JP2023521407A - 分析的および治療的使用のための抗原特異的抗体の富化 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2020年4月10日に出願された米国仮特許出願第63/008,472号の優先権の利益を主張し、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、その後の分析的、予防的または治療的使用のために抗原特異的抗体を単離するために、本明細書に記載の捕捉部分を含む表面を含む粒子(例えば、微粒子、ナノ粒子;磁性、非磁性)を使用するための方法に関する。
検査室試験は、健康評価、健康管理、および最終的には公衆の健康において重要な役割を果たし、あらゆる生活段階の人に影響を及ぼす。ほぼすべての人が、生涯にわたって1またはそれを超える検査室試験を受けることになる。米国だけで毎年推定70~100億回の検査室試験が行われ、検査室試験は医学的決定の約70%に影響を及ぼす。
モノクローナルマウス抗体で処置された患者または診断目的でそれらを受けた患者における異好性抗体などの、誤った試験結果および患者の安全性に対するリスクの増加をもたらし得る多数の既知の試料特異的干渉を管理および緩和するための生物学的試料の単純で効率的かつ費用効果的なコンディショニングのための方法が、本明細書に記載される。本明細書に記載の方法はまた、健康および美容および体重減少のために、または例えば多発性硬化症の処置のために消費者によって摂取される処方箋不要の(OTC)サプリメント、マルチビタミンおよび薬草剤から生じ得るビオチンから生じる試料特異的干渉を管理および緩和することができる。
本明細書に記載の粒子を本明細書に記載の生物学的試料と組み合わせることを含む、生物学的試料を枯渇または富化する方法が、本明細書に記載される。
本明細書に記載の粒子は、生物学的試料の添加前に、一次採血管、24時間蓄尿デバイス、採尿デバイス、唾液採取管、便採取デバイス、精液採取デバイス、採血バッグ、または任意の試料採取管もしくはデバイスなどの採取デバイスに添加することができる。
干渉を除去または最小化するための方法が本明細書に記載され、この方法は、溶血、脂血症、黄疸、ビリルビン、ミクロフィブリンクロット、細胞残屑、血球、フィブリノーゲン、薬物、代謝産物、サプリメント、薬草剤、およびマルチビタミンなどの他の干渉物質に起因する試験誤差(例えば、干渉)の既知の分析前および分析ソースを枯渇させる(例えば、緩和する、低減する、または管理する)ことを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、マトリックス効果または試料タイプの違い(例えば、動物種、ヒト種)による干渉を除去するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、診断試験(例えば、例えば臨床試験における診断またはバイオマーカー試験)の前に干渉を除去する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のバイオマーカーを除去する方法は、本明細書に記載のバイオマーカーの診断試験の精度および信頼性を改善するために臨床試験で使用される。例えば、本明細書に記載の方法は、例えば、選択基準または除外基準のために、患者の選択またはスクリーニングに使用することができる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法または除去もしくは枯渇を使用して、臨床データまたは臨床試験結果における外れ値を同定することができる。例えば、臨床データまたは臨床試験結果における外れ値は、本明細書に記載のバイオマーカーの偽陽性または偽陰性の同定を含む。
本明細書で提供される方法は、生物学的試料における干渉を低減、最小化、または排除する。干渉は、例えば抗体結合に干渉することによって診断試験の結果の正確な値を変化させることができるか、または架橋、立体障害、もしくは自己抗体機構によってアッセイシグナルを増加または減少させることができる、患者検体中に存在する物質である。本明細書で使用される「干渉」とは、血液、血漿、血清、CFS、尿、便、唾液、精液、羊水、または免疫グロブリン(IgG、IgM、IgA、IgE、IgD)、タンパク質、抗原、脂質、トリグリセリド、細胞構成成分、異物(foreign substance)、化学物質、薬物、薬物代謝産物、サプリメント、ビタミン、薬草剤、異物(foreign body)(ウイルス、細菌(グラム陽性、グラム陰性)、真菌、酵母)、および試験に干渉し、試験原料、製剤、生物学的および合成的な成分、試験デザイン、および/または試験フォーマットとの特異的または非特異的相互作用によって試験に干渉し誤った試験結果をもたらす可能性がある任意の異物、食品または食物物質によって生成される廃棄物などの他の体液または試料マトリックス中の任意の内因性もしくは外因性物質または内因性および/もしくは外因性物質の組み合わせを指す。