CN114828869A - 用于治疗实体肿瘤的方法 - Google Patents

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R·德索萨
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Abstract

通过施用抗原呈递细胞剂、T细胞活化新抗原疫苗和免疫抑制抑制剂来治疗实体癌性肿瘤。本发明的另一方面是一种用于通过施用抗原呈递细胞剂；T细胞活化疫苗；和免疫抑制抑制剂治疗受试者的实体癌性肿瘤(SCT)的方法。

Description

用于治疗实体肿瘤的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年7月30日提交的美国临时专利申请号62/880,614、2019年8月1日提交的美国临时专利申请号62/881,887、2019年8月14日提交的美国临时专利申请号62/886,946和2019年12月3日提交的美国临时专利申请号62/943,155的优先权，将其中每一个的公开内容均通过引用以其整体并入本文。
通过引用并入
本申请含有序列表，所述序列表已经以ASCII格式电子提交，并且通过引用以其整体并入本文。在2020年7月30日创建的所述ASCII拷贝命名为056705_502001WO_SequenceListing_07302020并且大小为8,221字节。
技术领域
本发明涉及用于治疗实体肿瘤的系统和方法。
背景技术
具有实体肿瘤的癌症是美国最常见的癌症(D.Wang等人,Cancer J(2013)19(6):502-10)。目前对实体肿瘤的治疗包括手术、化学疗法、放射疗法和免疫疗法。如果在早期检测到这些肿瘤，则手术干预可能是有效的，然而在许多患者中，直到癌症已经处于晚期才被发现。
例如，结直肠癌(CRC)是一种复杂的疾病，并且已经提出了其他分类系统来更好地描述不同的方面和阶段。一种此类系统是Immunoscore，它根据肿瘤中心和侵袭性边缘处的CD3+和CD8+细胞(T细胞)的存在对肿瘤进行分类。得分范围为从I0(在中心和边缘处均具有很少的或没有CD3+或CD8+细胞)至I4(在两个位置处均具有高免疫细胞密度)。共识(consensus)Immunoscore已经在全球范围内在结肠癌中得到验证，并且与其他量度(如淋巴血管侵袭、肿瘤分化和微卫星不稳定性(MSI)状态)相比具有更大的相对预后价值。CRC肿瘤通常被称为“热的”(I4，显示出强烈的细胞毒性淋巴细胞(CTL)反应)或“冷的”(I0，显示很少或没有反应)。中间状态的肿瘤可以被分类为“排除的”和“免疫抑制的”。在“排除的”肿瘤中，CTL和树突细胞(APC)可能在肿瘤边缘处被发现，但是被阻止进入。在“免疫抑制的”肿瘤中，CTL和APC在肿瘤内被发现，但是无效且失活的。参见例如，J.Galon等人,Nat RevDrug Discov(2019)18:197-218。
肿瘤可以形成致密的块体，含有恶性细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAM)、肿瘤相关或癌症相关成纤维细胞(TAF或CAF)、细胞外基质和胶原。随着肿瘤的生长，它可能会变为缺氧的，并且其pH值通常低于正常组织。肿瘤细胞和肿瘤内的其他细胞可以不适当地表达蛋白质，如CD73的过表达(这导致腺苷的免疫抑制浓度)和PD-L1的过表达(这可以导致T细胞无能)。如在“免疫抑制的”肿瘤中，其他蛋白质(如干扰素受体和MHC-I)的低表达导致免受CTL活性影响的免疫。如在“排除的”的肿瘤中，肿瘤边缘可能变得无法通向CTL。参见例如，J.A.Joyce等人,Science(2015)348(6230):74-80；R.Levayer,Seminars Cancer Biol(2019)https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2019.05.004。肿瘤环境可以导致CD8+ T细胞分化为抑制/调节表型，并且诱导巨噬细胞转变为M2免疫抑制表型。因此，实体肿瘤(像CRC)比许多其他癌症更难治疗。此外，CRC涵盖至少三种具有独特免疫学特征和不同的免疫逃逸机制的亚型(J.Guinney等人,Nat Med(2015)21(11):1350-56；M.A.Komor等人,JPathol(2018)246(3):266-276)。
目前正在测试或使用的免疫肿瘤药物超过2,000种，针对超过60种不同的靶标(J.Galon等人,同上)。这些药剂(单独使用)仅在少数情况下提供完全反应。有许多临床试验正在进行中以测试特定的此类药剂对的功效：仅考虑不同的靶标，存在超过602或3,600+种可以测试的可能药剂对。迄今为止，免疫肿瘤药剂对改善了反应率，但是在大多数情况下最终仍失败。试验结果示出了当组合例如CTLA-4抑制剂(如伊匹单抗)和PD-1抑制剂(如纳武单抗)时有改善，这表明仅针对一个免疫检查点是不够的，并且对于全反应，必须针对大多数或所有重要的检查点。仅治疗单一类别的免疫检查点阻断不太可能完全有效，因为存在其他肿瘤逃逸途径，因此最有可能的是必须针对几个或所有类别的靶标。针对三种不同靶标的药剂的组合总计603＝216,000种可能的组合。四种不同的靶标：1290万种组合。五种不同的靶标：7.776亿种组合。这些数字不包括可以组合使用的100+种化学治疗药剂，也不考虑也可以组合的其他药剂(如COX-2抑制剂(例如阿司匹林)或血管紧张素-II受体1型抑制剂(例如氯沙坦)，也不包括尚待发现的致癌途径。显然，全球经济无法支持对所有可能的免疫肿瘤药剂组合进行系统研究。
选择问题通常借助动物模型来解决。大多数基础癌症研究都是使用癌症发展的小鼠模型进行的。在一些情况下，直接在小鼠体内使用化学药剂诱导肿瘤。这些提供了表面类似于人类肿瘤的肿瘤，但是不一定以任何其他方式相关。在其他情况下，将人类肿瘤细胞(通常来自单个标准化的细胞系)植入小鼠体内，并且测试候选药物的活性。然而，人类免疫系统(以及人类体内的癌性组织)与鼠类系统不同，使得这些模型的预测性较差。在小鼠(和其他动物)模型中显示出前景但是当进入临床试验时却失败的药物的数量证明了这种预测的缺乏。未预见到的后果也证明了这一点，如在TGN1412(一种抗CD28单克隆抗体)的首次人体试验中引发的严重细胞因子释放综合征，所述单克隆抗体尽管以在非人类灵长类动物中认为安全的剂量的0.2％的初始剂量施用但仍导致死亡(参见例如，E.W.St.Clair,J ClinInvest(2008)118(4):1344-47)。基于成功的动物模型预测在人类中起作用的药物组合未能在人类中对一些癌症显示出可重复功效，如用于转移性结直肠癌的考比替尼和阿特珠单抗(P.J.R.Ebert等人,Immunity(2016)44(3):609-21；C.Eng等人,Lancet Oncol(2019)20(6):849-61,https://doi.org/10.1016/S1470-2045(19)30027-0)并且尚未被证明是模拟人类肿瘤微环境和预测免疫疗法的功效和安全性的可靠方式。例如，通常用于测试针对mCRC的药物的小鼠模型(如CT26)使用可能代表一小子集的患者的肿瘤细胞，并且因此将提供关于仅这些患者的肿瘤细胞对增加的免疫活化的反应的洞悉(J.C.Castle等人,BMCGenomics(2014)15(1):190-201)。在CRC中，不同的患者可能具有不同的突变，并且因此来自一名患者的癌细胞不一定代表所有患者的癌细胞。此外，当在小鼠模型中测试肿瘤细胞(典型地不添加基质细胞)时，这并不一定会重现肿瘤细胞在人类患者中产生的免疫抑制，例如由基质细胞与肿瘤细胞之间的相互作用引起的免疫抑制。因此，需要一种更好的方式来预测组合免疫疗法的功效。
本公开文本提供了患者肿瘤中基因表达的相关性(通过测量RNA)，潜在地提供了一种好得多的方式来预测组合免疫疗法在许多患者中的功效。基因表达数据的使用涉及同时将患者的组织中的遗传生物标记物与免疫疗法组合的多个可药靶标相关联。这还涉及将患者肿瘤组织中一个、两个或更多个基因的组合表达相关联，以鉴定哪一种基因表达组合会导致免疫抑制以及哪些药物组合可以对抗这种免疫抑制的原因。
附图说明
图1示出了在以下实施例4中描述的受试者的两次放射扫描。右图指示了在2019年9月9日受试者的状况，而左图示出了在2019年11月26日的治疗进展。
发明内容
总体来说，本公开文本确定了现有疗法的缺点，鉴定了必须针对的靶标类别，并且发明了一种用于基于相关人类数据治疗实体肿瘤的有效系统和方法。本文的结果部分基于TCGA研究网络(TCGA Research Network，https://www.cancer.gov/tcga)生成的数据。
本发明的一个方面尤其是一种用于治疗受试者的实体癌性肿瘤(结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈癌、黑素瘤、肺癌、肝癌、胃癌和乳腺癌)的系统，所述系统具有：抗原呈递细胞剂；T细胞活化疫苗；和免疫抑制抑制剂。
本发明的另一方面是一种用于通过施用抗原呈递细胞剂；T细胞活化疫苗；和免疫抑制抑制剂治疗受试者的实体癌性肿瘤(SCT)的方法。
本发明的另一方面是一种T细胞活化疫苗，其具有多种新抗原或一种或多种编码多种新抗原的核酸；和药学上可接受的载体。
本发明的另一方面是一种用于通过施用抗原呈递细胞剂；T细胞活化疫苗；和免疫抑制抑制剂来帮助受试者针对肿瘤疾病的免疫反应的方法。
具体实施方式
A.系统
本发明的一方面是至少包括以下元件的系统：抗原呈递细胞剂、T细胞活化疫苗；和免疫抑制抑制剂。一个实施方案是这样的系统，其中所述抗原呈递细胞剂是CD40激动剂、Toll样受体激动剂、佐剂、FLT3L或其任何组合。本发明的一个实施方案是这样的系统，其中所述免疫抑制抑制剂是CD73抑制剂、PD-L1抑制剂、PD-1抑制剂、A2a受体抑制剂、多激酶抑制剂、环磷酰胺、COX-2抑制剂、前列腺素-E2抑制剂或其组合。一个实施方案是这样的系统，其进一步包括血管紧张素II 1型受体拮抗剂。
1.抗原呈递细胞剂
大多数类型的细胞可以将抗原呈递至免疫细胞。然而，“专业的”抗原呈递细胞(APC)是一种具有独特的形态和广泛的组织分布的罕见且异质的细胞群体。参见例如，R.M.Steinman,Annu Rev Immunol(1991)9:271-96。APC包括树突细胞(DC)、巨噬细胞、B细胞。DC展现出不寻常的细胞表面表型，其特征在于细胞表面标记物CD1、CD86、CD11c、DEC-205、CD40、MHC-II的表达，以及不存在CD14和其他谱系标记物。APC能够使MHC限制性T细胞致敏，并且提供将抗原(T细胞发育过程中的自身抗原和免疫反应过程中的外来抗原二者)原位呈递至T细胞的有效途径。
在遇到外来抗原之前，APC表达非常低水平的MHC-II和共刺激分子。APC不断地对周围组织和环境进行取样，并且内吞和处理遇到的抗原。当APC模式识别受体(参见下文的Toll样受体)识别病原体相关分子模式或损伤相关分子模式时，APC吞噬抗原并且变成活化的，从而上调T细胞活化所需的MHC-II分子和共刺激分子(如CD40和B7)的表达。然后APC完全成熟，并且从组织移动到淋巴结，在淋巴结中所述APC遇到并且活化T细胞。
a.FLT3L
FMS样酪氨酸激酶3配体(FLT3L，也称为FLT3LG)可以用于刺激从CD34+骨髓祖细胞和干细胞产生下游或中间细胞，如骨髓前体细胞、单核细胞、巨噬细胞、B细胞和树突细胞。它还可以用于在体内动员抗原呈递细胞、离体扩增抗原呈递细胞，例如，用于用选定的抗原离体活化并且重新引入受试者。FLT3L和衍生物多肽描述于美国专利号5554512、WO 94/28391和US 20060292166中，均通过引用并入本文。
FLT3L及其衍生物是通过美国专利号5554512、WO 94/28391和US 20060292166中描述的方法制备和施用的，并且可以进一步以编码本文所述的蛋白质和多肽的核酸施用。一个实施方案是这样的系统，其包含FLT3L或其衍生物。另一个实施方案是这样的系统，其包含FDA批准的白血细胞生长因子培非格司亭(Neulasta，Amgen)(https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03789097)，所述生长因子(像FLT3L)已经显示在患者体内产生可以帮助免疫原性反应的新的树突细胞(Bonanno等人,J Transl Med.2010；8:114)。
b.Toll样受体激动剂
Toll样受体(TLR)激动剂活化TLR，并且从而活化表达TLR的APC。TLR3可以通过聚(I:C)及其衍生物(例如
Figure BDA0003557293060000041
聚ICLC、聚(IC-R)、聚(I:C12U)和非CpG细菌DNA和RNA活化。聚(I:C)是聚肌苷酸和聚胞苷酸的二聚体。双链RNA结构刺激TLR3。聚ICLC
Figure BDA0003557293060000042
是聚(I:C)和聚l-赖氨酸和羧甲基纤维素。TLR激动剂通常通过皮内或肌内注射施用，并且可以与特定抗原组合。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包含TLR激动剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其中所述激动剂包含聚(I:C)或其衍生物。本发明的另一个实施方案是这样的系统，其中所述激动剂包含聚ICLC。
c.CD40激动剂
CD40是在APC上发现的一种共刺激蛋白，并且是APC活化所必需的。在CD4+T细胞上CD40L(也称为CD154)的表达及其与CD40的结合活化APC并且诱导或“许可”抗原呈递细胞成熟，并且从而触发T细胞活化和分化。CD40激动剂(包括CD40L模拟物和片段)可以用于触发APC成熟和迁移，这导致APC群体(包括肿瘤内和周围的APC)的扩增。CD40激动剂包括CD40L(无论是膜结合的还是可溶的)、CD40激动剂(例如，如US 2019071509和US 7338660中所述，均通过引用并入本文)、抗CD40抗体(如鲁卡木单抗和达塞妥珠单抗)和CD40激动剂肽(例如，如US 9161976中所述，通过引用并入本文)。
