JP2022519711A - ステロイドの1,2-脱水素のための微生物の生物工学的最適化 - Google Patents

ステロイドの1,2-脱水素のための微生物の生物工学的最適化 Download PDF

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Abstract

本発明は、遺伝子改変された細菌、及び特にステロイド類の1,2-脱水素におけるその工業的応用に関する。

Description

本発明は、遺伝子改変された細菌、及び特にステロイドの1,2-脱水素におけるその工業的利用に関する。
ステロイド類の1,2-脱水素(Δ1-脱水素とも呼ばれる)は、適切な酵素系を有する細菌を用いた生体内変換により行われ得る。例えばこの変換は、ノカルジオイド科(Nocardioidaceae family)の微生物により触媒され得、これは細菌懸濁液として又は細菌懸濁液の細胞溶解後の上清として製造され使用される。残念ながら、微生物は、ステロイド分子上の第二の(望まれない)反応を触媒する酵素も発現し、この反応は20位のケト基の還元であり、本明細書では「20-OH不純物」と呼ばれる副生成物の生成をもたらす。これら2つの反応は本明細書以後においてヒドロコルチゾンの例を用いて図式化される。
Figure 2022519711000001
ステロイド類において20位でケト還元をもたらす酵素20β-HSDH (20-ベータ-ヒドロキシステロイド脱水素酵素)は、この副反応の原因であると同定された。
本発明者らは、副反応活性の原因である遺伝子を同定し、そしてこの活性を持たない微生物を遺伝子操作した。ステロイド変換において使用される場合、これはもはや望まない副生成物を生成せず、そして上記の本発明に従う遺伝子操作された微生物を、いずれの潜在的な成熟工程もなくステロイド変換において直接使用することができる。不要な副生成物を除去するための生成物の精製のためのさらなる工程も省略することができる。生体内変換の生成物は、製造後にそのまま使用することができる。結論として、これはより高い生成物収率、より高い生成物品質、及びより単純な製造プロセスをもたらす。
発明の説明
したがって本発明の第一の態様は、20β-HSDHをコードする遺伝子の発現が、対応する未改変の細菌と比較して減少しているか又は抑制されている遺伝子改変細菌に関し、ここで対応する未改変の細菌は、Δ1-デヒドロゲナーゼ活性及び20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有する。
本明細書で使用されるように、用語「対応する未改変の細菌」は、その後に遺伝子改変を受ける未改変の細菌と同じ細菌株を示す。
用語「細菌」は原核微生物を意味する。未改変の細菌は、20β-HSDH活性及びΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有する。一実施形態において、細菌は、放線菌目(Actinomycetales order)、クロストリジウム目(Clostridiales order)、エアロモナス目(Aeromonadales order)、パスツレラ目(Pasteurellales order)、バシラス目(Bacillales order)、ラクトバシラス目(Lactobacillales order)、ビフィドバクテリウム目(Bifidobacteriales order)及びコリオバクテリウム目(Coriobacteriales order)の中から選択される目由来である。1つの好ましい実施形態において、細菌は放線菌目由来である。例えば、細菌は、ノカルジオイデス シンプレックス(Nocardioides simplex)のようなノカルジオイド科(Nocardiodiaceae)、ストレプトマイセス・アルブス(Streptomyces albus)のようなストレプロマイセス科(Streptomycetaceae)又はマイコバクテリウム・アビウム(Mycobacterium avium)及び特にマイコバクテリウム・アビウム亜種(Mycobacterium avium subsp.)パラ結核症(paratuberculosis)MAP4のようなマイコバクテリア科(Mycobacteriaceae)であってよい。特定の実施形態において、細菌はノカルジオイド科、好ましくはノカルジオイド属(Nocardioides)由来であり、そして最も好ましくは細菌はノカルジオイデス・シンプレックスである。
