JP2022543583A - 固形腫瘍の治療方法 - Google Patents

Abstract

固形癌性腫瘍は、抗原提示細胞薬剤、Ｔ細胞活性化ネオアンチゲンワクチン、及び免疫抑制インヒビターの投与により治療される。本発明の別の局面は、抗原提示細胞薬剤；Ｔ細胞活性化ワクチン；及び、免疫抑制インヒビターを投与することにより、対象における固形癌性腫瘍（ＳＣＴ）を治療する方法である。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年７月３０日に出願された米国特許仮出願第６２／８８０，６１４号、２０１９年８月１日に出願された米国特許仮出願第６２／８８１，８８７号、２０１９年８月１４日に出願された米国特許仮出願第６２／８８６，９４６号、及び２０１９年１２月３日に出願された米国特許仮出願第６２／９４３，１５５号の優先権を主張するものであり、これらの各開示は、それらの全体が引用により本明細書中に組み込まれている。

参考文献の組込
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットの電子形式で出願され、且つその全体が引用により本明細書中に組み込まれている「配列表」を含む。２０２０年７月３０日に作製された該ＡＳＣＩＩコピーは、ファイル名056705_502001WO_SequenceListing_07302020であり、サイズは８，２２１バイトである。

発明の分野
本発明は、固形腫瘍を治療するシステム及び方法に関する。

発明の背景
固形腫瘍を伴う癌は、米国において最も一般的な癌である(D. Wangら、Cancer J (2013) 19(6):502-10)。現在の固形腫瘍の治療は、手術、化学療法、放射線療法、及び免疫療法を含む。外科的介入は、これらの腫瘍が早期段階で検出された場合には、効果があり得るが、多くの患者において、癌は、既に進行した段階になるまで検出されない。

例えば、結腸直腸癌（ＣＲＣ）は、複雑な疾患であり、並びに他の分類システムが、異なる局面及び相をより良く説明するために提唱されている。そのようなシステムの一つは、イムノスコア(Immunoscore)であり、これは、腫瘍の中心部及び侵襲性周縁部でのＣＤ３＋及びＣＤ８＋細胞（Ｔ細胞）の存在に従い腫瘍を分類する。スコアは、Ｉ０（中心及び周縁の両方でＣＤ３＋又はＣＤ８＋細胞をほとんど又は全く有さない）から、Ｉ４（両方の位置に高い免疫細胞密度を有する）までの範囲である。イムノスコアの合意は、結腸癌において包括的に検証されており、且つリンパ管浸潤、腫瘍分化及びマイクロサテライト安定性（ＭＳＩ）の状態などの他の測定値よりも、より優れた相対予後判定値を有する。ＣＲＣ腫瘍は、「ホット」（Ｉ４、激しい細胞傷害性リンパ球（ＣＴＬ）反応を示す）又は「コールド」（Ｉ０、反応をほとんど又は全く示さない）のいずれかと称されることが多い。「ホット」（Ｉ４、激しい細胞傷害性リンパ球（ＣＴＬ）反応を示す）又は「コールド」（Ｉ０、反応をほとんど又は全く示さない）のいずれかとしての腫瘍。中間状態の腫瘍は、「免疫攻撃できない(excluded)」及び「免疫抑制された」として分類されることができる。「免疫攻撃できない」腫瘍においては、ＣＴＬ及び樹状細胞（ＡＰＣ）は、腫瘍の周縁部には認められるが、侵入は妨げられている。「免疫抑制された」腫瘍においては、ＣＴＬ及びＡＰＣは、腫瘍内に認められるが、効力がなく且つ活性がない。例えば、J. Galonら、Nat Rev Drug Discov (2019) 18:197-218参照。

腫瘍は、悪性細胞、腫瘍－関連マクロファージ（ＴＡＭ）、腫瘍－関連もしくは癌－関連線維芽細胞（ＴＡＦもしくはＣＡＦ）、細胞外マトリクス、及びコラーゲンを含む、高密度塊を形成することができる。腫瘍が成長するにつれ、これは、低酸素となり始め、時には正常組織よりも低いｐＨを有する。腫瘍細胞、及び腫瘍内の他の細胞は、アデノシンの免疫抑制性濃度に繋がるＣＤ７３の過剰発現、並びにＴ細胞アネルギーに繋がり得るＰＤ－Ｌ１の過剰発現など、タンパク質を不適切に発現し得る。インターフェロン受容体及びＭＨＣ－Ｉなどの他のタンパク質の過小発現は、「免疫抑制された」腫瘍におけるような、ＣＴＬ活性由来の免疫に繋がる。その腫瘍周縁部は、「免疫攻撃できない」腫瘍におけるように、ＣＴＬを通過不可能とし始める。例えば、J.A. Joyceら、Science (2015) 348(6230):74-80；R. Levayer、Seminars Cancer Biol (2019) https: //doi.org/10.1016/ j.semcancer.2019.05.004参照。この腫瘍環境は、抑制性／調節性表現型へのＣＤ８＋ Ｔ細胞分化を引き起こし、マクロファージにＭ２免疫抑制性表現型へのシフトを誘導することができる。結果的に、ＣＲＣのような固形腫瘍は、多くの他の癌よりも、治療がより困難となる。更にＣＲＣは、独自の免疫学的特徴を持ち且つ免疫回避機構が変更された少なくとも３種の亜型を包含している(J. Guinneyら、Nat Med (2015) 21(11):1350-56；M.A. Komorら、J Pathol (2018) 246(3):266-276)。

現在試験中か又は使用されている、６０を超える異なる標的に対処する、２，０００種を超える癌免疫学的薬剤が存在する(J. Galonら、前掲)。これらの薬剤は、単独で服用され、ごく少数の症例においてのみ、完全奏効を提供する。そのような薬剤の特定の対の有効性を試験する進行中の数多くの臨床試験が存在し：個別の標的のみを考慮し、試験することができる６０^２より多い対、又は３，６００＋の可能性のある対が存在する。これまでは、癌免疫学的薬剤の対は、奏効率を改善するが、大半の症例においては依然最終的には失敗している。例えばＣＴＬＡ－４インヒビター（イピリムマブなど）とＰＤ－１インヒビター（ニボルマブなど）を併用する場合に改善を示す治験の結果は、ただ一つの免疫チェックポイントに対処することは十分ではないこと、並びにほとんど又は全ての意義のあるチェックポイントが、完全奏効のために対処されるべきであることを示唆している。免疫チェックポイント遮断のみの単独のカテゴリーの治療は、腫瘍回避の他の経路が存在するので、完全に有効である可能性は低く、そのためいくつかの又は全ての標的のカテゴリーが対処されなければならない可能性が最も高い。３種の異なる標的に対処する薬剤の組合せは、６０^３＝２１６，０００の可能性のある組合せに達する。４種の異なる標的：１２９０００００の組合せ。５種の異なる標的：７７７６０００００の組合せ。これらの総数(figures)は、組合せにおいて利用することができる、１００種を超える化学療法薬を含まず、同じく組合せることができるＣＯＸ－２インヒビター（例えば、アスピリン）又はアンジオテンシンＩＩ受容体１型インヒビター（例えば、ロサルタン）などの他の薬剤も考慮せず、依然発癌経路が発見されない。明らかに、世界経済は、全ての可能性のある癌免疫学的薬剤の組合せの系統的研究を支援することができない。

選択の問題は、通常動物モデルによって対処される。最も基本的な癌研究は、癌発達のマウスモデルを用いて実行される。一部の場合においては、腫瘍は、化学薬剤を用い、マウスにおいて直接誘導される。これらは、ヒト腫瘍を表面的には模しているが、いずれか他の点では必ずしも関連していない腫瘍を提供する。別の場合においては、ヒト腫瘍細胞（単独の標準化された細胞株に由来することが多い）がマウスに移植され、候補薬物の活性が試験される。しかしヒト免疫系（及びヒトにおける癌性組織）は、マウスのシステムとは異なり、このことはこれらのモデルを予測の低いものとしている。この予測の欠如は、マウス（及び他の動物）モデルにおいては有望性を示すが、臨床試験に達した際に失敗している、数多くの薬物により証明される。これはまた、非ヒト霊長類において安全と考えられた投与量の０．２％である初回量が投与されたにもかかわらず致死的な結果を招いた、抗－ＣＤ２８モノクローナル抗体であるTGN1412の最初の臨床試験において引き起こされた重篤なサイトカイン放出症候群などの、予見できない結果によっても証明される(例えば、E.W. St. Clair、J Clin Invest (2008) 118(4):1344-47参照)。成功した動物モデルを基にヒトでも作用すると予想された薬物の組合せは、例えば転移性結腸直腸癌に関するコビメチニブとアテゾリズマブ(P.J.R. Ebertら、Immunity (2016) 44(3):609-21；C. Engら、Lancet Oncol (2019) 20(6):849-61、https:// doi.org/10.1016/S1470-2045(19)30027-0)などのように、一部の癌についてヒトにおいて再現可能な有効性を示すことに失敗し、並びにヒト腫瘍微小環境をモデル化し及び免疫療法の有効性又は安全性を予測する信頼できる様式であることは証明されなかった。例えばＣＴ２６などのｍＣＲＣに関する薬物を試験するために一般に使用されるマウスモデルは、恐らく患者の小さいサブセットを代表する腫瘍細胞を使用し、従って増大した免疫活性に対するそれらの患者の腫瘍細胞のみの反応に関する洞察を提供するであろう(J.C. Castleら、BMC Genomics (2014) 15(1):190-201)。ＣＲＣにおいては恐らく、異なる患者は異なる変異を有し、従って一名の患者由来の癌細胞は、必ずしも全ての患者における癌細胞を代表しないであろう。更にまた、腫瘍細胞がマウスモデル（典型的にはストロマ細胞を添加しない）において試験される場合、これは腫瘍細胞がヒト患者により作出された免疫抑制、例えばストロマ細胞と腫瘍細胞の間の相互作用により引き起こされた免疫抑制を、必ずしも再現しない。従って、組合せた免疫療法の有効性を予測するより良い方式が必要とされる。

本開示は、多くの患者にわたり組合せ免疫療法の有効性を予測するはるかに良い方式をもたらす可能性のある、患者腫瘍における遺伝子発現（ＲＮＡの測定による）の相関を提供する。遺伝子発現データの使用は、免疫療法組合せの複数の創薬可能な(druggable)標的に関して同時に患者の組織中の遺伝子バイオマーカーを相関することに関与している。これはまた、どの遺伝子発現の組合せが免疫抑制を引き起こすか、及びどの薬物の組合せがこの免疫抑制の原因に対抗し得るかを確定するために、患者腫瘍組織における１、２又はそれよりも多い遺伝子の組合せられた発現を相関することに関与している。

図面の簡単な説明
図１は、下記実施例４において説明した対象の２枚の放射線走査を示す。右側パネルは、２０１９年９月９日の対象の状態を示す一方で、左側パネルは、２０１９年１１月２６日の治療の進行を示す。

発明の簡単な概要
概して本開示は、先行する療法の欠点を決定し、対処されるべき標的カテゴリーを確定し、並びに関連するヒトデータを基に固形腫瘍の治療に有効なシステム及び方法を発明した。本明細書の結果は、一部、TCGAリサーチネットワークにより作製されたデータhttps://www.cancer.gov/tcgaを基にしている。

本発明の局面は、とりわけ、対象において固形癌性腫瘍（結腸直腸、膵臓、前立腺、頭頸部、メラノーマ、肺、肝臓、胃、及び乳房）を治療するシステムであり、このシステムは：抗原提示細胞薬剤；Ｔ細胞活性化ワクチン；及び、免疫抑制インヒビターを有する。

本発明の別の局面は、抗原提示細胞薬剤；Ｔ細胞活性化ワクチン；及び、免疫抑制インヒビターを投与することによる、対象において固形癌性腫瘍（ＳＣＴ）を治療する方法である。

本発明の別の局面は、複数のネオアンチゲン、又は複数のネオアンチゲンをコードしている１もしくは複数の核酸；並びに、医薬として許容し得る担体を有するＴ細胞活性化ワクチンである。

本発明の別の局面は、抗原提示細胞薬剤；Ｔ細胞活性化ワクチン；及び、免疫抑制インヒビターを投与することにより、新生物疾患に対する対象の免疫応答を補助する方法である。

発明の詳細な説明
Ａ． システム
本発明の局面は、少なくとも以下の要素を含むシステムである：抗原提示細胞薬剤、Ｔ細胞活性化ワクチン；及び、免疫抑制インヒビター。実施態様は、抗原提示細胞薬剤が、ＣＤ４０アゴニスト、Ｔｏｌｌ－様受容体アゴニスト、アジュバント、ＦＬＴ３Ｌ、又はそれらの任意の組合せである、システムである。本発明の実施態様は、免疫抑制インヒビターが、ＣＤ７３インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＰＤ－１インヒビター、Ａ２ａ受容体インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、シクロホスファミド、ＣＯＸ－２インヒビター、プロスタグランジンＥ２インヒビター、又はそれらの組合せである、システムである。実施態様は、更にアンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストを含む、システムである。

１． 抗原提示細胞薬剤
ほとんどの型の細胞は、免疫細胞に対する抗原を提示することができる。しかし「プロフェッショナル」抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、独特の形態及び広範な組織分布を伴う、稀で且つ不均一性の細胞集団である。例えば、R.M. Steinman、Annu Rev Immunol (1991) 9:271-96参照。ＡＰＣは、樹状細胞（ＤＣ）、マクロファージ、Ｂ細胞を含む。ＤＣは、通常でない細胞表面表現型を提示し、細胞表面マーカーＣＤ１、ＣＤ８６、ＣＤ１１ｃ、ＤＥＣ－２０５、ＣＤ４０、ＭＨＣ－ＩＩの発現、並びにＣＤ１４及び他の系統のマーカーの欠損により特徴付けられる。ＡＰＣは、ＭＨＣ－拘束性Ｔ細胞を増感させる事が可能であり、並びにＴ細胞発達時の自己抗原及び免疫応答時の外来抗原の両方の抗原をＴ細胞へインサイチュで提示するための有効な経路を、提供する。

ＡＰＣは、外来抗原に遭遇する前に、非常に低レベルのＭＨＣ－ＩＩ分子及び共刺激分子を発現する。ＡＰＣは、周囲の組織及び環境を連続して試料とし、並びに遭遇した抗原をエンドサイトーシス及びプロセッシングする。ＡＰＣパターン認識受容体（下記Ｔｏｌｌ様受容体参照）が、病原体－関連分子パターン又は損傷－関連分子パターンを認識する場合、ＡＰＣは、抗原を貪食し、且つ活性化され始め、ＣＤ４０及びＢ７などのＴ細胞活性化に必要なＭＨＣ－ＩＩ分子及び共刺激分子の発現をアップレギュレートする。次にＡＰＣは、完全に成熟し、且つ組織からリンパ節へ移動し、そこでこれはＴ細胞に遭遇し且つ活性化する。

ａ． ＦＬＴ３Ｌ
ＦＭＳ様チロシンキナーゼ３リガンド（ＦＬＴ３Ｌ、ＦＬＴ３ＬＧとしても公知）は、ＣＤ３４＋骨髄前駆細胞及び幹細胞から、骨髄前駆体細胞、単球細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、及び樹状細胞などの、下流又は中間の細胞の生成を刺激するために使用することができる。これはまた、インビボにおいて抗原提示細胞を動員し、例えば選択された抗原によるエクスビボにおける活性化及び対象への再導入のために、エクスビボにおいて抗原提示細胞を増殖するためにも使用することができる。ＦＬＴ３Ｌ及び誘導体ポリペプチドは、米国特許第５５５４５１２号、ＷＯ９４／２８３９１、及びＵＳ２００６０２９２１６６に説明されており、これらは全て引用により本明細書中に組み込まれている。

ＦＬＴ３Ｌ及びその誘導体は、米国特許第５５５４５１２号、ＷＯ９４／２８３９１、及びＵＳ２００６０２９２１６６に説明された方法により作製され且つ投与され、並びに更にこれらに説明されたタンパク質及びポリペプチドをコードしている核酸として投与されてもよい。実施態様は、ＦＬＴ３Ｌ又はその誘導体を含むシステムである。別の実施態様は、ＦＤＡ承認された白血球増殖因子ペグフィルグラスチム（ニューラスタ、Amgen）を含むシステムであり(https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03789097)、これはＦＬＴ３Ｌのように、患者において免疫原性反応を補助する新規樹状細胞を作出することが示されている(Bonannoら、J Transl Med. 2010; 8:114)。

