JP2023523414A - キャッピング化合物、組成物、及びその使用方法 - Google Patents

キャッピング化合物、組成物、及びその使用方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2023523414A
JP2023523414A JP2022563870A JP2022563870A JP2023523414A JP 2023523414 A JP2023523414 A JP 2023523414A JP 2022563870 A JP2022563870 A JP 2022563870A JP 2022563870 A JP2022563870 A JP 2022563870A JP 2023523414 A JP2023523414 A JP 2023523414A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
nucleic acid
sequence
acid sequence
encoding nucleic
epitope
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2022563870A
Other languages
English (en)
Other versions
JPWO2021216776A5 (ja
Inventor
カリン ヨース
エイミー レイチェル ラパポート
シアラン ダニエル スカラン
レオニド ギトリン
スー－ジーン ホン
アルビン アクピー
Original Assignee
グリットストーン バイオ インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by グリットストーン バイオ インコーポレイテッド filed Critical グリットストーン バイオ インコーポレイテッド
Publication of JP2023523414A publication Critical patent/JP2023523414A/ja
Publication of JPWO2021216776A5 publication Critical patent/JPWO2021216776A5/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/54—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic compound
    • A61K47/549—Sugars, nucleosides, nucleotides or nucleic acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C07H1/02—Phosphorylation
    • C07H1/04—Introducing polyphosphoric acid radicals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/60—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characteristics by the carrier linked to the antigen
    • A61K2039/6018—Lipids, e.g. in lipopeptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/36011—Togaviridae
    • C12N2770/36111—Alphavirus, e.g. Sindbis virus, VEE, EEE, WEE, Semliki
    • C12N2770/36134—Use of virus or viral component as vaccine, e.g. live-attenuated or inactivated virus, VLP, viral protein
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/36011—Togaviridae
    • C12N2770/36111—Alphavirus, e.g. Sindbis virus, VEE, EEE, WEE, Semliki
    • C12N2770/36141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2770/36143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/36011—Togaviridae
    • C12N2770/36111—Alphavirus, e.g. Sindbis virus, VEE, EEE, WEE, Semliki
    • C12N2770/36151—Methods of production or purification of viral material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/36011—Togaviridae
    • C12N2770/36111—Alphavirus, e.g. Sindbis virus, VEE, EEE, WEE, Semliki
    • C12N2770/36171—Demonstrated in vivo effect

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)

Abstract

本開示は、特に、ＲＮＡヌクレオチドの５’キャップとして有用な非天然ヌクレオチドを含む。本開示はまた、特に、非天然ヌクレオチドを５’キャップとして含む送達及びワクチンＲＮＡヌクレオチド組成物を用いた組成物及び方法も含む。【選択図】図１

