JP2023501352A - Ｓｐｄｅｆ発現を低減するための化合物及び方法 - Google Patents
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Abstract
細胞または対象中のＳＰＤＥＦのＲＮＡの量を低減し、場合によっては細胞または対象中のＳＰＤＥＦタンパク質の量を低減するための化合物、方法、及び医薬組成物が提供される。これらの化合物、方法、及び医薬組成物は、嚢胞性線維症、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、慢性気管支炎、鼻炎、及び潰瘍性大腸炎を含む、過剰な粘液産生または線維症を特徴とする疾患または状態の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用である。【選択図】なし
Description
配列表
本出願は、電子フォーマットでの配列表とともに出願される。配列表は、２０２０年１０月２０日に作成された、サイズが５６９ｋｂのＢＩＯＬ０３６６ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題されたファイルとして提供されている。配列表の電子フォーマットの情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、電子フォーマットでの配列表とともに出願される。配列表は、２０２０年１０月２０日に作成された、サイズが５６９ｋｂのＢＩＯＬ０３６６ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題されたファイルとして提供されている。配列表の電子フォーマットの情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
対象の過剰な粘液または線維症を特徴とする疾患または状態の少なくとも１つの症状または特徴を改善するための化合物、方法、及び医薬組成物が提供される。特定の実施形態では、鼻腔（副鼻腔）、肺、消化管、またはそれらの組み合わせに過剰な粘液が存在する。本明細書に開示される化合物、方法、及び医薬組成物で治療することができる過剰な粘液を特徴とする疾患または状態の非限定的な例は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、慢性気管支炎、嚢胞性線維症、及び潰瘍性大腸炎である。本明細書に開示される化合物、方法、及び医薬組成物で治療することができる線維症を特徴とする疾患または状態の非限定的な例は、肺線維症及び特発性肺線維症（ＩＰＦ）である。
ＥＴＳ転写因子を含むＳＡＭポインテッドドメイン（ＳＰＤＥＦ）は、ヒトの肺組織における杯細胞の分化に重要な転写因子である。ＳＰＤＥＦはまた、粘液産生、炎症、及び気道応答性を調節する。ＳＰＤＥＦは肺で低レベルで発現するが、ウイルスまたはアレルゲンに曝露されると発現が増加する。ＳＰＤＥＦの発現は、嚢胞性線維症、慢性気管支炎、及び喘息などの慢性肺疾患でも、そのような障害と診断されていない対象の肺でのその発現と比較して増加している。慢性肺疾患は典型的には、気管支拡張薬、ステロイド、及び抗炎症薬で治療される。
現在、過剰な粘液または線維症を特徴とする疾患または状態を治療するための改善された治療法及び追加の治療選択肢が必要である。多くの場合、これらの疾患または状態は肺及び／または消化管の機能障害を引き起こす。そのような状態の非限定的な例としては、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、及び潰瘍性大腸炎が挙げられる。したがって、そのような状態を治療するための化合物、方法、及び医薬組成物を提供することが本明細書における目的である。
細胞または対象中のＳＰＤＥＦのＲＮＡの量または活性を低下させるための化合物、方法、及び医薬組成物が本明細書で提供される。一般に、化合物及び医薬組成物は、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの発現を低下させることができるオリゴマー化合物を含む。特定の実施形態では、細胞または対象中のＳＰＤＥＦタンパク質の量または活性を低下させるための化合物、方法、及び医薬組成物が本明細書で提供される。
対象の過剰な粘液または線維症を特徴とする疾患または状態の少なくとも１つの症状または特徴を改善するための化合物、方法、及び医薬組成物が本明細書で提供される。特定の実施形態では、疾患または状態は嚢胞性線維症である。特定の実施形態では、疾患または状態は、胃腸の状態、例えば、潰瘍性大腸炎である。特定の実施形態では、疾患または状態は肺の状態である。このような肺の状態の非限定的な例は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻茸、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスである。
上述の概略的な説明と、以下の詳細な説明はいずれも例示であり、単に説明するためのものであり、限定するものではないと理解するべきである。本明細書において、単数形の使用は、別途具体的に記述されない限り複数形を含む。本明細書で使用される場合、「または（ｏｒ）」の使用は、別途記述されない限り、「及び／または（ａｎｄ／ｏｒ）」を意味する。さらに、用語「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（～を含むこと）」、ならびに、「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（～を含む）」及び「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」などの他の形態の使用は、限定的なものではない。また、「要素」または「成分」などの用語は、別途明確に記述されない限り、１つのユニットを含む複数の要素及び複数の成分と１つを超えるサブユニットを含む複数の要素及び複数の成分との両方を包含する。
本明細書に使用される節の見出しは、構成目的のものに過ぎず、記載される主題を限定すると解釈されるものではない。特許、特許出願、記事、書籍、及び論文を含むが、これらに限定されない本出願において引用される全ての文書または文書の一部は、本明細書で論じられる文書の一部に対して、かつそれらの全体において参照により本明細書に明確に組み込まれる。
定義
特別な定義が与えられない限り、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医化学、及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知であり、当該技術分野で一般に使用されるものである。許可されている場合、本開示全体で参照されている全ての特許、出願、公開された出願、その他の刊行物、及びその他のデータは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
特別な定義が与えられない限り、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医化学、及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知であり、当該技術分野で一般に使用されるものである。許可されている場合、本開示全体で参照されている全ての特許、出願、公開された出願、その他の刊行物、及びその他のデータは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する：
定義
本明細書で使用される場合、「２’－デオキシヌクレオシド」は、２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態では、２’－デオキシヌクレオシドは、２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含み、これは、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見られるようなβ－Ｄ配置を有する。特定の実施形態では、非修飾２’－デオキシリボシル糖部分を含む２’－デオキシヌクレオシドまたはヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得るか、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
本明細書で使用される場合、「２’－デオキシヌクレオシド」は、２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態では、２’－デオキシヌクレオシドは、２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含み、これは、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見られるようなβ－Ｄ配置を有する。特定の実施形態では、非修飾２’－デオキシリボシル糖部分を含む２’－デオキシヌクレオシドまたはヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得るか、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
本明細書で使用される場合、「２’－ＭＯＥ」または「２’－ＭＯＥ糖部分」は、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりの２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。「ＭＯＥ」は、メトキシエチルを意味する。
本明細書で使用される場合、「２’－ＭＯＥヌクレオシド」は、２’－ＭＯＥ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「２’－ＯＭｅ」または「２’－Ｏ－メチル糖部分」は、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりの２’－ＯＣＨ３基を意味する。
本明細書で使用される場合、「２’－ＯＭｅヌクレオシド」は、２’－ＯＭｅ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「２’－置換ヌクレオシド」は、２’－置換糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される場合、糖部分に関連する「２’－置換」は、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’－置換基を含む糖部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「５－メチルシトシン」は、５’位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５－メチルシトシンは修飾された核酸塩基である。
本明細書で使用される場合、「投与すること」は、対象に医薬品を提供することを意味する。
本明細書で使用される場合、「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び／または測定可能な変化を意味する。特定の実施形態では、アンチセンス活性は、標的核酸またはそのような標的核酸にコードされるタンパク質の量または発現の、アンチセンス化合物の非存在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した低下である。
本明細書で使用される場合、「アンチセンス化合物」は、少なくとも１つのアンチセンス活性を達成することができるオリゴマー化合物を意味する。
本明細書で使用される場合、治療に関して「改善する」とは、治療がない場合の同じ症状と比較して、少なくとも１つの症状の改善を意味する。特定の実施形態では、改善は、病状の重篤度もしくは頻度、または病状の重篤度もしくは頻度の発生の遅延もしくは進行の遅延である。
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「二環式糖」または「二環式糖部分」は、二環を含む修飾糖部分を意味し、ここで第２の環は、第１の環の原子の２個を結び、それによって二環構造を形成する架橋を介して形成される。特定の実施形態では、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。特定の実施形態では、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
本明細書で使用される場合、「切断可能部分」は、例えば、細胞または対象の内部におけるような生理的条件下で切断される結合または原子団を意味する。
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関連する「相補的」は、オリゴヌクレオチドまたはそれらの１つ以上の領域の少なくとも７０％の核酸塩基と、別の核酸またはそれらの１つ以上の領域の核酸塩基とが、オリゴヌクレオチドと他の核酸との核酸塩基配列が逆の方向に整列されるときに、互いに水素結合し得ることを意味する。本明細書で使用されるとき、「相補的な核酸塩基」は、互いに水素結合を形成し得る核酸塩基を意味する。相補的な核酸塩基対は、アデニン（Ａ）とチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）とウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）とグアニン（Ｇ）、５－メチルシトシン（ｍＣ）とグアニン（Ｇ）を含む。相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸は、それぞれのヌクレオシドにおいて核酸塩基の相補性を有する必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチが許容される。本明細書で使用されるとき、オリゴヌクレオチドまたはその一部に関して「完全に相補的な」または「１００％相補的な」は、オリゴヌクレオチドまたはその一部が別のオリゴヌクレオチドまたは核酸に対してヌクレオチドのそれぞれの核酸塩基で相補的であることを意味する。
本明細書で使用される場合、「コンジュゲート基」は、オリゴヌクレオチドに直接的または間接的に結合する原子団を意味する。コンジュゲート基には、コンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーが含まれる。
本明細書で使用されるとき、「コンジュゲートリンカー」は、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合する少なくとも１つの結合を含む、単結合または原子団を意味する。
本明細書で使用される場合、「コンジュゲート部分」は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合する原子団を意味する。
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドの文脈における「連続的」は、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続的核酸塩基」は、配列内で互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
本明細書で使用されるとき、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」または「ｃＥｔ修飾糖」は、二環式糖の第２の環がβ－Ｄリボシル二環式糖部分のβ－Ｄリボシル糖部分４’－炭素と２’－炭素とを接続するブリッジを介して形成されるβ－Ｄリボシル二環式糖部分を意味し、ここで、ブリッジは式４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’を有し、ブリッジのメチル基はＳ配置にある。
本明細書で使用されるとき、「ｃＥｔヌクレオシド」は、ｃＥｔ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用されるとき、「キラル濃縮集団」は、同一の分子式の複数の分子を意味し、特定のキラル中心に特定の立体化学配置を含む集団内の分子の数またはパーセンテージは、特定のキラル中心が立体ランダムである場合、集団内の同じ特定のキラル中心に同じ特定の立体化学配置を含むと予想される分子の数またはパーセンテージよりも大きい。それぞれの分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル濃縮集団は、１つ以上の立体ランダムのキラル中心を含み得る。特定の実施形態では、分子は修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、分子は修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。
本明細書で使用される場合、「二本鎖」は、ハイブリダイズした核酸（複数可）の領域を指す。特定の実施形態では、そのような二本鎖は、転写物の標的領域へのオリゴヌクレオチド（またはその一部）のハイブリダイゼーションから生じる。特定の実施形態では、二本鎖は、２つのオリゴヌクレオチド（またはその一部）の相互のハイブリダイゼーションから生じる。特定の実施形態では、ハイブリダイズした領域は、２つの別個の分子の一部（全体を含む）である（例えば、非共有結合が２つの相補鎖を一緒に接続する）。特定の実施形態では、ハイブリダイズした領域は、同一分子内でハイブリダイズした部分である（例えば、ヘアピン構造）。
本明細書で使用される場合、「二重鎖」は、少なくとも一部が相補的であり、互いにハイブリダイズしているが、互いに共有結合していない２つの別個の核酸分子によって形成される構造を意味する。
本明細書で使用される場合、「ギャップマー」は、１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域の間に位置するＲＮａｓｅ Ｈ切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含む修飾オリゴヌクレオチドを意味し、ここで内部領域を構成するヌクレオシドは、外部領域を構成するヌクレオシドまたは複数のヌクレオシドとは、化学的に明確に異なる。内側領域を「ギャップ」と呼ぶことができ、外側領域を「ウィング」と呼ぶことができる。特に明記しない限り、「ギャップマー」は糖モチーフを指す。特に明記しない限り、ギャップのそれぞれのヌクレオシドの糖部分は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分である。したがって、「ｃＥｔギャップマー」という用語は、２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドを含むギャップとｃＥｔヌクレオシドを含むウィングとを有するギャップマーを示す。別段の指示がある場合を除き、ｃＥｔギャップマーは、１個以上の修飾ヌクレオシド間結合及び／または修飾核酸塩基を含み得、そのような修飾は、必ずしも糖修飾のギャップマーパターンに従うとは限らない。
本明細書で使用されるとき、「ホットスポット領域」は、標的核酸の量または活性のオリゴマー化合物媒介性の減少に影響を受けやすい、標的核酸上の核酸塩基の範囲である。
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」は、相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸の対形成またはアニーリングを意味する。特定のメカニズムに限定されないが、最も一般的なハイブリダイゼーションのメカニズムは水素結合を含み、これは、相補的核酸塩基間のワトソン・クリック水素結合、フーグスティーン水素結合、または逆フーグスティーン水素結合であり得る。
本明細書で使用されるとき、「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチド中の連続するヌクレオシド間の共有結合を意味する。本明細書で使用される場合、「修飾ヌクレオシド間結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素原子の１つが硫黄原子で置き換えられている、修飾ヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用される場合、「逆位ヌクレオシド」は、本明細書に示されるように、３’から３’及び／または５’から５’のヌクレオシド間結合を有するヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「逆位糖部分」は、３’から３’及び／または５’から５’のヌクレオシド間結合を有する、逆位ヌクレオシドの糖部分または脱塩基糖部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「リンカーヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に直接的または間接的に連結するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、たとえそれらがオリゴヌクレオチドと連続的である場合でさえ、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部であるとはみなされない。
本明細書で使用されるとき、「脂質ナノ粒子」または「ＬＮＰ」は、核酸分子、例えば、ＲＮＡｉまたはＲＮＡｉが転写されるプラスミドなどの薬学的に活性な分子をカプセル化する脂質層を含む小胞である。ＬＮＰは、例えば、全内容が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，８５８，２２５号、同第６，８１５，４３２号、同第８，１５８，６０１号、及び同第８，０５８，０６９号に記載されている。
本明細書で使用されるとき、「非二環式修飾糖部分」は、第２の環を形成するための糖の２つの原子間に架橋を形成しない、置換基などの修飾を含む修飾糖部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「ミスマッチ」または「非相補的」は、第１のオリゴヌクレオチドと第２のオリゴヌクレオチドとが整列されるとき、第２のヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的ではない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。
本明細書で使用される場合、「モチーフ」は、オリゴヌクレオチド中の、非修飾の及び／または修飾の、糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
本明細書で使用されるとき、「核酸塩基」は、非修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。本明細書で使用される場合、「非修飾核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、またはグアニン（Ｇ）である。本明細書で使用されるとき、「修飾核酸塩基」は、少なくとも１つの非修飾核酸塩基と対形成することができる、非修飾のＡ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、またはＧ以外の原子団である。「５－メチルシトシン」は修飾核酸塩基である。ユニバーサル塩基は、５つの非修飾核酸塩基のうちのいずれの１つとも対形成することのできる核酸塩基である。本明細書で使用される場合、「核酸塩基配列」は、任意の糖またはヌクレオシド間結合の修飾と独立した核酸またはオリゴヌクレオチド中の連続的な核酸塩基の順番を意味する。
本明細書で使用されるとき、「ヌクレオシド」は、核酸塩基部分及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分は、それぞれ独立して修飾されていないか修飾されている。本明細書で使用されるとき、「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基部分及び／または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドには、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドが含まれる。「連結ヌクレオシド」は、連続的な配列に結合したヌクレオシドである（すなわち、結合しているそれらの間に追加的なヌクレオシドが存在しない）。
本明細書で使用される場合、「突出」は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって形成された二重鎖の一方または両方の末端にある対になっていないヌクレオチドを指す。
本明細書で使用される場合、「オリゴマー化合物」は、オリゴオリゴヌクレオチド、及び任意選択での、１つ以上のコンジュゲート基または末端基などの追加の特徴を意味する。オリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物に相補的であるか、または対になっていなくてもよい第２のオリゴマー化合物と対形成され得る。「一本鎖オリゴマー化合物」は、対形成していないオリゴマー化合物である。「オリゴマー二重鎖」という用語は、相補的な核酸塩基配列を有する２つのオリゴマー化合物によって形成される二重鎖を意味する。オリゴマー二重鎖のそれぞれのオリゴマー化合物は、「二重鎖オリゴマー化合物」と呼ばれてもよい。
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオシド間結合を介して結合し、それぞれのヌクレオシドとヌクレオシド間結合とが修飾されていても修飾されていなくてもよい、連結ヌクレオシドの鎖を意味する。他が示されていない限り、オリゴヌクレオチドは８～５０個の連結ヌクレオシドからなる。本明細書で使用されるとき、「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合が修飾されている、オリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用されるとき、「未修飾オリゴヌクレオチド」は、いずれのヌクレオシド修飾またはヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容可能な担体または希釈剤」は、対象に投与することにおける使用に好適な任意の物質を意味する。特定のそのような担体は、医薬組成物を、例えば、対象による経口摂取のための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液、及びトローチ剤として製剤化することを可能にする。特定の実施形態では、薬学的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水、滅菌生理食塩水、滅菌緩衝液、または滅菌人工脳脊髄液である。
本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容される塩」は、化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩を意味する。薬学的に許容される塩は、親化合物の所望の生物活性を保持し、それに望ましくない毒物学的効果を付与しない。
本明細書で使用される場合、「医薬組成物」は、対象に投与することに適した物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物はオリゴマー化合物と滅菌水溶液とを含み得る。特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の細胞株におけるフリー取り込みアッセイ（ｆｒｅｅ ｕｐｔａｋｅ ａｓｓａｙ）において活性を示す。
本明細書で使用されるとき、「プロドラッグ」は、対象またはその細胞内で異なる形態に変換される、体外の形態の治療薬を意味する。典型的には、対象内におけるプロドラッグの変換は、細胞もしくは組織に存在する酵素（例えば内在性のもしくはウイルスの酵素）もしくは化学物質の活性によって、及び／または生理的条件によって促進される。
本明細書で使用される場合、「量または活性を低減することまたは阻害すること」は、未処理または対照の試料における転写発現または活性と比べた、転写発現または活性の減少または遮断を指し、必ずしも転写発現または活性の完全な排除を示すわけではない。
本明細書で使用されるとき、「ＲＮＡ」は、ＲＮＡ転写物を意味し、特に明記しない限り、プレｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡを含む。
本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉ化合物」は、少なくとも部分的にＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して、標的核酸及び／または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するよう作用するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物としては、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ模倣物を含むマイクロＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ化合物は、標的核酸の量、活性、及び／またはスプライシングを調節する。ＲＮＡｉ化合物という用語は、ＲＮａｓｅＨを介して作用するアンチセンス化合物を除外する。
本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉオリゴヌクレオチド」は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドまたはセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド」は、標的配列に相補的であり、ＲＮＡｉに好適な少なくとも１つの化学修飾を含む領域を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド」は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの領域に相補的であり、そのようなアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと二重鎖を形成することができる領域を含むオリゴヌクレオチドを意味する。アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドによって形成される二重鎖は、二本鎖ＲＮＡｉ化合物（ｄｓＲＮＡｉ）または短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）と呼ばれる。
本明細書で使用される場合、「アンチセンスＲＮａｓｅ Ｈオリゴヌクレオチド」は、標的配列に相補的であり、ＲＮａｓｅ Ｈ媒介の核酸減少に好適な少なくとも１つの化学修飾を含む領域を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用されるとき、オリゴヌクレオチドに関する「自己相補型」は、少なくとも部分的にそれ自身とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「安定化したリン酸基」は、ＤＮＡまたはＲＮＡ上で天然に生じる５’－リン酸よりも代謝的により安定である５’－リン酸類似体を意味する。
本明細書で使用されるとき、「標準細胞アッセイ」は、実施例１に記載のアッセイ及びその合理的な変形を意味する。
本明細書で使用されるとき、同一の分子式の分子の集団の文脈における「立体ランダム」は、ランダムな立体化学的配置を有するキラル中心を意味する。例えば、立体ランダムキラル中心を含む分子の集団において、立体ランダムキラル中心の（Ｓ）配置を有する分子の数は、立体ランダムキラル中心の（Ｒ）配置を有する分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じではない。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成方法の結果である場合、ランダムであるとみなされる。特定の実施形態では、立体ランダムキラル中心は、立体ランダムホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用されるとき、「対象」は、ヒトまたは非ヒト動物を意味する。特定の実施形態では、対象はヒトである。
本明細書で使用される場合、「糖部分」は、非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。本明細書で使用される場合、「非修飾糖部分」は、ＲＮＡに見出されるような２’－ＯＨ（Ｈ）リボシル部分（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）またはＤＮＡに見出されるような２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル部分（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。非修飾糖部分は、１’、３’、４’位のそれぞれにおいて１個の水素を、３’位に酸素を、そして５’位に２個の水素を有する。本明細書で使用される場合、「修飾糖部分」または「修飾糖」は、修飾フラノシル糖部分、または糖代替物を意味する。
本明細書で使用される場合、「糖代替物」は、オリゴヌクレオチド内のヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基のような別の基へと核酸塩基を連結することのできる、フラノシル部分以外を有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内の１つ以上の位置に組み込まれることができ、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的なオリゴマー化合物または核酸へとハイブリダイズすることができる。
本明細書で使用されるとき、「症状または特徴」は、疾患または障害の存在または程度を示す任意の物理的特徴または試験結果を意味する。特定の実施形態では、症状は、対象または前記対象を検査または試験する医療専門家にとって明らかである。特定の実施形態では、特徴は、死後検査を含むがこれに限定されない侵襲的診断検査で明らかである。
本明細書で使用されるとき、「標的核酸」及び「標的ＲＮＡ」は、アンチセンス化合物が影響を与えるように設計されている核酸を意味する。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、ＳＰＤＥＦ ＲＮＡであり、そして核酸は、ＳＰＤＥＦ核酸である。
本明細書で使用されるとき、「標的領域」は、オリゴマー化合物がハイブリダイズするように設計されている標的核酸の一部を意味する。
本明細書で使用される場合、「末端基」は、オリゴヌクレオチド末端に共有結合する化学基または原子団を意味する。
本明細書で使用されるとき、「治療有効量」は、対象に治療的利益を提供する医薬品の量を意味する。例えば、治療有効量は、疾患の症状または特徴を改善する。
特定の実施形態
本開示は、以下の非限定的な番号付けされた実施形態を提供する。
本開示は、以下の非限定的な番号付けされた実施形態を提供する。
実施形態１． １２～５０、１２～４５、１２～４０、１２～３５、１２～３０、１２～２５、または１２～２０個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾ヌクレオチドの核酸塩基配列がＳＰＤＥＦ核酸の等しい長さの部分に少なくとも９０％相補的であり、前記修飾オリゴヌクレオチドが修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
実施形態２． １２～５０、１２～４５、１２～４０、１２～３５、１２～３０、１２～２５、または１２～２０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１～５のうちのいずれかの核酸塩基配列の等しい長さの部分に対して相補的な、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
実施形態３．１２～５０、１２～４５、１２～４０、１２～３５、１２～３０、１２～２５、または１２～２０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８の等しい長さの部分；配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７の等しい長さの部分；または配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９の等しい長さの部分に対して相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
実施形態４． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１０５３、１１２９、２１６６、２１６７、２１６８、２１６９、２１７０、２１７１、２１７２、２１７３、２１７４、２１７５、２１７６、２２４２、及び２２４７；配列番号１７７７、１８５２、１９２８、及び２００４；配列番号１２８２、１３５８、１４３４、２１７７、２１７８、２１７９、２１８０、２１８１、２１８２、２１８３、２１８４、２１８５、及び２１８６；配列番号６７８、２１９８、２１９９、２２００、２２４４、及び２２４８；配列番号６８３、１７１５、及び２２４５；配列番号７６１、２２２９、及び２２３０；配列番号１６０６、１６８２、２２５５、２２７５、及び２２８０；配列番号９９９、１０７５、２２６２、２２６３、２２６４、２２６５、２２６６、２２６７、及び２２６８；配列番号１６３、１９８０、２０５６、及び２２７７；または配列番号１８３１、１９０７、１９８３、２０５９、及び２２８２から選択される配列の、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基を含む、実施形態３に記載のオリゴマー化合物。
実施形態５． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定するとき、配列番号１～５から選択される核酸塩基配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、核酸塩基配列を有する、実施形態１～４のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態６． 少なくとも１つの修飾ヌクレオシドが修飾糖部分を含む、実施形態１～５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態７． 前記修飾糖部分が二環式糖部分を含む、実施形態６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態８． 前記二環式糖部分が、－Ｏ－ＣＨ２－及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される２’－４’架橋を含む、実施形態７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態９． 前記修飾糖部分が、非二環式修飾糖部分を含む、実施形態６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１０． 前記非二環式修飾糖部分が２’－ＭＯＥ糖部分または２’－ＯＭｅ糖部分を含む、実施形態９に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１１． 少なくとも１つの修飾ヌクレオシドが糖代替物を含む、実施形態１～５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１２． 前記糖代替物がモルホリノ及びＰＮＡから選択される、実施形態１１に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１３． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、１～５個の連結した５’領域ヌクレオシドからなる５’領域；６～１０個の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域；及び１～５個の連結した３’領域ヌクレオシドからなる３’領域を含む糖モチーフを有し、５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び３’領域ヌクレオシドのそれぞれが修飾された糖部分を含み、中央領域のヌクレオシドのそれぞれが修飾されていない２’－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１～１２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１４． 前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態１～１３のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１５． 前記修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態１４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１６． 前記修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態１４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１７． 前記修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態１～１３のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１８． 前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、実施形態１～１３のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１９． それぞれのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から独立して選択される、実施形態１４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２０． 前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、実施形態１～１９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２１． 前記修飾核酸塩基が５－メチルシトシンである、実施形態２０に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２２． 前記修飾オリゴヌクレオチドが１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２、または１８～２０個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２３． 前記修飾オリゴヌクレオチドが１６個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１～２２のいずれかに記載の化合物。
実施形態２４． ヌクレオシド１～３及び１４～１６（５’から３’に）のそれぞれがｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド４～１３のそれぞれが２’－デオキシヌクレオシドである、実施形態２３に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２５． ヌクレオシド１～２及び１５～１６（５’から３’に）のそれぞれがｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド３～１４のそれぞれが２’－デオキシヌクレオシドである、実施形態２３に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２６． 前記修飾オリゴヌクレオチドからなる実施形態１～２５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２７． コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態１～２５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２８． 前記コンジュゲート基が、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、実施形態２７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２９． 前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、実施形態２７または２８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態３０． 前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、実施形態２７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態３１． 前記コンジュゲートリンカーが１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態３０に記載のオリゴマー化合物。
実施形態３２． 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合する、実施形態２７～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３３． 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合する、実施形態２７～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３４． 末端基を含む、実施形態１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３５． 前記オリゴマー化合物が一本鎖オリゴマー化合物である、実施形態１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３６． 前記オリゴマー化合物がリンカーヌクレオシドを含まない、実施形態１～３０または３２～３５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３７． 実施形態１～３４、または３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
実施形態３８． 実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物または実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖を含むか、またはそれらからなるアンチセンス化合物。
実施形態３９． 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号１１２９）。
（配列番号１１２９）。
実施形態４０． 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号１９８３）。
（配列番号１９８３）。
実施形態４１． 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号１１２９）、
またはその塩。
（配列番号１１２９）、
またはその塩。
実施形態４２． 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号１９８３）、
またはその塩。
（配列番号１９８３）、
またはその塩。
実施形態４３． ナトリウム塩である、実施形態４１または４２に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態４４． 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号１１２９）。
（配列番号１１２９）。
実施形態４５． 以下の化学表記による修飾オリゴヌクレオチド：
ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ｇｋｓ；
式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ｇｋｓ；
式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
実施形態４６． 以下の化学表記による修飾オリゴヌクレオチド：
Ａｋｓ ｍＣｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｔｋｓ Ｔｋ；
式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
Ａｋｓ ｍＣｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｔｋｓ Ｔｋ；
式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
実施形態４７． 実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、または実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
実施形態４８． 前記薬剤的に許容される担体または希釈剤が、リン酸緩衝生理食塩水を含む、実施形態４７に記載の医薬組成物。
実施形態４９． 本質的に前記オリゴマー化合物、アンチセンス化合物、またはオリゴマー二重鎖と、リン酸緩衝生理食塩水とからなる、実施形態４８に記載の医薬組成物。
実施形態５０． 実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を、対象に投与することを含む、方法。
実施形態５１． 肺の状態を治療する方法であって、前記肺の状態を有するかまたはそれを発症するリスクのある対象に、治療有効量の、実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記肺の状態を治療する、前記方法。
実施形態５２． 肺の状態を有するかまたはそれを発症するリスクのある対象の肺において、ＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる方法であって、治療有効量の、実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記肺においてＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる、前記方法。
実施形態５３． 前記肺の状態が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、実施形態５１または５２に記載の方法。
実施形態５４． 前記肺の状態が慢性気管支炎である、実施形態５１または５２に記載の方法。
実施形態５５． 前記肺の状態が重度の喘息である、実施形態５１または５２に記載の方法。
実施形態５６． 前記投与することが、ネブライザーまたは吸入器を介して投与することを含む、実施形態５１～５５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５７．前記肺の状態の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、実施形態５１～５６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５８．前記症状または特徴が、息切れ、胸痛、咳、喘鳴、倦怠感、及び睡眠障害から選択される、実施形態５７に記載の方法。
実施形態５９． 前記方法が、疾患の退行を予防または遅延させる、実施形態５１～５８のいずれかに記載の方法。
実施形態６０．対象の肺における粘液産生を減少させる方法であって、前記方法が、実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
実施形態６１．前記投与することが経口送達または経鼻送達を含む、実施形態５０～６０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６２．前記投与することがエアロゾル化送達を含む、実施形態５０～６１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６３．肺の状態の治療のための、実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９のいずれか１つに記載の医薬組成物の使用。
実施形態６４．前記肺の状態が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、実施形態６０に記載の使用。
実施形態６５．前記肺の状態が慢性気管支炎である、実施形態６３に記載の使用。
実施形態６６．肺の状態が重度の喘息である、実施形態６３に記載の使用。
実施形態６７．対象の消化管における粘液産生を減少させる方法であって、前記方法が、実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
実施形態６８．胃腸の状態を治療する方法であって、前記胃腸の状態を有するかまたは発症するリスクのある対象に、治療有効量の実施形態４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記胃腸の状態を治療する、前記方法。
実施形態６９．胃腸の状態を有するかまたは発症するリスクのある対象の消化管におけるＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる方法であって、前記方法が、治療有効量の実施形態４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記消化管におけるＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる、前記方法。
実施形態７０．前記胃腸の状態が潰瘍性大腸炎である、実施形態６８または６９に記載の方法。
実施形態７１．それを必要とする対象において炎症を軽減する方法であって、前記方法が、治療有効量の請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
実施形態７２．前記投与することが前記対象の肺の炎症を軽減する、請求項７１に記載の方法。
実施形態７３．前記投与することが前記対象の前記消化管の炎症を軽減する、請求項７１に記載の方法。
実施形態７４．肺の状態を治療するためのシステムであって、ネブライザーまたは吸入器と、実施形態１～３６のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、または実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、前記システム。
実施形態７５．１２～３０個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号２３２４～２５１０のうちのいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の核酸塩基を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
実施形態７６．１２～３０個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列が、
配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２の等しい長さの部分、または
配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２の等しい長さの部分、の、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１個の連続する核酸塩基に対して相補的である、前記オリゴマー化合物。
配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２の等しい長さの部分、または
配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２の等しい長さの部分、の、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１個の連続する核酸塩基に対して相補的である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７７．１２～３０個の連結ヌクレオシドからなり、
配列番号２６７０、２５８２、及び２６７７；または
配列番号２６０９、２６０６、及び２５７８、の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２３個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
配列番号２６７０、２５８２、及び２６７７；または
配列番号２６０９、２６０６、及び２５７８、の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２３個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
