JP2022529257A - Ｂｃｌ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性予測方法 - Google Patents

Ｂｃｌ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性予測方法 Download PDF

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Abstract

ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性予測方法、およびＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療に適した対象の選別方法が提供される。

Description

ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性予測方法、およびＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療に適した対象選別方法が提供される。
ＢＣＬ２（Ｂ－ｃｅｌｌ ｌｙｍｐｈｏｍａ ２）ファミリータンパク質はアポトーシスを誘発（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）または抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）することでアポトーシス（ａｐｏｐｔｏｓｉｓ）を調節するタンパク質である。
ＢＣＬ２ファミリータンパク質は黒色腫、乳癌、前立腺癌、慢性リンパ球性白血病および肺癌を含む多様な癌の原因として知られており、癌治療に対する抵抗性を誘発する原因としても知られており、精神分裂症および自己免疫の原因である可能性も提示されている。このような理由からＢＣＬ２ファミリータンパク質は抗癌剤の良い標的となっており、ＢＣＬ２ファミリータンパク質を標的とする多様な抑制剤（ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）が開発されている。
このようなＢＣＬ２ファミリータンパク質の標的薬物が癌治療に効果的に適用されるためにＢＣＬ２ファミリータンパク質によるアポトーシス調節信号を定量的に把握できる手段の開発が必要である。
信号伝達の媒介になるタンパク質の相互作用を定量的に測定して、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の処方によって癌（例えば、血液癌）治療が可能な患者を確認できる個別オーダーメード治療技術が提供される。
一例で、個体のＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性もしくは個体でのＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の効能を予測する方法または前記予測のために情報を提供する方法が提供される。
他の例は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有する対象またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が効能を示す個体またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を適用するのに適した個体を選別（確認）する方法または前記選別（確認）のために情報を提供する方法が提供される。
前記方法は、前記薬物に対して反応性を有する個体、前記薬物が効能を示す個体、または前記薬物もしくは前記薬物を用いる治療を適用するのに適した個体に前記薬物を投与する段階をさらに含み得る。
他の例は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を含み、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有する個体、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が効能を示す個体、またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物もしくはそれを用いた治療を適用するのに適した個体の癌治療用組成物を提供する。
他の例は、前記方法により確認されたＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有する個体、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が効能を示す個体、またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物もしくはそれを用いた治療を適用するのに適した個体に前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の薬学的有効量を投与する段階を含む、癌の治療方法が提供される。
前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物はＢＣＬ２ファミリータンパク質を標的とするもの（例、ＢＣＬ２タンパク質阻害剤またはＭＣＬ１タンパク質阻害剤）であり得る。
本明細書で提供される、個体のＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性もしくは個体でのＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の効能を予測する方法または前記予測のために情報を提供する方法；および／またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有する個体もしくはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が効能を示す個体もしくはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を適用するのに適した個体を選択（確認）する方法または前記選択（確認）のために情報を提供する方法は、試料内のアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質とアポトーシス誘導（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質の間の相互作用を測定する段階（ａ１）（例えば；下記の段階（ｉ）および／または（ｉｉ））および／または試料内のアポトーシス抑制タンパク質および／またはアポトーシス誘導タンパク質の水準（レベル）を測定する段階（ａ２）（例えば、下記の段階（ｉｉｉ））を含み得る。
一例で、本明細書で提供される方法は、次より選ばれた一つ以上（例、１個、２個、または３個）を含み得る：
（ｉ）試料内の第１タンパク質および前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質の間の相互作用を測定する段階として、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質は外部から供給されたタンパク質である段階（第１タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）；
（ｉｉ）試料内の第１タンパク質および前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質の間の相互作用を測定する段階として、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質は試料内に存在するタンパク質である段階（第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）；および
（ｉｉｉ）第１タンパク質、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質、またはこれらすべての試料内の水準を測定する段階。
一例で、本明細書で提供される方法は、前記段階（ｉ）、段階（ｉｉ）、または段階（ｉｉｉ）を含み得る。他の例で、本明細書で提供される方法は、前記段階（ｉ）および段階（ｉｉ）の組み合わせ、段階（ｉ）および段階（ｉｉｉ）の組み合わせ、段階（ｉｉ）および段階（ｉｉｉ）の組み合わせ、または段階（ｉ）、段階（ｉｉ）、および段階（ｉｉｉ）の組み合わせを含み得る。
前記第１タンパク質および第１タンパク質と相互作用するタンパク質（以下、「第１タンパク質と相互作用するタンパク質」を「第１タンパク質相互作用タンパク質」とも記載する）はアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）サブタイプタンパク質と細胞生存誘導サブタイプタンパク質より選ばれ得る。
一例として、前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の第１タンパク質は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちの「細胞生存誘導（ｐｒｏ－ｓｕｒｖｉｖａｌ）またはアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）サブタイプタンパク質」（以下、「アポトーシス抑制タンパク質」と記載する）より選ばれた１種以上であり得る。例えば、前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の第１タンパク質は、互いに同一であるか異なってもよく、それぞれ独立して、ＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＢＣＬｗ、ＢＦＬ１およびＭＣＬ１からなる群より選ばれた１種以上（例、１種、２種または３種）であり得る。前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の第１タンパク質と相互作用するタンパク質は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちアポトーシス誘導（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）サブタイプタンパク質（以下、「細胞アポトーシス誘導（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）サブタイプタンパク質」を「アポトーシス誘導タンパク質」と記載する）より選ばれた１種以上であり得る。一例で、段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質は、互いに同一であるか異なってもよく、それぞれ独立して、アポトーシス誘導タンパク質のうちＢＨ３サブタイプ（ＢＨ３－ｏｎｌｙ）タンパク質（第２タンパク質）およびエフェクター（ｅｆｆｅｃｔｏｒ）サブタイプタンパク質（第３タンパク質）からなる群より選ばれた１種以上であり得る。例えば、前記第２タンパク質はＢＡＤ、ＢＩＭ、ＰＵＭＡ、ＢＭＦ、ＢＩＤ、ｔＢＩＤ、ＢＩＫ、ＨＲＫおよびＮＯＸＡからなる群より選ばれた１種以上（例、１種、２種または３種）であり、前記第３タンパク質はＢＡＸ、ＢＯＫおよびＢＡＫからなる群より選ばれた１種以上（例、１種または２種）であり得る。一例で、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質はＢＡＤ、ＢＩＭ、ＰＵＭＡ、ＢＭＦ、ＢＩＤ、ｔＢＩＤ、ＢＩＫ、ＨＲＫ、ＮＯＸＡ、ＢＡＸ、ＢＯＫおよびＢＡＫからなる群より選ばれた１種以上（例、１種、２種、３種、４種または５種）であり得る。前記方法が段階（ｉ）～（ｉｉｉ）のうち２以上を含む場合、各段階での第１タンパク質と相互作用するタンパク質は互に同一または異なってもよい。
他の例で、前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の第１タンパク質はＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちのアポトーシス誘導（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質より選ばれた１種以上であり得る。一例で、前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の第１タンパク質は、互いに同一であるか異なってもよく、それぞれ独立して、ＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちのアポトーシス誘導タンパク質のうちＢＨ３サブタイプ（ＢＨ３－ｏｎｌｙ）タンパク質およびエフェクター（ｅｆｆｅｃｔｏｒ）サブタイプタンパク質からなる群より選ばれた１種以上であり得る。例えば、前記ＢＨ３サブタイプ（ＢＨ３－ｏｎｌｙ）タンパク質はＢＡＤ、ＢＩＭ、ＰＵＭＡ、ＢＭＦ、ｔＢＩＤ、ＢＩＫ、ＨＲＫおよびＮＯＸＡからなる群より選ばれた１種以上（例、１種、２種または３種）であり、前記エフェクター（ｅｆｆｅｃｔｏｒ）サブタイプタンパク質はＢＡＸ、ＢＯＫおよびＢＡＫからなる群より選ばれた１種以上（例、１種または２種）であり得る。前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の第１タンパク質と相互作用するタンパク質はＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質より選ばれた１種以上であり得る。例えば、前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）の第１タンパク質と相互作用するタンパク質は、互いに同一であるか異なってもよく、それぞれ独立して、ＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＢＣＬｗ、ＢＦＬ－１およびＭＣＬ１からなる群より選ばれた１種以上（例、１種、２種または３種）であり得る。
前記方法が段階（ｉ）～（ｉｉｉ）のうち２以上を含む場合、各段階での第１タンパク質および第１タンパク質と相互作用するタンパク質は互に同一または異なってもよい。
本明細書で、用語の「試料（生物学的試料）」は個体（例えば、人間）から分離した細胞または細胞溶解物を含むものであり得る。前記個体は疾病（例えば、癌）の治療を必要とする個体として、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の投与もしくはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を用いた治療法の適用対象個体またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の投与もしくはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を用いた治療法の効能（薬物反応性）の確認を必要とする個体であり得る。一具体例で、前記個体は癌患者（例えば、人間）であり、前記細胞は前記個体から分離した癌細胞であり得る。例えば、前記個体は人間血液癌患者であり、前記試料は血液癌患者から分離した白血球（例、顆粒白血球、リンパ球、および／または単核球（例、末梢血液単核球（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌ；ＰＢＭＣ）など）など）、骨髄細胞（例、造血幹細胞など）、前記細胞を含む血液、骨髄、バフィーコート（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、およびこれらの溶解物などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。本明細書で提供される方法での選択または確認対象個体から得られた試料は、比較のための対照試料（例えば、後述する比較のための基準値選定のための効果群試料または非効果群試料）と区別するために「試験試料」と表す。
本明細書で、用語の「外部から供給された（ｅｘｏｇｅｎｏｕｓ）タンパク質（例えば、第１タンパク質と相互作用するタンパク質）」は、試料内に存在する内在の（ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ）タンパク質でない外部から添加したタンパク質を意味する。一例で、前記外部から供給されたタンパク質は通常の標識物質（例えば、蛍光物質など）で標識されたものであり得るが、これに制限されるものではない。
一例で、前記段階（ｉ）は試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質（第１タンパク質）と外部から供給された（ｅｘｏｇｅｎｏｕｓ）ＢＣＬ２ファミリータンパク質（第１タンパク質と相互作用するタンパク質）の間の相互作用を測定する段階（第１タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）として、基板に固定された第１タンパク質（試料内のタンパク質）に、外部から供給されて標識物質で標識された前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質を接触させ、前記第１タンパク質（試料内のタンパク質）およびこれと相互作用するタンパク質（外部投入タンパク質）の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定（例えば、第１タンパク質および第１タンパク質と相互作用するタンパク質の間に形成された複合体水準の測定）する段階を含み得る。
一例で、前記段階（ｉｉ）は試料内（ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ）でのＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用を測定する段階（第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）として、前記第１タンパク質と結合する結合物質（例えば、第１タンパク質に対する抗体など）を含む基板に、第１タンパク質を含む試料を接触させ、前記第１タンパク質（試料内のタンパク質）および第１タンパク質と相互作用するタンパク質（試料内のタンパク質）の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定（例えば、第１タンパク質および第１タンパク質と相互作用するタンパク質の間に形成された複合体水準を測定）する段階を含み得る。
一例で、前記段階（ｉ）および／または（ｉｉ）において、第１タンパク質およびこれと相互作用するタンパク質の間に形成された複合体水準は、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質（段階（ｉ））または前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質に結合する結合物質（段階（ｉｉ））に標識された標識物質から発生した信号強度で測定できるが、これに制限されるものではない。
一例で、前記段階（ｉｉｉ）は、第１タンパク質、第１タンパク質と相互作用するタンパク質、またはこれらすべての試料内の水準（Ｔｏｔａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｌｅｖｅｌ）を測定する段階を含み得る。前記試料内の水準は試料内タンパク質の発現水準（例えば、タンパク質濃度）、活性化されたタンパク質の発現水準（例えば、活性化されたタンパク質濃度）、リン酸化されたタンパク質の発現水準（例えば、リン酸化されたタンパク質の濃度）、またはこれらのうち２以上の組み合わせであり得る。
一具体例で、前記段階（ｉ）（第１タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）は、次の中から選ばれた一つ以上（例、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２個）を含み得る：
（ｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－４）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－８）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＮＯＸＡタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；および
（ｉ－１２）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階。
一具体例で、前記段階（ｉ）（第１タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）のそれぞれのタンパク質－タンパク質相互作用の測定段階は、
（１）第１タンパク質の結合物質が含まれた基板に前記試料を供給して第１タンパク質を基板に固定させる段階；
（２－１）前記基板に、標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質を外部から供給して基板上の第１タンパク質と反応させる段階；および
（３）基板表面上の近接場領域内で前記標識物質が発生させる信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階
により行われた前記段階を含み得る。
第１タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階において、前記外部から供給されたタンパク質（第１タンパク質相互作用タンパク質）は標識物質で標識された（標識物質が付着した）ものであり得る。第１タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階において、前記タンパク質－タンパク質相互作用の測定は、第１タンパク質（試料内のタンパク質）およびこれと相互作用するタンパク質（外部タンパク質）の間に形成された複合体水準を測定して行われることができ、一例で、前記複合体水準は第１タンパク質相互作用タンパク質に付着した標識物質で発生する信号によって測定される。
一具体例で、前記段階（ｉｉ）（第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）は、次の中から選ばれた一つ以上（例、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１個）を含み得る：
（ｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－４）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－８）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＮＯＸＡタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
（ｉｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；
（ｉｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階；および
（ｉｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階。
一具体例で、前記段階（ｉｉ）（第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）のそれぞれのタンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階は、
（１）第１タンパク質の結合物質が含まれた基板に試料を供給（投入）して第１タンパク質を基板に固定させる段階；
（２－２）標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質を前記基板に供給し、第１タンパク質（試料内のタンパク質）と第１タンパク質相互作用タンパク質（試料内のタンパク質）の間に形成された複合体（ｃｏｍｐｌｅｘ）のうち第１タンパク質相互作用タンパク質と反応させる段階；および
（３）基板表面上の近接場領域内で前記標識物質から発生する信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階
により行われた前記段階を含み得る。
他の例で、前記段階（ｉｉ）（第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）のそれぞれのタンパク質相互作用（例、形成された複合体水準）を測定する段階は、
（１）第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質が含まれた基板に試料を供給（投入）して第１タンパク質相互作用タンパク質を基板に固定させる段階；
（２－２）標識物質が付着した第１タンパク質の結合物質を前記基板に供給し、第１タンパク質（試料内のタンパク質）と第１タンパク質相互作用タンパク質（試料内のタンパク質）の間に形成された複合体（ｃｏｍｐｌｅｘ）のうち第１タンパク質と反応させる段階；および
（３）基板表面上の近接場領域内で前記標識物質から発生する信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階
により行われた前記段階を含み得る。
第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階において、前記複合体は試料内の第１タンパク質と試料内の第１タンパク質相互作用タンパク質の間で内在的に形成されたものである。第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階において、前記タンパク質－タンパク質相互作用の測定は第１タンパク質（試料内のタンパク質）およびこれと相互作用するタンパク質（試料内のタンパク質）の間に形成された複合体水準を測定して行われ得、一例で、前記複合体水準は前記第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質または前記第１タンパク質の結合物質に付着した標識物質で発生する信号によって測定され得る。