用語「ノカルジオイド科由来の細菌」は、20β-HSDH活性及びΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有するこの科由来の任意の細菌を意味し、例えば、アクチノポリモルファ(Actinopolymorpha)属、アエロミクロビウム(Aeromicrobium)属、フリンデルシエラ(Flindersiella)属、フリードマンニエラ(Friedmanniella)属、クリブベラ(Kribbella)属、マルモリコラ(Marmoricola)属、ミクロプルイナ(Micropruina)属、ムミア(Mumia)属、ノカルジオイド属、ピメロバクテル(Pimelobacter)属、プロピオニシセラ(Propionicicella)、プロピオニシモナス(Propionicimonas)属、テンッゲリミセス(Tenggerimyces)属又はテルマスポロミセス(Thermasporomyces)由来の細菌である。好ましくは、ノカルジオイド科由来の細菌はノカルジオイデス・シンプレックス(以前はアルスロバクター・シンプレックス(Arthrobacter simplex)又はコリネバクテリウム・シンプレックス(Corynebacterium simplex)又はピメロバクター・シンプレックス(Pimelobacter simplex)と呼ばれた)である。好ましくは、細菌はノカルジオイデス・シンプレックスATCC6946である。他の好ましい細菌としては、フリードマンニエラ・フラバ(Friedmanniella flava)(Taxonomy ID:1036181)、フリードマンニエラ・サガミハレンシス(Friedmanniella sagamiharensis)(Taxonomy ID:546874)、ノカルジオイデス ドクドネンシス(Nocardioides dokdonensis)FR1436(Taxonomy ID:1300347)、ノカルジオイデス・リアンケンゲンシス(Nocardioides lianchengensis)(Taxonomy ID:1045774)、ノカルジオイデス プシクロトレランス(Nocardioides psychrotolerans)(Taxonomy ID:1005945)、ノカルジオイデス・スゼクワネンシス(Nocardioides szechwanensis)(Taxonomy ID:1005944)、コリネバクテリウム コイルエア(Corynebacterium coyleae)(Taxonomy ID:53374)、コリネバクテリウム・グリシニフィルム(Corynebacterium glyciniphilum)AJ 3170 (Taxonomy ID:1404245)、コリネバクテリウム・クロッペンステドチイ(Corynebacterium kroppenstedtii)DSM 44385(Taxonomy ID:645127)、コリネバクテリウム・ロウィイ(Corynebacterium lowii)(Taxonomy ID:1544413)、コリネバクテリウム・スフェニスコルム(Corynebacterium spheniscorum)(Taxonomy ID:185761)、コリネバクテリウム・ビタエルミニス(Corynebacterium vitaeruminis)DSM 20294(Taxonomy ID:1224164)、アエロミクロビウム マリヌム(Aeromicrobium marinum)DSM 15272(Taxonomy ID:585531)、ノカルジオイデス ルトイス(Nocardioides luteus)(Taxonomy ID:1844)、コリネバクテリウム ハロトレランス(Corynebacterium halotolerans)YIM 70093 = DSM 44683(Taxonomy ID:1121362)、コリネバクテリウム マリス(Corynebacterium maris)DSM 45190(Taxonomy ID:1224163)、コリネバクテリウム・リエゲリイ(Corynebacterium riegelii)(Taxonomy ID:156976)が挙げられる。
用語「遺伝子」は、1つ又はそれ以上のタンパク質又は酵素の全て又は一部を含むアミノ酸の特定の配列をコードするか又はそれらに対応するDNA配列を意味し、そしてこれは例えば遺伝子が発現される条件を決定するプロモーター配列のような制御DNA配列を含んでいても含んでいなくてもよい。特に、用語遺伝子は、タンパク質をコードするゲノム配列、すなわち、制御因子、プロモーター、イントロン及びエクソン配列を含む配列を意図され得る。
本明細書で使用されるように、用語「20β-HSDHをコードする遺伝子」は、任意の細菌の20β-HSDHをコードする遺伝子に相当する。好ましくは、20β-HSDHをコードする遺伝子は、配列番号1の配列と少なくとも60%の同一性を有し、より好ましくは、配列番号1の配列と、70%、75%、80%、85%、90%、95%より高い、そして最も好ましくは99%より高い同一性を有する。一実施形態によれば、20β-HSDHをコードする遺伝子は、配列番号3の配列と少なくとも60%の同一性を有し、より好ましくは、配列番号3の配列と、70%、75%、80%、85%、90%、95%より高い、そして最も好ましくは99%より高い同一性を有する。
参照配列と少なくともx%の同一性を有する遺伝子」により、その核酸配列が、その全長にわたって参照配列の各100ヌクレオチドあたり100-x個までのヌクレオチドの変更により参照配列と異なるということが意図される。換言すると、参照配列と少なくともx%の配列同一性を有する核酸を得るために、対象配列におけるヌクレオチドの100-x%までが、別のアミノ酸又はヌクレオチドを挿入、欠失されるか又は置換されていてもよい。
