JP2022023237A - 特性が改良されたオメガ-ヒドロキシラーゼ関連融合ポリペプチド - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2014年6月16日に出願された米国仮特許出願第62/012,970号の利益を主張し、その開示全体を参照により本明細書に組み込む。
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出された配列表を含んでおり、その全体を参照によりここに組み込む。2015年6月16日に作成された当該ASCIIの写しは、LS00054PCT_SL.txtと名付けられ、サイズは484,554バイトである。
本開示は、組み換え宿主細胞で発現された場合に、改良されたオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸誘導体の産生をもたらすオメガ-ヒドロキシラーゼ関連融合ポリペプチドに関する。さらに本開示は、オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸誘導体の産生のためのオメガ-ヒドロキシラーゼ関連融合ポリペプチドを発現させるための微生物に関する。
[本発明1001]
配列番号6に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、且つ796、141、231、27、82、178、309、407、415、516及び666からなる群より選択されるアミノ酸位置において少なくとも1つの突然変異を有するCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントであって、脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1002]
ハイブリッドcyp153A-RedRhF融合タンパク質バリアントである、本発明1001のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1003]
前記突然変異が、A796V、V141I、V141T、V141Q、V141G、V141M、V141L、A231T、R27L、R82D、R178N、N309R、N407A、V415R、T516V、P666A及びP666Dからなる群より選択される、本発明1001のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1004]
前記突然変異が、A796V、V141I、V141T及びA231Tからなる群より選択される、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1005]
組み換え宿主細胞での前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントの発現が、配列番号6のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドの発現により産生されるオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸の力価と比較してより高いオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸の力価をもたらす、本発明1004のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1006]
配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、及び配列番号46のいずれか1つを含む、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1007]
V141I及びA231Tに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1008]
配列番号32を含む、本発明1007のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1009]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1008のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1010]
R27L、R82D、V141M、R178N及びN407Aに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1011]
配列番号34を含む、本発明1010のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1012]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1011のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1013]
P666Aに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1014]
配列番号36を含む、本発明1013のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1015]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1014のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1016]
A796Vに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1017]
配列番号38を含む、本発明1016のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1018]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1017のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1019]
A796V、P666D及びT516Vに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1020]
配列番号40を含む、本発明1019のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1021]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1020のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1022]
V141I、A231T及びA796Vに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1023]
配列番号42を含む、本発明1022のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1024]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1023のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1025]
R27L、R82D、V141M、R178N、N407A及びA796Vに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1026]
配列番号44を含む、本発明1025のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1027]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1026のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1028]
V141T、A231T及びA796Vに突然変異を有する、本発明1003のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1029]
配列番号46を含む、本発明1028のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1030]
脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、本発明1029のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1031]
本発明1001~1029のいずれかのCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントを発現する組み換え宿主細胞。
[本発明1032]
さらに、EC 3.1.2.-、EC 3.1.1.5またはEC 3.1.2.14のチオエステラーゼポリペプチドを発現する、本発明1031の組み換え宿主細胞。
[本発明1033]
炭素源含有培地において培養された場合において、対応するCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドを発現する宿主細胞により産生されるオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸組成物の力価より、少なくとも10%大きい、少なくとも15%大きい、少なくとも20%大きい、少なくとも25%大きい、または少なくとも30%大きい力価を有するオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸組成物を産生する、本発明1032の組み換え宿主細胞。
[本発明1034]
前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を細胞内で産生する、本発明1033の組み換え宿主細胞。
[本発明1035]
前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を細胞外で産生する、本発明1034の組み換え宿主細胞。
[本発明1036]
本発明1031~1035のいずれかの組み換え宿主細胞を含む細胞培養物。
[本発明1037]
前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が、C12、C16及びC16:1オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸のうちの1種類以上を含む、本発明1036の細胞培養物。
