JP2023542230A - Prame特異的t細胞受容体およびその使用 - Google Patents

Prame特異的t細胞受容体およびその使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、アミノ酸配列LYVDSLFFLを含むポリペプチドもしくはその一部分、またはそのHLA-A結合形態に結合し得るT細胞受容体(TCR)に関する。本発明は、前記TCRをコードする核酸分子、前記核酸分子を含むベクター、ならびに前記核酸分子またはベクターを含む宿主細胞にさらに関する。本発明は、前記TCRを獲得するための方法に、ならびに前記TCR、前記核酸分子、ベクター、および/または宿主細胞を含む医薬組成物および診断用組成物にさらに関する。本発明は、癌を診断する、検出する、阻止する、および/または治療することにおける使用のためのそのような医薬組成物および診断用組成物にさらに関する。さらに、本発明は、改変リンパ球を作出するための、前記TCR、核酸分子、または前記ベクターの使用に関する。

Description

本発明は、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)を含むポリペプチドもしくはその一部分、またはそのHLA-A結合形態に結合し得るT細胞受容体(TCR)に関する。本発明は、前記TCRをコードする核酸分子、前記核酸分子を含むベクター、ならびに前記核酸分子またはベクターを含む宿主細胞にさらに関する。本発明は、前記TCRを獲得するための方法に、ならびに前記TCR、前記核酸分子、ベクター、および/または宿主細胞を含む医薬組成物および診断用組成物にさらに関する。本発明は、癌を診断する、検出する、阻止する、および/または治療することにおける使用のためのそのような医薬組成物および診断用組成物にさらに関する。さらに、本発明は、改変リンパ球を作出するための、前記TCR、核酸分子、または前記ベクターの使用に関する。
細胞媒介性免疫系の一部を形成するTリンパ球(またはT細胞)は、病原体の根絶において主要な役割を果たす。T細胞は胸腺において発生し、それらの表面にT細胞受容体分子を発現させ、それは、有核細胞上で発現される主要組織適合性複合体(MHC)分子上に提示されるペプチドの認識を可能にする(抗原提示)。病原体の抗原、すなわちMHC分子によって提示される外来抗原は、強いT細胞応答を引き出すと考えられ、一方で自己抗原は、そのようなT細胞の発生の間の胸腺における自己抗原特異的T細胞の陰性選択に起因して、通常ではT細胞応答につながらない。ゆえに、免疫系は、外来抗原または自己抗原を提示する有核細胞を区別し得、感染細胞を特異的に標的にし得、T細胞の強力なサイトカイン放出および細胞傷害性メカニズムを介して根絶させ得る。
免疫系の力は、将来の癌療法のための有望なツールとして認識されている。この10年間で、研究は、エクスビボで増大されたドナー由来リンパ球の投与を伴う養子細胞移入(ACT)を使用することによってT細胞の固有の特性を活用し始めている。ACTは、それが患者の免疫能力を要しないため、癌の治療にとって魅力的な概念であり、移入されたリンパ球の特異性は、典型的に自家T細胞応答を有効に誘発できない、非変異の、ゆえに免疫原性が低い腫瘍抗原に対して標的化され得る。ACTは、様々なタイプの癌に対する有望な治療であることが示されているものの、臨床治療としてのその広い適用は、困難であり得かつ時間がかかり得るのみならず、高アビディティーT細胞を産出できないことも多い工程である、各患者由来の腫瘍特異的T細胞の特注単離および特徴付けの必要性によって妨げられている(Xue et al., Clin Exp Immunol. 2005 February; 139(2): 167-172;Schmitt et al., Hum Gene Ther. 2009 November; 20(11): 1240-1248)。
初代T細胞への腫瘍抗原特異的T細胞受容体(TCR)の遺伝子移入は、それが、免疫欠陥のある患者においてさえ、規定された抗原特異性を有する腫瘍反応性Tリンパ球の迅速な作出を可能にすることから、ACTの現在の制限の一部を克服し得る。しかしながら、腫瘍抗原を特異的に認識しかつインビボで所望の抗腫瘍効果を呈するTCRを持つ適切なT細胞クローンの同定は、進行中の研究の依然としてテーマである。2012年に約1410万件の癌の新たな症例が世界的に生じたこと、および癌が現在世界中の全ヒト死亡の約14.6%の原因であることを考えると、新規でかつ効率的な治療選択肢が緊急に必要とされる。上で明記される必要性に応じることが本発明の目的である。
PRAMEは、多種多様な腫瘍、好ましくは黒色腫において発現される腫瘍関連抗原である。さらに、PRAMEは、ぶどう膜黒色腫等の転移の独立したバイオマーカーとして(Fiedl et al., Clin Cancer Res 2016 March; 22(5): 1234-1242)、およびDLBCLの予後マーカーとして(Mitsuhashi et al., Hematology 2014, 1/2014)記載されている。それは、精巣を除いて、正常組織において発現されない。この発現パターンは、MAGE、BAGE、およびGAGE等、他の癌精巣(CT)抗原のものと類似している。しかしながら、これら他のCT抗原とは異なり、この遺伝子は急性白血病においても発現される。コードされるタンパク質は、レチノイン酸受容体のリプレッサーとして作用し、この機能を介して癌細胞に成長利点を与える可能性がある。選択的スプライシングは、複数の転写産物変種をもたらす。トリプルネガティブ乳癌におけるPRAME過剰発現は、上皮から間葉への移行の誘導を通じて癌細胞運動性を促進することも見出されている(Al-Khadairi et al., Journal of Translational Medicine 2019; 17: 9)。PRAMEの欠失が慢性リンパ球性白血病において報告されているが、しかしながら、該遺伝子はB細胞において発現されないことから、これは機能的に関連しておらず、欠失は生理学的免疫グロブリン軽鎖再構成の結果である。
2012年に約1410万件の癌の新たな症例が世界的に生じたこと、および癌が現在世界中の全ヒト死亡の約14.6%の原因であることを考えると、新規でかつ効率的な治療選択肢が緊急に必要とされる。
したがって、本発明の根底にある技術的課題は、上で明記される目的に応じることであった。技術的課題は、本明細書において記載され、実施例において例示され、特許請求の範囲において規定される手段および方法によって解決された。
本発明は、4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)に従ったアミノ酸配列を含むもしくはそれからなるポリペプチドに、または
前記ポリペプチドの一部分に、あるいは
前記ポリペプチドまたはその一部分のそれぞれのHLA-A結合形態に
結合し得るT細胞受容体(TCR)であって、
TCRは、
(A)
(Aa)配列番号12と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)、または好ましくは100%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRアルファ鎖の、および/あるいは
(Ab)配列番号14と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である、または好ましくは100%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRベータ鎖の
CDR3、あるいは
(B)
(Ba)配列番号40と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)、または好ましくは100%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRアルファ鎖の、および/あるいは
(Bb)配列番号42と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である、または好ましくは100%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRベータ鎖の
CDR3
を含む、TCRに関する。
本発明に関する文脈において驚くべきことに見出されたように、PRAMEペプチドの一部分、すなわち、4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2;PRAME301-309)に従ったアミノ酸配列を含むまたはそれからなるポリペプチドは、ヒト白血球抗原クラスA(HLA-A)を介して細胞によって提示され、本明細書において記載されかつ提供されるTCRによって有効に認識される。前記ポリペプチドへの本発明のTCRを含む細胞の結合は、本発明のTCRを形質導入されたT細胞による、著しいIFN-ガンマ(IFN-γ)分泌およびそのようなポリペプチド担持細胞の有効な殺傷につながる。本明細書においてさらに記載されかつ指定される、4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2;PRAME301-309)に従ったアミノ酸配列を含むまたはそれからなるポリペプチドは、本明細書において「PRAMEL-L-ペプチド」とも称される。
本明細書において使用される「T細胞受容体」または「TCR」という用語は、すべての文法的形態において、天然TCR、ならびにTCR変種、フラグメント、および構築物を含む。ゆえに、該用語は、TCRアルファおよびベータ鎖を含むヘテロ二量体、および多量体、ならびに任意選択でさらなるドメインおよび/または部分を含む、単鎖構築物を含む。
本発明によれば、その天然形態において、TCRは、T細胞の表面にいくつかのタンパク質の複合体として存在する。T細胞受容体は、独立したT細胞受容体アルファおよびベータ(TCRαおよびTCRβ)遺伝子から産生され、アルファ(α-)およびベータ(β-)鎖と呼ばれる、2つの(別個の)タンパク質鎖から構成される。TCRの各鎖は、1つのN末端免疫グロブリン様(Ig)-可変(V)ドメイン/領域、1つのIg-定常様(C)ドメイン/領域、原形質膜内に鎖を固定する膜貫通/細胞膜にまたがる領域、およびC末端における短い細胞質尾部を所有する。
本発明によれば、抗原特異性は、アルファおよびベータ鎖の可変領域によって与えられる。TCRアルファ鎖およびベータ鎖の両可変ドメインは、フレームワーク(FR)領域によって取り囲まれた3つの超可変または相補性決定領域(CDR1アルファ/ベータ、CDR2アルファ/ベータ、およびCDR3アルファ/ベータ)を含む。CDR3は、抗原認識および特異性(すなわち、特異的抗原を認識しかつそれと相互作用する能力)の主たる決定因子であり、一方でCDR1およびCDR2は、抗原ペプチドを提示するMHC分子と主に相互作用する。
天然TCRは、抗原提示細胞の表面における主要組織適合性複合体(MHC)分子に結合した(「上に提示された/呈示された」)抗原ペプチドを認識する。MHC分子上に提示された抗原ペプチドは、本明細書において「ペプチド:MHC複合体」または「ペプチド:HLA(-A)複合体」とも称される。異なる細胞コンパートメント由来のペプチドを提示する、2つの異なるクラスのMHC分子:MHC IおよびMHC IIがある。MHCクラスI分子は、ヒト身体全体のすべての有核細胞の表面に発現され、細胞傷害性T細胞に細胞内コンパートメント由来のペプチドまたはタンパク質フラグメントを呈示する。ヒトにおいて、MHCは、ヒト白血球抗原(HLA)とも呼ばれる。3つの主要なタイプのMHCクラスI:HLA-A、HLA-B、およびHLA-Cがある。TCRがその特異的ペプチド:MHC(例えば、ペプチド:HLA-A)複合体に結合すると、T細胞は活性化され、生物学的エフェクター機能を発揮する。
本発明の1つの実施形態において、本発明に従って記載されかつ提供されるTCRは、それらの抗原標的、すなわち、4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)に従ったアミノ酸配列を含むもしくはそれからなるポリペプチド(PRAMEL-L-ペプチド)に、または前記ポリペプチドの一部分に、あるいは前記ポリペプチドまたはその一部分のそれぞれのHLA-A結合形態に特異的に結合する。本明細書において使用される「特異的(に)結合」という用語は、一般的に、TCRが、無作為な無関係の非標的抗原によりも、その意図される抗原標的により容易にその抗原結合部位を介して結合することを示す。その特異的抗原との抗原相互作用部位の特異的相互作用は、抗原への前記部位の単純な結合ももたらし得る。さらに、その特異的抗原との抗原相互作用部位の特異的相互作用は、代替的に、例えば抗原の立体構造の変化の誘導、抗原のオリゴマー化等に起因して、シグナルの開始をもたらし得る。典型的に、この文脈においておよび本発明によれば、本明細書において使用される「特異的結合」とは、10-5Mまたは10-6Mよりも高い最大半量IFN-γ分泌(EC50)によって判定される機能的アフィニティーを意味する。好ましくは、本発明に関する文脈において、結合アフィニティーが約10-11~10-8M(EC50)、好ましくは約10-11~10-9Mである場合、結合は特異的と見なされる。
本明細書に示されるように、本発明に関する文脈において記載されかつ提供されるTCRは、特にHLA-A分子を介して(すなわち、そのそれぞれのHLA-A結合形態で)細胞上に提示された場合の、本明細書において記載されかつ指定されるPRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分を認識する。抗原ペプチドは、それが、HLA-A分子(それは、樹状細胞もしくは腫瘍細胞等の抗原提示細胞の表面に提示され得る、またはそれは、ビーズもしくはプレートに例えばコーティングによって固定化され得る)と複合体を形成する場合、その「HLA-A結合形態」で存在すると言われる。本発明に関する文脈において、そのようなHLA-A分子は、任意の(サブ)アレル型のものであり得、特に、アレルHLA-A24またはHLA-A02によってコードされるHLA-A分子を含む。そのため、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、HLA-A24またはHLA-A02分子を介して、すなわちそのそれぞれのHLA-A24またはHLA-A02結合形態で、細胞上に提示された場合の、本明細書において記載されかつ指定されるPRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分に特に結合する。具体的な実施形態において、HLA-A24はHLA-A24:02コード分子であり、かつ/またはHLA-A02はHLA-A02:17コード分子である。そのため、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、HLA-A24:02またはHLA-A02:17分子を介して、すなわちそのそれぞれのHLA-A24:02またはHLA-A02:17結合形態で、細胞上に提示された場合の、本明細書において記載されかつ指定されるPRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分に特に結合する。好ましい具体的な実施形態において、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、HLA-A24:02分子を介して、すなわちそのそれぞれのHLA-A24:02結合形態で、細胞上に提示された場合の、本明細書において記載されかつ指定されるPRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分に特に結合する。
本発明によれば、アミノ酸配列に関する文脈において本明細書において使用するとき、「類似の」という用語は、所与のアミノ酸配列が、それぞれの配列番号のアミノ酸配列と比較して、同一のアミノ酸または保存的なもしくは高度に保存的な置換のみを含むことを意味する。本明細書において使用するとき、「保存的な」置換とは、下の表Iにおいて「例示的置換」として列挙される置換を意味する。本明細書において使用される「高度に保存的な」置換とは、下の表Iにおいて「好ましい置換」という見出しの下に示される置換を意味する。
Figure 2023542230000002
本明細書において使用される「アミノ酸」または「アミノ酸残基」という用語は、典型的に、アラニン(AlaまたはA);アルギニン(ArgまたはR);アスパラギン(AsnまたはN);アスパラギン酸(AspまたはD);システイン(CysまたはC);グルタミン(GlnまたはQ);グルタミン酸(GluまたはE);グリシン(GlyまたはG);ヒスチジン(HisまたはH);イソロイシン(HeまたはI):ロイシン(LeuまたはL);リジン(LysまたはK);メチオニン(MetまたはM);フェニルアラニン(PheまたはF);プロリン(ProまたはP);セリン(SerまたはS);トレオニン(ThrまたはT);トリプトファン(TrpまたはW);チロシン(TyrまたはY);およびバリン(ValまたはV)からなる群から選択されるアミノ酸等、当技術分野において認められたその定義を有するアミノ酸を指すが、とはいえ、改変された、合成の、または稀少なアミノ酸が、所望のとおりに使用され得る。一般的に、アミノ酸は、非極性側鎖(例えば、Ala、Cys、He、Leu、Met、Phe、Pro、Val);負に帯電した側鎖(例えば、Asp、Glu);正に帯電した側鎖(例えば、Arg、His、Lys);または非帯電極性側鎖(例えば、Asn、Cys、Gln、Gly、His、Met、Phe、Ser、Thr、Trp、およびTyr)を有するものとしてグループ化され得る。
本発明に従って使用される場合の「位」という用語は、本明細書に描写されるアミノ酸配列内のアミノ酸の位置を意味する。この文脈における「相当する」という用語は、位が、先行するヌクレオチド/アミノ酸の数によってだけ決定されるわけではないことも含む。
2種以上の配列(例えば、核酸配列またはアミノ酸配列)間の同一性のレベルは、当技術分野において公知の方法によって、例えばBLAST分析によって容易に判定され得る。一般的に、本発明に関する文脈において、例えば配列比較によって比較される対象となる2種の配列(例えば、ポリヌクレオチド配列またはアミノ酸配列)が、同一性の点において異なる場合には、「同一性」という用語は、より短い配列、および前記より短い配列とマッチするより長い配列のその部分を指し得る。それゆえ、比較される配列が同じ長さを有しない場合、同一性の程度は、好ましくは、より長い配列におけるヌクレオチド残基と同一であるより短い配列におけるヌクレオチド残基のパーセンテージ、またはより短い配列におけるヌクレオチド配列と同一であるより長い配列におけるヌクレオチドのパーセンテージのいずれかを指し得る。この文脈において、当業者は、より短い配列とマッチするより長い配列のその部分を容易に判定する立場にある。さらに、本明細書において使用するとき、核酸配列またはアミノ酸配列の同一性レベルは、それぞれの配列の長さ全体を指し得、好ましくは、各ギャップが1つのミスマッチとしてカウントされる対象となるペアワイズで査定される。配列比較に関するこれらの定義(例えば、「同一性」値の確立)は、本明細書において記載されかつ開示されるすべての配列に適用されるべきである。
さらに、本明細書において使用される「同一性」という用語は、相当する配列の間に機能的および/または構造的等価性があることを意味する。本明細書において記載される特定の核酸/アミノ酸配列と所与の同一性レベルを有する核酸/アミノ酸配列は、好ましくは同じ生物学的機能を有する、これらの配列の誘導体/変種であり得る。それらは、天然に存在する変動、例えば他の亜種、種等由来の配列、または変異のいずれかであり得、前記変異は、天然に形成されていてもよい、または意図的な変異誘発によって産生されていてもよい。さらに、変動は、合成で産生された配列であり得る。変種は、天然に存在する変種または合成で産生された変種または組み換えDNA技法によって産生された変種であり得る。
本明細書において使用される配列(例えば、アミノ酸または核酸配列)からの「ズレ」は、例えば欠失、置換、付加、挿入、および/または組み換えを含み得る。「付加」という用語は、所与の配列の終わりまたは始まりに核酸残基/アミノ酸を付加することを指し、一方で「挿入」とは、所与の配列内に核酸残基/アミノ酸を挿入することを指す。「欠失」という用語は、所与の配列における核酸残基またはアミノ酸残基を欠失させることまたはその除去を指す。「置換」という用語は、所与の配列における核酸残基/アミノ酸残基の置き換えを指す。再度、本明細書で使用されるこれらの定義は、別様に指定されない限り、必要な変更を加えて、本明細書において提供されかつ記載されるすべての配列に適用される。
本発明の1つの実施形態において、4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)に従ったアミノ酸配列を含みまたはそれからなり、本発明のTCRが(特異的に)結合するポリペプチドにおいて、2Yおよび8F位は置換されない。本発明の別の実施形態において、6L位は、唯一の保存的なもしくは好ましくは高度に保存的な置換であり、またはさらにより好ましくは置換されない。本発明の具体的な実施形態において、前記ポリペプチド(PRAMEL-L-ペプチド)は、2Y、6L、および8F位(配列番号2に対する)に置換を有しない。本発明のより具体的な実施形態において、前記ポリペプチド(PRAMEL-L-ペプチド)は、2Y、5S、6L、7F、および8F位(配列番号2に対する)に置換を有しない。