ｂ． Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト
Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストは、ＴＬＲを活性化し、従ってＴＬＲを発現するＡＰＣを活性化する。ＴＬＲ３は、ポリ（Ｉ：Ｃ）及びその誘導体（例えば、AmpliGen（登録商標）、ヒルトノール（登録商標））、ポリ－ＩＣＬＣ、ポリ（ＩＣ－Ｒ）、ポリ（Ｉ：Ｃ_１２Ｕ）、並びに非－ＣｐＧ細菌性ＤＮＡ及びＲＮＡにより活性化されることができる。ポリ（Ｉ：Ｃ）は、ポリイノシン酸及びポリシチジル酸の二量体である。この二本鎖ＲＮＡ構造は、ＴＬＲ３を刺激する。ポリ－ＩＣＬＣ（ヒルトノール（登録商標））は、ポリ－（Ｉ：Ｃ）並びにポリ－Ｌ－リジン及びカルボキシメチルセルロースである。ＴＬＲアゴニストは一般に、皮内注射もしくは筋肉注射により投与され、特異的抗原と組み合わされてよい。本発明の一実施態様は、ＴＬＲアゴニストを含むシステムである。本発明の実施態様は、アゴニストが、ポリ（Ｉ：Ｃ）又はその誘導体を含むシステムである。本発明の別の実施態様は、アゴニストが、ポリ－ＩＣＬＣを含むシステムである。

ｃ． ＣＤ４０アゴニスト
ＣＤ４０は、ＡＰＣ上に認められる共刺激性タンパク質であり、それらの活性化のために必要とされる。ＣＤ４＋ Ｔ細胞上のＣＤ４０Ｌ（ＣＤ１５４としても公知）の発現、及びそのＣＤ４０への結合は、ＡＰＣを活性化し、並びに抗原提示細胞を成熟するように誘導又は「ライセンス化」し、これによりＴ細胞活性化及び分化の引き金をひく。ＣＤ４０アゴニスト（ＣＤ４０Ｌ模倣物及び断片を含む）は、ＡＰＣの成熟及び遊走の引き金をひくために使用することができ、その結果腫瘍内及び周囲のＡＰＣを含むＡＰＣ集団の増幅を生じる。ＣＤ４０アゴニストは、ＣＤ４０Ｌ（膜結合型又は可溶型のいずれか）、ＣＤ４０アゴニスト（例えば、両方共引用により本明細書中に組み込まれている、ＵＳ２０１９０７１５０９及びＵＳ７３３８６６０に記載されたもの）、ルカツムマブ及びダセツズマブなどの抗－ＣＤ４０抗体、並びにＣＤ４０アゴニストペプチド（例えば、引用により本明細書中に組み込まれているＵＳ９１６１９７６に記載されたもの）を含む。

ＣＤ４０アゴニストは、アゴニストの形状に適したように、公知の方法により投与することができる。タンパク質－ベースのＣＤ４０アゴニストはまた、このアゴニストをコードしている核酸の形状で、例えばウイルスベクター又は遺伝子治療ビヒクルの形状で、投与することもできる。別の実施態様は、ＡＰＣ細胞成熟薬剤マラビロク(Maravairoc)を含むシステムである(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6685512/)。

ｄ． アジュバント
免疫応答を調節する上で一般に有用である他の化合物は、アジュバント、例えば、モンタナイド(商標)、スクアレン、ムラミルジ－及びトリ－ペプチド、サポニン、及び同類のものを含み、これらは、互いに及び前述の他のＡＰＣ薬剤と組合せて使用されてよい。モンタナイド(商標)は、乳化剤としてモノ－オレイン酸マンニド誘導体を使用する水中油型乳剤であり、これはワクチンアジュバントとして開発された。モンタナイド(商標)は、鉱油、スクアレン、又は他の油分を含むことができる。ほとんどのアジュバントは、油又は乳剤の基剤を有し、投与前にワクチン抗原と組合せられる。

ｅ． 組合せ
加えて前述のＡＰＣ薬剤は、本発明の方法において、組合せられるか、同時投与されるか、又はそうでなければ一緒に使用されることができる。本発明の一実施態様は、ＦＬＴ３Ｌ又はその誘導体、及びポリ（Ｉ：Ｃ）又はその誘導体を含むシステムである。本発明の別の実施態様は、ＦＬＴ３Ｌ及びＣＤ４０アゴニストを含むシステムである。本発明の別の実施態様は、ＦＬＴ３Ｌ、ＣＤ４０アゴニスト、及びポリ（Ｉ：Ｃ）又はその誘導体を含むシステムである。本発明の別の実施態様は、ＣＤ４０アゴニスト及びポリ（Ｉ：Ｃ）又はその誘導体を含むシステムである。実施態様は、ＦＬＴ３Ｌ及びポリ－ＩＣＬＣを含むシステムである。実施態様は、ＦＬＴ３Ｌ、ポリ－ＩＣＬＣ、及びモンタナイド(商標)を含むシステムである。

２． Ｔ細胞活性化ワクチン
全生存期間及び無増悪生存期間は、腫瘍内の腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、特に活性化エフェクターＴ細胞（ＣＴＬ）の存在に関連している(J. Galonら、Science (2006) 313:1960-64)。そのようなＣＴＬを得るには、適切な腫瘍抗原への曝露及びＡＰＣによる活性化が必要である。ＳＢＲＴ及び関連したアブレーション療法もまた、アブスコパル効果（直接放射線に曝露された領域の外側の腫瘍死滅）に関するＴ細胞活性に頼っている。

ａ． ネオアンチゲン及びネオエピトープ
早期の証拠は、ネオアンチゲン－ベースのワクチン接種又はネオアンチゲンワクチンは、Ｔ細胞反応を誘発することができること、及びネオアンチゲン標的化されたＴ細胞は、選択された患者において特定の状況下で、腫瘍退縮を引き起こすことができることを示している。腫瘍細胞を認識するために、Ｔ細胞は、腫瘍－特異性抗原に高い親和性で結合しなければならず、及びこれらの抗原は、耐性を避けるのに正常なタンパク質から十分に区別されなければならない。腫瘍細胞は、それらの悪性腫瘍への進化時に、数多くの変異を蓄積するので、一部の変異は、腫瘍において発現されたタンパク質のアミノ酸配列の変更を生じる。区別される変更はまた、免疫原性であってよい。腫瘍細胞により発現されるが、正常細胞により発現されない抗原は、ネオアンチゲンと称される。

腫瘍細胞は、特徴的に調節不良であり且つ不均一であり、そのため恐らく腫瘍内の全ての細胞は、ネオアンチゲンの同じセットを発現することはないであろう。更に単独の抗原を標的化する治療は、腫瘍細胞に圧力をかけ、その抗原の発現をダウンレギュレートし、ＭＨＣタンパク質の発現さえダウンレギュレートし、その結果ほとんどの抗原又は全ての抗原は提示されないことができる。腫瘍細胞の表面上のＭＨＣ－Ｉタンパク質上に提示されたネオアンチゲンが存在しない場合において、ＣＴＬは、腫瘍細胞を認識し且つ死滅することができない。結果として、可能な限り多くの腫瘍細胞を死滅するために、複数のネオアンチゲンが必要とされる。

候補ネオアンチゲンは、免疫学的試験、シークエンシング（例えば、生検組織のディープＲＮＡシークエンシング）、及び予測、又はそれらの組合せにより同定されることができる。対象から得られた生検用又は切除された腫瘍組織のシークエンシングにより、どのタンパク質が変異されたか、従ってその対象について候補の「個別化された」ネオアンチゲンを決定することができる。多くの対象から得られたそのような組織のシークエンシングを使用し、どのタンパク質が最も頻繁に変異され、従って一般的ネオアンチゲン製剤として組合せることができるかを決定することができる。更なる改良として、特定の対象についてどのネオアンチゲンが良好に働く可能性があるかを決定又は予測するために、その対象の個人的アレルを基に、特異的ＭＨＣ－Ｉ及びＭＨＣ－ＩＩアレルへのネオアンチゲン結合を相関してよい。例えば、M. Rajasagiら、Blood (2014) 124(3):453-62；Y. Chuら、Theranostics (2018) 8(15):4238-46；R.E. Hollingsworthら、npj Vaccines (2019) 4:7-17；及び、P.A. Ottら、Nature (2017) 547(7662):217-21参照。例証的技術に関しては、Carrenoら、WO2016/040900；Rooney、WO2017/173321；及び、Yelenskyら、WO2019/050994(及びその公開された対応する米国特許)を参照し、その各々は引用により本明細書中に組み込まれている。

複数のネオアンチゲンペプチド及び／又はマルチアンチゲンポリペプチドは、ネオアンチゲンの２種以上の異なる組合せを有する複数の異なるプールに分けることができる。例えば本ワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は約１０種の個別のネオアンチゲン組合せの形で提供されてよく、この組合せは固有のものであってもなくてもよく、且つこれは患者の個別の注射部位へ投与される。これらの注射部位は、異なるリンパ節を標的化するように選択されることができ、すなわち最終的にネオアンチゲン組合せを受け取るリンパ節は異なることができる。標的化されたリンパ節は、１又は複数の腫瘍部位について流入リンパ節(draining lymph node)であることを基に選択することができる。

特定の抗原を生じる腫瘍細胞の破壊は、その抗原を発現しない生存細胞を好む選択圧を生じる。従って特定の腫瘍の治療のために最良のネオアンチゲン（複数可）は、治療に対する反応として時間を掛けて発達し得る。例えば、G. Rospoら、Genome Med (2019) 11:42-64、https://doi.org/10.1186/s13073-019-0654-6参照。これに対抗するために、本発明のシステムは、複数のネオアンチゲンを投与し、治療の進行につれて腫瘍（複数可）に存在するネオアンチゲンを再分析し、並びにアップデートされたネオアンチゲンを投与することを含む。

実施態様において、本ワクチンは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、もしくは５０種のネオアンチゲンを含み、これらは、個別のペプチドとして提供されるか、又は１つのマルチアンチゲンポリペプチドにつき約１２、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、もしくは５０個のアミノ酸を有するいくつかのより長いマルチアンチゲンポリペプチドへ連鎖され得る。ネオアンチゲン及びマルチアンチゲンポリペプチドは、合成され、且つ標準の方法により、例えば緩衝溶液中の懸濁液及び凍結乾燥などにより、貯蔵されることができる。

ワクチン又はワクチンサブセットの組合せは、皮下注射又は皮内注射による投与のために製剤化される。概してそのような製剤は、水性ビヒクル中にネオアンチゲン又はネオアンチゲンポリペプチドを含み、これは食塩水、リン酸緩衝食塩水、界面活性剤、及び同類のものなどの、緩衝剤及び懸濁化剤を更に含むことができる。ワクチンは、油－ベース又は乳剤－ベースのアジュバント組成物中に製剤化されることが多い。実施態様において、ネオアンチゲンペプチド又はポリペプチドは、水中油型又は油中水型乳剤中に製剤化される。本発明の実施態様において、ネオアンチゲン又はマルチアンチゲンポリペプチド製剤は、ＡＰＣ薬剤を更に含む。実施態様において、ＡＰＣ薬剤は、ＦＬＴ３Ｌ、ポリ－Ｉ：Ｃ、ポリ－ＩＣＬＣ、又はモンタナイド(商標)である。ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、水溶液中に十分に溶解しない事象においては、水中油型又は油中水型乳剤の油相へ、直接製剤化され得る。実施態様において、ネオアンチゲンペプチド及び／又はマルチアンチゲンポリペプチドは、モンタナイド(商標)などのアジュバント溶液中へ、直接製剤化される。

３． 免疫抑制インヒビター
免疫系は、免疫チェックポイント、アデノシン受容体Ａ２ａＲ調節、ＣＴＬＡ－４、及びＴＧＦ－βなどのサイトカイン因子を含む、免疫応答を調節又は抑制する調節機序を含む。これらの内在性機序は、腫瘍細胞による、細胞傷害性Ｔ細胞反応を回避するために使用されることが多い。

ａ． ＣＤ７３及びアデノシン
アデノシン２ａ受容体（Ａ２ａＲ）は、主に造血系起源の細胞、特に活性化されたＣＴＬ細胞及びＣＤ４＋ Ｔ_Ｈ細胞上に発現されたＧタンパク質－共役受容体である。この受容体の活性化は、Ｔ細胞アネルギー、ＣＴＬの阻害、及び免疫抑制性Ｔ_ｒｅｇ細胞へのＣＤ８＋ ＣＴＬの分化に繋がる。抗原提示時のＡ２ａＲの刺激は、免疫寛容に繋がる(P.E. Zerkら、Blood (2008) 111:251-59)。細胞外アデノシンは、ＣＤ７３＋細胞により生成され、これは膠芽細胞腫、乳癌、ＣＲＣ、卵巣癌、胃癌、及び胆嚢癌を含む、多くの癌型において認められる(Z-W. Gaoら、BioMed Rsch. Intl. (2014) 2014:460654)。ＣＤ７３（エクト－５’－ヌクレオチダーゼとしても公知）の高い発現レベルは、ＣＲＣ及び胃癌における予後不良と相関している。ＣＤ７３の発現は、進行した腫瘍において頻繁に認められる低酸素条件により駆動され得る。従ってＡ２ａＲ、ＣＤ７３、又は両方のアンタゴニストは、Ｔ細胞アネルギーを軽減又は防止することができる。

Ａ２ａＲインヒビターは、抗－Ａ２ａＲ抗体及び誘導体、並びに現在臨床試験中であるＣＰＩ－４４４、ＰＢＦ－５０９、ＭＫ－３８１４、及びＡＺＤ４６３５などの小型分子インヒビターを含む。ＣＤ７３アンタゴニストは、抗－ＣＤ７３抗体及びそれらの誘導体、例えばオレクルマブ及びＢＭＳ－９８６１７９などを含み、これらは両方共現在臨床試験中である。細胞外アデノシンはまた、アダジェン（登録商標）（ＰＥＧ化されたアデノシンデアミナーゼ）の投与によっても減少されることができ、これはアデノシンデアミナーゼ欠損症に起因した重度の複合型免疫不全症の治療に関して現在処方されている。Ａ２ａＲでのアデノシン活性はまた、カフェインによっても拮抗もしくはブロックされることができ、カフェインは、Ａ２ａＲを活性化することなく、Ａ２ａＲとの結合と競合する。本発明の実施態様は、Ａ２ａＲインヒビター、ＣＤ７３アンタゴニスト、又はそれらの組合せを含むシステムである。実施態様は、ＣＤ７３アンタゴニスト及びカフェインを含むシステムである。

ｂ． マルチキナーゼインヒビター
レゴラフェニブは、複数のキナーゼを阻害し、且つ血管新生性、ストロマの、及び発癌性の受容体チロシンキナーゼを標的化する小型分子薬物である。この化合物の腫瘍退縮活性は、当初ｒａｆキナーゼ及びＶＥＧＦＲ２の阻害に起因するとされたが、後にＣＳＦ１Ｒ、ＴＩＥ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲ－β、ＦＧＦＲ、ＫＩＴ、ＲＥＴ、及びＢＲＡＦを阻害することが示された。例えば、S.M. Wilhelmら、Int J Cancer (2011) 129:245-55参照。これは更に、可溶性エポキシドヒドロラーゼ（ｓＥＨ）を阻害する。複数の血管新生経路、及び発癌性酵素の阻害は、広範な抗－腫瘍効果を提供する。

例えばＣＲＣ腫瘍からのデータは、ＣＤ４（すなわち、腫瘍内のＣＤ４＋ Ｔ細胞の存在）は、以下の腫瘍内の多くのレゴラフェニブ標的の発現と高度に相関されることを示している：ＣＳＦ１Ｒ（９２％）、ＶＥＧＦＲ１（ＦＬＴ１としても公知）（５８％）、ＶＥＧＦＲ２（ＫＤＲとしても公知）（６２％）、ＶＥＧＦＲ３（ＦＬＴ４としても公知）（６６％）、ＦＧＦＲ１（６６％）、ＰＤＧＦＲ－α（６２％）、及びＰＤＧＦＲ－β（６８％）。これらの代表的チェックポイントは、正にＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１のように腫瘍とのＴ細胞結合に対する反応において誘導され、これらはＣＤ４とも相関されることも考えられる。同様の相関が、同様にＣＤ８Ａ（ＣＴＬの存在を表す）についても存在する。