[本発明1038]
前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が不飽和オメガ-ヒドロキシル化C16:1脂肪酸を含む、本発明1037の細胞培養物。
[本発明1039]
前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が飽和オメガ-ヒドロキシル化C12脂肪酸を含む、本発明1037の細胞培養物。
[本発明1040]
i.本発明1031の宿主細胞を炭素源を用いて培養すること、
ii.オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を採取すること
を含む、力価が増加したオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を産生する方法。
[本発明1041]
前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が飽和オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸である、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が不飽和オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸である、本発明1040の方法。
[本発明1043]
再生可能原料からの炭素源の存在下、発酵ブロス中で増殖させた場合にインビボでオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸誘導体を産生するための組み換え微生物であって、
(i)EC 3.1.2.-、EC 3.1.1.5またはEC 3.1.2.14のチオエステラーゼ、及び
(ii)CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント
を含むポリペプチドをコードする少なくとも2つの核酸配列を発現するように操作された経路を含む、前記組み換え微生物。
[本発明1044]
前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントが自己充足型(self-sufficient)CYP153A-RedRhFハイブリッド融合タンパク質バリアントである、本発明1001の組み換え微生物。
[本発明1045]
前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントが配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、及び配列番号46のいずれか1つに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、本発明1001の組み換え微生物。
[本発明1046]
配列番号38に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、且つ747、12、327、14、61、28、13、771、119、10、11、28、745、9、770、413、784、749、231、233、757及び703からなる群より選択されるアミノ酸位置において少なくとも1つの突然変異を有するCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントであって、脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
[本発明1047]
前記突然変異が、D747N、Q12W、Q12T、Q12R、P327D、R14F、N61L、Q28M、S13K、V771F、K119R、D10Y、I11L、Q28T、P745R、D9N、D9K、T770G、Y413R、M784I、E749L、A231Y、S233L、E757A及びL703Gからなる群より選択される、本発明1001のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
総括
我々の石油化学製品依存を削減する1つの方法は、小規模産生宿主として機能する環境に優しい微生物を介してω-OH脂肪酸誘導体等の脂肪酸誘導体の産生をすることである。このような細胞宿主(即ち、組み換え宿主細胞または微生物)は、ω-OH脂肪酸誘導体及び2官能性脂肪酸誘導体を、再生可能な原料(例えば、発酵性糖質、バイオマス、セルロース、グリセロール、CO、CO2など)等の再生可能資源から産生するように操作される。これらのω-OH脂肪酸誘導体は、特殊化学製品、ポリマー及び香料等の工業製品の原材料である。
本明細書及び特許請求の範囲に使用されるとき、単数形「a」、「an」及び「the」は、本文が特に明らかに断らない限り複数の指示対象も含む。従って、例えば、「宿主細胞」への言及は2つ以上のこのような宿主細胞を含み、「脂肪酸エステル」への言及は1つ以上のこのような脂肪酸エステルまたはエステルの混合物を含み、「核酸配列」への言及は1つ以上の核酸配列を含み、「酵素」への言及は1つ以上の酵素を含む、などである。
本開示は、宿主細胞でのω-OH脂肪酸及びω-OH脂肪酸誘導体の産生を提供する。ω-OH脂肪酸の産生は、CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントの発現の結果として向上させることができる。CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、ω-OH脂肪酸誘導体及び組成物を高い力価で産生する。本明細書において、CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、ω-OH脂肪酸誘導体の産生のための生合成経路に関与する;それは単独でまたは他の酵素と組み合わせて使用することができる。例えば、CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、チオエステラーゼ(即ち、天然で、または異種発現した)酵素がアシル-ACPを脂肪酸に転換する操作生合成経路で使用することができる。CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、それから脂肪酸をω-OH脂肪酸に転換することができる(図1参照)。経路での追加の酵素は、ω-OH脂肪酸を他の2官能性脂肪酸誘導体(例、α,ω-二酸)に転換することができる。
脂肪酸の合成は細菌生合成機構のうち最も保存されたシステムの1つである。脂肪酸シンターゼ(FAS)多酵素複合体は、全ての細菌及び真核生物において存在する。FAS関連遺伝子のほとんどは、細胞の成長及び生存に欠かせないものである。真核生物及び細菌FASは、実質的に同じ生化学形質転換を推進する。真核生物において、FASはFAS Iと称され、その触媒ドメインのほとんどは1つのポリペプチド鎖(分離できない)によりコードされる。細菌等の原核生物においては、FASはFASIIと称され、その個々の酵素及びキャリアータンパク質は、別個の(分離できる)タンパク質をコードする分離遺伝子によりコードされる。このため、FASIIは有意な多様性及び明確な特性を有する複合系である。
ω-ヒドロキシラーゼ(またはω-オキシゲナーゼ)は、ある特定の非ヘム二鉄オキシゲナーゼ(例えば、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)GPo1由来のalkB)及びある種のヘム型P450オキシゲナーゼ(例えば、マリノバクター・アクアエオレイ(Marinobacter aquaeolei)由来のcyp153A等のω-ヒドロキシラーゼ)を含む。P450は、偏在性分布している酵素であり、高度の複雑性を有し、幅広い領域にわたって活性を示す。それらは、広範囲の様々の基質を転換し、様々の化学的反応を触媒する、遺伝子のスーパーファミリーによってコードされるタンパク質である。Cyp153Aは、ω位に高い選択性を持って炭化水素鎖をヒドロキシル化する可溶性細菌シトクロムP450のサブファミリーである(van Beilen et al.(2006)Appl.Environ.Microbiol.72:59-65)。cyp153Aファミリーのメンバーは、インビトロでアルカン、脂肪酸または脂肪アルコールのω位を選択的にヒドロキシル化することが示されており、例えば、マイコバクテリウム属の種HXN-1500由来のcyp153A6(Funhoff et al.(2006)J.Bacteriol.188:5220-5227)、マイコバクテリウム・マリヌム(Mycobacterium marinum)由来のcyp153A16、及びポラロモナス属の種(Polaromonas sp.)JS666由来のcyp153A(Scheps et al.(2011)Org.Biomol.Chem.9:6727-6733)並びにマリノバクター・アクアエオレイ由来のcyp153A(Honda-Malca et al.(2012)Chem.Commun.48:5115-5117)が挙げられる。下記の表2A及び2Bは、ω-OH脂肪酸及びω-OH脂肪酸誘導体の産生に使用され得るω-ヒドロキシラーゼ酵素活性を有する酵素及びレドックスパートナーの例を示す。
本開示は、宿主細胞において発現させた場合にω-ヒドロキシル化脂肪酸誘導体組成物の高い力価、収量及び/または生産性をもたらすCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントを特定している。本開示の非限定的な例においては(下記の実施例1~7を参照)、CYP153A(G307A)-RedRhFハイブリッド融合ポリペプチド(上記)を鋳型として用い、CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントを効率的に操作して、より多くの量のω-OH脂肪酸およびω-OH脂肪酸誘導体を産生した。例えば、CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、インビボで、グルコース等の単純な炭素源から、ドデカン酸等の化合物を12-ヒドロキシドデカン酸に効率的に転換することができる。例えば、再生可能な原料に由来するような任意の単純な炭素源が適している。操作されたCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント(即ち、操作されたCYP153A-RedRhFハイブリッド融合ポリペプチドバリアントによって例示されている)は、再生可能な原料由来のグルコース等の炭素源を用いて宿主細胞(例、大腸菌)においてチオエステラーゼと共発現させた場合に、インビボで脂肪酸を特定の望ましい化合物(ω-OH脂肪酸を含む)に効率的に転換させ得ることが示された(以下の実施例参照)。本開示に従って、突然変異させた遺伝子、例えばCYP153Aタンパク質をコードする遺伝子を、c末端レダクターゼドメインをコードする突然変異遺伝子と連結させることによって、他のハイブリッド融合ポリペプチドバリアントを操作することができる(上記表2Aから2Dまでを参照)。例えば、両方の遺伝子(P5450及びレダクターゼドメイン)を突然変異させる、または一方の遺伝子(P450またはレダクターゼドメイン)を突然変異させる変形も、本明細書に包含される。これらの教示に従い、類似の融合タンパク質バリアントをω-ヒドロキシラーゼの他のタイプから作り出すことができる。