「ポリペプチド」という用語は、別様に具体的に示されない限り、本明細書において「タンパク質」または「ペプチド」という用語と等しく使用される。タンパク質(そのフラグメント、好ましくは生物学的に活性なフラグメント、および通常30個未満のアミノ酸を有するペプチドを含む)は、共有結合性ペプチド結合(アミノ酸の鎖をもたらす)を介して互いに結合した1つまたは複数のアミノ酸を含む。本明細書において使用される「ポリペプチド」という用語は、典型的に15個を上回るアミノ酸を含む分子の群を記載する。ポリペプチドは、二量体、三量体、およびより高次のオリゴマー等の多量体をさらに形成し得る、すなわち1つを上回るポリペプチド分子からなる。そのような二量体、三量体等を形成するポリペプチド分子は、同一または非同一であり得る。そのような多量体の相当するより高次の構造は、その結果として、ホモまたはヘテロ二量体、ホモまたはヘテロ三量体等と称される。ヘテロ多量体に対する例は、その天然に存在する形態において、2本の同一の軽ポリペプチド鎖および2本の同一の重ポリペプチド鎖からなる抗体分子である。「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、改変が、例えばグリコシル化、アセチル化、リン酸化等のような翻訳後修飾によって生じる、天然に改変されたポリペプチド/タンパク質も指す。そのような改変は、当技術分野において周知である。
本明細書において使用するとき、ポリペプチドに関する文脈において、(所与のポリペプチドの)「一部分」という用語は、そのようなポリペプチドのN末端および/またはC末端部が欠失していてもよい、そのようなポリペプチドの連続した部を意味する。好ましくは、本明細書において使用するとき、「一部分」は、前記ポリペプチドの少なくとも5個、より好ましくは6または7個、最も好ましくは少なくとも8個の連続したアミノ酸を含む。本発明によれば、そのような「一部分」は、好ましくは「機能的部分」であり、すなわちそれは、(特異的)結合を介して、本明細書において記載されかつ提供されるTCRによって依然として認識され、好ましくは、前記TCRを含む細胞によるIFN-γ分泌を誘導する。
本発明の1つの実施形態において、本明細書において記載されかつさらに指定されるPRAMEL-L-ペプチドもしくはその一部分、または本明細書において記載されかつ指定されるそのHLA-A結合形態への、本明細書において記載されかつ提供されるTCRの結合は、前記TCRを含む細胞によるIFN-γ分泌を誘導する。1つの実施形態において、この文脈においておよび本発明によれば、本発明のTCRを含むそのような細胞のIFN-γ分泌のレベルは、前記TCRを含まない対照細胞と比較して、または非関連ペプチド(すなわち、本明細書において記載されかつさらに指定されるPRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分ではないペプチド)への前記TCR結合を含む細胞と比較して、本明細書において記載されかつさらに指定されるPRAMEL-L-ペプチド(もしくはその一部分、または本明細書において記載されかつ指定されるそのHLA-A結合形態)への結合があると、少なくとも3倍、好ましくは少なくとも5倍、10倍、または20倍高い。本発明に関する文脈において、およびまた本明細書において記載されかつ例示されるように、IFN-ガンマの測定は、当技術分野において公知の任意の適切な方法、例えばELISAによって行われ得る。例として、そのようなアッセイ(例えば、ELISA)に関して、PRAMEL-L-ペプチド(および、対照としての非関連ペプチド)の濃度は約10-5Mであり得、TCRを含む細胞対標的(単独での、または本明細書において記載されかつ指定されるそのHLA-A結合形態での、PRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分)の比は約1:2であり得る。本明細書において記載されかつ提供されるTCRを含む細胞は、天然に、または好ましくは形質導入、トランスフェクション、もしくは細胞に核酸分子を安定に挿入する任意の他の適切な方法により、そのようなTCRをコードする核酸分子を受けていてもよい。前記TCRを含む適切な細胞は当技術分野において公知であり、また「宿主細胞」として本明細書においてさらに記載されかつ提供される。本明細書において記載されかつ指定されるPRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分を提示する適切な標的細胞は、好ましくは、HLA-A分子を介して、そのHLA-A結合形態で本明細書において記載されかつ指定される前記PRAMEL-L-ペプチドまたはその一部分を提示し得るために、HLA-A分子をコードするものである。この文脈においておよび本発明によれば、本明細書において記載されるように、HLA-Aに対する具体的な例は、HLA-A24(例えば、HLA-A24:02)およびHLA-A02(例えば、HLA-A02:17)を含む。
本発明によれば、本明細書において記載されかつ提供されるTCR(例えば、天然TCR)は、好ましくは、その抗原標的(すなわち、例えば、抗原提示細胞によってHLA-A24(例えば、HLA-A24:02)またはHLA-A02(例えば、HLA-A02:17)コード分子上に提示される、好ましくは、抗原提示細胞によってHLA-A24:02コード分子上に提示される、PRAMEL-L-ペプチドもしくはその一部分、またはそのHLA-A結合形態)に高い機能的アビディティーで結合する。「機能的アビディティー」という用語は、所与の濃度のリガンドにインビトロで応答するTCR発現細胞(特に、本明細書において記載される天然TCRを発現するT細胞)の能力を指し、TCR発現細胞のインビボエフェクター能と相関すると考えられる。定義によれば、高い機能的アビディティーを有するTCR発現細胞は、インビトロ試験において非常に低い抗原用量に応答し、一方で、より低い機能的アビディティーのそのような細胞は、それらが、高アビディティーTCR発現細胞のものと同程度の免疫応答を始動する前に、より高い量の抗原を要する。それゆえ、機能的アビディティーは、TCR発現細胞の活性化閾値の定量的決定因子と見なされ得る。それは、そのような細胞をインビトロで種々の量の同族抗原に曝露することによって判定される。高い機能的アビディティーを有するTCR発現細胞は、低い抗原用量に応答する。
例えば、TCR発現細胞は、それが、配列番号2に従ったアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドの分子量を有する、約10-5~約10-11M(すなわち、約0.05ng/mL~約5ng/mL、0.05ng/mL、0.1ng/mL、0.5ng/mL、1ng/mL、または5ng/mL)に及ぶ低濃度のPRAMEペプチドを担持した、抗原陰性HLA-A(例えば、HLA-A24(例えば、HLA-A24:02)またはHLA-A02(例えば、HLA-A02:17))発現標的細胞と共培養すると、それが、約200pg/mLまたはそれを上回る(例えば、200pg/mLもしくはそれを上回る、300pg/mLもしくはそれを上回る、400pg/mLもしくはそれを上回る、500pg/mLもしくはそれを上回る、600pg/mLもしくはそれを上回る、700pg/mLもしくはそれを上回る、1000pg/mLもしくはそれを上回る、5000pg/mLもしくはそれを上回る、7000pg/mLもしくはそれを上回る、10000pg/mLもしくはそれを上回る、または20000pg/mLもしくはそれを上回る)インターフェロンガンマ(IFN-ガンマ)を分泌する場合、典型的に、その抗原標的に「高い」機能的アビディティーで結合すると見なされるであろう。これゆえ、本発明のTCRは、IFN-ガンマイムノアッセイによって測定される、10-5M未満の最大半量相対IFN-γ分泌(EC50値)を引き起こす高い機能的アビディティーを有するTCRである。好ましくは、引き起こされる最大半量相対IFN-ガンマ分泌(EC50値)は、IFN-ガンマイムノアッセイによって測定される10-6M未満である(図4および実施例4を参照されたい)。
IFN-ガンマ分泌等のサイトカイン放出は、当技術分野において公知でありかつまた本明細書において別様に例示される任意の手段によって、あるいは例えば、HLA-A24:02もしくはHLA-A02:17ドナーに由来するLCLに、例えば配列番号2もしくは非関連ペプチドのアミノ酸配列をそれぞれ発現するようにivtRNAをトランスフェクトしもしくは形質導入し、検討されるべきTCRを発現するCD8富化および/もしくは非CD8富化PBMCとインキュベートするインビトロアッセイを使用して、または配列番号2に従ったPRAMEペプチドもしくは非関連ペプチドのいずれかを外的に担持し、その後、検討されるべきTCRを発現するCD8富化および/もしくは非CD8富化PBMCと共インキュベートされるT2細胞を使用したインビトロアッセイにおいて測定され得る。
本発明の1つの実施形態において、(A)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、相当するCDR1および/またはCDR2小領域をさらに含む。本発明の1つの実施形態において、(A)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(Aa1)配列番号4のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRアルファ鎖のCDR1、および/または配列番号8のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRアルファ鎖のCDR2、ならびに/あるいは
(Ab1)配列番号6のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRベータ鎖のCDR1、および/または配列番号10のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRベータ鎖のCDR2
をさらに含む。
本発明の別の実施形態において、(B)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、相当するCDR1および/またはCDR2小領域をさらに含む。本発明の1つの実施形態において、(B)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(Ba1)配列番号32のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRアルファ鎖のCDR1、および/または配列番号36のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRアルファ鎖のCDR2、ならびに/あるいは
(Bb1)配列番号34のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRベータ鎖のCDR1、および/または配列番号38のアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなるTCRベータ鎖のCDR2
をさらに含む。
本発明の1つの実施形態において、(A)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(Aa2)配列番号16と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号16の47~51位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号16の69~75位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号16の109~123位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRアルファ鎖可変領域、および/または
(Ab2)配列番号18と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号18の46~50位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号18の68~73位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号18の110~122位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRベータ鎖可変領域
を含む。
本発明の別の実施形態において、(B)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(Ba2)配列番号44と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号44の45~49位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号44の67~73位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号44の107~121位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRアルファ鎖可変領域、および/または
(Bb2)配列番号46と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号46の44~49位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号46の67~71位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号46の108~122位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRベータ鎖可変領域
を含む。
本発明の1つの実施形態において、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、(i)TCRアルファ鎖定常領域、および/または(ii)TCRベータ鎖定常領域、をさらに含む。1つの実施形態において、TCRアルファ定常領域および/またはTCRベータ鎖定常領域は、マウスであり得る(murC)、例えばそれぞれ配列番号24および配列番号26、最小限にマウス化され得る(mmC)、例えばそれぞれ配列番号29および配列番号30、または、例えばそれぞれ配列番号28および配列番号29等、本明細書において記載されるように、ヒトであり得る(huC)。1つの実施形態において、TCRアルファ定常領域および/またはTCRベータ鎖定常領域は、例えばBoulter (2003), Protein Engineering 16, 9: 707-711において、特に708頁の表Iにおいて記載されるように、TCRアルファ定常領域がTCRベータ鎖定常領域と1つもしくは複数のシステイン架橋を築き得る、または逆もまた同様なように、例えばセリンまたはトレオニン残基を置き換える1つまたは複数のシステイン残基を含有し得る。1つの実施形態において、本発明によれば、TCRアルファ鎖定常領域は、配列番号27と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%類似しているまたは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含み得るまたはそれからなり得る。1つの実施形態において、本発明によれば、TCRベータ鎖定常領域は、配列番号28と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%類似しているまたは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含み得るまたはそれからなり得る。
本発明の1つの実施形態において、(A)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(Aa3)配列番号20と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号20の47~51位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号20の69~75位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号20の109~123位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRアルファ鎖、および/または
(Ab3)配列番号22と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号22の46~50位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号22の68~73位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号22の110~122位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRベータ鎖
を含む。
本発明の別の実施形態において、(B)に従ったCDR3を含む本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(Ba3)配列番号48と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号48の45~49位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号48の67~73位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号48の107~121位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRアルファ鎖、および/または
(Bb3)配列番号50と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号50の44~49位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号50の67~71位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含みもしくはそれからなり、
配列番号50の108~122位と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%類似しているもしくは同一である(好ましくは同一である)アミノ酸配列を含むもしくはそれからなる
TCRベータ鎖
を含む。
本発明の1つの実施形態において、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(A)互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、(Aa)の下で本明細書において記載されるCDR3アルファ鎖、(Aa1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2アルファ鎖、(Aa2)の下で記載されるTCR可変アルファ鎖、もしくは(Aa3)の下で記載されるTCRアルファ鎖、に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および(Ab)の下で本明細書において記載されるCDR3ベータ鎖、(Ab1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2ベータ鎖、(Ab2)の下で記載されるTCR可変ベータ鎖、もしくは(Ab3)の下で記載されるTCRベータ鎖、に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域、または
(B)互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、(Ba)の下で本明細書において記載されるCDR3アルファ鎖、(Ba1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2アルファ鎖、(Ba2)の下で記載されるTCR可変アルファ鎖、もしくは(Ba3)の下で記載されるTCRアルファ鎖、に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および(Bb)の下で本明細書において記載されるCDR3ベータ鎖、(Bb1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2ベータ鎖、(Bb2)の下で記載されるTCR可変ベータ鎖、もしくは(Bb3)の下で記載されるTCRベータ鎖、に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域
を含む。
本発明によれば、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、任意の種類のTCRであり得る。本発明の1つの実施形態において、TCRは、天然TCR、TCR変種、TCRフラグメント、およびTCR構築物からなる群から選択され得る。本発明の好ましい実施形態において、TCRは水溶性である。