干渉は、それらに限定されないが、自己抗体、リウマチ因子(RF)、ヒト抗マウス抗体(HAMA)、ヒト抗動物抗体(HAAA)、例えばヤギ、ウサギ、ヒツジ、ウシ、マウス、ウマ、ブタおよびロバのポリクローナル抗体および/またはモノクローナル抗体などの異好性または異好性様干渉であってよく、試験デザインまたはアッセイ処方に使用されるアッセイ特異的干渉、例えば化学発光基質(ルミノール、イソルミノール、イソルミノール誘導体、ABEI、ABEI誘導体、ルテニウム、アクリジニウムエステル)、蛍光標識、例えばフルオレセインまたは他のフルオロフォアおよび色素、捕捉部分(ストレプトアビジン、ニュートラアビジン、アビジン、CaptAvidin、ポリA、ポリDT、アプタマー、抗体、Fab、F(ab’)2、抗体断片、組換えタンパク質、酵素、タンパク質、生体分子、ポリマー)およびそれらの結合パートナー(すなわち、ビオチン、フルオレセイン、Po1yDT、PolyA、抗原など)、コンジュゲーションリンカー(LC、LC-LC、PEO、PEOn)、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、オボアルブミン、ゼラチン、精製ポリおよびモノクローナルIgG、例えばマウス、ヤギ、ヒツジおよびウサギ、ポリビニルアルコール(PAA)、ポリビニルピロリドン(PVP)、Tween(登録商標)-20、Tween(登録商標)-80、Triton(登録商標) X-100、Pluronic(登録商標)およびTetronicなどのトリブロックコポリマー、ならびにSurmodicsおよびScantibodiesからのものなどの市販のブロッカー、ブロッキングタンパク質およびポリマーベースのブロッキング試薬)は、抗体ベースの診断試験、非抗体ベースの診断試験、または質量分析(すなわち、HPLC、MS、LCMS、LC-MS/MS)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、酵素結合イムノアッセイ(ELISA)、化学発光イムノアッセイ(CLIA)、分子診断法、ラテラルフロー、ポイントオブケア(PoC)、CLIAおよびCLIA除外試験およびデバイスによるその後の分析のための試料前処理方法およびデバイスの設計に典型的に使用される。
生物学的試料中のバイオマーカーの濃度を富化または増加させる方法が本明細書に記載される。「富化」は、完全または部分的な粒子捕捉および、生物学的試料(例えば、ヒトもしくは動物の血清、血漿、血液、全血、処理血液、尿、唾液、便(液体および固体)、精液(semen)もしくは精液(seminal fluid)、細胞、組織、生検材料、DNA、RNA、または任意の液体もしくは固体)由来の標的分析物(複数可)またはバイオマーカーの粒子への結合として定義される。いくつかの実施形態において、富化は、例えばバイオマーカー特異的ナノ粒子を洗浄し、次いで単離してバイオマーカーの特性評価および測定工程の前に干渉を除去または最小化することを可能にすることによる、生物学的試料の洗浄および濃縮を含む。
生物学的試料中に存在するバイオマーカーを単離する、または単離もしくは富化する方法が本明細書に記載される。本明細書で言及される「バイオマーカー」は、老化または疾患などのプロセス、事象、または状態の特徴的な生物学的または生物学的に由来する指標(例えば、代謝産物)として定義される。バイオマーカーは、内因性および/または外因性分析物、抗原、小分子、大分子、薬物、治療薬、代謝産物、生体異物、化学物質、ペプチド、タンパク質、タンパク質消化物、ウイルス抗原、細菌、細胞、細胞溶解物、細胞表面マーカー、エピトープ、抗体、抗体の断片、IgG、IgM、IgA、IgE、IgD受容体、受容体のリガンド、ホルモン、ホルモンの受容体、酵素、酵素の基質、一本鎖オリゴヌクレオチド、一本鎖ポリヌクレオチド、二本鎖オリゴヌクレオチド、二本鎖ポリヌクレオチド、ポリマーおよびアプタマーであり得る。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、本明細書に記載の干渉(例えば抗体結合に干渉することによって診断試験の結果の正確な値を変化させることができるか、または架橋、立体障害、もしくは自己抗体機構によってアッセイシグナルを増加または減少させることができる、患者検体中に存在する物質)である。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、感染症抗原、例えばウイルス抗原に対する抗体である。感染症抗原に対する抗体は、感染症病原体による感染への曝露および該感染からの回復を示すことができる。そのような場合、抗体は、治療目的または予防目的のための受動免疫に使用することができる。いくつかの実施形態において、感染症疾患抗原に対する抗体は、SARS-Cov-2スパイクタンパク質のスパイクタンパク質、例えばS1サブユニット、またはその受容体結合ドメインおよび/またはN末端ドメインを認識する。