N407A及びA796V(配列番号44)を有し、且つチオエステラーゼの酵素機能を有する宿主細胞で発現された場合にω-OH C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C8:1、C9:1、C10:1、C11:1、C12:1、C13:1、C14:1、C15:1、C16:1、C17:1、C18:1、C19:1及び/またはC20:1脂肪酸をより増加した量で産生する。別の実施形態において、CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、突然変異V141T、A231T及びA796V(配列番号46)を有し、且つチオエステラーゼの酵素機能を有する宿主細胞で発現された場合にω-OH C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C8:1、C9:1、C10:1、C11:1、C12:1、C13:1、C14:1、C15:1、C16:1、C17:1、C18:1、C19:1及び/またはC20:1脂肪酸をより増加した量で産生する。1つの実施形態において、配列番号6と比較して、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44及び配列番号46のバリアントは、より増加した量のω-OH脂肪酸または脂肪酸誘導体を産生した。1つの実施形態において、これらのω-OH脂肪酸は、ω-OH C8:0脂肪酸、ω-OH C10:0脂肪酸、ω-OH C12:0脂肪酸、ω-OH C14:0脂肪酸、ω-OH C16:0脂肪酸、ω-OH C18:0脂肪酸、ω-OH C20:0脂肪酸、ω-OH C8:1脂肪酸、ω-OH C10:1脂肪酸、ω-OH C12:1脂肪酸、ω-OH C14:1脂肪酸、ω-OH C16:1脂肪酸、ω-OH C18:1脂肪酸、ω-OH C20:1脂肪酸等である。
本開示は、バリアントが鋳型として使用された、追加のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合関連ポリヌクレオチド及びポリペプチドバリアントを特定する。CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント鋳型は、CYP153A(G307A)-RedRhF融合ポリペプチドを基礎とし、そして、さらに突然変異A796V(配列番号38)を含む。cyp153A-Red450RhF融合タンパク質の完全飽和ライブラリーが構築され、スクリーニングされてcyp153A(G307A)-Red450RhF(A796V)(配列番号38)に対する改善を示すバリアントが得られた(実施例7参照)。突然変異G307A及びA796Vは、cyp153Aのω-ヒドロキシラーゼ活性を改良する有益な突然変異である(配列番号38参照)。得られるCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは表11に示される(以下)。これらのCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、配列番号38と比較して、ω-ヒドロキシ脂肪酸(ω-OH FFA力価)をより増加した量で産生し、そして配列番号48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94及び96を包含している。これらのCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントは、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C8:1、C9:1、C10:1、C11:1、C12:1、C13:1、C14:1、C15:1、C16:1、C17:1、C18:1、C19:1及び/またはC20:1脂肪酸及び/または脂肪酸誘導体を含むω-OH脂肪酸をより増加した量で産生することができる。
以下の表に示したバリアントはハイブリッドチトクロームP450 cyp153A16(G307A)-RedRhF融合タンパク質を基礎とする。
ハイブリッドチトクロームP450 Cyp153A16(G307A)-RedRhF融合タンパク質を基礎とするバリアントを有する配列表
ハイブリッドチトクロームP450 cyp153A(G307A)-Red450RhF(A796V)を基礎とするバリアントを有する配列表
本明細書で使用されるバリアントポリペプチドは、野生型または鋳型ポリペプチドとは少なくとも1つのアミノ酸が異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを言う。例えば、バリアント(例、突然変異体)は、以下の1つ以上の保存的アミノ酸置換、これらに限定されるものではないが、例えば、アラニン、バリン、ロイシン及びイソロイシン等の脂肪族アミノ酸の、別の脂肪族アミノ酸による置換;セリンのスレオニンによる置換;スレオニンのセリンによる置換;例えばアスパラギン酸及びグルタミン酸等の酸性残基の、別の酸性残基による置換;アスパラギン及びグルタミン等のアミド基を有する残基の別のアミド基を有する残基による置換;リジン及びアルギニン等の塩基性残基の、別の塩基性残基との交換;並びに、フェニルアラニン及びチロシン等の芳香族残基の、別の芳香族残基による置換のうちの、1つ以上を有することができる。いくつかの実施形態において、バリアントポリペプチドは、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、99、またはそれを超えるアミノ酸置換、付加、挿入または欠失を有する。バリアントまたは突然変異体として機能するポリペプチドの好ましい断片のいくつかは、対応する野生型ポリペプチドの生物学的機能(例、酵素活性)の一部またはすべてを保持している。いくつかの実施形態において、断片は、対応する野生型ポリペプチドまたは鋳型ポリペプチドの生物学的機能の少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%または少なくとも98%、またはそれ以上を保持している。他の実施形態において、断片または突然変異体は、対応する野生型ポリペプチドまたは鋳型ポリペプチドの生物学的機能の約100%を保持している。他の実施形態において、いくつかの断片は、対応する野生型ポリペプチドまたは鋳型ポリペプチドと比較して増大した生物学的機能を示す。生物活性に影響を与えること無く、どのアミノ酸残基を置換し、挿入し、または欠失させることができるかを判定するための手引きは、当技術分野において周知のコンピュータプログラム、例えば、LASERGENEソフトウェア(DNASTAR,Inc.,Madison,WI)を用いて知ることができる。いくつかの実施形態において、断片は、対応する野生型ポリペプチドまたは鋳型ポリペプチドと比較して増大した生物学的機能を示す。例えば、断片は、対応する野生型ポリペプチドまたは鋳型ポリペプチドと比較して、酵素活性の点で少なくとも10%、少なくとも25%、少なくとも50%、少なくとも75%または少なくとも90%の改善を示しうる。他の実施形態において、断片は、対応する野生型ポリペプチドまたは鋳型ポリペプチドと比較して、酵素活性の点で少なくとも100%、少なくとも200%、または少なくとも500%の改善を示す。
組み換え宿主細胞によるω-OH脂肪酸組成物の産生を増加させる戦略には、産生宿主におけるCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合遺伝子及びチオエステラーゼ遺伝子の発現による脂肪酸生合成経路の通過フラックスの増大が含まれる。本明細書で用いられるとき、組み換え宿主細胞または操作された宿主細胞という用語は、例えば、新たな遺伝因子の意図的導入、及び/または宿主細胞内に天然に存在する遺伝因子の意図的改変によって、対応する野生型宿主細胞に比べて遺伝子構成が変更された宿主細胞を指す。このような組み換え宿主細胞の子孫も、これらの新しい及び/または改変された遺伝因子を含有する。本明細書に記載の本開示の任意の態様において、宿主細胞は、植物細胞、昆虫細胞、真菌細胞(例、カンジダ属の種(Candida sp.)等の糸状菌、またはサッカロミセス属の種等の出芽酵母)、藻類細胞及び細菌細胞より選択され得る。1つの実施形態において、組み換え宿主細胞は、組み換え微生物である。微生物である宿主細胞の例としては、エシェリキア属(Escherichia)、バチルス属(Bacillus)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、ジモモナス属(Zymomonas)、ロドコッカス属、シュードモナス属(Pseudomonas)、アスペルギルス属(Aspergillus)、トリコデルマ属(Trichoderma)、ニューロスポラ属(Neurospora)、フザリウム属(Fusarium)、フミコラ属(Humicola)、リゾムコール属(Rhizomucor)、クルイベロミセス属(Kluyveromyces)、ピチア属(Pichia)、ムコール属(Mucor)、ミセリオプトラ属(Myceliophtora)、ペニシリウム属(Penicillium)、ファネロカエテ属(Phanerochaete)、プレウロタス属(Pleurotus)、トラメテス属(Trametes)、クリソスポリウム属(Chrysosporium)、サッカロミセス属(Saccharomyces)、ステノトロホモナス属(Stenotrophamonas)、シゾサッカロミセス属(Schizosaccharomyces)、ヤロウイア属(Yarrowia)、またはストレプトミセス属(Streptomyces)に由来する細胞を挙げることができるが、これらに限定的されるものではない。