一具体例で、前記段階（ｉｉｉ）は、次の中から選ばれた一つ以上を含み得る：
（ｉｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質の水準を測定する段階；
（ｉｉｉ－２）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質の水準を測定する段階；
（ｉｉｉ－３）試料内のＭＣＬ１タンパク質の水準を測定する段階；
（ｉｉｉ－４）試料内のＢＡＸタンパク質の水準を測定する段階；および
（ｉｉｉ－５）試料内のＢＡＫタンパク質の水準を測定する段階。
前記段階（ｉｉｉ）のそれぞれの水準の測定段階は、
－第１タンパク質の結合物質（第１タンパク質の基板固定のための捕獲物質）、第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質（第１タンパク質相互作用タンパク質の固定のための捕獲物質）、またはこれらすべてが含まれた基板に試料を供給し、前記第１タンパク質、第１タンパク質相互作用タンパク質、またはこれらすべてを基板に固定化させる段階；
－標識物質が付着した第１タンパク質の結合物質（基板に第１タンパク質が固定化された場合、第１タンパク質検出のための検出物質）、標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質（基板に第１タンパク質相互作用タンパク質が固定化された場合、第１タンパク質相互作用タンパク質検出のための検出物質）、またはこれらすべて（基板に第１タンパク質および第１タンパク質相互作用タンパク質が固定化された場合）を前記基板に供給して反応させる段階；および
－基板表面上の近接場領域内で前記マーカーが発現する信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階
により行われたり前記段階を含み得る。
前記捕獲物質と検出物質は同じ標的タンパク質に結合する互いに異なるタンパク質として、前記標的タンパク質上の結合する部位が互いに完全に重複しないすべての結合物質（例えば、抗体）のうちそれぞれ独立して選択される。
前記段階（ｉｉ）および／または（ｉｉｉ）で使用された第１タンパク質の結合物質または第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質は、第１タンパク質または第１タンパク質相互作用タンパク質に結合する物質（例えば、抗体、抗原結合断片、抗体類似体、アプタマー、小分子化合物など）であり得、標識物質で標識されたものであり得る。このとき、前記第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質は第１タンパク質相互作用タンパク質が第１タンパク質と相互作用（結合）する部位と相違する部位で第１タンパク質相互作用タンパク質に結合する物質であり得る。
一例で、段階（ｉ）、（ｉｉ）または（ｉｉｉ）で第１タンパク質を基板に固定（ｐｕｌｌ ｄｏｗｎ）するための第１タンパク質の結合物質、段階（ｉｉ）で第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の間に形成された複合体の検出（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ）のための第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質、および／または段階（ｉｉｉ）で第１タンパク質または第１タンパク質相互作用タンパク質の検出（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ）のための第１タンパク質の結合物質または第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質は各結合対象タンパク質に対して通常使用可能なすべての抗体より格別な制限なしに選ばれた１種以上のものであり得る。前記段階（ｉ）～（ｉｉｉ）のうち２以上が行われて同じ第１タンパク質および／または第１タンパク質相互作用タンパク質が２以上の段階で共通して使用される場合、同じタンパク質の固定（ｐｕｌｌ ｄｏｗｎ）および／または検出（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ）のために各段階で使用される結合物質は互いに同一または相違してもよい。本明細書に記載された第１タンパク質および第１タンパク質と相互作用するタンパク質の結合物質は次のように例示することができる：
アポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質
ＢＣＬ２：ａｂ３２１２４、ａｂ１８２８５８、ａｂ２３８０４１、ａｂ６９２（以上、Ａｂｃａｍ）、３４９８Ｓ、１５０７１Ｓ、＃４２２３（以上、ＣＳＴ）、ＢＳＭ－５２３０４Ｒ、ＢＳＭ－１０８４６Ｍ、ＢＳＭ－３３４１１Ｍ、ＢＳＭ－５２０２２Ｍ（以上、Ｂｉｏｓｓ）、ＮＢ１００－５６０９８（Ｎｏｖｕｓ）、１２７８９－１－ＡＰ（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ）、ＬＳ－Ｃ１５９１７０－４００（ＬＳＢｉｏ）、１３－８８００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、６１０５３８（ＢＤ）、ｓｃ－５０９、ｓｃ－２３９６０、ｓｃ－７３８２（以上、Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、ＴＡ８０６５９１、ＣＦ８０６５８９、ＵＭ８００１１７、ＣＦ８０６６３９（以上、ＯｒｉＧｅｎｅ）など；
ＢＣＬ－ＸＬ：２７６４Ｓ、２７６２Ｓ、２８７０、３４９８Ｓ（以上、ＣＳＴ）、ａｂ７７５７１、ａｂ５９３４８、ａｂ３２３７０、ａｂ１７８８４４（以上、Ａｂｃａｍ）、ＭＡ５－１１９５０、ＭＡ５－２８６３７（以上、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ＭＡ５－１５１４２（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、ＢＳＭ－５１２２９Ｍ（Ｂｉｏｓｓ）、ｓｃ－５６０２１、ｓｃ－１３６２０７、ｓｃ－２７１１２１、ｓｃ－７０４１７、ｓｃ－２３９５８（以上、Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、ＡＬＸ－８０４－６６０－Ｃ１００（Ｅｎｚｏ）、６６０２０－１－ＩＧ（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ）、ＮＢＰ２－２５２４０、ＮＢＰ２－３２８１０、ＮＢＰ２－４４４１６、ＮＢＰ１－４７６６５（以上、Ｎｏｖｕｓ）、ＴＡ５０６１８８（ＯｒｉＧｅｎｅ）、Ｈ０００００５９８－Ｍ０１Ａ（Ａｂｎｏｖａ）など；
ＭＣＬ１：ａｂ３２０８７（Ａｂｃａｍ）、５４５３Ｓ、３９２２４Ｓ、＃９４２９６（以上、ＣＳＴ）、ＭＡ５－３２０６０、１４－６７０１－８２、１４－９０４７－８２、ＭＡ５－１５２３６、１４－６７０１－８２、１４－９０４７－８２（以上、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ＳＰ２１７０Ｐ、ＴＡ５００９８６、ＴＡ５００９９０（以上、ＯｒｉＧｅｎｅ）、１６２２５－１－ＡＰ（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ）、ＬＳ－Ｃ４７５－０．１（ＬＳＢｉｏ）、ＭＡＢ８８２５（Ａｂｎｏｖａ）、ｓｃ－１２７５６、ｓｃ－７４４３７、ｓｃ－７４４３６、ｓｃ－３７７４８７、ｓｃ－６９８３９、ｓｃ－６９８４０、ｓｃ－５３９５１（以上、Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）など；
ＢＣＬｗ：ＭＡ５－１５０７６（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、＃２７２４（ＣＳＴ）、ｓｃ－２９３２３６、ｓｃ－１３０７０１（以上、Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、ＮＢＰ２－６１７０６（Ｎｏｖｕｓ）など；
ＢＦＬ１：ＮＢＰ２－６７５６３、ＮＢＰ２－４６５６８ＣＳＴ（以上、Ｎｏｖｕｓ）、＃１４０９３（ＣＳＴ）、ＭＡ５－１１７５７（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｓｃ－１６６９４３（Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）など；
アポトーシス誘導（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質
ＢＡＸ：ａｂ３２５０３、ａｂ１８２７３３、ａｂ８１０８３（以上、Ａｂｃａｍ）、＃５０２３、２７７４Ｓ、２７７２Ｓ（以上、ＣＳＴ）、ＭＡ５－１４００３、ＭＡ５－１６３２２、３５－９７００（以上、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ＢＳＭ－５２３１６Ｒ、ＢＳＭ－３３２７９Ｍ（以上、Ｂｉｏｓｓ）、５０５９９－２－Ｉｇ（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ）、ＳＡＢ４５０２５４６（Ｍｅｒｃｋ）、ＮＢ１００－５６０９６（Ｎｏｖｕｓ）、６１０９８２、６１０９８３（以上、ＢＤ）、ｓｃ－７４８０、ｓｃ－２３９５９、ｓｃ－７０４０８（以上、Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、ＣＦ８１０３３５、ＴＡ８１０３３４（以上、ＯｒｉＧｅｎｅ）、＃６３３６０２（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、ＬＳ－Ｃ３５７７１９－２０（ＬＳＢｉｏ）など；
ＢＡＫ：ａｂ２３８５１５、ａｂ３２３７１、ａｂ６９４０４、ａｂ１３７６４６（以上、Ａｂｃａｍ）、６９４７Ｓ、１２１０５Ｓ（以上、ＣＳＴ）、Ｂ５８９７（Ｍｅｒｃｋ）、０６－５３６、ＡＭ０３－１００ＵＧＣＮ、ＳＡＢ１３０５６５６（以上Ｓｉｇｍａ）、Ｈ０００００５７８－Ｍ０１Ａ、ＭＡＢ８７５３（Ａｂｎｏｖａ）、ｓｃ－５１７３９０、ｓｃ－５１８１１０（以上、Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、ＭＡ５－３６２２５（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ＧＴＸ１０８０８（ＧｅｎｅＴｅｘ）など；
ＢＡＤ：９２９６Ｓ（ＣＳＴ）、ｓｃ－８０４４（Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、ＭＡ５－１１１１７、ＭＡ５－１５２３０（以上、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）など；
ＮＯＸＡ：ａｂ６８５２３（Ａｂｃａｍ）、ｓｃ－５１５８４０、ｓｃ－５６１６９、ｓｃ－３９８８７３（以上、Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、など；
ＢＩＭ：ＭＡ５－１５７６３、ＭＡ５－１５７６４（以上、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｓｃ－３７４３５８（Ｓａｎｔａ ｃｒｕｚ）、ＣＦ８１２４４１（ＯｒｉＧｅｎｅ）など。
前記列挙した抗体は例示のためのものであり、本発明はこれら抗体を使用することに制限されるものではない。特定のタンパク質に対する結合活性が知られている抗体であればすべて使用可能であり、等しい効果を期待することができる。
本明細書で、試料内のタンパク質－タンパク質相互作用の測定（段階（ｉｉ））で第１タンパク質相互作用タンパク質または第１タンパク質の検出（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ）のために使用される第１タンパク質相互作用タンパク質または第１タンパク質の結合物質は、標識物質で標識されたものであり得、前記結合物質が抗体である場合に、抗体に標識物質が付着したり、前記抗体に結合する二次抗体に標識物質が付着することができる。
本明細書で提供される方法は、前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用を測定する段階（ａ１）および／または試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の水準を測定する段階（ａ２）に加えて、
（ｂ）前記段階（ａ１）で測定されたＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用および／または段階（ａ２）で測定された試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質水準を基準値と比較する段階（ｂ１）、および／または前記試料または前記試料が分離された個体が前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有する患者であることおよび／または前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が前記試料または前記試料が分離された個体で効果を発揮できるものであることを確認（または決定、判断）する段階、および／または、前記個体を、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を適用するのに適した対象として選択（または確認、決定、判断）する段階（ｂ２）をさらに含み得る。
本明細書で提供される方法は、前記段階（ｂ）（具体的には、ｂ２）以後に、前記段階（ｂ）（具体的には、ｂ２）でＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有するか前記薬物が効能を示すと確認された個体、または前記薬物を適用するのに適したものとして選ばれた個体に、前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を投与する段階をさらに含み得る。
前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性または前記薬物の効能は、前記薬物の標的タンパク質（例えば、ＢＣＬ２タンパク質）を標的（例えば、阻害）することで得られる病理学的効果を意味し、例えば、抗癌効果（癌（または癌細胞）の軽減、減少、緩和、除去、治療、および／または進行および／または転移の抑制または遅延など）、より具体的には、血液癌に対する抗癌効果であり得る。
前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の投与または前記薬物を用いる治療に適した個体は、前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が疾病の治療効果を示し得る患者を意味し、例えば、前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の投与または前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を用いる治療によって抗癌効果（癌または癌細胞の軽減、減少、緩和、除去、治療など）が発揮できる患者であり得る。
前記段階（ｂ）（具体的には、ｂ１）で、基準値は、本明細書で提供される方法を用いて既存の癌患者（例えば、血液癌患者）から得た情報に基づいて設定することができる。一例として、前記基準値は、１）ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療が効果を発揮した（ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性がある）患者もしくは患者群、または前記患者もしくは患者群から分離した試料（効果群試料）に対して本明細書で提供される方法（前記段階（ａ１）および／または（ａ２））を行って得られた測定値、または２）ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療が効果を発揮できない（ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性がない）患者もしくは患者群、または前記患者もしくは患者群から分離した試料（非効果群試料）に対して本明細書で提供される方法（前記段階（ａ１）および／または（ａ２））を行って得られた測定値であり得る。
一例で、前記基準値が効果群試料から得られたものであるとき、試験試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用を測定する段階（ａ１）および／または試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の水準を測定する段階（ａ２）で得られた測定値が前記基準値以上の場合（基準値と類似の範囲（例えば、同一または１０％以内、５％以内、４％以内、３％以内、２％以内、または１％以内の誤差範囲）または前記基準値を超える場合）、前記試料または前記試料が得られた個体を、前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有する患者（またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療（投与）を適用するのに適した患者）として選択するか、前記試料または個体に前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が効果を発揮するものと確認（または決定、判断）することができる（段階ｂ２）。
他の例で、前記基準値が非効果群試料から得られたものであるとき、試験試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用を測定する段階（ａ１）および／または試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の水準を測定する段階（ａ２）で得られた測定値が、前記基準値と類似の範囲（例えば、同一または１０％以内、５％以内、４％以内、３％以内、２％以内、または１％以内の誤差範囲）または前記基準値未満の場合、前記試料または前記試料が得られた個体を、前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性がない患者（またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療（投与）が効果を示さない患者）として選択するか、前記試料または個体に前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物が効果を発揮しないものと確認（または決定、判断）することができる（段階ｂ２）。
また他の一例として、前記基準値は、効果群に対して試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用を測定する段階（ａ１）および／または試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の水準を測定する段階（ａ２）で得られた測定値の最小値、または中間値または平均値と設定することができる。患者情報が追加されることにより基準値は調整され得、様々な分析値から導き出された数式またはアルゴリズムにより基準値が調整されることもできる。本明細書で提供される方法の段階（ｂ）で、段階（ａ１）および／または段階（ａ２）の測定値が当該基準値より高い（類似の範囲および／または超過）場合、試験試料または前記試料が得られた個体を、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療に効果（反応性）がある患者またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療（投与）に適した患者として選定することができる。
また他の例として、前記基準値は、非効果群に対して試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用を測定する段階（ａ１）および／または試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の水準を測定する段階（ａ２）で得られた測定値の最大値、または中間値または平均値と設定することができる。患者情報が追加されることにより基準値は調整され得、様々な分析値から導き出された数式またはアルゴリズムにより基準値が調整されることもできる。本明細書で提供される方法の段階（ｂ）で、段階（ａ１）および／または段階（ａ２）の測定値が当該基準値より低い（類似の範囲および／または未満）場合、試験試料または前記試料が得られた個体を、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療に効果がない患者として選定することができる。
他の例で、試料内の前記基準値は、比較タンパク質および前記比較タンパク質と相互作用するタンパク質の間の相互作用および／または試料内の比較タンパク質および／または前記比較タンパク質と相互作用するタンパク質の水準（発現量または濃度）であり得る。前記比較タンパク質および比較タンパク質と相互作用するタンパク質はアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）とアポトーシス誘導タンパク質より選ばれる。前記比較タンパク質および比較タンパク質と相互作用するタンパク質は先立って説明した第１タンパク質および第１タンパク質と相互作用するタンパク質とそれぞれ同一であるか相違するものであり得る。一例で、前記比較タンパク質は第１タンパク質と相違するものであり得、前記比較タンパク質と相互作用するタンパク質は第１タンパク質相互作用タンパク質と同一であるか相違するものであり得る。
この場合、本明細書で提供される方法は、前記段階（ｂ）以前に、次の段階（ａ１’）および／または（ａ２’）をさらに含み得る：
（ａ１’）試料内の比較タンパク質および前記比較タンパク質と相互作用するタンパク質の間の相互作用を測定する段階および／または（ａ２’）試料内の比較タンパク質および／または比較タンパク質相互作用タンパク質の水準を測定する段階。
他の例は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を次の個体に投与する段階を含む、癌（例、血液癌）治療方法、およびＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を含む、次の個体に適用（投与）するための癌（例、血液癌）治療用薬学組成物または次の個体の癌（例、血液癌）を治療するための癌治療用薬学組成物を提供する：
個体から得られた（分離した）試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の間の相互作用（例えば、段階（ａ１）の（ｉ）および／または（ｉｉ）によって測定される）および／または試料内のＢＣＬ２ファミリータンパク質水準（例えば、段階（ａ２）で測定される）が、前記基準値（例えば、効果群から得られた基準値）と類似の範囲または前記基準値を超える個体（例えば、本明細書で提供されるＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性予測および／または前記薬物の効能予測方法によって前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対して反応性を有するか前記薬物が効能を発揮するものと確認された個体、および／または前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の投与またはそれを用いた治療に適した対象の選択方法によって前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の投与またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を用いる治療に適した対象に選ばれた個体）。
前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質は、ＢＣＬ－２相同性（ＢＣＬ－２ ｈｏｍｏｌｏｇｙ；ＢＨ；ＢＨ１、ＢＨ２、ＢＨ３）ドメインを共有するタンパク質を総称し、アポトーシス（ａｐｏｐｔｏｓｉｓ；例えばミトコンドリアでのアポトーシス）を調節する。
本明細書で使用されるものとして、第１タンパク質は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちアポトーシスを防ぐアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質として、アポトーシスタンパク質および／またはアポトーシス誘導タンパク質と相互作用（結合）してアポトーシスタンパク質および／またはアポトーシス誘導タンパク質の機能を阻害する機能を有するものであり得る。前記第１タンパク質は、個体から分離した生物学的試料に含まれているか前記試料から分離した形態であり得る。一例で、前記第１タンパク質は人間などの哺乳動物由来のタンパク質であり得、例えば、ＢＣＬ２（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿０００６３３．２など）、ＢＣＬｘＬ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿１３８５７８．１など）、ＭＣＬ１（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿０２１９６０．３など）、ＢＣＬｗ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１１９９８３９．２など）、ＢＦＬ１（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１１１４７３５．２など）などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。