本明細書で使用される「干渉」は、それらに限定されないが、自己抗体、リウマチ因子(RF)、ヒト抗マウス抗体(HAMA)、ヒト抗動物抗体(HAAA)、例えばヤギ、ウサギ、ヒツジ、ウシ、マウス、ウマ、ブタおよびロバのポリクローナル抗体および/またはモノクローナル抗体などの異好性または異好性様干渉であってよく、試験デザインまたはアッセイ処方に使用されるアッセイ特異的干渉、例えば化学発光基質(ルミノール、イソルミノール、イソルミノール誘導体、ABEI、ABEI誘導体、ルテニウム、アクリジニウムエステル)、蛍光標識、例えばフルオレセインまたは他のフルオロフォアおよび色素、捕捉部分(ストレプトアビジン、ニュートラアビジン、アビジン、ポリA、ポリDT、アプタマー、抗体、Fab、F(ab’)2、抗体断片、組換えタンパク質、酵素、タンパク質、生体分子、ポリマー)およびそれらの結合パートナー(すなわち、ビオチン、フルオレセイン、Po1yDT、PolyA、抗原など)、コンジュゲーションリンカー(LC、LC-LC、PEO、PEOn)、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、オボアルブミン、ゼラチン、精製ポリおよびモノクローナルIgG、例えばマウス、ヤギ、ヒツジおよびウサギ、ポリビニルアルコール(PAA)、ポリビニルピロリドン(PVP)、Tween(登録商標)-20、Tween(登録商標)-80、Triton(登録商標) X-100、Pluronic(登録商標)およびTetronicなどのトリブロックコポリマー、ならびにSurmodicsおよびScantibodiesからのものなどの市販のブロッカー、ブロッキングタンパク質およびポリマーベースのブロッキング試薬)は、抗体ベースの診断試験、非抗体ベースの診断試験、または質量分析(すなわち、HPLC、MS、LCMS、LC-MS/MS)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、酵素結合イムノアッセイ(ELISA)、化学発光イムノアッセイ(CLIA)、分子診断法、ラテラルフロー、ポイントオブケア(PoC)、CLIAおよびCLIA除外試験およびデバイスによるその後の分析のための試料前処理方法およびデバイスの設計に典型的に使用される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、本明細書に記載の生物学的試料中に見出される。
例えば、本明細書に記載の切断試薬または放出剤は、例えば、pH(例えば、重炭酸ナトリウムなどの塩基でpHを上昇させ、酢酸、トリクロロ酢酸、スルホサリチル酸、HCl、ギ酸などの酸でpHを低下させ、一般的なpH溶出緩衝液、例えば100mMグリシン・HCl、pH2.5~3.0、100mMクエン酸、pH3.0、50~100mMトリエチルアミンまたはトリエタノールアミン、pH11.5、150mM水酸化アンモニウム、pH10.5)、ディスプレーサまたは置換剤、競合的溶出(例えば0.1M超のカウンターリガンドまたは類似体)、イオン強度および/またはカオトロピック効果(例えば、NaCl、KCl、10mM Tris中3.5~4.0M塩化マグネシウム pH7.0、10mMリン酸緩衝液中5M塩化リチウム pH7.2、2.5Mヨウ化ナトリウム pH7.5、0.2~3.0Mチオシアン酸ナトリウム)、界面活性剤、洗剤、濃縮無機塩、変性(例えば、2-6Mグアニジン・HCl、2-8M尿素、1%デオキシコール酸、1%SDS)、有機溶媒(例えば、アルコール、クロロホルム、エタノール、メタノール、アセトニトリル、ヘキサン、DMSO、10%ジオキサン、50%エチレングリコール pH8~11.5(カオトロピックでもある))、放射線または熱(温度上昇)、コンフォメーション変化、ジスルフィド結合還元剤(2-メルカプトエタノール、ジチオスレイトール、トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン)、酵素不活性化、カオトロピック剤(尿素、塩化グアニジニウム、過塩素酸リチウム)、機械的撹拌、超音波処理、およびタンパク質消化酵素(ペプシン、トリプシン)、ならびにそれらの組み合わせなどの溶出戦略を使用して、本明細書に記載の粒子と本明細書に記載の捕捉部分との間の本明細書に記載の結合相互作用または切断可能な結合を破壊する。いくつかの実施形態において、溶出した成分を含有する上清を中和緩衝液に移して、それほど過酷でない条件(pHなど)を再確立し、溶出溶液による分解または変性からバイオマーカーおよび/または標識を保存する。
その後の特性評価または診断試験のためにバイオマーカーを枯渇および/または富化する方法が本明細書に記載される。本明細書に記載のバイオマーカー(例えば、干渉)の特性評価は、本明細書に記載のバイオマーカー(例えば、本明細書に記載の干渉)の同定および/または定量を含む。
生物学的試料の単離、枯渇および/または富化のための粒子が本明細書に記載される。いくつかの実施形態において、粒子は、切断可能な結合および捕捉部分(例えば、1つの捕捉部分を提示するように官能化された粒子表面)を含む。いくつかの実施形態において、粒子は、切断不可能な結合および捕捉部分(例えば、1つの捕捉部分を提示するように官能化された粒子表面)を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の粒子は、捕捉部分(例えば、本明細書中に記載のバイオマーカーに対する高い特異性を有する捕捉部分)を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の粒子(例えば、本明細書に記載の粒子の表面、粒子表面は本明細書に記載の捕捉部分に結合していない)は、不活性である(例えば、本明細書中に記載されるバイオマーカーに対する有意な結合を示さない)。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の粒子は、粒子または診断試験をさらに改変することなく、本明細書に記載の診断試験に使用することができる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の粒子は、試料を変更することなく(例えば、追加のバイオマーカー(例えば、干渉)を添加または除去することなく、試料に添加および試料から除去することができる。
