JP2022553854A - タンパク質生産性が増強された表現型を含む糸状菌株及びその方法 - Google Patents
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Abstract
本開示は、概して、タンパク質生産性が増強された表現型を含む改変糸状菌株(細胞)であって、深部培養における増殖(例えば、工業的/商業的用途のためのタンパク質の大量生産)に特に好適である改変糸状菌株(細胞)に関する。従って、本開示の特定の実施形態は、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子を含む親菌株に由来する(それから得られる)糸状菌のそのような変異(改変)菌株であって、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子を破壊するか又は欠失させる遺伝子改変を含み、同じ条件下で増殖/培養/発酵されたとき、(即ち親菌株に対して)タンパク質生産性が増加した表現型を含む、そのような変異(改変)菌株に関する。【選択図】図1A
Description
本開示は、概して、生物学、分子生物学、糸状菌、酵母、発酵、遺伝学、工業用タンパク質生産等の分野に関する。より詳細には、本開示の本菌株及び方法は、改変された表現型を有する変異(改変)菌株を生じさせる、糸状菌における遺伝子改変であって、そのような改変菌株は、深部培養における増殖(例えば、工業的/商業的用途のためのタンパク質の大量生産)に特に好適である、遺伝子改変に関する。
関連出願の相互参照
本出願は、2019年11月08日に出願された米国仮特許出願第62/932,525号明細書に対する利益を主張するものであり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2019年11月08日に出願された米国仮特許出願第62/932,525号明細書に対する利益を主張するものであり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表の参照
「NB41383-WO-PCT_SequenceListing.txt」という名称の配列表のテキストファイルの電子提出の内容は、2020年10月27日に作成され、サイズが55KBであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
「NB41383-WO-PCT_SequenceListing.txt」という名称の配列表のテキストファイルの電子提出の内容は、2020年10月27日に作成され、サイズが55KBであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
糸状菌(例えば、アスペルギルス(Aspergillus)種、ペニシリウム(Penicillium)種、タラロマイセス(Talaromyces)種、フザリウム(Fusarium)種、ミセリオフトラ(Myceliophthora)種、ニューロスポラ(Neurospora)種、カンジダ(Candida)種、トリコデルマ(Trichoderma)種等)は、天然タンパク質及び異種タンパク質を高レベルで発現させ、それらを、医薬用途、動物健康用途、食品用途、飲料用途、洗濯用途及び織物用途等の工業的用途及び/又は商業的用途のためのタンパク質(例えば、酵素、抗体、ペプチド等)及び/又は代謝産物を大量生産するように適合させることができる。糸状菌は、典型的には、酸素及び栄養分を培養培地(即ち培養ブロス)に導入及び分配するために適合されたバイオリアクター(発酵槽)内において菌糸体用深部培養で増殖させる。例えば、糸状菌のトリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)(Tリーゼイ(T.reesei);真菌のヒポクレア・ジェコリナ(Hypocrea jecorina)のアナモルフ)は、セルラーゼ酵素の効率的な産生株であることが知られている。
従って、糸状菌は、セルロース系(由来の)エタノール、繊維加工、穀物加工、洗剤、繊維/パルプ/紙、食品添加物、飼料添加物等の日用品の製造に有用なタンパク質(例えば、酵素)を産生する能力を有するために利用されてきた。例えば、そのような真菌宿主菌株における組換え遺伝子発現は、タンパク質の生産のための(即ち工業目的及び商業目的のための)一般的な方法であり、従って、真菌宿主菌株のタンパク質生産性の改善は、タンパク質生産コストの重要な経済的要因となる。従って、当業者によって理解されるように、糸状菌株におけるタンパク質生産を増強するためのそのような新規組成物及び方法は、商業的関心が極めて高いものである。
本開示は、概して、タンパク質生産性が増強された表現型を含む改変糸状菌株(細胞)であって、深部培養における増殖(例えば、工業的/商業的用途のためのタンパク質の大量生産)に特に好適である改変糸状菌株(細胞)に関する。従って、本開示の特定の実施形態は、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子を含む親菌株に由来する(それから得られる)糸状菌のそのような変異(改変)菌株であって、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子を破壊するか又は欠失させる遺伝子改変を含み、同じ条件下で増殖/培養/発酵されたとき、(即ち親菌株に対して)タンパク質生産性が増加した表現型を含む、そのような変異(改変)菌株に関する。
生物学的配列の簡単な説明
配列番号1は、配列番号2を含む天然GEF1タンパク質をコードするT.リーゼイ(T.reesei)ポリヌクレオチド配列である。
配列番号1は、配列番号2を含む天然GEF1タンパク質をコードするT.リーゼイ(T.reesei)ポリヌクレオチド配列である。
配列番号2は、配列番号1のポリヌクレオチドによってコードされる天然完全長GEF1タンパク質のアミノ酸配列である。
配列番号3は、配列番号2の天然完全長GEF1タンパク質をコードするオープンリーディングフレーム(ORF)である。
配列番号4は、配列番号2のアミノ酸1~1,244位を含むC末端切断型GEF1変異タンパク質である。
配列番号5は、配列番号2に存在するGEF1ドメインのアミノ酸配列である。
配列番号6は、配列番号2に存在するBARドメインのアミノ酸配列である。
配列番号7は、配列番号2に存在する保存された未知のドメインのアミノ酸配列である。
配列番号8は、T.リーゼイ(T.reesei)GEF1遺伝子内の標的部位3(TS3)RNA配列である。
配列番号9は、プライマーAL950の核酸配列である。
配列番号10は、プライマーAL952の核酸配列である。
配列番号11は、プライマーRhoF1の核酸配列である。
配列番号12は、プライマーRhoR1の核酸配列である。
配列番号13は、T.リーゼイ(T.reesei)GEF1遺伝子内の標的部位4(TS4)RNA配列である。
配列番号14は、ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼマーカー遺伝子の核酸配列である。
配列番号15は、ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)cpc1プロモーターの核酸配列である。
配列番号16は、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)trpCターミネーターの核酸配列である。
配列番号17は、プライマーHygF1の核酸配列である。
配列番号18は、プライマーHygR1の核酸配列である。
配列番号19は、pyr2マーカー遺伝子の核酸配列である。
本明細書で説明及び記載するように、本開示は、概して、工業的タンパク質の生産における遺伝子改変糸状菌株(細胞)及びその使用に関する。より詳細には、本開示の本菌株及び方法は、改変された表現型を有する変異菌株を生じさせる、糸状菌における遺伝子改変であって、そのような変異菌株は、深部培養における増殖(例えば、工業的/商業的用途のためのタンパク質の大量生産)に特に好適である、遺伝子改変に関する。従って、本明細書で記載されるように、本開示の特定の実施形態は、糸状菌の遺伝子改変菌株及びその方法に関し、そのような改変菌株は、例えば、容積効率が向上し、比生産性が高くなり、炭素源に対する収率が向上し、バイオリアクター(発酵槽)の運転コストが減少する等、タンパク質生産性が増強された表現型を含む。
I.定義
本菌株及び方法を詳細に説明する前に、明確にするために以下の用語を定義する。定義されていない用語は、関連する技術分野で使用されるそれらの通例の意味に適合するものとする。他に定義されていない限り、本明細書で使用する技術用語及び科学用語の全ては、本組成物及び方法を適用する当業者が一般に理解する意味と同じ意味を有する。
本菌株及び方法を詳細に説明する前に、明確にするために以下の用語を定義する。定義されていない用語は、関連する技術分野で使用されるそれらの通例の意味に適合するものとする。他に定義されていない限り、本明細書で使用する技術用語及び科学用語の全ては、本組成物及び方法を適用する当業者が一般に理解する意味と同じ意味を有する。
本明細書に引用されている全ての刊行物及び特許は、参照により本明細書に組み込まれる。
ある範囲の値が示されている場合、文脈上別段の明確な指示がなければ、その範囲の上限と下限との間にある下限値の単位の10分の1までの各介在値及びその記載された範囲内の任意の他の記載された値又は介在値が本組成物及び方法の範囲内に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限及び下限は、独立してより小さい範囲に含まれ得、また記載された範囲における任意の具体的に除外された限界に従うことを条件として本発明の組成物及び方法の範囲内に包含される。記載された範囲が限界値の一方又は両方を含む場合、それらの含まれた限界値の一方又は両方を除く範囲も本組成物及び方法に含まれる。
本明細書において、いくつかの範囲は、「約」という用語が先行する数値で示される。本明細書では、「約」という用語は、それに先行する正確な数及びその用語に先行する数に近い又は近似する数について文字通りの支持を提供するために使用される。数字が具体的に挙げられた数に近いか又は近似するかどうかを判断する際、挙げられていない近い又は近似する数は、それが提示される文脈において、具体的に挙げられた数の実質的に均等な数を提供する数であり得る。例えば、ある数値に関して、「約」という用語は、この用語が文脈において別途具体的に定義されていない限り、この数値の-10%~+10%の範囲を意味する。別の例では、「約6のpH値」という語句は、pH値が別途具体的に定義されていない限り、5.4~6.6のpH値を意味する。
本明細書に示した見出しは、本明細書全体を参照することによって得ることができる本組成物及び方法の様々な態様又は実施形態を限定するものではない。従って、直後に定義する用語は、本明細書全体を参照することによってより詳細に定義される。
この詳細な説明によれば、以下の略語及び定義が適用される。文脈が明白に他を指示していない限り、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」及び「その」は、複数の対象を含むことに留意されたい。従って、例えば、「酵素」という言及は、複数のそのような酵素を含み、「その用量」という言及は、1つ以上の用量及び当業者に公知のその均等物等を含む。
特許請求の範囲は、任意選択の要素を排除するように記載され得ることにも更に留意されたい。従って、この記述は、請求項の構成要素の列挙に関連して「唯一」、「のみ」、「除いて」、「含まない」等の排他的な用語を使用するため又は「否定的な」限定を使用するための先行する根拠として機能することを意図する。
更に、本明細書で使用される「含む」という用語は、「含む」という用語の後の構成要素を「含むが、限定されない」ことを意味することに留意されたい。「含む」という用語の後の構成要素は、必要とされるか又は必須であるが、この構成要素を含む組成物は、他の非必須の構成要素又は任意選択の構成要素を更に含み得る。
本明細書で使用される「からなる」という用語は、「からなる」という用語の後の構成要素を「含み、且つ限定される」ことを意味することにも留意されたい。従って、「からなる」という用語の後の構成要素は、必要とされるか又は必須であり、他の構成要素がその組成物中に存在しない。
本開示を読むことで当業者に明らかなように、本明細書に記載及び例示する個々の実施形態のそれぞれは、本明細書に記載する本組成物及び方法の範囲又は趣旨から逸脱することなく、他の一部の実施形態の何れかの特徴から容易に分離するか又は組み合わせることができる別個の構成要素及び特徴を有する。記載した方法の何れも、記載した事象の順序又は論理的に可能な他の任意の順序で実施することができる。
本明細書に記載した操作、構築及び使用のための糸状菌細胞は、一般に、子嚢菌門(phylum Ascomycota)、チャワンタケ亜門(subphylum Pezizomycotina)、特に栄養菌糸状態を有する真菌に由来する。そのような生物としては、トリコデルマ(Trichoderma)種、アスペルギルス(Aspergillus)種、フザリウム(Fusarium)種、ペニシリウム(Penicillium)種、クリソスポリウム(Chrysosporium)種、セファロスポリウム(Cephalosporium)種、タラロマイセス(Talaromyces)種、ゲオスミチア(Geosmithia)種、ニューロスポラ(Neurospora)種、ミセリオフトラ(Myceliophthora)種等を含むが、それらに限定されない、商業的に重要な工業用及び製薬用タンパク質を生産するために使用される糸状菌細胞が挙げられる。
例えば、特定の実施形態では、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)(以前にはトリコデルマ・ロンギブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)及びヒポクレア・ジェコリナ(Hypocrea jecorina)として分類されていた)、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、アスペルギルス・フミガーツス(Aspergillus fumigatus)、アスペルギルス・イタコニクス(Aspergillus itaconicus)、アスペルギルス・オリザエ(Aspergillus oryzae)、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)、アスペルギルス・テレウス(Aspergillus terreus)、アスペルギルス・ソーヤ(Aspergillus sojae)、アスペルギルス・ジャポニクス(Aspergillus japonicus)、ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)、ペニシリウム・フニクロスム(Penicillium funiculosum)、ペニシリウム・クリソゲナム(Penicillium chrysogenum)、タラロマイセス(ゲオスミチア)・エメルソニイ(Talaromyces(Geosmithia)emersonii)、フザリウム・ベネナタム(Fusarium venenatum)、ミセリオフトラ・テルモフィラ(Myceliophthora thermophila)及びクリソスポリウム・ルクノウエンセ(Chrysosporium lucknowense)(C1)等を含むが、それらに限定されない糸状菌細胞及びそれらの菌株が挙げられる。
本明細書で使用するとき、例えば、「糸状菌株(filamentous fungus strain(s))」、「糸状菌株(filamentous fungal strain(s))」、「真菌株(fungus strain(s))」、「真菌株(fungal strains(s))」、「糸状菌細胞(filamentous fungus cell(s))」、「糸状菌細胞(filamentous fungal cell(s))」、「真菌細胞(fungus cell(s))」、「真菌細胞(fungal cell(s))」等の用語及び語句は、説明の便宜性のために互換的に使用することができ、本開示の範囲を限定することを意図しない。
本明細書で使用される「酵母」及び/又は「酵母菌株」としては、サッカロマイセス(Saccharomyces)種(例えば、S.セレビシエ(S.cerevisiae)、S.パストリアヌス(S.pastorianus)、S.カールスベルゲンシス(S.carlsbergensis))、シゾサッカロマイセス(Schizosaccharomyces)種(例えば、S.ポンベ(S.pombe))、ヤロウイア(Yarrowia)種(例えば、Y.リポリティカ(Y.lipolytica))等が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「遺伝子」という用語は、タンパク質又はRNAをコードし、発現を誘導する核酸(ポリヌクレオチド)を指す「対立遺伝子」という用語と同義である。糸状菌の栄養型は、一般に、一倍体であるため、特定の表現型を付与するには、特定の遺伝子の単一コピー(即ち単一の対立遺伝子)で十分である。
本明細書で使用される「親細胞」、「親真菌細胞」、「親菌株」、「親真菌株」、「糸状菌細胞の親菌株」、「参照菌株」等という語句は、互換的に使用され得、「未改変」親糸状菌細胞を指す。例えば、「糸状菌細胞の親菌株」は、糸状菌の任意の細胞又は菌株を指し、この「親」細胞のゲノムは、「親」細胞と「娘」細胞とが異なるような糸状菌細胞の変異(娘)菌株を生成するように(例えば、親細胞内に導入された遺伝子改変によって)改変される。
本明細書で使用される「変異細胞」、「娘細胞」、「変異菌株」、「娘菌株」、「変異真菌株又は娘真菌株」、「糸状菌細胞の変異菌株又は娘菌株」等という語句は、糸状菌細胞の親(又は参照)菌株に由来する(即ちそれらから得られるか又は得ることができる)糸状菌細胞の改変菌株を指すために互換的に使用され得、ここで、変異菌株は、「親」及び「変異」菌株間の表現型の差異が、比較することによって遺伝子改変に帰せることができるように、親菌株に存在しない遺伝子改変を含む。換言すれば、親菌株及び変異菌株は、変異菌株に「導入された」遺伝子改変を除いて、他の点で同質遺伝子的である。
従って、親「菌株」及び変異「菌株」は、遺伝子改変、発現表現型、形態表現型等などの所定の特徴を有するものであると説明することができるが、しかしながら、当業者であれば、それが、技術的にそのような特徴を有する親菌株又は変異菌株の「細胞」であること及び便宜上「菌株」と呼ばれることを理解するであろう。
本明細書で使用される「野生型」及び「天然」という用語は、互換的に使用され、天然に見られるような遺伝子、タンパク質、タンパク質混合物又は菌株を指す。
本明細書で使用される、目的タンパク質をコードする「内在性糸状菌遺伝子」としては、当業者に公知であり、理解されているように、グリコシドヒドロラーゼ(GH)ファミリー酵素(例えば、EC番号3.2.1.1~3.2.1.206など)をコードする内在性遺伝子、プロテアーゼをコードする内在性遺伝子、エステラーゼをコードする内在性遺伝子、リパーゼをコードする内在性遺伝子等が挙げられるが、それらに限定されない。
本明細書で使用される「リグノセルロース分解酵素」、「セルラーゼ酵素」及び「セルラーゼ」という語句は、互換的に使用され、これらには、グリコシドヒドロラーゼ(GH)酵素、例えばセロビオヒドロラーゼ、キシラナーゼ、エンドグルカナーゼ及びβ-グルコシダーゼが挙げられ、セルロース(ヘミセルロース)のβ-(1,4)結合のグリコシド結合を加水分解してグルコースを生成する。
特定の実施形態では、セロビオヒドロラーゼとしては、酵素番号(EC3.2.1.91)のもとで分類される酵素が挙げられ、エンドグルカナーゼとしては、EC3.2.1.4のもとで分類される酵素が挙げられ、エンド-β-1,4キシラナーゼとしては、EC3.2.1.8のもとで分類される酵素が挙げられ、β-キシロシダーゼとしては、EC3.2.1.37のもとで分類される酵素が挙げられ、β-グルコシダーゼとしては、EC3.2.1.21のもとで分類される酵素が挙げられる。
本明細書で使用される「エンドグルカナーゼ」タンパク質は、「EG」と省略することができ、「セロビオヒドロラーゼ」タンパク質は、「CBH」と省略することができ、「β-グルコシダーゼ」タンパク質は、「BG」と省略することができ、「キシラナーゼ」タンパク質は、「XYL」と省略することができる。従って、本明細書で使用される、EGタンパク質をコードする遺伝子(又はORF)は、「eg」と省略することができ、CBHタンパク質をコードする遺伝子(又はORF)は、「cbh」と省略することができ、BGタンパク質をコードする遺伝子(又はORF)は、「bg」と省略することができ、XYLタンパク質をコードする遺伝子(又はORF)は、「xyl」と省略することができる。