CD40激动剂可以通过已知的方法施用，视激动剂的形式而定。基于蛋白质的CD40激动剂也可以以编码所述激动剂的核酸的形式(例如以病毒载体或基因疗法载体的形式)施用。另一个实施方案是这样的系统，其包含APC细胞成熟剂Maravairoc(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6685512/)。
d.佐剂
通常可用于调节免疫反应的其他化合物包括佐剂，例如MONTANIDETM、角鲨烯、胞壁酰二肽和三肽、皂苷等，它们可以彼此组合使用以及与如上所阐述的其他APC药剂组合使用。MONTANIDETM是一种使用甘露醇单油酸酯衍生物作为乳化剂(已经被开发为疫苗佐剂)的水包油乳剂。MONTANIDETM可以含有矿物油、角鲨烯或其他油。大多数佐剂具有油或乳液基质，并且在施用前与疫苗抗原组合。
e.组合
此外，以上阐述的APC药剂可以在本发明的方法中组合、共同施用或以其他方式一起使用。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括FLT3L或其衍生物和聚(I:C)或其衍生物。本发明的另一个实施方案是这样的系统，其包括FLT3L和CD40激动剂。本发明的另一个实施方案是这样的系统，其包括FLT3L、CD40激动剂和聚(I:C)或其衍生物。本发明的另一个实施方案是这样的系统，其包括CD40激动剂和聚(I:C)或其衍生物。一个实施方案是这样的系统，其包括FLT3L和聚ICLC。一个实施方案是这样的系统，其包括FLT3L、聚ICLC和MONTANIDETM。
2.T细胞活化疫苗
总存活期和无进展存活期与肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、特别是肿瘤内的活性效应子T细胞(CTL)的存在相关(J.Galon等人,Science(2006)313:1960-64)。获得此类CTL需要暴露于适当的肿瘤抗原，并且由APC活化。SBRT和相关的消融疗法也依赖于T细胞活性来产生远端效应(在直接暴露于辐射的区域之外杀死肿瘤)。
a.新抗原和新表位
早期证据显示，基于新抗原的疫苗接种或新抗原疫苗可以引发T细胞反应，并且靶向新抗原的T细胞疗法在选定的患者中在某些情况下可以导致肿瘤消退。为了识别肿瘤细胞，T细胞必须以高亲和力结合肿瘤特异性抗原，并且所述抗原必须与正常蛋白质有足够的区别以避免耐受。由于肿瘤细胞在演变为恶性肿瘤的过程中积累了许多突变，因此一些突变会导致肿瘤中表达的蛋白质的氨基酸序列发生改变。不同的改变也可能是免疫原性的。由肿瘤细胞而非正常细胞表达的抗原称为新抗原。
肿瘤细胞的特征在于调节不良和异质性，因此很可能并非肿瘤内的所有细胞都会表达相同的一组新抗原。此外，针对单一抗原的治疗可以迫使肿瘤细胞下调该抗原的表达，并且甚至下调MHC蛋白的表达，使得很少或没有抗原被呈递。在肿瘤细胞表面的MHC-I蛋白上不存在新抗原的情况下，CTL无法识别并且杀死肿瘤细胞。因此，需要多种新抗原以便杀死尽可能多的肿瘤细胞。
候选新抗原可以通过免疫学测试、测序(例如，活检组织的深度RNA测序)和预测或其组合来鉴定。通过对从受试者获得的活检或切除的肿瘤组织进行测序，人们可以确定哪些蛋白质发生了突变，并且从而确定该受试者的候选“个性化”新抗原。使用从许多受试者获得的此类组织的测序，人们可以确定哪些蛋白质最常发生突变，并且因此可以组合为通用的新抗原配制品。作为进一步的改进，人们可以将新抗原与特定MHC-I和MHC-II等位基因的结合关联起来，以基于受试者的个人等位基因来确定或预测哪些新抗原可能对特定受试者有效。参见例如，M.Rajasagi等人,Blood(2014)124(3):453-62；Y.Chu等人,Theranostics(2018)8(15):4238-46；R.E.Hollingsworth等人,npj Vaccines(2019)4:7-17；和P.A.Ott等人,Nature(2017)547(7662):217-21。对于示例性技术，参见Carreno等人,WO 2016/040900；Rooney,WO 2017/173321；和Yelensky等人,WO 2019/050994，其中每一个(及其公开的美国对应申请)均通过引用并入本文。
多种新抗原肽和/或多抗原多肽可以分为多种不同的库，其具有两种或更多种不同的新抗原组合。例如，疫苗可以以1、2、3、4、5、6、7、8、9或约10种单独的新抗原组合的形式提供，所述组合可能是或可能不是唯一的并且被施用至患者的单独的注射部位。可以选择注射部位以靶向不同的淋巴结，即，使得最终接受新抗原组合的淋巴结是不同的。可以基于一个或多个肿瘤部位的引流淋巴结来选择靶淋巴结。
破坏携带特定抗原的肿瘤细胞会产生选择压力，所述选择压力有利于不表达该抗原的存活细胞。因此，用于治疗特定肿瘤的一种或多种最佳新抗原可能会随着时间的推移而演变为对治疗的反应。参见例如，G.Rospo等人,Genome Med(2019)11:42-64,https://doi.org/10.1186/s13073-019-0654-6。为了解决这个问题，本发明的系统包括施用多种新抗原、随着治疗的进展重新分析存在于一种或多种肿瘤中的新抗原、以及施用更新的新抗原。
在一个实施方案中，所述疫苗含有约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、20、25、30、35、40、45或50种新抗原，其可以作为单独的肽提供或串连成几个更长的多抗原多肽，每种多抗原多肽具有约12、15、20、25、30、35、40、45或50个氨基酸。新抗原和多抗原多肽可以通过标准方法(例如通过在缓冲溶液中悬浮和冻干)合成和储存。
配制疫苗或疫苗子集组合用于通过皮下或皮内注射施用。通常，此类配制品将在水性媒介物中含有新抗原或新抗原多肽，所述水性媒介物可以进一步含有缓冲剂和悬浮剂，如盐水、磷酸盐缓冲盐水、表面活性剂等。疫苗通常被配制在基于油或基于乳液的佐剂组合物中。在一个实施方案中，所述新抗原肽或多肽被配制在水包油或油包水乳剂中。在本发明的一个实施方案中，所述新抗原或多抗原多肽配制品进一步含有APC剂。在一个实施方案中，所述APC剂是FLT3L、聚I:C、聚ICLC或MONTANIDETM。在新抗原肽或多抗原多肽在水溶液中不能充分溶解的情况下，所述新抗原肽或多抗原多肽可以直接被配制成水包油或油包水乳剂的油相。在一个实施方案中，所述新抗原肽和/或多抗原多肽直接被配制成佐剂溶液，如MONTANIDETM。
3.免疫抑制抑制剂
免疫系统包括调节或抑制免疫反应(包括免疫检查点、腺苷受体A2AR调节、CTLA-4和细胞因子(如TGF-β))的调节机制。这些内源性机制经常被肿瘤细胞用来逃避细胞毒性T细胞反应。
a.CD73和腺苷
腺苷2a受体(A2aR)是一种主要在造血来源的细胞(特别是活化的CTL和CD4+ TH细胞)上表达的G蛋白偶联受体。受体的活化导致T细胞无能、CTL的抑制和CD8+CTL分化为免疫抑制性Treg细胞。在抗原呈递过程中刺激A2aR会导致免疫耐受。(P.E.Zerk等人,Blood(2008)111:251-59)。细胞外腺苷由CD73+细胞产生，所述细胞存在于多种类型的癌症中，包括胶质母细胞瘤、乳腺癌、CRC、卵巢癌、胃癌和胆囊癌。(Z-W.Gao等人,BioMed Rsch.Intl.(2014)2014:460654)。在CRC和胃癌中，CD73(也称为外-5'-核苷酸酶)的高表达水平与不良预后相关。CD73的表达可能由低氧条件(通常在晚期肿瘤中发现)驱动。因此，A2aR、CD73或二者的拮抗剂可以减少或预防T细胞无能。
A2aR抑制剂包括抗A2aR抗体及其衍生物，以及小分子抑制剂如CPI-444、PBF-509、MK-3814和AZD4635，其目前正在临床试验中。CD73拮抗剂包括抗CD73抗体及其衍生物，如奥来鲁单抗和BMS-986179，二者目前均在临床试验中。还可以通过施用
Figure BDA0003557293060000061
(聚乙二醇化的腺苷脱氨酶)来减少细胞外腺苷，所述酶目前被开处方用于治疗由于腺苷脱氨酶缺乏导致的严重联合免疫缺陷。在A2aR处的腺苷活性也可以被咖啡因拮抗或阻断，所述咖啡因竞争与A2aR结合而不活化它。本发明的一个实施方案是这样一种系统，其包括A2aR抑制剂、CD73拮抗剂或其组合。一个实施方案是这样的系统，其包括CD73拮抗剂和咖啡因。
b.多激酶抑制剂
瑞戈非尼是一种小分子药物，其抑制多种激酶，并且靶向血管生成、基质和致癌基因受体酪氨酸激酶。所述化合物的溶瘤活性最初归因于对raf激酶和VEGFR2的抑制，但是随后显示抑制CSF1R、TIE2、VEGFR1、VEGFR3、PDGFR-β、FGFR、KIT、RET和BRAF。参见例如，S.M.Wilhelm等人,Int J Cancer(2011)129:245-55。它进一步抑制可溶性环氧化物水解酶(sEH)。多种血管生成途径和致癌酶的抑制提供了更广泛的抗肿瘤作用。
例如，来自CRC肿瘤的数据显示，CD4(即肿瘤内CD4+ T细胞的存在)与肿瘤内的许多瑞戈非尼靶标的表达高度相关：CSF1R(92％)、VEGFR1(也称为FLT1)(58％)、VEGFR2(也称为KDR)(62％)、VEGFR3(也称为FLT4)(66％)、FGFR1(66％)、PDGFR-α(62％)和PDGFR-β(68％)。据信，这些代表检查点是在对T细胞与肿瘤接合的反应中诱导的，就像PD-1和PD-L1，它们也与CD4相关。CD8A(代表CTL的存在)也存在类似的相关性。
瑞戈非尼的合成和使用描述于US 7351834和US 9957232中，通过引用并入本文。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包含瑞戈非尼、索拉非尼、呋喹替尼、阿昔替尼、仑伐替尼或相关化合物。
c.PD-1和PD-L1抑制剂
PD-1(程序性细胞死亡蛋白1)，也称为CD279，是一种在活化的T细胞、B细胞和巨噬细胞表面上表达的免疫检查点蛋白。当PD-1与PD-L1(CD274或B7-H1)或PD-L2结合时，T细胞受体被下调，这减少了抗原特异性T细胞的增殖并且导致免疫抑制。同时，PD-L1与Treg细胞的结合减少了它们的凋亡，进一步增加了免疫抑制。在T细胞、NK细胞、巨噬细胞、骨髓DC、B细胞上皮细胞和血管内皮细胞中的干扰素-γ(IFN-γ)刺激PD-L1表达。PD-L1在一些肿瘤细胞中高度表达，这使它们能够诱导无能并且避免被CTL攻击。抑制PD-1和PD-L1中的一种或两种可以减少或预防无能，并且恢复抗肿瘤免疫反应。
PD-1可以被抗PD-1抗体及其衍生物(例如像纳武单抗、派姆单抗、西米普利单抗、皮地利珠单抗、AMP-224、AMP-514和PDR001)抑制或拮抗。PD-L1可以被抗PD-L1抗体及其衍生物(例如像度伐鲁单抗、阿特珠单抗、阿维鲁单抗、BMS-936559和CK-301)抑制或拮抗。PD-1和PD-L1的表达和功能通过受体酪氨酸激酶(TRK)调节，并且可以通过TRK抑制剂调节。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂或二者。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括纳武单抗。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括纳武单抗和阿特珠单抗。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：纳武单抗、派姆单抗、西米普利单抗或皮地利珠单抗；和度伐鲁单抗、阿特珠单抗或阿维鲁单抗。
d.CTLA-4抑制剂
CTLA-4(细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4)(CD152)是作为免疫检查点发挥功能并且下调T细胞功能的另一种蛋白质。CTLA-4在Treg细胞上组成型表达，但是在其他T细胞中仅在活化后表达。CTLA-4以与CD28相比更高的亲和力与CD80(B7-1)和CD86(B7-2)结合，并且可以在结合方面胜过CD28，从而抑制来自CD28的刺激信号。CTLA-4拮抗作用可以降低免疫抑制。合适的CTLA-4抑制剂包括抗CTLA-4抗体，例如伊匹单抗和曲美目单抗。一个实施方案是这样的系统，其包括伊匹单抗或曲美目单抗。
e.环磷酰胺
环磷酰胺，(RS)-N,N-双(2-氯乙基)-1,3,2-氧氮杂磷杂环己烷-2-胺2-氧化物，是一种用于抑制免疫系统的烷化剂。在发现Treg细胞比CTL需要更长的时间恢复后，它最近以低剂量使用以耗尽癌症患者的淋巴细胞。参见例如，M.Scurr等人,Clin Cancer Res(2017)23(22):6771-80；M.Scurr等人,JAMA Oncol(2017)3(10):e172579；V.Radojcic等人,Cancer Immunol Immunother(2010)59:137-48。Scurr等人发现50mg环磷酰胺每天两次持续七天、然后停止七天、然后50mg每天两次另外七天的施用使受试者中Treg细胞显著耗尽并且恢复了对mCRC的免疫反应。Radojcic等人发现环磷酰胺治疗导致新DC的数量增加，所述DC能够更好地浸润肿瘤并且呈递肿瘤抗原，而不会诱导另外的Treg细胞。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括环磷酰胺。
f.PGE2抑制剂
前列腺素E2(PGE2)是一种天然存在的前列腺素，其通过下调T细胞与APC的相互作用和改变T细胞迁移行为来减少炎症(A.J.Wiemer等人,J Immunol(2011)187:3663-70)。SCT中PGE2升高，并且促进SCT中的肿瘤生长和发育、对细胞凋亡的抗性、增殖、侵袭和转移、血管生成和耐药性。它还可能促进纤维化，这有助于建立肿瘤微环境的致密基质，为CTL进入创造物理屏障。PGE2由酶COX-2和mPGES-2(微粒体前列腺素E合酶2，由PTGES2编码)产生，并且可能刺激更多COX-2的表达，从而形成正反馈环路。