内因性(非スパイク)ビオチン試料を連続的に収集した。ベースライン血清試料を、5名の見かけ上健康な成人ボランティア(4男性、1女性)から、BDブランドVacutainer(商標)10mL赤トップチューブ内の肘前静脈採血によって得た。その後、各ボランティアは、20mg用量のビオチン(4×5mg、Finest Nutrition Biotin 5000 mcg Strawberry、Quick Dissolve、商品番号938508、Walgreensによって販売されている)を摂取した。ビオチン摂取の1、3、6、8、および24時間後に血清試料を得た。血液を室温で1時間凝固させ、Beckman Allegra 6R卓上遠心分離機で2,000rpmで15分間遠心分離した。各時点について、各ボランティアからの血清試料をプールし、室温で15分間混合し、2mLクライオバイアル中の1.2mLのアリコートにアリコートし、-80℃で凍結した。
6人のボランティア(25歳~46歳までの5人の明らかに健康な成人、1人の糖尿病2型 65歳)は、BDブランドVacutainer(商標)10mL赤トップチューブに、肘前静脈採血によってベースライン時に採取した空腹時血清試料を有していた。その後、各ボランティアは、20mg、100mgまたは200mgの用量の処方箋不要の(OTC)ビオチンを摂取した。20mg用量については、ビオチン摂取の1、3、6、8、および24時間後に血清試料を得た。100および200mg用量については、ビオチン摂取の1、6および24時間後に血清試料を収集した。血液を室温で1時間凝固させ、Beckman Allegra 6R卓上遠心分離機で2,000rpmで15分間遠心分離した。各時点およびビオチン用量について、各ボランティアからの血清試料をプールし、室温で15分間混合し、2mLクライオバイアル中の1.2mLのアリコートにアリコートし、-80℃で凍結した。すべての試料は、ワシントン大学、検査医学部門、1959 NE Pacific Street、Seattle、WA 98195で、LC-MS/MSビオチン測定のために送られた。20mgの用量では、ビオチンレベルは1時間で最も高く[96~179ng/mL]、6時間では5名すべてのボランティアが依然として15ng/mL超[17~35]の血清ビオチンレベルを有し、8時間では5名のボランティアのうち4名が15ng/mL超[16~28]の血清ビオチンレベルを有し、24時間では、既知の糖尿病2型であるボランティア1が15ng/mL超[18]のビオチンレベルを有した(図7)。
1.VeraPrep Biotin試薬バイアルを貯蔵庫から取り出し、中速で最低10秒間ボルテックスしてよく混合し、試薬を再懸濁する。
2.試薬バイアルをフォームバイアルホルダーに挿入する。
3.管のカラー(collar)が磁石フレームに接触するまで、空のマイクロ管2ml(SARSEDT Order Number 72.694)をLifeSep(登録商標)1.5S磁石に挿入する。
4.200μL(0.5mg)または600μL(1.5mg)のよく混合した試薬を空の管に分注して、磁石上の試薬を30秒超の間分離して試薬ペレットを形成する。
5.試薬ペレットを乱すことなく、すべての保存緩衝液上清(約200μLまたは約600μL)を慎重に吸引し、廃棄する。
6.400μLのよく混合された血清または血漿試料を、試薬ペレットを含む管に分注する。
7.管のキャップのねじを締め、管を磁石から取り外し、中速で最低10秒間ボルテックスしてよく混合し、試料中に試薬を再懸濁する。
8.管を検査室用ミキサー上に中速で置き、室温で10分間インキュベートする。
9.ねじキャップを緩め、管のカラーが磁石フレームに接触するまで管を磁石に挿入する。
10.試薬を4分超の間磁気的に分離して試薬ペレットを形成する。
11.試薬ペレットを乱すことなく試料上清を慎重に吸引し、試験のために試料を移送管に分注する。注意:この工程を慎重に行う場合、すべての試料上清(約400μL)を吸引することができる。試薬のいずれかが誤って吸引された場合、試料/試薬混合物を管に戻し、工程10に戻るだけである。
12.試料は、試験の準備ができている。
ストレプトアビジンでコーティングし、続いてビオチン化抗TSH抗体(VERAPREP Concentrate TSH試薬)またはビオチン化抗PTHモノクローナル抗体(VERAPREP Concentrate PTH試薬)でコーティングした550nmの超常磁性ナノ粒子を使用して、0.0195μIUのTSH/mLまたは0.497pgのPTH/mL)のいずれかの40mLのPBS中の非常に低レベルのバイオマーカーを富化した。
1.80μLの10μIU/mLのTSH標準液を対照としての1.0mLのVERAPREP Cleave中0.80μIU/mLに希釈する