特定の実施形態では、本明細書に記載されるような操作、構築及び使用のための糸状菌細胞は、一般に、チャワンタケ亜門(subphylum Pezizomycotina)、特に栄養菌糸状態を有し、GEF1遺伝子又はその相同体を含む真菌に由来するものである。
本明細書で使用される「天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子又はポリヌクレオチド」は、配列番号1との配列相同性を含む。特定の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子又はポリヌクレオチドは、配列番号1又は配列番号3と約70%~100%の配列同一性を含む。特定の他の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子又はポリヌクレオチドは、配列番号1又は配列番号3と約70%~100%の配列同一性を含み、配列番号5と少なくとも90%の配列同一性を含むGEF1ドメインをコードする。特定の他の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子又はポリヌクレオチドは、中程度~ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号1又は配列番号3の核酸配列とハイブリダイズする。
特定の実施形態では、上流の(5’)セルラーゼ遺伝子のプロモーター配列としては、セロビオヒドロラーゼ(cbh)遺伝子のプロモーター配列、エンドグルカナーゼ(eg)遺伝子のプロモーター配列、β-グルコシダーゼ(bg)遺伝子のプロモーター配列、キシラナーゼ(xyl)遺伝子のプロモーター配列等が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「天然のトリコデルマ(Trichoderma)種のGEF1タンパク質をコードするオープンリーディングフレーム(ORF)核酸配列」は、配列番号3のORF核酸配列との配列相同性を含む。特定の他の実施形態では、ORF核酸配列は、配列番号2と約70%~100%の配列同一性を含む、天然のトリコデルマ(Trichoderma)種のGEF1タンパク質をコードする。他の実施形態では、ORF核酸配列は、配列番号2と約70%~100%の配列同一性を含む、天然のトリコデルマ(Trichoderma)種のGEF1タンパク質をコードし、配列番号5と少なくとも90%の配列同一性を有するGEF1ドメインを含む。特定の他の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードするORFは、中程度~ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号1又は配列番号3の核酸配列とハイブリダイズする。
本明細書で使用される「所定のアミノ酸配列」内のアミノ酸残基の「位置」は、本明細書では、配列番号2の天然のトリコデルマ(Trichoderma)種のGEF1タンパク質のアミノ酸残基の番号付け(位置)を用いて番号付けされる。例えば、図3Aは、天然のトリコデルマ(Trichoderma)種のGEF1タンパク質のアミノ酸配列(配列番号2)を表している。従って、「配列番号2の1,244位に対応する配列位置にグルタミン酸(E;Glu)残基を含む」又は「配列番号2の1,242~1,454位に対応する配列位置にGEF1ドメインを含む」などの語句では、天然の(トリコデルマ(Trichoderma)種の)GEF1タンパク質のアミノ酸配列(配列番号2)が参照(親)タンパク質配列として機能する。例えば、図3Aに示すように、本明細書に記載される所与のアミノ酸配列は、本明細書に記載されるアラインメントアルゴリズム(及び/又は当業者に公知のアラインメントアルゴリズム)を用いて、天然のトリコデルマ(Trichoderma)種のGEF1タンパク質のアミノ酸配列(配列番号2)とアラインメントさせることができ、天然配列内のアミノ酸残基とアラインメントする(好ましくは最適にアラインメントする)所与のアミノ酸配列内のアミノ酸残基は、GEF1配列内の対応するアミノ酸残基を参照することによって便宜的に番号付けすることができる。
同様に、トリコデルマ(Trichoderma)種のGEF1タンパク質(配列番号2)の一次(1°)配列との配列相同性又は配列同一性を立証するために、当業者であれば、当業者に公知の配列アラインメントアルゴリズム、ソフトウェア及びそれらの方法を用いて、1つ以上の候補となるGEF1タンパク質の相同配列/オーソログ配列と配列番号2の一次配列を容易に比較することができる。従って、アラインメントを維持するために必要な挿入及び欠失を許容して保存残基をアラインメントさせた後(即ち任意の欠失及び挿入による保存残基の排除を回避する)、候補となる糸状菌のGEF1タンパク質の一次配列内の特定のアミノ酸と均等な残基が規定される。保存残基のアラインメントは、好ましくは、そのような残基の100%を保存していなければならない。しかしながら、均等な残基を規定するには、保存残基のアラインメントが98%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、50%又は少なくとも45%超でも十分である。
本明細書で使用される「T4」という名称のトリコデルマ属(Trichoderma)菌株は、比生産性(Qp)に悪影響を及ぼすことなく、高温でタンパク質を産生することができるそれらの変異菌株を同定及び単離するために、選択的条件下で連続的に増殖させたものである。
本明細書で使用される「T4-E1」という名称の変異トリコデルマ属(Trichoderma)菌株(即ち親「T4」菌株に由来する)は、選択的温度下で同定及び単離したものであり、T4-E1変異菌株は、25℃でのT4菌株の比生産性(Qp)に対して28℃で同様のQpを有する。
本明細書で使用される「T4-ΔRho#22D」という名称の変異トリコデルマ属(Trichoderma)菌株は、T4親菌株に由来したものであり、この変異T4-ΔRho#22D菌株は、Cas9切断部位(TS3)に導入されたpyr2マーカー遺伝子を含むことにより、GEF1コード配列が破壊されている。
本明細書で使用される「t-ATV84」という名称のトリコデルマ属(Trichoderma)菌株は、3コピーのDXSTエンドグルカナーゼをコードするS.ココスポラム(S.coccosporum)遺伝子を含み、CBHI、CBHII、EGI及びEGIIタンパク質をコードする天然セルラーゼ遺伝子の欠失(又は破壊)を含んでいる。
本明細書で使用される「t-AWC88」という名称のトリコデルマ属(Trichoderma)菌株は、t-ATV84菌株に由来したものであり、GEF1遺伝子の破壊の導入を更に含む。
本明細書で使用される、スタフィロトリカム・ココスポラム(Staphylotrichum coccosporum)のエンドグルカナーゼである「STCE1」は、米国特許第7,595,182号明細書に記載されている(その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。
本明細書で使用される「S.ココスポラム(S.coccosporum)STCE1エンドグルカナーゼ」は、「S.ココスポラム(S.coccosporum)DXSTエンドグルカナーゼ」と称することも可能であり、従ってSTCE1及びDXSTという用語は、互換的である。特定の実施形態では、DXSTタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列は、cbhIなどのプロモーターの制御下に置かれている。
本明細書で使用される「高い発酵(培養)温度」という語句は、25℃超の発酵温度である。特定の実施形態では、高い発酵温度は、少なくとも約25.5℃~約28℃である。特定の実施形態では、高い発酵温度は、少なくとも約25.1℃~約25.9℃である。
本明細書で使用される「ポリペプチド」及び「タンパク質」(並びに/又はそれらのそれぞれの複数形)という用語は、互換的に使用され、ペプチド結合によって連結されたアミノ酸残基を含む任意の長さのポリマーを指す。本明細書では、アミノ酸残基には、従来の1文字コード又は3文字コードを使用する。ポリマーは、直鎖又は分枝鎖であり得、修飾アミノ酸を含み得、非アミノ酸によって中断され得る。この用語は、天然又は介在により修飾されている例えばジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質付加、アセチル化、リン酸化又は任意の他の操作若しくは修飾、例えば標識成分とのコンジュゲーションによって修飾されているアミノ酸ポリマーも包含する。この定義の範囲には、例えば、アミノ酸の1つ以上の類似体(例えば、非天然アミノ酸等を含む)を含有するポリペプチド及び当技術分野において公知の他の改変も含まれる。
本明細書で使用される「誘導体ポリペプチド/タンパク質」という用語は、N末端及びC末端の何れか若しくは両方への1つ以上のアミノ酸の付加、アミノ酸配列中の1つ若しくは多数の異なる部位での1つ以上のアミノ酸の置換、タンパク質の何れか若しくは両方の末端若しくはアミノ酸配列中の1つ以上の部位での1つ以上のアミノ酸の欠失並びに/又はアミノ酸配列中の1つ以上の部位での1つ以上のアミノ酸の挿入により、タンパク質から誘導されるか又は誘導可能なタンパク質を指す。タンパク質誘導体の調製は、天然タンパク質をコードするDNA配列を改変し、そのDNA配列を好適な宿主に形質転換し、その改変DNA配列を発現させて誘導体タンパク質を形成することによって達成することができる。
関連(及び誘導体)タンパク質には、「変異タンパク質」が含まれる。変異タンパク質は、少数のアミノ酸残基における置換、欠失及び/又は挿入により、参照/親タンパク質(例えば、野生型タンパク質)と異なる。変異タンパク質と親タンパク質との間で異なるアミノ酸残基の数は、1個以上、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40、50個又はそれを超えるアミノ酸残基であり得る。変異タンパク質は、参照タンパク質と少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%若しくは少なくとも約99%又はそれを超えるアミノ酸配列同一性を共有し得る。変異タンパク質は、選択されたモチーフ、ドメイン、エピトープ、保存領域等でも参照タンパク質と異なり得る。
本明細書で使用される「類似配列」という用語は、目的タンパク質(即ち典型的には元の目的タンパク質)と類似の機能、三次構造及び/又は保存残基を提供するタンパク質内の配列を指す。例えば、αへリックス又はβシート構造を含有するエピトープ領域では、類似配列中の置換アミノ酸は、好ましくは、同一の特異的構造を維持する。この用語は、ヌクレオチド配列と同様にアミノ酸配列も指す。いくつかの実施形態では、アミノ酸の置換が、類似した又は改良された機能を示す変異酵素を生じさせるような類似配列が発生する。いくつかの実施形態では、目的タンパク質内のアミノ酸の三次構造及び/又は保存残基は、目的のセグメント又は断片に位置するか又はその付近に位置する。従って、目的のセグメント又は断片が例えばαへリックス又はβシート構造を含有する場合、置換アミノ酸は、好ましくは、その特異的構造を維持する。
本明細書で使用される「相同タンパク質」という用語は、参照タンパク質と類似した活性及び/又は構造を有するタンパク質を指す。相同体は、必ずしも進化的関連があることを意図するものではない。従って、この用語は、異なる生物から得られる(即ち構造及び機能に関して)同一の、類似の又は対応するタンパク質を包含することを意図する。いくつかの実施形態では、参照タンパク質に類似する四次構造、三次構造及び/又は一次構造を有する相同体を同定することが望ましい。
配列間の相同性の程度は、当技術分野で公知の任意の好適な方法を使用して決定することができる(例えば、Smith and Waterman,1981;Needleman and Wunsch,1970;Pearson and Lipman,1988;Wisconsin Genetics Software Package(Genetics Computer Group,Madison,WI)のGAP、BESTFIT、FASTA及びTFASTA等のプログラム;並びにDevereux et al.,1984を参照されたい)。
例えば、PILEUPは、配列相同性レベルを決定するための有用なプログラムである。PILEUPは、漸進的なペアワイズアラインメントを用いて、関連配列の群から多重配列アラインメントを作成する。これにより、アラインメントを作成するために使用されるクラスタリング関係を示すツリーをプロットすることもできる。PILEUPは、Feng and Doolittle(1987)のプログレッシブアラインメント法の簡易版を使用する。この方法は、Higgins and Sharp(1989)によって記載された方法に類似している。有用なPILEUPパラメーターは、3.00のデフォルトのギャップ重み、0.10のデフォルトのギャップ長重み及び重み付け末端ギャップを含む。有用なアルゴリズムの別例は、Altschul et al.,1990及びKarlin et al.,1993によって記載されたBLASTアルゴリズムである。1つの特に有用なBLASTプログラムは、WU-BLAST-2プログラムである(例えば、Altschul et al.,1996を参照されたい)。パラメーター「W」、「T」及び「X」は、アラインメントの感度及び速度を決定する。BLASTプログラムは、デフォルトとして、11のワード長(W)、50のBLOSUM62スコア行列(例えば、Henikoff and Henikoff,1989を参照されたい)アラインメント(B)、10の期待値(E)、M’5、N’-4及び両方のストランドの比較を使用する。
本明細書で使用される「実質的に類似」及び「実質的に同一」という語句は、少なくとも2つの核酸又はポリペプチドと関連する場合、典型的には、ポリヌクレオチド又はポリペプチドが、参照(即ち野生型)配列と比較して少なくとも約70%の同一性、少なくとも約75%の同一性、少なくとも約80%の同一性、少なくとも約85%の同一性、少なくとも約90%の同一性、少なくとも約91%の同一性、少なくとも約92%の同一性、少なくとも約93%の同一性、少なくとも約94%の同一性、少なくとも約95%の同一性、少なくとも約96%の同一性、少なくとも約97%の同一性、少なくとも約98%の同一性若しくは少なくとも約99%の同一性又はそれを超える同一性を有する配列を含むことを意味する。配列同一性は、標準的なパラメーターを用いて、BLAST、ALIGN及びCLUSTALなどの公知のプログラムを使用して決定することができる(例えば、Altschul,et al.,1990;Henikoff et al.,1989;Karlin et al.,1993;及びHiggins et al.,1988を参照されたい)。BLAST分析を実施するためのソフトウェアは、アメリカ国立生物工学情報センター(National Center for Biotechnology Information)を通して公的に入手可能である。FASTA(Pearson et al.,1988)を使用してデータベースを検索することもできる。2つのポリペプチドが実質的に同一である1つの指標は、第1のポリペプチドが第2のポリペプチドと免疫学的に交差反応性であることである。典型的には、保存的アミノ酸置換により異なるポリペプチドは、免疫学的に交差反応性である。従って、ポリペプチドは、例えば、2つのペプチドで保存的置換のみが異なる場合、第2のポリペプチドと実質的に同一である。2つの核酸配列が実質的に同一である別の指標は、2つの分子がストリンジェントな条件下(例えば、中程度~高度のストリンジェンンシーの範囲内)で互いにハイブリダイズすることである。
本明細書で使用される「核酸」は、ヌクレオチド又はポリヌクレオチド配列及びそれらの断片又は部分並びにゲノム又は合成起源のDNA、cDNA及びRNAを指し、これらは、センス鎖を表すか又はアンチセンス鎖を表すかを問わず、二本鎖又は一本鎖であり得る。
本明細書で使用される「発現」という用語は、本開示の核酸分子に由来するセンス(mRNA)又はアンチセンスRNAの転写及び安定した蓄積を指す。発現は、mRNAをポリペプチドに翻訳することを指す場合もある。従って、「発現」という用語には、転写、転写後修飾、翻訳、翻訳後修飾、分泌等が挙げられるが、これらに限定されないポリペプチドの産生に関与する任意のステップが含まれる。
本明細書で使用される「糸状菌細胞の変異菌株が(即ち親細胞に対して)「増加した」量の目的タンパク質(POI)を発現する/産生する」などの語句に使用される「発現/産生する」という複合用語は、本開示のそのような変異糸状菌株におけるタンパク質の発現及び産生に関与する任意のステップを含むことを意味する。
特定の実施形態では、「配列相同性」を含む天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子、ポリヌクレオチド又は核酸配列は、(それと比較される)対応する核酸配列に由来する極めて僅少な配列変化を有し、且つ(それと比較される)対応する核酸配列と実質的に同一の生物学的機能を保持するDNA又はRNA(核酸)配列を指す。例えば、特定の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子、ポリヌクレオチド又は核酸との実質的な配列相同性を含む核酸配列は、本明細書で記載するように、コードされた遺伝子産物(天然GEF1タンパク質)を同定することによって評価される。
特定の他の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子、ポリヌクレオチド又は核酸との配列相同性を含む遺伝子配列、ポリヌクレオチド配列又は核酸配列は、核酸ハイブリダイゼーション法を用いて決定/同定される。例えば、特定の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子(例えば、配列番号2)との実質的な配列相同性を含むDNA/RNA配列は、そのようなDNA/RNA配列がストリンジェントな条件下で本開示の特定の核酸配列とハイブリダイズする能力によって同定される。
本明細書で使用される「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、互いに有意に同一又は相同なヌクレオチド配列が、互いにハイブリダイズされたままで維持されるハイブリダイゼーション及び洗浄の条件を記載することを意図する。そのようなストリンジェントな条件は、当業者によく知られている(例えば、Ausubel et al.,1995;Sambrook et al.,1989を参照されたい)。例えば、特定の実施形態では、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例としては、約65~70℃での4×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム(SSC)中でのハイブリダイゼーション(又は約42~50℃での4×SSC+50%のホルムアミド中でのハイブリダイゼーション)、その後の約65~70℃での1×SSC中での1回以上の洗浄が挙げられる。同様に、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーションの非限定的な例としては、約65~70℃での1×SSC中でのハイブリダイゼーション(又は約42~50℃での4×SSC+50%のホルムアミド中でのハイブリダイゼーション)、その後の約65~70℃での0.3×SSC中での1回以上の洗浄が挙げられる。従って、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、約50~60℃での4×SSC中でのハイブリダイゼーション(又は代わりに約40~45℃での6×SSC+50%のホルムアミド中でのハイブリダイゼーション)、その後の約50~60℃での2×SSC中での1回以上の洗浄が挙げられる。上記に記載された数値、例えば65~70℃又は42~50℃の中間の範囲も本開示に包含されることが意図される。特定の実施形態では、SSPE(1×SSPEは、0.15MのNaCl、10mMのNaH2PO4及び1.25mMのEDTA、pH7.4である)をハイブリダイゼーション緩衝液及び洗浄緩衝液中でSSC(1×SSPEは、0.15MのNaCl及び15mMのクエン酸ナトリウムである)と置き換えることができ;洗浄は、ハイブリダイゼーションが完了した後にそれぞれ15分間実施する。長さが50塩基対未満となることが予想されるハイブリッドのハイブリダイゼーション温度は、ハイブリッドの溶融温度(Tm)より5~10℃低くなければならず、ここで、Tmは、下記の式に従って求められる。長さが18塩基対未満のハイブリッドの場合、Tm(℃)=2(A+T塩基の数)+4(G+C塩基の数)である。長さが18~49塩基対のハイブリッドの場合、Tm(℃)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(G+C%)-(600/N)(式中、Nは、ハイブリッド中の塩基の数であり、[Na+]は、ハイブリダイゼーション緩衝液中のナトリウムイオンの濃度である(1×SSCの場合には[Na+]=0.165M))である。ブロッキング剤(例えば、BSA又はサケ若しくはニシン精子キャリアDNA)、洗剤(例えば、SDS)、キレート剤(例えば、EDTA)、フィコール、PVP等を含むが、それらに限定されない追加の試薬をハイブリダイゼーション緩衝液及び/又は洗浄緩衝液に添加して、膜、例えばニトロセルロース膜又はナイロン膜に核酸分子が非特異的にハイブリダイズすることを低減させ得ることも当業者に認識されるであろう。ナイロン膜を使用する場合、特に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の追加の非限定的な例は、約65℃での0.25~0.5MのNaH2PO4、7%のSDS中でのハイブリダイゼーション、その後の65℃での0.02MのNaH2PO4、1%のSDS中又は代わりに0.2×SSC、1%のSDS中での1回以上の洗浄である(例えば、Church and Gilbert,1984を参照されたい)。