実施形態７８．前記オリゴマー化合物が、少なくとも１５個の連続する核酸塩基を含む標的化領域を含むアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含み、前記標的化領域がＳＰＤＥＦのＲＮＡの等しい長さの部分に少なくとも９０％相補的である、実施形態７５～７７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態７９．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記標的化領域が、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの等しい長さの部分に対して少なくとも９５％相補的であるか、または１００％相補的である、実施形態７８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態８０．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記標的化領域が、少なくとも１９、２０、２１、または２５個の連続する核酸塩基を含む、実施形態７８または７９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８１．前記ＳＰＤＥＦのＲＮＡが配列番号１～６のいずれかの核酸塩基配列を有する、実施形態７８～８０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８２．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドが、２’－Ｆ、２’－ＯＭｅ、２’－ＮＭＡ、ＬＮＡ、及びｃＥｔから選択される修飾糖部分、またはＧＮＡ及びＵＮＡから選択される糖代替物を含む、実施形態７８～８１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８３．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドが修飾糖部分または糖代替物を含む、実施形態７８～８２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８４．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記ヌクレオシドの少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％が、２’－Ｆ及び２’－ＯＭｅから選択される修飾糖部分を含む、実施形態７８～８３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８５．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化したリン酸基を含む、実施形態７８～８４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８６．前記安定化したリン酸基がシクロプロピルホスホネートまたは（Ｅ）－ビニルホスホネートを含む、実施形態８５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態８７．前記ＲＮＡｉアンチセンスオリゴヌクレオチドからなる、実施形態７８～８６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８８．コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態７８～８７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８９．前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、実施形態８８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態９０．前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、実施形態８８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態９１．前記コンジュゲートリンカーが１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態８８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態９２．前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉアンチセンスオリゴヌクレオチドの５’末端に結合する、実施形態８８～９１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態９３．前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合する、実施形態８８～９１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態９４．末端基を含む、実施形態７８～９３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態９５．前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、実施形態７５～９０、９２、及び９３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態９６．実施形態７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
実施形態９７．前記オリゴマー複合体がＲＮＡｉ化合物である、実施形態９６に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態９８．１７～３０個の連結ヌクレオシドからなるセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含み、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列が、少なくとも１５個の連続する核酸塩基を含むアンチセンスハイブリダイズ領域を含み、前記アンチセンスハイブリダイズ領域が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの等しい長さの部分に少なくとも９０％相補的である、実施形態９６または９７に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態９９．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、１８～２５、２０～２５、または２１～２３個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態９８に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１００．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、２１または２３個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態９８に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０１．前記アンチセンスまたは前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１～４個の最も３’側のヌクレオシドが、突出ヌクレオシドである、実施形態９８～１００のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０２．前記アンチセンスまたは前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１～４個の最も５’側のヌクレオシドが、突出ヌクレオシドである、実施形態９８～１０１のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０３．前記二重鎖が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端で平滑末端である、実施形態９８～１０２のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０４．前記二重鎖が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端で平滑末端である、実施形態９８～１０３のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０５．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドが、２’－Ｆ、２’－ＯＭｅ、ＬＮＡ、ｃＥｔから選択される修飾糖部分、またはＧＮＡ及びＵＮＡから選択される糖代替物を含む、実施形態９８～１０４のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０６．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドが、修飾糖部分または糖代替物を含む、実施形態１０５に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０７．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記ヌクレオシドの少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％が、２’－Ｆ及び２’－ＯＭｅから選択される修飾糖部分を含む、実施形態１０５に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０８．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドが、修飾核酸塩基を含む、実施形態９８～１０７のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１０９．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態９８～１０８のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１０．前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態１０９に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１１．前記化合物が、前記アンチセンスまたはセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドの一端または両端に結合した１～５個の脱塩基糖部分を含む、実施形態９８～１１０のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１２．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、配列番号２３２４～２５１０のいずれかの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有し、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、配列番号２５１１～２６９７のいずれかの対応する相補的核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有し、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列に１００％相補的である、実施形態１１１に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１３．前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドからなる、実施形態９８～１０２のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１４．前記第２のオリゴマー化合物が、コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態９８～１１３のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１５．前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、実施形態１１４に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１６．前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、実施形態１１５に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１７．前記コンジュゲートリンカーが１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態１１５または１１６に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１８．前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉセンスオリゴヌクレオチドの５’末端に結合する、実施形態１１４～１１７のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１１９．前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合する、実施形態１１４～１１７のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１２０．前記コンジュゲート基が、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの内部位置にあるリボシル糖部分の２’位を介して結合している、実施形態１１４～１１９のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１２１．前記第２のオリゴマー化合物が末端基を含む、実施形態９８～１２０のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態１２２．実施形態７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物または実施形態９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖と、薬剤的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
実施形態１２３．前記薬学的に許容される希釈剤が、水、滅菌生理食塩水、またはＰＢＳである、実施形態１２２に記載の医薬組成物。
実施形態１２４．前記医薬組成物が、本質的に前記オリゴマー二重鎖と滅菌生理食塩水とからなる、実施形態１２３に記載の医薬組成物。
実施形態１２５．実施形態１２２～１２４のいずれかに記載の医薬組成物を対象に投与することを含む方法。
実施形態１２６．ＳＰＤＥＦと関連する疾患を治療する方法であって、ＳＰＤＥＦと関連する疾患を有するかまたは発症するリスクのある対象に、治療有効量の実施形態７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態９３～１１８のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖、または実施形態１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記ＳＰＤＥＦと関連する疾患を治療する、前記方法。
実施形態１２７．前記ＳＰＤＥＦと関連する疾患が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、特発性肺線維症、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、実施形態１２６に記載の方法。
実施形態１２８．前記ＳＰＤＥＦと関連する疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、実施形態１２６または１２７のいずれかに記載の方法。
実施形態１２９．前記症状または特徴が、息切れ、胸痛、咳、喘鳴、倦怠感、及び睡眠障害である、実施形態１２８に記載の方法。
実施形態１３０．前記ＳＰＤＥＦに関連する疾患が潰瘍性大腸炎である、実施形態１２６に記載の方法。
実施形態１３１．肺の状態の治療のための、実施形態７８～９８のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二本鎖、または実施形態１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物の使用。
実施形態１３２．前記肺の状態が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、実施形態１３１に記載の使用。
実施形態１３３．前記肺の状態が慢性気管支炎である、実施形態１３１に記載の使用。
実施形態１３４．肺の状態が重度の喘息である、実施形態１３１に記載の使用。
実施形態１３５．対象の消化管における粘液産生を減少させる方法であって、前記方法が、実施形態７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖、または実施形態１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
実施形態１３６．胃腸の状態を治療する方法であって、胃腸状態を有するかまたは発症するリスクのある対象に、治療有効量の実施形態７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖、または実施形態１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより胃腸の状態を治療する、前記方法。
実施形態１３７．胃腸の状態を有するかまたは発症するリスクのある対象の消化管においてＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる方法であって、前記方法が、治療有効量の実施形態７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖、または実施形態１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより、消化管においてＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる、前記方法。
実施形態１３８．前記胃腸の状態が潰瘍性大腸炎である、実施形態１３６または１３７に記載の方法。
実施形態１３９．それを必要とする対象の炎症を軽減する方法であって、前記方法が、実施形態１～３６及び７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７及び９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９及び１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、それにより前記対象の炎症を軽減する、前記方法。
実施形態１４０．それを必要とする対象の肺における炎症を軽減する方法であって、前記方法が、実施形態１～３６及び７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７及び９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９及び１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、それにより前記対象の肺における炎症を軽減する、前記方法。
実施形態１４１．それを必要とする対象の消化管における炎症を軽減する方法であって、前記方法が、実施形態１～３６及び７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７及び９６～１２１のいずれか１つに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または実施形態４７～４９及び１２２～１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、それにより前記対象の前記消化管の炎症を軽減する、前記方法。
特定の化合物
特定の実施形態は、ＳＰＤＥＦ核酸に標的化された化合物を提供する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０１２３９１．２（配列番号１）、ヌクレオチド３４５３６００１から３４５５８０００までが短縮されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００６．１２の相補体（配列番号２）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５２２９４．１（配列番号３）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００５２４８９８８．３（配列番号４）、またはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００６７１５０４８．１（配列番号５）のＲｅｆＳｅｑまたはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号に記載されている配列を有し、そのそれぞれは参照によりその全体が組み込まれる。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。
特定の実施形態は、ＳＰＤＥＦ核酸に標的化された化合物を提供する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０１２３９１．２（配列番号１）、ヌクレオチド３４５３６００１から３４５５８０００までが短縮されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００６．１２の相補体（配列番号２）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５２２９４．１（配列番号３）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００５２４８９８８．３（配列番号４）、またはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００６７１５０４８．１（配列番号５）のＲｅｆＳｅｑまたはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号に記載されている配列を有し、そのそれぞれは参照によりその全体が組み込まれる。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。
特定の実施形態は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態は、９～８０個の連結ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも９個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態は、１０～８０個の連結ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態は、１１～８０個の連結ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１１個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１１～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態は、１２～８０個の連結ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１２個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態は、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。
特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号２のヌクレオチド３５３１～３５４６、９３７７～９３９２、９８０１～９８１６、９８０２～９８１７、または１７４９２～１７５０７内の等しい長さの部分に対して相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の連続する核酸塩基部分有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２のヌクレオチド３５３１～３５４６、９３７７～９３９２、９８０１～９８１６、９８０２～９８１７、または１７４９２～１７５０７内に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の連続する核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、１６個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、上述の修飾オリゴヌクレオチドのうちのいずれかは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖、及び／または少なくとも１つの修飾核酸塩基を有する。
特定の実施形態では、上述の修飾オリゴヌクレオチドのうちのいずれかの少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾糖は、２’－Ｏ－メトキシエチル基を含む。特定の実施形態では、修飾糖は、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’基、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’基、または４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’基などの二環式糖である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合などの修飾ヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、上述の修飾オリゴヌクレオチドのうちのいずれかの少なくとも１つの核酸塩基は、５－メチルシトシンなどの修飾核酸塩基である。
特定の実施形態では、上述の修飾オリゴヌクレオチドのうちのいずれかは、
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する。
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結された核酸塩基からなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結された核酸塩基からなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結された核酸塩基からなり、配列番号１１２９、１４４４、または７６１のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
１０個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を有し、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結された核酸塩基からなり、配列番号１９８３または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
９個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
５個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、５’ウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドはｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウィングセグメントは、５’から３’の方向に、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。特定の方法
９個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
５個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、５’ウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドはｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウィングセグメントは、５’から３’の方向に、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。特定の方法
本明細書に提供される特定の実施形態は、ＳＰＤＥＦ発現を阻害する方法に関し、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とする化合物の投与によって、対象におけるＳＰＤＥＦに関連する疾患を治療するか、予防するか、または改善するのに有用であり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ特異的阻害剤であり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸に標的化されたアンチセンス化合物、オリゴマー化合物、またはオリゴヌクレオチドであり得る。
本明細書で提供される化合物及び方法で治療可能、予防可能、及び／または改善可能であるＳＰＤＥＦに関連する疾患の例としては、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、洞ポリポーシス、気管支拡張症、またはサルコイドーシスが挙げられる。
特定の実施形態では、方法は、ＳＰＤＥＦ特異的阻害剤を含む化合物を対象に投与することを含む。特定の実施形態では、対象は、ＳＰＤＥＦに関連する疾患を有する。特定の実施形態では、対象は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻茸、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、またはサルコイドーシスを有する。特定の実施形態では、疾患は喘息である。特定の実施形態では、疾患はＩＰＦである。特定の実施形態では、疾患は炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の肺における炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の消化管における炎症を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の長さの連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。前述の実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ８３３５６１、８３３７４１、８３３７４８、９３６１４２、または９３６１５８である。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物を投与することは、粘液産生を減少させる。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肺線維症を減少させる。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肺機能を改善する。
特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦに関連する疾患を治療するかまたは改善する方法は、ＳＰＤＥＦ特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより疾患を治療するかまたは改善することを含む。特定の実施形態では、疾患は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻茸、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、またはサルコイドーシスである。特定の実施形態では、疾患は喘息である。特定の実施形態では、疾患はＩＰＦである。特定の実施形態では、疾患は炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の肺における炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の消化管における炎症を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の長さの連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ８３３５６１、８３３７４１、８３３７４８、９３６１４２、または９３６１５８である。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物を投与することは、粘液産生を減少させる。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肺線維症を減少させる。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肺機能を改善する。
特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦに関連する疾患を有するか、またはそれを有するリスクがある対象においてＳＰＤＥＦの発現を阻害する方法は、ＳＰＤＥＦ特異的阻害剤を含む化合物を対象に投与することを含み、それにより対象におけるＳＰＤＥＦの発現を阻害する。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肺におけるＳＰＤＥＦの発現を阻害する。特定の実施形態では、対象は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻茸、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、またはサルコイドーシスを有するか、またはそれを有するリスクがある。特定の実施形態では、疾患は喘息である。特定の実施形態では、疾患はＩＰＦである。特定の実施形態では、疾患は炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の肺における炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の消化管における炎症を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の長さの連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ８３３５６１、８３３７４１、８３３７４８、９３６１４２、または９３６１５８である。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、一本鎖であり得る。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、化合物を投与することは、粘液産生を減少させる。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肺線維症を減少させる。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肺機能を改善する。特定の実施形態では、対象は、ＳＰＤＥＦに関連する疾患を有すると特定されているか、またはそれを有するリスクがある。
特定の実施形態では、細胞においてＳＰＤＥＦの発現を阻害する方法は、ＳＰＤＥＦ特異的阻害剤を含む化合物に細胞を接触させることを含み、それにより細胞におけるＳＰＤＥＦの発現を阻害する。特定の実施形態では、細胞は肺細胞である。特定の実施形態では、細胞は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻茸、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、またはサルコイドーシスを有するか、またはそれを有するリスクがある対象の肺内のものである。特定の実施形態では、細胞は、喘息を有する対象の肺内のものである。特定の実施形態では、細胞は、ＩＰＦを有する対象の肺内のものである。特定の実施形態では、疾患は炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の肺における炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の消化管における炎症を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の長さの連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ８３３５６１、８３３７４１、８３３７４８、９３６１４２、または９３６１５８である。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、一本鎖であり得る。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＳＰＤＥＦに関連する疾患の治療に使用するための、ＳＰＤＥＦ特異的阻害剤を含む化合物を対象とする。特定の実施形態では、疾患は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻茸、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、またはサルコイドーシスである。特定の実施形態では、疾患は喘息である。特定の実施形態では、疾患はＩＰＦである。特定の実施形態では、疾患は炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の肺における炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の消化管における炎症を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の長さの連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ８３３５６１、８３３７４１、８３３７４８、９３６１４２、または９３６１５８である。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、一本鎖であり得る。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＳＰＤＥＦに関連する疾患を治療するための医薬の製造または調製のための、ＳＰＤＥＦ特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態では、疾患は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻茸、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、またはサルコイドーシスである。特定の実施形態では、疾患は喘息である。特定の実施形態では、疾患はＩＰＦである。特定の実施形態では、疾患は炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の肺における炎症を含む。特定の実施形態では、疾患は、対象の消化管における炎症を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、８～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１６～８０個の長さの連結ヌクレオシドからなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ８３３５６１、８３３７４１、８３３７４８、９３６１４２、または９３６１５８である。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、一本鎖であり得る。上述の実施形態のうちのいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
前述の方法または使用のうちのいずれかにおいて、化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸に標的化され得る。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド、例えば、８～８０個の連結ヌクレオシド、１０～３０個の連結ヌクレオシド、１２～３０個の連結ヌクレオシド、または１６個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１～５に列挙される核酸塩基配列のうちのいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖、及び／または少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖または２’－Ｏ－メトキシエチルであり、修飾核酸塩基は、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメント、及び連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間にかつそれらに直接隣接して位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
前述の方法または使用のうちのいずれかにおいて、化合物は、１６～８０個の連結ヌクレオシドからなり、配列番号１５～２２８４のうちのいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾オリゴヌクレオチドは、
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
前述の方法または使用のうちのいずれかにおいて、化合物は、１６～８０個の連結された核酸塩基からなり、配列番号１１２９、１４４４、７６１、１９８３、または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾オリゴヌクレオチドは、
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
前述の方法または使用のうちのいずれかにおいて、化合物は、１６～８０個の連結された核酸塩基からなり、配列番号１１２９、１４４４、または７６１のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
１０個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
３個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、それぞれのウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
前述の方法または使用のうちのいずれかにおいて、化合物は、１６～８０個の連結された核酸塩基からなり、配列番号１９８３または２２３０のうちのいずれか１つに列挙される核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み得るか、またはそれからなり得、修飾オリゴヌクレオチドは、
９個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
５個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、５’ウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドはｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウィングセグメントは、５’から３’の方向に、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
９個の連結された２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
２個の連結ヌクレオシドからなる５’ウィングセグメントと、
５個の連結ヌクレオシドからなる３’ウィングセグメントと、
を含み、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置付けられ、５’ウィングセグメントのそれぞれのヌクレオシドはｃＥｔヌクレオシドを含み、３’ウィングセグメントは、５’から３’の方向に、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドからなる。
Ｉ． 特定のオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、連結ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物である。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡもしくはＤＮＡ）であってもよく、または修飾オリゴヌクレオチドであってもよい。修飾オリゴヌクレオチドは、未修飾のＲＮＡまたはＤＮＡと比較して少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の修飾ヌクレオシド（修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。
特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、連結ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物である。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡもしくはＤＮＡ）であってもよく、または修飾オリゴヌクレオチドであってもよい。修飾オリゴヌクレオチドは、未修飾のＲＮＡまたはＤＮＡと比較して少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の修飾ヌクレオシド（修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。
Ａ． 特定の修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基、または修飾糖部分と修飾核酸塩基との両方を含む。
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基、または修飾糖部分と修飾核酸塩基との両方を含む。
１． 特定の糖部分
特定の実施形態では、修飾糖部分は、非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は、二環式または三環式の糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖代替物である。そのような糖代替物は、他の型の修飾糖部分の置換に対応する１つ以上の置換を含み得る。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は、二環式または三環式の糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖代替物である。そのような糖代替物は、他の型の修飾糖部分の置換に対応する１つ以上の置換を含み得る。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、１つ以上の置換基を有するフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分であり、そのいずれも、フラノシル環の２つの原子を架橋して二環式構造を形成しない。そのような非架橋置換基は、２’、４’、及び／または５’位の置換基を含むがこれらに限定されない、フラノシルの任意の位置にあってもよい。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の１つ以上の非架橋置換基が分岐している。非二環式修飾糖部分に適した２’－置換基の例には、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ－メチル」）、及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、２’－置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０アルコキシ、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０アルキル、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０置換アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキニル、Ｏ－アルキレニル－Ｏ－アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、Ｏ－アルカリル、Ｏ－アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、〔式中それぞれのＲｍ及びＲｎは、独立してＨ、アミノ保護基、または置換もしくは未置換のＣ１－Ｃ１０アルキルである〕、ならびにＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ． ６，５３１，５８４；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ． ５，８５９，２２１；及びＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ． ６，００５，０８７に記載の２’－置換基の中から選択される。これらの２’－置換基の特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基によってさらに置換され得る。非二環式修飾糖部分に好適な４’－置換基の例は、アルコキシ（例えばメトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２０１５／１０６１２８に記載されるものを含むが、これらに限定されない。非二環式修飾糖部分に好適な５’置換基の例は：５’－メチル（ＲまたはＳ）、５’－ビニル、及び５’－メトキシを含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基、例えば、２’－Ｆ－５’－メチル糖部分、及び修飾糖部分、ならびに、Ｍｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６に記載される修飾ヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ－置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含み、式中、それぞれのＲｍ及びＲｎは、独立してＨ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１－Ｃ１０アルキルである。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ，ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは：Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
特定の修飾糖部分は、二環式糖部分をもたらす第２の環を形成するフラノシル環の２つの原子を架橋する置換基を含む。特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、４’フラノース環原子と２’フラノース環原子との間に架橋を含む。そのような４’－２’架橋糖置換基の例としては、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（「ＬＮＡ」）、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（「ＥＮＡ」）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と呼ばれる）、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（ 例えば、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ等によるＵＳ７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ等によるＵＳ７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ等によるＵＳ８，０２２，１９３を参照されたい）、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，２７８，２８３を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’及びその類似体（ 例えば、Ｐｒａｋａｓｈ等によるＵＳ８，２７８，４２５を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ等によるＵＳ７，６９６，３４５、及びＡｌｌｅｒｓｏｎ等によるＵＳ８，１２４，７４５を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８－１３４を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，２７８，４２６を参照）、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、及び４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’（式中、それぞれのＲ、Ｒａ、及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１～Ｃ１２アルキル（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ等によるＵ．Ｓ． ７，４２７，６７２を参照されたい）が挙げられるが、これらに限定されない。
特定の実施形態では、そのような４’－２’架橋は、独立して、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、及び－Ｎ（Ｒａ）－（式中、ｘは、０、１、または２であり；ｎは、１、２、３、または４であり；それぞれのＲａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１－Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アルキル、Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、Ｃ５－Ｃ２０アリール、置換Ｃ５－Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５－Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５－Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、及びスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）から選択され；それぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１－Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アルキル、Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、Ｃ５－Ｃ２０アリール、置換Ｃ５－Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１－Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アミノアルキル、及び保護基から選択される）から選択される、１～４連結基を独立して含む。