2.PBS中40mLの0.0195μIU/mLのTSHを50mLファルコン管に添加する
3.VERAPREP Concentrate TSHを添加し、混合する
4.混合しながら室温で60分間インキュベートする
5.Dexter LifeSep(登録商標)50SXを使用してVERAPREP Concentrate TSHを60分間磁気的に分離する
6.40mLのPBSをデカントし廃棄物へと廃棄する
7.4.0mLのPBS Wash Bufferを添加し、混合する
8.Dexter LifeSep(登録商標)50SXを使用して4mLのPBS Wash Buffer中のVERAPREP Concentrate TSHを30分間磁気的に分離する
9.4mLのPBSをデカントして廃棄物へと廃棄する
10.1mLのPBS Wash Bufferを添加し、混合する
11.1mLのVERAPREP Concentrate TSHを1.75mL円錐底スナップキャップバイアルに移す。
12.Dexter LifeSep(登録商標)1.5Sを使用して、1mLのPBS Wash Buffer中のVERAPREP Concentrate TSHを10分間磁気的に分離する。
13.1mLのPBSを吸引して廃棄物へと破棄する
14.1mLのVERAPREP Cleaveを添加し、混合する
15.Dexter LifeSep(登録商標)1.5Sを用いて1mLのVERAPREP Cleave中のVERAPREP Concentrate TSHを、10分間磁気的に分離する。
16.1mLの上清(富化試料)を吸引して保存し、対照、ベースライン試料および富化試料を試験する。
1.971pg/mLのPTH標準液21μLをPBSで41.0mLにして0.497pg/mLに希釈し、1.0mLをベースライン試料として保存する(富化前)。
2.971pg/mLのPTH標準液21μLを対照としてVERAPREP Cleaveで1.0mLにして20.4pg/mLに希釈する。
3.PBS中の40mLの0.497pg/mL PTHを50mLファルコン管に添加する
4.VERAPREP Concentrate PTHを添加し、混合する
5.混合しながら室温で30分間インキュベートする
6.Dexter LifeSep(登録商標)50SXを使用してVERAPREP Concentrate PTHを15分間磁気的に分離する。
7.40mLのPBSをデカントして廃棄物へと廃棄する
8.4.0mLのPBS Wash Bufferを添加し、混合する
9.Dexter LifeSep(登録商標)50SXを使用して4mLのPBS Wash Buffer中のVERAPREP Concentrate PTHを10分間磁気的に分離する。
10.4mLのPBSをデカントして廃棄物へと廃棄する
11.1mLのPBS Wash Bufferを添加し、混合する
12.1mLのVERAPREP Concentrate PTHを1.75mL円錐底スナップキャップバイアルに移す
13.Dexter LifeSep(登録商標)1.5Sを使用して、1mLのPBS Wash Buffer中のVERAPREP Concentrate PTHを10分間を磁気的に分離する。
14.1mLのPBSを吸引して廃棄物へと破棄する
15.1mLのVERAPREP Cleaveを添加し、混合する
16.Dexter LifeSep(登録商標)1.5Sを使用して、1mLのVERAPREP Cleave中のVERAPREP Concentrate PTHを10分間磁気的に分離する。
17.1mLの上清(富化試料)を吸引して保存し、対照、ベースライン試料および富化試料を試験する。
以下に、バイオマーカーに特異的な捕捉部分でコーティングされた超常磁性ナノ粒子を使用して、大量の尿試料から低存在量バイオマーカーおよびスパイクした内部標準(ISTD)を富化するための質量分析試料前処理プロトコルを記載する。全く同じプロトコルはまた、同じ試料からの1を超えるバイオマーカーおよび対応するスパイクされたISTDを多重化および富化するために、各集団が異なる捕捉部分でコーティングされている、一緒に混合またはプールされた複数の異なる超常磁性ナノ粒子集団を使用することもできる。2またはそれを超えるバイオマーカーの富化および特性評価は、単一のバイオマーカーの特性評価では不可能な疾患の臨床診断および/または予後のためのアルゴリズムの使用を容易にする。例えば、尿からの閉塞性睡眠時無呼吸(OSA)の診断のために、VERAPREP Concentrate試薬は、カリクレイン-1、ウロモジュリン、ウロコルチン-3およびオロソムコイド-1を捕捉して富化するための4つの異なる抗体、またはカリクレイン-1、ウロモジュリン、ウロコルチン-3およびオロソムコイド-1、IL-6、IL-10および高感度C反応性タンパク質を捕捉して富化するための7つの異なる抗体を含み得る。
1.患者の尿を収集する(尿収集カップなどの標準的な尿収集プロトコルを使用する)
2.尿収集試料を混合する
3.40mLの尿を50mLのファルコン管に添加する
4.富化するバイオマーカーのための重水素化内部標準を添加し、混合する
5.VERAPREP Conditionを添加し、混合する