従って、上記で概説したように、本開示の特定の実施形態は、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子の遺伝子改変を含む糸状菌細胞の変異菌株に関する。本明細書で使用される「改変」及び「遺伝子改変」という用語は、互換的に使用され、(a)遺伝子内の1つ以上のヌクレオチドの導入、置換若しくは除去又は遺伝子の転写若しくは翻訳に必要とされる調節エレメント内の1つ以上のヌクレオチドの導入、置換若しくは除去、(b)遺伝子破壊、(c)遺伝子変換、(d)遺伝子欠失、(e)遺伝子のダウンレギュレーション(例えば、アンチセンスRNA、siRNA、miRNA等)(f)特異的突然変異誘発(CRISPR/Cas9を介した突然変異誘発を含むが、それらに限定されない)、及び/又は(g)本明細書に開示した任意の1つ以上の遺伝子のランダム突然変異誘発が挙げられるが、それらに限定されない。
本明細書で使用される、遺伝子改変を含む糸状菌の変異菌株には、本明細書で開示される天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子の遺伝子改変が含まれるが、それらに限定されない。従って、以下でより詳細に記載するように、様々な分子生物学的方法がよく知られており、当業者であれば、糸状菌細胞のそのような変異菌株を生成/構築するために利用することができる。
本明細書で使用される「タンパク質をコードする遺伝子内の1つ以上のヌクレオチドの導入、置換又は除去」では、そのような遺伝子改変には、遺伝子のコード配列(即ちエキソン)及び非コード介在(イントロン)配列が含まれる。
本明細書で使用される「遺伝子の破壊」、「遺伝子破壊」、「遺伝子の不活性化」及び「遺伝子不活性化」は、互換的に使用され、標的遺伝子を実質的に破壊/不活性化する任意の遺伝子改変を広範に指す。例示的な遺伝子破壊方法には、限定されないが、ポリペプチドコード配列(CDS)、プロモーター、エンハンサー若しくは別の調節エレメントを含む遺伝子の任意の部分の完全若しくは部分的欠失又はそれらの突然変異誘発が含まれ、ここで、突然変異誘発は、標的遺伝子を破壊/不活性化し、機能性遺伝子産物の発現/産生を実質的に減少又は防止する、置換、挿入、欠失、逆位並びにそれらの任意の組み合わせ及びそれらの変形形態を包含する。本開示の特定の実施形態では、そのような遺伝子破壊により、コードされたlov遺伝子産物を宿主細胞が発現/産生することが妨げられる。
特定の実施形態では、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子、ポリヌクレオチド又は核酸配列は、CRISPR/Cas9遺伝子編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)遺伝子編集、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ編集(TALEN)、ホーミング(メガ)ヌクレアーゼ編集等の確立された遺伝子編集技術を使用して遺伝子改変される。
他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、遺伝子変換のプロセスによって構築(即ち遺伝子改変)される(例えば、Iglesias and Trautner,1983を参照されたい)。
他の実施形態では、本開示の真菌細胞によって発現/産生した目的タンパク質(例えば、内在性POI又は異種POI)は、タンパク質移動/移動度(SDS-PAGE)、質量分析法、HPLC、サイズ排除、超遠心分離沈降速度分析、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、蛍光タグ、エピトープタグ、蛍光タンパク質(GFP、RFP等)キメラ/ハイブリッド等を含むが、それらに限定されないタンパク質定量法、遺伝子転写法、mRNA翻訳法等によって検出、測定、アッセイ等される。
本明細書で使用される、機能的及び/又は構造的に類似するタンパク質は、「関連タンパク質」であると見なされる。そのような関連タンパク質は、属及び/若しくは種が異なる生物又は異なる分類の生物(例えば、細菌及び真菌)に由来し得る。関連タンパク質は、一次配列分析によって決定されるか、二次若しくは三次構造分析によって決定されるか、又は免疫学的交差反応性によって決定される相同体及び/又はオーソログを更に包含する。
本明細書で使用される「プロモーター」という用語は、コード配列又は機能性RNAの発現を制御できる核酸配列を指す。一般に、コード配列は、プロモーター配列の3’(下流)に位置する。プロモーターは、それらの全体が天然遺伝子に由来し得るか、若しくは天然に見られる異なるプロモーターに由来する異なるエレメントから構成され得るか、又は合成核酸セグメントを含み得る。異なるプロモーターが異なる細胞型において、又は異なる発生段階において、又は異なる環境若しくは生理的条件に応答して遺伝子の発現を誘導し得ることは、当業者に理解されている。多くの細胞型で遺伝子の発現を最も多く引き起こすプロモーターは、一般に、「構成的プロモーター」と呼ばれている。更に、殆どの場合、調節配列の正確な境界が完全に明らかになっていないため、異なる長さのDNA断片が同じプロモーター活性を有し得ることが認識されている。
本明細書で使用される「作動可能に連結された」という用語は、一方の機能が他方に影響を及ぼすような、単一核酸断片上での核酸配列の会合を指す。例えば、プロモーターがコード配列の発現に影響を及ぼすことができる場合(即ちそのコード配列がプロモーターの転写制御下にある場合)、プロモーターは、コード配列(例えば、ORF)に作動可能に連結されている。コード配列は、センス又はアンチセンス方向で調節配列に作動可能に連結させることができる。核酸は、別の核酸配列と機能的関係に置かれている場合、「作動可能に連結されて」いる。例えば、分泌リーダー(即ちシグナルペプチド)をコードするDNAがポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現している場合、分泌リーダーをコードするDNAは、そのポリペプチドのDNAに作動可能に連結されている。プロモーター又はエンハンサーが配列の転写に影響を及ぼす場合、プロモーター又はエンハンサーは、コード配列に作動可能に連結されているか;又はリボソーム結合部位が翻訳を促進するように配置されている場合、リボソーム結合部位は、コード配列に作動可能に連結されている。一般に、「作動可能に連結された」は、連結されるDNA配列が隣接していることを意味し、分泌リーダーの場合、隣接し且つリーディング相にあることを意味する。しかしながら、エンハンサーは、隣接している必要はない。連結は、便宜的な制限部位でのライゲーションによって行われる。そのような部位が存在しない場合、従来の手法に従って合成オリゴヌクレオチドのアダプター又はリンカーを使用する。
本明細書で定義されるように、「好適な調節配列」は、コード配列の上流(5’非コード配列)、コード配列内又はその下流(3’非コード配列)に位置し、関連するコード配列の転写、RNAプロセシング若しくはRNA安定性又は翻訳に影響を及ぼすヌクレオチド配列を指す。調節配列には、プロモーター、翻訳リーダー配列、RNAプロセシング部位、エフェクター結合部位及びステムループ構造が含まれ得る。
本明細書で定義されるように、「導入する」という用語は、少なくとも1つのポリヌクレオチドのオープンリーディングフレーム(ORF)又はその遺伝子若しくはそのベクターを「真菌細胞中に導入する」などの語句に使用される場合、プロトプラスト融合、天然若しくは人工形質転換(例えば、塩化カルシウム、エレクトロポレーション)、形質導入、形質移入等が挙げられるが、これらに限定されないポリヌクレオチドを細胞中に導入するための当技術分野で公知の方法を含む。
本明細書で使用される「形質転換された」又は「形質転換」は、細胞が組換えDNA技術を使用して形質転換されていることを意味する。形質転換は、典型的には、1つ以上のヌクレオチド配列(例えば、ポリヌクレオチド、ORF又は遺伝子)を細胞に挿入することによって生じる。挿入されるヌクレオチド配列は、異種ヌクレオチド配列(即ち形質転換する細胞中に天然には存在しない配列)であり得る。
本明細書で使用される「形質転換」は、DNAが染色体組み込み体又は自己複製染色体外ベクターとして維持されるように、外来性DNAを宿主細胞に導入することを指す。本明細書で使用される「形質転換DNA」、「形質転換配列」及び「DNA構築物」は、配列を宿主細胞内に導入するために使用されるDNAを指す。このDNAは、PCR又は任意の他の好適な技術によってインビトロで生成することができる。いくつかの実施形態では、形質転換DNAは、入来配列を含むが、他の実施形態では、形質転換DNAは、ホモロジーボックスに隣接した入来配列を更に含む。更に別の実施形態では、形質転換DNAは、末端に付加された他の非相同配列(即ちスタッファー配列又は隣接配列)を含む。例えば、ベクターへの挿入などのように、末端を閉じて、形質転換DNAが閉環を形成するようにし得る。
本明細書で使用される「入来配列」は、真菌細胞染色体内に導入されるDNA配列を指す。いくつかの実施形態では、入来配列は、DNA構築物の一部である。他の実施形態では、入来配列は、1種以上の目的タンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、入来配列は、形質転換対象の細胞のゲノム内に既に存在しても又はしなくてもよい(即ち相同配列又は非相同配列であり得る)配列を含む。いくつかの実施形態では、入来配列は、1種以上の目的タンパク質、遺伝子及び/又は突然変異若しくは改変遺伝子をコードする。代替的な実施形態では、入来配列は、機能性野生型遺伝子若しくはオペロン、機能性変異遺伝子若しくはオペロン又は非機能性遺伝子若しくはオペロンをコードする。いくつかの実施形態では、入来配列は、遺伝子の機能を破壊するために遺伝子内に挿入される非機能性配列である。別の実施形態では、入来配列は、選択マーカーを含む。更なる実施形態では、入来配列は、2つのホモロジーボックスを含む。
本明細書で使用される「ホモロジーボックス」は、真菌細胞染色体内の配列と相同な核酸配列を指す。より具体的には、ホモロジーボックスは、本発明に従って欠失、破壊、不活性化、ダウンレギュレートされる等の遺伝子又は遺伝子の一部の直接隣接するコード領域と約80~100%の配列同一性、約90~100%の配列同一性又は約95~100%の配列同一性を有する上流又は下流領域である。これらの配列は、真菌細胞染色体内にDNA構築物が組み込まれる箇所を指示し、入来配列に置換される真菌細胞染色体の部位を指示する。本開示を限定することを意図するものではないが、ホモロジーボックスには、約1塩基対(bp)~200キロ塩基(kb)が含まれ得る。好ましくは、ホモロジーボックスは、約1bp~10.0kb;1bp~5.0kb;1bp~2.5kb;1bp~1.0kb及び0.25kb~2.5kbを含む。ホモロジーボックスは、約10.0kb、5.0kb、2.5kb、2.0kb、1.5kb、1.0kb、0.5kb、0.25kb及び0.1kbも含み得る。いくつかの実施形態では、遺伝子のコード領域に直接隣接する核酸配列を含むホモロジーボックスに選択マーカーの5’及び3’末端が隣接している。
本明細書で使用される「選択マーカーをコードするヌクレオチド配列」という用語は、宿主細胞内で発現することができ、選択マーカーの発現により、発現した遺伝子を含有する細胞に、対応する選択剤の存在下又は必須栄養素の欠如下で増殖する能力が付与されるヌクレオチド配列を指す。
本明細書で使用される「選択マーカー(selectable marker)」及び「選択マーカー(selective marker)」という用語は、宿主細胞内で発現することができる核酸(例えば、遺伝子)を指し、これによりベクターを含有するそれらの宿主を容易に選択することが可能となる。このような選択マーカーの例としては、抗菌剤が挙げられるが、これに限定されない。従って、「選択マーカー」という用語は、宿主細胞が目的の入来DNAを取り込んだか、又は何らかの他の反応が生じた徴候を示す遺伝子を指す。典型的には、選択マーカーは、形質転換中に任意の外来性配列を受け入れなかった細胞と、外来性DNAを含有する細胞とを区別することを可能にするために、抗菌剤耐性又は代謝有利性を宿主細胞に付与する遺伝子である。
本明細書で定義されるように、宿主細胞「ゲノム」、真菌細胞「ゲノム」又は糸状菌細胞「ゲノム」には、染色体遺伝子及び染色体外遺伝子が含まれる。
本明細書で使用される「プラスミド」、「ベクター」及び「カセット」という用語は、多くの場合、典型的に細胞の中央代謝の一部ではない遺伝子を運び、通常、環状の二本鎖DNA分子の形態である染色体外エレメントを指す。そのようなエレメントは、多数のヌクレオチド配列が、選択された遺伝子産物のためのプロモーター断片及びDNA配列を適切な3’非翻訳配列と共に細胞内に導入できる固有の構造物に接合又は再結合されている任意の起源に由来する自己複製配列、ゲノム組み込み配列、ファージ又はヌクレオチド配列、線状若しくは環状の一本鎖若しくは二本鎖DNA又はRNAであり得る。
本明細書で使用される「ベクター」という用語は、細胞内で複製(増殖)することができ、新規の遺伝子又はDNAセグメント(例えば、「入来配列」)を細胞中に運ぶことができる任意の核酸を指す。従って、この用語は、異なる宿主細胞間における移行のために設計された核酸構築物を指す。ベクターとしては、「エピソーム」である(即ち自律的に複製する)か、又は宿主細胞の染色体内に組み込むことができる、ウイルス、バクテリオファージ、プロウイルス、プラスミド、ファージミド、トランスポゾン及びYAC(酵母人工染色体)、BAC(細菌人工染色体)、PLAC(植物人工染色体)等の人工染色体が挙げられる。
本明細書で使用される「形質転換カセット」は、遺伝子(又はそのORF)を含み、その遺伝子に加えて特定の宿主細胞の形質転換を促進するエレメントを有する特異的ベクターを指す。
本明細書で使用される「発現ベクター」は、細胞内に異種DNAを組み込んで発現させる能力を有するベクターを指す。多数の原核生物及び真核生物の発現ベクターが市販されており、当業者に公知である。適切な発現ベクターの選択は、当業者の知識の範囲内である。
本明細書で使用される「発現カセット」及び「発現ベクター」という用語は、標的細胞中の特定の核酸の転写を可能にする一連の特定の核酸エレメントを用いて、組換え又は合成的に生成される核酸構築物を指す(即ち、これらは、上記に記載したようなベクター又はベクターエレメントである)。組換え発現カセットは、プラスミド、染色体、ミトコンドリアDNA、色素体DNA、ウイルス又は核酸断片内に組み込むことができる。典型的には、発現ベクターの組換え発現カセット部分には、他の配列の中でも、転写対象の核酸配列及びプロモーターが含まれる。いくつかの実施形態では、DNA構築物には、標的細胞内の特定の核酸の転写を可能にする一連の特定の核酸エレメントも含まれる。特定の実施形態では、本開示のDNA構築物は、本明細書に定義されるような選択マーカー及び不活性化染色体セグメント又は遺伝子セグメント又はDNAセグメントを含む。
本明細書で使用される「標的化ベクター」は、標的化ベクターが形質転換される宿主細胞の染色体内の領域に相同なポリヌクレオチド配列を含み、その領域で相同組換えを促進することができるベクターである。例えば、標的化ベクターは、相同組換えによって宿主細胞の染色体に遺伝子改変を導入するのに利用される。いくつかの実施形態では、標的化ベクターは、例えば、末端に付加された他の非相同配列(即ちスタッファー配列又は隣接配列)を含む。例えば、ベクターへの挿入などのように、末端を閉じて、標的化ベクターが閉環を形成するようにし得る。
本明細書で使用される「タンパク質生産性が増強された表現型」を含む変異細胞(又は菌株)としては、増強/増加した容積生産性を含む変異細胞(又は菌株)、増強/増加した炭素変換効率を含む変異細胞(又は菌株)、増強/増加したタンパク質収率を含む変異細胞(又は菌株)、増強/増加した比タンパク質生産性を含む変異細胞(又は菌株)等が挙げられるが、それらに限定されない。例えば、特定の実施形態では、タンパク質生産性が増強された表現型を含む変異細胞又は菌株は、(親菌株に対して)供給糖類1g当たり少なくとも0.1%以上の総タンパク質(g)を発現/産生し、ここで、供給糖類は、産生期中(即ち供給開始後)に発酵槽に添加された糖の質量によって表示することができる。
本明細書で定義されるように、「タンパク質生産性が増強された表現型」及び「タンパク質生産性が増加した表現型」という語句は、互換的に使用することができる。
本明細書で使用される、改変(変異/娘)細胞に対する未改変(親)細胞における「タンパク質生産性が増強/増加した表現型」について述べるとき、「親」及び「変異」細胞を同じ条件(例えば、培地、温度、pH等などの同じ条件)下で増殖/培養/発酵することが理解されるであろう。同様に、改変(変異/娘)細胞における同一の目的タンパク質(POI)の「発現/産生」に対する未改変(変異/娘)細胞におけるPOIの「発現/産生」について述べるとき、「親」及び「変異」細胞を本質的に同じ条件(例えば、培地、温度、pH等などの同じ条件)下で増殖/培養/発酵することが理解されるであろう。
本明細書で使用される「好気性発酵」は、酸素の存在下における増殖を指す。
本明細書で使用される「ブロス」、「細胞ブロス」、「発酵ブロス」及び/又は「培養ブロス」という用語は、互換的に使用され、液体(深部)培養中の(i)発酵(培養)培地、及び(ii)細胞をまとめて指す。
本明細書で使用される「細胞集団」という用語は、液体(深部)培養中に存在する細胞成分(インタクト細胞及び溶解細胞を含む)を指す。細胞集団は、乾燥細胞重量(DCW)又は湿潤細胞重量(WCW)で表すことができる。
II.高い培養温度でタンパク質生産性が増強された表現型を含む真菌株
実施例の項で下記に一般的に記載及び説明するように、本出願人は、選択的条件下でトリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)のT4という名称の全セルラーゼ菌株を連続的に増殖し、高温でタンパク質を産生することが可能な(即ち比生産性(Qp)に悪影響を及ぼすことなく;例えば、実施例1を参照されたい)これらの変異菌株を同定して単離した。より具体的には、25℃での親T4菌株に対して28℃で同様の比生産性を有する(表1)「T4-E1」という名称の変異T.リーゼイ(T.reesei)菌株をそのような選択的条件下で同定して単離した(実施例2)。本出願人は、T4-E1菌株の変異遺伝子を同定し、コード化タンパク質の推定アミノ酸配列(配列番号2;PID:120482)には、GEF1タンパク質ドメイン(配列番号5)と配列相同性を有する領域が含まれている。実施例2に詳細に記載されているように、T4-E1菌株における変異は、グルタミン酸コドン(Glu;アミノ酸1,245位)が未成熟終止コドンと置き換わっており、それにより「GEF1ドメイン」の先頭の近傍にある(GEF1)タンパク質が切断される(例えば、図3Aの天然配列に対して図3BのC末端切断型配列を参照されたい)。
