JP2022512380A - 高シュウ酸尿症を治療するための方法及び組成物 - Google Patents

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Abstract

本開示は、概して、増加したシュウ酸分解活性を有するように修飾された細菌、その細菌を含む医薬組成物及びシュウ酸の上昇した量に伴う障害、例えば高シュウ酸尿症を治療する方法に関する。

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０１８年１２月１０日出願の米国仮特許出願第６２／７７７，３２２号明細書（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の利益及びそれに対する優先権を主張する。
最も小さいジカルボン酸であるシュウ酸は、二次代謝物としても、さらに異化プロセスの副産物としても天然で高頻度に出現する。植物は、草食動物を毒して捕食を予防する手段として多量のシュウ酸を生成及び蓄積する。いくつかの代謝プロセスも哺乳動物の身体内にシュウ酸を発生する。毒性シュウ酸は、処分されなければならず、哺乳動物では、これは、尿中及び糞便中へのシュウ酸の輸送により行われる。しかし、あまりにも多くのシュウ酸が尿中に廃棄されと、高シュウ酸尿症が発生する可能性がある。
高シュウ酸尿症とは、尿中に過剰のシュウ酸を排泄する病態のことである。尿中シュウ酸上昇は、再発シュウ酸カルシウム腎結石、腎損傷及び最終的にエンドステージ腎疾患に関連付けられてきた。高シュウ酸尿症は、過剰なシュウ酸の主な源により、４つのクラス：原発性、腸性、食事性及び特発性高シュウ酸尿症にカテゴリー化される。原発性高シュウ酸尿症は、原因がジェネティックである高シュウ酸尿症に関し、その３つの形態Ｉ、ＩＩ及びＩＩＩは、それぞれヒト遺伝子ＡＧＸＴ、ＧＲＨＰＲ及びＨＯＧＡ１の突然変異に起因する。これらの遺伝子のいずれかが突然変異すると、肝臓で内因性プロセスにより発生するシュウ酸のレベが増加する。ジェネティックな原因を確立できない高シュウ酸尿症の形態 － 腸性、食事性及び特発性高シュウ酸尿症 － は、続発性高シュウ酸尿症と称される。食事からのシュウ酸吸収のベースラインレベルが正常なものもあるが、腸性高シュウ酸尿症の患者では、シュウ酸に対する腸の透過性が増加しているため、食事からのシュウ酸の吸収がより多くなる。これは、炎症性腸疾患及び胃バイパスをはじめとする病態から消化管生理機能が破壊されることにより引き起こされることもある。食事性高シュウ酸尿症は、食事の際のシュウ酸又はシュウ酸前駆体の過剰摂取から生じる。最後に、特発性高シュウ酸尿症の患者では、その高シュウ酸尿症の急性の原因は、同定されていない。
高シュウ酸尿症の治療法は、ほとんど存在しない。ＡＸＧＴに突然変異を有する原発性高シュウ酸尿症の患者では、突然変異酵素の何らかの活性を救済するためにピリドキシンを処方可能である。代替的に、原発性高シュウ酸尿症患者は、欠失肝酵素を元に戻すために肝移植を受けることが可能である。高シュウ酸尿症患者の残りの者では、合併症 － 腎結石及び腎不全を治す目的の他の治療と共に、高カルシウム低シュウ酸食が一次介入である。しかし、シュウ酸は、慎重に食事療法を行ったとしても回避することが困難であり、シュウ酸を回避するように患者に指示しても、ほとんどの場合に不十分である。高シュウ酸尿症の軽減に利用可能なかかる治療が限定されるため、患者は、自身の身体からシュウ酸を除去する強力で安定な治療法を必要とする。
したがって、シュウ酸の上昇した量に伴う疾患又は障害、例えば高シュウ酸尿症を治療及び管理するための新しい有効な療法の必要性が継続して存在する。
本開示は、概して、増加したシュウ酸分解活性を有するように修飾された細菌に関する。本開示の細菌は、対象において、シュウ酸の上昇した量に伴う障害、例えば高シュウ酸尿症を治療するのに有用である。
例えば、一態様では、本明細書に提供されるのは、修飾されていない類似又は他に同等の細菌と比べて増加したシュウ酸分解活性を有するように修飾された片利共生細菌である。特定の実施形態では、修飾されていない類似又は他に同等の細菌は、検出可能なシュウ酸分解活性を有しておらず、且つ／又はシュウ酸異化に関与、例えば直接関与することが知られている遺伝子を有していない。特定の実施形態では、本細菌と同じ属の天然に存在するメンバーは、検出可能なシュウ酸分解活性を有していない。
特定の実施形態では、企図される細菌は、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、オシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、ゲンミゲル属（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、バルネシエラ属（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、パラステレラ属（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ファスコラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステレラ属（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、パラプレボテラ属（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、スピロプラズマ属（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）及びアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）からなる群から選択される属のものである。例えば、企図される細菌は、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）であり得る。すなわち、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）種の細菌であり得る。
特定の実施形態では、企図される細菌は、シュウ酸：ギ酸アンチポーター（ＯｘｌＴ）、シュウ酸デカルボキシラーゼ（ＯＸＤＣ）－ ＥＣ４．１．１．２、シュウ酸オキシダーゼ（ＯＸＯ）－ ＥＣ１．２．３．４、シュウ酸オキシドレダクターゼ（ＯＯＲ）－ ＥＣ１．２．７．１０、シュウ酸－ＣｏＡリガーゼ／オキサリル－ＣｏＡシンテターゼ（ＯＸＳ）－ ＥＣ６．２．１．８、ホルミル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＦＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１６、アセチル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＡＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１９、スクシニル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＳＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．２、オキサリル－ＣｏＡデカルボキシラーゼ（ＯＸＣ）－ ＥＣ４．１．１．８、オキサリル－ＣｏＡレダクターゼ／グリオキシル酸：ＮＡＤＰ＋オキシドレダクターゼ（ＯＸＲ）－ ＥＣ１．２．１．１７及び上記のタンパク質のいずれかの組合せからなる群から選択されるタンパク質又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。１つ以上のトランスジーンは、例えば、プラスミド上にあり得るか、細菌人工染色体上にあり得るか、又はゲノムにインテグレートされ得ることが企図される。細菌が複数のタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含むとき、タンパク質の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームは、例えば、単一オペロン内に存在し得ることが企図される。
特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体及びＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、細菌は、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンをさらに含む。
特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。
特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）若しくはＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）若しくはＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ及び／又はＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴをコードする１つ以上のトランスジーンを含む。例えば、細菌は、（ｉ）Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｉ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｉｉ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｖ）又はＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｖ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｖｉ）Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーン、又は（ｖｉｉ）Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーンを含み得ることが企図される。
特定の実施形態では、企図される細菌は、配列番号１～３１のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、又は配列番号１～３１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む。
例えば、企図される細菌は、（ｉ）配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｖｉｉ）配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
例えば、企図される細菌は、（ｉ）配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号７、配列番号２５、配列番号１６及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号１４、配列番号２及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号７、配列番号２５、配列番号２１、配列番号２及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２、配列番号１６及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｖｉｉ）配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
特定の実施形態では、トランスジーン又は核酸は、リボソーム結合部位（ＲＢＳ）に作動可能に連結される。例示的なＲＢＳとしては、配列番号１６４～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むものが挙げられる。例えば、企図される細菌は、（ｉ）配列番号２１２～２１９のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードするトランスジーン、（ｉｉ）配列番号１７２～１７９のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードするトランスジーン、（ｉｉｉ）配列番号１６４～１７１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳをコードするトランスジーン、（ｉｖ）配列番号１８８～１９５若しくは２２０～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣをコードするトランスジーン、（ｖ）配列番号１８０～１８７のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣをコードするトランスジーン、（ｖｉ）配列番号２０４～２１１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴをコードするトランスジーン、及び／又は（ｖｉｉ）配列番号１９６～２０３のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴをコードするトランスジーンを含むことができる。
特定の実施形態では、企図される細菌は、配列番号９６～１６２のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、又は配列番号９６～１６２のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む。
例えば、企図される細菌は、（ｉ）配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号１４７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉｉ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｘ）配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｘｉｖ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
例えば、企図される細菌は、（ｉ）配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４５、配列番号１２８及び配列番号１０４のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４８、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号１４７、配列番号１０４、配列番号１５３、配列番号９７、配列番号１３１、配列番号１３６及び配列番号１１３のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉ）配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉｉ）配列番号１３９、配列番号１５４、配列番号１３１、配列番号９８、配列番号１１５、配列番号１０６及び配列番号１４９のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｘ）配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４８、配列番号１２９及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉ）配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉｉ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｘｉｖ）配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
特定の実施形態では、企図される細菌は、配列番号８２～９５のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、又は配列番号８２～９５のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む。
特定の実施形態では、トランスジーン又は核酸は、少なくとも１つの構成的プロモーター、例えばファージ由来プロモーターに作動可能に連結される。例示的なプロモーターとしては、コンセンサス配列ＧＴＴＡＡ（ｎ）４～７ＧＴＴＡＡ（ｎ）３４～３８ＴＡ（ｎ）２ＴＴＴＧ（配列番号７０）を含むもの又は配列番号６８、配列番号６９若しくは配列番号７１を含むものが挙げられる。
特定の実施形態では、企図される細菌は、修飾されていない類似又は他に同等の細菌と比べて初期コロニー形成の存在量、安定性、予測性又は容易性を増加させてヒト消化管にコロニーを形成するように修飾されている。例えば、企図される細菌は、炭素源として特権栄養素を利用するその能力を増加させるように修飾することができる。例えば、企図される細菌は、炭素源として特権栄養素を利用するその能力を増加させる１つ以上のトランスジーンを含むことができる。例示的な特権栄養素としては、例えば、ポルフィランなどの海洋性多糖が挙げられる。本開示の細菌は、例えば、ヒト対象に投与されると、１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８又は１０７ｃｆｕ／グラム糞便内容物を超える存在量をもたらす。
他の一態様では、本明細書に提供されるのは、本開示の細菌と、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物である。特定の実施形態では、企図される医薬組成物は、カプセル剤又は錠剤、例えば腸溶性コーティングカプセル剤として製剤化される。特定の実施形態では、企図される医薬組成物は、特権栄養素、例えばポルフィランなどの海洋性多糖をさらに含む。
他の一態様では、本明細書に提供されるのは、シュウ酸の低減を、それを必要とする対象において行う方法である。企図される方法は、有効量の本開示の細菌又は医薬組成物を対象に投与することを含む。特定の実施形態では、対象は、シュウ酸の上昇した量に伴う障害、例えば高シュウ酸尿症を有する。他の一態様では、本明細書に提供されるのは、対象において、シュウ酸の上昇した量に伴う障害、例えば高シュウ酸尿症を治療する方法である。企図される方法は、有効量の本開示の細菌又は医薬組成物を対象に投与することを含む。
企図される方法は、１２時間、２４時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月又は６ヵ月ごとに本開示の細菌又は医薬組成物を対象に投与することを含むことができる。特定の実施形態では、対象への本開示の細菌又は医薬組成物の連続投与間の時間は、４８時間超である。
企図される方法は、特権栄養素、例えばポルフィランなどの海洋性多糖を対象に投与することをさらに含むことができる。例えば、本開示の特権栄養素は、本開示の細菌の前、それと同時又はその後に対象に投与することができる。
他の一態様では、本発明は、シュウ酸：ギ酸アンチポーター（ＯｘｌＴ）、シュウ酸デカルボキシラーゼ（ＯＸＤＣ）－ ＥＣ４．１．１．２、シュウ酸オキシダーゼ（ＯＸＯ）－ ＥＣ１．２．３．４、シュウ酸オキシドレダクターゼ（ＯＯＲ）－ ＥＣ１．２．７．１０、シュウ酸－ＣｏＡリガーゼ／オキサリル－ＣｏＡシンテターゼ（ＯＸＳ）－ ＥＣ６．２．１．８、ホルミル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＦＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１６、アセチル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＡＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１９、スクシニル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＳＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．２、オキサリル－ＣｏＡデカルボキシラーゼ（ＯＸＣ）－ ＥＣ４．１．１．８、オキサリル－ＣｏＡレダクターゼ／グリオキシル酸：ＮＡＤＰ＋オキシドレダクターゼ（ＯＸＲ）－ ＥＣ１．２．１．１７及び上記のタンパク質のいずれかの組合せからなる群から選択されるタンパク質又はその機能性断片若しくは変異体をコードする発現ベクターを提供する。例示的な発現ベクターとしては、例えば、プラスミド及び細菌人工染色体が挙げられる。発現ベクターが複数のタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含むとき、タンパク質の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームは、例えば、単一オペロン内に存在し得ることが企図される。
特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体及びＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、発現ベクターは、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンをさらに含む。
特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。
特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）若しくはＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）若しくはＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ及び／又はＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴをコードする１つ以上のトランスジーンを含む。例えば、発現ベクターは、（ｉ）Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｉ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｉｉ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｖ）又はＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｖ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーン、（ｖｉ）Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーン、又は（ｖｉｉ）Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーンを含み得ることが企図される。
特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、配列番号１～３１のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、又は配列番号１～３１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む。
例えば、企図される発現ベクターは、（ｉ）配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｖｉｉ）配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６若しくは配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
例えば、企図される発現ベクターは、（ｉ）配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号７、配列番号２５、配列番号１６及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号１４、配列番号２及び配列番号２１のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号７、配列番号２５、配列番号２１、配列番号２及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２、配列番号１６及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｖｉｉ）配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
特定の実施形態では、トランスジーン又は核酸は、リボソーム結合部位（ＲＢＳ）に作動可能に連結される。例示的なＲＢＳとしては、配列番号１６４～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むものが挙げられる。例えば、企図される発現ベクターは、（ｉ）配列番号２１２～２１９のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードするトランスジーン、（ｉｉ）配列番号１７２～１７９のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードするトランスジーン、（ｉｉｉ）配列番号１６４～１７１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳをコードするトランスジーン、（ｉｖ）配列番号１８８～１９５若しくは２２０～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣをコードするトランスジーン、（ｖ）配列番号１８０～１８７のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣをコードするトランスジーン、（ｖｉ）配列番号２０４～２１１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴをコードするトランスジーン、及び／又は（ｖｉｉ）配列番号１９６～２０３のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴをコードするトランスジーンを含むことができる。
特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、配列番号９６～１６２のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、又は配列番号９６～１６２のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む。
例えば、企図される発現ベクターは、（ｉ）配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号１４７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉｉ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｘ）配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｘｉｖ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
例えば、企図される発現ベクターは、（ｉ）配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４５、配列番号１２８及び配列番号１０４のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉ）配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４８、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｉｉ）配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｖ）配列番号１４７、配列番号１０４、配列番号１５３、配列番号９７、配列番号１３１、配列番号１３６及び配列番号１１３のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉ）配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｖｉｉｉ）配列番号１３９、配列番号１５４、配列番号１３１、配列番号９８、配列番号１１５、配列番号１０６及び配列番号１４９のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｉｘ）配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４８、配列番号１２９及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉ）配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、（ｘｉｉｉ）配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸、又は（ｘｉｖ）配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことができる。
特定の実施形態では、企図される発現ベクターは、配列番号８２～９５のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、又は配列番号８２～９５のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む。
特定の実施形態では、トランスジーン又は核酸は、少なくとも１つの構成的プロモーター、例えばファージ由来プロモーターに作動可能に連結される。例示的なプロモーターとしては、コンセンサス配列ＧＴＴＡＡ（ｎ）４～７ＧＴＴＡＡ（ｎ）３４～３８ＴＡ（ｎ）２ＴＴＴＧ（配列番号７０）を含むもの又は配列番号６８、配列番号６９若しくは配列番号７１を含むものが挙げられる。
本開示のこれらの及び他の態様及び特徴は、下記の詳細な説明及び特許請求の範囲に記載される。
本開示は、下記の図面を参照してより詳細に理解されよう。
シュウ酸分解経路を示す概略図である。シュウ酸は、ＯｘＩＴシュウ酸：ギ酸アンチポーターを用いて細菌細胞内に移入され、次いで多様な経路を介してギ酸、グリオキシル酸又はＣＯ２に変換される。ほとんどの生成経路は、ＯＸＳ、ＦＣＯＣＴ、ＡＣＯＣＴ又はＳＣＯＣＴを用いてシュウ酸をＣｏＡにコンジュゲートして、オキサリル－ＣｏＡを作製し、次いでＯＸＣを用いてオキサリル－ＣｏＡをホルミル－ＣｏＡに脱カルボキシル化する。次いで、ＦＣＯＣＴを用いてギ酸を放出して、サイクルを再開する。 １６ＳリボソームＤＮＡシーケンシングに基づいて平均的ヒト消化管内の細菌存在量を示すパイチャートである。バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）は、４６％で最も豊富な属である。 バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）中にコンジュゲートしてシュウ酸分解バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株を生成可能な５つの異なるプラスミド（配列番号６３～６７）の概略図を示す。 トランスジーンなし（野生型）又は次のプラスミド：ｐＺＲ７４８（配列番号６３）、ｐＺＲ７５３（配列番号６４）、ｐＺＲ７５３＋ｐＺＲ７６１（配列番号６４、６５）若しくはｐＺＲ８５６＋ｐＺＲ８７８（配列番号６６、６７）のゲノミックインテグレーションのいずれかを用いてバクテロイデス・ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）ＡＴＣＣ８４８２により消費されたシュウ酸の量を示す棒グラフである。１０又は３０ｍＭシュウ酸が補足されたフレッシュＢＨＩＳ液状培地中に各バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株の一晩培養物を１：１０希釈して、４８時間にわたりシュウ酸消費速度をモニターした。 接合伝達起点とポルフィラン多糖利用遺伝子座（ＰＵＬ）とを担持する細菌人工染色体であるプラスミドｐＷＤ０３５（配列番号７３）の概略図を示す。 野生型Ｂ．ブルガタス（Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓ）細胞と比較して機能性ポルフィランＰＵＬ（ｐＷＤ０３５、配列番号７３）を受け取ったバクテロイデス・ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）細胞のインビトロ成長アッセイを示す。０．２％ポルフィランが補足された最少培地中に飽和培養物を５０×希釈して、３７℃で１４時間嫌気成長させた。全体を通して培養物の光学濃度をモニターした。ポルフィランＰＵＬを含有する細胞のみがポルフィラン上で成長可能であった。 シュウ酸消費遺伝子を保有する３つの異なるプラスミド（配列番号７５～７７）を示す。各プラスミドは、ポルフィラン利用株ＮＢ０７５中にコンジュゲートされて、特権栄養素のポルフィランと消化管由来毒素のシュウ酸との両方を消費可能な株を生成する。 ４ｍＭシュウ酸を含有するフレッシュＢＨＩＳ培地に１０１０ｃｆｕ／ｍｌで株を添加した後の指示された工学操作バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株のシュウ酸消費速度を示す線グラフである。 ４ｍＭシュウ酸を含有するスプラーグ・ドーリーラット由来の盲腸内容物に１０１０ｃｆｕ／ｍｌで株を添加した後の指示された工学操作バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株のシュウ酸消費速度を示す線グラフである。 指示株で治療した後の続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでの尿中シュウ酸レベルを示す棒グラフである。非シュウ酸消費対照株（ＮＢ０７５）と比べて、シュウ酸消費株ｓＷＷ１５２は、株投与の４～６日後に尿中シュウ酸の３２％低減を生じる（ｐ＝０．００５）。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。 指示株で治療した後の続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでの尿中シュウ酸レベルを示す線グラフである。非シュウ酸消費対照株（ＮＢ１２４）と比べて、シュウ酸消費株ｓＷＷ５５４は、株投与の４～６日後に尿中シュウ酸の４６％低減を生じる（ｐ＝０．０００３）。シェード領域は、９５％信頼区間を表す。 図１１にまとめられた実験の１２日目の各株の糞便中存在量を示す棒グラフである。 指示株及び指示量（重量％）のポルフィランを飲料水に入れて投与して治療した後の続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでの株存在量（コロニー形成単位（ＣＦＵ）／グラム糞便により測定された）を示す棒グラフである。バーは、平均を表し、ポイントは、個別の動物を表し、且つエラーバーは、９５％信頼区間を表す。 指示株及び指示量（重量％）のポルフィランを飲料水に入れて投与して治療した後の続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでの尿中シュウ酸レベルを示す棒グラフである。バーは、平均を表し、ポイントは、個別の動物を表し、且つエラーバーは、９５％信頼区間を表す。 Ｒｏｕｔｅ－ｅｎ－Ｙ胃バイパス（ＲＹＧＢ）手術を介して誘発された高シュウ酸尿症を有するラットでの指示株で治療した後の尿中シュウ酸レベルを示す棒グラフである。バーは、各グループのラットの１日合計尿中シュウ酸の最後の連続５日間の平均を表す。エラーバーは、９５％信頼区間を表す（シャムラットは、ｎ＝５であり、他のグループは、すべてｎ＝８である）。 リボソーム結合部位（ＲＢＳ）のスクリーニングの結果を示す。各ポイントは、実施例８に記載されるように、さまざまな工学操作ＲＢＳを有する各指示遺伝子の発現（ｌｏｇ１０ルミネッセンス値により測定したとき）を表す。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。 指示ＲＢＳを有する指示遺伝子の発現（ルミネッセンスにより測定したとき）を示す。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。 指示株によるインビトロのシュウ酸分解を示す棒グラフである。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。
ヒト消化管、とりわけ結腸は、シュウ酸透過性であることが知られている。それは、食事性シュウ酸の一次吸収部位として機能し、血流から腸管腔内へのシュウ酸の分泌は、身体からシュウ酸を排出する二次経路を提供すると考えられる。そのため、結腸は、シュウ酸を分解する系、食事性シュウ酸の吸収及び分泌された内因性シュウ酸の再吸収の予防のための魅力的な位置である。
本開示は、概して、増加したシュウ酸分解活性を有するように修飾された細菌に関する。例えば、一態様では、本明細書に提供されるのは、修飾されていない類似又は他に同等の細菌と比べて増加したシュウ酸分解活性を有するように修飾された片利共生細菌である。本開示の細菌は、対象に投与されると、対象において、例えば対象の大腸でシュウ酸を分解するため、対象において、シュウ酸の上昇した量に伴う障害、例えば高シュウ酸尿症を治療するのに有用であることが企図される。したがって、本開示は、シュウ酸の上昇した量に伴う障害、例えば高シュウ酸尿症を治療するために本開示の細菌を使用する医薬組成物又はユニット及び方法にさらに関する。
企図される修飾細菌は、加えて、治療対象の消化管内の他の細菌がほとんど利用できない海洋性多糖ポルフィリンなどの炭素源を利用する能力を有することができる。結果として、対象の消化管内の修飾細菌の増殖、存在量又は安定性は、それを炭素源と共に供給することにより維持することができる。
Ｉ．修飾細菌
本開示は、概して、修飾されていない類似又は他に同等の細菌と比べて増加したシュウ酸分解活性を有するように修飾された細菌に関する。例えば、企図される細菌は、シュウ酸分解活性を増加させる１つ以上のトランスジーンを発現するように修飾することができる。「シュウ酸分解」という用語は、本明細書では「シュウ酸消費」という用語と同義的に用いられる。シュウ酸分解に関連する遺伝子を含むシュウ酸分解経路を、図１に示す。１つ以上のトランスジーンは、例えば、プラスミド上にあり得るか、細菌人工染色体上にあり得るか、又はゲノムにインテグレートされ得ることが企図される。細菌が複数のタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含むとき、タンパク質の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームは、例えば、単一オペロン内に存在し得ることが企図される。
細菌内での発現によりシュウ酸分解活性を増加させ得るシュウ酸分解に関連する例示的な的遺伝子としては、シュウ酸：ギ酸アンチポーター（ＯｘｌＴ）、シュウ酸デカルボキシラーゼ（ＯＸＤＣ）－ ＥＣ４．１．１．２、シュウ酸オキシダーゼ（ＯＸＯ）－ ＥＣ１．２．３．４、シュウ酸オキシドレダクターゼ（ＯＯＲ）－ ＥＣ１．２．７．１０、シュウ酸－ＣｏＡリガーゼ／オキサリル－ＣｏＡシンテターゼ（ＯＸＳ）－ ＥＣ６．２．１．８、ホルミル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＦＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１６、アセチル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＡＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１９、スクシニル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＳＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．２、オキサリル－ＣｏＡデカルボキシラーゼ（ＯＸＣ）－ ＥＣ４．１．１．８及びオキサリル－ＣｏＡレダクターゼ／グリオキシル酸：ＮＡＤＰ＋オキシドレダクターゼ（ＯＸＲ）－ ＥＣ１．２．１．１７をコードするものが挙げられる。
細菌がシュウ酸を分解するために、シュウ酸トランスポーター、典型的にはシュウ酸：ギ酸アンチポーターの発現が必要とされるかもしれない。例示的なシュウ酸トランスポーターとしては、オキサロバクター・ホルミゲネス（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）由来のＯｘｌＴ又はカプリアビダス・オキサラティカス（Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ）及びビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ）をはじめとする他の種由来のそのホモログのいずれかが挙げられる。これらのアンチポーターは、腸内環境から細菌細胞内にシュウ酸を運ぶと共に、それと引き換えに運び込まれたすべてのシュウ酸分子に対してギ酸老廃物の１分子を排出する。シュウ酸が細胞に入ると、それは、シュウ酸デカルボキシラーゼ（ＯＸＤＣ）－ ＥＣ４．１．１．２、シュウ酸オキシダーゼ（ＯＸＯ）－ ＥＣ１．２．３．４又はシュウ酸オキシドレダクターゼ（ＯＯＲ）－ ＥＣ１．２．７．１０を用いて直接分解可能である。
代替的に、シュウ酸は、補酵素Ａにコンジュゲートされて、シュウ酸－ＣｏＡリガーゼ（ＯＸＳ）－ ＥＣ６．２．１．８、ホルミル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＦＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１６、アセチル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＡＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１９又はスクシニル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＳＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．２のいずれかを用いてオキサリル－ＣｏＡを作製可能である。ＦＣＯＣＴは、ＣｏＡドナーとしてホルミル－ＣｏＡを使用すると共に、オキサリル－ＣｏＡ分解時にホルミル－ＣｏＡが老廃物として発生するため、効率的サイクルをもたらす。また、ＯＸＳ、ＡＣＯＣＴ及びＳＣＯＣＴによりそれぞれ使用されるＡＴＰ、アセチル－ＣｏＡ、スクシニル－ＣｏＡなどのより豊富な出発材料を用いてサイクルを開始することも必要であるかもしれない。
オキサリル－ＣｏＡは、オキサリル－ＣｏＡデカルボキシラーゼ（ＯＸＣ）－ ＥＣ４．１．１．８により分解される。この結果、ホルミル－ＣｏＡが発生し、これは、ＦＣＯＣＴにより分解されてギ酸を放出する。次いで、ギ酸は、ギ酸デヒドロゲナーゼ（ＦＤＨ）－ ＥＣ１．２．１．２により分解されてＣＯ２を発生可能である。オキサリル－ＣｏＡ廃棄のための追加の選択肢は、オキサリル－ＣｏＡレダクターゼ／グリオキシル酸：ＮＡＤＰ＋（ＯＸＲ）オキシドレダクターゼ－ＥＣ１．２．１．１７を介する追加のバイオマスを構築するグリオキシル酸への還元である。
企図される修飾細菌の特定の実施形態では、シュウ酸は、ＯｘｌＴアンチポーターを用いて細菌内に移入されると共に、ＦＣＯＣＴ及びＯＸＣを用いたシュウ酸の連続ギ酸変換サイクルに供給される。このサイクルのさらなる支持は、ＯＸＣ酵素の複数のコピーの発現増加により提供可能である。加えて、サイクル中間体のオキサリル－ＣｏＡ及びホルミル－ＣｏＡのプールは、ＯＸＳ、ＡＣＯＣＴ又はＳＣＯＣＴの発現により生成及び支持可能である。そのため、特定の実施形態では、企図される細菌細胞は、ＯＸＣ及びＦＣＯＣＴの高マルチコピー発現、ＯＸＳ、ＡＣＯＣＴ及び／又はＳＣＯＣＴの高発現並びにＯｘｌＴの中程度の発現を有する。特定の実施形態では、シュウ酸：ギ酸アンチポーターのＮ末端断片は、天然トランスポータータンパク質由来のＮ末端断片とスワップされている。
したがって、特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体及びＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、細菌は、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンをさらに含む。
特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される細菌は、ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーン及び／或いはＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体を含む。
本明細書で用いられる場合、生物学的エンティティ（例えば、遺伝子、タンパク質（例えば、ＯｘＩＴ、ＯＸＳ、ＯＸＣ若しくはＦＣＯＣＴ）、プロモーター又はリボソーム結合部位）の「機能性断片」という用語は、例えば、対応する天然に存在する全長生物学的エンティティの生物学的活性の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％又は１００％を保持する全長生物学的エンティティの断片を意味する。
特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｂ．アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ）ＯｘＩＴ、例えばＢ．アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ）ＤＳＭ１０１４０ ＯｘＩＴ、Ｃ．オキサラティカス（Ｃ．ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ）ＯｘＩＴ、例えばＣ．オキサラティカス（Ｃ．ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ１１８８３ ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＯｘＩＴ、例えばＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＧ１６５５ ＯｘＩＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、例えばＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＤＳＭ４４２０ ＯｘＩＴ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。例えば、特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、例えばＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＤＳＭ４４２０ ＯｘＩＴ又はＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。
特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、例えばＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）Ｓ２８８Ｃ ＯＸＳ、Ｍ．エクストルクエンス（Ｍ．ｅｘｔｏｒｑｕｅｎｓ）ＯＸＳ、例えばＭ．エクストルクエンス（Ｍ．ｅｘｔｏｒｑｕｅｎｓ）ＡＭ１／ＤＳＭ１３３８ ＯＸＳ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、例えばＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ｃｏｌ－１ ＯＸＳ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。例えば、特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、例えばＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）Ｓ２８８Ｃ ＯＸＳ又はＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される細菌は、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、例えばＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ｃｏｌ－１ ＯＸＳ又はＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。
特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｂ．アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ）ＯＸＣ、例えばＢ．アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ）ＤＳＭ１０１４０ ＯＸＣ、Ｃ．オキサラティカス（Ｃ．ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ）ＯＸＣ、例えばＣ．オキサラティカス（Ｃ．ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ１１８８３ ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＯＸＣ、例えばＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＧ１６５５ ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、例えばＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）Ｓ２８８Ｃ ＯＸＣ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、例えばＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＤＳＭ４４２０ ＯＸＣ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。例えば、特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、例えばＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）Ｓ２８８Ｃ ＯＸＣ又はＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、例えばＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＤＳＭ４４２０ ＯＸＣ又はＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。
特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｂ．アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ）ＦＣＯＣＴ、例えばＢ．アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ）ＤＳＭ１０１４０ ＦＣＯＣＴ、Ｃ．オキサラティカス（Ｃ．ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ）ＦＣＯＣＴ、例えばＣ．オキサラティカス（Ｃ．ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ１１８８３ ＦＣＯＣＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、例えばＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＧ１６５５ ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＦＣＯＣＴ、例えばＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＤＳＭ４４２０ ＦＣＯＣＴ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。例えば、特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、例えばＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＧ１６５５ ＦＣＯＣＴ又はＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。
特定の実施形態では、企図される細菌は、Ａ．アセチ（Ａ．ａｃｅｔｉ）ＡＣＯＣＴ、例えばＡ．アセチ（Ａ．ａｃｅｔｉ）株１０２３ ＡＣＯＣＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ、例えばＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＧ１６５５ ＡＣＯＣＴ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。例えば、特定の実施形態では、企図される細菌は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ、例えばＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＧ１６５５ ＡＣＯＣＴ又はＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するタンパク質をコードする１つ以上のトランスジーンを含む。
例えば、細菌は、（ｉ）Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｉ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｉｉ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーン、（ｉｖ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーン、（ｖ）Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーン、（ｖｉ）Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーン或いは（ｖｉｉ）Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ又は上記のタンパク質のいずれかの機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含み得ることが企図される。
例示的なＡＣＯＣＴコード配列を、配列番号１～２に示し、例示的なＦＤＨコード配列は、配列番号３～４に示され、例示的なＦＣＯＣＴコード配列は、配列番号４～８に示され、例示的なＯＸＤＣコード配列は、示された入力配列番号９であり、例示的なＯＸＯコード配列は、示された入力配列番号１０であり、例示的なＯＯＲコード配列は、示された入力配列番号１１～１３であり、例示的なＯＸＳコード配列は、配列番号１４～１６に示され、例示的なＯｘＩＴコード配列は、配列番号１７～２１に示され、例示的なＯＸＣコード配列は、配列番号２２～２６及び１６３に示され、例示的なＯＸＲコード配列は、配列番号２７に示され、且つ例示的なＳＣＯＣＴコード配列は、配列番号２８～３１に示される。
したがって、特定の実施形態では、細菌は、配列番号１～３１のいずれか１つのヌクレオチド配列又はその機能性断片若しくは変異体を含む１つ以上の核酸を含むように修飾されている。特定の実施形態では、細菌は、配列番号１～３１のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又はその機能性断片若しくは変異体を含む１つ以上の核酸を含むように修飾されている。
例えば、細菌は、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３及び配列番号２１のヌクレオチド配列又は配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３及び配列番号２１に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号７、配列番号２５、配列番号１６及び配列番号２１のヌクレオチド配列又は配列番号７、配列番号２５、配列番号１６及び配列番号２１に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号２１のヌクレオチド配列又は配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号２１に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号１４、配列番号２及び配列番号２１のヌクレオチド配列又は配列番号７、配列番号２５、配列番号１６、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号１４、配列番号２及び配列番号２１に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号７、配列番号２５、配列番号２１、配列番号２及び配列番号１６のヌクレオチド配列又は配列番号７、配列番号２５、配列番号２１、配列番号２及び配列番号１６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２、配列番号１６及び配列番号１４のヌクレオチド配列又は配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２、配列番号１６及び配列番号１４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号１６のヌクレオチド配列又は配列番号２１、配列番号７、配列番号２６若しくは配列番号１６３、配列番号２及び配列番号１６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。
特定の実施形態では、細菌は、配列番号３２～６２のいずれか１つのアミノ酸配列又はその機能性断片若しくは変異体をコードするヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むように修飾されている。特定の実施形態では、細菌は、配列番号３２～６２のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列又はその機能性断片若しくは変異体を含む１つ以上の核酸を含むように修飾されている。
例えば、細菌は、配列番号４７、配列番号５７及び配列番号５２のアミノ酸配列又は配列番号４７、配列番号５７及び配列番号５２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号３８、配列番号５６、配列番号４７及び配列番号５２のアミノ酸配列又は配列番号３８、配列番号５６、配列番号４７及び配列番号５２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号３８、配列番号５６、配列番号４７、配列番号５７、配列番号３３及び配列番号５２のアミノ酸配列又は配列番号３８、配列番号５６、配列番号４７、配列番号５７、配列番号３３及び配列番号５２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号３８、配列番号５６、配列番号４７、配列番号５７、配列番号４５、配列番号３３及び配列番号５２のアミノ酸配列又は配列番号３８、配列番号５６、配列番号４７、配列番号５７、配列番号４５、配列番号３３及び配列番号５２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号３８、配列番号５６、配列番号５２、配列番号３３及び配列番号４７のアミノ酸配列又は配列番号３８、配列番号５６、配列番号５２、配列番号３３及び配列番号４７に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号５２、配列番号３８、配列番号５７、配列番号３３、配列番号４７及び配列番号４５のアミノ酸配列又は配列番号５２、配列番号３８、配列番号５７、配列番号３３、配列番号４７及び配列番号４５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。細菌は、配列番号５２、配列番号３８、配列番号５７、配列番号３３及び配列番号４７のアミノ酸配列又は配列番号５２、配列番号３８、配列番号５７、配列番号３３及び配列番号４７に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含み得ることが企図される。
配列同一性は、当技術分野の技能の範囲内の各種の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、Ｍｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公的に利用可能なコンピューターソフトウェアを用いて決定することができる。プログラムｂｌａｓｔｐ、ｂｌａｓｔｎ、ｂｌａｓｔｘ、ｔｂｌａｓｔｎ及びｔｂｌａｓｔｘ（Ｋａｒｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）ＰＲＯＣ．ＮＡＴＬ．ＡＣＡＤ．ＳＣＩ．ＵＳＡ ８７：２２６４－２２６８、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，（１９９３）Ｊ．ＭＯＬ．ＥＶＯＬ．３６，２９０－３００、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．２５：３３８９－３４０２（参照により組み込まれる））により利用されるアルゴリズムを用いたＢＬＡＳＴ（Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ）解析は、配列類似性検索に合わせて調整される。配列データベース検索の基本的課題に関する考察については、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）ＮＡＴＵＲＥ ＧＥＮＥＴＩＣＳ ６：１１９－１２９（参照により完全に組み込まれる）を参照されたい。当業者であれば、比較される配列の長さ全体にわたる最大アライメントの達成に必要とされるいずれのアルゴリズムも含めて、アライメントの評価に適したパラメーターを決定可能である。ヒストグラム、説明文、アライメント、期待値（すなわちデータベース配列に対するマッチを報告する統計的有意性閾値）、カットオフ、マトリックス及びフィルターに対する検索パラメーターは、デフォルト設定である。ｂｌａｓｔｐ、ｂｌａｓｔｘ、ｔｂｌａｓｔｎ及びｔｂｌａｓｔｘにより使用されるデフォルトスコアリング行列は、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，（１９９２）ＰＲＯＣ．ＮＡＴＬ．ＡＣＡＤ．ＳＣＩ．ＵＳＡ ８９：１０９１５－１０９１９、（参照により完全に組み込まれる））である。４つのｂｌａｓｔｎパラメーターは、次のように調整することができる。Ｑ＝１０（ギャップクリエーションペナルティー）、Ｒ＝１０（ギャップエクステンションペナルティー）、ｗｉｎｋ＝１（クエリーに沿ってあらゆるｗｉｎｋ．ｓｕｐ．ｔｈ位置でワードヒットを発生する）及びｇａｐｗ＝１６（ギャップ付きアライメントが発生されるウィンドウ幅を設定する）。均等なＢｌａｓｔｐパラメーター設定値は、Ｑ＝９、Ｒ＝２、ｗｉｎｋ＝１及びｇａｐｗ＝３２とすることができる。検索は、ＮＣＢＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）ＢＬＡＳＴ詳細オプションパラメーターを用いても行うことができる（例えば、－Ｇ、オープンギャップコスト［整数］：デフォルト＝５（ヌクレオチド）／１１（タンパク質）、－Ｅ、ギャップ伸長コスト［整数］：デフォルト＝２（ヌクレオチド）／１（タンパク質）、－ｑ、ヌクレオチドミスマッチペナルティー［整数］：デフォルト＝－３、－ｒ、ヌクレオチドマッチリワード［整数］：デフォルト＝１、－ｅ、期待値［実数］：デフォルト＝１０、－Ｗ、ワードサイズ［整数］：デフォルト＝１１（ヌクレオチド）／２８（ｍｅｇａｂｌａｓｔ）／３（タンパク質）、－ｙ、ビット単位ｂｌａｓｔエクステンションドロップオフ（Ｘ）：デフォルト＝２０（ｂｌａｓｔｎ）／７（その他）、－Ｘ、ギャップ付きアライメントＸドロップオフ値（ビット単位）：デフォルト＝１５（すべてのプログラム）、ｂｌａｓｔｎには適用不可及び－Ｚ、ギャップ付きアライメント最終Ｘドロップオフ値（ビット単位）：５０（ｂｌａｓｔｎ）、２５（その他））。ペアワイズタンパク質アライメントのためのＣｌｕｓｔａｌＷも使用することができる（デフォルトパラメーターは、例えば、Ｂｌｏｓｕｍ６２マトリックス及びギャップオープニングペナルティー＝１０及びギャップエクステンションペナルティー＝０．１を含むことができる）。ＧＣＧパッケージのバージョン１０．０で利用可能な配列間ベストフィット比較は、ＤＮＡパラメーターのＧＡＰ＝５０（ギャップクリエーションペナルティー）及びＬＥＮ＝３（ギャップエクステンションペナルティー）を使用し、タンパク質比較の均等な設定値は、ＧＡＰ＝８及びＬＥＮ＝２である。
企図される修飾細菌、例えば本開示の医薬組成物又は方法に使用される修飾細菌としては、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、オシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、ゲンミゲル属（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、バルネシエラ属（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、パラステレラ属（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ファスコラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステレラ属（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、パラプレボテラ属（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、スピロプラズマ属（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）又はアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）の細菌が挙げられる。企図される細菌、例えば本開示の医薬組成物又は方法に使用される細菌は、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）とすることができ、すなわちバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）種の細菌とすることができる。