本発明によれば、すべてのTCR変種は、好ましくは、本発明のTCRの機能的変種である。本明細書において使用される「機能的変種」という用語は、親TCR、その可変領域、またはその抗原結合領域と実質的なまたは相当な配列同一性または類似性を有し、その生物学的活性、すなわち本発明の親TCRが、本明細書において開示されかつ添付の実施例において評価されるTCRと類似の、同じ、またはさらにより高い程度まで抗原特異性を有する抗原標的に特異的に結合するその能力を共有する、TCR、ポリペプチド、またはタンパク質を指す。TCR配列変種も本発明によって包含される。
本明細書において使用される「TCR変種」という用語は、変種が好ましくは本発明の「親」TCRの抗原特異性を保持するという条件で、本明細書において開示されるTCRの「配列変種」、すなわち上で記載される本発明のTCR(「親」TCRとも称される)のアミノ酸配列を実質的に含むが、「親」TCRアミノ酸配列と比較して少なくとも1つのアミノ酸改変(すなわち、置換、欠失、または挿入)を含有する変種を含む。本発明のTCR配列変種は、典型的に、「親」TCRをコードする核酸に適当なヌクレオチド変化を導入することによって、またはペプチド合成によって調製される。一般的に、前述のアミノ酸改変は、TCRの可変領域または定常領域に導入され得または存在し得、結合強度および特異性、翻訳後プロセシング(例えば、グリコシル化)、熱力学的安定性、溶解度、表面発現、またはTCR会合のような特性をモジュレートする働きをし得る。
本明細書において使用される「TCR」という用語は、TCR構築物をさらに含む。「構築物」という用語は、本発明のTCRの少なくとも1つの抗原結合ドメインを含むが、必ずしも天然TCRの基本構造(すなわち、ヘテロ二量体を形成するTCRアルファ鎖およびTCRベータ鎖に組み入れられた可変ドメイン)を共有しないタンパク質またはポリペプチドを含む。TCR構築物およびフラグメントは、典型的に、遺伝子操作のルーチン方法によって獲得され、付加的な機能的タンパク質またはポリペプチドドメインを含むようにしばしば人為的に構築される。前述によれば、本発明のTCR構築物およびフラグメントは、本明細書における他の箇所に開示される少なくとも1つのCDR3アルファおよび/または少なくとも1つのCDR3ベータを含むことが想定される。任意選択で、本明細書において例示されるさらなるタンパク質ドメインまたは部分との組み合わせで、少なくとも1つのCDR1アルファ、CDR2アルファ、CDR1ベータ、CDR2ベータ、アルファ鎖可変領域、ベータ鎖可変領域、アルファ鎖および/もしくはベータ鎖、またはその組み合わせを含む構築物およびフラグメントが本明細書においてさらに想定される。本明細書において提供されるTCR構築物およびフラグメントは、上で記載されかつ添付の実施例において評価される本発明のTCRと同じ抗原標的に特異的に結合し得ることが想定される。
本発明のTCRは、少なくとも1つのTCRアルファ鎖可変領域またはTCRアルファ鎖および少なくとも1つのTCRベータ鎖可変領域が互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体または多量体を形成する、ヘテロ二量体および多量体を包含する。本発明において使用される「多量体」は、多様なサブユニットまたは機能的実体の分子を記載し、一方でヘテロ二量体は、2種のみの機能的実体を含む。その最も単純な形態において、本発明に従った多価TCR構築物は、好ましくはリンカー分子を介して、互いと結び付いた(例えば、共有結合でまたは別様に連結された)3種または4種またはそれを上回る種類のTCRの多量体を含む。この文脈において、「共有結合で連結された」とは、原子結合間の安定な平衡を記載する電子対を共有する、2つの分子間の化学結合を意味する。
本発明によれば、適切なリンカーは、球体、好ましくは均一なビーズ、より好ましくはポリスチレンビーズ、最も好ましくは生体適合性ポリスチレンビーズを有し得る。そのようなTCR構築物は、本発明のTCR、およびビーズに組み入れられた所定の蛍光色素を有するビーズによっても構成され得る。適切なリンカー分子は、そのそれぞれがビオチンに対する4つの結合部位を有する、アビジン、ストレプトアビジン、ニュートラアビジン、およびエクストラアビジン(extravidin)等の多価付着分子を含むが、それらに限定されるわけではない。ゆえに、ビオチン化TCRは、複数のTCR結合部位を有する多量体に形成され得る。多量体におけるTCRの数は、多量体を作製するために使用されるリンカー分子の分量との関係におけるTCRの分量に、およびまた任意の他のビオチン化分子の存在または非存在に依存するであろう。例示的な多量体は、二量体、三量体、四量体、もしくは五量体、またはより高次の多量体TCR構築物である。本発明の多量体は、標識または薬物または(固体)担体等のさらなる機能的実体も含み得る。
本発明によれば、TCRヘテロ二量体または多量体は、少なくとも1つのTCRアルファ鎖、TCRアルファ鎖可変領域、もしくはCDR3アルファ、および/または少なくとも1つのTCRベータ鎖、TCRベータ鎖可変領域、もしくはCDR3ベータ;ならびに、さらなる1種または複数の融合構成要素、を含む融合タンパク質またはポリペプチドにも関わる。それは、本明細書において規定される少なくとも1つのTCRアルファ鎖および/もしくは本明細書において規定される少なくとも1つのTCRベータ鎖、ならびに/またはリンパ球の表面上の抗原もしくはエピトープに向けられる抗体もしくは単鎖抗体フラグメント(scFv)であり得、またTCRアルファ鎖およびTCRベータ鎖は互いに連結され、任意選択でリンカーを介して、前記抗体またはscFvに融合される。有用な構成要素は、Fc受容体;Fcドメイン(IgA、IgD、IgG、IgE、およびIgMに由来する);サイトカイン(IL-2またはIL-15等);毒素;抗体もしくはその抗原結合フラグメント(抗CD3、抗CD28、抗CD5、抗CD16、もしくは抗CD56抗体、またはその抗原結合フラグメント);CD247(CD3-ゼータ)、CD28、CD137、CD134ドメイン;またはその任意の組み合わせを含む。
本発明に従って融合構成要素として使用され得る例示的な抗体フラグメントは、(s)dAb、Fv、Fd、Fab、Fab’、F(ab’)2、または「r IgG」(「半抗体」)等、全長抗体のフラグメント;scFv、di-scFvまたはbi(s)-scFv、scFv-Fc、scFv-ジッパー、scFab、Fab2、Fab3、ダイアボディ、単鎖ダイアボディ、タンデムダイアボディ(Tandab’s)、タンデムdi-scFv、タンデムtri-scFv、ミニボディ、トリアボディまたはテトラボディ等のマルチボディ等、改変抗体フラグメント;および、VHH、VH、またはVLであり得る1つのみの可変ドメインを含むナノボディまたは単一可変ドメイン抗体等、単一ドメイン抗体を含む。
本発明のTCR構築物は、1種または複数の抗体または抗体フラグメントに融合され得、1価、2価、および多価/複数価構築物、ゆえに、1種のみの標的抗原に特異的に結合する単一特異性構築物、ならびに個別の抗原結合部位を通じて、1種を上回る標的抗原、例えば2種、3種、またはそれを上回る種類に特異的に結合する二重特異性および多特異性/複数特異性構築物を産出する。
任意選択で、リンカーは、本発明のTCR構築物のドメインまたは領域のうちの1つまたは複数の間に、すなわちTCRアルファ鎖CDR3、TCRアルファ鎖可変領域、および/もしくはTCRアルファ鎖、TCRベータ鎖CDR3、TCRベータ鎖可変領域、および/もしくはTCRベータ鎖、ならびに/または本明細書において記載される1種もしくは複数の融合構成要素の間に導入され得る。リンカーは当技術分野において公知であり、とりわけChen et al., Adv Drug Deliv Rev. 2013 Oct. 15; 65(10): 1357-1369によって概説されている。一般的に、リンカーは、柔軟性がある、切断可能な、および硬いリンカーを含み、構築物のタイプおよび意図される使用/適用に応じて選択されるであろう。例えば、治療的適用に関しては、ドメイン間のある特定の程度の柔軟性または相互作用を確保し、一方で有害な免疫原性反応のリスクを低下させるために、非免疫原性の柔軟性のあるリンカーがしばしば好ましい。そのようなリンカーは、一般的に、小さな非極性(例えば、Gly)または極性(例えば、SerまたはThr)アミノ酸から構成され、一続きのGlyおよびSer残基からなる「GS」リンカーを含む。
本発明に従って想定される特に有用なTCR構築物は、任意選択で互いに連結され、任意選択でリンカーを介して、リンパ球の表面上の抗原またはエピトープに向けられた少なくとも1種の抗体または抗体フラグメント(単鎖抗体フラグメント(scFv)等)に融合した、本明細書において規定される少なくとも1つのTCRアルファ鎖、TCRアルファ鎖可変領域、またはCDR3アルファ、本明細書において規定される少なくとも1つのTCRベータ鎖、TCRベータ鎖可変領域、またはCDR3ベータを含むものである。抗体または抗体フラグメント(例えば、scFv)によって認識される有用な抗原標的は、CD3、CD28、CD5、CD16、およびCD56を含む。「TCR部分」(すなわち、TCRアルファおよびベータ鎖、またはその可変領域もしくはCDR3)が、本明細書において規定される抗原標的を認識するその能力を保持し、「抗体部分」が所望の表面抗原またはエピトープに結合し、それによって標的細胞にそれぞれのリンパ球を導きかつ標的化する限りにおいて、前記構築物は、一般的に任意の構造を有し得る。そのような構築物は、抗原標的(腫瘍細胞等)を呈示する抗原提示細胞とリンパ球(細胞傷害性T細胞またはNK細胞等)とを一緒に接合する「アダプター」として有利に働き得る。そのような融合タンパク質の例は、約55キロダルトン(kD)の単一ペプチド鎖上に、種々の抗体の2つの単鎖可変フラグメント(scFv)からなる二重特異性T細胞エンゲージャー(BiTE(登録商標))の原理に従って操作された構築物である。したがって、本発明のTCR構築物は、所望の結合特異性、例えばCD3またはCD56のscFV(または他の結合ドメイン)に連結された、本明細書において記載される少なくとも1つのTCR抗原結合ドメイン(例えば、互いに融合したTCR可変アルファおよび可変ベータ鎖)を含み得る。scFv(または他の結合ドメイン)は、CD3受容体等を介してT細胞に、またはNK細胞活性化に関してはCD56に、他方は、腫瘍細胞上に特異的に発現される抗原標的を介して腫瘍細胞に結合する。本明細書において記載される少なくとも1つのTCR抗原結合ドメイン、scFv(または他の結合ドメイン)、および例えば体内での作用の部位に構築物を標的化するためのさらなるドメイン(例えば、Fcドメイン)を含むトリアボディも本明細書において想定される。
本発明のTCRは、「単離された」または「実質的に純粋な」形態で提供され得る。「単離された」または「実質的に純粋な」とは、本明細書において使用される場合、TCRが同定されており、その産生環境の構成要素から単離されかつ/または回収されていることを意味し、それにより、「単離された」TCRは、その治療的または診断的使用を妨害し得る、その産生環境由来の他の夾雑構成要素を不含であるまたは実質的に不含である。夾雑構成要素は、酵素、ホルモン、および他のタンパク性または非タンパク性溶質を含み得る。ゆえに、「単離された」TCRは、前記TCRの発現を引き起こす条件下で宿主細胞をインキュベートし、前記TCRを精製し、ゆえにこれらの夾雑構成要素を除去するまたは実質的に除去する少なくとも1つの精製ステップを含有することにより、TCRを獲得するための方法によって調製されるであろう。前述の定義は、必要な変更を加えて、「単離された」ポリヌクレオチド/核酸に等しく適用可能である。
本発明のTCRは、可溶性形態で提供され得る。可溶性TCRは、診断用ツール、および、例えば可溶性TCRによって認識される抗原標的を発現する癌細胞に、治療剤またはエフェクター細胞を特異的に標的化する担体または「アダプター」として有用である。可溶性TCR(sTCR)は、典型的に、任意選択でジスルフィド結合を介して安定化された、または例えば本発明のTCR構築物の文脈において上で記載されるように適切なリンカー分子を介して共有結合で連結された、TCRアルファおよび/もしくはベータ鎖、またはその可変領域もしくはCDRを含むフラグメントまたは構築物であろう。それらは、典型的に、例えば膜貫通領域を含まないであろう。ある状況において、特に前述の特質を提供しない組み換え宿主において産生される場合、ポリペプチド配列におけるアミノ酸改変を導入して、分子の溶解度、ならびに/またはアルファおよびベータ鎖の正しいフォールディングおよび対合(所望の場合)を増強し得る。産生宿主細胞として大腸菌(E. coli)を使用する場合、例えばTCRアルファおよびベータ鎖のフォールディングおよび対合は、典型的にインビトロで遂行される。それゆえ、本発明に従ったTCRは、本明細書における他の箇所に記載されるように、例えば付加的なシステイン残基を含み得る。本発明の好ましい実施形態において、TCRは水溶性である。
付加的なシステイン架橋の他に、他の有用な改変は、例えば、TCRアルファおよび/またはベータ鎖のフォールディング、発現、および/または対合を増加させるための、Walseng et al., (2015), PLoS ONE 10(4): e0119559に記載される、ロイシンジッパーおよび/またはリボソームスキッピング配列、例えばピコルナウイルス由来の2A配列の付加を含む。
本発明のTCRは、以下に記載される1つまたは複数の改変をさらに含み得る。下で記載される改変は、典型的に共有結合性改変であると考えられ、当技術分野において公知の標準的技法を使用して遂行され得る。ある状況において、前記改変の導入を容易にするために、TCRにおけるアミノ酸改変が要され得る。
本発明によれば、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、1種または複数の融合構成要素、例えば、Fc受容体;IgA、IgD、IgG、IgE、およびIgMを含めたFcドメイン;IL-2またはIL-15を含めたサイトカイン;毒素;抗CD3、抗CD28、抗CDS、抗CD16、もしくは抗CD56抗体、またはその抗原結合フラグメントを含めた抗体またはその抗原結合フラグメント;ならびにCD247(CD3-ゼータ)、CD28、CD137、CD134ドメイン、またはその組み合わせ、から選択されるものをさらに含み得;任意選択で少なくとも1種のリンカーをさらに含む。
本発明の1つの実施形態において、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、
(A)任意選択で互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、(Aa)の下で本明細書において記載されるCDR3アルファ鎖、(Aa1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2アルファ鎖、(Aa2)の下で記載されるTCR可変アルファ鎖、もしくは(Aa3)の下で記載されるTCRアルファ鎖、に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および(Ab)の下で本明細書において記載されるCDR3ベータ鎖、(Ab1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2ベータ鎖、(Ab2)の下で記載されるTCR可変ベータ鎖、もしくは(Ab3)の下で記載されるTCRベータ鎖、に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域、または
(B)任意選択で互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、(Ba)の下で本明細書において記載されるCDR3アルファ鎖、(Ba1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2アルファ鎖、(Ba2)の下で記載されるTCR可変アルファ鎖、もしくは(Ba3)の下で記載されるTCRアルファ鎖、に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および(Bb)の下で本明細書において記載されるCDR3ベータ鎖、(Bb1)の下で本明細書において記載されるCDR1/2ベータ鎖、(Bb2)の下で記載されるTCR可変ベータ鎖、もしくは(Bb3)の下で記載されるTCRベータ鎖、に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域
を含み、
TCRは、リンパ球の表面上の抗原(例えば、CD3、CD28、CD5、CD16、またはCD56)またはエピトープに向けられる抗体または単鎖抗体フラグメント(scFv)をさらに含み、
TCRアルファ鎖またはその小領域およびTCRベータ鎖またはその小領域は、互いに連結され、任意選択でリンカーを介して、前記抗体またはscFvに融合される。
本明細書において使用される「エピトープ」という用語は、認識分子(例えば、本明細書において記載されかつ提供されるTCR)が結合する、抗原上の部位を指す。好ましくは、エピトープは、認識分子、好ましくはTCRもしくは抗体がそれに対して産生されるであろうかつ/またはTCRもしくは抗体が結合するであろう、分子上の部位である。例えば、エピトープは、認識分子によって、特に好ましくはエピトープを規定するTCRまたは抗体によって認識され得る。「線状」エピトープとは、アミノ酸一次配列が、認識されるエピトープを含む、エピトープである。線状エピトープは、典型的に、固有の配列において少なくとも3個、より通常では少なくとも5個、例えば約8~約10個のアミノ酸を含む。
本発明の1つの実施形態において、本明細書において記載されかつ提供されるTCRは、少なくとも1種の分子マーカーをさらに含み得る。
本発明のTCR、特に(可溶性)TCRは、少なくとも1種の分子マーカーで標識され得る。有用な分子マーカーは当技術分野において公知であり、任意選択で様々な長さのリンカーを介して、ルーチン方法を使用してTCRまたはTCR変種に共役され得る。
一般的に、種々のマーカーは、それらが検出される対象となるアッセイに応じて多様なクラスに分類され、以下の例は、放射性同位体もしくは放射性核種等、放射性であり得るもしくは重同位体であり得る同位体マーカー(例えば、<3>H、<14>、<15>N、<35>S、<89>Zr、<90>Y、<99>Tc、<111>In、<125>I、<131>I);磁性マーカー(例えば、磁性粒子);酸化還元活性のある部分;蛍光基(例えば、FITC、ローダミン、ランタニドリン光体)、化学発光基、および「小分子」フルオロフォアもしくはタンパク性フルオロフォアのいずれかであり得るフルオロフォア等の光学色素(発色団、リン光体、およびフルオロフォアを含むが、それらに限定されるわけではない);酵素基(例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ);ビオチン化基;または、二次レポーター(例えば、ロイシンジッパーペア配列、二次抗体に対する結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ等)によって認識される所定のポリペプチドエピトープを含むが、それらに限定されるわけではない。TCR、TCR変種、またはとりわけ可溶性TCR構築物(本明細書において記載される少なくとも1つのTCRアルファおよび/またはTCRベータ鎖を含むもの等)が診断的使用を意図される場合、分子マーカーを用いた標識化が特に想定される。
本発明のTCR、特に可溶性TCRは、例えば、免疫原性を低下させる、流体力学的サイズ(溶液中でのサイズ)、溶解度、および/もしくは安定性を増加させる(例えば、タンパク質分解的崩壊に対する保護の増強によって)、かつ/または血清半減期を延長するための、さらなる機能的部分を付着させることによって改変され得る。
本発明に従った使用のための例示的な機能的部分は、ヒト体内において他のタンパク質に結合するペプチドまたはタンパク質ドメイン(血清アルブミン、免疫グロブリンFc領域、または胎児性Fc受容体(FcRn)等)、様々な長さのポリペプチド鎖(例えば、XTEN技術またはPASylation(登録商標))、ポリエチレングリコール(PEG化)、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン、あるいはポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールとのコポリマー、またはヒドロキシエチルデンプン(例えば、HESylation(登録商標))もしくはポリシアル酸(例えば、PolyXen(登録商標)技術)等の炭水化物のコポリマー等の様々なポリオールを含むがそれらに限定されない非タンパク性ポリマーを含む。
他の有用な機能的部分は、患者体内で本発明のTCRを運ぶエフェクター宿主細胞を止めるために使用され得る「自殺」または「安全スイッチ」を含む。例は、Gargett and Brown Front Pharmacol. 2014; 5: 235によって記載される誘導性カスパーゼ9(iCasp9)「安全スイッチ」である。簡潔には、二量体化がAP1903/CIP等の小分子二量体化薬に依存し、改変されたエフェクター細胞においてアポトーシスの迅速な誘導をもたらすカスパーゼ9ドメインを発現するように、エフェクター宿主細胞を周知の方法によって改変する。システムは、例えば欧州特許出願公開第2173869号明細書に記載される。他の「自殺」「安全スイッチ」に対する例、例えば単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSV-TK)、CD20の発現および抗CD20抗体を使用したその後の枯渇、またはmycタグは、当技術分野において公知である(Kieback et al., Proc Natl Acad Sci USA. 2008 Jan. 15;105(2):623-8)。本発明のTCRは、誘導性のいわゆる「オンスイッチ」(例えば、国際公開第2019175209号パンフレットに記載される)を導入することによっても改変され得、本発明のTCRの改変されたアルファおよびベータ鎖は、後に二量体化薬の存在下でのみ細胞表面で発現される機能的TCRをもたらす、小さな二量体化薬との相互作用があるときのみ二量体化する。
