JP2023507501A - 遺伝子の発現を同時に調節するための組成物及び方法 - Google Patents

遺伝子の発現を同時に調節するための組成物及び方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2023507501A
JP2023507501A JP2022538076A JP2022538076A JP2023507501A JP 2023507501 A JP2023507501 A JP 2023507501A JP 2022538076 A JP2022538076 A JP 2022538076A JP 2022538076 A JP2022538076 A JP 2022538076A JP 2023507501 A JP2023507501 A JP 2023507501A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
nucleic acid
interest
gene
acid sequence
rna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2022538076A
Other languages
English (en)
Inventor
ジャスティン アントニー セルバライ，
フリードリヒ メッツガー，
エルベ シャフハウザー，
ペトラ ヒルマン－ヴュルナー，
Original Assignee
ヴェルサメブ アーゲー
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by ヴェルサメブ アーゲー filed Critical ヴェルサメブ アーゲー
Publication of JP2023507501A publication Critical patent/JP2023507501A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/52—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/06—Antipsoriatics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P19/00—Drugs for skeletal disorders
    • A61P19/02—Drugs for skeletal disorders for joint disorders, e.g. arthritis, arthrosis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/52—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • C07K14/54—Interleukins [IL]
    • C07K14/5406—IL-4
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/52—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • C07K14/555—Interferons [IFN]
    • C07K14/565—IFN-beta
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/575—Hormones
    • C07K14/65—Insulin-like growth factors, i.e. somatomedins, e.g. IGF-1, IGF-2
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1136—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against growth factors, growth regulators, cytokines, lymphokines or hormones
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1137—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against enzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/31—Combination therapy
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/20011—Coronaviridae
    • C12N2770/20022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Psychiatry (AREA)
  • Virology (AREA)