いくつかの実施形態において、宿主細胞はグラム陽性細菌細胞である。他の実施形態において、宿主細胞はグラム陰性細菌細胞である。いくつかの実施形態において、宿主細胞は大腸菌細胞である。いくつかの実施形態において、宿主細胞は大腸菌 B細胞、大腸菌 C細胞、大腸菌 K細胞、または大腸菌 W細胞である。他の実施形態において、宿主細胞は、バチルス・レンタス(Bacillus lentus)細胞、バチルス・ブレビス(Bacillus brevis)細胞、バチルス・ステアロサーモフィラス(Bacillus stearothermophilus)細胞、リケニホルミス菌(Bacillus lichenoformis)細胞、バチルス・アルカロフィラス(Bacillus alkalophilus)細胞、バチルス・コアギュランス(Bacillus coagulans)細胞、バチルス・シルクランス(Bacillus circulans)細胞、バチルス・プミリス(Bacillus pumilis)細胞、バチルス・チューリンゲンシス(Bacillus thuringiensis)細胞、バチルス・クラウジイ(Bacillus clausii)細胞、バチルス・メガリウム(Bacillus megaterium)細胞、枯草菌(Bacillus subtilis)細胞、またはバチルス・アミロリケファシエンス(Bacillus amyloliquefaciens)細胞である。他の実施形態において、宿主細胞は、トリコデルマ・コニンギイ(Trichoderma koningii)細胞、トリコデルマ・ビリデ(Trichoderma viride)細胞、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)細胞、トリコデルマ・ロンギブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)細胞、アスペルギルス・アワモリ(Aspergillus awamori)細胞、アスペルギルス・フミガタス(Aspergillus fumigates)細胞、アスペルギルス・フェティデュス(Aspergillus foetidus)細胞、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)細胞、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)細胞、アスペルギルス・オリゼ(Aspergillus oryzae)細胞、フミコラ・インソレンス(Humicola insolens)細胞、フミコラ・ラヌギノサ(Humicola lanuginose)細胞、ロドコッカス・オパクス(Rhodococcus opacus)細胞、リゾムコール・ミエヘイ(Rhizomucor miehei)細胞、またはムコール・ミエヘイ(Mucor michei)細胞である。さらに他の実施形態において、宿主細胞は、ストレプトミセス・リビダンス(Streptomyces lividans)細胞またはストレプトミセス・ムリナス(Streptomyces murinus)細胞である。さらに他の実施形態において、宿主細胞はアクチノミセス属(Actinomycetes)細胞である。いくつかの実施形態において、宿主細胞はサッカロミセス・セレビジエ(Saccharomyces cerevisiae)細胞である。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチド(または遺伝子)配列が、ポリヌクレオチド配列と操作可能に連結したプロモーターを含む組み換えベクターにより、宿主細胞に与えられる。ある特定の実施形態において、プロモーターは、発生時調節性の、オルガネラ特異的な、組織特異的な、誘導性の、構成的な、または細胞特異的なプロモーターである。いくつかの実施形態において、組み換えベクターは、ポリヌクレオチド配列と機能的に結合した発現制御配列;ポリヌクレオチド配列と機能的に結合した選択マーカー;ポリヌクレオチド配列と機能的に結合したマーカー配列;ポリヌクレオチド配列と機能的に結合した精製部分;ポリヌクレオチド配列と機能的に結合した分泌配列;およびポリヌクレオチド配列と機能的に結合したターゲティング配列より選択される、少なくとも1つの配列を含む。本明細書に記載の発現ベクターは、ポリヌクレオチド配列を、宿主細胞においてこのポリヌクレオチド配列を発現するのに適した形態で含む。当業者には、発現ベクターの設計は、形質転換させようとする宿主細胞の選択、及び所望のポリペプチドの発現レベル等の要因に依存することが理解されるであろう。上述のポリヌクレオチド配列(上記)によってコードされる、融合ポリペプチド等のポリペプチドを産生させるために、本明細書に記載の発現ベクターは宿主細胞に導入することができる。原核生物、例えば大腸菌のポリペプチドをコードする遺伝子の発現は、融合または非融合ポリペプチドの発現を導く構成的または誘導性プロモーターを含有するベクターを用いて実施されることが最も多い。融合ベクターは、その中にコードされているポリペプチド、通常は組み換えポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端に、いくつかのアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、一般に、組み換えポリペプチドの発現の増大;組み換えポリペプチドの溶解性の向上;及びアフィニティー精製においてリガンドとして作用することによる組み換えポリペプチドの精製への援助、を含む3つの目的の1つ以上に役立つ。融合発現ベクターでは、しばしば、融合部分と組み換えポリペプチドの接合部にタンパク質分開裂部位が導入されている。これにより、融合ポリペプチドの精製後に、融合部分からの組み換えポリペプチドの分離が可能になる。このような酵素及びそれらの同族認識配列の例としては、第Xa因子、トロンビン及びエンテロキナーゼが含まれる。具体的な融合発現ベクターとしては、pGEXベクター(Pharmacia Biotech,Inc.,Piscataway,NJ;Smith et al.(1988)Gene 67:31-40)、pMALベクター(New England Biolabs,Beverly,MA)、及びpRITSベクター(Pharmacia Biotech,Inc.,Piscataway,N.J.)を挙げることができ、これらはそれぞれ、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST)、マルトースE結合タンパク質またはタンパク質Aを標的組み換えポリペプチドと融合させる。
本開示の宿主細胞または微生物は、酵素活性に対する特定の突然変異の効率を試験するために変更を含むように遺伝子操作されたまたは改変された宿主菌株または宿主細胞(即ち、組み換え細胞または微生物)を包含する。どの生来の酵素経路が元の宿主細胞に存在しているかに応じて、様々な任意選択的な遺伝的操作及び変更を、種々の宿主細胞に区別なく用いることができる。1つの実施形態において、宿主菌株は、他の生合成ポリペプチド(例、酵素)と組み合わせてCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントの発現を試験するために用いることができる。宿主菌株は、発酵の構成成分、炭素源(例、原料)、温度、圧力、低減された培養汚染条件及び酸素レベル等(これらに限定さないが)の培養条件を含む、特定の変数を試験するためのいくつかの遺伝的変異を包含し得る。
本明細書で使用されるとき、発酵という用語は、組み換え宿主細胞の培養物を、炭素源を含む培地中で繁殖させることによる、宿主細胞による有機材料から目的物質への転換、例えば、組み換え宿主細胞による炭素源からω-OH脂肪酸またはその誘導体への転換を広く指す。産生を許容する条件とは、宿主細胞が所望の生成物、例えばω-OH脂肪酸を産生することを可能にする、あらゆる条件を言う。同様に、ベクターのポリヌクレオチド配列が発現される1以上の条件とは、宿主細胞がポリペプチドを合成することを可能にするあらゆる条件を意味する。適当な条件には、例えば、発酵条件が含まれる。発酵条件は、温度範囲、通気レベル、供給速度及び培地組成等、これらに限定されないが、多くのパラメータを含み得る。これらの条件のそれぞれは、個々に、または組み合わせて、宿主細胞が増殖することを可能にする。発酵は、好気性、嫌気性、またはこれらの変形(微好気性等)であり得る。培養培地の例には、ブロスまたはゲルが含まれる。一般に、培地は、宿主細胞によって直接代謝されうる炭素源を含む。加えて、炭素源の可動化(例えば、デンプンまたはセルロースの発酵性糖への解重合)及びその後の代謝を促進するために、培地中に酵素を用いることができる。
本明細書で用いられるとき、現代炭素率、即ちfMは、米国国立標準技術研究所((National Institute of Standards and Technology)(NIST))の標準物質((Standard Reference Material)(SRM))4990B及び4990C(それぞれシュウ酸標準品HOxI及びHOxIIとして知られている)、によって定義される意味と同じ意味を有する。基本的定義はHOxIの14C/12C同位体比の0.95倍と関連している(西暦1950年を基準)。これは、減衰補正された産業革命前の木とほぼ同一である。現在の生体生物圏(植物材料)については、fMは約1.1である。バイオ生成物(例えば、本開示に従って産生されたω-OH脂肪酸及び誘導体等の脂肪酸誘導体)は、生物的に産生された有機化合物を含む。特に、本明細書における脂肪酸生合成経路を用いて産生された脂肪酸誘導体(例えば、ω-OH脂肪酸及びその誘導体)は、これまで再生資源から産生されたことはなく、それ故新規な物の組成物である。これらの新たなバイオ製品は、石油化学炭素由来の有機化合物と、デュアルカーボン同位体フィンガープリント法(dual carbon-isotopic fingerprinting)または14C年代測定法(14C dating)に基づいて区別することができる。さらに、生物起源炭素の具体的な供給源(例えば、グルコース対グリセロール)を、デュアルカーボン同位体フィンガープリント法によって決定することもできる(例えば、米国特許第7,169,588号参照)。バイオ製品を石油系有機化合物と区別する能力は、これらの材料の商業目的の追跡に有益である。例えば、生物学に基づく炭素同位体プロファイルと石油系の炭素同位体プロファイルの両方を含む有機化合物または化学物質は、石油系の材料のみで作製された有機化合物及び化学物質と区別することができる。このため、本明細書におけるバイオ生成物は、その固有の炭素同位体プロファイルに基づいて、商業的追跡即ちトラッキングをすることができる。