変更されたグリコシル化パターンを有するTCRも本明細書において想定される。当技術分野において公知のように、グリコシル化パターンは、アミノ酸配列(例えば、下で論じられる、特定のグリコシル化アミノ酸残基の存在または非存在)、および/またはタンパク質が産生される宿主細胞もしくは生物に依存し得る。ポリペプチドのグリコシル化は、典型的にN-結合型またはO-結合型のいずれかである。N-結合型とは、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の付着を指す。結合分子へのN-結合型グリコシル化部位の付加は、アミノ酸配列を、それが、アスパラギン-X-セリンおよびアスパラギン-X-トレオニン(式中、Xはプロリン以外の任意のアミノ酸である)から選択される1つまたは複数のトリペプチドを含有するように変更することによって好都合に遂行される。O-結合型グリコシル化部位は、出発配列への1つまたは複数のセリンまたはトレオニン残基の付加またはそれによる置換によって導入され得る。
TCRのグリコシル化の別の手段は、タンパク質へのグリコシドの化学的または酵素的共役によるものである。使用される共役様態に応じて、糖類は、(a)アルギニンおよびヒスチジン、(b)遊離カルボキシル基、(c)システインのもの等の遊離スルフヒドリル基、(d)セリン、トレオニン、もしくはヒドロキシプロリンのもの等の遊離ヒドロキシル基、(e)フェニルアラニン、チロシン、もしくはトリプトファンのもの等の芳香族残基、または(f)グルタミンのアミド基、に付着され得る。
同様に、脱グリコシル化(すなわち、結合分子上に存在する炭水化物部分の除去)は、化学的に、例えばトリフルオロメタンスルホン酸にTCRを曝露することによって、またはエンド-およびエキソ-グリコシダーゼを採用することによって酵素的に遂行され得る。
本発明のTCR、特に可溶性TCRに小分子化合物等の薬物を付加することも考え得る。連結は、共有結合、または静電力等を通じた非共有結合性相互作用を介して達成され得る。当技術分野において公知の様々なリンカーを採用して、薬物コンジュゲートを形成し得る。
本開示のTCR、特に可溶性TCRは、それぞれの分子(タグ)の同定、追跡、精製、および/または単離を支援する付加的なドメインを導入するように改変され得る。そのようなタグの非限定的な例は、Mycタグ、HATタグ、HAタグ、TAPタグ、GSTタグ、キチン結合ドメイン(CBDタグ)、マルトース結合タンパク質(MBPタグ)、Flagタグ、Strepタグおよびその変種(例えば、Strep IIタグ)、Hisタグ、CD20、Her2/neuタグ、mycタグ、FLAGタグ、T7タグ、HA(ヘマグルチニン)タグ、またはGFPタグとして公知のペプチドモチーフ(motives)を含む。
エピトープタグは、本開示のTCRに組み入れられ得るタグの有用な例である。エピトープタグは、特異的抗体の結合を可能にし、それゆえ、患者の体内または培養された(宿主)細胞内での、結合の同定および追跡、ならびに可溶性TCRまたは宿主細胞の移動を可能にする、短い一続きのアミノ酸である。エピトープタグ、およびこれゆえタグ付けされたTCRの検出は、いくつかの異なる技法を使用して達成され得る。そのような技法の例は、免疫組織化学、免疫沈降、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、ELISA、イムノブロッティング(「ウェスタン」)、およびアフィニティークロマトグラフィーを含む。エピトープタグは、例えば6~15個のアミノ酸、特に9~11個のアミノ酸の長さを有し得る。本発明のTCRに1種を上回るエピトープタグを含めることも可能である。
タグは、前記タグに特異的な結合分子(抗体)の存在下で細胞を培養することによって、本発明のTCRを有する宿主細胞の刺激および増大にさらに採用され得る。
本発明は、本明細書において記載されかつ提供されるTCRをコードする核酸にさらに関する。本発明の具体的な実施形態において、そのような核酸分子は、配列番号3、5、7、9、11、13、15、17、19、もしくは21のいずれか1つの核酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である;または配列番号31、33、35、37、39、41、43、45、47、もしくは49のいずれか1つの核酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である核酸配列を含み得る。
本明細書において使用するとき、別様に具体的に定義されない限り、「核酸」または「核酸分子」という用語は、「オリゴヌクレオチド」、「核酸鎖」等と同義的に使用され、1つ、2つ、またはそれを上回る数のヌクレオチドを含むポリマー、例えば一本鎖または二本鎖を意味する。
一般的に、本明細書において使用するとき、「ポリヌクレオチド」、「核酸」、および「核酸分子」という用語は、同義的に解釈されるべきである。一般的に、核酸分子は、とりわけDNA分子(dsDNA、ssDNA、cDNA等)、RNA分子(dsRNA、ssRNA、mRNA、ivtRNA等)、オリゴヌクレオチドチオホスフェート(thiophosphate)、置換リボオリゴヌクレオチド、またはPNA分子を含み得る。さらに、「核酸分子」という用語は、DNAもしくはRNAまたはそのハイブリッド、あるいは当技術分野において公知であるその任意の改変を指し得る(改変の例に関しては、例えば、米国特許第5525711号明細書、米国特許第4711955号明細書、米国特許第5792608号明細書、または欧州特許出願公開第302175号明細書を参照されたい)。ポリヌクレオチド配列は、一本鎖または二本鎖、線状または環状、天然または合成、かついかなるサイズ制限もなしであり得る。例えば、ポリヌクレオチド配列は、ゲノムDNA、cDNA、ミトコンドリアDNA、mRNA、アンチセンスRNA、リボザイムRNA、もしくはそのようなRNAをコードするDNA、またはキメロプラスト(chimeroplast)であり得る(Gamper, Nucleic Acids Research, 2000, 28, 4332 - 4339)。前記ポリヌクレオチド配列は、ベクター、プラスミドの形態、またはウイルスDNAもしくはRNAの形態にあり得る。上で記載される核酸分子に相補的である核酸分子、および本明細書において記載される核酸分子にハイブリダイズし得る核酸分子も本明細書において記載される。本明細書において記載される核酸分子は、本発明の文脈における核酸分子のフラグメントでもあり得る。特に、そのようなフラグメントは機能的フラグメントである。そのような機能的フラグメントに対する例は、プライマーとして働き得る核酸分子である。
本発明は、本明細書において記載されかつ提供される核酸分子を含むベクターにさらに関する。
本明細書において使用される「ベクター」という用語は、特に、プラスミド、コスミド、ウイルス、バクテリオファージ、および遺伝子操作においてよく使用される他のベクターを指す。本発明の1つの実施形態において、ベクターは、本明細書において記載される宿主細胞、例えば原核細胞(例えば、(真正)細菌、古細菌)、真核細胞(例えば、哺乳類細胞、昆虫細胞)、真菌細胞、酵母等の形質転換、形質導入、および/またはトランスフェクションに適切である。本発明に関する文脈における細菌宿主細胞の例は、グラム陰性およびグラム陽性細胞を含む。好ましくは、宿主細胞は、真核細胞、例えばヒト細胞である。適切な宿主細胞に対する具体的な例は、とりわけリンパ芽球様細胞株、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、CD8+ T細胞(好ましくは、自家CD8+細胞)、CD4+ T細胞(好ましくは、自家CD4+細胞)、Tメモリー幹細胞(TSCM)、ナチュラルキラー(NK)細胞(例えば、国際公開第2016/116601号パンフレットにおいても記載されかつ提供されるように、CD3(CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3エプシロンを含む)を組み換えで発現するように改変された)、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、およびガンマ/デルタ-T細胞を含み得る。本発明の1つの実施形態において、前記ベクターは、宿主細胞の安定な形質転換に適切である。
したがって、本発明の1つの態様において、提供されるベクターは発現ベクターである。一般的に、発現ベクターは文献において広く記載されている。通例として、それらは、選択マーカー遺伝子、および選択された宿主における複製を確保する複製起点だけでなく、プロモーター、およびほとんどの場合には転写に対する終結シグナルも含有し得る。プロモーターと終結シグナルとの間に、好ましくは、発現することが所望される核酸配列/分子の挿入を可能にする少なくとも1つの制限部位またはポリリンカーがある。本明細書において提供されるベクターが、先行技術において公知の発現ベクターの利点を利用することによって作出される場合、それは、本発明の文脈において採用されることが適切なプロモーターをすでに含むことが理解されるべきである。核酸構築物は、好ましくは、結果として生じるベクターが、本発明の文脈において採用されることが適切な1種のみのプロモーターを含む様式で、そのベクターに挿入される。当業者であれば、そのような挿入がどのように実践され得るかを知っている。例えば、プロモーターは、ライゲーションの前に、核酸構築物からまたは発現ベクターから切除され得る。本発明の1つの実施形態において、ベクターは、宿主細胞ゲノムに組み込み得る。ベクターは、それぞれの宿主細胞に適切な任意のベクター、好ましくは発現ベクターであり得る。本発明に関する文脈において、好ましいベクターは、当技術分野において公知のレンチウイルスおよびレトロウイルスベクターを含む。
複製の起点、選択マーカー、および制限酵素切断部位の他に、発現ベクターは、典型的に、発現される対象となる異種ポリヌクレオチドに作動可能に連結された1種または複数の調節配列を含む。
「調節配列」という用語は、特定の宿主生物または宿主細胞における(異種)ポリヌクレオチドの作動可能に連結されたコード配列の発現に必要な核酸配列を指し、ゆえに、転写および翻訳調節配列を含む。典型的に、原核生物における異種ポリヌクレオチド配列の発現に要される調節配列は、プロモーター、任意選択でオペレーター配列、およびリボソーム結合部位を含む。真核生物では、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、エンハンサー、および任意選択でスプライスシグナルが典型的に要される。さらに、培養培地への関心対象のポリペプチドの分泌を可能にするために、特異的な開始および分泌シグナルもベクターに導入され得る。
核酸は、それが、特に同じポリヌクレオチド分子上の別の核酸配列と機能的関係に置かれた場合、「作動可能に連結され」ている。例えば、プロモーターは、異種遺伝子のコード配列と、それがそのコード配列の発現を生じさせ得る場合、作動可能に連結されている。プロモーターは、典型的に、関心対象のポリペプチドをコードする遺伝子の上流に置かれ、前記遺伝子の発現を調節する。
哺乳類宿主細胞発現のための例示的な調節配列は、サイトメガロウイルス(CMV)(CMVプロモーター/エンハンサー等)、シミアンウイルス40(SV40)(SV40プロモーター/エンハンサー等)、アデノウイルス(例えば、アデノウイルス主要後期プロモーター(AdMLP))、およびポリオーマに由来するプロモーターおよび/またはエンハンサー等、哺乳類細胞における高レベルのタンパク質発現を指揮するウイルスエレメントを含む。前に明記されるように、発現ベクターは、複製の起点および選択可能なマーカーも含み得る。
本発明によれば、特にレトロウイルスおよびレンチウイルスベクターが有用である。適切な発現ベクターに対する例は、レンチウイルスまたはレトロウイルスベクター、例えばMP71ベクターまたはレトロウイルスSINベクター;およびレンチウイルスベクターまたはレンチウイルスSINベクター等、ウイルスベクターを含む。本発明のTCRをコードするポリヌクレオチドを含むウイルスベクターは、例えばリンパ球に感染し得、それは、後に異種TCRを発現することが想定される。適切な発現ベクターに対する別の例は、スリーピングビューティー(SB)トランスポゾントランスポザーゼDNAプラスミドシステムのSB DNAプラスミドである。本発明の核酸(nucleic adds)および/または特に発現構築物は、一過性のRNAトランスフェクションによっても細胞に移入され得る。
天然TCR発現のために現在使用されているウイルスベクターは、典型的に、1つのベクターにおけるTCR-アルファおよびTCR-ベータ鎖遺伝子と、内部リボソーム進入部位(IRES)配列またはブタテシオウイルスに由来する2Aペプチド配列のいずれかとを連結し、形質導入された細胞内にてウイルスプロモーターの制御下で単一メッセンジャーRNA(mRNA)分子の発現をもたらす。
本発明は、本明細書において記載されかつ提供されるTCRを含む宿主細胞、本明細書において記載されかつ提供される核酸分子、または本明細書において記載されかつ提供されるベクターにさらに関する。多様な宿主細胞が、本発明に従って使用され得る。本明細書において使用するとき、「宿主細胞」という用語は、本明細書において記載されるポリヌクレオチドもしくはベクターのレシピエントであり得もしくはそれをしており、かつ/または本発明のTCRを発現する(かつ任意選択で分泌する)細胞を包含する。「細胞」および「細胞培養」という用語は、それが別様にはっきりと指定されない限り、TCRの供給源を表すために互換可能に使用される。「宿主細胞」という用語は、宿主細胞株も含む。一般的に、「宿主細胞」という用語は、原核または真核細胞を含み、限定されることなく、細菌、酵母細胞、真菌細胞、植物細胞、ならびに昆虫細胞および哺乳類細胞、例えばマウス、ラット、マカク、またはヒト細胞等の動物細胞も含む。ゆえに、本発明は、とりわけ、ポリヌクレオチドまたはベクター、例えば本明細書において記載されるTCRまたはTCR構築物をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター、を含む宿主細胞を提供する。本発明のポリヌクレオチドおよび/またはベクターは、当技術分野において公知のルーチン方法を使用して、例えばトランスフェクション、形質転換等によって、宿主細胞に導入され得る。
「トランスフェクション」とは、標的細胞に核酸分子またはポリヌクレオチド(ベクターを含む)を意図的に導入する工程である。例は、RNAトランスフェクション、すなわち宿主細胞にRNA(インビトロ転写RNA、ivtRNA等)を導入する工程である。該用語は、大抵は、真核細胞における非ウイルス的方法に使用される。「形質導入」という用語は、核酸分子またはポリヌクレオチドのウイルス媒介性移入を記載するために使用されることが多い。動物細胞のトランスフェクションは、典型的に、材料の取り込みを可能にするために、細胞膜に一過性の細孔または「穴」を開けるステップを伴う。トランスフェクションは、リン酸カルシウムを使用して、エレクトロポレーションによって、細胞圧縮によって、またはカチオン性脂質と材料とを混合して、細胞膜と融合しかつそれらの積み荷を内側に堆積させるリポソームを産生することによって実行され得る。真核宿主細胞をトランスフェクトするための例示的な技法は、脂質小胞媒介性取り込み、熱ショック媒介性取り込み、リン酸カルシウム媒介性トランスフェクション(リン酸カルシウム/DNA共沈殿)、マイクロインジェクション、およびエレクトロポレーションを含む。
「形質転換」は、細菌への、およびまた植物細胞を含めた非動物性真核細胞への、核酸分子またはポリヌクレオチド(ベクターを含む)の非ウイルス性移入を記載するために使用される。これゆえ、形質転換は、その周囲からの細胞膜を通じた直接取り込み、および外因性遺伝材料(核酸分子)のその後の組み入れにより生じる、細菌細胞または非動物性真核細胞の遺伝子変更である。形質転換は、人為的手段によってもたらされ得る。起こるべき形質転換に関して、細胞または細菌は、飢餓状態および細胞密度等の環境条件に対する時間制限のある応答として生じ得るコンピテンスの状態になければならない。原核生物形質転換に関して、技法は、熱ショック媒介性取り込み、無傷細胞との細菌プロトプラスト融合、マイクロインジェクション、およびエレクトロポレーションを含み得る。植物形質転換のための技法は、A.ツメファシエンス(A. tumefaciens)等による、アグロバクテリウム媒介性移入、迅速に推進されるタングステンまたは金微粒子銃(microprojectile)、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、およびポリエチレングリコール媒介性取り込みを含む。
本発明によれば、本発明のTCRの発現に関して、挿入されたポリヌクレオチド配列の発現をモジュレートし、かつ/または所望のとおりに遺伝子産物(すなわち、RNAおよび/またはタンパク質)を修飾しかつプロセシングする宿主細胞が選定され得る。遺伝子産物のそのような修飾(例えば、グリコシル化)およびプロセシング(例えば、切断)は、TCRの機能に重要であり得る。種々の宿主細胞が、遺伝子産物の翻訳後プロセシングおよび修飾のための特徴的でかつ特異的なメカニズムを有する。産物の正しい修飾およびプロセシングを確保するように、適当な細胞株または宿主システムが選定され得る。この目的のために、一次転写産物の適正なプロセシング、遺伝子産物のグリコシル化およびリン酸化のための細胞機構を所有する真核宿主細胞が使用され得る。
本発明によれば、本明細書において記載されかつ提供されるTCR、本明細書において記載されかつ提供される核酸分子、または本明細書において記載されかつ提供されるベクターを含む宿主細胞は、本明細書において記載されかつ提供されるTCRを安定に発現させるのに適切である任意の細胞であり得る。好ましくは、そのような宿主細胞は、その表面にそのようなTCRを提示し得、本明細書において記載されかつ指定されるPRAMEL-L-ペプチド(もしくはその一部分、または本明細書において記載されかつ指定されるそのHLA-A結合形態にある)への前記TCRの(特異的)結合を可能にする。
本発明に従った宿主細胞は、本発明の可溶性TCRの発現に使用される「産生宿主細胞」であり得、好ましくは高量の組み換えタンパク質を発現し得る。前述によれば、考え得る発現システム(すなわち、上で記載される発現ベクターを含む宿主細胞)は、組み換えバクテリオファージDNA、プラスミドDNA、またはコスミドDNA発現ベクターで形質転換された細菌(例えば、大腸菌(E. coli)、B.サブティリス(B. subtilis));組み換え酵母発現ベクターで形質転換された酵母(例えば、サッカロマイセス(Saccharomyces)、ピキア(Pichia));組み換えウイルス発現ベクター(例えば、バキュロウイルス)に感染した昆虫細胞システム;組み換えウイルス発現ベクター(例えば、カリフラワーモザイクウイルス、CaMV;タバコモザイクウイルス、TMV)に感染したまたは組み換えプラスミド発現ベクター(例えば、Tiプラスミド)で形質転換された植物細胞システム等、微小生物を含む。哺乳類細胞のゲノムに由来するプロモーター(例えば、メタロチオネインプロモーター)または哺乳類ウイルスに由来するプロモーター(例えば、アデノウイルス後期プロモーター;ワクシニアウイルス7.5Kプロモーター、サイトメガロウイルス(CMV)主要最初期プロモーター(MIEP)プロモーター)を含有する組み換え発現構築物を持する哺乳類発現システムがしばしば好ましい。適切な哺乳類宿主細胞は、公知の細胞株(例えば、COS、CHO、BLK、293、3T3細胞)から選択され得るが、しかしながら、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、CD8+ T細胞、CD4+ T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ガンマ/デルタ-T細胞等のリンパ球を使用することも考え得る。
「産生宿主細胞」として使用され得る例示的な哺乳類宿主細胞は、DG44およびDUXBI 1等のDHFRマイナスのチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞を含めたCHO(CHO細胞)、NSO、COS(SV40 T抗原を有するCVIの誘導体)、HEK293(ヒト腎臓)、ならびにSP2(マウス骨髄腫)細胞を含む。他の例示的な宿主細胞株は、HELA(ヒト子宮頸癌腫)、CVI(サル腎臓株)、VERY、BHK(ベビーハムスター腎臓)、MDCK、293、WI38、R1610(チャイニーズハムスター線維芽細胞)、BALBC/3T3(マウス線維芽細胞)、HAK(ハムスター腎臓株)、P3×63-Ag3.653(マウス骨髄腫)、BFA-IcIBPT(ウシ内皮細胞)、およびRAJI(ヒトリンパ球)を含むが、それらに限定されるわけではない。宿主細胞株は、典型的に、商業的サービス、米国培養細胞系統保存機関(ATCC)から、または公開された文献から入手可能である。細菌、酵母、昆虫、または植物細胞等の非哺乳類細胞も容易に入手可能であり、上で記載される「産生宿主細胞」としても使用され得る。例示的な細菌宿主細胞は、大腸菌(Escherichia coli)、サルモネラ(Salmonella)等のエンテロバクター科(Enterobacteriaceae);バチルス・サブティリス(Bacillus subtilis)等のバチルス科(Bacillaceae);肺炎球菌(Pneumococcus);ストレプトコッカス(Streptococcus);およびヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenza)を含む。他の宿主細胞は、サッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)およびピキア・パストリス(Pichia pastoris)等の酵母細胞を含む。昆虫細胞は、限定されることなく、ツマジロクサヨトウ(Spodoptera frugiperda)細胞を含む。