Description

関連出願との相互参照
本出願は、あらゆる目的でそれぞれの全容を参照によって本明細書に援用する２０２０年４月２１日出願の米国特許仮出願第６３／０１３，４５６号及び２０２０年５月５日出願の同第６３／０２０，４７３号の利益を主張するものである。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全容を参照によって本明細書に援用する配列表を含む。前記ＡＳＣＩＩコピーは、２０２１年４月２１日に作成され、ＧＳＯ＿０８８ＷＯ＿ｓｅｑｕｅｎｃｅｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔの名前が付けられており、そのサイズは４２２，２４０バイトである。
背景
治療用途で生理学的に重要なタンパク質をコードしたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）は、遺伝物質を送達するためのＤＮＡベースのプラスミド及びウイルスベクターと比較して大幅な利点を有している。それぞれの活性ｍＲＮＡ分子中に存在するいくつかの構造的要素が、コードされたタンパク質を効率的に翻訳するために利用される。これらの要素の１つに、すべての真核生物（及び一部のウイルス）に存在するｍＲＮＡの５’末端のキャップ構造がある。天然に存在するキャップ構造は、グアニン塩基のＮ７位がメチル化されたリボグアノシン残基を有している。この７－メチルグアノシン（７ｍＧ）は、ｍＲＮＡ分子の５’末端の５’－５’三リン酸鎖を介して結合されている。５’末端の７ｍＧｐｐｐフラグメントの存在は、ｍＲＮＡの成熟に不可欠であり、ｍＲＮＡをエキソヌクレアーゼによる分解から保護し、ｍＲＮＡの核から細胞質への輸送を促進し、翻訳開始複合体のアセンブリに重要な役割を果たす。
（ａ）従来の方法よりも手軽であり、（ｂ）転写時の双方向への転写開始をなくすか、または低減し、（ｃ）ｍＲＮＡの収率を高め、（ｄ）これらを現在の方法と比較して低コストで可能とし、（ｅ）異なる５’配列を有する異種産物の生成を低減し、（ｆ）合成されたｍＲＮＡへのＣａｐ１及びＣａｐ２構造の組み込みにさらなる酵素反応を必要としない、ｍＲＮＡの大規模合成を可能とする組成物及び方法が当業界において求められている。分子の５’末端もしくはその近くに蛍光色素、放射性同位体、質量タグ及び／またはビオチンなどの分子結合ペアの一方のパートナーなどの特定の修飾及び／またはアフィニティータグを有する修飾及び／または非天然ヌクレオシドを含んだ様々なｍＲＮＡの合成も求められている。
概要
本開示は、特に、式（Ｉ）の化合物：
Figure 2023523414000002
または薬学的に許容されるその塩を含む。さらに、本開示は、特に、式（Ｉ）の化合物の医薬組成物、その使用方法及び製造方法を含む。
本明細書では、式（Ｉ）の化合物：
Figure 2023523414000003
または薬学的に許容されるその塩
［式中、
Ｒ１は、ヌクレオシドであり、
Ｒ２は、ヌクレオシドであり、
Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシであり、
Ｒ４は、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族であり、
Ｒ５は、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族であり、
各Ｘは、独立してＯまたはＳであり、
場合により、前記化合物は式（Ｉ－１）のもの：
Figure 2023523414000004
または薬学的に許容されるその塩である］を提供する。
いくつかの態様では、Ｒ１は、アデニンである。いくつかの態様では、Ｒ１は、Ｎ６メチル化アデニンである。いくつかの態様では、Ｒ２は、ウラシルである。いくつかの態様では、Ｒ３は、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される。いくつかの態様では、前記化合物は、
Figure 2023523414000005
及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される。
本明細書ではまた、免疫応答を刺激する方法であって、場合により前記免疫応答ががんを治療し、免疫応答の刺激を必要とする患者にＲＮＡオリゴヌクレオチドを投与することを含み、前記ＲＮＡオリゴヌクレオチドが、本明細書に記載される化合物のいずれかを含む、方法も提供される。いくつかの態様では、がんは、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、膀胱がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される。いくつかの態様では、がんは、固形腫瘍である。いくつかの態様では、がんは、ＭＳＳ－ＣＲＣ、ＮＳＣＬＣ、及びＰＤＡからなる群から選択される。いくつかの態様では、がんは、マイクロサテライト安定性結腸直腸がん（ＭＳＳ－ＣＲＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膵管腺がん（ＰＤＡ）、及び胃食道腺がん（ＧＥＡ）からなる群から選択される。
本明細書ではまた、免疫化の、または感染を治療する方法であって、免疫化またはがんの治療を必要とする患者にＲＮＡオリゴヌクレオチドを投与することを含み、前記ＲＮＡオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の化合物のいずれかを含む、方法も提供される。いくつかの態様では、感染は真菌感染である。いくつかの態様では、感染はウイルス感染である。いくつかの態様では、ウイルス感染はＨＩＶ感染である。
本明細書ではまた、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマー及びＤＮＡ鋳型を含む複合体であって、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、本明細書に記載の化合物のいずれかを含み、ＤＮＡ鋳型が、ヌクレオチド位置＋１に第１のヌクレオチドを、ヌクレオチド位置＋２に第２のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むプロモーター領域を含み、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、ＤＮＡ鋳型の少なくともヌクレオチド位置＋１及び＋２にハイブリダイズする、複合体も提供される。
本明細書ではまた、自己増幅発現系であって、
自己増幅骨格を含み、前記自己増幅骨格が、自己複製型ＲＮＡウイルスの１つ以上のポリヌクレオチド配列を含み、
各要素が５’～３’方向に連結された、下式により記述される核酸配列を含む、自己増幅発現系も提供される：
ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２－ＮＶ，［式中、
ｍ７Ｇは、７－メチルグアニレート（ｍ７Ｇ）キャップであり、
ｐｐｐは、三リン酸架橋であり、
Ｎ１は、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第１の内因性５’ヌクレオチドに対応する前記自己増幅骨格の第１のヌクレオチドであり、
Ｎ２は、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第２の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第２のヌクレオチドであり、
ＮＶは、（１）前記自己増幅骨格の１つ以上のさらなる核酸配列と、（２）送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列を含むカセットと、を含み、場合により、前記少なくとも１つの外因性核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、場合により、前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記カセットが、前記自己増幅骨格に機能的に連結されるかまたは機能的に挿入されている］。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、（Ａ）自己増幅発現系であって、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、１つ以上のＳＡＭベクターが、（ａ）自己増幅骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、自己増幅骨格と、（ｂ）カセットであって、場合により、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．エピトープコード核酸配列であって、場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、エピトープコード核酸配列と、ｂ．場合により５’リンカー配列と、ｃ．場合により３’リンカー配列と、を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列、（ｉｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された、第２のプロモーターヌクレオチド配列、あるいは（ｉｉｉ）場合により、自己複製型ＲＮＡウイルスに天然のポリ（Ａ）配列または自己複製型ＲＮＡウイルスに対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列、のうちの１つ以上を含むカセットと、を含む、自己増幅発現系と、（Ｂ）場合により、自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、（Ａ）自己増幅発現系であって、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、１つ以上のＳＡＭベクターが、（ａ）自己増幅骨格であって、配列番号６に記載の核酸配列を含み、自己増幅骨格配列が、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含み、サブゲノムプロモーター配列が自己複製型ＲＮＡウイルスに内因性のものであり、ポリ（Ａ）配列が自己複製型ＲＮＡウイルス骨格に内因性のものである、自己増幅骨格と、（ｂ）サブゲノムプロモーターとポリ（Ａ）配列との間に組み込まれたカセットであって、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、場合により、少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．エピトープコード核酸配列であって、場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、エピトープコード核酸配列と、ｂ．場合により５’リンカー配列と、ｃ．場合により３’リンカー配列と、を含む少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、カセットと、を含む、自己増幅発現系と、（Ｂ）場合により、自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む。
いくつかの態様では、Ｎ１は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１は、修飾アデノシンである。いくつかの態様では、Ｎ１は、２’ＯＨがメチル化されたＮ６メチルアデノシンである。いくつかの態様では、Ｎ２は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１及びＮ２は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドはそれぞれ独立して、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１はアデノシンまたは修飾アデノシンであり、場合により修飾アデノシンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ２はウリジンまたは修飾ウリジンであり、場合により修飾ウリジンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１は修飾アデノシンであり、場合により修飾アデノシンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により修飾糖は修飾リボースであり、Ｎ２はウリジンである。
いくつかの態様では、ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２は、式（Ｉ－１）：
Figure 2023523414000006
［式中、Ｒ１はヌクレオシドであり、場合によりＲ１はアデニンであり、場合によりＲ１はＮ６メチル化アデニンであり、Ｒ２はヌクレオシドであり、場合によりＲ２はウラシルであり、Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである］または薬学的に許容されるその塩により表される。いくつかの態様では、Ｒ３は、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される。
いくつかの態様では、ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２は、下記：
Figure 2023523414000007
及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される式により表される。
いくつかの態様では、自己増幅発現系は、インビトロ転写によって生成される。いくつかの態様では、インビトロ転写プロセスは、本明細書に記載のｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２のいずれかを含む開始キャップオリゴヌクレオチドの使用を含む。
本明細書ではまた、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマー及びＤＮＡ鋳型を含む複合体であって、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、本明細書に記載の式：ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２を有するいずれかの化合物を含み、ＤＮＡ鋳型が、５’～３’方向に、（Ａ）ヌクレオチド位置＋１に第１のヌクレオチドを、ヌクレオチド位置＋２に第２のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むＲＮＡ転写プロモーター領域と、（Ｂ）ＲＮＡ転写プロモーター領域に機能的に連結された本明細書に記載の式：Ｎ１－Ｎ２－ＮＶを有するいずれかの配列を含む配列と、を含む、複合体も提供される。
いくつかの態様では、ＲＮＡ転写プロモーター領域は、場合によりヌクレオチド配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡまたはＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＴであるＴ７プロモーター配列、場合によりヌクレオチド配列ＡＴＴＴＡＧＧＴＧＡＣＡＣＴＡＴＡであるＳＰ６プロモーター配列、または場合によりヌクレオチド配列ＡＡＴＴＡＧＧＧＣＡＣＡＣＴＡＴＡであるＫ１１ ＲＮＡＰプロモーター配列を含む。いくつかの態様では、ＤＮＡ鋳型は、配列番号５７に記載の配列を含み、カセットは、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の欠失を置換するように配列番号６の配列に記載される７５４４位に挿入されている。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物中のカセットの各要素の順序付けられた配列は、５’～３’方向に、以下を含む式で記述される：
Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ただし、ａ＝０または１であり、Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ただしｃ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ただし各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０、１、または２であり、ただし各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］。
いくつかの態様では、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、自己増幅骨格によって与えられる単一のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列であり、少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列は、自己増幅骨格によって与えられる少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、カセットは、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列とポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、カセットは、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列と機能的に連結され、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、自己増幅骨格は、配列番号６に記載の配列であり、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする。
いくつかの態様では、送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列は、ポリペプチドコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドコード核酸配列は、抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、またはこれらの組み合わせをコードする配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドコード核酸配列は、完全長タンパク質またはその機能性部分をコードする。いくつかの態様では、完全長タンパク質またはその機能性部分は、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、及びゲノム編集システムヌクレアーゼからなる群から選択される。
いくつかの態様では、送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列は、非コード核酸配列を含む少なくとも１つの核酸配列を含む。いくつかの態様では、非コード核酸配列は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチドまたはゲノム編集システムのポリヌクレオチドである。
いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、カチオン性脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される脂質を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む。いくつかの態様では、イオン化可能なアミノ脂質は、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰ封入発現系は、約１００ｎｍの直径を有する。いくつかの態様では、ＬＮＰ封入発現系は、６０～１４０ｎｍの直径を有する。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、硝子体内（ＩＶＴ）、脊髄内、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化される。いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化される。
いくつかの態様では、カセットは、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる。いくつかの態様では、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、カセットと機能的に連結される。
いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む。いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターを含む。いくつかの態様では、１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターは、麻疹ウイルスまたはラブドウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、哺乳動物細胞内で自己複製する。いくつかの態様では、自己複製型ＲＮＡウイルスは、アルファウイルス、フラビウイルス、麻疹、及びラブドウイルスからなる群から選択される。
いくつかの態様では、自己増幅骨格は、アルファウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含み、場合によりアルファウイルスは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、及びマヤロウイルスからなる群から選択される。いくつかの態様では、自己増幅骨格は、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様では、自己増幅骨格は、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む。いくつかの態様において、自己増幅骨格は、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様において、非構造タンパク質媒介増幅のための配列は、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノムプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの態様では、自己増幅骨格は、構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ２及びＥ１をコードせず、場合によりＥ１は完全長Ｅ１であるか、または構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ３、Ｅ２、６Ｋをコードしていない。いくつかの態様では、カセットは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのポリヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入される。いくつかの態様では、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様では、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、さらに塩基対７５４４～１１１７５の欠失を有する配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様において、自己増幅骨格は、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む。いくつかの態様では、カセットは、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の欠失を置換するように７５４４位に挿入されている。いくつかの態様では、カセットの挿入は、ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列は別々のオープンリーディングフレーム内にある。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、自己複製型ＲＮＡウイルスによってコードされる天然の（「内因性」とも呼ばれる）プロモーターヌクレオチド配列であり、場合により天然のプロモーター配列はサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、外因性のＲＮＡプロモーターである。いくつかの態様では、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様では、第２のプロモーターヌクレオチド配列は複数のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列を含み、各サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列は、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす。
いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、それぞれ２ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、ＳＡＭベクターは、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。
いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、リンカーをコードする核酸配列によって異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を、１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様において、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を、１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧを含む。
いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、エピトープコード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、隔てられたまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている。いくつかの態様では、隔てられたまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙのＡｌａ置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合によりプロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列はＡ７６である。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、場合により各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、場合により各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００によってコード個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、場合により各エピトープコード核酸配列は、異なるエピトープコード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、場合により各エピトープコード核酸配列は、異なるエピトープコード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。
いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個は、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在する。いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、場合により少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、誘導性である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、非誘導性である。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、自己複製型ウイルスに天然に存在するポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、自己複製型ウイルスに対して外因性のポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結される。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも１１０個、または少なくとも１２０個の連続したＡヌクレオチドである。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドである。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列は、（ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と、を行うことによって選択される。
いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、（ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットの数は、２～２０である。
いくつかの態様において、提示モデルは、（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸との、ペアの存在と、（ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上での提示の可能性との間の依存度を表す。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上に提示される可能性が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、対象の腫瘍特異的または感染症生物特異的な免疫応答を刺激することができる可能性が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示され得る可能性が増大しているエピトープを選択することを含み、場合により、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける可能性が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、対象の正常組織に対する自己免疫応答を刺激することができる可能性が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍細胞または組織、感染細胞、または感染症生物でシークエンシングを行うことによって取得される。いくつかの態様では、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである。
本明細書ではまた、自己増幅発現系を生成する方法であって、ａ）各要素が５’～３’方向に連結された、下式により記述されるＤＮＡ鋳型を提供する工程：Ｐ－Ｎ１－Ｎ２－ＮＶ［式中、Ｐは、ヌクレオチド位置＋１に第１のヌクレオチドを、ヌクレオチド位置＋２に第２のヌクレオチドを有する転写開始部位を含むＲＮＡ転写プロモーター領域を含み、Ｎ１は、自己複製型ＲＮＡウイルスの第１の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第１のヌクレオチドであり、Ｎ２は、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第２の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第２のヌクレオチドであり、ＮＶは、（１）前記自己増幅骨格の１つ以上のさらなる核酸配列と、（２）送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列を含むカセットと、を含み、場合により、前記少なくとも１つの外因性核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、場合により、前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記カセットが、前記自己増幅骨格に機能的に連結されるかまたは機能的に挿入されている］と、ｂ）各要素が５’～３’方向に連結された、下式により記述される核酸配列を含む、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーを提供する工程：ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１’－Ｎ２’，［式中、
ｍ７Ｇは、７－メチルグアニレート（ｍ７Ｇ）キャップであり、ｐｐｐは、三リン酸架橋であり、Ｎ１’は、前記ＤＮＡ鋳型のＮ１に対応するヌクレオチドであり、Ｎ２’は、前記ＤＮＡ鋳型のＮ２に対応するヌクレオチドである］と、ｃ）前記ＲＮＡ転写プロモーター領域から転写を開始することができるＲＮＡポリメラーゼを提供する工程と、ｄ）前記ＤＮＡ鋳型、前記開始キャップオリゴヌクレオチドプライマー、及び前記ＲＮＡポリメラーゼを、各要素が５’～３’方向に連結された、式：ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１’－Ｎ２’－ＮＶにより記述される核酸配列を含む自己増幅発現系を生成するのに充分な条件下で接触させる工程と、を含む、方法も提供される。
いくつかの態様では、ＲＮＡ転写プロモーター領域は、場合によりヌクレオチド配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡまたはＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＴであるＴ７プロモーター配列、場合によりヌクレオチド配列ＡＴＴＴＡＧＧＴＧＡＣＡＣＴＡＴＡであるＳＰ６プロモーター配列、または場合によりヌクレオチド配列ＡＡＴＴＡＧＧＧＣＡＣＡＣＴＡＴＡであるＫ１１ ＲＮＡＰプロモーター配列を含む。いくつかの態様では、ＤＮＡ鋳型は、配列番号５７に記載の配列を含み、カセットは、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の欠失を置換するように配列番号６の配列に記載される７５４４位に挿入されている。
いくつかの態様では、Ｎ１’は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ２’は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１’はアデノシンまたは修飾アデノシンであり、場合により修飾アデノシンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ２’はウリジンまたは修飾ウリジンであり、場合により修飾ウリジンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１’は修飾アデノシンであり、場合により修飾アデノシンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により修飾糖は修飾リボースであり、Ｎ２’はウリジンである。
いくつかの態様では、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、下式（Ｉ－１）：
Figure 2023523414000008
［式中、
Ｒ１はヌクレオシドであり、場合によりＲ１はアデニンであり、場合によりＲ１はＮ６メチル化アデニンであり、
Ｒ２はヌクレオシドであり、場合によりＲ２はウラシルであり、
Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである］または薬学的に許容されるその塩により表される。
いくつかの態様では、Ｒ３は、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される。いくつかの態様では、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、
Figure 2023523414000009
及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される式により表される。
本明細書ではまた、対象の免疫応答を刺激する方法であって、自己増幅発現系を送達するための組成物を対象に投与することを含み、自己増幅発現系が自己増幅骨格を含み、自己増幅骨格が、自己複製型ＲＮＡウイルスの１つ以上のポリヌクレオチド配列を含み、自己増幅発現系が、各要素が５’～３’方向に連結された、下式により記述される核酸配列を含む、方法も提供される：ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２－ＮＶ，［式中、ｍ７Ｇは、７－メチルグアニレート（ｍ７Ｇ）キャップであり、ｐｐｐは、三リン酸架橋であり、Ｎ１は、自己複製型ＲＮＡウイルスの第１の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第１のヌクレオチドであり、Ｎ２は、自己複製型ＲＮＡウイルスの第２の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第２のヌクレオチドであり、ＮＶは、（１）自己増幅骨格の１つ以上のさらなる核酸配列と、（２）送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列を含むカセットと、を含み、場合により、少なくとも１つの外因性核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、場合により、ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記カセットは、自己増幅骨格に機能的に連結されるかまたは機能的に挿入されている］。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、（Ａ）自己増幅発現系であって、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、１つ以上のＳＡＭベクターが、（ａ）自己増幅骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記自己増幅骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．エピトープコード核酸配列であって、場合により、（１）コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、エピトープコード核酸配列と、ｂ．場合により５’リンカー配列と、ｃ．場合により３’リンカー配列と、を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列、（ｉｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された、第２のプロモーターヌクレオチド配列、あるいは（ｉｉｉ）場合により、自己複製型ＲＮＡウイルスに天然のポリ（Ａ）配列または自己複製型ＲＮＡウイルスに対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列、のうちの１つ以上を含むカセットと、を含む、自己増幅発現系と、（Ｂ）場合により、自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、（Ａ）自己増幅発現系であって、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、１つ以上のＳＡＭベクターが、（ａ）自己増幅骨格であって、配列番号６に記載の核酸配列を含み、自己増幅骨格配列が、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含み、前記サブゲノムプロモーター配列が前記自己複製型ＲＮＡウイルスに内因性のものであり、前記ポリ（Ａ）配列が前記自己増幅骨格に内因性のものである、自己増幅骨格と、（ｂ）サブゲノムプロモーターとポリ（Ａ）配列との間に組み込まれたカセットであって、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、場合により、少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．エピトープコード核酸配列であって、場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、エピトープコード核酸配列と、ｂ．場合により５’リンカー配列と、ｃ．場合により３’リンカー配列と、を含む少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、カセットと、を含む、自己増幅発現系と、（Ｂ）場合により、自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む。
いくつかの態様では、Ｎ１は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ２は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１及びＮ２は修飾ヌクレオチドであり、場合により修飾ヌクレオチドはそれぞれ独立して、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１はアデノシンまたは修飾アデノシンであり、場合により修飾アデノシンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ２はウリジンまたは修飾ウリジンであり、場合により修飾ウリジンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により、修飾糖は修飾リボースである。いくつかの態様では、Ｎ１は修飾アデノシンであり、場合により修飾アデノシンは、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、場合により修飾糖は修飾リボースであり、Ｎ２はウリジンである。
いくつかの態様では、ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２は、式（Ｉ－１）：
Figure 2023523414000010
［式中、Ｒ１はヌクレオシドであり、場合によりＲ１はアデニンであり、場合によりＲ１はＮ６メチル化アデニンであり、
Ｒ２はヌクレオシドであり、場合によりＲ２はウラシルであり、
Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである］または薬学的に許容されるその塩により表される。
いくつかの態様では、Ｒ３は、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される。いくつかの態様では、ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２は、
Figure 2023523414000011
及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される式により表される。
いくつかの態様では、自己増幅発現系は、インビトロ転写によって生成される。いくつかの態様では、インビトロ転写プロセスは、本明細書に記載のｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２組成物のいずれか１つを含む開始キャップオリゴヌクレオチドの使用を含む。いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物中のカセットの各要素の順序付けられた配列は、５’～３’方向に、以下を含む式で記述される：Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ただし、ａ＝０または１であり、Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ただしｃ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ただし各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０、１、または２であり、ただし各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］。
いくつかの態様では、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、自己増幅骨格によって与えられる単一のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列であり、少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列は、自己増幅骨格によって与えられる少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、カセットは、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列とポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、カセットは、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列と機能的に連結され、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、自己増幅骨格は、配列番号６に記載の配列であり、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする。
いくつかの態様では、送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列は、ポリペプチドコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドコード核酸配列は、抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの態様では、ポリペプチドコード核酸配列は、完全長タンパク質またはその機能性部分をコードする。いくつかの態様では、完全長タンパク質またはその機能性部分は、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、及びゲノム編集システムヌクレアーゼからなる群から選択される。
いくつかの態様では、送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列は、非コード核酸配列を含む少なくとも１つの核酸配列を含む。いくつかの態様では、非コード核酸配列は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチドまたはゲノム編集システムのポリヌクレオチドである。
いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される脂質を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む。いくつかの態様では、イオン化可能なアミノ脂質は、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰ封入発現系は、約１００ｎｍの直径を有する。いくつかの態様では、ＬＮＰ封入発現系は、６０～１４０ｎｍの直径を有する。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、硝子体内（ＩＶＴ）、脊髄内、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化される。いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化される。
いくつかの態様では、カセットは、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる。いくつかの態様では、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、カセットと機能的に連結される。
いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む。いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターを含む。いくつかの態様では、１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターは、麻疹ウイルスまたはラブドウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、哺乳動物細胞内で自己複製する。いくつかの態様では、自己増幅骨格は、アルファウイルス、フラビウイルス、麻疹、及びラブドウイルスからなる群から選択される自己複製型ＲＮＡウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの態様では、自己増幅骨格は、アルファウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含み、場合によりアルファウイルスは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、及びマヤロウイルスからなる群から選択される。いくつかの態様では、自己増幅骨格は、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様では、自己増幅骨格は、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む。いくつかの態様において、自己増幅骨格は、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様において、非構造タンパク質媒介増幅のための配列は、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの態様では、自己増幅骨格は、構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ２及びＥ１をコードせず、場合によりＥ１は完全長Ｅ１であるか、または構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ３、Ｅ２、６Ｋをコードしていない。いくつかの態様では、カセットは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのポリヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入される。いくつかの態様では、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様において、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、さらに塩基対７５４４～１１１７５の欠失を有する配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様において、自己増幅骨格は、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む。いくつかの態様では、カセットは、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の欠失を置換するように７５４４位に挿入されている。いくつかの態様では、カセットの挿入は、ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、ｎｓＰ１～４遺伝子及び少なくとも１つの核酸配列は別々のオープンリーディングフレーム内にある。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、自己増幅骨格によってコードされる天然のプロモーターヌクレオチド配列であり、場合により天然のプロモーター配列はサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、外因性のＲＮＡプロモーターである。いくつかの態様では、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様において、第２のプロモーターヌクレオチド配列は複数のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列を含み、各サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列は、別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす。
いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、それぞれ２ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のＳＡＭベクターは、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、リンカーをコードする核酸配列によって異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を、１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様において、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を、１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧを含む。
いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、エピトープコード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、隔てられたまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている。いくつかの態様では、隔てられたまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙのＡｌａ置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合によりプロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列はＡ７６である。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、場合により各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、場合により各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００によってコード個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、場合により各エピトープコード核酸配列は、異なるエピトープコード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、場合により各エピトープコード核酸配列は、異なるエピトープコード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個は、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在する。いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、場合により少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、誘導性である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、非誘導性である。
いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、自己複製型ＲＮＡに天然に存在するポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、自己複製型ＲＮＡに対して外因性のポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結される。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも１１０個、または少なくとも１２０個の連続したＡヌクレオチドである。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドである。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列は、（ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と、を行うことによって選択される。
いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、（ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットの数は、２～２０である。いくつかの態様において、提示モデルは、（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸との、ペアの存在と、（ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上での提示の可能性との間の依存度を表す。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上に提示される可能性が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、対象の腫瘍特異的または感染症生物特異的な免疫応答を刺激することができる可能性が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示され得る可能性が増大しているエピトープを選択することを含み、場合により、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける可能性が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、対象の正常組織に対する自己免疫応答を刺激することができる可能性が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍細胞または組織、感染細胞、または感染症生物でシークエンシングを行うことによって取得される。いくつかの態様では、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、プライミングワクチンとして投与される。いくつかの態様では、方法は、第２の組成物を投与することをさらに含み、場合により第２の組成物はワクチン組成物である。いくつかの態様では、第２の組成物は、自己増幅発現系を送達するための組成物よりも前に投与される。いくつかの態様では、第２の組成物は、自己増幅発現系を送達するための組成物の投与よりも後に投与される。いくつかの態様では、第２の組成物は、自己増幅発現系を送達するための組成物と同じである。いくつかの態様では、第２の組成物は、自己増幅発現系を送達するための組成物と異なる。いくつかの態様では、第２の組成物は、自己増幅発現系のカセットを含み、場合により第２の組成物は、自己増幅発現系のカセットをコードしたチンパンジーアデノウイルスベクターを含む。いくつかの態様では、２つ以上の第２の組成物が投与され、場合により自己増幅発現系を送達するための組成物は、プライミングワクチンとして投与される。
いくつかの態様では、自己増幅発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、硝子体内（ＩＶＴ）、脊髄内、または静脈内（ＩＶ）投与される。いくつかの態様では、方法は、免疫調節因子を投与することをさらに含み、場合により免疫調節因子は、抗ＣＴＬＡ４抗体またはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体またはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体またはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体またはその抗原結合フラグメント、抗ＯＸ－４０抗体またはその抗原結合フラグメント、またはサイトカインであり、場合によりサイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、またはＩＬ－２１、またはそのバリアントのうちの少なくとも１つである。いくつかの態様では、方法は、アジュバントを投与することをさらに含む。
本発明のこれらの、ならびに他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明文、及び添付図面を参照することでより深い理解がなされるであろう。
カノニカルなＴ７プロモーターまたは改変（「最小」）Ｔ７プロモーターを用いたＳＡＭベクターの転写を示す。
代表的なＡＵ－ＳＡＭベクターの概略図を示す。
トリヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａ－Ｕキャップアナログまたはジヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａキャップアナログを使用したＩＶＴにより生成された、キャップを有するＡＵ－ＳＡＭ ＲＮＡの収率を示す。
Ｂａｌｂ／ｃマウス（ｎ＝８／群）を１０μｇの特定のＳＡＭ－ＬＮＰで免疫し、免疫の１２日後に脾細胞を単離した。ＡＨ１－Ａ５抗原（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ）で６時間刺激した後、抗原特異的Ｔ細胞の数をＩＦＮｇの細胞内サイトカイン染色により測定した。データは、ＣＤ８＋細胞の割合としてＩＦＮｇ＋細胞として示し、ネガティブコントロールによるバックグラウンドシグナルを差し引いている。バーは中央値を示す。
ＡＵ－ＳＡＭ試験群の詳細（上のパネル）及び使用したモデル抗原（下のパネル）を示す。
ＡＵ－ＳＡＭによる免疫（プライミング／ブースター）後の６つのＭａｍｕ－Ａ＊０１のそれぞれに対する抗原特異的免疫応答の時間的経過を示す。
ＡＵ－ＳＡＭによる免疫（プライミング／ブースター）後の６つのＭａｍｕ－Ａ＊０１のそれぞれに対する抗原特異的免疫応答の時間的経過を示す。
詳細な説明
いくつかの実施形態では、本開示は、式Ｉの化合物：
Figure 2023523414000012
または薬学的に許容されるその塩を含む：
［式中、
Ｒ１は、ヌクレオシドであり、
Ｒ２は、ヌクレオシドであり、
Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシであり、
Ｒ４は、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族であり、
Ｒ５は、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族であり、
各Ｘは、独立してＯまたはＳである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（Ｉ－１）の化合物：
Figure 2023523414000013
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（Ｉ－２）の化合物：
Figure 2023523414000014
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ１及びＲ２は、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（Ｉ－３）の化合物：
Figure 2023523414000015
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ１及びＲ２は、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（Ｉ－４）の化合物：
Figure 2023523414000016
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ１及びＲ２は、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（Ｉ－５）の化合物：
Figure 2023523414000017
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ１及びＲ２は、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（ＩＩ）の化合物：
Figure 2023523414000018
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＸは、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（ＩＩ－１）の化合物：
Figure 2023523414000019
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、本開示は、式（ＩＩ－２）の化合物：
Figure 2023523414000020
または薬学的に許容されるその塩を含む：［式中、Ｒ３は、上記に定義し、本明細書にクラス及びサブクラスで記載されるものである］。
いくつかの実施形態では、Ｒ１は、アデニン、ウラシル、グアニン及びシトシンからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、アデニンである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、Ｎ６メチル化アデニンである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、ウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、グアニンである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、シトシンである。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、チミンである。
いくつかの実施形態では、Ｒ２は、アデニン、ウラシル、グアニン及びシトシンからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ２は、アデニンである。いくつかの実施形態では、Ｒ２は、ウラシルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２は、グアニンである。いくつかの実施形態では、Ｒ２は、シトシンである。いくつかの実施形態では、Ｒ２は、チミンである。
いくつかの実施形態では、Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、ロゲンである。いくつかの実施形態では、Ｒ３はＦである。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキルである。いくつかの実施形態において、Ｒ３は、－ＣＦ３である。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、Ｃ１～Ｃ３ハロアルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、－ＯＣＦ３である。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、Ｃ１～Ｃ３アルコキシで置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。
いくつかの実施形態では、Ｒ４は、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ４は、水素である。いくつかの実施形態では、Ｒ４は、場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ４は、水素または場合により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ４は、メチルである。
いくつかの実施形態では、Ｒ５は、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ５は、水素である。いくつかの実施形態では、Ｒ５は、場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ５は、水素または場合により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ５は、メチルである。
いくつかの実施形態では、本開示は、
Figure 2023523414000021
または薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される化合物を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、以下を含む化合物：
Figure 2023523414000022
または薬学的に許容されるその塩を含む。
定義
本明細書で使用される場合、「脂肪族」または「脂肪族基」なる用語は、分子の残りの部分への単一の結合点を有する、完全に飽和しているかまたは１つ以上の不飽和単位を含む直鎖（すなわち、非分岐）もしくは分岐鎖状の置換もしくは非置換の炭化水素鎖、または、完全に飽和しているかまたは１つ以上の不飽和単位を含むが芳香族（本明細書では「炭素環」、「環状脂肪族」または「シクロアルキル」とも呼ばれる）ではない単環式炭化水素または二環式炭化水素を意味する。特に断らない限り、脂肪族基は、１～６個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態において、脂肪族基は、１～５個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、１～４個の脂肪族炭素原子を含む。さらに他の実施形態では、脂肪族基は１～３個の脂肪族炭素原子を含み、さらに他の実施形態では、脂肪族基は１～２個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態において、「脂環式」（または「炭素環」または「シクロアルキル」）とは、分子の残りの部分への単一の結合点を有する、完全に飽和しているかまたは１つ以上の不飽和単位を含むが芳香族ではない単環式Ｃ３～Ｃ６炭化水素を指す。適当な脂肪族基としては、これらに限定されるものではないが、直鎖または分岐鎖状の置換または非置換アルキル、アルケニル、アルキニル基、及び例えば（シクロアルキル）アルキル、（シクロアルケニル）アルキルまたは（シクロアルキル）アルケニルなどのそれらのハイブリッドが挙げられる。
「ハロ脂肪族」なる用語は、１つ以上のハロゲン原子で置換された脂肪族基を指す。
「アルキル」なる用語は、直鎖または分岐鎖状アルキル基を指す。例示的なアルキル基には、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、及びｔｅｒｔ－ブチルがある。
「ハロアルキル」なる用語は、１つ以上のハロゲン原子で置換された直鎖または分岐鎖状アルキル基を指す。
「ハロゲン」なる用語は、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、またはＩを意味する。
単独で、または「アラルキル」、「アラルコキシ」、または「アリールオキシアルキル」のように大きな部分の一部として使用される「アリール」なる用語は、合計５～１４個の環員を有する単環式及び二環式環系であって、系内の少なくとも１つの環が芳香族であり、系内の各環が３～７個の環員を含むものを指す。「アリール」なる用語は、「アリール環」なる用語と互換的に用いられる場合がある。本開示の特定の実施形態において、「アリール」とは、これらに限定されるものではないが、１つ以上の置換基を有してもよいフェニル、ビフェニル、ナフチル、アントラシルなどを含む芳香族環系を指す。本明細書で使用される場合、「アリール」なる用語の範囲内には、インダニル、フタリミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、またはテトラヒドロナフチルなどの、芳香環が１つ以上の非芳香環と縮合した基も含まれる。
本明細書で使用される場合、「部分不飽和」なる用語は、少なくとも１つの二重結合または三重結合を含む環部分を指す。「部分不飽和」なる用語は、複数の不飽和部位を有する環を包含することを意図しているが、本明細書で定義されるアリールまたはヘテロアリール部分を含むことは意図していない。
本明細書に記載されるように、本開示の化合物は、「場合により置換された」部分を含み得る。一般的に、「置換された」なる用語は、「場合により」なる用語が先行しているかどうかによらず、指定された部分の１つ以上の水素が適当な置換基で置換されていることを意味する。特に断らない限り、「場合により置換された」基は、その基のそれぞれの置換可能な位置に適当な置換基を有してよく、任意の特定の構造の複数の位置が、特定の基から選択される複数の置換基で置換されうる場合、その置換基はすべての位置で同じかまたは異なってよい。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定的なまたは化学的に実現可能な化合物の生成につながるものである。本明細書で使用される「安定的な」なる用語は、それらの生成、検出、及び特定の実施形態では、それらの回収、精製、及び本明細書に開示される目的の１つ以上における使用を可能とする条件に供される際に実質的に変化しない化合物を指す。
「場合により置換された」基の置換可能な炭素原子上の適当な一価置換基は、独立して、ハロゲン；－（ＣＨ２）０～４Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４ＯＲ°；－Ｏ（ＣＨ２）０～４Ｒ°，－Ｏ－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＣＨ（ＯＲ°）２；－（ＣＨ２）０～４ＳＲ°；Ｒ°で置換されてもよい－（ＣＨ２）０～４Ｐｈ；Ｒ°で置換されてもよい－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ；Ｒ°で置換されてもよい－ＣＨ＝ＣＨＰｈ；Ｒ°で置換されてもよい－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１～ピリジル；－ＮＯ２；－ＣＮ；－Ｎ３；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｓ）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＮＲ° ２；－Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｓ）ＮＲ° ２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＮＲ° ２；－Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｃ（Ｓ）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＳｉＲ° ３；－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）Ｒ°；－ＯＣ（Ｏ）（ＣＨ２）０～４ＳＲ°，ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＳＣ（Ｏ）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＮＲ° ２；－Ｃ（Ｓ）ＮＲ° ２；－Ｃ（Ｓ）ＳＲ°；－ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°，－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）ＮＲ° ２；－Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＯＲ°）Ｒ°；－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｃ（ＮＯＲ°）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４ＳＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＯＳ（Ｏ）２Ｒ°；－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ° ２；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）Ｒ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｓ（Ｏ）２ＮＲ° ２；－Ｎ（Ｒ°）Ｓ（Ｏ）２Ｒ°；－Ｎ（ＯＲ°）Ｒ°；－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ° ２；－Ｐ（Ｏ）２Ｒ°；－Ｐ（Ｏ）Ｒ° ２；－ＯＰ（Ｏ）Ｒ° ２；－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ°）２；ＳｉＲ° ３；－（Ｃ１～４直鎖または分岐鎖アルキレン）Ｏ－Ｎ（Ｒ°）２；または－（Ｃ１～４直鎖または分岐鎖アルキレン）Ｃ（Ｏ）Ｏ－Ｎ（Ｒ°）２であり、各Ｒ°は、下記に定義するように置換されてよく、独立して水素、Ｃ１～６脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、－ＣＨ２－（５～６員のヘテロアリール環）、または、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員の飽和、部分不飽和、またはアリール環であるか、または上記の定義にかかわらず、２個の独立して存在するＲ°は、それらの間の原子（複数可）とともに、下記に定義されるように置換されてもよい、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する３～１２員の飽和、部分不飽和、またはアリール単環式または二環式環を形成する。
Ｒ°（または、２個の独立して存在するＲ°とそれらの間の原子とが互いに形成する環）上の適当な一価置換基は、独立して、ハロゲン、－（ＣＨ２）０～２Ｒ●、－（ハロＲ●）、－（ＣＨ２）０～２ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＣＨ（ＯＲ●）２；－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｎ３、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）Ｒ●、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＨ、－（ＣＨ２）０～２ＮＨ２、－（ＣＨ２）０～２ＮＨＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＮＲ● ２、－ＮＯ２、－ＳｉＲ● ３、－ＯＳｉＲ● ３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ●、－（Ｃ１～４直鎖または分岐鎖アルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、または－ＳＳＲ●であり、各Ｒ●は、非置換であるかまたは「ハロ」が先行する場合には１つ以上のハロゲンのみで置換され、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員の飽和、部分不飽和、またはアリール環から独立して選択される。Ｒ°の飽和炭素原子上の適当な二価置換基としては、＝Ｏ及び＝Ｓが挙げられる。
「場合により置換された」基の飽和炭素原子上の適当な二価置換基としては、以下のものが挙げられる：＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＮＲ＊２、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）Ｒ＊、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）ＯＲ＊、＝ＮＮＨＳ（Ｏ）２Ｒ＊、＝ＮＲ＊、＝ＮＯＲ＊、－Ｏ（Ｃ（Ｒ＊２））２～３Ｏ－、または－Ｓ（Ｃ（Ｒ＊２））２～３Ｓ－（式中、それぞれ独立して存在するＲ＊は、水素、下記に定義されるように置換されてもよいＣ１～６の脂肪族、または窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の５～６員の飽和、部分不飽和、またはアリール環から選択される）。「場合により置換された」基の隣接する置換可能な炭素に結合する適当な二価置換基としては、－Ｏ（ＣＲ＊２）２～３Ｏ－（式中、それぞれ独立して存在するＲ＊は、水素、下記に定義されるように置換されてもよいＣ１～６脂肪族基、または窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の５～６員の飽和、部分不飽和、またはアリール環から選択される）が挙げられる。
Ｒ＊の脂肪族基上の適当な置換基としては、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２、または－ＮＯ２が挙げられる（ただし、各Ｒ●は、非置換であるか、または「ハロ」が先行する場合には１つ以上のハロゲンのみによって置換され、Ｃ１～４脂肪族基、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員の飽和、部分不飽和、またはアリール環から独立して選択される）。
「場合により置換された」基の置換可能な窒素上の適当な置換基としては、－Ｒ†、－ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ†、－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｓ）ＮＲ† ２、－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ† ２，または－Ｎ（Ｒ†）Ｓ（Ｏ）２Ｒ†が挙げられる（ただし、各Ｒ†は、独立して水素、下記に定義されるように置換されうるＣ１～６脂肪族基、非置換の－ＯＰｈ、または窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の５～６員の飽和、部分不飽和、またはアリール環であるか、または、上記の定義にかかわらず、２個の独立して存在するＲ†は、それらの間の原子（複数可）と共に、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の３～１２員の飽和、部分不飽和、またはアリール単環式または二環式環を形成する）。
Ｒ†の脂肪族基上の適当な置換基は独立して、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２、または－ＮＯ２である（ただし、各Ｒ●は、非置換であるか、または「ハロ」が先行する場合には１つ以上のハロゲンのみによって置換され、Ｃ１～４脂肪族基、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員の飽和、部分不飽和、またはアリール環から独立して選択される）。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される塩」なる用語は、正しい医学的判断の正常な範囲内で、過度の毒性、刺激性、アレルギー応答などを起こさずに、ヒト及び下等動物の組織と接触させて使用するのに適するとともに、妥当なベネフィット／リスク比に見合う塩を指す。薬学的に許容される塩は、当該技術分野では周知のものである。例えば、Ｓ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅらは、参照により本明細書に援用するＪ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１９７７，６６， １－１９で薬学的に許容される塩について詳細に記載している。本開示の化合物の薬学的に許容される塩としては、適当な無機及び有機の酸ならびに塩基に由来するものが挙げられる。薬学的に許容される非毒性の酸付加塩の例としては、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸のような無機酸、または酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸のような有機酸と形成されるアミノ基の塩、あるいは、イオン交換などの当該技術分野で用いられる他の方法を用いて形成されるアミノ基の塩がある。その他の薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。
適切な塩基に由来する塩としては、アルカリ金属、アルカリ土類金属、アンモニウム、及びＮ（Ｃ１～４アルキル）４塩が挙げられる。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。さらなる薬学的に許容される塩としては、適当な場合、非毒性アンモニウム、第四級アンモニウム；及びハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルスルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて形成されるアミンカチオンが挙げられる。
本明細書の変量のいずれかの定義における化学基の列記の記載には、任意の単一の基または列記される基の組み合わせとしてその変量の定義が含まれる。本明細書の変量における実施形態の記載には、任意の単一の実施形態または他の任意の実施形態またはその部分との組み合わせとしてその実施形態が含まれる。
本明細書で使用される場合、「生体試料」なる用語は、これらに限定されるものではないが、細胞培養物またはその抽出物；哺乳動物から得られた生検材料またはその抽出物；ならびに血液、唾液、尿、糞便、精液、涙液、または他の体液もしくはそれらの抽出物を含む。
本明細書で使用される場合、「治療有効量」とは、所望の生物学的応答を刺激する物質（例えば、治療薬、組成物、及び／または製剤）の量を意味する。いくつかの実施形態では、ある物質の治療有効量は、疾患、障害及び／または条件に罹患しているかまたは罹患しやすい対象に投与レジメンの一環として投与される際に、その疾患、障害及び／または条件を治療、診断、予防及び／または発症を遅延させるのに充分な量である。当業者には認識されるように、ある物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的細胞または組織といった因子に応じて異なりうる。例えば、疾患、障害及び／または条件を治療するための製剤中の提供される化合物の有効量は、その疾患、障害及び／または条件の１つ以上の症状または特徴を、軽減、改善、緩和、阻害、予防、その発症を遅延、その重症度を低減、及び／またはその発生を減少させる量である。いくつかの実施形態では、「治療有効量」とは、疾患または障害の１つ以上の症状を治療するうえで充分な、提供される化合物、または提供される化合物を含有する組成物の少なくとも最小量である。
疾患、障害、及び状態は、本明細書では互換的に用いられる。
本明細書で使用される場合、「治療」、「治療する」、及び「治療的」なる用語は、本明細書に記載される疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の１つ以上の症状を部分的または完全に軽減、阻害、その発症を遅延、予防、改善、及び／または緩和することを指す。いくつかの実施形態では、治療は、１つ以上の症状が発症した後に投与することができる。いくつかの実施形態では、「治療的」なる用語は、疾患または障害の進行を防止または阻止することを含む。他の実施形態では、治療は、症状がない状態で投与することができる。例えば、治療は、症状の発症前に（例えば、症状の病歴に照らして、及び／または遺伝的または他の感受性因子に照らして）感受性のある個人に投与することができる。症状が解消した後、例えば再発を予防または遅延させるために、治療を継続してもよい。いくつかの実施形態では、「治療的」なる用語は、疾患または障害の再発またはぶり返しを予防することを含む。
投与が想定される「対象」としては、これらに限定されるものではないが、ヒト（すなわちあらゆる年齢層の男性または女性、例えば小児対象（例えば、幼児、小児、青年期）、または成人対象（例えば、若年成人、中高年成人、または高齢成人））、及び／または非ヒト動物、例えば霊長類（例えば、カニクイザル、アカゲザル）、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、げっ歯類、ネコ、及び／またはイヌなどの哺乳動物が挙げられる。特定の実施形態では、対象はヒトである。特定の実施形態では、対象は非ヒト動物である。本明細書では「患者」と「対象」とは互換的に使用される。
「薬学的に許容される担体、アジュバント、またはビヒクル」なる用語は、それと配合される化合物（複数可）の薬理学的活性を破壊しない無毒性の担体、アジュバント、またはビヒクルを指す。本明細書に開示される化合物の組成物中に使用することが可能な薬学的に許容される担体、アジュバントまたはビヒクルとしては、これらに限定されるものではないが、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチン、ヒト血清アルブミンなどの血清タンパク質、リン酸塩などの緩衝物質、グリシン、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、硫酸プロタミンなどの飽和植物脂肪酸の部分グリセリド混合物、水、プロタミン酸硫酸塩などの塩または電解質、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイド状シリカ、三ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、セルロース系物質、ポリエチレングリコール、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリアクリレート、ワックス類、ポリエチレン－ポリオキシプロピレン－ブロックポリマー、ポリエチレングリコール及び羊毛脂が挙げられる。
代替的な実施形態
代替的な実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１つ以上の同位体置換を含むことができる。例えば、水素は２Ｈ（Ｄまたは重水素）または３Ｈ（Ｔまたは三重水素）であってよく、炭素は例えば１３Ｃまたは１４Ｃであってよく、酸素は例えば１８Ｏであってよく、窒素は例えば１５Ｎであってよい、といった具合である。他の実施形態では、特定の同位体（例えば、３Ｈ、１３Ｃ、１４Ｃ、１８Ｏ、または１５Ｎ）は、化合物の特定の部位を占める元素の全体の同位体存在量の少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも９９．９％であってよい。
医薬組成物
いくつかの実施形態では、本開示は、式（Ｉ）の化合物と、薬学的に許容される担体、アジュバント、またはビヒクルとを含む組成物を提供する。本開示の化合物は、投与の容易さおよび投与量の均一性のために単位剤形として配合されることが好ましい。
本開示の化合物の使用方法－ＲＮＡオリゴヌクレオチドの合成
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、５’キャップを有するＲＮＡの調製に有用であり得る。５’キャップを有するＲＮＡの調製において本明細書で想到される方法及び組成物には、これらに限定されるものではないが、ｍＲＮＡ、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、カハール体特異的低分子ＲＮＡ（ｓｃａＲＮＡ）が含まれる。いくつかの実施形態では、方法は、ＤＮＡ鋳型を用いた、プロモーター制御されたＲＮＡ合成を行うための、キャップを有するオリゴヌクレオチドプライマー、ヌクレオシド５’三リン酸（ＮＴＰ）及びＲＮＡポリメラーゼの使用をともなう。特定の態様では、方法は、ＲＮＡ合成、特にキャップを有するｍＲＮＡの合成における有用性を与える開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーを用いる。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、これらに限定されるものではないが、分子の５’末端またはその近くに修飾を有するｍＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｃａＲＮＡ、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、及び転移－伝令ＲＮＡ（ｔｍＲＮＡ）を含むＲＮＡを調製するための方法で有用であり得る。いくつかの実施形態では、方法は、ＤＮＡ鋳型を用いた、プロモーター制御されたＲＮＡ合成を行うための、キャップを有する、または有さない開始オリゴヌクレオチドプライマー、ヌクレオシド’－三リン酸（ＮＴＰ）及びＲＮＡポリメラーゼの使用をともなう。特定の態様では、方法は、ＲＮＡ合成、特に５’修飾ＲＮＡの合成における実用性を与える構造的修飾を有する修飾された開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーを用いる。
開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、プライマーの３’末端へのヌクレオシド単位の付加によってＤＮＡ鋳型上でのＲＮＡポリメラーゼによるＲＮＡ合成の開始を可能とする反応性の３’ＯＨ基を有している。開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、鋳型ＤＮＡの転写開始部位と実質的に相補的であり（すなわち、開始部位はプロモーター配列の３’末端の近くに位置しており、プロモーター配列と重なっている場合もある）、特定の実施形態では、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、主としてプライマーの３’末端から始まる一方向（「フォワード」）へのＲＮＡの合成を誘導する。特定の態様及び実施形態では、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、ＲＮＡ合成の開始においていずれのヌクレオシド５’－三リン酸にも勝り、それにより、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーで開始するＲＮＡの生成を最大化するとともに、５’－三リン酸ヌクレオシド（通常はＧＴＰ）で開始するＲＮＡの生成を最小化する。
本開示の開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、ＤＮＡ鋳型の開始部位の配列に相補的でありうるハイブリダイゼーション配列を有している。ハイブリダイゼーション配列の存在によって、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、主として開始部位のＤＮＡ鋳型の相補的配列と、所望の方向（すなわち、「フォワード」方向）にのみ整列する。フォワード方向では、ＲＮＡ転写物は、反転したグアノシン残基で開始する（すなわち、７ｍＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｎ．．．）。誤った「リバース」方向と比較して、ＤＮＡ鋳型に対するプライマーのアラインメントのフォワード方向における優位性は、ハイブリダイゼーション複合体の熱力学によって維持される。ハイブリダイゼーション複合体の熱力学は、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーのハイブリダイゼーション配列の長さと、ＤＮＡ鋳型とのハイブリダイゼーションに関与する塩基の種類によって決まる。所望のフォワード方向のハイブリダイゼーションは、インビトロ転写時にＤＮＡ鋳型と開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーとがハイブリダイズさせられ、使用される温度及び反応条件にも依存し得る。
本開示の開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、標準的なＧＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰまたはＵＴＰを用いた開始の効率と比較して転写開始効率を向上させる。いくつかの実施形態では、転写の開始は、ＲＮＡの合成が主として開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーから始まり、転写混合物中のいずれのＮＴＰからも開始していない場合に向上したとみなされる。転写開始効率が向上することでＲＮＡ転写物の高い収率につながる。転写開始効率の向上は、開始キャッププライマーを使用しない従来の方法によるＲＮＡの合成と比較して、約１０％、約２０％、約４０％、約６０％、約８０％、約９０％、約１００％、約１５０％、約２００％または約５００％、増加させることができる。特定の実施形態では、「開始キャップオリゴヌクレオチドプライマー」は、転写の開始においていずれのＮＴＰ（ＧＴＰを含む）にも勝る。当業者であれば、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーの基質活性のレベル及び効率を容易に決定することが可能である。基質効率を決定するための方法の一例を実施例１３に示す。特定の実施形態では、開始は、ＮＴＰではなくキャップオリゴヌクレオチドプライマーから起こり、転写されたｍＲＮＡのキャッピングがより高いレベルで生じる。
いくつかの態様では、置換または修飾を有する開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーを用いてＲＮＡを合成する方法が提供される。いくつかの態様では、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーの置換及び修飾は、ＲＮＡの合成を大きく妨げない。通常の試験合成を行って、修飾された開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーを用いて所望の合成の結果を得ることができるかどうかを判定することができる。当業者であれば、そのような通常の実験を行って所望の結果を得ることができるかどうかを判定することができる。開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーの置換または修飾としては、例えば、１つ以上の修飾ヌクレオシド塩基、１つ以上の修飾糖、１つ以上の修飾ヌクレオチド間結合、及び／または１つ以上の修飾三リン酸架橋が挙げられる。
開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、本明細書で提供される１つ以上の修飾基を含んでよく、反応性の３’ＯＨ基上へのＮＴＰの取り込みにより、ＤＮＡ鋳型上でＲＮＡポリメラーゼによって伸長させることができる。開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、天然のＲＮＡ及びＤＮＡヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、またはヌクレオシドアナログを含むことができる。開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーは、天然のヌクレオチド間ホスホジエステル結合またはそれらの修飾、またはそれらの組み合わせを含むことができる。
本開示の化合物の使用方法－治療方法
いくつかの実施形態では、本開示は、患者のがんを治療するかまたはその重症度を軽減するための方法であって、前記患者にＲＮＡオリゴヌクレオチドを投与する工程を含み、前記ＲＮＡオリゴヌクレオチドが式（Ｉ）の化合物を含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示の方法による患者及び組成物は、がんを治療するかまたはその重症度を軽減するうえで有効な任意の量及び任意の投与経路を用いて投与することができる。いくつかの実施形態では、がんは、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、膀胱がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんは、マイクロサテライト安定性結腸直腸がん（ＭＳＳ－ＣＲＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膵管腺がん（ＰＤＡ）、及び胃食道腺がん（ＧＥＡ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、がんは、ＭＳＳ－ＣＲＣ、ＮＳＣＬＣ、及びＰＤＡからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、本開示の式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドは、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、膀胱がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択されるがんを有する患者に投与される。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドは、感染を有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、感染は、ウイルス感染、真菌、または細菌感染である。いくつかの実施形態では、感染はウイルス感染である。いくつかの実施形態では、ウイルス感染はウイルスによる感染であり、ウイルスはＨＩＶである。いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドは、ＡＩＤＳを有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、ウイルス感染はウイルスによる感染であり、ウイルスはコロナウイルスである。いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドは、ＣＯＶＩＤ－１９を有する患者に投与される。
いくつかの実施形態では、本開示は、生体試料を式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドと接触させる方法に関する。
いくつかの実施形態では、１つ以上のさらなる治療薬を、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドと併用して投与することができる。いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドと、１つ以上のさらなる治療薬とは、複数投与レジメンの一環として投与することができる。いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドと、１つ以上のさらなる治療薬とは、同時、順次、または所定の時間内に投与することができる。いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドと、１つ以上のさらなる治療薬とは、互いの５時間以内に投与することができる。いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドと、１つ以上のさらなる治療薬とは、互いの２４時間以内に投与することができる。いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物を含むＲＮＡオリゴヌクレオチドと、１つ以上のさらなる治療薬とは、互いの１週間以内に投与することができる。
自己増幅ｍＲＮＡベクター
一般的に、すべての自己複製型ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターは、自己複製型ウイルスに由来する自己増幅骨格を含む。「自己増幅骨格」という用語は、ウイルスゲノムの自己複製を可能とする自己複製型ウイルスの最小配列（複数可）のことを指す。例えば、アルファウイルスの自己複製を可能とする最小配列は、非構造タンパク質媒介増幅のための保存された配列（例えば、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、ｎｓＰ４遺伝子、及び／またはポリＡ配列）を含むことができる。自己増幅骨格は、サブゲノムウイルスＲＮＡの発現のための配列（例えば、アルファウイルスでは２６Ｓプロモーターエレメントなどのサブゲノムプロモーター）を含むこともできる。ＳＡＭベクターは、（＋）センスまたは（－）センス自己複製型ウイルスに由来する骨格を有するベクターのような（＋）センスＲＮＡポリヌクレオチドまたは（－）センスＲＮＡポリヌクレオチドであってよい。自己複製型ウイルスとしては、これらに限定されるものではないが、アルファウイルス、フラビウイルス（例えば、クンジンウイルス）、麻疹ウイルス、及びラブドウイルス（例えば、狂犬病ウイルス及び水疱性口内炎ウイルス）が挙げられる。自己複製型ウイルス由来のＳＡＭベクターシステムの例は、あらゆる目的で本明細書に参照により援用する、Ｌｕｎｄｓｔｒｏｍ（Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１８ Ｄｅｃ １３；２３（１２）．ｐｉｉ：Ｅ３３１０．ｄｏｉ：１０．３３９０／ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ２３１２３３１０）に記載されている。
インビトロの自己増幅生成
ＲＮＡ生成のための当該技術分野では周知の従来の方法として、インビトロ転写（ＩＶＴ）がある。この方法では、所望のベクターのＤＮＡ鋳型が、クローニング、制限消化、ライゲーション、遺伝子合成（例えば、化学的及び／または酵素的合成）、及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの標準的な分子生物学的方法を含む当該技術分野では周知の方法によって最初に生成される。
このＤＮＡ鋳型は、ＲＮＡ（例えばＳＡＭ）に転写されることが望ましい配列の５’末端にＲＮＡポリメラーゼプロモーターを有している。プロモーターとしては、これらに限定されるものではないが、Ｔ３、Ｔ７、ＳＰ６、またはＫ１１などのバクテリオファージポリメラーゼのプロモーターが挙げられる。選択される特異的ＲＮＡポリメラーゼプロモーター配列に応じて、所望の配列以外にさらなる５’ヌクレオチドが転写されてもよい。例えば、カノニカルなＴ７プロモーターは、配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧにより参照することができ、所望の配列Ｎの生成にＤＮＡ鋳型ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＮＶを用いたＩＶＴ反応によってｍＲＮＡ配列ＧＧ－ＮＶが得られる。一般的に、また、理論によって束縛されることを望まずに言えば、Ｔ７ポリメラーゼは、グアノシンで始まるＲＮＡ転写物をより効率的に転写することができる。しかしながら、さらなる５’ヌクレオチドは望ましくない場合があり、及び／または弊害がある場合がある。したがって、ＤＮＡ鋳型に含まれるＲＮＡポリメラーゼプロモーターは、所望の配列の５’ヌクレオチドのみを含む転写物を生じる配列とすることができる（例えば、自己複製型ウイルスの天然ゲノム配列を指す、ＳＡＭベクターが由来する自己複製型ウイルスの内因性（「天然」または「ゲノミック」とも呼ばれる）５’配列を有するＳＡＭ（例えば、「ＡＵ－ＳＡＭ」とも呼ばれる内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチドＡＵを有する）。例えば、最小Ｔ７プロモーターは、配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡにより参照することができ（５’～３’方向；φ６．５ Ｔ７プロモーター）、所望の配列Ｎの生成にＤＮＡ鋳型ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＮ１Ｎ２ＮＶを用いたＩＶＴ反応によってｍＲＮＡ配列Ｎ１Ｎ２ＮＶが得られる。別の最小Ｔ７プロモーターは配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＴ（５’～３’方向；φ２．５ Ｔ７プロモーター）により参照することができる。同様に、ＡＴＴＴＡＧＧＴＧＡＣＡＣＴＡＴＡにより参照することができる最小ＳＰ６プロモーターを使用してさらなる５’ヌクレオチドを含まない転写物を生成することができる。同様に、ＡＡＴＴＡＧＧＧＣＡＣＡＣＴＡＴＡにより参照することができる最小Ｋ１１プロモーターを使用してさらなる５’ヌクレオチドを含まない転写物を生成することができる。一般的なＩＶＴ反応では、ＤＮＡ鋳型は、適当なＲＮＡポリメラーゼ酵素、バッファー剤、及びヌクレオチド（ＮＴＰ）とインキュベートされる。
得られたＲＮＡポリヌクレオチドは、７－メチルグアノシンまたは関連する構造などの５’キャップ構造の付加、及び場合によりポリアデニル化（ポリＡ）テールを有するように３’末端を改変することを含む（ただしこれらに限定されない）方法によって、場合によりさらに改変することができる。改変ＩＶＴ反応では、ＲＮＡは、ＩＶＴにおいてキャップアナログの付加によって同時転写により５’キャップ構造でキャッピングされる。キャップアナログとしては、ジヌクレオチド（（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ）キャップアナログまたはトリヌクレオチド（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２）キャップアナログが挙げられる（Ｎは、ヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチド（例えば、これらに限定されるものではないが、アデノシン、グアノシン、シチジン、及びウリジンを含むリボヌクレオシド）を表す）。修飾ヌクレオチドとしては、２’ＯＨがメチル化されたＮ６メチルグアノシンなどの修飾アデノシンが挙げられる。トリヌクレオチド（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２）キャップアナログを含む例示的な非限定例では、Ｎ１は、２’ＯＨがメチル化されたＮ６メチルアデノシンであり得る。キャップアナログは、本明細書に記載される構造または式のいずれかを含むことができる。例示的キャップアナログ及びＩＶＴ反応におけるそれらの使用については、あらゆる目的で本明細書に参照により援用する米国特許第１０，５１９，１８９号にもより詳細に記載されている。上記に述べたように、Ｔ７ポリメラーゼはグアノシンで始まるＲＮＡ転写物をより効率的に転写することができる。グアノシンで始まらない鋳型の転写効率を高めるために、トリヌクレオチドキャップアナログ（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ－Ｎ）を使用することができる。トリヌクレオチドキャップアナログは、ジヌクレオチドキャップアナログ（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ）を使用したＩＶＴ反応に対して転写効率を２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０倍、またはそれ以上、高めることができる。
例えば、ｍＲＮＡ ２’－Ｏ－メチルトランスフェラーゼ及びＳ－アデノシルメチオニンを含むワクシニアキャッピングシステム（例えば、ＮＥＢカタログ番号Ｍ２０８０）を用いることなどにより、５’キャップ構造を転写後に付加することもできる。