6.VERAPREP Concentrateを添加し、混合する
7.インキュベート:バイオマーカー+VERAPREP Concentrateによる重水素化内部標準捕捉
8.Dexter LifeSep(登録商標)50SXを使用した40mL尿中のVERAPREP Concentrateを磁気的に分離する。
9.尿を吸引して廃棄物へと破棄する
10.4mLのPBS Wash Bufferを添加し、混合する
11.Dexter LifeSep(登録商標)50SXを使用して、4mLのPBS Wash Buffer中のVERAPREP Concentrateを磁気的に分離する。
12.尿を吸引して廃棄物へと破棄する
13.工程12をさらに2回繰り返す(2X)
14.1mLのVERAPREP Cleaveを添加し、混合する(質量分析適合緩衝液)。
15.Dexter LifeSep(登録商標)1.5Sを使用して、1mLのVERAPREP Cleave中のVERAPREP Concentrateを磁気的に分離する。
16.LC-MSによって1mLの上清試料を吸引し、試験する
17.1)40mLの尿試料サイズ、2)バイオマーカーのLC-MS定量、および3)重水素化内部標準回収率に基づいて報告されたバイオマーカー値を調整することに基づいて決定された最終バイオマーカー濃度
このアッセイは、受容体結合ドメインとN末端ドメインの両方を認識するSARS-CoV-2中和抗体を単離し、定量する。それは、IgG、IgAおよびIgMを別々に定量する。以下で行うように、血清抗体をアッセイしたが、この手順は、唾液抗体をアッセイするために経口食塩水リンスで行うこともできる。アッセイでは、試料を最初に洗浄して潜在的な異好性干渉を除去し、抗体をビーズ(微粒子)上に捕捉し、検出試薬と反応させ、捕捉された抗体(依然として検出試薬によって結合されている)をビーズから溶出させ、上清を定量のために移す。アッセイは、手動または自動で行うことができる。アッセイのための一般化された手順には、以下が含まれる。
a.最初に水で30分間音波処理する。
a.すべてのビーズは、使用のために均質になるように混合され、ロッカー上にあるべきである。
a.遠心分離の混合なしで、冷蔵貯蔵庫からの試料を直接使用する。いかなる脂質も直接ピペッティングすることを避ける。
b.ブロックされた丸底プレートに、「清浄」プレートレイアウト中の60μLの各試料を添加する。
c.すべての試料を添加したら、マルチチャンネルピペットを使用して、試料を含むすべてのウェルに140μLの清浄なビーズ(ウサギIgG、ヒトIgG、ストレプトアビジン、および/またはビーズ自体に特異的な異好性干渉を捕捉および除去するための、36μgのウサギIgG-ビオチン-ストレプトアビジンビーズと4μgのヒトIgG-ビオチン-ストレプトアビジンビーズとの混合物)を添加する。
i.注意:ベースの、清浄なビーズで使用される1.6ミクロン超常磁性磁気ストレプトアビジンビーズは、捕捉ビーズで使用される、全く同じベースの1.6ミクロン超常磁性ストレプトアビジンビーズである。このようにして、捕捉ビーズを用いて清浄な試料を試験する前に、ベースのストレプトアビジンビーズに特異的な任意の異好性干渉が試料から除去される。
d.プレートウォッシャ中で振盪しながら37℃で15分間インキュベートする。
i.速い設定での軌道振盪、425cpm
e.磁石上に4分間置く。
i.例えば、Alpaqua Catalyst 96、部品番号A000550。
a.マルチチャンネルピペットを使用して、50μLの洗浄した試料をブロッキングした捕捉プレート(透明な平底)に移す。
b.マルチチャンネルピペットを用いて150μLの捕捉ビーズ(RBDまたはNTDに特異的なヒト免疫グロブリンIgA、IgGおよび/またはIgMを捕捉するために使用される30μgのSARS-CoV-2 S1-RBD-ビオチン-ストレプトアビジンビーズと10μgのSARS-CoV-2 S1-NTD-ビオチン-ストレプトアビジンビーズとの混合物)を各ウェルに添加する。
i.同じ体積の捕捉ビーズを空のウェルに添加して、捕捉ビーズブランクとして機能させる。
ii.SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質(S1)RBD(Hisタグあり、HEK293で作製;The Native Antigen Company、Part.No.REC31882)。
iii.SARS-CoV-2スパイクNTD(Hisタグあり、HEK293で作製;The Native Antigen Company、Part.No.REC31905)。
c.それぞれ異なるキャリブレーターレベルを含むプレートの6つのウェルに、60μLの3重キャリブレータービーズを添加する(下記参照)。
i.3重キャリブレータービーズを加えながらプレートを磁石上にセットし、各キャリブレーターを分注するときにチップを「リンス」する。
d.プレートリーダーで振盪しながら37℃で30分間インキュベートする。
i.速い設定での軌道振盪、425cpm。
e.プレートウォッシャで3回洗浄する。
i.2分間の初期/振盪工程。
a.ウェルあたり200μLの3重コンジュゲートを添加する。