前述によれば、本発明は、(a)TCRの発現を引き起こす条件下で宿主細胞(すなわち、産生宿主細胞)をインキュベートするステップ、および(b)前記TCRを精製するステップ、を含む、本明細書において記載される前記TCRを産生しかつ獲得するための方法も提供する。
発現ベクターを持する宿主細胞は、本明細書において提供されるTCR、特に本明細書における他の箇所に記載されるアルファ鎖および/またはベータ鎖の産生に適当な条件下で成長され、アルファおよび/またはベータ鎖タンパク質合成についてアッセイされる。二本鎖TCRの発現に関しては、アルファおよびベータ鎖の両方をコードするベクターが、分子全体の発現のために宿主細胞において共発現され得る。本発明のTCRが発現されると、それは、当技術分野において公知の任意の精製法によって、例えばクロマトグラフィー(例えば、イオン交換クロマトグラフィー(例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー)、アフィニティークロマトグラフィー、特にプロテインA、プロテインG、またはレクチンアフィニティークロマトグラフィー、サイジングカラムクロマトグラフィー)、遠心分離、示差的溶解度、疎水性相互作用クロマトグラフィーによって、またはタンパク質の精製のための任意の他の標準的技法によって精製され得る。当業者であれば、回収される対象となるTCRの個々の特徴に基づいて、適切な精製法を容易に選択し得るであろう。
本発明に関する文脈において記載されかつ提供される宿主細胞は、本発明のヌクレオチド配列、ベクター、またはTCRを含む「エフェクター宿主細胞」でもあり得る。前記エフェクター宿主細胞は、本発明のTCRをコードする核酸配列を含むようにルーチン方法を使用して改変され、特に細胞表面で、本明細書において記載されるTCRを発現することが想定される。本発明の目的上、「本発明のTCRを発現する改変宿主細胞」とは、概して、例えば添付の実施例において記載されるRNAトランスフェクションによって、本発明に従ったTCRを発現するように処理されたまたは変更された(エフェクターまたは産生)宿主細胞を指す。本明細書における他の箇所に記載されるもの等、改変またはトランスフェクションまたは形質導入の他の方法も想定される。ゆえに、「改変宿主細胞」という用語は、好ましくは本発明のTCRを発現する「トランスフェクトされた」、「形質導入された」、および「遺伝子操作された」宿主細胞を含む。好ましくは、そのような「(改変)エフェクター宿主細胞」(特に「(改変)エフェクターリンパ球」)は、その特異的抗原標的へのTCRの結合があると、細胞内シグナル変換を通じてエフェクター機能を媒介し得る。そのようなエフェクター機能は、例えばパーフォリン(標的細胞膜に穴を創出する)、グランザイム(アポトーシスを誘発するように細胞内で作用するプロテアーゼである)の放出、Fasリガンド(FASを持つ標的細胞においてアポトーシスを活性化する)の発現、ならびにサイトカイン、好ましくはIFN-ガンマ、IL-2、およびTNF-α等のTh1/Tc1サイトカインの放出を含む。ゆえに、治療されるべき対象におけるその抗原標的を認識し得かつ結合し得る本発明のTCRを発現するように操作されたエフェクター宿主細胞は、上述のエフェクター機能を実行することが想定され、それによって標的(例えば、癌)細胞を殺傷する。標的細胞の細胞溶解は、例えばTCRをトランスフェクトされたレシピエントT細胞との共培養の間の蛍光標識された標的細胞の消失を検出するCTL蛍光殺傷アッセイ(CTL、USA)を用いて査定され得る。
上記を考慮して、エフェクター宿主細胞は、機能的TCR、すなわち本明細書において記載されるTCRアルファおよびベータ鎖を典型的に含む機能的TCR;ならびにまたシグナル変換サブユニットCD3ガンマ、デルタ、エプシロン、およびゼータ(CD3複合体)を好ましくは発現する。さらに、共受容体CD4またはCD8の発現も所望され得る。一般的に、抗原結合、受容体活性化、および下流シグナル伝達(例えば、Lck、FYN、CD45、および/またはZap70)に関与する要される遺伝子を持するリンパ球、T細胞がエフェクター宿主細胞として特に適切である。しかしながら、CD3シグナル変換サブユニットおよび/または前述の下流シグナル伝達分子を有しない、「結合ドメイン」として本発明のTCRを発現するエフェクター宿主細胞(すなわち、本明細書において記載される抗原標的を認識し得るが、CD3および/または前述の下流シグナル伝達分子によって媒介される機能を生じさせない)も本明細書において想定される。そのようなエフェクター細胞は、本明細書において記載される抗原標的を認識し得、任意選択で、CD3シグナル伝達および/または前述の下流シグナル伝達分子のシグナル伝達と関連しない他の機能を生じさせ得ることが想定される。例は、本発明のTCRを発現するNKまたはNKT細胞を含み、例えば、それらの抗原標的の認識があると細胞傷害性顆粒を放出し得る。
ゆえに、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、CD8+ T細胞、CD4+ T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ガンマ/デルタ-T細胞は、有用なリンパ球エフェクター宿主細胞と見なされる。本発明の組み換えTCRを発現するそのようなリンパ球は、本明細書において「改変エフェクターリンパ球」とも称される。しかしながら、当業者であれば、一般的に、所望のエフェクター機能につながるTCRシグナル伝達経路の任意の構成要素を、当技術分野において公知の組み換え遺伝子操作法によって適切な宿主細胞に導入し得ることを容易に承認するであろう。エフェクター宿主細胞、特にT細胞等のリンパ球は、治療されるべき対象から獲得され、本発明のTCRを発現するように形質転換されるまたは形質導入される自家宿主細胞であり得る。典型的に、TCRの組み換え発現は、添付の実施例において記載されるウイルスベクターを使用することによって遂行されるであろう。患者から細胞を獲得しかつ単離するための技法は、当技術分野において公知である。
前に述べられたように、本明細書において提供されるエフェクター宿主細胞は、治療的適用に対して特に想定される。治療効力を増加させるために、宿主細胞のさらなる遺伝子改変が望ましくあり得る。例えば、「エフェクター宿主細胞」として自家CD8+ T細胞を使用する場合、適切な付加的な改変は、内因性TCR、CTLA-4、および/もしくはPD-1発現の下方調節;ならびに/またはCD28、CD134、CD137等の共刺激性分子の増幅を含む。前述の遺伝子改変を達成するための手段および方法は、当技術分野において記載されている。
宿主細胞の標的ゲノム操作のための方法は当技術分野において公知であり、siRNAを用いた遺伝子ノックダウンの他に、とりわけKim & Kim Nature Reviews Genetics 15, 321-334 (2014)に概説される、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、および細菌のクラスター化した規則的にスペーサーが入った短い回文型リピート(CRISPR)-Cas(CRISPR関連)システムに由来するRNAガイド操作ヌクレアーゼ(RGEN)等のいわゆる「プログラム可能なヌクレアーゼ」の使用を含む。例えば、TALEN等のプログラム可能なヌクレアーゼを採用して、PD-1、CTLA-4、または内因性TCR等の「不要な」タンパク質をコードするDNA領域を切り取り得、それによってそれらの発現を低下させる。T細胞が(エフェクター)宿主細胞として使用される場合、内因性TCRの下方調節は、内因性および外因性TCRアルファ/ベータ鎖の不要な「誤対合」を低下させるという有益性を有する。
本発明の特定の実施形態において、そのような宿主細胞は、例えば、リンパ芽球様細胞株、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、CD8+ T細胞(好ましくは、自家CD8+細胞)、CD4+ T細胞(好ましくは、自家CD4+細胞)、Tメモリー幹細胞(TSCM)、ナチュラルキラー(NK)細胞(例えば、国際公開第2016/116601号パンフレットにおいても記載されかつ提供されるように、CD3(CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3エプシロンを含む)を組み換えで発現するように改変された)、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、およびガンマ/デルタ-T細胞を含むがそれらに限定されないリンパ球から選択され得る。
本発明は、TCRの発現を引き起こす条件下で、本明細書において記載されかつ提供される宿主細胞をインキュベートするステップ、および前記TCRを精製するステップ、を含む、本明細書において記載されかつ提供される前記TCRを獲得するための方法にさらに関する。
本発明は、
(i)本明細書において記載されかつ提供されるTCR;
(ii)本明細書において記載されかつ提供される核酸分子;
(iii)本明細書において記載されかつ提供されるベクター;および/または
(iv)本明細書において記載されかつ提供される宿主細胞
のうちの1種または複数、ならびに
任意選択で薬学的賦形剤
を含む、医薬組成物または診断用組成物にさらに関する。
「医薬組成物」という用語は、特に、ヒトへの投与に適切な組成物を指す。しかしながら、非ヒト動物への投与に適切な組成物も、一般的に該用語によって包含される。
本発明によって想定される医薬組成物は、好ましくはCTLA-4阻害剤、PD-1阻害剤、およびPD-L1阻害剤からなる群から選択される1種または複数のチェックポイント阻害剤をさらに含み得る。前述の阻害剤のすべては、免疫応答下方調節の能力がある免疫チェックポイント阻害剤である。細胞傷害性リンパ球関連タンパク質4(CTLA-4)阻害剤は、調節性T細胞における構成的に発現されるタンパク質受容体であるが、活性化の後にのみ従来のT細胞において上方調節される。PD-1およびPD-L1阻害剤は、プログラム死リガンド1(PD-L1)とその受容体であるプログラム細胞死タンパク質1(PD-1)との結び付きを阻害するように作用する。これらの細胞表面タンパク質の相互作用は、免疫系の抑制に関与し、感染後に生じて、バイスタンダー宿主細胞の殺傷を限定しかつ自己免疫疾患を阻止する。ゆえに、前記チェックポイント阻害剤は、本発明に従った医薬組成物に組み合わされることが好ましい。
本発明によれば、本明細書において記載されかつ提供される医薬組成物は、チェックポイント阻害剤をさらに含み得る。本発明の1つの実施形態において、前記チェックポイント阻害剤は、CTLA-4阻害剤、PD-1阻害剤、およびPD-L1阻害剤からなる群から選択され得る。
本発明によって包含されるさらなるチェックポイント阻害剤は、LAG3、ICOS、TIM3、VISTA、およびCEACAM1である。LAG3は、抗原活性化T細胞上の阻害性受容体である。ICOSタンパク質は、CD28およびCTLA-4細胞表面受容体ファミリーに属する。それはホモ二量体を形成し、細胞-細胞シグナル伝達、免疫応答、および細胞増殖の調節において重要な役割を果たす。TIM3またはA型肝炎ウイルス細胞受容体(Hepatitis A Virus Cellular Receptor)は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属するタンパク質、およびタンパク質のTIMファミリーをコードする。CD4陽性Tヘルパーリンパ球は、それらのサイトカイン分泌パターンに基づいてタイプ1(Th1)および2(Th2)に分けられ得る。VISTAまたはV-セット免疫調節受容体(V-Set Immunoregulatory Receptor)は、T細胞応答を阻害する免疫調節受容体をコードする。CEACAM1遺伝子は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する癌胎児性抗原(CEA)遺伝子ファミリーのメンバーをコードする。これらのチェックポイント阻害剤は、医薬組成物とも組み合わされ得る。
医薬組成物およびその構成要素(すなわち、活性剤および任意選択で賦形剤)は、好ましくは薬学的に許容される、すなわちレシピエントにおいていかなる望ましくない局所的または全身的効果を引き起こすことなく、所望の治療効果を引き出し得る。本発明の薬学的に許容される組成物は、例えば無菌であり得る。具体的には、「薬学的に許容される」という用語は、動物における、より特にヒトにおける使用に対して、規制機関または他の一般的に認められた薬局方によって認可されたことを意味し得る。
前述に記載される活性剤(例えば、宿主細胞またはTCR)は、好ましくは、治療有効量で医薬組成物に存在する。「治療有効量」によって、所望の治療効果を引き出す、活性剤の量を意味する。治療効力および毒性は、例えば細胞培養においてまたは試験動物において、標準的手順、例えばED50(集団の50%において治療上有効な用量)およびLD50(集団の50%に致死的な用量)によって判定され得る。治療効果と毒性効果との間の用量比は治療指数であり、それは、ED50/LD50という比として表現され得る。大きな治療指数を呈する医薬組成物が好ましい。
TCRポリヌクレオチド、ベクター、または宿主細胞の正確な投薬量は、公知の技法を使用して当業者によって確認可能であろう。適切な投薬量は、本発明の活性剤の十分な量を提供し、好ましくは治療上有効である、すなわち所望の治療効果を引き出す。
当技術分野において公知であるように、治療の目的(例えば、疾患の寛解維持対急性再燃)、経路、投与の時間および頻度、投与製剤の時間および頻度、年齢、体重、全般的健康状態、性別、食習慣、疾患状態の重症度、薬物組み合わせ、反応感度、ならびに療法に対する忍容性/応答に対する調整が必要であり得る。本明細書において記載される例えば可溶性TCRに対する適切な投薬量域は、細胞培養アッセイおよび動物調査から獲得されたデータを使用して判定され得、ED50を含み得る。典型的に、投薬量は、投与の経路に応じて、0.1~100000マイクログラム、最高で約2gの総用量で変動し得る。本発明の活性剤の例示的な投薬量は、約0.01mg/kg~約10mg/kg、約0.1mg/kg~約10mg/kg、約1mg/kg~約10mg/kg、約1mg/kg~約5mg/kg、約0.01mg/kg~約1mg/kg、または約0.1mg/kg~約1mg/kgの域内にある。特定の投薬量および送達の方法に関する手引きは、文献において提供される。治療は、治療有効用量の単回投与、または本発明の活性剤の治療有効用量の複数回投与を要し得ることが認められる。例えば、一部の医薬組成物は、特定の組成物の製剤化、半減期、およびクリアランス速度に応じて、3~4日ごとに、毎週、または2週間ごとに1回、または1ヶ月以内に1回投与され得る。前に明記されるように、医薬組成物は、任意選択で、1種または複数の賦形剤および/または付加的な活性剤を含み得る。
「賦形剤」という用語は、充填剤、結合剤、崩壊剤、コーティング、吸着剤、抗接着剤、滑剤、防腐剤、抗酸化物質、香味料、着色料、甘味剤、溶媒、共溶媒、緩衝化剤、キレート剤、粘度付与剤、表面活性剤、希釈剤、保湿剤、担体、希釈剤、防腐剤、乳化剤、安定剤、および張度調整剤を含む。本発明の所望の医薬組成物を調製するための適切な賦形剤を選択することは、当業者の知識の範囲内にある。本発明の医薬組成物における使用のための例示的な担体は、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、および水を含む。典型的に、適切な賦形剤の選定は、とりわけ、使用される活性剤、治療されるべき疾患、および医薬組成物の所望の製剤化に依存するであろう。
本発明は、上で指定される本発明の活性剤(例えば、宿主細胞またはTCR構築物)の1種または複数、ならびに治療されるべき疾患の治療および/または予防に適切である1種または複数の付加的な活性剤を含む医薬組成物をさらに提供する。組み合わせに適切な活性成分の好ましい例は、シス-プラチン、メイタンシン誘導体、ラシェルマイシン、カリケアミシン、ドセタキセル、エトポシド、ゲムシタビン、イホスファミド、イリノテカン、メルファラン、ミトキサントロン、ソルフィマーソディウムフォトフリンII(sorfimer sodiumphotofrin II)、テモゾロミド(temozolmide)、トポテカン、グルクロン酸トリメトレキサート(trimetreate glucuronate)、アウリスタチンE、ビンクリスチン、およびドキソルビシン等の公知の抗癌薬;ならびに、リシン、ジフテリア毒素、シュードモナス(pseudomonas)細菌外毒素A、DNAase、およびRNAase等のペプチド細胞毒素;ヨウ素131、レニウム186、インジウム111、イットリウム90、ビスマス210および213、アクチニウム225、ならびにアスタチン213等の放射性核種;抗体指向性酵素プロドラッグ等のプロドラッグ;IL-2等の免疫刺激剤、IL-8、血小板因子4、黒色腫成長刺激性タンパク質等のケモカイン、抗CD3抗体またはそのフラグメント等の抗体またはそのフラグメント、補体活性化因子、異種タンパク質ドメイン、同種タンパク質ドメイン、ウイルス/細菌タンパク質ドメイン、ならびにウイルス/細菌ペプチドを含む。
多様な経路が、本発明に従った医薬組成物の投与に適用可能である。典型的に、投与は非経口的に遂行されるであろう。非経口送達の方法は、局部、動脈内、筋肉内、皮下、髄内、髄腔内、脳室内、静脈内、腹腔内、子宮内、膣内、舌下、または鼻腔内投与を含む。
本発明の医薬組成物は、例えば固体、液体、気体、または凍結乾燥形態の、使用される活性剤(例えば、可溶性TCR)にとりわけ応じて様々な形態に製剤化され得、とりわけ軟膏、クリーム、経皮パッチ、ゲル、粉末、錠剤、溶液、エアロゾル、顆粒、丸薬、懸濁液、乳濁液、カプセル、シロップ、液体、エリキシル、抽出物、チンキ、もしくは流体抽出物の形態、または投与の所望の方法に特に適切である形態にあり得る。医薬を産生するためのそれ自体が公知の工程は、Remington's Pharmaceutical Sciences (Ed. Maack Publishing Co, Easton, Pa., 2012)の第22編に示され、例えば従来の混合、溶解、造粒、糖衣錠作製、微粒子化(levigating)、乳化、カプセル化、封入、または凍結乾燥工程を含み得る。本明細書において記載される例えば宿主細胞または可溶性TCRを含む医薬組成物は、典型的に液体形態で提供され、好ましくは薬学的に許容される緩衝剤を含むであろう。
本発明の医薬組成物が調製された後、それらは適当な容器内に置かれ得、適応される病態の治療に対してラベル付けされ得る。そのようなラベル付けは、例えば投与の量、頻度、および方法を含むであろう。前述を考慮して、本発明は、ゆえに、癌の検出、診断、予後、阻止、および/または治療における医薬としての使用のための、本明細書において記載されるTCR、核酸、ベクター、および/または宿主細胞を提供する。
TCR、核酸、ベクター、および/または宿主細胞は、概して、疾患または障害の治療検出、診断、予後、阻止、および/または治療に採用され得る。すべてのその文法的形態にある「治療」という用語は、それを必要とする対象の療法的または予防的治療を含む。「療法的または予防的治療」は、臨床的および/もしくは病理学的兆候の完全な阻止を目指した予防的治療、または臨床的および/もしくは病理学的兆候の改善もしくは寛解を目指した療法的治療を含む。ゆえに、「治療」という用語は、疾患の改善または阻止も含む。
本発明の医薬組成物を使用する場合に治療されることが想定されるそのような疾患は、好ましくは、黒色腫、膀胱癌腫、結腸癌腫、および乳腺癌、肉腫、前立腺癌、子宮癌、ぶどう膜癌、ぶどう膜黒色腫、扁平上皮頭頸部癌、滑膜癌腫、ユーイング肉腫、トリプルネガティブ乳癌、甲状腺癌、精巣癌、腎癌、膵臓癌、卵巣癌、食道癌、非小細胞肺癌、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、黒色腫、肝細胞癌腫、頭頸部癌、胃癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、胆管癌腫、乳癌、膀胱癌、骨髄性白血病、ならびに急性リンパ芽球性白血病からなる群から選択される癌であり、好ましくは癌は、NSCLC、SCLC、乳癌、卵巣癌、または結腸直腸癌、肉腫または骨肉腫からなる群から選択される。
「対象」または「個体」または「動物」または「患者」という用語は、療法が望まれる任意の対象、特に哺乳類対象を指すために本明細書において互換可能に使用される。哺乳類対象は、一般的に、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、畜牛、乳牛等を含む。しかしながら、本明細書において提供されるTCR、核酸、ベクター、宿主細胞、および医薬組成物は、ヒト対象、特にHLA-A2陽性であるものの治療に対してとりわけ想定されることが容易に理解されるであろう。