Abstract

本発明は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物の組成物に関する。疾患又は状態を治療し、同時に２つ以上の遺伝子の発現を調節することにおける該組成物の使用も本明細書に開示される。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
［０００１］ 本出願は、２０１９年１２月２３日に出願された欧州特許出願第ＥＰ１９２１９２７６．３号及び２０２０年６月２３日に出願された米国仮出願第６３／０４２，８９０号の利益を主張し、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に援用される。
配列表
［０００１．１］ 本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出され、その全体が参照により本出願に援用される配列表を含む。２０２０年１２月１８日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、５７６２３＿７０１＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔという名前で、３２６，５７０バイトのサイズである。
背景
［０００２］ 多くのヒトの疾患や障害は、特定のタンパク質の発現レベルが、疾患や障害のないヒトにおけるこれらのタンパク質の発現レベルと比較して、高い及び／又は低い発現レベルの組み合わせによって引き起こされる。標的タンパク質の発現及び／又は分泌を増加させ、別の異なる標的タンパク質の発現を減少させるための組み合わせ療法は、治療効果をもたらす可能性がある。例えば、コロナウイルスＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染によって引き起こされる疾患である、ＣＯＶＩＤ－１９などのコロナウイルス感染症の治療法であって、１つ又は複数の標的遺伝子産物の産生を効果的かつ特異的に減少させ、同時に他の産生を増加させる治療法が必要とされている。
［０００３］ 本発明は、１つの組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を使用して、２つ以上のタンパク質又は核酸配列の発現を同時に調節することに関する。いくつかの実施態様では、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、特定の標的に結合することができる単一又は複数の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードする核酸配列と、過剰発現のための単一又は複数のタンパク質をコードする核酸配列を提供することによって、２つ以上のタンパク質又は核酸配列の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする。いくつかの実施態様では、本発明は、特定の生理学的メカニズム（例えば、異化作用）をｓｉＲＮＡによって制御することができ、一方、別の生理学的メカニズムを治療用タンパク質の過剰発現によって並行して活性化（例えば、同化作用）することができる疾患及び障害を治療するために有用である。
［０００４］ 本発明はまた、１つ又は複数のコロナウイルス標的ＲＮＡ及び／又は宿主タンパク質（例えば、ウイルス侵入要素又は炎症誘発性サイトカイン）をコードする１つ又は複数のＲＮＡに結合することができる１つ又は複数の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；並びに過剰発現のための１つ又は複数のタンパク質、例えば、宿主抗炎症性サイトカイン又はおとりタンパク質、例えば、可溶性アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）をコードする核酸配列をコードするか又は含むポリ核酸又はＲＮＡを含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を提供する。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡは、１つ又は複数のコロナウイルスタンパク質をコードするｍＲＮＡ、又は非コードＲＮＡである。したがって、本発明は、単一のポリヌクレオチド分子がウイルスを阻害し、宿主の炎症反応を調節する実施態様を提供する。
［０００５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって；ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物である。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。
［０００６］ いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は５’から３’方向に含まれる。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は５’から３’方向に含まれない。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ｉ）及び（ｉｉ）を接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが少なくとも６核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約１５核酸残基である。
［０００７］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、環状である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、直鎖状である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ＤＮＡである。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ＲＮＡである。
［０００８］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ポリ（Ａ）テールをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の１～２２０塩基対（配列番号１９１）を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、５’キャップをさらに含む。いくつかの実施態様では、５’キャップは、アンチリバースＣＡＰアナログ、クリーンキャップ、キャップ０、キャップ１、キャップ２、又はロック核酸キャップ（ＬＮＡキャップ）を含む。いくつかの実施態様では、５’キャップは、ｍ２ ７，３’－ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ、ｍ７Ｇ、ｍ７Ｇ（５’）Ｇ、ｍ７ＧｐｐｐＧ、又はｍ７ＧｐｐｐＧｍを含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、プロモーターをさらに含む。いくつかの実施態様では、プロモーターは、Ｔ３、Ｔ７、ＳＰ６、Ｐ６０、Ｓｙｎ５、及びＫＰ３４からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、プロモーターはＴ７プロモーターである。いくつかの実施態様では、Ｔ７プロモーターは、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流にある。いくつかの実施態様では、Ｔ７プロモーターは、ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡを含む配列（配列番号２５）を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、コザック配列をさらに含む。
［０００９］ いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、１～１０コピーのｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖及びアンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現に影響を及ぼさない。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現を阻害しない。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のうちの少なくとも２つのそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡ又は異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。
［００１０］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ、スーパーオキシドジスムターゼ－１（ＳＯＤ１）、及びアクチビン受容体様キナーゼ－２（ＡＬＫ２）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。
［００１１］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒ－アルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒ－ベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、アンジオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒ－アルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒ－ベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ、スーパーオキシドジスムターゼ－１（ＳＯＤ１）、及びアクチビン受容体様キナーゼ－２（ＡＬＫ２）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。
［００１２］ いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、及び腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）からなる群から選択されるタンパク質をコードする。
［００１３］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、コロナウイルス標的ＲＮＡ又はコロナウイルス宿主細胞標的ＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡは、コロナウイルスタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡは、コロナウイルス非コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルスタンパク質は、スパイクタンパク質（Ｓ）、ヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）、非構造タンパク質（ＮＳＰ）、又はＯＲＦ１ａｂ（ポリタンパク質ＰＰ１ａｂ）タンパク質、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＮＳＰ１タンパク質である。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＮＳＰ１２及び１３コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルス宿主細胞標的は、宿主細胞タンパク質である。いくつかの実施態様では、宿主細胞はヒト細胞である。いくつかの実施態様では、宿主細胞タンパク質は、ＡＣＥ２、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、又はＩＬ－６Ｒ－ベータである。
［００１４］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡの発現は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによって調節される。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡの発現は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによって調節される。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡの発現は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡの発現は、標的ＲＮＡに特異的に結合することができるｓｉＲＮＡによって調節される。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡの発現は、標的ＲＮＡに特異的に結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。
［００１５］ いくつかの実施態様では、組換え核酸構築物は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードする。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードする。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、分泌タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、細胞内タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、オルガネラ内タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、膜タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、２Ａペプチドリンカー又はｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮベータ）、インターフェロンアルファ（ＩＦＮアルファ）、ＡＣＥ２可溶性受容体、インターロイキン３７（ＩＬ－３７）、及びインターロイキン３８（ＩＬ－３８）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮ－ベータ）、及びＡＣＥ２可溶性受容体からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮ－ベータ）、ＡＣＥ２可溶性受容体、及びエリスロポエチン（ＥＰＯ）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、及びインターロイキン４からなる群から選択される。
［００１６］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、コロナウイルス宿主タンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子によってコードされる宿主タンパク質は、ＩＦＮ－α、例えば、インターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、又はインターフェロンアルファ－２ｂ、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、ＩＦＮ－ω、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－λ、ＩＬ－３７、ＩＬ－３８、及び可溶性ＡＣＥ２受容体から選択される。
［００１７］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによって調節される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによってアップレギュレートされる。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、コドン最適化されている。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、コドン最適化されていない。
［００１８］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフをコードする核酸配列は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結されている。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、シグナルペプチドは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチド；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の前記シグナルペプチドが、前記タンパク質がオキシドレダクターゼではないという条件で、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同なシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記シグナルペプチドが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；及び（ｄ）天然においてシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、シグナルペプチドのＮ末端のアミノ酸１～９は、２を超える平均疎水性スコアを有する。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、遺伝子治療に適したベクターである。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続的に含まれる。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続して存在する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない。いくつかの態様では、目的の遺伝子は、ＲＮＡスプライシングなしで発現される。
［００１９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物であって、ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なる、組成物である。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。
［００２０］ いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は５’から３’方向に含まれる。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は５’から３’方向に含まれない。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、リンカーをさらにコードするか、又は含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ｉ）及び（ｉｉ）を接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。
［００２１］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ポリ（Ａ）テールをさらに含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の１～２２０塩基対（配列番号１９１）を含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、５’キャップをさらに含む。いくつかの実施態様では、５’キャップは、アンチリバースＣＡＰアナログ、クリーンキャップ、キャップ０、キャップ１、キャップ２、又はロック核酸キャップ（ＬＮＡキャップ）を含む。いくつかの実施態様では、５’キャップは、ｍ２ ７，３’－ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ、ｍ７Ｇ、ｍ７Ｇ（５’）Ｇ、ｍ７ＧｐｐｐＧ、又はｍ７ＧｐｐｐＧｍを含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、コザック配列をさらに含む。
［００２２］ いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、１～１０コピーのｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖及びアンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現に影響を及ぼさない。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現を阻害しない。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、リンカーをさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーは、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のうちの少なくとも２つは、同じか又は異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。
［００２３］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ、スーパーオキシドジスムターゼ－１（ＳＯＤ１）、及びアクチビン受容体様キナーゼ－２（ＡＬＫ２）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。
［００２４］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒ－アルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒ－ベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、アンジオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒ－アルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒ－ベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ、スーパーオキシドジスムターゼ－１（ＳＯＤ１）、及びアクチビン受容体様キナーゼ－２（ＡＬＫ２）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。
［００２５］ いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、及び腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）からなる群から選択される。
［００２６］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、コロナウイルス標的ＲＮＡ又はコロナウイルス宿主細胞標的ＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡは、コロナウイルスタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡは、コロナウイルス非コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルスタンパク質は、スパイクタンパク質（Ｓ）、ヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）、非構造タンパク質（ＮＳＰ）、又はＯＲＦ１ａｂ（ポリタンパク質ＰＰ１ａｂ）タンパク質、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＮＳＰ１タンパク質である。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＮＳＰ１２及び１３コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルス宿主細胞標的は、宿主細胞タンパク質である。いくつかの実施態様では、宿主細胞はヒト細胞である。いくつかの実施態様では、宿主細胞タンパク質は、ＡＣＥ２、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、又はＩＬ－６Ｒ－ベータである。
［００２７］ いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによって調節される。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。
［００２８］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードする。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードする。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、分泌タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、細胞内タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、オルガネラ内タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、膜タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、リンカー又はリンカーをコードする核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、２Ａペプチドリンカー、ｔＲＮＡリンカー、又は可動性リンカーを含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮベータ）、インターフェロンアルファ（ＩＦＮアルファ）、ＡＣＥ２可溶性受容体、インターロイキン３７（ＩＬ－３７）、及びインターロイキン３８（ＩＬ－３８）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮ－ベータ）、及びＡＣＥ２可溶性受容体からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮ－ベータ）、ＡＣＥ２可溶性受容体、及びエリスロポエチン（ＥＰＯ）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、及びＩＬ－４からなる群から選択される。
［００２９］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、コロナウイルス宿主タンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、宿主タンパク質は、ＩＦＮ－α、例えば、インターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、又はインターフェロンアルファ－２ｂ、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、ＩＦＮ－ω、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－λ、ＩＬ－３７、ＩＬ－３８、及び可溶性ＡＣＥ２受容体から選択される。
［００３０］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによって調節される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによってアップレギュレートされる。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、コドン最適化されている。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、コドン最適化されていない。
［００３１］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフをコードする核酸配列は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結されている。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。
［００３２］ いくつかの実施態様では、シグナルペプチドは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチド；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の前記シグナルペプチドが、前記タンパク質がオキシドレダクターゼではないという条件で、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同なシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記シグナルペプチドが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；及び（ｄ）天然においてシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、シグナルペプチドのＮ末端のアミノ酸１～９は、２を超える平均疎水性スコアを有する。
［００３３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書で記載される任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物を含む細胞である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物と薬学的に許容される添加物とを含む薬学的組成物である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の薬学的組成物を対象に投与することを含む、疾患又は状態を治療することを必要とする対象における疾患又は状態を治療する方法である。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、乾癬、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、乾癬、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びコロナウイルス感染症、又はコロナウイルス感染症に起因若しくは関連する疾患若しくは状態からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、対象はヒトである。
［００３４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の薬学的組成物を対象に投与することを含む、疾患又は状態を治療することを必要とする対象における疾患又は状態を治療する方法である。いくつかの実施態様では、対象における疾患又は状態は、コロナウイルス感染症、又はコロナウイルス感染症に起因するか若しくはそれに関連する疾患若しくは状態である。いくつかの実施態様では、コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。いくつかの実施態様では、疾患又は障害は、ＳＡＲＳ、ＭＥＲＳ、又はＣＯＶＩＤ－１９である。
［００３５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の単一のＲＮＡ転写物からｓｉＲＮＡ及びｍＲＮＡを同時に発現する方法であって、本明細書に記載の任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物を細胞に導入することを含む、方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なり、標的ｍＲＮＡと目的の遺伝子の発現は同時に調節される、方法である。
［００３６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なり、標的ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、同時に目的の遺伝子の発現はアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによってアップレギュレートされる。
［００３７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含むＲＮＡ構築物を生成する方法であって、ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なり、（ａ）インビトロ転写反応のために、（ｉ）プロモーター、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする少なくとも１つの核酸配列、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列及びポリ（Ａ）テールをコードする核酸配列を含むポリ核酸構築物、（ｉｉ）ＲＮＡポリメラーゼ；及び（ｉｉｉ）ヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）の混合物を提供し；（ｂ）インビトロ転写反応混合物から転写されたＲＮＡを単離及び精製し、ＲＮＡ構築物を生成すること、を含む方法である。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｔ３ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｐ６０ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｓｙｎ５ ＲＮＡポリメラーゼ、及びＫＰ３４ ＲＮＡポリメラーゼからなる群から選択される。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼである。いくつかの実施態様では、ＮＴＰの混合物は、未修飾ＮＴＰを含む。いくつかの実施態様では、ＮＴＰの混合物は、修飾ＮＴＰを含む。いくつかの実施態様では、修飾ＮＴＰは、Ｎ１－メチルプソイドウリジン、プソイドウリジン、Ｎ１－エチルプソイドウリジン、Ｎ１－メトキシメチルプソイドウリジン、Ｎ１－プロピルプソイドウリジン、２－チオウリジン、４－チオウリジン、５－メトキシウリジン、５－メチルウリジン、５－カルボキシメチルエステルウリジン、５－ホルミルウリジン、５－カルボキシウリジン、５－ヒドロキシウリジン、５－ブロモウリジン、５－ヨードウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、６－アザウリジン、チエノウリジン、３－メチルウリジン、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジン、５－メチルシチジン、５－メトキシシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、５－ホルミルシチジン、５－カルボキシシチジン、５－ヒドロキシシチジン、５－ヨードシチジン、５－ブロモシチジン、２－チオシチジン、５－アザシチジン、プソイドイソシチジン、３－メチル－シチジン、Ｎ４－アセチルシチジン、５－ホルミルシチジン、Ｎ４－メチルシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、１－メチル－プソイドイソシチジン、４－メトキシ－プソイドイソシチジン、及び４－メトキシ－１－メチル－プソイドイソシチジン、Ｎ１－メチルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ６－メチル－２－アミノアデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６－ジメチルアデノシン、７－メチルアデニン、２－メチルチオ－アデニン、及び２－メトキシ－アデニンを含む。
［００３８］ いくつかの実施態様では、工程（ａ）は、キャッピング酵素を提供することをさらに含む。いくつかの実施態様では、転写されたＲＮＡの単離及び精製は、カラム精製を含む。
［００３９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン８（ＩＬ－８）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。
［００４０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。
［００４１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン１７（ＩＬ－１７）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インターロイキン４（ＩＬ－４）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。
［００４２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インターロイキン４（ＩＬ－４）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。
［００４３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）及びインターロイキン１７（ＩＬ－１７）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インターロイキン４（ＩＬ－４）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも２、３、４、５、若しくは６つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。
［００４４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、配列番号１～８からなる群から選択される核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。
［００４５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）インターフェロンベータ（ＩＦＮ－ベータ）をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号２９又は３０（化合物Ｂ１又はＢ２）に記載の配列を含む。
［００４６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３１（化合物Ｂ３）に記載の配列を含む。
［００４７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３２（化合物Ｂ４）に記載の配列を含む。
［００４８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３３（化合物Ｂ５）に記載の配列を含む。
［００４９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３４又は３５（化合物Ｂ６又はＢ７）に記載の配列を含む。
［００５０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、そのような組成物、例えば、化合物Ｂ８（配列番号３６）を含む組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３６に記載の配列を含む。
［００５１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３７又は３９（化合物Ｂ９又はＢ１１）に記載の配列を含む。
［００５２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３８（化合物Ｂ１０）に記載の配列を含む。
［００５３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ１２（配列番号４０）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。特定の態様では、化合物Ｂ１３（配列番号４１）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳ－ＣｏＶによる感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４０、４１、及び４２（化合物Ｂ１２、Ｂ１３、及びＢ１４）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［００５４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡは、天然のＩＦＮ－ベータシグナルペプチド、又は修飾シグナルペプチドをコードする。関連する態様では、修飾ＩＦＮ－ベータシグナルペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＰ１又はＳＰ２である（それぞれ、配列番号５２及び５４）。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４３、４４、及び４５（化合物Ｂ１５、Ｂ１６、及びＢ１７）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［００５５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４６（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号１９０（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。
［００５６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４７（化合物Ｂ１９）に記載の配列を含む。
［００５７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）インターフェロンベータ（ＩＦＮ－ベータ）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号２９又は３０に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００５８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３１に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００５９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３２に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３３に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３４又は３５に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、そのような組成物、例えば、化合物Ｂ８（配列番号３６）を含む組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３６に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３７又は３９に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組換えＲＮＡ構築物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３８に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ１２（配列番号４０）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＭＥＲＳ、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。特定の態様では、化合物Ｂ１３（配列番号４１）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳによる感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４０、４１及び４２のいずれか１つに記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡは、天然のＩＦＮ－ベータシグナルペプチド、又は修飾シグナルペプチドをコードする。関連する態様では、修飾ＩＦＮ－ベータシグナルペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＰ１又はＳＰ２である（それぞれ、配列番号５２及び５４）。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４３、４４及び４５のいずれか１つに記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４６に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００６８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。
［００６９］ 関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４７に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［００７０］ いくつかの態様では、本発明は、配列番号２９～４７からなる群から選択される配列によってコードされる核酸配列を含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を提供する。
［００７１］ いくつかの実施態様では、本発明のポリ核酸構築物は、（ｉ）ＩＬ－８ ｍＲＮＡ、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡ、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡ、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ（ポリプロテインＰＰ１ａｂ、例えば、非コード領域にあるもの、又は以下：ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２非構造タンパク質（ＮＳＰ）、Ｎｓｐ１、Ｎｓｐ３（Ｎｓｐ３ｂ、Ｎｓｐ３ｃ、ＰＬｐｒｏ、及びＮｓｐ３ｅ）、Ｎｓｐ７＿Ｎｓｐ８複合体、Ｎｓｐ９－Ｎｓｐ１０、及びＮｓｐ１４－Ｎｓｐ１６、３ＣＬｐｒｏ、Ｅチャネル（Ｅタンパク質）、ＯＲＦ７ａ、Ｃ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＣＲＢＤ）、Ｎ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＮＲＢＤ）、ヘリカーゼ、及びＲｄＲｐから選択されるタンパク質をコードする場所）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓ）ｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）ｍＲＮＡ、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）ｍＲＮＡ、インターロイキンｍＲＮＡ（インターロイキン１（例：ＩＬ－１アルファ、ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、インターロイキン１８（ＩＬ－１８）、インターロイキン３６－アルファ（ＩＬ－３６－アルファ）、インターロイキン３６－ベータ（ＩＬ－３６－ベータ）、インターロイキン３６－ガンマ（ＩＬ－３６－ガンマ）、インターロイキン３３（ＩＬ－３３）を含むがこれらに限定されない）、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）ｍＲＮＡ、膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）ｍＲＮＡ、及びコードＮＳＰ１２及び１３ＲＮＡから選択されるＲＮＡを標的とするｓｉＲＮＡ；並びに（ｉｉ）過剰発現されるタンパク質をコードする少なくとも１つの目的の遺伝子、又はコードする少なくとも１つのｍＲＮＡを含み、ここで前記タンパク質は、ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＧＦ－１（本明細書の他の場所に記載されているその誘導体を含む）、カルボキシペプチダーゼ（例えば、ＡＣＥ、ＡＣＥ２、ＣＮＤＰ１、ＣＰＡ１、ＣＰＡ２、ＣＰＡ４、ＣＰＡ５、ＣＰＡ６、ＣＰＢ１、ＣＰＢ２、ＣＰＥ、ＣＰＮ１、ＣＰＱ、ＣＰＸＭ１、ＣＰＺ、ＳＣＰＥＰ１）；サイトカイン（例えば、ＢＭＰ１、ＢＭＰ１０、ＢＭＰ１５、ＢＭＰ２、ＢＭＰ３、ＢＭＰ４、ＢＭＰ５、ＢＭＰ６、ＢＭＰ７、ＢＭＰ８Ａ、ＢＭＰ８Ｂ、Ｃ１ＱＴＮＦ４、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３Ｌ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ４Ｌ、ＣＣＬ４Ｌ２、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＥＲ１、ＣＫＬＦ、ＣＬＣＦ１、ＣＮＴＦ、ＣＳＦ１、ＣＳＦ２、ＣＳＦ３、ＣＴＦ１、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ２、ＤＫＫ３、ＤＫＫ４、ＥＤＡ、ＥＢＩ３、ＦＡＭ３Ｂ、ＦＡＭ３Ｃ、ＦＡＳＬＧ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＤＦ１、ＧＤＦ１０、ＧＤＦ１１、ＧＤＦ１５、ＧＤＦ２、ＧＤＦ３、ＧＤＦ５、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７、ＧＤＦ９、ＧＰＩ、ＧＲＥＭ１、ＧＲＥＭ２、ＧＲＮ、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ１３、ＩＦＮＡ１０、ＩＦＮＡ１４、ＩＦＮＡ１６、ＩＦＮＡ１７、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ２１、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡ５、ＩＦＮＡ６、ＩＦＮＡ７、ＩＦＮＡ８、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＧ、ＩＦＮＫ、ＩＦＮＬ１、ＩＦＮＬ２、ＩＦＮＬ３、ＩＦＮＬ４、ＩＦＮＷ１、ＩＬ１０、ＩＬ１１、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１３、ＩＬ１５、ＩＬ１６、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１７Ｂ、ＩＬ１７Ｃ、ＩＬ１７Ｄ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ１８、ＩＬ１９、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１Ｆ１０、ＩＬ２、ＩＬ２０、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３Ａ、ＩＬ２４、ＩＬ２５、ＩＬ２６、ＩＬ２７、ＩＬ３、ＩＬ３１、ＩＬ３２、ＩＬ３３、ＩＬ３４、ＩＬ３６Ａ、ＩＬ３６Ｂ、ＩＬ３６Ｇ、ＩＬ３６ＲＮ、ＩＬ３７、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ７、ＩＬ９、ＬＥＦＴＹ１、ＬＥＦＴＹ２、ＬＩＦ、ＬＴＡ、ＭＩＦ、ＭＳＴＮ、ＮＡＭＰＴ、ＮＯＤＡＬ、ＯＳＭ、ＰＦ４、ＰＦ４Ｖ１、ＳＣＧＢ３Ａ１、ＳＥＣＴＭ１、ＳＬＵＲＰ１、ＳＰＰ１、ＴＨＮＳＬ２、ＴＨＰＯ、ＴＮＦ、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＮＦＳＦ１３、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ１５、ＴＳＬＰ、ＶＳＴＭ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１６、ＷＮＴ２、ＷＮＴ２Ｂ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ３Ａ、ＷＮＴ４、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ５Ｂ、ＷＮＴ６、ＷＮＴ７Ａ、ＷＮＴ７Ｂ、ＷＮＴ８Ａ、ＷＮＴ８Ｂ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ｂ、ＸＣＬ１、及びＸＣＬ２）；細胞外リガンド及びトランスポーター（例えば、ＡＰＣＳ、ＣＨＩ３Ｌ１、ＣＨＩ３Ｌ２、ＣＬＥＣ３Ｂ、ＤＭＢＴ１、ＤＭＫＮ、ＥＤＤＭ３Ａ、ＥＤＤＭ３Ｂ、ＥＦＮＡ４、ＥＭＣ１０、ＥＮＡＭ、ＥＰＹＣ、ＥＲＶＨ４８－１、Ｆ１３Ｂ、ＦＣＮ１、ＦＣＮ２、ＧＬＤＮ、ＧＰＬＤ１、ＨＥＧ１、ＩＴＦＧ１、ＫＡＺＡＬＤ１、ＫＣＰ、ＬＡＣＲＴ、ＬＥＧ１、ＭＥＴＲＮ、ＮＯＴＣＨ２ＮＬ、ＮＰＮＴ、ＯＬＦＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＲＢ２、ＰＳＡＰ、ＰＳＡＰＬ１、ＰＳＧ１、ＰＳＧ６、ＰＳＧ９、ＰＴＸ３、ＰＴＸ４、ＲＢＰ４、ＲＮＡＳＥ１０、ＲＮＡＳＥ１２、ＲＮＡＳＥ１３、ＲＮＡＳＥ９、ＲＳＰＲＹ１、ＲＴＢＤＮ、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ１３、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、ＳＡＡ２、ＳＡＡ４、ＳＣＧ１、ＳＣＧ２、ＳＣＧ３、ＳＣＧＢ１Ｃ１、ＳＣＧＢ１Ｃ２、ＳＣＧＢ１Ｄ１、ＳＣＧＢ１Ｄ２、ＳＣＧＢ１Ｄ４、ＳＣＧＢ２Ｂ２、ＳＣＧＢ３Ａ２、ＳＣＧＮ、ＳＣＲＧ１、ＳＣＵＢＥ１、ＳＣＵＢＥ２、ＳＣＵＢＥ３、ＳＤＣＢＰ、ＳＥＬＥＮＯＰ、ＳＦＴＡ２、ＳＦＴＡ３、ＳＦＴＰＡ１、ＳＦＴＰＡ２、ＳＦＴＰＣ、ＳＦＴＰＤ、ＳＨＢＧ、ＳＬＵＲＰ２、ＳＭＯＣ１、ＳＭＯＣ２、ＳＭＲ３Ａ、ＳＭＲ３Ｂ、ＳＮＣＡ、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＯＧＡ１、ＳＰＡＲＣ、ＳＰＡＲＣＬ１、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＲＰＸ２、ＳＳＣ４Ｄ、ＳＴＸ１Ａ、ＳＵＳＤ４、ＳＶＢＰ、ＴＣＮ１、ＴＣＮ２、ＴＣＴＮ１、ＴＦ、ＴＵＬＰ３、ＴＦＦ２、ＴＦＦ３、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＩＮＡＧ、ＴＩＮＡＧＬ１、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ２５、ＶＷＣ２Ｌ）；細胞外マトリックスタンパク質（例えば、ＡＢＩ３ＢＰ、ＡＧＲＮ、ＣＣＢＥ１、ＣＨＬ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＤＭＢＴ１、ＤＲＡＸＩＮ、ＥＤＩＬ３、ＥＬＮ、ＥＭＩＤ１、ＥＭＩＬＩＮ１、ＥＭＩＬＩＮ２、ＥＭＩＬＩＮ３、ＥＰＤＲ１、ＦＢＬＮ１、ＦＢＬＮ２、ＦＢＬＮ５、ＦＬＲＴ１、ＦＬＲＴ２、ＦＬＲＴ３、ＦＲＥＭ１、ＧＬＤＮ、ＩＢＳＰ、ＫＥＲＡ、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＲＲＥＬ３、ＫＲＴ１０、ＬＡＭＢ２、ＭＧＰ、ＲＰＴＮ、ＳＢＳＰＯＮ、ＳＤＣ１、ＳＤＣ４、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｄ、ＳＥＭＡ３Ｅ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ３Ｇ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＬＩＴ１、ＳＬＩＴ２、ＳＬＩＴ３、ＳＬＩＴＲＫ１、ＳＮＥＤ１、ＳＮＯＲＣ、ＳＰＡＣＡ３、ＳＰＡＣＡ７、ＳＰＯＮ１、ＳＰＯＮ２、ＳＴＡＴＨ、ＳＶＥＰ１、ＴＥＣＴＡ、ＴＥＣＴＢ、ＴＮＣ、ＴＮＮ、ＴＮＲ、ＴＮＸＢ）；グルコシダーゼ（ＡＭＹ１Ａ、ＡＭＹ１Ｂ、ＡＭＹ１Ｃ、ＡＭＹ２Ａ、ＡＭＹ２Ｂ、ＣＥＭＩＰ、ＣＨＩＡ、ＣＨＩＴ１、ＦＵＣＡ２、ＧＬＢ１Ｌ、ＧＬＢ１Ｌ２、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ３、ＫＬ、ＬＹＧ１、ＬＹＧ２、ＬＹＺＬ１、ＬＹＺＬ２、ＭＡＮ２Ｂ２、ＳＭＰＤ１、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＳＰＡＣＡ５、ＳＰＡＣＡ５Ｂ）；グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、ＡＲＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＥＸＴＬ２、ＧＡＬＮＴ１、ＧＡＬＮＴ２、ＧＬＴ１Ｄ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＳＴ３ＧＡＬ１、ＳＴ３ＧＡＬ２、ＳＴ３ＧＡＬ３、ＳＴ３ＧＡＬ４、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＸＹＬＴ１）；成長因子（例えば、ＡＭＨ、ＡＲＴＮ、ＢＴＣ、ＣＤＮＦ、ＣＦＣ１、ＣＦＣ１Ｂ、ＣＨＲＤＬ１、ＣＨＲＤＬ２、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＣＮＭＤ、ＥＦＥＭＰ１、ＥＧＦ、ＥＧＦＬ６、ＥＧＦＬ７、ＥＧＦＬ８、ＥＰＧＮ、ＥＲＥＧ、ＥＹＳ、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１６、ＦＧＦ１７、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ２、ＦＧＦ２０、ＦＧＦ２１、ＦＧＦ２２、ＦＧＦ２３、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ８、ＦＧＦ９、ＦＲＺＢ、ＧＤＮＦ、ＧＦＥＲ、ＧＫＮ１、ＨＢＥＧＦ、ＨＧＦ、ＩＧＦ－１、ＩＧＦ２、ＩＮＨＡ、ＩＮＨＢＡ、ＩＮＨＢＢ、ＩＮＨＢＣ、ＩＮＨＢＥ、ＩＮＳ、ＫＩＴＬＧ、ＭＡＮＦ、ＭＤＫ、ＭＩＡ、ＮＧＦ、ＮＯＶ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＲＧ３、ＮＲＧ４、ＮＲＴＮ、ＮＴＦ３、ＮＴＦ４、ＯＧＮ、ＰＤＧＦＡ、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、ＰＤＧＦＤ、ＰＧＦ、ＰＲＯＫ１、ＰＳＰＮ、ＰＴＮ、ＳＤＦ１、ＳＤＦ２、ＳＦＲＰ１、ＳＦＲＰ２、ＳＦＲＰ３、ＳＦＲＰ４、ＳＦＲＰ５、ＴＤＧＦ１、ＴＦＦ１、ＴＧＦＡ、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、ＴＧＦＢ３、ＴＨＢＳ４、ＴＩＭＰ１、ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦＢ、ＶＥＧＦＣ、ＶＥＧＦＤ、ＷＩＳＰ３）；成長因子結合タンパク質（例えば、ＣＨＲＤ、ＣＹＲ６１、ＥＳＭ１、ＦＧＦＢＰ１、ＦＧＦＢＰ２、ＦＧＦＢＰ３、ＨＴＲＡ１、ＧＨＢＰ、ＩＧＦＡＬＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＧＦＢＰ３、ＩＧＦＢＰ４、ＩＧＦＢＰ５、ＩＧＦＢＰ６、ＩＧＦＢＰ７、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ２、ＬＴＢＰ３、ＬＴＢＰ４、ＳＯＳＴＤＣ１、ＮＯＧ、ＴＷＳＧ１、及びＷＩＦ１）；ヘパリン結合タンパク質（例えば、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ５、ＡＮＧＰＴＬ３、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ、ＡＰＯＨ、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＭＰ、ＣＴＧＦ、ＦＢＬＮ７、ＦＮ１、ＦＳＴＬ１、ＨＲＧ、ＬＡＭＣ２、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＰＬ、ＰＣＯＬＣＥ２、ＰＯＳＴＮ、ＲＳＰＯ１、ＲＳＰＯ２、ＲＳＰＯ３、ＲＳＰＯ４、ＳＡＡ１、ＳＬＩＴ２、ＳＯＳＴ、ＴＨＢＳ１、ＶＴＮ）；ホルモン（例えば、ＡＤＣＹＡＰ１、ＡＤＩＰＯＱ、ＡＤＭ、ＡＤＭ２、ＡＮＧＰＴＬ８、ＡＰＥＬＡ、ＡＰＬＮ、ＡＶＰ、Ｃ１ＱＴＮＦ１２、Ｃ１ＱＴＮＦ９、ＣＡＬＣＡ、ＣＡＬＣＢ、ＣＣＫ、ＣＧＡ、ＣＧＢ１、ＣＧＢ２、ＣＧＢ３、ＣＧＢ５、ＣＧＢ８、ＣＯＰＡ、ＣＯＲＴ、ＣＲＨ、ＣＳＨ１、ＣＳＨ２、ＣＳＨＬ１、ＥＮＨＯ、ＥＰＯ、ＥＲＦＥ、ＦＢＮ１、ＦＮＤＣ５、ＦＳＨＢ、ＧＡＬ、ＧＡＳＴ、ＧＣＧ、ＧＨ、ＧＨ１、ＧＨ２、ＧＨＲＨ、ＧＨＲＬ、ＧＩＰ、ＧＮＲＨ１、ＧＮＲＨ２、ＧＰＨＡ２、ＧＰＨＢ５、ＩＡＰＰ、ＩＮＳ、ＩＮＳＬ３、ＩＮＳＬ４、ＩＮＳＬ５、ＩＮＳＬ６、ＬＨＢ、ＭＥＴＲＮＬ、ＭＬＮ、ＮＰＰＡ、ＮＰＰＢ、ＮＰＰＣ、ＯＳＴＮ、ＯＸＴ、ＰＭＣＨ、ＰＰＹ、ＰＲＬ、ＰＲＬＨ、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨ、ＰＹＹ、ＲＥＴＮ、ＲＥＴＮＬＢ、ＲＬＮ１、ＲＬＮ２、ＲＬＮ３、ＳＣＴ、ＳＰＸ、ＳＳＴ、ＳＴＣ１、ＳＴＣ２、ＴＧ、ＴＯＲ２Ａ、ＴＲＨ、ＴＳＨＢ、ＴＴＲ、ＵＣＮ、ＵＣＮ２、ＵＣＮ３、ＵＴＳ２、ＵＴＳ２Ｂ、及びＶＩＰ）；ハイドロラーゼ（例えば、ＡＡＤＡＣＬ２、ＡＢＨＤ１５、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ１、ＡＯＡＨ、ＡＲＳＦ、ＡＲＳＩ、ＡＲＳＪ、ＡＲＳＫ、ＢＴＤ、ＣＨＩ３Ｌ２、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ２、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ５、ＥＮＴＰＤ５、
ＥＮＴＰＤ６、ＧＢＰ１、ＧＧＨ、ＧＰＬＤ１、ＨＰＳＥ、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＦ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＩＰＫ、ＬＩＰＭ、ＬＩＰＮ、ＬＰＬ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１Ｂ、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｅ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｆ、ＰＬＡ２Ｇ３、ＰＬＡ２Ｇ５、ＰＬＡ２Ｇ７、ＰＮＬＩＰ、ＰＮＬＩＰＲＰ２、ＰＮＬＩＰＲＰ３、ＰＯＮ１、ＰＯＮ３、ＰＰＴ１、ＳＭＰＤＬ３Ａ、ＴＨＥＭ６、ＴＨＳＤ１、及びＴＨＳＤ４）；免疫グロブリン（例えば、ＩＧＳＦ１０、ＩＧＫＶ１－１２、ＩＧＫＶ１－１６、ＩＧＫＶ１－３３、ＩＧＫＶ１－６、ＩＧＫＶ１Ｄ－１２、ＩＧＫＶ１Ｄ－３９、ＩＧＫＶ１Ｄ－８、ＩＧＫＶ２－３０、ＩＧＫＶ２Ｄ－３０、ＩＧＫＶ３－１１、ＩＧＫＶ３Ｄ－２０、ＩＧＫＶ５－２、ＩＧＬＣ１、ＩＧＬＣ２、ＩＧＬＣ３）；イソメラーゼ（例えば、ＮＡＸＥ、ＰＰＩＡ、ＰＴＧＤＳ）；キナーゼ（例えば、ＡＤＣＫ１、ＡＤＰＧＫ、ＦＡＭ２０Ｃ、ＩＣＯＳ、ＰＫＤＣＣ）；リアーゼ（例えば、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＡＭ、ＣＡ６）；金属酵素阻害剤（例えば、ＦＥＴＵＢ、ＳＰＯＣＫ３、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、ＴＩＭＰ４、ＷＦＩＫＫＮ１、ＷＦＩＫＫＮ２）；メタロプロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ９、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ１０、ＡＤＡＭＴＳ１２、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＤＡＭＴＳ１４、ＡＤＡＭＴＳ１５、ＡＤＡＭＴＳ１６、ＡＤＡＭＴＳ１７、ＡＤＡＭＴＳ１８、ＡＤＡＭＴＳ１９、ＡＤＡＭＴＳ２、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＤＡＭＴＳ３、ＡＤＡＭＴＳ４、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＤＡＭＴＳ６、ＡＤＡＭＴＳ７、ＡＤＡＭＴＳ８、ＡＤＡＭＴＳ９、ＣＬＣＡ１、ＣＬＣＡ２、ＣＬＣＡ４、ＩＤＥ、ＭＥＰ１Ｂ、ＭＭＥＬ１、ＭＭＰ１、ＭＭＰ１０、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１２、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ１７、ＭＭＰ１９、ＭＭＰ２、ＭＭＰ２０、ＭＭＰ２１、ＭＭＰ２４、ＭＭＰ２５、ＭＭＰ２６、ＭＭＰ２８、ＭＭＰ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＰＡＰＰＡ、ＰＡＰＰＡ２、ＴＬＬ１、ＴＬＬ２）；乳タンパク質（例えば、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ２、ＣＳＮ３、ＬＡＬＢＡ）；神経活性タンパク質（例えば、ＣＡＲＴＰＴ、ＮＭＳ、ＮＭＵ、ＮＰＢ、ＮＰＦＦ、ＮＰＳ、ＮＰＶＦ、ＮＰＷ、ＮＰＹ、ＰＣＳＫ１Ｎ、ＰＤＹＮ、ＰＥＮＫ、ＰＮＯＣ、ＰＯＭＣ、ＰＲＯＫ２、ＰＴＨ２、ＰＹＹ２、ＰＹＹ３、ＱＲＦＰ、ＴＡＣ１、及びＴＡＣ３）；プロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭＴＳ６、Ｃ１Ｒ、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２、ＣＡＳＰ４、ＣＥＬＡ１、ＣＥＬＡ２Ａ、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＦＢ、ＣＦＤ、ＣＦＩ、ＣＭＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＣＴＲＢ１、ＣＴＲＢ２、ＣＴＳＢ、ＣＴＳＤ、ＤＨＨ、Ｆ１０、Ｆ１１、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ３、Ｆ７、Ｆ８、Ｆ９、ＦＡＰ、ＦＵＲＩＮ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＫ、ＧＺＭＭ、ＨＡＢＰ２、ＨＧＦＡＣ、ＨＴＲＡ３、ＨＴＲＡ４、ＩＨＨ、ＫＬＫ１０、ＫＬＫ１１、ＫＬＫ１２、ＫＬＫ１３、ＫＬＫ１４、ＫＬＫ１５、ＫＬＫ３、ＫＬＫ４、ＫＬＫ５、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７、ＫＬＫ８、ＫＬＫ９、ＫＬＫＢ１、ＭＡＳＰ１、ＭＡＳＰ２、ＭＳＴ１Ｌ、ＮＡＰＳＡ、ＯＶＣＨ１、ＯＶＣＨ２、ＰＣＳＫ２、ＰＣＳＫ５、ＰＣＳＫ６、ＰＣＳＫ９、ＰＧＡ３、ＰＧＡ４、ＰＧＡ５、ＰＧＣ、ＰＬＡＴ、ＰＬＡＵ、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＳＳ１、ＰＲＳＳ１２、ＰＲＳＳ２、ＰＲＳＳ２２、ＰＲＳＳ２３、ＰＲＳＳ２７、ＰＲＳＳ２９Ｐ、ＰＲＳＳ３、ＰＲＳＳ３３、ＰＲＳＳ３６、ＰＲＳＳ３８、ＰＲＳＳ３Ｐ２、ＰＲＳＳ４２、ＰＲＳＳ４４、ＰＲＳＳ４７、ＰＲＳＳ４８、ＰＲＳＳ５３、ＰＲＳＳ５７、ＰＲＳＳ５８、ＰＲＳＳ８、ＰＲＴＮ３、ＲＥＬＮ、ＲＥＮ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＴＰＳＢ２、ＴＰＳＤ１）；プロテアーゼ阻害剤（例えば、Ａ２Ｍ、Ａ２ＭＬ１、ＡＭＢＰ、ＡＮＯＳ１、ＣＯＬ２８Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＰＡＭＤ８、ＣＳＴ１、ＣＳＴ２、ＣＳＴ３、ＣＳＴ４、ＣＳＴ５、ＣＳＴ６、ＣＳＴ７、ＣＳＴ８、ＣＳＴ９、ＣＳＴ９Ｌ、ＣＳＴ９ＬＰ１、ＣＳＴＬ１、ＥＰＰＩＮ、ＧＰＣ３、ＨＭＳＤ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＩＴＩＨ４、ＩＴＩＨ５、ＩＴＩＨ６、ＫＮＧ１、ＯＰＲＰＮ、ＯＶＯＳ１、ＯＶＯＳ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＩ１５、ＰＩ１６、ＰＩ３、ＰＺＰ、Ｒ３ＨＤＭＬ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＥＲＰＩＮＡ１１、ＳＥＲＰＩＮＡ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１３Ｐ、ＳＥＲＰＩＮＡ３、ＳＥＲＰＩＮＡ４、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＥＲＰＩＮＡ７、ＳＥＲＰＩＮＡ９、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＥＲＰＩＮＥ３、ＳＥＲＰＩＮＦ２、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＲＰＩＮＩ１、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＰＩＮＫ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＰＩＮＫ１４、ＳＰＩＮＫ２、ＳＰＩＮＫ４、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＩＮＫ６、ＳＰＩＮＫ７、ＳＰＩＮＫ８、ＳＰＩＮＫ９、ＳＰＩＮＴ１、ＳＰＩＮＴ３、ＳＰＩＮＴ４、ＳＰＯＣＫ１、ＳＰＯＣＫ２、ＳＰＰ２、ＳＳＰＯ、ＴＦＰＩ、ＴＦＰＩ２、ＷＦＤＣ１、ＷＦＤＣ１０Ａ、ＷＦＤＣ１３、ＷＦＤＣ２、ＷＦＤＣ３、ＷＦＤＣ５、ＷＦＤＣ６、ＷＦＤＣ８）；プロテインホスファターゼ（例えば、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＲＺ１）；エステラーゼ（例えば、ＢＣＨＥ、ＣＥＬ、ＣＥＳ４Ａ、ＣＥＳ５Ａ、ＮＯＴＵＭ、ＳＩＡＥ）；トランスフェラーゼ（例えば、ＭＥＴＴＬ２４、ＦＫＲＰ、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ９、Ｂ３ＧＡＴ１）；血管作用性タンパク質（例えば、ＡＧＧＦ１、ＡＧＴ、ＡＮＧＰＴ１、ＡＮＧＰＴ２、ＡＮＧＰＴＬ４、ＡＮＧＰＴＬ６、ＥＤＮ１、ＥＤＮ２、ＥＤＮ３、ＮＴＳ）、Ｉ型インターフェロン（例えば、限定されないがインターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、及びインターフェロンアルファ－２ｂを含むＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、ＩＦＮ－ω）、ＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－γ）、ＩＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－λ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－３７、ＩＬ－３８）、及び可溶性ＡＣＥ２受容体から選択される。
［００７２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって；ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物である。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ＲＮＡ又は異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、それぞれが標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、それぞれの標的ＲＮＡは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡである。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続的に含まれる。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続して存在する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない。いくつかの態様では、目的の遺伝子は、ＲＮＡスプライシングなしで発現される。いくつかの態様では、標的ＲＮＡは、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの態様では、標的ＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒ－アルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒ－ベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、アンジオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの態様では、標的ＲＮＡは、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、及び腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子又は異なる目的の遺伝子をコードする。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、それぞれがコードする２つ以上の核酸配列又は目的の遺伝子を含み、ここで、目的のそれぞれの遺伝子は、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。いくつかの態様では、目的の遺伝子は、分泌タンパク質、細胞内タンパク質、オルガネラ内タンパク質、及び膜タンパク質からなる群から選択されるタンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの態様では、目的の遺伝子は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、及びインターロイキン４（ＩＬ－４）からなる群から選択される。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結された標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含み、ここで、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む。いくつかの態様では、標的モチーフは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、さらに、ポリ（Ａ）テールをコードするか若しくは含む核酸配列、５’キャップをコードするか若しくは含む核酸配列、プロモーターをコードするか若しくは含む核酸配列、又はコザック配列をコードするか若しくは含む核酸配列を含む。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ａ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、（ｂ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれ、並びに／又は（ｃ）目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカー、２Ａペプチドリンカー、又は可動性リンカーを含む。いくつかの態様では、リンカーは、長さが少なくとも６核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約１５核酸残基である。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号１～８からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、組成物は、（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物であって；ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なる、組換えＲＮＡ構築物を含む。いくつかの態様では、組成物は、細胞における２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節することにおける使用のためのものである。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続的に含まれる。いくつかの態様では、組成物は、細胞における２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節することにおける使用のためのものである。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続して存在する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない。いくつかの態様では、目的の遺伝子は、ＲＮＡスプライシングなしで発現される。
［００７３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象におけるウイルス性疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、前記構築物は（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子のｍＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含み；ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物である。いくつかの態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のｍＲＮＡの発現に影響を及ぼさない、且つ／又は目的の遺伝子のｍＲＮＡに結合することができない。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ＲＮＡ又は異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列を含み、ここで、少なくとも２つの核酸配列は、同じ標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、少なくとも１つの核酸配列は、異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、各標的ＲＮＡは同じであるか、又は異なる。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、インターロイキンは、ＩＬ－１アルファ、ＩＬ－１ベータ、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、インターロイキンＩＬ－６Ｒ－ベータ、ＩＬ－１８、ＩＬ－３６－アルファ、ＩＬ－３６－ベータ；ＩＬ－３６－ガンマ、及びＩＬ－３３からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、ＩＬ－６Ｒ－ベータ、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、（ｉｉ）において、それぞれが目的の遺伝子をコードする、２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、各ｍＲＮＡは同じであるか、又は異なる。いくつかの実施態様では、少なくとも２つのｍＲＮＡは同じであり、少なくとも１つのｍＲＮＡは、少なくとも２つの同じｍＲＮＡとは異なる。いくつかの実施態様では、（ｉｉ）の目的の遺伝子は、ＩＦＮアルファ－ｎ３、ＩＦＮアルファ－２ａ、ＩＦＮアルファ－２ｂ、ＩＦＮベータ－１ａ、ＩＦＮベータ－１ｂ、ＡＣＥ２可溶性受容体、ＩＬ－３７、及びＩＬ－３８をコードする遺伝子の群から選択される。いくつかの実施態様では、（ｉｉ）の目的の遺伝子は、ＩＦＮベータ及びＡＣＥ２可溶性受容体をコードする遺伝子の群から選択される。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、目的の遺伝子のｍＲＮＡをコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結された標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含み、ここで、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、さらに、ポリ（Ａ）テールをコードするか若しくは含む核酸配列、５’キャップをコードするか若しくは含む核酸配列、プロモーターをコードするか若しくは含む核酸配列、又はコザック配列をコードするか若しくは含む核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ａ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、（ｂ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む２つ以上の核酸配列のそれぞれ、並びに／又は（ｃ）目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカー、２Ａペプチドリンカー、又は可動性リンカーを含む。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが少なくとも６核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約１５核酸残基である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、遺伝子治療に適したベクターである。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号２９～４７からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、組成物は、（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物であって；ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なる、組換えＲＮＡ構築物を含む。いくつかの実施態様では、組成物は、細胞における２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節することにおける使用のためのものである。いくつかの実施態様では、組成物は、対象におけるウイルス性疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続的に含まれる。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続して存在する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない。いくつかの態様では、目的の遺伝子は、ＲＮＡスプライシングなしで発現される。
［００７４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子のｍＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含む、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であり；ここで、（ｉ）の標的ＲＮＡは（ｉｉ）のｍＲＮＡとは異なる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のｍＲＮＡの発現に影響を及ぼさない、且つ／又は目的の遺伝子のｍＲＮＡに結合することができない。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ＲＮＡ又は異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列を含み、ここで、少なくとも２つの核酸配列は、同じ標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、少なくとも１つの核酸配列は、異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、各標的ＲＮＡは同じであるか、又は異なる。いくつかの実施態様では、標的は、（ｉ）ＩＬ－８ ｍＲＮＡ、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡ、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡ、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ（ポリプロテインＰＰ１ａｂ、例えば、非コード領域にあるもの、又は以下：ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２非構造タンパク質（ＮＳＰ）、Ｎｓｐ１、Ｎｓｐ３（Ｎｓｐ３ｂ、Ｎｓｐ３ｃ、ＰＬｐｒｏ、及びＮｓｐ３ｅ）、Ｎｓｐ７＿Ｎｓｐ８複合体、Ｎｓｐ９－Ｎｓｐ１０、及びＮｓｐ１４－Ｎｓｐ１６、３ＣＬｐｒｏ、Ｅチャネル（Ｅタンパク質）、ＯＲＦ７ａ、Ｃ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＣＲＢＤ）、Ｎ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＮＲＢＤ）、ヘリカーゼ、及びＲｄＲｐから選択されるタンパク質をコードする場所）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓ）ｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）ｍＲＮＡ、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）ｍＲＮＡ、インターロイキンｍＲＮＡ（インターロイキン１（例：ＩＬ－１アルファ、ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、インターロイキン１８（ＩＬ－１８）、インターロイキン３６－アルファ（ＩＬ－３６－アルファ）、インターロイキン３６－ベータ（ＩＬ－３６－ベータ）、インターロイキン３６－ガンマ（ＩＬ－３６－ガンマ）、インターロイキン３３（ＩＬ－３３）を含むがこれらに限定されない）、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）ｍＲＮＡ、膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）ｍＲＮＡ、及びコードＮＳＰ１２及び１３ＲＮＡからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、（ｉｉ）において、それぞれが目的の遺伝子のｍＲＮＡをコードする、２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、各ｍＲＮＡは同じであるか、又は異なる。いくつかの実施態様では、少なくとも２つのｍＲＮＡは同じであり、少なくとも１つのｍＲＮＡは、少なくとも２つの同じｍＲＮＡとは異なる。いくつかの実施態様では、（ｉｉ）の目的の遺伝子は、ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＧＦ－１（本明細書の他の場所に記載されているその誘導体を含む）、カルボキシペプチダーゼ（例えば、ＡＣＥ、ＡＣＥ２、ＣＮＤＰ１、ＣＰＡ１、ＣＰＡ２、ＣＰＡ４、ＣＰＡ５、ＣＰＡ６、ＣＰＢ１、ＣＰＢ２、ＣＰＥ、ＣＰＮ１、ＣＰＱ、ＣＰＸＭ１、ＣＰＺ、ＳＣＰＥＰ１）；サイトカイン（例えば、ＢＭＰ１、ＢＭＰ１０、ＢＭＰ１５、ＢＭＰ２、ＢＭＰ３、ＢＭＰ４、ＢＭＰ５、ＢＭＰ６、ＢＭＰ７、ＢＭＰ８Ａ、ＢＭＰ８Ｂ、Ｃ１ＱＴＮＦ４、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３Ｌ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ４Ｌ、ＣＣＬ４Ｌ２、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＥＲ１、ＣＫＬＦ、ＣＬＣＦ１、ＣＮＴＦ、ＣＳＦ１、ＣＳＦ２、ＣＳＦ３、ＣＴＦ１、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ２、ＤＫＫ３、ＤＫＫ４、ＥＤＡ、ＥＢＩ３、ＦＡＭ３Ｂ、ＦＡＭ３Ｃ、ＦＡＳＬＧ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＤＦ１、ＧＤＦ１０、ＧＤＦ１１、ＧＤＦ１５、ＧＤＦ２、ＧＤＦ３、ＧＤＦ５、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７、ＧＤＦ９、ＧＰＩ、ＧＲＥＭ１、ＧＲＥＭ２、ＧＲＮ、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ１３、ＩＦＮＡ１０、ＩＦＮＡ１４、ＩＦＮＡ１６、ＩＦＮＡ１７、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ２１、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡ５、ＩＦＮＡ６、ＩＦＮＡ７、ＩＦＮＡ８、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＧ、ＩＦＮＫ、ＩＦＮＬ１、ＩＦＮＬ２、ＩＦＮＬ３、ＩＦＮＬ４、ＩＦＮＷ１、ＩＬ１０、ＩＬ１１、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１３、ＩＬ１５、ＩＬ１６、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１７Ｂ、ＩＬ１７Ｃ、ＩＬ１７Ｄ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ１８、ＩＬ１９、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１Ｆ１０、ＩＬ２、ＩＬ２０、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３Ａ、ＩＬ２４、ＩＬ２５、ＩＬ２６、ＩＬ２７、ＩＬ３、ＩＬ３１、ＩＬ３２、ＩＬ３３、ＩＬ３４、ＩＬ３６Ａ、ＩＬ３６Ｂ、ＩＬ３６Ｇ、ＩＬ３６ＲＮ、ＩＬ３７、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ７、ＩＬ９、ＬＥＦＴＹ１、ＬＥＦＴＹ２、ＬＩＦ、ＬＴＡ、ＭＩＦ、ＭＳＴＮ、ＮＡＭＰＴ、ＮＯＤＡＬ、ＯＳＭ、ＰＦ４、ＰＦ４Ｖ１、ＳＣＧＢ３Ａ１、ＳＥＣＴＭ１、ＳＬＵＲＰ１、ＳＰＰ１、ＴＨＮＳＬ２、ＴＨＰＯ、ＴＮＦ、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＮＦＳＦ１３、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ１５、ＴＳＬＰ、ＶＳＴＭ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１６、ＷＮＴ２、ＷＮＴ２Ｂ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ３Ａ、ＷＮＴ４、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ５Ｂ、ＷＮＴ６、ＷＮＴ７Ａ、ＷＮＴ７Ｂ、ＷＮＴ８Ａ、ＷＮＴ８Ｂ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ｂ、ＸＣＬ１、及びＸＣＬ２）；細胞外リガンド及びトランスポーター（例えば、ＡＰＣＳ、ＣＨＩ３Ｌ１、ＣＨＩ３Ｌ２、ＣＬＥＣ３Ｂ、ＤＭＢＴ１、ＤＭＫＮ、ＥＤＤＭ３Ａ、ＥＤＤＭ３Ｂ、ＥＦＮＡ４、ＥＭＣ１０、ＥＮＡＭ、ＥＰＹＣ、ＥＲＶＨ４８－１、Ｆ１３Ｂ、ＦＣＮ１、ＦＣＮ２、ＧＬＤＮ、ＧＰＬＤ１、ＨＥＧ１、ＩＴＦＧ１、ＫＡＺＡＬＤ１、ＫＣＰ、ＬＡＣＲＴ、ＬＥＧ１、ＭＥＴＲＮ、ＮＯＴＣＨ２ＮＬ、ＮＰＮＴ、ＯＬＦＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＲＢ２、ＰＳＡＰ、ＰＳＡＰＬ１、ＰＳＧ１、ＰＳＧ６、ＰＳＧ９、ＰＴＸ３、ＰＴＸ４、ＲＢＰ４、ＲＮＡＳＥ１０、ＲＮＡＳＥ１２、ＲＮＡＳＥ１３、ＲＮＡＳＥ９、ＲＳＰＲＹ１、ＲＴＢＤＮ、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ１３、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、ＳＡＡ２、ＳＡＡ４、ＳＣＧ１、ＳＣＧ２、ＳＣＧ３、ＳＣＧＢ１Ｃ１、ＳＣＧＢ１Ｃ２、ＳＣＧＢ１Ｄ１、ＳＣＧＢ１Ｄ２、ＳＣＧＢ１Ｄ４、ＳＣＧＢ２Ｂ２、ＳＣＧＢ３Ａ２、ＳＣＧＮ、ＳＣＲＧ１、ＳＣＵＢＥ１、ＳＣＵＢＥ２、ＳＣＵＢＥ３、ＳＤＣＢＰ、ＳＥＬＥＮＯＰ、ＳＦＴＡ２、ＳＦＴＡ３、ＳＦＴＰＡ１、ＳＦＴＰＡ２、ＳＦＴＰＣ、ＳＦＴＰＤ、ＳＨＢＧ、ＳＬＵＲＰ２、ＳＭＯＣ１、ＳＭＯＣ２、ＳＭＲ３Ａ、ＳＭＲ３Ｂ、ＳＮＣＡ、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＯＧＡ１、ＳＰＡＲＣ、ＳＰＡＲＣＬ１、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＲＰＸ２、ＳＳＣ４Ｄ、ＳＴＸ１Ａ、ＳＵＳＤ４、ＳＶＢＰ、ＴＣＮ１、ＴＣＮ２、ＴＣＴＮ１、ＴＦ、ＴＵＬＰ３、ＴＦＦ２、ＴＦＦ３、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＩＮＡＧ、ＴＩＮＡＧＬ１、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ２５、ＶＷＣ２Ｌ）；細胞外マトリックスタンパク質（例えば、ＡＢＩ３ＢＰ、ＡＧＲＮ、ＣＣＢＥ１、ＣＨＬ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＤＭＢＴ１、ＤＲＡＸＩＮ、ＥＤＩＬ３、ＥＬＮ、ＥＭＩＤ１、ＥＭＩＬＩＮ１、ＥＭＩＬＩＮ２、ＥＭＩＬＩＮ３、ＥＰＤＲ１、ＦＢＬＮ１、ＦＢＬＮ２、ＦＢＬＮ５、ＦＬＲＴ１、ＦＬＲＴ２、ＦＬＲＴ３、ＦＲＥＭ１、ＧＬＤＮ、ＩＢＳＰ、ＫＥＲＡ、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＲＲＥＬ３、ＫＲＴ１０、ＬＡＭＢ２、ＭＧＰ、ＲＰＴＮ、ＳＢＳＰＯＮ、ＳＤＣ１、ＳＤＣ４、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｄ、ＳＥＭＡ３Ｅ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ３Ｇ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＬＩＴ１、ＳＬＩＴ２、ＳＬＩＴ３、ＳＬＩＴＲＫ１、ＳＮＥＤ１、ＳＮＯＲＣ、ＳＰＡＣＡ３、ＳＰＡＣＡ７、ＳＰＯＮ１、ＳＰＯＮ２、ＳＴＡＴＨ、ＳＶＥＰ１、ＴＥＣＴＡ、ＴＥＣＴＢ、ＴＮＣ、ＴＮＮ、ＴＮＲ、ＴＮＸＢ）；グルコシダーゼ（ＡＭＹ１Ａ、ＡＭＹ１Ｂ、ＡＭＹ１Ｃ、ＡＭＹ２Ａ、ＡＭＹ２Ｂ、ＣＥＭＩＰ、ＣＨＩＡ、ＣＨＩＴ１、ＦＵＣＡ２、ＧＬＢ１Ｌ、ＧＬＢ１Ｌ２、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ３、ＫＬ、ＬＹＧ１、ＬＹＧ２、ＬＹＺＬ１、ＬＹＺＬ２、ＭＡＮ２Ｂ２、ＳＭＰＤ１、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＳＰＡＣＡ５、ＳＰＡＣＡ５Ｂ）；グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、ＡＲＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＥＸＴＬ２、ＧＡＬＮＴ１、ＧＡＬＮＴ２、ＧＬＴ１Ｄ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＳＴ３ＧＡＬ１、ＳＴ３ＧＡＬ２、ＳＴ３ＧＡＬ３、ＳＴ３ＧＡＬ４、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＸＹＬＴ１）；成長因子（例えば、ＡＭＨ、ＡＲＴＮ、ＢＴＣ、ＣＤＮＦ、ＣＦＣ１、ＣＦＣ１Ｂ、ＣＨＲＤＬ１、ＣＨＲＤＬ２、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＣＮＭＤ、ＥＦＥＭＰ１、ＥＧＦ、ＥＧＦＬ６、ＥＧＦＬ７、ＥＧＦＬ８、ＥＰＧＮ、ＥＲＥＧ、ＥＹＳ、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１６、ＦＧＦ１７、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ２、ＦＧＦ２０、ＦＧＦ２１、ＦＧＦ２２、ＦＧＦ２３、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ８、ＦＧＦ９、ＦＲＺＢ、ＧＤＮＦ、ＧＦＥＲ、ＧＫＮ１、ＨＢＥＧＦ、ＨＧＦ、ＩＧＦ－１、ＩＧＦ２、ＩＮＨＡ、ＩＮＨＢＡ、ＩＮＨＢＢ、ＩＮＨＢＣ、ＩＮＨＢＥ、ＩＮＳ、ＫＩＴＬＧ、ＭＡＮＦ、ＭＤＫ、ＭＩＡ、ＮＧＦ、ＮＯＶ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＲＧ３、ＮＲＧ４、ＮＲＴＮ、ＮＴＦ３、ＮＴＦ４、ＯＧＮ、ＰＤＧＦＡ、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、ＰＤＧＦＤ、ＰＧＦ、ＰＲＯＫ１、ＰＳＰＮ、ＰＴＮ、ＳＤＦ１、ＳＤＦ２、ＳＦＲＰ１、ＳＦＲＰ２、ＳＦＲＰ３、ＳＦＲＰ４、ＳＦＲＰ５、ＴＤＧＦ１、ＴＦＦ１、ＴＧＦＡ、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、ＴＧＦＢ３、ＴＨＢＳ４、ＴＩＭＰ１、ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦＢ、
ＶＥＧＦＣ、ＶＥＧＦＤ、ＷＩＳＰ３）；成長因子結合タンパク質（例えば、ＣＨＲＤ、ＣＹＲ６１、ＥＳＭ１、ＦＧＦＢＰ１、ＦＧＦＢＰ２、ＦＧＦＢＰ３、ＨＴＲＡ１、ＧＨＢＰ、ＩＧＦＡＬＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＧＦＢＰ３、ＩＧＦＢＰ４、ＩＧＦＢＰ５、ＩＧＦＢＰ６、ＩＧＦＢＰ７、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ２、ＬＴＢＰ３、ＬＴＢＰ４、ＳＯＳＴＤＣ１、ＮＯＧ、ＴＷＳＧ１、及びＷＩＦ１）；ヘパリン結合タンパク質（例えば、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ５、ＡＮＧＰＴＬ３、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ、ＡＰＯＨ、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＭＰ、ＣＴＧＦ、ＦＢＬＮ７、ＦＮ１、ＦＳＴＬ１、ＨＲＧ、ＬＡＭＣ２、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＰＬ、ＰＣＯＬＣＥ２、ＰＯＳＴＮ、ＲＳＰＯ１、ＲＳＰＯ２、ＲＳＰＯ３、ＲＳＰＯ４、ＳＡＡ１、ＳＬＩＴ２、ＳＯＳＴ、ＴＨＢＳ１、ＶＴＮ）；ホルモン（例えば、ＡＤＣＹＡＰ１、ＡＤＩＰＯＱ、ＡＤＭ、ＡＤＭ２、ＡＮＧＰＴＬ８、ＡＰＥＬＡ、ＡＰＬＮ、ＡＶＰ、Ｃ１ＱＴＮＦ１２、Ｃ１ＱＴＮＦ９、ＣＡＬＣＡ、ＣＡＬＣＢ、ＣＣＫ、ＣＧＡ、ＣＧＢ１、ＣＧＢ２、ＣＧＢ３、ＣＧＢ５、ＣＧＢ８、ＣＯＰＡ、ＣＯＲＴ、ＣＲＨ、ＣＳＨ１、ＣＳＨ２、ＣＳＨＬ１、ＥＮＨＯ、ＥＰＯ、ＥＲＦＥ、ＦＢＮ１、ＦＮＤＣ５、ＦＳＨＢ、ＧＡＬ、ＧＡＳＴ、ＧＣＧ、ＧＨ、ＧＨ１、ＧＨ２、ＧＨＲＨ、ＧＨＲＬ、ＧＩＰ、ＧＮＲＨ１、ＧＮＲＨ２、ＧＰＨＡ２、ＧＰＨＢ５、ＩＡＰＰ、ＩＮＳ、ＩＮＳＬ３、ＩＮＳＬ４、ＩＮＳＬ５、ＩＮＳＬ６、ＬＨＢ、ＭＥＴＲＮＬ、ＭＬＮ、ＮＰＰＡ、ＮＰＰＢ、ＮＰＰＣ、ＯＳＴＮ、ＯＸＴ、ＰＭＣＨ、ＰＰＹ、ＰＲＬ、ＰＲＬＨ、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨ、ＰＹＹ、ＲＥＴＮ、ＲＥＴＮＬＢ、ＲＬＮ１、ＲＬＮ２、ＲＬＮ３、ＳＣＴ、ＳＰＸ、ＳＳＴ、ＳＴＣ１、ＳＴＣ２、ＴＧ、ＴＯＲ２Ａ、ＴＲＨ、ＴＳＨＢ、ＴＴＲ、ＵＣＮ、ＵＣＮ２、ＵＣＮ３、ＵＴＳ２、ＵＴＳ２Ｂ、及びＶＩＰ）；ハイドロラーゼ（例えば、ＡＡＤＡＣＬ２、ＡＢＨＤ１５、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ１、ＡＯＡＨ、ＡＲＳＦ、ＡＲＳＩ、ＡＲＳＪ、ＡＲＳＫ、ＢＴＤ、ＣＨＩ３Ｌ２、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ２、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ５、ＥＮＴＰＤ５、ＥＮＴＰＤ６、ＧＢＰ１、ＧＧＨ、ＧＰＬＤ１、ＨＰＳＥ、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＦ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＩＰＫ、ＬＩＰＭ、ＬＩＰＮ、ＬＰＬ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１Ｂ、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｅ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｆ、ＰＬＡ２Ｇ３、ＰＬＡ２Ｇ５、ＰＬＡ２Ｇ７、ＰＮＬＩＰ、ＰＮＬＩＰＲＰ２、ＰＮＬＩＰＲＰ３、ＰＯＮ１、ＰＯＮ３、ＰＰＴ１、ＳＭＰＤＬ３Ａ、ＴＨＥＭ６、ＴＨＳＤ１、及びＴＨＳＤ４）；免疫グロブリン（例えば、ＩＧＳＦ１０、ＩＧＫＶ１－１２、ＩＧＫＶ１－１６、ＩＧＫＶ１－３３、ＩＧＫＶ１－６、ＩＧＫＶ１Ｄ－１２、ＩＧＫＶ１Ｄ－３９、ＩＧＫＶ１Ｄ－８、ＩＧＫＶ２－３０、ＩＧＫＶ２Ｄ－３０、ＩＧＫＶ３－１１、ＩＧＫＶ３Ｄ－２０、ＩＧＫＶ５－２、ＩＧＬＣ１、ＩＧＬＣ２、ＩＧＬＣ３）；イソメラーゼ（例えば、ＮＡＸＥ、ＰＰＩＡ、ＰＴＧＤＳ）；キナーゼ（例えば、ＡＤＣＫ１、ＡＤＰＧＫ、ＦＡＭ２０Ｃ、ＩＣＯＳ、ＰＫＤＣＣ）；リアーゼ（例えば、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＡＭ、ＣＡ６）；金属酵素阻害剤（例えば、ＦＥＴＵＢ、ＳＰＯＣＫ３、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、ＴＩＭＰ４、ＷＦＩＫＫＮ１、ＷＦＩＫＫＮ２）；メタロプロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ９、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ１０、ＡＤＡＭＴＳ１２、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＤＡＭＴＳ１４、ＡＤＡＭＴＳ１５、ＡＤＡＭＴＳ１６、ＡＤＡＭＴＳ１７、ＡＤＡＭＴＳ１８、ＡＤＡＭＴＳ１９、ＡＤＡＭＴＳ２、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＤＡＭＴＳ３、ＡＤＡＭＴＳ４、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＤＡＭＴＳ６、ＡＤＡＭＴＳ７、ＡＤＡＭＴＳ８、ＡＤＡＭＴＳ９、ＣＬＣＡ１、ＣＬＣＡ２、ＣＬＣＡ４、ＩＤＥ、ＭＥＰ１Ｂ、ＭＭＥＬ１、ＭＭＰ１、ＭＭＰ１０、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１２、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ１７、ＭＭＰ１９、ＭＭＰ２、ＭＭＰ２０、ＭＭＰ２１、ＭＭＰ２４、ＭＭＰ２５、ＭＭＰ２６、ＭＭＰ２８、ＭＭＰ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＰＡＰＰＡ、ＰＡＰＰＡ２、ＴＬＬ１、ＴＬＬ２）；乳タンパク質（例えば、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ２、ＣＳＮ３、ＬＡＬＢＡ）；神経活性タンパク質（例えば、ＣＡＲＴＰＴ、ＮＭＳ、ＮＭＵ、ＮＰＢ、ＮＰＦＦ、ＮＰＳ、ＮＰＶＦ、ＮＰＷ、ＮＰＹ、ＰＣＳＫ１Ｎ、ＰＤＹＮ、ＰＥＮＫ、ＰＮＯＣ、ＰＯＭＣ、ＰＲＯＫ２、ＰＴＨ２、ＰＹＹ２、ＰＹＹ３、ＱＲＦＰ、ＴＡＣ１、及びＴＡＣ３）；プロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭＴＳ６、Ｃ１Ｒ、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２、ＣＡＳＰ４、ＣＥＬＡ１、ＣＥＬＡ２Ａ、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＦＢ、ＣＦＤ、ＣＦＩ、ＣＭＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＣＴＲＢ１、ＣＴＲＢ２、ＣＴＳＢ、ＣＴＳＤ、ＤＨＨ、Ｆ１０、Ｆ１１、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ３、Ｆ７、Ｆ８、Ｆ９、ＦＡＰ、ＦＵＲＩＮ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＫ、ＧＺＭＭ、ＨＡＢＰ２、ＨＧＦＡＣ、ＨＴＲＡ３、ＨＴＲＡ４、ＩＨＨ、ＫＬＫ１０、ＫＬＫ１１、ＫＬＫ１２、ＫＬＫ１３、ＫＬＫ１４、ＫＬＫ１５、ＫＬＫ３、ＫＬＫ４、ＫＬＫ５、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７、ＫＬＫ８、ＫＬＫ９、ＫＬＫＢ１、ＭＡＳＰ１、ＭＡＳＰ２、ＭＳＴ１Ｌ、ＮＡＰＳＡ、ＯＶＣＨ１、ＯＶＣＨ２、ＰＣＳＫ２、ＰＣＳＫ５、ＰＣＳＫ６、ＰＣＳＫ９、ＰＧＡ３、ＰＧＡ４、ＰＧＡ５、ＰＧＣ、ＰＬＡＴ、ＰＬＡＵ、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＳＳ１、ＰＲＳＳ１２、ＰＲＳＳ２、ＰＲＳＳ２２、ＰＲＳＳ２３、ＰＲＳＳ２７、ＰＲＳＳ２９Ｐ、ＰＲＳＳ３、ＰＲＳＳ３３、ＰＲＳＳ３６、ＰＲＳＳ３８、ＰＲＳＳ３Ｐ２、ＰＲＳＳ４２、ＰＲＳＳ４４、ＰＲＳＳ４７、ＰＲＳＳ４８、ＰＲＳＳ５３、ＰＲＳＳ５７、ＰＲＳＳ５８、ＰＲＳＳ８、ＰＲＴＮ３、ＲＥＬＮ、ＲＥＮ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＴＰＳＢ２、ＴＰＳＤ１）；プロテアーゼ阻害剤（例えば、Ａ２Ｍ、Ａ２ＭＬ１、ＡＭＢＰ、ＡＮＯＳ１、ＣＯＬ２８Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＰＡＭＤ８、ＣＳＴ１、ＣＳＴ２、ＣＳＴ３、ＣＳＴ４、ＣＳＴ５、ＣＳＴ６、ＣＳＴ７、ＣＳＴ８、ＣＳＴ９、ＣＳＴ９Ｌ、ＣＳＴ９ＬＰ１、ＣＳＴＬ１、ＥＰＰＩＮ、ＧＰＣ３、ＨＭＳＤ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＩＴＩＨ４、ＩＴＩＨ５、ＩＴＩＨ６、ＫＮＧ１、ＯＰＲＰＮ、ＯＶＯＳ１、ＯＶＯＳ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＩ１５、ＰＩ１６、ＰＩ３、ＰＺＰ、Ｒ３ＨＤＭＬ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＥＲＰＩＮＡ１１、ＳＥＲＰＩＮＡ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１３Ｐ、ＳＥＲＰＩＮＡ３、ＳＥＲＰＩＮＡ４、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＥＲＰＩＮＡ７、ＳＥＲＰＩＮＡ９、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＥＲＰＩＮＥ３、ＳＥＲＰＩＮＦ２、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＲＰＩＮＩ１、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＰＩＮＫ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＰＩＮＫ１４、ＳＰＩＮＫ２、ＳＰＩＮＫ４、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＩＮＫ６、ＳＰＩＮＫ７、ＳＰＩＮＫ８、ＳＰＩＮＫ９、ＳＰＩＮＴ１、ＳＰＩＮＴ３、ＳＰＩＮＴ４、ＳＰＯＣＫ１、ＳＰＯＣＫ２、ＳＰＰ２、ＳＳＰＯ、ＴＦＰＩ、ＴＦＰＩ２、ＷＦＤＣ１、ＷＦＤＣ１０Ａ、ＷＦＤＣ１３、ＷＦＤＣ２、ＷＦＤＣ３、ＷＦＤＣ５、ＷＦＤＣ６、ＷＦＤＣ８）；プロテインホスファターゼ（例えば、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＲＺ１）；エステラーゼ（例えば、ＢＣＨＥ、ＣＥＬ、ＣＥＳ４Ａ、ＣＥＳ５Ａ、ＮＯＴＵＭ、ＳＩＡＥ）；トランスフェラーゼ（例えば、ＭＥＴＴＬ２４、ＦＫＲＰ、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ９、Ｂ３ＧＡＴ１）；血管作用性タンパク質（例えば、ＡＧＧＦ１、ＡＧＴ、ＡＮＧＰＴ１、ＡＮＧＰＴ２、ＡＮＧＰＴＬ４、ＡＮＧＰＴＬ６、ＥＤＮ１、ＥＤＮ２、ＥＤＮ３、ＮＴＳ）、Ｉ型インターフェロン（例えば、限定されないがインターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、及びインターフェロンアルファ－２ｂを含むＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、ＩＦＮ－ω）、ＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－γ）、ＩＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－λ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－３７、ＩＬ－３８）、及び可溶性ＡＣＥ２受容体から選択されるタンパク質をコードする遺伝子の群から選択される。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、目的の遺伝子のｍＲＮＡをコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結された標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含み、ここで、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、さらに、ポリ（Ａ）テールをコードするか若しくは含む核酸配列、５’キャップをコードするか若しくは含む核酸配列、プロモーターをコードするか若しくは含む核酸配列、又はコザック配列をコードするか若しくは含む核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ａ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、（ｂ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む２つ以上の核酸配列のそれぞれ、並びに／又は（ｃ）目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカー、２Ａペプチドリンカー、又は可動性リンカーを含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが少なくとも６核酸残基である。いくつかの実施態様では、
リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大５０核酸残基である。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大８０核酸残基である。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約５０核酸残基である。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約８０核酸残基である。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約１５核酸残基である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、遺伝子治療に適したベクターである。いくつかの実施態様では、組成物は、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節するのに有用である。
［００７５］ いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続的に含まれる。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続して存在する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、ＲＮＡスプライシングなしで発現される。いくつかの実施態様では、組成物は、ウイルス感染、疾患若しくは状態、又は椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬からなる群から選択される疾患若しくは状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し、又は投与される。いくつかの実施態様では、組成物は、ウイルス感染、疾患若しくは状態、又は椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）からなる群から選択される疾患若しくは状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し、又は投与される。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続的に含まれる。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続して存在する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、ＲＮＡスプライシングなしで発現される。
［００７６］ いくつかの態様では、本発明の組成物は、配列番号８０～１０９及び配列番号１４０～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖配列を含むｓｉＲＮＡを含むポリ核酸構築物を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号８０～１０９及び配列番号１４０～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖、並びに配列番号１１０～１３９及び配列番号１４６～１５１から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。いくつかの態様では、本発明の組成物は、配列番号８０～９２から選択される配列によってコードされるセンス鎖配列を含むｓｉＲＮＡを含むポリ核酸構築物を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号８０～９２から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１１０～１２２から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。いくつかの態様では、本発明の組成物は、配列番号９３～１０９から選択される配列によってコードされるセンス鎖配列を含むｓｉＲＮＡを含むポリ核酸構築物を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号９３～１０９から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１２３～１３９から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。いくつかの態様では、本発明の組成物は、配列番号１４０～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖配列を含むｓｉＲＮＡを含むポリ核酸構築物を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１４０～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１４６～１５１から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。
参照による援用
［００７７］ 本明細書で言及されている全ての刊行物、特許及び特許出願は、個々の刊行物、特許又は特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されている場合と同じ程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。
［００７８］ 本開示の特徴は、添付の特許請求の範囲に具体的に記載されている。本開示の特徴及び利点のより良い理解は、本開示の原理が利用される例示的な実施態様を示す以下の詳細な説明、及びその添付図面を参照することによって得られるであろう。