i.マルチチャンネルピペット上の同じ8チップのセットを使用して、プレート全体のすべてのウェルにコンジュゲートを添加することができる。
ii.すべてのウェルにコンジュゲートを入れたら、戻して5回上下にピペッティングしてウェルを完全に混合する(マルチチャンネルピペットを使用するが、各列には新しいチップを用意する)。
iii.3重コンジュゲートは、コンジュゲート緩衝液(TTA中0.1%BSA)中の、AlexaFluor-488とコンジュゲートした0.002mg/mlのポリクローナルウサギ抗ヒトIgM、AlexaFluor-555とコンジュゲートした0.002mg/mlのポリクローナルウサギ抗ヒトIgG、およびAlexaFluor-647とコンジュゲートした0.002mg/mlのポリクローナルウサギ抗ヒトIgAである。
b.プレートリーダーで振盪しながら37℃で30分間インキュベートする。
i.速い設定での軌道振盪、425cpm。
c.プレートウォッシャで3回洗浄する。
i.2分間の初期/振盪工程。
a.35.5Mlの中和緩衝液(300mM Tris pH10.0)で透明底の黒色プレート(ブロックされていない)上のウェルを予め充填する。
b.捕捉プレートをプレートウォッシャから取り外す。
c.220μLの溶出緩衝液(100mMグリシン、pH2.5)を添加する。
i.マルチチャンネルピペット上の同じ8チップのセットを使用して、プレート全体のすべてのウェルにコンジュゲートを添加することができる。
ii.すべてのウェルに溶出緩衝液を入れたら、戻して5回上下にピペッティングしてウェルを完全に混合する(マルチチャンネルピペットを使用するが、各列には新しいチップを用意する)。
d.磁石上に2分間置く。
e.マルチチャンネルピペットを使用して、各ウェルの200uLを(工程7aの)黒色の透明な平底読み取りプレートに移す。
・ストレプトアビジンで共有結合的に修飾され、ビオチン化ヒトIgAと反応する1.6μm磁気ビーズ(親和性精製)、
・ストレプトアビジンで共有結合的に修飾され、ビオチン化ヒトIgGと反応する1.6μm磁気ビーズ(親和性精製)、
・ストレプトアビジンで共有結合的に修飾され、ビオチン化ヒトIgMと反応する1.6μm磁気ビーズ(親和性精製)、
・Trisでクエンチする1.6μm磁気ビーズ(カルボキシル)(TRisビーズ)、
それぞれ10mg/mlで保存したのは、TTA中0.1%BSAのキャリブレータービーズ保存溶液である。
1mL(1000μL)の食塩水による口腔すすぎ液試料(5mLの0.9%NaClを25秒間ゆすぎ、5秒間うがいをして、収集管に吐き出した=5mL食塩水+唾液試料、または食塩水中の唾液ベースの試料)を清浄にするために、以下の組成を有する2×または4×の清浄ビーズのいずれかを添加する。
25ugのウサギIgGビーズ
25ugのBSAビーズ
10ugの精製ヒトIgAビーズ
10ugの精製ヒトIgGビーズ
10ugの精製ヒトIgMビーズ
50ugウサギIgGビーズ
50ugのBSAビーズ
20ugの精製ヒトIgAビーズ
20ugの精製ヒトIgGビーズ
20ugの精製ヒトIgMビーズ
150ugのRBDビーズ
50ugのNTDビーズ
300ugのRBDビーズ
100ugのNTDビーズ
ABEI N-(4-アミノブチル)-N-エチルイソルミノール
ALP アルカリホスファターゼ
BSA ウシ血清アルブミン
Fab 断片抗体結合
Fc 断片、結晶化可能
HAAA ヒト抗動物抗体
HAMA ヒト抗マウス抗体
HASA ヒト抗ヒツジ抗体
IFU 使用説明書
IgG 抗体または免疫グロブリン
IgM 免疫グロブリンM
HRP 西洋ワサビペルオキシダーゼ
LC-MS/MS 液体クロマトグラフィタンデム質量分析
LDT 検査室開発試験
Mab モノクローナル抗体
MASI 製造アッセイ特異的干渉
MFG IVD製造業者
PMP 超常磁性微粒子
PBCT 一次採血管
RF リウマチ因子
RLU 相対光単位またはアッセイ応答シグナル
RUO 研究使用のみ
SAv ストレプトアビジン
STT 二次移送管
TAT ターンアラウンドタイム
WF ワークフロー
本明細書で使用される場合、「試料」または「生物学的試料」は、診断、予後、スクリーニング、リスク評価、リスク層別化、および治療薬モニタリングなどのモニタリングのために試験される任意のヒトまたは動物の血清、血漿(すなわち、EDTA、ヘパリンリチウム、クエン酸ナトリウム)、血液、全血、処理血液、尿、唾液、便(液体および固体)、精液もしくは精液、羊水、脳脊髄液、細胞、組織、生検材料、DNA、RNA、または任意の流体、溶解した固体、または処理した固体材料を指す。いくつかの実施形態において、試料は大容量試料である。いくつかの実施形態において、試料は、複数の試料(例えば、同じまたは異なる対象からの2つ以上の試料)を含む。いくつかの実施形態において、試料は、試料中に低存在量で存在するバイオマーカーを含む。
