプロテアーゼ切断部位を伴うC末端デグロン;HCV NS5A/5Bプロテアーゼ切断部位を伴うN末端デグロンの配列が提供される。代表的なNS3配列は、アメリカ国立生物工学情報センター(National Center for Biotechnology Information(NCBI))データベース中に列挙されている。例えば、NCBIエントリー:受託番号:YP_001491553、YP_001469631、YP_001469632、NP_803144、NP_671491、YP_001469634、YP_001469630、YP_001469633、ADA68311、ADA68307、AFP99000、AFP98987、ADA68322、AFP99033、ADA68330、AFP99056、AFP99041、CBF60982、CBF60817、AHH29575、AIZ00747、AIZ00744、ABI36969、ABN05226、KF516075、KF516074、KF516056、AB826684、AB826683、JX171009、JX171008、JX171000、EU847455、EF154714、GU085487、JX171065、JX171063を参照のこと;それらの配列の全て(本出願の出願日までに入力されるとおり)が、参照により本明細書中に組み入れられる。
プロテアーゼ切断部位の別の例は、ADAM17特異的プロテアーゼ(また、腫瘍壊死因子α変換酵素[TACE]として言及される)切断部位である。ADAM17特異的プロテアーゼ切断部位は、ADAM17により天然に切断された基質の内因性配列であり得る。ADAM17特異的プロテアーゼ切断部位は、ADAM17により切断されることが可能な、操作された配列であり得る。操作されたADAM17特異的プロテアーゼ切断部位は、限定されないが、キメラタンパク質の最適な発現、ADAM17についての特異性、ADAM17による切断速度、分泌及び膜結合キメラタンパク質レベルの比率、ならびに異なる細胞状態における切断を含む、特定の所望される特性について操作され得る。プロテアーゼ切断部位は、ADAM17による特定の切断のために選択することができる。例えば、ADAM17により切断されることが可能な特定のプロテアーゼ切断部位はまた、追加のADAMファミリープロテアーゼ、例えばADAM10などによる切断が可能である。したがって、ADAM17特異的プロテアーゼ切断部位は、他のプロテアーゼ、例えばADAM10などによる切断が低下又は除去されるように、選択及び/又は操作することができる。プロテアーゼ切断部位は、ADAM17による切断速度について選択することができる。例えば、ADAM17による特定の切断速度、例えば、ADAM17により天然に切断される基質の内因性配列に関して低下した切断動態などを示すプロテアーゼ切断部位を選択することが望ましいことがある。そのような場合では、一般的に、特定の切断速度を選択して、キメラタンパク質のプロセシング速度を調節することができ、それは次に、ペイロードエフェクター分子の放出/分泌速度を調節する。したがって、ADAM17特異的プロテアーゼ切断部位は、配列が、ADAM17による所望の切断速度を示すように選択及び/又は操作することができる。プロテアーゼ切断部位は、ADAM17による特異的切断及びADAM17による切断速度の両方について選択することができる。例示的なADAM17特異的プロテアーゼ切断部位を、特定の特異性及び切断速度動態を示すものを含めて、切断部位(P5-P1:N末端;P1’-P5’:C末端)を参照して以下の表4A中に示す。ADAM17及びADAM10のさらなる詳細を、発現及びプロテアーゼ切断部位を含めて、Shamla,et al.(J Immunol October 15,2017,199 (8)2865-2872)、Pham et al.(Anticancer Res.2017 Oct;37(10):5507-5513)、Caescu et al.(Biochem J.2009 Oct 23; 424(1): 79-88)、及びTucher et al.(J.Proteome Res.2014,13,4,2205-2214)において記載されており、各々が、目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む。一部の実施形態では、第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、T、又はAである。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、又はTである。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む。
一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPG(配列番号188)のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む。配列番号187、189、及び191のプロテアーゼ切断部位は、ADAM17により切断可能である。
一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含み、それは、CD16にとって天然であり、ADAM17により切断可能である切断部位である。
プロテアーゼ切断部位は、分泌性エフェクター分子のC末端であり得る。プロテアーゼ切断部位は、分泌性エフェクター分子のN末端であり得る。一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について、プロテアーゼ切断部位は、以下のいずれかである:(1)分泌性エフェクター分子のC末端及び細胞膜係留ドメインのN末端(言い換えれば、プロテアーゼ切断部位は、分泌性エフェクター分子と細胞膜係留ドメインの間にある);又は(2)分泌性エフェクター分子のN末端及び細胞膜係留ドメインのC末端(また、分泌性エフェクター分子と、ドメイン配向が反転した細胞膜係留ドメインの間にある)。プロテアーゼ切断部位は、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的にはエフェクター分子又はプロテアーゼ切断部位の一部とは考えられないポリペプチド配列により、分泌性エフェクター分子に接続されることができる。プロテアーゼ切断部位は、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的には細胞膜係留ドメイン又はプロテアーゼ切断部位の一部とは考えられないポリペプチド配列により、細胞膜係留ドメインに接続されることができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号182])、A(EAAAK)3A(配列番号183)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号184)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号185)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加的な、例示的なポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。
膜切断可能なシステムでは、キメラタンパク質の発現及び細胞膜中への局在化に続いて、プロテアーゼ切断部位によって、キメラタンパク質の切断が方向付けられて、エフェクター分子が、細胞の細胞外空間中に放出される(「分泌される」)ようにする。
一般的に、プロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、その特定のプロテアーゼ切断部位について特異的なプロテアーゼである。例えば、ディスインテグリン及びメタロプロテイナーゼ(「ADAM」)ファミリープロテアーゼの場合では、特定のADAMプロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、一般的に、特定のADAMプロテアーゼ切断部位モチーフを特異的に認識するADAMプロテアーゼに限定される。プロテアーゼ切断部位を選択及び/又は操作することができ、望ましくないプロテアーゼによる切断が低下又は除去されるようにする。プロテアーゼは、膜結合又は膜会合し得る。プロテアーゼは、例えば、特定の細胞環境、例えば腫瘍微小環境(「TME」)などにおいて分泌され得る。
キメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、キメラタンパク質を発現する同じ細胞において発現し得る。キメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、キメラタンパク質を発現する細胞に対して内因性であり得る。言い換えれば、キメラタンパク質を発現するように操作された細胞は、キメラタンパク質中に存在するプロテアーゼ切断部位について特異的なプロテアーゼを内因性に発現することができる。プロテアーゼの内因性発現は、一般的に、恒常性条件下(例、一般的に健康であると考えられる細胞)での発現、及び、また、非恒常性条件下(例、腫瘍細胞における上方調節された発現)での差次的発現の両方を指す。プロテアーゼ切断部位は、所望の細胞集団により内因性に発現する公知のプロテアーゼに基づいて選択することができる。そのような場合では、一般的に、プロテアーゼ切断部位の切断(及び、このように、ペイロードの放出/分泌)は、同じ細胞中で発現するキメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位と接触する必要がある細胞制限プロテアーゼに起因して、目的の細胞のみに制限され得る。例えば、理論により拘束されることを望まないが、ADAM17は、NK細胞及びT細胞へのその内因性発現が制限されると考えられる。このように、ADAM17特異的プロテアーゼ切断部位の選択によって、キメラタンパク質を共発現するNK細胞及びT細胞へのプロテアーゼ切断部位の切断が制限され得る。他の例では、プロテアーゼ切断部位は、目的の特定の腫瘍集団において(例、キメラタンパク質を発現するように操作された特定の腫瘍細胞において)発現することが公知である特定の腫瘍関連プロテアーゼについて選択され得る。プロテアーゼ及び/又は発現データベースを使用して、適したプロテアーゼ切断部位を選択し、例えば、Oncomine(www.oncomine.org)、欧州バイオインフォマティクス研究所(www.ebi.ac.uk)、特に(www.ebi.ac.uk/gxa),PMAP(www.proteolysis.org)、ExPASy Peptide Cutter(ca.expasy.org/tools/peptide cutter)及びPMAP.Cut DB(cutdb.burnham.org)に相談することを通じて、腫瘍関連プロテアーゼにより切断されるプロテアーゼ切断部位を選択するなど、それらの各々が、全ての目的のために参照により組み入れられる。
キメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、キメラタンパク質を発現する細胞に対して異種であり得る。例えば、キメラタンパク質を発現するように操作された細胞は、キメラタンパク質中に存在するプロテアーゼ切断部位について特異的である細胞により一般的に発現しないプロテアーゼを発現するように操作され得る。キメラタンパク質及びプロテアーゼの両方を発現するように操作された細胞は、別々の操作された核酸から又はマルチシストロン系から各々を発現するように操作することができる(マルチシストロン系及びマルチプロモーター系は、「マルチシストロン及びマルチプロモーター系」と表題の付けられた、本明細書中のセクションにおいてより詳細に記載されている)。異種プロテアーゼ及びそれらの対応するプロテアーゼ切断部位は、内因性プロテアーゼを参照して、上に記載されるように選択することができる。
キメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、キメラタンパク質を発現する細胞よりも、別々の異なる細胞上で発現され得る。例えば、プロテアーゼは、一般的に、特定の細胞環境、例えば腫瘍微小環境などにおいて発現され得る。そのような場合では、一般的に、プロテアーゼ切断部位の切断は、プロテアーゼ切断部位と接触する必要がある環境制限プロテアーゼに起因して、目的の細胞環境(例、腫瘍微小環境)のみに制限され得る。膜切断可能なキメラタンパク質を有する実施形態では、一般的に、エフェクター分子の分泌は、プロテアーゼ切断部位と接触する必要がある環境限定プロテアーゼに起因して、目的の細胞環境(例、腫瘍微小環境)のみに制限され得る。キメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、別々の異なる細胞に対して内因性であり得る。キメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位を切断するプロテアーゼは、別々の異なる細胞に対して異種であり得る。例えば、別々の異なる細胞は、別々の異なる細胞により一般的に発現されないプロテアーゼを発現するように操作することができる。
プロテアーゼは、限定されないが、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼを含む。プロテアーゼは、NS3プロテアーゼであり得る。プロテアーゼは、ADAM17プロテアーゼであり得る。
プロテアーゼは、腫瘍関連プロテアーゼ、例えばカテプシン、システインプロテアーゼ、アスパルチルプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、又はメタロプロテアーゼなどであり得る。腫瘍関連プロテアーゼの具体的な例は、カテプシンB、カテプシンL、カテプシンS、カテプシンD、カテプシンE、カテプシンA、カテプシンG、トロンビン、プラスミン、ウロキナーゼ、組織プラスミノーゲンアクチベーター、メタロプロテイナーゼ1(MMP1)、MMP2、MMP3、MMP4、MMP7、MMP8、MMP9、MMP10、MMP11、MMP12、MMP13、MMP14、MMP15、MMP16、MMP17、MMP20、MMP21、MMP23、MMP24、MMP25、MMP26、MMP28、ADAM、ADAMTS、CD10(CALLA)、又は前立腺特異抗原を含む。プロテアーゼはまた、以下の表4B中に列挙されるプロテアーゼを含むが、限定されない。特定のプロテアーゼについての例示的な同族プロテアーゼ切断部位がまた、表4B中に列挙されている。
プロテアーゼは、以下のヒトプロテアーゼのいずれかであり得る(括弧中に提供されるMEROPSペプチダーゼデータベース番号;Rawlings N.D.,Morton F.R.,Kok,C.Y.,Kong,J.& Barrett A.J.(2008)MEROPS: the peptidase database.Nucleic Acids Res.36 Database issue,D320-325;全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる):ペプシンA(MER000885)、ガストリシン(MER000894)、メマプシン-2(MER005870)、レニン(MER000917)、カテプシンD(MER000911)、カテプシンE(MER000944)、メマプシン-1(MER005534)、ナプシン A(MER004981)、Mername-AA034ペプチダーゼ(MER014038)、ペプシンA4(MER037290)、ペプシンA5(ホモサピエンス)(MER037291)、hCG1733572(ホモサピエンス)型推定ペプチダーゼ(MER107386)、ナプシンB偽遺伝子(MER004982)、CYMP g.p.(ホモサピエンス)(MER002929)、サブファミリー A1A未割り当てペプチダーゼ(MER181559)、マウス乳腺腫瘍ウイルスレトロペプシン(MER048030)、ウサギ内因性レトロウイルスエンドペプチダーゼ(MER043650)、S71関連ヒト内因性レトロペプシン(MER001812)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047117)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047133)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047160)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047206)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047253)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047260)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047291)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047418)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047440)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047479)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047559)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER047583)、RTVL-H型推定ペプチダーゼ(MER015446)、ヒト内因性レトロウイルスレトロペプシンホモログ1(MER015479)、ヒト内因性レトロウイルスレトロペプシンホモログ2(MER015481)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子1(ホモサピエンス染色体14)(MER029977)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子2(ホモサピエンス染色体8)(MER029665)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子3(ホモサピエンス染色体17)(MER002660)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子3(ホモサピエンス染色体17)(MER030286)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子3(ホモサピエンス染色体17)(MER047144)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子5(ホモサピエンス染色体12)(MER029664)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子6(ホモサピエンス染色体7)(MER002094)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子7(ホモサピエンス染色体6)(MER029776)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子8(ホモサピエンス染色体Y)(MER030291)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子9(ホモサピエンス染色体19)(MER029680)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子10(ホモサピエンス染色体12)(MER002848)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子11(ホモサピエンス染色体17)(MER004378)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子12(ホモサピエンス染色体11)(MER003344)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子13(ホモサピエンス染色体2及び同様のもの)(MER029779)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子14(ホモサピエンス染色体2)(MER029778)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子15(ホモサピエンス染色体4)(MER047158)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子15(ホモサピエンス染色体4)(MER047332)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子15(ホモサピエンス染色体4)(MER003182)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子16(MER047165)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子16(MER047178)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子16(MER047200)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子16(MER047315)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子16(MER047405)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子16(MER030292)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子17(ホモサピエンス染色体8)(MER005305)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子18(ホモサピエンス染色体4)(MER030288)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子19(ホモサピエンス染色体16)(MER001740)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子21(ホモサピエンス)(MER047222)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子21(ホモサピエンス)(MER047454)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子21(ホモサピエンス)(MER047477)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子21(ホモサピエンス)(MER004403)、内因性レトロウイルスレトロペプシン偽遺伝子22(ホモサピエンス染色体X)(MER030287)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047046)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047052)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047076)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047080)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047088)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047089)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047091)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047092)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047093)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047094)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047097)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047099)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログMER047101)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047102)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047107)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047108)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047109)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047110)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログMER047111)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047114)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047118)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047121)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047122)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047126)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047129)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047130)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047134)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047135)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047137)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047140)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047141)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047142)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047148)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047149)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047151)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047154)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047155)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047156)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047157)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047159)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047161)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047163)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047166)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047171)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047173)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047174)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047179)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047183)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047186)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047190)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047191)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047196)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047198)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047199)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047201)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047202)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047203)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047204)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047205)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047207)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047208)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047210)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047211)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047212)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047213)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047215)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047216)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047218)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047219)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047221)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047224)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047225)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047226)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047227)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047230)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047232)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047233)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047234)、
サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047236)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047238)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047239)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047240)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047242)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047243)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047249)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047251)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047252)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047254)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047255)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047263)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047265)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047266)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047267)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047268)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047269)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047272)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047273)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047274)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047275)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047276)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047279)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047280)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047281)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047282)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047284)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047285)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047289)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047290)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047294)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047295)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047298)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047300)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047302)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047304)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047305)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047306)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047307)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047310)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047311)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047314)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047318)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047320)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047321)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047322)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047326)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047327)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047330)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047333)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047362)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047366)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047369)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047370)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047371)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047375)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047376)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047381)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047383)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047384)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047385)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047388)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047389)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047391)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047394)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047396)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047400)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047401)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047403)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047406)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047407)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047410)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047411)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047413)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047414)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047416)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047417)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047420)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047423)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047424)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047428)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047429)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047431)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047434)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047439)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047442)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047445)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047449)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047450)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047452)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047455)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047457)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047458)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047459)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047463)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047468)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047469)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047470)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047476)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047478)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047483)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047488)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047489)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047490)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047493)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047494)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047495)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047496)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047497)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047499)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047502)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047504)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047511)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047513)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047514)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047515)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047516)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047520)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047533)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047537)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047569)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047570)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047584)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047603)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047604)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047606)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047609)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047616)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047619)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047648)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047649)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047662)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048004)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048018)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048019)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048023)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048037)、サブファミリーA2A未割り当てペプチダーゼ(MER047164)、サブファミリーA2A未割り当てペプチダーゼ(MER047231)、サブファミリーA2A未割り当てペプチダーゼ(MER047386)、皮膚アスパラギン酸プロテアーゼ(MER057097)、プレセニリン 1(MER005221)、プレセニリン 2(MER005223)、インパス1ペプチダーゼ(MER019701)、インパス1ペプチダーゼ(MER184722)、インパス4ペプチダーゼ(MER019715)、インパス2ペプチダーゼ(MER019708)、インパス5ペプチダーゼ(MER019712)、インパス3ペプチダーゼ(MER019711)、可能なファミリーA22偽遺伝子(ホモサピエンス染色体18)(MER029974)、可能なファミリーA22偽遺伝子(ホモサピエンス染色体11)(MER023159)、カテプシンV(MER004437)、カテプシンX(MER004508)、カテプシンF(MER004980)、カテプシンL(MER000622)、カテプシンS(MER000633)、カテプシンO(MER001690)、カテプシンK(MER000644)、カテプシンW(MER003756)、カテプシンH(MER000629)、カテプシンB(MER000686)、
ジペプチジルペプチダーゼ I(MER001937)、ブレオマイシンヒドロラーゼ(動物)(MER002481)、尿細管間質性腎炎抗原(MER016137)、尿細管間質性腎炎抗原関連タンパク質(MER021799)、カテプシンL様偽遺伝子1(ホモサピエンス)(MER002789)、カテプシンB様偽遺伝子(染色体4、ホモサピエンス)(MER029469)、カテプシンB様偽遺伝子(染色体1、ホモサピエンス)(MER029457)、CTSLL2 g.p.(ホモサピエンス)(MER005210)、CTSLL3 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シトクロムcレダクターゼコア タンパク質II(MER003544)、ユビキノール - シトクロムcレダクターゼコアタンパク質ドメイン 2(MER043998)、インスリシンユニット2(MER046821)、ナルディライジンユニット2(MER046874)、インスリシンユニット3(MER078753)、ミトコンドリアプロセッシングペプチダーゼサブユニットアルファ ユニット2(MER124489)、ナルディライジンユニット3(MER142856)、LOC133083 g.p.(ホモサピエンス)(MER021876)、サブファミリーM16B非ペプチダーゼホモログ(MER188757)、ロイシルアミノペプチダーゼ(動物)(MER003100)、Mername-AA040ペプチダーゼ(MER003919)、ロイシルアミノペプチダーゼ-1(線虫型)(MER013416)、メチオニルアミノペプチダーゼ1(MER001342)、メチオニルアミノペプチダーゼ2(MER001728)、アミノペプチダーゼP2(MER004498)、Xaa-Pro ジペプチダーゼ(真核生物)(MER001248)、アミノペプチダーゼP1(MER004321)、ミトコンドリア中間体切断ペプチダーゼ55kDa(MER013463)、ミトコンドリアメチオニルアミノペプチダーゼ(MER014055)、Mername-AA020ペプチダーゼホモログ(MER010972)、増殖関連タンパク質1(MER005497)、クロマチン特異的転写伸長因子140 kDaサブユニット(MER026495)、増殖関連タンパク質1様(ホモサピエンス染色体X)(MER029983)、Mername-AA226ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス)(MER056262)、Mername-AA227ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス)(MER047299)、サブファミリーM24A非ペプチダーゼホモログ(MER179893)、アスパルチル アミノペプチダーゼ(MER003373)、Gly-Xaaカルボキシペプチダーゼ(MER033182)、カルノシンジペプチダーゼII(MER014551)、カルノシンジペプチダーゼI(MER015142)、Mername-AA161タンパク質(MER021873)、アミノアシラーゼ(MER001271)、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII(MER002104)、NAALADASE Lペプチダーゼ(MER005239)、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼIII(MER005238)、血漿グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ(MER005244)、Mername-AA103ペプチダーゼ(MER015091)、Fxnaペプチダーゼ(MER029965)、トランスフェリン受容体タンパク質(MER002105)、トランスフェリン受容体 2タンパク質(MER005152)、
グルタミニルシクリス(MER015095)、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII(ホモサピエンス)型非ペプチダーゼホモログ(MER026971)、ニカリン(MER044627)、膜ジペプチダーゼ(MER001260)、膜結合ジペプチダーゼ-2(MER013499)、膜結合ジペプチダーゼ-3(MER013496)、ジヒドロオロターゼ(MER005767)、ジヒドロピリミジナーゼ(MER033266)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-1(MER030143)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-2(MER030155)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-3(MER030151)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-4(MER030149)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-5(MER030136)、5730457F11RIK(MER033184)のような仮想タンパク質、1300019j08rikタンパク質(MER033186))、グアニンアミノヒドロラーゼ(MER037714)、Kae1推定ペプチダーゼ(MER001577)、OSGEPL1様タンパク質(MER013498)、S2Pペプチダーゼ(MER004458)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199845)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199846)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199847)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER137320)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER 201557)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199417)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199418)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199419)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199420)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER175932)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199665)、Poh1ペプチダーゼ(MER020382)、Jab1/MPNドメイン金属酵素(MER022057)、Mername-AA165ペプチダーゼ(MER021865)、Brcc36 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プロタンパク質コンバターゼ(MER000383)、プロタンパク質コンバターゼ5(MER002578)、プロタンパク質コンバターゼ7(MER002984)、トリペプチジル-ペプチダーゼII(MER000355)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER201339)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER191613)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191611)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191612)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191614)、トリペプチジルペプチダーゼI(MER003575)、プロリルオリゴペプチダーゼ(MER000393)、ジペプチジル-ペプチダーゼIV(真核生物)(MER000401)、アシルアミノアシル-ペプチダーゼ(MER000408)、線維芽細胞活性化タンパク質アルファサブユニット(MER000399)、PREPL Aタンパク質(MER004227)、ジペプチジル-ペプチダーゼ8(MER013484)、ジペプチジル-ペプチダーゼ9(MER004923)、FLJ1推定ペプチダーゼ(MER017240)、Mername-AA194推定ペプチダーゼ(MER017353)、Mername-AA195推定ペプチダーゼ(MER017367)、Mername-AA196推定ペプチダーゼ(MER017368)、Mername-AA197推定ペプチダーゼ(MER017371)、C14orf29タンパク質(MER033244)、仮想タンパク質(MER033245)、仮想エステラーゼ/リパーゼ/チオエステラーゼ(MER047309)、タンパク質bat5(MER037840)、仮想タンパク質flj40219(MER033212)、仮想タンパク質flj37464(MER033240)、仮想タンパク質flj33678(MER033241)、ジペプチジルペプチダーゼホモログDPP6(MER000403)、ジペプチジルペプチダーゼホモログDPP10(MER005988)、Mus musculus染色体20 オープンリーディングフレーム 135(MER037845)に類似のタンパク質、キヌレニンホルムアミダーゼ(MER046020)、サイログロブリン前駆体(MER011604)、アセチルコリンエステラーゼ(MER033188)、コリンエステラーゼ(MER033198)、カルボキシルエステラーゼD1(MER033213)、肝臓カルボキシルエステラーゼ(MER033220)、カルボキシルエステラーゼ3(MER033224)、カルボキシルエステラーゼ2(MER033226)、胆汁酸塩依存性リパーゼ(MER033227)、カルボキシルエステラーゼ関連タンパク質(MER033231)、ニューロリジン3(MER033232)、ニューロリジン4、X連鎖(MER033235)、ニューロリジン4、Y連鎖(MER033236)、エステラーゼD(MER043126)、アリールアセトアミドデアセチラーゼ(MER033237)、KIAA1363様タンパク質(MER033242)、ホルモン感受性リパーゼ(MER033274)、ニューロリジン1(MER033280)、ニューロリジン2(MER033283)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER212939)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER211490)、サブファミリーS9C未割り当てペプチダーゼ(MER192341)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209181)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER200434)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209507)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209142)、セリンカルボキシペプチダーゼA(MER000430)、卵黄形成カルボキシペプチダーゼ様タンパク質(MER005492)、RISCペプチダーゼ(MER010960)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER199442)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER200437)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER212825)、リソソームPro-Xaaカルボキシペプチダーゼ(MER000446)、ジペプチジルペプチダーゼII(MER004952)、胸腺特異的セリンペプチダーゼ(MER005538)、エポキシドヒドロラーゼ様推定ペプチダーゼ(MER031614)、Loc328574様タンパク質(MER033246)、アブヒドロラーゼドメイン含有タンパク質4(MER031616)、エポキシドヒドロラーゼ(MER000432)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER199890)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER017123)、サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER029997)、
サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER213866)、仮想タンパク質FLJ22408(MER031608)、CGI-58推定ペプチダーゼ(MER030163)、Williams-Beuren症候群の重要領域タンパク質21エポキシドヒドロラーゼ(MER031610)、エポキシドヒドロラーゼ(MER031612)、仮想タンパク質922408(エポキシドヒドロラーゼ)(MER031617)、モノグリセリドリパーゼ(MER033247)、仮想タンパク質(MER033249)、バラシクロビルヒドロラーゼ(MER033259)、Ccg1相互作用因子b(MER210738)、グリコシルアスパラギナーゼ前駆体(MER003299)、イソアスパルチルジペプチダーゼ(スレオニン型)(MER031622)、タスパーゼ-1(MER016969)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ5(哺乳動物型)(MER001977)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1(哺乳動物型)(MER001629)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ2(ホモサピエンス)(MER001976)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ様タンパク質4(MER002721)、 ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ様タンパク質3(MER016970)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1前駆体(ホモサピエンス)(MER026204)に類似、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1前駆体(ホモサピエンス)(MER026205)に類似。Mername-AA211推定ペプチダーゼ(MER026207)。ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ6(MER159283)。ガンマ-グルタミルトランスペプチダーゼホモログ(第2染色体、ホモサピエンス)(MER037241)。ポリシスチン-1(MER126824)、KIAA1879タンパク質(MER159329)。多発性嚢胞腎1様3(MER172554)。ガンマ-グルタミルヒドロラーゼ(MER002963)。グアニン5″一リン酸シンテターゼ(MER043387)。カルバモイルリン酸シンターゼ(ホモサピエンス型)(MER078640)。ジヒドロオロターゼ(N末端ユニット)(ホモサピエンス型)(MER060647)。DJ-1推定ペプチダーゼ(MER003390)。Mername-AA100推定ペプチダーゼ(MER014802)。Mername-AA101非ペプチダーゼホモログ(MER014803)。KIAA0361タンパク質(ホモサピエンス型)(MER042827)。F1134283タンパク質(ホモサピエンス)(MER044553)。非ペプチダーゼホモログ染色体21オープンリーディングフレーム33(ホモサピエンス)(MER160094)。ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER177016)、ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER176613)。ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER176918)。ムチン様ホルモン受容体様2を含むEGF様モジュール(MER037230)。CD97抗原(ヒト型)(MER037286)。ムチン様ホルモン受容体様3を含むEGF様モジュール(MER037288)。ムチン様ホルモン受容体様1を含むEGF様モジュール(MER037278)。ムチン様ホルモン受容体様4を含むEGF様モジュール(MER037294)。カドヘリンEGF LAGの7回膜貫通G型受容体2前駆体(ホモサピエンス)(MER045397)、Gpr64(ハツカネズミ)型タンパク質(MER123205)。GPR56(ホモサピエンス)型タンパク質(MER122057)、ラトロフィリン2(MER122199)、ラトロフィリン-1(MER126380)、ラトロフィリン3(MER124612)、プロトカドヘリンFlamingo 2(MER124239)。ETLタンパク質(MER126267)。Gタンパク質共役受容体112(MER126114)。7回膜貫通ヘリックス受容体(MER125448)。Gpr114タンパク質(MER159320)。GPR126血管誘導性Gタンパク質共役受容体(MER140015)。GPR125(ホモサピエンス)型タンパク質(MER159279)。GPR116(ホモサピエンス)型Gタンパク質共役受容体(MER159280)。GPR128(ホモサピエンス)型Gタンパク質共役受容体(MER162015)。GPR133(ホモサピエンス)型タンパク質(MER159334)GPR110 Gタンパク質共役型受容体(MER159277)、GPR97タンパク質(MER159322)、KPG_006タンパク質(MER161773)、KPG_008タンパク質(MER161835)、KPG_009タンパク質(MER159335)、未割り当てホモログ(MER166269)、GPR113タンパク質(MER159352)、脳特異的血管新生阻害剤2(MER159746)、PIDD自動プロセシングタンパク質ユニット1(MER020001)、PIDD自動プロセシングタンパク質ユニット2(MER063690)、MUC1自己切断ムチン(MER074260)、ジストログリカン(MER054741)、プロタンパク質コンバターゼ9(MER022416)、サイト1ペプチダーゼ(MER001948)、フリン(MER000375)、プロタンパク質コンバターゼ1(MER000376)、プロタンパク質コンバターゼ2(MER000377)、プロタンパク質コンバターゼ4(MER028255)、PACE4プロタンパク質コンバターゼ(MER000383)、プロプロテインコンバターゼ5(MER002578)、プロプロテインコンバターゼ7(MER002984)、トリペプチジルペプチダーゼII(MER000355)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER201339)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER191613)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191611)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191612)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191614)、トリペプチジルペプチダーゼI(MER003575)、プロリルオリゴペプチダーゼ(MER000393)、ジペプチジルペプチダーゼIV(真核生物)(MER000401)、アシルアミノアシルペプチダーゼ(MER000408)、線維芽細胞活性化タンパク質アルファサブユニット(MER000399)、PREPL Aタンパク質(MER004227)、ジペプチジルペプチダーゼ8(MER013484)、ジペプチジルペプチダーゼ9(MER004923)、FLJ1推定ペプチダーゼ(MER017240)、Mername-AA194推定ペプチダーゼ(MER017353)、Mername-AA195推定ペプチダーゼ(MER017367)、Mername-AA196推定ペプチダーゼ(MER017368)、Mername-AA197推定ペプチダーゼ(MER017371)、C14orf29タンパク質(MER033244)、仮想タンパク質(MER033245)、仮想エステラーゼ/リパーゼ/チオエステラーゼ(MER047309)、プロテインバット5(MER037840)、仮説タンパク質flj40219(MER033212)、仮説タンパク質flj37464(MER033240)、仮説タンパク質flj33678(MER033241)、ジペプチジルペプチダーゼホモログ DPP6(MER000403)、ジペプチジルペプチダーゼホモログ DPP10(MER005988)、ハツカネズミ染色体20オープンリーディングフレーム135に類似したタンパク質(MER037845)、キヌレニンホルムアミダーゼ(MER046020)、チログロブリン前駆体(MER011604)、アセチルコリンエステラーゼ(MER033188)、コリンエステラーゼ(MER033198)、カルボキシルエステラーゼD1(MER033213)、肝臓カルボキシルエステラーゼ(MER033220)、カルボキシルエステラーゼ3(MER033224)、カルボキシルエステラーゼ2(MER033226)、胆汁酸塩依存性リパーゼ(MER033227)、カルボキシルエステラーゼ関連タンパク質(MER033231)、ニューロリジン3(MER033232)、ニューロリギン4、X連鎖(MER033235)、ニューロリギン4、Y連鎖(MER033236)、エステラーゼD(MER043126)、アリールアセトアミドデアセチラーゼ(MER033237)、KIAA1363様タンパク質(MER033242)、ホルモン感受性リパーゼ(MER033274)、ニューロリギン1(MER033280)、ニューロリギン2(MER033283)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER212939)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER211490)、サブファミリーS9C未割り当てペプチダーゼ(MER192341)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209181)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER200434)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209507)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209142)、セリンカルボキシペプチダーゼA(MER000430)、卵黄形成性カルボキシペプチダーゼ様タンパク質(MER005492)、RISCペプチダーゼ(MER010960)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER199442)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER200437)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER212825)、リソソームPro-Xaaカルボキシペプチダーゼ(MER000446)、ジペプチジルペプチダーゼII(MER004952)、胸腺特異的セリンペプチダーゼ(MER005538)、エポキシドヒドロラーゼ様推定ペプチダーゼ(MER031614)、Loc328574様タンパク質(MER033246)、アブヒドロラーゼドメイン含有タンパク質4(MER031616)、エポキシドヒドロラーゼ(MER000432)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER199890)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER017123)、サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER029997)、サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER213866)、仮想タンパク質 FLJ22408(MER031608)に類似、CGI-58推定ペプチダーゼ(MER030163)、ウィリアムズ・ビューレン症候群臨界領域タンパク質21エポキシドヒドロラーゼ(MER031610)、エポキシドヒドロラーゼ(MER031612)、仮説タンパク質flj22408(エポキシドヒドロラーゼ)(MER031617)、モノグリセリドリパーゼ(MER033247)、仮想タンパク質(MER033249)、バラシクロビルヒドロラーゼ(MER033259)、Ccg1相互作用因子b(MER210738)。
サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047236)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047238)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047239)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047240)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047242)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047243)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047249)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047251)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047252)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047254)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047255)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047263)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047265)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047266)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047267)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047268)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047269)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047272)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047273)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047274)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047275)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047276)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047279)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047280)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047281)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047282)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047284)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047285)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047289)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047290)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047294)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047295)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047298)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047300)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047302)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047304)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047305)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047306)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047307)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047310)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047311)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047314)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047318)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047320)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047321)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047322)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047326)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047327)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047330)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047333)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047362)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047366)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047369)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047370)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047371)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047375)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047376)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047381)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047383)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047384)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047385)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047388)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047389)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047391)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047394)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047396)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047400)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047401)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047403)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047406)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047407)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047410)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047411)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047413)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047414)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047416)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047417)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047420)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047423)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047424)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047428)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047429)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047431)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047434)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047439)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047442)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047445)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047449)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047450)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047452)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047455)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047457)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047458)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047459)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047463)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047468)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047469)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047470)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047476)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047478)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047483)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047488)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047489)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047490)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047493)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047494)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047495)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047496)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047497)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047499)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047502)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047504)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047511)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047513)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047514)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047515)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047516)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047520)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047533)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047537)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047569)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047570)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047584)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047603)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047604)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047606)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047609)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047616)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047619)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047648)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047649)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER047662)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048004)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048018)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048019)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048023)、サブファミリーA2A非ペプチダーゼホモログ(MER048037)、サブファミリーA2A未割り当てペプチダーゼ(MER047164)、サブファミリーA2A未割り当てペプチダーゼ(MER047231)、サブファミリーA2A未割り当てペプチダーゼ(MER047386)、皮膚アスパラギン酸プロテアーゼ(MER057097)、プレセニリン 1(MER005221)、プレセニリン 2(MER005223)、インパス1ペプチダーゼ(MER019701)、インパス1ペプチダーゼ(MER184722)、インパス4ペプチダーゼ(MER019715)、インパス2ペプチダーゼ(MER019708)、インパス5ペプチダーゼ(MER019712)、インパス3ペプチダーゼ(MER019711)、可能なファミリーA22偽遺伝子(ホモサピエンス染色体18)(MER029974)、可能なファミリーA22偽遺伝子(ホモサピエンス染色体11)(MER023159)、カテプシンV(MER004437)、カテプシンX(MER004508)、カテプシンF(MER004980)、カテプシンL(MER000622)、カテプシンS(MER000633)、カテプシンO(MER001690)、カテプシンK(MER000644)、カテプシンW(MER003756)、カテプシンH(MER000629)、カテプシンB(MER000686)、
ジペプチジルペプチダーゼ I(MER001937)、ブレオマイシンヒドロラーゼ(動物)(MER002481)、尿細管間質性腎炎抗原(MER016137)、尿細管間質性腎炎抗原関連タンパク質(MER021799)、カテプシンL様偽遺伝子1(ホモサピエンス)(MER002789)、カテプシンB様偽遺伝子(染色体4、ホモサピエンス)(MER029469)、カテプシンB様偽遺伝子(染色体1、ホモサピエンス)(MER029457)、CTSLL2 g.p.(ホモサピエンス)(MER005210)、CTSLL3 g.p.(ホモサピエンス)(MER005209)、カルパイン-1(MER000770)、カルパイン-2(MER000964)、カルパイン-3(MER001446)、カルパイン-9(MER004042)、カルパイン-8(MER021474)、カルパイン-15(MER004745)、カルパイン-5(MER002939)、カルパイン-11(MER005844)、カルパイン-12(MER029889)、カルパイン-10(MER013510)、カルパイン-13(MER020139)、カルパイン-14(MER029744)、Mername-AA253ペプチダーゼ(MER005537)、カルパモジュリン(MER000718)、仮想タンパク質940251(MER003201)、ユビキチニルヒドロラーゼ-L1(MER000832)、ユビキチニルヒドロラーゼ-L3(MER000836)、ユビキチニルヒドロラーゼ-BAP1(MER003989)、ユビキチニルヒドロラーゼ-UCH37(MER005539)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ5(MER002066)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ6(MER000863)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ4(MER001795)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ8(MER001884)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ13(MER002627)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ2(MER004834)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ11(MER002693)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ14(MER002667)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ7(MER002896)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ9X(MER005877)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ10(MER004439)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ1(MER004978)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ12(MER005454)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ16(MER005493)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ15(MER005427)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ17(MER002900)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ19(MER005428)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ20(MER005494)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ3(MER005513)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ9Y(MER004314)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ18(MER005641)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ21(MER006258)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ22(MER012130)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ33(MER014335)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ29(MER012093)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ25(MER011115)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ36(MER014033)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ32(MER014290)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ26(ホモサピエンス型)(MER014292)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ24(MER005706)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ42(MER011852)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ46(MER014629)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ37(MER014633)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ28(MER014634)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ47(MER014636)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ38(MER014637)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ44(MER014638)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ50(MER030315)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ35(MER014646)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ30(MER014649)、Mername-AA091 ペプチダーゼ(MER014743)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ45(MER030314)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ51(MER014769)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ34(MER014780)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ48(MER064620)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ40(MER015483)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ41(MER045268)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ31(MER015493)、Mername-AA129 ペプチダーゼ(MER016485)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ49(MER016486)、Mername-AA187 ペプチダーゼ(MER052579)、USP17 様ペプチダーゼ(MER030192)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ54(MER028714)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ53(MER027329)、ユビキチン特異的エンドペプチダーゼ39[ミスリード](MER064621)、Mername-AA090非ペプチダーゼホモログ(MER014739)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ43[ミスリード](MER030140)、ユビキチン特異的ペプチダーゼ52[ミスリード](MER030317)、NEK2偽遺伝子(MER014736)、C19偽遺伝子(ホモサピエンス: 第 5 染色体)(MER029972)、Mername-AA088ペプチダーゼ(MER014750)、オートファジン-2(MER013564)、オートファジン-1(MER013561)、オートファジン-3(MER014316)、オートファジン-4(MER064622)、セザンヌ脱ユビキチン化ペプチダーゼ(MER029042)、セザンヌ-2 ペプチダーゼ(MER029044)、腫瘍壊死因子アルファ誘導タンパク質3(MER029050)、trabid ペプチダーゼ(MER029052)、VCIP135 脱ユビキチン化ペプチダーゼ(MER152304)、otubain-1(MER029056)、otubain-2(MER029061)、CylD タンパク質(MER030104)、UfSP1 ペプチダーゼ(MER042724)、UfSP2 ペプチダーゼ(MER060306)、DUBA 脱ユビキチン化酵素(MER086098)、KIAA0459(ホモサピエンス)様タンパク質(MER122467)、Otud1タンパク質(MER125457)、グリコシルトランスフェラーゼ28ドメイン含有 1、アイソフォーム CRA_c(ホモサピエンス)様(MER123606)、hin1L g.p.(ホモサピエンス)(MER139816)、アタキシン-3(MER099998)、ATXN3L推定ペプチダーゼ(MER115261)、ジョセフィンドメイン含有1(ホモサピエンス)(MER125334)、ジョセフィンドメイン含有 2(ホモサピエンス)(MER124068)、YOD1ペプチダーゼ(MER116559)、レグマイン(植物アルファ型)(MER044591)、レグマイン(MER001800)、グリコシルホスファチジルイノシトール:タンパク質トランスアミダーゼ(MER002479)、レグマイン偽遺伝子(ホモサピエンス)(MER029741)、ファミリー C13未割り当てペプチダーゼ(MER175813)、カスパーゼ-1(MER000850)、カスパーゼ-3(MER000853)、カスパーゼ-7(MER002705)、カスパーゼ-6(MER002708)、カスパーゼ-2(MER001644)、カスパーゼ-4(MER001938)、カスパーゼ-5(MER002240)、カスパーゼ-8(MER002849)、カスパーゼ-9(MER002707)、カスパーゼ-10(MER002579)、カスパーゼ-14(MER012083)、パラカスパーゼ(MER019325)、Mername-AA143ペプチダーゼ(MER021304)、Mername-AA186ペプチダーゼ(MER020516)、推定カスパーゼ(ホモサピエンス)(MER021463)、FLIP タンパク質(MER003026)、Mername-AA142タンパク質(MER021316)、カスパーゼ12偽遺伝子(ホモサピエンス)(MER019698)、Mername-AA093 カスパーゼ偽遺伝子(MER014766)、サブファミリー C14A 非ペプチダーゼホモログ(MER185329)、サブファミリーC14A非ペプチダーゼホモログ(MER179956)、セパリン(ホモ サピエンス型)(MER011775)、セパラーゼ様偽遺伝子(MER014797)、SENP1ペプチダーゼ(MER011012)、SENP3ペプチダーゼ(MER011019)、SENP6ペプチダーゼ(MER011109)、SENP2ペプチダーゼ(MER012183)、SENP5ペプチダーゼ(MER014032)、SENP7ペプチダーゼ(MER014095)、SENP8ペプチダーゼ(MER016161)、SENP4ペプチダーゼ(MER005557)、ピログルタミル-ペプチダーゼI(脊索動物)(MER011032)、Mername-AA073ペプチダーゼ(MER029978)、ソニックヘッジホッグタンパク質(MER002539)、インディアンヘッジホッグタンパク質(MER002538)、デザートヘッジホッグタンパク質(MER012170)、ジペプチジル-ペプチダーゼIII(MER004252)、Mername-AA164 タンパク質(MER020410)、LOC138971 g.p.(ホモサピエンス)(MER020074)、Atp23ペプチダーゼ(MER060642)、プレニルペプチダーゼ1(MER004246)、アミノペプチダーゼN(MER000997)、アミノペプチダーゼA(MER001012)、ロイコトリエンA4ヒドロラーゼ(MER001013)、ピログルタミル-ペプチダーゼII(MER012221)、サイトゾルアラニルアミノペプチダーゼ(MER002746)、シスチニルアミノペプチダーゼ(MER002060)、アミノペプチダーゼB(MER001494)、アミノペプチダーゼPILS(MER005331)、アルギニルアミノペプチダーゼ様 1(MER012271)、白血球由来アルギニンアミノペプチダーゼ(MER002968)、アミノペプチダーゼQ(MER052595)、アミノペプチダーゼO(MER019730)、Tata結合タンパク質関連因子(MER026493)、アンギオテンシン変換酵素ペプチダーゼユニット 1(MER004967)、アンギオテンシン変換酵素ペプチダーゼユニット 2(MER001019)、アンギオテンシン変換酵素-2(MER011061)、Mername-AA153タンパク質(MER020514)、チメットオリゴペプチダーゼ(MER001737)、ニューロリシン(MER010991)、ミトコンドリア中間体ペプチダーゼ(MER003665)、Mername-AA154タンパク質(MER021317)、レイシマノリシン-2(MER014492)、レイシマノリシン-3(MER180031)、マトリックスメタロペプチダーゼ-1(MER001063)、マトリックスメタロペプチダーゼ-8(MER001084)、マトリックスメタロペプチダーゼ-2(MER001080)、マトリックスメタロペプチダーゼ-9(MER001085)、マトリックスメタロペプチダーゼ-3(MER001068)、
マトリックスメタロペプチダーゼ-10(ホモサピエンス型)(MER001072)、マトリックスメタロペプチダーゼ-11(MER001075)、マトリックスメタロペプチダーゼ-7(MER001092)、マトリックスメタロペプチダーゼ-12(MER001089)、マトリックスメタロペプチダーゼ-13(MER001411)、膜型マトリックスメタロペプチダーゼ-1(MER001077)、膜型マトリックスメタロペプチダーゼ-2(MER002383)、膜型マトリックスメタロペプチダーゼ-3(MER002384)、膜型マトリックスメタロペプチダーゼ-4(MER002595)、マトリックスメタロペプチダーゼ-20(MER003021)、マトリックスメタロペプチダーゼ-19(MER002076)、マトリックスメタロペプチダーゼ-23B(MER004766)、膜型マトリックスメタロペプチダーゼ-5(MER005638)、膜型マトリックスメタロペプチダーゼ-6(MER012071)、マトリックスメタロペプチダーゼ-21(MER006101)、マトリックスメタロペプチダーゼ-22(MER014098)、マトリックスメタロペプチダーゼ-26(MER012072)、マトリックスメタロペプチダーゼ-28(MER013587)、マトリックスメタロペプチダーゼ-23A(MER037217)、マクロファージエラスターゼホモログ(第8染色体、ホモサピエンス)(MER030035)、Mername-AA156タンパク質(MER021309)、マトリックスメタロペプチダーゼ様1(MER045280)、サブファミリーM10A非ペプチダーゼホモログ(MER175912)、サブファミリー M10A非ペプチダーゼホモログ(MER187997)、サブファミリーM10A非ペプチダーゼホモログ(MER187998)、サブファミリー M10A非ペプチダーゼホモログ(MER180000)、メプリン アルファ サブユニット(MER001111)、メプリンベータサブユニット(MER005213)、プロコラーゲンC-ペプチダーゼ(MER001113)、哺乳類トロイド様1タンパク質(MER005124)、哺乳類型トロイド様 2タンパク質(MER005866)、ADAMTS9ペプチダーゼ(MER012092)、ADAMTS14ペプチダーゼ(MER016700)、ADAMTS15ペプチダーゼ(MER017029)、ADAMTS16ペプチダーゼ(MER015689)、ADAMTS17ペプチダーゼ(MER016302)、ADAMTS18ペプチダーゼ(MER016090)、ADAMTS19ペプチダーゼ(MER015663)、ADAM8ペプチダーゼ(MER003902)、ADAM9ペプチダーゼ(MER001140)、ADAM10ペプチダーゼ(MER002382)、ADAM12ペプチダーゼ(MER005107)、ADAM19ペプチダーゼ(MER012241)、ADAM15ペプチダーゼ(MER002386)、ADAM17ペプチダーゼ(MER003094)、ADAM20ペプチダーゼ(MER004725)、ADAMDEC1ペプチダーゼ(MER000743)、ADAMTS3ペプチダーゼ(MER005100)、ADAMTS4ペプチダーゼ(MER005101)、ADAMTS1ペプチダーゼ(MER005546)、ADAM28ペプチダーゼ(ホモサピエンス型)(MER005495)、ADAMTS5ペプチダーゼ(MER005548)、ADAMTS8ペプチダーゼ(MER005545)、ADAMTS6ペプチダーゼ(MER005893)、ADAMTS7ペプチダーゼ(MER005894)、ADAM30ペプチダーゼ(MER006268)、ADAM21ペプチダーゼ(ホモサピエンス型)(MER004726)、ADAMTS10ペプチダーゼ(MER014331)、ADAMTS12ペプチダーゼ(MER014337)、ADAMTS13ペプチダーゼ(MER015450)、ADAM33ペプチダーゼ(MER015143)、オバスタシン(MER029996)、ADAMTS20ペプチダーゼ(ホモサピエンス型)(MER026906)、プロコラーゲン I N-ペプチダーゼ(MER004985)、ADAM2タンパク質(MER003090)、ADAM6タンパク質(MER047044)、ADAM7タンパク質(MER005109)、ADAM18タンパク質(MER012230)、ADAM32タンパク質(MER026938)、非ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス染色体4)(MER029973)、ファミリーM12非ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス染色体16)(MER047654)、ファミリーM12非ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス染色体15)(MER047250)、ADAM3Bタンパク質(ホモサピエンス型)(MER005199)、ADAM11タンパク質(MER001146)、ADAM22タンパク質(MER005102)、ADAM23タンパク質(MER005103)、ADAM29タンパク質(MER006267)、ADAM21ペプチダーゼプレプロタンパク質(ホモサピエンス)(MER026944)に類似のタンパク質、Mername-AA225ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス)(MER047474)、推定ADAM偽遺伝子(染色体4、ホモサピエンス)(MER029975)、ADAM3A g.p.(ホモサピエンス)(MER005200)、ADAM1 g.p.(ホモサピエンス)(MER003912)、サブファミリーM12B非ペプチダーゼホモログ(MER188210)、サブファミリーM12B非ペプチダーゼホモログ(MER188211)、サブファミリーM12B非ペプチダーゼホモログ(MER188212)、サブファミリーM12B非ペプチダーゼホモログ(MER188220)、ネプリライシン(MER001050)、エンドセリン変換酵素1(MER001057)、エンドセリン変換酵素2(MER004776)、DINEペプチダーゼ(MER005197)、ネプリライシン-2(MER013406)、Kell血液型タンパク質(MER001054)、PHEXペプチダーゼ(MER002062)、i-AAAペプチダーゼ(MER001246)、i-AAAペプチダーゼ(MER005755)、パラプレギン(MER004454)、Afg3 様タンパク質2(MER005496)、Afg3 様タンパク質1A(MER014306)、パパリシン-1(MER002217)、パパリシン-2(MER014521)、ファルネシル化タンパク質変換酵素1(MER002646)、メタロプロテアーゼ関連タンパク質-1(MER030873)、アミノペプチダーゼAMZ2(MER011907)、アミノペプチダーゼAMZ1(MER058242)、カルボキシペプチダーゼA1(MER001190)、カルボキシペプチダーゼA2(MER001608)、カルボキシペプチダーゼB(MER001194)、カルボキシペプチダーゼN(MER001198)、カルボキシペプチダーゼE(MER001199)、カルボキシペプチダーゼM(MER001205)、カルボキシペプチダーゼU(MER001193)、カルボキシペプチダーゼA3(MER001187)、メタロカルボキシペプチダーゼDペプチダーゼユニット1(MER003781)、メタロカルボキシペプチダーゼZ(MER003428)、メタロカルボキシペプチダーゼDペプチダーゼユニット2(MER004963)、カルボキシペプチダーゼA4(MER013421)、カルボキシペプチダーゼA6(MER013456)、カルボキシペプチダーゼA5(MER017121)、メタロカルボキシペプチダーゼO(MER016044)、サイトゾルカルボキシペプチダーゼ様タンパク質5(MER033174)、サイトゾルカルボキシペプチダーゼ3(MER033176)、サイトゾルカルボキシペプチダーゼ6(MER033178)、サイトゾルカルボキシペプチダーゼ1(MER033179)、サイトゾル カルボキシペプチダーゼ2(MER037713)、メタロカルボキシペプチダーゼD非ペプチダーゼユニット(MER004964)、脂肪細胞エンハンサー結合タンパク質1(MER003889)、カルボキシペプチダーゼ様タンパク質X1(MER013404)、カルボキシペプチダーゼ様タンパク質X2(MER078764)、サイトゾルカルボキシペプチダーゼ(MER026952)、ファミリーM14非ペプチダーゼホモログ(MER199530)、インスリシン(MER001214)、ミトコンドリア プロセッシングペプチダーゼベータサブユニット(MER004497)、ナルディライジン(MER003883)、ユーピトリリジン(MER004877)、ミトコンドリア プロセッシングペプチダーゼ非ペプチダーゼアルファサブユニット(MER001413)、ユビキノール-シトクロムcレダクターゼコア タンパク質I(MER003543)、ユビキノール - シトクロムcレダクターゼコア タンパク質II(MER003544)、ユビキノール - シトクロムcレダクターゼコアタンパク質ドメイン 2(MER043998)、インスリシンユニット2(MER046821)、ナルディライジンユニット2(MER046874)、インスリシンユニット3(MER078753)、ミトコンドリアプロセッシングペプチダーゼサブユニットアルファ ユニット2(MER124489)、ナルディライジンユニット3(MER142856)、LOC133083 g.p.(ホモサピエンス)(MER021876)、サブファミリーM16B非ペプチダーゼホモログ(MER188757)、ロイシルアミノペプチダーゼ(動物)(MER003100)、Mername-AA040ペプチダーゼ(MER003919)、ロイシルアミノペプチダーゼ-1(線虫型)(MER013416)、メチオニルアミノペプチダーゼ1(MER001342)、メチオニルアミノペプチダーゼ2(MER001728)、アミノペプチダーゼP2(MER004498)、Xaa-Pro ジペプチダーゼ(真核生物)(MER001248)、アミノペプチダーゼP1(MER004321)、ミトコンドリア中間体切断ペプチダーゼ55kDa(MER013463)、ミトコンドリアメチオニルアミノペプチダーゼ(MER014055)、Mername-AA020ペプチダーゼホモログ(MER010972)、増殖関連タンパク質1(MER005497)、クロマチン特異的転写伸長因子140 kDaサブユニット(MER026495)、増殖関連タンパク質1様(ホモサピエンス染色体X)(MER029983)、Mername-AA226ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス)(MER056262)、Mername-AA227ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス)(MER047299)、サブファミリーM24A非ペプチダーゼホモログ(MER179893)、アスパルチル アミノペプチダーゼ(MER003373)、Gly-Xaaカルボキシペプチダーゼ(MER033182)、カルノシンジペプチダーゼII(MER014551)、カルノシンジペプチダーゼI(MER015142)、Mername-AA161タンパク質(MER021873)、アミノアシラーゼ(MER001271)、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII(MER002104)、NAALADASE Lペプチダーゼ(MER005239)、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼIII(MER005238)、血漿グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ(MER005244)、Mername-AA103ペプチダーゼ(MER015091)、Fxnaペプチダーゼ(MER029965)、トランスフェリン受容体タンパク質(MER002105)、トランスフェリン受容体 2タンパク質(MER005152)、
グルタミニルシクリス(MER015095)、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII(ホモサピエンス)型非ペプチダーゼホモログ(MER026971)、ニカリン(MER044627)、膜ジペプチダーゼ(MER001260)、膜結合ジペプチダーゼ-2(MER013499)、膜結合ジペプチダーゼ-3(MER013496)、ジヒドロオロターゼ(MER005767)、ジヒドロピリミジナーゼ(MER033266)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-1(MER030143)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-2(MER030155)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-3(MER030151)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-4(MER030149)、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質-5(MER030136)、5730457F11RIK(MER033184)のような仮想タンパク質、1300019j08rikタンパク質(MER033186))、グアニンアミノヒドロラーゼ(MER037714)、Kae1推定ペプチダーゼ(MER001577)、OSGEPL1様タンパク質(MER013498)、S2Pペプチダーゼ(MER004458)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199845)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199846)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199847)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER137320)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER 201557)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199417)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199418)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199419)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199420)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER175932)、サブファミリーM23B非ペプチダーゼホモログ(MER199665)、Poh1ペプチダーゼ(MER020382)、Jab1/MPNドメイン金属酵素(MER022057)、Mername-AA165ペプチダーゼ(MER021865)、Brcc36 イソペプチダーゼ(MER021890)、ヒストンH2A デユビキチン化酵素MYSM1(MER021887)、AMSH脱ユビキチン化ペプチダーゼ(MER030146)、推定ペプチダーゼ(ホモサピエンス染色体2)(MER029970)Mername-AA168タンパク質(MER021886)、COP9シグナルソームサブユニット6(MER030137)、26Sプロテアソーム非ATPase調節サブユニット7(MER030134)、真核翻訳開始因子3サブユニット5(MER030133)、IFP38ペプチダーゼホモログ(MER030132)、サブファミリーM67A非ペプチダーゼホモログ(MER191181)、サブファミリーM67A未割り当てペプチダーゼ(MER191144)、グランザイムB(ホモサピエンス型)(MER000168)、テストシン(MER005212)、トリプターゼベータ(MER000136)、カリクレイン関連ペプチダーゼ5(MER005544)、コリン(MER005881)、カリクレイン関連ペプチダーゼ12(MER006038)、DESC1ペプチダーゼ(MER006298)、トリプターゼガンマ 1(MER011036)、カリクレイン関連ペプチダーゼ14(MER011038)、ヒアルロン酸結合ペプチダーゼ(MER003612)、膜貫通ペプチダーゼ、セリン4(MER011104)、腸セリンペプチダーゼ(げっ歯類)(MER016130)、副腎分泌セリンペプチダーゼ(MER003734)、トリプターゼデルタ 1(ホモサピエンス)(MER005948)、マトリプターゼ-3(MER029902)、マラプシン(MER006119)、トリプターゼ-6(MER006118)、オボキマーゼ-1ドメイン1(MER099182)、膜貫通ペプチダーゼ、セリン3(MER005926)、カリクレイン関連ペプチダーゼ15(MER000064)、Mername-AA031ペプチダーゼ(MER014054)、TMPRSS13ペプチダーゼ(MER014226)、Mername-AA038ペプチダーゼ(MER062848)、Mername-AA204ペプチダーゼ(MER029980)、カチオン性トリプシン(ホモサピエンス型)(MER000020)、エラスターゼ-2(MER000118)、マンナン結合レクチン関連セリンペプチダーゼ-3(MER031968)、カテプシンG(MER000082)、ミエロブラスチン(MER000170)、グランザイムA(MER001379)、グランザイムM(MER001541)、キマーゼ(ホモサピエンス型)(MER000123)、トリプターゼアルファ(MER000135)、グランザイムK(MER001936)、グランザイムH(MER000166)、キモトリプシンB(MER000001)、エラスターゼ-1(MER003733)、膵臓エンドペプチダーゼE(MER000149)、膵臓エラスターゼII(MER000146)、エンテロペプチダーゼ(MER002068)、キモトリプシンC(MER000761)、プロスタシン(MER002460)、カリクレイン1(MER000093)、カリクレイン関連ペプチダーゼ2(MER000094)、カリクレイン関連ペプチダーゼ3(MER000115)、メソトリプシン(MER000022)、補体成分C1r様ペプチダーゼ(MER016352)、補体因子D(MER000130)、補体成分活性化C1r(MER000238)、補体成分活性化C1s(MER000239)、補体成分C2a(MER000231)、補体因子B(MER000229)、マンナン結合レクチン関連セリンペプチダーゼ1(MER000244)、補体因子I(MER000228)、膵臓エンドペプチダーゼE フォーム B(MER000150)、膵臓エラスターゼIIB(MER000147)、凝固因子XIIa(MER000187)、血漿カリクレイン(MER000203)凝固因子Xia(MER000210)、凝固因子IXa(MER000216)、凝固因子Vila(MER000215)、凝固因子Xa(MER000212)、トロンビン(MER000188)、プロテインC(活性化)(MER000222)、アクロシン(MER000078)、ヘプシン(MER000156)、肝細胞増殖因子活性化因子(MER000186)、マンナン結合レクチン関連セリンペプチダーゼ2(MER002758)、u-プラスミノーゲン活性化因子(MER000195)、t-プラスミノーゲン活性化因子(MER000192)、プラスミン(MER000175)、カリクレイン関連ペプチダーゼ6(MER002580)、ニューロトリプシン(MER004171)、カリクレイン関連ペプチダーゼ8(MER005400)、カリクレイン関連ペプチダーゼ10(MER003645)、エピセリアシン(MER003736)、カリクレイン関連ペプチダーゼ4(MER005266)、プロセミン(MER004214)、キモパシン(MER001503)、カリクレイン関連ペプチダーゼ11(MER004861)、カリクレイン関連ペプチダーゼ11(MER216142)、トリプシン-2A型(MER000021)、HtrA1ペプチダーゼ(ホモサピエンス型)(MER002577)、HtrA2ペプチダーゼ(MER208413)、HtrA2ペプチダーゼ(MER004093)、HtrA3ペプチダーゼ(MER014795)、HtrA4ペプチダーゼ(MER016351)、Tysnd1ペプチダーゼ(MER050461)、TMPRSS12ペプチダーゼ(MER017085)、HAT様推定ペプチダーゼ2(MER021884)、トリプシンC(MER021898)、カリクレイン関連ペプチダーゼ7(MER002001)、マトリプターゼ(MER003735)、カリクレイン関連ペプチダーゼ13(MER005269)、カリクレイン関連ペプチダーゼ9(MER005270)、マトリプターゼ-2(MER005278)、臍帯静脈ペプチダーゼ(MER005421)、LCLPペプチダーゼ(MER001900)、スピネシン(MER014385)、マラプシン-2(MER021929)、補体因子D様推定ペプチダーゼ(MER056164)、オボキマーゼ-2(MER022410)、HAT様4ペプチダーゼ(MER044589)、オボキマーゼ1ドメイン1(MER022412)、表皮特異的SP様推定ペプチダーゼ(MER029900)、精巣セリンペプチダーゼ5(MER029901)、Mername-AA258ペプチダーゼ(MER000285)、ポリセラーゼ-IA ユニット1(MER030879)、ポリセラーゼ-IA ユニット2(MER030880)、精巣セリンペプチダーゼ2(ヒト型)(MER033187)、仮想アクロシン様ペプチダーゼ(ホモサピエンス)(MER033253)、HAT様5ペプチダーゼ(MER028215)、ポリセラーゼ3 ユニット1(MER061763)、ポリセラーゼ3 ユニット2(MER061748)、トリプトファン/セリンプロテアーゼ(MER056263)、ポリセラーゼ2 ユニット1(MER061777)に類似のペプチダーゼ、Mername-AA123ペプチダーゼ(MER021930)、HAT様2ペプチダーゼ(MER099184)、hCG2041452様タンパク質(MER099172)、hCG22067(ホモサピエンス)(MER099169)、脳レスキュー因子-1(ホモサピエンス)(MER098873)、hCG2041108(ホモサピエンス)(MER099173)、ポリセラーゼ-2 ユニット2(MER061760)、ポリセラーゼ-2 ユニット3(MER065694)、Mername-AA201(ペプチダーゼホモログ)MER099175、分泌型トリプシン様セリンペプチダーゼホモログ(MER030000)、ポリセラーゼ1A ユニット3(MER029880)、アズロシジン(MER000119)、ハプトグロビン-1(MER000233)、ハプトグロビン関連タンパク質(MER000235)、マクロファージ刺激タンパク質(MER001546)、肝細胞増殖因子(MER000185)、タンパク質Z(MER000227)、TESP1タンパク質(MER047214)、LOC136242タンパク質(MER016132)、血漿カリクレイン様タンパク質4(MER016346)、PRSS35タンパク質(MER016350)、DKFZp586H2123様タンパク質(MER066474)、アポリポタンパク質(MER000183)、psi-KLK1偽遺伝子(ホモサピエンス)(MER033287)、トリプターゼ偽遺伝子I(MER015077)、トリプターゼ偽遺伝子II(MER015078)、トリプターゼ偽遺伝子III(MER015079)、サブファミリーS1A未割り当てペプチダーゼ(MER216982)、サブファミリーS1A未割り当てペプチダーゼ(MER216148)、アミドホスホリボシルトランスフェラーゼ前駆体(MER003314)、グルタミン-フルクトース-6-リン酸トランスアミナーゼ1(MER003322)、グルタミン:フルクトース-6-リン酸アミドトランスフェラーゼ(MER012158)、Mername-AA144タンパク質(MER021319)、アスパラギンシンセターゼ(MER033254)、ファミリーC44非ペプチダーゼホモログ(MER159286)、
ファミリーC44未割り当てペプチダーゼ(MER185625)ファミリーC44未割り当てペプチダーゼ(MER185626)、セセルニン1(MER045376)、セセルニン2(MER064573)、セセルニン3(MER064582)、酸性セラミダーゼ前駆体(MER100794)、N-アシルエタノールアミン酸アミダーゼ前駆体(MER141667)、プロテアソーム触媒サブユニット1(MER000556)、プロテアソーム触媒サブユニット2(MER002625)、プロテアソーム触媒サブユニット3(MER002149)、プロテアソーム触媒サブユニット1i(MER000552)、プロテアソーム触媒サブユニット2i(MER001515)、プロテアソーム触媒サブユニット3i(MER000555)、プロテアソーム触媒サブユニット5t(MER026203)、プロテインセリンキナーゼc17(MER026497)、プロテアソームサブユニットアルファ6(MER000557)、プロテアソームサブユニットアルファ2(MER000550)、プロテアソームサブユニットアルファ4(MER000554)、プロテアソームサブユニットアルファ7(MER033250)、プロテアソームサブユニットアルファ5(MER000558)、プロテアソームサブユニットアルファ1(MER000549)、プロテアソームサブユニットアルファ3(MER000553)、プロテアソームサブユニットXAPC7(MER004372)、プロテアソームサブユニットベータ 3(MER001710)、プロテアソームサブユニットベータ 2(MER002676)、プロテアソームサブユニットベータ 1(MER000551)、プロテアソームサブユニットベータ 4(MER001711)、Mername-AA230ペプチダーゼホモログ(ホモサピエンス)(MER047329)、Mername-AA231偽遺伝子(ホモサピエンス)(MER047172)、Mername-AA232偽遺伝子(ホモサピエンス)(MER047316)、グリコシルアスパラギナーゼ前駆体(MER003299)、イソアスパルチルジペプチダーゼ(スレオニン型)(MER031622)、タスパーゼ-1(MER016969)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ5(哺乳動物型)(MER001977)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1(哺乳動物型)(MER001629)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ2(ホモサピエンス)(MER001976)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ様タンパク質4(MER002721)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ様タンパク質3(MER016970)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1 前駆体(ホモサピエンス)(MER026204)に類似、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1 前駆体(ホモサピエンス)(MER026205)に類似、Mername-AA211推定ペプチダーゼ(MER026207)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ6(MER159283)、ガンマ-グルタミル トランスペプチダーゼホモログ(第2染色体、ホモサピエンス)(MER037241)、ポリシスチン-1(MER126824)、KIAA1879タンパク質(MER159329)、多発性嚢胞腎1様3(MER172554)、ガンマ-グルタミルヒドロラーゼ(MER002963)、グアニン5″一リン酸シンセターゼ(MER043387)、カルバモイルリン酸シンターゼ(ホモサピエンス型)(MER078640)、ジヒドロオロターゼ(N末端ユニット)(ホモサピエンス型)(MER060647)、DJ-1推定ペプチダーゼ(MER003390)、Mername-AA100推定ペプチダーゼ(MER014802)、Mername-AA101非ペプチダーゼホモログ(MER014803)、KIAA0361タンパク質(ホモサピエンス型)(MER042827)、F1134283タンパク質(ホモサピエンス)(MER044553)、非ペプチダーゼホモログ21番染色体オープンリーディングフレーム33(ホモサピエンス)(MER160094)、ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER177016)、ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER176613)、ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER176918)、ムチン様ホルモン受容体様2を含む EGF様モジュール(MER037230)、CD97抗原(ヒト型)(MER037286)、ムチン様ホルモン受容体様3(MER037288)を含む EGF様モジュール、ムチン様ホルモン受容体様1(MER037278)を含む EGF様モジュール、ムチン様ホルモン受容体様4(MER037294)を含むEGF様モジュール、カドヘリンEGF LAG セブンパス G 型受容体 2 前駆体(ホモサピエンス)(MER045397)、Gpr64(ハツカネズミ)型タンパク質(MER123205)、GPR56(ホモサピエンス)型タンパク質(MER122057)、ラトロフィリン2(MER122199)、ラトロフィリン-1(MER126380)、ラトロフィリン3(MER124612)、プロトカドヘリンフラミンゴ 2(MER124239)、ETLタンパク質(MER126267)、Gタンパク質共役受容体112(MER126114)、7回膜貫通ヘリックス受容体(MER125448)、Gpr114タンパク質(MER159320)、GPR126 血管誘導性 Gタンパク質共役受容体(MER140015)、GPR125(ホモサピエンス)型タンパク質(MER159279)、GPR116(ホモサピエンス)型 Gタンパク質共役受容体(MER159280)、GPR128(ホモサピエンス)型Gタンパク質共役受容体(MER162015)、GPR133(ホモサピエンス)型タンパク質(MER159334)、GPR110 Gタンパク質共役受容体(MER159277)、GPR97タンパク質(MER159322)、KPG_006タンパク質(MER161773)、KPG_008タンパク質(MER161835)、KPG_009タンパク質(MER159335)、未割り当てホモログ(MER166269)、GPR113タンパク質(MER159352)、脳特異的血管新生阻害剤 2(MER159746)、PIDD自動処理タンパク質ユニット1(MER020001)、PIDD 自動処理タンパク質ユニット2(MER063690)、MUC1自己切断型ムチン(MER074260)、ジストログリカン(MER054741)、プロタンパク質コンバターゼ9(MER022416)、サイト 1ペプチダーゼ(MER001948)、フリン(MER000375)、プロタンパク質コンバターゼ1(MER000376)、プロタンパク質コンバターゼ2(MER000377)、プロタンパク質コンバターゼ4(MER028255)、PACE4 プロタンパク質コンバターゼ(MER000383)、プロタンパク質コンバターゼ5(MER002578)、プロタンパク質コンバターゼ7(MER002984)、トリペプチジル-ペプチダーゼII(MER000355)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER201339)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER191613)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191611)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191612)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191614)、トリペプチジルペプチダーゼI(MER003575)、プロリルオリゴペプチダーゼ(MER000393)、ジペプチジル-ペプチダーゼIV(真核生物)(MER000401)、アシルアミノアシル-ペプチダーゼ(MER000408)、線維芽細胞活性化タンパク質アルファサブユニット(MER000399)、PREPL Aタンパク質(MER004227)、ジペプチジル-ペプチダーゼ8(MER013484)、ジペプチジル-ペプチダーゼ9(MER004923)、FLJ1推定ペプチダーゼ(MER017240)、Mername-AA194推定ペプチダーゼ(MER017353)、Mername-AA195推定ペプチダーゼ(MER017367)、Mername-AA196推定ペプチダーゼ(MER017368)、Mername-AA197推定ペプチダーゼ(MER017371)、C14orf29タンパク質(MER033244)、仮想タンパク質(MER033245)、仮想エステラーゼ/リパーゼ/チオエステラーゼ(MER047309)、タンパク質bat5(MER037840)、仮想タンパク質flj40219(MER033212)、仮想タンパク質flj37464(MER033240)、仮想タンパク質flj33678(MER033241)、ジペプチジルペプチダーゼホモログDPP6(MER000403)、ジペプチジルペプチダーゼホモログDPP10(MER005988)、Mus musculus染色体20 オープンリーディングフレーム 135(MER037845)に類似のタンパク質、キヌレニンホルムアミダーゼ(MER046020)、サイログロブリン前駆体(MER011604)、アセチルコリンエステラーゼ(MER033188)、コリンエステラーゼ(MER033198)、カルボキシルエステラーゼD1(MER033213)、肝臓カルボキシルエステラーゼ(MER033220)、カルボキシルエステラーゼ3(MER033224)、カルボキシルエステラーゼ2(MER033226)、胆汁酸塩依存性リパーゼ(MER033227)、カルボキシルエステラーゼ関連タンパク質(MER033231)、ニューロリジン3(MER033232)、ニューロリジン4、X連鎖(MER033235)、ニューロリジン4、Y連鎖(MER033236)、エステラーゼD(MER043126)、アリールアセトアミドデアセチラーゼ(MER033237)、KIAA1363様タンパク質(MER033242)、ホルモン感受性リパーゼ(MER033274)、ニューロリジン1(MER033280)、ニューロリジン2(MER033283)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER212939)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER211490)、サブファミリーS9C未割り当てペプチダーゼ(MER192341)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209181)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER200434)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209507)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209142)、セリンカルボキシペプチダーゼA(MER000430)、卵黄形成カルボキシペプチダーゼ様タンパク質(MER005492)、RISCペプチダーゼ(MER010960)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER199442)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER200437)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER212825)、リソソームPro-Xaaカルボキシペプチダーゼ(MER000446)、ジペプチジルペプチダーゼII(MER004952)、胸腺特異的セリンペプチダーゼ(MER005538)、エポキシドヒドロラーゼ様推定ペプチダーゼ(MER031614)、Loc328574様タンパク質(MER033246)、アブヒドロラーゼドメイン含有タンパク質4(MER031616)、エポキシドヒドロラーゼ(MER000432)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER199890)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER017123)、サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER029997)、
サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER213866)、仮想タンパク質FLJ22408(MER031608)、CGI-58推定ペプチダーゼ(MER030163)、Williams-Beuren症候群の重要領域タンパク質21エポキシドヒドロラーゼ(MER031610)、エポキシドヒドロラーゼ(MER031612)、仮想タンパク質922408(エポキシドヒドロラーゼ)(MER031617)、モノグリセリドリパーゼ(MER033247)、仮想タンパク質(MER033249)、バラシクロビルヒドロラーゼ(MER033259)、Ccg1相互作用因子b(MER210738)、グリコシルアスパラギナーゼ前駆体(MER003299)、イソアスパルチルジペプチダーゼ(スレオニン型)(MER031622)、タスパーゼ-1(MER016969)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ5(哺乳動物型)(MER001977)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1(哺乳動物型)(MER001629)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ2(ホモサピエンス)(MER001976)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ様タンパク質4(MER002721)、 ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ様タンパク質3(MER016970)、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1前駆体(ホモサピエンス)(MER026204)に類似、ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ1前駆体(ホモサピエンス)(MER026205)に類似。Mername-AA211推定ペプチダーゼ(MER026207)。ガンマ-グルタミルトランスフェラーゼ6(MER159283)。ガンマ-グルタミルトランスペプチダーゼホモログ(第2染色体、ホモサピエンス)(MER037241)。ポリシスチン-1(MER126824)、KIAA1879タンパク質(MER159329)。多発性嚢胞腎1様3(MER172554)。ガンマ-グルタミルヒドロラーゼ(MER002963)。グアニン5″一リン酸シンテターゼ(MER043387)。カルバモイルリン酸シンターゼ(ホモサピエンス型)(MER078640)。ジヒドロオロターゼ(N末端ユニット)(ホモサピエンス型)(MER060647)。DJ-1推定ペプチダーゼ(MER003390)。Mername-AA100推定ペプチダーゼ(MER014802)。Mername-AA101非ペプチダーゼホモログ(MER014803)。KIAA0361タンパク質(ホモサピエンス型)(MER042827)。F1134283タンパク質(ホモサピエンス)(MER044553)。非ペプチダーゼホモログ染色体21オープンリーディングフレーム33(ホモサピエンス)(MER160094)。ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER177016)、ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER176613)。ファミリーC56非ペプチダーゼホモログ(MER176918)。ムチン様ホルモン受容体様2を含むEGF様モジュール(MER037230)。CD97抗原(ヒト型)(MER037286)。ムチン様ホルモン受容体様3を含むEGF様モジュール(MER037288)。ムチン様ホルモン受容体様1を含むEGF様モジュール(MER037278)。ムチン様ホルモン受容体様4を含むEGF様モジュール(MER037294)。カドヘリンEGF LAGの7回膜貫通G型受容体2前駆体(ホモサピエンス)(MER045397)、Gpr64(ハツカネズミ)型タンパク質(MER123205)。GPR56(ホモサピエンス)型タンパク質(MER122057)、ラトロフィリン2(MER122199)、ラトロフィリン-1(MER126380)、ラトロフィリン3(MER124612)、プロトカドヘリンFlamingo 2(MER124239)。ETLタンパク質(MER126267)。Gタンパク質共役受容体112(MER126114)。7回膜貫通ヘリックス受容体(MER125448)。Gpr114タンパク質(MER159320)。GPR126血管誘導性Gタンパク質共役受容体(MER140015)。GPR125(ホモサピエンス)型タンパク質(MER159279)。GPR116(ホモサピエンス)型Gタンパク質共役受容体(MER159280)。GPR128(ホモサピエンス)型Gタンパク質共役受容体(MER162015)。GPR133(ホモサピエンス)型タンパク質(MER159334)GPR110 Gタンパク質共役型受容体(MER159277)、GPR97タンパク質(MER159322)、KPG_006タンパク質(MER161773)、KPG_008タンパク質(MER161835)、KPG_009タンパク質(MER159335)、未割り当てホモログ(MER166269)、GPR113タンパク質(MER159352)、脳特異的血管新生阻害剤2(MER159746)、PIDD自動プロセシングタンパク質ユニット1(MER020001)、PIDD自動プロセシングタンパク質ユニット2(MER063690)、MUC1自己切断ムチン(MER074260)、ジストログリカン(MER054741)、プロタンパク質コンバターゼ9(MER022416)、サイト1ペプチダーゼ(MER001948)、フリン(MER000375)、プロタンパク質コンバターゼ1(MER000376)、プロタンパク質コンバターゼ2(MER000377)、プロタンパク質コンバターゼ4(MER028255)、PACE4プロタンパク質コンバターゼ(MER000383)、プロプロテインコンバターゼ5(MER002578)、プロプロテインコンバターゼ7(MER002984)、トリペプチジルペプチダーゼII(MER000355)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER201339)、サブファミリーS8A非ペプチダーゼホモログ(MER191613)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191611)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191612)、サブファミリーS8A未割り当てペプチダーゼ(MER191614)、トリペプチジルペプチダーゼI(MER003575)、プロリルオリゴペプチダーゼ(MER000393)、ジペプチジルペプチダーゼIV(真核生物)(MER000401)、アシルアミノアシルペプチダーゼ(MER000408)、線維芽細胞活性化タンパク質アルファサブユニット(MER000399)、PREPL Aタンパク質(MER004227)、ジペプチジルペプチダーゼ8(MER013484)、ジペプチジルペプチダーゼ9(MER004923)、FLJ1推定ペプチダーゼ(MER017240)、Mername-AA194推定ペプチダーゼ(MER017353)、Mername-AA195推定ペプチダーゼ(MER017367)、Mername-AA196推定ペプチダーゼ(MER017368)、Mername-AA197推定ペプチダーゼ(MER017371)、C14orf29タンパク質(MER033244)、仮想タンパク質(MER033245)、仮想エステラーゼ/リパーゼ/チオエステラーゼ(MER047309)、プロテインバット5(MER037840)、仮説タンパク質flj40219(MER033212)、仮説タンパク質flj37464(MER033240)、仮説タンパク質flj33678(MER033241)、ジペプチジルペプチダーゼホモログ DPP6(MER000403)、ジペプチジルペプチダーゼホモログ DPP10(MER005988)、ハツカネズミ染色体20オープンリーディングフレーム135に類似したタンパク質(MER037845)、キヌレニンホルムアミダーゼ(MER046020)、チログロブリン前駆体(MER011604)、アセチルコリンエステラーゼ(MER033188)、コリンエステラーゼ(MER033198)、カルボキシルエステラーゼD1(MER033213)、肝臓カルボキシルエステラーゼ(MER033220)、カルボキシルエステラーゼ3(MER033224)、カルボキシルエステラーゼ2(MER033226)、胆汁酸塩依存性リパーゼ(MER033227)、カルボキシルエステラーゼ関連タンパク質(MER033231)、ニューロリジン3(MER033232)、ニューロリギン4、X連鎖(MER033235)、ニューロリギン4、Y連鎖(MER033236)、エステラーゼD(MER043126)、アリールアセトアミドデアセチラーゼ(MER033237)、KIAA1363様タンパク質(MER033242)、ホルモン感受性リパーゼ(MER033274)、ニューロリギン1(MER033280)、ニューロリギン2(MER033283)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER212939)、ファミリーS9非ペプチダーゼホモログ(MER211490)、サブファミリーS9C未割り当てペプチダーゼ(MER192341)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209181)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER200434)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209507)、ファミリーS9未割り当てペプチダーゼ(MER209142)、セリンカルボキシペプチダーゼA(MER000430)、卵黄形成性カルボキシペプチダーゼ様タンパク質(MER005492)、RISCペプチダーゼ(MER010960)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER199442)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER200437)、ファミリーS15未割り当てペプチダーゼ(MER212825)、リソソームPro-Xaaカルボキシペプチダーゼ(MER000446)、ジペプチジルペプチダーゼII(MER004952)、胸腺特異的セリンペプチダーゼ(MER005538)、エポキシドヒドロラーゼ様推定ペプチダーゼ(MER031614)、Loc328574様タンパク質(MER033246)、アブヒドロラーゼドメイン含有タンパク質4(MER031616)、エポキシドヒドロラーゼ(MER000432)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER199890)、中胚葉特異的転写タンパク質(MER017123)、サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER029997)、サイトゾルエポキシドヒドロラーゼ(MER213866)、仮想タンパク質 FLJ22408(MER031608)に類似、CGI-58推定ペプチダーゼ(MER030163)、ウィリアムズ・ビューレン症候群臨界領域タンパク質21エポキシドヒドロラーゼ(MER031610)、エポキシドヒドロラーゼ(MER031612)、仮説タンパク質flj22408(エポキシドヒドロラーゼ)(MER031617)、モノグリセリドリパーゼ(MER033247)、仮想タンパク質(MER033249)、バラシクロビルヒドロラーゼ(MER033259)、Ccg1相互作用因子b(MER210738)。
プロテアーゼ酵素活性は調節することができる。例えば、特定のプロテアーゼは、特定の薬剤(例、プロテアーゼ、例えば特定の小分子阻害剤などに結合する)の存在又は非存在により不活化され得る。そのようなプロテアーゼは、「抑制性プロテアーゼ」として言及することができる。特定のプロテアーゼについての例示的な阻害剤を、表4B中に列挙する。例えば、NS3プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤、限定されないが、シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルを含む、により抑制することができる。別の実施例では、プロテアーゼ活性は、プロテアーゼ自体の発現を調節することを通じて調節することができ、例えば、誘導性プロモーター系(例、Tet On/Off系)又は細胞特異的プロモーター(異種プロテアーゼを発現するために使用することができるプロモーターは、本明細書中の項に「プロモーター」と題してより詳細に記載されている)を使用して、プロテアーゼを発現するように細胞を操作することなどである。プロテアーゼはまた、デグロン、例えば本明細書中に記載されるデグロンのいずれかなどを含むことができ、本明細書中に記載されるデグロン系のいずれかを使用して調節することができる。
プロテアーゼ酵素活性はまた、特定のプロテアーゼ切断部位の選択を通じて調節することができる。例えば、プロテアーゼ切断部位が選択及び/又は操作され得るが、配列が、所望のプロテアーゼによる所望の切断速度、例えば所望のプロテアーゼにより天然に切断された基質の内因性配列に対する低下した切断速度などを示すようにする。別の例として、プロテアーゼ切断部位を選択及び/又は操作して、配列が、細胞状態特異的な様式において所望の切断速度を示すようにする。例えば、様々な細胞状態(例、細胞シグナル伝達後、例えば免疫細胞活性化など)は、特定のプロテアーゼの発現及び/又は局在に影響し得る。例証的な例として、ADAM17タンパク質レベル及び局在化は、シグナル伝達により、例えばプロテインキナーゼC(PKC)シグナル伝達経路(例、PKCアクチベーターホルボール-12-ミリステート-13-アセテート(Phorbol-12-myristat-13-acetat)[PMA]による活性化など)を通じて影響されることが公知である。したがって、プロテアーゼ切断部位が選択及び/又は操作され得るが、プロテアーゼ切断部位の切断及びその後のエフェクター分子の放出が、所望のように、特定の細胞状態のプロテアーゼ特性(例、発現及び/又は局在化)に依存して増加又は減少するようにする。別の例として、プロテアーゼ切断部位(特に、特定の膜係留ドメインとの組み合わせにおいて)は、キメラタンパク質の最適なタンパク質発現のために選択及び/又は操作することができる。
細胞膜係留ドメイン
本明細書中で提供される膜切断可能なキメラタンパク質は、細胞膜係留ドメイン(式S-C-MT又はMT-C-S中で「MT」として言及される)を含む。一般的に、細胞膜係留ドメインは、キメラタンパク質を発現する細胞の細胞膜に局在化される(例、その中に挿入される)、又はそうでなければ、それと会合するようにキメラタンパク質を方向付けることが可能な任意のアミノ酸配列モチーフであり得る。細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメインであり得る。細胞膜係留ドメインは、膜貫通ドメインであり得る。細胞膜係留ドメインは、内因性タンパク質ドメイン(例、膜貫通ドメイン)であり得る。細胞膜係留ドメインは、I型、II型、又はIII型膜貫通タンパク質に由来し得る。細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み得るが、ここで、翻訳後修飾タグによって、細胞膜との会合が可能になる。翻訳後修飾タグの例は、限定されないが、脂質アンカードメイン(例、GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、又はパルミトイル化タグ)を含む。細胞膜係留ドメインの例は、限定されないが、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する膜貫通‐細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインを含む。細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体又はその細胞膜結合部分を含み得る。
本明細書中で提供される膜切断可能なキメラタンパク質は、細胞膜係留ドメイン(式S-C-MT又はMT-C-S中で「MT」として言及される)を含む。一般的に、細胞膜係留ドメインは、キメラタンパク質を発現する細胞の細胞膜に局在化される(例、その中に挿入される)、又はそうでなければ、それと会合するようにキメラタンパク質を方向付けることが可能な任意のアミノ酸配列モチーフであり得る。細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメインであり得る。細胞膜係留ドメインは、膜貫通ドメインであり得る。細胞膜係留ドメインは、内因性タンパク質ドメイン(例、膜貫通ドメイン)であり得る。細胞膜係留ドメインは、I型、II型、又はIII型膜貫通タンパク質に由来し得る。細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み得るが、ここで、翻訳後修飾タグによって、細胞膜との会合が可能になる。翻訳後修飾タグの例は、限定されないが、脂質アンカードメイン(例、GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、又はパルミトイル化タグ)を含む。細胞膜係留ドメインの例は、限定されないが、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する膜貫通‐細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインを含む。細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体又はその細胞膜結合部分を含み得る。
一部の実施形態では、細胞膜係留ドメインは、B-71ポリペプチドに由来する膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、LLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV(配列番号204)の配列を含む。
一部の実施形態では、細胞膜係留ドメインは、CD8ポリペプチドに由来する膜貫通ドメインを含む。任意の適切なCD8ポリペプチドが使用され得る。例示的なCD8ポリペプチドは、限定されないが、NCBI参照番号NP_001139345及びAAA92533.1を含む。CD8膜貫通ドメインの例は、IYIWAPLAGTCGVLLLSLVIT(配列番号205)、IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHR(配列番号206)、及びIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRN(配列番号207)を含む。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、配列IYIWAPLAGTCGVLLLSLVIT(配列番号205)を含む。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、配列IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHR(配列番号206)を含む。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、配列IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRN(配列番号207)を含む。一部の実施形態では、細胞膜係留ドメインは、CD8に由来するヒンジ及び膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、CD8ヒンジは、配列TTTPAPRPPTPAPTIALQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD(配列番号208)を含む。一部の実施形態では、CD8ヒンジは、配列AAAFVPVFLPAKPTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRN(配列番号209)を含む。