［００７９］ 図１は、構築物設計の概略図を示す。Ｔ７：Ｔ７プロモーター、ｓｉＲＮＡ：低分子干渉ＲＮＡ。 ［００８０］ 図２Ａは、ＨＥＫ－２９３細胞でのＩＧＦ－１発現におけるＩＧＦ－１ ｍＲＮＡ構築物と化合物Ａ１（Ｃｐｄ．１）の比較を示し、一方、図２Ｂは、ＨＥＫ－２９３細胞でのＩＬ－８過剰発現モデルにおけるＩＬ－８標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ１の同時ＲＮＡ干渉を示す。対照：ＩＬ－８過剰発現構築物のみ。 ［００８１］ 図３は、ＨＥＫ－２９３細胞でのＩＬ－８過剰発現モデルにおけるＩＬ－８標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ１（Ｃｐｄ．１）の用量依存的ＲＮＡ干渉を示す。 ［００８２］ 図４Ａは、ＴＨＰ－１細胞での化合物Ａ２（Ｃｐｄ．２）によるＩＬ－８発現の調節を示す。対照：ＩＬ－８過剰発現構築物のみ。 ［００８３］ 図４Ｂは、ＨＥＫ－２９３細胞での化合物Ａ２（Ｃｐｄ．２）のＩＧＦ－１発現を示す。 ［００８４］ 図５Ａは、ＴＨＰ－１細胞での化合物Ａ３（Ｃｐｄ．３）によるＩＬ－８発現の調節を示す。対照：ＩＬ－８過剰発現構築物のみ。 ［００８５］ 図５Ｂは、ＨＥＫ－２９３細胞での化合物Ａ３（Ｃｐｄ．３）のＩＧＦ－１発現を示す。 ［００８６］ 図６Ａは、ＴＨＰ－１細胞でのＩＬ－８発現における化合物Ａ４（Ｃｐｄ．４）と化合物Ａ５（Ｃｐｄ．５）の比較を示す。対照：ＩＬ－８過剰発現構築物のみ。 ［００８７］ 図６Ｂは、ＴＨＰ１細胞でのＩＬ－８発現における化合物Ａ３（Ｃｐｄ．３）と化合物Ａ５（Ｃｐｄ．５）の比較を示す。対照：ＩＬ－８過剰発現構築物のみ。 ［００８８］ 図７は、ＨＥＫ－２９３細胞でのＩＬ－８発現における化合物Ａ４（Ｃｐｄ．４）と化合物Ａ５（Ｃｐｄ．５）の比較を示す。対照：Ｉｌ－８過剰発現構築物のみ。 ［００８９］ 図８Ａは、ＴＨＰ－１細胞での内因性ＩＬ－１ベータ（ＩＬ１ｂ）発現における化合物Ａ６（Ｃｐｄ．６）の効果を示す。対照：ＬＰＳ＋ｄｓＤＮＡのみ。 ［００９０］ 図８Ｂは、ＴＨＰ－１細胞での内因性ＩＬ－１ベータ（ＩＬ１ｂ）発現における化合物Ａ６（Ｃｐｄ．６）の効果を示す。対照：ＬＰＳ＋ｄｓＤＮＡのみ。 ［００９１］ 図８Ｃは、ＨＥＫ－２９３細胞での化合物Ａ６（Ｃｐｄ．６）のＩＧＦ－１発現を示す。 ［００９２］ 図９Ａは、ＴＨＰ－１細胞での内因性ＩＬ－１ベータ（ＩＬ１ｂ）発現における化合物Ａ７（Ｃｐｄ．７）の効果を示す。対照：ＬＰＳ＋ｄｓＤＮＡのみ。 ［００９３］ 図９Ｂは、ＴＨＰ－１細胞での内因性ＩＬ－１ベータ（ＩＬ１ｂ）発現における化合物Ａ７（Ｃｐｄ．７）の効果を示す。対照：ＬＰＳ＋ｄｓＤＮＡのみ。 ［００９４］ 図９Ｃは、ＨＥＫ－２９３細胞での化合物Ａ７（Ｃｐｄ．７）のＩＧＦ－１発現を示す。 ［００９５］ 図１０Ａは、ＨＥＫ－２９３細胞でのＴＮＦ－α過剰発現モデルにおけるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ８（Ｃｐｄ．８）のＲＮＡ干渉を示す。対照：ＴＮＦ－α過剰発現構築物のみ。 ［００９６］ 図１０Ｂは、ＴＨＰ－１細胞での内因性ＴＮＦ－α発現モデルにおけるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ８（Ｃｐｄ．８）のＲＮＡ干渉を示す。対照：ＬＰＳ＋Ｒ８４８のみ。 ［００９７］ 図１０Ｃは、図１０Ａと同じ細胞（ＨＥＫ－２９３）培養における化合物Ａ８（Ｃｐｄ．８）のＩＬ－４発現を示す。 ［００９８］ 図１０Ｄは、図１０Ｂと同じ細胞（ＴＨＰ－１）培養上清における化合物Ａ８（Ｃｐｄ．８）のＩＬ－４発現を示す。 ［００９９］ 図１１は、過去２０年間にヒトで発生した３つのコロナウイルス、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ（上）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（中央）、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ（下）の系統発生解析を示す。ゲノム配列は公開されており（ＮＣＢＩ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅから取得）、Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｐｒｉｍｅ ｖ．２０１９．２．３においてＴａｍｕｒａ－Ｎｅｉの遺伝的距離モデル（Ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｓｔａｎｃｅ ｍｏｄｅｌ）を用いて解析し；ツリーはＵＰＧＭＡアルゴリズムで作成された。 ［０１００］ 図１２Ａは、ＴＨＰ－１細胞での内因性ＴＮＦ－α発現モデルにおけるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ９（Ｃｐｄ．９）と化合物Ａ１０（Ｃｐｄ．１０）のＲＮＡ干渉を示す。対照：ＬＰＳ＋Ｒ８４８のみ、ｓｃ－ｓｉＲＮＡ：スクランブルｓｉＲＮＡ。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。有意性（＊，＜０．０５）は、ｓｉＲＮＡ活性に関するスチューデントのｔ検定によって評価された。有意性（＊＊＊，ｐ＜０．００１）は、一元配置分散分析と、それに続く対照に関するダネットの多重比較検定によって評価された。 ［０１０１］ 図１２Ｂは、ＴＨＰ－１細胞での化合物Ａ９（Ｃｐｄ．９）及び化合物Ａ１０（Ｃｐｄ．１０）のＩＬ－４発現を示す。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。有意性（＊＊，＜０．０１）は、ＩＬ－４発現に関するスチューデントのｔ検定によって評価された。 ［０１０２］ 図１３Ａは、ＨＥＫ－２９３細胞でのＴＮＦ－α過剰発現モデルにおけるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ９（Ｃｐｄ．９）と化合物Ａ１０（Ｃｐｄ．１０）のＲＮＡ干渉を示す。対照：ＴＮＦ－α過剰発現構築物のみ。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。有意性（＊＊，ｐ＜０．０１）は、一元配置分散分析と、それに続く対照に関するダネットの多重比較検定によって評価された。 ［０１０３］ 図１３Ｂは、ＨＥＫ－２９３細胞での化合物Ａ９（Ｃｐｄ．９）及び化合物Ａ１０（Ｃｐｄ．１０）のＩＬ－４発現を示す。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。有意性（＊＊＊，＜０．００１）は、スチューデントのｔ検定によって評価された。 ［０１０４］ 図１４は、Ａ５４９細胞での内因性ＡＬＫ２発現モデルにおけるＡＬＫ２標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ１１（Ｃｐｄ．１１）の用量依存的ＲＮＡ干渉、及びＡ５４９細胞での化合物Ａ１１（Ｃｐｄ．１１）のＩＧＦ－１発現を示す。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。 ［０１０５］ 図１５Ａは、ＩＭＲ３２細胞での内因性ＳＯＤ１発現モデルにおけるＳＯＤ１標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ１２（Ｃｐｄ．１２）及び化合物１３（Ｃｐｄ．１３）の用量依存的ＲＮＡ干渉を示す。データは、３回の反復の平均±標準誤差を表す。 ［０１０６］ 図１５Ｂは、ＩＭＲ３２細胞での化合物Ａ１３（Ｃｐｄ．１３）の用量依存的ＥＰＯ発現を示す。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。 ［０１０７］ 図１５Ｃは、ＩＭＲ３２細胞での化合物Ａ１２（Ｃｐｄ．１２）の用量依存的ＩＧＦ－１発現を示す。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。 ［０１０８］ 図１６Ａは、ＨＥＫ－２９３細胞でのＩＬ－１ベータ過剰発現モデルにおけるＩＬ－１ベータを標的とするｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ１４（Ｃｐｄ．１４）及び化合物Ａ１５（Ｃｐｄ．１５）のＲＮＡ干渉を示す。対照：ＩＬ－１ベータ過剰発現構築物のみ。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。有意性（＊，＜０．０５）は、スチューデントのｔ検定によって評価された。有意性（＊＊＊，ｐ＜０．００１）は、一元配置分散分析と、それに続く対照に関するダネットの多重比較検定によって評価された。 ［０１０９］ 図１６Ｂは、ＨＥＫ－２９３細胞での化合物Ａ１４（Ｃｐｄ．１４）及び化合物Ａ１５（Ｃｐｄ．１５）のＩＧＦ－１発現を示す。データは、４回の反復の平均±標準誤差を表す。有意性（＊＊＊，＜０．００１）は、スチューデントのｔ検定によって評価された。 ［０１１０］ 図１７Ａは、ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲ ＳＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質をコードする配列を含むｐｃＤＮＡ３＋ベクターでトランスフェクトされたｅＧＦＰ陽性Ａ５４９細胞の発現を示す。 ［０１１１］ 図１７Ｂは、ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質と３つのｓｉＲＮＡ（そのうちの１つは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的としている）を含む化合物Ｂ１８（Ｃｐｄ．Ｂ１８）をコードする配列を含むｐｃＤＮＡ３＋ベクターでコトランスフェクトされたｅＧＦＰ陽性Ａ５４９細胞の発現を示す。 ［０１１２］ 図１７Ｃは、ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を発現するＡ５４９細胞におけるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的とするｓｉＲＮＡを含む化合物Ｂ１８（Ｃｐｄ．Ｂ１８）のＲＮＡ干渉を示す。対照：ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質－ｅＧＦＰ構築物のみ。有意性（＊＊＊，＜０．００１）は、対照と比較した化合物Ｂ１８（Ｃｐｄ．Ｂ１８）のスチューデントのｔ検定によって評価された。
［０１１３］ 様々な実施態様の完全な理解を提供するために、この説明の特定の詳細が記載されている。しかしながら、当業者は、本開示がこれらの詳細なしで実施され得ることを理解するであろう。他の例では、実施態様の説明を不必要に曖昧にすることを避けるために、周知の構造は詳細に示されていないか、又は記載されていない。文脈上別段の定めがない限り、以下の明細書及び特許請求の範囲全体で、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という言葉並びに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などのその変形は、オープンで包括的な意味で、すなわち「含むが、これらに限定されない」と解釈されるべきである。さらに、本明細書で提供される見出しは、便宜上のものであり、請求された開示の範囲又は意味を解釈するものではない。
［０１１４］ 別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の通常の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似又は同等の方法及び材料を、本開示の実施又は試験に使用することができるが、好適な方法及び材料を以下に記載する。
定義
［０１１５］ 本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用されるように、単数形の「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、内容が明確に別段の指示をしない限り、複数の参照を含む。また、「又は」という用語は、内容が明確に別段の指示をしない限り「及び／又は」を含むその意味において一般的に使用されることにも注意する必要がある。「及び／又は」及び「それらの任意の組み合わせ」という用語、並びに本明細書で使用されるそれらの文法上の均等物は、交換可能に使用することができる。これらの用語は、任意の組み合わせが具体的に企図されていることを伝えることができる。単に説明の目的で、次の語句「Ａ、Ｂ、及び／又はＣ」又は「Ａ、Ｂ、Ｃ、又はそれらの任意の組み合わせ」は、「Ａを個別に」；「Ｂを個別に」；「Ｃを個別に」；「Ａ及びＢ」；「Ｂ及びＣ」；「Ａ及びＣ」；並びに「Ａ、Ｂ、及びＣ」を意味することができる。「又は」という用語は、文脈が特に分離的な使用を指していない限り、結合的又は分離的に使用することができる。
［０１１６］ 用語「約（ａｂｏｕｔ）」又は「おおよそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、当業者によって決定される特定の値に対する許容可能な誤差範囲内を意味することができ、これは、値の測定方法又は決定方法、すなわち測定システムの限界に部分的に依存するであろう。例えば、「約」は、当技術分野の慣例に従って、１標準偏差以内又は１標準偏差超を意味することができる。あるいは、「約」は、所与の値の最大２０％、最大１０％、最大５％、又は最大１％の範囲を意味することができる。あるいは、特に生物学的システム又はプロセスに関して、この用語は、値の１桁以内、５倍以内、より好ましくは２倍以内を意味することができる。本出願及び特許請求の範囲に特定の値が記載されている場合、特に断りのない限り、特定の値に対して許容誤差範囲内を意味する「約」という用語を想定する必要がある。
［０１１７］ 本明細書及び特許請求の範囲で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」（並びに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」及び「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」などのあらゆる形態の「含む」）、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」（並びに「有する（ｈａｖｅ）」及び「有する（ｈａｓ）」などのあらゆる形態の「有する（ｈａｖｉｎｇ）」）、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」（並びに「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」などのあらゆる形態の「含む」）、又は「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」（並びに「含む（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」及び「含む（ｃｏｎｔａｉｎ）」などのあらゆる形態の「含む」）という単語は包括的又はオープンエンドであり、追加の、引用されていない要素又は方法工程を除外しない。本明細書で論じられる任意の実施態様は、本開示の任意の方法又は組成物に関して実施することができ、逆もまた同様であることが企図される。さらに、本開示の組成物は、本開示の方法を達成するために使用され得る。
［０１１８］ 本明細書における「実施態様」、「特定の実施態様」、「好ましい実施態様」、「特定の実施態様」、「いくつかの実施態様」、「実施態様」、「一実施態様」又は「他の実施態様」への言及は、実施態様に関連して記載される特定の特徴、構造、又は特性は、本開示の少なくともいくつかの実施態様に含まれるが、必ずしも全ての実施態様に含まれるとは限らないことを意味する。本開示の理解を容易にするために、いくつかの用語及び語句を以下に定義する。
［０１１９］ 本明細書で使用される「ＲＮＡ」という用語は、アミノ酸配列をコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡなど）、並びにアミノ酸配列をコードしないＲＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなど）を含む。本明細書で使用されるＲＮＡは、コードＲＮＡ、すなわち、アミノ酸配列をコードするＲＮＡであり得る。このようなＲＮＡ分子は、ｍＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）とも呼ばれ、一本鎖ＲＮＡ分子である。本明細書で使用されるＲＮＡは、非コードＲＮＡ、すなわち、アミノ酸配列をコードしないか、又はタンパク質に翻訳されないＲＮＡであり得る。非コードＲＮＡには、限定されないが、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ショート又はスモールヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉ－ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、及び長鎖非コードＲＮＡ（ＩｎｃＲＮＡ）が含まれる。本明細書で使用されるｓｉＲＮＡは、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）領域、ヘアピン構造、ループ構造、又はそれらの組み合わせを含み得る。いくつかの実施態様では、本明細書で使用されるｓｉＲＮＡは、少なくとも１つのｓｈＲＮＡ、少なくとも１つのｄｓＲＮＡ領域、又は少なくとも１つのループ構造を含み得る。いくつかの実施態様では、本明細書で使用されるｓｉＲＮＡは、ｄｓＲＮＡ又はｓｈＲＮＡからプロセシングされ得る。ＲＮＡは、当業者に知られている合成化学的及び酵素的方法論によって、又は組換え技術の使用によって作製され得るか、又は天然源から、若しくはそれらの組み合わせによって単離され得る。ＲＮＡは、任意選択で、例えば、本明細書でメチルプソイドウリジンとも呼ばれるＮ１－メチルプソイドウリジンなどの当技術分野で知られている非天然及び天然に存在するヌクレオシド修飾を含み得る。
［０１２０］ 用語「核酸配列」、「ポリ核酸配列」、「ヌクレオチド配列」、及び「ヌクレオチド酸配列」は、本明細書では互換的に使用され、本明細書で同じ意味を有し、好ましくはＤＮＡ又はＲＮＡを指す。用語「核酸配列」、「ヌクレオチド配列」、及び「ヌクレオチド酸配列」は、用語「ポリヌクレオチド配列」と同義語として使用することができる。いくつかの実施態様では、核酸配列は、糖／リン酸骨格のホスホジエステル結合によって互いに共有結合しているヌクレオチド単量体を含むか又はそれからなるポリマーである。用語「核酸配列」はまた、塩基修飾、糖修飾又は骨格修飾などの修飾された核酸配列、ＤＮＡ又はＲＮＡを包含する。
［０１２１］ 本明細書に記載の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、非標準ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、及び／又は修飾ヌクレオチドを含む、１つ又は複数のヌクレオチド変異体を含み得る。修飾ヌクレオチドの例には、ジアミノプリン、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４－アセチルシトシン、５－（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ－Ｄ－ガラクトシルケオシン、イノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデニン、１－メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチルグアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ６－アデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシアミノメチル－２－チオウラシル、ベータ－Ｄ－マンノシルケオシン、５’－メトキシカルボキシメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、プソイドウラシル、キューオシン（ｑｕｅｏｓｉｎｅ）、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、５－メチル－２－チオウラシル、３－（３－アミノ－３－Ｎ－２－カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、２，６－ジアミノプリンなどが含まれるが、これらに限定されない。場合によっては、ヌクレオチドは、三リン酸部分への修飾を含む、それらのリン酸部分への修飾を含み得る。そのような修飾の非限定的な例としては、より長いリン酸鎖（例えば、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のリン酸部分を有するリン酸鎖）及びチオール部分による修飾（例えば、アルファ－チオ三リン酸及びベータ－チオ三リン酸）を含む。
［０１２２］ 本明細書に記載の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、塩基部分で（例えば、相補的ヌクレオチドと水素結合を形成するために通常利用可能である１つ又は複数の原子で、及び／又は相補的ヌクレオチドと水素結合を通常形成することができない１つ又は複数の原子で）、糖部分、又はリン酸骨格で修飾され得る。いくつかの実施態様では、骨格修飾には、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニラデート、ホスホロアミド酸、及びホスホロジアミデート結合が含まれるが、これらに限定されない。ホスホロチオエート結合は、リン酸骨格中の非架橋酸素を硫黄原子に置き換え、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ分解を遅らせる。ホスホロジアミデート結合（Ｎ３’→Ｐ５’）により、ヌクレアーゼによる認識と分解を防ぐことができる。いくつかの実施態様では、骨格修飾は、骨格構造においてリンの代わりにペプチド結合を有すること（例えば、ペプチド核酸中のペプチド結合によって連結されたＮ－（２－アミノエチル）－グリシン単位）、又はカルバメート、アミド、並びに線状及び環状炭化水素基を含む連結基を有することを含む。修飾された骨格を持つオリゴヌクレオチドは、Ｍｉｃｋｌｅｆｉｅｌｄ，Ｂａｃｋｂｏｎｅ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ：ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｕｒｒ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，８（１０）：１１５７－７９，２００１及びＬｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ－ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，１（３）：３４４－３５８，１９９９に総説される。
［０１２３］ 用語「ペプチド」は、通常、隣接するアミノ酸残基のα－アミノ基とカルボキシル基との間のペプチド結合によって互いに接続された一連のアミノ酸残基を指す。
［０１２４］ 本明細書で使用される用語「標的モチーフ」又は「標的化モチーフ」は、細胞膜、細胞外コンパートメント、又は細胞質若しくはサイトゾルを除く細胞内コンパートメントの任意の部分に向けられる、新たに合成されたポリペプチド又はタンパク質に存在する任意の短いペプチドを指すことができる。細胞内コンパートメントには、細胞内オルガネラ、例えば、核、核小体、エンドソーム、プロテアソーム、リボソーム、クロマチン、核エンベロープ、核膜孔、エキソソーム、メラノソーム、ゴルジ装置、ペルオキシソーム、小胞体（ＥＲ）、リソソーム、セントロソーム、微小管、ミトコンドリア、葉緑体、マイクロフィラメント、中間径フィラメント、又は原形質膜などが挙げられるが、これらに限定されない。他の用語としては、シグナル配列、標的化シグナル、局在化シグナル、局在化配列、輸送ペプチド、リーダー配列、又はリーダーペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含み得る。
［０１２５］ 本明細書でシグナル伝達ペプチド又はプレドメインとも呼ばれる「シグナルペプチド」という用語は、分泌経路に向かう新たに合成されたタンパク質のＮ末端に存在する短いペプチド（通常は１６～４０アミノ酸長）である。本発明のシグナルペプチドは、好ましくは１０～５０、より好ましくは１１～４５、さらにより好ましくは１２～４５、最も好ましくは１３～４５、特に１４～４５、より具体的には１５～４５、さらにより具体的には１６～４０アミノ酸長である。本発明によるシグナルペプチドは、目的のタンパク質のＮ末端、又は目的のタンパク質のプロタンパク質形態のＮ末端に位置する。本発明によるシグナルペプチドは、通常、真核生物由来のもの、例えば、真核生物タンパク質のシグナルペプチドであり、好ましくは哺乳動物由来のもの、例えば、哺乳動物タンパク質のシグナルペプチド、より好ましくはヒト由来のもの、例えば、哺乳動物タンパク質のシグナルペプチドである。いくつかの実施態様では、修飾される異種シグナルペプチド及び／又は相同シグナルペプチドは、真核生物タンパク質の天然に存在するシグナルペプチド、好ましくは哺乳動物タンパク質の天然に存在するシグナルペプチド、より好ましくはヒトタンパク質の天然に存在するシグナルペプチドである。
［０１２６］ 本明細書で使用される用語「タンパク質」は、典型的には１つ又は複数のペプチド又はポリペプチドを含む分子を指す。ペプチド又はポリペプチドは、通常、ペプチド結合によって連結されたアミノ酸残基の鎖である。ペプチドは通常、２～５０個のアミノ酸残基を含む。ポリペプチドは通常、５０個を超えるアミノ酸残基を含む。タンパク質は通常、３次元形態に折りたたまれ、これは、タンパク質がその生物学的機能を発揮するために必要であり得る。本明細書で使用される用語「タンパク質」は、タンパク質の断片及び融合タンパク質を含む。いくつかの実施態様では、タンパク質は哺乳動物のものであり、例えば、ヒト由来のものであり、すなわち、ヒトタンパク質である。いくつかの実施態様では、タンパク質は、通常、細胞から分泌されるタンパク質、すなわち、自然界の細胞から分泌されるタンパク質、又はウイルスによって産生されるタンパク質である。いくつかの実施態様では、本明細書で言及されるタンパク質は、カルボキシペプチダーゼ；サイトカイン；受容体を含む細胞外リガンド及びトランスポーター；細胞外マトリックスタンパク質；グルコシダーゼ；グリコシルトランスフェラーゼ；成長因子；成長因子結合タンパク質；ヘパリン結合タンパク質；ホルモン；ヒドロラーゼ；免疫グロブリン；イソメラーゼ；キナーゼ；リアーゼ；金属酵素阻害剤；メタロプロテアーゼ；乳タンパク質；神経活性タンパク質；プロテアーゼ；プロテアーゼ阻害剤；タンパク質ホスファターゼ；エステラーゼ；トランスフェラーゼ；及び血管作用性タンパク質からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、タンパク質は、本明細書に記載されるように、ウイルスタンパク質、例えば、コロナウイルスタンパク質である。
［０１２７］ カルボキシペプチダーゼは、タンパク質のカルボキシ末端（Ｃ末端）末端でペプチド結合を加水分解（切断）するプロテアーゼ酵素であるタンパク質である；サイトカインは、分泌され、標的細胞の表面にある受容体を介して局所的又は全身的にシグナル伝達の調節因子として作用するタンパク質であり、しばしば免疫反応に関与する；細胞外リガンド及びトランスポーターは、分泌され、他のタンパク質に結合するか、他のタンパク質又は他の分子を運ぶことによって作用して、特定の生物学的機能を発揮するタンパク質である；細胞外マトリックスタンパク質は、周囲の細胞に構造的及び生化学的支持を提供する支持細胞によって分泌されるタンパク質のコレクションである；グルコシダーゼは、デンプン及びグリコーゲンなどの複雑な炭水化物をそれらの単量体に分解することに関与する酵素である；グリコシルトランスフェラーゼは、天然のグリコシド結合を確立する酵素である；成長因子は、細胞の成長、増殖、治癒、及び細胞分化を刺激することができる分泌タンパク質であり、細胞表面上の受容体を介した標的細胞シグナル伝達のモジュレーターとして局所的又は全身的に作用し、しばしば栄養反応及び生存又は細胞恒常性シグナル伝達に関与する；成長因子結合タンパク質は、成長因子に結合し、それによってそれらの生物学的活性を調節する分泌タンパク質である；ヘパリン結合タンパク質は、ヘパリンと相互作用して生物学的機能を調節する分泌タンパク質であり、多くの場合、成長因子又はホルモンへの別の結合と関連している；ホルモンは、多細胞生物の腺によって生成されるシグナル伝達分子のクラスのメンバーであり、分泌され循環系によって標的の離れた器官に輸送され、それらの標的細胞上の特定の受容体への結合を介して生理機能及び挙動を調節する；ヒドロラーゼは、水を利用して化学結合を切断することにより分子の切断を生化学的に触媒し、より大きな分子からより小さな分子への分割をもたらす酵素のクラスである；免疫グロブリンは、主に血漿細胞によって産生される大きなＹ字型の分泌タンパク質であり、病原性細菌やウイルスなどの病原体を中和するために免疫系によって使用される；イソメラーゼは、分子をある異性体から別の異性体に変換し、それによって結合が切断されて形成される分子内転位を促進する一般的なクラスの酵素である；キナーゼは、高エネルギーのリン酸供与分子から特定の基質へのリン酸基の移動を触媒する酵素である；リアーゼは、加水分解と酸化以外の手段によって様々な化学結合の切断を触媒する酵素であり、多くの場合、新しい二重結合又は新しい環構造を形成する；金属酵素阻害剤は、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）の細胞阻害剤である；メタロプロテアーゼは、その触媒機構が金属イオンを含むプロテアーゼ酵素である；乳タンパク質は乳に分泌されるタンパク質である；神経活性タンパク質は、神経機能、生存及び生理学をサポートするために局所的又は距離を介して作用する分泌タンパク質である；プロテアーゼ（ペプチダーゼ又はプロテイナーゼとも呼ばれる）は、ペプチド結合の加水分解によってタンパク質分解を行う酵素である；プロテアーゼ阻害剤は、プロテアーゼの機能を阻害するタンパク質である；タンパク質ホスファターゼは、基質タンパク質のリン酸化アミノ酸残基からリン酸基を除去する酵素である；エステラーゼは、アミノ酸残基で水との化学反応においてエステルを酸とアルコールに分解する酵素である；トランスフェラーゼは、ある分子（ドナーと呼ばれる）から別の分子（アクセプターと呼ばれる）への特定の官能基（例えば、メチル基又はグリコシル基）の移動を触媒する酵素のクラスである；血管作用性タンパク質は、血管の機能に生物学的に影響を与える分泌タンパク質である。本明細書で言及される、カルボキシペプチダーゼ；サイトカイン；細胞外リガンド及びトランスポーター；細胞外マトリックスタンパク質；グルコシダーゼ；グリコシルトランスフェラーゼ；成長因子；成長因子結合タンパク質；ヘパリン結合タンパク質；ホルモン；ヒドロラーゼ；免疫グロブリン；イソメラーゼ；キナーゼ；リアーゼ；金属酵素阻害剤；メタロプロテアーゼ；乳タンパク質；神経活性タンパク質；プロテアーゼ；プロテアーゼ阻害剤；タンパク質ホスファターゼ；エステラーゼ；トランスフェラーゼ；及び血管作用性タンパク質は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースで見つけることができる。
［０１２８］ いくつかの実施態様では、本明細書で言及されるタンパク質は、例えば、サイトカイン、分泌され、局所的又は全身的に、細胞表面上の受容体を介した標的細胞シグナル伝達のモジュレーターとして作用し、しばしば免疫反応に関与するタンパク質、ウイルス感染に関与する他の宿主タンパク質、及びウイルスタンパク質である。目的の遺伝子によってコードされるタンパク質を含む、本発明の文脈で有用なタンパク質のヌクレオチド及びアミノ酸配列は、当技術分野で知られており、文献において、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおいて入手可能である。
［０１２９］ 本明細書で同一の意味を有する用語「断片」又は「配列の断片」は、例えば、ＤＮＡ若しくはＲＮＡのような核酸分子又はタンパク質の全長配列のより短い部分である。したがって、断片は、通常、全長配列内の対応するストレッチと同一の配列からなる。本発明の文脈における配列の好ましい断片は、断片が由来する分子中の実体の連続的なストレッチに対応するヌクレオチド又はアミノ酸などの実体の連続的なストレッチからなり、これは、断片が由来する完全（すなわち、全長）分子の少なくとも５％、通常は少なくとも２０％、好ましくは少なくとも３０％、より好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらにより好ましくは少なくとも６０％、さらにより好ましくは少なくとも７０％、及び最も好ましくは少なくとも８０％を表す。
［０１３０］ 本明細書で使用される用語「ベクター」又は「発現ベクター」は、細胞における核酸の取り込み、増殖、発現又は伝達のための、天然に存在する、又は合成的に生成した構築物、例えばプラスミド、ミニサークル、ファージミド、コスミド、人工染色体／ミニ染色体、バクテリオファージ、ウイルス、例えばバキュロウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、単純ヘルペスウイルス、バクテリオファージを指す。ベクターは、宿主細胞のゲノムに組み込まれるか、又は自律複製型構築物として宿主細胞内に残るかのいずれであってもよい。ベクターを構築するのに使用される方法は、当業者に周知であり、様々な刊行物に記載されている。特に、好適なベクターを構築するための技術は、機能的及び調節的構成要素、例えばプロモーター、エンハンサー、終結シグナル及びポリアデニル化シグナル、選択マーカー、複製開始点、及びスプライシングシグナルの説明を含めて、当業者に公知である。真核生物発現ベクターは、典型的には、真核細胞のトランスフェクションの前に除去可能な細菌における選択のための複製開始点や抗生物質耐性遺伝子などの、細菌におけるベクターの伝播を容易にする原核生物配列も含有すると予想される。ポリヌクレオチドを作動可能に連結することができるクローニング部位を含有する様々な真核生物の発現ベクターが当技術分野で周知であり、一部は、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ、Ｃａｌｉｆ．；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、Ｃａｌｉｆ．；Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．又はＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．などの会社から商業的に入手可能である。
本明細書で使用される用語「転写単位」、「発現単位」又は「発現カセット」は、転写しようとする１つ又は複数の遺伝子を含有するベクター、構築物又はポリヌクレオチド配列内の領域を指し、この場合、セグメント内に含有される遺伝子は互いに作動可能に連結されている。これらは、単一のプロモーターから転写され、転写は、少なくとも１つのポリアデニル化シグナルによって終結する。結果として、異なる遺伝子が、少なくとも転写により連結される。各転写単位（多シストロン性転写単位）から、１種より多くのタンパク質又は生成物を転写及び発現させることができる。各転写単位は、その単位内に含有される選択された配列のいずれかの転写及び翻訳に必要な調節エレメントを含むであろう。各転写単位は、同一又は異なる調節エレメントを含有していてもよい。例えば、各転写単位は、同じターミネーターを含有していてもよい。ＩＲＥＳエレメント又はイントロンは、転写単位内の遺伝子の機能的な連結のために使用することができる。ベクター又はポリヌクレオチド配列は、１つより多くの転写単位を含有していてもよい。
［０１３２］ 本明細書で使用される用語「骨格筋損傷」は、骨格筋のあらゆる損傷及び断裂、好ましくは、伸張性筋収縮、伸長及び筋肉の過負荷により誘発された骨格筋の断裂を指す。原則的にあらゆる骨格筋が、このような損傷又は断裂によって影響を受ける可能性がある。好ましくは、骨格筋損傷は、骨格筋の損傷及び断裂であり、この場合、骨格筋は、頭、頸部、胸部、背中、腹部、骨盤、腕、脚及び臀部の筋肉群から選択される。
［０１３３］ より好ましくは、骨格筋損傷は、骨格筋が、足底筋、側頭部、乳頭、大胸筋、後脛骨筋、前脛骨筋、腓腹筋、烏口腕筋、横隔膜、長掌筋、腹直筋、外肛門括約筋、内肛門括約筋、肩甲下筋、二頭筋、三頭筋、四頭筋、ふくらはぎ、鼠径部、膝窩腱、三角筋、大円筋、回旋腱板の棘上筋、回旋腱板の棘下筋、回旋腱板の小円筋、回旋腱板の肩甲下筋、大腿直筋（ｒｅｃｔｕｓ ｆｅｍｏｒａｌｉｓ）、腹直筋、腹部の外腹斜筋、咬筋、僧帽筋、広背筋、胸筋、脊柱起立筋、腸肋筋、最長筋、棘筋、広背筋、横突棘筋、背半棘筋、頚半棘筋、頭半棘筋、多裂筋、回旋筋、棘間筋（ｉｎｔｅｒｓｐｉｎａｌｅｓ）、横突間筋、頭板状筋、頚板状筋（ｓｐｌｅｎｉｕｓ ｃｅｒｖｉｃｅｓ）、肋間筋、肋下筋（ｓｕｂｃｏｓｔａｌｅｓ）、胸横筋、肋骨挙筋、下後鋸筋、上後鋸筋、腹横筋、腹直筋、錐体筋、精巣挙筋、腰方形筋、外腹斜筋、内腹斜筋からなる群から選択される損傷及び断裂である。さらにより好ましくは、骨格筋損傷は、骨格筋が、足底筋、側頭部、乳頭、大胸筋、後脛骨筋、前脛骨筋、腓腹筋、烏口腕筋、横隔膜、長掌筋、腹直筋、外肛門括約筋、内肛門括約筋、肩甲下筋、二頭筋、三頭筋、四頭筋、ふくらはぎ、鼠径部、膝窩腱、三角筋、大円筋、回旋腱板の棘上筋、回旋腱板の棘下筋、回旋腱板の小円筋、回旋腱板の肩甲下筋、大腿直筋、腹直筋、腹部の外腹斜筋、咬筋、僧帽筋、広背筋、胸筋からなる群から選択される損傷及び断裂である。
［０１３４］ 好ましくは、あらゆる骨格筋の損傷及び断裂、好ましくは、伸張性筋収縮、伸長又は筋肉の過負荷により誘発された骨格筋の断裂が、本発明の方法によって治療される。
［０１３５］ 用語「対象」又は「患者」は、哺乳動物を包含する。哺乳動物の例には、哺乳動物クラスの任意のメンバー：ヒト、チンパンジーなどの非ヒト霊長類、その他の類人猿や猿の種；牛、馬、羊、山羊、豚などの家畜；ウサギ、犬、猫などの飼育動物；ラット、マウス、ギニアピッグなどのげっ歯類を含む実験動物が含まれるが、これらに限定されない：一態様では、哺乳動物はヒトである。本明細書で使用される用語「動物」は、ヒト及び非ヒト動物を含む。一実施態様では、「非ヒト動物」は、哺乳動物、例えば、ラット又はマウスなどのげっ歯類である。一実施態様では、非ヒト動物はマウスである。
［０１３６］ 用語「薬学的組成物」及び「薬学的製剤」（又は「製剤」）は、交換可能に使用され、治療的有効量の医薬品有効成分と、対象、例えばそれを必要とするヒトに投与される１つ又は複数の薬学的に許容される添加物とを含む混合物又は溶液を示す。
［０１３７］ 用語「薬学的に許容される」とは、一般に安全で、毒性がなく、生物学的にもその他の点でも望ましくないことはなく、且つヒトの薬学的用途だけでなく獣医用途にも許容される薬学的組成物の調製に有用な材料の属性を意味する。「薬学的に許容される」とは、化合物の生物学的活性又は特性を損なわず、且つ比較的無毒な担体又は希釈剤などの材料を指すことができ、すなわち、該材料は、望ましくない生物学的効果を引き起こしたり、それが含まれる組成物の成分のいずれかと有害な様式で相互作用したりすることなく、個体に投与され得る。
［０１３８］ 用語「薬学的に許容される添加物」、「薬学的に許容される担体」及び「治療的に不活性な添加物」は、交換可能に使用することができ、治療活性を有さず、投与される対象に対して非毒性である薬学的組成物中の任意の薬学的に許容される成分、例えば、崩壊剤、結合剤、充填剤、溶媒、緩衝剤、等張化剤、安定剤、抗酸化剤、界面活性剤、担体、希釈剤、添加物、防腐剤、又は医薬品の調製に使用される潤滑剤などを示す。
［０１３９］ 用語「組換えポリ核酸」又は「組換えＲＮＡ」は、天然に存在せず、インビトロで合成又は操作されるポリ核酸又はＲＮＡを指すことができる。組換えポリ核酸又はＲＮＡは、実験室で合成することができ、酵素制限消化、ライゲーション、及びクローニングなどのＤＮＡ又はＲＮＡの酵素的修飾を使用することにより、組換えＤＮＡ又はＲＮＡ技術を使用して調製することができる。組換えポリ核酸をインビトロで転写してメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を生成し、組換えｍＲＮＡを単離、精製し、トランスフェクションに使用することができる。本明細書で使用される組換えポリ核酸又はＲＮＡは、タンパク質、ポリペプチド、標的モチーフ、シグナルペプチド、及び／又は低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）などの非コードＲＮＡをコードすることができる。適切な条件下で、組換えポリ核酸又はＲＮＡを細胞に組み込んで、細胞内で発現させることができる。
［０１４０］ 本明細書で使用されるポリ核酸、遺伝子、ＤＮＡ、又はＲＮＡの「発現」という用語は、ポリ核酸、遺伝子、ＤＮＡ、又はＲＮＡの転写及び／又は翻訳を指すことができる。本明細書で使用される、ポリ核酸、目的の遺伝子などの遺伝子、ＤＮＡ、又は標的ｍＲＮＡなどのＲＮＡの発現を「調節する」、「増加させる」、「アップレギュレートする」、「減少させる」、又は「ダウンレギュレートする」という用語は、ポリ核酸、目的の遺伝子などの遺伝子、ＤＮＡ、又は標的ｍＲＮＡなどのＲＮＡの転写及び／又は翻訳に影響を与えることによって、ポリ核酸、目的の遺伝子などの遺伝子、ＤＮＡ、又は標的ｍＲＮＡなどのＲＮＡによってコードされるタンパク質のレベルを調節する、増加させる、アップレギュレートする、減少させる、ダウンレギュレートすることを指すことができる。ポリ核酸、目的の遺伝子などの遺伝子、ＤＮＡ、又は標的ｍＲＮＡなどのＲＮＡの発現を「阻害する」という用語は、ポリ核酸、目的の遺伝子などの遺伝子、ＤＮＡ、又は標的ｍＲＮＡなどのＲＮＡによってコードされるタンパク質のレベルを低下させ又は消失させるように、ポリ核酸、目的の遺伝子などの遺伝子、ＤＮＡ、又は標的ｍＲＮＡなどのＲＮＡの転写及び／又は翻訳に影響を与えることを指すことができる。
［０１４１］ 用語「作動可能に連結された」は、２つ以上の核酸配列間の機能的関係、例えば、転写調節又はシグナル配列と転写された配列との機能的関係を指すことができる。例えば、標的モチーフ又は標的モチーフをコードする核酸は、コード配列によってコードされるポリペプチドを細胞膜、細胞内、又は細胞外コンパートメントに標的化することに関与するプレタンパク質として発現される場合、コード配列に作動可能に連結される。例えば、シグナルペプチド又はシグナルペプチドをコードする核酸は、それがコード配列によってコードされるポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現される場合、コード配列に作動可能に連結される。例えば、プロモーターは、コード配列の転写を刺激又は調節する場合、作動可能に連結される。
［０１４２］ 用語「コザック配列」、「コザックコンセンサス配列」、又は「コザックコンセンサス」は、タンパク質翻訳開始部位として機能する核酸配列モチーフを指すことができる。コザック配列は、例えば、Ｋｏｚａｋ，Ｍ．，Ｇｅｎｅ ２９９（１－２）：１－３４によって、文献に詳細に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
構築物の設計
［０１４３］ 本明細書に開示される本発明は、（ｉ）１つ又は複数の標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）に結合することができるｓｉＲＮＡ、及び（ｉｉ）単一のＲＮＡ転写物からの１つ又は複数の目的の遺伝子を発現するためのポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物を指す。本発明は、（ｉ）１つ又は複数の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ、及び（ｉｉ）単一のＲＮＡ転写物から同時に１つ又は複数の目的のタンパク質を発現する手段を提供する。本発明は、２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する手段を提供する。いくつかの実施態様では、組成物中の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡの発現をダウンレギュレートすると同時に、目的の遺伝子が発現又は過剰発現されて、目的の遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルを増加させる。いくつかの実施態様では、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、（ｉ）複数のｍＲＮＡ及び複数の目的の遺伝子を標的とすることができるｓｉＲＮＡ、（ｉｉ）１つのｍＲＮＡ及び同一の目的の遺伝子の複数のコピーを標的とすることができるｓｉＲＮＡの複数のコピー、又は（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の組み合わせを含む。いくつかの実施態様では、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、複数のｍＲＮＡ及び同一の目的の遺伝子の複数のコピーを標的とするｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施態様では、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、１つのｍＲＮＡ及び複数の目的の遺伝子を標的とすることができるｓｉＲＮＡの複数のコピーを含む。
［０１４４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物であり；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる。いくつかの実施態様では、標的に結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列が分離している。いくつかの実施態様では、標的に結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、核酸配列によって分離している。いくつかの実施態様では、分離核酸配列は、リンカーをコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、標的に結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、タンデムに配置される。例えば、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列内に挿入されない。例えば、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列のイントロン配列内に挿入されない。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現に影響を及ぼさない。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現を減少させない。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物を含む組成物は、リンカーをさらに含むか又はそれをコードする。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ｉ）及び（ｉｉ）を接続する。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。ｔＲＮＡシステムは、生物全体で進化的に保存されており、内因性ＲＮａｓｅＰ及びＺを利用してマルチシストロン性構築物をプロセシングする（Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１６）。いくつかの実施態様では、ｔＲＮＡリンカーは、ＡＡＣＡＡＡＧＣＡＣＣＡＧＴＧＧＴＣＴＡＧＴＧＧＴＡＧＡＡＴＡＧＴＡＣＣＣＴＧＣＣＡＣＧＧＴＡＣＡＧＡＣＣＣＧＧＧＴＴＣＧＡＴＴＣＣＣＧＧＣＴＧＧＴＧＣＡ（配列番号２４）を含む核酸配列を含み得る。
［０１４５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物であり；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なる。
［０１４６］ いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は、５’から３’方向に含まれ得る。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は、５’から３’方向に含まれない場合がある。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は、３’から５’方向に含まれ得る。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は、連続的に含まれないか又は存在しない場合がある。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は、連続的に含まれるか又は存在し得る。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）は、連続的に含まれるか又は存在する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する。いくつかの態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない。いくつかの態様では、目的の遺伝子は、ＲＮＡスプライシングなしで発現される。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は分離され得る。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は、タンデムに配置され得る。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡが分離している。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡは、タンデムに配置される。例えば、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡは、組成物中の目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡの上流又は下流のいずれかに位置している。
［０１４７］ いくつかの実施態様では、組成物が、目的の遺伝子をコードする核酸配列の下流の（又は３’側の）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列を含む場合、目的の遺伝子をコードする核酸配列の上流の（又は５’側の）標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む組成物からの目的の遺伝子の発現と比較して、目的の遺伝子の発現が増加する。いくつかの実施態様では、組成物が、標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を３’から５’方向に含む場合、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を５’から３’方向に含む組成物からの目的の遺伝子の発現と比較して、目的の遺伝子の発現が増加する。
［０１４８］ 本明細書に記載されるように、いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物を含む組成物において、標的ＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、連続的に含まれる。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物を含む組成物において、標的ＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は連続して存在する。いくつかの実施態様では、組成物は、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を連続的に含む。いくつかの実施態様では、組成物が、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を５’から３’方向に含む場合、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を３’から５’方向に含む組成物からの目的の遺伝子の発現と比較して、目的の遺伝子の発現が減少する。
いくつかの実施態様では、組成物が、目的の遺伝子をコードする核酸配列の上流の（又は５’側の）標的ＲＮＡに結合することができる、２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列を含む場合、目的の遺伝子をコードする核酸配列の下流の（又は３’側の）標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む組成物からの目的の遺伝子の発現と比較して、目的の遺伝子の発現が減少する。いくつかの実施態様では、連続的様式が、２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の下流に（３’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合、連続的様式が、２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流に（５’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合の目的の遺伝子の発現に対して、目的の遺伝子の発現が減少する。
［０１４９］ いくつかの実施態様では、組成物が、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を３’から５’方向に含む場合、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を５’から３’方向に含む組成物からの目的の遺伝子の発現と比較して、目的の遺伝子の発現が増加する。いくつかの実施態様では、組成物が、目的の遺伝子をコードする核酸配列の下流の（又は５’側の）標的ＲＮＡに結合することができる、２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列を含む場合、目的の遺伝子をコードする核酸配列の上流の（又は３’側の）標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む組成物からの目的の遺伝子の発現と比較して、目的の遺伝子の発現が増加する。いくつかの実施態様では、連続的様式が、２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流に（５’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合、連続的様式が、２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の下流に（３’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合の目的の遺伝子の発現に対して、目的の遺伝子の発現が増加する。
［０１５０］ いくつかの実施態様では、組成物が、目的の遺伝子をコードする核酸配列の下流の（又は３’側の）標的ＲＮＡに結合することができる、２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列を含む場合、目的の遺伝子をコードする核酸配列の上流の（又は５’側の）標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む組成物からの標的ＲＮＡのダウンレギュレーションと比較して、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが増強される。いくつかの実施態様では、組成物が、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を３’から５’方向に含む場合、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を５’から３’方向に含む組成物からの標的ＲＮＡのダウンレギュレーションと比較して、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが増強される。いくつかの実施態様では、連続的様式が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の下流に（３’側に）位置する２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含む場合、連続的様式が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の上流に（５’側に）位置する２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含む場合の標的ＲＮＡのダウンレギュレーションに対して、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが増強される。
［０１５１］ いくつかの実施態様では、組成物が、目的の遺伝子をコードする核酸配列の上流の（又は５’側の）標的ＲＮＡに結合することができる、２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列を含む場合、目的の遺伝子をコードする核酸配列の下流の（又は３’側の）標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む組成物からの標的ＲＮＡのダウンレギュレーションと比較して、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが減少する。いくつかの実施態様では、組成物が、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を５’から３’方向に含む場合、標的ＲＮＡに結合することができる２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列及び目的の遺伝子をコードする核酸配列を３’から５’方向に含む組成物からの標的ＲＮＡのダウンレギュレーションと比較して、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが減少する。いくつかの実施態様では、連続的様式が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の上流に（５’側に）位置する２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含む場合、連続的様式が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の下流に（３’側に）位置する２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含む場合の標的ＲＮＡのダウンレギュレーションに対して、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが減少する。
［０１５２］ いくつかの実施態様では、連続的様式が、２つ以上、好ましくは２から１０、より好ましくは２から６のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流に（５’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合、連続的様式が、２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の下流に（３’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合の目的の遺伝子の発現に対して、目的の遺伝子の発現が増加し、且つ標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが増強される。
［０１５３］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現の相対的増加は、約２倍から約３０倍である。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現の相対的増加は、約２倍から約３０倍である。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現の相対的な増加は、約２倍から約５倍、約２倍から約１０倍、約２倍から約１５倍、約２倍から約１７倍、約２倍から約１８倍、約２倍から約１９倍、約２倍から約２０倍、約２倍から約２１倍、約２倍から約２２倍、約２倍から約２５倍、約２倍から約３０倍、約５倍から約１０倍、約５倍から約１５倍、約５倍から約１７倍、約５倍から約１８倍、約５倍から約１９倍、約５倍から約２０倍、約５倍から約２１倍、約５倍から約２２倍、約５倍から約２５倍、約５倍から約３０倍、約１０倍から約１５倍、約１０倍から約１７倍、約１０倍から約１８倍、約１０倍から約１９倍、約１０倍から約２０倍、約１０倍から約２１倍、約１０倍から約２２倍、約１０倍から約２５倍、約１０倍から約３０倍、約１５倍から約１７倍、約１５倍から約１８倍、約１５倍から約１９倍、約１５倍から約２０倍、約１５倍から約２１倍、約１５倍から約２２倍、約１５倍から約２５倍、約１５倍から約３０倍、約１７倍から約１８倍、約１７倍から約１９倍、約１７倍から約２０倍、約１７倍から約２１倍、約１７倍から約２２倍、約１７倍から約２５倍、約１７倍から約３０倍、約１８倍から約１９倍、約１８倍から約２０倍、約１８倍から約２１倍、約１８倍から約２２倍、約１８倍から約２５倍、約１８倍から約３０倍、約１９倍から約２０倍、約１９倍から約２１倍、約１９倍から約２２倍、約１９倍から約２５倍、約１９倍から約３０倍、約２０倍から約２１倍、約２０倍から約２２倍、約２０倍から約２５倍、約２０倍から約３０倍、約２１倍から約２２倍、約２１倍から約２５倍、約２１倍から約３０倍、約２２倍から約２５倍、約２２倍から約３０倍、又は約２５倍から約３０倍である。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現の相対的な増加は、約２倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約２１倍、約２２倍、約２５倍、又は約３０倍である。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現の相対的な増加は、少なくとも約２倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約２１倍、約２２倍、又は約２５倍である。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現の相対的な増加は、最大で約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約２１倍、約２２倍、約２５倍、又は約３０倍である。
［０１５４］ 実施態様では、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションの相対的な増強は、約１．１倍から約５倍である。実施態様では、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションの相対的な増強は、約１．１倍から約１．７５倍、約１．１倍から約２倍、約１．１倍から約２．２５倍、約１．１倍から約２．５倍、約１．１倍から約３倍、約１．１倍から約３．５倍、約１．１倍から約４倍、約１．１倍から約４．５倍、約１．１倍から約５倍、約１．５倍から約１．７５倍、約１．５倍から約２倍、約１．５倍から約２．２５倍、約１．５倍から約２．５倍、約１．５倍から約３倍、約１．５倍から約３．５倍、約１．５倍から約４倍、約１．５倍から約４．５倍、約１．５倍から約５倍、約１．７５倍から約２倍、約１．７５倍から約２．２５倍、約１．７５倍から約２．５倍、約１．７５倍から約３倍、約１．７５倍から約３．５倍、約１．７５倍から約４倍、約１．７５倍から約４．５倍、約１．７５倍から約５倍、約２倍から約２．２５倍、約２倍から約２．５倍、約２倍から約３倍、約２倍から約３．５倍、約２倍から約４倍、約２倍から約４．５倍、約２倍から約５倍、約２．２５倍から約２．５倍、約２．２５倍から約３倍、約２．２５倍から約３．５倍、約２．２５倍から約４倍、約２．２５倍から約４．５倍、約２．２５倍から約５倍、約２．５倍から約３倍、約２．５倍から約３．５倍、約２．５倍から約４倍、約２．５倍から約４．５倍、約２．５倍から約５倍、約３倍から約３．５倍、約３倍から約４倍、約３倍から約４．５倍、約３倍から約５倍、約３．５倍から約４倍、約３．５倍から約４．５倍、約３．５倍から約５倍、約４倍から約４．５倍、約４倍から約５倍、又は約４．５倍から約５倍である。実施態様では、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションの相対的な増強は、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、又は約５倍である。実施態様では、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションの相対的な増強は、少なくとも約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、又は約４．５倍である。実施態様では、標的ＲＮＡのダウンレギュレーションの相対的な増強は、最大で約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、又は約５倍である。
［０１５５］ いくつかの実施態様では、連続的様式が、２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流に（５’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合、連続的様式が、２つ以上のｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の下流に（３’側に）位置する目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む場合の目的の遺伝子の発現に対して、目的の遺伝子の発現が約２倍から約３０倍増加し、且つ標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが約１．１倍から約５倍増強される。
［０１５６］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物は、リンカーをさらにコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ｉ）及び（ｉｉ）を接続する。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）と目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの実施態様では、ｔＲＮＡリンカーは、ＡＡＣＡＡＡＧＣＡＣＣＡＧＴＧＧＴＣＴＡＧＴＧＧＴＡＧＡＡＴＡＧＴＡＣＣＣＴＧＣＣＡＣＧＧＴＡＣＡＧＡＣＣＣＧＧＧＴＴＣＧＡＴＴＣＣＣＧＧＣＴＧＧＴＧＣＡ（配列番号２４）を含む核酸配列を含み得る。
［０１５７］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードする。いくつかの実施態様では、コード化されたリンカーは２Ａペプチドリンカーである。いくつかの態様では、組換え核酸構築物によってコードされるか又は含まれるリンカーは、長さが少なくとも６核酸残基である。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物によってコードされるか又は含まれるリンカーは、長さが少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、又は少なくとも４０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが最大１０、最大１５、最大２０、最大２５、最大３０、最大３５、最大４０、最大４５、最大５０、最大５５、最大６０、最大６５、最大７０、又は最大７５核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６核酸残基から長さが約５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６核酸残基から長さが約８０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが約６核酸残基から長さが約８核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約２０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約２５核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約３０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約６０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約７０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約８０核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１０核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約２０核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約２５核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約３０核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約２０核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約２５核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約３０核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約２０核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約２５核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約３０核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約１５核酸残基から長さが約２０核酸残基、長さが約１５核酸残基から長さが約２５核酸残基、長さが約１５核酸残基から長さが約３０核酸残基、長さが約１５核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約１５核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約１５核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約１５核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約２０核酸残基から長さが約２５核酸残基、長さが約２０核酸残基から長さが約３０核酸残基、長さが約２０核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約２０核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約２０核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約２０核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約２５核酸残基から長さが約３０核酸残基、長さが約２５核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約２５核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約２５核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約２５核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約３０核酸残基から長さが約３５核酸残基、長さが約３０核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約３０核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約３０核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約３５核酸残基から長さが約４０核酸残基、長さが約３５核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約３５核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約４０核酸残基から長さが約４５核酸残基、長さが約４０核酸残基から長さが約５０核酸残基、長さが約４５核酸残基から長さが約５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが約６核酸残基、長さが約８核酸残基、長さが約１０核酸残基、長さが約１２核酸残基、長さが約１５核酸残基、長さが約２０核酸残基、長さが約２５核酸残基、長さが約３０核酸残基、長さが約３５核酸残基、長さが約４０核酸残基、長さが約４５核酸残基、又は長さが約５０核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが少なくとも約６核酸残基、長さが約８核酸残基、長さが約１０核酸残基、長さが約１２核酸残基、長さが約１５核酸残基、長さが約２０核酸残基、長さが約２５核酸残基、長さが約３０核酸残基、長さが約３５核酸残基、長さが約４０核酸残基、又は長さが約４５核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが最大で約８核酸残基、長さが約１０核酸残基、長さが約１２核酸残基、長さが約１５核酸残基、長さが約２０核酸残基、長さが約２５核酸残基、長さが約３０核酸残基、長さが約３５核酸残基、長さが約４０核酸残基、長さが約４５核酸残基、又は長さが約５０核酸残基である。
［０１５８］ いくつかの態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、長さが約６から約１５核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが約６核酸残基から長さが約７核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約８核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約９核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１０核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１１核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１３核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約６核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約８核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約９核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約１０核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約１１核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約１３核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約７核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約９核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１０核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１１核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１３核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約８核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約９核酸残基から長さが約１０核酸残基、長さが約９核酸残基から長さが約１１核酸残基、長さが約９核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約９核酸残基から長さが約１３核酸残基、長さが約９核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約９核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約１１核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約１３核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約１０核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約１１核酸残基から長さが約１２核酸残基、長さが約１１核酸残基から長さが約１３核酸残基、長さが約１１核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約１１核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約１３核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約１２核酸残基から長さが約１５核酸残基、長さが約１３核酸残基から長さが約１４核酸残基、長さが約１３核酸残基から長さが約１５核酸残基、又は長さが約１４核酸残基から長さが約１５核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが約６核酸残基、長さが約７核酸残基、長さが約８核酸残基、長さが約９核酸残基、長さが約１０核酸残基、長さが約１１核酸残基、長さが約１２核酸残基、長さが約１３核酸残基、長さが約１４核酸残基、又は長さが約１５核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが約６核酸残基、長さが約７核酸残基、長さが約８核酸残基、長さが約９核酸残基、長さが約１０核酸残基、長さが約１１核酸残基、長さが約１２核酸残基、長さが約１３核酸残基、又は長さが約１４核酸残基である。いくつかの態様では、リンカーは、長さが約７核酸残基、長さが約８核酸残基、長さが約９核酸残基、長さが約１０核酸残基、長さが約１１核酸残基、長さが約１２核酸残基、長さが約１３核酸残基、長さが約１４核酸残基、又は長さが約１５核酸残基である。
［０１５９］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、環状である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、直鎖状である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸は、ＤＮＡである。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸は、ＲＮＡである。
［０１６０］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、プロモーターをさらに含む。いくつかの実施態様では、プロモーターは、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流にある。プロモーターの非限定的な例には、Ｔ３、Ｔ７、ＳＰ６、Ｐ６０、Ｓｙｎ５、及びＫＰ３４などが含まれる。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、Ｔ３プロモーターを含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ＳＰ６プロモーターを含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、Ｐ６０プロモーターを含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、Ｓｙｎ５プロモーターを含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ＫＰ３４プロモーターを含む。好ましい実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、Ｔ７プロモーターを含む。いくつかの実施態様では、Ｔ７プロモーターは、ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡを含む配列（配列番号２５）を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、コザック配列をさらに含む。
［０１６１］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、コドン最適化され得る。いくつかの実施態様では、本発明の組換えＲＮＡ構築物及び本発明の組換えＲＮＡ構築物を転写するために本発明において使用される組換えポリ核酸は、コドン最適化されている。一般的に、コドン最適化とは、天然配列の少なくとも１つのコドン（例えば、１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、５０、又はそれ以上のコドン）を、天然アミノ酸配列を維持しながら、その宿主細胞の遺伝子でより頻繁に又は最も頻繁に使用されるコドンで置き換えることにより、目的の宿主細胞における発現のために核酸配列を修飾するプロセスを指す。コドン使用頻度表は、例えば「コドン使用頻度データベース」で容易に入手でき、これらの表は様々な方法で適応させることができる。ＧｅｎｅＦｏｒｇｅ（登録商標）（Ａｐｔａｇｅｎ，ＰＡ）及びＧｅｎｅＯｐｔｉｍｉｚｅｒ（登録商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｃｈｅｒ，ＭＡ）など、特定の宿主細胞における発現のために特定の配列をコドン最適化するためのコンピューターアルゴリズムも利用可能である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、コドン最適化されない場合がある。
［０１６２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物であり；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む２つ以上の核酸配列及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得る。いくつかの実施態様では、組換え核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得る。この実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡ又は異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み得る。一実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み得る。別の実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み得る。いくつかの実施態様では、組換え核酸又はＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得る。いくつかの実施態様では、組換え核酸又はＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子をコードする、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得る。この実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子又は異なる目的の遺伝子をコードし得、ここで、同じ又は異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。一実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし得、ここで、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。別の実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし得、ここで、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１６３］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１６４］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１６５］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１６６］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１６７］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１６８］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１６９］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７０］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７１］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７２］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７３］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７４］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７５］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７６］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７７］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７８］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１７９］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８０］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８１］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８２］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードし、異なる目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８３］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１及び第２の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１及び第２の標的ｍＲＮＡとは異なる。［０１８３］ 例えば、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの３つは、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの他の２つは、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１及び第２の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１及び第２の標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８４］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの別の１つ又は複数は、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの他の１つ又は複数は、第３の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１、第２、及び第３の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１、第２、及び第３の標的ｍＲＮＡとは異なる。例えば、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの２つは、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードコードするか又は含む５つの核酸配列の１つは、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの１つは、第３の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１の標的ｍＲＮＡ、第２の標的ｍＲＮＡ、及び第３の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列は、同じ目的の遺伝子をコードし、同じ目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１、第２、及び第３の標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８５］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第１の遺伝子をコードし、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第２の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子は異なり、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。例えば、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの３つは、目的の第１の遺伝子をコードし、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの２つは、目的の第２の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子は異なり、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８６］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第１の遺伝子をコードし、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第２の遺伝子をコードし、且つ、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列の１つ又は複数は、目的の第３の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子、目的の第２の遺伝子、及び目的の第３の遺伝子は異なり、目的の第１の遺伝子、目的の第２の遺伝子、及び目的の第３の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。例えば、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの３つは、目的の第１の遺伝子をコードし、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの１つは、目的の第２の遺伝子をコードし、且つ、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの１つは、目的の第３の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子、目的の第２の遺伝子、及び目的の第３の遺伝子は異なり、目的の第１の遺伝子、目的の第２の遺伝子、及び目的の第３の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８７］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１及び第２の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第１の遺伝子をコードし、且つ、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列の１つ又は複数は、目的の第２の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子は異なり、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１及び第２の標的ｍＲＮＡとは異なる。例えば、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの３つは、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの他の２つは、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１及び第２の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの３つは、目的の第１の遺伝子をコードし、且つ、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの２つは、目的の第２の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子は異なり、目的の第１の遺伝子及び目的の第２の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１及び第２の標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８８］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの別の１つ又は複数は、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、且つ、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列のうちの他の１つ又は複数は、第３の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１、第２、及び第３の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第１の遺伝子をコードし、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第２の遺伝子をコードし、且つ、目的の遺伝子をコードする３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、目的の第３の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子、目的の第２の遺伝子、及び目的の第３の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１、第２、及び第３の標的ｍＲＮＡとは異なる。例えば、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列、及び目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列を含み得、ここで、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの２つは、第１の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうちの１つは、第２の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、且つ、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む５つの核酸配列のうち１つは、第３の標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、第１の標的ｍＲＮＡ、第２の標的ｍＲＮＡ、及び第３の標的ｍＲＮＡは異なり、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの３つは、目的の第１の遺伝子をコードし、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの１つは、目的の第２の遺伝子をコードし、且つ、目的の遺伝子をコードする５つの核酸配列のうちの１つは、目的の第３の遺伝子をコードし、目的の第１の遺伝子、目的の第２の遺伝子、及び目的の第３の遺伝子は異なり、目的の第１の遺伝子、目的の第２の遺伝子、及び目的の第３の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが結合することができる第１、第２、及び第３の標的ｍＲＮＡとは異なる。
［０１８９］ 複数の目的の遺伝子がポリヌクレオチド構築物によってコードされるいくつかの実施態様では、目的の全ての遺伝子は同じタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、目的の全ての遺伝子は、異なるタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、複数の目的の遺伝子が同じタンパク質をコードし、少なくとも１つの目的の遺伝子が異なるタンパク質をコードする。複数のｓｉＲＮＡがポリヌクレオチド構築物によってコードされるか又は含まれるいくつかの実施態様では、ポリヌクレオチド構築物によってコードされるか又は含まれる全てのｓｉＲＮＡは、同じＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、全てのｓｉＲＮＡは、異なる標的ＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、２つ以上のｓｉＲＮＡが同じ標的ＲＮＡに結合することができ、少なくとも１つのｓｉＲＮＡが異なる標的ＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡである。ポリヌクレオチド構築物によってコードされるか又は含まれる複数のｓｉＲＮＡが同じ標的ＲＮＡに結合することができるいくつかの実施態様では、全て又はいくつかのｓｉＲＮＡは、同じ又は異なる標的ＲＮＡ結合部位に結合することができる。
組換えＲＮＡ構築物
［０１９０］ 本発明の一実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、組換えＲＮＡ構築物である。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ネイキッドＲＮＡである。好ましい実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、５’キャップ（例えば、アンチリバースＣＡＰアナログ、クリーンキャップ、キャップ０、キャップ１、キャップ２、又はロックド核酸キャップ（ＬＮＡキャップ）など）、配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）、及び／又は特に翻訳を改善するために３’末端のポリ（Ａ）テールを含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、任意の当業者に知られている翻訳を促進するさらなる領域を有する。いくつかの実施態様では、５’キャップは、アンチリバースＣＡＰアナログ、クリーンキャップ、キャップ０、キャップ１、キャップ２、又はロック核酸キャップ（ＬＮＡキャップ）を含む。いくつかの実施態様では、５’キャップは、ｍ２ ７，３’－ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ、ｍ７Ｇ、ｍ７Ｇ（５’）Ｇ、ｍ７ＧｐｐｐＧ、又はｍ７ＧｐｐｐＧｍを含む。
［０１９１］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ポリ（Ａ）テールをコードする核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、ポリ（Ａ）テールを含む。
［０１９２］ いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の１、３、５、８、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、又は２２０塩基対（配列番号１９２）を含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の１～２２０塩基対（配列番号１９１）を含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の１～２０、１～４０、１～６０、１～８０、１～１００、１～１２０、１～１４０、１～１６０、１～１８０、１～２００、１～２２０、２０～４０、２０～６０、２０～８０、２０～１００、２０～１２０、２０～１４０、２０～１６０、２０～１８０、２０～２００、２０～２２０、４０～６０、４０～８０、４０～１００、４０～１２０、４０～１４０、４０～１６０、４０～１８０、４０～２００、４０～２２０、６０～８０、６０～１００、６０～１２０、６０～１４０、６０～１６０、６０～１８０、６０～２００、６０～２２０、８０～１００、８０～１２０、８０～１４０、８０～１６０、８０～１８０、８０～２００、８０～２２０、１００～１２０、１００～１４０、１００～１６０、１００～１８０、１００～２００、１００～２２０、１２０～１４０、１２０～１６０、１２０～１８０、１２０～２００、１２０～２２０、１４０～１６０、１４０～１８０、１４０～２００、１４０～２２０、１６０～１８０、１６０～２００、１６０～２２０、１８０～２００、１８０～２２０、又は２００～２２０塩基対（配列番号１９４）を含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の１、２０、４０、６０、８０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、又は２２０塩基対（配列番号１９５）を含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の少なくとも１、２０、４０、６０、８０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、又は２００塩基対（配列番号１９９）を含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の最大で２０、４０、６０、８０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、又は２２０塩基対（配列番号１９６）を含む。好ましい実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、ポリ（Ａ）の１２０塩基対（配列番号１９３）を含む。
［０１９３］ 本発明の一実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、修飾ヌクレオチドと未修飾ヌクレオチドの組み合わせを含み得る。好ましい実施態様では、そのような修飾組換えＲＮＡ構築物において、１～１００％、好ましくは１０～１００％、より好ましくは５０～１００％、さらにより好ましくは９０～１００％、最も好ましくは１００％のウリジンヌクレオチドが修飾され得る。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の任意のＤＮＡ構築物から転写された組換えＲＮＡ構築物は、修飾ウリジンを含み得る。好ましい実施態様では、本明細書に記載の任意のＤＮＡ構築物から転写された組換えＲＮＡ構築物中の１００％のウリジンヌクレオチドが修飾される。いくつかの実施態様では、アデノシン、グアノシン、及びシチジンを含むヌクレオチドは、未修飾又は部分的に修飾されており、それらは、好ましくは、未修飾の形態で存在する。好ましくは、組換えＲＮＡ構築物中の修飾ウリジンヌクレオチドの含有量は、５～２５％の範囲にあり得る。修飾ウリジンヌクレオチドの非限定的な例は、プソイドウリジン、Ｎ１－メチルプソイドウリジン、又はＮ１－メチルプソイドＵＴＰを含み得、当技術分野で知られている任意の修飾ウリジンヌクレオチドが利用され得る。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、修飾ヌクレオチド及び未修飾ヌクレオチドの組み合わせを含み得、ここで、そのような修飾組換えＲＮＡ構築物において、ウリジンヌクレオチドの１～１００％、好ましくは１０～１００％、より好ましくは５０～１００％、さらにより好ましくは９０～１００％、最も好ましくは１００％が、プソイドウリジン、Ｎ１－メチルプソイドウリジン、又はＮ１－メチルプソイドＵＴＰ、又は当技術分野で知られている他の任意の修飾ウリジンヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、修飾ヌクレオチド及び未修飾ヌクレオチドの組み合わせを含み得、ここで、そのような修飾組換えＲＮＡ構築物において、ウリジンヌクレオチドの１～１００％、好ましくは１０～１００％、より好ましくは５０～１００％、さらにより好ましくは９０～１００％、最も好ましくは１００％がＮ１－メチルプソイドウリジンを含み得る。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の任意のＤＮＡ構築物から転写された組換えＲＮＡ構築物は、Ｎ１－メチルプソイドウリジンを含み得る。好ましい実施態様では、本明細書に記載の任意のＤＮＡ構築物から転写された組換えＲＮＡ構築物中の１００％のウリジンヌクレオチドが、Ｎ１－メチルプソイドウリジンに修飾される。
［０１９４］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、コドン最適化され得る。一般的に、コドン最適化とは、天然配列の少なくとも１つのコドン（例えば、１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、５０、又はそれ以上のコドン）を、天然アミノ酸配列を維持しながら、その宿主細胞の遺伝子でより頻繁に又は最も頻繁に使用されるコドンで置き換えることにより、目的の宿主細胞における発現のために核酸配列を修飾するプロセスを指す。コドン使用頻度表は、例えば「コドン使用頻度データベース」で容易に入手でき、これらの表は様々な方法で適応させることができる。特定の宿主細胞における発現のために特定の配列をコドン最適化するためのコンピューターアルゴリズムも利用可能であり、例えば、ＧｅｎｅＦｏｒｇｅ（登録商標）（Ａｐｔａｇｅｎ，ＰＡ）及びＧｅｎｅＯｐｔｉｍｉｚｅｒ（登録商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｃｈｅｒ，ＭＡ）が好ましい。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、コドン最適化されない場合がある。
［０１９５］ 好ましい実施態様では、本発明は、（ｉ）インターロイキン８（ＩＬ－８）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０１９６］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、（ｉ）インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０１９７］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、（ｉ）インターロイキン１７（ＩＬ－１７）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インターロイキン４（ＩＬ－４）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０１９８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ又はＴＮＦ－α）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インターロイキン４（ＩＬ－４）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０１９９］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、（ｉ）腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）及びインターロイキン１７（ＩＬ－１７）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インターロイキン４（ＩＬ－４）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０２００］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、配列番号１～８からなる群から選択される核酸配列を含むポリ核酸構築物を含む組成物である。
［０２０１］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、配列番号２９～４７からなる群から選択される核酸配列を含む、ポリ核酸構築物、例えば、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。
［０２０２］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、配列番号１～８及び配列番号２９～４７からなる群から選択される核酸配列を含むポリ核酸構築物を含む組成物である。
［０２０３］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、（ｉ）アクチビン受容体様キナーゼ－２（ＡＬＫ２）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０２０４］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、（ｉ）スーパーオキシドジスムターゼ－１（ＳＯＤ１）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０２０５］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、（ｉ）スーパーオキシドジスムターゼ－１（ＳＯＤ１）メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）エリスロポエチン（ＥＰＯ）をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を含む。
［０２０６］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、配列番号１５２～１５８からなる群から選択される核酸配列を含むポリ核酸構築物を含む組成物である。
［０２０７］ いくつかの実施態様では、本明細書に記載の組換えポリ核酸構築物は、配列番号１７７～１８９のいずれか１つに対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の組換えポリ核酸構築物は、配列番号１９０に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
［０２０８］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、配列番号１７７～１８９からなる群から選択される核酸配列を含むポリ核酸構築物を含む組成物である。
［０２０９］ 別の好ましい実施態様では、本発明は、配列番号１９０の核酸配列を含むポリ核酸構築物を含む組成物である。
［０２１０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、標的ｍＲＮＡ及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含むＲＮＡ構築物を生成する方法である。いくつかの実施態様では、ＲＮＡ構築物は、インビトロ転写によって生成される。この実施態様では、（ｉ）プロモーター、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする少なくとも１つの核酸配列、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、及びポリ（Ａ）テールをコードする核酸配列を含むポリ核酸構築物；（ｉｉ）ＲＮＡポリメラーゼ；及び（ｉｉｉ）ヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）の混合物が、インビトロ（「無細胞」）転写のために提供される。インビトロ転写を使用してＲＮＡを生成すること、並びに転写されたＲＮＡを単離及び精製することの詳細は、当技術分野で周知であり、例えば、Ｂｅｃｋｅｒｔ ＆ Ｍａｓｑｕｉｄａ（（２０１１）Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ＲＮＡ ｂｙ Ｉｎ ｖｉｔｒｏ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．ＲＮＡ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ），ｖｏｌ７０３．Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）に見出すことができる。インビトロ転写キットの非限定的なリストには、ＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔ（商標）Ｔ３ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔ Ｔ７ ｋｉｔ、ＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔ（商標）ＳＰ６ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＭＡＸＩｓｃｒｉｐｔ（商標）Ｔ３ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＭＡＸＩｓｃｒｉｐｔ（商標）Ｔ７ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＭＡＸＩｓｃｒｉｐｔ（商標）ＳＰ６ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＭＡＸＩｓｃｒｉｐｔ（商標）Ｔ７／Ｔ３ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＭＡＸＩｓｃｒｉｐｔ（商標）ＳＰ６／Ｔ７ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ｍＭＥＳＳＡＧＥ ｍＭＡＣＨＩＮＥ（商標）Ｔ３ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ｍＭＥＳＳＡＧＥ ｍＭＡＣＨＩＮＥ（商標）Ｔ７ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ｍＭＥＳＳＡＧＥ ｍＭＡＣＨＩＮＥ（商標）ＳＰ６ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＭＥＧＡｓｈｏｒｔｓｃｒｉｐｔ（商標）Ｔ７ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＨｉＳｃｒｉｂｅ（商標）Ｔ７ Ｈｉｇｈ Ｙｉｅｌｄ ＲＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｋｉｔ、ＨｉＳｃｒｉｂｅ（商標）Ｔ７ Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＡｍｐｌｉＳｃｒｉｂｅ（商標）Ｔ７－Ｆｌａｓｈ（商標）Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＡｍｐｌｉＳｃｒｉｂｅ（商標）Ｔ７ Ｈｉｇｈ Ｙｉｅｌｄ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＡｍｐｌｉＳｃｒｉｂｅ（商標）Ｔ７－Ｆｌａｓｈ（商標）Ｂｉｏｔｉｎ－ＲＮＡ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、Ｔ７ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＨｉｇｈＹｉｅｌｄ Ｔ７ ＲＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｋｉｔ、ＤｕｒａＳｃｒｉｂｅ（登録商標） Ｔ７ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔなどが含まれる。