PGE2的活性可以被mPGES-2和/或COX-2的抑制剂抑制，所述抑制剂可以采取特异性抗体或小分子的形式。示例性COX-2抑制剂包括非甾体抗炎药(NSAID)，如阿司匹林、布洛芬、萘普生、非诺洛芬、氟比洛芬、酮洛芬、吲哚美辛、托美汀(teolmetin)、酮咯酸、双氯芬酸、吡罗昔康、替诺昔康、苯基丁氮酮、甲芬那酸、甲氯芬那酸、塞来昔布、依托考昔、帕瑞昔布、尼美舒利、氯尼克辛(clonixin)、利克飞龙和相关化合物。参见例如，A.Grancher等人,Bull Cancer(2018)105(2):171-80；L.Emilsson等人,Aliment Pharmacol Ther(2017)45(2):193-204。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛和/或萘普生。
g.组合
因为存在多种用于抑制CTL活性的途径，所以有利地包括用于多于一种抑制途径的对策。因此，本发明的一方面是这样的系统，其包括以下两种或更多种的组合：PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2和/或PGE2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂和PD-L1抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂、多激酶抑制剂和COX-2抑制剂。本发明的另一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂、CD73抑制剂和COX-2抑制剂。本发明的另一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂、CD73抑制剂、CTLA-4抑制剂和COX-2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂和一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂和PD-L1抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：CTLA-4抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂和PD-L1抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：CTLA-4抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂和CTLA-4抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括PD-1抑制剂和CD73抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2或PGE2抑制剂。
本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：PD-1抑制剂；CD73抑制剂；和COX-2或PGE2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：PD-1抑制剂；CD73抑制剂；COX-2或PGE2抑制剂；和一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、A2aR抑制剂和多激酶抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：PD-1抑制剂；多激酶抑制剂；和COX-2或PGE2抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：PD-1抑制剂；多激酶抑制剂；COX-2或PGE2抑制剂；和一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、A2aR抑制剂和CD73抑制剂。
本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：多激酶抑制剂、PD-1抑制剂和一种或多种选自以下的抑制剂：COX-2抑制剂、PGE2抑制剂、PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、A2aR抑制剂和CD73抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：多激酶抑制剂、PD-1抑制剂和CTLA-4抑制剂和一种或多种选自以下的抑制剂：COX-2抑制剂、PGE2抑制剂、PD-L1抑制剂、A2aR抑制剂和CD73抑制剂。本发明的一个实施方案是这样的系统，其包括：多激酶抑制剂；PD-1抑制剂；CTLA-4抑制剂；COX-2抑制剂或PGE2抑制剂；和一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、A2aR抑制剂和CD73抑制剂。
4.血管紧张素-II 1型受体拮抗剂和基质因子
血管紧张素-II 1型受体(AT1R)的拮抗剂(如氯沙坦)使实体肿瘤的胶原或间质基质正常化，这促进了肿瘤通过CTL和APC的分布和渗透。例如，氯沙坦降低了癌相关成纤维细胞(CAF)的胶原I水平或产生。它进一步促进血管减压和血管正常化，并且改善肿瘤灌注和低分子量化疗药和氧气的递送，从而增强癌症疗法和免疫疗法的治疗效果。人们也可以使用其他血管紧张素抑制剂，例如血管紧张素受体阻断剂(ARB)(如坎地沙坦和缬沙坦)、血管紧张素转化酶抑制剂(ACE-I)(如赖诺普利和卡托普利)。在本发明的实践中，这些药剂中的每一种都可以单独使用或组合使用。参见例如，Y.Zhao等人,Proc Natl Acad Sci USA(2019)116(6):2210-19；Y.Tang等人,Drug Deliv Transl Res(2019)9(3):615-24；J.Scott-Emuakpor等人,J Exp Ther Oncol(2017)11(2):107-15；R.Coulson等人,Oncotarget(2017)8(12):18640-56；R.K.Jain等人,US 2013-0287688。ARB不直接吸引CTL，而是当CTL被本发明的其他元件吸引到肿瘤时，通过使肿瘤基质正常化，促进CTL的物理进入。
许多血管紧张素-II受体1型拮抗剂已经被开发用于治疗高血压和/或心力衰竭。合适的AT1R拮抗剂包括氯沙坦、坎地沙坦、缬沙坦、厄贝沙坦、替米沙坦、依普罗沙坦、奥美沙坦、阿齐沙坦、非马沙坦等。当用于治疗高血压时，这些化合物的成人典型剂量范围为从约4至约800mg。对于氯沙坦，典型的剂量范围是约50至100mg，而坎地沙坦的范围是从约4至32mg，并且依普罗沙坦的范围是从约400至800mg。然而，其他剂量在本发明的系统和方法中可以是有效的，并且可以通过标准方法确定。本发明的一方面是将ARB与系统的其他元件组合使用。一个实施方案是这样的系统，其包括血管紧张素II受体1型拮抗剂。一个实施方案是这样的系统，其包括氯沙坦。
5.立体定向体部放射疗法(SBRT)
放射疗法(RT)是用于治疗肿瘤和其他病变的有效工具。立体定向体部放射疗法(SBRT)将立体定向手术(3-D靶标定位)的原理与来自高能辐射源的多个交叉发射束组合，以精确辐照患者体内的靶标。这种技术允许对治疗靶标进行最大程度的积极给药，而正常的周围组织接受较低的非损伤剂量的辐射。长期以来，人们知道靶向电离辐射会导致直接的局部细胞死亡，但是也可以在非辐射部位诱导肿瘤消退(“远端效应”)。已知局部放射疗法会诱导免疫刺激形式的细胞死亡(免疫原性细胞死亡或“ICD”)，这模拟了免疫反应。目前认为，所述反应是由损伤相关分子模式(DAMP)的释放引起的，所述模式触发APC的抗原吞噬，并且呈递至免疫系统。还已知辐照会增加肿瘤细胞上MHC-I的表达，从而改善肿瘤细胞抗原的表达。出于这些原因，它有时被称为“原位疫苗接种”。然而，SBRT还上调IFN、TNF、IL-1α和IL-6，并且增加效应子CD8+ T细胞的启动，此外还引起CXCL10的表达，这将CTL募集到肿瘤中。因此，改善的抗原表达和呈递以及增强的CTL功能为免疫介导的远端效应提供了合理的潜在原理。(J.Y.H.Lim等人,Cancer Immunol Immunother(2014)63(3):259-71)。
SBRT与先前的RT形式的不同之处在于，RT通常在多次暴露(例如，五天五次给药)中递送相对较低剂量的辐射(例如，0.5至2Gy)，而SBRT更频繁地递送较高剂量的辐射(例如，约5到50Gy)，分为较少的暴露(例如，每周一次，持续三周)。在本发明的实施方案中，SBRT以至少约1戈瑞(Gy)、2Gy、3Gy、4Gy、5Gy、6Gy、7Gy、8Gy、9Gy、10Gy、12Gy、15Gy、20Gy、25Gy、30Gy、40Gy、50Gy、60Gy或75Gy的剂量使用。总剂量小于约100Gy、90Gy、80Gy、70Gy、60Gy、50Gy、40Gy、30Gy、20Gy、15Gy、14Gy、13Gy、12Gy、11Gy、10Gy、9Gy、8Gy、7Gy、6Gy、5Gy、4Gy、3Gy或2Gy。在本发明的实施方案中，所述剂量被分成约2、3、4、5、6、7、8、9或10个部分。
6.中期化学疗法
由于在施用疫苗与T细胞完全致敏(priming)之间存在一定的延迟，因此在设计、合成和施用新抗原时，可能有必要开始标准或常规疗法。选择所采用的特定疗法以不干扰T细胞致敏和APC扩增，如用卡培他滨(与或不与贝伐单抗)治疗。这种治疗与PGE2抑制剂(例如阿司匹林或另一种COX-2抑制剂)和血管紧张素II受体拮抗剂(例如氯沙坦)的施用组合。一个实施方案是这样的系统，其包括在施用新抗原之前用卡培他滨(与或不与贝伐单抗)治疗。一个实施方案是这样的系统，其包括在施用新抗原之前用贝伐单抗、卡培他滨和COX-2抑制剂治疗。一个实施方案是这样的系统，其包括在施用新抗原之前用贝伐单抗、卡培他滨、阿司匹林和氯沙坦治疗。
B.治疗方法
通过采用本发明的系统有效地治疗SCT。本发明的方法也可以称为辅助治疗的方法，或辅助受试者免疫系统的方法。一个实施方案是这样的方法，其中所述SCT选自结肠直肠癌(CRC)、胰腺癌、前列腺癌、头颈癌、肺癌、黑素瘤、乳腺癌、肝癌、食管癌和胃癌。这些形式的癌症具有共同的反应，如在对治疗的反应中通过RNA表达数据所示。一个实施方案是这样的方法，其中SCT是CRC。一个实施方案是这样的方法，其中CRC是转移性CRC(mCRC)。一个实施方案是这样的方法，其中癌症是微卫星稳定mCRC(MSS mCRC)。
本发明的方法至少包括以下步骤：施用有效量的抗原呈递细胞剂；施用有效量的T细胞活化疫苗；以及施用有效量的免疫抑制抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其包括施用有效量的抗原呈递细胞剂；施用有效量的T细胞活化疫苗；以及施用有效量的免疫抑制抑制剂。本发明的方法可以任选地包括施用血管紧张素II 1型受体拮抗剂和/或SBRT。本发明的一个实施方案是这样的方法，其进一步包括施用有效量的血管紧张素II 1型受体拮抗剂。一个实施方案是这样的方法，其包括用SBRT治疗。一个实施方案是这样的方法，其包括施用血管紧张素II 1型受体拮抗剂并且施用SBRT。受试者接受当前描述的治疗方法的示例性例子示出于图1中，所述图示出了在以下实施例4中所述的受试者的两次放射扫描。右图指示在2019年9月9日受试者的状况(在接受本文所述的治疗之前高度转移)，而左图示出了在2019年11月26日的治疗进展(接受本文所述的治疗后转移大大减少)。
1.治疗阶段
本发明的方法在概念上可以分为三个阶段：抗原呈递细胞活化、T细胞疫苗接种、和免疫抑制的抑制。在所有阶段，可以施用COX-2抑制剂和/或AT1R拮抗剂。在一个实施方案中，在整个治疗期间施用COX-2抑制剂。在一个实施方案中，所述COX-2抑制剂是阿司匹林。在一个实施方案中，在整个治疗期间施用AT1R拮抗剂。在一个实施方案中，所述AT1R拮抗剂是氯沙坦。在一个实施方案中，在整个治疗期间施用COX-2抑制剂和AT1R拮抗剂二者。在一个实施方案中，所述COX-2抑制剂是阿司匹林、塞来昔布、布洛芬或萘普生，并且AT1R拮抗剂是氯沙坦。
在治疗的初始阶段，在获得特定的T细胞反应之前，采用标准化学疗法来预防或延迟疾病的进展，然后才能实现本发明方法的益处。选择不干扰抗原呈递细胞或T细胞增殖和活化的标准疗法。合适的标准疗法包括贝伐单抗与卡培他滨组合。标准疗法在诊断时或此后不久施用，并且可以进一步包括施用COX-2抑制剂和/或AT1R拮抗剂。本发明的一个实施方案是这样的方法，其包括将有需要的受试者用贝伐单抗、卡培他滨、COX-2抑制剂和AT1R拮抗剂治疗。在一个实施方案中，所述COX-2抑制剂是阿司匹林、塞来昔布、吲哚美辛、布洛芬或萘普生，并且AT1R拮抗剂是氯沙坦。
在开始患者的SCT治疗时或在此后不久，出于测序的目的，从正常组织和肿瘤组织二者中采集样品。后者可能来自活检或切除的肿瘤组织。正常组织样品用于确定患者的HLA(MHC-I和-II)等位基因，无论是通过测序还是通过标准免疫测定技术。如果患者的HLA等位基因已经是已知的，则无需重新确定。对肿瘤组织进行测序，如通过NGS深度测序，以确定当前在肿瘤组织中表达的新抗原。然后分析新抗原序列与患者的MHC-I和-II蛋白的结合亲和力，无论是通过动力学方法(例如，通过使用代表新抗原的标记肽与非突变的“自身”抗原竞争与适当的患者细胞样品结合来确定亲和力常数)还是通过预测(例如，通过计算或计算机模拟)方法。结合弱的新抗原可以通过已知方法改善，例如，通过在新抗原肽的一端或两端包括强T细胞表位和/或通过使新抗原肽衍生以增加对MHC-I和-II的结合亲和力。