一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について、細胞膜係留ドメインは、以下のいずれかである:(1)存在する場合、プロテアーゼ切断部位のC末端及び任意の細胞内ドメインのN末端(言い換えれば、細胞膜係留ドメインは、プロテアーゼ切断部位と、存在する場合、細胞内ドメインの間にある)、又は(2)存在する場合、プロテアーゼ切断部位のN末端と任意の細胞内ドメインのC末端(また、プロテアーゼ切断部位と、存在する場合、ドメイン配向が反転した細胞内ドメインの間)。キメラタンパク質と会合されたデグロンを特徴とする実施形態では、デグロンドメインは、具体的には、細胞膜係留に対して(言い換えれば、細胞膜係留ドメインは、プロテアーゼ切断部位とデグロンの間にある)、末端細胞質指向ドメインである。細胞膜係留ドメインは、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に細胞膜係留ドメイン又はプロテアーゼ切断部位の一部とは考えられないポリペプチド配列により、プロテアーゼ切断部位に接続することができる。細胞膜係留ドメインは、存在する場合、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に細胞膜係留ドメイン又は細胞内ドメインの一部とは考えられないポリペプチド配列により、細胞内ドメインに接続することができる。細胞膜係留ドメインは、存在する場合、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に細胞膜係留ドメイン又はデグロンの一部とは考えられないポリペプチド配列により、デグロンに接続することができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号182])、A(EAAAK)3A(配列番号183)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号184)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号185)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加のポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。
一般的に、細胞膜係留ドメインは、分泌されたエフェクター分子及びプロテアーゼ切断部位が、細胞膜中への挿入又はそれとの会合の後に細胞外に曝露されるように配向され、プロテアーゼ切断部位は、そのそれぞれのプロテアーゼにより切断され、エフェクター分子を細胞外空間中に放出すること(「分泌すること」)が可能であるようにする。
デグロン系及びドメイン
一部の実施形態では、本明細書中に記載されるタンパク質のいずれかは、限定されないが、プロテアーゼ、転写因子、プロモーター系(例、ACP)のプロモーターもしくは構成要素、及び/又は本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質のいずれかを含む、デグロンドメインを含み得る。一般的に、デグロンドメインは、調節された分解、例えばユビキチン媒介性経路を通じた調節された分解などを方向付けることが可能な任意のアミノ酸配列モチーフであり得る。免疫調節薬物(IMiD)の存在において、デグロンドメインは、ユビキチン媒介性デグロン融合タンパク質の分解を方向付ける。
一部の実施形態では、本明細書中に記載されるタンパク質のいずれかは、限定されないが、プロテアーゼ、転写因子、プロモーター系(例、ACP)のプロモーターもしくは構成要素、及び/又は本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質のいずれかを含む、デグロンドメインを含み得る。一般的に、デグロンドメインは、調節された分解、例えばユビキチン媒介性経路を通じた調節された分解などを方向付けることが可能な任意のアミノ酸配列モチーフであり得る。免疫調節薬物(IMiD)の存在において、デグロンドメインは、ユビキチン媒介性デグロン融合タンパク質の分解を方向付ける。
デグロンドメインは、限定されないが、IKZF1、IKZF3、CKla、ZFP91、GSPT1、MEIS2、GSS E4F1、ZN276、ZN517、ZN582、ZN653、ZN654、ZN692、ZN787、及びZN827、ならびにCRBNの薬物誘導性結合が可能であるその断片を含む、免疫調節薬物(IMiD)に応答してCRBNを結合することが可能なセレブロン(CRBN)ポリペプチド基質ドメインであり得る。CRBNポリペプチド基体ドメインは、天然CRBNポリペプチド配列のキメラ融合産物、例えばFNVLMVHKRSHTGERPLQCEICGFTCRQKGNLLRHIKLHTGEKPFKCHLCNYACQRRDAL(配列番号175)のアミノ酸配列を有するIKZF3/ZFP91/IKZF3キメラ融合産物などであり得る。Degronドメイン、及び、特にCRBNデグロン系は、国際出願公開第 WO2019/089592Al号においてより詳細に記載されており、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。デグロンドメインの他の例は、限定されないが、HCVNS4デグロン、PEST(ヒトIκBαの残基277-307の二つのコピー;配列番号161)、GRR(ヒトp105の残基352-408;配列番号162)、DRR(酵母Cdc34の残基210-295;配列番号163)、SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2、例、配列番号164)、RPB(酵母RPBの残基1688-1702の四つのコピー;配列番号165)、SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(A型インフルエンザウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2;配列番号166)、NS2(A型インフルエンザウイルスNSタンパク質の残基79-93の三つのコピー;配列番号167)、ODC(オルニチンデカルボキシラーゼの残基106-142;配列番号168)、Nek2A、マウスODC(残基422-461、配列番号169)、マウスODC_DA(D433A及びD434A点変異を含むmODCの残基422-461)、APC/Cデグロン、COP1E3リガーゼ結合デグロンモチーフ、CRL4-Cdt2結合PIPデグロン、アクチンフィリン結合デグロン、KEAP1結合デグロン、KLHL2及びKLHL3結合デグロン、MDM2結合モチーフ、N-デグロン、低酸素シグナル伝達におけるヒドロキシプロリン修飾、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、DSGxxSリン酸依存性デグロン、Siah結合モチーフ、SPOP SBCドッキングモチーフ、又はPCNA結合PIPボックスを含む。
調節された分解は、薬物誘導性であり得る。分解を媒介/調節することが可能な薬物は、小分子化合物であり得る。分解を媒介/調節することが可能な薬物は、「免疫調節薬物」(IMiD)を含み得る。一般的に、本明細書中で使用されるように、IMiDは、イミド基を含む小分子免疫調節薬物のクラスを指す。セレブロン(CRBN)は、IMiDsの公知の標的であり、CRBN又はCRBNポリペプチド基質ドメインへのIMiDの結合によって、CRBN E3ユビキチンリガーゼ複合体の基質特異性が変化して、CRBNポリペプチド基質ドメインを有するタンパク質(例、本明細書中に記載される分泌性エフェクター分子又は目的の他のタンパク質)の分解に導く。CRBNポリペプチド基質ドメインを有するデグロンドメインについては、イミド含有IMiDの例は、限定されないが、サリドマイド、レナリドミド、又はポマリドマイドを含む。IMiDは、FDA承認薬物であり得る。
本明細書中に記載されるキメラタンパク質は、デグロンドメイン(例、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質については、式S-C-MT-D又はD-MT-C-S中で「D」として言及される)を含むことができる。IMiDの非存在において、キメラタンパク質のデグロン/ユビキチン媒介性分解は生じない。細胞膜中へのキメラタンパク質の発現及び局在化に続いて、プロテアーゼ切断部位によって、キメラタンパク質の切断が方向付けられ、エフェクター分子が細胞外空間中に放出される(「分泌される」)ようにする。免疫調節薬物(IMiD)の存在において、デグロンドメインは、キメラタンパク質のユビキチン媒介性分解を方向付け、エフェクター分子の分泌が低下又は排除されるようにする。一般的に、デグロンドメインに融合された膜切断可能なキメラタンパク質については、デグロンドメインは、具体的には、細胞膜係留ドメイン、例えば、式S-C-MT-D中の最もC末端のドメイン又は式D-MT-C-S中の最もN末端のドメインに対して、末端細胞質指向ドメインである。デグロンドメインは、ポリペプチドリンカーにより細胞膜係留ドメイン、即ち、一般的には細胞膜係留ドメイン又はデグロンドメインの一部とはみなされないポリペプチド配列に接続することができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号182])、A(EAAAK)3A(配列番号183)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号184)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号185)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加のポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。一般的に、デグロンは、細胞膜係留ドメインに関連して配向され、デグロンは、細胞膜への局在化後にサイトゾルに曝露され、デグロンドメインが分解(例、サイトゾル及びサイトゾルへの曝露)を媒介することが可能であり、ユビキチン媒介性分解を媒介することが可能であるようにする。
デグロン融合タンパク質については、デグロンドメインは、目的のタンパク質のN末端又はC末端、例えば、エフェクター分子であることができる。デグロンドメインは、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に目的のタンパク質又はデグロンドメインの一部とは考えられないポリペプチド配列により、目的のタンパク質に接続することができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号182])、A(EAAAK)3A(配列番号183)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号184)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号185)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加のポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。ポリペプチドリンカーは、切断可能、例えば、本明細書中に記載されるプロテアーゼ切断部位のいずれかであり得る。
ホーミング分子
「腫瘍微小環境」は、腫瘍が存在する細胞環境であって、周囲の血管、免疫細胞、線維芽細胞、骨髄由来炎症性細胞、リンパ球、シグナル伝達分子、及び細胞外マトリックス(ECM)を含む、(例、Pattabiraman,D.R.& Weinberg,R.A.Nature Reviews Drug Discovery 13,497-512 (2014);Balkwill,F.R.et al.J Cell Sci 125,5591-5596,2012;及びLi,H.et al.J Cell Biochem 101(4),805-15,2007を参照のこと)。
「腫瘍微小環境」は、腫瘍が存在する細胞環境であって、周囲の血管、免疫細胞、線維芽細胞、骨髄由来炎症性細胞、リンパ球、シグナル伝達分子、及び細胞外マトリックス(ECM)を含む、(例、Pattabiraman,D.R.& Weinberg,R.A.Nature Reviews Drug Discovery 13,497-512 (2014);Balkwill,F.R.et al.J Cell Sci 125,5591-5596,2012;及びLi,H.et al.J Cell Biochem 101(4),805-15,2007を参照のこと)。
一部の実施形態では、操作された核酸は、少なくとも一つのホーミング分子を産生するように構成される。例えば、分泌エフェクター分子を含む、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質において、分泌エフェクター分子は、ホーミング分子であり得る。「ホーミング」は、標的部位(例、細胞、組織(例、腫瘍)、又は器官)への細胞の能動的ナビゲーション(遊走)を指す。「ホーミング分子」は、細胞を標的部位に向かわせる分子を指す。一部の実施形態では、ホーミング分子は、標的部位への、操作された細胞の相互作用を認識及び/又は開始するように機能する。ホーミング分子の非限定的な例は、CXCR1、CCR9、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CCR2、CCR4、FPR2、VEGFR、IL6R、CXCR1、CSCR7、及びPDGFRを含む。
一部の実施形態では、ホーミング分子は、ケモカイン受容体(ケモカインに結合する細胞表面分子)である。ケモカインは、細胞により分泌される小さなサイトカイン又はシグナル伝達タンパク質であり、それらは、細胞中で定向性の走化性を誘導することができる。ケモカインは、四つの主なサブファミリー中に分類することができる:CXC、CC、CX3C、及びXCは、それらの全てが、標的細胞の表面上に位置するケモカイン受容体に選択的に結合することにより生物学的効果を発揮する。一部の実施形態では、操作された核酸は、CXCR4、間質細胞由来因子1(また、SDF1、C-X-Cモチーフケモカイン12、及びCXCL12として公知である)発現細胞、組織、又は腫瘍に向かうケモカイン勾配に沿って、操作された細胞がホーミングすることを可能にするケモカイン受容体を産生するように構成される。本開示の操作された核酸によりコードされ得るケモカイン受容体の非限定的な例は、以下を含む:CXCケモカイン受容体(例、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR5、CXCR6、及びCXCR7)、CCケモカイン受容体(CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CCR10、及びCCR11)、CX3Cケモカイン受容体(例、CX3CL1に結合するCX3CR1)、及びXCケモカイン受容体(例、XCR1)。一部の実施形態では、ケモカイン受容体は、Gタンパク質連結膜貫通受容体、又は腫瘍壊死因子(TNF)受容体スーパーファミリー(限定されないが、TNFRSF1A、TNFRSF1Bを含む)のメンバーである。一部の実施形態では、操作された核酸は、CXCL8,CXCL9、及び/又はCXCL10(T細胞動員を促進する)、CCL3及び/又はCXCL5,CCL21(Th1動員及び極性化)を産生するように構成される。
一部の実施形態では、操作された核酸は、N-ホルミル化含有オリゴペプチド(限定されないが、FPR2及びFPRL1を含む)を検出するGタンパク質共役受容体(GPCR)を産生するように構成されている。
一部の実施形態では、操作された核酸は、インターロイキン(限定されないが、IL6Rを含む)を検出する受容体を産生するように構成されている。
一部の実施形態では、操作された核酸は、他の細胞、組織、又は腫瘍から分泌された成長因子を検出する受容体(限定されないが、FGFR、PDGFR、EGFRを含み、ならびにVEGFファミリーの受容体、限定されないが、VEGF-C及びVEGF-Dを含む)を産生するように構成されている。
一部の実施形態では、ホーミング分子はインテグリンである。インテグリンは、細胞外マトリックス(ECM)接着を促進する膜貫通型受容体である。インテグリンは、二つのサブユニット:α(アルファ)及びβ(ベータ)を有する必須のヘテロ二量体である。インテグリンのαサブユニットは、限定されないが、以下であり得る:ITGA1、ITGA2、ITGA3、ITGA4、ITGA5、ITGA6、IGTA7、ITGA8、ITGA9、IGTA10、IGTA11、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAV、ITGA2B、ITGAX。インテグリンのβサブユニットは、限定されないが、以下であり得る:ITGB1、ITGB2、ITGB3、ITGB4、ITGB5、ITGB6、ITGB7、及びITGB8。操作された核酸は、インテグリンα及びβサブユニットの任意の組み合わせを産生するように構成され得る。
一部の実施形態では、ホーミング分子は、マトリックスメタロプロテイナーゼ(MMP)である。MMPは、内皮細胞壁の基礎となる基底膜の成分を切断する酵素である。MMPの非限定的な例は、MMP-2、MMP-9、及びMMPを含む。一部の実施形態では、操作された核酸は、MMPを阻害する分子(例、タンパク質)の阻害剤を産生するように構成される。例えば、操作された核酸は、膜1型MMP(MT1-MMP)の阻害剤(例、RNAi分子)又はTIMPメタロペプチダーゼ阻害剤1(TIMP-1)を発現するように構成され得る。
一部の実施形態では、ホーミング分子は、例えば、標的組織の内皮上のセレクチンに結合するリガンド(例、造血細胞 E-/L-セレクチンリガンド(HCELL)、Dykstran et al.,Stem Cells.2016 Oct;34(10):2501-2511)である。
用語「ホーミング分子」はまた、細胞のホーミングを改善/増強する分子の産生を調節する転写因子を包含する。
一部の実施形態では、ホーミング分子は、抗体、例えば抗インテグリンアルファ4、ベータ7、又は抗MAdCAMなどを含む。
操作された核酸
本明細書中で提供されるのは、本開示の少なくとも一つのキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などをコードする、操作された核酸である。本明細書中で提供されるのは、二つ以上のキメラタンパク質をコードする、操作された核酸である。
本明細書中で提供されるのは、本開示の少なくとも一つのキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などをコードする、操作された核酸である。本明細書中で提供されるのは、二つ以上のキメラタンパク質をコードする、操作された核酸である。
本明細書中に記載される特定の実施形態では、操作された核酸は、プロモーターとN末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットをコードし、式:S-C-MT又はMT-C-Sを有する。Sは、分泌性エフェクター分子を指す。Cはプロテアーゼ切断部位を指す。MTは細胞膜係留ドメインを指す。このプロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するよう構成される。
本明細書中に記載される特定の実施形態では、操作された核酸は、プロモーター、及び目的のタンパク質(例、本明細書中に記載されるエフェクター分子のいずれか)を有する膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列を含む発現カセットをコードする。このプロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、膜切断可能なキメラタンパク質は、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている。
「操作された核酸」は、自然において生じない核酸である。しかし、操作された核酸は、全体として非天然である一方で、それは、天然において生じるヌクレオチド配列を含み得ることを理解すべきである。一部の実施形態では、操作された核酸は、異なる生物からの(例、異なる種からの)ヌクレオチド配列を含む。例えば、一部の実施形態では、操作された核酸は、マウスヌクレオチド配列、細菌ヌクレオチド配列、ヒトヌクレオチド配列、及び/又はウイルスヌクレオチド配列を含む。用語「操作された核酸」は、組換え核酸及び合成核酸を含む。「組換え核酸」は、核酸分子を連結することにより構築され、一部の実施形態では、生細胞中で複製することができる分子を指す。「合成核酸」は、増幅される、又は化学的に、もしくは他の手段により合成される分子を指す。合成核酸は、化学的に修飾された、又は他の方法で修飾されたものを含むが、しかし、天然核酸分子と塩基対合することができる。修飾は、限定されないが、一つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間連結及び非天然核酸を含む。修飾は、米国特許第6,673,611号及び米国特許出願公開2004/0019001においてさらに詳細に記載されており、それらの各々が、それらの全体において参照により組み入れられる。修飾されたヌクレオチド間連結は、ホスホロジチオエート又はホスホロチオエート連結であり得る。非天然核酸は、ロックド核酸(LNA)、ペプチド核酸(PNA)、グリコール核酸(GNA)、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO又は「モルホリノ」)、及びトレオース核酸(TNA)であり得る。非天然核酸は、国際出願WO 1998/039352、米国出願公開 第2013/0156849号、及び米国特許第6,670,461号;第5,539,082号;第5,185,444号においてさらに詳細に記載されており、各々が、それらの全体において参照により本明細書中に組み入れられる。組換え核酸及び合成核酸はまた、前述のいずれかの複製から起因する分子を含む。本開示の操作された核酸は、単一の分子(例、同じプラスミド又は他のベクター中に含まれる)により、又は複数の異なる分子(例、複数の異なる独立して複製する分子)によりコードされ得る。操作された核酸は、単離された核酸であり得る。単離された核酸は、限定されないが、cDNAポリヌクレオチド、RNAポリヌクレオチド、RNAiオリゴヌクレオチド(例、siRNA、miRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、shRNAなど)、mRNAポリヌクレオチド、環状プラスミド、直線状DNA断片、ベクター、ミニサークル、ssDNA、細菌人工染色体(BAC)、及び酵母人工染色体(YAC)、及びオリゴヌクレオチドを含む。
本開示の操作された核酸は、標準的な分子生物学方法(例、Green and Sambrook,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,2012,Cold Spring Harbor Pressを参照のこと)を使用して産生され得る。一部の実施形態では、操作された核酸構築物は、GIBSON ASSEMBLY(登録商標)クローニング(例、Gibson,D.G.et al.Nature Methods,343-345,2009;及びGibson,D.G.et al.Nature Methods,901-903,2010を参照のこと。それらの各々が、参照により本明細書中に組み入れられる)を使用して産生される。GIBSON ASSEMBLY(登録商標)は、典型的には、単一チューブ反応において三つの酵素活性を使用する:5’エキソヌクレアーゼ、DNAポリメラーゼのγ伸長活性、及びDNAリガーゼ活性。5’エキソヌクレアーゼ活性は、5’末端配列を噛み返し、アニーリングのために相補配列を露出させる。ポリメラーゼ活性は次に、アニーリングされた領域上のギャップを埋める。DNAリガーゼは次に、ニックを密閉し、DNA断片を一緒に共有結合的に連結させる。隣接する断片の重複する配列は、Golden Gate Assemblyにおいて使用されるものよりもずっと長く、従って、正しい組み立ての高いパーセンテージがもたらされる。一部の実施形態では、操作された核酸構築物は、IN-FUSION(登録商標)クローニング(Clontech)を使用して産生される。
プロモーター
一般的に、本明細書中に記載される全ての実施形態では、一つ又は複数の膜切断可能なキメラタンパク質をコードする操作された核酸は、プロモーターを含む発現カセットをコードする。一部の実施形態では、操作された核酸(例、発現カセットを含む操作された核酸)は、少なくとも2つの異なるタンパク質をコードするヌクレオチド配列(例、外因性ポリヌクレオチド配列)に動作可能に連結されたプロモーターを含む。例えば、操作された核酸は、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、又は少なくとも10の異なるタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含み得る。一部の実施形態では、操作された核酸は、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、又はそれ以上の異なるタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含む。一部の実施形態では、操作された核酸(例、発現カセットを含む操作された核酸)は、少なくとも2つの膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列(例、外因性ポリヌクレオチド配列)に動作可能に連結されたプロモーターを含む。例えば、操作された核酸は、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、又は少なくとも10の膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含み得る。一部の実施形態では、操作された核酸は、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、又はそれ以上の膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含む。
一般的に、本明細書中に記載される全ての実施形態では、一つ又は複数の膜切断可能なキメラタンパク質をコードする操作された核酸は、プロモーターを含む発現カセットをコードする。一部の実施形態では、操作された核酸(例、発現カセットを含む操作された核酸)は、少なくとも2つの異なるタンパク質をコードするヌクレオチド配列(例、外因性ポリヌクレオチド配列)に動作可能に連結されたプロモーターを含む。例えば、操作された核酸は、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、又は少なくとも10の異なるタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含み得る。一部の実施形態では、操作された核酸は、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、又はそれ以上の異なるタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含む。一部の実施形態では、操作された核酸(例、発現カセットを含む操作された核酸)は、少なくとも2つの膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列(例、外因性ポリヌクレオチド配列)に動作可能に連結されたプロモーターを含む。例えば、操作された核酸は、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、又は少なくとも10の膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含み得る。一部の実施形態では、操作された核酸は、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、又はそれ以上の膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターを含む。
「プロモーター」は、核酸配列の残りの転写の開始及び速度が制御される核酸配列の制御領域を指す。プロモーターはまた、調節タンパク質及び分子、例えばRNAポリメラーゼ及び他の転写因子などが結合し得る小領域を含み得る。プロモーターは、構成的、誘導的、抑制的、組織特異的、又はそれらの任意の組み合わせであり得る。プロモーターは、それが調節する核酸配列の発現を駆動する又は転写を駆動する。本明細書中では、プロモーターは、それが調節する核酸配列に関係して、正しい機能的位置及び配向にある場合、その配列の転写開始及び/又は発現を制御する(駆動する)ために、「動作可能に連結されている」と考えられる。
プロモーターは、所与の遺伝子又は配列のコードセグメントの上流に位置する5’非コード配列を単離することにより得られ得るように、遺伝子又は配列と天然に関連付けられるプロモーターであり得る。そのようなプロモーターは「内因性」として言及され得る。一部の実施形態では、コード核酸配列は、組換え又は異種プロモーターの制御下に配置され得るが、それは、その天然の環境においてコード化された配列と通常は関連付けられないプロモーターを指す。そのようなプロモーターは、他の遺伝子のプロモーター;任意の他の細胞から単離されたプロモーター;ならびに「天然」ではない合成プロモーター又はエンハンサー、例えば、当技術分野において公知である遺伝子操作の方法を通じて発現を改変する異なる転写調節領域の異なるエレメント及び/又は変異を含むものなどを含み得る。プロモーター及びエンハンサーの核酸配列を合成的に産生することに加えて、配列は、組換えクローニング及び/又はポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を含む核酸増幅技術を使用して産生され得る(例、米国特許第4,683,202号及び米国特許第5,928,906号を参照のこと)。
操作された核酸のプロモーターは、「誘導性プロモーター」であり得るが、それは、シグナルの存在において、シグナルにより影響される、又はシグナルにより接触される場合に、転写活性を調節する(例、開始又は活性化する)ことにより特徴付けられるプロモーターを指す。このシグナルは、誘導性プロモーターからの転写活性を調節する際に活性であるような方法において、誘導性プロモーターと接触する内因性又は通常は外因性の状態(例、光)、化合物(例、化学的又は非化学的化合物)、又はタンパク質(例、サイトカイン)であり得る。転写の活性化は、プロモーターに直接的に作用して転写を駆動すること、又はプロモーターが転写を駆動することを防止しているリプレッサーの不活化によりプロモーターに間接的に作用することを含み得る。逆に、転写の不活化は、転写を防止するためにプロモーターに直接的に作用すること、又は、次にプロモーターに作用するリプレッサーを活性化することによりプロモーターに間接的に作用することを含み得る。
プロモーターは、局所的な腫瘍状態(例、炎症又は低酸素)、あるいは、その状態又はシグナルの存在において、プロモーターからの転写が活性化、不活化、増加、又は減少する場合にはシグナルに「応答性」である又は「により調節」される。一部の実施形態では、プロモーターは応答エレメントを含む。「応答エレメント」は、プロモーター領域内のDNAの短い配列であり、それは、プロモーターから遺伝子発現を調節する(modulate)(調節する(regulate))特定の分子(例、転写因子)に結合する。本開示に従って使用され得る応答エレメントは、限定されないが、フロレチン調整可能制御要素(PEACE)、ジンクフィンガーDNA結合ドメイン(DBD)、インターフェロンガンマ活性化配列(GAS)(Decker,T.et al.J Interferon Cytokine Res.1997 Mar;17(3):121-34、参照により本明細書中に組み入れられる)、インターフェロン刺激応答エレメント(IRE)(Han,K.J.et al.J Biol Chem.2004 Apr 9;279(15):15652-61、参照により本明細書中に組み入れられる)、NF-カッパB応答エレメント(Wang,V.et al.Cell Reports.2012; 2(4): 824-839、参照により本明細書中に組み入れられる)、及びSTAT3応答エレメント(Zhang,D.et al.J of Biol Chem.1996; 271: 9503-9509、参照により本明細書中に組み入れられる)を含む。他の応答エレメントが本明細書中に包含される。応答エレメントはまた、その同族結合分子に対する応答エレメントの感受性を一般的に増加させるために、タンデムリピート(例、応答エレメントをコードする同じヌクレオチド配列の連続リピート)を含むことができる。タンデムリピートは、2×、3×、4×、5×などとラベル付けして、存在するリピートの数を表示することができる。
応答性プロモーター(また、「誘導性プロモーター」として言及される)の非限定的な例(例、TGF-ベータ応答性プロモーター)を表5A中に列挙し、それは、プロモーター及び転写因子の設計を示し、ならびに転写因子(TF)及び導入遺伝子転写(T)に向かうインデューサー分子の効果が示されている(B、結合;D、解離;n.d.、未決定)(A、活性化;DA、非活性化;DR、抑制)(Horner,M.&Weber,W.FEBS Letters 586(2012)20784-2096m、及びそれにおいて引用される参考文献を参照のこと)。誘導性プロモーターの成分の他の非限定的な例は、表5B中に提示されるものを含む。
プロモーターの他の非限定的な例は、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、伸長因子1-アルファ(EF1a)プロモーター、伸長因子(EFS)プロモーター、MNDプロモーター(骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーを伴う修飾MoMuLV LTRのU3領域を含む合成プロモーター)、ホスホグリセレートキナーゼ(PGK)プロモーター、脾フォーカス形成ウイルス(SFFV)プロモーター、シミアンウイルス40(SV40)プロモーター、及びユビキチンC(UbC)プロモーターを含む(表5Cを参照のこと)。
プロモーターは、組織特異的プロモーターであり得る。一般的に、組織特異的プロモーターは、核酸(例、キメラタンパク質、例えば式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などをコードする操作された核酸)の転写を方向付けて、発現が特定の細胞型、オルガネラ、又は組織に限定されるようにする。組織特異的プロモーターは、 限定されないが、 アルブミン(肝臓特異的、 Pinkert et al.,(1987))、 リンパ球特異的プロモーター(Calame and Eaton,1988)、T細胞受容体の特定のプロモーター(Winoto and Baltimore,(1989))、及びイムノグロブリン; Banerji et al.,(1983); Queen and Baltimore,1983)、ニューロン特異的プロモーター(例、神経フィラメントプロモーター;Byrne and Ruddle,1989)、膵臓特異的プロモーター(Edlund et al.,(1985))、又は乳腺特異的プロモーター(乳白色プロモーター、 米国特許第4,873,316号及び欧州出願公開第264,166号)、ならびに発生的に調節されるプロモーター、例えばマウスホックスプロモーター(Kessel and Gruss,Science 249:374-379 (1990))、又はα-フェトプロテインプロモーター(Campes and Tilghman,Genes Dev.3:537-546 (1989))などを含み、それら各々の内容が、参照により本明細書中に完全に組み入れられる。プロモーターは、それぞれの特定の細胞型、オルガネラ、又は組織において構成的であり得る。組織特異的プロモーター及び/又は調節エレメントはまた、結腸上皮細胞について特異的な肝臓脂肪酸結合(FAB)タンパク質遺伝子;膵臓細胞について特異的なインスリン遺伝子;肝細胞についての特異的なトランスフィレチン、アルファ1-アンチトリプシン、プラスミノーゲンアクチベーター阻害剤1型(PAI-I)、アポリポタンパク質AI及びLDL受容体遺伝子;オリゴデンドロサイトについて特異的なミエリン塩基性タンパク質(MBP)遺伝子;グリア細胞について特異的なグリア原線維性酸性タンパク質(GFAP)遺伝子;眼を標的化するために特異的なOPSINからのプロモーター;ならびに神経細胞について特異的である神経特異的エノラーゼ(NSE)プロモーターを含むことができる。組織特異的プロモーターの例は、限定されないが、クレアチンキナーゼについてのプロモーターを含み、それは、筋肉及び心臓組織における発現ならびにB細胞における発現についてのイムノグロブリン重鎖又は軽鎖プロモーターを方向付けるために使用されている。他の組織特異的プロモーターは、ヒト平滑筋アルファ-アクチンプロモーターを含む。肝臓についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、HMG-COAレダクターゼプロモーター、ステロール調節エレメント1、ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ(PEPCK)プロモーター、ヒトC反応性タンパク質(CRP)プロモーター、ヒトグルコキナーゼプロモーター、コレステロールL 7-アルファヒドロイラーゼ(CYP-7)プロモーター、ベータ-ガラクトシダーゼアルファ-2,6シアリルカンスフェラーゼプロモーター、インスリン様成長因子結合タンパク質(IGFBP-I)プロモーター、アルドラーゼBプロモーター、ヒトトランスフェリンプロモーター、及びコラーゲンI型プロモーターを含む。前立腺についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、前立腺酸ホスファターゼ(PAP)プロモーター、94(SPS 94)プロモーターの前立腺分泌タンパク質、前立腺特異的抗原複合体プロモーター、及びヒト腺性カリクレイン遺伝子プロモーター(hgt-1)を含む。胃組織についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、ヒトH+/K+-ATPaseアルファサブユニットプロモーターを含む。膵臓についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、膵炎関連タンパク質プロモーター(PAP)、エラスターゼ1転写エンハンサー、膵臓特異的アミラーゼ及びエラスターゼエンハンサープロモーター、ならびに膵臓コレステロールエステラーゼ遺伝子プロモーターを含む。子宮内膜についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、子宮グロビンプロモーターを含む。副腎細胞についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、コレステロール側鎖切断(SCC)プロモーターを含む。一般的な神経系についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、ガンマ-エノラーゼ(ニューロン特異的エノラーゼ、NSE)プロモーターを含む。脳についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、神経フィラメント重鎖(NF-H)プロモーターを含む。リンパ球についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、ヒトCGL-1/グランザイムBプロモーター、末端デオキシトランスフェラーゼ(TdT)、ラムダ5、VpreB、及びlck(リンパ球特異的チロシンタンパク質キナーゼp561ck)プロモーター、ヒトCD2プロモーター及びその3’転写エンハンサー、ならびにヒトNK及びT細胞特異的活性化(NKG5)プロモーターを含む。結腸についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、pp60c-srcチロシンキナーゼプロモーター、器官特異的ネオ抗原(OSN)プロモーター、及び結腸特異的抗原-Pプロモーターを含む。乳房細胞についての組織特異的発現エレメントは、例えば、限定されないが、ヒトアルファ-ラクトアルブミンプロモーターである。肺についての例示的な組織特異的発現エレメントは、限定されないが、嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子(CFTR)遺伝子プロモーターを含む。
一部の実施形態では、本開示のプロモーターは、腫瘍微小環境内のシグナルにより調節される。腫瘍微小環境は、腫瘍微小環境の存在において、腫瘍微小環境の非存在におけるプロモーターの活性と比べて、プロモーターの活性が少なくとも10%だけ増加又は減少する場合に、プロモーターを調節すると考えられる。一部の実施形態では、プロモーターの活性は、腫瘍微小環境の非存在におけるプロモーターの活性と比べて、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%だけ増加又は減少する。例えば、プロモーターの活性は、腫瘍微小環境の非存在におけるプロモーターの活性と比べて、10~20%、10~30%、10~40%、10~50%、10~60%、10~70%、10~80%、10~90%、10~100%、10~200%、20~30%、20~40%、20~50%、20~60%、20~70%、20~80%、20~90%、20~100%、20~200%、50~60%、50~70%、50~80%、50~90%、50~100%、又は50~200%だけ増加又は減少する。
一部の実施形態では、プロモーターの活性は、腫瘍微小環境の非存在におけるプロモーターの活性と比べて、少なくとも2倍(例、2、3、4、5、10、25、20、25、50、又は100倍)増加又は減少する。例えば、プロモーターの活性は、腫瘍微小環境の非存在におけるプロモーターの活性と比べて、少なくとも3倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも50倍、又は少なくとも100倍増加又は減少する。一部の実施形態では、プロモーターの活性は、腫瘍微小環境の非存在におけるプロモーターの活性と比べて、2~10、2~20、2~30、2~40、2~50、2~60、2~70、2~80、2~90、又は2~100倍増加又は減少する。
一部の実施形態では、本開示のプロモーターは、低酸素状態下で活性化される。「低酸素状態」は、身体又は身体の領域が、組織レベルで十分な酸素供給を欠乏する状態である。低酸素状態は、炎症を起こし得る(例、炎症性サイトカインのレベルは、低酸素状態下で増加する)。一部の実施形態では、低酸素状態下で活性化されるプロモーターは、炎症性サイトカインの活性の発現を減少させるキメラタンパク質をコードするヌクレオチドと動作可能に連結され、このように、低酸素状態により起こされる炎症を低下させる。一部の実施形態では、低酸素状態下で活性化されるプロモーターは、低酸素応答エレメント(HRE)を含む。「低酸素応答エレメント(HRE)」は、低酸素誘導因子(HIF)に応答する応答エレメントである。HREは、一部の実施形態では、コンセンサスモチーフNCGTG(ここで、NはA又はGのいずれかである)を含む。
活性化条件付き制御ポリペプチド(ACP)プロモーター系
一部の実施形態では、合成プロモーターは、活性化-条件付き対照ポリペプチド-(ACP-)結合ドメイン配列及びプロモーター配列を含むプロモーター系である。そのような系はまた、本明細書中では「ACP応答プロモーター」として言及される。一般的に、ACPプロモーター系は、活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)をコードする第一の発現カセット及び外因性ポリヌクレオチド配列、例えば、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質又は任意の他の目的のタンパク質(例、プロテアーゼ)をコードする外因性ポリヌクレオチド配列などに動作可能に連結されたACP応答性プロモーターをコードする第二の発現カセットを含む。一部の実施形態では、第一の発現カセット及び第二の発現カセットは、各々が、別々の操作された核酸によりコードされる。他の実施形態では、第一の発現カセット及び第二の発現カセットは、同じ操作された核酸によりコードされる。ACP応答性プロモーターは、目的の単一タンパク質又は目的の複数のタンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結され得る。
一部の実施形態では、合成プロモーターは、活性化-条件付き対照ポリペプチド-(ACP-)結合ドメイン配列及びプロモーター配列を含むプロモーター系である。そのような系はまた、本明細書中では「ACP応答プロモーター」として言及される。一般的に、ACPプロモーター系は、活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)をコードする第一の発現カセット及び外因性ポリヌクレオチド配列、例えば、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質又は任意の他の目的のタンパク質(例、プロテアーゼ)をコードする外因性ポリヌクレオチド配列などに動作可能に連結されたACP応答性プロモーターをコードする第二の発現カセットを含む。一部の実施形態では、第一の発現カセット及び第二の発現カセットは、各々が、別々の操作された核酸によりコードされる。他の実施形態では、第一の発現カセット及び第二の発現カセットは、同じ操作された核酸によりコードされる。ACP応答性プロモーターは、目的の単一タンパク質又は目的の複数のタンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結され得る。
ACPプロモーター系のプロモーター、例えば、ACPの発現を駆動するプロモーター、又はACP応答性プロモーターのプロモーター配列のいずれかは、本明細書中に記載されるプロモーター配列のいずれかを含み得る(上の「プロモーター」を参照のこと)。ACP応答性プロモーターは、minP、NFkB応答エレメント、CREB応答エレメント、NFAT応答エレメント、SRF応答エレメント1、SRF応答エレメント2、AP1応答エレメント、TCF-LEF応答エレメントプロモーター融合体、低酸素応答性エレメント、SMAD結合エレメント、STAT3結合部位、minCMV、YB_TATA、minTK、インデューサー分子応答性プロモーター、及びそれらのタンデムリピートに由来し得る。一部の実施形態では、ACP応答性プロモーターは、最小プロモーターを含む。
一部の実施形態では、ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含む。一部の実施形態では、ACP応答性プロモーターは、最小プロモーターを含み、ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含む。ACP結合ドメインは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれ以上のジンクフィンガー結合部位を含み得る。一部の実施形態では、転写因子は、ジンクフィンガー含有転写因子である。一部の実施形態では、ジンクフィンガー含有転写因子は、合成転写因子である。一部の実施形態では、ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含み、ACPはDNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)を有する。一部の実施形態では、ACPは、DNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)及びエフェクタードメインを含む。一部の実施形態では、ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含み、ACPは、DNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)及びエフェクタードメインを有する。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、モジュラー設計であり、ジンクフィンガーアレイ(ZFA)で構成される。ジンクフィンガーアレイは、一緒に連結された複数のジンクフィンガータンパク質モチーフを含む。各ジンクフィンガーモチーフは、異なる核酸モチーフに結合する。これによって、任意の所望の核酸配列に対する特異性を伴うZFA、例えば、特定のジンクフィンガー結合部位組成及び/又は構成を有するACP結合ドメインに対する所望の特異性を伴うZFAがもたらされる。ZFモチーフは、互いに直接的に隣接し得る、又は可動性リンカー配列により分離され得る。一部の実施形態では、ZFAは、タンデムに配置されたZFモチーフのアレイ、ストリング、又は鎖である。ZFAは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15のジンクフィンガーモチーフを有し得る。ZFAは、1~10、1~15、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5 3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、4~5、4~6、4~7、4~8、4~9、4~10、5~6、5~7、5~8、5~9、5~10、又は5~15のジンクフィンガーモチーフを有し得る。ZFタンパク質ドメインは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15又はそれ以上のZFAを有し得る。ZFドメインは、1~10、1~15、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5 3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、4~5、4~6、4~7、4~8、4~9、4~10、5~6、5~7、5~8、5~9、5~10、又は5~15のZFAを有し得る。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、1~10のZFAを含む。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、少なくとも一つのZFAを含む。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、少なくとも二つのZFAを含む。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、少なくとも三つのZFAを含む。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、少なくとも四つのZFAを含む。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、少なくとも五つのZFAを含む。一部の実施形態では、ZFタンパク質ドメインは、少なくとも10のZFAを含む。
一部の実施形態では、ACPは、転写モジュレーターである。一部の実施形態では、ACPは、転写リプレッサーである。一部の実施形態では、ACPは、転写アクチベーターである。一部の実施形態では、ACPは、転写因子である。一部の実施形態では、ACPは、DNA結合ドメイン及び転写エフェクタードメインを含む。一部の実施形態では、DNA結合ドメインは、テトラサイクリン(又はその誘導体)リプレッサー(TetR)ドメインを含む。一部の実施形態では、ACPは、本開示の抗原認識受容体である。
ACPはまた、エフェクタードメイン、例えば転写エフェクタードメインなどをさらに含み得る。例えば、転写エフェクタードメインは、転写因子のエフェクタードメイン又はアクチベータードメインであり得る。転写因子活性化ドメインはまた、トランス活性化ドメインとして公知であり、遺伝子の転写を活性化又は抑制するように作用するタンパク質、例えば転写共調節因子などの骨格ドメインとして作用する。任意の適切な転写エフェクタードメインは、ACPにおいて使用され得るが、限定されないが、単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーからなる活性化ドメインであるVP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン・バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメインを含むトリパータイトアクチベーター(トリパータイトアクチベーターは、VPR活性化ドメインとして公知である);ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300HATコア活性化ドメインとして公知である);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPWモチーフ(このモチーフはWRPW抑制ドメインとして公知である);DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン、又はそれらの任意の組み合わせを含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、以下から選択される転写エフェクタードメインである:単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーからなる活性化ドメインであるVP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン・バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメインを含むトリパータイトアクチベーター(トリパータイトアクチベーターは、VPR活性化ドメインとして公知である);ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300HATコア活性化ドメインとして公知である);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPWモチーフ(このモチーフはWRPW抑制ドメインとして公知である);DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメインである。
一部の実施形態では、ACPは、小分子(例、薬物)誘導性ポリペプチドである。例えば、一部の実施形態では、ACPは、テトラサイクリン(又はその誘導体)により誘導され得るが、TetRドメイン及びVP16エフェクタードメインを含む。一部の実施形態では、ACPは、エストロゲン受容体バリアント、例えばERT2などを含み、タモキシフェン、又はその代謝物(例えば4-ヒドロキシ-タモキシフェン[4-OHT]、N-デスメチルタモキシフェン、タモキシフェン-N-オキシド、又はエンドキシフェン)により、タモキシフェン制御核局在化を通じて調節され得る。
一部の実施形態では、ACPは、抑制性プロテアーゼ及び抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位を含む小分子(例、薬物)誘導性ポリペプチドである。一部の実施形態では、抑制性プロテアーゼは、特定の薬剤の非存在において活性であり(同族切断部位を切断する)、特定の薬剤の存在において不活性である(同族切断部位を切断しない)。一部の実施形態では、特定の薬剤は、プロテアーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、プロテアーゼ阻害剤は、本開示の所与の抑制性プロテアーゼを特異的に阻害する。抑制性プロテアーゼは、特定の薬剤の存在又は非存在により不活化が可能である、本明細書中に記載されるプロテアーゼのいずれかであり得る(例示的な抑制性プロテアーゼ、同族切断部位、及びプロテアーゼ阻害剤については、上の「プロテアーゼ切断部位」を参照のこと)。
一部の実施形態では、ACPは、デグロンドメインを有する(例示的なデグロン配列については、上の「デグロン系及びドメイン」を参照のこと)。デグロンドメインは、ACPの個々のドメインに対する任意の順番又は位置であり得る。例えば、デグロンドメインは、抑制性プロテアーゼのN末端、抑制性プロテアーゼのC末端、ZFタンパク質ドメインのN末端、ZFタンパク質ドメインのC末端、エフェクタードメインのN末端、又はエフェクタードメインのC末端であり得る。
マルチシストロン系及び複数のプロモーター系
一部の実施形態では、操作された核酸(例、発現カセットを含む、操作された核酸)は、複数のキメラタンパク質を産生するように構成される。例えば、核酸を、2~20の異なるキメラタンパク質を産生するように構成してもよい。一部の実施形態では、核酸は、2~20、2~19、2~18、2~17、2~16、2~15、2~14、2~13、2~12、2~11、2~10、2~9、2~8、2~7、2~6、2~5、2~4、2~3、3~20、3~19、3~18、3~17、3~16、3~15、3~14、3~13、3~12、3~11、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、3~5、3~4、4~20、4~19、4~18、4~17、4~16、4~15、4~14、4~13、4~12、4~11、4~10、4~9、4~8、4~7、4~6、4~5、5~20、5~19、5~18、5~17、5~16、5~15、5~14、5~13、5~12、5~11、5~10、5~9、5~8、5~7、5~6、6~20、6~19、6~18、6~17、6~16、6~15、6~14、6~13、6~12、6~11、6~10、6~9、6~8、6~7、7~20、7~19、7~18、7~17、7~16、7~15、7~14、7~13、7~12、7~11、7~10、7~9、7~8、8~20、8~19、8~18、8~17、8~16、8~15、8~14、8~13、8~12、8~11、8~10、8~9、9~20、9~19、9~18、9~17、9~16、9~15、9~14、9~13、9~12、9~11、9~10、10~20、10~19、10~18、10~17、10~16、10~15、10~14、10~13、10~12、10~11、11~20、11~19、11~18、11~17、11~16、11~15、11~14、11~13、11~12、12~20、12~19、12~18、12~17、12~16、12~15、12~14、12~13、13~20、13~19、13~18、13~17、13~16、13~15、13~14、14~20、14~19、14~18、14~17、14~16、14~15、15~20、15~19、15~18、15~17、15~16、16~20、16~19、16~18、16~17、17~20、17~19、17~18、18~20、18~19、又は19~20のキメラタンパク質を産生するように構成される。一部の実施形態では、核酸は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20のキメラタンパク質を産生するように構成される。
一部の実施形態では、操作された核酸(例、発現カセットを含む、操作された核酸)は、複数のキメラタンパク質を産生するように構成される。例えば、核酸を、2~20の異なるキメラタンパク質を産生するように構成してもよい。一部の実施形態では、核酸は、2~20、2~19、2~18、2~17、2~16、2~15、2~14、2~13、2~12、2~11、2~10、2~9、2~8、2~7、2~6、2~5、2~4、2~3、3~20、3~19、3~18、3~17、3~16、3~15、3~14、3~13、3~12、3~11、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、3~5、3~4、4~20、4~19、4~18、4~17、4~16、4~15、4~14、4~13、4~12、4~11、4~10、4~9、4~8、4~7、4~6、4~5、5~20、5~19、5~18、5~17、5~16、5~15、5~14、5~13、5~12、5~11、5~10、5~9、5~8、5~7、5~6、6~20、6~19、6~18、6~17、6~16、6~15、6~14、6~13、6~12、6~11、6~10、6~9、6~8、6~7、7~20、7~19、7~18、7~17、7~16、7~15、7~14、7~13、7~12、7~11、7~10、7~9、7~8、8~20、8~19、8~18、8~17、8~16、8~15、8~14、8~13、8~12、8~11、8~10、8~9、9~20、9~19、9~18、9~17、9~16、9~15、9~14、9~13、9~12、9~11、9~10、10~20、10~19、10~18、10~17、10~16、10~15、10~14、10~13、10~12、10~11、11~20、11~19、11~18、11~17、11~16、11~15、11~14、11~13、11~12、12~20、12~19、12~18、12~17、12~16、12~15、12~14、12~13、13~20、13~19、13~18、13~17、13~16、13~15、13~14、14~20、14~19、14~18、14~17、14~16、14~15、15~20、15~19、15~18、15~17、15~16、16~20、16~19、16~18、16~17、17~20、17~19、17~18、18~20、18~19、又は19~20のキメラタンパク質を産生するように構成される。一部の実施形態では、核酸は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20のキメラタンパク質を産生するように構成される。
一部の実施形態では、操作された核酸は、マルチシストロンであり得、即ち、二つ以上の別々のポリペプチド(例、複数のキメラタンパク質)が単一のmRNA転写物から産生され得る。操作された核酸は、様々なリンカーの使用を通じてマルチシストロンであることができ、例えば、第一のキメラタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を、第二のキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列に連結することができる(例えば、5’から3’方向に、第一の遺伝子:リンカー:第二の遺伝子など)。リンカーは、2Aリボソームスキッピングエレメント、例えばT2Aなどをコードすることができる。他の2Aリボソームスキッピングエレメントは、限定されないが、E2A、P2A、及びF2Aを含む。2Aリボソームスキッピングエレメントによって、第一及び第二の遺伝子によりコードされる別々のポリペプチドの産生が翻訳中に可能になる。リンカーは、切断可能なリンカーポリペプチド配列、例えばフリン切断部位又はTEV切断部位などをコードすることができ、それにおいて、発現に続いて、切断可能なリンカーポリペプチドは、第一及び第二の遺伝子によりコードされる別々のポリペプチドが産生されるように切断される。切断可能リンカーは、切断をさらに促進する、ポリペプチド配列、例えば可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)などを含むことができる。
リンカーは、配列内リボソーム進入部位(IRES)をコードすることができ、第一及び第二の遺伝子によりコードされる別々のポリペプチドが、翻訳中に産生されるようにする。リンカーは、スプライスアクセプター、例えばウイルススプライスアクセプターなどをコードすることができる。
リンカーは、2Aリボソームスキッピング、それに続く、2A残基の完全な除去を可能にするフリン部位のさらなる切断を通じて別々のポリペプチドを産生することができるリンカー、例えばフリン-2Aリンカーなどの組み合わせであり得る。一部の実施形態では、リンカーの組み合わせは、フューリン配列、可動性リンカー、及び2Aリンカーを含むことができる。したがって、一部の実施形態では、リンカーは、フリン-Gly-Ser-Gly-2A融合ポリペプチドである。一部の実施形態では、本開示のリンカーは、フリン-Gly-Ser-Gly-T2A融合ポリペプチドである。
一般的に、マルチシストロン系は、任意の数又は組み合わせのリンカーを使用して、任意の数の遺伝子又はその部分を発現することができる(例、操作された核酸は、第一、第二、及び第三のキメラタンパク質によりコードされる別々のポリペプチドが産生されるように、各々がリンカーにより分けられている、第一、第二、及び第三のキメラタンパク質をコードすることができる)。
操作された核酸は、複数のプロモーターを使用して、複数のORFからの遺伝子を発現することができ、即ち、二つ以上の別々のmRNA転写物を、単一の操作された核酸から産生することができる。例えば、第一のプロモーターは、第一のキメラタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列と動作可能に連結することができ、第二のプロモーターは、第二のキメラタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列と動作可能に連結することができる。一般的に、任意の数のプロモーターを使用して、任意の数のキメラタンパク質を発現することができる。一部の実施形態では、複数のプロモーターから発現するORFの少なくとも一つは、マルチシストロンであり得る。
本明細書中で使用される「リンカー」は、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を連結するポリペプチド、上に記載されるマルチシストロンリンカー、又は上に記載される追加のORFと動作可能に連結される追加のプロモーターを指すことができる。
操作された細胞
本明細書中で提供されるのは、膜切断可能なキメラタンパク質を産生する、操作された細胞、及び操作された細胞を産生する方法である。一般的に、本開示の操作された細胞は、本明細書中で提供されるキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などを発現するように操作されてもよい。これらの細胞は、本明細書中では「操作された細胞」として言及される。これらの細胞は、典型的には、操作された核酸を含み、自然において生じない。一部の実施形態では、細胞は、キメラタンパク質、例えば、膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターを含む核酸を含むように操作される。本開示の操作された細胞は、細胞のゲノム中に組み込まれた、操作された核酸を含み得る。操作された細胞は、例えば、一過性発現系、例えばプラスミド又はmRNAなどで改変された、細胞のゲノム中に組み込まれることなく発現が可能な、操作された核酸を含み得る。
本明細書中で提供されるのは、膜切断可能なキメラタンパク質を産生する、操作された細胞、及び操作された細胞を産生する方法である。一般的に、本開示の操作された細胞は、本明細書中で提供されるキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などを発現するように操作されてもよい。これらの細胞は、本明細書中では「操作された細胞」として言及される。これらの細胞は、典型的には、操作された核酸を含み、自然において生じない。一部の実施形態では、細胞は、キメラタンパク質、例えば、膜切断可能なキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターを含む核酸を含むように操作される。本開示の操作された細胞は、細胞のゲノム中に組み込まれた、操作された核酸を含み得る。操作された細胞は、例えば、一過性発現系、例えばプラスミド又はmRNAなどで改変された、細胞のゲノム中に組み込まれることなく発現が可能な、操作された核酸を含み得る。
本開示はまた、キメラタンパク質と、それらが産生される、操作された細胞の間の相加性及び相乗性を包含する。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも二つ(例、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれ以上)のキメラタンパク質、例えば、少なくとも二つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作される。他の実施形態では、細胞は、細胞により天然に産生されないエフェクター分子を有する少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。そのようなエフェクター分子は、例えば、細胞により天然に産生されるエフェクター分子の機能を補完し得る。
一部の実施形態では、細胞は、膜に係留される抗CD3及び/又は抗CD28アゴニストの細胞外ドメインを発現するように操作される。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、複数のキメラタンパク質を産生するように操作される。例えば、細胞は、2~20の異なるキメラタンパク質、例えば2~20の異なる膜切断可能なキメラタンパク質などを産生するように操作されてもよい。一部の実施形態では、2~20、2~19、2~18、2~17、2~16、2~15、2~14、2~13、2~12、2~11、2~10、2~9、2~8、2~7、2~6、2~5、2~4、2~3、3~20、3~19、3~18、3~17、3~16、3~15、3~14、3~13、3~12、3~11、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、3~5、3~4、4~20、4~19、4~18、4~17、4~16、4~15、4~14、4~13、4~12、4~11、4~10、4~9、4~8、4~7、4~6、4~5、5~20、5~19、5~18、5~17、5~16、5~15、5~14、5~13、5~12、5~11、5~10、5~9、5~8、5~7、5~6、6~20、6~19、6~18、6~17、6~16、6~15、6~14、6~13、6~12、6~11、6~10、6~9、6~8、6~7、7~20、7~19、7~18、7~17、7~16、7~15、7~14、7~13、7~12、7~11、7~10、7~9、7~8、8~20、8~19、8~18、8~17、8~16、8~15、8~14、8~13、8~12、8~11、8~10、8~9、9~20、9~19、9~18、9~17、9~16、9~15、9~14、9~13、9~12、9~11、9~10、10~20、10~19、10~18、10~17、10~16、10~15、10~14、10~13、10~12、10~11、11~20、11~19、11~18、11~17、11~16、11~15、11~14、11~13、11~12、12~20、12~19、12~18、12~17、12~16、12~15、12~14、12~13、13~20、13~19、13~18、13~17、13~16、13~15、13~14、14~20、14~19、14~18、14~17、14~16、14~15、15~20、15~19、15~18、15~17、15~16、16~20、16~19、16~18、16~17、17~20、17~19、17~18、18~20、18~19、又は19~20のキメラタンパク質を産生するように操作された細胞。一部の実施形態では、細胞は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20のキメラタンパク質を産生するように操作される。
一部の実施形態では、操作された細胞は、キメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターをコードする、一つ又は複数の操作された核酸を含む。一部の実施形態では、細胞は、複数の操作された核酸、例えば、少なくとも二つの操作された核酸を含むように操作され、各々が、少なくとも一つの(例、1、2、又は3)キメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターをコードする。例えば、細胞は、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、又は少なくとも10の操作された核酸を含むように操作され得るが、各々が、少なくとも一つ(例、1つ、2つ、又は3つ)のキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列と動作可能に連結されたプロモーターをコードする。一部の実施形態では、細胞は、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10又はそれ以上の操作された核酸を含むように操作され、各々が、少なくとも一つ(例、1つ、2つ、又は3つ)のキメラタンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターをコードする。操作された細胞は、上に記載されるリンカーの少なくとも一つをコードする操作された核酸、例えば、第一のポリペプチド配列と第二のポリペプチド配列を連結するポリペプチド、上に記載される一つもしくは複数のマルチシストロンリンカー、追加のORFに動作可能に連結された一つもしくは複数の追加のプロモーター、又はそれらの組み合わせを含み得る。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、プロテアーゼを発現するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、細胞に異種のプロテアーゼを発現するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、キメラタンパク質を発現する細胞に対して異種のプロテアーゼ、例えば膜切断可能なキメラタンパク質のプロテアーゼ切断部位を切断する異種プロテアーゼなどを発現するように操作される。一部の実施形態では、操作された細胞は、プロテアーゼ、例えば異種プロテアーゼなどをコードするヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターをコードする一つ又は複数の操作された核酸を含む。プロテアーゼ及びプロテアーゼ切断部位は、本明細書中の表題「プロテアーゼ切断部位」においてより詳細に記載されている。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、少なくとも一つのホーミング分子を産生するように操作される。「ホーミング」は、標的部位(例、細胞、組織(例、腫瘍)、又は器官)への細胞の能動的ナビゲーション(遊走)を指す。「ホーミング分子」は、細胞を標的部位に向かわせる分子を指す。一部の実施形態では、ホーミング分子は、標的部位への、操作された細胞の相互作用を認識及び/又は開始するように機能する。ホーミング分子の非限定的な例は、CXCR1、CCR9、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CCR2、CCR4、FPR2、VEGFR、IL6R、CXCR1、CSCR7、及びPDGFRを含む。
一部の実施形態では、ホーミング分子は、ケモカイン受容体(ケモカインに結合する細胞表面分子)である。本開示の操作された細胞により産生され得るケモカイン受容体の非限定的な例は、以下を含む:CXCケモカイン受容体(例、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR5、CXCR6、及びCXCR7)、CCケモカイン受容体(CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CCR10、及びCCR11)、CX3Cケモカイン受容体(例、CX3CL1に結合するCX3CR1)、及びXCケモカイン受容体(例、XCR1)。一部の実施形態では、ケモカイン受容体は、Gタンパク質連結膜貫通受容体、又は腫瘍壊死因子(TNF)受容体スーパーファミリー(限定されないが、TNFRSF1A、TNFRSF1Bを含む)のメンバーである。一部の実施形態では、細胞は、CXCL8、CXCL9、及び/又はCXCL10(T細胞動員を促進する)、CCL3及び/又はCXCL5、CCL21(Th1動員及び分極)を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、CXCR4を産生するように操作される。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、N-ホルミル化含有オリゴペプチド(限定されないが、FPR2及びFPRL1を含む)を検出するGタンパク質共役受容体(GPCR)を産生するように操作される。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、インターロイキン(限定されないが、IL6Rを含む)を検出する受容体を産生するように操作される。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、他の細胞、組織、又は腫瘍から分泌される成長因子を検出する受容体(限定されないが、FGFR、PDGFR、EGFR、ならびにVEGFファミリーの受容体、限定されないが、VEGF-C及びVEGF-Dを含む、を含む)を産生するように操作される。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、一つ又は複数のインテグリンを産生するように操作される。本開示の細胞は、インテグリンα及びβサブユニットの任意の組み合わせを産生するように操作され得る。インテグリンのαサブユニットは、限定されないが、以下であり得る:ITGA1、ITGA2、ITGA3、ITGA4、ITGA5、ITGA6、IGTA7、ITGA8、ITGA9、IGTA10、IGTA11、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAV、ITGA2B、ITGAX。インテグリンのβサブユニットは、限定されないが、以下であり得る:ITGB1、ITGB2、ITGB3、ITGB4、ITGB5、ITGB6、ITGB7、及びITGB8。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、一つ又は複数のマトリクスメタロプロテイナーゼ(MMP)を産生するように操作される。MMPの非限定的な例は、MMP-2、MMP-9、及びMMPを含む。一部の実施形態では、細胞は、MMPを阻害する分子(例、タンパク質)の阻害剤を産生するように操作される。例えば、細胞は、膜1型MMP(MT1-MMP)の阻害剤(例、RNAi分子)又はTIMPメタロペプチダーゼ阻害剤1(TIMP-1)を発現するように操作され得る。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、例えば、標的組織の内皮上でセレクチン(例、造血細胞E-/L-セレクチンリガンド(HCELL)、Dykstran et al.,Stem Cells.2016 Oct;34(10):2501-2511)に結合するリガンドを産生するように操作される。
用語「ホーミング分子」はまた、細胞のホーミングを改善/増強する分子の産生を調節する転写因子を包含する。
また、本明細書中で提供されるのは、複数のキメラタンパク質を産生するように操作され、その少なくとも二つが、異なる腫瘍媒介性免疫抑制機構を調節する細胞である。一部の実施形態では、少なくとも一つ(例、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ又はそれ以上)のキメラタンパク質は、腫瘍微小環境において少なくとも一つの免疫刺激機構を刺激する、又は腫瘍微小環境において少なくとも一つの免疫抑制機構を阻害するエフェクター分子を含む。一部の実施形態では、少なくとも一つ(例、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ又はそれ以上)のキメラタンパク質は、腫瘍微小環境において少なくとも一つの免疫抑制機構を阻害するエフェクター分子を含み、少なくとも一つのキメラタンパク質(例、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ又はそれ以上)は、腫瘍微小環境において少なくとも一つの免疫抑制機構を阻害する。さらに他の実施形態では、少なくとも二つ(例、2つ、3つ、4つ、5つ又はそれ以上)のキメラタンパク質は、腫瘍微小環境において少なくとも一つの免疫刺激機構を刺激するエフェクター分子を含む。さらに他の実施形態では、少なくとも二つ(例、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ又はそれ以上)のキメラタンパク質は、腫瘍微小環境において少なくとも一つの免疫抑制機構を阻害するエフェクター分子を含む。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、T細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激するエフェクター分子を含む、少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、抗原提示及び/又はプロセシングを刺激するエフェクター分子を含む、少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、ナチュラルキラー細胞媒介性細胞傷害性シグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激するエフェクター分子を含む、少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、樹状細胞分化及び/又は成熟を刺激するエフェクター分子を含む、少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、免疫細胞動員を刺激するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、M1マクロファージシグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激するエフェクター分子を含む、少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、Th1分極を刺激するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、間質分解を刺激するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、免疫刺激性代謝物産生を刺激するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、I型インターフェロンシグナル伝達を刺激するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、負の共刺激シグナル伝達を阻害するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、抗腫瘍免疫細胞のアポトーシス促進性シグナル伝達(例、TRAILを介する)を阻害するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、T調節性(Treg)細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を阻害するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、腫瘍チェックポイント分子を阻害するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、インターフェロン遺伝子の刺激因子(STING)シグナル伝達を活性化するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、骨髄由来のサプレッサー細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を阻害するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、免疫抑制因子/代謝物を分解するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、血管内皮成長因子シグナル伝達を阻害するエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、腫瘍細胞を直接的に殺傷するエフェクター分子(例、グランザイム、パーフォリン、腫瘍溶解性ウイルス、細胞溶解性ペプチド、及び酵素、例えば、ADCCを誘発する抗腫瘍抗体)を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。