前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質は、ＢＨ３サブタイプ（ＢＨ３－ｏｎｌｙ）タンパク質（第２タンパク質）；およびアポトーシスエフェクター（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ ｅｆｆｅｃｔｏｒ）タンパク質（第３タンパク質）；からなる群より選ばれた１種以上であり得る。
本明細書で使用されるものとして、前記第２タンパク質（ＢＨ３サブタイプタンパク質）は、ＢＨ３ドメインのみで構成されてＢＨ３－ｏｎｌｙタンパク質ともいう。例えば、前記第２タンパク質はＢＩＭ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．Ｂ０３３６９４）、ＢＩＤ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１１９６．２）またはｔＢＩＤ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１１９６．２のＮ－ｔｅｒｍｉｎａｌ ｔｒｕｎｃａｔｅｄ ｆｏｒｍなど）、ＢＡＤ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００４３２２．２など）、ＮＯＸＡ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１３８２６１６．１など）、ＰＵＭＡ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＡＡＯ１６８６２．１など）、ＢＭＦ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１００３９４０．２など）、ＢＩＫ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．１．ＮＭ＿００１１９７．５）、ＨＲＫ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．１．ＮＭ＿００３８０６．４など）などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。
本明細書で使用されるものとして、第３タンパク質は、いくつかのＢＨドメインを含むアポトーシス誘導（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質として、例えばＢＡＸ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿１３８７６１．３など）、ＢＡＫ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＰ＿００１１７９．１など）、ＢＯＫ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿０３２５１５．５など）などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。
他の例で、前記第１タンパク質は先立って説明したようなＢＨ３サブタイプ（ＢＨ３－ｏｎｌｙ）タンパク質（第２タンパク質）；およびアポトーシスエフェクター（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ ｅｆｆｅｃｔｏｒ）タンパク質（第３タンパク質）からなる群より選ばれた１種以上であり、第１タンパク質と相互作用するタンパク質は先立って説明したようなアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質より選ばれたものであり得る。
本明細書で、外部から供給される第１タンパク質相互作用タンパク質は、野生型、または第１タンパク質との相互作用が可能であることを前提に、野生型と５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上の配列相同性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｏｒ ｈｏｍｏｌｏｇｙ）を有する変異型タンパク質であり得る。また、前記第１タンパク質相互作用タンパク質は人間由来のものであるが、人間由来の第１タンパク質と相互作用可能な異種由来のものであり得る。
前記個体は人間などの哺乳動物であり得、例えば、癌患者（血液癌、固形癌）、より具体的には血液癌患者であり得る。また、基準値設定のために、前記個体は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の投与または前記薬物の効能確認が必要な個体であり得る。
本明細書で、血液癌は白血病（例、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病など）、リンパ腫（例、悪性リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫（ｓｍａｌｌ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｍａ；ＳＬＬ）など）、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群などからなる群より選ばれる。
前記試料は前記患者から分離した（由来した）生物学的試料として、細胞、細胞溶解物、組織、またはこれらの培養物、または確立された細胞株を含むものであり得、例えば、前記細胞または組織は癌細胞または癌組織であり得、具体的には前記癌は血液癌または固形癌（例えば、乳癌または肺癌（例：肺腺癌など）など）であり得る。一具体例で、前記個体は人間血液癌患者であり、前記試料は血液癌または固形癌（例えば、乳癌または肺癌（例：肺腺癌など）患者から分離した白血球（例、顆粒白血球、リンパ球、および／または単核球など）、骨髄細胞（例、造血幹細胞など）、前記細胞を含む血液、骨髄、バフィーコート（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、癌細胞、癌組織、またはこれらの溶解物などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。
一例で、前記試料は血液癌または固形癌（例えば、乳癌または肺癌（例：肺腺癌など）患者から分離した白血球（例、顆粒白血球、リンパ球、および／または単核球など）、骨髄細胞（例、造血幹細胞など）、前記細胞を含む血液、骨髄、バフィーコート（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、癌細胞、癌組織などからなる群より選ばれた一つ以上の溶解物であり得る。前記溶解物はＨｅｐｅｓ、ＮａＣｌ、Ｇｌｙｃｅｒｏｌ、コレステロール系洗浄剤（ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ；以下、界面活性剤とも記載する）、ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｃｏｃｋｔａｉｌなどからなる群より選ばれた１種以上を含む溶剤を使用して得られたものであり得、このとき、コレステロール系洗浄剤（例えば、ｇｌｙｃｏｌ－ｄｉｏｓｇｅｎｉｎ（ＧＤＮ）、ジギトニン（ｄｉｇｉｔｏｎｉｎ）など）、ＰＥＧ系洗浄剤（例えば、Ｔｒｉｔｏｎ ｘ－１００など）などが利用され得る。本明細書で使用可能な洗浄剤（ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ）はＧＤＮ、ジギトニン（Ｄｉｇｉｔｏｎｉｎ）、Ｔｒｉｔｏｎ ｘ－１００（ＴＸ－１００）、またはこれらのうち２以上の組み合わせなどを含み得る。例えば、ＧＤＮは、全体溶剤基準として、０．００１～１０％、０．００５～５％、０．００８～１．２％、０．０１～１０％、０．０５～５％、０．０８～１．２％、０．１～１０％、０．５～５％、０．８～１．２％、または約１％（ｗｅｉｇｈｔ ｆｏｒ ｗｅｉｇｈｔ）の量で使用される。前記溶解物は、前記洗浄剤を用いて適切な濃度で希釈して使用される。前記のようなコレステロール系洗浄剤および／またはＰＥＧ系洗浄剤を使用する場合、他の系の洗浄剤を使用した場合と比較して、細胞外（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）での細胞の機能、活性、および／またはタンパク質３次構造を細胞内と同様に安定的に維持できるため、実際の細胞内の環境でのタンパク質の構造および／または機能を比較的正確に模写することができ、細胞内でのタンパク質固有の特性を細胞外で正確に観測できるという利点を有することができる。
前記段階（ｉ）で外部から供給される、（ｅｘｏｇｅｎｏｕｓ）標識物質が付着した、第１タンパク質と相互作用するタンパク質は、細胞溶解液形態で使用される。前記細胞溶解液は、標識物質が付着した、第１タンパク質と相互作用するタンパク質を組換え的に発現する細胞を、適切な溶剤、例えばＴＸ－１００またはコレステロール系洗浄剤を含む溶剤を使用して溶解させて得られたものであり得る。例えば、ＴＸ－１００は、全体溶剤基準として、０．００１％～１％または０．２～５％（ｗｅｉｇｈｔ ｆｏｒ ｗｅｉｇｈｔ）を含み得、好ましくは０．５～２％、さらに好ましくは０．８～１．２％、さらに好ましくは１％を含み得る。前記製造された細胞溶解液は希釈後基板に供給されるが、このとき細胞溶解液はＴＸ－１００を０．０２～０．０４％を含むように設定することが好ましい。前記ＴＸ－１００濃度の臨界値を超えると、ＰＥＧでコートされている基板で起きる非特異的な結合信号を減らすことができるが、第１タンパク質との特異的な相互作用により観測される、第１タンパク質と相互作用するタンパク質の測定値（信号値）が低く形成されてタンパク質分析に容易でない。前記臨界値未満であれば、溶媒中のＴＸ－１００の臨界ミセル濃度（Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｍｉｃｅｌｌ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ；ＣＭＣ）未満の状態で存在するので第１タンパク質相互作用タンパク質の溶解状態が不安定になり、ＰＥＧでコートされている基板で起きる第１タンパク質相互作用タンパク質の非特異的な結合信号が増加して有効でない信号が測定されてタンパク質の分析において容易でない。これはコレステロール系洗浄剤を使用することにおいても当該洗浄剤の臨界ミセル濃度以上を使用することは同様に好ましい。
前記第１タンパク質相互作用タンパク質を含む細胞溶解液内の、第１タンパク質相互作用タンパク質の濃度は、１０－２～１０３ｎＭまたは１０－１～１０２ｎＭであり得るが、これに制限されるものではなく、適宜調節することができる。
本明細書で、前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物は、上記したＢＣＬ２ファミリータンパク質（例えば、アポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質）を認識および／または阻害するタンパク質（例えば、抗体、またはその類似体など）、核酸分子（例えば、ｓｉＲＮＡなど）、および小分子化合物からなる群より選ばれた１種以上であり得、アポトーシス調節薬物（Ａｐｏｐｔｏｓｉｓ－Ｃｏｎｔｒｏｌｌｉｎｇ Ｄｒｕｇ）であり得、一具体例で抗癌効果、例えば血液癌に対して抗癌効果を有することもできる。例えば、ＢＣＬ２標的薬物（例、ＢＣＬ２阻害剤）の例として抗ＢＣＬ２抗体、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＢＴ７３７などが挙げられ、ＢＣＬｘＬ標的薬物（例、ＢＣＬｘＬ阻害剤）の例として抗ＢＣＬｘＬ抗体、ＡＢＴ２６３などが挙げられ、ＭＣＬ－１標的薬物（例、ＭＣＬ－１阻害剤）の例として抗ＭＣＬ－１抗体、ＡＭＧ－１７６、ＡＺＤ５９９１、Ｍａｒｉｔｏｃｌａｘなどが挙げられる。
前記ベネトクラクス（Ｖｅｎｃｌｅｘｔａ（登録商標） またはＶｅｎｃｌｙｘｔｏ（登録商標））は急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ；ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ｃｈｒｏｎｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ；ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ｓｍａｌｌ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｍａ；ＳＬＬ）などの治療に使用される。
以下、より詳細に説明する。
一例で、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の代表的な例としてベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を挙げて説明する：
先立って説明した通り、本明細書において、遺伝子的特徴としては観測できないＢＣＬ２ファミリータンパク質のアポトーシス抑制能力を、単分子タンパク質相互作用の測定方法により定量的に把握し、これを血液癌患者の診断方法として活用することを提案する。これのために核心的な技術は次のとおりである：（１）タンパク質相互作用の観測が、細胞内に存在するＢＣＬ２ファミリータンパク質の多様な状態を反映、（２）多角的タンパク質相互作用の観測およびタンパク質水準の観測の定量的な比較により、ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物（一例としてベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）、ＡＭＧ １７６、またはＡＺＤ５９９１など）に敏感な細胞株および患者を選別可能。
（１）細胞内の状態を保持してＢＣＬ２ファミリータンパク質を基板に捕獲
本明細書では、細胞内に存在するＢＣＬ２ファミリータンパク質の状態が保持された状態で基板に捕獲されるかどうかを確認した。
一実施例で、代表的な血液癌細胞株であるＨＬ６０（急性骨髄性白血病）またはＯＣＩ－ＬＹ３（Ｂ細胞リンパ腫）細胞株を、細胞死誘導のためにベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）で細胞培養中で処理する。その後、細胞死タンパク質であるＢＡＸタンパク質の活性化された形態（ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）を示すＮ－末端があらわれた（露出した）ＢＡＸを測定する実験を行う。このとき、ベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）で処理することによりＮ－末端があらわれたＢＡＸの量が増加することを見ることができる。反面、細胞溶解液にＴＸ－１００の処理により人為的にＢＡＸタンパク質のＮ－末端が露出するようにした後同じ検査を行う場合、ＢＡＸの類似量が維持されることを確認することができる。これは、ＢＡＸの発現量は変わらないが、ベネトクラクス処理時にＮ－末端があらわれた活性化された形態のＢＡＸタンパク質比率が増加することを意味する（図１７参照）。
このような結果により、本明細書に提案する方法は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質が細胞内でなしている形態／ＰＴＭ（Ｐｏｓｔ－ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）などをそのまま反映できることを立証する。
（２）細胞内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の状態変化が反映されるタンパク質間の相互作用（ＰＰＩ，Ｐｒｏｔｅｉｎ－Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ）の確認
本明細書で、細胞内に存在するＢＣＬ２ファミリータンパク質の状態変化がタンパク質相互作用（ＰＰＩ）の測定に反映されることを確認した。
一実施例で、ＯＣＩ－ＬＹ３細胞株やＨＬ６０細胞株を、それぞれＢＣＬ２阻害剤であるベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）、ＭＣＬ１阻害剤であるＡＺＤ５９９１で処理した後、ＢＣＬ２ファミリータンパク質のタンパク質の間の相互作用（ＰＰＩ）変化を比較した。当該阻害剤は、ＢＣＬ２、ＭＣＬ１タンパク質と異なるタンパク質の間の相互作用を選択的に阻害するため、当該薬物処理による細胞内のＢＣＬ２ファミリータンパク質の状態変化（例えば複合体の形成程度）を期待することができる。実際、ＯＣＩ－ＬＹ３細胞株を培養中にベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）（ＢＣＬ２阻害剤）とＡＺＤ５９９１（ＭＣＬ－１阻害剤）でそれぞれ２４時間処理した後、取得した細胞溶解液と何ら処理をしていない状態の細胞溶解液（無処理群）をそれぞれ準備した後、当該細胞溶解液で抽出されたＢＣＬ２、ＭＣＬ１タンパク質とＢＡＤ、ＮＯＸＡ（マーカーＧＦＰが付着した）タンパク質の間の相互作用を測定したとき、ベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）で処理された細胞溶解液で測定されたＢＣＬ２－ＢＡＤの間の相互作用（ＰＰＩ）が、無処理群で測定されたＢＣＬ２－ＢＡＤの間の相互作用（ＰＰＩ）より高いことが確認された。また、ＡＺＤ５９９１で処理された細胞溶解液から出たＭＣＬ１タンパク質とＮＯＸＡ（マーカー付着）タンパク質の相互作用が、無処理群で測定されたＭＣＬ１タンパク質とＮＯＸＡ（マーカー付着）タンパク質の相互作用より高いことが確認された。反面、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理はＭＣＬ１－ＮＯＸＡ相互作用（ＰＰＩ）に何ら影響を及ぼさず、ＡＺＤ５９９１処理はＢＣＬ２－ＢＡＤ相互作用（ＰＰＩ）に何ら影響を及ぼさなかった。また、本実験で使用された条件下では各薬物での処理がＢＣＬ２、ＭＣＬ１発現量に顕著な変化を起こさないことが証明された。
すなわち、特定薬物に反応する特定タンパク質の状態変化を確認および／または前記特定タンパク質以外の他のタンパク質は状態変化が起きないことを確認することによって、本明細書で提供される方法が薬物処理による正確な状態変化を測定できることを確認した。
従来の多くの研究では、ＢＣＬ２タンパク質の発現量を測定して、細胞内でＢＣＬ２がアポトーシス作用を抑制する程度を計ったが、本明細書ではタンパク質の分子的形質が反映されたＰＰＩ観測によりアポトーシス作用を抑制する程度を定量的に測定できることが特徴である。
（３）多角的タンパク質相互作用の観測およびタンパク質水準の観測によるＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の敏感度予測
本明細書では、細胞や患者検体のアポトーシス誘導タンパク質とアポトーシス抑制タンパク質が細胞死に及ぼす影響を、試料内タンパク質と外来タンパク質の間の相互作用の測定（第１タンパク質－タンパク質相互作用の測定）、試料内タンパク質間の相互作用の測定（第２タンパク質－タンパク質相互作用の測定）、および／またはタンパク質発現量の測定などをそれぞれ定量的に行い、細胞死信号を複合的に分析し、これを用いてＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物（一例としてベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ））に対する敏感度を確認した。
前記試料内タンパク質と外来タンパク質の間の相互作用の測定は、試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１などアポトーシス抑制タンパク質と、ＢＩＭ、ＢＡＤ、ＮＯＸＡ、ＢＡＸ、ＢＡＫなど外部（試料外）から供給されたアポトーシス誘導タンパク質の間の相互作用（第１タンパク質－タンパク質相互作用、以下第１ＰＰＩ（Ｐｒｏｔｅｉｎ－Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ）と定義する）を測定し、ＢＣＬ２標的阻害剤（一例としてベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ））またはＭＣＬ１標的阻害剤（一例としてＡＭＧ １７６）反応性との相関関係を定量的に分析した。このとき、試料外から供給されたアポトーシス誘導タンパク質はマーカーが付着している。
前記試料内のタンパク質の間の相互作用（例えば、タンパク質複合体の形成）の測定は、試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１などアポトーシス抑制タンパク質と同じ試料内のＢＡＸ、ＢＡＫ、ＢＩＭ、ＢＡＤ、ＮＯＸＡなどアポトーシス誘導タンパク質の間の相互作用（第２タンパク質－タンパク質相互作用、以下第２ＰＰＩ（Ｐｒｏｔｅｉｎ－Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ）と定義する）を測定し、ＢＣＬ２標的阻害剤（一例としてベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ））またはＭＣＬ１標的阻害剤（一例としてＡＭＧ １７６）感受性との相関関係を確認した。
前記試料内タンパク質と外来タンパク質の間の相互作用（第１ＰＰＩ）水準および／または試料内タンパク質間の相互作用（第２ＰＰＩ）水準を比較分析することによって、ＢＣＬ２標的阻害剤（一例としてベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ））またはＭＣＬ１標的阻害剤（一例としてＡＭＧ １７６）感受性との相関関係を分析した。前記比較分析により試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１などアポトーシス抑制タンパク質の状態を確認することができる。一例として、アポトーシス抑制タンパク質の、アポトーシス誘導タンパク質と相互作用する活性サイトの露出程度を確認することができる。これによりタンパク質間の結合程度、結合強度、残余結合サイト、薬物敏感度などを間接的に予測することができる。
本明細書では、試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１などアポトーシス抑制タンパク質またはＢＡＸ、ＢＡＫなどアポトーシス誘導タンパク質の水準を測定し、ＢＣＬ２標的阻害剤（一例としてベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ））またはＭＣＬ１標的阻害剤（一例としてＡＭＧ １７６）感受性との相関関係を確認した。前記タンパク質の水準は、タンパク質発現水準であり得、活性化されたタンパク質の発現水準であり得、リン酸化されたタンパク質の発現水準であり得る。
本明細書で提供されるタンパク質－タンパク質相互作用の測定は、ｓｉｎｇｌｅ－ｍｏｌｅｃｕｌｅ ｐｕｌｌ－ｄｏｗｎおよび／またはｃｏ－ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ（ｃｏ－ＩＰ）を基盤とする。
本明細書で使用された用語の「タンパク質－タンパク質相互作用（ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ：ＰＰＩ）」は、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の間の物理的および／または化学結合または複合体形成を意味し、例えば、結合頻度、接着強さ（強度）、および結合時間などの因子のうち一つ以上で測定することができる。また、前記第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の間の相互作用（結合）はこれらの間の直接的な相互作用（結合）だけでなく、中間に他のタンパク質（信号伝達経路のうち第１タンパク質および第１タンパク質相互作用タンパク質の間に位置するタンパク質）を媒介とした相互作用（結合）も含み得る。本明細書でのタンパク質－タンパク質相互作用は、単分子（ｓｉｎｇｌｅ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）反応（１分子の第１タンパク質と１分子の第１タンパク質相互作用タンパク質の間の反応）であり得る。