バイオ生成物は、各試料中の安定炭素同位体比(13C/12C)を比較することにより石油系の有機化合物から区別することができる。既知のバイオ生成物における13C/12C比は、二酸化炭素が固定された時の大気中の二酸化炭素における13C/12C比により生じた結果である。それはまた、厳密な代謝経路も反映する。地域的変動も起こる。石油、C3植物(広葉植物)、C4植物(イネ科草本)、及び海洋炭酸塩は全て、13C/12C及び対応するδ13C値において有意な差を示す。さらに、C3植物及びC4植物の脂質物質は、代謝経路の結果として、同じ植物の炭水化物成分から誘導される材料とは異なる分析結果を示す。測定精度内で、13Cは同位体分別効果により大きな変動を示すが、バイオ生成物に関して最も重要なのは光合成機構である。植物における炭素同位体比の相違の主因は、植物における光合成炭素代謝の経路の違い、特に初期のカルボキシル化(即ち、大気CO2の初期固定)時に起こる反応の相違と密接に関連している。植物の二つの大きな種類は、C3(即ちカルビン・ベンソン)光合成回路が組み込まれているものと、C4(即ちハッチ・スラック)光合成回路が組み込まれているものである。C3植物では、一次CO2固定またはカルボキシル化反応にリブロース-1,5-二リン酸カルボキシラーゼ酵素が関与し、最初の安定生成物は3-炭素化合物である。広葉樹及び針葉樹等のC3植物は、温帯気候帯において優勢である。C4植物では、もう1つの酵素であるホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼが関与するさらなるカルボキシル化反応が、初期のカルボキシル化反応である。最初の安定炭素化合物は4-炭素酸であり、次いで脱炭酸される。このようにして放出されたCO2は、C3回路により再び固定される。C4植物の例としては、熱帯型牧草、トウモロコシ、及びサトウキビがある。C4植物及びC3植物は共に、13C/12C同位体比の範囲を示すが、一般に、C4植物については約-7~約-13パーミル、C3植物については約-19~約-27パーミルである(例えば、Stuiver et al.(1977)Radiocarbon 19:355を参照)。石炭及び石油は一般に後者の範囲に含まれる。13C測定尺度は、元々ピーディーベレムナイト(Pee Dee Belemnite(PDB))石灰石によって設定されたゼロにより定義されたものであり、この値は、この材料からの千分の一偏差(parts per thousand deviations)で与えられる。δ13C値は、千分率(パーミル)で表されて‰略記され、以下のように計算される。
δ13C(‰)=[(13C/12C)試料-(13C/12C)標準物質]/(13C/12C)標準物質×1000
ライブラリーのスクリーニング
本明細書に記載されたプロトコールはすべて、培養物を増殖させるための96ウェルプレート-マスターブロック(master block)-2mLシステム(Greiner Bio-One,Monroe,NCまたはCorning,Amsterdam,The Netherlands)、及び培養ブロスから脂肪酸種を抽出するためのプレート(Costar, Inc.)を利用している。以下に示したプロトコールは発酵条件の例である。代替のプロトコールを用いて脂肪酸種の産生を評価することができる。
(96ウェルプレート中で増殖させたLB培養物からの)30μLのLB培養物を290μLのplim培地(表2)への播種に用い、続いてそれを32℃で振とうしながら約16時間培養した。一晩播種物(overnight seed)の40μLを360μLのプリム培地への播種に用いた。32℃で2時間増殖させた後に、培養物をIPTG(最終濃度1mM)によって誘導した(表3、下記)。特記されない限り、培養物をその後32℃で振とうしながら20時間培養し、その後にそれらを、以下に詳述する標準抽出プロトコールに従って抽出した。
(96ウェルプレート中で増殖させたLB培養物からの)40μLのLB培養物を360μLのLB培地への播種に用い(表3、下記)、続いてそれを32℃で振とうしながら約4時間培養した。40μLのLB播種物(seed)を、360μLのNlim培地への播種に用いた。35℃で2時間32℃で増殖させた後に、培養物をIPTG(最終濃度1mM)によって誘導した(表3、下記)。特記されない限り、培養物を続いて35℃で振とうしながら20時間増殖し、その後にそれらを、以下に詳述する標準抽出プロトコールに従って抽出した。
抽出される各ウェルに、80μLの1M HClを添加し、次いで400μLの酢酸ブチル(内部標準物質としての500mg/Lのペンタデカノールと共に)を添加した。その後、96ウェルプレートを、プレートシーラー(ALPS-300ヒーター;Abgene,ThermoScientific,Rockford,IL)を用いてヒートシーリングし、MIXMATE混合機(Eppendorf,Hamburg,Germany)を用いて2000rpmで15分間振とうさせた。振とう後、プレートを室温にて4500rpmで10分間遠心処理して(Allegra X-15R、ローターSX4750A、Beckman Coulter,Brea,CA)、水層と有機層を分離した。100μLの有機層を96ウェルプレートに移し(ポリプロピレン製、Corning,Amsterdam,The Netherlands)、100uLのBSTFAで誘導体化した。次いで、プレートをヒートシーリングし、w―OH FFA法を用いるGC-FIDによって評価するまで-20℃で保存した。w―OH FFA法は以下の通りに実施した:1μLの試料を、水素炎イオン化検出器(FID)を備えたAgilent 7890A GC Ultraデバイス(Agilent,Santa Clara,CA)の中の分析用カラム(DB-1、10m×180μm×膜厚0.2μM、JW 121-101A製)に、1-20スプリットを用いて注入した。機器はC10~C18脂肪酸及びω-ヒドロキシル化脂肪酸を検出及び定量するように設定した。上記に詳述したプロトコールは標準的な条件を示すしおり、分析結果を最適化するために必要に応じて改変してもよい。
エラープローンライブラリーの調製には、当業者に公知の標準的手法を用いた。1つの例では、ベクター中に制限エンドヌクレアーゼを用いてベクター骨格を調製し、DNAインサートにおける多様性の創出を、ミスマッチヌクレオチドの組み入れを促進する条件下でDNA鋳型からPCR増幅することにより行った。1つのアプローチでは、ベクター骨格及び多様性を有するDNAインサートのクローニングを、INFUSION Cloning System(Clontech Laboratories,Inc.,Mountain View,CA)を用い、製造業者のプロトコールに従って行った。
飽和ライブラリーの調製に、当業者に公知の標準的な手法を用いた。1つの例では、ベクター内に制限エンドヌクレアーゼを用いてベクター骨格を調製し、DNAインサートにおける多様性の創出を縮重したプライマーを用いて行った。1つのアプローチでは、ベクター骨格及び多様性を有するDNAインサートのクローニングを、INFUSION Cloning System(Clontech Laboratories,Inc.,Mountain View,CA)を用い、製造業者のプロトコールに従って行った。
有益と確認された突然変異を組み合わせて、さらに改良されたω-OH脂肪酸誘導体種の産生を伴うCYP153-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント(例、CYP153A-RedRhFハイブリッドタンパク質バリアント)を得た。組合せライブラリーの調製には、当業者に公知の標準的手法を用いた。1つの例では、ベクター中に制限エンドヌクレアーゼを用いてベクター骨格を調製し、DNAインサートにおける多様性の創出は、所望の突然変異を導入するためのプライマーを用いて行った。上記のように、1つのアプローチでは、ベクター骨格及び多様性を有するDNAインサートのクローニングを、INFUSION Cloning System(Clontech Laboratories,Inc.,Mountain View,CA)を用い、製造業者のプロトコールに従って行った。組合せライブラリーは、トランスファーPCR(tPCR)プロトコール(Erijman et al.(2011)J. Structural Bio.175:171-177)を用いて作製することができる。
エラープローンライブラリー、飽和ライブラリーまたは組合せライブラリーにおいてライブラリーの多様性を生じさせた時点で、それを上記の方法の1つを用いてスクリーニングした。2種類のヒットが同定された:(1)ω-ヒドロキシ脂肪酸量(ω-OH FFA力価)の増加;及び/または(2)脂肪酸からω-ヒドロキシ脂肪酸への転換の増加。各ヒット内のハイブリッドcyp153A-RedRhFタンパク質バリアントにおける突然変異を、当業者によって慣用されている標準的手法を用いたシークエンシングによって同定した。以下の表5、6及び7には、飽和ライブラリーにおいて有益と同定された突然変異(ヒット)が列記されている。
本実施例では、飽和ライブラリーまたはコンビナトリアル突然変異誘発ライブラリーのスクリーニングのために構築した菌株及びプラスミドについて説明する。
cyp153A-Red450RhF融合タンパク質のP450触媒ドメインの完全飽和ライブラリーを構築し、cyp153A(G307A)-Red450RhF(即ち、鋳型ポリペプチド)を超える改善を示すバリアントを得るためにスクリーニングを行った。G307A(即ち、位置307のグリシン残基をアラニン残基が置き換え)は、cyp153Aのω-ヒドロキシラーゼ活性を向上させる有益な突然変異である(Honda Malca et al.(2012)Chem.Commun.48:5115参照)。ヒットに関する選択基準は、(1)ω-ヒドロキシ脂肪酸の量(ωOH FFA力価)の増大;及び/または(2)脂肪酸のω-ヒドロキシ脂肪酸への転換の増加とした。
FIOC:対照に対する改良倍率(Fold improvement over control);対照は太字
ハイブリッドcyp153A-Red450RhF融合タンパク質のレダクターゼドメインの部分的飽和ライブラリー(10番目のアミノ酸毎に突然変異させた)を構築し、触媒P450 cyp153Aドメインの部位飽和突然変異誘発ライブラリーにおいて同定されたバリアントの1つであるcyp153A(V141I,A231T,G307A)-Red450RhF(配列番号32)を超える改善を示すバリアントを得るためにスクリーニングした。ヒットに関する選択基準は、(1)ω-ヒドロキシドデカン酸の量(ωOH FFA力価)の増大;及び/または(2)ドデカン酸のω-ヒドロキシドデカン酸への転換の増加とした。