本明細書で言及される場合、「診断試験」には、それだけに限らないが、任意の抗体ベースの診断試験、非抗体ベースの診断試験、免疫抽出(IE)および固相抽出(SPE)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、酵素結合イムノアッセイ(ELISA)、化学発光イムノアッセイ(CLIA)、分子診断、ラテラルフロー(LF)、ポイントオブケア(PoC)、消費者直接取引(DTC)、CLIAおよびCLIA除外試験およびデバイス、研究用途のみ(RUO)試験、インビトロ診断(IVD)試験、検査室開発試験(LDT)、コンパニオン診断、ならびに診断、予後、スクリーニング、リスク評価、リスク層別化、および治療薬モニタリングなどの質量分析法(すなわち、HPLC、MS、LCMS、LC-MS/MS)によるその後の分析のための試料前処理方法またはデバイスが含まれる。いくつかの実施形態において、診断試験は、短いターンアラウンドタイム(STAT)診断試験、外来検査、ラテラルフロー試験、ポイントオブケア(PoC)試験、分子診断試験、HPLC、MS、LCMS、LC-MS/MS、ラジオイムノアッセイ(RIA)、酵素結合イムノアッセイ(ELISA)、化学発光イムノアッセイ(CLIA)、CLIAおよびCLIA除外試験、ならびに診断、予後、スクリーニング、リスク評価、リスク層別化、処置モニタリングおよび治療薬モニタリングに使用される任意の診断試験を含む。
Claims (23)
- 生物学的試料から抗原特異的抗体を単離する方法であって、
a)前記試料を、前記抗原特異的抗体のための捕捉部分を含む第1の粒子と組み合わせて、混合物を提供することと、
b)前記混合物を混合して、粒子複合体を前記バイオマーカーに提供することと、
c)前記生物学的試料から前記粒子を分離すること
それによって、前記生物学的試料から前記抗体を単離することと、を含む、方法。 - 前記粒子から前記抗原特異的抗体を解離させることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 解離させることが、前記第1の粒子からの前記抗体の切断または溶出を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記放出された抗体を特性評価に供することをさらに含む、請求項3に記載の方法。
- 特性評価が、検出可能な標識にコンジュゲートされた抗免疫グロブリン抗体と複合体を形成することを含む、請求項4に記載の方法。
- 前記検出可能な標識が蛍光標識である、請求項5に記載の方法。
- 前記抗原特異的抗体に関連するシグナルを免疫グロブリンの標準曲線と比較することをさらに含む、請求項4~6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗免疫グロブリン抗体がアイソタイプ特異的ではない、請求項5~7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗免疫グロブリン抗体がアイソタイプ特異的である、請求項5~7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アイソタイプ特異的抗免疫グロブリン抗体が、抗IgA、抗IgG、および抗IgMのうちの少なくとも2つを含み、それぞれが異なる標識にコンジュゲートされた、請求項9に記載の方法。
- 前処理をさらに含み、前記前処理は、
a)生物学的試料を干渉のための捕捉部分を含む第2の粒子と組み合わせて混合物を提供することと、
b)前記混合物を混合して第2の粒子複合体を前記干渉に提供することと、
c)前記第2の粒子複合体を除去または排除して、枯渇溶液を提供することと、を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記捕捉部分がヒトおよび/または非ヒト動物免疫グロブリンを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記捕捉部分がストレプトアビジンを含む、請求項11または12に記載の方法。
- 前記第1および/または第2の粒子が凍結乾燥生成物として提供される、請求項1または11に記載の方法。
- 請求項1~3または11~14のいずれか一項に記載の方法によって作製された富化抗体。
- 前記抗原特異的抗体が病原体特異的抗体である、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法。
- 病原体がSARS-CoV-2である、請求項16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記捕捉部分がSARS-CoV-2のスパイクタンパク質である、請求項17に記載の方法。
- 前記スパイクタンパク質が、S1サブユニット、またはその受容体結合ドメインおよび/またはN末端ドメインである、請求項18に記載の方法。
- 前記抗原特異的抗体が自己抗体である、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗原特異的抗体が腫瘍抗原特異的自己抗体である、請求項20のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗原特異的抗体が外来タンパク質に対するものである、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗原特異的抗体がヒト抗体である、請求項1~22のいずれか一項に記載の方法。
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