然后合成新抗原肽。已知在特定癌症中经常发生一些突变(例如，在黑素瘤和CRC中的BRAF V600E)：对于常见的突变，可以预先合成和储存新抗原肽。参见例如，Z.Liang等人，doi：https://doi.org/10.1101/682617(2019年7月9日)。可以记录每种新抗原的发生率，连同发现与特定HLA等位基因结合的肽序列，并且维持合适的肽储存以供立即使用。
APC内吞外来蛋白和多肽，并且将所述外来蛋白和多肽用蛋白水解酶处理，所述蛋白水解酶将它们分解成大小适合与MHC-I或-II结合的寡肽。因此，新抗原肽可以作为含有两个或更多种新表位的较长多抗原多肽来提供。在一个实施方案中，所述新抗原肽以含有1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种新抗原的多抗原多肽的形式施用，并且所述多抗原多肽可以含有12、15、20、25、30、35、40、45、50或更多个氨基酸，或这些数字之间的任何数量。
a.抗原呈递细胞活化
在实施方案中，将FLT3L施用至患者以扩增和动员患者的APC。FLT3L可以在治疗开始后立即、在开始T细胞活化疫苗施用之前一或两周、在疫苗施用的前一周或两周期间以及在疫苗施用结束时和/或此后一至两周及其组合施用。在一个实施方案中，FLT3L在T细胞疫苗接种之前一周施用。在一个实施方案中，FLT3L在T细胞疫苗接种时或在疫苗接种之前或之后24小时内施用。在一个实施方案中，FLT3L在治疗开始后一周内和在T细胞疫苗接种的24小时内施用。在一个实施方案中，FLT3L在放射疗法时或在放射疗法之前或之后24小时内施用。
其他APC药剂在T细胞疫苗接种时或邻近时间施用。在一个实施方案中，一种或多种另外的APC药剂与T细胞活化疫苗组合或与T细胞活化疫苗一起配制用于施用。在一个实施方案中，所述APC药剂是MONTANIDETM。在一个实施方案中，所述APC药剂是MONTANIDETMISA51。在一个实施方案中，所述APC药剂是聚I:C。在一个实施方案中，所述APC药剂是聚ICLC。在一个实施方案中，所述APC药剂是MONTANIDETM和聚ICLC。
b.T细胞疫苗接种
如本文所阐述，所述T细胞活化疫苗包含新抗原肽或多抗原多肽，其中所述新抗原是基于以下选择的：(a)免疫原性(其部分取决于所述新抗原与所述非突变的“自身”序列肽之间的差异程度)，(b)对MHC-I和-II的结合亲和力，以及(c)在一种或多种肿瘤组织中的表达程度。由于肿瘤具有异质性特征，因此所述疫苗含有多种新抗原。如本文所述，所述疫苗作为新抗原的一种或多种子集组合在不同注射部位施用。
T细胞活化疫苗应在可实践的情况下尽快施用，或者在APC已经被活化并且有时间使其群体扩增时尽快施用。疫苗可以多次施用，例如约每1、2、3、4、5或6周一次，并且每次可以含有不同的新抗原和新抗原的组合，并且可以施用至不同的注射部位。可以在疫苗施用之前或之后约一周内伴随APC药剂施用进行每次施用。一个实施方案是这样的方法，其中所述T细胞活化疫苗在FLT3L施用24小时内施用。一个实施方案是这样的方法，其中所述T细胞活化疫苗在FLT3L施用后1天与30天之间施用。一个实施方案是这样的方法，其中所述T细胞活化疫苗在FLT3L施用后7天与20天之间施用。一个实施方案是这样的方法，其中所述T细胞活化疫苗与佐剂、聚(I:C)或聚ICLC组合施用。
c.放射疗法
放射疗法(RT)可以用于本发明的方法中，其中存在足够大小的肿瘤并且位置可接近RT而不会对周围组织造成不可接受的损害。在本发明的一个实施方案中，立体定向体部放射疗法(SBRT)在T细胞疫苗接种完成之前或之后施用。在一个实施方案中，SBRT在最后一次疫苗施用后约1天、2天、3天、5天、1周或2周施用。在一个实施方案中，SBRT在第一次疫苗施用前约1天、2天、3天、5天、1周或2周施用。在一个实施方案中，SBRT在第一次疫苗施用与最后一次疫苗施用之间施用。在一个实施方案中，SBRT以至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12戈瑞(Gy)的强度施用。在一个实施方案中，SBRT以不多于约60、50、40、30、25、22、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10Gy的强度施用。在一个实施方案中，SBRT以约5Gy与约10Gy之间的强度施用。在一个实施方案中，SBRT以约2、3、4、5、6、7、8、9或10个部分施用。在一个实施方案中，SBRT以约5个部分施用。在一个实施方案中，FLT3L在SBRT施用约一周内、之前、之后或期间施用。在一个实施方案中，FLT3L在初始SBRT施用的24小时内施用。在一个实施方案中，FLT3L通过皮内或皮下注射连续几天施用1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。在一个实施方案中，每次注射中施用的FLT3L的量是至少约10、20、30、40、50、60、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、250、300、350、400、450、500、550、600、700、750、800、900或1000μg/Kg。在一个实施方案中，每次注射中施用的FLT3L的量不多于约5000、4000、3000、2000、1500、1000、900、800、700、600、550、500、450、400、350、300、250或200μg/Kg。
d.免疫抑制的抑制
免疫抑制抑制剂与疫苗施用联合施用。在一个实施方案中，一种或多种免疫抑制抑制剂在完成疫苗施用的约一周内、在最后一次施用之前、之后或之时施用。在一个实施方案中，所述免疫抑制抑制剂是CD73抑制剂。在一个实施方案中，所述CD73抑制剂是奥来鲁单抗(MED19447)。在一个实施方案中，所述CD73抑制剂是BMS-986179(Bristol-MyersSquibb)、AB680(Arcus Biosciences)、CB-708(Calithera Biosciences,Inc.)、CPI-006(Corvus Pharmaceuticals)或α,β-亚甲基腺苷5’-二磷酸钠盐。在一个实施方案中，所述免疫抑制抑制剂是A2aR抑制剂。在一个实施方案中，所述免疫抑制抑制剂是PD-1抑制剂。在一个实施方案中，所述免疫抑制抑制剂是PD-L1抑制剂。在一个实施方案中，所述PD-1抑制剂是纳武单抗。在一个实施方案中，所述免疫抑制抑制剂是CTLA-4抑制剂。在一个实施方案中，所述CTLA-4抑制剂是伊匹单抗。
在一个实施方案中，所述免疫抑制抑制剂是抑制剂的组合并且可以一起或单独施用。在一个实施方案中，所述组合包括CD73抑制剂和PD-1抑制剂。在一个实施方案中，所述组合是奥来鲁单抗和纳武单抗。在一个实施方案中，所述组合包括CD73抑制剂、CTLA-4抑制剂和PD-1或PD-L1抑制剂。在一个实施方案中，所述组合是纳武单抗、伊匹单抗和奥来鲁单抗。一个实施方案是这样的方法，其包括施用PD-1抑制剂和一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其包括施用PD-1抑制剂和PD-L1抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：CTLA-4抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其包括施用PD-1抑制剂和PD-L1抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：CTLA-4抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其包括施用PD-1抑制剂和CTLA-4抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CD73抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2抑制剂和PGE2抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其包括施用PD-1抑制剂和CD73抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、A2aR抑制剂、多激酶抑制剂、COX-2或PGE2抑制剂。
一个实施方案是这样的方法，其包括施用多激酶抑制剂、PD-1抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：COX-2抑制剂、PGE2抑制剂、PD-L1抑制剂、CTLA-4抑制剂、A2aR抑制剂和CD73抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其包括施用多激酶抑制剂、PD-1抑制剂和CTLA-4抑制剂以及一种或多种选自以下的抑制剂：COX-2抑制剂、PGE2抑制剂、PD-L1抑制剂、A2aR抑制剂和CD73抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其包括施用多激酶抑制剂；PD-1抑制剂；CTLA-4抑制剂；COX-2抑制剂或PGE2抑制剂；和一种或多种选自以下的抑制剂：PD-L1抑制剂、A2aR抑制剂和CD73抑制剂。
免疫抑制抑制剂根据其批准的剂量和时间表施用。除非另有说明，否则在整个治疗过程中持续施用。
e.AT1拮抗剂和基质的治疗
将致密的基质屏障用血管紧张素II 1型受体(AT1R)的拮抗剂、血管紧张素受体阻断剂(ARB)和/或ACE抑制剂治疗。即使是不显示“排除的”表型的肿瘤也可以用这些药剂治疗，以使基质正常化并且防止形成排除性屏障。在本发明的一个实施方案中，所述AT1R拮抗剂是氯沙坦。在本发明的一个实施方案中，所述AT1R拮抗剂、ARB或ACE抑制剂在治疗开始时或邻近时间开始施用。在一个实施方案中，所述AT1R拮抗剂、ARB或ACE抑制剂首先在治疗开始约一周内施用。在一个实施方案中，所述AT1R拮抗剂、ARB或ACE抑制剂的施用在整个治疗过程中基本上持续。一个实施方案是这样的方法，其包括在整个治疗的过程中基本上持续施用氯沙坦。
2.时间和顺序
治疗阶段的时间可以根据患者的反应而变化。在一个实施方案中，将所述患者用贝伐单抗、卡培他滨、氯沙坦和阿司匹林、布洛芬或萘普生治疗，直到可以施用T细胞活化疫苗。以约1周至约6周的间隔、以约2周至约5周的间隔、以约4周的间隔、或以约一个月的间隔施用疫苗约1、2或3次。在一个实施方案中，以约一个月的间隔施用疫苗1、2或3次。FLT3L在每次T细胞疫苗接种前至多约一周或在一次或多次T细胞疫苗接种时施用。在一个实施方案中，FLT3L与每次疫苗接种一起施用。
SBRT在疫苗接种前、在疫苗接种阶段期间或在疫苗接种阶段结束后(如果合适)施用。一个实施方案是这样的方法，其中SBRT在最后一次疫苗接种后约1、2、3、4或5周施用。一个实施方案是这样的方法，其中SBRT在第一次疫苗接种前约1、2、3、4或5周施用。一个实施方案是这样的方法，其中SBRT在第一次疫苗接种与最后一次疫苗接种之间施用。FLT3L也可以与SBRT联合施用。在本发明的一个实施方案中，SBRT在最后一次疫苗接种后约1、2、3、4或5周施用。一个实施方案是这样的方法，其中SBRT在最后一次疫苗接种后约1周施用。一个实施方案是这样的方法，其中FLT3L在SBRT前约1周至SBRT治疗后约24小时内的时间施用。一个实施方案是这样的方法，其中SBRT以至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12戈瑞(Gy)的强度施用。在一个实施方案中，SBRT以不多于约60、50、40、30、25、22、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10Gy的强度施用。在一个实施方案中，SBRT以约5Gy与约10Gy之间的强度施用。在一个实施方案中，SBRT以约2、3、4、5、6、7、8、9或10个部分施用。在一个实施方案中，SBRT以约5个部分施用。
免疫抑制抑制剂可以在所述方法期间的任何时间施用。一个实施方案是这样的方法，其中施用PD-1抑制剂和/或PD-L1抑制剂并且施用CD73抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其中施用PD-1抑制剂和/或PD-L1抑制剂，并且施用多激酶抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其中施用纳武单抗和瑞戈非尼。一个实施方案是这样的方法，其中免疫抑制抑制剂的施用在最后一次疫苗施用与最后一次疫苗接种后约6周之间开始。一个实施方案是这样的方法，其中免疫抑制抑制剂的施用在最后一次疫苗接种的一周内开始。
3.反应测量
监测肿瘤反应。如果发生进展，则改变免疫抑制抑制剂组合。在一个实施方案中，将纳武单抗和瑞戈非尼的施用改变为纳武单抗和CD73抑制剂。在一个实施方案中，将纳武单抗和CD73抑制剂的施用改变为纳武单抗和瑞戈非尼。如果进展继续，则设计新的新抗原，并且重复疫苗接种阶段，然后进行SBRT和免疫抑制抑制剂的施用。反应测量
可以以多种方式测量患者对疗法的反应。例如，可以通过X射线测量肿瘤缩小来确定对一种或多种患者的肿瘤的影响。可以对肿瘤进行活检或切除，并且以组织学方式检查组织的肿瘤细胞的死亡和CTL和APC的浸润。活检或切除组织可以通过深度测序来检查肿瘤标记物的变化、异质性的变化等。可以检查血液以了解循环肿瘤细胞、肿瘤DNA和/或肿瘤抗原的减少，循环CTL和迁移的APC的增加，以及细胞因子水平或其他生物标记物的变化。这样的诊断结果可以用于确定何时进入下一阶段(例如，当APC群体充分扩增时、当产生足够的CTL时、当免疫抑制出现或增加时)。诊断结果还可以用于确定特定药剂是否对患者的一种或多种肿瘤缺乏功效以及何时切换到可替代药剂。也可以通过测量生物标记物来测量肿瘤反应。
在本发明的一个实施方案中，在施用所述T细胞活化疫苗后约5天至约30天，确定T细胞的活化状态、群体大小、或分布。在本发明的一个实施方案中，在重复疫苗接种之前确定肿瘤对T细胞疫苗接种的反应。