レゴラフェニブの合成及び使用は、ＵＳ７３５１８３４及びＵＳ９９５７２３２において説明されており、これらは引用により本明細書中に組み込まれている。本発明の実施態様は、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、フルキンチニブ、アキシチニブ、レンバチニブ、又は関連化合物を含むシステムである。

ｃ． ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１インヒビター
ＣＤ２７９としても公知であるＰＤ－１（プログラムされた細胞死タンパク質１）は、活性化されたＴ細胞、Ｂ細胞、及びマクロファージの表面上に発現される免疫チェックポイントタンパク質である。ＰＤ－１が、ＰＤ－Ｌ１（ＣＤ２７４、又はＢ７－Ｈ１）又はＰＤ－Ｌ２に結合する場合、Ｔ細胞受容体はダウンレギュレートされ、このことは、抗原－特異的Ｔ細胞の増殖を減少し、且つ免疫抑制に繋がる。同時に、ＰＤ－Ｌ１のＴ_ｒｅｇ細胞への結合は、それらのアポトーシスを減少し、更に免疫抑制を増大する。ＰＤ－Ｌ１発現は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、マクロファージ、骨髄ＤＣ、Ｂ細胞、上皮細胞、及び血管内皮細胞において、インターフェロン－γ（ＩＦＮ－γ）により刺激される。ＰＤ－Ｌ１は、一部の腫瘍細胞において、高度に発現され、それらにアネルギーを誘導し且つＣＴＬによる攻撃を回避する能力を与える。ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１のいずれか又は両方の阻害は、アネルギーを減少又は防止し、且つ抗－腫瘍免疫応答を回復する。

ＰＤ－１は、例えばニボルマブ、ペムブロリズマブ、セミプリマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ－２２４、ＡＭＰ－５１４、及びＰＤＲ００１などの、抗－ＰＤ－１抗体及びその誘導体により、阻害又は拮抗され得る。ＰＤ－Ｌ１は、例えばデュルバルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、ＢＭＳ－９３６５５９、及びＣＫ－３０１などの、抗－ＰＤ－Ｌ１抗体及びその誘導体により、阻害又は拮抗され得る。ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１の発現及び機能は、受容体チロシンキナーゼ（ＴＲＫ）により制御され、且つＴＲＫインヒビターにより調節され得る。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、又は両方を含むシステムである。本発明の実施態様は、ニボルマブを含むシステムである。本発明の実施態様は、ニボルマブ及びアテゾリズマブを含むシステムである。本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：ニボルマブ、ペムブロリズマブ、セミプリマブ、又はピジリズマブ；及び、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、又はアベルマブ。

ｄ． ＣＴＬＡ－４インヒビター
ＣＴＬＡ－４（細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４）であるＣＤ１５２は、免疫チェックポイントとして機能し、且つＴ細胞機能をダウンレギュレートする別のタンパク質である。ＣＴＬＡ－４は、Ｔ_ｒｅｇ細胞上には構成的に発現されるが、他のＴ細胞においては、活性化後にのみ発現される。ＣＴＬＡ－４は、ＣＤ２８が結合するよりも、ＣＤ８０（Ｂ７－１）及びＣＤ８６（Ｂ７－２）へより高い親和性で結合し、並びに結合に関してＣＤ２８と完全に競合することができ、これによりＣＤ２８由来の刺激シグナルを阻害する。ＣＴＬＡ－４拮抗性は、免疫抑制を低下することができる。好適なＣＴＬＡ－４インヒビターは、抗－ＣＴＬＡ－４抗体、例えばイピリムマブ及びトレメリムバブを含む。実施態様は、イピリムマブ又はトレメリムバブを含むシステムである。

ｅ． シクロホスファミド
シクロホスファミドである（ＲＳ）－Ｎ，Ｎ－ビス（２－クロロエチル）－１，３，２－オキサザホスフィナン－２－アミン２－オキシドは、免疫系を抑制するために使用されるアルキル化剤である。これは最近、Ｔ_ｒｅｇ細胞はＣＴＬよりも回復に長くかかることが分かった上で、癌患者においてリンパ球を枯渇するために、低用量で使用されている。例えば、M. Scurrら、Clin Cancer Res (2017) 23(22):6771-80；M. Scurrら、JAMA Oncol (2017) 3(10):e172579；V. Radojcicら、Cancer Immunol Immunother (2010) 59:137-48参照。Scurrらは、シクロホスファミド５０ｍｇの１日２回（ｂｉｄ）７日間の投与、それに続く７日間の休薬、それに続く５０ｍｇのｂｉｄの更に７日間の投与は、Ｔ_ｒｅｇ細胞を著しく枯渇し、且つ対象においてｍＣＲＣに対する免疫応答を回復したことを発見した。Radojcicらは、シクロホスファミド治療は、増大した数の新たなＤＣを生じ、このことは追加のＴ_ｒｅｇ細胞の誘導を伴わずに、より良く腫瘍を浸潤し且つ腫瘍抗原を提示することができることを発見した。本発明の実施態様は、シクロホスファミドを含むシステムである。

ｆ． ＰＧＥ２インヒビター
プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）は、ＡＰＣとのＴ細胞相互作用をダウンレギュレートし、且つＴ細胞遊走挙動を変更することにより、炎症を軽減する天然のプロスタグランジンである(A.J. Wiemerら、J Immunol (2011) 187:3663-70)。ＰＧＥ２は、ＳＣＴにおいて増加され、並びにＳＣＴにおいて、腫瘍の成長及び発達、アポトーシスに対する抵抗、増殖、侵襲及び転移、血管新生、及び薬物耐性を促進する。これはまた、線維症も促進し、このことは腫瘍微小環境の稠密なストロマの確立を補助し、ＣＴＬ侵入に対する物理的障壁を作製する。ＰＧＥ２は、酵素ＣＯＸ－２及びｍＰＧＥＳ－２（ミクロソームプロスタグランジンＥ合成酵素２、ＰＴＧＥＳ２によりコードされる）により生成され、且つより多くのＣＯＸ－２の発現を刺激し、これは正のフィードバックループに繋がる。

ＰＧＥ２活性は、ｍＰＧＥＳ－２及び／又はＣＯＸ－２のインヒビターにより阻害されることができ、これらは、特異的抗体又は小型分子の形状をとってよい。ＣＯＸ－２インヒビターの例は、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤｓ）、例えばアスピリン、イブプロフェン、ナプロキセン、フェノプロフェン、フルルビプロフェン、ケトプロフェン、インドメタシン、トルメティン(teolmetin)、ケトロラク、ジクロフェナク、プリオキシカム、テノキシカム、フェニルブタゾン、メフェナム酸、メクロフェナム酸、セレコキシブ、エトリコキシブ、パレコキシブ、ニメスリド、クロニキシン、リコフェロンなど、及び関連する化合物である。例えば、A. Grancherら、Bull Cancer (2018) 105(2):171-80；L. Emilssonら、Aliment Pharmacol Ther (2017) 45(2):193-204参照。本発明の実施態様は、アスピリン、イブプロフェン、インドメタシン、及び／又はナプロキセンを含むシステムである。

ｇ． 組合せ
ＣＴＬ活性を抑制する複数の経路が存在するので、２種以上の抑制経路のための防衛手段を含むことは有利である。従って本発明の局面は、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２及び／又はＰＧＥ２インヒビターの２種以上の組合せを含むシステムである。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター、及びＰＤ－Ｌ１インヒビターを含むシステムである。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、及びＣＯＸ－２インヒビターを含むシステムである。別の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、及びＣＯＸ－２インヒビターを含むシステムである。別の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、及びＣＯＸ－２インヒビターを含むシステムである。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター、並びにＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターを含むシステムである。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＰＤ－Ｌ１インヒビター、並びにＣＴＬＡ－４インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターを含むシステムである。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＰＤ－Ｌ１インヒビター、並びにＣＴＬＡ－４インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターを含むシステムである。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＣＴＬＡ－４インヒビター、並びにＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターを含むシステムである。本発明の実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＣＤ７３インヒビター、並びにＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２又はＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターを含むシステムである。

本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：ＰＤ－１インヒビター；ＣＤ７３インヒビター；及び、ＣＯＸ－２又はＰＧＥ２インヒビター。本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：ＰＤ－１インヒビター；ＣＤ７３インヒビター；ＣＯＸ－２又はＰＧＥ２インヒビター；並びに、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター及びマルチキナーゼインヒビターから選択された１又は複数のインヒビター。本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：ＰＤ－１インヒビター；マルチキナーゼインヒビター；及び、ＣＯＸ－２又はＰＧＥ２インヒビター。本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：ＰＤ－１インヒビター；マルチキナーゼインヒビター；ＣＯＸ－２、又はＰＧＥ２のインヒビター；並びに、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、及びＣＤ７３インヒビターから選択された１又は複数のインヒビター。

本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、並びにＣＯＸ－２インヒビター、ＰＧＥ２インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、及びＣＤ７３インヒビターから選択された１又は複数のインヒビター。本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、及びＣＴＬＡ－４インヒビター、並びにＣＯＸ－２インヒビター、ＰＧＥ２インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、及びＣＤ７３インヒビターから選択された１又は複数のインヒビター。本発明の実施態様は、以下を含むシステムである：マルチキナーゼインヒビター；ＰＤ－１インヒビター；ＣＴＬＡ－４インヒビター；ＣＯＸ－２インヒビター又はＰＧＥ２インヒビター；並びにＰＤ－Ｌ１インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、及びＣＤ７３インヒビターから選択された１又は複数のインヒビター。

４． アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニスト及びストロマ性因子
ロサルタンなどのアンジオテンシンＩＩ受容体１型（ＡＴ１Ｒ）のアンタゴニストは、固形腫瘍のコラーゲン又は間質マトリクスを正常化し、このことはＣＴＬ及びＡＰＣによる腫瘍の分布及び浸潤を促進する。例えばロサルタンは、癌関連線維芽細胞（ＣＡＦ）によるコラーゲンＩのレベル又は生成を減少する。これは更に、血管の減圧及び血管の正常化を促進し、並びに低分子量の化学療法薬及び酸素の腫瘍内血流及び送達を改善し、従って癌療法及び免疫療法の治療効果を増強する。他のアンジオテンシンインヒビター、例えばカンデサルタン及びバルサルタンなどのアンジオテンシン受容体遮断薬（ＡＲＢ）、リシノプリル及びカプトプリルなどのアンジオテンシン変換酵素阻害薬（ＡＣＥ－Ｉ）などを使用することもできる。これらの各薬剤は、単独で又は本発明の実践と組合せて使用されてよい。例えば、Y. Zhaoら、Proc Natl Acad Sci USA (2019) 116(6):2210-19；Y. Tangら、Drug Deliv Transl Res (2019) 9(3):615-24；J. Scott-Emuakporら、J Exp Ther Oncol (2017) 11(2):107-15；R. Coulsonら、Oncotarget (2017) 8(12):18640-56；R.K. Jainら、US2013-0287688参照。ＡＲＢは、ＣＴＬを直接誘引しないが、本発明の他の要素によりそれらが腫瘍へ誘引される場合には、腫瘍ストロマの正常化により、ＣＴＬの物理的侵入を促進する。

多くのアンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストは、高血圧及び／又は心不全の治療のために開発されている。好適なＡＴ１Ｒアンタゴニストとしては、ロサルタン、カンデサルタン、バルサルタン、イルベサルタン、テルミサルタン、エプロサルタン、オルメサルタン、アジルサルタン、フィマサルタン、及び同類のものが挙げられる。高血圧に使用される場合のこれらの化合物の代表的用量は、成人に関して約４～約８００ｍｇの範囲である。ロサルタンに関して、代表的投与量範囲は、約５０～１００ｍｇであるのに対し、カンデサルタンは、約４～３２ｍｇの範囲であり、及びエプロサルタンは、約４００～８００ｍｇの範囲である。しかし他の用量が、本発明のシステム及び方法において有効であることができ、並びに標準方法により決定することができる。本発明の局面は、本システムの他の要素と組合せた、ＡＲＢの使用である。実施態様は、アンジオテンシンＩＩ受容体タイプ１アンタゴニストを含むシステムである。実施態様は、ロサルタンを含むシステムである。

５． 体幹部定位放射線治療（ＳＢＲＴ）
放射線治療（ＲＴ）は、腫瘍及び他の病巣の治療のための有効なツールである。体幹部定位放射線治療（ＳＢＲＴ）は、患者内の標的へ正確に照射するために、定位固定（３－Ｄ標的局所化）の原理を、高エネルギー放射線源からの複数の多門照射ビーム(cross-fired beams)と組合せている。この技術は、治療標的の最大攻撃的な線量照射(aggressive dosing)を可能にする一方で、正常な周囲組織は、放射線のより低い非障害性の線量を受け取る。標的化された電離放射線は、直接の局所化された細胞死を引き起こすが、また非照射部位でも腫瘍退縮を誘導することできる（「アブスコパル効果」）ことが、長く知られてきた。局所的放射線治療は、細胞死の免疫刺激型（免疫原性細胞死、又は“ＩＣＤ”）を誘導し、これは免疫応答を模倣することが知られている。この反応は、ダメージ関連分子パターン（ＤＡＭＰ）の放出により引き起こされ、このことはＡＰＣによる抗原貪食、及び免疫系への提示の引き金をひくと、現在考えられている。照射はまた、腫瘍細胞上のＭＨＣ－Ｉの発現を増加し、腫瘍細胞抗原の発現を改善することもわかっている。これらの理由のために、これは時には「インサイチュワクチン接種」と称される。しかしＳＢＲＴはまた、ＩＦＮ、ＴＮＦ、ＩＬ－１α、及びＩＬ－６をアップレギュレートし、且つＣＴＬを腫瘍へ動員するＣＸＣＬ１０の発現を引き起こすことに加え、エフェクターＣＤ８＋ Ｔ細胞のプライミングを増大する。従って改善された抗原の発現及び提示、並びにＣＴＬの増強された機能は、免疫媒介したアブスコパル効果に関する理にかなった可能性のある論理的根拠を提供する(J.Y.H. Limら、Cancer Immunol Immunother (2014) 63(3):259-71)。

ＲＴは、複数回曝露で（例えば５日間で５線量）比較的低い線量の放射線（例えば、０．５～２Ｇｙ）を送達することが多いのに対し、ＳＢＲＴは、より少ない曝露回数（例えば、週１回を３週間にわたり）に分割されたより高い線量の放射線（例えば、約５～５０Ｇｙ）を送達することがより多い点で、ＳＢＲＴは、先行するＲＴ型とは異なる。本発明の実施態様において、ＳＢＲＴは、少なくとも約１グレイ（Ｇｙ）、２Ｇｙ、３Ｇｙ、４Ｇｙ、５Ｇｙ、６Ｇｙ、７Ｇｙ、８Ｇｙ、９Ｇｙ、１０Ｇｙ、１２Ｇｙ、１５Ｇｙ、２０Ｇｙ、２５Ｇｙ、３０Ｇｙ、４０Ｇｙ、５０Ｇｙ、６０Ｇｙ、又は７５Ｇｙの線量で利用される。総線量は、約１００Ｇｙ、９０Ｇｙ、８０Ｇｙ、７０Ｇｙ、６０Ｇｙ、５０Ｇｙ、４０Ｇｙ、３０Ｇｙ、２０Ｇｙ、１５Ｇｙ、１４Ｇｙ、１３Ｇｙ、１２Ｇｙ、１１Ｇｙ、１０Ｇｙ、９Ｇｙ、８Ｇｙ、７Ｇｙ、６Ｇｙ、５Ｇｙ、４Ｇｙ、３Ｇｙ、又は２Ｇｙ未満である。本発明の実施態様において、線量は、約２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分割に分けられる。

