JP2022089707A - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体およびその用途 - Google Patents

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Abstract

【課題】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる、Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体を提供する。【解決手段】下記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列からなるタンパク質であってよい、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体：（Ｓｍ１）野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、特定の配列）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列。【選択図】図６

Description

本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体およびその用途に関する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2）は、２０１９年１１月に、中国の武漢市付近で発生が確認された後、世界的に流行している。また、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染により生じる新型コロナウイルス感染症（ＣＯＶＩＤ－１９）の罹患者およびＣＯＶＩＤ－１９による死亡者が急増しており、治療薬およびワクチンの開発が進められている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のヒトへの感染では、Ｓｐｉｋｅタンパク質と、アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）との結合が、細胞内への感染を確立する上で重要であると考えられている（非特許文献１）。
Markus Hoffmann et.al., "SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor", Cell, 2020, vol. 181, pages 271-280
コロナウイルス科のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（以下、「ＳＡＲＳ２」ともいう）以外のウイルスでは、ウイルスに対する抗体により、Ｆｃ受容体依存的に感染増強（抗体依存性感染増強（ＡＤＥ））が生じることが知られているが、抗体依存性感染増強のメカニズムに関しては、十分に明らかにされてはいない。また、ＳＡＲＳ２においても、Ｆｃ受容体依存的なＡＤＥが確認されている。このため、ＳＡＲＳ２のワクチンにおいて、感染増強の誘導能を有する抗体が誘導された場合、ワクチンの投与により、逆にＣＯＶＩＤ－１９の重症化を招く可能性が懸念されている。
そこで、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうるＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の提供を目的とする。
前記目的を達成するため、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体（以下、「変異タンパク質」ともいう）は、下記（Ｓｍ）のアミノ酸配列からなるタンパク質である：
（Ｓｍ）下記（Ｓｍ１）、（Ｓｍ２）、または（Ｓｍ３）のアミノ酸配列：
（Ｓｍ１）野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列；
（Ｓｍ２）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列において、１～１２７個の挿入、付加、置換および／または欠失を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列；
（Ｓｍ３）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列に対して、９０％以上の同一性を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列。
本発明の変異ポリペプチド（以下、「変異ペプチド」ともいう）は、本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の部分配列を有する部分ポリペプチドを含み、
前記部分ポリペプチドは、前記変異体における、少なくとも１つの変異アミノ酸を含む。
本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異ウイルス（以下、「変異ウイルス」ともいう）は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体を含む。
本発明のウイルス様粒子（以下、「ＶＬＰ」ともいう）は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体および／または前記本発明の変異ポリペプチドを含む。
本発明の核酸は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体をコードする核酸分子および／または前記本発明の変異ポリペプチドをコードする核酸分子を含む。
本発明の発現ベクターは、前記本発明の核酸を含む。
本発明の医薬組成物は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体、前記本発明の変異ポリペプチド、前記本発明の変異ウイルス、前記本発明のウイルス様粒子、前記本発明の核酸、および／または前記本発明の発現ベクターと、薬学的に許容される担体とを含む。
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法であって、
標的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｔタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する変異工程を含む。
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体のスクリーニング方法であって、
候補ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｃタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体として選抜する選抜工程を含む。
本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー（以下、「第１のマーカー」ともいう）は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する抗体である。
本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー（以下、「第２のマーカー」ともいう）は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体であり、
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。
本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法（以下、「第１の検出方法」ともいう）は、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する検出工程を含む。
本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法（以下、「第２の検出方法」ともいう）は、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含み、
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。
本発明によれば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。
図１は、実施例１におけるＳタンパク質における各抗体の認識部位および各抗体サンプルの存在下における、全長Ｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合を示すグラフである。 図２は、実施例１における各抗体サンプルの存在下における、全長Ｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合を示すグラフである。 図３は、実施例１における各抗体サンプルの存在下における、全長Ｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合を示すグラフである。 図４は、実施例２におけるＳｐｉｋｅタンパク質を発現するシュードタイプウイルスの感染結果を示すグラフである。 図５は、実施例２におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染結果を示すグラフである。 図６は、実施例３における蛍光強度の相対値を示すグラフである。 図７は、実施例４における感染増強抗体（クローン８Ｄ２、２２１０、２４９０）の蛍光強度の変化を示すグラフである。 図８は、実施例４における感染増強抗体が共通して認識するＮＴＤのアミノ酸の位置を示す。 図９は、実施例５における抗体の結合量を示すヒストグラムである。 図１０は、実施例６における抗体の結合量を示すヒストグラムである。 図１１は、実施例７におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者血清中の抗ＮＴＤ抗体価、抗ＲＢＤ抗体価、ＡＣＥ２結合性、感染増強抗体価の関係を示すグラフである。 図１２は、実施例８におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者血清中の感染増強抗体価、抗ＲＢＤ抗体価、またはＡＣＥ２結合性の推移を示すグラフである。 図１３は、実施例９における血清中の抗ＮＴＤ抗体の結合量を示すヒストグラムである。 図１４は、実施例１０におけるＳｐｉｋｅタンパク質の構造を示す図である。 図１５は、実施例１１における血清中の抗体価を示すグラフである。 図１６は、実施例１２におけるＡＣＥ２への結合性およびシュードタイプウイルスの感染割合を示すグラフである。 図１７は、実施例１３におけるＡＣＥ２への結合性を示すグラフである。
以下、本発明について、例をあげて説明する。以下の説明において、各発明の説明は、特に言及がない限り、互いに援用可能である。
＜定義＞
本発明において、「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」は、severe acute respiratory syndrome coronavirus 2を意味する。前記ＳＡＲＳは、コロナウイルス科（Coronaviridae）のベータコロナウイルス属（Betacoronavirus）の、SARS関連コロナウイルス種（Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus）に属するウイルスである。また、ＳＡＲＳ２は、ゲノムとして、一本鎖のプラス鎖ＲＮＡを有するウイルスである。
本発明において、「スパイクタンパク質（Ｓタンパク質）」は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列の全てまたは一部を有するタンパク質またはポリペプチドを意味する。前記Ｓタンパク質は、ＳＡＲＳ２において、ヌクレオカプシド（Ｎ）タンパク質、膜（Ｍ）タンパク質、およびエンベロープ（Ｅ）タンパク質とともに、ウイルス粒子を形成するタンパク質であり、前記ウイルス粒子のエンベロープから外側に向けて配置されている。前記Ｓタンパク質は、前述のように、ＡＣＥ２を介して細胞内への感染を確立するのに重要であると推定されている。前記Ｓタンパク質は、例えば、GenbankにAccession No.：YP_009724390.1で登録されたアミノ酸配列からなるタンパク質（基準Ｓタンパク質（Ｓｓタンパク質）、配列番号１）があげられる。また、前記Ｓタンパク質は、例えば、GenbankにAccession No.： NC_045512.2で登録された塩基配列（配列番号２、終止コドンを含む）の２１５６３～２５３８４番目の塩基配列によりコードされるタンパク質があげられる。本発明において、前記Ｓタンパク質は、配列番号１のアミノ酸配列において、括弧で囲まれた下線で示される細胞内領域のアミノ酸配列を欠失したタンパク質でもよい。また、前記Ｓタンパク質をコードする遺伝子は、配列番号２の塩基配列において、括弧で囲まれた下線で示される細胞内領域のアミノ酸配列を欠失したタンパク質をコードする遺伝子でもよい。前記細胞内領域を欠失させることにより、前記Ｓタンパク質として、可溶型のＳタンパク質を製造できる。
基準Ｓタンパク質（配列番号１）
MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC[KFDEDDSEPVLKGVKLHYT]
基準Ｓタンパク質をコードする塩基配列（配列番号２）
5'-ATGTTTGTTTTTCTTGTTTTATTGCCACTAGTCTCTAGTCAGTGTGTTAATCTTACAACCAGAACTCAATTACCCCCTGCATACACTAATTCTTTCACACGTGGTGTTTATTACCCTGACAAAGTTTTCAGATCCTCAGTTTTACATTCAACTCAGGACTTGTTCTTACCTTTCTTTTCCAATGTTACTTGGTTCCATGCTATACATGTCTCTGGGACCAATGGTACTAAGAGGTTTGATAACCCTGTCCTACCATTTAATGATGGTGTTTATTTTGCTTCCACTGAGAAGTCTAACATAATAAGAGGCTGGATTTTTGGTACTACTTTAGATTCGAAGACCCAGTCCCTACTTATTGTTAATAACGCTACTAATGTTGTTATTAAAGTCTGTGAATTTCAATTTTGTAATGATCCATTTTTGGGTGTTTATTACCACAAAAACAACAAAAGTTGGATGGAAAGTGAGTTCAGAGTTTATTCTAGTGCGAATAATTGCACTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATTTCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTAAGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCATTGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATAGAAGTTATTTGACTCCTGGTGATTCTTCTTCAGGTTGGACAGCTGGTGCTGCAGCTTATTATGTGGGTTATCTTCAACCTAGGACTTTTCTATTAAAATATAATGAAAATGGAACCATTACAGATGCTGTAGACTGTGCACTTGACCCTCTCTCAGAAACAAAGTGTACGTTGAAATCCTTCACTGTAGAAAAAGGAATCTATCAAACTTCTAACTTTAGAGTCCAACCAACAGAATCTATTGTTAGATTTCCTAATATTACAAACTTGTGCCCTTTTGGTGAAGTTTTTAACGCCACCAGATTTGCATCTGTTTATGCTTGGAACAGGAAGAGAATCAGCAACTGTGTTGCTGATTATTCTGTCCTATATAATTCCGCATCATTTTCCACTTTTAAGTGTTATGGAGTGTCTCCTACTAAATTAAATGATCTCTGCTTTACTAATGTCTATGCAGATTCATTTGTAATTAGAGGTGATGAAGTCAGACAAATCGCTCCAGGGCAAACTGGAAAGATTGCTGATTATAATTATAAATTACCAGATGATTTTACAGGCTGCGTTATAGCTTGGAATTCTAACAATCTTGATTCTAAGGTTGGTGGTAATTATAATTACCTGTATAGATTGTTTAGGAAGTCTAATCTCAAACCTTTTGAGAGAGATATTTCAACTGAAATCTATCAGGCCGGTAGCACACCTTGTAATGGTGTTGAAGGTTTTAATTGTTACTTTCCTTTACAATCATATGGTTTCCAACCCACTAATGGTGTTGGTTACCAACCATACAGAGTAGTAGTACTTTCTTTTGAACTTCTACATGCACCAGCAACTGTTTGTGGACCTAAAAAGTCTACTAATTTGGTTAAAAACAAATGTGTCAATTTCAACTTCAATGGTTTAACAGGCACAGGTGTTCTTACTGAGTCTAACAAAAAGTTTCTGCCTTTCCAACAATTTGGCAGAGACATTGCTGACACTACTGATGCTGTCCGTGATCCACAGACACTTGAGATTCTTGACATTACACCATGTTCTTTTGGTGGTGTCAGTGTTATAACACCAGGAACAAATACTTCTAACCAGGTTGCTGTTCTTTATCAGGATGTTAACTGCACAGAAGTCCCTGTTGCTATTCATGCAGATCAACTTACTCCTACTTGGCGTGTTTATTCTACAGGTTCTAATGTTTTTCAAACACGTGCAGGCTGTTTAATAGGGGCTGAACATGTCAACAACTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTATATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGTAGTGTAGCTAGTCAATCCATCATTGCCTACACTATGTCACTTGGTGCAGAAAATTCAGTTGCTTACTCTAATAACTCTATTGCCATACCCACAAATTTTACTATTAGTGTTACCACAGAAATTCTACCAGTGTCTATGACCAAGACATCAGTAGATTGTACAATGTACATTTGTGGTGATTCAACTGAATGCAGCAATCTTTTGTTGCAATATGGCAGTTTTTGTACACAATTAAACCGTGCTTTAACTGGAATAGCTGTTGAACAAGACAAAAACACCCAAGAAGTTTTTGCACAAGTCAAACAAATTTACAAAACACCACCAATTAAAGATTTTGGTGGTTTTAATTTTTCACAAATATTACCAGATCCATCAAAACCAAGCAAGAGGTCATTTATTGAAGATCTACTTTTCAACAAAGTGACACTTGCAGATGCTGGCTTCATCAAACAATATGGTGATTGCCTTGGTGATATTGCTGCTAGAGACCTCATTTGTGCACAAAAGTTTAACGGCCTTACTGTTTTGCCACCTTTGCTCACAGATGAAATGATTGCTCAATACACTTCTGCACTGTTAGCGGGTACAATCACTTCTGGTTGGACCTTTGGTGCAGGTGCTGCATTACAAATACCATTTGCTATGCAAATGGCTTATAGGTTTAATGGTATTGGAGTTACACAGAATGTTCTCTATGAGAACCAAAAATTGATTGCCAACCAATTTAATAGTGCTATTGGCAAAATTCAAGACTCACTTTCTTCCACAGCAAGTGCACTTGGAAAACTTCAAGATGTGGTCAACCAAAATGCACAAGCTTTAAACACGCTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTTGGTGCAATTTCAAGTGTTTTAAATGATATCCTTTCACGTCTTGACAAAGTTGAGGCTGAAGTGCAAATTGATAGGTTGATCACAGGCAGACTTCAAAGTTTGCAGACATATGTGACTCAACAATTAATTAGAGCTGCAGAAATCAGAGCTTCTGCTAATCTTGCTGCTACTAAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGACAATCAAAAAGAGTTGATTTTTGTGGAAAGGGCTATCATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGACTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACACAAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACTGTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAGACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATTTAGGTGACATCTCTGGCATTAATGCTTCAGTTGTAAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTTGCCAAGAATTTAAATGAATCTCTCATCGATCTCCAAGAACTTGGAAAGTATGAGCAGTATATAAAATGGCCATGGTACATTTGGCTAGGTTTTATAGCTGGCTTGATTGCCATAGTAATGGTGACAATTATGCTTTGCTGTATGACCAGTTGCTGTAGTTGTCTCAAGGGCTGTTGTTCTTGTGGATCCTGCTGC[AAATTTGATGAAGACGACTCTGAGCCAGTGCTCAAAGGAGTCAAATTACATTACACATAA]-3'
前記Ｓタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤまたはＮＴＤ領域）および受容体結合ドメイン（ＲＢＤまたはＲＢＤ領域）を含むＳ１領域と、Ｓ２領域とを含む。前記基準Ｓタンパク質におけるＮＴＤ、ＲＢＤおよびＳ２領域のアミノ酸配列は、例えば、配列番号３～５のアミノ酸配列があげられる。
基準Ｓタンパク質のＮＴＤ（配列番号３）
QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRF
基準Ｓタンパク質のＲＢＤ（配列番号４）
NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLE
基準Ｓタンパク質のＳ２領域（配列番号５）
ILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWY
前記基準Ｓタンパク質以外のＳタンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBI SARS-CoV-2 Resources（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/）、CoV-GLUE（http://cov-glue.cvr.gla.ac.uk/#/replacement）を参照できる。
本発明において、「野生型スパイクタンパク質」（Ｓｗタンパク質）は、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列を基準とした際に、所定の位置のアミノ酸残基が、前記Ｓｓタンパク質と同じである、スパイクタンパク質を意味する。前記所定の位置は、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位である。前記Ｓｓタンパク質において、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸残基は、それぞれ、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７である。
本発明において、「アンジオテンシン変換酵素２」（ＡＣＥ２）は、ＡＣＥファミリーに属する亜鉛メタロプロテアーゼであり、レニン-アンジオテンシン系の調節因子として機能していると考えられている。また、ＡＣＥ２は、前述のように、ＳＡＲＳ２の細胞内への感染の確立に重要であると考えられている。前記ＡＣＥ２タンパク質として、ヒトＡＣＥ２タンパク質は、例えば、GenbankにAccession No.：NP_001358344.1で登録されたアミノ酸配列からなるタンパク質（配列番号６）があげられる。また、前記ヒトＡＣＥ２タンパク質をコードする塩基配列は、例えば、GenbankにAccession No.：NM_001371415.1で登録された塩基配列（配列番号７、終止コドンを含む）によりコードされるタンパク質があげられる。
ヒトＡＣＥ２タンパク質（配列番号６）
MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAYVRAKLMNAYPSYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDPGNVQKAVCHPTAWDLGKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYADQSIKVRISLKSALGDKAYEWNDNEMYLFRSSVAYAMRQYFLKVKNQMILFGEEDVRVANLKPRISFNFFVTAPKNVSDIIPRTEVEKAIRMSRSRINDAFRLNDNSLEFLGIQPTLGPPNQPPVSIWLIVFGVVMGVIVVGIVILIFTGIRDRKKKNKARSGENPYASIDISKGENNPGFQNTDDVQTSF
ヒトＡＣＥ２タンパク質をコードする塩基配列（配列番号７）
5'-atgtcaagctcttcctggctccttctcagccttgttgctgtaactgctgctcagtccaccattgaggaacaggccaagacatttttggacaagtttaaccacgaagccgaagacctgttctatcaaagttcacttgcttcttggaattataacaccaatattactgaagagaatgtccaaaacatgaataatgctggggacaaatggtctgcctttttaaaggaacagtccacacttgcccaaatgtatccactacaagaaattcagaatctcacagtcaagcttcagctgcaggctcttcagcaaaatgggtcttcagtgctctcagaagacaagagcaaacggttgaacacaattctaaatacaatgagcaccatctacagtactggaaaagtttgtaacccagataatccacaagaatgcttattacttgaaccaggtttgaatgaaataatggcaaacagtttagactacaatgagaggctctgggcttgggaaagctggagatctgaggtcggcaagcagctgaggccattatatgaagagtatgtggtcttgaaaaatgagatggcaagagcaaatcattatgaggactatggggattattggagaggagactatgaagtaaatggggtagatggctatgactacagccgcggccagttgattgaagatgtggaacatacctttgaagagattaaaccattatatgaacatcttcatgcctatgtgagggcaaagttgatgaatgcctatccttcctatatcagtccaattggatgcctccctgctcatttgcttggtgatatgtggggtagattttggacaaatctgtactctttgacagttccctttggacagaaaccaaacatagatgttactgatgcaatggtggaccaggcctgggatgcacagagaatattcaaggaggccgagaagttctttgtatctgttggtcttcctaatatgactcaaggattctgggaaaattccatgctaacggacccaggaaatgttcagaaagcagtctgccatcccacagcttgggacctggggaagggcgacttcaggatccttatgtgcacaaaggtgacaatggacgacttcctgacagctcatcatgagatggggcatatccagtatgatatggcatatgctgcacaaccttttctgctaagaaatggagctaatgaaggattccatgaagctgttggggaaatcatgtcactttctgcagccacacctaagcatttaaaatccattggtcttctgtcacccgattttcaagaagacaatgaaacagaaataaacttcctgctcaaacaagcactcacgattgttgggactctgccatttacttacatgttagagaagtggaggtggatggtctttaaaggggaaattcccaaagaccagtggatgaaaaagtggtgggagatgaagcgagagatagttggggtggtggaacctgtgccccatgatgaaacatactgtgaccccgcatctctgttccatgtttctaatgattactcattcattcgatattacacaaggaccctttaccaattccagtttcaagaagcactttgtcaagcagctaaacatgaaggccctctgcacaaatgtgacatctcaaactctacagaagctggacagaaactgttcaatatgctgaggcttggaaaatcagaaccctggaccctagcattggaaaatgttgtaggagcaaagaacatgaatgtaaggccactgctcaactactttgagcccttatttacctggctgaaagaccagaacaagaattcttttgtgggatggagtaccgactggagtccatatgcagaccaaagcatcaaagtgaggataagcctaaaatcagctcttggagataaagcatatgaatggaacgacaatgaaatgtacctgttccgatcatctgttgcatatgctatgaggcagtactttttaaaagtaaaaaatcagatgattctttttggggaggaggatgtgcgagtggctaatttgaaaccaagaatctcctttaatttctttgtcactgcacctaaaaatgtgtctgatatcattcctagaactgaagttgaaaaggccatcaggatgtcccggagccgtatcaatgatgctttccgtctgaatgacaacagcctagagtttctggggatacagccaacacttggacctcctaaccagccccctgtttccatatggctgattgtttttggagttgtgatgggagtgatagtggttggcattgtcatcctgatcttcactgggatcagagatcggaagaagaaaaataaagcaagaagtggagaaaatccttatgcctccatcgatattagcaaaggagaaaataatccaggattccaaaacactgatgatgttcagacctccttttag-3'
本発明において、「Ｆｃ受容体」は、一般的に、抗体分子のＦｃ領域に結合可能な受容体タンパク質として知られている。また、前記Ｆｃ受容体は、Ｆｃ受容体依存なＡＤＥにおいて重要な役割を果たしていると考えられている。前記Ｆｃ受容体は、例えば、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＥ、またはＩｇＭに対するＦｃ受容体があげられ、具体例として、ＦｃγＲ、ＦｃαＲ、ＦｃεＲ、ＦｃμＲ、ＦｃＲｎ（胎児型Ｆｃ受容体）等があげられる。前記ＦｃγＲは、例えば、ＦｃγＲ１（ＣＤ６４）、ＦｃγＲIIＡ（ＣＤ３２）、ＦｃγＲIIＢ１（ＣＤ３２）、ＦｃγＲIIＢ２（ＣＤ３２）、ＦｃγＲIIIＡ（ＣＤ１６ａ）、ＦｃγＲIIIＢ（ＣＤ１６ｂ）があげられる。なお、前記Ｆｃ受容体において、一般的に、ＦｃγＲII（ＣＤ３２）がコロナウイルスにおけるＡＤＥに関与していると考えられている。
本発明において、「ウイルス様粒子（ＶＬＰ）」は、例えば、少なくとも１つの属性がウイルスに類似しているが、伝染性を有さない、または伝染性を有さないことが示されている構造体を意味する。本発明において、ＶＬＰは、例えば、ＶＬＰが有するタンパク質またはポリペプチドをコードする遺伝情報または核酸を有しない。前記ＶＬＰは、一般的に、前記ＶＬＰが由来するウイルスのゲノムを欠いているため、非伝染性である。
本発明において、「発現ベクター」（ベクター）は、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏにおいて、宿主細胞に送達される核酸を含む組換えプラスミドまたはウイルスを意味する。
本発明において、「ワクチン」は、例えば、弱毒化もしくは不活化（死滅）した病原体、または前記病原体から誘導された抗原決定基（エピトープ）の調製物であり、前記病原体に対する抗体免疫または細胞性免疫を誘導するために使用される調製物を意味する。本発明において、前記ワクチンは、例えば、ＳＡＲＳ２に対する免疫、またはＳＡＲＳ２によって引き起こされるＣＯＶＩＤ－１９に対する防御を提供するために投与される調製物を意味してもよい。前記「ワクチン」は、例えば、対象に投与されることで免疫応答、すなわち、感染に起因する疾患を予防、または疾患の重症度を軽減する免疫をもたらす免疫原の懸濁液または溶液も意味してもよい。前記ワクチンは、例えば、「ワクチン組成物」または「ワクチン製剤」ということもできる。
本発明において、「免疫応答」は、ヒト等の脊椎動物が示す、感染病原体または疾患に対する抗体または細胞により媒介される反応であって、感染の予防もしくは改善、または前記感染に起因する疾患症状の少なくとも１つを軽減する反応を意味する。前記抗体による反応の場合、前記免疫応答は、例えば、抗体による、感染病原体（例えば、免疫原、以下、同様。）の中和；感染病原体の細胞への侵入の阻止、阻害、防止、または抑止；感染病原体の複製の阻止；および／または宿主細胞への感染および宿主細胞の破壊から保護する抗体の産生を刺激；のいずれか少なくとも１つを意味する。また、前記細胞による反応の場合、前記免疫応答は、例えば、感染病原体または疾患に対するＴ細胞および／または他の白血球細胞により媒介される免疫応答を意味する。具体的に、前記免疫応答は、例えば、細胞による、感染または疾患の予防もしくは改善、または前記感染に起因する疾患症状の少なくとも１つの症状の軽減を意味する。前記免疫応答は、例えば、「防御応答」または「防御免疫応答」ということもできる。
本発明において、被検者、または治療、投与、もしくは処置対象（以下、あわせて「投与対象」または「対象」という）は、特に制限されない。前記対象は、例えば、ヒト、またはヒトを除く非ヒト動物があげられる。前記非ヒト動物としては、例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、サル、イルカ、アシカ等の哺乳類；ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ等の鳥類；魚類；等があげられる。前記対象の年齢は、特に制限されず、例えば、新生児、乳児、幼児、児童、成人等があげられる。
本発明において、「免疫賦活化剤」は、製剤または組成物において、特定の免疫原と組み合わせて使用されるとき、得られる免疫応答を増強、改変、または修飾する化合物を意味する。前記免疫応答の増強、改変、または修飾は、例えば、抗体応答および細胞性免疫応答の少なくとも一方の特異性の強化、増加、または増強を意味する。前記免疫応答の増強、改変、または修飾は、特定の抗原特異的免疫応答の低下、低減、または抑制を意味してもよい。前記免疫原は、例えば、前記変異タンパク質、前記変異ペプチド、前記変異タンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、前記変異タンパク質もしくは前記変異ペプチドを含むＶＬＰ、前記核酸分子、または前記発現ベクター等があげられる。前記免疫賦活化剤は、例えば、アジュバントを含む。
前記抗体応答は、例えば、中和抗体および／または血清抗体の量を、ＥＬＩＳＡ法、リコンビナントＡＣＥ２との結合阻害アッセイ、ＳＡＲＳ２の感染阻害アッセイ、ＳＡＲＳ２のシュードウイルスの感染阻害アッセイ等によって計測することによって測定できる。前記細胞性免疫応答は、例えば、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋Ｔ細胞）、抗原提示細胞、ヘルパーＴ細胞（ＣＤ４＋Ｔ細胞）、樹状細胞および／または他の細胞による応答を計測することによって、測定できる。前記Ｔ細胞による応答は、例えば、フローサイトメトリー；Ｔ細胞増殖アッセイ、Ｔ細胞傷害性アッセイ、テトラマーアッセイ、および／またはＥＬＩＳＰＯＴアッセイ等により特異的マーカーを指標とするＴ細胞アッセイを用いて、例えば、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋細胞の存在量を計測することによって測定できる。
本発明において、「陽性（＋）」は、抗原抗体反応を利用して検出されるフローサイトメトリー等の解析方法により、前記抗原を発現しない陰性対照細胞または前記抗原と反応しない抗体を用いる陰性対照反応と比較して、高いシグナルが検出されることを意味する。また、本発明において、「陰性（－）」は、前記抗原を発現しない陰性対照細胞または前記抗原と反応しない抗体を用いる陰性対照反応と比較して、同等またはそれ以下のシグナルが検出されることを意味する。
本発明において、「有効用量」は、例えば、免疫応答を誘導することにより、感染を予防および／または改善するのに十分な免疫原の量を意味する。また、前記「有効用量」は、感染または感染に起因する疾患の少なくとも１つの症状を軽減するのに十分な免疫原の量を意味してもよい。前記「有効用量」は、感染もしくは疾患の発症を遅延または最小限に低下、低減、もしくは抑制するのに十分な免疫原の量を意味してもよい。前記「有効用量」は、感染または疾患の治療もしくは管理において治療利益を提供するのに十分な免疫原の量を意味してもよい。前記「有効用量」は、単独または他の療法との併用で、感染または疾患の治療もしくは管理において治療利益を提供するのに十分な免疫原の量を意味してもよい。前記「有効用量」は、後のＳＡＲＳ２またはＳＡＲＳ２に起因する疾患への曝露に対する対象（例えば、ヒト）の自己免疫応答を亢進させるのに十分な免疫原の量であってもよい。前記「有効用量」は、ＳＡＲＳ２を予防および／またはＳＡＲＳ２に起因する症状の重症度を軽減する用量であってもよい。前記「有効用量」は、例えば、「有効量」ということもできる。
本発明において、「抗体」は、免疫グロブリン遺伝子または免疫グロブリン遺伝子の断片により実質的または部分的にコードされる、１または複数のポリペプチドを含むタンパク質を意味する。免疫グロブリン遺伝子は、例えば、κ、λ、α（α１、α２を含む）、γ（γ１、γ２、γ３、γ４を含む）、δ、εおよびμ等の定常領域をコードする遺伝子と、Ｖ領域、Ｄ領域、Ｊ領域等の無数の免疫グロブリン可変領域をコードしうる遺伝子とを含む。前記抗体は、例えば、重鎖および軽鎖を含む。前記軽鎖は、κおよびλを含み、それぞれ、κ鎖およびλ鎖を構成する。前記重鎖は、γ、μ、α、δ、またはεを含み、それぞれ、免疫グロブリンのクラスであるＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤおよびＩｇＥを構成する。前記抗体は、四量体から構成される典型的な免疫グロブリン（抗体）の構造単位であってもよい。この場合、前記抗体は、２つの同一のポリペプチド鎖の対から構成され、各対は、１つの軽鎖（約２５ｋＤａ）と１つの重鎖（約５０～７０ｋＤａ）とから構成される。また、各鎖のＮ末端は、主に抗原認識に関与する約１００～１１０個またはそれ以上のアミノ酸から構成される可変領域を規定する。前記抗体は、全長の免疫グロブリンでもよいし、その抗原結合断片でもよい。
本発明において、「抗原結合断片」は、例えば、抗体の一部を含むポリペプチドであり、より具体的には、前記可変領域を含むポリペプチドである。前記抗原結合断片は、例えば、前記全長の免疫グロブリンに対して、様々なペプチダーゼによる消化によって産生することができる。前記抗原結合断片は、F(ab')2、Fab'、Fab、Ｆｖ（variable fragment of antibody）、ジスルフィド結合Ｆｖ、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）、およびこれらの重合体等があげられる。
本発明において、「相補性決定領域」（ＣＤＲ）は、免疫グロブリン（抗体）の可変領域において、抗原結合部位を形成する領域を意味する。前記ＣＤＲは、例えば、超可変領域ということもできる。前記ＣＤＲは、一般的に、抗体の可変領域でも、特に一次構造の変異性が高い領域であり、一次構造上において、通常、３箇所に分離している。前記抗体では、重鎖可変領域および軽鎖可変領域に、それぞれ３つのＣＤＲ（Ｎ末端側から、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３、Ｎ末端側から、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含む。これらの部位は、立体構造の上で相互に近接し、結合する抗原に対する特異性を決定している。本発明において、抗体のＣＤＲは、Kabatの番号付けシステム（下記参考文献１）にしたがって決定できる。
参考文献１：Kabat et.al., “Sequences of Proteins of Immunological Interest”, 1987, US Department of Health and Human Services, NIH, USA
本発明において、「可変領域」は、前述のＣＤＲの他に、例えば、フレームワーク領域（ＦＲ）を有してもよい。前記ＦＲは、抗体の可変領域において、通常、４箇所に分離している。前記抗体では、重鎖可変領域および軽鎖可変領域に、それぞれ４つのＦＲ（Ｎ末端側から、ＨＦＲ１、ＨＦＲ２、ＨＦＲ３、およびＨＦＲ４、Ｎ末端側から、ＮＦＲ１、ＮＦＲ２、ＮＦＲ３、およびＮＦＲ４）を含む。
本発明において、「抗体」は、前述の前記重鎖可変領域および前記軽鎖可変領域の他に、例えば、定常領域を有してもよい。前記定常領域は、例えば、ヒト定常領域、またはマウス定常領域である。抗体（イムノグロブリン）の場合、重鎖の定常領域は、例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３という領域を含み、軽鎖の定常領域は、例えば、ＣＬという領域を含む。本発明の抗体が前記定常領域を有する場合、例えば、前記重鎖可変領域は、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３の少なくとも１つと結合し、前記軽鎖可変領域は、前記ＣＬと結合しており、前記重鎖可変領域は、例えば、ＣＨ１と直接結合している。
本発明において、「ヒト抗体」は、重鎖および軽鎖がヒト免疫グロブリン由来の抗体を意味する。
本発明において、「ヒト化抗体」は、非ヒト動物由来の抗体のＣＤＲおよびヒト抗体由来のＦＲから構成される可変領域と、ヒト抗体由来の定常領域とから構成される抗体を意味する。
本発明において、「キメラ抗体」は、重鎖および軽鎖の少なくとも一方が、非ヒト動物免疫グロブリン由来の可変領域とヒト免疫グロブリン由来の定常領域から構成される抗体、またはヒト免疫グロブリン由来の可変領域と非ヒト動物免疫グロブリン由来の定常領域から構成される抗体を意味する。
本発明において、「治療」は、対象疾患の発症の抑制、防止、抑止、予防、または遅延、発症した対象疾患もしくはその症状の進行の停止、抑制、抑止、または遅延、および対象疾患の改善または寛解のいずれの意味で用いてもよい。
本発明において、「単離された」は、同定され、かつ分離された状態、および／または自然状態での成分から回収された状態を意味する。前記「単離」は、例えば、少なくとも１つの精製工程を得ることにより実施できる。
＜変異タンパク質＞
本発明は、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる変異タンパク質を提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体は、下記（Ｓｍ）のアミノ酸配列からなるタンパク質である。本発明の変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有することが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。
（Ｓｍ）下記（Ｓｍ１）、（Ｓｍ２）、または（Ｓｍ３）のアミノ酸配列：
（Ｓｍ１）野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列；
（Ｓｍ２）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列において、１もしくは数個の挿入、付加、置換および／または欠失を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列；
（Ｓｍ３）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列。
本発明者らは、鋭意研究の結果、ＳＡＲＳ２の感染者においては、Ｆｃ受容体非依存的にＳＡＲＳ２のヒト細胞への結合を増強する抗体が存在するとの知見を得た。また、本発明者らは、さらなる研究の結果、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質の特定の部位（Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および／または２１７位のアミノ酸残基、特に、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基、または６４位、６６位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基）を認識する抗体、または前記抗体と競合する抗体が存在すると、前記Ｓタンパク質のヒト細胞上に発現するＡＣＥ２タンパク質への結合能が増強されることを見出した。また、前記ＡＣＥ２への結合能の増強は、Ｆｃ受容体非依存的に誘導されていることを確認した。具体的には、前記特定の部位に結合する抗体がＳタンパク質に結合すると、前記Ｓタンパク質の構造（コンフォーメーション）変化が生じ、これにより、前記Ｓタンパク質の受容体結合ドメインがＡＣＥ２に結合しやすい構造に変化する。この結果、Ｆｃ受容体非依存的に、前記Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合能が増強されていると推定された。なお、一般的に知られているＡＤＥは、ウイルスと抗体とが複合体を形成し、抗体とＦｃ受容体との結合を介して細胞と結合後、ウイルスが細胞内へと侵入および感染することにより生じる。このため、Ｆｃ受容体非依存的なＡＤＥは、本発明者らが初めて見出した新規なメカニズムのＡＤＥである。そして、本発明者らは、前記Ｓタンパク質における特定の部位のアミノ酸に変異を導入した変異体とすることにより、対象に投与した際に、前記Ｓタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導を抑制できることを見出し、本発明を確立するに至った。このため、本発明の変異タンパク質によれば、例えば、ワクチンの有効成分として用いた際に、Ｆｃ受容体非依存的に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体（以下、「ＡＣＥ２結合増強抗体」ともいう）の誘導能を低減（抑制または低下ともいう）しうる。したがって、本発明の変異タンパク質によれば、例えば、Ｆｃ受容体非依存的なＡＤＥの発生を抑制しうるため、ワクチン接種者におけるＡＤＥのリスクを低減できる。
本発明の変異タンパク質は、例えば、単離された変異タンパク質でもよいし、他の物質と混在した変異タンパク質でもよい。
前記（Ｓｍ１）の３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位における変異アミノ酸の数は、１つでもよいし、複数（２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２個）でもよく、例えば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能をより抑制できることから、後者である。前記変異タンパク質では、前記（Ｓｍ１）の３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位における変異アミノ酸の数を増やすことにより、より効率よく前記ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能を抑制できると推定される。前記変異アミノ酸は、前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列と、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列とをアライメントした際に、前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列において、前記Ｓｓタンパク質の対応する位置のアミノ酸とは異なるアミノ酸を意味する。前記アライメントは、例えば、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ等を用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。
前記（Ｓｍ１）における変異アミノ酸が１つの場合、前記変異アミノ酸の位置は、例えば、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、または２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、または２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、より多くのＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能をより低減しうることから、好ましくは、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、６４位、６６位、１８７位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または６４位、６６位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記（Ｓｍ１）における変異アミノ酸が複数の場合、前記変異アミノ酸の位置は、例えば、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、好ましくは、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、さらに好ましくは、（ａ）６４位、６５位、および／または６６位、（ｂ）１８７位、２１３位、および／または２１４位、（ｃ）６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、（ｄ）６４位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または（ｅ）６４位、６６位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、より好ましくは、（１）６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、（２）６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または（３）６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記（Ｓｍ１）においては、前記Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および／または２１７位に代えて、または加えて、６８位、９４位、９７位、１２９位、１８５位、および／または２１５位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を変異アミノ酸の位置としてもよい。
前記（Ｓｍ１）における変異アミノ酸の位置は、例えば、ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能をより低減しうることから、好ましくは、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、またはＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、より好ましくは、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。前記（Ｓｍ１）における変異アミノ酸の位置は、例えば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能をさらに低減しうることから、さらに好ましくは、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記（Ｓｍ１）においては、前記Ｓｓタンパク質におけるＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、および／またはＰ２１７に代えて、または加えて、Ｉ６８、Ｓ９４、Ｋ９７、Ｋ１２９、Ｎ１８５、および／またはＤ２１５のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を変異アミノ酸の位置としてもよい。
本発明において、前記（Ｓｍ１）は、例えば、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列と同じであってもよい、すなわち、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列からなってもよい。
本発明において、「ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能」は、例えば、誘導能を測定する対象物（測定対象物）を用いて、非ヒト動物を免疫し、前記非ヒト動物の血液中に、ＡＣＥ２結合増強抗体が誘導されるかを検討することにより、評価でき、具体例として、後述の実施例１１と同様に実施できる。具体的には、まず、前記測定対象物と、任意に免疫賦活剤とを混合し、非ヒト動物に投与する。前記投与後２～４週間において、前記非ヒト動物から血液を回収し、血清を単離する。そして、前記血清中のＡＣＥ２結合増強抗体を測定する。前記ＡＣＥ２結合増強抗体の測定は、前記Ｓｗタンパク質、前記ＡＣＥ２タンパク質、および前記血清の共存下で、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合を検出することにより、測定してもよいし、前記血清中の抗体に、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置を認識する抗体が存在するかを測定することにより、間接的に測定してもよい。前者の場合、前記測定は、例えば、後述の実施例１と同様に実施できる。後者の場合、前記測定は、例えば、後述の実施例４と同様に実施できる。
前記（Ｓｍ２）において、「１もしくは数個」は、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されている範囲であればよく、好ましくは、Ｓタンパク質またはＳｗタンパク質に対する抗体を誘導可能な範囲、すなわち、Ｓタンパク質またはＳｗタンパク質に結合可能な抗体（例えば、中和抗体）の免疫原となる範囲であればよい。前記「１もしくは数個」は、例えば、１～２５４個、１～２５０個、１～２４０個、１～２３０個、１～２２０個、１～２１０個、１～２００個、１～１９０個、１～１８０個、１～１７０個、１～１６０個、１～１５０個、１～１４０個、１～１３０個、１～１２７個、１～１２０個、１～１１０個、１～１００個、１～９０個、１～８０個、１～７６個、１～７０個、１～６３個、１～６０個、１～５０個、１～４０個、１～３０個、１～２５個、１～２０個、１～１０個、１～５個、１～３個、１～２個、または１個である。
前記（Ｓｍ２）において、アミノ酸の置換等は、例えば、保存的置換であってもよい（以下、同様）。前記保存的置換は、タンパク質の機能を実質的に改変しないように、１個または数個のアミノ酸を、他のアミノ酸および／またはアミノ酸誘導体に置換することを意味する。「置換するアミノ酸」と「置換されるアミノ酸」とは、例えば、性質および／または機能が類似していることが好ましい。具体的には、例えば、疎水性および親水性の指標（ハイドロパシー）、極性、電荷等の化学的性質、または、二次構造等の物理的性質等が類似していることが好ましい。前記性質および／または機能が類似するアミノ酸またはアミノ酸誘導体は、例えば、当該技術分野において公知である。具体例として、非極性アミノ酸（疎水性アミノ酸）は、例えば、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、プロリン、トリプトファン、フェニルアラニン、メチオニン等があげられ、極性アミノ酸（中性アミノ酸）は、グリシン、セリン、スレオニン、チロシン、グルタミン、アスパラギン、システイン等があげられ、陽電荷を有するアミノ酸（塩基性アミノ）酸は、アルギニン、ヒスチジン、リジン等があげられ、負電荷を有するアミノ酸（酸性アミノ酸）は、アスパラギン酸、グルタミン酸等があげられる。
前記（Ｓｍ３）において、「同一性」は、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されている範囲であればよく、好ましくは、Ｓタンパク質またはＳｗタンパク質に対する抗体を誘導可能な範囲、すなわち、Ｓタンパク質またはＳｗタンパク質に結合可能な抗体（例えば、中和抗体）の免疫原となる範囲であればよい。前記「同一性」は、例えば、比較する配列同士を適切にアライメントしたときの同一性の程度であり、前記配列間のアミノ酸の正確な一致の出現率（％）を意味する。前記「同一性」は、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。前記同一性は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータにより算出できる（以下、同様）。
前記変異タンパク質において、変異アミノ酸は、人為的に導入された変異でもよいし、ＳＡＲＳ２のウイルス株等から単離された変異でもよい。前者の場合、前記「アミノ酸に変異を有する」は、例えば、「アミノ酸に変異が導入された」といえ、「変異されたアミノ酸」は、例えば、「変異が導入されたアミノ酸」ということができる。
前記変異アミノ酸が人為的に導入された変異の場合、前記変異タンパク質は、Ｓｗタンパク質または変異タンパク質等のＳタンパク質に対して、タンパク質に対するアミノ酸変異の導入方法を用いて導入できる。具体例として、前記変異は、ランダムに導入してもよいし（ランダムな変異導入方法）、部位特異的に導入してもよい（部位特異的な変異導入方法）。前記ランダムな変異を導入する場合、前記変異は、例えば、前記Ｓタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたはこれを含む発現ベクターについて、マンガンの存在下でＰＣＲ反応を実施することにより、ランダムに変異を導入できる。前記部位特異的な変異を導入する場合、前記変異は、例えば、前記Ｓタンパク質をコードするポリヌクレオチドにおいて、任意の特定の部位における全種類の塩基対の変化を可能にするポリヌクレオチド（例えば、プライマー）特異的変異誘発法により導入できる。具体例として、前記特異的変異誘発法は、前記Ｓタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたはこれを含む発現ベクターの塩基配列と、前記変異を導入したいアミノ酸をコードするコドンに対して１または複数のミスマッチの塩基を含む部分的に相補的なポリヌクレオチドと、前記Ｓタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたはこれを含む発現ベクターとを用い、ＰＣＲ反応を実施することにより導入できる。前記変異は、例えば、その他に、相同組換え（ＤＮＡシャフリング）、ウラシルを含む鋳型核酸分子を使用する変異誘発、オリゴヌクレオチド特異的変異誘発、ホスホロチオエート修飾ＤＮＡ変異誘発、ギャップドデュプレックスＤＮＡを使用する変異誘発、点ミスマッチ修復、修復欠損宿主株を使用する変異誘発、欠失変異誘発、全遺伝子合成による変異誘発、二本鎖切断修復を使用した変異誘発、α線、β線、γ線、およびＸ線等の放射線照射処理による変異誘発、メタンスルホン酸エチル（ＥＭＳ）、エチニルニトロソウレア（ＥＮＵ）等の変異誘発剤による化学物質処理による変異誘発、重イオンビーム処理による変異誘発、ゲノム編集技術を用いた変異誘発または導入等があげられる。
前記変異アミノ酸がウイルス株等から単離された変異の場合、前記変異アミノ酸は、ＳＡＲＳ２のウイルス株から、前記Ｓタンパク質のアミノ酸配列を解析して、アミノ酸の変異を同定することにより、単離できる。
前記変異アミノ酸において、変異の種類は、アミノ酸変異により、前記Ｓｗタンパク質における機能が修飾される範囲であればよく、前記アミノ酸変異により、変異後のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導を抑制できる範囲であることが好ましい。このため、前記「変異」は、例えば、修飾ということもできる。前記変異の種類は、例えば、アミノ酸の欠失、置換、挿入および／または付加があげられる。前記変異タンパク質に導入される変異の種類は、１種類でもよいし、複数種類でもよい。