一部の実施形態では、少なくとも一つのキメラタンパク質は、T細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激し、抗原提示及び/又はプロセシングを刺激し、ナチュラルキラー細胞媒介性細胞傷害性シグナル伝達、活性、及び/又は動員を刺激し、樹状細胞分化及び/又は成熟を刺激し、免疫細胞動員を刺激し、マクロファージシグナル伝達を刺激し、間質分解を刺激し、免疫刺激性代謝物産生を刺激し、又はI型インターフェロンシグナル伝達を刺激するエフェクター分子を含み;ならびに、少なくとも一つのキメラタンパク質は、負の共刺激シグナル伝達を阻害し、抗腫瘍免疫細胞のアポトーシス促進性シグナル伝達を阻害し、調節性T(Treg)細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を阻害し、腫瘍チェックポイント分子を阻害し、インターフェロン遺伝子の刺激因子(STING)シグナル伝達を活性化し、骨髄由来のサプレッサー細胞シグナル伝達、活性、及び/又は動員を阻害し、免疫抑制因子/代謝物を分解し、血管内皮成長因子シグナル伝達を阻害し、又は腫瘍細胞を直接的に殺傷するエフェクター分子を含む。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、IL-12、IFN-β、IFN-γ、IL-2,IL-15,IL-7,IL-36γ、IL-18,IL-1β、OX40リガンド、及びCD40Lから選択されるエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。遮断又は阻害のために標的化することができる例示的な免疫チェックポイント分子は、限定されないが、CTLA-4、4-1BB(CD137)、4-1BBL(CD137L)、PDL1、PDL2、PD1、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、TIM3、B7H3、B7H4、VISTA、KIR、2B4(CD2ファミリーの分子に属し、全てのNK、γδ Τ、及びメモリー CD8+(αβ)T細胞上で発現する)、CD160(また、BY55 として言及される)、及びCGEN-15049を含む。免疫チェックポイント阻害剤は、CTLA-4、PDL1、PDL2、PD1、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、TIM3、B7H3、B7H4、VISTA、KIR、2B4、CD160、及びCGEN-15049の一つ又は複数に結合して、その活性を遮断又は阻害する抗体、又はその抗原結合断片、又は他の結合タンパク質を含む。例示的なチェックポイント阻害剤は、限定されないが、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体を含む。例証的な免疫チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ(抗PD-1;MK-3475/Keytruda(登録商標)- Merck)、ニボルマブ(抗PD-1;Opdivo(登録商標)- BMS)、ピディリズマブ(抗PD-1抗体;CT-011 - Teva/CureTech)、 AMP224(抗PD-1;NCI)、アベルマブ(抗PD-L1; Bavencio(登録商標)- Pfizer)、デュルバルマブ(抗PD-L1;MEDI4736/Imfinzi(登録商標)- Medimmune/AstraZeneca)、アテゾリズマブ(抗PD-L1);Tecentriq(登録商標)- Roche/Genentech)、BMS-936559(抗PD-L1 - BMS)、トレメリムマブ(抗CTLA-4;Medimmune/AstraZeneca)、イピリムマブ(抗CTLA-4;Yervoy(登録商標)- BMS)、リリルマブ(抗KIR;BMS)、モナリズマブ(抗NKG2A;Innate Pharma/AstraZeneca)を含む。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、IL-12、IFN-β、IFN-γ、IL-2、IL-15、IL-7、IL-36γ、IL-18、IL-1β、OX40リガンド、及びCD40Lから選択されるエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質;ならびに/あるいは抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗CTLA-4抗体、及び抗IL-35抗体から選択される少なくとも一つのチェックポイント阻害剤;ならびに/あるいはMIP1α(CCL3)、MIP1β(CCL5)、及びCCL21から選択されるエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質;ならびに/あるいはCpGオリゴデオキシヌクレオチドから選択されるエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質;ならびに/あるいは微生物ペプチドから選択されるエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、IFN-β、ならびにサイトカイン、抗体、ケモカイン、ヌクレオチド、ペプチド、酵素、及びインターフェロン遺伝子の刺激因子(STING)から選択されるエフェクター分子を含む少なくとも一つのキメラタンパク質を産生するように操作される。一部の実施形態では、細胞は、IFN-β及び少なくとも一つのサイトカイン又は受容体/リガンド(例、IL-12、IFN-γ、IL-2、IL-15、IL-7、IL-36γ、IL-18、IL-1β、OX40-リガンド、及び/又はCD40L)を産生するように操作される。
一部の実施形態では、細胞(例、免疫細胞又は幹細胞)は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子(例、式S-C-MT又はMT-C-S中の「S」)は、サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、又は酵素である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はサイトカインである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はケモカインである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はホーミング分子である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は成長因子である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は共活性化分子である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は腫瘍微小環境修飾因子である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はリガンドである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は抗体である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はペプチドである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は酵素である。
一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子(例、式S-C-MT又はMT-C-S中の「S」)は、IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL17A、IL18、IL21、IL22、I型インターフェロン、又はTNF-アルファである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、又はXCL1である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、抗インテグリンアルファ4、ベータ7、抗MAdCAM、SDF1、又はMMP-2である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、4-1BBL又はCD40Lである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、又はHPGE2である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、又はそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、 抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、 抗CD27抗体、抗TNFa抗体、抗TREMl抗体、又は抗TREM2抗体である。
一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子(例、式S-C-MT又はMT-C-S中の「S」)は、IL-15を含む。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rαのsushiドメインの融合体である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクターは、IL-15からなる。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、一つ又は複数の追加のエフェクター分子を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、一つ又は複数の追加の分泌性エフェクター分子を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ポリヌクレオチド、ペプチド、又は酵素を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IL-12、IFN-γ、IL-2,IL-7,IL-36γ、IL-18,IL-1β、OX40リガンド、又はCD40Lを産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IL-12を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IFN-γを産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IL-2を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IL-7を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IL-36γを産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IL-18を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、IL-1βを産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、OX40リガンドを産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、CD40Lを産生するようにさらに操作される。
一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、細胞は、一つ又は複数の追加の膜切断可能なキメラタンパク質を産生するようにさらに操作される。
一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子(例、式S-C-MT又はMT-C-Sの「S」)はIL-15であり、細胞は、一つ又は複数の追加の膜切断可能なキメラタンパク質を産生するようにさらに操作される。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子は、サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ポリヌクレオチド、ペプチド、又は酵素を産生する。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子は、IL-12、IFN-γ、IL-2、IL-7、IL-36γ、IL-18、IL-1β、OX40リガンド、又はCD40Lである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はIL-12である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はIFN-γである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はIL-2である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はIL-7である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はIL-36γである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はIL-18である。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はIL-1βである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はOX40リガンドである。一部の実施形態では、細胞は、少なくとも一つの膜切断可能なキメラタンパク質を産生するように操作され、ここで、分泌性エフェクター分子はIL-15であり、細胞は、追加の膜切断可能なキメラタンパク質についてさらに操作され、ここで、追加の分泌性エフェクター分子はCD40Lである。
細胞はまた、本明細書中に記載されるキメラタンパク質(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質)、目的のタンパク質、又はエフェクター分子に加えて、追加のタンパク質を発現するようにさらに操作することができる。細胞をさらに操作して、一つ又は複数の抗原認識受容体を発現させることができる。一つ又は複数の抗原認識受容体により標的かされ得る抗原の例は、限定されないが、5T4、ADAM9、AFP、AXL、B7-H3、B7-H4、B7-H6、BCMA、C4.4、CA6、カドヘリン3、カドヘリン6、CCR4、CD19、CD20、CD22、CD123、CD133、CD138、CD142、CD166、CD25、CD30、CD33、CD352、CD37、CD38、CD44、CD56、CD66e、CD70、CD71、CD74、CD79b、CD80、CEA、CEACAM5、クローディン18.2、cMet、CSPG4、CTLA、DLK1、DLL3、DR5、EGFR、ENPP3、EpCAM、EphA2、エフリンA4、ETBR、FGFR2、FGFR3、FLT3、FRアルファ、FRb、GCC、GD2、GFRa4、gpA33、GPC2、GPC3、gpNBM、GPRC5、HER2、IL-13R、IL-13Ra、IL-13Ra2、IL-8、IL-15、IL1RAP、インテグリンaV、KIT、L1CAM、LAMP1、ルイスY、LeY、LIV-1、LRRC、LY6E、MCSP、メソテリン、MUC1、MUC16、MUC1C、NaPi2B、ネクチン4、NKG2D、NOTCH3、NY ESO 1、オバリン、Pカドヘリン、汎Erb2、PSCA、PSMA、PTK7、ROR1、S Aures、SCT、SLAMF7、SLITRK6、SSTR2、STEAP1、Survivin、TDGF1、TIM1、TROP2、及びWT1を含む。
抗原認識受容体は、抗原結合ドメイン、例えば、抗体、抗体の抗原結合断片、F(ab)断片、F(ab’)断片、一本鎖可変断片(scFv)、又は単一ドメイン抗体(sdAb)を含み得る。抗原認識受容体は、scFvを含み得る。scFvは、重鎖可変ドメイン(VH)及び軽鎖可変ドメイン(VL)を含み得るが、それらは、ペプチドリンカーにより分離され得る。例えば、scFvは、構造VH-L-VL又はVL-L-VHを含み得るが、それにおいて、VHは重鎖可変ドメインであり、Lはペプチドリンカーであり、かつVLは軽鎖可変ドメインである。
抗原認識受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)であり得る。CARは、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えばCD3ゼータ鎖細胞内シグナル伝達ドメイン、CD97細胞内シグナル伝達ドメイン、CD11a-CD18細胞内シグナル伝達ドメイン、CD2細胞内シグナル伝達ドメイン、ICOS細胞内シグナル伝達ドメイン、CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、CD154細胞内シグナル伝達ドメイン、CD8細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40細胞内シグナル伝達ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ZAP40細胞内シグナル伝達ドメイン、CD30細胞内シグナル伝達ドメイン、GITR細胞内シグナル伝達ドメイン、HVEM細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP10細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP12細胞内シグナル伝達ドメイン、MyD88細胞内シグナル伝達ドメイン、それらの断片、それらの組み合わせ、又はそれらの断片の組み合わせなどを有し得る。CARは、膜貫通ドメイン、例えばCD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、CD3ゼータ鎖膜貫通ドメイン、CD4膜貫通ドメイン、4-1BB膜貫通ドメイン、OX40膜貫通ドメイン、ICOS膜貫通ドメイン、CTLA-4膜貫通ドメイン、PD-1膜貫通ドメイン、LAG-3膜貫通ドメイン、2B4膜貫通ドメイン、BTLA膜貫通ドメイン、それらの断片、それらの組み合わせ、又はそれらの断片の組み合わせなどを有し得る。CARは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインの間にスペーサー領域を有することができる。
抗原認識受容体は、T細胞受容体(TCR)であり得る。
操作された細胞型
また、本明細書中で提供されるのは、操作された細胞である。細胞は、本明細書中に記載される操作された核酸のいずれか(例、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質をコードする操作された核酸のいずれか)を含むように操作され得る。細胞は、本明細書中に記載される操作された細胞のいずれかの特色のいずれかを持つように操作され得る。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、一つ又は複数のキメラタンパク質を産生するように操作された細胞であり、ここで、一つ又は複数のキメラタンパク質は、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、二つ以上のキメラタンパク質を産生するように操作された細胞である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の二つ以上を産生するように操作された細胞であり、ここで、各キメラタンパク質は、異なる目的のタンパク質又はエフェクター分子である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを産生するように操作され、異なるエフェクター分子又は目的のタンパク質(例、ホーミング分子、抗原受容体など)を別々に産生するように操作された細胞である。
また、本明細書中で提供されるのは、操作された細胞である。細胞は、本明細書中に記載される操作された核酸のいずれか(例、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質をコードする操作された核酸のいずれか)を含むように操作され得る。細胞は、本明細書中に記載される操作された細胞のいずれかの特色のいずれかを持つように操作され得る。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、一つ又は複数のキメラタンパク質を産生するように操作された細胞であり、ここで、一つ又は複数のキメラタンパク質は、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、二つ以上のキメラタンパク質を産生するように操作された細胞である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の二つ以上を産生するように操作された細胞であり、ここで、各キメラタンパク質は、異なる目的のタンパク質又はエフェクター分子である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを産生するように操作され、異なるエフェクター分子又は目的のタンパク質(例、ホーミング分子、抗原受容体など)を別々に産生するように操作された細胞である。
操作された細胞は、免疫細胞、限定されないが、T細胞、CD8+ T細胞、CD4+ T細胞、ガンマデルタ(γδ)T細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球 、又は樹状細胞を含む、であり得る。操作された細胞は、T細胞であり得る。操作された細胞は、NK細胞あり得る。
操作された細胞は、幹細胞、限定されないが、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、又はiPSC由来細胞を含む、であり得る。
操作された細胞は、腫瘍由来細胞であり得る。腫瘍細胞の例は、限定されないが、膀胱腫瘍細胞、脳腫瘍細胞、乳房腫瘍細胞、子宮頸部腫瘍細胞、結腸直腸腫瘍細胞、食道腫瘍細胞、神経膠腫細胞、腎臓腫瘍細胞、肝臓腫瘍細胞、肺腫瘍細胞、メラノーマ細胞、卵巣腫瘍細胞、膵臓腫瘍細胞、前立腺腫瘍細胞、皮膚腫瘍細胞、甲状腺腫瘍細胞、及び子宮腫瘍細胞を含む。
細胞を操作して、当業者に公知の方法を使用してキメラタンパク質を産生することができる。例えば、細胞を形質導入して腫瘍を操作することができる。一実施形態では、細胞は、ウイルスを使用して形質導入される。
特定の実施形態では、細胞は、腫瘍溶解性ウイルスを使用して形質導入される。腫瘍溶解性ウイルスの例は、限定されないが、腫瘍溶解性単純ヘルペスウイルス、腫瘍溶解性アデノウイルス、腫瘍溶解性麻疹ウイルス、腫瘍溶解性インフルエンザウイルス、腫瘍溶解性インディアナベシクロウイルス、腫瘍溶解性ニューカッスル病ウイルス、腫瘍溶解性ワクシニアウイルス、腫瘍溶解性ポリオウイルス、腫瘍溶解性粘液腫ウイルス、腫瘍溶解性レオウイルス、腫瘍溶解性ムンプスウイルス、腫瘍溶解性マラバウイルス、腫瘍溶解性狂犬病ウイルス、腫瘍溶解性ロタウイルス、腫瘍溶解性肝炎ウイルス、腫瘍溶解性ルベラウイルス、腫瘍溶解性デングウイルス、腫瘍溶解性チクングニアウイルス、腫瘍溶解性呼吸器合胞体ウイルス、腫瘍溶解性リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、腫瘍溶解性モルビリウイルス、腫瘍溶解性レンチウイルス、腫瘍溶解性複製レトロウイルス、腫瘍溶解性ラブドウイルス、腫瘍溶解性セネカバレーウイルス、腫瘍溶解性シンドビスウイルス、及びそれらの任意のバリアント又は誘導体を含む。
ウイルスは、本明細書中に記載される腫瘍溶解性ウイルスのいずれかを含み、一つ又は複数のキメラタンパク質、例えば本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかなどをコードするもう一つの導入遺伝子をコードする組換えウイルスであり得る。ウイルスは、本明細書中に記載される腫瘍溶解性ウイルスのいずれかを含み、二つ以上のキメラタンパク質、例えば本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかなどの一つ又は複数をコードするもう一つの導入遺伝子をコードする組換えウイルスであり得る。
また、本明細書中で提供されるのは、操作された赤血球である。赤血球は、本明細書中に記載される操作された核酸のいずれかを含むように操作され得る。赤血球は、本明細書中に記載される操作された細胞のいずれかの特徴のいずれかを持つように操作され得る。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の一つ又は複数を産生するように操作された赤血球である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の二つ以上を産生するように操作された赤血球である。
また、本明細書中で提供されるのは、操作された血小板細胞である。血小板細胞は、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかを含むように操作することができる。血小板細胞は、本明細書中に記載される、操作された細胞のいずれかの特徴のいずれかを持つように操作することができる。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の一つ又は複数を産生するように操作された血小板細胞である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の二つ以上を産生するように操作された血小板細胞である。
また、本明細書中で提供されるのは、操作された細菌細胞である。細菌細胞は、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかを含むように操作することができる。細菌細胞は、本明細書中に記載される、操作された細胞のいずれかの特徴のいずれかを持つように操作することができる。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書に記載されるキメラタンパク質の二つ以上を産生するように操作された細菌細胞である。細菌細胞は、一つ又は複数の哺乳動物由来のキメラタンパク質を産生するように操作することができる。細菌細胞は、二つ以上の哺乳動物由来のキメラタンパク質を産生するように操作することができる。細菌細胞の例は、限定されないが、クロストリジウム・ベイジェリンキー、クロストリジウム・スポロジェネス、クロストリジウム・ノヴィ、エシェリヒア・コリ、シュードモナス・エルジノーサ、リステリア・モノサイトゲネス、サルモネラ・チフィリウム、及びサルモネラ・コレラエスイスを含む。
操作された細胞は、ヒト細胞であり得る。操作された細胞は、ヒト初代細胞であり得る。操作された初代細胞は、腫瘍浸潤性初代細胞であり得る。操作された初代細胞は、初代T細胞であり得る。操作された初代細胞は、造血幹細胞(HSC)であり得る。操作された初代細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞であり得る。操作された初代細胞は、任意の体細胞であり得る。操作された初代細胞は、MSCであり得る。ヒト細胞(例、免疫細胞)は、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかを含むように操作することができる。ヒト細胞(例、免疫細胞)は、本明細書中に記載される、操作された細胞のいずれかの特徴のいずれかを持つように操作することができる。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の一つ又は複数を産生するように操作されたヒト細胞(例、免疫細胞)である。特定の態様では、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の二つ以上を産生するように操作されたヒト細胞(例、免疫細胞)である。
操作された細胞は、対象(自己)、例えば、癌を有することが公知である、又は疑われる対象などから単離することができる。細胞単離方法は当業者に公知であり、限定されないが、細胞表面マーカー発現に基づくソーティング技術、例えば、FACSソーティング、ポジティブ単離技術、及びネガティブ単離、磁気単離、ならびにそれらの組み合わせを含む。操作された細胞は、治療が施されている対象に関して同種であり得る。同種改変細胞は、治療が施されている対象にHLA適合させることができる。操作された細胞は、培養細胞、例えばエクスビボ培養細胞などであり得る。操作された細胞は、エクスビボ培養細胞、例えば対象から単離された初代細胞などであり得る。培養細胞は、一つ又は複数のサイトカインと培養することができる。
また、本明細書中で提供されるのは、本開示の操作された細胞を培養することを含む方法である。本明細書中に記載される、操作された細胞を培養する方法は、公知である。当業者は、培養条件が、目的の特定の操作された細胞に依存することを認識するであろう。当業者は、培養条件が、操作された細胞の特定の下流の使用、例えば、対象への、操作された細胞のその後の投与のための特定の培養条件に依存することを認識するであろう。
細胞を操作する方法
また、本明細書中で提供されるのは、一つ又は複数の目的のタンパク質又はエフェクター分子(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質)を産生するために細胞を操作するための組成物及び方法である。
また、本明細書中で提供されるのは、一つ又は複数の目的のタンパク質又はエフェクター分子(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質)を産生するために細胞を操作するための組成物及び方法である。
一般的に、細胞は、細胞のサイトゾル及び/又は核中への、一つ又は複数の目的のタンパク質又はエフェクター分子、例えば、目的のタンパク質又はエフェクター分子を含む、本明細書中に記載されているキメラタンパク質をコードするポリヌクレオチドの導入(即ち、送達)を通じて、目的のタンパク質又はエフェクター分子を産生するように操作される。例えば、一つ又は複数のキメラタンパク質をコードするポリヌクレオチドは、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質をコードする操作された核酸のいずれかであることができる。送達方法は、限定されないが、ウイルス媒介性送達、脂質媒介性トランスフェクション、ナノ粒子送達、エレクトロポレーション、超音波処理、及び物理的手段による細胞膜変形を含む。当業者は、送達方法の選択が、操作しようとする特定の細胞型に依存し得ることを理解するであろう。
ウイルス媒介性送達
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームを使用して、細胞を操作することができる。一般的に、ウイルスベクターベースの送達プラットフォームによって、宿主細胞中へ導入する(即ち、送達する)ことを通じて細胞が操作される。例えば、ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、本明細書中に記載される操作された核酸のいずれか(例、本明細書中に記載されるキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などをコードする外因性ポリヌクレオチド配列のいずれか、ならびに/あるいは、N末端からC末端方向で、プロモーター及び、キメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列を含む、本明細書中に記載される発現カセットのいずれか)を導入することにより細胞を操作することができる。ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは核酸であり得るが、そのようなものとして、操作された核酸はまた、操作されたウイルス由来の核酸を包含し得る。そのような操作されたウイルス由来の核酸はまた、組換えウイルス又は操作されたウイルスとして言及され得る。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームを使用して、細胞を操作することができる。一般的に、ウイルスベクターベースの送達プラットフォームによって、宿主細胞中へ導入する(即ち、送達する)ことを通じて細胞が操作される。例えば、ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、本明細書中に記載される操作された核酸のいずれか(例、本明細書中に記載されるキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などをコードする外因性ポリヌクレオチド配列のいずれか、ならびに/あるいは、N末端からC末端方向で、プロモーター及び、キメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列を含む、本明細書中に記載される発現カセットのいずれか)を導入することにより細胞を操作することができる。ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは核酸であり得るが、そのようなものとして、操作された核酸はまた、操作されたウイルス由来の核酸を包含し得る。そのような操作されたウイルス由来の核酸はまた、組換えウイルス又は操作されたウイルスとして言及され得る。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、同じ核酸内に二つ以上の操作された核酸、遺伝子、又は導入遺伝子をコードし得る。例えば、操作されたウイルス由来の核酸、例えば、組換えウイルス又は操作されたウイルスは、一つ又は複数の導入遺伝子、限定されないが、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の一つ又は複数をコードする、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかを含む、をコードし得る。一つ又は複数のキメラタンパク質をコードする一つ又は複数の導入遺伝子は、一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は目的の他のタンパク質を発現するように構成され得る。ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、一つ又は複数の導入遺伝子(例、一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他の目的のタンパク質をコードする導入遺伝子)に加えて、シス作用性エレメント又は遺伝子として言及される、一つ又は複数の遺伝子、例えば、ウイルス感染性及び/又はウイルス産生のために必要とされるウイルス遺伝子(例、キャプシドタンパク質、エンベロープタンパク質、ウイルスポリメラーゼ、ウイルス転写酵素など)をコードすることができる。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、二つ以上のウイルスベクター、例えば、本明細書中に記載され、トランス作用性エレメント又は遺伝子として言及される、操作された核酸、遺伝子、又は導入遺伝子をコードする別々のウイルスベクターなどを含むことができる。例えば、ヘルパー依存性ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他の目的のタンパク質をコードするベクターに加えて、一つ又は複数の追加の別々のベクター上にウイルス感染性及び/又はウイルス産生のために必要とされる追加の遺伝子を提供することができる。一つのウイルスベクターによって、二つ以上の操作された核酸を送達することができ、例えば、二つ以上のキメラタンパク質及び/又は他の目的のタンパク質を産生するように構成された、操作された核酸を送達する一つのベクターなどである。二つ以上のウイルスベクターによって、二つ以上の操作された核酸を送達することができ、例えば、一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他の目的のタンパク質を産生するように構成された一つ又は複数の操作された核酸を送達する二つ以上のベクターなどである。使用されるウイルスベクターの数は、上で言及されるウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームのパッケージング容量に依存し得るが、当業者は、適した数のウイルスベクターを選択することができる。
一般的に、ウイルスベクターベースの系のいずれかは、分子、例えば、本明細書中に記載されるキメラタンパク質、エフェクター分子、及び/又は他の目的のタンパク質などのインビトロ生産のために使用することができる、あるいは、例えば、一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他の目的のタンパク質をコードする操作された核酸のインビボ送達のために、インビボ及びエクスビボ遺伝子治療手順において使用することができる。適したウイルスベクターベースの系の選択は、様々な要因、例えばカーゴ/ペイロードのサイズ、ウイルス系の免疫原性、目的の標的細胞、遺伝子発現の強度及びタイミング、及び当業者により認識される他の要因などに依存する。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、RNAベースのウイルス又はDNAベースのウイルスであり得る。例示的なウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、限定されないが、単純ヘルペスウイルス、アデノウイルス、麻疹ウイルス、インフルエンザウイルス、インディアナベシクロウイルス、ニューカッスル病ウイルス、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、粘液腫ウイルス、レオウイルス、ムンプスウイルス、マラバウイルス、狂犬病ウイルス、ロタウイルス、肝炎ウイルス、風疹ウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、モルビリウイルス、レンチウイルス、複製レトロウイルス、ラブドウイルス、セネカバレーウイルス、シンドビスウイルス、及びそれらの任意のバリアント又は誘導体を含む。他の例示的なウイルスベクターベースの送達プラットフォームが、当技術分野において記載されており、例えばワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス(例、Tatsis et al.,Adenoviruses,Molecular Therapy (2004)10,616-629を参照のこと)又はレンチウイルスなどであり、限定されないが、特定の細胞型又は受容体を標的化するように設計された第2、第 3又はハイブリッド第二/第三世代レンチウイルス及び任意の世代の組換えレンチウイルスを含む(例、Hu et al.,Immunization Delivered by Lentiviral Vectors for Cancer and Infectious Diseases,Immunol Rev.(2011)239(1): 45-61、Sakuman et al.,Lentiviral vectors: basic to translational,Biochem J.(2012)443(3):603-18、Cooper et al.,Rescue of splicing-mediated intron loss maximizes expression in lentiviral vectors containing the human ubiquitin C promoter,Nucl.Acids Res.(2015)43 (1): 682-690、Zufferey et al.,Self-Inactivating Lentivirus Vector for Safe and Efficient In vivo Gene Delivery,J.Virol.(1998)72 (12): 9873-9880を参照のこと)。
この配列は、細胞内コンパートメントを標的化する一つ又は複数の配列で先行されてもよい。宿主細胞中への導入(即ち、送達)時に、感染細胞(即ち、操作された細胞)は、目的のキメラタンパク質及び/又は他のタンパク質を発現することができる。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法が、例えば、米国特許第4,722,848号において記載されている。別のベクターはBCG(Bacille Calmette Guerin)である。BCGベクターは、Stover et al.(Nature 351:456-460 (1991))において記載されている。操作された核酸の導入(即ち、送達)のために有用な多種多様な他のベクター、例えば、サルモネラ・チフィベクター、及び同様のものが、本明細書中の記載から当業者に明らかであろう。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、細胞を標的化するウイルスであり得るが、本明細書中では腫瘍溶解性ウイルスとして言及される。腫瘍溶解性ウイルスの例は、限定されないが、腫瘍溶解性単純ヘルペスウイルス、腫瘍溶解性アデノウイルス、腫瘍溶解性麻疹ウイルス、腫瘍溶解性インフルエンザウイルス、腫瘍溶解性インディアナベシクロウイルス、腫瘍溶解性ニューカッスル病ウイルス、腫瘍溶解性ワクシニアウイルス、腫瘍溶解性ポリオウイルス、腫瘍溶解性粘液腫ウイルス、腫瘍溶解性レオウイルス、腫瘍溶解性ムンプスウイルス、腫瘍溶解性マラバウイルス、腫瘍溶解性狂犬病ウイルス、腫瘍溶解性ロタウイルス、腫瘍溶解性肝炎ウイルス、腫瘍溶解性ルベラウイルス、腫瘍溶解性デングウイルス、腫瘍溶解性チクングニアウイルス、腫瘍溶解性呼吸器合胞体ウイルス、腫瘍溶解性リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、腫瘍溶解性モルビリウイルス、腫瘍溶解性レンチウイルス、腫瘍溶解性複製レトロウイルス、腫瘍溶解性ラブドウイルス、腫瘍溶解性セネカバレーウイルス、腫瘍溶解性シンドビスウイルス、及びそれらの任意のバリアント又は誘導体を含む。本明細書中に記載される腫瘍溶解性ウイルスのいずれも、目的の一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他のタンパク質をコードする一つ又は複数の導入遺伝子(例、操作された核酸)を含む組換え腫瘍溶解性ウイルスであり得る。目的の一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他のタンパク質をコードする導入遺伝子は、目的のキメラタンパク質及び/又は他のタンパク質を発現するように構成され得る。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、レトロウイルスベースであり得る。一般的に、レトロウイルスベクターは、6~10kbまでの外来配列についてのパッケージング能力を伴う、シス作用性の長い末端反復で構成されている。最小のシス作用性LTRは、ベクターの複製及びパッケージングのために十分であり、それは次に、一つ又は複数の操作された核酸(例、一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他の目的のタンパク質をコードする導入遺伝子)を標的細胞中に組み込んで、永続的な導入遺伝子の発現を提供するために使用される。レトロウイルスベースの送達系は、限定されないが、マウス白血病、ウイルス(MuLV)、テナガザル白血病ウイルス(GaLV)、サル免疫不全ウイルス(SIV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、及びそれらの組み合わせに基づく送達系を含む(例、Buchscher et al.,J.Virol.66:2731-2739 (1992);Johann et ah,J.Virol.66:1635-1640 (1992);Sommnerfelt et al.,Virol.176:58-59 (1990);Wilson et ah,J.Virol.63:2374-2378 (1989);Miller et al,J,Virol.65:2220-2224 (1991);PCT/US94/05700を参照のこと)。他のレトロウイルス系は、Phoenixレトロウイルス系を含む。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、レンチウイルスベースであり得る。一般的に、レンチウイルスベクターは、非分裂細胞を形質導入する又は感染させることができ、典型的には、高いウイルス力価を産生するレトロウイルスベクターである。レンチウイルスベースの送達プラットフォームは、HIVベース、例えばViraPower系(ThermoFisher)又はpLenti系(Cell Biolabs)などであり得る。レンチウイルスベースの送達プラットフォームは、SIV又はFIVベースであり得る。他の例示的なレンチウイルスベースの送達プラットフォームが、米国特許第7,311,907号;第7,262,049号;第7,250,299号;第7,226,780号;第7,220,578号;第7,211,247号;第7,160,721号;第7,078,031号;第7,070,993号;第7,056,699号;第6,955,919号においてさらに詳細に記載されており、各々が、参照により全ての目的のために本明細書中に組み入れられる。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、アデノウイルスベースであり得る。一般的に、アデノウイルスベースのベクターは、多くの細胞型において非常に高い形質導入効率が可能であり、細胞分裂を要求せず、高い力価及び発現のレベルを達成し、比較的単純な系において大量に産生することができる。一般的に、アデノウイルスは、感染細胞内での導入遺伝子の一過性発現のために使用することができる。なぜなら、アデノウイルスは、典型的には、宿主のゲノム中に組み込まれないためである。アデノウイルスベースの送達プラットフォームが、Li et al.,Invest Opthalmol Vis Sci 35:2543 2549,1994;Borras et al.,Gene Ther 6:515 524,1999;Li and Davidson,PNAS 92:7700 7704,1995;Sakamoto et al.,H Gene Ther 5:1088 1097,1999;WO 94/12649、WO 93/03769;WO 93/19191;WO 94/28938;WO 95/11984及びWO 95/00655においてより詳細に記載されており、各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。他の例示的なアデノウイルスベースの送達プラットフォームが、米国特許第5585362号;第6,083,716号、第7,371,570号;第7,348,178号;第7,323,177号;第7,319,033号;第7,318,919号;及び第7,306,793号ならびに国際特許出願WO96/13597においてより詳細に記載されており、各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベースであり得る。アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターを使用して、操作された核酸(例、本明細書中に記載される操作された核酸のいずれか)で細胞を形質導入してもよい。目的のタンパク質、例えば本明細書中に記載されるキメラタンパク質及び/又はエフェクター分子などのインビトロ産生のために使用することができ、あるいは、例えば、一つ又は複数のキメラタンパク質及び/又は他の目的のタンパク質をコードする操作された核酸のインビボ送達のために、インビボ及びエクスビボ遺伝子治療手順において使用することができる(例、West et al.,Virology 160:38-47 (1987);米国特許第4,797,368号;第5,436,146号;第6,632,670号;第6,642,051号;第7,078,387号;第7,314,912号;第6,498,244号;第7,906,111号;米国特許公開US 2003-0138772、US 2007/0036760、及びUS 2009/0197338; Gao,et al.,J.Virol,78(12):6381-6388 (2004年6月);Gao,et al,Proc Natl Acad Sci USA,100(10):6081-6086 (May 13,2003);ならびに国際特許出願WO 2010/138263及びWO 93/24641;Kotin,Human Gene Therapy 5:793-801 (1994);Muzyczka,J.Clin.Invest.94:1351 (1994)、各々が、全ての目的のために、参照により本明細書中に組み入れられる)。組換えAAVベクターを構築するための例示的な方法が、米国特許第5,173,414号;Tratschin et ah,Mol.Cell.Biol.5:3251-3260 (1985); Tratschin,et ah,Mol.Cell,Biol.4:2072-2081 (1984); Hermonat &amp;Muzyczka,PNAS 81:64666470 (1984);及びSamuiski et ah,J.Virol.63:03822-3828 (1989)においてさらに詳細に記載されており、各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。一般的に、AAVベースのベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV.Rh10、AAV11及びそれらのバリアントのいずれか一つに対応するアミノ酸配列を有するキャプシドタンパク質を含む。特定の例では、AAVベースのベクターは、AAV2に対応するアミノ酸配列を有するキャプシドタンパク質を有する。特定の例では、AAVベースのベクターは、AAV8に対応するアミノ酸配列を有するキャプシドタンパク質を有する。
AAVベクターは、式:S-C-MT又はMT-C-Sを有する、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列のいずれかを有するように操作され得る。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、ウイルス様粒子(VLP)プラットフォームであり得る。一般的に、VLPは、ウイルス構造タンパク質を産生し、結果として得られたウイルス粒子を精製することにより構築される。次に、精製後、カーゴ/ペイロード(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を、精製した粒子内にエクスビボでカプセル化する。したがって、VLPの産生によって、ウイルス構造タンパク質をコードする核酸及びカーゴ/ペイロードをコードする核酸の分離が維持される。VLP産生において使用されるウイルス構造タンパク質は、哺乳動物、酵母、昆虫、細菌、又はインビボ翻訳発現の系を含む、様々な発現系において産生することができる。精製されたウイルス粒子を、当業者に公知の方法を使用して、所望のカーゴの存在において変性及び再形成して、VLPを産生することができる。VLPの産生は、Seow et al.(Mol Ther.2009 May; 17(5): 767-777)においてより詳細に記載されており、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、ある範囲の細胞を標的化する(即ち、感染させる)、狭いサブセットの細胞を標的化する、又は特定の細胞を標的化するように改変することができる。一般的に、ウイルスベクターベースの送達プラットフォーム用に選ばれたエンベロープタンパク質によって、ウイルスの向性が決定される。ウイルスベクターベースの送達プラットフォームにおいて使用されるウイルスは、目的の特定の細胞を標的化するようにシュードタイプ化することができる。ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、向汎性であり、ある範囲の細胞に感染することができる。例えば、向汎性ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、VSV-Gエンベロープを含むことができる。ウイルスベクターベースの送達プラットフォームは、両種指向性であり、哺乳動物細胞に感染することができる。したがって、当業者は、所望の細胞型を標的化するための適した向性、シュードタイプ、及び/又はエンベロープタンパク質を選択することができる。
脂質構造体送達系
操作された核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)は、脂質媒介性送達系を使用して細胞中に導入することができる。一般的に、脂質媒介性送達系は、内部コンパートメントを包む外部脂質膜で構成される構造を使用する。脂質ベースの構造体の例は、限定されないが、脂質ベースのナノ粒子、リポソーム、ミセル、エキソソーム、小胞、細胞外小胞、細胞、又は組織を含む。脂質構造体送達系は、インビトロ、インビボ、又はエクスビボで、カーゴ/ペイロード(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を送達することができる。
操作された核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)は、脂質媒介性送達系を使用して細胞中に導入することができる。一般的に、脂質媒介性送達系は、内部コンパートメントを包む外部脂質膜で構成される構造を使用する。脂質ベースの構造体の例は、限定されないが、脂質ベースのナノ粒子、リポソーム、ミセル、エキソソーム、小胞、細胞外小胞、細胞、又は組織を含む。脂質構造体送達系は、インビトロ、インビボ、又はエクスビボで、カーゴ/ペイロード(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を送達することができる。
脂質ベースのナノ粒子は、限定されないが、単層リポソーム、多層リポソーム、及び脂質調製物を含むことができる。本明細書中で使用されるように、「リポソーム」は、所望のカーゴ、例えば、操作された核酸、例えば、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかなどを、脂質シェル又は脂質凝集体内に封入することにより形成される脂質媒体のインビトロ調製物を包含する一般名である。リポソームは、一般的にリン脂質を含む二分子膜を伴う小胞構造、及び一般的に水性組成物を含む内部媒質を有するとして特徴付けられ得る。リポソームは、限定されないが、エマルジョン、発泡体、ミセル、不溶性単層、液晶、リン脂質分散液、層状層及び同様のものを含む。リポソームは単層リポソームであり得る。リポソームは多層リポソームであり得る。リポソームは多胞性リポソームであり得る。リポソームは、正に荷電し得る、負に荷電し得る、又は中性に荷電し得る。特定の実施形態では、リポソームは中性に荷電している。リポソームは、標準的な小胞形成脂質から形成することができ、それは、一般的に、中性及び負に荷電したリン脂質ならびにステロール、例えばコレステロールなどを含む。脂質の選択は、一般的に、所望の目的、例えば、インビボ送達についての基準、例えばリポソームのサイズ、酸の不安定性、及び血流中でのリポソームの安定性などの考慮により導かれる。多様な方法が、リポソームを調製するために利用可能であり、例えば、Szokan et al.,Ann.Rev.Biophys.Bioeng.9; 467 (1980)、米国特許第4,235,871号、第4,501,728号、第4,501,728号、第4,837,028号、及び第5,019,369号において記載されているとおりであり、各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
多重層リポソームが、一般的に、リン脂質を含む脂質を過剰の水溶液中に懸濁した場合に自発的に生成されて、複数の脂質層が水性媒質により分離されるようになる。水及び溶解された溶質は、脂質成分の自己再構成後に、脂質二重層の間の閉じた構造中に封入される。所望のカーゴ(例、ポリペプチド、核酸、小分子薬、操作された核酸、例えば、本明細書中に記載される操作された核酸のいずれかなど、ウイルスベクター、ウイルスベースの送達系など)を、リポソームの水性内部中にカプセル化するか、リポソーム及びポリペプチド/核酸の両方に会合する連結分子を介してリポソームに付着させるか、リポソームの脂質二重層内に散在させるか、リポソーム中に封入するか、リポソームと複合体を形成させるか、又は、そうでなければ、リポソームと会合させることができ、それを標的実体に送達できるようにする。親油性分子又は親油性領域を伴う分子がまた、脂質二重層中に溶解し得る又はそれと会合し得る。
本実施形態に従って使用されるリポソームは、当業者に公知であり得るように、異なる方法により作製することができる。リポソームの調製は、WO 2016/201323、国際出願PCT/US85/01161及びPCT/US89/05040、ならびに米国特許4,728,578、4,728,575、4,737,323、4,533,254、4,162,282、4,310,505、及び4,921,706においてさらに詳細に記載されており;各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
リポソームはカチオン性リポソームであり得る。カチオン性リポソームの例は、米国特許第5,962,016号;第5,030,453号;第6,680,068号、米国出願2004/0208921、ならびに国際特許出願WO03/015757A1、WO04029213A2、及びWO02/100435A1においてさらに詳細に記載されており、各々が、それらの全体において、参照により本明細書中に組み入れられる。
脂質媒介性遺伝子送達方法は、例えば、WO 96/18372;WO 93/24640;Mannino & Gould-Fogerite,BioTechniques 6(7): 682-691 (1988);米国特許第5,279,833号 Rose 米国特許第5,279,833号;WO91/06309;及びFelgner et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84: 7413-7414 (1987)において記載されており、各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
エキソソームは、エンドサイトーシス起源の小さな膜小胞であり、それは、多小胞体と原形質膜との融合後に細胞外環境中に放出される。エキソソームのサイズは、直径30~100nmの間の範囲である。それらの表面は、ドナー細胞の細胞膜からの脂質二重層からなり、それらは、エキソソームを産生した細胞からのサイトゾルを含み、表面上に親細胞からの膜タンパク質を示す。核酸の送達のために有用なエキソソームは、当業者に公知であり、例えば、米国特許第9,889,210号においてより詳細に記載されているエキソソームであり、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
本明細書中で使用されるように、用語「細胞外小胞」又は「EV」は、内部空間を封入する膜を含む細胞由来の小胞を指す。一般的に、細胞外小胞は、それらが由来する細胞よりも小さな直径を有する全ての膜結合小胞を含む。一般的に、細胞外小胞は、直径20nm~1000nmの範囲であり、細胞外小胞の外面上に呈される内部空間内で、及び/又は膜にわたるかのいずれかの、様々な高分子カーゴを含み得る。カーゴは、核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)、タンパク質、炭水化物、脂質、小分子、及び/又はそれらの組み合わせを含み得る。例として、限定されないが、細胞外小胞は、アポトーシス小体、細胞の断片、直接又は間接操作(例、連続的な押し出し又はアルカリ溶液での処理による)による細胞に由来する小胞、小胞化オルガネラ、及び生細胞により産生される小胞(例、直接的な原形質膜の出芽又は後期エンドソームと原形質膜との融合による)を含む。細胞外小胞は、生存生物又は死滅生物、外植された組織もしくは器官、及び/又は培養細胞に由来し得る。
本明細書中で使用されるように、用語「エキソソーム」は、内部空間を取り囲む膜を含み、直接的な原形質膜の出芽又は後期エンドソームと原形質膜との融合により細胞から生成される細胞由来の小さな(直径20~300nm、より好ましくは直径40~200nmの)小胞を指す。エキソソームは、脂質又は脂肪酸及びポリペプチドを含み、場合により、ペイロード(例、治療薬剤)、レシーバ(例、標的化部分)、ポリヌクレオチド(例、核酸、RNA、又はDNA、例えば、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかなど)、糖(例、単糖、多糖、又はグリカン)、又は他の分子を含む。エキソソームは、産生細胞に由来し、そのサイズ、密度、生化学的パラメーター、又はそれらの組み合わせに基づいて産生細胞から単離することができる。エキソソームは、細胞外小胞の一種である。一般的に、エキソソーム産生/生合成は、産生細胞の破壊をもたらさない。エキソソーム及びエキソソームの調製は、WO 2016/201323においてさらに詳細に記載されており、それは、その全体において参照により本明細書により組み入れられる。
本明細書中で使用されるように、用語「ナノ小胞」(また、「マイクロ小胞」として言及される)は、内部空間を取り囲む膜を含み、直接又は間接操作により細胞から生成される、細胞由来の小さな(直径20~250nm、より好ましくは直径30~150nmの間の)小胞を指し、当該ナノ小胞は、当該操作を伴うことなく、当該産生細胞により産生されないようにする。一般的に、ナノ小胞は、細胞外小胞の亜種である。産生細胞の適した操作は、限定されないが、連続押出し、アルカリ性溶液での処理、超音波処理、又はそれらの組み合わせを含む。ナノ小胞の産生は、一部の例では、当該産生細胞の破壊をもたらし得る。好ましくは、ナノ小胞の集団は、原形質膜からの直接出芽又は後期エンドソームと原形質膜との融合により産生細胞に由来する小胞を実質的に含まない。ナノ小胞は、脂質又は脂肪酸及びポリペプチドを含み、場合により、ペイロード(例、治療薬剤)、レシーバ(例、標的化部分)、ポリヌクレオチド(例、核酸、RNA、又はDNA、例えば、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかなど)、糖(例、単糖、多糖、又はグリカン)、又は他の分子を含む。ナノ小胞は、一度、それが当該操作に従って産生細胞から誘導されると、そのサイズ、密度、生化学的パラメーター、又はそれらの組み合わせに基づいて産生細胞から単離され得る。
脂質ナノ粒子(LNP)は、一般的に、脂質の両親媒性の性質に依存して膜及び小胞様の構造を形成する合成脂質構造である(Riley 2017)。一般的に、これらの小胞は、標的細胞の膜中に吸収され、カーゴをサイトゾル中に放出することにより、カーゴ/ペイロード、例えば、本明細書中に記載される、操作された核酸又はウイルス系のいずれかなどを送達する。LNP形成において使用される脂質は、カチオン性、アニオン性、又は中性であり得る。脂質は、合成又は天然由来、一部の例では生分解性であり得る。脂質は、脂肪、コレステロール、リン脂質、限定されないが、ポリエチレングリコール(PEG)コンジュゲート(PEG化脂質)を含む脂質コンジュゲート、ワックス、油、グリセリド、及び脂溶性ビタミンを含み得る。脂質組成物は、一般的に、材料の定義された混合物、例えばカチオン性、中性、アニオン性、及び両親媒性脂質などを含む。一部の例では、特定の脂質を含めて、LNP凝集を防止する、脂質酸化を防止する、又は追加部分の付着を促進する機能的な化学基を提供する。脂質組成は、全体的なLNPサイズ及び安定性に影響し得る。一例では、脂質組成物は、ジリノレイルメチル-4-ジメチルアミノブチレート(MC3)又はMC3様分子を含む。MC3及びMC3様脂質組成物は、一つ又は複数の他の脂質、例えばPEG又はPEGコンジュゲート脂質、ステロール、又は中性脂質などを含むように製剤化することができる。また、LNPをさらに操作又は機能化して、特定の細胞型の標的化を促進することができる。LNP設計における別の考慮事項は、標的化効率と細胞傷害性のバランスである。
ミセルは、一般的に、単鎖脂質を使用して形成される球状の合成脂質構造であり、ここで、単鎖脂質の親水性の頭部が外層又は膜を形成し、単鎖脂質の疎水性の尾部がミセル中心を形成する。ミセルは、典型的には、脂質単層のみを含む脂質構造を指す。ミセルは、Quader et al.(Mol Ther.2017 Jul 5; 25(7): 1501-1513)においてさらに詳細に記載されており、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
核酸ベクター、例えば、血清に直接曝露された発現ベクターなどは、血清ヌクレアーゼによる核酸の分解又は遊離核酸による免疫系のオフターゲット刺激を含む、いくつかの望ましくない結果を有し得る。同様に、血清に直接曝露されたウイルス送達系は、望ましくない免疫応答及び/又はウイルス送達系の中和を誘発し得る。従って、操作された核酸及び/又はウイルス送達系のカプセル化を使用して、分解を回避する一方で、また、潜在的なオフターゲットの影響を回避することができる。特定の例では、操作された核酸及び/又はウイルス送達系は、送達媒体内、例えばLNPの水性内部内に完全にカプセル化される。LNP内での操作された核酸及び/又はウイルス送達系のカプセル化は、当業者に周知の技術、例えば、マイクロ流体混合及びマイクロ流体液滴生成デバイス上で行われる液滴生成などにより行うことができる。そのようなデバイスは、限定されないが、標準的なTジャンクションデバイス又はフローフォーカシングデバイスを含む。一例では、所望の脂質製剤、例えばMC3又はMC3様含有組成物が、操作された核酸又はウイルス送達系及び任意の他の所望の薬剤と並行して液滴生成デバイスに提供され、送達ベクター及び所望の薬剤を、MC3又はMC3様ベースのLNPの内部内に完全にカプセル化するようにする。一例では、液滴生成デバイスは、産生されるLNPのサイズ範囲及びサイズ分布を制御することができる。例えば、LNPは、直径1~1000ナノメートルの範囲のサイズ、例えば、1、10、50、100、500、又は1000ナノメートルを有し得る。液滴生成に続いて、カーゴ/ペイロードをカプセル化する送達媒体(例、操作された核酸及び/又はウイルス送達系)をさらに処理又は操作して、投与用にそれらを調製することができる。
ナノ粒子送達
ナノ材料を使用して、操作された核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を送達することができる。ナノ材料媒体は、重要なことに、非免疫原性材料で作ることができ、一般的に、その送達ベクター自体に対する免疫を誘発することを回避することができる。これらの材料は、限定されないが、脂質(以前に記載されたとおり)、無機ナノ材料、及び他の高分子材料を含む。ナノ材料粒子は、Riley et al.(Recent Advances in Nanomaterials for Gene Delivery-A Review.Nanomaterials 2017,7(5),94)において詳細に記載されており、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
ナノ材料を使用して、操作された核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を送達することができる。ナノ材料媒体は、重要なことに、非免疫原性材料で作ることができ、一般的に、その送達ベクター自体に対する免疫を誘発することを回避することができる。これらの材料は、限定されないが、脂質(以前に記載されたとおり)、無機ナノ材料、及び他の高分子材料を含む。ナノ材料粒子は、Riley et al.(Recent Advances in Nanomaterials for Gene Delivery-A Review.Nanomaterials 2017,7(5),94)において詳細に記載されており、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
ゲノム編集系
ゲノム編集系は、操作された核酸、例えばキメラタンパク質(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質のいずれか)の一つ又は複数をコードする操作された核酸などをコードするように、宿主ゲノムを操作するために使用することができる。一般的に、「ゲノム編集系」は、外来性遺伝子を宿主細胞のゲノム中に組み込むための任意の系を指す。ゲノム編集系は、限定されないが、トランスポゾン系、ヌクレアーゼゲノム編集系、及びウイルスベクターベースの送達プラットフォームを含む。
ゲノム編集系は、操作された核酸、例えばキメラタンパク質(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質のいずれか)の一つ又は複数をコードする操作された核酸などをコードするように、宿主ゲノムを操作するために使用することができる。一般的に、「ゲノム編集系」は、外来性遺伝子を宿主細胞のゲノム中に組み込むための任意の系を指す。ゲノム編集系は、限定されないが、トランスポゾン系、ヌクレアーゼゲノム編集系、及びウイルスベクターベースの送達プラットフォームを含む。
トランスポゾン系を使用して、操作された核酸、例えばキメラタンパク質(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質のいずれか)の一つ又は複数をコードする操作された核酸などを宿主ゲノム中に組み込むことができる。トランスポゾンは、一般的に、カーゴ/ペイロード核酸及びトランスポザーゼに隣接する末端逆位反復(TIR)を含む。トランスポゾン系は、TIR隣接カーゴを伴って、シスにおいて又はトランスにおいてトランスポゾンを提供することができる。トランスポゾン系は、レトロトランスポゾン系又はDNAトランスポゾン系であり得る。一般的に、トランスポゾン系は、カーゴ/ペイロード(例、操作された核酸)をランダムに宿主ゲノム中に組み込む。トランスポゾン系の例は、Tc1/marinerトランスポゾンスーパーファミリーのトランスポゾン、例えばSleeping Beautyトランスポゾン系などを使用した系を含み、Hudecek et al.(Crit Rev Biochem Mol Biol.2017 Aug;52(4):355-380)、ならびに米国特許第6,489,458号、第6,613,752号、及び第7,985,739号においてさらに詳細に記載されており、それらの各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。トランスポゾン系の別の例は、PiggyBacトランスポゾン系を含み、米国特許第6,218,185号及び第6,962,810号においてさらに詳細に記載されており、それらの各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
ヌクレアーゼゲノム編集系は、操作された核酸、例えばキメラタンパク質(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質のいずれか)の一つ又は複数をコードする操作された核酸などをコードするように、宿主ゲノムを操作するために使用することができる。理論に拘泥することを望まないが、一般的に、外来性遺伝子を導入するために使用されるヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集系は、細胞の天然DNA修復機構、特に相同組換え(HR)修復経路を利用する。簡単には、ゲノムDNAへの損傷(典型的には二本鎖切断)に続いて、細胞は、損傷を修復するためのDNA合成時に、その5’と3’の両方の末端に同一又は実質的に同一の配列を有する別のDNA供給源をテンプレートとして使用することにより、損傷を解消することができる。天然の状況では、HDRは、細胞中に存在する他の染色体をテンプレートとして使用することができる。遺伝子編集系では、外来性ポリヌクレオチドを細胞中に導入し、相同組換えテンプレート(HRT又はHRテンプレート)として使用する。一般的に、HRT(例、遺伝子又は遺伝子の一部)内の5’及び3’相補的末端の間に含まれる損傷を伴う、染色体に本来は見出されない任意の追加の外来性配列を、テンプレート化されたHDR中に所与のゲノム遺伝子座中に組み入れる(即ち、組み込む)ことができる。このように、所与のゲノム遺伝子座についての典型的なHRテンプレートは、内因性ゲノム標的遺伝子座の第一領域と同一のヌクレオチド配列、内因性ゲノム標的遺伝子座の第二領域と同一のヌクレオチド配列、及びカーゴ/ペイロード核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか、例えば、一つ又は複数のキメラタンパク質をコードする操作された核酸のいずれか(例、本明細書に記載の式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質のいずれか))をコードするヌクレオチド配列を有する。
一部の例では、HRテンプレートは直線状であり得る。直線状HRテンプレートの例は、限定されないが、直線化したプラスミドベクター、ssDNA、合成DNA、及びPCR増幅DNAを含む。特定の例では、HRテンプレートは環状であり得る、例えばプラスミドなど。環状テンプレートは、スーパーコイル状のテンプレートを含み得る。
HRテンプレートの5’及び3’末端で見出される同一又は実質的に同一の配列は、導入される外来性配列に関して、一般的にアーム(HRアーム)として言及される。HRアームは、内因性ゲノム標的遺伝子座の領域と同一(即ち、100%同一)であり得る。HRアームは、一部の例では、内因性ゲノム標的遺伝子座の領域と実質的に同一であり得る。実質的に同一のHRアームを使用することができる一方で、HRアームが同一であることが有利であり得るが、なぜなら、HDR経路の効率は、100%未満の同一性を有するHRアームにより影響され得るためである。
各HRアーム、即ち5’及び3’HRアームは、同じサイズ又は異なるサイズであり得る。各HRアームの長さは、各々が、50、100、200、300、400、もしくは500塩基を上回る又はそれと等しくすることができる。HRアームは、一般的に、任意の長さとすることができるが、実際的な考慮事項、例えば全体的な編集効率に対するHRアームの長さ及び全体的なテンプレートサイズの影響なども考慮に入れることができる。HRアームは、切断部位に直に隣接する内因性ゲノム標的遺伝子座の領域と同一、又は実質的に同一であり得る。各HRアームは、切断部位に直に隣接する内因性ゲノム標的遺伝子座の領域と同一、又は実質的に同一であり得る。各HRアームは、切断部位からある特定の距離内、例えば、互いに1塩基対、10塩基対未満もしくはそれと等しい、50塩基対未満もしくはそれと等しい、又は100塩基対未満もしくはそれと等しい、などにある内因性ゲノム標的遺伝子座の領域と同一、又は実質的に同一であり得る。
ヌクレアーゼゲノム編集系は、様々なヌクレアーゼを使用して、標的ゲノム遺伝子座、限定されないが、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート(CRISPR)ファミリーヌクレアーゼ又はその誘導体、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)又はその誘導体、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)又はその誘導体、及びホーミングエンドヌクレアーゼ(HE)又はその誘導体を含む、を切断することができる。
CRISPR媒介性遺伝子編集系は、操作された核酸、例えばキメラタンパク質(例、本明細書中に記載されるデグロン融合キメラタンパク質あるいは本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質のいずれか)の一つ又は複数をコードする操作された核酸などをコードするように、宿主ゲノムを操作するために使用することができる。CRISPR系は、M.Adli(“The CRISPR tool kit for genome editing and beyond” Nature Communications; volume 9 (2018),Article number: 1911)においてさらに詳細に記載されており、それが教示する全てについて、参照により本明細書中に組み入れられる。一般的に、CRISPR媒介性の遺伝子編集系は、CRISPR関連(Cas)ヌクレアーゼ及び特定の標的配列に切断を方向付けるRNAを含む。例示的なCRISPR媒介性の遺伝子編集系は、Cas9ヌクレアーゼならびにCRISPR RNA(crRNA)ドメイン及びトランス活性化CRISPR(tracrRNA)ドメインを有するRNAで構成されるCRISPR/Cas9系である。crRNAは、典型的には、二つのRNAドメイン:塩基対ハイブリダイゼーションを通じて標的配列(「定義されたヌクレオチド配列」)、例えば、ゲノム配列に特異性を方向付けるガイドRNA配列(gRNA);及びtracrRNAにハイブリダイズするRNAドメインを有する。tracrRNAは、ヌクレアーゼ(例、Cas9)と相互作用し、それにより、ゲノム遺伝子座への動員を促進することができる。crRNA及びtracrRNAポリヌクレオチドは、別々のポリヌクレオチドであり得る。crRNA及びtracrRNAポリヌクレオチドは、単一のポリヌクレオチドであり得るが、単一のガイドRNA(sgRNA)としても言及される。Cas9系が本明細書に例証されている一方で、他のCRISPR系を使用することができ、例えばCpf1/Cas12又はCas13系などである。ヌクレアーゼは、その誘導体、例えばCas9機能性変異体など、例えば、Cas9酵素により典型的に産生される完全な二本鎖切断とは対照的に、一般的に、定義されたヌクレオチド配列の一本鎖のみの切断を媒介するCas9「ニッカーゼ」変異体を含み得る。
一般的に、CRISPR系の成分は、互いに相互作用してリボ核タンパク質(RNP)複合体を形成し、配列特異的な切断を媒介する。一部のCRISPR系では、各成分を別々に産生し、使用して、RNP複合体を形成することができる。一部のCRISPR系では、各成分をインビトロで別々に産生し、インビトロで互いに接触させて(即ち、「複合体化させて」)RNP複合体を形成することができる。インビトロで産生されたRNPを次に、細胞のサイトゾル及び/又は核、例えば、T細胞のサイトゾル及び/又は核中に導入(即ち、「送達」)することができる。インビトロで産生されたRNP複合体は、様々な手段、限定されないが、エレクトロポレーション、脂質媒介性トランスフェクション、物理的手段による細胞膜変形、脂質ナノ粒子(LNP)、ウイルス様粒子(VLP)、及び超音波処理を含む、により細胞に送達することができる。特定の例では、インビトロで産生されたRNP複合体を、Nucleofactor/Nucleofection(登録商標)エレクトロポレーションベースの送達系(Lonza(登録商標))を使用して細胞に送達することができる。他のエレクトロポレーション系は、限定されないが、MaxCyteエレクトロポレーション系、Miltenyi CliniMACSエレクトロポレーション系、Neonエレクトロポレーション系、及びBTXエレクトロポレーション系を含む。CRISPRヌクレアーゼ、例えば、Cas9は、当技術分野において公知の様々なタンパク質産生技術を使用して、インビトロで産生(即ち、合成及び精製)することができる。CRISPR系RNA、例えば、sgRNAは、当業者に公知の様々なRNA生成技術、例えばインビトロ転写又は化学合成などを使用して、インビトロで産生(即ち、合成及び精製)することができる。
インビトロで産生されたRNP複合体は、ヌクレアーゼとgRNAの異なる比率で複合体化することができる。インビトロで産生されたRNP複合体はまた、CRISPR媒介性の編集系において異なる量で使用することができる。例えば、編集されることが望まれる細胞の数に依存して、加えられるRNPの総量を調整することができ、例えば、反応において多数の細胞を編集する場合に加えられるRNP複合体の量における低下などである。
一部のCRISPR系では、各成分(例、Cas9及びsgRNA)は、ポリヌクレオチドにより別々にコードされ、各ポリヌクレオチドは一緒に又は別々に細胞中に導入することができる。一部のCRISPR系では、各成分は、単一のポリヌクレオチド(即ち、マルチプロモーター又はマルチシストロンベクター、以下の例示的なマルチシストロン系の説明を参照のこと)によりコードされ、細胞中に導入することができる。細胞内での各ポリヌクレオチドにコードされたCRISPR成分の発現(例、ヌクレアーゼの翻訳及びCRISPR RNAの転写)後、RNP複合体を細胞内で形成させることができ、次に、部位特異的切断に方向付けることができる。
一部のRNPは、核中へのRNPの送達を促進する部分を有するように操作することができる。例えば、Cas9ヌクレアーゼは、核局在化シグナル(NLS)ドメインを有し得るが、Cas9 RNP複合体が、細胞のサイトゾル中に送達される場合、又はCas9の翻訳及びその後のRNP形成後に、NLSは、核中へのCas9 RNPのさらなる輸送を促進することができる。
本明細書中に記載されている、操作された細胞は、非ウイルス方法を使用して操作することができ、例えば、本明細書中に記載されるヌクレアーゼ及び/又はCRISPR媒介性の遺伝子編集系は、非ウイルス方法を使用して細胞に送達することができる。本明細書中に記載されている、操作された細胞は、ウイルス方法を使用して操作することができ、例えば、本明細書中に記載されるヌクレアーゼ及び/又はCRISPR媒介性の遺伝子編集系は、ウイルス方法、例えばアデノウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、又は本明細書中に記載される他のウイルスベースの送達方法のいずれかを使用して細胞に送達することができる。
一部のCRISPR系では、二つ以上のCRISPR組成物を提供することができ、各々が、同じ遺伝子又は一般的なゲノム遺伝子座を、二つ以上の標的ヌクレオチド配列で別々に標的化するようにする。例えば、二つの別々のCRISPR組成物を提供して、互いの特定の距離内の二つの異なる標的ヌクレオチド配列での切断に方向付けることができる。一部のCRISPR系では、二つ以上のCRISPR組成物を提供することができ、各々が、同じ遺伝子又は一般的なゲノム遺伝子座の逆ストランドを別々に標的化するようにする。例えば、二つの別々のCRISPR「ニッカーゼ」組成物を提供して、逆ストランド上の同じ遺伝子又は一般的なゲノム遺伝子座で切断に方向付けることができる。
一般的に、本明細書中に記載されるCRISPR媒介性の編集系の特色を、他のヌクレアーゼベースのゲノム編集系に適用することができる。TALENは、操作された部位特異的ヌクレアーゼであって、それは、TALE(転写アクチベーター様エフェクター)のDNA結合ドメイン及び制限エンドヌクレアーゼFoklの触媒ドメインで構成される。DNA結合ドメインの単量体の高度に可変的な残基領域中に存在するアミノ酸を変化させることにより、異なる人工TALENを作製して様々なヌクレオチド配列を標的化することができる。DNA結合ドメインによって、その後、ヌクレアーゼが標的配列に方向付けられ、二本鎖切断が作製される。TALENベースの系は、米国通し番号 第12/965,590号;米国特許第8,450,471号;米国特許第8,440,431号;米国特許第8,440,432号;米国特許第10,172,880号;及び米国通し番号 第13/738,381号においてより詳細に記載されており、それらの全てが、それらの全体において参照により本明細書中に組み入れられる。TALENベースの編集系は、米国特許第6,453,242号;第6,534,261号;第6,599,692号;第6,503,717号;第6,689,558号;第7,030,215号;第6,794,136号;第7,067,317号;第7,262,054号;第7,070,934号;第7,361,635号;第7,253,273号;及び米国特許公開第2005/0064474号;第2007/0218528号;第2005/0267061号においてさらに詳細に記載されており、全てが、それらの全体において、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
他の改変送達系
操作された核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を細胞又は他の標的レシピエント実体、例えば、本明細書中に記載される脂質構造のいずれかなどの中に導入するための様々な追加の手段。
操作された核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を細胞又は他の標的レシピエント実体、例えば、本明細書中に記載される脂質構造のいずれかなどの中に導入するための様々な追加の手段。
エレクトロポレーションを使用して、ポリヌクレオチドをレシピエント実体に送達することができる。エレクトロポレーションは、電界を適用して、標的細胞又は実体の外膜又はシェルを一時的に透過させることを通じて、カーゴ/ペイロードを標的細胞又は実体の内部コンパートメント中に内在化させる方法である。一般的に、この方法は、目的のカーゴ(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を含む溶液中の二つの電極の間に細胞又は標的実体を配置することを含む。細胞の脂質膜を次に、一過性の設定電圧を適用することにより破壊、即ち、透過させ、それによって、カーゴが、実体の内部、例えば、細胞の細胞質に進入することが可能になる。細胞の例では、細胞の大部分ではないが、少なくとも一部は生存可能なままである。細胞及び他の実体を、インビトロ、インビボ、又はエクスビボでエレクトロポレーションすることができる。エレクトロポレーション条件(例、細胞の数、カーゴの濃度、回復条件、電圧、時間、容量、パルスタイプ、パルス長、容積、キュベット長、エレクトロポレーション溶液の組成など)は、いくつかの要因、限定されないが、細胞又は他のレシピエント実体の種類、送達されるカーゴ、所望の内在化の効率、及び所望の生存率を含む、に依存して変動する。そのような基準の最適化は、当業者の技術の範囲内である。様々なデバイス及びプロトコールをエレクトロポレーションのために使用することができる。例は、限定されないが、Neon(登録商標)トランスフェクション系、MaxCyte(登録商標)Flow Electroporation(商標)、Lonza(登録商標)Nucleofector(商標)系、及びBio-Rad(登録商標)エレクトロポレーション系を含む。
操作された核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか)を細胞又は他の標的レシピエント実体中に導入するための他の手段は、限定されないが、超音波処理、遺伝子銃、流体力学的注射、及び物理的手段による細胞膜変形を含む。
操作されたmRNA、例えばネイキッドプラスミド又はmRNAなどをインビボで送達するための組成物及び方法が、Kowalski et al.(Mol Ther.2019 Apr 10; 27(4): 710-728)及びKaczmarek et al.(Genome Med.2017; 9: 60)において詳細に記載されており、各々が、全ての目的のために参照により本明細書中に組み入れられる。
送達媒体
また、本明細書中で提供されるのは、カーゴ/ペイロード(「送達媒体」)を送達するための組成物である。
また、本明細書中で提供されるのは、カーゴ/ペイロード(「送達媒体」)を送達するための組成物である。
カーゴは、上に記載されるように、核酸(例、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれか、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質を含むキメラタンパク質をコードする、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかなど)を含み得る。カーゴは、タンパク質、炭水化物、脂質、小分子、及び/又はそれらの組み合わせを含み得る。カーゴは、本明細書中で提供されるキメラタンパク質のいずれか(例、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質のいずれか)であることができる。カーゴは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載されるキメラタンパク質の二つ以上の組み合わせであることができる。カーゴは、本明細書中に記載されるキメラタンパク質と、目的の別のカーゴ、例えば別のタンパク質、炭水化物、脂質、小分子、及び/又はそれらの組み合わせなどとの組み合わせであることができる。