６． 暫定的化学療法
本ワクチンの投与とＴ細胞の完全なプライミングの間には若干の遅滞時間が存在するので、ネオアンチゲンが設計され、合成され、及び投与される間に、標準又は慣習的療法を開始することが必要とされ得る。使用される特定の療法は、ベバシズマブを伴う又は伴わない、カペシタビンによる治療など、Ｔ細胞プライミング及びＡＰＣ増幅と干渉しないように選択される。この治療は、ＰＧＥ２インヒビター（例えば、アスピリン又は他のＣＯＸ－２インヒビター）、及びアンジオテンシンＩＩ受容体アンタゴニスト（例えば、ロサルタン）の投与と組合せられる。実施態様は、ネオアンチゲンの投与前に、ベバシズマブを伴う又は伴わないカペシタビンによる治療を含むシステムである。実施態様は、ネオアンチゲンの投与前に、ベバシズマブ、カペシタビン、及びＣＯＸ－２インヒビターによる治療を含むシステムである。実施態様は、ネオアンチゲンの投与前に、ベバシズマブ、カペシタビン、アスピリン、及びロサルタンによる治療を含むシステムである。

Ｂ． 治療方法
ＳＣＴは、本発明のシステムを使用することにより、効果的に治療される。本発明の方法はまた、補助治療の方法、又は対象の免疫系を支援する方法とも称され得る。実施態様は、ＳＣＴが、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、膵臓癌、前立腺癌、頭頸部癌、肺癌、メラノーマ、乳癌、肝臓癌、食道癌、及び胃癌から選択される方法である。これらの癌型は、治療に対する反応のＲＮＡ発現データにより示されるような、一般的反応を共有している。実施態様は、ＳＣＴが、ＣＲＣである方法である。実施態様は、ＣＲＣが、転移性ＣＲＣ（ｍＣＲＣ）である方法である。実施態様は、癌が、マイクロサテライト安定性ｍＣＲＣ（ＭＳＳ ｍＣＲＣ）である方法である。

本発明の方法は、少なくとも以下の工程を含む：抗原提示細胞薬剤の有効量を投与すること；Ｔ細胞活性化ワクチンの有効量を投与すること；及び、免疫抑制インヒビターの有効量を投与すること。実施態様は、抗原提示細胞薬剤の有効量を投与すること；Ｔ細胞活性化ワクチンの有効量を投与すること；及び、免疫抑制インヒビターの有効量を投与することを含む方法である。本発明の方法は任意に、アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニスト、及び／又はＳＢＲＴを投与することを含む。本発明の実施態様は、アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストの有効量を投与することを更に含む方法である。実施態様は、ＳＢＲＴによる治療を含む方法である。実施態様は、アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストを投与すること、及びＳＢＲＴを投与することを含む方法である。ここで説明された治療方法を受け取る対象の例証的症例を、図１に示し、これは下記実施例４において説明した対象の２枚の放射線走査を示している。右側パネルは、２０１９年９月９日の対象の状態を示す（本明細書記載の治療を受け取る前、高度に転移していた）のに対し、左側パネルは、２０１９年１１月２６日の治療の進行を示す（本明細書記載の治療を受けた後、転移が大きく減った）。

１． 治療相
本発明の方法は、３相に概念上分けることができる：抗原提示細胞活性化、Ｔ細胞ワクチン接種、及び免疫抑制の阻害。全ての相の間に、ＣＯＸ－２インヒビター及び／又はＡＴ１Ｒアンタゴニストが、投与され得る。実施態様において、ＣＯＸ－２インヒビターは、治療期間を通じて投与される。実施態様において、ＣＯＸ－２インヒビターは、アスピリンである。実施態様において、ＡＴ１Ｒアンタゴニストは、治療期間を通じて投与される。実施態様において、ＡＴ１Ｒアンタゴニストは、ロサルタンである。実施態様において、ＣＯＸ－２インヒビター及びＡＴ１Ｒアンタゴニストの両方は、治療期間を通じて投与される。実施態様において、ＣＯＸ－２インヒビターは、アスピリン、セレコキシブ、イブプロフェン、又はナプロキセンであり、及びＡＴ１Ｒアンタゴニストは、ロサルタンである。

初期治療相の間に、特異的Ｔ細胞反応を得る前、本発明の方法からの恩恵を認めることができる前に、疾患の進行を防止又は遅延するために、標準化学療法が利用される。標準療法は、抗原提示細胞又はＴ細胞の増殖及び活性化と干渉しないものが選択される。好適な標準療法は、カペシタビンと併用したベバシズマブを含む。標準療法は、診断時又はその直後に投与され、並びにＣＯＸ－２インヒビター及び／又はＡＴ１Ｒアンタゴニストの投与を更に含んでよい。本発明の実施態様は、ベバシズマブ、カペシタビン、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＡＴ１Ｒアンタゴニストにより、それを必要とする対象を治療することを含む方法である。実施態様において、ＣＯＸ－２インヒビターは、アスピリン、セレコキシブ、インドメタシン、イブプロフェン、又はナプロキセンであり、並びにＡＴ１Ｒアンタゴニストは、ロサルタンである。

患者におけるＳＣＴの治療の開始時、又はその直後に、試料は、シークエンシング目的で、正常組織及び腫瘍組織の両方から採取される。後者は、生検用又は切除された腫瘍組織であってよい。正常組織試料を使用し、シークエンシング又は標準イムノアッセイ技術のいずれかにより、患者のＨＬＡ（ＭＨＣ－Ｉ及び－ＩＩ）アレルを決定する。患者のＨＬＡアレルが既に分かっている場合は、再決定は不要である。腫瘍組織は、ＮＧＳディープシークエンシングなどにより、配列決定され、腫瘍組織において目下発現されているネオアンチゲンを決定する。次にこのネオアンチゲン配列は、速度論的方法（例えば、適切な患者細胞試料への結合に関して非変異「自己」抗原と競合するネオアンチゲンを表す標識したペプチドを使用する親和性定数の決定による）、又は予測的方法（例えば、コンピュータによるか又はインシリコによる）のいずれかにより、患者のＭＨＣ－Ｉ及び－ＩＩタンパク質への結合親和性について分析される。弱く結合するネオアンチゲンは、例えば、ネオアンチゲンペプチドの片端又は両端に強力なＴ細胞エピトープを含むことによる、及び／又はネオアンチゲンペプチドをＭＨＣ－Ｉ及び－ＩＩへの結合親和性を増大するように誘導することによるなど、公知の方法により改善され得る。

その後ネオアンチゲンペプチドが合成される。一部の変異は、特に癌において規則的に起こり（例えば、メラノーマ及びＣＲＣにおけるＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ）：共通の変異に関して、ネオアンチゲンペプチドが合成され且つ予めストックされ得ることは公知である。例えば、Z. Liangら、doi: https:// doi.org/10.1101/682617 (2019年7月9日)参照。各ネオアンチゲンの発生を、特定のＨＬＡアレルに結合することが認められたペプチド配列と一緒に記録し、且つ即時使用のために好適なペプチドのストックを維持することは可能である。

ＡＰＣは、外来タンパク質及びポリペプチドをエンドサイトーシスし、且つそれらをタンパク質分解酵素により処理し、それらをＭＨＣ－Ｉ又は－ＩＩへの結合に適したサイズのオリゴペプチドへ破壊する。従って、ネオアンチゲンペプチドは、２又はそれよりも多いネオエピトープを含む、より長いマルチアンチゲンポリペプチドとして提供される。実施態様において、ネオアンチゲンペプチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０種又はそれよりも多いネオアンチゲンを含むマルチアンチゲンポリペプチドの形で投与され、並びにマルチアンチゲンポリペプチドは、１２、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０個、又はそれよりも多いアミノ酸、又はそれらの数値の間の任意の数を含むことができる。

ａ． 抗原提示細胞活性化
実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、患者のＡＰＣを増殖し且つ動員するために、患者へ投与される。ＦＬＴ３Ｌは、治療開始時に直ちに、Ｔ細胞活性化ワクチン投与を開始する１もしくは２週間前に、ワクチン投与の最初の週又は２週間の間に、並びにワクチン投与の終了時及び／又はその後１～２週間で、並びにそれらの組合せで、投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、Ｔ細胞ワクチン接種の１週間前に投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、Ｔ細胞ワクチン接種時に、又はワクチン接種の前もしくは後の２４時間以内に投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、治療開始の１週間以内、及びＴ細胞ワクチン接種の２４時間以内に投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、放射線治療時に、又は放射線治療の前もしくは後の２４時間以内に投与される。

他のＡＰＣ薬剤は、Ｔ細胞ワクチン接種時又はその近くで投与される。実施態様において、１又は複数の追加のＡＰＣ薬剤は、Ｔ細胞活性化ワクチンと組合せられるか、又は投与のためにＴ細胞活性化ワクチンと共に製剤化される。実施態様において、ＡＰＣ薬剤は、モンタナイド(商標)である。実施態様において、ＡＰＣ薬剤は、モンタナイド(商標)ＩＳＡ５１である。実施態様において、ＡＰＣ薬剤は、ポリ－Ｉ：Ｃである。実施態様において、ＡＰＣ薬剤は、ポリ－ＩＣＬＣである。実施態様において、ＡＰＣ薬剤は、モンタナイド(商標)及びポリ－ＩＣＬＣである。

ｂ． Ｔ細胞ワクチン接種
本明細書において示したように、Ｔ細胞活性化ワクチンは、ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドを含有し、ここでネオアンチゲンは、（ａ）免疫原性（これはネオアンチゲンと非－変異「自己」配列ペプチドの間の差異の程度に一部左右される）、（ｂ）ＭＨＣ－Ｉ及び－ＩＩへの結合親和性、並びに（ｃ）腫瘍組織（複数可）における発現の程度：を基に選択される。腫瘍は特徴的に不均一であるので、このワクチンは、複数のネオアンチゲンを含有する。本明細書に記載したように、このワクチンは、異なる注射部位で、ネオアンチゲンの１又は複数のサブセットの組合せとして投与される。

このＴ細胞活性化ワクチンは、実施可能な限り直ちに、又はＡＰＣが活性化され且つそれらの集団が増殖する時間が経過したら直ちに、投与される。このワクチンは、複数回、例えば、約１、２、３、４、５、又は６週間毎に投与されることができ、並びに各時点で異なるネオアンチゲン及びネオアンチゲンの組合せを含むことができ、並びに異なる注射部位に投与されることができる。各投与は、ワクチン投与の前又は後の約１週間以内で、ＡＰＣ薬剤の投与に随伴することができる。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、ＦＬＴ３Ｌ投与の２４時間以内に投与される方法である。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、ＦＬＴ３Ｌ投与後１日～３０日の間に投与される方法である。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、ＦＬＴ３Ｌ投与後７日～２０日の間に投与される方法である。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、アジュバント、ポリ（Ｉ：Ｃ）、又はポリ－ＩＣＬＣと組合せて投与される方法である。

ｃ． 放射線治療
放射線治療（ＲＴ）は、腫瘍が十分なサイズで及び周囲の組織に許容し難い損傷を与えずにＲＴにアクセス可能な位置に存在する場合に、本発明の方法において使用することができる。本発明の実施態様において、体幹部定位放射線治療（ＳＢＲＴ）は、Ｔ細胞ワクチン接種の完了前又は完了後に投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、最終回のワクチン投与後、約１日間、２日間、３日間、５日間、１週間、又は２週間投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、初回のワクチン投与前、約１日間、２日間、３日間、５日間、１週間、又は２週間投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、初回と最終回のワクチン投与の間に投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２グレイ（Ｇｙ）の強度で投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、約６０、５０、４０、３０、２５、２２、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、又は１０Ｇｙを超えない強度で投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、約５Ｇｙ～約１０Ｇｙの間の強度で投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、約２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分割で投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、約５分割で投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、ＳＢＲＴ投与の約１週間以内、投与前、投与後又は投与時に投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、初回のＳＢＲＴ投与の２４時間以内に投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、皮内又は皮下注射により、連続する日で１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０回投与される。実施態様において、各注射で投与されるＦＬＴ３Ｌの量は、少なくとも約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、７００、７５０、８００、９００、又は１０００μｇ／Ｋｇである。実施態様において、各注射で投与されるＦＬＴ３Ｌの量は、約５０００、４０００、３０００、２０００、１５００、１０００、９００、８００、７００、６００、５５０、５００、４５０、４００、３５０、３００、２５０、又は２００μｇ／Ｋｇを超えない。

ｄ． 免疫抑制阻害
免疫抑制インヒビターは、ワクチン投与と一緒に投与される。実施態様において、１又は複数の免疫抑制インヒビターは、ワクチン投与の完了の約１週間以内、最終投与の投与前、投与後又は投与時に投与される。実施態様において、免疫抑制インヒビターは、ＣＤ７３インヒビターである。実施態様において、ＣＤ７３インヒビターは、オレクルマブ（ＭＥＤ１９４４７）である。実施態様において、ＣＤ７３インヒビターは、ＢＭＳ－９８６１７９(Bristol-Myers Squibb)、ＡＢ６８０(Arcus Biosciences)、ＣＢ－７０８(Calithera Biosciences社)、ＣＰＩ－００６(Corvus Pharmaceuticals)、又はα，β－メチレンアデノシン５’－二リン酸ナトリウム塩である。実施態様において、免疫抑制インヒビターは、Ａ２ａＲインヒビターである。実施態様において、免疫抑制インヒビターは、ＰＤ－１インヒビターである。実施態様において、免疫抑制インヒビターは、ＰＤ－Ｌ１インヒビターである。実施態様において、ＰＤ－１インヒビターは、ニボルマブである。実施態様において、免疫抑制インヒビターは、ＣＴＬＡ－４インヒビターである。実施態様において、ＣＴＬＡ－４インヒビターは、イピリムマブである。

実施態様において、免疫抑制インヒビターは、インヒビターの組合せであり、並びに一緒に又は個別に投与され得る。実施態様において、この組合せは、ＣＤ７３インヒビター及びＰＤ－１インヒビターを含む。実施態様において、この組合せは、オレクルマブ及びニボルマブを含む。実施態様において、この組合せは、ＣＤ７３インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、及びＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１インヒビターを含む。実施態様において、この組合せは、ニボルマブ、イピリムマブ、及びオレクルマブを含む。実施態様は、ＰＤ－１インヒビター、並びにＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＰＤ－Ｌ１インヒビター、並びにＣＴＬＡ－４インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＰＤ－Ｌ１インヒビター、並びにＣＴＬＡ－４インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＣＴＬＡ－４インヒビター、並びにＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２インヒビター、及びＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及びＣＤ７３インヒビター、並びにＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＣＯＸ－２又はＰＧＥ２インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。

実施態様は、マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、並びにＣＯＸ－２インヒビター、ＰＧＥ２インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＣＴＬＡ－４インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、及びＣＤ７３インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。実施態様は、マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、及びＣＴＬＡ－４インヒビター、並びにＣＯＸ－２インヒビター、ＰＧＥ２インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、及びＣＤ７３インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。実施態様は、マルチキナーゼインヒビター；ＰＤ－１インヒビター；ＣＴＬＡ－４インヒビター；ＣＯＸ－２インヒビター又はＰＧＥ２インヒビター；並びに、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、Ａ２ａＲインヒビター、及びＣＤ７３インヒビターから選択された１又は複数のインヒビターの投与を含む方法である。

免疫抑制インヒビターは、それらの承認された用量及びスケジュールに準拠し投与される。投与は、別に指定されない限りは、治療過程を通じて継続される。

ｅ． ＡＴ１アンタゴニスト及びストロマの治療
稠密なストロマ障壁は、アンジオテンシンＩＩ受容体１型（ＡＴ１Ｒ）のアンタゴニスト、アンジオテンシン受容体遮断薬（ＡＲＢ）、及び／又はＡＣＥ阻害薬により治療される。「免疫攻撃できない」表現型を示さない腫瘍であっても、これらの薬剤により治療され、ストロマを正常化し、及び免疫攻撃されない障壁の発達を防ぐことができる。本発明の実施態様において、ＡＴ１Ｒアンタゴニストは、ロサルタンである。本発明の実施態様において、ＡＴ１Ｒアンタゴニスト、ＡＲＢ、又はＡＣＥ阻害薬は、治療開始時又はその近くで投与を開始される。実施態様において、ＡＴ１Ｒアンタゴニスト、ＡＲＢ、又はＡＣＥ阻害薬は、治療開始の約１週間以内に最初に投与される。実施態様において、ＡＴ１Ｒアンタゴニスト、ＡＲＢ、又はＡＣＥ阻害薬の投与は、実質的に治療過程を通じて継続される。実施態様は、実質的に治療過程を通じたロサルタンの投与を含む方法である。