前記変異の種類は、例えば、変異アミノ酸を有する変異タンパク質の免疫原性を維持しやすく、前記変異タンパク質および前記Ｓｗタンパク質とで交差する中和抗体の産生誘導への影響が抑制されると想定されることから、置換が好ましい。前記変異が置換の場合、前記置換は、前述の保存的置換でないことが好ましく、特に、アミノ酸の側鎖の電荷が変化する置換が好ましい。このような置換を変異として導入することにより、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能をより低減しうる。具体例として、前記置換は、例えば、アラニンへの置換（アラニン置換）、糖鎖修飾モチーフ（ＮＸ［Ｓ／Ｔ］）への置換があげられる。
前記変異がアラニン置換である場合、前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、好ましくは、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、またはＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するアミノ酸配列であり、より好ましくは、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するアミノ酸配列であり、さらに好ましくは、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するアミノ酸配列である。
前記変異が糖鎖修飾モチーフへの置換である場合、前記変異は、前記Ｓｓタンパク質における６４位のアミノ酸をＮ（アスパラギン）に、６６位のアミノ酸をＳ（セリン）またはＴ（スレオニン）に置換することにより導入できる。具体例として、前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、例えば、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４ＮおよびＨ６６ＳまたはＷ６４ＮおよびＨ６６Ｔの置換を有するアミノ酸配列である。
前記置換は、アラニン置換および糖鎖修飾モチーフへの置換を組合せてもよい。この場合、前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前述のアラニン置換の例示において、Ｗ６４およびＨ６６を、Ｗ６４ＮおよびＨ６６Ｓ、またはＷ６４ＮおよびＨ６６Ｔに変更する以外は、同様のアミノ酸配列とできる。
前記変異アミノ酸における変異は、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体（以下、「基準抗体」ともいう）との結合を低減させることが好ましい。これにより、本発明の変異タンパク質は、例えば、ワクチンの有効成分として用いた際に、前記変異アミノ酸を認識する抗体の誘導を抑制しうるため、より効果的に、前記Ｓタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導を抑制できる。
本発明の変異タンパク質は、前述の変異アミノ酸に加えて、他のアミノ酸に変異を有してもよい。具体的には、前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位以外のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入されてもよい。具体例として、前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における９８６位および／または９８７位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有してもよい。この場合、前記変異タンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における９８６位（Ｋ）および９８７位（Ｖ）のアミノ酸は、プロリン（Ｐ）に置換されることが好ましい。これにより、前記変異タンパク質は、例えば、構造を安定化できる。
本発明の変異タンパク質は、前記他のアミノ酸の変異の他の例として、フーリン分解部位（furin cleavage site）に変異を有してもよい。具体的には、前記変異タンパク質は、例えば、前記Ｓｓタンパク質における６８２～６８５位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異が導入されてもよい。この場合、前記変異導入後のアミノ酸配列は、フーリンに分解されないアミノ酸配列とすることが好ましい。具体例として、前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における６８２位および／または６８５位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有してもよい。この場合、前記変異タンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における６８２位（Ｒ）および／または６８５位（Ｒ）のアミノ酸は、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）等に置換されることが好ましい。これにより、前記変異タンパク質は、例えば、Ｓ１領域およびＳ２領域への分解を抑制できるため、構造を安定化できる。
本発明の変異タンパク質を可溶型タンパク質とする場合、前記変異タンパク質は、前記細胞内ドメインを欠失させることにより調製できる。前記変異タンパク質における細胞内ドメインは、例えば、前記Ｓｓタンパク質における１２５５～１２７３位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記基準抗体との結合の低減の確認方法は、例えば、前記アミノ酸変異が導入されたＳタンパク質と、前記基準抗体との結合を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで検出する方法があげられる。前記検出方法は、例えば、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、プルダウンアッセイ等があげられ、具体例として、後述の実施例５と同様にして実施できる。前記確認方法では、例えば、前記基準抗体を含まない試験系またはコントロール抗体を含む試験系と比較して、前記基準抗体との結合を示す有意な差（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％以上の差）のシグナルが検出された場合、前記基準抗体との結合が低減していると評価できる。前記変異アミノ酸を有する変異タンパク質としては、粗精製または精製された変異タンパク質を用いてもよいし、前記変異タンパク質を発現する細胞等の宿主細胞を用いてもよい。
前記基準抗体は、前記Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体であることが好ましい。前記結合能の増強の測定方法は、例えば、前記基準抗体の存在下、前記Ｓｓタンパク質と、前記ＡＣＥタンパク質との結合を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで検出する方法があげられる。前記検出方法は、例えば、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、プルダウンアッセイ等があげられ、具体例として、後述の実施例１と同様にして実施できる。前記測定方法では、例えば、前記基準抗体を含まない試験系またはコントロール抗体を含む試験系と比較して、前記Ｓｓタンパク質と前記ＡＣＥ２タンパク質との結合を示す有意な差（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％以上の差）のシグナルが検出された場合、前記Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強していると評価できる。前記Ｓｓタンパク質および／または前記ＡＣＥ２タンパク質としては、粗精製または精製されたタンパク質を用いてもよいし、記Ｓｓタンパク質または前記ＡＣＥ２タンパク質を発現する細胞等の宿主細胞を用いてもよい。
前記基準抗体は、前記Ｓタンパク質において、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する。前記基準抗体が認識するアミノ酸の説明は、前記変異タンパク質の（Ｓｍ１）における変異対象アミノ酸の説明および後述の第１のマーカーにおける抗体の説明を援用できる。
前記基準抗体としては、例えば、下記の（Ｈ）の重鎖可変領域および（Ｌ）の軽鎖可変領域を含む、抗体があげられる。前記基準抗体は、前記Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強できる抗体であることが好ましい。
（Ｈ）重鎖可変領域：
配列番号８のアミノ酸配列（Ｘ１Ｘ２ＹＸ３Ｘ４Ｘ５）を含む、または、からなる重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）１、配列番号９のアミノ酸配列（Ｘ６ＩＸ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０ＧＸ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４ＹＸ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９Ｘ２０）を含む、または、からなるＨＣＤＲ２、および配列番号１０のアミノ酸配列（Ｘ２１Ｘ２２Ｘ２３Ｘ２４Ｘ２５Ｘ２６Ｘ２７Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３Ｘ３４Ｘ３５Ｘ３６Ｘ３７Ｘ３８Ｘ３９ＤＸ４０）を含む、または、からなるＨＣＤＲ３を含む、重鎖可変領域である。
Ｘ１は、ＳまたはＴである；
Ｘ２は、存在しないか、Ｎである；
Ｘ３は、Ａ、Ｄ、またはＷである；
Ｘ４は、ＭまたはＷである；
Ｘ５は、Ｇ、Ｈ、Ｎ、またはＳである；
Ｘ６は、Ａ、Ｄ、Ｎ、Ｔ、Ｖ、またはＷである；
Ｘ７は、Ｇ、Ｈ、Ｎ、またはＳである；
Ｘ８は、Ｑ、Ｔ、またはＹである；
Ｘ９は、Ａ、Ｄ、Ｓ、またはＮである；
Ｘ１０は、存在しないか、Ｔである；
Ｘ１１は、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、またはＳである；
Ｘ１２は、Ｅ、Ｎ、Ｐ、ＳまたはＴである；
Ｘ１３は、存在しないか、Ｋである；
Ｘ１４は、ＴまたはＹである；
Ｘ１５は、Ａ、Ｎ、Ｐ、またはＶである；
Ｘ１６は、Ｄ、Ｇ、Ｐ、またはＱである；
Ｘ１７は、ＧまたはＳである；
Ｘ１８は、Ｆ、Ｌ、またはＶである；
Ｘ１９は、Ｋ、Ｒ、またはＴである；
Ｘ２０は、ＧまたはＳである；
Ｘ２１は、存在しないか、Ａである；
Ｘ２２は、ＤまたはＲである；
Ｘ２３は、Ｆ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、またはＷである；
Ｘ２４は、存在しないか、Ｄ、Ｅ、Ｇ、またはＹである；
Ｘ２５は、Ｇ、Ｓ、Ｑ、Ｗ、またはＹである；
Ｘ２６は、Ｄ、Ｆ、Ｇ、またはＬである；
Ｘ２７は、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｒ、またはＹである；
Ｘ２８は、存在しないか、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｔ、Ｗ、またはＹである；
Ｘ２９は、存在しないか、Ａ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、またはＴである；
Ｘ３０は、存在しないか、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、またはＭである；
Ｘ３１は、存在しないか、Ｓ、Ｖ、またはＹである；
Ｘ３２は、存在しないか、ＥまたはＳである；
Ｘ３３は、存在しないか、Ｌ、Ｓ、Ｗ、またはＹである；
Ｘ３４は、存在しないか、Ｆ、Ｇ、Ｔ、またはＹである；
Ｘ３５は、存在しないか、Ａ、Ｇ、Ｌ、またはＹである；
Ｘ３６は、存在しないか、Ａ、Ｔ、またはＹである；
Ｘ３７は、ＦまたはＹである；
Ｘ３８は、存在しないか、ＣまたはＧである；
Ｘ３９は、存在しないか、Ｍである；
Ｘ４０は、Ｆ、Ｉ、またはＶである。
前記（Ｈ）重鎖可変領域は、例えば、配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む、重鎖可変領域である。前記（Ｈ）重鎖可変領域は、例えば、配列番号８のアミノ酸配列からなるＨＣＤＲ１、配列番号９のアミノ酸配列からなるＨＣＤＲ２、および配列番号１０のアミノ酸配列からなるＨＣＤＲ３を含む、重鎖可変領域である。
（Ｌ）軽鎖可変領域：
配列番号１１のアミノ酸配列（Ｘ４１Ｘ４２ＳＸ４３Ｘ４４Ｘ４５Ｘ４６Ｘ４７Ｘ４８Ｘ４９Ｘ５０Ｘ５１）を含む、または、からなる軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）１、配列番号１２のアミノ酸配列（Ｘ５２Ｘ５３ＳＸ５４Ｘ５５Ｘ５６Ｘ５７）を含む、または、からなるＬＣＤＲ２、および配列番号１３のアミノ酸配列（Ｘ５８ＱＸ５９Ｘ６０Ｘ６１Ｘ６２Ｘ６３Ｘ６４Ｘ６５Ｘ６６Ｔ）を含む、または、からなるＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域である：
Ｘ４１は、Ｋ、Ｑ、またはＲである；
Ｘ４２は、存在しないか、ＡまたはＳである；
Ｘ４３は、存在しないか、ＱまたはＶである；
Ｘ４４は、ＧまたはＳである；
Ｘ４５は、存在しないか、Ｉ、Ｌ、またはＶである；
Ｘ４６は、存在しないか、Ｌ、Ｒ、またはＳである；
Ｘ４７は、存在しないか、Ｈである；
Ｘ４８は、存在しないか、ＮまたはＳである；
Ｘ４９は、存在しないか、Ｄ、Ｎ、Ｙ、またはＷである；
Ｘ５０は、存在しないか、ＧまたはＬである；
Ｘ５１は、存在しないか、Ａ、Ｇ、またはＫである；
Ｘ５２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、またはＫである；
Ｘ５３は、ＡまたはＶである；
Ｘ５４は、Ｎ、Ｓ、またはＴである；
Ｘ５５は、ＬまたはＲである；
Ｘ５６は、Ａ、Ｅ、Ｆ、またはＱである；
Ｘ５７は、ＳまたはＴである；
Ｘ５８は、Ｌ、Ｍ、またはＱである；
Ｘ５９は、Ａ、Ｈ、Ｌ、Ｓ、またはＹである；
Ｘ６０は、Ｇ、Ｉ、またはＮである；
Ｘ６１は、Ｎ、Ｓ、またはＱである；
Ｘ６２は、存在しないか、Ｆ、Ｗ、またはＹである；
Ｘ６３は、存在しないか、Ｐ、Ｓ、またはＷである；
Ｘ６４は、ＰまたはＲである；
Ｘ６５は、存在しないか、Ｌである；
Ｘ６６は、存在しないか、Ｉである。
前記（Ｌ）軽鎖可変領域は、例えば、配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域である。前記（Ｌ）軽鎖可変領域は、例えば、配列番号１１のアミノ酸配列からなるＬＣＤＲ１、配列番号１２のアミノ酸配列からなるＬＣＤＲ２、および配列番号１３のアミノ酸配列からなるＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域である。
前記（Ｈ）の重鎖可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体は、例えば、下記（１）～（６）の抗体があげられる。下記（１）～（６）の抗体は、後述の実施例で示すように、前記Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体、すなわち、ＡＣＥ２結合増強抗体である。また、下記（１）～（６）の抗体は、ヒト由来の抗体である。
（１）下記（ＨＡ）の重鎖可変領域と、下記（ＬＡ）の軽鎖可変領域とを含む抗体：
（Ｈ１）ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含み、
ＨＣＤＲ１は、下記（H1-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ２が、下記（H2-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ３が、下記（H3-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである重鎖可変領域：
（H1-A）下記（H1-A1）、（H1-A2）または（H1-A3）のアミノ酸配列
（H1-A1）配列番号１４（SYAMH）のアミノ酸配列
（H1-A2）配列番号１４のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H1-A3）配列番号１４のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H2-A）下記（H2-A1）、（H2-A2）または（H2-A3）のアミノ酸配列
（H2-A1）配列番号１５（VISYDGSNKYYADSVKG）のアミノ酸配列
（H2-A2）配列番号１５のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H2-A3）配列番号１５のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H3-A）下記（H3-A1）、（H3-A2）または（H3-A3）のアミノ酸配列
（H3-A1）配列番号１６（DQEWFRELFLFDY）のアミノ酸配列
（H3-A2）配列番号１６のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H3-A3）配列番号１６のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列；
（Ｌ１）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含み、
ＬＣＤＲ１は、下記（L1-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ２が、下記（L2-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ３が、下記（L3-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである軽鎖可変領域：
（L1-A）下記（L1-A1）、（L1-A2）または（L1-A3）のアミノ酸配列
（L1-A1）配列番号１７（RASQGISSWLA）のアミノ酸配列
（L1-A2）配列番号１７のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L1-A3）配列番号１７のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L2-A）下記（L2-A1）、（L2-A2）または（L2-A3）のアミノ酸配列
（L2-A1）配列番号１８（DASSLQS）のアミノ酸配列
（L2-A2）配列番号１８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L2-A3）配列番号１８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L3-A）下記（L3-A1）、（L3-A2）または（L3-A3）のアミノ酸配列
（L3-A1）配列番号１９（QQANSFPPT）のアミノ酸配列
（L3-A2）配列番号１９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L3-A3）配列番号１９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列。
前記（１）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸を認識する抗体である。
（２）下記（ＨＢ）の重鎖可変領域と、下記（ＬＢ）の軽鎖可変領域とを含む抗体：
（ＨＢ）ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含み、
ＨＣＤＲ１は、下記（H1-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ２が、下記（H2-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ３が、下記（H3-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである重鎖可変領域：
（H1-B）下記（H1-B1）、（H1-B2）または（H1-B3）のアミノ酸配列
（H1-B1）配列番号２０（SYWMN）のアミノ酸配列
（H1-B2）配列番号２０のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H1-B3）配列番号２０のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H2-B）下記（H2-B1）、（H2-B2）または（H2-B3）のアミノ酸配列
（H2-B1）配列番号２１（NINQDGGEKYYVDSVRG）のアミノ酸配列
（H2-B2）配列番号２１のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H2-B3）配列番号２１のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H3-B）下記（H3-B1）、（H3-B2）または（H3-B3）のアミノ酸配列
（H3-B1）配列番号２２（DPYDLYGDYGGTFDY）のアミノ酸配列
（H3-B2）配列番号２２のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H3-B3）配列番号２２のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列；
（ＬＢ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含み、
ＬＣＤＲ１は、下記（L1-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ２が、下記（L2-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ３が、下記（L3-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである軽鎖可変領域：
（L1-B）下記（L1-B1）、（L1-B2）または（L1-B3）のアミノ酸配列
（L1-B1）配列番号２３（RASQSVSSNLA）のアミノ酸配列
（L1-B2）配列番号２３のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L1-B3）配列番号２３のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L2-B）下記（L2-B1）、（L2-B2）または（L2-B3）のアミノ酸配列
（L2-B1）配列番号２４（GASTRAT）のアミノ酸配列
（L2-B2）配列番号２４のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L2-B3）配列番号２４のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L3-B）下記（L3-B1）、（L3-B2）または（L3-B3）のアミノ酸配列
（L3-B1）配列番号２５（QQYNNWWRT）のアミノ酸配列
（L3-B2）配列番号２５のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L3-B3）配列番号２５のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列。
前記（２）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、６４位、６６位、２１３位、２１４位、および２１６位のアミノ酸を認識する抗体である。
（３）下記（ＨＣ）の重鎖可変領域と、下記（ＬＣ）の軽鎖可変領域とを含む抗体：
（ＨＣ）ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含み、
ＨＣＤＲ１は、下記（H1-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ２が、下記（H2-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ３が、下記（H3-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである重鎖可変領域：
（H1-C）下記（H1-C1）、（H1-C2）または（H1-C3）のアミノ酸配列
（H1-C1）配列番号２６（SYWMS）のアミノ酸配列
（H1-C2）配列番号２６のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H1-C3）配列番号２６のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H2-C）下記（H2-C1）、（H2-C2）または（H2-C3）のアミノ酸配列
（H2-C1）配列番号２７（NINQDGSEKYYVDSVKG）のアミノ酸配列
（H2-C2）配列番号２７のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H2-C3）配列番号２７のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H3-C）下記（H3-C1）、（H3-C2）または（H3-C3）のアミノ酸配列
（H3-C1）配列番号２８（DWDYDILTGSWFGAFDI）のアミノ酸配列
（H3-C2）配列番号２８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H3-C3）配列番号２８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列；
（ＬＣ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含み、
ＬＣＤＲ１は、下記（L1-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ２が、下記（L2-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ３が、下記（L3-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである軽鎖可変領域：
（L1-C）下記（L1-C1）、（L1-C2）または（L1-C3）のアミノ酸配列
（L1-C1）配列番号２９（RASQGIRNDLG）のアミノ酸配列
（L1-C2）配列番号２９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L1-C3）配列番号２９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L2-C）下記（L2-C1）、（L2-C2）または（L2-C3）のアミノ酸配列
（L2-C1）配列番号３０（AASSLQS）のアミノ酸配列
（L2-C2）配列番号３０のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L2-C3）配列番号３０のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L3-C）下記（L3-C1）、（L3-C2）または（L3-C3）のアミノ酸配列
（L3-C1）配列番号３１（LQHNSYPLT）のアミノ酸配列
（L3-C2）配列番号３１のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L3-C3）配列番号３１のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列。
前記（３）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、６８位、９４位、９７位、１２９位、１８５位、１８７位、２１３位、２１４位、２１５位、２１６位、２１７位、および２５８位のアミノ酸を認識する抗体である。
（４）下記（ＨＤ）の重鎖可変領域と、下記（ＬＤ）の軽鎖可変領域とを含む抗体：
（ＨＤ）ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含み、
ＨＣＤＲ１は、下記（H1-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ２が、下記（H2-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ３が、下記（H3-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである重鎖可変領域：
（H1-D）下記（H1-D1）、（H1-D2）または（H1-D3）のアミノ酸配列
（H1-D1）配列番号３２（TYAMN）のアミノ酸配列
（H1-D2）配列番号３２のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H1-D3）配列番号３２のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H2-D）下記（H2-D1）、（H2-D2）または（H2-D3）のアミノ酸配列
（H2-D1）配列番号３３（WINTNTGNPTYAQGFTG）のアミノ酸配列
（H2-D2）配列番号３３のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H2-D3）配列番号３３のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H3-D）下記（H3-D1）、（H3-D2）または（H3-D3）のアミノ酸配列
（H3-D1）配列番号３４（DQDSGYPTYYYYYMDV）のアミノ酸配列
（H3-D2）配列番号３４のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H3-D3）配列番号３４のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列；
（ＬＤ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含み、
ＬＣＤＲ１は、下記（L1-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ２が、下記（L2-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ３が、下記（L3-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである軽鎖可変領域：
（L1-D）下記（L1-D1）、（L1-D2）または（L1-D3）のアミノ酸配列
（L1-D1）配列番号３５（KSSQSLLHSDGK）のアミノ酸配列
（L1-D2）配列番号３５のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L1-D3）配列番号３５のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L2-D）下記（L2-D1）、（L2-D2）または（L2-D3）のアミノ酸配列
（L2-D1）配列番号３６（EVSNRFS）のアミノ酸配列
（L2-D2）配列番号３６のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L2-D3）配列番号３６のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L3-D）下記（L3-D1）、（L3-D2）または（L3-D3）のアミノ酸配列
（L3-D1）配列番号３７（MQSIQPPLT）のアミノ酸配列
（L3-D2）配列番号３７のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L3-D3）配列番号３７のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列。
前記（４）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、６８位、９４位、１２９位、１８５位、２１３位、２１４位、および２５８位のアミノ酸を認識する抗体である。
（５）下記（ＨＥ）の重鎖可変領域と、下記（ＬＥ）の軽鎖可変領域とを含む抗体：
（ＨＥ）ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含み、
ＨＣＤＲ１は、下記（H1-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ２が、下記（H2-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ３が、下記（H3-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである重鎖可変領域：
（H1-E）下記（H1-E1）、（H1-E2）または（H1-E3）のアミノ酸配列
（H1-E1）配列番号３８（SYAMH）のアミノ酸配列
（H1-E2）配列番号３８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H1-E3）配列番号３８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H2-E）下記（H2-E1）、（H2-E2）または（H2-E3）のアミノ酸配列
（H2-E1）配列番号３９（DISYDGSEKYYADSVKG）のアミノ酸配列
（H2-E2）配列番号３９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H2-E3）配列番号３９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H3-E）下記（H3-E1）、（H3-E2）または（H3-E3）のアミノ酸配列
（H3-E1）配列番号４０（DFGGDNTAMVEYFFDF）のアミノ酸配列
（H3-E2）配列番号４０のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H3-E3）配列番号４０のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列；
（ＬＥ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含み、
ＬＣＤＲ１は、下記（L1-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ２が、下記（L2-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ３が、下記（L3-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである軽鎖可変領域：
（L1-E）下記（L1-E1）、（L1-E2）または（L1-E3）のアミノ酸配列
（L1-E1）配列番号４１（RASQSISSWLA）のアミノ酸配列
（L1-E2）配列番号４１のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L1-E3）配列番号４１のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L2-E）下記（L2-E1）、（L2-E2）または（L2-E3）のアミノ酸配列
（L2-E1）配列番号４２（KASSLES）のアミノ酸配列
（L2-E2）配列番号４２のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L2-E3）配列番号４２のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L3-E）下記（L3-E1）、（L3-E2）または（L3-E3）のアミノ酸配列
（L3-E1）配列番号４３（QQYNSYSPT）のアミノ酸配列
（L3-E2）配列番号４３のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L3-E3）配列番号４３のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列。
前記（５）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸を認識する抗体である。
（６）下記（ＨＦ）の重鎖可変領域と、下記（ＬＦ）の軽鎖可変領域とを含む抗体：
（ＨＦ）ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含み、
ＨＣＤＲ１は、下記（H1-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ２が、下記（H2-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＨＣＤＲ３が、下記（H3-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである重鎖可変領域：
（H1-F）下記（H1-F1）、（H1-F2）または（H1-F3）のアミノ酸配列
（H1-F1）配列番号４４（SYDMH）のアミノ酸配列
（H1-F2）配列番号４４のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H1-F3）配列番号４４のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H2-F）下記（H2-F1）、（H2-F2）または（H2-F3）のアミノ酸配列
（H2-F1）配列番号４５（AIGTAGDTYYPGSVKG）のアミノ酸配列
（H2-F2）配列番号４５のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H2-F3）配列番号４５のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（H3-G）下記（H3-G1）、（H3-G2）または（H3-G3）のアミノ酸配列
（H3-G1）配列番号４６（ADPYQLLGQHYYYGMDV）のアミノ酸配列
（H3-G2）配列番号４６のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H3-G3）配列番号４６のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列；
（ＬＦ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含み、
ＬＣＤＲ１は、下記（L1-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ２が、下記（L2-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドであり、
ＬＣＤＲ３が、下記（L3-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドである軽鎖可変領域：
（L1-F）下記（L1-F1）、（L1-F2）または（L1-F3）のアミノ酸配列
（L1-F1）配列番号４７（QSVSSSYLA）のアミノ酸配列
（L1-F2）配列番号４７のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L1-F3）配列番号４７のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L2-F）下記（L2-F1）、（L2-F2）または（L2-F3）のアミノ酸配列
（L2-F1）配列番号４８（GASSRAT）のアミノ酸配列
（L2-F2）配列番号４８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L2-F3）配列番号４８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L3-F）下記（L3-F1）、（L3-F2）または（L3-F3）のアミノ酸配列
（L3-F1）配列番号４９（QQYGSSPLIT）のアミノ酸配列
（L3-F2）配列番号４９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L3-F3）配列番号４９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列。
前記（６）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、１２９位、２１２位、２１３位、２１４位、２１５位、２１６位、２１７位、および２３７位のアミノ酸を認識する抗体である。
前記（１）～（６）の抗体の各ＣＤＲにおいて、「同一性」は、例えば、比較する配列同士を適切にアライメントしたときの同一性の程度であり、前記配列間のアミノ酸の正確な一致の出現率（％）を意味する。前記「同一性」は、それぞれ、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。
前記（１）～（６）の抗体の各ＣＤＲにおいて、欠失、置換、挿入および／または付加（以下、「置換等」という）に関する「１個または数個」は、それぞれ、例えば、１～８個、１～７個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、１または２個、１個である。
前記置換は、例えば、前述の保存的置換であってもよい。
前記各抗体において、ＣＤＲ以外の領域は抗体としての構造を維持し、機能を発揮できる配列であれば特に制限されず、例えば、マウス由来の配列、ヒト由来の配列、他の哺乳動物由来の配列、それらのキメラ配列、および／または人工配列を用いることができる。前記ＣＤＲ以外の領域は、例えば、フレームワーク領域（ＦＲ）、定常領域等があげられる。前記各抗体が定常領域を含む場合、前記重鎖および軽鎖の定常領域のアミノ酸配列は、例えば、下記参考文献２～４に記載のものを用いることができる。
参考文献２：S. Huck et.al., “Sequence of a human immunoglobulin gamma 3 heavy chain constant region gene: comparison with the other human C gamma genes.”, 1986, Nucleic Acids Res, vol. 14, No. 4, pages 1779-1789
参考文献３：P A Hieter et.al., “Evolution of human immunoglobulin kappa J region genes.”, 1982, J. Biol. Chem., vol. 257, pages 1516-1522
参考文献４：Philip A. Hieter et.al., “Cloned human and mouse kappa immunoglobulin constant and J region genes conserve homology in functional segments.”, 1980, Cell, vol. 22, pages 197-207
前記各抗体において、ＦＲ領域のアミノ酸配列としては、以下のアミノ酸配列が例示できる。
（ＨＡ）の重鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＨＦＲ１～４）
ＨＦＲ１：配列番号５０のアミノ酸配列
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFS（配列番号５０）
ＨＦＲ２：配列番号５１のアミノ酸配列
WVRQAPGKGLEWVA（配列番号５１）
ＨＦＲ３：配列番号５２のアミノ酸配列
RFTISRDNSKNTLYLQMNSLRVEDTAVYYCAR（配列番号５２）
ＨＦＲ４：配列番号５３のアミノ酸配列
WGQGTLVTVSS（配列番号５３）
（ＬＡ）の軽鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＬＦＲ１～４）
ＬＦＲ１：配列番号５４のアミノ酸配列
DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITC（配列番号５４）
ＬＦＲ２：配列番号５５のアミノ酸配列
WYQQKPGKAPKLLIY（配列番号５５）
ＬＦＲ３：配列番号５６のアミノ酸配列
GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC（配列番号５６）
ＬＦＲ４：配列番号５７のアミノ酸配列
FGPGTKVDIK（配列番号５７）
（ＨＢ）の重鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＨＦＲ１～４）
ＨＦＲ１：配列番号５８のアミノ酸配列
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS（配列番号５８）
ＨＦＲ２：配列番号５９のアミノ酸配列
WVRQAPGKGLEWVA（配列番号５９）
ＨＦＲ３：配列番号６０のアミノ酸配列
RFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAR（配列番号６０）
ＨＦＲ４：配列番号６１のアミノ酸配列
WGQGTLVTVSS（配列番号６１）
（ＬＢ）の軽鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＬＦＲ１～４）
ＬＦＲ１：配列番号６２のアミノ酸配列
EIVLTQSPATLSVSPGERATLSC（配列番号６２）
ＬＦＲ２：配列番号６３のアミノ酸配列
WYQQKPGQAPRLLIY（配列番号６３）
ＬＦＲ３：配列番号６４のアミノ酸配列
GIPARFSGSGSGTDFTLTISSLQSEDFALYYC（配列番号６４）
ＬＦＲ４：配列番号６５のアミノ酸配列
FGQGTKVEIN（配列番号６５）
（ＨＣ）の重鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＨＦＲ１～４）
ＨＦＲ１：配列番号６６のアミノ酸配列
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS（配列番号６６）
ＨＦＲ２：配列番号６７のアミノ酸配列
WVRQAPGKGLEWVA（配列番号６７）
ＨＦＲ３：配列番号６８のアミノ酸配列
RFTISRDNAKNSLYLQVNSLRAEDTAVYYCAR（配列番号６８）
ＨＦＲ４：配列番号６９のアミノ酸配列
WGQGTTVTVSS（配列番号６９）
（ＬＣ）の軽鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＬＦＲ１～４）
ＬＦＲ１：配列番号７０のアミノ酸配列
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC（配列番号７０）
ＬＦＲ２：配列番号７１のアミノ酸配列
WYQQKPGKAPKRLIY（配列番号７１）
ＬＦＲ３：配列番号７２のアミノ酸配列
GVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYC（配列番号７２）
ＬＦＲ４：配列番号７３のアミノ酸配列
FGGGTKVEIK（配列番号７３）
（ＨＤ）の重鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＨＦＲ１～４）
ＨＦＲ１：配列番号７４のアミノ酸配列
QVQLVQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFT（配列番号７４）
ＨＦＲ２：配列番号７５のアミノ酸配列
WVRQAPGQGLEWMG（配列番号７５）
ＨＦＲ３：配列番号７６のアミノ酸配列
RFVFSLDTSVNTAFLHIGSLKAEDTAVYYCAR（配列番号７６）
ＨＦＲ４：配列番号７７のアミノ酸配列
WGKGTTVTVSS（配列番号７７）
（ＬＤ）の軽鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＬＦＲ１～４）
ＬＦＲ１：配列番号７８のアミノ酸配列
DIVMTQTPLSLSVTPGQPASISC（配列番号７８）
ＬＦＲ２：配列番７９のアミノ酸配列
TYLYWYLQKPGQSPQLLIY（配列番号７９）
ＬＦＲ３：配列番号８０のアミノ酸配列
GVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYC（配列番号８０）
ＬＦＲ４：配列番号８１のアミノ酸配列
FGGGTKVEIK（配列番号８１）
（ＨＥ）の重鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＨＦＲ１～４）
ＨＦＲ１：配列番号８２のアミノ酸配列
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFS（配列番号８２）
ＨＦＲ２：配列番号８３のアミノ酸配列
WVRQAPGKGLEWVA（配列番号８３）
ＨＦＲ３：配列番号８４のアミノ酸配列
RFTIYRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAK（配列番号８４）
ＨＦＲ４：配列番号８５のアミノ酸配列
WGQGTLVTVSS（配列番号８５）
（ＬＥ）の軽鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＬＦＲ１～４）
ＬＦＲ１：配列番号８６のアミノ酸配列
DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITC（配列番号８６）
ＬＦＲ２：配列番号８７のアミノ酸配列
WYQQKPGKAPKLLIY（配列番号８７）
ＬＦＲ３：配列番号８８のアミノ酸配列
GVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYC（配列番号８８）
ＬＦＲ４：配列番号８９のアミノ酸配列
FGQGTKVEIK（配列番号８９）
（ＨＦ）の重鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＨＦＲ１～４）
ＨＦＲ１：配列番号９０のアミノ酸配列
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS（配列番号９０）
ＨＦＲ２：配列番号９１のアミノ酸配列
WVRQATGKGLEWVS（配列番号９１）
ＨＦＲ３：配列番号９２のアミノ酸配列
RFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCAR（配列番号９２）
ＨＦＲ４：配列番号９３のアミノ酸配列
WGQGTTVTVSS（配列番号９３）
（ＬＦ）の軽鎖可変領域におけるＦＲ領域（ＬＦＲ１～４）
ＬＦＲ１：配列番号９４のアミノ酸配列
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRAS（配列番号９４）
ＬＦＲ２：配列番号９５のアミノ酸配列
WYQQKPGQAPRLLIY（配列番号９５）
ＬＦＲ３：配列番号９６のアミノ酸配列
GIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC（配列番号９６）
ＬＦＲ４：配列番号９７のアミノ酸配列
FGQGTRLEIK（配列番号９７）
前記各ＦＲは、例えば、１または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列を有してもよい。前記「１または数個」は、前記ＣＤＲにおける「１または数個」の説明を援用できる。また、各ＦＲは、各ＦＲのアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記「同一性」は、前記ＣＤＲにおける「同一性」の説明を援用できる。
前記（Ｈ）の重鎖可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体は、例えば、下記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体があげられる。下記（Ａ）～（Ｆ）の抗体は、それぞれ、前記（１）～（６）の抗体に属する抗体である。
前記（Ａ）の抗体は、重鎖可変領域として、下記（H-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。また、前記（Ａ）の抗体は、軽鎖可変領域として、下記（L-A）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。
（H-A）下記（H-A1）、（H-A2）または（H-A3）のアミノ酸配列
（H-A1）配列番号９８のアミノ酸配列
配列番号９８：QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRVEDTAVYYCARDQEWFRELFLFDYWGQGTLVTVSS
（H-A2）配列番号９８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H-A3）配列番号９８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L-A）下記（L-A1）、（L-A2）または（L-A3）のアミノ酸配列
（L-A1）配列番号９９のアミノ酸配列
配列番号９９：DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYDASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPPTFGPGTKVDIK
（L-A2）配列番号９９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L-A3）配列番号９９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
前記（H-A1）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-A1）、ＨＣＤＲ２の（H2-A1）、およびＨＣＤＲ３の（H3-A1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（H-A2）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-A1）、ＨＣＤＲ２の（H2-A1）、およびＨＣＤＲ３（H3-A1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号９８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（H-A3）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-A1）、ＨＣＤＲ２の（H2-A1）、およびＨＣＤＲ３（H3-A1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号９８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（L-A1）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-A1）、ＬＣＤＲ２の（L2-A1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-A1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（L-A2）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-A1）、ＬＣＤＲ２の（L2-A1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-A1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号９９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（L-A3）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-A1）、ＬＣＤＲ２の（L2-A1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-A1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号９９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（Ａ）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸を認識する抗体である。
本発明の抗体は、例えば、前記重鎖可変領域が、前記（H-A1）であり、前記軽鎖可変領域が、前記（L-A1）であり、この組合せの抗体を、以下、「クローン２２１０」ともいう。前記クローン２２１０は、後述のように、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸を認識する抗体である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、前記「同一性」は、それぞれ、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、置換等に関する「１個または数個」は、それぞれ、例えば、１～３０個、１～２５個、１～２０個、１～１７個、１～１５個、１～１２個、１～１０個、１～９個、１～８個、１～７個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、１または２個、１個である。
前記（Ｂ）の抗体は、重鎖可変領域として、下記（H-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。また、前記（Ｂ）の抗体は、軽鎖可変領域として、下記（L-B）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。
（H-B）下記（H-B1）、（H-B2）または（H-B3）のアミノ酸配列
（H-B1）配列番号１００のアミノ酸配列
配列番号１００：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMNWVRQAPGKGLEWVANINQDGGEKYYVDSVRGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDPYDLYGDYGGTFDYWGQGTLVTVSS
（H-B2）配列番号１００のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H-B3）配列番号１００のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L-B）下記（L-B1）、（L-B2）または（L-B3）のアミノ酸配列
（L-B1）配列番号１０１のアミノ酸配列
配列番号１０１：EIVLTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLQSEDFALYYCQQYNNWWRTFGQGTKVEIN
（L-B2）配列番号１０１のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L-B3）配列番号１０１のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
前記（H-B1）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-B1）、ＨＣＤＲ２の（H2-B1）、およびＨＣＤＲ３の（H3-B1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（H-B2）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-B1）、ＨＣＤＲ２の（H2-B1）、およびＨＣＤＲ３（H3-B1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１００のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（H-B3）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-B1）、ＨＣＤＲ２の（H2-B1）、およびＨＣＤＲ３（H3-B1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１００のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（L-B1）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-B1）、ＬＣＤＲ２の（L2-B1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-B1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（L-B2）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-B1）、ＬＣＤＲ２の（L2-B1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-B1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０１のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（L-B3）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-B1）、ＬＣＤＲ２の（L2-B1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-B1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０１のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（Ｂ）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、６４位、６６位、２１３位、２１４位、および２１６位のアミノ酸を認識する抗体である。