療法に関して、本発明のTCR、特に本発明の可溶性TCR、核酸、ベクター(ウイルスベクター等)、または宿主細胞は、それを必要とする対象に直接投与され得る。ゆえに、本発明は、癌の検出、診断、予後、阻止、および/または治療の方法における使用のためのTCR、核酸、ベクター、または宿主細胞を提供する。前記方法は、(a)本発明の(i)TCR、(ii)核酸、(iii)ベクター、(iv)宿主細胞、および/または(v)医薬組成物、のうちの1種または複数を提供するステップ;ならびに(b)それを必要とする対象に(i)~(v)のうちの1種または複数を投与するステップを含み得る。任意選択で、方法は、癌療法のさらなるステップ、例えば放射線、または1種もしくは複数の抗癌剤の投与を含み得る。
本発明に従った治療は、(a)対象のサンプルを提供するステップであって、前記サンプルはリンパ球を含む、ステップ;(b)本発明の(i)TCR、(ii)核酸、(ii)ベクター、(iv)宿主細胞、および/または(v)医薬組成物、のうちの1種または複数を提供するステップ、(c)ステップ(a)のリンパ球にステップ(b)の(i)~(v)のうちの1種または複数を導入し、それによって改変リンパ球を獲得するステップ、(d)それを必要とする対象または患者にステップ(c)の改変リンパ球を投与するステップも含み得る。ステップ(a)において提供されるリンパ球は、前述に記載される「エフェクター宿主細胞」であることが特に想定され、有利にはT細胞、NK細胞、および/またはNKT細胞、とりわけCD8 T細胞から選択され;当技術分野において公知のルーチン方法によって、対象のサンプル、特に血液サンプルから前のステップにおいて獲得され得る。しかしながら、好ましくは本発明のTCRを発現し得かつ本明細書において記載される所望の生物学的エフェクター機能を発揮し得る、他のリンパ球を使用することも考え得る。さらに、前記リンパ球は、典型的に、対象の免疫系との適合性に対して選択されるであろう、すなわちそれらは、好ましくは免疫原性応答を引き出さないであろう。例えば、「普遍的レシピエント細胞」、すなわちインビトロで成長し得かつ増大し得る、所望の生物学的エフェクター機能を発揮する普遍的に適合性のリンパ球を使用することが考え得る。ゆえに、そのような細胞の使用は、ステップ(a)において対象自身のリンパ球を獲得しかつ提供する必要性を取り除くであろう。ステップ(c)のエクスビボ導入は、リンパ球にエレクトロポレーションにより本明細書において記載される核酸もしくはベクターを導入することによって、またはエフェクター宿主細胞の文脈において前に記載されるレンチウイルスもしくはレトロウイルスベクター等のウイルスベクターをリンパ球に感染させることによって実行され得る。他の考え得る方法は、リポソーム等のトランスフェクション試薬、または一過性のRNAトランスフェクションの使用を含む。例えば(レトロ)ウイルスベクターまたは一過性のRNAトランスフェクションによる、(初代)T細胞への抗原特異的TCR遺伝子の移入は、後にドナーに再導入され得る腫瘍関連抗原特異的T細胞を作出するための有望なツールであり、そこでそれらは、前記抗原を発現する腫瘍細胞を特異的に標的にしかつ破壊する。本発明において、前記腫瘍関連抗原は、特にそのHLA-A24またはHLA-A02:17結合形態にある、本明細書において規定されるPRAMEである。
本発明に従った治療は、(a)対象のサンプルを提供するステップであって、前記サンプルはリンパ球を含む、ステップも含み得;一方で治療は、(b)(i)TCR;(ii)核酸;(iii)ベクター;(iv)宿主細胞;および(v)医薬組成物、のうちの1種または複数を提供するステップ;(c)ステップのリンパ球にステップ(b)の(i)~(v)のうちの1種または複数を導入し、それによって改変リンパ球を獲得するステップ、(d)それを必要とする対象または患者にステップ(c)の改変リンパ球を投与するステップからなる。
上記を考慮して、本発明のさらなる態様は、ゆえに、改変リンパ球を作出するための、本明細書における他の箇所に記載されるTCR、核酸配列、ベクター、および/または宿主細胞の使用である。リンパ球に例えば核酸およびベクターを導入するための手段および方法は、本明細書における他の箇所に記載されている。
本発明は、1種または複数の診断剤として、本明細書において記載されるTCR、核酸、ベクター、および/または宿主細胞を含む診断用組成物も提供する。典型的に、前記診断剤は、その抗原標的へのその結合を検出するための手段、例えば本発明のTCR構築物の文脈において記載される標識を含むであろう。宿主細胞に関しては、例えば、抗原認識があると(細胞傷害性顆粒の代わりに)放出される色素または造影剤を含む改変宿主細胞を使用することが考え得る。
本発明は、医薬としての使用のための、本明細書において記載されかつ提供されるTCR、本明細書において記載されかつ提供される核酸分子、本明細書において記載されかつ提供されるベクター、および/または本明細書において記載されかつ提供される宿主細胞にさらに関する。
本発明は、癌の検出、診断、予後、阻止、および/または治療における使用のための、本明細書において記載されかつ提供されるTCR、本明細書において記載されかつ提供される核酸分子、本明細書において記載されかつ提供されるベクター、および/または本明細書において記載されかつ提供される宿主細胞にさらに関する。本発明に関する文脈において、具体的な実施形態において、癌は、黒色腫、膀胱癌腫、結腸癌腫、乳腺癌、肉腫、前立腺癌、子宮癌、ぶどう膜癌、ぶどう膜黒色腫、扁平上皮頭頸部癌、滑膜癌腫、ユーイング肉腫、トリプルネガティブ乳癌、甲状腺癌、精巣癌、腎癌、膵臓癌、卵巣癌、食道癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、小細胞肺癌(SCLC)、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、黒色腫、肝細胞癌腫、頭頸部癌、胃癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、胆管癌腫、乳癌、膀胱癌、骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性リンパ球性癌、急性骨髄性白血病、胞巣状横紋筋肉腫、骨癌、脳腫瘍、乳癌、肛門、肛門管、または肛門直腸の癌、眼の癌、肝内胆管の癌、関節の癌、頸部、胆嚢、または胸膜の癌、鼻、鼻腔、または中耳の癌、口腔の癌、膣の癌、外陰部の癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性癌、結腸癌、食道癌、子宮頸癌、消化管カルチノイド腫瘍、神経膠腫、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、腎臓癌、喉頭癌、肝臓癌、肺癌、悪性中皮腫、黒色腫、多発性骨髄腫、鼻咽頭癌、非ホジキンリンパ腫、中咽頭の癌、卵巣癌、陰茎の癌、膵臓癌、腹膜、網、および腸間膜癌、咽頭癌、前立腺癌、直腸癌、腎癌、皮膚癌、小腸癌、軟部組織癌、胃腸癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮の癌、尿管癌、ならびに泌尿器膀胱癌からなる群から選択され得る。
本発明によれば、1つの実施形態において、癌の阻止および/または治療は、
(i)本明細書において記載されかつ提供されるTCR、
(ii)本明細書において記載されかつ提供される核酸分子、
(iii)本明細書において記載されかつ提供されるベクター、
(iv)本明細書において記載されかつ提供される宿主細胞、および
(v)本明細書において記載されかつ提供される医薬組成物
のうちの1種または複数を提供するステップ;ならびに
それを必要とする対象に(i)~(v)のうちの少なくとも1種を投与するステップ
を含み得る。
本発明によれば、別の実施形態において、癌の阻止および/または治療は、
(1)対象のサンプルを提供するステップであって、前記サンプルはリンパ球を含む、ステップ;
(2)
(i)本明細書において記載されかつ提供されるTCR、
(ii)本明細書において記載されかつ提供される核酸分子、
(iii)本明細書において記載されかつ提供されるベクター、
(iv)本明細書において記載されかつ提供される宿主細胞、および
(v)本明細書において記載されかつ提供される医薬組成物
のうちの1種または複数を提供するステップ;
(3)ステップ(1)のリンパ球にステップ(2)の(i)~(v)のうちの1種または複数を導入し、それによって改変リンパ球を獲得するステップ;ならびに
(4)それを必要とする対象または患者にステップ(3)の改変リンパ球を投与するステップ
を含み得る。
本発明は、
対象のサンプルを提供するステップであって、前記サンプルは1種または複数の細胞を含む、ステップ;
前記サンプルと、
(i)本明細書において記載されかつ提供されるTCR、
(ii)本明細書において記載されかつ提供される宿主細胞、および/または
(iii)本明細書において記載されかつ提供される医薬組成物
とを接触させ、それによって複合体を形成するステップ;ならびに
複合体を検出するステップ
を含む、インビトロで対象における癌の存在を検出する方法であって、複合体の検出は、対象における癌の存在を指し示す、方法にさらに関する。
本発明は、改変リンパ球を作出するための、本明細書において記載されかつ提供されるTCR、本明細書において記載されかつ提供される核酸分子、および/または本明細書において記載されかつ提供されるベクターの使用にさらに関する。
Figure 2023542230000003
Figure 2023542230000004
本発明は、以下の項目によっても特徴付けされ得る。
1.4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)に従ったアミノ酸配列を含むポリペプチドに、もしくは
前記ポリペプチドの一部分に、または
前記ポリペプチドもしくはその一部分のそれぞれのHLA-A結合形態に
結合し得るT細胞受容体(TCR)であって、
(A)
(Aa)配列番号12と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖の、および/もしくは
(Ab)配列番号14と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖の
CDR3、または
(B)
(Ba)配列番号40と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖の、および/もしくは
(Bb)配列番号42と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖の
CDR3
を含む、TCR。
2.(A)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
(Aa1)配列番号4のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号8のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR2、ならびに/または
(Ab1)配列番号6のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号10のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR2
をさらに含む、あるいは
(B)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
(Ba1)配列番号32のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号36のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR2、ならびに/または
(Bb1)配列番号34のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号38のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR2
をさらに含む、項目1に記載のTCR。
3.HLA-Aは、HLA-A24またはHLA-A02コード分子である、項目1または2に記載のTCR。
4.前記ポリペプチドもしくはその一部分、またはそのHLA-A結合形態への、前記TCRの結合は、前記TCRを含む細胞によるIFN-ガンマ分泌を誘導する、項目1から3のいずれか1つに記載のTCR。
5.前記TCRを含む細胞のIFN-ガンマ分泌の前記誘導は、4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)に従ったアミノ酸配列を含むポリペプチドへの、もしくは前記ポリペプチドの一部分への、または前記ポリペプチドもしくはその一部分のそれぞれのHLA-A結合形態への結合があると、前記TCRを含まない対照細胞と比較して少なくとも5倍高い、項目4に記載のTCR。
6.(A)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
(Aa2)配列番号16と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号16の47~51位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号16の69~75位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号16の109~123位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRアルファ鎖可変領域、および/もしくは
(Ab2)配列番号18と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号18の46~50位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号18の68~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号18の110~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRベータ鎖可変領域
を含む、または
(B)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
(Ba2)配列番号44と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号44の45~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号44の67~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号44の107~121位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRアルファ鎖可変領域、および/もしくは
(Bb2)配列番号46と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号46の44~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号46の67~71位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号46の108~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRベータ鎖可変領域
を含む、項目1から5のいずれか1つに記載のTCR。
7.(i)TCRアルファ鎖定常領域、および/または
(ii)TCRベータ鎖定常領域
をさらに含む、項目1から6のいずれか1つに記載のTCR。
8.(A)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
(Aa3)配列番号20と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号20の47~51位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号20の69~75位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号20の109~123位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRアルファ鎖、および/もしくは
(Ab3)配列番号22と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号22の46~50位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号22の68~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号22の110~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRベータ鎖
を含む、または
(B)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
(Ba3)配列番号48と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号48の45~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号48の67~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号48の107~121位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRアルファ鎖、および/もしくは
(Bb3)配列番号50と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号50の44~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号50の67~71位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
配列番号50の108~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
TCRベータ鎖
を含む、項目1から7のいずれか1つに記載のTCR。
9.(A)互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、
(Aa)、(Aa1)、(Aa2)、もしくは(Aa3)に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および
(Ab)、(Ab1)、(Ab2)、もしくは(Ab3)に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域、または
(B)互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、
(Ba)、(Ba1)、(Ba2)、もしくは(Ba3)に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および
(Bb)、(Bb1)、(Bb2)、もしくは(Bb3)に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域
を含む、項目1から8のいずれか1つに記載のTCR。
10.前記TCRは、天然TCR、TCR変種、TCRフラグメント、およびTCR構築物からなる群から選択される、項目1から9のいずれか1つに記載のTCR。
11.水溶性である、項目1から10のいずれか1つに記載のTCR。
12.少なくとも1種の分子マーカーをさらに含む、項目1から11のいずれか1つに記載のTCR。
13.項目1から12のいずれか1つに記載のTCRをコードする、核酸分子。
14.配列番号3、5、7、9、11、13、15、17、19、もしくは21のいずれか1つの核酸配列と少なくとも80%同一である;または配列番号31、33、35、37、39、41、43、45、47、もしくは49のいずれか1つの核酸配列と少なくとも80%同一である核酸配列を含む、項目13に記載の核酸。
15.項目13または14に記載の核酸分子を含む、ベクター。
16.項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、項目13もしくは14に記載の核酸分子、または項目15に記載のベクターを含む、宿主細胞。
17.リンパ芽球様細胞株、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、CD8+ T細胞、CD4+ T細胞、Tメモリー幹細胞(TSCM)、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、およびガンマ/デルタ-T細胞を含むがそれらに限定されないリンパ球から選択される、項目16に記載の宿主細胞。
18.前記TCRの発現を引き起こす条件下で、項目16または17に記載の宿主細胞をインキュベートするステップ、および
前記TCRを精製するステップ
を含む、項目1から12のいずれか1つに記載のTCRを獲得するための方法。
19.