２． タイミング及び順番
この治療相のタイミングは、患者の反応に応じて変動し得る。実施態様において、患者は、Ｔ細胞活性化ワクチンが投与されることができるまで、ベバシズマブ、カペシタビン、ロサルタン、及びアスピリン、イブプロフェン、又はナプロキセンにより治療される。このワクチンは、約１週間～約６週間の間隔、約２週間～約５週間の間隔、約４週間の間隔、又は約１ヶ月の間隔で、約１、２、又は３回投与される。実施態様において、このワクチンは、約１ヶ月の間隔で、１、２、又は３回投与される。ＦＬＴ３Ｌは、各Ｔ細胞ワクチン接種の前最大約１週間、又は１又は複数回のＴ細胞ワクチン接種の際に、投与される。実施態様において、ＦＬＴ３Ｌは、各ワクチン接種と共に投与される。

ＳＢＲＴは、適切に、ワクチン接種前、ワクチン接種相の期間、又はワクチン接種相の終了後に投与される。実施態様は、ＳＢＲＴが、最終回のワクチン接種後、約１、２、３、４、又は５週間に投与される方法である。実施態様は、ＳＢＲＴが、初回ワクチン接種前の、約１、２、３、４、又は５週間に投与される方法である。実施態様は、ＳＢＲＴが、初回と最終回のワクチン接種の間で投与される方法である。ＦＬＴ３Ｌはまた、ＳＢＲＴと一緒に投与されることができる。本発明の実施態様において、ＳＢＲＴは、最終回のワクチン接種後約１、２、３、４、又は５週間で投与される。実施態様は、ＳＢＲＴが、最終回のワクチン接種後約１週間で投与される方法である。実施態様は、ＦＬＴ３Ｌが、ＳＢＲＴ前約１週間以内から、ＳＢＲＴ治療後約２４時間までの時点で、投与される方法である。実施態様は、ＳＢＲＴが、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２グレイ（Ｇｙ）の強度で投与される方法である。実施態様において、ＳＢＲＴは、約６０、５０、４０、３０、２５、２２、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、又は１０Ｇｙを超えない強度で投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、約５Ｇｙ～約１０Ｇｙの間の強度で投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、約２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分割で投与される。実施態様において、ＳＢＲＴは、約５分割で投与される。

免疫抑制インヒビターは、本方法の期間中の任意の時点で投与されることができる。実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及び／又はＰＤ－Ｌ１インヒビターが投与され、並びにＣＤ７３インヒビターが投与される方法である。実施態様は、ＰＤ－１インヒビター及び／又はＰＤ－Ｌ１インヒビターが投与され、並びにマルチキナーゼインヒビターが投与される方法である。実施態様は、ニボルマブ及びレゴラフェニブが投与される方法である。実施態様は、免疫抑制インヒビターの投与が、最終回のワクチン投与と、最終回のワクチン接種後約６週間の間で開始される方法である。実施態様は、免疫抑制インヒビターの投与が、最終回のワクチン接種の１週間以内に開始される方法である。

３． 反応の測定
腫瘍反応は、モニタリングされる。進行が起こった場合、免疫抑制インヒビターの組合せは変更される。実施態様において、ニボルマブ及びレゴラフェニブの投与は、ニボルマブ及びＣＤ７３インヒビターに変更される。実施態様において、ニボルマブ及びＣＤ７３インヒビターの投与は、ニボルマブ及びレゴラフェニブに変更される。進行が継続する場合、新たなネオアンチゲンが設計され、並びにこのワクチン接種相が反復され、それにＳＢＲＴ及び免疫抑制インヒビターの投与、反応の測定が続く。

療法に対する患者の反応は、複数の方式で測定することができる。例えば患者の腫瘍（複数可）に対する効果は、腫瘍退縮のＸ線測定により決定することができる。腫瘍は、生検用又は切除され、並びにその組織は、腫瘍細胞の死滅、並びにＣＴＬ及びＡＰＣの浸潤について組織学的に試験され得る。生検用又は切除された組織は、腫瘍マーカーの変化、不均一性の変化などについて、ディープシークエンシングにより試験され得る。血液は、循環している腫瘍細胞、腫瘍ＤＮＡ、及び／又は腫瘍抗原の減少について、循環ＣＴＬ及び遊走ＡＰＣの増加について、並びにサイトカインレベルもしくは他のバイオマーカーの変化について試験され得る。そのような診断結果を使用し、いつ次相へ進行するかを（例えば、ＡＰＣ集団が十分に増殖されている場合、十分なＣＴＬが産生されている場合、免疫抑制が出現もしくは増大した場合）決定することができる。診断結果はまた、特定の薬剤が、患者の腫瘍（複数）に対し有効性を欠いているかどうか、及び別の薬剤にいつ切り替えるかを決定するために使用することもできる。腫瘍反応はまた、バイオマーカーの測定値により測定することもできる。

本発明の実施態様において、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布は、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与後、約５日～約３０日の間に決定される。本発明の実施態様において、Ｔ細胞ワクチン接種に対する腫瘍反応は、ワクチン接種の反復前に決定される。

実施例
下記実施例は、当業者への指針として提供され、決して特許請求される発明の範囲を限定することを意図してはいない。遺伝子の発現レベルが、腫瘍組織試料について提供される場合、別に注記しない限りは、これは組織試料中のその遺伝子のＲＮＡ発現（ＲＮＡＳｅｑ）を指していると理解され、これは発現プロファイリングに関するマイクロアレイ技術と同等の結果を生じることが示されている(Guoら、PLoS One (2013) 8(8):e71462)。

実施例１：Ｔ細胞共刺激タンパク質
ＣＤ４、ＣＤ３Ｄ（これはＴＣＲ－ＣＤ３抗原受容体複合体の一部を形成する）、及びＣＤ８Ａの腫瘍内浸潤免疫細胞における発現を、Ｔ細胞に関する共刺激タンパク質ＣＤ８０及びＣＤ８６のＳＣＴにおける発現と比較した。結果を、表１に示す。

これらの結果は、これらの特徴的Ｔ細胞抗原の発現は、前述のＳＣＴにおけるＴ細胞活性化タンパク質ＣＤ８０及びＣＤ８６の発現と良く相関していることを明らかにしている。これは、ＣＲＣ腫瘍（これはＣＤ８０及びＣＤ８６を発現する）における成熟ＡＰＣの数を増加するＡＰＣ活性化薬剤は、Ｔ細胞浸潤を促進し、且つＴ細胞活性化ワクチンとの相乗的結果を提供することを指摘している。このことは、ＣＲＣ腫瘍の侵襲性周縁のより大きい数の成熟ＡＰＣは、ＣＲＣにおけるより良い生存期間を予測するという結果(A. Pryczyniczら、Gastroenterol Res Pract (2016) 2016:2405437)と一致する。

実施例２：ＰＴＧＥＳ２のＣＤ４、ＣＤ８３、及びＣＤ８６との相関
ＣＲＣ腫瘍におけるＰＴＧＥＳ２の発現、対、ＣＤ４（Ｔ_Ｈマーカー）、ＣＤ８３（ＡＰＣ成熟マーカー）、及びＣＤ８６（Ｂ７－２としても公知、ＡＰＣマーカー）の発現を、試験した。結果は、表２に示している。

これらの結果は、ＰＴＧＥＳ２（これはＰＧＥ２の生成を増大する）の発現は、結腸直腸、膵臓、前立腺、頭頸部、メラノーマ、肺、及び食道の癌におけるＴ細胞及びＡＰＣのダウンレギュレーションに関連していることを指摘している。同じくT. Seoら、Virchows Archiv (2009) 454(6):667-76も参照し、著者らは、ＰＧＥ合成酵素は、ＣＲＣ腫瘍において過剰発現され、且つ予後不良に相関していることを報告している。

ＣＯＸ－２を阻害－その結果のＰＧＥ２合成－のためのアスピリンの使用は、ＣＲＣ患者の生存期間を改善することが報告されている。例えば、アスピリンを定期的に使用する患者における低いＴＩＬを伴うＣＲＣのリスクの減少を報告する、Y. Caoらの論文、Gastroenterol (2016) 151(5):879-92；並びに、アスピリン使用は、低いＰＤ－Ｌ１発現を伴うＣＲＣ患者においては癌－特異的生存期間及び全生存期間と正に相関したが、ＰＤ－Ｌ１の高い発現を伴う患者においては恩恵はなかったことを報告している、T. Hamadaらの論文、J Clin Oncol (2017) 35(16):1836-44を参照されたい。

実施例３：ＦＬＴ３Ｌ発現のＣＤ４及びＣＤ８との相関
ＳＣＴにおけるＦＬＴ３ＬＧ発現とＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、及びＣＤ８６の発現との相関を、ＣＤ４０発現とＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、及びＣＤ８６の発現との相関と比較した。結果を、表３に示す。

これらの結果は、ＣＤ４、ＣＤ８、及びＣＤ８６の発現は、結腸直腸、前立腺、頭頸部、メラノーマ、肺、食道、肝臓、胃、乳房、及び腎臓（腎細胞癌）の癌におけるＦＬＴ３ＬＧの発現と、並びに加えて膵臓癌におけるＣＤ４０と強力に相関していることを明らかにしている。

M.A. Morseらの論文、J Clin Oncol (2000) 18(23):3883-93は、ｍＣＲＣ患者へのＦＬＴ３Ｌ（２０μｇ／Ｋｇ／日）の１４日間の投与（１ヶ月間隔で１～３サイクル）は、末梢血中の白血球数（５，９００／ｍｍ^３から１１，２００／ｍｍ^３へ）、ＰＢＭＣ中のＡＰＣの割合（２．４％から８．８％へ）、及び腫瘍の周辺に認められるＡＰＣの数を、有意に増加したことを報告した。

実施例４－臨床試験
対象の疾患ステージ（ＤＳ）は、ｍＣＲＣ、ステージＩＶと診断され、標準のケア化学療法（ＦＯＬＦＯＸ－フォリン酸、フルオロウラシル、及びオキサリプラチン）、その後ＦＯＬＦＩＲＩ（フォリン酸、フルオロウラシル、及びイリノテカン）に配置され、その間患者のネオアンチゲンを分析した。腫瘍の原発巣切除由来の新鮮な凍結腫瘍試料、及び正常組織試料を、Avera Institute for Human Genetics(スーフォールズ、SD)へ、全エキソームシークエンシング及びＨＬＡタイピングのために送った。これらの結果を、Vaxrank and MHCflurry(OpenVax、Mt. Sinai、ニューヨーク、NY)を用いて分析した。例えば、A. Rubinsteynら、Front Immunol (2017) 8:1807参照。

このソフトウェアは、ＭＴ－ＣＯ２（シトクロムＣオキシダーゼサブユニット２）における変異を同定し、且つ対象のＭＨＣタンパク質に強力に結合すると予測された一連のペプチドを予測した。トップ候補を、表４に示している。

トップの２種のペプチド（配列番号：１－２）を、以下の遺伝子のネオアンチゲンを基にした２８種の他のペプチドに加え、使用のために選択した：ＮＯＮＯ、ＴＡＮＧＯ６、ＡＤＡＭ１９、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＤＭＫＮ、ＥＬＬ、ＳＭＵＲＦ２、ＡＲＩＤ４Ａ、ＨＡＣＬ１、ＢＲＩＸ１、ＮＴＲＫ２、ＣＤＣ４２、ＬＰＣＡＴ３、ＮＲＡＳ、及びＮＵＰ８５。これらのペプチドは、長さ９個から２５個のアミノ酸のサイズ範囲であった。これらのペプチドは、商業的に合成され、精製され、投与まで貯蔵のために凍結乾燥された。

投与時に、これらのペプチド（各６０μｇ）を、５種づつの６群において一緒にし、１０％ＤＭＳＯを含む注射用水（各１．０ｍＬ）中に懸濁した。次にこれらのペプチド混合物を、モンタナイド(商標)ＩＳＡ５１(Seppic、仏国)と、１：１．４の比で一緒にした。その後６種の製剤を、上腕へ皮内投与した。これらのペプチド製剤の群は、３回投与し、各々およそ１ヶ月間を開けた。３回目の投与製剤は、更にポリ：ＩＣＬＣ（ヒルトノール（登録商標）、Oncovir社、１．８ｍｇ／ｍＬ）を、ペプチド：ヒルトノール（登録商標）の比３：１で含んだ。

療法は、このワクチンが投与される場合、ＦＯＬＦＩＲＩをベバシズマブと共に含んだ。２０１９年１月の３回目の投与後、ＦＯＬＦＩＲＩを中断し、この対象を、カペシタビン（毎日２，０００ｍｇを１週間投与及び１週間休薬）、ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇを２週間毎）、アスピリン（７５０ｍｇ／日）、セレコキシブ（ＣＯＸ－２インヒビター、２００ｍｇ／日）、及びロサルタン（１００ｍｇ／日）により治療した。

初回ワクチンの最終投与後およそ６ヶ月で、２９種のネオアンチゲンペプチドの新たなセットを設計し、且つ調製した（表５）。ペプチドは、３つの個別の製剤中、１０％ＤＭＳＯを含む注射用水中に懸濁した（各ペプチド６０μｇ）。これらの３つのペプチド懸濁液（各２９０μＬ）を次に、ヒルトノール（登録商標）（１１０μＬ）及びモンタナイド（商標）（４００μＬ）と個別に組合せ、得られる製剤を、大腿部へ皮下注射した。その後対象は、２０１９年の７月下旬と８月中旬にヒト化した抗－ＣＤ７３ ＩｇＧ１抗体のＣＰＩ－００６（１８ｍｇ／Ｋg、Corvus Pharmaceuticals)の２投与量、並びに２０１９年８月下旬にヒト化した抗ＰＤ－１抗体のペムブロリズマブ（１００ｍｇ、キイトルーダ, Merck)の１投与量を、引き続き２０１９年８月下旬にマルチキナーゼインヒビターのレゴラフェニブ（４０ｍｇ、Bayer)の１日量を４回受け取った。

結果
初回ワクチン接種前には、対象は、ＦＯＬＦＯＸ治療にもかかわらず、増殖する疾患を示した。３回目のワクチン接種後、対象は、５ヶ月間のカペシタビン、ベバシズマブ、アスピリン、ロサルタン及びセレコキシブにおいて、安定した疾患を示し、このことはアスピリンとカペシタビン及びベバシズマブの併用で大量に(heavily)予備治療された患者については予想外であった(Giampieriら、Clinical Colorectal Cancer, Vol. 16, No. 1, 38-43)。５ヶ月後、対象は、ベバシズマブを停止し、ＣＤ７３インヒビターを受け取り、且つＣＥＡのわずかな上昇を基に進行の疑いを、及びＰＥＴ（ポジトロン放出断層撮影）走査において視認できるリンパ節転移の疑いを認めた。この対象は、新規２９種のペプチドワクチンの１回投与量及びＣＤ７３インヒビターの２回投与量を抗ＰＤ－１の１回投与量と共に投与され、並びに図１（右側パネル）において示したように、２０１９年９月のＰＥＴ走査において転移の劇的進行及び新規病巣を認めた。結果として、この対象は、ＣＰＩ－００６を中断し、アスピリン、セレコキシブ及びロサルタンを維持しながらの、ＦＯＬＦＩＲＩとベバシズマブ及びニューラスタの併用を再開した。ＦＯＬＦＩＲＩ、ベバシズマブ及びニューラスタの初回の隔週(biweekly)投与量の２週間後で、ＣＥＡレベルは、下降せず、１８．６までわずかに上昇し、そのためマラビロックを、アスピリン、セレコキシブ及びロサルタンを継続しながらのＦＯＬＦＩＲＩ、ベバシズマブ及びニューラスタに加えた。