例示的なバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）種としては、Ｂ．アシディファシエンス（Ｂ．ａｃｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．バルネシアエス（Ｂ．ｂａｒｎｅｓｉａｅｓ）、Ｂ．カッカエ（Ｂ．ｃａｃｃａｅ）、Ｂ．ケシコラ（Ｂ．ｃａｅｃｉｃｏｌａ）、Ｂ．ケシガリナラム（Ｂ．ｃａｅｃｉｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、Ｂ．セルロシリティカス（Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．セルロソルベンス（Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ）、Ｂ．クララス（Ｂ．ｃｌａｒｕｓ）、Ｂ．コアギュランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．コプロコラ（Ｂ．ｃｏｐｒｏｃｏｌａ）、Ｂ．コプロフィラス（Ｂ．ｃｏｐｒｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．コプロスイス（Ｂ．ｃｏｐｒｏｓｕｉｓ）、Ｂ．ディスタソニス（Ｂ．ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、Ｂ．ドレイ（Ｂ．ｄｏｒｅｉ）、Ｂ．エガーチイ（Ｂ．ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、Ｂ．グラシリス（Ｂ．ｇｒａｃｉｌｉｓ）、Ｂ．フェシチンチレ（Ｂ．ｆａｅｃｉｃｈｉｎｃｈｉｌｌａｅ）、Ｂ．フェシス（Ｂ．ｆａｅｃｉｓ）、Ｂ．フィネゴルディイ（Ｂ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、Ｂ．フルクサス（Ｂ．ｆｌｕｘｕｓ）、Ｂ．フラギリス（Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）、Ｂ．ガラクツロニカス（Ｂ．ｇａｌａｃｔｕｒｏｎｉｃｕｓ）、Ｂ．ガリナセウム（Ｂ．ｇａｌｌｉｎａｃｅｕｍ）、Ｂ．ガリナラム（Ｂ．ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、Ｂ．ゴルドステイニ（Ｂ．ｇｏｌｄｓｔｅｉｎｉｉ）、Ｂ．グラミニソルベンス（Ｂ．ｇｒａｍｉｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、Ｂ．ヘルコゲネ（Ｂ．ｈｅｌｃｏｇｅｎｅ）、Ｂ．インテスティナリス（Ｂ．ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、Ｂ．ルティ（Ｂ．ｌｕｔｉ）、Ｂ．マシリエンシス（Ｂ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メラニノゲニカス（Ｂ．ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃｕｓ）、Ｂ．ノルディイ（Ｂ．ｎｏｒｄｉｉ）、Ｂ．オレイシプレヌス（Ｂ．ｏｌｅｉｃｉｐｌｅｎｕｓ）、Ｂ．オリス（Ｂ．ｏｒｉｓ）、Ｂ．オバタス（Ｂ．ｏｖａｔｕｓ）、Ｂ．パウロサッカロリティカス（Ｂ．ｐａｕｒｏｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．ペクチノフィラス（Ｂ．ｐｅｃｔｉｎｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．プレベイウス（Ｂ．ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、Ｂ．ポリプラグマタス（Ｂ．ｐｏｌｙｐｒａｇｍａｔｕｓ）、Ｂ．プロピオニシファシエンス（Ｂ．ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．プトレディニス（Ｂ．ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、Ｂ．ピオゲネス（Ｂ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｂ．レチクロテルミティス（Ｂ．ｒｅｔｉｃｕｌｏｔｅｒｍｉｔｉｓ）、Ｂ．ロデンティウム（Ｂ．ｒｏｄｅｎｔｉｕｍ）、Ｂ．サラニトロニス（Ｂ．ｓａｌａｎｉｔｒｏｎｉｓ）、Ｂ．サリエルシエ（Ｂ．ｓａｌｙｅｒｓｉａｅ）、Ｂ．サルトリイ（Ｂ．ｓａｒｔｏｒｉｉ）Ｂ．セディメント（Ｂ．ｓｅｄｉｍｅｎｔ）Ｂ．ステルコリス（Ｂ．ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、Ｂ．スイス（Ｂ．ｓｕｉｓ）、Ｂ．テクタス（Ｂ．ｔｅｃｔｕｓ）、Ｂ．テタイオタオミクロン（Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、Ｂ．ユニフォルミス（Ｂ．ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．ブルガタス（Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓ）、Ｂ．キシラニソルベンス（Ｂ．ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）及びＢ．キシラノリティカスキシラノリティカス（Ｂ．ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｓｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）が挙げられる。
本明細書で用いられる場合、「種」という用語は、ゲノミック配列及び表現型特性により従来から定義される分類学的エンティティを意味する。「株」とは、従来の微生物学技術に従って単離及び精製された種の特定インスタンスのことである。本開示は、本開示の細菌株の誘導体を包含する。「誘導体」という用語は、娘株（後代）を含むか、又は起源株から培養（サブクローニング）されたものであるが、株の生物学的活性をネガティブに改変することなく、何らかの形式で修飾された（遺伝子レベルを含めて）株を含む。
特定の実施形態では、企図される修飾細菌は、治療対象の糞便中又は平均的ヒトの糞便中の合計培養可能微生物の０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、２０％、３０％又は４０％超を構成する属である。特定の実施形態では、企図される修飾細菌は、１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８、１０７コロニー形成単位／グラム治療対象糞便又は／グラム平均的ヒト糞便を超えるレベルで検出される属である。特定の実施形態では、企図される修飾細菌は、治療対象の消化管マイクロバイオーム又は平均的ヒトの消化管マイクロバイオームの０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、２０％、３０％又は４０％超を構成する属である。ヒト消化管又は糞便マイクロバイオーム組成物は、１６Ｓリボソームシーケンシングを含めて当技術分野で公知のいずれかの技術によりアッセイすることができる。図２は、１６ＳリボソームＤＮＡシーケンシングに基づいて平均的ヒト消化管内の細菌存在量を示す。バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）は、ヒト消化管内の天然で最も豊富な属である。
ｒＲＮＡ、１６Ｓ ｒＤＮＡ、１６Ｓ ｒＲＮＡ、１６Ｓ、１８Ｓ、１８Ｓ ｒＲＮＡ及び１８Ｓ ｒＤＮＡとは、リボソームの成分である核酸又はリボソームの成分をコードする核酸を意味する。リボソームには小サブユニット（ＳＳＵ）及び大サブユニット（ＬＳＵ）と称される２つのサブユニットが存在する。ｒＤＮＡ遺伝子及びその相補的ＲＮＡ配列は、可変ではあるが生物間分子比較を可能にするのに十分な程度に保存されているため、生物間の進化的関係の決定に広く使用される。
３０Ｓ ＳＳＵの１６Ｓ ｒＤＮＡ配列（およそ１５４２ヌクレオチド長）は、特定の実施形態では、原核生物の分子ベース分類学的帰属に使用可能であり、且つ４０Ｓ ＳＳＵの１８Ｓ ｒＤＮＡ配列（およそ１８６９ヌクレオチド長）は、真核生物に使用することができる。例えば、１６Ｓ配列は、一般に高度に保存されているがほとんどの細菌の属及び種を区別するのに十分なヌクレオチド多様性を保有する特異的超可変領域を含有するため、系統発生学的再構築に使用することができる。１６Ｓ ｒＤＮＡ配列データは、分類学的分類を提供するために使用されてきたが、同一の属及び種に分類される近縁細菌株は、識別可能な生物学的表現型を呈するかもしれない。
企図される細菌種又は株のアイデンティティーは、１６Ｓ ｒＲＮＡ又は全ゲノム配列解析により特徴付けることができる。例えば、特定の実施形態では、企図される細菌株は、参照配列に対して特定の％同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ又はゲノミック配列を含むことができる。
特定の実施形態では、企図される修飾細菌は、ヒト消化管に安定的にコロニーを形成可能である。本開示の細菌は、例えば、ヒト対象に投与されると、１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８又は１０７ｃｆｕ／グラム糞便内容物を超える存在量をもたらす。例えば、本開示の細菌の約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１又は約１０１２細胞をヒト対象に投与すると、投与後１２時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間又は７２時間で１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８又は１０７ｃｆｕ／グラム糞便内容物を超える存在量をもたらすかもしれない。
本開示の細菌は、例えば、修飾されていない類似又は他に同等の細菌と比べて初期コロニー形成の存在量、安定性、予測性又は容易性を増加させてヒト消化管にコロニーを形成するように修飾されている。例えば、企図される細菌は、炭素源として特権栄養素を利用するその能力を増加させるように修飾することができる。「特権栄養素」とは、特定細菌株の増殖を支援するように消費可能であると共に消化管内の他の細菌の１％以下に増殖支援を提供する分子又は分子セットとして定義される。したがって、特定の実施形態では、修飾細菌は、シュウ酸又は他の炭素源若しくはエネルギー源の不在下でさえも、対象の消化管内でコロニー形成を持続して予測可能に高存在量に拡大すると共に対象の消化管内のほとんどの他の細菌ではそうならないように特権栄養素を消費する能力を有する。例示的な特権栄養素としては、例えば、ポルフィランなどの海洋性多糖が挙げられる。
例えば、細菌は、特権栄養素、例えばポルフィリンなどの海洋性多糖を炭素源として利用するその能力を増加させる１つ以上のトランスジーンを含むことができる。特定の実施形態では、細菌は、特権栄養素などの炭水化物を消費する能力を細菌に付与する可動ジェネティックエレメントの多糖利用遺伝子座（ＰＵＬ）の全部又は一部を含むことができる。例示的なポルフィラン消費ＰＵＬは、配列番号７２に示されるポルフィラン消費バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株ＮＢ００１由来のＰＵＬである。したがって、特定の実施形態では、修飾細菌は、配列番号７２又はその機能性断片若しくは変異体を含む。特定の実施形態では、修飾細菌は、配列番号７２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又はその機能性断片若しくは変異体を含む。
対象の消化管内の存在量を増加させる追加の例示的な細菌修飾、特権栄養素、特権栄養素を利用する細菌の能力を増加させるトランスジーンＰＵＬ並びに修飾細菌の成長をモジュレートする他の方法及び組成物は、（ＰＣＴ）国際公開第２０１８１１２１９４号パンフレットに記載されている。
特定の実施形態では、修飾されていない類似又は他に同等の細菌は、検出可能なシュウ酸分解活性を有しておらず、且つ／又はシュウ酸異化に関与、例えば直接関与することが知られている遺伝子を有していない。例えば、修飾されていない類似又は他に同等の細菌は、シュウ酸：ギ酸アンチポーター（ＯｘｌＴ）、シュウ酸デカルボキシラーゼ（ＯＸＤＣ）－ ＥＣ４．１．１．２、シュウ酸オキシダーゼ（ＯＸＯ）－ ＥＣ１．２．３．４、シュウ酸オキシドレダクターゼ（ＯＯＲ）－ ＥＣ１．２．７．１０、シュウ酸－ＣｏＡリガーゼ／オキサリル－ＣｏＡシンテターゼ（ＯＸＳ）－ ＥＣ６．２．１．８、ホルミル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＦＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１６、アセチル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＡＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１９、スクシニル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＳＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．２、オキサリル－ＣｏＡデカルボキシラーゼ（ＯＸＣ）－ ＥＣ４．１．１．８又はオキサリル－ＣｏＡレダクターゼ／グリオキシル酸：ＮＡＤＰ＋オキシドレダクターゼ（ＯＸＲ）－ ＥＣ１．２．１．１７をコードする遺伝子を有していないものであってもよい。特定の実施形態では、本細菌と同一の属の天然に存在するメンバーは、検出可能なシュウ酸分解活性を有していない。
特定の実施形態では、本開示のトランスジーン又は核酸は、少なくとも１つの構成的プロモーター、例えばファージ由来プロモーターに作動可能に連結された外因性ヌクレオチド配列を含む。「作動可能に連結された」という用語は、機能的関係のポリヌクレオチドエレメントの連結を意味する。核酸配列は、他の核酸配列と機能的関係に配置されたとき、「作動可能に連結されている」。例えば、プロモーター又はエンハンサーは、それが遺伝子の転写に影響を及ぼす場合、遺伝子に作動可能に連結されている。作動可能に連結されたヌクレオチド配列は、典型的には連続である。しかし、エンハンサーは、プロモーターから数キロ塩基分離されているときに一般に機能し、且つイントロン配列は、可変長であり得るため、いくつかのポリヌクレオチドエレメントは、直接フランキングされていなくても作動可能に連結され得ると共に、異なる対立遺伝子又は染色体に対してトランスでさえも機能し得る。例示的なファージ由来プロモーターとしては、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０若しくは配列番号７１のヌクレオチド配列又は配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０若しくは配列番号７１に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むものが挙げられる。追加の例示的なファージ由来プロモーターは、（ＰＣＴ）国際公開第２０１７１８４５６５号パンフレットに記載されている。
特定の実施形態では、外因性ヌクレオチド配列を含む本開示のトランスジーン又は核酸は、少なくとも１つのリボソーム結合部位（ＲＢＳ）に作動可能に連結される。例示的なＲＢＳとしては、配列番号１６４～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号１６４～２３０のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むものが挙げられる。例えば、企図される細菌は、（ｉ）配列番号２１２～２１９のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号２１２～２１９のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードするトランスジーン、（ｉｉ）配列番号１７２～１７９のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号１７２～１７９のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードするトランスジーン、（ｉｉｉ）配列番号１６４～１７１のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号１６４～１７１のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳをコードするトランスジーン、（ｉｖ）配列番号１８８～１９５若しくは２２０～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号１８８～１９５若しくは２２０～２３０のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣをコードするトランスジーン、（ｖ）配列番号１８０～１８７のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号１８０～１８７のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣをコードするトランスジーン、（ｖｉ）配列番号２０４～２１１のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号２０４～２１１のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴをコードするトランスジーン、及び／並びに（ｖｉｉ）配列番号１９６～２０３のいずれか１つのヌクレオチド配列、配列番号１９６～２０３のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列又は上記のいずれかのヌクレオチド配列の機能性断片若しくは変異体を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴをコードするトランスジーンを含むことができる。
細菌は、配列番号９６～１６２のいずれか１つのヌクレオチド配列又は配列番号９６～１６２のいずれか１つのヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。
例えば、細菌は、配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４５、配列番号１２８及び配列番号１０４のヌクレオチド配列又は配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４５、配列番号１２８及び配列番号１０４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４８、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列又は配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４８、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列又は配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１４７、配列番号１０４、配列番号１５３、配列番号９７、配列番号１３１、配列番号１３６及び配列番号１１３のヌクレオチド配列又は配列番号１４７、配列番号１０４、配列番号１５３、配列番号９７、配列番号１３１、配列番号１３６及び配列番号１１３に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６のヌクレオチド配列又は配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６のヌクレオチド配列又は配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５のヌクレオチド配列又は配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１３９、配列番号１５４、配列番号１３１、配列番号９８、配列番号１１５、配列番号１０６及び配列番号１４９のヌクレオチド配列又は配列番号１３９、配列番号１５４、配列番号１３１、配列番号９８、配列番号１１５、配列番号１０６及び配列番号１４９に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４８、配列番号１２９及び配列番号１０５のヌクレオチド配列又は配列番号１３７、配列番号１１３、配列番号１４８、配列番号１２９及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９及び配列番号１０５のヌクレオチド配列又は配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５のヌクレオチド配列又は配列番号１５５、配列番号１３７、配列番号１２８、配列番号１４４、配列番号１１５、配列番号９８及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６のヌクレオチド配列又は配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５、配列番号１１３及び配列番号９６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６のヌクレオチド配列又は配列番号１４５、配列番号１３７、配列番号１５３、配列番号１２９、配列番号１０５及び配列番号９６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。細菌は、配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５のヌクレオチド配列又は配列番号１３９、配列番号１２９、配列番号１５５、配列番号１１２、配列番号９９、配列番号１０６及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。
細菌は、配列番号８２～９５のいずれか１つのヌクレオチド配列又は配列番号８２～９５のいずれか１つのヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むことが企図される。
ＩＩ．医薬組成物／ユニット
本明細書に開示される細菌は、当技術分野で公知のいずれかの手段により患者に投与可能な医薬組成物を形成するために薬学的に許容可能な賦形剤と組み合わせることができる。本明細書で用いられる場合、「薬学的に許容可能な賦形剤」という用語は、合理的な便益／リスク比に見合って過度の毒性、刺激、アレルギー反応又は他の問題若しくは合併症を伴うことなくヒト対象などの対象に投与するのに好適な緩衝剤、担体又は賦形剤の１つ以上を意味するものと理解される。賦形剤は、製剤の他の成分に適合可能であり且つレシピエントに有害でないという意味で「許容可能」であるべきである。
薬学的に許容可能な賦形剤としては、医薬投与に適合可能な緩衝剤、溶媒、分散媒、コーティング、等張化剤、吸収遅延剤など挙げられる。また、薬学的に許容可能な賦形剤としては、充填剤、結合剤、崩壊剤、流動化剤、滑沢剤及びそれらのいずれかの組合せも挙げられる。賦形剤、担体、安定化剤及びアジュバントのさらなる例については、例えば、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，８ｔｈ Ｅｄ．，Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｐ．Ｊ．Ｓｈｅｓｋｅｙ，Ｗ．Ｇ．Ｃｏｏｋ，ａｎｄ Ｃ．Ｇ．Ｃａｂｌｅ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ［２０１７］を参照されたい。医薬活性物質に対するかかる媒体及び作用剤の使用は、当技術分野で公知である。
企図される細菌は、いずれかの形態、例えば凍結乾燥状態（任意に１つ以上の適切な凍結保護剤を含む）、フリーズ状態（例えば、標準若しくは過冷却フリーザー内）、スプレー乾燥状態及び／又はフリーズドライ状態を含めて、当業者に公知の安定形態で本開示の組成物に使用することができる。「安定」製剤又は組成物とは、その中の生物学的活性物質が貯蔵時にその物理的安定性、化学的安定性及び／又は生物学的活性を本質的に保持するものである。安定性は、選択された時間にわたり選択された温度及び湿度条件で測定可能である。トレンド分析は、予想貯蔵寿命を推定するために使用可能であり、材料は、実際にはその後でその期間にわたり貯蔵状態となる。例えば、生細菌では、安定性は、あらかじめ定義された温度、湿度及び時間条件下でｃｆｕ／ｇ乾燥製剤単位で１ｌｏｇを失うのに要する時間として定義することができる。
本明細書に開示される細菌は、１つ以上の凍結保護剤と組み合わせることができる。例示的な凍結保護剤としては、フラクトオリゴ糖（例えば、ｒａｆｔｉｌｏｓｅ（登録商標））、トレハロース、マルトデキストリン、ナトリウムアルギネート、プロリン、グルタミン酸、グリシン（例えば、グリシンベタイン）、単糖、二糖若しくは多糖（例えば、グルコース、スクロース、マルトース、ラクトース）、ポリオール（例えば、マンニトール、ソルビトール若しくはグリセロール）、デキストラン、ＤＭＳＯ、メチルセルロース、プロピレングリコール、ポリビニルピロリドン、非イオン性界面活性剤、例えばＴｗｅｅｎ８０及び／又はそれらのいずれかの組合せが挙げられる。
医薬組成物は、その意図される投与経路に適合可能となるように製剤化されるべきである。本明細書に開示される企図される細菌組成物は、いずれかの好適な方法により調製可能であると共に、さまざまな形態で製剤化されていくつかの異なる手段により投与可能である。企図される組成物は、要望に応じて従来から許容可能な担体、アジュバント及び媒体を含有する製剤で経口、直腸又は経腸投与可能である。本明細書で用いられる場合、「直腸投与」とは、浣腸、坐剤又は結腸内視術による投与が含まれるものと理解される。本開示の医薬組成物は、例えば、ボーラス投与又はボーラス放出に好適であるかもしれない。例示的な実施形態では、本開示の細菌組成物は経口投与される。
経口投与用固形製剤としては、カプセル剤、錠剤、カプレット剤、丸剤、トローチ剤、ロゼンジ剤、粉末剤及び顆粒剤が挙げられる。カプセル剤は、典型的には、細菌組成物を含むコア材料とコア材料をカプセル化するシェル壁とを含む。いくつかの実施形態では、コア材料は、固体、液体及びエマルジョンの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、シェル壁材料は、ソフトゼラチン、ハードゼラチン及びポリマーの少なくとも１つを含む。好適なポリマーとしては、限定されるものではないが、セルロース系ポリマー、例えばヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、メチルセルロース、エチルセルロース、セルロースアセテート、セルロースアセテートフタレート、セルロースアセテートトリメリテート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、ヒドロキシプロピルメチルセルローススクシネート及びカルボキシメチルセルロースナトリウム、アクリル酸ポリマー及びコポリマー、例えばアクリル酸、メタクリル酸、メチルアクリレート、アンモニオメチルアクリレート、エチルアクリレート、メチルメタクリレート及び／又はエチルメタクリレートから形成されるもの（例えば、商品名「Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）」で販売されているコポリマー）、ビニルポリマー及びコポリマー、例えばポリビニルピロリドン、ポリビニルアセテート、ポリビニルアセテートフタレート、ビニルアセテートクロトン酸コポリマー及びエチレン－ビニルアセテートコポリマー並びにシェラック（精製ラック）が挙げられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのポリマーは味マスキング剤として機能する。
錠剤、丸剤などは、圧縮、複数回圧縮、複層化及び／又は被覆することが可能である。企図されるコーティングは、単一又は複数とすることができる。一実施形態では、企図されるコーティング材料は、植物、真菌及び微生物の少なくとも１つから抽出される糖、多糖及び糖タンパク質の少なくとも１つを含む。非限定的例としては、トウモロコシデンプン、コムギデンプン、ジャガイモデンプン、タピオカデンプン、セルロース、ヘミセルロース、デキストラン、マルトデキストリン、シクロデキストリン、イヌリン、ペクチン、マンナン、アラビアガム、ローカストビーンガム、メスキートガム、グアーガム、ガムカラヤ、ガムガティ、トラガカントガム、フノリ、カラゲナン、ポルフィラン、寒天、アルギネート、キトサン又はジェランガムが挙げられる。いくつかの実施形態では、企図されるコーティング材料はタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、企図されるコーティング材料は脂肪及び油の少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、脂肪及び油の少なくとも１つは高温で融解する。いくつかの実施形態では、脂肪及び油の少なくとも１つは水素化又は部分水素化されている。いくつかの実施形態では、脂肪及び油の少なくとも１つは植物に由来する。いくつかの実施形態では、脂肪及び油の少なくとも１つは、グリセリド、遊離脂肪酸及び脂肪酸エステルの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、企図されるコーティング材料は少なくとも１つの食用ワックスを含む。企図される食用ワックスは、動物、昆虫又は植物に由来するかもしれない。非限定的例としては、ビーズワックス、ラノリン、ベイベリーワックス、カルナウバワックス及びコメヌカワックスが挙げられる。錠剤及び丸剤は、加えて、腸溶又は逆腸溶コーティングを用いて調製可能である。
代替的に、本明細書に開示される細菌組成物を具現化した粉末剤又は顆粒剤は、食品製品に組込み可能である。いくつかの実施形態では、企図される食品製品は経口投与用飲料である。好適な飲料の非限定的例としては、水、フルーツジュース、フルーツ飲料、人工フレーバー飲料、人工甘味飲料、炭酸飲料、スポーツ飲料、液状乳製品、ミルクセーキ、アルコール飲料、カフェイン入り飲料、乳児用栄養製品などが挙げられる。経口投与に好適な他の手段としては、水性及び非水性の溶液剤、エマルジョン剤、サスペンジョン剤並びに好適な溶媒、保存剤、乳化剤、懸濁化剤、希釈剤、甘味剤、着色剤及び風味剤の少なくとも１つを含有する非発泡性顆粒剤から再構成される溶液剤及び／又はサスペンジョン剤が挙げられる。
本明細書に開示される細菌を含有する医薬組成物は、ユニット製剤すなわち医薬ユニットで提示可能である。組成物、例えば本明細書に提供される医薬ユニットは、細菌の合計量又はコロニー形成単位のいずれかにより測定されるいずれかの適切量の細菌を含むことができる。
例えば、本開示の医薬組成物又はユニットは、約１０３ｃｆｕ～約１０１２ｃｆｕ、約１０６ｃｆｕ～約１０１２ｃｆｕ、約１０７ｃｆｕ～約１０１２ｃｆｕ、約１０８ｃｆｕ～約１０１２ｃｆｕ、約１０９ｃｆｕ～約１０１２ｃｆｕ、約１０１０ｃｆｕ～約１０１２ｃｆｕ、約１０１１ｃｆｕ～約１０１２ｃｆｕ、約１０３ｃｆｕ～約１０１１ｃｆｕ、約１０６ｃｆｕ～約１０１１ｃｆｕ、約１０７ｃｆｕ～約１０１１ｃｆｕ、約１０８ｃｆｕ～約１０１１ｃｆｕ、約１０９ｃｆｕ～約１０１１ｃｆｕ、約１０１０ｃｆｕ～約１０１１ｃｆｕ、約１０３ｃｆｕ～約１０１０ｃｆｕ、約１０６ｃｆｕ～約１０１０ｃｆｕ、約１０７ｃｆｕ～約１０１０ｃｆｕ、約１０８ｃｆｕ～約１０１０ｃｆｕ、約１０９ｃｆｕ～約１０１０ｃｆｕ、約１０３ｃｆｕ～約１０９ｃｆｕ、約１０６ｃｆｕ～約１０９ｃｆｕ、約１０７ｃｆｕ～約１０９ｃｆｕ、約１０８ｃｆｕ～約１０９ｃｆｕ、約１０３ｃｆｕ～約１０８ｃｆｕ、約１０６ｃｆｕ～約１０８ｃｆｕ、約１０７ｃｆｕ～約１０８ｃｆｕ、約１０３ｃｆｕ～約１０７ｃｆｕ、約１０６ｃｆｕ～約１０７ｃｆｕ若しくは約１０３ｃｆｕ～約１０６ｃｆｕの各細菌株を含むことができるか、又は約１０３ｃｆｕ、約１０６ｃｆｕ、約１０７ｃｆｕ、約１０８ｃｆｕ、約１０９ｃｆｕ、約１０１０ｃｆｕ、約１０１１ｃｆｕ若しくは約１０１２ｃｆｕの細菌を含むことができる。
ＩＩＩ．治療的使用
本明細書に開示される組成物及び方法は、対象において、シュウ酸の上昇した量に伴う各種の疾患又は障害を治療するために使用可能である。本明細書で用いられる場合、「対象においてシュウ酸の上昇した量」とは、疾患又は障害のない対象と比べて、対象において体液（例えば、血液、血漿、血清若しくは尿）、組織及び／又は細胞でのシュウ酸の上昇した量を意味するかもしれない。本開示は、対象において、シュウ酸の上昇した量に伴う疾患又は障害を治療する方法を提供する。企図される方法は、対象において、シュウ酸の上昇した量に伴う疾患又は障害を治療するために、本明細書に開示される有効量の細菌又は医薬組成物を単独又は他の治療剤との組合せのいずれかで対象に投与することを含む。
シュウ酸の上昇した量に伴う疾患又は障害の例は、高シュウ酸尿症、例えば原発性、腸性、食事性又は特発性高シュウ酸尿症である。高シュウ酸尿症又は尿中シュウ酸レベル増加は、４０ｍｇ（およそ４４０μｍｏｌ）又は３０ｍｇ／日を超える尿中シュウ酸排泄によりヒトにおいて特徴付け可能である。例示的な臨床カットオフレベルは、男性では４３ｍｇ／日（およそ４７５μｍｏｌ）、女性では３２ｍｇ／日（およそ３５０μｍｏｌ）である。高シュウ酸尿症は、３０ｍｇ／日／グラム尿中クレアチニンを超える尿中シュウ酸排泄としても定義可能である。マイルドな高シュウ酸尿症の者は、少なくとも３０～６０（３４２～６８４μｍｏｌ）又は４０～６０（４５６～６８４μｍｏｌ）ｍｇシュウ酸／日を排泄し得る。腸性高シュウ酸尿症の者は、少なくとも８０ｍｇ尿中シュウ酸／日（９１２μｍｏｌ）を排泄し得ると共に、原発性高シュウ酸尿症の者は、少なくとも２００ｍｇ／日（２２８０μｍｏｌ）を排泄し得る。
尿中シュウ酸上昇は、腎臓のいくつかの健康問題、例えば腎結石（例えば、再発シュウ酸カルシウム腎結石）、腎石灰化症、腎結石症、腎損傷又はエンドステージ腎疾患に関連付けられてきてきた。シュウ酸カルシウムは、尿路、結腸、小腸、眼、血管、関節、骨、筋肉、心臓及び他のメジャー器官に堆積されて、それらに損傷も引き起こすかもしれない。したがって、シュウ酸の上昇した量に伴う追加の例示的な疾患又は障害としては、腎障害（例えば、腎結石、腎石灰化症、多発性嚢胞腎疾患、腎結石症又は腎不全（進行性、慢性又はエンドステージ腎不全を含む））、尿路障害（例えば、特発性尿路結石疾患又は尿路結石症）、胃腸障害（例えば、炎症性腸疾患、クローン病又は潰瘍性結腸炎）、膵障害（例えば、膵外分泌不全）、関節障害、眼障害、肝障害、エチレングリコール中毒、嚢胞性線維化、脂肪便、回腸疾患、外陰部痛、心コンダクタンス障害、骨粗鬆症及び胃バイパス又は他のタイプの胃腸手術からの合併症が挙げられる。
本明細書で用いられる場合、「治療する」、「治療すること」及び「治療」とは、対象における、例えばヒトにおける疾患の治療を意味する。これは、（ａ）疾患を阻害すること、すなわちその発生を停止すること、及び（ｂ）疾患を軽減すること、すなわち疾患状態の退縮を引き起こすことを含む。本明細書で用いられる場合、「対象」及び「患者」という用語は、本明細書に記載の方法及び組成物により治療される生物を意味する。かかる生物としては、限定されるものではないが、好ましくは、哺乳動物、例えばヒト、伴侶動物（例えば、イヌ、ネコ若しくはウサギ）又は家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウマ、ロバ及びラバ、バッファロー、ウシ若しくはラクダ）が挙げられる。
医薬組成物又は細菌の厳密な投与量は、治療される患者を考慮して個々の医師により選ばれ、一般的には、投与量及び投与は、有効量の細菌剤を治療される患者に提供するように調整されることは、分かるであろう。本明細書で用いられる場合、「有効量」とは、有益な又は所望の生物学的反応を誘発するのに必要な量を意味する。有効量は、１回以上の投与、適用又は投薬で投与可能であり、特定の製剤又は投与経路に限定することは意図されない。当業者であれば分かるであろうが、医薬ユニット、医薬組成物又は細菌株の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される薬剤、標的組織、投与経路などの因子に依存して変動するかもしれない。考慮され得る追加の因子としては、疾患状態の重症度、治療される患者の年齢、体重及び性別、食事、投与時間及び投与頻度、薬剤の組合せ、反応感受性並びに治療に対する耐性／反応が挙げられる。
企図される方法は、細菌のコロニー形成を支持するために特権栄養素を対象に投与することをさらに含むことができる。例示的な特権栄養素としては、ポルフィランなどの海洋性多糖が挙げられる。例えば、本開示の特権栄養素は、本開示の細菌の前、それと同時又はその後に対象に投与することができる。
本明細書に記載の方法及び組成物は、対象において、例えば対象の体液（例えば、血液、血漿、血清若しくは尿）、組織及び／又は細胞で、未治療又は対照の対象のシュウ酸レベルと比べてシュウ酸レベルを少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％又はそれを超えて低減することができる。
企図される方法は、１２時間、２４時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月又は６ヵ月ごとに本開示の細菌又は医薬組成物を対象に投与することを含むことができる。特定の実施形態では、対象への本開示の細菌又は医薬組成物の連続投与間の時間は、１２時間、２４時間、３６時間、４８時間、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間又は４週間を超える。
特定の実施形態では、本開示の細菌及び本開示の特権栄養素、例えばポルフィランなどの海洋性多糖は、同一頻度で対象に投与される。例えば、細菌及び特権栄養素は両方とも、１２時間、２４時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月又は６ヵ月ごとに対象に投与することができる。特定の実施形態では、本開示の細菌及び本開示の特権栄養素、例えばポルフィランなどの海洋性多糖は、異なる頻度で対象に投与される。例えば、細菌は、１２時間、２４時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月又は６ヵ月ごとの対象に投与することができると共に、特権栄養素は、１２時間、２４時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月又は６ヵ月ごとに対象に投与することができる。例えば、特定の実施形態では、細菌は、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月又は６ヵ月ごとに対象に投与され得ると共に、特権栄養素は、１２時間、２４時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日又は７日ごとに対象に投与することができる。
本明細書に記載の方法及び組成物は、単独で又は他の治療剤及び／若しくはモダリティーとの組合せで使用可能である。本明細書で用いられる「組合せで」投与されるという用語は、ある時間点で患者に及ぼす治療剤の効果がオーバーラップするように対象の障害罹患過程で２つ（以上）の異なる治療剤が対象に送達されることを意味するものと理解される。特定の実施形態では、１つの治療剤の送達は、第２の送達が始まるときに依然として行われており、その結果、投与に関してオーバーラップが存在する。これは、本明細書では「同時」又は「並行送達」と呼ばれることもある。他の実施形態では、１つの治療剤の送達は、他の治療剤の送達が始まる前に終わる。いずれの場合でも、特定の実施形態では、治療は、組合せ投与であるためより有効である。例えば、第２の治療剤はより有効であり、例えばより少ない第２の治療剤を用いて均等な効果が見られるか、又は第２の治療剤は、第１の治療剤の不在下で第２の治療剤が投与された場合に見られるよりも大幅に症状を低減するか、又は第１の治療剤を用いた場合と類似の状況が見られる。特定の実施形態では、症状又は障害に関連する他のパラメーターの低減が、１つの治療剤が他の治療剤の不在下で送達された場合に観察されるよりも大きくなるように、送達を行う。２つの治療剤の効果は、部分的に相加性であり得るか、全体的に相加性であり得るか、又は相加性を上回るかもしれない。送達された第１の治療剤の効果が、第２の治療剤が送達されたときに依然として検出可能であるように、送達を行うことが可能である。特定の実施形態では、第１及び／又は第２の治療の副作用は、組合せ投与に起因して低減される。
特定の実施形態では、本明細書に記載の方法又は組成物は、１つ以上の追加の療法との組合せで投与される。特定の実施形態では、企図される追加の療法は、高水分摂取、低食塩、低シュウ酸及び／若しくは高カルシウム食、クエン酸、カルシウム、オルトリン酸及び／若しくはピリドキシン／ビタミンＢ６補給、酵素シュウ酸デカルボキシラーゼ並びに／又は結腸からのシュウ酸の分泌を刺激するペプチドを含むことができる。
本明細書全体を通して、組成物が特定の成分を有する、包含する又は含むとして記載される場合又はプロセス及び方法が特定の工程を有する、包含する又は含むとして記載される場合、加えて、列挙された成分から本質的になる又はそれからなる本開示の組成物が存在すること並びに列挙された処理工程から本質的になる又はそれからなる本開示に係るプロセス及び方法が存在することが企図される。
本願では、要素若しくは成分が、列挙された要素若しくは成分のリストに含まれる及び／又はそれから選択されるといわれる場合、要素若しくは成分は、列挙された要素若しくは成分のいずれか１つであり得るか、又は要素若しくは成分は、列挙された要素若しくは成分の２つ以上からなる群から選択可能であることが理解されるべきである。
さらに、本明細書に記載の組成物又は方法の要素及び／又は特徴は、本明細書で明示的か黙示的かにかかわらず、本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく、さまざまな方法で組合せ可能であることが理解されるべきである。例えば、特定化合物が参照された場合、その化合物は、特に文脈から理解されない限り、本開示の組成物の各種実施形態で及び／又は本開示の方法で使用可能である。言い換えると、本願の範囲内で、実施形態は、明瞭且つ簡潔な適用を書いたり描いたりできるように記載及び描写されているが、本教示及び開示から逸脱することなく、実施形態をさまざまに組み合わせたり、分離することが意図されており、そのことは分かるであろう。例えば、本明細書に記載及び描写される特徴はすべて、本明細書に記載及び描写される本開示のすべての態様に適用可能であることは、分かるであろう。
「～の少なくとも１つ」という表現は、特に文脈及び使用から理解されない限り、その表現の後に列挙された対象の各々を個別に含むこと及び列挙された対象の２つ以上の各種組合せを含むことが理解されるべきである。３つ以上の列挙された対象との関連で「及び／又は」という表現は、特に文脈から理解されない限り、同一の意味を有するものと理解されるべきである。
「包含する（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「包含する（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「包含している」、「有する（ｈａｖｅ）」、「有する（ｈａｓ）」、「有している」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」又は「含有している」という用語の使用は、それらの文法的に均等な表現を含めて、特に明記も文脈から理解もされない限り、一般にオープンエンド且つ非限定的なものとして、例えば列挙されていない追加の要素又は工程を除外しないものとして理解されるべきである。
「約」という用語の使用が定量値の前にある場合、本開示は、特に明記されていない限り、特定の定量値自体も含む。本明細書で用いられる場合、「約」という用語は、特に指定又は推定がされない限り、公称値から±１０％の変動を意味する。
工程の順序又は特定の動作の実施順序は、本開示が使用可能な状態を維持する限り、重要でないことが理解されるべきである。さらに、２つ以上の工程又は動作は、同時に行うことができる。
本明細書のあらゆる例又は例示的な表現、例えば「など」又は「包含する」の使用は、特許請求されない限り、単に本開示をより良く例示することが意図され、本開示の範囲に限定を課さない。本明細書の表現は、いずれの非特許請求要素も本開示の実施に不可欠であることを示唆するものと解釈されるべきではない。
下記の実施例は、単に例示的なものにすぎず、本開示の範囲又は内容を何ら限定することを意図したものではない。
実施例１ － シュウ酸分解バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の構成
シュウ酸ナイーブバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）のメンバーへのシュウ酸分解能の付与は、他の生物からのトランスジーン（例えば、配列番号１～３１）の付加により達成可能である。例えば、ＯｘｌＴ、ＯＸＳ及びＯＸＣを発現する発現カセットを含む構築物は、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）でシュウ酸分解を達成するために使用可能である。例示的なＯｘＩＴコード配列は、配列番号１７～２１で示され、例示的なＯＸＳコード配列は、配列番号１４～１６に示され、且つ例示的なＯＸＣコード配列は、配列番号２２～２６中で示される。企図された構築物は、ＦＣＯＣＴ、ＡＣＯＣＴ又はＳＣＯＣＴを発現する発現カセットをさらに含むことができる。例示的なＦＣＯＣＴコード配列は、配列番号４～８に示され、例示的なＡＣＯＣＴコード配列は、配列番号１～２に示され、且つ例示的なＳＣＯＣＴコード配列は、配列番号２８～３１に示される。ＯＸＳ及び／又はＯＸＣの追加のコピーの発現もシュウ酸分解を改善することができる。
図３は、シュウ酸分解能を有するバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）を発生するために、単独又は組合せで使用可能なさまざまなプラスミド（配列番号６３～６７）を示す。ｐＺＲ７４８（配列番号６３）は、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴのコード配列を含む。ｐＺＲ７５３（配列番号６４）は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴのコード配列を含む。ｐＺＲ７６１（配列番号６５）は、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣのコード配列を含む。ｐＺＲ８５６（配列番号６６）は、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴのコード配列を含む。ｐＺＲ８７８（配列番号６７）は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ及びＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴのコード配列を含む。
シュウ酸異化関連遺伝子の各コピーは、ファージ由来プロモーターＰ＿ＢｆＰ１Ｅ６（配列番号６８）又はその弱化体Ｐ＿ＢｆＰ４Ｅ５（配列番号６９）のいずれかのコピーに作動可能に連結された。Ｐ＿ＢｆＰ２Ｅ５（配列番号８０）及びファージ由来コンセンサス配列にマッチする他のもの（配列番号７０）を含めて、他のプロモーターも使用可能である。酵素の翻訳速度を最適化するために、酵素は、高強度リボソーム結合部位（ＲＢＳ）に結合されたリーダーペプチド（配列番号７８）又は高強度ＲＢＳに結合されたＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼレポーター酵素（配列番号７９）のいずれかに融合された。他のリボソーム結合部位及び翻訳融合体を使用することも可能である。プラスミドは、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）ゲノムのセリンｔＲＮＡ遺伝子の３’末端へのプラスミドのゲノミックインテグレーションを触媒するＮＢＵ２インテグラーゼ遺伝子を担持する。
構築してから、プラスミドは、ＲＫ２接合性プラスミドを担持するエシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｓ１７－１ドナー細胞にトランスフォームされた。ＲＫ２接合機構は、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）を含めてさまざまな種へのＲＰ４伝達起点を担持するプラスミドの接合伝達を可能にする。これらの細胞は、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）レシピエント細胞と混合され、３７℃での一晩インキュベーションのために非選択的ＢＨＩ寒天プレート上にプレーティングされた。その後、プレートはスクレープされ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｓ１７－１とバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）との混合物は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）を抑制して嫌気的条件下で培養するためにゲンタマイシンを有する選択培地に移入された。複数の構築物を単一バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株に送達するために、複数の選択マーカー（例えば、テトラサイクリン、エリスロマイシン又はクロラムフェニコール）を使用可能である。
実施例２ － 液状培養物でのシュウ酸分解のインビトロ試験
実施例１に記載のように構築された工学操作バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）をシュウ酸分解能に関してインビトロアッセイでアッセイした。バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）細胞を一晩培養物から１０又は３０ｍＭ添加シュウ酸ナトリウムを有するＢＨＩＳ液状培地中に１：１０希釈した。培養物を３７℃で嫌気的に一晩インキュベートした。４８時間後、培養物を遠心分離して細胞を分離除去し、分析のために上清を採取した。５９５ｎｍシュウ酸オキシダーゼキット（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，カタログ番号ＭＡＫ３１５－１ＫＴ）を用いてサンプルを分析し、標準曲線と比較してシュウ酸消費速度を計算した。バクテロイデス・ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）ＡＴＣＣ ８４８２のバックグラウンドでプラスミドｐＺＲ７４８（配列番号６３）、ｐＺＲ７５３（配列番号６４）、ｐＺＲ７５３＋ｐＺＲ７６１（配列番号６４、６５）及びｐＺＲ８５６＋ｐＺＲ８７８（配列番号６６、６７）を試験して得られたデータは、図４に示される。このように、各工学操作株のシュウ酸消費は、シュウ酸消費能を示さない野生型と比べて増加した。
実施例３ － バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）への特権栄養素消費の工学操作
多糖利用遺伝子座（ＰＵＬ）は、細菌上の新しい炭水化物を消費する能力を付与する可動ジェネティックエレメントである。ポルフィラン消費バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株単離物ＮＢ００１（配列番号７２）でポルフィラン消費ＰＵＬを同定し、ＰＵＬの６０ｋｂ領域を細菌人工染色体（ＢＡＣ）中にクローニングしてｐＷＤ０３５（配列番号７３）を作製した。ｐＷＤ０３５の内容は図５に示される。
コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｓ１７－１を用いてプラスミドｐＷＤ０３５をＥ．バクテロイデス・ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）ＡＴＣＣ８４８２中にコンジュゲートして株ＮＢ０７５を発生した。海洋性多糖ポルフィランを消費するその能力に関してこの株を試験した。ポルフィラ・イェゾエンシス（Ｐｏｒｐｈｙｒａ ｙｅｚｏｅｎｓｉｓ）ノリ由来の０．２％ポルフィラン抽出物を含有するＳａｌｙｅｒ最少培地中に細胞を一晩培養物から１：５０希釈した。３７℃で嫌気性インキュベーションを１４時間行って、プレートリーダーを用いて細胞成長を表すＯＤ６００を測定した。図６に示される結果は、ポルフィランＰＵＬを受け取った細胞のみが成長のためにポルフィランを消費する能力を獲得したことを実証した。
実施例４ － シュウ酸及び特権栄養素の両方を消費可能な工学操作株
図７は、高効率シュウ酸分解能を有するバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）を発生するために単独又は組合せで使用可能なプラスミド（配列番号７５～７７）を示す。ｐＺＲ０８７９（配列番号７５）は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴのコード配列を含む。ｐＺＲ０９０１（配列番号７６）は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴのコード配列を含む。ｐＺＲ１８７１（配列番号７７）は、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴのコード配列を含む。
株ＮＢ０７５（実施例３に記載）へのプラスミドｐＺＲ０８７９、ｐＺＲ０９０１及びｐＺＲ１８７１のコンジュゲーション及び選択的プレーティングにより、ポルフィラン及びシュウ酸を同時に消費可能な株を発生した。非シュウ酸消費対照株を構築するために、空ベクター（ｐＺＲ１６２２、配列番号７４）も含めた。２つのコンジュゲーション（ｐＺＲ８７９及びｐＺＲ１８７１）では、シュウ酸消費速度の増加した株を見いだすために、約３，０００コロニーを個別選択プレートから単離した。次いで、これらのクローン単離物を実施例１に記載のシュウ酸消費アッセイの修正バージョンに付した。これは、Ｌａｂｃｙｔｅ Ｅｃｈｏ５２５音響液体ハンドリングロボットにより高スループットで行われた。クローン単離物のおよそ０．００１％は、単離物の大部分よりも有意に速いシュウ酸消費速度を実証した外れ値であることが分かった。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｉＳｅｑ１００による全ゲノムシーケンシングを用いて、これらの株がそれらのゲノム中に対象プラスミドの２コピーを保有することを確認した。おそらく、これによりシュウ酸経路遺伝子の発現増加をもたらす。発生した株の詳細を、プラスミドコピー数を含めて表１に示す。
Figure 2022512380000002
４つのシュウ酸消費株（ｓＷＷ１５２、ＮＢ１２０、ｓＷＷ５５４及びｓＷＷ６２６）は、それらのそれぞれのシュウ酸消費速度を比較するためにインビトロのシュウ酸消費アッセイで試験した。各株は、３７℃のＢＨＩＳ培地中で飽和するまで嫌気的に成長させた。次いで、培養物をペレット化し、４ｍＭシュウ酸が補足されたフレッシュＢＨＩＳを用いて出発体積の１／１０で再懸濁した。１０倍濃縮培養物の希釈プレーティングにより、それらは消化管にコロニーを形成させたときにこれらの株が盲腸内で達するおよその存在量である約１×１０１０ｃｆｕ／ｍｌを含有することが示唆された。濃縮培養物を嫌気性チャンバー内に戻し、３７℃でインキュベートした。レギュラーインターバルで、培養物アリコートを嫌気性チャンバーから取り出して氷上に移し、ペレット化、そして上清をフリーズした。次いで、上清アリコートを測定して残留シュウ酸濃度を決定した。結果は図８に示す。予想通り、各株は、上清中シュウ酸濃度を低減し、ｓＷＷ６２６では１５分以内にシュウ酸の７５％を消費した。
実施例５ － ラット盲腸内容物でのシュウ酸消費速度のエクスビボ試験
次に、実施例４に記載の候補シュウ酸／ポルフィラン消費株は、できる限りインビボ条件に近づけでシミュレートするように設計されたエクスビボのシュウ酸消費アッセイに付された。最初に、低シュウ酸食を摂取した複数のスプラーグ・ドーリーラットの盲腸を採取し、内容物を押し出し、ピペッティングを支援するために蒸溜水中に３倍希釈した。４ｍＭの最終濃度になるようにシュウ酸を添加した。次いで、シュウ酸消費株を盲腸中のそれらの予想インビボ存在量にマッチするように１×１０１０ｃｆｕ／ｍｌの最終濃度で添加した。以上に記載されるようにシュウ酸消費を経時的にモニターした。結果を図９に示す。この場合も、各株は、盲腸内容物中のシュウ酸を消費したが、盲腸内容物中のシュウ酸消費速度はＢＨＩＳ培地中の約１／１０であった。
実施例６ － 続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでのインビボ効力
高シュウ酸尿症を治療するためにシュウ酸消費バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株を使用可能であることを実証するために、候補株を続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでインビボ試験に付した。高シュウ酸尿症は、食事性シュウ酸の過剰吸収を引き起こす低カルシウム食を介して誘発した。図１０及び図１１は、それぞれ候補治療株ｓＷＷ１５２及びｓＷＷ５５４の効能を試験するように設計されたインビボ実験の結果をス召す。およそ２００グラムの体重の雄スプラーグ・ドーリーラットを代謝ケージ（Ｔｅｃｎｉｐｌａｓｔ，３７００Ｍ０２２）内に個別に収容し、低カルシウム（＜０．０１％）低シュウ酸ベース食（Ｅｎｖｉｇｏ，ＴＤ．１６０８６９）を摂取させた。２４時間尿を毎日採取し、各実験全体を通して合計シュウ酸を分析した。３日目に開始して継続的に実験の残りを行い、フレッシュホウレンソウの形態で５２μｍｏｌシュウ酸／日（図１０）又は３０μｍｏｌシュウ酸／日（図１１）のいずれかをベース食に添加して高シュウ酸尿症を引き起こした。２日目（図１０）又は７日目（図１１）のいずれかで開始して継続的に実験の残りを行い、７８０ｍｇポルフィラン／日もベース食に添加した。７日目、１０９ｃｆｕを飲料水に添加することにより、シュウ酸を分解できない対照株（図１０のＮＢ０７５若しくは図１１のＮＢ１２４）又は治療シュウ酸分解株（図１０のｓＷＷ１５２若しくは図１１のｓＷＷ５５４）のいずれかを投与した。ｓＷＷ１５２の添加は、対照株と比較して尿中シュウ酸の３２％低減をもたらし（図１０、ｐ＝０．００５）、改善株ｓＷＷ５５４の添加は、対照株と比較して尿中シュウ酸の４６％低減をもたらした（図１１、ｐ＝０．０００３）。対照株及び治療株は両方とも、ポルフィランの存在下において高存在量でラット消化管にコロニーを形成し、数日以内でおよそ３×１０９ｃｆｕ／ｍＬ糞便を構成した（図１２）。これらの結果は、続発性高シュウ酸尿症の齧歯動物モデルで尿中シュウ酸を低下させる工学操作シュウ酸分解バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の能力を実証する。さらに、株ｓＷＷ５５４がｓＷＷ１５２よりも大きい治療効果を有することを考慮して、株のシュウ酸消費速度の増加は、改善されたインビボ効力につながるように思われた。
実施例７ － 続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでのインビボ効力
高シュウ酸尿症を治療するためにシュウ酸消費バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株を使用可能であることを実証するために、候補株を続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでインビボ試験に付した。
エリスロマイシン耐性カセットを含有するようにｓＷＷ６２６（実施例４に記載）を修飾して株ｓＷＷ６２７を作製した。図１３Ａ及び図１３Ｂは、候補治療株ｓＷＷ６２７の効能を試験するように設計されたインビボ実験の結果を示す。
およそ６００グラムの体重の雄スプラーグ・ドーリーラットを代謝ケージ（Ｔｅｃｎｉｐｌａｓｔ，３７０１Ｍ０８１）に個別に収容し、８６μｍｏｌシュウ酸／日／ラットを含有する高脂肪（４０％）ベース食を摂取させた。２４時間尿を毎日採取し、各実験全体を通して合計シュウ酸を分析した。１～２日目にベースライン尿中シュウ酸を測定した。３日目に開始して継続的に実験の残りを行い、ホウレンソウをベース食に添加して高シュウ酸尿症を引き起こした。７日目、株なし、ポルフィランで成長可能であるがシュウ酸消費遺伝子を欠如している対照株（ＮＢ１２４）又はポルフィランで成長可能且つシュウ酸を消費可能な治療株（ｓＷＷ６２７）をラットに接種した。１０９ｃｆｕを飲料水に添加することにより株を投与した。１２日目に開始して、ポルフィランを飲料水に添加し（且つ図１３Ａ及び図１３Ｂに示されるように実験の全過程にわたり増加させた）。
コロニー形成単位（ＣＦＵ）／グラム糞便の計数により測定される株存在量を、図１３Ａに示す。このように、株存在量の増加は、食事の高ポルフィラン濃度に一致した。尿中シュウ酸は図１３Ｂに示されており、このように、株ｓＷＷ６２７の投与は、株なし又は対照株と比べて尿中シュウ酸を低減する。ｓＷＷ６２７による尿中シュウ酸の低減は、食事のポルフィラン濃度の増加に伴って増加した。
実施例８ － 続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでのインビボ効力
高シュウ酸尿症を治療するためにシュウ酸消費バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）株を使用可能であることを実証するために、候補株を続発性高シュウ酸尿症のラットモデルでインビボ試験に付した。
Ｒｏｕｔｅ－ｅｎ－Ｙ胃バイパス（ＲＹＧＢ）手術を介して高シュウ酸尿症をラットに誘発した。ポルフィラン、カルシウム及びホウレンソウを含む食事をラットに摂取させた。各動物の尿を採取し、体積及びシュウ酸濃度を各日測定した。ＥｎｚｙＣｈｒｏｍ Ｏｘａｌａｔｅ Ａｓｓａｙ Ｋｉｔ（ＢｉｏＡｓｓａｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）によりシュウ酸濃度を測定した。ポルフィランで成長可能且つシュウ酸を消費可能な治療株（ｓＷＷ６２７、実施例７に記載）又は対照株をラットに投与した。
結果を図１４に示す。ＲＹＧＢ手術を受けて対照株が経管栄養されたラットは、シャム手術を受けたラットよりも高い尿中シュウ酸レベルを示した。ＲＹＧＢ手術を受けて治療株（ｓＷＷ６２７）が投与されたラットは、対照株が投与されたラットと比べて低減された尿中シュウ酸を示し、ＲＹＧＢ手術の影響を反転させた。
実施例８ － リボソーム結合部位（ＲＢＳ）の工学操作
シュウ酸分解遺伝子の発現をチューニングするために使用可能なＲＢＳ配列のセットを生成するために、合成ライブラリーからリボソーム結合部位（ＲＢＳ）をスクリーニングした。各対象シュウ酸消費遺伝子に対して、１０００超のＲＢＳ配列をライブラリーからスクリーニングした。この場合、縮重配列ＮＮＮＮＮＮＮＮＷＷＷＡＡＡＷＷＴＷＡＮＡＡＡは、各遺伝子の翻訳開始部位のすぐ上流に位置した。各遺伝子は、Ｃ末端でルシフェラーゼタンパク質に翻訳融合された。各ＲＢＳの上流では、Ｐ＿ＢｆＰ１Ｅ６プロモーター（配列番号６８）により転写が駆動された。発現カセットを含有するプラスミドをバクテロイデス・ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）のゲノムにインテグレートし、ユニークＲＢＳの個別クローンをＢＨＩＳ培地中で飽和するまで成長させた。Ｎａｎｏ－Ｇｌｏ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ Ａｓｓａｙ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を用いて各飽和培養物のルミネッセンスを測定した。
図１５Ａは、各指示遺伝子の各クローンのルミネッセンス値を示す。選択されたクローンを単離し、シーケンスして各対象ＲＢＳ配列を決定した。配列番号９６～１０３は、８つの対象ＲＢＳを有するＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳコード配列を示す。配列番号９６～１０３中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８と呼ばれる。配列番号１０４～１１１は、８つの対象ＲＢＳを有するＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳコード配列を示す。配列番号１０４～１１１中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８と呼ばれる。配列番号１１２～１１９は、８つの対象ＲＢＳを有するＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣコード配列を示す。配列番号１１２～１１９中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８と呼ばれる。配列番号１２０～１２７は、８つの対象ＲＢＳを有するＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣコード配列を示す。配列番号１２０～１２７中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８と呼ばれる。配列番号１２８～１３５は、８つの対象ＲＢＳを有するＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴコード配列を示す。配列番号１２８～１３５中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８と呼ばれる。配列番号１３６～１４３は、８つの対象ＲＢＳを有するＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴコード配列を示す。配列番号１３６～１４３中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８と呼ばれる。配列番号１４４～１５１は、８つの対象ＲＢＳを有するＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴコード配列を示す。配列番号１４４～１５１中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８と呼ばれる。配列番号１５２～１６２、１１の対象ＲＢＳを有するコドン最適化Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣコード配列を示す。配列番号１５２～１６２中のＲＢＳは、それぞれＲＢＳ１～８、ＲＢＳ１ｂ、ＲＢＳ２ｂ及びＲＢＳ３ｂと呼ばれる。
以上の配列を用いてプラスミドを再構築し、バクテロイデス・ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）のゲノムに組み込んだ。以上に記載されるように培養物のルミネッセンスをアッセイした。結果は図１５Ｂに示される。
実施例９ － 液状培養物でのシュウ酸分解のインビトロ試験
シュウ酸分解能に関して工学操作バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）をインビトロアッセイでアッセイした。
バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）細胞を一晩培養物から１６ｍＭ添加シュウ酸を有するＢＨＩＳ液状培地に１：１０希釈した。培養物を３７℃で嫌気的にインキュベートした。２０時間後、培養物を遠心分離して細胞を分離除去し、分析のために上清を採取した。５９５ｎｍシュウ酸オキシダーゼキット（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，カタログ番号ＭＡＫ３１５－１ＫＴ）を用いてサンプルを分析し、標準曲線と比較してシュウ酸消費速度を計算した。
試験した株は、ＮＢ１３６（導入されたシュウ酸消費遺伝子を含有しない）、ｓＷＷ１５２（実施例４に記載）、ｓＷＷ６２７（実施例７に記載）及びｓＷＷ１０７７を含んでいた。ＳＷＷ１０７７は、実施例８で同定された工学操作ＲＢＳと共に工学操作シュウ酸消費経路を含む配列番号８２を含有する（ＲＢＳ２－Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ（配列番号１３７）、ＲＢＳ２－Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ（配列番号１１３）、ＲＢＳ２－Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ（配列番号１４５）、ＲＢＳ１－Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ（配列番号１２８）及びＲＢＳ１－Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ（配列番号１０４）を含む）。結果は図１６に示される。このように、各工学操作株のシュウ酸消費は、対照株と比べて増加し、最大シュウ酸消費は、ｓＷＷ１０７７で見られた。
参照による組込み
本明細書で参照される特許文献及び科学文献の各々の開示のすべては、あらゆる目的で参照により組み込まれる。
均等物
本開示は、その趣旨又は本質的特性から逸脱することなく他の特定の形態で具現化され得る。したがって、以上の実施形態は、本明細書に記載の開示を限定するものではなく、あらゆる点で例示的なものであるとみなされる。したがって、本開示の範囲は、以上の説明によってではなく、添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及びその均等性の範囲に含まれる変更形態は、すべて本発明に包含されることが意図される。
配列表
SEQ ID NO: 1 (Acetyl-CoA:oxalate CoA-transferase (ACOCT) from Acetobacter aceti strain 1023; EC 2.8.3.19; UniProt Accession A9X6P9; Aa_CoAT3):