(i)項目1から12のいずれか1つに記載のTCR;
(ii)項目13もしくは14に記載の核酸分子;
(iii)項目15に記載のベクター;および/または
(iv)項目16もしくは17に記載の宿主細胞
のうちの1種または複数、ならびに
任意選択で薬学的賦形剤
を含む、医薬組成物または診断用組成物。
20.チェックポイント阻害剤をさらに含む、項目19に記載の医薬組成物。
21.前記チェックポイント阻害剤は、CTLA-4阻害剤、PD-1阻害剤、およびPD-L1阻害剤からなる群から選択される、項目20に記載の医薬組成物。
22.医薬としての使用のための、項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、項目13もしくは14に記載の核酸分子、項目15に記載のベクター、および/または項目16もしくは17に記載の宿主細胞。
23.癌の検出、診断、予後、阻止、および/または治療における使用のための、項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、項目13もしくは14に記載の核酸分子、項目15に記載のベクター、および/または項目16もしくは17に記載の宿主細胞。
24.癌は、黒色腫、膀胱癌腫、結腸癌腫、乳腺癌、肉腫、前立腺癌、子宮癌、ぶどう膜癌、ぶどう膜黒色腫、扁平上皮頭頸部癌、滑膜癌腫、ユーイング肉腫、トリプルネガティブ乳癌、甲状腺癌、精巣癌、腎癌、膵臓癌、卵巣癌、食道癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、小細胞肺癌(SCLC)、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、黒色腫、肝細胞癌腫、頭頸部癌、胃癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、胆管癌腫、乳癌、膀胱癌、骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性リンパ球性癌、急性骨髄性白血病、胞巣状横紋筋肉腫、骨癌、脳腫瘍、乳癌、肛門、肛門管、または肛門直腸の癌、眼の癌、肝内胆管の癌、関節の癌、頸部、胆嚢、または胸膜の癌、鼻、鼻腔、または中耳の癌、口腔の癌、膣の癌、外陰部の癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性癌、結腸癌、食道癌、子宮頸癌、消化管カルチノイド腫瘍、神経膠腫、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、腎臓癌、喉頭癌、肝臓癌、肺癌、悪性中皮腫、黒色腫、多発性骨髄腫、鼻咽頭癌、非ホジキンリンパ腫、中咽頭の癌、卵巣癌、陰茎の癌、膵臓癌、腹膜、網、および腸間膜癌、咽頭癌、前立腺癌、直腸癌、腎癌、皮膚癌、小腸癌、軟部組織癌、胃腸癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮の癌、尿管癌、ならびに泌尿器膀胱癌からなる群から選択される、項目23に記載のTCR、核酸分子、ベクター、または宿主細胞。
25.癌の阻止および/または治療は、
(i)項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、
(ii)項目13または14に記載の核酸分子、
(iii)項目15に記載のベクター、
(iv)項目16または17に記載の宿主細胞、および
(v)項目19から21のいずれか1つに記載の医薬組成物
のうちの1種または複数を提供するステップ;ならびに
それを必要とする対象に(i)~(v)のうちの少なくとも1種を投与するステップ
を含む、項目23または24の使用のためのTCR、核酸、ベクター、および/または宿主細胞。
26.癌の阻止および/または治療は、
(1)対象のサンプルを提供するステップであって、前記サンプルはリンパ球を含む、ステップ;
(2)
(i)項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、
(ii)項目13または14に記載の核酸分子、
(iii)項目15に記載のベクター、
(iv)項目16または17に記載の宿主細胞、および
(v)項目19から21のいずれか1つに記載の医薬組成物
のうちの1種または複数を提供するステップ;
(3)ステップ(1)のリンパ球にステップ(2)の(i)~(v)のうちの1種または複数を導入し、それによって改変リンパ球を獲得するステップ;ならびに
(4)それを必要とする対象または患者にステップ(3)の改変リンパ球を投与するステップ
を含む、項目23から25のいずれか1つの使用のための、項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、項目13もしくは14に記載の核酸分子、項目15に記載のベクター、および/または項目16もしくは17に記載の宿主細胞。
27.対象のサンプルを提供するステップであって、前記サンプルは1種または複数の細胞を含む、ステップ;
前記サンプルと、
(i)項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、
(ii)項目16もしくは17に記載の宿主細胞、および/または
(iii)項目19から21のいずれか1つに記載の医薬組成物
とを接触させ、それによって複合体を形成するステップ;ならびに
複合体を検出するステップ
を含む、インビトロで対象における癌の存在を検出する方法であって、複合体の検出は、対象における癌の存在を指し示す、方法。
28.改変リンパ球を作出するための、項目1から12のいずれか1つに記載のTCR、項目13もしくは14に記載の核酸分子、および/または項目15に記載のベクター、の使用。
本発明を特徴付けする実施形態が、本明細書において記載され、図に示され、実施例において例示され、特許請求の範囲において反映される。
本明細書において使用するとき、「a」、「an」、および「the」という単数形は、文脈上別様にはっきりと示されない限り、複数形の指示対象(reference)を含むことが留意されなければならない。ゆえに、例えば、「試薬(a reagent)」への言及は、そのような種々の試薬のうちの1種または複数を含み、「方法(the method)」への言及は、本明細書において記載される方法に対して改変され得るもしくはその代わりに置換され得る当業者に公知の等価のステップおよび方法への言及を含む。
別様に示されない限り、一連の要素に先行する「少なくとも」という用語は、一連におけるあらゆる要素を指すことが理解されるべきである。当業者であれば、単なるルーチン実験を使用するだけで、本明細書において記載される本発明の具体的な実施形態に対する多くの等価物を認識するであろうまたは突き止め得るであろう。そのような等価物は、本発明によって包含されることが意図される。
「および/または」という用語は、本明細書のどこで使用されても、「および」、「または」、および「該用語によって接続される要素のすべてのまたは任意の他の組み合わせ」の意味を含む。
本明細書において使用される「約」または「およそ」という用語は、所与の値または域の20%以内、好ましくは10%以内、より好ましくは5%または2%以内を意味する。
本明細書および後に続く特許請求の範囲を通じて、文脈上別様に要しない限り、「含む(comprise)」という単語、ならびに「含む(comprises)」および「含む(comprising)」等の変動は、記述された整数もしくはステップ、または整数もしくはステップの群の内包を暗示するが、任意の他の整数もしくはステップ、または整数もしくはステップの群の除外を暗示するわけでないことが理解されるであろう。本明細書において使用される場合、「含む(comprising)」という用語は、「含有する(containing)」もしくは「含む(including)」という用語、または本明細書において使用される場合に時として「有する(having)」という用語で置換され得る。
本明細書において使用される場合、「からなる」は、請求項要素において指定されない任意の要素、ステップ、または成分を除外する。本明細書において使用される場合、「から本質的になる」は、請求項の基本的でかつ新規の特徴に大きな影響を及ぼさない材料またはステップを除外しない。
本明細書におけるそれぞれの場合において、「含む(comprising)」、「から本質的になる」、および「からなる」という用語のいずれも、他方の2つの用語のいずれかで置き換えられ得る。
本発明は、本明細書において記載される特定の方法論、プロトコール、および試薬等に限定されず、そのため変動し得ることが理解されるべきである。本明細書において使用される術語は、単に特定の実施形態を記載する目的のためのものであり、特許請求の範囲によってのみ規定される本発明の範囲を限定することを意図されるわけではない。
本明細書の本文を通じて引用されるすべての刊行物および特許(すべての特許、特許出願、科学的刊行物、メーカーの仕様書、使用説明書等を含む)は、上記または下記にかかわらず、参照によりそれらの全体として本明細書によって組み入れられる。本明細書における何も、本発明が、先行発明の理由でそのような開示に先行する権利を与えられないという了解として解釈されるべきではない。参照により組み入れられる材料が本明細書と矛盾するまたは一貫性がない程度まで、本明細書は任意のそのような材料に優先するであろう。
HLA-A24:02コード分子を発現するリンパ芽球様細胞株(LCL;EBV形質転換B細胞)に、PRAMEをコードするivtRNAまたは水のいずれかをエレクトロポレートし、PRAME301-309ペプチドまたは非関連ペプチドのいずれかを担持させた。これらの細胞を、TCR T402-93またはTCR T116-49トランスジェニックT細胞との共培養アッセイにおいて標的として使用した。非形質導入T細胞が陰性対照として働いた。24時間(h)のインキュベーションの後、TCRトランスジェニックT細胞によるIFN-γ放出を標準的ELISAによって査定した。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。 TCR T402-93またはTCR T116-49のいずれかを発現するCD8 T細胞を、HLA-A24陽性PRAME陽性腫瘍細胞株(K562、Mel624.38、CMK、SKHEP1)またはHLA-A24陽性PRAME陰性腫瘍細胞株(Colo678、MCF-7、22RV1)のいずれかと共培養した。非形質導入CD8 T細胞が陰性対照として働いた。PRAMEをコードするivtRNAまたは水のいずれかをエレクトロポレートされ、PRAME301-309ペプチドまたは非関連ペプチドのいずれかを担持したHLA-A24陽性LCLを内部標的対照として含んだ。トランスジェニックTCR発現T細胞の活性化を、24時間の共培養の後に、[pg/ml]単位でIFN-γ放出を測定する標準的ELISAによって評価した。二つ組の平均値が、標準偏差とともに示されている。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。4000pgより上の値を、3次数多項式を使用して外挿した。 赤色標識された腫瘍細胞株を、TCR T402-93またはTCR T116-49トランスジェニックT細胞のいずれかと、および非形質導入T細胞とインキュベートした。細胞を、105時間の期間にわたって生細胞イメージングシステムを使用してモニターして、TCRトランスジェニックT細胞によって媒介される赤色標識された腫瘍細胞の殺傷を評価した。総積分強度(RCU(赤色較正単位)×μm/画像)を、IncuCyte ZOOM(登録商標)ソフトウェアを使用して算出した。各測定点は、3つの技術的複製物の平均を表す。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。 赤色標識された腫瘍細胞株を、TCR T402-93またはTCR T116-49トランスジェニックT細胞のいずれかと、および非形質導入T細胞とインキュベートした。細胞を、105時間の期間にわたって生細胞イメージングシステムを使用してモニターして、TCRトランスジェニックT細胞によって媒介される赤色標識された腫瘍細胞の殺傷を評価した。総積分強度(RCU(赤色較正単位)×μm/画像)を、IncuCyte ZOOM(登録商標)ソフトウェアを使用して算出した。各測定点は、3つの技術的複製物の平均を表す。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。 HLA-A24陽性LCLに、滴定量(10-5M~10-9M)のPRAME301-309ペプチドを担持させ、TCR T402-93またはTCR T116-49発現CD8 T細胞のいずれかと共培養した。標準的ELISAを24時間後に実施して、T細胞によるIFN-γ放出を評価した。エフェクター細胞サンプルあたりの最大IFN-γ放出を100%に設定した。これに基づいて、相対IFN-γ放出を算出した。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。 トレオニンスキャニングアッセイを、TCR T402-93およびTCR T116-49によって認識される9-merのPRAME301-309(LYVDSLFFL)ペプチドに対して実施した。PRAME301-309ペプチドに含まれるアミノ酸は、トレオニンによって連続的に置き換えられた(交換されたaaは太字で示されている)。HLA-A24陽性LCLに、改変ペプチド(10-5M)を担持させ、TCR T402-93またはTCR T116-49のいずれかを発現するT細胞とのおよび非形質導入T細胞との共培養において使用して、24時間のインキュベーションの後に標準的ELISAによってIFN-γ分泌を評価した。二つ組の平均値が、標準偏差とともに示されている。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。 野生型の9-merのPRAME301-309(LYVDSLFFL)ペプチドと比較して最高3個のアミノ酸の違いを有するペプチドを、Expitope 2.0(登録商標)ツールを使用して選択した。ミスマッチしたペプチドをHLA-A24陽性LCLに担持させ(10-5M)、TCR T402-93またはTCR T116-49トランスジェニックT細胞のいずれかによる認識を試験した。PRAME301-309担持LCLを内部陽性対照として含んだ。T細胞の活性化を、24時間のインキュベーション後に標準的ELISA IFN-γを使用して査定した。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。 TCR T116-49を形質導入されたT細胞を、ドイツ人および米国/欧州白人集団における最も頻度の高いHLA-A、-B、および-Cアレルを網羅する52種のLCLからなる細胞ライブラリーと共培養した。加えて、同じ52種のLCLにPRAME301-309ペプチドを担持させ、TCR T116-49を形質導入されたT細胞との共培養において試験した。標準的ELISAを、24時間のインキュベーション後に実施して、T細胞によるIFN-γ放出を評価した。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。
本発明は、以下の実施例によってさらに例示される。しかし、実施例およびその中に記載される具体的な実施形態は、本発明をそのような具体的な実施形態に限定するものとして解釈されてはならない。
[実施例1]
PRAME301-309特異的HLA-A24拘束性TCRの単離
インビトロプライミング手法を使用して、任意の所望のHLA拘束性および抗原特異性のT細胞クローンを単離した。プライミングシステムは、抗原提示細胞としてHLA-A24:02陰性健常ドナーの成熟樹状細胞(mDC)、および応答細胞として自家CD8富化T細胞を使用した。全長ヒトPRAMEアミノ酸配列をコードするインビトロ転写RNA(ivtRNA)は、特異的抗原の供給源として働いた。同時に、ヒトHLA-A24:02コードivtRNA(https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/に由来する配列)を、拘束性要素の供給源として使用し、mDCにトランスフェクトして、この専用HLAアレルに関する同種プライミングを組み立てた(国際公開第2007/017201号パンフレットに記載される)。mDCへのエレクトロポレーションの後、PRAMEコードivtRNAは全長タンパク質に転写され、それはその後プロセシングされ、トランスフェクトされたmDCによって発現されるトランスジェニックHLA-A24分子によってペプチドとして提示された。T細胞と、同じドナー由来のivtRNAトランスフェクトmDCとのインビトロ共培養は、相当するTCRの供給源として働く抗原特異的T細胞のデノボ誘導につながった。
HLA-A24:02コードivtRNAをトランスフェクトされた、およびPRAME ivtRNAをトランスフェクトされたmDCを使用した同種T細胞プライミング手法を、以下のプロトコールに従って、同種HLA-A24:02コード分子によるペプチド提示を使用して遂行した。
HLA-A24:02/PRAMEプライミング
単球は、HLA-A24:02陰性健常ドナーに由来し、相当するmDCを、Jonuleitらのプロトコール(Jonuleit et al., Eur. J. Immunol. 1997, 27:3135-3142)に従って、適切な成熟カクテルを使用して産生した。mDCに、PRAMEをコードする20μg ivtRNAおよびHLA-A24分子をコードする20μg ivtRNAを同時にエレクトロポレートした。調製されたmDCを、その後、IL-2(50単位/ml)を補給された適切な細胞培地中で、約14日間1:10の比で自家CD8 T細胞と共培養した。その後、PRAME301-309特異的T細胞を、HLA-A24:02 PRAME301-309多量体を使用して同定し、FACS技術を使用した単一細胞選別によって分離した。HLA-A24分子上の所望のPRAME301-309エピトープを認識する有望なT細胞クローンの同定後、相当するT細胞受容体(TCR)配列を、次世代シーケンシング(NGS)によって分析した。同定されたHLA-A24拘束性PRAME301-309特異的TCR(T402-93およびT116-49)を、レシピエントT細胞内に発現させ、機能および特異性に関する特徴付けを行った。
[実施例2]
抗原特異性の評価
HLA-A24:02コード分子を発現するLCLに、特異的PRAME301-309ペプチドまたは非関連ペプチドを10-5Mの濃度で担持させた。付加的に、同じHLA-A24陽性LCLに、陰性対照として、PRAMEをコードするivtRNAまたは水のいずれかをエレクトロポレートした。各標的細胞株を、96ウェルあたり10000個のT細胞および20000個の標的を使用して1:2のエフェクター:標的(E:T)比で、TCR T402-93またはTCR T116-49のいずれかを形質導入されたT細胞と共培養した。非形質導入T細胞(UT)を陰性対照として含んだ。24時間の共培養の後、T細胞によって放出されたIFN-γを標準的ELISAによって測定した。
結果:
TCR T402-93およびTCR T116-49を形質導入されたT細胞は両方とも、特異的PRAME301-309ペプチド、ならびにPRAMEをトランスフェクトされたLCLを認識した。留意すべきは、TCR T116-49を発現するT細胞は、TCR T402-93トランスジェニックT細胞と比較して、陽性標的とのインキュベーションの後により高いレベルのIFN-γの放出を示した。非関連ペプチドを担持したおよび水をエレクトロポレートされたLCLの認識は観察されなかった(図1)。
[実施例3]
腫瘍細胞認識
T細胞によるIFN-γ放出の評価
TCR T402-93またはTCR T116-49のいずれかを形質導入されたエフェクターT細胞を、PRAME陽性腫瘍細胞株(K562、Mel624.38、CMK、SKHEP1)またはPRAME陰性腫瘍細胞株(Colo678、MCF-7、22RV1)のいずれかと共培養した。選択された腫瘍細胞株のうち、CMKおよびSKHEP1細胞株は、HLA-A24に対して内因的に陽性であり、一方で他の5種の細胞株は、内因的にHLA-A24陰性である。ゆえに、これら5種の細胞株を、HLA-A24を用いた形質導入(K562、Mel624.38、22RV1)またはHLA-A24分子をコードするivtRNAを用いたトランスフェクション(Colo678およびMCF-7)のいずれかの後に試験した。非形質導入CD8 T細胞が陰性対照として働いた。PRAMEをコードするivtRNAまたは水のいずれかをエレクトロポレートされ、PRAME301-309ペプチドまたは非関連ペプチドのいずれかを担持したHLA-A24陽性LCLを内部対照として含んだ。T細胞および標的細胞を、1:1のE:T比(10000個のE/10000個のT/96ウェル)で共培養した。トランスジェニックTCR発現T細胞の活性化を、24時間の共培養の後に、[pg/ml]単位でIFN-γ放出を測定する標準的ELISAによって評価した。4000pgより上の値を、3次数多項式を使用して外挿した。
結果:
TCR T116-49を形質導入されたT細胞は、すべての試験されたPRAME陽性腫瘍細胞の認識を示し、一方でTCR T402-93を形質導入されたT細胞は、4種のPRAME陽性細胞のうちの2種(K562およびMel624.38)との共培養の後のみ、高レベルのIFN-γを放出した。TCR T116-49を形質導入されたT細胞との共培養において、いかなるPRAME陰性細胞の認識も観察されなかった。対照的に、TCR 402-93を発現するT細胞に関して、PRAME陰性細胞株(MCF-7)のわずかな認識が観察された(図2)。