ＦＯＬＦＩＲＩの２回目の投与量の２週間後、ＣＥＡは８．４へ下降し、対象は、ＦＯＬＦＩＲＩから、忍容性及び投与がより容易である経口カペシタビンへ変更した。この時点から先は、この対象は、カペシタビン（１日２回の２，０００ｍｇを１週間投与及び１週間休薬）、ベバシズマブ（２週間毎）、ニューラスタ（２週間毎に６ｍｇ）、マラビロック（１５０ｍｇを１日２回）、ペムブロリズマブ（抗ＰＤ－１、１００ｍｇ、キイトルーダ、Merck)の１投与量、アスピリン、セレコキシブ、及びロサルタンの治療レジメンを継続した。およそ２ヶ月半後、図１（左側パネル）に示し、並びに２０１９年９月９日と２０１９年１１月２６日の間のＰＥＴ走査の比較において以下に説明し、且つ同じ期間の血液マーカーＣＥＡの１７．２ｎｇ／ｍＬから２．９ｎｇ／ｍＬへの減少により確認されたように、転移は大きく減少した。２０１９年１１月２６日にＰＥＴ－ＣＴ走査を実施した放射線科医は、報告書に以下の印象を記載している：「２０１９年９月９日のＦＤＧ ＰＥＴ／ＣＴから、代謝亢進性の悪性の軟組織転移は、全般的に大きく減退し、残存疾患として説明される」。

放射線科医の詳細なコメントは、以下に含まれる。特に、ＳＵＶ（標準取込み値）の急激な減少及び消散（「消散された」）の所見は、ＤＳなどのＭＳＳ ｍＣＲＣを伴う最終ステージの予備治療された対象については高度には予想されなかった。

「肺：現時点で、疑わしい代謝亢進性知見はない。先行する散在性代謝亢進性肺転移は、大部分は消散し；わずかな散在した残存する軽度のＦＤＧが良く集積した(FDG-avid)減少した肺小結節を伴う、例えば：＊左下葉の肺小結節、ＣＴ画像９４、ＰＥＴ画像９０（ＰＥＴ－ＣＴ融合画像－局在画像において若干の不正確さを見越す）；０．７ｃｍ、以前は０．９ｃｍ、ＳＵＶは２．９、以前は４．９。

胸膜／心膜：前回トレースした滲出液は消散した。

胸部リンパ節：ＣＴ評価は、ＩＶ造影剤の欠如及び低いＣＴ ｍＡ／投与量により、制限された。先の代謝亢進性縦隔／門のアデノパシーは、大部分は消散し；最小のアデノパシーの残存；例えば、*主静脈下の巣(Subcarinal focus)、ＳＵＶは２．７、以前は６．４。

肝胆道：代謝亢進性の被膜／被膜下肝インプラント(implant)は、シンチグラフィー的に大きさは顕著に減退され、視認できる疾患が有意に残存する；例えば、＊ＰＥＴ画像１０４、ＳＵＶは１０．８、以前は１９．６。

脾臓：先の代謝亢進性脾周囲インプラントは、最早シンチグラフィー的には明白ではない。

膵臓：異常な取込みなし。

副腎：異常な取込みなし。

腎臓／尿管／膀胱：排泄活動が存在する。

腹骨盤結節：先行する代謝亢進性腹骨盤アデノパシーは、消散した。

腸管／腹膜／腸間膜：＊右側肝周囲領域へ伸びる腹腔内／腹膜カテーテルが装着された、皮下前面の腹壁ポート；そこでは、カテーテルは、前面の腹部筋肉組織を貫通し、そこでは再度、限局性代謝亢進性活性が視認される－恐らく腫瘍に対する感染／炎症；変化なし；ＳＵＶは２２．７、以前は２０．０。＊予測された肝周囲領域における、カテーテルを備える皮下肝動脈ポンプリザーバ；そこでは、カテーテルは、前面の腹部筋肉組織を貫通し、そこで再度、限局性代謝亢進性活性が視認される－減退される。ＳＵＶは４．６、以前は１２．７。＊前面の腹壁の正中線回復創内の代謝亢進性結節病巣。画像１５８、ＳＵＶは８．６、以前は２２．４。先の代謝亢進性の腹膜及び他の腹部インプラントは、大部分消散し、残存疾患を伴った；例えば、＊結腸吻合から分離できない、画像２０３、ＳＵＶは１１．７、以前は３６．７。先の少量の腹水は消散した。

骨盤内器管：異常な取込みなし。

骨／軟組織：疑わしい骨病巣なし。骨格の赤色骨髄領域中の代謝亢進性活性の拡散、生理的バリアントの取込みと一致する。」。

実施例５：レゴラフェニブ治療
ＣＲＣにおけるＣＤ８の高発現に加えた、ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１の高発現は、Ｔ細胞は、能動的に腫瘍に結合し、及びその結果抗－ＰＤ－１又は抗－ＰＤ－Ｌ１は、免疫抑制の低下を補助することを指摘している(A.P.R. Ballyら、J Immunol (2016) 196:2431-37；A.M. Valentiniら、 Oncotarget (2018) 9:8584-96)。例えばＴ細胞上のＰＤ－１発現は、アビディティ及び抗－腫瘍反応性を反映している(S. Simonら、Oncoimmunol (2018) 7(1):e1364828)。同じくJ.H. Parkらの論文、J Clin Oncol (2018) 36(4 supp):631も参照し、著者は、ＰＤ－Ｌ１発現は、腫瘍の切除後のミスマッチした回復－コンピテントな(repair-competent)ＣＲＣ（グレードＴＮＭ Ｉ－ＩＩＩ ＣＲＣ）を伴う患者における臨床病理学的特徴又は腫瘍微小環境の特徴と相関しなかったことを報告した。ＴＩＬ ＰＤ－１発現は、臨床病理学的特徴と関連しないが、高いクリントラップ－マキネングレードと（Ｐ＜０．００１）、高いイムノスコアと（Ｐ＜０．００１）、低い腫瘍間質百分率と（ＴＳＰ、Ｐ＝０．０６８）、及び低いグラスゴー微小環境スコアと（Ｐ＜０．００１）関連していた。多変量生存解析は、高いＴＩＬ ＰＤ－１発現は、改善された癌－特異的生存期間（ＨＲ ０．６０、Ｐ＝０．０１６）と関連し、イムノスコア（ＨＲ ０．７４、Ｐ＝０．０３）及びＴＳＰ（ＨＲ １．９１、Ｐ＝０．０２７）とは関連がなかったことを示した。ＰＤ－Ｌ１発現は、単変量又は多変量解析において、ＣＳＳとは関連がなかった。

最近の臨床試験結果は、マルチキナーゼインヒビターのレゴラフェニブ治療は、抗－ＰＤ－１ニボルマブ治療と併用した場合、相乗的治療結果を示し、進行した結腸直腸癌又は胃癌の予備治療した患者の４０％において客観的腫瘍反応を提供し、及び８８％において安定した疾患を提供することを認めた(S. Fukuokaら、J Clin Oncol (2019) 37:(suppl; abst 2522))。レゴラフェニブはまた、抗－ＰＤ－Ｌ１のアベルマブ治療と併用した場合にも、相乗的治療結果を示し、進行した結腸直腸患者の６０％においてＣＤ８＋ Ｔ細胞の浸潤の有意な増加を提供し、及び５７．３％において安定した疾患を提供した(S. Cousinら、J Clin Oncol (2020) 38:(15_suppl; abst 4019))。この組合せは、肺における(M.S. Kiesら、https://ascopubs.org/doi/abs/10.1200/jco.2010.28.15_suppl.7585)、膵臓における(S. Bozzarelliら、Ann Oncol (2016) 27(sup 6):692P)；J.S. Salmonら、https://ascopubs.org/doi/abs/10.1200/JCO.2017.35.15_suppl.e15751)、並びに結腸直腸癌、肝臓癌（肝細胞癌）、及び胃癌におけるそのＦＤＡ承認された使用における、単剤としてのレゴラフェニブの控えめな臨床活性と比べ好ましい。レゴラフェニブは、腫瘍血管新生（ＶＥＧＦＲ１－３、ＴＩＥ２）、発癌（ＫＩＴ、ＲＥＴ、ＲＡＦ－１、ＢＲＡＦ）、転移（ＶＥＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲ、ＦＧＦＲ）、及び腫瘍免疫（ＣＳＦ１Ｒ）に関与した複数のプロテインキナーゼをブロックする。ＣＳＦ１Ｒのブロックは、マクロファージの生成を阻害し、その結果Ｔｒｅｇ細胞と同様にＣＴＬに対し免疫抑制作用を発揮する腫瘍－関連マクロファージ（ＴＡＭ）の数の減少を生じる。血管新生のブロックは、腫瘍が患者の血管系から酸素及び栄養を獲得することを防止する。類似の薬物アキシチニブも、腫瘍血管新生（ＶＥＧＦＲ１－３）、転移（ＶＥＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲ）に関連した同じプロテインキナーゼの一部をブロックし、且つ結腸直腸癌における単剤療法のように控えめな臨床作用を達成する(C. Gravalosら、Clin Colorectal Cancer (2018) 17(2):e323-29)。しかし腎臓（腎細胞癌）において抗－ＰＤ－Ｌ１のアベルマブと併用する場合、これは、飛躍的療法の称号を達成した。別の類似薬物レンバチニブも、腫瘍血管新生（ＶＥＧＦＲ１－３）、転移（ＶＥＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲ）に関与した同じプロテインキナーゼの一部をブロックし(S. Sarcognatoら、Clinical Liver Disease, (2019) 14 (2):62-65)、並びに結腸直腸癌の単剤療法として控えめな臨床作用を達成する(H. Shojiら、J Clin Oncol (2019) 37(15): 3538-3538)。しかし、進行した胃癌において抗－ＰＤ－１のペムブロリズマブと併用する場合、これは６９％の客観的反応を達成した(A. Kawazoeら、Lancet Oncol (2020) June 23, 2020、初稿はオンライン、https://doi.org/10.1016/S1470-2045(20)30271-0)。

ＳＣＴ腫瘍からのデータは、ＣＤ４発現は、前述の標的の多くの発現と高度に相関することを示す。表６及び７は、多くのレゴラフェニブ標的とＣＲＣ腫瘍におけるＣＤ４及びＣＤ８の発現の間の相関関係を示す。

Ｔ細胞マーカー（ＣＤ４及びＣＤ８Ａ）と列挙された標的遺伝子の間の相関関係は、結腸直腸、膵臓、頭頸部、及び肺の癌における、腫瘍血管新生、発癌、及び転移の腫瘍防御、並びにＴ細胞からの腫瘍免疫の強力な刺激を示している(M. Kisselら、Oncotarget (2017) 8(63):107096-108)。これらの相関関係は、レゴラフェニブは、ニボルマブと相乗的であることを示し、このことはまたこれはＴ細胞活性化ワクチンとも相乗的であることを示唆している。

固形癌性腫瘍からのデータはまた、各癌に関して、生存期間は、先の標的受容体の一つに対応するタンパク質の発現と密に相関していることも示している。表８は、各癌に関する、強力な関係でレゴラフェニブ標的に結合するタンパク質の発現の上位四分位(top quartile)の患者の全生存期間を、下位四分位の生存期間と比較している、「ＣＯＸ比例ハザード比」を示している。ＶＥＧＦ－Ｂは、ＶＥＧＦＲ１に結合し、ＶＥＧＦＡは、ＶＥＧＦＲ１及びＶＥＧＦＲ２に結合し、並びにＶＥＧＦＣは、ＶＥＧＦＲ３に結合する(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3411125/)。表８のこれらのハザード比は、レゴラフェニブは、結腸直腸及び胃以外でも、癌における血管新生に対する有益な活性を有するであろうことを指摘し、並びに表８の相関関係と一緒に、これらもまた、Ｔ細胞活性化ワクチンと相乗的であることを示唆している。ここで提示されたこれらの知見は、S. Zongら、Clin Chim Acta (2016) 458:106-14(CRC)；Z. Zhangら、PLoS ONE (2016) 11(11):e0165725(乳房)；H. Xiaら、Cancer Biomark (2016) 17(2):165-70(食道)；W. Caoら、Tumour Biol (2014) 35(4):3377-83(胃)；及び、H. Jiangら、Clin Chim Acta (2014) 427:94-99(非小細胞肺癌)の論文により報告された結果と一致している。

実施例６：ベバシズマブ治療
腫瘍細胞は、ＶＥＧＦＲ１及びＶＥＧＦＲ２をアップレギュレートすることができ、このことは血管及び内皮の異常調節のために、Ｔ細胞浸潤を減少する。例えば、腎細胞癌患者において、ベバシズマブによる抗－ＶＥＧＦ治療は、潜在的に血管の正常化及び内皮細胞の活性化を通じ、腫瘍内Ｔ細胞浸潤を増大した(Wallinら、Nat Commun 2016 Aug 30;7:12624)。

レゴラフェニブ同様、最近の臨床試験の結果は、モノクローナル抗体ベバシズマブと化学療法薬カペシタビンによる治療は、抗ＰＤ－Ｌ１アテゾリズマブ治療と併用した場合、相乗的治療結果を示し、予備治療した転移性結腸直腸癌の患者において８．５％の客観的腫瘍反応を、公開時には８．５％の進行性の反応を提供したことを発見した(N. Mettuら、Annals of Oncology (2019) 30 (suppl_5): v198-v252.)。予備治療した患者におけるこの３種の併用は、２．２％の進行中の反応を伴い、予備治療した転移性結腸直腸癌患者におけるベバシズマブ及びカペシタビンの同じ試験のより控えめな４．４％の客観的反応率と比べ、好ましい。ベバシズマブは、腫瘍血管新生に関連した複数のプロテインキナーゼ（ＶＥＧＦＲ１－２）を、循環ＶＥＧＦ－Ａと結合することにより、ブロックする(Pandeyら、Hypertension. 2018;71:e1-e8)。血管新生のブロックは、腫瘍が、患者の血管系から酸素及び栄養を獲得することを防止する。

先の表６の結腸直腸癌腫瘍からのデータは、ＣＤ４及びＣＤ８Ａは、先のＶＥＧＦ－Ａの標的受容体、すなわち結腸直腸癌におけるＶＥＧＦＲ１及びＶＥＧＦＲ２の発現に密に相関していることを示している。実施例４からの臨床データは、カペシタビン、ベバシズマブ、アスピリン、セレコキシブ及びロサルタン維持療法から、ベバシズマブを除くと、ＣＥＡ及び走査は、進行の兆候を示したことを示した。対照的に、抗原提示細胞薬剤（ニューラスタ及びマラビロック）及び抗ＰＤ－１が、カペシタビン、ベバシズマブ、アスピリン、セレコキシブ及びロサルタンに加えられる場合、ＰＥＴ走査及びＣＥＡは、腫瘍組織量の劇的減少を示した。

実施例７：セツキシマブ治療
レゴラフェニブ同様、最近の臨床試験結果は、モノクローナル抗体セツキシマブ及び化学療法ＦＯＬＦＯＸの治療は、抗ＰＤ－Ｌ１アベルマブ治療と併用した場合、相乗的治療結果を示し、ＲＡＳ野生型腫瘍を伴う未治療の転移性結腸直腸の対象において８０％の全奏効率を提供したことを発見した(jnccn360.org/colorectal/news/avelumab-plus-folfox-and-cetuximab-in-metastatic-colorectal-cancer/)。この３種の併用は、同様の設定において転移性結腸直腸癌でのセツキシマブ及びＦＯＬＦＯＸにより予想されるより控えめな６６％の客観的反応と比べ、好ましい(www.ncbi.nlm.nih. gov/pmc/articles/PMC6324088/)。患者モデル及び前臨床モデルの両方において、セツキシマブは、ＥＧＦＲ受容体に作用し、且つ免疫原細胞死を引き起こし、樹状細胞及びｔ－細胞を腫瘍へ誘引する(www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27135741；www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/ PMC5378263/)。

結腸直腸癌腫瘍からのデータは、ＥＧＦＲ発現は、ＣＤ８Ａを含むＴ細胞浸潤の特異的マーカーと、低い相関関係を有し、ＩＦＮＧ（インターフェロンγ、Kosmidisら、J Cancer. 2018; 9(2): 232-238、www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5771329/)は、ＣＤ８Ａと８３％相関し、並びにＴＡＰ１及びＢ２Ｍにより説明されるその支持する抗原提示機構は、両方共ＣＤ８Ａと５６％相関する(Ozcanら、Oncoimmunology. 2018; 7(7): e1445453、www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5993484/)ことを示している。このことは、低いＴ細胞浸潤、インターフェロンγの低いレベル、及び機能障害の抗原提示機構を伴う一部の患者は、ＥＧＦＲを発現し、且つセツキシマブ治療から恩恵を受けることができることを指摘している。