次に、ＲＮＡをフェノールクロロホルム抽出またはカラム精製（例えば、クロマトグラフィーベースの精製）などの当該技術分野では周知の方法を用いて精製することができる。
アルファウイルスの生物学
アルファウイルスは、トガウイルス科のメンバーであり、一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスである。メンバーは、一般的に、シンドビス、ロスリバー、マヤロ、チクングニア、及びセムリキ森林ウイルスなどの旧世界型、または、東部ウマ脳炎ウイルス、アウラ、フォートモルガン、もしくはベネズエラウマ脳炎ウイルス及びその誘導株ＴＣ－８３などの新世界型に分類される（Ｓｔｒａｕｓｓ Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ Ｒｅｖｉｅｗ １９９４）。天然のアルファウイルスゲノムは、通常、長さ約１２ｋｂであり、その最初の２／３は、ウイルスゲノムを自己複製するためのＲＮＡ複製複合体を形成する非構造タンパク質（ｎｓＰ）をコードする遺伝子を含んでおり、最後の１／３は、ビリオンを産生するための構造タンパク質をコードするサブゲノム発現カセットを含んでいる（Ｆｒｏｌｏｖ ＲＮＡ ２００１）。
アルファウイルスのモデル生活環は、複数の異なるステップを含む（Ｓｔｒａｕｓｓ Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ Ｒｅｖｉｅｗ １９９４，Ｊｏｓｅ Ｆｕｔｕｒｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００９）。宿主細胞にウイルスが吸着した後、ビリオンが細胞内区画内の膜と融合し、最終的にゲノムＲＮＡをサイトゾル中に放出する。プラス鎖の向きを有し、５’末端のメチルグアニル酸キャップ及び３’末端のポリＡテールを有するゲノムＲＮＡは、翻訳されて非構造タンパク質ｎｓＰ１－４を生成し、これが複製複合体を形成する。感染初期には、プラス鎖はこの複合体によってマイナス鎖の鋳型に複製される。現在のモデルでは、複製複合体は感染が進行するにつれてさらにプロセシングされ、生じたプロセス後の複合体はマイナス鎖の完全長プラス鎖ゲノムＲＮＡ及び構造遺伝子を含む２６Ｓのサブゲノムプラス鎖ＲＮＡへの転写に切り替わる。アルファウイルスのいくつかの保存配列エレメント（ＣＳＥ）が、マイナス鎖鋳型からのプラス鎖ＲＮＡの複製における５’ＵＴＲの相補体、ゲノム鋳型からのマイナス鎖合成の複製における５１ｎｔのＣＳＥ、マイナス鎖からのサブゲノムＲＮＡの転写におけるｎｓＰと２６Ｓ ＲＮＡとのジャンクション領域内の２４ｎｔのＣＳＥ、及び、プラス鎖鋳型からのマイナス鎖合成における３’末端の１９ｎｔのＣＳＥを含む様々なＲＮＡ合成ステップにおいて潜在的に一定の役割を担っているものとして同定されている。
ウイルスの自然の生活環では、異なるＲＮＡ種の複製後、ウイルス粒子が通常、アセンブルされる。２６Ｓ ＲＮＡは翻訳され、生じたタンパク質はさらにプロセシングされて、カプシドタンパク質、糖タンパク質Ｅ１及びＥ２、ならびに２種類の小ポリペプチドＥ３及び６Ｋを含む構造タンパク質を生成する（Ｓｔｒａｕｓｓ １９９４）。ウイルスＲＮＡのカプシド形成が生じ、通常はゲノムＲＮＡのみに特異的なカプシドタンパク質がパッケージングされた後、ビリオンがアセンブルされ、膜表面に出芽する。
アルファウイルス送達ベクター
アルファウイルス（アルファウイルス配列、特徴、及び、他の要素）を使用してアルファウイルスベースの送達ベクター（アルファウイルスベクター、アルファウイルスウイルスベクター、アルファウイルスワクチンベクター、自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクター、または自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターとも称される）を作製することができる。アルファウイルスは、発現ベクター系として使用するために従来、遺伝子操作がなされている（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７，Ｒｈｅｍｅ ２００４）。アルファウイルスは、異種抗原の発現が望ましい場合があるワクチン設定においていくつかの長所を有する。アルファウイルスは、宿主のサイトゾル中で自己複製するその能力のため、細胞内の発現カセットの高いコピー数を一般的に得ることができることから、高いレベルの異種抗原の産生を実現することができる。さらに、ベクターは一般的に一過性であるため、バイオセーフティーが高く、ベクターに対する免疫寛容の誘導は低い。また、一般公衆は、一般的にヒトアデノウイルスのような他の標準的ウイルスベクターと比較してアルファウイルスに対する既存の免疫を有していない。アルファウイルスに基づくベクターはまた、感染細胞に対する細胞毒性反応を一般的に生じる。細胞毒性は、発現された異種抗原に対して免疫応答を適性に刺激するためにワクチン設定においてある程度の重要性を有しうる。しかしながら、所望の細胞毒性の程度はバランスの問題であり、そのため、ＶＥＥＶのＴＣ－８３株をはじめとするいくつかの弱毒化されたアルファウイルスが開発されている。したがって、本明細書に記載される新生抗原発現ベクターの一例では、高いレベルの抗原発現を可能とし、抗原に対する強い免疫応答を刺激し、ベクター自体に対する免疫応答は刺激せず、安全に使用することができるアルファウイルス骨格を用いることができる。さらに、抗原発現カセットは、ＶＥＥＶまたはその弱毒化誘導株ＴＣ－８３に由来する配列を含む（ただしこれらに限定されない）どのアルファウイルス配列をベクターが用いるかを最適化することを通じて、異なるレベルの免疫応答を刺激するように設計することができる。
アルファウイルス配列を用いたいくつかの発現ベクターの設計戦略が開発されている（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７）。１つの戦略では、アルファウイルスベクターの設計は、構造タンパク質遺伝子の下流に２６Ｓプロモーター配列因子の第２のコピーを挿入した後、異種遺伝子を挿入することを含む（Ｆｒｏｌｏｖ １９９３）。これにより、天然の非構造及び構造タンパク質以外に、さらなる異種タンパク質を発現するサブゲノムＲＮＡが産生される。このシステムでは、感染性ビリオンを産生するためのすべての因子が存在し、したがって、非感染細胞において発現ベクターの繰り返しの感染のラウンドが行われうる。
別の発現ベクターの設計では、ヘルパーウイルスシステムを利用する（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７）。この戦略では、構造タンパク質は異種遺伝子によって置換される。したがって、依然としてインタクトな非構造遺伝子によって媒介されるウイルスＲＮＡの自己複製の後、２６ＳサブゲノムＲＮＡが異種タンパク質の発現をもたらす。従来、構造タンパク質を発現するさらなるベクターが、例えば、細胞株の同時トランスフェクションなどによってイン・トランスで与えられることで感染性ウイルスを生じる。１つのシステムが米国特許第８，０９３，０２１号に記載されており、当該特許の全容をあらゆる目的で参照によって本明細書に援用する。ヘルパーベクターシステムは、感染性粒子を形成する可能性を制限するという長所をもたらし、したがってバイオセーフティーを改善する。さらに、ヘルパーベクターシステムは、全ベクター長を短縮し、複製及び発現の効率を改善する可能性がある。したがって、本明細書に記載される抗原発現ベクターの一例では、構造タンパク質が抗原カセットで置換されたアルファウイルス骨格を用いることができ、得られるベクターはバイオセーフティーの問題が低減されるのと同時に全体的な発現ベクターのサイズの減少により、効率的な発現を促進する。
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）による送達
ワクチンベクターの設計において考慮すべき重要な側面の１つとして、ベクター自体に対する免疫がある（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。これは、例えば特定のヒトアデノウイルス系などのベクター自体に対する既存の免疫の形である場合もあり、またはワクチンの投与後に生じるベクターに対する免疫の形である場合もある。後者は、例えば別々のプライミング及びブースター投与のように同じワクチンの複数回の投与が行われる場合、または異なる抗原カセットを送達するために同じワクチンベクターシステムが用いられるような場合に重要な考慮事項となる。
アルファウイルスベクターの場合では、標準的な送達方法は、カプシド、Ｅ１、及びＥ２タンパク質をイン・トランスで与えることによって感染性のウイルス粒子を生じる上記に述べたヘルパーウイルスシステムである。しかしながら、Ｅ１及びＥ２タンパク質は、しばしば中和抗体の主要な標的である点に留意することが重要である（Ｓｔｒａｕｓｓ １９９４）。したがって、対象とする抗原を標的細胞に送達するためにアルファウイルスベクターを使用することの有効性は、感染性粒子が中和抗体の標的とされる場合に低下する可能性がある。
ウイルス粒子を媒介とする遺伝子送達に代わる代替的手法として、ナノ粒子を用いた発現ベクターの送達がある（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。重要な点として、ナノ材料担体は、非免疫原性材料で形成することができ、送達ベクター自体に対する免疫の誘発を一般的に回避することができる。これらの材料としては、これらに限定されるものではないが、脂質、無機ナノ材料、及び他のポリマー材料を挙げることができる。脂質は、カチオン性、アニオン性、または中性であってよい。かかる材料は、合成または天然由来のものであってよく、特定の例では生分解性であってよい。脂質は、脂肪、コレステロール、リン脂質、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）複合体（ＰＥＧ化脂質）を含む（ただしこれに限定されない）脂質複合体、ワックス、油類、グリセリド、及び脂溶性ビタミンを含みうる。
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）は、膜及び小胞状構造の形成を可能とする脂質の両親媒性の性質のために魅力的な送達システムである（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。一般的にこれらの小胞は、標的細胞の膜内に吸収され、サイトゾル中に核酸を放出することによって発現ベクターを送達する。さらに、ＬＮＰは特定の細胞種のターゲティングを促すようにさらに改変または官能化することができる。例示的な例として、ＬＮＰの選択的及び標的化送達は、１）細胞タイプ特異的受容体に対する脂質結合リガンド（例えばマンノース）をＬＮＰに取り込ませるか、かつ／または２）ターゲティング抗体と相互作用する膜連結リポタンパク質（アンカー）をＬＮＰに取り込ませることによって実現することができる。アンカーは、プロテインＡ／Ｇ、及びそのＮ末端またはそのＣ末端にコードされた外因性脂質修飾シグナル（例えば、パルミトイル化、プレニル化、及び／またはミリストイル化）を有するｓｃＦｖ、Ｆａｂ、及びＶＨＨシングルドメイン抗体またはナノボディーを含む抗体の任意の構造的形態とすることができる。ＬＮＰの設計における別の考慮事項は、ターゲティングの効率と細胞毒性との間のバランスである。脂質の組成は一般的に、カチオン性、中性、アニオン性、及び両親媒性脂質の規定の混合物を含む。いくつかの例では、ＬＮＰの凝集を防止するか、脂質の酸化を防止するか、またはさらなる部分の付着を促す化学官能基を与えるために特定の脂質が含まれる。脂質の組成は、全体のＬＮＰのサイズ及び安定性に影響しうる。１つの例では、脂質の組成は、ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート（ＭＣ３）またはＭＣ３様分子を含む。ＭＣ３及びＭＣ３様脂質の組成物は、例えばＰＥＧまたはＰＥＧ複合化脂質、ホスホコリン、ホスホエタノールアミン、ステロール、または中性脂質などの１種類以上の他の脂質を含むように配合することができる。
血清に直接曝露された発現ベクターなどの核酸ベクターは、血清中のヌクレアーゼによる核酸の分解、または遊離核酸による免疫系のオフターゲットの刺激を含むいくつかの望ましくない影響を有しうる。したがって、アルファウイルスベクターの封入を利用して分解を防止する一方で、潜在的なオフターゲット効果も防止することができる。特定の例では、アルファウイルスベクターは、ＬＮＰの水性の内部など、送達担体内に完全に封入される。ＬＮＰ内へのアルファウイルスベクターの封入は、微小流体液滴生成装置で行われる微小流体混合及び液滴生成などの当該技術分野では周知の方法によって実施することができる。かかる装置としては、これらに限定されるものではないが、標準的なＴジャンクション装置またはフローフォーカシング装置が挙げられる。１つの例では、ＭＣ３またはＭＣ３様分子含有組成物などの所望の脂質配合物を、アルファウイルス送達ベクター及び他の所望の物質と並行して液滴生成装置に供給することで、送達ベクター及び所望の物質がＭＣ３またはＭＣ３様分子ベースのＬＮＰの内部に完全に封入される。１つの例では、液滴生成装置は、生成されたＬＮＰの粒径範囲及び粒度分布を制御することができる。例えば、ＬＮＰは、直径１～１０００ｎｍの範囲の粒径、例えば、１、１０、５０、１００、５００、または１０００ｎｍの粒径を有することができる。液滴生成の後、発現ベクターを封入した送達ベクターを、投与に備えてさらに処理または改変することができる。
その他のベクター
本明細書に記載される自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベースの組成物は、異なる（例えば、非ＳＡＭ）ベクター骨格を有する他の組成物とともに使用することができる。例えば、ＳＡＭ組成物は、抗原カセットをコードするためにチンパンジー由来のベクター骨格も用いたワクチン戦略の一環として用いることができる。チンパンジーＣ６８アデノウイルス（本明細書ではＣｈＡｄＶ６８とも呼ぶ）のヌクレオチド配列を、抗原を送達するためのワクチン組成物中に使用することができる（配列番号１を参照）。Ｃ６８アデノウイルス由来ベクターの使用については、米国特許第６，０８３，７１６号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２００１９７５００Ａ１号、及び国際特許出願公開ＷＯ２０２０／２４３７１９にさらに記載されており、それぞれをあらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する。
抗原
抗原は、ヌクレオチドまたはポリペプチドを含みうる。例えば、抗原は、ポリペプチド配列をコードするＲＮＡ配列であってよい。したがって、ワクチンにおいて有用な抗原には、ヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が含まれる。
本明細書では、本明細書に開示される方法によって特定された腫瘍特異的変異を含む単離されたペプチド、既知の腫瘍特異的変異を含むペプチド、及び本明細書に開示される方法によって特定された変異体ポリペプチドまたはそのフラグメントが開示される。新生抗原ペプチドはそれらのコード配列に関して記述することができ、新生抗原は関連するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む。
本明細書はまた、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチド、例えば、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で異常に発現することが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来するペプチドも開示する。抗原性ペプチドが由来しうる適当なポリペプチドは、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースに見出すことができる。ＣＯＳＭＩＣは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報をキュレートしたものである。ペプチドは、腫瘍特異的変異を含み得る。腫瘍抗原（例えば、共有された腫瘍抗原及び腫瘍新生抗原）としては、これらに限定されるものではないが、あらゆる目的で本明細書に参照により援用する米国特許出願第１７／０５８，１２８号に記載されるものが挙げられる。
本明細書では、感染症生物、対象の感染症、または対象の感染細胞に関連する任意のポリヌクレオチドに由来するペプチドも開示される。抗原は、感染症生物のヌクレオチド配列またはポリペプチド配列に由来するものであってよい。感染症生物のポリペプチド配列としては、これらに限定されるものではないが、病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドが挙げられる。感染症生物としては、これらに限定されるものではないが、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核が挙げられる。
本明細書では、本明細書に開示される方法によって特定された感染症生物特異的抗原またはエピトープを含む単離されたペプチド、既知の感染症生物特異的抗原またはエピトープを含むペプチド、及び本明細書に開示される方法によって特定された変異体ポリペプチドまたはそのフラグメントが開示される。抗原ペプチドはそれらのコード配列に関して記述することができ、抗原は関連するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む。
本明細書に記載されるベクター及び関連する組成物を使用して、それらの毒素または他の副産物を含む任意の生物由来の抗原を送達して感染症またはその生物またはその副産物に関連する他の有害反応を予防及び／または治療することができる。
ワクチンに組み込む（例えば、カセットにコードする）ことができる抗原には、ヒト及び非ヒト脊椎動物に感染する病原性ウイルスなどのウイルスに対してヒトまたは非ヒト動物を免疫化するうえで有用な免疫原が含まれる。抗原は様々なウイルス科から選択することができる。それに対する免疫応答が望ましい所望のウイルス科の例としては、一般的な風邪の症例の約５０％の原因であるライノウイルス属；ポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、及びＡ型肝炎ウイルスなどのヒトエンテロウイルスを含むエンテロウイルス属；ならびに、主に非ヒト動物における手足口病の原因であるアフトウイルス属を含むピコルナウイルス科が挙げられる。ピコルナウイルス科のウイルスの中では、標的抗原として、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、及びＶＰＧが挙げられる。別のウイルス科としてカリシウイルス科が挙げられ、流行胃腸炎の重要な病原体であるノーウォークウイルス群を含む。ヒト及び非ヒト動物の免疫応答を刺激するために抗原を標的化するうえでの使用に望ましいさらに別のウイルス科としてトガウイルス科があり、アルファウイルス属を含み、アルファウイルス属には、シンドビスウイルス、ロスリバーウイルス、ならびにベネズエラウマ脳炎、東部ウマ脳炎及び西部ウマ脳炎ウイルス、ならびに風疹ウイルスを含むルビウイルスが含まれる。フラビウイルス科は、デング熱、黄熱、日本脳炎、セントルイス脳炎及びダニ媒介性脳炎ウイルスを含む。他の標的抗原がＣ型肝炎及びコロナウイルス科から生成されうるが、これらのウイルスには、多くの非ヒトウイルス、例えば、伝染性気管支炎ウイルス（家禽）、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス（ブタ）、ブタ血球凝集脳脊髄炎ウイルス（ブタ）、ネコ伝染性腹膜炎ウイルス（ネコ）、ネコ腸コロナウイルス（ネコ）、イヌコロナウイルス（イヌ）、及びヒト呼吸器コロナウイルスが含まれ、これらは風邪及び／又は非Ａ、Ｂ又はＣ型肝炎を引き起こすことがある。コロナウイルス科内では、標的抗原には、Ｅ１（Ｍ又はマトリックスタンパク質とも呼ばれる）、Ｅ２（Ｓ又はスパイクタンパク質とも呼ばれる）、Ｅ３（ＨＥ又はヘマグルチン－エルテロースとも呼ばれる）糖タンパク質（すべてのコロナウイルスに存在するわけではない）またはＮ（ヌクレオキャプシド）が含まれる。さらに他の抗原をラブドウイルス科に対して標的化することができるが、ラブドウイルス科にはベシキュロウイルス属（例えば、水泡性口内炎ウイルス）及び狂犬病ウイルス属（例えば、狂犬病）が含まれる。ラブドウイルス科内では、適当な抗原はＧタンパク質又はＮタンパク質由来のものとすることができる。マールブルグウイルス及びエボラウイルスなどの出血熱ウイルスを包含するフィロウイルス科は適当な抗原のソースとなりうる。パラミクソウイルス科には、パラインフルエンザウイルス１型、パラインフルエンザウイルス３型、ウシパラインフルエンザウイルス３型、ルブラウイルス（ムンプスウイルス）、パラインフルエンザウイルス２型、パラインフルエンザウイルス４型、ニューカッスル病ウイルス（ニワトリ）、牛疫、モルビリウイルス（はしか及びイヌジステンバーを包含する）、及び呼吸合胞体ウイルスを含むニューモウイルスが含まれる（他、糖（Ｇ）タンパク質及び融合（Ｆ）タンパク質、これらの配列はＧｅｎＢａｎｋより入手可能である）。インフルエンザウイルスは、オルソミクソウイルス科内に分類され、適当な抗原（例えば、ＨＡタンパク質、Ｎ１タンパク質）のソースとなりうる。ブンヤウイルス科は、ブンヤウイルス属、（カリフォルニア脳炎、ラ・クロッス）、フレボウイルス（リフトバレー熱）、ハンタウイルス（プレマラ（ｐｕｒｅｍａｌａ）はヘマハギン熱ウイルスである）、ナイロウイルス（ナイロビヒツジ病）及び種々の非指定ブンヤウイルスを含む。アレナウイルス科はＬＣＭ及びラッサ熱ウイルスに対する抗原のソースを与える。レオウイルス科は、レオウイルス属、ロタウイルス属（子供の急性胃腸炎を引き起こす）、オルビウイルス属及びカルチウイルス属（コロラドダニ熱、レボンボ（Ｌｅｂｏｍｂｏ）（ヒト）、ウマ脳炎、ブルータング）を含む。レトロウイルス科は、ネコ白血病ウイルス、ＨＴＬＶＩ及びＨＴＬＶＩＩのようなヒト及び獣医学的疾患を包含するオンコウイルス亜科、レンチウイルス亜科（ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウマ伝染性貧血ウイルス及びスプマウイルス亜科を含む）を含む。レンチウイルス間では、多くの適当な抗原が記載されており、容易に選択することができる。適当なＨＩＶ及びＳＩＶ抗原の例としては、これらに限定されるものではないが、ｇａｇ、ｐｏｌ、Ｖｉｆ、Ｖｐｘ、ＶＰＲ、Ｅｎｖ、Ｔａｔ、Ｎｅｆ、及びＲｅｖタンパク質、ならびにそれらの種々の断片が挙げられる。例えば、Ｅｎｖタンパク質の適当な断片には、ｇｐ１２０、ｇｐ１６０、ｇｐ４１などのそのサブユニットのいずれか、または例えば少なくともアミノ酸約８個の長さのそれらのより小さい断片が含まれ得る。同様に、ｔａｔタンパク質の断片も選択することができる［米国特許第５，８９１，９９４号及び米国特許第６，１９３，９８１号を参照］。Ｄ．Ｈ．Ｂａｒｏｕｃｈ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，７５（５）：２４６２－２４６７（Ｍａｒｃｈ ２００１）、及びＲ．Ｒ．Ａｍａｒａ，ｅｔ ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９２：６９－７４（６ Ａｐｒ．２００１）に記載されるＨＩＶ及びＳＩＶタンパク質についても参照されたい。別の例では、ＨＩＶ及び／またはＳＩＶ免疫原性タンパク質またはペプチドを用いて、融合タンパク質または他の免疫原性分子を形成することができる。例えば、２００１年８月２日公開のＷＯ０１／５４７１９及び１９９９年４月８日公開のＷＯ９９／１６８８４に記載されるＨＩＶ－１ Ｔａｔ及び／またはＮｅｆ融合タンパク質及び免疫化のレジメンを参照されたい。本発明は、本明細書に記載されるＨＩＶ及び／またはＳＩＶ免疫原性タンパク質またはペプチドに限定されない。さらに、これらのタンパク質に対する様々な改変がこれまでに記載されているか、または当業者によって容易に行うことができる。例えば、米国特許第５，９７２，５９６号に記載される改変ｇａｇタンパク質を参照されたい。さらに、あらゆる所望のＨＩＶ及び／またはＳＩＶ免疫原を単独でまたは組み合わせて投与することができる。かかる組み合わせには、単一のベクターからの、または複数のベクターからの発現が含まれ得る。パポバウイルス科はポリオーマウイルス亜科（ＢＫＵ及びＪＣＵウイルス）及びパピローマウイルス亜科（がんまたは乳頭腫の悪性進行に関連する）を含む。アデノウイルス科は呼吸疾患及び／又は腸炎を引き起こすウイルス（ＥＸ、ＡＤ７、ＡＲＤ、Ｏ．Ｂ．）を含む。パルボウイルス科は、ネコパルボウイルス（ネコ腸炎）、ネコ汎白血球減少症ウイルス、イヌパルボウイルス及びブタパルボウイルスを含む。ヘルペスウイルス科は、シンプレックスウイルス属（ＨＳＶＩ、ＨＳＶＩＩ）、バリセロウイルス（仮性狂犬病、水痘帯状疱疹）を含むアルファヘルペスウイルス亜科及び、サイトメガロウイルス属（ヒトＣＭＶ、ムロメガロウイルス）を含むベータヘルペスウイルス亜科、ならびに、リンフォクリプトウイルス属、ＥＢＶ（バーキットリンパ腫）、伝染性鼻気管炎、マレック病ウイルス及びラジノウイルスを包含するガンマヘルペスウイルス亜科を含む。ポックスウイルス科は、オルソポックスウイルス属（痘瘡（天然痘）及びワクシニア（牛痘））、パラポックスウイルス、アビポックスウイルス、カプリポックスウイルス、ウサギポックスウイルス、スイポックスウイルスを包含する脊椎動物ポックスウイルス亜科、及び昆虫ポックスウイルス亜科を含む。ヘパドナウイルス科はＢ型肝炎ウイルスを含む。抗原の適切なソースとなりうる未分類のウイルスの１つに、デルタ型肝炎ウイルスがある。さらに他のウイルス源としては、ニワトリ伝染性ファブリキウス嚢病ウイルス及びブタ呼吸繁殖障害症候群ウイルスが含まれうる。アルファウイルス科はウマ動脈炎ウイルス及び種々の脳炎ウイルスを含む。
ワクチンに組み込む（例えば、カセットにコードする）ことができる抗原には、ヒト及び非ヒト脊椎動物に感染する細菌、真菌、寄生性微生物または多細胞寄生生物を含む病原体に対してヒトまたは非ヒト動物を免疫化するうえで有用な免疫原も含まれる。細菌病原体の例としては、肺炎球菌、ブドウ球菌、及び連鎖球菌を含む病原性グラム陽性球菌が挙げられる。病原性グラム陰性球菌は髄膜炎菌、淋菌を含む。病原性腸グラム陰性桿菌は、腸内細菌科；シュードモナス、アシネトバクテリア及びエイケネラ；類鼻疽；サルモネラ；赤痢菌；ヘモフィルス（ヘモフィルス・インフルエンザエ、ヘモフィルス・ソムナス）；モラクセラ；Ｈ．デュクレイ（Ｈ．ｄｕｃｒｅｙｉ）（軟性下疳を引き起こす）；ブルセラ；フランシセラ・ツラレンシス（Ｆｒａｎｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）（野兎病を引き起こす）；エルシニア（パスツレラ）；ストレプトバシラス・モニリフォルミス及びスピリルムを含む。グラム陽性桿菌は、リステリア・モノサイトゲネス；ブタ丹毒菌；コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）（ジフテリア）；コレラ；Ｂ．アントラシス（Ｂ．ａｎｔｈｒａｃｉｓ）（炭疽菌）；ドノヴァン症（鼠径肉芽腫）；及びバルトネラ症を含む。病原性嫌気性菌により引き起こされる疾患として、破傷風、ボツリヌス中毒、その他のクロストリジウム症、結核、ハンセン病及びその他のマイコバクテリアが挙げられる。具体的な細菌種の例としては、これらに限定されるものではないが、肺連レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、大便レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、カタル球菌（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）、ピロリ菌（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、クラミジア・トラコマティス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、クラミジア・ニューモニエ（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、サルモネラ・コレレスイス（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム細胞内複合体（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅｃｏｍｐｌｅｘ）、プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、プロテウス・ブルガリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｒｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、レプトスピラ・インターロガンス（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ ｉｎｔｅｒｒｏｇａｎｓ）、ライム病菌（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ヘモリチカ菌（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃａ）、パスツレラ・マルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）、アクチノバチルス・プルロニューモニア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）及びマイコプラズマ・ガリセプチカム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇａｌｌｉｓｅｐｔｉｃｕｍ）が挙げられる。病原性スピロヘータ疾患として、梅毒；トレポネーマ症；イチゴ腫、ピンタ及び地方病性梅毒；並びにレプトスピラ症が挙げられる。より高等な病原性細菌及び病原性真菌により引き起こされるその他の感染として、放線菌症；ノカルジア症；クリプトコッカス症（クリプトコッカス）、ブラストミセス症（ブラストミセス）、ヒストプラスマ症（ヒストプラスマ）及びコクシジオイデス症（コクシジオイデス）；カンジダ症（カンジダ）、アスペルギルス症（アスペルギルス）及びムコール症；スポロトリクム症；パラコクシジオイドミコーシス、ペトリエリオジオーシス（ｐｅｔｒｉｅｌｌｉｄｉｏｓｉｓ）、トルロプシス症、菌腫及び黒色真菌症；ならびに皮膚糸状菌症が挙げられる。リケッチア感染症として、発疹チフス、ロッキー山紅斑熱、Ｑ熱およびリケッチア痘症が挙げられる。マイコプラズマ及びクラミジア感染症の例としては、肺炎マイコプラズマ、鼠径リンパ肉芽腫症、オウム病及び周産期のクラミジア感染症が挙げられる。病原性真核生物には病原性原生動物及び蠕虫が包含され、これによる感染症としては、アメーバ症、マラリア、リーシュマニア症（例えば、大形リーシュマニアにより引き起こされる）、トリパノソーマ症、トキソプラスマ症（例えば、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉにより引き起こされる）、ニューモシスチス・カリニ、トリカンス（Ｔｒｉｃｈａｎｓ）、トキソプラズマ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、バベシア症、ジアルジア症（例えば、Ｇｉａｒｄｉａにより引き起こされる）、旋毛虫症（例えば、トリコモナスにより引き起こされる）、フィラリア症、住血吸虫症（例えば、住血吸虫により引き起こされる）、線虫、吸虫（ｔｒｅｍａｔｏｄｅ）すなわち吸虫（ｆｌｕｋｅ）、及び条虫（サナダムシ）感染症が挙げられる。他の寄生虫感染症には、特に、回虫、鞭虫、クリプトスポリジウム、及びニューモシスチス・カリニにより引き起こされるものがある。
本明細書では、感染症生物、対象の感染症、または対象の感染細胞に関連する任意のポリヌクレオチドに由来するペプチドも開示される。抗原は、感染症生物の核酸配列またはポリペプチド配列に由来するものであってよい。感染症生物のポリペプチド配列としては、これらに限定されるものではないが、病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドが挙げられる。感染症生物としては、これらに限定されるものではないが、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核が挙げられる。
腫瘍細胞、感染細胞または樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞を含む免疫細胞などの細胞の細胞表面状に提示されることが予測される抗原を選択することができる。免疫原性を有することが予測される抗原を選択することができる。
抗原ヌクレオチド配列によってコードされる１つ以上のポリペプチドは、以下のうちの少なくとも１つを含むことができる：１０００ｎＭ未満のＩＣ５０値でのＭＨＣとの結合親和性、ＭＨＣクラスＩペプチドについてはアミノ酸８～１５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の長さ、プロテアソーム切断を促進するペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及び、ＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在、ＭＨＣクラスＩＩのポリペプチドについてはアミノ酸６～３０個、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の長さ、細胞外もしくはリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシン）によるペプチド促進切断部位またはＨＬＡ－ＤＭにより触媒されるＨＬＡ結合部位内またはその近くの配列モチーフの存在。
１つ以上の抗原が、腫瘍の表面上に存在することができる。１つ以上の抗原が、感染細胞の表面上に存在することができる。
１つ以上の抗原が、腫瘍を有する対象で免疫原性でありうる（例えば、対象のＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答を刺激することができる）。１つ以上の抗原が、感染症を有するか有することが疑われる対象で免疫原性でありうる（例えば、対象のＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答を刺激することができる）。１つ以上の抗原が、感染症のリスクがある対象で免疫原性でありうる（例えば、感染症に特異的なメモリーＴ細胞、メモリーＢ細胞、及び／または抗体の産生を刺激するなど、感染症に対する免疫学的防御（すなわち、免疫）を与えるＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答を対象で刺激することができる）。
１つ以上の抗原が、１つ以上の抗原を認識する抗体（例えば、感染症生物を認識する抗体）の産生などのＢ細胞応答を刺激することが可能な場合がある。抗体は、直鎖状ポリペプチド配列を認識するか、または二次及び三次構造を認識することができる。したがって、Ｂ細胞の抗原としては、これらに限定されるものではないが、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、または二次及び三次構造を有することが知られているかもしくは予測される任意のポリペプチドを含む直鎖状ポリペプチド配列または二次及び三次構造を有するポリペプチドを挙げることができる。感染に対するＢ細胞応答を誘発することができる抗原は、感染症生物の表面に見出される。感染に対するＢ細胞応答を誘発することができる抗原は、感染症生物で発現される細胞内抗原であり得る。
１つ以上の抗原は、Ｔ細胞応答を刺激することができる抗原（例えば、予測されるＴ細胞エピトープ配列を含むペプチド）と、Ｂ細胞応答を刺激することができる異なる抗原（例えば、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン）との組み合わせを含むことができる。
対象において自己免疫応答を刺激する１つ以上の抗原は、対象のためのワクチン生成との関連において考察から除外することができる。
少なくとも１つの抗原性ペプチド分子（例えば、エピトープ配列）のサイズは、約５個、約６個、約７個、約８個、約９個、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、約２０個、約２１個、約２２個、約２３個、約２４個、約２５個、約２６個、約２７個、約２８個、約２９個、約３０個、約３１個、約３２個、約３３個、約３４個、約３５個、約３６個、約３７個、約３８個、約３９個、約４０個、約４１個、約４２個、約４３個、約４４個、約４５個、約４６個、約４７個、約４８個、約４９個、約５０個、約６０個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１１０個、約１２０個、またはそれよりも多いアミノ分子残基、及びこれらの範囲から導出される任意の範囲を含むことができるが、それらに限定されない。具体的な実施形態において、抗原性ペプチド分子は、アミノ酸５０個以下である。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩについては長さが１５残基以下で、通常約８～約１１残基の間からなり、特に９または１０残基であることができ；ＭＨＣクラスＩＩについては、６～３０残基であることができる。
望ましい場合、より長いペプチドを、いくつかのやり方において設計することができる。１つの例において、ＨＬＡアレル上のペプチドの提示可能性が予測されるかまたは公知である場合、より長いペプチドは、（１）各々の対応する遺伝子産物のＮ末端及びＣ末端に向かって２～５アミノ酸の伸長を有する個々の提示されるペプチド；（２）各々について伸長した配列を有する、提示されるペプチドのいくつかまたはすべての連鎖のいずれかからなることができる。別の場合では、シークエンシングによって腫瘍内に長い（１０個よりも多い残基）ネオエピトープ配列の存在（例えば、新規なペプチド配列を生じるフレームシフト、リードスルー、またはイントロン導入による）が判明した場合、より長いペプチドは、（３）新規な腫瘍特異的または感染症特異的アミノ酸のストレッチ全体からなる（これにより、最も強くＨＬＡ提示されるより短いペプチドを計算またはインビトロ試験選択に基づいて選択する必要がない）。いずれの場合も、より長いペプチドは、患者細胞による内因性プロセシングを可能とし、より効果的な抗原提示及びＴ細胞応答の刺激をもたらし得る。より長いペプチドには、感染症生物で発現されるものなど、ペプチドの完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらのペプチドの組み合わせも含まれ得る。より長いペプチド（例えば、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、またはタンパク質ドメイン）及びそれらの組み合わせを含めることでＢ細胞応答を刺激することができる。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＨＬＡタンパク質上に提示されることができる。いくつかの態様では、抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、野生型ペプチドよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質上に提示される。いくつかの態様では、抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも１０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも２５０ｎＭ未満、少なくとも２００ｎＭ未満、少なくとも１５０ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満、またはそれよりも小さいＩＣ５０を有することができる。
いくつかの態様では、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、対象に投与された場合に、自己免疫応答を刺激せず、及び／または免疫寛容を引き起こさない。
少なくとも２つ以上の抗原性ペプチドを含む組成物も提供される。いくつかの実施形態では、組成物は少なくとも２つの異なるペプチドを含む。少なくとも２つの異なるペプチドは同じポリペプチドに由来するものであってよい。異なるペプチドとは、ペプチドが、長さ、アミノ酸配列、またはその両方において異なることを意味する。腫瘍特異的ペプチドは、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチド、例えば、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で異常に発現することが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する腫瘍特異的変異またはペプチドを含むことが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来するものとすることができる。ペプチドは、感染症生物に関連することが知られているかもしくは疑われる任意のポリペプチドに由来するものとするか、またはペプチドは、正常細胞または組織と比較して感染細胞で発現が変化していることが知られているかもしくは見出されている任意のポリペプチド（例えば、宿主細胞に発現が制限されている感染症ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む感染症ポリヌクレオチドまたはポリペプチド）に由来するものとすることができる。抗原性ペプチドが由来しうる適当なポリペプチドは、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースまたはＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｅｖｉｄｅｎｃｅ Ｎｅｏｐｌａｓｉａ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｅｘｃｈａｎｇｅ）データベースに見出すことができる。ＣＯＳＭＩＣは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報をキュレートしたものである。ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥは、数万人のがん患者からの臨床成績を用いた臨床グレードのがんゲノムデータを集約及びリンクしたものである。ペプチドは、腫瘍特異的変異を含み得る。いくつかの態様では、腫瘍特異的変異は、特定のがんのタイプのドライバー変異である。
望ましい活性または性質を有する抗原性ペプチド及びポリペプチドは、望ましいＭＨＣ分子に結合して適切なＴ細胞を活性化する非改変ペプチドの生物学的活性を増大させるかまたは実質的にそのすべてを少なくとも保持しつつ、特定の望ましい属性、例えば、改善された薬理学的特徴を与えるように改変することができる。例として、抗原性ペプチド及びポリペプチドを、保存的または非保存的のいずれかの置換などの、種々の改変にさらに供することができ、そのような改変は、改善されたＭＨＣ結合、安定性、または提示などの、それらの使用におけるある特定の利点を提供し得る。保存的置換とは、アミノ酸残基を、生物学的及び／または化学的に類似している別のもので、例えば、１つの疎水性残基を別の疎水性残基、または１つの極性残基を別の極性残基で置き換えることを意味する。置換は、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；及びＰｈｅ、Ｔｙｒなどの組み合わせを含む。単一アミノ酸置換の効果はまた、Ｄ－アミノ酸を用いて探査してもよい。そのような改変は、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：３４１－３４７（１９８６），Ｂａｒａｎｙ ＆ Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ｇｒｏｓｓ ＆ Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，ｅｄｓ．（Ｎ．Ｙ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ），ｐｐ．１－２８４（１９７９）；及びＳｔｅｗａｒｔ ＆ Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．，Ｐｉｅｒｃｅ），２ｄ Ｅｄ．（１９８４）に記載されているように、周知のペプチド合成手順を用いて行うことができる。
種々のアミノ酸模倣物または非天然アミノ酸でのペプチド及びポリペプチドの改変は、インビボでのペプチド及びポリペプチドの安定性の増大に特に有用である場合がある。安定性は多くの方法でアッセイすることができる。例として、ペプチダーゼ、ならびに、ヒト血漿及び血清などの種々の生物学的媒質が、安定性を試験するために使用されている。例えば、Ｖｅｒｈｏｅｆ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ．１１：２９１－３０２（１９８６）を参照されたい。ペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを用いて好都合に決定することができる。プロトコールは、概して以下のようなものである。プールしたヒト血清（タイプＡＢ、非熱不活性化）を、使用前に遠心分離によって脱脂する。次いで、血清を、ＲＰＭＩ組織培養培地で２５％に希釈し、ペプチド安定性を試験するために使用する。あらかじめ決定された時間間隔で、少量の反応溶液を取り出して、６％水性トリクロロ酢酸またはエタノールのいずれかに添加する。濁った反応試料を１５分間冷却（４℃）し、次いで、スピンして沈降血清タンパク質を沈殿させる。次いで、ペプチドの存在を、安定性特異的クロマトグラフィー条件を用いた逆相ＨＰＬＣによって決定する。
ペプチド及びポリペプチドを、改善された血清半減期以外の望ましい属性を提供するために修飾することができる。例として、ＣＴＬ活性を刺激するペプチドの能力を、Ｔヘルパー細胞応答を刺激することができる少なくとも１つのエピトープを含有する配列への連結によって増強することができる。免疫原性ペプチド／Ｔヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結することができる。スペーサーは、典型的には、生理学的条件下で実質的に無電荷である、アミノ酸またはアミノ酸模倣物などの相対的に小さな中性分子から構成される。スペーサーは、典型的には、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、または、非極性アミノ酸もしくは中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意で存在するスペーサーは、同じ残基から構成される必要はなく、したがって、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが、理解されるであろう。存在する場合、スペーサーは、通常、少なくとも１または２残基、より通常は、３～６残基であろう。あるいは、ペプチドを、スペーサーなしでＴヘルパーペプチドに連結することができる。
抗原性ペプチドは、ペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかで、直接またはスペーサーを介してのいずれかでＴヘルパーペプチドに連結することができる。抗原性ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端を、アシル化することができる。例示的なＴヘルパーペプチドは、破傷風トキソイドの８３０～８４３、インフルエンザの３０７～３１９、マラリアスポロゾイトの周囲３８２～３９８及び３７８～３８９を含む。
タンパク質またはペプチドは、標準的な分子生物学的技法を通したタンパク質、ポリペプチド、もしくはペプチドの発現、天然由来源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含む、当業者に公知の任意の技法によって作製することができる。種々の遺伝子に対応する、ヌクレオチドならびにタンパク質、ポリペプチド及びペプチドの配列は、以前に開示されており、当業者に公知のコンピュータ処理されたデータベースで見出すことができる。１つのそのようなデータベースは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈのウェブサイトに位置する、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＧｅｎｂａｎｋ及びＧｅｎＰｅｐｔデータベースである。公知の遺伝子のコード領域は、本明細書に開示する技法を用いて、または当業者に公知であるように、増幅及び／または発現させることができる。あるいは、タンパク質、ポリペプチド、及びペプチドの種々の商業的調製物が、当業者に公知である。
さらなる態様において、抗原は、抗原性ペプチドまたはその一部をコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を含む。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、例えば、ホスホロチオアートバックボーンを有するポリヌクレオチドなどの、ポリヌクレオチドの一本鎖及び／または二本鎖、または天然形態もしくは安定化形態のいずれか、または、それらの組み合わせであることができ、イントロンを含有してもよく、または含有しなくてもよい。抗原をコードするポリヌクレオチド配列は、転写、翻訳、転写後プロセシング、及び／またはＲＮＡ安定性を改善することなどにより、発現を改善するために配列最適化することができる。例えば、抗原をコードするポリヌクレオチド配列はコドン最適化することができる。本明細書では「コドン最適化」とは、特定の生物のコドンバイアスに関して、低頻度で用いられるコドンを高頻度で用いられる同義コドンに置換することを指す。ポリヌクレオチド配列は、転写後プロセシングを改善するために最適化することができ、例えば、好ましいスプライシング事象にバイアスするように、スプライシングモチーフ（例えば、カノニカル及び／またはクリプティック／非カノニカルスプライスドナー、ブランチ、及び／またはアクセプター配列）の除去、及び／または外因性スプライシングモチーフ（スプライスドナー、ブランチ、及び／またはアクセプター配列）の導入などにより、意図しないスプライシングを減少させるように最適化することができる。外因性イントロン配列としては、これらに限定されるものではないが、ＳＶ４０に由来するもの（例えば、ＳＶ４０ミニイントロン）及び／または免疫グロブリンに由来するもの（例えば、ヒトβ－グロブリン遺伝子）が挙げられる。外因性イントロン配列は、プロモーター／エンハンサー配列と抗原（複数可）配列との間に組み込むことができる。発現ベクターで使用するための外因性イントロン配列は、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用するＣａｌｌｅｎｄｒｅｔ ｅｔ ａｌ．（Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２００７ Ｊｕｌ ５；３６３（２）： ２８８－３０２）により詳細に記載されている。ポリヌクレオチド配列は、例えば、ＲＮＡ安定性モチーフ（例えば、ＡＵリッチエレメント及び／または３’ＵＴＲモチーフ）及び／または反復ヌクレオチド配列の除去により転写物安定性を改善するように最適化することができる。ポリヌクレオチド配列は、例えば、クリプティックな転写イニシエーター及び／またはターミネーターの除去によって正確な転写を改善するように最適化することができる。ポリヌクレオチド配列は、例えば、クリプティックなＡＵＧ開始コドン、未成熟ポリＡ配列、及び／または二次構造モチーフの除去によって翻訳及び翻訳精度を改善するように最適化することができる。ポリヌクレオチド配列は、構成的輸送エレメント（ＣＴＥ）、ＲＮＡ輸送エレメント（ＲＴＥ）、またはウッドチャック転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）の付加などによって、転写物の核外輸送を改善するように最適化することができる。発現ベクターで使用するための核外輸送シグナルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用するＣａｌｌｅｎｄｒｅｔ ｅｔ ａｌ．（Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２００７ Ｊｕｌ ５；３６３（２）： ２８８－３０２）により詳細に記載されている。ポリヌクレオチド配列は、例えば、特定の生物の平均ＧＣ含量を反映するように、ＧＣ含量に関して最適化することができる。配列最適化によって、転写、翻訳、転写後プロセシング、及び／またはＲＮＡ安定性などの１つ以上の配列特性のバランスをとることができる。配列最適化によって、転写、翻訳、転写後プロセシング、及びＲＮＡ安定性のそれぞれのバランスをとる最適配列を生成することができる。配列最適化アルゴリズムは、ＧｅｎｅＡｒｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）、Ｃｏｄｏｎ Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ Ｔｏｏｌ （ＩＤＴ）、Ｃｏｏｌ Ｔｏｏｌ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ）、ＳＧＩ－ＤＮＡ（Ｌａ Ｊｏｌｌａ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）などの当業者には周知のものである。抗原コードタンパク質の１つ以上の領域を別々に配列最適化することができる。またさらなる態様は、ポリペプチドまたはその一部を発現することができる発現ベクターを提供する。様々な細胞タイプ用の発現ベクターが、当技術分野において周知であり、過度の実験なしで選択することができる。概して、ＤＮＡを、プラスミドなどの発現ベクター中に、発現のための適正な方向及び正確なリーディングフレームで挿入する。必要な場合は、ＤＮＡを、望ましい宿主によって認識される適切な転写及び翻訳調節性制御ヌクレオチド配列に連結することができるが、そのような制御は、概して発現ベクターにおいて利用可能である。次いで、ベクターを、標準的な技法を通して宿主中に導入する。手引きは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．において見出すことができる。
ワクチン組成物
また、特異的な免疫応答、例えば、腫瘍特異的な免疫応答または感染症生物特異的な免疫応答を生じることができる免疫原性組成物、例えば、ワクチン組成物も、本明細書に開示する。ワクチン組成物は、典型的に、本明細書に記載される方法を用いて選択された、または病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドから選択された１つまたは複数の抗原を含む。ワクチン組成物はワクチンと呼ぶこともできる。
ワクチンは、１～３０個のペプチド、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０個の異なるペプチド、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、もしくは１４個の異なるペプチド、または１２、１３、もしくは１４個の異なるペプチドを含むことができる。ペプチドは、翻訳後修飾を有してもよい。ワクチンは、１～１００個以上のヌクレオチド配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なるヌクレオチド配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列を含むことができる。ワクチンは、１～３０個の抗原配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なる抗原配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原配列を含むことができる。