实施例
提供以下实施例作为对本领域普通技术人员的指导，并且不旨在以任何方式限制所要求保护的发明的范围。当提供肿瘤组织样品的基因表达水平时，除非另有说明，否则应当理解它是指组织样品中该基因的RNA表达(RNASeq)，其显示在表达谱分析方面产生与微阵列技术相当的结果(Guo等人,PLoS One(2013)8(8):e71462)。
实施例1：T细胞共刺激蛋白
将CD4、CD3D(其形成TCR-CD3抗原受体复合物的一部分)和CD8A在肿瘤浸润免疫细胞中的表达与CD80和CD86(T细胞的共刺激蛋白)在SCT中的表达进行比较。结果示出于表1中。
表1：SCT中表达的Pearson相关性(％)
Figure BDA0003557293060000141
这些结果表明，这些特征性T细胞抗原的表达与以上阐述的SCT中T细胞活化蛋白CD80和CD86的表达密切相关。这指示增加CRC肿瘤中成熟APC(其表达CD80和CD86)的数量的APC活化剂将促进T细胞浸润，并且提供与T细胞活化疫苗的协同结果。这与在CRC肿瘤的侵袭性边缘中成熟APC数量越多预测CRC中存活越好的结果一致(A.Pryczynicz等人,Gastroenterol Res Pract(2016)2016:2405437)。
实施例2：PTGES2与CD4、CD83和CD86的相关性
检查CRC肿瘤中PTGES2的表达与CD4(TH标记物)、CD83(APC成熟标记物)和CD86(也称为B7-2，APC标记物)的表达。结果示出于表2中。
表2：SCT肿瘤中表达的Pearson相关性(％)
Figure BDA0003557293060000151
这些结果表明，在结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈癌、黑素瘤、肺癌和食道癌中，PTGES2的表达(其增加PGE2的产生)与T细胞和APC的下调相关。还参见T.Seo等人,VirchowsArchiv(2009)454(6):667-76，其报道了PGE合酶在CRC肿瘤中过表达并且与预后较差相关。
据报道，在CRC患者中使用阿司匹林抑制COX-2-并且因此抑制PGE2合成-改善了存活率。参见例如，Y.Cao等人,Gastroenterol(2016)151(5):879-92，报道了在定期使用阿司匹林的患者中具有低TIL的CRC的风险降低；和T.Hamada等人,J Clin Oncol(2017)35(16):1836-44，报道了在具有低PD-L1表达的CRC患者中阿司匹林的使用与癌症特异性存活和总存活期正相关，尽管在具有高表达的PD-L1患者中没有益处。
实施例3：FLT3L表达与CD4和CD8的相关性
将在SCT中FLT3LG表达与CD4、CD8A、CD8B和CD86表达的相关性与CD40表达与CD4、CD8A、CD8B和CD86表达的相关性进行比较。结果示出于表3中。
表3：SCT中表达的Pearson相关性(％)
Figure BDA0003557293060000152
结果表明，在结直肠癌、前列腺癌、头颈癌、黑素瘤、肺癌、食管癌、肝癌、胃癌、乳腺癌和肾癌(肾细胞癌)中CD4、CD8和CD86表达与FLT3LG表达密切相关，并且此外在胰腺癌中与CD40相关。
M.A.Morse等人,J Clin Oncol(2000)18(23):3883-93报道了对mCRC患者施用FLT3L(20μg/Kg/天)14天(以每月间隔，1至3个周期)显著增加外周血中白细胞数量(从5,900/mm3至11,200/mm3)、在PBMC中APC的百分比(从2.4％至8.8％)以及在肿瘤外周观察到的APC数量。
实施例4：临床治疗
受试者DS被诊断为患有IV期mCRC，并且接受标准护理化学疗法(FOLFOX-亚叶酸、氟尿嘧啶和奥沙利铂)，然后接受FOLFIRI(亚叶酸、氟尿嘧啶和伊立替康)，同时分析她的新抗原。将来自肿瘤初次切除的新鲜冷冻肿瘤样品和正常组织样品转移到Avera人类遗传学研究所(Avera Institute for Human Genetics，南达科他州苏福尔斯)并且用于全外显子组测序和HLA分型。结果使用Vaxrank和MHCflurry(OpenVax，纽约州纽约西奈山)分析。参见例如，A.Rubinsteyn等人,Front Immunol(2017)8:1807。
所述软件鉴定了MT-CO2(细胞色素C氧化酶亚基2)中的突变，并且预测了预计与受试者的MHC蛋白强烈结合的一系列肽。最佳候选物示出于表4中。
表4：新抗原肽
序列 预测的IC<sub>50</sub> SEQ ID NO:
FTATRPGM 23.3nM 1
FTATRPGMY 46.60nM 2
MYYGQCSEI 111.30nM 3
TFTATRPGMYY 352.80nM 4
TFTATRPGMY 765.90nM 5
FTATRPGMYYG 1076.00nM 6
TATRPGMYY 1635.30nM 7
选择使用前两种肽(SEQ ID NO:1-2)，连同基于以下基因中的新抗原的28种其他肽：NONO、TANGO6、ADAM19、HLA-DRA、DMKN、ELL、SMURF2、ARID4A、HACL1、BRIX1、NTRK2、CDC42、LPCAT3、NRAS和NUP85。肽的大小范围为从9至25个氨基酸长度。肽在商业上合成、纯化并且冻干以储存直至施用。
施用时，将肽(各60μg)组合成六组，每组五种，并且悬浮在具有10％DMSO的注射用水中(各1.0mL)。然后将肽混合物与MONTANIDETM ISA 51(Seppic，法国)以1:1.4的比率组合。然后将六种配制品皮内施用至上臂。将肽配制品组施用三次，每次大约相隔一个月。第三种施用配制品进一步包括聚:ICLC(
Figure BDA0003557293060000161
Oncovir,Inc.，1.8mg/mL)，比率为3:1肽:
Figure BDA0003557293060000162
当施用疫苗时，疗法包括FOLFIRI与贝伐单抗。在2019年1月第三次施用后，中止FOLFIRI，并且将受试者用卡培他滨(每天2,000mg，服用一周并且停止一周)、贝伐单抗(每2周5mg/kg)、阿司匹林(750mg/天)治疗、塞来昔布(COX-2抑制剂，200mg/天)和氯沙坦(100mg/天)治疗。
在最后一次施用第一种疫苗后大约六个月，设计和制备一组新的29种新抗原肽(表5)。将肽悬浮在具有10％DMSO的注射用水中(每种肽60μg)，在三种不同的配制品中。然后将三种肽悬浮液(各290μL)单独地与
Figure BDA0003557293060000163
(110μL)和MONTANIDETM(400μL)组合，并且将所得的配制品皮下注射至大腿。然后使受试者在2019年7月下旬和8月中旬接受两剂CPI-006(一种人源化抗CD73 IgG1抗体)(18mg/Kg，Corvus Pharmaceuticals)以及在2019年8月下旬接受一剂派姆单抗(一种人源化抗PD-1抗体)(100mg，Keytruda，Merck)，随后在2019年8月下旬接受四个每日剂量的瑞戈非尼(一种多激酶抑制剂)(40mg，Bayer)。
表5：新抗原肽
序列 SEQ ID NO:
PKIRTEQISPFFPLVSAHLSSAMTHITEG 8
EPKKSTSVYPNFSTTNLIGPDPT 9
RHGQQNFPESFDYGMSILY 10
DFDGTRARFL 11
SIDDKVGRHF 12
NPLDGQAEVF 13
IMELEPGLTY 14
TQAQPGDAKL 15
NPIIINPTSF 16
IRAEHISPFF 17
TPNGSQFLTL 18
ANDQQQIQVY 19
ASDLAQDKY 20
MYTYRPWTI 21
FQMETVNTL 22
SQAAPQSTW 23
FPKMSMLPL 24
LFDHAVAKF 25
RYDLAAAAL 26
SRNLIFLTRSVQTWR 27
FYHYYTVVY 28
LDKALASFRNAIRVN 29
AWSSLHAVF 30
VPYLSFMTY 31
SLRSVVPLPSLRSVE 32
DFYYLLMNSTPLQVL 33
GKKFRVMKTNPGYIA 34
RWGKLLMVKTIKSNV 35
LRSVVPLPSLRSVEP 36
结果：
在第一次疫苗接种之前，受试者在接受FOLFOX治疗时表现出疾病不断增长。在第三次疫苗接种后，受试者在接受卡培他滨、贝伐单抗、阿司匹林、氯沙坦和塞来昔布5个月中表现出稳定的疾病，这对于接受阿司匹林加上卡培他滨和贝伐单抗重度预治疗的患者来说并不意外(Giampieri等人,Clinical Colorectal Cancer,第16卷,第1期,38-43)。5个月后，受试者停止贝伐单抗以接受CD73抑制剂，并且基于CEA的轻微升高和PET(正电子发射断层扫描)扫描可见的疑似淋巴结转移，观察到疑似进展。向受试者施用一剂新的29种肽疫苗和两剂CD73抑制剂与一剂抗PD-1，并且在2019年9月的PET扫描中观察到转移的急剧进展和新病变，如图1(右图)所示。因此，受试者中止CPI-006并且恢复FOLFIRI与贝伐单抗和Neulasta，同时维持阿司匹林、塞来昔布和氯沙坦。在首次两周一剂FOLFIRI、贝伐单抗和Neulasta后两周，CEA水平并未下降反而略微上升至18.6，因此将马拉韦罗(Maraviroc)添加至FOLFIRI、贝伐单抗和Neulasta中，并且继续阿司匹林、塞来昔布和氯沙坦。
第2剂FOLFIRI后两周，CEA降至8.4，并且受试者从FOLFIRI转换为口服卡培他滨，所述口服卡培他滨更易于耐受和施用。从那时起，受试者继续接受卡培他滨(2,000mg每天两次，服用一周并且停止一周)、贝伐单抗(每两周一次)、Neulasta(每两周6mg)、马拉韦罗(150mg每天两次)、一剂派姆单抗(抗PD-1，100mg，Keytruda，Merck)、阿司匹林、塞来昔布和氯沙坦的治疗方案。大约两个半月后，转移大大减少，如图1所示(左图)，并且以下描述了2019年9月9日与2019年11月26日之间的PET扫描的比较，并且通过相同时间段期间血液标记物CEA从17.2ng/mL降至2.9ng/mL而得到证实。2019年11月26日进行PET CT扫描的放射科医师在报告中陈述了以下印象：“自2019年9月9日FDG PET/CT以来，高代谢恶性软组织转移总体显著减少，并且残留疾病如所述”。
下面包括了放射科医师的详细评论。特别地，对于晚期的患有MSS mCRC的预治疗的受试者(如DS)，SUV(标准化摄取值)的快速降低和消退(resolution)(“消退(resolved)”)观察结果是非常出乎意料的。
“肺：目前没有可疑的高代谢发现。先前散在的高代谢肺转移瘤大部分消退；其中有一些散在的残留轻度FDG-avid，肺结节减少，例如：*左下叶肺结节，CT图像94，PET图像90(允许PET-CT融合定位有一定的不精确)；0.7cm，先前0.9cm，SUV 2.9，先前4.9。
胸膜/心包：先前的微量积液消退
胸腔淋巴结：CT评价受限于缺乏静脉内造影和低CT mA/剂量，先前的高代谢纵隔/肺门淋巴结肿大大部分消退；最小的残留淋巴结肿大；例如，*隆凸下病灶SUV 2.7，先前6.4。
肝胆：高代谢的包膜/包膜下肝植入物通过闪烁扫描在一定程度上显著减少，有显著的残留可见疾病；例如，*PET图像104、SUV 10.8，先前19.6。
脾：先前的高代谢脾周植入物通过闪烁扫描不再明显。
胰腺：无异常摄取。
肾上腺：无异常摄取。
肾脏/输尿管/膀胱：存在排泄活动。
腹盆腔结节：先前的高代谢性腹盆腔淋巴结肿大消退。
肠/腹膜/肠系膜：*皮下腹侧腹壁口，并且附着的腹腔内/腹膜导管向上延伸至右肝周区域；在导管穿过腹侧腹部肌肉组织的情况下，再次看到局灶性高代谢活动-可能是感染/炎症与肿瘤；不变；SUV 22.7，先前20.0。*皮下肝动脉泵储器，其中在预期的肝门周围区中带有导管；在导管穿透腹侧腹部肌肉组织的情况下，再次看到局灶性高代谢活动-减少，SUV 4.6，先前12.7。*腹侧腹壁中线瘢痕内的高代谢结节性病变。图像158，SUV 8.6，先前22.4。先前的高代谢腹膜和其他腹部植入物大部分消退，具有残留疾病；例如，*从结肠吻合不可分离，图像203，SUV 11.7，先前36.7。先前的小腹水消退。
盆腔器官：无异常摄取。
骨骼/软组织：无可疑的骨病变。骨骼红骨髓区中的弥漫性高代谢活动，与生理变异摄取一致。”
实施例5：瑞戈非尼治疗
CRC中PD-L1或PD-1的高表达连同CD8的高表达表明，T细胞正在主动接合肿瘤，并且因此，抗PD-1或抗PD-L1有助于减少免疫抑制(A.P.R.Bally等人,J Immunol(2016)196:2431-37；A.M.Valentini等人,Oncotarget(2018)9:8584-96)。例如，T细胞上的PD-1表达反映了亲和性和抗肿瘤反应性(S.Simon等人,Oncoimmunol(2018)7(1):e1364828)。还参见J.H.Park等人,J Clin Oncol(2018)36(4增刊):631，他们报道了在肿瘤切除后具有错配修复能力的CRC(TNM I-III级CRC)的患者中，PD-L1表达与临床病理学或肿瘤微环境特征不相关。TIL PD-1表达与临床病理学特征不相关，但是与高Klintrup-Makinen等级(P<0.001)、高Immunoscore(P<0.001)、低肿瘤基质百分比(TSP，P＝0.068)和低Glasgow微环境得分(P<0.001)相关。多变量存活分析显示，高TIL PD-1表达与改善的癌症特异性存活(HR 0.60，P＝0.016)相关，与Immunoscore(HR 0.74，P＝0.03)和TSP(HR 1.91，P＝0.027)无关。在单变量或多变量分析中，PD-L1表达与CSS不相关。