本発明の抗体は、例えば、前記重鎖可変領域が、前記（H-B1）であり、前記軽鎖可変領域が、前記（L-B1）であり、この組合せの抗体を、以下、「クローン２４９０」ともいう。前記クローン２４９０の抗体は、後述のように、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、６４位、６６位、２１３位、２１４位、および２１６位のアミノ酸を認識する抗体である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、前記「同一性」は、それぞれ、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、置換等に関する「１個または数個」は、それぞれ、例えば、１～３０個、１～２５個、１～２０個、１～１７個、１～１５個、１～１２個、１～１０個、１～９個、１～８個、１～７個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、１または２個、１個である。
前記（Ｃ）の抗体は、重鎖可変領域として、下記（H-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。また、前記（Ｃ）の抗体は、軽鎖可変領域として、下記（L-C）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。
（H-C）下記（H-C1）、（H-C2）または（H-C3）のアミノ酸配列
（H-C1）配列番号１０２のアミノ酸配列
配列番号１０２：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMSWVRQAPGKGLEWVANINQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQVNSLRAEDTAVYYCARDWDYDILTGSWFGAFDIWGQGTTVTVSS
（H-C2）配列番号１０２のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H-C3）配列番号１０２のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L-C）下記（L-C1）、（L-C2）または（L-C3）のアミノ酸配列
（L-C1）配列番号１０３のアミノ酸配列
配列番号１０３：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKRLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLQHNSYPLTFGGGTKVEIK
（L-C2）配列番号１０３のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L-C3）配列番号１０３のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
前記（H-C1）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-C1）、ＨＣＤＲ２の（H2-C1）、およびＨＣＤＲ３の（H3-C1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（H-C2）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-C1）、ＨＣＤＲ２の（H2-C1）、およびＨＣＤＲ３（H3-C1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０２のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（H-C3）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-C1）、ＨＣＤＲ２の（H2-C1）、およびＨＣＤＲ３（H3-C1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０２のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（L-C1）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-C1）、ＬＣＤＲ２の（L2-C1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-C1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（L-C2）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-C1）、ＬＣＤＲ２の（L2-C1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-C1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０７のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（L-C3）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-C1）、ＬＣＤＲ２の（L2-C1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-C1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０７のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（Ｃ）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、６８位、９４位、９７位、１２９位、１８５位、１８７位、２１３位、２１４位、２１５位、２１６位、２１７位、および２５８位のアミノ酸を認識する抗体である。
本発明の抗体は、例えば、前記重鎖可変領域が、前記（H-C1）であり、前記軽鎖可変領域が、前記（L-C1）であり、この組合せの抗体を、以下、「クローン８Ｄ２」ともいう。前記クローン８Ｄ２は、後述のように、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、６８位、９４位、９７位、１２９位、１８５位、１８７位、２１３位、２１４位、２１５位、２１６位、２１７位、および２５８位のアミノ酸を認識する抗体である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、前記「同一性」は、それぞれ、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、置換等に関する「１個または数個」は、それぞれ、例えば、１～３０個、１～２５個、１～２０個、１～１７個、１～１５個、１～１２個、１～１０個、１～９個、１～８個、１～７個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、１または２個、１個である。
前記（Ｄ）の抗体は、重鎖可変領域として、下記（H-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。また、前記（Ｄ）の抗体は、軽鎖可変領域として、下記（L-D）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。
（H-D）下記（H-D1）、（H-D2）または（H-D3）のアミノ酸配列
（H-D1）配列番号１０４のアミノ酸配列
配列番号１０４：QVQLVQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTTYAMNWVRQAPGQGLEWMGWINTNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVNTAFLHIGSLKAEDTAVYYCARDQDSGYPTYYYYYMDVWGKGTTVTVSS
（H-D2）配列番号１０４のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H-D3）配列番号１０４のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L-D）下記（L-D1）、（L-D2）または（L-D3）のアミノ酸配列
（L-D1）配列番号１０５のアミノ酸配列
配列番号１０５：DIVMTQTPLSLSVTPGQPASISCKSSQSLLHSDGKTYLYWYLQKPGQSPQLLIYEVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQSIQPPLTFGGGTKVEIK
（L-D2）配列番号１０５のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L-D3）配列番号１０５のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
前記（H-D1）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-D1）、ＨＣＤＲ２の（H2-D1）、およびＨＣＤＲ３の（H3-D1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（H-D2）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-D1）、ＨＣＤＲ２の（H2-D1）、およびＨＣＤＲ３（H3-D1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０４のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（H-D3）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-D1）、ＨＣＤＲ２の（H2-D1）、およびＨＣＤＲ３（H3-D1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０４のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（L-D1）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-D1）、ＬＣＤＲ２の（L2-D1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-D1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（L-D2）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-D1）、ＬＣＤＲ２の（L2-D1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-D1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０５のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（L-D3）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-D1）、ＬＣＤＲ２の（L2-D1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-D1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０５のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（Ｄ）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、６８位、９４位、１２９位、１８５位、２１３位、２１４位、および２５８位のアミノ酸を認識する抗体である。
本発明の抗体は、例えば、前記重鎖可変領域が、前記（H-D1）であり、前記軽鎖可変領域が、前記（L-D1）であり、この組合せの抗体を、以下、「クローン２５８２」ともいう。前記クローン２５８２は、後述のように、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、６８位、９４位、１２９位、１８５位、２１３位、２１４位、および２５８位のアミノ酸を認識する抗体である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、前記「同一性」は、それぞれ、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、置換等に関する「１個または数個」は、それぞれ、例えば、１～３０個、１～２５個、１～２０個、１～１７個、１～１５個、１～１２個、１～１０個、１～９個、１～８個、１～７個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、１または２個、１個である。
前記（Ｅ）の抗体は、重鎖可変領域として、下記（H-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。また、前記（Ｅ）の抗体は、軽鎖可変領域として、下記（L-E）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。
（H-E）下記（H-E1）、（H-E2）または（H-E3）のアミノ酸配列
（H-E1）配列番号１０６のアミノ酸配列
配列番号１０６：QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVADISYDGSEKYYADSVKGRFTIYRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDFGGDNTAMVEYFFDFWGQGTLVTVSS
（H-E2）配列番号１０６のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H-E3）配列番号１０６のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L-E）下記（L-E1）、（L-E2）または（L-E3）のアミノ酸配列
（L-E1）配列番号１０７のアミノ酸配列
配列番号１０７：DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYNSYSPTFGQGTKVEIK
（L-E2）配列番号１０７のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L-E3）配列番号１０７のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
前記（H-E1）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-E1）、ＨＣＤＲ２の（H2-E1）、およびＨＣＤＲ３の（H3-E1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（H-E2）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-E1）、ＨＣＤＲ２の（H2-E1）、およびＨＣＤＲ３（H3-E1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０６のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（H-E3）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-E1）、ＨＣＤＲ２の（H2-E1）、およびＨＣＤＲ３（H3-E1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０６のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（L-E1）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-E1）、ＬＣＤＲ２の（L2-E1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-E1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（L-E2）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-E1）、ＬＣＤＲ２の（L2-E1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-E1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０７のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（L-E3）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-E1）、ＬＣＤＲ２の（L2-E1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-E1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０７のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（Ｅ）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸を認識する抗体である。
本発明の抗体は、例えば、前記重鎖可変領域が、前記（H-E1）であり、前記軽鎖可変領域が、前記（L-E1）であり、この組合せの抗体を、以下、「クローン２３６９」ともいう。前記クローン２３６９は、後述のように、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸を認識する抗体である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、前記「同一性」は、それぞれ、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、置換等に関する「１個または数個」は、それぞれ、例えば、１～３０個、１～２５個、１～２０個、１～１７個、１～１５個、１～１２個、１～１０個、１～９個、１～８個、１～７個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、１または２個、１個である。
前記（Ｆ）の抗体は、重鎖可変領域として、下記（H-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。また、前記（Ｆ）の抗体は、軽鎖可変領域として、下記（L-F）のアミノ酸配列を含む、またはからなるポリペプチドを含む。
（H-F）下記（H-F1）、（H-F2）または（H-F3）のアミノ酸配列
（H-F1）配列番号１０８のアミノ酸配列
配列番号１０８：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYDMHWVRQATGKGLEWVSAIGTAGDTYYPGSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARADPYQLLGQHYYYGMDVWGQGTTVTVSS
（H-F2）配列番号１０８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（H-F3）配列番号１０８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
（L-F）下記（L-F1）、（L-F2）または（L-F3）のアミノ酸配列
（L-F1）配列番号１０９のアミノ酸配列
配列番号１０９：EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPLITFGQGTRLEIK
（L-F2）配列番号１０９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列
（L-F3）配列番号１０９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列
前記（H-F1）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-F1）、ＨＣＤＲ２の（H2-F1）、およびＨＣＤＲ３の（H3-F1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（H-F2）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-F1）、ＨＣＤＲ２の（H2-F1）、およびＨＣＤＲ３（H3-F1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０８のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（H-F3）のアミノ酸配列は、例えば、ＨＣＤＲ１の（H1-F1）、ＨＣＤＲ２の（H2-F1）、およびＨＣＤＲ３（H3-F1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０８のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（L-F1）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-F1）、ＬＣＤＲ２の（L2-F1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-F1）のアミノ酸配列を含む配列である。前記（L-F2）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-F1）、ＬＣＤＲ２の（L2-F1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-F1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０９のアミノ酸配列に対して、７０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であってもよい。前記（L-F3）のアミノ酸配列は、例えば、ＬＣＤＲ１の（L1-F1）、ＬＣＤＲ２の（L2-F1）、およびＬＣＤＲ３の（L3-F1）のアミノ酸配列を含み、且つ、配列番号１０９のアミノ酸配列において、１個または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入および／または付加されたアミノ酸配列であってもよい。
前記（Ｆ）の抗体は、例えば、前記Ｓｓタンパク質を認識する抗体であり、好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸を認識する抗体であり、より好ましくは、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、１２９位、２１２位、２１３位、２１４位、２１５位、２１６位、２１７位、および２３７位のアミノ酸を認識する抗体である。
本発明の抗体は、例えば、前記重鎖可変領域が、前記（H-F1）であり、前記軽鎖可変領域が、前記（L-F1）であり、この組合せの抗体を、以下、「クローン２６６０」ともいう。前記クローン２６６０は、後述のように、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列において、３０位、３２位、６４位、６６位、１２９位、２１２位、２１３位、２１４位、２１５位、２１６位、２１７位、および２３７位のアミノ酸を認識する抗体である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、前記「同一性」は、それぞれ、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上である。
前記重鎖可変領域のポリペプチドおよび前記軽鎖可変領域のポリペプチドにおいて、置換等に関する「１個または数個」は、それぞれ、例えば、１～３０個、１～２５個、１～２０個、１～１７個、１～１５個、１～１２個、１～１０個、１～９個、１～８個、１～７個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、１または２個、１個である。
前記（１）～（６）および（Ａ）～（Ｆ）の抗体は、例えば、ヒトから単離された抗体に由来するアミノ酸配列である。
前記（１）～（６）および（Ａ）～（Ｆ）の抗体は、例えば、各抗体をコードする遺伝子を発現ベクターにクローニング後、後述の本発明の製造方法における発現ベクターと同様に宿主細胞に導入し、得られた形質転換体を培養することにより、培養上清から目的の抗体を取得できる。
前記基準抗体は、例えば、前記Ｓｗタンパク質を免疫原として、哺乳類動物に免疫し、モノクローナル抗体を単離することにより調製してもよい。この場合、前記基準抗体の調製では、前記免疫原を投与された哺乳類動物から、抗体産生細胞を単離し、前記Ｓｗタンパク質に対するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを調製する。そして、前記基準抗体は、前記ハイブリドーマから得られた抗体について、前記Ｓｗタンパク質における前記所定の位置のアミノ酸を認識する抗体を同定することにより調製できる。前記モノクローナル抗体の調製は、例えば、周知の方法を用いて実施でき、下記参考文献５を参照できる。また、前記ハイブリドーマの調製は、例えば、下記参考文献６を参照できる。前記所定の位置のアミノ酸を認識する抗体は、例えば、後述の本発明の第１～第４の検出方法を用いて検出できる。
参考文献５：Ed Harlow et.al., “Antibodies :A Laboratory Manual”, Cold Spring Harbor Laboratory(1988)
参考文献６：G. KOHLER, et.al., “Continuous cultures of fused cells secreting antibody of predefined specificity”, Nature, 1975, volume 256, pages495-497
前記基準抗体のモノクローナル抗体は、例えば、ファージディスプレイ法により取得してもよい。この場合、ファージディスプレイ法では、まず、ファージ抗体ライブラリについて、前記Ｓｗタンパク質および変異タンパク質を用いて、後述の本発明の第１～第４の検出方法と同様にしてスクリーニングを行い、前記Ｓｗタンパク質の所定の位置のアミノ酸に対して結合性を有するファージを選抜する。つぎに、ファージディスプレイ法では、選抜されたファージが含む抗体対応配列について、単離または配列決定し、単離された配列または決定された配列情報に基づき、抗体または抗原結合ドメインをコードする核酸分子を含む発現ベクターを構築する。そして、前記得られた発現ベクターを、後述の本発明の製造方法における発現ベクターと同様に宿主細胞に導入し、得られた形質転換体を培養することにより、培養上清から目的の抗体を取得できる。
本発明において、前記基準抗体は、ヒト抗体でもよいし、キメラ抗体でもよいし、ヒト化抗体でもよい。前記キメラ抗体は、例えば、可変領域が、ヒトのイムノグロブリン由来の可変領域であり、定常領域が非ヒト動物（マウス、ラット、ハムスター、ニワトリ等）由来の定常領域である抗体があげられる。この場合、前記キメラ抗体は、例えば、前記（１）～（６）の抗体をコードする遺伝子から可変領域を切り出し、前記非ヒト動物由来の定常領域と結合して作製することができる。前記非ヒト動物イムノグロブリン由来の定常領域は、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４等のＩｇＧ；ＩｇＭ；ＩｇＡ１、ＩｇＡ２等のＩｇＡ；ＩｇＤ；ＩｇＥ；等のいずれのアイソタイプでもよいが、好ましくは、マウスＩｇＧの定常領域である。
前記キメラ抗体は、例えば、可変領域が、非ヒト動物（マウス、ラット、ハムスター、ニワトリ等）のイムノグロブリン由来の可変領域であり、定常領域がヒトイムノグロブリン由来の定常領域であるキメラ抗体であってもよい。この場合、前記キメラ抗体は、例えば、以下のよう調製できる。具体的には、前記Ｓｗタンパク質をマウス等の非ヒト動物に免疫し、そのマウスモノクローナル抗体の遺伝子から抗原と結合する可変領域を切り出し、ヒト由来の定常領域と結合して作製することができる。前記ヒトイムノグロブリン由来の定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４等のＩｇＧ；ＩｇＭ；ＩｇＡ１、ＩｇＡ２等のＩｇＡ；ＩｇＤ；ＩｇＥ；等のいずれのアイソタイプでもよいが、好ましくは、ヒトＩｇＧの定常領域である。
前記ヒト化抗体は、例えば、特表平０４－５０６４５８号公報、特開昭６２－２９６８９０号公報等を参照して、重鎖可変領域および軽鎖可変領域のＣＤＲを単離し、ヒト由来イムノグロブリン遺伝子に移植する、遺伝子工学的手法により作製することができる。
前記ヒト抗体、キメラ抗体、およびヒト化抗体は、例えば、発現ベクターにクローニング後、後述の本発明の製造方法における発現ベクターと同様に宿主細胞に導入し、得られた形質転換体を培養することにより、培養上清から目的の抗体を取得できる。
本発明の変異タンパク質によれば、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。前記ＡＣＥ２は、ＳＡＲＳ２がＳタンパク質を介して、対象への感染を確立するのに重要であるため、前記ＡＣＥ２結合増強抗体は、いわゆる感染増強抗体として、ＡＤＥに寄与していると考えられる。このため、本発明の変異タンパク質によれば、ワクチンの有効成分として用いた際に、ワクチン摂取者におけるＡＤＥが発生する可能性を低減できると推定される。したがって、本発明の変異タンパク質は、後述の医薬組成物の有効成分として好適に使用できる。
＜変異ポリペプチド＞
本発明は、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる変異ポリペプチドを提供する。本発明の変異ポリペプチドは、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の部分配列を有する部分ポリペプチドを含み、前記部分ポリペプチドは、前記変異体における、少なくとも１つの変異アミノ酸を含む。本発明の変異ポリペプチドは、前記本発明の変異タンパク質の部分配列を有する部分ポリペプチドを含み、かつ前記変異アミノ酸を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は特に制限されない。本発明の変異ポリペプチドは、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。本発明の変異ポリペプチドは、前記本発明の変異タンパク質の説明を援用できる。
前記変異ポリペプチドは、前記変異タンパク質の部分配列、すなわち、前記変異タンパク質の一部のアミノ酸配列を含み、かつ前記変異タンパク質における変異アミノ酸、すなわち、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸のうち、変異が導入された少なくとも１つまたは複数のアミノ酸残基を含めばよい。前記変異タンパク質が、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および／または２１７位に代えて、または加えて、６８位、９４位、９７位、１２９位、１８５位、および／または２１５位に変異を有する場合、前記変異ポリペプチドは、例えば、これらのうち、変異が導入された少なくとも１つまたは複数のアミノ酸残基を含めばよい。
前記変異ポリペプチドは、例えば、前記Ｓタンパク質に対する中和抗体を誘導しうり、かつＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうることから、前記Ｓタンパク質の部分配列として、前記Ｓタンパク質のドメインを含むことが好ましい。前記ドメインは、例えば、前記Ｓｓタンパク質におけるＮＴＤ領域、ＲＢＤ領域、およびＳ２領域があげられる。前記変異ポリペプチドは、例えば、効果的に前記中和抗体を誘導しうり、かつＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうることから、前記ＮＴＤ領域および前記ＲＢＤ領域を含むことが好ましい。
本発明の変異ポリペプチドによれば、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。このため、本発明の変異ポリペプチドは、後述の医薬組成物の成分として好適に使用できる。
＜核酸＞
本発明は、前記本発明の変異タンパク質および／または前記本発明の変異ポリペプチドをコードする核酸を提供する。本発明の核酸は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体をコードする核酸分子および／または前記本発明の変異ポリペプチドをコードする核酸分子を含む。本発明の核酸は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体をコードする核酸分子および／または前記本発明の変異ポリペプチドをコードする核酸分子を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の核酸は、前記変異タンパク質および／または変異ポリペプチドをコードする核酸分子を含むため、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。本発明の核酸は、前記本発明の変異タンパク質および変異ポリペプチドの説明を援用できる。
本発明の核酸は、ＳＡＲＳ２のゲノムＲＮＡにおけるＳタンパク質以外の領域を含んでもよく、全ゲノムＲＮＡを含んでもよい。前記全ゲノムＲＮＡは、例えば、GenbankにAccession No.: NC_045512.2で登録されている塩基配列が参照できる。
本発明において、前記核酸は、デオキシヌクレオチド残基から構成されてもよいし、リボヌクレオチド残基から構成されてもよいし、両者から構成されてもよい。また、前記核酸は、天然の核酸残基から構成されてもよいし、非天然の核酸残基から構成されてもよいし、両者から構成されてもよい。具体例として、前記核酸は、例えば、天然および／または非天然の核酸残基から構成されるＤＮＡ、ＲＮＡ、および／またはＤＮＡ／ＲＮＡを含む。前記非天然の核酸残基は、例えば、ヌクレオチド残基において、塩基、糖残基、もしくは糖リン酸骨格が修飾された修飾ヌクレオチド残基または修飾リボヌクレオチド残基があげられる。前記糖残基が修飾されている場合、前記非天然の核酸残基は、例えば、cEt(constrained ethyl bicyclic nucleic acid、Ionis Pharmaceuticals社製）、ＬＮＡ（（商標）、Locked Nucleic Acid）、ＥＮＡ（登録商標、2’-O,4'-C-Ethylenebridged Nucleic Acid）等があげられる。前記核酸は、例えば、５’末端に５’キャップを有してもよい。
本発明において、前記核酸は、一本鎖の核酸分子でもよいし、二本鎖の核酸分子でもよい。
本発明の核酸において、前記本発明の変異タンパク質をコードする核酸分子および／または前記変異ポリペプチドをコードする核酸分子は、例えば、前記変異タンパク質のアミノ酸配列および変異ポリペプチドのアミノ酸配列に基づき、対応するコドンに置き換えることで設計可能である。前記核酸分子における塩基配列は、コドン最適化してもよい。
本発明の核酸は、例えば、遺伝子工学的手法または有機合成的手法によって合成できる。この場合、本発明の核酸は、合成ＤＮＡ、合成ＲＮＡ、または合成ＤＮＡ／ＲＮＡということもできる。
本発明の核酸は、前記変異タンパク質および／または変異ポリペプチドをコードする核酸分子を含むため、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。このため、本発明の核酸は、後述の医薬組成物の成分として好適に使用できる。
＜発現ベクター＞
本発明は、前記本発明の変異タンパク質および／または前記本発明の変異ポリペプチドをコードする発現ベクターを提供する。本発明の発現ベクターは、本発明の核酸を含む。本発明の発現ベクターは、前記本発明の変異タンパク質、変異ポリペプチド、および核酸の説明を援用できる。本発明の発現ベクターは、前記本発明の変異タンパク質および変異ポリペプチドの遺伝子工学的手法による合成（製造）に有用である。
前記発現ベクターは、例えば、組替えＤＮＡということもできる。
本発明の発現ベクターは、前記変異タンパク質および／または前記本発明の変異ポリペプチドを含む発現ベクターでもあり。このため、前記本発明の変異タンパク質および／または前記本発明の変異ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、例えば、発現ベクターに挿入されている。以下、前記発現ベクターに、前記変異タンパク質をコードするポリヌクレオチド（変異タンパク質のポリヌクレオチド）が挿入されている例をあげて説明するが、前記変異ポリペプチドの説明についても同様であり、前記変異ポリペプチドの説明は、「変異タンパク質」を「変異ポリペプチド」に読み替えて援用できる。
前記変異タンパク質の発現ベクターは、例えば、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドが発現可能なように、変異タンパク質のポリヌクレオチドを含んでいればよく、その構成は、特に制限されない。
前記変異タンパク質の発現ベクターは、例えば、骨格となるベクター（以下、「基本ベクター」ともいう）に、変異タンパク質のポリヌクレオチドを挿入することで作製できる。前記ベクターの種類は、特に制限されず、例えば、宿主細胞（宿主）の種類に応じて、適宜決定できる。
前記宿主は、例えば、微生物、動物細胞、植物細胞、昆虫細胞、または、これらの培養細胞等の非ヒト宿主、単離したヒト細胞またはその培養細胞、鳥類細胞、哺乳類細胞等があげられる。前記原核生物は、例えば、大腸菌（Escherichia coli）等のエッシェリヒア属、シュードモナス・プチダ（Pseudomonas putida）等のシュードモナス属、マイコバクテリア等の細菌があげられる。前記真核生物は、例えば、サッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）等の酵母等があげられる。前記動物細胞は、例えば、ＣＯＳ細胞、ベビーハムスター腎臓細胞、マウスＬ細胞、ＬＮＣａＰ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ヒト胎児腎臓（ＨＥＫ）細胞、およびアフリカミドリザル細胞、ＣＶ１細胞、ＨｅＬａ細胞、ＭＤＣＫ細胞、Ｖｅｒｏ細胞、Ｈｅｐ－２細胞等があげられ、前記昆虫細胞は、例えば、スポドプテラ・フルギペルダ（Spodoptera frugiperda）（Ｓｆ）細胞（例えば、Ｓｆ９、Ｓｆ２１）、トリコプルシア・ニ（Trichoplusia ni）細胞（例えばHigh Five細胞）、ショウジョウバエ属（Drosophila）のＳ２細胞があげられる。
前記ベクター（基本ベクター）は、非ウイルスベクターおよびウイルスベクターがあげられる。前記ウイルスベクターは、例えば、バキュロウイルス；ワクシニアウイルス、アビポックスウイルス、カナリア痘ウイルス、鷄痘ウイルス、アライグマポックスウイルス、豚痘ウイルス等のポックスウイルス；イヌアデノウイルス等のアデノウイルス；アデノ随伴ウイルス；ヘルペスウイルス；レトロウイルス；等のウイルスベクターがあげられる。前記導入方法としてヒートショック法により宿主の形質転換を行う場合、前記ベクターは、例えば、バイナリーベクター等があげられる。前記ベクターは、例えば、pQE70、pQE60、pQE-9、pBluescript、Phagescriptベクター、pNH8A、pNH16a、pNH18A、pNH46A、ptrc99a、pKK223-3、pKK233-3、pDR540、pRIT5、pETDuet-1、pQE-80L、pUCP26Km等があげられる。大腸菌等の細菌に形質転換を行う場合、前記ベクターは、pETDuet-1ベクター（ノバジェン社）、例えば、pQE-80L（QIAGEN社）、pBR322、pB325、pAT153、pUC8等があげられる。前記酵母に形質転換を行なう場合、前記ベクターは、例えば、pFastBac1、pWINEO、pSV2CAT、pOG44、pXT1、pSG、pSVK3、pBPV、pMSG、pSVL、pYepSec1、pMFa、pYES2等があげられる。前記昆虫細胞に形質転換を行なう場合、前記ベクターは、例えば、pAc、pVL等があげられる。前記哺乳類細胞に形質転換を行なう場合、前記ベクターは、例えば、pCDM8、pMT2PC等があげられる。
前記変異タンパク質の発現ベクターは、例えば、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドの発現および前記変異タンパク質のポリヌクレオチドがコードする前記本発明の変異タンパク質の発現を調節する、調節配列を有することが好ましい。前記調節配列は、例えば、プロモーター、ターミネーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル配列、複製起点配列（ｏｒｉ）等があげられる。前記変異タンパク質の発現ベクターにおいて、前記調節配列の配置は特に制限されない。前記変異タンパク質の発現ベクターにおいて、前記調節配列は、例えば、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドの発現およびこれがコードする前記変異タンパク質の発現を、機能的に調節できるように配置されていればよく、公知の方法に基づいて配置できる。前記調節配列は、例えば、前記基本ベクターが予め備える配列を利用してもよいし、前記基本ベクターに、さらに、前記調節配列を挿入してもよいし、前記基本ベクターが備える調節配列を、他の調節配列に置き換えてもよい。
前記変異タンパク質の発現ベクターは、例えば、さらに、選択マーカーのコード配列を有してもよい。前記選択マーカーは、例えば、薬剤耐性マーカー、蛍光タンパク質マーカー、酵素マーカー、細胞表面レセプターマーカー等があげられる。
前記ベクターへの、ＤＮＡの挿入、前記調節配列の挿入、および／または前記選択マーカーのコード配列の挿入は、例えば、制限酵素およびリガーゼを用いた方法で実施してもよいし、市販のキット等を用いてもよい。
＜形質転換体＞
本発明は、前記本発明の核酸を含む、形質転換体を提供する。本発明の形質転換体は、本発明の核酸を含む。本発明の形質転換体は、前記本発明の変異タンパク質、変異ポリペプチド、および核酸の説明を援用できる。本発明の形質転換体は、前記変異タンパク質および／または変異ポリペプチドの合成（製造）に有用である。
本発明の形質転換体では、本発明の核酸が外来性の分子として存在する。このため、本発明の形質転換体は、例えば、前記宿主に、前記本発明の核酸を導入することにより製造できる。
前記核酸の導入方法は、特に制限されず、公知の方法により行うことができる。前記は、例えば、前記発現ベクターにより導入されてもよい。前記導入方法は、例えば、前記宿主の種類に応じて、適宜設定できる。前記導入方法は、例えば、パーティクルガン等の遺伝子銃による導入法、リン酸カルシウム法、ポリエチレングリコール法、リポソームを用いるリポフェクション法、エレクトロポレーション法、超音波核酸導入法、ＤＥＡＥ－デキストラン法、微小ガラス管等を用いた直接注入法、ハイドロダイナミック法、カチオニックリポソーム法、導入補助剤を用いる方法、アグロバクテリウムを介する方法等があげられる。前記リポソームは、例えば、リポフェクタミンおよびカチオニックリポソーム等があげられ、前記導入補助剤は、例えば、アテロコラーゲン、ナノ粒子およびポリマー等があげられる。前記宿主が、微生物の場合、例えば、中でも、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＰｓ．ｐｕｔｉｄａ等を介する方法が好ましい。前記本発明の変異タンパク質および／または変異ポリペプチドのポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明の変異タンパク質および／または変異ポリペプチドの発現ベクターにより前記宿主に導入してもよい。
＜製造方法＞
本発明は、前記本発明の変異タンパク質および／または変異ポリペプチドの製造方法を提供する。本発明の変異タンパク質および／または変異ポリペプチドの製造方法は、特に制限されず、例えば、遺伝子工学的手法による製造があげられる。この場合、本発明の製造補法は、前記変異タンパク質および／または前記変異ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを発現させる発現工程を含む。本発明の製造方法は、前記本発明の変異タンパク質、変異ポリペプチド、核酸、発現ベクター、および形質転換体の説明を援用できる。
以下、本発明の製造方法において、前記変異タンパク質を発現させる例をあげて説明するが、前記変異ポリペプチドの説明についても同様であり、前記変異ポリペプチドの説明は、「変異タンパク質」を「変異ポリペプチド」に読み替えて援用できる。
前記変異タンパク質のポリヌクレオチドの発現は、例えば、前記本発明の発現ベクターを使用して行ってもよい。前記変異タンパク質のポリヌクレオチドを発現させる方法は、特に制限されず、公知の方法が採用でき、例えば、宿主を使用してもよいし、無細胞タンパク質合成系を使用してもよい。
前者の場合、例えば、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドまたはそれを含む発現ベクターが導入された前記宿主を使用し、前記宿主の培養により、前記宿主において前記変異タンパク質のポリヌクレオチドを発現させることが好ましい。このように、例えば、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドまたはそれを含む発現ベクターを宿主に導入することで、本発明の変異タンパク質を合成する形質転換体を製造でき、また、前記形質転換体の培養により、変異タンパク質を合成できる。
前記宿主の培養の方法は、特に制限されず、前記宿主の種類に応じて適宜設定できる。培養に使用する培地は、特に制限されず、前記宿主の種類に応じて適宜決定できる。
後者の場合、無細胞タンパク質合成系において、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドを発現させることが好ましい。この場合、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドの発現には、発現ベクターを使用してもよい。前記無細胞タンパク質合成系は、例えば、細胞抽出液と、各種成分を含むバッファーと、前記変異タンパク質のポリヌクレオチドが導入された発現ベクターとを用いて、公知の方法により行うことができ、例えば、市販の試薬キットが使用できる。
本発明の第２の製造方法は、例えば、前記変異タンパク質を回収する回収工程を含んでもよい。前記回収工程は、例えば、公知のタンパク質等の精製方法を使用できる。前記精製方法は、特に制限されず、例えば、塩析；塩化セシウム、スクロース、イオジキサノール等を用いた密度勾配遠心分離；イオン交換カラム、ゲル濾過カラム等の各種カラムクロマトグラフィー等があげられる。前記各種精製工程において使用する溶媒は、特に制限されず、例えば、水、緩衝液等が使用できる。前記溶媒のｐＨは、例えば、６～８である。
本発明の製造方法により得られた変異タンパク質は、例えば、そのまま粗精製タンパク質（非精製タンパク質）として使用してもよいし、部分的に精製した部分精製タンパク質として使用してもよいし、単一に精製した精製タンパク質として使用してもよい。
また、本発明の製造方法は、得られた変異タンパク質を、例えば、凍結乾燥や真空乾燥或いはスプレードライなどにより粉末化してもよい。この場合、本発明の製造方法は、例えば、変異タンパク質を予め酢酸緩衝液、リン酸緩衝液、トリエタノールアミン緩衝液、トリス塩酸緩衝液、GOODバッファー（例えば、PIPES、MES、MOPS等）等の緩衝液に溶解させておいてもよい。
＜変異ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２＞
本発明は、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる変異ウイルスを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異ウイルスは、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体を含む。本発明の変異ウイルスは、前記変異タンパク質を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の変異ウイルスは、前記Ｓタンパク質として、変異タンパク質を含むため、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。
本発明において、前記変異ウイルスは、弱毒化ウイルスでもよいし、不活化ウイルスでもよい。前記弱毒化は、例えば、前記変異ウイルスを、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏで継代培養を繰り返すことにより実施できる。前記不活化は、例えば、紫外線、放射線等を前ウイルスに照射することにより実施できる。
前記変異ウイルスは、野生型のＳＡＲＳ２ウイルスにおけるＳタンパク質をコードする塩基配列を、前記変異タンパク質をコードする塩基配列に変更（置換）し、得られたＳＡＲＳ２ウイルスをコードするポリヌクレオチドを、宿主細胞で発現させることにより調製できる。前記変異の導入方法および宿主細胞を用いた調製方法は、例えば、下記参考文献７を参照できる。具体的には、ＳＡＲＳ２のゲノムＲＮＡからゲノムの全長を含むｃＤＮＡを合成し、発現ベクターにクローニングする。つぎに、前記ベクターにおいて、野生型のＳＡＲＳ２ウイルスにおけるＳタンパク質をコードする塩基配列に変異を導入し、前記変異タンパク質をコードする塩基配列を含む発現ベクターを調製する。そして、前記発現ベクターからゲノムの全長ＲＮＡを転写し、得られたＲＮＡを宿主細胞に導入することにより調製できる。前記宿主細胞としては、例えば、後述の宿主細胞を使用でき、好ましくは、Vero E6細胞等のVero細胞である。
参考文献７：Yixuan J. Hou et.al., “SARS-CoV-2 D614G variant exhibits efficient replication ex vivo and transmission in vivo”, Science, 2020, eabe8499
本発明の変異ウイルスは、前記変異タンパク質を含むため、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。このため、本発明の変異ウイルスは、後述の医薬組成物の成分として好適に使用できる。
＜ＶＬＰ＞
本発明は、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうるウイルス様粒子を提供する。本発明のウイルス様粒子は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体および／または前記本発明の変異ポリペプチドを含む。本発明のＶＬＰは、前記変異タンパク質および／または変異ポリペプチドを含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明のＶＬＰは、前記Ｓタンパク質またはその部分ポリペプチドとして、前記変異タンパク質および／または変異ポリペプチドを含むため、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。
本発明において、前記ＶＬＰは、例えば、ＶＬＰの形成が可能な発現系または宿主細胞を用いて製造できる。前記ＶＬＰは、例えば、前記Ｓタンパク質を、ＶＬＰの調製に用いるウイルス粒子の構成要素とあわせて宿主細胞に発現させることにより、製造できる。前記ＶＬＰの製造方法としては、例えば、下記参考文献８を参照できる。
参考文献８：L. Huhti et.al., “A comparison of methods for purification and concentration of norovirus GII-4 capsid virus-like particles”, Arch. Virol., 2010, vol. 155, No. 11, pages 1855-1858
本発明のＶＬＰは、前記変異タンパク質および／または変異ポリペプチドを含むため、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。このため、本発明のＶＬＰは、後述の医薬組成物の成分として好適に使用できる。
＜医薬組成物＞
本発明は、ワクチンとして使用しうる、医薬組成物を提供する。本発明の医薬組成物は、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体、変異ポリペプチド、変異ウイルス、ウイルス様粒子、核酸、および／または発現ベクターと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物である。本発明の医薬組成物は、有効成分として、Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体、変異ポリペプチド、変異ウイルス、ウイルス様粒子、核酸、および／または発現ベクター（以下、あわせて「有効成分」ともいう）を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の医薬組成物は、有効成分として、前記変異タンパク質もしくはその部分配列を含むポリペプチド、またはこれらをコードする核酸を含むため、ワクチンの有効成分として用いた際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。
本発明の医薬組成物は、例えば、投与対象に投与することにより、Ｓｐｉｋｅタンパク質またはその部分配列を有するポリペプチドに対する抗体を誘導できる。このため、本発明の医薬組成物は、ワクチン、ワクチン組成物、またはワクチン製剤ということもできる。
本発明の医薬組成物は、薬学的に許容される担体を含む。前記担体は、前記有効成分を投与するための懸濁剤、溶解補助剤、安定化剤、等張化剤、保存剤、吸着防止剤、界面活性剤、希釈剤、媒体、ｐＨ調整剤、無痛化剤、緩衝剤、含硫還元剤、酸化防止剤等があげられ、本発明の効果を妨げない範囲で適切に添加することができる。
前記懸濁剤は、特に制限されず、例えば、メチルセルロース、ポリソルベート８０、ヒドロキシエチルセルロース、アラビアゴム、トラガント末、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート等があげられる。
前記溶液補助剤は、特に制限されず、例えば、ポリオキシエチレン硬化ヒマシ油、ポリソルベート８０、ニコチン酸アミド、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート、マクロゴール、ヒマシ油脂肪酸エチルエステル等があげられる。
前記安定化剤は、特に制限されず、例えば、デキストラン４０、メチルセルロース、ゼラチン、亜硫酸ナトリウム、メタ硫酸ナトリウム等があげられる。
前記等張化剤は、特に制限されず、例えば、Ｄ－マンニトール、ソルビトール等があげられる。
前記保存剤は、特に制限されず、例えば、パラオキシ安息香酸メチル、パラオキシ安息香酸エチル、ソルビン酸、フェノール、クレゾール、クロロクレゾール等があげられる。
前記吸着防止剤は、特に制限されず、例えば、ヒト血清アルブミン、レシチン、デキストラン、エチレンオキシドプロピレンオキシド共重合体、ヒドロキシプロピルセルロース、メチルセルロース、硬化ヒマシ油、ポリエチレングリコール等があげられる。
前記含硫還元剤は、特に制限されず、例えば、Ｎ－アセチルシステイン、Ｎ－アセチルホモシステイン、チオキト酸、チオジグリコール、チオエタノールアミン、チオグリセロール、チオソルビトール、チオグリコール酸およびその塩、チオ硫酸ナトリウム、グルタチオン、炭素原子数１～７のチオアルカン酸等のスルホヒドリル基を有するもの等があげられる。
前記酸化防止剤は、特に制限されず、例えば、エリソルビン酸、ジブチルヒドロキシトルエン、ブチルヒドロキシアニソール、α－トコフェロール、酢酸トコフェロール、Ｌ－アスコルビン酸およびその塩、Ｌ－アスコルビン酸パルミテート、Ｌ－アスコルビン酸ステアレート、亜硫酸水素ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、没食子酸トリアミル、没食子酸プロピルまたはエチレンジアミン４酢酸ナトリウム（ＥＤＴＡ）、ピロリン酸ナトリウム、メタリン酸ナトリウム等のキレート剤等があげられる。
本発明の医薬組成物は、さらに、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、リン酸ナトリウム、リン酸カリウム、炭酸水素ナトリウム等の無機塩；クエン酸ナトリウム、クエン酸カリウム、酢酸ナトリウム等の有機塩；グルコース等の糖類；等の一般的に添加される成分を適宜添加していてもよい。
本発明の医薬組成物は、さらに、免疫賦活剤を含んでもよい。前記免疫賦活剤は、例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、塩化アルミニウム、完全フロイントアジュバント、不完全フロイントアジュバント、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、Poly I:C、リポポリ多糖（LPS）等のToll様受容体刺激剤、サイトカイン、リンホカイン、ケモカイン等があげられる。前記サイトカインおよびリンホカインは、例えば、インターフェロン（ＩＦＮ－γ）等のインターフェロン：ＴＮＦ－α等の炎症性サイトカイン；ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３等のインターロイキン；顆粒球マクロファージ（ＧＭ）コロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）等の成長因子；Ｆｌｔ３リガンド；Ｂ７－１；Ｂ７－２；等があげられる。
本発明の医薬組成物は、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏで用いてもよいし、ｉｎ ｖｉｖｏで用いてもよい。本発明の医薬組成物は、例えば、研究用試薬として使用することもでき、医薬品として使用することもできる。前者の場合、本発明の医薬組成物は、試験試薬または試験キットということもできる。
本発明の医薬組成物の投与対象は、特に制限されない。本発明の医薬組成物をｉｎ ｖｉｖｏで使用する場合、前記投与対象は、例えば、前述の例示を援用できる。前記本発明の医薬組成物をｉｎ ｖｉｔｒｏで使用する場合、前記投与対象は、例えば、細胞、組織、器官等があげられ、前記細胞は、例えば、生体から採取した細胞、培養細胞等があげられ、前記組織または器官は、例えば、生体から採取した組織（生体組織）または器官等があげられる。前記細胞は、例えば、iPS細胞（induced pluripotent stem cells）、幹細胞等があげられる。
本発明の医薬組成物をｉｎ ｖｉｖｏで使用する場合、前記投与対象は、ＳＡＲＳ２に感染していない健常者でもよいし、ＳＡＲＳ２に感染している可能性がある者でもよいし、ＳＡＲＳ２の感染者でもよい。
本発明の医薬組成物の使用条件（投与条件）は、特に制限されず、例えば、前記医薬組成物における有効成分の種類（タンパク質、ペプチド、ＶＬＰ、ウイルス、核酸等）、投与対象の種類等に応じて、投与形態、投与時期、投与量等を適宜設定できる。
本発明の医薬組成物の投与方法は、例えば、脳内投与、髄腔内投与、筋肉内投与、皮下投与、静脈内投与等が例示されるが、例えば、投与者の技術によらず、安全におよび安定的に投与できることから、筋肉内投与または皮下投与が好ましい。
本発明の医薬組成物の投与量は、対象に投与した場合に、投与していない対象と比較してＳＡＲＳ２に対する抗体を誘導ができる量、すなわち、有効用量である。前記投与量は、例えば、投与対象の年齢、体重、症状等によって適宜決定することができる。具体例として、前記医薬組成物の投与量としては、例えば、以下の例があげられる。
変異タンパク質：１μｇ～１０ｍｇ／１回
変異ペプチド：１μｇ～１００ｍｇ／１回
核酸（ｍＲＮＡ）：１μｇ～１０ｍｇ／１回
核酸（ＤＮＡ）：１μｇ～１０００ｍｇ／１回
変異ウイルス：１×１０６～１×１０１３viral particles／１回
ＶＬＰ：１μｇ～１０ｍｇ／１回
本発明の医薬組成物の投与回数は、１または複数回である。前記複数回は、例えば、２回、３回、４回、５回またはそれ以上である。前記投与回数は、対投与象の治療効果を確認しながら、適宜決定されてもよい。前記複数回投与する場合、投与間隔は、投与対象の治療効果を確認しながら、適宜決定でき、例えば、１日１回、１週１回、２週１回、１ヶ月１回、３ヶ月１回、６か月１回等があげられる。