FIOC:対照に対する改良倍率;対照は太字
レダクターゼドメインの部分的飽和ライブラリーにおいて同定された有益な突然変異(実施例3)を、cyp153A(G307A)-Red450RhF融合タンパク質をさらに改良するための組合せライブラリーの基礎とした。選択基準は、(1)ω-ヒドロキシドデカン酸の量(ωOH FFA力価)の増大;及び/または(2)ドデカン酸のω-ヒドロキシドデカン酸への転換の増加とした。
FIOC:対照に対する改良倍率;対照は太字
飽和ライブラリーにおいて同定された有益な突然変異(実施例2または3)を、cyp153A(G307A)-Red450RhF融合タンパク質をさらに改良するための組合せライブラリーの基礎とした。選択基準は、(1)ω-ヒドロキシドデカン酸の量(ωOH FFA力価)の増大;及び/または(2)ドデカン酸のω-ヒドロキシドデカン酸への転換の増加とした。組合せライブラリーをpLC81で構築し、BZ128中に形質転換した。組合せライブラリーの構築には、当業者に公知の標準的手法を用いた。ライブラリーを、上記の標準的なプロトコールの1つを用いてスクリーニングした。最も改良されたバリアントの上位から2つを表10に示す。
位置141における変化は基質特異性に影響を及ぼすことが認められた。それ故、これらの2つの位置での部位飽和突然変異誘発を、cyp153A(G307A,A796V)-Red450RhFにおいて行った。ヒットに関する選択基準は、(1)ω-ヒドロキシヘキサデセン酸の量の増加;及び/または(2)ヘキサデセン酸のω-ヒドロキシヘキサデセン酸への転換の増加とした。
cyp153A-Red450RhF融合タンパク質の完全飽和ライブラリーを構築し、スクリーニングしてcypl53A(G307A)-Red450RhF(A796V)(即ち鋳型ポリペプチド)を超える改良を示すバリアントを得た。G307A(即ち、位置307のグリシンをアラニン残基が置き換え)及びA796V(即ち、位置796のアラニンをバリン残基が置き換え)は、cyp153Aのω-ヒドロキシラーゼ活性を向上させる有益な突然変異である(前記参照)。ヒットに関する選択基準は、(1)ω-ヒドロキシ脂肪酸の量(ω-OH FFA力価)の増大;及び/または(2)脂肪酸のω-ヒドロキシ脂肪酸への転換の増加とした。
Claims (47)
- 配列番号6に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、且つ796、141、231、27、82、178、309、407、415、516及び666からなる群より選択されるアミノ酸位置において少なくとも1つの突然変異を有するCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントであって、脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- ハイブリッドcyp153A-RedRhF融合タンパク質バリアントである、請求項1に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 前記突然変異が、A796V、V141I、V141T、V141Q、V141G、V141M、V141L、A231T、R27L、R82D、R178N、N309R、N407A、V415R、T516V、P666A及びP666Dからなる群より選択される、請求項1に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 前記突然変異が、A796V、V141I、V141T及びA231Tからなる群より選択される、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 組み換え宿主細胞での前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントの発現が、配列番号6のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドの発現により産生されるオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸の力価と比較してより高いオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸の力価をもたらす、請求項4に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、及び配列番号46のいずれか1つを含む、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- V141I及びA231Tに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号32を含む、請求項7に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項8に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- R27L、R82D、V141M、R178N及びN407Aに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号34を含む、請求項10に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項11に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- P666Aに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号36を含む、請求項13に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項14に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- A796Vに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号38を含む、請求項16に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項17に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- A796V、P666D及びT516Vに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号40を含む、請求項19に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項20に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- V141I、A231T及びA796Vに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号42を含む、請求項22に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項23に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- R27L、R82D、V141M、R178N、N407A及びA796Vに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号44を含む、請求項25に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項26に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- V141T、A231T及びA796Vに突然変異を有する、請求項3に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 配列番号46を含む、請求項28に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、請求項29に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 請求項1~29のいずれか1項に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントを発現する組み換え宿主細胞。
- さらに、EC 3.1.2.-、EC 3.1.1.5またはEC 3.1.2.14のチオエステラーゼポリペプチドを発現する、請求項31に記載の組み換え宿主細胞。
- 炭素源含有培地において培養された場合において、対応するCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドを発現する宿主細胞により産生されるオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸組成物の力価より、少なくとも10%大きい、少なくとも15%大きい、少なくとも20%大きい、少なくとも25%大きい、または少なくとも30%大きい力価を有するオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸組成物を産生する、請求項32に記載の組み換え宿主細胞。
- 前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を細胞内で産生する、請求項33に記載の組み換え宿主細胞。
- 前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を細胞外で産生する、請求項34に記載の組み換え宿主細胞。
- 請求項31~35のいずれか1項に記載の組み換え宿主細胞を含む細胞培養物。
- 前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が、C12、C16及びC16:1オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸のうちの1種類以上を含む、請求項36に記載の細胞培養物。
- 前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が不飽和オメガ-ヒドロキシル化C16:1脂肪酸を含む、請求項37に記載の細胞培養物。
- 前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が飽和オメガ-ヒドロキシル化C12脂肪酸を含む、請求項37に記載の細胞培養物。