最近的临床试验结果发现，当与抗PD-1纳武单抗治疗组合时，治疗多激酶抑制剂瑞戈非尼展现出协同的治疗结果，提供了在患有晚期结直肠癌或胃癌的预治疗患者中40％的客观肿瘤反应以及88％的稳定疾病(S.Fukuoka等人,J Clin Oncol(2019)37:(增刊；摘要2522))。当与抗PD-L1阿维鲁单抗治疗组合时，瑞戈非尼也展现出协同的治疗效果，提供了在60％的晚期结直肠癌患者中的CD8+ T细胞浸润显著增加以及57.3％中的稳定疾病(S.Cousin等人,J Clin Oncol(2020)38:(15_增刊；摘要4019))。与瑞戈非尼作为单一药剂在肺(M.S.Kies等人,https://ascopubs.org/doi/abs/10.1200/jco.2010.28.15_增刊7585)、胰腺(S.Bozzarelli等人,Ann Oncol(2016)27(增刊6):692P)，J.S.Salmon等人,https://ascopubs.org/doi/abs/10.1200/JCO.2017.35.15_增刊e15751)中的适度临床活性以及其经FDA批准在结直肠癌、肝癌(肝细胞癌)和胃癌中的使用进行比较，此组合是有利的。瑞戈非尼阻断参与肿瘤血管生成(VEGFR 1-3、TIE2)、肿瘤发生(KIT、RET、RAF-1、BRAF)、转移(VEGFR3、PDGFR、FGFR)和肿瘤免疫(CSF1R)的多种蛋白激酶。CSF1R的阻断抑制巨噬细胞的产生，从而导致肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的数量减少，所述肿瘤相关巨噬细胞对CTL具有类似于Treg细胞的免疫抑制作用。血管生成的阻断防止肿瘤从患者的脉管系统中获取氧气和营养素。类似的药物阿昔替尼也阻断参与肿瘤血管生成(VEGFR 1-3)、转移(VEGFR3、PDGFR)的相同蛋白激酶中的一些，并且在结直肠癌中作为单一疗法实现了适度的临床效果(C.Grávalos等人,Clin Colorectal Cancer(2018)17(2):e323-29)。然而，当与阿维鲁单抗(抗PD-L1)组合用于肾癌(肾细胞癌)时，它实现了突破性疗法指定。另一种类似的药物仑伐替尼也阻断了参与肿瘤血管生成(VEGFR 1-3)、转移(VEGFR3、PDGFR)的相同蛋白激酶中的一些(S.Sarcognato等人,Clinical Liver Disease,(2019)14(2):62-65)并且在结直肠癌中作为单一疗法实现了适度的临床效果(H.Shoji等人,J Clin Oncol(2019)37(15):3538-3538)。然而，当与派姆单抗(抗PD-1)组合用于晚期胃癌时，它实现了69％的客观反应(A.Kawazoe等人,Lancet Oncol(2020)2020年6月23日,在线优先,https://doi.org/10.1016/S1470-2045(20)30271-0)。
来自SCT肿瘤的数据显示，CD4表达与上述许多靶标的表达高度相关。表6和表7示出了CRC肿瘤中CD4与CD8表达之间与许多瑞戈非尼靶标的相关性。
表6：在SCT肿瘤中与CD4/CD8A表达的Pearson相关性(％)
Figure BDA0003557293060000191
表7：在SCT肿瘤中与CD4/CD8A表达的Pearson相关性(％)
Figure BDA0003557293060000192
Figure BDA0003557293060000201
在结直肠癌、胰腺癌、头颈癌和肺癌中，T细胞标记物(CD4和CD8A)与所列的靶基因之间的相关性表明，对肿瘤血管生成、肿瘤发生和转移的肿瘤防御以及免受T细胞影响的肿瘤免疫的刺激更强(M.Kissel等人,Oncotarget(2017)8(63):107096-108)。这些相关性表明，瑞戈非尼与纳武单抗具有协同作用，这表明它也将与T细胞活化疫苗具有协同作用。
来自实体癌肿瘤的数据还显示，对于每种癌症，存活与对应于上述靶受体之一的蛋白质的表达密切相关。表8示出了每种癌症的COX比例风险比，它将与存活关系密切的与瑞戈非尼靶标结合的蛋白质的表达的最高四分位数的患者的总体存活率与最低四分位数的患者的总体存活率进行比较。VEGF-B与VEGFR1结合，VEGFA与VEGFR1和VEGFR2结合，并且VEGFC与VEGFR3结合(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3411125/)。表8中的这些风险比表明，在除结直肠癌和胃癌以外的癌症中瑞戈非尼将具有有益的针对血管生成的活性，并且与表8中的相关性一起表明它们还将与T细胞活化疫苗具有协同作用。这里呈现的发现与以下报道的结果一致：S.Zong等人,Clin Chim Acta(2016)458:106-14(CRC)；Z.Zhang等人,PLoS ONE(2016)11(11):e0165725(乳腺癌)；H.Xia等人,CancerBiomark(2016)17(2):165-70(食管癌)；W.Cao等人,Tumour Biol(2014)35(4):3377-83(胃癌)；和H.Jiang等人,Clin Chim Acta(2014)427:94-99(非小细胞肺癌)。
表8：SCT肿瘤中的COX比例风险比密切相关靶标
Figure BDA0003557293060000202
实施例6：贝伐单抗治疗
肿瘤细胞可以上调VEGFR1和VEGFR2，其由于血管和内皮失调而减少T细胞浸润。例如，在肾细胞癌患者中，用贝伐单抗的抗VEGF治疗潜在地通过血管正常化和内皮细胞活化增加了肿瘤内T细胞浸润(Wallin等人,Nat Commun 2016年8月30日；7:12624)。
与瑞戈非尼类似，最近的临床试验结果发现，当与抗PD-L1阿特珠单抗治疗组合时，治疗单克隆抗体贝伐单抗和化学疗法卡培他滨展现出协同的治疗结果，在出版时提供了在预治疗转移性结直肠癌的患者中8.5％的客观肿瘤反应以及8.5％的持续进行的反应(N.Mettu等人,Annals of Oncology(2019)30(增刊_5):v198-v252.)。与在预治疗的转移性结直肠癌患者中贝伐单抗和卡培他滨的相同研究中更适度的4.4％客观反应率和2.2％的持续进行的反应相比，在预治疗的患者中这种三重组合是有利的。贝伐单抗通过与循环VEGF-A结合来阻断参与肿瘤血管生成的多种蛋白激酶(VEGFR 1-2)(Pandey等人Hypertension.2018；71:e1-e8)。血管生成的阻断防止肿瘤从患者的脉管系统中获取氧气和营养素。
上表6中来自结直肠癌肿瘤的数据显示，CD4和CD8A与结直肠癌中的上述VEGF-A的靶受体(即，VEGFR1和VEGFR2)的表达密切相关。来自实施例4的临床数据显示，在从卡培他滨、贝伐单抗、阿司匹林、塞来昔布和氯沙坦维持治疗中去除贝伐单抗时，CEA和扫描示出了进展的迹象。相比之下，当将抗原呈递细胞剂(neulasta和马拉韦罗)和抗PD-1添加到卡培他滨、贝伐单抗、阿司匹林、塞来昔布和氯沙坦时，PET扫描和CEA示出了肿瘤负荷大幅降低。
实施例7：西妥昔单抗治疗
与瑞戈非尼相似，最近的临床试验结果发现，当与抗PD-L1阿维鲁单抗治疗组合时，治疗单克隆抗体西妥昔单抗和化学疗法FOLFOX展现出协同的治疗结果，提供了在未经治疗的RAS野生型肿瘤转移性结直肠癌患者中80％的总体反应率(jnccn360.org/colorectal/news/avelumab-plus-folfox-and-cetuximab-in-metastatic-colorectal-cancer/)。与在相似的环境中在转移性结直肠癌中用西妥昔单抗和FOLFOX预期的更适度的66％的客观反应率相比，这种三重组合是有利的(www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6324088/)。在患者和临床前模型二者中，西妥昔单抗作用于EGFR受体并且产生将树突细胞和T细胞吸引至肿瘤的免疫原性细胞死亡(www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27135741；www.ncbi.nl m.nih.gov/pmc/articles/PMC5378263/)。
来自结直肠癌肿瘤的数据显示，EGFR表达与T细胞浸润的特定标记物具有低相关性，所述标记物包括CD8A、IFNG(干扰素γ，Kosmidis等人J Cancer.2018；9(2):232–238www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5771329/)(与CD8A的相关性为83％)以及通过TAP1和B2M(二者与CD8A的相关性为56％)描述的其支持性抗原呈递机制(Ozcan等人Oncoimmunology.2018；7(7):e1445453,www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5993484/)。这表明，具有低T细胞浸润、低水平干扰素γ、和功能异常的抗原呈递机制的一些患者表达EGFR，并且可以从西妥昔单抗治疗中受益。
表9
Figure BDA0003557293060000211
实施方案
本发明的一个实施方案是一种用于治疗受试者的实体癌性肿瘤(SCT)的系统，所述系统具有：抗原呈递细胞剂；T细胞活化疫苗；和免疫抑制抑制剂。其中所述抗原呈递细胞剂是CD40激动剂、Toll样受体激动剂、佐剂、FLT3L或其任何组合。一个实施方案是这样的系统，其中所述免疫抑制抑制剂选自CD73抑制剂、PD-L1抑制剂、PD-1抑制剂、A2a受体抑制剂、多激酶抑制剂、环磷酰胺、COX-2抑制剂、前列腺素-E2抑制剂及其任何组合。一个实施方案是这样的系统，其进一步具有血管紧张素II 1型受体拮抗剂。一个实施方案是这样的系统，其中所述免疫抑制抑制剂是PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂或多激酶抑制剂。一个实施方案是这样的系统，其中所述免疫抑制抑制剂是PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂或多激酶抑制剂。一个实施方案是这样的系统，其中所述免疫抑制抑制剂是CD73抑制剂和PD-L1抑制剂。一个实施方案是这样的系统，其中所述免疫抑制抑制剂是COX-2抑制剂、多激酶抑制剂和PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。一个实施方案是这样的系统，其中所述多激酶抑制剂是瑞戈非尼、索拉非尼、呋喹替尼、阿昔替尼或仑伐替尼。一个实施方案是这样的系统，其中所述PD-1抑制剂是纳武单抗。一个实施方案是这样的系统，其中所述PD-L1抑制剂是度伐鲁单抗。
一个实施方案是这样的系统，其进一步包括放射疗法。一个实施方案是这样的系统，其中所述放射疗法是立体定向体部放射疗法(SBRT)。一个实施方案是这样的系统，其中所述SCT选自结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈癌、肺癌、黑素瘤、乳腺癌、肝癌、食管癌和胃癌。
一个实施方案是这样的系统，其中所述T细胞活化疫苗包含新抗原疫苗。一个实施方案是这样的系统，其中所述新抗原疫苗包含多种新抗原肽或多抗原多肽、或编码多种新抗原肽或多抗原多肽的核酸。一个实施方案是这样的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽由约3至约50种新抗原组成。一个实施方案是这样的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽由约5至约40种新抗原组成。一个实施方案是这样的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽由约10至约30种新抗原组成。一个实施方案是这样的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含一种或多种短新抗原多肽。一个实施方案是这样的系统，其中所述短新抗原的长度是约6至约12个氨基酸。一个实施方案是这样的系统，其中所述短新抗原的长度是约8至约10个氨基酸。一个实施方案是这样的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含一种或多种长新抗原。一个实施方案是这样的系统，其中所述长新抗原的长度是约12至约30个氨基酸。一个实施方案是这样的系统，其中所述长新抗原的长度是约15至约24个氨基酸。
一个实施方案是这样的系统，其中所述新抗原肽或多抗原多肽被设计为对应于由所述受试者的SCT表达的抗原。一个实施方案是这样的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽作为多个亚组提供，其中每个亚组包含不存在于至少一个其他亚组中的至少一种新抗原。一个实施方案是这样的系统，其中所述多个亚组由大约二至约十个亚组组成。一个实施方案是这样的系统，其中所述多个亚组由约三至约八个亚组组成。一个实施方案是这样的系统，其中每个亚组包含约3至约20种新抗原。一个实施方案是这样的系统，其中每个亚组包含约五至约十种新抗原。
一个实施方案是这样的系统，其中所述抗原呈递细胞剂是FLT3L；并且所述免疫抑制抑制剂选自CD73抑制剂、多激酶抑制剂、PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂、阿司匹林和塞来昔布或其组合。一个实施方案是这样的系统，其中所述抗原呈递细胞剂包含FLT3L；并且所述免疫抑制抑制剂包含瑞戈非尼、纳武单抗和阿司匹林。