本発明の医薬組成物は、投与対象におけるＳＡＲＳ２感染に起因する、少なくとも１つの症状を予防または軽減しうる。ＳＡＲＳ２感染の症状は、例えば、鼻漏、咽頭痛、頭痛、嗄声、咳、喀痰、発熱、ラ音、喘鳴音、呼吸困難、肺炎等があげられる。本発明の医薬組成物は、ＳＡＲＳ２感染に関連する少なくとも１つの症状の予防または軽減しうる。前記症状の軽減は、例えば、主観的または客観的に評価でき、具体例として、前記投与対象による自己評価；医師の評価；ＱＯＬ（Quality of Life）評価；ＳＡＲＳ２感染もしくはＳＡＲＳ２感染の症状の進行遅延、またはＳＡＲＳ２感染の症状の重症度の軽減の評価等があげられる。前記客観的な評価は、動物による評価でもよいし、ヒトによる評価でもよい。
＜処置方法＞
本発明は、対象に対して、ＳＡＲＳ２に対する防御免疫を付与し、かつＡＣＥ２結合増強抗体の誘導を抑制しうる方法を提供する。本発明の処置方法は、対象の処置方法であって、前記対象に、前記本発明のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体、変異ポリペプチド、変異ウイルス、ウイルス様粒子、核酸、発現ベクター、および／または医薬組成物を使用する。本発明の処置方法は、有効成分である、Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体、変異ポリペプチド、変異ウイルス、ウイルス様粒子、核酸、および／または発現ベクター（以下、あわせて「有効成分」ともいう）を使用することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の処置方法は、有効成分として、前記変異タンパク質もしくはその部分配列を含むポリペプチド、またはこれらをコードする核酸を含むため、対象に対して処置した際に、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。
本発明の処置方法は、例えば、ＳＡＲＳ２に対する防御免疫を付与しうることから、例えば、ＳＡＲＳ２に対するワクチン接種方法、防御免疫の誘導方法、免疫応答の刺激方法、または免疫応答の誘導方法ということもできる。また、本発明の処置方法は、例えば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質またはその部分ポリペプチドに対する抗体を誘導できることから、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質またはその部分ポリペプチドに対する抗体の誘導方法ということもできる。さらに、本発明の処置方法は、例えば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる抗体の誘導が低減された、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質またはその部分ポリペプチドに対する抗体を誘導できることから、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる抗体の誘導が低減された、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質またはその部分ポリペプチドに対する抗体の誘導方法ということもできる。
本発明において、前記有効成分および医薬組成物は、対象に投与され、前記対象における免疫応答を誘導することにより、ＳＡＲＳに対する防御免疫を前記対象に付与しうる。このため、本発明の処置方法は、例えば、前記対象に、前記有効成分および／または前記医薬組成物を投与する工程を含む。これにより、本発明の処置方法では、例えば、前記対象において、前記変異タンパク質および／またはその部分ポリペプチドに対する免疫応答が誘導され、前記変異タンパク質および／またはその部分ポリペプチドに対する抗体の産生等の体液性免疫応答、および／またはＳタンパク質を発現するＳＡＲＳ２に対するＴ細胞等による細胞性免疫応答が生じる。なお、前記変異タンパク質は、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の結合部位以外のアミノ酸には変異が導入されておらず、かつＳＡＲＳ２の中和抗体は、後述の実施例で示すようにＲＢＤ領域に対する抗体である。このため、本発明の処置方法では、例えば、前記中和抗体の誘導能は、Ｓｗタンパク質を有効成分として用いた場合と同様に誘導されると推定される。また、本発明の処置方法では、前記変異タンパク質および／またはその部分ポリペプチドを用いるため、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の結合部位に少なくとも１つの変異が導入されているため、前記ＡＣＥ２結合増強抗体のエピトープの一部または全部がない。このため、前記投与工程では、例えば、前記中和抗体が誘導される一方、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導が低減される。
本発明の処置方法において、前記投与工程は、１回または複数回実施する。前記投与工程における投与条件は、前記本発明の医薬組成物の説明を援用できる。
＜Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法＞
本発明は、前記変異タンパク質の製造方法を提供する。本発明の方法（以下、「変異体の製造方法」ともいう）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法であって、標的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｔタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する変異工程を含む。本発明の変異体の製造方法は、前記変異工程において、少なくとも所定の位置のアミノ酸に変異を導入することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明によれば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能が低減されたＳタンパク質の変異体を製造できる。
本発明の変異体の製造方法で得られる変異タンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能を低減できるため、感染増強抗体の誘導または感染増強抗体に起因するＡＤＥの発生が低減されうると考えられる。このため、本発明の変異体の製造方法は、感染増強抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法またはＡＤＥの誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法ということもできる。
前記変異工程では、前記所定の位置のアミノ酸に変異を導入する。前記変異工程では、例えば、前記Ｓｔタンパク質をコードする塩基配列（ポリヌクレオチド）に変異を導入することにより実施できる。
前記変異工程において、前記変異を導入するアミノ酸（変異対象アミノ酸）は、前記Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸とのうち１つでもよいし、複数（２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２個）でもよく、例えば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能をより抑制できることから、後者である。前記変異工程では、前記Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸における変異対象アミノ酸の数を増やすことにより、より効率よく前記ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能を抑制できると推定される。
前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸のうち１つに変異を導入する場合、前記変異対象アミノ酸の位置は、例えば、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、または２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、または２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、好ましくは、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、６４位、６６位、１８７位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または６４位、６６位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸のうち複数に変異を導入する場合、前記変異対象アミノ酸の位置は、例えば、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、好ましくは、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、さらに好ましくは、（ａ）６４位、６５位、および／または６６位、（ｂ）１８７位、２１３位、および／または２１４位、または（ｃ）６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、（ｄ）６４位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または（ｅ）６４位、６６位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、より好ましくは、（１）６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、（２）６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または（３）６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸は、例えば、前記Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および／または２１７位に代えて、または加えて、６８位、９４位、９７位、１２９位、１８５位、および／または２１５位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸としてもよい。
前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸の位置は、例えば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能をより低減しうることから、好ましくは、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、またはＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、より好ましくは、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。前記Ｓｔタンパク質における変異対象アミノ酸の位置は、例えば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能をさらに低減しうることから、さらに好ましくは、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸は、例えば、前記Ｓｓタンパク質におけるＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、および／またはＰ２１７に代えて、または加えて、Ｉ６８、Ｓ９４、Ｋ９７、Ｋ１２９、Ｎ１８５、および／またはＤ２１５のアミノ酸残基と対応するアミノ酸としてもよい。
前記変異導入工程において、導入されるアミノ酸変異の種類は、アミノ酸変異により、前記Ｓｔタンパク質における機能が修飾される範囲であればよく、前記アミノ酸変異により、変異後のＳｔタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導を抑制できる範囲であることが好ましい。このため、前記「変異」は、例えば、修飾ということもできる。前記変異の種類は、例えば、アミノ酸の欠失、置換、挿入および／または付加があげられる。前記変異タンパク質に導入される変異の種類は、１種類でもよいし、複数種類でもよい。
前記変異の種類は、例えば、変異アミノ酸を有する変異タンパク質の免疫原性を維持しやすく、前記変異タンパク質および前記Ｓｔタンパク質とで交差する中和抗体の産生誘導への影響が抑制されると想定されることから、置換が好ましい。前記変異が置換の場合、前記置換は、前述の保存的置換でないことが好ましく、特に、アミノ酸の側鎖の電荷が変化する置換が好ましい。このような置換を変異として導入することにより、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能をより低減しうる。具体例として、前記置換は、例えば、アラニンへの置換（アラニン置換）、糖鎖修飾モチーフ（ＮＸ［Ｓ／Ｔ］）への置換があげられる。
前記変異がアラニン置換である場合、前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸の変異は、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、またはＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸のアラニン置換であり、より好ましくは、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸のアラニン置換であり、さらに好ましくは、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸のアラニン置換である。
前記変異が糖鎖修飾モチーフへの置換である場合、前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸の変異は、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における６４位のアミノ酸のＮ（アスパラギン）の置換、および６６位のアミノ酸のＳ（セリン）またはＴ（スレオニン）への置換があげられる。
前記置換は、アラニン置換および糖鎖修飾モチーフへの置換を組合わせてもよい。、前記変異工程において、前記変異対象アミノ酸の変異は、例えば、前述のアラニン置換の例示において、前記Ｓｓタンパク質におけるＷ６４およびＨ６６を、Ｗ６４ＮおよびＨ６６ＳまたはＷ６４ＮおよびＨ６６Ｔに変更する以外は、同様の変異である。
前記変異工程では、例えば、部位特異的な変異導入方法により、前記所定の位置のアミノ酸にのみに変異を導入してもよいし、ランダムな変異導入方法により任意の位置のアミノ酸にのみ変異を導入してもよい。
前記変異工程は、前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列に変異を導入し、前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列に変異が導入された候補タンパク質のアミノ酸配列を生成する生成工程と、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、ＡＣＥ２への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体として選抜する選抜工程とを含むことが好ましい。
前記生成工程では、例えば、前記Ｓｔタンパク質をコードする塩基配列（ポリヌクレオチド）に変異を導入することにより実施できる。前記変異の導入方法は、部位特異的な変異導入方法でもよいし、ランダムな変異導入方法でもよい。前記生成工程において、導入される変異の数は、特に制限されず、任意の数とできるが、好ましくは、前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列に対して、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上の同一性を有するように変異を導入する。
前記選抜工程は、例えば、変異導入後のＳｔタンパク質（候補タンパク質）をコードするポリヌクレオチオの塩基配列を解読し、得られた塩基配列をアミノ酸配列に変換し、解析することにより実施できる。そして、前記選抜工程では、得られた変異導入後のＳｔタンパク質のアミノ酸配列と、前記Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列とを比較し、前記変異工程における変異対象アミノ酸に目的の変異が導入された変異体として選抜する。
前記選抜工程では、さらに、変異導入後のＳｔタンパク質について、前記基準抗体との結合性に基づき、選抜してもよい。この場合、前記選抜工程では、前記変異導入後のＳｔタンパク質から、前記基準抗体との結合を低減させる変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する。具体的には、前記選抜工程では、例えば、前記変異導入後のＳｔタンパク質と前記基準抗体との結合性が、前記変異導入前のＳｔタンパク質と前記基準抗体との結合性より、有意に低下している場合、変異導入後のＳｔタンパク質を選抜してもよい。前記変異導入後のＳｔタンパク質と前記基準抗体との結合性、および前記変異導入前のＳｔタンパク質と前記基準抗体との結合性は、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏで評価でき、具体例として、後述の実施例５と同様に評価できる。
＜Ｓｐｉｋｅタンパク質のスクリーニング方法＞
本発明は、前記変異タンパク質のスクリーニング方法を提供する。本発明の方法（以下、「スクリーニング方法」ともいう）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体のスクリーニング方法であって、候補ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｃタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する選抜工程を含む。本発明のスクリーニング方法は、前記選抜工程において、少なくとも所定の位置のアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を選抜することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明によれば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の誘導能が低減されたＳタンパク質の変異体をスクリーニングできる。
本発明のスクリーニング方法で得られる変異タンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能を低減できるため、感染増強抗体の誘導または感染増強抗体に起因するＡＤＥの発生が低減されうると考えられる。このため、本発明のスクリーニング方法は、感染増強抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体のスクリーニング方法またはＡＤＥの誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体のスクリーニング方法ということもできる。
前記選抜工程は、前記本発明の変異体の製造方法の選抜工程と同様にして実施できる。
＜マーカー＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる、マーカーを提供する。本発明のマーカーは、Ｆｃ受容体非依存的に、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のＡＣＥ２タンパク質への結合性を増強する抗体（ＡＣＥ２結合増強抗体）である。本発明のマーカーは、前記ＡＣＥ２結合増強抗体であることが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明のマーカーによれば、ＳＡＲＳ２への罹患の可能性等を試験できる。本発明のマーカーの具体例としては、例えば、後述の本発明の第１～第４のマーカーがあげられる。
＜第１のマーカー＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる、マーカーを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカーは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する抗体である。本発明の第１のマーカーは、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する抗体を、感染増強のマーカーとすることが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の第１のマーカーによれば、ＳＡＲＳ２への罹患の可能性等を試験できる。
本発明の第１のマーカーでは、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第１のマーカーは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強マーカーまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強マーカーということもできる。また、後述のように、前記感染増強抗体は、ＡＤＥを介したＳＡＲＳ２の重症化に関与していると推定される。このため、本発明の第１のマーカーは、例えば、ＡＤＥの予測マーカーまたは重症化マーカーということもできる。
本発明の第１のマーカーにおいて、前記抗体の由来は、特に制限されず、例えば、被検者の種類によって適宜設定できる。前記抗体の由来は、例えば、前述の投与対象の例示を援用できる。前記抗体は、例えば、ヒト由来であることが好ましい。
本発明の第１のマーカーにおいて、前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質でもよい。
前記抗体が認識するアミノ酸は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位の変異アミノ酸のうち、１つでもよいし、複数（２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２個）でもよい。
前記抗体が認識するアミノ酸が１つの場合、前記アミノ酸の位置は、例えば、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、または２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、または２１７位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、好ましくは、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、６４位、６６位、１８７位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または６４位、６６位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記抗体が認識するアミノ酸が複数の場合、前記アミノ酸の位置は、例えば、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、好ましくは、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または６４位、６６位、２１３位、および２１４位におけるいずれか２つ以上のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、さらに好ましくは、（ａ）６４位、６５位、および／または６６位、（ｂ）１８７位、２１３位、および／または２１４位、または（ｃ）６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、（ｄ）６４位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または（ｅ）６４位、６６位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、より好ましくは、（１）６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、（２）６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、または（３）６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記抗体が認識するアミノ酸は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および／または２１７位に代えて、または加えて、６８位、９４位、９７位、１２９位、１８５位、および／または２１５位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であってもよい。
前記抗体が認識するアミノ酸の位置は、例えば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体をより精度よく検出しうることから、好ましくは、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸、またはＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であり、より好ましくは、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸における１つまたは複数のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。前記抗体が認識するアミノ酸の位置は、例えば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体をさらに精度よく検出しうることから、さらに好ましくは、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸である。
前記抗体が認識するアミノ酸は、例えば、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質におけるＮ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、および／またはＰ２１７に代えて、または加えて、Ｉ６８、Ｓ９４、Ｋ９７、Ｋ１２９、Ｎ１８５、および／またはＤ２１５のアミノ酸残基と対応するアミノ酸であってもよい。
前記抗体は、例えば、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる抗体であることが好ましい。前記結合活性の増強は、例えば、前記Ｓｗタンパク質、前記ＡＣＥ２タンパク質、および前記抗体の共存下で、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合を検出することにより、測定してもよいし、前記抗体に、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置を認識する抗体が存在するかを測定することにより、間接的に測定してもよい。前者の場合、前記測定は、例えば、後述の実施例１と同様に実施できる。後者の場合、前記測定は、例えば、後述の実施例４と同様に実施できる。
本発明の第１のマーカーにおいて、前記抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体でもよいし、エピトープが異なる抗体でもよい。
前記抗体は、タンパク質でもよいし、前記抗体のタンパク質の遺伝子から転写されたｍＲＮＡでもよいが、好ましくは、タンパク質である。
＜第２のマーカー＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる、マーカーを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカーは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体であり、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。本発明の第２のマーカーは、前記基準抗体と競合する競合抗体を、感染増強のマーカーとすることが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の第２のマーカーによれば、ＳＡＲＳ２への罹患の可能性等を試験できる。
本発明の第２のマーカーでは、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第２のマーカーは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強マーカーまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強マーカーということもできる。また、後述のように、前記感染増強抗体は、ＡＤＥを介したＳＡＲＳ２の重症化に関与していると推定される。このため、本発明の第２のマーカーは、例えば、ＡＤＥの予測マーカーまたは重症化マーカーということもできる。
本発明の第２のマーカーにおいて、前記抗体の由来は、特に制限されず、例えば、被検者の種類によって適宜設定できる。前記抗体の由来は、例えば、前述の投与対象の例示を援用できる。前記抗体は、例えば、ヒト由来であることが好ましい。
本発明の第２のマーカーにおいて、前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体であり、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。前記基準抗体との競合は、例えば、前記Ｓｗタンパク質と、一方の抗体との結合により、他方の抗体の結合が抑制されるかを指標に測定できる。具体的には、前記Ｓｗタンパク質と、前記抗体とを接触させる。得られた混合物について、前記基準抗体と接触させ、前記基準抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が、前記抗体非存在下と比較して、抑制（低減または低下）されているかに基づき、前記競合が生じているかを評価する。前記基準抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が抑制されている場合、前記基準抗体と、前記抗体とは、競合していると評価できる。他方、前記基準抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が抑制されていない場合、前記基準抗体と、前記抗体とは、競合していないと評価できる。なお、前記Ｓｗタンパク質と、前記抗体および前記基準抗体とを順次接触させる例をあげて説明したが、三者を同時に接触させて測定してもよい。この場合、前記抗体の非存在下と比較して、前記基準抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が抑制されている場合、前記基準抗体と、前記抗体とは、競合していると評価できる。他方、前記抗体の非存在下と比較して、前記基準抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が抑制されていない場合、前記基準抗体と、前記抗体とは、競合していないと評価できる。
本発明の第２のマーカーにおいて、前記抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体でもよいし、エピトープが異なる抗体でもよい。
前記抗体は、タンパク質でもよいし、前記抗体のタンパク質の遺伝子から転写されたｍＲＮＡでもよいが、好ましくは、タンパク質である。
＜第３のマーカー＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる、マーカーを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカーは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）に結合し、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体である。本発明の第３のマーカーは、前記Ｓｗタンパク質に結合し、かつ前記変異タンパク質を認識しない抗体を、感染増強のマーカーとすることが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の第３のマーカーによれば、ＳＡＲＳ２への罹患の可能性等を試験できる。
本発明の第３のマーカーでは、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第３のマーカーは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強マーカーまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強マーカーということもできる。また、後述のように、前記感染増強抗体は、ＡＤＥを介したＳＡＲＳ２の重症化に関与していると推定される。このため、本発明の第３のマーカーは、例えば、ＡＤＥの予測マーカーまたは重症化マーカーということもできる。
本発明の第３のマーカーにおいて、前記抗体の由来は、特に制限されず、例えば、被検者の種類によって適宜設定できる。前記抗体の由来は、例えば、前述の投与対象の例示を援用できる。前記抗体は、例えば、ヒト由来であることが好ましい。
本発明の第３のマーカーにおいて、前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体である、すなわち、前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体ということもできる。前記抗体は、３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体であってもよい。この場合、前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体ということもできる。
前記変異タンパク質における変異アミノ酸の位置は、例えば、前記本発明の変異タンパク質における（Ｓｍ１）のアミノ酸配列の説明を援用できる。
本発明の第３のマーカーにおいて、前記抗体が変異タンパク質を認識しないとは、前記抗体の変異タンパク質への結合量が、前記抗体のＳｗタンパク質への結合量と比較して、有意に低減（低下または減少）していることを意味し、具体的には、前記抗体のＳｗタンパク質への結合量と比較して、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上減少していることを意味する。前記抗体の変異タンパク質への結合量が、前記抗体のＳｗタンパク質への結合量は、例えば、後述の実施例５と同様に測定し、例えば、ＭＦＩ（Mean Fluorescence Intensity）に基づき評価できる。
本発明の第３のマーカーにおいて、前記抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体でもよいし、エピトープが異なる抗体でもよい。
前記抗体は、タンパク質でもよいし、前記抗体のタンパク質の遺伝子から転写されたｍＲＮＡでもよいが、好ましくは、タンパク質である。
＜第４のマーカー＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる、マーカーを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカーは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する抗体であり、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質を認識し、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体である。本発明の第４のマーカーは、前記基準抗体と競合する競合抗体を、感染増強のマーカーとすることが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の第４のマーカーによれば、ＳＡＲＳ２への罹患の可能性等を試験できる。
本発明の第４のマーカーでは、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第４のマーカーは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強マーカーまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強マーカーということもできる。また、後述のように、前記感染増強抗体は、ＡＤＥを介したＳＡＲＳ２の重症化に関与していると推定される。このため、本発明の第４のマーカーは、例えば、ＡＤＥの予測マーカーまたは重症化マーカーということもできる。
本発明の第４のマーカーにおいて、前記抗体の由来は、特に制限されず、例えば、被検者の種類によって適宜設定できる。前記抗体の由来は、例えば、前述の投与対象の例示を援用できる。前記抗体は、例えば、ヒト由来であることが好ましい。
本発明の第４のマーカーにおいて、前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体であり、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質を認識し、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体である。前記基準抗体との競合は、例えば、前記本発明の第２のマーカーの説明と同様に評価できる。前記抗体が変異タンパク質を認識するかは、例えば、前記本発明の第３のマーカーの説明と同様に評価できる。前記基準抗体は、３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体であってもよい。前記変異タンパク質は、前記本発明の変異タンパク質の説明を援用できる。
本発明の第４のマーカーにおいて、前記抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体でもよいし、エピトープが異なる抗体でもよい。
前記抗体は、タンパク質でもよいし、前記抗体のタンパク質の遺伝子から転写されたｍＲＮＡでもよいが、好ましくは、タンパク質である。
＜検出方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出方法を提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法は、被検者の生体試料について、Ｆｃ受容体非依存的に、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のＡＣＥ２タンパク質への結合性を増強する抗体を検出する検出工程を含む。本発明の検出方法は、前記検出工程において、前記ＡＣＥ２結合増強抗体を検出することが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の検出方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。本発明の検出方法の具体例としては、例えば、後述の本発明の第１～第４の検出方法があげられる。
＜第１の検出方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出方法を提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法は、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する検出工程を含む。本発明の第１の検出方法は、前記検出工程において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する抗体を、感染増強抗体として検出すること、すなわち、前記第１のマーカーを指標として用いることが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第１の検出方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。
本発明の第１の検出方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第１の検出方法は、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法ということもできる。
本発明の第１の検出方法によれば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または前記感染増強抗体を検出できる。
本発明の第１の検出方法では、例えば、前記抗体の有無を検出してもよいし、前記抗体の量を検出してもよい。前者の場合、本発明の第１の検出方法は、例えば、定性的な分析方法または定性的な測定方法ということもできる。また、後者の場合、本発明の第１の検出方法は、例えば、定量的な分析方法または定量的な測定方法ということもできる。前記検出は、例えば、検査または検知ということもできる。
本発明において、前記生体試料の種類は、特に制限されず、例えば、生体から分離した、体液、体液由来細胞、器官、組織または細胞等があげられる。前記体液は、例えば、血液試料があげられ、具体例として、例えば、全血、血清、血漿等があげられる。前記体液由来細胞は、例えば、血液由来細胞があげられ、具体的には、血球、白血球、リンパ球等の血球細胞があげられる。前記生体試料は、例えば、患者や医師の負担を軽減できることから、全血、血清、または血漿が好ましく、より好ましくは、血清または血漿である。前記生体試料が液体試料の場合、前記生体試料は、水、緩衝液等の溶媒により希釈してもよい。また、前記生体試料が固体試料の場合、前記生体試料は、前記溶媒中に分散させることが好ましい。
本発明の第１の検出方法において、前記検出工程における検出対象は、前記Ｓｗタンパク質において、Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸に対応するアミノ酸を認識する抗体であり、例えば、前述の基準抗体の説明を援用できる。前記検出工程において、前記検出対象の抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体のみを検出してもよいし、エピトープが異なる抗体をあわせて検出してもよい。
前記検出工程では、前記被検者の生体試料について、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸を認識する抗体を検出する。前記検出工程は、例えば、前記Ｓｗタンパク質と、前記Ｓｗタンパク質において、前記所定の位置のアミノ酸に変異を導入した変異タンパク質とを用いて実施できる。前記変異タンパク質は、前記本発明の変異タンパク質における（Ｓｍ１）のアミノ酸配列の説明を援用できる。具体例として、前記検出工程では、前記生体試料と前記Ｓｗタンパク質とを接触させ、前記生体試料に含まれる抗体と、前記Ｓｗタンパク質との結合または結合量（「抗体の量」ともいう）を検出する（第１の検出工程）。また、前記検出工程では、前記生体試料と前記変異タンパク質とを接触させ、前記生体試料に含まれる抗体と、前記変異タンパク質との結合または結合量を検出する（第２の検出工程）。前記生体試料に含まれる抗体と、前記Ｓｗタンパク質または前記変異タンパク質との結合は、例えば、抗原抗体反応を用いたＥＬＩＳＡ法、フローサイトメトリー等により、測定できる。
つぎに、前記検出工程では、前記第１の検出工程と前記第２の検出工程で得られた結果を比較（評価）することで、前記Ｓｗタンパク質との結合抗体が、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸を認識するかを評価できる（比較工程または評価工程）。具体的には、前記結合を指標とする場合、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合が見られない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸を認識する、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。他方、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられない場合、または前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合が見られる場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸を認識しない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。また、前記結合量を指標とする場合、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と比較して、有意に低下している場合（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上減少している場合）、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸を認識する、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含むと、評価できる。前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と有意な差がない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸を認識しない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。
前記検出工程では、前記Ｓｗタンパク質に代えて、そのＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を用いてもよい。また、前記検出工程では、前記変異タンパク質において、変異アミノ酸の位置を変更することにより、前記抗体が認識するアミノ酸の位置を変更でき、これにより、エピトープを特定できる。
本発明の第１の検出方法では、例えば、さらに、前記生体試料における抗体が、例えば、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる抗体かを評価してもよい。前記結合活性の増強は、例えば、前記Ｓｗタンパク質、前記ＡＣＥ２タンパク質、および前記生体試料の共存下で、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合を検出することにより、測定できる。前記測定は、例えば、後述の実施例１と同様に実施できる。
＜第２の検出方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出方法を提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法は、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含み、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。本発明の第２の検出方法は、前記検出工程において、前記基準抗体と競合する競合抗体を、感染増強抗体として検出すること、すなわち、前記第２のマーカーを指標として用いることが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第１の検出方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。
本発明の第２の検出方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第２の検出方法は、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法ということもできる。
本発明の第２の検出方法によれば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または前記感染増強抗体を検出できる。
本発明の第２の検出方法では、例えば、前記抗体の有無を検出してもよいし、前記抗体の量（前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または前記感染増強抗体の量）を検出してもよい。前者の場合、本発明の第２の検出方法は、例えば、定性的な分析方法または定性的な測定方法ということもできる。また、後者の場合、本発明の第２の検出方法は、例えば、定量的な分析方法または定量的な測定方法ということもできる。前記検出は、例えば、検査または検知ということもできる。
本発明の第２の検出方法において、前記検出工程における検出対象は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、前記基準抗体と競合する抗体であり、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体であり、前述の基準抗体の説明を援用できる。前記検出工程において、前記検出対象の抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体のみを検出してもよいし、エピトープが異なる抗体をあわせて検出してもよい。
前記検出工程では、前記被検者の生体試料について、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含む。具体的には、前記検出工程は、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料における抗体との結合または結合量を検出する（第１の検出工程）。つぎに、前記検出工程は、前記基準抗体の存在下、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料における抗体との結合または結合量を検出する（第２の検出工程）。前記生体試料に含まれる抗体と、前記Ｓｗタンパク質との結合は、例えば、抗原抗体反応を用いたＥＬＩＳＡ法、フローサイトメトリー等により、測定できる。
つぎに、前記検出工程では、前記第１の検出工程と前記第２の検出工程で得られた結果を比較（評価）することで、前記生体試料に含まれる抗体が、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体であるかを評価できる（比較工程または評価工程）。具体的には、前記結合を指標とする場合、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記基準抗体の存在下では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が見られない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体である、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。他方、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられない場合、または前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記基準抗体の存在下でも前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が見られる場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体ではない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。また、前記結合量を指標とする場合、前記検出工程では、前記基準抗体の存在下における生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質と結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と比較して、有意に低下している場合（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上減少している場合）、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体である、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。他方、前記基準抗体の存在下における生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質と結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と有意な差がない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体ではない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。
前記検出工程では、前記生体試料と、前記Ｓｗタンパク質とを接触させた後、得られた混合物と前記基準抗体と接触させ、前記基準抗体が前記Ｓｗタンパク質に結合するかを検出してもよい。この場合、前記検出工程では、前記基準抗体の前記Ｓｗタンパク質への結合が検出されない場合、または前記基準抗体のＳｗタンパク質への結合が、前記生体試料非存在下と比較して低減する場合、前記生体試料における抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体である、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。他方、前記検出工程では、前記基準抗体の前記Ｓｗタンパク質への結合が検出される場合、前記生体試料における抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体ではない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。
前記検出工程では、前記Ｓｗタンパク質に代えて、そのＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を用いてもよい。
本発明の第２の検出方法では、例えば、さらに、前記生体試料における抗体が、例えば、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる抗体かを評価してもよい。前記結合活性の増強は、例えば、前記Ｓｗタンパク質、前記ＡＣＥ２タンパク質、および前記生体試料の共存下で、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合を検出することにより、測定できる。前記測定は、例えば、後述の実施例１と同様に実施できる。
＜第３の検出方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出方法を提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法は、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）に結合し、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を検出する検出工程を含む。本発明の第３の検出方法は、前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質に結合し、かつ前記変異タンパク質を認識しない抗体を、感染増強抗体として検出すること、すなわち、前記第３のマーカーを指標として用いることが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第３の検出方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。
本発明の第３の検出方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第３の検出方法は、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法ということもできる。
本発明の第３の検出方法によれば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または前記感染増強抗体を検出できる。
本発明の第３の検出方法では、例えば、前記抗体の有無を検出してもよいし、前記抗体の量を検出してもよい。前者の場合、本発明の第３の検出方法は、例えば、定性的な分析方法または定性的な測定方法ということもできる。また、後者の場合、本発明の第２の検出方法は、例えば、定量的な分析方法または定量的な測定方法ということもできる。前記検出は、例えば、検査または検知ということもできる。
本発明の第３の検出方法において、前記検出工程における検出対象は、前記Ｓｗタンパク質に結合し、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体である。前記変異タンパク質は、前記本発明の変異タンパク質における（Ｓｍ１）のアミノ酸配列の説明を援用できる。前記検出工程において、前記検出対象の抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体のみを検出してもよいし、エピトープが異なる抗体をあわせて検出してもよい。
前記検出工程では、前記生体試料と前記Ｓｗタンパク質とを接触させ、前記生体試料に含まれる抗体と、前記Ｓｗタンパク質との結合または結合量を検出する（第１の検出工程）。また、前記検出工程では、前記生体試料と前記変異タンパク質とを接触させ、前記生体試料に含まれる抗体と、前記変異タンパク質との結合または結合量を検出する（第２の検出工程）。前記生体試料に含まれる抗体と、前記Ｓｗタンパク質または前記変異タンパク質との結合は、例えば、抗原抗体反応を用いたＥＬＩＳＡ法、フローサイトメトリー等により、測定できる。
つぎに、前記検出工程では、前記第１の検出工程と前記第２の検出工程で得られた結果を比較（評価）することで、前記Ｓｗタンパク質との結合抗体が、前記変異タンパク質を認識しないかを評価できる（比較工程または評価工程）。具体的には、前記結合を指標とする場合、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合が見られない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記変異タンパク質を認識しない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含むと、評価できる。他方、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられない場合、または前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合が見られる場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記変異タンパク質を認識する、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。また、前記結合量を指標とする場合、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と比較して、有意に低下している場合（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上減少している場合）、前記生体試料に含まれる抗体は、前記変異タンパク質を認識しない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。前記生体試料に含まれる抗体と前記変異タンパク質との結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と有意な差がない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記変異タンパク質を認識する、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まないと、評価できる。
前記検出工程では、前記Ｓｗタンパク質に代えて、そのＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を用いてもよい。また、前記検出工程では、前記変異タンパク質において、変異アミノ酸の位置を変更することにより、前記抗体が認識するアミノ酸の位置を変更でき、これにより、エピトープを特定できる。
本発明の第３の検出方法では、例えば、さらに、前記生体試料における抗体が、例えば、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる抗体かを評価してもよい。前記結合活性の増強は、例えば、前記Ｓｗタンパク質、前記ＡＣＥ２タンパク質、および前記生体試料の共存下で、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合を検出することにより、測定できる。前記測定は、例えば、後述の実施例１と同様に実施できる。