ワクチンは、１～３０個の抗原コード核酸配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なる抗原コード核酸配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列を含むことができる。抗原コード核酸配列は、抗原「カセット」の抗原コード部分を指す場合もある。抗原カセットの特性について下記により詳細に説明する。抗原コード核酸配列は、１つ以上のエピトープコード核酸配列（例えば、連結されたＴ細胞エピトープをコードした抗原コード核酸配列）を含むことができる。
ワクチンは、１～３０個の異なるエピトープコード核酸配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なるエピトープコード核酸配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なるエピトープコード核酸配列、または１２、１３もしくは１４個の異なるエピトープコード核酸配列を含むことができる。エピトープコード核酸配列とは、連結されたＴ細胞エピトープコード核酸配列をコードする抗原コード核酸配列中のＴ細胞エピトープのそれぞれなど、個別のエピトープ配列の配列を指す場合もある。
ワクチンは、エピトープコード核酸配列の少なくとも２個の反復配列を含むことができる。本明細書で使用される「反復配列」とは、抗原コード核酸配列内の同じ核酸エピトープコード核酸配列（本明細書に記載される任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）の２個以上の繰り返しを指す。１つの例では、カセットの抗原コード核酸配列部分は、エピトープコード核酸配列の少なくとも２個の反復配列をコードする。さらなる非限定的な例では、カセットの抗原コード核酸配列部分は複数の異なるエピトープをコードし、異なるエピトープのうちの少なくとも１つは、異なるエピトープをコードした核酸配列の少なくとも２個の反復（すなわち、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列）によってコードされる。例示的な非限定例では、抗原コード核酸配列は、エピトープコード核酸配列Ａ（ＥＡ）、エピトープコード配列Ｂ（ＥＢ）、及びエピトープコード配列Ｃ（ＥＣ）によってコードされるエピトープＡ、Ｂ、及びＣをコードし、異なるエピトープのうちの少なくとも１つの反復配列を有する例示的な抗原コード核酸配列は、これらに限定されるものではないが、下式によって示される。
－１つの異なるエピトープの反復配列（エピトープＡの反復配列）：
ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ、または
ＥＡ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ
－複数の異なるエピトープの反復配列（エピトープＡ、Ｂ、及びＣの反復配列）：
ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ、または
ＥＡ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＣ
－複数の異なるエピトープの複数の反復配列（エピトープＡ、Ｂ、及びＣの反復配列）：
ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ、または
ＥＡ－ＥＡ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＢ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＣ－ＥＣ
上記の例は限定的なものではなく、異なるエピトープのうちの少なくとも１つの反復配列を有する抗原コード核酸配列は、異なるエピトープのそれぞれを任意の順序または頻度でコードすることができる。例えば、順序及び頻度は、例えば式ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＡ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＣ－ＥＣ－ＥＢによるエピトープＡ、Ｂ、及びＣを有する例におけるように、異なるエピトープのランダムな配置とすることができる。
本明細書では、５’～３’方向に下式によって記述される少なくとも１つの抗原コード核酸配列を有する抗原コードカセットが提供される。
（Ｅｘ－（ＥＮ ｎ）ｙ）ｚ
式中、Ｅは、少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、０を含む任意の整数であり、
ＥＮは、それぞれの対応するｎについて別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、各ｎにおいてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥＮ、またはこれらの組み合わせの少なくとも１つの２回の繰り返しを含む。
各ＥまたはＥＮは、本明細書に記載されるエピトープコード核酸配列（例えば、感染症Ｔ細胞エピトープ及び／または新生抗原エピトープをコードするペプチド）を独立して含むことができる。例えば、各ＥまたはＥＮは、５’～３’方向に、式（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）によって記述されるヌクレオチド配列を独立して含むことができ、式中、Ｎは、各ＥまたはＥＮに関連付けられた異なるエピトープコード核酸配列を含み、ただしｃ＝１であり、Ｌ５は５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、Ｌ３は３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１である。使用することができるエピトープ及びリンカーについては本明細書でさらに述べる。
エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）の反復配列は互いに直接連結されてもよい（例えば、上記に示したように、ＥＡ－ＥＡ－…）。エピトープコード核酸配列の反復配列は、１つ以上のさらなるヌクレオチド配列によって隔てられてもよい。一般的に、エピトープコード核酸配列の反復配列は、本明細書に記載される組成物に適用可能な任意のサイズのヌクレオチド配列によって隔てられうる。１つの例では、エピトープコード核酸配列の反復配列は、別個の異なるエピトープコード核酸配列によって隔てられうる（例えば、上記に示したように、ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ…）。反復配列が単一の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって隔てられており、各エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）がアミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする例では、反復配列は、例えばＥＡ－ＥＢ－ＥＡ…（ＥＡは７５個のヌクレオチドによって隔てられている）により表される抗原コード核酸におけるように７５個のヌクレオチドによって隔てられうる。例示的な１つの例では、２５マーの抗原Ｔｒｐ１（ＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱ）及びＴｒｐ２（ＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴ）の反復配列をコードした配列ＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴを有する抗原コード核酸であり、Ｔｒｐ１の反復配列が２５マーのＴｒｐ２によって隔てられており、したがって、Ｔｒｐ１エピトープコード核酸配列の反復配列は、ヌクレオチド７５個のＴｒｐ２エピトープコード核酸配列によって隔てられる。反復配列が２、３、４、５、６、７、８、または９個の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって隔てられており、各エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）がアミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする例では、反復配列は、それぞれ、１５０、２２５、３００、３７５、４５０、５２５、６００、または６７５個のヌクレオチドによって隔てられうる。
一実施形態では、異なるペプチド及び／またはポリペプチド、またはそれらをコードするヌクレオチド配列は、ペプチド及び／またはポリペプチドが、異なるＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子などの異なるＭＨＣ分子と結合することができるように選択される。いくつかの態様では、１つのワクチン組成物は、最も頻繁に存在するＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができるペプチド及び／またはポリペプチドのコード配列を含む。したがって、ワクチン組成物は、少なくとも２種類の好ましい、少なくとも３種類の好ましい、または少なくとも４種類の好ましいＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができる異なる断片を含むことができる。
ワクチン組成物は、特異的な細胞傷害性Ｔ細胞応答、及び／または特異的なヘルパーＴ細胞応答を刺激することができる。ワクチン組成物は、特異的な細胞傷害性Ｔ細胞応答、及び特異的なヘルパーＴ細胞応答を刺激することができる
ワクチン組成物は、特異的Ｂ細胞応答（例えば、抗体応答）を刺激することができる。
ワクチン組成物は、特異的細胞傷害性Ｔ細胞応答、特異的ヘルパーＴ細胞応答、及び／または特異的Ｂ細胞応答を刺激することができる。ワクチン組成物は、特異的細胞傷害性Ｔ細胞応答及び特異的Ｂ細胞応答を刺激することができる。ワクチン組成物は、特異的ヘルパーＴ細胞応答及び特異的Ｂ細胞応答を刺激することができる。ワクチン組成物は、特異的細胞傷害性Ｔ細胞応答、特異的ヘルパーＴ細胞応答、及び特異的Ｂ細胞応答を刺激することができる。
ワクチン組成物は、アジュバント及び／または担体をさらに含むことができる。有用なアジュバント及び担体の例を本明細書で以下に示す。組成物は、例えば、タンパク質、またはペプチドをＴ細胞に提示することができる樹状細胞（ＤＣ）などの抗原提示細胞などの担体を伴ってもよい。
アジュバントは、ワクチン組成物に混合することで抗原に対する免疫応答を増大または他の形で改変する任意の物質である。担体は、抗原が会合することができる、例えばポリペプチドまたは多糖類などのスカフォールド構造であってよい。場合により、アジュバントは共有結合または非共有結合により結合される。
アジュバントが抗原に対する免疫応答を増大させる能力は、免疫介在反応の有意なもしくは大幅な増大、または疾患症状の低減として一般的に現れる。例えば、体液性免疫の増大は、抗原に対して生成された抗体の力価の有意な増大として一般的に現れ、Ｔ細胞活性の増大は細胞増殖、または細胞傷害性、またはサイトカイン分泌の増大として一般的に現れる。アジュバントはまた、例えば、主として体液性またはＴｈ応答を主として細胞性またはＴｈ応答に変化させることにより、免疫応答も変化させることができる。
適当なアジュバントとしては、これらに限定されるものではないが、１０１８ ＩＳＳ、ミョウバン、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリル脂質Ａ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌベクターシステム、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニンから誘導されるＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１スティミュロン（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ）、マイコバクテリウム抽出物及び合成細菌壁模倣体、ならびにＲｉｂｉ’ｓ Ｄｅｔｏｘ． ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどの他の特許取得アジュバントが挙げられる。不完全フロイントまたはＧＭ－ＣＳＦなどのアジュバントが有用である。樹状細胞に対して特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）及びそれらの製剤がこれまでに記載されている（Ｄｕｐｕｉｓ Ｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９８；１８６（１）：１８－２７；Ａｌｌｉｓｏｎ Ａ Ｃ；Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ Ｓｔａｎｄ．１９９８；９２：３－１１）。サイトカインを用いることもできる。いくつかのサイトカインが、リンパ組織への樹状細胞の遊走に影響を及ぼし（例えば、ＴＮＦ－α）、Ｔリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速させ（例えば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１及びＩＬ－４） （参照によって本明細書にその全容を具体的に援用する米国特許第５，８４９，５８９号）、免疫アジュバントとして作用する（例えば、ＩＬ－１２）（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ Ｄ Ｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｅｍｐｈａｓｉｓ Ｔｕｍｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９６（６）：４１４－４１８）ことに直接的な関連が示されている。
ＣｐＧ免疫刺激オリゴヌクレオチドも、ワクチン環境におけるアジュバントの効果を高めることが報告されている。ＲＮＡ結合ＴＬＲ ７、ＴＬＲ ８及び／またはＴＬＲ ９のような他のＴＬＲ結合分子を使用することもできる。
有用なアジュバントの他の例としては、これらに限定されるものではないが、化学修飾ＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）、Ｐｏｌｙ（Ｉ：Ｃ）（例えば、ｐｏｌｙｉ：ＣＩ２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌性ＤＮＡまたはＲＮＡ、ならびに、治療作用を有するか、かつ／またはアジュバントとして作用しうる、シクロフォスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、セレブレックス、ＮＣＸ－４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフィニブ、ＸＬ－９９９、ＣＰ－５４７６３２、パゾパニブ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、イピリムマブ、トレメリムマブ、及びＳＣ５８１７５などの免疫活性小分子及び抗体が挙げられる。アジュバント及び添加剤の量ならびに濃度は、当業者によれば不要な実験を行うことなく容易に決定することが可能である。さらなるアジュバントとしては、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスティム）などのコロニー刺激因子が挙げられる。
ワクチン組成物は、複数の異なるアジュバントを含むことができる。さらに、治療組成物は、上記のいずれかまたはそれらの組み合わせを含む、任意のアジュバント物質を含むことができる。ワクチンとアジュバントは、一緒に投与してもよく、または任意の適当な順序で別々に投与することもできる。
担体（または賦形剤）がアジュバントとは独立して存在してもよい。担体の機能は、例えば特定の変異体の分子量を増やすことによって、活性もしくは免疫原性を高める、安定性を付与する、生物活性を高める、または血清半減期を延ばすことであってよい。さらに、担体は、Ｔ細胞へのペプチドの提示を助けることができる。担体は、例えば、タンパク質または抗原提示細胞などの当業者には周知の任意の適当な担体であってよい。担体タンパク質は、これらに限定されるものではないが、キーホールリンペットヘモシアニン；トランスフェリン、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、チログロブリンまたはオボアルブミンなどの血清タンパク質、免疫グロブリン；インスリンまたはパルミチン酸などのホルモンであってよい。ヒトの免疫化においては、担体は一般的に、ヒトに許容される、安全な生理学的に許容される担体である。しかしながら、破傷風トキソイド及び／またはジフテリアトキソイドは適当な担体である。あるいは、担体は、デキストラン、例えばセファロースであってもよい。
細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は、インタクトな外来抗原自体ではなく、ＭＨＣ分子に結合したペプチドの形の抗原を認識する。ＭＨＣ分子自体は、抗原提示細胞の細胞表面に位置している。したがって、ＣＴＬの活性化は、ペプチド抗原、ＭＨＣ分子及びＡＰＣの三量体複合体が存在する場合に可能となる。これに対応して、ＣＴＬは、ペプチドのみがＣＴＬの活性化に用いられる場合でなく、対応するＭＨＣ分子を有するＡＰＣがさらに加えられる場合に免疫応答を増強することができる。したがって、特定の実施形態では、ワクチン組成物は少なくとも１つの抗原提示細胞をさらに含む。
抗原はまた、ワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｔａｔｓｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１０，６１６－６２９を参照されたい）、または、第２、第３、もしくはハイブリッド第２／第３世代のレンチウイルス、及び特異的な細胞タイプもしくは受容体を標的とするように設計された任意の世代の組換えレンチウイルスを含むがそれらに限定されないレンチウイルス（例えば、Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ ｂｙ Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．（２０１１）２３９（１）：４５－６１、Ｓａｋｕｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ：ｂａｓｉｃｔｏ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．（２０１２）４４３（３）：６０３－１８、Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｃｕｅ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｎｔｒｏｎ ｌｏｓｓ ｍａｘｉｍｉｚｅｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ Ｃ ｐｒｏｍｏｔｅｒ，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２０１５）４３（１）：６８２－６９０、Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｌｆ－Ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒ ｆｏｒ Ｓａｆｅ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９８）７２（１２）：９８７３－９８８０を参照されたい）などの、ウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームに含めることもできる。上述のウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームのパッケージング能力に依存して、このアプローチは、１つ以上の抗原ペプチドをコードする１つ以上のヌクレオチド配列を送達することができる。配列は、非変異配列が隣接していてもよく、リンカーによって隔てられていてもよく、または、細胞内区画を標的とする１つもしくは複数の配列が先行していてもよい（例えば、Ｇｒｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｏｆ ｍｅｌａｎｏｍａ ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｎａｔ Ｍｅｄ．（２０１６）２２（４）：４３３－８、Ｓｔｒｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｄｏｎｏｒ－ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２０１６）３５２（６２９１）：１３３７－４１、Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｅｄ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｕｒａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎｓ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（２０１４）２０（ １３）：３４０１－１０を参照されたい）。宿主中への導入時に、感染した細胞は、抗原を発現し、それにより、ペプチドに対する宿主免疫（例えば、ＣＴＬ）応答を刺激する。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ ３５１：４５６－４６０（１９９１））に記載されている。抗原の治療的投与または免疫化に有用な、多種多様の他のワクチンベクター、例えば、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）ベクターなどが、本明細書における記載から当業者に明らかであろう。
抗原カセット
１つ以上の抗原の選択に用いられる方法、「抗原カセット」のクローニング及び構築、ならびにウイルスベクターへのその挿入は本明細書に与えられる教示を考慮すれば当該技術分野の範囲内である。「抗原カセット」とは、選択された抗原または複数の抗原（例えば、抗原コード核酸配列）と、この抗原（複数可）を転写し、転写産物を発現するために必要とされる他の調節エレメントとの組み合わせを意味する。選択された抗原または複数の抗原とは、異なるエピトープ配列を指す場合がある（例えば、カセット内の抗原コード核酸配列は、エピトープが転写されて発現されるようにエピトープコード核酸配列（または複数のエピトープコード核酸配列）をコードすることができる）。抗原または複数の抗原は、転写を可能とするような形で調節要素と機能的に連結することができる。かかる要素としては、ウイルスベクターをトランスフェクトした細胞内で抗原（複数可）の発現を誘導することができる従来の調節エレメントが挙げられる。したがって、抗原カセットは、抗原（複数可）に連結され、組換えベクターの選択されたウイルス配列内に他の任意選択的な調節エレメントとともに配置された選択されたプロモーターも含むことができる。カセットは、１つ以上の病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、寄生虫由来ペプチド、及び／または腫瘍由来ペプチドなどの１つまたは複数の抗原を含むことができる。カセットは、それぞれが独立して別個のプロモーターに機能的に連結されるか、かつ／または、２Ａリボソームスキッピング配列エレメント（例えば、Ｅ２Ａ、Ｐ２Ａ、Ｆ２Ａ、またはＴ２Ａ配列）または内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）配列エレメントなどの他のマルチシストロニックシステムを用いて互いに連結された複数の抗原コード核酸配列を含むカセットなどの１つ以上の抗原コード核酸配列を有することができる。リンカーは、ＴＥＶまたはフリン切断部位のような切断部位を有することもできる。切断部位を有するリンカーを、マルチシストロニックシステム内のエレメントなど、他のエレメントと組み合わせることもできる。非限定的な例示的な例では、フリンプロテアーゼ切断部位を２Ａリボソームスキッピング配列エレメントと組み合わせて使用して、翻訳後の２Ａ配列の除去を促進するようにフリンプロテアーゼ切断部位を構成することができる。複数の抗原コード核酸配列を含むカセットにおいて、各抗原コード核酸配列は、１つ以上のエピトープコード核酸配列（例えば、連結されたＴ細胞エピトープをコードした抗原コード核酸配列）を含むことができる。
有用なプロモーターは、構成性プロモーター、または発現させる抗原（複数可）の量を制御することが可能な調節された（誘導性）プロモーターであってよい。例えば、望ましいプロモーターとして、サイトメガロウイルス最初期プロモーター／エンハンサーのものがある［例えば、Ｂｏｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ，４１：５２１－５３０（１９８５）を参照］。別の望ましいプロモーターとしては、ラウス肉腫ウイルスＬＴＲプロモーター／エンハンサーが挙げられる。さらに別のプロモーター／エンハンサー配列は、ニワトリβアクチンプロモーターである［Ｔ．Ａ．Ｋｏｓｔ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１１（２３）：８２８７（１９８３）］。当業者であれば、他の適当な、または望ましいプロモーターも選択することができる。
抗原カセットは、転写産物の効率的なポリアデニル化（ポリ（Ａ）、ポリＡまたはｐＡ）のためのシグナルを与える配列ならびに機能的スプライスドナー及びアクセプター部位を含むイントロンを含む、ウイルスベクター配列に対して異種の核酸配列も含みうる。本明細書の例示的なベクターに用いられる一般的なポリＡ配列は、パポバウイルスＳＶ－４０由来のものである。ポリＡ配列は、抗原ベースの配列の後で、ウイルスベクター配列の前にカセットに挿入することができる。一般的なイントロン配列もまたＳＶ－４０由来のものでよく、ＳＶ－４０Ｔイントロン配列と呼ばれる。抗原カセットは、プロモーター／エンハンサー配列と抗原（複数可）との間に位置するイントロンを含んでもよい。これら及び他の一般的なベクターエレメントの選択は従来のものであり［例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．”，２ｄ ｅｄｉｔ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８９）及び本明細書に引用される参照文献を参照］、多くのかかる配列が商業的及び産業的供給元、ならびにＧｅｎｂａｎｋより入手可能である。
抗原カセットは１つ以上の抗原を有することができる。例えば個、特定のカセットは、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１０～２０個、１５～２５個、１５～２０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれよりも多くの抗原を含むことができる。抗原は互いに直接連結されてもよい。抗原はリンカーによって互いに連結されてもよい。抗原は、Ｎ～ＣまたはＣ～Ｎを含む、互いに対して任意の方向とすることができる。
本明細書の他の箇所で述べたように、抗原カセットは、選択することができるものの中でもとりわけ、例えば、ＶＥＥＶ骨格の欠失した構造タンパク質またはＣｈＡｄ－ベースベクターのＥ１遺伝子領域の欠失またはＥ３遺伝子領域の欠失の部位などのウイルスベクター内の任意の選択された欠失部位内に配置することができる。
抗原カセットは、５’～３’方向に各要素の順序付けられた配列を記述する下式を用いて記述することができる。すなわち、
（Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ）Ｚ－（Ｐ２ｈ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ）Ｗ－Ｇ３ｇ
［式中、Ｐ及びＰ２は、プロモーターヌクレオチド配列を含み、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、Ｇ５は、アミノ酸リンカーをコードする核酸配列を含み、Ｇ３は、アミノ酸リンカーをコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、Ｕは、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、ただし、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、各Ｙについて、対応するＵｆは、ユニバーサルなＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］。ユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含むことができる。ユニバーサル配列は、破傷風トキソイドペプチドを含むことができる。ユニバーサル配列は、ＰＡＤＲＥペプチドを含むことができる。ユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥペプチドを含むことができる。組成物及び順序付けられた配列は、存在する要素の数を選択することによってさらに定義することができ、例えば、ａ＝０または１である場合、ｂ＝０または１である場合、ｃ＝１である場合、ｄ＝０または１である場合、ｅ＝０または１である場合、ｆ＝１である場合、ｇ＝０または１である場合、ｈ＝０または１である場合、Ｘ＝１～４００であり、Ｙ＝０、１、２、３、４または５であり、Ｚ＝１～４００であり、かつＷ＝０、１、２、３、４または５である。
１つの例では、存在する要素は、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝０、Ｘ＝１０、Ｙ＝２、Ｚ＝１、かつＷ＝１であり、さらなるプロモーターが存在しない場合が記述される場合（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格などのベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列のみが存在する）、１０個のＭＨＣクラスＩエピトープが存在し、各Ｎについて５’リンカーが存在し、各Ｎについて３’リンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープを連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの５’末端を最後のＭＨＣクラスＩエピトープの３’リンカーに連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの３’末端をベクター骨格（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格）に連結するリンカーが存在する。抗原カセットの３’末端の、ベクター骨格（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格）との連結の例としては、３’の１９ｎｔのＣＳＥのような、ベクター骨格によって与えられる３’ＵＴＲ要素に直接連結することが挙げられる。抗原カセットの５’末端の、ベクター骨格（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格）との連結の例としては、サブゲノムプロモーター配列（例えば、２６Ｓサブゲノムプロモーター配列）、アルファウイルスの５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、または２４ｎｔのＣＳＥなどのベクター骨格のプロモーターまたは５’ＵＴＲエレメントに直接連結することが挙げられる。
他の例としては、ａ＝１であり、ベクター骨格（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格）によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外のプロモーターが存在する場合が記述される場合；ａ＝１かつＺが１よりも大きく、それぞれが１つ以上の異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列の発現をもたらす、ベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外の複数のプロモーターが存在する場合；ｈ＝１であり、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列の発現をもたらす別のプロモーターが存在することが記述される場合；及び、ｇ＝０であり、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列（存在する場合）がベクター骨格（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格）に直接連結される場合などが挙げられる。
他の例としては、存在する各ＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーを有する、３’リンカーを有する、どちらも有さない、または両方を有する場合が挙げられる。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
他の例としては、存在する各抗原が、５’リンカーを有する、３’リンカーを有する、どちらも有さない、または両方を有する場合が挙げられる。複数の抗原が同じ抗原カセット内に存在する例では、一部の抗原が５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他の抗原が、５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数の抗原が同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部の抗原が５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他の抗原が５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ＲＮＡアルファウイルス骨格などのベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と同じであってよい。例えば、ベクター骨格によって与えられるプロモーター配列であるＰｎ及びＰ２が、それぞれサブゲノムプロモーター配列（例えば、２６Ｓサブゲノムプロモーター）またはＣＭＶプロモーターを含むことができる。プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ベクター骨格（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格）によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と異なっていてもよく、また、互いと異なっていてもよい。
５’リンカーＬ５は、天然配列または非天然配列であってよい。非天然配列としては、これらに限定されるものではないが、ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰが挙げられる。３’リンカーＬ３もまた、天然配列または非天然配列であってよい。さらに、Ｌ５及びＬ３は、いずれも天然配列であってよく、いずれも非天然配列であってよく、または一方が天然で他方が非天然であってもよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーは、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
各Ｙについて、アミノ酸リンカーＧ５は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｙについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
アミノ酸リンカーＧ３は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。Ｇ３はまた、アミノ酸が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ／抗原、またはこれらの組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、及びＢ細胞応答を刺激することができるエピトープ／抗原の組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープとＭＨＣクラスＩＩエピトープとの組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープとＢ細胞応答を刺激することができるエピトープ／抗原との組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープとＢ細胞応答を刺激することができるエピトープ／抗原との組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ／抗原をコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、または３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。各Ｘについて、各Ｎはまた、アミノ酸が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる（例えば、免疫原性ポリペプチドをコードする２個の異なる感染症または腫瘍由来核酸配列をコードする）。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
免疫調節因子
本明細書に記載されるベクター、例えば本明細書に記載されるＣ６８ベクター、または本明細書に記載されるアルファウイルスベクターは、少なくとも１つの抗原をコードする核酸を含むことができ、また、同じまたは別のベクターが、少なくとも１つの免疫調節因子をコードする核酸を含むことができる。免疫調節因子は、免疫チェックポイント分子に結合してその活性を遮断する結合分子（例えばｓｃＦｖなどの抗体）を含むことができる。免疫調節因子は、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２（ＩＬ－１２ ｐ３５、ｐ４０、ｐ７０、及び／またはｐ７０融合コンストラクトを含む）、ＩＬ－１５、またはＩＬ－２１などのサイトカインを含むことができる。免疫調節因子は、修飾サイトカイン（例えば、ｐｅｇＩＬ－２）を含むことができる。ベクターは、抗原カセットと、免疫調節因子をコードする１つ以上の核酸分子とを含むことができる。
遮断または阻害するための標的となりうる例示的な免疫チェックポイント分子としては、これらに限定されるものではないが、ＣＴＬＡ－４、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、４－１ＢＢＬ（ＣＤ１３７Ｌ）、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４（ＣＤ２ファミリーの分子に属し、すべてのＮＫ（γδ）及びメモリーＣＤ８＋（αβ）Ｔ細胞で発現する）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５とも呼ばれる）、及びＣＧＥＮ－１５０４９が挙げられる。免疫チェックポイント阻害剤には、ＣＴＬＡ－４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、及びＣＧＥＮ－１５０４９の１つ以上に結合してその活性を遮断または阻害する抗体、またはその抗原結合フラグメント、または他の結合タンパク質が挙げられる。例示的な免疫チェックポイント阻害剤としては、トレメリムマブ（ＣＴＬＡ－４遮断抗体）、抗ＯＸ４０、ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体（抗Ｂ７－Ｈ１；ＭＥＤＩ４７３６）、イピリムマブ、ＭＫ－３４７５（ＰＤ－１ｂｌｏｃｋｅｒ）、ニボルマブ（抗ＰＤ１抗体）、ＣＴ－０１１（抗ＰＤ１抗体）、ＢＹ５５モノクローナル抗体、ＡＭＰ２２４（抗ＰＤＬ１抗体）、ＢＭＳ－９３６５５９（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＰＬＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ（抗ＰＤＬ１抗体）、及びヤーボイ／イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ－４チェックポイント阻害剤）が挙げられる。抗体をコードする配列は、当該技術分野における通常の技能を用いてベクターに操作により組み込むことができる。例示的な方法の１つが、あらゆる目的で参照により本明細書に援用する、Ｆａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔａｂｌｅ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｔ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｌｅｖｅｌｓ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ２Ａ ｐｅｐｔｉｄｅ． Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５ Ｍａｙ；２３（５）：５８４－９０．Ｅｐｕｂ ２００５ Ａｐｒ １７に記載されている。
ペイロードコードＳＡＭ組成物
本明細書では、例えばカセット内に１つ以上のペイロード核酸配列をコードした、ＳＡＭベクターが由来する自己複製型ウイルスの内因性５’配列を有する（例えば、「ＡＵ－ＳＡＭ」とも呼ばれる内因性５’ＶＥＥＶヌクレオチドＡＵを有する）ＳＡＭベクターも開示される。「カセット」とは、選択されたポリヌクレオチド（複数可）（例えば、抗原コード核酸配列）と、このポリヌクレオチド（複数可）を転写し、一般的にコード配列の場合には転写産物を発現するために必要とされる他の調節エレメントとの組み合わせを意味する。本明細書では、１つ以上のペイロード核酸配列を送達することができるＳＡＭベクター送達組成物も開示される。ペイロード核酸配列は、目的の細胞に送達されることが望ましい任意の核酸配列とすることができる。一般的に、ペイロードは、核酸配列の発現を誘導するためのプロモーターまたは任意の翻訳ツール（例えば、ＩＲＥＳ、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２Ａ、及びＴ２Ａなどの任意の２Ａ自己切断ペプチド配列）に連結された核酸配列である。ペイロード核酸配列は、ポリペプチドをコードすることができる（すなわち、転写され、タンパク質に翻訳されることが可能な核酸配列）。一般的に、ペプチドをコードするペイロード核酸配列は、細胞内で発現されることが望ましい任意のタンパク質をコードすることができる。タンパク質の例としては、これらに限定されるものではないが、抗原（例えば、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、またはＢ細胞応答を刺激することが可能なエピトープ）、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、またはゲノム編集システムの構成成分（例えば、ゲノム編集システムで使用されるヌクレアーゼ）が挙げられる。ゲノム編集システムとしては、これらに限定されるものではないが、ＣＲＩＳＰＲシステム、ジンクフィンガーシステム、またはＴＡＬＥＮシステムが挙げられる。ペイロード核酸配列は、非コード配列であってもよい（すなわち、転写はされうるがタンパク質に翻訳されない核酸配列）。一般的に、非コードペイロード核酸配列は、細胞内で発現されることが望ましい任意の非コードポリヌクレオチドをコードすることができる。非コードポリヌクレオチドの例としては、これらに限定されるものではないが、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチド（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなど）またはゲノム編集システムのポリヌクレオチド（例えば、さまざまな／異なる長さを有するガイド［ｇＲＮＡ］、シングルガイドＲＮＡ［ｓｇＲＮＡ］、トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ［ｔｒａｃｒＲＮＡ］、及び／またはＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ［ｃｒＲＮＡ］）が挙げられる。ペイロード核酸配列は、２個以上（例えば、２、３、４、５個以上）の異なるポリペプチド（例えば、互いに連結された２個以上の異なるエピトープ配列）をコードすることができるか、または２個以上の異なる非コード核酸配列（例えば、２個以上の異なるＲＮＡｉポリペプチド）を含むことができる。ペイロード核酸配列は、ポリペプチドコード核酸配列と非コード核酸配列との組み合わせを有してもよい。
抗原の特定
腫瘍の及び正常なエクソーム及びトランスクリプトームのＮＧＳ解析の研究モデルについては、これまでに記載されており、抗原特定空間で適用される。６，１４，１５臨床状況における抗原特定の感度及び特異性を高めるための特定の最適化を考慮することができる。これらの最適化は、実験室プロセスに関連するものと、ＮＧＳデータ解析に関連するものの２つの領域に分類することができる。記載される研究法は、感染症生物、対象の感染症、または対象の感染細胞からの特定など、他の状況での抗原の特定にも適用することができる。最適化の例は当業者には周知のものであり、例えば、そのような方法が、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する米国特許第１０，０５５，５４０号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１号、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
抗原（例えば、腫瘍または感染症生物に由来する抗原）を特定するための方法は、細胞表面上に提示される（例えば、腫瘍細胞、感染細胞、または、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞を含む免疫細胞上のＭＨＣにより提示される）可能性が高い、及び／または免疫原性を有する可能性が高い抗原を特定することを含む。例として、かかる方法の１つは、腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データを用いて抗原（例えば、腫瘍または感染症生物に由来する抗原）のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られる、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力して抗原のそれぞれが、対象の腫瘍細胞または感染細胞などの細胞表面の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記数値的尤度のセットに基づいて抗原のセットのサブセットを選択して、選択された抗原のセットを生成する工程と、を含む。
すべてまたは大部分のサブクローンによって提示されるペプチドを意味する躯幹ペプチド（ｔｒｕｎｃａｌ ｐｅｐｔｉｄｅ）を、ワクチンに含めるために優先順位付けすることができる。場合により、高確率で提示され、免疫原性であると予測される躯幹ペプチドが存在しない場合、または高確率で提示され、免疫原性であると予測される躯幹ペプチドの数が、さらなる非躯幹ペプチドをワクチンに含めることができるだけ充分に小さい場合、ワクチンによって包含されるサブクローンの数が最大となるようにサブクローンの数及び種類を推定し、ペプチドを選択することによってさらなるペプチドを順位付けすることができる。
上記の抗原フィルターのすべてが適用された後、ワクチン技術が対応できるよりも多くの候補抗原が、ワクチン包含になおも利用可能である可能性がある。追加的に、抗原解析の種々の態様についての不確定度が残っている可能性があり、候補ワクチン抗原の様々な性状の間にトレードオフが存在する可能性がある。したがって、選択プロセスの各段階でのあらかじめ決定されたフィルターの代わりに、少なくとも以下の軸を有する空間に候補抗原を置き、積分アプローチを用いて選択を最適化する、積分多次元モデルを考えることができる。
１． 自己免疫または寛容のリスク（生殖細胞系列のリスク）（より低い自己免疫のリスクが、典型的に好ましい）
２． シークエンシングアーチファクトの確率（より低いアーチファクトの確率が、典型的に好ましい）
３． 免疫原性の確率（より高い免疫原性の確率が、典型的に好ましい）
４． 提示の確率（より高い提示の確率が、典型的に好ましい）
５． 遺伝子発現（より高い発現が、典型的に好ましい）
６． ＨＬＡ遺伝子のカバレッジ（抗原のセットの提示に関与する、より多い数のＨＬＡ分子は、腫瘍、感染症、及び／または感染細胞が、ＨＬＡ分子の下方制御または変異を介して免疫攻撃を回避する確率を低くする可能性がある）
７．ＨＬＡクラスのカバレッジ（ＨＬＡ－Ｉ及びＨＬＡ－ＩＩの両方をカバーすることで、治療応答の確率が高まり、腫瘍または感染症の回避の確率が低くなる可能性がある）
さらに、場合によっては、抗原が、患者の腫瘍または感染細胞のすべてまたは一部において喪失するかまたは不活性化されたＨＬＡアレルによって提示されることが予想される場合には、抗原のワクチン接種における優先順位を下げる（例えば除外）することができる。ＨＬＡアレルの喪失は、体細胞変異、ヘテロ接合性の喪失、または遺伝子座のホモ接合欠失のいずれかによって生じうる。ＨＬＡアレルの体細胞変異の検出方法は当該技術分野では周知のものである（例えば、Ｓｈｕｋｌａ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。体細胞ＬＯＨ及びホモ接合欠失（ＨＬＡ遺伝子座を含む）の検出方法についても同様に述べられている（Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２；ＭｃＧｒａｎａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｖａｎ Ｌｏｏ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。抗原は、質量分析データが、予測された抗原が予測されたＨＬＡアレルによって提示されないことを示す場合には優先順位付けを外してもよい。
治療及び製造方法
本明細書に開示する方法を用いて特定された複数の抗原などの１つ以上の抗原を対象に投与することにより、対象の腫瘍特異的な免疫応答を刺激し、腫瘍に対するワクチン接種を行い、対象のがんの症状を治療及び／または緩和する方法も提供される。
本明細書に開示する方法を用いて特定された複数の抗原などの１つ以上の抗原を対象に投与することにより、対象の感染症生物特異的な免疫応答を刺激し、感染症生物に対するワクチン接種を行い、対象の感染症生物に関連した感染症の症状を治療及び／または緩和する方法も提供される。
いくつかの実施形態では、対象は、がんと診断されているかまたはがんを発症するリスクを有する。対象は、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、または腫瘍特異的な免疫応答が望ましい任意の動物とすることができる。腫瘍は、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、肺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部腫瘍、膵臓がん、脳腫瘍、黒色腫、及び他の組織臓器の腫瘍などの任意の固形腫瘍、ならびに、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、及びＢ細胞リンパ腫を含むリンパ腫及び白血病などの血液腫瘍であり得る。
いくつかの態様では、対象は、年齢、地理的／移動、及び／または仕事に関連した感染症の高いリスクまたは素因など、感染症を診断されているかまたは感染症のリスクを有する、または季節性及び／または新規の疾患感染のリスクを有する。
抗原は、ＣＴＬ応答を刺激するのに充分な量で投与することができる。抗原は、Ｔ細胞応答を刺激するのに充分な量で投与することができる。抗原は、Ｂ細胞応答を刺激するのに充分な量で投与することができる。
抗原は、単独で、または他の治療薬と併用して投与することができる。治療薬は、抗ウイルス剤または抗生剤などの感染症生物を標的とするものを含みうる。
さらに、対象に、チェックポイント阻害剤などの抗免疫抑制／免疫刺激剤をさらに投与することができる。例えば、対象に、抗ＣＴＬＡ抗体または抗ＰＤ－１または抗ＰＤ－Ｌ１をさらに投与することができる。ＣＴＬＡ４またはＰＤ－Ｌ１の遮断は、患者のがん性細胞に対する免疫応答を高めることができる。詳細には、ＣＴＬＡ４の遮断は、ワクチン接種プロトコールに従った場合に効果的であることが示されている。
ワクチン組成物中に含まれる各抗原の最適量及び最適な投与レジメンを決定することができる。例えば、抗原またはそのバリアントは、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射用に製剤化することができる。注射の方法としては、皮下（ｓ．ｃ．）、皮内（ｉ．ｄ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）、及び静脈内（ｉ．ｖ．）が挙げられる。ＤＮＡまたはＲＮＡの注射方法としては、皮内（ｉ．ｄ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）、皮下（ｓ．ｃ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）及び静脈内（ｉ．ｖ．）が挙げられる。ワクチン組成物の他の投与方法は、当業者には周知のものである。
ワクチンは、組成物中に存在する抗原の選択、数、及び／または量が、組織、がん、感染症、及び／または患者に特異的であるように適合することができる。例えば、ペプチドの正確な選択は、特定の親タンパク質の発現パターンによって導くか、または患者の変異もしくは疾患状態によって導くことができる。この選択は、特定のタイプのがん、特定の感染症（例えば、対象が感染している、または感染のリスクのある特定の感染症の単離物／株）、疾患の状態、ワクチン接種の目的（例えば、予防的かまたは進行中の疾患を標的としているか）、初期の治療レジメン、患者の免疫状態、及び、言うまでもなく、患者のＨＬＡハロタイプに依存しうる。さらに、ワクチンは、特定の患者の個人的ニーズにしたがって、個別化された成分を含むことができる。例としては、特定の患者における抗原の発現にしたがって抗原の選択を変えること、または治療の第１ラウンドもしくはスキーム後の二次的治療を調整することが挙げられる。
抗原ワクチンの投与を行うための患者は、様々な診断方法、例えば、下記でさらに述べる患者選択方法の使用により特定することができる。患者選択では、１つ以上の遺伝子の変異または発現パターンを特定することを行うことができる。患者選択では、進行中の感染の感染症を特定することを行うことができる。患者選択では、感染症による感染のリスクを特定することを行うことができる。場合により、患者選択では、患者のハプロタイプを特定することを行う。様々な患者選択方法を並行して行うことができ、例えば、シークエンシング診断によって患者の変異及びハプロタイプの両方を特定することができる。様々な患者選択方法を順次行うこともでき、例えば、１つの診断検査で変異を特定し、別の診断検査で患者のハプロタイプを特定し、その場合、各検査は、同じ（例えば、両方ともハイスループットシークエンシング）か、または異なる（例えば、一方がハイスループットシークエンシングで他方がサンガーシークエンシング）診断方法であってよい。
組成物ががんまたは感染症のワクチンとして使用されるためには、正常組織で高量で発現される類似の正常な自己ペプチドを含む抗原が、本明細書に記載される組成物中で避けられるかまたは低量で存在してもよい。これに対して、患者の腫瘍または感染細胞が特定の抗原を高量で発現していることが分かっている場合、このがんまたは感染の治療用のそれぞれの医薬組成物を高量で存在させることができ、及び／またはこの特定の抗原またはこの抗原の経路に対して特異的な複数の抗原が含まれてもよい。