本发明的一方面是一种用于治疗受试者的SCT的T细胞活化疫苗，所述疫苗具有多种新抗原、或一种或多种编码多种新抗原的核酸，其中所述多种新抗原包含至少一种短新抗原。一个实施方案是这样的T细胞活化疫苗，其具有至少一种长新抗原；和药学上可接受的载体。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述多种新抗原由约3至约50种新抗原组成。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述多种新抗原肽和/或多抗原多肽包含约5至约40种新抗原。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述多种新抗原包含约10至约30种新抗原肽和/或多抗原多肽。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述短新抗原的长度是约6至约12个氨基酸。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述短新抗原的长度是约8至约10个氨基酸。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述多种新抗原包含一种或多种长新抗原。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述长新抗原的长度是约12至约30个氨基酸。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述长新抗原的长度是约15至约24个氨基酸。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述新抗原肽或多抗原多肽被设计为对应于由所述受试者的SCT表达的抗原。
一个实施方案是这样的疫苗，其中所述多种新抗原作为多个亚组提供，其中每个亚组包含不存在于至少一个其他亚组中的至少一种新抗原。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述多个亚组由大约二至约十个亚组组成。一个实施方案是这样的疫苗，其中所述多个亚组由约三至约八个亚组组成。一个实施方案是这样的疫苗，其中每个亚组包含约3至约20种新抗原。一个实施方案是这样的疫苗，其中每个亚组包含约五至约十种新抗原。一个实施方案是这样的疫苗，其进一步包含佐剂。一个实施方案是这样的疫苗，其进一步包含抗原呈递细胞剂。
本发明的一方面是用于治疗受试者的SCT的方法，其中所述方法包括a)施用有效量的选自以下的抗原呈递细胞剂：CD40激动剂、Toll样受体激动剂、佐剂、FLT3L及其任何组合；b)施用有效量的T细胞活化疫苗；以及c)施用有效量的选自以下的免疫抑制抑制剂：CD73抑制剂、PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂、A2a受体抑制剂、多激酶抑制剂、环磷酰胺、COX-2抑制剂、前列腺素-E2抑制剂及其任何组合。一个实施方案是这样的方法，其进一步包括d)施用有效量的血管紧张素II 1型受体拮抗剂。一个实施方案是这样的方法，其中所述SCT选自结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈癌、肺癌、黑素瘤、乳腺癌、肝癌、食管癌和胃癌。
一个实施方案是这样方法，其中在施用所述T细胞活化疫苗和所述免疫抑制抑制剂之前，施用所述抗原呈递细胞剂。一个实施方案是这样方法，其中在施用T细胞活化疫苗之前，施用至少一种抗原呈递细胞剂约1天至约30天。一个实施方案是这样方法，其中在施用T细胞活化疫苗之前，测量抗原呈递细胞的活化状态、群体大小、或分布。一个实施方案是这样方法，其中只有在抗原呈递细胞的活化状态、群体大小、或分布达到预定值后，才施用所述T细胞活化疫苗。一个实施方案是这样方法，其中所述Toll样受体激动剂是聚(I:C)或聚ICLC。一个实施方案是这样方法，其中所述佐剂是MONTANIDETM或DepoVaxTM。一个实施方案是这样方法，其中所述COX-2抑制剂是阿司匹林。一个实施方案是这样方法，其中所述COX-2抑制剂是布洛芬。一个实施方案是这样方法，其中所述COX-2抑制剂是萘普生。一个实施方案是这样方法，其中所述COX-2抑制剂是吲哚美辛。一个实施方案是这样方法，其中所述COX-2抑制剂是塞来昔布。
一个实施方案是这样方法，其中步骤a)包括施用有效量的FLT3L、聚ICLC或CD40激动剂或其组合；以及施用有效量的COX-2抑制剂。一个实施方案是这样方法，其中每种药剂单独地施用。一个实施方案是这样方法，其中两种或更多种抗原呈递细胞剂组合在单一配制品中。
一个实施方案是这样的方法，其中所述T细胞活化疫苗包含新抗原疫苗。一个实施方案是这样的方法，其中所述新抗原疫苗包含多种新抗原肽或多抗原多肽、或一种或多种编码多种新抗原肽或多抗原多肽的核酸。一个实施方案是这样的方法，其中所述多种新抗原由约3至约50种新抗原组成。一个实施方案是这样的方法，其中所述多种新抗原由约5至约40种新抗原组成。一个实施方案是这样的方法，其中所述多种新抗原由约10至约30种多肽组成。
一个实施方案是这样的方法，其中所述多种新抗原通过在多个注射部位处注射施用。一个实施方案是这样的方法，其中选择所述多个注射部位以将新抗原递送至不同淋巴结。一个实施方案是这样的方法，其中所述多个注射部位包括约二至约十个不同的注射部位。一个实施方案是这样的方法，其中所述多个注射部位包括约三至约七个不同的注射部位。一个实施方案是这样的方法，其中所述多个新抗原的子集在每个注射部位施用。一个实施方案是这样的方法，其中所述多个新抗原的子集含有约二至约七种新抗原。一个实施方案是这样的方法，其中所述多个新抗原的子集含有约五种新抗原。
一个实施方案是这样的方法，其中所述多个新抗原的子集一起包含T细胞活化疫苗，并且其中至少一个子集含有不存在于至少一个其他子集中的至少两种新抗原。一个实施方案是这样的方法，其中所述新抗原被设计为对应于由所述受试者的SCT表达而非正常组织表达的抗原。
一个实施方案是这样的方法，其进一步包括鉴定所述受试者的SCT中表达的一种或多种新抗原，并且使用对应于受试者的SCT中表达的新抗原的新抗原肽和/或多抗原多肽制备所述T细胞活化疫苗。一个实施方案是这样的方法，其中通过全外显子组测序鉴定所述受试者的SCT中表达的新抗原。一个实施方案是这样的方法，其中所述多种新抗原包含一种或多种短新抗原。一个实施方案是这样的方法，其中所述短新抗原的长度是约6至约12个氨基酸。一个实施方案是这样的方法，其中所述短新抗原的长度是约8至约10个氨基酸。一个实施方案是这样的方法，其中所述多种新抗原包含一种或多种长新抗原。一个实施方案是这样的方法，其中所述长新抗原的长度是约12至约30个氨基酸。一个实施方案是这样的方法，其中所述长新抗原的长度是约15至约24个氨基酸。
一个实施方案是这样的方法，其中将所述T细胞活化疫苗的施用重复一、二或三次。一个实施方案是这样的方法，其中将所述T细胞活化疫苗与佐剂或Toll样受体激动剂一起施用。一个实施方案是这样的方法，其中在施用所述T细胞活化疫苗后，确定T细胞的活化状态、群体大小、或分布。一个实施方案是这样的方法，其中在施用所述T细胞活化疫苗后约5天至约30天，确定T细胞的活化状态、群体大小、或分布。一个实施方案是这样的方法，其中如果T细胞的活化状态、群体大小、或分布未达到预定值，则再次施用所述T细胞活化疫苗。一个实施方案是这样的方法，其中如果T细胞的活化状态、群体大小、或分布未达到预定值，则第三次施用所述T细胞活化疫苗。
一个实施方案是这样的方法，其中如果T细胞的活化状态、群体大小、或分布未达到预定值，则施用第二T细胞活化疫苗，其中所述第二T细胞活化疫苗包含不存在于所述第一T细胞活化疫苗中的至少一种抗原。一个实施方案是这样的方法，其中在最后一次施用所述T细胞活化疫苗后约1天至约30天，施用所述免疫抑制抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其中步骤c)包括施用CD73抑制剂和PD-L1抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其中所述免疫抑制抑制剂包含多激酶抑制剂、PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其中所述免疫抑制抑制剂包含多激酶抑制剂和PD-1抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其中所述多激酶抑制剂包含瑞戈非尼、索拉非尼、呋喹替尼、阿昔替尼或仑伐替尼。一个实施方案是这样的方法，其中所述PD-1抑制剂包含纳武单抗。一个实施方案是这样的方法，其中所述PD-L1抑制剂包含度伐鲁单抗。
一个实施方案是这样的方法，其中所述前列腺素E2抑制剂是PTGES2抑制剂。一个实施方案是这样的方法，其中所述血管紧张素II 1型受体拮抗剂包含氯沙坦或其药学上可接受的盐。一个实施方案是这样的方法，其中持续施用抗原呈递细胞剂约1天至约30天。一个实施方案是这样的方法，其中持续施用T细胞活化疫苗约1天至约60天。一个实施方案是这样的方法，其中持续施用免疫抑制抑制剂约1天至约90天。一个实施方案是这样的方法，其中测量所述SCT对治疗的反应。一个实施方案是这样的方法，其中持续施用抗原呈递细胞剂直到所述SCT对治疗的反应达到预定值。一个实施方案是这样的方法，其中持续施用T细胞活化疫苗直到所述SCT对治疗的反应达到预定值。一个实施方案是这样的方法，其中持续施用免疫抑制抑制剂直到所述SCT对治疗的反应达到预定值。
一个实施方案是这样的方法，其进一步包括辐照所述SCT。一个实施方案是这样的方法，其中所述辐照是立体定向体部放射疗法(SBRT)。一个实施方案是这样的方法，其中所述SCT包含转移性CRC(mCRC)。一个实施方案是这样的方法，其中所述癌症包含微卫星稳定mCRC(MSS mCRC)。一个实施方案是这样的方法，其中按以下顺序进行步骤(a)、(b)和(c)：(b)、(a)、(c)；(b)、(c)、(a)、(c)；(a)、(b)、(c)；或(a)、(b)、(a)、(c)。一个实施方案是这样的方法，其中同时进行步骤(a)、(b)和(c)中的两个或更多个。
序列表
<110> 布雷克生物公司
<120> 用于治疗结直肠癌的方法
<130> 056705-502001WO
<140> 尚未分配
<141> 2020-07-30
<150> 62/880,614
<151> 2019-07-30
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<151> 2019-08-01
<150> 62/886,946
<151> 2019-08-14
<150> 62/943,155
<151> 2019-12-03
<160> 36
<170> PatentIn 3.5版
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<223> 合成构建体
<400> 36
Leu Arg Ser Val Val Pro Leu Pro Ser Leu Arg Ser Val Glu Pro
1 5 10 15

Claims (111)

1.一种用于治疗受试者的实体癌性肿瘤(SCT)的系统，所述系统包括：
(a)抗原呈递细胞剂；
(b)T细胞活化疫苗；和
(c)免疫抑制抑制剂。
2.根据权利要求1所述的系统，其中所述抗原呈递细胞剂选自CD40激动剂、Toll样受体激动剂、佐剂、FLT3L及其任何组合。
3.根据权利要求1或2所述的系统，其中所述免疫抑制抑制剂选自CD73抑制剂、PD-L1抑制剂、PD-1抑制剂、A2a受体抑制剂、多激酶抑制剂、环磷酰胺、COX-2抑制剂、前列腺素-E2抑制剂及其任何组合。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的系统，所述系统进一步包括(d)血管紧张素II 1型受体拮抗剂。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的系统，其中所述免疫抑制抑制剂包含PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂或多激酶抑制剂。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的系统，其中所述多激酶抑制剂包含瑞戈非尼、索拉非尼、呋喹替尼、阿昔替尼或仑伐替尼。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的系统，其中所述PD-1抑制剂包含纳武单抗。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的系统，其中所述PD-L1抑制剂包含度伐鲁单抗。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的系统，所述系统进一步包括(e)治疗性辐射。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的系统，其中所述SCT选自结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈癌、肺癌、黑素瘤、乳腺癌、肝癌、食管癌和胃癌。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的系统，其中所述T细胞活化疫苗包含新抗原疫苗。
12.根据权利要求11所述的系统，其中所述新抗原疫苗包含多种新抗原肽或多抗原多肽、或编码多种新抗原肽或多抗原多肽的核酸。
13.根据权利要求12所述的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽由约3至约50种新抗原组成。
14.根据权利要求13所述的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽由约5至约40种新抗原组成。
15.根据权利要求14所述的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽由约10至约30种新抗原组成。
16.根据权利要求11至15中任一项所述的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含一种或多种短新抗原。
17.根据权利要求16所述的系统，其中所述短新抗原的长度是约6至约12个氨基酸。
18.根据权利要求17所述的系统，其中所述短新抗原的长度是约8至约10个氨基酸。