＜第４の検出方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出方法を提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法は、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含み、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質を認識し、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）において、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない。本発明の第４の検出方法は、前記検出工程において、前記基準抗体と競合する競合抗体を、感染増強抗体として検出すること、すなわち、前記第４のマーカーを指標として用いるが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第４の検出方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。
本発明の第４の検出方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または感染増強抗体を指標としている。前記感染増強抗体では、前記抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強する機能を示すことにより、感染増強の機能性を生じると考えられる。このため、本発明の第４の検出方法は、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合増強抗体の検出方法ということもできる。
本発明の第４の検出方法によれば、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または前記感染増強抗体を検出できる。
本発明の第４の検出方法では、例えば、前記抗体の有無を検出してもよいし、前記抗体の量を検出してもよい。前者の場合、本発明の第４の検出方法は、例えば、定性的な分析方法または定性的な測定方法ということもできる。また、後者の場合、本発明の第４の検出方法は、例えば、定量的な分析方法または定量的な測定方法ということもできる。前記検出は、例えば、検査または検知ということもできる。
本発明の第４の検出方法において、前記検出工程における検出対象は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体であり、前記基準抗体は、前記変異タンパク質を認識しない抗体であり、例えば、前述の基準抗体の説明を援用できる。前記検出工程において、前記検出対象の抗体は、１種類でもよいし、２種類以上でもよい、すなわち、エピトープが同じ抗体のみを検出してもよいし、エピトープが異なる抗体をあわせて検出してもよい。
前記検出工程では、前記被検者の生体試料について、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含む。具体的には、前記検出工程は、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料における抗体との結合または結合量を検出する（第１の検出工程）。つぎに、前記検出工程は、前記基準抗体の存在下、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質と、前記生体試料における抗体との結合または結合量を検出する（第２の検出工程）。前記生体試料に含まれる抗体と、前記Ｓｗタンパク質との結合は、例えば、抗原抗体反応を用いたＥＬＩＳＡ法、フローサイトメトリー等により、測定できる。
つぎに、前記検出工程では、前記第１の検出工程と前記第２の検出工程で得られた結果を比較（評価）することで、前記生体試料に含まれる抗体が、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体であるかを評価できる（比較工程または評価工程）。具体的には、前記結合を指標とする場合、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記基準抗体の存在下では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が見られない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体である、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。他方、前記検出工程では、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられない場合、または前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合がみられ、かつ前記基準抗体の存在下でも前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合が見られる場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体ではない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。また、前記結合量を指標とする場合、前記検出工程では、前記基準抗体の存在下における生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質と結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と比較して、有意に低下している場合（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上減少している場合）、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体である、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。他方、前記基準抗体の存在下における生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質と結合量が、前記生体試料に含まれる抗体と前記Ｓｗタンパク質との結合量と有意な差がない場合、前記生体試料に含まれる抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体ではない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。
前記検出工程では、前記生体試料と、前記Ｓｗタンパク質とを接触させた後、得られた混合物と前記基準抗体と接触させ、前記基準抗体が前記Ｓｗタンパク質に結合するかを検出してもよい。この場合、前記検出工程では、前記基準抗体の前記Ｓｗタンパク質への結合が検出されない場合、または前記基準抗体のＳｗタンパク質への結合が、前記生体試料非存在下と比較して低減する場合、前記生体試料における抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体である、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含む、と評価できる。他方、前記検出工程では、前記基準抗体の前記Ｓｗタンパク質への結合が検出される場合、前記生体試料における抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合について、基準抗体と競合する抗体ではない、すなわち、前記生体試料は感染増強抗体を含まない、と評価できる。
前記検出工程では、前記Ｓｗタンパク質に代えて、そのＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を用いてもよい。
本発明の第４の検出方法では、例えば、さらに、前記生体試料における抗体が、例えば、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる抗体かを評価してもよい。前記結合活性の増強は、例えば、前記Ｓｗタンパク質、前記ＡＣＥ２タンパク質、および前記生体試料の共存下で、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合を検出することにより、測定できる。前記測定は、例えば、後述の実施例１と同様に実施できる。
＜検出キット＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出キットを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出キットは、Ｆｃ受容体非依存的に、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のＡＣＥ２タンパク質への結合性を増強する抗体の検出試薬を含む。本発明の検出キットは、前記ＡＣＥ２結合増強抗体の検出試薬を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明のキットによれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。本発明の検出キットの具体例としては、例えば、後述の第１～第２の検出キットがあげられる。本発明の検出キットの構成部材が１つの場合、本発明の検出キットは、例えば、検出試薬ということもできる。また、本発明の検出キットは、試験キットまたは診断キットということもできる。
＜第１の検出キット＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出キットを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出キットは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）またはそのＮ末端ドメインと、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、を含む。本発明の第１の検出キットは、前記Ｓｗタンパク質および前記変異タンパク質を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の第１のキットによれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。
本発明の第１の検出キットは、例えば、前記本発明の第１の検出方法および第３の検出方法の実施に好適に使用できる。
本発明の第１のキットは、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと、前記変異タンパク質またはそのＮＴＤとを含む。前記変異タンパク質またはそのＮＴＤにおける変異アミノ酸の位置は、例えば、本発明の第１のキットで検出対象とする抗体のエピトープに応じて、適宜設定できる。前記変異タンパク質またはそのＮＴＤにおける変異アミノ酸の位置は、例えば、前記本発明の変異タンパク質における（Ｓｍ１）のアミノ酸配列の説明を援用できる。前記変異タンパク質としては、前記本発明の変異タンパク質を用いてもよい。前記変異タンパク質またはそのＮＴＤでは、前記変異アミノ酸の位置および／変異の種類が１種類であってもよいし、複数であってもよい。前記変異アミノ酸の位置および／変異の種類を複数とすることにより、本発明の第１のキットは、例えば、異なるエピトープを認識する抗体を同時に検出できる。
本発明の第１のキットにおいて、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤは、単離されたＳｗタンパク質またはそのＮＴＤでもよいし、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤを発現する宿主細胞でもよいし、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤを抗体のＦｃ領域と融合したＦｃ融合タンパク質でもよい。前記単離されたＳｗタンパク質またはそのＮＴＤを用いる場合、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤは、担体に固定されてもよい。前記担体への固定は、例えば、直接または間接的な固定である。前記直接的な固定は、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと前記担体との共有結合による固定である。前記間接的な固定は、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと担体とが、例えば、前記担体に固定化されたＳｗタンパク質またはそのＮＴＤに結合可能な分子（例えば、抗体、アプタマー）を介して結合している状態を意味する。前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤに結合可能な分子は、例えば、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤとの結合において、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体と競合しない部位に結合し、好ましくは、前記Ｓｗタンパク質ＮＴＤ以外のドメイン、すなわち、ＲＢＤおよび／またはＳ２に結合する。前記担体と、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤとが間接的に固定される場合、前記担体と、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤとは、例えば、いずれか一方と測定対象との混合に先立ち、同時に、または混合後に接触させる。前記担体は、前述の説明を援用できる。
本発明の第１のキットにおいて、前記変異タンパク質またはそのＮＴＤは、単離された変異タンパク質またはそのＮＴＤでもよいし、前記変異タンパク質またはそのＮＴＤを発現する宿主細胞でもよいし、前記変異タンパク質またはそのＮＴＤを抗体のＦｃ領域と融合したＦｃ融合タンパク質でもよい。前記単離された変異タンパク質またはそのＮＴＤを用いる場合、前記変異タンパク質またはそのＮＴＤは、担体に固定されてもよい。前記担体は、前述の説明を援用できる。
本発明の第１のキットにおいて、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記変異タンパク質またはそのＮＴＤは、例えば、標識されてもよい。この場合、前記標識は、例えば、測定方法の種類に応じて、アルカリフォスファターゼ（ＡＬＰ）、ルシフェラーゼ等の酵素；放射性同位元素；粒子；蛍光タンパク質、蛍光色素等の蛍光物質；色素物質等の色素；発光物質；電子供与体；酵素の発色基質；ＤＮＰ（ジニトロフェノール）、ＴＮＰ（トリニトロフェノール）等のハプテン、ビオチン等のビタミン類；等があげられる。前記標識が酵素の場合、本発明の第１のキットは、さらに前記酵素の基質を含むことが好ましい。前記標識は、直接または間接的に前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記変異タンパク質またはそのＮＴＤと結合していることが好ましい。
前記本発明第１のキットは、例えば、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記変異タンパク質またはそのＮＴＤに結合した抗体を検出する試薬を含んでもよい。この場合、前記試薬は、例えば、前記抗体を認識する抗体、アプタマー等（２次抗体等）があげられる。前記２次抗体等は、例えば、前記抗体の定常領域またはＦｃ領域を認識することが好ましい。また、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記変異タンパク質またはそのＮＴＤが標識されていない場合、前記２次抗体等は、標識されていることが好ましい。これにより、本発明の第１のキットは、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと前記抗体との結合、および／または前記変異タンパク質またはそのＮＴＤと前記抗体との結合を簡便に検出できる。
本発明の第１のキットは、例えば、さらに、その他の構成要素を含んでもよい。前記構成要素は、例えば、前記担体、前記酵素の基質、緩衝液、洗浄液、使用説明書等があげられる。本発明の第１のキットにおける各試薬は、それぞれ、別個の容器に収容されてもよいし、同一の容器に混合または未混合で収容されてもよい。後者の場合、本発明の第１のキットは、第１の検出試薬ということもできる。本発明の第１のキットが前記基質を含む場合、前記基質は、例えば、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記変異タンパク質またはそのＮＴＤと別個の容器に収容されている。
本発明の第１のキットは、例えば、前記Ｓｗタンパク質のＲＢＤまたはＳ２領域に結合可能な抗体が固定化された担体と、前記Ｓｗタンパク質とを備えることが好ましい。また、本発明の第１のキットは、例えば、さらに、測定対象（例えば、生体試料）由来のＳｗタンパク質に結合した抗体を検出可能な検出試薬を備えることが好ましい。前記検出試薬は、例えば、前記抗体に対する抗体、すなわち、２次抗体があげられる。前記２次抗体は、標識されていることが好ましい。
本発明の第１のキットは、前記変異タンパク質に代えて、ＡＣＥ２タンパク質を含んでもよい。この場合、本発明の第１のキットは、前記試料に含まれるＡＣＥ２結合増強抗体と、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤとの結合を、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと前記ＡＣＥ２タンパク質との結合を用いて検出する。前記ＡＣＥ２タンパク質は、直接または間接的に標識と結合していることが好ましい。
＜第２の検出キット＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出キットを提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出キットは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）またはそのＮ末端ドメインと、基準抗体とを含み、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。本発明の第２の検出キットは、前記Ｓｗタンパク質および前記基準抗体を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の第２のキットによれば、ＳＡＲＳ２の感染増強に関与しうる抗体を検出できる。
本発明の第２の検出キットは、例えば、前記本発明の第２の検出方法および第４の検出方法の実施に好適に使用できる。
本発明の第２のキットにおいて、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤは、単離されたＳｗタンパク質またはそのＮＴＤでもよいし、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤを発現する宿主細胞でもよいし、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤを抗体のＦｃ領域と融合したＦｃ融合タンパク質でもよい。前記単離されたＳｗタンパク質またはそのＮＴＤを用いる場合、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤは、担体に固定されてもよい。前記担体への固定は、例えば、直接または間接的な固定である。前記直接的な固定は、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと前記担体との共有結合による固定である。前記間接的な固定は、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと担体とが、例えば、前記担体に固定化されたＳｗタンパク質またはそのＮＴＤに結合可能な分子（例えば、抗体、アプタマー）を介して結合している状態を意味する。前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤに結合可能な分子は、例えば、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤとの結合において、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体と競合しない部位に結合し、好ましくは、前記Ｓｗタンパク質ＮＴＤ以外のドメイン、すなわち、ＲＢＤおよび／またはＳ２に結合する。前記担体は、前述の説明を援用できる。
本発明の第２のキットにおいて、前記基準抗体が認識するアミノ酸の位置は、例えば、前記本発明の変異タンパク質における基準抗体の説明を援用できる。前記基準抗体において、前記認識するアミノ酸の位置は、１つでもよいし、複数でもよい。前記認識するアミノ酸の位置を複数とすることにより、本発明の第２のキットは、例えば、異なるエピトープを認識する抗体を同時に検出できる。
本発明の第２のキットにおいて、前記基準抗体は、単離された基準抗体でもよいし、前記基準抗体を発現する宿主細胞でもよい。前記基準抗体を用いる場合、前記基準抗体は、担体に固定されてもよい。前記担体は、前述の説明を援用できる。前記基準抗体としては、前記抗原結合断片を用いてもよい。
本発明の第２のキットにおいて、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記基準抗体は、例えば、標識されてもよい。この場合、前記標識は、例えば、測定方法の種類に応じて、アルカリフォスファターゼ（ＡＬＰ）、ルシフェラーゼ等の酵素；放射性同位元素；粒子；蛍光タンパク質、蛍光色素等の蛍光物質；色素物質等の色素；発光物質；電子供与体；酵素の発色基質；ＤＮＰ（ジニトロフェノール）、ＴＮＰ（トリニトロフェノール）等のハプテン、ビオチン等のビタミン類；等があげられる。前記標識が酵素の場合、本発明の第２のキットは、さらに前記酵素の基質を含むことが好ましい。前記標識は、直接または間接的に前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記基準抗体と結合していることが好ましい。
前記本発明第２のキットは、例えば、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤに結合した抗体、および／または前記基準抗体を検出する試薬を含んでもよい。この場合、前記試薬は、例えば、前記抗体を認識する抗体、アプタマー等（２次抗体等）があげられる。前記２次抗体等は、例えば、前記抗体または前記基準抗体の定常領域またはＦｃ領域を認識することが好ましい。また、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記基準抗体が標識されていない場合、前記２次抗体等は、標識されていることが好ましい。これにより、本発明の第２のキットは、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと前記抗体との結合、および／または前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと前記基準抗体との結合、または前記抗体と基準抗体と競合を簡便に検出できる。
本発明の第２のキットは、例えば、さらに、その他の構成要素を含んでもよい。前記構成要素は、例えば、前記担体、前記酵素の基質、緩衝液、洗浄液、使用説明書等があげられる。本発明の第２のキットにおける各試薬は、それぞれ、別個の容器に収容されてもよいし、同一の容器に混合または未混合で収容されてもよい。後者の場合、本発明の第１のキットは、第２の検出試薬ということもできる。本発明の第２のキットが前記基質を含む場合、前記基質は、例えば、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤ、および／または前記変異タンパク質またはそのＮＴＤと別個の容器に収容されている。
本発明の第２のキットは、例えば、前記Ｓｗタンパク質のＲＢＤまたはＳ２に結合可能な抗体が固定化された担体と、前記Ｓｗタンパク質と、前記基準抗体とを備えることが好ましい。また、本発明の第２のキットは、例えば、さらに、測定対象（例えば、生体試料）由来のＳｗタンパク質に結合した抗体を検出可能な検出試薬を備えることが好ましい。前記検出試薬は、例えば、前記抗体に対する抗体、すなわち、２次抗体があげられる。前記２次抗体は、標識されていることが好ましい。
本発明の第２のキットは、例えば、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤを含まなくてもよい。この場合、本発明の第１のキットは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の指標となりうる抗体の検出方法に用いるための、前記基準抗体ということもできる。
本発明の第２のキットは、前記基準抗体に代えて、ＡＣＥ２タンパク質を含んでもよい。この場合、本発明の第２のキットは、前記試料に含まれるＡＣＥ２結合増強抗体と、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤとの結合を、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤと前記ＡＣＥ２タンパク質との結合を用いて検出する。前記ＡＣＥ２タンパク質は、直接または間接的に標識と結合していることが好ましい。
＜試験方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染のしやすさ（罹患の可能性）を試験する方法を提供する。本発明の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、被検者の生体試料について、Ｆｃ受容体非依存的に、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のＡＣＥ２タンパク質への結合性を増強する抗体を測定する測定工程を含む。本発明の試験方法は、前記測定工程において、前記ＡＣＥ２結合増強抗体を測定することが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の試験方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染のしやすさを試験できる。本発明の試験方法の具体例としては、例えば、後述の本発明の第１～第４の試験方法があげられる。
＜第１の試験方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染のしやすさ（罹患の可能性）を試験する方法を提供する。本発明の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する測定工程を含む。本発明の第１の試験方法は、前記測定工程において、前記Ｓｓタンパク質における所定の位置のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する抗体を、感染増強抗体として測定することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第１の試験方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染のしやすさを試験できる。
本発明の第１の試験方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体を指標とすることにより、ＳＡＲＳ２への感染のしやすさを試験（例えば、診断、評価、判定、予測、または判断）する。このため、本発明の第１の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の罹患の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。また、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体は、ＳＡＲＳ２感染者の重症化にも寄与すると推定される。このため、本発明の第１の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の重症化もしくは重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法、またはＳＡＲＳ２感染時もしくは感染者における重症化または重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。本発明の第１の試験方法は、例えば、医師の判断工程を除く。
本発明の第１の試験方法において、前記感染のしやすさは、例えば、感染の可能性、感染の危険度、感染の確率、罹患のしやすさ、罹患の可能性、罹患の危険度、罹患の確率等ともいうことができる。
本発明の第１の試験方法において、前記測定工程は、前記本発明の第１の検出方法における検出工程と同様にして実施でき、例えば、「検出」を「測定」に読み替えてその説明を援用できる。
本発明の第１の試験方法では、前記測定工程において、前記抗体として、前記抗体の量を測定することが好ましい。この場合、本発明の第１の試験方法は、さらに、前記抗体の量を、第１の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ２に感染する可能性（罹患の可能性）を試験する第１の試験工程を含んでもよい。前記第１の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体の量および／またはＳＡＲＳ２の罹患者（感染者）の生体試料における前記抗体の量に基づき設定された閾値である。前記第１の閾値は、例えば、同じＳＡＲＳ２感染者の治療後（例えば、治療直後）の前記抗体の量でもよい。
前記第１の閾値は、例えば、健常者および／またはＳＡＲＳ２感染者から単離した生体試料（以下、「基準生体試料」ともいう）を用いて、得ることができる。また、予後の評価の場合、例えば、同じ被検者から治療後に単離した基準生体試料を用いてもよい。前記第１の閾値は、例えば、前記被検者の被検生体試料と同時に測定してもよいし、予め測定してもよい。後者の場合、例えば、前記被検者の被検生体試料を測定する度に、第１の閾値を得ることが不要となるため、好ましい。前記被検者の被検生体試料と前記基準生体試料は、例えば、同じ条件で採取し、同じ条件で前記抗体の量の測定を行うことが好ましい。
前記第１の試験工程において、被検者のＳＡＲＳ２感染のしやすさの評価方法は、特に制限されず、前記第１の閾値の種類によって適宜決定できる。具体例として、前記被検者の被検生体試料における前記抗体の量が、前記健常者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に高い場合、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体の量と同じ場合（有意差がない場合）、および／または、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ２に感染する可能性がある、または感染する可能性が高いと評価できる。また、前記被検者の被検生体試料における前記抗体の量が、前記健常者の基準生体試料における前記抗体の量と同じ場合（有意差が無い場合）、前記健常者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に低い場合、および／または、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に低い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ２に感染する可能性が無いまたは感染する可能性が低いと評価できる。なお、前記第１の試験工程における評価方法について、感染の可能性を例にあげて説明したが、前記評価方法は、重症化の可能性の評価方法として実施してもよい。この場合、感染する可能性は、重症化の可能性ということもできる。また、前記第１の試験工程において、前記被検者の被検生体試料における前記抗体の量を、重症化度ごとのＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体の量と比較することで、ＳＡＲＳ２の重症化度を評価できる。具体的には、前記被検者の被検生体試料が、例えば、いずれかの重症化度の前記基準生体試料と同程度の発現量の場合（有意差がない場合）、前記被検者は、前記重症化度の可能性があると評価できる。
前記第１の試験工程において、予後の状態を評価する場合、例えば、前述と同様に評価判断してもよいし、第１の閾値として、同じ被検者の治療後の基準生体試料における前記抗体の量を使用して評価することもできる。具体例として、前記被検者の被検生体試料における前記抗体の量が、前記第１の閾値よりも有意に高い場合、前記被検者は、前記治療後、再発、悪化、または重症化の可能性があると評価できる。また、前記被検者の被検生体試料における前記抗体の量が、前記第１の閾値と同じ場合（有意差がない場合）、および／または、前記第１の閾値よりも有意に低い場合、前記被検者は、前記治療後、再発、悪化もしくは重症化の可能性が無いもしくは可能性が低いと評価できる。
本発明において、例えば、同じ被検者の生体試料を経時的に採取し、前記生体試料における前記抗体の量を比較してもよい。これによって、前記第１の試験工程では、例えば、経時的に前記抗体の量が増加すれば、ＳＡＲＳ２に感染する可能性が高くなった、重症化してきた等の判断が可能であり、経時的に前記抗体の量が低下すれば、ＳＡＲＳ２に感染する可能性が低くなったまたは軽症化してきた等の判断が可能である。
本発明の第１の試験方法は、さらに、前記被検者の生体試料について、前記Ｓｗタンパク質の中和抗体を測定する第３の測定工程を含んでもよい。前記中和抗体は、例えば、前記Ｓｗタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に結合する抗体である。前記第３の測定工程では、前記中和抗体として、前記中和抗体の量を測定することが好ましい。前記中和抗体は、例えば、単離されたＲＢＤまたはＲＢＤを発現する宿主細胞を用いて測定でき、後述の実施例１と同様にして実施できる。
本発明の第１の試験方法が前記第３の測定工程を含む場合、本発明の第１の試験方法は、前記中和抗体の量を、第２の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第２の試験工程を含むことが好ましい。この場合、前記第２の試験工程は、前記第１の試験工程と組合せて実施されることが好ましい。前記第２の閾値は、ＳＡＲＳ２の罹患者（感染者）の生体試料における前記中和抗体の量および／またはＳＡＲＳ２の罹患（感染）後、回復した者（ＳＡＲＳ２の回復者）の生体試料における前記中和抗体の量に基づき設定された閾値である。前記ＳＡＲＳ２の回復者は、ＳＡＲＳ２の感染から回復後、１、２、３、または６ヶ月以内の者であることが好ましい。
前記第２の試験工程において、被検者のＳＡＲＳ２感染のしやすさの評価方法は、特に制限されず、前記第２の閾値の種類によって適宜決定できる。具体例として、前記被検者の被検生体試料における前記抗体の量が、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に高い場合、前記ＳＡＲＳ２回復者の基準生体試料における前記抗体の量と同じ場合（有意差がない場合）、および／または、前記ＳＡＲＳ２回復者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ２に感染する可能性がない、または感染する可能性が低いと評価できる。また、前記被検者の被検生体試料における前記抗体の量が、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体の量と同じ場合（有意差が無い場合）、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に低い場合、および／または、前記ＳＡＲＳ２回復者の基準生体試料における前記抗体の量よりも有意に低い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ２に感染する可能性があるまたは感染する可能性が高いと評価できる。このため、ＳＡＲＳ２に感染する可能性があるまたは感染する可能性が高いと評価された被検者については、前述の第１の試験工程における評価を実施することが好ましい。なお、前記第２の試験工程における評価方法について、感染の可能性を例にあげて説明したが、前記評価方法は、重症化の可能性の評価方法として実施してもよい。この場合、感染する可能性は、重症化の可能性ということもできる。
本発明の第１の試験方法が前記第３の測定工程を含む場合、本発明の第１の試験方法は、前記測定工程で得られた抗体の量と、前記第３の測定工程で得られた中和抗体の量との比に基づき、評価を行ってもよい。この場合、本発明の第１の試験方法は、前記測定工程における抗体の量（Ｓ）と、前記第３の測定工程における中和抗体の量（Ｎ）との抗体量比（Ｓ／Ｎ）を算出する算出工程と、前記抗体量比を、第３の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第３の試験工程とを含む。前記第３閾値は、例えば、健常者の生体試料における前記抗体量比、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体量比、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記抗体量比に基づき設定された閾値である。前記ＳＡＲＳ２の回復者は、ＳＡＲＳ２の感染から回復後、１、２、３、または６ヶ月以内の者であることが好ましい。
前記第３の試験工程において、被検者のＳＡＲＳ２感染のしやすさの評価方法は、特に制限されず、前記第３の閾値の種類によって適宜決定できる。具体例として、前記被検者の被検生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）が、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）よりも有意に低い場合、前記ＳＡＲＳ２回復者の基準生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）と同じ場合（有意差がない場合）、および／または、前記ＳＡＲＳ２回復者の基準生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）よりも有意に低い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ２に感染する可能性がない、または感染する可能性が低いと評価できる。また、前記被検者の被検生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）が、前記健常者の基準生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）とより有意に高い場合、前記健常者の基準生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）と同じ場合（有意差が無い場合）、および／または、前記ＳＡＲＳ２感染者の基準生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）よりも有意に高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ２に感染する可能性があるまたは感染する可能性が高いと評価できる。なお、前記第３の試験工程における評価方法について、感染の可能性を例にあげて説明したが、前記評価方法は、重症化の可能性の評価方法として実施してもよい。この場合、感染する可能性は、重症化の可能性ということもできる。
本発明の第１の試験方法は、例えば、前記第１～第３の試験工程において、ＳＡＲＳ２に感染する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者、重症化する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者に対し、さらに、ＳＡＲＳ２の治療薬を投与する工程（投与工程）を含んでもよい。この場合、本発明の試験方法は、ＳＡＲＳ２の試験および治療方法ということもできる。前記治療薬は、例えば、レムデシビル（(2S)-2-{(2R,3S,4R,5R)-[5-(4-Aminopyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl)-5-cyano-3,4-dihydroxy-tetrahydro-furan-2-ylmethoxy]phenoxy-(S)-phosphorylamino}propionic acid 2-ethyl-butyl ester）、ファビピラビル（6-fluoro-3-hydroxypyrazine-2-carboxamide）、デキサメタゾン、REGN-COV2等の抗ＳＡＲＳ２抗体、ナファモスタット、ネルフィナビル等のプロテアーゼ阻害薬等があげられる。前記ＳＡＲＳ２の治療薬は、例えば、新型コロナウイルス感染症（COVID-19) 診療の手引き 第３版（厚生労働省）（https://www.mhlw.go.jp/content/000668291.pdf）を参照できる。前記投与工程における前記治療薬の投与条件は、例えば、各治療薬の通常の投与条件を参照できる。
＜第２の試験方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染のしやすさ（罹患の可能性）を試験する方法を提供する。本発明の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を測定する測定工程を含み、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である。本発明の第２の試験方法は、前記測定工程において、前記基準抗体と競合する競合抗体を、感染増強抗体として測定することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第２の試験方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染のしやすさを試験できる。
本発明の第２の試験方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体を指標とすることにより、ＳＡＲＳ２への感染のしやすさを試験（例えば、診断、評価、判定、予測、または判断）する。このため、本発明の第２の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の罹患の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。また、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体は、ＳＡＲＳ２感染者の重症化にも寄与すると推定される。このため、本発明の第２の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の重症化もしくは重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法、またはＳＡＲＳ２感染時もしくは感染者における重症化または重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。本発明の第２の試験方法は、例えば、医師の判断工程を除く。
本発明の第２の試験方法において、前記測定工程は、前記本発明の第２の検出方法における検出工程と同様にして実施でき、例えば、「検出」を「測定」に読み替えてその説明を援用できる。
本発明の第２の試験方法において、前記測定工程で得られた結果を用いた前記被検者の評価は、前記本発明の第１の試験方法と同様にして実施でき、その説明を援用できる。
本発明の第２の試験方法は、例えば、前記第１～第３の試験工程において、ＳＡＲＳ２に感染する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者、重症化する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者に対し、さらに、ＳＡＲＳ２の治療薬を投与する工程（投与工程）を含んでもよい。この場合、本発明の試験方法は、ＳＡＲＳ２の試験および治療方法ということもできる。
＜第３の試験方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染のしやすさ（罹患の可能性）を試験する方法を提供する。本発明の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）に結合し、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を測定する測定工程を含む。本発明の第３の試験方法は、前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質に結合し、かつ前記変異タンパク質を認識しない抗体を、感染増強抗体として測定することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第３の試験方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染のしやすさを試験できる。
本発明の第３の試験方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体を指標とすることにより、ＳＡＲＳ２への感染のしやすさを試験（例えば、診断、評価、判定、予測、または判断）する。このため、本発明の第３の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の罹患の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。また、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体は、ＳＡＲＳ２感染者の重症化にも寄与すると推定される。このため、本発明の第３の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の重症化もしくは重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法、またはＳＡＲＳ２感染時もしくは感染者における重症化または重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。本発明の第３の試験方法は、例えば、医師の判断工程を除く。
本発明の第３の試験方法において、前記測定工程は、前記本発明の第３の検出方法における検出工程と同様にして実施でき、例えば、「検出」を「測定」に読み替えてその説明を援用できる。
本発明の第３の試験方法において、前記測定工程で得られた結果を用いた前記被検者の評価は、前記本発明の第１の試験方法と同様にして実施でき、その説明を援用できる。
本発明の第３の試験方法は、例えば、前記第１～第３の試験工程において、ＳＡＲＳ２に感染する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者、重症化する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者に対し、さらに、ＳＡＲＳ２の治療薬を投与する工程（投与工程）を含んでもよい。この場合、本発明の試験方法は、ＳＡＲＳ２の試験および治療方法ということもできる。
＜第４の試験方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染のしやすさ（罹患の可能性）を試験する方法を提供する。本発明の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を測定する測定工程を含み、前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質を認識し、 前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）において、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない。本発明の第４の試験方法は、前記測定工程において、前記基準抗体と競合する競合抗体を、感染増強抗体として測定することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の第４の試験方法によれば、ＳＡＲＳ２の感染のしやすさを試験できる。
本発明の第４の試験方法では、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体を指標とすることにより、ＳＡＲＳ２への感染のしやすさを試験（例えば、診断、評価、判定、予測、または判断）する。このため、本発明の第４の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の罹患の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。また、前記ＡＣＥ２結合増強抗体および／または抗体感染増強抗体は、ＳＡＲＳ２感染者の重症化にも寄与すると推定される。このため、本発明の第４の試験方法は、例えば、ＳＡＲＳ２の重症化もしくは重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法、またはＳＡＲＳ２感染時もしくは感染者における重症化または重症化の可能性の試験、診断、評価、判定、予測、または判断方法ということもできる。本発明の第４の試験方法は、例えば、医師の判断工程を除く。
本発明の第４の試験方法において、前記測定工程は、前記本発明の第４の検出方法における検出工程と同様にして実施でき、例えば、「検出」を「測定」に読み替えてその説明を援用できる。
本発明の第４の試験方法において、前記測定工程で得られた結果を用いた前記被検者の評価は、前記本発明の第１の試験方法と同様にして実施でき、その説明を援用できる。
本発明の第４の試験方法は、例えば、前記第１～第３の試験工程において、ＳＡＲＳ２に感染する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者、重症化する可能性があるまたは可能性が高いと評価された被検者に対し、さらに、ＳＡＲＳ２の治療薬を投与する工程（投与工程）を含んでもよい。この場合、本発明の試験方法は、ＳＡＲＳ２の試験および治療方法ということもできる。
＜ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の重症化の抑制方法＞
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の重症化を抑制しうる方法を提供する。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の重症化の抑制方法（以下、「抑制方法」ともいう）は、被検者の生体試料から前記被検者のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の可能性を試験する試験工程と、前記試験工程において、感染増強の可能性があると評価された被検者に対して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の治療薬を投与する投与工程とを含み、前記試験工程は、本発明の第１～第４の試験方法により実施される。本発明の抑制方法は、前記試験工程が、本発明の第１～第４の試験方法により実施されることが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の抑制方法によれば、ＳＡＲＳ２感染者の重症化を抑制しうる。
本発明の抑制方法は、例えば、ＳＡＲＳ感染者について、重症化しうる被検者かを評価し、前記被検者を治療できるため、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の重症化の評価および治療方法ということもできる。
本発明において、「重症化」は、例えば、人工呼吸器の装着が必要な状態を意味する。
本発明の抑制方法において、前記試験工程は、前記本発明の第１～第４の試験方法と同様にして実施できる。前記投与工程において、前記感染増強の可能性があるとの評価は、例えば、前記第１～第４の試験方法における試験工程と同様にして実施できる。
前記投与工程において、ＳＡＲＳ２の治療薬は、例えば、レムデシビル（(2S)-2-{(2R,3S,4R,5R)-[5-(4-Aminopyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl)-5-cyano-3,4-dihydroxy-tetrahydro-furan-2-ylmethoxy]phenoxy-(S)-phosphorylamino}propionic acid 2-ethyl-butyl ester）、ファビピラビル（6-fluoro-3-hydroxypyrazine-2-carboxamide）、デキサメタゾン、REGN-COV2等の抗ＳＡＲＳ２抗体、ナファモスタット、ネルフィナビル等のプロテアーゼ阻害薬等があげられる。前記ＳＡＲＳ２の治療薬は、例えば、新型コロナウイルス感染症（COVID-19) 診療の手引き 第３版（厚生労働省）（https://www.mhlw.go.jp/content/000668291.pdf）を参照できる。前記投与工程における前記治療薬の投与条件は、例えば、各治療薬の通常の投与条件を参照できる。
＜感染増強抗体の低減剤＞
本発明は、感染増強抗体を低減しうる低減剤を提供する。本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の低減剤（以下、「低減剤」ともいう）であって、野生型Ｓｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）またはそのＮ末端ドメインを含む。本発明の低減剤は、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインを含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の低減剤によれば、例えば、血液中の感染増強抗体を低減できる。
前述のように、前記感染増強抗体は、ＡＣＥ２への結合性を増強することにより、ＡＤＥを生じさせていると推定される。このため、本発明の感染増強抗体の低減剤は、例えば、ＡＣＥ２結合増強抗体の低減剤ということもできる。
本発明の低減剤において、前記Ｓｗタンパク質およびそのＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）は、単離されたタンパク質またはポリペプチドでもよいし、他の物質と共存してもよい。
本発明の低減剤において、前記Ｓｗタンパク質およびＮＴＤは、例えば、前記感染増強抗体を低減させる対象物と接触させた後、前記対象物と分離が容易であることから、担体に保持または固定されていることが好ましい。前記担体は、例えば、水、緩衝液等の水性溶媒に不溶または実質的に溶解しない素材で形成された担体が好ましい。前記担体は、例えば、アガロース製、樹脂製等のビーズ；中空糸膜、精密濾過膜、限外濾過膜、逆浸透膜、不織布等のフィルター；多孔質体；等があげられる。前記Ｓｗタンパク質またはＮＴＤは、例えば、Ｎ末端のアミノ基またはＣ末端のカルボキシル基をリンカーに結合させ、前記リンカーの他端を担体に結合させることにより、前記担体に保持または固定できる。前記担体が官能基を有する場合、前記Ｓｗタンパク質またはＮＴＤは、Ｎ末端のアミノ基またはＣ末端のカルボキシル基を前記官能基と反応させることにより、固定してもよい。
前記対象物は、特に制限されず、例えば、生体試料であり、好ましくは、血液であり、より好ましくは、ＳＡＲＳ２感染者由来の血液である。
本発明の低減剤は、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤを含むため、前記感染増強抗体の結合部位を含む。このため、本発明の低減剤によれば、前記感染増強抗体と抗原抗体反応を生じることにより、前記対象物中の感染増強抗体を低減できる。
＜感染増強抗体の低減方法＞
本発明は、感染増強抗体を低減しうる方法を提供する。本発明の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の低減方法（以下、「低減方法」という）であって、生体試料と、前記本発明の低減剤とを接触させることにより、前記生体試料における前記抗体を低減する低減工程を含む。本発明の低減方法は、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮＴＤを含む低減剤と、前記生体試料とを接触させることで、前記生体試料における前記抗体を低減することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明の低減方法によれば、生体試料中の感染増強抗体を低減できる。
本発明の低減方法は、前記低減工程の実施に先立ち、対象から生体試料を取得する取得工程を含んでもよい。前記取得工程は、前記対象から単離された生体試料を取得する工程であってもよい。前記対象からの生体試料の取得方法は、前記生体試料の種類に応じて適宜決定できる。前記生体試料が血液の場合、前記取得工程は、例えば、シリンジ等の血液採取器具、採血装置等を用いて実施できる。
前記低減工程において、前記生体試料と前記低減剤との接触は、前記生体試料と前記低減剤とを共存させることにより実施でき、具体的には、前記生体試料と前記低減剤とを混合することにより実施できる。前記生体試料が固体試料である場合、前記低減工程に先立ち、前記生体試料と、溶媒とを予め接触させるか、前記低減工程において、前記生体試料および前記低減剤に加えて、前記溶媒も接触させることが好ましい。前記溶媒は、例えば、水、緩衝液等の水性溶媒があげられる。前記低減工程では、前記接触により、前記生体試料に含まれる感染増強抗体が、前記低減剤におけるＳｗタンパク質またはＮＴＤと結合するため、前記生体試料における感染増強抗体を低減することができる。
前記低減工程における接触条件は、特に制限されず、例えば、前記生体試料が変性しない温度、条件があげられる。具体例として、前記接触時の温度は、例えば、０～３７℃である。前記接触の時間は、例えば、１～２時間である。
前記低減工程において、前記生体試料と前記低減剤との量比は、特に制限されず、例えば、目的とする感染増強抗体の低減量に応じて適宜決定できる。前記低減工程において、前記感染増強抗体の低減量を多くする場合、前記生体試料（Ｓ）に対する前記低減剤（Ｄ）の量比（Ｄ／Ｓ）は、相対的に大きく設定する。他方、前記低減工程において、前記感染増強抗体の低減量を少なくする場合、前記生体試料に対する前記低減剤の量比（Ｄ／Ｓ）は、相対的に小さく設定する。
本発明の低減方法は、前記低減工程後、前記生体試料と、前記低減剤とを分離する分離工程を含んでもよい。前記分離方法は、例えば、前記低減剤の形態により適宜決定できる。具体例として、前記低減剤が担体に保持されている場合、前記分離方法は、フィルター、多孔質体等を用いた公知の固液分離方法により実施できる。
本発明の低減方法は、前記低減工程後の生体試料を、前記生体試料を取得した対象に投与する投与工程を含んでもよい。この場合、本発明の低減方法は、前記低減工程後に、前記分離工程を実施し、得られた液体画分を前記生体試料として対象に投与することが好ましい。
以下、実施例を用いて本発明を詳細に説明するが、本発明は実施例に記載された態様に限定されるものではない。なお、特に示さない限り、市販の試薬およびキット等は、そのプロトコルに従い使用した。
［実施例１］
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の抗ＮＴＤ抗体が、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合性を高めることを確認した。
（１）抗体サンプルの作成
ＳＡＲＳ２に結合する抗体を、下記参考文献９および１０に記載されている、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質に結合する１００種類の抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域のアミノ酸配列に基づき、抗体サンプルを調製した。具体的には、各抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域をコードする遺伝子を、分泌型ヒトＩｇＧ１定常領域（Genbank Accession No.：ARA90394（タンパク質）、KY432415（mRNA））の部分配列（配列番号１１０）をコードする遺伝子（配列番号１１１）、またはヒトκ定常領域（Genbank Accession No.：CAC20459（タンパク質）、AJ294735（mRNA））の部分配列（配列番号１１２）をコードする遺伝子（配列番号１１３）と機能的に連結し、これを、プラスミドベクター（ｐＣＡＧＧＳ）にクローニングした。これにより、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する１００種類の抗体サンプルの発現ベクターを調製した。なお、各抗体のクローン名は、下記参考文献９および１０の記載にしたがって付している。
参考文献９：Chi X. et.al., “A neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2.” Science, 2020, vol. 369, pages 650-655, doi:10.1126/science.abc6952
参考文献１０：SJ, Zost. et al. “Rapid isolation and profiling of a diverse panel of human monoclonal antibodies targeting the SARS-CoV-2 spike protein.” Nat. Med., 2020, vol. 26, No. 9, pages 1422-1427, doi: 10.1038/s41591-020-0998-x.