参照配列と「少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は99%同一である」核酸配列は、参照配列と比較して、欠失、挿入及び/又は置換のような変異を含み得る。置換の場合、置換は好ましくは、サイレント置換であるか、又は翻訳されたアミノ酸配列において保存的置換をもたらす置換に対応する。
2つ又はそれ以上の配列の同一性を比較するための方法は、科学コミュニティにおいて周知である。例えば、Wisconsin Sequence Analysis Package、バージョン9.1において利用可能なプログラム、例えば、プログラムBESTFIT及びGAPは、2つの配列間の同一性パーセンテージを決定するために使用され得る。BESTFITは、Smith及びWatermanの「ローカルホモロジー」アルゴリズムを使用し、そして2つの配列間の類似性の最良の単一領域を見出す。配列間の同一性を決定するための他のプログラムも当該分野において公知であり、例えば、Needleプログラムは、Needleman and Wunsch (1970) J. Mol Biol. 48:443-453において記載されるNeedleman及びWunschのアルゴリズムに基づくものであり、例えば以下のパラメーターをポリヌクレオチド配列比較に用いる:比較マトリックス:DNAFULL;ギャップオープンペナルティ=10、ギャップ伸長ペナルティ=0.5、末端ギャップペナルティ:偽、末端ギャップオープンペナルティ=10、末端ギャップ伸長ペナルティ=0.5。
用語「遺伝子改変された」は、遺伝子材料、例えばDNA、RNA、cDNA、もしくは任意のプロセス、機序における任意の検出可能な変化、又はこのような変化の結果を意味する。これには、遺伝子の構造(例えば、DNA配列)が変更される遺伝子変異、任意の変異プロセスから生じる任意の遺伝子又はDNA、及び改変された遺伝子又はDNA配列により発現される任意の発現産物(例えば、タンパク質又は酵素)が含まれる。一般に、変異は対象において、対照集団における対応する核酸又はポリペプチドと、該対象により発現される核酸又はポリペプチドの配列とを比較することにより同定される。
用語「20β-HSDHをコードする遺伝子の発現が減少しているか又は抑制されている」は、20β-HSDHをコードする遺伝子によりコードされるメッセンジャーRNA(mRNA)及び/又はタンパク質の発現レベルの減少又は抑制を意味する。20β-HSDHをコードする遺伝子の発現は、未改変細菌と比較して少なくとも75%、80%、85%、90%又は95%だけ減少され得る。好ましくは、20β-HSDHをコードする遺伝子の発現は100%減少され、したがって発現の抑制に相当する。
遺伝子又は核酸の発現レベルは、当業者に周知の方法により測定することができ、これらとしては、特に直接ハイブリダイゼーションベースのアッセイ及び増幅ベースのアッセイが挙げられる。
20β-HSDHをコードする遺伝子の発現は、この遺伝子の不活化又は欠失により、未改変の細菌と比較して減少又は抑制され得る。特定の実施形態において、20β-HSDHをコードする遺伝子は変異し、そして好ましくはトランケートされている。
好ましくは、遺伝子改変された細菌はいずれの外来DNAも含まない。
遺伝子の不活化、欠失又はトランケーションのための実験室手法は当該分野で周知である。
本明細書において意図されるように、20β-HSDHをコードする遺伝子が変異しかつ、又はトランケートされている場合、これは完全に機能性の20β-HSDHタンパク質をコードしないかもしれないが、同じ条件で測定して対応する天然20β-HSDHタンパク質の活性より低い活性を有する20β-HSDHをコードし、特にコードされた20β-HSDHタンパク質は活性を有していないかもしれない。
本発明に従う遺伝子改変された細菌は、好ましくはΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有するが、未改変細菌と比較して減少した20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有するか又は20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有していない。
したがって、本出願において容易に明らかとなるように、本発明は、遺伝子改変された細菌に関し、ここで:
- 対応する未改変細菌は、Δ1-デヒドロゲナーゼ活性及び20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有し、
- 少なくとも1つの遺伝子改変は、20-ベータ-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ(20β-HSDH)をコードする遺伝子の減少された又は抑制された発現を誘導し、そして