送達媒体は、カーゴを送達するのに適した任意の組成物を含み得る。送達媒体は、タンパク質(例、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれか)を送達するのに適した任意の組成物を含み得る。送達媒体は、本明細書中に記載される脂質構造送達系のいずれかであることができる。例えば、送達媒体は、脂質ベースの構造体、限定されないが、脂質ベースのナノ粒子、リポソーム、ミセル、エキソソーム、小胞、細胞外小胞、細胞、又は組織を含む、であることができる。送達媒体は、本明細書中に記載されるナノ粒子、例えば脂質(以前に記載されたとおり)、無機ナノ材料、及び他の高分子材料を含むナノ粒子などのいずれかであることができる。
送達媒体は、カーゴを細胞に送達する、例えば、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを細胞に送達するなど、が可能であり得る。送達媒体は、カーゴを細胞に送達する、例えば、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを細胞に送達するなど、が可能であり得る。送達媒体は、特定の細胞を標的化するよう構成する、例えば、特定の細胞を標的化するための再配向抗体を用いて構成する、などができる。送達媒体は、カーゴを細胞にインビボで送達することが可能であり得る。
送達媒体は、組織又は組織環境(例、腫瘍微小環境)にカーゴを送達する、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを組織又は組織環境にインビボで送達する、などが可能であり得る。カーゴを送達することは、カーゴを分泌すること、例えば、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを分泌することなどを含み得る。したがって、送達媒体は、カーゴを分泌すること、例えば、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを分泌すること、などが可能であり得る。送達媒体は、組織又は組織環境(例、腫瘍微小環境)にカーゴを分泌すること、例えば、本明細書中に記載されるキメラタンパク質のいずれかを組織又は組織環境中に分泌すること、などが可能であり得る。送達媒体は、特定の組織又は組織環境(例、腫瘍微小環境)を標的化するように構成され得る、例えば、特定の組織又は組織環境を標的化するように再配向抗体を用いて構成され得る。
治療の方法
さらに本明細書中で提供されるのは、操作された細胞により産生される、少なくとも一つの目的のタンパク質(例、本明細書中で提供されるキメラタンパク質のいずれか、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質など、あるいはキメラタンパク質のプロテアーゼ切断後に本明細書中で提供される分泌エフェクター分子)をインビボで産生するために、本明細書中で提供される操作された細胞を対象(例、ヒト対象)に送達する、又は投与することを含む方法である。本明細書中でさらに提供されるのは、操作された細胞により産生される、目的の少なくとも二つの対象タンパク質、例えば、本明細書中で提供されるキメラタンパク質の少なくとも二つ、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などをインビボで産生するために、本明細書中で提供される、操作された細胞を対象(例、ヒト対象)に送達する、又は投与することを含む方法である。
さらに本明細書中で提供されるのは、操作された細胞により産生される、少なくとも一つの目的のタンパク質(例、本明細書中で提供されるキメラタンパク質のいずれか、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質など、あるいはキメラタンパク質のプロテアーゼ切断後に本明細書中で提供される分泌エフェクター分子)をインビボで産生するために、本明細書中で提供される操作された細胞を対象(例、ヒト対象)に送達する、又は投与することを含む方法である。本明細書中でさらに提供されるのは、操作された細胞により産生される、目的の少なくとも二つの対象タンパク質、例えば、本明細書中で提供されるキメラタンパク質の少なくとも二つ、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などをインビボで産生するために、本明細書中で提供される、操作された細胞を対象(例、ヒト対象)に送達する、又は投与することを含む方法である。
本明細書中でさらに提供されるのは、本明細書中に記載される送達媒体のいずれか、例えば、本明細書中に記載される目的のタンパク質のいずれかを含む、本明細書中に記載される送達媒体のいずれかなど、例えば、本明細書中で提供されるキメラタンパク質のいずれか、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などを対象(例、ヒト対象)に送達する、又は投与することを含む方法である。本明細書中でさらに提供されるのは、本明細書中に記載される送達媒体のいずれか、例えば、本明細書中で提供されるキメラタンパク質の二つ以上のタンパク質、例えば、少なくとも二つを含む、本明細書中に記載される送達媒体のいずれかなど、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などを対象(例、ヒト対象)に送達する、又は投与することを含む方法。
一部の実施形態では、操作された細胞又は送達媒体は、静脈内、腹腔内、気管内、皮下、腫瘍内、経口、肛門、鼻腔内(例、送達粒子中に封入される)、又は動脈(例、内頸動脈)経路を介して投与される。このよに、操作された細胞又は送達媒体は、全身的又は局所的に(例、TMEに、又は腫瘍内投与を介して)投与され得る。操作された細胞は、対象、例えば、癌を有することが公知である又は疑われる対象などから単離することができる。操作された細胞は、治療が施されている対象に関して同種であり得る。同種改変細胞は、治療が施されている対象にHLA適合させることができる。送達媒体は、本明細書中に記載される脂質構造送達系のいずれかであることができる。送達媒体は、本明細書中に記載されるナノ粒子のいずれかであることができる。
操作された細胞又は送達媒体は、治療すべき状態に依存的に、単独で、又は他の治療との組み合わせにおいて、同時投与又は連続的のいずれかで投与することができる。例えば、操作された細胞又は送達媒体は、本明細書中に記載される一つ又は複数のIMiDとの組み合わせにおいて投与することができる。FDA承認済みIMiDは、それらの承認された様式において投与することができる。別の実施例では、操作された細胞又は送達媒体は、チェックポイント阻害剤治療との組み合わせにおいて投与することができる。例示的なチェックポイント阻害剤は、限定されないが、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体を含む。例証的な免疫チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ(抗PD-1;MK-3475/Keytruda(登録商標)- Merck)、ニボルマブ(抗PD-1;Opdivo(登録商標)- BMS)、ピディリズマブ(抗PD-1抗体;CT-011 - Teva/CureTech)、 AMP224(抗PD-1;NCI)、アベルマブ(抗PD-L1; Bavencio(登録商標)- Pfizer)、デュルバルマブ(抗PD-L1;MEDI4736/Imfinzi(登録商標)- Medimmune/AstraZeneca)、アテゾリズマブ(抗PD-L1);Tecentriq(登録商標)- Roche/Genentech)、BMS-936559(抗PD-L1 - BMS)、トレメリムマブ(抗CTLA-4;Medimmune/AstraZeneca)、イピリムマブ(抗CTLA-4;Yervoy(登録商標)- BMS)、リリルマブ(抗KIR;BMS)、モナリズマブ(抗NKG2A;Innate Pharma/AstraZeneca)を含む。他の例では、操作された細胞又は送達媒体は、TGFベータ阻害剤、VEGF阻害剤、又はHPGE2との組み合わせにおいて投与することができる。別の例では、操作された細胞又は送達媒体は、抗CD40抗体との組み合わせにおいて投与することができる。
一部の方法は、腫瘍(又は癌)を有する対象(又は患者集団)を選択すること、及び、その対象を、腫瘍媒介性免疫抑制機構を調節する、操作された細胞又は送達媒体で治療することを含む。
本開示の操作された細胞又は送達媒体は、一部の例では、癌、例えば卵巣癌などを治療するために使用され得る。他の癌が本明細書中に記載されている。例えば、操作された細胞は、膀胱腫瘍、脳腫瘍、乳房腫瘍、頸部腫瘍、結腸直腸腫瘍、食道腫瘍、神経膠腫、腎臓腫瘍、肝臓腫瘍、肺腫瘍、メラノーマ、卵巣腫瘍、膵臓腫瘍、前立腺腫瘍、皮膚腫瘍、甲状腺腫瘍、及び/又は子宮腫瘍を治療するために使用され得る。本開示の操作された細胞又は送達媒体は、対象の腹膜腔中に位置する腫瘍を伴う癌を治療するために使用することができる。
本明細書中で提供される方法はまた、操作された細胞又は送達媒体の調製物を送達することを含む。調製物は、一部の実施形態では、例えば、操作された細胞以外の細胞を5%未満(例、4%、3%、2%、又は1%未満)で含む、実質的に純粋な調製物である。調製物は、1×105細胞/kgから1×107細胞/kgの細胞を含み得る。操作された細胞又は送達媒体の調製は、一つ又は複数の薬学的に許容可能な担体を有する医薬組成物を含むことができる。例えば、操作された細胞又は送達媒体の調製物は、操作されたウイルス、例えば操作されたAAVウイルスなどのいずれか、又は操作されたウイルスベクター、例えば本明細書中に記載されるAAVベクターなどのいずれかを含むことができる。
インビボ発現
本明細書中で提供される方法はまた、本明細書中に記載される、操作された細胞を産生することが可能である、例えば、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかをインビボで細胞に送達することが可能である組成物をインビボで送達することを含む。そのような組成物は、ウイルス媒介性送達プラットフォームのいずれか、脂質構造送達系のいずれか、ナノ粒子送達系のいずれか、ゲノム編集系のいずれか、又は細胞をインビボで操作することが可能である、本明細書中に記載される他の操作送達系のいずれかを含む。
本明細書中で提供される方法はまた、本明細書中に記載される、操作された細胞を産生することが可能である、例えば、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかをインビボで細胞に送達することが可能である組成物をインビボで送達することを含む。そのような組成物は、ウイルス媒介性送達プラットフォームのいずれか、脂質構造送達系のいずれか、ナノ粒子送達系のいずれか、ゲノム編集系のいずれか、又は細胞をインビボで操作することが可能である、本明細書中に記載される他の操作送達系のいずれかを含む。
本明細書中で提供される方法はまた、本明細書中に記載される目的のタンパク質のいずれか、例えば、本明細書中で提供されるキメラタンパク質、例えば、本明細書中に記載される式S-C-MT又はMT-C-Sを有する膜切断可能なキメラタンパク質などのいずれかを産生することが可能な組成物をインビボで送達することを含む。本明細書中で提供される方法はまた、本明細書中に記載される、目的のタンパク質の二つ以上を産生することが可能な組成物をインビボで送達することを含む。目的のタンパク質のインビボ産生が可能な組成物は、限定されないが、本明細書中に記載される、操作された核酸のいずれかを含む。目的のタンパク質のインビボ産生が可能な組成物は、ネイキッドmRNA又はネイキッドプラスミドであり得る。
追加の実施形態
1.N末端からC末端へと配向された、プロモーターと、膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む操作された核酸であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、操作された核酸。
2.プロモーターは、構成的プロモーターである、実施形態1の操作された核酸。
3.構成的プロモーターは、以下からなる群:CAG、HLP、CMV、EFS、SFFV、SV40、MND、PGK、UbC、hEF1aV1、hCAGG、hEF1aV2、hACTb、heIF4A1、hGAPDH、hGRP78、hGRP94、hHSP70、hKINb、及びhUBIbから選択される、実施形態2の操作された核酸。
4.プロモーターは誘導性プロモーターである、実施形態1~3のいずれか一つの操作された核酸。
5.誘導性プロモーターは、以下からなる群:NFkB応答エレメント、CREB応答エレメント、NFAT応答エレメント、SRF応答エレメント 1、SRF応答エレメント 2、AP1応答エレメント、TCF-LEF応答エレメントプロモーター融合体、低酸素応答エレメント、SMAD結合エレメント、STAT3結合部位、インデューサー分子応答エレメント、及びそのタンデムリピートから選択される応答エレメントを含む、実施形態4の操作された核酸。
6.プロモーターは合成プロモーターを含む、実施形態1~5のいずれか一つの操作された核酸。
7.合成プロモーターは、最小プロモーター及び、最小プロモーターに対して異種である少なくとも一つの調節エレメントを含む、実施形態6の操作された核酸。
8.少なくとも一つの調節エレメントは、活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)結合ドメイン配列及びプロモーター配列を含む、実施形態7の操作された核酸。
9.ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含む、実施形態8の操作された核酸。
10.合成プロモーターは、合成プロモーターのACP結合ドメインに結合する活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)により調節可能である、実施形態8又は9の操作された核酸。
11.ACPは転写モジュレーターである、実施形態10の操作された核酸。
12.ACPは転写リプレッサーである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
13.ACPは転写アクチベーターである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
14.ACPは、抑制性プロテアーゼ、及び抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位をさらに含む、実施形態10~13のいずれか一つの操作された核酸。
15.ACPは、エストロゲン受容体のホルモン結合ドメイン(ERT2ドメイン)をさらに含む、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
16.ACPは転写因子である、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
17.転写因子はジンクフィンガー含有転写因子である、実施形態16の操作された核酸。
18.ACPは、DNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)及び転写エフェクタードメインを含む、実施形態10~17のいずれか一つの操作された核酸。
19.ZFタンパク質ドメインは、モジュラー設計であり、ジンクフィンガーアレイ(ZFA)で構成される、実施形態18の操作された核酸。
20.ZFタンパク質ドメインは、1から10のZFAを含む、実施形態19の操作された核酸。
21.エフェクタードメインは、以下からなる群から選択される:単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーを含む活性化ドメイン、VP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン-バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメイン(VPR活性化ドメイン)を含むトリパータイトアクチベーター;ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300 HATコア活性化ドメイン);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連の塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPWモチーフ、このモチーフはWRPW抑制ドメインとして公知である;DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン、実施形態18~20のいずれか一つの操作された核酸。
22.抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位は、ZFタンパク質ドメインとエフェクタードメインの間に局在化している、実施形態14~21のいずれか一つの操作された核酸。
23.抑制性プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態14~22のいずれか一つの操作された核酸。
24.同族切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態23の操作された核酸。
25.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態24の操作された核酸。
26.NS3プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態23~25のいずれか一つの操作された核酸。
27.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態26の操作された核酸。
28.ACPは、タモキシフェン又はその代謝物へのERT2ドメインの結合時に核局在化を受けることが可能である、実施形態15~27のいずれか一つの操作された核酸。
29.タモキシフェン代謝物は、以下からなる群:4-ヒドロキシタモキシフェン、N-デスメチルタモキシフェン、タモキシフェン-N-オキシド、及びエンドキシフェンから選択される、実施形態28の操作された核酸。
30.ACPは、デグロンドメインをさらに含み、デグロンドメインは、ACPに動作可能に連結されている、実施形態10~29のいずれか一つの操作された核酸。
31.デグロンドメインは、HCV NS4デグロン、PEST(ヒトIκBαの残基277-307の二つのコピー)、GRR(ヒトp105の残基352-408)、DRR(酵母Cdc34の残基210-295)、SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2)、RPB(酵母RPBの残基1688-1702の四つのコピー)、SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(インフルエンザAウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2)、NS2(インフルエンザAウイルスNSタンパク質の残基79-93の三つのコピー)、ODC(オルニチン脱炭酸酵素の残基106-142)、Nek2A、マウスODC(残基422-461)、マウスODC_DA(D433A及びD434Aの点変異を含むmODCの残基422-461)、APC/C デグロン、COP1 E3リガーゼ結合デグロンモチーフ、CRL4-Cdt2結合PIPデグロン、アクチンフィリン結合デグロン、KEAP1結合デグロン、KLHL2及びKLHL3結合デグロン、MDM2結合モチーフ、Nデグロン、低酸素シグナル伝達におけるヒドロキシプロリン修飾、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン 、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、DSGxxSリン酸依存性デグロン、Siah結合モチーフ、SPOP SBCドッキングモチーフ、及びPCNA結合PIPボックスからなる群から選択される、実施形態30の操作された核酸。
32.デグロンドメインは、免疫調節薬物(IMiD)に応答してCRBNに結合することが可能なセレブロン(CRBN)ポリペプチド基質ドメインを含み、それにより、ACPのユビキチン経路媒介性分解を促進する、実施形態30の操作された核酸。
33.CRBNポリペプチド基質ドメインは、以下からなる群:IKZF1、IKZF3、CK1a、ZFP91、GSPT1、MEIS2、GSS E4F1、ZN276、ZN517、ZN582、ZN653、ZN654、ZN692、ZN787、及びZN827又はCRBNの薬物誘導性結合が可能なその断片から選択される、実施形態32の操作された核酸。
34.CRBNポリペプチド基質ドメインは、天然CRBNポリペプチド配列のキメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
35.CRBNポリペプチド基質ドメインは、FNVLMVHKRSHTGERPLQCEICGFTCRQKGNLLRHIKLHTGEKPFKCHLCNYACQRRDALのアミノ酸配列(配列番号175)を有するIKZF3/ZFP91/IKZF3キメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
36.IMiDは、FDA承認薬物である、実施形態32~35のいずれか一つの操作された核酸。
37.IMiDは、以下からなる群:サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドマイドから選択される、実施形態32~36のいずれか一つの操作された核酸。
38.デグロンドメインは、抑制性プロテアーゼのN末端、抑制性プロテアーゼのC末端、ZFタンパク質ドメインのN末端、ZFタンパク質ドメインのC末端、エフェクタードメインのN末端、又はエフェクタードメインのC末端である、実施形態30~37のいずれか一つの操作された核酸。
39.プロモーターは、組織特異的プロモーターである、実施形態1~38のいずれか一つの操作された核酸。
40.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態1~39のいずれか一つの操作された核酸。
41.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態40の操作された核酸。
42.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態40の操作された核酸。
43.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態42の操作された核酸。
44.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
45.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態44の操作された核酸。
46.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
47.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
48.分泌性エフェクター分子が、配列番号199のアミノ酸配列を含む、請求項47に記載の操作された核酸。
49.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
50.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態49の操作された核酸。
51.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
52.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態51の操作された核酸。
53.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態44の操作された核酸。
54.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
55.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態44の操作された核酸。
56.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態44の操作された核酸。
57.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
58.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態57の操作された核酸。
59.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態57の操作された核酸。
60.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態57の操作された核酸。
61.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態1~60のいずれか一つの操作された核酸。
62.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:プロテアーゼにより切断可能である:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択される、実施形態1~61のいずれか一つの操作された核酸。
63.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態1~62のいずれか一つの操作された核酸。
64.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態1~63のいずれか一つの操作された核酸。
65.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態64の操作された核酸。
66.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態65の操作された核酸。
67.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
68.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
69.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
70.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
71.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
72.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
73.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
74.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
75.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
76.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
77.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
78.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
79.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
80.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
81.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
82.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
83.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態1~82のいずれか一つの操作された核酸。
84.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態83の操作された核酸。
85.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
86.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグから選択される、実施形態85の操作された核酸であって、それにおいて、
87.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
88.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態1~87のいずれか一つの操作された核酸。
89.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態88の操作された核酸。
90.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態89の操作された核酸。
91.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態90の操作された核酸。
92.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態91の操作された核酸。
93.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態89の操作された核酸。
94.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態93の操作された核酸。
95.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態94の操作された核酸。
96.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態95の操作された核酸。
97.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態89~96のいずれか一つの操作された核酸。
98.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態97の操作された核酸。
99.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は調節が可能である、実施形態89~98のいずれか一つの操作された核酸。
100.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態99の操作された核酸。
101.操作された核酸は、以下からなる群:DNA、cDNA、RNA、mRNA、及びネイキッドプラスミドから選択される一本鎖又は二本鎖核酸である、実施形態1~100のいずれか一つの操作された核酸。
102.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸を含む発現ベクター。
103.発現ベクターはウイルスベクターである、実施形態102の発現ベクター。
104.ウイルスベクターはレトロウイルスベクターである、実施形態103の発現ベクター。
105.N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、膜切断可能なキメラタンパク質。
106.分泌性エフェクター分子はシグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態105のキメラタンパク質。
107.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態106のキメラタンパク質。
108.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態106のキメラタンパク質。
109.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態108のキメラタンパク質。
110.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態105~109のいずれか一つのキメラタンパク質。
111.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
112.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態105~111のいずれか一つのキメラタンパク質。
113.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
114.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
115.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
116.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態115のいずれか一つのキメラタンパク質。
117.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
118.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態117のキメラタンパク質。
119.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
120.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
121.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
122.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
123.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
124.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
125.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
126.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態123のキメラタンパク質。
127.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態105~126のいずれか一つのキメラタンパク質。
128.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~127のいずれか一つのキメラタンパク質。
129.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~128のいずれか一つのキメラタンパク質。
130.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態105~129のいずれか一つのキメラタンパク質。
131.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態130のキメラタンパク質。
132.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態131のキメラタンパク質。
133.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
134.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
135.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
136.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
137.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
138.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
139.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
140.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
141.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
142.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
143.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
144.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
145.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
146.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
147.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
148.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
149.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態105~148のいずれか一つのキメラタンパク質。
150.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態149のキメラタンパク質。
151.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態105~150のいずれか一つのキメラタンパク質。
152.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態151のキメラタンパク質。
153.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態105~152のいずれか一つのキメラタンパク質。
154.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態105~153のいずれか一つのキメラタンパク質。
155.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態154のキメラタンパク質。
156.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態155のキメラタンパク質。
157.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態156のキメラタンパク質。
158.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態156のキメラタンパク質。
159.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態155のキメラタンパク質。
160.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態159のキメラタンパク質。
161.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態160のキメラタンパク質。
162.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態161のキメラタンパク質。
163.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態155~162のいずれか一つのキメラタンパク質。
164.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態163のキメラタンパク質。
165.プロテアーゼはデグロンをさらに含む、実施形態155~164のいずれか一つのキメラタンパク質。
166.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態155~165のいずれか一つのキメラタンパク質。
167.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態166のキメラタンパク質。
168.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
169.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞。
170.操作された核酸を含む単離細胞であって、それにおいて、操作された核酸は、N末端からC末端へと配向された、プロモーターと膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、単離細胞。
171.操作された核酸は組換え発現される、実施形態169又は実施形態170の単離細胞。
172.操作された核酸は、ベクター又は細胞のゲノムからの選択された遺伝子座から発現される、実施形態169~171のいずれか一つの単離細胞。
173.膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞であって、それにおいて、N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質は、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
ならびに、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、単離細胞。
174.細胞は、以下からなる群:T細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞から選択される、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
175.細胞はナチュラルキラー(NK)細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
176.細胞は自家である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
177.細胞は同種である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
178.細胞は、以下からなる群:膀胱腫瘍細胞、脳腫瘍細胞、乳房腫瘍細胞、子宮頸部腫瘍細胞、結腸直腸腫瘍細胞、食道腫瘍細胞、神経膠腫細胞、腎臓腫瘍細胞、肝臓腫瘍細胞、肺腫瘍細胞、メラノーマ細胞、卵巣腫瘍細胞、膵臓腫瘍細胞、前立腺腫瘍細胞、皮膚腫瘍細胞、甲状腺腫瘍細胞、及び子宮腫瘍細胞から選択される腫瘍細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
179.細胞は、腫瘍溶解性ウイルスでの形質導入を介して操作された、実施形態178の単離細胞。
180.細胞は、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含む、実施形態169~179のいずれか一つの単離細胞。
181.プロテアーゼは内因性プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
182.内因性プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態181の単離された細胞。
183.内因性プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態181の単離細胞。
184.プロテアーゼは異種プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
185.異種プロテアーゼはC型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態184の単離細胞。
186.プロテアーゼは、細胞の細胞膜上で発現する、実施形態180~185のいずれか一つの単離細胞。
187.プロテアーゼは、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能である、実施形態186の単離細胞。
188.プロテアーゼ切断部位の切断によって、細胞の細胞膜から分泌性エフェクター分子が放出される、実施形態187の単離細胞。
189.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態169~188のいずれか一つの単離細胞。
190.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態189の単離細胞。
191.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態190の単離細胞。
192.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
193.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
194.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
195.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
196.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
197.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
198.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
199.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
200.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
201.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
202.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
203.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
204.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
205.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
206.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
207.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
208.細胞は抗原認識受容体をさらに含む、実施形態169~207のいずれか一つの単離細胞。
209.抗原認識受容体は抗原結合ドメインを含む、実施形態208の単離細胞。
210.抗原結合ドメインは、抗体、抗体の抗原結合断片、F(ab)断片、F(ab’)断片、一本鎖可変断片(scFv)、又は単一ドメイン抗体(sdAb)を含む、実施形態209の単離細胞。
211.抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片(scFv)を含む、実施形態209の単離細胞。
212.scFvは、重鎖可変ドメイン(VH)及び軽鎖可変ドメイン(VL)を含む、実施形態211の単離細胞。
213.VH及びVLは、ペプチドリンカーにより分離される、実施形態212の単離細胞。
214.scFvは、構造VH-L-VL又はVL-L-VHを含み、それにおいて、VHは重鎖可変ドメインであり、Lはペプチドリンカーであり、かつVLは軽鎖可変ドメインである、実施形態213の単離細胞。
215.抗原認識受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)又はT細胞受容体(TCR)である、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
216.抗原認識受容体はCARである、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
217.CARは、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含み、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインは、以下からなる群:CD3ゼータ鎖細胞内シグナル伝達ドメイン、CD97細胞内シグナル伝達ドメイン、CD11a-CD18細胞内シグナル伝達ドメイン、CD2細胞内シグナル伝達ドメイン、ICOS細胞内シグナル伝達ドメイン、CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、CD154細胞内シグナル伝達ドメイン、CD8細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40細胞内シグナル伝達ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ZAP40細胞内シグナル伝達ドメイン、CD30細胞内シグナル伝達ドメイン、GITR細胞内シグナル伝達ドメイン、HVEM細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP10細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP12細胞内シグナル伝達ドメイン、及びMyD88細胞内シグナル伝達ドメインから選択される、実施形態216の単離細胞。
218.CARは、膜貫通ドメインを含み、膜貫通ドメインは、以下からなる群:CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、CD3ゼータ鎖膜貫通ドメイン、CD4膜貫通ドメイン、4-1BB膜貫通ドメイン、OX40膜貫通ドメイン、ICOS膜貫通ドメイン、CTLA-4膜貫通ドメイン、PD-1膜貫通ドメイン、LAG-3膜貫通ドメイン、2B4膜貫通ドメイン、及びBTLA膜貫通ドメインから選択される、実施形態216又は実施形態217の単離細胞。
219.CARは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインの間にスペーサー領域を含む、実施形態216~218のいずれか一つの単離細胞。
220.実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
221.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞のいずれか又は実施形態220の組成物の治療有効量を投与すること。
222.単離細胞は、対象に由来する、実施形態221の方法。
223.単離細胞は、対象に関して同種である、実施形態 221又は実施形態 222の方法。
224.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む脂質ベースの構造体。
225.脂質ベースの構造体は、細胞外小胞、脂質ナノ粒子、ミセル、又はリポソームを含む、実施形態224の脂質ベースの構造体。
226.実施形態224又は実施形態225の脂質ベースの構造体、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
227.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態224もしくは実施形態225の脂質ベースの構造体のいずれか、又は実施形態226の組成物の治療有効用量を投与すること。
228.投与は、全身投与を含む、実施形態227の方法。
229.脂質ベースの構造体は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態227又は実施形態228の方法。
230.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態227~229のいずれか一つの方法。
231.チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態230の方法。
232.方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む、実施形態227~231のいずれか一つの方法。
233.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含むナノ粒子。
234.ナノ粒子は、無機材料を含む、実施形態233のナノ粒子。
235.実施形態233又は実施形態234のナノ粒子を含む組成物。
236.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態233もしくは実施形態234のナノ粒子のいずれか、又は実施形態235の組成物の治療有効用量を投与すること。
237.投与は、全身投与を含む、実施形態236の方法。
238.ナノ粒子は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態236又は実施形態237の方法。
239.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態236~238のいずれか一つの方法。
240.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクターを含むように操作されたウイルス。
241.ウイルスは、以下からなる群:レンチウイルス、レトロウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、及びウイルス様粒子(VLP)から選択される、実施形態240の操作されたウイルス。
242.実施形態240又は実施形態241の操作されたウイルス、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
243.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態240もしくは実施形態241の操作されたウイルス、又は実施形態242の組成物の治療有効量を投与すること。
244.投与は全身投与を含む、実施形態243の方法。
245.操作されたウイルスは、対象において細胞に感染し、発現カセットを発現する、実施形態又は実施形態244の方法。
246.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態243~245のいずれか一つの方法。
247.以下を含む、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法:
a)細胞を提供することであって、それにおいて、細胞は、N末端からC末端へと配向された膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質を含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cは、膜結合プロテアーゼの同族プロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一のポリペプチドとして発現するように構成される、こと;及び
b)膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で細胞を培養することであって、
発現時に、膜切断可能なキメラタンパク質は、細胞の細胞膜に係留され、かつ
発現時に、膜結合プロテアーゼは、膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより、分泌性エフェクター分子を細胞膜から放出する、こと。
248.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態247の方法。
249.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態248の方法。
250.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態248の方法。
251.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態250の方法。
252.分泌性エフェクター分子は治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ポリヌクレオチド、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態247~250のいずれか一つの方法。
253.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態252の方法。
254.分泌性エフェクター分子は、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、又はIL-15を含む、実施形態247~253のいずれか一つの方法。
255.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態254の方法。
256.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態255の方法。
257.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態255の方法。
258.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態257の方法。
259.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態254の方法。
260.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態259の方法。
261.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態252の方法。
262.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態252の方法。
263.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態252の方法。
264.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態252の方法。
265.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態252の方法。
266.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態265の方法。
267.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態265の方法。
268.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態265の方法。
269.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態243~268のいずれか一つの方法。
270.同族プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~269のいずれか一つの方法。
271.同族プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~270のいずれか一つの方法。
272.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態243~271のいずれか一つの方法。
273.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態272の方法。
274.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態273の方法。
275.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
276.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
277.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
278.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態243~275。
279.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
280.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
281.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態243~275。
282.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
283.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
284.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
285.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
286.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
287.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
288.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
289.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
290.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態243~289のいずれか一つの方法。
291.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態290の方法。
292.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
293.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態292の方法。
294.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
295.プロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
296.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態295の方法。
297.プロテアーゼは、ADAM17プロテアーゼである、実施形態296の方法。
298.プロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
299.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態298の方法。
300.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態299の方法。
301.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態300の方法。
302.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態243~301のいずれか一つの方法。
303.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態302の方法。
304.プロテアーゼは、デグロンをさらに含む、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
305.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
306.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態305の方法。
1.N末端からC末端へと配向された、プロモーターと、膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む操作された核酸であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、操作された核酸。
2.プロモーターは、構成的プロモーターである、実施形態1の操作された核酸。
3.構成的プロモーターは、以下からなる群:CAG、HLP、CMV、EFS、SFFV、SV40、MND、PGK、UbC、hEF1aV1、hCAGG、hEF1aV2、hACTb、heIF4A1、hGAPDH、hGRP78、hGRP94、hHSP70、hKINb、及びhUBIbから選択される、実施形態2の操作された核酸。
4.プロモーターは誘導性プロモーターである、実施形態1~3のいずれか一つの操作された核酸。
5.誘導性プロモーターは、以下からなる群:NFkB応答エレメント、CREB応答エレメント、NFAT応答エレメント、SRF応答エレメント 1、SRF応答エレメント 2、AP1応答エレメント、TCF-LEF応答エレメントプロモーター融合体、低酸素応答エレメント、SMAD結合エレメント、STAT3結合部位、インデューサー分子応答エレメント、及びそのタンデムリピートから選択される応答エレメントを含む、実施形態4の操作された核酸。
6.プロモーターは合成プロモーターを含む、実施形態1~5のいずれか一つの操作された核酸。
7.合成プロモーターは、最小プロモーター及び、最小プロモーターに対して異種である少なくとも一つの調節エレメントを含む、実施形態6の操作された核酸。
8.少なくとも一つの調節エレメントは、活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)結合ドメイン配列及びプロモーター配列を含む、実施形態7の操作された核酸。
9.ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含む、実施形態8の操作された核酸。
10.合成プロモーターは、合成プロモーターのACP結合ドメインに結合する活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)により調節可能である、実施形態8又は9の操作された核酸。
11.ACPは転写モジュレーターである、実施形態10の操作された核酸。
12.ACPは転写リプレッサーである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
13.ACPは転写アクチベーターである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
14.ACPは、抑制性プロテアーゼ、及び抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位をさらに含む、実施形態10~13のいずれか一つの操作された核酸。
15.ACPは、エストロゲン受容体のホルモン結合ドメイン(ERT2ドメイン)をさらに含む、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
16.ACPは転写因子である、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
17.転写因子はジンクフィンガー含有転写因子である、実施形態16の操作された核酸。
18.ACPは、DNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)及び転写エフェクタードメインを含む、実施形態10~17のいずれか一つの操作された核酸。
19.ZFタンパク質ドメインは、モジュラー設計であり、ジンクフィンガーアレイ(ZFA)で構成される、実施形態18の操作された核酸。
20.ZFタンパク質ドメインは、1から10のZFAを含む、実施形態19の操作された核酸。
21.エフェクタードメインは、以下からなる群から選択される:単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーを含む活性化ドメイン、VP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン-バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメイン(VPR活性化ドメイン)を含むトリパータイトアクチベーター;ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300 HATコア活性化ドメイン);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連の塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPWモチーフ、このモチーフはWRPW抑制ドメインとして公知である;DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン、実施形態18~20のいずれか一つの操作された核酸。
22.抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位は、ZFタンパク質ドメインとエフェクタードメインの間に局在化している、実施形態14~21のいずれか一つの操作された核酸。
23.抑制性プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態14~22のいずれか一つの操作された核酸。
24.同族切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態23の操作された核酸。
25.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態24の操作された核酸。
26.NS3プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態23~25のいずれか一つの操作された核酸。
27.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態26の操作された核酸。
28.ACPは、タモキシフェン又はその代謝物へのERT2ドメインの結合時に核局在化を受けることが可能である、実施形態15~27のいずれか一つの操作された核酸。
29.タモキシフェン代謝物は、以下からなる群:4-ヒドロキシタモキシフェン、N-デスメチルタモキシフェン、タモキシフェン-N-オキシド、及びエンドキシフェンから選択される、実施形態28の操作された核酸。
30.ACPは、デグロンドメインをさらに含み、デグロンドメインは、ACPに動作可能に連結されている、実施形態10~29のいずれか一つの操作された核酸。
31.デグロンドメインは、HCV NS4デグロン、PEST(ヒトIκBαの残基277-307の二つのコピー)、GRR(ヒトp105の残基352-408)、DRR(酵母Cdc34の残基210-295)、SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2)、RPB(酵母RPBの残基1688-1702の四つのコピー)、SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(インフルエンザAウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2)、NS2(インフルエンザAウイルスNSタンパク質の残基79-93の三つのコピー)、ODC(オルニチン脱炭酸酵素の残基106-142)、Nek2A、マウスODC(残基422-461)、マウスODC_DA(D433A及びD434Aの点変異を含むmODCの残基422-461)、APC/C デグロン、COP1 E3リガーゼ結合デグロンモチーフ、CRL4-Cdt2結合PIPデグロン、アクチンフィリン結合デグロン、KEAP1結合デグロン、KLHL2及びKLHL3結合デグロン、MDM2結合モチーフ、Nデグロン、低酸素シグナル伝達におけるヒドロキシプロリン修飾、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン 、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、DSGxxSリン酸依存性デグロン、Siah結合モチーフ、SPOP SBCドッキングモチーフ、及びPCNA結合PIPボックスからなる群から選択される、実施形態30の操作された核酸。
32.デグロンドメインは、免疫調節薬物(IMiD)に応答してCRBNに結合することが可能なセレブロン(CRBN)ポリペプチド基質ドメインを含み、それにより、ACPのユビキチン経路媒介性分解を促進する、実施形態30の操作された核酸。
33.CRBNポリペプチド基質ドメインは、以下からなる群:IKZF1、IKZF3、CK1a、ZFP91、GSPT1、MEIS2、GSS E4F1、ZN276、ZN517、ZN582、ZN653、ZN654、ZN692、ZN787、及びZN827又はCRBNの薬物誘導性結合が可能なその断片から選択される、実施形態32の操作された核酸。
34.CRBNポリペプチド基質ドメインは、天然CRBNポリペプチド配列のキメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
35.CRBNポリペプチド基質ドメインは、FNVLMVHKRSHTGERPLQCEICGFTCRQKGNLLRHIKLHTGEKPFKCHLCNYACQRRDALのアミノ酸配列(配列番号175)を有するIKZF3/ZFP91/IKZF3キメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
36.IMiDは、FDA承認薬物である、実施形態32~35のいずれか一つの操作された核酸。
37.IMiDは、以下からなる群:サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドマイドから選択される、実施形態32~36のいずれか一つの操作された核酸。
38.デグロンドメインは、抑制性プロテアーゼのN末端、抑制性プロテアーゼのC末端、ZFタンパク質ドメインのN末端、ZFタンパク質ドメインのC末端、エフェクタードメインのN末端、又はエフェクタードメインのC末端である、実施形態30~37のいずれか一つの操作された核酸。
39.プロモーターは、組織特異的プロモーターである、実施形態1~38のいずれか一つの操作された核酸。
40.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態1~39のいずれか一つの操作された核酸。
41.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態40の操作された核酸。
42.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態40の操作された核酸。
43.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態42の操作された核酸。
44.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
45.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態44の操作された核酸。
46.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
47.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
48.分泌性エフェクター分子が、配列番号199のアミノ酸配列を含む、請求項47に記載の操作された核酸。
49.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
50.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態49の操作された核酸。
51.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
52.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態51の操作された核酸。
53.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態44の操作された核酸。
54.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
55.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態44の操作された核酸。
56.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態44の操作された核酸。
57.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
58.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態57の操作された核酸。
59.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態57の操作された核酸。
60.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態57の操作された核酸。
61.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態1~60のいずれか一つの操作された核酸。
62.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:プロテアーゼにより切断可能である:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択される、実施形態1~61のいずれか一つの操作された核酸。
63.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態1~62のいずれか一つの操作された核酸。
64.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態1~63のいずれか一つの操作された核酸。
65.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態64の操作された核酸。
66.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態65の操作された核酸。
67.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
68.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
69.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
70.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
71.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
72.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
73.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
74.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
75.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
76.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
77.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
78.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
79.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
80.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
81.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
82.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
83.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態1~82のいずれか一つの操作された核酸。
84.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態83の操作された核酸。
85.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
86.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグから選択される、実施形態85の操作された核酸であって、それにおいて、
87.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
88.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態1~87のいずれか一つの操作された核酸。
89.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態88の操作された核酸。
90.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態89の操作された核酸。
91.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態90の操作された核酸。
92.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態91の操作された核酸。
93.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態89の操作された核酸。
94.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態93の操作された核酸。
95.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態94の操作された核酸。
96.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態95の操作された核酸。
97.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態89~96のいずれか一つの操作された核酸。
98.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態97の操作された核酸。
99.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は調節が可能である、実施形態89~98のいずれか一つの操作された核酸。
100.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態99の操作された核酸。
101.操作された核酸は、以下からなる群:DNA、cDNA、RNA、mRNA、及びネイキッドプラスミドから選択される一本鎖又は二本鎖核酸である、実施形態1~100のいずれか一つの操作された核酸。
102.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸を含む発現ベクター。
103.発現ベクターはウイルスベクターである、実施形態102の発現ベクター。
104.ウイルスベクターはレトロウイルスベクターである、実施形態103の発現ベクター。
105.N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、膜切断可能なキメラタンパク質。
106.分泌性エフェクター分子はシグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態105のキメラタンパク質。