実施例の項で下記に一般的に記載及び説明するように、本出願人は、選択的条件下でトリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)のT4という名称の全セルラーゼ菌株を連続的に増殖し、高温でタンパク質を産生することが可能な(即ち比生産性(Qp)に悪影響を及ぼすことなく;例えば、実施例1を参照されたい)これらの変異菌株を同定して単離した。より具体的には、25℃での親T4菌株に対して28℃で同様の比生産性を有する(表1)「T4-E1」という名称の変異T.リーゼイ(T.reesei)菌株をそのような選択的条件下で同定して単離した(実施例2)。本出願人は、T4-E1菌株の変異遺伝子を同定し、コード化タンパク質の推定アミノ酸配列(配列番号2;PID:120482)には、GEF1タンパク質ドメイン(配列番号5)と配列相同性を有する領域が含まれている。実施例2に詳細に記載されているように、T4-E1菌株における変異は、グルタミン酸コドン(Glu;アミノ酸1,245位)が未成熟終止コドンと置き換わっており、それにより「GEF1ドメイン」の先頭の近傍にある(GEF1)タンパク質が切断される(例えば、図3Aの天然配列に対して図3BのC末端切断型配列を参照されたい)。
本開示の実施例3に記載されるように、本出願人は、T4親菌株に由来する変異(改変)トリコデルマ属(Trichoderma)菌株(名称は「T4-ΔRho#22D」)を更に構築し、変異T4-ΔRho#22D菌株は、Cas9切断部位(TS3)に導入されたpyr2マーカー遺伝子を含むことにより、GEF1コード配列が破壊されている。例えば、野生型(親)T4菌株、変異T4-E1菌株及び構築された変異T4-ΔRho#22D菌株の発酵(培養)能力が表1に示され、ここで、変異T4-E1菌株及び構築された変異T4-ΔRho#22D菌株は、親T4菌株の25℃での総タンパク質産生速度に対して28℃での総タンパク質産生速度が向上したことを示している。
実施例4に更に記載されているように、本出願人は、S.ココスポラム(S.coccosporum)DXST(STCE1)エンドグルカナーゼをコードする遺伝子のコピーで形質転換したトリコデルマ(Trichoderma)種産生菌株を構築した。より具体的には、「t-ATV84」という名称の親トリコデルマ属(Trichoderma)DXST産生菌株を、S.ココスポラム(S.coccosporum)DXSTエンドグルカナーゼをコードし、更にCBHI、CBHII、EGI及びEGIIタンパク質をコードする天然のセルラーゼ遺伝子の欠失を含む遺伝子のコピーで形質転換した。同様に、「t-AWC88」という名称の変異(改変)トリコデルマ属(Trichoderma)DXST産生菌株は、t-ATV84菌株に由来したものであり、GEF1遺伝子の破壊の導入を更に含む。例えば、表2に示されるように、破壊されたGEF1遺伝子を含む変異トリコデルマ属(Trichoderma)菌株(t-AWC88)は、天然GEF1遺伝子を含む親菌株(t-ATV84)によって25℃で産生されたDXSTエンドグルカナーゼの量に対して、25℃、26℃及び27℃で産生されるDXSTエンドグルカナーゼの量の方が多いことを示している。
III.分子生物学
上記で概説したように、本開示の特定の実施形態は、タンパク質生産性が増強された表現型を含む改変糸状菌株に関する。特定の好ましい実施形態では、改変(変異)糸状菌株は、高い発酵(培養)温度でタンパク質生産性が増強された表現型を含んでいる。別の実施形態では、本開示は、エタノール生産性が増強された表現型を含む改変酵母菌株に関する。特定の好ましい実施形態では、改変(変異)酵母菌株は、高い発酵(培養)温度でエタノール生産性が増強された表現型を含んでいる。
上記で概説したように、本開示の特定の実施形態は、タンパク質生産性が増強された表現型を含む改変糸状菌株に関する。特定の好ましい実施形態では、改変(変異)糸状菌株は、高い発酵(培養)温度でタンパク質生産性が増強された表現型を含んでいる。別の実施形態では、本開示は、エタノール生産性が増強された表現型を含む改変酵母菌株に関する。特定の好ましい実施形態では、改変(変異)酵母菌株は、高い発酵(培養)温度でエタノール生産性が増強された表現型を含んでいる。
従って、本開示の特定の他の実施形態は、分子生物学、遺伝子改変、ポリヌクレオチド、遺伝子、ORF、ベクター、発現カセット等に関する。特定の実施形態では、本開示は、目的タンパク質(POI)をコードする遺伝子又はORFを含む組換え核酸(ポリヌクレオチド)に関する。特定の実施形態では、組換え核酸(ポリヌクレオチド)は、POIをコードするポリヌクレオチドの発現カセットを含む。
特定の実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは、1つ以上の選択マーカーを含む。糸状菌に使用される選択マーカーとしては、alsl、amdS、hygR、pyr2、pyr4、pyrG、sucA、ブレオマイシン耐性マーカー、ブラストサイジン耐性マーカー、ピリチアミン耐性マーカー、クロリムロンエチル耐性マーカー、ネオマイシン耐性マーカー、アデニン経路遺伝子、トリプトファン経路遺伝子、チミジンキナーゼマーカー等が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、選択マーカーは、pyr2であり、その組成物及び使用方法は、国際公開第2011/153449号パンフレットで概説されている。
本開示の真菌宿主細胞を形質転換するために、糸状菌の形質転換及び真菌の培養のための標準的な手法(これらは、当業者によく知られている)が使用される。従って、真菌宿主細胞へのDNA構築物又はベクターの導入法としては、形質転換、エレクトロポレーション、核マイクロインジェクション、形質導入、形質移入(例えば、リポフェクション媒介及びDEAE-デキストリン媒介形質移入)、リン酸カルシウムDNA沈殿物とのインキュベーション、DNA被覆微粒子を用いる高速銃、遺伝子銃又はバイオリスティック形質転換、プロトプラスト融合等の手法が挙げられる。一般的な形質転換手法は、当技術分野で公知である(例えば、Ausubel et al.,1987、Sambrook et al.,2001及び2012並びにCampbell et al.,1989を参照されたい)。トリコデルマ属(Trichoderma)における異種タンパク質の発現は、例えば、米国特許第6,022,725号明細書;同第6,268,328号明細書;Harkki et al.,1991及びHarkki et al.,1989に記載されている。アスペルギルス属(Aspergillus)菌株の形質転換については、Cao et al.(2000)も参照されたい。
一般に、トリコデルマ(Trichoderma)種の形質転換は、典型的には、105~107/mL、特に2×106/mLの密度で透過性処理を施したプロトプラスト又は細胞を使用する。適切な溶液中(例えば、1.2Mのソルビトール及び50mMのCaCl2)のこれらのプロトプラスト又は細胞の100μLの容量を所望のDNAと混合する。一般に、取り込み溶液に高濃度のポリエチレングリコール(PEG)が添加される。形質転換を促進するために、取り込み溶液にジメチルスルホキシド、ヘパリン、スペルミジン、塩化カリウム等の添加剤も添加し得る。他の真菌宿主細胞に同様の処置を使用することができる(例えば、その両方が参照により組み込まれる米国特許第6,022,725号明細書及び米国特許第6,268,328号明細書を参照されたい)。
従って、本開示の方法及び組成物は、一般に、組換え遺伝子の分野におけるルーチン手法に依存する。例えば、特定の実施形態では、目的タンパク質をコードする異種遺伝子又はORFが糸状菌(宿主)細胞に導入される。特定の実施形態では、異種遺伝子又はORFは、典型的には、複製及び/又は発現のために糸状菌(宿主)細胞に形質転換される前に中間ベクターにクローニングされる。これらの中間ベクターは、例えば、プラスミド又はシャトルベクターなどの原核生物ベクターであり得る。特定の実施形態では、異種遺伝子又はORFの発現は、その天然プロモーターの制御下にある。他の実施形態では、異種遺伝子又はORFの発現は、異種構成的プロモーター又は異種誘導性プロモーターであり得る異種プロモーターの制御下に置かれる。
当業者は、1つ以上のヌクレオチドを交換、置換、付加又は脱離することにより、その機能を変化させずに天然(未変性)のプロモーターを改変できることを認識している。本発明の実施は、プロモーターに対するそのような改変を包含するが、それらに束縛されるものではない。
発現ベクターは、典型的には、異種配列の発現に必要な全ての追加のエレメントを含む転写ユニット又は「発現カセット」を含有する。例えば、典型的な発現カセットは、目的タンパク質をコードする異種核酸配列に作動可能に連結された5’プロモーターを含有し、転写物、リボソーム結合部位及び翻訳終結配列の効率的なポリアデニル化に必要な配列シグナルを更に含み得る。カセットの追加のエレメントは、エンハンサーを含み得、ゲノムDNAが構造遺伝子として使用される場合、機能性スプライスドナー部位及びアクセプター部位を有するイントロンを含み得る。
発現カセットは、プロモーター配列に加えて、効果的な終結をもたらすために構造遺伝子の下流に転写終結領域も含み得る。終結領域は、プロモーター配列と同一の遺伝子から得るか又は異なる遺伝子から得ることができる。本発明では、任意の真菌のターミネーターが機能すると考えられるが、好ましいターミネーターとしては、トリコデルマ属(Trichoderma)のcbhI遺伝子由来のターミネーター、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)のtrpC遺伝子由来のターミネーター(Yelton et al.,1984;Mullaney et al.,1985)及びアスペルギルス・アワモリ(Aspergillus awamori)又はアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)のグルコアミラーゼ遺伝子(Nunberg et al.,1984;Boel et al.,1984)が挙げられる。
遺伝子情報を細胞に輸送するのに使用される特定の発現ベクターは、特に重要ではない。真核細胞又は原核細胞における発現に使用される任意の従来のベクターを使用することができる。標準的な細菌発現ベクターとしては、バクテリオファージλ及びM13並びにpBR322ベースのプラスミド、pSKF、pET23Dなどのプラスミド並びに融合発現系、例えばMBP、GST及びLacZが挙げられる。便宜的な単離方法を提供するために、組換えタンパク質にエピトープタグ、例えば、c-mycを添加することもできる。
発現ベクター中に含むことができるエレメントは、レプリコン、組換えプラスミドを保有する細菌の選択を可能にする抗生物質耐性をコードする遺伝子又は異種配列の挿入を可能にするためのプラスミドの非必須領域における固有の制限部位でもあり得る。当技術分野において公知の多くの耐性遺伝子の何れも好適であり得るため、選択された特定の抗生物質耐性遺伝子は確、定的なものではない。原核生物配列は、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)におけるDNAの複製又は組み込みを妨害しないように選択することが好ましい。
本発明の形質転換方法により、形質転換ベクターの全部又は一部を糸状菌ゲノムに安定的に組み込むことが結果として可能となる。しかしながら、自己複製する染色体外形質転換ベクターのままで維持されることになる形質転換も想定される。大量の異種タンパク質を発現するトリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)細胞菌株を産生するために、多くの標準的な形質移入方法を使用することが可能であり、そのようにして外来ヌクレオチド配列を真菌宿主細胞に導入するための任意の公知の手順を使用し得る。これらには、リン酸カルシウム形質移入、ポリブレン、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、バイオリスティック法、リポソーム、マイクロインジェクション、プラズマベクター、ウイルスベクター及びクローニングされたゲノムDNA、cDNA、合成DNA又は他の外来遺伝子物質を宿主細胞に導入するための他の公知の方法の何れかの使用が挙げられる。米国特許第6,255,115号明細書に記載されているようなアグロバクテリウム属(Agrobacterium)媒介トランスフェクション法も有用である。
発現ベクターが細胞内に導入された後、形質転換細胞を遺伝子の発現に好都合な条件下で培養する。本明細書で記載されるように、大量のバッチの形質転換細胞を培養することができる。最終的に、標準的な手法を用いて培養物からタンパク質産物を回収する。従って、本明細書の開示により、特に本明細書に記載される高い発酵(培養)温度において、所望の目的タンパク質の発現と、所望の目的タンパク質の増強された生産性とが提供される。
特定の他の実施形態では、本開示は、タンパク質生産性が増強された表現型を含む遺伝子改変糸状菌株(細胞)に関する。特定の実施形態では、本開示の改変真菌株は、高い発酵温度でタンパク質生産性が増強された表現型を含むものであった。例えば、特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、GEF1タンパク質をコードする遺伝子の遺伝子改変であって、(a)GEF1遺伝子(若しくはそのORF)内の1つ以上のヌクレオチドの導入、置換若しくは除去又はGEF1遺伝子(若しくはそのORF)の転写若しくは翻訳に必要とされる調節エレメント内の1つ以上のヌクレオチドの導入、置換若しくは除去、(b)遺伝子破壊、(c)遺伝子変換、(d)遺伝子欠失、(e)遺伝子のダウンレギュレーション、(f)特異的突然変異誘発、及び/又は(g)配列番号2との配列同一性を含むGEF1タンパク質をコードする遺伝子のランダム突然変異誘発を含むが、それらに限定されない遺伝子改変を含む。
従って、特定の実施形態では、遺伝子改変を含む糸状菌の変異菌株は、GEF1タンパク質の発現/産生を排除するような遺伝子欠失によって構築される。
他の実施形態では、遺伝子改変を含む糸状菌の変異菌株は、天然GEF1タンパク質の発現/産生を排除するような部分的遺伝子欠失又は遺伝子破壊によって構築される。例えば、実施例3で下記に説明されているように(図3B)、親糸状菌株の天然GEF1遺伝子の不活性化は、未成熟終止コドンを導入することにより(即ちそのC末端によってGEF1タンパク質が切断される;配列番号4)、25℃で発酵されたときに親細胞に対してタンパク質生産性が増強された表現型を含む変異(娘)菌株がもたらされた。より具体的には、親(T4)菌株及び娘(T4-ΔRho #22D)菌株を高い発酵温度(28℃)で発酵させると、変異(娘)菌株は、親菌株に対してタンパク質生産性が増加した表現型を示した(表1、タンパク質産生速度)。
従って、特定の実施形態では、改変糸状菌株は、GEF1遺伝子の部分的欠失を含み、ここで、部分的欠失は、GEF1遺伝子のコード配列の何れかの部分の部分的欠失を含み、そのような変異菌株は、タンパク質生産性が増強された表現型を含む。従って、特定の他の実施形態では、そのような変異菌株は、GEF1タンパク質を発現/産生しないか、又はそのような変異菌株は、親菌株に対して減少した量のGEF1タンパク質を発現/産生する。
従って、本明細書で概説し、上記に記載したように、当業者であれば、本明細書で開示される1つ以上の核酸配列及び/又はタンパク質配列を参照することにより、容易に1つ以上の遺伝子改変を実行し、これらの変異糸状菌株を構築することができる。
例えば、遺伝子欠失手法によって遺伝子の部分的又は完全な除去が可能になり、それによりタンパク質の発現/産生を排除するか若しくは減少させ、且つ/又はコードされたタンパク質(例えば、GEF1)の発現/産生を排除するか若しくは減少させる。そのような方法では、遺伝子の欠失は、遺伝子に隣接する5’及び3’領域を近接して含有するように構築された組み込みプラスミド/ベクターを使用する相同組換えによって達成することができる。隣接する5’及び3’領域は、例えば、プラスミドを細胞に組み込むことができるように、選択マーカーを伴って組み込みプラスミド/ベクター上で糸状菌細胞内に導入され得る。
他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、タンパク質(例えば、GEF1)をコードする遺伝子を破壊又は不活性化する遺伝子改変を含む。遺伝子破壊/不活性化の例示的な方法には、ポリペプチドコード配列(CDS)、プロモーター、エンハンサー又は別の調節エレメントを含む遺伝子の何れかの部分(例えば、図1~図3を参照されたい)を破壊することが含まれ、その破壊としては、置換、挿入、欠失、逆位並びにそれらの組み合わせ及びそれらの変形形態が挙げられる。遺伝子破壊手法の非限定的な例としては、本開示の1つ以上の遺伝子内に、(例えば、GEF1)遺伝子と相同な核酸断片を含有する組み込みプラスミドを挿入(組み込み)することが挙げられ、これにより重複領域間で相同性の領域と組み込み(挿入)ベクターのDNAとの重複が生じることになる。特定の他の非限定的な例では、遺伝子破壊手法には、遺伝子(例えば、GEF1タンパク質をコードする遺伝子)に、(例えば、GEF1)遺伝子と相同な核酸断片を含有する組み込みプラスミドを挿入することが挙げられ、これにより重複領域間で相同性の領域と組み込み(挿入)ベクターのDNAとの重複が生じることとなり、ここで、挿入されたベクターのDNAにより、例えばGEF1遺伝子のプロモーターがGEF1タンパク質コード領域から分離されるか、又はGEF1遺伝子のコード配列若しくは非コード配列が中断(破壊)され、その結果としてタンパク質生産性が増強された表現型がもたらされる。従って、破壊構築物は、GEF1遺伝子と相同な5’及び3’領域を伴う選択マーカー遺伝子(例えば、pyr2)であり得る。この選択マーカーにより、破壊遺伝子を含有する形質転換体を同定することができる。従って、特定の実施形態では、遺伝子破壊には、プロモーター、リボソーム結合部位(RBS)、未翻訳領域(UTR)、コドン変化等などの遺伝子の制御エレメントの改変が含まれる。
他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、遺伝子又はそれらの転写若しくは翻訳に必要とされる調節エレメント内の1つ以上のヌクレオチドを導入、置換又は除去することによって構築(即ち遺伝子改変)される。例えば、未成熟終止コドンの導入、開始コドンの除去又はオープンリーディングフレーム(ORF)のフレームシフトを生じさせるようにヌクレオチドを挿入又は除去し得る。そのような改変は、当技術分野の公知の方法に従い、部位特異的突然変異誘発又はPCR生成突然変異誘発によって実行することができる(例えば、Botstein and Shortle,1985;Lo et al.,1985;Higuchi et al.,1988;Shimada,1996;Ho et al.,1989;Horton et al.,1989及びSarkar and Sommer,1990を参照されたい)。
別の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、遺伝子変換のプロセスによって構築される(例えば、Iglesias and Trautner,1983を参照されたい)。例えば、遺伝子変換法では、標的遺伝子に対応する核酸配列をインビトロで変異誘発して欠陥核酸配列を生成し、次いでこれを親細胞に形質転換して、欠陥遺伝子を含む変異細胞を生成する。相同組換えにより、欠陥核酸配列が内在性遺伝子に置換される。欠陥遺伝子又は欠陥遺伝子断片は、欠陥遺伝子を含有する形質転換体の選択に使用することができるマーカーもコードすることが望ましい場合がある。例えば、欠陥遺伝子は、選択マーカーを伴って非複製プラスミド又は温度感受性プラスミド上で導入することができる。プラスミドの組み込みについての選択は、プラスミド複製が可能でない条件下でマーカーを選択することによって実施される。遺伝子置換をもたらす第2の組換え事象についての選択は、選択マーカーが消失し、変異遺伝子が獲得されたかどうかについてコロニーを検査することによって実施される(Perego,1993)。
他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、GEF1遺伝子の核酸配列と相補的なヌクレオチド配列を使用して、確立されたアンチセンス(遺伝子サイレンシング)手法によって構築される(Parish and Stoker,1997)。より具体的には、糸状菌株による遺伝子の発現を、遺伝子の核酸配列に相補的である、細胞内で転写され、細胞内で産生されるmRNAにハイブリダイズすることが可能なヌクレオチド配列を導入することによって減少(ダウンレギュレート)させるか又は排除することができる。このように、相補的なアンチセンスヌクレオチド配列がmRNAにハイブリダイズすることが可能な条件下では、翻訳されるタンパク質の量が減少するか又は排除される。そのようなアンチセンス法としては、以下に限定されないが、RNA干渉(RNAi)、低分子干渉RNA(siRNA)、マイクロRNA(miRNA)、アンチセンスオリゴヌクレオチド等が挙げられ、これらの全ては、当業者によく知られているものである。