ATGACTGAAACCACGCCAGCAAAACCGAAGGGGCCCTTTGATGGGCTCCTCGTTATTGATCTGACACATGTGCTGAATGGTCCGTTCGGCACAACAATTCTAACAGATCTGGGGGCTCGTACAATCAAGATCGAGCCACCGGGGCATGGGGATGATACGCGTACCTATGGCCCATATGTTGGAGATCAATCGCTTTACTTCTCTTTTGTAAACAGGGGAAAGGAAAGCATTGTCCTTAACCTCAAGGATGAGGGCGATCGAGCGATTTTTCTGGAAATGGTGCGTAAGGCCGATGTGCTGGCGGAAAACTTCCGCCCCGGCGTGATGGACCGTTTGGGTTTCAATTATGAGGAACTGGCAAAGATCAATCCACGGTTGATTTATGCATCTTCATCAGGGTTCGGTCAGACAGGCCCGCTCGCACATTATCCTGCCTACGATACTATTGTGCAGGCCATGAGCGGCATCATGATGGCCACGGGCTTTCCCGATGGTCCGCCAACGCGGGTAGGGGGCACATCGCTTTCTGATCTGTGCGGTGGGGTTTTCATGTTCTGCGGCATTGCCAGTGCGCTTTATGCGCGTGAGCGCACAGGGAAAGGGGCACACATTGATGTTTCAATGTTTGATGGTACCTTGGCATTTTTGCAGCATGCTCTGATGTGCTGGTCTGCTACAGGCAAAGCCCCTGCGCGTATTGGCAATCGCCATCCTTATATGGCGCCTTTTGATGTGTTTCAGGCGCAGGACAAGCCTTTTGTCATCTGTTGTGGGAATGACCATCTTTTTAAGGCGCTTTGCGATGTGATTGGTGCGCCTGAACTGGCGACAGACCCGCGTTTTGTCGAAAATCATGATAGAATGGCCAATAATGATGCGCTGAAAGCTGCATTGGAAAAAGCACTTTCCAAACAGCCAGCGGCGCATTGGCTGGATGTTATTCACAAAGCCGGTGTGCCTGTTGGGCCGTTGCTGGACGTGGCAGAGGCGGCAAATCTGCCACAAACAGCCGCGCGGAATATGCTGATTAAATCTGGCGGGGTGATGATGCCCGGTAACCCGGTGAAAATCAGTGGGTATGATGACCCACATGAACGGCCCGGCGCCCCTAAGCTGGATGAGCAGGGCGCGGCGTTGCGTAAGGAATTTGCCGCACCAGAGGCAAAATGA

SEQ ID NO: 2 (Acetyl-CoA:oxalate CoA-transferase (ACOCT) from Escherichia coli MG1655; EC 2.8.3.19; UniProt Accession P76518; Ec_yfdE):

ATGACAAATAATGAAAGCAAAGGGCCGTTTGAAGGCTTATTAGTTATCGATATGACACATGTCCTTAATGGACCTTTCGGAACTCAACTTCTTTGTAATATGGGCGCAAGGGTAATTAAAGTTGAGCCGCCGGGTCATGGTGATGATACCCGCACATTTGGTCCCTATGTGGATGGACAGTCACTCTATTACAGTTTTATTAATCATGGCAAAGAGAGTGTGGTTCTTGATTTAAAGAATGATCACGATAAAAGTATATTTATAAATATGCTCAAACAAGCTGATGTATTAGCTGAGAATTTTCGCCCAGGTACAATGGAAAAACTGGGGTTTTCATGGGAAACGCTTCAAGAAATCAACCCGCGCCTCATATATGCTTCATCGTCAGGTTTCGGACATACCGGTCCGCTAAAAGATGCTCCTGCCTACGATACCATCATTCAGGCAATGAGCGGGATAATGATGGAAACAGGATATCCTGATGCTCCGCCAGTGCGCGTTGGTACATCTCTTGCGGATCTATGCGGCGGTGTCTATTTATTCAGCGGAATAGTGAGTGCACTTTATGGCCGCGAAAAGAGCCAGAGAGGGGCGCATGTCGATATAGCGATGTTTGATGCCACGCTGAGTTTTCTGGAGCATGGTCTGATGGCATATATCGCAACTGGGAAGTCACCACAACGTCTGGGAAATCGCCATCCCTACATGGCACCTTTTGATGTTTTCAATACTCAGGATAAGCCGATTACGATTTGTTGTGGTAATGACAAGCTTTTTTCTGCGTTATGCCAGGCACTGGAGCTTACGGAACTGGTTAATGATCCCCGATTTAGCAGCAATATTTTACGCGTACAAAACCAGGCTATTCTTAAACAATATATTGAGCGGACGTTAAAAACGCAGGCAGCTGAAGTTTGGTTAGCCAGAATACATGAAGTTGGTGTACCCGTCGCGCCGTTATTAAGTGTGGCTGAGGCCATTAAATTGCCACAAACTCAGGCGAGAAATATGTTGATTGAAGCCGGGGGAATAATGATGCCGGGTAATCCGATAAAAATCAGCGGCTGCGCGGACCCGCATGTTATGCCGGGAGCGGCAACGCTCGACCAGCATGGGGAACAAATTCGCCAGGAGTTCTCATCATAA

SEQ ID NO: 3 (Formate dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae S288C; EC 1.2.1.2; UniProt Accession Q08911; Sc_FDH1):

ATGTCGAAGGGAAAGGTTTTGCTGGTTCTTTATGAAGGTGGTAAGCATGCTGAAGAGCAGGAAAAGTTATTGGGGTGTATTGAAAATGAACTTGGTATCAGAAATTTCATTGAAGAACAGGGATACGAGTTGGTTACTACCATTGACAAGGACCCTGAGCCAACCTCAACGGTAGACAGGGAGTTGAAAGACGCTGAAATTGTCATTACTACGCCCTTTTTCCCCGCCTACATCTCGAGAAACAGGATTGCAGAAGCTCCTAACCTGAAGCTCTGTGTAACCGCTGGCGTCGGTTCAGACCATGTCGATTTAGAAGCTGCAAATGAACGGAAAATCACGGTCACCGAAGTTACTGGTTCTAACGTCGTTTCTGTCGCAGAGCACGTTATGGCCACAATTTTGGTTTTGATAAGAAACTATAATGGTGGTCATCAACAAGCAATTAATGGTGAGTGGGATATTGCCGGCGTGGCTAAAAATGAGTATGATCTGGAAGACAAAATAATTTCAACGGTAGGTGCCGGTAGAATTGGATATAGGGTTCTGGAAAGATTGGTCGCATTTAATCCGAAGAAGTTACTGTACTACGACTACCAGGAACTACCTGCGGAAGCAATCAATAGATTGAACGAGGCCAGCAAGCTTTTCAATGGCAGAGGTGATATTGTTCAGAGAGTAGAGAAATTGGAGGATATGGTTGCTCAGTCAGATGTTGTTACCATCAACTGTCCATTGCACAAGGACTCAAGGGGTTTATTCAATAAAAAGCTTATTTCCCACATGAAAGATGGTGCATACTTGGTGAATACCGCTAGAGGTGCTATTTGTGTCGCAGAAGATGTTGCCGAGGCAGTCAAGTCTGGTAAATTGGCTGGCTATGGTGGTGATGTCTGGGATAAGCAACCAGCACCAAAAGACCATCCCTGGAGGACTATGGACAATAAGGACCACGTGGGAAACGCAATGACTGTTCATATCAGTGGCACATCTCTGGATGCTCAAAAGAGGTACGCTCAGGGAGTAAAGAACATCCTAAATAGTTACTTTTCCAAAAAGTTTGATTACCGTCCACAGGATATTATTGTGCAGAATGGTTCTTATGCCACCAGAGCTTATGGACAGAAGAAATAA

SEQ ID NO: 4 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140; EC 2.8.3.16; UniProt Accession B9X295; Ba_frc):

ATGGCTGACAAAAGCACTGCCCCACTGGCAGGCATCAAGGTAATCGACTGGACGCAGGTTCAGTCTGGCCCTTCGTGCACCCAGATTCTCGCATGGCTGGGCGCCGAGGTCATCAAGCTCGAGAAGGTGCATGGCGGCGACCCGACCCGTAACGAGATGAACGACGTCGACGGCTCGTACTCGCTGTACTTCCTGCAGCTCAACGCCAACAAGAAGTCGATCACGCTCGACATGAAGGACCCGGAAGGCAAGAAGATCCTCACCGACCTGCTCAAGGACGCAGACGTGTTCGTAGAGAACATCGGCCCAGGCGACGTGGAAAAGCTCGGCTTCGGTTGGGACGAGGTCCACAAGATCAACCCGAAGCTCATCATGGCCTCGCTCAAGGGATTCAACCAGGGCAGCCGCTTCGAACATGTCAAGGCCTTCGAGCCTGTCGCCCAGTGCGCAGGCGGCGCTGCTTCGACCACCGGCTGGTGGGAAGGCGACAAGAACATCCCGACGCAGTCCGGCGCTGCCCTTGGTGATTCGAACACCGGTATGCACCTGACGATTGCAATCCTCACCGCACTGCTGCAGCGCGAGCGCACCGGCGAAGGCGTGTTCGTGTACCAGTCCATGCAGAATGCAGTGCTCAACCTATGCCGCATCAAGCTGCGTGATCAGCTCATTCTCGATCACCTACACCAGCTTTCCTACTACGACTGCTACCCGGGCTACAAGTTCGGCAAAGCGATTCCGCGTGCGGCCAATGCCGAGGGCGGACTCGTGCTCGGCTGGTGCTATCGCGCCAAGGGCTGGGAAACCGATCCGAACGCCTATGTGTACATTGTGATTCAGCAGTCGCAGAAGGGATTCGAGAACTTCTGCAACGCCATGGGCTTCCAGGATTGGCTCACCGATCCGAAGTTCAGCACGCCGAACGCTCGCGATGAGCACAAGCAGGAAGTGTACAAGCGCGTCGAGGAATACACGATGCAGTACGACAAGTACACGCTCACCAAGGAACTCGGCGCCAAGGGCGTTCCGGTGGGCCCGGTGCTCGATTGGAACGAACTCGAAAACGATCCGGATCTCAACGAGGATGGCACGCTGATCACGATCGATCAGGGCGACGCCCGCGGCAAGTTCAAGACGATCGGCCTGCCGTTCACGATGAGCAACTATGCGCCGGATTACCAGCGCGCGCCGAAGCTCGGCGAGAACAACGAGGAGATTCTCAAGTCCCTCGGCTACACCGACGAGCAGATCGCCGATCTGGCGACCAAGGGCGTCATCGGCTCGAACGATGGCGTCAAGGCAGACCTCACCGCCGCTCCGGCACAGGCCTGA

SEQ ID NO: 5 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.16; Co_frc1):

ATGCCTGCACAACACACCCATGCCACGCCCGCCGGCCCGCTCGACGGCATCCGCGTGCTCGACCTGACCGCGGTCGTGCTCGGCCCGCTGGCCACGCAGGTGCTGGCCGATTTTGGCGCCGACGTGATCAAGATCGAGGGGCCGGAAGGCGACCTGATGCGCGCCAACGGCGTGTCGCAGCACGCCGGCATGAGCTCGATCTACCTGGCGCTGAACCGCAACAAGCGCTCGGTCGTGCTCGACCTGAAAATCCCCGAGGGCGCCGAAGCGCTGCGCGCGCTGATCGCCGGCGCCGACGTGCTGGTGCACAACATGCGCGTGGCGGCGATCGAGCGGCTTGGTTTTGGCTACGAGGCCGTCGCACGCATCAACCCGCGCATCGTCTACTGCGTCGCCACCGGCTTCGGCCAGGACGGCCCGCACCGCGACAAGCCCGCCTTCGACGACATCATCCAGGCCGGCTGCGGACTGGTGGCGCTGGGCGCCGGCAACGGCGAGCGGCCGGAATACGTGCCCAGCCTGATCGCCGACAAGACCACCGGGCTGGCGCTGGCCAATGCCGTGCTGGCCGCGCTGCTGCACCGCGAACGCCATGGCGTGGGCCAGTCGGTCGAAGTGCCGATGCTGGAAACCATGGCCGCCTTCGTGATGACCGAGCACCTGGGCGGGCTGACCTTCGAGCCCGCCCCCGCCGGCGCGGGCTATGCGCGGCTACTGCAGGGCGGCCGCCGCCCGGCGCCGACGCGCGACGGCTGGATCTGCGCGCTGCCCTATACCGAGCGCCACTGGCATGCCTTCTTCCGCGCGGTGGGTCGCGATGACCTTGCCGACCGTTACGAAGTCGGCGACCGCGCACAGCGCAATGCCAATATCCGCGCGCTGTACGGCCATCTTGCCGAACTGACCCCGGAGCGCAGCACCGCAGAATGGATGGCGCTGTTCGAAGCGCTCGACATCCCCGCCACGCCGATCTACGACCTCGATGCGCTGGTCGACCATCCGCACCTGCGCGCGGTGGGACTGTTCCAGGCCACGCAGCACCCCACCGAAGGCCCGCTGCGCGAAGTGCGCCCGGCCGCGCGCTTCTCGGCCACGCCGCTGTCGTTGCGCCGGCATGCGCCGGCACTGGGCGAACACACCGCCGAAGTCTTGCAGGAAGCCGGCATCGCCCTGCCCGCCGCGCATGCCGGCACACCCGCCGGCGCTCAGGAATAA

SEQ ID NO: 6 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.16; Co_frc2):

ATGAACCTCCCGCTCAACGGCATCAAGATCATCGACTTCACGCACGTCCAGGCCGGCCCCGCGTGCACGCAGCTGCTGGCATGGTTCGGCGCAGACGTCATCAAGGTGGAGCGCCCCGGTTCCGGCGACGTGACGCGCACGCAGCTGCGCGACATCCCGGATGTCGACGCGTTGTACTTCACCATGCTCAACTCCAACAAGCGCAGCCTGACGCTGGACACCAAGAAGCCCGAAGGCAAGAAGATCCTGGAGCAGCTGATCCGCGAGTCGGACGTGCTGGTCGAGAACTTCGGCCCGGGTGCGCTGGACCGCATGGGCTTCTCGTGGGAACGCATCAACGAGCTGAACCCGAAGATGATCGTGGCCTCGGTCAAGGGCTTCAGCGACGGCCATCACTATGAAGACCTGAAGGTCTATGAAAACGTGGCGCAGTGCGCGGGCGGTGCGGCGTCGACCACGGGCTTCTGGGATGGTCCTCCCACCGTTTCCGCAGCGGCGCTCGGCGATTCGAACACCGGCATGCACCTGGCCATCGGCATCCTGACCGCGCTGATCGGCCGCGACAAGACCGGCAAGGGCCAGAAGGTGGCCGTGTCGATGCAGGACGCCGTGCTCAACCTGTGCCGCGTCAAGCTGCGCGACCAGCAGCGCCTGGACCGCCTGGGCTTCCTGGAAGAGTATCCGCAGTACCCGCATGGCAGCTTCAGCGACGTGGTGCCGCGCGGCGGCAACGCTGGCGGCGGCGGCCAGCCGGGCTGGGTGCTGAAGTGCAAGGGCTGGGAAACCGACCCCAACGCCTATATCTACTTCACCATCCAGGGCCATGCCTGGGAGCCGATCTGCAAGGCGCTCGGCAAGCCGGAATGGATCGACGATCCCAACTACGCCACCGCCAAGGCACGCCAGCCGCATATCTTCGATATCTTCAACACCATCGAGGAATGGCTCGCCGACAAGACCAAGTACGAGGCGGTGGACATCCTGCGCAAGCATGACATCCCGTGCTCGCCGGTGCTGTCGATGAAGGAGATCGCGGCCGATCCGTCGCTGCGCGCCAGCGGCAGCATCACCGAGGTGCCACACAAGGAGCGCGGCACGTACCTGACGGTGGGCAGCCCGATCAAGTTCTCCGACCTCAAGCCGGAAATCACGGGTTCGCCGCTGCTGGGCGAGCATAGCGAAGAAGTGCTGGCCGGCCTGGGGTACGGCACGGACGACATCAAGCGCCTGCGCGAGTCCCAGGTGATCTGA

SEQ ID NO: 7 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Escherichia coli MG1655; EC 2.8.3.16; UniProt Accession P69902; Ec_frc):

ATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGA

SEQ ID NO: 8 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Oxalobacter formigenes DSM 4420; EC 2.8.3.16; UniProt Accession O06644; Of_frc):

ATGACTAAACCATTAGATGGAATTAATGTGCTTGACTTTACCCACGTCCAGGCAGGTCCTGCCTGTACACAGATGATGGGTTTCTTGGGCGCAAACGTCATCAAGATTGAAAGACGTGGTTCCGGAGATATGACTCGTGGATGGCTGCAGGACAAACCAAATGTTGATTCCCTGTATTTCACGATGTTCAACTGTAACAAACGTTCGATTGAACTGGACATGAAAACCCCGGAAGGCAAAGAGCTTCTGGAACAGATGATCAAGAAAGCCGACGTCATGGTCGAAAACTTCGGACCAGGCGCACTGGACCGTATGGGCTTTACTTGGGAATACATTCAGGAACTGAATCCACGCGTCATTCTGGCTTCCGTTAAAGGCTATGCAGAAGGCCACGCCAACGAACACCTGAAAGTTTATGAAAACGTTGCACAGTGTTCCGGCGGTGCTGCAGCTACCACCGGTTTCTGGGATGGTCCTCCAACCGTTTCCGGCGCTGCTCTGGGTGACTCCAACTCCGGTATGCACCTGATGATCGGTATTCTGGCCGCTCTGGAAATGCGTCACAAAACCGGCCGTGGTCAGAAAGTTGCCGTCGCTATGCAGGACGCTGTTCTGAATCTGGTTCGTATCAAACTGCGTGACCAGCAACGTCTGGAAAGAACCGGCATTCTGGCTGAATACCCACAGGCTCAGCCTAACTTTGCCTTCGACAGAGATGGTAACCCACTGTCCTTCGACAACATCACTTCCGTTCCACGTGGTGGTAACGCAGGTGGCGGCGGCCAGCCAGGCTGGATGCTGAAATGTAAAGGTTGGGAAACCGATGCGGACTCCTACGTTTACTTCACCATCGCTGCAAACATGTGGCCACAGATCTGCGACATGATCGACAAGCCAGAATGGAAAGACGACCCAGCCTACAACACATTCGAAGGTCGTGTTGACAAGCTGATGGACATCTTCTCCTTCATCGAAACCAAGTTCGCTGACAAGGACAAATTCGAAGTTACCGAATGGGCTGCCCAGTACGGCATTCCTTGCGGTCCGGTCATGTCCATGAAAGAACTGGCTCACGATCCTTCCCTGCAGAAAGTTGGTACCGTCGTTGAAGTTGTCGACGAAATTCGTGGTAACCACCTGACCGTTGGCGCACCGTTCAAATTCTCCGGATTCCAGCCGGAAATTACCCGTGCTCCGCTGTTGGGCGAACATACCGACGAAGTTCTGAAAGAACTGGGTCTTGACGATGCCAAGATCAAGGAACTGCATGCAAAACAGGTAGTTTAA

SEQ ID NO: 9 (Oxalate decarboxylase (OXDC) from Bacteroides subtilis 168; EC 4.1.1.2; UniProt Accession O34714; Bs_oxdC):

ATGAAAAAACAAAATGACATTCCGCAGCCAATTAGAGGAGACAAAGGAGCAACGGTAAAAATCCCGCGCAATATTGAAAGAGATCGGCAAAACCCTGATATGCTCGTTCCGCCTGAAACCGATCATGGCACCGTCAGCAATATGAAGTTTTCATTCTCTGATACTCATAACCGATTAGAAAAAGGCGGATATGCCCGGGAAGTGACAGTACGTGAATTGCCGATTTCAGAAAACCTTGCATCCGTAAATATGCGGCTGAAGCCAGGCGCGATTCGCGAGCTTCACTGGCATAAAGAAGCTGAATGGGCTTATATGATTTACGGAAGTGCAAGAGTCACAATTGTAGATGAAAAAGGGCGCAGCTTTATTGACGATGTAGGTGAAGGAGATCTTTGGTACTTCCCGTCAGGCCTGCCGCACTCCATCCAAGCGCTGGAGGAGGGAGCTGAGTTCCTGCTCGTGTTTGACGATGGATCATTCTCTGAAAACAGCACGTTCCAGCTGACAGATTGGCTGGCCCACACTCCAAAAGAAGTCATTGCTGCGAACTTCGGCGTGACAAAAGAAGAGATTTCCAATTTGCCTGGCAAAGAAAAATATATATTTGAAAACCAACTTCCTGGCAGTTTAAAAGATGATATTGTGGAAGGGCCGAATGGCGAAGTGCCTTATCCATTTACTTACCGCCTTCTTGAACAAGAGCCGATCGAATCTGAGGGAGGAAAAGTATACATTGCAGATTCGACAAACTTCAAAGTGTCTAAAACCATCGCATCAGCGCTCGTAACAGTAGAACCCGGCGCCATGAGAGAACTGCACTGGCACCCGAATACCCACGAATGGCAATACTACATCTCCGGTAAAGCTAGAATGACCGTTTTTGCATCTGACGGCCATGCCAGAACGTTTAATTACCAAGCCGGTGATGTCGGATATGTACCATTTGCAATGGGTCATTACGTTGAAAACATCGGGGATGAACCGCTTGTCTTTTTAGAAATCTTCAAAGACGACCATTATGCTGATGTATCTTTAAACCAATGGCTTGCCATGCTTCCTGAAACATTTGTTCAAGCGCACCTTGACTTGGGCAAAGACTTTACTGATGTGCTTTCAAAAGAAAAGCACCCAGTAGTGAAAAAGAAATGCAGTAAATAA

SEQ ID NO: 10 (Oxalate oxidase (OXO) from Hordeum vulgare; EC 1.2.3.4; UniProt Accession P45850; Hv_OxOx):

ATGTCCGACCCAGACCCACTCCAGGACTTCTGCGTCGCGGACCTCGATGGCAAGGCGGTTTCGGTGAACGGGCATACGTGTAAGCCCATGTCGGAGGCCGGCGACGACTTCCTCTTCTCGTCCAAGCTGACCAAGGCCGGCAACACGTCCACCCCGAACGGCTCGGCCGTGACGGAGCTCGACGTGGCCGAGTGGCCCGGTACGAACACGCTGGGCGTGTCCATGAACCGTGTGGACTTCGCGCCGGGGGGCACCAACCCGCCGCACATCCACCCGCGTGCAACCGAGATCGGCATGGTGATGAAAGGTGAGCTCCTCGTTGGAATCCTCGGCAGCCTTGACTCCGGAAACAAGCTCTACTCCAGGGTGGTGCGTGCCGGAGAGACTTTCGTCATCCCGCGCGGCCTCATGCACTTCCAGTTCAACGTTGGTAAGACGGAAGCCTACATGGTTGTGTCCTTCAACAGCCAGAACCCTGGCATCGTCTTCGTGCCGCTCACACTCTTCGGCTCCGACCCTCCCATCCCCACGCCCGTGCTCACCAAGGCTCTCCGGGTGGAGGCCGGAGTCGTGGAACTTCTCAAGTCCAAGTTCGCCGGTGGGTCTTAA

SEQ ID NO: 11 (Oxalate oxidoreductase (OOR) alpha subunit from Moorella thermoacetica ATCC 39073; EC 1.2.7.10; UniProt Accession Q2RI41; Mt_OORA!):

ATGGGTAAAGTAAGGAATATCTCTGGATGTGTGGCGGTAGCACATGGTGTGCGGTTAGCCGATGTCGACGTTATCTGTTCCTATCCCATCCGGCCTTATACCGGTATCATGTCCGAGCTGGCACGGATGGTTGCCGACGGCGAGTTGGATGCCGAATTTGTCCATGGCGAAGGTGAACACGCCCAGTTGAGTGTCGTTTACGGCGCTTCGGCTGCCGGAGCACGGGTATTCACCGGTAGTTCCGGTGTCGGCGTAACCTATGCCATGGAAGTCTATTCACCTATCTCTGGTGAACGTTTACCGGTACAGATGGCCATTGCCGACCGGACCCTGGACCCGCCCGGTGACTTTGGTGAGGAACATACCGATGCCGAGTGTTGCCGGGACCAGGGCTGGATCCAGGGTTGGGCCTCCACTCCCCAGGAAGCCCTGGATAACACCTTGATTTACTACCGGGTAGGTGAAGACCAGCGGGTCTTGTTGCCCCAGTATGCCTGCCTGGACGGGTACTTCGTCAGCCATATCCTAGGCCCGGTGGATATTCCCGACGAGGCCCAGGTGAAAGAGTTCCTGCCGCCTTACAAGAATCACCATGTCCTCGATCCCAGGAAGCCCCAGATTATCGGCCCTCAAATTGAGCCGGCCATGGGACCTCCCCTCCAATACCAGCGTTACCAGGCCGTTAAAGGCGTGCACAAGGTTCTAGAAGAGGCCTGTGACGAATTCGCCCGGATTTTCGGCCGCAAGTACGATCCCTACCTTGATGAATACCTGACTGACGATGCCGAGGTTATAATCTTCGGCCAGGGCGCCCACATGGAGACTGCTAAAGCGGTAGCCCGGCGCCTGCGCAACCTTGGTGAAAAGGTAGGAGTAGCGCGGCTACGTACCTTCCGGCCCTTCCCGACGGAACAAATTAAAGAGCGACTTTCTAAATTCAAGGCTATTGGTGTCCTCGATGTTTCGGCCAACTTCGGCATTTCCTGCAGCGGCGGCGTCCTCCTGTCCGAACTGCGGGCCGCCCTCTATGACTACGGCGACAAAGTAAAGACCGTAGGCTTTGTAGCCGGCCTAGGCGGCGAAGTCGTCACCCACGATGAGTTCTACCGCATGTTCCAGAAACTAAAGGAGATCGCCAAGACAGGTAAAGTCGAGCAGACCTCTTATTGGATCCCCTTTGAATTATAA

SEQ ID NO: 12 (Oxalate oxidoreductase (OOR) beta subunit from Moorella thermoacetica ATCC 39073; EC 1.2.7.10; UniProt Accession Q2RI42; Mt_OORB):

ATGCTGGATCGGATTGCATCTATTAAAAAGGCACCTGATGAGGAATACTATGTTCCCGGGCATCGTACCTGTGCCGGCTGCGGCCCGGCCCTGACCTATCGCCTGGTGGCCAAAGCCGCCGGTCCCAACACCATCTTCATTGGTCCCACCGGCTGCATGTACGTGGCCAATACCAGCTACGGCTGCGGTCCCTGGCGGGTACCCTGGATCCATGCCCAGATCACCAATGGCGGCGCCGTGGCCTCCGGTATTGAGGCCGCCTATAAGGCTATGATCCGCAAGAAGAAGACCGACGCCGAGTTCCCGAACATTATCGTTATGGCCGGTGATGGCGGCGCCGTCGATATCGGCCTCCAGGCACTGTCGGCCATGCTCTATCGCGGTCATGACGTCCTCTTTATCTGCTACGATAACGAGTCCTATGCCAATACCGGTATTCAGACCTCCCCGACGACGCCCTACGGGGCTAATACGACTTTTACCCCGCCTGGTGAGGTGGTACCGGAGGGCAAGAAGCTCTTCCCGAAGGATAACCCCAAGGTTATCGCCCACGGTCACCCGGAACTGAAGTATGTCGCCACGGCCTCCATCGGCTGGCCGGTAGACCTGATGAACAAGGTCCGTAAGGGCTTAAACCAGGAAGGTCCGGCCTATATCCACATCCACGCTCCTTGCCCCAAGGGCTGGCAGTTCCCGGCCGACAAGACCATTGAAATGGCCAAATTGGCCGTCCAGACGGGCATGTTCCAGCTCTACGAATATGAGAATGGTGAGTATAAACTGTCGGTTAAAGTCGATAAACGGAAACCGGTCAGCGAGTACATGAAACTCCAGAAGCGGTTTGCTCACCTGAAGCCCGAGCATATCGCCAAGATGCAGGCCTTTGTCGACGCCCGCTGCGCTGAAGTAGGTATCACCGTGCCGGTAGTCGCTTCCAACGCTTAA

SEQ ID NO: 13 (Oxalate oxidoreductase (OOR) delta subunit from Moorella thermoacetica ATCC 39073; EC 1.2.7.10; UniProt Accession Q2RI40; Mt_OORD):

ATGTCCACCAAAGATCTCTTTGCTGAACCCAATCTCAAGCAGATTACTGTGTGGGCCCGGGGCGTTGTCATGAACAAGGACGCCCGTGATATCGTGGTGGCCCTGACAGAAGCGGCTGCCAAAGAGGGTAAATATGTTCAGGCCTGGGAGAACTATGTTGACCTCCCCGACCGGATCTACGTCCCGGTAAGGGCCTATGCCCGCATCAGCAGCGATCCCATTGAAAGCAAATACATTTACGAGAATGAGACTCCCGACATTGTTGTTTTAGTTGAAGAATCCCTGATCAAAGGAGTGCCCATACTGAAGGGCATCCGTCCGGGTAGTACCCTGGTTGTAAATACCAAACGTTCCATAGATACTATCCTTGAGTTCCTGGGTGATACCGGCAATCTGGCCCAAATCGTAACGGTGGATGCCAACAGTATGGCCGAGGCTGTCATGACTTTGTCTGGCGCTGAAGGCGCTACTGACGCTACGGGTATTGGCGCCGGCATAGCGGCTCCCATTGCGGGTGCTGTTGTCAAGGCTACAGGTATAGTTGATGTTGAAAACCTCGCCGCTGTGGTCAAGAATCCCGCCGCCATGCGCCGGGGCTATGCGGAAGCCCAGGTGCGCCAGCTGCCGCCCCATGAAGCAGTTGAGGAAGCGGCCGTATCAGCGACTGAATTGTTGAGGCAAATGCCCTTTGCCGGGACGGTTCCCTCACCGGTAACGGAGAATGAGGGCATGGTAACCGGCAACTGGCGCATCCAAAGGCCCATTATCGACCGGGAAGCCTGTACCGAATGTTATACCTGCTGGATCTACTGCCCCGATTCCTGCATCACCAGGACCGAAGAAGGACCGGTATTTAATATGAAGTACTGCAAGGGCTGCGGCCTCTGTACGGCGGTCTGCCCCAGCGGCGCCCTGACTAATGTACCGGAACTTGACTTCAAAGATTAA

SEQ ID NO: 14 (Oxalate--CoA ligase / Oxalyl-CoA synthetase (OXS) from Arabidopsis thaliana col-1; EC 6.2.1.8; UniProt Accession Q9SMT7; At_AAE3):

ATGGATAGCGATACTCTCTCAGGATTATTGGAAAACGTCGCCAAAAAATTCCCCGATCGCCGAGCTCTCTCCGTTTCTGGAAAATTCAATCTCACTCACGCGCGTCTTCACGATCTAATCGAACGCGCCGCTTCACGCCTTGTCTCCGACGCTGGAATCAAACCCGGCGATGTCGTTGCTCTCACCTTCCCTAACACCGTCGAGTTTGTTATAATGTTTTTAGCGGTGATAAGAGCTAGAGCCACGGCGGCGCCGTTGAACGCAGCGTACACGGCGGAGGAATTTGAGTTTTACCTCTCCGATTCAGATTCAAAGCTATTGTTAACCTCTAAAGAAGGAAACGCACCGGCTCAAGAAGCAGCTTCAAAGCTGAAAATCTCTCACGTCACCGCTACGCTGCTTGACGCTGGCTCGGACCTTGTACTATCCGTTGCGGATTCAGATTCCGTCGTTGACTCAGCGACGGAACTCGTTAATCACCCGGACGACGGTGCTCTCTTCCTCCACACTTCTGGCACTACGAGCCGTCCAAAGGGTGTACCGCTTACGCAGCTCAATCTAGCTTCATCCGTCAAGAACATTAAAGCTGTGTACAAGCTTACTGAGTCTGATTCTACGGTGATTGTTCTCCCTCTGTTCCATGTTCATGGATTGTTAGCTGGGTTGCTTAGCTCGCTTGGAGCTGGTGCTGCTGTAACTCTTCCAGCTGCTGGTAGATTCTCAGCAACAACATTTTGGCCAGATATGAAGAAGTATAACGCTACATGGTATACTGCTGTGCCGACCATTCATCAGATCATATTGGACCGCCACGCGAGCCACCCTGAAACGGAATATCCTAAACTCCGGTTCATCAGGAGTTGCAGTGCTTCTTTGGCTCCGGTGATATTGTCCAGGCTTGAGGAAGCGTTTGGAGCACCGGTGCTCGAGGCCTATGCAATGACAGAGGCAACACATTTGATGAGCTCAAACCCCTTACCAGAGGAAGGTCCACACAAGCCTGGGTCTGTTGGGAAACCGGTAGGTCAAGAAATGGCGATCCTTAATGAGAAAGGCGAGATCCAAGAGCCAAATAACAAAGGAGAGGTTTGTATAAGAGGTCCAAATGTGACCAAGGGTTACAAGAATAACCCAGAAGCCAACAAGGCAGGTTTCGAGTTTGGGTGGTTCCACACTGGTGATATCGGTTACTTTGATACCGATGGGTATTTGCATCTGGTGGGTCGGATCAAAGAGCTTATTAACCGTGGAGGTGAGAAGATATCTCCAATTGAAGTGGATGCAGTACTCTTAACGCATCCTGACGTTTCTCAGGGTGTTGCATTCGGTGTTCCTGATGAGAAATATGGGGAAGAGATTAACTGTGCGGTGATTCCAAGAGAAGGAACTACTGTAACCGAAGAGGACATTAAAGCGTTTTGTAAGAAGAATTTGGCAGCTTTCAAGGTGCCAAAGAGAGTGTTCATCACTGATAACCTCCCCAAAACTGCCTCTGGTAAGATTCAGCGCCGTATCGTCGCACAACATTTCCTTGAGAAGCCCTGA

SEQ ID NO: 15 (Oxalate--CoA ligase / Oxalyl-CoA synthetase (OXS) from Methylobacterium extorquens AM1 / DSM 1338; EC 6.2.1.8; UniProt Accession C5APP0; Me_oxs):

ATGACTATGTTATTACCTGAACCATCAGCTTTGTTACCAACAGATTCAAAGGAAGCCTCAGTCCCAGCAACAACATTGCATGAGTTGATACAAGCTGGTGCAGACGCTGCCCCTGCCTTATCTTCTCCAGGAGGAGTACCATTAACCTTTCAAGCATTAAGAGCCTTAACCGAGAGAACCGTCGCCGACTTGAACGCAAGGGGTATTGGTAGAGGTGATAGAGTTGCCATTGTTTTGCCAAATGGACCAGAAATGGCTGCAGCTTTCATTGCAGTAGCAGCCGGTACAACTTCAGCACCTTTAAATCCTTCTTACAAGGCGGACGAATTTGAGTTCTATATGTCAGATTTAGGTGCAAAATTATTATTAGTCGCAGAGGGTTCTGAGACTCCTGCCGTTGCCGTGGCTGAGAAATTGGGTGTTTCAGTAGCTAGATTAAGACCAACTCCAGATGAAGGAGCAGGTTCTTTTACTTTACATTTTGCCTCAGAGTCTACTGGTCCAACCGAAAAGTCAGGTCCTGCAGGTTCAGATGATATAGCTTTGGTATTGCACACATCAGGTACCACATCTAGGCCTAAGATTGTCCCATTGACTCAAGCAAATGTATGCGCATCTGCTAGAAACATTAGGACTGCATTAGCCTTTGGCCCGGAAGATAGAGGATTAAACATAATGCCTTTGTTCCATATACACGGATTAATCGCTGGAATTTTAGCCCCATTATCTGTCGGTGGTCAAGTCTCTTGCACTCCAGGTTTCAACGCATTGAAATTCTTTGGATGGATGGATGAAGTCAATCCAACCTGGTACACCGGAGTACCAACAATGCATCAAGCCATTTTAGGAAGGGCAGCAAGAAATAAAGAAATTATCGCCAGGAACCCTTTAAGATTTATCAGATCTTCTTCATCATCTTTGCCACCACAAGTCATGAAAGAGTTGGAGGAAACCTTCGGTGCTCCTGTTATTGAAGCATACGGAATGACCGAAGCTGCACATCAAATGGCCTCAAACCCATTACCTCCTAAGCCTCACTATGCTGGTTCTGTAGGTTTGGCTGCAGGTCCTGAGATTGCTGTTGTCGACTTAGACGGTGAACCTTTACCAGCTGGAGAGACAGGTGAAATAGTCATAAGAGGTGACAACGTTATGAAGGGTTACGAAAACAACGAGAAGGCAAATGCAGAAGCATTCACCAAGCAGGGTTGGTTCAGAACTGGTGACCAAGGTGTCTTGTCTCCAGAGGGATACTTATCTATCACTGGAAGGTTAAAGGAGATAATCAATAGGGGTGGTGAGAAAATCTCACCAAGAGAAGTAGATGAAATTTTGATGGACCATCCTGCAGTATCACAATGCGTTACATTTGCGGTTCCTCATGATAAATTGGGTGAAGATGTTGCTGCTGCCATCGTCTTAAGGGAGGGTGTTGAAGCCGTTGAAAAGGACATTCGTAGCTTCGCTTCAGAAAGATTAGCAGCATTTAAAGTACCTGCCAAAATCTTAATTTTGGATGAAATCCCAAAAGGTGCCACAGGTAAGTTGCAAAGAATAGGTTTGGCACAGAAATTGGGATTGGTTTAA

SEQ ID NO: 16 (Oxalate--CoA ligase / Oxalyl-CoA synthetase (OXS) from Saccharomyces cerevisiae S288C; EC 6.2.1.8; UniProt Accession P38137; Sc_YBR222C):