107.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態106のキメラタンパク質。
108.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態106のキメラタンパク質。
109.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態108のキメラタンパク質。
110.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態105~109のいずれか一つのキメラタンパク質。
111.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
112.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態105~111のいずれか一つのキメラタンパク質。
113.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
114.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
115.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
116.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態115のいずれか一つのキメラタンパク質。
117.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
118.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態117のキメラタンパク質。
119.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
120.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
121.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
122.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
123.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
124.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
125.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
126.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態123のキメラタンパク質。
127.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態105~126のいずれか一つのキメラタンパク質。
128.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~127のいずれか一つのキメラタンパク質。
129.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~128のいずれか一つのキメラタンパク質。
130.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態105~129のいずれか一つのキメラタンパク質。
131.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態130のキメラタンパク質。
132.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態131のキメラタンパク質。
133.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
134.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
135.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
136.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
137.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
138.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
139.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
140.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
141.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
142.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
143.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
144.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
145.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
146.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
147.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
148.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
149.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態105~148のいずれか一つのキメラタンパク質。
150.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態149のキメラタンパク質。
151.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態105~150のいずれか一つのキメラタンパク質。
152.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態151のキメラタンパク質。
153.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態105~152のいずれか一つのキメラタンパク質。
154.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態105~153のいずれか一つのキメラタンパク質。
155.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態154のキメラタンパク質。
156.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態155のキメラタンパク質。
157.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態156のキメラタンパク質。
158.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態156のキメラタンパク質。
159.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態155のキメラタンパク質。
160.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態159のキメラタンパク質。
161.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態160のキメラタンパク質。
162.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態161のキメラタンパク質。
163.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態155~162のいずれか一つのキメラタンパク質。
164.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態163のキメラタンパク質。
165.プロテアーゼはデグロンをさらに含む、実施形態155~164のいずれか一つのキメラタンパク質。
166.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態155~165のいずれか一つのキメラタンパク質。
167.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態166のキメラタンパク質。
168.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
169.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞。
170.操作された核酸を含む単離細胞であって、それにおいて、操作された核酸は、N末端からC末端へと配向された、プロモーターと膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、単離細胞。
171.操作された核酸は組換え発現される、実施形態169又は実施形態170の単離細胞。
172.操作された核酸は、ベクター又は細胞のゲノムからの選択された遺伝子座から発現される、実施形態169~171のいずれか一つの単離細胞。
173.膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞であって、それにおいて、N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質は、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
ならびに、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、単離細胞。
174.細胞は、以下からなる群:T細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞から選択される、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
175.細胞はナチュラルキラー(NK)細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
176.細胞は自家である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
177.細胞は同種である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
178.細胞は、以下からなる群:膀胱腫瘍細胞、脳腫瘍細胞、乳房腫瘍細胞、子宮頸部腫瘍細胞、結腸直腸腫瘍細胞、食道腫瘍細胞、神経膠腫細胞、腎臓腫瘍細胞、肝臓腫瘍細胞、肺腫瘍細胞、メラノーマ細胞、卵巣腫瘍細胞、膵臓腫瘍細胞、前立腺腫瘍細胞、皮膚腫瘍細胞、甲状腺腫瘍細胞、及び子宮腫瘍細胞から選択される腫瘍細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
179.細胞は、腫瘍溶解性ウイルスでの形質導入を介して操作された、実施形態178の単離細胞。
180.細胞は、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含む、実施形態169~179のいずれか一つの単離細胞。
181.プロテアーゼは内因性プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
182.内因性プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態181の単離された細胞。
183.内因性プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態181の単離細胞。
184.プロテアーゼは異種プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
185.異種プロテアーゼはC型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態184の単離細胞。
186.プロテアーゼは、細胞の細胞膜上で発現する、実施形態180~185のいずれか一つの単離細胞。
187.プロテアーゼは、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能である、実施形態186の単離細胞。
188.プロテアーゼ切断部位の切断によって、細胞の細胞膜から分泌性エフェクター分子が放出される、実施形態187の単離細胞。
189.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態169~188のいずれか一つの単離細胞。
190.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態189の単離細胞。
191.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態190の単離細胞。
192.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
193.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
194.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
195.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
196.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
197.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
198.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
199.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
200.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
201.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
202.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
203.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
204.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
205.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
206.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
207.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
208.細胞は抗原認識受容体をさらに含む、実施形態169~207のいずれか一つの単離細胞。
209.抗原認識受容体は抗原結合ドメインを含む、実施形態208の単離細胞。
210.抗原結合ドメインは、抗体、抗体の抗原結合断片、F(ab)断片、F(ab’)断片、一本鎖可変断片(scFv)、又は単一ドメイン抗体(sdAb)を含む、実施形態209の単離細胞。
211.抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片(scFv)を含む、実施形態209の単離細胞。
212.scFvは、重鎖可変ドメイン(VH)及び軽鎖可変ドメイン(VL)を含む、実施形態211の単離細胞。
213.VH及びVLは、ペプチドリンカーにより分離される、実施形態212の単離細胞。
214.scFvは、構造VH-L-VL又はVL-L-VHを含み、それにおいて、VHは重鎖可変ドメインであり、Lはペプチドリンカーであり、かつVLは軽鎖可変ドメインである、実施形態213の単離細胞。
215.抗原認識受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)又はT細胞受容体(TCR)である、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
216.抗原認識受容体はCARである、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
217.CARは、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含み、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインは、以下からなる群:CD3ゼータ鎖細胞内シグナル伝達ドメイン、CD97細胞内シグナル伝達ドメイン、CD11a-CD18細胞内シグナル伝達ドメイン、CD2細胞内シグナル伝達ドメイン、ICOS細胞内シグナル伝達ドメイン、CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、CD154細胞内シグナル伝達ドメイン、CD8細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40細胞内シグナル伝達ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ZAP40細胞内シグナル伝達ドメイン、CD30細胞内シグナル伝達ドメイン、GITR細胞内シグナル伝達ドメイン、HVEM細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP10細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP12細胞内シグナル伝達ドメイン、及びMyD88細胞内シグナル伝達ドメインから選択される、実施形態216の単離細胞。
218.CARは、膜貫通ドメインを含み、膜貫通ドメインは、以下からなる群:CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、CD3ゼータ鎖膜貫通ドメイン、CD4膜貫通ドメイン、4-1BB膜貫通ドメイン、OX40膜貫通ドメイン、ICOS膜貫通ドメイン、CTLA-4膜貫通ドメイン、PD-1膜貫通ドメイン、LAG-3膜貫通ドメイン、2B4膜貫通ドメイン、及びBTLA膜貫通ドメインから選択される、実施形態216又は実施形態217の単離細胞。
219.CARは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインの間にスペーサー領域を含む、実施形態216~218のいずれか一つの単離細胞。
220.実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
221.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞のいずれか又は実施形態220の組成物の治療有効量を投与すること。
222.単離細胞は、対象に由来する、実施形態221の方法。
223.単離細胞は、対象に関して同種である、実施形態 221又は実施形態 222の方法。
224.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む脂質ベースの構造体。
225.脂質ベースの構造体は、細胞外小胞、脂質ナノ粒子、ミセル、又はリポソームを含む、実施形態224の脂質ベースの構造体。
226.実施形態224又は実施形態225の脂質ベースの構造体、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
227.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態224もしくは実施形態225の脂質ベースの構造体のいずれか、又は実施形態226の組成物の治療有効用量を投与すること。
228.投与は、全身投与を含む、実施形態227の方法。
229.脂質ベースの構造体は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態227又は実施形態228の方法。
230.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態227~229のいずれか一つの方法。
231.チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態230の方法。
232.方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む、実施形態227~231のいずれか一つの方法。
233.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含むナノ粒子。
234.ナノ粒子は、無機材料を含む、実施形態233のナノ粒子。
235.実施形態233又は実施形態234のナノ粒子を含む組成物。
236.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態233もしくは実施形態234のナノ粒子のいずれか、又は実施形態235の組成物の治療有効用量を投与すること。
237.投与は、全身投与を含む、実施形態236の方法。
238.ナノ粒子は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態236又は実施形態237の方法。
239.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態236~238のいずれか一つの方法。
240.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクターを含むように操作されたウイルス。
241.ウイルスは、以下からなる群:レンチウイルス、レトロウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、及びウイルス様粒子(VLP)から選択される、実施形態240の操作されたウイルス。
242.実施形態240又は実施形態241の操作されたウイルス、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
243.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態240もしくは実施形態241の操作されたウイルス、又は実施形態242の組成物の治療有効量を投与すること。
244.投与は全身投与を含む、実施形態243の方法。
245.操作されたウイルスは、対象において細胞に感染し、発現カセットを発現する、実施形態又は実施形態244の方法。
246.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態243~245のいずれか一つの方法。
247.以下を含む、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法:
a)細胞を提供することであって、それにおいて、細胞は、N末端からC末端へと配向された膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質を含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cは、膜結合プロテアーゼの同族プロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一のポリペプチドとして発現するように構成される、こと;及び
b)膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で細胞を培養することであって、
発現時に、膜切断可能なキメラタンパク質は、細胞の細胞膜に係留され、かつ
発現時に、膜結合プロテアーゼは、膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより、分泌性エフェクター分子を細胞膜から放出する、こと。
248.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態247の方法。
249.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態248の方法。
250.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態248の方法。
251.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態250の方法。
252.分泌性エフェクター分子は治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ポリヌクレオチド、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態247~250のいずれか一つの方法。
253.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態252の方法。
254.分泌性エフェクター分子は、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、又はIL-15を含む、実施形態247~253のいずれか一つの方法。
255.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態254の方法。
256.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態255の方法。
257.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態255の方法。
258.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態257の方法。
259.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態254の方法。
260.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態259の方法。
261.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態252の方法。
262.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態252の方法。
263.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態252の方法。
264.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態252の方法。
265.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態252の方法。
266.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態265の方法。
267.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態265の方法。
268.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態265の方法。
269.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態243~268のいずれか一つの方法。
270.同族プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~269のいずれか一つの方法。
271.同族プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~270のいずれか一つの方法。
272.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態243~271のいずれか一つの方法。
273.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態272の方法。
274.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態273の方法。
275.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
276.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
277.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
278.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態243~275。
279.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
280.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
281.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態243~275。
282.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
283.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
284.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
285.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
286.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
287.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
288.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
289.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
290.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態243~289のいずれか一つの方法。
291.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態290の方法。
292.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
293.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態292の方法。
294.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
295.プロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
296.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態295の方法。
297.プロテアーゼは、ADAM17プロテアーゼである、実施形態296の方法。
298.プロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
299.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態298の方法。
300.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態299の方法。
301.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態300の方法。
302.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態243~301のいずれか一つの方法。
303.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態302の方法。
304.プロテアーゼは、デグロンをさらに含む、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
305.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
306.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態305の方法。
以下は、本開示を行うための特定の実施形態の実施例である。実施例は、例証的な目的のみのために与えられており、任意の方法において本発明の範囲を限定することを意図しない。例えば、以下に記載及び実施される実験によって、ペイロード(例、エフェクター分子)を分泌するように細胞を操作すること、及びそれらの細胞を送達して腫瘍に対する免疫原性応答を誘導することの一般的な有用性が実証される。
使用される数(例、量、温度など)に関して正確さを確保するために努力がなされてきたが、しかし、一部の実験誤差及び偏差は、無論、許容されるべきである。
実施例1-膜切断可能なシステムを使用した、調節されたサイトカイン分泌
膜切断可能なシステムを、サイトカインの分泌を調節する能力について評価する。
膜切断可能なシステムを、サイトカインの分泌を調節する能力について評価する。
方法
IL-15分泌細胞の操作:
膜切断可能なIL-15構築物をコードするレンチウイルスベクターを生成する。
IL-15分泌細胞の操作:
膜切断可能なIL-15構築物をコードするレンチウイルスベクターを生成する。
レンチウイルスを、以下を使用して産生する:Lenti-X293Tパッケージング細胞株(Clontech、カタログ番号632180);抗生物質を伴わない、LX293T完全増殖培地;DMEM、高グルコース;1mMピルビン酸ナトリウム、10%FBS、熱不活化;Opti-Mem I低血清培地(Gibco/Thermo Fisher;カタログ番号31985);FuGene HD(Promega、カタログ番号E2311);エンベロープ、パッケージング、及びトランスファーベクタープラスミド;VSV-G-シュードタイプエンベロープベクター(pMD2.G);第2世代及び第3世代のトランスファーベクターで使用することができるGag、Pol、Rev、及びTatを含むパッケージングベクター(psMAX2)。90%コンフルエントな10cmディッシュからの293T(FT)細胞を取り上げ、トランスフェクションの前日の午後遅くに希釈率1:3で分注し、細胞を通常の一晩、37℃、5%CO2でインキュベートする(細胞は翌日のトランスフェクション時に60-85%コンフルエントに達している必要がある)。
トランスフェクション反応を、以下のプロトコールに従って、各10cmディッシュについて準備する。
1.別々の1.7mLチューブ中で各10cmディッシュについてトランスフェクション反応を調製する。
2.RTで900uLのOpti-MemIを加える。
3.反応液毎に9ugのベクター骨格(目的の遺伝子を含む)を加える。
4.反応液毎に8ugのパッケージングベクターを加える。
5.反応毎に1ugのエンベロープベクター(pMD2.G)を加える。
6.3秒間にわたり速くボルテックスすることにより徹底的に混合する。
7.反応毎に55uLのFugene HDを加える。
8.20~30回上下に速くピペッティングすることにより混合する。
9.RTで10分間にわたり放置する(DNA複合体を形成させる)。
10.混合物を、ディッシュの周りにゆっくりと滴下により加えて、次に5~10秒間にわたり穏やかに前後上下に揺り動かすことにより混合する(回転させない)。
11.ディッシュをウイルスインキュベーター中に置く。
1.別々の1.7mLチューブ中で各10cmディッシュについてトランスフェクション反応を調製する。
2.RTで900uLのOpti-MemIを加える。
3.反応液毎に9ugのベクター骨格(目的の遺伝子を含む)を加える。
4.反応液毎に8ugのパッケージングベクターを加える。
5.反応毎に1ugのエンベロープベクター(pMD2.G)を加える。
6.3秒間にわたり速くボルテックスすることにより徹底的に混合する。
7.反応毎に55uLのFugene HDを加える。
8.20~30回上下に速くピペッティングすることにより混合する。
9.RTで10分間にわたり放置する(DNA複合体を形成させる)。
10.混合物を、ディッシュの周りにゆっくりと滴下により加えて、次に5~10秒間にわたり穏やかに前後上下に揺り動かすことにより混合する(回転させない)。
11.ディッシュをウイルスインキュベーター中に置く。
ウイルス上清を、血清学的ピペットを使用して、2及び3日目に収集する。細胞破片を、Millipore steriflip 0.45umフィルターを使用して除去した。Lenti-X Concentrator(カタログ番号631231 & 631232)をプロトコールに従って使用する:1)1容積のLenti-Xコンセントレーターを3容積の清澄化した上清と合わせる。穏やかな反転により混合する;2)混合物を氷上又は4℃で30分間から一晩インキュベートする;(3)サンプルを1,500×gで45分間にわたり4℃で遠心分離する;(4)上清を注意深く除去し、ペレットを乱さないように注意しながら廃棄する;(5)滅菌PBS+0.1%BSAを使用して、ペレットを元の容量の1/10~1/100中に穏やかに再懸濁する。
初代T細胞を、以下のプロトコールに従って、ウイルス上清を使用して形質導入する:
1.Gibco(Thermo Fisher)Dynabeads Human T-Activator抗CD3/抗CD28ビーズを使用してT細胞を活性化させる。
a)T細胞をカウントする-24ウェルプレート中のウェル当たり1e6個の細胞。
b)OpTmizer培地でdynabeadsを洗浄する。
c)使用直前にDynabeadsを徹底的にボルテックスする。
d)所望の容量のDynabeadsをチューブに移す。
e)10×容量のPBSを加え、混合する(5秒間にわたりボルテックスする、又は少なくとも5分間にわたりローラー上に保つ)。
f)チューブをマグネット上に1分間にわたり置き、吸引により上清を廃棄する。
g)ビーズの繰り返し洗浄‐2回目の洗浄については、IL-2を伴わないOpTmizer培地を使用する。
h)チューブをマグネットから除去し、100U/mLのIL-2を伴う、必要な容量のOpTmizer培地中に、洗浄されたDynabeadsを再懸濁し、6e6ビーズ/mLに達する。
i)T細胞懸濁液をビーズに加えて、1mLが1e6 T細胞及び3e6 Dynabeads/mLを含むようにする。
j)1mLの混合物を24ウェルプレートの各ウェル中に播種する。
k)24ウェルプレートを37℃のインキュベーター中に置く。
l)20時間後、T細胞は形質導入の準備ができている。
2)T細胞の形質導入:
a)上から注意深くピペッティングすることにより500ulの培地を除去し、沈殿したT細胞及びビーズを乱さないことを確実にする。
b)レンチウイルス混合物を、対応する各ウェルへの滴加により細胞上に加える。
c)穏やかに上下にピペッティングすることによりウイルス及び細胞を混合する。
d)プレートを37℃のインキュベーター中に置く。
e)500ulの培地を翌日に戻して加える。
f)形質導入の3日後、各ウェルからCD3 dynabeadsを除去する。
i)上下にピペッティングすることにより細胞‐dynabeads混合物を激しく混合する。
ii)細胞‐dynabeads混合物をエッペンドルフチューブ(1.5mL)中に移す。
iii)エッペンドルフチューブをマグネットホルダーに置く。
iv)エッペンドルフチューブをマグネットホルダー中に保ち、細胞を含む培地をエッペンドルフチューブから別のエッペンドルフチューブに除去する。
1.Gibco(Thermo Fisher)Dynabeads Human T-Activator抗CD3/抗CD28ビーズを使用してT細胞を活性化させる。
a)T細胞をカウントする-24ウェルプレート中のウェル当たり1e6個の細胞。
b)OpTmizer培地でdynabeadsを洗浄する。
c)使用直前にDynabeadsを徹底的にボルテックスする。
d)所望の容量のDynabeadsをチューブに移す。
e)10×容量のPBSを加え、混合する(5秒間にわたりボルテックスする、又は少なくとも5分間にわたりローラー上に保つ)。
f)チューブをマグネット上に1分間にわたり置き、吸引により上清を廃棄する。
g)ビーズの繰り返し洗浄‐2回目の洗浄については、IL-2を伴わないOpTmizer培地を使用する。
h)チューブをマグネットから除去し、100U/mLのIL-2を伴う、必要な容量のOpTmizer培地中に、洗浄されたDynabeadsを再懸濁し、6e6ビーズ/mLに達する。
i)T細胞懸濁液をビーズに加えて、1mLが1e6 T細胞及び3e6 Dynabeads/mLを含むようにする。
j)1mLの混合物を24ウェルプレートの各ウェル中に播種する。
k)24ウェルプレートを37℃のインキュベーター中に置く。
l)20時間後、T細胞は形質導入の準備ができている。
2)T細胞の形質導入:
a)上から注意深くピペッティングすることにより500ulの培地を除去し、沈殿したT細胞及びビーズを乱さないことを確実にする。
b)レンチウイルス混合物を、対応する各ウェルへの滴加により細胞上に加える。
c)穏やかに上下にピペッティングすることによりウイルス及び細胞を混合する。
d)プレートを37℃のインキュベーター中に置く。
e)500ulの培地を翌日に戻して加える。
f)形質導入の3日後、各ウェルからCD3 dynabeadsを除去する。
i)上下にピペッティングすることにより細胞‐dynabeads混合物を激しく混合する。
ii)細胞‐dynabeads混合物をエッペンドルフチューブ(1.5mL)中に移す。
iii)エッペンドルフチューブをマグネットホルダーに置く。
iv)エッペンドルフチューブをマグネットホルダー中に保ち、細胞を含む培地をエッペンドルフチューブから別のエッペンドルフチューブに除去する。
初代NK細胞を、以下のプロトコールに従ってウイルス上清を使用して形質導入する:
1.非TC処理12ウェルプレートのレトロネクチンコーティング(1日目)。13mLの総容量で1枚のプレートをコーティングする(ウェル当たりの最終レトロネクチン濃度は、8ug/cm2のプレート面積に対応する32ug/mL容量である):
a.レトロネクチンを解凍する。
b.元のストックボトル(1ug/ul濃度)から0.416mLを取る。
c.15mLのファルコンチューブ中に加え、DPBS(1X)で13mLに容量を完了する。
d.穏やかに混合する。溶液を激しく混合しないこと。ボルテックスしないこと。
e.1mLのレトロネクチン溶液を各ウェル中に移す。
f.4℃で一晩インキュベートする(形質導入前1日)
2.1%BSA溶液を用いてプレートをブロッキングする(2日目)。
a.各ウェルからレトロネクチン溶液を回収し、-20℃で保存する。
b.PBS中の1%滅菌BSA溶液(1mL/ウェル)で、室温で5~30分間にわたりブロッキングする。
c.BSA溶液を吸引し、DPBSで1回洗浄する
3.NK形質導入(2日目)
a.1mL(0.5e6/mL)のNK細胞を加え、所望の量のウイルス力価を12ウェルプレート上の各々に加える。
b.プレートを1200g、20℃で90分間にわたりスピンダウンする。
c.サイトカインを伴う1mLのMACS NK培地をウェル中に加える。
d.次に、プレートを37℃のインキュベーターに移す。
1.非TC処理12ウェルプレートのレトロネクチンコーティング(1日目)。13mLの総容量で1枚のプレートをコーティングする(ウェル当たりの最終レトロネクチン濃度は、8ug/cm2のプレート面積に対応する32ug/mL容量である):
a.レトロネクチンを解凍する。
b.元のストックボトル(1ug/ul濃度)から0.416mLを取る。
c.15mLのファルコンチューブ中に加え、DPBS(1X)で13mLに容量を完了する。
d.穏やかに混合する。溶液を激しく混合しないこと。ボルテックスしないこと。
e.1mLのレトロネクチン溶液を各ウェル中に移す。
f.4℃で一晩インキュベートする(形質導入前1日)
2.1%BSA溶液を用いてプレートをブロッキングする(2日目)。
a.各ウェルからレトロネクチン溶液を回収し、-20℃で保存する。
b.PBS中の1%滅菌BSA溶液(1mL/ウェル)で、室温で5~30分間にわたりブロッキングする。
c.BSA溶液を吸引し、DPBSで1回洗浄する
3.NK形質導入(2日目)
a.1mL(0.5e6/mL)のNK細胞を加え、所望の量のウイルス力価を12ウェルプレート上の各々に加える。
b.プレートを1200g、20℃で90分間にわたりスピンダウンする。
c.サイトカインを伴う1mLのMACS NK培地をウェル中に加える。
d.次に、プレートを37℃のインキュベーターに移す。
表面結合IL-15の測定:
操作された細胞は、第一に、ポリクローナルウサギ抗ヒトIL-15一次抗体(LS-C487337)と室温で1.5時間にわたる、及び、第二に、抗ウサギ二次抗体(Alexa Fluor 488で標識)と30分間にわたる形質導入後の7日に染色される。表面結合IL-15は、Beckman Coulter Flow Cytometerでフローサイトメトリーにより評価される。
操作された細胞は、第一に、ポリクローナルウサギ抗ヒトIL-15一次抗体(LS-C487337)と室温で1.5時間にわたる、及び、第二に、抗ウサギ二次抗体(Alexa Fluor 488で標識)と30分間にわたる形質導入後の7日に染色される。表面結合IL-15は、Beckman Coulter Flow Cytometerでフローサイトメトリーにより評価される。
分泌IL-15の測定:
操作された細胞(10^6)は、形質導入後の7日に1mLの新鮮な培地中に播種される。37℃での48時間のインキュベーション後、細胞培地中に分泌されたIL-15は、ELISA(ヒトIL-15 Quantikine ELISA Kitカタログ# D1500)により定量化される。
操作された細胞(10^6)は、形質導入後の7日に1mLの新鮮な培地中に播種される。37℃での48時間のインキュベーション後、細胞培地中に分泌されたIL-15は、ELISA(ヒトIL-15 Quantikine ELISA Kitカタログ# D1500)により定量化される。
タンパク質発現及び切断効率の決定
膜切断可能なシステムは、式S-C-MT又はMT-C-S(N末端からC末端に配向)を有するキメラタンパク質を使用するように設計され、それにおいて、Sは分泌性ペイロード(例、エフェクター分子)を指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。図1Aは、本明細書中に記載される膜切断可能なシステムの概略図を例証し、それにおいて、所望のペイロードが、プロテアーゼ切断部位がペイロードと膜係留ドメインの間に挿入されるキメラタンパク質として発現する。左パネルは、膜貫通構造を使用した膜切断可能なシステムの概略図を例証する(例、キメラタンパク質は膜貫通ドメインを含む)。右パネルは、膜会合構造を使用した膜切断可能なシステムの概略図を例証する(例、キメラタンパク質は、細胞膜との会合を可能にする翻訳後修飾タグを含む)。図1Bは、IL-15の調節された分泌のための代表的な膜切断可能なシステムを例証し、それにおいて、IL-15は、IL-15ペイロードと膜係留ドメインの間に挿入されたTACEによる切断が可能な切断部位を有するキメラタンパク質として発現する。左パネルは、I型膜貫通ドメイン、例えばPDGFR-ベータ及びCD8などの使用を通じたI型膜貫通構造(例、S-C-MT)を例証する。右パネルは、II型膜貫通ドメイン、例えばNKG2D及びTNFR2などの使用を通したII型膜貫通構造(例、MT-C-S)である。
膜切断可能なシステムは、式S-C-MT又はMT-C-S(N末端からC末端に配向)を有するキメラタンパク質を使用するように設計され、それにおいて、Sは分泌性ペイロード(例、エフェクター分子)を指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。図1Aは、本明細書中に記載される膜切断可能なシステムの概略図を例証し、それにおいて、所望のペイロードが、プロテアーゼ切断部位がペイロードと膜係留ドメインの間に挿入されるキメラタンパク質として発現する。左パネルは、膜貫通構造を使用した膜切断可能なシステムの概略図を例証する(例、キメラタンパク質は膜貫通ドメインを含む)。右パネルは、膜会合構造を使用した膜切断可能なシステムの概略図を例証する(例、キメラタンパク質は、細胞膜との会合を可能にする翻訳後修飾タグを含む)。図1Bは、IL-15の調節された分泌のための代表的な膜切断可能なシステムを例証し、それにおいて、IL-15は、IL-15ペイロードと膜係留ドメインの間に挿入されたTACEによる切断が可能な切断部位を有するキメラタンパク質として発現する。左パネルは、I型膜貫通ドメイン、例えばPDGFR-ベータ及びCD8などの使用を通じたI型膜貫通構造(例、S-C-MT)を例証する。右パネルは、II型膜貫通ドメイン、例えばNKG2D及びTNFR2などの使用を通したII型膜貫通構造(例、MT-C-S)である。
推定ADAM17モチーフに基づく様々なプロテアーゼ切断部位配列が、発現及び切断特性について評価される。具体的には、切断部位に対する-1及び+1位置での置換(候補#1-5)、又は配列全体にわたる置換(候補#6-10)を伴う、表A中に提示される候補プロテアーゼ切断部位配列を調べる。様々な膜係留ドメイン配列がまた、I型膜貫通ドメイン、例えばPDGFR-ベータ及びCD8膜貫通ドメイン配列などの使用を通じたI型膜貫通構造(例、S-C-MT)を含む、ならびにキメラタンパク質の方向を反転させる、例えばII型膜貫通ドメイン、例えばNKG2D及びTNFR2などの使用を通じてII型膜貫通構造(例、MT-C-S)を構築するなどのシステムにおいて評価される。
プロテアーゼ切断部位及び膜係留ドメインの様々な組み合わせを特徴とする様々な膜切断可能なシステムについての分泌特性は、表面結合ペイロード(例、フローサイトメトリーによる表面結合IL-15)及び分泌ペイロード(例、上清ELISAによる分泌IL-15)の分析を通して評価される。
評価される特性は、以下を含む:
-全タンパク質発現(分泌+膜結合)
-目的の様々な細胞型、例えばT細胞、NK細胞、及びHEK293細胞などにおける切断効率(分泌型サイトカインvs膜結合型サイトカインの比率、即ち膜放出効率)。
-全タンパク質発現(分泌+膜結合)
-目的の様々な細胞型、例えばT細胞、NK細胞、及びHEK293細胞などにおける切断効率(分泌型サイトカインvs膜結合型サイトカインの比率、即ち膜放出効率)。
最適な全タンパク質発現及び所望の切断効率を示す膜切断可能なシステムが決定される。
細胞型及び細胞状態の分泌特性の決定
推定ADAM17モチーフに基づく様々なプロテアーゼ切断部位配列が、異なる細胞型及び細胞状態におけるプロテアーゼ特異性及び分泌動態を含む分泌特性について評価される。具体的には、候補プロテアーゼ切断部位配列は、上に示されるように、表A中に提示される配列を含む。様々な膜係留ドメイン配列がまた、I型膜貫通ドメイン、例えばPDGFR-ベータ及びCD8膜貫通ドメイン配列などの使用を通じたI型膜貫通構造(例、S-C-MT)を含む、ならびにキメラタンパク質の方向を反転させる、例えばII型膜貫通ドメイン、例えばNKG2D及びTNFR2などの使用を通じてII型膜貫通構造(例、MT-C-S)を構築するなどのシステムにおいて評価される。
推定ADAM17モチーフに基づく様々なプロテアーゼ切断部位配列が、異なる細胞型及び細胞状態におけるプロテアーゼ特異性及び分泌動態を含む分泌特性について評価される。具体的には、候補プロテアーゼ切断部位配列は、上に示されるように、表A中に提示される配列を含む。様々な膜係留ドメイン配列がまた、I型膜貫通ドメイン、例えばPDGFR-ベータ及びCD8膜貫通ドメイン配列などの使用を通じたI型膜貫通構造(例、S-C-MT)を含む、ならびにキメラタンパク質の方向を反転させる、例えばII型膜貫通ドメイン、例えばNKG2D及びTNFR2などの使用を通じてII型膜貫通構造(例、MT-C-S)を構築するなどのシステムにおいて評価される。
プロテアーゼ切断部位及び膜係留ドメインの様々な組み合わせを特徴とする様々な膜切断可能なシステムについての分泌特性は、表面結合ペイロード(例、フローサイトメトリーによる表面結合IL-15)及び分泌ペイロード(例、上清ELISAによる分泌IL-15)の分析を通して評価される。
評価される特性は、以下を含む:
-目的の細胞型、例えばNK細胞及びT細胞などにおける分泌特性(例、特異性及び動態)。
-様々な細胞状態、特にプロテアーゼ発現及び/又は局在化を調節し得る細胞状態(例、+/-PMA又は他の活性化状態)における分泌特性(例、特異性及び動態)。
-目的の細胞型、例えばNK細胞及びT細胞などにおける分泌特性(例、特異性及び動態)。
-様々な細胞状態、特にプロテアーゼ発現及び/又は局在化を調節し得る細胞状態(例、+/-PMA又は他の活性化状態)における分泌特性(例、特異性及び動態)。
所望の調節された分泌特性を示す膜切断可能なシステムが決定される。具体的には、プロテアーゼ切断部位及び膜係留ドメインの組み合わせが決定され、目的の細胞型及び細胞状態における所望の速度でのペイロードの調節分泌(膜放出)についての分泌動態を示す。
実施例2-様々なリンカー/切断部位/膜貫通ドメインの組み合わせでの、調節されたIL-15分泌
膜切断可能なシステムのバリエーションが、表A中に示されるプロテアーゼ切断部位の三つ(配列番号180、187、及び191)、様々なポリペプチドリンカー、様々なポリペプチドリンカー配向(即ち、切断部位に対してN末端のポリペプチドリンカーの及び/又は切断部位に対してC末端のポリペプチドリンカー)、及び二つの膜貫通ドメイン(CD8膜貫通ドメイン及びB7-1膜貫通ドメイン)を含めて、分泌性ペイロードIL-15の分泌を調節する能力について評価された。本実施例の膜切断可能なシステムは、N末端からC末端方向において、S-C-MTの配向を含み、それにおいて、Sは分泌性ペイロードを指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。
膜切断可能なシステムのバリエーションが、表A中に示されるプロテアーゼ切断部位の三つ(配列番号180、187、及び191)、様々なポリペプチドリンカー、様々なポリペプチドリンカー配向(即ち、切断部位に対してN末端のポリペプチドリンカーの及び/又は切断部位に対してC末端のポリペプチドリンカー)、及び二つの膜貫通ドメイン(CD8膜貫通ドメイン及びB7-1膜貫通ドメイン)を含めて、分泌性ペイロードIL-15の分泌を調節する能力について評価された。本実施例の膜切断可能なシステムは、N末端からC末端方向において、S-C-MTの配向を含み、それにおいて、Sは分泌性ペイロードを指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。
IL-15分泌細胞の操作:
膜切断可能なIL-15構築物をコードするレンチウイルスベクターが、変動するリンカー、リンカー配向、及び膜貫通ドメインを伴って生成された。構築物の説明が、表B中に提供されている。
膜切断可能なIL-15構築物をコードするレンチウイルスベクターが、変動するリンカー、リンカー配向、及び膜貫通ドメインを伴って生成された。構築物の説明が、表B中に提供されている。
レンチウイルスは、表B中に記載される構築物をコードする、実施例1において記載されるように産生された。初代NK細胞を、実施例1において記載される形質導入方法によりレンチウイルスで形質導入した。IL-15膜結合発現及び分泌を、実施例1において記載されるようにアッセイした。各構築物についての膜結合発現及び分泌の関係のグラフが、図2中に提供されている。構築物SB03514及びSB03536は、低発現レベルに起因して、グラフ中に示されていない。図2中に示されるように、各構築物についての分泌レベルは広く変動する。SB03516、SB03515、SB03533、SB03518、SB03517、SB03531、SB03532、及びSB03520は、ウイルス対照(NV)なしと比較して、より高いIL-15分泌レベルを有する。これらの構築物のうち、SB03515、SB03517、SB03532、SB03531、及びSB03518は、最も高い分泌レベルを示した。図2中に見られるように、リンカーの種類及び配向は、分泌レベルと相関する。例えば、切断部位に対して単一のgly-serリンカー(配列番号195)C末端(正方形のデータ点を参照のこと)を含む構築物、ならびに切断部位に対してgly-serリンカー(配列番号195)N末端及び切断部位に対して第二のgly-serリンカー(配列番号197)C末端を含む構築物(ひし形のデータ点を参照のこと)は、最も高い分泌レベルを有した。さらに、切断部位に対する単一のgly-serリンカー(配列番号195)N末端(切断部位に対して第二のgly-serリンカーC末端を伴わない)の使用は、中間分泌レベルと相関した。このように、表B中に示されるリンカーにおけるバリエーション及びリンカーの配向によって、分泌されたIL-15に結合された細胞についての所望の比率を選択する機会が提供される。
実施例3-調節されたIL-12分泌
表A(配列番号180、187、及び191)中に示されるプロテアーゼ切断部位の三つを含む、膜切断可能なシステムのバリエーションを、NK細胞及びT細胞による分泌性ペイロードIL-12の分泌を調節する能力について評価した。本実施例の膜切断可能なシステムは、N末端からC末端方向においてS-C-MTの配向を含んだが、それにおいて、Sは分泌性ペイロードを指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。
表A(配列番号180、187、及び191)中に示されるプロテアーゼ切断部位の三つを含む、膜切断可能なシステムのバリエーションを、NK細胞及びT細胞による分泌性ペイロードIL-12の分泌を調節する能力について評価した。本実施例の膜切断可能なシステムは、N末端からC末端方向においてS-C-MTの配向を含んだが、それにおいて、Sは分泌性ペイロードを指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。
IL-12分泌細胞の操作:
膜切断可能なIL-12構築物をコードするレンチウイルスベクターが生成された。構築物の説明が、表C中に提供されている。
膜切断可能なIL-12構築物をコードするレンチウイルスベクターが生成された。構築物の説明が、表C中に提供されている。
レンチウイルスは、実施例1において記載されるように産生され、表C中に記載される構築物をコードする。構築物SB04183、SB04183、及びSB04183は、実施例1に記載される切断部位を含む。構築物SB04184は、CD16にとって天然であるADAM17切断部位を含む。初代NK細胞を増殖させ、次に、実施例1において記載される形質導入方法によりレンチウイルスで形質導入した。IL-12膜結合発現及び分泌を、実施例1において記載されるようにアッセイした。図3A中に示されるように、高レベルの膜結合IL-12発現(細胞の少なくとも90%が陽性)が、構築物SB04812、SB04184、及びSB04185を伴うNK細胞において達成された。加えて、初代T細胞を、実施例1中に記載される形質導入方法によりレンチウイルスで形質導入した。図3B中に示されるように、低~中等度の膜結合IL-12発現(約20%から約15%の陽性細胞)を、全ての構築物を用いてT細胞において達成した。図3C中に示されるように、高レベルのIL-12分泌(少なくとも50,000pg/ml)を、構築物SB04182及びSB04184について、形質導入後3日及び形質導入後4日にNK細胞において達成した。構築物SB04185については、50,000pg/mLを上回る、分泌されたIL-12を、形質導入後4日に測定した。加えて、測定可能な量のIL-12が、構築物SB04182及びSB04184を用いてT細胞から分泌された。
実施例4-調節されたIL-15分泌
配列番号191のプロテアーゼ切断部位を含む、膜切断可能なシステムのバリエーションを、分泌性IL-15ペイロードの分泌を調節する能力について評価した。本実施例の膜切断可能なシステムは、N末端からC末端方向においてS-C-MTの配向を含んだが、それにおいて、Sは分泌性ペイロードを指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。
配列番号191のプロテアーゼ切断部位を含む、膜切断可能なシステムのバリエーションを、分泌性IL-15ペイロードの分泌を調節する能力について評価した。本実施例の膜切断可能なシステムは、N末端からC末端方向においてS-C-MTの配向を含んだが、それにおいて、Sは分泌性ペイロードを指し、Cはプロテアーゼ切断部位を指し、及びMTは細胞膜係留ドメインを指す。
二重発現構築物が生成され、それは、膜切断可能なシステムに動作可能に連結された第一のプロモーター、及びキメラ抗原受容体に動作可能に連結された第二のプロモーターを含む。構築物の説明が、表D中提供されている。
レンチウイルスは、実施例1において記載されるように産生され、表D中に記載される構築物をコードする。初代、ドナー由来NK細胞(IL-15/IL-21発現フィーダー細胞で増殖)を、各ウイルスで形質導入した(又は対照として形質導入しなかった)。次に、形質導入後の18日に、NK細胞を、CARの標的抗原を発現する標的細胞との共培養により活性化した(二つの異なる標的細胞株、「標的細胞1」及び「標的細胞2」を使用した)。活性化後の24時間に、IL-15膜結合発現及び分泌を、実施例1において記載されるようにアッセイした。図4A中に示されるように、膜結合IL-15発現は、活性化後24時間に検出可能であった。次に、分泌レベルを、活性化後24時間、48時間、及び72時間で、実施例1において記載されるようにアッセイした。図4B中に示されるように、全ての構築物によって、24時間の時間点後に、分泌されたIL-15における増加が達成された。さらに、三つの構築物のうち、IL-15/IL-15Rsuhi構築物によって、最高レベルの分泌が達成された。
他の配列
HIV-1プロテアーゼ(配列番号144):PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
アンジオテンシン変換酵素(ACE)(配列番号156):
MGAASGRRGPGLLLPLPLLLLLPPQPALALDPGLQPGNFSADEAGAQLFAQSYNSSAEQVLFQSVAASWAHDTNITAENARRQEEAALLSQEFAEAWGQKAKELYEPIWQNFTDPQLRRIIGAVRTLGSANLPLAKRQQYNALLSNMSRIYSTAKVCLPNKTATCWSLDPDLTNILASSRSYAMLLFAWEGWHNAAGIPLKPLYEDFTALSNEAYKQDGFTDTGAYWRSWYNSPTFEDDLEHLYQQLEPLYLNLHAFVRRALHRRYGDRYINLRGPIPAHLLGDMWAQSWENIYDMVVPFPDKPNLDVTSTMLQQGWNATHMFRVAEEFFTSLELSPMPPEFWEGSMLEKPADGREVVCHASAWDFYNRKDFRIKQCTRVTMDQLSTVHHEMGHIQYYLQYKDLPVSLRRGANPGFHEAIGDVLALSVSTPEHLHKIGLLDRVTNDTESDINYLLKMALEKIAFLPFGYLVDQWRWGVFSGRTPPSRYNFDWWYLRTKYQGICPPVTRNETHFDAGAKFHVPNVTPYIRYFVSFVLQFQFHEALCKEAGYEGPLHQCDIYRSTKAGAKLRKVLQAGSSRPWQEVLKDMVGLDALDAQPLLKYFQPVTQWLQEQNQQNGEVLGWPEYQWHPPLPDNYPEGIDLVTDEAEASKFVEEYDRTSQVVWNEYAEANWNYNTNITTETSKILLQKNMQIANHTLKYGTQARKFDVNQLQNTTIKRIIKKVQDLERAALPAQELEEYNKILLDMETTYSVATVCHPNGSCLQLEPDLTNVMATSRKYEDLLWAWEGWRDKAGRAILQFYPKYVELINQAARLNGYVDAGDSWRSMYETPSLEQDLERLFQELQPLYLNLHAYVRRALHRHYGAQHINLEGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYDLVVPFPSAPSMDTTEAMLKQGWTPRRMFKEADDFFTSLGLLPVPPEFWNKSMLEKPTDGREVVCHASAWDFYNGKDFRIKQCTTVNLEDLVVAHHEMGHIQYFMQYKDLPVALREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSLNLLSSEGGSDEHDINFLMKMALDKIAFIPFSYLVDQWRWRVFDGSITKENYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQGDFDPGAKFHIPSSVPYIRYFVSFIIQFQFHEALCQAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGQRLATAMKLGFSRPWPEAMQLITGQPNMSASAMLSYFKPLLDWLRTENELHGEKLGWPQYNWTPNSARSEGPLPDSGRVSFLGLDLDAQQARVGQWLLLFLGIALLVATLGLSQRLFSIRHRSLHRHSHGPQFGSEVELRHS
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|P33478|1475-2093(配列番号157):
SGVLWDTPSPPEVERAVLDDGIYRIMQRGLLGRSQVGVGVFQDGVFHTMWHVTRGAVLMYQGKRLEPSWASVKKDLISYGGGWRFQGSWNTGEEVQVIAVEPGKNPKNVQTAPGTFKTPEGEVGAIALDFKPGTSGSPIVNREGKIVGLYGNGVVTTSGTYVSAIAQAKASQEGPLPEIEDEVFRKRNLTIMDLHPGSGKTRRYLPAIVREAIRRNVRTLILAPTRVVASEMAEALKGMPIRYQTTAVKSEHTGKEIVDLMCHATFTMRLLSPVRVPNYNMIIMDEAHFTDPASIARRGYISTRVGMGEAAAIFMTATPPGSVEAFPQSNAVIQDEERDIPERSWNSGYEWITDFPGKTVWFVPSIKSGNDIANCLRKNGKRVIQLSRKTFDTEYQKTKNNDWDYVVTTDISEMGANFRADRVIDPRRCLKPVILKDGPERVILAGPMPVTVASAAQRRGRIGRNQNKEGDQYVYMGQPLNNDEDHAHWTEAKMLLDNINTPEGIIPALFEPEREKSAAIDGEYRLRGEARKTFVELMRRGDLPVWLSYKVASEGFQYSDRRWCFDGERNNQVLEENMDVEMWTKEGERKKLRPRWLDARTYSDPLALREFKEFAAGRR
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|P14340|1476-2093(配列番号158):
AGVLWDVPSPPPVGKAELEDGAYRIKQKGILGYSQIGAGVYKEGTFHTMWHVTRGAVLMHKGKRIEPSWADVKKDLISYGGGWKLEGEWKEGEEVQVLALEPGKNPRAVQTKPGLFKTNAGTIGAVSLDFSPGTSGSPIIDKKGKVVGLYGNGVVTRSGAYVSAIAQTEKSIEDNPEIEDDIFRKRKLTIMDLHPGAGKTKRYLPAIVREAIKRGLRTLILAPTRVVAAEMEEALRGLPIRYQTPAIRAEHTGREIVDLMCHATFTMRLLSPVRVPNYNLIIMDEAHFTDPASIAARGYISTRVEMGEAAGIFMTATPPGSRDPFPQSNAPIMDEEREIPERSWSSGHEWVTDFKGKTVWFVPSIKAGNDIAACLRKNGKKVIQLSRKTFDSEYVKTRTNDWDFVVTTDISEMGANFKAERVIDPRRCMKPVILTDGEERVILAGPMPVTHSSAAQRRGRIGRNPKNENDQYIYMGEPLENDEDCAHWKEAKMLLDNINTPEGIIPSMFEPEREKVDAIDGEYRLRGEARKTFVDLMRRGDLPVWLAYRVAAEGINYADRRWCFDGIKNNQILEENVEVEIWTKEGERKKLKPRWLDAKIYSDPLALKEFKEFAAGRK
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|Q99D35|1474-2092(配列番号159):
SGVLWDVPSPPETQKAELEEGVYRIKQQGIFGKTQVGVGVQKEGVFHTMWHVTRGAVLTHNGKRLEPNWASVKKDLISYGGGWRLSAQWQKGEEVQVIAVEPGKNPKNFQTMPGIFQTTTGEIGAIALDFKPGTSGSPIINREGKVVGLYGNGVVTKNGGYVSGIAQTNAEPDGPTPELEEEMFKKRNLTIMDLHPGSGKTRKYLPAIVREAIKRRLRTLILAPTRVVAAEMEEALKGLPIRYQTTATKSEHTGREIVDLMCHATFTMRLLSPVRVPNYNLIIMDEAHFTDPASIAARGYISTRVGMGEAAAIFMTATPPGTADAFPQSNAPIQDEERDIPERSWNSGNEWITDFVGKTVWFVPSIKAGNDIANCLRKNGKKVIQLSRKTFDTEYQKTKLNDWDFVVTTDISEMGANFKADRVIDPRRCLKPVILTDGPERVILAGPMPVTVASAAQRRGRVGRNPQKENDQYIFMGQPLNKDEDHAHWTEAKMLLDNINTPEGIIPALFEPEREKSAAIDGEYRLKGESRKTFVELMRRGDLPVWLAHKVASEGIKYTDRKWCFDGERNNQILEENMDVEIWTKEGEKKKLRPRWLDARTYSDPLALKEFKDFAAGRK
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|Q5UCB8|1475-2092(配列番号160):
SGALWDVPSPAATQKAALSEGVYRIMQRGLFGKTQVGVGIHIEGVFHTMWHVTRGSVICHETGRLEPSWADVRNDMISYGGGWRLGDKWDKEEDVQVLAIEPGKNPKHVQTKPGLFKTLTGEIGAVTLDFKPGTSGSPIINRKGKVIGLYGNGVVTKSGDYVSAITQAERIGEPDYEVDEDIFRKKRLTIMDLHPGAGKTKRILPSIVREALKRRLRTLILAPTRVVAAEMEEALRGLPIRYQTPAVKSEHTGREIVDLMCHATFTTRLLSSTRVPNYNLIVMDEAHFTDPSSVAARGYISTRVEMGEAAAIFMTATPPGTTDPFPQSNSPIEDIEREIPERSWNTGFDWITDYQGKTVWFVPSIKAGNDIANCLRKSGKKVIQLSRKTFDTEYPKTKLTDWDFVVTTDISEMGANFRAGRVIDPRRCLKPVILPDGPERVILAGPIPVTPASAAQRRGRIGRNPAQEDDQYVFSGDPLKNDEDHAHWTEAKMLLDNIYTPEGIIPTLFGPEREKTQAIDGEFRLRGEQRKTFVELMRRGDLPVWLSYKVASAGISYKDREWCFTGERNNQILEENMEVEIWTREGEKKKLRPKWLDARVYADPMALKDFKEFASGRK
PEST(ヒトIκBαの残基277-307の二つのコピー;配列番号161)
LQMLPESEDEESYDTESEFTEFTEDELPYDDGSLQMLPESEDEESYDTESEFTEFTEDELPYDD
GRR(ヒトp105の残基352-408;配列番号162):
EIKDKEEVQRKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPH
DRR(酵母Cdc34の残基210-295;配列番号163):
IDDENGSVILQDDDYDDGNNHIPFEDDDVYNYNDNDDDDERIEFEDDDDDDDDSIDNDSVMDRKQPHKAEDESEDVEDVERVSKKD
SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2;例、配列番号164):
PESMREEYRKEGSKRIKCPDCEPFCNKRGSPESMREEYRKE
RPB(酵母RPBの残基1688-1702の四つのコピー;配列番号165):
RSYSPTSPNYSPTSPSGSYSPTSPNYSPTSPSGGSRSYSPTSPNYSPTSPSGSYSPTSPNYSPTSPSG
SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(インフルエンザAウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2;配列番号166):
PESMREEYRKEGSSLLTEVETPGSPESMREEYRKEGSSLLTEVETPGSPESMREEYRKE
NS2(インフルエンザAウイルスNSタンパク質の残基79-93の三つのコピー;配列番号167):
LIEEVRHRLKTTENSGSLIEEVRHRLKTTENSGSLIEEVRHRLKTTENSGS
ODC(オルニチンデカルボキシラーゼの残基106-142、配列番号168):
FPPEVEEQDDGTLPMSCAQESGMDRHPAACASARINV
マウスODC(残基422-461;配列番号169):
SHGFPPEVEEQAAGTLPMSCAQESGMDRHPAACASARINV
SB03513(配列番号210)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSDEPHYSQRRLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03514(配列番号211)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSVTPEPIFSLILLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03515(配列番号212)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSDEPHYSQRRSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03516(配列番号213)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSVTPEPIFSLISGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03517(配列番号214)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGDEPHYSQRRGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03518(配列番号215)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGVTPEPIFSLIGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03519(配列番号216)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQDEPHYSQRRLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03520(配列番号217)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQVTPEPIFSLILLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
5X NFAT minADEPプロモーター(配列番号218)
GGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTCCTGCAGGagctGGCGCGCCAGACGCTAGCGGGGGGCTATAAAAGGGGGTGGGGGCGTTCGTCCTCACTCT
HIV-1プロテアーゼ(配列番号144):PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
アンジオテンシン変換酵素(ACE)(配列番号156):
MGAASGRRGPGLLLPLPLLLLLPPQPALALDPGLQPGNFSADEAGAQLFAQSYNSSAEQVLFQSVAASWAHDTNITAENARRQEEAALLSQEFAEAWGQKAKELYEPIWQNFTDPQLRRIIGAVRTLGSANLPLAKRQQYNALLSNMSRIYSTAKVCLPNKTATCWSLDPDLTNILASSRSYAMLLFAWEGWHNAAGIPLKPLYEDFTALSNEAYKQDGFTDTGAYWRSWYNSPTFEDDLEHLYQQLEPLYLNLHAFVRRALHRRYGDRYINLRGPIPAHLLGDMWAQSWENIYDMVVPFPDKPNLDVTSTMLQQGWNATHMFRVAEEFFTSLELSPMPPEFWEGSMLEKPADGREVVCHASAWDFYNRKDFRIKQCTRVTMDQLSTVHHEMGHIQYYLQYKDLPVSLRRGANPGFHEAIGDVLALSVSTPEHLHKIGLLDRVTNDTESDINYLLKMALEKIAFLPFGYLVDQWRWGVFSGRTPPSRYNFDWWYLRTKYQGICPPVTRNETHFDAGAKFHVPNVTPYIRYFVSFVLQFQFHEALCKEAGYEGPLHQCDIYRSTKAGAKLRKVLQAGSSRPWQEVLKDMVGLDALDAQPLLKYFQPVTQWLQEQNQQNGEVLGWPEYQWHPPLPDNYPEGIDLVTDEAEASKFVEEYDRTSQVVWNEYAEANWNYNTNITTETSKILLQKNMQIANHTLKYGTQARKFDVNQLQNTTIKRIIKKVQDLERAALPAQELEEYNKILLDMETTYSVATVCHPNGSCLQLEPDLTNVMATSRKYEDLLWAWEGWRDKAGRAILQFYPKYVELINQAARLNGYVDAGDSWRSMYETPSLEQDLERLFQELQPLYLNLHAYVRRALHRHYGAQHINLEGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYDLVVPFPSAPSMDTTEAMLKQGWTPRRMFKEADDFFTSLGLLPVPPEFWNKSMLEKPTDGREVVCHASAWDFYNGKDFRIKQCTTVNLEDLVVAHHEMGHIQYFMQYKDLPVALREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSLNLLSSEGGSDEHDINFLMKMALDKIAFIPFSYLVDQWRWRVFDGSITKENYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQGDFDPGAKFHIPSSVPYIRYFVSFIIQFQFHEALCQAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGQRLATAMKLGFSRPWPEAMQLITGQPNMSASAMLSYFKPLLDWLRTENELHGEKLGWPQYNWTPNSARSEGPLPDSGRVSFLGLDLDAQQARVGQWLLLFLGIALLVATLGLSQRLFSIRHRSLHRHSHGPQFGSEVELRHS
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|P33478|1475-2093(配列番号157):
SGVLWDTPSPPEVERAVLDDGIYRIMQRGLLGRSQVGVGVFQDGVFHTMWHVTRGAVLMYQGKRLEPSWASVKKDLISYGGGWRFQGSWNTGEEVQVIAVEPGKNPKNVQTAPGTFKTPEGEVGAIALDFKPGTSGSPIVNREGKIVGLYGNGVVTTSGTYVSAIAQAKASQEGPLPEIEDEVFRKRNLTIMDLHPGSGKTRRYLPAIVREAIRRNVRTLILAPTRVVASEMAEALKGMPIRYQTTAVKSEHTGKEIVDLMCHATFTMRLLSPVRVPNYNMIIMDEAHFTDPASIARRGYISTRVGMGEAAAIFMTATPPGSVEAFPQSNAVIQDEERDIPERSWNSGYEWITDFPGKTVWFVPSIKSGNDIANCLRKNGKRVIQLSRKTFDTEYQKTKNNDWDYVVTTDISEMGANFRADRVIDPRRCLKPVILKDGPERVILAGPMPVTVASAAQRRGRIGRNQNKEGDQYVYMGQPLNNDEDHAHWTEAKMLLDNINTPEGIIPALFEPEREKSAAIDGEYRLRGEARKTFVELMRRGDLPVWLSYKVASEGFQYSDRRWCFDGERNNQVLEENMDVEMWTKEGERKKLRPRWLDARTYSDPLALREFKEFAAGRR
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|P14340|1476-2093(配列番号158):
AGVLWDVPSPPPVGKAELEDGAYRIKQKGILGYSQIGAGVYKEGTFHTMWHVTRGAVLMHKGKRIEPSWADVKKDLISYGGGWKLEGEWKEGEEVQVLALEPGKNPRAVQTKPGLFKTNAGTIGAVSLDFSPGTSGSPIIDKKGKVVGLYGNGVVTRSGAYVSAIAQTEKSIEDNPEIEDDIFRKRKLTIMDLHPGAGKTKRYLPAIVREAIKRGLRTLILAPTRVVAAEMEEALRGLPIRYQTPAIRAEHTGREIVDLMCHATFTMRLLSPVRVPNYNLIIMDEAHFTDPASIAARGYISTRVEMGEAAGIFMTATPPGSRDPFPQSNAPIMDEEREIPERSWSSGHEWVTDFKGKTVWFVPSIKAGNDIAACLRKNGKKVIQLSRKTFDSEYVKTRTNDWDFVVTTDISEMGANFKAERVIDPRRCMKPVILTDGEERVILAGPMPVTHSSAAQRRGRIGRNPKNENDQYIYMGEPLENDEDCAHWKEAKMLLDNINTPEGIIPSMFEPEREKVDAIDGEYRLRGEARKTFVDLMRRGDLPVWLAYRVAAEGINYADRRWCFDGIKNNQILEENVEVEIWTKEGERKKLKPRWLDAKIYSDPLALKEFKEFAAGRK
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|Q99D35|1474-2092(配列番号159):
SGVLWDVPSPPETQKAELEEGVYRIKQQGIFGKTQVGVGVQKEGVFHTMWHVTRGAVLTHNGKRLEPNWASVKKDLISYGGGWRLSAQWQKGEEVQVIAVEPGKNPKNFQTMPGIFQTTTGEIGAIALDFKPGTSGSPIINREGKVVGLYGNGVVTKNGGYVSGIAQTNAEPDGPTPELEEEMFKKRNLTIMDLHPGSGKTRKYLPAIVREAIKRRLRTLILAPTRVVAAEMEEALKGLPIRYQTTATKSEHTGREIVDLMCHATFTMRLLSPVRVPNYNLIIMDEAHFTDPASIAARGYISTRVGMGEAAAIFMTATPPGTADAFPQSNAPIQDEERDIPERSWNSGNEWITDFVGKTVWFVPSIKAGNDIANCLRKNGKKVIQLSRKTFDTEYQKTKLNDWDFVVTTDISEMGANFKADRVIDPRRCLKPVILTDGPERVILAGPMPVTVASAAQRRGRVGRNPQKENDQYIFMGQPLNKDEDHAHWTEAKMLLDNINTPEGIIPALFEPEREKSAAIDGEYRLKGESRKTFVELMRRGDLPVWLAHKVASEGIKYTDRKWCFDGERNNQILEENMDVEIWTKEGEKKKLRPRWLDARTYSDPLALKEFKDFAAGRK
DENV NS3pro(NS2B/NS3) >sp|Q5UCB8|1475-2092(配列番号160):