先立って説明した通り、第１タンパク質は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質（Ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃタンパク質）として、ＢＣＬ－２（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿０００６３３．２など）、ＢＣＬｘＬ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿１３８５７８．１など）、またはＭＣＬ－１（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿０２１９６０．３など）であり得る。前記第１タンパク質相互作用タンパク質は、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質として、ＢＩＭ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．Ｂ０３３６９４）、ＢＩＤ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１１９６．２）またはｔＢＩＤ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１１９６．２のＮ－ｔｅｒｍｉｎａｌ ｔｒｕｎｃａｔｅｄ ｆｏｒｍなど）、ＢＡＤ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００４３２２．２など）、ＢＡＸ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿１３８７６１．３など）、ＮＯＸＡ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＭ＿００１３８２６１６．１）、ＢＡＫ（例、ＮＣＢＩ ｒｅｆ ｓｅｑ．ＮＰ＿００１１７９．１など）などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。
本明細書で提供される方法で行われる第１タンパク質および第１タンパク質相互作用タンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階（ａ１；（ｉ）および／または（ｉｉ））は、分離された細胞または組織に対して生体外または細胞外（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）で行われるものであり得る。
本発明による測定を段階別に詳細に説明する。
段階（１）：第１タンパク質が固定化された基板の準備段階（段階（ｉ）および（ｉｉ）共通）
前記段階（１）は、第１タンパク質または第１タンパク質を含む試験試料を、表面に前記第１タンパク質に特異的に結合する物質を含む基板に加えて、第１タンパク質が固定された基板を準備する段階である。
前記試料は個体（患者）から分離した細胞、組織、細胞または組織の溶解物、破砕物、または抽出物、体液（例えば、血液（全血、血漿、または血清）、唾液など）であり得る。前記患者は癌患者例えば血液癌患者であり得、前記試料は前記癌細胞（血液癌細胞）を含むものであり得、その具体的な例は先立って説明したとおりである。
前記基板は、表面に第１タンパク質を固定させるすべての材質および／またはすべての構造を有するものであり得る（結晶質または非結晶質をいずれも使用可能）。一例で、前記基板は、標識信号の検出容易性を考慮し、光の屈折率が生体物質の多くの部分を占める水の屈折率（約１．３）以上の材質であり得る。一例で、前記基板は厚さが約０．１～約１ｍｍ、約０．１～約０．５ｍｍ、０．１～約０．２５ｍｍ、または約０．１３～約０．２１ｍｍ程度であり得、屈折率が約１．３～約２、約１．３～約１．８、約１．３～約１．６、または約１．５～約１．５４程度であり得る。前記基板は前記屈折率範囲を満足させるすべての材質であり得、例えばガラス（屈折率：約１．５２）、石英などからなる群より選ばれた材質から得られたものであり得るが、これに制限されるものではない。前記基板は生物試料観察に通常使用されるすべての形態を有するものであり得、例えば、ウェル型、スライド型、チャネル型、アレイ型、微少流体チップ、微細管（キャピラリ）などであり得るが、これに制限されるものではない。蛍光顕微鏡観察時、前記試料が適用された基板の上にカバーガラスを取り付けて観察することができ、カバーガラスの材質は先立って基板の説明で記載したとおりであり、厚さは基板の説明で記載した範囲またはこれより薄くてもよい（例えば、屈折率１．５２、厚さ０．１７ｍｍであり得るがこれに制限されるものではない）。
前記第１タンパク質に特異的に結合する物質は、第１タンパク質、すなわち、ＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１またはこれらすべてと特異的に結合できるすべての物質から選ばれたものであり得、例えば、ＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１、またはこれらすべてに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片（例えば、抗体のｓｃＦｖ、（ｓｃＦｖ）２、ｓｃＦｖ－Ｆｃ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’およびＦ（ａｂ’）２など）、アプタマー（タンパク質または核酸分子）、小分子化合物などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。このとき、前記第１タンパク質（ＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１、またはこれらすべて）に特異的に結合する物質は、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質との相互作用を妨げない部位、すなわち、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質が相互作用（結合）する部位でない部位で第１タンパク質と結合するものであり得る。
一例で、前記基板は、前記第１タンパク質に特異的に結合する生物学的物質（例えば、抗体など）を表面に含む（固定する）ために適宜表面改質されたり、表面に直接、前記第１タンパク質に特異的に結合する物質が固定されたものであり得る。前記基板が表面改質された場合、前記基板は一面に、前記第１タンパク質に特異的に結合する生物学的物質（例えば、抗体など）を固定化させる官能基を有するあらゆる化合物で処理（例えば、塗布）され得、例えば、アルデヒド基、カルボキシル基およびアミン基からなる群より選ばれた官能基を含む化合物で処理することができる。一具体例で、前記アルデヒド基、カルボキシル基およびアミン基からなる群より選ばれた官能基を含む化合物は、ビオチン（ｂｉｏｔｉｎ）、ウシ血清アルブミン（Ｂｏｖｉｎｅ ｓｅｒｕｍ ａｌｂｕｍｉｎ；ＢＳＡ）、ビオチンが結合されたウシ血清アルブミン、ポリエチレングリコール（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌ；ＰＥＧ）、ビオチンが結合されたＰＥＧ（ポリエチレングリコール－ビオチン；ＰＥＧ－ｂｉｏｔｉｎ）、ポリソルベート（ｅ．ｇ．，Ｔｗｅｅｎ２０）などからなる群より選ばれた１種以上であり得るが、これに制限されるものではない。前記表面処理された基板はニュートラアビジン（ｎｅｕｔｒａｖｉｄｉｎ）、ストレプトアビジン（ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）、アビジン（ａｖｉｄｉｎ）などからなる群より選ばれた１種以上が追加で処理（例えば、塗布）され得る。
段階（２）：第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質を反応させる段階
前記段階（２）では、下記段階（２－１）および／または（２－２）を実施することができる。
段階（２－１）：試料内のタンパク質および試料外のタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（段階（ｉ）の第１タンパク質－タンパク質相互作用）
前記段階（２－１）は、前記第１タンパク質（試料内のタンパク質）が固定された基板（例えば、前記段階（１）で準備される）に、標識物質で標識された（標識物質が付着した）第１タンパク質相互作用タンパク質（試料外のタンパク質）を添加して前記第１タンパク質と反応させる段階である。前記標識物質から生成された信号を測定することによって、試料内のタンパク質と試料外のタンパク質の間の複合体形成水準を確認することができ、これにより試料内のタンパク質と試料外のタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用水準を測定することができる。
前記標識された第１タンパク質相互作用タンパク質は、第１タンパク質相互作用タンパク質が検出可能な信号を発生させる標識物質で標識されたり（標識物質が、例えば、化学的（例えば、共有的または非共有的）、組換え的、または物理的に、結合されたり）、標識物質が結合されるｔａｇが付着した形態を意味する。前記検出可能な信号は通常の酵素反応、蛍光、発光、および／または放射線検出により測定できるすべての信号（例えば、光、放射線など）より選択することができる。前記標識物質は前記標識信号を発生させるすべての小分子化合物、タンパク質、ペプチド、核酸分子などからなる群より選ばれた１種以上であり得、例えば、蛍光染料（小分子化合物；Ｃｙａｎｉｎｅ、Ａｌｅｘ、Ｄｙｌｉｇｈｔ、Ｆｌｕｏｐｒｏｂｅｓなど）、蛍光タンパク質（例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ，ｅｎｈａｎｃｅｄ ＧＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、青緑色蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＰＦ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＰＦ）、ｍｃｈｅｒｒｙなど）などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。前記ｔａｇはＨｉｓ－ｔａｇ／Ｎｉ－ＮＴＡなどのように通常使用されるすべての種類より選ばれた１種以上であり得る。前記標識物質の使用濃度は、ノイズを発生させず正確で容易な検出を可能にするために、約１ｕＭ以下の範囲で適宜決定することができ、例えば、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１ｎＭ～５００ｎＭ、１ｎＭ～１００ｎＭ、１０ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０ｎＭ～１００ｎＭ程度であり得るが、これに制限されるものではない。前記のような標識物質から発生する信号は、これを検出または測定するために通常使用されるすべての信号検出手段（例えば、通常の蛍光顕微鏡、蛍光カメラ、蛍光強度測定（定量）装置など）によって測定することができる。
段階（２－２）：試料内のタンパク質間のタンパク質－タンパク質相互作用（段階（ｉｉ）の第２タンパク質－タンパク質相互作用）
前記段階（２－２）は、前記第１タンパク質が固定された基板（例えば、前記段階（１）で準備される）に、第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質（前記結合物質は標識物質が付着する）を供給し、第１タンパク質（試料内）と第１タンパク質相互作用タンパク質（試料内）の間に形成された複合体（ｃｏｍｐｌｅｘ）のうち第１タンパク質相互作用タンパク質と反応させる段階である。前記標識物質から生成された信号を測定することによって試料内のタンパク質複合体形成水準を確認することができ、これにより試料内のタンパク質－タンパク質相互作用の水準を測定することができる。
前記第１タンパク質相互作用タンパク質結合物質は、検出可能な信号を発生させる標識物質で標識されたり（標識物質が、例えば、化学的（例えば、共有的または非共有的）、組換え的、または物理的に、結合されたり）、標識物質が結合できるｔａｇが付着した形態を意味する。前記検出可能な信号は通常の酵素反応、蛍光、発光、および／または放射線検出により測定できるすべての信号（例えば、光、放射線など）より選択することができる。前記標識物質は前記標識信号を発生させるすべての小分子化合物、タンパク質、ペプチド、核酸分子などからなる群より選ばれた１種以上であり得、例えば、蛍光染料（小分子化合物、有機蛍光染料（ｏｒｇａｎｉｃ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｄｙｅ）；Ｃｙａｎｉｎｅ、Ａｌｅｘ、Ｄｙｌｉｇｈｔ、Ｆｌｕｏｐｒｏｂｅｓなど）、蛍光タンパク質（例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ，ｅｎｈａｎｃｅｄ ＧＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、青緑色蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＰＦ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＰＦ）、ｍｃｈｅｒｒｙなど）などからなる群より選ばれた１種以上であり得る。前記ｔａｇはＨｉｓ－ｔａｇ／Ｎｉ－ＮＴＡなどのように通常使用されるすべての種類より選ばれた１種以上であり得る。前記標識物質の使用濃度は、ノイズを発生させず正確で容易な検出を可能にするために、約１ｕＭ以下の範囲で適宜決定することができ、例えば、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１ｎＭ～５００ｎＭ、１ｎＭ～１００ｎＭ、１０ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０ｎＭ～１００ｎＭ程度であり得るが、これに制限されるものではない。前記のような標識物質から発生する信号は、これを検出または測定するために通常使用されるすべての信号検出手段（例えば、通常の蛍光顕微鏡、蛍光カメラ、蛍光強度測定（定量）装置など）によって測定することができる。
タンパク質の相互作用をより正確に測定するために、反応させる段階（段階（２））と後続するタンパク質－タンパク質相互作用の測定段階（段階（３））の間に、前記反応が起きた基板を通常の方法で洗浄する段階をさらに含み得る。
段階（３）：タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階
前記段階（３）は、前記段階（２）（すなわち、（２－１）および／または（２－２））で得られた反応物から信号を測定する段階である。前記信号測定は、段階（２）で使用された標識信号（例えば、酵素反応、蛍光、発光、または放射線検出などの通常の方法により測定可能な信号）を検出（または測定または確認）できるあらゆる手段を用いて行われ得る。
一例で、段階（３）でのタンパク質－タンパク質相互作用の測定はリアルタイム分析によるものであり得る。
一例で、前記標識信号が蛍光信号である場合、前記信号検出は、前記蛍光信号を発生させる標識物質が吸収する光源を供給して、発生する蛍光信号を、例えば、蛍光顕微鏡、蛍光（測定）カメラ、および／または蛍光強度測定（定量）装置などを用いて、映像化および／または定量することができる。
前記信号が蛍光信号である場合、段階（３）（タンパク質－タンパク質相互作用の測定段階）は、
（ｉ）前記段階（２）の反応物に光源を供給する段階；および
（ｉｉ）前記供給された光源によって発生した蛍光信号を検出する段階
を含み得る。
前記段階（ｉ）の光源を供給する段階は、前記段階（２）で得られた第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の反応物に光源を供給する段階として、このような目的を達成できれば、光源の供給時期は特に制限されない。例えば、前記光源は段階（１）以前、同時、または以後から段階（２）以後まで持続的に供給されたり、段階（２）直前、同時、または直後に所定の時間の間供給され得るが、これに制限されるものではない。
前記光源は蛍光信号に該当する波長を有するあらゆる光源であり得、例えば、レーザ、ハロゲンランプなどであり得る。
一具体例で、段階（３）のタンパク質－タンパク質相互作用の測定段階は、全反射蛍光顕微鏡（Ｔｏｔａｌ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ（ＴＩＲＦ）ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）または共焦点顕微鏡などを用いて光源を供給し、通常の方法で蛍光信号を観察して行われることができる。他の例で、前記全反射蛍光顕微鏡に、信号映像化のための蛍光（測定）カメラ、例えば、ＥＭＣＣＤ（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ－ｍｕｌｔｉｐｌｙｉｎｇ ｃｈａｒｇｅ－ｃｏｕｐｌｅｄ ｄｅｖｉｃｅ）またはＣＭＯＳ（Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ｍｅｔａｌ ｏｘｉｄｅ ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ）を取り付けて用いることによって、光源供給および蛍光信号の映像化および／または定量を遂行することができる。
次は、段階（３）のタンパク質－タンパク質相互作用の測定段階を、全反射顕微鏡および蛍光（測定）カメラを用いて行う場合を例に挙げてより詳細に説明する：
イ）前記段階（１）または段階（２）の基板を全反射顕微鏡に取り付ける。全反射顕微鏡で光源の供給位置は通常、観測しようとする基板側であり、レンズの位置は光源供給位置と関係ない。
ロ）光源はレーザであり得、光源の強度は約０．５ｍＷ～約５ｍＷ、約０．５ｍＷ～約４．５ｍＷ、約０．５ｍＷ～約４ｍＷ、約０．５ｍＷ～約３．５ｍＷ、約０．５ｍＷ～約３ｍＷ、約０．５ｍＷ～約２．５ｍＷ、約０．５ｍＷ～約２ｍＷ、約１ｍＷ～約５ｍＷ、約１ｍＷ～約４．５ｍＷ、約１ｍＷ～約４ｍＷ、約１ｍＷ～約３．５ｍＷ、約１ｍＷ～約３ｍＷ、約１ｍＷ～約２．５ｍＷ、約１ｍＷ～約２ｍＷ、約１．５ｍＷ～約５ｍＷ、約１．５ｍＷ～約４．５ｍＷ、約１．５ｍＷ～約４ｍＷ、約１．５ｍＷ～約３．５ｍＷ、約１．５ｍＷ～約３ｍＷ、約１．５ｍＷ～約２．５ｍＷ、または約１．５ｍＷ～約２ｍＷ、例えば、約２ｍＷであり得、光源の波長は先立って説明した通り、蛍光信号または使用された標識物質、および／または装備の構成（例えば減衰フィルタを用いる場合は強度が強い光源を使用できる）によって適宜選択することができる。
ハ）前記光源供給によって発生した蛍光信号を蛍光（測定）カメラで撮影して映像化および／または定量することができる。
前記蛍光信号の撮影（または映像化）は、標識物質の蛍光信号発生維持時間（発光時間、ｌｉｆｅｔｉｍｅ）を考慮し、光源供給と同時または前記信号発生維持時間以内に遂行することができる。
蛍光（測定）カメラ（例えば、ＥＭＣＣＤカメラ）で蛍光信号を撮影（または映像化）することにおいて、１フレーム当たり露出時間、レーザパワー、カメラｇａｉｎ値、総撮影フレームなどを適宜調節することができる。例えば、１フレーム当たり露出時間が短いほど１フレームに累積する信号が減り、これを相殺するためにレーザパワーを高めたり、蛍光カメラの感度を高めることができる。一例で、１フレーム当たり露出時間を約０．００１秒～約５秒、約０．００１秒～約３秒、約０．００１秒～約２秒、約０．００１秒～約１秒、約０．００１秒～約０．５秒、約０．００１秒～約０．３秒、約０．００１秒～約０．１秒、約０．０１秒～約５秒、約０．０１秒～約３秒、約０．０１秒～約２秒、約０．０１秒～約１秒、約０．０１秒～約０．５秒、約０．０１秒～約０．３秒、約０．０１秒～約０．１秒、約０．０５秒～約５秒、約０．０５秒～約３秒、約０．０５秒～約２秒、約０．０５秒～約１秒、約０．０５秒～約０．５秒、約０．０５秒～約０．３秒、約０．０５秒～約０．１秒、約０．０７秒～約５秒、約０．０７秒～約３秒、約０．０７秒～約２秒、約０．０７秒～約１秒、約０．０７秒～約０．５秒、約０．０７秒～約０．３秒、約０．０７秒～約０．１秒、約０．１秒～約５秒、約０．１秒～約３秒、約０．１秒～約２秒、約０．１秒～約１秒、約０．１秒～約０．５秒、または約０．１秒～約０．３秒、例えば約０．１秒にすることができるが、これに制限されるものではない。
例えば、ＥＭＣＣＤカメラを用いる場合、標識物質（例えば、ｅＧＦＰ）から生成された光子（ｐｈｏｔｏｎ）はＥＭＣＣＤの素子により電子に変わって計測される（光電効果、ｐｈｏｔｏｅｌｅｃｔｒｉｃ ｅｆｆｅｃｔ）。このとき、光子１個当たり生成される電子の個数をｇａｉｎ値により変更することができる。設定されたｇａｉｎ値が高いほど光子１個当たり生成される電子の個数が増え、ＥＭＣＣＤカメラの感度が高まると同時にｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｎｏｉｓｅも共に増加するのでｓｉｇｎａｌ－ｔｏ－ｎｏｉｓｅ比率が重要である。一具体例で、優れたｓｉｇｎａｌ－ｔｏ－ｎｏｉｓｅ比率を得るために、ｇａｉｎ値を約１０～約１００、約１０～約８０、約１０～約６０、約１０～約５０、約２０～約１００、約２０～約８０、約２０～約６０、約２０～約５０、約３０～約１００、約３０～約８０、約３０～約６０、または約３０～約５０、例えば、約４０程度に定めることができるが、これに限定されずカメラの感度、寿命、装備構築現況、ノイズ、試験条件などを考慮して適宜選択されることができる。
総撮影フレーム個数と露出時間を乗ずると総撮影時間が得られる（露出時間＊総撮影フレーム個数＝撮影時間）。蛍光物質の発光時間（ｌｉｆｅｔｉｍｅ）以後には蛍光信号が消えるので、前記撮影時間が発光時間内に行われるように総撮影フレーム個数および／または露出時間を調節することができる。
タンパク質－タンパク質相互作用の測定結果の正確度を高めるために、前記映像化を、一つ以上、例えば、２個以上、３個以上、４個以上、５個以上、７個以上、または１０個以上（上限値は基板の大きさおよび映像化可能な面積によって決定される）の基板またはそれを含む一つ以上のチャネル（各チャネルは２個以上の基板を含む）で行い、信号が現れた領域（ｓｐｏｔ）、具体的にはイメージのうち明るい領域（ＰＰＩ ｃｏｍｐｌｅｘともいう）の個数（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）を求め、前記得られた蛍光信号を定量化することができ、これはタンパク質－タンパク質相互作用を定量化したものと見ることができる。
他の例で、段階（３）で測定された蛍光強度を、通常の装置を用いて数値化することによってタンパク質－タンパク質相互作用を定量することもできる。このとき、結果の正確性のために、前記結果を、試料量または試料内のタンパク質量を基準として標準化（ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ）することができる。
第１タンパク質および／または第１タンパク質相互作用タンパク質を２種以上使用する場合、段階（１）～（３）はそれぞれの第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の組み合わせに対してそれぞれ行われることができる（すなわち、段階（１）～（３）は第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の組み合わせの数だけ繰り返し行われることができる）。
本明細書で提供される方法は、次の段階（４）をさらに含み得る：
段階（４）：比較する段階（段階（ｂ）、具体的には（ｂ１））
段階（４）は、前記段階（３）で得られた結果（タンパク質－タンパク質相互作用の水準）を、第１比較タンパク質と第１比較タンパク質相互作用タンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用水準と比較したり基準値と比較する段階である。前記第１比較タンパク質と第１比較タンパク質相互作用タンパク質、および基準値は先立って説明したとおりである。
本明細書に使用される用語の「ＢＣＬ２ファミリータンパク質を標的とする」とは、ＢＣＬ２ファミリータンパク質を認識（特異的結合）するかおよび／または活性を阻害することを意味する。ＢＣＬ２ファミリータンパク質の活性の阻害は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質と結合したり、および／またはＢＣＬ２ファミリータンパク質を分解および／または構造的変形を行い固有の機能、例えばアポトーシス抑制機能を減少させたり除去することであり得る。
本明細書に使用された用語の「薬物」は、薬理的効果を示すすべての物質、例えば、小分子化合物、タンパク質（例えば、抗体、抗体断片、またはその類似体など）、ペプチド、核酸分子（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなど）、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）、アプタマー、など）、植物抽出物、動物抽出物、細胞抽出物などからなる群より１種以上選択されるものであり得る。
本明細書で、第１タンパク質と相互作用するタンパク質、標識物質として蛍光タンパク質、結合物質として抗体などの、すべての外部から供給されるタンパク質は、組換え的合成または化学的合成により生産されたものであり得るが、これに制限されるものではない。一例で、前記組換え的生産は、前記タンパク質をコードする遺伝子またはそれを含むベクターを、ＨＥＫ２９３細胞のような哺乳類細胞（ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌ）に形質導入（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）により発現したり、ＳＦ９のような昆虫細胞（ｉｎｓｅｃｔ ｃｅｌｌ）に形質導入により発現したり、Ｅ．ｃｏｌｉのような細菌に形質導入により発現させる段階を含み得る。このとき、前記発現したタンパク質は追加的な精製（ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ）過程を経るが、それは必須ではなく、精製されたタンパク質またはタンパク質を発現した細胞溶解液をそのまま使用してタンパク質－タンパク質測定を遂行することができる。