ATGACAAGTGCCGCTACTGTTACTGCTTCGTTCAACGATACTTTTAGCGTATCCGATAATGTCGCCGTTATTGTTCCTGAAACGGACACTCAGGTGACCTACAGGGATCTATCCCACATGGTGGGTCACTTCCAGACCATGTTCACAAATCCTAATTCTCCATTGTACGGAGCTGTTTTCAGACAAGATACAGTGGCGATATCCATGCGTAATGGGCTGGAATTTATCGTCGCTTTCCTCGGTGCTACTATGGACGCTAAAATTGGCGCGCCCTTGAATCCCAATTATAAGGAAAAGGAGTTCAATTTTTATTTGAATGACCTGAAATCTAAGGCGATTTGCGTCCCAAAGGGTACCACAAAGTTACAGAGTTCTGAAATTCTAAAATCTGCCTCCACGTTTGGATGTTTTATCGTAGAGCTGGCCTTCGATGCGACCAGGTTTAGGGTAGAGTATGATATATACTCTCCAGAGGACAACTACAAAAGGGTTATTTACCGGTCTTTGAACAACGCCAAATTTGTCAACACAAATCCCGTTAAATTCCCTGGGTTTGCCCGTTCCAGTGACGTTGCCCTGATTTTGCATACCAGTGGTACCACCTCCACTCCAAAAACGGTGCCTTTGTTACATTTGAACATTGTGAGAAGCACGTTGAACATTGCTAACACTTACAAGCTAACGCCCTTGGACAGATCTTATGTCGTGATGCCTCTTTTCCACGTCCATGGGTTAATTGGTGTTTTACTTTCCACTTTTAGAACTCAGGGTTCTGTTGTGGTTCCCGATGGATTCCATCCAAAGTTATTCTGGGACCAATTTGTTAAGTACAACTGTAATTGGTTCAGTTGCGTTCCCACAATAAGCATGATTATGCTGAACATGCCCAAACCAAACCCTTTCCCACACATTAGATTCATCAGATCGTGTTCTTCTGCTTTGGCTCCAGCAACGTTCCATAAGCTGGAGAAGGAATTCAATGCACCTGTCTTGGAGGCCTATGCGATGACCGAAGCATCACATCAAATGACCTCAAACAATCTGCCTCCAGGAAAGAGAAAGCCTGGTACTGTGGGCCAGCCACAAGGAGTCACCGTCGTCATTCTAGATGACAATGACAATGTCTTGCCCCCGGGCAAAGTCGGCGAAGTTTCCATCAGAGGCGAAAACGTCACTTTGGGGTATGCTAATAATCCAAAAGCTAACAAGGAGAACTTCACCAAGAGAGAGAACTATTTCAGAACCGGTGACCAAGGTTATTTCGACCCTGAGGGGTTTTTGGTCCTTACAGGCAGAATCAAAGAGCTTATCAACAGGGGTGGTGAAAAGATTTCACCCATTGAGCTCGACGGCATTATGCTATCGCATCCAAAGATCGATGAAGCCGTTGCATTTGGTGTTCCCGACGATATGTACGGCCAAGTAGTTCAAGCCGCCATTGTTTTGAAGAAGGGAGAAAAAATGACCTACGAAGAACTGGTGAACTTCTTAAAGAAGCACCTAGCCTCTTTCAAAATTCCAACCAAGGTGTACTTTGTTGATAAGCTACCAAAAACCGCTACAGGTAAAATCCAGAGAAGAGTTATCGCAGAAACTTTTGCTAAGAGCAGCAGAAATAAGAGTAAGTTGTAA

SEQ ID NO: 17 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140; UniProt Accession B9X293; Ba_OxlT):

ATGACAAAGATATTGATAGACGACATCATCCCCATCATCGTCATCATGGCGTTGGGCTATGTCTGTGGAAAACTCAGCTACTTCGACAACGATCAGCGTCAGGGCCTCAACAAGCTCGTGCTGAACATCGCCCTCCCTGCCGCACTGTTCATCTCGATCGTCAAGGCGACCCGTGAGATGCTCGCACAGGATGCGGTGCTCACAATTCTCGGCTTCATCGGCATCATCGTGATGTTCATGTTGAGCTACTACCTGTGCCGACTGATGTTCCACCATTCGATCCAGGAAGCGGCCGTATGCGCGTTGATCGCCGGCTCGCCGACCATCGGCTTCCTCGGCTTCGCCGTGCTCGACCCGATCTACGGCGACACCGTGAGCACGAACCTCGTCATCGCGATCATCTCGATCGTCGTCAACGCCGTCACGATTCCGATCGGCATGTATCTGATCAACCTCGGCCAGAGCAAGGATCGCGAGCGCCTGTCGAAGGCCGCCGTCACGAACTCGAAGGGCCAGGTCAGCATCGCCAATCCGAAGGACGATATCGCCGTCGATCCGAACAAGGATGCGAAGACCGACAAGACGGCAGAGGTGATGATCTCCAAGTCGTCGAACATGGGCAAGAAGAAGAACCAGAACCTCGAAGCGCTCATCAACGCACTCAAGCAGCCTGTGTGCTGGGCTCCGCTGCTCGCCATCGTGCTCGTGCTCATCGGCGTGCGCGTGCCGTCCGGTTTCGCTCCCACCTTCGACCTGATTGCCAAAGCGAACTCCGGTGTCGCCGTGCTGGCCGCCGGCCTCGCGCTCTCCACTGTGAAGTTCTCGCTGGGCTGGGAAACGATCTGGAACACGTTCTACCGCTTGATTCTCACCCCTGCGGCATTCCTCGGCGTCGGCCTGCTGCTGGGCATGGGCAGCAATGTGAACAAGCTCTCCATGCTCGTCATGGCTGTGGCCCTGCCGCCTGCATTCTCCGGCATCATCATCTCGAGCCGCTACAACATCTACGTCAAGGAAGGTGCGTCGACCACCGCGGTTTCCACGGTTGCGTTCGCCGTCACCTGCCTGCTGTGGATCTGGCTCGTGCCGCTGTGCTGCCACTGA

SEQ ID NO: 18 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; Co_OxlT1):

ATGAGTAACGCAACGGCAGGGGCCCTGAGCCCCAATCAGGGAGCTTCGGAATCCACGCGCTGGATCCAGCTGCTCGTCGGCGTGGTCTGCATGATCGCCACGGCCAACATCCAGTACGCCTGGACGCTGTTCGTGCCTGAGATCCAGGATACCTACGGCTGGTCACGCGCCAGCATCCAGATTGCCTTTACCGTGTTCGTGCTGGTGCAGACCTGGCTGGCGCCGATCGAGGGCTACTTCATCGACAAGTTCGGGCCGCGCATGATGGTGGCCTTCGGCGCGCTCTTTATCGGCACGGCGTGGGTCATCAACTCGCAGGCGACCACGCTGATGGGCTTCTACGTCGGCGCCGCCGTCGGCGGCCTGGGCGTGGGCTCCATCTACGCGACCTGCATCAACAACGCGCTGAAGTGGTTCCCGGACCGCCGCGGCCTCGCGGTCGGCCTGACCGCCGGCGGCTATGGCGCGGGCTCGGCGGCGACCATCCTGCCGATCGCGGCGATGATCGAGTCGCAGGGTTTCCAGCACACCTTCCTGTTCTTCGGCCTGCTGCAGGGGTCGCTGGCCTTTGTCGCGGCGTGGTTCCTGCGCTCGCCCAAGACCGGCGAGGTGCGGGGGTCGAAGAAGCTGGCCCAGGCCACGCGCGACTACACCCTCAAGGAAGCGCTGTGCACCAGGCTGTTCTGGCTGATGCTGGTGATGTTCGTGCTGGTGGTCACGGGCGGCATGATGGCCGTGGCGCAGCTCGGTGTCATCGCCAAGGACCTTGGCGTGAAGGAATTCCAGGTCGACCTGCACTTCTTCGTGATGGCTGCACTGCCGCTCGCCCTGATGCTGGACCGCATCATGAACGGCATCTCGCGTCCGCTGTTCGGCTGGATCTCGGACAACATCGGCCGTGAAAAGACCATGGTGATCGCCTTTACGCTGGAAGGGCTGGGCATCATCGCGCTGGGCTACTTCGGCAGCAACCCGTACGCCTTCCTGATCCTGTCCGGCGTGGTGTTCCTGGCCTGGGGCGAAGTCTACTCGCTGTTCTCGGCACTGGCGGGCGATGCCTTCGGCACCAAGCACATCGGCAAGATCTACGGCGTGCTGTACACCGCCAAGGGCATCGGCGCACTGTTCGTGCCGATCGGCAACCTGCTGATGGAAGCCACCGGCACGTGGTCGACGGTGCTCTACACGGTGGCGGTGATGGACCTGACCGCGGCGTTCCTTGCCATCATGGTGCTGCGGCCGGTGCTTGCCTCGCACGTTGCGACATCGAGGCAGCGGTTTGCGCAGGAATCTGCCGCGGCCGGCGCGCAAGTGGCGGCTTGA

SEQ ID NO: 19 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; Co_OxlT2):

ATGGAATTGCAGCAGAGGGAGTCCACGTCGCGCTTTGCGTCGCCGTGGGTGCAATTGGTCTTTGGCGTGATCTGCATGGCGATGATCGCCAACATGCAGTACGGCTGGACGCTGTTCGTCAACCCGATCGACGACAAATACCACTGGGGCCGCACCGCGATCCAGGTGGCATTCACCATCTTCGTCGTGACGGAAACCTGGCTGGTACCGATCGAGGGCTACCTCGTCGACAAGTACGGCCCGCGCCCGGTAGTGGTGGGCGGCGGGTTGCTGTGCGCCATCGCGTGGGCGCTGAACTCGGTGGCGTCCTCGCTGCCGATGCTGTACTTCGCGGCCGCAATCGGCGGCGTGGGTGCCGGCGCGGTCTACGGCACCTGCGTGGGCAATGCGCTCAAGTGGTTCCCCAACCGGCGCGGGCTGGCGGCGGGCATTACCGCAGCAGGCTTTGGCGCTGGTTCCGCGATGACCGTGGTGCCGATCGCCAACATGATCAAGACCTCGGGCTATGAAGCCACCTTCCTGTGGTTCGGGCTGGGGCAGGGCCTGATCGTCTTCATCCTCGGCCTGGCCCTGTATCCGCCGTCGGCCAGGATCCTGAGCGAGGTCAAGACCACGCTCAAGGCCGCCGCGACCTACAACGCCACGCCGCGCCAGGTGCTGAAGTCGCCGATCTTCTGGATCATGTACGCCATGTTCGTGATGATGGCCGCCGGCGGGCTGATGGCCACCGCGCAGTTGGGCCCGATCGCCAAGGACTTCGGCCTGCATGACTCGCCGGTGTCGATCCTCGGCCTGACGCTGCCCGCGCTGACCTTCGCGCTGACCATCGACCGCGTGCTCAACGGCCTGACCCGCCCGTTCTTCGGCTGGATCTCCGACCATATCGGCCGCGAGCGCACCATGTTCTTCGCCTTCGCGGTGGAGGCGGTCGGCATCCTGCTGCTGTCCAAGTACGGCCACAACCCGGTGGCGTTCGTGGTGCTGACCGGCATCGTGTTCTTTGCCTGGGGTGAGATCTACAGCCTGTTCCCGGCCACCTGCGGCGATACCTTCGGTCCCAAGTTCGCCGCCACCAACGCCGGCTTGCTGTACACCGCCAAGGGCACGGCTGCGTTGCTGGTGCCGTTCTCCAGCGTGATCACCGCCGCCACCGGCGACTGGCACGCGGTGTTCATGCTCGCCTCCGGCATGGCGGCGCTGTCGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGTGCTCAAGCCGATGCGTGAAGCCCATGCCCGCAAGTATGTCCACGCCAATACCGCGGCGCCGATGGGCTATCGTGCCGTGCAGGAAGACCTGACCTGA

SEQ ID NO: 20 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Escherichia coli MG1655; UniProt Accession P37662; Ec_YhjX):

ATGACACCTTCAAATTATCAGCGTACCCGCTGGCTGACACTCATCGGTACTATCATTACCCAGTTTGCGCTGGGGTCGGTTTATACCTGGAGCCTGTTTAATGGCGCGCTTTCCGCCAAGCTGGATGCGCCGGTAAGCCAGGTCGCTTTCTCTTTCGGCTTGTTAAGTCTGGGGCTGGCAATTTCGTCTTCTGTTGCGGGCAAATTACAGGAACGTTTTGGCGTTAAACGCGTCACCATGGCTTCCGGCATTTTGCTGGGATTAGGCTTCTTCCTGACAGCGCATTCTGACAACCTGATGATGCTGTGGTTAAGCGCCGGTGTGCTGGTGGGACTGGCAGATGGCGCGGGTTATCTGCTGACGCTCTCTAACTGTGTGAAGTGGTTCCCGGAGCGTAAAGGTCTGATCTCCGCGTTCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAGCTGCTGGAAACGGTCGGTCTGGAAAAAACCTTTGTGATTTGGGGAGCGATTGCGCTGTTGATGATTGTTTTCGGCGCAACGTTAATGAAAGACGCACCAAAACAGGAAGTGAAAACCAGCAATGGTGTGGTGGAGAAAGATTACACGCTGGCAGAGTCGATGCGTAAACCGCAGTACTGGATGTTAGCGGTAATGTTCCTGACCGCCTGCATGAGCGGCCTGTACGTGATTGGGGTAGCGAAAGATATCGCCCAAAGTCTGGCACACCTTGATGTGGTTTCCGCAGCCAATGCAGTCACTGTTATTTCCATCGCCAACCTTTCAGGTCGTCTGGTGCTGGGTATTCTGTCTGACAAAATCGCCCGTATCCGTGTTATTACCATTGGTCAGGTGATATCGCTGGTGGGTATGGCGGCCCTGCTGTTTGCACCATTGAATGCAGTGACGTTCTTTGCAGCGATTGCCTGCGTGGCATTTAACTTTGGCGGCACTATTACCGTCTTTCCGTCACTGGTCAGTGAGTTCTTTGGCCTCAATAACCTGGCGAAAAACTACGGTGTGATTTATCTCGGTTTCGGTATCGGTAGCATTTGTGGTTCGATTATCGCCTCACTGTTTGGCGGCTTCTATGTGACCTTCTACGTGATTTTCGCCCTGCTGATTCTGTCATTGGCGCTTTCTACGACGATTCGTCAGCCAGAGCAGAAAATGTTGCGTGAGGCGCATGGCTCCCTTTAA

SEQ ID NO: 21 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Oxalobacter formigenes DSM 4420; UniProt Accession Q51330; Of_oxlT):

ATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAG

SEQ ID NO: 22 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140; EC 4.1.1.8; UniProt Accession B9X297; Ba_oxc):

ATGGTTGATGTAAGTGTAACTGCTACAAGCTCAGACCAGAATCTCACGGATTCTCCCCACTACCTCGCCGAAACGCTCATCAAGAACGGTGTCAAGCATATGTACGGCGTCGTCGGAATCCCGGTCACTGATTTCGCACGTATCGCACAGGGCATGGGCATCCGCTTCATCGGCATGCGCCATGAGGAGGACGCGGTGAACGCTGCCGCTGCCGAAGGATTCCTCACCGGTCGCCCAGCTGTGGCGCTCACCGTTTCCGCGCCGGGCTTCCTCAATGGTCTGGCACCGCTGCTTGAAGCCACCACGAACGGCTTCCCGGTCATCATGATCGGCGGTTCGTCCACTCGCCATGTCGTCGACATGCACGAAGGCGAATACGAAGGCCTCGACCAAATGAACTATGCGAAGCAGTTCTGCAAGGAATCGTTCCGCATCGACAAGATCGAAGACATTCCGCTTGCTGTGGCCCGCGCCATGCACATCGCATGCTCCGGCCGTCCGGGCGGTGTCTACATCGATTTCCCGGACGACGCCGTCGCCCAGACGCTCGACAAGGATGTCGCCGAGTCGCAGCTGTGGGTCGCGAACCAGCCGGCTCCGGCAATGCCGCCGGCGCAGTCCTCTGTGGATGAAGCGCTCAAGCTGCTCTCCGAGGCCAAGAACCCTCTCATGCTTGTGGGCAAGGGTGCGGCGCTGGCCCAGGCCGAGGACGAACTGCGTGAATTCGTCGAGAAGACCGACATGCCATTCCAGCCGATGTCGATGGCCAAGGGCGTCATTCCGGACGATGACCCACACTGCACGGCGAGCTGCCGCGGACTCGCGCTGCGCACCGCCGACGTCGTGCTGCTCGTCGGCGCTCGTCTGAACTGGATGCTCAATTTCGGCGAGGGCAAGGAATGGAACCCGAACGTCAAGTTCATCCAGATCGATATCGACCCGAACGAGATCGAGAACGCCCGTTCCATCGCATGCCCGGTGGTCGGCGACATCAAGTCCGCCATGCAGATGATCAATGCCGGACTCGAGAAGACGCCAGTGAAGGCGTCCGCGCAGTGGCTCGACATGCTCAAGGCCGACGCCGAGAAGAACGATGCCAAGTTCGCCGCCCGCGTGAACTCGAACACCGTGCCGATGGGTCACTACGACGCGCTCGGCGCCATCAAGAAGGTGTACGACCAGCACAAGGACATGATCCTGACCAACGAGGGCGCGAACACGCTCGACGATTGCCGCAACATCATCGACATCTACCAGCCGCGCCATCGTCTAGACTGCGGCACGTGGGGCGTTATGGGCTGCGCGGTCGGCTATTCAATCGGCGCCGCAGTGGCCACCGGCAAGCCTGTCCTGTACGTCGGCGGTGATTCCGGCTTCGGCTTTGACGGCATGGAAGTCGAGGTCGCCTGCCGCTACAATCTGCCGATCACCTTCGTCGTGCTCAACAACGGCGGCATCTACCGCGGCGATTTCGAGAATCTCGGCGACGACGGCGACCCGTCGCCGCTGACGCTGAGCTACGACGCCCACTACGAGCGCATGATCGAGGCGTTCGGCGGCAACGGCTATTACGCGACCACCCCGGCGGAAGTCGAGCAGATGGTCGGCGAGGCCGTCGCCTCCGGCAAGCCGAGCCTCGTGCACGTGCAGCTCGCCGATTATGCGGGCAAGGAGTCCGGGCACATCTCCAACCTGAACCCGAAGCCCGTCGTCGGCCCGCTCGCCACTTCCGAAATGACCGCGAACCCCTACCTCAAGGGCGCCCATATGTGA

SEQ ID NO: 23 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 4.1.1.8; Co_oxc):

ATGGCAGAAGTCGGAAACGAGCTGCAGCGTCACGCCGCGGAAGAGCATCAGGCACAAACCGATGGTTTTCATCTGGTCATCGACGCGCTGAAGCTGAACGGCATCGAAAACATCTACGGCCTGCCCGGCATTCCGGTCACCGACCTGGCTCGGCTGGCGCAGGCAAACGGCATGCGCGTCATCAGCTTCCGCCACGAGCAGAACGCAGGCAACGCCGCAGCGATTGCCGGCTTTCTGACGCAAAAGCCAGGCGTTTGCCTGACCGTGTCTGCGCCAGGGTTCCTGAACGGGCTCACGGCGCTGGCGCATGCGACCACCAACTGCTTCCCGATGATCCTGATCAGCGGCTCGAGCGAGCGCGAGATCGTCGATCTGCAGCAGGGTGACTACGAAGAGATGGACCAGCTGGCCATCGCCCGTCCGCACGCCAAGGCTGCCTTCCGCGTGCTGCACGCCGAAGACATCGGCGTCGGGATCGCGCGTGCCATCCGTGCCGCCGTGTCGGGCCGCCCGGGCGGTGTGTACCTGGACCTGCCGGCCAAGCTGCTGGGCCAGTCGATGGAAGCCGAGAAGGGCCGCAAGTCGCTGATCAAGGTGGTGGATCCGGCCCCGCGCCAGCTGCCTGCTCCGGACTCGGTCGACCGTGCCGTCGCGCTGCTGAAGAGCGCCAAGCGCCCGCTGATCCTGGTAGGCAAGGGTGCTGCGTACGCACGCGCCGAAGCGGATATCCGCACGCTGGTCGAGAAGACGGGCATTCCGTACCTGCCGATGTCGATGGCCAAGGGCCTGTTGCCCGATACGCACCCGCAATCGGCCTCCGCCGCACGCTCGTATGTGCTGGCCGAAGCCGACGTGGTGCTGCTGGTCGGCGCCCGCCTGAACTGGCTGCTGTCGCACGGCAAGGGCAAGACCTGGGGCAAGCCGAAGCAATTCATCCAGATCGACATCGCGCCGACCGAGATGGACAGCAACGTCGCCATCGCCGCGCCGGTCGTGGGTGACATCGGTTCGTGCGTGTCGGCGATCCTCGACAAGGTCGGCGACGACTTTGCCAGGCCGGGCGCCGACTGGCTGAACGCGGTGGCTGACCGCAGGGACACCAACCTGGCGAAGATGGCCGAAACCCTGGCCAGGTCCAGGGACGCCTCGCCGATGAACTTCCACGGTGCGCTCGGCGTGCTGAAGGATGTGGTCAAGGCCAACCCGAACATCTCGTTCGTCAACGAAGGCGCCAACACGCTGGACTACGCCCGTGCCGTGATCGACATGTACGAGCCGCGCAAGCGCCTGGACGTAGGCACCTGGGGCGTGATGGGCGTGGGCATGGGCTACGCGGTCGCCGCCGCGGTCGAAACCGGCAAGCCGGTGCTGGCGCTGTGCGGTGACAGTGCGTTCGGCTTCTCGGGCATGGAAGTCGAAACGATCTGCCGCTACAACCTGCCGGTCTGCATCGTCATTTTCAACAACAACGGCGTCTACAAGGGGATCGACGTGAATCCGACCGGCGGCAGGGATCCGGCGGTCACGACGTTCGTCCCGGGCGCGCGCTACGACAAGATGATGGAAGCGTTCGGTGGTGTCGGTGCCAATGTCACCACGCCGGCGGAACTCGAAGCCGCGGTAAACGAAGCGCTGCGCTCGGGCAAGCCCACGCTGGTCAACGCCGTCATCGACCCGGCTGCCGGCACCGAAAGCGGTCGCCTGACCAATCTGAATCCGCAAAGCTCGGCCAAGAAGTAA

SEQ ID NO: 24 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Escherichia coli MG1655; EC 4.1.1.8; UniProt Accession P0AFI0; Ec_oxc):

ATGTCAGATCAACTTCAAATGACAGATGGTATGCATATCATCGTTGAAGCATTAAAACAGAATAATATTGACACTATTTATGGTGTTGTAGGTATTCCTGTGACGGATATGGCACGCCATGCCCAGGCGGAAGGCATTCGTTATATTGGTTTTCGTCATGAGCAGTCGGCAGGCTATGCCGCTGCGGCAAGCGGTTTTCTTACCCAAAAACCGGGGATCTGCCTGACAGTTTCTGCGCCAGGATTCCTCAATGGTTTGACCGCATTGGCCAACGCAACGGTAAATGGTTTTCCGATGATCATGATTAGCGGCTCCAGCGACCGCGCGATCGTCGACCTACAGCAAGGTGATTATGAAGAGCTGGACCAAATGAATGCGGCAAAACCGTATGCCAAAGCAGCATTTCGCGTTAATCAGCCGCAGGATCTTGGCATTGCATTGGCACGCGCTATCCGGGTTTCTGTATCGGGTCGCCCTGGCGGAGTTTATCTTGATTTGCCAGCAAATGTCCTGGCCGCGACGATGGAAAAAGACGAAGCGTTAACCACGATTGTTAAAGTTGAAAATCCGTCGCCAGCATTATTGCCATGCCCGAAGTCAGTCACTAGCGCAATTTCGCTTTTAGCAAAAGCTGAACGGCCATTAATTATCCTTGGCAAAGGCGCGGCGTATTCACAAGCTGATGAACAGCTTCGTGAATTTATTGAAAGTGCTCAGATTCCATTCCTGCCAATGTCTATGGCGAAAGGGATCCTTGAAGATACGCATCCACTTTCTGCGGCAGCTGCGCGTTCGTTTGCCCTGGCAAATGCTGACGTTGTCATGCTTGTTGGTGCACGACTGAATTGGTTATTGGCACACGGTAAAAAAGGATGGGCGGCAGATACACAGTTTATTCAACTGGATATTGAACCGCAGGAAATTGACAGCAACCGCCCCATTGCTGTGCCAGTCGTTGGTGATATTGCATCCAGTATGCAAGGTATGCTGGCAGAACTGAAACAAAACACATTTACGACTCCACTGGTATGGCGCGATATTTTAAATATCCACAAGCAGCAAAATGCACAAAAAATGCATGAAAAATTAAGTACAGATACTCAACCATTAAATTACTTTAATGCATTAAGTGCTGTGCGCGACGTATTGCGCGAGAACCAGGATATTTATTTAGTTAATGAAGGTGCAAATACCCTGGATAATGCACGAAATATTATTGATATGTATAAACCACGTCGTCGTCTGGATTGTGGTACCTGGGGTGTCATGGGCATCGGTATGGGCTATGCCATCGGTGCTAGCGTGACTTCTGGTTCTCCGGTTGTCGCCATTGAAGGTGATAGTGCTTTTGGTTTCAGTGGGATGGAAATTGAAACGATTTGTCGATATAACCTGCCGGTGACGATCGTTATTTTTAATAATGGCGGCATCTACAGAGGAGATGGTGTTGATCTCAGTGGCGCTGGTGCACCATCACCAACGGATCTGTTGCACCATGCAAGGTATGACAAATTAATGGATGCGTTTCGTGGCGTTGGCTATAACGTCACCACGACAGATGAACTTCGTCATGCTTTAACCACCGGTATTCAGTCGCGCAAACCGACCATTATTAATGTGGTCATCGACCCTGCAGCAGGAACTGAAAGTGGCCATATTACCAAACTTAACCCAAAACAAGTCGCTGGTAATTAA

SEQ ID NO: 25 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Oxalobacter formigenes DSM 4420; EC 4.1.1.8; UniProt Accession P40149; Of_oxc):

ATGAGTAACGACGACAATGTAGAGTTGACTGATGGCTTTCATGTTTTGATCGATGCCCTGAAAATGAATGACATCGATACCATGTATGGTGTTGTCGGCATTCCTATCACGAACCTGGCTCGTATGTGGCAAGATGACGGTCAGCGTTTTTACAGCTTCCGTCACGAACAACACGCAGGTTATGCAGCTTCTATCGCCGGTTACATCGAAGGAAAACCTGGCGTTTGCTTGACCGTTTCCGCCCCTGGCTTCCTGAACGGCGTGACTTCCCTGGCTCATGCAACCACCAACTGCTTCCCAATGATCCTGTTGAGCGGTTCCAGTGAACGTGAAATCGTCGATTTGCAACAGGGCGATTACGAAGAAATGGATCAGATGAATGTTGCACGTCCACACTGCAAAGCTTCTTTCCGTATCAACAGCATCAAAGACATTCCAATCGGTATCGCTCGTGCAGTTCGCACCGCTGTATCCGGACGTCCAGGTGGTGTTTACGTTGACTTGCCAGCAAAACTGTTCGGTCAGACCATTTCTGTAGAAGAAGCTAACAAACTGCTCTTCAAACCAATCGATCCAGCTCCGGCACAGATTCCTGCTGAAGATGCTATCGCTCGCGCTGCTGACCTGATCAAGAACGCCAAACGTCCAGTTATCATGCTGGGTAAAGGCGCTGCATACGCACAATGCGACGACGAAATCCGCGCACTGGTTGAAGAAACCGGCATCCCATTCCTGCCAATGGGTATGGCTAAAGGCCTGCTGCCTGACAACCATCCACAATCCGCTGCTGCAACCCGTGCTTTCGCACTGGCACAGTGTGACGTTTGCGTACTGATCGGCGCTCGTCTGAACTGGCTGATGCAGCACGGTAAAGGCAAAACCTGGGGCGACGAACTGAAGAAATACGTTCAGATCGACATCCAGGCTAACGAAATGGACAGCAACCAGCCTATCGCTGCACCAGTTGTTGGTGACATCAAGTCCGCCGTTTCCCTGCTCCGCAAAGCACTGAAAGGCGCTCCAAAAGCTGACGCTGAATGGACCGGCGCTCTGAAAGCCAAAGTTGACGGCAACAAAGCCAAACTGGCTGGCAAGATGACTGCCGAAACCCCATCCGGAATGATGAACTACTCCAATTCCCTGGGCGTTGTTCGTGACTTCATGCTGGCAAATCCGGATATTTCCCTGGTTAACGAAGGCGCTAATGCACTCGACAACACTCGTATGATTGTTGACATGCTGAAACCACGCAAACGTCTTGACTCCGGTACCTGGGGTGTTATGGGTATTGGTATGGGCTACTGCGTTGCTGCAGCTGCTGTTACCGGCAAACCGGTTATCGCTGTTGAAGGCGATAGCGCATTCGGTTTCTCCGGTATGGAACTGGAAACCATCTGCCGTTACAACCTGCCAGTTACCGTTATCATCATGAACAATGGTGGTATCTATAAAGGTAACGAAGCAGATCCACAACCAGGCGTTATCTCCTGTACCCGTCTGACCCGTGGTCGTTACGACATGATGATGGAAGCATTTGGCGGTAAAGGTTATGTTGCCAATACTCCAGCAGAACTGAAAGCTGCTCTGGAAGAAGCTGTTGCTTCCGGCAAACCATGCCTGATCAACGCGATGATCGATCCAGACGCTGGTGTCGAATCTGGCCGTATCAAGAGCCTGAACGTTGTAAGTAAAGTTGGCAAGAAATAG

SEQ ID NO: 26 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Saccharomyces cerevisiae S288C; EC 4.1.1.8; UniProt Accession P39994; Sc_YEL020C):

ATGACCACGACCGCTACCCAACACTTCGCTCAACTTTTACAAAAATATGGCATCGACACAGTCTTTGGAATTGTGGGCATCCCTATTGTCCAACTAGCGGATACGATGGTTGCCAACGGTATCAAATTCATTCCATGCAGGAACGAACAGGCTGCCTCATATGCAGCCTCTGCTTATGGTTATATTAGTGATAAGCCCGGCGTGTTACTTATTGTCGGGGGCCCCGGTTTAATCCACGCACTGGCTGGTATATACAACTCAATGAGTAATAGGTGGCCTCTTCTAGTAATTGCAGGGAGTTCTTCTCAAAGTGATATACATAAAGGCGGGTTTCAAGAGTTGGATCAAGTTAGTCTTTTGTCCCCATTTTTGAAGTTTACCGGAAAGTTAACCCCTGACAATATTGACATGATTACTCAGAAGGCTTTGAATTACTGTATACAAGGCACTGCAGGGGTTTCTTACATAGACGTCCCTGCAGATTTTATTGAGTATGAAAAACCCTTAGAAGGAAACGACCGTACAGGAAATGAATTACCGATGATATTAACTCCAAACATATGTGGCCCTGATCCGTCGAAGATCAAAAAAGTCGTACAGCTTATTTTGCAACATAAAAATAAAAATATTCTGATTGTTATTGGAAAGGGTGCGGTAAAAAACTCACACGAAATCCGCAGACTAGTAAATACGTTCAATCTACCATTTTTACCCACCCCAATGGCTAAGGGAATTGTCCCAGACTCTTCTCCACTGAACGTTTCATCTGCAAGATCTCAAGCATTGAAAATAGCGGATATTGTTCTTGTTCTCGGGGCAAGATTAAACTGGATATTGCATTTTGGTACTTCACCCAAATGGAACTCAGAATCCATATTCATCCAGTTCGATTCCAATCCCGAAACCTTGGGGGATAACAATGTCTCACCTGGTGCTGACCTTTCCATATGGGGAGATATAGGCTTGAGCGTAACCGCTTTAGTTGAGGAATTGACTCGCCAAGATTCCTGCTGGAAGTATAGTGGTGTTAAGCAAGAAATACGAGAGAAAATTCAACTGAATCAAACTCGTCTATTGAGGAAAGAGAAGACTAGAGGGGCACAATTGAATTACAACCAGGTTTATGGAACATTGAGGCCTCTTATCGATGATTACAGGACAATACTTGTGACGGAGGGAGCAAATACTATGGATATTGCGCGTATTTCATTCCCTACAGACGCTCCAAGGCGCCGTTTAGACGCAGGGACCAACGCGACTATGGGGATTGGGCTCGGATATGCTCTTGCATGCAAGGCATCTCATCCGGAACTCGATGTGGTGCTGATTCAGGGTGATTCCGCATTTGGATTCTCTGCCATGGAAATTGAAACGGCAGTAAGGTGTCAGCTGGCATTGGTCATCGTTGTGATGAACAATAGCGGTATTTACCATGGAGAAAAGGATATAGAGGGTGATTTACCTCCAACGGCACTAAGCAAGAACTGCCGTTACGATCTCGTAGGCAAAGGACTGGGTGCCAATGATTTTTTTGTCAACACAATAAGCGAACTGAGCAGATGCTTCCAACAAGCCGTGCAGCTTTCTCGGACTAAAAGAGAAACAAGTGTCATCAACGTTATCATTGAGCCTGGCGAACAAAAGCAAATTGCCTTTGCCTGGCAGAATAAACCGCGTTTATGA

SEQ ID NO: 27 (Oxalyl-CoA reductase / Glyoxylate:NADP+ oxidoreductase (OXR) from Methylobacterium extorquens AM1 / DSM 1338; EC 1.2.1.17; UniProt Accession C5APN9; Me_PanE):

ATGTCAATTGCCATTGTTGGTGCCGGTGCAATTGGAGGATATTTAGGTGTCAGATTAGCTGAAGCTGGTGAGGATGTTACATTCATAGCTAGATCTAATGCTGCAGCCATACAAGCAGATGGAATGAGATTGATTGAAGAGGATGGGACCGAAATTCACTCTAAATCTGTCAAAGCCACTCGTTCAATGCAAGAAGCAGGAGTTCACGAGGTTGTTTTATTAACAGTTAAGGCACACCAAGTTGGTCCTATAGCTGCCGATTTACATCACTTGATAGGTCCAGACACCGTAGTCGTCACTATGCAGAATGGTATTCCTTGGTGGTACTTTCTAGGTGGATACTCTGGAGATCATGCAGGAACAAGGTTGGAATCAGCTGATCCAGGAGGTTTAATTGCTGATCATTTAGACCCTAAGCATGTCATTGGTTCTGTTGTTTACCCTGCAACTGTATTGACAGACCCAGGTACTGTTAAAGTTATCGAGGGTAATAGGTTTGGTTTGGGAGAATTGGATGGTTCAAAATCTGAAAGAGTTTTAGCCTTATCTCAGAGGTTAGCAAGGGCCGGTTTTAGAGCCCCAGTCACTTCAGACATTAGAGCAGAGATCTGGTTGAAGTTGTGGGGAAATTTATCTTTCAATCCCATTAGCGCCTTAACACATGCAACCTTGGAGGACATCTGTAGATTTCCTGATACTAGGGCTATCGCCGCAGAGATGATGAGAGAGGCCGAAGTCATCGCCAATAAATTGGGTGTAACATTTAGATTAGGAATAGATAAGAGAATAGCTGGAGCTGAAAAGGTCGGTCCACACAAGACCTCTATGTTGCAAGACGTAGAAGCTGGTAGACCAATTGAGTTGGAAGCCTTAGTCGGATCTGTAATCGAATTAGGAAGGTTAACTGGTACTCCTACTCCACATATTGATACAGTCTTTGCTTTGATGAGATTATTGGCCCAATCTTTAGAAAGAGCACAAGGTAGATTGGCTATTCAGGGAGCATAA

SEQ ID NO: 28 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_ACOCT):

ATGACGCAATCCAACCTGCCCGATTTGCCCGACCTGCCGCTGACCGGCCTGCGCGTGATCGATTTCTCGCGCGTGCTGGCCGGCCCCTATTGCACCGCGCTGCTCGGCGACCTCGGCGCCGAGGTGATCAAGGTCGAGCCGCCCGGCGGCGACGACTATCGCGCGGTGGGTCCCTTCGCCGGCGGCAAGAGCGGCCTGTTCTGCGCGATGAACCGCAACAAGCAGAGCATCGTGATCGACCTGAAGACGGAGGACGGCCTGGCTGTCGCCCGCGCGCTGTGCCGCGGTGCCGACGTGGTGGTGGAAAACTTCCGCCCCGGCGTGGCCGACAAGCTTGGCATCGGCTACGCCGCGCTGCGCGAACTGAACCCCTCGCTGGTCTATGCCAGCGTGTCGGGCTTCGGCCAGACCGGCCCGGAATCGCACCGCCCGGCCTACGACATCATCCTGCAGGCGATGTGCGGGCTGATGGACGCCACCGGCGCGCCCGACGGCGCGCCGACCATGCTTGGCGAAGCCGTGTCCGATGCGGTCAGCGGCCTGTTCGCCTCGTGGGGCGTGCTGGCCGCGCTGCTGGCGCGCGAGAAGACAGGGCGCGGCACGCATGTCGATGTGTCGATGTTCGATGCCACGCTCAGCCTCAGCGCCACGCTGGTCGCGCGCTACGCGGCCACCGGGCTGGCGCCGCGGCGCGTGGGCAACCGCCACCCGTCGTCGGCGCCGTTTGGCGCCTACCGCGCCGCGGATGGCTTCTACGTGGTCGCGGTGCTGAACAACAAGCTGTTCCAGGCGCTTGCCGACGCCATCGGCCGGCCCGCGATGGCGCACGACCCGCGCTTTGCCGATGACGAAACGCGCTGCCGCTTCGAGTCCGACCTGCGCGCCATGCTGGAAAACTGGTCGGCCACGCGCACGGTGGCGGAGGTGAACGCAGCGCTCGGCGCCGCCGGCATCCCGGTCGCACCGATCCGCAATGTCAAGGAAGCGCTGGAAAGCGAGCACGCGGCGCATCGCCGCCTGCTGACCGAGGTGCCCGACACGGACGGCGGCACCGTGCGCCTGCCGTCGCAGCCGGTCAAGTTCTCCGCGTACGGCACCAACCGCGTGACGCCCGCGCCGGCACTGGGCCAGCACACCGGGGCCATCCTGGCCGCGCCCGATTTCAGTAATTTCAATAAGGAGAAGCAACATGCATAA

SEQ ID NO: 29 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_CaiB):

ATGGGAGCCTTAAGCCATCTCCGCGTCCTCGACCTGACCCGTGTCCTTGCCGGGCCCTGGTGCGCCCAGAACCTTGCCGACTTCGGCGCCGATGTGATCAAGATCGAGCGCCCCGGCGCCGGCGACGACACCCGCACCTGGGGCCCGCCCTGGCTCAAAGACGAAGACGGCCGCGACACCGCCGAGGCCGCCTACTACCTGGCCGCCAACCGCAACAAGCGCTCGGTCACCTGCGACATCAGCACGCCCGAAGGCCAGCAGATCGTGCGCGACCTCGCCGCGCAGAGCGACGTGGTGCTGGAGAACTACAAGGTCGGCCAACTCAAGAAATACGGGCTGGACTACGAGTCGCTCAGGCAGGTCAAGCCCGACCTGATCTACTGCTCGGTCACCGGCTTCGGCCAGACCGGCCCGTACGCCGCGCGCCCCGGCTATGACTTCATCATCCAGGGCATGGGCGGCTTCATGAGCCTGACCGGCGAGCGCGACGACCTGCCCGGCGGCGGCCCGCAGAAGGCCGGCGTGGCGATTTCCGACCTGATGACGGGCCAGTACGCCACCATCGCCGTGCTGGCGGCGCTGGCGCATCGCGAGCGCACCGGCGAAGGCCAGTACATCGACATGGCGCTGCTGGACGTGCAGGTGGCCATGCTGGCCAACATGAACACCAACTACCTGGCCAGCGGCGAGGCGCCGCGCCGCTGGGGCAATGCGCACCCCAACATCGTGCCCTACCAGACCTTCCAGGCCGCCGACGGCTGGATCATCGTCGCGGTGGGCAACGACGGGCAGTTCCGCAAGTTCGTCACCGACGGCGGCATGCCCGAACTGGCCGACGATCCGCGCTTTGCCAAAAACCCGCAGCGCGTGGCCAACCGCGACGTGCTGGTGCCGATCCTGGCCGAGATGGTGCGCCCGCGCACCCGCGCGCAGTGGATCCGCGACCTGGAAGCCGCGGGCGTGCCGTGCGGCCCGATCAACACGCTCGACGATGTGTTCGAGGACGACCAGGTCAAGGCGCGCGGCCTGCGCGTGGACCTGCCGCACCCCAGCGCCGGCGAGGTCAAGCTGGTCGCCAGCCCGATCAAGATGAGCGCGACGCCGCCGCAGGCGCTGCGCCACCCGCCGCTGCTGGGCGAGCACACCGACACGGTGCTGGCCGAAACCCTGGGCTACAGCGCCGGGCAGATCGCGGCACTTCGCGCAAAAGGTGTGCTGTAA

SEQ ID NO: 30 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_SCACT):

ATGGACAAGGAACGCATTCGCCTGGCGAGGCTGCATGACAAGGTAGTCTCGGCCGACGAGGCCGCCGCGCTGATCCGCGACGGCATGACCGTAGGCATGAGCGGTTTCACCCGCGCGGGCGACTGCAAGGAAGTCCCGTTCGCGCTGGCGCGGCGCGCGGCGACCGAGCCGCTGCGCATCACCCTGATGACGGGCGCCTCGCTCGGCAACGACATCGACCGCGTCCTGGCCGAGGCCGACGTGATCGCGCGCCGCCTGCCGTTCCAGTCCGATGGCACGCTGCGCCGCAAGATCAACGCCGGCGAGGTGATGTTCATCGACCAGCACCTGTCCGAAACCGTCGAGCAGCTGCGTTCCGGCCAGATCGCGCCGGTGGACGTGGCGGTGGTCGAGGCCGTGGCGATTACCGAGCAGGGCGGCATCATCCCCAGCACCTCGGTGGGCAATTCGGCAAGCTTTGCCATGCTGGCGCGCAAGGTGATCGTCGAGATCAACATGAACATGCCGCTGGAGCTGGAAGGGCTGCACGACATCTATTTCCCGGTCCAGCGCCCGTACCGCCAGCCGATCCCGCTGATCGCGCCGGAACAGCGCATCGGACTCCCGTATATTCCGATCGATCCGGAGAAGATTGCCGCCATCGTCATCACCGCCAAGGACGACAGCCCGTCCAATGCGCTGCCGCCGGACGACGAAACCCGCAGCATCGCCGGCCACCTCAATGACTTCCTGCTGCGCGAAGTGCGCGCGGGCAAGCTGTCGCCGTCGCTGCAGCCGCTGCAGGCCGGCATCGGCACCATTGCCAATGCCGTGCTGCACGGGCTGGTCGAGTCGCCGTTCCGCGACCTGAAGATGTATTCCGAGGTGCTGCAGGACAGCACCATCGAGTTGCTCGATGCGGGCCGGCTGTCGTTCGCGTCGGCGTCGTCGGTGACGCTGACGCGCGAGGTCTACCAGCGCTTCCTGTCGAACCTGGACCGCTACCGTTCGCGCCTGCTGCTGCGCCCGCAGGAGATCAGCAACCATCCCGAGATCCTGCGCCGGCTGGGGCTGATCACCATCAACACCGCGCTGGAGTGCGACATCTACGGCAACGTCAACTCCACGCATGTGGGTGGCACGCACATGATGAACGGCATCGGCGGCTCCGGCGACTTTGCGCGCAATGCGCACGTGTCGGTGTTCGTGACCAAGTCGGTGGCCAAGGGCGGCGAAGTCTCGAGCATCGTGCCGATGGTGGCGCACGTGGACCACACCGAGCACGATGTCGACATCATCGTCACCGAGCACGGCCTGGCCGACCTGCGCGGCCTGGCACCGCGCGAGCGCGCGCGCACCGTCATCGCCAATTGCGCCGATCCGCAATACCGCGAGTTGCTGGGCGACTATTTCCGCCGCGCCAGCGCCCACGGCGGCCAGACGCCGCACCTGCTGGAAGAGGCGTTGTCCTGGCATGTCGGCTTGCGCGATCGCGGCACCATGCGGTCCGCACAGCCGGCGCAGGCCCTGGCTGCCTGA

SEQ ID NO: 31 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_SCMCT):

ATGGTCAACGAAGCGAACAAGGAAAAGATGCCGCTGCAAGGCGTGCGCGTGTTGGAGCTGGGATCGCTGATCGCCGGCCCGTATGCCGGCGGCCTGCTCGCCCAGTTCGGCGCCGAGGTGCTGAAGATCGAAGCGCCGGGCGAAGGCGATCCGCTGCGCAAATGGCGCAAGCTGTACGAGGGCACCTCGCTGTGGTGGTACAGCCAGAGCCGCAACAAGAAGTCGCTGACGCTGGACCTGCGCAGCGCGCAAGGCCAGGACATCGTGCGCAAGCTGGTGGCCGGCGCCGATATCGTGATCGAGAACTTCCGCCCCGGCACGCTGGAGAAATGGGGCCTGGGCTGGGAAGACCTGCGCAAGGTGAATCCGGCCCTGGTCATGGTGCGCATTTCCGGCTATGGCCAGACCGGCCCCTACAAGGACCGCCCGGGGTTTGCCGCGATCGCGGAATCGATGGGCGGGCTGCGCTATGTCAGCGGCTACCCCGACCGGCCGCCGGTGCGGTCCGGCGTCAGCATCGGCGACACGCTGGCGTCGCTGTACGGCGTGATCGGCGCGCTGCTGGCCATGCACCATCTGCGCAACAACGATGGCGAAGGGCAGTTTGTGGACGTGGCCCTGTACGAGTCGGTCTTTGCCGTGATGGAAAGCCTGGTGCCGGAGTTCGACAAGTTCGGCCATGTGCGCGAGCGTTCCGGCGCCAGCCTCCCCGGCATTTCGCCGTCGAACACATATCCCTGCCAGGATGGACAGTACGTGATCATCGCGGGCAATGGCGACGCCATCTTCCGGCGCTTCATGACGGCGATCGGCCGCGACGACCTCGGCCAGGATCCGCGCCTGGCTCACAACGATGGCCGCGTGCAGCACAACGCCATGCTCGACGACGCCATCGCCGCATGGACCGCCGCGCACGACCTCGACACCGTGCTGGCGACGCTGGAAGCCGCGGCGGTGCCTTGCGGGCGCATCTACACCGCGCAGGACATCTGCAGCGACCCCCACTACAGTGCGCGCGGCATGATCGAGCCGCACCAGCTTCCGGACGGCTCGCCGCTGGCCCTGTCGGGCATCGTGCCCAGGCTCAGTGAAACCCCCGGGCGTACCAACTGGATCGGCCCGGCGCTGGGCGAGCACACCGAAGAGATCCTGGCGGGCATCGGCATTGCCGGCGCCGAATTCCGCGCGCTGCGCGAGGCCGGCGTGGTCTGA