抗原を含む組成物を、既にがんまたは感染症に罹患している個人に投与することができる。治療用途では、組成物は、腫瘍抗原または感染症生物抗原に対する効果的なＣＴＬを刺激し、症状及び／または合併症を治癒または少なくとも部分的に阻止するうえで充分な量で患者に投与される。これを実現するのに適した量は、「治療有効用量」として定義される。この目的で有効な量は、例えば、組成物、投与形態、治療される疾患のステージ及び重症度、患者の体重及び一般的状態、ならびに処方医師の判断によって決められる。組成物は、特に、がんが転移しているかまたは感染症生物が臓器障害及び／または他の免疫病態を誘発している場合に、重篤な病状、すなわち命に関わる、または潜在的に命に関わる状況で一般的に用いることができる。そのような場合、外来物質及び抗原の相対的非毒性特性の最小化を考慮すると、治療にあたる医師によってこれらの組成物の大幅な過剰量を投与することが可能であり、望ましいと感じられるものと考えられる。
治療用途では、腫瘍の検出もしくは外科的除去時に投与を開始するか、または感染の検出もしくは治療時に投与を開始することができる。これに続いて、少なくとも症状が実質的に消失し、その後の所定の期間、または免疫が得られたとみなされる（例えば、メモリーＢ細胞もしくはＴ細胞集団、または抗原特異的Ｂ細胞もしくは抗体が産生される）まで、ブースター用量を投与することができる。
治療処置用の医薬組成物（例えば、ワクチン組成物）は、非経口、局所（ｔｏｐｉｃａｌ）、経鼻、経口、局所（ｌｏｃａｌ）投与を意図している。医薬組成物は、非経口的に、例えば、静脈内、皮下、皮内、または筋肉内投与することができる。組成物は、腫瘍に対する局所免疫応答を刺激するために外科的切除部位に投与することができる。組成物は、対象の特定の感染組織及び／または細胞を標的として投与することができる。本明細書では、抗原の溶液を含む非経口投与用の組成物を開示し、ワクチン組成物は許容される担体、例えば水性担体中に溶解または懸濁される。例えば、水、緩衝された水、０．９％生理食潜水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸などの様々な水性担体を使用することができる。これらの組成物は従来の周知の滅菌法によって滅菌するか、または滅菌濾過することができる。得られた水溶液はそのまま使用されるようにパッケージングされてもよく、または凍結乾燥し、凍結乾燥した製剤を投与に先立って滅菌溶液と加え合わせることができる。組成物は、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンなどのｐＨ調整剤及び緩衝剤、浸透圧調整剤、湿潤剤など、生理学的条件に近づけるために必要とされる薬学的に許容される補助物質を含むことができる。
抗原は、リンパ系組織などの特定の細胞組織に抗原をターゲティングするリポソームによって投与することもできる。リポソームは、半減期を増大させるうえでも有用である。リポソームとしては、エマルジョン、フォーム、ミセル、不溶性単分子膜、液晶、リン脂質分散液、ラメラ層などが挙げられる。これらの製剤中では、送達させようとする抗原を、単独で、または例えばＣＤ４５抗原に結合するモノクローナル抗体などのリンパ系細胞に多くみられる受容体に結合する分子、または他の治療用もしくは免疫原性組成物と共にリポソームの一部として取り込ませる。したがって、所望の抗原で充填されたリポソームをリンパ系細胞の部位に誘導することができ、そこでリポソームは選択された治療用／免疫原性組成物を送達する。リポソームは、一般的に中性及び負に帯電したリン脂質とコレステロールのようなステロールとを含む標準的な小胞形成脂質から形成することができる。脂質の選択は、例えば、リポソームのサイズ、酸不安定性、及び血流中でのリポソームの安定性を考慮して一般的に導かれる。例えば、Ｓｚｏｋａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．９；４６７ （１９８０）、米国特許第４，２３５，８７１号、同第４，５０１，７２８号、同第４，５０１，７２８号、同第４，８３７，０２８号、及び同第５，０１９，３６９号に記載されるようなリポソームを調製するための様々な方法がある。
免疫細胞にターゲティングするため、リポソームに組み込むリガンドは、例えば、所望の免疫系細胞の細胞表面決定因子に特異的な抗体またはそのフラグメントを含むことができる。リポソーム懸濁液を、とりわけ、投与方法、送達されるペプチド、及び治療される疾患のステージに応じて異なる用量で静脈内、局所的（ｌｏｃａｌｌｙ）、局所的（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）といった要領で投与することができる。
治療または免疫化の目的では、ペプチド及び場合により本明細書に記載されるペプチドの１つ以上をコードする核酸患者に投与してもよい。核酸を患者に投与するための多くの方法が便宜よく用いられる。例えば、核酸は「ネイキッドＤＮＡ」として直接投与することができる。このアプローチは、例えば、Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７：１４６５－１４６８ （１９９０）、ならびに米国特許第５，５８０，８５９号及び同第５，５８９，４６６号に記載されている。核酸は、例えば、米国特許第５，２０４，２５３号に記載されるような弾道送達を用いて投与することもできる。ＤＮＡのみで構成された粒子を投与することもできる。あるいは、ＤＮＡを金粒子のような粒子に付着させてもよい。核酸配列を送達するためのアプローチとしては、エレクトロポレーションを伴う、または伴わないウイルスベクター、ｍＲＮＡベクター、及びＤＮＡベクターが挙げられる。
核酸は、カチオン性脂質などのカチオン性化合物と複合体化して送達させることもできる。脂質により媒介される遺伝子送達法は、例えば、９６１８３７２ＷＯＡＷＯ９６／１８３７２、９３２４６４０ＷＯＡＷＯ９３／２４６４０、Ｍａｎｎｉｎｏ ＆ Ｇｏｕｌｄ－Ｆｏｇｅｒｉｔｅ，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６（７）： ６８２－６９１（１９８８）、米国特許第５，２７９，８３３号Ｒｏｓｅ米国特許第５，２７９，８３３号、９１０６３０９ＷＯＡＷＯ９１／０６３０９、及びＦｅｌｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：７４１３－７４１４（１９８７）に記載されている。
抗原は、ワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｔａｔｓｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１０，６１６－６２９を参照）、または、第２、第３、またはハイブリッド第２／第３世代レンチウイルス及び特定の細胞タイプまたは受容体をターゲティングするように設計された任意の世代の組換えレンチウイルス（例えば、Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ ｂｙ Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．（２０１１）２３９（１）：４５－６１，Ｓａｋｕｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ：ｂａｓｉｃ ｔｏ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．（２０１２）４４３（３）：６０３－１８，Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｃｕｅ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｎｔｒｏｎ ｌｏｓｓ ｍａｘｉｍｉｚｅｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ Ｃ ｐｒｏｍｏｔｅｒ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１５）４３（１）：６８２－６９０，Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｌｆ－Ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒ ｆｏｒ Ｓａｆｅ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９８）７２（１２）：９８７３－９８８０を参照）などのウイルスベクターに基づいたワクチンプラットフォームに含まれるようにしてもよい。上記に述べたウイルスベクターに基づくワクチンプラットフォームのパッケージングキャパシティーに応じて、この手法は１つ以上の抗原ペプチドをコードする１つ以上のヌクレオチド配列を送達することができる。配列は、変異が導入されていない配列を隣接させてもよく、リンカーによって隔てられてもよく、または細胞内区画をターゲティングする１つ以上の配列がその前に配置されてもよい（例えば、Ｇｒｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｏｆ ｍｅｌａｎｏｍａ ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｎａｔ Ｍｅｄ．（２０１６）２２（４）：４３３－８，Ｓｔｒｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｄｏｎｏｒ－ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２０１６）３５２（６２９１）：１３３７－４１，Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｅｄ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｕｒａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎｓ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（２０１４）２０（１３）：３４０１－１０を参照）。宿主に導入されると、感染細胞は抗原を発現し、それによりペプチド（複数可）に対する宿主の免疫（例えば、ＣＴＬ）応答を刺激する。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターとしてＢＣＧ（Ｂａｃｉｌｌｅ Ｃａｌｍｅｔｔｅ Ｇｕｅｒｉｎ、カルメット・ゲラン桿菌）がある。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ ３５１：４５６－４６０ （１９９１））に記載されている。例えば、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）ベクターなどの治療薬の投与または抗原の免疫化において有用な広範な他のワクチンベクターが、本明細書の記載から当業者には明らかとなろう。
核酸を投与する手段の１つは、１つまたは複数のエピトープコード核酸配列をコードしたミニジーンコンストラクトを使用することである。ヒト細胞で発現させるための選択されたＣＴＬエピトープをコードしたＤＮＡ配列（ミニジーン）を作製するには、エピトープのアミノ酸配列を逆翻訳する。ヒトのコドン使用表を用いて各アミノ酸のコドン選択の手引きとする。これらのエピトープコードＤＮＡ配列を直接連結して、連続したポリペプチド配列を作製する。発現及び／または免疫原性を最適化するため、さらなるエレメントをミニジーンの設計に組み込むことができる。逆翻訳してミニジーン配列に組み込むことができるアミノ酸配列の例としては、ヘルパーＴリンパ球、エピトープ、リーダー（シグナル）配列、及び小胞体保留シグナルが挙げられる。さらに、ＣＴＬエピトープのＭＨＣによる提示は、合成（例えば、ポリアラニン）または天然のフランキング配列をＣＴＬエピトープに隣接して組み込むことによって向上させることができる。ミニジーン配列は、ミニジーンの＋鎖と－鎖をコードしたオリゴヌクレオチドをアセンブルすることによりＤＮＡに変換される。重複するオリゴヌクレオチド（３０～１００塩基の長さ）を周知の方法を用いて合成、リン酸化、精製し、適当な条件下でアニールする。オリゴヌクレオチドの末端同士を、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いてつなげる。次いで、ＣＴＬエピトープポリペプチドをコードしたこの合成ミニジーンを所望の発現ベクターにクローニングすることができる。
精製したプラスミドＤＮＡは、様々な製剤を用いて注射用に調製することができる。これらのうちで最も簡単なものは、凍結乾燥したＤＮＡを無菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で戻すことである。様々な方法がこれまでに記載されており、新たな技術も利用可能となる可能性がある。上記に述べたように、核酸はカチオン性脂質と便宜よく配合される。さらに、糖脂質、膜融合性リポソーム、ペプチド及びＰＩＮＣ（ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ，ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ，ｎｏｎ－ｃｏｎｄｅｎｓｉｎｇ、保護的、相互作用性、非凝縮性）と総称される化合物を、精製したプラスミドＤＮＡと複合体化することで安定性、筋肉内の分散性、または特定の臓器もしくは細胞タイプへのトラフィッキングなどの変数に影響を及ぼすこともできる。
本明細書に開示される方法の各工程を実行することと、複数の抗原または複数の抗原のサブセットを含むワクチンを生産することとを含む、ワクチンを製造する方法も開示される。
本明細書に開示される抗原は、当該技術分野における周知の方法を用いて製造することができる。例えば、本明細書に開示される抗原またはベクター（例えば、１つ以上の抗原をコードする少なくとも１つの配列を含むベクター）の製造方法は、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む宿主細胞を、抗原またはベクターを発現するのに適した条件下で培養することと、抗原またはベクターを精製することと、を含むことができる。標準的な精製方法としては、クロマトグラフィー法、電気泳動法、免疫学的方法、沈殿、透析、濾過、濃縮、及びクロマト分画法が挙げられる。
宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＮＳ０細胞、酵母、またはＨＥＫ２９３細胞を含みうる。宿主細胞は、本明細書に開示される抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列を含む１つ以上のポリヌクレオチドで形質転換することができ、場合により、単離されたポリヌクレオチドは、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列に機能的に連結されたプロモーター配列を含む。特定の実施形態では、単離されたポリペプチドはｃＤＮＡであってよい。
抗原の使用及び投与
ワクチン接種プロトコールを用いて対象に１つ以上の抗原を投与することができる。プライミングワクチン及びブースターワクチンを用いて対象への投与を行うことができる。
プライミングワクチンは、本明細書に記載されるＳＡＭワクチン組成物に基づいたものとすることができ、ＳＡＭはＳＡＭベクターが由来する自己複製型ウイルスの内因性の５’配列を有している（例えば、「ＡＵ－ＳＡＭ」とも呼ばれる内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチドＡＵ）。
ブースターワクチン（２回以上のブースター投与を含む）は、本明細書に記載されるＳＡＭワクチン組成物に基づいたものとすることができ、ＳＡＭはＳＡＭベクターが由来する自己複製型ウイルスの内因性の５’配列を有している（例えば、「ＡＵ－ＳＡＭ」とも呼ばれる内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチドＡＵ）。
ワクチン接種プロトコールは、それぞれが本明細書に記載されるＳＡＭワクチンに基づいたプライミングワクチンとブースターワクチンの両方を含むことができ、ＳＡＭはＳＡＭベクターが由来する自己複製型ウイルスの内因性の５’配列を有している（例えば、「ＡＵ－ＳＡＭ」とも呼ばれる内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチドＡＵ）。
内因性の５’配列を有するＳＡＭと組み合わせて使用されるものを含むプライミングワクチンは、Ｃ６８（例えば、配列番号１または２に示される配列）またはＳＡＭ（例えば、配列番号３または４に示される配列）に基づいたものとしてもよい。内因性の５’配列を有するＳＡＭと組み合わせて使用されるものを含むブースターワクチンは、Ｃ６８（例えば、配列番号１または２に示される配列）またはＳＡＭ（例えば、配列番号３または４に示される配列）に基づいたものとしてもよい。
プライミング／ブースター手法における各ベクターは、通常、抗原を含むカセットを含んでいる。カセットは、各抗原を通常取り囲む天然の配列、またはＡＡＹなどの他の非天然のスペーサー配列などのスペーサーによって隔てられた約１～５０個の抗原を含むことができる。カセットは、破傷風トキソイド抗原などのＭＨＣＩＩ抗原、及びユニバーサルなクラスＩＩ抗原とみなされるＰＡＤＲＥ抗原を含んでもよい。カセットは、ユビキチンターゲティング配列などのターゲティング配列を含んでもよい。さらに、各ワクチン用量は、免疫調節因子と組み合わせて（例えば、同時、その前、またはその後で）対象に投与することができる。各ワクチン用量は、チェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）と組み合わせて（例えば、同時、その前、またはその後で）対象に投与することができる。ＣＰＩは、抗体またはその抗原結合部分など、ＣＴＬＡ４、ＰＤ１、及び／またはＰＤＬ１を阻害するものを含むことができる。かかる抗体としては、トレメリムマブまたはデュルバルマブを挙げることができる。各ワクチン用量は、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２（ＩＬ－１２ ｐ３５、ｐ４０、ｐ７０、及び／またはｐ７０融合コンストラクトを含む）、ＩＬ－１５、またはＩＬ－２１などのサイトカインと組み合わせて（例えば、同時、その前、またはその後で）対象に投与することができる。各ワクチン用量は、修飾サイトカイン（例えば、ｐｅｇＩＬ－２）と組み合わせて（例えば、同時、その前、またはその後で）対象に投与することができる。
プライミングワクチンは、対象に注射（例えば筋肉内に）することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ（例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１～１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇのＳＡＭベクターの１回以上の注射を用いることができ、または、１～１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのＳＡＭベクターの１回以上の注射を用いることができる。
プライムワクチン接種後に、ワクチンブースト（ブースターワクチン）を注射（例えば筋肉内に）することができる。ブースターワクチンは、プライム後の約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間ごと、例えば、４週間ごと、及び／または８週間ごとに投与することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ（例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１～１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇのＳＡＭベクターの１回以上の注射を用いることができ、または、１～１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのＳＡＭベクターの１回以上の注射を用いることができる。
抗ＣＴＬＡ－４（例えばトレメリムマブ）を対象に投与することもできる。例えば、抗ＣＴＬＡ４を筋肉内ワクチン注射（ＣｈＡｄＶ６８プライムまたはＳＡＭ低用量）の部位の近くに皮下投与することで同じリンパ節内に確実に送り込むことができる。トレメリムマブは、ＣＴＬＡ－４の選択的ヒトＩｇＧ２ｍＡｂ阻害剤である。標的抗ＣＴＬＡ－４（トレメリムマブ）皮下用量は、通常、７０～７５ｍｇ（詳細には７５ｍｇ）であり、例えば、１～１００ｍｇまたは５～４２０ｍｇの用量範囲である。
特定の場合では、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）などの抗ＰＤ－Ｌ１抗体を使用することができる。デュルバルマブは、ＰＤ－１及びＣＤ８０へのＰＤ－Ｌ１の結合を阻害する選択的な高親和性のヒトＩｇＧ１ ｍＡｂである。デュルバルマブは一般的に４週間ごとに２０ｍｇ／ｋｇが静脈内投与される。
免疫モニタリングを、ワクチン投与の前、その間、及び／またはその後に行うことができる。かかるモニタリングは、他のパラメータの中でもとりわけ、安全性及び有効性についての情報を与えることができる。
免疫モニタリングを行うには、ＰＢＭＣが一般的に用いられる。ＰＢＭＣは、プライムワクチン接種の前、及びプライムワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に単離することができる。ＰＢＭＣは、ブーストワクチン接種の直前、及び各ブーストワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に採取することができる。
Ｔ細胞応答及びＢ細胞応答などの免疫応答を、免疫モニタリングプロトコールの一環として評価することができる。例えば、本明細書に記載されるワクチン組成物が免疫応答を刺激する能力を監視及び／または評価することができる。本明細書で使用する「免疫応答を刺激する」とは、免疫応答を開始させること（例えば、ナイーブな対象において免疫応答の開始を刺激するプライミングワクチン）、または免疫応答の増強（例えば、プライミングワクチンにより開始された既存の免疫応答などの抗原に対する既存の免疫応答を有する対象における免疫応答の増強を刺激するブースターワクチン）などの免疫応答のあらゆる増加を指す。Ｔ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔ、細胞内サイトカイン染色、サイトカイン分泌、及び細胞表面捕捉、Ｔ細胞増殖、ＭＨＣマルチマー染色、または細胞傷害性アッセイなどの当業者には周知の１つ以上の方法を用いて測定することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対するＴ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて、ＩＦＮ－γなどのサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞応答は、フローサイトメトリーを用いて、ＩＦＮ－γなどの細胞内または細胞外で捕捉されたサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞応答は、ＭＨＣマルチマー染色を用い、エピトープ／ＭＨＣクラスＩ複合体に対して特異的なＴ細胞受容体を発現するＴ細胞集団を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞応答は、３Ｈチミジン、ブロモデオキシウリジン、及びカルボキシフルオロセインジアセテートスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）の取り込み後に、Ｔ細胞集団のエクスビボ増殖を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに特異的なＰＢＭＣ由来Ｔ細胞の抗原認識能及び溶解活性は、クロム放出アッセイまたは代替的な比色細胞傷害性アッセイにより機能的に評価することができる。
Ｂ細胞応答は、Ｂ細胞の分化（例えば、形質細胞への分化）、Ｂ細胞または形質細胞の増殖、Ｂ細胞または形質細胞の活性化（例えば、ＣＤ８０またはＣＤ８６などの共刺激マーカーの増加）、抗体のクラススイッチ、及び／または抗体産生（例えば、ＥＬＩＳＡ）を判定するために用いられるアッセイなど、当該技術分野では周知の１つ以上の方法を用いて測定することができる。抗体も中和能力について評価するなど、機能について評価することができる。
本明細書に記載される本開示をより完全に理解できるようにするため、以下に実施例を記載する。本出願に記載される合成による、及び生物学的実施例は、本明細書で提供される化合物、医薬組成物、及び方法を説明するために示されるものであり、いかなる意味においてもそれらの範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
材料及び方法
本明細書で提供される化合物は、以下の一般的方法及び手順を用いて容易に入手可能な出発物質から調製することができる。一般的な、または好ましい反応条件（すなわち、反応温度、時間、反応物質のモル比、溶媒、圧力など）が与えられる場合、特に断らない限りは他の反応条件を用いることもできる点は認識されよう。最適な反応条件は、使用される特定の反応物質または溶媒によって異なるが、そのような条件は通常の最適化によって当業者により決定することが可能である。
さらに、当業者には明らかであるように、特定の官能基が望ましくない反応を起こすことを防止するため、従来の保護基が必要とされる場合もある。特定の官能基に対する適当な保護基の選択、ならびに保護及び脱保護の適当な条件は当該技術分野では周知のものである。例えば、多くの保護基、ならびにそれらの導入及び除去については、Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ ａｎｄ Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１、及び当該文献に引用される参考文献に記載されている。
本明細書で提供される化合物は、公知の標準的な手法で単離及び精製することができる。そのような手法としては、（これらに限定されるものではないが）、粉砕、カラムクロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、または超臨界流体クロマトグラフィー（ＳＦＣ）が挙げられる。以下のスキームでは、本明細書に列記される代表的なオキシステロールの調製に関する詳細を示す。本明細書で提供される化合物は、有機合成分野の当業者により、既知のまたは市販の出発物質及び試薬から調製することができる。本明細書で提供されるエナンチオマー／ジアステレオマーの分離／生成に使用される市販のキラルカラムとしては、これらに限定されるものではないが、ＣＨＩＲＡＬＰＡＫ（登録商標）ＡＤ－１０、ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＢ、ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＢ－Ｈ、ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＤ、ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＤ－Ｈ、ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＦ、ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＧ、ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＪ ａｎｄ ＣＨＩＲＡＬＣＥＬ（登録商標）ＯＫが挙げられる。
略語：
ＰＥ：石油エーテル、ＥｔＯＡｃ：酢酸エチル、ＴＨＦ：テトラヒドロフラン、ＰＣＣ：クロロクロム酸ピリジニウム、ＴＬＣ：薄層クロマトグラフィー、ＰＣＣ：クロロクロム酸ピリジニウム、ｔ－ＢｕＯＫ：カリウムｔｅｒｔ－ブトキシド、９－ＢＢＮ：９－ボラビシクロ［３．３．１］ノナン、Ｐｄ（ｔ－Ｂｕ３Ｐ）２：ビス（トリ－ｔｅｒｔ－ブチルホスフィン）パラジウム（０）、ＡｃＣｌ：塩化アセチル、ｉ－ＰｒＭｇＣｌ：イソプロピルマグネシウムクロリド、ＴＢＳＣｌ：ｔｅｒｔ－ブチル（クロロ）ジメチルシラン、（ｉ－ＰｒＯ）４Ｔｉ：チタンテトライソプロポキシド、ＢＨＴ：２，６－ジ－ｔ－ブチル－４－メチルフェノキシド、Ｍｅ：メチル、ｉ－Ｐｒ：イソ－プロピル、ｔ－Ｂｕ：ｔｅｒｔ－ブチル、Ｐｈ：フェニル、Ｅｔ：エチル、Ｂｚ：ベンゾイル、ＢｚＣｌ：ベンゾイルクロリド、ＣｓＦ：フッ化セシウム、ＤＡＳＴ：ジエチルアミノ硫黄トリフルオリド、ＤＣＣ：ジシクロヘキシルカルボジイミド、ＤＣＭ：ジクロロメタン、ＤＭＡＰ：４－ジメチルアミノピリジン、ＤＭＰ：デス－マーチンペルヨージナン、ＥｔＭｇＢｒ：エチルマグネシウムブロミド、ＥｔＯＡｃ：酢酸エチル、ＴＥＡ：トリエチルアミン、ＡｌａＯＨ：アラニン、Ｂｏｃ：ｔ－ブトキシカルボニル。Ｐｙ：ピリジン、ＴＢＡＦ：テトラ－ｎ－ブチルアンモニウムフルオリド、ＴＨＦ：テトラヒドロフラン、ＴＢＳ：ｔ－ブチルジメチルシリル、ＴＭＳ：トリメチルシリル、ＴＭＳＣＦ３：（トリフルオロメチル）トリメチルシラン、Ｔｓ：ｐ－トルエンスルホニル、Ｂｕ：ブチル、Ｔｉ（ＯｉＰｒ）４：テトライソプロポキシチタン、ＬＡＨ：水素化アルミニウムリチウム、ＬＤＡ：リチウムジイソプロピルアミド、ＬｉＯＨ．Ｈ２Ｏ：水酸化リチウム水和物、ＭＡＤ：メチルアルミニウムビス（２，６－ジ－ｔ－ブチル－４－メチルフェノキシド）、ＭｅＣＮ：アセトニトリル、ＮＢＳ：Ｎ－ブロモスクシンイミド、Ｎａ２ＳＯ４：硫酸ナトリウム、Ｎａ２Ｓ２Ｏ３：チオ硫酸ナトリウム、ＰＥ：石油エーテル、ＭｅＣＮ：アセトニトリル、ＭｅＯＨ：メタノール、Ｂｏｃ：ｔ－ブトキシカルボニル、ＤＭＴ：４，４’－ジメトキシトリチル、ＭＴＢＥ：メチルｔｅｒｔ－ブチルエーテル、Ｋ－セレクトリド：カリウムトリ（ｓ－ブチル）ボロヒドリド。
実施例１． ２’－フルオロヌクレオチド７の合成
当業者には、２’－フルオロヌクレオチド６は一般的スキームＩに示される合成工程などにより調製できる点は理解されよう。
一般的合成スキームＩ
Figure 2023523414000023
ＤＭＴ－Ｃｌを用いてヌクレオチド５の第一級アルコールの選択的ＤＭＴ保護を行って４，４’－ジメトキシトリチル保護ヌクレオチド６を得ることができる。次いでＤＡＳＴに曝露することで２’－フルオロヌクレオチド７を得ることができる。
実施例２． ２’－メトキシエチル－ヌクレオチド１０の合成
当業者には、２’－メトキシエチル－ヌクレオチド１０は一般的スキームＩＩに示される合成工程などにより調製できる点は理解されよう。
一般的合成スキームＩＩ
Figure 2023523414000024
ヌクレオチド５をイミダゾール及び１，１ビス（ビス（ジ－イソプロピル）クロロシリル）メタンと反応させて脱保護されたヌクレオチド８を生成する。８をＮａＨＭＤＳ及びＭｅＯＣＨ２ＣＨ２Ｂｒに曝露すると保護された２’－メトキシエチル－ヌクレオチド８が得られる。ＴＢＡＦを用いてヌクレオチド９を脱保護することで２’－メトキシエチル－ヌクレオチド１０を得ることができる。
実施例３． ２’－トリフルオロメチル－ヌクレオチド１６の合成
当業者には、２’－トリフルオロメチル－ヌクレオチド１６は一般的スキームＩＩＩに示される合成工程などにより調製できる点は理解されよう。例えば、このヌクレオチドの合成は、Ｊｅａｎｎｏｔ，Ｆ．，ｅｔ．ａｌ．“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ ａｎｔｉｖｉｒａｌ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ２’－ｄｅｏｘｙ－２’－Ｃ－ｔｒｉｆｌｕｏｒｏｍｅｔｈｙｌ－β－Ｄ－ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ａｎａｌｏｇｕｅｓ ｂｅａｒｉｎｇ ｔｈｅ ｆｉｖｅ ｎａｔｕｒａｌｌｙ ｏｃｃｕｒｒｉｎｇ ｎｕｃｌｅｉｃ ｂａｓｅｓ”Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００３，１，２０９６－２１０２．に示される工程を用いて再現することができる。
一般的合成スキームＩＩＩ
Figure 2023523414000025
ＤＭＰを用いた４－Ｃｌ－ベンジル保護されたヌクレオチド１１の酸化の後、ＣＦ３ＳｉＭｅ３で処理することで３－トリフルオロメチルヌクレオチド１２を得ることができる。還元的脱保護に続いてＢｚＣｌを用いて再保護することでベンゾイル保護されたヌクレオチド１３を得ることができる。ラジカル介在脱酸素化により、ベンゾイル保護されたデオキシヌクレオチド１４を得ることができる。酢酸及び無水酢酸への曝露によりメトキシ部分の置換を行うことができる。Ｊｅａｎｎｏｔ ｅｔ．ａｌ．に記載の条件を用いて１’－酢酸ヌクレオチド１５のさまざまなヌクレオチドアナログ（１６）への変換を行うことができる。
実施例４． ２’，３’二酢酸ヌクレオチド１９の合成
当業者には、２’，３’二酢酸ヌクレオチド１９は一般的スキームＩＩＩに示される合成工程などにより調製できる点は理解されよう。
一般的合成スキームＩＶ
Figure 2023523414000026
ＤＭＴ保護されたヌクレオチド１７（実施例１を参照）を無水酢酸（Ａｃ２Ｏ）及びＮ－メチルイミダゾール（ＮＭＩ）で処理することにより、二酢酸エステル１８を生成することができる。二酢酸エステル１８の酸による脱保護の後、２－シアノエチルＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトライソプロピルホスホロジアミダイトと反応させることで２’，３’二酢酸ヌクレオチド１９を得ることができる。
実施例５ 式（Ｉ－１）の化合物の合成
当業者には、式（Ｉ－１）の化合物は一般的スキームＶに示される合成工程などにより調製できる点は理解されよう。
一般的合成スキームＶ
Figure 2023523414000027
詳細には、化合物ホスホンアミダイト１９を適当な条件下で保護されたヌクレオチド２０と反応させることでジヌクレオチド２１を得ることができる。プロトン酸に曝露することで４，４’－ジメトキシトリチルジヌクレオチド２１が脱保護され、ジヌクレオチド２２を生じる。ヒドロキシジヌクレオチド２２を２－シアノエチルＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトライソプロピルホスホロジアミダイトで処理することで２－シアノエチルホスホロジアミダイト２３を得ることができる。適当な条件下（例えば、Ｉ２、Ｈ２Ｏ）で２－シアノエチルホスホロジアミダイト２３を酸化することで２－シアノエチルリン酸２４を得ることができる。２－シアノエチルリン酸２４を適当な条件下で脱保護することができる。得られたジヌクレオチドを、ｍ７Ｇ二リン酸２５と結合させて式（Ｉ－１）の化合物の合成を行うことができる。
ｍ７Ｇ二リン酸２５は、当該技術分野では周知の方法を用いて調製することができる。例えば、Ｋｏｒｅ，Ａ．Ｒ．，ｅｔ．ａｌ．“Ａｎ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓ ｆｏｒ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ７－ｍｅｔｈｙｌ Ｇｕａｎｏｓｉｎｅ ５’－Ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ： Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ Ｓｙｎｔｈｏｎ ｏｆ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｍＲＮＡ Ｃａｐ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ” Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，ａｎｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ２５：３３７－３４０，２００６，ＤＯＩ：１０．１０８０／１５２５７７７０５００５４４５５２を参照。
実施例６ 自己増幅発現系
Ａ．自己複製ＲＮＡウイルス骨格及びＳＡＭ生成
本発明の一実現形態では、自己複製型のベネズエラウマ脳炎ウイルス（“ＶＥＥＶ”Ｋｉｎｎｅｙ；１９８６，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １５２：４００－４１３）から、２６Ｓサブゲノムプロモーターの３’側に位置するＶＥＥＶの構造タンパク質を、Ｅ１の最後の５０個のアミノ酸を除いて欠失させることによって、抗原発現系のＲＮＡアルファウイルス骨格を作製した（７５４４～１１１７５を欠失させたＶＥＥＶ；番号付けはＫｉｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ １９８６に基づく。配列番号６）。自己複製型ｍＲＮＡ（「ＳＡＭ」）ベクターを作製するため、欠失させた配列を抗原配列に置き換えた。２０個のモデル抗原を含む代表的なＳＡＭベクターは、「ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー」（配列番号４）である。カノニカルな３’末端のジヌクレオチドＧＧを欠いた改変Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼプロモーター（（ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡ）を、ＳＡＭベクターの５’末端に付加してインビトロ転写用の鋳型ＤＮＡ（配列番号５７、挿入された抗原カセットを有さない、７５４４～１１，１７５を欠失させたもの）を作製した。さらなる鋳型産生用ベクターを、ＰＣＲフォワードプライマー配列と３’制限部位を付加して作製した（配列番号５８、挿入された抗原カセットを有さない、７５４４～１１，１７５を欠失させたもの）。
上記の鋳型を使用して生成されたＲＮＡは、内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチド配列に直接連結されたｍ７Ｇキャップを有している。すなわち、ｍ７Ｇキャップと内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチド配列との間に、カノニカルなＴ７ ＲＮＡポリメラーゼを使用した場合に通常存在するジヌクレオチドＧＧのようなさらなる介在ヌクレオチドが存在しない。内因性のヌクレオチドＡＵＧで始まり、カノニカルなまたは改変された（「最小」）Ｔ７プロモーターを用いた骨格を有するＳＡＭベクターのＲＮＡ生成を図１に示す。ｍ７Ｇキャップと内因性の５’ＡＵヌクレオチドとの間に位置するさらなる介在ヌクレオチドが存在しないＳＡＭベクターを、本明細書では「ＡＵ－ＳＡＭ」ベクターと呼ぶ。代表的なＡＵ－ＳＡＭベクターの概略図を図２に示す。
代表的な抗原をコードするカセットを含んだ、キャップを有するＡＵ－ＳＡＭ ＲＮＡを、以下のステップを用いて同時転写的に生成した。
－ 目的の抗原カセットをインビトロ転写用鋳型ＤＮＡ（配列番号５７）にクローニングしてＤＮＡ鋳型を作製した。
－ キャップを有するＲＮＡを、下記に述べるように、インビトロ転写（ＩＶＴ）により生成した。
・ 反応は以下を含んだ：１ｘＴ７ ＲＮＡポリメラーゼミックス（Ｅ２０４０Ｓ）、０．０２５ｍｇ／ｍＬのＤＮＡ転写用鋳型（制限酵素による消化によって直鎖化したもの）、８ｍＭのトリヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａ－Ｕキャップアナログ（ＣｌｅａｎＣａｐ試薬ＡＵ（カタログ番号Ｎ－７１１４）、及び各１０ｍＭのＡＴＰ、シチジン三リン酸（ＣＴＰ）、ＧＴＰ、及びウリジン三リン酸（ＵＴＰ）［下記に示すようにジヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａキャップアナログ（ＮＥＢ）に置換したＣｌｅａｎＣａｐ試薬ＡＵ］の最終濃度を用いた、１ｘ転写バッファー（４０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１０ｍＭジチオトレイトール、２ｍＭスペルミジン、０．００２％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００、及び２７ｍＭ塩化マグネシウム）
・ ＩＶＴの反応条件：転写反応を３７℃で２時間インキュベートし、ＤＡａｓｅＩバッファー中、０．００１ｍｇのＤＮＡ転写鋳型当たり最終濃度２ＵのＤＮａｓｅ Ｉ（ＡＭ２２３９）で１時間、３７℃で処理した。
・ キャップを有するＡＵ－ＳＡＭをＲＮｅａｓｙ Ｍａｘｉ（ＱＩＡＧＥＮ，７５１６２）または液体クロマトグラフィーにより精製した。
モデル抗原カセット（「ＭＡＧ２５マー」、ヌクレオチド配列番号３４とペプチド配列番号３５）をＶＥＥＶ骨格の欠失させた領域に挿入した。キャップを有するＡＵ－ＳＡＭ ＲＮＡを、上記に述べたように、トリヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａ－Ｕキャップアナログまたはジヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａキャップアナログを使用して生成した。図３に示されるように、トリヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａ－Ｕキャップを含んだ反応は、ジヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａキャップアナログよりも２０倍以上多いＲＮＡを生成した。
キャップを有するＡＵ－ＳＡＭ ＲＮＡも、下記のような、本明細書に記載されるトリヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａ－Ｕキャップアナログを使用したＩＶＴ反応において、ジヌクレオチドｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ａキャップアナログを使用した場合よりも多い量で生成された。
Figure 2023523414000028
Ｂ．自己増幅型ｍＲＮＡウイルスベクターのマウスにおける評価
免疫化
Ｂａｌｂ／ｃマウス（ｎ＝８／群）を１０μｇのＳＡＭ－ＬＮＰで免疫した。ＳＡＭは、ＡＵ－ＳＡＭ（上記に述べたようにして生成されたもの）、またはカノニカルなＴ７プロモーター（配列番号８）を含むＤＮＡ鋳型を用いて生成されたＧＧ－ＳＡＭ（生成されたＲＮＡが、ｍ７Ｇキャップと内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチド配列との間にＧＧジヌクレオチドを有するもの）のいずれかとした。
エクスビボ細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）及びフローサイトメトリー分析
この試験では各マウスについて、ワクチンにコードされたＡＨ１－Ａ５抗原クラスＩエピトープ（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ）に対するＴ細胞応答を、ＩＦＮ－γのようなサイトカインの誘導を測定することにより、脾細胞で観測した。新しく単離したリンパ球を２～５×１０６細胞／ｍＬの密度で１０μＭの示したペプチドと２時間インキュベートした。２時間後、ブレフェルジンＡを５μｇ／ｍｌの濃度にまで加え、細胞を刺激物質とさらに４時間インキュベートした。刺激後、生細胞を製造者のプロトコールにしたがって固定可能な生存率解析用色素ｅＦｌｕｏｒ７８０で標識し、抗ＣＤ８ ＡＰＣ（クローン５３－６．７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ社）により１：４００の希釈率で染色した。細胞内染色には抗ＩＦＮｇ ＰＥ（クローンＸＭＧ１．２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ社）を１：１００で使用した。試料をＣｙｔｏｆｌｅｘ ＬＸ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）で採取した。フローサイトメトリーのデータをプロットし、ＦｌｏｗＪｏを用いて分析した。抗原特異的応答の大きさを評価するため、ＣＤ８＋細胞のＩＦＮｇ＋の割合を各ペプチド刺激因子に応じて計算した。
マウスにおける免疫原性の結果
この試験は、内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチド配列に直接連結されたｍ７Ｇキャップ（ＡＵ－ＳＡＭ）またはｍ７Ｇキャップと内因性の５’ＶＥＥＶヌクレオチド配列との間にＧＧジヌクレオチド（ＧＧ－ＳＡＭ）のいずれかを含むＳＡＭベクターを用いたマウスの免疫化を評価及び比較するように計画した。自己増幅骨格に挿入されたＭＡＧ２５マーモデル抗原カセットは、ＡＨ１－Ａ５抗原クラスＩエピトープＳＰＳＹＡＹＨＱＦをモデル非自己抗原として有するものとした。
上記に述べたようにしてマウスを免疫し、脾細胞を初回免疫後１２日目に採取し、抗原特異的免疫応答について評価した。図４及び表１に示されるように、ＡＵ－ＳＡＭによるワクチン接種では、ＧＧ－ＳＡＭに対してＩＦＮγ＋ＣＤ８細胞の割合が約２倍高くなり、ＡＵ－ＳＡＭによるワクチン接種が、ＲＮＡの５’末端に非内因性のヌクレオチドを有するＳＡＭベクターと比較して増加した抗原特異的免疫応答をもたらすことを示している。
Figure 2023523414000029
Ｃ．非ヒト霊長類における自己増幅ｍＲＮＡウイルスベクターによる同種プライミング／ブースターの免疫原性の評価
免疫化
Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザル（Ｎ＝５）を、ＭＡＧ２５マー抗原カセットを含んだＡＵ－ＳＡＭ送達組成物（上記に述べたようにＩＶＴにより同時転写的に生成されたもの）を用いて免疫し、ＬＮＰに製剤化した。免疫化の当日、ＳＡＭ－ＬＮＰを室温で解凍し、ＰＢＳで所望の濃度に希釈し、ペリスタルティックポンプ（Ｍａｓｔｅｒｆｌｅｘ）及びフィルターカートリッジ（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ Ｓａｒｔｏｐｏｒｅ２ Ｆｉｌｔｅｒカプセルサイズ４、１５０ｃｍ２、０．２μｍ）を用いて濾過した。動物は、ＳＩＶに対する免疫調節抗体またはワクチン接種による以前の処置を受けておらず、ＳＩＶに対する以前の曝露もないものとした。ＳＡＭを大腿四頭筋に両側筋肉注射として投与した。ＡＵ－ＳＡＭの同種ブースターをプライミングワクチン接種後の４、８、及び２０週目に筋肉内投与した。４つの用量はすべて、動物当たり合計１ｍｇとした。最初の３回の用量（０、４、８週目）では、２ｍＬのＳＡＭを投与した（片脚当たり１ｍＬ）。４回目の用量（２０週目）では、注射体積を１ｍＬ（片脚当たり０．５ｍＬ）に減らした。
免疫モニタリング
免疫モニタリングを行うため、１０～２０ｍＬの血液をヘパリンが入ったバキュテイナチューブに採取し、単離まで室温で維持した。ＰＢＭＣを、リンパ球分離培地（ＬＳＭ）及びＬｅｕｃｏｓｅｐセパレータチューブを使用して、密度勾配遠心分離によって単離した。ＰＢＭＣをヨー化プロピジウムで染色し、Ｃｙｔｏｆｌｅｘ ＬＸ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して生細胞をカウントした。次いで、試料を、ＲＰＭＩ完全培地（１０％ＦＢＳ）中に４×１０６細胞／ｍＬで再懸濁した。
プレコートされた９６ウェルプレート（ＭＡｂｔｅｃｈ，Ｍｏｎｋｅｙ ＩＦＮγ ＥＬＩＳＰＯＴ ＰＬＵＳ，ＡＬＰ（キットロット番号３６、プレートロット番号１９））を製造者のプロトコールに従って使用してＩＦＮγ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを行った。各試料及び刺激について、ウェル当たり２．５×１０４個及び１×１０５個のＰＢＭＣを、１０μｇ／ｍＬのペプチド刺激（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ）とともに３重に播種し、完全ＲＰＭＩ中で一晩インキュベートした。カセットに含まれないヒトＨＢＶ Ｓ抗原ペプチド（ＷＬＳＬＬＶＰＦＶ，Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）を各試料でネガティブコントロールとして用いた。プレートをＰＢＳで洗浄し、抗サルＩＦＮγ ＭＡｂビオチン（ＭＡｂｔｅｃｈ）と２時間インキュベートし、その後、さらに洗浄してストレプトアビジン－ＡＬＰ（ＭＡｂｔｅｃｈ）と１時間インキュベートした。最後の洗浄後、プレートをＢＣＩＰ／ＮＢＴ（ＭＡｂｔｅｃｈ）と１０分間インキュベートして免疫スポットを発色させ、３７℃で一晩乾燥させた。スポットを撮影し、ＡＩＤリーダー（Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｋａ）を使用してカウントした。
複製ウェル変動性（変動性＝分散／［中央値＋１］）が１０よりも大きく、かつ中央値が１０よりも大きい試料は除外した。スポット値を、下式に従ってウェル飽和度に基づいて調整した。調製後スポット＝非処理スポット＋２×（非処理スポット×飽和度／［１００－飽和度］）。ウェル飽和度が３３％よりも大きいウェルは、「測定不能多数」（ＴＮＴＣ）とみなし、除外した。ネガティブコントロールペプチドのウェルの平均値を差し引くことにより各試料のバックグラウンド補正を行った。補正後のスポット数に１×１０６／播種細胞数を掛けることにより、データを１×１０６個のＰＢＭＣ当たりのスポット形成コロニー（ＳＦＣ）に対して正規化した。全体のサマリー分析を行うため、試料がＴＮＴＣであった場合以外は、１×１０５細胞／ウェルで細胞を播種することにより得られた計算値を用い、ＴＮＴＣの場合には２．５×１０４細胞／ウェルで細胞を播種して得られた計算値をその特定の試料／刺激／時点で用いた。データ処理は、Ｒプログラミング言語を用いて行った。
インドアカゲザルにおける免疫原性の結果
この試験は、ヒトにおけるワクチン効力の予測性の高いモデルであるアカゲザルにおける、ＳＡＭ、特にＡＵ－ＳＡＭベースの同種プライミング／ブースター免疫化手法の免疫原性及び予備的安全性を評価するように計画した。ＡＵ－ＳＡＭ試験群では、アカゲザルを上記に述べたように免疫し、免疫前、ならびに初回免疫後、１、２、３、４、５、６、８、９、１０、及び１４週目にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った（ＡＵ－ＳＡＭ試験群の詳細を図５の上のパネルに示す）。ＭＡＧ２５マーモデル抗原カセットは、６つのＭａｍｕ－Ａ＊０１制限クラスＩ制限ウイルス抗原をモデル非自己抗原として有するものとした（モデル抗原を図５の下のパネルに示す）。
６つのＭａｍｕ－Ａ＊０１抗原のそれぞれについて抗原特異的免疫応答を評価した。図６に示されるように、試験の６週目までのＰＢＭＣにおける抗原特異的免疫応答が、免疫後に評価したすべての時点で観察された。１０６個のＰＢＭＣ当たりのＳＦＣの初期の増加が、プライミング用量後のＭａｍｕ－Ａ＊０１抗原で観察され（２及び３週目）、その後、減少した（４週目）。注目すべき点として、初期のプライミング応答のピークを上回る１０６個のＰＢＭＣ当たりのＳＦＣの増加が、ブースター用量の１週間後に早くも認められた（５及び６週目）。
抗原特異的免疫応答を、６つのＭａｍｕ－Ａ＊０１抗原に対する合計の応答として評価した。図７に示されるように、試験の２２週目までのＰＢＭＣにおける抗原特異的免疫応答が、免疫後に評価したすべての時点で観察された。１０６個のＰＢＭＣ当たりのＳＦＣの初期の増加が、プライミング用量後の６つのＭａｍｕ－Ａ＊０１抗原に対する合計の応答で観察され（２及び３週目）、その後、減少した（４週目）。注目すべき点として、初期のプライミング応答のピークを上回る１０６個のＰＢＭＣ当たりのＳＦＣの増加が、４週目に投与された初回ブースター用量の１週間後に早くも認められ（５及び６週目）、その後、減少した（８週目）。１０６個のＰＢＭＣ当たりのＳＦＣの増加は、８週目に投与された２回目のブースター用量の１週間後に再び認められ（９週目）、その後、減少し、１０６個のＰＢＭＣ当たりのＳＦＣは、１０週間にわたってそこで安定した（１０～２０週目）。注目すべき点として、１０６個のＰＢＭＣ当たりのＳＦＣの増加は、前のブースター用量の１２週後（２０週目）に投与された３回目のブースター用量の１週間後に早くも再び認められた（２１及び２２週目）。
したがって、これらのデータは、ＡＵ－ＳＡＭベースの同種プライミング／ブースター免疫化手法が、アカゲザルにおいて非自己抗原に対する強力で迅速かつ安定した抗原特異的免疫原性応答をもたらしたことを示すものである。
配列
本明細書で参照されるベクター、カセット、及び抗体を以下に記載し、配列番号で参照する。
Figure 2023523414000030
Figure 2023523414000031
Figure 2023523414000032
Figure 2023523414000033
Figure 2023523414000034
Figure 2023523414000035
等価物及び範囲
特許請求の範囲において、「ａ（１つの）」、「ａｎ（１つの）」、及び「ｔｈｅ（その）」といった冠詞は、そうでない旨が示されるか、または他の形で文脈から明らかでない限り、１つまたは複数を意味しうる。群の１つ以上の要素間に「または」を含む請求項または記載は、そうでない旨が示されるか、または他の形で文脈から明らかでない限り、１つ、複数、またはすべての群要素が、特定の製品またはプロセスにおいて存在するか、用いられているか、または他の形で関連している場合に満たされるものとみなされる。本開示は、その群の正確に１つの要素が、特定の製品またはプロセスにおいて存在するか、用いられているか、または他の形で関連している実施形態を含む。本開示は、その群の複数の、またはすべての要素が、特定の製品またはプロセスにおいて存在するか、用いられているか、または他の形で関連している実施形態を含む。
さらに、本開示は、記載される請求項のうちの１つ以上からの１つ以上の限定、要素、節、及び記述用語などが別の請求項に導入されるようなすべての変化形、組み合わせ、及び順列を包含する。例えば、別の請求項に従属する任意の請求項は、同じ基本請求項に従属する任意の他の請求項にみられる１つ以上の限定を含むように修正することができる。要素がリストとして、例えば、マーカッシュ群形式で記載されている場合、要素の各部分群も開示され、いずれの要素（複数可）もこの群から除外され得る。一般的に、本開示または本開示の各態様が、特定の要素及び／または特徴を含むと言うとき、本開示の特定の実施形態または本開示の各態様がかかる要素及び／または特徴を構成している、または本質的に構成している点は理解されなければならない。説明を簡単にする目的で、これらの実施形態は、本明細書ではこれらの言葉では具体的に記載されていない。「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」、及び「ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ（含む）」なる用語はオープンであることを意図し、さらなる要素またはステップが包含されることを許容する点にも留意されたい。範囲が与えられている場合には端点を含む。さらに、他の形で示されるか、または他の形で文脈上及び当業者の理解から明白でない限り、範囲として表される値は、文脈上そうでない旨が明らかに示されない限り、範囲の下限の単位の１０分の１まで、本開示の異なる実施形態に記載される範囲内の任意の特定の値または部分範囲を取り得る。
本出願では、さまざまな発行済み特許、公開された特許出願、学術論文、及び他の刊行物に言及しているが、これらはいずれも本明細書に参照によって援用するものである。援用される参照文献のいずれかと本明細書との間に矛盾がある場合、本明細書が優先するものとする。さらに、先行技術の範囲内にある本開示の任意の特定の実施形態は、請求項のいずれか１つ以上から明示的に除外され得る。かかる実施形態は、当業者には周知のものとみなされるため、その除外が明示的に本明細書に記載されていない場合であっても除外され得る。本開示の任意の特定の実施形態は、何らかの理由で、従来技術の存在に関連するか否かにかかわらず、任意の請求項から除外され得る。
当業者であれば、通常の実験以上のことを行うことなく、本明細書に記載される特定の実施形態の多くの均等物が認識されるかまたは確認できるであろう。本明細書に記載される本実施形態の範囲は、上記の説明に限定されることを意図するものではなく、むしろ添付の特許請求の範囲に記載されるものである。当業者には、本明細書に対するさまざまな変更及び改変を、以下の特許請求の範囲において定義される本開示の趣旨または範囲から逸脱することなく行うことができる点は認識されよう。