本明細書に使用される用語の「ＢＣＬ２ファミリータンパク質を標的とする治療またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物を使用する治療」は、互いに等価的意味で互換可能であり、第１タンパク質の活性を阻害するすべての医学的および／または薬学的行為を意味し、例えば、先立って説明したようなＢＣＬ２ファミリータンパク質の活性を阻害する薬物を、ＢＣＬ２ファミリータンパク質の活性を阻害することを必要とする対象に処方および／または投与するものであり得る。より具体的には、「ＢＣＬ２ファミリータンパク質を標的とする治療」は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質と結合したり、および／またはＢＣＬ２ファミリータンパク質を分解および／または構造的変形を行い固有の機能、例えば、アポトーシス抑制機能を減少させたり除去する薬物を、これを必要とする対象に処方および／または投与するものであり得る。
前記投与は経口または非経口の経路で行われる。非経口投与である場合は静脈内注入、皮下注入、筋肉注入、腹腔注入、内皮投与、病変部位局所投与、鼻内投与、肺内投与、または直腸内投与などの経路で行われることができる。
前記個体、患者または対象はすべての哺乳類、例えば人間、猿などの霊長類、マウス、ラットなどの齧歯類などであり得、例えば第１タンパク質と関連した疾病を有する患者であり得る。前記第１タンパク質と関連する疾病は、第１タンパク質の過発現または第１タンパク質が関与する細胞または組織内の信号伝達経路の活性化と関連する疾病であり得、例えば、癌、より具体的には血液癌であり得る。具体的例で、前記個体、患者または対象は癌患者、具体的には血液癌患者であり得る。
本明細書に使用された用語の「薬物に対する反応性」は薬物の投与を受けた個体で前記薬物が効果を発揮する程度を意味する。
本明細書に使用された用語の「効能または効果」は、薬物または治療が処置対象において達成しようとする医学的および／または薬学的効果を意味し、処置対象が有する疾病の予防および／または治療、および／または症状の緩和および／または改善などを意味する。例えば、前記薬物が抗癌剤であり、治療が抗癌治療であり、前記処置対象が癌患者である場合、前記効果は抗癌効果（癌の予防および／または治療効果）であり得、前記抗癌効果は癌細胞の成長を抑制する効果だけでなく、移動（ｍｉｇｒａｔｉｏｎ）、侵襲（ｉｎｖａｓｉｏｎ）、および／または転移（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）などを抑制、および／または癌の悪化を抑制、および／または抵抗性を減少または除去する効果などを含むことであり得る。
他の例で、先立って説明したＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の効果予測および／またはＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物治療に使用するための、分析装置を提供する。
前記分析装置は、
第１タンパク質に特異的に結合する第１タンパク質の捕獲用物質または第１タンパク質を含む反応部を含むか、
これに加えて、第１タンパク質相互作用タンパク質検出用製剤および／または信号検出手段をさらに含むものであり得る。前記第１タンパク質相互作用タンパク質検出用製剤および第１タンパク質相互作用タンパク質に（特異的に）結合する結合物質を含むものとして、前記結合物質は、第１タンパク質相互作用タンパク質が第１タンパク質と相互作用（結合）する部位と相違する部位に結合する物質（例えば、抗体、抗原結合断片、抗体類似体、アプタマー、小分子化合物など）であり得、標識物質で標識されたものであり得る。
前記第１タンパク質は先立って説明したとおりであり、精製されたタンパク質またはそれを含む細胞もしくは前記細胞の溶解物形態で使用され得、前記反応部は前記第１タンパク質、それを含む細胞、または前記細胞の溶解物、またはこれらが固定化された基板を含むものであり得る。
前記分析装置は第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の間の相互作用（結合）の有無および／または程度を測定するためのものであり得る。
前記反応部は、表面に第１タンパク質捕獲用物質が固定化されたり、前記第１タンパク質が捕獲用物質によるかまたはよらずに（直接的に）固定化された基板を含み得る。前記第１タンパク質捕獲用物質は、第１タンパク質に特異的に結合する物質、例えば、抗体またはその抗原結合断片であり得る。前記反応部はウェル（例えば、マルチウェル）タイプ、スライド型、チャネル型、アレイ型、微少流体チップ、微細管（キャピラリ）などであり得るが、これに制限されるものではない。
前記分析装置は、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する装置であり得、これのために、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質をさらに含み得る。一例で、前記第１タンパク質相互作用タンパク質は、検出可能な信号を発生させる標識物質で標識されたり（標識物質が、例えば、化学的（例えば、共有的または非共有的）、組換え的、または物理的に、結合されたり）、標識物質が結合できるｔａｇが付着した形態であり得る。
また、前記タンパク質－タンパク質相互作用測定用装置は、信号検出手段で測定された信号値を第１タンパク質の水準に正常化（ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ）させるために、第１タンパク質に結合する探知用物質および前記探知用物質に結合する標識用物質をさらに含み得る。前記第１タンパク質に結合する探知用物質は、先立って説明したマルチウェルに含まれた、第１タンパク質の捕獲用物質と相違する部位で第１タンパク質と結合する生物分子（例えば、抗体）であり得、前記標識用物質は検出可能な信号を発生させる標識物質で標識され（標識物質が、例えば、化学的（例えば、共有的または非共有的に結合））前記第１タンパク質に結合する探知用物質に結合可能な生物分子（例えば、抗体）であり得る。
前記信号検出手段は、使用された標識物質で発生させる信号に応じて通常使用されるあらゆる信号検出手段であり得る。例えば、前記信号検出手段は、信号刺激部および信号検出部を含み得、これに加えて、測定された信号を分析（例えば、定量または映像化）する信号分析部をさらに含み得る。一例で、信号刺激、信号検出、および信号分析はそれぞれ他の部位で行われたり、これらのうち少なくとも二つ以上が一つの部位で同時にまたは連続して行われ得る。一例で、前記標識が蛍光物質である場合、前記信号検出手段は、蛍光信号を発生および検出できるすべての手段より選ばれ得、例えば、蛍光信号刺激部（例えば、光源）、および蛍光信号検出部、および／または蛍光信号分析部を含み得る。一具体例で、前記信号検出手段は、全反射蛍光顕微鏡（Ｔｏｔａｌ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ（ＴＩＲＦ）ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）または共焦点顕微鏡（光源および蛍光信号検出用）を含むか、これに加えて、蛍光カメラ、例えばＥＭＣＣＤ（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ－ｍｕｌｔｉｐｌｙｉｎｇ ｃｈａｒｇｅ－ｃｏｕｐｌｅｄ ｄｅｖｉｃｅ）またはＣＭＯＳ（Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ｍｅｔａｌ ｏｘｉｄｅ ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ）をさらに含み、光源供給および蛍光信号の映像化および／または定量を遂行することができる。前記光源の波長、強度、蛍光カメラ測定条件（例えば、１フレーム当たり露出時間、レーザパワー、カメラｇａｉｎ値、総撮影フレームなど）は先立って説明したとおりである。
本明細書に提供されたタンパク質－タンパク質相互作用測定用装置は、少量の試料での第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質の間の相互作用および／または第１タンパク質と第１タンパク質の発現水準を、正確かつ効率的に観察、分析、検出、および／または測定できる利点を有する。したがって、前記マルチウェルまたはこれを用いる分析方法は生検（例えば、ｎｅｅｄｌｅ ｂｉｏｐｓｙ）、血中癌細胞試料のように非常に少量の試料に対しても有用であり、効果的に適用することができる。
ベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）などのＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物は様々な血液癌患者の治療に使用することができる。例えば、ベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）は、慢性白血病以外にも、薬物によるはやい好転が必要な急性白血病および骨髄癌の治療に適用できるが、患者の負担を最小限に減らすためにはやく薬物の効能を予想できる診断技法が必要である。ＢＣＬ２単一タンパク質の発現量および突然変異遺伝子の有無を確認する従来の方法では、ベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）などのＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物の効能を成功的に予測できないことに対し、本明細書で提供されるタンパク質－タンパク質相互作用および／またはタンパク質発現測定に基づく診断方法は、個別患者の多様な種類の血液癌にベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）などのＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物がよく作用するかどうかをはやくかつ特定的に予測することができ、より迅速かつ効果的に個別オーダーメード血液癌治療を遂行できるようにする。
基板に付着した個別抗体と標的タンパク質の間の結合を測定した図面であり、図１ａはＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１に関するものであり、図１ｂはＢＣＬ－Ｗ、Ｂｆｌ－１に関するものである。 図２ａは、試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬｘＬと外部から投入（Input）したＢＩＭ、ＮＯＸＡ、ＢＡＤの相互作用を測定（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）したものである。図２ｂは、試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したｔＢＩＤの相互作用を測定（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）したものである。図２ｃは、試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＡＸ、ＢＡＫの相互作用を測定（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）したものである。図２ｄは、試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１と外部から投入したＢＩＭタンパク質のＢＨ３ドメインのみを検査タンパク質として使用して相互作用を測定したものである。 第１タンパク質相互作用タンパク質の濃度による相互作用測定値の変化を、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を測定して示す図である。 外部から投入される溶液に含まれる界面活性剤の種類および濃度による相互作用測定値の変化を、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を測定して示す図である。 外部から投入される溶液に含まれる界面活性剤Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００の濃度による相互作用測定値の変化を、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を測定して示す図である。 外部から投入される検査タンパク質ＢＩＭに対して、種（ｓｐｅｃｉｅｓ）間の保存性に優れるアミノ酸（ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓ）に変異が発生する場合にＢＣＬ－ＸＬまたはＢＣＬ２との相互作用測定値に違いが生じることを確認した図である。 試料（ＨＬ６０、ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬとＢＩＭの複合体(complex)水準を測定した図である。 試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２とＢＡＸの複合体(complex)水準を測定した図である。 試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１とＢＡＫの複合体(complex)水準を測定した図である。 試料（ＨＬ６０、ＯＣＩ－ＬＹ３、ＳＵＤＨＬ８）内のＢＣＬ－ＸＬとＢＡＤの複合体(complex)水準、ＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体水準を測定した図である。 タンパク質複合体(complex)水準を測定することにおいて、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質が互いに互換できることを確認した図である。 図１２ａは、二種のＢＡＫ抗体がいずれもＢＡＫに結合できることを示した結果である。図１２ｂは、それぞれ［ＭＣＬ１，ＢＡＫ］、［ＢＣＬ－ＸＬ，ＢＡＫ］、［ＢＣＬ２，ＢＡＫ］を共発現(co-transfected)させた細胞（ＨＥＫ２９３）に対して、明示された沈降抗体（ｐｕｌｌ ｄｏｗｎ Ａｂ）を用いて信号を測定した結果である。これにより、ＢＡＫに結合されるＤ４Ｅ４クローン(clone)のＢＡＫ抗体は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質が共発現された場合は結合されないことを検証した図である。図１２ｃは、図１２ａで使用された抗体の一つであるＡＴ３８Ｅ２を用いて、先立って使用した共発現(co-transfected)されたＢＡＫが検出されることを検証した図である。 試料内のＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬ、ＢＣＬ２の発現量を測定した図である。 試料内のＢＡＸ、ＢＡＫの発現量を測定した図である。 ａは、ＧＤＮ(Glycoldiosgenin)で処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したものであり、ｂは、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したのである。ｃは、ＧＤＮで処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したものであり、ｂは、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したのである。 検体内のＢＡＸ発現量を測定した図である。図１６のａ、ｃは特定の折り畳み形態のＢＡＸの発現量をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図であり、図１６のｂ、ｄは同一検体をＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で処理した後に測定した結果である。 ａは試料（ＨＬ６０）のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）のＭＣＬ１と外部から投入したＮＯＸＡの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）のＭＣＬ１と外部から投入したＮＯＸＡの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）のＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図面であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）のＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬ発現量を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬ発現量を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬとＢＩＭの複合体(complex)水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図であり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬとＢＩＭの複合体水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体(complex)水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図であり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ－ＸＬとＢＡＤの複合体(complex)水準をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ－ＸＬとＢＡＤの複合体水準をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２とＢＡＸの複合体(complex)水準を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間(hour)に応じて測定したものであり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２とＢＡＸの複合体水準を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＡＸ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間(hour)に応じて測定したものであり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＡＸ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＡＫ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間(hour)に応じて測定したものであり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＡＫ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図である。 試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＩＭの相互作用を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＺＤ５９９１がそれぞれ共存する状態で処理濃度に応じて測定した図である。 試料（ＨＬ６０）内のＭＣＬ１と外部から投入したＢＩＭの相互作用を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＺＤ５９９１がそれぞれ共存する状態で処理濃度に応じて測定した図である。 ＡＭＬ患者（ｎ＝３２）検体に対してすべてのパラメータ（相互作用（第１ＰＰＩ）、複合体(Complex)（第２ＰＰＩ）、発現量(Expression Level)）を測定した後、Ｚ－ｃｏｒｅヒットマップで示す図である。 乳癌(breast cancer)患者（ｎ＝３０２）検体のＢＣＬ２発現量(level)を定量的に測定した図である。 肺腺癌患者(Patients)（ｎ＝１５）検体のＢＣＬ２発現量を定量的に測定した図である。 試料（Sample:ＯＣＩ－ＬＹ３）をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘで処理(treatment)した後、処理時間(hour)に応じて、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＩＭの相互作用水準変化、および試料内のＢＣＬ２とＢＩＭの複合体(complex)水準変化を測定した図である。 試料（Sample:ＯＣＩ－ＬＹ３）をＡＺＤ５９９１で処理(treatment)した時間(hour)に応じて、試料内のＭＣＬ１と外部から投入したＮＯＸＡの相互作用水準変化、および試料内のＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体(complex)水準変化を測定した図である。 患者１の試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＩＭの間の相互作用水準を、ｉ）診断当時(At diagnosis)抽出された骨髄(bone marrow)、ｉｉ）ＦＬＴ３標的抗癌剤（ｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ）処方後に再抽出された骨髄、ｉｉｉ）ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘとＬＤＡＣ処方後に取得した全血検体(peripheral blood)から測定した図である。 患者２の試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＩＭの間の相互作用水準を、ｉ）診断当時(At relapse)抽出された骨髄(bone marrow)、ｉｉ）ＦＬＴ３標的抗癌剤（ｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ）処方後に再抽出された骨髄、ｉｉｉ）ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘとＬＤＡＣ処方後に取得した全血検体(peripheral blood)から測定した図である。 ａ～ｃは、ＡＭＬ患者検体（ｎ＝３２）から、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性（縦軸）とＰＰＩ（第１ＰＰＩ）、複合体（第２ＰＰＩ）、発現量など２１種類測定値の間の相関関係を分析した結果である。 ＡＭＬ患者検体からｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性とＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩ（第１ＰＰＩ）およびＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体（第２ＰＰＩ）測定値の間の相関関係を分析した結果である。 指標（parameter）を組み合わせてｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性を予測する結果に関するものであり、図３８ａは指標を１から１０個まで増やすときの相関係数値を示した結果であり、図３８ｂは、二つ指標を組み合わせたときの相関分析結果を、単独指標時の結果と比較して示すグラフであり、図３８ｃは、五つの主な指標が組み合わされた時の相関分析結果である。 図３９ａ～３９ｃは、ＡＭＬ患者検体（ｎ＝２６）からＡＺＤ５９９１反応性とＰＰＩ（第１ＰＰＩ）、複合体（第２ＰＰＩ）、発現量など２１種類の測定値の間の相関関係を分析した結果である。 四つの主な指標を結合してＡＺＤ５９９１反応性を予測した結果である。
本発明を下記実施例を挙げてより詳しく説明するが、本発明の権利範囲は下記実施例に限定される意図ではない。
実施例１．試料内タンパク質および試料外タンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用（ＰＰＩ）の測定
１．１．分析溶解液（試料）の準備
慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）および急性骨髄性白血病など多様な血液癌患者から得られた骨髄サンプルから、Ｆｉｃｏｌｌｅ ｇｒａｄｉｅｎｔのｐｒｏｔｏｃｏｌ（ＧＥ ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｆｉｃｏｌｌ－ｐａｑｕｅ ｐｌｕｓ １７－１４４０－０３）を用いてＢｕｆｆｙ ｃｏａｔのみを選別的に収集した。
分離したＢｕｆｆｙ ｃｏａｔのペレットをｄＰＢＳでＷａｓｈｉｎｇした後、ｄＰＢＳ ５００ｇで５ｍｉｎ間分離した。当該過程を二回繰り返し、細胞に残っている赤血球と血小板を最大限に除去できるようにした。このように分離したＢｕｆｆｙ ｃｏａｔから由来した血液癌細胞を１０７個ずつ小分し、以後の実験に使用できるように窒素にＳｎａｐ－ｆｒｅｅｚｅした後、－８０℃で保管した。
血液癌細胞株（細胞株銀行およびＡＴＣＣ；ＨＬ－６０（ＣＶＣＬ＿０００２）、ＯＣＩ－ＬＹ３（ＣＶＣＬ＿８８００））、Ｒａｍｏｓ（ＣＶＣＬ＿０５９７）、Ｕ９３７、ＴＨＰ１、ＳＵＤＨＬ８）および患者のＢｕｆｆｙ ｃｏａｔから由来した癌細胞のペレットは、ｌｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒ（Ｈｅｐｅｓ ５０ｍＭ Ｎａｃｌ １５０ｍＭ Ｇｌｙｃｅｒｏｌ １０％（ｗ／ｖ）ＧＤＮ（Ｄｉｇｉｔｏｎｉｎ）１％（ｗ／ｖ）ｗｉｔｈ ２％（ｗ／ｖ）ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｃｏｃｋｔａｉｌ２，３（Ｐ５７２６，Ｐ００４４））を用いてサスペンションし、１０分に一回ずつ総３回にわたってｖｏｒｔｅｘｉｎｇした。３０分後、ペレットを溶かしたｌｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒを１５０００ｇで１０分間遠心分離して上層液を分離し、これを以後の実験で基板に適用するための分析溶解液として使用した。