［０２１１］ いくつかの実施態様では、ポリ核酸構築物は直鎖状であり得る。インビトロ転写反応は、転写緩衝系、ヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）、及びＲＮａｓｅ阻害剤をさらに含むことができる。いくつかの実施態様では、転写緩衝系は、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）及びマグネシウムイオンを含み得る。ＮＴＰは、天然に存在するものであっても、非天然に存在する（修飾）ＮＴＰであってもよい。非天然に存在する（修飾）ＮＴＰの非限定的な例には、Ｎ１－メチルプソイドウリジン、プソイドウリジン、Ｎ１－エチルプソイドウリジン、Ｎ１－メトキシメチルプソイドウリジン、Ｎ１－プロピルプソイドウリジン、２－チオウリジン、４－チオウリジン、５－メトキシウリジン、５－メチルウリジン、５－カルボキシメチルエステルウリジン、５－ホルミルウリジン、５－カルボキシウリジン、５－ヒドロキシウリジン、５－ブロモウリジン、５－ヨードウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、６－アザウリジン、チエノウリジン、３－メチルウリジン、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジン、５－メチルシチジン、５－メトキシシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、５－ホルミルシチジン、５－カルボキシシチジン、５－ヒドロキシシチジン、５－ヨードシチジン、５－ブロモシチジン、２－チオシチジン、５－アザシチジン、プソイドイソシチジン、３－メチル－シチジン、Ｎ４－アセチルシチジン、５－ホルミルシチジン、Ｎ４－メチルシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、１－メチル－プソイドイソシチジン、４－メトキシ－プソイドイソシチジン、及び４－メトキシ－１－メチル－プソイドイソシチジン、Ｎ１－メチルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ６－メチル－２－アミノアデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６－ジメチルアデノシン、７－メチルアデニン、２－メチルチオ－アデニン、及び２－メトキシ－アデニンが含まれる。ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼの非限定的な例には、Ｔ３、Ｔ７、ＳＰ６、Ｐ６０、Ｓｙｎ５、及びＫＰ３４ ＲＮＡポリメラーゼが含まれる。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｔ３ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｐ６０ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｓｙｎ５ ＲＮＡポリメラーゼ、及びＫＰ３４ ＲＮＡポリメラーゼからなる群から選択される。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｔ３ ＲＮＡポリメラーゼである。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼである。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｐ６０ ＲＮＡポリメラーゼである。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｓｙｎ５ ＲＮＡポリメラーゼである。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、ＫＰ３４ ＲＮＡポリメラーゼである。好ましい実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼである。
［０２１２］ さらなる実施態様では、転写されたＲＮＡは、インビトロ転写反応混合物から単離及び精製され得る。この実施態様では、転写されたＲＮＡは、カラム精製を使用して単離及び精製することができる。インビトロ転写反応混合物からの転写されたＲＮＡの単離及び精製の詳細は、当技術分野で周知であり、任意の市販のキットを使用することができる。ＲＮＡ精製キットの非限定的なリストには、ＭＥＧＡｃｌｅａｒ ｋｉｔ、Ｍｏｎａｒｃｈ（登録商標）ＲＮＡ Ｃｌｅａｎｕｐ Ｋｉｔ、ＥａｓｙＰｕｒｅ（登録商標）ＲＮＡ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ（登録商標）ＲＮＡ Ｃｌｅａｎ－ｕｐなどが含まれる。
ウイルス性疾患又は状態を治療するための組換えポリ核酸構築物
［０２１３］ 本発明の組換えポリ核酸構築物は、ウイルス感染に関連する疾患及び状態の治療を指向することができる。これらの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、特定の標的に結合することができる単一又は複数の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）種をコードするか又は含む核酸配列と、過剰発現のための単一又は複数のタンパク質をコードする核酸配列を提供することによって、１つ又は複数のタンパク質の発現を同時にダウンレギュレートし、且つ、１つ又は複数のタンパク質の発現をアップレギュレートすることができる。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸は、ＤＮＡである。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸は、ＲＮＡである。
［０２１４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ又は非コードＲＮＡ）に特異的に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物であり；ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる。
［０２１５］ いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は５’から３’方向に配向されている（（ｉ）の要素は（ｉｉ）の要素の上流にある）。いくつかの実施態様では、（ｉ）及び（ｉｉ）は５’から３’方向に配向されていない（例えば、（ｉｉ）の要素は（ｉ）の要素の上流にある）。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ又は非コードＲＮＡ）に特異的に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードする又は含む少なくとも１つの核酸配列は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の上流にある。
いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ又は非コードＲＮＡ）に特異的に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の下流にある。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、（ｉ）及び（ｉｉ）を接続する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ又は非コードＲＮＡ）に特異的に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、環状である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、直鎖状である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ＤＮＡである。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ＲＮＡである。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号１～８又は２９～４７のうちの１つに記載の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号１５２～１５８のうちの１つに記載の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号１７７～１９０のうちの１つに記載の核酸配列を含む。
［０２１６］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、ポリ（Ａ）テールをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、ポリ（Ａ）テールは、１～２０Ａ残基（配列番号１９１）を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、５’キャップをさらに含む。いくつかの実施態様では、５’キャップは、アンチリバースＣＡＰアナログ、クリーンキャップ、キャップ０、キャップ１、キャップ２、又はロック核酸キャップ（ＬＮＡキャップ）を含む。いくつかの実施態様では、５’キャップは、ｍ２ ７，３’－ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ、ｍ７Ｇ、ｍ７Ｇ（５’）Ｇ、ｍ７ＧｐｐｐＧ、又はｍ７ＧｐｐｐＧｍを含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、プロモーターをさらに含む。いくつかの実施態様では、プロモーターは、Ｔ３、Ｔ７、ＳＰ６、Ｐ６０、Ｓｙｎ５、及びＫＰ３４からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、プロモーターはＴ７プロモーターである。いくつかの実施態様では、Ｔ７プロモーターは、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流にある。いくつかの実施態様では、Ｔ７プロモーターは、目的の遺伝子をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列の上流にある。いくつかの実施態様では、Ｔ７プロモーターは、配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡ（配列番号２５）を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、コザック配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、コザック配列はＧＣＣＡＣＣ（配列番号２６）である。
［０２１７］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、１～１０個のｓｉＲＮＡ種をコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡ種は同一である。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡ種は異なる。いくつかの実施態様では、いくつかのｓｉＲＮＡ種は同一であり、いくつかは異なる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖及びアンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現に影響を及ぼさない。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現を阻害しない。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む。
［０２１８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）インターフェロンベータ（ＩＦＮ－ベータ）をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号２９又は３０（化合物Ｂ１又はＢ２）に記載の配列を含む。
［０２１９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３１（化合物Ｂ３）に記載の配列を含む。
［０２２０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３２（化合物Ｂ４）に記載の配列を含む。
［０２２１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３３（化合物Ｂ５）に記載の配列を含む。
［０２２２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３４又は３５（化合物Ｂ６又はＢ７）に記載の配列を含む。
［０２２３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、そのような組成物、例えば、化合物Ｂ８（配列番号３６）を含む組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３６に記載の配列を含む。
［０２２４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３７又は３９（化合物Ｂ９又はＢ１１）に記載の配列を含む。
［０２２５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号３８（化合物Ｂ１０）に記載の配列を含む。
［０２２６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ１２（配列番号４０）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。特定の態様では、化合物Ｂ１３（配列番号４１）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳ－ＣｏＶによる感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４０、４１、及び４２（化合物Ｂ１２、Ｂ１３、及びＢ１４）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０２２７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、（ｉｉ）の組換えポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡは、天然のＩＦＮ－ベータシグナルペプチド、又は修飾シグナルペプチドをコードする。関連する態様では、修飾ＩＦＮ－ベータシグナルペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＰ１又はＳＰ２である（それぞれ、配列番号５２及び５４）。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４３、４４、及び４５（化合物Ｂ１５、Ｂ１６、及びＢ１７）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０２２８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４６（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号１９０（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。
［０２２９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含むか、又はコードする。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含むか、又はそれをコードする。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４７（化合物Ｂ１９）に記載の配列を含む。
［０２３０］ いくつかの態様では、ＩＦＮ－ベータ構築物は、本明細書に記載されるような修飾シグナルペプチドを含む。いくつかの態様では、本発明は、配列番号２９～４７からなる群から選択される核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物を提供する。いくつかの態様では、本発明は、配列番号１９０に記載の核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物を提供する。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物を含む組成物は、ウイルス感染、疾患又は状態の治療において有用である。いくつかの態様では、組成物は、ウイルス感染、疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し、又は投与される。
［０２３１］ いくつかの実施態様では、本発明は、組成物及び関連する方法を提供し、ここで、該組成物は、標的ＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を含み；ｓｉＲＮＡは、ＩＬ－８ ｍＲＮＡ、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡ、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡ、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ（ポリプロテインＰＰ１ａｂ、例えば、非コード領域にあるもの、又は以下：ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２非構造タンパク質（ＮＳＰ）、Ｎｓｐ１、Ｎｓｐ３（Ｎｓｐ３ｂ、Ｎｓｐ３ｃ、ＰＬｐｒｏ、及びＮｓｐ３ｅ）、Ｎｓｐ７＿Ｎｓｐ８複合体、Ｎｓｐ９－Ｎｓｐ１０、及びＮｓｐ１４－Ｎｓｐ１６、３ＣＬｐｒｏ、Ｅチャネル（Ｅタンパク質）、ＯＲＦ７ａ、Ｃ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＣＲＢＤ）、Ｎ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＮＲＢＤ）、ヘリカーゼ、及びＲｄＲｐから選択されるタンパク質をコードする場所）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓ）ｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）ｍＲＮＡ、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）ｍＲＮＡ、インターロイキンｍＲＮＡ（インターロイキン１（例：ＩＬ－１アルファ、ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、インターロイキン１８（ＩＬ－１８）、インターロイキン３６－アルファ（ＩＬ－３６－アルファ）、インターロイキン３６－ベータ（ＩＬ－３６－ベータ）、インターロイキン３６－ガンマ（ＩＬ－３６－ガンマ）、インターロイキン３３（ＩＬ－３３）を含むがこれらに限定されない）、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）ｍＲＮＡ、膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）ｍＲＮＡ、及びコードＮＳＰ１２及び１３ＲＮＡから選択されるＲＮＡを標的とし；且つ、目的の遺伝子は、ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＧＦ－１（本明細書の他の場所に記載されているその誘導体を含む）、カルボキシペプチダーゼ（例えば、ＡＣＥ、ＡＣＥ２、ＣＮＤＰ１、ＣＰＡ１、ＣＰＡ２、ＣＰＡ４、ＣＰＡ５、ＣＰＡ６、ＣＰＢ１、ＣＰＢ２、ＣＰＥ、ＣＰＮ１、ＣＰＱ、ＣＰＸＭ１、ＣＰＺ、ＳＣＰＥＰ１）；サイトカイン（例えば、ＢＭＰ１、ＢＭＰ１０、ＢＭＰ１５、ＢＭＰ２、ＢＭＰ３、ＢＭＰ４、ＢＭＰ５、ＢＭＰ６、ＢＭＰ７、ＢＭＰ８Ａ、ＢＭＰ８Ｂ、Ｃ１ＱＴＮＦ４、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３Ｌ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ４Ｌ、ＣＣＬ４Ｌ２、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＥＲ１、ＣＫＬＦ、ＣＬＣＦ１、ＣＮＴＦ、ＣＳＦ１、ＣＳＦ２、ＣＳＦ３、ＣＴＦ１、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ２、ＤＫＫ３、ＤＫＫ４、ＥＤＡ、ＥＢＩ３、ＦＡＭ３Ｂ、ＦＡＭ３Ｃ、ＦＡＳＬＧ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＤＦ１、ＧＤＦ１０、ＧＤＦ１１、ＧＤＦ１５、ＧＤＦ２、ＧＤＦ３、ＧＤＦ５、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７、ＧＤＦ９、ＧＰＩ、ＧＲＥＭ１、ＧＲＥＭ２、ＧＲＮ、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ１３、ＩＦＮＡ１０、ＩＦＮＡ１４、ＩＦＮＡ１６、ＩＦＮＡ１７、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ２１、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡ５、ＩＦＮＡ６、ＩＦＮＡ７、ＩＦＮＡ８、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＧ、ＩＦＮＫ、ＩＦＮＬ１、ＩＦＮＬ２、ＩＦＮＬ３、ＩＦＮＬ４、ＩＦＮＷ１、ＩＬ１０、ＩＬ１１、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１３、ＩＬ１５、ＩＬ１６、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１７Ｂ、ＩＬ１７Ｃ、ＩＬ１７Ｄ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ１８、ＩＬ１９、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１Ｆ１０、ＩＬ２、ＩＬ２０、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３Ａ、ＩＬ２４、ＩＬ２５、ＩＬ２６、ＩＬ２７、ＩＬ３、ＩＬ３１、ＩＬ３２、ＩＬ３３、ＩＬ３４、ＩＬ３６Ａ、ＩＬ３６Ｂ、ＩＬ３６Ｇ、ＩＬ３６ＲＮ、ＩＬ３７、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ７、ＩＬ９、ＬＥＦＴＹ１、ＬＥＦＴＹ２、ＬＩＦ、ＬＴＡ、ＭＩＦ、ＭＳＴＮ、ＮＡＭＰＴ、ＮＯＤＡＬ、ＯＳＭ、ＰＦ４、ＰＦ４Ｖ１、ＳＣＧＢ３Ａ１、ＳＥＣＴＭ１、ＳＬＵＲＰ１、ＳＰＰ１、ＴＨＮＳＬ２、ＴＨＰＯ、ＴＮＦ、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＮＦＳＦ１３、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ１５、ＴＳＬＰ、ＶＳＴＭ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１６、ＷＮＴ２、ＷＮＴ２Ｂ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ３Ａ、ＷＮＴ４、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ５Ｂ、ＷＮＴ６、ＷＮＴ７Ａ、ＷＮＴ７Ｂ、ＷＮＴ８Ａ、ＷＮＴ８Ｂ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ｂ、ＸＣＬ１、及びＸＣＬ２）；細胞外リガンド及びトランスポーター（例えば、ＡＰＣＳ、ＣＨＩ３Ｌ１、ＣＨＩ３Ｌ２、ＣＬＥＣ３Ｂ、ＤＭＢＴ１、ＤＭＫＮ、ＥＤＤＭ３Ａ、ＥＤＤＭ３Ｂ、ＥＦＮＡ４、ＥＭＣ１０、ＥＮＡＭ、ＥＰＹＣ、ＥＲＶＨ４８－１、Ｆ１３Ｂ、ＦＣＮ１、ＦＣＮ２、ＧＬＤＮ、ＧＰＬＤ１、ＨＥＧ１、ＩＴＦＧ１、ＫＡＺＡＬＤ１、ＫＣＰ、ＬＡＣＲＴ、ＬＥＧ１、ＭＥＴＲＮ、ＮＯＴＣＨ２ＮＬ、ＮＰＮＴ、ＯＬＦＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＲＢ２、ＰＳＡＰ、ＰＳＡＰＬ１、ＰＳＧ１、ＰＳＧ６、ＰＳＧ９、ＰＴＸ３、ＰＴＸ４、ＲＢＰ４、ＲＮＡＳＥ１０、ＲＮＡＳＥ１２、ＲＮＡＳＥ１３、ＲＮＡＳＥ９、ＲＳＰＲＹ１、ＲＴＢＤＮ、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ１３、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、ＳＡＡ２、ＳＡＡ４、ＳＣＧ１、ＳＣＧ２、ＳＣＧ３、ＳＣＧＢ１Ｃ１、ＳＣＧＢ１Ｃ２、ＳＣＧＢ１Ｄ１、ＳＣＧＢ１Ｄ２、ＳＣＧＢ１Ｄ４、ＳＣＧＢ２Ｂ２、ＳＣＧＢ３Ａ２、ＳＣＧＮ、ＳＣＲＧ１、ＳＣＵＢＥ１、ＳＣＵＢＥ２、ＳＣＵＢＥ３、ＳＤＣＢＰ、ＳＥＬＥＮＯＰ、ＳＦＴＡ２、ＳＦＴＡ３、ＳＦＴＰＡ１、ＳＦＴＰＡ２、ＳＦＴＰＣ、ＳＦＴＰＤ、ＳＨＢＧ、ＳＬＵＲＰ２、ＳＭＯＣ１、ＳＭＯＣ２、ＳＭＲ３Ａ、ＳＭＲ３Ｂ、ＳＮＣＡ、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＯＧＡ１、ＳＰＡＲＣ、ＳＰＡＲＣＬ１、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＲＰＸ２、ＳＳＣ４Ｄ、ＳＴＸ１Ａ、ＳＵＳＤ４、ＳＶＢＰ、ＴＣＮ１、ＴＣＮ２、ＴＣＴＮ１、ＴＦ、ＴＵＬＰ３、ＴＦＦ２、ＴＦＦ３、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＩＮＡＧ、ＴＩＮＡＧＬ１、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ２５、ＶＷＣ２Ｌ）；細胞外マトリックスタンパク質（例えば、ＡＢＩ３ＢＰ、ＡＧＲＮ、ＣＣＢＥ１、ＣＨＬ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＤＭＢＴ１、ＤＲＡＸＩＮ、ＥＤＩＬ３、ＥＬＮ、ＥＭＩＤ１、ＥＭＩＬＩＮ１、ＥＭＩＬＩＮ２、ＥＭＩＬＩＮ３、ＥＰＤＲ１、ＦＢＬＮ１、ＦＢＬＮ２、ＦＢＬＮ５、ＦＬＲＴ１、ＦＬＲＴ２、ＦＬＲＴ３、ＦＲＥＭ１、ＧＬＤＮ、ＩＢＳＰ、ＫＥＲＡ、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＲＲＥＬ３、ＫＲＴ１０、ＬＡＭＢ２、ＭＧＰ、ＲＰＴＮ、ＳＢＳＰＯＮ、ＳＤＣ１、ＳＤＣ４、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｄ、ＳＥＭＡ３Ｅ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ３Ｇ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＬＩＴ１、ＳＬＩＴ２、ＳＬＩＴ３、ＳＬＩＴＲＫ１、ＳＮＥＤ１、ＳＮＯＲＣ、ＳＰＡＣＡ３、ＳＰＡＣＡ７、ＳＰＯＮ１、ＳＰＯＮ２、ＳＴＡＴＨ、ＳＶＥＰ１、ＴＥＣＴＡ、ＴＥＣＴＢ、ＴＮＣ、ＴＮＮ、ＴＮＲ、ＴＮＸＢ）；グルコシダーゼ（ＡＭＹ１Ａ、ＡＭＹ１Ｂ、ＡＭＹ１Ｃ、ＡＭＹ２Ａ、ＡＭＹ２Ｂ、ＣＥＭＩＰ、ＣＨＩＡ、ＣＨＩＴ１、ＦＵＣＡ２、ＧＬＢ１Ｌ、ＧＬＢ１Ｌ２、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ３、ＫＬ、ＬＹＧ１、ＬＹＧ２、ＬＹＺＬ１、ＬＹＺＬ２、ＭＡＮ２Ｂ２、ＳＭＰＤ１、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＳＰＡＣＡ５、ＳＰＡＣＡ５Ｂ）；グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、ＡＲＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＥＸＴＬ２、ＧＡＬＮＴ１、ＧＡＬＮＴ２、ＧＬＴ１Ｄ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＳＴ３ＧＡＬ１、ＳＴ３ＧＡＬ２、ＳＴ３ＧＡＬ３、ＳＴ３ＧＡＬ４、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＸＹＬＴ１）；成長因子（例えば、ＡＭＨ、ＡＲＴＮ、ＢＴＣ、ＣＤＮＦ、ＣＦＣ１、ＣＦＣ１Ｂ、ＣＨＲＤＬ１、ＣＨＲＤＬ２、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＣＮＭＤ、ＥＦＥＭＰ１、ＥＧＦ、ＥＧＦＬ６、ＥＧＦＬ７、ＥＧＦＬ８、ＥＰＧＮ、ＥＲＥＧ、ＥＹＳ、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１６、ＦＧＦ１７、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ２、ＦＧＦ２０、ＦＧＦ２１、ＦＧＦ２２、ＦＧＦ２３、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ８、ＦＧＦ９、ＦＲＺＢ、ＧＤＮＦ、ＧＦＥＲ、ＧＫＮ１、ＨＢＥＧＦ、ＨＧＦ、ＩＧＦ－１、ＩＧＦ２、ＩＮＨＡ、ＩＮＨＢＡ、ＩＮＨＢＢ、ＩＮＨＢＣ、ＩＮＨＢＥ、ＩＮＳ、ＫＩＴＬＧ、ＭＡＮＦ、ＭＤＫ、ＭＩＡ、ＮＧＦ、ＮＯＶ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＲＧ３、ＮＲＧ４、ＮＲＴＮ、ＮＴＦ３、ＮＴＦ４、ＯＧＮ、ＰＤＧＦＡ、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、ＰＤＧＦＤ、ＰＧＦ、ＰＲＯＫ１、ＰＳＰＮ、ＰＴＮ、ＳＤＦ１、ＳＤＦ２、ＳＦＲＰ１、ＳＦＲＰ２、ＳＦＲＰ３、ＳＦＲＰ４、ＳＦＲＰ５、ＴＤＧＦ１、ＴＦＦ１、ＴＧＦＡ、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、ＴＧＦＢ３、ＴＨＢＳ４、ＴＩＭＰ１、ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦＢ、ＶＥＧＦＣ、ＶＥＧＦＤ、ＷＩＳＰ３）；成長因子結合タンパク質（例えば、ＣＨＲＤ、ＣＹＲ６１、ＥＳＭ１、ＦＧＦＢＰ１、ＦＧＦＢＰ２、ＦＧＦＢＰ３、ＨＴＲＡ１、ＧＨＢＰ、ＩＧＦＡＬＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＧＦＢＰ３、ＩＧＦＢＰ４、ＩＧＦＢＰ５、ＩＧＦＢＰ６、ＩＧＦＢＰ７、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ２、ＬＴＢＰ３、ＬＴＢＰ４、ＳＯＳＴＤＣ１、ＮＯＧ、ＴＷＳＧ１、及びＷＩＦ１）；ヘパリン結合タンパク質（例えば、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ５、ＡＮＧＰＴＬ３、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ、ＡＰＯＨ、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＭＰ、ＣＴＧＦ、ＦＢＬＮ７、ＦＮ１、ＦＳＴＬ１、ＨＲＧ、ＬＡＭＣ２、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＰＬ、ＰＣＯＬＣＥ２、ＰＯＳＴＮ、ＲＳＰＯ１、ＲＳＰＯ２、ＲＳＰＯ３、ＲＳＰＯ４、ＳＡＡ１、ＳＬＩＴ２、ＳＯＳＴ、ＴＨＢＳ１、ＶＴＮ）；ホルモン（例えば、ＡＤＣＹＡＰ１、ＡＤＩＰＯＱ、ＡＤＭ、ＡＤＭ２、ＡＮＧＰＴＬ８、ＡＰＥＬＡ、ＡＰＬＮ、ＡＶＰ、Ｃ１ＱＴＮＦ１２、Ｃ１ＱＴＮＦ９、ＣＡＬＣＡ、ＣＡＬＣＢ、ＣＣＫ、ＣＧＡ、ＣＧＢ１、ＣＧＢ２、ＣＧＢ３、ＣＧＢ５、ＣＧＢ８、ＣＯＰＡ、ＣＯＲＴ、ＣＲＨ、ＣＳＨ１、ＣＳＨ２、ＣＳＨＬ１、ＥＮＨＯ、ＥＰＯ、ＥＲＦＥ、ＦＢＮ１、ＦＮＤＣ５、ＦＳＨＢ、ＧＡＬ、ＧＡＳＴ、ＧＣＧ、ＧＨ、ＧＨ１、ＧＨ２、ＧＨＲＨ、ＧＨＲＬ、ＧＩＰ、ＧＮＲＨ１、ＧＮＲＨ２、ＧＰＨＡ２、ＧＰＨＢ５、ＩＡＰＰ、ＩＮＳ、ＩＮＳＬ３、ＩＮＳＬ４、ＩＮＳＬ５、ＩＮＳＬ６、ＬＨＢ、ＭＥＴＲＮＬ、ＭＬＮ、ＮＰＰＡ、ＮＰＰＢ、ＮＰＰＣ、ＯＳＴＮ、ＯＸＴ、ＰＭＣＨ、ＰＰＹ、ＰＲＬ、ＰＲＬＨ、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨ、ＰＹＹ、ＲＥＴＮ、ＲＥＴＮＬＢ、ＲＬＮ１、ＲＬＮ２、ＲＬＮ３、ＳＣＴ、ＳＰＸ、ＳＳＴ、ＳＴＣ１、ＳＴＣ２、ＴＧ、ＴＯＲ２Ａ、ＴＲＨ、ＴＳＨＢ、ＴＴＲ、ＵＣＮ、ＵＣＮ２、ＵＣＮ３、ＵＴＳ２、ＵＴＳ２Ｂ、及びＶＩＰ）；ハイドロラーゼ（例えば、ＡＡＤＡＣＬ２、ＡＢＨＤ１５、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ１、ＡＯＡＨ、ＡＲＳＦ、ＡＲＳＩ、ＡＲＳＪ、ＡＲＳＫ、ＢＴＤ、ＣＨＩ３Ｌ２、ＥＮＰＰ１、
ＥＮＰＰ２、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ５、ＥＮＴＰＤ５、ＥＮＴＰＤ６、ＧＢＰ１、ＧＧＨ、ＧＰＬＤ１、ＨＰＳＥ、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＦ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＩＰＫ、ＬＩＰＭ、ＬＩＰＮ、ＬＰＬ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１Ｂ、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｅ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｆ、ＰＬＡ２Ｇ３、ＰＬＡ２Ｇ５、ＰＬＡ２Ｇ７、ＰＮＬＩＰ、ＰＮＬＩＰＲＰ２、ＰＮＬＩＰＲＰ３、ＰＯＮ１、ＰＯＮ３、ＰＰＴ１、ＳＭＰＤＬ３Ａ、ＴＨＥＭ６、ＴＨＳＤ１、及びＴＨＳＤ４）；免疫グロブリン（例えば、ＩＧＳＦ１０、ＩＧＫＶ１－１２、ＩＧＫＶ１－１６、ＩＧＫＶ１－３３、ＩＧＫＶ１－６、ＩＧＫＶ１Ｄ－１２、ＩＧＫＶ１Ｄ－３９、ＩＧＫＶ１Ｄ－８、ＩＧＫＶ２－３０、ＩＧＫＶ２Ｄ－３０、ＩＧＫＶ３－１１、ＩＧＫＶ３Ｄ－２０、ＩＧＫＶ５－２、ＩＧＬＣ１、ＩＧＬＣ２、ＩＧＬＣ３）；イソメラーゼ（例えば、ＮＡＸＥ、ＰＰＩＡ、ＰＴＧＤＳ）；キナーゼ（例えば、ＡＤＣＫ１、ＡＤＰＧＫ、ＦＡＭ２０Ｃ、ＩＣＯＳ、ＰＫＤＣＣ）；リアーゼ（例えば、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＡＭ、ＣＡ６）；金属酵素阻害剤（例えば、ＦＥＴＵＢ、ＳＰＯＣＫ３、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、ＴＩＭＰ４、ＷＦＩＫＫＮ１、ＷＦＩＫＫＮ２）；メタロプロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ９、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ１０、ＡＤＡＭＴＳ１２、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＤＡＭＴＳ１４、ＡＤＡＭＴＳ１５、ＡＤＡＭＴＳ１６、ＡＤＡＭＴＳ１７、ＡＤＡＭＴＳ１８、ＡＤＡＭＴＳ１９、ＡＤＡＭＴＳ２、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＤＡＭＴＳ３、ＡＤＡＭＴＳ４、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＤＡＭＴＳ６、ＡＤＡＭＴＳ７、ＡＤＡＭＴＳ８、ＡＤＡＭＴＳ９、ＣＬＣＡ１、ＣＬＣＡ２、ＣＬＣＡ４、ＩＤＥ、ＭＥＰ１Ｂ、ＭＭＥＬ１、ＭＭＰ１、ＭＭＰ１０、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１２、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ１７、ＭＭＰ１９、ＭＭＰ２、ＭＭＰ２０、ＭＭＰ２１、ＭＭＰ２４、ＭＭＰ２５、ＭＭＰ２６、ＭＭＰ２８、ＭＭＰ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＰＡＰＰＡ、ＰＡＰＰＡ２、ＴＬＬ１、ＴＬＬ２）；乳タンパク質（例えば、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ２、ＣＳＮ３、ＬＡＬＢＡ）；神経活性タンパク質（例えば、ＣＡＲＴＰＴ、ＮＭＳ、ＮＭＵ、ＮＰＢ、ＮＰＦＦ、ＮＰＳ、ＮＰＶＦ、ＮＰＷ、ＮＰＹ、ＰＣＳＫ１Ｎ、ＰＤＹＮ、ＰＥＮＫ、ＰＮＯＣ、ＰＯＭＣ、ＰＲＯＫ２、ＰＴＨ２、ＰＹＹ２、ＰＹＹ３、ＱＲＦＰ、ＴＡＣ１、及びＴＡＣ３）；プロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭＴＳ６、Ｃ１Ｒ、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２、ＣＡＳＰ４、ＣＥＬＡ１、ＣＥＬＡ２Ａ、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＦＢ、ＣＦＤ、ＣＦＩ、ＣＭＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＣＴＲＢ１、ＣＴＲＢ２、ＣＴＳＢ、ＣＴＳＤ、ＤＨＨ、Ｆ１０、Ｆ１１、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ３、Ｆ７、Ｆ８、Ｆ９、ＦＡＰ、ＦＵＲＩＮ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＫ、ＧＺＭＭ、ＨＡＢＰ２、ＨＧＦＡＣ、ＨＴＲＡ３、ＨＴＲＡ４、ＩＨＨ、ＫＬＫ１０、ＫＬＫ１１、ＫＬＫ１２、ＫＬＫ１３、ＫＬＫ１４、ＫＬＫ１５、ＫＬＫ３、ＫＬＫ４、ＫＬＫ５、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７、ＫＬＫ８、ＫＬＫ９、ＫＬＫＢ１、ＭＡＳＰ１、ＭＡＳＰ２、ＭＳＴ１Ｌ、ＮＡＰＳＡ、ＯＶＣＨ１、ＯＶＣＨ２、ＰＣＳＫ２、ＰＣＳＫ５、ＰＣＳＫ６、ＰＣＳＫ９、ＰＧＡ３、ＰＧＡ４、ＰＧＡ５、ＰＧＣ、ＰＬＡＴ、ＰＬＡＵ、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＳＳ１、ＰＲＳＳ１２、ＰＲＳＳ２、ＰＲＳＳ２２、ＰＲＳＳ２３、ＰＲＳＳ２７、ＰＲＳＳ２９Ｐ、ＰＲＳＳ３、ＰＲＳＳ３３、ＰＲＳＳ３６、ＰＲＳＳ３８、ＰＲＳＳ３Ｐ２、ＰＲＳＳ４２、ＰＲＳＳ４４、ＰＲＳＳ４７、ＰＲＳＳ４８、ＰＲＳＳ５３、ＰＲＳＳ５７、ＰＲＳＳ５８、ＰＲＳＳ８、ＰＲＴＮ３、ＲＥＬＮ、ＲＥＮ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＴＰＳＢ２、ＴＰＳＤ１）；プロテアーゼ阻害剤（例えば、Ａ２Ｍ、Ａ２ＭＬ１、ＡＭＢＰ、ＡＮＯＳ１、ＣＯＬ２８Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＰＡＭＤ８、ＣＳＴ１、ＣＳＴ２、ＣＳＴ３、ＣＳＴ４、ＣＳＴ５、ＣＳＴ６、ＣＳＴ７、ＣＳＴ８、ＣＳＴ９、ＣＳＴ９Ｌ、ＣＳＴ９ＬＰ１、ＣＳＴＬ１、ＥＰＰＩＮ、ＧＰＣ３、ＨＭＳＤ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＩＴＩＨ４、ＩＴＩＨ５、ＩＴＩＨ６、ＫＮＧ１、ＯＰＲＰＮ、ＯＶＯＳ１、ＯＶＯＳ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＩ１５、ＰＩ１６、ＰＩ３、ＰＺＰ、Ｒ３ＨＤＭＬ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＥＲＰＩＮＡ１１、ＳＥＲＰＩＮＡ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１３Ｐ、ＳＥＲＰＩＮＡ３、ＳＥＲＰＩＮＡ４、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＥＲＰＩＮＡ７、ＳＥＲＰＩＮＡ９、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＥＲＰＩＮＥ３、ＳＥＲＰＩＮＦ２、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＲＰＩＮＩ１、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＰＩＮＫ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＰＩＮＫ１４、ＳＰＩＮＫ２、ＳＰＩＮＫ４、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＩＮＫ６、ＳＰＩＮＫ７、ＳＰＩＮＫ８、ＳＰＩＮＫ９、ＳＰＩＮＴ１、ＳＰＩＮＴ３、ＳＰＩＮＴ４、ＳＰＯＣＫ１、ＳＰＯＣＫ２、ＳＰＰ２、ＳＳＰＯ、ＴＦＰＩ、ＴＦＰＩ２、ＷＦＤＣ１、ＷＦＤＣ１０Ａ、ＷＦＤＣ１３、ＷＦＤＣ２、ＷＦＤＣ３、ＷＦＤＣ５、ＷＦＤＣ６、ＷＦＤＣ８）；プロテインホスファターゼ（例えば、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＲＺ１）；エステラーゼ（例えば、ＢＣＨＥ、ＣＥＬ、ＣＥＳ４Ａ、ＣＥＳ５Ａ、ＮＯＴＵＭ、ＳＩＡＥ）；トランスフェラーゼ（例えば、ＭＥＴＴＬ２４、ＦＫＲＰ、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ９、Ｂ３ＧＡＴ１）；血管作用性タンパク質（例えば、ＡＧＧＦ１、ＡＧＴ、ＡＮＧＰＴ１、ＡＮＧＰＴ２、ＡＮＧＰＴＬ４、ＡＮＧＰＴＬ６、ＥＤＮ１、ＥＤＮ２、ＥＤＮ３、ＮＴＳ）、Ｉ型インターフェロン（例えば、限定されないがインターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、及びインターフェロンアルファ－２ｂを含むＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、ＩＦＮ－ω）、ＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－γ）、ＩＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－λ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－３７、ＩＬ－３８）、及び可溶性ＡＣＥ２受容体から選択されるタンパク質をコードする。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物を含む組成物は、ウイルス感染、疾患又は状態の治療において有用である。いくつかの態様では、組成物は、ウイルス感染、疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し、又は投与される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬からなる群から選択される。
ウイルス性の疾患又は状態を治療するための組換えＲＮＡ構築物
［０２３２］ 上記のように、いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物は、組換えＲＮＡ構築物である。いくつかの態様では、組換えポリ核酸構築物又は組換えＲＮＡ構築物は、ウイルス感染、疾患、又は状態を治療又は予防するための組成物において有用である。いくつかの態様では、本発明は、（ｉ）標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を提供し、ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なる。
［０２３３］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、１から１０個のｓｉＲＮＡ種を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡ種は同一であり、例えば、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡ種は異なり、例えば、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、いくつかのｓｉＲＮＡ種は同一であり、いくつかは異なる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、センスｓｉＲＮＡ鎖及びアンチセンスｓｉＲＮＡ鎖を含む。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現に影響を及ぼさない。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現を阻害しない。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、リンカーをさらに含むか、又はコードする。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する。いくつかの実施態様では、リンカーは、ｔＲＮＡリンカーを含む。いくつかの実施態様では、リンカーは、２Ａペプチドリンカーを含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡを含む。
［０２３４］ いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによって調節される。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに特異的に結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。
［０２３５］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子を含む（且つそれにより、目的のｍＲＮＡ及び／又は目的の遺伝子に対応する目的のタンパク質をコードする）核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、２つ以上の核酸配列を含み、それぞれが目的の遺伝子を含み、それにより、それぞれが目的のｍＲＮＡ及び／又は遺伝子に対応する目的のタンパク質をコードする。
［０２３６］ いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子を含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的のｍＲＮＡ及び／又はタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、３つ以上の核酸配列を含み、それぞれが目的の遺伝子を含み、それにより、それぞれが目的のｍＲＮＡ及び／又は遺伝子に対応する目的のタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、３つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子を含み、同じ目的のｍＲＮＡをコードし、及び／又は同じ目的のタンパク質をコードし得る。いくつかの実施態様では、３つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子を含み、異なる目的のｍＲＮＡをコードし、及び／又は異なる目的のタンパク質をコードし得る。いくつかの実施態様では、３つ以上の核酸配列のうちの２つ以上は、同じ目的の遺伝子を含み、同じ目的のｍＲＮＡをコードし、及び／又は同じ目的のタンパク質をコードすることができ、一方、３つ以上の核酸配列のうちの１つ又は複数は、３つ以上の核酸配列のうちの２つ以上とは異なる目的の遺伝子を含み、異なる目的のｍＲＮＡをコードし、及び／又は異なる目的のタンパク質をコードする。
［０２３７］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子又はタンパク質の発現レベルは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによって調節される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現レベルは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによってアップレギュレートされる。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、コドン最適化されている。いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、コドン最適化されていない。
［０２３８］ いくつかの実施態様では、組換えＲＮＡ構築物は、標的モチーフとも呼ばれる標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフをコードする核酸配列は、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結されている。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。
［０２３９］ いくつかの実施態様では、シグナルペプチドは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチド；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の前記シグナルペプチドが、前記タンパク質がオキシドレダクターゼではないという条件で、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同なシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記シグナルペプチドが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；及び（ｄ）天然においてシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、シグナルペプチドのＮ末端のアミノ酸１～９は、２を超える平均疎水性スコアを有する。
［０２４０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書で記載される任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物を含む細胞である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物と薬学的に許容される添加物とを含む薬学的組成物である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の薬学的組成物を対象に投与することを含む、疾患又は状態を治療することを必要とする対象における疾患又は状態を治療する方法である。いくつかの実施態様では、疾患又は状態はＣＯＶＩＤ－１９である。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染によって引き起こされるＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）である。いくつかの実施態様では、対象は哺乳動物である。いくつかの実施態様では、対象はヒトである。いくつかの実施態様では、対象は、成人、子供、又は幼児である。いくつかの実施態様では、対象はコンパニオンアニマルである。いくつかの実施態様では、対象はネコ、イヌ、又はげっ歯類である。いくつかの実施態様では、対象はイヌ又はネコである。
［０２４１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の単一のＲＮＡ転写物からｓｉＲＮＡ及びｍＲＮＡを同時に発現する方法であって、本明細書に記載の任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物を細胞に導入することを含む、方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子の少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なり、標的ｍＲＮＡと目的の遺伝子の発現は同時に調節される、方法である。
［０２４２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子の少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なり、標的ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、同時に目的の遺伝子の発現はアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによってアップレギュレートされる。
［０２４３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及び目的の遺伝子のｍＲＮＡを含むＲＮＡ構築物を生成する方法であって、ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なり、（ａ）インビトロ転写反応のために、（ｉ）プロモーター、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする少なくとも１つの核酸配列、目的の遺伝子を含む少なくとも１つの核酸配列及びポリ（Ａ）テールをコードする核酸配列を含むポリ核酸構築物、（ｉｉ）ＲＮＡポリメラーゼ；及び（ｉｉｉ）ヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）の混合物を提供し；（ｂ）インビトロ転写反応混合物から転写されたＲＮＡを単離及び精製し、ＲＮＡ構築物を生成すること、を含む方法である。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｔ３ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｐ６０ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｓｙｎ５ ＲＮＡポリメラーゼ、及びＫＰ３４ ＲＮＡポリメラーゼからなる群から選択される。いくつかの実施態様では、ＲＮＡポリメラーゼは、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼである。いくつかの実施態様では、ＮＴＰの混合物は、未修飾ＮＴＰを含む。いくつかの実施態様では、ＮＴＰの混合物は、修飾ＮＴＰを含む。いくつかの実施態様では、修飾ＮＴＰは、Ｎ１－メチルプソイドウリジン、プソイドウリジン、Ｎ１－エチルプソイドウリジン、Ｎ１－メトキシメチルプソイドウリジン、Ｎ１－プロピルプソイドウリジン、２－チオウリジン、４－チオウリジン、５－メトキシウリジン、５－メチルウリジン、５－カルボキシメチルエステルウリジン、５－ホルミルウリジン、５－カルボキシウリジン、５－ヒドロキシウリジン、５－ブロモウリジン、５－ヨードウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、６－アザウリジン、チエノウリジン、３－メチルウリジン、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジン、５－メチルシチジン、５－メトキシシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、５－ホルミルシチジン、５－カルボキシシチジン、５－ヒドロキシシチジン、５－ヨードシチジン、５－ブロモシチジン、２－チオシチジン、５－アザシチジン、プソイドイソシチジン、３－メチル－シチジン、Ｎ４－アセチルシチジン、５－ホルミルシチジン、Ｎ４－メチルシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、１－メチル－プソイドイソシチジン、４－メトキシ－プソイドイソシチジン、及び４－メトキシ－１－メチル－プソイドイソシチジン、Ｎ１－メチルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ６－メチル－２－アミノアデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６－ジメチルアデノシン、７－メチルアデニン、２－メチルチオ－アデニン、及び２－メトキシ－アデニンを含む。
［０２４４］ いくつかの実施態様では、工程（ａ）は、キャッピング酵素を提供することをさらに含む。いくつかの実施態様では、転写されたＲＮＡの単離及び精製は、カラム精製を含む。
［０２４５］ いくつかの実施態様では、そのｍＲＮＡ標的へのｓｉＲＮＡの特異的結合は、標的ｍＲＮＡの正常な機能との干渉をもたらし、機能及び／又は活性の調節、例えば、ダウンレギュレーションを引き起こし、ここで、特異的結合が望まれる条件下で、すなわち、インビボアッセイ又は治療的処置の場合の生理学的条件下で、及びインビトロアッセイの場合、アッセイが実施される条件下で、非標的核酸配列へのｓｉＲＮＡの非特異的結合を回避するのに十分な程度の相補性がある。
［０２４６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号２９又は３０（化合物Ｂ１又はＢ２）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２４７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３１（化合物Ｂ３）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２４８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３２（化合物Ｂ４）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２４９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３３（化合物Ｂ５）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３４又は３５（化合物Ｂ６又はＢ７）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、そのような組成物、例えば、化合物Ｂ８（配列番号３６）を含む組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３６に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３７又は３９（化合物Ｂ９又はＢ１１）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号３８（化合物Ｂ１０）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ１２（配列番号４０）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＭＥＲＳ、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。特定の態様では、化合物Ｂ１３（配列番号４１）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳによる感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４０、４１及び４２（化合物Ｂ１２、Ｂ１３及びＢ１４）のいずれか１つに記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡは、天然のＩＦＮ－ベータシグナルペプチド、又は修飾シグナルペプチドをコードする。関連する態様では、修飾ＩＦＮ－ベータシグナルペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＰ１又はＳＰ２である（それぞれ、配列番号５２及び５４）。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４３、４４及び４５（化合物Ｂ１５、Ｂ１６及びＢ１７）のいずれか１つに記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４６（化合物Ｂ１８）に記載の配列によってコードされる配列を含む。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号１９０に記載の配列を含む。
［０２５７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに特異的に結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物である。関連する態様では、組成物は、少なくとも１、２、若しくは３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、組成物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えＲＮＡ構築物は、配列番号４７（化合物Ｂ１９）に記載の配列によってコードされる配列を含む。
［０２５８］ いくつかの態様では、ＩＦＮ－ベータ構築物は、本明細書に記載されるような修飾シグナルペプチドを含む。
［０２５９］ いくつかの態様では、本発明は、配列番号２９～４７からなる群から選択される配列によってコードされる核酸配列を含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を提供する。いくつかの態様では、本発明は、配列番号１９０に記載の核酸配列を含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物を提供する。
［０２６０］ いくつかの実施態様では、本発明は、組成物及び関連する方法を提供し、ここで、組成物は、標的ＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含み；
ｓｉＲＮＡは、（ｉ）ＩＬ－８ ｍＲＮＡ、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡ、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡ、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ（ポリプロテインＰＰ１ａｂ、例えば、非コード領域にあるもの、又は以下：ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２非構造タンパク質（ＮＳＰ）、Ｎｓｐ１、Ｎｓｐ３（Ｎｓｐ３ｂ、Ｎｓｐ３ｃ、ＰＬｐｒｏ、及びＮｓｐ３ｅ）、Ｎｓｐ７＿Ｎｓｐ８複合体、Ｎｓｐ９－Ｎｓｐ１０、及びＮｓｐ１４－Ｎｓｐ１６、３ＣＬｐｒｏ、Ｅチャネル（Ｅタンパク質）、ＯＲＦ７ａ、Ｃ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＣＲＢＤ）、Ｎ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＮＲＢＤ）、ヘリカーゼ、及びＲｄＲｐから選択されるタンパク質をコードする場所）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓ）ｍＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）ｍＲＮＡ、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）ｍＲＮＡ、インターロイキンｍＲＮＡ（インターロイキン１（例：ＩＬ－１アルファ、ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、インターロイキン１８（ＩＬ－１８）、インターロイキン３６－アルファ（ＩＬ－３６－アルファ）、インターロイキン３６－ベータ（ＩＬ－３６－ベータ）、インターロイキン３６－ガンマ（ＩＬ－３６－ガンマ）、インターロイキン３３（ＩＬ－３３）を含むがこれらに限定されない）、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）ｍＲＮＡ、膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）ｍＲＮＡ、及びコードＮＳＰ１２及び１３ＲＮＡから選択されるＲＮＡを標的とし；且つ目的の遺伝子は、ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＧＦ－１（本明細書の他の場所に記載されているその誘導体を含む）、カルボキシペプチダーゼ（例えば、ＡＣＥ、ＡＣＥ２、ＣＮＤＰ１、ＣＰＡ１、ＣＰＡ２、ＣＰＡ４、ＣＰＡ５、ＣＰＡ６、ＣＰＢ１、ＣＰＢ２、ＣＰＥ、ＣＰＮ１、ＣＰＱ、ＣＰＸＭ１、ＣＰＺ、ＳＣＰＥＰ１）；サイトカイン（例えば、ＢＭＰ１、ＢＭＰ１０、ＢＭＰ１５、ＢＭＰ２、ＢＭＰ３、ＢＭＰ４、ＢＭＰ５、ＢＭＰ６、ＢＭＰ７、ＢＭＰ８Ａ、ＢＭＰ８Ｂ、Ｃ１ＱＴＮＦ４、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３Ｌ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ４Ｌ、ＣＣＬ４Ｌ２、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＥＲ１、ＣＫＬＦ、ＣＬＣＦ１、ＣＮＴＦ、ＣＳＦ１、ＣＳＦ２、ＣＳＦ３、ＣＴＦ１、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ２、ＤＫＫ３、ＤＫＫ４、ＥＤＡ、ＥＢＩ３、ＦＡＭ３Ｂ、ＦＡＭ３Ｃ、ＦＡＳＬＧ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＤＦ１、ＧＤＦ１０、ＧＤＦ１１、ＧＤＦ１５、ＧＤＦ２、ＧＤＦ３、ＧＤＦ５、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７、ＧＤＦ９、ＧＰＩ、ＧＲＥＭ１、ＧＲＥＭ２、ＧＲＮ、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ１３、ＩＦＮＡ１０、ＩＦＮＡ１４、ＩＦＮＡ１６、ＩＦＮＡ１７、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ２１、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡ５、ＩＦＮＡ６、ＩＦＮＡ７、ＩＦＮＡ８、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＧ、ＩＦＮＫ、ＩＦＮＬ１、ＩＦＮＬ２、ＩＦＮＬ３、ＩＦＮＬ４、ＩＦＮＷ１、ＩＬ１０、ＩＬ１１、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１３、ＩＬ１５、ＩＬ１６、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１７Ｂ、ＩＬ１７Ｃ、ＩＬ１７Ｄ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ１８、ＩＬ１９、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１Ｆ１０、ＩＬ２、ＩＬ２０、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３Ａ、ＩＬ２４、ＩＬ２５、ＩＬ２６、ＩＬ２７、ＩＬ３、ＩＬ３１、ＩＬ３２、ＩＬ３３、ＩＬ３４、ＩＬ３６Ａ、ＩＬ３６Ｂ、ＩＬ３６Ｇ、ＩＬ３６ＲＮ、ＩＬ３７、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ７、ＩＬ９、ＬＥＦＴＹ１、ＬＥＦＴＹ２、ＬＩＦ、ＬＴＡ、ＭＩＦ、ＭＳＴＮ、ＮＡＭＰＴ、ＮＯＤＡＬ、ＯＳＭ、ＰＦ４、ＰＦ４Ｖ１、ＳＣＧＢ３Ａ１、ＳＥＣＴＭ１、ＳＬＵＲＰ１、ＳＰＰ１、ＴＨＮＳＬ２、ＴＨＰＯ、ＴＮＦ、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＮＦＳＦ１３、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ１５、ＴＳＬＰ、ＶＳＴＭ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１６、ＷＮＴ２、ＷＮＴ２Ｂ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ３Ａ、ＷＮＴ４、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ５Ｂ、ＷＮＴ６、ＷＮＴ７Ａ、ＷＮＴ７Ｂ、ＷＮＴ８Ａ、ＷＮＴ８Ｂ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ｂ、ＸＣＬ１、及びＸＣＬ２）；細胞外リガンド及びトランスポーター（例えば、ＡＰＣＳ、ＣＨＩ３Ｌ１、ＣＨＩ３Ｌ２、ＣＬＥＣ３Ｂ、ＤＭＢＴ１、ＤＭＫＮ、ＥＤＤＭ３Ａ、ＥＤＤＭ３Ｂ、ＥＦＮＡ４、ＥＭＣ１０、ＥＮＡＭ、ＥＰＹＣ、ＥＲＶＨ４８－１、Ｆ１３Ｂ、ＦＣＮ１、ＦＣＮ２、ＧＬＤＮ、ＧＰＬＤ１、ＨＥＧ１、ＩＴＦＧ１、ＫＡＺＡＬＤ１、ＫＣＰ、ＬＡＣＲＴ、ＬＥＧ１、ＭＥＴＲＮ、ＮＯＴＣＨ２ＮＬ、ＮＰＮＴ、ＯＬＦＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＲＢ２、ＰＳＡＰ、ＰＳＡＰＬ１、ＰＳＧ１、ＰＳＧ６、ＰＳＧ９、ＰＴＸ３、ＰＴＸ４、ＲＢＰ４、ＲＮＡＳＥ１０、ＲＮＡＳＥ１２、ＲＮＡＳＥ１３、ＲＮＡＳＥ９、ＲＳＰＲＹ１、ＲＴＢＤＮ、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ１３、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、ＳＡＡ２、ＳＡＡ４、ＳＣＧ１、ＳＣＧ２、ＳＣＧ３、ＳＣＧＢ１Ｃ１、ＳＣＧＢ１Ｃ２、ＳＣＧＢ１Ｄ１、ＳＣＧＢ１Ｄ２、ＳＣＧＢ１Ｄ４、ＳＣＧＢ２Ｂ２、ＳＣＧＢ３Ａ２、ＳＣＧＮ、ＳＣＲＧ１、ＳＣＵＢＥ１、ＳＣＵＢＥ２、ＳＣＵＢＥ３、ＳＤＣＢＰ、ＳＥＬＥＮＯＰ、ＳＦＴＡ２、ＳＦＴＡ３、ＳＦＴＰＡ１、ＳＦＴＰＡ２、ＳＦＴＰＣ、ＳＦＴＰＤ、ＳＨＢＧ、ＳＬＵＲＰ２、ＳＭＯＣ１、ＳＭＯＣ２、ＳＭＲ３Ａ、ＳＭＲ３Ｂ、ＳＮＣＡ、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＯＧＡ１、ＳＰＡＲＣ、ＳＰＡＲＣＬ１、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＲＰＸ２、ＳＳＣ４Ｄ、ＳＴＸ１Ａ、ＳＵＳＤ４、ＳＶＢＰ、ＴＣＮ１、ＴＣＮ２、ＴＣＴＮ１、ＴＦ、ＴＵＬＰ３、ＴＦＦ２、ＴＦＦ３、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＩＮＡＧ、ＴＩＮＡＧＬ１、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ２５、ＶＷＣ２Ｌ）；細胞外マトリックスタンパク質（例えば、ＡＢＩ３ＢＰ、ＡＧＲＮ、ＣＣＢＥ１、ＣＨＬ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＤＭＢＴ１、ＤＲＡＸＩＮ、ＥＤＩＬ３、ＥＬＮ、ＥＭＩＤ１、ＥＭＩＬＩＮ１、ＥＭＩＬＩＮ２、ＥＭＩＬＩＮ３、ＥＰＤＲ１、ＦＢＬＮ１、ＦＢＬＮ２、ＦＢＬＮ５、ＦＬＲＴ１、ＦＬＲＴ２、ＦＬＲＴ３、ＦＲＥＭ１、ＧＬＤＮ、ＩＢＳＰ、ＫＥＲＡ、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＲＲＥＬ３、ＫＲＴ１０、ＬＡＭＢ２、ＭＧＰ、ＲＰＴＮ、ＳＢＳＰＯＮ、ＳＤＣ１、ＳＤＣ４、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｄ、ＳＥＭＡ３Ｅ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ３Ｇ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＬＩＴ１、ＳＬＩＴ２、ＳＬＩＴ３、ＳＬＩＴＲＫ１、ＳＮＥＤ１、ＳＮＯＲＣ、ＳＰＡＣＡ３、ＳＰＡＣＡ７、ＳＰＯＮ１、ＳＰＯＮ２、ＳＴＡＴＨ、ＳＶＥＰ１、ＴＥＣＴＡ、ＴＥＣＴＢ、ＴＮＣ、ＴＮＮ、ＴＮＲ、ＴＮＸＢ）；グルコシダーゼ（ＡＭＹ１Ａ、ＡＭＹ１Ｂ、ＡＭＹ１Ｃ、ＡＭＹ２Ａ、ＡＭＹ２Ｂ、ＣＥＭＩＰ、ＣＨＩＡ、ＣＨＩＴ１、ＦＵＣＡ２、ＧＬＢ１Ｌ、ＧＬＢ１Ｌ２、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ３、ＫＬ、ＬＹＧ１、ＬＹＧ２、ＬＹＺＬ１、ＬＹＺＬ２、ＭＡＮ２Ｂ２、ＳＭＰＤ１、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＳＰＡＣＡ５、ＳＰＡＣＡ５Ｂ）；グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、ＡＲＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＥＸＴＬ２、ＧＡＬＮＴ１、ＧＡＬＮＴ２、ＧＬＴ１Ｄ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＳＴ３ＧＡＬ１、ＳＴ３ＧＡＬ２、ＳＴ３ＧＡＬ３、ＳＴ３ＧＡＬ４、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＸＹＬＴ１）；成長因子（例えば、ＡＭＨ、ＡＲＴＮ、ＢＴＣ、ＣＤＮＦ、ＣＦＣ１、ＣＦＣ１Ｂ、ＣＨＲＤＬ１、ＣＨＲＤＬ２、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＣＮＭＤ、ＥＦＥＭＰ１、ＥＧＦ、ＥＧＦＬ６、ＥＧＦＬ７、ＥＧＦＬ８、ＥＰＧＮ、ＥＲＥＧ、ＥＹＳ、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１６、ＦＧＦ１７、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ２、ＦＧＦ２０、ＦＧＦ２１、ＦＧＦ２２、ＦＧＦ２３、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ８、ＦＧＦ９、ＦＲＺＢ、ＧＤＮＦ、ＧＦＥＲ、ＧＫＮ１、ＨＢＥＧＦ、ＨＧＦ、ＩＧＦ－１、ＩＧＦ２、ＩＮＨＡ、ＩＮＨＢＡ、ＩＮＨＢＢ、ＩＮＨＢＣ、ＩＮＨＢＥ、ＩＮＳ、ＫＩＴＬＧ、ＭＡＮＦ、ＭＤＫ、ＭＩＡ、ＮＧＦ、ＮＯＶ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＲＧ３、ＮＲＧ４、ＮＲＴＮ、ＮＴＦ３、ＮＴＦ４、ＯＧＮ、ＰＤＧＦＡ、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、ＰＤＧＦＤ、ＰＧＦ、ＰＲＯＫ１、ＰＳＰＮ、ＰＴＮ、ＳＤＦ１、ＳＤＦ２、ＳＦＲＰ１、ＳＦＲＰ２、ＳＦＲＰ３、ＳＦＲＰ４、ＳＦＲＰ５、ＴＤＧＦ１、ＴＦＦ１、ＴＧＦＡ、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、ＴＧＦＢ３、ＴＨＢＳ４、ＴＩＭＰ１、ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦＢ、ＶＥＧＦＣ、ＶＥＧＦＤ、ＷＩＳＰ３）；成長因子結合タンパク質（例えば、ＣＨＲＤ、ＣＹＲ６１、ＥＳＭ１、ＦＧＦＢＰ１、ＦＧＦＢＰ２、ＦＧＦＢＰ３、ＨＴＲＡ１、ＧＨＢＰ、ＩＧＦＡＬＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＧＦＢＰ３、ＩＧＦＢＰ４、ＩＧＦＢＰ５、ＩＧＦＢＰ６、ＩＧＦＢＰ７、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ２、ＬＴＢＰ３、ＬＴＢＰ４、ＳＯＳＴＤＣ１、ＮＯＧ、ＴＷＳＧ１、及びＷＩＦ１）；ヘパリン結合タンパク質（例えば、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ５、ＡＮＧＰＴＬ３、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ、ＡＰＯＨ、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＭＰ、ＣＴＧＦ、ＦＢＬＮ７、ＦＮ１、ＦＳＴＬ１、
ＨＲＧ、ＬＡＭＣ２、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＰＬ、ＰＣＯＬＣＥ２、ＰＯＳＴＮ、ＲＳＰＯ１、ＲＳＰＯ２、ＲＳＰＯ３、ＲＳＰＯ４、ＳＡＡ１、ＳＬＩＴ２、ＳＯＳＴ、ＴＨＢＳ１、ＶＴＮ）；ホルモン（例えば、ＡＤＣＹＡＰ１、ＡＤＩＰＯＱ、ＡＤＭ、ＡＤＭ２、ＡＮＧＰＴＬ８、ＡＰＥＬＡ、ＡＰＬＮ、ＡＶＰ、Ｃ１ＱＴＮＦ１２、Ｃ１ＱＴＮＦ９、ＣＡＬＣＡ、ＣＡＬＣＢ、ＣＣＫ、ＣＧＡ、ＣＧＢ１、ＣＧＢ２、ＣＧＢ３、ＣＧＢ５、ＣＧＢ８、ＣＯＰＡ、ＣＯＲＴ、ＣＲＨ、ＣＳＨ１、ＣＳＨ２、ＣＳＨＬ１、ＥＮＨＯ、ＥＰＯ、ＥＲＦＥ、ＦＢＮ１、ＦＮＤＣ５、ＦＳＨＢ、ＧＡＬ、ＧＡＳＴ、ＧＣＧ、ＧＨ、ＧＨ１、ＧＨ２、ＧＨＲＨ、ＧＨＲＬ、ＧＩＰ、ＧＮＲＨ１、ＧＮＲＨ２、ＧＰＨＡ２、ＧＰＨＢ５、ＩＡＰＰ、ＩＮＳ、ＩＮＳＬ３、ＩＮＳＬ４、ＩＮＳＬ５、ＩＮＳＬ６、ＬＨＢ、ＭＥＴＲＮＬ、ＭＬＮ、ＮＰＰＡ、ＮＰＰＢ、ＮＰＰＣ、ＯＳＴＮ、ＯＸＴ、ＰＭＣＨ、ＰＰＹ、ＰＲＬ、ＰＲＬＨ、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨ、ＰＹＹ、ＲＥＴＮ、ＲＥＴＮＬＢ、ＲＬＮ１、ＲＬＮ２、ＲＬＮ３、ＳＣＴ、ＳＰＸ、ＳＳＴ、ＳＴＣ１、ＳＴＣ２、ＴＧ、ＴＯＲ２Ａ、ＴＲＨ、ＴＳＨＢ、ＴＴＲ、ＵＣＮ、ＵＣＮ２、ＵＣＮ３、ＵＴＳ２、ＵＴＳ２Ｂ、及びＶＩＰ）；ハイドロラーゼ（例えば、ＡＡＤＡＣＬ２、ＡＢＨＤ１５、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ１、ＡＯＡＨ、ＡＲＳＦ、ＡＲＳＩ、ＡＲＳＪ、ＡＲＳＫ、ＢＴＤ、ＣＨＩ３Ｌ２、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ２、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ５、ＥＮＴＰＤ５、ＥＮＴＰＤ６、ＧＢＰ１、ＧＧＨ、ＧＰＬＤ１、ＨＰＳＥ、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＦ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＩＰＫ、ＬＩＰＭ、ＬＩＰＮ、ＬＰＬ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１Ｂ、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｅ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｆ、ＰＬＡ２Ｇ３、ＰＬＡ２Ｇ５、ＰＬＡ２Ｇ７、ＰＮＬＩＰ、ＰＮＬＩＰＲＰ２、ＰＮＬＩＰＲＰ３、ＰＯＮ１、ＰＯＮ３、ＰＰＴ１、ＳＭＰＤＬ３Ａ、ＴＨＥＭ６、ＴＨＳＤ１、及びＴＨＳＤ４）；免疫グロブリン（例えば、ＩＧＳＦ１０、ＩＧＫＶ１－１２、ＩＧＫＶ１－１６、ＩＧＫＶ１－３３、ＩＧＫＶ１－６、ＩＧＫＶ１Ｄ－１２、ＩＧＫＶ１Ｄ－３９、ＩＧＫＶ１Ｄ－８、ＩＧＫＶ２－３０、ＩＧＫＶ２Ｄ－３０、ＩＧＫＶ３－１１、ＩＧＫＶ３Ｄ－２０、ＩＧＫＶ５－２、ＩＧＬＣ１、ＩＧＬＣ２、ＩＧＬＣ３）；イソメラーゼ（例えば、ＮＡＸＥ、ＰＰＩＡ、ＰＴＧＤＳ）；キナーゼ（例えば、ＡＤＣＫ１、ＡＤＰＧＫ、ＦＡＭ２０Ｃ、ＩＣＯＳ、ＰＫＤＣＣ）；リアーゼ（例えば、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＡＭ、ＣＡ６）；金属酵素阻害剤（例えば、ＦＥＴＵＢ、ＳＰＯＣＫ３、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、ＴＩＭＰ４、ＷＦＩＫＫＮ１、ＷＦＩＫＫＮ２）；メタロプロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ９、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ１０、ＡＤＡＭＴＳ１２、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＤＡＭＴＳ１４、ＡＤＡＭＴＳ１５、ＡＤＡＭＴＳ１６、ＡＤＡＭＴＳ１７、ＡＤＡＭＴＳ１８、ＡＤＡＭＴＳ１９、ＡＤＡＭＴＳ２、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＤＡＭＴＳ３、ＡＤＡＭＴＳ４、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＤＡＭＴＳ６、ＡＤＡＭＴＳ７、ＡＤＡＭＴＳ８、ＡＤＡＭＴＳ９、ＣＬＣＡ１、ＣＬＣＡ２、ＣＬＣＡ４、ＩＤＥ、ＭＥＰ１Ｂ、ＭＭＥＬ１、ＭＭＰ１、ＭＭＰ１０、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１２、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ１７、ＭＭＰ１９、ＭＭＰ２、ＭＭＰ２０、ＭＭＰ２１、ＭＭＰ２４、ＭＭＰ２５、ＭＭＰ２６、ＭＭＰ２８、ＭＭＰ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＰＡＰＰＡ、ＰＡＰＰＡ２、ＴＬＬ１、ＴＬＬ２）；乳タンパク質（例えば、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ２、ＣＳＮ３、ＬＡＬＢＡ）；神経活性タンパク質（例えば、ＣＡＲＴＰＴ、ＮＭＳ、ＮＭＵ、ＮＰＢ、ＮＰＦＦ、ＮＰＳ、ＮＰＶＦ、ＮＰＷ、ＮＰＹ、ＰＣＳＫ１Ｎ、ＰＤＹＮ、ＰＥＮＫ、ＰＮＯＣ、ＰＯＭＣ、ＰＲＯＫ２、ＰＴＨ２、ＰＹＹ２、ＰＹＹ３、ＱＲＦＰ、ＴＡＣ１、及びＴＡＣ３）；プロテアーゼ（例えば、ＡＤＡＭＴＳ６、Ｃ１Ｒ、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２、ＣＡＳＰ４、ＣＥＬＡ１、ＣＥＬＡ２Ａ、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＦＢ、ＣＦＤ、ＣＦＩ、ＣＭＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＣＴＲＢ１、ＣＴＲＢ２、ＣＴＳＢ、ＣＴＳＤ、ＤＨＨ、Ｆ１０、Ｆ１１、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ３、Ｆ７、Ｆ８、Ｆ９、ＦＡＰ、ＦＵＲＩＮ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＫ、ＧＺＭＭ、ＨＡＢＰ２、ＨＧＦＡＣ、ＨＴＲＡ３、ＨＴＲＡ４、ＩＨＨ、ＫＬＫ１０、ＫＬＫ１１、ＫＬＫ１２、ＫＬＫ１３、ＫＬＫ１４、ＫＬＫ１５、ＫＬＫ３、ＫＬＫ４、ＫＬＫ５、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７、ＫＬＫ８、ＫＬＫ９、ＫＬＫＢ１、ＭＡＳＰ１、ＭＡＳＰ２、ＭＳＴ１Ｌ、ＮＡＰＳＡ、ＯＶＣＨ１、ＯＶＣＨ２、ＰＣＳＫ２、ＰＣＳＫ５、ＰＣＳＫ６、ＰＣＳＫ９、ＰＧＡ３、ＰＧＡ４、ＰＧＡ５、ＰＧＣ、ＰＬＡＴ、ＰＬＡＵ、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＳＳ１、ＰＲＳＳ１２、ＰＲＳＳ２、ＰＲＳＳ２２、ＰＲＳＳ２３、ＰＲＳＳ２７、ＰＲＳＳ２９Ｐ、ＰＲＳＳ３、ＰＲＳＳ３３、ＰＲＳＳ３６、ＰＲＳＳ３８、ＰＲＳＳ３Ｐ２、ＰＲＳＳ４２、ＰＲＳＳ４４、ＰＲＳＳ４７、ＰＲＳＳ４８、ＰＲＳＳ５３、ＰＲＳＳ５７、ＰＲＳＳ５８、ＰＲＳＳ８、ＰＲＴＮ３、ＲＥＬＮ、ＲＥＮ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＴＰＳＢ２、ＴＰＳＤ１）；プロテアーゼ阻害剤（例えば、Ａ２Ｍ、Ａ２ＭＬ１、ＡＭＢＰ、ＡＮＯＳ１、ＣＯＬ２８Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＰＡＭＤ８、ＣＳＴ１、ＣＳＴ２、ＣＳＴ３、ＣＳＴ４、ＣＳＴ５、ＣＳＴ６、ＣＳＴ７、ＣＳＴ８、ＣＳＴ９、ＣＳＴ９Ｌ、ＣＳＴ９ＬＰ１、ＣＳＴＬ１、ＥＰＰＩＮ、ＧＰＣ３、ＨＭＳＤ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＩＴＩＨ４、ＩＴＩＨ５、ＩＴＩＨ６、ＫＮＧ１、ＯＰＲＰＮ、ＯＶＯＳ１、ＯＶＯＳ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＩ１５、ＰＩ１６、ＰＩ３、ＰＺＰ、Ｒ３ＨＤＭＬ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＥＲＰＩＮＡ１１、ＳＥＲＰＩＮＡ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１３Ｐ、ＳＥＲＰＩＮＡ３、ＳＥＲＰＩＮＡ４、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＥＲＰＩＮＡ７、ＳＥＲＰＩＮＡ９、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＥＲＰＩＮＥ３、ＳＥＲＰＩＮＦ２、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＲＰＩＮＩ１、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＰＩＮＫ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＰＩＮＫ１４、ＳＰＩＮＫ２、ＳＰＩＮＫ４、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＩＮＫ６、ＳＰＩＮＫ７、ＳＰＩＮＫ８、ＳＰＩＮＫ９、ＳＰＩＮＴ１、ＳＰＩＮＴ３、ＳＰＩＮＴ４、ＳＰＯＣＫ１、ＳＰＯＣＫ２、ＳＰＰ２、ＳＳＰＯ、ＴＦＰＩ、ＴＦＰＩ２、ＷＦＤＣ１、ＷＦＤＣ１０Ａ、ＷＦＤＣ１３、ＷＦＤＣ２、ＷＦＤＣ３、ＷＦＤＣ５、ＷＦＤＣ６、ＷＦＤＣ８）；プロテインホスファターゼ（例えば、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＲＺ１）；エステラーゼ（例えば、ＢＣＨＥ、ＣＥＬ、ＣＥＳ４Ａ、ＣＥＳ５Ａ、ＮＯＴＵＭ、ＳＩＡＥ）；トランスフェラーゼ（例えば、ＭＥＴＴＬ２４、ＦＫＲＰ、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ９、Ｂ３ＧＡＴ１）；血管作用性タンパク質（例えば、ＡＧＧＦ１、ＡＧＴ、ＡＮＧＰＴ１、ＡＮＧＰＴ２、ＡＮＧＰＴＬ４、ＡＮＧＰＴＬ６、ＥＤＮ１、ＥＤＮ２、ＥＤＮ３、ＮＴＳ）、Ｉ型インターフェロン（例えば、限定されないがインターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、及びインターフェロンアルファ－２ｂを含むＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、ＩＦＮ－ω）、ＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－γ）、ＩＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－λ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－３７、ＩＬ－３８）、及び可溶性ＡＣＥ２受容体から選択されるタンパク質をコードする。いくつかの態様では、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物は、ウイルス感染、疾患又は状態の治療において有用である。いくつかの態様では、組成物は、ウイルス感染、疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し、又は投与される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬からなる群から選択される。
［０２６１］ いくつかの態様では、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物は、皮膚疾患又は状態の治療において有用である。いくつかの態様では、組成物は、皮膚疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し又は投与される。いくつかの実施態様では、皮膚疾患又は状態は、炎症性皮膚障害を含む。いくつかの実施態様では、炎症性皮膚障害は乾癬を含む。いくつかの態様では、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物は、筋肉疾患又は状態の治療において有用である。いくつかの態様では、組成物は、筋肉疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し又は投与される。いくつかの実施態様では、筋肉疾患又は状態は、骨格筋障害を含む。いくつかの実施態様では、骨格筋障害は、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）を含む。いくつかの態様では、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物は、神経変性疾患又は状態の治療において有用である。いくつかの態様では、組成物は、神経変性疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し又は投与される。いくつかの実施態様では、神経変性疾患又は状態は、運動ニューロン障害を含む。いくつかの実施態様では、運動ニューロン障害は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含む。いくつかの態様では、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物は、関節疾患又は状態の治療において有用である。いくつかの態様では、組成物は、関節疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在し又は投与される。いくつかの実施態様では、関節疾患又は状態は、関節変性を含む。いくつかの実施態様では、関節変性は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）又は変形性関節症（ＯＡ）を含む。
ＲＮＡ干渉及び低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）
［０２６２］ ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）又はＲＮＡサイレンシングは、ＲＮＡ分子が標的ｍＲＮＡ分子を中和することにより、遺伝子の発現又は翻訳を阻害するプロセスである。ＲＮＡｉプロセスは、Ｍｅｌｌｏ＆Ｃｏｎｔｅ（２００４）Ｎａｔｕｒｅ ４３１，３３８－３４２，Ｍｅｉｓｔｅｒ＆Ｔｕｓｃｈｌ（２００４）Ｎａｔｕｒｅ ４３１，３４３－３４９，Ｈａｎｎｏｎ＆Ｒｏｓｓｉ（２００４）Ｎａｔｕｒｅ ４３１，３７１－３７８、及びＦｉｒｅ（２００７）Ａｎｇｅｗ． Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．４６，６９６６－６９８４に記述されている。簡潔には、天然のプロセスでは、反応は、長い二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）がｄｓＲＮＡ特異的エンドヌクレアーゼであるダイサーによってヘアピン又はループ構造を持つ小さなｄｓＲＮＡ断片又はｓｉＲＮＡに切断されることにより開始する。次に、これらの小さなｄｓＲＮＡ断片又はｓｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に統合され、ＲＩＳＣを標的ｍＲＮＡ配列に誘導する。干渉中、ｓｉＲＮＡ二重鎖はほどけ、アンチセンス鎖はＲＩＳＣと複合体を形成したままになり、ＲＩＳＣを標的ｍＲＮＡ配列へと導き、分解及びそれに続くタンパク質翻訳の抑制を誘導する。市販の合成ｓｉＲＮＡ（Ｐａｔｉｓｉｒａｎなど）とは異なり、本発明のｓｉＲＮＡは、細胞の細胞質における内因性ダイサー及びＲＩＳＣ経路を利用して、本発明のｍＲＮＡ転写構築物から切断され、上記の天然のプロセスに従う。さらに、本発明のｍＲＮＡ転写物の残りは、ダイサーによるｓｉＲＮＡの切断後にインタクトなままであり、本発明のｍＲＮＡ転写物中の目的の遺伝子からの所望のタンパク質発現が達成される。
［０２６３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物である。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、センスｓｉＲＮＡ鎖をコードするか又は含む核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、アンチセンスｓｉＲＮＡ鎖をコードするか又は含む核酸配列を含む。好ましい実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、センスｓｉＲＮＡ鎖をコードするか又は含む核酸配列と、アンチセンスｓｉＲＮＡ鎖をコードするか又は含む核酸配列とを含む。本発明に含まれるｓｉＲＮＡの詳細は、Ｃｈｅｎｇ，ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ．Ｍａｔｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｂ．，６，４６３８－４６４４に記載されており、これは参照により本明細書に組み込まれる。
［０２６４］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ｓｉＲＮＡの少なくとも１つのコピー、すなわち、ｓｉＲＮＡのセンス鎖をコードするか又は含む核酸配列、及びｓｉＲＮＡのアンチ鎖をコードするか又は含む核酸配列を有する。本明細書に記載されるように、ｓｉＲＮＡの１コピーは、センス鎖ｓｉＲＮＡの１コピー及びアンチセンス鎖ｓｉＲＮＡの１コピーを指すことができる。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ｓｉＲＮＡの１つを超えるコピー、すなわち、ｓｉＲＮＡのセンス鎖をコードするか又は含む核酸配列の１つを超えるコピー、及びｓｉＲＮＡのアンチ鎖をコードするか又は含む核酸配列の１つを超えるコピーを有する。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、１～１０コピーのｓｉＲＮＡ、すなわち、ｓｉＲＮＡのセンス鎖をコードするか又は含む核酸配列の１～１０コピー及びｓｉＲＮＡのアンチ鎖をコードするか又は含む核酸配列の１～１０コピーを有する。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、４～５、４～６、４～７、４～８、４～９、４～１０、５～６、５～７、５～８、５～９、５～１０、６～７、６～８、６～９、６～１０、７～８、７～９、７～１０、８～９、８～１０、又は９～１０コピーのｓｉＲＮＡを有する。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０コピーのｓｉＲＮＡを有する。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０コピーのｓｉＲＮＡを有する。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、最大で２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０コピーのｓｉＲＮＡを有する。
いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、ｓｉＲＮＡをコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続し得る。いくつかの実施態様では、リンカーは切断不可能なリンカーであり得る。好ましい実施態様では、リンカーは切断可能なリンカーであり得る。いくつかの実施態様では、リンカーは自己切断可能なリンカーであり得る。いくつかの実施態様では、リンカーはｔＲＮＡリンカーであり得る。ｔＲＮＡシステムは、生物全体で進化的に保存されており、内因性ＲＮａｓｅＰ及びＺを利用してマルチシストロン性構築物をプロセシングする（Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１６）。いくつかの実施態様では、ｔＲＮＡリンカーは、ＡＡＣＡＡＡＧＣＡＣＣＡＧＴＧＧＴＣＴＡＧＴＧＧＴＡＧＡＡＴＡＧＴＡＣＣＣＴＧＣＣＡＣＧＧＴＡＣＡＧＡＣＣＣＧＧＧＴＴＣＧＡＴＴＣＣＣＧＧＣＴＧＧＴＧＣＡ（配列番号２４）を含む核酸配列を含み得る。
［０２６６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物である。ｓｉＲＮＡが結合することができる標的ｍＲＮＡの非限定的な例のリストには、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、及び腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ、又はＴＮＦ－α）をコードするｍＲＮＡが含まれる。ｓｉＲＮＡが結合することができる標的ＲＮＡのさらなる例のリストには、アクチビン受容体様キナーゼ－２（ＡＬＫ２）及びスーパーオキシドジスムターゼ－１（ＳＯＤ１）をコードするｍＲＮＡが含まれる。
［０２６７］ いくつかの態様では、ｓｉＲＮＡは、コロナウイルスＲＮＡである標的ＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、コロナウイルスＲＮＡは、コロナウイルスタンパク質をコードする標的ｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルスＲＮＡは、標的非コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、コロナウイルスは、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス又はデルタコロナウイルスである。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ｍＲＮＡは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ（ポリタンパク質ＰＰ１ａｂ）；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓ）、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）から選択されるタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、領域内で、又はＳＡＲＳ ＣｏＶ－２非構造タンパク質（ＮＳＰ）、Ｎｓｐ１、Ｎｓｐ３（Ｎｓｐ３ｂ、Ｎｓｐ３ｃ、ＰＬｐｒｏ、及びＮｓｐ３ｅ）、Ｎｓｐ７＿Ｎｓｐ８複合体、Ｎｓｐ９－Ｎｓｐ１０、及びＮｓｐ１４－Ｎｓｐ１６、３ＣＬｐｒｏ、Ｅチャネル（Ｅタンパク質）、ＯＲＦ７ａ、Ｃ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＣＲＢＤ）、Ｎ末端ＲＮＡ結合ドメイン（ＮＲＢＤ）、ヘリカーゼ、及びＲｄＲｐから選択されるタンパク質をコードする場所で、ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、標的コードＲＮＡは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＮＳＰ１２及び１３である。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、コロナウイルス間、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳ－ＣｏＶ間で保存されているコロナウイルスタンパク質をコードし、対応するｓｉＲＮＡは、２つ以上の異なる疾患又は状態、例えば、複数のコロナウイルスによって引き起こされる、又はそれに関連する２つ以上の疾患又は状態を治療するために使用できる組成物及び方法において有用である。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶの類似タンパク質と８９％同一であるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＮＳＰ１５をコードし、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を治療するために使用することができる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、２つ以上のコロナウイルスに共通のｍＲＮＡ標的又は非コードＲＮＡ標的に結合することができる。いくつかの実施態様では、コードＲＮＡ標的は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＭＥＲＳ－ＣｏＶに関連するＮｐｐ１２－ＮＳＰ１３である。いくつかの実施態様では、コロナウイルス標的ＲＮＡ及び任意の対応するコードされたタンパク質は、当技術分野の当業者に知られているか、又は文献、例えば、Ｗｕ，ｅｔ ａｌ．，２７ Ｆｅｂ ２０２０，Ａｃｔａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ，ｐｒｅｐｒｏｏｆ ａｔ ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ａｐｓｂ．２０２０．０２．００８（この文献は参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているもののいずれかである。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは宿主タンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡはサイトカインをコードする。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン（インターロイキン１（ＩＬ－１アルファ、ＩＬ－１ベータなど）を含むがこれらに限定されない）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）、インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）、インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）、インターロイキン１８（ＩＬ－１８）、インターロイキン３６－アルファ（ＩＬ－３６－アルファ）、インターロイキン３６－ベータ（ＩＬ－３６－ベータ））、インターロイキン３６－ガンマ（ＩＬ－３６－ガンマ）、及びインターロイキン３３（ＩＬ－３３））からなる群から選択されるサイトカインをコードする。Ｃｏｖｉｄ－１９におけるＴＮＦ－アルファの役割は、文献により、例えば、Ｆｅｌｄｍａｎｎ，ｅｔ ａｌ．，９ Ａｐｒ ２０２０，Ｔｈｅ Ｌａｎｃｅｔ Ｓ０１４０－６７３６（２０）３０８５８－８（参照により本明細書に組み込まれる）により説明されている。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは、炎症性サイトカインをコードする。いくつかの実施態様では、いくつかの標的ｍＲＮＡは、宿主ウイルス侵入タンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、宿主ウイルス侵入タンパク質は、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）である。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡは宿主酵素をコードする。いくつかの実施態様では、酵素は、膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）である。
［０２６８］ いくつかの実施態様では、組換え核酸構築物は、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする２つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡである。いくつかの実施態様では、組換え核酸構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする３つの核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換え核酸構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする４つの核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換え核酸構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換え核酸構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする２～１０の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、組換え核酸構築物は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする２～６の核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする。いくつかの実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする。
［０２６９］ いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによって調節される。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、その５’非翻訳領域で標的ｍＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、その３’非翻訳領域で標的ｍＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、翻訳領域において標的ｍＲＮＡに結合することができる。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによって阻害される。本明細書に記載されているように、標的ｍＲＮＡの発現の阻害又はダウンレギュレーションは、限定されないが、それぞれ組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物によってコードされるか又はそれに含まれる標的ｍＲＮＡからのタンパク質の翻訳を妨害するための標的ｍＲＮＡとの干渉を指すことができ；したがって、標的ｍＲＮＡの発現の阻害又はダウンレギュレーションは、限定されないが、標的ｍＲＮＡに結合することができる組換えポリ核酸又はｓｉＲＮＡを含むＲＮＡ構築物の非存在下で標的ｍＲＮＡから発現されるタンパク質のレベルと比較して、標的ｍＲＮＡから発現されるタンパク質のレベルの減少を指すことができる。タンパク質発現のレベルは、当技術分野で周知である任意の方法を使用して測定することができ、これらには、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、及び様々なプロテオミクス技術が含まれるが、これらに限定されない。ポリペプチドを測定又は検出するための例示的な方法は、ＥＬＩＳＡなどの免疫アッセイである。このタイプのタンパク質定量は、特定の抗原を捕捉することができる抗体、及び捕捉された抗原を検出することができる二次抗体に基づくことができる。ポリペプチドの検出及び／又は測定のための例示的なアッセイは、Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ．ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｄ．Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（１９８８），Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓに記載されている。
［０２７０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列とを含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物であり、ここで標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現に影響を及ぼさない。いくつかの実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子をコードする核酸に結合することができない。好ましい実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現を阻害しない。別の好ましい実施態様では、ｓｉＲＮＡは、目的の遺伝子の発現をダウンレギュレートしない。本明細書に記載されているように、目的の遺伝子の発現を阻害又はダウンレギュレートすることは、限定されないが、ＤＮＡの転写及び／又は組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物からのタンパク質の翻訳を妨害することを指すことができ；したがって、目的の遺伝子の発現を阻害又はダウンレギュレートすることは、限定されないが、標的ｍＲＮＡに結合することができる組換えポリ核酸又はｓｉＲＮＡを含むＲＮＡ構築物の非存在下で発現されるタンパク質のレベルと比較してタンパク質レベルの減少を指すことができる。タンパク質発現のレベルは、当技術分野で周知である任意の方法を使用して測定することができ、これらには、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、及び様々なプロテオミクス技術が含まれるが、これらに限定されない。ポリペプチドを測定又は検出するための例示的な方法は、ＥＬＩＳＡなどの免疫アッセイである。このタイプのタンパク質定量は、特定の抗原を捕捉することができる抗体、及び捕捉された抗原を検出することができる二次抗体に基づくことができる。ポリペプチドの検出及び／又は測定のための例示的なアッセイは、Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ． ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｄ． Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（１９８８），Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓに記載されている。
［０２７１］ いくつかの態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号８０～１０９から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号８０～１０９から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１１０～１３９から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－８ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号８０～８３から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－８ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号８０～８３から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１１０～１１３から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－１ベータｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号８４～８６から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－１ベータｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号８４～８６から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１１４～１１６から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＴＮＦ－アルファｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号８７～８９から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＴＮＦ－アルファｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号８７～８９から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１１７～１１９から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－１７ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９０～９２から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－１７ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９０～９２から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１２０～１２２から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－６ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９３～９５から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－６ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９３～９５から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１２３～１２５から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－６ＲアルファｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９６及び９７から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－６ＲアルファｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９６及び９７から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１２５及び１２７から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＩＬ－６ＲベータｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９８に記載の配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、ＩＬ－６ＲベータｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９８に記載の配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１２８に記載の配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＡＣＥ２ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９９～１０１から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＡＣＥ２ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号９９～１０１から選択される記載された配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１２９～１３１から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１０２～１０５から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１０２～１０５から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１３２～１３５から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１０６～１０８から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１０６～１０８から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１３６～１３８から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１０９に記載の配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１０９に記載の配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１３９に記載の配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。いくつかの態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１４０～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの態様では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１４０～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１４６～１５１から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＡＬＫ２ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１４０～１４２から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＡＬＫ２ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１４０～１４２から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１４６～１４８から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＳＯＤ１ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１４３～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖を含む。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡはＳＯＤ１ ｍＲＮＡであり、ｓｉＲＮＡは、配列番号１４３～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖、及び配列番号１４９～１５１から選択される配列によってコードされる対応するアンチセンス鎖をそれぞれ含む。