Claims (253)

  1. 式（Ｉ）の化合物：
    Figure 2023523414000036
    または薬学的に許容されるその塩であって、
    式中、
    Ｒ１が、ヌクレオシドであり、
    Ｒ２が、ヌクレオシドであり、
    Ｒ３が、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシであり、
    Ｒ４が、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族であり、
    Ｒ５が、水素、または場合により置換されたＣ１～Ｃ３脂肪族であり、
    各Ｘが、独立してＯまたはＳであり、
    場合により、前記化合物は式（Ｉ－１）のもの：
    Figure 2023523414000037
    または薬学的に許容されるその塩である、
    前記化合物または薬学的に許容されるその塩。
  2. Ｒ１がアデニンであり、場合によりＲ１がＮ６メチル化アデニンである、請求項１に記載の化合物。
  3. Ｒ２がウラシルである、請求項１または２に記載の化合物。
  4. Ｒ３が、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される、請求項１～３のいずれか１項に記載の化合物。
  5. 前記化合物が、以下：
    Figure 2023523414000038
    及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される、請求項１～４のいずれか１項に記載の化合物。
  6. 免疫応答を刺激する方法であって、場合により前記免疫応答ががんを治療し、
    がんの治療を必要とする患者にＲＮＡオリゴヌクレオチドを投与することを含み、
    前記ＲＮＡオリゴヌクレオチドが、請求項１～５のいずれか１項に記載の化合物を含む、
    前記方法。
  7. 前記がんが、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、膀胱がん、脳腫瘍、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される、請求項６に記載の方法。
  8. 前記がんが、固形腫瘍である、請求項６に記載の方法。
  9. 前記がんが、ＭＳＳ－ＣＲＣ、ＮＳＣＬＣ、及びＰＤＡからなる群から選択される、請求項６または８に記載の方法。
  10. 前記がんが、マイクロサテライト安定性結腸直腸がん（ＭＳＳ－ＣＲＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膵管腺がん（ＰＤＡ）、及び胃食道腺がん（ＧＥＡ）からなる群から選択される、請求項６または８に記載の方法。
  11. 免疫化の方法または感染を治療する方法であって、
    免疫化またはがんの治療を必要とする患者にＲＮＡオリゴヌクレオチドを投与することを含み、
    前記ＲＮＡオリゴヌクレオチドが、請求項１～５のいずれか１項に記載の化合物を含む、
    前記方法。
  12. 前記感染が、細菌感染である、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記感染が、真菌感染である、請求項１１に記載の方法。
  14. 前記感染が、ウイルス感染である、請求項１１に記載の方法。
  15. 前記ウイルス感染が、ＨＩＶ感染である、請求項１４に記載の方法。
  16. 開始キャップオリゴヌクレオチドプライマー及びＤＮＡ鋳型を含む複合体であって、
    前記開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、請求項１～５のいずれか１項に記載の化合物を含み、
    前記ＤＮＡ鋳型が、
    ヌクレオチド位置＋１に第１のヌクレオチドを、ヌクレオチド位置＋２に第２のヌクレオチドを有する、転写開始部位
    を含む、プロモーター領域
    を含み、
    前記開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、前記ＤＮＡ鋳型の少なくともヌクレオチド位置＋１及び＋２にハイブリダイズする、
    前記複合体。
  17. 下記工程：
    Figure 2023523414000039
    を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の化合物を調製するための方法。
  18. 前記工程が、
    ２４及び２５をトリフルオロ酢酸無水物及びトリエチルアミンで処理することを含み、
    得られた混合物をＮ－メチルイミダゾールで処理することをさらに含む、
    請求項１７に記載の方法。
  19. 下記工程：
    Figure 2023523414000040
    をさらに含む、請求項１７に記載の方法。
  20. 前記工程が、化合物２３をＩ２及び水で処理することを含む、請求項１９に記載の方法。
  21. 下記工程：
    Figure 2023523414000041
    をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
  22. 下記工程：
    Figure 2023523414000042
    をさらに含む、請求項２１に記載の方法。
  23. 下記工程：
    Figure 2023523414000043
    をさらに含む、請求項２２に記載の方法。
  24. 式ＩＩの化合物：
    Figure 2023523414000044
    または薬学的に許容されるその塩であって、
    式中、
    Ｒ１が、ヌクレオシドであり、
    Ｒ２が、ヌクレオシドであり、
    Ｒ３が、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである、
    前記化合物または薬学的に許容されるその塩。
  25. Ｒ１がアデニンであり、場合によりＲ１がＮ６メチル化アデニンである、請求項２４に記載の化合物。
  26. Ｒ２がウラシルである、請求項２４または２５に記載の化合物。
  27. Ｒ３が、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される、請求項２４～２６のいずれか１項に記載の化合物。
  28. 前記化合物が、以下：
    Figure 2023523414000045
    及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される、請求項２４～２６のいずれか１項に記載の化合物。
  29. 自己増幅発現系であって、
    前記自己増幅発現系が、自己増幅骨格を含み、
    前記自己増幅骨格が、自己複製型ＲＮＡウイルスの１つ以上のポリヌクレオチド配列を含み、
    前記自己増幅発現系が、
    各要素が５’～３’方向に連結された、式：
    ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２－ＮＶ
    により記述される核酸配列を含み、
    式中、
    ｍ７Ｇが、７－メチルグアニレート（ｍ７Ｇ）キャップであり、
    ｐｐｐが、三リン酸架橋であり、
    Ｎ１が、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第１の内因性５’ヌクレオチドに対応する前記自己増幅骨格の第１のヌクレオチドであり、
    Ｎ２が、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第２の内因性５’ヌクレオチドに対応する前記自己増幅骨格の第２のヌクレオチドであり、
    ＮＶが、（１）前記自己増幅骨格の１つ以上のさらなる核酸配列と、（２）送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列を含むカセットと、を含み、
    場合により、前記少なくとも１つの外因性核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、
    場合により、前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、
    前記カセットが、前記自己増幅骨格に機能的に連結されるかまたは機能的に挿入されている、
    前記自己増幅発現系。
  30. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、
    （Ａ）前記自己増幅発現系であって、
    前記自己増幅発現系が、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、
    前記１つ以上のＳＡＭベクターが、
    （ａ）前記自己増幅骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記自己増幅骨格と、
    （ｂ）前記カセットであって、場合により、
    （ｉ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．エピトープコード核酸配列であって、
    場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、
    前記エピトープコード核酸配列と、
    ｂ．場合により５’リンカー配列と、
    ｃ．場合により３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列、
    （ｉｉ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された、第２のプロモーターヌクレオチド配列、あるいは
    （ｉｉｉ）場合により、前記自己複製型ＲＮＡウイルスに天然のポリ（Ａ）配列または前記自己複製型ＲＮＡウイルスに対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列
    のうちの１つ以上を含む前記カセットと
    を含む、前記自己増幅発現系と、
    （Ｂ）場合により、前記自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、請求項２９に記載の組成物。
  31. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、
    （Ａ）前記自己増幅発現系であって、
    前記自己増幅発現系が、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、
    前記１つ以上のＳＡＭベクターが、
    （ａ）前記自己増幅骨格であって、
    前記自己増幅骨格が、配列番号６に記載の核酸配列を含み、
    前記自己増幅骨格配列が、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含み、
    前記サブゲノムプロモーター配列が、前記自己複製型ＲＮＡウイルスに内因性のものであり、
    前記ポリ（Ａ）配列が、前記自己複製型ＲＮＡウイルス骨格に内因性のものである、
    前記自己増幅骨格と、
    （ｂ）前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた前記カセットであって、
    前記カセットが、前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、
    場合により、前記カセットが、
    少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．エピトープコード核酸配列であって、
    場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、
    前記エピトープコード核酸配列と、
    ｂ．場合により５’リンカー配列と、
    ｃ．場合により３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己増幅発現系と、
    （Ｂ）場合により、前記自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、請求項２９に記載の組成物。
  32. Ｎ１が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項２９～３１のいずれか１項に記載の組成物。
  33. Ｎ２が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項２９～３１のいずれか１項に記載の組成物。
  34. Ｎ１及びＮ２が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドがそれぞれ独立して、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項２９～３１のいずれか１項に記載の組成物。
  35. Ｎ１がアデノシンまたは修飾アデノシンであり、
    場合により前記修飾アデノシンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項２９～３４のいずれか１項に記載の組成物。
  36. Ｎ２がウリジンまたは修飾ウリジンであり、
    場合により前記修飾ウリジンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項２９～３５のいずれか１項に記載の組成物。
  37. Ｎ１が修飾アデノシンであり、
    場合により前記修飾アデノシンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により前記修飾糖が修飾リボースであり、
    Ｎ２がウリジンである、
    請求項２９～３６のいずれか１項に記載の組成物。
  38. ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２が、式（Ｉ－１）：
    Figure 2023523414000046
    ［式中、
    Ｒ１はヌクレオシドであり、場合によりＲ１はアデニンであり、場合によりＲ１はＮ６メチル化アデニンであり、
    Ｒ２はヌクレオシドであり、場合によりＲ２はウラシルであり、
    Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである］
    または薬学的に許容されるその塩により表される、
    請求項２９～３７のいずれか１項に記載の組成物。
  39. Ｒ３が、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される、請求項３８に記載の組成物。
  40. ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２が、以下：
    Figure 2023523414000047
    及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される式により表される、
    請求項３８または３９に記載の組成物。
  41. 前記自己増幅発現系が、インビトロ転写によって生成される、請求項２９～４０のいずれか１項に記載の組成物。
  42. 前記インビトロ転写プロセスが、請求項２９～４０のいずれか１項に記載の
    ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２
    を含む開始キャップオリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項４１に記載の組成物。
  43. 開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーとＤＮＡ鋳型とを含む複合体であって、
    前記開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、先行請求項のいずれか１項に記載の
    ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２
    を含み、
    前記ＤＮＡ鋳型が、５’～３’方向に、
    （Ａ）ヌクレオチド位置＋１に第１のヌクレオチドを、ヌクレオチド位置＋２に第２のヌクレオチドを有する、転写開始部位
    を含む、ＲＮＡ転写プロモーター領域と、
    （Ｂ）前記ＲＮＡ転写プロモーター領域に機能的に連結された、先行請求項のいずれか１項に記載のＮ１－Ｎ２－ＮＶ
    を含む、配列と
    を含む、前記複合体。
  44. 前記ＲＮＡ転写プロモーター領域が、
    場合によりヌクレオチド配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡまたはＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＴである、Ｔ７プロモーター配列、
    場合によりヌクレオチド配列ＡＴＴＴＡＧＧＴＧＡＣＡＣＴＡＴＡである、ＳＰ６プロモーター配列、または
    場合によりヌクレオチド配列ＡＡＴＴＡＧＧＧＣＡＣＡＣＴＡＴＡである、Ｋ１１ ＲＮＡＰプロモーター配列
    を含む、請求項４３に記載の複合体。
  45. 前記ＤＮＡ鋳型が配列番号５７に記載の配列を含み、
    前記カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の欠失を置換するように、配列番号６の配列に記載される７５４４位に挿入されている、請求項４３または４４に記載の複合体。
  46. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物中の前記カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’～３’方向に、以下を含む式：
    Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
    で記述され、
    式中、
    Ｐが、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ただし、ａ＝０または１であり、
    Ｎが、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、
    前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ただしｃ＝１であり、
    Ｌ５が、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、
    Ｌ３が、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、
    Ｇ５が、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｅ＝０または１であり、
    Ｇ３が、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｇ＝０または１であり、
    Ｕが、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｆ＝１であり、
    Ｘ＝１～４００であり、ただし各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
    Ｙ＝０、１、または２であり、ただし各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、
    請求項２９～４５のいずれか１項に記載の組成物。
  47. 各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、請求項４６に記載の組成物。
  48. 各Ｙについて、対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、請求項４６または４７に記載の組成物。
  49. ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、
    前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記自己増幅骨格によって与えられる単一のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列であり、
    前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記自己増幅骨格によって与えられる少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、
    前記カセットが、前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、
    前記カセットが、前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及び前記ポリ（Ａ）配列と機能的に連結され、
    各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
    Ｌ５が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｌ３が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
    前記自己増幅骨格が、配列番号６に記載の配列であり、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
    請求項４６～４８のいずれか１項に記載の組成物。
  50. 前記送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列が、前記ポリペプチドコード核酸配列を含む、請求項２９～４５のいずれか１項に記載の組成物。
  51. 前記ポリペプチドコード核酸配列が、前記抗原コード核酸配列をコードする、請求項５０に記載の組成物。
  52. 前記抗原コード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせを含む、請求項５１に記載の組成物。
  53. 前記抗原コード核酸配列が、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、またはこれらの組み合わせをコードする配列を含む、請求項５１または５２に記載の組成物。
  54. 前記ポリペプチドコード核酸配列が、完全長タンパク質またはその機能性部分をコードする、請求項５０に記載の組成物。
  55. 前記完全長タンパク質またはその機能性部分が、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、及びゲノム編集システムヌクレアーゼからなる群から選択される、請求項５４に記載の組成物。
  56. 前記送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列が、非コード核酸配列を含む少なくとも１つの核酸配列を含む、請求項２９～４５のいずれか１項に記載の組成物。
  57. 前記非コード核酸配列が、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチドまたはゲノム編集システムのポリヌクレオチドである、請求項５６に記載の組成物。
  58. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  59. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  60. 前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、請求項５８または５９に記載の組成物。
  61. 前記ＬＮＰ封入発現系が、６０～１４０ｎｍの直径を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  62. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、硝子体内（ＩＶＴ）、脊髄内、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  63. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  64. 前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６３のいずれか１項に記載の組成物。
  65. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記カセットと機能的に連結されている、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６４のいずれか１項に記載の組成物。
  66. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６５のいずれか１項に記載の組成物。
  67. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターを含む、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６５のいずれか１項に記載の組成物。
  68. 前記１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターが、麻疹ウイルスまたはラブドウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む、請求項６７に記載の組成物。
  69. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６８のいずれか１項に記載の組成物。
  70. 前記自己複製型ＲＮＡウイルスが、アルファウイルス、フラビウイルス、麻疹、及びラブドウイルスからなる群から選択される、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６９のいずれか１項に記載の組成物。
  71. 前記自己増幅骨格が、アルファウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含み、
    場合により前記アルファウイルスが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、及びマヤロウイルスからなる群から選択される、
    請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６９のいずれか１項に記載の組成物。
  72. 前記自己増幅骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～６９のいずれか１項に記載の組成物。
  73. 前記自己増幅骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、請求項７１または７２に記載の組成物。
  74. 前記自己増幅骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む、請求項７１または７２に記載の組成物。
  75. 前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノムプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７３または７４に記載の組成物。
  76. 前記自己増幅骨格が、構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ２及びＥ１をコードせず、
    場合によりＥ１が完全長Ｅ１であるか、または構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ３、Ｅ２、６Ｋをコードしていない、
    請求項７３～７５のいずれか１項に記載の組成物。
  77. 前記カセットが、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのポリヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入された、請求項７６に記載の組成物。
  78. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、請求項７１または７２に記載の組成物。
  79. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４～１１１７５の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、請求項７１または７２に記載の組成物。
  80. 前記自己増幅骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、請求項７９に記載の組成物。
  81. 前記カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、請求項７９または８０に記載の組成物。
  82. 前記カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、
    前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、
    請求項７７～８１に記載の組成物。
  83. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記自己複製型ＲＮＡウイルスによってコードされる天然のプロモーターヌクレオチド配列であり、
    場合により前記天然のプロモーターヌクレオチド配列がサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である、
    請求項２９、３０、３２～４８、または５８～８２のいずれか１項に記載の組成物。
  84. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～８２のいずれか１項に記載の組成物。
  85. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～８４のいずれか１項に記載の組成物。
  86. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列を含み、
    各サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、
    請求項２９、３０、３２～４８、または５８～８４のいずれか１項に記載の組成物。
  87. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  88. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  89. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  90. 前記ＳＡＭベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  91. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む、請求項２９～４８、または５８～９０のいずれか１項に記載の組成物。
  92. 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項９１に記載の組成物。
  93. 各抗原コード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって異なる抗原コード核酸配列と連結されている、請求項２９～４８、または５８～９２のいずれか１項に記載の組成物。
  94. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を、１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項９３に記載の組成物。
  95. 前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、請求項９４に記載の組成物。
  96. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を、１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項９３に記載の組成物。
  97. 前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、請求項９６に記載の組成物。
  98. 前記抗原コード核酸配列が、前記エピトープコード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、隔てられたまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている、請求項２９～４８、または５８～９７のいずれか１項に記載の組成物。
  99. 前記隔てられたまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙのＡｌａ置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、
    場合によりプロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列が、Ａ７６である、
    請求項９８に記載の組成物。
  100. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、
    場合により各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、
    請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  101. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、
    場合により各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、
    請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  102. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個の抗原コード核酸配列を含む、請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  103. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、
    前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、
    請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  104. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、
    場合により各エピトープコード核酸配列が、異なるエピトープコード核酸配列をコードする、
    請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  105. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、
    場合により各エピトープコード核酸配列が、異なるエピトープコード核酸配列をコードする、
    請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  106. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含む、請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  107. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、
    前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、
    請求項２９～４８、または５８～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  108. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個が、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される、請求項４９に記載の組成物。
  109. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    各抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、
    請求項２９～４８、または５８～１０８のいずれか１項に記載の組成物。
  110. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、請求項４６～４８、または５８～１０９のいずれか１項に記載の組成物。
  111. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化
    を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列
    を含む、請求項４６～４８、または５８～１０９のいずれか１項に記載の組成物。
  112. 前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、
    各抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている、
    請求項２９～４８、または５８～１１１のいずれか１項に記載の組成物。
  113. 前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、
    場合により前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、
    請求項２９～４８、または５８～１１２のいずれか１項に記載の組成物。
  114. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～１１３のいずれか１項に記載の組成物。
  115. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～１１３のいずれか１項に記載の組成物。
  116. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記自己複製型ウイルスに天然に存在するポリ（Ａ）配列を含む、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～１１５のいずれか１項に記載の組成物。
  117. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記自己複製型ウイルスに対して外因性のポリ（Ａ）配列を含む、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～１１５のいずれか１項に記載の組成物。
  118. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～１１７のいずれか１項に記載の組成物。
  119. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも１１０個、または少なくとも１２０個の連続したＡヌクレオチドである、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～１１８のいずれか１項に記載の組成物。
  120. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドである、請求項２９、３０、３２～４８、または５８～１１８のいずれか１項に記載の組成物。
  121. 前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、以下の工程：
    （ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、
    前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、
    前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項２９～４８、または５８～１２０のいずれか１項に記載の組成物。
  122. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
    （ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、
    前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、
    前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項４９に記載の組成物。
  123. 前記選択されたエピトープのセットの数が、２～２０である、請求項１２１に記載の組成物。
  124. 前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸との、ペアの存在と、
    （ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上での提示の可能性と
    の間の依存度を表す、請求項１２１～１２３のいずれか１項に記載の組成物。
  125. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上に提示される可能性が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項１２１～１２４のいずれか１項に記載の組成物。
  126. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、前記対象の腫瘍特異的または感染症生物特異的な免疫応答を刺激することができる可能性が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項１２１～１２５のいずれか１項に記載の組成物。
  127. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示され得る可能性が増大しているエピトープを選択することを含み、
    場合により、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、
    請求項１２１～１２６のいずれか１項に記載の組成物。
  128. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける可能性が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項１２１～１２７のいずれか１項に記載の組成物。
  129. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、前記対象の正常組織に対する自己免疫応答を刺激することができる可能性が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項１２１～１２８のいずれか１項に記載の組成物。
  130. エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍細胞または組織、感染細胞、または感染症生物でシークエンシングを行うことによって取得される、請求項１２１～１２９のいずれか１項に記載の組成物。
  131. 前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項１３０に記載の組成物。
  132. 自己増幅発現系を生成する方法であって、以下の工程：
    ａ）各要素が５’～３’方向に連結された、式：
    Ｐ－Ｎ１－Ｎ２－ＮＶ
    ［式中、
    Ｐは、
    ヌクレオチド位置＋１に第１のヌクレオチドを、ヌクレオチド位置＋２に第２のヌクレオチドを有する、転写開始部位
    を含む、ＲＮＡ転写プロモーター領域を含み、
    Ｎ１は、自己複製型ＲＮＡウイルスの第１の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第１のヌクレオチドであり、
    Ｎ２は、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第２の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第２のヌクレオチドであり、
    ＮＶは、（１）前記自己増幅骨格の１つ以上のさらなる核酸配列と、（２）送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列を含むカセットと、を含み、
    場合により、前記少なくとも１つの外因性核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、
    場合により、前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、
    前記カセットが、前記自己増幅骨格に機能的に連結されるかまたは機能的に挿入されている］
    により記述されるＤＮＡ鋳型を提供する工程と、
    ｂ）各要素が５’～３’方向に連結された、式：
    ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１’－Ｎ２’
    ［式中、
    ｍ７Ｇは、７－メチルグアニレート（ｍ７Ｇ）キャップであり、
    ｐｐｐは、三リン酸架橋であり、
    Ｎ１’は、前記ＤＮＡ鋳型のＮ１に対応するヌクレオチドであり、
    Ｎ２’は、前記ＤＮＡ鋳型のＮ２に対応するヌクレオチドである］
    により記述される核酸配列を含む、開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーを提供する工程と、
    ｃ）前記ＲＮＡ転写プロモーター領域から転写を開始することができるＲＮＡポリメラーゼを提供する工程と、
    ｄ）前記ＤＮＡ鋳型、前記開始キャップオリゴヌクレオチドプライマー、及び前記ＲＮＡポリメラーゼを、各要素が５’～３’方向に連結された、式：
    ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１’－Ｎ２’－ＮＶ
    により記述される核酸配列を含む前記自己増幅発現系を生成するのに充分な条件下で接触させる工程と
    を含む、前記方法。
  133. 前記ＲＮＡ転写プロモーター領域が、
    場合によりヌクレオチド配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡまたはＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＴである、Ｔ７プロモーター配列、
    場合によりヌクレオチド配列ＡＴＴＴＡＧＧＴＧＡＣＡＣＴＡＴＡである、ＳＰ６プロモーター配列、または
    場合によりヌクレオチド配列ＡＡＴＴＡＧＧＧＣＡＣＡＣＴＡＴＡである、Ｋ１１ ＲＮＡＰプロモーター配列
    を含む、請求項１３２に記載の方法。
  134. 前記ＤＮＡ鋳型が配列番号５７に記載の配列を含み、
    前記カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の欠失を置換するように配列番号６の配列に記載される７５４４位に挿入されている、
    請求項１３２または１３３に記載の方法。
  135. Ｎ１’が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１３２～１３４のいずれか１項に記載の方法。
  136. Ｎ２’が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１３２～１３５のいずれか１項に記載の方法。
  137. Ｎ１’がアデノシンまたは修飾アデノシンであり、
    場合により前記修飾アデノシンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１３２～１３６のいずれか１項に記載の方法。
  138. Ｎ２’がウリジンまたは修飾ウリジンであり、
    場合により前記修飾ウリジンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１３２～１３７のいずれか１項に記載の方法。
  139. Ｎ１’が修飾アデノシンであり、
    場合により前記修飾アデノシンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により前記修飾糖が修飾リボースであり、
    Ｎ２’がウリジンである、
    請求項１３２～１３８のいずれか１項に記載の方法。
  140. 前記開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、式（Ｉ－１）：
    Figure 2023523414000048
    ［式中、
    Ｒ１はヌクレオシドであり、場合によりＲ１はアデニンであり、場合によりＲ１はＮ６メチル化アデニンであり、
    Ｒ２はヌクレオシドであり、場合によりＲ２はウラシルであり、
    Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである］
    または薬学的に許容されるその塩により表される、
    請求項１３２～１３９のいずれか１項に記載の方法。
  141. Ｒ３が、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される、請求項１４０に記載の方法。
  142. 前記開始キャップオリゴヌクレオチドプライマーが、以下：
    Figure 2023523414000049
    及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される式により表される、
    請求項１４０または１４１に記載の方法。
  143. 対象の免疫応答を刺激する方法であって、
    自己増幅発現系を送達するための組成物を前記対象に投与することを含み、
    前記自己増幅発現系が自己増幅骨格を含み、
    前記自己増幅骨格が、自己複製型ＲＮＡウイルスの１つ以上のポリヌクレオチド配列を含み、
    前記自己増幅発現系が、
    各要素が５’～３’方向に連結された、式：
    ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２－ＮＶ
    ［式中、
    ｍ７Ｇは、７－メチルグアニレート（ｍ７Ｇ）キャップであり、
    ｐｐｐは、三リン酸架橋であり、
    Ｎ１は、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第１の内因性５’ヌクレオチドに対応する前記自己増幅骨格の第１のヌクレオチドであり、
    Ｎ２は、前記自己複製型ＲＮＡウイルスの第２の内因性５’ヌクレオチドに対応する自己増幅骨格の第２のヌクレオチドであり、
    ＮＶは、（１）前記自己増幅骨格の１つ以上のさらなる核酸配列と、（２）送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列を含むカセットと、を含み、
    場合により、前記少なくとも１つの外因性核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、
    場合により、前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、
    前記カセットが、前記自己増幅骨格に機能的に連結されるかまたは機能的に挿入されている］
    により記述される核酸配列を含む、前記方法。
  144. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、
    （Ａ）前記自己増幅発現系であって、
    前記自己増幅発現系が、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、
    前記１つ以上のＳＡＭベクターが、
    （ａ）前記自己増幅骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記自己増幅骨格と、
    （ｂ）前記カセットであって、場合により、
    （ｉ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．エピトープコード核酸配列であって、
    場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、
    前記エピトープコード核酸配列と、
    ｂ．場合により５’リンカー配列と、
    ｃ．場合により３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列、
    （ｉｉ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された、第２のプロモーターヌクレオチド配列、あるいは
    （ｉｉｉ）場合により、前記自己複製型ＲＮＡウイルスに天然のポリ（Ａ）配列または前記自己複製型ＲＮＡウイルスに対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列
    のうちの１つ以上を含む前記カセットと
    を含む、前記自己増幅発現系と、
    （Ｂ）場合により、前記自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、請求項１４３に記載の方法。
  145. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、
    （Ａ）前記自己増幅発現系であって、
    前記自己増幅発現系が、１つ以上の自己増幅ｍＲＮＡ（ＳＡＭ）ベクターを含み、
    前記１つ以上のＳＡＭベクターが、
    （ａ）前記自己増幅骨格であって、
    前記自己増幅骨格が、配列番号６に記載の核酸配列を含み、
    前記自己増幅骨格配列が、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含み、
    前記サブゲノムプロモーター配列が、前記自己複製型ＲＮＡウイルスに内因性のものであり、
    前記ポリ（Ａ）配列が、前記自己増幅骨格に内因性のものである、
    前記自己増幅骨格と、
    （ｂ）前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた前記カセットであって、
    前記カセットが、前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、
    場合により、前記カセットが、
    少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．エピトープコード核酸配列であって、
    場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含む、
    前記エピトープコード核酸配列と、
    ｂ．場合により５’リンカー配列と、
    ｃ．場合により３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己増幅発現系と、
    （Ｂ）場合により、前記自己増幅発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、請求項１４３に記載の方法。
  146. Ｎ１が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１４３～１４５のいずれか１項に記載の方法。
  147. Ｎ２が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１４３～１４５のいずれか１項に記載の方法。
  148. Ｎ１及びＮ２が修飾ヌクレオチドであり、
    場合により前記修飾ヌクレオチドがそれぞれ独立して、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１４３～１４５のいずれか１項に記載の方法。
  149. Ｎ１がアデノシンまたは修飾アデノシンであり、
    場合により前記修飾アデノシンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１４３～１４８のいずれか１項に記載の方法。
  150. Ｎ２がウリジンまたは修飾ウリジンであり、
    場合により前記修飾ウリジンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により、前記修飾糖が修飾リボースである、
    請求項１４３～１４９のいずれか１項に記載の方法。
  151. Ｎ１が修飾アデノシンであり、
    場合により前記修飾アデノシンが、修飾糖、修飾ヌクレオシド、ヌクレオシドアナログ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される修飾を含み、
    場合により前記修飾糖が修飾リボースであり、
    Ｎ２がウリジンである、
    請求項１４３～１５０のいずれか１項に記載の方法。
  152. ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２が、式（Ｉ－１）：
    Figure 2023523414000050
    ［式中、
    Ｒ１はヌクレオシドであり、場合によりＲ１はアデニンであり、場合によりＲ１はＮ６メチル化アデニンであり、
    Ｒ２はヌクレオシドであり、場合によりＲ２はウラシルであり、
    Ｒ３は、ハロゲン、場合により置換されたＣ１～Ｃ３アルキル、または置換されたＣ１～Ｃ３アルコキシである］
    または薬学的に許容されるその塩により表される、
    請求項１４３～１５１のいずれか１項に記載の方法。
  153. Ｒ３が、フッ素、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３及び－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３からなる群から選択される、請求項１５２に記載の方法。
  154. ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２が、以下：
    Figure 2023523414000051
    及び薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される式により表される、
    請求項１５２または１５３に記載の方法。
  155. 前記自己増幅発現系が、インビトロ転写によって生成される、請求項１４３～１５４のいずれか１項に記載の方法。
  156. 前記インビトロ転写プロセスが、請求項１４３～１５４のいずれか１項に記載の
    ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ１－Ｎ２
    を含む開始キャップオリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項１５５に記載の方法。
  157. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物中の前記カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’～３’方向に、以下を含む式：
    Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
    で記述され、
    式中、
    Ｐが、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ただし、ａ＝０または１であり、
    Ｎが、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、
    前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ただしｃ＝１であり、
    Ｌ５が、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、
    Ｌ３が、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、
    Ｇ５が、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｅ＝０または１であり、
    Ｇ３が、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｇ＝０または１であり、
    Ｕが、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｆ＝１であり、
    Ｘ＝１～４００であり、ただし各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
    Ｙ＝０、１、または２であり、ただし各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、
    請求項１４３～１５６のいずれか１項に記載の方法。
  158. 各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、請求項１５７に記載の方法。
  159. 各Ｙについて、対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、請求項１５７または１５８に記載の方法。
  160. ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、
    前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記自己増幅骨格によって与えられる単一のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列であり、
    前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記自己増幅骨格によって与えられる少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、
    前記カセットが、前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、
    前記カセットが、前記サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列及び前記ポリ（Ａ）配列と機能的に連結され、
    各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
    Ｌ５が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｌ３が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
    前記自己増幅骨格が、配列番号６に記載の配列であり、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
    請求項１５７～１５９のいずれか１項に記載の方法。
  161. 前記送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列が、前記ポリペプチドコード核酸配列を含む、請求項１４３～１５６のいずれか１項に記載の方法。
  162. 前記ポリペプチドコード核酸配列が、前記抗原コード核酸配列をコードする、請求項１６１に記載の方法。
  163. 前記抗原コード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１６２に記載の方法。
  164. 前記抗原コード核酸配列が、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、またはこれらの組み合わせをコードする配列を含む、請求項１６２または１６３に記載の方法。
  165. 前記ポリペプチドコード核酸配列が、完全長タンパク質またはその機能性部分をコードする、請求項１６１に記載の方法。
  166. 前記完全長タンパク質またはその機能性部分が、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、及びゲノム編集システムヌクレアーゼからなる群から選択される、請求項１６５に記載の方法。
  167. 前記送達するための少なくとも１つの外因性核酸配列が、非コード核酸配列を含む少なくとも１つの核酸配列を含む、請求項１４３～１５６のいずれか１項に記載の方法。
  168. 前記非コード核酸配列が、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチドまたはゲノム編集システムのポリヌクレオチドである、請求項１６７に記載の方法。
  169. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  170. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  171. 前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、請求項１６９または１７０に記載の方法。
  172. 前記ＬＮＰ封入発現系が、６０～１４０ｎｍの直径を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  173. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、硝子体内（ＩＶＴ）、脊髄内、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  174. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  175. 前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１７４のいずれか１項に記載の方法。
  176. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記カセットと機能的に連結されている、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１７５のいずれか１項に記載の方法。
  177. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１７６のいずれか１項に記載の方法。
  178. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターを含む、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１７７のいずれか１項に記載の方法。
  179. 前記１つ以上の－鎖ＲＮＡベクターが、麻疹ウイルスまたはラブドウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む、請求項１７８に記載の方法。
  180. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１７９のいずれか１項に記載の方法。
  181. 前記自己増幅骨格が、アルファウイルス、フラビウイルス、麻疹、及びラブドウイルスからなる群から選択される自己複製型ＲＮＡウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む、請求項１４２、１４４、１４６～１５９、または１６９～１８０のいずれか１項に記載の方法。
  182. 前記自己増幅骨格が、アルファウイルスの少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含み、
    場合により前記アルファウイルスが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、及びマヤロウイルスからなる群から選択される、
    請求項１４２、１４４、１４６～１５９、または１６９～１８０のいずれか１項に記載の方法。
  183. 前記自己増幅骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１８０のいずれか１項に記載の方法。
  184. 前記自己増幅骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、請求項１８２または１８３に記載の方法。
  185. 前記自己増幅骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノムプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む、請求項１８２または１８３に記載の方法。
  186. 前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノムプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１８４または１８５に記載の方法。
  187. 前記自己増幅骨格が、構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ２及びＥ１をコードせず、
    場合によりＥ１が完全長Ｅ１であるか、または構造ビリオンタンパク質カプシド、Ｅ３、Ｅ２、６Ｋをコードしていない、
    請求項１８４～１８６のいずれか１項に記載の方法。
  188. 前記カセットが、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのポリヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入された、請求項１８７に記載の方法。
  189. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、請求項１８２または１８３に記載の方法。
  190. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４～１１１７５の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、請求項１８２または１８３に記載の方法。
  191. 前記自己増幅骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、請求項１９０に記載の方法。
  192. 前記カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、請求項１９０または１９１に記載の方法。
  193. 前記カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、
    前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、
    請求項１８８～１９２に記載の方法。
  194. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記自己増幅骨格によってコードされる天然のプロモーターヌクレオチド配列であり、
    場合により前記天然のプロモーターヌクレオチド配列がサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である、
    請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１９３のいずれか１項に記載の方法。
  195. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１９３のいずれか１項に記載の方法。
  196. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列である、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１９５のいずれか１項に記載の方法。
  197. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数のサブゲノムプロモーターヌクレオチド配列を含み、
    各サブゲノムプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、
    請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～１９５のいずれか１項に記載の方法。
  198. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  199. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  200. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  201. 前記１つ以上のＳＡＭベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  202. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む、請求項１４３～１５９、または１６９～２０１のいずれか１項に記載の方法。
  203. 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項２０２に記載の方法。
  204. 各抗原コード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって異なる抗原コード核酸配列と連結されている、請求項１４３～１５９、または１６９～２０３のいずれか１項に記載の方法。
  205. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を、１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項２０４に記載の方法。
  206. 前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、請求項２０５に記載の方法。
  207. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を、１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項２０４に記載の方法。
  208. 前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、請求項２０７に記載の方法。
  209. 前記抗原コード核酸配列が、前記エピトープコード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、隔てられたまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている、請求項１４３～１５９、または１６９～２０８のいずれか１項に記載の方法。
  210. 前記隔てられたまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙのＡｌａ置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、
    場合によりプロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列が、Ａ７６である、
    請求項２０９に記載の方法。
  211. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、
    場合により各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の方法。
  212. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、
    場合により各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の方法。
  213. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個の抗原コード核酸配列を含む、請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の組成物。
  214. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、
    前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の方法。
  215. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、
    場合により各エピトープコード核酸配列が、異なるエピトープコード核酸配列をコードする、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の方法。
  216. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、
    場合により各エピトープコード核酸配列が、異なるエピトープコード核酸配列をコードする、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の方法。
  217. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含む、請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の組成物。
  218. 各抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個のエピトープコード核酸配列を独立して含み、
    前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２１０のいずれか１項に記載の方法。
  219. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個が、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される、請求項１６０に記載の方法。
  220. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    各抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２１９のいずれか１項に記載の方法。
  221. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、請求項１５７～１５９、または１６９～２２０のいずれか１項に記載の方法。
  222. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化
    を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列
    を含む、請求項１５７～１５９、または１６９～２２０のいずれか１項に記載の方法。
  223. 前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、
    各抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２２２のいずれか１項に記載の方法。
  224. 前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、
    場合により前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、
    請求項１４３～１５９、または１６９～２２３のいずれか１項に記載の方法。
  225. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～２２４のいずれか１項に記載の方法。
  226. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～２２４のいずれか１項に記載の方法。
  227. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記自己複製型ＲＮＡに天然に存在するポリ（Ａ）配列を含む、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～２２６のいずれか１項に記載の方法。
  228. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記自己複製型ＲＮＡに対して外因性のポリ（Ａ）配列を含む、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～２２６のいずれか１項に記載の方法。
  229. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～２２８のいずれか１項に記載の方法。
  230. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも１１０個、または少なくとも１２０個の連続したＡヌクレオチドである、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～２２９のいずれか１項に記載の方法。
  231. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドである、請求項１４３、１４４、１４６～１５９、または１６９～２２９のいずれか１項に記載の方法。
  232. 前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、以下の工程：
    （ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、
    前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、
    前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項１４３～１５９、または１６９～２３１のいずれか１項に記載の方法。
  233. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
    （ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、
    前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）前記エピトープのそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、
    前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項１６０に記載の方法。
  234. 前記選択されたエピトープのセットの数が、２～２０である、請求項２３２に記載の方法。
  235. 前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸との、ペアの存在と、
    （ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上での提示の可能性と
    の間の依存度を表す、請求項２３２～２３４のいずれか１項に記載の方法。
  236. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上に提示される可能性が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項２３２～２３５のいずれか１項に記載の方法。
  237. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、前記対象の腫瘍特異的または感染症生物特異的な免疫応答を刺激することができる可能性が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項２３２～２３６のいずれか１項に記載の方法。
  238. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示され得る可能性が増大しているエピトープを選択することを含み、
    場合により、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、
    請求項２３２～２３７のいずれか１項に記載の方法。
  239. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける可能性が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項２３２～２３８のいずれか１項に記載の方法。
  240. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比べて、前記対象の正常組織に対する自己免疫応答を刺激することができる可能性が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項２３２～２３９のいずれか１項に記載の方法。
  241. エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍細胞または組織、感染細胞、または感染症生物でシークエンシングを行うことによって取得される、請求項２３２～２４０のいずれか１項に記載の方法。
  242. 前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項２４１に記載の方法。
  243. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、プライミングワクチンとして投与される、請求項１４３～２４２のいずれか１項に記載の方法。
  244. 第２の組成物を投与することをさらに含み、
    場合により前記第２の組成物がワクチン組成物である、
    請求項１４３～２４３のいずれか１項に記載の方法。
  245. 前記第２の組成物が、前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物よりも前に投与される、請求項２４４に記載の方法。
  246. 前記第２の組成物が、前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物の投与よりも後に投与される、請求項２４４に記載の方法。
  247. 前記第２の組成物が、前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物と同じである、請求項２４４～２４６のいずれか１項に記載の方法。
  248. 前記第２の組成物が、前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物と異なる、請求項２４４～２４６のいずれか１項に記載の方法。
  249. 前記第２の組成物が前記自己増幅発現系の前記カセットを含み、
    場合により前記第２の組成物が、前記自己増幅発現系の前記カセットをコードしたチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、
    請求項２４８に記載の方法。
  250. ２つ以上の第２の組成物が投与され、
    場合により前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、プライミングワクチンとして投与される、
    請求項２４４～２４９のいずれか１項に記載の方法。
  251. 前記自己増幅発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、硝子体内（ＩＶＴ）、脊髄内、または静脈内（ＩＶ）投与される、請求項１４３～２５０のいずれか１項に記載の方法。
  252. 免疫調節因子を投与することをさらに含み、
    場合により前記免疫調節因子が、抗ＣＴＬＡ４抗体またはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体またはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体またはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体またはその抗原結合フラグメント、抗ＯＸ－４０抗体またはその抗原結合フラグメント、またはサイトカインであり、
    場合により前記サイトカインがＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、またはＩＬ－２１、またはそのバリアントのうちの少なくとも１つである、
    請求項１４３～２５１のいずれか１項に記載の方法。
  253. アジュバントを投与することをさらに含む、請求項１４３～２５２のいずれか１項に記載の方法。
JP2022563870A 2020-04-21 2021-04-21 キャッピング化合物、組成物、及びその使用方法 Pending JP2023523414A (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202063013456P 2020-04-21 2020-04-21
US63/013,456 2020-04-21
US202063020473P 2020-05-05 2020-05-05
US63/020,473 2020-05-05
PCT/US2021/028486 WO2021216776A2 (en) 2020-04-21 2021-04-21 Capping compounds, compositions and methods of use thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2023523414A true JP2023523414A (ja) 2023-06-05
JPWO2021216776A5 JPWO2021216776A5 (ja) 2024-05-01