他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、化学的突然変異誘発及び転座(例えば、Youngman et al.,1983を参照されたい)を含むが、それらに限定されない、当技術分野でよく知られた方法を使用して、ランダム突然変異誘発又は特異的突然変異誘発によって構築される。遺伝子の改変は、親細胞に突然変異誘発を受けさせ、その中でGEF1遺伝子の発現が減少したか又は排除された変異細胞についてスクリーニングすることによって実施され得る。突然変異誘発は、特異的突然変異誘発又はランダム突然変異誘発であり得、例えば好適な物理的若しくは化学的突然変異誘発剤を使用することにより、好適なオリゴヌクレオチドを使用することにより又はDNA配列にPCR生成突然変異誘発を受けさせることにより実施され得る。更に、突然変異誘発は、これらの突然変異誘発法を任意に組み合わせて使用することにより実施され得る。本発明の目的に好適な物理的又は化学的な変異誘発剤の例としては、紫外線(UV)照射、ヒドロキシルアミン、N-メチル-N’-ニトロ-N-ニトロソグアニジン(MNNG)、N-メチル-N’-ニトロソグアニジン(NTG)、O-メチルヒドロキシルアミン、亜硝酸、エチルメタンスルホン酸(EMS)、亜硫酸水素ナトリウム、蟻酸及びヌクレオチド類似体が挙げられる。そのような薬剤を使用する場合、変異誘発は、典型的には、好適な条件下において、選択した変異誘発剤の存在下で変異誘発対象の親細胞をインキュベートし、遺伝子の発現が減少したか又は発現しないことを示す変異細胞を選択することによって実施される。
特定の他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、部位特異的な遺伝子編集技術によって構築される。例えば、特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、転写活性化因子様エンドヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ(ZFN)、ホーミング(メガ)エンドヌクレアーゼ等を使用することによって構築(即ち遺伝子改変)される。より具体的には、改変対象の遺伝子の一部(例えば、コード領域、非コード領域、リーダー配列、プロペプチド配列、シグナル配列、転写ターミネーター、転写活性化因子又はコード領域を発現させるために必要とされる他の調節エレメント)は、ZFN遺伝子編集、TALEN遺伝子編集、ホーミング(メガ)エンドヌクレアーゼ等によって遺伝子改変が施され、それらの改変方法は、当業者によく知られており、利用可能である。
特定の他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、CRISPR/Cas9編集によって構築される(例えば、本明細書の実施例を参照されたい)。より具体的には、CRISPR/Cas9システムによる真菌ゲノムを改変するための組成物及び方法は、当技術分野において記載され、よく知られているものである(例えば、PCT出願国際公開第2016/100571号パンフレット、同第2016/100568号パンフレット、同第2016/100272号パンフレット、同第2016/100562号パンフレット等を参照されたい)。従って、DNA上の標的配列にエンドヌクレアーゼを動員するガイドRNA(例えば、Cas9)又はガイドDNA(例えば、NgAgo)の何れかと結合することでそれらの標的DNAを見つけ出す核酸誘導型エンドヌクレアーゼにより、GEF1タンパク質をコードする遺伝子を破壊、欠失、突然変異又は別の方法で遺伝子改変することができ、ここで、エンドヌクレアーゼは、DNA内に一本鎖切断又は二本鎖切断を生じさせることができる。この標的DNA切断は、DNA修復のための基質となり、提供された編集鋳型と再結合して遺伝子を破壊するか又は欠失させることができる。例えば、核酸誘導型エンドヌクレアーゼをコードする遺伝子(例えば、S.ピオゲネス(S.pyogenes)由来のCas9又はCas9ヌクレアーゼをコードするコドン最適化遺伝子)は、糸状菌細胞内で活性なプロモーター及び糸状菌細胞内で活性なターミネーターに作動可能に連結されており、これにより糸状菌Cas9発現カセットを作製する。同様に、目的遺伝子に固有の1つ以上の標的部位は、当業者により容易に同定される。
例えば、目的遺伝子内の標的部位に誘導するgRNAをコードするDNA構築物を構築するために、可変標的ドメイン(VT)は、(PAM)プロトスペーサー隣接モチーフ(TGG)の5’である標的部位のヌクレオチドを含み、このヌクレオチドは、S.ピオゲネス(S.pyogenes)Cas9に対するCas9エンドヌクレアーゼ認識(CER)ドメインをコードするDNAに融合されている。VTドメインをコードするDNAと、CERドメインをコードするDNAとを組み合わせることにより、gRNAをコードするDNAを生成する。従って、gRNAのための糸状菌発現カセットは、gRNAをコードするDNAを、糸状菌細胞内で活性なプロモーターと、糸状菌細胞内で活性なターミネーターとに作動可能に連結させることによって作製される。
特定の実施形態では、エンドヌクレアーゼによって誘導されたDNA切断は、入来配列を用いて修復/置換される。例えば、上記に記載したCas9発現カセット及びgRNA発現カセットによって生じたDNA切断を正確に修復するために、ヌクレオチド編集鋳型を提供して、細胞のDNA修復機構が編集鋳型を利用できるようにする。例えば、標的遺伝子の約500bpの5’を標的遺伝子の約500bpの3’に融合させて編集鋳型を生成することができ、この鋳型は、RGEN(RNA誘導型エンドヌクレアーゼ)によって生じたDNA切断を修復するために糸状菌宿主の機構によって使用される。
Cas9発現カセット、gRNA発現カセット及び編集鋳型は、多数の異なる方法(例えば、プロトプラスト融合法、エレクトロポレーション法、天然コンピテンス又は誘導コンピテンス)を使用して糸状菌細胞に共送達することができる。形質転換細胞は、順方向プライマー及び逆方向プライマーを用いて標的遺伝子座を増幅させることによるPCRによってスクリーニングする。これらのプライマーにより、野生型遺伝子座又はRGENによって編集された改変遺伝子座を増幅させることができる。次いで、シーケンシングプライマーを使用してこれらの断片を配列決定し、編集されたコロニーを同定する。
本開示のGEF1タンパク質をコードする遺伝子を遺伝子改変することができる別の方法としては、目的遺伝子の発現レベルを変化させることによるものがある。例えば、そのようなヌクレオチド誘導型エンドヌクレアーゼのヌクレアーゼ欠陥変異体(例えば、Cas9 D10A、N863A又はCas9 D10A、H840A)を使用して、標的遺伝子の転写を増強又は減弱させることによって遺伝子発現レベルを調節することができる。これらのCas9変異体は、タンパク質配列内に存在する全てのヌクレアーゼドメインに対しては不活性であるが、RNA誘導型DNA結合活性を保持している(即ち、これらのCas9変異体は、同種標的部位に結合した場合、DNAの何れの鎖も切断することができない)。従って、ヌクレアーゼ欠陥タンパク質(即ちCas9変異体)は、糸状菌発現カセットとして発現させることができ、糸状菌gRNA発現カセットと結合すると、その結果としてCas9変異タンパク質が細胞内の特異的標的配列に誘導される。Cas9(変異)タンパク質が特異的遺伝子標的部位に結合することにより、細胞のDNA上の転写機構の結合又は移動が遮断され、それにより産生される遺伝子産物の量を減少させることができる。従って、この方法を用いると、本明細書で開示される遺伝子の何れも、遺伝子発現を低下させるための標的となり得る。RNAseqなどの方法を使用することにより、ヌクレアーゼ欠陥Cas9発現カセット及びgRNA発現カセットを含有する細胞の遺伝子サイレンシングを観察することができる。
V.目的タンパク質
前項で手短に述べたように、本発明の菌株及び方法は、糸状菌の深部培養における商業的に重要なタンパク質の産生に利用されるものである。本開示の目的タンパク質(POI)は、任意の内在性タンパク質又は異種タンパク質であり得、それは、そのようなPOIの変異体であり得る。タンパク質は、1つ以上のジスルフィド架橋を含有し得るか、又はその機能的形態が単量体若しくは多量体であるタンパク質である。即ち、タンパク質は、四次構造を有し、複数の同一(相同)又は非同一(異種)サブユニットから構成され、ここで、POI又はその変異POIは、好ましくは、目的の特性を備えるタンパク質である。
前項で手短に述べたように、本発明の菌株及び方法は、糸状菌の深部培養における商業的に重要なタンパク質の産生に利用されるものである。本開示の目的タンパク質(POI)は、任意の内在性タンパク質又は異種タンパク質であり得、それは、そのようなPOIの変異体であり得る。タンパク質は、1つ以上のジスルフィド架橋を含有し得るか、又はその機能的形態が単量体若しくは多量体であるタンパク質である。即ち、タンパク質は、四次構造を有し、複数の同一(相同)又は非同一(異種)サブユニットから構成され、ここで、POI又はその変異POIは、好ましくは、目的の特性を備えるタンパク質である。
特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、(未改変)親菌株に対して増加したタンパク質力価を示し、ここで、タンパク質力価は、1容積当たりのタンパク質の量(g/L)として定義される。例えば、力価は、当技術分野において公知の方法(例えば、ELISA、HPLC、ブラッドフォードアッセイ、LC/MS等)によって測定することができる。従って、特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、未改変(親)細胞と比較して少なくとも約0.1%、少なくとも約1%、少なくとも約5%、少なくとも約6%、少なくとも約7%、少なくとも約8%、少なくとも約9%又は少なくとも約10%以上のタンパク質力価の増加を含む。
特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、(未改変)親菌株に対して増加した容積生産性を示し、ここで、容積生産性は、全発酵時間(h)当たりの呼び容積(L)当たりの発酵中に産生されたタンパク質の量(g)として定義される。例えば、容積生産性は、当技術分野において公知の方法(例えば、ELISA、HPLC、ブラッドフォードアッセイ、LC/MS等)によって測定することができる。従って、特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、未改変(親)細胞と比較して少なくとも約0.1%、少なくとも約1%、少なくとも約5%、少なくとも約6%、少なくとも約7%、少なくとも約8%、少なくとも約9%又は少なくとも約10%以上の容積生産性の増加を含む。
特定の他の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、(未改変)親菌株に対して増加した総タンパク質収率を示し、ここで、総タンパク質収率は、供給された炭水化物1g当たりの産生されたタンパク質の量(g)として定義される。従って、本明細書で使用する場合、総タンパク質収率(g/g)は、下記の式:
Yf=Tp/Tc
Yf=Tp/Tc
(式中、「Yf」は、総タンパク質収率(g/g)であり、「Tp」は、発酵中に産生された総タンパク質(g)であり、「Tc」は、発酵(バイオリアクター)作動中に供給された全炭水化物(g)である)を用いて計算することができる。特定の実施形態では、改変菌株の総タンパク質収率における増加は、未改変(親)細胞と比較して少なくとも約0.1%、少なくとも約1%、少なくとも約5%、少なくとも約6%、少なくとも約7%、少なくとも約8%、少なくとも約9%又は少なくとも約10%以上の増加となる。
総タンパク質収率は、例えば、総タンパク質中に取り込まれる、供給された炭素のパーセンテージ(%)として、炭素変換効率/炭素収率として記載することもできる。従って、特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、(未改変)親菌株に対して増加した炭素変換効率(例えば、総タンパク質中に取り込まれる、供給された炭素のパーセンテージ(%)における増加)を含む。特定の実施形態では、(即ち親菌株に対する)改変菌株の炭素変換効率における増加は、未改変(親)細胞と比較して少なくとも約0.1%、少なくとも約1%、少なくとも約5%、少なくとも約6%、少なくとも約7%、少なくとも約8%、少なくとも約9%又は少なくとも約10%以上の増加となる。
特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、(未改変)親菌株に対して増加したPOIの比生産性(Qp)を示す。例えば、比生産性(Qp)を検出することは、タンパク質の生産率を評価するのに好適な方法である。比生産性(Qp)は、下記の式:
「Qp=gP/gDCW・hr」
(式中、「gP」は、タンク中に産生されるタンパク質のグラム数であり、「gDCW」は、タンク中の乾燥細胞重量(DCW)のグラム数であり、「hr」は、産生時間及び増殖時間を含む接種時点からの発酵時間(時間)である)を用いて求めることができる。従って、特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、未改変(親)細胞と比較して少なくとも約0.1%、少なくとも約1%、少なくとも約5%、少なくとも約6%、少なくとも約7%、少なくとも約8%、少なくとも約9%又は少なくとも約10%以上の比生産性(Qp)の増加を含む。
「Qp=gP/gDCW・hr」
(式中、「gP」は、タンク中に産生されるタンパク質のグラム数であり、「gDCW」は、タンク中の乾燥細胞重量(DCW)のグラム数であり、「hr」は、産生時間及び増殖時間を含む接種時点からの発酵時間(時間)である)を用いて求めることができる。従って、特定の実施形態では、糸状菌の変異菌株は、未改変(親)細胞と比較して少なくとも約0.1%、少なくとも約1%、少なくとも約5%、少なくとも約6%、少なくとも約7%、少なくとも約8%、少なくとも約9%又は少なくとも約10%以上の比生産性(Qp)の増加を含む。
特定の実施形態では、POI又はその変異POIは、アセチルエステラーゼ、アミノペプチダーゼ、アミラーゼ、アラビナーゼ、アラビノフラノシダーゼ、炭酸脱水酵素、カルボキシペプチダーゼ、カタラーゼ、セルラーゼ、キチナーゼ、キモシン、クチナーゼ、デオキシリボヌクレアーゼ、エピメラーゼ、エステラーゼ、α-ガラクトシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、α-グルカナーゼ、グルカンリアーゼ、エンド-β-グルカナーゼ、グルコアミラーゼ、グルコースオキシダーゼ、α-グルコシダーゼ、β-グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グリコシルヒドロラーゼ、ヘミセルラーゼ、ヘキソースオキシダーゼ、ヒドロラーゼ、インベルターゼ、イソメラーゼ、ラッカーゼ、リガーゼ、リパーゼ、リアーゼ、マンナナーゼ、マンノシダーゼ、オキシダーゼ、酸化還元酵素、ペクチン酸リアーゼ、ペクチンアセチルエステラーゼ、ペクチンデポリメラーゼ、ペクチンメチルエステラーゼ、ペクチン分解酵素、ペルヒドロラーゼ、ポリオール酸化酵素、ペルオキシダーゼ、フェノールオキシダーゼ、フィターゼ、ポリガラクツロナーゼ、プロテアーゼ、ペプチダーゼ、ラムノガラクツロナーゼ、リボヌクレアーゼ、トランスフェラーゼ、輸送タンパク質、トランスグルタミナーゼ、キシラナーゼ、ヘキソースオキシダーゼ及びこれらの組み合わせからなる群から選択される。
特定の実施形態では、POI又はその変異POIは、EC1、EC2、EC3、EC4、EC5又はEC6からなる群から選択される酵素(EC)番号から選択される。
例えば、特定の実施形態では、POIは、EC1.10.3.2(例えば、ラッカーゼ)、EC1.10.3.3(例えば、L-アスコルビン酸オキシダーゼ)、EC1.1.1.1(例えば、アルコール脱水素酵素)、EC1.11.1.10(例えば、クロライドペルオキシダーゼ)、EC1.11.1.17(例えば、ペルオキシダーゼ)、EC1.1.1.27(例えば、L-乳酸脱水素酵素)、EC1.1.1.47(例えば、グルコース1-脱水素酵素)、EC1.1.3.X(例えば、グルコースオキシダーゼ)、EC1.1.3.10(例えば、ピラノースオキシダーゼ)、EC1.13.11.X(例えば、ジオキシゲナーゼ)、EC1.13.11.12(例えば、リノール酸13S-リポキシゲナーゼ)、EC1.1.3.13(例えば、アルコールオキシダーゼ)、EC1.14.14.1(例えば、モノオキシゲナーゼ)、EC1.14.18.1(例えば、モノフェノールモノオキシゲナーゼ)、EC1.15.1.1(例えば、スーパーオキシドジスムターゼ)、EC1.1.5.9(以前にはEC1.1.99.10、例えばグルコース脱水素酵素)、EC1.1.99.18(例えば、セロビオース脱水素酵素)、EC1.1.99.29(例えば、ピラノース脱水素酵素)、EC1.2.1.X(例えば、脂肪酸還元酵素)、EC1.2.1.10(例えば、アセトアルデヒド脱水素酵素)、EC1.5.3.X(例えば、フルクトシルアミン還元酵素)、EC1.8.1.X(例えば、ジスルフィド還元酵素)及びEC1.8.3.2(例えば、チオールオキシダーゼ)から選択されるEC1(酸化還元酵素)酵素を含むが、それらに限定されない酸化還元酵素である。
特定の実施形態では、POIは、EC2.3.2.13(例えば、トランスグルタミナーゼ)、EC2.4.1.X(例えば、ヘキソシルトランスフェラーゼ)、EC2.4.1.40(例えば、アルテルナンスクラーゼ)、EC2.4.1.18(例えば、1,4α-グルカン分枝酵素)、EC2.4.1.19(例えば、シクロマルトデキストリングルカノトランスフェラーゼ)、EC2.4.1.2(例えば、デキストリンデキストラナーゼ)、EC2.4.1.20(例えば、セロビオースホスホリラーゼ)、EC2.4.1.25(例えば、4-α-グルカノトランスフェラーゼ)、EC2.4.1.333(例えば、1,2-β-オリゴグルカンリントランスフェラーゼ)、EC2.4.1.4(例えば、アミロスクラーゼ)、EC2.4.1.5(例えば、デキストランスクラーゼ)、EC2.4.1.69(例えば、ガラクトシド2-α-L-フコシルトランスフェラーゼ)、EC2.4.1.9(例えば、イヌロスクラーゼ)、EC2.7.1.17(例えば、キシルロキナーゼ)、EC2.7.7.89(以前にはEC3.1.4.15、例えば[グルタミンシンテターゼ]-アデニリル-L-チロシンホスホリラーゼ)、EC2.7.9.4(例えば、αグルカンキナーゼ)及びEC2.7.9.5(例えば、ホスホグルカンキナーゼ)から選択されるEC2(トランスフェラーゼ)酵素を含むが、それらに限定されないトランスフェラーゼ酵素である。