ヒトＩｇＧ１定常領域（配列番号１１０）
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
ヒトＩｇＧ１定常領域をコードする遺伝子（配列番号１１１）
5'-GCCTCCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGAGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTATAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCCGGGTAAATGA-3'
ヒトκ鎖定常領域（配列番号１１２）
AAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
ヒトκ鎖定常領域をコードする遺伝子（配列番号１１３）
5'-GCtGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTACGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGTTAG-3'
前記発現ベクターの宿主細胞は、２９３Ｔ細胞（理化学研究所 バイオリソースセンターから入手）を使用した。まず、２４ウェルプレートに、前記２９３Ｔ細胞を、２×１０５細胞／５００μｌ／ｗｅｌｌとなるように播種した。つぎに、前記２９３Ｔ細胞への発現ベクターの導入は、トランスフェクション試薬（PEI max、Polyscience社製）を２ｍｇ／ｍｌとなるように精製水で溶かしたPEI max溶液を使用した。具体的には、２μｌ PEI max溶液と５０μｌの無血清培地（OPTI-MEM（登録商標）、GIBCO社製）との混合液を、０．８μｇの前記各抗体サンプルの発現ベクターを、５０μｌの無血清培地に添加後、混和し、トランスフェクション試薬を調製した。そして、前記トランスフェクション試薬を各ウェルに添加し、前記発現ベクターを２９３Ｔ細胞に導入した。前記導入後、前記２９３Ｔ細胞を、１０％ＦＢＳ（Biological Industries社製）、ペニシリン（終濃度１００Ｕ／ｍｌ）およびストレプトマイシン（終濃度１００μｇ／ｍｌ）を添加したＤＭＥＭ培地に播種し、３７℃、５％ＣＯ２の条件で２日間培養した。前記培養後、培養上清を回収した。
（２）抗体サンプルの精製
回収した培養上清中の各抗体サンプルについて、プロテインＡを用いて精製した。具体的には、１００μｌの培養上清をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で１０倍希釈したサンプルを、Profinia（Bio Rad社製）を用い、アフィニティークロマトグラフにより精製した。前記アフィニティークロマトグラフでは、プロテインＡを含むカラム（Bil-Scale mini UNO Sphere SUPrA Cartridege、Bio Rad社製）を使用した。そして、前記サンプルを前記カラムに供し、前記回収した培養上清中の各抗体と前記カラム中のプロテインＡとを反応させた。反応後の前記カラムを、ＰＢＳで、１回洗浄した。そして、０．１ｍｏｌ／ｌ Glycine-HCl（ｐＨ２．８）を添加し、前記カラムからＳＡＲＳ２のＳタンパク質に結合する抗体を回収した。
（３）ＳＡＲＳ２のＳタンパク質発現細胞の作成
前記各抗体をコードする遺伝子に代えて、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質の全長配列（Ｓｓタンパク質（配列番号１））をコードする遺伝子（配列番号２）についてコドン最適化したＳｓタンパク質のコード遺伝子（配列番号１１４）、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＮＴＤ領域（GenBank Accession No.：NC_045512.2の１４～３３３番目のアミノ酸配列（配列番号３））をコードする遺伝子（配列番号１１５）、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＲＢＤ領域（GenBank Accession No.：NC_045512.2の３３５～５８７番目のアミノ酸配列（配列番号４））をコードする遺伝子（配列番号１１６）、またはＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＳ２領域（GenBank Accession No.：NC_045512.2の５８８～１２１９番目のアミノ酸配列（配列番号５））をコードする遺伝子（配列番号１１７）を用い、プラスミドベクターとして、ｐＭＥ１８ｓを用いた以外は前記実施例１（１）と同様にして、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質発現ベクター（全長、ＮＴＤ領域、ＲＢＤ領域、またはＳ２領域）を調製した。前記各発現ベクターを２９３Ｔ細胞にトランスフェクションし、全長ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質発現細胞（全長Ｓタンパク質発現細胞）、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質ＮＴＤ領域発現細胞（ＳＡＲＳ２－ＮＴＤ発現細胞）、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質ＲＢＤ領域発現細胞（ＳＡＲＳ２－ＲＢＤ発現細胞）、およびＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質Ｓ２領域発現細胞（ＳＡＲＳ２－Ｓ２発現細胞）を作成した。以下の実験で用いる２９３Ｔ細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞は、いずれもＦｃ受容体を発現していないことが知られている。このため、以下の知見は、Ｆｃ受容体非依存的なメカニズムで生じる現象といえる。なお、各タンパク質のＮ末端には、シグナル配列とＦｌａｇタグと（MRAWIFFLLCLAGRALAASDYKDDDDKLE（配列番号１１８）を付加した。以下の実施例において、変異タンパク質は、類似の配列を持つＳタンパク質（Ｓｓタンパク質）をコードする遺伝子からQuickChangeマルチ変異誘発キット（Agilent Technologies社製）を使用して合成した。また、以下の実施例で用いるＳタンパク質（Ｓｗタンパク質）としては、Ｓｓタンパク質のアミノ酸配列を用いた。
コドン最適化されたＳｓタンパク質のコード遺伝子（配列番号１１４）
5'-ATGTTCGTTTTCCTCGTACTGCTCCCTCTCGTGAGCAGCCAATGTGTGAATTTGACTACCCGCACACAACTTCCGCCAGCGTATACAAATTCCTTCACGCGAGGGGTATACTATCCCGATAAAGTTTTTCGATCCTCCGTGCTGCATTCAACACAAGATTTGTTTCTCCCATTTTTTAGTAATGTCACCTGGTTCCATGCCATCCACGTAAGCGGCACTAATGGGACCAAACGCTTCGATAACCCGGTCTTGCCCTTTAATGACGGCGTGTACTTCGCCAGCACTGAGAAAAGCAATATTATCAGAGGTTGGATTTTCGGCACGACCCTTGATAGCAAGACGCAGAGCCTGCTCATTGTCAACAATGCCACCAATGTAGTAATTAAGGTCTGCGAATTTCAATTCTGCAATGACCCCTTTTTGGGTGTGTACTACCACAAAAACAATAAAAGCTGGATGGAGTCTGAGTTTCGAGTGTATTCCTCAGCAAATAACTGCACCTTTGAATATGTGTCTCAGCCATTTCTCATGGATTTGGAAGGCAAACAAGGGAACTTCAAAAACCTCAGGGAGTTCGTCTtcaaaaatatcgatggttattttaagatttattctaagcacacgcctatcaacctGGTGCGCGACCTCCCGCAAGGCTTCTCCGCACTGGAGCCTCTTGTCGATCTGCCCATCGGCATCAATATTACCAGGTTTCAGACGCTTCTGGCCCTGCATCGGAGTTATCTTACCCCCGGAGACTCCTCTAGCGGTTGGACAGCAGGCGCTGCGGCTTACTACGTGGGATATCTCCAGCCGCGAACATTTCTCTTGAAATACAATGAGAATGGTACCATCACGGATGCAGTCGACTGCGCGTTGGACCCACTCTCCGAAACCAAATGCACTTTGAAATCATTCACAGTAGAAAAGGGAATATACCAGACTTCAAATTTTAGGGTCCAGCCTACCGAATCCATTGTCAGGTTTCCCAATATCACGAATTTGTGCCCGTTCGGAGAAGTCTTTAATGCGACGAGATTTGCCAGTGTATATGCATGGAATAGAAAGCGCATCTCCAACTGTGTAGCTGATTACTCTGTGCTGTATAACTCAGCTTCTTTCAGTACTTTCAAGTGTTACGGGGTGTCTCCAACAAAGCTTAATGATTTGTGTTTTACGAATGTGTATGCAGACTCATTTGTGATTCGGGGGGACGAGGTGCGCCAGATTGCACCAGGGCAGACGGGGAAAATTGCTGACTATAACTACAAGCTCCCCGACGATTTCACAGGCTGCGTCATAGCCTGGAATAGCAATAATCTGGATAGTAAGGTAGGCGGCAATTACAATTATCTGTATCGCCTTTTTAGAAAGTCCAACCTTAAACCATTTGAGAGGGACATAAGCACGGAAATATATCAAGCGGGGTCCACACCTTGCAATGGGGTCGAAGGATTCAACTGTTACTTCCCGTTGCAGTCCTATGGGTTCCAGCCGACTAACGGAGTTGGATATCAGCCCTACCGCGTGGTTGTACTTAGTTTCGAGCTGCTTCACGCTCCGGCTACTGTATGCGGACCTAAAAAATCCACCAACCTCGTAAAGAATAAGTGCGTAAACTTTAACTTCAATGGACTTACGGGGACCGGTGTCTTGACTGAGTCTAATAAAAAATTCCTCCCGTTCCAACAATTTGGGCGGGACATTGCAGACACCACGGACGCTGTAAGAGATCCTCAGACTCTTGAAATACTTGATATTACGCCCTGTTCATTCGGTGGAGTCTCTGTCATTACGCCGGGAACTAATACATCAAACCAAGTCGCGGTTCTCTACCAGGACGTAAACTGTACCGAAGTCCCTGTCGCGATCCATGCAGACCAGCTGACGCCAACTTGGCGGGTTTATAGTACCGGTTCAAATGTATTCCAAACCCGCGCCGGGTGTCTCATTGGCGCCGAACATGTGAATAATTCCTACGAATGCGACATACCCATAGGAGCAGGGATCTGCGCAAGCTATCAGACACAGACAAACTCCCCACGGCGAGCGAGGTCTGTTGCCAGTCAAAGTATCATAGCGTATACTATGAGCCTCGGAGCTGAGAACtccgtggcctatTCCAACAACTCAATTGCGATCCCTACAAACTTTACTATTAGCGTGACTACCGAGATCCTTCCTGTATCAATGACAAAAACGAGCGTGGACTGTACTATGTATATTTGCGGTGATTCCACAGAATGCTCTAACCTTCTCCTTCAGTACGGGAGCTTCTGCACACAACTGAACCGGGCTTTGACCGGCATCGCGGTTGAGCAGGATAAAAATACGCAGGAAGTATTTGCGCAAGTCAAACAAATATATAAAACACCTCCAATTAAAGATTTCGGTGGATTTAATTTCTCACAGATTCTTCCGGACCCGTCTAAGCCGAGTAAGCGGTCCTTTATTGAGGATTTGCTTTTCAACAAAGTCACCTTGGCTGACGCTGGCTTTATAAAGCAATACGGGGACTGCCTTGGGGACATCGCAGCACGCGATCTGATTTGCGCACAAAAATTTAATGGGTTGACAGTGCTTCCTCCGCTTCTGACCGACGAGATGATAGCCCAGTATACTAGTGCGCTTCTCGCAGGCACGATTACTTCAGGTTGGACATTCGGGGCAGGTGCAGCCCTGCAAATTCCGTTCGCGATGCAAATGGCGTACCGGTTTAACGGAATAGGCGTGACACAAAACGTGCTCTATGAGAACCAAAAACTGATTGCCAACCAATTCAACAGTGCTATAGGGAAAATCCAGGACTCTCTCTCCAGTACTGCCTCCGCATTGGGAAAATTGCAAGACGTTGTAAACCAGAATGCTCAGGCGCTGAATACGTTGGTCAAACAGCTCAGTAGTAACTTTGGGGCTATAAGCAGTGTTCTTAATGATATTCTTTCTCGGCTCGATAAGGTTGAGGCAGAAGTCCAAATCGACCGACTTATTACTGGGAGATTGCAATCACTGCAAACATACGTAACACAACAACTCATCCGCGCGGCAGAGATACGAGCGTCAGCAAACCTGGCAGCGACCAAGATGAGCGAGTGCGTGCTCGGTCAGTCAAAGCGCGTGGACTTTTGTGGGAAGGGTTATCATCTCATGTCATTTCCACAATCCGCGCCACATGGGGTAGTCTTTTTGCACGTAACATACGTACCAGCGCAAGAAAAGAATTTTACCACGGCACCAGCAATTTGCCACGATGGGAAGGCTCACTTCCCGCGGGAGGGGGTGTTTGTTAGCAATGGTACGCATTGGTTTGTTACTCAACGCAACTTTTACGAGCCGCAAATCATTACGACAGATAATACATTTGTATCAGGTAACTGTGACGTGGTAATCGGCATTGTAAATAATACTGTTTATGACCCATTGCAGCCAGAACTTGATTCCTTTAAAGAGGAGCTGGATAAGTACTTTAAAAACCACACCTCACCAGACGTTGACTTGGGCGACATCTCAGGAATAAATGCCTCAGTCGTGAATATACAAAAGGAGATTGATAGACTTAATGAAGTTGCCAAAAACCTCAACGAATCCCTCATAGATCTGCAAGAGTTGGGCAAATACGAGCAATATATTAAATGGCCCTGGTATATTTGGTTGGGGTTCATCGCTGGGCTTATAGCGATTGTTATGGTTACCATCATGCTTTGTTGCATGACAAGTTGTTGCTCATGCCTTAAGGGTTGCTGCAGCTGTGGCTCATGCTGC[AAGTTCGACGAAGACGATTCAGAACCAGTACTCAAGGGGGTCAAATTGCATTATACTtag]-3'
ＮＴＤ領域をコードする遺伝子（配列番号１１５）
5'-CAATGTGTGAATTTGACTACCCGCACACAACTTCCGCCAGCGTATACAAATTCCTTCACGCGAGGGGTATACTATCCCGATAAAGTTTTTCGATCCTCCGTGCTGCATTCAACACAAGATTTGTTTCTCCCATTTTTTAGTAATGTCACCTGGTTCCATGCCATCCACGTAAGCGGCACTAATGGGACCAAACGCTTCGATAACCCGGTCTTGCCCTTTAATGACGGCGTGTACTTCGCCAGCACTGAGAAAAGCAATATTATCAGAGGTTGGATTTTCGGCACGACCCTTGATAGCAAGACGCAGAGCCTGCTCATTGTCAACAATGCCACCAATGTAGTAATTAAGGTCTGCGAATTTCAATTCTGCAATGACCCCTTTTTGGGTGTGTACTACCACAAAAACAATAAAAGCTGGATGGAGTCTGAGTTTCGAGTGTATTCCTCAGCAAATAACTGCACCTTTGAATATGTGTCTCAGCCATTTCTCATGGATTTGGAAGGCAAACAAGGGAACTTCAAAAACCTCAGGGAGTTCGTCTtcaaaaatatcgatggttattttaagatttattctaagcacacgcctatcaacctGGTGCGCGACCTCCCGCAAGGCTTCTCCGCACTGGAGCCTCTTGTCGATCTGCCCATCGGCATCAATATTACCAGGTTTCAGACGCTTCTGGCCCTGCATCGGAGTTATCTTACCCCCGGAGACTCCTCTAGCGGTTGGACAGCAGGCGCTGCGGCTTACTACGTGGGATATCTCCAGCCGCGAACATTTCTCTTGAAATACAATGAGAATGGTACCATCACGGATGCAGTCGACTGCGCGTTGGACCCACTCTCCGAAACCAAATGCACTTTGAAATCATTCACAGTAGAAAAGGGAATATACCAGACTTCAAATTTTAGGGTCCAGCCTACCGAATCCATTGTCAGGTTT-3'
ＲＢＤ領域をコードする遺伝子（配列番号１１６）
5'-AATATCACGAATTTGTGCCCGTTCGGAGAAGTCTTTAATGCGACGAGATTTGCCAGTGTATATGCATGGAATAGAAAGCGCATCTCCAACTGTGTAGCTGATTACTCTGTGCTGTATAACTCAGCTTCTTTCAGTACTTTCAAGTGTTACGGGGTGTCTCCAACAAAGCTTAATGATTTGTGTTTTACGAATGTGTATGCAGACTCATTTGTGATTCGGGGGGACGAGGTGCGCCAGATTGCACCAGGGCAGACGGGGAAAATTGCTGACTATAACTACAAGCTCCCCGACGATTTCACAGGCTGCGTCATAGCCTGGAATAGCAATAATCTGGATAGTAAGGTAGGCGGCAATTACAATTATCTGTATCGCCTTTTTAGAAAGTCCAACCTTAAACCATTTGAGAGGGACATAAGCACGGAAATATATCAAGCGGGGTCCACACCTTGCAATGGGGTCGAAGGATTCAACTGTTACTTCCCGTTGCAGTCCTATGGGTTCCAGCCGACTAACGGAGTTGGATATCAGCCCTACCGCGTGGTTGTACTTAGTTTCGAGCTGCTTCACGCTCCGGCTACTGTATGCGGACCTAAAAAATCCACCAACCTCGTAAAGAATAAGTGCGTAAACTTTAACTTCAATGGACTTACGGGGACCGGTGTCTTGACTGAGTCTAATAAAAAATTCCTCCCGTTCCAACAATTTGGGCGGGACATTGCAGACACCACGGACGCTGTAAGAGATCCTCAGACTCTTGAA-3'
Ｓ２領域をコードする遺伝子（配列番号１１７）
5'-ATACTTGATATTACGCCCTGTTCATTCGGTGGAGTCTCTGTCATTACGCCGGGAACTAATACATCAAACCAAGTCGCGGTTCTCTACCAGGACGTAAACTGTACCGAAGTCCCTGTCGCGATCCATGCAGACCAGCTGACGCCAACTTGGCGGGTTTATAGTACCGGTTCAAATGTATTCCAAACCCGCGCCGGGTGTCTCATTGGCGCCGAACATGTGAATAATTCCTACGAATGCGACATACCCATAGGAGCAGGGATCTGCGCAAGCTATCAGACACAGACAAACTCCCCACGGCGAGCGAGGTCTGTTGCCAGTCAAAGTATCATAGCGTATACTATGAGCCTCGGAGCTGAGAACtccgtggcctatTCCAACAACTCAATTGCGATCCCTACAAACTTTACTATTAGCGTGACTACCGAGATCCTTCCTGTATCAATGACAAAAACGAGCGTGGACTGTACTATGTATATTTGCGGTGATTCCACAGAATGCTCTAACCTTCTCCTTCAGTACGGGAGCTTCTGCACACAACTGAACCGGGCTTTGACCGGCATCGCGGTTGAGCAGGATAAAAATACGCAGGAAGTATTTGCGCAAGTCAAACAAATATATAAAACACCTCCAATTAAAGATTTCGGTGGATTTAATTTCTCACAGATTCTTCCGGACCCGTCTAAGCCGAGTAAGCGGTCCTTTATTGAGGATTTGCTTTTCAACAAAGTCACCTTGGCTGACGCTGGCTTTATAAAGCAATACGGGGACTGCCTTGGGGACATCGCAGCACGCGATCTGATTTGCGCACAAAAATTTAATGGGTTGACAGTGCTTCCTCCGCTTCTGACCGACGAGATGATAGCCCAGTATACTAGTGCGCTTCTCGCAGGCACGATTACTTCAGGTTGGACATTCGGGGCAGGTGCAGCCCTGCAAATTCCGTTCGCGATGCAAATGGCGTACCGGTTTAACGGAATAGGCGTGACACAAAACGTGCTCTATGAGAACCAAAAACTGATTGCCAACCAATTCAACAGTGCTATAGGGAAAATCCAGGACTCTCTCTCCAGTACTGCCTCCGCATTGGGAAAATTGCAAGACGTTGTAAACCAGAATGCTCAGGCGCTGAATACGTTGGTCAAACAGCTCAGTAGTAACTTTGGGGCTATAAGCAGTGTTCTTAATGATATTCTTTCTCGGCTCGATAAGGTTGAGGCAGAAGTCCAAATCGACCGACTTATTACTGGGAGATTGCAATCACTGCAAACATACGTAACACAACAACTCATCCGCGCGGCAGAGATACGAGCGTCAGCAAACCTGGCAGCGACCAAGATGAGCGAGTGCGTGCTCGGTCAGTCAAAGCGCGTGGACTTTTGTGGGAAGGGTTATCATCTCATGTCATTTCCACAATCCGCGCCACATGGGGTAGTCTTTTTGCACGTAACATACGTACCAGCGCAAGAAAAGAATTTTACCACGGCACCAGCAATTTGCCACGATGGGAAGGCTCACTTCCCGCGGGAGGGGGTGTTTGTTAGCAATGGTACGCATTGGTTTGTTACTCAACGCAACTTTTACGAGCCGCAAATCATTACGACAGATAATACATTTGTATCAGGTAACTGTGACGTGGTAATCGGCATTGTAAATAATACTGTTTATGACCCATTGCAGCCAGAACTTGATTCCTTTAAAGAGGAGCTGGATAAGTACTTTAAAAACCACACCTCACCAGACGTTGACTTGGGCGACATCTCAGGAATAAATGCCTCAGTCGTGAATATACAAAAGGAGATTGATAGACTTAATGAAGTTGCCAAAAACCTCAACGAATCCCTCATAGATCTGCAAGAGTTGGGCAAATACGAGCAATATATTAAATGGCCCTGGTAT-3'
（４）ビオチン化ＡＣＥ２マウスＩｇＧ２ａ Ｆｃ融合タンパク質の調製
下記参考文献１１および１２に記載の方法に従って、ｈＡＣＥ２－マウスＩｇＧ２ａ Ｆｃ融合タンパク質をコードするＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質発現ベクターを調製した。前記各抗体の発現ベクターに代えて、ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質発現ベクターを用いた以外は前記実施例１（１）と同様にして、ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質発現細胞を調製し、培養上清を回収した。そして、前記抗体サンプルの培養上清に代えて、ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質発現細胞の培養上清を用いた以外は前記実施例１（２）と同様にして、ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質を精製した。精製したＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質を、スルホ－ＮＨＳ－ＬＣ－ビオチン（Thermo Fisher Scientific社製）を用いてビオチン化し、ビオチン化ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質を調製した。
参考文献１１：Hirayasu K et.al. “Microbially cleaved immunoglobulins are sensed by the innate immune receptor LILRA2.”, Nat. Microbiol. 2016, Vol. 1, Article number:16054
参考文献１２：Satoh T et.al., “PILRα is a herpes simplex virus-1 entry coreceptor that associates with glycoprotein”, B. Cell., 2008, vol. 132, pages 935-944
（５）ドメインおよびＡＣＥ２結合性の確認
前記実施例１（３）の全長Ｓｓタンパク質発現細胞、ＳＡＲＳ２－ＮＴＤ発現細胞、ＳＡＲＳ２－ＲＢＤ発現細胞、またはＳＡＲＳ２－Ｓ２発現細胞に、前記実施例１（１）の各抗体のサンプル（終濃度３μｇ／ｍｌ）を１０μｌ添加した。そして、得られた反応液を、４℃で３０分間インキュベートし、反応させた。前記反応後、得られた反応液にＡＰＣ標識抗マウスＩｇＧ抗体を添加して染色し、得られた細胞をフローサイトメーター（Atune（商標）、Thermo Fisher Scientific社）を用いて解析した。これにより、各抗体のＳｓタンパク質における認識部位を確認した。コントロールは、前記抗体サンプルを添加しなかった以外は同様にして測定した。そして、コントロールにおける測定値（ＭＦＩ）を基準とし、各抗体サンプルにおける測定値（ＭＦＩ）を補正した。なお、フローサイトメトリーデータの分析は、FlowJo version 10.7（BD Biosciences社製）を使用した（以下、同様）。
また、前記全長Ｓｓタンパク質発現細胞に、前記実施例１（１）の各抗体のサンプル（終濃度３μｇ／ｍｌ）を１０μｌ添加した後、前記実施例１（４）で得られたビオチン化ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質（終濃度２．７μｇ／ｍｌ）を１０μｌ添加した。そして、得られた反応液を、４℃で３０分間インキュベートし、反応させた。前記反応後の反応液１５μｌに対し、ＡＰＣ標識ストレプトアビジン（終濃度２μｇ／ｍｌ）を１０μｌ添加して染色し、得られた細胞について前記フローサイトメーターを用いて解析した。これにより、各抗体の存在下における、前記全長Ｓｓタンパク質発現細胞と、ＡＣＥ２との結合を確認した。コントロールは、前記抗体サンプルを添加しなかった以外は同様にして測定した。そして、コントロールにおける測定値を基準とし、各抗体サンプルにおける測定値を補正した。これらの結果を図１に示す。
図１は、Ｓｓタンパク質における各抗体の認識部位および各抗体サンプルの存在下における、全長Ｓｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合を示すグラフである。図１において、横軸は、抗体サンプルの種類を示し、縦軸は、Ｓｓタンパク質のドメインへの結合性およびＳｓタンパク質のＡＣＥ２結合性の相対値を示す。なお、図示していないが、いずれのクローンも全長Ｓｓタンパク質発現細胞への結合が確認された。図１に示すように、各抗体クローンのうち、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＮＴＤに結合する抗ＮＴＤ抗体の６クローン（クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、クローン８Ｄ２）の存在下では、前記全長Ｓｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合が増強されることがわかった。すなわち、これらの抗体が存在すると、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強されることがわかった。なお、ＲＢＤ領域およびＳ２領域に結合する抗体では、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強させる抗体は存在せず、ＮＴＤ領域に結合する抗体の一部が、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強させることから、ＮＴＤ領域に対する抗体の一定の領域に結合する抗体が、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合能を増強させる機能を有することが示唆された。他方、ＲＢＤ領域に結合する抗体が存在すると、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が低減することがわかった。これらのことから、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染者において、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強させる抗体が存在することがわかった。また、ＡＣＥ２は、ＳＡＲＳ２の感染の確立に重要であることから、被検者におけるこれらの抗体を検出することにより、ＳＡＲＳ２への易感染性および重症化の試験を実施できることが示唆された。さらに、ＳＡＲＳ２のスパイクタンパク質の抗ＲＢＤ抗体が、中和抗体として使用できることがわかった。なお、前述のように、２９３Ｔ細胞等は、Ｆｃ受容体依存的なＡＤＥに必須のＦｃ受容体を発現していない。このため、前記ＳＡＲＳ２感染者におけるＡＣＥ２結合増強抗体は、Ｆｃ受容体非依存的な機構で、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合性を増強していることがわかった。
Ｓｓタンパク質とＡＣＥ２との結合を増強する抗体（抗ＮＴＤ抗体）の６クローン（クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、クローン８Ｄ２）について、アミノ酸配列を同定した。各抗体のアミノ酸配列を以下に示す。各アミノ酸配列において、下線で示すアミノ酸配列が、Ｎ端からＣ端に向かって、それぞれ、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３のアミノ酸配列に対応する。
クローン２２１０重鎖可変領域（配列番号９８）
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRVEDTAVYYCARDQEWFRELFLFDYWGQGTLVTVSS
クローン２２１０軽鎖可変領域（配列番号９９）
DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYDASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPPTFGPGTKVDIK
クローン２４９０重鎖可変領域（配列番号１００）
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMNWVRQAPGKGLEWVANINQDGGEKYYVDSVRGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDPYDLYGDYGGTFDYWGQGTLVTVSS
クローン２４９０軽鎖可変領域（配列番号１０１）
EIVLTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLQSEDFALYYCQQYNNWWRTFGQGTKVEIN
クローン８Ｄ２重鎖可変領域（配列番号１０２）
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMSWVRQAPGKGLEWVANINQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQVNSLRAEDTAVYYCARDWDYDILTGSWFGAFDIWGQGTTVTVSS
クローン８Ｄ２軽鎖可変領域（配列番号１０３）
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKRLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLQHNSYPLTFGGGTKVEIK
クローン２５８２重鎖可変領域（配列番号１０４）
QVQLVQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTTYAMNWVRQAPGQGLEWMGWINTNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVNTAFLHIGSLKAEDTAVYYCARDQDSGYPTYYYYYMDVWGKGTTVTVSS
クローン２５８２軽鎖可変領域（配列番号１０５）
DIVMTQTPLSLSVTPGQPASISCKSSQSLLHSDGKTYLYWYLQKPGQSPQLLIYEVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQSIQPPLTFGGGTKVEIK
クローン２３６９重鎖可変領域（配列番号１０６）
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVADISYDGSEKYYADSVKGRFTIYRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDFGGDNTAMVEYFFDFWGQGTLVTVSS
クローン２３６９軽鎖可変領域（配列番号１０７）
DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYNSYSPTFGQGTKVEIK
クローン２６６０重鎖可変領域（配列番号１０８）
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYDMHWVRQATGKGLEWVSAIGTAGDTYYPGSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARADPYQLLGQHYYYGMDVWGQGTTVTVSS
クローン２６６０軽鎖可変領域（配列番号１０９）
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPLITFGQGTRLEIK
（６）ＡＣＥ２結合性の確認
つぎに、上記各クローンと、ＮＴＤ領域に結合するもののＡＣＥ２への結合能の増強活性が弱いクローン２０１６およびクローン４Ａ８とについて、所定濃度（０、０．１、０．３、１、３または１０μｇ／ｍｌ）となるように、各抗体を添加した以外は、前記実施例１（５）と同様に、ＡＣＥ２との結合を確認した。なお、クローン２０１６およびクローン４Ａ８については、前記参考文献９および１０に記載のアミノ酸配列に基づき、前記実施例１（１）および（２）と同様に調製した。以下、他の抗体クローンについても、特に言及がない限り同様に、前記参考文献９および１０に記載のアミノ酸配列に基づき調製している。これらの結果を図２に示す。
図２は、各抗体サンプルの存在下における、全長Ｓｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合を示すグラフである。図２において、横軸は、抗体サンプルの濃度を示し、縦軸は、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２結合性の相対値を示す。図２に示すように、クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、およびクローン８Ｄ２では、濃度依存的に、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強された。他方、クローン２０１６およびクローン４Ａ８では、いずれの濃度においても、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強は、観察されなかった。
（７）中和抗体のＡＣＥ２結合性への影響の確認
つぎに、上記のうち５クローン（クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン８Ｄ２）と、ＡＣＥ２への結合能の増強活性が弱いクローン４Ａ８とについて、３μｇ／ｍｌとなるように、各抗体を添加し、さらに、中和抗体であるクローンＣ１４４（抗ＲＢＤ抗体）を、所定濃度（０、０．１、０．３、１、３または１０μｇ／ｍｌ）となるように添加した以外は、以外は、前記実施例１（６）と同様に、ＡＣＥ２との結合を確認した。これらの結果を図３に示す。
図３は、各抗体サンプルの存在下における、全長Ｓｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合を示すグラフである。図３において、横軸は、Ｃ１４４抗体の濃度を示し、縦軸は、ＡＣＥ結合性を示す。図３に示すように、Ｃ１４４非存在下では、前記実施例１（６）と同様に、濃度依存的に、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強された。他方、Ｃ１４４存在下では、濃度依存的に、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性の増強が見られるものの、Ｃ１４４非存在下と比べて、ＡＣＥ２への結合が抑制された。これらの結果から、ＳＡＲＳ２感染者では、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強する抗体が存在すること、前記抗体による結合性の増強は、中和抗体により抑制できることがわかった。
［実施例２］
Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強する抗体が、ＳＡＲＳ２の感染増強作用を示すことを確認した。
（１）ＳＡＲＳ２感染者の血清由来抗ＮＴＤ抗体の調製
クローン２３６９、クローン２４９０、クローン抗体２５８２、およびクローン８Ｄ２は、前記実施例１（１）と同様にして調製した。
（２）ＳＡＲＳ２のＳタンパク質発現シュードタイプウイルスの調製
ＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質を発現する遺伝子を、ｐＭＥ１８ｓプラスミドにクローニングし、ＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質発現ベクターを得た。その後、前記ＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質発現ベクターを２９３Ｔ細胞に一過性にトランスフェクションし、ＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質発現細胞を作成した。前記トランスフェクションの２４時間後、培地を新しい培地に交換し、ＧＦＰレポーター遺伝子を組み込んだＶＳＶ－Ｇ欠損水疱性口内炎ウイルス（vesicular stomatitis virus：VSV）を添加し、２時間インキュベートして前記細胞にウイルスを感染させた。つぎに、前記細胞の培地を、ＦＢＳを含まないＤＭＥＭ培地で洗浄した。そして、１０％ＦＢＳ添加ＤＭＥＭを添加し、３７℃、５％ＣＯ２の条件で４８時間培養した。前記培養後、ＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質を含むシュードタイプウイルスを含む上清を回収し、分注後に、使用時まで－８０℃で保存した。
（３）ＡＣＥ２恒常発現細胞の調製
ヒトＡＣＥ２（GenBank Accession No.: NP_001358344.1（配列番号６））のコーディング領域（GenBank Accession No.: NM_001371415.1の50～2467番目の塩基配列）をコードするポリヌクレオチド（配列番号７）を、ｐＭＸｓベクターにクローニングし、ヒトＡＣＥ２発現ベクターを作成した。ポリエチレンイミン（PEI; Polysciences社製）を使用し、前記ヒトＡＣＥ２発現ベクターと、amphotropicウイルスのエンベロープタンパク質発現ベクターとをＰｌａｔＥ細胞にトランスフェクションし、４８時間培養することにより、レトロウイルスを発現させた。前記培養後、前記レトロウイルスを含む培養上清を回収した。前記培養上清と、ＤＯＴＡＰリポソームトランスフェクション試薬（Roche社製）とプレミックスした後、２４００ｒｐｍ、３２℃、２時間の条件で、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞にスピントランスフェクション後、３日間培養した。前記培養後、回収した細胞を蛍光標識した抗ＡＣＥ２抗体（R&D Systems社製）を用いて染色し、前記染色後の細胞について、ＳＨ８００Ｓセルソーター（ソニー社製）でＡＣＥ２陽性細胞を選別し、ＡＣＥ２恒常発現細胞を得た。
（４）感染試験
前記ＡＣＥ２恒常発現細胞を、９６ウェルプレートに２００００ｃｅｌｌ／ｗｅｌｌとなるように播種し、ＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質を含むシュードタイプウイルスを１０μｌ添加した。つぎに、前記実施例２（１）で調製した抗ＮＴＤ抗体（クローン２３６９、クローン２４９０、クローン抗体２５８２、クローン８Ｄ２、またはクローン４Ａ２）を、所定濃度（０、０．０３、０．０１、０．１、１、または１０μｇ／ｍｌとなるように添加し、３７℃、２４時間の条件でインキュベートした。これにより、前記細胞にシュードタイプウイルスを感染させた。前記インキュベート後、BD FACSVerse（商標）フローサイトメーターにより、ＧＦＰシグナルを検出することにより、シュードタイプウイルスの感染を検出した。参考例は、抗ＮＴＤ抗体に代えて、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合増強能のない抗ＮＴＤ抗体（クローン４Ａ２）を使用した以外は同様とした。さらに、コントロールは、抗ＮＴＤ抗体を添加しなかった以外は同様にして実施した。そして、コントロールにおけるシュードタイプウイルスの感染量または感染割合を基準とし、各抗体における感染細胞の割合の相対値を算出した。これらの結果を図４に示す。
図４は、シュードタイプウイルスの感染割合を示すグラフである。図４において、横軸は、抗体サンプルの濃度を示し、縦軸は、シュードタイプウイルスの感染割合を示す。図４に示すように、参考例の抗体（クローン４Ａ２）と比較して、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン抗体２５８２、クローン８Ｄ２の存在下では、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質を発現するシュードタイプウイルスの感染割合が濃度依存的に増加することがわかった。なお、図示していないが、クローン２２１０を用いた場合も、同様に濃度依存的に感染割合が増加することを確認している。これらの結果から、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強する抗体は、ＳＡＲＳ２の感染増強作用を示すことがわかった。
（５）ＳＡＲＳ２の感染実験
つぎに、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強する抗体が、ＳＡＲＳ２の感染増強能を有するかを確認した。まず、ＳＡＲＳ２としては、神奈川県衛生研究所で取得された、ＳＡＲＳ２のKNG19-020株を利用した。具体的には、ＳＡＲＳ２のウイルスストックは、TMPRSS2を発現するVeroE6細胞を用いて増幅した。得られたウイルスストック（6.25 log TCID50）を２％ＦＢＳ含有ＤＭＥＭ培地で１００倍に希釈し、１×１０５細胞／ｍｌの感染対象細胞と混合した。前記混合時にあわせて、クローン２４９０の終濃度が、１μｇ／ｍｌとなるように添加した。前記感染対象細胞としては、ＨＥＫ２９３細胞、前述のヒトＡＣＥ２を発現するＨＥＫ２９３細胞、およびヒトＡＣＥを発現するＨｕｈ７細胞を用いた。前記混合後、３７℃、５％ＣＯ２、湿潤条件下で３時間培養した。前記培養後、ＤＭＥＭで細胞を洗浄することによりウイルスを除去した。前記ウイルスの除去後、さらに、前記培養条件で２日間培養した。そして、培養後の培養上清を回収し、ウイルスＲＮＡ回収キット（QIAamp viral RNA extraction kit、Qiagen社製）を用いて、前記培養上清からウイルスＲＮＡを抽出した。そして、得られたＲＮＡおよび下記Ｎ２プライマーセットを用いて、定量的ＰＣＲを実施することにより、培養上清中のウイルスのコピー数を測定した。これらの結果を、図５に示す。
・Ｎ２プライマーセット
フォワードプライマー（配列番号１１９）
5'-AGCCTCTTCTCGTTCCTCATCAC-3'
リバースプライマー（配列番号１２０）
5'-CCGCCATTGCCAGCCATTC-3'
図５は、ＳＡＲＳ２の感染結果を示すグラフである。図５において、（Ａ）は、ＨＥＫ２９３細胞を用いた結果であり、（Ｂ）は、ＡＣＥ２を発現するＨＥＫ２９３細胞を用いた結果であり、（Ｃ）は、Ｈｕｈ７を用いた結果である。図５（Ａ）～（Ｃ）において、横軸は、抗体の有無を示し、縦軸は、ウイルス量を示す。図４（Ａ）に示すように、Ｓｓタンパク質が結合するＡＣＥ２が発現していない細胞では、抗体の有無で、ＳＡＲＳ２の感染量は変化しなかった。他方、図５（Ｂ）および（Ｃ）に示すように、ＡＣＥ２発現細胞では、抗体が存在すると、ＳＡＲＳ２の感染量が増強された。これらの結果から、前記Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強する抗体は、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強させることにより、ＡＣＥ２発現細胞への感染を増強することがわかった。
［実施例３］
Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強する抗体が、Ｓタンパク質への結合において競合することを確認した。
（１）抗ＮＴＤ抗体の調製
クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、およびクローン８Ｄ２は、前記実施例１（１）と同様にして調製した（競合抗体）。また、定常領域について、ヒトＩｇＧ１に代えて、マウスＩｇＧ２ａを用いた以外は、同様にして各クローンの定常領域がｍＩｇＧ２ａである抗体を調製した（バインダー抗体）。また、コントロールの競合抗体として、Ｓ２領域に結合するクローン２１４７抗体を同様にして調製した。
（２）抗ＮＴＤ抗体の競合性確認
前記実施例１（３）のＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質およびＧＦＰの遺伝子を導入した細胞に、前記実施例３（１）の６種類の抗ＮＴＤ抗体（競合抗体）またはコントロールの抗体を添加し、さらに前記実施例３（１）で調製した、定常領域がマウスＩｇＧ２ａである６種類の抗ＮＴＤ抗体（バインダー抗体）をそれぞれ添加した。各抗体の濃度は、１０μｇ／ｍｌとした。前記添加後、４℃、３０分間の条件でインキュベートした。前記インキュベート後、各細胞を、ＡＰＣ標識抗マウスＩｇＧ抗体で染色した。コントロールは、前記バインダー抗体に代えて、前記実施例１（４）で得られたビオチン化ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質を２．７μｇ／ｍｌとなるように添加し、その後ＡＰＣ標識ストレプトマイシンで染色した以外は、同様にして実施した（ＡＣＥ２）。そして、コントロールにおけるコントロールの競合抗体（クローン２１４７とＡＣＥ２との組合せ）を添加した際の蛍光強度（ＭＦＩ）を約１００とし、蛍光強度の相対値として算出した。これらの結果を図６に示す。
図６は、蛍光強度の相対値を示すグラフである。図６に示すように、６種類の抗ＮＴＤ抗体（クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、クローン８Ｄ２）は、いずれの組み合わせであっても蛍光強度の相対値が低下し、互いに競合することがわかった。また、いずれの抗体も、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強することが再確認された。これらのことから、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強させる抗体（感染増強抗体）は、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質における結合部位の一部または全部が互いに重複しているか、Ｓタンパク質と抗体との結合に起因する立体障害が生じる範囲で結合していることがわかった。また、前記６種類の抗ＮＴＤ抗体を基準抗体とし、Ｓタンパク質への結合の競合性を指標とすることで、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強させる抗体を検出できることがわかった。
［実施例４］
Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強させる抗体のエピトープマッピングを行い、Ｓタンパク質における同一領域を認識していることを確認した。
ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＮＴＤについて、Ｎ末端側から順に１アミノ酸ずつアラニンに置換した各種変異NTD-PILR-TMをコードする遺伝子を含む発現ベクターを用いた以外は、前記実施例１（３）と同様にして、各種変異ＮＴＤ発現細胞を作成した。前記変異ＮＴＤ発現細胞と、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強させる抗体（クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、クローン８Ｄ２（感染増強抗体））とを反応させた。前記反応後、前記変異ＮＴＤ発現細胞をＡＰＣ標識抗ヒトＩｇＧ抗体（Jackson ImmunoResearch社製）で染色した。また、前記抗体に代えて、Ｓｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強させない抗体（クローン４Ａ８）またはＮＴＤのＮ末端に付加したＦｌａｇに対する抗体を用いた以外は、同様にして実施した。なお、クローン４Ａ８は、実施例１（１）の各抗体と同様にして調製した。コントロールは、野生型ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＮＴＤ発現細胞を使用した以外は同様とし、各種変異ＮＴＤ発現細胞と、野生型ＮＴＤ発現細胞（ＳＡＲＳ－ＮＴＤ発現細胞）との蛍光強度を比較した。各サンプルの蛍光強度は、抗Ｆｌａｇ抗体を用いた場合の蛍光強度で補正した。これらの結果を図７および８に示す。
図７は、感染増強抗体（クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、クローン８Ｄ２）の蛍光強度の変化を示すグラフである。図７において、横軸は、ＮＴＤの変異アミノ酸の位置を示し、縦軸は、蛍光強度の相対値（対数）を示す。なお、図７においては、蛍光強度の相対値に変化があった前後のアミノ酸のデータを示している。図８は、感染増強抗体が共通して認識するＮＴＤのアミノ酸の位置を示す。図７に示すように、各感染増強抗体は、一部のエピトープに異なる点があるものの、Ｓｓタンパク質の６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、特に、６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸については、複数の感染増強抗体が認識し、これらのアミノ酸に変異を導入した変異タンパク質の場合、結合能が低下すると推定された。なお、各抗体のエピトープのアミノ酸の位置については、前述のアミノ酸と一致した。また、図８（Ａ）において、白線で囲った領域で示すように、各抗体の認識部位を比較すると、（Ｂ）に示すように、感染増強抗体は、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質の立体構造において円状のスポットで示す領域を共通して認識することがわかった。また、このように立体構造において認識領域が近似しているため、感染増強抗体間での競合が生じていると推定された。また、各感染増強抗体において、８Ｄ２が、他の感染増強抗体が認識する部位の共通部位をよく認識しており、競合性を指標に試験する際の基準抗体として適していることがわかった。
［実施例５］
感染増強抗体の認識部位を変異させた変異タンパク質を調製し、感染増強抗体が結合しなくなることを確認した。
QuikChange Multi Site-Directed Mutagenesis Kit（アジレント・テクノロジー株式会社）を用い、添付のプロトコルに従って、全長ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質において、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸のうち１つ以上をアラニンに置換した変異タンパク質をコードする発現ベクターを調製した。前記ＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質の発現ベクターに代えて、前記変異タンパク質をコードする発現ベクターを用いた以外は、前記実施例１（３）と同様にして、変異タンパク質を発現する細胞を調製した。前記変異タンパク質を発現する細胞と、感染増強抗体（クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、クローン８Ｄ２）、非感染増強ＮＴＤ抗体（クローン４Ａ８、クローン２０１６）、またはＳＡＲＳ２のＲＢＤに対するマウス抗体（クローン５－１－１）とを共存させ、４℃、３０分間の条件でインキュベートした。前記インキュベート後、前記細胞を、ＡＰＣ標識抗ヒトＩｇＧ抗体またはＡＰＣ標識抗マウスＩｇＧ抗体を添加して染色し、フローサイトメーターで解析した。コントロールは、全長Ｓｓタンパク質発現細胞を用いた、または前記抗体を用いなかった以外は同様にして実施した。これらの結果を図９に示す。なお、Ｓｓタンパク質の６５位のアミノ酸（Ｆ）は、６４位（Ｗ）および６６位（Ｈ）のアミノ酸の内側（Ｓｓタンパク質の内側）に配置されているため、Ｓｓタンパク質の表面には露出しておらず、感染増強抗体の認識部位ではない。ただし、６５位のアミノ酸（Ｆ）をアラニン置換と組合せると、感染増強抗体の結合がより低下することを別途確認している。これは、６５位のアミノ酸への置換により、６４位および６６位のアミノ酸の位置が変化することによると推定される。
図９は、各抗体の結合量を示すヒストグラムである。図９（Ａ）において、上段から下段に向かって、クローン２２１０、クローン２３６９、クローン２４９０、クローン２５８２、クローン２６６０、およびクローン８Ｄ２の結果を示す。図９（Ａ）において、ヒストグラムの上段は、アラニン置換を行なった変異対象アミノ酸を示す。また、図９（Ｂ）および（Ｃ）において、上段の各図が、野生型スパイクタンパク質の発現細胞を用いた結果を示し、下段の各図が、変異タンパク質の発現細胞を用いた結果を示す。図９（Ｂ）および（Ｃ）において、各ヒストグラムの上部、またはヒストグラム内の上部に使用したクローン名を示している。図９の各ヒストグラムにおいて、横軸は、抗体の結合量を示し、横軸は、細胞のカウント数を示す。また、図９（Ａ）の各ヒストグラムにおいて、実線のヒストグラムは、変異タンパク質を発現する細胞を用いた結果を示し、網掛けのヒストグラムは、全長Ｓｓタンパク質発現細胞を用いた結果（コントロール）を示す。図９（Ｂ）および（Ｃ）の各ヒストグラムにおいて、実線のヒストグラムは、各抗体を添加した結果を示し、網掛けのヒストグラムは、各抗体を添加しなかった結果（コントロール）を示す。図９（Ａ）に示すように、６４位および６６位と、２１３位および２１４位とは、それぞれ１つをアラニン置換した場合と比較して、複数をアラニン置換することにより、感染増強抗体の結合を効果的に抑制できた。また、図９（Ａ）～（Ｃ）に示すように、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質の６４位、６６位、２１３位、および２１４位のアミノ酸をアラニン置換した変異体タンパク質、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸をアラニン置換した変異タンパク質、ならびに６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸をアラニン置換した変異タンパク質には、感染増強抗体が結合せず、非感染増強抗体および中和抗体のみが結合した。このため、感染増強抗体の認識部位を変異させた変異タンパク質では、感染増強抗体が結合しなくなることがわかり、また、Ｓｓタンパク質の６４位、６６位、２１３位、および２１４位に変異を導入することにより効果的に結合を抑制できることがわかった。また、生体内で感染増強抗体が誘導されるためには、Ｓタンパク質に、感染増強抗体のエピトープが存在する必要がある。このため、前記感染増強抗体の認識部位を変異させたＳＡＲＳ２の変異スパイクタンパク質は、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強する抗体および感染増強抗体の誘導が抑制された、ＳＡＲＳ２のワクチンの免疫原として使用できると推定された。
［実施例６］
ＳＡＲＳ２の感染者の血清中に、感染増強抗体が存在することを確認した。
ＰＣＲ検査により、ＳＡＲＳ２に感染したと診断された重症患者（人工呼吸器を装着（以下、同様）、ｎ＝３）から、血清を採取した。なお、本実施例で使用したＳＡＲＳ２感染者の血清は、すべて、２％ＣＨＡＰＳで５分間処理し、血清中に含まれるＳＡＲＳ２を不活化処理した（以下、同様）。前記血清を、０．１%ＢＳＡおよび０．０５％ＮａＮ３含有ＨＡＮＫＳ緩衝液により１００倍に希釈し、希釈血清を得た。つぎに、前記実施例１（３）のＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質およびＧＦＰ発現２９３Ｔ細胞に、１０μｌの希釈血清を添加し、反応させた。前記反応後の反応液に、３５ｎｇ／ｍｌとなるように、基準抗体（実施例２のバインダー抗体の８Ｄ２）を１０μｌ加え、さらに反応させた。その後、ＡＰＣ標識抗マウスＩｇＧ抗体で染色し、ＧＦＰ陽性細胞におけるＡＰＣの蛍光強度を前記フローサイトメーターで解析した。比較例として、ＳＡＲＳ２感染者の血清に代えて、健常人の血清（ｎ＝２）を使用した以外は同様に解析した。また、コントロールは、前記基準抗体を未添加とした以外は同様にして試験を行った。なお、ヒト血清の採取および使用については、大阪大学により承認を得た上で、提供者から書面による同意を得て採取および使用した（以下、同様）。これらの結果を図１０に示す。
図１０は、抗体の結合量を示すヒストグラムである。図１０において、横軸は、前記血清中の抗体の結合量を示し、横軸は、細胞のカウント数を示す。また、図１０において、各ヒストグラムの上は、血清サンプルの種類を示し、網掛けのヒストグラムは、基準抗体未添加（コントロール）のサンプルの結果を示し、実線のヒストグラムは、基準抗体を添加したサンプルの結果を示す。図１０に示すように、健常者の血清では、コントロールと比較して、基準抗体との競合により、血清由来の抗体の結合量に変化がなかった。すなわち、感染増強抗体が含まれていないことがわかった。これに対して、ＳＡＲＳ２感染者の血清では、コントロールと比較して、基準抗体との競合により、血清由来の抗体の結合量が低下した。すなわち、ＳＡＲＳ２感染者の血清は、感染増強抗体を含むことが分かった。また、ＳＡＲＳ２感染者の重症患者において、感染増強抗体が生じていることから、感染増強抗体が、重症化マーカーとして使用しうることが確認された。
［実施例７］
ＳＡＲＳ２感染者血清において、抗ＮＴＤ抗体価、抗ＲＢＤ抗体価、ＡＣＥ２結合性、および感染増強抗体価を評価し、それぞれが相関するかを確認した。
（１）抗ＮＴＤ抗体価の測定
ＳＡＲＳ２の患者（ｎ＝５４、総検体数８８検体）の入院時から退院時までに経時的に採取した血清から、前記実施例６と同様にして１０μｌの希釈血清を調製した。前記希釈血清を、前記実施例１（３）のＳＡＲＳ２－ＮＴＤ発現細胞に添加し、反応させた。その後、ＡＰＣ標識抗ヒトＩｇＧ抗体で染色し、ＧＦＰ陽性細胞におけるＡＰＣの蛍光強度を前記フローサイトメーターで解析し、ＳＡＲＳ２感染者血清における抗ＮＴＤ抗体価を測定した。
（２）抗ＲＢＤ抗体（中和抗体）価の測定
ＳＡＲＳ２－ＮＴＤ発現細胞に代えて、前記実施例１（３）のＳＡＲＳ２－ＲＢＤ発現細胞を用いた以外は、前記実施例７（１）と同様にして、ＳＡＲＳ２感染者血清における抗ＲＢＤ抗体価を測定した。
（３）感染増強抗体価の測定
前記血清を、０．１%ＢＳＡおよび０．０５％ＮａＮ３含有ＨＡＮＫＳ緩衝液により３０倍に希釈し、３０倍希釈血清を得た。前記実施例１（３）で得られたＳＡＲＳ２の全長Ｓｓタンパク質およびＧＦＰ発現２９３Ｔ細胞に、１０μｌの前記３０倍希釈血清を添加し、反応させた。前記反応後、得られた反応液に、３５ｎｇ／ｍｌとなるように、基準抗体（実施例２のバインダー抗体の８Ｄ２）を１０μｌ加え、さらに反応させた。その後、ＡＰＣ標識抗マウスＩｇＧ抗体で染色し、ＧＦＰ陽性細胞におけるＡＰＣの蛍光強度を前記フローサイトメーターで解析し、感染増強抗体価を測定した。
（４）ＡＣＥ２結合性の測定
前記実施例１（１）で得られた抗体に代えて、前記希釈血清を用いた以外は前記実施例１（５）と同様にして、前記希釈血清の存在下における、前記全長Ｓｓタンパク質発現細胞と、ＡＣＥ２の結合性を確認した。これらの結果を図１１に示す。
図１１は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染者血清中の抗ＮＴＤ抗体価、抗ＲＢＤ抗体価、ＡＣＥ２結合性、感染増強抗体価の関係を示すグラフである。図１１において、（Ａ）は、使用した測定系の概要を示し、（Ｂ）は、ＡＣＥ２結合性と抗ＲＢＤ抗体価との関係を示し、（Ｃ）は、抗ＮＴＤ抗体価と抗ＲＢＤ抗体価の関係を示し、（Ｄ）は、感染増強抗体価と抗ＲＢＤ抗体価の関係を示し、（Ｅ）は、抗ＲＢＤ抗体価が低い群（低ＲＢＤ抗体価群）、抗ＲＢＤ抗体価が中程度の群（中ＲＢＤ抗体価群）、および抗ＲＢＤ抗体価が高い群（高ＲＢＤ抗体価群）における、ＡＣＥ２結合性と感染増強抗体価の関係を示す。図１１（Ｂ）において、横軸は、抗ＲＢＤ抗体価を示し、縦軸は、ＡＣＥ２結合性を示す。図１１（Ｃ）において、横軸は、抗ＲＢＤ抗体価を示し、縦軸は、抗ＮＴＤ抗体価を示す。図１１（Ｄ）において、横軸は、抗ＲＢＤ抗体価を示し、縦軸は、感染増強抗体価を示す。図１１（Ｅ）において、上段のグラフは、図１１（Ｂ）のグラフと同じものであり、横軸は、抗ＲＢＤ抗体価を示し、縦軸は、ＡＣＥ２結合性を示す。図１１（Ｅ）の下段のグラフは、ＡＣＥ２結合性と感染増強抗体価の関係を示し、左から、低ＲＢＤ抗体価群、中ＲＢＤ抗体価群、高ＲＢＤ抗体価群の結果を示す。また、図１１（Ｅ）の下段のグラフにおいて、横軸は、感染増強抗体価を示し、縦軸は、ＡＣＥ２結合性を示す。