１．２．標識物質で標識された第１タンパク質相互作用タンパク質の準備
標識物質で標識された第１タンパク質相互作用タンパク質（マーカー（ｐｒｏｂｅ）タンパク質）は一時的トランスフェクションにより生産した。より具体的には、ｐＥＧＦＰ－Ｃ１（Ａｄｄｇｅｎｅ：ＰＴ３０２８－５）に制限酵素処理後、各タンパク質遺伝子ＢＩＭ（Ｓｉｎｏ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ：ＨＧ１３８１９－Ｇ）、ＮＯＸＡ（Ｓｉｎｏ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ：ＨＧ１６５４８－Ｕ）、ＢＡＤ（Ｓｉｎｏ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ：ＨＧ１００２０－Ｍ）を挿入して、ＧＦＰ発現タンパク質ベクターを製造した。製造された発現ベクターを、Ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｉｍｉｎｅを用いてＨＥＫ２９３Ｔ細胞（ＡＴＣＣ；ＣＲＬ－３２１６）に一時的トランスフェクションして、過発現されたＧＦＰ－標識（ＧＦＰ－ｌａｂｅｌｅｄ）タンパク質を取得した。
ＧＦＰ－標識タンパク質が発現したＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、１％ ＴＸ１００ ｌｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒで溶解させ、細胞溶解液サンプルを準備した。前記準備された細胞溶解液を、１％ ＴＸ１００ ｌｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒを使用して１６５ｎＭに希釈した後、小分してＳｎａｐ－ｆｒｅｅｚｅし、実験前に解凍して使用した。最終的に、標識された第１タンパク質相互作用タンパク質を含む細胞溶解液は０．０３％のＴＸ－１００を含むように準備した。
本発明の方法でＢＩＤ、またはＢＩＭ、ＢＡＸ、ＢＡＫのうちＢＨ３ドメイン（ｄｏｍａｉｎ）のみを選別的に使用して、標識された第１タンパク質相互作用タンパク質を準備した。次の表１は下記の実施例で使用された第１タンパク質相互作用タンパク質（人間由来）およびこれらのＵｎｉｐｒｏｔ ＩＤと使用されたアミノ酸部位を例示する。
Figure 2022529257000002
前記第１タンパク質相互作用タンパク質のマーカー（ｐｒｏｂｅ）としては緑色蛍光タンパク質（ｇｒｅｅｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ、以下ＧＦＰ；ｐＥＧＦＰ－Ｃ１ ｖｅｃｔｏｒ（ｃｌｏｎｔｅｃｈ）使用して標識）を使用し、前記第１タンパク質相互作用タンパク質のＣ－末端にｅＧＦＰが連結された形態を準備した。
１．３．基板の準備
４５ｍｍ＊６０ｍｍ Ｇｌａｓｓ ｃｏｖｅｒ ｓｌｉｐを、ｂｉｏｔｉｎ ＰＥＧ：ｍＰＥＧの比率を３：１００（ｗ：ｗ）にしてコートした。
前記基板のＰＥＧコートされた面でＢＣＬ２ファミリータンパク質（第１タンパク質）を沈降させるために、ＮＴＶ（Ｎｅｕｔｒａｖｉｄｉｎ；Ｔｈｅｒｍｏ、Ａ２６６６）とＢｉｏｔｉｎが標識されたＧｏａｔ ａｎｔｉ－ｒａｂｂｉｔ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ（１１１－０６５－０４６ Ｊａｃｋｓｏｎ ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）抗体を使用した。
ＮＴＶおよび二次抗体を、ＰＥＧコートされた基板上に結合させた後、各ＢＣＬ２ファミリータンパク質（第１タンパク質）を沈降（ｐｕｌｌ ｄｏｗｎ）させるための抗体（一次抗体）として、次の表２に例示した抗体を使用した。
患者細胞および細胞株（韓国細胞株バンクおよびＡＴＣＣ；ＨＬ－６０、Ｕ９３７、ＴＨＰ１、ＯＣＩ－ＬＹ３、ＳＵＤＨＬ８）の溶解物（ｌｙｓａｔｅ）を、それぞれ観測しようとするタンパク質を沈降させ得る抗体（表２参照）がコートされたｗｅｌｌに１０ｕｌずつ入れて、室温で１時間反応後、Ｗａｓｈｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ（Ｈｅｐｅｓ ５０ｍＭ Ｎａｃｌ １５０ｍＭ Ｇｌｙｃｅｒｏｌ １％ ＧＤＮ ０．０３％）で残余ｌｙｓａｔｅを洗浄した。
Figure 2022529257000003
前記表２に例示した抗体の性能を、ＧＦＰと融合した第１タンパク質を用いて基板に固定される程度として測定した。具体的には、ＧＦＰと融合したＢＣＬ２タンパク質１ｎＭを、前記提示された抗体が備えられた基板に注入した後に反応させた後、洗浄過程を経て残っているＧＦＰの量を測定した。ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１、ＢＣＬｗ、およびＢＦＬ１に対しても同じ試験を行った。前記得られた結果を図１ａおよび１ｂに示した。図１ａおよび１ｂに示すように、前記表２に提示された個別抗体は標的になるタンパク質を基板に成功的に固定させ得ることを確認した。
１．４．試料内タンパク質と試料外タンパク質の間の相互作用測定
前記実施例１．２で準備された、標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質を含む細胞溶解物を、実施例１．３で準備された基板に供給した。より具体的には、前記実施例１．２の細胞溶解物をウェルに１０ｕｌずつ入れて室温で１５分間反応させた後、Ｗａｓｈｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ（Ｈｅｐｅｓ ５０ｍＭ Ｎａｃｌ １５０ｍＭ Ｇｌｙｃｅｒｏｌ １％ ＧＤＮ ０．０３％）で残余物を洗浄した。その後、次のようにタンパク質相互作用（ＰＰＩ）を測定した：
全反射蛍光顕微鏡に基板を固定させてイメージングし、タンパク質の間の相互作用（結合）についてのデータを得た。結果の正確性を高めるために、同一条件で合計１０個の異なる位置でイメージを取得し、それを平均して代表値として使用した。
蛍光イメージは１６ｂｉｔ ｕｎｓｉｇｎｅｄ ｉｎｔｅｇｅｒ形式で保存した。蛍光信号に合わせて信号観測のためのレーザの波長を調節し（ＧＦＰの場合４８８ｎｍ）、発光時間を１１秒程度維持させるためにレーザパワーを２ｍＷに調節して使用した。
全体フレーム（１０フレーム）のうち、序盤フレームを捨てて、３個のフレーム（７－９回目フレーム）のイメージを平均して一つのイメージを生成し、このような過程をウェルの中で位置を移りながら繰り返し行って、合計１０個のイメージを取得して下記の過程を行った。ＥＭＣＣＤ（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ－ｍｕｌｔｉｐｌｙｉｎｇ ｃｈａｒｇｅ－ｃｏｕｐｌｅｄ ｄｅｖｉｃｅ；Ａｎｄｏｒ ｉＸｏｎ Ｕｌｔｒａ ８９７ ＥＸ２（ＤＵ－８９７Ｕ－ＣＳ０－ＥＸＦ））カメラを用いて１フレーム当たり露出時間を０．１秒にし、ＥＭＣＣＤ ｇａｉｎ値は４０にして蛍光イメージを得た。
蛍光タンパク質から出る信号は、特定位置に集まっている形態（ｌｏｃａｌｉｚｅｄ ｐｏｉｎｔ ｓｐｒｅａｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ（ＰＳＦ））で発生するが、このＰＳＦ個数（物理的な値）が、測定しようとするＢＣＬ２ファミリータンパク質とこれと相互作用（結合）するタンパク質の間のＰＰＩ数字（生物学的な値）である。前記ＰＳＦ値は、下記のような過程を経て生物学的な値であるＰＰＩ値に転換させた：
（ａ）Ｌｏｃａｌ ｍａｘｉｍｕｍの位置を求めた（例えば、ｉ番目ｒｏｗ、ｊ番目ｃｏｌｕｍｎ ｐｉｘｅｌ）。先立って記述した通り、単分子蛍光信号は５１２×５１２ピクセルのうち特定位置（現在の観測装備下で概ね５×５ピクセルサイズ、１ｐｉｘｅｌ＝０．１６７マイクロメーター）に集まって形成されるので、ｌｏｃａｌ ｍａｘｉｍｕｍを見つけると個別ＰＳＦを選別することができる。これはＭａｔｌａｂで提供されるｔｏｏｌｋｉｔを用いて求めることができる。
（ｂ）前記（ａ）で求めたｌｏｃａｌ ｍａｘｉｍｕｍが実際のＰＳＦから発生したものであるかどうかに対する判別過程を経る。まずｌｏｃａｌ ｍａｘｉｍｕｍの最小値（ｍｉｎｉｍｕｍ ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ ｖａｌｕｅ）を定義し、前記得られたｌｏｃａｌ ｍａｘｉｍｕｍのうちこの最小値より大きい場合のみ分析に使用した。本実施例で使用された最小値は７５であり、この値はレーザパワー／露出時間／装備構築状況によって変わる。最終的に得られたｌｏｃａｌ ｍａｘｉｍｕｍ座標を中心に５×５ピクセルの情報を呼び出した後、この５×５ピクセルで明るさに対する中心を求めた（ｃｅｎｔｒｏｉｄ ｏｆ ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ）。このとき、求めた明るさの中心が既存のｌｏｃａｌ ｍａｘｉｍｕｍ座標に対して０．５ｐｉｘｅｌ以上外れると（ＰＳＦ形に対する２Ｄ対称が消えると）、正常でない蛍光信号であると判断して分析から除外した。
（ｃ）すべての条件を通過したＰＳＦのみを最終的に選別して、座標と全体個数を求めた。このとき得られたＰＳＦ全体個数がＰＰＩの個数（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）となる。
同じ条件下で撮影されたすべてのファイルに対して前記過程を行ってＰＳＦ個数を求めた後、これを集合して平均と標準偏差を求めた。この値が最終的に特定条件でＰＰＩの個数を示す値になる。本実施で、ＰＰＩの個数により、試料内第１タンパク質と試料外第１タンパク質相互作用タンパク質の間に形成された複合体を測定することができる。
前記得られたＰＰＩの個数（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）測定結果を図２ａ（第１タンパク質および第１タンパク質相互作用タンパク質の種類に応じた結果）、２ｂ（細胞株の種類に応じた結果）、２ｃ（第１タンパク質および細胞株の種類に応じた結果）、および２ｄ（第１タンパク質および細胞株の種類に応じた結果）に示した。
また、本実施例の試料内タンパク質および試料外タンパク質の間の相互作用の測定結果に影響を及ぼす要素を確認するために、（ｉ）分析溶解液(extracts)（試料）濃度、および標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質の濃度（concentration）によるＰＰＩ強度（strength）（測定された蛍光信号強度）（図３）、（ｉｉ）分析溶解液(extracts)（試料）濃度、および標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質を含む細胞溶解液に含まれる界面活性剤(Detergent)の種類(class)に応じたＰＰＩ ｃｏｕｎｔ（図４）および濃度(concentration)に応じたＰＰＩ ｃｏｕｎｔ（図５）を測定した。大体において分析溶解液（試料）濃度および第１タンパク質相互作用タンパク質の濃度が増加することによりＰＰＩ ｃｏｕｎｔも増加する傾向を示した。
また、第１タンパク質相互作用タンパク質の変異に応じたＰＰＩ ｃｏｕｎｔを測定して図６に示した。
実施例２．試料内タンパク質間の相互作用の測定（複合体（Ｃｏｍｐｌｅｘ）の測定）
本実施例では、同じ試料内第１タンパク質と第１相互作用タンパク質の間の相互作用測定を行った。具体的には、前記相互作用は、分析溶解液内で第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質が結合された状態で存在する第１タンパク質－第１タンパク質相互作用タンパク質複合体を検出して測定した。本実施例で測定された第１タンパク質－第１タンパク質相互作用タンパク質の間複合体を下記の表３に例示した：
Figure 2022529257000004
前記表３に示した図面の結果は、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質のうち、第１タンパク質が基板に固定され、標識された第１タンパク質相互作用タンパク質結合物質を用いてこれらの間に形成された複合体を測定した結果である。逆に第１タンパク質相互作用タンパク質が基板に固定され、標識された第１タンパク質結合物質を用いてこれらの間に形成された複合体（ｃｏｍｐｌｅｘ ｃｏｕｎｔ、ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）を測定することもできる（この場合、第１タンパク質相互作用タンパク質に対する抗体をプルダウン（ｐｕｌｌ ｄｏｗｎ）抗体として、第１タンパク質に対する抗体を検出（ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ）抗体として使用する）（図１１）。図７～図１１で確認されるように、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質のうちどれを基板に固定させるかに関係なく等しい検出効果を得ることができる。
前記のような結果は、次のように試料内の第１タンパク質－第１タンパク質相互作用タンパク質の間の相互作用を測定して得られたものである：
まず、前記実施例１．１と同一に準備された分析溶解液を、実施例１．３を参照して準備された基板に供給した。
試料内のタンパク質複合体検出のための結合物質として、第１タンパク質相互作用タンパク質に対する抗体を検出抗体（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ）として使用し、前記検出抗体を標識するために、蛍光が標識されたＣｙ３ ＡｆｆｉｎｉＰｕｒｅ Ｄｏｎｋｅｙ Ａｎｔｉ－Ｍｏｕｓｅ ＩｇＧ（ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅｒａｃｈ：７１５－１６５－１５１）抗体（二次抗体）を希釈して準備した。
前記準備された検出抗体を、前記準備された基板に供給した。検出抗体はウェルに１０ｕｌずつ入れて室温で１５分間反応させた後、Ｗａｓｈｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ（Ｈｅｐｅｓ ５０ｍＭ Ｎａｃｌ １５０ｍＭ Ｇｌｙｃｅｒｏｌ １％ ＧＤＮ ０．０３％）で残余抗体を洗浄した。その後、蛍光が標識されたＣｙ３ ＡｆｆｉｎｉＰｕｒｅ Ｄｏｎｋｅｙ Ａｎｔｉ－Ｍｏｕｓｅ ＩｇＧ（ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅｒａｃｈ：７１５－１６５－１５１）抗体を２０００倍希釈してウェル当たり１０ｕｌずつ１０分間反応させた後、Ｗａｓｈｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ（Ｈｅｐｅｓ ５０ｍＭ Ｎａｃｌ １５０ｍＭ Ｇｌｙｃｅｒｏｌ １％ ＧＤＮ ０．０３％）で残余抗体を洗浄した。その次にタンパク質相互作用（ｃｏｍｐｌｅｘ）を測定した。測定方法は前記実施例１－４と同一に実施した。
本実施例に使用された結合物質（抗体）情報を下記表４に例示した：
Figure 2022529257000005
前記叙述したように、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質は互いに相互交換が可能である。また、使用された抗体がモノクローナルの場合、同等なクローンであれば他の製造会社の製品も使用可能である。
前記抗体リストは本実施例を説明するために例示的に記載しただけであり、本発明の範囲を制限するものとして解釈されない。
本発明で複合体を形成する第１タンパク質または第１タンパク質相互作用タンパク質に対する抗体、またはタンパク質特異的結合物質の使用について格別な制限は存在しない。ただし、二つのタンパク質の複合体形成にとって主要であると知られている部位を抗体あるいは結合物質の認識部位として使用する場合には複合体検出ができなくなる。一実施形態で、ＢＡＫと複合体を形成するＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１を検出するためには、ＢＡＫのＢＨ３部位を除いた他の部位（例えば、脂質膜を通過しない（膜貫通ドメインでない）、ｈｅｌｉｘ １番からｈｅｌｉｘ ４番までの部位など）を認識する抗体を使用した方が良い（図１２）。
実施例３．試料内タンパク質発現水準の測定
本実施例では、分析溶解液内に存在する特定タンパク質の量を定量的に測定した。前記特定タンパク質はＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１、ＢＡＸ、およびＢＡＫである。
これのために、前記実施例１－１と同様の方法で分析溶解液を準備し、実施例１－３と同様に準備された基板に供給した。その後、前記基板に、実施例２のように準備された標識された検出抗体（蛍光が標識されたＣｙ３ ＡｆｆｉｎｉＰｕｒｅ Ｄｏｎｋｅｙ Ａｎｔｉ－Ｍｏｕｓｅ ＩｇＧ（ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅｒａｃｈ：７１５－１６５－１５１）抗体で標識される）を添加した。その後、実施例１－４と同様の方法を行って、蛍光信号測定により分析溶解液内の分析対象タンパク質とその検出抗体の間の結合を測定した。
本実施例で、分析対象タンパク質を基板に固定するための捕獲（ｐｕｌｌ ｄｏｗｎ）抗体と検出するための検出（ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ）抗体は互いに抗原が同一であるが、抗原の互いに異なる部位に結合するものを選ぶべきである。
本実施例に使用された抗体情報を次の表５に例示した：
Figure 2022529257000006
前記第１結合物質は基板に固定される抗体であり、第２結合物質は、分析溶解液が注入された後標的タンパク質検出のために供給される抗体である。このとき、前記第１結合物質と第２結合物質は互いに変えて使用することが可能である。例えば、第２結合物質を基板に固定して、分析溶解液、第１結合物質の順に基板に供給しても同様に標的タンパク質の定量分析が可能である。前記提示された抗体は本発明の範囲を限定しない。ただし、第１結合物質と第２結合物質の抗原認識部位（ｅｐｉｔｏｐｅ）は互いに完全に重複するべきではない。
実施例４．特定折り畳み形態（Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ）のタンパク質の測定
本実施例は、タンパク質折り畳み形態によって特異的に認知できる抗体または結合物質を用いて、検体内に存在する特定折り畳み形態（ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のタンパク質を検出する方法に適用することができる。一実施形態でタンパク質折り畳み形態の特異的検出はＢＡＸ、ＢＡＫを含む。
従来の発見によれば、ＢＡＸタンパク質は細胞内で多様な折り畳み形態を維持することができる。そのうちＮ－末端に属する約２０個程度のアミノ酸の露出（ｅｘｐｏｓｕｒｅ）は、ＢＡＸタンパク質が細胞死を起こし得る形態への折り畳み時に発生すると知られている（Yi-Te Hsu et al., J. Bio. Chem. 272, (1997), Michael A. Dengler et al., Cell Rep. 27 (2019)）。またはＢＡＫタンパク質は、ミトコンドリア脂質膜への移動の際に多様な折り畳み形態変化を起こして細胞死を誘導する（Mark Xiang Li et al., PNAS 114 (2017)）。このように特定折り畳み形態でのみ露出する部位を認識できる抗体または結合物質を用いると前記実施形態を実現することができる。
一例として、ＢＡＸタンパク質のＮ－末端を認知するように知られている抗体と、どの折り畳み形態でも露出する部位を認知する抗体を用いる場合、検体内の細胞死を誘導するように活性化された状態のＢＡＸタンパク質を検出することができる。また他の例として、ＢＡＫタンパク質のＢＨ３部位を選択的に認識する抗体といかなる状態でも露出するＢＡＫ部位を認識する抗体対を用いる場合は、ＢＨ３が露出した折り畳み形態のＢＡＫタンパク質を検体から検出することができる。下記表６はこのような発明を実現するために使用された抗体対を提示する。下記抗体は本発明の範囲を限定するものではない。また、モノクローナル抗体の場合は製造会社と関係ない。
Figure 2022529257000007
前記表で、抗体１は基板の表面に、抗体２は検出のために注入される抗体を意味する。二つの抗体の役割が変わっても結果は等しい。例えば、抗体２を基板表面に固定し、抗体１を検出抗体として注入しても等しい効果を期待することができる。
前記方法の実現のためには、実施例１で実現したもののように分析溶解液を準備する。
本実施例でタンパク質量の定量分析のための測定方法は、実施例２または実施例３で提示した方法と同様の方法であり得る。例えば、使用される抗体またはタンパク質特異的結合物質がいずれも同じ抗原または標的タンパク質に結合されるように形成されている。ただし、二つの抗体あるいはタンパク質特異的結合物質の標的タンパク質結合部位は互いに異なるべきである。また、抗体を使用する場合、二つの抗体の宿主（ｈｏｓｔ）は当該抗体に直接的にマーカーが備えられていない限り異なることが推奨される。
本実施例は実施例２または３で提案した方法を参照して遂行する。例えば、抗体１、検体、抗体２の順に注入して特定の折り畳み形態の標的タンパク質を検出することができる。
本実施例の実現のために、人為的に細胞死を誘導して検体を準備することができる。例えば細胞をＳｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅで１時間処理して細胞死を誘導したりｖｅｎｅｔｏｃｌａｘで２４時間処理して細胞死を誘導した状態の検体を準備する。この検体を、ＧＤＮが含まれた溶解液で溶解して分析溶解液(extracts)を作った後、Ｎ－末端が露出したＢＡＸを検出すると信号が増加することを確認することができる（図１４）。同じ検体について、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００が含まれた溶解液で分析溶解液を準備する場合、非イオン系の界面活性剤であるＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００によって強制的にＮ－末端を誘導することができる。この分析溶解液からＮ－末端が露出したＢＡＸを検出する（図１５）。細胞死が誘導された検体で、ＧＤＮを用いて分析溶解液を準備した後、検出抗体を用いてＮ－末端が露出したＢＡＸを測定する場合は、増加することを見ることができる。反面、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００を用いて人為的にＮ－末端が露出するようにする場合、細胞死誘導の有無に関係なく一定の値で示されることを見ることができる。
また他の例として、ＡＭＬ細胞であるＨＬ６０やＤＬＢＣＬ細胞であるＯＣＩ－ＬＹ３をベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）で処理して細胞死を誘導して、ＢＡＸ Ｎ－末端が露出する比率を測定することができる。１００ｎＭ濃度のベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）で２、４、８、２４時間処理した後取得された検体について、ＧＤＮが含まれた溶解液で分析溶解液を準備する。その後ＢＡＸを検出すると、ベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）処理時間によりＢＡＸ検出信号が変わることを確認することができる（図１６）。反面、同じ分析溶解液に最終的に１％濃度のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００になるように追加で混ぜてＮ－末端露出を誘導した後同じ分析を行う場合、時間によってＢＡＸ量の変化が殆どないことを見ることができる。
これにより、本発明で提示する折り畳み形態の特異的タンパク質検出方法は、細胞の状態、例えば細胞死程度の分析に役に立つ指標を提供することができる。
実施例５．ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的阻害剤処理による細胞内のＢＣＬ２ファミリー信号伝達経路変化の測定
本実施例は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質の標的阻害剤処理による細胞内の信号伝達変化を測定できる方法を提供する。より具体的にはＢＣＬ２標的阻害剤であるベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）、またはＭＣＬ１標的阻害剤であるＡＺＤ５９９１で処理しながら、細胞内に存在する多様なＢＣＬ２ファミリータンパク質（例えば、ＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１）の試料間のタンパク質相互作用の強度、試料内のタンパク質相互作用の強度（複合体測定）、タンパク質発現量の変化を包括的に分析できる方法を提供する。
本実施例の実現のために、試料間のタンパク質相互作用の測定は実施例１、試料内のタンパク質複合体の測定は実施例２、発現量変化の測定は実施例３、４と同一であり得る。
一例として、細胞を処理する標的阻害剤ベネトクラクス（ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）またはＡＺＤ５９９１の濃度は１００ｎＭであり、時間は２４時間であり得る。対照群として同じ条件でＤＭＳＯで処理したものを準備する。