- 好ましくは、上記遺伝子改変された細菌は、そのΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を維持する。
好ましくは、本発明に従う遺伝子改変された細菌はΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有するが、遺伝子改変に起因して、未改変の細菌と比較して減少した20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有するか、又は20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有していない。
本発明の第二の局面は、本発明に従う遺伝子改変された細菌の製造方法に関し、該方法は:
a) Δ1-デヒドロゲナーゼ活性及び20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有する細菌を供給すること;並びに
b) 20β-HSDHをコードする遺伝子を不活化するか又は欠失させること
を含む。
本発明に従う遺伝子改変された細菌の製造方法の工程bは、20β-HSDHをコードする遺伝子の変異、トランケーション又は欠失で構成され得る。変異又はトランケーションは、当業者に公知の任意の方法により、そして好ましくは20β-HSDHをコードする遺伝子のダブルクロスオーバーにより実現され得る。
好ましくは、得られた遺伝子改変された細菌はいずれの外来DNAも含まない。
別の局面において、本発明は、
a) 1,2-脱水素されていないステロイドを供給すること;
b) 1,2-脱水素されていない該ステロイドを、本発明に従う細菌又はその抽出物と、1,2-脱水素されたステロイドを得るために十分な条件下で接触させること
を含む、1,2-脱水素されたステロイドの製造方法に関する。
好ましくは、本発明に従う1,2-脱水素されたステロイドの製造方法において使用される1,2-脱水素されていないステロイドは副腎皮質ステロイドである。
特定の実施形態において、該方法において使用される1,2-脱水素されていないステロイドは、プロゲステロン、テストステロン、アンドロステンジオンまたはこれらの分子の誘導体であり、これらは1,2位の間で脱水素されていない6個の炭素原子の環Aを含有するステロイド骨格を含有する。
特定の実施形態において、1,2-脱水素されていないステロイドは:
- 11ベータ 17,21-トリヒドロキシプレグナ-4-エン-3,20-ジオン (ヒドロコルチゾン)であり、そして上記方法は、11ベータ,17アルファ,21-トリヒドロキシ-1,4-プレグナジエン-3,20-ジオン (プレドニゾロン)の製造のためのものである;又は
- 17アルファ,21-ジヒドロキシ-4-プレグネン-3,11,20-トリオン (コルチゾン)であり、そして上記方法は、17アルファ,21-ジヒドロキシ-1,4プレグナジエン-3,11,20-トリオン (プレドニゾン)の製造のためのものである;又は
- プレグナ-4-エン-3,20-ジオンであり、そして上記方法はプレグナ-1,4-ジエン-3,20-ジオンの製造のためのものである;又は
- 11ベータ,17アルファ,21-トリヒドロキシ-6アルファ-メチル-1,4-プレグナジエン-3,20-ジオン (6-メチルプレドニゾロン)の製造のための、11ベータ,17,21-トリヒドロキシ-6アルファ-1,4-プレグネン-3,20-ジオン (6-メチル-ヒドロコルチゾン)である;又は
- 9,11-デヒドロコルテキソロンであり、そして上記方法は1,2-9,11-デヒドロコルゲキソロンの製造のためのものである;又は
- 9,11 デヒドロコルテキソロン-17,21-ジアセテートであり、そして上記方法は1,2-9,11 デヒドロコルテキソロンの製造のためのものである;又は
- 9,11-16,17-デヒドロコルテキソロン-21-アセテートであり、そして上記方法は、1,2-9,11-16,17-デヒドロコルテキソロン-21-アセテートの製造のためのものである;又は
- 16-アルファ-メチルヒドロコルチゾンであり、そして上記方法は16-アルファ-メチルプレドニゾロンの製造のためのものである。
一実施形態において、1,2-脱水素されたステロイドの製造のための方法の工程b)は、本発明に従う細菌の抽出物を用いて行われる。この抽出物は、優先的にΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有し、そして優先的に減少した20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有するか、又は20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有していない。特に、このような抽出物は、本発明に従う細菌の細胞溶解、及び場合により、Δ1-デヒドロゲナーゼ活性を濃縮するため又はΔ1-デヒドロゲナーゼ活性の精製を容易にするために、場合により細胞溶解生成物を分画することにより得ることができる。