T細胞によって媒介される殺傷の評価
TCRトランスジェニックT細胞によって媒介される殺傷を査定するために、2種のPRAME陽性腫瘍細胞株(Mel624.38、SKHEP1)およびPRAME陰性腫瘍細胞株(Colo678)を標的細胞として選択した。選択された腫瘍細胞株のうち、SKHEP1細胞株は、HLA-A24に対して内因的に陽性であり、一方で他の3種の細胞株は、内因的にHLA-A24陰性である。ゆえに、SKHEP1細胞にmCherry(赤色蛍光タンパク質)のみを形質導入し、一方で他の2種の細胞株に、mCherryに連結されたHLA-A24を形質導入した。赤色標識された腫瘍細胞を、共培養の開始の2日前に96ウェル平底プレートに播種した(Mel624.38およびSKHEP1 5000個細胞/ウェル、一方でColo678 10000個細胞/ウェル)。内部陽性対照として、同じ腫瘍細胞株にPRAME301-309ペプチドを付加的に担持させた。ウェルあたりTCR T402-93またはTCR T116-49のいずれかを発現する10000個のT細胞を添加した後、共培養プレートを生細胞イメージングシステム(IncuCyte ZOOM(登録商標)装置)に移した。細胞を105時間の総期間にわたってモニターして、TCRトランスジェニックT細胞によって媒介される赤色標識された腫瘍細胞の殺傷を査定した。総積分強度(RCU(赤色較正単位)×μm/画像)と呼ばれる、画像における被写体の赤色蛍光強度の総合計を、IncuCyte ZOOM(登録商標)ソフトウェアを使用して算出した。
結果:
TCRを形質導入されたサンプルの両方とも、Mel624.38 PRAME陽性細胞株の成長に影響を及ぼし、対照的にTCR T116-49を形質導入されたT細胞のみが、SKHEP1 PRAME陽性細胞株の効率的な殺傷を媒介した。TCRを形質導入されたサンプルの両方とも、PRAME陰性腫瘍細胞の増大に影響しなかった。ペプチド担持後の各標的細胞株は、TCRを形質導入されたT細胞によって効率的に殺傷された。対照的に、非形質導入T細胞を共培養におけるエフェクターとして使用した場合、すべての腫瘍細胞株に関して、成長中の標的細胞が観察された(図3)。
[実施例4]
機能的アビディティー
実験の目的は、PRAME301-309特異的TCRの機能的アビディティーを測定することであった。機能的アビディティーとは、トランスジェニックTCRとpMHC複合体との間等、個々の非共有結合相互作用の複数のアフィニティーの累積された強さを指す。TCRトランスジェニックT細胞集団の機能的アビディティーを、滴定量のPRAME301-309ペプチド(10-5M~10-9M)を担持したHLA-A24陽性LCLとの共培養において最大半量相対IFN-γ放出として測定した。T細胞および標的細胞を、1:1のE:T比(10000個のE/10000個のT/96ウェル)で共培養した。非形質導入CD8 T細胞を、T細胞の内因性TCRによって媒介され、トランスジェニックTCR特異的認識とは関係しない反応性を差し引くための内部対照として使用した。標準的ELISAを24時間後に実施して、T細胞によるIFN-γ放出を評価した。エフェクター細胞サンプルあたりの最大IFN-γ放出を100%に設定した。これに基づいて、相対IFN-γ放出を算出した。この実験は、2人の異なるドナーを用いて実施された。1つの代表的な実験が示されている。
結果:
TCR T116-49を形質導入されたT細胞は、TCR T402-93を形質導入されたT細胞と比較してより高い機能的アビディティーを示し、標的ペプチドに対するより高い感度を示した(図4)。
[実施例5]
TCR認識モチーフ(トレオニンスキャンアッセイ)
実験の目的は、TCRによる直接認識にとって、またはHLA-A24:02コード分子へのペプチド結合にとって必須である、PRAME301-309エピトープ内の重大な残基を査定することであった。アミノ酸置換スキャニングを使用して、これらの残基がアミノ酸トレオニンに交換された場合にはいつでもTCRによる認識を無効にする、エピトープ配列における重大なアミノ酸を規定した。これらの「固定された」アミノ酸を使用して、固有のTCR認識モチーフを規定し得る。トレオニンスキャニングアッセイを、TCR T402-93およびTCR T116-49によって認識される9-merのPRAME301-309ペプチドに対して実施した。PRAME301-309ペプチドに含まれるアミノ酸は、トレオニンによって連続的に置き換えられた。HLA-A24陽性LCLに、改変ペプチド(10-5M)ならびに野生型PRAME301-309ペプチドを担持させ、TCR T402-93またはTCR T116-49のいずれかを発現するT細胞との共培養において使用した。非形質導入T細胞が内部対照として働いた。T細胞および標的細胞を、1:1のE:T比(10000個のE/10000個のT/96ウェル)で共培養した。T細胞によるIFN-γ分泌を評価するために、標準的ELISAを24時間の共培養の後に実施した。
結果:
TCR T116-49を形質導入されたT細胞は、TCR T402-93を形質導入されたT細胞と比較して、より固定されていない位置を有する異なるTCR認識モチーフを示した(図5)。
[実施例6]
ミスマッチしたペプチドの認識
Expitope 2.0(登録商標)ツール(Expitope(登録商標)2.0;Jaravine et al. BMC Cancer 2017)を使用したインシリコ分析によって、野生型の9-merのPRAME301-309エピトープと比較して最高3個のミスマッチを含む52種のペプチドを選択した。ミスマッチしたペプチドをHLA-A24陽性LCLに担持させ(10-5M)、TCR T402-93およびTCR T116-49トランスジェニックT細胞による認識を試験した。野生型PRAME301-309ペプチド担持LCLならびに非担持LCLを内部対照として含んだ。T細胞および標的細胞を、1:1のE:T比(10000個のE/10000個のT/96ウェル)で共培養した。T細胞の活性化を、24時間のインキュベーション後に標準的ELISA IFN-γを使用して査定した。
結果:
TCRトランスジェニックT細胞サンプルは、野生型PRAME301-309ペプチドを認識したが、非担持標的を認識せず、それゆえトランスジェニックT細胞の機能性を証明した。TCR T402-93を形質導入されたT細胞は、ペプチド#4、#33、#38、および#42を担持した標的細胞によっても活性化され、一方でTCR T116-49を形質導入されたT細胞は、ミスマッチしたペプチド#18を担持したLCLによる刺激があるとIFN-γを放出する(図6および表2)。
Figure 2023542230000005
[実施例7]
LCLライブラリー
ドイツ人および米国/欧州白人集団における最も頻度の高いHLA-A、-B、および-Cアレルを網羅する52種のLCLからなる細胞ライブラリーを確立した。これらの集団のいずれかにおける0.5%を上回るHLAアレル頻度が少なくとも1種の細胞株によって網羅され、5%を超える頻度を呈するHLAアレルは、少なくとも2種のLCLによって網羅される(HLA-A11:01を除く)。実験の最初の目的は、TCR T116-49による高頻度のHLAアロタイプの潜在的な標的抗原非依存的交差認識を検討することであった。HLA-アロ交差認識は、同種HLA分子と相互作用するTCRの能力として定義され得、それによってこれらの相互作用は、精緻なペプチドおよびHLA特異性を呈するとも記載される。ゆえに、52種のLCLを、TCR T116-49を発現するT細胞とインキュベートした。実験の付加的な目的は、PRAME301-309エピトープを提示し得、TCR T116-49トランスジェニックT細胞によって認識され得る、HLA-A24:02以外の共通のHLA-Aサブアレルを判定することであった(HLA拘束性微細タイピング)。それゆえ、52種のLCLにPRAME301-309ペプチド(10-5M)を担持させ、その後、TCR T116-49トランスジェニックT細胞との共培養における標的として使用した。24時間のインキュベーションの後、標準的ELISAを実施して、T細胞によるIFN-γ放出を測定した。
結果:
TCR T116-49を形質導入されたT細胞によるIFN-γ放出は、ライブラリーに含まれるすべてのPRAME301-309ペプチド担持HLA-A24:02陽性LCLとの共培養の後に観察された。TCR T116-49トランスジェニックT細胞は、ペプチド担持なしのならびにPRAME301-309ペプチドの担持後の、HLA-A02:02を発現するLCLをわずかに認識し、HLA-A02:02アレルに対する潜在的なHLA-アロ交差認識を示唆した。HLA-A02:17を発現する2種のLCLは、PRAME301-309ペプチド担持の後のみ、TCR T116-49トランスジェニックT細胞によって認識され、PRAME301-309エピトープがHLA-A02:17コード分子上でも提示され得、T116-49トランスジェニックT細胞の活性化につながることを示した。
配列(不一致の場合、以下の配列が、WIPO ST.25 standardに従った配列表の配列を支配する):
Figure 2023542230000006
Figure 2023542230000007
Figure 2023542230000008
Figure 2023542230000009
Figure 2023542230000010

Claims (15)

  1. 4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)に従ったアミノ酸配列を含むポリペプチドに、もしくは
    前記ポリペプチドの一部分に、または
    前記ポリペプチドもしくはその一部分のそれぞれのHLA-A結合形態に
    結合し得るT細胞受容体(TCR)であって、
    (A)
    (Aa)配列番号12と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖の、および/もしくは
    (Ab)配列番号14と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖の
    CDR3、または
    (B)
    (Ba)配列番号40と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖の、および/もしくは
    (Bb)配列番号42と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖の
    CDR3
    を含む、TCR。
  2. (A)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
    (Aa1)配列番号4のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号8のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR2、ならびに/または
    (Ab1)配列番号6のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号10のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR2
    をさらに含む、あるいは
    (B)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
    (Ba1)配列番号32のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号36のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖のCDR2、ならびに/または
    (Bb1)配列番号34のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR1、および/もしくは配列番号38のアミノ酸配列と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖のCDR2
    をさらに含む、請求項1に記載のTCR。
  3. HLA-Aは、HLA-A24またはHLA-A02コード分子である、請求項1または2に記載のTCR。
  4. 前記ポリペプチドもしくはその一部分、またはそのHLA-A結合形態への、前記TCRの結合は、前記TCRを含む細胞によるIFN-ガンマ分泌を誘導する、請求項1から3のいずれか一項に記載のTCR。
  5. 前記TCRを含む細胞のIFN-ガンマ分泌の前記誘導は、4個以下のアミノ酸が置換されている、アミノ酸配列LYVDSLFFL(配列番号2)に従ったアミノ酸配列を含むポリペプチドへの、もしくは前記ポリペプチドの一部分への、または前記ポリペプチドもしくはその一部分のそれぞれのHLA-A結合形態への結合があると、前記TCRを含まない対照細胞と比較して少なくとも5倍高い、請求項4に記載のTCR。
  6. (A)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
    (Aa2)配列番号16と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号16の47~51位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号16の69~75位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号16の109~123位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRアルファ鎖可変領域、および/もしくは
    (Ab2)配列番号18と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号18の46~50位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号18の68~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号18の110~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRベータ鎖可変領域
    を含む、または
    (B)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
    (Ba2)配列番号44と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号44の45~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号44の67~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号44の107~121位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRアルファ鎖可変領域、および/もしくは
    (Bb2)配列番号46と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号46の44~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号46の67~71位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号46の108~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRベータ鎖可変領域
    を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載のTCR。
  7. (A)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
    (Aa3)配列番号20と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号20の47~51位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号20の69~75位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号20の109~123位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRアルファ鎖、および/もしくは
    (Ab3)配列番号22と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号22の46~50位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号22の68~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号22の110~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRベータ鎖
    を含む、または
    (B)に従ったCDR3を含む前記TCRは、
    (Ba3)配列番号48と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号48の45~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号48の67~73位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号48の107~121位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRアルファ鎖、および/もしくは
    (Bb3)配列番号50と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号50の44~49位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号50の67~71位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含み、
    配列番号50の108~122位と少なくとも80%類似しているアミノ酸配列を含む
    TCRベータ鎖
    を含む、請求項1から6のいずれか一項に記載のTCR。
  8. (A)互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、
    (Aa)、(Aa1)、(Aa2)、もしくは(Aa3)に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および
    (Ab)、(Ab1)、(Ab2)、もしくは(Ab3)に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域、または
    (B)互いに共有結合で連結されてTCRヘテロ二量体もしくは多量体を形成する、
    (Ba)、(Ba1)、(Ba2)、もしくは(Ba3)に従った少なくとも1つのTCRアルファ鎖もしくはその小領域、および
    (Bb)、(Bb1)、(Bb2)、もしくは(Bb3)に従った少なくとも1つのTCRベータ鎖もしくはその小領域
    を含む、請求項1から7のいずれか一項に記載のTCR。
  9. 請求項1から8のいずれか一項に記載のTCRをコードする、核酸分子。
  10. 配列番号3、5、7、9、11、13、15、17、19、もしくは21のいずれか1つの核酸配列と少なくとも80%同一である;または配列番号31、33、35、37、39、41、43、45、47、もしくは49のいずれか1つの核酸配列と少なくとも80%同一である核酸配列を含む、請求項9に記載の核酸。
  11. 請求項9または10に記載の核酸分子を含む、ベクター。
  12. 請求項1から8のいずれか一項に記載のTCR、請求項9もしくは10に記載の核酸分子、または請求項11に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  13. (i)請求項1から8のいずれか一項に記載のTCR;
    (ii)請求項9もしくは10に記載の核酸分子;
    (iii)請求項11に記載のベクター;および/または
    (iv)請求項12に記載の宿主細胞
    のうちの1種または複数、ならびに
    任意選択で薬学的賦形剤
    を含む、医薬組成物または診断用組成物。
  14. 医薬としての使用のための、請求項1から8のいずれか一項に記載のTCR、請求項9もしくは10に記載の核酸分子、請求項11に記載のベクター、および/または請求項12に記載の宿主細胞。
  15. 癌の検出、診断、予後、阻止、および/または治療における使用のための、請求項1から8のいずれか一項に記載のTCR、請求項9もしくは10に記載の核酸分子、請求項11に記載のベクター、および/または請求項12に記載の宿主細胞。
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