目的の遺伝子
［０２７２］ いくつかの実施態様では、本発明の組換え核酸又はＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み得る。いくつかの実施態様では、本発明の組換え核酸又はＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子をコードする３つの核酸配列を含み得る。いくつかの実施態様では、本発明の組換え核酸又はＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子をコードする４つの核酸配列を含み得る。いくつかの実施態様では、本発明の組換え核酸又はＲＮＡ構築物は、目的の遺伝子をコードする５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、又はそれ以上の核酸配列を含み得る。一実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子をコードし得る。別の実施態様では、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、異なる目的の遺伝子をコードする。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、分泌タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、細胞内タンパク質をコードする核酸配列を含み得る。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、オルガネラ内タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれは、膜タンパク質をコードする核酸配列を含む。
［０２７３］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含み得る。いくつかの実施態様では、リンカーをコードするか又は含む核酸配列は、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続し得る。いくつかの実施態様では、リンカーは切断不可能なリンカーであり得る。好ましい実施態様では、リンカーは切断可能なリンカーであり得る。いくつかの実施態様では、リンカーは自己切断可能なリンカーであり得る。リンカーの非限定的な例は、Ｔ２Ａ、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、若しくはＦ２Ａなどの２Ａペプチドリンカー（又は２Ａ自己切断ペプチド）、又はｔＲＮＡリンカーなどを含む。いくつかの実施態様では、リンカーは、Ｔ２Ａペプチドリンカーである。一実施態様では、リンカーはＰ２Ａペプチドリンカーであり得る。いくつかの実施態様では、リンカーは、Ｅ２Ａペプチドリンカーであり得る。いくつかの実施態様では、リンカーはＦ２Ａリンカーであり得る。いくつかの実施態様では、リンカーはｔＲＮＡリンカーであり得る。ｔＲＮＡシステムは、生物全体で進化的に保存されており、内因性ＲＮａｓｅＰ及びＺを利用してマルチシストロン性構築物をプロセシングする（Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１６）。いくつかの実施態様では、ｔＲＮＡリンカーは、ＡＡＣＡＡＡＧＣＡＣＣＡＧＴＧＧＴＣＴＡＧＴＧＧＴＡＧＡＡＴＡＧＴＡＣＣＣＴＧＣＣＡＣＧＧＴＡＣＡＧＡＣＣＣＧＧＧＴＴＣＧＡＴＴＣＣＣＧＧＣＴＧＧＴＧＣＡ（配列番号２４）を含む核酸配列を含み得る。
［０２７４］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによって調節される。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによってアップレギュレートされる。本明細書で使用される、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質の発現のアップレギュレーションは、目的の遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルを増加させることを指すことができるが、これに限定されない。タンパク質発現のレベルは、当技術分野で周知である任意の方法を使用して測定することができ、これらには、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、及び様々なプロテオミクス技術が含まれるが、これらに限定されない。ポリペプチドを測定又は検出するための例示的な方法は、ＥＬＩＳＡなどの免疫アッセイである。このタイプのタンパク質定量は、特定の抗原を捕捉することができる抗体、及び捕捉された抗原を検出することができる二次抗体に基づくことができる。ポリペプチドの検出及び／又は測定のための例示的なアッセイは、Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ．ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｄ．Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（１９８８），Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓに記載されている。
［０２７５］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子はタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、タンパク質は治療用タンパク質である。本発明の好ましい実施態様では、タンパク質は、ヒト起源のものであり、すなわち、ヒトタンパク質である。目的の遺伝子によってコードされるタンパク質の非限定的な例には、カルボキシペプチダーゼ；サイトカイン；細胞外リガンド及びトランスポーター；細胞外マトリックスタンパク質；グルコシダーゼ；グリコシルトランスフェラーゼ；成長因子；成長因子結合タンパク質；ヘパリン結合タンパク質；ホルモン；ヒドロラーゼ；免疫グロブリン；イソメラーゼ；キナーゼ；リアーゼ；金属酵素阻害剤；メタロプロテアーゼ；乳タンパク質；神経活性タンパク質；プロテアーゼ；プロテアーゼ阻害剤；タンパク質ホスファターゼ；エステラーゼ；トランスフェラーゼ；及び血管作用性タンパク質であって、全てヒト起源のものが挙げられる。本発明のより好ましい実施態様では、本発明のタンパク質は、ヒトカルボキシペプチダーゼ；ヒトサイトカイン；ヒト細胞外リガンド及びトランスポーター；ヒト細胞外マトリックスタンパク質；ヒトグルコシダーゼ；ヒトグリコシルトランスフェラーゼ；ヒト成長因子；ヒト成長因子結合タンパク質；ヒトヘパリン結合タンパク質；ヒトホルモン；ヒトヒドロラーゼ；ヒト免疫グロブリン；ヒトイソメラーゼ；ヒトキナーゼ；ヒトリアーゼ；ヒト金属酵素阻害剤；ヒトメタロプロテアーゼ；ヒト乳タンパク質；ヒト神経活性タンパク質；ヒトプロテアーゼ；ヒトプロテアーゼ阻害剤；ヒトタンパク質ホスファターゼ；ヒトエステラーゼ；ヒトトランスフェラーゼ；又はヒト血管作用性タンパク質からなる群から選択されるヒトタンパク質である。
［０２７６］ 一実施態様では、タンパク質は、カルボキシペプチダーゼ（ここで、カルボキシペプチダーゼは、ＡＣＥ、ＡＣＥ２、ＣＮＤＰ１、ＣＰＡ１、ＣＰＡ２、ＣＰＡ４、ＣＰＡ５、ＣＰＡ６、ＣＰＢ１、ＣＰＢ２、ＣＰＥ、ＣＰＮ１、ＣＰＱ、ＣＰＸＭ１、ＣＰＺ、及びＳＣＰＥＰ１からなる群から選択される）；サイトカイン（ここで、サイトカインは、ＢＭＰ１、ＢＭＰ１０、ＢＭＰ１５、ＢＭＰ２、ＢＭＰ３、ＢＭＰ４、ＢＭＰ５、ＢＭＰ６、ＢＭＰ７、ＢＭＰ８Ａ、ＢＭＰ８Ｂ、Ｃ１ＱＴＮＦ４、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３Ｌ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ４Ｌ、ＣＣＬ４Ｌ２、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＥＲ１、ＣＫＬＦ、ＣＬＣＦ１、ＣＮＴＦ、ＣＳＦ１、ＣＳＦ２、ＣＳＦ３、ＣＴＦ１、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ２、ＤＫＫ３、ＤＫＫ４、ＥＤＡ、ＥＢＩ３、ＦＡＭ３Ｂ、ＦＡＭ３Ｃ、ＦＡＳＬＧ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＤＦ１、ＧＤＦ１０、ＧＤＦ１１、ＧＤＦ１５、ＧＤＦ２、ＧＤＦ３、ＧＤＦ５、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７、ＧＤＦ９、ＧＰＩ、ＧＲＥＭ１、ＧＲＥＭ２、ＧＲＮ、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ１３、ＩＦＮＡ１０、ＩＦＮＡ１４、ＩＦＮＡ１６、ＩＦＮＡ１７、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ２１、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡ５、ＩＦＮＡ６、ＩＦＮＡ７、ＩＦＮＡ８、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＧ、ＩＦＮＫ、ＩＦＮＬ１、ＩＦＮＬ２、ＩＦＮＬ３、ＩＦＮＬ４、ＩＦＮＷ１、ＩＬ１０、ＩＬ１１、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１３、ＩＬ１５、ＩＬ１６、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１７Ｂ、ＩＬ１７Ｃ、ＩＬ１７Ｄ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ１８、ＩＬ１９、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１Ｆ１０、ＩＬ２、ＩＬ２０、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３Ａ、ＩＬ２４、ＩＬ２５、ＩＬ２６、ＩＬ２７、ＩＬ３、ＩＬ３１、ＩＬ３２、ＩＬ３３、ＩＬ３４、ＩＬ３６Ａ、ＩＬ３６Ｂ、ＩＬ３６Ｇ、ＩＬ３６ＲＮ、ＩＬ３７、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ７、ＩＬ９、ＬＥＦＴＹ１、ＬＥＦＴＹ２、ＬＩＦ、ＬＴＡ、ＭＩＦ、ＭＳＴＮ、ＮＡＭＰＴ、ＮＯＤＡＬ、ＯＳＭ、ＰＦ４、ＰＦ４Ｖ１、ＳＣＧＢ３Ａ１、ＳＥＣＴＭ１、ＳＬＵＲＰ１、ＳＰＰ１、ＴＨＮＳＬ２、ＴＨＰＯ、ＴＮＦ、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１１、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＮＦＳＦ１３、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ１５、ＴＳＬＰ、ＶＳＴＭ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１６、ＷＮＴ２、ＷＮＴ２Ｂ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ３Ａ、ＷＮＴ４、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ５Ｂ、ＷＮＴ６、ＷＮＴ７Ａ、ＷＮＴ７Ｂ、ＷＮＴ８Ａ、ＷＮＴ８Ｂ、ＷＮＴ９Ａ、ＷＮＴ９Ｂ、ＸＣＬ１、及びＸＣＬ２からなる群から選択される）；細胞外リガンド及びトランスポーター（ここで、細胞外リガンド及びトランスポーターは、ＡＰＣＳ、ＣＨＩ３Ｌ１、ＣＨＩ３Ｌ２、ＣＬＥＣ３Ｂ、ＤＭＢＴ１、ＤＭＫＮ、ＥＤＤＭ３Ａ、ＥＤＤＭ３Ｂ、ＥＦＮＡ４、ＥＭＣ１０、ＥＮＡＭ、ＥＰＹＣ、ＥＲＶＨ４８－１、Ｆ１３Ｂ、ＦＣＮ１、ＦＣＮ２、ＧＬＤＮ、ＧＰＬＤ１、ＨＥＧ１、ＩＴＦＧ１、ＫＡＺＡＬＤ１、ＫＣＰ、ＬＡＣＲＴ、ＬＥＧ１、ＭＥＴＲＮ、ＮＯＴＣＨ２ＮＬ、ＮＰＮＴ、ＯＬＦＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＲＢ２、ＰＳＡＰ、ＰＳＡＰＬ１、ＰＳＧ１、ＰＳＧ６、ＰＳＧ９、ＰＴＸ３、ＰＴＸ４、ＲＢＰ４、ＲＮＡＳＥ１０、ＲＮＡＳＥ１２、ＲＮＡＳＥ１３、ＲＮＡＳＥ９、ＲＳＰＲＹ１、ＲＴＢＤＮ、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ１３、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、ＳＡＡ２、ＳＡＡ４、ＳＣＧ１、ＳＣＧ２、ＳＣＧ３、ＳＣＧＢ１Ｃ１、ＳＣＧＢ１Ｃ２、ＳＣＧＢ１Ｄ１、ＳＣＧＢ１Ｄ２、ＳＣＧＢ１Ｄ４、ＳＣＧＢ２Ｂ２、ＳＣＧＢ３Ａ２、ＳＣＧＮ、ＳＣＲＧ１、ＳＣＵＢＥ１、ＳＣＵＢＥ２、ＳＣＵＢＥ３、ＳＤＣＢＰ、ＳＥＬＥＮＯＰ、ＳＦＴＡ２、ＳＦＴＡ３、ＳＦＴＰＡ１、ＳＦＴＰＡ２、ＳＦＴＰＣ、ＳＦＴＰＤ、ＳＨＢＧ、ＳＬＵＲＰ２、ＳＭＯＣ１、ＳＭＯＣ２、ＳＭＲ３Ａ、ＳＭＲ３Ｂ、ＳＮＣＡ、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＯＧＡ１、ＳＰＡＲＣ、ＳＰＡＲＣＬ１、ＳＰＡＴＡ２０、ＳＰＡＴＡ６、ＳＲＰＸ２、ＳＳＣ４Ｄ、ＳＴＸ１Ａ、ＳＵＳＤ４、ＳＶＢＰ、ＴＣＮ１、ＴＣＮ２、ＴＣＴＮ１、ＴＦ、ＴＵＬＰ３、ＴＦＦ２、ＴＦＦ３、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＩＮＡＧ、ＴＩＮＡＧＬ１、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ２５，及びＶＷＣ２Ｌからなる群から選択される）；細胞外マトリックスタンパク質（ここで、細胞外マトリックスタンパク質は、ＡＢＩ３ＢＰ、ＡＧＲＮ、ＣＣＢＥ１、ＣＨＬ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬＥＣ１１、ＤＭＢＴ１、ＤＲＡＸＩＮ、ＥＤＩＬ３、ＥＬＮ、ＥＭＩＤ１、ＥＭＩＬＩＮ１、ＥＭＩＬＩＮ２、ＥＭＩＬＩＮ３、ＥＰＤＲ１、ＦＢＬＮ１、ＦＢＬＮ２、ＦＢＬＮ５、ＦＬＲＴ１、ＦＬＲＴ２、ＦＬＲＴ３、ＦＲＥＭ１、ＧＬＤＮ、ＩＢＳＰ、ＫＥＲＡ、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＲＲＥＬ３、ＫＲＴ１０、ＬＡＭＢ２、ＭＧＰ、ＲＰＴＮ、ＳＢＳＰＯＮ、ＳＤＣ１、ＳＤＣ４、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｄ、ＳＥＭＡ３Ｅ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ３Ｇ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＬＩＴ１、ＳＬＩＴ２、ＳＬＩＴ３、ＳＬＩＴＲＫ１、ＳＮＥＤ１、ＳＮＯＲＣ、ＳＰＡＣＡ３、ＳＰＡＣＡ７、ＳＰＯＮ１、ＳＰＯＮ２、ＳＴＡＴＨ、ＳＶＥＰ１、ＴＥＣＴＡ、ＴＥＣＴＢ、ＴＮＣ、ＴＮＮ、ＴＮＲ及びＴＮＸＢからなる群から選択される）；グルコシダーゼ（ここで、グルコシダーゼは、ＡＭＹ１Ａ、ＡＭＹ１Ｂ、ＡＭＹ１Ｃ、ＡＭＹ２Ａ、ＡＭＹ２Ｂ、ＣＥＭＩＰ、ＣＨＩＡ、ＣＨＩＴ１、ＦＵＣＡ２、ＧＬＢ１Ｌ、ＧＬＢ１Ｌ２、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ３、ＫＬ、ＬＹＧ１、ＬＹＧ２、ＬＹＺＬ１、ＬＹＺＬ２、ＭＡＮ２Ｂ２、ＳＭＰＤ１、ＳＭＰＤＬ３Ｂ、ＳＰＡＣＡ５，及びＳＰＡＣＡ５Ｂからなる群から選択される）；グリコシルトランスフェラーゼ（ここで、グリコシルトランスフェラーゼは、ＡＲＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＥＸＴＬ２、ＧＡＬＮＴ１、ＧＡＬＮＴ２、ＧＬＴ１Ｄ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＳＴ３ＧＡＬ１、ＳＴ３ＧＡＬ２、ＳＴ３ＧＡＬ３、ＳＴ３ＧＡＬ４、ＳＴ６ＧＡＬ１，及びＸＹＬＴ１からなる群から選択される）；成長因子（ここで、成長因子は、ＡＭＨ、ＡＲＴＮ、ＢＴＣ、ＣＤＮＦ、ＣＦＣ１、ＣＦＣ１Ｂ、ＣＨＲＤＬ１、ＣＨＲＤＬ２、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＣＮＭＤ、ＥＦＥＭＰ１、ＥＧＦ、ＥＧＦＬ６、ＥＧＦＬ７、ＥＧＦＬ８、ＥＰＧＮ、ＥＲＥＧ、ＥＹＳ、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１６、ＦＧＦ１７、ＦＧＦ１８、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ２、ＦＧＦ２０、ＦＧＦ２１、ＦＧＦ２２、ＦＧＦ２３、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ８、ＦＧＦ９、ＦＲＺＢ、ＧＤＮＦ、ＧＦＥＲ、ＧＫＮ１、ＨＢＥＧＦ、ＨＧＦ、ＩＧＦ－１、ＩＧＦ２、ＩＮＨＡ、ＩＮＨＢＡ、ＩＮＨＢＢ、ＩＮＨＢＣ、ＩＮＨＢＥ、ＩＮＳ、ＫＩＴＬＧ、ＭＡＮＦ、ＭＤＫ、ＭＩＡ、ＮＧＦ、ＮＯＶ、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＲＧ３、ＮＲＧ４、ＮＲＴＮ、ＮＴＦ３、ＮＴＦ４、ＯＧＮ、ＰＤＧＦＡ、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、ＰＤＧＦＤ、ＰＧＦ、ＰＲＯＫ１、ＰＳＰＮ、ＰＴＮ、ＳＤＦ１、ＳＤＦ２、ＳＦＲＰ１、ＳＦＲＰ２、ＳＦＲＰ３、ＳＦＲＰ４、ＳＦＲＰ５、ＴＤＧＦ１、ＴＦＦ１、ＴＧＦＡ、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、ＴＧＦＢ３、ＴＨＢＳ４、ＴＩＭＰ１、ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦＢ、ＶＥＧＦＣ、ＶＥＧＦＤ，及びＷＩＳＰ３からなる群から選択される）；成長因子結合タンパク質（ここで、成長因子結合タンパク質は、ＣＨＲＤ、ＣＹＲ６１、ＥＳＭ１、ＦＧＦＢＰ１、ＦＧＦＢＰ２、ＦＧＦＢＰ３、ＨＴＲＡ１、ＧＨＢＰ、ＩＧＦＡＬＳ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＧＦＢＰ３、ＩＧＦＢＰ４、ＩＧＦＢＰ５、ＩＧＦＢＰ６、ＩＧＦＢＰ７、ＬＴＢＰ１、ＬＴＢＰ２、ＬＴＢＰ３、ＬＴＢＰ４、ＳＯＳＴＤＣ１、ＮＯＧ、ＴＷＳＧ１，及びＷＩＦ１からなる群から選択される）；ヘパリン結合タンパク質（ここで、ヘパリン結合タンパク質は、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ５、ＡＮＧＰＴＬ３、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ、ＡＰＯＨ、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＭＰ、ＣＴＧＦ、ＦＢＬＮ７、ＦＮ１、ＦＳＴＬ１、ＨＲＧ、ＬＡＭＣ２、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＰＬ、ＰＣＯＬＣＥ２、ＰＯＳＴＮ、ＲＳＰＯ１、ＲＳＰＯ２、ＲＳＰＯ３、ＲＳＰＯ４、ＳＡＡ１、ＳＬＩＴ２、ＳＯＳＴ、ＴＨＢＳ１，及びＶＴＮからなる群から選択される）；ホルモン（ここで、ホルモンは、ＡＤＣＹＡＰ１、ＡＤＩＰＯＱ、ＡＤＭ、ＡＤＭ２、ＡＮＧＰＴＬ８、ＡＰＥＬＡ、ＡＰＬＮ、ＡＶＰ、Ｃ１ＱＴＮＦ１２、Ｃ１ＱＴＮＦ９、ＣＡＬＣＡ、ＣＡＬＣＢ、ＣＣＫ、ＣＧＡ、ＣＧＢ１、ＣＧＢ２、ＣＧＢ３、ＣＧＢ５、ＣＧＢ８、ＣＯＰＡ、ＣＯＲＴ、ＣＲＨ、ＣＳＨ１、ＣＳＨ２、ＣＳＨＬ１、ＥＮＨＯ、ＥＰＯ、ＥＲＦＥ、ＦＢＮ１、ＦＮＤＣ５、ＦＳＨＢ、ＧＡＬ、ＧＡＳＴ、ＧＣＧ、ＧＨ、ＧＨ１、ＧＨ２、ＧＨＲＨ、ＧＨＲＬ、ＧＩＰ、ＧＮＲＨ１、ＧＮＲＨ２、ＧＰＨＡ２、ＧＰＨＢ５、ＩＡＰＰ、ＩＮＳ、ＩＮＳＬ３、ＩＮＳＬ４、ＩＮＳＬ５、ＩＮＳＬ６、ＬＨＢ、ＭＥＴＲＮＬ、ＭＬＮ、ＮＰＰＡ、ＮＰＰＢ、ＮＰＰＣ、ＯＳＴＮ、ＯＸＴ、ＰＭＣＨ、ＰＰＹ、ＰＲＬ、ＰＲＬＨ、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨ、ＰＹＹ、ＲＥＴＮ、ＲＥＴＮＬＢ、ＲＬＮ１、ＲＬＮ２、ＲＬＮ３、ＳＣＴ、ＳＰＸ、ＳＳＴ、ＳＴＣ１、ＳＴＣ２、ＴＧ、ＴＯＲ２Ａ、ＴＲＨ、ＴＳＨＢ、ＴＴＲ、ＵＣＮ、ＵＣＮ２、ＵＣＮ３、ＵＴＳ２、ＵＴＳ２Ｂ，及びＶＩＰからなる群から選択される）；ヒドロラーゼ（ここで、ヒドロラーゼは、ＡＡＤＡＣＬ２、ＡＢＨＤ１５、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＡＤＡ２、ＡＤＡＭＴＳＬ１、ＡＯＡＨ、ＡＲＳＦ、ＡＲＳＩ、ＡＲＳＪ、ＡＲＳＫ、ＢＴＤ、ＣＨＩ３Ｌ２、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ２、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ５、ＥＮＴＰＤ５、ＥＮＴＰＤ６、ＧＢＰ１、ＧＧＨ、ＧＰＬＤ１、ＨＰＳＥ、ＬＩＰＣ、ＬＩＰＦ、ＬＩＰＧ、ＬＩＰＨ、ＬＩＰＩ、ＬＩＰＫ、ＬＩＰＭ、ＬＩＰＮ、ＬＰＬ、ＰＧＬＹＲＰ２、ＰＬＡ１Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＰＬＡ２Ｇ１２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１Ｂ、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｄ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｅ、ＰＬＡ２Ｇ２Ｆ、ＰＬＡ２Ｇ３、ＰＬＡ２Ｇ５、ＰＬＡ２Ｇ７、ＰＮＬＩＰ、ＰＮＬＩＰＲＰ２、ＰＮＬＩＰＲＰ３、ＰＯＮ１、ＰＯＮ３、ＰＰＴ１、ＳＭＰＤＬ３Ａ、ＴＨＥＭ６、ＴＨＳＤ１，及びＴＨＳＤ４からなる群から選択される）；免疫グロブリン（ここで、免疫グロブリンは、ＩＧＳＦ１０、ＩＧＫＶ１－１２、ＩＧＫＶ１－１６、ＩＧＫＶ１－３３、ＩＧＫＶ１－６、ＩＧＫＶ１Ｄ－１２、ＩＧＫＶ１Ｄ－３９、ＩＧＫＶ１Ｄ－８、ＩＧＫＶ２－３０、ＩＧＫＶ２Ｄ－３０、ＩＧＫＶ３－１１、ＩＧＫＶ３Ｄ－２０、ＩＧＫＶ５－２、ＩＧＬＣ１、ＩＧＬＣ２，及びＩＧＬＣ３からなる群から選択される）；イソメラーゼ（ここで、イソメラーゼは、ＮＡＸＥ、ＰＰＩＡ，及びＰＴＧＤＳからなる群から選択される）；キナーゼ（ここで、キナーゼは、ＡＤＣＫ１、ＡＤＰＧＫ、ＦＡＭ２０Ｃ、ＩＣＯＳ，及びＰＫＤＣＣからなる群から選択される）；
リアーゼ（ここで、リアーゼは、ＰＭ２０Ｄ１、ＰＡＭ，及びＣＡ６からなる群から選択される）；金属酵素阻害剤（ここで、金属酵素阻害剤は、ＦＥＴＵＢ、ＳＰＯＣＫ３、ＴＩＭＰ２、ＴＩＭＰ３、ＴＩＭＰ４、ＷＦＩＫＫＮ１，及びＷＦＩＫＫＮ２からなる群から選択される）；金属プロテアーゼ（ここで、金属プロテアーゼは、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ９、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ１０、ＡＤＡＭＴＳ１２、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＤＡＭＴＳ１４、ＡＤＡＭＴＳ１５、ＡＤＡＭＴＳ１６、ＡＤＡＭＴＳ１７、ＡＤＡＭＴＳ１８、ＡＤＡＭＴＳ１９、ＡＤＡＭＴＳ２、ＡＤＡＭＴＳ２０、ＡＤＡＭＴＳ３、ＡＤＡＭＴＳ４、ＡＤＡＭＴＳ５、ＡＤＡＭＴＳ６、ＡＤＡＭＴＳ７、ＡＤＡＭＴＳ８、ＡＤＡＭＴＳ９、ＣＬＣＡ１、ＣＬＣＡ２、ＣＬＣＡ４、ＩＤＥ、ＭＥＰ１Ｂ、ＭＭＥＬ１、ＭＭＰ１、ＭＭＰ１０、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１２、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１６、ＭＭＰ１７、ＭＭＰ１９、ＭＭＰ２、ＭＭＰ２０、ＭＭＰ２１、ＭＭＰ２４、ＭＭＰ２５、ＭＭＰ２６、ＭＭＰ２８、ＭＭＰ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＰＡＰＰＡ、ＰＡＰＰＡ２、ＴＬＬ１，及びＴＬＬ２からなる群から選択される；乳タンパク質（ここで、乳タンパク質は、ＣＳＮ１Ｓ１、ＣＳＮ２、ＣＳＮ３，及びＬＡＬＢＡからなる群から選択される）；神経活性タンパク質（ここで、神経活性タンパク質は、ＣＡＲＴＰＴ、ＮＭＳ、ＮＭＵ、ＮＰＢ、ＮＰＦＦ、ＮＰＳ、ＮＰＶＦ、ＮＰＷ、ＮＰＹ、ＰＣＳＫ１Ｎ、ＰＤＹＮ、ＰＥＮＫ、ＰＮＯＣ、ＰＯＭＣ、ＰＲＯＫ２、ＰＴＨ２、ＰＹＹ２、ＰＹＹ３、ＱＲＦＰ、ＴＡＣ１，及びＴＡＣ３からなる群から選択される）；プロテアーゼ（ここで、プロテアーゼは、ＡＤＡＭＴＳ６、Ｃ１Ｒ、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２、ＣＡＳＰ４、ＣＥＬＡ１、ＣＥＬＡ２Ａ、ＣＥＬＡ２Ｂ、ＣＦＢ、ＣＦＤ、ＣＦＩ、ＣＭＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＣＴＲＢ１、ＣＴＲＢ２、ＣＴＳＢ、ＣＴＳＤ、ＤＨＨ、Ｆ１０、Ｆ１１、Ｆ１２、Ｆ２、Ｆ３、Ｆ７、Ｆ８、Ｆ９、ＦＡＰ、ＦＵＲＩＮ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＫ、ＧＺＭＭ、ＨＡＢＰ２、ＨＧＦＡＣ、ＨＴＲＡ３、ＨＴＲＡ４、ＩＨＨ、ＫＬＫ１０、ＫＬＫ１１、ＫＬＫ１２、ＫＬＫ１３、ＫＬＫ１４、ＫＬＫ１５、ＫＬＫ３、ＫＬＫ４、ＫＬＫ５、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７、ＫＬＫ８、ＫＬＫ９、ＫＬＫＢ１、ＭＡＳＰ１、ＭＡＳＰ２、ＭＳＴ１Ｌ、ＮＡＰＳＡ、ＯＶＣＨ１、ＯＶＣＨ２、ＰＣＳＫ２、ＰＣＳＫ５、ＰＣＳＫ６、ＰＣＳＫ９、ＰＧＡ３、ＰＧＡ４、ＰＧＡ５、ＰＧＣ、ＰＬＡＴ、ＰＬＡＵ、ＰＬＧ、ＰＲＯＣ、ＰＲＳＳ１、ＰＲＳＳ１２、ＰＲＳＳ２、ＰＲＳＳ２２、ＰＲＳＳ２３、ＰＲＳＳ２７、ＰＲＳＳ２９Ｐ、ＰＲＳＳ３、ＰＲＳＳ３３、ＰＲＳＳ３６、ＰＲＳＳ３８、ＰＲＳＳ３Ｐ２、ＰＲＳＳ４２、ＰＲＳＳ４４、ＰＲＳＳ４７、ＰＲＳＳ４８、ＰＲＳＳ５３、ＰＲＳＳ５７、ＰＲＳＳ５８、ＰＲＳＳ８、ＰＲＴＮ３、ＲＥＬＮ、ＲＥＮ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＴＰＳＢ２，及びＴＰＳＤ１からなる群から選択される）；プロテアーゼ阻害剤（ここで、プロテアーゼ阻害剤は、Ａ２Ｍ、Ａ２ＭＬ１、ＡＭＢＰ、ＡＮＯＳ１、ＣＯＬ２８Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＰＡＭＤ８、ＣＳＴ１、ＣＳＴ２、ＣＳＴ３、ＣＳＴ４、ＣＳＴ５、ＣＳＴ６、ＣＳＴ７、ＣＳＴ８、ＣＳＴ９、ＣＳＴ９Ｌ、ＣＳＴ９ＬＰ１、ＣＳＴＬ１、ＥＰＰＩＮ、ＧＰＣ３、ＨＭＳＤ、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ２、ＩＴＩＨ３、ＩＴＩＨ４、ＩＴＩＨ５、ＩＴＩＨ６、ＫＮＧ１、ＯＰＲＰＮ、ＯＶＯＳ１、ＯＶＯＳ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＩ１５、ＰＩ１６、ＰＩ３、ＰＺＰ、Ｒ３ＨＤＭＬ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＡ１０、ＳＥＲＰＩＮＡ１１、ＳＥＲＰＩＮＡ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１３Ｐ、ＳＥＲＰＩＮＡ３、ＳＥＲＰＩＮＡ４、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＥＲＰＩＮＡ７、ＳＥＲＰＩＮＡ９、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＥＲＰＩＮＣ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＥＲＰＩＮＥ３、ＳＥＲＰＩＮＦ２、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＲＰＩＮＩ１、ＳＥＲＰＩＮＩ２、ＳＰＩＮＫ１、ＳＰＩＮＫ１３、ＳＰＩＮＫ１４、ＳＰＩＮＫ２、ＳＰＩＮＫ４、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＩＮＫ６、ＳＰＩＮＫ７、ＳＰＩＮＫ８、ＳＰＩＮＫ９、ＳＰＩＮＴ１、ＳＰＩＮＴ３、ＳＰＩＮＴ４、ＳＰＯＣＫ１、ＳＰＯＣＫ２、ＳＰＰ２、ＳＳＰＯ、ＴＦＰＩ、ＴＦＰＩ２、ＷＦＤＣ１、ＷＦＤＣ１０Ａ、ＷＦＤＣ１３、ＷＦＤＣ２、ＷＦＤＣ３、ＷＦＤＣ５、ＷＦＤＣ６，及びＷＦＤＣ８からなる群から選択される）；プロテインホスファターゼ（ここで、プロテインホスファターゼは、ＡＣＰ７、ＡＣＰＰ、ＰＴＥＮ，及びＰＴＰＲＺ１からなる群から選択される）；エステラーゼ（ここで、エステラーゼは、ＢＣＨＥ、ＣＥＬ、ＣＥＳ４Ａ、ＣＥＳ５Ａ、ＮＯＴＵＭ，及びＳＩＡＥからなる群から選択される）；トランスフェラーゼ（ここで、トランスフェラーゼは、ＭＥＴＴＬ２４、ＦＫＲＰ、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ９，及びＢ３ＧＡＴ１からなる群から選択される）；及び血管作用性タンパク質（ここで、血管作用性タンパク質は、ＡＧＧＦ１、ＡＧＴ、ＡＮＧＰＴ１、ＡＮＧＰＴ２、ＡＮＧＰＴＬ４、ＡＮＧＰＴＬ６、ＥＤＮ１、ＥＤＮ２、ＥＤＮ３，及びＮＴＳからなる群から選択される）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、タンパク質は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮベータ）、インターフェロンアルファ（ＩＦＮアルファ）、ＡＣＥ２可溶性受容体、インターロイキン３７（ＩＬ－３７）、及びインターロイキン３８（ＩＬ－３８）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、タンパク質は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮベータ）、及びＡＣＥ２可溶性受容体からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、タンパク質は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターフェロンベータ（ＩＦＮベータ）、ＡＣＥ２可溶性受容体、及びエリスロポエチン（ＥＰＯ）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、タンパク質は、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、及びインターロイキン４（ＩＬ－４）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、タンパク質はＩＧＦ－１である。いくつかの実施態様では、タンパク質はＩＬ－４である。いくつかの実施態様では、タンパク質はインターフェロンベータ（ＩＦＮベータ）である。いくつかの実施態様では、タンパク質はＡＣＥ２可溶性受容体である。いくつかの実施態様では、タンパク質はエリスロポイエチン（ＥＰＯ）である。
［０２７７］ 本発明の一実施態様では、目的の遺伝子をコードする核酸配列又はｍＲＮＡを含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ヒトインスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）をコードする核酸配列を含み得る。別の実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１をコードする核酸配列を含むネイキッドＤＮＡ又はＲＮＡであり得る。本発明のこの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、成熟ヒトＩＧＦ－１をコードする核酸配列を含み得る。本発明の好ましい実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のプロペプチド、好ましくはヒトＩＧＦ－１のプロペプチドをコードする核酸配列、及びＩＧＦ－１の成熟タンパク質、又は好ましくはヒトＩＧＦ－１の成熟タンパク質をコードする核酸配列を含み得、且つ、ＩＧＦ－１のＥ－ペプチドをコードする核酸配列を含まず、好ましくは、ＩＧＦ－１のヒトＥ－ペプチド、すなわち、カルボキシル末端伸長を有するＩＧＦ－１をコードする核酸配列を含まない。本発明のより好ましい実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のプロペプチド、好ましくはヒトＩＧＦ－１のプロペプチドをコードする核酸配列、ＩＧＦ－１の成熟タンパク質、又は好ましくはヒトＩＧＦ－１の成熟タンパク質をコードする核酸配列を含み得る。好ましくは、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のＥ－ペプチドをコードする核酸配列を含まないか、又はより好ましくは、ＩＧＦ－１のヒトＥ－ペプチドをコードする核酸配列を含まない。本発明のさらなる好ましい実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のプロペプチド、好ましくはヒトＩＧＦ－１のプロペプチドをコードする核酸配列、ＩＧＦ－１の成熟タンパク質、又は好ましくはヒトＩＧＦ－１の成熟タンパク質をコードする核酸配列、及び脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）のシグナルペプチドをコードする核酸配列を含み得る。好ましくは、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のＥ－ペプチドをコードする核酸配列を含まないか、より好ましくは、ＩＧＦ－１のヒトＥ－ペプチドをコードする核酸配列を含まない。
［０２７８］ いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のプロペプチド（プロドメインとも呼ばれる）、好ましくは２７アミノ酸を有するヒトＩＧＦ－１をコードする核酸配列、及び成熟ＩＧＦ－１、好ましくは７０アミノ酸を有する成熟ヒトＩＧＦ－１をコードする核酸配列（ｎｕｃｌｅｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を含み得、且つ、好ましくは、ＩＧＦ－１のＥ－ペプチドをコードするヌクレオチド配列を含まず、好ましくは、ＩＧＦ－１のヒトＥ－ペプチドをコードする核酸配列を含まない。いくつかの実施態様では、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のプロペプチド（プロドメインとも呼ばれる）、好ましくは２７アミノ酸を有するヒトＩＧＦ－１をコードする核酸配列、及び成熟ＩＧＦ－１、好ましくは７０アミノ酸を有する成熟ヒトＩＧＦ－１をコードする核酸配列（ｎｕｃｌｅｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）、及び脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）のシグナルペプチドをコードする核酸配列を含み得る。好ましくは、組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、ＩＧＦ－１のＥ－ペプチドをコードする核酸配列（ｎｕｃｌｅｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を含まないか、より好ましくは、ＩＧＦ－１のヒトＥ－ペプチドをコードする核酸配列を含まない。
［０２７９］ いくつかの実施態様では、本発明の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、２７アミノ酸を有するヒトＩＧＦ－１のプロペプチド（プロドメインとも呼ばれる）をコードする核酸配列、及び７０アミノ酸を有する成熟ヒトＩＧＦ－１をコードする核酸配列を含み得、且つ、好ましくは、ヒトＩＧＦ－１のＥペプチド（Ｅドメインとも呼ばれる）をコードする核酸配列を含まず、ここで、２７アミノ酸を有するヒトＩＧＦ－１のプロペプチド（プロドメインとも呼ばれる）をコードする核酸配列、及び７０アミノ酸を有する成熟ヒトＩＧＦ－１をコードする核酸配列、及びＥ－ペプチドをコードする核酸配列は、ＵｎｉｐｒｏｔデータベースではＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ０５０１９として、ＧｅｎｂａｎｋデータベースではそれぞれＮＭ＿０００６１８．４、ＮＭ＿００１１１１２８５．２及びＮＭ＿００１１１１２８３．２として参照されているとおりである。
［０２８０］ いくつかの実施態様では、目的の遺伝子（例えば、目的のｍＲＮＡ及び／又は目的の遺伝子に対応する目的のタンパク質をコードすることができる）は、目的のタンパク質をコードし、ここで、目的のタンパク質は抗炎症性サイトカインである。いくつかの実施態様では、抗炎症性サイトカインは、インターフェロン又はインターロイキンである。いくつかの実施態様では、インターフェロンは、Ｉ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、及びＩＦＮ－ω）、ＩＩ型インターフェロン（ＩＦＮ－γ）、又はＩＩＩ型インターフェロン（ＩＦＮ－λ）である。いくつかの実施態様では、アルファインターフェロンは、インターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、及びインターフェロンアルファ－２ｂから選択される。ウイルス感染に対するインターフェロンの活性は、例えば、ＩＦＮ－ωの抗ＳＡＲＳ効果を記載しているＷＯ２００４／０９６８５２（Ｃｈｅｎら）、及びＩＦＮ－λバリアントの抗ウイルス効果を記載しているＷＯ２００５／０９７１６５（Ｋｌｕｃｈｅｒら）に記載されており、両方とも参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施態様では、サイトカインはインターロイキンである。いくつかの実施態様では、インターロイキンは、インターロイキン１Ｆファミリーのメンバーである。いくつかの実施態様では、インターロイキンは、インターロイキン３７（ＩＬ－３７、以前はインターロイキン－１ファミリーメンバー７又はＩＬ－１Ｆ７として知られており、例えば、Ｙａｎ，ｅｔ ａｌ．，２０１８，Ｍｅｄｉａｔｏｒｓ ｏｆ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ Ｖｏｌｕｍｅ ２０１９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ２６５０５９０、及びＣｏｎｔｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｍａｒｃｈ－Ａｐｒｉｌ ２０２０，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｓ ａｎｄ ｈｏｍｅｏｓｔａｔｉｃ ａｇｅｎｔｓ ３４（２），ｄｏｉ：１０．２３８１２／ＣＯＮＴＩ－Ｅ［Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ］によって記載され、両方とも参照により本明細書に組み込まれる）である。いくつかの実施態様では、インターロイキンは、インターロイキン３８（以前はＩＬ－１ＨＹ２として知られており、例えば、Ｘｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｊｕｎｅ ２０１８，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．９，ａｒｔｉｃｌｅ．１４６２によって記載され、参照により本明細書に組み込まれる）である。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、おとりタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、おとりタンパク質は、ウイルス宿主細胞受容体の可溶型である。いくつかの実施態様では、おとりタンパク質はＡＣＥ２可溶性受容体である。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、Ｉ型インターフェロン、ＩＩ型インターフェロン、ＩＩＩ型インターフェロン、インターロイキン、及びおとりタンパク質から選択されるタンパク質をコードする。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子は、ＩＦＮ－α、例えば、インターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンアルファ－２ａ、又はインターフェロンアルファ－２ｂ、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－δ、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、ＩＦＮ－ν、ＩＦＮ－τ、ＩＦＮ－ω、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－λ、ＩＬ－３７、ＩＬ－３８、及び可溶性ＡＣＥ２受容体から選択されるタンパク質をコードする。
標的モチーフ
［０２８１］ いくつかの実施態様では、本明細書に記載の組成物は、組換えポリ核酸又は標的モチーフを含むＲＮＡ構築物を含む。本明細書で使用される用語「標的モチーフ」又は「標的化モチーフ」は、細胞膜、細胞外コンパートメント、又は細胞内コンパートメントの任意の部分に向けられる、新たに合成されたポリペプチド又はタンパク質に存在する任意の短いペプチドを指すことができる。細胞内コンパートメントには、細胞内オルガネラ、例えば、核、核小体、エンドソーム、プロテアソーム、リボソーム、クロマチン、核エンベロープ、核膜孔、エキソソーム、メラノソーム、ゴルジ装置、ペルオキシソーム、小胞体（ＥＲ）、リソソーム、セントロソーム、微小管、ミトコンドリア、葉緑体、マイクロフィラメント、中間径フィラメント、又は原形質膜などが挙げられるが、これらに限定されない。他の用語としては、シグナル配列、標的化シグナル、局在化シグナル、局在化配列、輸送ペプチド、リーダー配列、又はリーダーペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施態様では、標的モチーフは、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結されている。標的モチーフの非限定的な例は、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、セントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）、又は細胞膜、細胞外コンパートメント、若しくは細胞内コンパートメントの特定の部分にタンパク質を標的化するその他のシグナルを含む。
いくつかの実施態様では、標的モチーフは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。
［０２８３］ いくつかの実施態様では、標的モチーフはシグナルペプチドである。いくつかの実施態様では、シグナルペプチドは、（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチド；（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の前記シグナルペプチドが、前記タンパク質がオキシドレダクターゼではないという条件で、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同なシグナルペプチドであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記シグナルペプチドが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、シグナルペプチド；及び（ｄ）天然においてシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、シグナルペプチドのＮ末端のアミノ酸１～９は、２を超える平均疎水性スコアを有する。
［０２８４］ 本明細書で使用される用語「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ」又は「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチド」は、タンパク質の天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチドとは異なる、すなわち標的モチーフ又はシグナルペプチドがタンパク質の同じ遺伝子に由来していない天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチドを指す。通常、所与のタンパク質と異種の標的モチーフ又はシグナルペプチドは、所与のタンパク質に関連しない、すなわち、所与のタンパク質の標的モチーフ又はシグナルペプチドとは異なるアミノ酸配列を有する、例えば、所与のタンパク質の標的モチーフ又はシグナルペプチドと５０％を超える、好ましくは６０％を超える、より好ましくは７０％を超える、さらにより好ましくは８０％を超える、最も好ましくは９０％を超える、又は特に９５％を超える異なるアミノ酸配列を有する別のタンパク質からの標的モチーフ又はシグナルペプチドである。好ましくは、所与のタンパク質と異種の標的モチーフ又はシグナルペプチドは、所与のタンパク質の天然に存在する（同種の）標的モチーフ又はシグナルペプチドのアミノ酸配列と９５％未満、好ましくは９０％未満、より好ましくは８０％未満、さらにより好ましくは７０％未満、最も好ましくは６０％未満、又は特に５０％未満の配列同一性を有する。異種配列は、同じ生物に由来する場合もあるが、それらは天然に（天然において）、同じｍＲＮＡなどの同じ核酸分子に存在することはない。タンパク質と異種の標的モチーフ又はシグナルペプチド、及びタンパク質に対して標的モチーフ又はシグナルペプチドが異種であるタンパク質は、同一又は異なる起源のものであり得、通常は同じ起源のものであり、好ましくは真核生物起源のものであり、より好ましくは同じ真核生物の真核生物起源のものであり、さらにより好ましくは哺乳動物起源のものであり、特に同じ哺乳動物生物の哺乳動物起源のものであり、又はより具体的にはヒト起源のものである。例えば、ヒトＢＤＮＦシグナルペプチド及びヒトＩＧＦ－１遺伝子、すなわちタンパク質と異種のシグナルペプチドをコードする核酸配列を含む組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物であって、ここで、シグナルペプチド及びタンパク質が同じ起源のもの、すなわちヒト起源のものが開示されている。
［０２８５］ 本明細書で使用される用語「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフ」又は「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同なシグナルペプチド」は、タンパク質の天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチドを指す。タンパク質に相同な標的モチーフ又はシグナルペプチドは、天然に存在するタンパク質の遺伝子によってコードされる標的モチーフ又はシグナルペプチドである。タンパク質に相同な標的モチーフ又はシグナルペプチドは、通常、真核生物起源のものであり、例えば、真核生物タンパク質の天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチドであって、好ましくは、哺乳動物起源のもの、例えば、哺乳動物タンパク質の天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチド、又はより好ましくは、ヒト起源のもの、例えば、ヒトタンパク質の天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチドである。
本明細書で使用される用語「天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列」又は「天然においてシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列」は、天然に存在し、且つ天然に存在する任意の標的モチーフ又はシグナルペプチドのアミノ酸配列と同一ではないアミノ酸配列を指す。本発明において言及されるような、天然において標的モチーフ又はシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列は、好ましくは１０～５０の間、より好ましくは１１～４５、さらにより好ましくは１２～４５、最も好ましくは１３～４５、特に１４～４５、より具体的には１５～４５、又はさらにより具体的には１６～４０アミノ酸長である。好ましくは、本発明の天然において標的モチーフ又はシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列は、真核生物起源のものであり、真核生物起源の任意の標的モチーフ又はシグナルペプチドと同一ではなく、より好ましくは、哺乳動物起源のものであり、哺乳動物起源の任意の標的モチーフ又はシグナルペプチドと同一ではなく、又はより好ましくは、ヒト起源のものであり、天然に存在するヒト起源の任意の標的モチーフ又はシグナルペプチドと同一ではない。天然において標的モチーフ又はシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列は、通常、タンパク質のコード配列のアミノ酸配列である。本発明による天然において標的モチーフ又はシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列は、通常、真核生物起源のもの、好ましくは哺乳動物起源のもの、又はより好ましくはヒト起源のものである。本明細書で使用される用語「天然に存在する」、「天然」、及び「天然において」は、同等の意味を有する。
［０２８７］ 本明細書で使用される用語「シグナルペプチドのＮ末端のアミノ酸１～９」は、シグナルペプチドのアミノ酸配列のＮ末端の最初の９つのアミノ酸を指す。同様に、本明細書で使用される用語「シグナルペプチドのＮ末端のアミノ酸１～７」は、シグナルペプチドのアミノ酸配列のＮ末端の最初の７つのアミノ酸を指し、本明細書で使用される用語「シグナルペプチドのＮ末端のアミノ酸１～５」は、シグナルペプチドのアミノ酸配列のＮ末端の最初の５つのアミノ酸を指す。
［０２８８］ 本明細書で使用される用語「少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失及び／又は置換によって修飾されたアミノ酸配列」は、アミノ酸配列内に少なくとも１つのアミノ酸のアミノ酸の置換、挿入、及び／又は欠失を含むアミノ酸配列を指す。本明細書で使用される用語「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフは、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている」又は「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種のシグナルペプチドは、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている」は、その天然に存在するアミノ酸配列内に少なくとも１つのアミノ酸のアミノ酸置換、挿入、及び／又は欠失を含む、タンパク質と異種の天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチドのアミノ酸配列を指す。本明細書で使用される用語「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフは、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている」又は「目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同なシグナルペプチドは、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている」は、その天然に存在するアミノ酸配列内に少なくとも１つのアミノ酸のアミノ酸置換、挿入、及び／又は欠失を含む、タンパク質に相同な天然に存在する標的モチーフ又はシグナルペプチドを指す。用語「天然に存在するアミノ酸配列は、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失及び／又は置換によって修飾されている」は、その天然に存在するアミノ酸配列内に少なくとも１つのアミノ酸のアミノ酸の置換、挿入、及び／又は欠失を含む、天然に存在するアミノ酸配列を指す。「アミノ酸置換」又は「置換」は、本明細書において、親タンパク質配列の特定の位置におけるアミノ酸の別のアミノ酸での置き換えを意味する。例えば、置換Ｒ３４Ｋは、３４位のアルギニンがリジンで置き換えられているポリペプチドを指す。前述の例について、３４Ｋは、３４位のリジンでの置換を示す。本明細書に記載の目的のために、複数の置換は通常、スラッシュで区切られる。例えば、Ｒ３４Ｋ／Ｌ７８Ｖは、置換Ｒ３４Ｋ及びＬ３８Ｖを含む二重バリアントを指す。「アミノ酸挿入」又は「挿入」は、本明細書で使用される場合、親タンパク質配列中の特定の位置におけるアミノ酸の付加を意味する。例えば、挿入－３４は、３４位における挿入を表す。「アミノ酸欠失」又は「欠失」は、本明細書で使用される場合、親タンパク質配列中の特定の位置におけるアミノ酸の除去を意味する。例えば、Ｒ３４－は、３４位のアルギニンの欠失を表す。
［０２８９］ 好ましくは、欠失したアミノ酸は、－０．８未満、好ましくは１．９未満の疎水性スコアを有するアミノ酸である。好ましくは、置換アミノ酸は、置換されたアミノ酸の疎水性スコアより高い疎水性スコアを有するアミノ酸であり、より好ましくは、置換アミノ酸は、２．８以上の疎水性スコアを有し、より好ましくは３．８以上の疎水性スコアを有するアミノ酸である。好ましくは、挿入されたアミノ酸は、２．８以上の疎水性スコアを有する、より好ましくは３．８以上の疎水性スコアを有するアミノ酸である。
［０２９０］ 所与のアミノ酸配列の、通常１～１５、好ましくは１～１１アミノ酸、より好ましくは１～１０アミノ酸、さらにより好ましくは１～９アミノ酸、特に１～８アミノ酸、より具体的には１～７アミノ酸、さらにより具体的には１～６アミノ酸、特に好ましくは１～５アミノ酸、さらに特に好ましくは１～４アミノ酸、さらにさらに特に好ましくは１～２アミノ酸が、挿入、欠失及び／又は置換されている。所与のアミノ酸配列の、通常１～１５、好ましくは１～１１アミノ酸、より好ましくは１～１０アミノ酸、さらにより好ましくは１～９アミノ酸、特に１～８アミノ酸、より具体的には１～７アミノ酸、さらにより具体的には１～６アミノ酸、特に好ましくは１～５アミノ酸、さらに特に好ましくは１～４アミノ酸、又はより一層特に好ましくは１～２アミノ酸が、標的モチーフ又はシグナルペプチドのアミノ酸配列のＮ末端の、通常アミノ酸１～１１の範囲内で、好ましくはアミノ酸１～１０の範囲内で、より好ましくはアミノ酸１～９の範囲内で、さらにより好ましくはアミノ酸１～８の範囲内で、特にアミノ酸１～７の範囲内で、より具体的にはアミノ酸１～６の範囲内で、さらにより具体的にはアミノ酸１～５の範囲内で、特に好ましくはアミノ酸１～４の範囲内で、さらに特に好ましくはアミノ酸１～３の範囲内で、又はより一層特に好ましくはアミノ酸１～２の範囲内で、挿入、欠失し及び／又は置換されている。好ましくは、アミノ酸配列は、少なくとも１つのアミノ酸の欠失及び／又は置換によって任意選択で修飾されている。
［０２９１］ 好ましくは、修飾されたシグナルペプチドのアミノ酸配列のＮ末端の最初の９つのアミノ酸の平均疎水性スコアは、修飾を含まないシグナルペプチドと比較して１．０単位又はそれより多く増加している。
［０２９２］ 本明細書で使用される用語「インスリン様成長因子１」、「インスリン様成長因子１（ＩＧＦ１又はＩＧＦ－１）」、「ＩＧＦ１」又は「ＩＧＦ－１」は、通常、シグナル伝達ペプチドを有さず、プロペプチド及び／又はＥペプチドを含んでいてもよいＩＧＦ－１タンパク質の天然配列を指し、好ましくは、シグナル伝達ペプチドを有さず、Ｅペプチドを有さないＩＧＦ－１タンパク質の天然配列を指す。用語「ヒトインスリン様成長因子１（ＩＧＦ１）」は、本明細書で使用される場合、Ｕｎｉｐｒｏｔデータベースでは、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ０５０１９及びＧｅｎｂａｎｋデータベースでは、ＮＭ＿０００６１８．４、ＮＭ＿００１１１１２８５．２及びＮＭ＿００１１１１２８３．２と称されるヒトＩＧＦ－１の天然配列（プロＩＧＦ－１）、又はそれらの断片を指す。ヒトインスリン様成長因子１をコードする天然ＤＮＡ配列は、コドン最適化されていてもよい。ヒトＩＧＦ１の天然配列は、２１アミノ酸（ヌクレオチド１～６３）を有するヒトシグナル伝達ペプチド、２７アミノ酸（ヌクレオチド６４～１４４）を有するヒトプロペプチド（プロドメインとも呼ばれる）、７０アミノ酸（ヌクレオチド１４５～３５４）を有する成熟ヒトＩＧＦ１及びいわゆるＥペプチド（又はＥドメイン）であるヒトＩＧＦ１のＣ末端ドメインからなる。ヒトＩＧＦ－１のＣ末端ドメイン（いわゆるＥペプチド又はＥドメイン）は、オルタナティブスプライシング事象によって生成されるＥａ、Ｅｂ又はＥｃドメインを含む。Ｅａドメインは、３５アミノ酸（１０５ヌクレオチド）からなり、Ｅｂドメインは、７７アミノ酸（２３１ヌクレオチド）からなり、Ｅｃドメインは、４０アミノ酸（１２０ヌクレオチド）からなる（例えば、Ｗａｌｌｉｓ Ｍ（２００９）Ｎｅｗ ｉｎｓｕｌｉｎ－ｌｉｋｅ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ（ＩＧＦ）－ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆｒｏｍ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｇｅｎｏｍｅｓ：ｔｈｅ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ＩＧＦｓ ａｎｄ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅｓ ｉｎ ｐｒｉｍａｔｅｓ．Ｇｒｏｗｔｈ Ｈｏｒｍ ＩＧＦ Ｒｅｓ １９（１）：１２－２３．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｇｈｉｒ．２００８．０５．００１を参照）。本明細書で使用される用語「ヒトインスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）」は、通常、シグナル伝達ペプチドを有さず、プロペプチド及び／又はＥペプチドを含んでいてもよいヒトＩＧＦ－１タンパク質の天然配列を指し、好ましくは、シグナル伝達ペプチドを有さず、Ｅペプチドを有さないヒトＩＧＦ－１タンパク質の天然配列を指す。本明細書で使用される用語「ヒトインスリン様成長因子１（ＩＧＦ）」は、通常、成熟ヒトＩＧＦ－１を含む。用語「成熟タンパク質」は、タンパク質を発現及び分泌する細胞において、小胞体で合成され、ゴルジ体を介して分泌されるタンパク質を指す。用語「成熟ＩＧＦ－１」は、ＩＧＦ－１を発現及び分泌する細胞において、小胞体で合成され、ゴルジ体を介して分泌されるタンパク質を指す。用語「成熟ヒトＩＧＦ－１」は、ヒトＩＧＦ－１を発現及び分泌するヒト細胞において、小胞体で合成され、ゴルジ体を介して分泌されるタンパク質を指し、通常、配列番号１９で示されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸を含有する。
［０２９３］ 配列番号１９
ＧＧＡＣＣＴＧＡＧＡＣＡＣＴＴＴＧＴＧＧＣＧＣＴＧＡＡＣＴＧＧＴＧＧＡＣＧＣＣＣＴＧＣＡＧＴＴＴＧＴＧＴＧＴＧＧＣＧＡＣＡＧＡＧＧＣＴＴＣＴＡＣＴＴＣＡＡＣＡＡＧＣＣＣＡＣＡＧＧＣＴＡＣＧＧＣＡＧＣＡＧＣＴＣＴＡＧＡＡＧＧＧＣＴＣＣＴＣＡＧＡＣＣＧＧＡＡＴＣＧＴＧＧＡＣＧＡＧＴＧＣＴＧＴＴＴＣＡＧＡＡＧＣＴＧＣＧＡＣＣＴＧＣＧＧＣＧＧＣＴＧＧＡＡＡＴＧＴＡＴＴＧＴＧＣＣＣＣＴＣＴＧＡＡＧＣＣＴＧＣＣＡＡＧＡＧＣＧＣＣ
［０２９４］ 本明細書で使用される用語「インスリン増殖因子１（ＩＧＦ－１）のシグナルペプチドの修飾型」、「修飾されたＩＧＦ－１のシグナルペプチド」又は「ＩＧＦ－１のシグナルペプチドの修飾型」は、ＩＧＦ－１の修飾されたシグナルペプチドであって、Ｕｎｉｐｒｏｔデータベースでは、Ｐ０５０１９と称され、Ｇｅｎｂａｎｋデータベースでは、ＮＭ＿０００６１８．４、ＮＭ＿００１１１１２８４．１及びＮＭ＿００１１１１２８５．２と称され、置換Ｇ２Ｌ／Ｓ５Ｌ／Ｔ９Ｌ／Ｑ１０Ｌ並びに欠失Ｋ３－及びＣ１５－によって修飾されており、好ましくは配列番号２０で示されるアミノ酸配列を有し、且つ／又は好ましくは配列番号２１で示されるＤＮＡ配列によってコードされる、ＩＧＦ－１の天然シグナルペプチドを指す。
［０２９５］ 配列番号２０
Ｍｅｔ－Ｌｅｕ－Ｉｌｅ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－Ｐｒｏ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ－Ｃｙｓ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ－Ａｓｐ－Ｐｈｅ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ
［０２９６］ 配列番号２１
ＡＴＧＣＴＧＡＴＴＣＴＧＣＴＧＣＴＧＣＣＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＴＣＡＡＧＴＧＣＴＴＣＴＧＣＧＡＣＴＴＣＣＴＧＡＡＡ
［０２９７］ 本明細書で使用される用語「インスリン増殖因子１（ＩＧＦ－１）プロドメインの修飾型」、「修飾されたＩＧＦ－１プロドメイン」又は「ＩＧＦ１－Ｐｒｏ－修飾型」は、天然においてシグナルペプチドの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であり、Ｕｎｉｐｒｏｔデータベースでは、Ｐ０５０１９と称され、Ｇｅｎｂａｎｋデータベースでは、ＮＭ＿０００６１８．４、ＮＭ＿００１１１１２８４．１及びＮＭ＿００１１１１２８５．２と称され、プロペプチドのＮ末端における隣接する２２～３１の１０個のアミノ酸残基（ＶＫＭＨＴＭＳＳＳＨ（配列番号１９８））の欠失によって修飾されており、好ましくは配列番号２２で示されるアミノ酸配列を有し、且つ／又は好ましくは配列番号２３で示されるＤＮＡ配列によってコードされるＩＧＦ－１のプロペプチドを指す。
［０２９８］ 配列番号２２
Ｍｅｔ－Ｌｅｕ－Ｐｈｅ－Ｔｙｒ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｌｅｕ－Ｃｙｓ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－Ｔｈｒ－Ｐｈｅ－Ｔｈｒ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ａｌａ－Ｔｈｒ－Ａｌａ
［０２９９］ 配列番号２３
ＡＴＧＣＴＧＴＴＣＴＡＴＣＴＧＧＣＣＣＴＧＴＧＣＣＴＧＣＴＧＡＣＣＴＴＴＡＣＣＡＧＣＴＣＴＧＣＴＡＣＣＧＣＣ
［０３００］ 本明細書で使用される用語「ｍＲＮＡは、ＩＧＦ－１のプロペプチドをコードする核酸配列、及び成熟ＩＧＦ－１をコードする核酸配列を含み、ＩＧＦ－１のＥペプチドをコードする核酸配列を含まない」は、通常、２７アミノ酸を有するヒトＩＧＦ－１のプロペプチド（プロドメインとも呼ばれる）をコードするヌクレオチド配列、及び７０アミノ酸を有する成熟ヒトＩＧＦ－１をコードするヌクレオチド配列を含み、ヒトＩＧＦ－１のＥペプチド（Ｅドメインとも呼ばれる）をコードするヌクレオチド配列を含まない、すなわちＥａ、Ｅｂ又はＥｃドメインをコードするヌクレオチド配列を含まないｍＲＮＡを指す。２７アミノ酸を有するヒトＩＧＦ－１のプロペプチド（プロドメインとも呼ばれる）をコードするヌクレオチド配列、及び７０アミノ酸を有する成熟ヒトＩＧＦ－１をコードするヌクレオチド配列は、コドン最適化されていてもよい。
［０３０１］ 用語「疎水性スコア」又は「疎水性スコア」は、本明細書において用語「ハイドロパシースコア」と同義で使用され、カイト－デューリトルのスケール（ＫｙｔｅＪ．，Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ Ｒ．Ｆ．；Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５－１３２（１９８２））に従って計算されるアミノ酸の疎水性の程度を指す。カイト－デューリトルのスケールによるアミノ酸疎水性スコアは、以下の通りである。
Figure 2023507501000002
［０３０２］ アミノ酸配列の「平均疎水性スコア」、例えばシグナルペプチドのアミノ酸配列のＮ末端のアミノ酸１～９の平均疎水性スコアは、アミノ酸配列のアミノ酸のそれぞれのカイト－デューリトルのスケールによる疎水性スコア、例えば、Ｎ末端のアミノ酸１～９の９つのアミノ酸のそれぞれの疎水性スコアを足して、アミノ酸の数で割る、例えば９で割ることによって計算される。
［０３０３］ 極性は、ジマーマン（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎ）の極性インデックス（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎ Ｊ．Ｍ．，Ｅｌｉｅｚｅｒ Ｎ．，Ｓｉｍｈａ Ｒ．；Ｊ．Ｔｈｅｏｒ．Ｂｉｏｌ．２１：１７０－２０１（１９６８））に従って計算される。アミノ酸配列の「平均極性」、例えば、シグナルペプチドのアミノ酸配列のＮ末端のアミノ酸１～９の平均極性は、アミノ酸配列のアミノ酸のそれぞれのジマーマンの極性インデックスに従って計算された極性値、例えば、Ｎ末端のアミノ酸１～９の９つのアミノ酸のそれぞれの平均極性を足して、アミノ酸の数で割ること、例えば９で割ることによって計算される。ジマーマンの極性インデックスによるアミノ酸の極性は、以下の通りである。
Figure 2023507501000003
疾患及び治療
［０３０４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物を含む細胞である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の任意の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物の組成物と薬学的に許容される添加物とを含む薬学的組成物である。薬学的組成物は、活性化合物を薬学的に使用できる調製物に加工することを容易にする１つ又は複数の薬学的に許容される不活性成分を使用して、従来の方法で調製することができる。適切な製剤は、選択した投与経路に依存し、薬学的組成物の概要は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｎｉｎｅｔｅｅｎｔｈ Ｅｄ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９５）；Ｈｏｏｖｅｒ，Ｊｏｈｎ Ｅ．，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ １９７５；Ｌｉｂｅｒｍａｎ，Ｈ．Ａ．ａｎｄ Ｌａｃｈｍａｎ，Ｌ．，Ｅｄｓ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｃｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９８０；及びＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｓｅｖｅｎｔｈ Ｅｄ．（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ １９９９）に見出すことができ、これらは参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施態様では、薬学的組成物は、生物への化合物の投与を容易にする。
［０３０５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、医薬を使用するための、本明細書に記載の薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む、疾患又は状態を治療することを必要とする対象における疾患又は状態を治療する方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、疾患又は状態を治療することを必要とする対象における疾患又は状態を治療する方法における使用のための、本明細書に記載の薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、疾患又は状態を治療することを必要とする対象における疾患又は状態を治療するための医薬の製造のための、本明細書に記載の薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物の使用である。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）、静脈血栓塞栓症、心血管系合併症、急性腎障害、急性肝障害、神経学的合併症、サイトカイン放出症候群、小児多系統炎症症候群、敗血症性ショック、播種性血管内凝固、急性呼吸不全、及びそれらの任意の組み合わせ、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、乾癬、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）、及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）、静脈血栓塞栓症、心血管系合併症、急性腎障害、急性肝障害、神経学的合併症、サイトカイン放出症候群、小児多系統炎症症候群、敗血症性ショック、播種性血管内凝固、急性呼吸不全、及びそれらの任意の組み合わせ、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、乾癬、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、乾癬、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）、変形性関節症、及び乾癬からなる群から選択される。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、皮膚疾患又は状態を含む。いくつかの実施態様では、皮膚疾患又は状態は、炎症性皮膚障害を含む。いくつかの実施態様では、炎症性皮膚障害は乾癬を含む。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、筋肉疾患又は状態を含む。いくつかの実施態様では、筋肉疾患又は状態は、骨格筋障害を含む。いくつかの実施態様では、骨格筋障害は、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）を含む。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、神経変性疾患又は状態を含む。いくつかの実施態様では、神経変性疾患又は状態は、運動ニューロン障害を含む。いくつかの実施態様では、運動ニューロン障害は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含む。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、関節疾患又は状態を含む。いくつかの実施態様では、関節疾患又は状態は、関節変性を含む。いくつかの実施態様では、関節変性は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）又は変形性関節症（ＯＡ）を含む。
［０３０６］ 椎間板疾患（ＩＶＤＤ）は、先進国の人口の約５％に毎年影響を与えると推定され、脊椎の各椎骨を分離する１つ又は複数の椎間板の変性を特徴とする状態である。椎間板は、椎骨間のクッションを提供し、脊椎にかかる圧力を吸収する。脊椎の下部領域にある椎間板は、ＩＶＤＤにおいて最も頻繁に影響を受けるが、脊椎のどの部分でも椎間板が変性する可能性があるため、この状態は背中、首、脚、及び腕に痛みを引き起こす。また、影響を受ける１つ又は複数の椎間板の場所に応じて、ＩＶＤＤは周期的又は慢性的な痛みを引き起こす可能性があり、座ったり、曲げたり、ねじったり、又は物体を持ち上げたりすると悪化する可能性がある。ＩＶＤＤは、遺伝的要因と環境要因の組み合わせから発症するが、そのほとんどは未解明なままである。いくつかの遺伝子は、ＩＶＤＤを発症するリスクに影響を与え得るバリエーションを有することが確認されており、これらには、コラーゲン、免疫機能、及び椎間板と椎骨の発達と維持に役割を果たすタンパク質に関連する遺伝子が含まれる。非遺伝的要因としては、加齢、喫煙、肥満、慢性炎症、及び長時間の運転などが挙げられる。これらの遺伝子のうちの２つは、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）とその受容体（インスリン様成長因子１受容体、ＩＧＦ－１Ｒ）であり、これは細胞外マトリックス合成を調節すことができ、椎間板の正常な機能を維持する上で重要な役割を果たしている。
［０３０７］ 変形性関節症は関節の一般的な疾患であり、関節軟骨の進行性の変性を特徴とし、状態が悪化するにつれて痛み、こわばり、及び動きの制限を引き起こす。軟骨によって緩衝されなくなった骨の領域は互いに擦れ合い、壊れ始め、免疫系がこれらの組織を修復及び再構築しようとするときに、炎症などのさらなる損傷を引き起こす。さらに、骨棘（又は骨や他の組織の異常な成長）も発生する可能性があり、これらは拡大した関節として見えることがある。変形性関節症患者では異化作用と同化作用のバランスが崩れ、軟骨の損傷や完全な破壊につながると考えられている。その発現が変形性関節症のリスクに影響を与える遺伝子は、通常、骨と軟骨の形成と維持に関与している。
［０３０８］ ＩＶＤＤと変形性関節症の両方において、同化シグナル（ＩＧＦ－１など）を増加させながら炎症を減少させる（例えば、ＩＬ－１ベータ、ＩＬ－８などを減少させる）ことが治療効果をもたらす可能性がある。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における椎間板疾患（ＩＶＤＤ）を治療する方法であって、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。好ましい実施態様では、ｓｉＲＮＡは、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができる。別の好ましい実施態様では、ｓｉＲＮＡはＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができる。好ましい実施態様では、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡは、ＩＧＦ－１をコードする。
［０３０９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における関節疾患又は状態を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における関節疾患又は状態を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における関節疾患又は状態を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの実施態様では、関節疾患又は状態は、関節変性である。いくつかの実施態様では、関節変性は、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）又は変形性関節症（ＯＡ）である。
［０３１０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における椎間板疾患（ＩＶＤＤ）を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における椎間板疾患（ＩＶＤＤ）を治療する方法であって、ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。
［０３１１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における椎間板疾患（ＩＶＤＤ）を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における椎間板疾患（ＩＶＤＤ）を治療する方法であって、ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。
［０３１２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における椎間板疾患（ＩＶＤＤ）を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における椎間板疾患（ＩＶＤＤ）を治療する方法であって、ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。
［０３１３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における変形性関節症を治療する方法であって、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。好ましい実施態様では、ｓｉＲＮＡは、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができる。別の好ましい実施態様では、ｓｉＲＮＡはＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができる。好ましい実施態様では、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡは、ＩＧＦ－１をコードする。
［０３１４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における変形性関節症を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における変形性関節症を治療する方法であって、ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。
［０３１５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における変形性関節症を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における変形性関節症を治療する方法であって、ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。
［０３１６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における変形性関節症を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における変形性関節症を治療する方法であって、ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。
［０３１７］ 乾癬は慢性的な炎症性皮膚障害であり、しばしば薄片状の白い鱗屑で覆われている赤い炎症を起こした皮膚の斑点が特徴である。乾癬患者はまた、関節の炎症を伴う状態である乾癬性関節炎を発症し得る。この疾患の正確な原因は現在解明されていないが、この病気は、Ｔ細胞（健康な皮膚細胞を攻撃するＴ細胞など）や好中球などの他の白血球に関する免疫系の問題によって引き起こされる自己免疫疾患であると考えられている。
［０３１８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における皮膚疾患又は状態を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における関節疾患又は状態を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における皮膚疾患又は状態を治療する方法であって、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの実施態様では、皮膚疾患又は状態は、炎症性皮膚障害である。いくつかの実施態様では、炎症性皮膚障害は乾癬である。
［０３１９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における乾癬を治療する方法であって、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及び目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。好ましい実施態様では、ｓｉＲＮＡはＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができる。別の実施態様では、ｓｉＲＮＡはＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができる。好ましい実施態様では、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡは、ＩＬ－４をコードする。
［０３２０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における乾癬を治療する方法であって、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＬ－４をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における乾癬を治療する方法であって、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＬ－４をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における乾癬を治療する方法であって、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＬ－４をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。
［０３２１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における乾癬を治療する方法であって、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＬ－４をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における乾癬を治療する方法であって、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＬ－４をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における乾癬を治療する方法であって、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＬ－４をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。
［０３２２］ 進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）は、筋肉組織及び腱や靭帯などの結合組織が徐々に骨化して、運動を制限する骨格外骨又は異所性骨を形成する骨格筋疾患である。骨格外骨の形成は、関節が影響を受けるにつれて、可動性の進行性の喪失を引き起こす。転倒又は侵襲的な医療処置など、ＦＯＰを患っている個体の筋肉への外傷は、筋腫脹及び炎症の発症を引き起こし、続いて損傷した領域の筋肉及び結合組織がより急速に骨化する可能性がある。
［０３２３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における筋肉疾患又は状態を治療する方法であって、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における筋肉疾患又は状態を治療する方法であって、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における筋肉疾患又は状態を治療する方法であって、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの実施態様では、筋肉疾患又は状態は、骨格筋障害である。いくつかの実施態様では、骨格筋障害は、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）である。
［０３２４］ 筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、又はルー・ゲーリック病は、脳と脊髄の神経細胞に影響を及ぼし、筋肉の喪失を引き起こす進行性の神経変性疾患である。これは、上部運動ニューロンと下部運動ニューロンの両方の変性を特徴とする運動ニューロン疾患であり、筋肉の衰弱を引き起こし、最終的には麻痺を引き起こす。ＡＬＳの原因はまだわかっていないが、スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ１）など、ＡＬＳに関連するいくつかのバイオマーカーと遺伝子が発見されている。遺伝学によって区別されるＡＬＳには、家族性と散発性（特発性）の２つのタイプがある。
［０３２５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における神経変性疾患又は状態を治療する方法であって、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における神経変性疾患又は状態を治療する方法であって、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＩＧＦ－１をコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における神経変性疾患又は状態を治療する方法であって、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１をコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの実施態様では、神経変性疾患又は状態は、運動ニューロン障害である。いくつかの実施態様では、運動ニューロン障害は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である。
［０３２６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における神経変性疾患又は状態を治療する方法であって、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＥＰＯをコードするｍＲＮＡを含む、薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における神経変性疾患又は状態を治療する方法であって、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードする核酸配列及びＥＰＯをコードする核酸を含む組換えポリ核酸構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、対象における神経変性疾患又は状態を治療する方法であって、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＥＰＯをコードするｍＲＮＡを含む組換えＲＮＡ構築物を含む薬学的組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの実施態様では、神経変性疾患又は状態は、運動ニューロン障害である。いくつかの実施態様では、運動ニューロン障害は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である。
［０３２７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む、疾患又は状態を治療することを必要とする対象におけるコロナウイルスによる感染に関連する疾患又は状態を治療する方法である。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、ＳＡＲＳ関連コロナウイルスによる感染によって引き起こされるＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）である。いくつかの実施態様では、本発明は、コロナウイルス感染の合併症を含むがこれに限定されない、コロナウイルスによる感染によって引き起こされるか又はそれに関連する疾患又は状態を治療するために有用である。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、呼吸症候群、例えば、ＳＡＲＳ関連コロナウイルスによる感染によって引き起こされるＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）である。いくつかの実施態様では、疾患又は状態は、例えば、急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）、静脈血栓塞栓症、心血管系合併症、急性腎障害、急性肝障害、神経学的合併症、サイトカイン放出症候群、小児多系統炎症症候群、敗血症性ショック、播種性血管内凝固、急性呼吸不全、及びそれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの実施態様では、本発明の組成物又は方法を使用して治療されるコロナウイルス感染に関連する疾患又は状態は、当業者に知られており、文献に記載されている。いくつかの実施態様では、本発明は、ｓｉＲＮＡによる特定の生理学的メカニズムの並行制御及び／又はダウンレギュレーションによって、並びに治療用タンパク質の過剰発現による、炎症などの別の生理学的メカニズムの活性化及び／又は増加によってそのような疾患又は状態を治療するために有用である。いくつかの実施態様では、コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１としても知られている；２００２～２００３年のＳＡＲＳ流行の原因となるウイルス）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（新規コロナウイルス疾患を引き起こすウイルス－２０１９、又はＣＯＶＩＤ－１９）、又はＭＥＲＳ－ＣｏＶ（中東呼吸器症候群ウイルス）である。いくつかの実施態様では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＭＥＲＳのうちの１つ又は複数が、本発明を使用して治療される。これら及び関連するウイルスは、例えば、国際ウイルス分類委員会のコロナウイルス科研究グループ、２０２０年３月、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ５：５３６－４４）によって記載されており、参照により本明細書に組み込まれる。
［０３２８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の薬学的組成物、細胞、組換えポリ核酸構築物、又は組換えＲＮＡ構築物を対象に投与することを含む、疾患又は状態を治療することを必要とする対象におけるコロナウイルスによる感染に関連する疾患又は状態を治療する方法である。
［０３２９］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ｍＲＮＡ ＩＦＮ－ベータをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号２９又は３０（化合物Ｂ１又はＢ２）に記載の配列を含む。
［０３３０］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３１（化合物Ｂ３）に記載の配列を含む。
［０３３１］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３２（化合物Ｂ４）に記載の配列を含む。
［０３３２］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３３（化合物Ｂ５）に記載の配列を含む。
［０３３３］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３４又は３５（化合物Ｂ６又はＢ７）に記載の配列を含む。
［０３３４］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ８（配列番号３６）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３６に記載の配列を含む。
［０３３５］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３７又は３９（化合物Ｂ９又はＢ１１）に記載の配列を含む。
［０３３６］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３８（化合物Ｂ１０）に記載の配列を含む。
［０３３７］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ１２（配列番号４０）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＭＥＲＳ、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。特定の態様では、化合物Ｂ１３（配列番号４１）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳによる感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４０、４１、及び４２（化合物Ｂ１２、Ｂ１３、及びＢ１４）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０３３８］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、ポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡは、天然のＩＦＮ－ベータシグナルペプチド、又は修飾シグナルペプチドをコードする。関連する態様では、修飾ＩＦＮ－ベータシグナルペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＰ１又はＳＰ２である（それぞれ、配列番号５２及び５４）。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４３、４４、及び４５（化合物Ｂ１５、Ｂ１６、及びＢ１７）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０３３９］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４６（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号１９０（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。
［０３４０］ いくつかの態様では、対象に投与される組成物は、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含むポリ核酸構築物を含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４７（化合物Ｂ１９）に記載の配列を含む。
［０３４１］ いくつかの態様では、本発明は、配列番号２９～４７からなる群から選択される核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物を提供する。いくつかの態様では、本発明は、配列番号１９０の核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物を提供する。
［０３４２］ 本発明の組成物は、当技術分野で知られている任意の適切な方法を使用して対象に投与することができる。本発明における使用のために適した製剤及び送達方法は、一般に当技術分野で周知である。例えば、本明細書に記載の組成物は、非経口的、静脈内、皮内、筋肉内、結腸、直腸、又は腹腔内を含む様々な方法で対象に投与することができる。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の組成物は、対象の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射によって投与される。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の組成物は、非経口的に、静脈内に、筋肉内に、又は経口的に投与することができる。
［０３４３］ 本発明の組成物のいずれも、取扱説明書とともに提供され得る。取扱説明書は、本発明に従って、本明細書に記載の疾患又は障害（例えば、ＩＶＤＤ、変形性関節症、乾癬、又は骨格筋損傷）をどのように治療（又は予防）するかについての当業者又は主治医のためのガイダンスを含み得る。いくつかの実施態様では、取扱説明書は、本明細書に記載の送達／投与の様式及び送達／投与レジメンのそれぞれ（例えば、送達／投与の経路、投与計画、送達／投与の時間、送達／投与の頻度など）に関するガイダンスを含み得る。いくつかの実施態様では、取扱説明書は、本発明の組成物がどのように投与又は注射されるべきか、及び／又は投与若しくは注射のためにどのように調製されるかについての指示を含み得る。原則として、送達／投与の様式及び送達／投与レジメンに関してそれぞれ本明細書の他の場所に記載されていることは、取扱説明書のそれぞれの指示として含まれ得る。
［０３４４］ 本発明の組成物は、遺伝子療法に使用することができる。特定のいくつかの実施態様では、本明細書に記載の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物は、遺伝子治療ベクターにおいて細胞に送達され得る。遺伝子治療ベクター及び遺伝子送達の方法は、当技術分野で周知である。これらの方法の非限定的な例には、細胞への送達後にエピソーム又は統合されたゲノムのいずれかを有する、ＤＮＡ及びＲＮＡウイルスを含むウイルスベクター送達システム、ＤＮＡプラスミド、ネイキッド核酸、及び送達媒体と複合体を形成した核酸を含む非ウイルスベクター送達システム、トランスポゾンシステム（ホストゲノムへの送達及び統合用；Ｍｏｒｉａｒｉｔｙ，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４１（８），ｅ９２，Ａｒｏｎｏｖｉｃｈ，ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．２０（Ｒ１），Ｒ１４－Ｒ２０）、レトロウイルス媒介ＤＮＡ転移（例えば、モロニーマウス白血病ウイルス、脾壊死ウイルス、レトロウイルス、例えば、ラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、テナガザル白血病ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、アデノウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、及び乳腺腫瘍ウイルスなど；例えば、Ｋａｙ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６２，１１７－１１９，Ａｎｄｅｒｓｏｎ（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６，８０８－８１３を参照）、及びアデノウイルス、ヘルペスウイルス、パルボウイルス及びアデノ関連ウイルスを含むＤＮＡウイルス媒介ＤＮＡ転移（例えば、Ａｌｉ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １，３６７－３８４）が挙げられる。ウイルスベクターには、アデノ随伴ウイルスベクター、アデノウイルスのウイルスベクター、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、及び単純ヘルペスウイルスベクターも含まれるが、これらに限定されない。宿主ゲノムに組み込むことができるベクターには、レトロウイルス又はレンチウイルスが含まれるが、これらに限定されない。
［０３４５］ いくつかの実施態様では、本明細書に記載の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物は、直接ＤＮＡ転移を介して細胞に送達することができる（Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７，１４６５－１４６８）。組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、細胞膜を穏やかに機械的に破壊し、細胞を一時的に透過させた後に、細胞に送達することができる。このような膜の穏やかな機械的破壊は、小さな開口部から細胞を穏やかに押し込むことで達成することができる（Ｓｈａｒｅｉ ｅｔ ａｌ．ＰＬＯＳ ＯＮＥ（２０１５）１０（４），ｅ０１１８８０３）．別の実施態様では、本明細書に記載の組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物を含む組成物は、リポソーム媒介ＤＮＡ転移を介して細胞に送達することができる（例えば、Ｇａｏ＆Ｈｕａｎｇ（１９９１）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．１７９，２８０－２８５，Ｃｒｙｓｔａｌ（１９９５）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．１，１５－１７，Ｃａｐｌｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．３，３９－４６）。用語「リポソーム」は、封入された脂質二重層又は凝集体の生成によって形成される様々な単一及び多層脂質ビヒクルを包含することができる。組換えポリ核酸又はＲＮＡ構築物は、リポソームの水性内部にカプセル化することができ、リポソームの脂質二重層内に散在させることができ、リポソームとオリゴヌクレオチドの両方に結合する連結分子を介してリポソームに付着させることができ、リポソームに封入させることができ、又はリポソームと複合体を形成することができる。
遺伝子発現の調節
［０３４６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の単一のＲＮＡ転写物からｓｉＲＮＡ及びｍＲＮＡを同時に発現する方法であって、本明細書に記載の任意の組換えポリ核酸構築物の組成物を細胞に導入することを含む、方法である。
［０３４７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なり、標的ｍＲＮＡと目的の遺伝子の発現は同時に調節される、方法である。
［０３４８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡとＩＧＦ－１の発現は同時に調節される、方法である。
［０３４９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＩＬ－８ ｍＲＮＡとＩＧＦ－１の発現は同時に調節される、方法である。
［０３５０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＬ－４をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡとＩＬ－４の発現は同時に調節される、方法である。
［０３５１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＬ－４をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡとＩＬ－４の発現は同時に調節される、方法である。
［０３５２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列及びＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；並びに（ｉｉ）ＩＬ－４をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡ、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡ、及びＩＬ－４の発現は同時に調節される、方法である。
［０３５３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＡＬＫ２ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡとＩＧＦ－１の発現は同時に調節される、方法である。
［０３５４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡとＩＧＦ－１の発現は同時に調節される、方法である。
［０３５５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、細胞内に、（ｉ）ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＥＰＯをコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡとＥＰＯの発現は同時に調節される、方法である。
［０３５６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ｍＲＮＡ ＩＦＮ－ベータをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号２９又は３０（化合物Ｂ１又はＢ２）に記載の配列を含む。
［０３５７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３１（化合物Ｂ３）に記載の配列を含む。
［０３５８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３２（化合物Ｂ４）に記載の配列を含む。
［０３５９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３３（化合物Ｂ５）に記載の配列を含む。
［０３６０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３４又は３５（化合物Ｂ６又はＢ７）に記載の配列を含む。
［０３６１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ８（配列番号３６）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３６に記載の配列を含む。
［０３６２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３７又は３９（化合物Ｂ９又はＢ１１）に記載の配列を含む。
［０３６３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３８（化合物Ｂ１０）に記載の配列を含む。
［０３６４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ１２（配列番号４０）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＭＥＲＳ、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。特定の態様では、化合物Ｂ１３（配列番号４１）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳによる感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４０、４１、及び４２（化合物Ｂ１２、Ｂ１３、及びＢ１４）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０３６５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；並びに（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡは、天然のＩＦＮ－ベータシグナルペプチド、又は修飾シグナルペプチドをコードする。関連する態様では、修飾ＩＦＮ－ベータシグナルペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＰ１又はＳＰ２である（それぞれ、配列番号５２及び５４）。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４３、４４、及び４５（化合物Ｂ１５、Ｂ１６、及びＢ１７）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０３６６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；並びに（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む方法である。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４６（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号１９０（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。
［０３６７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節する方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４７（化合物Ｂ１９）に記載の配列を含む。
［０３６８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、標的ｍＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なり、標的ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、同時に目的の遺伝子の発現はアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、標的ｍＲＮＡの発現は、標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、目的の遺伝子の発現は、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３６９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＩＧＦ－１の発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡの発現は、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＩＧＦ－１の発現は、ＩＧＦ－１ ｍＲＮＡ又はＩＧＦ－１タンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＩＬ－８ ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＩＧＦ－１の発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＩＬ－８ ｍＲＮＡの発現は、ＩＬ－８ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＩＧＦ－１の発現は、ＩＧＦ－１ ｍＲＮＡ又はＩＧＦ－１タンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＬ－４をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＩＬ－４の発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡの発現は、ＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＩＬ－４の発現は、ＩＬ－４ ｍＲＮＡ又はＩＬ－４タンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＬ－４をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＩＬ－４の発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡの発現は、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＩＬ－４の発現は、ＩＬ－４ ｍＲＮＡ又はＩＬ－４タンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列及びＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；並びに（ｉｉ）ＩＬ－４をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡの発現及び／又はＩＬ－１７ ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＩＬ－４の発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡの発現及びＩＬ－１７ ｍＲＮＡの発現は、ＴＮＦ－アルファｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡ及びＩＬ－１７ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＩＬ－４の発現は、ＩＬ－４ ｍＲＮＡ又はＩＬ－４タンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＡＬＫ２ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＩＧＦ－１の発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡの発現は、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＩＧＦ－１の発現は、ＩＧＦ－１ ｍＲＮＡ又はＩＧＦ－１タンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＩＧＦ－１をコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＩＧＦ－１の発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡの発現は、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＩＧＦ－１の発現は、ＩＧＦ－１ ｍＲＮＡ又はＩＧＦ－１タンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、細胞内に、（ｉ）ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び（ｉｉ）ＥＰＯをコードする少なくとも１つの核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を導入することを含み；ここで、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡの発現はダウンレギュレートされ、ＥＰＯの発現は同時にアップレギュレートされる、方法である。いくつかの実施態様では、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡの発現は、ＳＯＤ１ ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによってダウンレギュレートされる。いくつかの実施態様では、ＥＰＯの発現は、ＥＰＯ ｍＲＮＡ又はＥＰＯタンパク質を発現又は過剰発現することによってアップレギュレートされる。
［０３７７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ｍＲＮＡ ＩＦＮ－ベータをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号２９又は３０（化合物Ｂ１又はＢ２）に記載の配列を含む。
［０３７８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）インターロイキン６Ｒ（ＩＬ－６Ｒ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３１（化合物Ｂ３）に記載の配列を含む。
［０３７９］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）インターロイキン６Ｒアルファ（ＩＬ－６Ｒ－アルファ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡを含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－アルファｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３２（化合物Ｂ４）に記載の配列を含む。
［０３８０］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）インターロイキン６Ｒベータ（ＩＬ－６Ｒ－ベータ）ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＩＬ－６Ｒ－ベータｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３３（化合物Ｂ５）に記載の配列を含む。
［０３８１］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３４又は３５（化合物Ｂ６又はＢ７）に記載の配列を含む。