さらなる二環式糖部分は、当該技術分野において公知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９－４４４３，Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０，Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ． Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２－８３７９；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７；Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０；Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８；Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２；及びＲａｍａｓａｍｙ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１；Ｔｏｒｓｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０；Ｍｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５；ならびに米国特許出願公開のＡｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００８／００３９６１８及びＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１５／０１９１７２７を参照されたい。
特定の実施形態では、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を組み込むヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書において記載される）は、α－Ｌ配置またはβ－Ｄ配置であってよい。
α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）またはα－Ｌ－ＬＮＡの二環式ヌクレオシドが、アンチセンス活性を示すオリゴヌクレオチドに組み込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な記載は、両方の異性体配置を含む。特定の二環式ヌクレオシド（例えばＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が、本明細書における例示的な実施形態において同定されるとき、それらは他が特定されない限り、β－Ｄ配置にある。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基及び１つ以上の架橋糖置換基（例えば、５’－置換及び４’－２’架橋糖）を含む。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖代替物である。特定のそのような実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素、または窒素原子で置換される。特定のこのような実施形態では、このような修飾糖部分は、上記のように架橋及び／または非架橋置換も含む。例えば、特定の糖代替物は、４’－硫黄原子ならびに２’位（例えば、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ． ７，８７５，７３３及びＢｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ． ７，９３９，６７７を参照されたい）及び／または５’位における置換を含む。
特定の実施形態では、糖代替物は５原子以外を有する環を含む。例えば、特定の実施形態では、糖代替物は、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。そのようなテトラヒドロピランは、さらに修飾または置換されていてもよい。そのような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドは、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アニトール核酸（ＡＮＡ）、マニトール核酸（ＭＮＡ）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ． Ｂｉｏｏｒｇ． ＆ Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． ２００２，１０，８４１－８５４を参照されたい）、フルオロＨＮＡ：
（「Ｆ－ＨＮＡ」、例えばＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７；及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照されたい；Ｆ－ＨＮＡはまた、Ｆ－ＴＨＰまたは３’－フルオロテトラヒドロピランと呼ぶこともできる）、ならびに以下の式を有する追加の修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドを含むがそれらに限定されない：
上記修飾ＴＨＰヌクレオシドのそれぞれについて、Ｂｘは核酸塩基部分であり；Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間連結基であるか、またはＴ３及びＴ４のうちの一方が、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４のうちの他方が、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結されたコンジュゲート基、または５’もしくは３’末端基であり、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１－Ｃ６アルキル、置換Ｃ１－Ｃ６アルキル、Ｃ２－Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ６アルケニル、Ｃ２－Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２－Ｃ６アルキニルであり、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、独立して、水素、ハロゲン、置換もしくは非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から選択され、式中、Ｘは、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１－Ｃ６アルキルである。
（「Ｆ－ＨＮＡ」、例えばＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７；及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照されたい；Ｆ－ＨＮＡはまた、Ｆ－ＴＨＰまたは３’－フルオロテトラヒドロピランと呼ぶこともできる）、ならびに以下の式を有する追加の修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドを含むがそれらに限定されない：
上記修飾ＴＨＰヌクレオシドのそれぞれについて、Ｂｘは核酸塩基部分であり；Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間連結基であるか、またはＴ３及びＴ４のうちの一方が、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４のうちの他方が、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結されたコンジュゲート基、または５’もしくは３’末端基であり、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１－Ｃ６アルキル、置換Ｃ１－Ｃ６アルキル、Ｃ２－Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ６アルケニル、Ｃ２－Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２－Ｃ６アルキニルであり、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、独立して、水素、ハロゲン、置換もしくは非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から選択され、式中、Ｘは、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、それぞれのＪ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１－Ｃ６アルキルである。
特定の実施形態では、修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供され、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７はそれぞれＨである。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つはＨ以外である。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つはメチルである。特定の実施形態では、修飾ＴＨＰヌクレオチドが提供され、Ｒ１及びＲ２のうちの１つはＦである。特定の実施形態では、Ｒ１はＦであり、Ｒ２はＨである。特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシであり、Ｒ２はＨである。特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシエトキシであり、Ｒ２はＨである。
特定の実施形態では、糖代替物は、５つを超える原子及び１つを超えるヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及び、オリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用は、報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３－４５１０、及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４；及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照されたい）。本明細書で使用される場合、用語「モルホリノ」は、以下の構造：
を有する糖代替物を意味する。
を有する糖代替物を意味する。
特定の実施形態では、例えば、モルホリノは、例えば様々な置換基を付加したり様々な置換基を改変したりすることによって上述のモルホリノ構造から修飾されてもよい。そのような糖代替物は、本明細書において「修飾モルホリノ」と呼ばれる。
特定の実施形態では、糖代替物は非環式部分を含む。そのような非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例は、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ． Ｂｉｏｍｏｌ． Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３－５８６５を参照されたい）、及びＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２０１１／１３３８７６に記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドを含むが、これらに限定されない。
多くの他の二環式及び三環式の糖及び糖代替物の環系が当該技術分野において公知であり、修飾ヌクレオシドにおいて使用できる。
２． 特定の修飾核酸塩基
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは脱塩基ヌクレオシドと呼ばれる核酸塩基を含まない、１つ以上のヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは脱塩基ヌクレオシドと呼ばれる核酸塩基を含まない、１つ以上のヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、５－置換ピリミジン、６－アラピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、及びＮ－２、Ｎ－６、及びＯ－６置換プリンから選択される。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、８－アザ及び他の８－置換プリン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル、及び５－ハロシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、無差別（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ）塩基、サイズ拡大塩基、及びフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基は、１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、１，３－ジアザフェノチアジン－２－オン、及び９－（２－アミノエトキシ）－１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇ－クランプ）などの三環式ピリミジンを含む。修飾核酸塩基は、プリンまたはピリミジン塩基が、他の複素環、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、及び２－ピリドンによって置換されている塩基も含み得る。さらなる核酸塩基は、Ｍｅｒｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８－８５９、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３、Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ． ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３－２８８に開示されるもの、ならびに、Ｃｈａｐｔｅｒｓ ６ ａｎｄ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３－１６６ ａｎｄ ４４２－４４３に開示されるものを含む。
上述の修飾核酸塩基及び他の修飾核酸塩基のいくつかの調製を教示する刊行物は、非限定的に、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６；Ｄｉｎｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５；Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２；Ｒｏｇｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６；Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３；Ｕｒｄｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６；Ｂｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７；Ｇｍｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７；Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１；Ｓｗｉｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， ６，１６６，１９９；及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６を含む。
３． 特定の修飾ヌクレオシド間結合
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を用いて一緒に連結され得る。ヌクレオシド間結合基の２つの主なクラスは、リン原子の存在または非存在によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」を含むリン酸（非修飾または天然に存在する結合とも呼ばれる）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミド酸、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びジチオリン酸（「ＨＳ－Ｐ＝Ｓ」）を含むが、これらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間連結基は、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）、及び、Ｎ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）を含むが、これらに限定されない。天然に存在するリン酸結合と比べて修飾ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を、改変、典型的には増加することができる。特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として、または別個の鏡像異性体として調製され得る。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を用いて一緒に連結され得る。ヌクレオシド間結合基の２つの主なクラスは、リン原子の存在または非存在によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」を含むリン酸（非修飾または天然に存在する結合とも呼ばれる）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミド酸、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びジチオリン酸（「ＨＳ－Ｐ＝Ｓ」）を含むが、これらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間連結基は、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）、及び、Ｎ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）を含むが、これらに限定されない。天然に存在するリン酸結合と比べて修飾ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を、改変、典型的には増加することができる。特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として、または別個の鏡像異性体として調製され得る。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合には、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが含まれるが、これらに限定されない。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、立体ランダムヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として、または特定の立体化学的構成においてホスホロチオエート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製することができる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが立体ランダムであるホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。そのような修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれのホスホロチオエート結合の立体化学的構成のランダムな選択をもたらす合成方法を使用して生成することができる。それにもかかわらず、当業者によってよく理解されているように、個々のオリゴヌクレオチド分子のそれぞれ個々のホスホロチオエートは、定義された立体配置を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、特定の、独立して選択された立体化学的構成において、１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の構成は、集団中の分子の少なくとも６５％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の構成は、集団中の分子の少なくとも７０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の構成は、集団中の分子の少なくとも８０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の構成は、集団中の分子の少なくとも９０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の構成は、集団中の分子の少なくとも９９％に存在する。修飾オリゴヌクレオチドのそのようなキラル濃縮集団は、当該技術分野で知られている合成方法、例えば、Ｏｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＣＳ １２５，８３０７ （２００３），Ｗａｎ ｅｔ ａｌ． Ｎｕｃ． Ａｃｉｄ． Ｒｅｓ． ４２，１３４５６ （２０１４）、及びＷＯ２０１７／０１５５５５に記載される方法を使用して生成できる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）配置において少なくとも１つの示されたホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）配置において少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。特定の実施形態では、（Ｒｐ）及び／または（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ、次の式のうちの１つ以上を含み、「Ｂ」は、核酸塩基を示す：
特に明記しない限り、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、立体ランダムまたは特定の立体化学的構成であり得る。
中性ヌクレオシド間結合は、非限定的に、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、アミド－３（３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）、アミド－４（３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）を含む。さらに、中性ヌクレオシド間結合は、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステル、及びアミドを含む非イオン性結合を含む（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ． Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ． Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ ３ ａｎｄ ４，４０－６５を参照されたい）。さらに、中性ヌクレオシド間結合は、混合したＮ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２構成要素部分を含む非イオン性結合を含む。
Ｂ． 特定のモチーフ
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含むヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾、及び異なる修飾の糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合がパターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって記載され得る（本明細書で使用される場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列と独立した核酸塩基に対する修飾を記載する）。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含むヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾、及び異なる修飾の糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合がパターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって記載され得る（本明細書で使用される場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列と独立した核酸塩基に対する修飾を記載する）。
１． 特定の糖モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖モチーフでオリゴヌクレオチドまたはそれらの領域に沿って配置された１種類以上の修飾糖部分及び／または非修飾糖部分を含む。ある場合において、そのような糖モチーフは、本明細書において議論される糖修飾のいずれかを含むがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖モチーフでオリゴヌクレオチドまたはそれらの領域に沿って配置された１種類以上の修飾糖部分及び／または非修飾糖部分を含む。ある場合において、そのような糖モチーフは、本明細書において議論される糖修飾のいずれかを含むがこれらに限定されない。
均一修飾されたオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾の糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの完全修飾領域のそれぞれのヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド全体のそれぞれのヌレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれらからなり、完全修飾領域内のそれぞれのヌクレオシドは、同一の修飾糖部分を含み、本明細書において、均一修飾糖モチーフと呼ばれる。特定の実施形態では、完全修飾オリゴヌクレオチドは、均一修飾オリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾の糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの完全修飾領域のそれぞれのヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド全体のそれぞれのヌレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれらからなり、完全修飾領域内のそれぞれのヌクレオシドは、同一の修飾糖部分を含み、本明細書において、均一修飾糖モチーフと呼ばれる。特定の実施形態では、完全修飾オリゴヌクレオチドは、均一修飾オリゴヌクレオチドである。
ギャップマーオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２つの外部領域または「ウィング」及び中央または内部領域または「ギャップ」によって定義されるギャップマーモチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’－ウィング、ギャップ、及び３’－ウィング）は、ヌクレオシドの連続する配列を形成し、ウィングのそれぞれのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部とは異なる。具体的には、少なくとも、ギャップに最も近い（５’－ウィングの最も３’側のヌクレオシド及び３’－ウィングの最も５’側のヌクレオシド）それぞれのウィングのヌクレオシドの糖部分が、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、したがって、ウィングとギャップとの間の境界（すなわち、ウィング／ギャップジャンクション）を定義する。特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同一である。特定の実施形態では、ギャップは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、２個のウィングの糖モチーフは、互いに同一である（対称性糖ギャップマー）。特定の実施形態では、５’－ウィングの糖モチーフは、３’－ウィングの糖モチーフとは異なる（非対称性糖ギャップマー）。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２つの外部領域または「ウィング」及び中央または内部領域または「ギャップ」によって定義されるギャップマーモチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’－ウィング、ギャップ、及び３’－ウィング）は、ヌクレオシドの連続する配列を形成し、ウィングのそれぞれのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部とは異なる。具体的には、少なくとも、ギャップに最も近い（５’－ウィングの最も３’側のヌクレオシド及び３’－ウィングの最も５’側のヌクレオシド）それぞれのウィングのヌクレオシドの糖部分が、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、したがって、ウィングとギャップとの間の境界（すなわち、ウィング／ギャップジャンクション）を定義する。特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同一である。特定の実施形態では、ギャップは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、２個のウィングの糖モチーフは、互いに同一である（対称性糖ギャップマー）。特定の実施形態では、５’－ウィングの糖モチーフは、３’－ウィングの糖モチーフとは異なる（非対称性糖ギャップマー）。
特定の実施形態では、ギャップマーのウィングは１～５個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのそれぞれのウィングのそれぞれのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーのそれぞれのウィングの少なくとも１つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーのそれぞれのウィングの少なくとも２つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーのそれぞれのウィングの少なくとも３つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーのそれぞれのウィングの少なくとも４つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、７～１２個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの少なくとも１つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、ギャップマーはデオキシギャップマーである。特定の実施形態では、それぞれのウィング／ギャップジャンクションのギャップ側のヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドであり、それぞれのウィング／ギャップジャンクションのウィング側は修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーのそれぞれのウィングのそれぞれのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾の糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの完全修飾領域のそれぞれのヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド全体のそれぞれのヌレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれらからなり、完全修飾領域内のそれぞれのヌクレオシドは、同一の修飾糖部分を含み、本明細書において、均一修飾糖モチーフと呼ばれる。特定の実施形態では、完全修飾オリゴヌクレオチドは、均一修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、均一修飾のそれぞれのヌクレオシドは、同一の２’－修飾を含む。
ここで、ギャップマーの３つの領域の長さ（ヌクレオシドの数）は、表記法［５’－ウィングのヌクレオシドの数］－［ギャップのヌクレオシドの数］－［３’－ウィングのヌクレオシドの数］を使用して提供され得る。したがって、３－１０－３ギャップマーは、それぞれのウィングの３個の連結ヌクレオシドとギャップの１０個の連結ヌクレオシドからなる。そのような命名法の後に特定の修飾が続く場合、その修飾はそれぞれのウィングのそれぞれの糖部分の修飾であり、ギャップヌクレオシドは非修飾のデオキシヌクレオシド糖を含む。したがって、３－１０－３ ｃＥｔギャップマーは、５’ウィングの３個の連結ｃＥｔヌクレオシド、ギャップの１０個の連結デオキシヌクレオシド、及び３’ウィングの３個の連結ｃＥｔヌクレオシドからなる。同様に、２－１２－２ ｃＥｔギャップマーは、５’ウィングの２個の連結されたｃＥｔヌクレオシド、ギャップの１２個の連結されたデオキシヌクレオシド、及び３’ウィングの２個の連結されたｃＥｔヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、３－１０－３ ＢＮＡギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、３－１０－３ ｃＥｔギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、３－１０－３ ＬＮＡギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２－１２－２ ＢＮＡギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２－１２－２ ｃＥｔギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２－１２－２ ＬＮＡギャップマーである。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドの糖部分は、修飾糖部分である。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドの糖部分は、修飾糖部分である。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも２個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも５個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも８個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１０個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１２個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１４個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１５個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１７個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、少なくとも１８個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、少なくとも２０個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも２１個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、ヌクレオシドの残部は２’－Ｆ修飾されている。
特定のそのような実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも２個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも３個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも４個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、１個ではあるが１個より多くないヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖を含む。特定の実施形態では、１または２個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、１～３個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１～４個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、２～４個の連続する２’－Ｆ修飾ヌクレオシドのブロックを有する。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの４個のヌクレオシドは２’－Ｆ修飾ヌクレオシドであり、それらの２’－Ｆ修飾ヌクレオシドのうちの３個は連続している。特定のそのような実施形態では、ヌクレオシドの残部は２’－ＯＭｅ修飾されている。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含み、少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含み、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｆｙｆまたはｙｆｙの糖モチーフを含み、それぞれの「ｆ」は２’－Ｆ修飾糖部分を表し、それぞれの「ｙ」は２’－ＯＭｅ修飾糖部分を表す。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｙｙの糖モチーフを有し、それぞれの「ｆ」は２’－Ｆ修飾糖部分を表し、それぞれの「ｙ」は２’－ＯＭｅ修飾糖部分を表す。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１個のヌクレオシドの糖部分は、修飾糖部分である。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１個のヌクレオシドの糖部分は、修飾糖部分である。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも２個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも５個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも８個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１０個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１２個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１４個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１５個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１７個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、少なくとも１８個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、少なくとも２０個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、少なくとも２１個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含む。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも２個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも３個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも４個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、１個ではあるがそれより多くないヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、１または２個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、１～３個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１～４個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、２～４個の連続する２’－Ｆ修飾ヌクレオシドのブロックを有する。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの４個のヌクレオシドは２’－Ｆ修飾ヌクレオシドであり、それらの２’－Ｆ修飾ヌクレオシドのうちの３個は連続している。特定のそのような実施形態では、ヌクレオシドの残部は２’ＯＭｅ修飾されている。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含み、少なくとも１個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のヌクレオシドは、２’－ＯＭｅ修飾糖部分を含み、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のヌクレオシドは、２’－Ｆ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｆｙｆまたはｙｆｙの糖モチーフを含み、それぞれの「ｆ」は２’－Ｆ修飾糖部分を表し、それぞれの「ｙ」は２’－ＯＭｅ修飾糖部分を表す。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆの糖モチーフを有し、それぞれの「ｆ」は２’－Ｆ修飾糖部分を表し、それぞれの「ｙ」は２’－ＯＭｅ修飾糖部分を表す。
２． 特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはそれらの領域に沿って配置された修飾及び／または非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、それぞれの核酸塩基が修飾されている。特定の実施形態では、核酸塩基のうちのいずれも修飾されていない。特定の実施形態では、それぞれのプリンまたはそれぞれのピリミジンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのアデニンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのグアニンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのチミンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのウラシルが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのシトシンが修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基のうちのいくつかもしくは全てが５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、全てのシトシン核酸塩基は５－メチルシトシンであり、修飾オリゴヌクレオチドの他の全ての核酸塩基は非修飾核酸塩基である。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはそれらの領域に沿って配置された修飾及び／または非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、それぞれの核酸塩基が修飾されている。特定の実施形態では、核酸塩基のうちのいずれも修飾されていない。特定の実施形態では、それぞれのプリンまたはそれぞれのピリミジンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのアデニンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのグアニンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのチミンが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのウラシルが修飾されている。特定の実施形態では、それぞれのシトシンが修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基のうちのいくつかもしくは全てが５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、全てのシトシン核酸塩基は５－メチルシトシンであり、修飾オリゴヌクレオチドの他の全ての核酸塩基は非修飾核酸塩基である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のそのような実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に存在する。特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３つのヌクレオシド内に存在する。特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端に存在する。特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３つのヌクレオシド内に存在する。
ギャップマーオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、修飾核酸塩基を含む１個のヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップ中に存在する。特定のそのような実施形態では、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’－デオキシリボシル部分である。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２－チオピリミジン及び５－プロピンピリミジンから選択される。
特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、修飾核酸塩基を含む１個のヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップ中に存在する。特定のそのような実施形態では、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’－デオキシリボシル部分である。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２－チオピリミジン及び５－プロピンピリミジンから選択される。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１個のヌクレオシドは、ＵＮＡである。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１個のヌクレオシドは、ＵＮＡである。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１個のヌクレオシドは、ＧＮＡである。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１～４個のヌクレオシドは、ＤＮＡである。特定のそのような実施形態では、１～４個のＤＮＡヌクレオシドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの一端または両端にある。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１個のヌクレオシドは、ＵＮＡである。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１個のヌクレオシドは、ＧＮＡである。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１～４個のヌクレオシドは、ＤＮＡである。特定のそのような実施形態では、１～４個のＤＮＡヌクレオシドは、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの一端または両端にある。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１個のヌクレオシドは、ＵＮＡである。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１個のヌクレオシドは、ＧＮＡである。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１～４個のヌクレオシドは、ＤＮＡである。特定のそのような実施形態では、１～４個のＤＮＡヌクレオシドは、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの一端または両端にある。
３． 特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはそれらの領域に沿って配置された修飾及び／または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態では、それぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間連結基はホスホロチオエートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間連結基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、立体ランダムホスホロチオエート（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから独立して選択される。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはそれらの領域に沿って配置された修飾及び／または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態では、それぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間連結基はホスホロチオエートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間連結基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、立体ランダムホスホロチオエート（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから独立して選択される。
ギャップマーオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は全て修飾されている。特定のそのような実施形態では、ウィング内のいくつかまたは全てのヌクレオシド間結合は、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウィングに少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも１つのホスホジエステル結合は末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態では、全てのホスホロチオエート結合は立体ランダムである。特定の実施形態では、ウィング内の全てのホスホロチオエート結合は（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は全て修飾されている。特定のそのような実施形態では、ウィング内のいくつかまたは全てのヌクレオシド間結合は、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウィングに少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも１つのホスホジエステル結合は末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態では、全てのホスホロチオエート結合は立体ランダムである。特定の実施形態では、ウィング内の全てのホスホロチオエート結合は（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、修飾結合である。特定の実施形態では、最も５’側の結合（すなわち、５’末端から１番目のヌクレオシドを５’末端から２番目のヌクレオシドに結合する）は、修飾されている。特定の実施形態では、２つの最も５’側の結合は、修飾されている。特定の実施形態では、３’末端からの最初の１つまたは２つの結合は、修飾されている。特定のそのような実施形態では、修飾結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、残りの結合は、全て非修飾のホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを有し、それぞれの「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、それぞれの「ｏ」は、リン酸ヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、逆位結合である。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、修飾結合である。特定の実施形態では、最も５’側の結合（すなわち、５’末端から１番目のヌクレオシドを５’末端から２番目のヌクレオシドに結合する）は、修飾されている。特定の実施形態では、２つの最も５’側の結合は、修飾されている。特定の実施形態では、３’末端からの最初の１つまたは２つの結合は、修飾されている。特定のそのような実施形態では、修飾結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、残りの結合は、全て非修飾のホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを有し、それぞれの「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、それぞれの「ｏ」は、リン酸ヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、逆位結合である。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、修飾結合である。特定の実施形態では、最も５’側の結合（すなわち、５’末端から１番目のヌクレオシドを５’末端から２番目のヌクレオシドに結合する）は、修飾されている。特定の実施形態では、２つの最も５’側の結合は、修飾されている。特定の実施形態では、３’末端からの最初の１つまたは２つの結合は、修飾されている。特定のそのような実施形態では、修飾結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、残りの結合は、全て非修飾のホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを有し、それぞれの「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、それぞれの「ｏ」は、リン酸ヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、逆位結合である。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、修飾結合である。特定の実施形態では、最も５’側の結合（すなわち、５’末端から１番目のヌクレオシドを５’末端から２番目のヌクレオシドに結合する）は、修飾されている。特定の実施形態では、２つの最も５’側の結合は、修飾されている。特定の実施形態では、３’末端からの最初の１つまたは２つの結合は、修飾されている。特定のそのような実施形態では、修飾結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、残りの結合は、全て非修飾のホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを有し、それぞれの「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、それぞれの「ｏ」は、リン酸ヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの結合は、逆位結合である。