1,2-脱水素されたステロイドの製造方法は、該1,2-脱水素されたステロイドを回収しそして精製することをさらに含んでいてもよい。
好ましくは、1,2-脱水素されたステロイドの製造方法は、20β-脱水素されたステロイドの除去の工程を含まない。実際には、20β-HSDHをコードする遺伝子の発現が有意に減少される場合、この工程は不必要な場合がある。
さらに、1,2-脱水素されたステロイドの製造方法は、1,2-脱水素されたステロイドを製剤化して医薬組成物にすることを含んでいてもよい。
別の態様において、本発明は、1,2-脱水素されていないステロイドから1,2-脱水素されたステロイドを製造するための、本発明に従う細菌又はその抽出物の使用に関する。
上記抽出物は、優先的にΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有し、そして優先的に減少した20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有するか又は20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有していない。特に、このような抽出物は、本発明に従う細菌の細胞溶解により、そして場合により、Δ1-デヒドロゲナーゼ活性を濃縮するため又はΔ1-デヒドロゲナーゼ活性の精製を容易にするために細胞溶解生成物を分画した後に得ることができる。
好ましくは、1,2-脱水素されていないステロイドは副腎皮質ステロイドである。
特定の実施形態において、1,2-脱水素されていないステロイドは、プロゲステロン、テストステロン、アンドロステンジオン又はこれらの分子の誘導体であり、これらは、1,2位の間で脱水素されていない6個の炭素原子の環Aを含有するステロイド骨格を含有する。
特定の実施形態において、1,2-脱水素されていないステロイドは:
- 11ベータ 17,21-トリヒドロキシプレグナ-4-エン-3,20-ジオン (ヒドロコルチゾン)であり、そして11ベータ,17アルファ,21-トリヒドロキシ-1,4-プレグナジエン-3,20-ジオン (プレドニゾロン)が製造される;又は
- 17アルファ,21-ジヒドロキシ-4-プレグネン-3,11,20-トリオン (コルチゾン)であり、そして17アルファ,21-ジヒドロキシ-1,4 プレグナジエン-3,11,20-トリオン (プレドニゾン)が製造される;又は
- プレグナ-4-エン-3,20-ジオンであり、そしてプレグナ-1,4-ジエン-3,20-ジオンが製造される;又は
- 11ベータ,17,21-トリヒドロキシ-6アルファ-1,4-プレグネン-3,20-ジオン (6-メチル-ヒドロコルチゾン)であり、そして11ベータ,17アルファ,21-トリヒドロキシ-6アルファ-メチル-1,4-プレグナジエン-3,20-ジオン (6-メチルプレドニゾロン)が製造される;又は
- 9,11-デヒドロコルテキソロンであり、そして1,2-9,11-デヒドロコルテキソロンが製造される;又は
- 9,11デヒドロコルテキソロン-17,21-ジアセテートであり、そして1,2-9,11 デヒドロコルテキソロンが製造される;又は
- 9,11-16,17-デヒドロコルテキソロン-21-アセテートであり、そして1,2-9,11-16,17-デヒドロコルテキソロン-21-アセテートが製造される;又は
- 16-アルファ-メチルヒドロコルチゾンであり、そして16-アルファ-メチルプレドニゾロンが製造される。
本明細書で使用されるように、用語「医薬組成物」は、生理学的に適した担体及び賦形剤のような他の化学成分を用いた1,2-脱水素されたステロイドの調製物を指す。医薬組成物の目的は、上記1,2-脱水素されたステロイドの生物への投与を容易にすることである。
本発明の医薬組成物は、当該分野で周知の方法により、例えば、従来の混合、溶解、造粒、粉砕、微粉砕、糖衣錠製造、水簸、乳化、カプセル封入、封入又は凍結乾燥プロセスを用いて製造され得る。
典型的には、医薬組成物は、本発明の1,2-脱水素されたステロイド及び薬学的に許容しうるビヒクルを含み得る。
本発明は、以下の図面及び実施例によりさらに説明される。
図1: ダブルクロスオーバーによる遺伝子不活化の略図。2つの相同なショルダー(四角を含む枠)と隣接している目的の遺伝子の切断型(文字「T」を含む矢印)並びにアプラマイシン抵抗性遺伝子及びβ-グルクロニダーゼ(垂直な線及び波状の線を含む矢印)を含むプラスミドを、細菌の染色体と接触させ、そして相同なショルダーの一方は、染色体中のそれぞれの配列と組み替えられる(工程1)。この工程は、中間体の単一クロスオーバー構築物の形成を生じ、プラスミド全体はゲノムに組み込まれる(点線で囲まれる)。次いで、この鎖は目的の遺伝子の2つの変異体を含有し、そしてアプラマイシン及びβ-グルクロニダーゼ活性に対する抵抗性を示す。数回培養した後(工程2)、2つの残った相同なショルダーは互いに相互作用し(点線)、そしてダブルクロスオーバーが起こる(工程3)。次いで、得られた鎖は、遺伝子の切断型のみ(文字「T」を含む矢印)を含有する。 図2: ノカルジオイデス・シンプレックス(N.シンプレックス)(N.simplex)を用いてヒドロコルチゾンからプレドニゾロンを製造するための古典的プロセス後に得られた生成物のHPLCクロマトグラム。矢印は20-OHプレドニゾロン不純物を示す。 図3: N.シンプレックスのダブルクロスオーバー変異体NOSIM5169を用いたヒドロコルチゾンからのプレドニゾロンの製造のための古典的プロセス後に得られた生成物のHPLCクロマトグラム。矢印は、20-OHプレドニゾロン不純物が通常観察される位置を指す。