19.根据权利要求11至18中任一项所述的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含一种或多种长新抗原。
20.根据权利要求19所述的系统，其中所述长新抗原的长度是约12至约30个氨基酸。
21.根据权利要求20所述的系统，其中所述长新抗原的长度是约15至约24个氨基酸。
22.根据权利要求11至21中任一项所述的系统，其中所述新抗原肽或多抗原多肽被设计为对应于由所述受试者的SCT而非正常组织表达的抗原。
23.根据权利要求12至22中任一项所述的系统，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽作为多个亚组提供，其中每个亚组包含不存在于至少一个其他亚组中的至少一种新抗原。
24.根据权利要求23所述的系统，其中所述多个亚组由大约二至约十个亚组组成。
25.根据权利要求24所述的系统，其中所述多个亚组由约三至约八个亚组组成。
26.根据权利要求23至25中任一项所述的系统，其中每个亚组包含约3至约20种新抗原。
27.根据权利要求26所述的系统，其中每个亚组包含约五至约十种新抗原。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的系统，其中：
所述抗原呈递细胞剂是FLT3L；并且
所述免疫抑制抑制剂选自COX-2抑制剂、前列腺素-E2抑制剂、CD73抑制剂、多激酶抑制剂、PD-1抑制剂和PD-L1抑制剂或其组合。
29.根据权利要求28所述的系统，其中
所述抗原呈递细胞剂包含FLT3L；并且
所述免疫抑制抑制剂包含瑞戈非尼、纳武单抗和阿司匹林。
30.一种用于治疗受试者的SCT的T细胞活化疫苗，所述疫苗包含：
多种新抗原肽或多抗原多肽、或一种或多种编码多种新抗原肽或多抗原多肽的核酸，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含至少一种短新抗原；和
药学上可接受的载体。
31.根据权利要求30所述的T细胞活化疫苗，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含至少一种长新抗原。
32.根据权利要求30或31所述的T细胞活化疫苗，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含约3至约50种新抗原。
33.根据权利要求32所述的T细胞活化疫苗，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含约5至约40种新抗原。
34.根据权利要求33所述的T细胞活化疫苗，其中所述多种新抗原多肽由约10至约30种多肽组成。
35.根据权利要求30至34中任一项所述的T细胞活化疫苗，其中所述短新抗原的长度是约6至约12个氨基酸。
36.根据权利要求35所述的T细胞活化疫苗，其中所述短新抗原的长度是约8至约10个氨基酸。
37.根据权利要求30至36中任一项所述的T细胞活化疫苗，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含一种或多种长新抗原。
38.根据权利要求37所述的T细胞活化疫苗，其中所述长新抗原的长度是约12至约30个氨基酸。
39.根据权利要求38所述的T细胞活化疫苗，其中所述长新抗原的长度是约15至约24个氨基酸。
40.根据权利要求30至39中任一项所述的T细胞活化疫苗，其中所述新抗原肽或多抗原多肽被设计为对应于由所述受试者的SCT表达的新抗原。
41.根据权利要求30至40中任一项所述的T细胞活化疫苗，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽作为多个亚组提供，其中每个亚组包含不存在于至少一个其他亚组中的至少一种新抗原。
42.根据权利要求41所述的T细胞活化疫苗，其中所述多个亚组由大约二至约十个亚组组成。
43.根据权利要求42所述的T细胞活化疫苗，其中所述多个亚组由约三至约八个亚组组成。
44.根据权利要求41至43中任一项所述的T细胞活化疫苗，其中每个亚组包含约3至约20种新抗原肽或多抗原多肽。
45.根据权利要求44所述的T细胞活化疫苗，其中每个亚组包含约五至约十种新抗原肽或多抗原多肽。
46.根据权利要求30至45中任一项所述的T细胞活化疫苗，所述疫苗进一步包含佐剂。
47.根据权利要求30至45中任一项所述的T细胞活化疫苗，所述疫苗进一步包含抗原呈递细胞剂。
48.一种用于治疗受试者的SCT的方法，所述方法包括：
(a)施用有效量的选自以下的抗原呈递细胞剂：CD40激动剂、Toll样受体激动剂、佐剂、FLT3L及其任何组合；
(b)施用有效量的T细胞活化疫苗；以及
(c)施用有效量的选自以下的免疫抑制抑制剂：CD73抑制剂、PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂、A2a受体抑制剂、多激酶抑制剂、环磷酰胺、COX-2抑制剂、前列腺素-E2抑制剂及其任何组合。
49.根据权利要求48所述的方法，所述方法进一步包括：(d)施用有效量的血管紧张素II 1型受体拮抗剂。
50.根据权利要求48或49所述的方法，其中所述SCT选自结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈癌、肺癌、黑素瘤、乳腺癌、肝癌、食管癌和胃癌。
51.根据权利要求48至50中任一项所述的方法，其中在施用所述T细胞活化疫苗和所述免疫抑制抑制剂之前，施用所述抗原呈递细胞剂。
52.根据权利要求51所述的方法，其中在施用T细胞活化疫苗之前，施用至少一种抗原呈递细胞剂约1天至约30天。
53.根据权利要求51所述的方法，其中在施用T细胞活化疫苗之前，测量抗原呈递细胞的活化状态、群体大小、或分布。
54.根据权利要求53所述的方法，其中只有在抗原呈递细胞的活化状态、群体大小、或分布达到预定值后，才施用所述T细胞活化疫苗。
55.根据权利要求48至54中任一项所述的方法，其中所述Toll样受体激动剂包含聚(I:C)或聚ICLC。
56.根据权利要求48至55中任一项所述的方法，其中所述佐剂包含MONTANIDETM或DepoVaxTM。
57.根据权利要求48至56中任一项所述的方法，其中所述COX-2抑制剂包含阿司匹林。
58.根据权利要求48至57中任一项所述的方法，其中步骤a)包括：
施用有效量的FLT3L、聚ICLC或CD40激动剂或其组合；以及
施用有效量的COX-2抑制剂。
59.根据权利要求58所述的方法，其中每种药剂独立地施用。
60.根据权利要求48至58中任一项所述的方法，其中两种或更多种抗原呈递细胞剂组合在单一配制品中。
61.根据权利要求48至59中任一项所述的方法，其中所述T细胞活化疫苗包含新抗原疫苗。
62.根据权利要求61所述的方法，其中所述新抗原疫苗包含多种新抗原肽或多抗原多肽、或一种或多种编码多种新抗原肽或多抗原多肽的核酸。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含约3至约50种新抗原。
64.根据权利要求63所述的方法，其中所述多种新抗原多肽包含约5至约40种新抗原。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述多种新抗原多肽包含约10至约30种新抗原。
66.根据权利要求62至65中任一项所述的方法，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽通过在多个注射部位处注射来施用。
67.根据权利要求66所述的方法，其中选择所述多个注射部位以将新抗原肽或多抗原多肽递送至不同的淋巴结。
68.根据权利要求66或67所述的方法，其中所述多个注射部位包括约二至约十个不同的注射部位。
69.根据权利要求68所述的方法，其中所述多个注射部位包括约三至约七个不同的注射部位。
70.根据权利要求66至69中任一项所述的方法，其中在每个注射部位处施用所述多种新抗原多肽的子集。
71.根据权利要求70所述的方法，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽的子集包含约二至约七种新抗原肽或多抗原多肽。
72.根据权利要求71所述的方法，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽的子集含有约五种新抗原。
73.根据权利要求62至72中任一项所述的方法，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽的子集一起包含T细胞活化疫苗，并且其中至少一个子集含有不存在于至少一个其他子集中的至少两种新抗原多肽。
74.根据权利要求61至73中任一项所述的方法，其中所述新抗原肽或多抗原多肽被设计为对应于由所述受试者的SCT表达的新抗原。
75.根据权利要求61至73中任一项所述的方法，所述方法进一步包括(e)鉴定所述受试者的SCT中表达的一种或多种新抗原，并且使用对应于受试者的SCT中而非正常组织中表达的新抗原的新抗原肽或多抗原多肽制备所述T细胞活化疫苗。
76.根据权利要求75所述的方法，其中通过全外显子组测序鉴定所述受试者的SCT中表达的新抗原。
77.根据权利要求62至76中任一项所述的方法，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含一种或多种短新抗原。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述短新抗原的长度是约6至约12个氨基酸。
79.根据权利要求78所述的方法，其中所述短新抗原的长度是约8至约10个氨基酸。
80.根据权利要求62至79中任一项所述的方法，其中所述多种新抗原肽或多抗原多肽包含一种或多种长新抗原。
81.根据权利要求80所述的方法，其中所述长新抗原的长度是约12至约30个氨基酸。
82.根据权利要求81所述的方法，其中所述长新抗原的长度是约15至约24个氨基酸。
83.根据权利要求48至82中任一项所述的方法，其中将所述T细胞活化疫苗的施用重复一、二或三次。
84.根据权利要求48至83中任一项所述的方法，其中将所述T细胞活化疫苗与佐剂或Toll样受体激动剂一起施用。
85.根据权利要求48至84中任一项所述的方法，其中在施用所述T细胞活化疫苗后，确定T细胞的活化状态、群体大小、或分布。
86.根据权利要求85所述的方法，其中在施用所述T细胞活化疫苗后约5天至约30天，确定T细胞的活化状态、群体大小、或分布。
87.根据权利要求85或86所述的方法，其中如果T细胞的活化状态、群体大小、或分布未达到预定值，则再次施用所述T细胞活化疫苗。
88.根据权利要求85至87中任一项所述的方法，其中重复步骤(e)。
89.根据权利要求85至88中任一项所述的方法，其中如果T细胞的活化状态、群体大小、或分布未达到预定值，则施用第二T细胞活化疫苗，其中所述第二T细胞活化疫苗包含不存在于所述第一T细胞活化疫苗中的至少一种抗原。
90.根据权利要求48至89中任一项所述的方法，其中在最后一次施用所述T细胞活化疫苗后约1天至约30天，施用所述免疫抑制抑制剂。
91.根据权利要求48至90中任一项所述的方法，其中步骤c)包括施用CD73抑制剂和PD-L1抑制剂。
92.根据权利要求48至91中任一项所述的方法，其中所述免疫抑制抑制剂包含多激酶抑制剂、PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述免疫抑制抑制剂包含多激酶抑制剂和PD-1抑制剂。
94.根据权利要求93所述的方法，其中所述多激酶抑制剂包含瑞戈非尼、索拉非尼、呋喹替尼、阿昔替尼或仑伐替尼。
95.根据权利要求92至94中任一项所述的方法，其中所述PD-1抑制剂包含纳武单抗。
96.根据权利要求92至94中任一项所述的方法，其中所述PD-L1抑制剂包含度伐鲁单抗。
97.根据权利要求48至96中任一项所述的方法，其中所述前列腺素E2抑制剂是PTGES2抑制剂。
98.根据权利要求49至97中任一项所述的方法，其中所述血管紧张素II 1型受体拮抗剂包含氯沙坦或其药学上可接受的盐。
99.根据权利要求48至98中任一项所述的方法，其中持续施用抗原呈递细胞剂约1天至约30天。
100.根据权利要求48至99中任一项所述的方法，其中持续施用T细胞活化疫苗约1天至约60天。
101.据权利要求48至100中任一项所述的方法，其中持续施用所述免疫抑制抑制剂约1天至约90天。
102.根据权利要求48至101中任一项所述的方法，其中测量所述SCT对治疗的反应。
103.根据权利要求102所述的方法，其中持续施用抗原呈递细胞剂直到所述SCT对治疗的反应达到预定值。
104.根据权利要求102或103所述的方法，其中持续施用T细胞活化疫苗直到所述SCT对治疗的反应达到预定值。
105.据权利要求102至104中任一项所述的方法，其中持续施用所述免疫抑制抑制剂直到所述SCT对治疗的反应达到预定值。
106.根据权利要求48至105中任一项所述的方法，所述方法进一步包括：(f)辐照所述SCT。
107.根据权利要求106所述的方法，其中所述辐照包括立体定向体部放射疗法(SBRT)。
108.根据权利要求48至107中任一项所述的方法，其中所述SCT包含转移性CRC(mCRC)。
109.根据权利要求108所述的方法，其中所述癌症包含微卫星稳定mCRC(MSS mCRC)。
110.根据权利要求48、49和55-109中任一项所述的方法，其中按以下顺序进行步骤(a)、(b)和(c)：
(i)(b)、(a)、(c)；
(ii)(b)、(c)、(a)、(c)；
(iii)(a)、(b)、(c)；或
(iv)(a)、(b)、(a)、(c)。
111.根据权利要求48、49和55-110中任一项所述的方法，其中同时进行步骤(a)、(b)、(c)和(d)中的两个或更多个。
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