- i.請求項31に記載の宿主細胞を炭素源を用いて培養すること、
ii.オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を採取すること
を含む、力価が増加したオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸を産生する方法。 - 前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が飽和オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸である、請求項40に記載の方法。
- 前記オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸が不飽和オメガ-ヒドロキシル化脂肪酸である、請求項40に記載の方法。
- 再生可能原料からの炭素源の存在下、発酵ブロス中で増殖させた場合にインビボでオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸誘導体を産生するための組み換え微生物であって、
(i)EC 3.1.2.-、EC 3.1.1.5またはEC 3.1.2.14のチオエステラーゼ、及び
(ii)CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント
を含むポリペプチドをコードする少なくとも2つの核酸配列を発現するように操作された経路を含む、前記組み換え微生物。 - 前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントが自己充足型(self-sufficient)CYP153A-RedRhFハイブリッド融合タンパク質バリアントである、請求項1に記載の組み換え微生物。
- 前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントが配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、及び配列番号46のいずれか1つに対して少なくとも90%の配列同一性を有する、請求項1に記載の組み換え微生物。
- 配列番号38に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、且つ747、12、327、14、61、28、13、771、119、10、11、28、745、9、770、413、784、749、231、233、757及び703からなる群より選択されるアミノ酸位置において少なくとも1つの突然変異を有するCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアントであって、脂肪酸のオメガ-ヒドロキシル化脂肪酸への転換に触媒作用を及ぼす、前記CYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
- 前記突然変異が、D747N、Q12W、Q12T、Q12R、P327D、R14F、N61L、Q28M、S13K、V771F、K119R、D10Y、I11L、Q28T、P745R、D9N、D9K、T770G、Y413R、M784I、E749L、A231Y、S233L、E757A及びL703Gからなる群より選択される、請求項1に記載のCYP153A-レダクターゼハイブリッド融合ポリペプチドバリアント。
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Citations (3)
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---|---|---|---|---|
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US5939250A (en) | 1995-12-07 | 1999-08-17 | Diversa Corporation | Production of enzymes having desired activities by mutagenesis |
US5965408A (en) | 1996-07-09 | 1999-10-12 | Diversa Corporation | Method of DNA reassembly by interrupting synthesis |
BR0309359B1 (pt) | 2002-04-29 | 2014-03-18 | Dow Global Technologies Inc | Composição de alfa,ômega-poliéster de poliol, composição de alfa,ômega-poliéster poliamina e composição de poliéster poliolefina |
US20100242345A1 (en) | 2006-05-19 | 2010-09-30 | LS9, Inc | Production of fatty acids & derivatives thereof |
CA2650773C (en) | 2006-05-19 | 2014-12-02 | Jay D. Keasling | Microorganisms transformed with acetyl-coa carboxylase and wax synthase for production of fatty acid derivatives |
US8110670B2 (en) | 2006-05-19 | 2012-02-07 | Ls9, Inc. | Enhanced production of fatty acid derivatives |
WO2008046106A2 (en) | 2006-10-13 | 2008-04-17 | Elevance Renewable Sciences, Inc. | Synthesis of terminal alkenes from internal alkenes via olefin metathesis |
EP2121546B1 (en) | 2006-10-13 | 2017-12-13 | Elevance Renewable Sciences, Inc. | Methods of making alpha, omega-dicarboxylic acid alkene derivatives by metathesis |
US8110093B2 (en) | 2007-03-14 | 2012-02-07 | Ls9, Inc. | Process for producing low molecular weight hydrocarbons from renewable resources |
CA2678915C (en) | 2007-03-28 | 2019-04-09 | Ls9, Inc. | Enhanced production of fatty acid derivatives |
US20080293060A1 (en) | 2007-04-23 | 2008-11-27 | Ls9, Inc. | Methods and Compositions for Identification of Hydrocarbon Response, Transport and Biosynthesis Genes |
BRPI0813359A2 (pt) | 2007-05-22 | 2014-10-14 | Ls9 Inc | Ácidos nucleicos isolados, vetor, células, métodos para produzir um hidrocarboneto, para produzir uma cetona alifática, para produzir um polipeptídeo purificado, para produzir um hidrocarboneto, para produzir biocombustíveis, hidrocarboneto, biocombustível, polipeptídeo isolado, ácido nucleico isolado, organismos geneticamente engenheirados, método para identificar uma enzima útil para a produção de hidrocarbonetos |
WO2009009391A2 (en) | 2007-07-06 | 2009-01-15 | Ls9, Inc. | Systems and methods for the production of fatty esters |
FR2921362B1 (fr) | 2007-09-20 | 2012-09-21 | Arkema France | Procede de synthese d'acides gras omega-insatures |
CA2692266C (en) | 2007-09-27 | 2019-04-16 | Ls9, Inc. | Reduction of the toxic effect of impurities from raw materials by extractive fermentation |
TWI351779B (en) | 2007-12-03 | 2011-11-01 | Advance Smart Ind Ltd | Apparatus and method for correcting residual capac |
US8183028B2 (en) | 2007-12-21 | 2012-05-22 | Ls9, Inc. | Methods and compositions for producing olefins |
CN105483068A (zh) | 2008-05-16 | 2016-04-13 | Reg生命科学有限责任公司 | 产生碳氢化合物的方法和组合物 |
US8232924B2 (en) | 2008-05-23 | 2012-07-31 | Alliant Techsystems Inc. | Broadband patch antenna and antenna system |
US8273694B2 (en) | 2008-07-28 | 2012-09-25 | Jeffrey A Brown | Synthetic compositions obtained from algae |