他の実施形態では、POIは、EC3.1.X.X(例えば、エステラーゼ)、EC3.1.1.1(例えば、ペクチナーゼ)、EC3.1.1.14(例えば、クロロフィラーゼ)、EC3.1.1.20(例えば、タンナーゼ)、EC3.1.1.23(例えば、グリセロールエステルアシルヒドロラーゼ)、EC3.1.1.26(例えば、ガラクトリパーゼ)、EC3.1.1.32(例えば、ホスホリパーゼA1)、EC3.1.1.4(例えば、ホスホリパーゼA2)、EC3.1.1.6(例えば、アセチルエステラーゼ)、EC3.1.1.72(例えば、アセチルキシランエステラーゼ)、EC3.1.1.73(例えば、フェルロイルエステラーゼ)、EC3.1.1.74(例えば、クチナーゼ)、EC3.1.1.86(例えば、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ)、EC3.1.1.87(例えば、フモニシンB1エステラーゼ)、EC3.1.26.5(例えば、リボヌクレアーゼP)、EC3.1.3.X(例えば、リン酸モノエステルヒドロラーゼ)、EC3.1.30.1(例えば、アスペルギルスヌクレアーゼS1)、EC3.1.30.2(例えば、セラチア・マルセッセンスヌクレアーゼ)、EC3.1.3.1(例えば、アルカリホスファターゼ)、EC3.1.3.2(例えば、酸性ホスファターゼ)、EC3.1.3.8(例えば、3-フィターゼ)、EC3.1.4.1(例えば、ホスホジエステラーゼI)、EC3.1.4.11(例えば、ホスホイノシチドホスホリパーゼC)、EC3.1.4.3(例えば、ホスホリパーゼC)、EC3.1.4.4(例えば、ホスホリパーゼD)、EC3.1.6.1(例えば、アリールスルファターゼ)、EC3.1.8.2(例えば、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ)、EC3.2.1.10(例えば、オリゴー1,6-グルコシダーゼ)、EC3.2.1.101(例えば、マンナンエンド-1,6-α-マンノシダーゼ)、EC3.2.1.11(例えば、α-1,6-グルカン-6-グルカノヒドロラーゼ)、EC3.2.1.131(例えば、キシランα-1,2-グルクロノシダーゼ)、EC3.2.1.132(例えば、キトサンN-アセチルグルコサミノヒドロラーゼ)、EC3.2.1.139(例えば、α-グルクロニダーゼ)、EC3.2.1.14(例えば、キチナーゼ)、EC3.2.1.151(例えば、キシログルカン特異的エンド-β-1,4-グルカナーゼ)、EC3.2.1.155(例えば、キシログルカン特異的エキソ-β-1,4-グルカナーゼ)、EC3.2.1.164(例えば、ガラクタンエンド-1,6-β-ガラクトシダーゼ)、EC3.2.1.17(例えば、リゾチーム)、EC3.2.1.171(例えば、ラムノガラクツロナンヒドロラーゼ)、EC3.2.1.174(例えば、ラムノガラクツロナンラムノヒドロラーゼ)、EC3.2.1.2(例えば、β-アミラーゼ)、EC3.2.1.20(例えば、α-グルコシダーゼ)、EC3.2.1.22(例えば、α-ガラクトシダーゼ)、EC3.2.1.25(例えば、β-マンノシダーゼ)、EC3.2.1.26(例えば、β-フルクトフラノシダーゼ)、EC3.2.1.37(例えば、キシラン1,4-β-キシロシダーゼ)、EC3.2.1.39(例えば、グルカンエンド-1,3-β-D-グルコシダーゼ)、EC3.2.1.40(例えば、α-L-ラムノシダーゼ)、EC3.2.1.51(例えば、α-L-フコシダーゼ)、EC3.2.1.52(例えば、β-N-アセチルヘキソサミニダーゼ)、EC3.2.1.55(例えば、α-N-アラビノフラノシダーゼ)、EC3.2.1.58(例えば、グルカン1,3-β-グルコシダーゼ)、EC3.2.1.59(例えば、グルカンエンド-1,3-α-グルコシダーゼ)、EC3.2.1.67(例えば、ガラクツラン1,4-α-ガラクツロニダーゼ、EC3.2.1.68(例えば、イソアミラーゼ)、EC3.2.1.7(例えば、1-β-D-フルクタンフルクタノヒドロラーゼ)、EC3.2.1.74(例えば、グルカン1,4-β-グルコシダーゼ)、EC3.2.1.75(例えば、グルカンエンド-1,6-β-グルコシダーゼ)、EC3.2.1.77(例えば、マンナン1,2-(1,3)-α-マンノシダーゼ)、EC3.2.1.80(例えば、フルクタンβ-フルクトシダーゼ)、EC3.2.1.82(例えば、エキソ-ポリ-α-ガラクツロノシダーゼ)、EC3.2.1.83(例えば、κ-カラギナーゼ)、EC3.2.1.89(例えば、アラビノガラクタンエンド-1,4-β-ガラクトシダーゼ)、EC3.2.1.91(例えば、セルロース1,4-β-セロビオシダーゼ)、EC3.2.1.96(例えば、マンノシル-糖タンパク質エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼ)、EC3.2.1.99(例えば、アラビナンエンド-1,5-α-L-アラビナーゼ)、EC3.4.X.X(例えば、ペプチダーゼ)、EC3.4.11.X(例えば、アミノペプチダーゼ)、EC3.4.11.1(例えば、ロイシルアミノペプチダーゼ)、EC3.4.11.18(例えば、メチオニルアミノペプチダーゼ)、EC3.4.13.9(例えば、Xaa-Proジペプチダーゼ)、EC3.4.14.5(例えば、ジペプチジルペプチダーゼIV)、EC3.4.16.X(例えば、セリン型カルボキシペプチダーゼ)、EC3.4.16.5(例えば、カルボキシペプチダーゼC)、EC3.4.19.3(例えば、ピログルタミルペプチダーゼI)、EC3.4.21.X(例えば、セリンエンドペプチダーゼ)、EC3.4.21.1(例えば、キモトリプシン)、EC3.4.21.19(例えば、グルタミルエンドペプチダーゼ)、EC3.4.21.26(例えば、プロリルオリゴペプチダーゼ)、EC3.4.21.4(例えば、トリプシン)、EC3.4.21.5(例えば、トロンビン)、EC3.4.21.63(例えば、オリジン)、EC3.4.21.65(例えば、テルモミコリン)、EC3.4.21.80(例えば、ストレプトグリシンA)、EC3.4.22.X(例えば、システインエンドペプチダーゼ)、EC3.4.22.14(例えば、アクチニダイン)、EC3.4.22.2(例えば、パパイン)、EC3.4.22.3(例えば、フィカイン)、EC3.4.22.32(例えば、ステムブロメライン)、EC3.4.22.33(例えば、果実ブロメライン)、EC3.4.22.6(例えば、キモパパイン)、EC3.4.23.1(例えば、ペプシンA)、EC3.4.23.2(例えば、ペプシンB)、EC3.4.23.22(例えば、エンドチアペプシン)、EC3.4.23.23(例えば、ムコルペプシン)、EC3.4.23.3(例えば、ガストリシン)、EC3.4.24.X(例えば、メタロエンドペプチダーゼ)、EC3.4.24.39(例えば、ドイテロリシン)、EC3.4.24.40(例えば、セラリシン)、EC3.5.1.1(例えば、アスパラギナーゼ)、EC3.5.1.11(例えば、ペニシリンアミダーゼ)、EC3.5.1.14(例えば、N-アシル-芳香族-L-アミノ酸アミドヒドロラーゼ)、EC3.5.1.2(例えば、L-グルタミンアミドヒドロラーゼ)、EC3.5.1.28(例えば、N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼ)、EC3.5.1.4(例えば、アミダーゼ)、EC3.5.1.44(例えば、タンパク質-L-グルタミンアミドヒドロラーゼ)、EC3.5.1.5(例えば、ウレアーゼ)、EC3.5.1.52(例えば、ペプチド-N(4)-(N-アセチル-β-グルコサミニル)アスパラギンアミダーゼ)、EC3.5.1.81(例えば、N-アシル-D-アミノ酸デアシラーゼ)、EC3.5.4.6(例えば、AMPデアミナーゼ)及びEC3.5.5.1(例えば、ニトリラーゼ)から選択されるEC3(ヒドロラーゼ)酵素を含むが、それらに限定されないヒドロラーゼ酵素である。
他の実施形態では、POIは、EC4.1.2.10(例えば、マンデロニトリルリアーゼ)、EC4.1.3.3(例えば、N-アセチルノイラミン酸リアーゼ)、EC4.2.1.1(例えば、炭酸脱水酵素)、EC4.2.2.-(例えば、ラムノガラクツロナンリアーゼ)、EC4.2.2.10(例えば、ペクチンリアーゼ)、EC4.2.2.22(例えば、ペクチン酸三糖リアーゼ)、EC4.2.2.23(例えば、ラムノガラクツロナンエンドリアーゼ)及びEC4.2.2.3(例えば、マンヌロン酸特異的アルギン酸リアーゼ)から選択されるEC4(リアーゼ)酵素を含むが、それらに限定されないリアーゼ酵素である。
特定の他の実施形態では、POIは、EC5.1.3.3(例えば、アルドース1-エピメラーゼ)、EC5.1.3.30(例えば、D-プシコース3-エピメラーゼ)、EC5.4.99.11(例えば、イソマルツロースシンターゼ)及びEC5.4.99.15(例えば、(1→4)-α-D-グルカン1-α-D-グルコシルムターゼ)から選択されるEC5(イソメラーゼ)酵素を含むが、それらに限定されないイソメラーゼ酵素である。
なお他の実施形態では、POIは、EC6.2.1.12(例えば、4-クマル酸:補酵素Aリガーゼ)及びEC6.3.2.28(例えば、L-アミノ酸α-リガーゼ)から選択されるEC6(リガーゼ)酵素を含むが、それらに限定されないリガーゼ酵素である。
本発明の菌株及び方法のこれら及び他の態様及び実施形態は、本明細書及び下記の実施例に照らして当業者に明白になるであろう。
VII.発酵
特定の実施形態では、本開示は、糸状菌細胞を発酵させることを含む、目的タンパク質を産生するための方法であって、真菌細胞は、目的タンパク質を分泌する、方法を提供する。他の実施形態では、本開示は、酵母菌株において増加した量のエタノールを産生するための方法を提供する。一般的に、真菌細胞を発酵するために、当技術分野でよく知られた発酵方法が使用されている。いくつかの実施形態では、真菌細胞は、バッチ発酵又は連続発酵条件下で増殖させる。古典的なバッチ発酵は、培地の組成が発酵の開始時に設定され、発酵中に変更されない閉鎖系である。発酵の開始時に所望の生物を培地に接種する。この方法では、系にいかなる成分も添加することなく発酵を行うことができる。典型的には、バッチ発酵は、炭素源の添加に関して「バッチ」であると見なされ、pH及び酸素濃度などの因子を制御するための試みは、頻繁に行われる。バッチ系の代謝産物及びバイオマス組成は、発酵が停止するときまで絶えず変化する。細胞は、バッチ培養内で静的誘導期を経て高増殖対数期に進み、最終的に増殖率が減少又は停止する静止期に進む。処理を行わなければ、静止期にある細胞は、最終的に死滅する。一般に、対数期の細胞が生成物の大部分の産生を担っている。
特定の実施形態では、本開示は、糸状菌細胞を発酵させることを含む、目的タンパク質を産生するための方法であって、真菌細胞は、目的タンパク質を分泌する、方法を提供する。他の実施形態では、本開示は、酵母菌株において増加した量のエタノールを産生するための方法を提供する。一般的に、真菌細胞を発酵するために、当技術分野でよく知られた発酵方法が使用されている。いくつかの実施形態では、真菌細胞は、バッチ発酵又は連続発酵条件下で増殖させる。古典的なバッチ発酵は、培地の組成が発酵の開始時に設定され、発酵中に変更されない閉鎖系である。発酵の開始時に所望の生物を培地に接種する。この方法では、系にいかなる成分も添加することなく発酵を行うことができる。典型的には、バッチ発酵は、炭素源の添加に関して「バッチ」であると見なされ、pH及び酸素濃度などの因子を制御するための試みは、頻繁に行われる。バッチ系の代謝産物及びバイオマス組成は、発酵が停止するときまで絶えず変化する。細胞は、バッチ培養内で静的誘導期を経て高増殖対数期に進み、最終的に増殖率が減少又は停止する静止期に進む。処理を行わなければ、静止期にある細胞は、最終的に死滅する。一般に、対数期の細胞が生成物の大部分の産生を担っている。
標準的なバッチ系における好適な変形形態は、「流加発酵」系である。典型的なバッチ系のこの変形形態では、発酵の進行に伴って基質が徐々に加えられる。流加系は、カタボライト抑制が細胞の代謝を阻害する可能性が高い場合及び培地中の基質量が限られた量であることが望ましい場合に有用である。流加系では、実際の基質濃度を測定することが困難であるため、pH、溶存酸素及びCO2などの廃ガスの分圧などの測定可能な因子の変化に基づいて基質濃度を推定する。バッチ発酵及び流加発酵は、当技術分野において一般的であり、よく知られている。
連続発酵は、規定の発酵培地がバイオリアクターに連続的に加えられ、処理のために等量の馴化培地が同時に除去される開放系である。連続発酵は、一般に、細胞が主として対数増殖期にある一定の高密度で培養を維持する。連続発酵は、細胞の増殖及び/又は産生物の濃度に影響する1つ以上の因子を調節することができる。例えば、一実施形態では、炭素源又は窒素源などの制限栄養素が一定比率で維持され、他の全てのパラメーターを調節することができる。他の系では、培地の濁度によって測定される細胞濃度を一定に保ちながら、増殖に影響を及ぼす多数の因子を連続的に変化させることができる。連続系は、定常状態の増殖条件を維持しようとする。従って、除去される培地によって生じる細胞消失を発酵中の細胞増殖率とバランスさせなければならない。連続発酵プロセスのための栄養素及び増殖因子を調節する方法並びに産生物形成速度を最大化するための手法は、工業微生物学の技術分野でよく知られている。
本開示の特定の実施形態は、真菌を培養するための発酵手順に関する。セルラーゼ酵素を産生するための発酵手順は、当技術分野において公知である。例えば、セルラーゼ酵素は、バッチプロセス、流加プロセス及び連続フロープロセスを含む、固体培養又は深部培養の何れかによって産生することができる。培養は、一般に、水性無機塩類培地、有機増殖因子、炭素及びエネルギー源物質、分子状酸素並びに当然のことながら使用される糸状菌宿主の出発接種材料を含む増殖培地中で行われる。
適切な微生物の増殖を確実にし、微生物変換プロセスで細胞による炭素及びエネルギー源の吸収を最大にし、発酵培地において最大細胞密度で最大細胞収率を達成するには、炭素及びエネルギー源、酸素、資化性窒素並びに微生物接種材料に加えて、好適な量の無機栄養素を適切な割合で供給する必要がある。
水性無機培地の組成は、当技術分野で公知のように、使用する微生物及び基質に部分的に依存して広範囲にわたって変動させることができる。無機培地には、窒素に加えて好適な量のリン、マグネシウム、カルシウム、カリウム、硫黄及びナトリウムが好適な可溶性の吸収可能なイオン形態及び複合形態で含まれ、また好ましくは銅、マンガン、モリブデン、亜鉛、鉄、ホウ素及びヨウ素等の特定の微量元素が、全て当技術分野で公知のように、この場合にも好適な可溶性の吸収可能な形態で存在しなければならない。
発酵反応は、微生物種が活発に増殖することを促進するのに効果的な好適な酸素分圧において、発酵槽の内容物を維持するために提供される必要な分子状酸素が、空気、酸素富化空気又はは実質的に純粋な分子状酸素などの分子状酸素を含有するガスによって供給される好気的プロセスである。
微生物は、資化性窒素源も必要とする。資化性窒素源は、任意の窒素含有化合物又は微生物による代謝利用に好適な形態で窒素を放出することができる任意の化合物であり得る。タンパク質加水分解物などの様々な有機窒素源化合物を使用することができるが、通常、アンモニア、水酸化アンモニウム、尿素などの安価な窒素含有化合物及びリン酸アンモニウム、硫酸アンモニウム、ピロリン酸アンモニウム、塩化アンモニウム又は他の様々なアンモニウム化合物などの各種アンモニウム塩を利用することができる。アンモニアガス自体は、大規模な操作に便利であり、好適な量で水性発酵物(発酵培地)をバブリングして使用することができる。同時に、そのようなアンモニアを使用してpH調節を補助することもできる。
水性微生物発酵物(発酵混合物)のpH範囲は、約2.0~8.0の例示的な範囲でなければならない。糸状菌の場合、pHは、通常、約2.5~8.0の範囲であり、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)の場合、pHは、通常、約3.0~7.0の範囲である。微生物の好ましいpH範囲は、使用する培地及び特定の微生物にある程度依存するものであり、従って当業者であれば容易に決定できるように、培地の変更によって幾分変化する。
炭素含有基質を制限因子として制御することができるような方法で発酵を行うことが好ましく、それにより炭素含有基質の細胞への良好な転換がもたらされ、相当量の未転換基質による細胞の汚染が回避される。未転換基質による細胞の汚染について、微量の残存物は、容易に洗い流せるため、水溶性基質で問題にならない。しかしながら、それは、非水溶性基質の場合に問題となる可能性があり、好適な洗浄工程などの追加の生成物処理工程が必要になる。
上記に記載したように、このレベルに到達するまでの時間は、重要ではなく、特定の微生物及び実施する発酵プロセスによって変動する可能性がある。しかしながら、発酵培地中の炭素源濃度を測定する方法及び所望の炭素源レベルが達成されているか否かを判断する方法は、当技術分野でよく知られている。
発酵は、バッチ操作又は連続操作として行うことができ、流加操作は、制御の容易さ、均一な量の生成物の生産及び全ての装置のうちで最も経済的に使用されるという点で非常に好ましい。
必要に応じて、水性無機培地を発酵槽に供給する前に、炭素及びエネルギー源物質の一部若しくは全て並びに/又はアンモニアなどの資化性窒素源の一部を水性無機培地に加えることができる。
反応器に導入される流れの各々は、所定の速度で制御するか、又は炭素及びエネルギー基質の濃度、pH、溶存酸素、発酵槽から発生する気体中の酸素若しくは二酸化炭素、乾燥細胞重量により測定可能な細胞密度、透光度等など、モニタリングによって測定可能な必要性に応じて制御することが好ましい。炭素及びエネルギー源の効率的な利用と整合した、可能な限り迅速な細胞増殖速度が得られ、基質の供給に対して可能な限り高い微生物細胞の収率が得られるように、各種材料の供給速度を変動させることができる。
バッチ操作又は好ましい流加操作では、全ての装置、反応器又は発酵手段、槽若しくは容器、配管、付随する循環装置若しくは冷却装置等を、最初に、通常、蒸気を使用して、例えば約121℃で少なくとも約15分間滅菌する。次いで、酸素を含む全ての必要な栄養素及び炭素含有基質の存在下において、選択された微生物の培養物を滅菌した反応器に接種する。使用する発酵槽の種類は、重要ではない。
発酵ブロスからのタンパク質の回収及び精製も、当業者に公知の手順によって行うことができる。発酵ブロスは、一般に、細胞残屑、例えば細胞、種々の懸濁した固体及び他のバイオマス混入物質並びに所望のセルラーゼ酵素産物を含み、これらは、当技術分野において公知の手段によって発酵ブロスから除去することが好ましい。
そのような除去に好適なプロセスとしては、無細胞濾液を生成するための、例えば遠心分離、濾過、透析、精密濾過、回転真空濾過又は他の公知のプロセスなどの従来の固液分離手法が挙げられる。結晶化前に、限外濾過、蒸発又は沈殿などの手法を使用して、発酵ブロス又は無細胞濾液を更に濃縮することが好ましい場合がある。
塩、例えば硫酸アンモニウムによって上清又は濾液のタンパク質成分の沈殿を行い、続いて各種クロマトグラフ手法、例えばイオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー又は類似の技術分野で認められている方法によって精製を行うことができる。
VIII.代表的な実施形態
本開示の非限定的な実施形態としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない。
本開示の非限定的な実施形態としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない。
1.天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子を含む親糸状菌株に由来する糸状菌の変異(又は改変)菌株であって、天然GEF1タンパク質をコードする遺伝子を破壊するか又は欠失させる遺伝子改変を含み、同じ条件下で培養されたとき、親菌株に対してタンパク質生産性が増強した表現型を含む変異(又は改変)菌株。
2.タンパク質生産性が増強された表現型は、増加したタンパク質生産性、増加した総タンパク質生産性、増加した容積生産性、増加した炭素変換効率及び増加した比生産性からなる群から選択される、実施形態1に記載の変異菌株。
3.糸状菌は、チャワンタケ亜門(Pezizomycotina)である、実施形態1に記載の変異菌株。
4.糸状菌は、トリコデルマ(Trichoderma)種株、アスペルギルス(Aspergillus)種株、フザリウム(Fusarium)種株、ペニシリウム(Penicillium)種株、カンジダ(Candida)種株、クリソスポリウム(Chrysosporium)種株、セファロスポリウム(Cephalosporium)種株、タラロマイセス(Talaromyces)種株、ニューロスポラ(Neurospora)種株及びミセリオフトラ(Myceliophthora)種株からなる群から選択される、実施形態1に記載の変異菌株。
5.変異菌株及び親菌株が同じ条件下で25℃において発酵されるとき、親菌株に対してタンパク質生産性が増加した表現型を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
6.変異菌株及び親菌株が同じ条件下で26℃において発酵されるとき、親菌株に対してタンパク質生産性が増加した表現型を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
7.変異菌株及び親菌株が同じ条件下で27℃において発酵されるとき、親菌株に対してタンパク質生産性が増加した表現型を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
8.変異菌株及び親菌株が同じ条件下で28℃において発酵されるとき、親菌株に対してタンパク質生産性が増加した表現型を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