図１１（Ｂ）に示すように、抗ＲＢＤ抗体価の上昇に伴い、全長スパイク発現細胞とＡＣＥ２の結合性が低下するため、抗ＲＢＤ抗体がＳＡＲＳ２の中和抗体として機能することが確認された。また、図１１（Ｃ）に示すように、抗ＲＢＤ抗体価の上昇と、抗ＮＴＤ抗体価の上昇とは相関することがわかった。すなわち、ＳＡＲＳ２の感染により、Ｓタンパク質の様々な部位に対する抗体が同時に誘導されることがわかった。また、図１１（Ｂ）および（Ｄ）に示すように、抗ＲＢＤ抗体価が低い患者群（図１１（Ｂ）および（Ｄ）において、網掛けで示す群）においては、ＡＣＥ２結合性および感染増強抗体価にばらつきがみられたが、抗ＲＢＤ抗体価が高い患者群と比較して、ＡＣＥ２結合性が高かった。そして、図１１（Ｅ）に示すように、低ＲＢＤ抗体価群、中ＲＢＤ抗体価群、および高ＲＢＤ抗体価群を比較すると、抗ＲＢＤ抗体価の上昇に伴い、感染増強抗体価も上昇しているが、ＡＣＥ２結合性は低下した。これらのことから、抗ＲＢＤ抗体価の上昇が不十分なＳＡＲＳの感染初期において、感染増強抗体価が高いと、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強され、その結果、感染増強が生じて重症化が引き起こされると推定された。したがって、感染増強抗体価が、感染性および重症化の指標となることが示唆された。
［実施例８］
ＳＡＲＳ２感染後の感染増強抗体価、抗ＲＢＤ抗体価、およびＡＣＥ２結合性の推移を確認した。
ＰＣＲ検査により、ＳＡＲＳ２にの感染したと診断された患者３名（重症患者）から、入院後定期的に採取した血清を用いた以外は、前記実施例７と同様にして、各患者血清における感染増強抗体価、抗ＲＢＤ抗体価、およびＡＣＥ２結合性の推移を確認した。患者番号３０の患者は、入院後１、６、８、１３日目に血清を採取し、患者番号７４の患者は、入院後１、８，１６、１９、２２、２７日目に血清を採取し、患者番号６８の患者は、入院後１、７、１３、１８、２３日目に血清を採取した。これらの結果を図１２に示す。
図１２は、各感染者血清中の感染増強抗体価、抗ＲＢＤ抗体価、またはＡＣＥ２結合性の推移を示すグラフである。図１２において、横軸は、入院後の経過時間を示し、縦軸は、抗ＲＢＤ抗体価、またはＡＣＥ２結合性を示す。図１２において、上段の３図が、感染増強抗体価の推移を示すグラフであり、中段の３図が、抗ＲＢＤ抗体価の推移を示すグラフであり、下段の３図が、ＡＣＥ２結合性を示すグラフである。図１２の各図において、左から、患者番号３０、患者番号７４、および患者番号６８の結果を示す。図８に示すように、いずれの患者においても、抗ＲＢＤ抗体価よりも感染増強抗体価が先に上昇することがわかった。また、抗ＲＢＤ抗体価が低い（抗ＲＢＤ抗体が産生されていない）感染初期において、感染増強抗体価の上昇に伴い、ＡＣＥ２結合性が上昇することがわかった。このため、感染初期において、感染増強抗体価が高いと、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強され、その結果、感染増強が生じて重症化が引き起こされていることが確認された。したがって、感染増強抗体価が、感染性および重症化の指標となることがわかった。
［実施例９］
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２非感染者の血清中の抗ＮＴＤ抗体価を確認した。
２０１９年６月以前に採取された、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していない、アメリカ人の健常者（ｎ＝４８）の血清（GeorgeKingBio-Medicalから購入）を使用した以外は前記実施例７（１）と同様にして、抗ＮＴＤ抗体価を測定した。また、コントロールは、前記血清を未添加とした以外は、同様にして測定した。これらの結果を図１３に示す。
図１３は、各血清中の抗ＮＴＤ抗体の結合量を示すヒストグラムである。図１３の各ヒストグラムにおいて、横軸は、前記血清における抗ＮＴＤ抗体の結合量を示すグラフであり、縦軸は、細胞数のカウントを示す。図１３において、網掛けのヒストグラムは、コントロール（血清未添加）の結果を示し、実線のヒストグラムは、各血清サンプルの結果を示す。図１３に示すように、健常者由来の血清において、２５検体から抗ＮＴＤ抗体価が存在することを確認できた。ＳＡＲＳ２への感染において、欧米人は、アジア人より感染率および重症化率が高いことが示唆されている。前記抗ＮＴＤ抗体は、感染増強抗体を含む指標であるため、抗ＮＴＤ抗体が見られる健常者は、一定程度、感染増強抗体を保有すると推定される。このため、欧米人は、感染増強抗体を保有する人が一定割合存在するため、アジア人より感染率および重症化率が高いと推定された。また、血清中に抗ＮＴＤ抗体を保有する人に対し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の全長スパイクタンパク質を有効成分とするワクチンを投与すると、感染増強抗体の産生増強を誘導する可能性があるため、本発明の変異タンパク質を、ワクチンの有効成分とすることにより、感染増強抗体の産生誘導および増強を抑制できる可能性が示唆された。
［実施例１０］
感染増強抗体の結合により、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強されるメカニズムを確認した。
感染増強抗体によるＳタンパク質のＡＣＥ２への結合性の増強のメカニズムについて、Ｓタンパク質の結晶構造解析のデータに基づき、検討した。前記Ｓタンパク質の結晶構造としては、Protein Data bankにおける以下のPDB番号で登録されているＳタンパク質の結晶構造解析のデータを用いた。なお、Ｓタンパク質は、Ａ鎖、Ｂ鎖およびＣ鎖の三量体であるため、各鎖のPDB番号を示している。前記データには、Ｓタンパク質がＡＣＥ２への結合性を有する構造（RBD-Up）における結晶構造解析のデータと、Ｓタンパク質がＡＣＥ２への結合性を有さない構造（RBD-Down）における結晶構造解析のデータとが含まれる。そこで、RBD-Up構造を取っているデータと、RBD-Down構造のデータを分類し、各分類のデータを、それぞれで重畳させた三次元データを作製した。そして、前記三次元データにおいて、前記感染増強抗体の結合部位のアミノ酸の位置の変化を検討した。この結果を図１４に示す。
（RBD-downの解析に使用したデータ）
7jjj-A, 7jjj-D, 7jji--A, 7jji-B, 7jji-C, 7jjj-B, 7jjj-E, 7jjj-C, 7jjj-F, 6xr8-A, 6xr8-B, 6xr8-C, 6zge-A, 6zge-B, 6zge-C, 6zgi-A, 6zgi-B, 6zgi-C, 6zgh-C, 7a94-B, 7a94-C, 6zgh-B, 6zoz-A, 6zoz-B, 6zoz-C, 7a93-C, 6zgg-A, 6zgg-C, 7a95-B, 7a97-C, 7a96-C, 6xlu-B, 6xlu-C, 6zp2-A, 6zp2-B, 6zp2-C, 6xlu-A, 6xM5-A, 6xM5-B, 7c21-B, 6zxn-B, 6zxn-B, 6zxn-C, 7c21-C, 6xM4-C, 6xM3-C, 6xM3-A, 6xM0-A, 6xM4-A, 7cn9-C, 6xm5-C, 6xey-A, 6xey-B, 6xm0-C, 6xey-C, 6zp0-A, 6zp0-B, 6zp0-C, 7cai-C, 6zoy-A, 6zoy-B, 6zoy-C, 6x6p-A, 6x6p-B, 6x6p-C, 6zox-A, 6zox-B, 6zox-C, 6zp1-A, 6zp1-B, 6zp1-C, 7cn9-B, 6xf5-A, 6xf5-B, 6xf5-C, 7chh-C, 7byr-B, 6z97-A, 7chh-B, 6xf6-A, 6z43-B, 6zhd-B, 6xf6-C, 6z43-C, 6z97-C, 6zhd-C, 6zwv-A, 6zwv-B, 6zwv-C, 7jzl-A, 7jzn-A, 6xkl-B, 6xkl-C, 6vsb-B, 6vsb-C, 7byr-C, 6vxx-A, 6vxx-B, 6vxx-C, 6x29-A, 6x29-B, 6x29-C, 6x2c-A, 6x2c-B, 6x2c-C, 6vyb-A, 6x2a-A, 6x2b-A, 6xcM-A, 6x2a-C, 6vyb-C, 6wps-A, 6wps-B, 6wps-E, 6wpt-C, 6x79-A, 6x79-B, 6x79-C, 6wpt-A, 6zow-C, 6zp5-B, 6zp7-B, 6zow-B, 6zp5-C, 6zp7-C, 6zgh-A
（RBD-upの解析に使用したデータ）
7a94-A, 7a93-A, 7a93-B, 6zgg-B, 7a95-C, 7a95-A, 7a97-B, 7a98-A, 7a98-B, 7a98-C, 7a96-A, 7a96-B, 7a97-A, 6zxn-A, 6xm3-B, 6xm4-B, 6xm0-B, 7c21-A, 7cak-A, 7cak-B, 7cak-C, 7cai-A, 7cai-B, 7cn9-A, 7chh-A, 6wpt-B, 6zow-A, 6xs6-C, 6xs6-A, 6xs6-B, 6zdh-A, 6zdh-B, 6zdh-C, 6z97-B, 6zp5-A, 6zp7-A, 6z43-A, 6zhd-A, 7jzn-C, 6xcm-B, 6xcm-C, 6xcn-A, 6xcn-C, 6xcn-E, 7jzl-C, 7jzn-B, 7jzl-B, 6xkl-A, 6vsb-A, 7byr-A, 6vyb-B, 6x2b-B, 6x2b-C, 6x2a-B, 6xf6-B
図１４は、Ｓタンパク質の構造を示す図である。図１４において、（Ａ）は、RBD-Upの構造を示し、（Ｂ）は、RBD-Downの構造を示す。図１４（Ａ）および（Ｂ）に示すように、RBD-downの構造では、Ｓｓタンパク質における６４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸（６４位のアミノ酸（Ｗ））が、ＮＴＤ領域の内部に埋まっている部分が多く、ＮＴＤ領域の表面への露出が少なかった。これに対して、RBD-Upの構造では、６４位のアミノ酸の大半が、ＮＴＤ領域の表面に露出していた。また、図１４（Ａ）および（Ｂ）に示すように、RBD-downの構造では、Ｓタンパク質における６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸がブロードに分布しているのに対して、RBD-upの構造では、一箇所に集合するような、すなわち、互いにより近位に配置されていた。また、前記感染増強抗体がＳタンパク質に結合すると、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強されることから、前記感染増強抗体がＳタンパク質に結合した場合、前記Ｓタンパク質は、RBD-Up構造となっていると推定される。これらのことから、感染増強抗体は以下のメカニズムでＳタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強していると推定される。前記感染増強抗体がＳタンパク質に結合しようと、前記Ｓタンパク質における位置、特に感染増強抗体が認識するアミノ酸位置がＳタンパク質の表面側に移動し、かつ前記認識対象のアミノ酸が近位に配置されるように移動し、前記Ｓタンパク質と前記感染増強抗体との結合が生じる。前記認識アミノ酸の移動に伴い、前記Ｓタンパク質の他のアミノ酸の位置も変化し、前記Ｓタンパク質の構造が、RBD-down構造からRBD-Up構造に変化する。この結果、前記Ｓタンパク質のＲＢＤ領域が、ＡＣＥ２に結合可能な構造となり、前記Ｓタンパク質は、ＡＣＥ２への結合性が増強されると推定される。すなわち、前記感染増強抗体は、Ｓタンパク質と結合することにより、前記Ｓタンパク質のコンフォメーションをRBD-downの構造からRBD-Upの構造に変化させていると推定された。また、このようなメカニズムでＡＣＥ２への結合性を増強するため、Ｆｃ受容体非依存的なＡＤＥを誘導化能であると推定された。なお、本発明は、上記推定には何ら制限されない。
［実施例１１］
感染増強抗体の認識部位に変異を導入することにより、対象に投与した際に、感染増強抗体の誘導能が抑制されることを確認した。
抗原サンプルとして、Ｂ１６Ｇ１０細胞に、全長のＳｓタンパク質またはＳｓタンパク質のＮＴＤ領域を発現させた細胞を調製した。具体的には、まず、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＮＴＤ領域をコードする遺伝子を、ｐＭＥ１８Ｓ発現ベクターにクローニングし、ＳＡＲＳ２のＳｓタンパク質のＮＴＤ発現ベクターを得た。前記ＰＥＩトランスフェクション試薬を用い、前記発現ベクターをマウスＢ１６Ｇ１０細胞に一過性にトランスフェクトし、４８時間培養した。前記培養後、細胞を回収し、－３０℃、３０分間の凍結処理を行った後、得られた凍結処理物（マウス１匹あたり３×１０６細胞／１００μｌ）を等量の完全フロイントアジュバント（Sigma-Aldrich社製）で完全に乳化して抗原サンプルとした。前記抗原サンプルを、７週齢のＢＡＬＢ／ｃマウスの足蹠と尾の付け根に注射して免疫し、前記免疫後１４日目にマウス血清を回収した。また、前記Ｓｓタンパク質または前記Ｓｓタンパク質のＮＴＤ領域において、Ｗ６４Ａ、Ｆ６５Ａ、Ｈ６６Ａ、Ｋ１８７Ａ、Ｖ２１３Ａ、およびＲ２１４Ａのアミノ酸変異を導入した、変異タンパク質または変異ペプチド（変異タンパク質のＮＴＤ領域）を用いた以外は、同様にしてマウス血清を回収した。
得られた血清について、前記実施例７（１）～（３）と同様にして、抗ＲＢＤ抗体価、抗ＮＴＤ抗体価、および感染増強抗体価を測定した。なお、前記Ｓｓタンパク質および変異タンパク質については、中和抗体と感染増強抗体の誘導能の変化を検討するため、抗ＲＢＤ抗体価および感染増強抗体価を測定した。また、前記Ｓｓタンパク質のＮＴＤ領域および変異ポリペプチドについては、変異によるＮＴＤに対する抗体誘導能を検討するため、抗ＮＴＤ抗体価、および感染増強抗体価を測定した。さらに、前記Ｓｓタンパク質のＮＴＤ領域および変異ポリペプチドについては、変異タンパク質のＮＴＤに対する抗体価を検討するため、前記ＳＡＲＳ－ＮＴＤ発現細胞に変異ポリペプチドと同様の変異を導入した細胞を用いて、変異ポリペプチドに対する抗体価を検討した。これらの結果を、図１５に示す。
図１５は、血清中の抗体価を示すグラフである。図１５において、（Ａ）は、免疫方法の概要を示し、（Ｂ）および（Ｃ）は、前記Ｓｓタンパク質のＮＴＤ領域または変異ポリペプチドを用いた結果を示し、（Ｄ）は、免疫方法の概要を示し、（Ｅ）および（Ｆ）は、Ｓタンパク質または変異タンパク質を用いた結果を示す。図１５（Ｂ）、（Ｃ）および（Ｅ）において、横軸は、免疫原を示し、縦軸は、各抗体の抗体価を示す。また、図１５（Ｆ）において、横軸は、免疫原を示し、縦軸は、抗ＲＢＤ抗体価に対する感染増強抗体価の比を示す。図１５（Ｂ）に示すように、前記Ｓｓタンパク質のＮＴＤ領域を免疫原とした場合、前記Ｓｓタンパク質のＮＴＤ領域および変異ポリペプチドに対する抗体の誘導能に差は認められなかった。他方、前記変異ポリペプチドを免疫原とした場合、前記Ｓｓタンパク質のＮＴＤ領域および変異ポリペプチドに対する抗体の誘導能は低下した。図１５（Ｃ）に示すように、変異ポリペプチドを免疫原とした場合、前記Ｓタンパク質のＮＴＤ領域を免疫原とした場合と比較して、感染増強抗体の誘導能が大きく低下していた。また、図１５（Ｅ）に示すように、前記Ｓｓタンパク質および変異タンパク質を免疫原とした場合、いずれも同程度の抗ＲＢＤ抗体、すなわち、中和抗体を誘導可能であった。他方、図１５（Ｆ）に示すように、変異タンパク質を免疫原とした場合、前記Ｓｓタンパク質を免疫原とした場合と比較して、中和抗体に対する感染増強抗体の誘導能が有意に低下していた。以上のことから、感染増強抗体の認識部位に変異を導入することにより、対象に投与した際に、感染増強抗体の誘導能が抑制できることがわかった。このため、本発明の変異タンパク質によれば、中和抗体の誘導能を維持しつつ、感染増強抗体の誘導を抑制できるため、ワクチン接種者におけるＡＤＥのリスクを低減できると推定された。
［実施例１２］
Ｓタンパク質における感染増強抗体の認識部位のアミノ酸は、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合を抑制していることを確認した。
（１）変異タンパク質発現細胞の調製
前記Ｓｓタンパク質における感染増強抗体の認識部位のアミノ酸（６４Ｗ、６６Ｈ、１８７Ｋ、２１３Ｖ、２１４Ｒ）のいずれか１つのアミノ酸をアラニン置換した変異タンパク質を発現させた以外は、前記実施例１（２）と同様にして変異タンパク質発現細胞を調製した。
（２）ＡＣＥ２への結合性
得られた変異タンパク質発現細胞を用い、抗体を添加しなかった以外は、前記実施例１（５）と同様にして、ＡＣＥ２への結合性を測定した。
（２）ＳＡＲＳ２のＳタンパク質発現シュードタイプウイルスの調製
前記Ｓｓタンパク質における感染増強抗体の認識部位のアミノ酸（６４Ｗ、６６Ｈ、１８７Ｋ、２１３Ｖ、２１４Ｒ）のいずれか１つのアミノ酸をアラニン置換した変異タンパク質を発現させた以外は、前記実施例２（２）と同様にして、変異タンパク質を発現するシュードタイプウイルスを調製した。また、コントロールとして、Ｓｓタンパク質を発現するシュードタイプウイルスを調製した。
（４）感染試験
つぎに、前記実施例１２（３）で調製したシュードタイプウイルスを用いた以外は、前記実施例２（４）と同様にして、ＡＣＥ２恒常発現細胞への感染実験を行ない、感染細胞の割合を測定した。これらの結果を図１６に示す。
図１６は、ＡＣＥ２への結合性およびシュードタイプウイルスの感染割合を示すグラフである。図１６において、（Ａ）は、変異タンパク質のＡＣＥ２への結合性を示す結果であり、（Ｂ）は、変異タンパク質発現シュードタイプウイルスの感染割合の結果を示すグラフである。図１６（Ａ）に示すように、前記Ｓｓタンパク質における６４位、１８７位、または２１３位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入した場合、ＡＣＥ２への結合が抑制されず、むしろ結合が増強された。他方、前記Ｓｓタンパク質の６５位、６６位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入した場合、ＡＣＥ２への結合が抑制された。また、図１６（Ｂ）に示すように、前記Ｓｓタンパク質における６４位、６６位、１８７位、２１３位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入した場合、ＡＣＥ２発現細胞への感染が抑制されず、むしろ感染が増強された。他方、前記Ｓｓタンパク質の６５位、６６位、または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入した場合、ＡＣＥ２発現細胞へ感染が抑制された。これらのことから、Ｓタンパク質における感染増強抗体の認識部位のアミノ酸は、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合およびそれを介した感染を抑制していることが示唆された。
［実施例１３］
感染増強抗体がＳタンパク質に結合することにより、Ｓタンパク質のコンフォメーションが変化し、ＡＣＥ２の結合性が増強されることを確認した。
（１）Ｓタンパク質発現細胞の調製
下記参考文献１３に記載のS-R/PP/x1変異体は、Ｓタンパク質内でジスルフィド結合が形成されるため、ＲＢＤ領域がクローズ（RBD-down）の状態で固定され、オープン（RBD-up）な状態にはならないことが知られている。そこで、前記S-R/PP/x1変異体を用いて、前記感染増強抗体が、Ｓタンパク質のコンフォメーションを変化させることにより、ＡＣＥ２の結合性を増強していることを確認した。具体的には、まず、下記配列番号１２１のアミノ酸配列からなる野生型Ｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド（配列番号１２２）を用いた以外は、前記実施例１（３）と同様にして、野生型Ｓタンパク質を発現する細胞を調製した。また、前記野生型Ｓタンパク質発現細胞において、Ｓ３８３Ｃ、Ｄ９８５Ｃ、Ｋ９８６Ｐ、およびＶ９８７Ｐのアミノ酸変異が導入された変異タンパク質を発現する細胞を調製した。
参考文献１３：Xiaoli Xiong et.al., “A thermostable, closed SARS-CoV-2 spike protein trimer”, Nature Structural & Molecular Biology, vol. 27, pages 934-941
野生型Ｓタンパク質（配列番号１２１）
MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVCPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLCPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT
野生型Ｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド（配列番号１２２）
5'-ATGTTCGTTTTCCTCGTACTGCTCCCTCTCGTGAGCAGCCAATGTGTGAATTTGACTACCCGCACACAACTTCCGCCAGCGTATACAAATTCCTTCACGCGAGGGGTATACTATCCCGATAAAGTTTTTCGATCCTCCGTGCTGCATTCAACACAAGATTTGTTTCTCCCATTTTTTAGTAATGTCACCTGGTTCCATGCCATCCACGTAAGCGGCACTAATGGGACCAAACGCTTCGATAACCCGGTCTTGCCCTTTAATGACGGCGTGTACTTCGCCAGCACTGAGAAAAGCAATATTATCAGAGGTTGGATTTTCGGCACGACCCTTGATAGCAAGACGCAGAGCCTGCTCATTGTCAACAATGCCACCAATGTAGTAATTAAGGTCTGCGAATTTCAATTCTGCAATGACCCCTTTTTGGGTGTGTACTACCACAAAAACAATAAAAGCTGGATGGAGTCTGAGTTTCGAGTGTATTCCTCAGCAAATAACTGCACCTTTGAATATGTGTCTCAGCCATTTCTCATGGATTTGGAAGGCAAACAAGGGAACTTCAAAAACCTCAGGGAGTTCGTCTTCAAAAATATCGATGGTTATTTTAAGATTTATTCTAAGCACACGCCTATCAACCTGGTGCGCGACCTCCCGCAAGGCTTCTCCGCACTGGAGCCTCTTGTCGATCTGCCCATCGGCATCAATATTACCAGGTTTCAGACGCTTCTGGCCCTGCATCGGAGTTATCTTACCCCCGGAGACTCCTCTAGCGGTTGGACAGCAGGCGCTGCGGCTTACTACGTGGGATATCTCCAGCCGCGAACATTTCTCTTGAAATACAATGAGAATGGTACCATCACGGATGCAGTCGACTGCGCGTTGGACCCACTCTCCGAAACCAAATGCACTTTGAAATCATTCACAGTAGAAAAGGGAATATACCAGACTTCAAATTTTAGGGTCCAGCCTACCGAATCCATTGTCAGGTTTCCCAATATCACGAATTTGTGCCCGTTCGGAGAAGTCTTTAATGCGACGAGATTTGCCAGTGTATATGCATGGAATAGAAAGCGCATCTCCAACTGTGTAGCTGATTACTCTGTGCTGTATAACTCAGCTTCTTTCAGTACTTTCAAGTGTTACGGGGTGTGTCCAACAAAGCTTAATGATTTGTGTTTTACGAATGTGTATGCAGACTCATTTGTGATTCGGGGGGACGAGGTGCGCCAGATTGCACCAGGGCAGACGGGGAAAATTGCTGACTATAACTACAAGCTCCCCGACGATTTCACAGGCTGCGTCATAGCCTGGAATAGCAATAATCTGGATAGTAAGGTAGGCGGCAATTACAATTATCTGTATCGCCTTTTTAGAAAGTCCAACCTTAAACCATTTGAGAGGGACATAAGCACGGAAATATATCAAGCGGGGTCCACACCTTGCAATGGGGTCGAAGGATTCAACTGTTACTTCCCGTTGCAGTCCTATGGGTTCCAGCCGACTAACGGAGTTGGATATCAGCCCTACCGCGTGGTTGTACTTAGTTTCGAGCTGCTTCACGCTCCGGCTACTGTATGCGGACCTAAAAAATCCACCAACCTCGTAAAGAATAAGTGCGTAAACTTTAACTTCAATGGACTTACGGGGACCGGTGTCTTGACTGAGTCTAATAAAAAATTCCTCCCGTTCCAACAATTTGGGCGGGACATTGCAGACACCACGGACGCTGTAAGAGATCCTCAGACTCTTGAAATACTTGATATTACGCCCTGTTCATTCGGTGGAGTCTCTGTCATTACGCCGGGAACTAATACATCAAACCAAGTCGCGGTTCTCTACCAGGACGTAAACTGTACCGAAGTCCCTGTCGCGATCCATGCAGACCAGCTGACGCCAACTTGGCGGGTTTATAGTACCGGTTCAAATGTATTCCAAACCCGCGCCGGGTGTCTCATTGGCGCCGAACATGTGAATAATTCCTACGAATGCGACATACCCATAGGAGCAGGGATCTGCGCAAGCTATCAGACACAGACAAACTCCCCACGGCGAGCGAGGTCTGTTGCCAGTCAAAGTATCATAGCGTATACTATGAGCCTCGGAGCTGAGAACTCCGTGGCCTATTCCAACAACTCAATTGCGATCCCTACAAACTTTACTATTAGCGTGACTACCGAGATCCTTCCTGTATCAATGACAAAAACGAGCGTGGACTGTACTATGTATATTTGCGGTGATTCCACAGAATGCTCTAACCTTCTCCTTCAGTACGGGAGCTTCTGCACACAACTGAACCGGGCTTTGACCGGCATCGCGGTTGAGCAGGATAAAAATACGCAGGAAGTATTTGCGCAAGTCAAACAAATATATAAAACACCTCCAATTAAAGATTTCGGTGGATTTAATTTCTCACAGATTCTTCCGGACCCGTCTAAGCCGAGTAAGCGGTCCTTTATTGAGGATTTGCTTTTCAACAAAGTCACCTTGGCTGACGCTGGCTTTATAAAGCAATACGGGGACTGCCTTGGGGACATCGCAGCACGCGATCTGATTTGCGCACAAAAATTTAATGGGTTGACAGTGCTTCCTCCGCTTCTGACCGACGAGATGATAGCCCAGTATACTAGTGCGCTTCTCGCAGGCACGATTACTTCAGGTTGGACATTCGGGGCAGGTGCAGCCCTGCAAATTCCGTTCGCGATGCAAATGGCGTACCGGTTTAACGGAATAGGCGTGACACAAAACGTGCTCTATGAGAACCAAAAACTGATTGCCAACCAATTCAACAGTGCTATAGGGAAAATCCAGGACTCTCTCTCCAGTACTGCCTCCGCATTGGGAAAATTGCAAGACGTTGTAAACCAGAATGCTCAGGCGCTGAATACGTTGGTCAAACAGCTCAGTAGTAACTTTGGGGCTATAAGCAGTGTTCTTAATGATATTCTTTCTCGGCTCTGTCCGCCTGAGGCAGAAGTCCAAATCGACCGACTTATTACTGGGAGATTGCAATCACTGCAAACATACGTAACACAACAACTCATCCGCGCGGCAGAGATACGAGCGTCAGCAAACCTGGCAGCGACCAAGATGAGCGAGTGCGTGCTCGGTCAGTCAAAGCGCGTGGACTTTTGTGGGAAGGGTTATCATCTCATGTCATTTCCACAATCCGCGCCACATGGGGTAGTCTTTTTGCACGTAACATACGTACCAGCGCAAGAAAAGAATTTTACCACGGCACCAGCAATTTGCCACGATGGGAAGGCTCACTTCCCGCGGGAGGGGGTGTTTGTTAGCAATGGTACGCATTGGTTTGTTACTCAACGCAACTTTTACGAGCCGCAAATCATTACGACAGATAATACATTTGTATCAGGTAACTGTGACGTGGTAATCGGCATTGTAAATAATACTGTTTATGACCCATTGCAGCCAGAACTTGATTCCTTTAAAGAGGAGCTGGATAAGTACTTTAAAAACCACACCTCACCAGACGTTGACTTGGGCGACATCTCAGGAATAAATGCCTCAGTCGTGAATATACAAAAGGAGATTGATAGACTTAATGAAGTTGCCAAAAACCTCAACGAATCCCTCATAGATCTGCAAGAGTTGGGCAAATACGAGCAATATATTAAATGGCCCTGGTATATTTGGTTGGGGTTCATCGCTGGGCTTATAGCGATTGTTATGGTTACCATCATGCTTTGTTGCATGACAAGTTGTTGCTCATGCCTTAAGGGTTGCTGCAGCTGTGGCTCATGCTGCAAGTTCGACGAAGACGATTCAGAACCAGTACTCAAGGGGGTCAAATTGCATTATACTTAG-3'
（２）ＡＣＥ２結合性の確認
前記実施例１３（１）の野生型Ｓタンパク質発現細胞または変異型Ｓタンパク質発現細胞に、前記クローン２４９０またはクローン８Ｄ２（終濃度３μｇ／ｍｌ）を１０μｌ添加した後、前記実施例１（４）で得られたビオチン化ＡＣＥ２－Ｆｃ融合タンパク質（終濃度２．７μｇ／ｍｌ）を１０μｌ添加した。そして、得られた反応液を、４℃で３０分間インキュベートし、反応させた。前記反応後の反応液１５μｌに対し、ＡＰＣ標識ストレプトアビジン（終濃度２μｇ／ｍｌ）を１０μｌ添加して染色し、得られた細胞について前記フローサイトメーターを用いて解析した。これにより、各抗体の存在下における、前記全長Ｓｓタンパク質発現細胞と、ＡＣＥ２との結合を確認した。コントロールは、前記抗体サンプルを添加しなかった以外は同様にして測定した。これらの結果を図１７に示す。
図１７は、各抗体サンプルの存在下における、野生型Ｓタンパク質発現細胞または変異型Ｓタンパク質発現細胞とＡＣＥ２との結合を示すグラフである。図１７において、横軸は、Ｓタンパク質の種類を示し、縦軸は、ＡＣＥ結合性（ＭＦＩ）を示す。図１７に示すように、野生型Ｓタンパク質発現細胞を用いた場合、クローン２４９０およびクローン８Ｄ２存在下では、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性が増強された。他方、変異型Ｓタンパク質発現細胞を用いた場合、クローン２４９０およびクローン８Ｄ２存在下でも、Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性は変化しなかった。前述のように、前記変異型Ｓタンパク質発現細胞が発現するS-R/PP/x1変異体は、ＲＢＤ領域がクローズ（RBD-down）で固定され、オープン（RBD-up）にはならない。このため、前記感染増強抗体は、前述の所定の位置に結合することで、Ｓタンパク質のコンフォメーションをRBD-downからRBD-upに変化させ、これにより、前記Ｓタンパク質のＡＣＥ２への結合性を増強していることがわかった。
以上、実施形態および実施例を参照して本発明を説明したが、本発明は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本発明の構成や詳細には、本発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
＜付記＞
上記の実施形態および実施例の一部または全部は、以下の付記のように記載されうるが、以下には限られない。
＜Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体＞
（付記１）
下記（Ｓｍ）のアミノ酸配列からなるタンパク質である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体：
（Ｓｍ）下記（Ｓｍ１）、（Ｓｍ２）、または（Ｓｍ３）のアミノ酸配列：
（Ｓｍ１）野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列；
（Ｓｍ２）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列において、１～１２７個の挿入、付加、置換および／または欠失を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列；
（Ｓｍ３）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列に対して、９０％以上の同一性を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列。
（付記２）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１記載の変異体。
（付記３）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１または２記載の変異体。
（付記４）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１から３のいずれかに記載の変異体。
（付記５）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１から４のいずれかに記載の変異体。
（付記６）
前記変異は、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体との結合を低減させる、付記１から５のいずれかに記載の変異体。
（付記７）
前記抗体は、下記（Ｈ）の重散可変領域と、下記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記６記載の変異体：
（Ｈ）重鎖可変領域：
配列番号８のアミノ酸配列（Ｘ１Ｘ２ＹＸ３Ｘ４Ｘ５）を含む、または、からなる重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）１、配列番号９のアミノ酸配列（Ｘ６ＩＸ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０ＧＸ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９Ｘ２０）を含む、または、からなるＨＣＤＲ２、および配列番号１０のアミノ酸配列（Ｘ２１Ｘ２２Ｘ２３Ｘ２４Ｘ２５Ｘ２６Ｘ２７Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３Ｘ３４Ｘ３５Ｘ３６Ｘ３７Ｘ３８Ｘ３９ＤＸ４０）を含む、または、からなるＨＣＤＲ３を含む、重鎖可変領域であり、
Ｘ１は、ＳまたはＴであり、
Ｘ２は、存在しないか、Ｎであり、
Ｘ３は、Ａ、Ｄ、またはＷであり、
Ｘ４は、ＭまたはＷであり、
Ｘ５は、Ｇ、Ｈ、Ｎ、またはＳであり、
Ｘ６は、Ａ、Ｄ、Ｎ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり、
Ｘ７は、Ｇ、Ｈ、Ｎ、またはＳであり、
Ｘ８は、Ｑ、Ｔ、またはＹであり、
Ｘ９は、Ａ、Ｄ、Ｓ、またはＮであり、
Ｘ１０は、存在しないか、Ｔであり、
Ｘ１１は、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、またはＳであり、
Ｘ１２は、Ｅ、Ｎ、Ｐ、ＳまたはＴであり、
Ｘ１３は、存在しないか、Ｋであり、
Ｘ１４は、ＴまたはＹであり、
Ｘ１５は、Ａ、Ｎ、Ｐ、またはＶであり、
Ｘ１６は、Ｄ、Ｇ、Ｐ、またはＱであり、
Ｘ１７は、ＧまたはＳであり、
Ｘ１８は、Ｆ、Ｌ、またはＶであり、
Ｘ１９は、Ｋ、Ｒ、またはＴであり、
Ｘ２０は、ＧまたはＳであり、
Ｘ２１は、存在しないか、Ａであり、
Ｘ２２は、ＤまたはＲであり、
Ｘ２３は、Ｆ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、またはＷであり、
Ｘ２４は、存在しないか、Ｄ、Ｅ、Ｇ、またはＹであり、
Ｘ２５は、Ｇ、Ｓ、Ｑ、Ｗ、またはＹであり、
Ｘ２６は、Ｄ、Ｆ、Ｇ、またはＬであり、
Ｘ２７は、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｒ、またはＹであり、
Ｘ２８は、存在しないか、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｔ、Ｗ、またはＹであり、
Ｘ２９は、存在しないか、Ａ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、またはＴであり、
Ｘ３０は、存在しないか、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、またはＭであり、
Ｘ３１は、存在しないか、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、
Ｘ３２は、存在しないか、ＥまたはＳであり、
Ｘ３３は、存在しないか、Ｌ、Ｓ、Ｗ、またはＹであり、
Ｘ３４は、存在しないか、Ｆ、Ｇ、Ｔ、またはＹであり、
Ｘ３５は、存在しないか、Ａ、Ｇ、Ｌ、またはＹであり、
Ｘ３６は、存在しないか、Ａ、Ｔ、またはＹであり、
Ｘ３７は、ＦまたはＹであり、
Ｘ３８は、存在しないか、ＣまたはＧであり、
Ｘ３９は、存在しないか、Ｍであり、
Ｘ４０は、Ｆ、Ｉ、またはＶである；
（Ｌ）軽鎖可変領域：
配列番号１１のアミノ酸配列（Ｘ４１Ｘ４２ＳＸ４３Ｘ４４Ｘ４５Ｘ４６Ｘ４７Ｘ４８Ｘ４９Ｘ５０Ｘ５１）を含む、または、からなる軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）１、配列番号１２のアミノ酸配列（Ｘ５２Ｘ５３ＳＸ５４Ｘ５５Ｘ５６Ｘ５７）を含む、または、からなるＬＣＤＲ２、および配列番号１３のアミノ酸配列（Ｘ５８ＱＸ５９Ｘ６０Ｘ６１Ｘ６２Ｘ６３Ｘ６４Ｘ６５Ｘ６６Ｔ）を含む、または、からなるＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域であり、
Ｘ４１は、Ｋ、Ｑ、またはＲであり、
Ｘ４２は、存在しないか、ＡまたはＳであり、
Ｘ４３は、存在しないか、ＱまたはＶであり、
Ｘ４４は、ＧまたはＳであり、
Ｘ４５は、存在しないか、Ｉ、Ｌ、またはＶであり、
Ｘ４６は、存在しないか、Ｌ、Ｒ、またはＳであり、
Ｘ４７は、存在しないか、Ｈであり、
Ｘ４８は、存在しないか、ＮまたはＳであり、
Ｘ４９は、存在しないか、Ｄ、Ｎ、Ｙ、またはＷであり、
Ｘ５０は、存在しないか、ＧまたはＬであり
Ｘ５１は、存在しないか、Ａ、Ｇ、またはＫであり、
Ｘ５２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、またはＫであり、
Ｘ５３は、ＡまたはＶであり、
Ｘ５４は、Ｎ、Ｓ、またはＴであり、
Ｘ５５は、ＬまたはＲであり、
Ｘ５６は、Ａ、Ｅ、Ｆ、またはＱであり、
Ｘ５７は、ＳまたはＴであり、
Ｘ５８は、Ｌ、Ｍ、またはＱであり、
Ｘ５９は、Ａ、Ｈ、Ｌ、Ｓ、またはＹであり、
Ｘ６０は、Ｇ、Ｉ、またはＮであり、
Ｘ６１は、Ｎ、Ｓ、またはＱであり、
Ｘ６２は、存在しないか、Ｆ、Ｗ、またはＹであり、
Ｘ６３は、存在しないか、Ｐ、Ｓ、またはＷであり、
Ｘ６４は、ＰまたはＲであり、
Ｘ６５は、存在しないか、Ｌであり、
Ｘ６６は、存在しないか、Ｉである。
（付記８）
前記抗体は、下記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記６または７記載の変異体。
（１）配列番号１４のアミノ酸配列（SYAMH）からなる重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）１、配列番号１５のアミノ酸配列（VISYDGSNKYYADSVKG）からなるＨＣＤＲ２、および配列番号１６のアミノ酸配列（DQEWFRELFLFDY）からなるＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、配列番号１７のアミノ酸配列（RASQGISSWLA）からなる軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）１、配列番号１８のアミノ酸配列（DASSLQS）からなるＬＣＤＲ２、および配列番号１９のアミノ酸配列（QQANSFPPT）からなるＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（２）配列番号２０のアミノ酸配列（SYWMN）からなるＨＣＤＲ１、配列番号２１のアミノ酸配列（NINQDGGEKYYVDSVRG）からなるＨＣＤＲ２、および配列番号２２のアミノ酸配列（DPYDLYGDYGGTFDY）からなるＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、配列番号２３のアミノ酸配列（RASQSVSSNLA）からなるＬＣＤＲ１、配列番号２４のアミノ酸配列（GASTRAT）からなるＬＣＤＲ２、および配列番号２５のアミノ酸配列（QQYNNWWRT）からなるＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（３）配列番号２６のアミノ酸配列（SYWMS）からなるＨＣＤＲ１、配列番号２７のアミノ酸配列（NINQDGSEKYYVDSVKG）からなるＨＣＤＲ２、および配列番号２８のアミノ酸配列（DWDYDILTGSWFGAFDI）からなるＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、配列番号２９のアミノ酸配列（RASQGIRNDLG）からなるＬＣＤＲ１、配列番号３０のアミノ酸配列（AASSLQS）からなるＬＣＤＲ２、および配列番号３１のアミノ酸配列（LQHNSYPLT）からなるＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（４）配列番号３２のアミノ酸配列（TYAMN）からなるＨＣＤＲ１、配列番号３３のアミノ酸配列（WINTNTGNPTYAQGFTG）からなるＨＣＤＲ２、および配列番号３４のアミノ酸配列（DQDSGYPTYYYYYMDV）からなるＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、配列番号３５のアミノ酸配列（KSSQSLLHSDGK）からなるＬＣＤＲ１、配列番号３６のアミノ酸配列（EVSNRFS）からなるＬＣＤＲ２、および配列番号３７のアミノ酸配列（MQSIQPPLT）からなるＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（５）配列番号３８のアミノ酸配列（SYAMH）からなるＨＣＤＲ１、配列番号３９のアミノ酸配列（DISYDGSEKYYADSVKG）からなるＨＣＤＲ２、および配列番号４０のアミノ酸配列（DFGGDNTAMVEYFFDF）からなるＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、配列番号４１のアミノ酸配列（RASQSISSWLA）からなるＬＣＤＲ１、配列番号４２のアミノ酸配列（KASSLES）からなるＬＣＤＲ２、および配列番号４３のアミノ酸配列（QQYNSYSPT）からなるＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（６）配列番号４４のアミノ酸配列（SYDMH）からなるＨＣＤＲ１、配列番号４５のアミノ酸配列（AIGTAGDTYYPGSVKG）からなるＨＣＤＲ２、および配列番号４６のアミノ酸配列（ADPYQLLGQHYYYGMDV）からなるＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、配列番号４７のアミノ酸配列（QSVSSSYLA）からなるＬＣＤＲ１、配列番号４８のアミノ酸配列（GASSRAT）からなるＬＣＤＲ２、および配列番号４９のアミノ酸配列（QQYGSSPLIT）からなるＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域と、を含む抗体。
（付記９）
前記抗体は、下記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記６から８のいずれかに記載の変異体：
（Ａ）配列番号９８のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と、配列番号９９のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（Ｂ）配列番号１００のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と、配列番号１０１のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（Ｃ）配列番号１０２のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と、配列番号１０３のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（Ｄ）配列番号１０４のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と、配列番号１０５のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（Ｅ）配列番号１０６のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と、配列番号１０７のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域と、を含む抗体；
（Ｆ）配列番号１０８のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と、配列番号１０９のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域と、を含む抗体。
（付記１０）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１から９のいずれかに記載の変異体。
（付記１１）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１から１０のいずれかに記載の変異体。
（付記１２）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１から１１のいずれかに記載の変異体。
（付記１３）
前記変異が、置換である、付記１から１２のいずれかに記載の変異体。
（付記１４）
前記変異は、アラニン置換である、付記１から１３にいずれかに記載の変異体。
（付記１５）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するアミノ酸配列である、付記１から１４のいずれかに記載の変異体。
（付記１６）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するアミノ酸配列である、付記１から１５のいずれかに記載の変異体。
（付記１７）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するアミノ酸配列である、付記１から１６のいずれかに記載の変異体。
（付記１８）
前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、配列番号１のアミノ酸配列における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、付記１から１７のいずれかに記載の変異体。
＜変異ポリペプチド＞
（付記１９）
付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の部分配列を有する部分ポリペプチドを含み、
前記部分ポリペプチドは、前記変異体における、少なくとも１つの変異アミノ酸を含む、変異ポリペプチド。
（付記２０）
付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）および／または受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、付記１９記載の変異ポリペプチド。
＜ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２＞
（付記２１）
付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異ウイルス。
（付記２２）
弱毒化ウイルスまたは不活化ウイルスである、付記２１記載の変異ウイルス。
＜ＶＬＰ＞
（付記２３）
付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体および／または付記１９または２０記載の変異ポリペプチドを含む、ウイルス様粒子。
＜核酸＞
（付記２４）
付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体をコードする核酸分子および／または付記１９または２０記載の変異ポリペプチドをコードする核酸分子を含む、核酸。
＜発現ベクター＞
（付記２５）
付記２４記載の核酸を含む、発現ベクター。
（付記２６）
前記発現ベクターは、ウイルスベクターである、付記２５記載の発現ベクター。
＜医薬組成物＞
（付記２７）
付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体、付記１９また２０記載の変異ポリペプチド、付記２１または２２記載の変異ウイルス、付記２３記載のウイルス様粒子、付記２４記載の核酸、および／または付記２５または２６記載の発現ベクターと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
（付記２８）
免疫賦活化剤を含む、付記２７記載の医薬組成物。
＜Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法＞
（付記２９）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法であって、
標的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｔタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する変異工程を含む、方法。
（付記３０）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する、付記２９記載の方法。
（付記３１）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する、付記２９または３０記載の方法。
（付記３２）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する、付記２９から３１のいずれかに記載の方法。
（付記３３）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する、付記２９から３２のいずれかに記載の方法。
（付記３４）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体との結合を低減させる変異を導入する、付記２９から３３のいずれかに記載の方法。
（付記３５）
前記抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記３４記載の方法。
（付記３６）
前記抗体は、前記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記３４または３５記載の変異体。
（付記３７）
前記抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記３４から３６のいずれかに記載の変異体：
（付記３８）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する、付記２９から３７のいずれかに記載の方法。
（付記３９）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する、付記２９から３８のいずれかに記載の方法。
（付記４０）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する、付記２９から３９のいずれかに記載の方法。
（付記４１）
前記変異が、置換である、付記２９から４０のいずれかに記載の方法。
（付記４２）
前記変異は、アラニン置換である、付記２９から４１のいずれかに記載の方法。
（付記４３）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸をアラニンに置換する、付記２９から４２のいずれかに記載の方法。
（付記４４）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸をアラニンに置換する、付記２９から４３のいずれかに記載の方法。
（付記４５）
前記変異工程では、前記Ｓｔタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸をアラニンに置換する、付記２９から４４のいずれかに記載の方法。
（付記４６）
前記変異工程は、
前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列に変異を導入し、前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列に変異が導入された候補タンパク質のアミノ酸配列を生成する生成工程と、
前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、ＡＣＥ２への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体として選抜する選抜工程と、
を含む、付記２９から４５のいずれかに記載の方法。
（付記４７）
前記生成工程では、前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドに変異を導入し、前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列に変異が導入された候補タンパク質のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを生成することにより、前記候補タンパク質を生成する、付記４６記載の方法。
（付記４８）
前記生成工程では、前記候補タンパク質のアミノ酸配列が、前記Ｓｔタンパク質のアミノ酸配列に対して、９０％以上の同一性を有するように変異を導入する、付記４６または４７記載の方法。
（付記４９）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から４８のいずれかに記載の方法。
（付記５０）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から４９のいずれかに記載の方法。
（付記５１）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から５０のいずれかに記載の方法。
（付記５２）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から５１のいずれかに記載の方法。
（付記５３）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体との結合を低減させる変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から５２のいずれかに記載の方法。
（付記５４）
前記抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記５３記載の方法。
（付記５５）
前記抗体は、前記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記５３または５４記載の方法。
（付記５６）
前記抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記５３から５５のいずれかに記載の方法。
（付記５７）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から５６のいずれかに記載の方法。
（付記５８）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から５７のいずれかに記載の方法。
（付記５９）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から５８のいずれかに記載の方法。
（付記６０）
前記変異が、置換である、付記４６から５９のいずれかに記載の方法。
（付記６１）
前記変異は、アラニン置換である、付記４６から６０のいずれかに記載の変異体。
（付記６２）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から６１のいずれかに記載の方法。
（付記６３）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から６２のいずれかに記載の方法。
（付記６４）
前記選抜工程では、前記候補タンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有する候補タンパク質を、前記変異体として選抜する、付記４６から６３のいずれかに記載の方法。
（付記６５）
前記Ｓｔタンパク質は、配列番号１のアミノ酸配列からなるタンパク質である、付記４６から６４のいずれかに記載の方法。
＜Ｓｐｉｋｅタンパク質のスクリーニング方法＞
（付記６６）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体のスクリーニング方法であって、
候補ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｃタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する選抜工程を含む、方法。
（付記６７）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６記載の方法。
（付記６８）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６または６７記載の方法。
（付記６９）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から６８のいずれかに記載の方法。
（付記７０）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から６９のいずれかに記載の方法。
（付記７１）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体との結合を低減させる変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から７０のいずれかに記載の方法。
（付記７２）
前記抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記７１記載の方法。
（付記７３）
前記抗体は、前記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記７１または７２記載の方法。
（付記７４）
前記抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記７１から７３のいずれかに記載の方法。
（付記７５）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から７４のいずれかに記載の方法。
（付記７６）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から７５のいずれかに記載の方法。
（付記７７）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から７７のいずれかに記載の方法。
（付記７８）
前記変異が、置換である、付記６６から７７のいずれかに記載の方法。
（付記７９）
前記変異は、アラニン置換である、付記６６から７８のいずれかに記載の変異体。
（付記８０）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から７９のいずれかに記載の方法。
（付記８１）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から８０のいずれかに記載の方法。
（付記８２）
前記選抜工程では、前記Ｓｃタンパク質から、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｖ２１３、およびＲ２１４、Ｗ６４、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４、またはＷ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するＳｃタンパク質を、前記変異体として選抜する、付記６６から８１のいずれかに記載の方法。
＜処置方法＞
（付記８３）
対象の処置方法であって、前記対象に、付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体、付記１９また２０記載の変異ポリペプチド、付記２１または２２記載の変異ウイルス、付記２３記載のウイルス様粒子、付記２４記載の核酸、付記２５または２６記載の発現ベクター、および／または付記２７または２８記載の医薬組成物を使用する、方法。
（付記８４）
前記対象に、付記１から１８のいずれかに記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体、付記１９また２０記載の変異ポリペプチド、付記２１または２２記載の変異ウイルス、付記２３記載のウイルス様粒子、付記２４記載の核酸、付記２５または２６記載の発現ベクター、および／または付記２７または２８記載の医薬組成物を投与する工程を含む、付記８３記載の方法。
（付記８５）
前記対象は、ヒトである、付記８３または８４記載の方法。
（付記８６）
前記処置は、ワクチン接種である、付記８３から８５のいずれかに記載の方法。
（付記８７）
前記処置は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質またはその部分ポリペプチドに対する抗体の誘導である、付記８３から８６のいずれかに記載の方法。
（付記８８）
前記処置は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる抗体の誘導が低減された、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質またはその部分ポリペプチドに対する抗体の誘導である、付記８３から８７のいずれかに記載の方法。
＜第１の感染増強マーカー＞
（付記８９）
野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー。
（付記９０）
前記抗体は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記８９記載の感染増強マーカー。
（付記９１）
前記抗体は、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記８９または９０記載の感染増強マーカー。
（付記９２）
前記抗体は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記８９から９１のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記９３）