SGALWDVPSPAATQKAALSEGVYRIMQRGLFGKTQVGVGIHIEGVFHTMWHVTRGSVICHETGRLEPSWADVRNDMISYGGGWRLGDKWDKEEDVQVLAIEPGKNPKHVQTKPGLFKTLTGEIGAVTLDFKPGTSGSPIINRKGKVIGLYGNGVVTKSGDYVSAITQAERIGEPDYEVDEDIFRKKRLTIMDLHPGAGKTKRILPSIVREALKRRLRTLILAPTRVVAAEMEEALRGLPIRYQTPAVKSEHTGREIVDLMCHATFTTRLLSSTRVPNYNLIVMDEAHFTDPSSVAARGYISTRVEMGEAAAIFMTATPPGTTDPFPQSNSPIEDIEREIPERSWNTGFDWITDYQGKTVWFVPSIKAGNDIANCLRKSGKKVIQLSRKTFDTEYPKTKLTDWDFVVTTDISEMGANFRAGRVIDPRRCLKPVILPDGPERVILAGPIPVTPASAAQRRGRIGRNPAQEDDQYVFSGDPLKNDEDHAHWTEAKMLLDNIYTPEGIIPTLFGPEREKTQAIDGEFRLRGEQRKTFVELMRRGDLPVWLSYKVASAGISYKDREWCFTGERNNQILEENMEVEIWTREGEKKKLRPKWLDARVYADPMALKDFKEFASGRK
PEST(ヒトIκBαの残基277-307の二つのコピー;配列番号161)
LQMLPESEDEESYDTESEFTEFTEDELPYDDGSLQMLPESEDEESYDTESEFTEFTEDELPYDD
GRR(ヒトp105の残基352-408;配列番号162):
EIKDKEEVQRKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPH
DRR(酵母Cdc34の残基210-295;配列番号163):
IDDENGSVILQDDDYDDGNNHIPFEDDDVYNYNDNDDDDERIEFEDDDDDDDDSIDNDSVMDRKQPHKAEDESEDVEDVERVSKKD
SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2;例、配列番号164):
PESMREEYRKEGSKRIKCPDCEPFCNKRGSPESMREEYRKE
RPB(酵母RPBの残基1688-1702の四つのコピー;配列番号165):
RSYSPTSPNYSPTSPSGSYSPTSPNYSPTSPSGGSRSYSPTSPNYSPTSPSGSYSPTSPNYSPTSPSG
SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(インフルエンザAウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2;配列番号166):
PESMREEYRKEGSSLLTEVETPGSPESMREEYRKEGSSLLTEVETPGSPESMREEYRKE
NS2(インフルエンザAウイルスNSタンパク質の残基79-93の三つのコピー;配列番号167):
LIEEVRHRLKTTENSGSLIEEVRHRLKTTENSGSLIEEVRHRLKTTENSGS
ODC(オルニチンデカルボキシラーゼの残基106-142、配列番号168):
FPPEVEEQDDGTLPMSCAQESGMDRHPAACASARINV
マウスODC(残基422-461;配列番号169):
SHGFPPEVEEQAAGTLPMSCAQESGMDRHPAACASARINV
SB03513(配列番号210)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSDEPHYSQRRLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03514(配列番号211)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSVTPEPIFSLILLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03515(配列番号212)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSDEPHYSQRRSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03516(配列番号213)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSVTPEPIFSLISGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03517(配列番号214)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGDEPHYSQRRGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03518(配列番号215)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGVTPEPIFSLIGGGSGGGGSGGGSLQLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03519(配列番号216)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQDEPHYSQRRLLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
SB03520(配列番号217)
AATMDWTWILFLVAAATRVHSNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGSLQVTPEPIFSLILLPSWAITLISVNGIFVICCLTYCFAPRCRERRRNERLRRESVRPV
5X NFAT minADEPプロモーター(配列番号218)
GGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTGGGGACTTTCCACTCCTGCAGGagctGGCGCGCCAGACGCTAGCGGGGGGCTATAAAAGGGGGTGGGGGCGTTCGTCCTCACTCT
解釈
本明細書中に開示される全ての参考文献、特許、及び特許出願は、その各々が引用される主題に関して参照により組み入れられ、それらは、一部の場合では、文書の全体を包含し得る。
本明細書中に開示される全ての参考文献、特許、及び特許出願は、その各々が引用される主題に関して参照により組み入れられ、それらは、一部の場合では、文書の全体を包含し得る。
本明細書及び特許請求の範囲において本明細書中で使用される不定冠詞「a」及び「an」は、反対に明確に示されない場合、「少なくとも一つ」を意味すると理解されるべきである。
反対に明確に示されない場合、二つ以上の工程又は行為を含む、本明細書中で請求される任意の方法において、方法の工程又は行為の順序が、方法の工程又は行為が、記載されている順序に必ずしも限定されないことも理解すべきである。
特許請求の範囲において、ならびに上の明細書において、全ての移行句、例えば「含む(comprising)」、「含む(including)」、「運ぶ(carrying)」、「有する(having)」、「含む(containing)」、「含む(involving)」、「保持する(holding)」、「で構成される(composed of)」など、及び同様のものが、無制限である、即ち、含むが、限定されないことを意味すると理解すべきである。移行句「consisting of」(からなる)及び「consisting essentially of」(から本質的になる)のみが、米国特許庁特許審査手続マニュアルのセクション2111.03において記載されているように、それぞれクローズド又はセミクローズドの移行句であるものとする。
一部の態様では、エフェクタードメインは、以下からなる群から選択される:単純ヘルペスウイルスタンパク質 16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーを含む活性化ドメイン、VP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン-バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメイン(VPR活性化ドメイン)を含むトリパータイトアクチベーター;ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300 HATコア活性化ドメイン);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPW(配列番号224)モチーフ、このモチーフはWRPW(配列番号224)抑制ドメインとして公知である;DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン。
一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む。一部の態様では、第一の領域は、第二の領域のN末端に位置する。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、T、又はAである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、又はTである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む。
一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む。一部の態様では、第一の領域は、第二の領域のN末端に位置する。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、T、又はAである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、又はTである。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む。一部の態様では、プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む。
また、本明細書中で提供されているのは、それを必要とする対象を治療する方法であって、この方法は、本明細書中に記載される操作されたウイルスのいずれか、又は本明細書中に記載される組成物のいずれかの治療有効用量を投与することを含む。一部の態様では、投与は、全身投与を含む。一部の態様では、操作されたウイルスは、対象において細胞に感染して、発現カセットを発現する。一部の態様では、方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む。一部の態様では、このチェックポイント阻害剤は、以下からなる群から選択される:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体。一部の態様では、方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む。
[本発明1001]
N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:
S-C-MT又はMT-C-S
を有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
ここで、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、
膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1002]
前記分泌性エフェクター分子が、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含み、場合により、前記シグナルペプチドが、前記分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含み、又は前記シグナルペプチドが、非天然シグナルペプチドを含み、又は前記シグナルアンカー配列が、前記分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含み、場合により、前記非天然シグナルペプチド又は前記非天然シグナルアンカー配列が、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、本発明1001の膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1003]
前記分泌性エフェクター分子が治療クラスから選択され、前記治療クラスが、サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素からなる群から選択され、場合により、前記サイトカインが、IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファからなる群から選択され、場合により、前記ケモカインが、CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1からなる群から選択され、場合により、前記ホーミング分子が、抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2からなる群から選択され、場合により、前記成長因子が、FLT3L及びGM-CSFからなる群から選択され、場合により、前記共活性化分子が、4-1BBL及びCD40Lからなる群から選択され、場合により、前記腫瘍微小環境修飾因子が、アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2からなる群から選択され、場合により、前記TGFベータ阻害剤が、抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され、場合により、前記免疫チェックポイント阻害剤が、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFa抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体からなる群から選択され、又は、場合により、前記VEGF阻害剤が、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、もしくはそれらの組み合わせを含む、本発明1001又は本発明1002の膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1004]
前記分泌性エフェクター分子が、IL-15、IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、本発明1001~1003のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1005]
前記プロテアーゼ切断部位が、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼからなる群から選択されるプロテアーゼにより切断可能である、本発明1001~1004のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1006]
前記プロテアーゼ切断部位が、ADAM17プロテアーゼにより切断可能であり、場合により、前記プロテアーゼ切断部位が、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域及び/又はKGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含み、場合により、前記第一の領域が、前記第二の領域に対してN末端に位置する、本発明1001~1005のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1007]
前記プロテアーゼ切断部位が、PRAEX 1 X 2 KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
X 1 は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
X 2 は、V、L、S、I、Y、又はTである、
本発明1001~1006のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1008]
a.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含み、又は
b.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含み、又は
c.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含み、又は
d.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含み、又は
e.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含み、又は
f.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含み、又は
g.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含み、又は
h.前記プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含み、又は
i.前記プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含み、又は
j.前記プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含み、又は
k.前記プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含み、又は
l.前記プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含み、又は
m.前記プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、
本発明1001~1007のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1009]
前記細胞膜係留ドメインが、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含み、場合により、前記膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインが、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来し、場合により、前記細胞膜係留ドメインが、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、本発明1001~1008のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1010]
前記細胞膜係留ドメインが、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むように前記キメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、前記翻訳後修飾タグが、細胞膜との会合が可能であり、場合により、前記翻訳後修飾タグが脂質アンカードメインを含み、場合により、前記脂質アンカードメインが、GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグからなる群から選択される、本発明1001~1009のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1011]
a.細胞中で発現した場合、前記分泌性エフェクター分子は、前記細胞の細胞膜に係留され、かつ/又は
b.前記プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、前記分泌性エフェクター分子が、前記細胞膜から放出され、かつ/又は
c.前記細胞膜上で発現する前記プロテアーゼが、前記細胞に対して内因性であり、かつ/又は
d.前記プロテアーゼが、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼからなる群から選択される、
本発明1001~1010のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1012]
プロモーターと、本発明1001~1011のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む、操作された核酸であって、場合により、前記プロモーターが、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、組織特異的プロモーター、及び合成プロモーターからなる群から選択される、操作された核酸。
[本発明1013]
本発明1012の操作された核酸を含む、発現ベクター。
[本発明1014]
本発明1001~1011のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質、本発明1012の操作された核酸、又は本発明1013の発現ベクターを含む、単離細胞。
[本発明1015]
前記細胞が、T細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞からなる群から選択される、本発明1014の単離細胞。
[本発明1016]
前記細胞が、前記プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含み、場合により、前記プロテアーゼが内因性プロテアーゼであり、かつ/又は、場合により、前記内因性プロテアーゼが、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼからなる群から選択される、本発明1014又は本発明1015の単離細胞。
[本発明1017]
前記細胞が抗原認識受容体をさらに含み、場合により、前記抗原認識受容体がCARである、本発明1014~1016のいずれかの単離細胞。
[本発明1018]
本発明1001~1011のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質、本発明1012の操作された核酸、本発明1013の発現ベクター、又は本発明1014~1017のいずれかの単離細胞、及び、薬学的に許容可能な担体、薬学的に許容可能な賦形剤、又はそれらの組み合わせを含む、組成物。
[本発明1019]
以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:
本発明1014~1017のいずれかの単離細胞又は本発明1018の組成物のいずれかの治療有効用量を投与すること。
[本発明1020]
以下を含む、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法:
(a)本発明1014~1017のいずれかの細胞を提供すること、及び
(b)前記膜結合プロテアーゼ及び前記膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で前記細胞を培養することであって、
発現時に、前記膜切断可能なキメラタンパク質は、前記細胞の細胞膜に係留され、かつ
発現時に、前記膜結合プロテアーゼは、前記膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより前記分泌性エフェクター分子を前記細胞膜から放出する、
こと。
[本発明1001]
N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:
S-C-MT又はMT-C-S
を有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
ここで、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、
膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1002]
前記分泌性エフェクター分子が、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含み、場合により、前記シグナルペプチドが、前記分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含み、又は前記シグナルペプチドが、非天然シグナルペプチドを含み、又は前記シグナルアンカー配列が、前記分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含み、場合により、前記非天然シグナルペプチド又は前記非天然シグナルアンカー配列が、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、本発明1001の膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1003]
前記分泌性エフェクター分子が治療クラスから選択され、前記治療クラスが、サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素からなる群から選択され、場合により、前記サイトカインが、IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファからなる群から選択され、場合により、前記ケモカインが、CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1からなる群から選択され、場合により、前記ホーミング分子が、抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2からなる群から選択され、場合により、前記成長因子が、FLT3L及びGM-CSFからなる群から選択され、場合により、前記共活性化分子が、4-1BBL及びCD40Lからなる群から選択され、場合により、前記腫瘍微小環境修飾因子が、アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2からなる群から選択され、場合により、前記TGFベータ阻害剤が、抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され、場合により、前記免疫チェックポイント阻害剤が、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFa抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体からなる群から選択され、又は、場合により、前記VEGF阻害剤が、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、もしくはそれらの組み合わせを含む、本発明1001又は本発明1002の膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1004]
前記分泌性エフェクター分子が、IL-15、IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、本発明1001~1003のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1005]
前記プロテアーゼ切断部位が、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼからなる群から選択されるプロテアーゼにより切断可能である、本発明1001~1004のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1006]
前記プロテアーゼ切断部位が、ADAM17プロテアーゼにより切断可能であり、場合により、前記プロテアーゼ切断部位が、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域及び/又はKGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含み、場合により、前記第一の領域が、前記第二の領域に対してN末端に位置する、本発明1001~1005のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1007]
前記プロテアーゼ切断部位が、PRAEX 1 X 2 KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
X 1 は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
X 2 は、V、L、S、I、Y、又はTである、
本発明1001~1006のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1008]
a.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含み、又は
b.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含み、又は
c.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含み、又は
d.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含み、又は
e.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含み、又は
f.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含み、又は
g.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含み、又は
h.前記プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含み、又は
i.前記プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含み、又は
j.前記プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含み、又は
k.前記プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含み、又は
l.前記プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含み、又は
m.前記プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、
本発明1001~1007のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1009]
前記細胞膜係留ドメインが、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含み、場合により、前記膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインが、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来し、場合により、前記細胞膜係留ドメインが、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、本発明1001~1008のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1010]
前記細胞膜係留ドメインが、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むように前記キメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、前記翻訳後修飾タグが、細胞膜との会合が可能であり、場合により、前記翻訳後修飾タグが脂質アンカードメインを含み、場合により、前記脂質アンカードメインが、GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグからなる群から選択される、本発明1001~1009のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1011]
a.細胞中で発現した場合、前記分泌性エフェクター分子は、前記細胞の細胞膜に係留され、かつ/又は
b.前記プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、前記分泌性エフェクター分子が、前記細胞膜から放出され、かつ/又は
c.前記細胞膜上で発現する前記プロテアーゼが、前記細胞に対して内因性であり、かつ/又は
d.前記プロテアーゼが、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼからなる群から選択される、
本発明1001~1010のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質。
[本発明1012]
プロモーターと、本発明1001~1011のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む、操作された核酸であって、場合により、前記プロモーターが、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、組織特異的プロモーター、及び合成プロモーターからなる群から選択される、操作された核酸。
[本発明1013]
本発明1012の操作された核酸を含む、発現ベクター。
[本発明1014]
本発明1001~1011のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質、本発明1012の操作された核酸、又は本発明1013の発現ベクターを含む、単離細胞。
[本発明1015]
前記細胞が、T細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞からなる群から選択される、本発明1014の単離細胞。
[本発明1016]
前記細胞が、前記プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含み、場合により、前記プロテアーゼが内因性プロテアーゼであり、かつ/又は、場合により、前記内因性プロテアーゼが、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼからなる群から選択される、本発明1014又は本発明1015の単離細胞。
[本発明1017]
前記細胞が抗原認識受容体をさらに含み、場合により、前記抗原認識受容体がCARである、本発明1014~1016のいずれかの単離細胞。
[本発明1018]
本発明1001~1011のいずれかの膜切断可能なキメラタンパク質、本発明1012の操作された核酸、本発明1013の発現ベクター、又は本発明1014~1017のいずれかの単離細胞、及び、薬学的に許容可能な担体、薬学的に許容可能な賦形剤、又はそれらの組み合わせを含む、組成物。
[本発明1019]
以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:
本発明1014~1017のいずれかの単離細胞又は本発明1018の組成物のいずれかの治療有効用量を投与すること。
[本発明1020]
以下を含む、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法:
(a)本発明1014~1017のいずれかの細胞を提供すること、及び
(b)前記膜結合プロテアーゼ及び前記膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で前記細胞を培養することであって、
発現時に、前記膜切断可能なキメラタンパク質は、前記細胞の細胞膜に係留され、かつ
発現時に、前記膜結合プロテアーゼは、前記膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより前記分泌性エフェクター分子を前記細胞膜から放出する、
こと。
一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む。一部の実施形態では、第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、T、又はAである。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、それにおいて、X1はA、Y、P、S、又はFであり、かつ、それにおいて、X2はV、L、S、I、Y、又はTである。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む。
プロテアーゼ切断部位は、分泌性エフェクター分子のC末端であり得る。プロテアーゼ切断部位は、分泌性エフェクター分子のN末端であり得る。一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について、プロテアーゼ切断部位は、以下のいずれかである:(1)分泌性エフェクター分子のC末端及び細胞膜係留ドメインのN末端(言い換えれば、プロテアーゼ切断部位は、分泌性エフェクター分子と細胞膜係留ドメインの間にある);又は(2)分泌性エフェクター分子のN末端及び細胞膜係留ドメインのC末端(また、分泌性エフェクター分子と、ドメイン配向が反転した細胞膜係留ドメインの間にある)。プロテアーゼ切断部位は、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的にはエフェクター分子又はプロテアーゼ切断部位の一部とは考えられないポリペプチド配列により、分泌性エフェクター分子に接続されることができる。プロテアーゼ切断部位は、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的には細胞膜係留ドメイン又はプロテアーゼ切断部位の一部とは考えられないポリペプチド配列により、細胞膜係留ドメインに接続されることができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号220])、A(EAAAK)3A(配列番号221)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号222)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号223)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加的な、例示的なポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。
一般的に、本明細書中に記載される全ての膜切断可能なキメラタンパク質について、細胞膜係留ドメインは、以下のいずれかである:(1)存在する場合、プロテアーゼ切断部位のC末端及び任意の細胞内ドメインのN末端(言い換えれば、細胞膜係留ドメインは、プロテアーゼ切断部位と、存在する場合、細胞内ドメインの間にある)、又は(2)存在する場合、プロテアーゼ切断部位のN末端と任意の細胞内ドメインのC末端(また、プロテアーゼ切断部位と、存在する場合、ドメイン配向が反転した細胞内ドメインの間)。キメラタンパク質と会合されたデグロンを特徴とする実施形態では、デグロンドメインは、具体的には、細胞膜係留に対して(言い換えれば、細胞膜係留ドメインは、プロテアーゼ切断部位とデグロンの間にある)、末端細胞質指向ドメインである。細胞膜係留ドメインは、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に細胞膜係留ドメイン又はプロテアーゼ切断部位の一部とは考えられないポリペプチド配列により、プロテアーゼ切断部位に接続することができる。細胞膜係留ドメインは、存在する場合、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に細胞膜係留ドメイン又は細胞内ドメインの一部とは考えられないポリペプチド配列により、細胞内ドメインに接続することができる。細胞膜係留ドメインは、存在する場合、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に細胞膜係留ドメイン又はデグロンの一部とは考えられないポリペプチド配列により、デグロンに接続することができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号220])、A(EAAAK)3A(配列番号221)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号222)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号223)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加のポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。
本明細書中に記載されるキメラタンパク質は、デグロンドメイン(例、本明細書中に記載される膜切断可能なキメラタンパク質については、式S-C-MT-D又はD-MT-C-S中で「D」として言及される)を含むことができる。IMiDの非存在において、キメラタンパク質のデグロン/ユビキチン媒介性分解は生じない。細胞膜中へのキメラタンパク質の発現及び局在化に続いて、プロテアーゼ切断部位によって、キメラタンパク質の切断が方向付けられ、エフェクター分子が細胞外空間中に放出される(「分泌される」)ようにする。免疫調節薬物(IMiD)の存在において、デグロンドメインは、キメラタンパク質のユビキチン媒介性分解を方向付け、エフェクター分子の分泌が低下又は排除されるようにする。一般的に、デグロンドメインに融合された膜切断可能なキメラタンパク質については、デグロンドメインは、具体的には、細胞膜係留ドメイン、例えば、式S-C-MT-D中の最もC末端のドメイン又は式D-MT-C-S中の最もN末端のドメインに対して、末端細胞質指向ドメインである。デグロンドメインは、ポリペプチドリンカーにより細胞膜係留ドメイン、即ち、一般的には細胞膜係留ドメイン又はデグロンドメインの一部とはみなされないポリペプチド配列に接続することができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号220])、A(EAAAK)3A(配列番号221)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号222)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号223)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加のポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。一般的に、デグロンは、細胞膜係留ドメインに関連して配向され、デグロンは、細胞膜への局在化後にサイトゾルに曝露され、デグロンドメインが分解(例、サイトゾル及びサイトゾルへの曝露)を媒介することが可能であり、ユビキチン媒介性分解を媒介することが可能であるようにする。
デグロン融合タンパク質については、デグロンドメインは、目的のタンパク質のN末端又はC末端、例えば、エフェクター分子であることができる。デグロンドメインは、ポリペプチドリンカー、即ち、一般的に目的のタンパク質又はデグロンドメインの一部とは考えられないポリペプチド配列により、目的のタンパク質に接続することができる。ポリペプチドリンカーは、第一のポリペプチド配列及び第二のポリペプチド配列を接続する任意のアミノ酸配列であり得る。ポリペプチドリンカーは、可動性リンカー(例、Gly-Ser-Gly配列)であり得る。ポリペプチドリンカーの例は、限定されないが、GSGリンカー(例、[GS]4GG [配列番号220])、A(EAAAK)3A(配列番号221)、及びWhitlowリンカー(例、「KEGS」リンカー、例えばアミノ酸配列KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号222)、eGKリンカー、例えばアミノ酸配列EGKSSGSGSESKST(配列番号223)、及び、参照により本明細書中に組み入れられる、発行された米国特許第5,990,275号においてより詳細に記載されているリンカー)を含む。追加のポリペプチドリンカーは、配列番号 194、配列番号 195、配列番号196、及び配列番号 197を含む。他のポリペプチドリンカーは、所望の特性(例、長さ、可動性、アミノ酸組成物など)に基づいて選択されてもよく、当業者に公知である。ポリペプチドリンカーは、切断可能、例えば、本明細書中に記載されるプロテアーゼ切断部位のいずれかであり得る。
ACPはまた、エフェクタードメイン、例えば転写エフェクタードメインなどをさらに含み得る。例えば、転写エフェクタードメインは、転写因子のエフェクタードメイン又はアクチベータードメインであり得る。転写因子活性化ドメインはまた、トランス活性化ドメインとして公知であり、遺伝子の転写を活性化又は抑制するように作用するタンパク質、例えば転写共調節因子などの骨格ドメインとして作用する。任意の適切な転写エフェクタードメインは、ACPにおいて使用され得るが、限定されないが、単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーからなる活性化ドメインであるVP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン・バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメインを含むトリパータイトアクチベーター(トリパータイトアクチベーターは、VPR活性化ドメインとして公知である);ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300HATコア活性化ドメインとして公知である);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPW(配列番号224)モチーフ(このモチーフはWRPW(配列番号224)抑制ドメインとして公知である);DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン、又はそれらの任意の組み合わせを含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、以下から選択される転写エフェクタードメインである:単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーからなる活性化ドメインであるVP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン・バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメインを含むトリパータイトアクチベーター(トリパータイトアクチベーターは、VPR活性化ドメインとして公知である);ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300HATコア活性化ドメインとして公知である);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPW(配列番号224)モチーフ(このモチーフはWRPW(配列番号224)抑制ドメインとして公知である);DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメインである。
追加の実施形態
1.N末端からC末端へと配向された、プロモーターと、膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む操作された核酸であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、操作された核酸。
2.プロモーターは、構成的プロモーターである、実施形態1の操作された核酸。
3.構成的プロモーターは、以下からなる群:CAG、HLP、CMV、EFS、SFFV、SV40、MND、PGK、UbC、hEF1aV1、hCAGG、hEF1aV2、hACTb、heIF4A1、hGAPDH、hGRP78、hGRP94、hHSP70、hKINb、及びhUBIbから選択される、実施形態2の操作された核酸。
4.プロモーターは誘導性プロモーターである、実施形態1~3のいずれか一つの操作された核酸。
5.誘導性プロモーターは、以下からなる群:NFkB応答エレメント、CREB応答エレメント、NFAT応答エレメント、SRF応答エレメント 1、SRF応答エレメント 2、AP1応答エレメント、TCF-LEF応答エレメントプロモーター融合体、低酸素応答エレメント、SMAD結合エレメント、STAT3結合部位、インデューサー分子応答エレメント、及びそのタンデムリピートから選択される応答エレメントを含む、実施形態4の操作された核酸。
6.プロモーターは合成プロモーターを含む、実施形態1~5のいずれか一つの操作された核酸。
7.合成プロモーターは、最小プロモーター及び、最小プロモーターに対して異種である少なくとも一つの調節エレメントを含む、実施形態6の操作された核酸。
8.少なくとも一つの調節エレメントは、活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)結合ドメイン配列及びプロモーター配列を含む、実施形態7の操作された核酸。
9.ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含む、実施形態8の操作された核酸。
10.合成プロモーターは、合成プロモーターのACP結合ドメインに結合する活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)により調節可能である、実施形態8又は9の操作された核酸。
11.ACPは転写モジュレーターである、実施形態10の操作された核酸。
12.ACPは転写リプレッサーである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
13.ACPは転写アクチベーターである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
14.ACPは、抑制性プロテアーゼ、及び抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位をさらに含む、実施形態10~13のいずれか一つの操作された核酸。
15.ACPは、エストロゲン受容体のホルモン結合ドメイン(ERT2ドメイン)をさらに含む、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
16.ACPは転写因子である、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
17.転写因子はジンクフィンガー含有転写因子である、実施形態16の操作された核酸。
18.ACPは、DNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)及び転写エフェクタードメインを含む、実施形態10~17のいずれか一つの操作された核酸。
19.ZFタンパク質ドメインは、モジュラー設計であり、ジンクフィンガーアレイ(ZFA)で構成される、実施形態18の操作された核酸。
20.ZFタンパク質ドメインは、1から10のZFAを含む、実施形態19の操作された核酸。
21.エフェクタードメインは、以下からなる群から選択される:単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーを含む活性化ドメイン、VP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン-バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメイン(VPR活性化ドメイン)を含むトリパータイトアクチベーター;ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300 HATコア活性化ドメイン);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連の塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPW(配列番号224)モチーフ、このモチーフはWRPW(配列番号224)抑制ドメインとして公知である;DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン、実施形態18~20のいずれか一つの操作された核酸。
22.抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位は、ZFタンパク質ドメインとエフェクタードメインの間に局在化している、実施形態14~21のいずれか一つの操作された核酸。
23.抑制性プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態14~22のいずれか一つの操作された核酸。
24.同族切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態23の操作された核酸。
25.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態24の操作された核酸。
26.NS3プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態23~25のいずれか一つの操作された核酸。
27.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態26の操作された核酸。
28.ACPは、タモキシフェン又はその代謝物へのERT2ドメインの結合時に核局在化を受けることが可能である、実施形態15~27のいずれか一つの操作された核酸。
29.タモキシフェン代謝物は、以下からなる群:4-ヒドロキシタモキシフェン、N-デスメチルタモキシフェン、タモキシフェン-N-オキシド、及びエンドキシフェンから選択される、実施形態28の操作された核酸。
30.ACPは、デグロンドメインをさらに含み、デグロンドメインは、ACPに動作可能に連結されている、実施形態10~29のいずれか一つの操作された核酸。
31.デグロンドメインは、HCV NS4デグロン、PEST(ヒトIκBαの残基277-307の二つのコピー)、GRR(ヒトp105の残基352-408)、DRR(酵母Cdc34の残基210-295)、SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2)、RPB(酵母RPBの残基1688-1702の四つのコピー)、SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(インフルエンザAウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2)、NS2(インフルエンザAウイルスNSタンパク質の残基79-93の三つのコピー)、ODC(オルニチン脱炭酸酵素の残基106-142)、Nek2A、マウスODC(残基422-461)、マウスODC_DA(D433A及びD434Aの点変異を含むmODCの残基422-461)、APC/C デグロン、COP1 E3リガーゼ結合デグロンモチーフ、CRL4-Cdt2結合PIPデグロン、アクチンフィリン結合デグロン、KEAP1結合デグロン、KLHL2及びKLHL3結合デグロン、MDM2結合モチーフ、Nデグロン、低酸素シグナル伝達におけるヒドロキシプロリン修飾、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン 、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、DSGxxSリン酸依存性デグロン、Siah結合モチーフ、SPOP SBCドッキングモチーフ、及びPCNA結合PIPボックスからなる群から選択される、実施形態30の操作された核酸。
32.デグロンドメインは、免疫調節薬物(IMiD)に応答してCRBNに結合することが可能なセレブロン(CRBN)ポリペプチド基質ドメインを含み、それにより、ACPのユビキチン経路媒介性分解を促進する、実施形態30の操作された核酸。
33.CRBNポリペプチド基質ドメインは、以下からなる群:IKZF1、IKZF3、CK1a、ZFP91、GSPT1、MEIS2、GSS E4F1、ZN276、ZN517、ZN582、ZN653、ZN654、ZN692、ZN787、及びZN827又はCRBNの薬物誘導性結合が可能なその断片から選択される、実施形態32の操作された核酸。
34.CRBNポリペプチド基質ドメインは、天然CRBNポリペプチド配列のキメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
35.CRBNポリペプチド基質ドメインは、FNVLMVHKRSHTGERPLQCEICGFTCRQKGNLLRHIKLHTGEKPFKCHLCNYACQRRDALのアミノ酸配列(配列番号175)を有するIKZF3/ZFP91/IKZF3キメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
36.IMiDは、FDA承認薬物である、実施形態32~35のいずれか一つの操作された核酸。
37.IMiDは、以下からなる群:サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドマイドから選択される、実施形態32~36のいずれか一つの操作された核酸。
38.デグロンドメインは、抑制性プロテアーゼのN末端、抑制性プロテアーゼのC末端、ZFタンパク質ドメインのN末端、ZFタンパク質ドメインのC末端、エフェクタードメインのN末端、又はエフェクタードメインのC末端である、実施形態30~37のいずれか一つの操作された核酸。
39.プロモーターは、組織特異的プロモーターである、実施形態1~38のいずれか一つの操作された核酸。
40.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態1~39のいずれか一つの操作された核酸。
41.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態40の操作された核酸。
42.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態40の操作された核酸。
43.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態42の操作された核酸。
44.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
45.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態44の操作された核酸。
46.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
47.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
48.分泌性エフェクター分子が、配列番号199のアミノ酸配列を含む、請求項47に記載の操作された核酸。
49.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
50.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態49の操作された核酸。
51.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
52.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態51の操作された核酸。
53.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態44の操作された核酸。
54.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
55.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態44の操作された核酸。
56.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態44の操作された核酸。
57.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
58.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態57の操作された核酸。
59.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態57の操作された核酸。
60.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態57の操作された核酸。
61.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態1~60のいずれか一つの操作された核酸。
62.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:プロテアーゼにより切断可能である:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択される、実施形態1~61のいずれか一つの操作された核酸。
63.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態1~62のいずれか一つの操作された核酸。
64.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態1~63のいずれか一つの操作された核酸。
65.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態64の操作された核酸。
66.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態65の操作された核酸。
67.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
68.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
69.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
70.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
71.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
72.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
73.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
74.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
75.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
76.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
77.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
78.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
79.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
80.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
81.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
82.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
83.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態1~82のいずれか一つの操作された核酸。
84.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態83の操作された核酸。
85.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
86.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグから選択される、実施形態85の操作された核酸であって、それにおいて、
87.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
88.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態1~87のいずれか一つの操作された核酸。
89.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態88の操作された核酸。
90.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態89の操作された核酸。
91.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態90の操作された核酸。
92.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態91の操作された核酸。
93.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態89の操作された核酸。
94.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態93の操作された核酸。
95.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態94の操作された核酸。
96.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態95の操作された核酸。
97.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態89~96のいずれか一つの操作された核酸。
98.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態97の操作された核酸。
99.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は調節が可能である、実施形態89~98のいずれか一つの操作された核酸。
100.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態99の操作された核酸。
101.操作された核酸は、以下からなる群:DNA、cDNA、RNA、mRNA、及びネイキッドプラスミドから選択される一本鎖又は二本鎖核酸である、実施形態1~100のいずれか一つの操作された核酸。
102.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸を含む発現ベクター。
103.発現ベクターはウイルスベクターである、実施形態102の発現ベクター。
104.ウイルスベクターはレトロウイルスベクターである、実施形態103の発現ベクター。
105.N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、膜切断可能なキメラタンパク質。
106.分泌性エフェクター分子はシグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態105のキメラタンパク質。
107.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態106のキメラタンパク質。
108.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態106のキメラタンパク質。
109.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態108のキメラタンパク質。
110.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態105~109のいずれか一つのキメラタンパク質。
111.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
112.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態105~111のいずれか一つのキメラタンパク質。
113.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
114.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
115.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
116.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態115のいずれか一つのキメラタンパク質。
117.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
118.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態117のキメラタンパク質。
119.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
120.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
121.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
122.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
123.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
124.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
125.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
126.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態123のキメラタンパク質。
127.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態105~126のいずれか一つのキメラタンパク質。
128.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~127のいずれか一つのキメラタンパク質。
129.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~128のいずれか一つのキメラタンパク質。
130.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態105~129のいずれか一つのキメラタンパク質。
131.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態130のキメラタンパク質。
132.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態131のキメラタンパク質。
133.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
134.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
135.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
136.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
137.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
138.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
139.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
140.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
141.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
142.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
143.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
144.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
145.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
146.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
147.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
148.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
149.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態105~148のいずれか一つのキメラタンパク質。
150.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態149のキメラタンパク質。
151.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態105~150のいずれか一つのキメラタンパク質。
152.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態151のキメラタンパク質。
153.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態105~152のいずれか一つのキメラタンパク質。
154.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態105~153のいずれか一つのキメラタンパク質。
155.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態154のキメラタンパク質。
156.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態155のキメラタンパク質。
157.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態156のキメラタンパク質。
158.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態156のキメラタンパク質。
159.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態155のキメラタンパク質。
160.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態159のキメラタンパク質。
161.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態160のキメラタンパク質。
162.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態161のキメラタンパク質。
163.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態155~162のいずれか一つのキメラタンパク質。
164.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態163のキメラタンパク質。
165.プロテアーゼはデグロンをさらに含む、実施形態155~164のいずれか一つのキメラタンパク質。
166.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態155~165のいずれか一つのキメラタンパク質。
167.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態166のキメラタンパク質。
168.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
169.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞。
170.操作された核酸を含む単離細胞であって、それにおいて、操作された核酸は、N末端からC末端へと配向された、プロモーターと膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、単離細胞。
171.操作された核酸は組換え発現される、実施形態169又は実施形態170の単離細胞。
172.操作された核酸は、ベクター又は細胞のゲノムからの選択された遺伝子座から発現される、実施形態169~171のいずれか一つの単離細胞。
173.膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞であって、それにおいて、N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質は、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
ならびに、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、単離細胞。
174.細胞は、以下からなる群:T細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞から選択される、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
175.細胞はナチュラルキラー(NK)細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
176.細胞は自家である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
177.細胞は同種である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
178.細胞は、以下からなる群:膀胱腫瘍細胞、脳腫瘍細胞、乳房腫瘍細胞、子宮頸部腫瘍細胞、結腸直腸腫瘍細胞、食道腫瘍細胞、神経膠腫細胞、腎臓腫瘍細胞、肝臓腫瘍細胞、肺腫瘍細胞、メラノーマ細胞、卵巣腫瘍細胞、膵臓腫瘍細胞、前立腺腫瘍細胞、皮膚腫瘍細胞、甲状腺腫瘍細胞、及び子宮腫瘍細胞から選択される腫瘍細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
179.細胞は、腫瘍溶解性ウイルスでの形質導入を介して操作された、実施形態178の単離細胞。
180.細胞は、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含む、実施形態169~179のいずれか一つの単離細胞。
181.プロテアーゼは内因性プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
182.内因性プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態181の単離された細胞。
183.内因性プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態181の単離細胞。
184.プロテアーゼは異種プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
185.異種プロテアーゼはC型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態184の単離細胞。
186.プロテアーゼは、細胞の細胞膜上で発現する、実施形態180~185のいずれか一つの単離細胞。
187.プロテアーゼは、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能である、実施形態186の単離細胞。
188.プロテアーゼ切断部位の切断によって、細胞の細胞膜から分泌性エフェクター分子が放出される、実施形態187の単離細胞。
189.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態169~188のいずれか一つの単離細胞。
190.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態189の単離細胞。
191.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態190の単離細胞。
192.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
193.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
194.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
195.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
196.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
197.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
198.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
199.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
200.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
201.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
202.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
203.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
204.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
205.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
206.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
207.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
208.細胞は抗原認識受容体をさらに含む、実施形態169~207のいずれか一つの単離細胞。
209.抗原認識受容体は抗原結合ドメインを含む、実施形態208の単離細胞。
210.抗原結合ドメインは、抗体、抗体の抗原結合断片、F(ab)断片、F(ab’)断片、一本鎖可変断片(scFv)、又は単一ドメイン抗体(sdAb)を含む、実施形態209の単離細胞。
211.抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片(scFv)を含む、実施形態209の単離細胞。
212.scFvは、重鎖可変ドメイン(VH)及び軽鎖可変ドメイン(VL)を含む、実施形態211の単離細胞。
213.VH及びVLは、ペプチドリンカーにより分離される、実施形態212の単離細胞。
214.scFvは、構造VH-L-VL又はVL-L-VHを含み、それにおいて、VHは重鎖可変ドメインであり、Lはペプチドリンカーであり、かつVLは軽鎖可変ドメインである、実施形態213の単離細胞。
215.抗原認識受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)又はT細胞受容体(TCR)である、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
216.抗原認識受容体はCARである、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
217.CARは、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含み、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインは、以下からなる群:CD3ゼータ鎖細胞内シグナル伝達ドメイン、CD97細胞内シグナル伝達ドメイン、CD11a-CD18細胞内シグナル伝達ドメイン、CD2細胞内シグナル伝達ドメイン、ICOS細胞内シグナル伝達ドメイン、CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、CD154細胞内シグナル伝達ドメイン、CD8細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40細胞内シグナル伝達ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ZAP40細胞内シグナル伝達ドメイン、CD30細胞内シグナル伝達ドメイン、GITR細胞内シグナル伝達ドメイン、HVEM細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP10細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP12細胞内シグナル伝達ドメイン、及びMyD88細胞内シグナル伝達ドメインから選択される、実施形態216の単離細胞。