Ｃ． 特定の長さ
活性を除去することなく、オリゴヌクレオチドの長さを増加しもしくは減少させることができる。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ． （Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９：７３０５－７３０９，１９９２）において、１３～２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、標的ＲＮＡの切断を誘導するその能力について、卵母細胞注入モデルで試験された。オリゴヌクレオチドの末端近くに８または１１のミスマッチ塩基を含む２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないオリゴヌクレオチドよりは劣っていたが、標的ｍＲＮＡの特異的切断を導くことができた。同様に、標的特異的切断が、（１つまたは３つのミスマッチを有するものを含む、１３核酸塩基オリゴヌクレオチドを使用して達成された。
活性を除去することなく、オリゴヌクレオチドの長さを増加しもしくは減少させることができる。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ． （Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９：７３０５－７３０９，１９９２）において、１３～２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、標的ＲＮＡの切断を誘導するその能力について、卵母細胞注入モデルで試験された。オリゴヌクレオチドの末端近くに８または１１のミスマッチ塩基を含む２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないオリゴヌクレオチドよりは劣っていたが、標的ｍＲＮＡの特異的切断を導くことができた。同様に、標的特異的切断が、（１つまたは３つのミスマッチを有するものを含む、１３核酸塩基オリゴヌクレオチドを使用して達成された。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾オリゴヌクレオチドを含む）は、様々な長さの範囲のうちの任意のものを有し得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｘ～Ｙ個の連結ヌクレオシドからなり、ここで、Ｘは、その範囲の最小数のヌクレオシドを表し、Ｙは、その範囲の最大数のヌクレオシドを表す。特定のそのような実施形態では、Ｘ及びＹは、それぞれ独立して、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から選択され、但しＸ≦Ｙという条件である。例えば、特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１２～１３、１２～１４、１２～１５、１２～１６、１２～１７、１２～１８、１２～１９、１２～２０、１２～２１、１２～２２、１２～２３、１２～２４、１２～２５、１２～２６、１２～２７、１２～２８、１２～２９、１２～３０、１３～１４、１３～１５、１３～１６、１３～１７、１３～１８、１３～１９、１３～２０、１３～２１、１３～２２、１３～２３、１３～２４、１３～２５、１３～２６、１３～２７、１３～２８、１３～２９、１３～３０、１４～１５、１４～１６、１４～１７、１４～１８、１４～１９、１４～２０、１４～２１、１４～２２、１４～２３、１４～２４、１４～２５、１４～２６、１４～２７、１４～２８、１４～２９、１４～３０、１５～１６、１５～１７、１５～１８、１５～１９、１５～２０、１５～２１、１５～２２、１５～２３、１５～２４、１５～２５、１５～２６、１５～２７、１５～２８、１５～２９、１５～３０、１６～１７、１６～１８、１６～１９、１６～２０、１６～２１、１６～２２、１６～２３、１６～２４、１６～２５、１６～２６、１６～２７、１６～２８、１６～２９、１６～３０、１７～１８、１７～１９、１７～２０、１７～２１、１７～２２、１７～２３、１７～２４、１７～２５、１７～２６、１７～２７、１７～２８、１７～２９、１７～３０、１８～１９、１８～２０、１８～２１、１８～２２、１８～２３、１８～２４、１８～２５、１８～２６、１８～２７、１８～２８、１８～２９、１８～３０、１９～２０、１９～２１、１９～２２、１９～２３、１９～２４、１９～２５、１９～２６、１９～２９、１９～２８、１９～２９、１９～３０、２０～２１、２０～２２、２０～２３、２０～２４、２０～２５、２０～２６、２０～２７、２０～２８、２０～２９、２０～３０、２１～２２、２１～２３、２１～２４、２１～２５、２１～２６、２１～２７、２１～２８、２１～２９、２１～３０、２２～２３、２２～２４、２２～２５、２２～２６、２２～２７、２２～２８、２２～２９、２２～３０、２３～２４、２３～２５、２３～２６、２３～２７、２３～２８、２３～２９、２３～３０、２４～２５、２４～２６、２４～２７、２４～２８、２４～２９、２４～３０、２５～２６、２５～２７、２５～２８、２５～２９、２５～３０、２６～２７、２６～２８、２６～２９、２６～３０、２７～２８、２７～２９、２７～３０、２８～２９、２８～３０、または２９～３０の連結ヌクレオシドからなり得る。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～２４個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～２４個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３個の連結ヌクレオシドからなる。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～２４個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３個の連結ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１７～２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～３０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは１８～２５個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０～２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１～２３個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３～２４個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２０個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２２個の連結ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３個の連結ヌクレオシドからなる。
Ｄ． 特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、上述の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾オリゴヌクレオチド内に組み込まれる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全体の長さによって特徴付けられる。特定の実施形態では、そのようなパラメータはそれぞれ、互いに独立している。したがって、他が示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、修飾されていても修飾されていなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っていても従っていなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウィング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であっても、異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であっても、異なっていてもよい。同様に、そのような糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立して１個以上の修飾核酸塩基を含み得る。別に示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列から独立している。
特定の実施形態では、上述の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾オリゴヌクレオチド内に組み込まれる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全体の長さによって特徴付けられる。特定の実施形態では、そのようなパラメータはそれぞれ、互いに独立している。したがって、他が示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、修飾されていても修飾されていなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っていても従っていなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウィング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であっても、異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であっても、異なっていてもよい。同様に、そのような糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立して１個以上の修飾核酸塩基を含み得る。別に示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列から独立している。
Ｅ． 修飾オリゴヌクレオチドの特定の集団
集団の全ての修飾オリゴヌクレオチドが同じ分子式を有する修飾オリゴヌクレオチドの集団は、立体ランダム集団またはキラル濃縮集団であり得る。全ての修飾オリゴヌクレオチドの全てのキラル中心は、立体ランダム集団において立体ランダムである。キラル濃縮集団では、少なくとも１つの特定のキラル中心は、集団の修飾オリゴヌクレオチドにおいて立体ランダムではない。特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分が濃縮されており、全てのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は立体ランダムである。特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、特定の立体化学的構成におけるβ－Ｄリボシル糖部分と少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮される。
集団の全ての修飾オリゴヌクレオチドが同じ分子式を有する修飾オリゴヌクレオチドの集団は、立体ランダム集団またはキラル濃縮集団であり得る。全ての修飾オリゴヌクレオチドの全てのキラル中心は、立体ランダム集団において立体ランダムである。キラル濃縮集団では、少なくとも１つの特定のキラル中心は、集団の修飾オリゴヌクレオチドにおいて立体ランダムではない。特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分が濃縮されており、全てのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は立体ランダムである。特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、特定の立体化学的構成におけるβ－Ｄリボシル糖部分と少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮される。
Ｆ． 核酸塩基配列
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（非修飾または修飾オリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によってさらに記載される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチド、または標的核酸などの同定された参照核酸に相補的である核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第２のオリゴヌクレオチド、または標的核酸などの同定された参照核酸に相補的である核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または全長の核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチド、または標的核酸などの同定された参照核酸に対し、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（非修飾または修飾オリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によってさらに記載される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチド、または標的核酸などの同定された参照核酸に相補的である核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第２のオリゴヌクレオチド、または標的核酸などの同定された参照核酸に相補的である核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または全長の核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチド、または標的核酸などの同定された参照核酸に対し、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
ＩＩ． 特定のオリゴマー化合物
特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、オリゴヌクレオチド（修飾または非修飾）ならびに任意選択で１個以上のコンジュゲート基及び／または末端基からなるオリゴマー化合物である。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドのいずれか一方または両方の末端及び／または任意の内部位置に結合できる。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’－位に結合する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれか一方または両方の末端に結合するコンジュゲート基は、末端基である。特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’及び／または５’末端に結合する。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）はオリゴヌクレオチドの５’末端に結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合する。
特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、オリゴヌクレオチド（修飾または非修飾）ならびに任意選択で１個以上のコンジュゲート基及び／または末端基からなるオリゴマー化合物である。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドのいずれか一方または両方の末端及び／または任意の内部位置に結合できる。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’－位に結合する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれか一方または両方の末端に結合するコンジュゲート基は、末端基である。特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’及び／または５’末端に結合する。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）はオリゴヌクレオチドの５’末端に結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合する。
末端基の例としては、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾または未修飾のヌクレオシド、及び独立して修飾または未修飾である２つ以上のヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。
Ａ． 特定のＲＮＡｉ化合物
ＲＮＡｉ化合物は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び任意選択でセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含む。ＲＮＡｉ化合物はまた、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドまたはセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド（存在する場合）に結合し得る末端基及び／またはコンジュゲート基を含み得る。
ＲＮＡｉ化合物は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び任意選択でセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含む。ＲＮＡｉ化合物はまた、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドまたはセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド（存在する場合）に結合し得る末端基及び／またはコンジュゲート基を含み得る。
二重鎖
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含むＲＮＡｉ化合物は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドがアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに相補的なアンチセンスハイブリダイズ領域を含むため、二重鎖を形成する。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれの核酸塩基は、互いに相補的である。特定の実施形態では、２つのＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、互いに対して少なくとも１つのミスマッチを有する。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含むＲＮＡｉ化合物は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドがアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに相補的なアンチセンスハイブリダイズ領域を含むため、二重鎖を形成する。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれの核酸塩基は、互いに相補的である。特定の実施形態では、２つのＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、互いに対して少なくとも１つのミスマッチを有する。
特定の実施形態では、アンチセンスハイブリダイズ領域は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの全長を構成する。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのうちの一方または両方は、ハイブリダイズしない一端または両末端に追加のヌクレオシド（突出ヌクレオシド）を含む。特定の実施形態では、突出ヌクレオシドはＤＮＡである。特定の実施形態では、突出ヌクレオシドは、互いに（２つ以上が存在する場合）、ホスホロチオエート結合を有する第１の非突出ヌクレオシドに連結されている。
Ｂ． 特定のコンジュゲート基
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは１つ以上のコンジュゲート基に共有結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含むが、これらに限定されない結合したオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を調節する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチドに、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基のような新規の特性を与える。特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分はこれまでに記載され、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コリン酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３－５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド－デカン－ジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールまたはトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４、Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）、またはアダマンタン酢酸（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｅｘｐ． Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０、及びＮｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）である。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは１つ以上のコンジュゲート基に共有結合する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含むが、これらに限定されない結合したオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を調節する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチドに、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基のような新規の特性を与える。特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分はこれまでに記載され、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コリン酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３－５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド－デカン－ジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールまたはトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４、Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）、またはアダマンタン酢酸（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｅｘｐ． Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０、及びＮｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）である。
１． コンジュゲート部分
コンジュゲート部分は、非限定的に、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び染料を含む。
コンジュゲート部分は、非限定的に、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び染料を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲート基には、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、ホリニン酸、ベンゾサイアジアザイド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン（ｉｎｄｏｍｅｔｈｉｃｉｎ）、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬または抗生薬などの活性原薬が含まれる。
２． コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分はコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合する。特定のオリゴマー化合物において、コンジュゲートリンカーは、単化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドに単結合を介して直接的に結合する）。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位の繰り返し単位のオリゴマーなどの鎖構造を含む。
コンジュゲート部分はコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合する。特定のオリゴマー化合物において、コンジュゲートリンカーは、単化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドに単結合を介して直接的に結合する）。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位の繰り返し単位のオリゴマーなどの鎖構造を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。特定のそのような実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン酸基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性連結基を含む。
特定の実施形態では、上述のコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲートリンカーは、二官能性連結部分、例えば、コンジュゲート基を、本明細書において提供されるオリゴヌクレオチドなどの親化合物へと結合するのに有用であると当該技術分野において知られているものである。一般的に、二官能性連結部分は、少なくとも２つの官能基を含む。官能基の一方は、親化合物上の特定の部位に結合するよう選択され、他方はコンジュゲート基に結合するよう選択される。二官能連結部分において使用される官能基の例は、求核基と反応する求電子剤及び求電子基と反応する求核剤を含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ピロリジンを含む。
コンジュゲートリンカーの例には、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシラート（ＳＭＣＣ）、及び６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が含まれるが、これらに限定されない。他のコンジュゲートリンカーには、置換もしくは非置換のＣ１－Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換のＣ２－Ｃ１０アルケニルまたは置換もしくは非置換のＣ２－Ｃ１０アルキニルであって、好ましい置換基の非限定的なリストが、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルを含むものが含まれるがこれらに限定されない。
特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１～１０のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２～５のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは正確に３つのリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ＴＣＡモチーフを含む。特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは非修飾である。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、または置換ピリミジンから選択される任意選択で保護された複素環式塩基を含む。特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカーヌクレオシドにとって、オリゴマー化合物が標的部位に到達した後、オリゴマー化合物から切断されることが典型的に望まれる。したがって、リンカーヌクレオシドは、典型的には、切断可能な結合を介して、互いに、及びオリゴマー化合物の残りの部分に連結される。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書において、リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの部分であるとはみなされない。したがって、オリゴマー化合物が特定の数または範囲の連結ヌクレオシド及び／または参照核酸に対する特定のパーセントの相補性からなるオリゴヌクレオチドを含み、オリゴマー化合物がまた、リンカーヌクレオシドを含む共役リンカーを含むコンジュゲート基を含む実施形態では、それらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに対してカウントされず、オリゴヌクレオチドの参照核酸に対する相補性パーセントの決定において使用されない。例えば、オリゴマー化合物が（１）８～３０のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチド、及び（２）修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続的である１～１０のリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲート基を含み得る。そのようなオリゴマー化合物における連続的な連結ヌクレオシドの総数は、３０を超える。代替的にオリゴマー化合物は、８～３０のヌクレオシドからなり、コンジュゲート基を有しない修飾オリゴヌクレオチドを含み得る。そのようなオリゴマー化合物における連続的な連結ヌクレオシドの総数は、３０を超えない。他が示されない限り、コンジュゲートリンカーは１０以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは５以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは３以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは２以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは１以下のリンカーヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドから切断されることが望ましい。例えば、ある状況において、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は、より良好に特定の細胞型に取り込まれるが、オリゴマー化合物が取り込まれると、コンジュゲート基が切断されてコンジュゲートしていないオリゴヌクレオチドまたは親オリゴヌクレオチドを放出することが望ましい。したがって、特定のコンジュゲートリンカーは、１つ以上の切断可能な部分を含み得る。特定の実施形態では、切断可能な部分は、切断可能な結合である。特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。特定の実施形態では、切断可能な部分は、１、２、３、４、または４以上の切断可能な結合を有する原子団を含む。特定の実施形態では、切断可能な部分は、リソソームなどの細胞内部または細胞内区画において選択的に切断される。特定の実施形態では、切断可能部分はヌクレアーゼなどの内因性酵素によって選択的に切断される。
特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方もしくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、またはジスルフィドの中から選択される。特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルの一方もしくは両方のエステルである。特定の実施形態では、切断可能な部分は、リン酸またはホスホジエステルを含む。特定の実施形態では、切断可能な部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分またはコンジュゲート基との間のリン酸結合である。
特定の実施形態では、切断可能な部分は、１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むか、またはそれからなる。特定のそのような実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、互いに、及び／または切断可能な結合を介してオリゴマー化合物の残りの部分に連結されている。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、切断可能な部分は、リン酸ヌクレオシド間結合によって、オリゴヌクレオチドの３’または５’末端のいずれかのヌクレオシドに結合し、リン酸またはホスホロチオエート結合によってコンジュゲートンカーまたはコンジュゲート部分の残りの部分に共有結合する２’－デオキシヌクレオシドである。特定のそのような実施形態では、切断可能な部分は、２’－デオキシアデノシンである。
Ｃ． 特定の末端基
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１つ以上の末端基を含む。特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’－リン酸を含む。安定化された５’－ホスフェートには、５’－ビニルホスホネートを含むがこれに限定されない５’－ホスファネートが含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基ヌクレオシド及び／または逆ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’結合ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、２’結合ヌクレオシドは、脱塩基ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１つ以上の末端基を含む。特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’－リン酸を含む。安定化された５’－ホスフェートには、５’－ビニルホスホネートを含むがこれに限定されない５’－ホスファネートが含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基ヌクレオシド及び／または逆ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’結合ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、２’結合ヌクレオシドは、脱塩基ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１つ以上の末端基を含む。特定のそのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端にリン含有基を含む。特定の実施形態では、リン含有基は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び／またはセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端にある。特定の実施形態では、末端基は、リン酸安定化リン酸基である。５’末端リン含有基は、５’末端リン酸（５’－Ｐ）、５’末端ホスホロチオエート（５’－ＰＳ）、５’末端ホスホロジチオエート（５’－ＰＳ２）、５’末端ビニルホスホネート（５’－ＶＰ）、５’末端メチルホスホネート（ＭｅＰｈｏｓ）、または５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルがあり得る。５’末端リン含有基が５’末端ビニルホスホネートである場合、５’ＶＰは５’－Ｅ－ＶＰ異性体（すなわち、トランス－ビニルホスホネート）、５’－Ｚ－ＶＰ異性体（すなわち、シス－ビニルホスホネート）、またはそれらの混合物のいずれかであり得る。そのようなリン酸基は、任意の修飾オリゴヌクレオチドに結合することができるが、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドへのそのような基の結合が特定のＲＮＡｉ剤の活性を改善することが特に示されている。例えば、Ｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，４３（６）：２９９３－３０１１，２０１５；Ｅｌｋａｙａｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，４５（６）：３５２８－３５３６，２０１７；Ｐａｒｍａｒ，ｅｔ ａｌ． ＣｈｅｍＢｉｏＣｈｅｍ，１７（１１）９８５－９８９；２０１６；Ｈａｒａｓｔｚｉ，ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，４５（１３）：７５８１－７５９２，２０１７を参照されたい。特定の実施形態では、リン酸安定化基は、５’－シクロプロピルホスホネートである。例えば、ＷＯ／２０１８／０２７１０６を参照されたい。
特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基ヌクレオシド及び／または逆ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’結合ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、２’結合ヌクレオシドは、脱塩基ヌクレオシドである。
Ｄ． 特定のＲＮＡｉモチーフ
ＲＮＡｉ剤は、モチーフまたは特定の機能によって説明することができる。
ＲＮＡｉ剤は、モチーフまたは特定の機能によって説明することができる。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、及び
（ｉｉｉ）１、３、５、７、９～１１、１３、１７、１９、及び２１位での２’－Ｆ修飾、ならびに２、４、６、８、１２、１４～１６、１８、及び２０位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、９、１１～１３、１５、１７、１９、２１、及び２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６～８、１０、１４、１６、１８、２０、及び２２位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端の２個のヌクレオチドは突出ヌクレオシドであり、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端とセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端を構成するＲＮＡｉ剤二重鎖の末端は平滑末端（すなわち、どちらのオリゴヌクレオチドもその末端に突出ヌクレオシドを有しておらず、代わりにセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのハイブリダイズ領域はセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの最も３’側のヌクレオシドを含み、そのヌクレオシドはアンチセンスオリゴヌクレオチドの最も５’側のヌクレオシドとハイブリダイズする）である。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、及び
（ｉｉｉ）１、３、５、７、９～１１、１３、１７、１９、及び２１位での２’－Ｆ修飾、ならびに２、４、６、８、１２、１４～１６、１８、及び２０位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、９、１１～１３、１５、１７、１９、２１、及び２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６～８、１０、１４、１６、１８、２０、及び２２位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端の２個のヌクレオチドは突出ヌクレオシドであり、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端とセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端を構成するＲＮＡｉ剤二重鎖の末端は平滑末端（すなわち、どちらのオリゴヌクレオチドもその末端に突出ヌクレオシドを有しておらず、代わりにセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのハイブリダイズ領域はセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの最も３’側のヌクレオシドを含み、そのヌクレオシドはアンチセンスオリゴヌクレオチドの最も５’側のヌクレオシドとハイブリダイズする）である。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１、３、５、７、９～１１、１３、１７、１９、及び２１位での２’－Ｆ修飾、ならびに２、４、６、８、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１～１３、１５、１７、１９、及び２１～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１、３、５、７、９～１１、１３、１７、１９、及び２１位での２’－Ｆ修飾、ならびに２、４、６、８、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１～１３、１５、１７、１９、及び２１～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～６、８、１０、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに７及び９位での２’－Ｆ修飾、ならびに１１位でのデオキシヌクレオチド（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、７、９、１１、１３、１５、１７、及び１９～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４～６、８、１０、１２、１４、１６、及び１８位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～６、８、１０、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに７及び９位での２’－Ｆ修飾、ならびに１１位でのデオキシヌクレオチド（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、７、９、１１、１３、１５、１７、及び１９～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４～６、８、１０、１２、１４、１６、及び１８位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに７、及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、８、１０～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに７、及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、８、１０～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに７、及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、８、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに７、及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、８、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）１９の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～４、６、及び１０～１９位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに５、及び７～９位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、８、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）１９の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～４、６、及び１０～１９位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに５、及び７～９位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、８、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）６位で結合したコンジュゲート（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～５、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、８、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化リン酸基、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）６位で結合したコンジュゲート（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～５、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、６、８、９、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化リン酸基、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、６位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、６位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～６、８～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、７位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）３’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～６、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、及び２と３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～６、８～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、７位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）６位で結合したコンジュゲート（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～５、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、６位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化リン酸基、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）６位で結合したコンジュゲート（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～５、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～５、７～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、６位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化リン酸基、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
ＲＮＡｉ二重鎖は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端に２つのヌクレオチド突出を含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端に平滑末端を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）６位で結合したコンジュゲート（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～５、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～６、８～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、７位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化リン酸基、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端の２個のヌクレオチドは突出ヌクレオシドであり、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端とセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端を構成するＲＮＡｉ剤二重鎖の末端は平滑末端（すなわち、どちらのオリゴヌクレオチドもその末端に突出ヌクレオシドを有しておらず、代わりにセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのハイブリダイズ領域はセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの最も３’側のヌクレオシドを含み、そのヌクレオシドはアンチセンスオリゴヌクレオチドの最も５’側のヌクレオシドとハイブリダイズする）である。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）６位で結合したコンジュゲート（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）７及び９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに１～５、８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１９と２０位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２３の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３～６、８～１３、１５、及び１７～２３位での２’－ＯＭｅ修飾、７位での（Ｓ）－ＧＮＡ修飾、ならびに２、１４、及び１６位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、２１と２２位ヌクレオシドの間、及び２２と２３位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化リン酸基、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含み、
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端の２個のヌクレオチドは突出ヌクレオシドであり、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端とセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端を構成するＲＮＡｉ剤二重鎖の末端は平滑末端（すなわち、どちらのオリゴヌクレオチドもその末端に突出ヌクレオシドを有しておらず、代わりにセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのハイブリダイズ領域はセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの最も３’側のヌクレオシドを含み、そのヌクレオシドはアンチセンスオリゴヌクレオチドの最も５’側のヌクレオシドとハイブリダイズする）である。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）５’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドと最も３’側のヌクレオシドの両方に結合した逆位の脱塩基糖部分、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、３と４位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）５’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに９～１１位での２’－Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）最も５’側のヌクレオシドと最も３’側のヌクレオシドの両方に結合した逆位の脱塩基糖部分、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、３と４位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）５’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに９～１１位での２’－Ｆ修飾、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｖ）最も３’側のヌクレオシドに結合した逆位の脱塩基糖部分、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、３と４位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）５’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）１～８、及び１２～２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに９～１１位での２’－Ｆ修飾、