配列表:
配列番号1はN.シンプレックスのNOSIM5169の配列に相当する。
配列番号2はN.シンプレックスのNOSIM3735の配列に相当する。
配列番号3は、ミコバクテリウム アビウム亜種(Mycobacterium avium subsp.)パラ結核症MAP4の20β-HSDHの遺伝子の配列に相当する。
N.シンプレックスのゲノムを分析して、20β-HSDHについての2つの可能な遺伝子を見出し、NOSIM5169(配列番号1の配列に相当)及びNOSIM3735(配列番号2の配列に相当)と名付けた。これらは両方ともミコバクテリウム アビウム亜種パラ結核症MAP4の20β-HSDHの原因である遺伝子の配列(配列番号3の配列に相当)と類似性を共有する。
1.プラスミド構築(NOSIM5169)
NOSIM5169の不活化のためのプラスミドを以下のように構築した:2.0及び1.7kbpサイズの相同なショルダーをPCRにより増幅した。一方のショルダーの増幅のために使用したプライマーはXbal及びEcoRV制限部位を含有しており、そして第二の相同ショルダーのためのプライマーを、EcoRV及びEcoRI制限部位を含有するように設計した。
その後ショルダーを第一のプラスミドにクローン化した。
新しい第二のプラスミドを得るために、ハイグロマイシン抵抗性のための遺伝子をEcoRV制限部位に平滑末端クローニングした。
ハイグロマイシン抵抗性遺伝子を含まないプラスミドを「第二のプラスミド-hyg」と名付けた。
2.N.シンプレックスのためのエレクトロポレーションプロトコル
このプロトコルは、アルスロバクター(Arthrobacter)について記載された手順(Zhangら、2011年)に基づく。エレクトロコンピテントセルの製造のための最適化された手順は以下のとおりであった:N.シンプレックスの細胞を、LB+Ph(LBは溶原性ブロスを表し、そしてPhはホスホマイシンを表す)20ml中に播種し、そして静止期に達するまで培養した。次いで前培養からの1%種菌を新鮮なLB培地に播種し、そして600nmで0.4~0.5の光学密度に達するまで培養した。次いでアンピシリン(Ap)及びグリシンをそれぞれ最終濃度30μg/I及び5g/Iまで添加し、そして培養を継続した。3時間後に、培養物を氷上に置き、そして遠心分離により採取した(4500rpm、6分、4℃)。氷冷エレクトロポレーション緩衝液(0.5Mソルビトール、10%グリセロール)中で3回洗浄した後、細胞を遠心分離により100倍濃縮した。最後に、懸濁液を60μlアリコートに分配し、そして氷上で保存した(このプロトコルをN.シンプレックスNOSIM5169-hygの生成のために使用した)。
あるいは、ストレプトマイセス・アルブス(S.albus)ATCC 21838のためのプロトコル(Izumikawaら、2003年)を適用することができる。この場合、エレクトロコンピテントセルの製造のための手順を、N.シンプレックス生理学に適合するように改変した:N.シンプレックスの静止期前培養からの1%種菌を、新鮮なLB+Ph培地に播種し、そして培養した。光学密度が600nmで0.4~0.5に達したら、培養物を遠心分離により採取し(4500rpm、6分、4℃)、そして滅菌氷冷水で3回洗浄した。次いで菌糸体を冷エレクトロポレーション緩衝液(10%スクロース、15%グリセロール)25mlに懸濁し、そしてリゾチーム(0.5mg/ml)を添加した。20分37℃でインキュベーションした後、細胞を遠心分離により集め、そしてエレクトロポレーション緩衝液中で100倍濃縮した。最後に、懸濁液を60μlアリコートに分配し、そして氷上で保存した。
両方の場合における最適化されたエレクトロポレーション手順は以下のとおりであった: エレクトロコンピテントセルを、DNA 500ng(E.coli GB2005から製造された)と混合し、そしてこの混合物を予め冷却したエレクトロポレーションキュベット(0.1cm電極)に移した。この混合物をエッペンドルフパルサーを使用して2.1kV/cmで単一パルスにかけた。電気パルスの直後に、細胞懸濁液を室温にした回収培地(SOC)800μlを入れたエッペンドルフチューブ中に移し、そして850rpmで振盪しながら12時間30℃でインキュベートした。形質転換された細胞の選択のために、細菌の段階希釈を、アプラマイシン(Am)を含有するLB寒天プレート上に広げた。実験の各セットで、プラスミドDNAの添加を省略することによりネガティブコントロールを行った。