218.CARは、膜貫通ドメインを含み、膜貫通ドメインは、以下からなる群:CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、CD3ゼータ鎖膜貫通ドメイン、CD4膜貫通ドメイン、4-1BB膜貫通ドメイン、OX40膜貫通ドメイン、ICOS膜貫通ドメイン、CTLA-4膜貫通ドメイン、PD-1膜貫通ドメイン、LAG-3膜貫通ドメイン、2B4膜貫通ドメイン、及びBTLA膜貫通ドメインから選択される、実施形態216又は実施形態217の単離細胞。
219.CARは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインの間にスペーサー領域を含む、実施形態216~218のいずれか一つの単離細胞。
220.実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
221.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞のいずれか又は実施形態220の組成物の治療有効量を投与すること。
222.単離細胞は、対象に由来する、実施形態221の方法。
223.単離細胞は、対象に関して同種である、実施形態 221又は実施形態 222の方法。
224.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む脂質ベースの構造体。
225.脂質ベースの構造体は、細胞外小胞、脂質ナノ粒子、ミセル、又はリポソームを含む、実施形態224の脂質ベースの構造体。
226.実施形態224又は実施形態225の脂質ベースの構造体、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
227.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態224もしくは実施形態225の脂質ベースの構造体のいずれか、又は実施形態226の組成物の治療有効用量を投与すること。
228.投与は、全身投与を含む、実施形態227の方法。
229.脂質ベースの構造体は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態227又は実施形態228の方法。
230.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態227~229のいずれか一つの方法。
231.チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態230の方法。
232.方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む、実施形態227~231のいずれか一つの方法。
233.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含むナノ粒子。
234.ナノ粒子は、無機材料を含む、実施形態233のナノ粒子。
235.実施形態233又は実施形態234のナノ粒子を含む組成物。
236.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態233もしくは実施形態234のナノ粒子のいずれか、又は実施形態235の組成物の治療有効用量を投与すること。
237.投与は、全身投与を含む、実施形態236の方法。
238.ナノ粒子は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態236又は実施形態237の方法。
239.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態236~238のいずれか一つの方法。
240.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクターを含むように操作されたウイルス。
241.ウイルスは、以下からなる群:レンチウイルス、レトロウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、及びウイルス様粒子(VLP)から選択される、実施形態240の操作されたウイルス。
242.実施形態240又は実施形態241の操作されたウイルス、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
243.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態240もしくは実施形態241の操作されたウイルス、又は実施形態242の組成物の治療有効量を投与すること。
244.投与は全身投与を含む、実施形態243の方法。
245.操作されたウイルスは、対象において細胞に感染し、発現カセットを発現する、実施形態又は実施形態244の方法。
246.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態243~245のいずれか一つの方法。
247.以下を含む、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法:
a)細胞を提供することであって、それにおいて、細胞は、N末端からC末端へと配向された膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質を含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cは、膜結合プロテアーゼの同族プロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一のポリペプチドとして発現するように構成される、こと;及び
b)膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で細胞を培養することであって、
発現時に、膜切断可能なキメラタンパク質は、細胞の細胞膜に係留され、かつ
発現時に、膜結合プロテアーゼは、膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより、分泌性エフェクター分子を細胞膜から放出する、こと。
248.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態247の方法。
249.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態248の方法。
250.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態248の方法。
251.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態250の方法。
252.分泌性エフェクター分子は治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ポリヌクレオチド、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態247~250のいずれか一つの方法。
253.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態252の方法。
254.分泌性エフェクター分子は、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、又はIL-15を含む、実施形態247~253のいずれか一つの方法。
255.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態254の方法。
256.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態255の方法。
257.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態255の方法。
258.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態257の方法。
259.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態254の方法。
260.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態259の方法。
261.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態252の方法。
262.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態252の方法。
263.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態252の方法。
264.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態252の方法。
265.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態252の方法。
266.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態265の方法。
267.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態265の方法。
268.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態265の方法。
269.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態243~268のいずれか一つの方法。
270.同族プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~269のいずれか一つの方法。
271.同族プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~270のいずれか一つの方法。
272.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態243~271のいずれか一つの方法。
273.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態272の方法。
274.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態273の方法。
275.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
276.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
277.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
278.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態243~275。
279.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
280.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
281.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態243~275。
282.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
283.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
284.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
285.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
286.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
287.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
288.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
289.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
290.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態243~289のいずれか一つの方法。
291.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態290の方法。
292.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
293.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態292の方法。
294.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
295.プロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
296.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態295の方法。
297.プロテアーゼは、ADAM17プロテアーゼである、実施形態296の方法。
298.プロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
299.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態298の方法。
300.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態299の方法。
301.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態300の方法。
302.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態243~301のいずれか一つの方法。
303.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態302の方法。
304.プロテアーゼは、デグロンをさらに含む、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
305.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
306.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態305の方法。
1.N末端からC末端へと配向された、プロモーターと、膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む操作された核酸であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、操作された核酸。
2.プロモーターは、構成的プロモーターである、実施形態1の操作された核酸。
3.構成的プロモーターは、以下からなる群:CAG、HLP、CMV、EFS、SFFV、SV40、MND、PGK、UbC、hEF1aV1、hCAGG、hEF1aV2、hACTb、heIF4A1、hGAPDH、hGRP78、hGRP94、hHSP70、hKINb、及びhUBIbから選択される、実施形態2の操作された核酸。
4.プロモーターは誘導性プロモーターである、実施形態1~3のいずれか一つの操作された核酸。
5.誘導性プロモーターは、以下からなる群:NFkB応答エレメント、CREB応答エレメント、NFAT応答エレメント、SRF応答エレメント 1、SRF応答エレメント 2、AP1応答エレメント、TCF-LEF応答エレメントプロモーター融合体、低酸素応答エレメント、SMAD結合エレメント、STAT3結合部位、インデューサー分子応答エレメント、及びそのタンデムリピートから選択される応答エレメントを含む、実施形態4の操作された核酸。
6.プロモーターは合成プロモーターを含む、実施形態1~5のいずれか一つの操作された核酸。
7.合成プロモーターは、最小プロモーター及び、最小プロモーターに対して異種である少なくとも一つの調節エレメントを含む、実施形態6の操作された核酸。
8.少なくとも一つの調節エレメントは、活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)結合ドメイン配列及びプロモーター配列を含む、実施形態7の操作された核酸。
9.ACP結合ドメインは、一つ又は複数のジンクフィンガー結合部位を含む、実施形態8の操作された核酸。
10.合成プロモーターは、合成プロモーターのACP結合ドメインに結合する活性化-条件付き対照ポリペプチド(ACP)により調節可能である、実施形態8又は9の操作された核酸。
11.ACPは転写モジュレーターである、実施形態10の操作された核酸。
12.ACPは転写リプレッサーである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
13.ACPは転写アクチベーターである、実施形態10又は実施形態11の操作された核酸。
14.ACPは、抑制性プロテアーゼ、及び抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位をさらに含む、実施形態10~13のいずれか一つの操作された核酸。
15.ACPは、エストロゲン受容体のホルモン結合ドメイン(ERT2ドメイン)をさらに含む、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
16.ACPは転写因子である、実施形態10~14のいずれか一つの操作された核酸。
17.転写因子はジンクフィンガー含有転写因子である、実施形態16の操作された核酸。
18.ACPは、DNA結合ジンクフィンガータンパク質ドメイン(ZFタンパク質ドメイン)及び転写エフェクタードメインを含む、実施形態10~17のいずれか一つの操作された核酸。
19.ZFタンパク質ドメインは、モジュラー設計であり、ジンクフィンガーアレイ(ZFA)で構成される、実施形態18の操作された核酸。
20.ZFタンパク質ドメインは、1から10のZFAを含む、実施形態19の操作された核酸。
21.エフェクタードメインは、以下からなる群から選択される:単純ヘルペスウイルスタンパク質16(VP16)活性化ドメイン;VP16の四つのタンデムコピーを含む活性化ドメイン、VP64活性化ドメイン;NFκBのp65活性化ドメイン;エプスタイン-バーウイルスRトランスアクチベーター(Rta)活性化ドメイン;VP64、p65、及びRta活性化ドメイン(VPR活性化ドメイン)を含むトリパータイトアクチベーター;ヒトE1A関連タンパク質p300のヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)コアドメイン(p300 HATコア活性化ドメイン);クルッペル関連ボックス(KRAB)抑制ドメイン;リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子(REST)抑制ドメイン;ヘアリー関連の塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスリプレッサータンパク質のWRPW(配列番号224)モチーフ、このモチーフはWRPW(配列番号224)抑制ドメインとして公知である;DNA(シトシン-5)-メチルトランスフェラーゼ3B(DNMT3B)抑制ドメイン;及びHP1アルファクロモシャドウ抑制ドメイン、実施形態18~20のいずれか一つの操作された核酸。
22.抑制性プロテアーゼの一つ又は複数の同族切断部位は、ZFタンパク質ドメインとエフェクタードメインの間に局在化している、実施形態14~21のいずれか一つの操作された核酸。
23.抑制性プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態14~22のいずれか一つの操作された核酸。
24.同族切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態23の操作された核酸。
25.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態24の操作された核酸。
26.NS3プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態23~25のいずれか一つの操作された核酸。
27.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態26の操作された核酸。
28.ACPは、タモキシフェン又はその代謝物へのERT2ドメインの結合時に核局在化を受けることが可能である、実施形態15~27のいずれか一つの操作された核酸。
29.タモキシフェン代謝物は、以下からなる群:4-ヒドロキシタモキシフェン、N-デスメチルタモキシフェン、タモキシフェン-N-オキシド、及びエンドキシフェンから選択される、実施形態28の操作された核酸。
30.ACPは、デグロンドメインをさらに含み、デグロンドメインは、ACPに動作可能に連結されている、実施形態10~29のいずれか一つの操作された核酸。
31.デグロンドメインは、HCV NS4デグロン、PEST(ヒトIκBαの残基277-307の二つのコピー)、GRR(ヒトp105の残基352-408)、DRR(酵母Cdc34の残基210-295)、SNS(SP2及びNBのタンデムリピート(インフルエンザA又はインフルエンザBのSP2-NB-SP2)、RPB(酵母RPBの残基1688-1702の四つのコピー)、SPmix(SP1及びSP2のタンデムリピート(インフルエンザAウイルスM2タンパク質のSP2-SP1-SP2-SP1-SP2)、NS2(インフルエンザAウイルスNSタンパク質の残基79-93の三つのコピー)、ODC(オルニチン脱炭酸酵素の残基106-142)、Nek2A、マウスODC(残基422-461)、マウスODC_DA(D433A及びD434Aの点変異を含むmODCの残基422-461)、APC/C デグロン、COP1 E3リガーゼ結合デグロンモチーフ、CRL4-Cdt2結合PIPデグロン、アクチンフィリン結合デグロン、KEAP1結合デグロン、KLHL2及びKLHL3結合デグロン、MDM2結合モチーフ、Nデグロン、低酸素シグナル伝達におけるヒドロキシプロリン修飾、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン 、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、SCFユビキチンリガーゼ結合ホスホデグロン、植物ホルモン依存性SCF-LRR結合デグロン、DSGxxSリン酸依存性デグロン、Siah結合モチーフ、SPOP SBCドッキングモチーフ、及びPCNA結合PIPボックスからなる群から選択される、実施形態30の操作された核酸。
32.デグロンドメインは、免疫調節薬物(IMiD)に応答してCRBNに結合することが可能なセレブロン(CRBN)ポリペプチド基質ドメインを含み、それにより、ACPのユビキチン経路媒介性分解を促進する、実施形態30の操作された核酸。
33.CRBNポリペプチド基質ドメインは、以下からなる群:IKZF1、IKZF3、CK1a、ZFP91、GSPT1、MEIS2、GSS E4F1、ZN276、ZN517、ZN582、ZN653、ZN654、ZN692、ZN787、及びZN827又はCRBNの薬物誘導性結合が可能なその断片から選択される、実施形態32の操作された核酸。
34.CRBNポリペプチド基質ドメインは、天然CRBNポリペプチド配列のキメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
35.CRBNポリペプチド基質ドメインは、FNVLMVHKRSHTGERPLQCEICGFTCRQKGNLLRHIKLHTGEKPFKCHLCNYACQRRDALのアミノ酸配列(配列番号175)を有するIKZF3/ZFP91/IKZF3キメラ融合産物である、実施形態32の操作された核酸。
36.IMiDは、FDA承認薬物である、実施形態32~35のいずれか一つの操作された核酸。
37.IMiDは、以下からなる群:サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドマイドから選択される、実施形態32~36のいずれか一つの操作された核酸。
38.デグロンドメインは、抑制性プロテアーゼのN末端、抑制性プロテアーゼのC末端、ZFタンパク質ドメインのN末端、ZFタンパク質ドメインのC末端、エフェクタードメインのN末端、又はエフェクタードメインのC末端である、実施形態30~37のいずれか一つの操作された核酸。
39.プロモーターは、組織特異的プロモーターである、実施形態1~38のいずれか一つの操作された核酸。
40.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態1~39のいずれか一つの操作された核酸。
41.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態40の操作された核酸。
42.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態40の操作された核酸。
43.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態42の操作された核酸。
44.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
45.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態44の操作された核酸。
46.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
47.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
48.分泌性エフェクター分子が、配列番号199のアミノ酸配列を含む、請求項47に記載の操作された核酸。
49.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
50.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態49の操作された核酸。
51.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態1~43のいずれか一つの操作された核酸。
52.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態51の操作された核酸。
53.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態44の操作された核酸。
54.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
55.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態44の操作された核酸。
56.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態44の操作された核酸。
57.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態44の操作された核酸。
58.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態57の操作された核酸。
59.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態57の操作された核酸。
60.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態57の操作された核酸。
61.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態1~60のいずれか一つの操作された核酸。
62.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:プロテアーゼにより切断可能である:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択される、実施形態1~61のいずれか一つの操作された核酸。
63.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態1~62のいずれか一つの操作された核酸。
64.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態1~63のいずれか一つの操作された核酸。
65.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態64の操作された核酸。
66.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態65の操作された核酸。
67.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
68.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ、
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
69.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
70.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
71.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
72.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
73.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
74.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
75.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
76.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態1~68のいずれか一つの操作された核酸。
77.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
78.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
79.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
80.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
81.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
82.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態1~66のいずれか一つの操作された核酸。
83.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態1~82のいずれか一つの操作された核酸。
84.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態83の操作された核酸。
85.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
86.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグから選択される、実施形態85の操作された核酸であって、それにおいて、
87.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態1~84のいずれか一つの操作された核酸。
88.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態1~87のいずれか一つの操作された核酸。
89.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態88の操作された核酸。
90.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態89の操作された核酸。
91.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態90の操作された核酸。
92.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態91の操作された核酸。
93.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態89の操作された核酸。
94.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態93の操作された核酸。
95.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態94の操作された核酸。
96.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態95の操作された核酸。
97.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態89~96のいずれか一つの操作された核酸。
98.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態97の操作された核酸。
99.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は調節が可能である、実施形態89~98のいずれか一つの操作された核酸。
100.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態99の操作された核酸。
101.操作された核酸は、以下からなる群:DNA、cDNA、RNA、mRNA、及びネイキッドプラスミドから選択される一本鎖又は二本鎖核酸である、実施形態1~100のいずれか一つの操作された核酸。
102.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸を含む発現ベクター。
103.発現ベクターはウイルスベクターである、実施形態102の発現ベクター。
104.ウイルスベクターはレトロウイルスベクターである、実施形態103の発現ベクター。
105.N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、膜切断可能なキメラタンパク質。
106.分泌性エフェクター分子はシグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態105のキメラタンパク質。
107.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態106のキメラタンパク質。
108.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態106のキメラタンパク質。
109.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態108のキメラタンパク質。
110.分泌性エフェクター分子は、治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは、以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態105~109のいずれか一つのキメラタンパク質。
111.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
112.分泌性エフェクター分子は、IL-15,IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態105~111のいずれか一つのキメラタンパク質。
113.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
114.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
115.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態113のキメラタンパク質。
116.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態115のいずれか一つのキメラタンパク質。
117.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態112のキメラタンパク質。
118.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態117のキメラタンパク質。
119.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
120.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
121.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
122.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
123.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態110のキメラタンパク質。
124.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
125.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態123のキメラタンパク質。
126.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態123のキメラタンパク質。
127.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態105~126のいずれか一つのキメラタンパク質。
128.プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~127のいずれか一つのキメラタンパク質。
129.プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態105~128のいずれか一つのキメラタンパク質。
130.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態105~129のいずれか一つのキメラタンパク質。
131.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態130のキメラタンパク質。
132.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態131のキメラタンパク質。
133.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
134.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
135.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
136.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
137.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
138.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
139.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
140.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
141.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
142.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態105~134のいずれか一つのキメラタンパク質。
143.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
144.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
145.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
146.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
147.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
148.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態105~132のいずれか一つのキメラタンパク質。
149.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態105~148のいずれか一つのキメラタンパク質。
150.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態149のキメラタンパク質。
151.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態105~150のいずれか一つのキメラタンパク質。
152.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態151のキメラタンパク質。
153.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態105~152のいずれか一つのキメラタンパク質。
154.細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は、細胞の細胞膜に係留される、実施形態105~153のいずれか一つのキメラタンパク質。
155.プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、分泌性エフェクター分子は細胞膜から放出される、実施形態154のキメラタンパク質。
156.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態155のキメラタンパク質。
157.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態156のキメラタンパク質。
158.プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態156のキメラタンパク質。
159.細胞膜上で発現するプロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態155のキメラタンパク質。
160.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態159のキメラタンパク質。
161.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態160のキメラタンパク質。
162.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態161のキメラタンパク質。
163.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態155~162のいずれか一つのキメラタンパク質。
164.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態163のキメラタンパク質。
165.プロテアーゼはデグロンをさらに含む、実施形態155~164のいずれか一つのキメラタンパク質。
166.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態155~165のいずれか一つのキメラタンパク質。
167.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態166のキメラタンパク質。
168.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
169.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞。
170.操作された核酸を含む単離細胞であって、それにおいて、操作された核酸は、N末端からC末端へと配向された、プロモーターと膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、プロモーターは、外因性ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結され、かつ、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成されている、単離細胞。
171.操作された核酸は組換え発現される、実施形態169又は実施形態170の単離細胞。
172.操作された核酸は、ベクター又は細胞のゲノムからの選択された遺伝子座から発現される、実施形態169~171のいずれか一つの単離細胞。
173.膜切断可能なキメラタンパク質を含む単離細胞であって、それにおいて、N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質は、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
ならびに、それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、単離細胞。
174.細胞は、以下からなる群:T細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞から選択される、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
175.細胞はナチュラルキラー(NK)細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
176.細胞は自家である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
177.細胞は同種である、実施形態169~175のいずれか一つの単離細胞。
178.細胞は、以下からなる群:膀胱腫瘍細胞、脳腫瘍細胞、乳房腫瘍細胞、子宮頸部腫瘍細胞、結腸直腸腫瘍細胞、食道腫瘍細胞、神経膠腫細胞、腎臓腫瘍細胞、肝臓腫瘍細胞、肺腫瘍細胞、メラノーマ細胞、卵巣腫瘍細胞、膵臓腫瘍細胞、前立腺腫瘍細胞、皮膚腫瘍細胞、甲状腺腫瘍細胞、及び子宮腫瘍細胞から選択される腫瘍細胞である、実施形態169~173のいずれか一つの単離細胞。
179.細胞は、腫瘍溶解性ウイルスでの形質導入を介して操作された、実施形態178の単離細胞。
180.細胞は、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含む、実施形態169~179のいずれか一つの単離細胞。
181.プロテアーゼは内因性プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
182.内因性プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態181の単離された細胞。
183.内因性プロテアーゼはADAM17プロテアーゼである、実施形態181の単離細胞。
184.プロテアーゼは異種プロテアーゼである、実施形態180の単離細胞。
185.異種プロテアーゼはC型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態184の単離細胞。
186.プロテアーゼは、細胞の細胞膜上で発現する、実施形態180~185のいずれか一つの単離細胞。
187.プロテアーゼは、プロテアーゼ切断部位を切断することが可能である、実施形態186の単離細胞。
188.プロテアーゼ切断部位の切断によって、細胞の細胞膜から分泌性エフェクター分子が放出される、実施形態187の単離細胞。
189.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態169~188のいずれか一つの単離細胞。
190.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態189の単離細胞。
191.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態190の単離細胞。
192.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
それにおいて、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
193.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
式中、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
194.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
195.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
196.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
197.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
198.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
199.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
200.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
201.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態169~193のいずれか一つの単離細胞。
202.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
203.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
204.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
205.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
206.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
207.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態169~191のいずれか一つの単離細胞。
208.細胞は抗原認識受容体をさらに含む、実施形態169~207のいずれか一つの単離細胞。
209.抗原認識受容体は抗原結合ドメインを含む、実施形態208の単離細胞。
210.抗原結合ドメインは、抗体、抗体の抗原結合断片、F(ab)断片、F(ab’)断片、一本鎖可変断片(scFv)、又は単一ドメイン抗体(sdAb)を含む、実施形態209の単離細胞。
211.抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片(scFv)を含む、実施形態209の単離細胞。
212.scFvは、重鎖可変ドメイン(VH)及び軽鎖可変ドメイン(VL)を含む、実施形態211の単離細胞。
213.VH及びVLは、ペプチドリンカーにより分離される、実施形態212の単離細胞。
214.scFvは、構造VH-L-VL又はVL-L-VHを含み、それにおいて、VHは重鎖可変ドメインであり、Lはペプチドリンカーであり、かつVLは軽鎖可変ドメインである、実施形態213の単離細胞。
215.抗原認識受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)又はT細胞受容体(TCR)である、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
216.抗原認識受容体はCARである、実施形態208~214のいずれか一つの単離細胞。
217.CARは、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含み、一つ又は複数の細胞内シグナル伝達ドメインは、以下からなる群:CD3ゼータ鎖細胞内シグナル伝達ドメイン、CD97細胞内シグナル伝達ドメイン、CD11a-CD18細胞内シグナル伝達ドメイン、CD2細胞内シグナル伝達ドメイン、ICOS細胞内シグナル伝達ドメイン、CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、CD154細胞内シグナル伝達ドメイン、CD8細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40細胞内シグナル伝達ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ZAP40細胞内シグナル伝達ドメイン、CD30細胞内シグナル伝達ドメイン、GITR細胞内シグナル伝達ドメイン、HVEM細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP10細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP12細胞内シグナル伝達ドメイン、及びMyD88細胞内シグナル伝達ドメインから選択される、実施形態216の単離細胞。
218.CARは、膜貫通ドメインを含み、膜貫通ドメインは、以下からなる群:CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、CD3ゼータ鎖膜貫通ドメイン、CD4膜貫通ドメイン、4-1BB膜貫通ドメイン、OX40膜貫通ドメイン、ICOS膜貫通ドメイン、CTLA-4膜貫通ドメイン、PD-1膜貫通ドメイン、LAG-3膜貫通ドメイン、2B4膜貫通ドメイン、及びBTLA膜貫通ドメインから選択される、実施形態216又は実施形態217の単離細胞。
219.CARは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインの間にスペーサー領域を含む、実施形態216~218のいずれか一つの単離細胞。
220.実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
221.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態169~219のいずれか一つの単離細胞のいずれか又は実施形態220の組成物の治療有効量を投与すること。
222.単離細胞は、対象に由来する、実施形態221の方法。
223.単離細胞は、対象に関して同種である、実施形態 221又は実施形態 222の方法。
224.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクター、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含む脂質ベースの構造体。
225.脂質ベースの構造体は、細胞外小胞、脂質ナノ粒子、ミセル、又はリポソームを含む、実施形態224の脂質ベースの構造体。
226.実施形態224又は実施形態225の脂質ベースの構造体、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
227.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態224もしくは実施形態225の脂質ベースの構造体のいずれか、又は実施形態226の組成物の治療有効用量を投与すること。
228.投与は、全身投与を含む、実施形態227の方法。
229.脂質ベースの構造体は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態227又は実施形態228の方法。
230.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態227~229のいずれか一つの方法。
231.チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態230の方法。
232.方法は、抗CD40抗体を投与することをさらに含む、実施形態227~231のいずれか一つの方法。
233.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態105~167のいずれか一つの膜切断可能なキメラタンパク質を含むナノ粒子。
234.ナノ粒子は、無機材料を含む、実施形態233のナノ粒子。
235.実施形態233又は実施形態234のナノ粒子を含む組成物。
236.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態233もしくは実施形態234のナノ粒子のいずれか、又は実施形態235の組成物の治療有効用量を投与すること。
237.投与は、全身投与を含む、実施形態236の方法。
238.ナノ粒子は、対象において細胞を操作することが可能である、実施形態236又は実施形態237の方法。
239.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態236~238のいずれか一つの方法。
240.実施形態1~101のいずれか一つの操作された核酸、又は実施形態102~104のいずれか一つの発現ベクターを含むように操作されたウイルス。
241.ウイルスは、以下からなる群:レンチウイルス、レトロウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、及びウイルス様粒子(VLP)から選択される、実施形態240の操作されたウイルス。
242.実施形態240又は実施形態241の操作されたウイルス、及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
243.以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:実施形態240もしくは実施形態241の操作されたウイルス、又は実施形態242の組成物の治療有効量を投与すること。
244.投与は全身投与を含む、実施形態243の方法。
245.操作されたウイルスは、対象において細胞に感染し、発現カセットを発現する、実施形態又は実施形態244の方法。
246.方法は、チェックポイント阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態243~245のいずれか一つの方法。
247.以下を含む、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法:
a)細胞を提供することであって、それにおいて、細胞は、N末端からC末端へと配向された膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質を含み、式:
S-C-MT又はMT-C-Sを有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cは、膜結合プロテアーゼの同族プロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
それにおいて、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一のポリペプチドとして発現するように構成される、こと;及び
b)膜結合プロテアーゼ及び膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で細胞を培養することであって、
発現時に、膜切断可能なキメラタンパク質は、細胞の細胞膜に係留され、かつ
発現時に、膜結合プロテアーゼは、膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより、分泌性エフェクター分子を細胞膜から放出する、こと。
248.分泌性エフェクター分子は、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含む、実施形態247の方法。
249.シグナルペプチドは、分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含む、実施形態248の方法。
250.シグナルペプチドは、非天然シグナルペプチドを含み、又はシグナルアンカー配列は、分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含む、実施形態248の方法。
251.非天然シグナルペプチド又は非天然シグナルアンカー配列は、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、実施形態250の方法。
252.分泌性エフェクター分子は治療クラスから選択され、それにおいて、治療クラスは以下からなる群:サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ポリヌクレオチド、ペプチド、及び酵素から選択される、実施形態247~250のいずれか一つの方法。
253.サイトカインは、以下からなる群:IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファから選択される、実施形態252の方法。
254.分泌性エフェクター分子は、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、又はIL-15を含む、実施形態247~253のいずれか一つの方法。
255.分泌性エフェクター分子は、IL-15を含む、実施形態254の方法。
256.分泌性エフェクター分子は、配列番号199のアミノ酸配列を含む、実施形態255の方法。
257.分泌性エフェクター分子は、IL-15及びIL-15Rα sushiドメイン又はIL15/IL-15Rα sushiドメイン融合タンパク質を含む、実施形態255の方法。
258.分泌性エフェクター分子は、配列番号202のアミノ酸配列を含む、実施形態257の方法。
259.分泌性エフェクター分子は、IL-12又はIL-12p70融合タンパク質を含む、実施形態254の方法。
260.分泌性エフェクター分子は、配列番号203のアミノ酸配列を含む、実施形態259の方法。
261.ケモカインは、以下からなる群:CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1から選択される、実施形態252の方法。
262.ホーミング分子は、以下からなる群:抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2から選択される、実施形態252の方法。
263.成長因子は、以下からなる群:FLT3L及びGM-CSFから選択される、実施形態252の方法。
264.共活性化分子は、以下からなる群:4-1BBL及びCD40Lから選択される、実施形態252の方法。
265.腫瘍微小環境修飾因子は、以下からなる群:アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2から選択される、実施形態252の方法。
266.TGFベータ阻害剤は、以下からなる群:抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせから選択される、実施形態265の方法。
267.免疫チェックポイント阻害剤は、以下からなる群:抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFα抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体から選択される、実施形態265の方法。
268.VEGF阻害剤は、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、又はそれらの組み合わせを含む、実施形態265の方法。
269.分泌性エフェクター分子は、ヒト由来エフェクター分子である、実施形態243~268のいずれか一つの方法。
270.同族プロテアーゼ切断部位は、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7 プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼから選択されるプロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~269のいずれか一つの方法。
271.同族プロテアーゼ切断部位は、ADAM17プロテアーゼにより切断可能である、実施形態243~270のいずれか一つの方法。
272.プロテアーゼ切断部位は、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域を含む、実施形態243~271のいずれか一つの方法。
273.プロテアーゼ切断部位は、KGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含む、実施形態272の方法。
274.第一の領域は、第二の領域に対してN末端に位置する、実施形態273の方法。
275.プロテアーゼ切断部位は、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号219)を含み、
それにおいて、X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
式中、X2は、V、L、S、I、Y、T、又はAである、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
276.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAVKGGのアミノ酸配列(配列番号179)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
277.プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
278.プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含む、実施形態243~275。
279.プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
280.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
281.プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含む、実施形態243~275。
282.プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
283.プロテアーゼ切断部位は、PRAEAAKGGのアミノ酸配列(配列番号186)を含む、実施形態243~275のいずれか一つの方法。
284.プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
285.プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
286.プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
287.プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
288.プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
289.プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、実施形態243~274のいずれか一つの方法。
290.細胞膜係留ドメインは、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含む、実施形態243~289のいずれか一つの方法。
291.膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインは、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来する、実施形態290の方法。
292.細胞膜係留ドメインは、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むようにキメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、ここで、翻訳後修飾タグは、細胞膜との会合が可能である、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
293.翻訳後修飾タグは、脂質アンカードメインを含み、場合により、それにおいて、脂質アンカードメインは、以下からなる群から選択される:GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグ、実施形態292の方法。
294.細胞膜係留ドメインは、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、実施形態243~291のいずれか一つの方法。
295.プロテアーゼは、細胞に対して内因性である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
296.プロテアーゼは、以下からなる群:1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼから選択される、実施形態295の方法。
297.プロテアーゼは、ADAM17プロテアーゼである、実施形態296の方法。
298.プロテアーゼは、細胞に対して異種である、実施形態243~294のいずれか一つの方法。
299.プロテアーゼは、C型肝炎ウイルス(HCV)非構造タンパク質3(NS3)である、実施形態298の方法。
300.プロテアーゼ切断部位は、NS3プロテアーゼ切断部位を含む、実施形態299の方法。
301.NS3プロテアーゼ切断部位は、NS3/NS4A、NS4A/NS4B、NS4B/NS5A、又はNS5A/NS5B接合部切断部位を含む、実施形態300の方法。
302.プロテアーゼは、プロテアーゼ阻害剤により抑制され得る、実施形態243~301のいずれか一つの方法。
303.プロテアーゼ阻害剤は、以下からなる群:シメプレビル、ダノプレビル、アスナプレビル、シルプレビル、ボセプレビル、ソバプレビル、パリタプレビル、テラプレビル、グラゾプレビル、グレカプレビル、及びボキシラプレビルから選択される、実施形態302の方法。
304.プロテアーゼは、デグロンをさらに含む、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
305.プロテアーゼの発現及び/又は局在化は、調節が可能である、実施形態243~303のいずれか一つの方法。
306.発現及び/又は局在化は、細胞の細胞状態により調節される、実施形態305の方法。
Claims (20)
- N末端からC末端へと配向された膜切断可能なキメラタンパク質であって、式:
S-C-MT又はMT-C-S
を有し、
式中、
Sは分泌性エフェクター分子を含み、
Cはプロテアーゼ切断部位を含み、かつ
MTは細胞膜係留ドメインを含み、
ここで、S-C-MT又はMT-C-Sは、単一ポリペプチドとして発現するように構成される、
膜切断可能なキメラタンパク質。 - 前記分泌性エフェクター分子が、シグナルペプチド又はシグナルアンカー配列を含み、場合により、前記シグナルペプチドが、前記分泌性エフェクター分子にとって天然である天然シグナルペプチドを含み、又は前記シグナルペプチドが、非天然シグナルペプチドを含み、又は前記シグナルアンカー配列が、前記分泌性エフェクター分子にとって非天然である非天然シグナルアンカー配列を含み、場合により、前記非天然シグナルペプチド又は前記非天然シグナルアンカー配列が、IL-12、IL-2、最適化IL-2、トリプシノーゲン-2、ガウシアルシフェラーゼ、CD5、ヒトIgKVII、マウスIgKVII、VSV-G、プロラクチン、血清アルブミン前タンパク質、アズロシジン前タンパク質、オステオネクチン、CD33、IL-6、IL-8、CCL2、TIMP2、VEGFB、オステオプロテゲリン、セルピンE1、GROアルファ、CXCL12、IL-21、CD8、NKG2D、TNFR2、及びGMCSFからなる群から選択される、請求項1に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。
- 前記分泌性エフェクター分子が治療クラスから選択され、前記治療クラスが、サイトカイン、ケモカイン、ホーミング分子、成長因子、共活性化分子、腫瘍微小環境修飾因子、リガンド、抗体、ペプチド、及び酵素からなる群から選択され、場合により、前記サイトカインが、IL-1-ベータ、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-12p70融合タンパク質、IL-15、IL-17A、IL-18、IL-21、IL-22、I型インターフェロン、インターフェロン-ガンマ、及びTNF-アルファからなる群から選択され、場合により、前記ケモカインが、CCL21a、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL10-CXCL11融合タンパク質、CCL19、CXCL9、及びXCL1からなる群から選択され、場合により、前記ホーミング分子が、抗インテグリンアルファ4、ベータ7;抗MAdCAM;SDF1;及びMMP-2からなる群から選択され、場合により、前記成長因子が、FLT3L及びGM-CSFからなる群から選択され、場合により、前記共活性化分子が、4-1BBL及びCD40Lからなる群から選択され、場合により、前記腫瘍微小環境修飾因子が、アデノシンデアミナーゼ、TGFベータ阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、VEGF阻害剤、及びHPGE2からなる群から選択され、場合により、前記TGFベータ阻害剤が、抗TGFベータペプチド、抗TGFベータ抗体、TGFb-TRAP、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され、場合により、前記免疫チェックポイント阻害剤が、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗PD-L2抗体、抗CTLA-4抗体、抗LAG-3抗体、抗TIM-3抗体、抗TIGIT抗体、抗VISTA抗体、抗KIR抗体、抗B7-H3抗体、抗B7-H4抗体、抗HVEM抗体、抗BTLA抗体、抗GAL9抗体、抗A2AR抗体、抗ホスファチジルセリン抗体、抗CD27抗体、抗TNFa抗体、抗TREM1抗体、及び抗TREM2抗体からなる群から選択され、又は、場合により、前記VEGF阻害剤が、抗VEGF抗体、抗VEGFペプチド、もしくはそれらの組み合わせを含む、請求項1又は請求項2に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。
- 前記分泌性エフェクター分子が、IL-15、IL-12、又はIL-12p70融合タンパク質を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。
- 前記プロテアーゼ切断部位が、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、MMP9プロテアーゼ、及びNS3プロテアーゼからなる群から選択されるプロテアーゼにより切断可能である、請求項1~4のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。
- 前記プロテアーゼ切断部位が、ADAM17プロテアーゼにより切断可能であり、場合により、前記プロテアーゼ切断部位が、PRAEのアミノ酸配列(配列番号176)を有する第一の領域及び/又はKGGのアミノ酸配列(配列番号177)を有する第二の領域を含み、場合により、前記第一の領域が、前記第二の領域に対してN末端に位置する、請求項1~5のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。
- 前記プロテアーゼ切断部位が、PRAEX1X2KGGのアミノ酸配列(配列番号178)を含み、
X1は、A、Y、P、S、又はFであり、かつ
X2は、V、L、S、I、Y、又はTである、
請求項1~6のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。 - a.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含み、又は
b.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEALKGGのアミノ酸配列(配列番号180)を含み、又は
c.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEYSKGGのアミノ酸配列(配列番号181)を含み、又は
d.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEPIKGGのアミノ酸配列(配列番号182)を含み、又は
e.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEAYKGGのアミノ酸配列(配列番号183)を含み、又は
f.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAESSKGGのアミノ酸配列(配列番号184)を含み、又は
g.前記プロテアーゼ切断部位は、PRAEFTKGGのアミノ酸配列(配列番号185)を含み、又は
h.前記プロテアーゼ切断部位は、DEPHYSQRRのアミノ酸配列(配列番号187)を含み、又は
i.前記プロテアーゼ切断部位は、PPLGPIFNPGのアミノ酸配列(配列番号188)を含み、又は
j.前記プロテアーゼ切断部位は、PLAQAYRSSのアミノ酸配列(配列番号189)を含み、又は
k.前記プロテアーゼ切断部位は、TPIDSSFNPDのアミノ酸配列(配列番号190)を含み、又は
l.前記プロテアーゼ切断部位は、VTPEPIFSLIのアミノ酸配列(配列番号191)を含み、又は
m.前記プロテアーゼ切断部位は、ITQGLAVSTISSFFのアミノ酸配列(配列番号198)を含む、
請求項1~7のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。 - 前記細胞膜係留ドメインが、膜貫通-細胞内ドメイン又は膜貫通ドメインを含み、場合により、前記膜貫通-細胞内ドメイン及び/又は膜貫通ドメインが、PDGFR-ベータ、CD8、CD28、CD3ゼータ鎖、CD4、4-1BB、OX40、ICOS、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、LNGFR、NKG2D、EpoR、TNFR2、B7-1、又はBTLAに由来し、場合により、前記細胞膜係留ドメインが、細胞表面受容体、又はその細胞膜結合部分を含む、請求項1~8のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。
- 前記細胞膜係留ドメインが、翻訳後修飾タグ、又は、翻訳後修飾タグを含むように前記キメラタンパク質を修飾するための翻訳後修飾可能なモチーフを含み、前記翻訳後修飾タグが、細胞膜との会合が可能であり、場合により、前記翻訳後修飾タグが脂質アンカードメインを含み、場合により、前記脂質アンカードメインが、GPI脂質アンカー、ミリストイル化タグ、及びパルミトイル化タグからなる群から選択される、請求項1~9のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。
- a.細胞中で発現した場合、前記分泌性エフェクター分子は、前記細胞の細胞膜に係留され、かつ/又は
b.前記プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼを発現する細胞中で発現した場合、前記分泌性エフェクター分子が、前記細胞膜から放出され、かつ/又は
c.前記細胞膜上で発現する前記プロテアーゼが、前記細胞に対して内因性であり、かつ/又は
d.前記プロテアーゼが、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼからなる群から選択される、
請求項1~10のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質。 - プロモーターと、請求項1~11のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチド配列とを含む発現カセットを含む、操作された核酸であって、場合により、前記プロモーターが、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、組織特異的プロモーター、及び合成プロモーターからなる群から選択される、操作された核酸。
- 請求項12に記載の操作された核酸を含む、発現ベクター。
- 請求項1~11のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質、請求項12に記載の操作された核酸、又は請求項13に記載の発現ベクターを含む、単離細胞。
- 前記細胞が、T細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、ガンマデルタT細胞、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性T細胞、ウイルス特異的T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、B細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、自然リンパ球細胞、肥満細胞、好酸球、好塩基球、好中球、骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、赤血球、血小板細胞、ヒト胚性幹細胞(ESC)、ESC由来細胞、多能性幹細胞、間葉系間質細胞(MSC)、人工多能性幹細胞(iPSC)、及びiPSC由来細胞からなる群から選択される、請求項14に記載の単離細胞。
- 前記細胞が、前記プロテアーゼ切断部位を切断することが可能なプロテアーゼをさらに含み、場合により、前記プロテアーゼが内因性プロテアーゼであり、かつ/又は、場合により、前記内因性プロテアーゼが、1型膜貫通プロテアーゼ、II型膜貫通プロテアーゼ、GPIアンカー型プロテアーゼ、ADAM8プロテアーゼ、ADAM9プロテアーゼ、ADAM10プロテアーゼ、ADAM12プロテアーゼ、ADAM15プロテアーゼ、ADAM17プロテアーゼ、ADAM19プロテアーゼ、ADAM20プロテアーゼ、ADAM21プロテアーゼ、ADAM28プロテアーゼ、ADAM30プロテアーゼ、ADAM33プロテアーゼ、BACE1プロテアーゼ、BACE2プロテアーゼ、SIPプロテアーゼ、MT1-MMPプロテアーゼ、MT3-MMPプロテアーゼ、MT5-MMPプロテアーゼ、フリンプロテアーゼ、PCSK7プロテアーゼ、マトリプターゼプロテアーゼ、マトリプターゼ2プロテアーゼ、及びMMP9プロテアーゼからなる群から選択される、請求項14又は請求項15に記載の単離細胞。
- 前記細胞が抗原認識受容体をさらに含み、場合により、前記抗原認識受容体がCARである、請求項14~16のいずれか一項に記載の単離細胞。
- 請求項1~11のいずれか一項に記載の膜切断可能なキメラタンパク質、請求項12に記載の操作された核酸、請求項13に記載の発現ベクター、又は請求項14~17のいずれか一項に記載の単離細胞、及び、薬学的に許容可能な担体、薬学的に許容可能な賦形剤、又はそれらの組み合わせを含む、組成物。
- 以下を含む、それを必要とする対象を治療する方法:
請求項14~17のいずれか一項に記載の単離細胞又は請求項18に記載の組成物のいずれかの治療有効用量を投与すること。 - 以下を含む、膜係留エフェクター分子の放出を誘導する方法:
(a)請求項14~17のいずれか一項に記載の細胞を提供すること、及び
(b)前記膜結合プロテアーゼ及び前記膜切断可能なキメラタンパク質の発現に適した条件下で前記細胞を培養することであって、
発現時に、前記膜切断可能なキメラタンパク質は、前記細胞の細胞膜に係留され、かつ
発現時に、前記膜結合プロテアーゼは、前記膜切断可能なキメラタンパク質の同族膜結合プロテアーゼ切断部位を切断し、それにより前記分泌性エフェクター分子を前記細胞膜から放出する、
こと。
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