SEQ ID NO: 32 (Acetyl-CoA:oxalate CoA-transferase (ACOCT) from Acetobacter aceti strain 1023; EC 2.8.3.19; UniProt Accession A9X6P9; Aa_CoAT3):

MTETTPAKPKGPFDGLLVIDLTHVLNGPFGTTILTDLGARTIKIEPPGHGDDTRTYGPYVGDQSLYFSFVNRGKESIVLNLKDEGDRAIFLEMVRKADVLAENFRPGVMDRLGFNYEELAKINPRLIYASSSGFGQTGPLAHYPAYDTIVQAMSGIMMATGFPDGPPTRVGGTSLSDLCGGVFMFCGIASALYARERTGKGAHIDVSMFDGTLAFLQHALMCWSATGKAPARIGNRHPYMAPFDVFQAQDKPFVICCGNDHLFKALCDVIGAPELATDPRFVENHDRMANNDALKAALEKALSKQPAAHWLDVIHKAGVPVGPLLDVAEAANLPQTAARNMLIKSGGVMMPGNPVKISGYDDPHERPGAPKLDEQGAALRKEFAAPEAK

SEQ ID NO: 33 (Acetyl-CoA:oxalate CoA-transferase (ACOCT) from Escherichia coli MG1655; EC 2.8.3.19; UniProt Accession P76518; Ec_yfdE):

MTNNESKGPFEGLLVIDMTHVLNGPFGTQLLCNMGARVIKVEPPGHGDDTRTFGPYVDGQSLYYSFINHGKESVVLDLKNDHDKSIFINMLKQADVLAENFRPGTMEKLGFSWETLQEINPRLIYASSSGFGHTGPLKDAPAYDTIIQAMSGIMMETGYPDAPPVRVGTSLADLCGGVYLFSGIVSALYGREKSQRGAHVDIAMFDATLSFLEHGLMAYIATGKSPQRLGNRHPYMAPFDVFNTQDKPITICCGNDKLFSALCQALELTELVNDPRFSSNILRVQNQAILKQYIERTLKTQAAEVWLARIHEVGVPVAPLLSVAEAIKLPQTQARNMLIEAGGIMMPGNPIKISGCADPHVMPGAATLDQHGEQIRQEFSS

SEQ ID NO: 34 (Formate dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae S288C; EC 1.2.1.2; UniProt Accession Q08911; Sc_FDH1):

MSKGKVLLVLYEGGKHAEEQEKLLGCIENELGIRNFIEEQGYELVTTIDKDPEPTSTVDRELKDAEIVITTPFFPAYISRNRIAEAPNLKLCVTAGVGSDHVDLEAANERKITVTEVTGSNVVSVAEHVMATILVLIRNYNGGHQQAINGEWDIAGVAKNEYDLEDKIISTVGAGRIGYRVLERLVAFNPKKLLYYDYQELPAEAINRLNEASKLFNGRGDIVQRVEKLEDMVAQSDVVTINCPLHKDSRGLFNKKLISHMKDGAYLVNTARGAICVAEDVAEAVKSGKLAGYGGDVWDKQPAPKDHPWRTMDNKDHVGNAMTVHISGTSLDAQKRYAQGVKNILNSYFSKKFDYRPQDIIVQNGSYATRAYGQKK

SEQ ID NO: 35 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140; EC 2.8.3.16; UniProt Accession B9X295; Ba_frc):

MADKSTAPLAGIKVIDWTQVQSGPSCTQILAWLGAEVIKLEKVHGGDPTRNEMNDVDGSYSLYFLQLNANKKSITLDMKDPEGKKILTDLLKDADVFVENIGPGDVEKLGFGWDEVHKINPKLIMASLKGFNQGSRFEHVKAFEPVAQCAGGAASTTGWWEGDKNIPTQSGAALGDSNTGMHLTIAILTALLQRERTGEGVFVYQSMQNAVLNLCRIKLRDQLILDHLHQLSYYDCYPGYKFGKAIPRAANAEGGLVLGWCYRAKGWETDPNAYVYIVIQQSQKGFENFCNAMGFQDWLTDPKFSTPNARDEHKQEVYKRVEEYTMQYDKYTLTKELGAKGVPVGPVLDWNELENDPDLNEDGTLITIDQGDARGKFKTIGLPFTMSNYAPDYQRAPKLGENNEEILKSLGYTDEQIADLATKGVIGSNDGVKADLTAAPAQA

SEQ ID NO: 36 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.16; Co_frc1):

MPAQHTHATPAGPLDGIRVLDLTAVVLGPLATQVLADFGADVIKIEGPEGDLMRANGVSQHAGMSSIYLALNRNKRSVVLDLKIPEGAEALRALIAGADVLVHNMRVAAIERLGFGYEAVARINPRIVYCVATGFGQDGPHRDKPAFDDIIQAGCGLVALGAGNGERPEYVPSLIADKTTGLALANAVLAALLHRERHGVGQSVEVPMLETMAAFVMTEHLGGLTFEPAPAGAGYARLLQGGRRPAPTRDGWICALPYTERHWHAFFRAVGRDDLADRYEVGDRAQRNANIRALYGHLAELTPERSTAEWMALFEALDIPATPIYDLDALVDHPHLRAVGLFQATQHPTEGPLREVRPAARFSATPLSLRRHAPALGEHTAEVLQEAGIALPAAHAGTPAGAQE

SEQ ID NO: 37 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.16; Co_frc2):

MNLPLNGIKIIDFTHVQAGPACTQLLAWFGADVIKVERPGSGDVTRTQLRDIPDVDALYFTMLNSNKRSLTLDTKKPEGKKILEQLIRESDVLVENFGPGALDRMGFSWERINELNPKMIVASVKGFSDGHHYEDLKVYENVAQCAGGAASTTGFWDGPPTVSAAALGDSNTGMHLAIGILTALIGRDKTGKGQKVAVSMQDAVLNLCRVKLRDQQRLDRLGFLEEYPQYPHGSFSDVVPRGGNAGGGGQPGWVLKCKGWETDPNAYIYFTIQGHAWEPICKALGKPEWIDDPNYATAKARQPHIFDIFNTIEEWLADKTKYEAVDILRKHDIPCSPVLSMKEIAADPSLRASGSITEVPHKERGTYLTVGSPIKFSDLKPEITGSPLLGEHSEEVLAGLGYGTDDIKRLRESQVI

SEQ ID NO: 38 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Escherichia coli MG1655; EC 2.8.3.16; UniProt Accession P69902; Ec_frc):

MSTPLQGIKVLDFTGVQSGPSCTQMLAWFGADVIKIERPGVGDVTRHQLRDIPDIDALYFTMLNSNKRSIELNTKTAEGKEVMEKLIREADILVENFHPGAIDHMGFTWEHIQEINPRLIFGSIKGFDECSPYVNVKAYENVAQAAGGAASTTGFWDGPPLVSAAALGDSNTGMHLLIGLLAALLHREKTGRGQRVTMSMQDAVLNLCRVKLRDQQRLDKLGYLEEYPQYPNGTFGDAVPRGGNAGGGGQPGWILKCKGWETDPNAYIYFTIQEQNWENTCKAIGKPEWITDPAYSTAHARQPHIFDIFAEIEKYTVTIDKHEAVAYLTQFDIPCAPVLSMKEISLDPSLRQSGSVVEVEQPLRGKYLTVGCPMKFSAFTPDIKAAPLLGEHTAAVLQELGYSDDEIAAMKQNHAI

SEQ ID NO: 39 (Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase (FCOCT) from Oxalobacter formigenes DSM 4420; EC 2.8.3.16; UniProt Accession O06644; Of_frc):

MTKPLDGINVLDFTHVQAGPACTQMMGFLGANVIKIERRGSGDMTRGWLQDKPNVDSLYFTMFNCNKRSIELDMKTPEGKELLEQMIKKADVMVENFGPGALDRMGFTWEYIQELNPRVILASVKGYAEGHANEHLKVYENVAQCSGGAAATTGFWDGPPTVSGAALGDSNSGMHLMIGILAALEMRHKTGRGQKVAVAMQDAVLNLVRIKLRDQQRLERTGILAEYPQAQPNFAFDRDGNPLSFDNITSVPRGGNAGGGGQPGWMLKCKGWETDADSYVYFTIAANMWPQICDMIDKPEWKDDPAYNTFEGRVDKLMDIFSFIETKFADKDKFEVTEWAAQYGIPCGPVMSMKELAHDPSLQKVGTVVEVVDEIRGNHLTVGAPFKFSGFQPEITRAPLLGEHTDEVLKELGLDDAKIKELHAKQVV

SEQ ID NO: 40 (Oxalate decarboxylase (OXDC) from Bacteroides subtilis 168; EC 4.1.1.2; UniProt Accession O34714; Bs_oxdC):

MKKQNDIPQPIRGDKGATVKIPRNIERDRQNPDMLVPPETDHGTVSNMKFSFSDTHNRLEKGGYAREVTVRELPISENLASVNMRLKPGAIRELHWHKEAEWAYMIYGSARVTIVDEKGRSFIDDVGEGDLWYFPSGLPHSIQALEEGAEFLLVFDDGSFSENSTFQLTDWLAHTPKEVIAANFGVTKEEISNLPGKEKYIFENQLPGSLKDDIVEGPNGEVPYPFTYRLLEQEPIESEGGKVYIADSTNFKVSKTIASALVTVEPGAMRELHWHPNTHEWQYYISGKARMTVFASDGHARTFNYQAGDVGYVPFAMGHYVENIGDEPLVFLEIFKDDHYADVSLNQWLAMLPETFVQAHLDLGKDFTDVLSKEKHPVVKKKCSK

SEQ ID NO: 41 (Oxalate oxidase (OXO) from Hordeum vulgare; EC 1.2.3.4; UniProt Accession P45850; Hv_OxOx):

MSDPDPLQDFCVADLDGKAVSVNGHTCKPMSEAGDDFLFSSKLTKAGNTSTPNGSAVTELDVAEWPGTNTLGVSMNRVDFAPGGTNPPHIHPRATEIGMVMKGELLVGILGSLDSGNKLYSRVVRAGETFVIPRGLMHFQFNVGKTEAYMVVSFNSQNPGIVFVPLTLFGSDPPIPTPVLTKALRVEAGVVELLKSKFAGGS

SEQ ID NO: 42 (Oxalate oxidoreductase (OOR) alpha subunit from Moorella thermoacetica ATCC 39073; EC 1.2.7.10; UniProt Accession Q2RI41; Mt_OORA!):

MGKVRNISGCVAVAHGVRLADVDVICSYPIRPYTGIMSELARMVADGELDAEFVHGEGEHAQLSVVYGASAAGARVFTGSSGVGVTYAMEVYSPISGERLPVQMAIADRTLDPPGDFGEEHTDAECCRDQGWIQGWASTPQEALDNTLIYYRVGEDQRVLLPQYACLDGYFVSHILGPVDIPDEAQVKEFLPPYKNHHVLDPRKPQIIGPQIEPAMGPPLQYQRYQAVKGVHKVLEEACDEFARIFGRKYDPYLDEYLTDDAEVIIFGQGAHMETAKAVARRLRNLGEKVGVARLRTFRPFPTEQIKERLSKFKAIGVLDVSANFGISCSGGVLLSELRAALYDYGDKVKTVGFVAGLGGEVVTHDEFYRMFQKLKEIAKTGKVEQTSYWIPFEL

SEQ ID NO: 43 (Oxalate oxidoreductase (OOR) beta subunit from Moorella thermoacetica ATCC 39073; EC 1.2.7.10; UniProt Accession Q2RI42; Mt_OORB):

MMDRIASIKKAPDEEYYVPGHRTCAGCGPALTYRLVAKAAGPNTIFIGPTGCMYVANTSYGCGPWRVPWIHAQITNGGAVASGIEAAYKAMIRKKKTDAEFPNIIVMAGDGGAVDIGLQALSAMLYRGHDVLFICYDNESYANTGIQTSPTTPYGANTTFTPPGEVVPEGKKLFPKDNPKVIAHGHPELKYVATASIGWPVDLMNKVRKGLNQEGPAYIHIHAPCPKGWQFPADKTIEMAKLAVQTGMFQLYEYENGEYKLSVKVDKRKPVSEYMKLQKRFAHLKPEHIAKMQAFVDARCAEVGITVPVVASNA

SEQ ID NO: 44 (Oxalate oxidoreductase (OOR) delta subunit from Moorella thermoacetica ATCC 39073; EC 1.2.7.10; UniProt Accession Q2RI40; Mt_OORD):

MSTKDLFAEPNLKQITVWARGVVMNKDARDIVVALTEAAAKEGKYVQAWENYVDLPDRIYVPVRAYARISSDPIESKYIYENETPDIVVLVEESLIKGVPILKGIRPGSTLVVNTKRSIDTILEFLGDTGNLAQIVTVDANSMAEAVMTLSGAEGATDATGIGAGIAAPIAGAVVKATGIVDVENLAAVVKNPAAMRRGYAEAQVRQLPPHEAVEEAAVSATELLRQMPFAGTVPSPVTENEGMVTGNWRIQRPIIDREACTECYTCWIYCPDSCITRTEEGPVFNMKYCKGCGLCTAVCPSGALTNVPELDFKD

SEQ ID NO: 45 (Oxalate--CoA ligase / Oxalyl-CoA synthetase (OXS) from Arabidopsis thaliana col-1; EC 6.2.1.8; UniProt Accession Q9SMT7; At_AAE3):

MDSDTLSGLLENVAKKFPDRRALSVSGKFNLTHARLHDLIERAASRLVSDAGIKPGDVVALTFPNTVEFVIMFLAVIRARATAAPLNAAYTAEEFEFYLSDSDSKLLLTSKEGNAPAQEAASKLKISHVTATLLDAGSDLVLSVADSDSVVDSATELVNHPDDGALFLHTSGTTSRPKGVPLTQLNLASSVKNIKAVYKLTESDSTVIVLPLFHVHGLLAGLLSSLGAGAAVTLPAAGRFSATTFWPDMKKYNATWYTAVPTIHQIILDRHASHPETEYPKLRFIRSCSASLAPVILSRLEEAFGAPVLEAYAMTEATHLMSSNPLPEEGPHKPGSVGKPVGQEMAILNEKGEIQEPNNKGEVCIRGPNVTKGYKNNPEANKAGFEFGWFHTGDIGYFDTDGYLHLVGRIKELINRGGEKISPIEVDAVLLTHPDVSQGVAFGVPDEKYGEEINCAVIPREGTTVTEEDIKAFCKKNLAAFKVPKRVFITDNLPKTASGKIQRRIVAQHFLEKP

SEQ ID NO: 46 (Oxalate--CoA ligase / Oxalyl-CoA synthetase (OXS) from Methylobacterium extorquens AM1 / DSM 1338; EC 6.2.1.8; UniProt Accession C5APP0; Me_oxs):

MTMLLPEPSALLPTDSKEASVPATTLHELIQAGADAAPALSSPGGVPLTFQALRALTERTVADLNARGIGRGDRVAIVLPNGPEMAAAFIAVAAGTTSAPLNPSYKADEFEFYMSDLGAKLLLVAEGSETPAVAVAEKLGVSVARLRPTPDEGAGSFTLHFASESTGPTEKSGPAGSDDIALVLHTSGTTSRPKIVPLTQANVCASARNIRTALAFGPEDRGLNIMPLFHIHGLIAGILAPLSVGGQVSCTPGFNALKFFGWMDEVNPTWYTGVPTMHQAILGRAARNKEIIARNPLRFIRSSSSSLPPQVMKELEETFGAPVIEAYGMTEAAHQMASNPLPPKPHYAGSVGLAAGPEIAVVDLDGEPLPAGETGEIVIRGDNVMKGYENNEKANAEAFTKQGWFRTGDQGVLSPEGYLSITGRLKEIINRGGEKISPREVDEILMDHPAVSQCVTFAVPHDKLGEDVAAAIVLREGVEAVEKDIRSFASERLAAFKVPAKILILDEIPKGATGKLQRIGLAQKLGLV

SEQ ID NO: 47 (Oxalate--CoA ligase / Oxalyl-CoA synthetase (OXS) from Saccharomyces cerevisiae S288C; EC 6.2.1.8; UniProt Accession P38137; Sc_YBR222C):

MTSAATVTASFNDTFSVSDNVAVIVPETDTQVTYRDLSHMVGHFQTMFTNPNSPLYGAVFRQDTVAISMRNGLEFIVAFLGATMDAKIGAPLNPNYKEKEFNFYLNDLKSKAICVPKGTTKLQSSEILKSASTFGCFIVELAFDATRFRVEYDIYSPEDNYKRVIYRSLNNAKFVNTNPVKFPGFARSSDVALILHTSGTTSTPKTVPLLHLNIVRSTLNIANTYKLTPLDRSYVVMPLFHVHGLIGVLLSTFRTQGSVVVPDGFHPKLFWDQFVKYNCNWFSCVPTISMIMLNMPKPNPFPHIRFIRSCSSALAPATFHKLEKEFNAPVLEAYAMTEASHQMTSNNLPPGKRKPGTVGQPQGVTVVILDDNDNVLPPGKVGEVSIRGENVTLGYANNPKANKENFTKRENYFRTGDQGYFDPEGFLVLTGRIKELINRGGEKISPIELDGIMLSHPKIDEAVAFGVPDDMYGQVVQAAIVLKKGEKMTYEELVNFLKKHLASFKIPTKVYFVDKLPKTATGKIQRRVIAETFAKSSRNKSKL

SEQ ID NO: 48 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140; UniProt Accession B9X293; Ba_OxlT):

MTKILIDDIIPIIVIMALGYVCGKLSYFDNDQRQGLNKLVLNIALPAALFISIVKATREMLAQDAVLTILGFIGIIVMFMLSYYLCRLMFHHSIQEAAVCALIAGSPTIGFLGFAVLDPIYGDTVSTNLVIAIISIVVNAVTIPIGMYLINLGQSKDRERLSKAAVTNSKGQVSIANPKDDIAVDPNKDAKTDKTAEVMISKSSNMGKKKNQNLEALINALKQPVCWAPLLAIVLVLIGVRVPSGFAPTFDLIAKANSGVAVLAAGLALSTVKFSLGWETIWNTFYRLILTPAAFLGVGLLLGMGSNVNKLSMLVMAVALPPAFSGIIISSRYNIYVKEGASTTAVSTVAFAVTCLLWIWLVPLCCH

SEQ ID NO: 49 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; Co_OxlT1):

MSNATAGALSPNQGASESTRWIQLLVGVVCMIATANIQYAWTLFVPEIQDTYGWSRASIQIAFTVFVLVQTWLAPIEGYFIDKFGPRMMVAFGALFIGTAWVINSQATTLMGFYVGAAVGGLGVGSIYATCINNALKWFPDRRGLAVGLTAGGYGAGSAATILPIAAMIESQGFQHTFLFFGLLQGSLAFVAAWFLRSPKTGEVRGSKKLAQATRDYTLKEALCTRLFWLMLVMFVLVVTGGMMAVAQLGVIAKDLGVKEFQVDLHFFVMAALPLALMLDRIMNGISRPLFGWISDNIGREKTMVIAFTLEGLGIIALGYFGSNPYAFLILSGVVFLAWGEVYSLFSALAGDAFGTKHIGKIYGVLYTAKGIGALFVPIGNLLMEATGTWSTVLYTVAVMDLTAAFLAIMVLRPVLASHVATSRQRFAQESAAAGAQVAA

SEQ ID NO: 50 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; Co_OxlT2):

MELQQRESTSRFASPWVQLVFGVICMAMIANMQYGWTLFVNPIDDKYHWGRTAIQVAFTIFVVTETWLVPIEGYLVDKYGPRPVVVGGGLLCAIAWALNSVASSLPMLYFAAAIGGVGAGAVYGTCVGNALKWFPNRRGLAAGITAAGFGAGSAMTVVPIANMIKTSGYEATFLWFGLGQGLIVFILGLALYPPSARILSEVKTTLKAAATYNATPRQVLKSPIFWIMYAMFVMMAAGGLMATAQLGPIAKDFGLHDSPVSILGLTLPALTFALTIDRVLNGLTRPFFGWISDHIGRERTMFFAFAVEAVGILLLSKYGHNPVAFVVLTGIVFFAWGEIYSLFPATCGDTFGPKFAATNAGLLYTAKGTAALLVPFSSVITAATGDWHAVFMLASGMAALSAVLALFVLKPMREAHARKYVHANTAAPMGYRAVQEDLT

SEQ ID NO: 51 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Escherichia coli MG1655; UniProt Accession P37662; Ec_YhjX):

MTPSNYQRTRWLTLIGTIITQFALGSVYTWSLFNGALSAKLDAPVSQVAFSFGLLSLGLAISSSVAGKLQERFGVKRVTMASGILLGLGFFLTAHSDNLMMLWLSAGVLVGLADGAGYLLTLSNCVKWFPERKGLISAFAIGSYGLGSLGFKFIDTQLLETVGLEKTFVIWGAIALLMIVFGATLMKDAPKQEVKTSNGVVEKDYTLAESMRKPQYWMLAVMFLTACMSGLYVIGVAKDIAQSLAHLDVVSAANAVTVISIANLSGRLVLGILSDKIARIRVITIGQVISLVGMAALLFAPLNAVTFFAAIACVAFNFGGTITVFPSLVSEFFGLNNLAKNYGVIYLGFGIGSICGSIIASLFGGFYVTFYVIFALLILSLALSTTIRQPEQKMLREAHGSL

SEQ ID NO: 52 (Oxalate:formate antiporter (oxlT) from Oxalobacter formigenes DSM 4420; UniProt Accession Q51330; Of_oxlT):

MNNPQTGQSTGLLGNRWFYLVLAVLLMCMISGVQYSWTLYANPVKDNLGVSLAAVQTAFTLSQVIQAGSQPGGGYFVDKFGPRIPLMFGGAMVLAGWTFMGMVDSVPALYALYTLAGAGVGIVYGIAMNTANRWFPDKRGLASGFTAAGYGLGVLPFLPLISSVLKVEGVGAAFMYTGLIMGILIILIAFVIRFPGQQGAKKQIVVTDKDFNSGEMLRTPQFWVLWTAFFSVNFGGLLLVANSVPYGRSLGLAAGVLTIGVSIQNLFNGGCRPFWGFVSDKIGRYKTMSVVFGINAVVLALFPTIAALGDVAFIAMLAIAFFTWGGSYALFPSTNSDIFGTAYSARNYGFFWAAKATASIFGGGLGAAIATNFGWNTAFLITAITSFIAFALATFVIPRMGRPVKKMVKLSPEEKAVH

SEQ ID NO: 53 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140; EC 4.1.1.8; UniProt Accession B9X297; Ba_oxc):

MVDVSVTATSSDQNLTDSPHYLAETLIKNGVKHMYGVVGIPVTDFARIAQGMGIRFIGMRHEEDAVNAAAAEGFLTGRPAVALTVSAPGFLNGLAPLLEATTNGFPVIMIGGSSTRHVVDMHEGEYEGLDQMNYAKQFCKESFRIDKIEDIPLAVARAMHIACSGRPGGVYIDFPDDAVAQTLDKDVAESQLWVANQPAPAMPPAQSSVDEALKLLSEAKNPLMLVGKGAALAQAEDELREFVEKTDMPFQPMSMAKGVIPDDDPHCTASCRGLALRTADVVLLVGARLNWMLNFGEGKEWNPNVKFIQIDIDPNEIENARSIACPVVGDIKSAMQMINAGLEKTPVKASAQWLDMLKADAEKNDAKFAARVNSNTVPMGHYDALGAIKKVYDQHKDMILTNEGANTLDDCRNIIDIYQPRHRLDCGTWGVMGCAVGYSIGAAVATGKPVLYVGGDSGFGFDGMEVEVACRYNLPITFVVLNNGGIYRGDFENLGDDGDPSPLTLSYDAHYERMIEAFGGNGYYATTPAEVEQMVGEAVASGKPSLVHVQLADYAGKESGHISNLNPKPVVGPLATSEMTANPYLKGAHM

SEQ ID NO: 54 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 4.1.1.8; Co_oxc):

MAEVGNELQRHAAEEHQAQTDGFHLVIDALKLNGIENIYGLPGIPVTDLARLAQANGMRVISFRHEQNAGNAAAIAGFLTQKPGVCLTVSAPGFLNGLTALAHATTNCFPMILISGSSEREIVDLQQGDYEEMDQLAIARPHAKAAFRVLHAEDIGVGIARAIRAAVSGRPGGVYLDLPAKLLGQSMEAEKGRKSLIKVVDPAPRQLPAPDSVDRAVALLKSAKRPLILVGKGAAYARAEADIRTLVEKTGIPYLPMSMAKGLLPDTHPQSASAARSYVLAEADVVLLVGARLNWLLSHGKGKTWGKPKQFIQIDIAPTEMDSNVAIAAPVVGDIGSCVSAILDKVGDDFARPGADWLNAVADRRDTNLAKMAETLARSRDASPMNFHGALGVLKDVVKANPNISFVNEGANTLDYARAVIDMYEPRKRLDVGTWGVMGVGMGYAVAAAVETGKPVLALCGDSAFGFSGMEVETICRYNLPVCIVIFNNNGVYKGIDVNPTGGRDPAVTTFVPGARYDKMMEAFGGVGANVTTPAELEAAVNEALRSGKPTLVNAVIDPAAGTESGRLTNLNPQSSAKK

SEQ ID NO: 55 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Escherichia coli MG1655; EC 4.1.1.8; UniProt Accession P0AFI0; Ec_oxc):

MSDQLQMTDGMHIIVEALKQNNIDTIYGVVGIPVTDMARHAQAEGIRYIGFRHEQSAGYAAAASGFLTQKPGICLTVSAPGFLNGLTALANATVNGFPMIMISGSSDRAIVDLQQGDYEELDQMNAAKPYAKAAFRVNQPQDLGIALARAIRVSVSGRPGGVYLDLPANVLAATMEKDEALTTIVKVENPSPALLPCPKSVTSAISLLAKAERPLIILGKGAAYSQADEQLREFIESAQIPFLPMSMAKGILEDTHPLSAAAARSFALANADVVMLVGARLNWLLAHGKKGWAADTQFIQLDIEPQEIDSNRPIAVPVVGDIASSMQGMLAELKQNTFTTPLVWRDILNIHKQQNAQKMHEKLSTDTQPLNYFNALSAVRDVLRENQDIYLVNEGANTLDNARNIIDMYKPRRRLDCGTWGVMGIGMGYAIGASVTSGSPVVAIEGDSAFGFSGMEIETICRYNLPVTIVIFNNGGIYRGDGVDLSGAGAPSPTDLLHHARYDKLMDAFRGVGYNVTTTDELRHALTTGIQSRKPTIINVVIDPAAGTESGHITKLNPKQVAGN

SEQ ID NO: 56 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Oxalobacter formigenes DSM 4420; EC 4.1.1.8; UniProt Accession P40149; Of_oxc):

MSNDDNVELTDGFHVLIDALKMNDIDTMYGVVGIPITNLARMWQDDGQRFYSFRHEQHAGYAASIAGYIEGKPGVCLTVSAPGFLNGVTSLAHATTNCFPMILLSGSSEREIVDLQQGDYEEMDQMNVARPHCKASFRINSIKDIPIGIARAVRTAVSGRPGGVYVDLPAKLFGQTISVEEANKLLFKPIDPAPAQIPAEDAIARAADLIKNAKRPVIMLGKGAAYAQCDDEIRALVEETGIPFLPMGMAKGLLPDNHPQSAAATRAFALAQCDVCVLIGARLNWLMQHGKGKTWGDELKKYVQIDIQANEMDSNQPIAAPVVGDIKSAVSLLRKALKGAPKADAEWTGALKAKVDGNKAKLAGKMTAETPSGMMNYSNSLGVVRDFMLANPDISLVNEGANALDNTRMIVDMLKPRKRLDSGTWGVMGIGMGYCVAAAAVTGKPVIAVEGDSAFGFSGMELETICRYNLPVTVIIMNNGGIYKGNEADPQPGVISCTRLTRGRYDMMMEAFGGKGYVANTPAELKAALEEAVASGKPCLINAMIDPDAGVESGRIKSLNVVSKVGKK

SEQ ID NO: 57 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Saccharomyces cerevisiae S288C; EC 4.1.1.8; UniProt Accession P39994; Sc_YEL020C):

MTTTATQHFAQLLQKYGIDTVFGIVGIPIVQLADTMVANGIKFIPCRNEQAASYAASAYGYISDKPGVLLIVGGPGLIHALAGIYNSMSNRWPLLVIAGSSSQSDIHKGGFQELDQVSLLSPFLKFTGKLTPDNIDMITQKALNYCIQGTAGVSYIDVPADFIEYEKPLEGNDRTGNELPMILTPNICGPDPSKIKKVVQLILQHKNKNILIVIGKGAVKNSHEIRRLVNTFNLPFLPTPMAKGIVPDSSPLNVSSARSQALKIADIVLVLGARLNWILHFGTSPKWNSESIFIQFDSNPETLGDNNVSPGADLSIWGDIGLSVTALVEELTRQDSCWKYSGVKQEIREKIQLNQTRLLRKEKTRGAQLNYNQVYGTLRPLIDDYRTILVTEGANTMDIARISFPTDAPRRRLDAGTNATMGIGLGYALACKASHPELDVVLIQGDSAFGFSAMEIETAVRCQLALVIVVMNNSGIYHGEKDIEGDLPPTALSKNCRYDLVGKGLGANDFFVNTISELSRCFQQAVQLSRTKRETSVINVIIEPGEQKQIAFAWQNKPRL

SEQ ID NO: 58 (Oxalyl-CoA reductase / Glyoxylate:NADP+ oxidoreductase (OXR) from Methylobacterium extorquens AM1 / DSM 1338; EC 1.2.1.17; UniProt Accession C5APN9; Me_PanE):

MSIAIVGAGAIGGYLGVRLAEAGEDVTFIARSNAAAIQADGMRLIEEDGTEIHSKSVKATRSMQEAGVHEVVLLTVKAHQVGPIAADLHHLIGPDTVVVTMQNGIPWWYFLGGYSGDHAGTRLESADPGGLIADHLDPKHVIGSVVYPATVLTDPGTVKVIEGNRFGLGELDGSKSERVLALSQRLARAGFRAPVTSDIRAEIWLKLWGNLSFNPISALTHATLEDICRFPDTRAIAAEMMREAEVIANKLGVTFRLGIDKRIAGAEKVGPHKTSMLQDVEAGRPIELEALVGSVIELGRLTGTPTPHIDTVFALMRLLAQSLERAQGRLAIQGA

SEQ ID NO: 59 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_ACOCT):

MTQSNLPDLPDLPLTGLRVIDFSRVLAGPYCTALLGDLGAEVIKVEPPGGDDYRAVGPFAGGKSGLFCAMNRNKQSIVIDLKTEDGLAVARALCRGADVVVENFRPGVADKLGIGYAALRELNPSLVYASVSGFGQTGPESHRPAYDIILQAMCGLMDATGAPDGAPTMLGEAVSDAVSGLFASWGVLAALLAREKTGRGTHVDVSMFDATLSLSATLVARYAATGLAPRRVGNRHPSSAPFGAYRAADGFYVVAVLNNKLFQALADAIGRPAMAHDPRFADDETRCRFESDLRAMLENWSATRTVAEVNAALGAAGIPVAPIRNVKEALESEHAAHRRLLTEVPDTDGGTVRLPSQPVKFSAYGTNRVTPAPALGQHTGAILAAPDFSNFNKEKQHA

SEQ ID NO: 60 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_CaiB):

MGALSHLRVLDLTRVLAGPWCAQNLADFGADVIKIERPGAGDDTRTWGPPWLKDEDGRDTAEAAYYLAANRNKRSVTCDISTPEGQQIVRDLAAQSDVVLENYKVGQLKKYGLDYESLRQVKPDLIYCSVTGFGQTGPYAARPGYDFIIQGMGGFMSLTGERDDLPGGGPQKAGVAISDLMTGQYATIAVLAALAHRERTGEGQYIDMALLDVQVAMLANMNTNYLASGEAPRRWGNAHPNIVPYQTFQAADGWIIVAVGNDGQFRKFVTDGGMPELADDPRFAKNPQRVANRDVLVPILAEMVRPRTRAQWIRDLEAAGVPCGPINTLDDVFEDDQVKARGLRVDLPHPSAGEVKLVASPIKMSATPPQALRHPPLLGEHTDTVLAETLGYSAGQIAALRAKGVL

SEQ ID NO: 61 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_SCACT):

MDKERIRLARLHDKVVSADEAAALIRDGMTVGMSGFTRAGDCKEVPFALARRAATEPLRITLMTGASLGNDIDRVLAEADVIARRLPFQSDGTLRRKINAGEVMFIDQHLSETVEQLRSGQIAPVDVAVVEAVAITEQGGIIPSTSVGNSASFAMLARKVIVEINMNMPLELEGLHDIYFPVQRPYRQPIPLIAPEQRIGLPYIPIDPEKIAAIVITAKDDSPSNALPPDDETRSIAGHLNDFLLREVRAGKLSPSLQPLQAGIGTIANAVLHGLVESPFRDLKMYSEVLQDSTIELLDAGRLSFASASSVTLTREVYQRFLSNLDRYRSRLLLRPQEISNHPEILRRLGLITINTALECDIYGNVNSTHVGGTHMMNGIGGSGDFARNAHVSVFVTKSVAKGGEVSSIVPMVAHVDHTEHDVDIIVTEHGLADLRGLAPRERARTVIANCADPQYRELLGDYFRRASAHGGQTPHLLEEALSWHVGLRDRGTMRSAQPAQALAA

SEQ ID NO: 62 (Putative Succinyl-CoA:oxalate CoA-transferase (SCOCT) from Cupriavidus oxalaticus ATCC 11883; EC 2.8.3.2; Co_SCMCT):

MVNEANKEKMPLQGVRVLELGSLIAGPYAGGLLAQFGAEVLKIEAPGEGDPLRKWRKLYEGTSLWWYSQSRNKKSLTLDLRSAQGQDIVRKLVAGADIVIENFRPGTLEKWGLGWEDLRKVNPALVMVRISGYGQTGPYKDRPGFAAIAESMGGLRYVSGYPDRPPVRSGVSIGDTLASLYGVIGALLAMHHLRNNDGEGQFVDVALYESVFAVMESLVPEFDKFGHVRERSGASLPGISPSNTYPCQDGQYVIIAGNGDAIFRRFMTAIGRDDLGQDPRLAHNDGRVQHNAMLDDAIAAWTAAHDLDTVLATLEAAAVPCGRIYTAQDICSDPHYSARGMIEPHQLPDGSPLALSGIVPRLSETPGRTNWIGPALGEHTEEILAGIGIAGAEFRALREAGVV

SEQ ID NO: 63 (pZR748 - Sc_YBR222C, Sc_YEL020C, Of_oxlT expression vector):

GGAGAGCTGTATGTGGGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCAATGACAAGTGCCGCTACTGTTACTGCTTCGTTCAACGATACTTTTAGCGTATCCGATAATGTCGCCGTTATTGTTCCTGAAACGGACACTCAGGTGACCTACAGGGATCTATCCCACATGGTGGGTCACTTCCAGACCATGTTCACAAATCCTAATTCTCCATTGTACGGAGCTGTTTTCAGACAAGATACAGTGGCGATATCCATGCGTAATGGGCTGGAATTTATCGTCGCTTTCCTCGGTGCTACTATGGACGCTAAAATTGGCGCGCCCTTGAATCCCAATTATAAGGAAAAGGAGTTCAATTTTTATTTGAATGACCTGAAATCTAAGGCGATTTGCGTCCCAAAGGGTACCACAAAGTTACAGAGTTCTGAAATTCTAAAATCTGCCTCCACGTTTGGATGTTTTATCGTAGAGCTGGCCTTCGATGCGACCAGGTTTAGGGTAGAGTATGATATATACTCTCCAGAGGACAACTACAAAAGGGTTATTTACCGGTCTTTGAACAACGCCAAATTTGTCAACACAAATCCCGTTAAATTCCCTGGGTTTGCCCGTTCCAGTGACGTTGCCCTGATTTTGCATACCAGTGGTACCACCTCCACTCCAAAAACGGTGCCTTTGTTACATTTGAACATTGTGAGAAGCACGTTGAACATTGCTAACACTTACAAGCTAACGCCCTTGGACAGATCTTATGTCGTGATGCCTCTTTTCCACGTCCATGGGTTAATTGGTGTTTTACTTTCCACTTTTAGAACTCAGGGTTCTGTTGTGGTTCCCGATGGATTCCATCCAAAGTTATTCTGGGACCAATTTGTTAAGTACAACTGTAATTGGTTCAGTTGCGTTCCCACAATAAGCATGATTATGCTGAACATGCCCAAACCAAACCCTTTCCCACACATTAGATTCATCAGATCGTGTTCTTCTGCTTTGGCTCCAGCAACGTTCCATAAGCTGGAGAAGGAATTCAATGCACCTGTCTTGGAGGCCTATGCGATGACCGAAGCATCACATCAAATGACCTCAAACAATCTGCCTCCAGGAAAGAGAAAGCCTGGTACTGTGGGCCAGCCACAAGGAGTCACCGTCGTCATTCTAGATGACAATGACAATGTCTTGCCCCCGGGCAAAGTCGGCGAAGTTTCCATCAGAGGCGAAAACGTCACTTTGGGGTATGCTAATAATCCAAAAGCTAACAAGGAGAACTTCACCAAGAGAGAGAACTATTTCAGAACCGGTGACCAAGGTTATTTCGACCCTGAGGGGTTTTTGGTCCTTACAGGCAGAATCAAAGAGCTTATCAACAGGGGTGGTGAAAAGATTTCACCCATTGAGCTCGACGGCATTATGCTATCGCATCCAAAGATCGATGAAGCCGTTGCATTTGGTGTTCCCGACGATATGTACGGCCAAGTAGTTCAAGCCGCCATTGTTTTGAAGAAGGGAGAAAAAATGACCTACGAAGAACTGGTGAACTTCTTAAAGAAGCACCTAGCCTCTTTCAAAATTCCAACCAAGGTGTACTTTGTTGATAAGCTACCAAAAACCGCTACAGGTAAAATCCAGAGAAGAGTTATCGCAGAAACTTTTGCTAAGAGCAGCAGAAATAAGAGTAAGTTGTAGGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGGTAAGCCAATCTAGGGCCTCGTCTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCAATGACCACGACCGCTACCCAACACTTCGCTCAACTTTTACAAAAATATGGCATCGACACAGTCTTTGGAATTGTGGGCATCCCTATTGTCCAACTAGCGGATACGATGGTTGCCAACGGTATCAAATTCATTCCATGCAGGAACGAACAGGCTGCCTCATATGCAGCCTCTGCTTATGGTTATATTAGTGATAAGCCCGGCGTGTTACTTATTGTCGGGGGCCCCGGTTTAATCCACGCACTGGCTGGTATATACAACTCAATGAGTAATAGGTGGCCTCTTCTAGTAATTGCAGGGAGTTCTTCTCAAAGTGATATACATAAAGGCGGGTTTCAAGAGTTGGATCAAGTTAGTCTTTTGTCCCCATTTTTGAAGTTTACCGGAAAGTTAACCCCTGACAATATTGACATGATTACTCAGAAGGCTTTGAATTACTGTATACAAGGCACTGCAGGGGTTTCTTACATAGACGTCCCTGCAGATTTTATTGAGTATGAAAAACCCTTAGAAGGAAACGACCGTACAGGAAATGAATTACCGATGATATTAACTCCAAACATATGTGGCCCTGATCCGTCGAAGATCAAAAAAGTCGTACAGCTTATTTTGCAACATAAAAATAAAAATATTCTGATTGTTATTGGAAAGGGTGCGGTAAAAAACTCACACGAAATCCGCAGACTAGTAAATACGTTCAATCTACCATTTTTACCCACCCCAATGGCTAAGGGAATTGTCCCAGACTCTTCTCCACTGAACGTTTCATCTGCAAGATCTCAAGCATTGAAAATAGCGGATATTGTTCTTGTTCTCGGGGCAAGATTAAACTGGATATTGCATTTTGGTACTTCACCCAAATGGAACTCAGAATCCATATTCATCCAGTTCGATTCCAATCCCGAAACCTTGGGGGATAACAATGTCTCACCTGGTGCTGACCTTTCCATATGGGGAGATATAGGCTTGAGCGTAACCGCTTTAGTTGAGGAATTGACTCGCCAAGATTCCTGCTGGAAGTATAGTGGTGTTAAGCAAGAAATACGAGAGAAAATTCAACTGAATCAAACTCGTCTATTGAGGAAAGAGAAGACTAGAGGGGCACAATTGAATTACAACCAGGTTTATGGAACATTGAGGCCTCTTATCGATGATTACAGGACAATACTTGTGACGGAGGGAGCAAATACTATGGATATTGCGCGTATTTCATTCCCTACAGACGCTCCAAGGCGCCGTTTAGACGCAGGGACCAACGCGACTATGGGGATTGGGCTCGGATATGCTCTTGCATGCAAGGCATCTCATCCGGAACTCGATGTGGTGCTGATTCAGGGTGATTCCGCATTTGGATTCTCTGCCATGGAAATTGAAACGGCAGTAAGGTGTCAGCTGGCATTGGTCATCGTTGTGATGAACAATAGCGGTATTTACCATGGAGAAAAGGATATAGAGGGTGATTTACCTCCAACGGCACTAAGCAAGAACTGCCGTTACGATCTCGTAGGCAAAGGACTGGGTGCCAATGATTTTTTTGTCAACACAATAAGCGAACTGAGCAGATGCTTCCAACAAGCCGTGCAGCTTTCTCGGACTAAAAGAGAAACAAGTGTCATCAACGTTATCATTGAGCCTGGCGAACAAAAGCAAATTGCCTTTGCCTGGCAGAATAAACCGCGTTTATAGGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGCGTTCCTGGCGTGGTGCTCGCATAGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGCTATGACTAAACGGCGCGCCTGATAGGTGGGCTGCCCTTCCTGGTTGGCTTGGTTTCATCAGCCATCCGCTTGCCCTCATCTGTTACGCCGGCGGTAGCCGGCCAGCCTCGCAGAGCAGGATTCCCGTTGAGCACCGCCAGGTGCGAATAAGGGACAGTGAAGAAGGAACACCCGCTCGCGGGTGGGCCTACTTCACCTATCCTGCCCGGCTGACGCCGTTGGATACACCAAGGAAAGTCTACACGAACCCTTTGGCAAAATCCTGTATATCGTGCGAAAAAGGATGGATATACCGAAAAAATCGCTATAATGACCCCGAAGCAGGGTTATGCAGCGGAAAAGCGGGATTAAAAGTCGGGGATTGGTGAACAAAAAGGTGTTTCTCTCTTTAAGAGAAATATCGTTTTGCTAAACAGTTGATATTGAGGTATCATTTTATCGTAAAAGACATTTTTGCTCAACAATTGCTTGACGGAAATCAACAAATTTTAGCATTTTGTAAAAAAGTCGCTATATAATTTGGTGAATTGGAGTTATTTTCATATTTTTGCATCCCGAAGAGTTTCTCTTAAAGAGAGAAACATCTTTTGCATACCTTTTCCGACCGAATTTTTATGTCGTAAAGAGGGGCTTTGCAGGGGGTGGACTCAGAAAGATGAGAATAGATGACTATTGTAGTTGAAACACATAGAAAGTTGCTGATATACAGACCGATACGCATATCGGGATGAACCATGAGTACGTTCTTTTCTCAAAAAACATAAATATTCGAAAAGAGATGCAATAAATTAAGGAGAGGTTATAATGAACAAAGTAAATATAAAAGATAGTCAAAATTTTATTACTTCAAAATATCACATAGAAAAAATAATGAATTGCATAAGTTTAGATGAAAAAGATAACATCTTTGAAATAGGTGCAGGGAAAGGTCATTTTACTGCTGGATTGGTAAAGAGATGTAATTTTGTAACGGCGATAGAAATTGATTCTAAATTATGTGAGGTAACTCGTAATAAGCTCTTAAATTATCCTAACTATCAAATAGTAAATGATGATATACTGAAATTTACATTTCCTAGCCACAATCCATATAAAATATTTGGCAGCATACCTTACAACATAAGCACAAATATAATTCGAAAAATTGTTTTTGAAAGTTCAGCCACAATAAGTTATTTAATAGTGGAATATGGTTTTGCTAAAATGTTATTAGATACAAACAGATCACTAGCATTGCTGTTAATGGCAGAGGTAGATATTTCTATATTAGCAAAAATTCCTAGGTATTATTTCCATCCAAAACCTAAAGTGGATAGCACATTAATTGTATTAAAAAGAAAGCCAGCAAAAATGGCATTTAAAGAGAGAAAAAAATATGAAACTTTTGTAATGAAATGGGTTAACAAAGAGTACGAAAAACTGTTTACAAAAAATCAATTTAATAAAGCTTTAAAACATGCGAGAATATATGATATAAACAATATTAGTTTCGAACAATTTGTATCGCTATTTAATAGTTATAAAATATTTAACGGCTAAAAACAATAGGCCACATGCAACTGTAAATGTTTACGCGGGTACCGACACCGCGGTGGAGGGGAATTACGAGTCATTGGTAACTATCTATGAAACTGTTTGATACTTTTATAGTTGATTAAACTTGTTCATGGCATTTGCCTTAATATCATCCGCTATGTCAATGTAGGGTTTCATAGCTTTGTAGTCGCTGTGTCCCGTCCATTTCATGACCACCTGTGCCGGGATTCCGAGAGCCAGCGCATTGCAGATGAATGTCCTTTTTCCTGCATGGGTACTGAGCAAAGCGTATTTGGGTGTGACTTCATCAATACGTTCATTTCCCTTGTAGTAGGTTTCCCGTACAGGCTCGTTGATTTCTGCCAGTTCGCCCAGCTCTTTCAGGTAATCGTTCATCTTCTGGTTGCTGATGACGGGCAGAGCCATGTAATTCTCGAAATGGATGTCCTTGTATTTGTCCAGTATGGCTTTGCTGTATTTGTTCAGTTCAATCGTCAGGCTGTCGGCAGTCTTGACTGTGGTTATTTCGATGTGGTCGGACTTCACATCGCTTCTTTTCAGATTGCGAACATCCGAATACCGCAAACTCGTAAAGCAGCAGAACAGGAAAACATCACGCACACGTTCCAGGTATTGCTTATCCTTGGGTATCTGGTAGTCTTTCAGCTTGTTCAGTTCATCCCAAGTCAGGAAGATTACTTTTTTCGAGGTGGTTTTCAGTTTCGGTTTGAACGTATCGTATGCAATGTTCTGATGATGTCCTTTCTTGAAGCTCCAGCGCAGGAACCATTTGAGGAATCCCATTTGCTTGCCGATGGTGCTGTTTCTCATATCCTTGGTGTCACGCAGGAAGTTGACGTATTCGTTCAATCCAAACTCGTTGAAATAGTTGAACGTTGCATCCTCCTTGAACTCTTTGAGGTGGTTCCTCACTGCTGCAAATTTTTCATAGGTGGATGCCGTCCAGTTATTCTGGTTACCGCACTCTTTTACAAACTCATCGAACACCTCCCAAAAGCTGACAGGGGCTTCTTCCGGCTGTTCTTCACTGGTATCTTTCATTCTCATGTTGAAAGCTTCCTTCAACTGTTGGGTCGTTGGCATGACCTCCTGCACCTCAAATTCCTTGAAAATATTCTGGATTTCGGCATAGTATTTCAGCAAGTCCGTATTGATTTCGGCTGCACTTTGCTTTAGCTTGTTGGTACATCCGTTCTTTACCCGCTGCTTATCTGCATCCCATTTGGCTACGTCAATCCGGTAGCCCGTTGTAAACTCGATACGTTGGCTGGCAAAGATGACACGCATACGGATGGGTACGTTCTCTACGATTGGCACACCGTTCTTTTTCCGGCTCTCCAATGCAAAAATGATGTTGCGCTTGATATTCATAATTGGGTGCGTTTGAAATTCTACACCCAAATATACACCCAATTATTGAGATAGCAAAAGACATTTAGAAACATTTACTTTTACTCTATATTGTAATTTACACTTGATTATCAGTCGTTTGCAGTCTTATGATATTCTGTGAAAGTATAAGTTCGAGAGCCTGTCTCTCCGCAAAAAACGCTGAAAATCAGCAGATTGCAAAACAAACACCCTGTTTTACACCCAAGAATGTAAAGTCGGGTGTTTTTGTTTTATTTAAGATAATACAACCACTACATAATAAAAGAGTAGCGATATTAAAAGAATCCGATGAGAAAAGACTAATATTTATCTATCCATTCAGTTTGATTTCTCAGGACTTTACATCGTCCTGAAAGTATTTGTTGCCAGTGTTACAACCAATTAACCAATTCTGATTAGAAAAACTCATCGAGCATCAAATGAAACTGCAATTTATTCATATCAGGATTATCAATACCATATTTTTGAAAAAGCCGTTTCTGTAATGAAGGAGAAAACTCACCGAGGCAGTTCCATAGGATGGCAAGATCCTGGTATCGGTCTGCGATTCCGACTCGTCCAACATCAATACAACCTATTAATTTCCCCTCGTCAAAAATAAGGTTATCAAGTGAGAAATCACCATGAGTGACGACTGAATCCGGTGAGAATGGCAAAAGCTTATGCATTTCTTTCCAGACTTGTTCAACAGGCCAGCCATTACGCTCGTCATCAAAATCACTCGCATCAACCAAACCGTTATTCATTCGTGATTGCGCCTGAGCGAGGCGAAATACGCGATCGCTGTTAAAAGGACAATTACAAACAGGAATCGAATGCAACCGGCGCAGGAACACTGCCAGCGCATCAACAATATTTTCACCTGAATCAGGATATTCTTCTAATACCTGGAATGCTGTTTTCCCGGGGATCGCAGTGGTGAGTAACCATGCATCATCAGGAGTACGGATAAAATGCTTGATGGTCGGAAGAGGCATAAATTCCGTCAGCCAGTTTAGTCTGACCATCTCATCTGTAACATCATTGGCAACGCTACCTTTGCCATGTTTCAGAAACAACTCTGGCGCATCGGGCTTCCCATACAATCGATAGATTGTCGCACCTGATTGCCCGACATTATCGCGAGCCCATTTATACCCATATAAATCAGCATCCATGTTGGAATTTAATCGCGGCCTGGAGCAAGACGTTTCCCGTTGAATATGGCTCATAACACCCCTTGTATTACTGTTTATGTAAGCAGACAGTTTTATTGTTCATGATGATATATTTTTATCTTGTGCAATGTAACATCAGAGATTTTGAGACACAACGTGGCTTTGTTGAATAAATCGAACTTTTGCTGAGTTGAAGGATCAGCCGCGCAGTTCAACCTGTTGATAGTACGTACTAAGCTCTCATGTTTCACGTACTAAGCTCTCATGTTTAACGTACTAAGCTCTCATGTTTAACGAACTAAACCCTCATGGCTAACGTACTAAGCTCTCATGGCTAACGTACTAAGCTCTCATGTTTCACGTACTAAGCTCTCATGTTTGAACAATAAAATTAATATAAATCAGCAACTTAAATAGCCTCTAAGGTTTTAAGTTTTATAAGAAAAAAAAGAATATATAAGGCTTTTAAAGCTTTTAAGGTTTAACGGTTGTGGACAACAAGCCAGGGATGTAACGCACTGAGAAGCCCTTAGAGCCTCTCAAAGCAATTTTGAGTGACACAGGAACACTTAACGGCTG
ACATGGGGCGGCCGCTCAAGTAG