3.シングルクロスオーバー変異体(NOSIM5169)
第二のプラスミドを用いたN.シンプレックス株のエレクトロポレーション後に、シングルクロスオーバー形質転換体を得、そしてLB+Am+X-Gluc寒天プレートに適用した(略図については図1を参照のこと)(X-Glucは一水和物、X-GlcAを表す)。アプラマイシン上で成長する能力及びβ-グルクロニダーゼ(GUS)(例えば、Myronovskyiら、2011年)反応を行う能力は、形質転換体がシングルクロスオーバー変異体であることを裏付けた。この後、変異体をLB+Ph培地100mlに播種し、そして48時間28℃、200rpmにてインキュベートした。
4.ダブルクロスオーバー変異体(NOSIM5169)
次いで、培養物1mlを新鮮なLB+Ph培地中に移し、そして同じ条件でさらに48時間インキュベートした。この工程を数回繰り返した。最後のインキュベーションの後、LB+X-Gluc寒天プレートでの変異体の段階希釈を行った。
GUS活性を示さなかった変異体を新しいLB+X-Glucに移し、そして再度確認した。GUS活性が無いことは、それらの変異体においてダブルクロスオーバーが起こり、そしてそれらがプラスミド骨格を失ったということを意味する。
第二の試験に合格した変異体をLBで増殖させ、それらのgDNAを単離し、次いでN.シンプレックスの染色体DNAと相同なプライマーを使用したPCRにより解析した。
5.外来DNAを含まないダブルクロスオーバー変異体(NOSIM5169)
第二のプラスミドの代わりに、「第二プラスミド-hyg」を使用して形質転換を行った。抗生物質耐性遺伝子(ハイグロマイシン耐性)の存在は、ダブルクロスオーバー変異体のさらなる同定を容易にし得る。しかし、この耐性遺伝子はN.シンプレックスのゲノムにおいて不活性となる場合がある。
したがって、ダブルクロスオーバー後は、得られた変異体はいずれの外来DNAも含有しないはずであり、そしてさらなる工業的応用に利用可能だろう(図1)。
「第二プラスミド-hyg」のN.シンプレックスへの導入後に、アプラマイシン耐性コロニーを得た。
この変異体をLB+Ph培地での6回の培養で継代し、その後LB+X-Glucでの培養物の段階希釈を行った。
アプラマイシンで増殖することができず、かつGUS活性を有していない得られたコロニーをPCRによるさらなる解析にかけた。NOSIM5169に隣接したN.シンプレックスのgDNAの領域に相同な2つのプライマーを使用して増幅を行った。
6.NOSIM3735の不活化
NOSIM3735の上流のDNA領域はPCRによるその増幅のためにアクセスできなかったので、NOSIM3735が不活化された株の構築のために以前に記載された方法を適用することができなかった。この課題を克服するために、N.シンプレックスゲノムのフラグメントを含有するコスミドライブラリーを注文し、そして配列決定した。
NOSIM3735を不活化するために、コスミドライブラリからの適切なコスミドを含有する遺伝子を同定し(GATC Biotech、Konstanzによる約1500のコスミドのサンガー配列決定)、そしてE.coliにおけるλ媒介組み換えを使用してその遺伝子をクロラムフェニコール(Cm)耐性遺伝子catで置き換えた(例えば、Murphy、1998)。次いで、改変されたコスミドをBamHIエンドヌクレアーゼにより消化した。このようにして、フラグメントの混合物を得て、その中で、N.シンプレックスゲノムとの相同組み換えのための2つの3kbショルダーに隣接したNOSIM3735の代わりにcat遺伝子を含有するフラグメントを得た。それらのフラグメントをアガロースゲル電気泳動により分離し、そして7~8kbフラクションを精製し、そしてBamHI-直線化プラスミドに連結した。cat遺伝子を含む構築物を含有する変異体を選択するために、LB+Am+Cmを増殖培地として使用した。得られた変異体をPCRにより解析し、配列決定した。得られたプラスミドのうちの1つをNOSIM3735の不活化のためにさらに使用した。
NOSIM5169の不活化のために以前に適応されたプロトコルに従って不活化を行った(ポイント2及び以下を参照のこと)。
この変異体をLB+Ph培地での数回の培養で継代し、次いでLB+X-Glucでの培養物の段階希釈を行った。
アプラマイシン上で増殖することができず、かつGUS活性を有していない得られたコロニーをPCRによりさらなる解析にかけた。NOSIM3735に隣接したN.シンプレックスのgDNAの領域と相同な2つのプライマーを使用することにより増幅を行った。
7.ヒドロコルチゾンに対するNOSIM3735及びNOSIM5169の使用
クローンをヒドロコルチゾンからのプレドニゾロンの製造のための古典的プロセスにおいて使用する。
手短には、ヒドロコルチゾンをテトラヒドロフラン中のメナジオン溶液と混合した。次いでこの懸濁液をpH8,0に調整したリン酸緩衝液中で混合した。次いで細菌懸濁液を加えた。30℃で撹拌下でインキュベートした後、リン酸を加えて反応を停止させた。プレドニゾロンの増加を測定し、そしてHPLCにより分析した。