実施態様
本発明の実施態様は、対象における固形癌性腫瘍（ＳＣＴ）の治療のためのシステムであり、このシステムは、以下を有する：抗原提示細胞薬剤；Ｔ細胞活性化ワクチン；及び、免疫抑制インヒビター。そこでは、抗原提示細胞薬剤は、ＣＤ４０アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、アジュバント、ＦＬＴ３Ｌ、又はそれらの任意の組合せである。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、ＣＤ７３インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＰＤ－１インヒビター、Ａ２ａ受容体インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、シクロホスファミド、ＣＯＸ－２インヒビター、プロスタグランジンＥ２インヒビター、及びそれらの任意の組合せからなる群から選択されるシステムである。実施態様は、アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストを更に有するシステムである。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、又はマルチキナーゼインヒビターであるシステムである。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、又はマルチキナーゼインヒビターであるシステムである。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、ＣＤ７３インヒビター及びＰＤ－Ｌ１インヒビターであるシステムである。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、ＣＯＸ－２インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、及びＰＤ－１インヒビター又はＰＤ－Ｌ１インヒビターであるシステムである。実施態様は、マルチキナーゼインヒビターが、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、フルキンチニブ、アキシチニブ、又はレンバチニブであるシステムである。実施態様は、ＰＤ－１インヒビターが、ニボルマブであるシステムである。実施態様は、ＰＤ－Ｌ１インヒビターが、デュルバルマブであるシステムである。

実施態様は、放射線治療を更に含むシステムである。実施態様は、放射線治療が、体幹部定位放射線治療（ＳＢＲＴ）であるシステムである。実施態様は、ＳＣＴが、結腸直腸癌、膵臓癌、前立腺癌、頭頸部癌、肺癌、メラノーマ、乳癌、肝臓癌、食道癌、及び胃癌から選択されるシステムである。

実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、ネオアンチゲンワクチンを含むシステムである。実施態様は、ネオアンチゲンワクチンが、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチド、又は複数のネオアンチゲンペプチドもしくはマルチアンチゲンポリペプチドをコードしている核酸を含むシステムである。実施態様は、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約３～約５０のポリペプチドからなるシステムである。実施態様は、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約５～約４０のポリペプチドからなるシステムである。実施態様は、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約１０～約３０のポリペプチドからなるシステムである。実施態様は、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、１又は複数の短いネオアンチゲンポリペプチドを含むシステムである。実施態様は、短いネオアンチゲンが、長さ約６～約１２個のアミノ酸を含むシステムである。実施態様は、短いネオアンチゲンが、長さ約８～約１０個のアミノ酸を含むシステムである。実施態様は、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、１又は複数の長いネオアンチゲンを含むシステムである。実施態様は、長いネオアンチゲンが、長さ約１２～約３０個のアミノ酸であるシステムである。実施態様は、長いネオアンチゲンが、長さ約１５～約２４個のアミノ酸であるシステムである。

実施態様は、ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、対象のＳＣＴにより発現された抗原に対応するように設計されているシステムである。実施態様は、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、複数の亜群として提供され、ここで各亜群は、少なくとも一つの他の亜群には存在しない少なくとも１種のネオアンチゲンを含むシステムである。実施態様は、複数の亜群が、約２から約１０の亜群からなるシステムである。実施態様は、複数の亜群が、約３から約８の亜群からなるシステムである。実施態様は、各亜群が、約３種～約２０種のネオアンチゲンを含むシステムである。実施態様は、各亜群が、約５種～約１０種のネオアンチゲンを含むシステムである。

実施態様は、抗原提示細胞薬剤が、ＦＬＴ３Ｌであり；並びに、免疫抑制インヒビターが、ＣＤ７３インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、アスピリン、及びセレコキシブ、又はそれらの組合せから選択されるシステムである。実施態様は、抗原提示細胞薬剤が、ＦＬＴ３Ｌを含み；並びに、免疫抑制インヒビターが、レゴラフェニブ、ニボルマブ、及びアスピリンを含むシステムである。

本発明の局面は、複数のネオアンチゲン又は複数のネオアンチゲンをコードしている１もしくは複数の核酸を有する、対象におけるＳＣＴの治療のための、Ｔ細胞活性化ワクチンであり、ここで複数のネオアンチゲンは、少なくとも１種の短いネオアンチゲンを含む。実施態様は、少なくとも１種の長いネオアンチゲン；及び、医薬として許容し得る担体を有するＴ細胞活性化ワクチンである。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、約３～約５０種のネオアンチゲンからなるワクチンである。実施態様は、複数のネオアンチゲンペプチド及び／又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約５～約４０種のネオアンチゲンを含むワクチンである。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、約１０～約３０種のネオアンチゲンペプチド及び／又はマルチアンチゲンポリペプチドを含むワクチンである。実施態様は、短いネオアンチゲンが、長さ約６～約１２個のアミノ酸であるワクチンである。実施態様は、短いネオアンチゲンが、長さ約８～約１０個のアミノ酸であるワクチンである。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、１又は複数の長いネオアンチゲンを含むワクチンである。実施態様は、長いネオアンチゲンが、長さ約１２～約３０個のアミノ酸であるワクチンである。実施態様は、長いネオアンチゲンが、長さ約１５～約２４個のアミノ酸であるワクチンである。実施態様は、ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、対象のＳＣＴにより発現される抗原に対応するように設計されているワクチンである。

実施態様は、複数のネオアンチゲンが、複数の亜群として提供され、ここで各亜群は、少なくとも１種の他の亜群には存在しない少なくとも１種のネオアンチゲンを含むワクチンである。実施態様は、複数の亜群が、約２～約１０の亜群からなるワクチンである。実施態様は、複数の亜群が、約３～約８の亜群からなるワクチンである。実施態様は、各亜群が、約３種～約２０種のネオアンチゲンを含むワクチンである。実施態様は、各亜群が、約５種～約１０種のネオアンチゲンを含むワクチンである。実施態様は、アジュバントを更に含むワクチンである。実施態様は、抗原提示細胞薬剤を更に含むワクチンである。

本発明の局面は、対象においてＳＣＴを治療する方法であり、ここでこの方法は、ａ）以下からなる群から選択された抗原提示細胞薬剤の有効量を投与すること：ＣＤ４０アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、アジュバント、ＦＬＴ３Ｌ、及びそれらの任意の組合せ；ｂ）Ｔ細胞活性化ワクチンの有効量を投与すること；並びに、ｃ）ＣＤ７３インヒビター、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、Ａ２ａ受容体インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、シクロホスファミド、ＣＯＸ－２インヒビター、プロスタグランジンＥ２インヒビター、及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される免疫抑制インヒビターの有効量を投与すること：を含む。実施態様は、ｄ）アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストの有効量を投与すること：を更に含む方法である。実施態様は、ＳＣＴが、結腸直腸癌、膵臓癌、前立腺癌、頭頸部癌、肺癌、メラノーマ、乳癌、肝臓癌、食道癌、及び胃癌から選択される方法である。

実施態様は、抗原提示細胞薬剤が、Ｔ細胞活性化ワクチン及び免疫抑制インヒビターの投与の前に投与される方法である。実施態様は、少なくとも１種の抗原提示細胞薬剤が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与の前に、約１日～約３０日投与される方法である。実施態様は、抗原提示細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与の前に測定される方法である。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、抗原提示細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、予め決定された値に達した後にのみ投与される方法である。実施態様は、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストが、ポリ（Ｉ：Ｃ）又はポリ－ＩＣＬＣである方法である。実施態様は、アジュバントが、モンタナイド(商標)又はデポバックス(商標)である方法である。実施態様は、ＣＯＸ－２インヒビターが、アスピリンである方法である。実施態様は、ＣＯＸ－２インヒビターが、イブプロフェンである方法である。実施態様は、ＣＯＸ－２インヒビターが、ナプロキセンである方法である。実施態様は、ＣＯＸ－２インヒビターが、インドメタシンである方法である。実施態様は、ＣＯＸ－２インヒビターが、セレコキシブである方法である。

実施態様は、工程ａ）が、ＦＬＴ３Ｌ、ポリ－ＩＣＬＣ、又はＣＤ４０アゴニスト、又はそれらの組合せの有効量を投与すること；並びに、ＣＯＸ－２インヒビターの有効量を投与することを含む方法である。実施態様は、各薬剤が、独立して投与される方法である。実施態様は、２種以上の抗原提示細胞薬剤が、単独の製剤中で組合せられる方法である。

実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、ネオアンチゲンワクチンを含む方法である。実施態様は、ネオアンチゲンワクチンが、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチド、又は複数のネオアンチゲンペプチドもしくはマルチアンチゲンポリペプチドをコードしている１もしくは複数の核酸を含む方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、約３～約５０種のネオアンチゲンからなる方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、約５～約４０種のネオアンチゲンからなる方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、約１０～約３０のポリペプチドからなる方法である。

実施態様は、複数のネオアンチゲンが、複数の注射部位での注射により投与される方法である。実施態様は、複数の注射部位が、ネオアンチゲンを異なるリンパ節へ送達するために選択される方法である。実施態様は、複数の注射部位が、約２～約１０の異なる注射部位を含む方法である。実施態様は、複数の注射部位が、約３～約７の異なる注射部位を含む方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンのサブセットが、各注射部位へ投与される方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンのサブセットが、約２種～約７種のネオアンチゲンを含む方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンのサブセットが、約５種のネオアンチゲンを含む方法である。

実施態様は、複数のネオアンチゲンのサブセットが、Ｔ細胞活性化ワクチンを一緒に含み、ここで少なくとも１種のサブセットは、他のサブセットの少なくとも１つには存在しない少なくとも２種のネオアンチゲンを含む方法である。実施態様は、ネオアンチゲンが、対象のＳＣＴにより発現されるが、正常組織によっては発現されない抗原に対応するように設計されている方法である。

実施態様は、対象のＳＣＴにおいて発現された１又は複数のネオアンチゲンを同定し、並びに対象のＳＣＴにおいて発現されたネオアンチゲンに対応するネオアンチゲンペプチド及び／又はマルチアンチゲンポリペプチドを使用し、Ｔ細胞活性化ワクチンを調製することを更に含む方法である。実施態様は、対象のＳＣＴにおいて発現されたネオアンチゲンが、全エキソームシークエンシングにより同定される方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、１又は複数の短いネオアンチゲンを含む方法である。実施態様は、短いネオアンチゲンが、長さ約６～約１２個のアミノ酸である方法である。実施態様は、短いネオアンチゲンが、長さ約８～約１０個のアミノ酸である方法である。実施態様は、複数のネオアンチゲンが、１又は複数の長いネオアンチゲンを含む方法である。実施態様は、長いネオアンチゲンが、長さ約１２～約３０個のアミノ酸である方法である。実施態様は、長いネオアンチゲンが、長さ約１５～約２４個のアミノ酸である方法である。

実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与が、１、２又は３回反復される方法である。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンが、アジュバント又はＴｏｌｌ様受容体アゴニストと共に投与される方法である。実施態様は、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与後に決定される方法である。実施態様は、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与後約５日～約３０日で決定される方法である。実施態様は、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が予め決定された値に達しない場合に、Ｔ細胞活性化ワクチンが、再度投与される方法である。実施態様は、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が予め決定された値に達しない場合に、Ｔ細胞活性化ワクチンが、３回目投与される方法である。

実施態様は、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が予め決定された値に達しない場合に、二回目のＴ細胞活性化ワクチンが、投与され、ここで２回目のＴ細胞活性化ワクチンは、１回目のＴ細胞活性化ワクチン中に存在しない少なくとも１種の抗原を含む方法である。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、Ｔ細胞活性化ワクチンの最終投与後、約１日～約３０日に投与される方法である。実施態様は、工程ｃ）が、ＣＤ７３インヒビター及びＰＤ－Ｌ１インヒビターを投与することを含む方法である。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、又はＰＤ－Ｌ１インヒビターを含む方法である。実施態様は、免疫抑制インヒビターが、マルチキナーゼインヒビター及びＰＤ－１インヒビターを含む方法である。実施態様は、マルチキナーゼインヒビターが、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、フルキンチニブ、アキシチニブ、又はレンバチニブを含む方法である。実施態様は、ＰＤ－１インヒビターが、ニボルマブを含む方法である。実施態様は、ＰＤ－Ｌ１インヒビターが、デュルバルマブを含む方法である。

実施態様は、プロスタグランジンＥ２インヒビターが、ＰＴＧＥＳ２インヒビターである方法である。実施態様は、アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストが、ロサルタン又はその医薬として許容し得る塩を含む方法である。実施態様は、抗原提示細胞薬剤の投与が、約１日～約３０日間継続される方法である。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与が、約１日～約６０日間継続される方法である。実施態様は、免疫抑制インヒビターの投与が、約１日～約９０日間継続される方法である。実施態様は、治療に対するＳＣＴ反応が測定される方法である。実施態様は、抗原提示細胞薬剤の投与が、治療に対するＳＣＴ反応が予め決定された値に達するまで、継続される方法である。実施態様は、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与が、治療に対するＳＣＴ反応が予め決定された値に達するまで、継続される方法である。実施態様は、免疫抑制インヒビターの投与が、治療に対するＳＣＴ反応が予め決定された値に達するまで、継続される方法である。

実施態様は、ＳＣＴを照射することを更に含む方法である。実施態様は、照射が、体幹部定位放射線治療（ＳＢＲＴ）である方法である。実施態様は、ＳＣＴが、転移性ＣＲＣ（ｍＣＲＣ）を含む方法である。実施態様は、癌が、マイクロサテライト安定性ｍＣＲＣ（ＭＳＳ ｍＣＲＣ）を含む方法である。実施態様は、工程（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ）が、（ｂ）、（ａ）、（ｃ）；（ｂ）、（ｃ）、（ａ）、（ｃ）；（ａ）、（ｂ）、（ｃ）；又は、（ａ）、（ｂ）、（ａ）、（ｃ）の順番で実行される方法である。実施態様は、工程（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ）の２つ以上が、同時に実行される方法である。

Claims (111)