本実施例で分析した内容は下記の表７および表８に整理した：
Figure 2022529257000008
（前記表７において、
ＢＩＭ＊は、ＢＩＭのうちＢＨ３ドメインのみを切り出したタンパク質にＧＦＰマーカーが備えられた形態であり、
第１タンパク質は、分析溶解液に含まれたタンパク質であり、基板表面に結合されるタンパク質である）
Figure 2022529257000009
前記表で、複合体を形成する第１タンパク質および第１タンパク質相互作用（結合）タンパク質はいずれも分析溶解液に含まれたタンパク質である。二つのタンパク質のうちどのタンパク質が基板表面に固定されても結果は等しい。例えば、基板の表面に固定される抗体は第１タンパク質の抗体であり得、第１タンパク質相互作用（結合）タンパク質の抗体でもあり得る。
一例として、本実施例で提案する方法により、ＢＣＬ２標的阻害剤で処理される前／後のＢＣＬ２ファミリータンパク質のＰＰＩ強度変化および複合体の形成程度変化を定量的に測定することができる。これを実現するために、ＨＬ６０またはＯＣＩ－ＬＹ３細胞株をＤＭＳＯ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ １００ｎＭ（ＢＣＬ２標的阻害剤）、ＡＭＧ１７６ １００ｎＭ（ＭＣＬ１標的阻害剤）で２４時間処理した後、それぞれの検体から分析溶解液を生成して、前記提示された指標を測定する。Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘで処理した場合、ＨＬ６０やＯＣＩ－ＬＹ３のすべてにおいてＢＣＬ２－ＢＡＤＰＰＩ強度が増加することを確認することができる（図１７）。反面、ＭＣＬ１標的阻害剤であるＡＭＧ１７６で処理した場合、ＢＣＬ２－ＢＡＤＰＰＩの変化は殆どなかった。これはｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ－ＢＣＬ２のみに限定されるものではない。ＭＣＬ１－ＮＯＸＡＰＰＩの場合、ＡＭＧ１７６で処理したとき選択的に増加することを確認することができる（図１８）。ＢＣＬ－ＸＬの場合、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ／ＡＭＧ１７６いずれにも反応せず、ＢＣＬ－ＸＬ発現量に応じてＰＰＩ強度が変わることにより、ＢＣＬ２、ＭＣＬ１標的阻害剤による当該タンパク質のＰＰＩ強度が選別的に発生することを確認することができる（図１９、２０）。
また他の例として、ＢＣＬ２標的阻害剤処理による複合体形成変化の測定が挙げられる。前記ＰＰＩ測定と同一条件下で収集された検体を分析して、ＢＣＬ２ファミリーとＢＩＭ複合体の形成程度変化（図２１）、ＭＣＬ１－ＮＯＸＡ複合体変化（図２２）、ＢＣＬＸＬ－ＢＡＤ複合体変化（図２３）の測定に用いられる。さらに、ＢＣＬ２－ＢＡＸ複合体変化（図２４）、ＢＡＸおよびＢＡＫ発現量変化（図２５、図２６）の測定にも適用することができる。
本実施例は、使用される標的阻害剤とＢＣＬ２ファミリータンパク質および関連する信号伝達タンパク質の間の直接的な関係の測定にも使用することができる。これを実現するために、第１タンパク質はＢＣＬ２またはＭＣＬ１タンパク質を用いて、第１タンパク質相互作用タンパク質としてはＢＩＭ－ＧＦＰタンパク質を用いる。基板の表面に第１タンパク質が固定された状態で、第１タンパク質相互作用タンパク質と共に多様な濃度の標的阻害剤、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘまたはＡＺＤ５９９１（ＭＣＬ１標的阻害剤）を注入してＰＰＩ強度変化の測定にも使用することができる。ＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩ強度は、ＢＣＬ２標的阻害剤であるｖｅｎｅｔｏｃｌａｘがある場合にのみ減少し、ＡＺＤ５９９１はほとんど影響を及ぼさない（図２７）。反面、ＭＣＬ１が第１タンパク質である場合は、ＡＺＤ５９９１によってのみＭＣＬ１－ＢＩＭＰＰＩ強度が減少することを見ることができる（図２８）。
これをまとめると、本発明で提案する方法により、検体がＢＣＬ２ファミリー標的阻害剤で処理されたとき現れるＢＣＬ２ファミリータンパク質の特性（ＰＰＩ強度、複合体形成、発現量など）を定量的に分析することができる。また、ＰＰＩ強度変化は薬物によって直接的に調節される現象であることを確認することができる。結論的に、本発明により提案される方法は、ＢＣＬ２標的阻害剤処理によるＢＣＬ２ファミリータンパク質の変化を測定できる方法であり、検体の分子診断技法として用いられることができる。
実施例６．実際の患者検体の分析方法
本実施例で例示する方法は、患者（例えば急性骨髄性白血病（Ａｃｕｔｅ Ｍｙｅｌｏｉｄ Ｌｅｕｋｅｍｉａ，ＡＭＬ）または乳癌）から由来した検体でＢＣＬ２ファミリータンパク質の特性を測定することである。
患者検体間の同等な比較のために、準備された患者検体分析溶解液の全体タンパク質濃度を、Ｂｒａｄｆｏｒｄ技法、ｌｏｗｒｙ技法、赤外線吸光度などより選ばれた一つ以上の方法で決定することができる。基板に注入される検体の濃度を一定に維持し、検体間の定量的な比較を可能にする。ＡＭＬ患者検体としては、患者の血液または骨髄から抽出された検体を使用することができる。固形癌組織の場合、手術、針生検（ｎｅｅｄｌｅ ｂｉｏｐｓｙ）などから取得された検体を使用することができる。
患者検体は実施例１、２、３に提示されたすべての分析が可能であり、これに限定されるものではない。これは血液癌、固形癌に拘らずすべて適用することが可能である。
一例として、ＡＭＬ血液癌患者３２名から取得された検体を分析してＢＣＬ２ファミリーのＰＰＩ（実施例１参照）、複合体（実施例２参照）、発現量（実施例３参照）を総合的に分析する方法を提供することができる（図２９）。
また他の例として、乳癌患者３０２名から取得された検体を分析して、検体内存在するＢＣＬ２タンパク質の発現量を定量的に測定するために使用することができる（図３０）。
また他の例として、肺腺癌（ｌｕｎｇ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）患者検体１５個から、検体内に存在するＢＣＬ２タンパク質の発現量の測定に適用することができる（図３１）。
実施例７．実施例１の相互作用測定と実施例２の複合体測定の比較
本実施例で提案する二つの方法、第１タンパク質相互作用タンパク質を用いるＰＰＩ強度測定（実施例１）と第１タンパク質結合タンパク質との複合体形成測定（実施例２）は互いに異なる情報を提供することができる。
より具体的には、ＯＣＩ－ＬＹ３細胞培養中にＶｅｎｅｔｏｃｌａｘ １００ｎＭまたはＡＺＤ５９９１ １００ｎＭで処理する方法により、薬物処理前／後のＢＣＬ２ファミリータンパク質のＰＰＩ強度および複合体の形成程度の変化を本発明の方法により測定することができる。一例として、ＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩの場合、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘで処理された検体で高まる傾向を示すが、ＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体は減少すると確認される（図３２）。また他の例として、ＭＣＬ１－ＮＯＸＡＰＰＩの場合はＡＺＤ５９９１で処理された検体で高まったが、ＭＣＬ１－ＮＯＸＡ複合体は減少した（図３３）。このような例により、実施例１により具現されるＰＰＩ強度測定と実施例２により具現される複合体形成測定は根本的に異なる測定値であることがわかる。
実施例８．薬物投与を決定するためにＢＣＬ２系タンパク質の相互作用変化観測により患者状態の追跡をする方法
本実施例で提案する方法により、患者の分子的状態を時系列で追跡する方法を提供することができる。より具体的には、血液癌患者の骨髄または血液検体を時間に応じて採集して、相互作用分析によりＢＣＬ２ファミリータンパク質の依存程度および該当標的抗癌剤処方の有無を決定するのに役に立つ情報を提供することができる。これを実現するために、患者１において、ｉ）診断当時の骨髄を抽出してＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬとＢＩＭ－ＧＦＰの間の相互作用（ＰＰＩ）分析、ｉｉ）ＦＬＴ３標的抗癌剤であるｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ処方後骨髄を再抽出して同じ分析、ｉｉｉ）前記ｉｉ）段階で取得された相互作用（ＰＰＩ）情報に基づいて、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘとＬｏｗ－ｄｏｓｅ ｃｙｔａｒａｂｉｎｅ（ＬＤＡＣ）を処方した後取得した全血検体で同じ分析を行った（図３４）。診断当時患者のＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩは低いためｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処方根拠が不足したが、ＦＬＴ３標的阻害剤であるｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ処方以後、ＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩが急激に高まる信号伝達経路再設定（ｓｉｇｎａｌ ｒｅｗｉｒｉｎｇ）が発生し、これに基づいてｖｅｎｅｔｏｃｌａｘとＬＤＡＣを併用処方してＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩが再び低くなることを確認した。また、臨床的所見としてはｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ処方以後に急激な白血球(WBC)数値上昇が発生したが、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ＋ＬＤＡＣの併用処方以後に再び安定した白血球数値を示して、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘの薬効を臨床的レベルでも確認することができた。以後、臍帯血抽出幹細胞移植（Ｃｏｒｄ ｂｌｏｏｄ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）により、当該患者は完全寛解（ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ）を達成することができた。
また他の例として、患者２番に対しても患者１と同様の方法で時系列診断を行った（図３５）。当該患者もＦＬＴ３標的阻害剤処方ではＢＣＬ２ファミリータンパク質の信号伝達経路を調節できなかったが、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘとＬＤＡＣの併用処方以後にはＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩが急激に減少したことを確認することができた。これは、白血球(WBC)数値検査においても同様にｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ処方以後に約３倍程白血球数値が増加したことから、ｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ処方は臨床的効果がなかったと判断される。
実施例９．ＢＣＬ２標的阻害剤反応性予測方法の開発
本実施例で提案される方法により、急性骨髄性白血病（Ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ）患者の、ＢＣＬ２標的阻害剤ベネトクラクス（ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）に対する感受性を予測することができる。
具体的には、実施例６によりＡＭＬ患者から抽出した検体（骨髄または血液）において、ＢＣＬ２ファミリータンパク質のうち６種に対してＰＰＩ測定（実施例１）、６種に対して発現量測定（実施例３）および９種に対して複合体測定（実施例２）を行った（下記表９参照）。
Figure 2022529257000010
Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性測定のために、患者から分離した検体をそれぞれ０、３０、１００、３００、１０００ｎＭのｖｅｎｅｔｏｃｌａｘで２４時間処理した後、生きている細胞の量をフローサイトメーターを用いて測定する。残余生存細胞量に対する容量反応曲線を描いた後、グラフ下部面積（ＡＵＣ，Ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｔｈｅ ｃｕｒｖｅ）の逆数値を用いて個別患者のｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性を定量する。
個別測定値についてのｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性との線形相関関係の分析により、最も予測力が高い指標を取得することができる（図３６ａ－ｃ）。定量的比較のための線形相関係数（Ｒ、ｐｅａｒｓｏｎ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ）を取得する。合計２１個の指標のうちＲ値が０．６５以上で測定されるに値は、ＢＣＬ２－ＢＡＤＰＰＩ、ＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩ、ＢＣＬ２発現量およびＢＣＬ２－ＢＡＸ複合体形成が含まれる（図３６ａ－ｃの四角で表した四つの指標）。前記選ばれた指標は、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性測定モデル樹立にあたり発明の範囲（例えば予測モデルに含まれる指標の種類）を制限するものではない。
ＰＰＩと形成された複合体が互いに異なる指標であることを確認するために、ＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩとＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体の形成程度をそれぞれｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性と比較することができる（図３７）。ＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩの場合、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性とＲ＝０．７４で高い相関関係を示すが、ＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体形成はＲ＝０．４１で低い相関係数を示す。これによりＰＰＩ測定と複合体形成の測定は互いに異なる指標であることを推論することができ、ＰＰＩ測定により高い正確度でｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性の予測が可能であることを示す。
測定値の結合（組合せ）によって、よりｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性予測の正確度を向上させることができる。測定値を組み合わせる方法は、多変数線形回帰（ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｌｉｎｅａｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ）、ロジスティック回帰（ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ）、サポートベクターマシン（ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅ）など多様な方法があり、本発明の実施例では多変数回帰方式を用いたが、本発明の範囲はこれに制限されるものではない。単一変数（指標）を用いる場合Ｒ＝０．７５程度が最も高い値であったが、結合される変数の個数(Number of parameters combined)が多くなるほどこれは増加する（図３８ａ）。
２１個の変数（指標）を結合する場合、最大２，０９７，１５１個の変数結合が生成される。最適なモデル探索には生物学的妥当性、数学的妥当性など多様な変数が考慮される。
一例として、単独指標より２以上の指標を組み合わせる場合、より上昇された分析結果が得られることを示すために、ＢＣＬ２－ＢＡＸまたはＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体の形成程度とｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性との相関関係を図３８ｂの上段に示し、ＢＣＬ２－ＢＡＸまたはＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体の形成程度とＢＣＬ２－ＢＡＤＰＰＩを結合した結果とｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性との相関関係を図３８ｂの下段にそれぞれ示した。図３８ｂに示すように、ＢＣＬ２－ＢＡＸまたはＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体の形成程度を測定した場合、Ｒ値がそれぞれ０．６７および０．４１であったことに比べて、ＢＣＬ２－ＢＡＤＰＰＩを結合した場合のＲ値はそれぞれ０．７６および０．７５で、二つの指標を組み合わせた場合より改善された薬物反応性予測結果が得られることを確認した。
他の例として、合計５個の変数が結合されたモデルを用いる場合、線形相関係数が０．８５に増加することを確認することができる（図３８ｃ）。このとき含まれる変数は下記表１０のとおりであり、これは多様な変数の組み合わせのうち最も有意な結果を示す。
Figure 2022529257000011
実施例１０．ＭＣＬ１標的阻害剤反応性予測方法の実現
実施例９で行ったものと同様に、ＭＣＬ１標的阻害剤に対する反応性予測方法が提供され得る。一例としてＭＣＬ１標的阻害剤はＡＺＤ５９９１を用いたが、類似の薬物作用機構（ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ）を有する標的阻害剤であれば同等に使用され得る。使用された薬物の種類は本発明の範囲を制限しない。
実施例９のように単一指標に対する線形相関分析を行うことができ、これによりＭＣＬ１－ＢＩＭＰＰＩ、ＢＣＬＸＬ－ＢＩＭＰＰＩ、ＢＡＸ発現量、ＢＡＫ発現量などがＡＺＤ５９９１反応性と相関関係があることを確認することができる（図３９ａ－ｃ）。
反応性予測の正確度を上昇させるために、実施例９のように多様な変数結合を用いることができる。一例として下記表１１に示した変数を結合してＡＺＤ５９９１反応性との相関分析を行うとＲ＝０．７８という値を取得し得（図４０）、これは多様な変数の組み合わせのうち最も有意な結果を示す。
Figure 2022529257000012
以上の説明から、本発明が属する技術分野の当業者は、本発明がその技術的思想や必須特徴を変更せずに他の具体的な形態で実施できることを理解することができる。これと関連し、以上で記述した実施例はすべての面で例示的なものであり、いかなる場合にも限定的なものとして解釈されない。
図１ａおよび１ｂは、基板に付着した個別抗体と標的タンパク質の間の結合を測定した図面であり、図１ａはＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＭＣＬ１に関するものであり、図１ｂはＢＣＬ－Ｗ、Ｂｆｌ－１に関するものである。 図２ａは、試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬｘＬと外部から投入（Input）したＢＩＭ、ＮＯＸＡ、ＢＡＤの相互作用を測定（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）したものである。図２ｂは、試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したｔＢＩＤの相互作用を測定（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）したものである。図２ｃは、試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＡＸ、ＢＡＫの相互作用を測定（ＰＰＩ ｃｏｕｎｔ）したものである。図２ｄは、試料内のＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１と外部から投入したＢＩＭタンパク質のＢＨ３ドメインのみを検査タンパク質として使用して相互作用を測定したものである。 第１タンパク質相互作用タンパク質の濃度による相互作用測定値の変化を、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を測定して示す図である。 外部から投入される溶液に含まれる界面活性剤の種類および濃度による相互作用測定値の変化を、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を測定して示す図である。 外部から投入される溶液に含まれる界面活性剤Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００の濃度による相互作用測定値の変化を、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を測定して示す図である。 外部から投入される検査タンパク質ＢＩＭに対して、種（ｓｐｅｃｉｅｓ）間の保存性に優れるアミノ酸（ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓ）に変異が発生する場合にＢＣＬ－ＸＬまたはＢＣＬ２との相互作用測定値に違いが生じることを確認した図である。 試料（ＨＬ６０、ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬとＢＩＭの複合体(complex)水準を測定した図である。 試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２とＢＡＸの複合体(complex)水準を測定した図である。 試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１とＢＡＫの複合体(complex)水準を測定した図である。 試料（ＨＬ６０、ＯＣＩ－ＬＹ３、ＳＵＤＨＬ８）内のＢＣＬ－ＸＬとＢＡＤの複合体(complex)水準、ＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体水準を測定した図である。 タンパク質複合体(complex)水準を測定することにおいて、第１タンパク質と第１タンパク質相互作用タンパク質が互いに互換できることを確認した図である。 図１２ａは、二種のＢＡＫ抗体がいずれもＢＡＫに結合できることを示した結果である。図１２ｂは、それぞれ［ＭＣＬ１，ＢＡＫ］、［ＢＣＬ－ＸＬ，ＢＡＫ］、［ＢＣＬ２，ＢＡＫ］を共発現(co-transfected)させた細胞（ＨＥＫ２９３）に対して、明示された沈降抗体（ｐｕｌｌ ｄｏｗｎ Ａｂ）を用いて信号を測定した結果である。これにより、ＢＡＫに結合されるＤ４Ｅ４クローン(clone)のＢＡＫ抗体は、ＢＣＬ２ファミリータンパク質が共発現された場合は結合されないことを検証した図である。図１２ｃは、図１２ａで使用された抗体の一つであるＡＴ３８Ｅ２を用いて、先立って使用した共発現(co-transfected)されたＢＡＫが検出されることを検証した図である。 試料内のＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬ、ＢＣＬ２の発現量を測定した図である。 試料内のＢＡＸ、ＢＡＫの発現量を測定した図である。 ａは、ＧＤＮ(Glycoldiosgenin)で処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したものであり、ｂは、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したのである。ｃは、ＧＤＮで処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したものであり、ｂは、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で処理した試料に治療剤（Ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）を投入した後、ＢＡＸの発現量を検出抗体で測定したのである。 検体内のＢＡＸ発現量を測定した図である。図１６のａ、ｃは特定の折り畳み形態のＢＡＸの発現量をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図であり、図１６のｂ、ｄは同一検体をＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で処理した後に測定した結果である。 