SEQ ID NO: 64 (pZR753- Ec_frc, Of_oxc, Sc_YBR222C, Of_oxlT expression vector):

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SEQ ID NO: 65 (pZR761 - Sc_YBR222C, Sc_YEL020C expression vector):

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SEQ ID NO: 66 (pZR856 - Of_oxlT expression vector):

GATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTGAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGCTATGACTTGAGACCGGCTATTACGAGCGCTTAAACGGCGCGCCTGATAGGTGGGCTGCCCTTCCTGGTTGGCTTGGTTTCATCAGCCATCCGCTTGCCCTCATCTGTTACGCCGGCGGTAGCCGGCCAGCCTCGCAGAGCAGGATTCCCGTTGAGCACCGCCAGGTGCGAATAAGGGACAGTGAAGAAGGAACACCCGCTCGCGGGTGGGCCTACTTCACCTATCCTGCCCGGCTGACGCCGTTGGATACACCAAGGAAAGTCTACACGAACCCTTTGGCAAAATCCTGTATATCGTGCGAAAAAGGATGGATATACCGAAAAAATCGCTATAATGACCCCGAAGCAGGGTTATGCAGCGGAAAAGTTATATACATTCATGTCCATTTATGTAAAAAATCCTGCTGACCTTGTTTATGTCTTGTCAGTCACCATTTGCAAAACCATATTTGACCCTCAAAGAGGCTGAATTTGATAAGCAACTTGCTACATACTCATAATAAGGAGCTAAATAGAACACGAATGGGAAATACTCAAATGCCAAACTAAAGAAGATATTGGCCAAAATAAACGCTATACCGAGAGAGAAACTTGATTTTTCAACTTCCTAAAACAGTGTTGTTCAAACATTTCTACTTATTTGTACTTACCAGTTGAACCTACGTTTCCCTAATAAAATGTCTATGGTAAAAAGTTAAAAAATCCTCCTACTTTTGTTAGATATATTTTTTTGTGTAATTTTGTAATCGTTATGCGGCAGTAATAATATACATATTAATACGAGTTAGGAATCCTGTAGTTCTCATATGCTACGAGGAGGTATTAAAAGGTGCGTTTCGACAATGCATCTATTGTAGTATATTATTGCTTAATCCAAATGAATATTATAAATTTAGGAATTCTTGCTCACATTGATGCAGGAAAAACTTCCGTAACCGAGAATCTGCTGTTTGCCAGTGGAGCAACGGAAAAGTGCGGCTGTGTGGATAATGGTGACACCATAACGGACTCTATGGATATAGAGAAACGTAGAGGAATTACTGTTCGGGCTTCTACGACATCTATTATCTGGAATGGTGTGAAATGCAATATCATTGACACTCCGGGACACATGGATTTTATTGCGGAAGTGGAGCGGACATTCAAAATGCTTGATGGAGCAGTCCTCATCTTATCCGCAAAGGAAGGCATACAAGCGCAGACAAAGTTGCTGTTCAATACTTTACAGAAGCTGCAAATCCCGACAATTATATTTATCAATAAGATTGACCGAGCCGGTGTGAATTTGGAGCGTTTGTATCTGGATATAAAAGCAAATCTGTCTCAAGATGTCCTGTTTATGCAAAATGTTGTCGATGGATCGGTTTATCCGGTTTGCTCCCAAACATATATAAAGGAAGAATACAAAGAATTTGTATGCAACCATGACGACAATATATTAGAACGATATTTGGCGGATAGCGAAATTTCACCGGCTGATTATTGGAATACGATAATCGCTCTTGTGGCAAAAGCCAAAGTCTATCCGGTGCTACATGGATCAGCAATGTTCAATATCGGTATCAATGAGTTGTTGGACGCCATCACTTCTTTTATACTTCCTCCGGCATCGGTTTCAAACAGACTTTCATCTTATCTTTATAAGATAGAGCATGACCCCAAAGGACATAAAAGAAGTTTTCTAAAAATAATTGACGGAAGTCTGAGACTTCGAGATGTTGTAAGAATCAACGATTCGGAAAAATTCATCAAGATTAAAAATCTAAAAACTATCAATCAGGGCAGAGAGATAAATGTTGATGAAGTGGGCGCCAATGATATCGCGATTGTAGAGGATATGGATGATTTTCGAATCGGAAATTATTTAGGTGCTGAACCTTGTTTGATTCAAGGATTATCGCATCAGCATCCCGCTCTCAAATCCTCCGTCCGGCCAGACAGGCCCGAAGAGAGAAGCAAGGTGATATCCGCTCTGAATACATTGTGGATTGAAGATCCGTCTTTGTCCTTTTCCATAAACTCATATAGTGATGAATTGGAAATCTCGTTATATGGTTTAACCCAAAAGGAAATCATACAGACATTGCTGGAAGAACGATTTTCCGTAAAGGTCCATTTTGATGAGATCAAGACTATATACAAAGAACGACCTGTAAAAAAGGTCAATAAGATTATTCAGATCGAAGTGCCGCCCAACCCTTATTGGGCCACAATAGGGCTGACTCTTGAACCCTTACCGTTAGGGACAGGGTTGCAAATCGAAAGTGACATCTCCTATGGTTATCTGAACCATTCTTTTCAAAATGCCGTTTTTGAAGGGATTCGTATGTCTTGCCAATCCGGGTTACATGGATGGGAAGTGACTGATCTGAAAGTAACTTTTACTCAAGCCGAGTATTATAGCCCGGTAAGTACACCAGCTGATTTCAGACAGCTGACCCCTTATGTCTTTAGGCTGGCCTTGCAACAGTCAGGTGTGGACATTCTCGAACCGATGCTCTATTTTGAGTTGCAGATACCCCAAGCGGCAAGTTCCAAAGCTATTACAGATTTGCAAAAAATGATGTCTGAGATTGAAGATATCAGTTGCAATAATGAGTGGTGTCATATTAAAGGGAAAGTTCCATTAAATACAAGTAAAGACTATGCATCAGAAGTAAGTTCATACACTAAGGGCTTAGGCATTTTTATGGTTAAGCCATGCGGGTATCAAATAACAAAAGGCGGTTATTCTGATAATATCCGCATGAACGAAAAAGATAAACTTTTATTCATGTTCCAAAAATCAATGTCATCAAAATAACCACGAGTCATTGGTAACTATCTATGAAACTGTTTGATACTTTTATAGTTGATTAAACTTGTTCATGGCATTTGCCTTAATATCATCCGCTATGTCAATGTAGGGTTTCATAGCTTTGTAGTCGCTGTGTCCCGTCCATTTCATGACCACCTGTGCCGGGATTCCGAGAGCCAGCGCATTGCAGATGAATGTCCTTTTTCCTGCATGGGTACTGAGCAAAGCGTATTTGGGTGTGACTTCATCAATACGTTCATTTCCCTTGTAGTAGGTTTCCCGTACAGGCTCGTTGATTTCTGCCAGTTCGCCCAGCTCTTTCAGGTAATCGTTCATCTTCTGGTTGCTGATGACGGGCAGAGCCATGTAATTCTCGAAATGGATGTCCTTGTATTTGTCCAGTATGGCTTTGCTGTATTTGTTCAGTTCAATCGTCAGGCTGTCGGCAGTCTTGACTGTGGTTATTTCGATGTGGTCGGACTTCACATCGCTTCTTTTCAGATTGCGAACATCCGAATACCGCAAACTCGTAAAGCAGCAGAACAGGAAAACATCACGCACACGTTCCAGGTATTGCTTATCCTTGGGTATCTGGTAGTCTTTCAGCTTGTTCAGTTCATCCCAAGTCAGGAAGATTACTTTTTT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SEQ ID NO: 67 (pZR878 - Ec_frc, Of_oxc, Sc_YBR222C, Sc_YEL020C, At_AAE3, Ec_yfdE expression vector):

GGAGAGCTGTATGTGGGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGGTAAGCCAATCTAGGGCCTCGTCTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGAGCTGTCACCGGATGTGCTTTCCGGTCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACAGCCTCTACAAATAATTTTGTTTAATCCATCAATTTAAAATTTAAAATAATGGTTTTTACTCTGGAAGATTTTGTTGGCGATTGGCGTCAGACCGCGGGTTATAATTTGGATCAAGTCCTGGAACAGGGTGGCGTAAGCTCTCTGTTCCAGAACCTGGGTGTGAGCGTGACGCCGATTCAGCGCATCGTTCTGTCCGGCGAGAACGGTCTGAAAATTGATATTCATGTGATCATCCCGTACGAAGGCCTGAGCGGTGACCAAATGGGTCAAATCGAGAAAATCTTTAAAGTCGTCTACCCAGTTGACGATCACCACTTCAAGGTTATCTTGCATTACGGTACGCTGGTGATTGATGGTGTGACCCCGAATATGATTGACTATTTCGGCCGTCCGTATGAAGGCATTGCCGTTTTTGACGGTAAAAAGATCACCGTCACCGGTACCCTGTGGAATGGCAATAAGATTATTGACGAGCGTCTGATTAACCCGGACGGCAGCCTGCTGTTCCGCGTGACCATCAACGGTGTCACGGGTTGGCGTCTGTGCGAGCGCATCCTGGCAGGTTCAATGAGTAACGACGACAATGTAGAGTTGACTGATGGCTTTCATGTTTTGATCGATGCCCTGAAAATGAATGACATCGATACCATGTATGGTGTTGTCGGCATTCCTATCACGAACCTGGCTCGTATGTGGCAAGATGACGGTCAGCGTTTTTACAGCTTCCGTCACGAACAACACGCAGGTTATGCAGCTTCTATCGCCGGTTACATCGAAGGAAAACCTGGCGTTTGCTTGACCGTTTCCGCCCCTGGCTTCCTGAACGGCGTGACTTCCCTGGCTCATGCAACCACCAACTGCTTCCCAATGATCCTGTTGAGCGGTTCCAGTGAACGTGAAATCGTCGATTTGCAACAGGGCGATTACGAAGAAATGGATCAGATGAATGTTGCACGTCCACACTGCAAAGCTTCTTTCCGTATCAACAGCATCAAAGACATTCCAATCGGTATCGCTCGTGCAGTTCGCACCGCTGTATCCGGACGTCCAGGTGGTGTTTACGTTGACTTGCCAGCAAAACTGTTCGGTCAGACCATTTCTGTAGAAGAAGCTAACAAACTGCTCTTCAAACCAATCGATCCAGCTCCGGCACAGATTCCTGCTGAAGATGCTATCGCTCGCGCTGCTGACCTGATCAAGAACGCCAAACGTCCAGTTATCATGCTGGGTAAAGGCGCTGCATACGCACAATGCGACGACGAAATCCGCGCACTGGTTGAAGAAACCGGCATCCCATTCCTGCCAATGGGTATGGCTAAAGGCCTGCTGCCTGACAACCATCCACAATCCGCTGCTGCAACCCGTGCTTTCGCACTGGCACAGTGTGACGTTTGCGTACTGATCGGCGCTCGTCTGAACTGGCTGATGCAGCACGGTAAAGGCAAAACCTGGGGCGACGAACTGAAGAAATACGTTCAGATCGACATCCAGGCTAACGAAATGGACAGCAACCAGCCTATCGCTGCACCAGTTGTTGGTGACATCAAGTCCGCCGTTTCCCTGCTCCGCAAAGCACTGAAAGGCGCTCCAAAAGCTGACGCTGAATGGACCGGCGCTCTGAAAGCCAAAGTTGACGGCAACAAAGCCAAACTGGCTGGCAAGATGACTGCCGAAACCCCATCCGGAATGATGAACTACTCCAATTCCCTGGGCGTTGTTCGTGACTTCATGCTGGCAAATCCGGATATTTCCCTGGTTAACGAAGGCGCTAATGCACTCGACAACACTCGTATGATTGTTGACATGCTGAAACCACGCAAACGTCTTGACTCCGGTACCTGGGGTGTTATGGGTATTGGTATGGGCTACTGCGTTGCTGCAGCTGCTGTTACCGGCAAACCGGTTATCGCTGTTGAAGGCGATAGCGCATTCGGTTTCTCCGGTATGGAACTGGAAACCATCTGCCGTTACAACCTGCCAGTTACCGTTATCATCATGAACAATGGTGGTATCTATAAAGGTAACGAAGCAGATCCACAACCAGGCGTTATCTCCTGTACCCGTCTGACCCGTGGTCGTTACGACATGATGATGGAAGCATTTGGCGGTAAAGGTTATGTTGCCAATACTCCAGCAGAACTGAAAGCTGCTCTGGAAGAAGCTGTTGCTTCCGGCAAACCATGCCTGATCAACGCGATGATCGATCCAGACGCTGGTGTCGAATCTGGCCGTATCAAGAGCCTGAACGTTGTAAGTAAAGTTGGCAAGAAATAAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGCGTTCCTGGCGTGGTGCTCGCATAGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCAATGACAAGTGCCGCTACTGTTACTGCTTCGTTCAACGATACTTTTAGCGTATCCGATAATGTCGCCGTTATTGTTCCTGAAACGGACACTCAGGTGACCTACAGGGATCTATCCCACATGGTGGGTCACTTCCAGACCATGTTCACAAATCCTAATTCTCCATTGTACGGAGCTGTTTTCAGACAAGATACAGTGGCGATATCCATGCGTAATGGGCTGGAATTTATCGTCGCTTTCCTCGGTGCTACTATGGACGCTAAAATTGGCGCGCCCTTGAATCCCAATTATAAGGAAAAGGAGTTCAATTTTTATTTGAATGACCTGAAATCTAAGGCGATTTGCGTCCCAAAGGGTACCACAAAGTTACAGAGTTCTGAAATTCTAAAATCTGCCTCCACGTTTGGATGTTTTATCGTAGAGCTGGCCTTCGATGCGACCAGGTTTAGGGTAGAGTATGATATATACTCTCCAGAGGACAACTACAAAAGGGTTATTTACCGGTCTTTGAACAACGCCAAATTTGTCAACACAAATCCCGTTAAATTCCCTGGGTTTGCCCGTTCCAGTGACGTTGCC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SEQ ID NO: 68 (P_BfP1E6):

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SEQ ID NO: 69 (P_BfP4E5):

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SEQ ID NO: 70 (Phage promoter consensus):

GTTAA(n)4-7GTTAA(n)34-38TA(n)2TTTG

SEQ ID NO: 71 (Phage promoter consensus):

GTTAAnnnnnnnGTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAnnTTTG

SEQ ID NO: 72 (NB001 porphyran PUL):

TAAGGATTGATTCGCTAGCTCAGCAGGTAGAGCACAACACTTTTAATGTTGGGGTCCTGGGTTCGAGCCCCAGGCGGATCACTGAAACAAAAAGCAAAACAATGAAAACCGCTGATAATCAATCATTATCAGCGGTTTTTCTTTTTATCCATACTGCAAATTGAAGCAGAATACCGCATTTTACTGGAGGTGAAATAGGTGGACTTAATTTCCACATAAAAACAAGTCCACCTGATTGGATTATATTTCACTGATTCTCTGCGTTTTGCATAAAACAAACTCTTTTCAAAACATGTATTTTTACACCATCAAAAAAAGAAGAGTATGGCAATGCAAAGAAACTATTTTACGGTATTGTTTTTCCTGAAGAAATCAAAGCTGCTTAAAAATGGAGAAGCACCAATCTGTATGCGTATCACAATAAACGGAAAACGTGCAGAGGTACAAATCAAGCGAAGTATAGATGTTACAAAATGGAATACGCAAAAAGAATGCGCGATTGGCAGGGAAAAGAAGTATCAAGAAATAAACCACTATCTTGATACGATAAGAACTAAAATCCTTCAAATTCACCGTGAACTTGAGCAGGACGGTAAACCTATTACAGCAGATATTATAAAAAATATCTATTATGGAGAACACTCTACTCCCAAAATGCTGCTTGAAGTATTCCAGGAACACAATTCGGAATATCGGGAATTAATGAACAAGGAATATGCCGAAGGTACTGTACTTCGATACGAACGTACAGCAAGATATTTGAAGGAGTTTATCAGTGAACAATATAAACTGGCTGATATTCCATTAAAATCAATCAACTATGAATTTATAACCAAATTCGAACATTTCATTAAAATACAGAAAAACTGTGCGCAAAATGCGACAGTGAAATATCTGAAAAATTTAAAGAAAATCATCAAAACTGCATTGATAAAGAAGTGGATAACTGATGATCCGTTTGCAGAAATACACTTCAAACAGACCAAGTGTAACCGTGAATTCTTAAACGAAATGGAACTTCGCAAAATCATCAATAAAGATTTTGATATTCAACGATTACAAACCGTAAGGGACATATTCATCTTCTGTTGTTTCACCGGTTTGGCTTTCACAGACGTAAAGAATCTGAAAAAGGAACACCTTGTACAGGCTGATAATGGTGAATGGTGGATAAGAAAAGCAAGGGAAAAGACCGATAATATGTGCGACATTCCATTGTTGGATATACCAAGACTTATTTTAGAGAAATATCAGTCAAATCCAATCTGCAATGAAAAAGGATTATTACTTCCTGTTCCCAGCAACCAACGAATGAACAGTTATTTGAAAGAAATAGCTGATGTATGTGGTATTCAGAAGAATCTTTCCACACATATTGCAAGACATACATTTGCATCACTGGCTATTGCAAATAAGGTTTCCTTGGAATCCATTGCCAAAATGTTAGGACACACGGACATTCGTACAACTCGTATTTATGCCAAAATAATGAATTCTACCATTGCCAATGAAATGAAAGTACTGCAAAACAAGTTCGCAATATAATTTTCAACCATTATTTCATTTCTTACAGCAAATATCGCACTTTGCCACTGACTGTGCAAGGCGGCCCTGTCGGGCTGGTTGGCGGAAAAAAATCATCCTCGCTTCGCTCCGGTATTTTTTTCCGCCAAGCCTTGCACCGGTCATTGGCAAAGAACAGCCGGGCCAGTAAGAAATTGAAATACTGGCTCCACGGAGCCGGTCATGTCTAATTTAAATAAAAGAATATGACTGAAGAAGTTGGAAAGAAGGTATGTGAAGGTACAGTAGCAGACCTCATGAAGGACAAGACCGGAAAACAGACGGTTGTCACGTTGACAAGAAAGAATGCTTACCGAGTGAAGAAAATCAGAGAACAAGGGACGGATGACGAAGCTGTCCTTTTTCATTTCCGTGAACGCTGTACGGGAATGGGCTCCTATGTACACACAATCGAAGCGGCAGACGGAGAAACAGAACTTCATCCGTCTGAATTTGAAAAATGGGAAGCTGTGGAATTCCTGTATCCCGGCTATCTGGAAGACCTGCTTGATGCTGCATACAACGCATACAGATGGAGTTCCTTCGAACCTGAAGCAAGGGCGGAAACAGACATCATGCAATATGAAAAACAACTTGTAGAGGATCTGAAACAGATTCCGGAAGAAAAACAGAACGAGTATACCAGTGCATACCATAGCAAGTTCTCTGCCTTGCTGGGCTGTCTCTCACGATGTGCCAGTCCGATGGTGACAGGGCCTGCCAAATTCAACTGCCAGCGCAACAACAAAGCCTTGGATGCATACCAGAACAGATTTGATGAATTTCATGATTGGCGTAACCGCTTCAAGGCTGCCATGGAAAGGATGAAAGAGGCTGCCAAACCGGAAGAACAGAAGCAAGAGGAGGCATGGAACCGCCTGAAGCGTGACATTGCAAGCAGCGCACAGACCATTCATGATATTGATACCGGTAAAGCAAGAGGATACAGCCGTGCCTTGTTTGTCAGCAGTATCCTTAATAAAGTAAGCACCTATGCAGGAAAAGGAGAAGTGGAAATCGTACAGAAAGCGGTGGACTTCATTACAGACTTCAATGCACAATGCAAAAAACCGGTTATCACTCCGCGGAACCGTTTCTTCCAACTGCCGGAAATGGCACGCCAGGCCAGACTGAAACTTCAGGAAATCAGAGAACGGGAAAACCGTGAACTGAAATTTGAAGGCGGAACGCTGGTATGGAACTATGAGGCAGACCGCCTGCAAATCCAGTTTGACAATATTCCGGATGACCAGAGGCGCAAGGAACTGAAATCATACGGTTTCAAATGGTCGCCGAGATACCAGGCATGGCAACGGCAACTTACACAGAATGCCGTATATGCAGTCAAAAGAGTGTTGAACCTTCAAAACCTATAAGACATGAAAGACCGATTGAAATATGTAATCGATTCCCGCTACTTCGACGGAACATGCCTGACAAGTATGAGTGACGGATTCCATAATGACTATGGTGGGGAAACAATCGAAGAACTGCGCATACGGGAAAACAATCCCTATCTGAAAGCAGTAACACCTTCTGATATAGACAAGAAGCTGCGGCTATACAATCAGTCCCTGTCCGAACCGTTCAAGGAAATCACTGAAGAAGAATACTATGACCTGCTGGATGTACTGCCACCCTTGCGCATGAGACAAAACTCGTTCTTTGTAGGAGAACCGTATTACGGAAATATGTACTCTTTCTGCTTTACTCGTCAAGGAAGATATTTCAAGGGCCTACGCTCCGTACTTACTCCGCAATCCGAACTGGACAGTCAGATAGACCGTCACATGGAAATCATCAACCGGAAAGCCGTGATCTCAAAAGAGGAAACAAGTAAAACGGTCACAACCGGAACCAGACTCATTCCCTATTATTTTTCACTGGACGGAAAACAGCCCGTATTCATCTGCAACCTTGTCATCCAATCAGATTCCAGTCAAGCAAGGACGGACATGGCGAATACCCTGAAAAGTCTTCGCCGGAACCATTATCAGTTCTATAAAGGAAAAGGGCATTACGAAACTCCGGACGAACTGATAGACCATGTATCAGGAAAGAAGCTCACCCTTGTTTCCGACGGACATTTCTTTCAATATCCTCCCGGCAGGGAATCCGCAACTTTCATCGGACACATCAAGGAGACATCAGAGGAATTTCTTTTCCGGATCTATGACCGTGAATATTTCCTGTATCTTCTTAAAAGACTGAGGACCGTGAAAAAGGAATCGGCACAGGAACAAATAAATATCAAATCATAACATTCGGGGGAATGCGGTAAAATGACTGCCGTATTCCCTCATAAAAACAATACAAGTATGAACAAATCAAACACTCTATACTGGAAAACAGCCACAGATCCGGCTGAACGCATTGAGGTCAGACTCGTCCTGAACAGTTATATCGACAATGACAATCTGTATGTAGGACTTGAATCCCGGTCTAAGGAGAATCCGGAATGCTGGGAATCCTACACGGACATCACCGTCAACCTCAATTCTCTTCCCCCGTTCCATGCCTATGTGGACAACCGGGACTGCAACAGACATGTGCATGATTTTCTGACCAGTAACAGAATAGCAGAACCTGCCGGATTTGAATATCAGGGATTCAGAATGTTCCGCTTCAATCCTGACAGGTTGAAGGAACTCGCACCCGAACAGTTCAAGACAATCAGCGCCAAACTGCCACCACAGGATGACATGATAAAGGACATCATCTATCAGGAAAGACGTTTCCCTTTGAGAACTGTTCAAGACATTCACGGAATATATCTTGTTTCAAGCAAGGAACTGGAAGAATCTCTGATCGAAGGAGTACGGAACCTGGATGCTGCGGCATATGAACTGCTGGATGGCATCTGCCTGTTCTGCTCCACACAGGAACTGCGCTATCTTACGGATGCAGAACTGATAGAAACAATCTACGCACAATAAAAAGGAGGAACAAATATGAAAACCGGAGACATTGTATTTCTGAGACGTCCCTATAAGGGATACCGTGCCGTCGAACTGATGGAAAGACTGGAATGCCGCTGGCTGGTCAGGATTGTCGAGAGCGGTCTTGAACTGGAGGTATATGAAGATGAACTTATATCAGAATTTTAATACAGACAAAGTGTTATGGAAAAATATCAGTTTGCATTCCATTCGGAAATAATCGGCTATACCTCTCCTCATATCGGTGAGGTCAGAAAAGCCATACACAGAAAAGTGGAAAAGGAAAAGTCTGCCGCCATAAAGAATGATATTGAGCTGCACATGTACAAAGTGCATGACGGCATACCGGTTCTCCTTAACACCTGCTACCTGTACGATGAAAAAGGATGTATGGTACACGGAAGTATCAAGGGAACCAAGGATTATCTGCTTGAGACATGGAGATACCATACAAACAGACATTCTAAAGGCATCAGTTCCACAAGAATCAGGCCTTGC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SEQ ID NO: 73 (pWD035 plasmid with porphyran PUL):

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SEQ ID NO: 74 (pZR1622 - chloramphenicol resistance vector):

ACTAGAGATCTATGTGAGGATCCTAACTCGAGATCGAGACTGCTATGACTTGAGACCGGCTATTACGAGCGCTTAAACGGCGCGCCTGATAGGTGGGCTGCCCTTCCTGGTTGGCTTGGTTTCATCAGCCATCCGCTTGCCCTCATCTGTTACGCCGGCGGTAGCCGGCCAGCCTCGCAGAGCAGGATTCCCGTTGAGCACCGCCAGGTGCGAATAAGGGACAGTGAAGAAGGAACACCCGCTCGCGGGTGGGCCTACTTCACCTATCCTGCCCGGCTGACGCCGTTGGATACACCAAGGAAAGTCTACACGAACCCTTTGGCAAAATCCTGTATATCGTGCGAAAAAGGATGGATATACCGAAAAAATCGCTATAATGACCCCGAAGCAGGGTTATGCAGCGGAAAAGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCAATGGAGAAAAAAATCACTGGATATACCACCGTTGATATATCCCAATGGCATCGTAAAGAACATTTTGAGGCATTTCAGTCAGTTGCTCAATGTACCTATAACCAGACCGTTCAGCTGGATATTACGGCCTTTTTAAAGACCGTAAAGAAAAATAAGCACAAGTTTTATCCGGCCTTTATTCACATTCTTGCCCGCCTGATGAATGCTCATCCGGAATTTCGTATGGCAATGAAAGACGGTGAGCTGGTGATATGGGATAGTGTTCACCCTTGTTACACCGTTTTCCATGAGCAAACTGAAACGTTTTCATCGCTCTGGAGTGAATACCACGACGATTTCCGGCAGTTTCTACACATATATTCGCAAGATGTGGCGTGTTACGGTGAAAACCTGGCCTATTTCCCTAAAGGGTTTATTGAGAATATGTTTTTCGTTTCAGCCAATCCCTGGGTGAGTTTCACCAGTTTTGATTTAAACGTGGCCAATATGGACAACTTCTTCGCCCCCGTTTTCACCATGGGCAAATATTATACGCAAGGCGACAAGGTGCTGATGCCGCTGGCGATTCAGGTTCATCATGCCGTTTGTGATGGCTTCCATGTCGGCAGAATGCTTAATGAATTACAACAGTACTGCGATGAGTGGCAGGGCGGGGCGTAAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTTGATAATAAGCGGATGAATGGCAGAAATTCGACGAGTCATTGGTAACTATCTATGAAACTGTTTGATACTTTTATAGTTGATTAAACTTGTTCATGGCATTTGCCTTAATATCATCCGCTATGTCAATGTAGGGTTTCATAGCTTTGTAGTCGCTGTGTCCCGTCCATTTCATGACCACCTGTGCCGGGATTCCGAGAGCCAGCGCATTGCAGATGAATGTCCTTTTTCCTGCATGGGTACTGAGCAAAGCGTATTTGGGTGTGACTTCATCAATACGTTCATTTCCCTTGTAGTAGGTTTCCCGTACAGGCTCGTTGATTTCTGCCAGTTCGCCCAGCTCTTTCAGGTAATCGTTCATCTTCTGGTTGCTGATGACGGGCAGAGCCATGTAATTCTCGAAATGGATGTCCTTGTATTTGTCCAGTATGGCTTTGCTGTATTTGTTCAGTTCAATCGTCAGGCTGTCGGCAGTCTTGACTGTGGTTATTTCGATGTGGTCGGACTTCACATCGCTTCTTTTCAGATTGCGAACATCCGAATACCGCAAACTCGTAAAGCAGCAGAACAGGAAAACATCACGCACACGTTCCAGGTATTGCTTATCCTTGGGTATCTGGTAGTCTTTCAGCTTGTTCAGTTCATCCCAAGTCAGGAAGATTACTTTTTTCGAGGTGGTTTTCAGTTTCGGTTTGAACGTATCGTATGCAATGTTCTGATGATGTCCTTTCTTGAAGCTCCAGCGCAGGAACCATTTGAGGAATCCCATTTGCTTGCCGATGGTGCTGTTTCTCATATCCTTGGTGTCACGCAGGAAGTTGACGTATTCGTTCAATCCAAACTCGTTGAAATAGTTGAACGTTGCATCCTCCTTGAACTCTTTGAGGTGGTTCCTCACTGCTGCAAATTTTTCATAGGTGGATGCCGTCCAGTTATTCTGGTTACCGCACTCTTTTACAAACTCATCGAACACCTCCCAAAAGCTGACAGGGGCTTCTTCCGGCTGTTCTTCACTGGTATCTTTCATTCTCATGTTGAAAGCTTCCTTCAACTGTTGGGTCGTTGGCATGACCTCCTGCACCTCAAATTCCTTGAAAATATTCTGGATTTCGGCATAGTATTTCAGCAAGTCCGTATTGATTTCGGCTGCACTTTGCTTTAGCTTGTTGGTACATCCGTTCTTTACCCGCTGCTTATCTGCATCCCATTTGGCTACGTCAATCCGGTAGCCCGTTGTAAACTCGATACGTTGGCTGGCAAAGATGACACGCATACGGATGGGTACGTTCTCTACGATTGGCACACCGTTCTTTTTCCGGCTCTCCAATGCAAAAATGATGTTGCGCTTGATATTCATAATTGGGTGCGTTTGAAATTCTACACCCAAATATACACCCAATTATTGAGATAGCAAAAGACATTTAGAAACATTTACTTTTACTCTATATTGTAATTTACACTTGATTATCAGTCGTTTGCAGTCTTATGATATTCTGTGAAAGTATAAGTTCGAGAGCCTGTCTCTCCGCAAAAAACGCTGAAAATCAGCAGATTGCAAAACAAACACCCTGTTTTACACCCAAGAATGTAAAGTCGGGTGTTTTTGTTTTATTTAAGATAATACAACCACTACATAATAAAAGAGTAGCGATATTAAAAGAATCCGATGAGAAAAGACTAATATTTATCTATCCATTCAGTTTGATTTCTCAGGACTTTACATCGTCCTGAAAGTATTTGTTGCCAGTGTTACAACCAATTAACCAATTCTGATTAGAAAAACTCATCGAGCATCAAATGAAACTGCAATTTATTCATATCAGGATTATCAATACCATATTTTTGAAAAAGCCGTTTCTGTAATGAAGGAGAAAACTCACCGAGGCAGTTCCATAGGATGGCAAGATCCTGGTATCGGTCTGCGATTCCGACTCGTCCAACATCAATACAACCTATTAATTTCCCCTCGTCAAAAATAAGGTTATCAAGTGAGAAATCACCATGAGTGACGACTGAATCCGGTGAGAATGGCAAAAGCTTATGCATTTCTTTCCAGACTTGTTCAACAGGCCAGCCATTACGCTCGTCATCAAAATCACTCGCATCAACCAAACCGTTATTCATTCGTGATTGCGCCTGAGCGAGGCGAAATACGCGATCGCTGTTAAAAGGACAATTACAAACAGGAATCGAATGCAACCGGCGCAGGAACACTGCCAGCGCATCAACAATATTTTCACCTGAATCAGGATATTCTTCTAATACCTGGAATGCTGTTTTCCCGGGGATCGCAGTGGTGAGTAACCATGCATCATCAGGAGTACGGATAAAATGCTTGATGGTCGGAAGAGGCATAAATTCCGTCAGCCAGTTTAGTCTGACCATCTCATCTGTAACATCATTGGCAACGCTACCTTTGCCATGTTTCAGAAACAACTCTGGCGCATCGGGCTTCCCATACAATCGATAGATTGTCGCACCTGATTGCCCGACATTATCGCGAGCCCATTTATACCCATATAAATCAGCATCCATGTTGGAATTTAATCGCGGCCTGGAGCAAGACGTTTCCCGTTGAATATGGCTCATAACACCCCTTGTATTACTGTTTATGTAAGCAGACAGTTTTATTGTTCATGATGATATATTTTTATCTTGTGCAATGTAACATCAGAGATTTTGAGACACAACGTGGCTTTGTTGAATAAATCGAACTTTTGCTGAGTTGAAGGATCAGCCGCGCAGTTCAACCTGTTGATAGTACGTACTAAGCTCTCATGTTTCACGTACTAAGCTCTCATGTTTAACGTACTAAGCTCTCATGTTTAACGAACTAAACCCTCATGGCTAACGTACTAAGCTCTCATGGCTAACGTACTAAGCTCTCATGTTTCACGTACTAAGCTCTCATGTTTGAACAATAAAATTAATATAAATCAGCAACTTAAATAGCCTCTAAGGTTTTAAGTTTTATAAGAAAAAAAAGAATATATAAGGCTTTTAAAGCTTTTAAGGTTTAACGGTTGTGGACAACAAGCCAGGGATGTAACGCACTGAGAAGCCCTTAGAGCCTCTCAAAGCAATTTTGAGTGACACAGGAACACTTAACGGCTGACATGGGGCGGCCGCTCAACGTACCGGTCTCAGTAGGGAGAGCTGTATGTGGGTAG

SEQ ID NO: 75 (pZR0879 - Ec_frc, Of_oxc, Sc_YBR222C, Sc_YEL020C, Ec_yfdE, Of_oxlT (high-strength promoter) expression vector):

GGAGAGCTGTATGTGGGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGGTAAGCCAATCTAGGGCCTCGTCTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGAGCTGTCACCGGATGTGCTTTCCGGTCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACAGCCTCTACAAATAATTTTGTTTAATCCATCAATTTAAAATTTAAAATAATGGTTTTTACTCTGGAAGATTTTGTTGGCGATTGGCGTCAGACCGCGGGTTATAATTTGGATCAAGTCCTGGAACAGGGTGGCGTAAGCTCTCTGTTCCAGAACCTGGGTGTGAGCGTGACGCCGATTCAGCGCATCGTTCTGTCCGGCGAGAACGGTCTGAAAATTGATATTCATGTGATCATCCCGTACGAAGGCCTGAGCGGTGACCAAATGGGTCAAATCGAGAAAATCTTTAAAGTCGTCTACCCAGTTGACGATCACCACTTCAAGGTTATCTTGCATTACGGTACGCTGGTGATTGATGGTGTGACCCCGAATATGATTGACTATTTCGGCCGTCCGTATGAAGGCATTGCCGTTTTTGACGGTAAAAAGATCACCGTCACCGGTACCCTGTGGAATGGCAATAAGATTATTGACGAGCGTCTGATTAACCCGGACGGCAGCCTGCTGTTCCGCGTGACCATCAACGGTGTCACGGGTTGGCGTCTGTGCGAGCGCATCCTGGCAGGTTCAATGAGTAACGACGACAATGTAGAGTTGACTGATGGCTTTCATGTTTTGATCGATGCCCTGAAAATGAATGACATCGATACCATGTATGGTGTTGTCGGCATTCCTATCACGAACCTGGCTCGTATGTGGCAAGATGACGGTCAGCGTTTTTACAGCTTCCGTCACGAACAACACGCAGGTTATGCAGCTTCTATCGCCGGTTACATCGAAGGAAAACCTGGCGTTTGCTTGACCGTTTCCGCCCCTGGCTTCCTGAACGGCGTGACTTCCCTGGCTCATGCAACCACCAACTGCTTCCCAATGATCCTGTTGAGCGGTTCCAGTGAACGTGAAATCGTCGATTTGCAACAGGGCGATTACGAAGAAATGGATCAGATGAATGTTGCACGTCCACACTGCAAAGCTTCTTTCCGTATCAACAGCATCAAAGACATTCCAATCGGTATCGCTCGTGCAGTTCGCACCGCTGTATCCGGACGTCCAGGTGGTGTTTACGTTGACTTGCCAGCAAAACTGTTCGGTCAGACCATTTCTGTAGAAGAAGCTAACAAACTGCTCTTCAAACCAATCGATCCAGCTCCGGCACAGATTCCTGCTGAAGATGCTATCGCTCGCGCTGCTGACCTGATCAAGAACGCCAAACGTCCAGTTATCATGCTGGGTAAAGGCGCTGCATACGCACAATGCGACGACGAAATCCGCGCACTGGTTGAAGAAACCGGCATCCCATTCCTGCCAATGGGTATGGCTAAAGGCCTGCTGCCTGACAACCATCCACAATCCGCTGCTGCAACCCGTGCTTTCGCACTGGCACAGTGTGACGTTTGCGTACTGATCGGCGCTCGTCTGAACTGGCTGATGCAGCACGGTAAAGGCAAAACCTGGGGCGACGAACTGAAGAAATACGTTCAGATCGACATCCAGGCTAACGAAATGGACAGCAACCAGCCTATCGCTGCACCAGTTGTTGGTGACATCAAGTCCGCCGTTTCCCTGCTCCGCAAAGCACTGAAAGGCGCTCCAAAAGCTGACGCTGAATGGACCGGCGCTCTGAAAGCCAAAGTTGACGGCAACAAAGCCAAACTGGCTGGCAAGATGACTGCCGAAACCCCATCCGGAATGATGAACTACTCCAATTCCCTGGGCGTTGTTCGTGACTTCATGCTGGCAAATCCGGATATTTCCCTGGTTAACGAAGGCGCTAATGCACTCGACAACACTCGTATGATTGTTGACATGCTGAAACCACGCAAACGTCTTGACTCCGGTACCTGGGGTGTTATGGGTATTGGTATGGGCTACTGCGTTGCTGCAGCTGCTGTTACCGGCAAACCGGTTATCGCTGTTGAAGGCGATAGCGCATTCGGTTTCTCCGGTATGGAACTGGAAACCATCTGCCGTTACAACCTGCCAGTTACCGTTATCATCATGAACAATGGTGGTATCTATAAAGGTAACGAAGCAGATCCACAACCAGGCGTTATCTCCTGTACCCGTCTGACCCGTGGTCGTTACGACATGATGATGGAAGCATTTGGCGGTAAAGGTTATGTTGCCAATACTCCAGCAGAACTGAAAGCTGCTCTGGAAGAAGCTGTTGCTTCCGGCAAACCATGCCTGATCAACGCGATGATCGATCCAGACGCTGGTGTCGAATCTGGCCGTATCAAGAGCCTGAACGTTGTAAGTAAAGTTGGCAAGAAATAAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGCGTTCCTGGCGTGGTGCTCGCATAGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCAATGACAAGTGCCGCTACTGTTACTGCTTCGTTCAACGATACTTTTAGCGTATCCGATAATGTCGCCGTTATTGTTCCTGAAACGGACACTCAGGTGACCTACAGGGATCTATCCCACATGGTGGGTCACTTCCAGACCATGTTCACAAATCCTAATTCTCCATTGTACGGAGCTGTTTTCAGACAAGATACAGTGGCGATATCCATGCGTAATGGGCTGGAATTTATCGTCGCTTTCCTCGGTGCTACTATGGACGCTAAAATTGGCGCGCCCTTGAATCCCAATTATAAGGAAAAGGAGTTCAATTTTTATTTGAATGACCTGAAATCTAAGGCGATTTGCGTCCCAAAGGGTACCACAAAGTTACAGAGTTCTGAAATTCTAAAATCTGCCTCCACGTTTGGATGTTTTATCGTAGAGCTGGCCTTCGATGCGACCAGGTTTAGGGTAGAGTATGATATATACTCTCCAGAGGACAACTACAAAAGGGTTATTTACCGGTCTTTGAACAACGCCAAATTTGTCAACACAAATCCCGTTAAATTCCCTGGGTTTGCCCGTTCCAGTGACGTTGCC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GGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAGCTGATTAGAAGGCCATCCTGACGGATGGCCTTTTTTTTGACTGCTATGACTAAACGGCGCGCCTGATAGGTGGGCTGCCCTTCCTGGTTGGCTTGGTTTCATCAGCCATCCGCTTGCCCTCATCTGTTACGCCGGCGGTAGCCGGCCAGCCTCGCAGAGCAGGATTCCCGTTGAGCACCGCCAGGTGCGAATAAGGGACAGTGAAGAAGGAACACCCGCTCGCGGGTGGGCCTACTTCACCTATCCTGCCCGGCTGACGCCGTTGGATACACCAAGGAAAGTCTACACGAACCCTTTGGCAAAATCCTGTATATCGTGCGAAAAAGGATGGATATACCGAAAAAATCGCTATAATGACCCCGAAGCAGGGTTATGCAGCGGAAAAGTTATATACATTCATGTCCATTTATGTAAAAAATCCTGCTGACCTTGTTTATGTCTTGTCAGTCACCATTTGCAAAACCATATTTGACCCTCAAAGAGGCTGAATTTGATAAGCAACTTGCTACATACTCATAATAAGGAGCTAAATAGAACACGAATGGGAAATACTCAAATGCCAAACTAAAGAAGATATTGGCCAAAATAAACGCTATACCGAGAGAGAAACTTGATTTTTCAACTTCCTAAAACAGTGTTGTTCAAACATTTCTACTTATTTGTACTTACCAGTTGAACCTACGTTTCCCTAATAAAATGTCTATGGTAAAAAGTTAAAAAATCCTCCTACTTTTGTTAGATATATTTTTTTGTGTAATTTTGTAATCGTTATGCGGCAGTAATAATATACATATTAATACGAGTTAGGAATCCTGTAGTTCTCATATGCTACGAGGAGGTATTAAAAGGTGCGTTTCGACAATGCATCTATTGTAGTATATTATTGCTTAATCCAAATGAATATTATAAATTTAGGAATTCTTGCTCACATTGATGCAGGAAAAACTTCCGTAACCGAGAATCTGCTGTTTGCCAGTGGAGCAACGGAAAAGTGCGGCTGTGTGGATAATGGTGACACCATAACGGACTCTATGGATATAGAGAAACGTAGAGGAATTACTGTTCGGGCTTCTACGACATCTATTATCTGGAATGGTGTGAAATGCAATATCATTGACACTCCGGGACACATGGATTTTATTGCGGAAGTGGAGCGGACATTCAAAATGCTTGATGGAGCAGTCCTCATCTTATCCGCAAAGGAAGGCATACAAGCGCAGACAAAGTTGCTGTTCAATACTTTACAGAAGCTGCAAATCCCGACAATTATATTTATCAATAAGATTGACCGAGCCGGTGTGAATTTGGAGCGTTTGTATCTGGATATAAAAGCAAATCTGTCTCAAGATGTCCTGTTTATGCAAAATGTTGTCGATGGATCGGTTTATCCGGTTTGCTCCCAAACATATATAAAGGAAGAATACAAAGAATTTGTATGCAACCATGACGACAATATATTAGAACGATATTTGGCGGATAGCGAAATTTCACCGGCTGATTATTGGAATACGATAATCGCTCTTGTGGCAAAAGCCAAAGTCTATCCGGTGCTACATGGATCAGCAATGTTCAATATCGGTATCAATGAGTTGTTGGACGCCATCACTTCTTTTATACTTCCTCCGGCATCGGTTTCAAACAGACTTTCATCTTATCTTTATAAGATAGAGCATGACCCCAAAGGACATAAAAGAAGTTTTCTAAAAATAATTGACGGAAGTCTGAGACTTCGAGATGTTGTAAGAATCAACGATTCGGAAAAATTCATCAAGATTAAAAATCTAAAAACTATCAATCAGGGCAGAGAGATAAATGTTGATGAAGTGGGCGCCAATGATATCGCGATTGTAGAGGATATGGATGATTTTCGAATCGGAAATTATTTAGGTGCTGAACCTTGTTTGATTCAAGGATTATCGCATCAGCATCCCGCTCTCAAATCCTCCGTCCGGCCAGACAGGCCCGAAGAGAGAAGCAAGGTGATATCCGCTCTGAATACATTGTGGATTGAAGATCCGTCTTTGTCCTTTTCCATAAACTCATATAGTGATGAATTGGAAATCTCGTTATATGGTTTAACCCAAAAGGAAATCATACAGACATTGCTGGAAGAACGATTTTCCGTAAAGGTCCATTTTGATGAGATCAAGACTATATACAAAGAACGACCTGTAAAAAAGGTCAATAAGATTATTCAGATCGAAGTGCCGCCCAACCCTTATTGGGCCACAATAGGGCTGACTCTTGAACCCTTACCGTTAGGGACAGGGTTGCAAATCGAAAGTGACATCTCCTATGGTTATCTGAACCATTCTTTTCAAAATGCCGTTTTTGAAGGGATTCGTATGTCTTGCCAATCCGGGTTACATGGATGGGAAGTGACTGATCTGAAAGTAACTTTTACTCAAGCCGAGTATTATAGCCCGGTAAGTACACCAGCTGATTTCAGACAGCTGACCCCTTATGTCTTTAGGCTGGCCTTGCAACAGTCAGGTGTGGACATTCTCGAACCGATGCTCTATTTTGAGTTGCAGATACCCCAAGCGGCAAGTTCCAAAGCTATTACAGATTTGCAAAAAATGATGTCTGAGATTGAAGATATCAGTTGCAATAATGAGTGGTGTCATATTAAAGGGAAAGTTCCATTAAATACAAGTAAAGACTATGCATCAGAAGTAAGTTCATACACTAAGGGCTTAGGCATTTTTATGGTTAAGCCATGCGGGTATCAAATAACAAAAGGCGGTTATTCTGATAATATCCGCATGAACGAAAAAGATAAACTTTTATTCATGTTCCAAAAATCAATGTCATCAAAATAACCACGAGTCATTGGTAACTATCTATGAAACTGTTTGATACTTTTATAGTTGATTAAACTTGTTCATGGCATTTGCCTTAATATCATCCGCTATGTCAATGTAGGGTTTCATAGCTTTGTAGTCGCTGTGTCCCGTCCATTTCATGACCACCTGTGCCGGGATTCCGAGAGCCAGCGCATTGCAGATGAATGTCCTTTTTCCTGCATGGGTACTGAGCAAAGCGTATTTGGGTGTGACTTCATCAATACGTTCATTTCCCTTGTAGTAGGTTTCCCGTACAGGCTCGTTGATTTCTGCCAGTTCGCCCAGCTCTTTCAGGTAATCGTTCATCTTCTGGTTGCTGATGACGGGCAGAGCCATGTAATTCTCGAAATGGATGTCCTTGTATTTGTCCAGTATGGCTTTGCTGTATTTGTTCAGTTCAATCGTCAGGCTGTCGGCAGTCTTGACTGTGGTTATTTCGATGTGGTCGGACTTCACATCGCTTCTTTTCAGATTGCGAACATCCGAATACCGCAAACTCGTAAAGCAGCAGAACAGGAAAACATCACGCACACGTTCCAGGTATTGCTTATCCTTGGGTATCTGGTAGTCTTTCAGCTTGTTCAGTTCATCCCAAGTCAGGAAGATTACTTTTTTCGAGGTGGTTTTCAGTTTCGGTTTGAACGTATCGTATGCAATGTTCTGATGATGTCCTTTCTTGAAGCTCCAGCGCAGGAACCATTTGAGGAATCCCATTTGCTTGCCGATGGTGCTGTTTCTCATATCCTTGGTGTCACGCAGGAAGTTGACGTATTCGTTCAATCCAAACTCGTTGAAATAGTTGAACGTTGCATCCTCCTTGAACTCTTTGAGGTGGTTCCTCACTGCTGCAAATTTTTCATAGGTGGATGCCGTCCAGTTATTCTGGTTACCGCACTCTTTTACAAACTCATCGAACACCTCCCAAAAGCTGACAGGGGCTTCTTCCGGCTGTTCTTCACTGGTATCTTTCATTCTCATGTTGAAAGCTTCCTTCAACTGTTGGGTCGTTGGCATGACCTCCTGCACCTCAAATTCCTTGAAAATATTCTGGATTTCGGCATAGTATTTCAGCAAGTCCGTATTGATTTCGGCTGCACTTTGCTTTAGCTTGTTGGTACATCCGTTCTTTACCCGCTGCTTATCTGCATCCCATTTGGCTACGTCAATCCGGTA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SEQ ID NO: 76 (pZR0901 - Ec_frc, Of_oxc, Sc_YBR222C, Sc_YEL020C, At_AAE3, Ec_yfdE, Of_oxlT (medium-strength promoter) expression vector):

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SEQ ID NO: 77 (pZR1871 -Ec_frc, Of_oxc, Sc_YBR222C, Sc_YEL020C, At_AAE3, Ec_yfdE, Of_oxlT (high-strength promoter) expression vector):

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SEQ ID NO: 78 (RBS and N-terminal leader peptide):

GATCACACAACATTTAAAAAATAACATTATGAAAGCACTCGAAAAGAGATTCAAAGGTAATATTAACAATAATTTATTTTCA

SEQ ID NO: 79 (RBS and N-terminal NanoLuc luciferase reporter):

TCCATCAATTTAAAATTTAAAATAATGGTTTTTACTCTGGAAGATTTTGTTGGCGATTGGCGTCAGACCGCGGGTTATAATTTGGATCAAGTCCTGGAACAGGGTGGCGTAAGCTCTCTGTTCCAGAACCTGGGTGTGAGCGTGACGCCGATTCAGCGCATCGTTCTGTCCGGCGAGAACGGTCTGAAAATTGATATTCATGTGATCATCCCGTACGAAGGCCTGAGCGGTGACCAAATGGGTCAAATCGAGAAAATCTTTAAAGTCGTCTACCCAGTTGACGATCACCACTTCAAGGTTATCTTGCATTACGGTACGCTGGTGATTGATGGTGTGACCCCGAATATGATTGACTATTTCGGCCGTCCGTATGAAGGCATTGCCGTTTTTGACGGTAAAAAGATCACCGTCACCGGTACCCTGTGGAATGGCAATAAGATTATTGACGAGCGTCTGATTAACCCGGACGGCAGCCTGCTGTTCCGCGTGACCATCAACGGTGTCACGGGTTGGCGTCTGTGCGAGCGCATCCTGGCA

SEQ ID NO: 80 (P_BfP2E5):

GATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTCCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAG

SEQ ID NO: 81 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCAACTACCTAAATTAATTATCACCCCAAATTAATAACATAAAAATATAATAAAATGAGTAACGACGACAATGTAGAGTTGACTGATGGCTTTCATGTTTTGATCGATGCCCTGAAAATGAATGACATCGATACCATGTATGGTGTTGTCGGCATTCCTATCACGAACCTGGCTCGTATGTGGCAAGATGACGGTCAGCGTTTTTACAGCTTCCGTCACGAACAACACGCAGGTTATGCAGCTTCTATCGCCGGTTACATCGAAGGAAAACCTGGCGTTTGCTTGACCGTTTCCGCCCCTGGCTTCCTGAACGGCGTGACTTCCCTGGCTCATGCAACCACCAACTGCTTCCCAATGATCCTGTTGAGCGGTTCCAGTGAACGTGAAATCGTCGATTTGCAACAGGGCGATTACGAAGAAATGGATCAGATGAATGTTGCACGTCCACACTGCAAAGCTTCTTTCCGTATCAACAGCATCAAAGACATTCCAATCGGTATCGCTCGTGCAGTTCGCACCGCTGTATCCGGACGTCCAGGTGGTGTTTACGTTGACTTGCCAGCAAAACTGTTCGGTCAGACCATTTCTGTAGAAGAAGCTAACAAACTGCTCTTCAAACCAATCGATCCAGCTCCGGCACAGATTCCTGCTGAAGATGCTATCGCTCGCGCTGCTGACCTGATCAAGAACGCCAAACGTCCAGTTATCATGCTGGGTAAAGGCGCTGCATACGCACAATGCGACGACGAAATCCGCGCACTGGTTGAAGAAACCGGCATCCCATTCCTGCCAATGGGTATGGCTAAAGGCCTGCTGCCTGACAACCATCCACAATCCGCTGCTGCAACCCGTGCTTTCGCACTGGCACAGTGTGACGTTTGCGTACTGATCGGCGCTCGTCTGAACTGGCTGATGCAGCACGGTAAAGGCAAAACCTGGGGCGACGAACTGAAGAAATACGTTCAGATCGACATCCAGGCTAACGAAATGGACAGCAACCAGCCTATCGCTGCACCAGTTGTTGGTGACATCAAGTCCGCCGTTTCCCTGCTCCGCAAAGCACTGAAAGGCGCTCCAAAAGCTGACGCTGAATGGACCGGCGCTCTGAAAGCCAAAGTTGACGGCAACAAAGCCAAACTGGCTGGCAAGATGACTGCCGAAACCCCATCCGGAATGATGAACTACTCCAATTCCCTGGGCGTTGTTCGTGACTTCATGCTGGCAAATCCGGATATTTCCCTGGTTAACGAAGGCGCTAATGCACTCGACAACACTCGTATGATTGTTGACATGCTGAAACCACGCAAACGTCTTGACTCCGGTACCTGGGGTGTTATGGGTATTGGTATGGGCTACTGCGTTGCTGCAGCTGCTGTTACCGGCAAACCGGTTATCGCTGTTGAAGGCGATAGCGCATTCGGTTTCTCCGGTATGGAACTGGAAACCATCTGCCGTTACAACCTGCCAGTTACCGTTATCATCATGAACAATGGTGGTATCTATAAAGGTAACGAAGCAGATCCACAACCAGGCGTTATCTCCTGTACCCGTCTGACCCGTGGTCGTTACGACATGATGATGGAAGCATTTGGCGGTAAAGGTTATGTTGCCAATACTCCAGCAGAACTGAAAGCTGCTCTGGAAGAAGCTGTTGCTTCCGGCAAACCATGCCTGATCAACGCGATGATCGATCCAGACGCTGGTGTCGAATCTGGCCGTATCAAGAGCCTGAACGTTGTAAGTAAAGTTGGCAAGAAATAAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACTTTTATTAAAAAAAAATTACAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGT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SEQ ID NO: 82 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCAACTACCTAAATTAATTATCACCCCAAATTAATAACATAAAAATATAATAAAATGAGTAACGACGACAATGTAGAGTTGACTGATGGCTTTCATGTTTTGATCGATGCCCTGAAAATGAATGACATCGATACCATGTATGGTGTTGTCGGCATTCCTATCACGAACCTGGCTCGTATGTGGCAAGATGACGGTCAGCGTTTTTACAGCTTCCGTCACGAACAACACGCAGGTTATGCAGCTTCTATCGCCGGTTACATCGAAGGAAAACCTGGCGTTTGCTTGACCGTTTCCGCCCCTGGCTTCCTGAACGGCGTGACTTCCCTGGCTCATGCAACCACCAACTGCTTCCCAATGATCCTGTTGAGCGGTTCCAGTGAACGTGAAATCGTCGATTTGCAACAGGGCGATTACGAAGAAATGGATCAGATGAATGTTGCACGTCCACACTGCAAAGCTTCTTTCCGTATCAACAGCATCAAAGACATTCCAATCGGTATCGCTCGTGCAGTTCGCACCGCTGTATCCGGACGTCCAGGTGGTGTTTACGTTGACTTGCCAGCAAAACTGTTCGGTCAGACCATTTCTGTAGAAGAAGCTAACAAACTGCTCTTCAAACCAATCGATCCAGCTCCGGCACAGATTCCTGCTGAAGATGCTATCGCTCGCGCTGCTGACCTGATCAAGAACGCCAAACGTCCAGTTATCATGCTGGGTAAAGGCGCTGCATACGCACAATGCGACGACGAAATCCGCGCACTGGTTGAAGAAACCGGCATCCCATTCCTGCCAATGGGTATGGCTAAAGGCCTGCTGCCTGACAACCATCCACAATCCGCTGCTGCAACCCGTGCTTTCGCACTGGCACAGTGTGACGTTTGCGTACTGATCGGCGCTCGTCTGAACTGGCTGATGCAGCACGGTAAAGGCAAAACCTGGGGCGACGAACTGAAGAAATACGTTCAGATCGACATCCAGGCTAACGAAATGGACAGCAACCAGCCTATCGCTGCACCAGTTGTTGGTGACATCAAGTCCGCCGTTTCCCTGCTCCGCAAAGCACTGAAAGGCGCTCCAAAAGCTGACGCTGAATGGACCGGCGCTCTGAAAGCCAAAGTTGACGGCAACAAAGCCAAACTGGCTGGCAAGATGACTGCCGAAACCCCATCCGGAATGATGAACTACTCCAATTCCCTGGGCGTTGTTCGTGACTTCATGCTGGCAAATCCGGATATTTCCCTGGTTAACGAAGGCGCTAATGCACTCGACAACACTCGTATGATTGTTGACATGCTGAAACCACGCAAACGTCTTGACTCCGGTACCTGGGGTGTTATGGGTATTGGTATGGGCTACTGCGTTGCTGCAGCTGCTGTTACCGGCAAACCGGTTATCGCTGTTGAAGGCGATAGCGCATTCGGTTTCTCCGGTATGGAACTGGAAACCATCTGCCGTTACAACCTGCCAGTTACCGTTATCATCATGAACAATGGTGGTATCTATAAAGGTAACGAAGCAGATCCACAACCAGGCGTTATCTCCTGTACCCGTCTGACCCGTGGTCGTTACGACATGATGATGGAAGCATTTGGCGGTAAAGGTTATGTTGCCAATACTCCAGCAGAACTGAAAGCTGCTCTGGAAGAAGCTGTTGCTTCCGGCAAACCATGCCTGATCAACGCGATGATCGATCCAGACGCTGGTGTCGAATCTGGCCGTATCAAGAGCCTGAACGTTGTAAGTAAAGTTGGCAAGAAATAAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACTTTTATTAAAAAAAAATTACAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGT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SEQ ID NO: 83 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCATCTACCTTCATTATTAAACAAACCAAATTAATATCATAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTGTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCATCTACCTTTATTAATCAACAATCCAAATTATTAATAAAAAAAATTTAAAAAATGACAAATAATGAAAGCAAAGGGCCGTTTGAAGGCTTATTAGTTATCGATATGACACATGTCCTTAATGGACCTTTCGGAACTCAACTTCTTTGTAATATGGGCGCAAGGGTAATTAAAGTTGAGCCGCCGGGTCATGGTGATGATACCCGCACATTTGGTCCCTATGTGGA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SEQ ID NO: 84 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCATCTACCTTCATTATTAAACAAACCAAATTAATATCATAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTGTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCATCTACCTTTATTAATCAACAATCCAAATTATTAATAAAAAAAATTTAAAAAATGACAAATAATGAAAGCAAAGGGCCGTTTGAAGGCTTATTAGTTATCGATATGACACATGTCCTTAATGGACCTTTCGGAACTCAACTTCTTTGTAATATGGGCGCAAGGGTAATTAAAGTTGAGCCGCCGGGTCATGGTGATGATACCCGCACATTTGGTCCCTATGTGGA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SEQ ID NO: 85 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACCACAATACTAAAAATTTAATAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCATCTACCTATATTAATCATCAACCCAATTTTCATATGTATAAAATTAACAAAATGACAAGTGCCGCTACTGTTACTGCTTCGTTCAACGATACTTTTAGCGTATCCGATAATGTCGCCGTTATTGTTCCTGAAACGGACACTCAGGTGACCTACAGGGATCTATCCCACATGGTGGGTCACTTCCAGACCATGTTCACAAATCCTAATTCTCCATTGTACGGAGCTGTTTTCAGACAAGATACAGTGGCGATATCCATGCGTAATGGGCTGGAATTTATCGTCGCTTTCCTCGGTGCTACTATGGACGCTAAAATTGGCGCGCCCTTGAATCCCAATTATAAGGAAAAGGAGTTCAATTTTTATTTGAATGACCTGAAATCTAAGGCGATTTGCGTCCCAAAGGGTACCACAAAGTTACAGAGTTCTGAAATTCTAAAATCTGCCTCCACGTTTGGATGTTTTATCGTAGAGCTGGCCTTCGATGCGACCAGGTTTAGGGTAGAGTATGATATATACTCTCCAGAGGACAACTACAAAAGGGTTATTTACCGGTCTTTGAACAACGCCAAATTTGTCAACACAAATCCCGTTAAATTCCCTGGGTTTGCCCGTTCCAGTGACGTTGCCCTGATTTTGCATACCAGTGGTACCACCTCCACTCCAAAAACGGTGCCTTTGTTACATTTGAACATTGTGAGAAGCACGTTGAACATTGCTAACACTTACAAGCTAACGCCCTTGGACAGATCTTATGTCGTGATGCCTCTTTTCCACGTCCATGGGTTAATTGGTGTTTTACTTTCCACTTTTAGAACTCAGGGTTCTGTTGTGGTTCCCGATGGATTCCATCCAAAGTTATTCTGGGACCAATTTGTTAAGTACAACTGTAATTGGTTCAGTTGCGTTCCCACAATAAGCATGATTATGCTGAACATGCCCAAACCAAACCCTTTCCCACACATTAGATTCATCAGATCGTGTTCTTCTGCTTTGGCTCCAGCAACGTTCCATAAGCTGGAGAAGGAATTCAATGCACCTGTCTTGGAGGCCTATGCGATGACCGAAGCATCACATCAAATGACCTCAAACAATCTGCCTCCAGGAAAGAGAAAGCCTGGTACTGTGGGCCAGCCACAAGGAGTCACCGTCGTCATTCTAGATGACAATGACAATGTCTTGCCCCCGGGCAAAGTCGGCGAAGTTTCCATCAGAGGCGAAAACGTCACTTTGGGGTATGCTAATAATCCAAAAGCTAACAAGGAGAACTTCACCAAGAGAGAGAACTATTTCAGAACCGGTGACCAAGGTTATTTCGACCCTGAGGGGTTTTTGGTCCTTACAGGCAGAATCAAAGAGCTTATCAACAGGGGTGGTGAAAAGATTTCACCCATTGAGCTCGACGGCATTATGCTATCGCATCCAAAGATCGATGAAGCCGTTGCATTTGGTGTTCCCGACGATATGTACGGCCAAGTAGTTCAAGCCGCCATTGTTTTGAAGAAGGGAGAAAAAATGACCTACGAAGAACTGGTGAACTTCTTAAAGAAGCACCTAGCCTCTTTCAAAATTCCAACCAAGGTGTACTTTGTTGATAAGCTACCAAAAACCGCTACAGGTAAAATCCAGAGAAGAGTTATCGCAGAAACTTTTGCTAAGAGCAGCAGAAATAAGAGTAAGTTGTAGGGTTCCTAAACGACCTGGCATCAACTACCTTTATTATTCAACAAACCAATTTAACATATTAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGG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SEQ ID NO: 86 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACTTTTATTAAAAAAAAATTACAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCAACTACCTTTATTATTCAACAAACCAATTTAACATATTAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCA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SEQ ID NO: 87 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACTTTTATTAAAAAAAAATTACAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCAACTACCTTTATTATTCAACAAACCAATTTAACATATTAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCA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SEQ ID NO: 88 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCATCTACCTTCATTATTAATCATTCCAATTGTATCACTTAAAAATATAAAAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCAACTACCTAAATTACTTATCAAACCACTTAGTAGTAAAAAAAATATAACAAAATGACAAATAATGAAAGCAAAGGGCCGTTTGAAGGCTTATTAGTTATCGATATGACACATGTCCTTAATGGACCTTTCGGAACTCAACTTCTTTGTAATATGGGCGCAAGGGTAATTAAAGTTGAGCCGCCGGGTCATGGTGATGATACCCGCACATTTGGTCCCTATGTGGATGGACAGTCACTCTATTACAGTTTTATTAATCATGGCAAAGAGAGTGTGGTTCTTGATTTAAAGAATGATCACGATAAAAGTATATTTATAAATATGCTCAAACAAGCTGATGTATTAGCTGAGAATTTTCGCCCAGGTACAATGGAAAAACTGGGGTTTTCATGGGAAACGCTTCAAGAAATCAACCCGCGCCTCATATATGCTTCATCGTCAGGTTTCGGACATACCGGTCCGCTAAAAGATGCTCCTGCCTACGATACCATCATTCAGGCAATGAGCGGGATAATGATGGAAACAGGATATCCTGATGCTCCGCCAGTGCGCGTTGGTACATCTCTTGCGGATCTATGCGGCGGTGTCTATTTATTCAGCGGAATAGTGAGTGCACTTTATGGCCGCGAAAAGAGCCAGAGAGGGGCGCATGTCGATATAGCGATGTTTGATGCCACGCTGAGTTTTCTGGAGCATGGTCTGATGGCATATATCGCAACTGGGAAGTCACCACAACGTCTGGGAAATCGCCATCCCTACATGGCACCTTTTGATGTTTTCAATACTCAGGATAAGCCGATTACGATTTGTTGTGGTAATGACAAGCTTTTTTCTGCGTTATGCCAGGCACTGGAGCTTACGGAACTGGTTAATGATCCCCGATTTAGCAGCAATATTTTACGCGTACAAAACCAGGCTATTCTTAAACAATATATTGAGCGGACGTTAAAAACGCAGGCAGCTGAAGTTTGGTTAGCCAGAATACATGAAGTTGGTGTACCCGTCGCGCCGTTATTAAGTGTGGCTGAGGCCATTAAATTGCCACAAACTCAGGCGAGAAATATGTTGATTGAAGCCGGGGGAATAATGATGCCGGGTAATCCGATAAAAATCAGCGGCTGCGCGGACCCGCATGTTATGCCGGGAGCGGCAACGCTCGACCAGCATGGGGAACAAATTCGCCAGGAGTTCTCATCATAAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCATCTACCTTCATTATTAAACAAACCAAATTAATATCATAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCT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SEQ ID NO: 89 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCATCTACCTTCATTATTAATCATTCCAATTGTATCACTTAAAAATATAAAAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTACCCCTAACAACCCATAAATTTAACTTTAAAAAATTTTTAAATATAATAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTGTAAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCATCTACCTATATTACTAAACAAACCAATTATAATAATTTTAAAAATAAAAAAATGACAAATAATGAAAGCAAAGGGCCGTTTGAAGGCTTATTAGTTATCGATATGACACATGTCCTTAATGGACCTTTCGGAACTCAACTTCTTTGTAATATGGGCGCAAGGGTAATTAAAGTTGAGCCGCCGGGTCATGGTGATGATACCCGCACATTTGGTCCCTATGTGGA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SEQ ID NO: 90 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCAACTACCTAAATTAATTATCACCCCAAATTAATAACATAAAAATATAATAAAATGAGTAACGACGACAATGTAGAGTTGACTGATGGCTTTCATGTTTTGATCGATGCCCTGAAAATGAATGACATCGATACCATGTATGGTGTTGTCGGCATTCCTATCACGAACCTGGCTCGTATGTGGCAAGATGACGGTCAGCGTTTTTACAGCTTCCGTCACGAACAACACGCAGGTTATGCAGCTTCTATCGCCGGTTACATCGAAGGAAAACCTGGCGTTTGCTTGACCGTTTCCGCCCCTGGCTTCCTGAACGGCGTGACTTCCCTGGCTCATGCAACCACCAACTGCTTCCCAATGATCCTGTTGAGCGGTTCCAGTGAACGTGAAATCGTCGATTTGCAACAGGGCGATTACGAAGAAATGGATCAGATGAATGTTGCACGTCCACACTGCAAAGCTTCTTTCCGTATCAACAGCATCAAAGACATTCCAATCGGTATCGCTCGTGCAGTTCGCACCGCTGTATCCGGACGTCCAGGTGGTGTTTACGTTGACTTGCCAGCAAAACTGTTCGGTCAGACCATTTCTGTAGAAGAAGCTAACAAACTGCTCTTCAAACCAATCGATCCAGCTCCGGCACAGATTCCTGCTGAAGATGCTATCGCTCGCGCTGCTGACCTGATCAAGAACGCCAAACGTCCAGTTATCATGCTGGGTAAAGGCGCTGCATACGCACAATGCGACGACGAAATCCGCGCACTGGTTGAAGAAACCGGCATCCCATTCCTGCCAATGGGTATGGCTAAAGGCCTGCTGCCTGACAACCATCCACAATCCGCTGCTGCAACCCGTGCTTTCGCACTGGCACAGTGTGACGTTTGCGTACTGATCGGCGCTCGTCTGAACTGGCTGATGCAGCACGGTAAAGGCAAAACCTGGGGCGACGAACTGAAGAAATACGTTCAGATCGACATCCAGGCTAACGAAATGGACAGCAACCAGCCTATCGCTGCACCAGTTGTTGGTGACATCAAGTCCGCCGTTTCCCTGCTCCGCAAAGCACTGAAAGGCGCTCCAAAAGCTGACGCTGAATGGACCGGCGCTCTGAAAGCCAAAGTTGACGGCAACAAAGCCAAACTGGCTGGCAAGATGACTGCCGAAACCCCATCCGGAATGATGAACTACTCCAATTCCCTGGGCGTTGTTCGTGACTTCATGCTGGCAAATCCGGATATTTCCCTGGTTAACGAAGGCGCTAATGCACTCGACAACACTCGTATGATTGTTGACATGCTGAAACCACGCAAACGTCTTGACTCCGGTACCTGGGGTGTTATGGGTATTGGTATGGGCTACTGCGTTGCTGCAGCTGCTGTTACCGGCAAACCGGTTATCGCTGTTGAAGGCGATAGCGCATTCGGTTTCTCCGGTATGGAACTGGAAACCATCTGCCGTTACAACCTGCCAGTTACCGTTATCATCATGAACAATGGTGGTATCTATAAAGGTAACGAAGCAGATCCACAACCAGGCGTTATCTCCTGTACCCGTCTGACCCGTGGTCGTTACGACATGATGATGGAAGCATTTGGCGGTAAAGGTTATGTTGCCAATACTCCAGCAGAACTGAAAGCTGCTCTGGAAGAAGCTGTTGCTTCCGGCAAACCATGCCTGATCAACGCGATGATCGATCCAGACGCTGGTGTCGAATCTGGCCGTATCAAGAGCCTGAACGTTGTAAGTAAAGTTGGCAAGAAATAAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCAACTACCTACATTAATAACCAACCCAAATGCCTAATCAATAAATATTATAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGT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SEQ ID NO: 91 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACTTTTATTAAAAAAAAATTACAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCAACTACCTTTATTATTCAACAAACCAATTTAACATATTAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCA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TATTGCCGGATTGGCTCTTCATTTTGCCAATTTCTGGTACAAAATGCAGTTTGCCGAAATTATCGGTGTTCATGATTTGGGCGCATTCGGTCCTACAGACGGTGCCGCTTACATTCGTGAAACATTCGGATGCCCTGTATTTACAGTGCTTTACCTCATTTGGTTAGCAGCTTTGTGGTTCCACCTGACTCACGGATTCTGGAGTGCTTTGCAGACTTTGGGCTGGAGCAATAAAATCTGGTTCGAGCGTTGGAAGACTATTGGTAACATCTACTCTACTTTGGTAGTTCTTGGTTTTGCAGCAGTAGTCGTTATCTACTTCGCTATGACTGGCGCGCCTGATAGGTGGGCTGCCCTTCCTGGTTGGCTTGGTTTCATCAGCCATCCGCTTGCCCTCATCTGTTACGCCGGCGGTAGCCGGCCAGCCTCGCAGAGCAGGATTCCCGTTGAGCACCGCCAGGTGCGAATAAGGGACAGTGAAGAAGGAACACCCGCTCGCGGGTGGGCCTACTTCACCTATCCTGCCCGGCTGACGCCGTTGGATACACCAAGGAAAGTCTACACGAACCCTTTGGCAAAATCCTGTATATCGTGCGAAAAAGGATGGATATACCGAAAAAATCGCTATAATGACCCCGAAGCAGGGTTATGCAGCGGAAAAGCGGGATTAAAAGTCGGGGATTGGTGAACAAAAAGGTGTTTCTCTCTTTAAGAGAAATATCGTTTTGCTAAACAGTTGATATTGAGGTATCATTTTATCGTAAAAGACATTTTTGCTCAACAATTGCTTGACGGAAATCAACAAATTTTAGCATTTTGTAAAAAAGTCGCTATATAATTTGGTGAATTGGAGTTATTTTCATATTTTTGCATCCCGAAGAGTTTCTCTTAAAGAGAGAAACATCTTTTGCATACCTTTTCCGACCGAATTTTTATGTCGTAAAGAGGGGCTTTGCAGGGGGTGGACTCAGAAAGATGAGAATAGATGACTATTGTAGTTGAAACACATAGAAAGTTGCTGATATACAGACCGATACGCATATCGGGATGAACCATGAGTACGTTCTTTTCTCAAAAAACATAAATATTCGAAAAGAGATGCAATAAATTAAGGAGAGGTTATAATGAACAAAGTAAATATAAAAGATAGTCAAAATTTTATTACTTCAAAATATCACATAGAAAAAATAATGAATTGCATAAGTTTAGATGAAAAAGATAACATCTTTGAAATAGGTGCAGGGAAAGGTCATTTTACTGCTGGATTGGTAAAGAGATGTAATTTTGTAACGGCGATAGAAATTGATTCTAAATTATGTGAGGTAACTCGTAATAAGCTCTTAAATTATCCTAACTATCAAATAGTAAATGATGATATACTGAAATTTACATTTCCTAGCCACAATCCATATAAAATATTTGGCAGCATACCTTACAACATAAGCACAAATATAATTCGAAAAATTGTTTTTGAAAGTTCAGCCACAATAAGTTATTTAATAGTGGAATATGGTTTTGCTAAAATGTTATTAGATACAAACAGATCACTAGCATTGCTGTTAATGGCAGAGGTAGATATTTCTATATTAGCAAAAATTCCTAGGTATTATTTCCATCCAAAACCTAAAGTGGATAGCACATTAATTGTATTAAAAAGAAAGCCAGCAAAAATGGCATTTAAAGAGAGAAAAAAATATGAAACTTTTGTAATGAAATGGGTTAACAAAGAGTACGAAAAACTGTTTACAAAAAATCAATTTAATAAAGCTTTAAAACATGCGAGAATATATGATATAAACAATATTAGTTTCGAACAATTTGTATCGCTATTTAATAGTTATAAAATATTTAACGGCTAAAAACAATAGGCCACATGCAACTGTAAATGTTTACGCGGGTACCGACACCGCGGTGGAGGGGAATTGTGTTACAACCAATTAACCAATTCTGATTAGAAAAACTCATCGAGCATCAAATGAAACTGCAATTTATTCATATCAGGATTATCAATACCATATTTTTGAAAAAGCCGTTTCTGTAATGAAGGAGAAAACTCACCGAGGCAGTTCCATAGGATGGCAAGATCCTGGTATCGGTCTGCGATTCCGACTCGTCCAACATCAATACAACCTATTAATTTCCCCTCGTCAAAAATAAGGTTATCAAGTGAGAAATCACCATGAGTGACGACTGAATCCGGTGAGAATGGCAAAAGCTTATGCATTTCTTTCCAGACTTGTTCAACAGGCCAGCCATTACGCTCGTCATCAAAATCACTCGCATCAACCAAACCGTTATTCATTCGTGATTGCGCCTGAGCGAGGCGAAATACGCGATCGCTGTTAAAAGGACAATTACAAACAGGAATCGAATGCAACCGGCGCAGGAACACTGCCAGCGCATCAACAATATTTTCACCTGAATCAGGATATTCTTCTAATACCTGGAATGCTGTTTTCCCGGGGATCGCAGTGGTGAGTAACCATGCATCATCAGGAGTACGGATAAAATGCTTGATGGTCGGAAGAGGCATAAATTCCGTCAGCCAGTTTAGTCTGACCATCTCATCTGTAACATCATTGGCAACGCTACCTTTGCCATGTTTCAGAAACAACTCTGGCGCATCGGGCTTCCCATACAATCGATAGATTGTCGCACCTGATTGCCCGACATTATCGCGAGCCCATTTATACCCATATAAATCAGCATCCATGTTGGAATTTAATCGCGGCCTGGAGCAAGACGTTTCCCGTTGAATATGGCTCATAACACCCCTTGTATTACTGTTTATGTAAGCAGACAGTTTTATTGTTCATGATGATATATTTTTATCTTGTGCAATGTAACATCAGAGATTTTGAGACACAACGTGGCTTTGTTGAATAAATCGAACTTTTGCTGAGTTGAAGGATCAGAGCCTACGTTCCGAATACGGTCAAAAAAAAGGCCATCCGTCAGGATGGCCTTCGCATTAATATGCCGCTTCGAATTCTTTTAGGAAGCGTGTATCGTTTTCAGAGAACATACGGAGGTCTTTCACCTGATATTTCAGGTTTGTGATACGCTCGATACCCATACCGAGTCCATAACCGCTGTATATTTTGCTGTCTATACCATTTGATTCAAGTACGTTCGGGTCTACCATACCGCAACCGAGGATTTCTACCCAGCCGGTGTGTTTACAGAACGGACATCCTTTACCGCCGCAGATATTACAGCTGATATCCATTTCCGCACTTGGTTCAGCAAACGGGAAGTAAGACGGACGCAGACGGATCTTTGTATCAGCACCGAACATTTCTTTGGCAAAGAGCAGCAATACCTGCTTCAAGTCGGTGAATGATACGTTTTTATCTACATACAGCGCTTCTACCTGATGGAAGAAACAGTGTGCGCGATAGCTGATAGCTTCGTTACGATATACACGTCCCGGACAGATGATGCGGATAGGAGGCTGTGAAGTTTCCATCACACGAGTCTGTACAGAAGAAGTATGTGTACGCAATACTACGTCCGGGTGAGCTTCGATAAAGAAAGTGTCCTGCATATCGCGTGCCGGATGATCTTCGGCAAAGTTCAGTGCCGAGAACACGTGCCAGTCATCTTCAATTTCCGGACCTTCGGCAATGCTGAATCCCAGACGGGCAAAGATATCAATGATTTCGTTCTTTACAATGGTGAGCGGGTGGCGTGTACCGAGTTCTACAGGATAAGCCGAACGCGTCAAATCCAGTCCGTCACAATCGTTGTCCTGACTTTCAAACATTTCTTTCAGCGCGTTGATTTTGTCCTGCGCTTTTGTTTTCAGTTCATTCAGTCTCATGCCGACTTCTTTTTTCTGTTCGGCAGCTACATTACGGAAATCTGCCATTAAGTCGTTAATGGCTCCCTTCTTACTTAGGTATTTGATGCGGAGAGCTTCGAGTTCTTCGGCATTGGAGGCGTGTAAGGCTTCCACCTCTTTCAGAAGTTGTTCAATCTTAGCTATCATTTTTTAATATTTTTAGCGGCCCCGTTAAACAAAATTATTTGTAGAGGCTGTTTCGTCCTCACGGACTCATCAGACCGGAAAGCACATCCGGTGACAGCTCAGGCTACTTTGTTTCTTTCGACACTGCAAATATAAGAACATTATTTGAAAGTTCAAGTGAAACTTTAAATTTTAACAATAGATTAACCATTGCAAACAAAACAAAAAAAAGGTAGCCCAATTGTAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATCCTACAGTCGCTCGGCGATCGAAGGCTTCGGAAAAAAAAGGCCATCCGTCAGGATGGCCTTCGCATTAATATGCCGCTTCGAATTCTTTTAGGAAGCGTGTATCGTTTTCAGAGAACATACGGAGGTCTTTCACCTGATATTTCAGGTTTGTGATACGCTCGATACCCATACCGAGTCCATAACCGCTGTATATTTTGCTGTCTATACCATTTGATTCAAGTACGTTCGGGTCTACCATACCGCAACCGAGGATTTCTACCCAGCCGGTGTGTTTACAGAACGGACATCCTTTACCGCCGCAGATATTACAGCTGATATCCATTTCCGCACTTGGTTCAGCAAACGGGAAGTAAGACGGACGCAGACGGATCTTTGTATCAGCACCGAACATTTCTTTGGCAAAGAGCAGCAATACCTGCTTCAAGTCGGTGAATGATACGTTTTTATCTACATACAGCGCTTCTACCTGATGGAAGAAACAGTGTGCGCGATAGCTGATAGCTTCGTTACGATATACACGTCCCGGACAGATGATGCGGATAGGAGGCTGTGAAGTTTCCATCACACGAGTCTGTACAGAAGAAGTATGTGTACGCAATACTACGTCCGGGTGAGCTTCGATAAAGAAAGTGTCCTGCATATCGCGTGCCGGATGATCTTCGGCAAAGTTCAGTGCCGAGAACACGTGCCAGTCATCTTCAATTTCCGGACCTTCGGCAATGCTGAATCCCAGACGGGCAAA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SEQ ID NO: 92 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCATCTACCTTCATTATTAAACAAACCAAATTAATATCATAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTGTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCATCTACCTTTATTAATCAACAATCCAAATTATTAATAAAAAAAATTTAAAAAATGACAAATAATGAAAGCAAAGGGCCGTTTGAAGGCTTATTAGTTATCGATATGACACATGTCCTTAATGGACCTTTCGGAACTCAACTTCTTTGTAATATGGGCGCAAGGGTAATTAAAGTTGAGCCGCCGGGTCATGGTGATGATACCCGCACATTTGGTCCCTATGTGGA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SEQ ID NO: 93 (Plasmid encoding oxalate degradation pathway for genomic integration into Bacteroides vulgatus genome):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACTTTTATTAAAAAAAAATTACAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCAACTACCTTTATTATTCAACAAACCAATTTAACATATTAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCA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SEQ ID NO: 94 (Ribosome binding site and At_AAE3 open reading frame):