WO2010022090A1 (en) | 2008-08-18 | 2010-02-25 | Ls9, Inc. | Systems and methods for the production of mixed fatty esters |
EP2330091A4 (en) | 2008-08-28 | 2013-02-06 | Mitsui Chemicals Inc | PREPARATION FOR OLEFIN |
JP2012504963A (ja) | 2008-10-07 | 2012-03-01 | エルエス9・インコーポレイテッド | 脂肪アルデヒドを生産するための方法および組成物 |
CA3041892C (en) | 2008-10-28 | 2022-03-15 | REG Life Sciences, LLC | Methods for producing a fatty alcohol in a host cell |
US7989875B2 (en) | 2008-11-24 | 2011-08-02 | Nxp B.V. | BiCMOS integration of multiple-times-programmable non-volatile memories |
MX368526B (es) | 2008-12-23 | 2019-10-07 | Reg Life Sciences Llc | Metodos y composiciones relacionados con tioesterasa enzima. |
US8071799B2 (en) | 2009-01-29 | 2011-12-06 | Energy & Environmental Research Center Foundation | Chain-selective synthesis of fuel components and chemical feedstocks |
CN102459569B (zh) | 2009-04-10 | 2018-02-23 | Reg生命科学有限责任公司 | 脂肪酸衍生物的产生 |
CA2759273C (en) | 2009-04-27 | 2018-01-09 | Ls9, Inc. | Production of fatty acid esters |
BRPI1009980A2 (pt) | 2009-05-01 | 2015-08-25 | Univ California | Produtos de ésteres de ácidos graxos a partir de polímeros de biomassa |
US20110162259A1 (en) | 2009-09-25 | 2011-07-07 | Ls9, Inc. | Production of fatty acid derivatives |
US8237003B2 (en) | 2009-11-09 | 2012-08-07 | Exxonmobil Chemical Patents Inc. | Metathesis catalyst and process for use thereof |
US8809563B2 (en) | 2009-11-09 | 2014-08-19 | Exxonmobil Chemical Patents Inc. | Metathesis catalyst and process for use thereof |
US8361769B1 (en) | 2009-11-16 | 2013-01-29 | U.S. Department Of Energy | Regioselective alkane hydroxylation with a mutant CYP153A6 enzyme |
WO2011062987A2 (en) | 2009-11-17 | 2011-05-26 | Ls9, Inc. | Methods and compositions for producing hydrocarbons |
US8530221B2 (en) | 2010-01-14 | 2013-09-10 | Ls9, Inc. | Production of branched chain fatty acids and derivatives thereof in recombinant microbial cells |
WO2011127409A2 (en) | 2010-04-08 | 2011-10-13 | Ls9, Inc. | Methods and compositions related to fatty alcohol biosynthetic enzymes |
CA3039432A1 (en) | 2010-05-28 | 2011-12-01 | Corbion Biotech, Inc. | Tailored oils produced from recombinant heterotrophic microorganisms |
US8372610B2 (en) | 2010-09-15 | 2013-02-12 | Ls9, Inc. | Production of odd chain fatty acid derivatives in recombinant microbial cells |
WO2012071439A1 (en) | 2010-11-22 | 2012-05-31 | The Regents Of The University Of California | Host cells and methods for producing diacid compounds |
US9249436B2 (en) | 2011-02-02 | 2016-02-02 | Solazyme, Inc. | Tailored oils produced from recombinant oleaginous microorganisms |
CA3051939C (en) | 2011-07-06 | 2023-08-01 | Verdezyne, Inc. | Genetically modified yeast with increased alcohol dehydrogenase activity for preparing a fatty dicarboxylic acid |
DE102011110946A1 (de) | 2011-08-15 | 2016-01-21 | Evonik Degussa Gmbh | Biotechnologisches Syntheseverfahren von omegafunktionalisierten Carbonsäuren und Carbonsäure-Estern aus einfachen Kohlenstoffquellen |
FR3003577B1 (fr) | 2013-03-19 | 2016-05-06 | Ferropem | Inoculant a particules de surface |
CN105378486B (zh) * | 2013-06-14 | 2024-05-14 | 基因组股份公司 | 生产omega-羟基化的脂肪酸衍生物的方法 |
EP3690035A3 (en) | 2014-06-16 | 2020-10-21 | Genomatica, Inc. | Omega-hydroxylase-related fusion polypeptides with improved properties |
WO2017101987A1 (en) | 2015-12-15 | 2017-06-22 | REG Life Sciences, LLC | Omega-hydroxylase-related fusion polypeptide variants with improved properties |
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2019
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Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006051729A1 (ja) * | 2004-11-10 | 2006-05-18 | Marine Biotechnology Institute Co., Ltd. | P450遺伝子の単離法 |
JP2009005687A (ja) * | 2007-05-25 | 2009-01-15 | Kobe Tennenbutsu Kagaku Kk | Cyp153による芳香族化合物の製造方法 |
WO2013135650A1 (de) * | 2012-03-12 | 2013-09-19 | Evonik Industries Ag | Enzymatische omega-oxidation und -aminierung von fettsäuren |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
CHEM. COMMUN., vol. 48, JPN6021014298, April 2012 (2012-04-01), JP, pages 5115 - 5117, ISSN: 0004917397 * |
DANIEL SCHEPS ET AL.: "Synthesis of ω-hydroxy dodecanoic acid based on an engineered CYP153A fusion construct", MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, vol. 6, no. 6, JPN6019017657, 2013, pages 694 - 707, ISSN: 0004917395 * |
MITSUTOSHI KUBOTA ET AL.: "Isolation and Functional Analysis of Cytochrome P450 CYP153A Genes from Various Environments", BIOSCI.BIOTECHNOL.BIOCHEM., vol. 69, no. 12, JPN6019017660, 2005, pages 2421 - 2430, XP055141609, ISSN: 0004917396, DOI: 10.1271/bbb.69.2421 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
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