ａは試料（ＨＬ６０）のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）のＢＣＬ２と外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）のＭＣＬ１と外部から投入したＮＯＸＡの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）のＭＣＬ１と外部から投入したＮＯＸＡの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）のＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図面であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）のＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＡＤの相互作用を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６で処理した後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬ発現量を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬ発現量を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬとＢＩＭの複合体(complex)水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図であり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬとＢＩＭの複合体水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体(complex)水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図であり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体水準を、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図である。 ａは試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ－ＸＬとＢＡＤの複合体(complex)水準をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図であり、ｂは試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ－ＸＬとＢＡＤの複合体水準をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＭＧ１７６処理後に測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２とＢＡＸの複合体(complex)水準を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間(hour)に応じて測定したものであり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＣＬ２とＢＡＸの複合体水準を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＡＸ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間(hour)に応じて測定したものであり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＡＸ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図である。 ａは、試料（ＨＬ６０）内のＢＡＫ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間(hour)に応じて測定したものであり、ｂは、試料（ＯＣＩ－ＬＹ３）内のＢＡＫ発現量を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ処理時間に応じて測定した図である。 試料（ＨＬ６０）内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＩＭの相互作用を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＺＤ５９９１がそれぞれ共存する状態で処理濃度に応じて測定した図である。 試料（ＨＬ６０）内のＭＣＬ１と外部から投入したＢＩＭの相互作用を、Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ、ＡＺＤ５９９１がそれぞれ共存する状態で処理濃度に応じて測定した図である。 ＡＭＬ患者（ｎ＝３２）検体に対してすべてのパラメータ（相互作用（第１ＰＰＩ）、複合体(Complex)（第２ＰＰＩ）、発現量(Expression Level)）を測定した後、Ｚ－ｃｏｒｅヒットマップで示す図である。 乳癌(breast cancer)患者（ｎ＝３０２）検体のＢＣＬ２発現量(level)を定量的に測定した図である。 肺腺癌患者(Patients)（ｎ＝１５）検体のＢＣＬ２発現量を定量的に測定した図である。 試料（Sample:ＯＣＩ－ＬＹ３）をｖｅｎｅｔｏｃｌａｘで処理(treatment)した後、処理時間(hour)に応じて、試料内のＢＣＬ２と外部から投入したＢＩＭの相互作用水準変化、および試料内のＢＣＬ２とＢＩＭの複合体(complex)水準変化を測定した図である。 試料（Sample:ＯＣＩ－ＬＹ３）をＡＺＤ５９９１で処理(treatment)した時間(hour)に応じて、試料内のＭＣＬ１と外部から投入したＮＯＸＡの相互作用水準変化、および試料内のＭＣＬ１とＮＯＸＡの複合体(complex)水準変化を測定した図である。 患者１の試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＩＭの間の相互作用水準を、ｉ）診断当時(At diagnosis)抽出された骨髄(bone marrow)、ｉｉ）ＦＬＴ３標的抗癌剤（ｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ）処方後に再抽出された骨髄、ｉｉｉ）ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘとＬＤＡＣ処方後に取得した全血検体(peripheral blood)から測定した図である。 患者２の試料内のＢＣＬ２、ＭＣＬ１、ＢＣＬ－ＸＬと外部から投入したＢＩＭの間の相互作用水準を、ｉ）診断当時(At relapse)抽出された骨髄(bone marrow)、ｉｉ）ＦＬＴ３標的抗癌剤（ｑｕｉｚａｒｔｉｎｉｂ）処方後に再抽出された骨髄、ｉｉｉ）ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘとＬＤＡＣ処方後に取得した全血検体(peripheral blood)から測定した図である。 ａ～ｃは、ＡＭＬ患者検体（ｎ＝３２）から、ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性（縦軸）とＰＰＩ（第１ＰＰＩ）、複合体（第２ＰＰＩ）、発現量など２１種類測定値の間の相関関係を分析した結果である。 ＡＭＬ患者検体からｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性とＢＣＬ２－ＢＩＭＰＰＩ（第１ＰＰＩ）およびＢＣＬ２－ＢＩＭ複合体（第２ＰＰＩ）測定値の間の相関関係を分析した結果である。 図３８ａ～３８ｃは、指標（parameter）を組み合わせてｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ反応性を予測する結果に関するものであり、図３８ａは指標を１から１０個まで増やすときの相関係数値を示した結果であり、図３８ｂは、二つ指標を組み合わせたときの相関分析結果を、単独指標時の結果と比較して示すグラフであり、図３８ｃは、五つの主な指標が組み合わされた時の相関分析結果である。 図３９ａ～３９ｃは、ＡＭＬ患者検体（ｎ＝２６）からＡＺＤ５９９１反応性とＰＰＩ（第１ＰＰＩ）、複合体（第２ＰＰＩ）、発現量など２１種類の測定値の間の相関関係を分析した結果である。 四つの主な指標を結合してＡＺＤ５９９１反応性を予測した結果である。
本発明で複合体を形成する第１タンパク質または第１タンパク質相互作用タンパク質に対する抗体、またはタンパク質特異的結合物質の使用について格別な制限は存在しない。ただし、二つのタンパク質の複合体形成にとって主要であると知られている部位を抗体あるいは結合物質の認識部位として使用する場合には複合体検出ができなくなる。一実施形態で、ＢＡＫと複合体を形成するＢＣＬ２、ＢＣＬ－ＸＬ、ＭＣＬ１を検出するためには、ＢＡＫのＢＨ３部位を除いた他の部位（例えば、脂質膜を通過しない（膜貫通ドメインでない）、ｈｅｌｉｘ １番からｈｅｌｉｘ ４番までの部位など）を認識する抗体を使用した方が良い（図１２ａ～１２ｃ）。
Figure 2022529257000084

Claims (16)

  1. 次の中から選ばれた一つ以上を含む、個体のＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物に対する反応性予測のために情報を提供する方法：
    （ｉ）試料内の第１タンパク質および前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質の間の相互作用を測定する段階であって、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質は外部から供給されたタンパク質である、段階；
    （ｉｉ）試料内の第１タンパク質および前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質の間の相互作用を測定する段階であって、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質は試料内に存在するタンパク質である、段階；および
    （ｉｉｉ）第１タンパク質、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質、またはこれらすべての試料内のレベルを測定する段階、
    ここで、前記第１タンパク質はＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちアポトーシス抑制（ａｎｔｉ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質より選ばれた１種以上であり、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質はＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちアポトーシス誘導（ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）タンパク質からなる群より選ばれた１種以上であるか、または、前記第１タンパク質はＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちアポトーシス誘導タンパク質より選ばれた１種以上であり、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質はＢＣＬ２ファミリータンパク質のうちアポトーシス抑制タンパク質からなる群より選ばれた１種以上であり、
    前記試料は前記個体から分離された細胞または細胞溶解物を含む。
  2. 前記第１タンパク質はＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＢＣＬｗ、ＢＦＬ１およびＭＣＬ１からなる群より選ばれた１種以上であり、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質はＢＡＤ、ＢＩＭ、ＮＯＸＡ、ＰＵＭＡ、ＢＭＦ、ｔＢＩＤ、ＢＩＫ、ＨＲＫ、ＢＡＸ、ＢＡＫおよびＢＯＫからなる群より選ばれた１種以上であるか、または
    前記第１タンパク質はＢＡＤ、ＢＩＭ、ＮＯＸＡ、ＰＵＭＡ、ＢＭＦ、ｔＢＩＤ、ＢＩＫ、ＨＲＫ、ＢＡＸ、ＢＡＫおよびＢＯＫからなる群より選ばれた１種以上であり、前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質はＢＣＬ２、ＢＣＬｘＬ、ＢＣＬｗ、ＢＦＬ１およびＭＣＬ１からなる群より選ばれた１種以上である、
    請求項１に記載の方法。
  3. 前記段階（ｉ）は、基板に固定された第１タンパク質に、外部から供給されて標識物質で標識された前記第１タンパク質と相互作用するタンパク質（第１タンパク質相互作用タンパク質）を接触させ、前記試料内の第１タンパク質および外部から供給された第１タンパク質相互作用タンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階を含み；
    前記段階（ｉｉ）は、表面に前記第１タンパク質と結合する結合物質を含む基板に、試料を接触させ、試料内の第１タンパク質および試料内の第１タンパク質相互作用タンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階を含み；
    前記段階（ｉｉｉ）は、試料内の第１タンパク質、試料内の第１タンパク質相互作用タンパク質、またはこれらすべてのレベルを測定する段階を含む、
    請求項１に記載の方法。
  4. 前記段階（ｉ）のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階は、
    （１）第１タンパク質の結合物質が含まれた基板に試料を供給して第１タンパク質を基板に固定させる段階；
    （２－１）前記基板に、標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質を外部から供給して、基板上の第１タンパク質と反応させる段階；および
    （３）基板表面上の近接場領域内で前記標識物質が発生させる信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階
    を含む、請求項３に記載の方法。
  5. 前記段階（ｉ）は、次の中から選ばれた一つ以上を含む、請求項２に記載の方法：
    （ｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－４）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－８）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＮＯＸＡタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；および
    （ｉ－１２）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階。
  6. 前記段階（ｉｉ）のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階は、
    （１）第１タンパク質の結合物質が含まれた基板に試料を供給して第１タンパク質を基板に固定させる段階；
    （２－２）標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質を前記基板に供給し、試料内の第１タンパク質と試料内の第１タンパク質相互作用タンパク質の間に形成された複合体中の、第１タンパク質相互作用タンパク質と反応させる段階；および
    （３）基板表面上の近接場領域内で前記標識物質から発生する信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階を含むか、または
    （１’）第１タンパク質相互作用タンパク質の結合物質が含まれた基板に試料を供給して第１タンパク質相互作用タンパク質を基板に固定させる段階；
    （２’－２）標識物質が付着した第１タンパク質結合物質を前記基板に供給し、試料内の第１タンパク質と試料内の第１タンパク質相互作用タンパク質の間に形成された複合体中の、第１タンパク質と反応させる段階；および
    （３’）基板表面上の近接場領域内で前記標識物質から発生する信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階を含む、
    請求項３に記載の方法。
  7. 前記段階（ｉｉ）は次の中から選ばれた一つ以上を含む、請求項２に記載の方法：
    （ｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－４）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＤタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－８）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＮＯＸＡタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；および
    （ｉｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階。
  8. 前記段階（ｉｉｉ）のタンパク質のレベルを測定する段階は、
    第１タンパク質の捕獲物質、第１タンパク質相互作用タンパク質の捕獲物質、またはこれらすべてが含まれた基板に試料を供給し、前記第１タンパク質、第１タンパク質相互作用タンパク質、またはこれらすべてを基板に固定化させる段階；
    標識物質が付着した第１タンパク質の検出物質、標識物質が付着した第１タンパク質相互作用タンパク質の検出物質、またはこれらすべてを前記基板に供給して反応させる段階；および
    基板表面上の近接場領域内で前記マーカーが発現する信号をＴＩＲＦ顕微鏡（ｔｏｔａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）を用いて測定する段階
    を含む、請求項３に記載の方法。
  9. 前記段階（ｉｉｉ）は次の中から選ばれた一つ以上を含む、請求項２に記載の方法：
    （ｉｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－２）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－３）試料内のＭＣＬ１タンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－４）試料内のＢＡＸタンパク質のレベルを測定する段階；および
    （ｉｉｉ－５）試料内のＢＡＫタンパク質のレベルを測定する段階。
  10. 次の中から選ばれた一つ以上を含む、請求項２に記載の方法：
    （ｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－４）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－８）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＮＯＸＡタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１２）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－４）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＤタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階； （ｉｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－８）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＮＯＸＡタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－２）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－３）試料内のＭＣＬ１タンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－４）試料内のＢＡＸタンパク質のレベルを測定する段階；および
    （ｉｉｉ－５）試料内のＢＡＫタンパク質のレベルを測定する段階。
  11. 次の段階（ｉ－１）～（ｉ－１２）より選ばれた一つ以上および段階（ｉｉ－１）～（ｉｉ－１１）より選ばれた一つ以上を含むか、段階（ｉ－１）～（ｉ－１２）より選ばれた一つ以上および段階（ｉｉｉ－１）～（ｉｉｉ－５）より選ばれた一つ以上を含むか、段階（ｉｉ－１）～（ｉｉ－１１）より選ばれた一つ以上および段階（ｉｉｉ－１）～（ｉｉｉ－５）より選ばれた一つ以上を含むか、段階（ｉ－１）～（ｉ－１２）より選ばれた一つ以上、段階（ｉｉ－１）～（ｉｉ－１１）より選ばれた一つ以上、および段階（ｉｉｉ－１）～（ｉｉｉ－５）より選ばれた一つ以上を含む、請求項１０に記載の方法：
    （ｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－４）試料内のＢＣＬ２タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＤタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－８）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＮＯＸＡタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＩＭタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＸタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉ－１２）試料内のＭＣＬ１タンパク質および外部から供給されたＢＡＫタンパク質の間のタンパク質－タンパク質相互作用を測定する段階；
    （ｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－２）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－３）試料内のＢＣＬ２タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－４）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＤタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－５）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－６）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－７）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－８）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＮＯＸＡタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－９）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＩＭタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－１０）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＸタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉ－１１）試料内のＭＣＬ１タンパク質および試料内のＢＡＫタンパク質の間に形成された複合体レベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－１）試料内のＢＣＬ２タンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－２）試料内のＢＣＬｘｌタンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－３）試料内のＭＣＬ１タンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－４）試料内のＢＡＸタンパク質のレベルを測定する段階；
    （ｉｉｉ－５）試料内のＢＡＫタンパク質のレベルを測定する段階。
  12. 前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物はベネトクラクス（Ｖｅｎｅｔｏｃｌａｘ）、ＡＢＴ７３７、および抗ＢＣＬ２抗体からなる群より選ばれたＢＣＬ２阻害剤である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物は抗ＭＣＬ－１抗体、ＡＭＧ－１７６、ＡＺＤ５９９１、およびマリトクラックス（Ｍａｒｉｔｏｃｌａｘ）からなる群より選ばれたＭＣＬ１阻害剤である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記ＢＣＬ２ファミリータンパク質標的薬物は抗ＢＣＬｘＬ抗体およびＡＢＴ２６３からなる群より選ばれたＢＣＬｘＬ阻害剤である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記個体は癌患者であり、前記細胞は前記個体から分離された癌細胞である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記癌は血液癌である、請求項１５に記載の方法。
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