（ｉｖ）１と２位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｖ）最も３’側のヌクレオシドに結合した逆位の脱塩基糖部分、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）２１の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、３と４位ヌクレオシドの間、及び２０と２１位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）１９の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）５’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１７と１８位ヌクレオシドの間、及び１８と１９位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）１９の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１７と１８位ヌクレオシドの間、及び１８と１９位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含む。
（ａ）センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）１９の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）５’末端に結合したコンジュゲート、
（ｉｉｉ）２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’Ｆ修飾、ならびに、
（ｉｖ）１７と１８位ヌクレオシドの間、及び１８と１９位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、
を有するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、
（ｂ）アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）１９の長さのヌクレオチド、
（ｉｉ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、及び２１位での２’－ＯＭｅ修飾、ならびに２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、及び２０位での２’Ｆ修飾（５’末端から数えて）、ならびに、
（ｉｉｉ）１と２位ヌクレオシドの間、２と３位ヌクレオシドの間、１７と１８位ヌクレオシドの間、及び１８と１９位ヌクレオシドの間のホスホロチオエートヌクレオシド間結合（５’末端から数えて）、を有するアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと、を含む。
上述の実施形態のいずれにおいても、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端のコンジュゲートは、標的部分を含み得る。特定のそのような実施形態では、標的化部分は、神経伝達物質受容体を標的とする。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、神経伝達物質トランスポーターを標的とする。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、ＧＡＢＡトランスポーターを標的とする。例えば、ＷＯ２０１１／１３１６９３、ＷＯ２０１４／０６４２５７を参照されたい。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、２１ヌクレオチドのセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び２３ヌクレオチドのアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含み、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、５’末端から９、１０、１１位に３つの連続する２’－Ｆ修飾ヌクレオシドの少なくとも１つのモチーフを含み、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、５’末端から１１、１２、１３位に３個の連続するヌクレオチドに３個の２’－Ｏ－メチル修飾のモチーフを少なくとも１つ含み、ＲＮＡｉ剤の一方の端は平滑末端を有し、他方の端は２個のヌクレオチド突出を含む。好ましくは、２ヌクレオチドの突出は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端にある。
特定の実施形態では、２個のヌクレオチド突出がアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端にある場合、末端３個のヌクレオチド間に２個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合があり得、３個のヌクレオチドのうちの２個は突出ヌクレオチドであり、第３のヌクレオチドは突出ヌクレオチドの隣にある対をなすヌクレオチドである。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端とアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端の両方で、末端３個のヌクレオチド間に２個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合をさらに有する。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの全てのヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドである。特定の実施形態では、それぞれのヌクレオチドは、例えば、交互モチーフにおいて、２’－Ｏ－メチルまたは３’－フルオロで独立して修飾される。任意選択で、ＲＮＡｉ剤はコンジュゲートを含む。
特定の実施形態では、モチーフの一部であるヌクレオチドを含む、ＲＮＡｉ剤のセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドにおける全てのヌクレオチドは、修飾され得る。それぞれのヌクレオチドは、同じまたは異なる修飾で修飾することができ、これは、非連結リン酸酸素の一方または両方の１つ以上の変化、リボース糖の構成成分、例えば、リボース糖上の２’ヒドロキシルの変化、「脱ホスホ」リンカーによるリン酸部分の大規模な置換、天然に存在する塩基の修飾または置換、及び、リボース－リン酸骨格の置換または修飾を含むことができる。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドは、ＬＮＡ、ｃＥｔ、ＵＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－ＭＯＥ、２’－ＯＭｅ、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－デオキシ、２’－ヒドロキシル、または２’－フルオロで独立して修飾される。ＲＮＡｉ剤は、１つを超える修飾を含むことができる。一実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドは、２’－Ｏ－メチルまたは２’－Ｆで独立して修飾される。特定の実施形態では、修飾は２’－ＮＭＡ修飾である。
本明細書で使用される場合、「交互モチーフ」という用語は、１つ以上の修飾を有するモチーフを指し、それぞれの修飾は、１つのＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの交互ヌクレオチド上で起こる。交互ヌクレオチドとは、１ヌクレオチドおきに１つ、または３ヌクレオチドおきに１つ、または同様のパターンを指し得る。例えば、Ａ、Ｂ、及びＣがそれぞれヌクレオチドに対する１つのタイプの修飾を表す場合、交互モチーフは、「ＡＢＡＢＡＢＡＢＡＢＡＢ．．．」、「ＡＡＢＢＡＡＢＢＡＡＢＢ．．．」、「ＡＡＢＡＡＢＡＡＢＡＡＢ．．．」、「ＡＡＡＢＡＡＡＢＡＡＡＢ．．．」、「ＡＡＡＢＢＢＡＡＡＢＢＢ．．．」、または「ＡＢＣＡＢＣＡＢＣＡＢＣ．．．」、などであり得る。
交互モチーフに含まれる修飾のタイプは、同じであっても異なっていてもよい。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄがそれぞれヌクレオチド上の１つのタイプの修飾を表す場合、交互パターン、すなわち１ヌクレオチドおきの修飾が同じであり得るが、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれは、「ＡＢＡＢＡＢ．．．」、「ＡＣＡＣＡＣ．．．」、「ＢＤＢＤＢＤ．．．」、または「ＣＤＣＤＣＤ．．．」など、交互モチーフ内の修飾のいくつかの可能性から選択され得る。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド上の交互モチーフの修飾パターンと比較した、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド上の交互モチーフの修飾パターンは、シフトされる。このシフトは、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの修飾ヌクレオチドの群がアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの異なって修飾されたヌクレオチドの群に対応するようなものであり得、逆もまた同様である。例えば、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡｉ二重鎖においてアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと対にされた場合、二重鎖領域内において、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの交互モチーフは、ＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’－３’から「ＡＢＡＢＡＢ」で始まってもよく、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの交互モチーフは、ＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’－３’から「ＢＡＢＡＢＡ」で始まってもよい。別の例として、二重鎖領域内において、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの交互モチーフは、ＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’－３’から「ＡＡＢＢＡＡＢＢ」で始まってもよく、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの交互モチーフは、ＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’－３’から「ＢＢＡＡＢＢＡＡ」で始まってもよく、その結果、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとの間に１０個の修飾パターンの完全または部分的なシフトが存在する。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの２’－Ｏ－メチル修飾と２’－Ｆ修飾の交互モチーフのパターンを含むＲＮＡｉ剤は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの２’－Ｏ－メチル修飾と２’－Ｆ修飾の交互モチーフのパターンと比較したシフトを最初に最初に有し、すなわち、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド上の２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド上の２’－Ｆ修飾ヌクレオチドと塩基対形成し、逆もまた同様である。センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１位は２’－Ｆ修飾で始まってもよく、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１位は２’－Ｏ－メチル修飾で始まってもよい。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び／またはアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドへの３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つ以上のモチーフの導入は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び／またはアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに存在する初期の修飾パターンを中断する。センス及び／またはアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドへの３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つ以上のモチーフを導入することによるセンス及び／またはアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの修飾パターンのこの中断は、驚くべきことに、標的遺伝子に対する遺伝子サイレンシング活性を増強する。一実施形態では、３つの連続する２５ヌクレオチド上の３つの同一の修飾のモチーフがＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのいずれかに導入される場合、モチーフの隣のヌクレオチドの修飾は、モチーフの修飾とは異なる修飾である。例えば、モチーフを含む配列の部分は、「．．．ＮａＹＹＹＮｂ．．．」であり、式中、「Ｙ」は３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾のモチーフの修飾を表し、「Ｎａ」及び「Ｎｂ」は、Ｙの修飾とは異なる、モチーフ「ＹＹＹ」の隣のヌクレオチドの修飾を表し、Ｎａ及びＮｂは同じ修飾でも異なる修飾でもよい。代替的に、ウィング修飾が存在する場合、Ｎａ及び／またはＮｂが存在してもよく、または存在しなくてもよい。
特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、式（Ｉ）によって表され得る：
５’ ｎｐ－Ｎａ－（Ｘ Ｘ Ｘ ）ｉ－Ｎｂ－Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎｂ－（Ｚ Ｚ Ｚ ）ｒＮａ－ｎｑ ３’ （Ｉ）
式中、
ｉ及びｊは、それぞれ独立して０または１であり、
ｐ及びｑは、それぞれ独立して０～６であり、
それぞれのＮａは、独立して、少なくとも２つの異なる修飾ヌクレオシドを含む０～２５個の連結ヌクレオシドを表し、
それぞれのＮｂは、独立して０～１０個の連結ヌクレオシドを表し、
それぞれのｎｐ及びｎｑは、独立して突出ヌクレオシドを表し、
式中、Ｎｂ及びＹは同じ修飾を有さず、
ＸＸＸ、ＹＹＹ、及びＺＺＺはそれぞれ独立して修飾ヌクレオシドを表し、それぞれのＸヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＹヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＺヌクレオシドは同じ修飾を有する。特定の実施形態では、それぞれのＹは２’－Ｆ修飾を含む。
５’ ｎｐ－Ｎａ－（Ｘ Ｘ Ｘ ）ｉ－Ｎｂ－Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎｂ－（Ｚ Ｚ Ｚ ）ｒＮａ－ｎｑ ３’ （Ｉ）
式中、
ｉ及びｊは、それぞれ独立して０または１であり、
ｐ及びｑは、それぞれ独立して０～６であり、
それぞれのＮａは、独立して、少なくとも２つの異なる修飾ヌクレオシドを含む０～２５個の連結ヌクレオシドを表し、
それぞれのＮｂは、独立して０～１０個の連結ヌクレオシドを表し、
それぞれのｎｐ及びｎｑは、独立して突出ヌクレオシドを表し、
式中、Ｎｂ及びＹは同じ修飾を有さず、
ＸＸＸ、ＹＹＹ、及びＺＺＺはそれぞれ独立して修飾ヌクレオシドを表し、それぞれのＸヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＹヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＺヌクレオシドは同じ修飾を有する。特定の実施形態では、それぞれのＹは２’－Ｆ修飾を含む。
特定の実施形態では、Ｎａ及びＮｂは、交互パターンの修飾を含む。
特定の実施形態では、ＹＹＹモチーフは、標的核酸の切断部位に、またはその近くに存在する。例えば、ＲＮＡｉ剤が１７～２３個のヌクレオチド長の二重鎖領域を有する場合、ＹＹＹモチーフは、センスＲＮＡｉのオリゴヌクレオチドの切断部位に、またはその近くに存在し得る（例えば、６、７、８；７、８、９；８、９、１０；９、１０、１１；１０、１１、１２；または１１、１２、１３位に存在し得る）、その数は、５’末端から１番目のヌクレオチドから数え始めるか、または任意選択で、５’末端から、二重鎖領域内の１番目の対をなすヌクレオチドから数え始める。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉのアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、次の式によって表され得る：
５’ ｎｑ－Ｎａ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｌ－Ｎ’ａ－ｎｐ ３’ （ＩＩ）
式中、
ｋ及びｌは、それぞれ独立して０または１であり、
ｐ’及びｑ’は、それぞれ独立して０～６であり、
それぞれのＮａ’は、独立して、少なくとも２個の異なる修飾ヌクレオチドを含む０～２５個の連結ヌクレオチドを表し、
それぞれのＮｂ’は、独立して、０～１０個の連結ヌクレオチドを表し、
それぞれのｎｐ’及びｎｑ’は、独立して、突出ヌクレオシドを表し、
式中、Ｎｂ’及びＹ’は同じ修飾を有さず、
Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’、及びＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ独立して修飾ヌクレオシドを表し、それぞれのＸ’ヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＹ’ヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＺ’ヌクレオシドは同じ修飾を有する。特定の実施形態では、それぞれのＹ’は２’－Ｆ修飾を含む。特定の実施形態では、それぞれのＹ’は２’－ＯＭｅ修飾を含む。
５’ ｎｑ－Ｎａ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｌ－Ｎ’ａ－ｎｐ ３’ （ＩＩ）
式中、
ｋ及びｌは、それぞれ独立して０または１であり、
ｐ’及びｑ’は、それぞれ独立して０～６であり、
それぞれのＮａ’は、独立して、少なくとも２個の異なる修飾ヌクレオチドを含む０～２５個の連結ヌクレオチドを表し、
それぞれのＮｂ’は、独立して、０～１０個の連結ヌクレオチドを表し、
それぞれのｎｐ’及びｎｑ’は、独立して、突出ヌクレオシドを表し、
式中、Ｎｂ’及びＹ’は同じ修飾を有さず、
Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’、及びＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ独立して修飾ヌクレオシドを表し、それぞれのＸ’ヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＹ’ヌクレオシドは同じ修飾を有し、それぞれのＺ’ヌクレオシドは同じ修飾を有する。特定の実施形態では、それぞれのＹ’は２’－Ｆ修飾を含む。特定の実施形態では、それぞれのＹ’は２’－ＯＭｅ修飾を含む。
特定の実施形態では、Ｎａ’及び／またはＮｂ’は、交互パターンの修飾を含む。
特定の実施形態では、Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、標的核酸の切断部位に、またはその近くに存在する。例えば、ＲＮＡｉ剤が１７～２３個のヌクレオチド長の二重鎖領域を有する場合、Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの９、１０、１１；１０、１１、１２；１１、１２、１３；１２、１３、１４；または１３、１４、１５位に存在し得る、その数は、５’末端から１番目のヌクレオチドから数え始めるか、または任意選択で、５’末端から、二重鎖領域内の１番目の対をなすヌクレオチドから数え始める。好ましくは、Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、１１、１２、１３位に存在する。
特定の実施形態では、ｋが１かつｌが０、またはｋが０かつｌが１、またはｋとｌの両方が１である。
したがって、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは次の式で表すことができる：
５’ ｎｑ’－Ｎａ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｐ’ ３’ （ＩＩｂ）；
５’ ｎｑ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｘ’ Ｘ’Ｘ’－ ｎｐ’ ３’ （ＩＩｃ）；または
５’ ｎｑ’－Ｎａ’－ Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－ Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎａ’－ｎｐ’ ３’ （ＩＩｄ）。
５’ ｎｑ’－Ｎａ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｐ’ ３’ （ＩＩｂ）；
５’ ｎｑ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｘ’ Ｘ’Ｘ’－ ｎｐ’ ３’ （ＩＩｃ）；または
５’ ｎｑ’－Ｎａ’－ Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－ Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎａ’－ｎｐ’ ３’ （ＩＩｄ）。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが式ＩＩｂで表される場合、Ｎｂ’は０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２、または０個の連結ヌクレオシドを表す。それぞれのＮａ’は、独立して２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドを表す。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが式ＩＩｃで表される場合、Ｎｂ’は０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２、または０個の連結ヌクレオシドを表す。それぞれのＮａ’は、独立して２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドを表す。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが式ＩＩｄで表される場合、Ｎｂ’は０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２、または０個の連結ヌクレオシドを表す。それぞれのＮａ’は、独立して２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドを表す。好ましくは、Ｎｂ’は０、１、２、３、４、５、または６である。
特定の実施形態では、ｋが０かつｌが０であり、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、次の式で表すことができる：
５’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｑ’ ３’ （Ｉａ）。
５’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｑ’ ３’ （Ｉａ）。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが式ＩＩａで表される場合、それぞれのＮａ’は、独立して２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドを表す。
それぞれのＸ’、Ｙ’、及びＺ’は、互いに同じでも異なっていてもよい。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオチドは、ＬＮＡ、ＵＮＡ、ｃＥｔ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－ヒドロキシル、または２’－フルオロで独立して修飾することができる。例えば、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロで独立して修飾される。特に、それぞれのＸ、Ｙ、Ｚ、Ｘ’、Ｙ’、及びＺ’は、２’－Ｏ－メチル修飾または２’－フルオロ修飾を表し得る。特定の実施形態では、修飾は２’－ＮＭＡ修飾である。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、二重鎖領域が２１ヌクレオチドの場合、ＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの９、１０、及び１１位に存在するＹＹＹモチーフを含み得、その数は、５’末端から１番目のヌクレオチドから数え始めるか、または任意選択で５’末端から、二重鎖領域内の１番目の対をなすヌクレオチドから数え始め、Ｙは２’－Ｆ修飾を表す。センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、二重鎖領域の反対側の末端にウィング修飾としてＸＸＸモチーフまたはＺＺＺモチーフをさらに含み得、ＸＸＸ及びＺＺＺは、それぞれ独立して２’－Ｏ－メチル修飾または２’－フルオロ修飾を表す。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１１、１２、１３位に存在するＹ’Ｙ’Ｙ’モチーフを含み得、その数は、５’末端から１番目のヌクレオチドから数え始めるか、または任意選択で５’末端から、二重鎖領域内の１番目の対をなすヌクレオチドから数え始め、Ｙは２’－Ｏ－メチル修飾を表す。アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、二重鎖領域の反対側の末端にウィング修飾としてＸ’Ｘ’Ｘ’モチーフまたはＺ’Ｚ’Ｚ’モチーフをさらに含み得、Ｘ’Ｘ’Ｘ’またはＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ独立して２’－Ｏ－メチル修飾または２’－フルオロ修飾を表す。
上述の式Ｉａ、Ｉｂ、Ｉｃ、及びＩｄのいずれか１つによって表されるセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、それぞれ式ＩＩａ、ＩＩｂ、ＩＩｃ、及びＩＩｄのいずれか１つによって表されるアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと二重鎖を形成する。
したがって、本明細書に記載のＲＮＡｉ剤は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含み得、それぞれのＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、１４～３０個ヌクレオチドを有し、ＲＮＡｉ二重鎖は、式（ＩＩＩ）によって表され：
センス： ５’ ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ ３’
アンチセンス： ３’ ｎｐ’－Ｎａ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｌ－Ｎａ’－ｎｑ’ ５’
式中、
ｉ、ｊ、ｋ、及びｌは、それぞれ独立して０または１であり、
ｐ、ｐ’、ｑ、及びｑ’は、それぞれ独立して０～６であり、
それぞれのＮａ及びＮａ’は、独立して０～２５個の連結ヌクレオシドを表し、それぞれの配列は少なくとも２個の異なる修飾ヌクレオチドを含み、
それぞれのＮｂ及びＮｂ’は、独立して０～１０個の連結ヌクレオシドを表し、
式中、それぞれが存在する場合も存在しない場合もあるそれぞれのｎｐ’、ｎｐ、ｎｑ’、及びｎｑは、独立して突出ヌクレオチドを表し、
ＸＸＸ、ＹＹＹ、Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’、及びＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ、３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを独立して表す。
センス： ５’ ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ ３’
アンチセンス： ３’ ｎｐ’－Ｎａ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｌ－Ｎａ’－ｎｑ’ ５’
式中、
ｉ、ｊ、ｋ、及びｌは、それぞれ独立して０または１であり、
ｐ、ｐ’、ｑ、及びｑ’は、それぞれ独立して０～６であり、
それぞれのＮａ及びＮａ’は、独立して０～２５個の連結ヌクレオシドを表し、それぞれの配列は少なくとも２個の異なる修飾ヌクレオチドを含み、
それぞれのＮｂ及びＮｂ’は、独立して０～１０個の連結ヌクレオシドを表し、
式中、それぞれが存在する場合も存在しない場合もあるそれぞれのｎｐ’、ｎｐ、ｎｑ’、及びｎｑは、独立して突出ヌクレオチドを表し、
ＸＸＸ、ＹＹＹ、Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’、及びＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ、３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを独立して表す。
特定の実施形態では、ｉが０かつｊが０であり、またはｉが１かつｊが０であり、またはｉが０かつｊが１であり、またはｉとｊの両方が０であり、またはｉとｊの両方が１である。別の実施形態では、ｋが０かつｌが０であり、またはｋが１かつｌが０であり、またはｋが０かつｌが１であり、またはｋとｌの両方が０であり、またはｋとｌの両方が１である。
ＲＮＡｉ二重鎖を形成するセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの例示的な組み合わせには、以下の式が含まれる：
５’ ｎｐ － Ｎａ －Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’ －Ｎａ’ｎｑ’ ５’
（ＩＩＩａ）
５’ ｎｐ －Ｎａ －Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎｂ －Ｚ Ｚ Ｚ －Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ’ｎｑ’ ５’
（ＩＩＩｂ）
５’ ｎｐ－Ｎａ－ Ｘ Ｘ Ｘ －Ｎｂ －Ｙ Ｙ Ｙ － Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｑ’ ５’
（ＩＩＩｃ）
５’ ｎｐ －Ｎａ －Ｘ Ｘ Ｘ －Ｎｂ－Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎｂ－ Ｚ Ｚ Ｚ －Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’ －Ｎａ’ －Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’ －Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’ －Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ－ｎｑ’ ５’
（Ｉｌｌｄ）
５’ ｎｐ － Ｎａ －Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’ －Ｎａ’ｎｑ’ ５’
（ＩＩＩａ）
５’ ｎｐ －Ｎａ －Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎｂ －Ｚ Ｚ Ｚ －Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ’ｎｑ’ ５’
（ＩＩＩｂ）
５’ ｎｐ－Ｎａ－ Ｘ Ｘ Ｘ －Ｎｂ －Ｙ Ｙ Ｙ － Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’－Ｎａ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｑ’ ５’
（ＩＩＩｃ）
５’ ｎｐ －Ｎａ －Ｘ Ｘ Ｘ －Ｎｂ－Ｙ Ｙ Ｙ －Ｎｂ－ Ｚ Ｚ Ｚ －Ｎａ－ｎｑ ３’
３’ ｎｐ’ －Ｎａ’ －Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’ －Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’ －Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ－ｎｑ’ ５’
（Ｉｌｌｄ）
ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩａで表される場合、それぞれのＮａは、独立して２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドを表す。
ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｂで表される場合、それぞれのＮｂは、独立して１～１０、１～７、１～５、または１～４個の連結ヌクレオシドを表す。それぞれのＮａは、独立して２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドを表す。
ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｃで表される場合、それぞれのＮｂ、Ｎｂ’は、独立して０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２、または０個の連結ヌクレオシドを表す。それぞれのＮａは、独立して２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドを表す。
ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｄで表される場合、それぞれのＮｂ、Ｎｂ’は、独立して０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２、または０個の連結ヌクレオシドを表す。それぞれのＮａ、Ｎａ’は、独立して、２～２０、２～１５、または２～１０個の連結ヌクレオシドである。それぞれのＮａ、Ｎａ’、Ｎｂ、Ｎｂ’は、独立して交互パターンの修飾を含む。
式ＩＩＩ、ＩＩＩａ、ＩＩＩｂ、ＩＩＩｃ、及びＩＩＩｄのＸ、Ｙ、及びＺのそれぞれは、互いに同じであっても異なっていてもよい。
ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩ、ＩＩＩａ、ＩＩＩｂ、ＩＩＩｃ、及び／またはＩＩＩｄによって表される場合、Ｙヌクレオチドの少なくとも１つは、Ｙ’ヌクレオチドの１つと塩基対を形成し得る。代替的に、Ｙヌクレオチドのうちの少なくとも２つは、対応するＹ’ヌクレオチドと塩基対を形成し得、または、３つのＹヌクレオチド全てが、対応するＹ’ヌクレオチドと塩基対を形成し得る。
ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｂまたはＩＩＩｄによって表される場合、Ｚヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、Ｚ’ヌクレオチドのうちの１つと塩基対を形成し得る。代替的に、Ｚヌクレオチドのうちの少なくとも２つは、対応するＺ’ヌクレオチドと塩基対を形成し得、または、３つのＺヌクレオチド全てが、対応するＺ’ヌクレオチドと塩基対を形成し得る。
ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｃまたはＩＩＩｄによって表される場合、Ｘヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、Ｘ’ヌクレオチドのうちの１つと塩基対を形成し得る。代替的に、Ｘヌクレオチドのうちの少なくとも２つは、対応するＸ’ヌクレオチドと塩基対を形成し得、または、３つのＸヌクレオチド全てが、対応するＸ’ヌクレオチドと塩基対を形成し得る。
特定の実施形態では、Ｙヌクレオチドの修飾はＹ’ヌクレオチドの修飾とは異なり、Ｚヌクレオチドの修飾はＺ’ヌクレオチドの修飾とは異なり、及び／またはＸヌクレオチドの修飾はＸ’ヌクレオチドの修飾とは異なる。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｄによって表される場合、Ｎａ修飾は、２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロ修飾である。別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｄによって表される場合、Ｎａ修飾は２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’は隣接ヌクレオチドにホスホロチオエート結合を介して連結されている。他の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｄで表される場合、Ｎａ修飾は２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’が隣接ヌクレオチドにホスホロチオエート結合を介して連結されており、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、２価または３価の分岐リンカーを通じて結合した１つ以上の細胞標的化基にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩｄで表される場合、Ｎａ修飾は２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’が隣接ヌクレオチドにホスホロチオエート結合を介して連結されており、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは少なくとも１つのホスホロチオエート結合を含み、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２価または３価の分岐リンカーを通じて結合した１つ以上の細胞標的化基にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式ＩＩＩａで表される場合、Ｎａ修飾は２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’が隣接ヌクレオチドにホスホロチオエート結合を介して連結されており、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは少なくとも１つのホスホロチオエート結合を含み、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２価または３価の分岐リンカーを通じて結合した１つ以上の細胞標的化基にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、修飾は２’－ＮＭＡ修飾である。
特定の実施形態では、アンチセンス鎖は、最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化リン酸基を含み得る。特定の実施形態では、安定化リン酸基は、（Ｅ）－ビニルホスホネートを含む。特定の実施形態では、安定化リン酸基は、シクロプロピルホスホネートを含む。
特定の実施形態では、アンチセンス鎖は、シードペアリング不安定化修飾を含み得る。特定の実施形態では、シードペアリング不安定化修飾は、６位（５’末端から数えて）に位置する。特定の実施形態では、シードペアリング不安定化修飾は、７位（５’末端から数えて）に位置する。特定の実施形態では、シードペアリング不安定化修飾は、ＧＮＡ糖代替物である。特定の実施形態では、シードペアリング不安定化修飾は、（Ｓ）－ＧＮＡである。特定の実施形態では、シードペアリング不安定化修飾は、ＵＮＡである。特定の実施形態では、シードペアリング不安定化修飾は、モルホリノである。
特定の実施形態では、センス鎖は、最も５’側のヌクレオシドに結合した逆位脱塩基糖部分を含み得る。特定の実施形態では、センス鎖は、最も３’側のヌクレオシドに結合した逆位脱塩基糖部分を含み得る。特定の実施形態では、センス鎖は、最も５’側及び最も３’側のヌクレオシドの両方に結合した逆位脱塩基糖部分を含み得る。
特定の実施形態では、センス鎖は、６位（５’末端から数えて）に結合したコンジュゲートを含み得る。特定の実施形態では、コンジュゲートは、ヌクレオシドの２’位に結合している。特定の実施形態では、コンジュゲートは、Ｃ１６脂質コンジュゲートである。特定の実施形態では、センス鎖の６位にある修飾ヌクレオシドは、２’－Ｏ－ヘキサデシル修飾糖部分を有する。
ＩＩＩ． オリゴマー二重鎖
特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、第２のオリゴマー化合物と対形成し、オリゴマー二重鎖を形成する。そのようなオリゴマー二重鎖は、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物、及び第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾または非修飾オリゴヌクレオチド及び任意選択でコンジュゲート基、ならびに（２）第２の修飾または非修飾オリゴヌクレオチド及び任意選択でコンジュゲート基を含むかまたはそれらからなる。オリゴマー二重鎖のいずれか一方または両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二重鎖のそれぞれのオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、非相補的な突出ヌクレオシドを含み得る。
特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、第２のオリゴマー化合物と対形成し、オリゴマー二重鎖を形成する。そのようなオリゴマー二重鎖は、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物、及び第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾または非修飾オリゴヌクレオチド及び任意選択でコンジュゲート基、ならびに（２）第２の修飾または非修飾オリゴヌクレオチド及び任意選択でコンジュゲート基を含むかまたはそれらからなる。オリゴマー二重鎖のいずれか一方または両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二重鎖のそれぞれのオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、非相補的な突出ヌクレオシドを含み得る。
ＩＶ． アンチセンス活性
特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることができ、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらす。そのようなオリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖はアンチセンス化合物である。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、それらが、標準的な細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を２５％以上低減または阻害する場合、アンチセンス活性を有する。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸に特異的にハイブリダイズする。そのようなアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、かつ、１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないかまたは顕著な望まないアンチセンス活性をもたらすような様式で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない、核酸配列を含む。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることができ、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらす。そのようなオリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖はアンチセンス化合物である。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、それらが、標準的な細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を２５％以上低減または阻害する場合、アンチセンス活性を有する。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸に特異的にハイブリダイズする。そのようなアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、かつ、１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないかまたは顕著な望まないアンチセンス活性をもたらすような様式で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない、核酸配列を含む。
特定のアンチセンス活性において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらす。例えば、特定のアンチセンス化合物は、ＲＮａｓｅＨを介した標的核酸の切断をもたらす。ＲＮａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞性エンドヌクレアーゼである。このようなＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＤＮＡは、非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、ＲＮａｓｅ Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」であるアンチセンス化合物である。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップにおける１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドは許容される。
特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の部分がＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）にロードされ、最終的に標的核酸が切断される。例えば、特定のアンチセンス化合物は、アルゴノートによる標的核酸の切断をもたらす。ＲＩＳＣにロードされるアンチセンス化合物はＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの変化をもたらす。ある実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸に対するハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の変化をもたらす。
アンチセンス活性は直接的または間接的に観察できる。特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸もしくはそのような標的核酸にコードされる核酸の量における変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比率の変化、及び／または細胞もしくは対象における表現型の変化の観察または検出を含む。
Ｖ． 特定の標的核酸
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、標的核酸は、内在性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エキソン、及び非翻訳領域を含む、成熟ｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、成熟ｍＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的領域は完全にイントロン内にある。特定の実施形態では、標的領域はイントロン／エクソンジャンクションに及ぶ。特定の実施形態では、標的領域は少なくとも５０％イントロン内に存在する。特定の実施形態では、標的核酸は、レトロ遺伝子のＲＮＡ転写産物である。特定の実施形態では、標的核酸は、非コードＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的非コードＲＮＡは、長鎖非コードＲＮＡ、短鎖非コードＲＮＡ、イントロンＲＮＡ分子から選択される。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、標的核酸は、内在性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エキソン、及び非翻訳領域を含む、成熟ｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、成熟ｍＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的領域は完全にイントロン内にある。特定の実施形態では、標的領域はイントロン／エクソンジャンクションに及ぶ。特定の実施形態では、標的領域は少なくとも５０％イントロン内に存在する。特定の実施形態では、標的核酸は、レトロ遺伝子のＲＮＡ転写産物である。特定の実施形態では、標的核酸は、非コードＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的非コードＲＮＡは、長鎖非コードＲＮＡ、短鎖非コードＲＮＡ、イントロンＲＮＡ分子から選択される。
Ａ． 標的核酸に対する相補性／ミスマッチ及び二重鎖相補性
ギャップマーオリゴヌクレオチド
活性を除去することなくミスマッチ塩基を導入することができる。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ （Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ． ９３：４６３－４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ－２のｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、かつｂｃｌ－ｘＬのｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏでｂｃｌ－２とｂｃｌ－ｘＬ両方の発現を低減できる活性を有することを実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドはｉｎ ｖｉｖｏで強力な抗腫瘍活性も示した。Ｍａｈｅｒ ａｎｄ Ｄｏｌｎｉｃｋ （Ｎｕｃ． Ａｃｉｄ． Ｒｅｓ． １６：３３４１－３３５８，１９８８）は、ウサギ網状赤血球アッセイにおいて、ヒトＤＨＦＲの翻訳を停止する能力について、一連のタンデム１４核酸塩基オリゴヌクレオチドと、それぞれ２つまたは３つのタンデムオリゴヌクレオチドの配列で構成される２８及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドとを試験した。３つの１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドのそれぞれは単独で、２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドよりもレベルは低かったものの、翻訳を阻害することができた。
ギャップマーオリゴヌクレオチド
活性を除去することなくミスマッチ塩基を導入することができる。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ （Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ． ９３：４６３－４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ－２のｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、かつｂｃｌ－ｘＬのｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏでｂｃｌ－２とｂｃｌ－ｘＬ両方の発現を低減できる活性を有することを実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドはｉｎ ｖｉｖｏで強力な抗腫瘍活性も示した。Ｍａｈｅｒ ａｎｄ Ｄｏｌｎｉｃｋ （Ｎｕｃ． Ａｃｉｄ． Ｒｅｓ． １６：３３４１－３３５８，１９８８）は、ウサギ網状赤血球アッセイにおいて、ヒトＤＨＦＲの翻訳を停止する能力について、一連のタンデム１４核酸塩基オリゴヌクレオチドと、それぞれ２つまたは３つのタンデムオリゴヌクレオチドの配列で構成される２８及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドとを試験した。３つの１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドのそれぞれは単独で、２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドよりもレベルは低かったものの、翻訳を阻害することができた。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して、９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド全長にわたって標的核酸に対して少なくとも８０％相補的であり、標的核酸に対して１００％または完全に相補的である領域を含む。特定のそのような実施形態では、完全な相補性の領域は、６～２０、１０～１８、または１８～２０核酸塩基長である。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸と比較して１つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。特定の実施形態では、標的に対するアンチセンス活性は、そのようなミスマッチによって低減するが、非標的に対する活性は、より大きな量で低減する。したがって、特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの選択性は改善する。特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定の実施形態では、ミスマッチはギャップ領域の５’末端から１、２、３、４、５、６、７、または８の位置にある。特定の実施形態では、ミスマッチはギャップ領域の３’末端から９、８、７、６、５、４、３、２、１の位置にある。特定の実施形態では、ミスマッチはウィング領域の５’末端から１、２、３、または４の位置にある。特定の実施形態では、ミスマッチはウィング領域の３’末端から４、３、２、または１の位置にある。
アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、標的核酸と比較して１つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。特定の実施形態では、標的に対するＲＮＡｉ活性は、そのようなミスマッチによって低減するが、非標的に対する活性は、より大きな量で低減する。したがって、特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの選択性は改善する。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、標的核酸と比較して１つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。特定の実施形態では、標的に対するＲＮＡｉ活性は、そのようなミスマッチによって低減するが、非標的に対する活性は、より大きな量で低減する。したがって、特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの選択性は改善する。
特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、標的核酸に相補的な標的化領域を含む。特定の実施形態では、標的化領域は、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２５、または少なくとも２５個の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、標的化領域は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの７０％、８０％、８５％、９０％、９５％を構成する。特定の実施形態では、標的化領域は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの全てのヌクレオシドを構成する。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの標的化領域は、標的核酸に対して少なくとも９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの標的化領域は、標的核酸に対して１００％相補的である。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含む。そのような実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに相補的なアンチセンスハイブリダイズ領域を含む。特定の実施形態では、アンチセンスハイブリダイズ領域は、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２５、または少なくとも２５個の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、アンチセンスハイブリダイズ領域は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの７０％、８０％、８５％、９０％、９５％を構成する。特定の実施形態では、アンチセンスハイブリダイズ領域は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの全てのヌクレオシドを構成する。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのアンチセンスハイブリダイズ領域は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに対して少なくとも９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのアンチセンスハイブリダイズ領域は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに対して１００％相補的である。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含む。そのような実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに相補的なアンチセンスハイブリダイズ領域を含む。特定の実施形態では、アンチセンスハイブリダイズ領域は、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２５、または少なくとも２５個の連続するヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、アンチセンスハイブリダイズ領域は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの７０％、８０％、８５％、９０％、９５％を構成する。特定の実施形態では、アンチセンスハイブリダイズ領域は、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの全てのヌクレオシドを構成する。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのアンチセンスハイブリダイズ領域は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに対して少なくとも９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのアンチセンスハイブリダイズ領域は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに対して１００％相補的である。
センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのハイブリダイズ領域は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとハイブリダイズして二重鎖領域を形成する。特定の実施形態では、そのような二重鎖領域は、ヌクレオシドの７個のハイブリダイズした対からなる（それぞれの対の一方はアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド上にあり、それぞれの対の他方はセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド上にある）。特定の実施形態では、二重鎖領域は、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２５、または少なくとも２５個の連続するハイブリダイズした対を含む。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドは、二重鎖領域において対をなしている（すなわち、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、突出ヌクレオシドを有しない）。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、３’末端及び／または５’末端に対をなしていないヌクレオシド（突出ヌクレオシド）を含む。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドは、二重鎖領域において対をなしている（すなわち、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、突出ヌクレオシドを有しない）。特定の実施形態では、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、３’末端及び／または５’末端に対をなしていないヌクレオシド（突出ヌクレオシド）を含む。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドによって形成される二重鎖は、一端または両端に突出を含まない。突出のないこのような末端は、平滑末端と呼ばれる。アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが突出ヌクレオシドを有する特定の実施形態では、それらの突出ヌクレオシドのうちの１つ以上は、標的核酸に相補的である。アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが突出ヌクレオシドを有する特定の実施形態では、それらの突出ヌクレオシドのうちの１つ以上は、標的核酸に相補的でない。
Ｂ． ＳＰＤＥＦ
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０１２３９１．２）に記載の配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号２（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００６．１２の相補体、ヌクレオチド３４５３６００１～３４５５８０００が短縮されている）に示される配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号３（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５２２９４．１）に記載の配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号４（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００５２４８９８８．３）に記載の配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号５（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００６７１５０４８．１）に記載の配列を有する。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、ＳＰＤＥＦ核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０１２３９１．２）に記載の配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号２（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００６．１２の相補体、ヌクレオチド３４５３６００１～３４５５８０００が短縮されている）に示される配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号３（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５２２９４．１）に記載の配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号４（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００５２４８９８８．３）に記載の配列を有する。特定の実施形態では、ＳＰＤＥＦ核酸は、配列番号５（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００６７１５０４８．１）に記載の配列を有する。
特定の実施形態では、配列番号１～５のうちのいずれか１つに相補的なオリゴマー化合物は、細胞内のＳＰＤＥＦのＲＮＡを減少させることができる。特定の実施形態では、配列番号１～５のいずれか１つに相補的なオリゴマー化合物は、細胞内のＳＰＤＥＦタンパク質を減少させることができる。特定の実施形態では、細胞はインビトロである。特定の実施形態では、細胞は対象内にある。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドからなる。
特定の実施形態では、配列番号１～５のいずれか１つに相補的なオリゴマー化合物は、それが対象内の細胞に導入された場合、肺の状態の１つ以上の症状または特徴を改善することができる。特定の実施形態では、１つ以上の症状または特徴は、息切れ、胸痛、咳、喘鳴、倦怠感、睡眠障害、気管支痙攣、及びそれらの組み合わせから選択される。特定の実施形態では、肺の状態は、気管支炎、喘息、ＣＯＰＤ、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される。特定の実施形態では、肺の状態は慢性気管支炎である。慢性気管支炎は、２年連続で３か月以上の痰を伴う咳を特徴とし得る。特定の実施形態では、肺の状態はアレルギー反応の結果である。特定の実施形態では、肺の状態はウイルス感染の結果である。例えば、肺の状態は、アデノウイルス感染によって引き起こされる一般的な風邪、クループ、気管支炎、または肺炎であり得る。特定の実施形態では、肺の状態は重症喘息である。特定の実施形態では、肺の状態は２型喘息であり、Ｔｈ２喘息とも呼ばれる。
特定の実施形態では、配列番号１～５のいずれか１つに相補的なオリゴマー化合物は、それが対象内の細胞に導入された場合、胃腸の状態の１つ以上の症状または特徴を改善することができる。特定の実施形態では、胃腸の状態は、対象の便中の粘液によって特徴付けられる。特定の実施形態では、胃腸の状態は潰瘍性大腸炎である。
特定の実施形態では、配列番号１～５のうちのいずれか１つに相補的なオリゴマー化合物は、オリゴマー化合物が対象の肺に投与された場合、対象の肺中のＳＰＤＥＦのＲＮＡの検出可能な量を減少させることができる。場合によっては、オリゴマー化合物は、吸入器またはネブライザーを介して投与される。ＳＰＤＥＦのＲＮＡの検出可能な量は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％減少させることができる。特定の実施形態では、配列番号１～５のうちのいずれか１つに相補的なオリゴマー化合物は、オリゴマー化合物が対象の肺に投与された場合、対象の肺中のＳＰＤＥＦタンパク質の検出可能な量を減少させることができる。ＳＰＤＥＦタンパク質の検出可能な量は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低減できる。
ＶＩ． 特定の化合物
１． 化合物番号８３３５６１
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、化合物番号８３３５６１である。特定の実施形態では、化合物番号８３３５６１は、修飾オリゴヌクレオチドからなるオリゴマー化合物として特徴付けられ、修飾オリゴヌクレオチドは、３－１０－３ ｃＥｔギャップマーであり、（５’から３’に）ＣＡＡＴＡＡＧＣＡＡＧＴＣＴＧＧ（配列番号１１２９）の配列を有し、ヌクレオシド１～３及び１４～１６（５’から３’に）のそれぞれはｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド４～１３のそれぞれは２’－デオキシヌクレオシドであり、全てのヌクレオシド間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは５－メチルシトシンである。
１． 化合物番号８３３５６１
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、化合物番号８３３５６１である。特定の実施形態では、化合物番号８３３５６１は、修飾オリゴヌクレオチドからなるオリゴマー化合物として特徴付けられ、修飾オリゴヌクレオチドは、３－１０－３ ｃＥｔギャップマーであり、（５’から３’に）ＣＡＡＴＡＡＧＣＡＡＧＴＣＴＧＧ（配列番号１１２９）の配列を有し、ヌクレオシド１～３及び１４～１６（５’から３’に）のそれぞれはｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド４～１３のそれぞれは２’－デオキシヌクレオシドであり、全てのヌクレオシド間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物８３３５６１は、以下の化学表記によって特徴付けられる：
ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ｇｋ；
式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ｇｋ；
式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物８３３５６１は、以下の化学構造によって表される：
構造１
（配列番号１１２９）。
構造１
（配列番号１１２９）。
特定の実施形態では、化合物番号８３３５６１は、アニオンまたはその塩の形態である。例えば、オリゴマー化合物は、ナトリウム塩の形態であり得る。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、溶液中でアニオン形態である。
特定の実施形態では、化合物８３３５６１は、以下の化学構造によって表される：
構造２
（配列番号１１２９）。
構造２
（配列番号１１２９）。
特定の実施形態では、化合物８３３５６１は、以下の化学構造によって表される：
構造３
（配列番号１１２９）。
構造３
（配列番号１１２９）。
化合物番号９３６１４２
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、化合物番号９３６１４２である。特定の実施形態では、化合物番号９３６１４２は、修飾オリゴヌクレオチドからなるオリゴマー化合物として特徴付けられ、修飾オリゴヌクレオチドは、２－９－５混合ウィングｃＥｔ／ＭＯＥギャップマーであり、ＡＣＴＴＧＴＡＡＣＡＧＴＧＧＴＴ（配列番号１９８３）（５’から３’に）の配列を有し 、ヌクレオシド１～２及び１５～１６（５’から３’に）のそれぞれは、ｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド１２～１４のそれぞれは２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド３～１１のそれぞれは２’－デオキシヌクレオシドであり、全てのヌクレオシド間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、化合物番号９３６１４２である。特定の実施形態では、化合物番号９３６１４２は、修飾オリゴヌクレオチドからなるオリゴマー化合物として特徴付けられ、修飾オリゴヌクレオチドは、２－９－５混合ウィングｃＥｔ／ＭＯＥギャップマーであり、ＡＣＴＴＧＴＡＡＣＡＧＴＧＧＴＴ（配列番号１９８３）（５’から３’に）の配列を有し 、ヌクレオシド１～２及び１５～１６（５’から３’に）のそれぞれは、ｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド１２～１４のそれぞれは２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド３～１１のそれぞれは２’－デオキシヌクレオシドであり、全てのヌクレオシド間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物番号９３６１４２は、以下の化学表記によって特徴付けられる：
Ａｋｓ ｍＣｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｔｋｓ Ｔｋ；式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
Ａｋｓ ｍＣｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｔｋｓ Ｔｋ；式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物９３６１４２は、以下の化学構造によって表される：
構造４
（配列番号１９８３）。
構造４
（配列番号１９８３）。
特定の実施形態では、化合物番号９３６１４２は、アニオンまたはその塩の形態である。例えば、オリゴマー化合物は、ナトリウム塩の形態であり得る。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、溶液中でアニオン形態である。
特定の実施形態では、化合物９３６１４２は、以下の化学構造によって特徴付けられる：
構造５
（配列番号１９８３）。
構造５
（配列番号１９８３）。
ＶＩＩ． 特定の医薬組成物及び送達システム
特定の実施形態では、本明細書に記載されているのは、１つ以上のオリゴマー化合物を含む医薬組成物である。特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物は、それぞれ修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、医薬組成物には薬学的に許容される希釈剤または担体が含まれる。特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩溶液及び１つ以上のアンチセンス化合物を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌水は医薬品グレードの水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは医薬品グレードのＰＢＳである。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品グレードである。
特定の実施形態では、本明細書に記載されているのは、１つ以上のオリゴマー化合物を含む医薬組成物である。特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物は、それぞれ修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、医薬組成物には薬学的に許容される希釈剤または担体が含まれる。特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩溶液及び１つ以上のアンチセンス化合物を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌水は医薬品グレードの水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは医薬品グレードのＰＢＳである。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むか、またはそれらからなる。特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品グレードである。
特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び１つ以上の賦形剤を含む。特定の実施形態では、賦形剤は、水、食塩水、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、滑石、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンから選択される。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、医薬組成物または製剤を調製するために薬剤的に許容される活性な、及び／または不活性な物質と混合され得る。組成物及び医薬組成物を製剤化するための方法は、投与経路、疾患の程度、または投与される用量を含むが、これらに限定されないいくつかの基準に依存する。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、オリゴマー化合物の任意の薬学的に許容される塩、オリゴマー化合物のエステル、またはそのようなエステルの塩を含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む対象への投与時に、生物学的に活性な代謝物またはその残渣を（直接的または間接的に）提供することができる１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む。したがって、例えば、本開示は、オリゴマー化合物の薬学的に許容可能な塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容可能な塩、及び他の生物学的等価物を対象とする。好適な薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩及びカリウム塩を含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに結合した１つ以上のコンジュゲート基を含み、コンジュゲート基は、体内の内因性ヌクレアーゼによって切断される。
脂質部分は、様々な方法で核酸療法において用いられている。特定のそのような方法において、オリゴマー化合物などの核酸は、カチオン性脂質と中性脂質の混合物から作られた事前形成されたリポソームまたはリポプレックスに導入される。特定の方法において、モノカチオン性脂質またはポリカチオン性脂質とのＤＮＡ複合体は、中性脂質の存在を伴わずに形成される。特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織への医薬品の分布を増加させるように選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織への医薬品の分布を増加させるように選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、筋肉組織への医薬品の分布を増加させるように選択される。
特定の実施形態では、医薬組成物は、送達システムを含む。送達システムの例は、リポソーム及びエマルションを含むが、これらに限定されない。特定の送達システムは、疎水性化合物を含むものを含む特定の医薬組成物を調製するのに有用である。特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドなどの特定の有機溶媒が用いられる。
特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の組織または細胞型に本発明の１つ以上の医薬品を送達するように設計された１つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、特定の実施形態では、医薬組成物は、組織特異的抗体でコーティングされたリポソームを含む。
特定の実施形態では、医薬組成物は、共溶媒系を含む。特定のそのような共溶媒系は、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、及び水相を含む。特定の実施形態では、そのような共溶媒系は、疎水性化合物に用いられる。そのような共溶媒系の非限定的な例はＶＰＤ共溶媒系であり、これは、３ｗ／ｖ％のベンジルアルコール、８ｗ／ｖ％の非極性界面活性剤ポリソルベート８０（商標）、及び６５ｗ／ｖ％のポリエチレングリコール３００を含む無水エタノールの溶液である。そのような共溶媒系の割合は、それらの溶解度及び毒性の特性を著しく変化させることなく大幅に変化し得る。さらに、共溶媒成分の同一性は変化し得、例えば、他の界面活性剤をポリソルベート８０（商標）の代わりに使用してもよく、ポリエチレングリコールの画分サイズは変化し得、他の生体適合性ポリマーは、ポリエチレングリコール、例えば、ポリビニルピロリドンに取って代わり得、他の糖または多糖は、デキストロースと置き換わり得る。
特定の実施形態では、医薬組成物は、経口投与のために調製される。特定の実施形態では、医薬組成物は、口腔投与のために調製される。特定の実施形態では、医薬組成物は、注射による投与（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内（ＩＴ）、脳室内（ＩＣＶ）など）のために調製される。特定のそのような実施形態では、医薬組成物は、担体を含み、水溶液、例えば、水または生理学的に相溶性の緩衝液、例えば、ハンクス溶液、リンガー溶液、または生理的食塩水緩衝液などの中で製剤化される。特定の実施形態では、他の成分（例えば、溶解性を補助するか、または保存剤として役立つ成分）が含まれる。特定の実施形態では、注射可能な懸濁液は、適切な液体担体、懸濁化剤などを用いて調製される。注射用の特定の医薬組成物は、単位剤形で、例えば、アンプル中で提供されるか、または多用量容器中で提供される。注射用の特定の医薬組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液、またはエマルションであり、懸濁化剤、安定化剤、及び／または分散剤などの製剤化剤を含み得る。注射用の医薬組成物における使用に好適な特定の溶媒は、親油性溶媒及び脂肪油、例えば、ゴマ油、合成脂肪酸エステル、例えば、オレイン酸エチルまたはトリグリセリド、及びリポソームを含むが、これらに限定されない。
特定の実施形態は、ネブライザーまたは吸入器によるエアロゾル化及び／または分散に適した医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、医薬組成物は、呼吸可能なサイズの化合物の粒子を含む固体である。固体粒子組成物は、任意選択で、エアロゾル、例えば、ラクトースの形成を促進するのに役立つ分散剤を含むことができる。オリゴヌクレオチドを含む固体医薬組成物はまた、当該技術分野で知られている任意の固体粒子状医薬エアロゾル発生器、例えば、乾燥粉末吸入器を使用してエアロゾル化することができる。特定の実施形態では、吸入器で使用される粉末は、活性化合物を含む化合物、または活性化合物を含む粉末ブレンドと、適切な粉末希釈剤と、任意の界面活性剤と、からなる。別の態様では、医薬組成物は、液体である。特定のそのような実施形態では、液体は、ネブライザーまたは吸入器などの任意の適切な手段によって生成されるエアロゾルとして投与される。例えば、米国特許第４，５０１，７２９号を参照されたい。特定の実施形態では、ネブライザーは、液体のスプレーを生成するための装置である。ネブライザーは、溶液または懸濁液をエアロゾルミストに変換する装置であり、当該技術分野でよく知られている。適切なネブライザーとしては、ジェットネブライザー、超音波ネブライザー、電子メッシュネブライザー、及び振動メッシュネブライザーが挙げられる。特定の実施形態では、ネブライザーは、医薬組成物を含む可撓性ボトルを圧搾することによって手動で活性化される。特定の実施形態では、エアロゾルは、定量吸入器によって生成され、これは、典型的には、液化噴射剤中の活性化合物の懸濁液または溶液製剤を含む。エアロゾル化に適した医薬組成物は、噴射剤、界面活性剤、共溶媒、分散剤、防腐剤、及び／または他の添加剤または賦形剤を含み得る。
ＳＰＤＥＦ核酸に相補的な本明細書に記載の化合物は、化合物を適切な薬学的に許容される希釈剤もしくは担体、及び／または医薬組成物がネブライザーもしくは吸入器によるエアロゾル化に適しているような追加の成分と組み合わせることにより、医薬組成物中で利用することができる。特定の実施形態では、薬剤的に許容される担体または希釈剤は、リン酸緩衝生理食塩水である。したがって、一実施形態では、本明細書に記載される方法で使用されるのは、ＳＰＤＥＦ核酸に相補的な化合物と、医薬上許容される希釈剤と、を含む、医薬組成物である。特定の実施形態では、薬剤的に許容される担体または希釈剤は、リン酸緩衝生理食塩水である。特定の実施形態では、化合物は、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。
本明細書に提供される化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物に投与されると、生物学的に活性な代謝産物またはその残渣を（直接的または間接的に）もたらすことができる、任意の医薬上許容される塩、エステルもしくはそのようなエステルの塩、または任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。したがって、例えば、本開示は、化合物の薬学的に許容可能な塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容可能な塩、及び他の生物学的等価物を対象とする。好適な薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩及びカリウム塩を含むが、これらに限定されない。プロドラッグは、化合物の一方または両方の末端における追加のヌクレオシドの組み込みを含み得、この追加のヌクレオシドが体内で内在性ヌクレアーゼによって切断されて、活性化合物を形成させる。
特定の条件下で、本明細書に開示される特定の化合物は、遊離酸の形態で示される。そのような化合物は、プロトン化（遊離酸）形態で図示または記載され得るが、そのような化合物の水溶液は、イオン化（アニオン）され、カチオン（塩形態）と会合した形態で平衡状態で存在し得る。例えば、水溶液中のオリゴヌクレオチドのリン酸結合は、遊離酸、アニオン、及び塩の形態の間で平衡状態で存在する。特に明記しない限り、本明細書に記載の化合物は、そのような全ての形態を含むことを意図している。さらに、オリゴヌクレオチドはいくつかのそのような結合を有し、それらのそれぞれは平衡状態にある。したがって、溶液中のオリゴヌクレオチドは、全て平衡状態にある複数の位置に形態の集合として存在する。「オリゴヌクレオチド」という用語は、そのような全ての形態を含むことを意図している。描かれた構造は、必然的に単一の形態を表す。それにもかかわらず、特に明記しない限り、そのような図面は対応する形態を同様に含むことを意図している。本明細書において、「またはその塩」という用語が後に続く化合物の遊離酸を示す構造は、完全にまたは部分的にプロトン化／脱プロトン化／カチオンと結合し得る全てのそのような形態を明示的に含む。特定の例では、１つ以上の特定のカチオンが同定される。
特定の実施形態では、本明細書で開示されるオリゴマー化合物は、ナトリウム塩の形態である。特定の実施形態では、本明細書で開示されるオリゴマー化合物は、カリウム塩の形態である。特定の実施形態では、本明細書で開示されるオリゴマー化合物は、ナトリウム水溶液中に存在する。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、カリウム水溶液中に存在する。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、ＰＢＳ中に存在する。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、水中に存在する。特定のそのような実施形態では、溶液のｐＨは、所望のｐＨを達成するために、ＮａＯＨ及び／またはＨＣｌで調整される。
ＶＩＩＩ． 特定のホットスポット領域
１． 配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
１． 配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号１０５３、１１２９、２１６６、２１６７、２１６８、２１６９、２１７０、２１７１、２１７２、２１７３、２１７４、２１７５、２１７６、２２４２、及び２２４７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４に相補的である。
化合物番号８３３５６０、８３３５６１、９３６０６８、９３６１０８、９３６１４６、９３６１７８、９３６２１８、９３６２５６、９３６２８８、９３６２９０、９３６２９１、９３６２９２、９３６２９３、９３６２９４、９３６２９７、９３６２９８、９３６２９９、９３６３００、及び９３６３０１の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも２７％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で５５％の減少を達成する。
２． 配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号１７７７、１８５２、１９２８、及び２００４の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２に相補的である。
化合物番号８５４２１３、８５４２１４、８５４２１５、８５４２１６、９３６０６９、９３６１０９、９３６１４７、９３６１７９、９３６２１９、及び９３６２５７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも４５％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で５７％の減少を達成する。
３． 配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号１２８２、１３５８、１４３４、２１７７、２１７８、２１７９、２１８０、２１８１、２１８２、２１８３、２１８４、２１８５、及び２１８６の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１に相補的である。
化合物番号８３３５７９、８３３５８０、８３３５８１、９３６０７０、９３６１１０、９３６１４８、９３６１８０、９３６２２０、９３６２５８、９３６３１０、９３６３１１、９３６３１２、９３６３１３、９３６３１４、９３６３１５、９３６３１６、９３６３１７、９３６３１８、及び９３６３２５の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも３７％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で６０％の減少を達成する。
４． 配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号６７８、２１９８、２１９９、２２００、２２４４、及び２２４８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７に相補的である。
化合物番号８３３６３５、９３６０７９、９３６１１９、９３６１５４、９３６１８９、９３６２２９、９３６２６４、９３６３４７、９３６３４８、及び９３６３４９の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも３８％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で５３％の減少を達成する。
５． 配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号６８３、１７１５、及び２２４５の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６に相補的である。
化合物番号８３３７１５、８５４３０２、９３６０８１、９３６０８２、９３６１２１、９３６１９１、９３６１９２、及び９３６２３１の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも５２％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で６６％の減少を達成する。
６． 配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号７６１、２２２９、及び２２３０の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７に相補的である。
化合物番号８３３７４８、９３６０８４、９３６１２３、９３６１５８、９３６１９４、９３６２３３、９３６２６８、９３６４０９、及び９３６４１０の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも５１％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で５８％の減少を達成する。
７． 配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号１６０６、１６８２、２２５５、２２７５、及び２２８０の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１に相補的である。
化合物番号８３３８８６、８３３８８７、９３６０９６、９３６０９７、９３６１３５、９３６１３６、９３６１６９、９３６２０６、９３６２０７、９３６２４５、９３６２４６、９３６２７９、及び９３６４４２の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも４５％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で５９％の減少を達成する。
８． 配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号９９９、１０７５、２２６２、２２６３、２２６４、２２６５、２２６６、２２６７、及び２２６８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８に相補的である。
化合物番号８３３９１０、８３３９１１、９３６０９８、９３６１３７、９３６１７０、９３６２０８、９３６２４７、９３６２８０、９３６４５２、９３６４５３、９３６４５４、９３６４５５、９３６４５６、９３６４５７、及び９３６４５８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも４４％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で５９％の減少を達成する。
９． 配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号１６３、１９８０、２０５６、及び２２７７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７に相補的である。
化合物番号８０２０９４、８５４５２６、８５４５２７、９３６１００、９３６１０１、９３６１３９、９３６２１０、９３６２１１、及び９３６２４９の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも４３％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で６０％の減少を達成する。
１０． 配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～２０個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥヌクレオシド、２’－ＯＭｅヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合もしくはホスホジエステル結合、またはそれらの組み合わせである。
配列番号１８３１、１９０７、１９８３、２０５９、及び２２８２の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９に相補的である。
化合物番号８５４５４２、８５４５４３、８５４５４４、８５４５４５、９３６１０４、９３６１４２、９３６１７４、９３６２１４、９３６２５２、及び９３６２８４の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも３９％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９の一部に相補的である修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で６３％の減少を達成する。
１１． 配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物またはオリゴマー二重鎖は、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２内で相補的である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２３個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｙｙ（式中、「ｙ」は、２’－Ｏメチルリボシル糖を表し、「ｆ」は、２’－フルオロリボシル糖を表す）の糖モチーフ（５’から３’）を有し、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓ（式中、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す）の連結モチーフ（５’から３’）を有する。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物またはオリゴマー二重鎖は、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２内で相補的である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２３個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｙｙ（式中、「ｙ」は、２’－Ｏメチルリボシル糖を表し、「ｆ」は、２’－フルオロリボシル糖を表す）の糖モチーフ（５’から３’）を有し、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓ（式中、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す）の連結モチーフ（５’から３’）を有する。
配列番号２６７０、２５８２、及び２６７７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２内で相補的である。
ＲＮＡｉ化合物１５３７３１２、１５２７６５５、及び１５３７３３２は、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２内で相補的であるアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２内で相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも５９％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２内で相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で６７％の減少を達成する。
１２． 配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物またはオリゴマー二重鎖は、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２内で相補的である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２３個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｙｙ（式中、「ｙ」は、２’－Ｏメチルリボシル糖を表し、「ｆ」は、２’－フルオロリボシル糖を表す）の糖モチーフ（５’から３’）を有し、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓ（式中、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す）の連結モチーフ（５’から３’）を有する。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物またはオリゴマー二重鎖は、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２内で相補的である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２３個の長さの核酸塩基である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、ｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｙｙ（式中、「ｙ」は、２’－Ｏメチルリボシル糖を表し、「ｆ」は、２’－フルオロリボシル糖を表す）の糖モチーフ（５’から３’）を有し、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓ（式中、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す）の連結モチーフ（５’から３’）を有する。
配列番号２６０９、２６０６、及び２５７８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２内で相補的である。
ＲＮＡｉ化合物１５２８３９７、１５２８２３１、及び１５２７６５１は、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２内で相補的であるアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２内で相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも３３％の減少を達成する。特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２内で相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてＳＰＤＥＦのＲＮＡの少なくとも平均で５９％の減少を達成する。
参照による非限定的な開示及び組み込み
本明細書に列挙される文献及び特許公報のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書に列挙される文献及び特許公報のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載の特定の化合物、組成物、及び方法がある特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を例証する役目のみを果たし、それを限定するようには意図されていない。本出願に列挙される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号などのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願に添付される配列表が必要に応じてそれぞれの配列を「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれか一方と特定するが、実際には、それらの配列は、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る。当業者であれば、修飾オリゴヌクレオチドを説明するための「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のそのような指定が、特定の事例において、任意であることを容易に認識する。例えば、２’－ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖（ＤＮＡの１つの２’－Ｈの代わりの２’－ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾塩基（ＲＮＡのウラシルの代わりのチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして記載され得る。したがって、配列表中のものを含むが、これらに限定されない本明細書において提供される核酸配列は、修飾核酸塩基を有するそのような核酸を含むが、これらに限定されない天然または修飾ＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含む核酸を包含するよう意図されている。さらなる例として非限定的に、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物は、修飾または非修飾にかかわらず、ＲＮＡ塩基を含むそのような化合物、例えば、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの、ならびに「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」などのいくつかのＤＮＡ塩基及びいくつかのＲＮＡ塩基を有するもの、ならびに「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」であって、式中、ｍＣは、５位にメチル基を含むシトシン塩基を示すものなどの他の修飾核酸塩基を有するオリゴマー化合物を含むものを含むが、これらに限定されないそのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物を包含する。
本明細書に記載される特定の化合物（例えば、修飾オリゴヌクレオチド）は、１つ以上の不斉中心を含み、したがって、絶対立体化学の点で、（Ｒ）もしくは（Ｓ）、糖アノマーなどの場合、αもしくはβ、またはアミノ酸などの場合（Ｄ）もしくは（Ｌ）と定義され得る、鏡像異性体、ジアステレオマー、及び他の立体異性体配置を生じさせる。特定の立体異性体配置を有するものとして描画または記載されている本明細書で提供される化合物は、示された化合物のみを含む。未定義の立体化学で描画または記載されている本明細書で提供される化合物は、特に明記しない限り、それらの立体ランダム及び光学的に純粋な形態を含む全てのそのような可能な異性体を含む。同様に、本明細書の化合物の互変異性形態もまた、他に示されない限り含まれる。特に明記しない限り、本明細書に記載の化合物は、対応する塩形態を含むことを意図している。
本明細書において記載される化合物は、１つ以上の原子が示された元素の非放射性同位体または放射性同位体で置き換えられたような変形を含む。例えば、水素原子を含む本明細書における化合物は、１Ｈ水素原子のそれぞれについての全ての起こりうる重水素置換を包含する。本明細書の化合物に包含される同位体置換は、１Ｈの代わりの２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりの１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりの１５Ｎ、１６Ｏの代わりの１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりの３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓ を含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、治療または研究のツールとしての使用に有益である新規の特性をオリゴマー化合物に与え得る。特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物をイメージングなどの研究または診断の目的に好適になし得る。
以下の実施例は、本開示の特定の実施形態を例証するものであり、限定するものではない。さらに、特定の実施形態が提供される場合、本発明者らは、それらの特定の実施形態の一般的適用を企図している。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示は、そのモチーフまたは同様のモチーフを有するさらなるオリゴヌクレオチドへの合理的なサポートを提供する。同様に、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置に出現する場合、同一の位置での他の高親和性修飾は、別途示されない限り、好適であるとみなされる。
実施例１：インビトロ単回投与でのヒトＳＰＤＥＦのＲＮＡに対する３－１０－３ｃＥｔギャップマー修飾オリゴヌクレオチドの効果
ヒトＳＰＤＥＦ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、インビトロでＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに対するそれらの効果について試験された。
ヒトＳＰＤＥＦ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、インビトロでＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに対するそれらの効果について試験された。
下の表における新たに設計された修飾オリゴヌクレオチドは、３－１０－３ｃＥｔギャップマーとして設計された。ギャップマーは、１６ヌクレオシド長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、それぞれ３つのヌクレオシドを含むウィングセグメントが５’方向及び３’方向に隣接する。５’ウィングセグメントにおけるそれぞれのヌクレオシド及び３’ウィングセグメントにおけるそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマーにわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマーにわたる全てのシトシン残基は、５－メチルシトシンである。
「開始部位」は、修飾オリゴヌクレオチドがヒト遺伝子配列において相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、修飾オリゴヌクレオチドがヒト遺伝子配列において相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙されているそれぞれの修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０１２３９１．２）、配列番号２（ヌクレオチド３４５３６００１から３４５５８０００までが短縮されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００６．１２の相補体）、配列番号３（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５２２９４．１）、配列番号４（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００５２４８９８８．３）、または配列番号５（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＸＭ＿００６７１５０４８．１）に対して１００％相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列に１００％相補的ではないことを示す。
ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養されたＶＣａＰ細胞を、エレクトロポレーションによって４μＭの修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約２４時間の処理期間の後、全ＲＮＡが細胞から分離され、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルが定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定された。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５００７（フォワード配列ＣＧＣＴＴＣＡＴＴＡＧＧＴＧＧＣＴＣＡ、本明細書で配列番号６と指定；リバース配列ＧＣＴＣＡＧＣＴＴＧＴＣＧＴＡＧＴＴＣＡ、本明細書で配列番号７と指定；プローブ配列ＡＡＴＴＧＡＧＧＡＣＴＣＡＧＣＣＣＡＧＧＴＧＧ、本明細書で配列番号８と指定）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化された。ＳＰＤＥＦのＲＮＡの減少を、非処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルのパーセントとして以下の表に示す。それぞれの表は、個々のアッセイプレートの結果を表している。アスタリスク（＊）で示される修飾オリゴヌクレオチドは、修飾オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。さらなるアッセイを用いてアンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定することができる。
実施例２：インビトロ単回投与でのヒトＳＰＤＥＦのＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドの効果
ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするように追加の化学修飾を有する追加のオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでのＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに対するそれらの効果について試験した。以下の表の化学表記の列は、修飾オリゴヌクレオチドの特定の化学表記を指定している。ここで、下付き文字「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、下付き文字「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表し、下付き文字「ｙ」は２’－Ｏ－メチル糖部分を表し、下付き文字「ｋ」はｃＥｔ修飾糖部分を表し、下付き文字「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、シトシン残基の前の上付き文字「ｍ」は５－メチルシトシンを表す。
ＳＰＤＥＦ核酸を標的とするように追加の化学修飾を有する追加のオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでのＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに対するそれらの効果について試験した。以下の表の化学表記の列は、修飾オリゴヌクレオチドの特定の化学表記を指定している。ここで、下付き文字「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、下付き文字「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表し、下付き文字「ｙ」は２’－Ｏ－メチル糖部分を表し、下付き文字「ｋ」はｃＥｔ修飾糖部分を表し、下付き文字「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、シトシン残基の前の上付き文字「ｍ」は５－メチルシトシンを表す。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的化される、最も５’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的化される、最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙されている修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１または配列番号２（本明細書で上に記載されている）のいずれかを標的としている。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性では標的としないことを示す。
修飾オリゴヌクレオチドは、類似の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験の結果を下記に示される個別の表に示す。ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養されたＶＣａＰ細胞を、エレクトロポレーションによって４μＭの修飾オリゴヌクレオチドでトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡが細胞から分離され、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルが定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定された。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３５００７を使用して、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して調整された。ＳＰＤＥＦのＲＮＡの減少を、非処理の対照（ＵＴＣ）細胞に対するＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルのパーセント（ＵＴＣ％）として表に示す。それぞれの表は、個々のアッセイプレートの結果を表している。アスタリスク（＊）で示される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。さらなるアッセイを用いてアンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定することができる。
実施例３：インビトロ複数回投与でのヒトＳＰＤＥＦのＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドの効果
上述の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、ＶＣａＰ細胞において様々な用量で試験した。ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養されたＶＣａＰ細胞を、以下の表に示されるように、エレクトロポレーションによってさまざまな用量での修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約２４時間の処理期間の後、全ＲＮＡが細胞から分離され、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルが定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定された。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５００７を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、Ｅｘｃｅｌのデータの対数／線形プロットの線形回帰を使用して計算された。
上述の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、ＶＣａＰ細胞において様々な用量で試験した。ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養されたＶＣａＰ細胞を、以下の表に示されるように、エレクトロポレーションによってさまざまな用量での修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約２４時間の処理期間の後、全ＲＮＡが細胞から分離され、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルが定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定された。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５００７を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、Ｅｘｃｅｌのデータの対数／線形プロットの線形回帰を使用して計算された。
実施例４：ＣＤ－１マウスにおけるヒトＳＰＤＥＦを標的とする修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
ＣＤ－１マウスは、安全性と有効性の試験に頻繁に使用される多目的マウスモデルである。マウスを上述の研究から選択される修飾オリゴヌクレオチドで処置し、種々の血漿中化学マーカーのレベルの変化について評価した。
ＣＤ－１マウスは、安全性と有効性の試験に頻繁に使用される多目的マウスモデルである。マウスを上述の研究から選択される修飾オリゴヌクレオチドで処置し、種々の血漿中化学マーカーのレベルの変化について評価した。
実験１
４匹の６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。４匹のオスのＣＤ－１マウスの１つの群には生理食塩水を注射した。最終投与の７２時間後にマウスを安楽死させた。
４匹の６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。４匹のオスのＣＤ－１マウスの１つの群には生理食塩水を注射した。最終投与の７２時間後にマウスを安楽死させた。
肝機能及び腎機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの影響を評価するために、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、クレアチニン（ＣＲＴ）、及びアルブミンの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。結果を以下の表に示す。アッセイには、３匹以下の動物が特定のアッセイに使用されたことを示すアスタリスク（＊）が付されている場合を除いて、群内に４匹の動物が含まれる。肝機能マーカーまたは腎機能マーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
１日目と３９日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。研究の終わりに肝臓、腎臓、及び脾臓の重量を測定し、以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実験２
６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群にはＰＢＳを注射した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群にはＰＢＳを注射した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
肝機能及び腎機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの影響を評価するために、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、クレアチニン（ＣＲＴ）、及びアルブミンの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。結果を以下の表に示す。肝機能マーカーまたは腎機能マーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
１日目と３７日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。研究の終わりに肝臓、腎臓、及び脾臓の重量を測定し、以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実験３
６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群にはＰＢＳを注射した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群にはＰＢＳを注射した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
肝機能及び腎機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの影響を評価するために、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、クレアチニン（ＣＲＴ）、及びアルブミンの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。結果を以下の表に示す。アッセイには、３匹以下の動物が特定のアッセイに使用されたことを示すアスタリスク（＊）が付されている場合を除いて、群内に４匹の動物が含まれる。肝機能マーカーまたは腎機能マーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
１日目と３７日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。研究の終わりに肝臓、腎臓、及び脾臓の重量を測定し、以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実験４
６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群にはＰＢＳを注射した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
６～８週齢のオスのＣＤ－１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週１回６週間（総計６回の処理）皮下注射した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群にはＰＢＳを注射した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
肝機能及び腎機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの影響を評価するために、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、クレアチニン（ＣＲＴ）、及びアルブミンの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。結果を以下の表に示す。アッセイには、３匹以下の動物が特定のアッセイに使用されたことを示すアスタリスク（＊）が付されている場合を除いて、群内に４匹の動物が含まれる。肝機能マーカーまたは腎機能マーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
１日目と３７日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。研究の終わりに肝臓、腎臓、及び脾臓の重量を測定し、以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実施例５：ＣＤ－１マウスにおけるヒトＳＰＤＥＦを標的とする修飾オリゴヌクレオチドの局所忍容性
ＣＤ－１マウスは、安全性と有効性の試験に頻繁に使用される多目的マウスモデルである。マウスを上述の研究から選択される修飾オリゴヌクレオチドで処置し、種々の血漿中化学マーカーのレベルの変化について評価した。
ＣＤ－１マウスは、安全性と有効性の試験に頻繁に使用される多目的マウスモデルである。マウスを上述の研究から選択される修飾オリゴヌクレオチドで処置し、種々の血漿中化学マーカーのレベルの変化について評価した。
実験１
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
１日目と３６日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）細胞プロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
ＢＡＬマーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。場合によっては、群で利用できる試料が４未満の場合、値にはアスタリスク（＊）が付されている。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）サイトカインプロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤ ＃Ｎ４５ＺＡ－１のＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤ ＃Ｎ４５ＺＡ－１のＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
結果を以下の表に示す。ＢＡＬサイトカインのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）細胞プロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
ＢＡＬマーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。場合によっては、群で利用できる試料が４未満の場合、値にはアスタリスク（＊）が付されている。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）サイトカインプロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤのＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤのＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
結果を以下の表に示す。ＢＡＬサイトカインのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実験２
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の４８時間後にマウスを安楽死させた。
１日目と３７日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実験３
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の７２時間後にマウスを安楽死させた。
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の７２時間後にマウスを安楽死させた。
１日目と３６日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）細胞プロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
ＢＡＬマーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。場合によっては、群で利用できる試料が４未満の場合、値にはアスタリスク（＊）が付されている。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）サイトカインプロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤのＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤのＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
結果を以下の表に示す。ＢＡＬサイトカインのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実験４
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の７２時間後にマウスを安楽死させた。
７～８週齢のオスＣＤ－１マウスの群に、２０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを週に１回６週間（合計６回の処理）経口気管内投与した。オスのＣＤ－１マウスの１つの群は生理食塩水で処理した。最終投与の７２時間後にマウスを安楽死させた。
１日目と３６日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）細胞プロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
ＢＡＬマーカーのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。場合によっては、群で利用できる試料が４未満の場合、値にはアスタリスク（＊）が付されている。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）サイトカインプロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤのＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、及びマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４のレベルを測定した。ＢＡＬ液は、ＭＳＤのＭＵＬＴＩ＿ＳＰＯＴ９６ウェル４スポットプロトタイプマウス４プレックスで分析された。
結果を以下の表に示す。ＢＡＬサイトカインのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実施例６：ヒト初代気管支上皮細胞（ＨＢＥ）におけるヒトＳＰＤＥＦを標的とする修飾オリゴヌクレオチドの活性
ＨＢＥはＥｐｉｔｈｅｌｉｘ（カタログ番号ＥＰ６１ＳＡ）から入手し、メーカーの使用説明書に従って増殖させた。
ＨＢＥはＥｐｉｔｈｅｌｉｘ（カタログ番号ＥＰ６１ＳＡ）から入手し、メーカーの使用説明書に従って増殖させた。
実験１
ＨＢＥは、９６ウェルトランスウェルプレートに８０，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５（フォワード配列ＡＡＧＴＧＣＴＣＡＡＧＧＡＣＡＴＣＧＡＧ、本明細書で配列番号９と指定；リバース配列ＣＧＧＴＡＴＴＧＧＴＧＣＴＣＴＧＴＣＣ、本明細書で配列番号１０と指定；プローブ配列ＴＣＣＡＴＧＧＧＡＴＣＴＧＣＧＧＴＧＡＴＧＴＴ、本明細書で配列番号１１と指定）を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡのレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６（フォワード配列ＧＣＣＡＴＧＧＡＧＣＧＣＴＴＴＧＧ、本明細書で配列番号１２と指定；リバース配列ＴＣＣＡＣＡＧＴＣＡＧＣＡＡＴＧＧＴＧＡＴＣ、本明細書で配列番号１３と指定；プローブ配列ＴＣＣＡＧＧＡＡＴＧＧＣＡＡＧＡＣＣＡＧＣＡＡＧＡ、本明細書で配列番号１４と指定）によって測定される、サイクロフィリンＡのレベルに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７．０１のｌｏｇ（阻害剤）対応答（３つのパラメーター）の関数を使用して計算された。
ＨＢＥは、９６ウェルトランスウェルプレートに８０，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５（フォワード配列ＡＡＧＴＧＣＴＣＡＡＧＧＡＣＡＴＣＧＡＧ、本明細書で配列番号９と指定；リバース配列ＣＧＧＴＡＴＴＧＧＴＧＣＴＣＴＧＴＣＣ、本明細書で配列番号１０と指定；プローブ配列ＴＣＣＡＴＧＧＧＡＴＣＴＧＣＧＧＴＧＡＴＧＴＴ、本明細書で配列番号１１と指定）を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡのレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６（フォワード配列ＧＣＣＡＴＧＧＡＧＣＧＣＴＴＴＧＧ、本明細書で配列番号１２と指定；リバース配列ＴＣＣＡＣＡＧＴＣＡＧＣＡＡＴＧＧＴＧＡＴＣ、本明細書で配列番号１３と指定；プローブ配列ＴＣＣＡＧＧＡＡＴＧＧＣＡＡＧＡＣＣＡＧＣＡＡＧＡ、本明細書で配列番号１４と指定）によって測定される、サイクロフィリンＡのレベルに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７．０１のｌｏｇ（阻害剤）対応答（３つのパラメーター）の関数を使用して計算された。
実験２
ＨＢＥは、２４ウェルトランスウェルプレートに１５０，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７．０１のｌｏｇ（阻害剤）対応答（３つのパラメーター）の関数を使用して計算された。
ＨＢＥは、２４ウェルトランスウェルプレートに１５０，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７．０１のｌｏｇ（阻害剤）対応答（３つのパラメーター）の関数を使用して計算された。
さらに、気道分泌ムチンＭＵＣ５ＡＣ及びＭＵＣ５ＢのＲＮＡレベルが試料で測定された。ＳＰＤＥＦ（ステライルαモチーフポインティドドメイン上皮特異的転写因子）は、ＭＵＣ５ＡＣ及びＭＵＣ５Ｂ発現の既知の調節因子である。ヒトＭＵＣ５ＡＣプライマープローブセット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ４４５３３２０）及びヒトＭＵＣ５Ｂプライマープローブセット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ４４４８８９２）を使用して、上述のようにＭＵＣ５Ａ及びＭＵＣ５ＢのＲＮＡレベルを測定した。ＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡに対して正規化された。
ＳＰＤＥＦのノックダウンにより、ＭＵＣ５ＡＣ及びＭＵＣ５ＢのＲＮＡが大幅にノックダウンされた。
実験３
ＨＢＥは、２４ウェルトランスウェルプレートに１５０，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡのレベルに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７．０１のｌｏｇ（阻害剤）対応答（３つのパラメーター）の関数を使用して計算された。
ＨＢＥは、２４ウェルトランスウェルプレートに１５０，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡのレベルに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７．０１のｌｏｇ（阻害剤）対応答（３つのパラメーター）の関数を使用して計算された。
実験４
ＨＢＥは、６ウェルトランスウェルプレートに５００，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡのレベルに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。
ＨＢＥは、６ウェルトランスウェルプレートに５００，０００細胞／ウェルで播種され、５週間の分化により気液界面（ＡＬＩ）を確立した。ＡＬＩの確立後、細胞を、基底外側表面での自由な取り込みによって、以下の表に示される濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。処理の７２時間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴＰＣＲで測定した。ヒトＳＰＤＥＦプライマープローブセットＲＴＳ３５５７５を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡのレベルに対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。
さらに、気道分泌ムチンＭＵＣ５ＡＣ及びＭＵＣ５ＢのＲＮＡレベルが試料で測定された。ヒトＭＵＣ５ＡＣプライマープローブセット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ４４５３３２０）及びヒトＭＵＣ５Ｂプライマープローブセット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ４４４８８９２）を使用して、上述のようにＭＵＣ５ＡＣ及びＭＵＣ５ＢのＲＮＡレベルを測定した。ＲＮＡレベルは、ヒトプライマープローブセットＨＴＳ３９３６で測定したときのシクロフィリンＡに対して正規化された。ＳＰＤＥＦのノックダウンにより、ＭＵＣ５ＡＣ及びＭＵＣ５ＢのＲＮＡが大幅にノックダウンされた。
実施例７：Ｓｐｒａｇｕｅ－ＤａｗｌｅｙラットにおけるヒトＳＰＤＥＦを標的とする修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
Ｓｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットは、安全性及び有効性評価に使用される多目的モデルである。ラットを上述の実施例に記載される研究からのＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドで処置し、種々の血漿中化学マーカーのレベルの変化について評価した。
Ｓｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットは、安全性及び有効性評価に使用される多目的モデルである。ラットを上述の実施例に記載される研究からのＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドで処置し、種々の血漿中化学マーカーのレベルの変化について評価した。
実験１
オスのＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットを１２時間の明／暗周期で維持し、Ｐｕｒｉｎａの通常のラット用飼料を自由に摂餌させた。それぞれ４匹のＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットの群に、５０ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを６週間にわたって毎週皮下注射した（合計６回投与）。最終投与から３日後、ラットを安楽死させ、器官、尿、及び血漿をさらなる分析のために採取した。
オスのＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットを１２時間の明／暗周期で維持し、Ｐｕｒｉｎａの通常のラット用飼料を自由に摂餌させた。それぞれ４匹のＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットの群に、５０ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを６週間にわたって毎週皮下注射した（合計６回投与）。最終投与から３日後、ラットを安楽死させ、器官、尿、及び血漿をさらなる分析のために採取した。
血漿中化学マーカー
肝機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）及びＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）の血漿レベルを測定した。結果をＩＵ／Ｌで表した以下の表に示す。総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、クレアチニン（ＣＲＥＡ）、アルブミン（ＡＬＢ）、及び血液尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルもまた、同じ臨床化学分析装置を用いて測定し、この結果もまた以下の表に示す。肝機能のうちのいずれかのマーカーのレベルにおいて修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。場合によっては、群で利用できる試料が４未満の場合、化合物にはアスタリスク（＊）が付されている。
肝機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）及びＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）の血漿レベルを測定した。結果をＩＵ／Ｌで表した以下の表に示す。総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、クレアチニン（ＣＲＥＡ）、アルブミン（ＡＬＢ）、及び血液尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルもまた、同じ臨床化学分析装置を用いて測定し、この結果もまた以下の表に示す。肝機能のうちのいずれかのマーカーのレベルにおいて修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。場合によっては、群で利用できる試料が４未満の場合、化合物にはアスタリスク（＊）が付されている。
６週目にラット群から得られた血液は、血球数の測定のためにＩＤＥＸＸ ＢｉｏＲｅｓｅａｒｃｈに送られた。得られた数には、赤血球（ＲＢＣ）数、白血球（ＷＢＣ）数、ヘモグロビン（ＨＧＢ）、ヘマトクリット（ＨＣＴ）、平均赤血球容積（ＭＣＶ）、平均赤血球ヘモグロビン（ＭＣＨ）、平均赤血球ヘモグロビン濃度（ＭＣＨＣ）、個々の白血球数、例えば、単球（ＭＯＮ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び血小板（ＰＬＴ）の数が含まれる。結果を以下の表に示す。血球数において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
腎機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、総タンパク質（ＭＴＰ）及びクレアチニンの尿中レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。総タンパク質対クレアチニンの比（ＭＴＰ／Ｃ比）を以下の表に示す。その比のレベルにおいて修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
１日目と４０日目にラットの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。研究の終わりに肝臓、脾臓、及び腎臓の重量を測定し、以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実験２
オスのＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットを１２時間の明／暗周期で維持し、Ｐｕｒｉｎａの通常のラット用飼料を自由に摂餌させた。それぞれ４匹のＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットの群に、５０ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを６週間にわたって毎週皮下注射した（合計６回投与）。最終投与から３日後、ラットを安楽死させ、器官、尿、及び血漿をさらなる分析のために採取した。
オスのＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットを１２時間の明／暗周期で維持し、Ｐｕｒｉｎａの通常のラット用飼料を自由に摂餌させた。それぞれ４匹のＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットの群に、５０ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを６週間にわたって毎週皮下注射した（合計６回投与）。最終投与から３日後、ラットを安楽死させ、器官、尿、及び血漿をさらなる分析のために採取した。
血漿中化学マーカー
肝機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）及びＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）の血漿レベルを測定した。結果をＩＵ／Ｌで表した以下の表に示す。総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、クレアチニン（ＣＲＥＡ）、アルブミン（ＡＬＢ）、及び血液尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルもまた、同じ臨床化学分析装置を用いて測定し、この結果もまた以下の表に示す。肝機能のうちのいずれかのマーカーのレベルにおいて修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
肝機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）及びＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）の血漿レベルを測定した。結果をＩＵ／Ｌで表した以下の表に示す。総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、クレアチニン（ＣＲＥＡ）、アルブミン（ＡＬＢ）、及び血液尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルもまた、同じ臨床化学分析装置を用いて測定し、この結果もまた以下の表に示す。肝機能のうちのいずれかのマーカーのレベルにおいて修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
６週目にラット群から得られた血液は、血球数の測定のためにＩＤＥＸＸ ＢｉｏＲｅｓｅａｒｃｈに送られた。得られた数には、赤血球（ＲＢＣ）数、白血球（ＷＢＣ）数、ヘモグロビン（ＨＧＢ）、ヘマトクリット（ＨＣＴ）、平均赤血球容積（ＭＣＶ）、平均赤血球ヘモグロビン（ＭＣＨ）、平均赤血球ヘモグロビン濃度（ＭＣＨＣ）、個々の白血球数、例えば、単球（ＭＯＮ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び血小板（ＰＬＴ）の数が含まれる。結果を以下の表に示す。血球数において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
腎機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、総タンパク質（ＭＴＰ）及びクレアチニンの尿中レベルを、臨床化学自動分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｃ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を用いて測定した。総タンパク質対クレアチニンの比（ＭＴＰ／Ｃ比）を以下の表に示す。その比のレベルにおいて修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
１日目と３８日目にラットの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。研究の終わりに肝臓、脾臓、及び腎臓の重量を測定し、以下の表に示す。器官重量において修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の何らかの変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実施例８：カニクイザル吸入実験におけるヒトＳＰＤＥＦを標的とする修飾オリゴヌクレオチドの効果
カニクイザルを上述の実施例に記載される研究から選択されるＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドで処置した。修飾オリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。
カニクイザルを上述の実施例に記載される研究から選択されるＩｏｎｉｓ修飾オリゴヌクレオチドで処置した。修飾オリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。
研究の前に、サルはＩｏｎｉｓ固有のＮＨＰ社会化及び濃縮ガイドライン（実験動物科学（ライフサイエンス）作業指示書ＬＡＳ ００１）に従って飼育されていた。ランダムに割り当てられた２匹のオスと２匹のメス（合計４匹の動物）の６つの群は、それぞれフェイスマスクを介した吸入によってエアロゾル化Ｉｏｎｉｓオリゴヌクレオチドまたはエアロゾル化生理食塩水で２０～２７分間処理された。１、３、５、及び７日目の１２ｍｇ／ｋｇのローディング用量に続いて、サルに１２ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを１週間に１回（１４、２１、２８、３５、及び４２日目）投与した。生理食塩水で処理された動物は対照群として機能した。
実験期間中、サルを疾病または苦痛の徴候について１日２回観察した。健康状態が悪いまたは瀕死状態であると考えられるいずれの動物も、さらなるモニタリング及び安楽死の可能性のために特定した。剖検前に動物を一晩絶食させた。動物の予定された安楽死は、４３日目、最終投薬からおよそ２４時間後に、深麻酔下にある間の失血によって実施した。実施例に記載されるプロトコールは、動物実験委員会（ＩＡＣＵＣ）によって承認された。この研究は、動物福祉法規則の最終規則（９ ＣＦＲパート１、２、及び３）の該当する全てのセクション、ならびにＧｕｉｄｅ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌｓ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｕｎｃｉｌ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ Ｐｒｅｓｓ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ． Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ ２０１１に準拠している。
動物の全体的健康に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、体重及び器官重量を測定した。剖検の前に最終体重を測定した。器官重量も同様に測定した。全ての重量測定値を以下の表に示す。結果は、体重及び器官重量に対する修飾オリゴヌクレオチドでの処理の影響が修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲内であったことを示す。
肝機能及び腎機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの影響を評価するために、４３日目に全ての実験群から血液試料を収集した。全血を血餅活性剤と混合して、室温で少なくとも３０分間血餅を形成させた。採取後２時間以内に遠心分離により血清を分離した。Ｒｏｃｈｅ Ｃｏｂａｓ ｃ５０１ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を使用して、さまざまな肝機能マーカーのレベルを測定した。血中尿素窒素（ＢＵＮ）、クレアチニン（ＣＲＥＡ）、総タンパク質（ＴＰ）、アルブミン（ＡＬＢ）、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、総ビリルビン（ＴＢＩＬ）を測定し、結果を以下の表に示す。結果は、修飾オリゴヌクレオチドが肝機能及び腎機能に対して修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の影響を有しなかったことを示す。具体的には、ＩＯＮ８３３５６１での処理は、サルにおける肝機能及び腎機能の点で忍容性が良好であった。
カニクイザルにおけるＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドのあらゆる炎症作用を評価するために、血液試料を分析用に採取した。４２日目（投薬前）及び４３日目に、およそ１．０ｍＬの血液をそれぞれの動物から収集し、血清分離のためにＫ３ＥＤＴＡを含むチューブに入れた。採取後１時間以内に試料を２，０００ｇで１０分間遠心分離した。補体Ｃ３及び活性化因子Ｂ（Ｂｂ）は、Ｂｅｃｋｍａｎ Ｉｍｍａｇｅ ８００アナライザー及びＱｕｉｄｅｌ Ｂｂ Ｐｌｕｓ ＥＬＩＳＡキットをそれぞれ使用して測定した。結果は、ＩＯＮ８３５５６１での処理がサルにおいていずれの炎症も引き起こさなかったことを示す。別の炎症マーカーであるＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を、上述の肝機能について試験された臨床化学検査パラメータと一緒に試験した。
カニクイザルにおける血液学的パラメータに対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドのあらゆる影響を評価するために、およそ０．５ｍＬの血液の血液試料を４３日目に利用可能な実験動物のそれぞれから収集した。試料をＫ３－ＥＤＴＡを含有するチューブに収集した。ＡＤＶＩＡ２１２０血液分析装置（Ｓｉｅｍｅｎｓ，ＵＳＡ）を用いて、赤血球（ＲＢＣ）数、ヘモグロビン（ＨＧＢ）、ヘマトクリット（ＨＣＴ）、平均赤血球容積（ＭＣＶ）、平均赤血球ヘモグロビン（ＭＣＨ）、平均赤血球ヘモグロビン濃度（ＭＣＨＣ）、血小板数（ＰＬＴ）、白血球（ＷＢＣ）数、単球数（ＭＯＮ）、好中球数（ＮＥＵ）、リンパ球数（ＬＹＭ）、好酸球数（ＥＯＳ）、及び好塩基球数（ＢＡＳ）について試料を分析した。
データは、オリゴヌクレオチドが、この用量で血液学的パラメータにおいて修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外のいずれの変化も引き起こさなかったことを示す。具体的には、ＩＯＮ８３３５６１での処理は、サルの血液学的パラメータの点で忍容性が良好であった。
薬物動態分析
さまざまな器官での修飾オリゴヌクレオチドの蓄積は、剖検で収集された組織で測定された。全てのＳＰＤＥＦ修飾オリゴヌクレオチドの最終投与から２４時間後の平均血漿濃度を評価した。８３３５６１は、このクラスの化合物に典型的な組織及び血漿の蓄積プロファイルを示した。
さまざまな器官での修飾オリゴヌクレオチドの蓄積は、剖検で収集された組織で測定された。全てのＳＰＤＥＦ修飾オリゴヌクレオチドの最終投与から２４時間後の平均血漿濃度を評価した。８３３５６１は、このクラスの化合物に典型的な組織及び血漿の蓄積プロファイルを示した。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）細胞分析
全肺重量を収集した後、肺洗浄を行った。２回の洗浄液をプールし、３００×ｇで１０分間遠心分離した。ペレットをＰＢＳで１％のＢＳＡ中に再懸濁し、サイトスピンを実行した。スライドを固定し、Ｈｅｍａｔｅｋ ３０００装置を使用して修正ライト染色（Ｓｉｅｍｅｎｓ）で染色した。その
全肺重量を収集した後、肺洗浄を行った。２回の洗浄液をプールし、３００×ｇで１０分間遠心分離した。ペレットをＰＢＳで１％のＢＳＡ中に再懸濁し、サイトスピンを実行した。スライドを固定し、Ｈｅｍａｔｅｋ ３０００装置を使用して修正ライト染色（Ｓｉｅｍｅｎｓ）で染色した。その
スライドを使用して、Ｎｉｋｏｎ Ｅ４００顕微鏡を使用して白血球百分率を取得した。取得した細胞数には、マクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、好酸球（ＥＯＳ）、リンパ球（ＬＹＭ）が含まれる。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）サイトカインプロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、マクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４、ＭＩＰ－１α、ＭＣＰ－４、ＭＤＣ、及びＩＰ－１０のレベルを測定した。サイトカインは、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，ＬＬＣの２つのＮＨＰキット（Ｕ－ＰＬＥＸケモカインコンボ１Ｋ１５０５５Ｋ－１及びＵ－ＰＬＥＸＴＨ１７コンボ１Ｋ１５０７９Ｋ－１）で測定した。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液液（ＢＡＬ）中のインターロイキン－１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、単球走化性タンパク質（ＭＣＰ）－１／ＣＣＬ２、マクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ）１β／ＣＣＬ４、ＭＩＰ－１α、ＭＣＰ－４、ＭＤＣ、及びＩＰ－１０のレベルを測定した。サイトカインは、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，ＬＬＣの２つのＮＨＰキット（Ｕ－ＰＬＥＸケモカインコンボ１Ｋ１５０５５Ｋ－１及びＵ－ＰＬＥＸＴＨ１７コンボ１Ｋ１５０７９Ｋ－１）で測定した。
結果を以下の表に示す。ＢＡＬサイトカインのうちのいずれかのレベルにおいて、修飾オリゴヌクレオチドで想定される範囲外の変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。場合によっては、サイトカインのレベルが低すぎて正確に測定できず、Ｎ／Ａのように注釈が付される。
実施例９：インビトロ複数回投与でのカニクイザルＳＰＤＥＦのＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドの効果
上述の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、４ＭＢｒ－５細胞において様々な用量で試験した。ウェルあたり３０，０００細胞の密度で培養された４ＭＢｒ－５細胞を、以下の表に示されるように、エレクトロポレーションによってさまざまな用量での修飾オリゴヌクレオチドで処理した。エレクトロポレーションした細胞を、５０ｎｇ／ｍＬのヒトＩＬ－１３タンパク質（Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ ＃２１３－ＩＬＢ－００５）を含む培地に播種した。約２４時間のインキュベーションの後、全ＲＮＡが細胞から分離され、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルが定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定された。カニクイザルＳＰＤＥＦプライマープローブセットＭｆ０２９１７９１５＿ｍ１を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、Ｅｘｃｅｌのデータの対数／線形プロットの線形回帰を使用して計算された。
上述の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、４ＭＢｒ－５細胞において様々な用量で試験した。ウェルあたり３０，０００細胞の密度で培養された４ＭＢｒ－５細胞を、以下の表に示されるように、エレクトロポレーションによってさまざまな用量での修飾オリゴヌクレオチドで処理した。エレクトロポレーションした細胞を、５０ｎｇ／ｍＬのヒトＩＬ－１３タンパク質（Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ ＃２１３－ＩＬＢ－００５）を含む培地に播種した。約２４時間のインキュベーションの後、全ＲＮＡが細胞から分離され、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルが定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定された。カニクイザルＳＰＤＥＦプライマープローブセットＭｆ０２９１７９１５＿ｍ１を使用して、上述のようにＲＮＡレベルを測定した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化された。結果は、未処理の対照（ＵＴＣ）と比較した、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの量の減少パーセントとして以下の表に示されている。それぞれの修飾オリゴヌクレオチドの最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）も示されている。ＩＣ５０は、Ｅｘｃｅｌのデータの対数／線形プロットの線形回帰を使用して計算された。
実施例１０：ブレオマイシン誘発性肺線維症モデルにおけるＳＰＤＥＦに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効果
１２匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の群を、化合物番号６５２５５３で処理し、１２匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の群も対照化合物番号５４９１４８で同様に処理した。
１２匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の群を、化合物番号６５２５５３で処理し、１２匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の群も対照化合物番号５４９１４８で同様に処理した。
化合物番号６５２５５３と５４９１４８は両方とも３－１０－３ｃＥｔギャップマーであり、１０個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドの中央ギャップセグメントを有し、５’及び３’ウィングセグメントはそれぞれ３つのｃＥｔ修飾ヌクレオシドで構成され、修飾オリゴヌクレオチド全体のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合であり、修飾オリゴヌクレオチド全体の全てのシトシン核酸塩基が５－メチルシトシンである。化合物番号６５２５５３は、ＧＣＴＣＡＴＧＴＧＴＡＴＣＣＣＴ（配列番号２２８５）の配列（５’から３’）を有し、本明細書で配列番号２２８６（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０１３８９１．４ ） と呼ばれるマウスＳＰＤＥＦに開始部位１５４０及び終結部位１５５５において相補的となるように設計され、「開始部位」は、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である標的配列の最も５’側のヌクレオシドを示し、「終結部位」は、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である標的配列の最も３’側のヌクレオシドを示す。化合物番号５４９１４８は、ＧＧＣＴＡＣＴＡＣＧＣＣＧＴＣＡ（配列番号２２８７）の配列（５’から３’）を有する対照オリゴヌクレオチドであり、マウスＳＰＤＥＦまたは既知の遺伝子いずれも標的としないように設計されている。
０日目の前に週に２回経口気管内に投与された１０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドの合計３回のローディング投与に続いて、マウスに、１０ｍｇ／ｋｇ／投与の修飾オリゴヌクレオチドが週に２回合計６回、経口気管内に投与された。１８日目（修飾オリゴヌクレオチドの最終投与の４８時間後）にマウスを犠牲にした。ローディング投与に続いて、マウスはまた、０日目に２．５ｕ／ｋｇのブレオマイシン（Ｓａｖｍａｒｔ、カタログ番号ＮＤＣ－０７８３－３１５４－０１）、１４日目に１．５ｕ／ｋｇのブレオマイシンので処理された。対照として、２４匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の１つの群は、修飾オリゴヌクレオチドによる処理を伴わずに、０日目に２．５ｕ／ｋｇのブレオマイシン、１４日目に１．５ｕ／ｋｇのブレオマイシンで処理された。治療群は、ナイーブであり、修飾オリゴヌクレオチドまたはブレオマイシンのいずれでも処理されない、８匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の群と比較された。
体重と生存率
Ｃ５７ＢＬ／６マウスの体重を測定し、０日目と１８日目のそれぞれの群の平均体重を以下の表に示す。さらに、０日目と１８日目の動物の数を数え、以下の表に示す。
Ｃ５７ＢＬ／６マウスの体重を測定し、０日目と１８日目のそれぞれの群の平均体重を以下の表に示す。さらに、０日目と１８日目の動物の数を数え、以下の表に示す。
肺機能
肺機能は、拘束されていないプレチスモグラフィーによって得られたＰｅｎｈスコアを使用して、１７日目に測定された。Ｐｅｎｈスコアが高いほど、肺狭窄が多いことを示する。以下の表に示す結果は、ＳＰＤＥＦに相補的な修飾オリゴヌクレオチドによる前処理が、ブレオマイシン誘発肺線維症マウスモデルで観察された肺機能の低下（またはペンスコアの上昇）を防止したことを示している。