Waters-Xbrigde RP18カラムにより水/アセトニトリルグラジエントを移動相として使用してHPLCクロマトグラムを得た(クロマトグラムを図2~3に示す)。
あるいは、20-OH-副生成物の製造の活性アッセイを実現した。プレドニゾロンをpH8,0でリン酸緩衝液に懸濁し、そして細菌懸濁液とともにインキュベートした。60分後にリン酸を加えることにより反応を停止した。次いで20-OHケト還元生成物の潜在的増加をHPLCにより測定した。
NOSIM5169のトランケーションは、20β-HSDH活性を全体的に抑制し、したがって20-OH不純物を含まないプレドニゾロンを得ることを可能にする(図3)。
NOSIM3735遺伝子をノックアウトしたが、この株は野生型株と同じ反応を示し、この遺伝子をノックアウトすることにより不要な副反応を止めることができた。
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Zhang、H.;Li、Y.;Chen、X.;Sheng、H.and An、L.(2011):Optimization of electroporation conditions for Arthrobacter with plasmid PART2、Journal of Microbiological Methods、84:114-120.

Claims (15)

  1. 20-ベータ-ヒドロキシステロイド脱水素酵素(20β-HSDH)をコードする遺伝子の発現が、対応する未改変の細菌と比較して減少しているか又は抑制されている遺伝子改変細菌であって、ここで対応する未改変細菌は、Δ1-デヒドロゲナーゼ活性及び20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有する、上記遺伝子改変細菌。
  2. 20β-HSDHをコードする遺伝子は不活化されているか又は欠失されている、請求項1に記載の遺伝子改変細菌。
  3. 20β-HSDHをコードする遺伝子は変異している、請求項1又は2に記載の遺伝子改変細菌。
  4. 20β-HSDHをコードする遺伝子はトランケートされている、請求項1~3のいずれか1項に記載の遺伝子改変細菌。
  5. 細菌はノカルジオイド科由来の細菌である、請求項1~4のいずれか1項に記載の遺伝子改変細菌。
  6. 遺伝子改変細菌はΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有するが、未改変細菌と比較して減少した20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有するか、又は20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有していない、請求項1~5のいずれか1項に記載の遺伝子改変細菌。
  7. a) Δ1-デヒドロゲナーゼ活性及び20-β-デヒドロゲナーゼ活性を有する細菌を供給すること;並びに
    b) 20β-HSDHをコードする遺伝子を不活化するか又は欠失させること
    を含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の遺伝子改変細菌の製造方法。
  8. a) 1,2-脱水素されていないステロイドを供給すること;
    b) 1,2-脱水素されていない該ステロイドを、請求項1~6のいずれか1項に記載の細菌又はその抽出物と、1,2-脱水素されたステロイドを得るために十分な条件下で接触させること
    を含む、1,2-脱水素されたステロイドの製造方法。
  9. 1,2-脱水素されていないステロイドは副腎皮質ステロイドである、請求項8に記載の方法。
  10. 1,2-脱水素されていないステロイドはヒドロコルチゾンであり、そして上記方法はプレドニゾロンの製造のためのものである、請求項8又は9に記載の方法。
  11. 上記1,2-脱水素されたステロイドを回収し、そして精製することをさらに含む、請求項8~10のいずれか1項に記載の方法。
  12. 20β-脱水素されたステロイドを除去する工程を含まない、請求項11に記載の方法。
  13. 1,2-脱水素されたステロイドを製剤化して医薬組成物にすることをさらに含む、請求項8~12のいずれか1項に記載の方法。
  14. 上記抽出物はΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を有する、請求項8~13のいずれか1項に記載の方法。
  15. 上記抽出物は、請求項1~6のいずれか1項に記載の細菌の細胞溶解、及びΔ1-デヒドロゲナーゼ活性を濃縮するため又はΔ1-デヒドロゲナーゼ活性の精製を容易にするために、場合により細胞溶解生成物を分画することにより得られる、請求項8~13のいずれか1項に記載の方法。
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