［０３８２］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ８（配列番号３６）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３６に記載の配列を含む。
［０３８３］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３７又は３９（化合物Ｂ９又はＢ１１）に記載の配列を含む。
［０３８４］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号３８（化合物Ｂ１０）に記載の配列を含む。
［０３８５］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。特定の態様では、化合物Ｂ１２（配列番号４０）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＭＥＲＳ、又はその両方による感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。特定の態様では、化合物Ｂ１３（配列番号４１）を含む組成物を含むそのような組成物は、例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及び／又はＭＥＲＳによる感染に関連して遺伝子発現を調節又は制御するための本明細書に記載の方法における使用が企図される。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４０、４１、及び４２（化合物Ｂ１２、Ｂ１３、及びＢ１４）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０３８６］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＩＬ－６ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；並びに（ｉｉ）ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む方法である。関連する態様では、ｉｉ）のｍＲＮＡは、ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするか、又はさらにコードする。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＩＬ－６ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＡＣＥ２ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ＩＦＮ－ベータをコードするｍＲＮＡは、天然のＩＦＮ－ベータシグナルペプチド、又は修飾シグナルペプチドをコードする。関連する態様では、修飾ＩＦＮ－ベータシグナルペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＰ１又はＳＰ２である（それぞれ、配列番号５２及び５４）。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４３、４４、及び４５（化合物Ｂ１５、Ｂ１６、及びＢ１７）のいずれか１つに記載の配列を含む。
［０３８７］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つの低分子干渉ＲＮＡ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；並びに（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む、組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む方法である。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、３つのｓｉＲＮＡであって、１つはＯＲＦ１ａｂ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられ、１つはＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡに向けられる、３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号４６（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、配列番号１９０（化合物Ｂ１８）に記載の配列を含む。
［０３８８］ いくつかの態様では、本明細書で提供されるのは、細胞内の２つ以上の遺伝子の発現を同時にアップレギュレート及びダウンレギュレートする方法であって、（ｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに結合することができる少なくとも１つのｓｉＲＮＡ；及び（ｉｉ）ＡＣＥ２可溶性受容体をコードするｍＲＮＡをコードするか又は含む組換えポリ核酸構築物を細胞に導入することを含む、方法である。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、少なくとも１、２、又は３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた１つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、ポリ核酸構築物は、それぞれがＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ ｍＲＮＡに向けられた３つのｓｉＲＮＡをコードするか、又は含む。関連する態様では、少なくとも３つのｓｉＲＮＡのそれぞれは、同一、異なる、又はそれらの組み合わせである。関連する態様では、組換えポリ核酸構築物は、配列番号４７（化合物Ｂ１９）に記載の配列を含む。
例示的な実施態様
［０３８９］ 実施態様１．
（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって；
ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物。
［０３９０］ 実施態様２．組換えポリ核酸構築物が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ＲＮＡ又は異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、実施態様１に記載の組成物。
［０３９１］ 実施態様３．標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、実施態様１又は２に記載の組成物。
［０３９２］ 実施態様４．標的ＲＮＡが、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、及び腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである、実施態様１又は２に記載の組成物。
［０３９３］ 実施態様５．組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子又は異なる目的の遺伝子をコードする、実施態様１～４のいずれか一項に記載の組成物。
［０３９４］ 実施態様６．目的の遺伝子が、分泌タンパク質、細胞内タンパク質、オルガネラ内タンパク質、及び膜タンパク質からなる群から選択されるタンパク質をコードする核酸配列を含む、実施態様１～５のいずれか一項に記載の組成物。
［０３９５］ 実施態様７．目的の遺伝子が、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、及びインターロイキン４（ＩＬ－４）からなる群から選択される、実施態様１～３のいずれか一項に記載の組成物。
［０３９６］ 実施態様８．組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結された標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含み、ここで、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む、実施態様１～７のいずれか一項に記載の組成物。
［０３９７］ 実施態様９．標的モチーフが、
（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；
（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；
（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び
（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列
からなる群から選択される、実施態様８に記載の組成物。
［０３９８］ 実施態様１０．組換えポリ核酸構築物が、さらに、ポリ（Ａ）テールをコードするか若しくは含む核酸配列、５’キャップをコードするか若しくは含む核酸配列、プロモーターをコードするか若しくは含む核酸配列、又はコザック配列をコードするか若しくは含む核酸配列を含む、実施態様１～９のいずれか一項に記載の組成物。
［０３９９］ 実施態様１１．組換えポリ核酸構築物が、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む、実施態様１～９のいずれか一項に記載の組成物。
［０４００］ 実施態様１２．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、（ａ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、（ｂ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列のそれぞれ、並びに／又は（ｃ）目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する、実施態様１～１１のいずれか一項に記載の組成物。
［０４０１］ 実施態様１３．リンカーが、ｔＲＮＡリンカー、２Ａペプチドリンカー、又は可動性リンカーを含む、実施態様１１又は１２に記載の組成物。
［０４０２］ 実施態様１４．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが少なくとも６核酸残基である、実施態様１１～１３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４０３］ 実施態様１５．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが最大５０核酸残基である、実施態様１１～１３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４０４］ 実施態様１６．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが約６から約５０核酸残基である、実施態様１１～１３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４０５］ 実施態様１７．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが約６から約１５核酸残基である、実施態様１１～１３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４０６］ 実施態様１８．配列番号１～８からなる群から選択される核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物。
［０４０７］ 実施態様１９．
（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び
（ｉｉ）目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡ
を含む組換えＲＮＡ構築物を含む組成物であって、
ここで、標的ＲＮＡが、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なる、組成物。
［０４０８］ 実施態様２０．標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、実施態様１９に記載の組成物。
［０４０９］ 実施態様２１．細胞における２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節することにおける使用のための、実施態様１～２０のいずれか一項に記載の組成物。
［０４１０］ 実施態様２２．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）が、連続的に含まれる、実施態様１～２１のいずれか一項に記載の組成物。
［０４１１］ 実施態様２３．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある、実施態様２２に記載の組成物。
［０４１２］ 実施態様２４．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある、実施態様２２に記載の組成物。
［０４１３］ 実施態様２５．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある、実施態様２２に記載の組成物。
［０４１４］ 実施態様２６．標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する、実施態様１～２５のいずれか一項に記載の組成物。
［０４１５］ 実施態様２７．標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する、実施態様１～２６のいずれか一項に記載の組成物。
［０４１６］ 実施態様２８．標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない、実施態様１～２７のいずれか一項に記載の組成物。
［０４１７］ 実施態様２９．目的の遺伝子が、ＲＮＡスプライシングなしで発現される、実施態様１～２８のいずれか一項に記載の組成物。
［０４１８］ 実施態様３０．対象におけるウイルス性疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、前記構築物が、
（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
（ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
を含み、
ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物。
［０４１９］ 実施態様３１．組換えポリ核酸構築物が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ＲＮＡ又は異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、実施態様３０に記載の組成物。
［０４２０］ 実施態様３２．組換えポリ核酸構築物が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列を含み、ここで、少なくとも２つの核酸配列は、同じ標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、少なくとも１つの核酸配列は、異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、実施態様３０に記載の組成物。
［０４２１］ 実施態様３３．標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、実施態様３０～３２のいずれか一項に記載の組成物。
［０４２２］ 実施態様３４．標的ＲＮＡが非コードＲＮＡである、実施態様３０～３２のいずれか一項に記載の組成物。
［０４２３］ 実施態様３５．標的ＲＮＡが、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである、実施態様３０～３２のいずれか一項に記載の組成物。
［０４２４］ 実施態様３６．インターロイキンが、ＩＬ－１アルファ、ＩＬ－１ベータ、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、インターロイキンＩＬ－６Ｒ－ベータ、ＩＬ－１８、ＩＬ－３６－アルファ、ＩＬ－３６－ベータ；ＩＬ－３６－ガンマ、及びＩＬ－３３からなる群から選択される、実施態様３５に記載の組成物。
［０４２５］ 実施態様３７．標的ｍＲＮＡが、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、ＩＬ－６Ｒ－ベータ、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ；ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである、実施態様３０～３２のいずれか一項に記載の組成物
［０４２６］ 実施態様３８．組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子又は異なる目的の遺伝子をコードする、実施態様３０～３７のいずれか一項に記載の組成物。
［０４２７］ 実施態様３９．（ｉｉ）の目的の遺伝子が、ＩＦＮアルファ－ｎ３、ＩＦＮアルファ－２ａ、ＩＦＮアルファ－２ｂ、ＩＦＮベータ－１ａ、ＩＦＮベータ－１ｂ、ＡＣＥ２可溶性受容体、ＩＬ－３７、及びＩＬ－３８をコードする遺伝子の群から選択される、実施態様３０～３８のいずれか一項に記載の組成物。
［０４２８］ 実施態様４０．（ｉｉ）の目的の遺伝子が、ＩＦＮベータ及びＡＣＥ２可溶性受容体をコードする遺伝子の群から選択される、実施態様３０～３８のいずれか一項に記載の組成物。
［０４２９］ 実施態様４１．組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結された標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含み、ここで、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む、実施態様３０～４０のいずれか一項に記載の組成物。
［０４３０］ 実施態様４２．標的モチーフが、
（ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；
（ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；
（ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び
（ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列
からなる群から選択される、実施態様４１に記載の組成物。
［０４３１］ 実施態様４３．組換えポリ核酸構築物が、さらに、ポリ（Ａ）テールをコードするか若しくは含む核酸配列、５’キャップをコードするか若しくは含む核酸配列、プロモーターをコードするか若しくは含む核酸配列、又はコザック配列をコードするか若しくは含む核酸配列を含む、実施態様３０～４２のいずれか一項に記載の組成物。
［０４３２］ 実施態様４４．組換えポリ核酸構築物が、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む、実施態様３０～４３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４３３］ 実施態様４５．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、（ａ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、（ｂ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む２つ以上の核酸配列のそれぞれ、並びに／又は（ｃ）目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する、実施態様４４に記載の組成物。
［０４３４］ 実施態様４６．リンカーが、ｔＲＮＡリンカー、２Ａペプチドリンカー、又は可動性リンカーを含む、実施態様４４又は４５に記載の組成物。
［０４３５］ 実施態様４７．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが少なくとも６核酸残基である、実施態様４４～４６のいずれか一項に記載の組成物。
［０４３６］ 実施態様４８．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが最大５０核酸残基である、実施態様４４～４６のいずれか一項に記載の組成物。
［０４３７］ 実施態様４９．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが約６から約５０核酸残基である、実施態様４４～４６のいずれか一項に記載の組成物。
［０４３８］ 実施態様５０．リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが約６から約１５核酸残基である、実施態様４４～４６のいずれか一項に記載の組成物。
［０４３９］ 実施態様５１．配列番号２９～４７からなる群から選択される核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物。
［０４４０］ 実施態様５５．対象におけるウイルス性疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えＲＮＡ構築物を含む組成物であって、前記構築物が、
（ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；及び
（ｉｉ）目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡ
を含み、
ここで、標的ＲＮＡが、目的の遺伝子をコードするｍＲＮＡとは異なる、組成物。
［０４４１］ 実施態様５３．細胞における２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節することにおける使用のための、実施態様３０～５２のいずれか一項に記載の組成物。
［０４４２］ 実施態様５４．組成物が、対象におけるウイルス性疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在する、実施態様３０～５３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４４３］ 実施態様５５．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列（ｉ）と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）が、連続的に含まれる、実施態様３０～５４のいずれか一項に記載の組成物。
［０４４４］ 実施態様５６．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流にある、実施態様５５に記載の組成物。
［０４４５］ 実施態様５７．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の下流にある、実施態様５５に記載の組成物。
［０４４６］ 実施態様５８．標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む核酸配列（ｉ）が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列（ｉｉ）の上流又は下流にある、実施態様５５に記載の組成物。
［０４４７］ 実施態様５９．標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、標的ｍＲＮＡのエクソンに結合する、実施態様３０～５８のいずれか一項に記載の組成物。
［０４４８］ 実施態様６０．標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する、実施態様３０～５９のいずれか一項に記載の組成物。
［０４４９］ 実施態様６１．標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない、実施態様３０～６０のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５０］ 実施態様６２．目的の遺伝子が、ＲＮＡスプライシングなしで発現される、実施態様３０～６１のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５１］ 実施態様６３．ｓｉＲＮＡが配列番号９３～１０９から選択されるセンス鎖配列を含む、実施態様３０～６２のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５２］ 実施態様６４．ｓｉＲＮＡが配列番号８０～９２から選択されるセンス鎖配列を含む、実施態様１～２９のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５３］ 実施態様６５．組換えポリ核酸構築物が、配列番号１７７～１８９のいずれか１つに対して少なくとも８５％の配列同一性を有する配列を含む、実施態様１～２９のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５４］ 実施態様６６．組換えポリ核酸構築物が、配列番号１７７～１８９からなる群から選択される配列を含む、実施態様１～２９のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５５］ 実施態様６７．組換えポリ核酸構築物が、配列番号１９０に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する配列を含む、実施態様３０～６３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５６］ 実施態様６８．組換えポリ核酸構築物が配列番号１９０の配列を含む、実施態様３０～６３のいずれか一項に記載の組成物。
［０４５７］ これらの例は、説明のためにのみ提供され、本明細書に提供される特許請求の範囲を限定するものではない。
［０４５８］ 実施例１：構築物の設計、配列、及び合成
［０４５９］ 構築物の設計
［０４６０］ 本発明は、ｓｉＲＮＡ及び目的の任意のタンパク質の両方が、インビトロ転写によって生成された単一の転写物から同時に発現され得ることを開示している。本明細書に開示されるＲＮＡ構築物は、Ｃｈｅｎｇ， ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ．Ｍａｔｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｂ．，６，４６３８－４６４４に記載されているようなｓｉＲＮＡ設計を含むように設計され、ｓｉＲＮＡ配列の下流又は上流に１つ又は複数の目的の遺伝子がある（図１）。本発明の構築物は、同じ又は異なる遺伝子を逐次的に標的とする２つ以上のｓｉＲＮＡ配列を含み得る。同様に、本発明の構築物は、間にリンカー配列又はリンカーコード配列（例えば、２Ａペプチドリンカー又はｔＲＮＡリンカー）を有する２つ以上の目的の遺伝子の核酸配列を含み得る。
［０４６１］ 構築物はさらに、ＲＮＡポリメラーゼ結合及びｓｉＲＮＡと目的の遺伝子の両方の成功したインビトロ転写のためのｓｉＲＮＡ配列の上流のＴ７プロモーター（５’ ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡ ３’；配列番号２５）配列を含む。代替プロモーターを利用することができ、代替プロモーターには、インビトロ転写に対して同等に機能するＳＰ６、Ｔ３、Ｐ６０、Ｓｙｎ５、及びＫＰ３４プロモーターが含まれる。
［０４６２］ 構築物の合成
［０４６３］ 設計された構築物（表１、化合物ＩＤ番号Ａ１－Ａ８）は、ドイツのＧｅｎｅＡｒｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）から遺伝子合成された。構築物は、ＧｅｎｅＯｐｔｉｍｉｚｅｒアルゴリズムを使用したコドン最適化により、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むｐＭＡ－ＲＱベクターとして合成された。表１は、本開示の実施例において使用される化合物を、タンパク質発現をダウンレギュレートするためのそれぞれのｓｉＲＮＡ標的、及びアップレギュレートされるタンパク質発現のためのタンパク質標的とともに要約している。本明細書に記載の実施例で使用される化合物Ａ１～Ａ８中の全てのウリジンは、Ｎ１－メチルプソイドウリジンに修飾された。各化合物について、ｓｉＲＮＡ配列の位置が目的の遺伝子に関して示されている。例えば、「５’ｓｉＲＮＡの位置」は、ｓｉＲＮＡ配列が化合物中の目的の遺伝子の上流又は５’側にあることを示している。Ａ１－Ａ８の構築物の配列を表２に示し、以下の表に示すように注釈が付けられる。
Figure 2023507501000004
Figure 2023507501000005
Figure 2023507501000006
Figure 2023507501000007
Figure 2023507501000008
Figure 2023507501000009
Figure 2023507501000010
Figure 2023507501000011
Figure 2023507501000012
Figure 2023507501000013
Figure 2023507501000014
Figure 2023507501000015
Figure 2023507501000016
Figure 2023507501000017
Figure 2023507501000018
Figure 2023507501000019
Figure 2023507501000020
Figure 2023507501000021
Figure 2023507501000022
Figure 2023507501000023
Figure 2023507501000024
Figure 2023507501000025
［０４６４］ 実施例２：ＲＮＡ構築物のインビトロ転写及びデータ解析
［０４６５］ 化合物Ａ１－Ａ８をコードするｐＭＡ－ＲＱベクターと相同プライマーペア（表４）を、ＰＣＲベースのインビトロ転写ｍＲＮＡ生成に使用した。転写テンプレートは、表４のフォワード及びリバースプライマーを使用したＰＣＲによって生成された。ポリ（Ａ）テールはテンプレートにコードされていた。得られたＰＣＲ産物は１２０ｂｐのポリ（Ａ）テール（配列番号１９３）をコードしていた。特定の増幅を達成するために、ｓｉＲＮＡ隣接領域の反復配列（表２及び３を参照）のために、いくつかの最適化が行われた。これらの最適化には次のものが含まれる：１）ベクターのプラスミドＤＮＡの量の減少；２）特別なＤＮＡポリメラーゼ（Ｑ５ホットスタートポリメラーゼ、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）の使用；３）ＰＣＲの各サイクルの変性（３０秒から１０秒）及び伸長（４５秒／ｋｂから１０秒／ｋｂ）の時間の短縮；４）ＰＣＲの各サイクルのアニーリング時間の増加（１０秒から３０秒）、及び５）ＰＣＲの各サイクルの最終延長時間の増加（最大１５分）。さらに、非特異的なプライマー結合を回避するために、ＰＣＲ反応混合物は解凍試薬を含め氷上で調製し、ＰＣＲサイクルの数を２５回に減らした。
［０４６６］ インビトロ転写のために、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ（ＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔキット、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を３７℃で２時間使用し、合成されたＲＮＡは、１００％Ｎ１－メチルプソイド－ＵＴＰで化学的に修飾され、５’末端がアンチリバースＣＡＰアナログ（ＡＲＣＡ；［ｍ２ ７，３’－ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ］）で同時転写的にキャップされた（Ｊｅｎａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）。インビトロ転写後、ｍＲＮＡはＭＥＧＡｃｌｅａｒキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用してカラム精製され、Ｎａｎｏｐｈｏｔｏｍｅｔｅｒ－Ｎ６０（Ｉｍｐｌｅｎ）を使用して定量した。
Figure 2023507501000026
［０４６７］ インビトロ転写を使用して、化合物Ａ１－Ａ５は、５０－２００μｇの範囲で生成され、それぞれのｍＲＮＡを使用してＩＬ－８が過剰発現されたＨＥＫ－２９３（実施例３）及びＴＨＰ－１細胞（実施例４）の過剰発現モデルにおいて、ＩＬ－８のダウンレギュレーション及びＩＧＦ－１発現について試験された。さらに、化合物Ａ６及びＡ７は５０－２００μｇの範囲で生成され、ＩＬ－１ベータの内因性分泌のためにＬＰＳ及びｄｓＤＮＡによって刺激されたＴＨＰ－１細胞における内因性ＩＬ－１ベータのダウンレギュレーション及びＩＧＦ－１発現について試験された（実施例４）。化合物Ａ８は５０－２００μｇの範囲で生成され、内因性ＴＮＦ－α発現がＬＰＳ及びＲ８４８による処理によって刺激されたＴＨＰ－１細胞における内因性ＴＮＦ－αダウンレギュレーション及びＩＬ－４発現について試験された（実施例４）。同様に、化合物Ａ８は、ＴＮＦ－αをコードするｍＲＮＡを使用してＴＮＦ－αが過剰発現されたＨＥＫ－２９３細胞の過剰発現モデルにおいて、ＴＮＦ－αのダウンレギュレーション及びＩＬ－４発現について試験された（実施例３）。
［０４６８］ データはＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）を使用して解析された。標準品又は試料中においてＥＬＩＳＡを使用してタンパク質（ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＬ－８、ＩＬ－１ベータ又はＴＮＦ－α）レベルを推定するために、ブランクの平均吸収値が、標準品又は試料の平均吸収から差し引かれた。標準曲線は、製造元のプロトコルに従って４つのパラメータの非線形回帰を用いて作成され、プロットされた。各試料中のタンパク質（ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＬ－８、ＩＬ－１ベータ又はＴＮＦ－α）の濃度を決定するために、タンパク質の濃度を標準曲線から補間した。試料の最終的なタンパク質濃度は、希釈係数を掛けることによって計算された。統計解析は、スチューデントのｔ検定を使用して行われた。
［０４６９］ 実施例３：ＨＥＫ－２９３細胞のインビトロトランスフェクション及びＨＥＫ－２９３細胞におけるＩＬ－８過剰発現モデル
［０４７０］ ＨＥＫ－２９３のインビトロトランスフェクション
［０４７１］ ヒト胚性腎臓細胞２９３（ＨＥＫ－２９３；ＡＴＣＣ ＣＲＬ－１５７３）は、１０％（ｖ／ｖ）胎児ウシ血清（ＦＢＳ）とペニシリン－ストレプトマイシン－アンフォテリシンＢ混合物（８８２０８７，Ｂｉｏｚｙｍ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したダルベッコの改変イーグル培地（ＤＭＥＭ，Ｂｉｏｃｈｒｏｍ）中で維持された。細胞を９６ウェル培養プレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し、トランスフェクションの前に５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートした。細胞は、抗生物質を含まない１０％のＦＢＳを含むＤＭＥＭ増殖培地で増殖され、トランスフェクション前に６０％未満のコンフルエンシーに達した。その後、ＨＥＫ－２９３細胞に、リポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、製造元の指示に従ってｍＲＮＡとリポフェクタミンとの比率を１：１ ｗ／ｖにして、様々な濃度（１００－９００ｎｇ）の特定のｍＲＮＡ構築物をトランスフェクトした。１００μｌのＤＭＥＭを除去し、５０μｌのＯｐｔｉ－ＭＥＭと、５０μｌのｍＲＮＡとリポフェクタミン２０００との複合体（Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中）に置き換えた。５時間後、培地を新鮮な培地と交換し、プレートを５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートした。
［０４７２］ ＨＥＫ－２９３細胞におけるＩＬ－８過剰発現モデル
［０４７３］ ＨＥＫ－２９３細胞におけるＩＬ－８ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）とＲＮＡ構築物（化合物Ａ１－Ａ５）のＩＧＦ－１発現の同時効果を評価するために、ＩＬ－８過剰発現モデルを、ＩＬ－８ ｍＲＮＡトランスフェクション（３００ｎｇ／ウェル）を使用して確立した。ＩＬ－８の発現を妨害し、同時にＩＧＦ－１を発現することにおけるＩＬ－８標的化ｓｉＲＮＡを含むｍＲＮＡ構築物（化合物Ａ１－Ａ５）の能力を評価するために、ｍＲＮＡ構築物（化合物Ａ１－Ａ５；３００－９００ｎｇ／ウェル）をＩＬ－８ ｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）とコトランスフェクトした。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いて、細胞培養上清中のＥＬＩＳＡにより、ＩＬ－８（ダウンレギュレートする標的遺伝子）及びＩＧＦ－１（過剰発現する目的の遺伝子）を定量した。
［０４７４］ ＨＥＫ－２９３細胞におけるＴＮＦ－α過剰発現モデル
［０４７５］ ＨＥＫ－２９３細胞における化合物Ａ８のＴＮＦ－α ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）とＩＬ－４発現の同時効果を評価するために、ＴＮＦ－α ｍＲＮＡトランスフェクション（６００ｎｇ／ウェル）を使用してＴＮＦ－α過剰発現モデルを確立した。ＴＮＦ－αのダウンレギュレーションと同時ＩＬ－４発現におけるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ８の能力を評価するために、細胞に化合物Ａ８（６００ｎｇ／ウェル）とＴＮＦ－αｍＲＮＡ（６００ｎｇ／ウェル）をコトランスフェクトした。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いて、同じ細胞培養上清中のＥＬＩＳＡにより、ＴＮＦ－α（ダウンレギュレートする標的遺伝子）及びＩＬ－４（過剰発現する目的の遺伝子）を定量した。
［０４７６］ 結果
［０４７７］ ＩＬ－８標的化ｓｉＲＮＡとＩＧＦ－１タンパク質のコード配列を含む化合物Ａ１を、ＨＥＫ－２９３細胞（１００－９００ｎｇ／ウェル）でのＩＬ－８のダウンレギュレーションと同時ＩＧＦ－１発現について試験した。データは、図２Ａに示すように、化合物Ａ１が、ＩＧＦ－１タンパク質を対照ＩＧＦ－１ｍＲＮＡによる発現と同じレベル又はそれを超えるレベルで発現することを示している（白丸－対照ＩＧＦ－１ ｍＲＮＡからのＩＧＦ－１の発現；黒丸－化合物Ａ１ ＩＧＦ－１の発現）。同じ実験において、ＩＬ－８発現に対する化合物Ａ１（３００ｎｇ／ウェル）のＲＮＡ干渉を、ＩＬ－８過剰発現構築物（３００ｎｇ／ウェル）で評価し、続いてＩＬ－８ ＥＬＩＳＡで評価した。図２Ｂに示すように、化合物Ａ１（右のバー）は、未処理の対照（左のバー）と比較してＩＬ－８レベルをダウンレギュレートした（Ｐ＜０．０１）。これらのアッセイは、化合物Ａ１がＩＧＦ－１の発現を低下させることなく、ＩＬ－８を少なくとも約３倍（６５％）ダウンレギュレートすることを示した。
［０４７８］ ＨＥＫ－２９３ ＩＬ－８過剰発現モデルにおけるＩＬ－８発現の妨害における化合物Ａ１の用量依存的能力を評価するために、ＨＥＫ－２９３細胞は、増加する用量の化合物Ａ１（３００－９００ｎｇの化合物Ａ１／ウェル）及び一定のＩＬ－８ ｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）でコトランスフェクトされ、ＥＬＩＳＡによってＩＬ－８発現について評価された。図３に示すように、ＩＬ－８標的化ｓｉＲＮＡとＩＧＦ－１タンパク質のコード配列を含む化合物Ａ１ ｍＲＮＡ構築物は、ＨＥＫ－２９３細胞におけるＩＬ－８発現を用量依存的に阻害した。図３は、３００ｎｇ／ウェルでは、化合物Ａ１はＩＬ－８の発現を少なくとも約３．５倍（７０％）減少させ、６００又は９００ｎｇ／ウェルでは、化合物Ａ１はＩＬ－８の発現を少なくとも約４．２５倍（７５％）減少させたことを示している。
［０４７９］ ＩＬ－８を標的とする１Ｘ及び３Ｘ ｓｉＲＮＡのそれぞれとＩＧＦ－１タンパク質コード配列を含む化合物Ａ２及び化合物Ａ３を、同じ構築物内のｓｉＲＮＡ配列の存在がＩＧＦ－１の発現に影響するかどうかを評価するために試験した。ＨＥＫ－２９３細胞にＩＧＦ－１ ｍＲＮＡ（６００ｎｇ／ウェル）をトランスフェクトした。図４Ｂ（化合物Ａ２）及び５Ｂ（化合物Ａ３）の結果は、ＩＧＦ－１が化合物Ａ２及びＡ３から発現していることを示している。
［０４８０］ ＩＬ－１ベータを標的とする１Ｘ及び３Ｘ ｓｉＲＮＡのそれぞれとＩＧＦ－１タンパク質コード配列を含む化合物Ａ６及び化合物Ａ７を、同じ構築物内のｓｉＲＮＡの存在がＩＧＦ－１の発現に影響するかどうかを評価するために試験した。ＨＥＫ－２９３細胞にＩＧＦ－１ ｍＲＮＡ（６００ｎｇ／ウェル）をトランスフェクトした。図８Ｃ（化合物Ａ６）及び９Ｃ（化合物Ａ７）の結果は、ＩＧＦ－１が化合物Ａ６及びＡ７から発現していることを示している。
［０４８１］ ＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡとＩＬ－４タンパク質のコード配列を含む化合物Ａ８を、外因的に送達されたＴＮＦ－αｍＲＮＡ（６００ｎｇ／ウェル）を含むＨＥＫ－２９３細胞（６００ｎｇ／ウェル）において、ＴＮＦ－αのダウンレギュレーションとＩＬ－４の発現について同時に試験した。データは、図１０Ｃに示すように化合物Ａ８がＩＬ－４を発現することを示している。同じ細胞培養上清を用いた同じ実験において、ＴＮＦ－α過剰発現構築物（６００ｎｇ／ウェル）からのＴＮＦ－α発現に対する化合物Ａ８（６００ｎｇ／ウェル）のＲＮＡ干渉をＴＮＦ－αＥＬＩＳＡによって評価した。図１０Ａに示すように、化合物Ａ８（右のバー）は、未処理の対照（左のバー）と比較してＴＮＦ－αレベルをダウンレギュレートした（Ｐ＜０．０５）。このアッセイでは、化合物Ａ８はＴＮＦ－αレベルを少なくとも約５０％ダウンレギュレートした。これらのデータは、化合物Ａ８がＩＬ－４の発現に影響を与えることなくＴＮＦ－αをダウンレギュレートしたことを示している。
［０４８２］ 次に、ＩＬ－８を標的とする１Ｘ及び３Ｘ ｓｉＲＮＡをそれぞれ含むが、ＩＧＦ－１コード配列を含まない化合物Ａ４及び化合物Ａ５を、ＨＥＫ－２９３細胞におけるＩＬ－８発現を妨害する用量依存的能力について評価した。ＩＬ－８を過剰発現するＨＥＫ－２９３細胞（６００ｎｇのＩＬ－８ｍＲＮＡ）に、様々な濃度（３００－９００ｎｇ／ウェル）の化合物Ａ４（１Ｘ ｓｉＲＮＡ）及び化合物Ａ５（３Ｘ ｓｉＲＮＡ）をトランスフェクトした。図７に示すように、化合物Ａ４と化合物Ａ５は、ＨＥＫ－２９３細胞におけるＩＬ－８発現を用量依存的に阻害した。
［０４８３］ 実施例４：ＴＨＰ－１細胞のインビトロトランスフェクション、ＴＨＰ－１細胞における内因性ＩＬ－１ベータ／ＴＮＦ－α発現モデル、及びＴＨＰ－１細胞におけるＩＬ－８過剰発現モデル
［０４８４］ ＴＨＰ－１細胞のインビトロトランスフェクション
［０４８５］ ヒト単球白血病細胞株ＴＨＰ－１（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号８８０８１２０１）は、増殖培地（１０％ＦＢＳと２ｍＭグルタミンを補充したＲＰＭＩ１６４０）中で維持された。トランスフェクションの７２時間前に、細胞を９６ウェル細胞培養プレート中に３０，０００ＴＨＰ－１細胞で播種し、増殖培地で希釈した５０ｎＭのホルボール１２－ミリステート１３－アセテート（ＰＭＡ）（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｐ８１３９）で活性化した。細胞は、リポフェクタミン２０００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して、モノトランスフェクション又はコトランスフェクション（３００－１２００ｎｇ／ウェル）として特定のｍＲＮＡでトランスフェクトされた。１００μｌのＤＭＥＭを各ウェルから除去し、５０μｌのＯｐｔｉ－ＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）と、５０μｌのｍＲＮＡとリポフェクタミン２０００との複合体（Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ中）に置き換えた。５時間後、培地を５０ｎＭのＰＭＡを補充した新鮮な増殖培地と交換し、プレートを５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートした。
［０４８６］ ＴＨＰ－１細胞における内因性ＩＬ－１ベータ発現モデル
［０４８７］ ＴＨＰ－１細胞におけるＩＬ－１βの内因性分泌のために、ＴＨＰ－１細胞を１０μｇ／ｍＬの最終濃度の大腸菌由来のリポ多糖（ＬＰＳ－Ｌ４３９１；Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）でｄｓＤＮＡ（特定のＰＣＲアンプリコン；５０ｎｇ／ウェル）とともに刺激し、９０分間インキュベートした。誘導されたＩＬ－１ベータの産生は、変形性関節症及びＩＶＤＤで観察される生理学的状態に対応する。刺激後、５０μｌの培地を除去し、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ中でリポフェクタミン２０００と複合体を形成した特定のｍＲＮＡ構築物（化合物Ａ６及びＡ７）を含むトランスフェクション複合体に置き換え、５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてＥＬＩＳＡによりＩＬ－１ベータの定量を行った。
［０４８８］ ＴＨＰ－１細胞における内因性ＴＮＦ－α発現モデル
［０４８９］ ＴＨＰ－１細胞におけるＴＮＦ－αの内因性分泌のために、ＴＨＰ－１細胞を１０μｇ／ｍＬの最終濃度のＥ．ｃｏｌｉ由来リポ多糖（ＬＰＳ－Ｌ４３９１；Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）で１μｇ／ｍＬの最終濃度のＲ８４８（ＴＬＲ７／８アゴニスト；Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）とともに刺激し、９０分間インキュベートした。誘導されたＴＮＦ－αの産生は、乾癬で観察される生理学的状態に対応する。刺激後、５０μｌの培地を除去し、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ中でリポフェクタミン２０００と複合体を形成した特定のｍＲＮＡ構築物（化合物Ａ８）を含むトランスフェクション複合体に置き換え、５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートした。トランスフェクション後、細胞培養上清を収集し、ＥＬＩＳＡによってＴＮＦ－α（ダウンレギュレートする標的遺伝子）及びＩＬ－４（過剰発現する目的の遺伝子）について定量した。
［０４９０］ ＴＨＰ－１細胞におけるＩＬ－８過剰発現モデル
［０４９１］ ＴＨＰ－１細胞におけるｍＲＮＡ構築物のＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を評価するために、ＩＬ－８過剰発現モデルを、ＩＬ－８ ｍＲＮＡトランスフェクション（３００ｎｇ／ウェル）を使用して確立した。ＩＬ－８の発現を妨害することにおけるＩＬ－８標的化ｓｉＲＮＡを含むｍＲＮＡ構築物（化合物Ａ１－Ａ５）の能力を評価するために、ｍＲＮＡ構築物（３００－９００ｎｇ／ウェル）をＩＬ－８ ｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）とコトランスフェクトした。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてＥＬＩＳＡにより、ＩＬ－８とＩＧＦ－１を定量した。
［０４９２］ 結果
［０４９３］ 化合物Ａ２及び化合物Ａ３は、それぞれＩＬ－８を標的とする１Ｘ及び３Ｘ ｓｉＲＮＡ、並びにＩＧＦ－１コード配列を有するように設計され（表１及び２）、複数のｓｉＲＮＡを有することで標的ＲＮＡｉの効果を最大化できるかどうかを評価するために試験された。化合物Ａ４及び化合物Ａ５は、ＩＧＦ－１コード配列を含まず、それぞれＩＬ－８を標的とする１Ｘ及び３Ｘ ｓｉＲＮＡのみを含む内部対照として設計された（表１及び表２）。図４Ａ、５Ａ、６Ａ、及び６Ｂに示されているように、化合物Ａ２－Ａ５は、化合物がＩＧＦ－１コード配列を有するかどうかに関係なく、ＴＨＰ－１細胞におけるＩＬ－８発現を阻害する。化合物Ａ２は、ＩＬ－８の発現を少なくとも約３０％阻害した（図４Ａ）。化合物Ａ３は、ＩＬ－８の発現を少なくとも約４５％阻害した（図４Ｂ）。化合物Ａ４は、ＩＬ－８の発現を約４０％阻害した（図６Ａ）。化合物Ａ５は、ＩＬ－８の発現を少なくとも約７０％阻害した（図６Ａ及び６Ｂ）。したがって、３つのｓｉＲＮＡを有する化合物（化合物Ａ３及びＡ５）は、ＩＬ－８発現を少なくとも約４５％から少なくとも約７０％阻害したが、１つのｓｉＲＮＡを有する化合物（化合物Ａ２及びＡ４）は、ＩＬ－８発現を少なくとも約３０％から少なくとも約４０％阻害した。
［０４９４］ 次に、ＩＬ－１ベータ発現を妨害することにおける化合物Ａ６（ＩＬ－１ベータ＋ＩＧＦ－１コード配列を標的とする１Ｘ ｓｉＲＮＡ）及び化合物Ａ７（ＩＬ－１ベータ＋ＩＧＦ－１コード配列を標的とする３Ｘ ｓｉＲＮＡ）の効果を、内因性ＩＬ－１ベータ分泌を誘導するために１０μｇ／ｍＬのＬＰＳ及び５０ｎｇ／ウェルのｄｓＤＮＡで刺激されたＴＨＰ－１細胞において評価した。確立されたＴＨＰ－１モデルは、変形性関節症とＩＶＤＤの生理学的免疫状態を模倣している。図８Ａ、８Ｂ、９Ａ、及び９Ｂに示されているように、化合物Ａ６及び化合物Ａ７は、ＴＨＰ－１細胞における内因性ＩＬ－１ベータ発現の発現をダウンレギュレートした（Ｐ＜０．００１）。化合物Ａ６は、ＩＬ－１ベータの発現を少なくとも約４０％ダウンレギュレートした（図８Ａ及び８Ｂ）。化合物Ａ７は、ＩＬ－１ベータ発現を少なくとも約４５％から少なくとも約５０％ダウンレギュレートした（それぞれ図９Ａ及び９Ｂ）。
［０４９５］ ＴＮＦ－αのダウンレギュレーションにおける化合物Ａ８（ＴＮＦ－α及びＩＬ－４コード配列を標的とするｓｉＲＮＡを含む）の効果を、内因性ＴＮＦ－α分泌を誘導するために１０μｇ／ｍＬのＬＰＳ及び１μｇ／ｍＬのＲ８４８で刺激されたＴＨＰ－１細胞において評価した。確立されたＴＨＰ－１モデルは、乾癬の生理学的免疫状態を模倣している。図１０Ｂに示すように、化合物Ａ８はＴＨＰ－１細胞における内因性ＴＮＦ－α発現の発現をダウンレギュレートした（Ｐ＜０．０５）。このアッセイでは、化合物Ａ８はＴＮＦ－α発現を少なくとも約２０％ダウンレギュレートした。同じ細胞培養上清をＩＬ－４発現について測定し、ＩＬ－４発現が損なわれていないことを確認した（図１０Ｄ）。
［０４９６］ 実施例５：抗ウイルス構築物の設計、配列、及び合成
［０４９７］ 抗ウイルス構築物の設計
［０４９８］ ｓｉＲＮＡ及び目的のタンパク質の両方が、インビトロ転写によって生成された単一の転写物から同時に発現される。ポリヌクレオチド又はＲＮＡ構築物は、Ｃｈｅｎｇ，ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ．Ｍａｔｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｂ．，６，４６３８－４６４４に記載されているｓｉＲＮＡ設計を含むように設計されており、ｓｉＲＮＡ配列の下流又は上流に目的の１つ又は複数の遺伝子をさらに含む（図１の概略図）。構築物は、同じ又は異なる標的ｍＲＮＡを標的とする複数のｓｉＲＮＡ配列をコードするか、又は含み得る。同様に、構築物は目的の２つ以上の遺伝子の核酸配列を含み得る。リンカー配列は、構築物の任意の２つの要素（例えば、２Ａペプチドリンカー又はｔＲＮＡリンカー）の間に存在し得る。
［０４９９］ 図１に示されるように、ポリ核酸構築物は、ＲＮＡポリメラーゼの結合と、単一の転写物における目的の遺伝子とｓｉＲＮＡの両方のインビトロ転写の成功のために、目的の遺伝子配列の上流にＴ７プロモーター配列（５’ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡ３’；配列番号２５）を含んでいてもよい。代替のプロモーター、例えば、ＳＰ６、Ｔ３、Ｐ６０、Ｓｙｎ５、及びＫＰ３４を使用することができる。転写テンプレートは、Ｔ７プロモーター、ＩＦＮ－ベータ及びｓｉＲＮＡ配列に隣接するように設計されたプライマーを使用して、ｍＲＮＡを生成するためにＰＣＲによって生成される。リバースプライマーは、１２０ｂｐ長のポリ（Ａ）テール（配列番号１９３）をｍＲＮＡに付加するために、Ｔ（１２０）のストレッチ（配列番号１９７）を含む。
［０５００］ 抗ウイルス構築物の合成
［０５０１］ 表５に示す構築物は、ドイツのＧｅｎｅＡｒｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって、コドン最適化（ＧｅｎｅＯｐｔｉｍｉｚｅｒアルゴリズム）されたＴ７ ＲＮＡポリメラーゼプロモーター（ｐＭＸ、例えば、ｐＭＡ－Ｔ又はｐＭＡ－ＲＱ）を含むベクターとして合成される。表５は、各化合物について、対応するｍＲＮＡに結合するｓｉＲＮＡを介してダウンレギュレートされるタンパク質、構築物のｓｉＲＮＡの数（例えば、同じｍＲＮＡを標的とする複数のｓｉＲＮＡ、又はそれぞれが異なるｍＲＮＡを標的とする複数のｓｉＲＮＡ）、及びアップレギュレーションのためのタンパク質標的、すなわち、目的の遺伝子の産物を示している。本明細書に記載の実施例で使用される化合物Ｂ１－Ｂ１９中の全てのウリジンは、Ｎ１－メチルプソイドウリジンに修飾された。各構築物の配列を表６に示し、以下の表に示すように注釈が付けられる。
Figure 2023507501000027
Figure 2023507501000028
Figure 2023507501000029
Figure 2023507501000030
Figure 2023507501000031
Figure 2023507501000032
Figure 2023507501000033
Figure 2023507501000034
Figure 2023507501000035
Figure 2023507501000036
Figure 2023507501000037
Figure 2023507501000038
Figure 2023507501000039
Figure 2023507501000040
太字＝センスｓｉＲＮＡ鎖
太字でイタリック体＝アンチセンスｓｉＲＮＡ鎖
下線＝シグナルペプチド
イタリック体＝コザック配列
＊下線が引かれた配列内の太字は、修飾されたＩＦＮ－βシグナルペプチドを示す。
［０５０２］ 実施例６：抗ウイルスＲＮＡ構築物のインビトロ転写及びデータ解析
［０５０３］ ＰＣＲベースのインビトロ転写が、化合物Ｂ１－Ｂ１９をコードするｐＭＸベクターを使用して実行され、ｍＲＮＡを生成する。転写テンプレートは、表４のフォワード及びリバースプライマーを使用したＰＣＲによって生成される。ポリ（Ａ）テールは、１２０ｂｐのポリ（Ａ）テール（配列番号１９３）をもたらすテンプレートにコードされている。ｓｉＲＮＡ隣接領域の反復配列を考慮して特定の増幅を達成するために、必要に応じて最適化が行われる。最適化には次のものが含まれる：１）ベクターＤＮＡの量を減少させる、２）ＤＮＡポリメラーゼ（Ｑ５ホットスタートポリメラーゼ、ニューイングランドバイオラボ）を変更する、３）ＰＣＲの各サイクルの変性時間（３０秒から１０秒）及び伸長時間（４５秒／ｋｂから１０秒／ｋｂ）を短縮する、４）ＰＣＲの各サイクルのアニーリング時間（１０秒から３０秒）を増加させる、及び５）ＰＣＲの各サイクルの最終延長時間（最大１５分）を増加させる。さらに、非特異的なプライマー結合を回避するために、ＰＣＲ反応混合物は解凍試薬を含め氷上で調製し、ＰＣＲサイクルの数を２５回に減らす。
［０５０４］ インビトロ転写では、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ（ＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔキット、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を３７℃で２時間使用する。合成されたＲＮＡは１００％のＮ１－メチルプソイド－ＵＴＰで化学的に修飾され、５’末端でアンチリバースＣＡＰアナログ（ＡＲＣＡ；［ｍ２７，３’－ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ］）で同時転写的にキャップされる。インビトロ転写後、ｍＲＮＡはＭＥＧＡｃｌｅａｒキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用してカラム精製され、Ｎａｎｏｐｈｏｔｏｍｅｔｅｒ－Ｎ６０（Ｉｍｐｌｅｎ）を使用して定量される。
［０５０５］ インビトロ転写を使用して、化合物Ｂ１－Ｂ１７が生成され、標的ｍＲＮＡ／タンパク質のダウンレギュレーション及び目的の遺伝子／目的のタンパク質の発現について試験され、目的の遺伝子／目的のタンパク質が過剰発現される過剰発現モデルと比較される。
［０５０６］ データはＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）を使用して解析される。標準品又は試料中においてＥＬＩＳＡを使用してタンパク質レベルを推定するために、ブランクの平均吸収値が、標準品又は試料の平均吸収から差し引かれる。標準曲線が生成され、製造元のプロトコルに従って４つのパラメータの非線形回帰を使用してプロットされる。各試料中のタンパク質の濃度を決定するために、各タンパク質の濃度が検量線から補間される。試料の最終的なタンパク質濃度は、希釈係数を掛けることによって計算される。統計解析は、スチューデントのｔ検定を使用して行われる。ＧＦＰ陽性細胞のパーセントは、ＳｏｆｔＭａｘＰｒｏツールを使用して計算される。ｑＰＣＲによるウイルスＲＮＡの相対的定量化は、ＲＥＳＴ２００９ソフトウェアを使用したペアワイズ固定再分配無作為化検定（ｐａｉｒｗｉｓｅ ｆｉｘｅｄ ｒｅａｌｌｏｃａｔｉｏｎ ｒａｎｄｏｍｉｚａｔｉｏｎ ｔｅｓｔ）によって解析される。
［０５０７］ 実施例７：Ａ５４９細胞ＩＦＮ－ベータ過剰発現モデル
［０５０８］ ＩＦＮ－ベータ過剰発現化合物によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５０９］ Ａ５４９細胞は、ヒト肺がん由来の典型的な肺胞ＩＩ型（ＡＴＩＩ）細胞である。ＣＯＶＩＤ－１９の死亡率は、主に宿主ＡＴＩＩ細胞におけるウイルス侵入受容体（ＡＣＥ２）の高発現による呼吸器疾患に関連しているため、臨床状況を模倣するためにＡ５４９細胞を使用することにした。Ａ５４９細胞（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｂｕｃｈｓ Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号６０１２８０４）は、１０％ＦＢＳ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｃｈｅｒ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄカタログ番号１０５００－０６４）を補充したダルベッコ改変イーグル培地－高グルコース（ＤＭＥＭ，Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｂｕｃｈｓ Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号Ｄ０８２２）で維持されるであろう。ＩＦＮ－ベータ発現を評価するために、Ａ５４９細胞をトランスフェクションの２４時間前に通常の増殖培地に１０，０００細胞／ウェルの密度で播種する。その後、リポフェクタミン２０００（ｗｗｗ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ）を製造元の指示に従って使用して、細胞に化合物Ｂ１－１９（０．３－０．６マイクログラム）をトランスフェクトする。１００μｌのＤＭＥＭを除去し、５０μｌのＯｐｔｉ－ＭＥＭ（ｗｗｗ．ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ．ｃｏｍ）を各ウェルに加え、続いてＯｐｔｉ－ＭＥＭ中５０μｌのｍＲＮＡとリポフェクタミン２０００複合体を加える。５時間のインキュベーション後、培地を新鮮な増殖培地と交換し、プレートを５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてＥＬＩＳＡによるＩＦＮ－ベータの定量を行う（ヒトＩＦＮ－ベータ生物発光ＥＬＩＳＡキット２．０、カタログコード：ｌｕｅｘ－ｈｉｆｎｂｖ２，Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）。
［０５１０］ 実施例８：Ａ５４９細胞における内因性ＩＬ－６刺激モデル
［０５１１］ ＩＬ－６抑制化合物によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５１２］ Ａ５４９細胞におけるＩＬ－６の内因性分泌のために、Ａ５４９細胞を組換えヒトＩＬ１－ベータ（２０ｎｇ／ｍＬ；カタログコード：ｒｃｙｅｃ－ｈｉｌ１ｂ；Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）及び組換えヒトＴＮＦ－アルファ（２０ｎｇ／ｍＬ；カタログコード：ｒｃｙｃ－ｈｔｎｆａ；Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）で刺激し、１２０分間インキュベートする。ＩＬ－６の誘導された産生は、ＣＯＶＩＤ－１９で観察された生理学的状態に対応する。刺激後、５０μｌの培地を除去し、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ中でリポフェクタミン２０００と複合体を形成した特定のｍＲＮＡ構築物（化合物Ｂ１、Ｂ２、Ｂ１５、Ｂ１及びＢ１７）を含むトランスフェクション複合体に置き換え、５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてＥＬＩＳＡ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，カタログ番号８８－７０６６－２２）によるＩＬ－６の定量を行う。未処理の試料と比較してＩＬ－６の減少が確認されている。ＩＬ－６の機能抑制を検証するために、ＩＬ－６Ｒ及びＳＴＡＴ３誘導性ＳＥＡＰレポーター遺伝子（カタログコード：ｈｋｂ－ｈｉｌ６、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）で安定的にトランスフェクトされたＨＥＫ－ＢｌｕｅＴＭ ＩＬ－６レポーター細胞が使用される。ｓｉＲＮＡ媒介干渉により、化合物Ｂ１、Ｂ２、Ｂ１５、Ｂ１６、及びＢ１７を処理した細胞培養上清は、未処理の対照と比較して、生物活性ヒトＩＬ－６の減少をもたらすことを決定するために、処理あり又はなしのＩＬ－６刺激試料の細胞培養上清を、生物活性ヒトＩＬ－６に関して測定する。細胞上清を使用して、ＥＬＩＳＡ（ヒトＩＦＮ－ベータ生物発光ＥＬＩＳＡキット２．０、カタログコード：ｌｕｅｘ－ｈｉｆｎｂｖ２、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）によってＩＦＮ－ベータを定量的に測定する。
［０５１３］ 実施例９：ＴＨＰ－１細胞における内因性ＩＬ－６Ｒ抑制モデル
［０５１４］ ＩＬ－６Ｒ抑制化合物によるＴＨＰ－１細胞のインビトロトランスフェクション
［０５１５］ Ａ５４９細胞はＩＬ－６Ｒを内因的に発現しないため、受容体の内因性発現が高いためにＴＨＰ－１細胞が使用される（５４ｘ，ｗｗｗ．ｐｒｏｔｅｉｎａｔｌａｓ．ｏｒｇ）。ヒト単球白血病細胞株ＴＨＰ－１（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号８８０８１２０１）は、増殖培地（１０％ＦＢＳと２ｍＭグルタミンを補充したＲＰＭＩ１６４０）中で維持される。トランスフェクションの７２時間前に、細胞を９６ウェル細胞培養プレート中に３０，０００ＴＨＰ－１細胞で播種し、増殖培地で希釈した５０ｎＭのホルボール１２－ミリステート１３－アセテート（ＰＭＡ）（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｐ８１３９）で活性化する。リポフェクタミン２０００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して、細胞に化合物Ｂ３－Ｂ５（３００－１２００ｎｇ／ウェル）をトランスフェクトする。１００μｌのＤＭＥＭを各ウェルから除去し、５０μｌのＯｐｔｉ－ＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）と、５０μｌのｍＲＮＡとリポフェクタミン２０００との複合体（Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ中）に置き換える。５時間後、培地を５０ｎＭのＰＭＡを補充した新鮮な増殖培地と交換し、プレートを５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートする。感染後、細胞培養上清（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，カタログ番号ＢＭＳ２１４）と細胞溶解物を処理し（ＬＳＢｉｏ，カタログ番号ＬＳ－Ｆ１００１）、ＥＬＩＳＡによってＩＬ－６Ｒを定量的に検出する。ＩＬ－６Ｒの機能抑制を検証するために、ＩＬ－６Ｒ及びＳＴＡＴ３誘導性ＳＥＡＰレポーター遺伝子（カタログコード：ｈｋｂ－ｈｉｌ６、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）で安定的にトランスフェクトされたＨＥＫ－ＢｌｕｅＴＭ ＩＬ－６レポーター細胞が使用される。化合物Ｂ３－Ｂ５のトランスフェクションは、ＨＥＫ－ＢｌｕｅＴＭ細胞におけるｓｉＲＮＡを介したＩＬ－６Ｒの抑制を引き起こすため、組換えヒトＩＬ－６（カタログコード：ｒｃｙｅｃ－ｈｉｌ６，Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を追加しても、ＳＴＡＴ－３誘導性ＳＥＡＰレポーター遺伝子は活性化されない。これは、ＩＬ－６Ｒシグナル伝達経路の遮断を検証するための効果的な機能アッセイである。細胞上清を使用して、ＥＬＩＳＡ（ヒトＩＦＮ－ベータ生物発光ＥＬＩＳＡキット２．０、カタログコード：ｌｕｅｘ－ｈｉｆｎｂｖ２、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）によってＩＦＮ－ベータを定量的に測定する。
［０５１６］ 実施例１０：Ａ５４９細胞におけるＡＣＥ２過剰発現モデル
［０５１７］ ＡＣＥ２ ｍＲＮＡ及びＡＣＥ２抑制／ＩＦＮ－ベータ過剰発現化合物によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５１８］ ＡＣＥ２過剰発現モデルを使用して、Ａ５４９細胞におけるｍＲＮＡ化合物Ｂ６、Ｂ７、Ｂ１５、Ｂ１６及びＢ１７によるＡＣＥ２ ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）及びＩＦＮ－ベータ過剰発現を同時に評価する。モデルは、ＡＣＥ２ ｍＲＮＡ（配列番号５７から）によるトランスフェクションによって確立される。細胞の各試料は、ｍＲＮＡ化合物Ｂ６、Ｂ７、Ｂ１５、Ｂ１６、Ｂ１７（３００－９００ｎｇ／ウェル）のうちの１つ、及びＡＣＥ２ ｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）でコトランスフェクトされる。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いて、細胞培養上清中のＥＬＩＳＡにより（Ａｖｉｖａ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ，カタログ番号ＯＫＢＢ００６４９）、ＡＣＥ２（ダウンレギュレートする標的ｍＲＮＡ）及びＩＦＮ－ベータ（過剰発現する目的の遺伝子）を定量する。
［０５１９］ 実施例１１：Ａ５４９細胞におけるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ スパイクタンパク質過剰発現モデル
［０５２０］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ スパイクタンパク質ｍＲＮＡ及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ スパイクタンパク質抑制／ＩＦＮ－ベータ過剰発現化合物によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５２１］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ スパイク（Ｓ）タンパク質の過剰発現モデルを使用して、Ａ５４９細胞におけるｍＲＮＡ化合物Ｂ８、Ｂ９、Ｂ１１、Ｂ１５、Ｂ１６、及びＢ１７によるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ スパイクタンパク質ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）とＩＦＮ－ベータ過剰発現を同時に評価する。モデルは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓ－ＲＢＤ、配列番号６０）の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）をコードするｍＲＮＡによるトランスフェクションによって確立される。細胞の各試料は、ｍＲＮＡ化合物Ｂ８、Ｂ９、Ｂ１１、Ｂ１５、Ｂ１６、Ｂ１７（３００－９００ｎｇ／ウェル）のうちの１つ、及びＳ－ＲＢＤ ｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）でコトランスフェクトされる。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてＥＬＩＳＡ（Ｓｉｎｏ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ，カタログ番号ＫＩＴ４０５９１）により、Ｓ－ＲＢＤを定量する。同時に、ＩＦＮ－ベータ発現を細胞培養上清中のＥＬＩＳＡによって測定する（ヒトＩＦＮ－ベータ生物発光ＥＬＩＳＡキット２．０、カタログコード：ｌｕｅｘ－ｈｉｆｎｂｖ２、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）。
［０５２２］ 実施例１２：Ａ５４９細胞におけるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ヌクレオカプシドタンパク質過剰発現モデル
［０５２３］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ヌクレオカプシドタンパク質ｍＲＮＡ及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ヌクレオカプシドタンパク質抑制／ＩＦＮ－ベータ過剰発現化合物によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５２４］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクタンパク質過剰発現モデルを使用して、Ａ５４９細胞におけるｍＲＮＡ化合物Ｂ８及びＢ１０によるＳＡＲＳ Ｃｏｖ－２ヌクレオカプシド（Ｎ）タンパク質ＲＮＡｉ抑制及びＩＦＮ－ベータ過剰発現を同時に評価する。モデルは、３’ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎタンパク質（配列番号６２）の完全なコードドメインをコードするｍＲＮＡによるトランスフェクションによって確立される。別の追加のアプローチにおいて、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎタンパク質がプラスミド（ｐｃＤＮＡ３＋ベクター）から過剰発現され、それによって化合物Ｂ８及びＢ１０によるＲＮＡｉ抑制の効果を評価するための２つの独立したシステムを提供する。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎタンパク質を標的とする化合物Ｂ８及びＢ１０のＲＮＡｉは、ｅＧＦＰの翻訳及び発現を妨害する。
［０５２５］ 細胞の各試料（ｍＲＮＡトランスフェクト細胞又はプラスミドを保持する細胞）は、ｍＲＮＡ化合物Ｂ８及びＢ１０（３００－９００ｎｇ／ウェル）のうちの１つ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ ｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）でコトランスフェクトされる。
［０５２６］ トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてＥＬＩＳＡ（Ｓｉｎｏ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ，カタログ番号ＫＩＴ４０５８８）により、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎタンパク質を定量する。同時に、ＩＦＮ－ベータ発現を細胞培養上清中のＥＬＩＳＡによって測定する（ヒトＩＦＮ－ベータ生物発光ＥＬＩＳＡキット２．０、カタログコード：ｌｕｅｘ－ｈｉｆｎｂｖ２、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）。化合物Ｂ８及びＢ１０によるＲＮＡｉ抑制がｅＧＦＰ翻訳の妨害につながるかどうかを判断するために、ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（プラスミドとｍＲＮＡの両方の発現から）を、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３Ｘマルチモードマイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を使用して、ｅＧＦＰ発現について顕微鏡で調べる。ｅＧＦＰ陽性細胞のパーセンテージは、処理済み及び対照の未処理試料で計算される。
［０５２７］ 実施例１３：Ａ５４９細胞におけるＳＡＲＳ ＣＯＶ－２ Ｎｓｐ１過剰発現モデル
［０５２８］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ 非構造タンパク質ｍＲＮＡ及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ 非構造タンパク質抑制／ＩＦＮ－ベータ過剰発現化合物によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５２９］ ＲＮＡレベルでのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２とＳＡＲＳ ＣｏＶ及びＭＥＲＳ－ＣｏＶとのゲノム配列アラインメントは、アミノ酸比較よりも保存性が低いことを示した。系統樹分析（遺伝的距離モデル：Ｔａｍｕｒａ－Ｎｅｉ；Ｔｒｅｅ ｂｕｉｌｄ ｍｅｔｈｏｄ：ＵＰＧＭＡ）は、ＭＥＲＳ－ＣｏＶが高レベルの非類似ＲＮＡ配列（＞４５％）を有するのに対し、ＳＡＲＳ ＣｏＶとＳＡＲＳ ＣｏＶ－２は低レベルの非類似性（最大２１％）を示したことを示していた（図１１を参照）。ＳＡＲＳ ＣｏＶとＳＡＲＳ ＣｏＶ－２を別々にアラインメントし、ｓｉＲＮＡ設計のために保存された最小２０ｂｐの遺伝子座を検索した。ｓｉＲＮＡ（化合物Ｂ８及びＢ１４）を設計するために使用したウイルスゲノムの開始近く（２３５～２８１ｂｐ）で４７ｂｐの相同性を特定した。ｓｉＲＮＡは非構造タンパク質１（Ｎｓｐ１）の最初のコドン（ＡＴＧ）に位置している。ウイルスゲノムの最初のコドン（メチオニン；ＡＵＧ）を標的とすることは、理想的には、次のメチオニン（ＡＵＧ）塩基が８４アミノ酸離れたところにあり、代替翻訳を開始するため、ウイルスの複製に大きな影響を与える。
［０５３０］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎｓｐ１過剰発現モデルを使用して、Ａ５４９細胞におけるｍＲＮＡ化合物Ｂ８及びＢ１４によるＳＡＲＳ Ｃｏｖ－２ Ｎｓｐ１ ＲＮＡｉ抑制及びＩＦＮ－ベータ過剰発現を同時に評価する。
［０５３１］ モデルは、３’ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎｓｐ１（配列番号６４）の部分ドメイン（最初の１００アミノ酸）をコードするｍＲＮＡによるトランスフェクションによって確立される。別の追加のアプローチにおいて、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２Ｎｓｐ１がプラスミド（ｐｃＤＮＡ３＋ベクター）から過剰発現され、それによって化合物Ｂ８及びＢ１４によるＲＮＡｉ抑制の効果を評価するための２つの独立したシステムを提供する。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎｓｐ１を標的とする化合物Ｂ８及びＢ１４のＲＮＡｉは、ｅＧＦＰの翻訳及び発現を妨害する。
［０５３２］ 細胞の各試料（ｍＲＮＡトランスフェクト細胞又はプラスミドを保持する細胞）は、ｍＲＮＡ化合物Ｂ８及びＢ１４（３００－９００ｎｇ／ウェル）のうちの１つ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎｓｐ１ ｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）でコトランスフェクトされる。
［０５３３］ トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートする。化合物Ｂ８及びＢ１４によるＲＮＡｉ抑制がｅＧＦＰ翻訳の妨害につながるかどうかを判断するために、ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎｓｐ１（プラスミドとｍＲＮＡの両方の発現から）を、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３Ｘマルチモードマイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を使用して、ｅＧＦＰ発現について顕微鏡で調べる。ｅＧＦＰ陽性細胞のパーセンテージは、処理済み及び対照の未処理試料で計算される。同時に、ＩＦＮ－ベータ発現を細胞培養上清中のＥＬＩＳＡによって測定する（ヒトＩＦＮ－ベータ生物発光ＥＬＩＳＡキット２．０、カタログコード：ｌｕｅｘ－ｈｉｆｎｂｖ２、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）。化合物Ｂ８及びＢ１４によるＲＮＡｉ抑制がｅＧＦＰ翻訳の妨害につながるかどうかを判断するために、ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（プラスミドとｍＲＮＡの両方の発現から）を、ｅＧＦＰ発現について顕微鏡で調べる。ｅＧＦＰ陽性細胞のパーセンテージは、処理済み及び対照の未処理試料で計算される。
［０５３４］ 実施例１４：ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ ｍＲＮＡを標的とするＮｓｐ１２－Ｎｓｐ１３ ｓｉＲＮＡの設計とＡ５４９細胞におけるＮｓｐ１２－Ｎｓｐ１３過剰発現モデルの構築
［０５３５］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ ｍＲＮＡを標的とするＮｓｐ１２－Ｎｓｐ１３ ｓｉＲＮＡの設計
［０５３６］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶの３つ全てを標的とするｓｉＲＮＡを設計するために、配列間のミスマッチを１回まで許容する１７ｂｐという短いｓｉＲＮＡを同定した。この緩和なアプローチを使用して、長さ１７ｂｐの１つのｓｉＲＮＡ（１４２９９－１４３１８の間、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ゲノムを参照）と、３つのゲノム配列間でそれぞれ１つのｂｐのミスマッチ耐性を持つ２つの追加のｓｉＲＮＡ（１５０９１－１５１０７及び１７８３０－１７８４９、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ゲノムを参照）を設計し、ＩＦＮ－ベータ過剰発現を伴う構築物に組み合わせた。
［０５３７］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎｓｐ１２－１３過剰発現モデルを使用して、Ａ５４９細胞におけるｍＲＮＡ化合物Ｂ１２及びＢ１３によるＳＡＲＳ Ｃｏｖ－２ Ｎｓｐ１２－１３ ＲＮＡｉ抑制及びＩＦＮ－ベータ過剰発現を同時に評価する。モデルは、３’ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ゲノム（配列番号６７）のＮＳＰ１２及びＮＳＰ１３（１４２０２－１７９５１ｂｐ；３７４９ｂｐ）の非コードドメインをコードするｍＲＮＡによるトランスフェクションによって確立される。細胞の各試料（ｍＲＮＡトランスフェクト細胞又はプラスミドを保持する細胞）は、ｍＲＮＡ化合物Ｂ１２及びＢ１３（３００－９００ｎｇ／ウェル）のうちの１つ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＮＳＰ１２及びＮＳＰ－１３部分ゲノムＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）でコトランスフェクトされる。
［０５３８］ トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてトランスフェクトされていない対照と比較して、ウイルスＲＮＡ分解を評価するためのＴａｑｍａｎ－ｑＰＣＲベースのアッセイを行う。同時に、ＩＦＮ－ベータ発現を細胞培養上清中のＥＬＩＳＡによって測定する（ヒトＩＦＮ－ベータ生物発光ＥＬＩＳＡキット２．０、カタログコード：ｌｕｅｘ－ｈｉｆｎｂｖ２、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）。
［０５３９］ 実施例１５：Ａ５４９細胞ＡＣＥ２可溶性受容体過剰発現モデル
［０５４０］ ＡＣＥ２可溶性受容体過剰発現化合物によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５４１］ Ａ５４９細胞は、ヒト肺がん由来の典型的な肺胞ＩＩ型（ＡＴＩＩ）細胞である。ＣＯＶＩＤ－１９の死亡率は、主に宿主ＡＴＩＩ細胞におけるウイルス侵入受容体（ＡＣＥ２）の高発現による呼吸器疾患に関連しているため、臨床状況を模倣するためにＡ５４９細胞を使用することにした。Ａ５４９細胞（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｂｕｃｈｓ Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄカタログ番号６０１２８０４）は、１０％ＦＢＳ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｃｈｅｒ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄカタログ番号１０５００－０６４）を補充したダルベッコ改変イーグル培地－高グルコース（ＤＭＥＭ，Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｂｕｃｈｓ Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄカタログ番号Ｄ０８２２）で維持される。ＡＣＥ２可溶性受容体の発現を評価するために、Ａ５４９細胞をトランスフェクションの２４時間前に通常の増殖培地に１０，０００細胞／ウェルの密度で播種する。その後、リポフェクタミン２０００（ｗｗｗ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ）を製造元の指示に従って使用して、細胞に化合物Ｂ１８及びＢ１９（０．３－０．６マイクログラム）をトランスフェクトする。１００μｌのＤＭＥＭを除去し、５０μｌのＯｐｔｉ－ＭＥＭ（ｗｗｗ．ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ．ｃｏｍ）を各ウェルに加え、続いてＯｐｔｉ－ＭＥＭ中５０μｌのｍＲＮＡとリポフェクタミン２０００複合体を加える。５時間のインキュベーション後、培地を新鮮な増殖培地と交換し、プレートを５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いてＥＬＩＳＡによるＡＣＥ２の定量化（Ａｖｉｖａ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ，カタログ番号ＯＫＢＢ００６４９）を行う。化合物Ｂ１８及び化合物Ｂ１９の抗ウイルス活性を実施例１１－１３で調査する。
［０５４２］ 実施例１６：追加の構築物
［０５４３］ 構築物の設計、配列、及び合成
［０５４４］ 構築物の設計及び合成の詳細は、実施例１に記載されている。表８は、本開示の実施例において使用される追加の化合物を、タンパク質発現をダウンレギュレートするためのそれぞれのｓｉＲＮＡ標的、及びアップレギュレートされるタンパク質発現のためのタンパク質標的とともに要約している。Ａ９－Ａ１５の構築物の配列を表９に示し、以下の表に示すように注釈が付けられる。本明細書に記載の実施例で使用される化合物Ａ９－Ａ１５中の全てのウリジンは、Ｎ１－メチルプソイドウリジンに修飾された。各化合物について、ｓｉＲＮＡ配列の位置が目的の遺伝子に関して示されている。例えば、「５’ｓｉＲＮＡの位置」は、ｓｉＲＮＡ配列が化合物中の目的の遺伝子の上流又は５’側にあることを示している。逆に、「３’ｓｉＲＮＡの位置」は、ｓｉＲＮＡ配列が化合物中の目的の遺伝子の下流又は３’側にあることを示している。Ａ９－Ａ１５の構築物のプラスミド配列を表１０に示す。
Figure 2023507501000041
Figure 2023507501000042
Figure 2023507501000043
Figure 2023507501000044
Figure 2023507501000045
Figure 2023507501000046
Figure 2023507501000047
Figure 2023507501000048
Figure 2023507501000049
Figure 2023507501000050
Figure 2023507501000051
Figure 2023507501000052
Figure 2023507501000053
Figure 2023507501000054
Figure 2023507501000055
Figure 2023507501000056
Figure 2023507501000057
Figure 2023507501000058
Figure 2023507501000059
Figure 2023507501000060
Figure 2023507501000061
Figure 2023507501000062
Figure 2023507501000063
Figure 2023507501000064
Figure 2023507501000065
［０５４５］ ＲＮＡ構築物のインビトロ転写及びデータ解析
［０５４６］ インビトロ転写の詳細は、実施例２に提供されている。インビトロ転写を使用して、化合物Ａ９及び化合物Ａ１０は、５０－２００μｇの範囲で生成され、内因性ＴＮＦ－α発現がＬＰＳ及びＲ８４８による処理によって刺激されたＴＨＰ－１細胞における内因性ＴＮＦ－αダウンレギュレーション及びＩＬ－４発現について試験された（実施例１７）。同様に、化合物Ａ９及び化合物Ａ１０は、ＴＮＦ－αをコードするｍＲＮＡを使用してＴＮＦ－αが過剰発現されたＨＥＫ－２９３細胞の過剰発現モデルにおいて、ＴＮＦ－αのダウンレギュレーション及びＩＬ－４発現について試験された（実施例１８）。
［０５４７］ さらに、化合物Ａ１１は５０－２００μｇの範囲で生成され、Ａ５４９細胞における内因性ＡＬＫ２ダウンレギュレーション及びＩＧＦ－１発現について試験された（実施例１９）。さらに、化合物Ａ１２及び化合物Ａ１３は５０－２００μｇの範囲で生成され、ＩＭＲ３２細胞において、それぞれＩＧＦ－１及びエリスロポエチン（ＥＰＯ）の発現とともに内因性ＳＯＤ１ダウンレギュレーションについて試験された（実施例２０）。化合物Ａ１５及びＡ１６は５０－２００μｇの範囲で生成され、ＨＥＫ２９３細胞を使用した過剰発現モデルにおいてＩＧＦ－１及びＩＬ－１ベータのダウンレギュレーションの発現について試験された。ＩＬ－１－ベータタンパク質は、ＩＬ－１ベータをコードするｍＲＮＡを使用して過剰発現された（実施例２１）。
［０５４８］ 化合物Ｂ１８は５０－２００μｇの範囲で生成され、ｅＧＦＰタグ－ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質が、ｐＣＤＮＡ３＋ベクターから過剰発現されたＡ５４９細胞を使用した過剰発現モデルにおいて、可溶性ＡＣＥ２受容体の発現とｅＧＦＰタグ付きＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質のダウンレギュレーションについて試験された（実施例２２）。
［０５４９］ データはＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）を使用して解析された。標準品又は試料中においてＥＬＩＳＡを使用してタンパク質（ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＬ－１ベータ、ＡＬＫ２、ＳＯＤ１、ＥＰＯ、及びＴＮＦ－α）レベルを推定するために、ブランクの平均吸収値が、標準品又は試料の平均吸収から差し引かれた。標準曲線は、製造元のプロトコルに従って４つのパラメータの非線形回帰を用いて作成され、プロットされた。各試料中のタンパク質（ＩＧＦ－１、ＩＬ－４、ＩＬ－１ベータ、ＡＬＫ２、ＳＯＤ１、ＥＰＯ、及びＴＮＦ－α）の濃度を決定するために、タンパク質の濃度を標準曲線から補間した。試料の最終的なタンパク質濃度は、希釈係数を掛けることによって計算された。統計解析は、スチューデントのｔ検定又は一元配置分散分析とそれに続く対照に関するダネットの多重比較検定を使用して行われた。ＧＦＰ陽性細胞のパーセントは、実施例２２においてＳｏｆｔＭａｘＰｒｏツールを使用して計算された。化合物による処理後の残りの標的ｍＲＮＡの相対的定量化は、研究グループ間で２－ΔΔＣｔ法を使用して行われた。有意水準は、＜０．０５のＰ値に設定された。化合物Ａ１１の分子量の決定は以下のように行った。化合物Ａ１１の分子量は、各塩基の数に塩基の分子量を掛けることにより、そのｍＲＮＡ配列に基づいて計算された（例えば、Ａ：３４７．２ｇ／ｍｏｌ；Ｃ ３２３．２ｇ／ｍｏｌ；Ｇ ３６３．２ｇ／ｍｏｌ；Ｎ１－ＵＴＰ：３３８．２ｇ／ｍｏｌ）。化合物の分子量は、各塩基について得られた総重量を、８１７．４ｇ／ｍｏｌのＡＲＣＡ分子量に加えることによって決定された。構築物の分子量を使用して、ウェル中のトランスフェクトされたｍＲＮＡの量をｎＭ濃度に変換した。
［０５５０］ 実施例１７：ＴＨＰ－１細胞における内因性ＴＮＦ－α発現モデル
［０５５１］ 化合物Ａ９及び化合物Ａ１０を、ＴＨＰ－１細胞においてＴＮＦ－α発現をダウンレギュレートし、ＩＬ－４を過剰発現する能力についてアッセイした。ＴＨＰ－１細胞におけるＴＮＦ－αの内因性分泌のために、ＴＨＰ－１細胞を１０μｇ／ｍＬの最終濃度のＥ．ｃｏｌｉ由来リポ多糖（ＬＰＳ－Ｌ４３９１；Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）で１μｇ／ｍＬの最終濃度のＲ８４８（ＴＬＲ７／８アゴニスト；Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）とともに刺激し、９０分間インキュベートした。誘導されたＴＮＦ－αの産生は、乾癬で観察される生理学的状態に対応する。刺激後、５０μｌの培地を除去し、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ中でリポフェクタミン２０００と複合体を形成した特定のｍＲＮＡ構築物（化合物Ａ９及びＡ１０）又はスクランブルｓｉＲＮＡ（ｓｃ－ｓｉＲＮＡ）を含むトランスフェクション複合体に置き換え、５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートした。ｓｃ－ｓｉＲＮＡを使用して、トランスフェクション関連の細胞死を除外した（Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｓｉＲＮＡ，Ｓｉｇｍａ；Ｃａｔ．ＳＩＣ００２）。トランスフェクション後、細胞培養上清を収集し、ＥＬＩＳＡによってＴＮＦ－α（ダウンレギュレートする標的遺伝子）及びＩＬ－４（過剰発現する対象遺伝子）について定量した。ＴＮＦ－αｍＲＮＡのみでトランスフェクトされた試料のＴＮＦ－αレベルを対照として使用し、１００％に設定し、ＴＮＦ－αノックダウンのパーセントを計算した。
［０５５２］ 結果
［０５５３］ ＴＮＦ－αのダウンレギュレーションにおける化合物Ａ９（ＩＬ－４コード配列に対して５’側のＴＮＦ－αを標的とするｓｉＲＮＡを含む）及び化合物Ａ１０（ＩＬ－４コード配列に対して３’側のＴＮＦ－αを標的とするｓｉＲＮＡを含む）の効果を、内因性ＴＮＦ－α分泌を誘導するために１０μｇ／ｍＬのＬＰＳ及び１μｇ／ｍＬのＲ８４８で刺激されたＴＨＰ－１細胞において評価した。確立されたＴＨＰ－１モデルは、乾癬の生理学的免疫状態を模倣している。図１２Ａに示すように、化合物Ａ９及び化合物Ａ１０は、ＴＨＰ－１細胞における内因性ＴＮＦ－αの発現を、対照に対して少なくとも約８０％ダウンレギュレートした（Ｐ＜０．００１）。興味深いことに、化合物Ａ１０は、ＩＬ－４ ＯＲＦの上流（又は５’側）にｓｉＲＮＡが配置されている化合物Ａ９と比較して、有意に強いＴＮＦ－αダウンレギュレーションを誘導した（図１２Ａ；Ｐ＜０．０５）。化合物Ａ１０は、対照と比較して少なくとも約８５％、化合物Ａ９よりも約５－１０％大きいＴＮＦ－αダウンレギュレーションを誘導した。同じ細胞培養上清をＩＬ－４発現について測定し、データは、図１２Ｂに示すように、化合物Ａ１０によるＩＬ－４の発現が化合物Ａ９によるＩＬ－４の発現より２．５倍高いことを示している（Ｐ＜０．０１）。このアッセイにより、化合物Ａ１０（ＩＬ－４遺伝子の３’側に配置されるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡ）は、化合物Ａ９（ＩＬ－４遺伝子の５’側に配置されるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡ）と比較して、ＴＮＦ－α標的化（ダウンレギュレーション）ｓｉＲＮＡ活性が５－１０％高く、ＩＬ－４の発現が２．５倍（７０％の増加）となっていることが実証された。
［０５５４］ 実施例１８：ＨＥＫ－２９３細胞におけるＴＮＦ－α過剰発現モデル
［０５５５］ 化合物Ａ９及び化合物Ａ１０を、ＨＥＫ－２９３細胞においてＴＮＦ－α発現をダウンレギュレートし、ＩＬ－４を過剰発現する能力についてアッセイした。ＴＮＦ－α ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）とＩＬ－４発現の同時効果を評価するために、ＴＮＦ－α ｍＲＮＡトランスフェクション（６００ｎｇ／ウェル）を使用してＴＮＦ－α過剰発現モデルを確立した。説明したように、化合物Ａ９は、ＩＬ－４コード配列の５’側（ＩＬ－４遺伝子の上流）にあるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含み、一方、化合物Ａ１０は、ＩＬ－４コード配列の３’側（ＩＬ－４遺伝子の下流）にあるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む。ＴＮＦ－αのダウンレギュレーションと同時ＩＬ－４発現におけるＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ９及び化合物Ａ１０の能力を評価するために、細胞に化合物Ａ９及び化合物Ａ１０（９００ｎｇ／ウェル）とＴＮＦ－αｍＲＮＡ（６００ｎｇ／ウェル）をコトランスフェクトした。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いて、同じ細胞培養上清中のＥＬＩＳＡにより、ＴＮＦ－α（ダウンレギュレートする標的遺伝子）及びＩＬ－４（過剰発現する目的の遺伝子）を定量した。ＴＮＦ－αｍＲＮＡのみでトランスフェクトされた試料のＴＮＦ－αレベルを対照として使用し、１００％に設定し、ＴＮＦ－αノックダウンのパーセントを計算した。
［０５５６］ 結果
［０５５７］ 化合物Ａ９と化合物Ａ１０は、外因的に送達されたＴＮＦ－αｍＲＮＡ（６００ｎｇ／ウェル）を含むＨＥＫ－２９３細胞（９００ｎｇ／ウェル）において、ＴＮＦ－αのダウンレギュレーションとＩＬ－４の発現について同時に試験した。データは、図１３Ｂに示すように、化合物Ａ９よりも化合物Ａ１０の方が２０倍高いＩＬ－４発現を示している（Ｐ＜０．００１）。同じ細胞培養上清を用いた同じ実験において、ＴＮＦ－α発現に対する化合物Ａ９及び化合物Ａ１０（９００ｎｇ／ウェル）のＲＮＡ干渉は、ＴＮＦ－α過剰発現構築物（６００ｎｇ／ウェル）、続いてＴＮＦ－αＥＬＩＳＡを使用して評価した。図１３Ａに示すように、化合物Ａ９と化合物Ａ１０の両方が、未処理の対照と比較してＴＮＦ－αレベルを最大８０％ダウンレギュレートした（Ｐ＜０．０１）。図１３Ａ及び１３Ｂに示されているアッセイデータは、化合物Ａ１０（ＩＬ－４コード配列の３’側のＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む）は、少なくとも化合物Ａ９（ＩＬ－４コード配列の５’側のＴＮＦ－α標的化ｓｉＲＮＡを含む）と同様にＴＮＦ－αを約８０％ダウンレギュレートした。さらに、化合物Ａ１０は、化合物Ａ９と比較して、ＩＬ－４発現の少なくとも２０倍の増加を誘導した。
［０５５８］ 実施例１９：Ａ５４９細胞における内因性ＡＬＫ２発現モデル
［０５５９］ 化合物Ａ１１によるＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５６０］ Ａ５４９細胞は、ヒト肺がん由来の典型的な肺胞ＩＩ型（ＡＴＩＩ）細胞である。Ａ５４９細胞は内因性ＡＬＫ２ ＲＮＡ転写物を中程度のレベルで発現するため、ＩＧＦ－１発現の測定と並行して、ＡＬＫ２ ｍＲＮＡの分解における化合物Ａ１１の効果を研究するためにＡ５４９細胞を使用した。Ａ５４９細胞（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｂｕｃｈｓ Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号６０１２８０４）は、１０％ＦＢＳ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号１０５００－０６４）を補充したダルベッコ改変イーグル培地－高グルコース（ＤＭＥＭ，Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｂｕｃｈｓ Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号Ｄ０８２２）で維持された。化合物Ａ１１の活性を評価するために、Ａ５４９細胞をトランスフェクションの２４時間前に通常の増殖培地に１０，０００細胞／ウェルの密度で播種した。その後、細胞を、リポフェクタミン２０００（ｗｗｗ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ）を使用して、製造元の指示に従って、化合物Ａ１１の濃度を増加させて（０、０．６１、１．２５、２．５４、５．０８、１０．１６、及び２０．３３ｎＭ、それぞれ０、１９、３８、７５、１５０、３００、又は６００ｎｇ／ウェルに対応）トランスフェクトした。１００μｌのＤＭＥＭを除去し、５０μｌのＯｐｔｉ－ＭＥＭ（ｗｗｗ．ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ．ｃｏｍ）を各ウェルに加え、続いてＯｐｔｉ－ＭＥＭ中５０μｌのｍＲＮＡとリポフェクタミン２０００複合体を加えた。５時間のインキュベーション後、培地を新鮮な増殖培地と交換し、プレートを５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中３７℃で２４時間培養し、その後、ＥＬＩＳＡによるＩＧＦ－１の定量、及びＳＹＢＲ １－Ｓｔｅｐ Ｃｅｌｌｓ ｔｏ ＣＴキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号Ａ２５５９９）を用いたヒトＡＬＫ２ ｍＲＮＡを標的としたプライマー（フォワードプライマー：５’－ＧＡＣＧＴＧＧＡＧＴＡＴＧＧＣＡＣＴＡＴＣＧ－３’及びリバースプライマー：５’－ＣＡＣＴＣＣＡＡＣＡＧＴＧＴＡＡＴＣＴＧＧＣＧ－３’；それぞれ配列番号１７１及び１７２）によるｑＰＣＲを用いたＡＬＫ２ ｍＲＮＡの相対的定量化を実施した。ヒト１８ＳｒＲＮＡを参照対照として使用した（フォワードプライマー：５’－ ＡＣＣＣＧＴＴＧＡＡＣＣＣＣＡＴＴＣＧＴＧＡ－３’及びリバースプライマー：５’－ＧＣＣＴＣＡＣＴＡＡＡＣＣＡＴＣＣＡＡＴＣＧＧ－３’；それぞれ配列番号１７３及び１７４）。
［０５６１］ 結果
［０５６２］ 化合物Ａ１１（ＩＧＦ－１タンパク質コード配列の３’側の３ｘＡＬＫ２標的化ｓｉＲＮＡを含む）の効果を、Ａ５４９細胞におけるＡＬＫ－２のダウンレギュレーションと同時ＩＧＦ－１発現について用量応答（０．６ｎＭ～２０．３３ｎＭ）で評価した。データは、化合物Ａ１１がＩＧＦ－１タンパク質を用量依存的に発現し、図１４に示すように１５０ｎｇ／ｍｌを超えるレベルに達することを示している。同じ細胞培養上清において、残存するＡＬＫ－２発現に対する化合物Ａ１１のＲＮＡ干渉を評価した。図１４に示すように、化合物Ａ１１は内因性ＡＬＫ２ ＲＮＡ転写物の発現を約７５％までダウンレギュレートした。このアッセイは、化合物Ａ１１がＡＬＫ２発現を７５％ダウンレギュレートし、同時に少なくとも１５０ｎｇ／ｍｌまで用量依存的にＩＧＦ－１を発現することを示した。
［０５６３］ 実施例２０：ＩＭＲ３２細胞における内因性ＳＯＤ１発現モデル
［０５６４］ 化合物Ａ１２と化合物Ａ１３は、ヒト白人神経芽細胞腫（ＩＭＲ３２）細胞において、ＳＯＤ－１の発現をダウンレギュレートし、ＩＧＦ－１（化合物Ａ１２）又はＥＰＯ（化合物Ａ１３）を過剰発現する能力についてアッセイされた。ＩＭＲ３２細胞（カタログ番号８６０４１８０９、ＥＣＡＣＣ、ＵＫ）を、１０％（ｖ／ｖ）熱不活化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）、Ｌ－グルタミン（２ｍＭ）及び非必須アミノ酸（ＮＥＡＡ、１ｘ）を補充されたイーグル最小必須培地（ＥＭＥＭ，Ｂｉｏｃｏｎｃｅｐｔカタログ番号１－３１Ｓ０１－Ｉ，ｗｗｗ．ｂｉｏｃｏｎｃｅｐｔ．ｃｈ）の９６プレコートＢＲＡＮＤマイクロタイタープレート（カタログ番号７８２０８２）にウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種した。細胞は、５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で一晩増殖させた。ＪｅｔＭｅｓｓｅｎｇｅｒ（ｗｗｗ．ｐｏｌｙｐｌｕｓ－ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ．ｃｏｍ）を製造元の指示に従って使用して、細胞に３用量の化合物Ａ１２又は化合物Ａ１３（１５０、３００、又は９００ｎｇ／ウェル）構築物をトランスフェクトした。スクランブルｓｉＲＮＡ（ｓｃ－ｓｉＲＮＡ）を使用して、トランスフェクション関連の細胞死を除外した（Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｓｉＲＮＡ，Ｓｉｇｍａ；Ｃａｔ．ＳＩＣ００２）。簡潔には、ｍＲＮＡ／ＪｅｔＭｅｓｓｅｎｇｅｒ複合体は、０．１μｇのｍＲＮＡ構築物あたり０．２５μｌのＪｅｔＭｅｓｓｅｎｇｅｒ試薬を混合することによって形成された。室温で１５分間インキュベートした後、ＪｅｔＭｅｓｓｅｎｇｅｒ複合体を１０μｌとして添加し、トランスフェクションの５時間後、培地／ｍＲＮＡ／ＪｅｔＭｅｓｓｅｎｇｅｒをウェルから取り出し、新鮮な１００μｌの増殖培地と交換し、プレートを５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートした。残存するＳＯＤ１ ｍＲＮＡの測定は、化合物Ａ１２及び化合物Ａ１３によるトランスフェクションの２４時間後に細胞溶解物中のｑＰＣＲによって測定され、ＳＹＢＲ １－Ｓｔｅｐ Ｃｅｌｌｓ ｔｏ ＣＴキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号Ａ２５５９９）を用いたヒトＳＯＤ１ ｍＲＮＡを標的としたプライマー（フォワードプライマー：５’－ＣＴＣＡＣＴＣＴＣＡＧＧＡＧＡＣＣＡＴＴＧＣ－３’及びリバースプライマー：５’－ＣＣＡＣＡＡＧＣＣＡＡＡＣＧＡＣＴＴＣＣＡＧ－３’；それぞれ配列番号１７５及び１７６）によるｑＰＣＲを用いた相対的定量化を実施した。ヒト１８ＳｒＲＮＡは、実施例１９で指定されたものと同じプライマーを使用する参照対照として使用された。同じ細胞培養上清を使用して、ＥＬＩＳＡによってＩＧＦ－１及びＥＰＯ（ｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ；カタログ番号ＢＭＳ２０３５）を測定した。
［０５６５］ 結果
［０５６６］ 化合物Ａ１２（３ｘＳＯＤ１標的化ｓｉＲＮＡ及びＩＧＦ－１タンパク質コード配列を含む）及び化合物Ａ１３（３ｘＳＯＤ１標的化ｓｉＲＮＡ及びＥＰＯタンパク質コード配列を含む）の３つの用量の漸増シリーズのＩＭＲ３２細胞におけるＳＯＤ１ダウンレギュレーションへの影響を評価した（１５０、３００及び９００ｎｇ／ウェル）。アッセイは、化合物Ａ１２及び化合物Ａ１３が用量依存的に（少なくとも約７０％まで）ＳＯＤ１転写物を減少させたことを示した（それぞれ図１５Ａ、白丸及び黒丸）。スクランブルｓｉＲＮＡは効果を示さなかった（図１５Ａ、影付きの丸）。同じ細胞培養上清（ＩＭＲ３２細胞）において、化合物Ａ１３のＥＰＯタンパク質の発現を評価した。図１５Ｂに示されるように、化合物Ａ１３は、用量依存的にＥＰＯ発現を誘導した。同様に、同じＩＭＲ３２細胞培養上清中の化合物Ａ１２からのＩＧＦ－１タンパク質の発現を評価した。図１５Ｃに示されるように、化合物Ａ１２は同時にＩＧＦ－１を発現した。
［０５６７］ 実施例２１：ＨＥＫ－２９３細胞におけるＩＬ－１ベータ過剰発現モデル
［０５６８］ 化合物Ａ１４及び化合物Ａ１５を、ＨＥＫ－２９３細胞においてＩＬ－１ベータ発現をダウンレギュレートし、ＩＧＦ－１を過剰発現する能力についてアッセイした。ＩＬ－１ベータ過剰発現モデルは、ＩＬ－１ベータｍＲＮＡトランスフェクション（３００ｎｇ／ウェル）を使用してＨＥＫ－２９３細胞において確立された。化合物Ａ１４は、ＩＧＦ－１コード配列に対して５’側（ＩＧＦ－１遺伝子の上流）にｓｉＲＮＡ標的化ＩＬ－１ベータを含み、一方、化合物Ａ１５は、ＩＧＦ－１コード配列に対して３’側（ＩＧＦ－１遺伝子の下流）にｓｉＲＮＡ標的化ＩＬ－１ベータを含む。ＩＬ－１ベータのダウンレギュレーションと同時ＩＧＦ－１発現においてＩＬ－１ベータを標的とするｓｉＲＮＡを含む化合物Ａ１４及び化合物Ａ１５の能力を評価するために、ＨＥＫ－２９３細胞に化合物Ａ１４又は化合物Ａ１５（９００ｎｇ／ウェル）及びＩＬ－１ベータｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）をコトランスフェクトした。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いて、同じ細胞培養上清中のＥＬＩＳＡにより、ＩＬ－１ベータ（ダウンレギュレートする標的遺伝子）及びＩＧＦ－１（過剰発現する目的の遺伝子）を定量した。
［０５６９］ 結果
［０５７０］ 化合物Ａ１４及び化合物Ａ１５は、それぞれＩＧＦ－１コード配列の５’又は３’のいずれかにＩＬ－１ベータ標的化ｓｉＲＮＡを含む。構築物は、外因的に送達されたＩＬ－１ベータｍＲＮＡ（３００ｎｇ／ウェル）を含むＨＥＫ－２９３細胞（９００ｎｇ／ウェル）において、ＩＬ－１ベータのダウンレギュレーションとＩＧＦ－１の発現について同時に試験した。データは、図１６Ｂに示すように、化合物Ａ１５が化合物Ａ１４よりも約１３倍高いＩＧＦ－１を発現することを示している（Ｐ＜０．００１）。同じ細胞培養上清を用いた同じ実験において、ＩＬ－１ベータ過剰発現構築物（３００ｎｇ／ウェル）からのＩＬ－１ベータ発現に対する化合物Ａ１４及び化合物Ａ１５（９００ｎｇ／ウェル）のＲＮＡ干渉を、ＩＬ－１ベータＥＬＩＳＡにより測定して評価した。化合物Ａ１４及び化合物Ａ１５は、図１６Ａに示すように、未処理の対照と比較して、ＩＬ－１ベータレベルをそれぞれ約１５０倍及び２９０倍以上ダウンレギュレートした（Ｐ＜０．００１）。化合物Ａ１５は、ｓｉＲＮＡがＩＧＦ－１ ＯＲＦの上流（５’側）に配置されている化合物Ａ１４と比較して、少なくとも約２倍のＩＬ－１ベータダウンレギュレーションを誘導した（図１６Ａ；Ｐ＜０．０５）。これらのデータは、化合物Ａ１５（ＩＬ－１ベータ標的化ｓｉＲＮＡがＩＧＦ－１遺伝子の３’側に配置される）がＩＬ－１ベータを２９０倍ダウンレギュレートし、ＩＧＦ－１の発現を有意に増加させながらＩＧＦ－１発現を増加させることを示した。化合物Ａ１４（ＩＬ－１ベータ標的化ｓｉＲＮＡがＩＧＦ－１遺伝子の５’側に配置される）がＩＬ－１ベータを１５０倍ダウンレギュレートし、ＩＧＦ－１の発現を有意に増加させながらＩＧＦ－１発現を増加させた。したがって、化合物Ａ１５のＩＬ－１ベータのダウンレギュレーションは、化合物Ａ１４で観察されたものより２倍大きかった。さらに、化合物Ａ１５のＩＧＦ－１の発現は、化合物Ａ１４で観察されたものより１３倍大きかった。
［０５７１］ 実施例２２：Ａ５４９細胞におけるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ヌクレオカプシドタンパク質過剰発現モデル
［０５７２］ ｅＧＦＰタグｐＣＤＮＡ３＋ベクター及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質抑制／可溶性ＡＣＥ２過剰発現化合物によるＳＡＲＳ Ｃｏｖ－２ヌクレオカプシドタンパク質を含むＡ５４９細胞のインビトロトランスフェクション
［０５７３］ ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質過剰発現モデルを使用して、Ａ５４９細胞における化合物Ｂ１８によるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシド（Ｎ）タンパク質ＲＮＡｉ抑制及び可溶性ＡＣＥ２過剰発現を同時に評価した。モデルは、ｅＧＦＰタグが付いたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎタンパク質を含むプラスミドｐｃＤＮＡ３＋ベクター（３００ｎｇ／ウェル）のトランスフェクションによって確立された。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎタンパク質を標的とする化合物Ｂ１８のＲＮＡｉは、下流のｅＧＦＰ翻訳及び発現を妨害する。化合物Ｂ１８は、可溶性ＡＣＥ２をコードするＯＲＦと、ＡＣＥ２ ＯＲＦの３’側（下流）にある３ｘＳＡＲＳ ＣｏＶ－２標的化ｓｉＲＮＡ（１ｘ標的ＯＲＦ１ａｂ領域、１ｘ標的スパイクタンパク質及び１ｘ標的ヌクレオカプシドタンパク質）を含む。細胞は、化合物Ｂ１８（６００ｎｇ／ウェル）及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎｕｃｌｅｏｃａｐｓｉｄタンパク質過剰発現プラスミド構築物（３００ｎｇ／ウェル）でコトランスフェクトされた。トランスフェクション後、細胞を５％ＣＯ２を含む加湿雰囲気中で３７℃で２４時間インキュベートし、続いて化合物Ｂ１８によるＲＮＡｉ抑制がｅＧＦＰ翻訳の破壊につながるかどうかを測定した。ｅＧＦＰでタグ付けされたＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質（プラスミドの発現から）を、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３Ｘマルチモードマイクロプレートリーダー（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｅｖｉｃｅｓ）を使用してｅＧＦＰ発現について顕微鏡で調べた。ｅＧＦＰ陽性細胞のパーセンテージは、処理済み及び対照の未処理試料で計算された。
［０５７４］ 結果
［０５７５］ 化合物Ｂ１８（可溶性ＡＣＥ２タンパク質コード配列に対して３’の３ｘＳＡＲＳ ＣｏＶ－２標的化ｓｉＲＮＡを含む）の効果を、Ａ５４９細胞におけるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ－タンパク質のダウンレギュレーションについて評価した。ｅＧＦＰ陽性細胞の数の減少が観察され、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎ－タンパク質をコードするｍＲＮＡに対する化合物Ｂ１８のターゲティング効果を示している（図１７Ａ及び１７Ｂ）。異なる試料からの累積分析により、未処理の対照と比較して、化合物Ｂ１８によるｅＧＦＰ陽性細胞の約８分の１の減少が示された（図１７Ｃ）。
［０５７６］ 本明細書に記載の実施例及び実施態様は、例示のみを目的としており、当業者に提案される様々な修正又は変更は、本出願の精神及び範囲並びに添付の特許請求の範囲に含まれるものとする。
Figure 2023507501000066
Figure 2023507501000067
Figure 2023507501000068
Figure 2023507501000069
Figure 2023507501000070
Figure 2023507501000071
Figure 2023507501000072
Figure 2023507501000073
Figure 2023507501000074
Figure 2023507501000075
Figure 2023507501000076
Figure 2023507501000077
Figure 2023507501000078
Figure 2023507501000079
Figure 2023507501000080
Figure 2023507501000081
Figure 2023507501000082
Figure 2023507501000083
Figure 2023507501000084
Figure 2023507501000085
Figure 2023507501000086
Figure 2023507501000087
Figure 2023507501000088
Figure 2023507501000089
Figure 2023507501000090
Figure 2023507501000091
Figure 2023507501000092
Figure 2023507501000093
Figure 2023507501000094
Figure 2023507501000095
Figure 2023507501000096
Figure 2023507501000097
Figure 2023507501000098
Figure 2023507501000099
Figure 2023507501000100
Figure 2023507501000101
Figure 2023507501000102
Figure 2023507501000103
Figure 2023507501000104
Figure 2023507501000105
Figure 2023507501000106
Figure 2023507501000107
Figure 2023507501000108
Figure 2023507501000109
Figure 2023507501000110
Figure 2023507501000111
Figure 2023507501000112
Figure 2023507501000113
Figure 2023507501000114
Figure 2023507501000115
Figure 2023507501000116
Figure 2023507501000117
Figure 2023507501000118
Figure 2023507501000119
Figure 2023507501000120
Figure 2023507501000121
Figure 2023507501000122
Figure 2023507501000123
Figure 2023507501000124
Figure 2023507501000125
Figure 2023507501000126
Figure 2023507501000127
Figure 2023507501000128
Figure 2023507501000129
Figure 2023507501000130
Figure 2023507501000131
Figure 2023507501000132
Figure 2023507501000133
Figure 2023507501000134
Figure 2023507501000135
Figure 2023507501000136
Figure 2023507501000137
Figure 2023507501000138
Figure 2023507501000139
Figure 2023507501000140
Figure 2023507501000141
Figure 2023507501000142
Figure 2023507501000143
Figure 2023507501000144
Figure 2023507501000145
Figure 2023507501000146
Figure 2023507501000147
Figure 2023507501000148
Figure 2023507501000149
Figure 2023507501000150
Figure 2023507501000151
Figure 2023507501000152
Figure 2023507501000153
Figure 2023507501000154
Figure 2023507501000155
Figure 2023507501000156
Figure 2023507501000157
Figure 2023507501000158
Figure 2023507501000159