GGAGAGCTGTATGTGGGGTGGAAGAAGCTATCGTAAAAATGCTGGAGCAGCTTGATCCTCATTCTACCTATTCTGATCCGGAGGAAGTGAAGAGAATGAACGAGCCGTTGCAGGGAAACTTCGAAGGTATCGGTATACAGTTTAATATGGCGGAGGACACTTTGCTGGTGATACAGCCTGTATCGGGCGGACCGTCCGAAAAAGTCGGTATTCTGGCCGGTGATCGTATCGTCATGGTGGAAGATACGCTGATAGCCGGTGTAAAGATGAGTACCGAGGATATTATGCGTCGCCTCCGTGGTCCTAAAGATTCAAAAGTGAATCTGAAAATACTTCGCCGAGGGGTGAAGGAACTGCTCCCCTTTACGGTGAAAAGGGATAAAATACCTGTTTACAGCTTGGATGCTTCCTATATGATTAAAGATAAGATCGGTTATATTCGTATCAACCGTTTTGCCGCCACTACCCATGAGGAGTTCAAGAAAGCGCTGACCGGGTTGCAGAAGAAAGGAATGAAAGACTTGATTCTTGATTTGCAGGGCAATGGCGGGGGGTATTTGAATGCTGCTATCGATATTGCCAATGAATTTTTGGGTAAAAAGGAACTGATTGTCTATACGGAGGGCCGTCGTAATCCTCGTAGCGAGTTTTTTGCCAAAGGTACGGGCGAGTTTCAGAACGGTCGTCTGATGGTATTGGTTGATGAATTTTCGGCTTCTGCCAGTGAGATTGTGACCGGAGCTGTTCAGGATTGGGACAGAGGCGTTGTGGTAGGCCGTCGCAGTTTTGGTAAAGGCTTGGTGCAGCGTCCCATTGATTTGCCGGACGGTTCGATGATCCGTCTGACGGTGGCCCGCTATTATACGCCTGCCGGACGTTGTATCCAGAAACCTTACGAGAGCATTGAAAAGTATAATGAAGACCTGATAGACCGTTATAATAAAGGAGAAATGATGAGTGAAGACAGCATCCACTTTCCGGATTCACTGAAGTTCAAGACTCATAGGTTGGCCCGTACGGTATATGGTGGCGGAGGGATCATGCCCGATTATTTTGTGCCGATTGATACGACTCTCTATACTAAATACCATCGTCAGTTGCGTGATAAAGGAGCATTGATGAAAGCTCATTTCCATTTTATTGATGCCCATCGTAAAGAATGGCTGGGCAAATACAAGACTTTCAATGAGTTCTACAAACGTTTTGAAGTGACTCCGGATATGTTGACACAACTGGTTGCTACCGGCAAGGAGATGGGAGTGGAATATAATGAAGAAGAGTATCAAAAGGCCCTGCCTCTGCTGAGGTTGCAGATGAAAGCATTGATAGCCCGTGATTTATGGGATATGAATGAATATTATCACGTCATTAATGACGCGAATGAAAGTATCAGGAAAGCGCTGGAACTGTTGGAGCAACCGGACTTTGAGGGGCTGCTGTTGAAAAAGCGATAGTCAAGACTTTATATTAACTGCAGGGGCGCATAGTTGCACTCCTGCAGTTGTCTGAAAAACTTGTAGGATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTACAATTGGGCTACCTTTTTTTTGTTTTGTTTGCAATGGTTAATCTATTGTTAAAATTTAAAGTTTCACTTGAACTTTCAAATAATGTTCTTATATTTGCAGTGTCGAAAGAAACAAAGTAGCCTGGCATCACCTAAAAATTATAAATAAATTAATAAACTTTTATTAAAAAAAAATTACAAAATGAATAATCCACAAACAGGACAATCAACAGGCCTCTTGGGCAATCGTTGGTTCTACTTGGTATTAGCAGTTTTGCTGATGTGTATGATCTCGGGTGTCCAATATTCCTGGACACTGTACGCTAACCCGGTTAAAGACAACCTTGGCGTTTCTTTGGCTGCGGTTCAGACGGCTTTCACACTCTCTCAGGTCATTCAAGCTGGTTCTCAGCCTGGTGGTGGTTACTTCGTTGATAAATTCGGTCCAAGAATTCCATTGATGTTCGGTGGTGCGATGGTTCTCGCTGGCTGGACCTTCATGGGTATGGTTGACAGTGTTCCTGCTCTGTATGCTCTTTATACTCTGGCCGGTGCAGGTGTTGGTATCGTTTACGGTATCGCGATGAACACGGCTAACAGATGGTTCCCGGACAAACGCGGTCTGGCTTCCGGTTTCACCGCTGCCGGTTACGGTCTGGGTGTTCTGCCGTTCCTGCCACTGATCAGCTCCGTTCTGAAAGTTGAAGGTGTTGGCGCAGCATTCATGTACACCGGTTTGATCATGGGTATCCTGATTATCCTGATCGCTTTCGTTATCCGTTTCCCTGGCCAGCAAGGCGCCAAAAAACAAATCGTTGTTACCGACAAGGATTTCAATTCTGGCGAAATGCTGAGAACACCACAATTCTGGGTTCTGTGGACCGCATTCTTTTCCGTTAACTTTGGTGGTTTGCTGCTGGTTGCCAACAGCGTCCCTTACGGTCGCAGCCTCGGTCTTGCCGCAGGTGTGCTGACGATCGGTGTTTCGATCCAGAACCTGTTCAATGGTGGTTGCCGTCCTTTCTGGGGTTTCGTTTCCGATAAAATCGGCCGTTACAAAACCATGTCCGTCGTTTTCGGTATCAATGCTGTTGTTCTCGCACTTTTCCCGACGATTGCTGCCTTGGGCGATGTAGCCTTTATCGCCATGTTGGCAATCGCATTCTTCACATGGGGTGGTAGCTACGCTCTGTTCCCATCGACCAACAGCGATATTTTCGGTACGGCATACTCTGCCAGAAACTATGGTTTCTTCTGGGCTGCAAAAGCAACTGCCTCGATCTTCGGTGGTGGTCTGGGTGCTGCAATTGCAACCAACTTCGGATGGAATACCGCTTTCCTGATTACTGCGATTACTTCTTTCATCGCATTTGCTCTGGCTACCTTCGTTATTCCAAGAATGGGCCGTCCAGTCAAGAAAATGGTCAAATTGTCTCCAGAAGAAAAAGCTGTACATTAAGGTTCCTAACCTGCCTGGCATCTTAATCAATTTTAAACTCACCAAATCAAAATATGAAAAAAAAAAATAATAAAATGTCAACTCCACTTCAAGGAATTAAAGTTCTCGATTTCACCGGTGTGCAATCTGGCCCATCTTGTACTCAAATGCTGGCCTGGTTTGGCGCTGACGTTATTAAAATTGAACGTCCCGGCGTTGGTGACGTAACGCGTCACCAGCTGCGAGATATTCCTGATATCGATGCGCTTTACTTCACCATGCTTAACAGTAACAAACGTTCTATTGAGTTAAATACCAAAACAGCGGAAGGCAAAGAGGTAATGGAAAAGCTGATCCGCGAAGCTGATATCTTAGTCGAGAACTTTCATCCAGGGGCCATTGATCACATGGGCTTCACCTGGGAGCATATTCAAGAAATCAATCCACGTCTGATTTTTGGTTCGATCAAAGGGTTTGATGAGTGTTCGCCTTATGTGAATGTAAAAGCCTATGAAAACGTTGCTCAGGCAGCGGGTGGCGCGGCATCCACTACGGGTTTTTGGGATGGTCCGCCGCTGGTAAGCGCTGCAGCGTTGGGTGACAGCAACACCGGAATGCATTTGCTGATCGGTTTACTTGCTGCTTTGCTGCATCGCGAAAAAACGGGGCGTGGGCAACGAGTCACCATGTCAATGCAGGATGCCGTATTGAACCTTTGCCGCGTGAAATTACGTGACCAGCAGCGTCTAGATAAATTGGGTTATCTGGAAGAATACCCGCAGTATCCGAATGGTACATTTGGTGATGCAGTTCCCCGCGGTGGTAATGCAGGTGGTGGCGGTCAGCCTGGCTGGATCCTGAAATGTAAAGGCTGGGAAACCGATCCTAACGCCTATATTTATTTCACTATTCAGGAGCAAAACTGGGAAAACACCTGTAAAGCCATCGGCAAACCAGAATGGATTACCGATCCGGCATACAGTACAGCCCATGCACGACAGCCACATATTTTCGATATTTTTGCTGAAATCGAAAAATACACTGTCACTATTGATAAACATGAAGCGGTGGCCTATTTGACTCAGTTTGATATTCCTTGTGCACCGGTTTTAAGTATGAAAGAAATTTCACTTGATCCCTCTTTGCGCCAAAGTGGCAGTGTTGTTGAAGTGGAACAACCGTTGCGTGGAAAATATCTGACCGTTGGTTGTCCAATGAAATTCTCTGCCTTTACGCCGGATATTAAAGCTGCGCCGCTATTAGGTGAACATACCGCTGCTGTATTGCAGGAGCTGGGTTATAGCGACGATGAAATTGCTGCAATGAAGCAAAACCACGCCATCTGAGGTTCCTAAACGACCTGGCATCAACTACCTTTATTATTCAACAAACCAATTTAACATATTAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCA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SEQ ID NO: 95 (Ribosome binding site and At_AAE3 open reading frame):

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SEQ ID NO: 96 (Ribosome binding site RBS1 and At_AAE3 open reading frame):

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SEQ ID NO: 97 (Ribosome binding site RBS2 and At_AAE3 open reading frame):

GCATCTAAACTAAAATACAATAACCAAAAATCATGTTTAACAAATAAAAATAATAAAATGGATAGCGATACTCTCTCAGGATTATTGGAAAACGTCGCCAAAAAATTCCCCGATCGCCGAGCTCTCTCCGTTTCTGGAAAATTCAATCTCACTCACGCGCGTCTTCACGATCTAATCGAACGCGCCGCTTCACGCCTTGTCTCCGACGCTGGAATCAAACCCGGCGATGTCGTTGCTCTCACCTTCCCTAACACCGTCGAGTTTGTTATAATGTTTTTAGCGGTGATAAGAGCTAGAGCCACGGCGGCGCCGTTGAACGCAGCGTACACGGCGGAGGAATTTGAGTTTTACCTCTCCGATTCAGATTCAAAGCTATTGTTAACCTCTAAAGAAGGAAACGCACCGGCTCAAGAAGCAGCTTCAAAGCTGAAAATCTCTCACGTCACCGCTACGCTGCTTGACGCTGGCTCGGACCTTGTACTATCCGTTGCGGATTCAGATTCCGTCGTTGACTCAGCGACGGAACTCGTTAATCACCCGGACGACGGTGCTCTCTTCCTCCACACTTCTGGCACTACGAGCCGTCCAAAGGGTGTACCGCTTACGCAGCTCAATCTAGCTTCATCCGTCAAGAACATTAAAGCTGTGTACAAGCTTACTGAGTCTGATTCTACGGTGATTGTTCTCCCTCTGTTCCATGTTCATGGATTGTTAGCTGGGTTGCTTAGCTCGCTTGGAGCTGGTGCTGCTGTAACTCTTCCAGCTGCTGGTAGATTCTCAGCAACAACATTTTGGCCAGATATGAAGAAGTATAACGCTACATGGTATACTGCTGTGCCGACCATTCATCAGATCATATTGGACCGCCACGCGAGCCACCCTGAAACGGAATATCCTAAACTCCGGTTCATCAGGAGTTGCAGTGCTTCTTTGGCTCCGGTGATATTGTCCAGGCTTGAGGAAGCGTTTGGAGCACCGGTGCTCGAGGCCTATGCAATGACAGAGGCAACACATTTGATGAGCTCAAACCCCTTACCAGAGGAAGGTCCACACAAGCCTGGGTCTGTTGGGAAACCGGTAGGTCAAGAAATGGCGATCCTTAATGAGAAAGGCGAGATCCAAGAGCCAAATAACAAAGGAGAGGTTTGTATAAGAGGTCCAAATGTGACCAAGGGTTACAAGAATAACCCAGAAGCCAACAAGGCAGGTTTCGAGTTTGGGTGGTTCCACACTGGTGATATCGGTTACTTTGATACCGATGGGTATTTGCATCTGGTGGGTCGGATCAAAGAGCTTATTAACCGTGGAGGTGAGAAGATATCTCCAATTGAAGTGGATGCAGTACTCTTAACGCATCCTGACGTTTCTCAGGGTGTTGCATTCGGTGTTCCTGATGAGAAATATGGGGAAGAGATTAACTGTGCGGTGATTCCAAGAGAAGGAACTACTGTAACCGAAGAGGACATTAAAGCGTTTTGTAAGAAGAATTTGGCAGCTTTCAAGGTGCCAAAGAGAGTGTTCATCACTGATAACCTCCCCAAAACTGCCTCTGGTAAGATTCAGCGCCGTATCGTCGCACAACATTTCCTTGAGAAGCCC

SEQ ID NO: 98 (Ribosome binding site RBS3 and At_AAE3 open reading frame):

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SEQ ID NO: 99 (Ribosome binding site RBS4 and At_AAE3 open reading frame):

GCATCTAAACTAAAATACAATAACCAAAAATCATACTACATGTATAAAATTAAAAAAATGGATAGCGATACTCTCTCAGGATTATTGGAAAACGTCGCCAAAAAATTCCCCGATCGCCGAGCTCTCTCCGTTTCTGGAAAATTCAATCTCACTCACGCGCGTCTTCACGATCTAATCGAACGCGCCGCTTCACGCCTTGTCTCCGACGCTGGAATCAAACCCGGCGATGTCGTTGCTCTCACCTTCCCTAACACCGTCGAGTTTGTTATAATGTTTTTAGCGGTGATAAGAGCTAGAGCCACGGCGGCGCCGTTGAACGCAGCGTACACGGCGGAGGAATTTGAGTTTTACCTCTCCGATTCAGATTCAAAGCTATTGTTAACCTCTAAAGAAGGAAACGCACCGGCTCAAGAAGCAGCTTCAAAGCTGAAAATCTCTCACGTCACCGCTACGCTGCTTGACGCTGGCTCGGACCTTGTACTATCCGTTGCGGATTCAGATTCCGTCGTTGACTCAGCGACGGAACTCGTTAATCACCCGGACGACGGTGCTCTCTTCCTCCACACTTCTGGCACTACGAGCCGTCCAAAGGGTGTACCGCTTACGCAGCTCAATCTAGCTTCATCCGTCAAGAACATTAAAGCTGTGTACAAGCTTACTGAGTCTGATTCTACGGTGATTGTTCTCCCTCTGTTCCATGTTCATGGATTGTTAGCTGGGTTGCTTAGCTCGCTTGGAGCTGGTGCTGCTGTAACTCTTCCAGCTGCTGGTAGATTCTCAGCAACAACATTTTGGCCAGATATGAAGAAGTATAACGCTACATGGTATACTGCTGTGCCGACCATTCATCAGATCATATTGGACCGCCACGCGAGCCACCCTGAAACGGAATATCCTAAACTCCGGTTCATCAGGAGTTGCAGTGCTTCTTTGGCTCCGGTGATATTGTCCAGGCTTGAGGAAGCGTTTGGAGCACCGGTGCTCGAGGCCTATGCAATGACAGAGGCAACACATTTGATGAGCTCAAACCCCTTACCAGAGGAAGGTCCACACAAGCCTGGGTCTGTTGGGAAACCGGTAGGTCAAGAAATGGCGATCCTTAATGAGAAAGGCGAGATCCAAGAGCCAAATAACAAAGGAGAGGTTTGTATAAGAGGTCCAAATGTGACCAAGGGTTACAAGAATAACCCAGAAGCCAACAAGGCAGGTTTCGAGTTTGGGTGGTTCCACACTGGTGATATCGGTTACTTTGATACCGATGGGTATTTGCATCTGGTGGGTCGGATCAAAGAGCTTATTAACCGTGGAGGTGAGAAGATATCTCCAATTGAAGTGGATGCAGTACTCTTAACGCATCCTGACGTTTCTCAGGGTGTTGCATTCGGTGTTCCTGATGAGAAATATGGGGAAGAGATTAACTGTGCGGTGATTCCAAGAGAAGGAACTACTGTAACCGAAGAGGACATTAAAGCGTTTTGTAAGAAGAATTTGGCAGCTTTCAAGGTGCCAAAGAGAGTGTTCATCACTGATAACCTCCCCAAAACTGCCTCTGGTAAGATTCAGCGCCGTATCGTCGCACAACATTTCCTTGAGAAGCCC

SEQ ID NO: 100 (Ribosome binding site RBS5 and At_AAE3 open reading frame):

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SEQ ID NO: 101 (Ribosome binding site RBS6 and At_AAE3 open reading frame):

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SEQ ID NO: 102 (Ribosome binding site RBS7 and At_AAE3 open reading frame):

GCATCATCTACCTAAATTACTCATCATCCCATTTTAGTCAGCTTAAAATATTATAAAATGGATAGCGATACTCTCTCAGGATTATTGGAAAACGTCGCCAAAAAATTCCCCGATCGCCGAGCTCTCTCCGTTTCTGGAAAATTCAATCTCACTCACGCGCGTCTTCACGATCTAATCGAACGCGCCGCTTCACGCCTTGTCTCCGACGCTGGAATCAAACCCGGCGATGTCGTTGCTCTCACCTTCCCTAACACCGTCGAGTTTGTTATAATGTTTTTAGCGGTGATAAGAGCTAGAGCCACGGCGGCGCCGTTGAACGCAGCGTACACGGCGGAGGAATTTGAGTTTTACCTCTCCGATTCAGATTCAAAGCTATTGTTAACCTCTAAAGAAGGAAACGCACCGGCTCAAGAAGCAGCTTCAAAGCTGAAAATCTCTCACGTCACCGCTACGCTGCTTGACGCTGGCTCGGACCTTGTACTATCCGTTGCGGATTCAGATTCCGTCGTTGACTCAGCGACGGAACTCGTTAATCACCCGGACGACGGTGCTCTCTTCCTCCACACTTCTGGCACTACGAGCCGTCCAAAGGGTGTACCGCTTACGCAGCTCAATCTAGCTTCATCCGTCAAGAACATTAAAGCTGTGTACAAGCTTACTGAGTCTGATTCTACGGTGATTGTTCTCCCTCTGTTCCATGTTCATGGATTGTTAGCTGGGTTGCTTAGCTCGCTTGGAGCTGGTGCTGCTGTAACTCTTCCAGCTGCTGGTAGATTCTCAGCAACAACATTTTGGCCAGATATGAAGAAGTATAACGCTACATGGTATACTGCTGTGCCGACCATTCATCAGATCATATTGGACCGCCACGCGAGCCACCCTGAAACGGAATATCCTAAACTCCGGTTCATCAGGAGTTGCAGTGCTTCTTTGGCTCCGGTGATATTGTCCAGGCTTGAGGAAGCGTTTGGAGCACCGGTGCTCGAGGCCTATGCAATGACAGAGGCAACACATTTGATGAGCTCAAACCCCTTACCAGAGGAAGGTCCACACAAGCCTGGGTCTGTTGGGAAACCGGTAGGTCAAGAAATGGCGATCCTTAATGAGAAAGGCGAGATCCAAGAGCCAAATAACAAAGGAGAGGTTTGTATAAGAGGTCCAAATGTGACCAAGGGTTACAAGAATAACCCAGAAGCCAACAAGGCAGGTTTCGAGTTTGGGTGGTTCCACACTGGTGATATCGGTTACTTTGATACCGATGGGTATTTGCATCTGGTGGGTCGGATCAAAGAGCTTATTAACCGTGGAGGTGAGAAGATATCTCCAATTGAAGTGGATGCAGTACTCTTAACGCATCCTGACGTTTCTCAGGGTGTTGCATTCGGTGTTCCTGATGAGAAATATGGGGAAGAGATTAACTGTGCGGTGATTCCAAGAGAAGGAACTACTGTAACCGAAGAGGACATTAAAGCGTTTTGTAAGAAGAATTTGGCAGCTTTCAAGGTGCCAAAGAGAGTGTTCATCACTGATAACCTCCCCAAAACTGCCTCTGGTAAGATTCAGCGCCGTATCGTCGCACAACATTTCCTTGAGAAGCCC

SEQ ID NO: 103 (Ribosome binding site RBS8 and At_AAE3 open reading frame):

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SEQ ID NO: 104 (Ribosome binding site RBS1 and Sc_YBR222C open reading frame):

GCATCATCTACCTATATTAATCATCAACCCAATTTTCATATGTATAAAATTAACAAAATGACAAGTGCCGCTACTGTTACTGCTTCGTTCAACGATACTTTTAGCGTATCCGATAATGTCGCCGTTATTGTTCCTGAAACGGACACTCAGGTGACCTACAGGGATCTATCCCACATGGTGGGTCACTTCCAGACCATGTTCACAAATCCTAATTCTCCATTGTACGGAGCTGTTTTCAGACAAGATACAGTGGCGATATCCATGCGTAATGGGCTGGAATTTATCGTCGCTTTCCTCGGTGCTACTATGGACGCTAAAATTGGCGCGCCCTTGAATCCCAATTATAAGGAAAAGGAGTTCAATTTTTATTTGAATGACCTGAAATCTAAGGCGATTTGCGTCCCAAAGGGTACCACAAAGTTACAGAGTTCTGAAATTCTAAAATCTGCCTCCACGTTTGGATGTTTTATCGTAGAGCTGGCCTTCGATGCGACCAGGTTTAGGGTAGAGTATGATATATACTCTCCAGAGGACAACTACAAAAGGGTTATTTACCGGTCTTTGAACAACGCCAAATTTGTCAACACAAATCCCGTTAAATTCCCTGGGTTTGCCCGTTCCAGTGACGTTGCCCTGATTTTGCATACCAGTGGTACCACCTCCACTCCAAAAACGGTGCCTTTGTTACATTTGAACATTGTGAGAAGCACGTTGAACATTGCTAACACTTACAAGCTAACGCCCTTGGACAGATCTTATGTCGTGATGCCTCTTTTCCACGTCCATGGGTTAATTGGTGTTTTACTTTCCACTTTTAGAACTCAGGGTTCTGTTGTGGTTCCCGATGGATTCCATCCAAAGTTATTCTGGGACCAATTTGTTAAGTACAACTGTAATTGGTTCAGTTGCGTTCCCACAATAAGCATGATTATGCTGAACATGCCCAAACCAAACCCTTTCCCACACATTAGATTCATCAGATCGTGTTCTTCTGCTTTGGCTCCAGCAACGTTCCATAAGCTGGAGAAGGAATTCAATGCACCTGTCTTGGAGGCCTATGCGATGACCGAAGCATCACATCAAATGACCTCAAACAATCTGCCTCCAGGAAAGAGAAAGCCTGGTACTGTGGGCCAGCCACAAGGAGTCACCGTCGTCATTCTAGATGACAATGACAATGTCTTGCCCCCGGGCAAAGTCGGCGAAGTTTCCATCAGAGGCGAAAACGTCACTTTGGGGTATGCTAATAATCCAAAAGCTAACAAGGAGAACTTCACCAAGAGAGAGAACTATTTCAGAACCGGTGACCAAGGTTATTTCGACCCTGAGGGGTTTTTGGTCCTTACAGGCAGAATCAAAGAGCTTATCAACAGGGGTGGTGAAAAGATTTCACCCATTGAGCTCGACGGCATTATGCTATCGCATCCAAAGATCGATGAAGCCGTTGCATTTGGTGTTCCCGACGATATGTACGGCCAAGTAGTTCAAGCCGCCATTGTTTTGAAGAAGGGAGAAAAAATGACCTACGAAGAACTGGTGAACTTCTTAAAGAAGCACCTAGCCTCTTTCAAAATTCCAACCAAGGTGTACTTTGTTGATAAGCTACCAAAAACCGCTACAGGTAAAATCCAGAGAAGAGTTATCGCAGAAACTTTTGCTAAGAGCAGCAGAAATAAGAGTAAGTTG

SEQ ID NO: 105 (Ribosome binding site RBS2 and Sc_YBR222C open reading frame):

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SEQ ID NO: 106 (Ribosome binding site RBS3 and Sc_YBR222C open reading frame):

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SEQ ID NO: 107 (Ribosome binding site RBS4 and Sc_YBR222C open reading frame):

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SEQ ID NO: 108 (Ribosome binding site RBS5 and Sc_YBR222C open reading frame):

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SEQ ID NO: 109 (Ribosome binding site RBS6 and Sc_YBR222C open reading frame):

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SEQ ID NO: 110 (Ribosome binding site RBS7 and Sc_YBR222C open reading frame):

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SEQ ID NO: 111 (Ribosome binding site RBS8 and Sc_YBR222C open reading frame):

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SEQ ID NO: 119 (Ribosome binding site RBS8 and Of_oxc open reading frame):

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SEQ ID NO: 120 (Ribosome binding site RBS1 and Sc_YEL020C open reading frame):

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SEQ ID NO: 121 (Ribosome binding site RBS2 and Sc_YEL020C open reading frame):

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SEQ ID NO: 122 (Ribosome binding site RBS3 and Sc_YEL020C open reading frame):

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SEQ ID NO: 123 (Ribosome binding site RBS4 and Sc_YEL020C open reading frame):

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SEQ ID NO: 124 (Ribosome binding site RBS5 and Sc_YEL020C open reading frame):

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SEQ ID NO: 125 (Ribosome binding site RBS6 and Sc_YEL020C open reading frame):

GCATCATCTACCTACATTATTTAACAAACCACATTTAAAAGGAAAAAATATTAAAAAATGACCACGACCGCTACCCAACACTTCGCTCAACTTTTACAAAAATATGGCATCGACACAGTCTTTGGAATTGTGGGCATCCCTATTGTCCAACTAGCGGATACGATGGTTGCCAACGGTATCAAATTCATTCCATGCAGGAACGAACAGGCTGCCTCATATGCAGCCTCTGCTTATGGTTATATTAGTGATAAGCCCGGCGTGTTACTTATTGTCGGGGGCCCCGGTTTAATCCACGCACTGGCTGGTATATACAACTCAATGAGTAATAGGTGGCCTCTTCTAGTAATTGCAGGGAGTTCTTCTCAAAGTGATATACATAAAGGCGGGTTTCAAGAGTTGGATCAAGTTAGTCTTTTGTCCCCATTTTTGAAGTTTACCGGAAAGTTAACCCCTGACAATATTGACATGATTACTCAGAAGGCTTTGAATTACTGTATACAAGGCACTGCAGGGGTTTCTTACATAGACGTCCCTGCAGATTTTATTGAGTATGAAAAACCCTTAGAAGGAAACGACCGTACAGGAAATGAATTACCGATGATATTAACTCCAAACATATGTGGCCCTGATCCGTCGAAGATCAAAAAAGTCGTACAGCTTATTTTGCAACATAAAAATAAAAATATTCTGATTGTTATTGGAAAGGGTGCGGTAAAAAACTCACACGAAATCCGCAGACTAGTAAATACGTTCAATCTACCATTTTTACCCACCCCAATGGCTAAGGGAATTGTCCCAGACTCTTCTCCACTGAACGTTTCATCTGCAAGATCTCAAGCATTGAAAATAGCGGATATTGTTCTTGTTCTCGGGGCAAGATTAAACTGGATATTGCATTTTGGTACTTCACCCAAATGGAACTCAGAATCCATATTCATCCAGTTCGATTCCAATCCCGAAACCTTGGGGGATAACAATGTCTCACCTGGTGCTGACCTTTCCATATGGGGAGATATAGGCTTGAGCGTAACCGCTTTAGTTGAGGAATTGACTCGCCAAGATTCCTGCTGGAAGTATAGTGGTGTTAAGCAAGAAATACGAGAGAAAATTCAACTGAATCAAACTCGTCTATTGAGGAAAGAGAAGACTAGAGGGGCACAATTGAATTACAACCAGGTTTATGGAACATTGAGGCCTCTTATCGATGATTACAGGACAATACTTGTGACGGAGGGAGCAAATACTATGGATATTGCGCGTATTTCATTCCCTACAGACGCTCCAAGGCGCCGTTTAGACGCAGGGACCAACGCGACTATGGGGATTGGGCTCGGATATGCTCTTGCATGCAAGGCATCTCATCCGGAACTCGATGTGGTGCTGATTCAGGGTGATTCCGCATTTGGATTCTCTGCCATGGAAATTGAAACGGCAGTAAGGTGTCAGCTGGCATTGGTCATCGTTGTGATGAACAATAGCGGTATTTACCATGGAGAAAAGGATATAGAGGGTGATTTACCTCCAACGGCACTAAGCAAGAACTGCCGTTACGATCTCGTAGGCAAAGGACTGGGTGCCAATGATTTTTTTGTCAACACAATAAGCGAACTGAGCAGATGCTTCCAACAAGCCGTGCAGCTTTCTCGGACTAAAAGAGAAACAAGTGTCATCAACGTTATCATTGAGCCTGGCGAACAAAAGCAAATTGCCTTTGCCTGGCAGAATAAACCGCGTTTA

SEQ ID NO: 126 (Ribosome binding site RBS7 and Sc_YEL020C open reading frame):

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SEQ ID NO: 127 (Ribosome binding site RBS8 and Sc_YEL020C open reading frame):

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SEQ ID NO: 128 (Ribosome binding site RBS1 and Ec_yfdE open reading frame):

GCATCATCTACCTTTATTAATCAACAATCCAAATTATTAATAAAAAAAATTTAAAAAATGACAAATAATGAAAGCAAAGGGCCGTTTGAAGGCTTATTAGTTATCGATATGACACATGTCCTTAATGGACCTTTCGGAACTCAACTTCTTTGTAATATGGGCGCAAGGGTAATTAAAGTTGAGCCGCCGGGTCATGGTGATGATACCCGCACATTTGGTCCCTATGTGGATGGACAGTCACTCTATTACAGTTTTATTAATCATGGCAAAGAGAGTGTGGTTCTTGATTTAAAGAATGATCACGATAAAAGTATATTTATAAATATGCTCAAACAAGCTGATGTATTAGCTGAGAATTTTCGCCCAGGTACAATGGAAAAACTGGGGTTTTCATGGGAAACGCTTCAAGAAATCAACCCGCGCCTCATATATGCTTCATCGTCAGGTTTCGGACATACCGGTCCGCTAAAAGATGCTCCTGCCTACGATACCATCATTCAGGCAATGAGCGGGATAATGATGGAAACAGGATATCCTGATGCTCCGCCAGTGCGCGTTGGTACATCTCTTGCGGATCTATGCGGCGGTGTCTATTTATTCAGCGGAATAGTGAGTGCACTTTATGGCCGCGAAAAGAGCCAGAGAGGGGCGCATGTCGATATAGCGATGTTTGATGCCACGCTGAGTTTTCTGGAGCATGGTCTGATGGCATATATCGCAACTGGGAAGTCACCACAACGTCTGGGAAATCGCCATCCCTACATGGCACCTTTTGATGTTTTCAATACTCAGGATAAGCCGATTACGATTTGTTGTGGTAATGACAAGCTTTTTTCTGCGTTATGCCAGGCACTGGAGCTTACGGAACTGGTTAATGATCCCCGATTTAGCAGCAATATTTTACGCGTACAAAACCAGGCTATTCTTAAACAATATATTGAGCGGACGTTAAAAACGCAGGCAGCTGAAGTTTGGTTAGCCAGAATACATGAAGTTGGTGTACCCGTCGCGCCGTTATTAAGTGTGGCTGAGGCCATTAAATTGCCACAAACTCAGGCGAGAAATATGTTGATTGAAGCCGGGGGAATAATGATGCCGGGTAATCCGATAAAAATCAGCGGCTGCGCGGACCCGCATGTTATGCCGGGAGCGGCAACGCTCGACCAGCATGGGGAACAAATTCGCCAGGAGTTCTCATCA

SEQ ID NO: 129 (Ribosome binding site RBS2 and Ec_yfdE open reading frame):

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SEQ ID NO: 130 (Ribosome binding site RBS3 and Ec_yfdE open reading frame):

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SEQ ID NO: 131 (Ribosome binding site RBS4 and Ec_yfdE open reading frame):

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SEQ ID NO: 134 (Ribosome binding site RBS7 and Ec_yfdE open reading frame):

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SEQ ID NO: 135 (Ribosome binding site RBS8 and Ec_yfdE open reading frame):

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SEQ ID NO: 137 (Ribosome binding site RBS2 and Ec_frc open reading frame):

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SEQ ID NO: 138 (Ribosome binding site RBS3 and Ec_frc open reading frame):

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SEQ ID NO: 141 (Ribosome binding site RBS6 and Ec_frc open reading frame):

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SEQ ID NO: 143 (Ribosome binding site RBS8 and Ec_frc open reading frame):

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SEQ ID NO: 144 (Ribosome binding site RBS1 and Of_oxlT open reading frame):

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SEQ ID NO: 145 (Ribosome binding site RBS2 and Of_oxlT open reading frame):

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SEQ ID NO: 146 (Ribosome binding site RBS3 and Of_oxlT open reading frame):

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SEQ ID NO: 147 (Ribosome binding site RBS4 and Of_oxlT open reading frame):

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SEQ ID NO: 148 (Ribosome binding site RBS5 and Of_oxlT open reading frame):

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SEQ ID NO: 149 (Ribosome binding site RBS6 and Of_oxlT open reading frame):

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SEQ ID NO: 150 (Ribosome binding site RBS7 and Of_oxlT open reading frame):

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SEQ ID NO: 152 (Ribosome binding site 'RBS1 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

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SEQ ID NO: 153 (Ribosome binding site RBS2 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

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SEQ ID NO: 154 (Ribosome binding site RBS3 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

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SEQ ID NO: 155 (Ribosome binding site RBS4 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

GCATCATCTACCTTCATTATTAAACAAACCAAATTAATATCATAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTG

SEQ ID NO: 156 (Ribosome binding site RBS5 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

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SEQ ID NO: 157 (Ribosome binding site RBS6 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

GCATCACCTACCTACATTAATAACCATACCATCTCAGTTTTAAATAAATTTTAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTG

SEQ ID NO: 158 (Ribosome binding site RBS7 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

GCATCACCTACCTTAATTAATCACCATTCCATATCCTTTCAAAAAAAATATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTG

SEQ ID NO: 159 (Ribosome binding site RBS8 and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

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SEQ ID NO: 160 (Ribosome binding site RBS1b and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

GCATCATCTACCTTAATTAATCAACAAACCAATTACCAACCTAAAAAATATAAGAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTG

SEQ ID NO: 161 (Ribosome binding site RBS2b and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

GCATCAACTACCTTTATTATTCAACAAACCAATTTAACATAGTAAAAAAATAAAAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTG

SEQ ID NO: 162 (Ribosome binding site RBS3b and Sc_YEL020C (codon optimized) open reading frame):

GCATCTACCCCTAACAACCCATAAATTTAACTTTAAAAAATTTTTAAATATAAGAAAATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTG

SEQ ID NO: 163 (Oxalyl-CoA decarboxylase (OXC) from Saccharomyces cerevisiae S288C; EC 4.1.1.8; UniProt Accession P39994; Sc_YEL020C; Codon optimized):

ATGACTACCACAGCAACGCAGCATTTTGCCCAGTTACTCCAGAAGTACGGAATTGATACTGTCTTCGGCATAGTAGGTATTCCGATCGTGCAGTTGGCCGACACTATGGTCGCGAATGGAATTAAGTTTATACCGTGTCGCAATGAGCAAGCCGCAAGTTACGCGGCAAGCGCCTACGGCTACATCTCGGACAAACCTGGTGTCCTGTTAATCGTGGGAGGGCCTGGCCTTATTCATGCCTTAGCGGGGATCTATAATAGTATGTCGAACCGCTGGCCCTTGTTGGTCATCGCCGGATCCAGCAGCCAGTCAGACATCCACAAGGGAGGTTTCCAGGAACTTGACCAGGTGTCCTTGCTAAGTCCGTTCCTAAAATTCACTGGTAAACTGACGCCGGATAACATCGATATGATAACCCAAAAAGCACTCAACTATTGCATTCAGGGAACCGCCGGAGTGAGCTATATCGATGTCCCCGCTGACTTCATCGAATACGAGAAGCCGCTTGAGGGCAATGATAGAACTGGTAACGAGCTGCCAATGATCCTGACGCCCAATATCTGCGGTCCAGACCCCAGTAAAATTAAGAAGGTGGTGCAATTGATACTCCAGCACAAGAACAAGAACATATTAATAGTGATAGGTAAAGGAGCAGTGAAGAATAGCCATGAGATTAGACGCTTGGTTAACACCTTTAACTTGCCGTTCCTTCCGACTCCCATGGCGAAAGGCATAGTGCCCGATAGCAGCCCTTTAAATGTGAGCAGCGCCCGGAGCCAGGCTCTTAAGATTGCTGACATCGTGTTAGTATTGGGAGCTCGCCTGAATTGGATCCTTCACTTCGGAACGAGTCCAAAGTGGAATAGCGAGAGTATTTTTATACAATTTGACAGTAACCCGGAAACGCTCGGAGACAATAACGTTAGTCCCGGAGCAGATTTAAGTATCTGGGGGGACATCGGACTATCGGTTACTGCACTGGTAGAAGAGCTCACGAGACAGGACAGTTGTTGGAAATACTCGGGAGTCAAACAGGAGATCAGGGAAAAGATACAGTTAAACCAGACCAGATTGCTCCGTAAGGAAAAAACGCGTGGAGCTCAGCTTAACTATAATCAAGTGTACGGCACCCTTCGTCCGTTAATTGACGACTATCGCACGATCTTGGTCACAGAAGGTGCCAACACAATGGACATCGCTAGAATAAGTTTTCCGACTGATGCACCTCGCAGAAGACTTGATGCTGGTACAAATGCTACAATGGGTATAGGTTTAGGTTACGCATTAGCGTGTAAAGCCAGCCACCCTGAGTTAGACGTTGTTTTAATCCAAGGCGACAGTGCCTTCGGTTTTAGCGCTATGGAGATCGAGACTGCCGTCCGTTGCCAATTAGCCCTTGTGATTGTCGTAATGAATAACTCTGGGATATATCACGGTGAGAAAGACATCGAAGGAGATCTGCCCCCGACCGCTTTGTCAAAAAATTGTAGATATGACTTGGTCGGTAAGGGTTTAGGAGCTAACGACTTCTTCGTCAATACCATCTCAGAGTTATCTCGCTGTTTTCAGCAGGCAGTTCAATTGAGCAGAACCAAGCGCGAAACCTCCGTCATTAATGTCATAATCGAACCGGGAGAGCAGAAACAGATCGCGTTCGCATGGCAAAACAAGCCTAGACTG

SEQ ID NO: 164 (Ribosome binding site):
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SEQ ID NO: 165 (Ribosome binding site):
GCATCTAAACTAAAATACAATAACCAAAAATCATGTTTAACAAATAAAAATAATAAA

SEQ ID NO: 166 (Ribosome binding site):
GCATCTAAACTAAAATACAATAACCAAAAATCATCTATGCGTAAAAAAAATTATAAA

SEQ ID NO: 167 (Ribosome binding site):
GCATCTAAACTAAAATACAATAACCAAAAATCATACTACATGTATAAAATTAAAAAA

SEQ ID NO: 168 (Ribosome binding site):
GCATCTAAACTAAAATACAATAACCAAAAATCATTTTCACAATATAAAAATAACAAA

SEQ ID NO: 169 (Ribosome binding site):
GCATCATCTACCTCAATTATTCACCATTCCATCTGTCTAGCCAAAAAATTTAAAAAA

SEQ ID NO: 170 (Ribosome binding site):
GCATCATCTACCTAAATTACTCATCATCCCATTTTAGTCAGCTTAAAATATTATAAA

SEQ ID NO: 171 (Ribosome binding site):
GCATCATCTACCTATATTATTTATCATTCCATATCATGCGTGAATAAAAATAATAAA

SEQ ID NO: 172 (Ribosome binding site):
GCATCATCTACCTATATTAATCATCAACCCAATTTTCATATGTATAAAATTAACAAA

SEQ ID NO: 173 (Ribosome binding site):
GCATCTTTTCCATAACAAAAATTAAACCTCCTCCATATGAAAAATAAAAATTATAAA

SEQ ID NO: 174 (Ribosome binding site):
GCATCAACTACCTCAATTAATAATCAAACCATCTGAACAATGAATAAATTTAAAAAA

SEQ ID NO: 175 (Ribosome binding site):
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GCATCAACTACCTAAATTAATTATCACCCCAAATTAATAACATAAAAATATAATAAA

SEQ ID NO: 183 (Ribosome binding site):
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Claims (64)

  1. 修飾されていない類似又は他に同等の細菌と比べて増加したシュウ酸分解活性を有するように修飾された片利共生細菌。
  2. バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、オシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、ゲンミゲル属（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、バルネシエラ属（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、パラステレラ属（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ファスコラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステレラ属（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、パラプレボテラ属（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、スピロプラズマ属（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）及びアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）からなる群から選択される属のものである請求項１に記載の細菌。
  3. 前記属は、バクテロイデス属である請求項２に記載の細菌。
  4. 前記修飾されていない類似又は他に同等の細菌は、検出可能なシュウ酸分解活性を有していない請求項１～３のいずれか一項に記載の細菌。
  5. 前記修飾されていない類似又は他に同等の細菌は、シュウ酸異化に関与することが知られている遺伝子を有していない請求項１～４のいずれか一項に記載の細菌。
  6. 前記細菌と同じ属の天然に存在するメンバーは、検出可能なシュウ酸分解活性を有していない請求項１～５のいずれか一項に記載の細菌。
  7. （ｉ）シュウ酸：ギ酸アンチポーター（ＯｘｌＴ）、
    （ｉｉ）シュウ酸デカルボキシラーゼ（ＯＸＤＣ）－ ＥＣ４．１．１．２、
    （ｉｉｉ）シュウ酸オキシダーゼ（ＯＸＯ）－ ＥＣ１．２．３．４、
    （ｉｖ）シュウ酸オキシドレダクターゼ（ＯＯＲ）－ ＥＣ１．２．７．１０、
    （ｖ）シュウ酸－ＣｏＡリガーゼ／オキサリル－ＣｏＡシンテターゼ（ＯＸＳ）－ ＥＣ６．２．１．８、
    （ｖｉ）ホルミル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＦＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１６、
    （ｖｉｉ）アセチル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＡＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．１９、
    （ｖｉｉｉ）スクシニル－ＣｏＡ：シュウ酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＳＣＯＣＴ）－ ＥＣ２．８．３．２、
    （ｉｘ）オキサリル－ＣｏＡデカルボキシラーゼ（ＯＸＣ）－ ＥＣ４．１．１．８、
    （ｘ）オキサリル－ＣｏＡレダクターゼ／グリオキシル酸：ＮＡＤＰ＋オキシドレダクターゼ（ＯＸＲ）－ ＥＣ１．２．１．１７、及び
    （ｘｉ）上記のタンパク質のいずれかの組合せ
    からなる群から選択されるタンパク質又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１～６のいずれか一項に記載の細菌。
  8. ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体及びＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項７に記載の細菌。
  9. ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンをさらに含む請求項８に記載の細菌。
  10. ＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンをさらに含む請求項８又は９に記載の細菌。
  11. ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及びＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項７に記載の細菌。
  12. ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、ＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及びＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項７に記載の細菌。
  13. ＯｘＩＴ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＳ又はその機能性断片若しくは変異体、第１のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、第２のＯＸＣ又はその機能性断片若しくは変異体、ＦＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体及びＡＣＯＣＴ又はその機能性断片若しくは変異体をコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項７に記載の細菌。
  14. （ｉ）前記ＯｘＩＴは、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴであり、
    （ｉｉ）前記ＯＸＳは、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）若しくはＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳであり、
    （ｉｉｉ）前記ＯＸＣは、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）若しくはＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣであり、
    （ｉｖ）前記ＦＣＯＣＴは、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴであり、及び／又は
    （ｖ）前記ＡＣＯＣＴは、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴである請求項７～１３のいずれか一項に記載の細菌。
  15. Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１４に記載の細菌。
  16. Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１４に記載の細菌。
  17. Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１４に記載の細菌。
  18. Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ａ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１４に記載の細菌。
  19. Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣ、Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１４に記載の細菌。
  20. Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳ及びＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１４に記載の細菌。
  21. Ｏ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴ、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣ、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴ及びＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードする１つ以上のトランスジーンを含む請求項１４に記載の細菌。
  22. 前記１つ以上のトランスジーンは、プラスミド上にあるか、細菌人工染色体上にあるか、又はゲノムにインテグレートされる請求項１～２１のいずれか一項に記載の細菌。
  23. 配列番号１～３１のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項１～２２のいずれか一項に記載の細菌。
  24. 配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６又は配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項２３に記載の細菌。
  25. 配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項２３に記載の細菌。
  26. 配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６又は配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項２３に記載の細菌。
  27. 配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６又は配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項２３に記載の細菌。
  28. 配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項２３に記載の細菌。
  29. 配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６又は配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項２３に記載の細菌。
  30. 配列番号２１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２６又は配列番号１６３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項２３に記載の細菌。
  31. 前記１つ以上のトランスジーンの少なくとも１つは、リボソーム結合部位（ＲＢＳ）に作動可能に連結される請求項７～３０のいずれか一項に記載の細菌。
  32. 前記ＲＢＳは、配列番号１６４～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列を含む請求項３１に記載の細菌。
  33. （ｉ）配列番号２１２～２１９のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯｘＩＴをコードするトランスジーンを含み、
    （ｉｉ）配列番号１７２～１７９のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＳをコードするトランスジーンを含み、
    （ｉｉｉ）配列番号１６４～１７１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＡ．タリアナ（Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ）ＯＸＳをコードするトランスジーンを含み、
    （ｉｖ）配列番号１８８～１９５若しくは２２０～２３０のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＳ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＯＸＣをコードするトランスジーンを含み、
    （ｖ）配列番号１８０～１８７のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＯ．ホルミゲネス（Ｏ．ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）ＯＸＣをコードするトランスジーンを含み、
    （ｖｉ）配列番号２０４～２１１のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＦＣＯＣＴをコードするトランスジーンを含み、及び／又は
    （ｖｉｉ）配列番号１９６～２０３のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＲＢＳに作動可能に連結されたＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＡＣＯＣＴをコードするトランスジーンを含む請求項３２に記載の細菌。
  34. 配列番号９６～１６２のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項１～３３のいずれか一項に記載の細菌。
  35. （ｉ）配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｉｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｉｉｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｉｖ）配列番号１４７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｖ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｖｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｖｉｉ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｖｉｉｉ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３１に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｉｘ）配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｘ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｘｉ）配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１４４に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９８に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｘｉｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、
    （ｘｉｉｉ）配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１３７に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５３に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号９６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含むか、又は
    （ｘｉｖ）配列番号１３９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１２９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１５５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１１２に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号９９に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、配列番号１０６に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列及び配列番号１４５に対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項３４に記載の細菌。
  36. 配列番号８２～９５のいずれか１つに対して少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を含む請求項１～３５のいずれか一項に記載の細菌。
  37. 前記１つ以上のトランスジーンの少なくとも１つは、少なくとも１つの構成的プロモーターに作動可能に連結される請求項７～３６のいずれか一項に記載の細菌。
  38. 前記プロモーターは、ファージ由来プロモーターである請求項３７に記載の細菌。
  39. 前記プロモーターは、コンセンサス配列ＧＴＴＡＡ（ｎ）４～７ＧＴＴＡＡ（ｎ）３４～３８ＴＡ（ｎ）２ＴＴＴＧ（配列番号７０）を含む請求項３７又は３８に記載の細菌。
  40. 前記プロモーターは、配列番号６８、配列番号６９又は配列番号７１を含む請求項３７～３９のいずれか一項に記載の細菌。
  41. 初期コロニー形成の存在量、安定性、予測性又は容易性を増加させてヒト消化管にコロニーを形成するように修飾されている請求項１～４０のいずれか一項に記載の細菌。
  42. 炭素源として特権栄養素を利用するその能力を増加させるように修飾されている請求項４１に記載の細菌。
  43. 炭素源として特権栄養素を利用するその能力を増加させる１つ以上のトランスジーンを含む請求項４２に記載の細菌。
  44. 前記特権栄養素は、海洋性多糖である請求項４２又は４３に記載の細菌。
  45. 前記海洋性多糖は、ポルフィランである請求項４４に記載の細菌。
  46. ヒト対象に投与されると、前記細菌の存在量は、１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８又は１０７ｃｆｕ／グラム糞便内容物を超える請求項４１～４５のいずれか一項に記載の細菌。
  47. 請求項１～４６のいずれか一項に記載の細菌と、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物。
  48. カプセル剤又は錠剤として製剤化される請求項４７に記載の医薬組成物。
  49. 前記カプセル剤は、腸溶性コーティングカプセル剤である請求項４８に記載の医薬組成物。
  50. 特権栄養素をさらに含む請求項４７～４９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  51. 前記特権栄養素は、海洋性多糖である請求項５０に記載の医薬組成物。
  52. 前記海洋性多糖は、ポルフィランである請求項５１に記載の医薬組成物。
  53. 対象においてシュウ酸のレベルを低減する方法であって、請求項１～４６のいずれか一項に記載の細菌又は請求項４７～５２のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む方法。
  54. 前記対象は、シュウ酸の上昇した量に伴う障害を有する項５３に記載の方法。
  55. 対象において、シュウ酸の上昇した量に伴う障害を治療する方法であって、請求項１～４６のいずれか一項に記載の細菌又は請求項４７～５２のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む方法。
  56. 前記障害は、高シュウ酸尿症である請求項５４又は５５に記載の方法。
  57. 前記対象に特権栄養素を投与することをさらに含む請求項５３～５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. 前記特権栄養素は、前記細菌の前、それと同時又はその後に前記対象に投与される請求項５７に記載の方法。
  59. 前記特権栄養素は、海洋性多糖である請求項５８に記載の方法。
  60. 前記海洋性多糖は、ポルフィランである請求項５９に記載の方法。
  61. 前記細菌又は医薬組成物は、１２時間、２４時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月又は６ヵ月ごとに前記対象に投与される請求項５３～６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記対象への前記細菌又は医薬組成物の連続投与間の時間は、４８時間超である請求項５３～６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記対象は、動物である請求項５３～６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記対象は、ヒトである請求項６３に記載の方法。
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