Family

ID=78269927

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2022563870A Pending JP2023523414A (ja) 2020-04-21 2021-04-21 キャッピング化合物、組成物、及びその使用方法

Country Status (9)

Country Link
US (1) US20230303614A1 (ja)
EP (1) EP4138854A2 (ja)
JP (1) JP2023523414A (ja)
KR (1) KR20230015914A (ja)
CN (1) CN115768437A (ja)
AU (1) AU2021260932A1 (ja)
CA (1) CA3173803A1 (ja)
IL (1) IL296855A (ja)
WO (1) WO2021216776A2 (ja)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113603739A (zh) * 2021-08-27 2021-11-05 上海兆维科技发展有限公司 一种加帽类似物及其应用
CA3236959A1 (en) * 2021-11-08 2023-05-11 Sue-Jean HONG Self-amplifying rna compositions and methods of use thereof
WO2023147352A1 (en) * 2022-01-27 2023-08-03 Trilink Biotechnologies, Llc Trinucleotide cap analogs and methods of use thereof
CN115260264B (zh) * 2022-02-28 2023-06-09 广州市恒诺康医药科技有限公司 用于rna加帽的化合物及其应用
US20230366001A1 (en) * 2022-05-12 2023-11-16 SunVax mRNA Therapeutics Inc. Synthetic self-amplifying mrna molecules with secretion antigen and immunomodulator

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
PT3906789T (pt) * 2015-09-21 2023-12-18 Trilink Biotechnologies Llc Iniciadores de oligonucleótidos de iniciação para a sintetização de arn capeados em 5'
BE1024796B9 (fr) * 2016-06-02 2019-01-08 Glaxosmithkline Biologicals Sa Constructions antigeniques du virus zika
BR112019010565A2 (pt) * 2016-11-23 2019-09-17 Gritstone Oncology Inc aplicação viral de neoantígenos

Also Published As

Publication number Publication date
IL296855A (en) 2022-11-01
CN115768437A (zh) 2023-03-07
AU2021260932A1 (en) 2022-12-01
CA3173803A1 (en) 2021-10-28
WO2021216776A3 (en) 2022-01-06
WO2021216776A2 (en) 2021-10-28
KR20230015914A (ko) 2023-01-31
EP4138854A2 (en) 2023-03-01
US20230303614A1 (en) 2023-09-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2023523414A (ja) キャッピング化合物、組成物、及びその使用方法
JP7457733B2 (ja) 改変アデノウイルス
CN115558030A (zh) 新抗原及其使用方法
US11771747B2 (en) Multiepitope vaccine cassettes
US20240167057A1 (en) Modified alphavirus vectors
US20230310563A1 (en) Antigen-encoding cassettes
JP2022512912A (ja) アルファウイルス新生抗原ベクター及びインターフェロン阻害因子
JP2022539417A (ja) Ｈｉｖ抗原及びｍｈｃ複合体
CN117460827A (zh) 狂犬病核酸疫苗
WO2023081935A2 (en) Self-amplifying rna compositions and methods of use thereof
CN116670267A (zh) 流感病毒的四价mRNA疫苗
CN116940685A (zh) 基于源自SARS-CoV-2 Beta和Delta毒株的序列的冠状病毒多价核酸疫苗
JP2023521662A (ja) 感染症抗原及びワクチン
US20240093235A1 (en) Homologous adenoviral vaccination
KR20240070547A (ko) Kras 신생항원 요법
CA3231297A1 (en) Kras neoantigen therapies
CN117083291A (zh) 基于源自SARS-CoV-2 Delta毒株的序列的冠状病毒核酸疫苗

Legal Events

Date Code Title Description
RD04 Notification of resignation of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424

Effective date: 20230706

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20240418

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20240418