Claims (77)

  1. （ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
    （ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
    を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、
    ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なり、且つ
    目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列と、ｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列は、連続的に含まれる、組成物。
  2. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列が分離している、請求項１に記載の組成物。
  3. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の下流にある、請求項１に記載の組成物。
  4. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の上流にある、請求項１に記載の組成物。
  5. ｓｉＲＮＡが、目的の遺伝子の発現を阻害しない、請求項１に記載の組成物。
  6. 目的の遺伝子の発現が、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ又はタンパク質を発現することによって調節され、且つアップレギュレートされてもよい、請求項１に記載の組成物。
  7. 目的の遺伝子の発現が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列とを含む組換えポリ核酸構築物からの目的の遺伝子の発現と比較して増加しており、ここで、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列は、目的の遺伝子をコードする核酸配列の上流にある、請求項３に記載の組成物。
  8. 標的ＲＮＡの発現が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡによって調節され、且つダウンレギュレートされてもよい、請求項１に記載の組成物。
  9. 標的ＲＮＡのダウンレギュレーションが、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列とを含む組換えポリ核酸構築物からの標的ＲＮＡのダウンレギュレーションと比較して増強されており、ここで、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む核酸配列は、目的の遺伝子をコードする核酸配列の上流にある、請求項３に記載の組成物。
  10. 組換えポリ核酸構築物が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ＲＮＡ又は異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の組成物。
  11. 組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子又は異なる目的の遺伝子をコードする、請求項１～１０のいずれか一項に記載の組成物。
  12. 組換えポリ核酸構築物が、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の組成物。
  13. リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、（ａ）標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、（ｂ）標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む２つ以上の核酸配列のそれぞれ、並びに／又は（ｃ）目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する、請求項１２に記載の組成物。
  14. リンカーが、ｔＲＮＡリンカー、２Ａペプチドリンカー、又は可動性リンカーを含む、請求項１２又は１３に記載の組成物。
  15. リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが約６から約８０核酸残基である、請求項１２～１４のいずれか一項に記載の組成物。
  16. 標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組成物。
  17. 標的ＲＮＡが、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、アクチビン受容体様キナーゼ２（ＡＬＫ２）、及びスーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ１）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組成物。
  18. 目的の遺伝子が、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、及びエリスロポエチン（ＥＰＯ）からなる群から選択される、請求項１～１７のいずれか一項に記載の組成物。
  19. 組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結された標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含み、ここで、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載の組成物。
  20. 標的モチーフが、
    （ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；
    （ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；
    （ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び
    （ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列
    からなる群から選択される、請求項１９に記載の組成物。
  21. 組換えポリ核酸構築物が、さらに、ポリ（Ａ）テールをコードするか若しくは含む核酸配列、５’キャップをコードするか若しくは含む核酸配列、プロモーターをコードするか若しくは含む核酸配列、又はコザック配列をコードするか若しくは含む核酸配列を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の組成物。
  22. 組換えポリ核酸構築物がＲＮＡ構築物である、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物。
  23. 組換えポリ核酸構築物が、遺伝子治療に適したベクターである、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物。
  24. 配列番号１～８及び配列番号１５２～１５８からなる群から選択される核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物。
  25. ｓｉＲＮＡが、配列番号８０～９２及び配列番号１４０～１４５から選択される配列によってコードされるセンス鎖配列を含む、請求項１～２４のいずれか一項に記載の組成物。
  26. 対象におけるウイルス性疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、前記構築物が、
    （ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
    （ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
    を含み、
    ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物。
  27. 組換えポリ核酸構築物が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ標的ＲＮＡ又は異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、請求項２６に記載の組成物。
  28. 組換えポリ核酸構築物が、標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む３つ以上の核酸配列を含み、ここで、少なくとも２つの核酸配列は、同じ標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含み、少なくとも１つの核酸配列は、異なる標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む、請求項２６に記載の組成物。
  29. 標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の組成物。
  30. 標的ＲＮＡが非コードＲＮＡである、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の組成物。
  31. 標的ＲＮＡが、インターロイキン、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の組成物。
  32. インターロイキンが、ＩＬ－１－アルファ、ＩＬ－１－ベータ、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、インターロイキンＩＬ－６Ｒ－ベータ、ＩＬ－１８、ＩＬ－３６－アルファ、ＩＬ－３６－ベータ；ＩＬ－３６－ガンマ、及びＩＬ－３３からなる群から選択される、請求項３１に記載の組成物。
  33. 標的ｍＲＮＡが、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６Ｒ－アルファ、ＩＬ－６Ｒ－ベータ、アンギオテンシン変換酵素－２（ＡＣＥ２）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ、及びＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｎからなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の組成物
  34. 組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列を含み、ここで、２つ以上の核酸配列のそれぞれは、同じ目的の遺伝子又は異なる目的の遺伝子をコードする、請求項２６～３３のいずれか一項に記載の組成物。
  35. 目的の遺伝子が、ＩＦＮアルファ－ｎ３、ＩＦＮアルファ－２ａ、ＩＦＮアルファ－２ｂ、ＩＦＮベータ－１ａ、ＩＦＮベータ－１ｂ、ＡＣＥ２可溶性受容体、ＩＬ－３７、及びＩＬ－３８をコードする遺伝子の群から選択される、請求項２６～３４のいずれか一項に記載の組成物。
  36. 目的の遺伝子が、ＩＦＮベータ及びＡＣＥ２可溶性受容体をコードする遺伝子の群から選択される、請求項２６～３４のいずれか一項に記載の組成物。
  37. 組換えポリ核酸構築物が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列に作動可能に連結された標的モチーフをコードする核酸配列をさらに含み、ここで、標的モチーフは、シグナルペプチド、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、核小体局在化シグナル（ＮｏＬＳ）、リソソーム標的化シグナル、ミトコンドリア標的化シグナル、ペルオキシソーム標的化シグナル、微小管先端局在化シグナル（ＭｔＬＳ）、エンドソーム標的化シグナル、葉緑体標的化シグナル、ゴルジ標的化シグナル、小胞体（ＥＲ）標的化シグナル、プロテアソーム標的化シグナル、膜標的化シグナル、膜貫通標的化シグナル、又はセントロソーム局在化シグナル（ＣＬＳ）を含む、請求項２６～３６のいずれか一項に記載の組成物。
  38. 標的モチーフが、
    （ａ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフ；
    （ｂ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質と異種の標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質と異種の前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；
    （ｃ）目的の遺伝子によってコードされるタンパク質に相同な標的モチーフであって、目的の遺伝子によってコードされる前記タンパク質に相同な前記標的モチーフが、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されている、標的モチーフ；及び
    （ｄ）天然において標的モチーフの機能を有しない天然に存在するアミノ酸配列であって、前記天然に存在するアミノ酸配列が、少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって修飾されていてもよい、天然に存在するアミノ酸配列
    からなる群から選択される、請求項３７に記載の組成物。
  39. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の上流にある、請求項２６～３８のいずれか一項に記載の組成物。
  40. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の下流にある、請求項２６～３８のいずれか一項に記載の組成物。
  41. 組換えポリ核酸構築物が、さらに、ポリ（Ａ）テールをコードするか若しくは含む核酸配列、５’キャップをコードするか若しくは含む核酸配列、プロモーターをコードするか若しくは含む核酸配列、又はコザック配列をコードするか若しくは含む核酸配列を含む、請求項２６～４０のいずれか一項に記載の組成物。
  42. 組換えポリ核酸構築物が、リンカーをコードするか又は含む核酸配列をさらに含む、請求項２６～４１のいずれか一項に記載の組成物。
  43. リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、（ａ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む少なくとも１つの核酸配列及び目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列、（ｂ）標的ｍＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか若しくは含む２つ以上の核酸配列のそれぞれ、並びに／又は（ｃ）目的の遺伝子をコードする２つ以上の核酸配列のそれぞれを接続する、請求項４２に記載の組成物。
  44. リンカーが、ｔＲＮＡリンカー、２Ａペプチドリンカー、又は可動性リンカーを含む、請求項４２又は４３に記載の組成物。
  45. リンカーをコードするか又は含む核酸配列が、長さが約６から約８０核酸残基である、請求項４２～４４のいずれか一項に記載の組成物。
  46. 組換えポリ核酸構築物がＲＮＡ構築物である、請求項２６～４５のいずれか一項に記載の組成物。
  47. 配列番号２９～４７からなる群から選択される核酸配列を含む組換えポリ核酸構築物を含む組成物。
  48. 組成物が、対象におけるウイルス性疾患又は状態を治療又は予防するのに十分な量で存在する、請求項２６～４７のいずれか一項に記載の組成物。
  49. ｓｉＲＮＡが、配列番号９３～１０９から選択される配列によってコードされるセンス鎖配列を含む、請求項２６～４７のいずれか一項に記載の組成物。
  50. 細胞における２つ以上の遺伝子の発現を同時に調節することにおける使用のための、請求項１～４９のいずれか一項に記載の組成物。
  51. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、標的ＲＮＡのエクソンに結合する、請求項１～５０のいずれか一項に記載の組成物。
  52. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、１つの標的ＲＮＡに特異的に結合する、請求項１～５１のいずれか一項に記載の組成物。
  53. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡが、目的の遺伝子のイントロン配列によってコードされていないか、又はそれから構成されていない、請求項１～５２のいずれか一項に記載の組成物。
  54. 目的の遺伝子が、ＲＮＡスプライシングなしで発現される、請求項１～５３のいずれか一項に記載の組成物。
  55. 対象における皮膚疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、前記構築物が、
    （ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
    （ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
    を含み、
    ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物。
  56. 対象における筋肉疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、前記構築物が、
    （ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
    （ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
    を含み、
    ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物。
  57. 対象における神経変性疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、前記構築物が、
    （ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
    （ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
    を含み、
    ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物。
  58. 対象における関節疾患又は状態の治療又は予防のための、組換えポリ核酸構築物を含む組成物であって、前記構築物が、
    （ｉ）標的ＲＮＡに結合することができる低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列；及び
    （ｉｉ）目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列
    を含み、
    ここで、標的ＲＮＡは、目的の遺伝子によってコードされるｍＲＮＡとは異なる、組成物。
  59. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列と、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列が、連続的に含まれる、請求項５５～５８のいずれか一項に記載の組成物。
  60. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の上流にある、請求項５９に記載の組成物。
  61. 標的ＲＮＡに結合することができるｓｉＲＮＡをコードするか又は含む少なくとも１つの核酸配列が、目的の遺伝子をコードする少なくとも１つの核酸配列の下流にある、請求項５９に記載の組成物。
  62. 標的ＲＮＡが、インターロイキン８（ＩＬ－８）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ－１ベータ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、アクチビン受容体様キナーゼ２（ＡＬＫ２）、及びスーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ１）からなる群から選択されるタンパク質をコードするｍＲＮＡである、請求項５５～６１のいずれか一項に記載の組成物。
  63. 目的の遺伝子が、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ－１）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、及びエリスロポエチン（ＥＰＯ）からなる群から選択される、請求項５５～６１のいずれか一項に記載の組成物。
  64. 対象がヒトである、請求項５５～６３のいずれか一項に記載の組成物。
  65. 請求項１～２５及び５０～５４のいずれか一項に記載の組成物を、皮膚疾患又は状態を治療することを必要とする対象に投与することを含む、皮膚疾患又は状態を治療する方法。
  66. 皮膚疾患又は状態が、炎症性皮膚障害を含む、請求項６５に記載の方法。
  67. 炎症性皮膚障害が、乾癬を含む、請求項６６に記載の方法。
  68. 請求項１～２５及び５０～５４のいずれか一項に記載の組成物を、筋肉疾患又は状態を治療することを必要とする対象に投与することを含む、筋肉疾患又は状態を治療する方法。
  69. 筋肉疾患又は状態が、骨格筋障害を含む、請求項６８に記載の方法。
  70. 骨格筋障害が、進行性骨化性線維異形成症（ＦＯＰ）を含む、請求項６９に記載の方法。
  71. 請求項１～２５及び５０～５４のいずれか一項に記載の組成物を、神経変性疾患又は状態を治療することを必要とする対象に投与することを含む、神経変性疾患又は状態を治療する方法。
  72. 神経変性疾患又は状態が、運動ニューロン障害を含む、請求項７１に記載の方法。
  73. 運動ニューロン障害が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含む、請求項７２に記載の方法。
  74. 請求項１～２５及び５０～５４のいずれか一項に記載の組成物を、関節疾患又は状態を治療することを必要とする対象に投与することを含む、関節疾患又は状態を治療する方法。
  75. 関節疾患又は状態が、関節変性を含む、請求項７４に記載の方法。
  76. 関節変性が、椎間板疾患（ＩＶＤＤ）又は変形性関節症（ＯＡ）を含む、請求項７５に記載の方法。
  77. 対象がヒトである、請求項６５～７６のいずれか一項に記載の方法。
JP2022538076A 2019-12-23 2020-12-21 遺伝子の発現を同時に調節するための組成物及び方法 Pending JP2023507501A (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP19219276.3 2019-12-23
EP19219276 2019-12-23
US202063042890P 2020-06-23 2020-06-23
US63/042,890 2020-06-23
PCT/IB2020/001091 WO2021130537A2 (en) 2019-12-23 2020-12-21 Compositions and methods for simultaneously modulating expression of genes