前記抗体は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記８９から９２のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記９４）
前記抗体は、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記８９から９３のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記９５）
前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記８９から９４のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記９６）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記８９から９５のいずれかに記載の感染増強マーカー。
＜第２の感染増強マーカー＞
（付記９７）
野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体であり、
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー。
（付記９８）
前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記９７記載の感染増強マーカー。
（付記９９）
前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記９７または９８記載の感染増強マーカー。
（付記１００）
前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記９７から９９のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０１）
前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記９７から１００のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０２）
前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記９７から１０１のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０３）
前記基準抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記９７から１０２のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０４）
前記基準抗体は、下記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記９７から１０３のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０５）
前記基準抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記９７から１０４のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０６）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記９７から１０５のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０７）
前記競合抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる、付記９７から１０６のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１０８）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記９７から１０７のいずれかに記載の感染増強マーカー。
＜第３の感染増強マーカー＞
（付記１０９）
野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）に結合し、
前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー。
（付記１１０）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１０９記載の感染増強マーカー。
（付記１１１）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１０９または１１０記載の感染増強マーカー。
（付記１１２）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１０９から１１１のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１１３）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１０９から１１２のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１１４）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１０９から１１３のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１１５）
前記抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記１０９から１１４のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１１６）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記１０９から１１５のいずれかに記載の感染増強マーカー。
＜第４の感染増強マーカー＞
（付記１１７）
野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する抗体であり、
前記基準抗体は、
前記Ｓｗタンパク質を認識し、
前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー。
（付記１１８）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１１７記載の感染増強マーカー。
（付記１１９）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１１７または１１８記載の感染増強マーカー。
（付記１２０）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１１７から１１９のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１２１）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する、付記１１７から１２０のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１２２）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１１７から１２１のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１２３）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記１１７から１２２のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１２４）
前記競合抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる、付記１１７から１２３のいずれかに記載の感染増強マーカー。
（付記１２５）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記１１７から１２４のいずれかに記載の感染増強マーカー。
＜第１の感染増強抗体の検出方法＞
（付記１２６）
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する検出工程を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法。
（付記１２７）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１２６記載の検出方法。
（付記１２８）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較することにより、前記抗体を検出する比較工程を含む、付記１２７記載の検出方法。
（付記１２９）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する、付記１２６から１２８のいずれかに記載の検出方法。
（付記１３０）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１２９記載の検出方法。
（付記１３１）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較する比較工程を含む、付記１３０記載の検出方法。
（付記１３２）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する、付記１２６から１２８のいずれかに記載の検出方法。
（付記１３３）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１３２記載の検出方法。
（付記１３４）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較する比較工程を含む、付記１３３記載の検出方法。
（付記１３５）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および／または２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する、付記１２６から１３４のいずれかに記載の検出方法。
（付記１３６）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸に変異が導入された第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１３５記載の検出方法。
（付記１３７）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較する比較工程を含む、付記１３６記載の検出方法。
（付記１３８）
前記検出工程で検出された抗体について、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させるかを評価する評価工程を含む、付記１２６から１３７のいずれかに記載の検出方法。
（付記１３９）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、および／またはＰ２１７のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する、付記１２６から１３８のいずれかに記載の検出方法。
（付記１４０）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記１２６から１３９のいずれかに記載の検出方法。
＜第２の感染増強抗体の検出方法＞
（付記１４１）
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含み、
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法。
（付記１４２）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１４１記載の検出方法。
（付記１４３）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１４１または１４２記載の検出方法。
（付記１４４）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１４１から１４３のいずれかに記載の検出方法。
（付記１４５）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１４１から１４４のいずれかに記載の検出方法。
（付記１４６）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１４１から１４５のいずれかに記載の検出方法。
（付記１４７）
前記基準抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記１４１から１４５のいずれかに記載の検出方法。
（付記１４８）
前記基準抗体は、前記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記１４１から１４７のいずれかに記載の検出方法。
（付記１４９）
前記基準抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記１４１から１４８のいずれかに記載の検出方法。
（付記１５０）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させる、付記１４１から１４９のいずれかに記載の検出方法。
（付記１５１）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
前記基準抗体の存在下、Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１４１から１５０のいずれかに記載の検出方法。
（付記１５２）
前記検出工程は、
前記第１検出工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較することにより、前記基準抗体と競合する競合抗体を検出する比較工程を含む、付記１５１記載の検出方法。
（付記１５３）
前記検出工程で検出された抗体について、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させるかを評価する評価工程を含む、付記１４１から１５２のいずれかに記載の検出方法。
（付記１５４）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記１４１から１５３のいずれかに記載の検出方法。
＜第３の感染増強抗体の検出方法＞
（付記１５５）
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）に結合し、
前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を検出する検出工程を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法。
（付記１５６）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１５５記載の検出方法。
（付記１５７）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較することにより、前記抗体を検出する比較工程を含む、付記１５６記載の検出方法。
（付記１５８）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を検出する、付記１５５から１５７のいずれかに記載の検出方法。
（付記１５９）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１５８記載の検出方法。
（付記１６０）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較する比較工程を含む、付記１５９記載の検出方法。
（付記１６１）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を検出する、付記１５５から１５７のいずれかに記載の検出方法。
（付記１６２）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１６１記載の検出方法。
（付記１６３）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較する比較工程を含む、付記１６２記載の検出方法。
（付記１６４）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を検出する、付記１５５から１６３のいずれかに記載の検出方法。
（付記１６５）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸に変異が導入された第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１６４記載の検出方法。
（付記１６６）
前記検出工程は、
前記第１検出工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程における前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較する比較工程を含む、付記１６５記載の検出方法。
（付記１６７）
前記検出工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する、付記１５５から１６６のいずれかに記載の検出方法。
（付記１６８）
前記検出工程で検出された抗体について、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させるかを評価する評価工程を含む、付記１５５から１６７のいずれかに記載の検出方法。
（付記１６９）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記１５５から１６８のいずれかに記載の検出方法。
＜第４の感染増強抗体の検出方法＞
（付記１７０）
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含み、
前記基準抗体は、
前記Ｓｗタンパク質を認識し、
前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）において、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法。
（付記１７１）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記１７０記載の検出方法。
（付記１７２）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記１７０または１７１記載の検出方法。
（付記１７３）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記１７０から１７２のいずれかに記載の検出方法。
（付記１７４）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記１７０から１７３のいずれかに記載の検出方法。
（付記１７５）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記１７０から１７４のいずれかに記載の検出方法。
（付記１７６）
前記基準抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記１７０から１７５のいずれかに記載の検出方法。
（付記１７７）
前記基準抗体は、前記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記１７０から１７６のいずれかに記載の検出方法。
（付記１７８）
前記基準抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記１７０から１７７のいずれかに記載の検出方法。
（付記１７９）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記１７０から１７８のいずれかに記載の検出方法。
（付記１８０）
前記検出工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第１の検出工程と、
前記基準抗体の存在下、Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を検出する第２の検出工程とを含む、付記１７０から１７９のいずれかに記載の検出方法。
（付記１８１）
前記検出工程は、
前記第１検出工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果と、前記第２検出工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の検出結果とを比較することにより、前記基準抗体と競合する競合抗体を検出する比較工程を含む、付記１８０記載の検出方法。
（付記１８２）
前記検出工程で検出された抗体について、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のＡＣＥ２への結合活性を増強させるかを評価する評価工程を含む、付記１７０から１８１のいずれかに記載の検出方法。
（付記１８３）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記１７０から１８２のいずれかに記載の検出方法。
＜第１および第３の感染増強抗体の検出キット＞
（付記１８４）
野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）またはそのＮ末端ドメインと、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインとを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出キット。
（付記１８５）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第１の変異タンパク質である、付記１８４記載の検出キット。
（付記１８６）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第２の変異タンパク質である、付記１８４または１８５記載のキット。
（付記１８７）
前記変異タンパク質は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第３の変異タンパク質である、付記１８４から１８６のいずれかに記載の検出キット。
（付記１８８）
付記１２６から１４０および１５５から１６９のいずれかに記載の感染増強抗体の検出方法に用いる、付記１８４から１８７のいずれかに記載の検出キット。
＜第２および第４の感染増強抗体の検出キット＞
（付記１８９）
野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）またはそのＮ末端ドメインと、基準抗体とを含み、
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出キット。
（付記１９０）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１８９記載の検出キット。
（付記１９１）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１８９または１９０記載の検出キット。
（付記１９２）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１８９から１９１いずれかに記載の検出キット。
（付記１９３）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１８９から１９２のいずれかに記載の検出キット。
（付記１９４）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記１８９から１９３のいずれかに記載の検出キット。
（付記１９５）
前記基準抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記１８９から１９４のいずれかに記載の検出キット。
（付記１９６）
前記基準抗体は、前記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記１８９から１９５のいずれかに記載の検出キット。
（付記１９７）
前記基準抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記１８９から１９６のいずれかに記載の検出キット。
（付記１９８）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記１８９から１９７のいずれかに記載の検出キット。
（付記１９９）
付記１４１から１５４および１７０から１８３のいずれかに記載の感染増強抗体の検出方法に用いる、付記１８９から１９８のいずれかに記載の検出キット。
＜第１の感染の可能性の試験方法＞
（付記２００）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する測定工程を含む、試験方法。
（付記２０１）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２００記載の試験方法。
（付記２０２）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較することにより、前記抗体を測定する比較工程を含む、付記２０１記載の試験方法。
（付記２０３）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する、付記２００から２０２のいずれかに記載の試験方法。
（付記２０４）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２０３記載の試験方法。
（付記２０５）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較する比較工程を含む、付記２０４記載の試験方法。
（付記２０６）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する、付記２００から２０５のいずれかに記載の試験方法。
（付記２０７）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２０６記載の試験方法。
（付記２０８）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較する比較工程を含む、付記２０７記載の試験方法。
（付記２０９）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および／または２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する、付記２００から２０８のいずれかに記載の試験方法。
（付記２１０）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸に変異が導入された第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２０９記載の試験方法。
（付記２１１）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較する比較工程を含む、付記２１０記載の試験方法。
（付記２１２）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定する、付記２００から２１１のいずれかに記載の試験方法。
（付記２１３）
前記抗体の量を、第１の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第１の試験工程を含む、付記２１２記載の試験方法。
（付記２１４）
前記第１の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２１３記載の試験方法。
（付記２１５）
前記第１の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第１の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記２１４記載の試験方法。
（付記２１６）
前記被検者の生体試料について、前記Ｓｗタンパク質の中和抗体を測定する第３の測定工程を含む、付記２００から２１５のいずれかに記載の試験方法。
（付記２１７）
前記中和抗体は、前記Ｓｗタンパク質の受容体結合ドメインに結合する抗体である、付記２１６記載の試験方法。
（付記２１８）
前記第３の測定工程において、前記中和抗体として、中和抗体の量を測定する、付記２１６または２１７記載の試験方法。
（付記２１９）
前記中和抗体の量を、第２の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第２の試験工程を含む、付記２１８記載の試験方法。
（付記２２０）
前記第２の閾値は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記中和抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記中和抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２１９記載の試験方法。
（付記２２１）
前記第２の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第２の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が低いとする、付記２２０記載の試験方法。
（付記２２２）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定し、
前記被検者の生体試料について、Ｓｗタンパク質の中和抗体の量を測定する第３の測定工程と、
前記測定工程における抗体の量（Ｓ）と、前記第３の測定工程における中和抗体の量（Ｎ）との抗体量比（Ｓ／Ｎ）を算出する算出工程と、
前記抗体量比を、第３の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第３の試験工程を含む、付記２００から２２１のいずれかに記載の試験方法。
（付記２２３）
前記第３の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体量比、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体量比、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記抗体量比に基づき設定された閾値である、付記２２２記載の試験方法。
（付記２２４）
前記第３の試験工程において、前記被検者の生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）が、前記第３の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記２２３記載の試験方法。
（付記２２５）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する、付記２００から２２４のいずれかに記載の試験方法。
（付記２２６）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記２００から２２５のいずれかに記載の試験方法。
＜第２の感染の可能性の試験方法＞
（付記２２７）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を測定する測定工程を含み、
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である、試験方法。
（付記２２８）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記２２７記載の試験方法。
（付記２２９）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記２２７または２２８記載の試験方法。
（付記２３０）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記２２７から２２９のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３１）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記２２７から２３０のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３２）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する、付記２２７から２３１のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３３）
前記基準抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記２２７から２３２のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３４）
前記基準抗体は、下記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記２２７から２３３のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３５）
前記基準抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記２２７から２３４のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３６）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記２２７から２３５のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３７）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
前記基準抗体の存在下、Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２２７から２３６のいずれかに記載の試験方法。
（付記２３８）
前記測定工程は、
前記第１測定工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較することにより、前記基準抗体と競合する競合抗体を測定する比較工程を含む、付記２３７記載の試験方法。
（付記２３９）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定する、付記２２７から２３８のいずれかに記載の試験方法。
（付記２４０）
前記抗体の量を、第１の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第１の試験工程を含む、付記２３９記載の試験方法。
（付記２４１）
前記第１の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２４０記載の試験方法。
（付記２４２）
前記第１の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第１の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記２４１記載の試験方法。
（付記２４３）
前記被検者の生体試料について、Ｓｗタンパク質の中和抗体を測定する第３の測定工程を含む、付記２２７から２４２のいずれかに記載の試験方法。
（付記２４４）
前記中和抗体は、前記Ｓｗタンパク質の受容体結合ドメインに結合する抗体である、付記２４３記載の試験方法。
（付記２４５）
前記第３の測定工程において、前記中和抗体として、中和抗体の量を測定する、付記２４３または２４４記載の試験方法。
（付記２４６）
前記中和抗体の量を、第２の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第２の試験工程を含む、付記２４５記載の試験方法。
（付記２４７）
前記第２の閾値は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記中和抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記中和抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２４６記載の試験方法。
（付記２４８）
前記第２の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第２の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が低いとする、付記２４７記載の試験方法。
（付記２４９）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定し、
前記被検者の生体試料について、Ｓｗタンパク質の中和抗体の量を測定する第３の測定工程と、
前記測定工程における抗体の量（Ｓ）と、前記第３の測定工程における中和抗体の量（Ｎ）との抗体量比（Ｓ／Ｎ）を算出する算出工程と、
前記抗体量比を、第３の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第３の試験工程を含む、付記２３７から２３８のいずれかに記載の試験方法。
（付記２５０）
前記第３の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体量比、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体量比、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記抗体量比に基づき設定された閾値である、付記２４９記載の試験方法。
（付記２５１）
前記第３の試験工程において、前記被検者の生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）が、前記第３の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記２５０記載の試験方法。
＜第３の感染増強抗体の試験方法＞
（付記２５２）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）に結合し、
前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を測定する測定工程を含む、試験方法。
（付記２５３）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２５２記載の試験方法。
（付記２５４）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較することにより、前記抗体を測定する比較工程を含む、付記２５３記載の試験方法。
（付記２５５）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を測定する、付記２５２から２５４のいずれかに記載の試験方法。
（付記２５６）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２５５記載の試験方法。
（付記２５７）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記第１の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較する比較工程を含む、付記２５６記載の試験方法。
（付記２５８）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を測定する、付記２５２から２５７のいずれかに記載の試験方法。
（付記２５９）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異が導入された第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２５８記載の試験方法。
（付記２６０）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記第２の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較する比較工程を含む、付記２５９記載の試験方法。
（付記２６１）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない抗体を測定する、付記２５２から２６０のいずれかに記載の試験方法。
（付記２６２）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸に変異が導入された第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２６１記載の試験方法。
（付記２６３）
前記測定工程は、
前記第１測定工程における前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程における前記第３の変異タンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較する比較工程を含む、付記２６２記載の試験方法。
（付記２６４）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する、付記２５２から２６３のいずれかに記載の試験方法。
（付記２６５）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定する、付記２５２から２６４のいずれかに記載の試験方法。
（付記２６６）
前記抗体の量を、第１の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第１の試験工程を含む、付記２６５記載の試験方法。
（付記２６７）
前記第１の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２６６記載の試験方法。
（付記２６８）
前記第１の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第１の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記２６７記載の試験方法。
（付記２６９）
前記被検者の生体試料について、前記Ｓｗタンパク質の中和抗体を測定する第３の測定工程を含む、付記２５２から２６８のいずれかに記載の試験方法。
（付記２７０）
前記中和抗体は、前記Ｓｗタンパク質の受容体結合ドメインに結合する抗体である、付記２６９記載の試験方法。
（付記２７１）
前記第３の測定工程において、前記中和抗体として、中和抗体の量を測定する、付記２６９または２７０記載の試験方法。
（付記２７２）
前記中和抗体の量を、第２の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第２の試験工程を含む、付記２７１記載の試験方法。
（付記２７３）
前記第２の閾値は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記中和抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記中和抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２７２記載の試験方法。
中和抗体
（付記２７４）
前記第２の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第２の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が低いとする、付記２７３記載の試験方法。
（付記２７５）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定し、
前記被検者の生体試料について、Ｓｗタンパク質の中和抗体の量を測定する第３の測定工程と、
前記測定工程における抗体の量（Ｓ）と、前記第３の測定工程における中和抗体の量（Ｎ）との抗体量比（Ｓ／Ｎ）を算出する算出工程と、
前記抗体量比を、第３の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第３の試験工程を含む、付記２５２から２６４のいずれかに記載の試験方法。
（付記２７６）
前記第３の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体量比、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体量比、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記抗体量比に基づき設定された閾値である、付記２７５記載の試験方法。
（付記２７７）
前記第３の試験工程において、前記被検者の生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）が、前記第３の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記２７６記載の試験方法。
（付記２７８）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する、付記２５２から２７７のいずれかに記載の試験方法。
（付記２７９）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記２５２から２７８のいずれかに記載の試験方法。
＜第４の感染増強抗体の試験方法＞
（付記２８０）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染しやすさの試験方法であって、
被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を測定する測定工程を含み、
前記基準抗体は、
前記Ｓｗタンパク質を認識し、
前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）において、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、試験方法。
（付記２８１）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、および／または６６位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記２８０記載の試験方法。
（付記２８２）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、１８７位、２１３位、および／または２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記２８０または２８１記載の試験方法。
（付記２８３）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記２８０から２８２のいずれかに記載の試験方法。
（付記２８４）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記２８０から２８３のいずれかに記載の試験方法。
（付記２８５）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有する変異タンパク質を認識しない、付記２８０から２８４のいずれかに記載の試験方法。
（付記２８６）
前記基準抗体は、前記（Ｈ）の重散可変領域と、前記（Ｌ）の軽鎖可変領域とを含む抗体である、付記２８０から２８５のいずれかに記載の試験方法。
（付記２８７）
前記基準抗体は、前記（１）～（５）および（６）からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記２８０から２８６のいずれかに記載の試験方法。
（付記２８８）
前記基準抗体は、前記（Ａ）２２１０抗体、（Ｂ）２４９０抗体、（Ｃ）８Ｄ２抗体、（Ｄ）２５８２抗体、（Ｅ）２３６９抗体、および（Ｆ）２６６０抗体からなる群から選択された少なくとも１つの抗体である、付記２８０から２８７のいずれかに記載の試験方法。
（付記２８９）
前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質との結合により、前記Ｓｗタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合活性を増強させる、付記２８０から２８８のいずれかに記載の試験方法。
（付記２９０）
前記測定工程は、
Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第１の測定工程と、
前記基準抗体の存在下、Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料とを接触させ、前記Ｓｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインと、前記生体試料における抗体との結合を測定する第２の測定工程とを含む、付記２８０から２８９のいずれかに記載の試験方法。
（付記２９１）
前記測定工程は、
前記第１測定工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果と、前記第２測定工程におけるＳｗタンパク質またはそのＮ末端ドメインに対する抗体の測定結果とを比較することにより、前記基準抗体と競合する競合抗体を測定する比較工程を含む、付記２９０記載の試験方法。
（付記２９２）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定する、付記２８０から２９１のいずれかに記載の試験方法。
（付記２９３）
前記抗体の量を、第１の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第１の試験工程を含む、付記２９２記載の試験方法。
（付記２９４）
前記第１の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２９３記載の試験方法。
（付記２９５）
前記第１の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第１の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記２９４記載の試験方法。
（付記２９６）
前記被検者の生体試料について、前記Ｓｗタンパク質の中和抗体を測定する第３の測定工程を含む、付記２８０から２９５のいずれかに記載の試験方法。
（付記２９７）
前記中和抗体は、前記Ｓｗタンパク質の受容体結合ドメインに結合する抗体である、付記２９６記載の試験方法。
（付記２９８）
前記第３の測定工程において、前記中和抗体として、中和抗体の量を測定する、付記２９６または２９７記載の試験方法。
（付記２９９）
前記中和抗体の量を、第２の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第２の試験工程を含む、付記２９８記載の試験方法。
（付記３００）
前記第２の閾値は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記中和抗体の量および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記中和抗体の量に基づき設定された閾値である、付記２９９記載の試験方法。
中和抗体
（付記３０１）
前記第２の試験工程において、前記被検者の生体試料における抗体の量が、前記第２の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が低いとする、付記３００記載の試験方法。
（付記３０２）
前記測定工程において、前記抗体として、抗体の量を測定し、
前記被検者の生体試料について、Ｓｗタンパク質の中和抗体の量を測定する第３の測定工程と、
前記測定工程における抗体の量（Ｓ）と、前記第３の測定工程における中和抗体の量（Ｎ）との抗体量比（Ｓ／Ｎ）を算出する算出工程と、
前記抗体量比を、第３の閾値と比較することにより、前記被検者がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する可能性を試験する第３の試験工程を含む、付記２８０から３０１のいずれかに記載の試験方法。
（付記３０３）
前記第３の閾値は、健常者の生体試料における前記抗体量比、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患者の生体試料における前記抗体量比、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の罹患後、回復した者の生体試料における前記抗体量比に基づき設定された閾値である、付記３０２記載の試験方法。
（付記３０４）
前記第３の試験工程において、前記被検者の生体試料における前記抗体量比（Ｓ／Ｎ）が、前記第３の閾値より高い場合、前記被検者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に罹患する可能性が高いとする、付記３０３記載の試験方法。
（付記３０５）
前記測定工程において、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｎ３０、Ｆ３２、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｆ１８６、Ｋ１８７、Ｎ２１１、Ｖ２１３、Ｒ２１４、Ｌ２１６、およびＰ２１７のアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を測定する、付記２８０から３０４のいずれかに記載の試験方法。
（付記３０６）
前記Ｓｗタンパク質は、前記Ｓｓタンパク質である、付記２８０から３０５のいずれかに記載の試験方法。
＜ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の重症化の抑制方法＞
（付記３０７）
被検者の生体試料から前記被検者のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強の可能性を試験する試験工程と、
前記試験工程において、感染増強の可能性があると評価された被検者に対して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の治療薬を投与する投与工程とを含み、
前記試験工程は、付記２００から３０６のいずれかに記載の試験方法により実施される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の重症化の抑制方法。
＜感染増強抗体の低減剤＞
（付記３０８）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の低減剤であって、
野生型Ｓｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）またはそのＮ末端ドメインを含む、低減剤。
（付記３０９）
担体を含み、
前記Ｓｗタンパク質は、担体に保持されている、付記３０８記載の低減剤。
（付記３１０）
前記担体は、ビーズまたはフィルターである、付記３０９記載の低減剤。
＜感染増強抗体の低減方法＞
（付記３１１）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の低減方法であって、
生体試料と、付記３０８から３１０のいずれかに記載の低減剤とを接触させることにより、前記生体試料における前記抗体を低減する低減工程を含む、低減方法。
（付記３１２）
前記低減工程に先立ち、対象から前記生体試料を取得する取得工程を含む、付記３１１記載の低減方法。
（付記３１３）
前記低減工程後、前記生体試料を、前記生体試料を取得した対象に投与する投与工程を含む、付記３１１または３１２記載の低減方法。
以上のように、本発明によれば、ＳＡＲＳ２のＳタンパク質のＡＣＥ２タンパク質への結合能を増強する抗体の誘導能を低減しうる。したがって、本発明の変異タンパク質によれば、例えば、ワクチン接種者におけるＡＤＥのリスクを低減できる。このため、本発明は、例えば、医薬分野等において極めて有用である。

Claims (17)

  1. 下記（Ｓｍ）のアミノ酸配列からなるタンパク質である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体：
    （Ｓｍ）下記（Ｓｍ１）、（Ｓｍ２）、または（Ｓｍ３）のアミノ酸配列：
    （Ｓｍ１）野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列；
    （Ｓｍ２）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列において、１～１２７個の挿入、付加、置換および／または欠失を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列；
    （Ｓｍ３）（Ｓｍ１）のアミノ酸配列に対して、９０％以上の同一性を有し、かつ、（Ｓｍ１）の変異されたアミノ酸が維持されているアミノ酸配列。
  2. 前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、請求項１記載の変異体。
  3. 前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、６４位、６６位、２１３位、および２１４位、６４位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位、または６４位、６５位、６６位、１８７位、２１３位、および２１４位のアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、請求項１または２記載の変異体。
  4. 前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、前記Ｓｗタンパク質において、前記Ｓｓタンパク質における、Ｗ６４、Ｆ６５、Ｈ６６、Ｋ１８７、Ｖ２１３、およびＲ２１４のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸にアラニン置換を有するアミノ酸配列である、請求項１から３のいずれか一項に記載の変異体。
  5. 前記（Ｓｍ１）のアミノ酸配列は、配列番号１のアミノ酸配列における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するアミノ酸配列である、請求項１から４のいずれか一項に記載の変異体。
  6. 請求項１から５のいずれか一項に記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の部分配列を有する部分ポリペプチドを含み、
    前記部分ポリペプチドは、前記変異体における、少なくとも１つの変異アミノ酸を含む、変異ポリペプチド。
  7. 請求項１から５のいずれか一項に記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異ウイルス。
  8. 請求項１から５のいずれか一項に記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体および／または請求項６記載の変異ポリペプチドを含む、ウイルス様粒子。
  9. 請求項１から５のいずれか一項に記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体をコードする核酸分子および／または請求項６記載の変異ポリペプチドをコードする核酸分子を含む、核酸。
  10. 請求項９記載の核酸を含む、発現ベクター。
  11. 請求項１から５のいずれか一項に記載のＳｐｉｋｅタンパク質の変異体、請求項６記載の変異ポリペプチド、請求項７記載の変異ウイルス、請求項８記載のウイルス様粒子、請求項９記載の核酸、および／または請求項１０記載の発現ベクターと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
  12. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体の製造方法であって、
    標的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｔタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を導入する変異工程を含む、方法。
  13. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合能を増強する抗体の誘導能が低減されたＳｐｉｋｅタンパク質の変異体のスクリーニング方法であって、
    候補ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｃタンパク質）のアミノ酸配列において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６５位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸に変異を有するＳｃタンパク質を、前記Ｓｐｉｋｅタンパク質の変異体として選抜する選抜工程を含む、方法。
  14. 野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基と対応するアミノ酸を認識する抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー。
  15. 野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体であり、
    前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強マーカー。
  16. 被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体を検出する検出工程を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法。
  17. 被検者の生体試料について、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｗタンパク質）との結合について、基準抗体と競合する競合抗体を検出する検出工程を含み、
    前記基準抗体は、前記Ｓｗタンパク質において、基準ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳｐｉｋｅタンパク質（Ｓｓタンパク質、配列番号１）における、３０位、３２位、６４位、６６位、１８６位、１８７位、２１１位、２１３位、２１４位、２１６位、および２１７位のアミノ酸からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基に対応するアミノ酸を認識する抗体である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染増強抗体の検出方法。

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