1. 対象において固形癌性腫瘍（ＳＣＴ）を治療するシステムであって：
   （ａ）抗原提示細胞薬剤；
   （ｂ）Ｔ細胞活性化ワクチン；及び
   （ｃ）免疫抑制インヒビター
   を含む、システム。
2. 前記抗原提示細胞薬剤が、ＣＤ４０アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、アジュバント、ＦＬＴ３Ｌ、及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１記載のシステム。
3. 前記免疫抑制インヒビターが、ＣＤ７３インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、ＰＤ－１インヒビター、Ａ２ａ受容体インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、シクロホスファミド、ＣＯＸ－２インヒビター、プロスタグランジンＥ２インヒビター、及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１又は２記載のシステム。
4. 更に（ｄ）アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストを含む、請求項１～３のいずれか一項記載のシステム。
5. 前記免疫抑制インヒビターが、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、又はマルチキナーゼインヒビターを含む、請求項１～４のいずれか一項記載のシステム。
6. 前記マルチキナーゼインヒビターが、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、フルキンチニブ、アキシチニブ、又はレンバチニブを含む、請求項１～５のいずれか一項記載のシステム。
7. 前記ＰＤ－１インヒビターが、ニボルマブを含む、請求項１～６のいずれか一項記載のシステム。
8. 前記ＰＤ－Ｌ１インヒビターが、デュルバルマブを含む、請求項１～７のいずれか一項記載のシステム。
9. 更に（ｅ）治療的放射線を含む、請求項１～８のいずれか一項記載のシステム。
10. 前記ＳＣＴが、結腸直腸癌、膵臓癌、前立腺癌、頭頸部癌、肺癌、メラノーマ、乳癌、肝臓癌、食道癌、及び胃癌から選択される、請求項１～９のいずれか一項記載のシステム。
11. 前記Ｔ細胞活性化ワクチンが、ネオアンチゲンワクチンを含む、請求項１～１０のいずれか一項記載のシステム。
12. 前記ネオアンチゲンワクチンが、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチド、又は複数のネオアンチゲンペプチドもしくはマルチアンチゲンポリペプチドをコードしている核酸を含む、請求項１１記載のシステム。
13. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約３～約５０種のネオアンチゲンからなる、請求項１２記載のシステム。
14. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約５～約４０種のネオアンチゲンからなる、請求項１３記載のシステム。
15. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約１０～約３０種のネオアンチゲンからなる、請求項１４記載のシステム。
16. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、１又は複数の短いネオアンチゲンを含む、請求項１１～１５のいずれか一項記載のシステム。
17. 前記短いネオアンチゲンが、長さ約６～約１２個のアミノ酸である、請求項１６記載のシステム。
18. 前記短いネオアンチゲンが、長さ約８～約１０個のアミノ酸である、請求項１７記載のシステム。
19. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、１又は複数の長いネオアンチゲンを含む、請求項１１～１８のいずれか一項記載のシステム。
20. 前記長いネオアンチゲンが、長さ約１２～約３０個のアミノ酸である、請求項１９記載のシステム。
21. 前記長いネオアンチゲンが、長さ約１５～約２４個のアミノ酸である、請求項２０記載のシステム。
22. 前記ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、正常組織によってではなく、対象のＳＣＴにより発現された抗原に対応するように設計されている、請求項１１～２１のいずれか一項記載のシステム。
23. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、複数の亜群として提供され、ここで各亜群は、少なくとも１つの他の亜群においては存在しない少なくとも１種のネオアンチゲンを含む、請求項１２～２２のいずれか一項記載のシステム。
24. 前記複数の亜群が、約２～約１０の亜群からなる、請求項２３記載のシステム。
25. 前記複数の亜群が、約３～約８の亜群からなる、請求項２４記載のシステム。
26. 前記各亜群が、約３～約２０種のネオアンチゲンを含む、請求項２３～２５のいずれか一項記載のシステム。
27. 前記各亜群が、約５～約１０種のネオアンチゲンを含む、請求項２６記載のシステム。
28. 前記抗原提示細胞薬剤が、ＦＬＴ３Ｌであり；並びに
    免疫抑制インヒビターが、ＣＯＸ－２インヒビター、プロスタグランジンＥ２インヒビター、ＣＤ７３インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、及びＰＤ－Ｌ１インヒビター、又はそれらの組合せから選択される、請求項１～２７のいずれか一項記載のシステム。
29. 前記抗原提示細胞薬剤が、ＦＬＴ３Ｌを含み；並びに
    免疫抑制インヒビターが、レゴラフェニブ、ニボルマブ、及びアスピリンを含む、請求項２８記載のシステム。
30. 対象におけるＳＣＴの治療のためのＴ細胞活性化ワクチンであって、
    複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチド、又は複数のネオアンチゲンペプチドもしくはマルチアンチゲンポリペプチドをコードしている１もしくは複数の核酸を含み、ここで前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、少なくとも１種の短いネオアンチゲンを含む；並びに
    医薬として許容し得る担体
    を含有する、Ｔ細胞活性化ワクチン。
31. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、少なくとも１種の長いネオアンチゲンを含む、請求項３０記載のＴ細胞活性化ワクチン。
32. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約３～約５０種のネオアンチゲンを含む、請求項３０又は３１記載のＴ細胞活性化ワクチン。
33. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約５～約４０種のネオアンチゲンを含む、請求項３２記載のＴ細胞活性化ワクチン。
34. 前記複数のネオアンチゲンポリペプチドが、約１０～約３０のポリペプチドからなる、請求項３３記載のＴ細胞活性化ワクチン。
35. 前記短いネオアンチゲンが、長さ約６～約１２個のアミノ酸である、請求項３０～３４のいずれか一項記載のＴ細胞活性化ワクチン。
36. 前記短いネオアンチゲンが、長さ約８～約１０個のアミノ酸である、請求項３５記載のＴ細胞活性化ワクチン。
37. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、１又は複数の長いネオアンチゲンを含む、請求項３０～３６のいずれか一項記載のＴ細胞活性化ワクチン。
38. 前記長いネオアンチゲンが、長さ約１２～約３０個のアミノ酸である、請求項３７記載のＴ細胞活性化ワクチン。
39. 前記長いネオアンチゲンが、長さ約１５～約２４個のアミノ酸である、請求項３８記載のＴ細胞活性化ワクチン。
40. 前記ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、対象のＳＣＴにより発現されるネオアンチゲンに対応するように設計されている、請求項３０～３９のいずれか一項記載のＴ細胞活性化ワクチン。
41. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、複数の亜群として提供され、ここで各亜群は、少なくとも１つの他の亜群においては存在しない少なくとも１種のネオアンチゲンを含む、請求項３０～４０のいずれか一項記載のＴ細胞活性化ワクチン。
42. 前記複数の亜群が、約２～約１０の亜群からなる、請求項４１記載のＴ細胞活性化ワクチン。
43. 前記複数の亜群が、約３～約８の亜群からなる、請求項４２記載のＴ細胞活性化ワクチン。
44. 前記各亜群が、約３～約２０種のネオアンチゲン又はマルチアンチゲンポリペプチドを含む、請求項４１～４３のいずれか一項記載のＴ細胞活性化ワクチン。
45. 前記各亜群が、約５～約１０種のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドを含む、請求項４４記載のＴ細胞活性化ワクチン。
46. 更にアジュバントを含有する、請求項３０～４５のいずれか一項記載のＴ細胞活性化ワクチン。
47. 更に抗原提示細胞薬剤を含有する、請求項３０～４５のいずれか一項記載のＴ細胞活性化ワクチン。
48. 対象におけるＳＣＴを治療する方法であって：
    （ａ）ＣＤ４０アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、アジュバント、ＦＬＴ３Ｌ、及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される抗原提示細胞薬剤の有効量を投与すること；
    （ｂ）Ｔ細胞活性化ワクチンの有効量を投与すること；並びに
    （ｃ）ＣＤ７３インヒビター、ＰＤ－１インヒビター、ＰＤ－Ｌ１インヒビター、Ａ２ａ受容体インヒビター、マルチキナーゼインヒビター、シクロホスファミド、ＣＯＸ－２インヒビター、プロスタグランジンＥ２インヒビター、及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される免疫抑制インヒビターの有効量を投与すること
    を含む、方法。
49. 更に（ｄ）アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストの有効量を投与することを含む、請求項４８記載の方法。
50. 前記ＳＣＴが、結腸直腸癌、膵臓癌、前立腺癌、頭頸部癌、肺癌、メラノーマ、乳癌、肝臓癌、食道癌、及び胃癌から選択される、請求項４８又は４９記載の方法。
51. 前記抗原提示細胞薬剤が、Ｔ細胞活性化ワクチン及び免疫抑制インヒビターの投与前に投与される、請求項４８～５０のいずれか一項記載の方法。
52. 前記少なくとも１種の抗原提示細胞薬剤が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与前、約１日～約３０日の間に投与される、請求項５１記載の方法。
53. 抗原提示細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与前に測定される、請求項５１記載の方法。
54. 前記Ｔ細胞活性化ワクチンが、抗原提示細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、予め決定された値に到達した後にのみ投与される、請求項５３記載の方法。
55. 前記Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストが、ポリ（Ｉ：Ｃ）又はポリ－ＩＣＬＣを含む、請求項４８～５４のいずれか一項記載の方法。
56. 前記アジュバントが、モンタナイド(商標)又はデポバックス(商標)を含む、請求項４８～５５のいずれか一項記載の方法。
57. 前記ＣＯＸ－２インヒビターが、アスピリンを含む、請求項４８～５６のいずれか一項記載の方法。
58. 前記工程ａ）が：
    ＦＬＴ３Ｌ、ポリ－ＩＣＬＣ、又はＣＤ４０アゴニスト、又はそれらの組合せの有効量を投与すること；及び
    ＣＯＸ－２インヒビターの有効量を投与すること
    を含む、請求項４８～５７のいずれか一項記載の方法。
59. 前述の各薬剤が、独立して投与される、請求項５８記載の方法。
60. 前述の２種以上の抗原提示細胞薬剤が、単独の製剤内で組合せられる、請求項４８～５８のいずれか一項記載の方法。
61. 前記Ｔ細胞活性化ワクチンが、ネオアンチゲンワクチンを含む、請求項４８～５９のいずれか一項記載の方法。
62. 前記ネオアンチゲンワクチンが、複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチド、又は複数のネオアンチゲンペプチドもしくはマルチアンチゲンポリペプチドをコードしている１もしくは複数の核酸を含む、請求項６１記載の方法。
63. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、約３～約５０種のネオアンチゲンを含む、請求項６２記載の方法。
64. 前記複数のネオアンチゲンポリペプチドが、約５～約４０種のネオアンチゲンを含む、請求項６３記載の方法。
65. 前記複数のネオアンチゲンポリペプチドが、約１０～約３０種のネオアンチゲンを含む、請求項６４記載の方法。
66. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、複数の注射部位での注射により投与される、請求項６２～６５のいずれか一項記載の方法。
67. 前記複数の注射部位が、ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドを異なるリンパ節へ送達するために選択される、請求項６６記載の方法。
68. 前記複数の注射部位が、約２～約１０の異なる注射部位を含む、請求項６６又は６７記載の方法。
69. 前記複数の注射部位が、約３～約７の異なる注射部位を含む、請求項６８記載の方法。
70. 前記複数のネオアンチゲンポリペプチドのサブセットが、各注射部位に投与される、請求項６６～６９のいずれか一項記載の方法。
71. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドのサブセットが、約２～約７種のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドを含む、請求項７０記載の方法。
72. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドのサブセットが、約５種のネオアンチゲンを含む、請求項７１記載の方法。
73. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドのサブセットが一緒に、Ｔ細胞活性化ワクチンを含み、並びにここでサブセットの少なくとも１つが、他のサブセットの少なくとも１つにおいては存在しない少なくとも２種のネオアンチゲンポリペプチドを含む、請求項６２～７２のいずれか一項記載の方法。
74. 前記ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、対象のＳＣＴにより発現されるネオアンチゲンに対応するように設計される、請求項６１～７３のいずれか一項記載の方法。
75. 更に（ｅ）対象のＳＣＴにおいて発現される１又は複数のネオアンチゲンを同定し、並びに正常組織においてではなく、対象のＳＣＴにおいて発現されたネオアンチゲンに対応する、ネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドを使用し、Ｔ細胞活性化ワクチンを調製することを含む、請求項６１～７３のいずれか一項記載の方法。
76. 対象のＳＣＴにおいて発現されたネオアンチゲンが、全エキソームシークエンシングにより同定される、請求項７５記載の方法。
77. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、１又は複数の短いネオアンチゲンを含む、請求項６２～７６のいずれか一項記載の方法。
78. 前記短いネオアンチゲンが、長さ約６～約１２個のアミノ酸である、請求項７７記載の方法。
79. 前記短いネオアンチゲンが、長さ約８～約１０個のアミノ酸である、請求項７８記載の方法。
80. 前記複数のネオアンチゲンペプチド又はマルチアンチゲンポリペプチドが、１又は複数の長いネオアンチゲンを含む、請求項６２～７９のいずれか一項記載の方法。
81. 前記長いネオアンチゲンが、長さ約１２～約３０個のアミノ酸である、請求項８０記載の方法。
82. 前記長いネオアンチゲンが、長さ約１５～約２４個のアミノ酸である、請求項８１記載の方法。
83. 前記Ｔ細胞活性化ワクチンの投与が、１、２又は３回反復される、請求項４８～８２のいずれか一項記載の方法。
84. 前記Ｔ細胞活性化ワクチンが、アジュバント又はＴｏｌｌ様受容体アゴニストと共に投与される、請求項４８～８３のいずれか一項記載の方法。
85. 前述のＴ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与後に決定される、請求項４８～８４のいずれか一項記載の方法。
86. Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、Ｔ細胞活性化ワクチンの投与後約５日～約３０日に決定される、請求項８５記載の方法。
87. 前記Ｔ細胞活性化ワクチンが、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、予め決定された値に到達しない場合に、再度投与される、請求項８５又は８６記載の方法。
88. 工程（ｅ）が反復される、請求項８５～８７のいずれか一項記載の方法。
89. 第二のＴ細胞活性化ワクチンが、Ｔ細胞の活性化状態、集団サイズ、又は分布が、予め決定された値に達しない場合に投与され、ここで第二のＴ細胞活性化ワクチンは、第一のＴ細胞活性化ワクチンにおいては存在しない少なくとも１種の抗原を含む、請求項８５～８８のいずれか一項記載の方法。
90. 前記免疫抑制インヒビターが、Ｔ細胞活性化ワクチンの最終投与後約１日～約３０日に投与される、請求項４８～８９のいずれか一項記載の方法。
91. 工程ｃ）が、ＣＤ７３インヒビター及びＰＤ－Ｌ１インヒビターを投与することを含む、請求項４８～９０のいずれか一項記載の方法。
92. 前記免疫抑制インヒビターが、マルチキナーゼインヒビター、ＰＤ－１インヒビター、又はＰＤ－Ｌ１インヒビターを含む、請求項４８～９１のいずれか一項記載の方法。
93. 前記免疫抑制インヒビターが、マルチキナーゼインヒビター及びＰＤ－１インヒビターを含む、請求項９２記載の方法。
94. 前記マルチキナーゼインヒビターが、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、フルキンチニブ、アキシチニブ、又はレンバチニブを含む、請求項９３記載の方法。
95. 前記ＰＤ－Ｌ１インヒビターが、ニボルマブを含む、請求項９２～９４のいずれか一項記載の方法。
96. 前記ＰＤ－１インヒビターが、デュルバルマブを含む、請求項９２～９４のいずれか一項記載の方法。
97. 前記プロスタグランジンＥ２インヒビターが、ＰＴＧＥＳ２インヒビターである、請求項４８～９６のいずれか一項記載の方法。
98. 前記アンジオテンシンＩＩ受容体１型アンタゴニストが、ロサルタン又はその医薬として許容し得る塩を含む、請求項４９～９７のいずれか一項記載の方法。
99. 前記抗原提示細胞薬剤の投与が、約１日～約３０日間継続される、請求項４８～９８のいずれか一項記載の方法。
100. 前記Ｔ細胞活性化ワクチンの投与が、約１日～約６０日間継続される、請求項４８～９９のいずれか一項記載の方法。
101. 前記免疫抑制インヒビターの投与が、約１日～約９０日間継続される、請求項４８～１００のいずれか一項記載の方法。
102. 治療に対するＳＣＴ反応が、測定される、請求項４８～１０１のいずれか一項記載の方法。
103. 抗原提示細胞薬剤の投与が、治療に対するＳＣＴ反応が、予め決定された値に達するまで継続される、請求項１０２記載の方法。
104. Ｔ細胞活性化ワクチンの投与が、治療に対するＳＣＴ反応が、予め決定された値に達するまで継続される、請求項１０２又は１０３記載の方法。
105. 免疫抑制インヒビターの投与が、治療に対するＳＣＴ反応が予め決定された値に達するまで継続される、請求項１０２～１０４のいずれか一項記載の方法。
106. 更に（ｆ）ＳＣＴを照射することを含む、請求項４８～１０５のいずれか一項記載の方法。
107. 前記照射が、体幹部定位放射線治療（ＳＢＲＴ）を含む、請求項１０６記載の方法。
108. 前記ＳＣＴが、転移性ＣＲＣ（ｍＣＲＣ）を含む、請求項４８～１０７のいずれか一項記載の方法。
109. 前記癌が、マイクロサテライト安定性ｍＣＲＣ（ＭＳＳ ｍＣＲＣ）を含む、請求項１０８記載の方法。
110. 前述の工程（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ）が：
     （ｉ）（ｂ）、（ａ）、（ｃ）；
     （ｉｉ）（ｂ）、（ｃ）、（ａ）、（ｃ）；
     （ｉｉｉ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）；又は
     （ｉｖ）（ａ）、（ｂ）、（ａ）、（ｃ）
     の順番で実行される、請求項４８、４９、及び５５～１０９のいずれか一項記載の方法。
111. 前述の工程（ａ）、（ｂ）、（ｃ）及び（ｄ）の２つ以上が、同時に実行される、請求項４８、４９、及び５５～１１０のいずれか一項記載の方法。

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