肺機能は、拘束されていないプレチスモグラフィーによって得られたＰｅｎｈスコアを使用して、１７日目に測定された。Ｐｅｎｈスコアが高いほど、肺狭窄が多いことを示する。以下の表に示す結果は、ＳＰＤＥＦに相補的な修飾オリゴヌクレオチドによる前処理が、ブレオマイシン誘発肺線維症マウスモデルで観察された肺機能の低下（またはペンスコアの上昇）を防止したことを示している。
ＲＮＡ分析
１８日目に、ＳＰＤＥＦのＲＮＡ発現の定量的リアルタイムＲＴＰＣＲ分析のために、マウスの肺からＲＮＡを抽出した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに加えて、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、及びＯＰＮを含むさまざまなマウス肺線維症遺伝子のＲＮＡ発現レベルを、定量的リアルタイムＲＴＰＣＲを使用して試験した。マウスＳＰＤＥＦ、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、及びＯＰＮのＲＮＡレベルを測定するために使用されるプライマー－プローブセットを以下の表に示す。
１８日目に、ＳＰＤＥＦのＲＮＡ発現の定量的リアルタイムＲＴＰＣＲ分析のために、マウスの肺からＲＮＡを抽出した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに加えて、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、及びＯＰＮを含むさまざまなマウス肺線維症遺伝子のＲＮＡ発現レベルを、定量的リアルタイムＲＴＰＣＲを使用して試験した。マウスＳＰＤＥＦ、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、及びＯＰＮのＲＮＡレベルを測定するために使用されるプライマー－プローブセットを以下の表に示す。
ＳＰＤＥＦのＲＮＡ発現のレベルは、ナイーブ対照と比較したＳＰＤＥＦのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＭＵＣ５ｂのＲＮＡ発現のレベルは、ナイーブ対照と比較したＭＵＣ５ｂのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＭＵＣ５ａｃのＲＮＡ発現のレベルは、ナイーブ対照と比較したＭＵＣ５ａｃのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＣＯＬ１Ａ１のＲＮＡ発現のレベルは、ナイーブ対照と比較したＣＯＬ１Ａ１のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＡＣＴＡ２のＲＮＡ発現のレベルは、ナイーブ対照と比較したＡＣＴＡ２のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＴＩＭＰ１のＲＮＡ発現のレベルは、ナイーブ対照と比較したＴＩＭＰ１のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＯＰＮのＲＮＡ発現のレベルは、ナイーブ対照と比較したＯＰＮのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。
以下の表に示すように、ＳＰＤＥＦ修飾オリゴヌクレオチドによる処理は、ナイーブ対照と比較してＳＰＤＥＦのＲＮＡの減少をもたらした。さらに、ＳＰＤＥＦ修飾オリゴヌクレオチドによる処理は、ブレオマイシンのみ及びブレオマイシン＋５４９１４８で処理された動物と比較して、線維症マーカーのＲＮＡ発現の有意な減少をもたらした。
実施例１１：ブレオマイシン誘発性肺線維症モデルにおけるＳＰＤＥＦに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効果
１２匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の群を化合物番号６５２５５３（本明細書で上述のように）で処理した。
１２匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の群を化合物番号６５２５５３（本明細書で上述のように）で処理した。
０日目（Ｄ０）の前に週に２回経口気管内に投与された１０ｍｇ／ｋｇ／投与の化合物番号６５２５５３の合計３回のローディング投与に続いて、マウスに、１０ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドが週に２回合計９回、経口気管内に投与された。ローディング投与に続いて、マウスはまた、０日目に２．５ｕ／ｋｇのブレオマイシン、７日目に２．５ｕ／ｋｇのブレオマイシンで処理された。対照マウスの１つの群は、修飾オリゴヌクレオチドの代わりに生理食塩水で同様の方法で処理された。２１日目（修飾オリゴヌクレオチドの最終投与の２４時間後）にマウスを犠牲にした。治療群は、ナイーブであり、修飾オリゴヌクレオチドまたはブレオマイシンのいずれでも処理されない、１２匹の１２週齢のオスのＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の対照群と比較された。
体重と生存率
０日目と２０日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。さらに、０日目と２０日目の動物の数を数え、以下の表に示す。
０日目と２０日目にＣＤ－１マウスの体重を測定した。それぞれの群の平均体重を以下の表に示す。さらに、０日目と２０日目の動物の数を数え、以下の表に示す。
肺機能
肺機能は、拘束されていないプレチスモグラフィーによって得られたＰｅｎｈスコアを使用して、８日目に測定された。Ｐｅｎｈスコアが高いほど、肺狭窄が多いことを示する。以下の表に示す結果は、ＳＰＤＥＦに相補的な修飾オリゴヌクレオチドによる前処理が、ブレオマイシン誘発肺線維症マウスモデルで観察された肺機能の低下（またはペンスコアの上昇）を防止したことを示している。
肺機能は、拘束されていないプレチスモグラフィーによって得られたＰｅｎｈスコアを使用して、８日目に測定された。Ｐｅｎｈスコアが高いほど、肺狭窄が多いことを示する。以下の表に示す結果は、ＳＰＤＥＦに相補的な修飾オリゴヌクレオチドによる前処理が、ブレオマイシン誘発肺線維症マウスモデルで観察された肺機能の低下（またはペンスコアの上昇）を防止したことを示している。
ＲＮＡ分析
２１日目に、ＳＰＤＥＦのＲＮＡ発現の定量的リアルタイムＲＴＰＣＲ分析のために、マウスの肺からＲＮＡを抽出した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに加えて、ＳＰＤＥＦ、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、ＣＴＧＦ、ＣＨＯＰ、ＧＯＢ５、ＢｉＰ、及びＯＰＮを含むさまざまなマウス肺線維症遺伝子のＲＮＡ発現レベルを、定量的リアルタイムＲＴＰＣＲを使用して試験した。マウスＳＰＤＥＦ、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、ＣＴＧＦ、ＣＨＯＰ、ＧＯＢ５、及びＯＰＮのＲＮＡレベルを測定するために使用されるプライマー－プローブセットを以下の表に示す。さらに、ＩＤＴ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓマウスプライマープローブセットＭｍ．ＰＴ．５８－６６４８０７４を使用してＦＯＸＡ３のＲＮＡを増幅し、ＩＤＴ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓマウスプライマープローブセットＭｍ．ＰＴ．５８－４３５７２４９５を使用してＡＧＲ２のＲＮＡを増幅し、ＩＤＴ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓマウスプライマープローブセットＭｍ．ＰＴ．５８．６１１５２８７．ｇを使用してＢｉＰのＲＮＡを増幅し、ＩＤＴ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのマウスプライマープローブセット２０６４４５７８１を使用してＡＴＦ４のＲＮＡを増幅した。
２１日目に、ＳＰＤＥＦのＲＮＡ発現の定量的リアルタイムＲＴＰＣＲ分析のために、マウスの肺からＲＮＡを抽出した。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルに加えて、ＳＰＤＥＦ、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、ＣＴＧＦ、ＣＨＯＰ、ＧＯＢ５、ＢｉＰ、及びＯＰＮを含むさまざまなマウス肺線維症遺伝子のＲＮＡ発現レベルを、定量的リアルタイムＲＴＰＣＲを使用して試験した。マウスＳＰＤＥＦ、ＭＵＣ５ｂ、ＭＵＣ５ａｃ、ＣＯＬ１Ａ１、ＡＣＴＡ２、ＴＩＭＰ１、ＣＴＧＦ、ＣＨＯＰ、ＧＯＢ５、及びＯＰＮのＲＮＡレベルを測定するために使用されるプライマー－プローブセットを以下の表に示す。さらに、ＩＤＴ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓマウスプライマープローブセットＭｍ．ＰＴ．５８－６６４８０７４を使用してＦＯＸＡ３のＲＮＡを増幅し、ＩＤＴ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓマウスプライマープローブセットＭｍ．ＰＴ．５８－４３５７２４９５を使用してＡＧＲ２のＲＮＡを増幅し、ＩＤＴ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓマウスプライマープローブセットＭｍ．ＰＴ．５８．６１１５２８７．ｇを使用してＢｉＰのＲＮＡを増幅し、ＩＤＴ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのマウスプライマープローブセット２０６４４５７８１を使用してＡＴＦ４のＲＮＡを増幅した。
ＳＰＤＥＦのＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＳＰＤＥＦのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。マウスシクロフィリンＡを、プライマープローブセットｍ＿ｃｙｃｌｏ２４（フォワード配列ＴＣＧＣＣＧＣＴＴＧＣＴＧＣＡ、本明細書で配列番号２３１８と指定；リバース配列ＡＴＣＧＧＣＣＧＴＧＡＴＧＴＣＧＡ、本明細書で配列番号２３１９と指定；プローブ配列ＣＣＡＴＧＧＴＣＡＡＣＣＣＣＡＣＣＧＴＧＴＴＣ、本明細書で配列番号２３２０と指定）を使用して増幅した。ＭＵＣ５ｂのＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＭＵＣ５ｂのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＭＵＣ５ａｃのＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＭＵＣ５ａｃのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＣＯＬ１Ａ１のＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＣＯＬ１Ａ１のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＡＣＴＡ２のＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＡＣＴＡ２のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＴＩＭＰ１のＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＴＩＭＰ１のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＯＰＮのＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＯＰＮのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＣＴＧＦのＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＣＴＧＦのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＣＨＯＰのＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＣＨＯＰのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＢｉＰのＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＢｉＰのＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＡＴＦ４のＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＡＴＦ４のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。Ｆｏｘａ３のＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、Ｆｏｘａ３のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＡＧＲ２のＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＡＧＲ２のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。ＧＯＢ５のＲＮＡ発現のレベルは、ブレオマイシン＋生理食塩水処理動物と比較した、シクロフィリンＡに正規化された、ＧＯＢ５のＲＮＡのパーセント（対照の％）として表される。
以下の表に示すように、ＳＰＤＥＦ修飾オリゴヌクレオチドによる処理は、ナイーブ対照及びブレオマイシン＋生理食塩水処理対照と比較してＳＰＤＥＦのＲＮＡの減少をもたらした。さらに、ＳＰＤＥＦ修飾オリゴヌクレオチドによる処理は、ブレオマイシン＋生理食塩水で処理された動物と比較して、粘液及び線維症マーカーのＲＮＡ発現の有意な減少をもたらした。
気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）細胞プロファイル
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を低速で遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
肺機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）中のマクロファージ（ＭＡＣ）、好中球（ＮＥＵ）、リンパ球（ＬＹＭ）、及び好酸球（ＥＯＳ）のレベルを測定した。マウスの肺を、１％のＢＳＡを含む０．５ｍｌのＰＢＳ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で２回洗浄した。ＢＡＬ液試料を低速で遠心分離して、細胞ペレットと無細胞上清を生成した。回収された気道細胞は、１％のＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁され、サイトスピンが実行された。細胞はＤｉｆｆ－Ｑｕｉｋ染色（ＶＷＲ）で染色された。データは、回収されたＢＡＬ細胞集団全体に存在する細胞のパーセントとして表される。
以下の表に示されている結果は、ＳＰＤＥＦに相補的な修飾オリゴヌクレオチドによる前処理が炎症細胞の肺への動員を防止したことを示している。
実施例１２：ヒトＳＰＤＥＦ核酸に相補的なアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを有するＲＮＡｉ化合物の設計
ヒトＳＰＤＥＦ核酸に相補的なアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド、及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに相補的なセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含むＲＮＡｉ化合物を以下のように設計した。
ヒトＳＰＤＥＦ核酸に相補的なアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド、及びアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドに相補的なセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含むＲＮＡｉ化合物を以下のように設計した。
以下の表のＲＮＡｉ化合物は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドとからなり、いずれの場合もアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２３核酸塩基長であり、ｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｙｙ（式中、「ｙ」は、２’－Ｏメチルリボシル糖を表し、「ｆ」は、２’－フルオロリボシル糖を表す）の糖モチーフ（５’から３’）を有し、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓ（式中、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す）の連結モチーフ（５’から３’）を有する。いずれの場合もセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは２１核酸塩基長であり、ｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆｙｆ（式中、「ｙ」は、２’－Ｏメチルリボシル糖を表し、「ｆ」は、２’－フルオロリボシル糖を表す）の糖モチーフ（５’から３’）を有し、ｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓ（式中、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す）の連結モチーフ（５’から３’）を有する。それぞれのアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、標的核酸（ＳＰＤＥＦ）に相補的であり、それぞれのセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの２１個のヌクレオシド（５’から３’）の最初のものに相補的であり、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの最後の２つの３’－ヌクレオシドは、センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドと対になっていない（突出ヌクレオシドである）。
「開始部位」は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドがヒト遺伝子配列において相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドがヒト遺伝子配列において相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載されるそれぞれの修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１（本明細書に上述される）に１００％相補的である。
実施例１３：インビトロでのヒトＳＰＤＥＦのＲＮＡの単回投与に対するＲＮＡｉ化合物の効果
上述の二本鎖ＲＮＡｉ化合物は、同じ培養条件下で一連の実験で試験した。それぞれの実験の結果を以下の個別の表に示す。
上述の二本鎖ＲＮＡｉ化合物は、同じ培養条件下で一連の実験で試験した。それぞれの実験の結果を以下の個別の表に示す。
ウェルあたり２５０００細胞の密度で培養されたＶＣａＰ細胞は、５００ｎＭの二本鎖ＲＮＡｉを伴うＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡが細胞から分離され、ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルが定量的リアルタイムＲＴＰＣＲによって測定された。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３５００７（本明細書で上述された）を使用してＲＮＡレベルを測定した。データは、第２のヒトプライマープローブセットＲＴＳ３５００６（フォワード配列ＣＡＣＣＴＧＧＡＣＡＴＣＴＧＧＡＡＧＴＣ、本明細書で配列番号２３２１と指定；リバース配列ＣＣＴＴＧＡＧＧＡＡＣＴＧＣＣＡＣＡＧ、本明細書で配列番号２３２２と指定；プローブ配列ＡＧＴＧＡＧＧＡＧＡＧＣＴＧＧＡＣＣＧＡＣＡ、本明細書で配列番号２３２３と指定）を使用して確認された。ＳＰＤＥＦのＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化された。結果は、ＰＢＳ対照と比較して、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの変化パーセント（対照の％）として表される。記号「≠」は、修飾オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコン領域内の標的転写物に相補的であり、したがって関連データが信頼できないことを示す。そのような場合、そのような修飾オリゴヌクレオチドの効力及び有効性を正確に評価するために、代替のプライマープローブを使用する追加のアッセイを実施しなければならない。
Claims (141)
- １２～５０、１２～４５、１２～４０、１２～３５、１２～３０、１２～２５、または１２～２０個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾ヌクレオチドの核酸塩基配列がＳＰＤＥＦ核酸の等しい長さの部分に少なくとも９０％相補的であり、前記修飾オリゴヌクレオチドが修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
- １２～５０、１２～４５、１２～４０、１２～３５、１２～３０、１２～２５、または１２～２０個の連結ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１～５のうちのいずれかの核酸塩基配列の等しい長さの部分に対して相補的な、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
- １２～５０、１２～４５、１２～４０、１２～３５、１２～３０、１２～２５、または１２～２０個の連結ヌクレオシドからなり、
配列番号２の核酸塩基３５２１～３５５４の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基３６８４～３７０２の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基３７８５～３８２１の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基６３５６～６３７７の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基８８０９～８８２６の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基９８００～９８１７の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基１４２１２～１４２３１の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基１５３８５～１５４０８の等しい長さの部分、
配列番号２の核酸塩基１７２８９～１７３０７の等しい長さの部分、または
配列番号２の核酸塩基１７４９０～１７５０９の等しい長さの部分、に対して相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
配列番号１０５３、１１２９、２１６６、２１６７、２１６８、２１６９、２１７０、２１７１、２１７２、２１７３、２１７４、２１７５、２１７６、２２４２、及び２２４７；
配列番号：１７７７、１８５２、１９２８、及び２００４；
配列番号１２８２、１３５８、１４３４、２１７７、２１７８、２１７９、２１８０、２１８１、２１８２、２１８３、２１８４、２１８５、及び２１８６；
配列番号６７８、２１９８、２１９９、２２００、２２４４、及び２２４８；
配列番号６８３、１７１５、及び２２４５；
配列番号：７６１、２２２９、及び２２３０；
配列番号：１６０６、１６８２、２２５５、２２７５、及び２２８０；
配列番号：９９９、１０７５、２２６２、２２６３、２２６４、２２６５、２２６６、２２６７、及び２２６８；
配列番号：１６３、１９８０、２０５６、及び２２７７；または
配列番号：１８３１、１９０７、１９８３、２０５９、及び２２８２、から選択される配列の、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基を含む、請求項３に記載のオリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定するとき、配列番号１～５から選択される核酸塩基配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、核酸塩基配列を有する、請求項１～４のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
- 少なくとも１つの修飾ヌクレオシドが修飾糖部分を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾糖部分が二環式糖部分を含む、請求項６に記載のオリゴマー化合物。
- 前記二環式糖部分が、－Ｏ－ＣＨ２－、及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される２’－４’架橋を含む、請求項７に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾糖部分が、非二環式修飾糖部分を含む、請求項６に記載のオリゴマー化合物。
- 前記非二環式修飾糖部分が２’－ＭＯＥ糖部分または２’－ＯＭｅ糖部分を含む、請求項９に記載のオリゴマー化合物。
- 少なくとも１つの修飾ヌクレオシドが糖代替物を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
- 前記糖代替物がモルホリノ及びＰＮＡから選択される、請求項１１に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１～５個の連結された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域；
６～１０個の連結された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域；
１～５個の連結された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域を含む、糖モチーフを有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドのそれぞれが、修飾糖部分を含み、前記中央領域のヌクレオシドのそれぞれが、非修飾２’－デオキシリボシル糖部分を含む、請求項１～１２のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１４に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項１４に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１～１３のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物。
- それぞれのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から独立して選択される、請求項１４に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、請求項１～１９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾核酸塩基が５－メチルシトシンである、請求項２０に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２、または１８～２０個の連結ヌクレオシドからなる、請求項１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが１６の連結ヌクレオシドからなる、請求項１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- ヌクレオシド１～３及び１４～１６（５’から３’に）のそれぞれがｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド４～１３のそれぞれが２’－デオキシヌクレオシドである、請求項２３に記載のオリゴマー化合物。
- ヌクレオシド１～２及び１５～１６（５’から３’に）のそれぞれがｃＥｔ修飾を含み、ヌクレオシド３～１４のそれぞれが２’－デオキシヌクレオシドである、請求項２３に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドからなる請求項１～２５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、請求項１～２５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項２７に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、請求項２７または２８に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、請求項２７に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項３０に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合する、請求項２７～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合する、請求項２７～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 末端基を含む、請求項１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記オリゴマー化合物が一本鎖オリゴマー化合物である、請求項１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記オリゴマー化合物がリンカーヌクレオシドを含まない、請求項１～３０または３２～３５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 請求項１～３４、または３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
- 請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖を含むか、またはそれらからなるアンチセンス化合物。
- 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
- 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
- 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
- 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
- ナトリウム塩である、請求項４１または４２に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 以下の化学構造による修飾オリゴヌクレオチド：
- 以下の化学表記による修飾オリゴヌクレオチド：
ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ｇｋｓ；式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。 - 以下の化学表記による修飾オリゴヌクレオチド：
Ａｋｓ ｍＣｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｔｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｔｋｓ Ｔｋ；式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基であり、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇ＝グアニン核酸塩基であり、
Ｔ＝チミン核酸塩基であり、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖であり、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖であり、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。 - 請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、または請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
- 前記薬剤的に許容される担体または希釈剤が、リン酸緩衝生理食塩水を含む、請求項４７に記載の医薬組成物。
- 本質的に前記オリゴマー化合物、アンチセンス化合物、またはオリゴマー二重鎖と、リン酸緩衝生理食塩水とからなる、請求項４８に記載の医薬組成物。
- 請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を、対象に投与することを含む、方法。
- 肺の状態を治療する方法であって、前記肺の状態を有するかまたはそれを発症するリスクのある対象に、治療有効量の、実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記肺の状態を治療する、前記方法。
- 肺の状態を有するかまたはそれを発症するリスクのある対象の肺において、ＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる方法であって、治療有効量の、実施形態１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態３７に記載のオリゴマー二重鎖、実施形態３８に記載のアンチセンス化合物、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記肺においてＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる、前記方法。
- 前記肺の状態が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、請求項５１または５２に記載の方法。
- 前記肺の状態が慢性気管支炎である、請求項５１または５２に記載の方法。
- 前記肺の状態が重度の喘息である、請求項５１または５２に記載の方法。
- 前記投与することが、ネブライザーまたは吸入器を介して投与することを含む、請求項５１～５５のいずれか１項に記載の方法。
- 前記肺の状態の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、請求項５１～５６のいずれか１項に記載の方法。
- 前記症状または特徴が、息切れ、胸痛、咳、喘鳴、倦怠感、及び睡眠障害から選択される、請求項５７に記載の方法。
- 前記方法が、疾患の退行を予防または遅延させる、請求項５１～５８のいずれかに記載の方法。
- 対象の肺における粘液産生を減少させる方法であって、前記方法が、請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
- 前記投与することが経口送達または経鼻送達を含む、請求項５０～６０のいずれか１項に記載の方法。
- 前記投与することがエアロゾル化送達を含む、請求項５０～６１のいずれか１項に記載の方法。
- 肺の状態の治療のための、請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれか１項に記載の医薬組成物の使用。
- 前記肺の状態が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、請求項６３に記載の使用。
- 前記肺の状態が慢性気管支炎である、請求項６４に記載の使用。
- 肺の状態が重度の喘息である、請求項６４に記載の使用。
- 対象の消化管における粘液産生を減少させる方法であって、前記方法が、請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
- 胃腸の状態を治療する方法であって、前記胃腸の状態を有するかまたは発症するリスクのある対象に、治療有効量の請求項４７～７９のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記胃腸の状態を治療する、前記方法。
- 胃腸の状態を有するかまたは発症するリスクのある対象の消化管におけるＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる方法であって、前記方法が、治療有効量の請求項４６～４８のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記消化管におけるＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる、前記方法。
- 前記胃腸の状態が潰瘍性大腸炎である、請求項６９または７０に記載の方法。
- それを必要とする対象において炎症を軽減する方法であって、前記方法が、治療有効量の請求項１～３６のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
- 前記投与することが前記対象の肺の炎症を軽減する、請求項７１に記載の方法。
- 前記投与することが前記対象の前記消化管の炎症を軽減する、請求項７１に記載の方法。
- 肺の状態を治療するためのシステムであって、
ａ）ネブライザーまたは吸入器と、
ｂ）請求項１～３６のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項３７に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、または請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチドと、
ｃ）薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。 - １２～３０個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号２３２４～２５１０のうちのいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の核酸塩基を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
- １２～３０個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、
配列番号２の核酸塩基１９６００～１９６４２の等しい長さの部分、または
配列番号２の核酸塩基１９６４０～１９６７２の等しい長さの部分、の、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１個の連続する核酸塩基に対して相補的である、前記オリゴマー化合物。 - １２～３０個の連結ヌクレオシドからなり、
配列番号２６７０、２５８２、及び２６７７、または
配列番号２６０９、２６０６、及び２５７８、の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２３個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。 - 前記オリゴマー化合物が、少なくとも１５個の連続する核酸塩基を含む標的化領域を含むアンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含み、前記標的化領域がＳＰＤＥＦのＲＮＡの等しい長さの部分に少なくとも９０％相補的である、請求項７５～７７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記標的化領域が、ＳＰＤＥＦのＲＮＡの等しい長さの部分に対して少なくとも９５％相補的であるか、または１００％相補的である、請求項７８に記載のオリゴマー化合物。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記標的化領域が、少なくとも１９、２０、２１、または２５個の連続する核酸塩基を含む、請求項７８または７９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記ＳＰＤＥＦのＲＮＡが配列番号１～６のいずれかの核酸塩基配列を有する、請求項７８～８０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドが、２’－Ｆ、２’－ＯＭｅ、２’－ＮＭＡ、ＬＮＡ、及びｃＥｔから選択される修飾糖部分、またはＧＮＡ及びＵＮＡから選択される糖代替物を含む、請求項７８～８１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドが修飾糖部分または糖代替物を含む、請求項７８～８２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記ヌクレオシドの少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％が、２’－Ｆ及び２’－ＯＭｅから選択される修飾糖部分を含む、請求項７８～８３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの最も５’側のヌクレオシドの５’位に結合した安定化したリン酸基を含む、請求項７８～８４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記安定化したリン酸基がシクロプロピルホスホネートまたは（Ｅ）－ビニルホスホネートを含む、請求項８５に記載のオリゴマー化合物。
- 前記ＲＮＡｉアンチセンスオリゴヌクレオチドからなる、請求項７８～８６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、請求項７８～８７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、請求項８８に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、請求項８８に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項８８に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉアンチセンスオリゴヌクレオチドの５’末端に結合する、請求項８８～９１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合する、請求項８８～９１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 末端基を含む、請求項７８～９３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、請求項７５～９０、９２、及び９３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 請求項７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
- 前記オリゴマー複合体がＲＮＡｉ化合物である、請求項９６に記載のオリゴマー二重鎖。
- １７～３０個の連結ヌクレオシドからなるセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドを含み、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列が、少なくとも１５個の連続する核酸塩基を含むアンチセンスハイブリダイズ領域を含み、前記アンチセンスハイブリダイズ領域が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの等しい長さの部分に少なくとも９０％相補的である、請求項９６または９７に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、１８～２５、２０～２５、または２１～２３個の連結ヌクレオシドからなる、請求項９８に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、２１または２３個の連結ヌクレオシドからなる、請求項９８に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記アンチセンスまたは前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１～４個の最も３’側のヌクレオシドが、突出ヌクレオシドである、請求項９８～１００のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記アンチセンスまたは前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１～４個の最も５’側のヌクレオシドが、突出ヌクレオシドである、請求項９８～１０１のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記二重鎖が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの３’末端で平滑末端である、請求項９８～１０２のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記二重鎖が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの５’末端で平滑末端である、請求項９８～１０３のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドが、２’－Ｆ、２’－ＯＭｅ、ＬＮＡ、ｃＥｔから選択される修飾糖部分、またはＧＮＡ及びＵＮＡから選択される糖代替物を含む、請求項９８～１０４のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドが、修飾糖部分または糖代替物を含む、請求項１０５に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの前記ヌクレオシドの少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％が、２’－Ｆ及び２’－ＯＭｅから選択される修飾糖部分を含む、請求項１０５に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシドが、修飾核酸塩基を含む、請求項９８～１０７のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項９８～１０８のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１０９に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記化合物が、前記アンチセンスまたはセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドの一端または両端に結合した１～５個の脱塩基糖部分を含む、請求項９８～１１０のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、配列番号２３２４～２５１０のいずれかの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有し、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドが、配列番号２５１１～２６９７のいずれかの対応する相補的核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有し、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列に対して１００％相補的である、請求項１１１に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記アンチセンスＲＮＡｉオリゴヌクレオチド及び前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドからなる、請求項９８～１０２のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第２のオリゴマー化合物が、コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、請求項９８～１１３のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、請求項１１４に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、請求項１１５に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲートリンカーが１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項１１５または１１６に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉセンスオリゴヌクレオチドの５’末端に結合する、請求項１１４～１１７のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲート基が、前記ＲＮＡｉセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合する、請求項１１４～１１７のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲート基が、前記センスＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの内部位置にあるリボシル糖部分の２’位を介して結合している、請求項１１４～１１９のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第２のオリゴマー化合物が末端基を含む、請求項９８～１２０のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖。
- 請求項７５～９５のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物または請求項９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖と、薬剤的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
- 前記薬学的に許容される希釈剤が、水、滅菌生理食塩水、またはＰＢＳである、請求項１２２に記載の医薬組成物。
- 前記医薬組成物が、本質的に前記オリゴマー二重鎖と滅菌生理食塩水とからなる、請求項１２３に記載の医薬組成物。
- 請求項１２２～１２４のいずれかに記載の医薬組成物を対象に投与することを含む方法。
- ＳＰＤＥＦと関連する疾患を治療する方法であって、ＳＰＤＥＦと関連する疾患を有するかまたは発症するリスクのある対象に、治療有効量の請求項７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項９３～１１８のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖、または請求項１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより前記ＳＰＤＥＦと関連する疾患を治療する、前記方法。
- 前記ＳＰＤＥＦと関連する疾患が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、特発性肺線維症、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、請求項１２６に記載の方法。
- 前記ＳＰＤＥＦと関連する疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、請求項１２６または１２７のいずれかに記載の方法。
- 前記症状または特徴が、息切れ、胸痛、咳、喘鳴、倦怠感、及び睡眠障害である、請求項１２８に記載の方法。
- 前記ＳＰＤＥＦに関連する疾患が潰瘍性大腸炎である、請求項１２６に記載の方法。
- 肺の状態の治療のための、請求項７８～９８のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二本鎖、または請求項１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物の使用。
- 前記肺の状態が、気管支炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺炎、肺気腫、鼻炎、副鼻腔炎、鼻ポリポーシス、副鼻腔ポリポーシス、気管支拡張症、及びサルコイドーシスから選択される、請求項１３１に記載の使用。
- 前記肺の状態が慢性気管支炎である、請求項１３１に記載の使用。
- 前記肺の状態が重度の喘息である、請求項１３１に記載の使用。
- 対象の消化管における粘液産生を減少させる方法であって、前記方法が、請求項７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖、または請求項１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
- 胃腸の状態を治療する方法であって、胃腸状態を有するかまたは発症するリスクのある対象に、治療有効量の請求項７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖、または請求項１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより胃腸の状態を治療する、前記方法。
- 胃腸の状態を有するかまたは発症するリスクのある対象の消化管においてＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる方法であって、前記方法が、治療有効量の請求項７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖、または請求項１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含み、それにより、消化管においてＳＰＤＥＦのＲＮＡまたはＳＰＤＥＦタンパク質を減少させる、前記方法。
- 前記胃腸の状態が潰瘍性大腸炎である、請求項１３６または１３７に記載の方法。
- それを必要とする対象の炎症を軽減する方法であって、前記方法が、請求項１～３６及び７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項３７及び９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９及び１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、それにより前記対象の炎症を軽減する、前記方法。
- それを必要とする対象の肺における炎症を軽減する方法であって、前記方法が、請求項１～３６及び７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項３７及び９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９及び１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、それにより前記対象の肺における炎症を軽減する、前記方法。
- それを必要とする対象の消化管における炎症を軽減する方法であって、前記方法が、請求項１～３６及び７５～９５のいずれか１項に記載のオリゴマー化合物、請求項３７及び９６～１２１のいずれか１項に記載のオリゴマー二重鎖、請求項３８に記載のアンチセンス化合物、請求項３９～４６のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、または請求項４７～４９及び１２２～１２４のいずれか１項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、それにより前記対象の前記消化管の炎症を軽減する、前記方法。
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