9.内在性の目的タンパク質(POI)をコードする遺伝子を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
10.内在性POIは、リグノセルロース分解酵素である、実施形態9に記載の変異菌株。
11.異種目的タンパク質(POI)をコードする発現構築物を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
12.異種POIは、酵素、抗体又はその断片、受容体タンパク質及びペプチドから選択される、実施形態11に記載の変異菌株。
13.異種POIは、酸化還元酵素、トランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、リアーゼ、イソメラーゼ及びリガーゼからなる群から選択される酵素である、実施形態12に記載の変異菌株。
14.異種POIは、アセチルエステラーゼ、アミノペプチダーゼ、アミラーゼ、アラビナーゼ、アラビノフラノシダーゼ、炭酸脱水酵素、カルボキシペプチダーゼ、カタラーゼ、セルラーゼ、キチナーゼ、キモシン、クチナーゼ、デオキシリボヌクレアーゼ、エピメラーゼ、エステラーゼ、α-ガラクトシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、α-グルカナーゼ、グルカンリアーゼ、エンド-β-グルカナーゼ、グルコアミラーゼ、グルコースオキシダーゼ、α-グルコシダーゼ、β-グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グリコシルヒドロラーゼ、ヘミセルラーゼ、ヘキソースオキシダーゼ、ヒドロラーゼ、インベルターゼ、イソメラーゼ、ラッカーゼ、リガーゼ、リパーゼ、リアーゼ、マンナナーゼ、マンノシダーゼ、オキシダーゼ、酸化還元酵素、ペクチン酸リアーゼ、ペクチンアセチルエステラーゼ、ペクチンデポリメラーゼ、ペクチンメチルエステラーゼ、ペクチン分解酵素、ペルヒドロラーゼ、ポリオール酸化酵素、ペルオキシダーゼ、フェノールオキシダーゼ、フィターゼ、ポリガラクツロナーゼ、プロテアーゼ、ペプチダーゼ、ラムノガラクツロナーゼ、リボヌクレアーゼ、トランスフェラーゼ、輸送タンパク質、トランスグルタミナーゼ、キシラナーゼ及びヘキソースオキシダーゼからなる群から選択される酵素である、実施形態12に記載の変異菌株。
15.実施形態1に記載の変異菌株から産生される目的タンパク質。
16.コードされているGEF1タンパク質は、配列番号2と少なくとも70%の配列同一性を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
17.コードされているGEF1タンパク質は、配列番号5のGEF1ドメインと少なくとも90%の配列同一性を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
18.GEF1タンパク質をコードする遺伝子は、配列番号1のGEF1ポリヌクレオチド配列と少なくとも70%の配列同一性を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
19.GEF1タンパク質をコードする遺伝子は、配列番号3のオープンリーディングフレーム(ORF)配列と少なくとも70%の配列同一性を含む、実施形態1に記載の変異菌株。
20.GEF1タンパク質をコードする遺伝子は、中程度~ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号1のGEF1遺伝子又は配列番号3のGEF1のORFとハイブリダイズする、実施形態1に記載の変異菌株。
21.遺伝子改変は、GEF1のN末端の少なくとも最初の20個のアミノ酸残基を切断するか、又はGEF1のC末端の少なくとも最後の20個のアミノ酸残基を切断する、実施形態1に記載の変異菌株。
22.遺伝子改変は、GEF1のN末端の少なくとも最初の200個のアミノ酸残基を切断するか、又はGEF1のC末端の少なくとも最後の200個のアミノ酸残基を切断する、実施形態1に記載の変異菌株。
23.遺伝子改変は、GEF1のN末端の少なくとも最初の500個のアミノ酸残基を切断するか、又はGEF1のC末端の少なくとも最後の500個のアミノ酸残基を切断する、実施形態1に記載の変異菌株。
24.遺伝子改変は、GEF1のC末端の少なくとも700~750個のアミノ酸残基を切断する、実施形態1に記載の変異菌株。
25.GEF1タンパク質をコードする遺伝子が欠失されている、実施形態1に記載の変異菌株。
26.改変糸状菌株において増加した量の内在性の目的タンパク質(POI)を産生するための方法であって、(a)天然GEF1遺伝子を破壊するか又は欠失させることによって糸状菌株を遺伝子改変することと、(b)POIの産生のために好適な条件下で改変菌株を発酵することであって、改変菌株は、同じ条件下で25℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、発酵することとを含む方法。
27.糸状菌は、チャワンタケ亜門(Pezizomycotina)である、実施形態26に記載の方法。
28.糸状菌は、トリコデルマ(Trichoderma)種株、アスペルギルス(Aspergillus)種株、フザリウム(Fusarium)種株、ペニシリウム(Penicillium)種株、カンジダ(Candida)種株、クリソスポリウム(Chrysosporium)種株、セファロスポリウム(Cephalosporium)種株、タラロマイセス(Talaromyces)種株、ニューロスポラ(Neurospora)種株及びミセリオフトラ(Myceliophthora)種株からなる群から選択される、実施形態26に記載の方法。
29.改変菌株は、同じ条件下で26℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、実施形態26に記載の方法。
30.改変菌株は、同じ条件下で27℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、実施形態26に記載の方法。
31.改変菌株は、同じ条件下で28℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、実施形態26に記載の方法。
32.内在性POIは、リグノセルロース分解酵素である、実施形態26に記載の方法。
33.改変菌株は、異種POIをコードする発現構築物を更に含む、実施形態26に記載の方法。
34.コードされているGEF1タンパク質は、配列番号2と少なくとも70%の配列同一性を含む、実施形態26に記載の方法。
35.コードされているGEF1タンパク質は、配列番号5のGEF1タンパク質と少なくとも90%の配列同一性を含む、実施形態26に記載の方法。
36.GEF1タンパク質をコードする遺伝子は、配列番号1のGEF1ポリヌクレオチド配列と少なくとも70%の配列同一性を含む、実施形態26に記載の方法。
37.GEF1タンパク質をコードする遺伝子は、配列番号3のオープンリーディングフレーム(ORF)配列と少なくとも70%の配列同一性を含む、実施形態26に記載の方法。
38.GEF1タンパク質をコードする遺伝子は、中程度~ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号1のGEF1遺伝子又は配列番号3のGEF1のORFとハイブリダイズする、実施形態26に記載の方法。
39.遺伝子改変は、GEF1のN末端の少なくとも最初の20個のアミノ酸残基を切断するか、又はGEF1のC末端の少なくとも最後の20個のアミノ酸残基を切断する、実施形態26に記載の方法。
40.遺伝子改変は、GEF1のN末端の少なくとも最初の200個のアミノ酸残基を切断するか、又はGEF1のC末端の少なくとも最後の200個のアミノ酸残基を切断する、実施形態26に記載の方法。
41.遺伝子改変は、GEF1のN末端の少なくとも最初の500個のアミノ酸残基を切断するか、又はGEF1のC末端の少なくとも最後の500個のアミノ酸残基を切断する、実施形態26に記載の方法。
42.遺伝子改変は、GEF1のC末端の少なくとも700~750個のアミノ酸残基を切断する、実施形態26に記載の方法。
43.GEF1タンパク質をコードする遺伝子が欠失されている、実施形態26に記載の方法。
44.改変糸状菌株において増加した量の異種目的タンパク質(POI)を産生するための方法であって、(a)天然GEF1遺伝子を破壊するか又は欠失させることにより、且つ異種POIをコードする発現カセットを導入することにより、糸状菌株を遺伝子改変することと、(b)異種POIの産生のために好適な条件下で改変菌株を発酵することであって、改変菌株は、同じ条件下で25℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、発酵することとを含む方法。
45.糸状菌は、チャワンタケ亜門(Pezizomycotina)である、実施形態44に記載の方法。
46.糸状菌は、トリコデルマ(Trichoderma)種株、アスペルギルス(Aspergillus)種株、フザリウム(Fusarium)種株、ペニシリウム(Penicillium)種株、カンジダ(Candida)種株、クリソスポリウム(Chrysosporium)種株、セファロスポリウム(Cephalosporium)種株、タラロマイセス(Talaromyces)種株、ニューロスポラ(Neurospora)種株及びミセリオフトラ(Myceliophthora)種株からなる群から選択される、実施形態44に記載の方法。
47.改変菌株は、同じ条件下で26℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、実施形態44に記載の方法。
48.改変菌株は、同じ条件下で27℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、実施形態44に記載の方法。
49.改変菌株は、同じ条件下で28℃において培養されたとき、親菌株に対して増加した量のPOIを産生する、実施形態44に記載の方法。
50.異種POIは、酵素、抗体又はその断片、受容体タンパク質及びペプチドから選択される、実施形態44に記載の方法。
51.異種POIは、酸化還元酵素、トランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、リアーゼ、イソメラーゼ及びリガーゼからなる群から選択される酵素である、実施形態44に記載の方法。
52.異種POIは、アセチルエステラーゼ、アミノペプチダーゼ、アミラーゼ、アラビナーゼ、アラビノフラノシダーゼ、炭酸脱水酵素、カルボキシペプチダーゼ、カタラーゼ、セルラーゼ、キチナーゼ、キモシン、クチナーゼ、デオキシリボヌクレアーゼ、エピメラーゼ、エステラーゼ、α-ガラクトシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、α-グルカナーゼ、グルカンリアーゼ、エンド-β-グルカナーゼ、グルコアミラーゼ、グルコースオキシダーゼ、α-グルコシダーゼ、β-グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グリコシルヒドロラーゼ、ヘミセルラーゼ、ヘキソースオキシダーゼ、ヒドロラーゼ、インベルターゼ、イソメラーゼ、ラッカーゼ、リガーゼ、リパーゼ、リアーゼ、マンナナーゼ、マンノシダーゼ、オキシダーゼ、酸化還元酵素、ペクチン酸リアーゼ、ペクチンアセチルエステラーゼ、ペクチンデポリメラーゼ、ペクチンメチルエステラーゼ、ペクチン分解酵素、ペルヒドロラーゼ、ポリオール酸化酵素、ペルオキシダーゼ、フェノールオキシダーゼ、フィターゼ、ポリガラクツロナーゼ、プロテアーゼ、ペプチダーゼ、ラムノガラクツロナーゼ、リボヌクレアーゼ、トランスフェラーゼ、輸送タンパク質、トランスグルタミナーゼ、キシラナーゼ及びヘキソースオキシダーゼからなる群から選択される酵素である、実施形態44に記載の方法。
53.実施形態26又は実施形態44に記載の方法によって産生される目的タンパク質。
54.酵母発酵プロセスにおいて増加した量のエタノールを産生するための方法であって、(a)天然GEF1遺伝子を欠失させるか又は破壊することによって酵母菌株を遺伝子改変することと、(b)エタノールの産生のために好適な条件下で改変菌株を発酵することであって、改変菌株は、同じ条件下で培養されたとき、発酵終了(EOF)時に親菌株によって産生されるエタノールの量に対して、EOF時に増加した量のエタノールを産生する、発酵することとを含む方法。
55.GEF1タンパク質相同体をコードする遺伝子を含む親菌株に由来する変異酵母菌株であって、GEF1タンパク質相同体をコードする遺伝子を欠失させるか又は破壊する遺伝子改変を含み、同じ条件下で培養されたとき、親菌株に対してエタノール生産性が増加した表現型を含む変異酵母菌株。
本開示の特定の態様は、以下の実施例に照らして更に理解することができ、これらは、限定するものと解釈すべきでない。材料及び方法に対する変更形態は、当業者に明白であろう。
実施例1
高い培養温度でタンパク質生産性が増強された表現型を含む変異トリコデルマ属(Trichoderma)菌株の同定
トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)の全セルラーゼ(T4)菌株を選択的条件下で連続的に増殖させ、比生産性に悪影響を及ぼすことなく高温でタンパク質を産生することが可能な変異菌株を単離した。25℃の親T.リーゼイ(T.reesei)T4菌株に対して、28℃で同様の比生産性(Qp)を有する、「T4-E1」という名称の変異T.リーゼイ(T.reesei)菌株を同定して単離した。例えば、T4親菌株をBIRD寒天上で胞子を形成させ、この寒天平板から1×107胞子/mLを回収し、水中に懸濁して、室温で2時間、0.15mg/mlの1-メチル-3-ニトロ-1-ニトロソグアニジン(Sigma 112,994-1)で1%の胞子のみが生存可能に残存するまで処理した。微結晶セルロース(EMCOCEL、JRS Pharma、Rosenburg、Germany)、カルボキシメチルセルロース(CMC;Sigma-Aldrich C5678、St.Louis、MO)又は酸性膨潤セルロース(例えば、その調製については、Wood,1988を参照されたい)の何れかを単一炭素源として0.5%含有する発生培地に胞子を接種した。1リットル当たり硫酸アンモニウム(4g)、一塩基性リン酸ナトリウム(4.5g)、硫酸マグネシウム七水和物(1g)、塩化カルシウム二水和物(1g)及び2.5mlの400倍の微量元素溶液でもあった。
高い培養温度でタンパク質生産性が増強された表現型を含む変異トリコデルマ属(Trichoderma)菌株の同定
トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)の全セルラーゼ(T4)菌株を選択的条件下で連続的に増殖させ、比生産性に悪影響を及ぼすことなく高温でタンパク質を産生することが可能な変異菌株を単離した。25℃の親T.リーゼイ(T.reesei)T4菌株に対して、28℃で同様の比生産性(Qp)を有する、「T4-E1」という名称の変異T.リーゼイ(T.reesei)菌株を同定して単離した。例えば、T4親菌株をBIRD寒天上で胞子を形成させ、この寒天平板から1×107胞子/mLを回収し、水中に懸濁して、室温で2時間、0.15mg/mlの1-メチル-3-ニトロ-1-ニトロソグアニジン(Sigma 112,994-1)で1%の胞子のみが生存可能に残存するまで処理した。微結晶セルロース(EMCOCEL、JRS Pharma、Rosenburg、Germany)、カルボキシメチルセルロース(CMC;Sigma-Aldrich C5678、St.Louis、MO)又は酸性膨潤セルロース(例えば、その調製については、Wood,1988を参照されたい)の何れかを単一炭素源として0.5%含有する発生培地に胞子を接種した。1リットル当たり硫酸アンモニウム(4g)、一塩基性リン酸ナトリウム(4.5g)、硫酸マグネシウム七水和物(1g)、塩化カルシウム二水和物(1g)及び2.5mlの400倍の微量元素溶液でもあった。
より具体的には、第1の方法において、単一炭素源としてAvicel(登録商標)を含む、上記に記載した発生培地を含有する250mlの底がへこんだフラスコに約100万個の化学的に変異させた胞子を接種した。このフラスコを31℃で5日間、180rpmでインキュベートした。この時点で第2の同一のフラスコに10%体積/体積の移し変えを行い、これを同様の方法でインキュベートした。11の継代(P)にわたり、以下の通りに連続的な移し変えを継続した:P1=5日、P2=5日、P3=4日、P4=4日、P5=4日、P6=4日、P7=4日、P8=4日、P9=3日、P10=3日及びP11=2日。P11の振盪フラスコからのP11のブロスを4,000rpmで10分間遠心分離した。上澄を捨てて細胞を水中に懸濁し、BIRD培地に蒔いた。
個々のコロニー形成単位について、徐放性ラクトースマイクロタイタープレート(srMTP;例えば、PCT国際公開第2014/047520号パンフレットを参照されたい)内で4日間、31℃で200rpm及び湿度80%でインキュベートした後、総タンパク質BCA(製品番号23228、Thermo Scientific、Rockford、IL)を評価した。これにより、親菌株によって25℃で産生された総タンパク質の量に対して31℃で等量の総タンパク質を産生する変異菌株を、発酵槽内において高温でタンパク質を産生するかどうかについて更に評価した。
第2の方法では、T.リーゼイ(T.reesei)T4親菌株の変異胞子を、Bachmann et al.(2013)に記載されている方法を用いて水及び油のエマルジョン液滴中に封入した。液滴は、微結晶セルロース(EMCOCEL、JRS Pharma、Rosenburg、Germany)、カルボキシメチルセルロース(Sigma-Aldrich C5678、St.Louis、MO)又は酸性膨潤セルロース(Wood,1988)の何れかを単一炭素源として0.5%を含む発生培地を含有するものであった。1リットル当たり硫酸アンモニウム(4g)、一塩基性リン酸ナトリウム(4.5g)、硫酸マグネシウム七水和物(1g)、塩化カルシウム二水和物(1g)及び2.5mlの400倍の微量元素溶液でもあった。チューブ内で液滴を31℃で3日間インキュベートし、そのとき、Bachmann et al.(2013)に記載されている方法を用いて水及び油のエマルジョン液滴中に封入した。細胞を回収して寒天平板上に胞子を形成させ、再度封入して31℃で3日間インキュベートした。このプロセスを10回繰り返した。最後の移し変え後、細胞を水中に懸濁してBIRD培地に蒔いた。個々のコロニー形成単位について、srMTPラクトースプレート(PCT国際公開第2014/047520号パンフレット)内で4日間、31℃で200rpm及び湿度80%でインキュベートした後、総BCAタンパク質(製品番号23228、Thermo Scientific、Rockford、IL)を評価した。親菌株によって25℃で産生された総タンパク質の量に対して、31℃で等量の総タンパク質を産生する変異菌株を、発酵槽内において高温でタンパク質を産生するかどうかについて更に評価した。これにより、上記で概説し、下記に示すように、親T4菌株のタンパク質が25℃で最適に産生されることと比較して(対比して)、28℃で最適にタンパク質を産生することができる高温の変異体として、「T4-E1」という名称の変異T.リーゼイ(T.reesei)(T4)菌株を同定した。
実施例2
変異したGEF1遺伝子を含む変異トリコデルマ属(Trichoderma)菌株の特性決定
実施例1において上述したトリコデルマ属(Trichoderma)変異(突然変異)菌株内で変異した遺伝子は、野生型T.リーゼイ(T.reesei)QM6aのv2.0ゲノム配列アセンブリにおいて足場位置3:1532639-1538781に存在し、このゲノム配列アセンブリは、Joint Genomes Institute(JGI)のウェブサイトで利用可能である(genome.jgi.doe.gov)。例えば、推定アミノ酸配列(PID:120482;配列番号2)には、Rho/Rac/Cdc42様グアニンヌクレオチド交換因子ドメイン(GEF1ドメイン;Pfam PF00621、Dbl相同ドメイン又はDHドメインとも呼ばれている)と配列相同性の領域(例えば、配列番号4)が含まれている。この相同領域は、推定アミノ酸配列(即ちPID:120482;配列番号2)内のアミノ酸残基1,242~1,454位に存在する。RhoファミリーのGTPアーゼは、多くの異なる細胞内プロセスを調節しており、そのようなGTPアーゼは、結合したGDPを放出し、その後、GTPと結合することによって活性化するが、これは、GEF1ファミリーのグアニン交換因子によって触媒される。変異T4-E1菌株における変異によってグルタミン酸コドン(Glu(E);アミノ酸1,245位)が未成熟終止コドンと置き換わり、それによりGEF1ドメインの先頭の近傍にあるタンパク質が切断される(例えば、図3A~図3Cを参照されたい)。