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2023507501A true JP2023507501A (ja) 2023-02-22

Family

ID=74505291

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2022538076A Pending JP2023507501A (ja) 2019-12-23 2020-12-21 遺伝子の発現を同時に調節するための組成物及び方法

Country Status (14)

Country Link
US (1) US20220389423A1 (ja)
EP (1) EP4081640A2 (ja)
JP (1) JP2023507501A (ja)
KR (1) KR20220121844A (ja)
CN (1) CN114901822A (ja)
AU (1) AU2020414441A1 (ja)
BR (1) BR112022012324A2 (ja)
CA (1) CA3159809A1 (ja)
CO (1) CO2022010342A2 (ja)
IL (1) IL294132A (ja)
MX (1) MX2022007669A (ja)
PE (1) PE20230430A1 (ja)
TW (1) TW202136512A (ja)
WO (1) WO2021130537A2 (ja)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2023543915A (ja) * 2020-10-05 2023-10-18 ヴェルサメブ アーゲー 遺伝子の発現を同時に調節するための組成物及び方法
AU2022262176A1 (en) * 2021-04-19 2023-11-02 Versameb Ag Method of treating lower urinary tract symptoms
MX2023015313A (es) * 2021-06-23 2024-01-22 Versameb Ag Composiciones y metodos para modular la expresion de genes.
WO2023164708A1 (en) * 2022-02-25 2023-08-31 University Of South Florida Design and development of a novel messenger rna therapeutic to treat atherosclerosis
CN115948544B (zh) * 2023-03-08 2023-05-16 中国中医科学院望京医院(中国中医科学院骨伤科研究所) Cited4和/或metrn在椎间盘退变程度的鉴别诊断中的应用

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004096852A1 (fr) 2003-04-25 2004-11-11 The Institute Of Microbiology And Epidemiology, Academy Of Military Medical Sciemces, Pla Interferon$g(v) humain recombinant, son procede d'expression et ses utilisations
US20050244423A1 (en) 2004-04-02 2005-11-03 Klucher Kevin M Methods for treating viral infection using IL-28 and IL-29 cysteine mutants
JP7502991B2 (ja) * 2017-10-16 2024-06-19 ボイジャー セラピューティクス インコーポレイテッド 筋萎縮性側索硬化症（ａｌｓ）の治療

Also Published As

Publication number Publication date
PE20230430A1 (es) 2023-03-08
AU2020414441A1 (en) 2022-08-18
WO2021130537A2 (en) 2021-07-01
CA3159809A1 (en) 2021-07-01
CO2022010342A2 (es) 2022-08-09
MX2022007669A (es) 2022-07-19
IL294132A (en) 2022-08-01
WO2021130537A3 (en) 2021-08-12
US20220389423A1 (en) 2022-12-08
EP4081640A2 (en) 2022-11-02
CN114901822A (zh) 2022-08-12
BR112022012324A2 (pt) 2022-10-11
KR20220121844A (ko) 2022-09-01
TW202136512A (zh) 2021-10-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20220389423A1 (en) Compositions and Methods for Simultaneously Modulating Expression of Genes
US20220002364A1 (en) Rna encoding a protein
AU2017312113B2 (en) Nucleic acid products and methods of administration thereof
US20210024907A1 (en) Nucleic acid-based therapeutics
JP2020508685A (ja) サプレッサーｔＲＮＡ及びデアミナーゼによる変異のＲＮＡターゲティング
JP2015221026A (ja) 人工合成ｍＲＮＡの翻訳効率化方法
WO2019245353A1 (ko) 사이토카인 융합 폴리펩티드, 및 이를 포함하는 사이토카인 라이브러리
US20160272967A1 (en) Nucleic acid, pharmaceutical composition and uses thereof
KR20200000320A (ko) 사이토카인 융합 폴리펩티드, 및 이를 포함하는 사이토카인 라이브러리
WO2024189146A1 (en) Rna encoding a protein
US20240117354A1 (en) Compositions and methods for modulating expression of genes
US20240117361A1 (en) Compositions and methods for modulating expression of genes
US20230121720A1 (en) Diagnostic methods using pcg-1a expression
KR20220155585A (ko) Sirt1 발현을 사용하는 진단 방법
NZ791466A (en) Nucleic Acid Products And Methods Of Administration Thereof

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20231128