変異したGEF1遺伝子を含む変異トリコデルマ属(Trichoderma)菌株の特性決定
実施例1において上述したトリコデルマ属(Trichoderma)変異(突然変異)菌株内で変異した遺伝子は、野生型T.リーゼイ(T.reesei)QM6aのv2.0ゲノム配列アセンブリにおいて足場位置3:1532639-1538781に存在し、このゲノム配列アセンブリは、Joint Genomes Institute(JGI)のウェブサイトで利用可能である(genome.jgi.doe.gov)。例えば、推定アミノ酸配列(PID:120482;配列番号2)には、Rho/Rac/Cdc42様グアニンヌクレオチド交換因子ドメイン(GEF1ドメイン;Pfam PF00621、Dbl相同ドメイン又はDHドメインとも呼ばれている)と配列相同性の領域(例えば、配列番号4)が含まれている。この相同領域は、推定アミノ酸配列(即ちPID:120482;配列番号2)内のアミノ酸残基1,242~1,454位に存在する。RhoファミリーのGTPアーゼは、多くの異なる細胞内プロセスを調節しており、そのようなGTPアーゼは、結合したGDPを放出し、その後、GTPと結合することによって活性化するが、これは、GEF1ファミリーのグアニン交換因子によって触媒される。変異T4-E1菌株における変異によってグルタミン酸コドン(Glu(E);アミノ酸1,245位)が未成熟終止コドンと置き換わり、それによりGEF1ドメインの先頭の近傍にあるタンパク質が切断される(例えば、図3A~図3Cを参照されたい)。
同様に、推定アミノ酸配列(PID:120482;配列番号2)は、配列番号2の残基1,576~1,677位にBAR又はAH/BARドメイン(例えば、配列番号5;Pfam PF03114)との相同性も含む。AH/BARドメインは、様々なタンパク質に見られるものである。AH/BARドメインは、場合により膜と相互作用し、二量体化するか、又はゴルジ複合体に出芽する小胞に関与する小型GTPアーゼであるARF1を含むArf及びRhoファミリーのGTPアーゼと結合することが分かっている。AH/BARドメイン(配列番号5)は、他の4つのT.リーゼイ(T.reesei)のGEF1ドメインタンパク質では観察されていない。
いくつかの他のGEF1ドメインタンパク質と異なり、配列番号2(PID:120482)には、プレクストリン相同ドメイン(PHドメイン、Pfam PF00169)が見られない。PHドメインは、膜にあるホスファチジルイノシトールとヘテロ三量体Gタンパク質のβ/γサブユニット又はプロテインキナーゼCとを結合させることができることにより、シグナル伝達経路と関連するものである。GEF1ドメインを含有するT.リーゼイ(T.reesei)のQM6aゲノムに見出された推定タンパク質配列が他に4つ存在し、その2つがPHドメインも含有している。
加えて、推定アミノ酸配列(PID:120482;配列番号2)には、フザリウム・フジクロイ(Fusarium fujikuroi)、フザリウム・グラミネアラム(Fusarium graminearum)、チエラビア・テレストリス(Thielavia terrestris)、ポドスポラ・アンセリナ(Podospora anserina)、ペニシリウム・ルーベンス(Penicillium rubens)及びアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)を含む一部の他の糸状菌のGEF1ドメインタンパク質によって高度に保存されている、配列番号2の残基1,918~1,990位のC末端配列(例えば、配列番号6)が含まれている。しかしながら、このC末端配列ドメイン(配列番号6)は、T.リーゼイ(T.reesei)ゲノムにおいて同定された他の4つのGEF1ドメインタンパク質に存在しいない。
実施例3
pyr2遺伝子を挿入することによるトリコデルマ属(Trichoderma)菌株のGEF1遺伝子の不活性化
配列番号2(PID:120482)のGEF1タンパク質をコードするGEF1遺伝子(JGI T.リーゼイ(T.reesei)v2.0足場3:1532639-1538781)の不活性化を、Cas9をベースとした方法を使用してT.リーゼイ(T.reesei)菌株に行った。より具体的には、精製Cas9タンパク質及び改変EZ tracrRNAをSynthego Corporation(Redwood City、CA)から購入し、T.リーゼイ(T.reesei)GEF1遺伝子内の標的部位(TS3)に特異的な以下の配列(TS3;配列番号7)を5’末端に含む改変crRNAをSynthegoにより合成した。
TS3:CAUUCAUCCAAGAAUCCGAG(配列番号7)
pyr2遺伝子を挿入することによるトリコデルマ属(Trichoderma)菌株のGEF1遺伝子の不活性化
配列番号2(PID:120482)のGEF1タンパク質をコードするGEF1遺伝子(JGI T.リーゼイ(T.reesei)v2.0足場3:1532639-1538781)の不活性化を、Cas9をベースとした方法を使用してT.リーゼイ(T.reesei)菌株に行った。より具体的には、精製Cas9タンパク質及び改変EZ tracrRNAをSynthego Corporation(Redwood City、CA)から購入し、T.リーゼイ(T.reesei)GEF1遺伝子内の標的部位(TS3)に特異的な以下の配列(TS3;配列番号7)を5’末端に含む改変crRNAをSynthegoにより合成した。
TS3:CAUUCAUCCAAGAAUCCGAG(配列番号7)
上記のRNA配列(配列番号7)によって決定されるGEF1遺伝子のCas9標的部位(TS)は、コード配列のヌクレオチド3,659~3,678位に存在し、T4-E1変異菌株(実施例2)で観察されるヌクレオチド3,733位における変異に近接している。製造業者の指示に従い、tracrRNA及びcrRNAをアニーリングしてガイドRNA(gRNA)を形成し、次いでCas9-2NLSと組み合わせ、リボ核タンパク質複合体(Cas9:RNP)を形成した。使用前に、Cas9:RNPを、ThermoFisher Scientific,Inc.(Waltham、MA)から購入したリポフェクタミンCRISPR-MAXと混合した。
天然プロモーター配列及びターミネーター配列を含むT.リーゼイ(T.reesei)pyr2遺伝子を含有し、492bpのT.リーゼイ(T.reesei)反復配列(配列番号18)に隣接する直鎖DNA断片を、プライマーAL950(配列番号8)及びAL952(配列番号9)プライマーを用いてPCRで増幅した。Qiagen QIAquick PCR精製キットを使用して、得られたPCR産物を精製した。
AL950:CCTAACTAACGTCTGACATCG(配列番号8)
AL952:CGTACCATTTGACTGATACGATG(配列番号9)
AL950:CCTAACTAACGTCTGACATCG(配列番号8)
AL952:CGTACCATTTGACTGATACGATG(配列番号9)
T.リーゼイ(T.reesei)親菌株のプロトプラストをpyr2のPCR産物に加えてCas9:RNPで形質転換した。形質転換体をウリジン栄養要求性により選択した。GEF1のCas9にわたって増幅する順方向プライマー及び逆方向プライマー対のRhoF1(配列番号10)及びRhoR1(配列番号11)を用いたPCRにより、形質転換体においてpyr2がGEF1遺伝子に所望の通りに挿入されたかをスクリーニングした。
RhoF1:GAGCTAGACACGGGCGAAG(配列番号10)
RhoR1:AGGAACCCTTCGTGAGCAAG(配列番号11)
RhoF1:GAGCTAGACACGGGCGAAG(配列番号10)
RhoR1:AGGAACCCTTCGTGAGCAAG(配列番号11)
pyr2を挿入することにより、PCR産物のサイズが755bpから約2.8kbに増加した。「ΔRho #22D」という名称の形質転換体由来の2.8kbのPCR産物のDNA配列を、RhoF1及びRhoR1プライマーを用いてサンガーシーケンシングによって決定し、Cas9切断部位におけるpyr2の挿入と、GEF1コード配列の破壊とを確認した。
表1に示すように、ΔRho #22D形質転換体の発酵能力を、親T4菌株と、実施例1に記載されるT4-E1菌株という名称の変異体とで比較した。例えば、25℃における対照菌株T4の最終的な比生産性(Qp)率に対する、28℃におけるT4、T4-E1及びT4-ΔRho#22D菌株の最終的なQp率を百分率(%)で表1に示す。
実施例4
異種セルラーゼ発現構築物を含むトリコデルマ属(Trichoderma)菌株の部分的欠失によるGEF1遺伝子の不活性化
本実施例に記載されるように、「T4-DXST」という名称のトリコデルマ属(Trichoderma)菌株は、親T.リーゼイ(T.reesei)T4菌株に由来/構築されたものであり、ここで、CBHI、CBHII、EGI及びEGIIタンパク質をコードする天然セルラーゼ遺伝子は、欠失又は破壊によって(即ち当業者に公知の慣用的な分子生物学的手法を用いて)不活性化され、高効率のcbhIプロモーターの制御下に置かれたスタフィロトリカム・ココスポラム(Staphylotrichum coccosporum)エンドグルカナーゼ1(STCE1)をコードする遺伝子のコピーで形質転換されている。
異種セルラーゼ発現構築物を含むトリコデルマ属(Trichoderma)菌株の部分的欠失によるGEF1遺伝子の不活性化
本実施例に記載されるように、「T4-DXST」という名称のトリコデルマ属(Trichoderma)菌株は、親T.リーゼイ(T.reesei)T4菌株に由来/構築されたものであり、ここで、CBHI、CBHII、EGI及びEGIIタンパク質をコードする天然セルラーゼ遺伝子は、欠失又は破壊によって(即ち当業者に公知の慣用的な分子生物学的手法を用いて)不活性化され、高効率のcbhIプロモーターの制御下に置かれたスタフィロトリカム・ココスポラム(Staphylotrichum coccosporum)エンドグルカナーゼ1(STCE1)をコードする遺伝子のコピーで形質転換されている。
外来的に加えられたプラスミドDNAによるT.リーゼイ(T.reesei)の形質転換方法は、公開されている(Penttila et al.,1986;Gruber et al.,1990;Smith et al.,1991)。プラスミドDNAを宿主の染色体に組み込むことによって安定的な形質転換体が生じる。組み込みは、プラスミドDNAの領域と相同性を有するゲノム内の部位で生じさせることができるか、又は非相同部位で生じさせることができる。
Cas9をベースとした方法を用いて、導入されたSTCE1セルラーゼ構築物のコピーを含む親T.リーゼイ(T.reesei)菌株で、GEF1をコードする遺伝子の不活性化(例えば、米国特許第7,595,182号明細書を参照されたい)を行った。より具体的には、精製Cas9-2NLSタンパク質及び改変EZ tracrRNAをSynthego Corporation(Redwood City、CA)から購入した。T.リーゼイ(T.reesei)GEF1遺伝子内の標的部位3及び4(TS3/TS4)に特異的な以下のRNA配列を5’末端に含む改変crRNAをSynthegoにより合成した。
TS3:CAUUCAUCCAAGAAUCCGAG(配列番号7)
TS4:AUUGUGGAGGAAAUCUACAA(配列番号12)
TS3:CAUUCAUCCAAGAAUCCGAG(配列番号7)
TS4:AUUGUGGAGGAAAUCUACAA(配列番号12)
上記のRNA配列によって決定されるGEF1遺伝子内のCas9標的部位(TS3/TS4)は、コード配列のヌクレオチド3,659~3,678位及び3,775~3794位に存在し、T4-E1変異菌株で観察されるヌクレオチド3,733位における変異に近接している。製造業者の指示に従い、tracrRNA及びcrRNAをアニーリングしてガイドRNA(gRNA)を形成し、次いでCas9-2NLSと組み合わせ、リボ核タンパク質複合体(Cas9:RNP)を形成した。使用前に、Cas9:RNPを、ThermoFisher Scientific,Inc.(Waltham、MA)から購入したリポフェクタミンCRISPR-MAXと混合した。
ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)cpc1プロモーター(配列番号14)及びアスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)trpCターミネーター(配列番号15)に作動可能に連結された、細菌性ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子(配列番号13)を含有する直鎖DNA断片を、プライマーHygF1(配列番号16)及びHygR1(配列番号17)を用いてPCRで増幅した。
HygF1:TGGCTTTCCGTCTCCATTG(配列番号16)
HygR1:AGTGTACCTGTGCATTCTGGG(配列番号17)
HygF1:TGGCTTTCCGTCTCCATTG(配列番号16)
HygR1:AGTGTACCTGTGCATTCTGGG(配列番号17)
T.リーゼイ(T.reesei)親菌株のプロトプラストを、直鎖DNA断片と、Cas9:RNPの両方の混合物(何れもcrRNAを含む)とで形質転換した。形質転換体を適切な寒天培地上でハイグロマイシン耐性により選択した。ただし、選択寒天平板から、より小さく、ゆっくりと増殖する形質転換コロニーを選択し、非選択培地を含む寒天平板に移した。非選択培地上で増殖させた後に形質転換体を選択し、培地にハイグロマイシンを滴下した。ハイグロマイシンの存在下で増殖しなかった形質転換体が、更なる試験のために選択された。これらの形質転換体は、一過性のハイグロマイシン耐性を示し、その後、ハイグロマイシン耐性DNAマーカー断片をT.リーゼイ(T.reesei)ゲノムに組み込まれることなく消失したものと推定された。RhoF1(配列番号10)及びRhoR1(配列番号11)プライマーによるPCRを用いて、ハイグロマイシンに感受性のある形質転換体をスクリーニングした。
Cas9標的部位TS3及びTS4間に欠失が生じた場合に予期されるような、約630bpのPCR産物をもたらす形質転換体を同定した。野生型細胞におけるこのPCR産物のサイズは、756bpである。プライマーRhoF1(配列番号10)及びRhoR1(配列番号11)を用いて、PCR産物を両端から配列決定した。形質転換体#89(t-AWC88)は、TS3及びTS4間に挿入がない状態で125bp(即ちコード配列のヌクレオチド3,668~3,791位)の欠失を有していた。続いて、トリコデルマ属(Trichoderma)形質転換体#89(t-AWC88)を発酵させ、表2に示すように、25℃及び28℃におけるSTCE/DXSTタンパク質産生について親菌株(t-AVT84)と比較した(対比した)。
より具体的には、上記の表2に示すように、T4-DXST娘菌株(t-AWC88)は、親菌株(t-AVT84)に対して少なくとも2~3℃高い最適なタンパク質産生温度を有している。
参考文献
PCT出願番号PCT/米国特許出願公開第2019/27590号明細書
PCT国際公開第2011/153449号パンフレット
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PCT国際公開第2012/145584号パンフレット
PCT国際公開第2012/145595号パンフレット
PCT国際公開第2016/100272号パンフレット
PCT国際公開第2016/100562号パンフレット
PCT国際公開第2016/100568号パンフレット
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米国特許第6,255,115号明細書
米国特許第6,268,328号明細書
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Claims (19)
- GEF1タンパク質をコードする遺伝子を含む親細胞に由来する変異糸状菌細胞であって、前記GEF1タンパク質をコードする前記遺伝子を破壊するか又は欠失させる遺伝子改変を含み、同じ条件下で発酵されたとき、前記親細胞に対してタンパク質生産性が増強された表現型を含む変異糸状菌細胞。
- 前記タンパク質生産性が増強された表現型は、増加したタンパク質生産性、増加した総タンパク質生産性、増加した容積生産性、増加した炭素変換効率及び増加した比生産性からなる群から選択される、請求項1に記載の変異細胞。
- 前記変異細胞及び前記親細胞が同じ条件下で26℃において発酵されるとき、前記親細胞に対してタンパク質生産性が増加した表現型を含む、請求項1に記載の変異細胞。
- 内在性の目的タンパク質(POI)をコードする遺伝子を含み、且つ/又は異種POIをコードする発現カセットを含む、請求項1に記載の変異細胞。
- 前記内在性POIは、リグノセルロース分解酵素である、請求項4に記載の変異細胞。
- 前記リグノセルロース分解酵素は、セロビオヒドロラーゼ、キシラナーゼ、エンドグルカナーゼ及びβ-グルコシダーゼからなる群から選択される、請求項5に記載の変異細胞。
- 前記発現カセットは、酵素、抗体、受容体及びペプチドから選択される異種POIをコードする、請求項4に記載の変異細胞。
- 前記酵素は、酸化還元酵素、トランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、リアーゼ、イソメラーゼ及びリガーゼからなる群から選択される、請求項7に記載の変異細胞。
- 請求項1に記載の変異細胞によって産生される目的タンパク質。
- 改変糸状菌細胞において増加した量の内在性の目的タンパク質(POI)を産生するための方法であって、
(a)天然GEF1遺伝子を破壊するか又は欠失させることによって親糸状菌細胞を遺伝子改変することと、
(b)前記POIの前記産生のために好適な条件下で前記改変細胞を発酵させることであって、前記改変細胞は、同じ条件下で25℃において発酵されたとき、前記親菌株に対して増加した量の前記POIを産生する、発酵させることと
を含む方法。 - 前記内在性POIは、リグノセルロース分解酵素である、請求項10に記載の方法。
- 前記リグノセルロース分解酵素は、セロビオヒドロラーゼ、キシラナーゼ、エンドグルカナーゼ及びβ-グルコシダーゼからなる群から選択される、請求項11に記載の方法。
- 前記改変菌株は、異種POIをコードする発現構築物を更に含む、請求項10に記載の方法。
- 改変糸状菌細胞において増加した量の内在性の目的タンパク質(POI)を産生するための方法であって、
(a)天然GEF1遺伝子を破壊するか又は欠失させることにより、且つ異種POIをコードする発現カセットを導入することにより、糸状菌細胞を遺伝子改変することと、
(b)前記異種POIの前記産生のために好適な条件下で前記改変細胞を発酵させることであって、前記改変細胞は、同じ条件下で25℃において発酵されたとき、親菌株に対して増加した量の前記POIを産生する、発酵させることと
を含む方法。 - 前記異種POIは、酵素、抗体又はその断片、受容体タンパク質及びペプチドから選択される、請求項14に記載の方法。
- 前記異種POIは、酸化還元酵素、トランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、リアーゼ、イソメラーゼ及びリガーゼからなる群から選択される酵素である、請求項14に記載の方法。
- 請求項10又は14に記載の方法によって産生される目的タンパク質。
- 酵母発酵プロセスにおいて増加した量のエタノールを産生するための方法であって、
(a)天然GEF1遺伝子を欠失させるか又は破壊することによって酵母菌株を遺伝子改変することと、
(b)前記エタノールの産生のために好適な条件下で前記改変菌株を発酵させることであって、前記改変菌株は、同じ条件下で発酵されたとき、発酵終了(EOF)時に親菌株によって産生されるエタノールの量に対して、EOF時に増加した量のエタノールを産生する、発酵させることと
を含む方法。 - GEF1タンパク質相同体をコードする遺伝子を含む親菌株に由来する変異酵母菌株であって、前記GEF1タンパク質相同体をコードする前記遺伝子を欠失させるか又は破壊する遺伝子改変を含み、同じ条件下で発酵されたとき、前記親菌株に対してエタノール生産性が増加した表現型を含む変異酵母菌株。
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